JP2021535092A - 結合体およびその使用方法 - Google Patents

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Abstract

ペイロードに共有結合されたか、またはリンカーを介してペイロードに結合された認識エレメントを含む結合体が開示される。ペイロードは、医薬剤(例えば、抗腫瘍剤、抗感染剤、もしくは抗炎症剤)または診断剤である。結合体を使用する方法もまた開示される。一般に、本発明は、例えば、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤または抗菌剤)をそれを必要とする対象における疾患部位(例えば、癌組織(例えば、結腸直腸癌組織))にデリバリーするための、結合体、それを含有する医薬組成物、およびそれらの使用方法を提供する。ペイロードは、腫瘍、前癌性組織、または病変に集合するマイクロバイオームに標的化され得る。【選択図】なし

Description

本発明は、化合物およびそれらの医薬的使用方法に関する。
化学療法処置ストラテジーは、典型的には、多数の副作用が付随する。化学療法剤に付随する有害な現象の多くは、典型的には、細胞毒性であり、化学療法剤の組織選択性の欠如により引き起こされると考えられている。組織選択性を欠くことで、化学療法剤は、非癌性組織に影響して、副作用を引き起こし得る。
感染または感染に付随した病変を処置するための薬剤はまた、毒性、病変部位での有効性、または両方により限定され得る。抗感染症と関連する毒性の多くは、薬剤が感染または病変を有効に処置するのに十分なレベルで投与されるときの宿主細胞および組織に対するそれらの作用に関する。高度に選択的な分布を欠くことで、多くの抗感染症は、感染していない組織または非病変組織に影響して、副作用を引き起こし得る。
癌、前癌、および感染に付随した病変の治療に対する新規の治療アプローチ、特に、これらの状態の処置に対する標的化アプローチの必要がある。
一般に、本発明は、例えば、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤または抗菌剤)をそれを必要とする対象における疾患部位(例えば、癌組織(例えば、結腸直腸癌組織))にデリバリーするための、結合体、それを含有する医薬組成物、およびそれらの使用方法を提供する。ペイロードは、腫瘍、前癌性組織、または病変に集合するマイクロバイオームに標的化され得る。
一態様では、本発明は、ペイロードに共有結合された、またはリンカーを介して結合された認識エレメントを含む、結合体、またはその医薬的に許容される塩を提供する。ペイロードは、医薬剤または診断剤である。好ましくは、ペイロードは、医薬剤である。
一部の実施形態では、認識エレメントは、微生物またはそれにより産生されるタンパク質により認識可能である。
ある特定の実施形態では、認識エレメントは、式R−L−(式中、Rは、N(Rで任意で置換される脂肪酸アシル、メトキシポリエチレングリコール酢酸アシル、メトキシポリエチレングリコールプロピオン酸アシル、アミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチド、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド、任意で置換されるアルキル、または任意で置換されるアリールアルキルであり、Lは、アミノ酸残基、−O−CO−、−NH−CO−、または−SO−であり、各Rは、独立してC1−6アルキルである)の基である。一部の実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−22アルカノイル、任意で置換されるC2−22アルケノイル、任意で置換されるC2−22アルキノイル、任意で置換されるC6−12アロイル、任意で置換されるC1−22アルコキシカルボニル、任意で置換されるC1−22アルキルアミノカルボニル、任意で置換されるC1−22アルキルウレイド、−N(Rで任意で置換される脂肪酸アシル、メトキシポリエチレングリコール酢酸アシル、メトキシポリエチレングリコールプロピオン酸アシル、アミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチド、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド、任意で置換されるアルキル、または任意で置換されるアリールアルキルであり、Lは、アミノ酸残基、−O−CO−L−、−NH−CO−L−、または−SO−L−であり、各Rは、独立してC1−6アルキルであり、Lは、アミノ酸残基である。さらなる実施形態では、Rは、任意で置換されるC1−14アルカノイル、任意で置換されるベンゾイル、任意で置換されるC1−14アルコキシカルボニル、または任意で置換されるC1−14アルキルアミノカルボニルである。なおさらなる実施形態では、Rは、任意で置換されるプロパノイル、任意で置換されるベンゾイル、任意で置換されるフェニルプロピオニル、任意で置換されるナフチルプロピオニル、任意で置換されるジヒドロキノリンカルボニル、ブタノイル、ヘキサノイル、オクタノイル、ドデカノイル、テトラデカノイル、ヘキシルオキシカルボニル、オクチルオキシカルボニル、ドデシルオキシカルボニル、ヘキシルウレイド、オクチルウレイド、およびドデシルオキシウレイドからなる群から選択される。なおさらなる実施形態では、各任意の置換基は、独立してヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、C1−6アルキル、ならびにハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、C1−6アルキル、5員のヘテロ環、および6員のヘテロ環からなる群から独立して選択される1〜5個の基で任意で置換されるフェニルである。他の実施形態では、各任意の置換基は、ヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、C1−6アルキル、ならびにヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、およびC1−6アルキルからなる群から独立して選択される1、2、3、4、または5個の基で任意で置換されるフェニルからなる群から独立して選択される。一部の実施形態では、Rは、−N(Rで任意で置換される脂肪酸アシル、メトキシポリエチレングリコール酢酸アシル、メトキシポリエチレングリコールプロピオン酸アシル、アミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチド、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド、任意で置換されるアルキル、または任意で置換されるアリールアルキルである。ある特定の実施形態では、Lは、アミノ酸残基である。特定の実施形態では、Lは、そのα−アミノ基を通じてRに結合したアミノ酸残基である。さらなる実施形態では、Rは、フェニルで任意で置換されるC1−14脂肪酸アシルである。なおさらなる実施形態では、Lは、D−アミノ酸残基(例えば、任意で置換されるD−アスパラギン、任意で置換されるD−アルギニン、任意で置換されるD−グルタミン、任意で置換されるD−アスパラギン酸、または任意で置換されるD−グルタミン酸)である。なおさらなる実施形態では、認識エレメントは、アミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチド、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、またはD−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミドである。他の実施形態では、Lは、D−アスパラギン、D−アルギニン、D−グルタミン、D−アスパラギン酸、D−ヒスチジン、またはD−グルタミン酸である。なお他の実施形態では、Lは、D−アスパラギンである。
なお他の実施形態では、認識エレメントは、3−(2−メトキシエトキシ)プロパノイル−D−アスパラギニル、2−(4−イソブチルフェニル)プロパノイル−D−アスパラギニル、6−メトキシナフタレン−2−イル)プロパノイル−D−アスパラギニル、(1−シクロプロピル−6−フルオロ−4−オキソ−7−(ピペラジン−1−イル)−1,4−ジヒドロキノリン−3−カルボニル、ヘキシルオキシカルボニル−D−アスパラギニル、ドデシルオキシカルボニル−D−アスパラギニル、ヘキシルカルバモイル−D−アスパラギニル、ドデシルカルバモイル−D−アスパラギニル、ブタノイル−D−アスパラギニル、ヘキサノイル−D−アスパラギニル、オクタノイル−D−アスパラギニル、ドデカノイル−D−アスパラギニル、テトラデカノイル−D−アスパラギニル、ベンゾイル−D−アスパラギニル、2−ヒドロキシベンゾイル−D−アスパラギニル、5−アミノ−2−ヒドロキシベンゾイル−D−アスパラギニル、2−フェニルアセチル−D−アスパラギニル、ブタノイル−D−アルギニニル、ヘキサノイル−D−アルギニニル、オクタノイル−D−アルギニニル、ドデカノイル−D−アルギニニル、テトラデカノイル−D−アルギニニル、ブタノイル−D−アスパルチル、ヘキサノイル−D−アスパルチル、オクタノイル−D−アスパルチル、ドデカノイル−D−アスパルチル、テトラデカノイル−D−アスパルチル、ブタノイル−D−グルタミニル、ヘキサノイル−D−グルタミニル、オクタノイル−D−グルタミニル、ドデカノイル−D−グルタミニル、テトラデカノイル−D−グルタミニル、ブタノイル−D−グルタミル、ヘキサノイル−D−グルタミル、オクタノイル−D−グルタミル、ドデカノイル−D−グルタミル、テトラデカノイル−D−グルタミル、ブタノイル−D−ヒスチジニル、ヘキサノイル−D−ヒスチジニル、オクタノイル−D−ヒスチジニル、ドデカノイル−D−ヒスチジニル、およびテトラデカノイル−D−ヒスチジニルからなる群から選択される。一部の実施形態では、認識エレメントは、テトラデカノイル−D−アスパラギニルではない。
ある特定の実施形態では、リンカーは、トレースレスリンカーである。特定の実施形態では、リンカーは、エステル結合、アミド結合、チオエステル結合、グリコシド結合、カルバメートリンカー、カルボネートリンカー、または尿素リンカーを通じてペイロードに共有結合される。特定の実施形態では、リンカーは、エステル結合、アミド結合、チオエステル結合、グリコシド結合、カルバメートリンカー、または尿素リンカーを通じてペイロードに共有結合される。一部の実施形態では、リンカーは、式R−(CO)−NH−L−(C(R−L−(R(式中、nおよびmの各々は、独立して0または1であり、kは、1、2、または3であり、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rは、ペイロードへの結合であり、Lは、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、任意で置換されるスチレン−ジイル、任意で置換されるC1−3炭化水素鎖、または−L−NR−CO−O−L−(式中、Lは、任意で置換されるC2−6アルキレンであり、Lは、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるスチレン−ジイルである)であり、Lは、(Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R、−S−R、−OCO−R、−N(R(R3−qを形成する)、または
Figure 2021535092
(式中、Rは、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、qは、1、2、または3であり、各Rは、独立してHまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、各Rは、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRは、各々が結合している原子と結合して、シクロアルキレンを形成し、Rは、HまたはC1−6アルキルである)のものである。
ある特定の実施形態では、リンカーは、式R−NR−L−(C(R−L−R(式中、nおよびmの各々は、独立して0または1であり、kは、1、2、または3であり、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rは、ペイロードへの結合であり、Lは、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、任意で置換されるスチレン−ジイル、任意で置換されるC1−3炭化水素鎖、または−L−NR−CO−O−L−(式中、Lは、任意で置換されるC2−6アルキレンであり、Lは、1,4−フェニレン、1,2フェニレン、または任意で置換されるスチレン−ジイルである)、lは、(Rと結合して、_NR−CO−R、−(CO)−R、−S−R、−OCO−R、−N(R(R3−qである)、または
Figure 2021535092
(式中、Rは、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、qは、1、2、または3であり、各Rは、独立してHまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、各Rは、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRは、各々が結合している原子と結合して、シクロアルキレンを形成する)のものである。
特定の実施形態では、リンカーは、式R−NH−L−(C(R)−L−R(式中、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rは、ペイロードへの結合であり、Lは、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるC1−3アルキレンであり、Lは、Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R(式中、Rは、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルである)を形成し、mは、0または1であり、各Rは、独立してHまたはC1−6アルキルであり、Rは、HまたはC1−6アルキルである)のものである。
さらなる実施形態では、リンカーは、R−NH−L−(C(R)−L−R(式中、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rは、ペイロードへの結合であり、Lは、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるC1−3炭化水素鎖であり、Lは、Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R−S−R、−OCO−R、−N(R(R3−qを形成する)、または
Figure 2021535092
(式中、Rは、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、qは、1、2、または3であり、各Rは、独立してHまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、各Rは、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRは、各Rが結合している原子に結合して、シクロアルキレンを形成する)のものである。
他の実施形態では、リンカーは、2−アミノベンジル、4−アミノベンジル、4−アミノブタノイル、4−アミノペンタノイル、2−アミノ−3−メチルブタノイル、4−アミノ−2,2−ジメチルブタノイル、2−アミノプロパノイル、2−アミノ−4−メチルペンタノイル、4−アミノブタノエートカルボキシメチレン、2−アミノエチルアミノカルボニル、2−アミノプロピルアミノカルボニル、2−アミノプロピルメチルアミノカルボニル、2−アミノプロピルメチルアミノカルボキシメチレン、2−メチルアミノエチルアミノカルボニル、および2−アミノエチルメチルアミノカルボニルからなる群から選択される。なお他の実施形態では、リンカーは、D−2−アミノプロパノイル、L−2−アミノプロパノイル、2−アミノエチルアミノカルボニル、4−アミノペンタノイル、4−アミノブタノエートカルボキシメチレン、2−アミノプロピルメチルアミノカルボニル、および2−アミノエチルメチルアミノカルボニルからなる群から選択される。なお他の実施形態では、認識エレメントは、ペイロードに共有結合される。
特定の実施形態では、認識エレメントは、ペイロードに共有結合される。さらなる実施形態では、ペイロードは、抗腫瘍剤である。なおさらなる実施形態では、抗腫瘍剤は、細胞毒性抗腫瘍剤である。なおさらなる実施形態では、抗腫瘍剤は、7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン(SN−38)、イリノテカン、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、パクリタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ピロロベンゾジアゼピン、10−ヒドロキシカンプトテシン、エキサテカン、シクロパミン、タセジナリン、5−フルオロウラシル、カリチアマイシン、メイタンシノイド、メイタンシン、メトトレキサート、ズオカルマイシン、エルロチニブ、ゲフィチニブ、カペシタビン、ロイコボリン、トリフルリジン、チピラシル、またはCC−1065である。他の実施形態では、抗腫瘍剤は、SN−38、モノメチルオーリスタチンE、または5−フルオロウラシルである。なお他の実施形態では、ペイロードは、抗感染剤である。なお他の実施形態では、抗感染剤は、アミカシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、リファキシミン、ロラカルベフ、エルタペネム、ドリペネム、メロペネム、セファドロキシル、セファゾリン、セファレキシン、セファクロル、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフチブテン、セフトリアクソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、セフトビプロール、バンコマイシン、テイコプラニン、テラバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、クリンダマイシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、アズトレオナム、フラゾリドン、ニトロフラトイン、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンG、ペニシリンV、ピペラシリン、テモシリン、チカルシリン、コリスチン、バシトラシン、ポリミキシンB、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナジフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェナイド、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジアジン銀、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファニルアミド、スルファサラジン、スルフィソキサゾール、トリメトプリン、スルファメトキサゾール、スルホンアミドクリソイジン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、シクロセリン、エタンブトール、エチオンアミド、イソニアジド、ピラジンアミド、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、ストレプトマイシン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン、ダルホプリスチン、チアムフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、テイクソバクチン、マラシジン、フェノール、ヒドロキシナフタレン、キニーネ、ヒドロキシクロロキン、ケトコナゾール、フルコナゾール、またはアムホテリシンBである。
一部の実施形態では、結合体は、インビボで切断して、結合体からペイロードを放出可能である。ある特定の実施形態では、ペイロードは、認識エレメントをペイロードに結合する共有結合のインビボ切断の際に放出可能である。特定の実施形態では、ペイロードは、認識エレメントをペイロードに結びつけるリンカーのインビボでの切断の際に放出可能である。さらなる実施形態では、結合体は、インビボで切断して、結合体から認識エレメントを放出可能である。なおさらなる実施形態では、認識エレメントは、フソバクテリウム門、プロピオニバクテリウム・アクネス(P.acnes)、クラミジア・ニューモニエ(C.pneumoniae)、サルモネラ・エンテリカ・チフィ(S.enterica serovar Typhi)、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス(M.radiotolerans)、クラミジア・トラコマティス(C.trachomatis)、大腸菌(Escherichia coli)(大腸菌(E.coli))、またはクレブシエラ・ニューモニエ(Klebsiella pneumoniae)により(好ましくは、大腸菌もしくはクレブシエラ・ニューモニエ(例えば、clbP)により)産生されるタンパク質により認識可能である。なおさらなる実施形態では、結合体は、フソバクテリウム門、プロピオニバクテリウム・アクネス、クラミジア・ニューモニエ、サルモネラ・エンテリカ・チフィ、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、クラミジア・トラコマティス、大腸菌、またはクレブシエラ・ニューモニエにより(好ましくは、大腸菌もしくはクレブシエラ・ニューモニエ(例えば、clbP)により)産生されるタンパク質によりインビボで切断可能である。
特定の実施形態では、結合体は、以下の構造:
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
のもの、またはその医薬的に許容される塩である。
ある特定の実施形態では、結合体は、以下の構造:
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
のもの、またはその医薬的に許容される塩である。
別の態様では、本発明は、本発明の結合体および医薬的に許容される賦形剤を含む医薬組成物(例えば、経口、直腸、静脈内、腫瘍内、または病巣内投与用に製剤化された医薬組成物)を提供する。
なお別の態様では、本発明は、対象に、治療上有効量の本発明の結合体または本発明の医薬組成物を投与することにより、それを必要とする対象における癌マーカーを調節する方法を提供する。一部の実施形態では、癌マーカーは、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、子宮頸癌、非小細胞肺癌、頭頸部扁平上皮癌、古典的ホジキンリンパ腫、尿路上皮癌、メラノーマ、腎細胞癌、肝細胞癌、メルケル細胞癌、前立腺癌、およびマイクロサテライト不安定性を有する癌腫からなる群から選択される癌または前癌状態についてのものである。ある特定の実施形態では、癌マーカーは、炭水化物抗原19−9および癌胎児性抗原からなる群から選択される結腸直腸癌マーカーである。
特定の実施形態では、対象は、癌に罹患している。
なお別の態様では、本発明は、対象に、治療上有効量の本発明の結合体または本発明の医薬組成物を投与することにより、それを必要とする対象における感染マーカーを調節する方法を提供する。
一部の実施形態では、感染マーカーは、血液、尿もしくは脳脊髄の白血球細胞カウント;赤血球沈降速度;血清の肝トランスアミラーゼレベル;血清の血中アルカリホスファターゼレベル;または無菌の体液の培養物である。ある特定の実施形態では、感染マーカーは、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、および菌血症からなる群から選択される感染についてのものである。
さらなる態様では、本発明は、対象に、治療上有効量の本発明の結合体または本発明の医薬組成物を投与することにより、それを必要とする対象における疾患を処置する方法を提供する。
なおさらなる態様では、本発明は、対象に、治療上有効量の本発明の結合体または本発明の医薬組成物を投与することにより、それを必要とする対象における疾患部位にペイロードをデリバリーする方法を提供する。
なおさらなる態様では、本発明は、対象に、治療上有効量の本発明の結合体または本発明の医薬組成物を投与することを含む、癌、感染、または病変を有する対象のマイクロバイオームを調節する方法を提供する。
なお別の態様において、本発明は、疾患と診断された対象における本発明の結合体を切断する能力があるタンパク質を発現する微生物の存在または量を決定する工程、および対象の評価が、微生物の存在について陽性である場合、対象に、治療上有効量の本発明の結合体または本発明の医薬組成物を投与する工程により、それを必要とする対象における疾患を処置する方法を提供する。
なお別の態様では、本発明は、対象に、治療上有効量の本発明の結合体または本発明の医薬組成物を投与することにより、それを必要とする対象における疾患を処置する方法であって、対象は、結合体を切断する能力があるタンパク質を発現する微生物(例えば、微生物は、細菌(例えば、フソバクテリウム門、プロピオニバクテリウム・アクネス、クラミジア・ニューモニエ、サルモネラ・エンテリカ・チフィ、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、クラミジア・トラコマティス、大腸菌、またはクレブシエラ・ニューモニエ)である)を有する、方法を提供する。好ましくは、細菌は、clbPを発現する(例えば、細菌は、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエである)。
ある特定の実施形態では、決定工程は、PCR、細菌学的培養分析、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、ガス−液体クロマトグラフィー、および/または細菌酵素活性分析を行う工程を含む。一部の実施形態では、決定工程は、投与工程前、中、および/または後に行われる。特定の実施形態では、微生物の存在は、対象由来の試料において決定される。さらなる実施形態では、試料は、糞便試料、体液試料、または生検試料である。
一部の実施形態では、疾患は、癌または前癌状態(例えば、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、子宮頸癌、非小細胞肺癌、頭頸部扁平上皮癌、古典的ホジキンリンパ腫、尿路上皮癌、メラノーマ、腎細胞癌、肝細胞癌、メルケル細胞癌、前立腺癌、もしくはマイクロサテライト不安定性を有する癌腫)である。一部の実施形態では、癌または前癌状態は、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、または子宮頸癌である。
特定の実施形態では、疾患は、感染(例えば、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、または菌血症)である。
ある特定の実施形態では、疾患部位は、腫瘍(例えば、癌性もしくは前癌性組織)または病変である。特定の実施形態では、結合体は、インビボで切断して、ペイロードを疾患部位(例えば、腫瘍または病変)にデリバリー可能である。一部の実施形態では、腫瘍は、結腸直腸癌組織である。特定の実施形態では、結合体は、細菌(例えば、フソバクテリウム門、プロピオニバクテリウム・アクネス、クラミジア・ニューモニエ、サルモネラ・エンテリカ・チフィ、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、クラミジア・トラコマティス、またはクレブシエラ・ニューモニエ)により産生されるタンパク質により、インビボで切断可能である。好ましくは、細菌は、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエである。
さらなる実施形態では、CD4CD25Treg細胞カウント、細胞毒性T細胞カウント、インターフェロンγ(IFNγ)レベル、インターロイキン−17(IL17)レベル、または細胞間接着分子(ICAM)レベルは、結合体またはその医薬的に許容される塩の投与後に調節される。なおさらなる実施形態では、NFκBレベル、マトリックスメタロペプチダーゼ9(MMP9)レベル、8−イソ−プロスタグランジンF2α(8−イソ−PGF2α)レベル、またはCXCL13レベルは、結合体またはその医薬的に許容される塩の投与後に低減される。なおさらなる実施形態では、T1細胞カウント、IgAレベル、または誘導型一酸化窒素合成酵素(iNOS)レベルは、結合体またはその医薬的に許容される塩の投与後に調節される。
他の実施形態では、本明細書において記載される方法は、微生物の存在または量を決定する工程をさらに含み、微生物は、アミド、エステル、チオエステル、もしくはグリコシド結合、またはカルバメートもしくは尿素リンカーを切断する能力がある。
一部の実施形態では、結合体は、結合体および医薬的に許容される賦形剤を含む医薬組成物として投与される。ある特定の実施形態では、結合体は、経口、直腸、静脈内、腫瘍内、または病巣内投与される。
本発明はまた、以下の列挙される項目により部分的に記載される。
1.ペイロードに共有結合した、またはペイロードにリンカーを介して結合した認識エレメントを含み、ペイロードは医薬剤である、結合体、またはその医薬的に許容される塩。
2.ペイロードが抗腫瘍剤である、項1に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
3.抗腫瘍剤が、7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン(SN−38)、イリノテカン、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、パクリタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ピロロベンゾジアゼピン、10−ヒドロキシカンプトテシン、エキサテカン、シクロパミン、タセジナリン、5’−デオキシ−5−フルオロウリジン、5−フルオロウラシル、カリチアマイシン、メイタンシノイド、メイタンシン、メトトレキサート、ズオカルマイシン、エルロチニブ、ゲフィチニブ、カペシタビン、ロイコボリン、トリフルリジン、チピラシル、またはCC−1065である、項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
4.抗腫瘍剤が、SN−38、モノメチルオーリスタチンE、カペシタビン、5’−デオキシ−5−フルオロウリジン、または5−フルオロウラシルである、項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
5.抗腫瘍剤が、SN−38、モノメチルオーリスタチンE、または5−フルオロウラシルである、項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
6.抗腫瘍剤が、SN−38である、項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
7.抗腫瘍剤が、モノメチルオーリスタチンEである、項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
8.抗腫瘍剤が、5−フルオロウラシルである、項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
9.抗腫瘍剤が、5’−デオキシ−5−フルオロウリジンである、項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
10.抗腫瘍剤が、カペシタビンである、項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
11.ペイロードが、抗感染剤である、項1に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
12.抗感染剤が、アミカシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、リファキシミン、ロラカルベフ、エルタペネム、ドリペネム、メロペネム、セファドロキシル、セファゾリン、セファレキシン、セファクロル、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフチブテン、セフトリアクソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、セフトビプロール、バンコマイシン、テイコプラニン、テラバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、クリンダマイシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、アズトレオナム、フラゾリドン、ニトロフラトイン、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンG、ペニシリンV、ピペラシリン、テモシリン、チカルシリン、コリスチン、バシトラシン、ポリミキシンB、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナジフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェナイド、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジアジン銀、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファニルアミド、スルファサラジン、スルフィソキサゾール、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、スルホンアミドクリソイジン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、シクロセリン、エタンブトール、エチオンアミド、イソニアジド、ピラジンアミド、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、ストレプトマイシン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン、ダルホプリスチン、チアムフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、テイクソバクチン、マラシジン、フェノール、ヒドロキシナフタレン、キニーネ、ヒドロキシクロロキン、ケトコナゾール、フルコナゾール、またはアムホテリシンBである、項11に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
12.ペイロードに共有結合された、またはペイロードにリンカーを介して結合される認識エレメントを含み、ペイロードは診断剤である、結合体、またはその医薬的に許容される塩。
13.認識エレメントが、微生物またはそれにより産生されるタンパク質により認識可能である、項1〜12のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
14.認識エレメントが、式R−L−(式中、
が、任意で置換されるC1−22アルカノイル、任意で置換されるC2−22アルケノイル、任意で置換されるC2−22アルキノイル、任意で置換されるC6−12アロイル、任意で置換されるC1−22アルコキシカルボニル、任意で置換されるC1−22アルキルアミノカルボニル、任意で置換されるC1−22アルキルウレイド、−N(Rで任意で置換される脂肪酸アシル、メトキシポリエチレングリコール酢酸アシル、メトキシポリエチレングリコールプロピオン酸アシル、アミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチド、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド、任意で置換されるアルキル、または任意で置換されるアリールアルキルであり;
Lは、アミノ酸残基、−O−CO−L−、−NH−CO−L−、または−SO−L−であり、各Rは、独立してC1−6アルキルであり、Lは、アミノ酸残基である)の基である、項1〜13の任意の1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
15.Rが、任意で置換されるC1−14アルカノイル、任意で置換されるベンゾイル、任意で置換されるC1−14アルコキシカルボニル、または任意で置換されるC1−14アルキルアミノカルボニルである、項14に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
16.Rは、任意で置換されるプロパノイル、任意で置換されるベンゾイル、任意で置換されるフェニルプロピオニル、任意で置換されるナフチルプロピオニル、任意で置換されるジヒドロキノリンカルボニル、ブタノイル、ヘキサノイル、オクタノイル、ドデカノイル、テトラデカノイル、ヘキシルオキシカルボニル、オクチルオキシカルボニル、ドデシルオキシカルボニル、ヘキシルウレイド、オクチルウレイド、およびドデシルオキシウレイドからなる群から選択される、項14に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
17.各任意の置換基は、独立してヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、C1−6アルキル、ならびにハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、C1−6アルキル、5員のヘテロ環、および6員のヘテロ環からなる群から独立して選択される1〜5個の基で任意で置換されるフェニルである、項14〜16のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
18.各任意の置換基は、ヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、C1−6アルキル、ならびにヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、およびC1−6アルキルからなる群から独立して選択される1、2、3、4、または5個の基で任意で置換されるフェニルからなる群から独立して選択される、項17に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
19.Rは、−N(Rで任意で置換される脂肪酸アシル、メトキシポリエチレングリコール酢酸アシル、メトキシポリエチレングリコールプロピオン酸アシル、アミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチド、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド、任意で置換されるアルキル、または任意で置換されるアリールアルキルである、項14に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
20.Lが、アミノ酸残基である、項14〜19のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
21.Lが、Rにそのα−アミノ基を介して結合したアミノ酸残基である、項14〜20のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
22.Rが、フェニルで任意で置換されるC1−14脂肪酸である、項14〜21のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
23.Lが、D−アミノ酸残基である、項14〜22のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
24.Lが、D−アスパラギン、D−アルギニン、D−グルタミン、D−アスパラギン酸、D−ヒスチジン、またはD−グルタミン酸である、項23に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
25.Lが、任意で置換されるD−アスパラギン、任意で置換されるD−アルギニン、任意で置換されるD−グルタミン、任意で置換されるD−アスパラギン酸、または任意で置換されるD−グルタミン酸である、項23に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。一部の実施形態では、Lは、任意で置換されるD−アスパラギン、任意で置換されるD−アルギニン、任意で置換されるD−グルタミン、任意で置換されるD−アスパラギン酸、任意で置換されるD−ヒスチジン、または任意で置換されるD−グルタミン酸である。
26.Lが、D−アスパラギンである、項23に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
27.認識エレメントが、3−(2−メトキシエトキシ)プロパノイル−D−アスパラギニル、2−(4−イソブチルフェニル)プロパノイル−D−アスパラギニル、6−メトキシナフタレン−2−イル)プロパノイル−D−アスパラギニル、(1−シクロプロピル−6−フルオロ−4−オキソ−7−(ピペラジン−1−イル)−1,4−ジヒドロキノリン−3−カルボニル、ヘキシルオキシカルボニル−D−アスパラギニル、ドデシルオキシカルボニル−D−アスパラギニル、ヘキシルカルバモイル−D−アスパラギニル、ドデシルカルバモイル−D−アスパラギニル、ブタノイル−D−アスパラギニル、ヘキサノイル−D−アスパラギニル、オクタノイル−D−アスパラギニル、ドデカノイル−D−アスパラギニル、テトラデカノイル−D−アスパラギニル、ベンゾイル−D−アスパラギニル、2−ヒドロキシベンゾイル−D−アスパラギニル、5−アミノ−2−ヒドロキシベンゾイル−D−アスパラギニル、2−フェニルアセチル−D−アスパラギニル、ブタノイル−D−アルギニニル、ヘキサノイル−D−アルギニニル、オクタノイル−D−アルギニニル、ドデカノイル−D−アルギニニル、テトラデカノイル−D−アルギニニル、ブタノイル−D−アスパルチル、ヘキサノイル−D−アスパルチル、オクタノイル−D−アスパルチル、ドデカノイル−D−アスパルチル、テトラデカノイル−D−アスパルチル、ブタノイル−D−グルタミニル、ヘキサノイル−D−グルタミニル、オクタノイル−D−グルタミニル、ドデカノイル−D−グルタミニル、テトラデカノイル−D−グルタミニル、ブタノイル−D−グルタミル、ヘキサノイル−D−グルタミル、オクタノイル−D−グルタミル、ドデカノイル−D−グルタミル、テトラデカノイル−D−グルタミル、ブタノイル−D−ヒスチジニル、ヘキサノイル−D−ヒスチジニル、オクタノイル−D−ヒスチジニル、ドデカノイル−D−ヒスチジニル、およびテトラデカノイル−D−ヒスチジニルからなる群から選択される、項1〜13のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
28.認識エレメントが、テトラデカノイル−D−アスパラギニルでない、項1〜27のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
29.認識エレメントが、アミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチド、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、またはD−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミドである、項1〜14のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
30.認識エレメントが、リンカーを介してペイロードに共有結合される、項1〜29のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
31.リンカーが、エステル結合、アミド結合、チオエステル結合、グリコシド結合、カルボネートリンカー、カルバメートリンカー、または尿素リンカーを介してペイロードに共有結合される、項1〜30のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
32.リンカーが、エステル結合、アミド結合、チオエステル結合、グリコシド結合、カルバメートリンカー、または尿素リンカーを介してペイロードに共有結合される、項31に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
33.リンカーが、トレースレスリンカーである、項1〜32のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
34.リンカーが、式R−(CO)−NR−L−(C(R−L−(R
(式中、nおよびmの各々が、独立して0または1であり、kが、1、2、または3であり、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rが、ペイロードへの結合であり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、任意で置換されるスチレン−ジイル、任意で置換されるC1−3炭化水素鎖、または−L−NR−CO−O−L−(式中、Lが、任意で置換されるC2−6アルキレンであり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるスチレン−ジイルである)であり、Lは、(Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R、−S−R、−OCO−R、−N(R(R3−qを形成する)、または
Figure 2021535092
(式中、Rが、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキル、qは、1、2、または3であり、各Rが、独立してHまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、各Rが、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRが、各Rが結合している原子と結合して、シクロアルキレンを形成し、Rが、HまたはC1−6アルキルである)のものである、項30〜33のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
35.リンカーが、式R−(CO)−NH−L−(C(R−L−(R
(式中、nおよびmの各々が、独立して0または1であり、kが、1、2、または3であり、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rが、ペイロードへの結合であり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、任意で置換されるスチレン−ジイル、任意で置換されるC1−3炭化水素鎖、または−L−NR−CO−O−L−(式中、Lが、任意で置換されるC2−6アルキレンであり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるスチレン−ジイルである)であり、Lは、(Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R、−S−R、−OCO−R、−N(R(R3−qを形成する)、または
Figure 2021535092
(式中、Rが、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、qが、1、2、または3であり、各Rが、独立してHまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり
各Rが、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRが、各Rが結合している原子と結合して、シクロアルキレンを形成する)のものである、項30〜33のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
36.リンカーが、式R−NR−L−(C(R−L−R
(式中、Rが、認識エレメントへの結合であり、Rが、ペイロードへの結合であり、Lが、1,4−フェニレン、または任意で置換されるC1−3アルキレンであり、Lが、Rと結合して、−NR−CO−R(式中、Rが、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルである)、−(CO)−R、または−COO−Rを形成し、mが、0または1であり、各Rが、独立してHまたはC1−6アルキルであり、Rが、HまたはC1−6アルキルである)のものである、項30〜33のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
37.リンカーが、式R−NH−L−(C(R)−L−R
(式中、Rが、認識エレメントへの結合であり、Rが、ペイロードへの結合であり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるC1−3炭化水素鎖であり、Lが、Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R、−S−R、−OCO−R、−N(R(R3−qを形成する)、または
Figure 2021535092
(式中、Rが、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、qが、1、2、または3であり、各Rが、独立してHまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、各Rが、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRが、各々が結合している原子と結合して、シクロアルキレンを形成する)のものである、項30〜33のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
38.リンカーが、2−アミノベンジル、4−アミノベンジル、4−アミノブタノイル、4−アミノペンタノイル、2−アミノ−3−メチルブタノイル、4−アミノ−2,2−ジメチルブタノイル、2−アミノプロパノイル、2−アミノ−4−メチルペンタノイル、4−アミノブタノエートカルボキシメチレン、2−アミノエチルアミノカルボニル、2−アミノプロピルアミノカルボニル、2−アミノプロピルメチルアミノカルボニル、2−アミノプロピルメチルアミノカルボキシメチレン、2−メチルアミノエチルアミノカルボニル、および2−アミノエチルメチルアミノカルボニルからなる群から選択される、項30〜33のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
39.リンカーが、D−2−アミノプロパノイル、L−2−アミノプロパノイル、2−アミノエチルアミノカルボニル、4−アミノペンタノイル、4−アミノブタノエートカルボキシメチレン、2−アミノプロピルメチルアミノカルボニル、および2−アミノエチルメチルアミノカルボニルからなる群から選択される、項30〜33のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
40.認識エレメントが、ペイロードに共有結合される、項1〜29のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
41.結合体が、インビボで切断して、ペイロードを結合体から放出可能である、項1〜40のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
42.ペイロードが、認識エレメントをペイロードに結合する共有結合のインビボでの切断の際に放出可能である、項38に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
43.ペイロードが、認識エレメントをペイロードに結びつけるリンカーのインビボでの切断の際に放出可能である、項38に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
44.結合体が、インビボで切断して、結合体から認識エレメントを放出可能である、項38〜40のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
45.認識エレメントが、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエにより産生される酵素により認識可能である、項1〜41のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
46.結合体が、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエにより産生される酵素によりインビボで切断可能である、項42に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
47.以下の構造:
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
48.以下の構造:
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
49.項1〜11および13〜48のいずれか1項に記載の結合体ならびに医薬的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
50.それを必要とする対象における癌マーカーを調節する方法であって、対象に、治療上有効量の項1〜11および13〜48のいずれか1項に記載の結合体または49に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
51.癌マーカーが、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、子宮頸癌、非小細胞肺癌、頭頸部扁平上皮癌、古典的ホジキンリンパ腫、尿路上皮癌、メラノーマ、腎細胞癌、肝細胞癌、メルケル細胞癌、前立腺癌、およびマイクロサテライト不安定性を有する癌腫からなる群から選択される癌または前癌状態についてのものである、項50に記載の方法。
52.癌マーカーが、炭水化物抗原19−9および癌胎児性抗原からなる群から選択される結腸直腸癌マーカーである、項50に記載の方法。
53.対象が、癌に罹患している、項50〜52のいずれか1項に記載の方法。
54.それを必要とする対象における感染マーカーを調節する方法であって、対象に、治療上有効量の項1〜11および13〜48のいずれか1項に記載の結合体または項49に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
55.感染マーカーが、血液、尿もしくは脳脊髄の白血球細胞カウント;赤血球沈降速度;血清の肝トランスアミラーゼレベル;血清の血中アルカリホスファターゼレベル;または無菌の体液の培養物である、項54に記載の方法。
56.感染マーカーが、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、および菌血症からなる群から選択される感染についてのものである、項54または55に記載の方法。
57.それを必要とする対象における疾患を治療する方法であって、対象に、治療上有効量の項1〜11および13〜48のいずれか1項に記載の結合体または項49に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
58.疾患が、癌または前癌状態である、項57に記載の方法。
59.癌または前癌状態が、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、子宮頸癌、非小細胞肺癌、頭頸部扁平上皮癌、古典的ホジキンリンパ腫、尿路上皮癌、メラノーマ、腎細胞癌、肝細胞癌、メルケル細胞癌、前立腺癌、またはマイクロサテライト不安定性を有する癌腫である、項58に記載の方法。
60.癌または前癌状態が、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、または子宮頸癌である、項59に記載の方法。
61.疾患が、感染である、項57に記載の方法。
62.感染が、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、または菌血症である、項61に記載の方法。
63.それを必要とする対象における疾患部位にペイロードをデリバリーする方法であって、対象に、治療上有効量の項1〜48のいずれか1項に記載の結合体または項49に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
64.疾患部位に微生物が集合する、項63に記載の方法。
65.微生物が、細菌である、項64に記載の方法。
66.微生物が、ClbPを発現する、項64または65に記載の方法。
67.疾患部位に、大腸菌、プロピオニバクテリウム・アクネス、クラミジア・ニューモニエ、サルモネラ・エンテリカ・チフィ、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、クラミジア・トラコマティス、またはクレブシエラ・ニューモニエが集合する、項64〜66のいずれか1項に記載の方法。
68.結合体が、インビボで切断されて、ペイロードを疾患部位にデリバリー可能である、項63〜67のいずれか1項に記載の方法。
69.癌、感染、または病変を有する対象のマイクロバイオームを調節する方法であって、対象に、治療上有効量の項1〜11および13〜48のいずれか1項に記載の結合体または項49の医薬組成物を投与することを含む、方法。
70.結合体が、微生物により産生されるタンパク質によりインビボで切断可能である、項68〜69のいずれか1項に記載の方法。
71.結合体が、細菌により産生されるタンパク質によりインビボで切断可能である、項70に記載の方法。
72.細菌が、大腸菌、プロピオニバクテリウム・アクネス、クラミジア・ニューモニエ、サルモネラ・エンテリカ・チフィ、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、クラミジア・トラコマティス、またはクレブシエラ・ニューモニエである、項71に記載の方法。
73.細菌が、ClbPを発現する、項71または72に記載の方法。
74.細菌が、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエである、項71〜73のいずれか1項に記載の方法。
75.CD4CD25Treg細胞カウント、細胞毒性T細胞カウント、インターフェロンγ(IFNγ)レベル、インターロイキン−17(IL17)レベル、または細胞間接着分子(ICAM)レベルが、結合体またはその医薬的に許容される塩の投与後に調節される、項50〜74のいずれか1項に記載の方法。
76.NFκBレベル、マトリックスメタロペプチダーゼ9(MMP9)レベル、8−イソ−プロスタグランジンF2α(8−イソ−PGF2α)レベル、またはCXCL13レベルが、結合体またはその医薬的に許容される塩の投与後に低減される、項50〜75のいずれか1項に記載の方法。
77.T1細胞カウント、IgAレベル、または誘導型一酸化窒素合成酵素(iNOS)レベルが、結合体またはその医薬的に許容される塩の投与後に調節される、項50〜76のいずれか1項に記載の方法。
78.微生物の存在または量を決定することをさらに含み、微生物が、アミド、エステル、チオエステル、もしくはグリコシド結合、またはカルバメートもしくは尿素リンカーを切断する能力がある、項50〜77のいずれか1項に記載の方法。
79.それを必要とする対象における疾患を治療する方法であって、
疾患と診断された対象における項1〜48のいずれか1項に記載の結合体を切断する能力があるタンパク質を発現する微生物の存在または量を決定すること、および
対象の評価が微生物の存在について陽性である場合、対象に、治療上有効量の項1〜48のいずれか1項に記載の結合体または項49に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
80.決定工程は、PCR、細菌学的培養分析、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、ガス−液体クロマトグラフィー、および/または細菌酵素活性分析を行うことを含む、項78または79に記載の方法。
81.決定工程が、投与工程前、中、および/または後に行われる、項78〜80のいずれか1項に記載の方法。
82.微生物の存在が、対象由来の試料において決定される、項78〜81のいずれか1項に記載の方法。
83.試料が、糞便試料、体液試料、または生検試料である、項82に記載の方法。
84.微生物が、細菌である、項78〜83のいずれか1項に記載の方法。
85.細菌が、大腸菌、プロピオニバクテリウム・アクネス、クラミジア・ニューモニエ、サルモネラ・エンテリカ・チフィ、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、クラミジア・トラコマティス、またはクレブシエラ・ニューモニエである、項84に記載の方法。
86.細菌が、ClbPを発現する、項84または85に記載の方法。
87.細菌が、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエである、項84〜86のいずれか1項に記載の方法。
88.結合体が、結合体および医薬的に許容される賦形剤を含む医薬組成物として投与される、項50〜87のいずれか1項に記載の方法。
89.結合体が、経口、直腸、静脈内、腫瘍内、または病巣内投与される、項50〜88のいずれか1項に記載の方法。
定義
本明細書において使用される場合、「アシル」という用語は、式−C(O)−Rの化学置換基を表し、式中、Rは、アルキル、アルケニル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、またはヘテロアリールアルキルである。任意で置換されるアシルは、各R基に関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアシルである。アシルの非限定的な例としては、脂肪酸アシル(例えば、短鎖脂肪酸アシル(例えば、アセチル))、およびベンゾイルが挙げられる。
本明細書において使用される場合、「アシルオキシ」という用語は、式−ORの化学置換基を表し、式中、Rはアシルである。任意で置換されるアシルオキシは、アシルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアシルオキシである。
本明細書において使用される場合、「アルコール酸素原子」という用語は、spがハイブリダイズした炭素原子に結合した少なくとも一つの価数を有する2価の酸素原子を指す。
本明細書において使用される場合、「アルケノイル」という用語は、式−C(O)−Rの化学置換基を表し、式中、Rはアルケニルである。任意で置換されるアルケノイルは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアルケノイルである。
本明細書において使用される場合、「アルカノイル」という用語は、式−C(O)−Rの化学置換基を表し、式中、Rはアルキルである。任意で置換されるアルカノイルは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアルカノイルである。
本明細書において使用される場合、「アルキノイル」という用語は、式−C(O)−Rの化学置換基を表し、式中、Rはアルキニルである。任意で置換されるアルキノイルは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアルキノイルである。
本明細書において使用される場合、「アルコキシ」という用語は、式−ORの化学置換基を表し、式中、Rは、別段の特定が無い限り、C1−6アルキル基である。任意で置換されるアルコキシは、アルキルに関して本明細書に規定されるように任意で置換されるアルコキシ基である。
本明細書において使用される場合、「アルケニル」という用語は、1、2、または3個の炭素−炭素二重結合を含有する非環式一価の直鎖または分枝鎖の炭化水素基を表す。アルケニルは、非置換であるとき、別段の特定が無い限り、2〜22個の炭素を有する。ある好ましい実施形態では、アルケニルは、非置換であるとき、2〜12個の炭素原子(例えば、1〜8個の炭素)を有する。アルケニル基の非限定的な例としては、エテニル、プロパ−1−エニル、プロパ−2−エニル、1−メチルエテニル、ブタ−1−エニル、ブタ−2−エニル、ブタ−3−エニル、1−メチルプロパ−1−エニル、2−メチルプロパ−1−エニル、および1−メチルプロパ−2−エニルが挙げられる。アルケニル基は、アルキルについて本明細書に定義されるように任意で置換され得る。
「アルケニレン」という用語は、本明細書で使用される場合、一つの水素が除去され、それによりこの基が二価となっている直鎖または分岐鎖アルケニル基を指す。アルケニレン基の非限定的な例としては、エテン−1,1−ジイル、エテン−1,2−ジイル、プロパ−1−エン−1,1−ジイル、プロパ−2−エン−1,1−ジイル、プロパ−1−エン−1,2−ジイル、プロパ−1−エン−1,3−ジイル、プロパ−2−エン−1,1−ジイル、プロパ−2−エン−1,2−ジイル、ブタ−1−エン−1,1−ジイル、ブタ−1−エン−1,2−ジイル、ブタ−1−エン−1,3−ジイル、ブタ−1−エン−1,4−ジイル、ブタ−2−エン−1,1−ジイル、ブタ−2−エン−1,2−ジイル、ブタ−2−エン−1,3−ジイル、ブタ−2−エン−1,4−ジイル、ブタ−2−エン−2,3−ジイル、ブタ−3−エン−1,1−ジイル、ブタ−3−エン−1,2−ジイル、ブタ−3−エン−1,3−ジイル、ブタ−3−エン−2,3−ジイル、ブタ−1,2−ジエン−1,1−ジイル、ブタ−1,2−ジエン−1,3−ジイル、ブタ−1,2−ジエン−1,4−ジイル、ブタ−1,3−ジエン−1,1−ジイル、ブタ−1,3−ジエン−1,2−ジイル、ブタ−1,3−ジエン−1,3−ジイル、ブタ−1,3−ジエン−1,4−ジイル、ブタ−1,3−ジエン−2,3−ジイル、ブタ−2,3−ジエン−1,1−ジイル、およびブタ−2,3−ジエン−1,2−ジイルが挙げられる。任意で置換されるアルケニレンは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアルケニレンである。
本明細書において使用される場合、「アルコキシカルボニル」は、式−C(O)ORの化学置換基を表し、式中、Rは、別段の特定が無い限り、C1−6アルキル基である。任意で置換されるアルコキシカルボニルは、アルキルに関して本明細書に規定されるように任意で置換されるアルコキシカルボニル基である。
「アルキル」という用語は、本明細書で使用される場合、非置換であるとき、別段の特定が無い限り、1〜22個の炭素(例えば、1〜20個の炭素)を有する、非環式の直鎖または分枝鎖の飽和炭化水素基を指す。ある好ましい実施形態では、アルキルは、非置換であるとき、1〜12個の炭素(例えば、1〜8個の炭素)を有する。アルキル基は、メチル;エチル;n−およびiso−プロピル;n−、sec−、iso−およびtert−ブチル;ネオペンチルなどにより例示され、価数が許容する限り、1、2、3個の置換基、または炭素数が2個以上のアルキル基の場合には四つ以上の置換基で任意で置換されてもよく、当該置換基は独立して、アルコキシ;アシルオキシ;アルキルスルフェニル;アルキルスルフィニル;アルキルスルホニル;アミノ;アリール;アリールオキシ;アジド;シクロアルキル;シクロアルコキシ;ハロ;ヘテロシクリル;ヘテロアリール;ヘテロシクリルアルキル;ヘテロアリールアルキル;ヘテロシクリルオキシ;ヘテロアリールオキシ;ヒドロキシ;ニトロ;チオアルキル;チオアルケニル;チオアリール;チオール;シリル;シアノ;=O;=S;および=NR’からなる群から選択され、式中、R’は、H、アルキル、アリール、またはヘテロシクリルである。各置換基は、それ自体が非置換であってもよく、または価数が許容する限り、それぞれの各基に対して本明細書において定義される非置換の置換基で置換されてもよい。
本明細書において使用される場合、「アルキルアミノカルボニル」という用語は、式−CORの化学置換基を表し、式中、Rは、アミノである。任意で置換されるアルキルアミノカルボニルは、アルキルに関して本明細書に規定されるように任意で置換されるアルキルアミノカルボニルである。
「アルキレン」という用語は、本明細書で使用される場合、直鎖または分枝鎖の飽和炭化水素である飽和二価炭化水素基を指し、当該基において、二つの価数が、二つの水素原子に代わる。アルキレン基の非限定的な例としては、メチレン、エタン−1,2−ジイル、エタン−1,1−ジイル、プロパン−1,3−ジイル、プロパン−1,2−ジイル、プロパン−1,1−ジイル、プロパン−2,2−ジイル、ブタン−1,4−ジイル、ブタン−1,3−ジイル、ブタン−1,2−ジイル、ブタン−1,1−ジイル、およびブタン−2,2−ジイル、ブタン−2,3−ジイルが挙げられる。任意で置換されるアルキレンは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアルキレンである。
本明細書において使用される場合、「アルキルスルフェニル」という用語は、式−S−(アルキル)の基を表す。任意で置換されるアルキルスルフェニルは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアルキルスルフェニルである。
本明細書において使用される場合、「アルキルスルフィニル」という用語は、式−S(O)−(アルキル)の基を表す。任意で置換されるアルキルスルフィニルは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアルキルスルフィニルである。
本明細書において使用される場合、「アルキルスルホニル」という用語は、式−S(O)−(アルキル)の基を表す。任意で置換されるアルキルスルホニルは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアルキルスルホニルである。
本明細書において使用される場合、「アルキルウレイド」という用語は、式−NRN1−CO−NRN2N3式中の基を表し、RN1、RN2、およびRN3の各々は、独立してHまたはアルキルであり、ただし、RN1、RN2、およびRN3の少なくとも1個は、アルキルである。非限定的な例としては、モノメチルウレイド、モノエチルウレイド、ジメチルウレイド、ジエチルウレイド、N−メチル−N−エチルウレイド、ヘキシルウレイド、オクチルウレイド、およびドデシルウレイドが挙げられる。好ましくは、アルキルウレイドは、式−NH−CO−NRN2N3の基である。任意で置換されるアルキルウレイドは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアルキルウレイドである。
本明細書において使用される場合、「アミド結合」という用語は、カルボニル基の窒素原子と炭素原子の間の共有結合を指す。
本明細書において使用される場合、「アミノ」という用語は、別段の特定が無い限り、式−NRN1N2の基を表し、RN1およびRN2の各々は、独立してHまたはアルキルである。
本明細書において使用される場合、「アミノ酸」という用語は、プロリン、タウリン、または任意で置換されるアルキレンもしくは任意で置換されるアリーレンにより分離されるアミノ基とカルボン酸基またはスルホン酸基を有する化合物を表す。アミノ酸は低分子であり、900g/mol未満の分子量(好ましくは、500g/mol未満)を有する。リンカーがアルキレンであるとき、当該リンカーは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換され得る。一部の実施形態では、任意で置換されるアルキレンは、独立してヒドロキシル、チオール、アミノ、グアニジン、カルバモイルアミノ、イミダゾリル、インドリル、−SeH、オキソ、4−ヒドロキシフェニル、フェニル、または‐SMeである1個または2個の基で置換されるアルキレンである。アミノ酸の非限定的な例としては、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セレノシステイン、セリン、スレオニン、チロシン、トリプトファン、オルニチン、シトルリン、アミノ安息香酸、およびタウリンが挙げられる。任意で置換されるアスパラギン、アルギニン、グルタミン、アスパラギン酸、およびグルタミン酸は、アルキルで任意で置換される側鎖酸素または窒素原子を有するアスパラギン、アルギニン、グルタミン、アスパラギン酸、およびグルタミン酸である。
本明細書で使用される場合、「アンモニウム窒素原子」という用語は、四級アンモニウム塩中の四級置換窒素原子を指す。
本明細書において使用される場合、「非タンパク質性」という用語は、ペプチド結合により相互接続された三つ以上のアミノ酸をその構造内に欠く化学置換基を指す。
本明細書において使用される場合、「アロイル」という用語は、式−C(O)−Rの化学置換基を表し、Rは、アリールである。任意で置換されるアロイルは、アリールに関して本明細書において記載されるように任意で置換されるアロイルである。
本明細書において使用される場合、「アリール」という用語は、一つまたは二つの芳香族環を有する単環式、二環式、または多環式の炭素環系を表す。アリール基は、6〜10個の炭素原子を含み得る。非置換の炭素環式アリール基内のすべての原子は、炭素原子である。炭素環式アリール基の非限定的な例としては、フェニル、ナフチル、1,2−ジヒドロナフチル、1,2,3,4−テトラヒドロナフチル、フルオレニル、インダニル、インデニルなどが挙げられる。アリール基は、非置換であってもよく、または1、2、3、4、もしくは5個の置換基で置換されてもよく、当該置換基は独立して、アルキル、アルケニル、アルコキシ、アシルオキシ、アミノ、アリール、アリールオキシ、アジド、シクロアルキル、シクロアルコキシ、ハロ、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロシクリルオキシ、ヘテロアリールオキシ、ヒドロキシ、ニトロ、チオアルキル、チオアルケニル、チオアリール、チオール、シリル、およびシアノからなる群から選択される。各置換基は、それ自体が非置換であってもよく、またはそれぞれの各基に対して本明細書において定義される非置換の置換基で置換されてもよい。
本明細書で使用される場合、「アリーレン」という用語は、1個の水素原子が価数で置き換えられるアリール基を表す。任意で置換されるアリーレンは、アリールに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアリーレンである。一部の実施形態では、アリーレンは、フェニレン(例えば、1,2−フェニレンまたは1,4−フェニレン)である。
本明細書において使用される場合、「アリールアルキル」という用語は、アリール基で置換されたアルキル基を表す。任意で置換されるアリールアルキルは、アリール部分とアルキル部分は、本明細書に記載される個々の基のように任意で置換されるアリールアルキルである。
本明細書において使用される場合、「アリールオキシ」という用語は、−OR基を表し、式中、Rは、アリールである。アリールオキシは、任意で置換されるアリールオキシであってもよい。任意で置換されるアリールオキシは、アリールに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるアリールオキシである。
本明細書において使用される場合、「カルボン酸塩」という用語は、−COOH基またはその塩を表す。
本明細書において使用される場合、「カルボキシレート酸素原子」という用語は、カルボニル基の炭素原子に結合した少なくとも一つの価数を有する2価の酸素原子を指す。
「癌」という用語は、本明細書で使用される場合、対象における異常細胞の制御不能な分裂を特徴とする増殖性疾患群を指す。癌の非限定的な例としては、非小細胞肺癌、頭頸部の扁平上皮細胞癌、古典的ホジキンリンパ腫、尿路上皮癌、メラノーマ、腎細胞癌、肝細胞癌、メルケル細胞癌、前立腺癌、マイクロサテライト不安定性を伴う癌、結腸直腸癌、小腸癌、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、副腎皮質癌、カポジ肉腫、原発性CNSリンパ腫、肛門癌、星状細胞腫、グリア芽腫、膀胱癌、ユーイング肉腫、骨肉腫、非ホジキンリンパ腫、乳癌、脳腫瘍、子宮頸癌、胆管癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、胆嚢癌、消化管間質腫瘍、卵巣癌、精巣癌、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、膵癌、副甲状腺癌、前立腺癌、直腸癌、およびウィルムス腫瘍が挙げられる。
本明細書において使用される場合、「癌マーカー」という用語は、癌(例えば、結腸直腸癌、非小細胞肺癌、頭頸部扁平上皮癌、古典的ホジキンリンパ腫、尿路上皮癌、メラノーマ、腎細胞癌、肝細胞癌、メルケル細胞癌、前立腺癌もしくはマイクロサテライト不安定性を有する癌腫)または前癌状態の存在、不存在、またはリスクの観察可能な指標である。癌マーカーのレベルは、癌の進行と直接または反比例で相関し得る。癌の進行と反比例で相関する癌マーカーは、「逆の癌マーカー」である。癌マーカーの非限定的な例は、CD4CD25Treg細胞(例えば、CD4CD25Foxp3+Treg細胞)の数、細胞傷害性T細胞数、T1細胞数、NFκBレベル、誘導型一酸化窒素合成酵素(iNOS)レベル、マトリクスメタロペプチダーゼ9(MMP9)レベル、インターフェロンγ(IFNγ)レベル、インターロイキン−17(IL17)レベル、細胞間接着分子(ICAM)レベル、CXCL13レベル、および8−イソ−プロスタグランジンF2α(8−イソ−PGF2α)レベルである。癌マーカーは、当分野で公知の方法を使用して測定され得る。例えば、血液試料分析を実施して、CD4CD25Treg細胞(例えば、CD4CD25Foxp3+Treg細胞)の数、細胞傷害性T細胞数、T1レベル、NFκBレベル、誘導型一酸化窒素合成酵素(iNOS)レベル、マトリクスメタロペプチダーゼ9(MMP9)レベル、インターフェロンγ(IFNγ)レベル、インターロイキン−17(IL17)レベル、細胞間接着分子(ICAM)レベル、CXCL13レベル、および8−イソ−プロスタグランジンF2α(8−イソ−PGF2α)レベルを測定してもよい。癌マーカーのさらなる非限定的な例としては、ポジトロン放出断層撮影上の腫瘍の存在およびフルデオキシグルコースシグナルの取り込み強度のためのコンピュータ断層撮影または磁気共鳴画像が挙げられる。特定の癌タイプに関連する癌マーカーのさらなる非限定的な例としては、それぞれ、乳癌についてのホルモン受容体、ヒト上皮成長因子受容体2(HER−2)、Ki67抗原、腫瘍タンパク質p53およびケモカイン受容体タイプ4(CXCR4);子宮頸癌についてのヒトパピローマウイルスDNA(HPV DNA)、扁平上皮癌抗原、サイトケラチンの血清フラグメント(CYFRA)、癌胎児性抗原(CEA)および可溶性CD44;胆嚢癌についての癌抗原(CA)単独または癌抗原(CA)の242、199、125、15−3、CEAとの組み合わせ;肺癌についてのCYFRA19、扁平上皮癌抗原、CEA、CA125、組織ポリペプチド特異的抗原;ならびに前立腺癌についての前立腺特異的抗原、ヒトカリクレイン2(hK2)、トランスフォーミング成長因子ベータ−1、インターロイキン−6、脂肪酸合成酵素(FAS)、早期前立腺癌抗原(EPCA)、および前立腺癌抗原−3(PCA−3)が挙げられる。癌マーカーは、疑われる腫瘍部位の生検により外科的に、内視鏡的に、または経胸腔、経直腸もしくは腟頸管検査手段を介して、または画像化ガイダンスの有無を問わず決定されてもよい。癌マーカーはまた、血液、血漿、血清、尿、脳脊髄液、糞便または他の体液中で決定されてもよい。
本明細書で使用される場合、「カルバメートリンカー」という用語は、基R−(CO)−Rを指し、式中、Rは、酸素原子への結合であり、Rは、窒素原子への結合である。
「カーボネートリンカー」という用語は、本明細書で使用される場合、基R−C(O)−Rを指し、式中、Rは、第一の酸素原子への結合であり、Rは、第二の酸素原子への結合である。
「カルボニル」という用語は、本明細書で使用される場合、式−C(O)−の二価の基を指す。
本明細書において使用される場合、「シンナモイル」という用語は、式トランスAr−CH=CH−CO−の一価基を指し、式中、Arは、ヒドロキシおよびアルコキシ(例えば、メトキシ)からなる群から独立して選択される1または2個の置換基で任意で置換されるフェニルである。任意で置換されるシンナモイル基の非限定的な例としては、カフェイン酸、フェリル酸、および4−ヒドロキシケイ皮酸が挙げられる。
本明細書において使用される場合、「インビボで切断可能」という用語は、インビボで破壊されて、少なくとも二つの別個の化合物を生じる化合物または化合物内の結合の特性を指す。一部の実施形態では、切断プロセスは、加水分解である。したがって、インビボで切断可能である化合物は、インビボで加水分解性の化合物であってもよい。化合物または結合の切断は、酵素により仲介され得るか、または所定のインビボ区画(例えば、胃腸管の一部)に存在する条件下で自然に進行され得る。一部の実施形態では、インビボで切断可能な結合または化合物は、細菌(例えば、疾患部位に存在する細菌(例えば、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエ))により産生される酵素(例えば、ペプチダーゼ)により実質的に切断可能である。
本明細書において使用される場合、「結腸直腸癌マーカー」という用語は、結腸直腸癌の存在、不存在、またはリスクの観察可能な指標を表す。結腸直腸癌は、結腸鏡検査、生検、生検およびDNAマイクロサテライト不安定性検査、全血球計算、癌胎児性抗原レベル測定(例えば、血中)、画像化(例えば、コンピュータ断層撮影(CT)、磁気共鳴画像法(MRI)、超音波、X線、もしくはポジトロン放出断層撮影(PET))、または炭水化物抗原19−9レベルにより決定されてもよい。
本明細書において使用される場合、「Cx−y」という表現は、当該表現のすぐ後にある名称の基が、非置換である場合、合計でx〜y個の炭素原子を含有することを示す。当該基が複合的な基である場合(例えば、アリールアルキルなど)、「Cx−y」という表現は、当該表現のすぐ後にある名称の部分が、非置換である場合、合計でx〜y個の炭素原子を含有することを示す。例えば(C6−10−アリール)−C1−6−アルキルは、アリール部分は、非置換である場合、合計で6〜10個の炭素原子を含有し、アルキル部分は、非置換である場合、合計で1〜6個の炭素原子を含有する基である。
本明細書において使用される場合、「シクロアルコキシ」という用語は、−OR基を表し、式中、Rは、シクロアルキルである。任意で置換されるシクロアルコキシは、シクロアルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるシクロアルコキシである。
「シクロアルキル」という用語は、本明細書で使用される場合、別段の特定がない限り、3〜10個の炭素を有する環状アルキル基を指す(例えば、C−C10シクロアルキル)。シクロアルキル基は、単環式または二環式であってもよい。二環式シクロアルキル基は、ビシクロ[p.q.0]アルキル型の基であってもよく、その場合、pおよびqの各々は独立して、1、2、3、4、5、6、または7であり、ただしpとqの合計は、2、3、4、5、6、7、または8である。あるいは二環式シクロアルキル基は、架橋シクロアルキル構造、例えばビシクロ[p.q.r]アルキルを含んでもよく、式中、rは、1、2または3であり、pおよびqの各々は独立して、1、2、3、4、5または6であるが、ただしp、qおよびrの合計は、3、4、5、6、7、または8である。シクロアルキル基は、スピロ環式基であってもよく、例えばスピロ[p.q]アルキルであってもよく、その場合、pおよびqの各々は独立して、2、3、4、5、6、または7であり、ただしpとqの合計は、4、5、6、7、8または9である。シクロアルキルの非限定的な例としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、1−ビシクロ[2.2.1.]へプチル、2−ビシクロ[2.2.1.]へプチル、5−ビシクロ[2.2.1.]へプチル、7−ビシクロ[2.2.1.]へプチル、およびデカリニルが挙げられる。シクロアルキル基は、非置換であってもよく、または1、2、3、4、もしくは5個の置換基で置換されてもよく(例えば任意で置換されるシクロアルキル)、当該置換基は独立して、アルキル、アルケニル、アルコキシ、アシルオキシ、アルキルスルフェニル、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アミノ、アリール、アリールオキシ、アジド、シクロアルキル、シクロアルコキシ、ハロ、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロシクリルオキシ、ヘテロアリールオキシ、ヒドロキシ、ニトロ、チオアルキル、チオアルケニル、チオアリール、チオール、シリル、シアノ、=O、=S、=NR’からなる群から選択され、式中、R’は、H、アルキル、アリールまたはヘテロシクリルである。各置換基は、それ自体が非置換であってもよく、またはそれぞれの各基に対して本明細書において定義される非置換の置換基で置換されてもよい。
本明細書において使用される場合、「シクロアルキレン」という用語は、シクロアルキルである二価の基を表し、一つの水素原子が価数で置換される。シクロアルキレンは、シクロアルキルに関して本明細書に記載されるように非置換または置換であってもよい。
「エステル結合」という用語は、本明細書で使用される場合、炭素原子にさらに結合する、アルコールまたはフェノールの酸素原子と、カルボニル基の炭素原子の間の共有結合を指す。
「脂肪酸」という用語は、本明細書で使用される場合、短鎖脂肪酸、中鎖脂肪酸、長鎖脂肪酸、超長鎖脂肪酸、またはそれらの不飽和アナログ、またはそれらのフェニル置換アナログを指す。短鎖脂肪酸は、1〜6個の炭素原子を含み、中鎖脂肪酸は、7〜13個の炭素原子を含み、長鎖脂肪酸は、14〜22個の炭素原子を含み、極度の長鎖脂肪酸は、23〜26個の炭素原子を含む。脂肪酸は、飽和脂肪酸であっても、または不飽和脂肪酸であってもよい。不飽和脂肪酸は、1、2、3、4、5、または6個の炭素−炭素二重結合を含む。不飽和脂肪酸中の炭素−炭素二重結合は、Z立体化学を有することが好ましい。
「脂肪酸アシル」という用語は、本明細書で使用される場合、ヒドロキシル基が価数で置換される脂肪酸を指す。
本明細書において使用される場合、「脂肪酸アシルオキシ」という用語は、−OR基を指し、式中、Rは、脂肪酸アシルである。
「グリコシド結合」という用語は、本明細書で使用される場合、ピラノース環またはフラノース環の酸素原子とアノマー炭素原子の間の共有結合を指す。
「ハロゲン」という用語は、本明細書で使用される場合、臭素、塩素、ヨウ素、およびフッ素から選択されるハロゲンを表す。ハロゲン化物は、脱離基として使用される場合、典型的には、塩化物、臭化物、またはヨウ化物である。
本明細書において使用される場合、「ヘテロアリール」という用語は、単環式の5、6、7、または8員の環系、または縮合もしくは架橋の二環式、三環式、または四環式の環系を表す。当該環系は、窒素、酸素、および硫黄からなる群から独立して選択される1、2、3、または4個のヘテロ原子を含み、当該環の少なくとも一つは、芳香族環である。ヘテロアリール基の非限定的な例としては、ベンズイミダゾリル、ベンゾフリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾチエニル、ベンゾキサゾリル、フリル、イミダゾリル、インドリル、イソインダゾリル、イソキノリニル、イソチアゾリル、イソチアゾリル、イソキサゾリル、オキサジアゾリル、オキサゾリル、プリニル、ピロリル、ピラジニル、ピリミジニル、キナゾリニル、キノリニル、チアジアゾリル(例えば、1,3,4−チアジアゾ―ル)、チアゾリル、チエニル、トリアゾリル、テトラゾリル、ジヒドロインドリル、テトラヒドロキノリル、テトラヒドロイソキノリルなどが挙げられる。二環式、三環式、および四環式のヘテロアリールという用語は、上述の少なくとも一つのヘテロ原子を有する少なくとも一つの環と、少なくとも一つの芳香族環とを含む。例えば、少なくとも一つのヘテロ原子を有する環は、1、2、または3個の炭素環、例えばアリール環、シクロヘキサン環、シクロヘキセン環、シクロペンタン環、シクロペンテン環、または別の単環式複素環に縮合されてもよい。縮合ヘテロアリールの例としては、1,2,3,5,8,8a−ヘキサヒドロインドリジン、2,3−ジヒドロベンゾフラン、2,3−ジヒドロインドール、および2,3−ジヒドロベンゾチオフェンが挙げられる。ヘテロアリールは、1、2、3、4、または5個の置換基で任意で置換されてもよく、当該置換基は独立して、アルキル、アルケニル、アルコキシ、アシルオキシ、アリールオキシ、アルキルスルフェニル、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アミノ、アリールアルコキシ、シクロアルキル、シクロアルコキシ、ハロゲン、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、ヘテロシクリルオキシ、ヘテロアリールオキシ、ヒドロキシル、ニトロ、チオアルキル、チオアルケニル、チオアリール、チオール、シアノ、=O、−NR、−COOR、および−CON(Rからなる群から選択され、式中、各Rは独立して、水素、アルキル、アシル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクリル、またはヘテロアリールであり、式中、Rは、水素、アルキル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクリルまたはヘテロアリールであり、式中、各Rは独立して、水素、アルキル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクリル、またはヘテロアリールである。各置換基は、それ自体が非置換であってもよく、またはそれぞれの各基に対して本明細書において定義される非置換の置換基で置換されてもよい。
本明細書において使用される場合、「ヘテロアリールオキシ」という用語は、−OR構造を指し、式中、Rは、ヘテロアリールである。ヘテロアリールオキシは、ヘテロアリールに対して定義されるように、任意で置換され得る。
本明細書において使用される場合、「ヘテロシクリル」という用語は、別段の特定が無い限り、縮合もしくは架橋の4、5、6、7、または8員の環を有する単環式、二環式、三環式、または四環式の非芳香族環系を表し、当該環系は、窒素、酸素、および硫黄からなる群から独立して選択される1、2、3、または4個のヘテロ原子を含む。非芳香族の5員ヘテロシクリルは、0または1個の二重結合を有し、非芳香族の6員および7員のヘテロシクリル基は、0〜2個の二重結合を有し、非芳香族の8員ヘテロシクリル基は、0〜2個の二重結合および/または0もしくは1個の炭素−炭素三重結合を有する。ヘテロシクリル基は、別段の特定が無い限り、1〜16個の炭素原子の炭素数を有する。あるヘテロシクリル基は、最大9個の炭素原子の炭素数を有し得る。非芳香族ヘテロシクリル基としては、ピロリニル、ピロリジニル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピペリジニル、ホモピペリジニル、ピペラジニル、ピリダジニル、オキサゾリジニル、イソキサゾリジニル、モルホリニル、チオモルホリニル、チアゾリジニル、イソチアゾリジニル、チアゾリジニル、テトラヒドロフラニル、ジヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ジヒドロチエニル、ピラニル、ジヒドロピラニル、ジチアゾリルなどが挙げられる。また「ヘテロシクリル」という用語は、一つ以上の炭素および/またはヘテロ原子が単環の二つの非隣接員を架橋する、架橋多環式構造を有する複素環式化合物を表し、例えば、キヌクリジン、トロパン、またはジアザ−ビシクロ[2.2.2]オクタンがある。「ヘテロシクリル」という用語は、上記複素環のいずれかが、例えばシクロヘキサン環、シクロヘキセン環、シクロペンタン環、シクロペンテン環、または別の複素環など、1、2、または3個の炭素環に縮合された二環式、三環式または四環式の基を含む。縮合ヘテロシクリルの例としては、1,2,3,5,8,8a−ヘキサヒドロインドリジン、2,3−ジヒドロベンゾフラン、2,3−ジヒドロインドール、および2,3−ジヒドロベンゾチオフェンが挙げられる。ヘテロシクリル基は、非置換であってもよく、または1、2、3、4もしくは5個の置換基で置換されてもよく、当該置換基は独立して、アルキル、アルケニル、アルコキシ、アシルオキシ、アルキルスルフェニル、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニル、アリールオキシ、アミノ、アリールアルコキシ、シクロアルキル、シクロアルコキシ、ハロゲン、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、ヘテロシクリルオキシ、ヘテロアリールオキシ、ヒドロキシル、ニトロ、チオアルキル、チオアルケニル、チオアリール、チオール、シアノ、=O、=S、−NR、−COOR、および−CON(Rからなる群から選択され、式中、各Rは独立して、水素、アルキル、アシル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクリル、またはヘテロアリールであり、式中、Rは、水素、アルキル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクリルまたはヘテロアリールであり、式中、各Rは独立して、水素、アルキル、アリール、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクリル、またはヘテロアリールである。
本明細書において使用される場合、「ヘテロシクリルアルキル」という用語は、ヘテロシクリル基で置換されたアルキル基を表す。任意で置換されるヘテロシクリルアルキルのヘテロシクリル部分およびアルキル部分は、それぞれヘテロシクリルおよびアルキルについて記載されるように、任意で置換される。
本明細書において使用される場合、「ヘテロシクリルオキシ」という用語は、−OR構造を指し、式中、Rは、ヘテロシクリルである。ヘテロシクリルオキシは、ヘテロシクリルについて記載されるように、任意で置換され得る。
本明細書において使用される場合、「炭化水素鎖」という用語は、式−(C(R−の構造を指し、式中、nは、1、2、または3であり、各Rは、独立してHまたはC1−3アルキルであるか、または同じ炭素原子に結合された両方のRは、それらが結合している炭素原子と一緒に結合して、C3−8シクロアルキレンを形成する。炭化水素鎖は、非置換であってもよいか(各Rが、Hであるとき)、または置換されていてもよい(少なくとも一つのRは、Hではないとき)。
「ヒドロキシル」および「ヒドロキシ」という用語は、本明細書で相互交換可能に使用され、−OHを表す。
本明細書において使用される場合、用語「感染」という用語は、微生物により引き起こされる疾患、障害、および状態の分類を指す。感染の非限定的な例としては、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、および菌血症が挙げられる。
本明細書において使用される、「感染マーカー」という用語は、感染(例えば、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、もしくは菌血症)の存在、不存在、またはリスクの観察可能な指標を指す。感染マーカーのレベルは、感染状態と直接または反比例で相関し得る。感染マーカーの非限定的な例としては、IL1またはTNFαの血液レベル;血液、尿もしくは脳脊髄の白血球細胞カウント;赤血球沈降速度;血清の肝トランスアミラーゼレベル;血清の血中アルカリホスファターゼレベル;または血液、胸膜液、もしくは脳脊髄液のような無菌の体液の培養物が挙げられる。一部の実施形態では、本発明の結合体の投与後、脳脊髄もしくは尿の白血球細胞カウント、赤血球沈降速度、肝トランスアミナーゼ、血清アルカリホスファターゼ、または無菌の体液培養物における細菌成長が、減少する。白血球細胞の血液レベルは、これらの感染マーカーが、正常範囲より上であるか、または下であるかに応じて、正常レベルに向かって調節され得る。付き添っている医療従事者(例えば、医師またはナース・プラクティショナー)が、感染マーカー調節の望ましい方向を決定してもよい。
本明細書において使用される場合、「病変」という用語は、疾患に付随する組織損傷(例えば、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、菌血症、または非癌性腫瘍(例えば、多発性嚢胞腎疾患)に付随する組織損傷)。
本明細書において使用される、「病変マーカー」という用語は、病変(例えば、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、菌血症、または非癌性腫瘍(例えば、多発性嚢胞腎疾患)において見られる病変)の存在、不存在、またはリスクの観察可能な指標である。病変マーカーのレベルは、病変の進行と直接または反比例で相関し得る。病変の進行と逆相関する病変マーカーは、「逆病変マーカー」である。病変マーカーの非限定的な例は、発熱;血液、尿もしくは脳脊髄の白血球細胞カウント;赤血球沈降速度;血清の肝トランスアミラーゼレベル;血清の血中アルカリホスファターゼレベル;または血液、胸膜液、もしくは脳脊髄液のような無菌の体液の培養物である。病変マーカーは、当分野で公知の方法を使用して測定され得る。
例えば、白血球細胞カウント、赤血球沈降速度、血液培養物、血清アルカリホスファターゼレベル、血清肝トランスアミラーゼレベルを測定するための血液試料分析が行われ得る。病変マーカーのさらなる非限定的な例としては、コンピュータ断層撮影、磁気共鳴画像法または超音波検査により塊の可視化、疑わしい塊の生検ならびに血液、脳脊髄液、尿、胸膜液および腹水のような仮定の無菌の体液の培養が挙げられる。病変マーカーは、疑われる病変部位の生検により外科的に、内視鏡的に、または経胸腔、経直腸もしくは腟頸管検査法を介して、または画像化ガイダンスの有無を問わず決定されてもよい。病変マーカーはまた、血液、血漿、血清、尿、脳脊髄液、糞便または他の体液中で決定されてもよい。
本明細書において使用される場合、「ロイシンリッチなペプチド」という用語は、xxLPxxLPxx(例えば、クラミジアの標的化において使用され得る、モチーフxIxxGxxxxxxxxxLPxxxxLxxLxLGGxP)(式中、各xは、独立してアミノ酸(例えば、タンパク新生アミノ酸)である)の一般的に保存されたロイシンリッチなリピート構造を含むポリペプチドを指す。ロイシンリッチなペプチドの非限定的な例としては、xxLPxxLPxx(例えば、xIxxGxxxxxxxxxLPxxxxLxxLxLGGxP)、(式中、各xは、独立してアミノ酸(例えば、タンパク新生アミノ酸)である)のロイシンリッチなリピート構造を含有するペプチドが挙げられる。
本明細書において使用される場合、「微生物」という用語は、哺乳類細胞ではない任意の実体を指す。微生物の非限定的な例としては、細菌、古細菌、ウイルス、ならびに原生生物界および真菌類のメンバーを含むが、これらに限定されない、真核生物が挙げられる。
「調節する」という用語は、本明細書で使用される場合、マーカーの測定に関し当分野で公知の技術および方法を使用して測定されたときの、対象におけるマーカーのレベルにおける観察可能な変化を指す。対象におけるマーカーレベルの調節は、投与前または対照と比較して、少なくとも1%の変化(例えば、投与前または対照と比較して、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または少なくとも98%以上の変化、例えば投与前または対照と比較して最大で100%の変化)をもたらし得る。一部の実施形態では、調節することは、対象においてマーカーのレベルを増加させることである。対象におけるマーカーレベルの増加は、投与前または対照と比較して、少なくとも1%の増加(例えば、投与前または対照と比較して、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または少なくとも98%以上の増加、例えば投与前または対照と比較して最大で100%の増加)をもたらし得る。他の実施形態では、調節することは、対象においてマーカーのレベルを減少させることである。対象におけるマーカーレベルの減少は、投与前または対照と比較して、少なくとも1%の減少(例えば、投与前または対照と比較して、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または少なくとも98%以上の減少、例えば投与前または対照と比較して最大で100%の減少)をもたらし得る。本明細書に記載の組成物を投与する工程の後に、対象においてパラメータが増加または減少(または低下)する実施形態において、増加または減少は、投与後の一定時間内に発生してもよく、および/または検出可能となってもよく(例えば、6時間以内、24時間以内、3日以内、1週間以上)、ならびに1回以上の投与後に発生し、および/または検出可能となってもよい(例えば、対象に対する投与レジメンの一部として、例えば2、3、4、5、6、7、8、9、10回以上の投与の後)。
「オキソ」という用語は、本明細書で使用される場合、二価の酸素原子を表す(例えば、オキソの構造は、=Oとして示される場合もある)。
本明細書において使用される場合、「ペイロード」という用語は、疾患部位(例えば、癌、前癌性組織、もしくは病変)にデリバリーされるべき医薬または診断剤を表す。本発明の結合体において使用されるペイロードは、小分子、例えば、小分子医薬剤であってもよい。ペイロード(例えば、医薬剤)は、抗腫瘍剤、抗感染剤(例えば、抗細菌、酸化剤、もしくは殺生剤)、または抗炎症剤(例えば、非ステロイド性抗炎症薬(NSAID)もしくはメサラミン)であってもよい。抗腫瘍剤の非限定的な例としては、7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン(SN−38)、イリノテカン、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、パクリタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ピロロベンゾジアゼピン、10−ヒドロキシカンプトテシン、エキサテカン、シクロパミン、タセジナリン、5−フルオロウラシル、カリチアマイシン、メイタンシノイド(例えば、メルトランジンまたはラブタンジン)、メイタンシン、メトトレキサート、ズオカルマイシン、エルロチニブ、ゲフィチニブ、カペシタビン、ロイコボリン、トリフルリジン、チピラシル、およびCC−1065として挙げられる。抗菌剤の非限定的な例としては、アミカシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、リファキシミン、ロラカルベフ、エルタペネム、ドリペネム、メロペネム、セファドロキシル、セファゾリン、セファレキシン、セファクロル、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフチブテン、セフトリアクソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、セフトビプロール、バンコマイシン、テイコプラニン、テラバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、クリンダマイシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、アズトレオナム、フラゾリドン、ニトロフラトイン、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンG、ペニシリンV、ピペラシリン、テモシリン、チカルシリン、コリスチン、バシトラシン、ポリミキシンB、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナジフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェナイド、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジアジン銀、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファニルアミド、スルファサラジン、スルフィソキサゾール、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、スルホンアミドクリソイジン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、シクロセリン、エタンブトール、エチオンアミド、イソニアジド、ピラジンアミド、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、ストレプトマイシン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン、ダルホプリスチン、チアムフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、テイクソバクチン、マラシジン、フェノール、ヒドロキシナフタレン、キニーネ、ヒドロキシクロロキン、ケトコナゾール、フルコナゾール、またはアムホテリシンBが挙げられる。NSAIDの非限定的な例としては、イブプロフェン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、ケトロラック、ナプロキセン、インドメタシン、スリンダク、エトドラク、ジクロフェナク、アセクロフェナク、ピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ロルノキシカム、メフェナム酸、またはクロニキシンが挙げられる。本発明の結合体において使用されるペイロードは、診断剤(例えば、蛍光剤または放射性標識された造影剤)であってもよい。放射性標識された造影剤の非限定的な例としては、18F−フルオロデオキシグルコースが挙げられる。診断剤を使用して、標的腫瘍のステージを決定してもよい。
本明細書で使用される場合、用語「医薬的に許容される塩」は、正常な医学的判断の範囲内において、過度の毒性、刺激、アレルギー応答などなしでの、ヒトおよび動物の組織と接触しての使用に適し、合理的な恩恵/リスク比に見合った、その塩を表す。医薬的に許容される塩は、当該技術分野で周知である。例えば、医薬的に許容される塩は、Bergeら、J.Pharmaceutical Sciences 66:1〜19、1977年およびPharmaceutical Salts:Properties,Selection,and Use,(P.H.Stahlおよび C.G.Wermuth編)、Wiley−VCH、2008年において記載される。塩は、本明細書に記載される化合物の最終単離および精製中にインサイツで、または遊離塩基を適当な有機酸と反応させることにより別個に調製することができる。代表的な酸付加塩としては、酢酸塩、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプトン酸塩、ヘキサン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、親水ヨウ化物、2−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモン酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバリン酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなど、ならびにアンモニウム、テトラメチルアンモニウム、テトラエチルアンモニウム、メチルアンモニウム、ジメチルアンモニウム、トリメチルアンモニウム、トリエチルアンモニウム、エチルアンモニウムなどを含むが、これらに限定されない、無毒性のアンモニウム(例えば、四級アンモニウム)アンモニウム陽イオンが挙げられる。
本明細書において使用される場合、「フェノール酸素原子」という用語は、炭素芳香環内のspがハイブリダイズした炭素原子に結合した少なくとも一つの価数を有する2価の酸素原子を指す。
本明細書で使用される場合、「前癌状態」という用語は、組織または器官において多数の成長物またはポリープが形成され、良性から始まり、経時的に、未処置のままなら癌に発展する状態を表す。前癌状態の一例は、家族性腺腫性ポリープ症(FAP)である。
「保護基」という用語は、本明細書で使用される場合、化学合成中にヒドロキシ、アミノ、またはカルボニルが、一つ以上の望ましくない反応に関与するのを防ぐことが意図された基を表す。「O−保護基」という用語は、本明細書で使用される場合、化学合成中にヒドロキシ基、またはカルボニル基が、一つ以上の望ましくない反応に関与するのを防ぐことが意図された基を表す。「N−保護基」という用語は、本明細書で使用される場合、化学合成中に窒素含有(例えばアミノまたはヒドラジン)基が、一つ以上の望ましくない反応に関与するのを防ぐことが意図された基を表す。一般的に使用されるO−およびN−保護基は、Greeneの“Protective Groups in Organic Synthesis,” 3rd Edition (John Wiley & Sons,New York,1999)に開示されており、当該文献は参照により本明細書に組み込まれる。例示的なO−およびN−保護基としては、アルカノイル、アリーロイルまたはカルバミル基、例えばホルミル、アセチル、プロピオニル、ピバロイル、t−ブチルアセチル、2−クロロアセチル、2−ブロモアセチル、トリフルオロアセチル、トリクロロアセチル、フタリル、o−ニトロフェノキシアセチル、α−クロロブチリル、ベンゾイル、4−クロロベンゾイル、4−ブロモベンゾイル、t−ブチルジメチルシリル、トリ−iso−プロピルシリルオキシメチル、4,4’−ジメトキシトリチル、イソブチリル、フェノキシアセチル、4−イソプロピルフェノキシアセチル、ジメチルホルムアミジノ、および4−ニトロベンゾイルなどが挙げられる。
カルボニル含有基を保護するための例示的なO−保護基としては、限定されないが、アセタール、アシラール、1,3−ジチアン、1,3−ジオキサン、1,3−ジオキソラン、および1,3−ジチオランが挙げられる。
その他のO−保護基としては限定されないが、置換アルキル、アリール、およびアリール−アルキルエーテル(例えば、トリチル;メチルチオメチル;メトキシメチル;ベンジルオキシメチル;シロキシメチル;2,2,2−トリクロロエトキシメチル;テトラヒドロピラニル;テトラヒドロフラニル;エトキシエチル;1−[2−(トリメチルシリル)エトキシ]エチル;2−トリメチルシリルエチル;t−ブチルエーテル;p−クロロフェニル、p−メトキシフェニル、p−ニトロフェニル、ベンジル、p−メトキシベンジル、およびニトロベンジル);シリルエーテル(例えば、トリメチルシリル;トリエチルシリル;トリイソプロピルシリル;ジメチルイソプロピルシリル;t−ブチルジメチルシリル;t−ブチルジフェニルシリル;トリベンジルシリル;トリフェニルシリル;およびジフェニメチルシリル);炭酸塩(例えば、メチル、メトキシメチル、9−フルオレニルメチル;エチル;2,2,2−トリクロロエチル;2−(トリメチルシリル)エチル;ビニル、アリル、ニトロフェニル;ベンジル;メトキシベンジル;3,4−ジメトキシベンジル;およびニトロベンジル)が挙げられる。
その他のN−保護基としては限定されないが、キラル補助基、例えば保護もしくは非保護D、LまたはD−アミノ酸、例えばアラニン、ロイシン、フェニルアラニンなど;スルホニル含有基、例えばベンゼンスルホニル、p−トルエンスルホニルなど;カルバミン酸形成基、例えばベンジルオキシカルボニル、p−クロロベンジルオキシカルボニル、p‐メトキシベンジルオキシカルボニル、p−ニトロベンジルオキシカルボニル、2−ニトロベンジルオキシカルボニル、p‐ブロモベンジルオキシカルボニル、3,4−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、3,5−ジメトキシベンジル オキシカルボニル、2,4−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、4−メトキシベンジルオキシカルボニル、2−ニトロ−4,5−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、3,4,5−トリメトキシベンジルオキシカルボニル、1−(p−ビフェニルイル)−1−メチルエトキシカルボニル、α,α−ジメチル−3,5−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、ベンズヒドリルオキシカルボニル、t−ブチルオキシカルボニル、ジイソプロピルメトキシカルボニル、イソプロピルオキシカルボニル、エトキシカルボニル、メトキシカルボニル、アリルオキシカルボニル、2,2,2−トリクロロエトキシカルボニル、フェノキシカルボニル、4−ニトロフェノキシカルボニル、フルオレニル−9−メトキシカルボニル、シクロペンチルオキシカルボニル、アダマンチルオキシカルボニル、シクロヘキシルオキシカルボニル、フェニルチオカルボニルなど、アリール−アルキル基、例えばベンジル、トリフェニルメチル、ベンジルオキシメチルなど、およびシリル基、例えばトリメチルシリルなどが挙げられる。有用なN−保護基は、ホルミル、アセチル、ベンゾイル、ピバロイル、t−ブチルアセチル、アラニル、フェニルスルホニル、ベンジル、t−ブチルオキシカルボニル(Boc)、およびベンジルオキシカルボニル(Cbz)である。
本明細書において使用される場合、「擬ハロゲン化物」という用語は、式−ORの脱離基を指し、式中、Rは、任意で置換されるアリールまたは1個もしくは複数のフッ素原子で任意で置換されるアルキルスルホニルである。擬ハロゲン化物の非限定的な例は、p−トルエンスルホニルオキシ、メタンスルホニルオキシ、およびトリフルオロメタンスルホニルオキシである。
本明細書において使用される場合、「認識エレメント」という用語は、病変、新生物細胞、もしくは前癌細胞に集合するか、または局在化する微生物により産生されるタンパク質により認識される非抗体基を指す。好ましくは、認識エレメントは、非タンパク質性である。
本明細書において使用される場合、用語「スチレン−ジイル」は、スチレン中の2個の水素原子を価数で置換することにより形成される二価の基を指す。任意で置換されるスチレン−ジイルは、アリールに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるスチレン−ジイルである。
本明細書において使用された場合、「対象」という用語は、対象由来の試料の臨床検査分野において公知であるかに限らず、資格を有する専門家(例えば、医師または看護師)により決定される、疾患に罹患しているか、またはリスクがあるヒトまたは非ヒト動物(例えば、哺乳動物)を表す。疾患の非限定的な例は、癌(例えば、結腸直腸癌)である。
本明細書において使用される場合、「硫化物原子」という用語は、2価の基−S−を指す。
本明細書において使用される場合、「治療上有効量」という用語は、それを必要とする対象に健康上の恩恵をもたらす(例えば、腫瘍を処置すること、癌マーカーを調節すること、および/またはマイクロバイオームを調節すること)能力がある結合体または非結合のペイロードの量を意味する。結合体または非結合のペイロードの治療上有効量は、対象に応じて異なり得、合理的な恩恵/リスク比に従い決定されてもよい。最終的に、担当医、薬剤師、またはナース・プラクティショナーは、所定の対象のための治療上有効量を決定し得る。
「チオアルケニル」という用語は、本明細書において使用される場合、−SR基を表し、式中、Rはアルケニルである。任意で置換されるチオアルケニルは、アルケニルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるチオアルケニルである。
「チオアルキル」という用語は、本明細書で使用される場合、−SR基を表し、式中、Rはアルキルである。任意で置換されるチオアルキルは、アルキルに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるチオアルキルである。
「チオアリール」という用語は、本明細書で使用される場合、−SR基を表し、式中、Rはアリールである。任意で置換されるチオアリールは、アリールに関して本明細書に記載されるように任意で置換されるチオアリールである。
本明細書において使用される場合、「チオエステル結合」という用語は、カルボニル基における硫黄原子と炭素原子の間の共有結合を指す。
本明細書において使用される場合、「トレースレスリンカー」という用語は、多価の基、認識エレメント、またはその間の結合の切断が、多価の基とペイロードの間の結合の切断を引き起こすように、認識エレメントをペイロードに共有結合させる多価(例えば、2価)の基を表す。トレースレスリンカーは、式R−NH−L−(C(R)−L−Rの基であってもよく、式中、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rは、ペイロードへの結合であり、Lは、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるC1−3炭化水素鎖であり、Lは、Rと結合して、−NHCO−R、−(CO)−R、または−OCO−Rを形成し、各Rは、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRは、各Rが結合している原子と結合して、シクロアルキレンを形成する。トレースレスリンカーの非限定的な例は、以下の基:
Figure 2021535092
(式中、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rは、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤または抗菌剤)への結合であり、Xは、H、ハロゲン、任意で置換されるアルキル(例えば、ハロアルキル(例えば、−CF))、アルキルスルホニル(例えば、−SOMe)、またはシアノであり、Rは、Hまたはメチルであり、nは、1または2である)を含む。Rは、認識エレメントにおけるカルボニル基(例えば、アミノ酸残基のカルボニル基)の炭素に結合されてもよい。Rは、ペイロードにおける酸素(例えば、フェノール酸素原子もしくはカルボキシレート酸素原子)、窒素原子(例えば、アンモニウム窒素原子)、または硫黄原子(例えば、スルフィド原子)への結合であってもよい。
「治療」および「治療すること」は、本明細書で使用される場合、疾患を改善、向上、安定化、予防、または治癒することを意図した、対象の医学的管理を指す。この用語には、積極的治療(疾患の改善を目的とした治療);原因治療(関連する疾患の原因に対する治療)、緩和治療(疾患の症状緩和を目的とした治療)、予防治療(関連する疾患の発生を最小限に抑える、または部分的もしくは完全に阻害することを目的とした治療)、および支持療法(他の療法を補完するために行われる治療)が含まれる。
本明細書において使用される場合、「腫瘍」という用語は、異常かつ過剰な増殖を有すると特徴付けられる組織を指す。腫瘍は、悪性(例えば、癌性組織)、前癌性(例えば、前癌性組織)または良性であってもよい。
本明細書で使用される場合、「尿素リンカー」という用語は、基R−(CO)−Rを指し、式中、Rは、窒素原子への結合であり、Rは、別の窒素原子への結合である。
本明細書に記載される結合体は、別段の記載が無い限り、同位体が富化された化合物(例えば、重水素化化合物)、互変異性体、ならびに立体異性体および配座異性体(例えば、エナンチオマー、ジアステレオマー、E/Z異性体、アトロプ異性体など)、ならびにそのラセミ化合物、ならびに異なる比率のエナンチオマーもしくはジアステレオマーの混合物、または前述の形態および塩(例えば、医薬的に許容される塩)の混合物、または溶媒和物を包含する。
本発明は、結合体および医薬的に許容されるその塩、それを含有する組成物、およびそれを使用する方法を提供する。本発明の結合体、またはその医薬的に許容される塩は、典型的には、ペイロードに供給結合した、またはリンカーを介して結合した認識エレメントを含む。ペイロードは、医薬剤(例えば、抗腫瘍剤、抗感染剤、もしくは抗炎症剤)または診断剤であってもよい。ペイロードは、小分子であってもよい。
本発明の結合体を使用して、それを必要とする対象における疾患部位(例えば、腫瘍または病変)にペイロード(例えば、抗腫瘍剤、抗感染剤、または抗炎症剤)を標的化してもよい。理論に拘束されることを意図するものではないが、本発明の結合体を疾患部位(例えば、腫瘍または病変)に標的化することにより、標的化された組織環境の利点(例えば、新生物細胞または病変を含有する組織に生息する微生物)を得てもよい。例えば、大腸菌およびクレブシエラ・ニューモニエは、結腸直腸癌組織に繁殖すると考えられている。これらの細菌は、本発明の結合体を加水分解して、ペイロードを結腸直腸癌組織の領域に放出する能力がある1種以上の酵素(例えば、コリバクチン成熟酵素ClbP)を産生するので、これらの細菌を使用して、ペイロードを結腸直腸癌組織に標的化してもよい。従って、対象の胃腸管は、結合体を切断するための大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエを含んでもよい。微生物と共存する病変は、肝臓、脳、心臓、骨または身体の他の領域において見られ場合がある。例えば、肝臓における病変の標的化は、ペイロードをクレブシエラ・ニューモニエにより産生されるClbPに標的化することを含み得る。
有利なことに、本明細書において記載される疾患組織標的化ストラテジーは、結合していない医薬剤のものと比較して優れている場合がある。有利なことには、疾患組織(例えば、腫瘍)を標的化する本発明の結合体は、結合していないペイロードの投与と比較してより高い局所濃度のペイロードをもたらすと予想されるので、本明細書において記載される疾患組織標的化ストラテジーにより、より少ないペイロード(例えば、医薬剤(例えば、抗腫瘍剤、抗菌剤、または抗炎症剤))用量の投与が可能になる場合がある。あるいは、そして有利なことには、疾患組織(例えば、腫瘍)を標的化する本発明の結合体は、結合していないペイロードの投与と比較してオフターゲットの濃度のペイロードを低減すると予想されるので、本明細書において記載される疾患組織標的化ストラテジーにより、より多いペイロード(例えば、医薬剤(例えば、抗腫瘍剤、抗菌剤、または抗炎症剤))用量の投与が可能になる場合がある。また有利なことに、本発明の結合体は、同じモル投薬量で結合していないペイロードより、対象への投与の際のより低い発生率および/または重症度を生じ得る。
以下の表1は、特定の癌、前癌状態、および病変の疾患部位と関連する細菌のさらなる例を示す。
Figure 2021535092
プロピオニバクテリウム・アクネスは、前立腺癌の組織において頻繁にみられ、健常な前立腺には存在しない(表1)。プロピオニバクテリウム・アクネスは、外部の化学結合の切断のための多数の分泌されたタンパク質および細胞外起源のタンパク質をコードする。プロピオニバクテリウム・アクネス株KPA171202由来のこれらのタンパク質の例は、D−アラニル−D−アラニンカルボキシペプチダーゼ(遺伝子WP_002531210.1)およびβ−N−アセチルグルコサミニダーゼ(遺伝子WP_041444232.1)を含む。これらの遺伝子産物は、それぞれ、ペプチド(Ac)−L−Lys−D−Ala−D−Alaおよびグリコシド末端の非還元β−N−アセチルグルコサミン結合を標準的に切断する。ペプチド(Ac)−L−Lys−D−Ala−D−Alaにおいて、D−AlaとD−Alaの間のペプチド結合が切断される。β−N−アセチルグルコサミンにおいて、グリコシド結合が切断される。これらの酵素の活性を利用して、本発明のある特定の結合体を使用して、前立腺においてプロピオニバクテリウム・アクネスと局在化した癌を標的にすることができる。プロピオニバクテリウム・アクネスタンパク質により切断可能な認識エレメントの非限定的な例は、(Ac)−L−Lys−D−Ala−D−Alaおよびβ−N−アセチルグルコサミンを含む。
クラミジア・ニューモニエは、肺癌の上昇したリスクと関連することが見出された(表1)。クラミジア・ニューモニエは、外部の化学結合の切断のための多数の分泌されたタンパク質および細胞外提示タンパク質をコードする。クラミジア・ニューモニエCWL029由来のこれらのタンパク質の例は、タンパク質分解酵素(遺伝子NP_224809.1)およびシンナモイルエステラーゼ(遺伝子NP_224360.1)を含む。これらの遺伝子産物は、それぞれ、ケイ皮酸誘導体のロイシンリッチなペプチドおよびカルボン酸エステル結合を標準的に切断する。これらの酵素の活性を利用して、本発明のある特定の結合体を使用して、肺においてクラミジア・ニューモニエと局在化した癌を標的にすることができる。クラミジア・ニューモニエタンパク質により切断可能な認識エレメントの非限定的な例は、任意で置換されるシンナモイル(例えば、カフェイン酸アシル、4−ヒドロキシケイ皮酸アシル、またはフェリル酸アシル)およびロイシンリッチなペプチド(例えば、xxLPxxLPxx(例えば、xIxxGxxxxxxxxxLPxxxxLxxLxLGGxP(式中、各xは、独立してアミノ酸(例えば、タンパク新生アミノ酸)である))のロイシンリッチなリピート構造を含有する)を含む。
バクテロイデス・フラジリス(例えば、腸内毒素原性バクテロイデス・フラジリス)は、大腸癌と関連することが見出された(表1)。バクテロイデス・フラジリスは、Arg−ArgおよびLeu−Arg結合を切断することができる細胞外タンパク質分解酵素を分泌する。大腸癌の処置のためバクテロイデス・フラジリスを標的にする本発明の結合体は、ジペプチド(Arg−ArgまたはLeu−Arg)を認識エレメントとして含む。切断は、典型的には、二つのアルギニンの間またはLeu−Arg結合で生じる。
サルモネラ・エンテリカ血清型チフスは、胆嚢癌の発生と正の関係を有する(表1)。サルモネラ・エンテリカ血清型チフスは、外部の化学結合の切断のための多数の分泌されたタンパク質および細胞外提示タンパク質をコードする。サルモネラ・エンテリカ種エンテリカ血清型チフス株CT18由来のこれらのタンパク質の例は、ペニシリン無感受性マウスエンドペプチダーゼ(遺伝子NP_456924.1)およびエンドグルカナーゼ(遺伝子NP_458303.1)を含む。これらの遺伝子産物は、それぞれ、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド結合およびβ−1,4−グルカン結合を標準的に切断する。これらの酵素の活性を利用し、本発明のある特定の結合体を使用して、胆嚢におけるサルモネラ・エンテリカ・チフィと局在化した癌を標的にすることができる。サルモネラ・エンテリカ・チフィタンパク質により切断可能な認識エレメントの非限定的な例は、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルおよびβ−1,4−グルカン(例えば、2〜10個のグルコースモノマー;好ましくは、2〜4個のグルコースモノマーを有するβ−1,4−グルカン)を含む。
メチロバクテリウム・ラデイオトレランスは、乳癌組織において富化され、正常な乳房組織において枯渇することが見出された(表1)。メチロバクテリウム・ラデイオトレランスは、外部の化学結合の切断について多数の分泌されたタンパク質および細胞提示タンパク質をコードする。メチロバクテリウム・ラデイオトレランスJCM2831由来のこれらのタンパク質の例は、D−アラニル−D−アラニンカルボキシペプチダーゼ(遺伝子WP_041372295.1)およびセルラーゼ(WP_012317297.1)を含む。これらの遺伝子産物は、それぞれ、ペプチド(Ac)−L−Lys−D−Ala−−D−Alaおよびβ−1,4−グルカン結合を標準的に切断する。これらの酵素の活性を利用して、本発明のある特定の結合体を使用して、乳房におけるメチロバクテリウム・ラデイオトレランスと局在化した癌を標的にすることができる。メチロバクテリウム・ラデイオトレランスタンパク質により切断可能な認識エレメントの非限定的な例は、(Ac)−L−Lys−D−Ala−D−Alaおよびβ−1,4−グルカン(例えば、2〜10個のグルコースモノマー;好ましくは、2〜4個のグルコースモノマーを有するβ−1,4−グルカン)を含む。
クラミジア・トラコマティスの存在は、子宮頸癌における増大したリスク因子と関係している(表1)。クラミジア・トラコマティスは、外部の化学結合の切断について多数の分泌されたタンパク質および細胞提示タンパク質をコードする。クラミジア・トラコマティスD/UW−3/CX由来のこれらのタンパク質の例は、D−アラニル−D−アラニンカルボキシペプチダーゼ(遺伝子NP_220066.1)およびシンナモイルエステラーゼ(遺伝子NP_219652.1)を含む。これらの遺伝子産物は、それぞれ、(Ac)−L−Lys−D−Ala−D−Alaおよびケイ皮酸誘導体のカルボン酸エステル結合を標準的に切断する。これらの酵素の活性を利用して、本発明のある特定の結合体を使用して、子宮頸部におけるクラミジア・トラコマティスと局在化した癌を標的にすることができる。クラミジア・トラコマティスタンパク質により切断可能な認識エレメントの非限定的な例は、(Ac)−L−Lys−D−Ala−D−Alaおよび任意で置換されるシンナモイル(例えば、カフェイン酸アシル、4−ヒドロキシケイ皮酸アシル、またはフェリル酸アシル)を含む。
クレブシエラ・ニューモニエの標的化は、例えば、ある特定のアミド結合を切断する、コリバクチン成熟酵素ClbPを標的化することにより、大腸菌標的化と類似する方法で行われ得る。ClbPを標的化するための認識エレメントの非限定的な例は、R−L−(式中、Rは、脂肪酸アシル(例えば、カプリオイル)であり、Lは、アミノ酸残基(例えば、任意で置換されるD−アスパラギン、任意で置換されるD−アルギニン、任意で置換されるD−グルタミン、任意で置換されるD−アスパラギン酸、または任意で置換されるD−グルタミン酸)である)である。
本発明の結合体
本発明の結合体、またはその医薬的に許容される塩は、ペイロードに供給結合した、またはリンカーを介して結合した認識エレメントを含む。ペイロードは、医薬剤(例えば、抗腫瘍剤もしくは抗菌剤)または診断剤である。好ましい抗腫瘍剤は、細胞毒性抗腫瘍剤である。
本発明の結合体において、抗腫瘍剤は、例えば、7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン(SN−38)、イリノテカン、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、パクリタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ピロロベンゾジアゼピン、10−ヒドロキシカンプトテシン、エキサテカン、シクロパミン、タセジナリン、5’−デオキシ−5−フルオロウリジン、5−フルオロウラシル、カリチアマイシン、メイタンシノイド(例えば、メルトランジンもしくはラブタンジン)、メイタンシン、メトトレキサート、ズオカルマイシン、エルロチニブ、ゲフィチニブ、カペシタビン、ロイコボリン、トリフルリジン、チピラシル、またはCC−1065であってもよい。理論により結び付けられることを望まないが、抗腫瘍剤は、標的化腫瘍(例えば、結腸直腸癌組織もしくは結腸ポリープのような、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエが集合した腫瘍;前立腺癌組織のような、プロピオニバクテリウム・アクネスが集合した腫瘍;肺癌組織のような、クラミジア・ニューモニエが集合した腫瘍;胆嚢癌組織のような、サルモネラ・エンテリカ・チフィが集合した腫瘍;乳癌組織のような、メチロバクテリウム・ラデイオトレランスが集合した腫瘍;または子宮頸癌組織のようなクラミジア・トラコマティスが集合した腫瘍)にデリバリーされた際、結合体から標的化組織に放出される。標的化された癌または前癌性組織(例えば、結腸直腸癌組織、結腸ポリープ、肺癌組織、胆嚢癌組織、乳癌組織、または子宮頸癌組織)に放出されると、抗腫瘍剤は、癌または前癌状態(例えば、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、または子宮頸癌)を処置し得る。一部の実施形態では、抗腫瘍剤は、モノメチルオーリスタチンEである。ある特定の実施形態では、抗腫瘍剤は、7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン(SN−38)である。
本発明の結合体において、抗菌剤は、例えば、アミカシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、リファキシミン、ロラカルベフ、エルタペネム、ドリペネム、メロペネム、セファドロキシル、セファゾリン、セファレキシン、セファクロル、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフチブテン、セフトリアクソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、セフトビプロール、バンコマイシン、テイコプラニン、テラバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、クリンダマイシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、アズトレオナム、フラゾリドン、ニトロフラトイン、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンG、ペニシリンV、ピペラシリン、テモシリン、チカルシリン、コリスチン、バシトラシン、ポリミキシンB、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナジフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェナイド、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジアジン銀、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファニルアミド、スルファサラジン、スルフィソキサゾール、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、スルホンアミドクリソイジン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、シクロセリン、エタンブトール、エチオンアミド、イソニアジド、ピラジンアミド、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、ストレプトマイシン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン、ダルホプリスチン、チアムフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、テイクソバクチン、マラシジン、フェノール、ヒドロキシナフタレン、キニーネ、ヒドロキシクロロキン、ケトコナゾール、フルコナゾール、またはアムホテリシンBであってもよい。理論により結び付けられることを望まないが、抗菌剤は、標的化された腫瘍(例えば、結腸直腸癌組織のような、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエが集合した腫瘍)にデリバリーされた際、結合体から標的化された腫瘍に放出される。標的化された腫瘍(例えば、結腸直腸癌組織)において放出されると、抗菌剤は、標的化された腫瘍に存在するマイクロバイオームを調節し得る。
本発明の結合体において、認識エレメントは、共有結合により結合された原子の非抗体アレイである。認識エレメントは、疾患の部位に実質的に位置する微生物により産生されるタンパク質に結合する能力がある。認識エレメントの非限定的な例は、式R−L−(式中、Rは、脂肪酸アシル(例えば、カプリロイル、アセチル、またはバレリル)、アミノ酸残基(例えば、Ala C1−6アルキルエステル)、ジペプチド(例えば、L−Lys−D−Ala−またはD−Ala−D−Ala)、トリペプチド(Leu−Leu−Leu−)、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド、任意で置換されるフェニル、任意で置換されるアルキル、または任意で置換されるアリールアルキルであり;Lは、結合、アミノ酸残基(例えば、任意で置換されるD−アスパラギン、任意で置換されるD−アルギニン、任意で置換されるD−グルタミン、任意で置換されるD−アスパラギン酸、または任意で置換されるD−グルタミン酸)、−NH−CO−、−O−CO−、または−SO−である)の基を含む。一部の実施形態では、Lは、そのα−アミノ基を介してRに結合する。認識エレメントの非限定的な例は、脂肪酸アシル(例えば、カプリロイル、アセチル、またはバレリル)、L−Lys−D−Ala−、L−Ala−D−Asn、β−N−アセチルグルコサミン、Leu−Leu−Leu−、シンナモイル、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド、およびβ−D−1,4−グルカンを含む。
本発明の結合体において、ペイロードは、認識エレメントに共有結合されるか、またはリンカーを介して結合されてもよい。ペイロードが、認識エレメントに共有結合されるとき、ペイロードと認識エレメントの間の共有結合は、エステル結合、アミド結合、グリコシド結合、カルバメートリンカー、またはカルボネートリンカーである。ペイロードが、認識エレメントにリンカーを介して共有結合されるとき、ペイロードとリンカーの間の共有結合は、典型的には、標的化された腫瘍の環境により(例えば、腫瘍を集める微生物により産生される酵素により)直接または間接的に切断される。リンカーとペイロードの間の共有結合の間接的な切断は、リンカーおよび/または認識エレメント中または間の結合の切断後に生じ得る。例えば、リンカーは、トレースレスリンカーであってもよい。トレースレスリンカーは、例えば、アミド結合を介して、認識エレメントに結合されてもよい。トレースレスリンカーは、例えば、アミド結合、エステル結合、チオエステル結合、カルボネートリンカー、カルバメートリンカーを介して、ペイロードに結合されてもよい。トレースレスリンカーは、式R−NH−L−(C(R)−L−Rの基であってもよく、式中、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rは、ペイロードへの結合であり、Lは、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるC1−3炭化水素鎖であり、Lは、Rと結合して、−NHCO−R、−(CO)−R、または−OCO−Rを形成し、各Rは、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRは、各Rが結合している原子と結合して、シクロアルキレンを形成する。トレースレスリンカーの非限定的な例は、以下の基:
Figure 2021535092
(式中、Rは、認識エレメントへの結合であり、Rは、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤または抗菌剤)への結合であり、Xは、H、ハロゲン、任意で置換されるアルキル(例えば、ハロアルキル(例えば、−CF))、アルキルスルホニル(例えば、−SOMe)、またはシアノであり、Rは、Hまたはメチルであり、nは、1または2である)を含む。Rは、認識エレメントにおけるカルボニル基(例えば、アミノ酸残基のカルボニル基)の炭素に結合されてもよい。Rは、ペイロード中の酸素原子(例えば、フェノール酸素原子もしくはカルボキシレート酸素原子)、窒素原子(例えば、アンモニウム窒素原子)、または硫黄原子(例えば、硫化物原子)に結合されてもよい。
本発明の結合体の非限定的な例は:
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
Figure 2021535092
およびその医薬的に許容される塩を含む。
使用方法
本発明の結合体を使用して、対象においてペイロード(例えば、抗腫瘍剤、抗感染剤、または抗炎症剤)を組織にデリバリーしてもよい。デリバリーされるペイロードを使用して、それを必要とする対象における癌マーカー(例えば、結腸直腸癌マーカー)を調節するか、それを必要とする対象における癌(例えば、結腸直腸癌)を処置するか、感染もしくは感染に関連する病変を処置するか、感染マーカーを調節するか、またはそれを必要とする対象のマイクロバイオーム(例えば、ペイロードデリバリーの部位で)を調節してもよい。抗炎症剤を含む結合体を使用して、本明細書において記載される癌、感染、および病変に続く炎症を標的化してもよい。
本発明の方法は、それを必要とする対象における癌マーカー(例えば、結腸直腸癌マーカー)を調節するためであってもよい。対象における癌マーカー(例えば、結腸直腸癌マーカー)レベルの調節により、投与前または対照と比較して少なくとも1%(例えば、投与前または対照と比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または少なくとも98%以上、例えば、投与前または対照と比較して最大100%)の変化を生じ得る。一部の癌マーカーは、癌状態またはそのリスクと直接相関する場合があり、一方で他の癌マーカーは、癌状態またはそのリスクと逆相関する場合がある。したがって、一部の実施形態では、調節は、対象における癌マーカーのレベルを増加させることである。対象における癌マーカーレベルの増加は、投与または対照と比較して少なくとも1%(例えば、投与または対照と比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または少なくとも98%以上、例えば、投与または対照と比較して最大100%)の増加を生じ得る。他の実施形態では、調節は、対象における癌マーカーのレベルを減少させることである。対象における癌マーカーレベルの減少は、投与または対照と比較して少なくとも1%(例えば、投与または対照と比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または少なくとも98%以上、例えば、投与または対照と比較して最大100%)の減少を生じ得る。
本発明の方法は、それを必要とする対象において感染マーカー(例えば、血液、尿もしくは脳脊髄の白血球細胞カウント、赤血球沈降速度、血清肝トランスアミラーゼレベル、血清血液アルカリホスファターゼレベル、または血液、胸膜液もしくは脳脊髄液のような無菌の体液の培養物)を調節するためであってもよい。対象における感染マーカー(例えば、血液または肝臓の感染マーカー)レベルの調節により、投与前または対照と比較して少なくとも1%(例えば、投与前または対照と比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または少なくとも98%以上、例えば、投与前または対照と比較して最大100%)の変化を生じ得る。一部の感染マーカーは、感染状態またはそのリスクと直接的に相関し得るか、一方、他の感染マーカーは、感染状態またはそのリスクと逆相関し得る。したがって、一部の実施形態では、調節は、対象における感染マーカーのレベルを増加させることである。対象における感染マーカーレベルの増加は、投与または対照と比較して少なくとも1%(例えば、投与または対照と比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または少なくとも98%以上、例えば、投与または対照と比較して最大100%)の増加を生じ得る。他の実施形態では、調節は、対象において感染マーカーレベルを減少させることである。対象における感染マーカーレベルの減少は、投与または対照と比較して少なくとも1%(例えば、投与または対照と比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または少なくとも98%以上、例えば、投与または対照と比較して最大100%)の減少を生じ得る。一部の実施形態では、本発明の結合体の投与後、脳脊髄もしくは尿の白血球細胞カウント、赤血球沈降速度、肝トランスアミナーゼ、血清アルカリホスファターゼ、または無菌の体液培養物における細菌成長が、減少する。白血球細胞の血液レベルは、これらの感染マーカーが、正常範囲より上であるか、または下であるかに応じて、正常レベルに向かって調節され得る。付き添っている医療従事者(例えば、医師またはナース・プラクティショナー)が、感染マーカー調節の望ましい方向を決定してもよい。
特定の実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断され、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤)を放出する際)、インビトロアッセイにおいて新生物細胞の生存能力を低減するか、または癌の動物モデルにおいて腫瘍負荷量を減少する。一部の実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断されて、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤)を放出する際)、疼痛の量または患者により使用される支えとなる薬物治療を低減する、例えば、対象において、オピオイド薬物治療の持続期間を変化させるか、または組み換えヒト顆粒球コロニー刺激因子類似体の必要性を減少する(例えば、対照群と比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%以上)。ある特定の実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断されて、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤)を放出する際)、患者における有害な現象の発生率を低減する、例えば、CIPNの患者により報告された結果、患者の頭痛強度スコア、末梢性感覚ニューロパチーに起因して化学療法を停止する患者の割合、もしくは有害な現象に起因して化学療法用量強度の減少が必要な患者の割合を変化させる(例えば、対照群と比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または98%以上)。特定の実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断されて、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤)を放出する際)、患者における疾患の進行の複合的な評価項目、例えば、対象における客観的な応答率、進行せずに生存、全体的な生存、応答率を改善する(例えば、対照群と比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%または98%以上)。一部の実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断されて、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤)を放出する際)、対象において、癌マーカーレベル、例えば、細胞毒性T細胞カウント、T1細胞カウント、インターフェロンγ(IFNγ)レベル、インターロイキン−17(IL17)レベル、または細胞間接着分子(ICAM)レベルを増大する(例えば、対照群または投与前もしくは対照のレベルと比較して少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%以上)。ある特定の実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断されて、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤)を放出する際に)、対象において、癌マーカー、例えば、NFκBレベル、MMP9レベル、8−イソ−PGF2αレベル、またはCXCL13レベルを低減する(例えば、対照群または投与前もしくは対照のレベルと比較して、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%以上)。さらなる実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断されて、ペイロード(例えば、抗腫瘍剤)を放出する際)、対象において、癌マーカー、例えば、T1細胞カウント、IgAレベル、またはiNOSレベルを調節する(増大するか、または減少する)(例えば、対照群または投与前もしくは対照のレベルと比較して、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または98%以上)。担当の医師または看護師は、T1細胞数、IgAレベル、またはiNOSレベルの増加または減少が望ましいかどうかを判断することができる。
癌マーカーは、当分野で公知の方法を使用して測定され得る。例えば、血液試料分析を実施して、CD4CD25Treg細胞(例えば、CD4CD25Foxp3+Treg細胞)の数、細胞傷害性T細胞数、T1レベル、NFκBレベル、誘導型一酸化窒素合成酵素(iNOS)レベル、マトリクスメタロペプチダーゼ9(MMP9)レベル、インターフェロンγ(IFNγ)レベル、インターロイキン−17(IL17)レベル、細胞間接着分子(ICAM)レベル、CXCL13レベル、および8−イソ−プロスタグランジンF2α(8−イソ−PGF2α)レベルを測定してもよい。
特定の実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断され、ペイロード(例えば、抗感染剤)を放出する際)、インビトロアッセイにおいて感染細胞の生存能力を低減するか、または癌の動物モデルにおいて感染負荷量を減少する。
加えて、または或いは、本発明の方法は、感染または感染と関連する病変を処置してもよい。特定の実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断され、ペイロード(例えば、抗感染剤)を放出する際)、インビトロアッセイにおいて感染因子の生存能力を低減するか、または癌の動物モデルにおいて感染負荷量を減少する。特定の実施形態では、本明細書において記載される結合体は(例えば、切断されて、ペイロード(例えば、抗感染剤)を放出する際)、患者における疾患進行または退縮の個々または複合的な評価項目、例えば、発熱の持続期間、上昇した血液白血球細胞カウントレベルの持続期間、入院期間、臨床治癒率、微生物学的治癒率、抜管までの時間、集中治療室を出るまでの時間、主要臓器不全の発生または持続期間を改善する。
加えて、または代わりに、本発明の方法は、それを必要とする対象におけるマイクロバイオームを調節するためであってもよい。それを必要とする対象におけるマイクロバイオームの調節は、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエの低減を生じ得る。
加えて、または代わりに、本発明の方法は、それを必要とする対象における癌(例えば、結腸直腸癌)を処置するためであってもよい。理論により結び付けられることを望まないが、本発明の結合体は、投与の際、対象の身体を介して分散するか、または進み得ると考えられている。
本発明の方法は、治療上有効量の本発明の結合体をそれを必要とする対象(例えば、結腸直腸癌に罹患している対象)に投与する工程を含む。治療上有効量の本発明の結合体は、モルで測定されるとき、治療上有効量より少ない量の結合していないペイロード(例えば、抗腫瘍剤または抗菌剤)であってもよい。例えば、治療上有効量の本発明の結合体は、治療上有効量より少なくとも10%(例えば、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、または少なくとも50%、例えば、最大90%、最大80%、最大70%、または最大60%)少ない量の対応する結合していないペイロード(例えば、抗腫瘍剤または抗菌剤)であってもよい。あるいは、治療上有効量の本発明の結合体は、治療上有効量と等しいか、またはそれを超える対応する結合していないペイロード(例えば、抗腫瘍剤または抗菌剤)であってもよい。例えば、治療上有効量の本発明の結合体は、治療上有効量より少なくとも10%(例えば、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも100%、または少なくとも200%、例えば、最大500%、最大400%、最大300%、または最大200%)多い対応する結合していないペイロード(例えば、抗腫瘍剤または抗菌剤)であってもよい。
さらに、本明細書において記載される方法は、結腸直腸癌と診断された対象のGI管における大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエの存在または量を決定する工程を含んでもよい。例えば、決定工程は、結腸直腸癌と診断された対象のGI管における大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエの存在または量について、対象の評価を行う工程、評価をもたらす工程、または評価の結果を得る工程を含んでもよい。典型的には、対象のGI管における大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエの存在または量は、対象の糞便試料において、または対象の口腔由来の試料において決定され得る。対象由来の試料における大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエの存在または量は、例えば、PCR、細菌学的培養分析、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、ガス−液体クロマトグラフィー、および/または細菌酵素活性分析を使用して、当該技術分野で公知の方法を使用して測定されてもよい。
本発明はまた、対象が、新生物細胞および本発明の結合体を切断する能力のある細菌を含むかどうかを決定することにより、本発明の結合体を使用した治療の好ましい候補として対象を同定する方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象を処置する方法であって、方法は、本発明の結合体を対象に投与する工程をさらに含む。同定工程の前または後に、対象は、癌(例えば、結腸直腸癌)と診断されてもよい。対象が、本発明の結合体を使用した治療の好ましい候補であるかどうかを評価するために、ペイロードとして保護され、不活性な蛍光または比色分析色素が、エクスビボで対象由来の試料(例えば、生検試料)の一部に加えられてもよい。細菌が存在するなら、色素が放出され、色素(色素中のフルオロフォア/発色団)により放出されるシグナルを生じ、これにより、本発明の結合体を使用した治療の好ましい候補として対象を同定してもよい、
ある特定の状況において、糞便試料または体液を集めて、細菌または腫瘍と局在化する細菌により産生されるタンパク質の存在についてスクリーニングする。例えば、上で記載された細菌と関連する癌(例えば、前立腺癌、胆嚢癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、または前癌FAP)に罹患している対象は、かかる採取物の適当な候補である。
腫瘍生検における細菌または細菌タンパク質の存在を評価して、治療について適当な対象を同定してもよい。この評価を行うために、生検は、組織学的解析(悪性細胞の存在を決定するため)、配列決定解析(細菌もしくは細菌タンパク質の存在を決定するため)、および/または診断活性解析のため集められ、分けられてもよい。配列解析のため、DNAおよびRNAは、新生物細胞から抽出され、対象の細菌を同定するための16S rRNA配列決定を使用して、調べられてもよい。細菌のタンパク質自体の存在は、qPCRまたは全ゲノムDNAもしくはRNA配列決定(すなわち、RNA seq)を使用して決定されてもよい。腫瘍生検が悪性であり、対象の細菌/細菌タンパク質が陽性であるなら、対象は治療の候補である。
ある特定の実施形態では、対象は、本発明の結合体を切断する能力がある細菌を有するものとして対象を同定するために使用されるものと同じ試料に基づき、癌を有するものとして特定されてもよい。本発明の方法において、対象由来の試料は、細菌(例えば、サルモネラ・エンテリカ(例えば、サルモネラ・エンテリカ種エンテリカ血清型チフス株)、バクテロイデス・フラジリス(例えば、腸内毒素原性バクテロイデス・フラジリス)、大腸菌(例えば、PKS+大腸菌)、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、またはクラミジア・トラコマティス)のごく近傍に位置することが知られた新生物細胞の存在(例えば、胆嚢、結腸、乳房、または子宮頸部)についてスクリーニングされてもよい。本発明の方法において、対象は、細菌または細菌タンパク質(例えば、サルモネラ・エンテリカ(例えば、サルモネラ・エンテリカ種エンテリカ血清型チフス株)、バクテロイデス・フラジリス(例えば、腸内毒素原性バクテロイデス・フラジリス)、大腸菌(例えば、PKS+大腸菌)、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、またはクラミジア・トラコマティス)の存在についてスクリーニングされてもよい。
本明細書において記載される方法において、本発明の結合体は、医薬組成物(例えば、本明細書において記載されるもの)において投与されてもよい。
結合体の調製
本発明の結合体は、当該技術分野で公知の反応種類および技術を使用して調製されてもよい。例えば、ペイロードは、アミド化またはエステル化反応により、認識エレメントに直接結合されてもよい。あるいは、ペイロードは、リンカーを介して認識エレメントに共有結合されてもよい。ペイロードを認識エレメントに結合する共有結合性リンカーを有する結合体の調製は、第一に、リンカー部分とペイロードの間の共有結合形成、第二に、認識エレメントとリンカー部分の間の共有結合形成を含んでもよいか、または共有結合形成工程の順序が逆転してもよい。共有結合形成工程は、アミド化および/またはエステル化反応条件下で行われてもよい。
アミド化条件は、当該技術分野において公知であり、例えば、典型的なアミド条件は、EDC/DMAP、EDC/HOBt、HATU/HOAt、またはHBTU/HOAtのような試薬の使用を含む。エステル化反応条件は、当該技術分野で公知である。例えば、エステル化条件は、中間体混合無水物を調製し、次に、これを求核体と反応させるためのステグリックエステル化(例えば、EDC/DMAP)、またはイソ−ブチルクロロホルメートおよびN−メチルモルホリンを用いた処理を含んでもよい。アミド化およびエステル化反応において、EDCは、例えば、EDC−HClまたはEDCIとして提供されてもよい。
当業者は、本発明の結合体の調製においてある特定の変換は、保護基の使用を必要とし得ることを認識する。保護基およびそれらの使用方法は、Greene、「Protective Groups in Organic Synthesis」、第3編(John Wiley & Sons、New York、1999年)に詳細に記載される。
本発明の結合体への合成経路の非限定的な例は、以下のスキームにおいて提供される。
Figure 2021535092
スキーム1は、(工程1)O−保護されたリンカー部分と認識エレメントの間のアミド化、(工程2)リンカー部分上のO−保護基を除去して、−COOHを明らかにする、および(工程3)工程2生成物のヒドロキシル基を有するペイロードでのエステル化して、本発明の結合体の実施形態を形成する、による本発明の結合体の調製を説明する。
Figure 2021535092
スキーム2は、(工程1)アミンを有するペイロードとp−ニトロクロロギ酸ベンジルの間の反応を介したカルバメート形成、(工程2)工程1の生成物におけるニトロ基の還元、および(工程3)認識エレメントと工程2の生成物の間のアミド化反応で、本発明の結合体の実施形態を形成する、による、本発明の結合体の調製を説明する。
Figure 2021535092
スキーム3は、リンカーに結合した認識エレメントまたは本発明の結合体を脱離基(例えば、ハロゲン化物または擬ハロゲン化物)を有するペイロードとの求核置換反応に供して、本発明の結合体の実施形態を生成することによる、本発明の第4級アンモニウム塩ベースの結合体の調製を説明する。求核置換反応条件は、当該技術分野で公知である。例えば、Carey and Sundberg、「Advanced Organic Chemistry,Part B:Reactions and Synthesis」、第4編(Kluwer Academic/Plenum Publishers、New York、2001年)を参照されたい。
Figure 2021535092
スキーム4は、(工程1)脱離基(例えば、ハロゲン化物または擬ハロゲン化物)を有する認識エレメントを任意で置換される2−フェニル−3−ヒドロキシルアクロレインと求核置換反応条件下で反応させ、続いて、アルデヒドカルボニルの低減、(工程2)工程1の生成物を、求電子ギ酸変換剤に変換すること、および(工程3)工程2の生成物を、ペイロード(例えば、ヒドロキシルまたはアミノ基を有するペイロード)と反応させて、本発明の結合体の実施形態(例えば、本発明の結合体、ここで、ペイロードが、カルボネートまたはカルバメート基を介してリンカーに結合される)を生成することによる、本発明の結合体の調製を説明する。カルボニル還元反応条件は、当該技術分野で公知である。典型的には、アルデヒドカルボニルは、水素化ホウ素化合物(例えば、水素化ホウ素ナトリウム、水素化ホウ素リチウム、または水素化トリエチルホウ素リチウム)を使用して低減され得る。
Figure 2021535092
スキーム5は、(工程1)カルボキシレート基を有する認識エレメントとリンカー部分HN−L−NHBocの間のアミド化反応、(工程2)工程1の生成物上のBoc−保護基の除去、(工程3)工程2の生成物を、カルボニルジイミダゾールと任意で置換される2−フェニル−3−ヒドロキシアクロレインを反応させること、(工程4)アルデヒドカルボニルを還元し、得られたアルコールを求電子ギ酸変換剤に変換すること、および(工程5)工程4の生成物をペイロードと、エステル化またはアミド化反応条件下で反応させて、本発明の結合体の実施形態を生成させることによる、本発明の結合体の調製を説明する。
医薬組成物
本明細書において開示される結合体は、インビボでの投与に適した生物学的に適合な形態でヒト対象に投与するための医薬組成物に製剤化されてもよい。医薬組成物は、典型的には、本明細書において記載される結合体および生理学的に許容される賦形剤(例えば、医薬的に許容される賦形剤)を含む。
本明細書において記載される結合体はまた、遊離酸/遊離塩基の形態、塩の形態、双性イオンの形態、または溶媒和物として使用することもできる。すべての形態が、本発明の範囲内である。結合体、塩、双性イオン、溶媒和物、またはその医薬組成物は、当業者に理解されるように、選択された投与経路に応じて様々な形態で対象に投与され得る。本明細書において記載される結合体は、例えば、経口、直腸、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、経皮、経鼻、肺内、くも膜下腔内、直腸、局所、病巣内、または腫瘍内投与により、およびそれに応じて製剤化された医薬組成物により投与されてもよい。本明細書において記載される方法において使用され得る本発明の結合体は、例えば、経口、非経口、口腔、舌下、鼻腔、直腸、パッチ、ポンプ、または経皮投与により、およびそれに応じて製剤化された医薬組成物により投与されてもよい。非経口投与は、選択された期間にわたって持続的に点滴を行うことにより投与されてもよい。
ヒト使用に関し、本明細書に開示される結合体は、単独で、または意図される投与経路および標準的な薬学実務に関して選択された医薬担体と混合されて投与することができる。したがって、本発明に従った使用のための医薬組成物は、医薬的に使用することができる製剤へと本明細書に開示される結合体を処理することを容易にする賦形剤および補助剤を含む、一つ以上の生理学的に許容される担体を使用して、標準的な方法で製剤化することができる。
本開示はまた、一つ以上の生理学的に許容される担体を含み得る医薬組成物も含む。本発明の医薬組成物の製造において、有効成分は、典型的には賦形剤と混合され、賦形剤により希釈され、または例えばカプセル、サシェ、紙、もしくは他の容器の形態の担体内に封入される。賦形剤が希釈剤として機能する場合、賦形剤は、固体、半固体、または液体材料(例えば、通常の生理食塩水)であってもよく、それらは活性成分のビヒクル、担体、または媒体として機能する。したがって、組成物は、錠剤、粉末、トローチ、サシェ、カシェ、エリキシル、懸濁液、エマルション、溶液、シロップ、ならびに軟ゼラチンカプセルおよび硬ゼラチンカプセルの形態であってもよい。当分野で公知であるように、希釈剤の種類は、意図される投与経路に応じて変化し得る。得られた組成物は、例えば、保存剤などの追加的な剤を含んでもよい。
賦形剤または担体は、投与様式および投与経路に基づき選択される。医薬製剤での使用に対し、適切な医薬用担体ならびに医薬必需品は、当分野でよく知られた参考文献であるRemington:The Science and Practice of Pharmacy,21st Ed.,Gennaro,Ed.,Lippencott Williams & Wilkins(2005)、およびUSP/NF(United States Pharmacopeia and the National Formulary)に記載されている。適切な賦形剤の例は、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アカシアゴム、リン酸カルシウム、アルギン酸塩、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶性セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、シロップ、およびメチルセルロースである。製剤はさらに、潤滑剤、例えば、滑石、ステアリン酸マグネシウム、および鉱物油;湿潤剤;乳化剤および懸濁剤;保存剤、例えば、安息香酸メチルおよびヒドロキシ安息香酸プロピル;甘味剤;ならびに香味剤を含んでもよい。他の例示的な賦形剤は、Handbook of Pharmaceutical Excipients,6th Edition,Rowe et al.,Eds.,Pharmaceutical Press(2009)に記載されている。
これらの医薬組成物は、従来的な方法で製造することができ、例えば、従来的な混合、溶解、顆粒化、糖衣錠作製、粉末化、乳化、被包、封入または凍結乾燥の処理により製造することができる。製剤作製に関する当分野に公知の方法は、例えば、Remington:The Science and Practice of Pharmacy,21st Ed.,Gennaro,Ed.,Lippencott Williams & Wilkins (2005)、およびEncyclopedia of Pharmaceutical Technology,eds.J.Swarbrick and J.C.Boylan,1988−1999,Marcel Dekker,New Yorkに見いだされる。適正な製剤化は、選択された投与経路に依存する。そうした組成物の製剤化および調製は、医薬製剤の分野の当業者に公知である。製剤の調製において、結合体を粉砕して、他の成分と組み合わせる前に適切な粒径を提供することができる。結合体が実質的に不溶性であるなら、200メッシュ未満の粒径に粉砕することができる。結合体が実質的に水溶性であるなら、粒径は、粉砕によって調節されて、製剤化において、例えば、約40メッシュなど、実質的に均一な分布を提供することができる。
投薬量
本明細書において記載される方法において使用される結合体、またはその医薬的に許容される塩もしくはプロドラッグ、またはその医薬組成物の投薬量は、例えば、結合体の薬力学的特性、投与様式、レシピエントの年齢、健康状態および体重、症状の性質および程度、治療頻度、およびもしあれば併用治療の種類、ならびに治療される対象における結合体のクリアランス速度などの多くの因子に応じて変化し得る。当業者であれば、上記の因子に基づき適切な用量を決定することができる。本明細書に記載される方法において使用される結合体は、臨床反応に応じて、必要なときに調整され得る好適な用量で最初に投与され得る。概して、本明細書に開示される結合体の好適な1日用量は、治療効果を生じさせるために有効な最低投与量である、結合体の量である。そうした有効投与量は概して、上述の因子に依存する。
本明細書に開示される結合体は、単回用量または複数回用量で対象に投与され得る。複数投与量が投与される場合、投与量は、例えば1〜24時間、1〜7日、または1〜4週で互いに分けられてもよい。結合体は、スケジュールに従って投与されてもよく、または結合体は、所定のスケジュールを伴わずに投与されてもよい。任意の特定の対象について、個々の必要性、および組成物の投与を管理または監督する者の専門的判断に従って、具体的な投薬レジメンを経時的に調整するべきである。
結合体は、投与形態で提供されてもよい。ある特定の実施形態では、投薬形態は、本明細書において開示される少なくとも一つの結合体の投与用に設計され、ここで、投与される結合体の総量は、例えば、担当医またはナース・プラクティショナーにより確立され得る。
本発明の方法において、本明細書において開示される結合体の複数回用量が対象に投与される期間は、変化し得る。例えば、一部の実施形態では、結合体の用量は、1〜7日、1〜12週間、または1〜3カ月の期間にわたって対象に投与される。他の実施形態では、結合体は、例えば、4〜11カ月または1〜30年の期間にわたって対象に投与される。さらに他の実施形態では、本明細書に開示される結合体は、症状の発症時に対象に投与される。これらの実施形態のいずれかでは、投与される結合体の量は、投与期間中、変化し得る。結合体が毎日投与される場合、投与は、例えば、1日当たり1回、2回、3回、または4回行われてもよい。
製剤
本明細書において記載される結合体は、単位剤形中、医薬的に許容される希釈剤、担体、または賦形剤と共に対象に投与され得る。従来的な薬学実務を採用して、障害を患う対象に結合体を投与するための好適な製剤または組成物を提供してもよい。対象が症状を示す前に投与を開始してもよい。
本発明で使用される、本明細書に開示される結合体またはその医薬組成物の例示的な投与経路としては、経口、舌下、口腔、経皮、皮内、筋肉内、非経口、静脈内、動脈内、肺内、頭蓋内、皮下、眼窩内、脳室内、脊髄内、くも膜下腔内、病巣内、腫瘍内、腹腔内、鼻腔内、吸入、および局所投与が挙げられる。結合体は、生理学的に許容される担体(例えば、医薬的に許容される担体)と共に投与されることが望ましい。本明細書に記載される障害の治療のために製剤化される、本明細書に記載される結合体の医薬製剤も、本発明の一部である。いくつかの好ましい実施形態では、本明細書に開示される結合体は、経口で対象に投与される。他の好ましい実施形態では、本明細書に開示される結合体は、局所的に対象に投与される。
経口投与用製剤
本発明に予期される医薬組成物は、経口投与用に製剤化されたもの(「経口剤形」)を含む。経口剤形は、例えば、生理学的に許容される賦形剤(例えば、医薬的に許容される賦形剤)との混合物中に活性成分を含有する、錠剤、カプセル、液状溶液もしくは懸濁液、粉末、または液状結晶もしくは固体結晶の形態であり得る。これらの賦形剤は、例えば、不活性な希釈剤または充填剤(例えば、スクロース、ソルビトール、糖、マンニトール、微結晶性セルロース、ジャガイモデンプンを含むデンプン、炭酸カルシウム、塩化ナトリウム、ラクトース、リン酸カルシウム、硫酸カルシウム、またはリン酸ナトリウム)、造粒剤および崩壊剤(例えば、微結晶性セルロースを含むセルロース誘導体、ジャガイモデンプンを含むデンプン、クロスカルメロースナトリウム、アルギン酸塩、またはアルギン酸)、結合剤(例えば、スクロース、グルコース、ソルビトール、アカシア、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、ゼラチン、デンプン、アルファデンプン、微結晶性セルロース、ケイ酸マグネシウムアルミニウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、エチルセルロース、ポリビニルピロリドン、またはポリエチレングリコール)、ならびに潤滑剤、流動促進剤、および付着防止剤(例えば、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸亜鉛、ステアリン酸、シリカ、水素化植物油または滑石)であってもよい。他の生理学的に許容される賦形剤(例えば、医薬的に許容される賦形剤)は、着色剤、香味剤、可塑剤、保湿剤、緩衝剤などがあり得る。
また経口投与用の製剤は、チュアブル錠として、不活性固体希釈剤(例えば、ジャガイモデンプン、ラクトース、微結晶性セルロース、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、またはカオリン)と活性成分が混合されている硬質ゼラチンカプセルとして、または水媒体もしくは油性媒体、例えばピーナッツ油、流動パラフィンまたはオリーブ油と活性成分が混合されている軟ゼラチンカプセルとして、提供されてもよい。粉末、顆粒、およびペレットは、例えば、ミキサー、流動層装置、または噴霧乾燥装置を使用して、従来的な様式で錠剤およびカプセルの下、上述の成分を使用して調製されてもよい。
経口用途の放出制御組成物は、活性原薬の溶解および/または拡散を制御することによって活性薬剤を放出するように構築されてもよい。時間プロファイルに対する放出制御と目標血漿濃度を得るために、多数の戦略のいずれかを続行させることができる。一例では、放出制御は、様々な製剤パラメータと、例えば様々なタイプの放出制御組成物とコーティングを含む成分を適切に選択することにより取得される。例としては、単一単位または複数単位の錠剤またはカプセル組成物、油溶液、懸濁液、エマルション、マイクロカプセル、マイクロスフィア、ナノ粒子、パッチ、およびリポソームが挙げられる。ある実施形態では、組成物は、生分解性でpHおよび/または温度感受性のポリマーコーティングを含む。
溶解または拡散を制御した放出は、結合体の錠剤、カプセル、ペレット、または顆粒製剤を適切にコーティングすることにより、または結合体を適切なマトリクスに組み込むことにより達成することができる。放出制御コーティングは、上述のコーティング物質、ならびに/または例えば、セラック、蜜蝋、グリコワックス(glycowax)、カスターワックス(castor wax)、カルナバワックス、ステアリルアルコール、モノステアリン酸グリセリル、ジステアリン酸グリセリル、パルミトステアリン酸グリセロール、エチルセルロース、アクリル樹脂、dl−ポリ乳酸、酢酸酪酸セルロース、ポリ塩化ビニル、ポリ酢酸ビニル、ビニルピロリドン、ポリエチレン、ポリメタクリレート、メチルメタクリレート、2−ヒドロキシメタクリレート、メタクリレートハイドロゲル、1,3−ブチレングリコール、エチレングリコールメタクリレート、および/またはポリエチレングリコールのうちの一つ以上を含んでもよい。放出制御マトリクス製剤では、マトリクス材料はさらに、例えば、水和メチルセルロース、カルナバワックス、およびステアリルアルコール、カーボポール934、シリコン、トリステアリン酸グリセリル、アクリル酸メチル−メチルメタクリレート、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、および/またはハロゲン化フルオロカーボンを含んでもよい。
本発明の結合体および組成物が、経口投与を目的として組み込まれることができる液状形態としては、水溶液、好適なフレーバーシロップ、水性または油性の懸濁液、および例えば、綿実油、ゴマ油、ココナッツ油、またはピーナッツ油などの食用油とのフレーバーエマルション、ならびにエリキシル、ならびに類似の医薬用ビヒクルが挙げられる。
口腔投与用製剤
口腔投与または舌下投与に対する用量は、通常、必要に応じて、1回の投与あたり0.1〜500mgである。実務的には、医師が個々の患者に最も適した実際の投薬レジメンを決定し、その用量は、特定の患者の年齢、体重、および反応に応じて変化する。上記の用量は平均的な事例であるが、より高用量または低用量が有益となる個々のケースも存在し、そうした例も本発明の範囲内である。
口腔投与に関しては、組成物は、従来的な方法で製剤化される錠剤、トローチ剤などの形態をとってもよい。ネブライザーおよび液体噴霧装置および電気流体力学的(EHD)エアロゾル装置と併用するのに好適な液体薬物製剤は、医薬的に許容される担体と共に本明細書に開示される結合体を含むのが一般的である。医薬的に許容される担体は、液体、例えば、アルコール、水、ポリエチレングリコール、またはパーフルオロカーボンであることが好ましい。任意に、別の材料を加えて、本明細書に開示される結合体の溶液または懸濁液のエアロゾル特性を変えてもよい。望ましくは、この材料は液体、例えば、アルコール、グリコール、ポリグリコール、または脂肪酸である。エアロゾル装置での使用に適した液状薬物の溶液または懸濁液を製剤化するための他の方法は、当業者に公知である(例えば、Biesalski、米国特許第5,112,598号およびBiesalski、第5,556,611号を参照のこと。それら文献は、参照により本明細書に組み込まれる)。
経鼻投与および吸入投与のための製剤化
結合体は、経鼻投与用に製剤化されてもよい。経鼻投与用の組成物は、エアロゾル、ドロップ、ゲル、および粉末として製剤化されると好都合である。製剤は、単回または複数回の投与形態で提供されてもよい。ドロッパーまたはピペットの場合、適切な規定量の溶液または懸濁液を患者に投与することにより、投与が達成されてもよい。噴霧の場合には、定量霧化スプレーポンプにより達成されてもよい。
結合体は、エアロゾル投与用にさらに製剤化されてもよく、特に鼻腔内投与を含む、吸入による気道へのエアロゾル投与用に製剤化されてもよい。結合体は概して、例えば5ミクロン以下の桁の小さい粒径を有する。そうした粒径は、例えば微紛化などの当分野で公知の手段により得ることができる。活性成分は、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、またはジクロロテトラフルオロエタンなどのクロロフルオロカーボン(CFC)、または二酸化炭素、またはその他の好適なガスなどの適切な噴射剤を含む加圧パック中で提供される。エアロゾルはさらに、例えばレシチンなどの界面活性剤を含有すると好都合である。薬物の投与量は、定量弁によって制御されてもよい。あるいは、有効成分は、乾燥粉末、例えば、ラクトース、デンプンおよびデンプン誘導体、例えばヒドロキシプロピルメチルセルロース、およびポリビニルピロリジン(polyvinylpyrrolidine)(PVP)などの好適な粉末ベースでの結合体の粉末混合物の形態で提供されてもよい。粉末担体は、鼻腔中でゲルを形成する。粉末組成物は、例えば、ゼラチンまたはブリスターパックなどのカプセルまたはカートリッジでの単位用量形態で提供されてもよく、それらから吸入器により粉末が投与されてもよい。
エアロゾル製剤は、典型的には、生理学的に許容される水性または非水性の溶媒中で、活性物質の溶液または微細懸濁液を含み、通常、密封容器において滅菌形態で単回または複数回の投与量で提供され、霧化装置と併用するためのカートリッジまたはリフィルの形態を取ることができる。あるいは密封容器は、単位的な分配装置であってもよく、例えば、使用後には廃棄が意図される定量弁を備えた単回投与経鼻吸入器またはエアロゾルディスペンサーなどであってもよい。剤形がエアロゾルディスペンサーを備える場合、例えば圧縮空気、または有機推進剤、例えばフルオロクロロヒドロカーボンなどの圧縮ガスであり得る推進剤を含む。エアロゾル剤形はさらに、ポンプアトマイザーの形態をとることもできる。
非経口投与用製剤
本発明方法における使用のための本明細書に記載の結合体は、本明細書に記載の医薬的に許容される非経口(例えば、静脈内または筋肉内)製剤において投与することができる。医薬製剤はまた、標準的で非毒性な医薬的に許容される担体およびアジュバントを含む剤形または製剤において、非経口(静脈内、筋肉内、皮下など)で投与されてもよい。特に、非経口投与に適した製剤としては、水性または非水性の滅菌注射溶液が挙げられ、それらは抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、および意図されるレシピエントの血液との等張性を製剤に与える溶質を含んでもよい。また、水性または非水性の滅菌懸濁液も挙げられ、それらは懸濁化剤および増粘剤を含んでもよい。例えば、そのような組成物を調製するために、本発明の結合体は、非経口的に許容される液体ビヒクル中で溶解または懸濁されてもよい。採用され得る許容可能なビヒクルおよび溶媒の中では、水、適切な量の塩酸、水酸化ナトリウムまたは適切な緩衝剤、1,3−ブタンジオール、リンゲル液、および等張塩化ナトリウム溶液を添加することにより適切なpHに調整された水が挙げられる。水性製剤はさらに、例えば、メチル、エチル、またはn−プロピルp−ヒドロキシ安息香酸塩などの一つ以上の保存剤を含有してもよい。非経口製剤に関する追加情報は、例えば、United States Pharmacopeia−National Formulary(USP−NF)に見出すことができ、当該文献は参照により本明細書に組み込まれる。
非経口製剤は、非経口投与に適するとして、USP−NFにより特定される5種類の一般的な調製物のいずれかであってもよい。
(1)「薬剤の注射」:原薬(例えば、本発明の結合体)、またはその溶液である液体調製物;
(2)「注射用薬剤」:薬物注射としての非経口投与に適した滅菌ビヒクルと混合される乾燥固体としての原薬(例えば、本発明の結合体);
(3)「薬剤注射可能なエマルション」:適切なエマルション媒体に溶解または分散された原薬(例えば、本発明の結合体)の液体調製物;
(4)「薬剤注射可能な懸濁液」:適切な液体媒体中に懸濁された原薬(例えば、本発明の結合体)の液体調製物;および
(5)「注射可能な懸濁液用の薬剤」:薬剤注射可能な懸濁液としての非経口投与に適した滅菌ビヒクルと混合される乾燥固体としての原薬(例えば本発明の結合体)。
非経口投与用の例示的な製剤としては、例えばヒドロキシプロピルセルロースなどの界面活性剤と好適に混合されて水中で調製された結合体の溶液が挙げられる。グリセロール、液体ポリエチレングリコール、DMSO、およびアルコールを含むまたは含まないそれらの混合物での分散溶液、および油中の分散溶液も調製され得る。保存および使用の通常の条件下で、これらの調製物は微生物の増殖を防ぐための保存剤を含有してもよい。適切な製剤の選択と調製に関する標準的な手順と成分は、例えば、Remington:The Science and Practice of Pharmacy,21st Ed.,Gennaro,Ed.,Lippencott Williams & Wilkins (2005)、および2013年に公開されたThe United States Pharmacopeia:The National Formulary (USP 36 NF31)に記載されている。
非経口投与用製剤は、例えば、賦形剤、滅菌水または生理食塩水、ポリアルキレングリコール、例えばポリエチレングリコール、植物起源の油、または水素化ナフタレンなどを含んでもよい。生体適合性の生分解性ラクチドポリマー、ラクチド/グリコリドコポリマー、またはポリオキシエチレン−ポリオキシプロピレンコポリマーを使用して、結合体の放出を制御してもよい。結合体に有用な可能性のある他の非経口送達システムとしては、エチレン−酢酸ビニルコポリマー粒子、浸透圧ポンプ、移植可能な注入システム、およびリポソームが挙げられる。吸入用製剤は、賦形剤、例えばラクトースを含有してもよく、または例えばポリオキシエチレン−9−ラウリルエーテル、グリココール酸塩およびデオキシコール酸塩を含有する水溶液であってもよく、または点鼻薬の形態で、もしくはゲルとしての投与用の油性溶液であってもよい。
非経口製剤は、結合体の即時放出用に製剤化されてもよく、または持続/長期放出用に製剤化されてもよい。結合体の非経口放出用の製剤の例としては、水溶液、再構成用粉末、共溶媒溶液、油/水エマルション、懸濁液、油系溶液、リポソーム、マイクロスフィア、およびポリマーゲルが挙げられる。
以下の実施例は、本発明の解説を意図している。それらは、いかなる点でも本発明を限定することを意図していない。
化合物の調製
Figure 2021535092
実施例1:メチルテトラデカノイル−D−アスパラギニル−L−アラニネート
工程1:
Boc−D−アスパラギン(15.9g、69mmol、1.2当量)、HOBt(10.6g、63mmol、1.1当量)、およびLアラニンメチルエステルヒドロクロリド(8g、57mmol、1当量)を、無水DMF(300mL)に溶解し、続いて、トリエチルアミン(17.4mL、126mmol、2.2当量)を加えた。混合物を、氷浴で0℃まで冷却し、EDC.HCl(12g、63mol、1.1当量)を加えた。反応混合物を0℃で15分間攪拌し、次に、氷浴を取り除き、反応物を、室温で一晩攪拌した。混合物を、酢酸エチル(1L)で希釈し、飽和NHCl溶液(1L)、飽和NaHCO(1L)、脱イオン水(1L)、および塩水(1L)で洗浄した。有機層を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて、濾過し、回転蒸発により濃縮させて、Boc−D−Asn−L−Ala−OMeを白色の固体(6.6g、36%)として得て、それを、さらに精製することなく次の工程で使用した。H NMR(400MHz、DMSO−d)δ8.04(d、J=7.4Hz、1H)、7.23(s、1H)、6.94〜6.74(m、2H)、4.31〜4.18(m、2H)、3.60(s、3H)、2.45〜2.24(m、2H)、1.36(s、9H)、1.24(d、J=7.2Hz、3H)。LCMS[M+H]318.1。
工程2:
Boc−D−Asn−L−Ala−OMe(0.8g、2.5mmol、1当量)を、THF(12mL)において溶解し、続いて、ジオキサン中の4M HCl(6.3mL、25mmol、10当量)を窒素下で滴下した。反応物を、窒素下で一晩撹拌し、次に、溶媒を、真空下で除去して、D−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩を白色の粉末(0.6g、93%)として得て、それを、さらに精製することなく次の工程で使用した。H NMR(400MHz、DMSO−d)δ8.89(d、J=7.1Hz、1H)、8.17(s、3H)、7.69(s、1H)、7.22(s、1H)、4.29(p、J=7.2Hz、1H)、4.04(s、1H)、3.63(s、3H)、2.71(dd、J=16.9、4.8Hz、1H)、2.62(dd、J=16.8、7.9Hz、1H)、1.28(d、J=7.2Hz、3H)。LC/MS[M+H]218.2。
工程3:
テトラデカン酸(270mg、1.2mmol、1.5当量)、HOBt(150mg、0.87mmol、1.1当量)およびEDC・HCl(230mg、1.2mmol、1.5当量)を、無水DMF(0.2M)に溶解し、続いて、トリエチルアミン(0.27mL、2.0mmol、2.5当量)を加えた。反応物を、30分間攪拌し、そのときに、D−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(200mg、0.79mmol、1当量)を一度に加えた。反応物を、室温で一晩攪拌し、次に、水を加えて、溶液を清澄化した。逆層C18クロマトグラフィーに注入する前に、追加のDMSOを加え、不溶性物質を濾去した。生成物を、白色の固体(25mg、7.4%)として精製した。LCMS[M−H]426.4。H NMR(400MHz、DMSO−d)δ8.03(d、J=7.3Hz、1H)、7.90(d、J=8.2Hz、1H)、7.23(s、1H)、6.82(s、1H)、4.56(td、J=7.9、6.0Hz、1H)、4.23(p、J=7.2Hz、1H)、3.59(s、3H)、2.47〜2.25(m、2H)、2.07(t、J=7.4Hz、2H)、1.49〜1.41(m、3H)、1.28〜1.20(m、25H)、0.84(t、J=6.8Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例2:メチルオクタノイル−D−アスパラギニル−L−アラニネート
工程1:
DMF(5mL)中の(tert−ブトキシカルボニル)−D−アスパラギン(998mg、4.30mmol、1.2当量)、HOBt(532mg、3.94mmol、1.1当量)、メチルL−アラニネート.HCl(500mg、3.58mmol、1当量)、TEA(797mg、7.88mmol、1.10mL、2.2当量)の溶液に、EDCI(755mg、3.94mmol、1.1当量)を0℃で加えた。混合物を、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:5%〜30%、20分)により精製して、メチル(tert−ブトキシカルボニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート(1g、88%)を白色の固体として得た。
工程2:
EtOAc(3mL)中のメチル(tert−ブトキシカルボニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート(300mg、945μmol)の溶液に、HCl/EtOAc(3mL)(4M)を25℃で加えた。混合物を、25℃で2時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(tert−ブトキシカルボニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネートヒドロクロリド(100mg、394.19μmol、42%)を黄色の固体として得た。
工程3:
DMF(5mL)中のメチル(tert−ブトキシカルボニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネートヒドロクロリド(100mg、394μmol、1当量)、オクタン酸(68mg、473μmol、75μL、1.2当量)およびHOBt(59mg、434μmol、1.1当量)の溶液に、TEA(88mg、867μmol、121μL、2.2当量)を25℃で加えた。混合物を、25℃で5分間攪拌した。反応混合物を0℃まで冷却し、EDCI(83mg、434μmol、1.1当量)を加えた。混合物を、0℃で15分間攪拌し、次に、25℃まで温め、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Nano−micro Kromasil C18 10030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:18%〜48%、10分)により精製して、表題化合物(55mg、40%)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H)344.2。H NMR(400MHz、DMSO−d)δ8.0(d、1H)、7.9(d、1H)、7.2(s 1 H)、4.6(q、1 H)、4.2(m、1 H)、3.6(s、3H)、2.3(dd、2H)、2.1(t、2H)、2.0(m、2H)、1.4(m、11H)、0.83(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例3:メチルテトラデカノイル−D−アスパラギニル−L−バリネート
DCM(5mL)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−3−メチル−ブタノエートヒドロクロリド(実施例6の工程2において合成した、230mg、816μmol、1当量)の溶液に、テトラデカノイルクロリド(222mg、898μmol、1.1当量)を加えた。反応混合物を0℃まで冷却し、TEA(165mg、1.63mmol、227μL、2当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge Prep OBD C18 15030 5μ;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:60%〜90%、10分)により濾過した。メチルテトラデカノイル−D−アスパラギニル−L−バリネート(21mg、5.5%)を、白色の固体として得た。LCMS[M+H]:456.3。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.00(d、J=8.1Hz、1H)、7.90(d、J=8.5Hz、1H)、7.30(s、1H)、6.88(s、1H)、4.65(q、J=7.5Hz、1H)、4.18(dd、J=8.4、6.0Hz、1H)、3.64(s、3H)、2.42〜2.32(m、2H)、2.10(t、J=7.4Hz、2H)、2.08〜1.97(m、1H)、1.50〜1.45(m、2H)、1.27〜1.21(m、20H)、0.90〜0.81(m、9H)。
Figure 2021535092
実施例4:メチルオクタノイル−L−アスパラギニル−L−アラニネート
工程1
DMF(5中の(2S)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(998mg、4.30mmol,1.2当量)、メチル(2S)−2−アミノプロパノエート(500mg、3.58mmol、1当量、HCl)、HOBt(532mg、3.94mmol,1.1当量)およびTEA(797mg、7.88mmol、1.10mL、2.2当量)の混合物に、EDCI(755mg、3.94mmol、1.1当量)を0℃で加えた。反応混合物を、0℃で15分間撹拌し、次に、25℃で12時間温めた。反応混合物を濾過し、濾液を、減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜40%、20分)により精製した。メチル(2S)−2−[[(2S)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロパノエート(750mg、66%)を、白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(3M、3.68mL、5当量)中のメチル(2S)−2−[[(2S)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロパノエート(700mg、2.21mmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。メチル(2S)−2−[[(2S)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロパノエート.HCl(400mg、71%)を白色の固体として得て、それを、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程3:
DMF(5mL)中のメチル(2S)−2−[[(2S)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロパノエート.HCl(250mg、985μmol、1当量)、オクタン酸(170mg、1.18mmol、187μL、1.2当量)、HOBt(146mg、1.08mmol、1.1当量)およびTEA(219mg、2.17mmol、302μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(208mg、1.08mmol、1.1当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間撹拌し、次に、25℃で12時間温めた。反応混合物を減圧下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Nano−micro Kromasil C18 10030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:23%〜43%、10分)により精製した。メチルオクタノイル−L−アスパラギニル−L−アラニネート(70mg、21%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):344.2 H NMR(400MHz、DMSO−d)δ8.1(d、1H)、7.9(d、1H)、7.2(s、1H)、6.8(s、1H)、4.5(m、1H)、4.2(m、1H)、3.3(s、3H)、2.4(dd、2H)、2.0(t、3H)、1.2(m、2H)、1.13(m、11H)、0.8(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例5:メチルオクタノイル−D−アスパラギニル−D−アラニネート
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(998mg、4.30mmol、1.2当量)、メチル(2R)−2−アミノプロパノエート(500mg、3.58mmol、1当量、HCl)、HOBt(532mg、3.94mmol、1.1当量)およびTEA(797mg、7.88mmol、1.10mL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(755mg、3.94mmol、1.1当量)を加え、反応混合物を、0℃で15分間攪拌し、次に、25℃で12時間温めた。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得て、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:5%〜35%、20分)により精製した。メチル(2R)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロパノエート(890mg、78%)を、白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(3mL)中のメチル(2R)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロパノエート(190mg、599μmol)の混合物を、20℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(2R)−2−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロパノエート.HCl(90mg、59%)を白色の固体として得て、それを、さらに精製することなく使用した。
工程3:
DMF(3mL)中のメチル(2R)−2−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロパノエート.HCl(90mg、355μmol、1当量)、オクタン酸(61mg、423μmol、67μL、1.2当量)、HOBt(53mg、390μmol、1.1当量)およびTEA(79mg、781μmol、109μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(75mg、390μmol、1.1当量)を、混合物に加え、反応混合物を、0℃で15分間攪拌し、次に、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、濾液を減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge Prep OBD C18 15030 5μ;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:15%〜75%、10分)により精製した。メチルオクタノイル−D−アスパラギニル−D−アラニネート(25mg、20%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):344.1 H NMR(400MHz、DMSO−d):8.1(d、1H)、7.9(d、1H)、4.5(m、1H)、4.2(m、1H)、3.6(s、3H)、2.3(dd、2H)、2.0(t、2H)、1.2(m、2H)、1.2(m、11H)、0.87(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例6:メチルオクタノイル−D−アスパラギニル−L−バリネート
工程1:
DMF(10mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(831mg、3.58mmol、1.2当量)、メチル(2S)−2−アミノ−3−メチル−ブタノエート(500mg、2.98mmol、1当量、HCl)、HOBt(443mg、3.28mmol、1.1当量)およびTEA(664mg、6.56mmol、913μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(629mg、3.28mmol、1.1当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間攪拌し、次に、25℃まで温め、12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、濾液を減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜40%、20分)により精製した。メチル(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−3−メチル−ブタノエート(800mg、78%)を、白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(3M、483μL、1当量)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−3−メチル−ブタノエート(500mg、1.45mmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(2S)−2−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−3−メチル−ブタノエート.HCl(300mg、74%)を白色の固体として得た。生成物を、さらに精製することなく次の工程に用いた。
工程3:
DMF(5mL)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−3−メチル−ブタノエート.HCl(250mg、887μmol、1当量)、オクタン酸(154mg、1.06mmol、169μL、1.2当量)、EDCI(187mg、976μmol、1.1当量)およびHOBt(132mg、976μmol、1.1当量)の混合物を、0℃まで冷却し、TEA(198mg、1.95mmol、272μL、2.2当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間攪拌し、次に、25℃まで温め、12時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、石油エーテル35mLで洗浄した。固体残渣を、真空下で乾燥させた。メチルオクタノイル−D−アスパラギニル−L−バリネート(20.8mg、6.3%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):372.2 H NMR(400MHz、DMSO−d):7.5(s、1H)、7.3(s、1H)、6.0(s、1H)、5.5(s、1H)、4.8(s、1H)、4.4(s、1H)、3.7(s、3H)、2.9(dd、2H)、2.2(t、2H)、2.1(m、1H)1.2(m、8H)、0.9(m、9H)。
Figure 2021535092
実施例7:メチルオクタノイル−D−アスパラギニル−L−ロイシネート
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(767mg、3.30mmol、1.2当量)、メチル(2S)−2−アミノ−4−メチル−ペンタノエート.HCl(500mg、2.75mmol、1当量)、HOBt(409mg、3.03mmol、1.1当量)およびTEA(613mg、6.06mmol、8423μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(580mg、3.03mmol、1.1当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、濾液を減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜40%、20分)により精製して、メチル(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−4−メチル−ペンタノエート(680mg、69%)を白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(3M、5.56mL、15当量)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−4−メチル−ペンタノエート(400mg、1.11mmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(2S)−2−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−4−メチル−ペンタノエート.HCl(260mg、79%)を白色の固体として得た。生成物を、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程3:
DMF(5mL)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−4−メチル−ペンタノエート.HCl(250mg、845μmol、1当量)、オクタン酸(134mg、930μmol、147μL、1.1当量)、HOBt(126mg、930μmol、1.1当量)およびTEA(188mg、1.86mmol、259μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(178mg、930μmol、1.1当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、分取HPLC(カラム:Nano−micro Kromasil C18 10030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:35%〜50%、10分)により精製した。メチルオクタノイル−D−アスパラギニル−L−ロイシネート(119mg、37%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):386.2 H NMR(400MHz、DMSO−d):8.0(m、1H)、7.9(m、1H)、7.2(s、1H)6.8(m、1H)、4.5(m、1H)、4.2(m、1H)、3.5(s、3H)、2.4(dd、2H)、2.0(m、2 H),1.47(m、2H)、1.44(m、2H)、1.22(m、8H)、0.82(m、9H)。
Figure 2021535092
実施例8:(R)−4−(((S)−1−メトキシ−1−オキソプロパン−2−イル)アミノ)−3−オクタナミド−4−オキソブタン酸
工程1:
DMF(10mL)中の(2R)−4−ベンジルオキシ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1.39g、4.30mmol、1.2当量)、メチル(2S)−2−アミノプロパノエートヒドロクロリド(500mg、3.58mmol、1当量)、HOBt(532mg、3.94mmol、1.1当量)およびTEA(797mg、7.88mmol、1.10mL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(755mg、3.94mmol、1.1当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、濾液を減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:25%〜55%、20分)により精製した。ベンジル(3R)−3−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−4−オキソ−ブタノエート(1.2g、82%)を、黄色の油状物として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(3M、10mL、12.25当量)中のベンジル(3R)−3−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−4−オキソ−ブタノエート(1g、2.45mmol、1当量)を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、ベンジル(3R)−3−アミノ−4−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−4−オキソ−ブタノエート.HCl(460mg、54%)を白色の固体として得て、それを、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程3:
DMF(5mL)中のベンジル(3R)−3−アミノ−4−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−4−オキソ−ブタノエート.HCl(250mg、725μmol、1当量)、オクタン酸(125mg、870μmol、138μL、1.2当量)、HOBt(108mg、798μmol、1.1当量)およびTEA(161mg、1.60mmol、222μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(153mg、798μmol、1.1当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、分取HPLC(カラム:Nano−micro Kromasil C18 10030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:40%〜70%、10分)により精製した。ベンジル(3R)−4−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−3−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(123mg、39%)を、白色の固体として得た。
工程4:
THF(3mL)中のベンジル(3R)−4−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−3−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(100mg、230μmol、1当量)の溶液に、Pd/C(10%、0.03g)を加えた。懸濁液を、脱気し、Hで3回パージした。混合物を、H下、圧45psi、25℃で15時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を石油エーテル35mLで洗浄した。固体残渣を真空下で乾燥させた。(R)−4−(((S)−1−メトキシ−1−オキソプロパン−2−イル)アミノ)−3−オクタナミド−4−オキソブタン酸(100mg、95%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):345.2 H NMR(400MHz、DMSO−d):12.2(s、1H)、8.1 d、1H)、8.0(d、1H)、4.6(m、1H)、4.2(m、1H)、3.6(s、3H)、2.6(dd、2H)、2.1(t、2H)、1.24(m、2H)、1.2(m、11H)、0.85(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例9:(R)−5−(((S)−1−メトキシ−1−オキソプロパン−2−イル)アミノ)−4−オクタナミド−5−オキソペンタン酸
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−5−ベンジルオキシ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−5−オキソ−ペンタン酸(1.45g、4.30mmol、1.2当量)、メチル(2S)−2−アミノプロパノエート.HCl(500mg、3.58mmol、1当量)、HOBt(532mg、3.94mmol、1.1当量)およびTEA(797mg、7.88mmol、1.10mL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却し、EDCI(755mg、3.94mmol、1.1当量)を混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm*10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜40%、20分)により精製した。ベンジル(4R)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−5−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−5−オキソ−ペンタノエート(650mg、43%)を白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(3M、3.16mL、10当量)中のベンジル(4R)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−5−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−5−オキソ−ペンタノエート(400mg、947μmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、ベンジル(4R)−4−アミノ−5−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−5−オキソ−ペンタノエート.HCl(240mg、71%)を白色の固体として得た。
工程3:
DMF(5mL)中のベンジル(4R)−4−アミノ−5−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−5−オキソ−ペンタノエート.HCl(240mg、669μmol、1当量)、オクタン酸(125mg、870μmol、138μL、1.3当量)、HOBt(99mg、736μmol、1.1当量)およびTEA(68mg、669μmol、93μL、1当量)の混合物を、0℃まで冷却し、EDCI(141mg、736μmol、1.1当量)を混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Nano−micro Kromasil C18 10030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:40%〜70%、10分)により精製した。ベンジル(4R)−5−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−4−(オクタノイルアミノ)−5−オキソ−ペンタノエート(175mg、58%)を、黄色の固体として得た。
工程4:
THF(3mL)中のベンジル(4R)−5−[[(1S)−2−メトキシ−1−メチル−2−オキソ−エチル]アミノ]−4−(オクタノイルアミノ)−5−オキソ−ペンタノエート(150mg、334μmol、1当量)の溶液に、Pd/C(10%、0.03g)を加えた。混合物を、25℃で15時間、H下、圧45psiで攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge Prep OBD C18 15030mm5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:20%〜50%、10分)により精製した。(R)−5−(((S)−1−メトキシ−1−オキソプロパン−2−イル)アミノ)−4−オクタナミド−5−オキソペンタン酸(23mg、17%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):359.1 H NMR(400MHz、DMSO−d):8.2(s、1H)、7.9(s、1H)、4.2(m、2H)、3.6(s、3H)、2.1(dd、2H)、1.8(m、1H)、1.7(m、1H)、1.4(m、2H)、1.2(m、11H)、0.85(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例10:メチルオクタノイル−D−グルタミニル−L−アラニネート
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−5−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−5−オキソ−ペンタン酸(1.06g、4.30mmol、1.2当量)、メチル(2S)−2−アミノプロパノエートヒドロクロリド(500mg、3.58mmol、1当量)、HOBt(532mg、3.94mmol、1.1当量)およびTEA(797mg、7.88mmol、1.10mL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却し、EDCI(755mg、3.94mmol、1.1当量)を混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得て、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜40%、20分)により精製した。メチル(2S)−2−[[(2R)−5−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−5−オキソ−ペンタノイル]アミノ]プロパノエート(660mg、56%)を、白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(3M、4.02mL、10当量)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−5−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−5−オキソ−ペンタノイル]アミノ]プロパノエート(400mg、1.21mmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(2S)−2−[[(2R)−2,5−ジアミノ−5−オキソ−ペンタノイル]アミノ]プロパノエート.HCl(260mg、80%)を白色の固体として得た。
工程3:
DMF(5mL)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−2,5−ジアミノ−5−オキソ−ペンタノイル]アミノ]プロパノエート.HCl(250mg、934μmol、1当量)、オクタン酸(162mg、1.12mmol、178μL、1.2当量)、HOBt(139mg、1.03mmol、1.1当量)およびTEA(208mg、2.05mmol、286μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却し、EDCI(197mg、1.03mmol、1.1当量)を混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge Prep OBD C18 15030mm5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:25%〜85%、10分)により精製した。メチルオクタノイル−D−グルタミニル−L−アラニネート(33mg、10%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):358.2 H NMR(400MHz、DMSO−d):8.2(d、1H)、7.8(d、1H)、7.2(s、1H)、6.7(s、1H)、4.2(m、2H)、3.6(s、3H)、2.5(dd、2H)、2.1(m、1H)、2.05(m、1H)、1.4(m、1H)、1.2(m、11H)、0.83(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例11:メチルオクタノイル−D−アルギニル−L−アラニネート
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−5−グアニジノ−ペンタン酸(1.18g、4.30mmol、1.2当量)、メチル(2S)−2−アミノプロパノエート.HCl(500mg、3.58mmol、1当量,)、HOBt(532mg、3.94mmol、1.1当量)およびTEA(797mg、7.88mmol、1.10mL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却し、EDCI(755mg、3.94mmol、1.1当量)を混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間撹拌し、次に、25℃で12時間温めた。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030mm5μm;移動層:[水(0.075%TFA)−ACN];B%:1%〜30%、14分)により精製した。メチル(2S)−2−[[(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−5−グアニジノ−ペンタノイル]アミノ]プロパノエート(880mg、68%)を、白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(3M、5.56mL、10当量)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−5−グアニジノ−ペンタノイル]アミノ]プロパノエート(600mg、1.67mmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(2S)−2−[[(2R)−2−アミノ−5−グアニジノ−ペンタノイル]アミノ]プロパノエート.HCl(420mg、85%)を、白色の固体として得た。
工程3:
DMF(5mL)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−2−アミノ−5−グアニジノ−ペンタノイル]アミノ]プロパノエート.HCl(250mg、845μmol、1当量)、オクタン酸(146mg、1.01mmol、161μL、1.2当量)、HOBt(126mg、930μmol、1.1当量)およびTEA(188mg、1.86mmol、259μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却し、EDCI(178mg、930μmol、1.1当量)を混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge Prep OBD C18 15030mm5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:15%〜45%、10分)により精製した。メチルオクタノイル−D−アルギニル−L−アラニネートトリフルオロアセテート塩(90mg、28%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):386.2 H NMR(400MHz、DMSO−d):8.3(d、1H)、7.9(d、1H)、7.5(m、1H)、6.9−7.2(brm、3H)、4.3(m、2H)、3.6(s、3H)、3.0(m、2H)、2.1(m、2H)、1.5(m、1H)、1.4(m、5H)、1.2(M、11H)、0.83(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例12:メチルブチリル−D−アスパラギニル−L−アラニネート
無水ブタン酸(0.1mL、0.6mmol、1.5当量)を、無水DMF(2mL)に溶解し、続いて、トリエチルアミン(0.14mL、1.0mmol、2.5当量)を加えた。D−Asn−L−Ala−OMe(0.1g、0.4mmol、1当量)のHCl塩を加え、反応物を、一晩攪拌した。生成物を、実施例1の工程3に示した一般的な手法に従い、逆相クロマトグラフィーで精製し、凍結乾燥させて、白色の固体(92mg、84%)を得た。LCMS(M+H)、286.1。H NMR(400MHz、DMSO−d)δ8.03(d、J=7.3Hz、1H)、7.90(d、J=8.2Hz、1H)、7.22(s、1H)、6.82(s、1H)、4.58(td、J=8.0、5.9Hz、1H)、4.24(p、J=7.3Hz、1H)、3.59(s、3H)、2.46〜2.26(m、2H)、2.07(t、J=7.3Hz、2H)、1.49(h、J=7.4Hz、2H)、1.24(d、J=7.2Hz、3H)、0.83(t、J=7.4Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例13:メチルベンゾイル−D−アスパラギニル−L−アラニネート
メチルベンゾイル−D−アスパラギニル−L−アラニネートを、安息香酸(72mg、0.59mmol、1.5当量)、少なくとも20重量%の水を含むHOBt水和物(73mg、0.43mmol、1.1当量)、EDC・HCl(113mg、0.59mmol、1.5当量)、トリエチルアミン(0.14mL、1.0mmol、2.5当量)、およびD−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、100mg、0.39mmol、1当量)を使用して、実施例1の工程3に示したN−アシル化ジペプチドについての一般的な手法に従い合成した。生成物を、白色の固体(93mg、55%)として精製した。LCMS[M−H]320.2。H NMR(400MHz、DMSO−d)δ8.49(d、J=8.0Hz、1H)、8.23(d、J=7.3Hz、1H)、7.90〜7.82(m、2H)、7.61〜7.40(m、3H)、7.30(s、1H)、6.88(s、1H)、4.79(td、J=8.0、5.7Hz、1H)、4.26(p、J=7.2Hz、1H)、3.58(s、3H)、2.65〜2.52(m、2H)、1.25(d、J=7.2Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例14:メチル(2−フェニルアセチル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
メチル(2−フェニルアセチル)−D−アスパラギニル−L−アラニネートを、フェニル酢酸(80.4mg、0.59mmol、1.5当量)、少なくとも20重量%の水を含むHOBt水和物(73mg、0.43mmol、1.1当量)、EDC・HCl(113mg、0.59mmol、1.5当量)、トリエチルアミン(0.14mL、1.0mmol、2.5当量)、およびD−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、100mg、0.39mmol、1当量)を使用して、実施例1の工程3に示したN−アシルジペプチドについての一般的な手法に従い合成した。生成物を、白色の固体(17.9mg、13.5%)として精製した。LCMS[M−H]334.1。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.22(d、J=8.1Hz、1H)、8.09(d、J=7.3Hz、1H)、7.30〜7.20(m、5H)、7.24〜7.15(m、1H)、6.85(s、1H)、4.57(td、J=7.8、6.0Hz、1H)、4.23(p、J=7.2Hz、1H)、3.59(s、3H)、3.45(s、2H)、2.53〜2.43(m、1H)、2.34(dd、J=15.3、7.7Hz、1H)、1.22(d、J=7.2Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例15:メチル(5−アミノ−2−ヒドロキシベンゾイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
メチル(5−アミノ−2−ヒドロキシベンゾイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネートを、5−アミノサリチル酸(90.5mg、0.59mmol、1当量)、少なくとも20重量%の水を含むHOBt水和物(99.7mg、0.59mmol、1当量)、EDC・HCl(113mg、0.59mmol、1.5当量)、トリエチルアミン(0.16mL、1.2mmol、2当量)、およびD−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、150mg、0.59mmol、1当量)を使用して、実施例1の工程3に示したN−アシルジペプチドについての一般的な手法に従い合成した。生成物を、1M HCl2当量で凍結乾燥させ、HCl塩(10mg、4.4%)として精製した。LCMS[M−H]351.1。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ11.85(s、1H)、9.88(s、3H)、9.03(d、J=7.7Hz、1H)、8.36(d、J=7.1Hz、1H)、7.85(d、J=2.8Hz、1H)、7.40〜7.31(m、2H)、7.05(d、J=8.7Hz、1H)、6.88(s、1H)、4.80(td、J=7.3、5.7Hz、1H)、4.26(p、J=7.2Hz、1H)、3.60(s、3H)、2.66〜2.50(m、2H)、1.26(d、J=7.2Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例16:メチル(2−ヒドロキシベンゾイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
メチル(2−ヒドロキシベンゾイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネートを、サリチル酸(138.1mg、0.59mmol、1.5当量)、少なくとも20重量%の水を含むHOBt水和物(73mg、0.43mmol、1.1当量)、EDC・HCl(113mg、0.59mmol、1.5当量)、トリエチルアミン(0.14mL、1.0mmol、2.5当量)、およびD−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、100mg、0.39mmol、1当量)を使用して、実施例1の工程3に示したN−アシルジペプチドについての一般的な手法に従い合成した。生成物を、白色の固体(17mg、13%)として精製した。LCMS[M−H]−336.1。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ12.05(s、1H)、9.01(s、1H)、8.34(d、J=7.2Hz、1H)、7.86(dd、J=7.9、1.7Hz、1H)、7.41〜7.32(m、1H)、7.33(s、1H)、6.91〜6.82(m、3H)、4.85〜4.75(m、1H)、4.26(p、J=7.2Hz、1H)、3.59(s、3H)、2.65〜2.50(m、2H)、1.25(d、J=7.2Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例17:メチル(2−(4−イソブチルフェニル)プロパノイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
メチル(2−(4−イソブチルフェニル)プロパノイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネートを、イブプロフェン(122mg、0.59mmol、1.5当量)、少なくとも20重量%の水を含むHOBt水和物(73mg、0.43mmol、1.1当量)、EDC。HCl(113mg、0.59mmol、1.5当量)、トリエチルアミン(0.14mL、1.0mmol、2.5当量)、およびD−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、100mg、0.39mmol、1当量)を使用して、実施例1の工程3に示したN−アシルジペプチドについての一般的な手法に従い合成した。イブプロフェンα−炭素でのジアステレオマーの混合物である生成物を、白色の固体(118mg、74%)として精製した。LCMS[M−H]−404.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.14〜8.02(m、1.5H)、7.76(d、J=7.3Hz、0.5H)、7.25(s、0.5H)、7.24〜7.15(m、2.5H)、7.07〜7.01(m、2H)、6.85(s、0.5H)、6.79(s、0.5H)、4.61〜4.48(m、1H)、4.25(p、J=7.2Hz、0.5H)、4.17(p、J=7.2Hz、0.5H)、3.69〜3.60(m、1H)、3.61(s、1.5H)、3.54(s、1.5H)、2.49〜2.42(m、1)、2.45〜2.34(m、2H)、2.37〜2.22(m、1H)、1.85〜1.70(m、1H)、1.33〜1.20(m、4.5H)、1.13(d、J=7.2Hz、1.5H)、0.86〜0.80(m、6H)。
Figure 2021535092
実施例18:メチル((S)−2−(6−メトキシナフタレン−2−イル)プロパノイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
メチル((S)−2−(6−メトキシナフタレン−2−イル)プロパノイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネートを、(S)−6−メトキシ−α−メチル−2−ナフタレン酢酸(140mg、0.59mmol,1.5当量)、少なくとも20重量%の水を含むHOBt水和物(73mg、0.43mmol、1.1当量)、EDC・HCl(113mg、0.59mmol、1.5当量)、トリエチルアミン(0.14mL、1.0mmol、2.5当量)、およびD−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、100mg、0.39mmol、1当量)を使用して、実施例1の工程3に示したN−アシルジペプチドについての一般的な手法に従い合成した。生成物を、α−炭素ジアステレオマーの混合物として、白色の固体(105mg、62%)として単離した。LCMS[M−H]428.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.25〜8.04(m、2H)、7.85〜7.66(m、3H)、7.47〜7.37(m、1H)、7.31〜7.16(m、2H)、7.11(dd、J=8.9、2.5Hz、1H)、6.86(s、0.5H)、6.78(s、0.5H)、4.64〜4.51(m、1H)、4.26(p、J=7.3Hz、0.5H)、4.15(p、J=7.2Hz、0.5H)、3.86〜3.83(m、3H)、3.83〜3.76(m、1H)、3.61(s、1.5H)、3.49(s、1.5H)、2.44〜2.22(m、2H)、1.43〜1.34(m、3H)、1.24(d、J=7.2Hz、1.5H)、1.08(d、J=7.2Hz、1.5H)。
Figure 2021535092
実施例19:メチル(1−シクロプロピル−6−フルオロ−4−オキソ−7−(ピペラジン−1−イル)−1,4−ジヒドロキノリン−3−カルボニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
メチル(1−シクロプロピル−6−フルオロ−4−オキソ−7−(ピペラジン−1−イル)−1,4−ジヒドロキノリン−3−カルボニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネートを、7−(4−tert−ブトキシカルボニルピペラジン−1−イル)−1−シクロプロピル−6−フルオロ−4−オキソ−キノリン−3−カルボン酸(140mg、0.59mmol,1.5当量)、少なくとも20重量%の水を含むHOBt水和物(73mg、0.43mmol、1.1当量)、EDC・HCl(113mg、0.59mmol、1.5当量)、トリエチルアミン(0.14mL、1.0mmol、2.5当量)、およびD−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、100mg、0.39mmol、1当量)を使用して、実施例1の工程3に示したN−アシルジペプチドについての一般的な手法に従い合成した。凍結乾燥させたboc保護シプロフロキサシンジペプチドを、脱保護が、LCMSによりモニターして完了するまで、ジクロロメタン(1mL)およびトリフルオロ酢酸(0.5mL)の溶液において攪拌した。有機溶媒を回転蒸発により取り除き、生成物を、水およびアセトニトリルに溶解し、次に、凍結乾燥させて、生成物をトリフルオロアセテート(8mg、3%)として得た。LCMS[M+H]531.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ10.17(d、J=7.9Hz、1H)、9.01(s、2H)、8.61(s、1H)、8.35(d、J=7.1Hz、1H)、7.88(d、J=13.2Hz、1H)、7.52(d、J=7.4Hz、1H)、7.37(d、J=2.5Hz、1H)、6.85(d、J=2.4Hz、1H)、4.83(q、J=7.1Hz、1H)、4.24(p、J=7.2Hz、1H)、3.79〜3.70(m、1H)、3.59(s、3H)、3.50〜3.30(m、8H)、2.51(d、J=6.8Hz、2H)、1.32〜1.19(m、5H)、1.17〜1.02(m、2H)。
Figure 2021535092
実施例20:メチル(R)−4−(4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ブタノエート
工程1:
DMF(10mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1.81g、7.81mmol、1.2当量)、HOBt(968mg、7.16mmol、1.1当量)、TEA(1.45g、14.3mmol、1.99mL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(1.37g、7.16mmol、1.1当量)およびメチル4−アミノブタノエート.HCl(1g、6.51mmol、1当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間撹拌し、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:0%〜32%、20分)により精製した。メチル4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート(1.2g、56%)を、白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(2M、15.1mL、10当量)中のメチル4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート(1g、3.02mmol)の混合物を、25℃で1時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート.HCl(550mg、68%)を、黄色のゴムとして得た。
工程3:
DCM(5mL)中のメチル4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート.HCl(550mg、2.05mmol、1当量)の溶液に、TEA(416mg、4.11mmol、572μL、2当量)を加えた。次に、反応混合物を0℃まで冷却し、テトラデカノイルクロリド(558mg、2.26mmol、1.1当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge Prep OBD C18 15030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:55%〜85%、10分)により精製した。メチル(R)−4−(4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ブタノエート(14.7mg、1.6%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):442.3 H NMR(400MHz、DMSO−d)δ7.8(m、1H)、7.7(m、1H)、7.2(m、1H)、6.8(m、1H)、4.4(m、1H)3.5(s、3H)、3.0(m、2H)、2.4(dd、2H)、2.2(m、1H)、2.0(m、2H)、1.6(m、2H)、1.4(m、2H)、1.2(m、20H)、0.83(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例21:メチル(S)−4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ペンタノエート
工程1:
トルエン(50mL)中のtert−ブチル N−[(1S)−1−メチル−2−オキソ−エチル]カルバメート(5g、28.9mmol、1当量)の混合物に、メチル(トリフェニルホスホラニリデン)アセテート(9.65g、28.9mmol、1当量)を加え、次に、混合物を、25℃で12時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=10:1〜4:1)により精製した。メチル(E,4S)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)ペンタ−2−エノエート(6g、91%)を、淡黄色の油状物として得た。
工程2:
DCM(25mL)中のメチル(E,4S)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)ペンタ−2−エノエート(6g、26.2mmol)の混合物に、TFA(5mL)を加え、混合物を、25℃で2時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(E,4S)−4−アミノペンタ−2−エニック酸トリフルオロアセテート塩(4g、63%)を淡黄色の油状物として得た。生成物を、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程3:
DMF(10mL)中のメチル(E,4S)−4−アミノペンタ−2−エン酸トリフルオロアセテート塩(4g、16.5mmol、1当量)、HOBt(2.44g、18.1mmol、1.1当量)、TEA(3.66g、36.2mmol、5.04mL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(3.47g、18.1mmol、1.1当量)および(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(4.58g、19.7mmol、1.2当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を、HO(25mL)で希釈し、EtOAc(10mL)で4回抽出した。合わせた有機層を、塩水(10mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させて、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1:1〜0:1)により精製して、メチル(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エノエート(5g、89%)を白色の固体として得た。
工程4:
MeOH(5mL)中のメチル(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エノエート(5g、14.6mmol)の溶液に、Pd/C(10%、0.4g)を加えた。懸濁液を脱気し、Hで3回パージした。混合物を、H下、圧15psi、25℃にて12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、メチル(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(4g)を白色の固体として得た。
工程5:
HCl/ジオキサン(2M、57.9mL、10当量)中のメチル(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(4g、11.6mmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna c18 250mm100mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:5%〜35%、20分)により精製し、メチル(4S)−4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(1g、31%)を、白色の固体として得た。
工程6:
DCM(10mL)中のメチル(4S)−4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(1g、3.55mmol)の溶液に、TEA(718mg、7.10mmol、988μL、2当量)を加えた。反応混合物を0℃まで冷却し、テトラデカノイルクロリド(964mg、3.90mmol、1.1当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:50%〜80%、20分)により精製した。メチル(S)−4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ペンタノエート(250mg、15%)を、白色の固体として得た。LCMS:(M+H):456.3 H NMR(400MHz、DMSO−d)δ7.8(d、1H)、7.4(d、1H)、7.2(brs、1H)、6.8(brs、1H)、4.4(m、1H)、3.7(m、1H)、3.6(s、3H)、2.4(m、1H)、2.2(m、3H)、2.0(m、1H)、1.4(m、1H)、1.2、m、1H).1.0m、20H)、0.87、(d、3H)、0.84、(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例22:(R)−N1−(4−(メトキシメチル)フェニル)−2−テトラデカンアミドスクシンアミド
工程1:
EtOAc(5mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1.02g、4.37mmol、1.2当量)、4−(メトキシメチル)アニリン(500mg、3.64mmol、1当量)の混合物を、0℃まで冷却した。プロパンホスホン酸酸無水物(1.74g、5.47mmol、1.63mL、1.5当量)およびDIPEA(942mg、7.29mmol、1.27mL、2当量)を、混合物に加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm*10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜40%、20分)により精製した。残渣を、分取TLC(SiO、石油エーテル:酢酸エチル=0:1)により精製して、tert−ブチルN−[(1R)−3−アミノ−1−[[4−(メトキシメチル)フェニル] カルバモイル]−3−オキソ−プロピル]カルバメート(80mg、6.3%)を白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(3M、1.52mL、20当量)中のtert−ブチル N−[(1R)−3−アミノ−1−[[4−(メトキシメチル)フェニル]カルバモイル]−3−オキソ−プロピル]カルバメート(80mg、228μmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、粗生成物(2R)−2−アミノ−N−[4−(メトキシメチル)フェニル]ブタンジアミドヒドロクロリド(60mg)を白色の固体として得た。
工程3:
DCM(5mL)中の(2R)−2−アミノ−N−[4−(メトキシメチル)フェニル]ブタンジアミドヒドロクロリド(60mg、209μmol、1当量)の溶液に、TEA(42mg、417μmol、58μL、2当量)を加えた。次に、反応混合物を0℃まで冷却し、テトラデカノイルクロリド(57mg、229μmol、1.1当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge Prep OBD C18 15030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:55%〜85%、10分)により精製して、(R)−N1−(4−(メトキシメチル)フェニル)−2−テトラデカンアミドスクシンアミド(6.1mg、5.9%)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H):462.3 H NMR(400MHz、DMSO−d)δ9.9(s、1H)、8.0(m、1H)、7.5m、2H)、7.3(m、1H)、7.2、(m、2H)、6.8(brs、1H)、4.6(m、1H)、4.3(s、2H)、3.2(s、3H)、2.5、dd、2H)、2.1(m、2H)、1.2(m、2H)、1.1(brs、20H)、0.84(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例23:メチル((S)−2−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)プロピル)カルバメート
テトラデカノイルクロリド(1.1当量)を、D−アスパラギン(1当量)と反応させて、テトラデカノイル−D−アスパラギンを合成する。得られたテトラデカノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、およびtert−ブチル(S)−(2−アミノプロピル)カルバメート(1.1当量)で処理し、次に、ジオキサン中のHClで脱保護した。得られたアミン(1当量)を、クロロギ酸メチル(1.1当量)とカップリングして、表題化合物を得た。LCMS:(M+H+):457.3。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.85(d、J=7.6Hz、1H)、7.54(dd、J=24.9、8.3Hz、1H)、7.27〜7.22(m、1H)、7.11〜6.91(m、1H)、6.86〜6.81(m、1H)、4.45〜4.40(m、1H)、3.77〜3.72(m、1H)、3.49(s、3H)、2.98〜2.93(m、2H)、2.09〜2.05(m、2H)、1.46〜1.41(m、2H)、1.21(s、22H)、0.95(d、J=6.6Hz、3H)、0.83(t、J=6.4Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例24:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ペンタノエート
化合物(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラdecanoイルアミンo)ブタノイル]アミノ]ペンタン酸を、実施例1に示したN−アシルジペプチドについての一般的な手法に従い合成し、続いて、HClで処置して、カルボキシレートを形成した。DMF(5mL)中の(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]ペンタン酸(20mg、45.29μmol、1当量)および(21S)−17,21−ジエチル−10,21−ジヒドロキシ−28−oxa−22,23−ジアザペンタシクロヘニコサ−2(10),3(11),4(12),5(14),13(16),15(17),18(22)−ヘプタエン−19,20−ジオン(17.77mg、45.29μmol、1当量)の溶液に、DMAP(2.77mg、22.64μmol、0.5当量)を加えた。次に、反応混合物を0℃まで冷却し、EDCI(9.55mg、49.82μmol、1.1当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N2下で攪拌した。LC−MSは、反応物質を完全に消費し、所望のm/zを検出したことを示した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、分取HPLCにより精製した。表題化合物(2mg、2.45μmol、収率5.41%)を、黄色の固体として得た。LCMS:(M+H):816.4H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.21(d、J=9.1Hz、1H)、8.00(d、J=2.5Hz、1H)、7.94(d、J=7.9Hz、1H)、7.73〜7.60(m、2H)、7.34(s、1H)、7.28(s、1H)、6.86(s、1H)、6.52(s、1H)、5.44(s、2H)、5.35(s、2H)、4.55〜4.45(m、1H)、4.32〜4.24(m、1H)、2.72〜2.31(m、4H)、2.14〜1.79(m、4H)、1.48〜1.17(m、4H)、1.10(d、J=6.5Hz、3H)、1.08(s、22H)、0.93〜0.78(m、6H)。
Figure 2021535092
実施例25:フェニル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−ブチルアミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート
工程1:
MeOH(200mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(20g、86.12mmol、1当量)の混合物に、CsCO(15.43g、47.37mmol、0.55当量)を一度に25℃でN下で加えた。混合物を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。DMF(100mL)中のブロモメチルベンゼン(16.91g、98.87mmol、11.74mL、1.2当量)の混合物に、上の残渣を、25℃でN下で一度に加えた。混合物を、25℃で12時間攪拌した。TLCは、反応が完了し、新たなスポットを形成したことを示した。反応混合物を濾過し、次に、HO50mLで希釈し、EtOAc50mL(10mL5)で抽出した。合わせた有機層を、塩水30mLで洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、カラムクロマトグラフィーにより精製して、ベンジル(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(25g、77.55mmol、収率94.13%)を白色の固体として得た。
工程2:
HCl/EtOAc(200mL、約4M)中のベンジル(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(20g、62.04mmol、1当量)の溶液を、25℃で2時間攪拌した。TLCは、反応を完了したことを示した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、ベンジル(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノエート(16g、粗、HCl)を白色の固体として得た。
工程3:
DCM(80mL)中のベンジル(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノエート(4g、15.46mmol、1当量、HCl)の混合物に、TEA(4.69g、46.39mmol、6.46mL、3当量)をN下で加えた。混合物を0℃まで冷却し、ブタノイルクロリド(1.81g、17.01mmol、1.78mL、1.1当量)を、混合物に0℃で滴下し、2時間25℃で攪拌した。TLCは、反応を完了し、一つの新たなスポットを形成したことを示した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、DCMを取り除いた。残渣を、HO100mLおよびEtOAc100mLで希釈した。次に、混合物を、HO150mL(50mL×3)で洗浄した。合わせた有機層を、NaSO乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、ベンジル(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(3.3g、粗)を白色の固体として得た。
工程4:
THF(120mL)中のベンジル(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(3.3g、11.29mmol、1当量)の溶液に、Pd/C(1.5g、純度10%)をN雰囲気下で加えた。懸濁液を脱気し、Hで3回パージした。混合物を、H(15Psi)下、25℃で10時間攪拌した。TLCは、ベンジル(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノエートを、完全に消費し、一つの新たなスポットを形成したことを示した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(2g、粗)を白色の固体として得た。
工程5:
DMF(10mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1g、4.95mmol、1当量)、HOBt(735.06mg、5.44mmol、1.1当量)およびTEA(1.10g、10.88mmol、1.51mL、2.2当量)の混合物を、0℃、N下で撹拌した。次に、EDCI(1.04g、5.44mmol、1.1当量)およびメチル(E,4S)−4−アミノペンタ−2−エノエート(900.95mg、5.44mmol、1.1当量、HCl)を、混合物に加え、25℃で10時間、N下で攪拌した。LCMSは、所望のMSを検出したことを示した。反応混合物を、HO15mLで希釈し、EtOAc(20mL×4)で抽出した。合わせた有機層を、塩水10mLで洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、分取HPLCにより精製して、メチル(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エノエート(400mg、1.28mmol、収率25.81%)を白色の固体として得た。
工程6:
THF(5mL)およびHO(5mL)中のメチル(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エノエート(200mg、638.27μmol、1当量)の混合物に、LiOH.HO(53.57mg、1.28mmol、2当量)を0℃でN下で加えた。混合物を、25℃で5時間攪拌した。反応混合物を、pH5〜6に1M HClで調節した。LCMSは、所望の化合物を検出したことを示した。混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、分取HPLCにより精製して、(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エン酸(50mg、167.04μmol、収率26.17%)を白色の固体として得た。
工程7:
DMF(3mL)中の(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エン酸(25mg、83.52μmol、1当量)およびフェノール(11.79mg、125.28μmol、11.02μL、1.5当量)の混合物に、DMAP(5.10mg、41.76μmol、0.5当量)を0℃、N下で加えた。EDCI(17.61mg、91.87μmol、1.1当量)を混合物に加え、25℃で10時間攪拌した。LCMSは、所望の化合物を検出したことを示した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、分取HPLCにより精製して、フェニル(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エノエート(5mg、13.32μmol、収率15.95%)を黄色の固体として得た。
工程8:
THF(20mL)中のフェニル(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エノエート(5mg、13.32μmol、1当量)の混合物に、Pd/C(20mg、純度10%)を、25℃、H(15psi)下で一度に加えた。混合物を、25℃で5時間攪拌した。LCMSは、所望の質量を検出したことを示した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、分取HPLCにより精製して、(S)−フェニル4−((R)−4−アミノ−2−ブチルアミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート(4.5mg、9.42μmol、収率70.71%、純度79.99%)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H)378.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.95(d、J=8.0Hz、1H)、7.62(d、J=8.5Hz、1H)、7.39(t、J=7.9Hz、2H)、7.28(s、1H)、7.23(t、J=7.4Hz、1H)、7.12〜7.05(m、2H)、6.86(s、1H)、4.47(q、J=7.5Hz、1H)、3.85〜3.80(m、1H)、2.59〜2.28(m、2H)、2.05(t、J=7.3Hz、2H)、1.80〜1.60(m、2H)、1.54〜1.41(m、2H)、1.04(d、J=6.6Hz、3H)、0.81(t、J=7.4Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例26:(R)−4−(4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ベンジル(4−ブロモベンジル)(メチル)カルバメート
テトラデカノイルクロリド(1.1当量)を、D−アスパラギン(1当量)と反応させて、テトラデカノイル−D−アスパラギンを合成する。得られたテトラデカノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、および4−アミノベンジルアルコール(1.1当量)で処理した。得られたアルコール(1当量)を、4,4’−ジニトロフェニルカルボネート(1.1当量)で処理し、次に、1−(4−ブロモフェニル)−N−メチルメタンアミン(1.1当量)で処理して、表題化合物を得た。
Figure 2021535092
実施例27:(R)−4−(4−アミノ−2−ブチルアミド−4−オキソブタンアミド)ベンジル(4−ブロモベンジル)(メチル)カルバメート
この化合物を、実施例26に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例28:4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ベンジル((S)−1−(((S)−1−(((3R,4S,5S)−1−((S)−2−((1R,2R)−3−(((1S,2R)−1−ヒドロキシ−1−フェニルプロパン−2−イル)アミノ)−1−メトキシ−2−メチル−3−オキソプロピル)ピロリジン−1−イル)−3−メトキシ−5−メチル−1−オキソヘプタン−4−イル)(メチル)アミノ)−3−メチル−1−オキソブタン−2−イル)アミノ)−3−メチル−1−オキソブタン−2−イル)(メチル)カルバメート
テトラデカノイルクロリドを、D−アスパラギンで処理し、得られたテトラデカノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、および4−アミノベンジルアルコール(1.1当量)で処理した。得られたアルコールを、4,4’−ジニトロフェニルカルボネート(1当量)で処理した。得られたカルボネートを、モノメチルオーリスタチンEで処理して、表題化合物を得た。
Figure 2021535092
実施例29:4−((R)−4−アミノ−2−ブチルアミド−4−オキソブタンアミド)ベンジル((S)−1−(((S)−1−(((3R,4S,5S)−1−((S)−2−((1R,2R)−3−(((1S,2R)−1−ヒドロキシ−1−フェニルプロパン−2−イル)アミノ)−1−メトキシ−2−メチル−3−オキソプロピル)ピロリジン−1−イル)−3−メトキシ−5−メチル−1−オキソヘプタン−4−イル)(メチル)アミノ)−3−メチル−1−オキソブタン−2−イル)アミノ)−3−メチル−1−オキソブタン−2−イル)(メチル)カルバメート
この化合物を、実施例28に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例30:メチル(R)−(2−(4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)エチル)(メチル)カルバメート
工程1:
DMF(3mL)中の(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタン酸(100mg、292μmol、1当量)およびTEA(65mg、642μmol、89μL、2.2当量)の溶液に、tert−ブチルN−(2−アミノエチル)−N−メチル−カルバメート(61mg、350μmol、63μL、1.2当量)およびHOBt(43mg、321μmol、1.1当量)を加えた。反応混合物を0℃まで冷却し、EDCI(62mg、321μmol、1.1当量)を加えた。次に、混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合物を、HO(5mL)で希釈し、EtOAc(5mL)で4回抽出した。合わせた有機層を、塩水(5mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、tert−ブチルN−[2−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]エチル]−N−メチル−カルバメート(80mg)を白色の固体として得て、それを、さらに精製することなく次の工程に使用した。
工程2:
HCl/EtOAc(4mL、4M)中のtert−ブチルN−[2−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]エチル]−N−メチル−カルバメート(80mg、160μmol)の混合物を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、(2R)−N−[2−(メチルアミノ)エチル]−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(60mg)を白色の固体を得た。
工程3:
DCM(3mL)中の(2R)−N−[2−(メチルアミノ)エチル]−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(80mg、184μmol、1当量)およびTEA(41mg、405μmol、56μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却し、カルボノクロリジン酸メチル(17mg、184μmol、14μL、1当量)を加えた。混合物を25℃まで温め、12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮し、残渣を、分取TLC(SiO、DCM:MeOH=10:1)により精製して、メチル(R)−(2−(4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)エチル)(メチル)カルバメート(4.3mg、4.7%)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H):457.3 H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.91〜7.82(m、2H)、7.26(s、1H)、6.85(s、1H)、4.51〜4.45(m、1H)、3.57(s、3H)、3.35〜3.12(m、4H)、2.81(s、3H)、2.45〜2.27(m、2H)、2.09(t、J=7.5Hz、2H)、1.48〜1.44(m、2H)、1.26〜1.22(m、20H)、0.86(t、J=6.6Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例31:4−ブロモフェニル(R)−(2−(4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)エチル)(メチル)カルバメート
工程1:
MeOH(100mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(10.0g、43mmol、1当量)の溶液に、CsCO(7.72g、23.7mmol、0.55当量)を加えた。混合物を、25℃で2時間攪拌し、次に、MeOH(100mL)を取り除き、残渣をDMF(50mL)に溶解した。臭化ベンジル(11g、64.6mmol、7.67mL、1.5当量)を加え、混合物を、25℃で12時間攪拌した。溶媒を蒸発させ、残渣を、シリカゲルでのフラッシュクロマトグラフィー(石油エーテル/酢酸エチル=10/1〜0/1)により精製して、ベンジル(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(13.5g、77.8%)を白色の固体として得た。
工程2:
DCM(10mL)中のベンジル(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(1.00g、3.10mmol、1当量)の混合物に、TFA(3.54g、31.0mmol、2.30mL、10当量)を加え、混合物を、25℃で0.5時間攪拌した。溶媒を取り除き、残渣をDCM(10mL)に溶解し、0℃まで冷却した。TEA(1.26g、12.4mmol、1.73mL、4当量)およびDMAP(37.0mg、310μmol、0.1当量)、続いて、テトラデカノイルクロリド(919mg、3.72mmol、1.2当量)を加えた。混合物を、25℃で11.5時間攪拌し、次に、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=5/1〜1:1)により精製して、ベンジル(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノエート(1.0g、52%)を白色の固体として得た。
工程3:
EtOH(10mL)中のベンジル(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノエート(1.00g、2.31mmol、1当量)の溶液に、10%Pd/C(1g)をN下で加えた。懸濁液を、真空下で脱気し、Hで数回パージした。混合物を、H下、圧15psi、25℃にて12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタン酸(0.3g、38%)を白色の固体として得た。
工程4:
DMF(3mL)中の(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタン酸(150mg、438μmol、1当量)、TEA(98mg、964μmol、134μL、2.2当量)およびHOBt(65mg、482μmol、1.1当量)の混合物を、0℃で1時間攪拌した。次に、EDCI(92mg、482μmol、1.1当量)およびtert−ブチルN−(2−アミノエチル)−N−メチル−カルバメート(92mg、525μmol、93.9μL、1.2当量)を加え、混合物を、11時間、25℃で攪拌した。混合物を、酢酸エチル(9mL)とHO(9mL)の間で分配した。有機層を分離し、濾過し、減圧下で濃縮して、tert−ブチルN−[2−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]エチル]−N−メチル−カルバメート(0.1g、収率41%)を白色の固体として得た。
工程5:
HCl/ジオキサン(4mL、4M)中のtert−ブチルN−[2−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]エチル]−N−メチル−カルバメート(0.05g、100μmol、1当量)の混合物を、25℃で30分間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、(2R)−N−[2−(メチルアミノ)エチル]−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(0.05g)を白色の固体として得て、それを、さらなに精製することなく使用した。
工程6:
THF(50mL)中のトリホスゲン(3.43g、11.6mmol、0.4当量)の混合物に、4−ブロモフェノール(5g、28.9mmol、1当量)およびピリジン(2.29g、28.9mmol、2.33mL、1当量)を、0℃でN下で一度に加えた。次に、混合物を、25℃で12時間攪拌し、次に、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1:0)により精製して、(4−ブロモフェニル)カルボノクロリデート(0.8g、収率12%)を白色の固体として得た。
工程7:DCM(5mL)中の(2R)−N−[2−(メチルアミノ)エチル]−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(0.05g、115μmol、1当量)およびTEA(46.5mg、460μmol、64μL、4当量)の混合物に、(4−ブロモフェニル)カルボノクロリデート(32.5mg、138μmol、19.7μL、1.2当量)を、0℃、N下で一度に加えた。次に、混合物を、25℃で12時間攪拌した。混合物を濾過し、減圧下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(水(0.04%NHO)−アセトニトリル)により精製して、(4−ブロモフェニル)N−[2−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]エチル]−N−メチル−カルバメート(0.003g、収率4%)を白色の固体として得た。
LCMS:(M+H):597.2および599.2。
H NMR(400MHz、クロロホルム−d)δ7.47(d、2H)、7.34〜7.30(m、2H)、7.06(d、2H)、5.88〜5.74(m、1H)、5.36(d、1H)、4.79〜4.64(m、1H)、3.53(s、4H)、3.44(s、1H)、3.10(s、2H)、3.02(s、1H)、2.47(dd、1H)、2.24〜2.16(m、1H)、2.10〜2.02(m、1H)、1.27〜1.23(m、22H)、0.88(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例32:メチル(S)−4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)−2−メチルブタノエート
テトラデカノイルクロリド(1.1当量)を、D−アスパラギン(1当量)と反応させて、テトラデカノイル−D−アスパラギンを合成する。得られたテトラデカノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、およびメチル(S)−4−アミノ−2−メチルブタノエート(1.1当量)で処理して、表題化合物を得た。
Figure 2021535092
実施例33:メチル(R)−4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)−2−メチルブタノエート
化合物(S)−(+)−4−ベンジル−3−プロピオニル−2−オキサゾリジノン(1当量)を、ジクロロメタン中のメチルアクリレート(1.1当量)、チタン(IV)イソプロポキシド、チタン(IV)クロリド、およびN,N−ジイソプロピルエチルアミンで処理して、メチル(R)−5−((S)−4−ベンジル−2−オキソオキサゾリジン−3−イル)−4−メチル−5−オキソペンタノエートを合成した。得られた化合物(1当量)を、ジオキサン中のHClで加水分解して、(R)−5−((S)−4−ベンジル−2−オキソオキサゾリジン−3−イル)−4−メチル−5−オキソペンタン酸を得、次に、アジ化ジフェニルホスホリル(1.1当量)、トリエチルアミン(1.1当量)、およびtert−ブタノール(1.5当量)と反応させて、tert−ブチル((R)−4−((S)−4−ベンジル−2−オキソオキサゾリジン−3−イル)−3−メチル−4−オキソブチル)カルバメートを得た。得られた化合物(1当量)のLiOH−HOおよびHでの加水分解により、(R)−4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)−2−メチルブタン酸を得て、次に、メタノール中のSOClでメチルし、ジオキサン中のHClで脱保護して、メチル(R)−4−アミノ−2−メチルブタノエートを得た。
テトラデカノイルクロリド(1.1当量)を、D−アスパラギン(1当量)と反応させて、テトラデカノイル−D−アスパラギンを合成する。得られたテトラデカノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、およびメチル(R)−4−アミノ−2−メチルブタノエート(1.1当量)で処理して、表題化合物を得た。
Figure 2021535092
実施例34:メチル(R)−4−(4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)−2,2−ジメチルブタノエート
工程1:
THF(10mL)中のtert−ブチル2−オキソピロリジン−1−カルボキシレート(1.00g、5.40mmol、917μL、1当量)の溶液に、LiHMDS(1M、11.9mL、2.2当量)を−60℃で加えた。混合物を、−60℃で0.5時間撹拌した。MeI(1.69g、11.9mmol、739μL、2.2当量)を、−60℃で加えた。混合物を25℃までゆっくりと温め、12時間攪拌した。反応混合物を、HO(15mL)で0℃にてクエンチし、酢酸エチル(10mL)で3回抽出した。合わせた有機層を、塩水(20mL)で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、tert−ブチル3,3−ジメチル−2−オキソ−ピロリジン−1−カルボキシレート(1g)を黄色の油状物として得て、それを、さらに精製することなく使用した。
工程2:
THF(2mL)およびEtOH(2mL)中のtert−ブチル3,3−ジメチル−2−オキソ−ピロリジン−1−カルボキシレート(600mg、2.81mmol、917μL、1当量)の溶液に、HO(1mL)中のNaOH(576mg、14.4mmol、5.12当量)を、25℃で加えた。混合物を、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得て、それを、HO(10mL)に中に取り、酢酸エチル(10mL)で抽出した。水層を、pH=7にHCl(1M)で調節し、酢酸エチル(10mL)で抽出した。合わせた有機層を濾過し、減圧下で濃縮して、4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−2,2−ジメチル−ブタン酸(280mg、43%)を黄色の油状物として得た。
工程3:
DMF(2mL)中の4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−2,2−ジメチル−ブタン酸(230mg、994μmol、1当量)の溶液に、MeI(282mg、1.99mmol、124μL、2当量)およびKCO(412mg、2.98mmol、3当量)を25℃で加えた。混合物を、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を、HO(10mL)で希釈し、酢酸エチル(10mL)で3回抽出した。合わせた有機層を、塩水(10mL)で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させて、濾過し、減圧下で濃縮して、メチル4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−2,2−ジメチル−ブタノエート(170mg、70%)を黄色の油状物として得た。
工程4:
MeOH(2.5mL)中のメチル4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−2,2−ジメチル−ブタノエート(170mg、693μmol、1当量)の溶液に、HCl/MeOH(2.5mL、4M)を25℃で加えた。混合物を、25℃で2時間攪拌した。反応混合液を減圧下で濃縮した。残渣を、石油エーテル(10mL)で洗浄して、メチル4−アミノ−2,2−ジメチル−ブタノエートヒドロクロリド(150mg)を赤色の固体として得た。
工程5:
DMF(5mL)中のメチル4−アミノ−2,2−ジメチル−ブタノエート(100mg、689μmol、1当量)、(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタン酸(283mg、826μmol、1.2当量)、HOBt(102mg、758μmol、1.1当量)およびTEA(153mg、1.52mmol、211μL、2.2当量)の溶液に、EDCI(145mg、758μmol、1.1当量)を0℃で加えた。混合物を、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過して、濾液を得た。濾液を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030 5μ;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:55%〜85%、12分)により精製して、メチル4−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]−2,2−ジメチル−ブタノエート(50mg、14%)を白色の固体として得た。
LCMS:(M+H+):470.3。H NMR(400MHz、クロロホルム−d)δ7.32(d、1H)、7.09(t、1H)、6.09(s、1H)、5.66(s、1H)、4.74〜4.65(m、1H)、3.68(s、3H)、3.30〜3.18(m、2H)、2.89(dd、1H)、2.47(dd、1H)、2.30〜2.24(m、2H)、1.79〜1.70(m、2H)、1.69〜1.59(m、2H)、1.25(m、20H)、1.20(s、6H)、0.88(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例35:(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ペンタノエート
工程1〜6:
実施例49の工程1〜6に従い合成した。
工程7:
DMF(5mL)中の(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S)−4−アミノペンタノエートヒドロクロリド(50mg、102μmol、1当量)の溶液に、HOBt(15mg、112μmol、1.1当量)、(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタン酸(35mg、102μmol、1当量)、TEA(23mg、224μmol、31μL、2.2当量)およびEDCI(21mg、112μmol、1.1当量)を0℃で加えた。混合物を、15℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、分取HPLC(カラム:Welch Ultimate AQ−C18 150*30mm*5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:55%−85%、12分)により精製して、(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ペンタノエート(14mg、16%)を黄色の固体として得た。LCMS:(M+H+)816.4。
H NMR(400MHz、クロロホルム−d)δ8.05(d、1H)、7.76(d、1H)、7.64〜7.59(m、1H)、7.44〜7.36(m、2H)、7.31(s、1H)、6.69〜6.62(m、1H)、6.21(s、1H)、5.68(d、1H)、5.40(d、1H)、5.20〜5.02(m、2H)、4.77(s、1H)、4.00(s、1H)、3.09〜2.95(m、8H)、2.61〜2.47(m、3H)、2.27(dt、3H)、2.14〜2.06(m、1H)、1.90〜1.86(m、1H)、1.34〜1.19(m、19H)、1.09(d、3H)、0.94(q、3H)、0.87(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例36:4−((((4−ブロモベンジル)(メチル)カルバモイル)オキシ)メチル)フェニル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート
テトラデカノイルクロリド(1.1当量)を、D−アスパラギン(1当量)と反応させて、テトラデカノイル−D−アスパラギンを合成する。得られたテトラデカノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、およびtert−ブチル(2−アミノエチル)(メチル)カルバメート(1.1当量)で処理し、次に、ジオキサン中のHClで脱保護して、アミン中間体を得る。
化合物(4−((tert−ブチルジメチルシリル)オキシ)フェニル)メタノール(1当量)を、4,4’−ジニトロフェニル カルボネート(1.1当量)と反応させ、続いて、1−(4−ブロモフェニル)−N−メチルメタンアミンと反応させる。得られた化合物を、TBAF(1.1当量)脱保護し、次に、4,4’−ジニトロフェニルカルボネート(1当量)と反応させる。得られた化合物(1.1当量)を、アミン中間体(1当量)とカップリングして、表題化合物を得る。
Figure 2021535092
実施例37:(E)−3−(((4−ブロモベンジル)(メチル)カルバモイル)オキシ)−2−フェニルプロパ−1−エン−1−イル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート
テトラデカノイルクロリド(1.1当量)を、D−アスパラギン(1当量)と反応させて、テトラデカノイル−D−アスパラギンを合成する。得られたテトラデカノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、およびtert−ブチル(2−アミノエチル)(メチル)カルバメート(1.1当量)で処理し、次に、ジオキサン中のHClで脱保護して、アミン中間体を得る。
化合物3−ヒドロキシ−2−フェニルプロパナール(1当量)を、4,4’−ジニトロフェニルカルボネート(1.1当量)と反応させ、続いて、1−(4−ブロモフェニル)−N−メチルメタンアミンと反応させる。得られた化合物を、トリホスゲンと反応させ、次に、クロロ炭酸塩(1.1当量)を、アミン中間体(1当量)とカップリングして、表題化合物を得る。
Figure 2021535092
実施例38:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2−メチルブタノエート
化合物(R)−(−)−4−ベンジル−3−プロピオニル−2−オキサゾリジノン(1当量)を、ジクロロメタン中のメチルアクリレート(1.1当量)、チタン(IV)イソプロポキシド、チタン(IV)クロリド、およびN,N−ジイソプロピルエチルアミンと反応させて、メチル(S)−5−((R)−4−ベンジル−2−オキソオキサゾリジン−3−イル)−4−メチル−5−オキソペンタノエートを合成する。得られた化合物(1当量)を、ジオキサン中のHClで加水分解して、(S)−5−((R)−4−ベンジル−2−オキソオキサゾリジン−3−イル)−4−メチル−5−オキソペンタン酸を得て、それを、次に、アジ化ジフェニルホスホリル(1.1当量)、トリエチルアミン(1.1当量)、およびtert−ブタノール(1.5当量)と反応させて、tert−ブチル((S)−4−((R)−4−ベンジル−2−オキソオキサゾリジン−3−イル)−3−メチル−4−オキソブチル)カルバメートを得る。得られた化合物(1当量)のLiOH−HOおよびHでの加水分解により、(S)−4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)−2−メチルブタン酸を得て、それを、次に、メタノール中のSOClでメチル化し、ジオキサン中のHClで脱保護して、メチル(S)−4−アミノ−2−メチルブタノエートを得る。
オクタノイルクロリド(1.1当量)を、D−アスパラギン(1当量)と反応させて、オクタノイル−D−アスパラギンを合成する。得られたオクタノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、およびメチル(S)−4−アミノ−2−メチルブタノエート(1.1当量)と反応させて、メチル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2−メチルブタノエートを得る。
メチル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2−メチルブタノエート(1当量)を、塩基性条件下(LiOH/水/THF中の2M)で加水分解して、遊離カルボン酸を得る。得られたカルボン酸を、DCC(1当量)および7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン(1.1当量)と反応させ、表題化合物を得る。
Figure 2021535092
実施例39:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(R)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2−メチルブタノエート
化合物(S)−(−)−4−ベンジル−3−プロピオニル−2−オキサゾリジノン(1当量)を、ジクロロメタン中のメチルアクリレート(1.1当量)、チタン(IV)イソプロポキシド、チタン(IV)クロリド、およびN,N−ジイソプロピルエチルアミンと反応させて、メチル(R)−5−((S)−4−ベンジル−2−オキソオキサゾリジン−3−イル)−4−メチル−5−オキソペンタノエートを合成する。得られた化合物(1当量)を、ジオキサン中のHClで加水分解して、(R)−5−((S)−4−ベンジル−2−オキソオキサゾリジン−3−イル)−4−メチル−5−オキソペンタン酸を得、次に、アジ化ジフェニルホスホリル(1.1当量)、トリエチルアミン(1.1当量)、およびtert−ブタノール(1.5当量)と反応させて、tert−ブチル((R)−4−((S)−4−ベンジル−2−オキソオキサゾリジン−3−イル)−3−メチル−4−オキソブチル)カルバメートを得た。得られた化合物(1当量)のLiOH−HOおよびHでの加水分解により、(R)−4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)−2−メチルブタン酸を得て、次に、メタノール中のSOClでメチルし、ジオキサン中のHClで脱保護して、メチル(R)−4−アミノ−2−メチルブタノエートを得た。
オクタノイルクロリド(1.1当量)を、D−アスパラギン(1当量)と反応させて、オクタノイル−D−アスパラギンを合成する。得られたオクタノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、およびメチル(R)−4−アミノ−2−メチルブタノエート(1.1当量)で処理して、メチル(R)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2−メチルブタノエートを得る。
メチル(R)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2−メチルブタノエート(1当量)を、塩基性条件下(LiOH/水/THF中の)で加水分解して、遊離カルボン酸を得る。得られたカルボン酸を、DCC(1当量)および7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン(1当量)で処理して、表題化合物を得る。
Figure 2021535092
実施例40:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル 4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2,2−ジメチルブタノエート
工程1:
THF(60mL)中のtert−ブチル2−オキソピロリジン−1−カルボキシレート(10g、54mmol、9.2mL、1当量)の溶液に、LiHMDS(1M、119mL、2.2当量)を−60℃で加えた。混合物を、−60℃で0.5時間撹拌した。MeI(16.86g、118.8mmol、7.39mL、2.2当量)を、−60℃で加えた。混合物を、15℃までゆっくり温め、12時間攪拌した。反応混合物を、HO(100mL)により0℃でクエンチし、酢酸エチル(200mL)で3回抽出した。合わせた有機層を、塩水(100mL)で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、tert−ブチル3,3−ジメチル−2−オキソ−ピロリジン−1−カルボキシレート(12g、粗)を黄色の油状物として得た。
工程2:
THF(30mL)およびEtOH(30mL)中のtert−ブチル3,3−ジメチル−2−オキソ−ピロリジン−1−カルボキシレート(12g、56mmol、920μL、1当量)の溶液に、HO(15mL)中のNaOH(11.25g、281mmol、5当量)の溶液を15℃で加えた。混合物を、15℃で12時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、HO(100mL)で希釈し、酢酸エチル(30mL)で抽出した。合わせた水層を、HCl(1M)によりpH=7に調節し、減圧下で濃縮した。残渣を、酢酸エチル(100mL)で洗浄した。合わせた有機層を濾過し、減圧下で濃縮して、4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−2,2−ジメチル−ブタン酸(2.0g、収率15%)を赤色の油状物として得た。
工程3:
DMF(10mL)中の(S)−4,11−ジエチル−4,9−ジヒドロキシ−1,12−ジヒドロ−14H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−3,14(4H)−ジオン(1g、2.55mmol、1当量)、4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−2,2−ジメチル−ブタン酸(707mg、3.06mmol、1.2当量)、HOBt(379mg、2.8mmol、1.1当量)およびTEA(570mg、5.6mmol、780μL、2.2当量)の混合物に、EDCI(537mg、2.80mmol、1.1当量)を0℃で加えた。混合物を、15℃で12時間撹拌した。溶液を、HO(40mL)で希釈し、酢酸エチル(50mL)で3回抽出した。合わせた有機層を、塩水(30mL)で洗浄し、無水硫酸ナトリウムを乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、石油エーテル(50mL)で洗浄し、濾過して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)−2,2−ジメチルブタノエート(600mg、39%)を黄色の固体として得た。
工程4:
HCl/EtOAc(10mL、4M)中の(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)−2,2−ジメチルブタノエート(600mg、991μmol、1当量)の溶液を、15℃で2時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を得た。残渣を、酢酸エチル(60mL)で洗浄し、濾過して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル 4−アミノ−2,2−ジメチルブタノエートヒドロクロリド(300mg、46%)を黄色の固体として得た。
工程5:
DCM(3mL)中の(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル4−アミノ−2,2−ジメチルブタノエートヒドロクロリド(50mg、92μmol、1当量)、(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−4−(tritイルアミンo)ブタン酸(53mg、111μmol、1.2当量)、DMAP(5.6mg、46μmol、0.5当量)、DCC(28.6mg、138μmol、27.99μL、1.5当量)の混合物を、15℃で4時間攪拌した。反応混合物を、通常の圧力下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030 5μ;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:50%〜75%、12分)により精製して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル4−((R)−2−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)−2,2−ジメチルブタノエートトリフルオロアセテート(5mg、収率5%)を黄色の固体として得た。
工程6:
TFA(0.5mL)およびDCM(2.5mL)中の(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル4−((R)−2−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)−2,2−ジメチルブタノエートトリフルオロアセテート(5mg、5μmol、1当量)の混合物を、15℃で5時間攪拌した。混合物に、TFA(1mL)およびDCM(1mL)をさらに加え、次に、混合物を、15℃で12時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、石油エーテル(10mL)で洗浄して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル4−((R)−2,4−ジアミノ−4−オキソブタンアミド)−2,2−ジメチルブタノエートトリフルオロアセテート(5mg)を黄色の固体として得た。
工程7:
DCM(3mL)中の(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル4−((R)−2,4−ジアミノ−4−オキソブタンアミド)−2,2−ジメチルブタノエートトリフルオロアセテート(5mg、6.8μmol、1当量)の溶液に、オクタノイルクロリド(1.1mg、6.8μmol、1.16μL、1当量)およびTEA(690μg、6.81μmol、0.95μL、1当量)を0℃で加えた。混合物を、0℃で1.5時間撹拌した。反応混合液を減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030 5μ;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:25%〜55%、12分)により精製して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2,2−ジメチルブタノエート・1/3TFA(2mg)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H+):746.4
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.20(d、1H)、8.06(s、1H)、7.90(d、1H)、7.83(t、1H)、7.65(dd、1H)、7.31(s、1H)、7.24(s、1H)、6.82(s、1H)、6.51(s、1H)、5.42(s、2H)、5.32(s、2H)、4.49(q、1H)、3.22〜3.12(m、4H)、2.38〜2.32(m、2H)、2.12〜2.03(m、2H)、1.92〜1.76(m、4H)、1.42(dd、2H)、1.34〜1.31(m、6H)、1.27(t、3H)、1.25〜1.15(m、8H)、0.93〜0.77(m、6H)。
Figure 2021535092
実施例41:(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ベンジル(4−ブロモベンジル)(メチル)カルバメート
この化合物を、実施例26に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例42:メチル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート
DCM(20mL)中のメチル(4S)−4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエートヒドロクロリド(実施例21の工程5において合成、1g、3.55mmol、1当量)およびTEA(790mg、7.81mmol、1.09mL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却し、オクタノイルクロリド(693mg、4.26mmol、727μL、1.2当量)を加えた。次に、混合物を25℃まで温め、12時間攪拌した。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:15%〜45%、20分)により精製して、メチル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート(330mg、25%)を白色の固体として得た。LCMS(M+H):372.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.86(d、J=8.0Hz、1H)、7.53(d、J=8.5Hz、1H)、7.23(s、1H)、6.84(s、1H)、4.44(q、J=7.2Hz、1H)、3.72〜3.68(m、1H)、3.55(s、3H)、2.46〜2.37(m、1H)、2.35〜2.14(m、3H)、2.06(t、J=7.4Hz、2H)、1.64〜1.52(m、2H)、1.45〜1.41(m、2H)、1.27〜1.19(m、8H)、0.99(d、J=6.6Hz、3H)、0.87〜0.79(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例43:メチル(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ブタノエート
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(500mg、2.15mmol、1当量)、HOBt(320mg、2.37mmol、1.1当量)、TEA(479mg、4.74mmol、659μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(454mg、2.37mmol、1.1当量)およびメチル4−アミノブタノエート(397mg、2.58mmol、1.2当量、HCl)を加えた。反応混合物を、0℃で15分間攪拌し、25℃で12時間攪拌した。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:5%〜35%、20分)により精製して、メチル4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート(460mg、64%)を白色の固体として得た。
工程2:
HCl−ジオキサン(2M、694μL、1当量)中のメチル4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート(460mg、1.39mmol、1当量)を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエートヒドロクロリド(420mg)を白色の固体として得て、それを、さらに精製することなく、次の工程で使用した。
工程3:
DCM(5mL)中のメチル4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエートヒドロクロリド(420mg、1.57mmol、1当量)の溶液に、TEA(349mg、3.45mmol、480μL、2.2当量)を加えた。反応混合物を0℃まで冷却し、オクタノイルクロリド(306mg、1.88mmol、321μL、1.2当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:15%〜40%、12分)により精製した。メチル(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ブタノエート(254mg、45%)を、白色の固体として得た。LCMS(M+H):358.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.89(d、J=8.1Hz、1H)、7.74(t、J=5.8Hz、1H)、7.24(s、1H)、6.83(s、1H)、4.44(q、J=7.3Hz、1H)、3.55(s、3H)、3.02(q、J=6.5Hz、2H)、2.47〜2.39(m、1H)、2.35〜2.27(m、1H)、2.26(t、J=7.5Hz、2H)、2.06(t、J=7.5Hz、2H)、1.60(p、J=7.0Hz、2H)、1.48〜1.40(m、2H)、1.27〜1.14(m、8H)、0.83(t、J=6.6Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例44:(R)−N1−(4−(メトキシメチル)フェニル)−2−オクタナミドスクシンアミド
工程1:
EtOAc(5mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1.02g、4.37mmol、1.2当量)、4−(メトキシメチル)アニリン(500mg、3.64mmol、1当量)の混合物を、0℃まで冷却した。プロパンホスホン酸無水物(3.48g、5.47mmol、5.47mL、純度50%、1.5当量)およびDIPEA(942.15mg、7.29mmol、1.27mL、2当量)を加えた。反応混合物を、0℃で15分間、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜35%、20分)により精製して、tert−ブチルN−[(1R)−3−アミノ−1−[[4−(メトキシメチル)フェニル]カルバモイル]−3−オキソ−プロピル]カルバメート(210mg、16%)を黄色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(2M、299μL、1当量)中のTert−ブチルN−[(1R)−3−アミノ−1−[[4−(メトキシメチル)フェニル]カルバモイル]−3−オキソ−プロピル]カルバメート(210mg、598μmol、1当量)を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、(2R)−2−アミノ−N−[4−(メトキシメチル)フェニル]ブタンジアミドヒドロクロリド(130mg、76%)を白色の固体として得て、それを、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程3:
DCM(5mL)中の(2R)−2−アミノ−N−[4−(メトキシメチル)フェニル]ブタンジアミドヒドロクロリド(210mg、730μmol、1当量)の溶液に、TEA(162mg、1.61mmol、223μL、2.2当量)を加えた。次に、反応混合物を、0℃まで冷却し、オクタノイルクロリド(142mg、876μmol、149μL、1.2当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:20%〜35%、12分)により精製した。化合物(R)−N1−(4−(メトキシメチル)フェニル)−2−オクタナミドスクシンアミド(130mg、40%)を、白色の固体として得た。LCMS(M+H):378.2。H NMR(400MHz、メタノール−d4)δ7.50(d、J=7.7Hz、2H)、7.32(d、J=7.9Hz、2H)、4.52〜4.39(m、3H)、3.41(s、3H)、3.35〜3.18(m、1H)、2.94〜2.80(m、1H)、2.28(t、J=7.3Hz、2H)、1.66〜1.57(m、2H)、1.33〜1.26(m、8H)、0.88(t、J=6.9Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例45:メチル((S)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)カルバメート
工程1:
DMF(2mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(50mg、194μmol、1当量)、EDCI(41mg、213μmol、1.1当量)、tert−ブチルN−[(2S)−2−アミノプロピル]カルバメート(41mg、232μmol、36μL、1.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。HOBt(29mg、213μmol、1.1当量)およびTEA(43mg、426μmol、59μL、2.2当量)を、混合物に加え、反応混合物を、0℃で15分間攪拌し、25℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:25%〜55%、12分)により精製して、tert−ブチルN−[(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロピル]カルバメート(40mg、50%)を白色の固体として得た。
工程2:
HCl/ジオキサン(2M、8.00mL、166当量)中のtert−ブチル N−[(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロピル]カルバメート(40mg、96μmol、1当量)の溶液を、25℃で1時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、(2R)−N−[(1S)−2−アミノ−1−メチル−エチル]−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(20mg、59%)を白色の固体として得て、それを、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程3:
DCM(2mL)中の(2R)−N−[(1S)−2−アミノ−1−メチル−エチル]−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(15mg、43μmol、1当量)およびTEA(8.7mg、86μmol、11.9 μL、2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。カルボノクロリジン酸メチル(3.6mg、38μmol、2.98μL、0.9当量)を加え、混合物を、25℃で12時間攪拌した。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 100*30mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜45%、12分)により精製して、メチル((S)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)カルバメート(3.8mg、23%)を白色の固体として得た。LCMS(M+H):373.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.88(d、J=7.8Hz、1H)、7.64〜7.51(m、1H)、7.28(s、1H)、7.06〜7.00(m、1H)、6.87(s、1H)、4.48〜4.43(m、1H)、3.81〜3.73(m、1H)、3.54〜3.49(m、3H)、3.02〜2.93(m、2H)、2.46〜2.29(m、2H)、2.14〜2.06(m、2H)、1.49〜1.45(m、2H)、1.26〜1.22(m、8H)、0.97(d、J=6.7Hz、3H)、0.90〜0.82(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例46:メチル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)カルバメート
工程1:
HCl/ジオキサン(3M、14.4mL、10当量)中の(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1g、4.31mmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を濾過し、濾液を減圧下で濃縮し、(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタン酸ヒドロクロリド(650mg、90%)を、白色の固体として得て、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程2:
DCM(10mL)中の(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタン酸(10g、75.7mmol、1当量)の溶液に、TEA(15.32g、151.4mmol、21.07mL、2当量)を加えた。次に、反応混合物を、0℃まで冷却し、オクタノイルクロリド(18.47g、113.5mmol、19.38mL、1.5当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 250mm*100mm*10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:15%〜45%、25分)により精製して、(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1g、収率5.1%)を白色の固体として得た。
工程3:
DMF(3mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(100mg、387μmol、1当量)、HOBt(58mg、426μmol、1.1当量)、TEA(86mg、852μmol、119μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(82mg、426μmol、1.1当量)およびtert−ブチルN−(2−アミノエチル)カルバメート(81mg、503μmol、79μL、1.3当量)を加えた。反応混合物を、0℃で15分間撹拌し、次に、25℃で12時間温めた。反応混合物を、HO(5mL)で希釈し、EtOAc(5mL)で4回抽出した。合わせた有機層を、塩水(10mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、tert−ブチルN−[2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]エチル]カルバメート(60mg、39%)を白色の固体として得た。
工程4:
HCl/ジオキサン(3M、50μL、1当量)中のtert−ブチルN−[2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]エチル]カルバメート(60mg、150μmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、(2R)−N−(2−アミノエチル)−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(30mg、59%)を白色の固体として得た。
工程5:
DCM(3mL)中の(2R)−N−(2−アミノエチル)−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(50mg、166μmol、1当量)およびTEA(34mg、333μmol、46μL、2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。カルボノクロリジン酸メチル(24mg、250μmol、19μL、1.5当量)を、混合物に加えた。次に、混合物を25℃まで温め、12時間攪拌した。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:20%〜35%、4分)により精製して、メチル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)カルバメート(9mg、13%)を白色の固体として得た。LCMS(M+H):359.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.89(d、J=7.9Hz、1H)、7.83〜7.77(m、1H)、7.25(s、1H)、7.07〜7.03(m、1H)、6.85(s、1H)、4.44(q、J=7.3Hz、1H)、3.49(s、3H)、3.13〜2.95(m、4H)、2.48〜2.40(m、1H)、2.31(dd、J=15.1、7.8Hz、1H)、2.07(t、J=7.5Hz、2H)、1.48〜1.40(m、2H)、1.28〜1.16(m、8H)、0.87〜0.80(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例47:4−ブロモフェニル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート
工程1:
MeOH(2mL)およびHO(1mL)中のメチル(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(150mg、404μmol、1当量)の混合物に、LiOH.HO(34mg、809μmol、2当量)を加え、混合物を、25℃で5時間、N下で攪拌した。反応混合物を、約pH4に2N HClで調節し、固形生成物を、濾過により集めて、(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタン酸(110mg、76%)を得た。
1.255分でのLCMS:(M+H+)358.2。
工程2:
DMF(2mL)中の(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタン酸(50mg、140μmol、1当量)、HOBt(21mg、154μmol、1.1当量)および4−ブロモフェノール(29mg、168μmol、1.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(29.5mg、154μmol、1.1当量)およびTEA(31mg、308μmol、42.8μL、2.2当量)を加え、混合物を、0℃で15分間、次に、25℃で12時間攪拌した。混合物を濾過し、減圧下で濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030 5μ;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:35%〜60%、12分)により精製して、(4−ブロモフェニル)(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(10mg、14%)を白色の固体として得た。
LCMS:(M+H)514.1。
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.88(d、1H)、7.58(dd、3H)、7.24(s、1H)、7.13〜7.06(m、2H)、6.84(s、1H)、4.47(q、1H)、3.85〜3.77(m、1H)、2.54(dd、1H)、2.44(d、1H)、2.32(dd、1H)、2.07(t、2H)、1.79〜1.67(m、1H)、1.71〜1.59(m、1H)、1.48〜1.40(m、2H)、1.21(s、8H)、1.04(d、3H)、0.83(q、3H)。
Figure 2021535092
実施例48:4−ブロモフェニル((S)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)カルバメート
工程1:
DCM(30mL)中のベンジル(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(3.00g、9.31mmol、1当量)の混合物に、TFA(10.6g、93mmol、6.89mL、10当量)を加え、混合物を、25℃で0.5時間攪拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をDCM(30mL)に0℃で溶解した。TEA(3.77g、37.2mmol、5.18mL、4当量)およびDMAP(114mg、931μmol、0.1当量)を、続いて、オクタノイルクロリド(1.82g、11.2mmol、1.91mL、1.2当量)を加えた。混合物を、25℃で11.5時間攪拌し、そして次に、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル、5/1〜1:1)により精製して、ベンジル(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(1.9g、53%)を白色の固体として得た。
工程2:
EtOH(20mL)中のベンジル(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノエート(1.9g、5.45mmol、1当量)の溶液に、10%Pd/C(1g)をN下で加えた。懸濁液を、真空下で脱気し、Hで数回パージした。混合物を、H下、25℃、15psiで2時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1.3g、収率92%)を白色の固体として得た。
工程3:
DMF(3mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(0.2g、774μmol、1当量)、HOBt(115mg、852μmol、1.1当量)およびTEA(172mg、1.70mmol、237μL、2.2当量)の混合物を、0℃で1時間攪拌した。EDCI(163mg、852μmol、1.1当量)、続いて、tert−ブチルN−[(2S)−2−アミノプロピル]カルバメート(162mg、929μmol、1.2当量)を加え、混合物を25℃で11時間攪拌した。反応混合物を、酢酸エチル(9ml)とHO(9ml)の間で分配した。有機層を分離し、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取TLC(SiO、DCM:MeOH、10:1)により精製して、tert−ブチルN−[(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロピル]カルバメート(0.14g、39%)を白色の固体として得た。
工程4:
HCl/ジオキサン(3mL、4M)中のtert−ブチルN−[(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロピル]カルバメート(0.05g、121μmol、1当量)の混合物を、25℃で0.5時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、(2R)−N−[(1S)−2−アミノ−1−メチル−エチル]−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリドを白色の固体として得た。
工程5:
DCM(200mL)中の(2R)−N−[(1S)−2−アミノ−1−メチル−エチル]−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(0.05g、143μmol、1当量)およびTEA(29mg、285μmol、40μL、2当量)の混合物に、(4−ブロモフェニル)カルボノクロリデート(40mg、171μmol、24μL、1.2当量)を0℃N下で一度に加えた。混合物を、25℃で12時間攪拌し、次に、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC([水(0.1%TFA)−アセトニトリル])により精製して、(4−ブロモフェニル)N−[(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロピル]カルバメート(2.4mg、3.3%)を白色の固体として得た。
LCMS:(M+H):513.1および515.1。
Figure 2021535092
実施例49:(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート
工程1:
DCM(15mL)中の(S)−4,11−ジエチル−4,9−ジヒドロキシ−1,12−ジヒドロ−14H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−3,14(4H)−ジオン(2.5g、6.37mmol、1当量)の溶液に、BocO(2.09g、9.56mmol、2.20mL、1.5当量)およびピリジン(1.01g、12.7mmol、1.03mL、2当量)を20℃で加えた。混合物を、20℃で12時間攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、(S)−tert−ブチル(4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル)カルボネート(2.7g、86%)を白色の固体として得た。
工程2:
トルエン(20mL)中のtert−ブチル(S)−(1−オキソプロパン−2−イル)カルバメート(4.0g、23mmol、1当量)の溶液に、メチル(トリフェニルホスホラニリデン)アセテート(8.49g、25mmol、1.1当量)を0℃で加えた。混合物を、20℃で12時間攪拌した。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=10:1〜1:1)により精製して、メチル(E,4S)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)ペンタ−2−エノエート(4.5g、85%)を無色の油状物として得た。
工程3:
THF(1mL)およびH2O(1mL)中のメチル(E,4S)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)ペンタ−2−エノエート(500mg、2.18mmol、1当量)の溶液に、LiOH.HO(275mg、6.54mmol、3当量)を0℃で加えた。混合物を、20℃で12時間攪拌した。反応混合物を、HO(10mL)で希釈し、酢酸エチル10mLで抽出した。合わせた水層を、HCl(1M、HO)によりpH=3に調節し、酢酸エチル(20mL×3)で抽出した。合わせた有機層を、塩水(20mL)で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、(E,4S)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)ペンタ−2−エン酸(460mg)を白色の固体として得た。
工程4:
DCM(3mL)中の(E,4S)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)ペンタ−2−エン酸(300mg、1.39mmol、1当量)、(S)−tert−ブチル(4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル)カルボネート(1.03g、2.09mmol、1.5当量)、DCC(431mg、2.09mmol、422.9μL、1.5当量)、DMAP(85.1mg、697μmol、0.5当量)の混合物を、20℃で12時間攪拌した。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex Luna C18 20040mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:60%〜80%、10分)により精製して、(S)−9−((tert−ブトキシカルボニル)オキシ)−4,11−ジエチル−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S,E)−4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)ペンタ−2−エノエート(450mg、47%)を黄色の固体として得た。
工程5:
MeOH(10mL)中の(S)−9−((tert−ブトキシカルボニル)オキシ)−4,11−ジエチル−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S,E)−4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)ペンタ−2−エノエート(450mg、652μmol、1当量)の溶液に、Pd/C(200mg、純度10%)を20℃で加えた。懸濁液を脱気し、Hで3回パージした。混合物を、H(15Psi)、20℃で14時間攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、(S)−9−((tert−ブトキシカルボニル)オキシ)−4,11−ジエチル−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S)−4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)ペンタノエート(300mg、67%)を黄色の固体として得て、それを、さらに精製することなく使用した。
工程6:
HCl/EtOAc(5mL、4M)中の(S)−9−((tert−ブトキシカルボニル)オキシ)−4,11−ジエチル−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S)−4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)ペンタノエート(300mg、434μmol、1当量)の溶液を、20℃で8時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S)−4−アミノペンタノエートヒドロクロリド(100mg、44%)を黄色の固体として得て、それをさらに精製しなかった。
工程7:
DMF(5mL)中の(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S)−4−アミノペンタノエートヒドロクロリド(50mg、102μmol、1当量)の溶液に、HOBt(15.1mg、119μmol、1.1当量)、(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(26.3mg、102μmol、1当量)、TEA(22.6mg、224μmol、31.2μL、2.2当量)およびEDCI(21.5mg、112μmol、1.1当量)を0℃で加えた。混合物を、15℃で12時間攪拌した。反応混合物を濾過し、濃縮し、分取HPLC(カラム:Nano−Micro UniSil 5−100 C18 ULTRA 100250mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:38%〜56%、10分)により精製して、(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート(24mg、30%)を黄色の固体として得た。LCMS(M+H):732.3。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ10.31(s、1H)、8.05〜7.97(m、1H)、7.89(dd、1H)、7.62〜7.55(m、1H)、7.42〜7.36(m、2H)、7.28(d、1H)、6.96〜6.93(m、1H)、6.85(d、1H)、5.45(s、2H)、5.28(s、2H)、4.58〜4.41(m、1H)、3.87〜3.70(m、1H)、3.13〜3.02(m、2H)、2.67〜2.63(m、2H)、2.39〜2.28(m、2H)、2.16〜2.01(m、4H)、1.66〜1.55(m、2H)、1.46〜1.41(m、2H)、1.27(t、3H)、1.24〜1.11(m、8H)、1.00(dd、3H)、0.93〜0.85(m、3H)、0.85〜0.74(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例50:メチル(トリデシルスルホニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
トリデカン−1−スルホニルクロリド(1.5当量)を、無水DMFに溶解し、続いて、トリエチルアミン(2.5当量)を加えた。D−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、1当量)を、反応が、LCMSによりモニターして、完了するまで加える。生成物を、逆相クロマトグラフィーにより精製し、凍結乾燥させて、表題化合物を得た。
Figure 2021535092
実施例51:メチル(ヘプチルスルホニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
この化合物を、実施例50に関して記載した実験手法に従いヘプタン−1−スルホニルクロリドを用いて合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例52:メチル((ヘキシルオキシ)カルボニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
ヘキシルクロロホルメート(0.035g、0.22mmol、1.1当量)を無水DMF(1mL)に溶解し、続いて、トリエチルアミン(0.03mL、0.22mmol、1.1当量)を加えた。D−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、0.05g、0.2mmol、1当量)を加え、反応物を、一晩攪拌した。水を加えて、溶液を清澄化した後、生成物を、逆相クロマトグラフィーで精製し、凍結乾燥させて、白色の固体(27.6mg、40%)を得た。LCMS(M−H)、344.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.13(d、J=7.3Hz、1H)、7.23(s、1H)、7.11(d、J=8.4Hz、1H)、6.85(s、1H)、4.34〜4.28(m、1H)、4.23(p、J=7.2Hz、1H)、3.91(t、J=6.6Hz、2H)、3.60(s、3H)、2.42(dd、J=15.2、5.2Hz、1H)、2.33(dd、J=15.1、8.5Hz、1H)、1.55〜1.45(m、2H)、1.28〜1.23(m、6H)、1.24(d、J=7.2Hz、3H)、0.89〜0.81(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例53:メチル(ヘキシルカルバモイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
ヘキシルイソシアネート(0.028g、0.22mmol、1.1当量)を、無水DMF(1mL)に溶解し、続いて、トリエチルアミン(0.03mL、0.22mmol、1.1当量)を加えた。D−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、0.05g、0.2mmol、1当量)を加え、反応物を、一晩攪拌した。水を加えて、溶液を清澄化した後、生成物を、逆相クロマトグラフィーで精製し、凍結乾燥させて、白色の固体(36.2mg、53%)を得た。LCMS(M−H)、343.2。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.09(d、J=7.2Hz、1H)、7.28(s、1H)、6.83(s、1H)、6.18(t、J=5.6Hz、1H)、6.04(d、J=8.3Hz、1H)、4.39(dt、J=8.4、6.5Hz、1H)、4.23(p、J=7.2Hz、1H)、3.60(s、3H)、3.01〜2.88(m、2H)、2.42〜2.29(m、2H)、1.32(t、J=6.7Hz、2H)、1.30〜1.18(m、9H)、0.88〜0.80(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例54:メチルオクタノイル−D−ヒスチジル−L−アラニネート
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−3−(1H−イミダゾール−4−イル)プロパン酸(500mg、1.96mmol、1当量)の溶液に、HOBt(318mg、2.35mmol、1.2当量)およびTEA(634mg、6.27mmol、872μL、3.2当量)を加えた。次に、EDCI(451mg、2.35mmol、1.2当量)およびメチル(2S)−2−アミノプロパノエートヒドロクロリド(301mg、2.15mmol、1.1当量)を、混合物に0℃で加えた。混合物を、25℃で12時間撹拌し、次に、HO(20mL)で希釈し、EtOAc(10mL)で3回抽出した。合わせた有機層を塩水(20mL)で3回洗浄し、NaSOで乾燥させて、濾過し、濃縮して、メチル(2S)−2−[[(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−3−(1H−イミダゾール−4−イル)プロパノイル]アミノ]プロパノエート(300mg)を無色の油状物として得た。
工程2:
メチル(2S)−2−[[(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−3−(1H−イミダゾール−4−イル)プロパノイル]アミノ]プロパノエート(140mg、411μmol、1当量)をHCl/EtOAc(5mL、4M)に溶解し、混合物を25℃で5時間撹拌した。混合物を濃縮して、メチル(2S)−2−[[(2R)−2−アミノ−3−(1H−イミダゾール−4−イル)プロパノイル]アミノ]プロパノエートヒドロクロリド(150mg)を白色の固体として得た。
工程3:
DCM(5mL)中のメチル(2S)−2−[[(2R)−2−アミノ−3−(1H−イミダゾール−4−イル)プロパノイル]アミノ]プロパノエートヒドロクロリド(90mg、325μmol、1当量)の溶液に、TEA(132mg、1.30mmol、181μL、4当量)およびオクタノイルクロリド(58mg、358μmol、61μL、1.1当量)を0℃で加えた。混合物を、25℃で12時間攪拌し、次に、濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030 5μ;移動層:[水(0.1%TFA)−アセトニトリル];B%:10%〜35%、12分)により精製して、メチル(2S)−2−[[(2R)−3−(1H−イミダゾール−4−イル)−2−(オクタノイルアミノ)プロパノイル]アミノ]プロパノエートトリフルオロアセテート(15mg、12%)を白色の固体として得た。
LCMS:(M+H):367.2
Figure 2021535092
実施例55:(R)−N1−(2−(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−1,2,3,4−テトラヒドロピリミジン−1−カルボキサミド)エチル)−2−オクタナミドスクシンアミド
工程1
ピリジン(15mL)中の5−フルオロ−1H−ピリミジン−2,4−ジオン(1.00g、7.69mmol、1当量)の溶液を、THF(15mL)中のビス(トリクロロメチル)カルボネート(1.14g、3.84mmol、0.5当量)の溶液に0℃で滴下した。混合物を、0℃で2時間撹拌した。反応混合物を濾過し、さらに精製することなく次のステップで使用した。
工程2
DMSO(1mL)中の(2R)−N−(2−アミノエチル)−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミド(100mg、333μmol、1当量)の溶液を、5−フルオロ−2,4−ジオキソ−ピリミジン−1−カルボニルクロリド(工程1の溶液、約0.256M、THFおよびピリジン30mL、23.07当量)に加えた。混合物を、15℃で12時間撹拌した。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Welch Ultimate AQ−C18 15030mm5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:27%〜57%、12分)により精製して、(R)−N1−(2−(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−1,2,3,4−テトラヒドロピリミジン−1−カルボキサミド)エチル)−2−オクタナミドスクシンアミド(25mg、16%)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H):457.3
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ12.27(s、1H)、9.13(t、1H)、8.39(d、1H)、7.91〜7.84(m、2H)、7.23(s、1H)、6.82(s、1H)、4.52〜4.42(m、1H)、3.26〜3.14(m、2H)、2.47〜2.42(m、1H)、2.39〜2.28(m、1H)、2.12〜2.04(m、2H)、1.45(t、2H)、1.32〜1.16(m、10H)、0.90〜0.82(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例56:(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ベンジル(5−フルオロ−2−オキソ−1,2−ジヒドロピリミジン−4−イル)カルバメート
オクタノイル−D−アスパラギン(1当量)を、HOBt(1.1当量)および4−アミノベンジルアルコールで処理する。得られたアルコールを、4,4’−ジニトロフェニルカルボネート(1当量)で処理した。得られたカルボネートを、4−アミノ−5−フルオロピリミジン−2(1H)−one(1当量)で処理して、表題化合物を得る。
Figure 2021535092
実施例57:4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ベンジル(1−((2R,5R)−3,4−ジヒドロキシ−5−メチルテトラヒドロフラン−2−イル)−5−フルオロ−2−オキソ−1,2−ジヒドロピリミジン−4−イル)カルバメート この化合物を、実施例56に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例58:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−ブチルアミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート
工程1:
DMF(5mL)中の(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(ブタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エン酸(87mg、290.66μmol、1当量)、(S)−4,11−ジエチル−4,9−ジヒドロキシ−1,12−ジヒドロ−14H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−3,14(4H)−ジオン(91mg、233μmol、0.8当量)、EDCI(61mg、320μmol、1.1当量)の混合物を、脱気し、Nで3回パージし、次に、混合物を、0℃で、N雰囲気下で攪拌した。次に、DMF(5mL)中のDMAP(18mg、145μmol、0.5当量)を混合物に加え、攪拌し、15℃、N雰囲気下で10時間攪拌した。EtOAc(10mL)を、15℃で加え、HO(20mL)および混合物を、EtOAc(20mL)で4回抽出した。合わせた有機層を、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(S,E)−4−((R)−4−アミノ−2−ブチルアミド−4−オキソブタンアミド)ペンタ−2−エノエート(100mg、粗)を黄色の固体として得た。
工程2:
THF(40mL)中の(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(S,E)−4−((R)−4−アミノ−2−ブチルアミド−4−オキソブタンアミド)ペンタ−2−エノエート(100mg、148μmol、1当量)の混合物に、Pd/C(0.1g、純度10%)を加えた。混合物を脱気し、Hで3回パージし、次に、15℃で2時間、15psi H下で撹拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮し、残渣を、分取TLC(SiO、DCM:MeOH=10:1)により精製して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−ブチルアミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート(27mg、22%)を黄色の固体として得た。
LCMS:(M+H+)676.2。
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.21(d、1H)、8.05〜7.94(m、2H)、7.74〜7.61(m、2H)、7.34(s、1H)、7.31(s、1H)、6.89(s、1H)、6.55(s、1H)、5.45(s、2H)、5.35(s、2H)、4.60〜4.46(m、1H)、3.95〜3.89(m、1H)、3.19(q、2H)、2.72〜2.64(m、2H)、2.42(ddd、2H)、2.14〜2.05(m、2H)、1.98〜1.64(m、4H)、1.58〜1.43(m、2H)、1.30(t、3H)、1.10(d、3H)、0.93〜0.79(m、6H)。
Figure 2021535092
実施例59:メチル((ドデシルオキシ)カルボニル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
ドデシルクロロホルメート(0.054g、0.22mmol、1.1当量)を、無水DMF(1mL)に溶解し、続いて、トリエチルアミン(0.03mL、0.22mmol、1.1当量)を加えた。D−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、0.05g、0.2mmol、1当量)を加え、反応物を、一晩攪拌した。水およびDMSOを溶液に加え、不溶性物質を濾去後、生成物を、逆相クロマトグラフィーで精製し、凍結乾燥させて、白色の固体(22.2mg、26%)を得た。LCMS(M−H):428.3。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.12(d、J=7.3Hz、1H)、7.23(s、1H)、7.11(d、J=8.3Hz、1H)、6.85(s、1H)、4.35〜4.28(m、1H)、4.23(p、J=7.2Hz、1H)、3.90(t、J=6.4Hz、2H)、3.59(s、3H)、2.42(dd、J=15.1、5.2Hz、1H)、2.33(dd、J=15.1、8.5Hz、1H)、1.51(t、J=6.9Hz、2H)、1.30〜1.20(m、21H)、0.88〜0.80(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例60:メチル(ドデシルカルバモイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
ドデシルイソシアネート(0.046g、0.22mmol、1.1当量)を、無水DMF(1mL)に溶解し、続いて、トリエチルアミン(0.03mL、0.22mmol、1.1当量)を加えた。D−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、0.05g、0.2mmol、1当量)を加え、反応物を、一晩攪拌した。水およびDMSOを溶液に加え、不溶性物質を濾去後、生成物を、逆相クロマトグラフィーで精製し、凍結乾燥させて、白色の固体((47.6mg、56%)を得た。LCMS(M−H)、427.3。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.08(d、J=7.3Hz、1H)、7.28(s、1H)、6.82(s、1H)、6.17(t、J=5.6Hz、1H)、6.04(d、J=8.3Hz、1H)、4.39(dt、J=8.3、6.4Hz、1H)、4.23(p、J=7.2Hz、1H)、3.60(s、3H)、3.00〜2.87(m、2H)、2.41〜2.30(m、2H)、1.32(t、J=6.6Hz、2H)、1.26〜1.19(m、21H)、0.88〜0.80(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例61:メチル(3−(2−メトキシエトキシ)プロパノイル)−D−アスパラギニル−L−アラニネート
DMF(2mL)中の3−(2−メトキシエトキシ)プロパン酸(88mg、0.59mmol、1.5当量)、HOBt(少なくとも20重量%の水を含む1−ヒドロキシベンゾトリアゾール、73mg、0.43mmol、1.1当量)、およびEDC.HCl(113mg、0.59mmol、1.5当量)の溶液に、トリエチルアミン(0.14mL、1.0mmol、2.5当量)を加えた。5分間攪拌後、D−Asn−L−Ala−OMe HCl塩(100mg、0.39mmol、1当量)を加え、反応物を、室温、N下で一晩攪拌した。反応物を、少量の水で希釈し、トリエチルアミン塩を溶解し、次に、分取C18カラムクロマトグラフィー(水中の10%MeCN〜100%MeCN)により精製して、表題化合物を白色の粉末(46mg、34%)として得た。
LCMS(M+Na+):370.4。
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.01(d、J=7.7Hz、2H)、7.24(s、1H)、6.83(s、1H)、4.62〜4.52(m、1H)、4.23(p、J=7.2Hz、1H)、3.60(s、3H)、3.57(t、J=6.6Hz、2H)、3.49〜3.37(m、4H)、3.21(s、3H)、2.46〜2.25(m、4H)、1.23(d、J=7.2Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例62:メチル(2S)‐2‐[(2R)‐3‐カルバモイル‐2‐[6‐(ジメチルアミノ)ヘキサンアミド]プロパンアミド]プロパノエート
D−Asn−L−Ala−OMeのHCl塩(実施例1の工程2において合成、1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、および6−(ジメチルアミノ)ヘキサン酸(1.1当量)で処理して、表題化合物を得る。
Figure 2021535092
実施例63:4−ブロモフェニル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2−メチルブタノエート
化合物(S)−4−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)−2−メチルブタン酸を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、および4−ブロモフェノール(1.1当量)と反応させ、ジオキサン中のHClで脱保護して、4−ブロモフェニル(S)−4−アミノ−2−メチルブタノエートを得る。テトラデカノイルクロリド(1.1当量)を、D−アスパラギン(1当量)と反応させて、テトラデカノイル−D−アスパラギンを合成する。得られたテトラデカノイル−D−アスパラギン(1当量)を、EDCl(1.1当量)、HOBt(1.1当量)、および4−ブロモフェニル(S)−4−アミノ−2−メチルブタノエート(1.1当量)と反応させて、表題化合物を得る。
Figure 2021535092
実施例64:4−ブロモフェニル(R)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2−メチルブタノエート
この化合物を、実施例63に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例65:4−ブロモフェニル(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2,2−ジメチルブタノエート
この化合物を、実施例63に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例66:フェニル(S)−4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ペンタノエート
工程1:
トルエン(50mL)中のtert−ブチルN−[(1S)−1−メチル−2−オキソ−エチル]カルバメート(5g、28.9mmol、1当量)の混合物に、メチル2−(トリフェニル−ホスファニリデン)アセテート(9.65g、28.9mmol、1当量)を加え、混合物を、25℃で12時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=10:1〜4:1)により精製して、メチル(E,4S)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)ペンタ−2−エノエート(6g、91%)を淡黄色の油状物として得た。
工程2:
DCM(2.5mL)中のメチル(E,4S)−4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)ペンタ−2−エノエート(300mg、1.31mmol)の混合物に、TFA(0.5mL)を添加し、次に、混合物を、25℃で1時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(E,4S)−4−アミノペンタ−2−エノエートトリフルオロアセテート(200mg、63%)を黄色の油状物として得た。これを、さらに精製することなく次の工程に使用した。
工程3:
DMF(10mL)中のメチル(E,4S)−4−アミノペンタ−2−エノエートトリフルオロアセテート(200mg、1.21mmol、1当量)、HOBt(179mg、1.33mmol、1.1当量)、TEA(269mg、2.66mmol、370μL、2.2当量)の混合物を、0℃まで冷却した。EDCI(255mg、1.33mmol、1.1当量)および(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(337mg、1.45mmol、1.2当量)を、混合物に加え、反応混合物を、0℃で15分間攪拌し、次に、25℃で12時間温めた。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex luna C18 25050mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:15%〜45%、20分)により精製して、メチル(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エノエート(350mg、84%)を白色の固体として得た。
工程4:
HCl/ジオキサン(2M、2.32mL、20当量)中のメチル(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(80mg、232μmol、1当量)の混合物を、25℃で1時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(4S)−4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエートヒドロクロリド(30mg)を白色の固体として得た。これを、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程5:
DCM(3mL)中のメチル(4S)−4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエートヒドロクロリド(30mg、106μmol、1当量)の溶液に、TEA(22mg、213μmol、29.6μL、2当量)を加えた。次に、反応混合物を0℃まで冷却し、テトラデカノイルクロリド(29mg、117μmol、1.1当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、メチル(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]ペンタノエートを白色の固体として得て、それを、さらに精製することなく使用した。
工程6:
MeOH(3mL)およびHO(1mL)中のメチル(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(195mg、428μmol、1当量)の混合物に、LiOH.HO(36mg、856μmol、2当量)を加え、次に、混合物を、25℃で5時間攪拌した。反応混合物に、2N HClを加えて、pH約4に調節し、次に、濾過し、濾液を減圧下で濃縮して、残渣を得た。(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]ペンタン酸(150mg、79%)を白色の固体として得た。これを、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程7:
DMF(2mL)中の(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(テトラデカノイルアミノ)ブタノイル]アミノ]ペンタン酸(120mg、271μmol、1当量)およびフェノール(43mg、462μmol、40.6μL、1.7当量)の溶液に、DMAP(16.6mg、136μmol、0.5当量)を加えた。次に、反応混合物を0℃まで冷却し、EDCI(57.3mg、299μmol、1.1当量)を加えた。混合物を、25℃で12時間、N下で攪拌した。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge Prep OBD C18 15030mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:60%〜90%、10分)により精製して、フェニル(S)−4−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−テトラデカンアミドブタナミド)ペンタノエート(35.6mg、19%)を白色の固体として得た。LCMS(M+H)518.3。H NMR(400MHz、メタノール−d4)δ7.44〜7.35(m、2H)、7.29〜7.20(m、1H)、7.18〜7.07(m、2H)、4.67(t、J=6.8Hz、1H)、4.06〜4.01(m、1H)、2.71(dd、J=15.4、6.5Hz、1H)、2.69〜2.58(m、3H)、2.27〜2.19(m、2H)、2.02〜1.89(m、1H)、1.87〜1.74(m、1H)、1.65〜1.55(m、2H)、1.32〜1.25(m、20H)、1.21(d、J=6.7Hz、3H)、0.92(t、J=6.8Hz、3H)。
Figure 2021535092
実施例67:4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ブタノエート
工程1:
DMF(10mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1000mg、3.87mmol、1.83当量)、メチル 4−アミノブタノエートヒドロクロリド(324mg、2.11mmol、1当量)、EDCI(445mg、2.32mmol、1.1当量)、HOBt(314mg、2.32mmol、1.1当量)およびTEA(427mg、4.22mmol、588μL、2当量)の混合物を、0℃で0.5時間攪拌し、次に、25℃で9.5時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を、HO(100mL)で希釈し、EtOAc(30mL)で2回抽出した。合わせた有機層を、塩水(20mL)で洗浄し、NaSO乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、メチル4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート(600mg、粗)を黄色の固体として得て、それを次の工程に直接使用した。
工程2:
THF(5mL)およびHO(5mL)中のメチル4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート(600mg、1.68mmol、1当量)の混合物に、LiOH.HO(141mg、3.36mmol、2当量)を0℃で加えた。混合物を、25℃で2時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を、1N HClでpH=4まで酸性化した。沈殿物を、濾過により収集し、乾燥して、白色固体として4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタン酸(300mg)を得た。
工程3:
DMF(5mL)中の4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタン酸(300mg、874μmol、1当量)、7−ヒドロキシ−4−メチル−クロメン−2−one(154mg、874μmol、1当量)、EDCI(184mg、961μmol、1.1当量)、DMAP(53mg、437μmol、0.5当量)の混合物を、0℃で0.5時間、次に、25℃で10時間、N雰囲気下で攪拌した。混合物を、分取HPLC(カラム:Nano−Micro UniSil 5−100 C18 ULTRA 100250mm 5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:33%〜48%、10分)により精製して、4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ブタノエート(30mg、6.5%)を白色の固体として得た。
LCMS:(M+H)502.3;
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.94(d、1H)、7.83(t、1H)、7.80(d、1H)、7.30〜7.22(m、2H)、7.16(dd、1H)、6.83(s、1H)、6.37(s、1H)、4.46(q、1H)、3.12(q、2H)、2.58(t、2H)、2.41(s、3H)、2.45〜2.30(m、2H)、2.06(t、2H)、1.72(t、2H)、1.43(s、2H)、1.36(d、1H)、1.18(m、8H)、0.80(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例68:4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート
工程1:
DMF(15mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(1g、3.87mmol、1当量)、メチル(E,4S)−4−アミノペンタ−2−エノエートトリフルオロアセテート(941mg、3.87mmol、1当量)、EDCI(816mg、4.26mmol、1.1当量)、HOBt(575mg、4.26mmol、1.1当量)およびTEA(783mg、7.74mmol、1.08mL、2当量)の混合物を脱気し、Nで数回0℃でパージし、次に、混合物を、20℃で10時間N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、DMFを取り除いた。残渣をHO(60mL)で希釈し、EtOAc(20mL)で3回抽出した。合わせた有機層を、塩水(20mL)で洗浄し、NaSO乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、カラムクロマトグラフィー(SiO、酢酸エチル/メタノール=10/1〜1:1)により精製して、メチル(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エノエート(1.2g、84%)を白色の固体として得た。
工程2:
MeOH(100mL)中のメチル(E,4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタ−2−エノエート(1.2g、3.25mmol、1当量)、10%Pd/C(400mg、541μmol)の混合物を脱気し、Hで3回パージし、次に、混合物を、20℃で10時間、H雰囲気下、15psiで攪拌した。反応混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、メチル(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(800mg)を黄色の固体として得た。
工程3:
THF(5mL)およびHO(5mL)中のメチル(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタノエート(800mg、2.15mmol、1当量)に、LiOH.HO(136mg、3.23mmol、1.5当量)を0℃で加え、次に、混合物を、20℃で5時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を、水性HCl(1M)でpH=4〜5に酸性化した。沈殿物を、濾過により集め、分取HPLC(カラム:Xbridge 15030mm10um;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜40%、10分)により、(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタン酸(400mg、52%)を白色の固体として得た。
工程4:
DMF(10mL)中の(4S)−4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ペンタン酸(300mg、839μmol、1当量)、7−ヒドロキシ−4−メチル−クロメン−2−one(148mg、839μmol、1当量)、EDCI(177mg、923μmol、1.1当量)の混合物に、DMAP(51mg、420μmol、0.5当量)を20℃で加え、次に、混合物を20℃で10時間、N雰囲気下で攪拌した。混合物を、分取HPLC(カラム:Welch Ultimate AQ−C18 15030mm5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:32%〜62%、12分)により精製して、4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(S)−4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ペンタノエート(70mg、16%)を白色の固体として得た。
LCMS:(M+H)516.3。
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.79(d、1H)、7.67(d、1H)、7.34(d、1H)、7.20(d、1H)、7.15(dd、1H)、7.07(s、1H)、6.63(s、1H)、6.33(s、1H)、4.49(q、1H)、3.87(m、1H)、2.64〜2.56(m、2H)、2.43(s、3H)、2.10(t、2H)、1.89〜1.66(m、2H)、1.48(m、2H)、1.23(d、10H)、1.09(d、3H)、0.88〜0.78(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例69:4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)カルバメート
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(500mg、1.94mmol、1.1当量)、HOBt(262mg、1.94mmol、1.1当量)、TEA(392mg、3.87mmol、539μL、2.2当量)およびEDCI(371mg、1.94mmol、1.1当量)の混合物を、0℃でN雰囲気下で攪拌した。次に、tert−ブチルN−(2−アミノエチル)カルバメート(282mg、1.76mmol、276μL、1当量)を0℃で加え、混合物を、15℃で10時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を、HO(20mL)で希釈し、EtOAc(20mL)で3回抽出した。合わせた有機層を、NaSO乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、tert−ブチルN−[2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ− ブタノイル]アミノ]エチル]カルバメート(0.66g)を黄色の固体として得た。
工程2:
HCl/EtOAc(100mL、4M)中のtert−ブチル N−[2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]エチル]カルバメート(660mg、1.65mmol)の混合物を、15℃で2時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合液を減圧下で濃縮した。残渣を、15℃で30分間EtOAc(40mL)で粉砕した。混合物を濾過し、濾過ケーキを、減圧下で乾燥させて、(2R)−N−(2−アミノエチル)−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(440mg)を黄色の固体として得た。
工程3:
DCM(8mL)中のビス(トリクロロメチル)カルボネート(100mg、337μmol、0.33当量)の混合物を、THF(8mL)中の7−ヒドロキシ−4−メチル−クロメン−2−オン(180mg、1.02mmol、1当量)およびDIPEA(132mg、1.02mmol、178μL、1当量)にゆっくり加えた。混合物を、0℃で2時間、N雰囲気下で攪拌した。化合物(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)カルボノクロリデート(115mg、481μmol、収率47.1%)を、白色の液体として得た。粗生成物(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)カルボノクロリデート(115mg、47%)を、さらに精製することなく次の工程で使用した。
工程4:
DMF(5mL)中の(2R)−N−(2−アミノエチル)−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(114mg、338μmol、1当量)およびDIPEA(87.5mg、677μmol、118μL、2当量)の混合物に、(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)カルボノクロリデート(81mg、338μmol、1当量)を15℃で加え、次に、混合物を、15℃で10時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を濾過し、濾過ケーキを、分取HPLC(カラム:Welch Ultimate AQ−C18 15030mm*5μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:30%〜60%、12分)により精製して、4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)カルバメート(20mg、95%)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H)503.4。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.92(d、1H)、7.86(dt、2H)、7.78(d、1H)、7.27(s、1H)、7.23(d、1H)、7.17(dd、1H)、6.86(s、1H)、6.36(d、1H)、4.49(td、1H)、3.25〜3.08(m、4H)、2.43(d、3H)、2.41〜2.33(m、2H)、2.08(t、2H)、1.46(d、2H)、1.26〜1.17(m、8H)、0.84(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例70:4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(500mg、1.94mmol、1.1当量)、HOBt(262mg、1.94mmol、1.1当量)、EDCI(371mg、1.94mmol、1.1当量)およびTEA(392mg、3.87mmol、539μL、2.2当量)の混合物を脱気し、Nで3回パージした。tert−ブチルN−(2−アミノエチル)−N−メチル−カルバメート(307mg、1.76mmol、314μL、1当量)を、混合物に、0℃でN2雰囲気下で加え、混合物を、15℃で10時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を、HO(20mL)で希釈し、EtOAc(20mL)で3回抽出した。合わせた有機層を、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、tert−ブチルN−[2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]エチル]−N−メチル−カルバメート(0.66g)を黄色の固体として得た。
工程2:
HCl/EtOAc(100mL、約4M)中のtert−ブチルN−[2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]エチル]−N−メチル−カルバメート(660mg、1.59mmol、1当量)の混合物を、15℃で2時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、残渣を、40mLで15℃、30分間、EtOAcで粉砕した。固形生成物を、濾過により集め、乾燥させて、(2R)−N−[2−(メチルアミノ)エチル]−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(460mg)を黄色の固体として得た。
工程3:
DMF(5mL)中の(2R)−N−[2−(メチルアミノ)エチル]−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(100mg、285μmol、1当量)およびDIPEA(55mg、427μmol、74.4μL、1.5当量)の混合物に、(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)カルボノクロリデート(68mg、284μmol、1当量)を15℃で加え、次に、混合物を、15℃で10時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合液をろ過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取HPLC(カラム:Phenomenex Luna C18 20040mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:30%〜50%、10分)により精製して、4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(6mg、4%)を白色の固体として得た。
LCMS:(M+H+)517.3。
H NMR(400MHz、メタノール−d4)δ7.79(dd、1H)、7.28〜7.17(m、2H)、6.31(s、1H)、4.69(q、1H)、3.62〜3.41(m、4H)、3.09(d、3H)、2.75〜2.56(m、2H)、2.48(d、3H)、2.17(dt、2H)、1.58〜1.50(m、2H)、1.26(d、8H)、0.87(td、3H)。
Figure 2021535092
実施例71:4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル((S)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)カルバメート
工程1:
DMF(5mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(500mg、1.94mmol、1.1当量)の混合物に、HOBt(262mg、1.94mmol、1.1当量)、TEA(392mg、3.87mmol、539μL、2.2当量)およびEDCI(371mg、1.94mmol、1.1当量)を、0℃、N下で一度に加えた。次に、tert−ブチルN−[(2S)−2−アミノプロピル]カルバメート(307mg、1.76mmol、1当量)を加え、混合物を、15℃で10時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を、HO(20mL)で希釈し、EtOAc(20mL)で5回抽出した。合わせた有機層を、塩水(20mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、tert−ブチルN−[(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロピル]カルバメート(620mg、粗)を白色の固体として得た。
工程2:
4M HCl/EtOAc(100mL)中のtert−ブチルN−[(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロピル]カルバメート(620mg、1.50mmol、1当量)の混合物を、15℃で2時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合液を減圧下で濃縮した。残渣を、EtOAc(40mL)中で、15℃で30分間粉砕した。固形物質を、濾過により集め、乾燥させて、(2R)−N−[(1S)−2−アミノ−1−メチル−エチル]−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(480mg)を得た。
工程3:
DCM(5mL)中のビス(トリクロロメチル)カルボネート(56mg、189μmol、0.33当量)に、THF(5mL)中の7−ヒドロキシ−4−メチル−クロメン−2−オン(101mg、570μmol、1当量)およびDIPEA(74mg、570μmol、100μL、1当量)を0℃でゆっくり加え、混合物を、15℃で2時間、N雰囲気下で攪拌した。(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)カルボノクロリデートの溶液(10mL、DCMおよびTHF中の0.056M)を、さらに精製することなく次の工程に使用した。
工程4:
DMF(5mL)中の(2R)−N−[(1S)−2−アミノ−1−メチル−エチル]−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミドヒドロクロリド(200mg、570μmol、1当量)およびDIPEA(147mg、1.14mmol、199μL、2当量)の混合物に、(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)カルボノクロリデート(570μmol、10mL、1当量)の溶液を15℃で加え、次に、混合物を、15℃で10時間、N雰囲気下で拡販した。反応混合物を濾過して、液体を得て、それを、分取HPLC(カラム:Xbridge 15030mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:25%〜55%、10分)により精製した。(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)N−[(2S)−2−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]プロピル]カルバメート(10mg、収率2.7%)を、白色の固体として得た。
LCMS:(M+H)517.3。
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.89(d、1H)、7.82〜7.72(m、1H)、7.68〜7.58(m、1H)、7.28(s、1H)、7.22(d、1H)、7.15(d、1H)、6.87(s、1H)、6.35(s、1H)、4.44(d、1H)、3.89(s、1H)、3.12(s、2H)、2.42(s、3H)、2.36(d、2H)、2.03(t、2H)、1.43〜1.39(m、2H)、1.24〜1.12(m、10H)、1.03(d、3H)、0.81(q、3H)。
Figure 2021535092
実施例72A:4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2,2−ジメチルブタノエート
工程1:
DMF(5mL)中の7−ヒドロキシ−4−メチル−クロメン−2−オン(500mg、2.84mmol、1当量)、4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−2,2−ジメチル−ブタン酸(788mg、3.41mmol、1.2当量)、HOBt(422mg、3.12mmol、1.1当量)、TEA(632mg、6.24mmol、869μL、2.2当量)の混合物に、EDCI(599mg、3.12mmol、1.1当量)を0℃で加えた。混合物を、15℃で12時間攪拌した。反応混合物を、HO(20mL)で希釈し、酢酸エチル(20mL)で3回抽出した。合わせた有機層を、塩水(20mL)で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、濾液を減圧下で濃縮した。残渣を、分取TLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1:1)により精製して、(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−2,2−ジメチル−ブタノエート(600mg、54%)を白色の固体として得た。
工程2:
HCl/EtOAc(10mL、4M)中の(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)4−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−2,2−ジメチル−ブタノエート(600mg、1.54mmol、1当量)混合物を、15℃で3時間撹拌した。反応混合液を減圧下で濃縮した。残渣を、酢酸エチル(30mL)で2回洗浄し、濾過して、(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)4−アミノ−2,2−ジメチル−ブタノエートヒドロクロリド(350mg、70%)を白色の固体を得た。
工程3:
DCM(5mL)中の(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)4−アミノ−2,2−ジメチル−ブタノエートヒドロクロリド(50mg、150μmol、1当量)、(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタン酸(87mg、180μmol、1.2当量)、DCC(48mg、230μmol、47μL、1.5当量)、DMAP(9.4mg、77μmol、0.5当量)を15℃で2時間、N雰囲気下で撹拌した。反応混合物を濃縮し、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030 5μ;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:55%〜75%、12分)により精製した。次に、生成物を、分取TLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=1:1)によりさらに精製して、(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)4−[[(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタノイル]アミノ]−2,2−ジメチル−ブタノエート(7mg、6%)を白色の固体として得た。
工程4:
TFA(0.25mL)およびDCM(1mL)中の(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)4−[[(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタノイル]アミノ]−2,2−ジメチル−ブタノエート(7mg、9μmol、1当量)の混合物を、15℃で1時間攪拌した。混合物に、TFA(1mL)およびDCM(4mL)を加え、混合物を、15℃で12時間攪拌した。反応混合物を濃縮して、(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−2,2−ジメチル−ブタノエートトリフルオロアセテート(4mg)を白色の固体として得た。
工程5:
DCM(3mL)中の(4−メチル−2−オキソ−クロメン−7−イル)4−[[(2R)−2,4−ジアミノ−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]−2,2−ジメチル−ブタノエートトリフルオロアセテート(4.0mg、7.7μmol、1当量)の溶液に、TEA(780μg、7.7μmol、1.08μL、1当量)およびオクタノイルクロリド(1.3mg、7.7μmol、1.3μL、1当量)を0℃で加えた。混合物を、0℃で2時間攪拌した。反応混合物を濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Luna C18 10030 5μ;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:40%〜55%、12分)により精製して、4−メチル−2−オキソ−2H−クロメン−7−イル(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)−2,2−ジメチルブタノエート(2.0mg、46%)を白色の固体として得た。
LCMS:(M+H):530.3
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ7.91(d、1H)、7.82(dd、2H)、7.30(d、1H)、7.24(s、1H)、7.19(dd、1H)、6.83(s、1H)、6.39(s、1H)、4.48(q、1H)、3.10(dt、2H)、2.43(s、3H)、2.37〜2.27(m、2H)、2.07(t、2H)、1.80〜1.72(m、2H)、1.45(q、2H)、1.28(s、6H)、1.20(m、8H)、0.82(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例72B:(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−3,4−ジヒドロピリミジン−1(2H)−イル)メチル(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ブタノエート
工程1:
DMF(40mL)中の(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタン酸(5.00g、19.4mmol、1.1当量)の溶液に、HOBt(2.6g、19mmol、1.1当量)、EDCI(3.71g、19.4mmol、1.1当量)、メチル4−アミノブタノエート(2.70g、17.6mmol、1当量、HCl)およびTEA(3.92g、38.7mmol、5.39mL、2.2当量)を0℃で加えた。混合物を、15℃で12時間攪拌した。反応混合物を、HO(100mL)、酢酸エチル(100mL)の加えてクエンチし、濾過した。濾過ケーキを乾燥させて、メチル4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート(4.2g、67%)を白色の固体として得た。
工程2:
O(20mL)およびTHF(20mL)中のメチル4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタノエート(2.20g、6.15mmol、1当量)の溶液に、HO(5mL)中のLiOH.HO(517mg、12.3mmol、2当量)を0℃で加えた。混合物を、0℃で2時間攪拌した。反応混合物を、酢酸エチル(30mL)で洗浄した。合わせた水層を、1N HClでpH=4に酸性化した。固体生成物を、濾過により精製し、HO(10mL)および石油エーテル(10mL)で洗浄して、4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタン酸(1.3g、62%)を白色の固体として得た。
1.112分間でのLCMS:(M+H+):344.2。
工程3:
メタナール溶液(1mL、HO中の37%)の5−フルオロ−1H−ピリミジン−2,4−ジオン(260mg、2.00mmol、1当量)の混合物を、60℃で2時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を減圧下で濃縮して、5−フルオロ−1−(ヒドロキシメチル)ピリミジン−2,4−ジオン(300mg)を無色の油状物として得た。
工程4:
DMF(5mL)中の4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタン酸(300mg、874μmol、1当量)の溶液に、HOBt(130mg、961μmol、1.1当量)、EDCI(184mg、961μmol、1.1当量)、5−フルオロ−1−(ヒドロキシメチル)ピリミジン−2,4−ジオン(180mg、1.12mmol、1.29当量)およびTEA(194mg、1.92mmol、268μL、2.2当量)を0℃で加えた。混合物を、15℃で12時間攪拌した。反応混合物を、DMSO(5mL)で希釈し、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge BEH C18 10030mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜40%、10分)により精製して、(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−3,4−ジヒドロピリミジン−1(2H)−イル)メチル(R)−4−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ブタノエート(10mg、2.3%)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H):486.2 H NMR(400MHz、メタノール−d4)δ7.93(d、1H)、5.64(s、2H)、4.64(t、1H)、3.23(q、1H)、2.73〜2.55(m、2H)、2.41(t、2H)、2.23(t、2H)、1.79(m、2H)、1.63〜1.56(m、2H)、1.31(s、8H)、0.93〜0.86(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例73:(2R,3S,4R,5R)−5−(4−アミノ−5−フルオロ−2−オキソピリミジン−1(2H)−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチルテトラヒドロフラン−3−イル4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ブタノエート
DMF(5mL)中の4−[[(2R)−4−アミノ−2−(オクタノイルアミノ)−4−オキソ−ブタノイル]アミノ]ブタン酸(500mg、1.46mmol、1当量)(実施例72の工程1−2において調製)の攪拌溶液に、HOBt(216mg、1.60mmol、1.1当量)、EDCI(307mg、1.60mmol、1.1当量)、4−アミノ−1−[(2R,3R,4S,5R)−3,4−ジヒドロキシ−5−メチル−テトラヒドロフラン−2−イル]−5−フルオロ−ピリミジン−2−オン(393mg、1.60mmol、1.1当量)およびTEA(324mg、3.20mmol、446μL、2.2当量)を0℃で加えた。混合物を、15℃で12時間攪拌した。反応混合物を、DMSO(5mL)で希釈し、分取HPLC(カラム:Xbridge 15030mm10μm;移動層:[水(0.04%NH3H2O)−ACN];B%:10%〜40%、10分]により精製した。生成物を、分取HPLC(カラム:Xbridge 15030mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:10%〜40%、10分)によりさらに精製して、(2R,3S,4R,5R)−5−(4−アミノ−5−フルオロ−2−オキソピリミジン−1(2H)−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチルテトラヒドロフラン−3−イル4−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)ブタノエート(2mg、3%)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H+):571.3 H NMR(400MHz、メタノール−d4)δ7.87(d、1H)、5.86〜5.81(m、1H)、4.81(t、1H)、4.66(t、1H)、4.41(t、1H)、4.21(m、1H)、3.26(m、2H)、2.66(qd、2H)、2.46(m、2H)、2.23(m、2H)、1.83(q、2H)、1.62〜1.57(m、2H)、1.42(d、3H)、1.31(s、10H)、0.89(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例74:(R)−N1−(4−((5−フルオロ−2,4−ジオキソ−3,4−ジヒドロピリミジン−1(2H)−イル)メチル)フェニル)−2−オクタナミドスクシンアミド
工程1:
DCM(10mL)中の1−[(4−アミノフェニル)メチル]−5−フルオロ−ピリミジン−2,4−ジオン(430mg、1.83mmol、1当量)、(2R)−2−(tert−ブトキシカルボニルアミノ)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタン酸(1.04g、2.19mmol、1.2当量)、DCC(566mg、2.74mmol、555μL、1.5当量)およびDMAP(112mg、914μmol、0.5当量)の混合物を、15℃で2時間、N雰囲気下で攪拌した。反応混合物を、HO(20mL)で希釈し、酢酸エチル(30mL)で3回抽出した。合わせた有機層を、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮した。残渣を、分取TLC(SiO、石油エーテル/酢酸エチル=0:1)により精製して、tert−ブチルN−[(1R)−1−[[4−[(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−ピリミジン−1−イル)メチル]フェニル]カルバモイル]−3−オキソ−3−(トリチルアミノ)プロピル]カルバメート(400mg、32%)を白色の固体として得た。
工程2:
DCM(8mL)およびTFA(2mL)中のtert−ブチル N−[(1R)−1−[[4−[(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−ピリミジン−1−イル)メチル]フェニル]カルバモイル]−3−オキソ−3−(トリチルアミノ)プロピル]カルバメート(400mg、578μmol、1当量)の混合物を、15℃で12時間、N雰囲気下で攪拌した。追加のTFA(2mL)を加え、混合物を、15℃で3時間攪拌した。混合物を、減圧下で濃縮して、(2R)−2−アミノ−N−[4−[(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−ピリミジン−1−イル)メチル]フェニル]ブタンジアミドトリフルオロアセテート(500mg、粗)を黄色の固体として得た。
工程3:
DCM(10mL)中の(2R)−2−アミノ−N−[4−[(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−ピリミジン−1−イル)メチル]フェニル]ブタンジアミドトリフルオロアセテート(500mg、1.43mmol、1当量)の溶液に、TEA(145mg、1.43mmol、199μL、1当量)およびオクタノイルクロリド(233mg、1.43mmol、244μL、1当量)を0℃で加えた。混合物を、0℃で1時間攪拌した。反応混合物を濃縮し、残渣を、分取HPLC(カラム:Waters Xbridge BEH C18 10030mm10μm;移動層:[水(0.1%TFA)−ACN];B%:20%〜50%、10分)により精製して、(2R)−N−[4−[(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−ピリミジン−1−イル)メチル]フェニル]−2−(オクタノイルアミノ)ブタンジアミド(8mg、1.2%)を白色の固体として得た。LCMS:(M+H):476.2 H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ11.82(d、1H)、9.97(s、1H)、8.16(d、1H)、8.07(d、1H)、7.55(d、2H)、7.29(s、1H)、7.24(d、2H)、6.88(s、1H)、4.73(m、3H)、2.08(m、2H)、1.45(m、2H)、1.20(m、10H)、0.81(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例75:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(2−((R)−4−アミノ−N−メチル−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)カルバメート
工程1:DMF30mL中のN2−(((9H−fluoren−9−イル)メトキシ)カルボニル)−N4−トリチル−D−アスパラギン(1.00g、1当量、1.68mmol)、HATU(765mg、1.2当量、2.01mmol)、3H−[1,2,3]トリアゾロ[4,5−b]ピリジン−3−ol(274mg、1.2当量、2.01mmol)の攪拌溶液に、窒素下で、tert−ブチル(2−(メチルアミノ)エチル)カルバメート(584mg、2当量、3.35mmol)を滴下し、得られた溶液を、5分間、室温で攪拌し、DIEA(650mg、0.88mL、3当量、5.03mmol)を加え、溶液を、90分間室温で攪拌した。反応を、回転蒸発により濃縮し、残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(0〜100%アセトニトリル/0.1%TFAを含む水)により精製した。画分を濃縮し、(9H−フルオレン−9−イル)メチル(R)−(7,13,13−トリメチル−3,6,11−トリオキソ−1,1,1−トリフェニル−12−オキサ−2,7,10−トリアザテトラデカン−5−イル)カルバメート(0.852g、66.3%)を白色の固体として得た。
工程2:tert−ブチル(R)−(2−(2−((((9H−フルオレン−9−イル)メトキシ)カルボニル)アミノ)−N−メチル−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)カルバメート(0.852g、1当量、1.13mmol)を、20mLの2%DBU、2%ピペリジン、96%DMFに溶解した。反応物を、室温で10分間攪拌し、濃縮し、残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(0〜100%アセトニトリル/0.1%TFAを含む水)により精製した。画分を濃縮して、tert−ブチル(R)−(2−(2−アミノ−N−メチル−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)カルバメート、トリフルオロアセテート(770mg、89.9%)を白色の固体として得た。
工程3:DMF8mL中のtert−ブチル(R)−(2−(2−アミノ−N−メチル−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)カルバメート(380mg、1当量、590μmol)の攪拌溶液に、窒素下、室温で、無水オクタン酸(350μL、2当量)、続いて、DIEA(310μL、3当量)を加えた。反応物を1時間攪拌し、次に、回転蒸発により濃縮した。残渣を、逆相クロマトグラフィー(水/0.1重量%TFA中の0〜100%アセトニトリル)により精製した。画分を濃縮して、tert−ブチル(R)−(2−(N−メチル−2−オクタナミド−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)カルバメート(340mg、85.8%)を白色の固体として得た。
工程4:tert−ブチル(R)−(2−(N−メチル−2−オクタナミド−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)カルバメート(310mg、1当量、472μmol)を、4mLの2.5%トリエチルシラン/2.5%水/5%DCM/95%トリフルオロ酢酸に溶解し、室温、窒素下で1時間撹拌した。反応物を濃縮し、残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(0.1%TFAバッファーを含む水中の10〜95%アセトニトリル)により精製した。画分を組み合わせて、濃縮して、(R)−N1−(2−アミノエチル)−N1−メチル−2−オクタナミドスクシンアミド(160mg、77.5%)を白色の結晶固体として得た。
工程5:実施例76の工程5に従い合成した。
工程6:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(4−ニトロフェニル)カルボネート(71mg、1当量、0.13mmol)を、無水DMF3mLに溶解し、窒素下、室温で攪拌した。DMF2mL中の溶液(R)−N1−(2−アミノエチル)−N1−メチル−2−オクタナミドスクシンアミドトリフルオロアセテート(71mg、1.3当量、0.17mmol)、続いて、N,N−ジメチルピリジン−4−アミン(37mg、2当量、0.30mmol)を加えた。反応物を、室温で30分間攪拌し、濃縮し、残渣を、逆相分取HPLC(水/0.1重量%TFA中の0〜95%アセトニトリル)により精製した。画分を濃縮して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(2−((R)−4−アミノ−N−メチル−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)カルバメート(52mg、56%)を黄色の固体として得た。
LCMS:(M+H+):733.3
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.14(dd、1H)、8.07〜7.98(m、1H)、7.93(dd、1H)、7.76(t、1H)、7.63(dd、1H)、7.30(s、2H)、6.82(s、1H)、5.42(s、2H)、5.31(s、2H)、5.15〜4.91(m、1H)、3.70〜3.46(m、2H)、3.41〜3.28(m、1H)、3.19(m、HH)、2.95(d、3H)2.61(m、1H)、2.25(m、1H)、2.11〜1.94(m、2H)、1.94〜1.73(m、2H)、1.41(m、2H)、1.28(t、3H)、1.17(m、8H)、0.86(t、3H)、0.79(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例76:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート
工程1:DMF30mL中のN2−(((9H−フルオレン−9−イル)メトキシ)カルボニル)−N4−トリチル−D−アスパラギン(0.50g、1当量、0.84mmol)、HATU(0.38g、1.2当量、1.0mmol)、3H−[1,2,3]トリアゾロ[4,5−b]ピリジン−3−オール(0.14g、1.2当量、1.0mmol)の攪拌溶液に、窒素下で、tert−ブチル(2−アミノエチル)(メチル)カルバメート(0.29g、0.30mL、2当量、1.7mmol)を滴下し、得られた溶液を、5分間室温で攪拌した。DIEA(0.32g、0.44mL、3当量、2.5mmol)を加え、溶液を、90分間室温で攪拌した。反応を、回転蒸発により濃縮し、残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(0〜100%アセトニトリル/0.1%TFAを含む水)により精製した。画分を濃縮して、tert−ブチル(R)−(2−(2−((((9H−フルオレン−9−イル)メトキシ)カルボニル)アミノ)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(600mg、95%)を白色のガラス状の固体として得た。
工程2:tert−ブチル(R)−(2−(2−((((9H−fluoren−9−イル)メトキシ)カルボニル)アミノ)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(600mg、1当量、797μmol)を、20mLの2%DBU、2%ピペリジン、96%DMFに溶解した。反応物を、室温で10分間攪拌し、濃縮し、残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(0〜100%アセトニトリル/0.1%TFAを含む水)により精製した。画分を濃縮して、tert−ブチル(R)−(2−(2−アミノ−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(347mg、82.1%)を白色の固体として得た。
工程3:DMF9mL中のtert−ブチル(R)−(2−(2−アミノ−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(347mg、1当量、654μmol)の攪拌溶液に、窒素下、室温で、無水オクタン酸(265mg、291μL、1.5当量、981μmol)、続いて、DIEA(338mg、457μL、4当量、2.62mmol)を加えた。反応物を1時間攪拌し、次に、回転蒸発により濃縮した。残渣を、逆相クロマトグラフィー(水/0.1重量%TFA中の0〜100%アセトニトリル)により精製した。画分を濃縮して、tert−ブチル(R)−メチル(2−(2−オクタナミド−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)カルバメート(257mg、59.8%)を白色の固体として得た。
工程4:tert−ブチル(R)−メチル(2−(2−オクタナミド−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)カルバメート(257mg、1当量、391μmol)を、4mLの2.5%トリエチルシラン/2.5%水/5%DCM/95%トリフルオロ酢酸に溶解し、室温、窒素下で1時間撹拌した。反応物を濃縮し、残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(0.1%TFAバッファーを含む水中の10〜95%アセトニトリル)により精製した。画分を組み合わせて、濃縮して、(R)−N1−(2−(メチルアミノ)エチル)−2−オクタナミドスクシンアミド、トリフルオロアセテート(150mg、89.7%)を白色の結晶固体として得た。
工程5:DIEA(40μL、1.5当量、0.23mmol)を、THF(5mL)中のSN−38(60mg、1当量、0.15mmol)および4−ニトロフェニルカルボノクロリデート(37mg、1.2当量、0.18mmol)の攪拌分散液に、0℃、窒素下で滴下した。反応物を、2時間攪拌した。溶液を濃縮して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(4−ニトロフェニル)カルボネートを粗淡黄色残渣として得た。
工程6:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(4−ニトロフェニル)カルボネート(85mg、1当量、0.15mmol)を、無水DMF3mLに溶解し、窒素下、室温で攪拌した。DMF2mL中の(R)−N1−(2−(メチルアミノ)エチル)−2−オクタナミドスクシンアミド、トリフルオロアセテート(72mg、1.1当量、0.17mmol)の溶液、続いて、N,N−ジメチルピリジン−4−アミン(37mg、2当量、0.30mmol)を加えた。反応物を、室温で30分間攪拌し、濃縮し、残渣を、逆相分取HPLC(水/0.1重量%TFA中の0〜95%アセトニトリル)により精製した。画分を濃縮して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(0.052 g、47%)を黄色の固体として得た。LCMS:(M+H+):733.2 H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.17(d、1H)、8.06〜7.83(m、3H)、7.69(dd、1H)、7.33(s、1H)、7.25(s、1H)、6.84(d、1H)、6.50(s、1H)、5.44(s、2H)、5.34(s、2H)、4.61〜4.49(m、1H)、3.55〜3.48(m、2H)、3.35〜3.28(m、2H)、3.19(q、2H)、3.04(d、3H)、2.54〜2.51(m、1H)、2.37(dd、1H)、2.12〜1.98(m、2H)、1.95〜1.79(m、2H)、1.50〜1.35(m、2H)、1.30(t、3H)、1.26〜1.05(m、8H)、0.88(t、3H)、0.85〜0.77(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例77:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(2−((R)−4−アミノ−2−(3−ヘキシルウレイド)−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート
工程1〜2:実施例76に記載した工程に従った。
工程3:無水DMF5mL中のtert−ブチル(R)−(2−(2−アミノ−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(0.370g、1当量、697μmol)および1−イソシアナトヘキサン(97.5mg、112μL、1.1当量、767μmol)の攪拌溶液に、N2下で、トリエチルアミン(106mg、146μL、1.5当量、1.05mmol)を滴下した。得られた溶液を、18時間攪拌し、濃縮し、残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(0.1%TFAを含む水中の10〜100%アセトニトリル)により精製して、tert−ブチル(R)−(2−(2−(3−ヘキシルウレイド)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(310mg、67.6%)を白色の固体として得た。
工程4:tert−ブチル(R)−(2−(2−(3−ヘキシルウレイド)−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(310mg、1当量、471μmol)を、4mLの2.5%トリエチルシラン/2.5%水/5%DCM/95%トリフルオロ酢酸に溶解し、室温、窒素下で1時間撹拌した。反応物を濃縮し、残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(0.1%TFAバッファーを含む水中の10〜95%アセトニトリル)により精製した。画分を合わせて、濃縮して、(R)−2−(3−ヘキシルウレイド)−N1−(2−(メチルアミノ)エチル)スクシンアミド、トリフルオロアセテート(171mg、84.7%)を得た。
工程5:DIEA(40μL、1.5当量、0.23mmol)を、THF(5mL)中のSN−38(60mg、1当量、0.15mmol)および4−ニトロフェニルカルボノクロリデート(37mg、1.2当量、0.18mmol)の攪拌分散液に、0℃、窒素下で滴下した。反応物を、2時間攪拌した。溶液を濃縮して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(4−ニトロフェニル)カルボネートを粗淡黄色残渣として得た。
工程6:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(4−ニトロフェニル)カルボネート(85mg、1当量、0.15mmol)を、無水DMF3mLに溶解し、窒素下、室温で攪拌した。DMF2mL中の(R)−2−(3−ヘキシルウレイド)−N1−(2−(メチルアミノ)エチル)スクシンアミド、トリフルオロアセテート(72mg、1.1当量、0.17mmol)の溶液、続いて、N,N−ジメチルピリジン−4−アミン(37mg、2当量、0.30mmol)を加えた。反応物を、室温で30分間攪拌し、濃縮し、残渣を、逆相分取HPLC(水/0.1重量%TFA中の0〜95%アセトニトリル)により精製して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(2−((R)−4−アミノ−2−(3−ヘキシルウレイド)−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(26mg、23%)を黄色の固体として得た。LCMS:(M+H+):734.2 H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.15(d、1H)、8.05〜7.88(m、2H)、7.67(dd、1H)、7.31(s、1H)、7.30(s、1H)、6.83(d、1H)、6.49(s、1H)、6.17(q、1H)、6.06(t、1H)、5.42(s、2H)、5.32(s、2H)、4.43〜4.32(m、1H)、3.58〜3.45(m、2H)、3.36〜3.24(m、2H)、3.18(q、2H)、3.03(d、3H)、2.93(d、2H)、2.43〜2.35(m、2H)、1.93〜1.77(m、2H)、1.36〜1.13(m、11H)、0.86(t、3H)、0.81(td、3H)。
Figure 2021535092
実施例78:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(2−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(4−フェニルブタンアミド)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート
工程1〜2:実施例76に記載した工程に従った。
工程3:無水DMF10mL中の4−フェニルブタン酸(80mg、1当量、0.49mmol)、HATU(0.20g、1.1当量、0.54mmol)、および3H−[1,2,3]トリアゾロ[4,5−b]ピリジン−3−オール(73mg、1.1当量、0.54mmol)の攪拌溶液に、窒素下で、tert−ブチル(R)−(2−(2−アミノ−4−オキソ−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(0.34g、1.3当量、0.63mmol)を加えた。溶液を、5分間攪拌した。DIEA(0.19g、0.26mL、3当量、1.5mmol)を加え、反応物を、1時間攪拌し、次に、回転蒸発により濃縮した。残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(水/0.1重量%TFA中の0〜100%アセトニトリル)により精製して、tert−ブチル(R)−メチル(2−(4−オキソ−2−(4−フェニルブタンアミド)−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)カルバメート(290mg、88%)を白色の固体として得た。
工程4:tert−ブチル(R)−メチル(2−(4−オキソ−2−(4−フェニルブタンアミド)−4−(トリチルアミノ)ブタンアミド)エチル)カルバメート(290mg、1当量、428μmol)を、2.5%トリエチルシラン/2.5%水/5%DCM/95%トリフルオロ酢酸4mLに溶解し、室温、窒素下で1時間攪拌した。反応物を濃縮し、残渣を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(0.1%TFAバッファーを含む水中の10〜95%アセトニトリル)により精製した。画分を組み合わせて、濃縮して、(R)−N1−(2−(メチルアミノ)エチル)−2−(4−フェニルブタンアミド)スクシンアミド、トリフルオロアセテート(100mg、52.2%)を固体として得た。
工程5:工程5:DIEA(17mg、23μL、1.5当量、0.13mmol)を、THF(3mL)中のSN−38(34mg、1当量、87μmol)および4−ニトロフェニルカルボノクロリデート(21mg、1.2当量、0.10mmol)の攪拌溶液に、0℃、窒素下で滴下した。反応物を、2時間攪拌した。溶液を濃縮して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(4−ニトロフェニル)カルボネートを粗白色残渣として得た。
工程6:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(4−ニトロフェニル)カルボネート(45mg、1当量、81μmol)を、無水DMF3mLに溶解し、窒素下、室温で攪拌した。DMF2mL中の(R)−N1−(2−(メチルアミノ)エチル)−2−(4−フェニルブタンアミド)スクシンアミド、トリフルオロアセテート(40mg、1.1当量、89μmol)の溶液、続いて、N,N−ジメチルピリジン−4−アミン(20mg、2当量、0.16mmol)を加えた。反応物を、室温で30分間攪拌し、濃縮し、残渣を、逆相分取HPLC(水/0.1重量%TFA中の0〜95%アセトニトリル)により精製して、(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル(2−((R)−4−アミノ−4−オキソ−2−(4−フェニルブタンアミド)ブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(19mg、31%)を得た。
LCMS:(M+H+):753.2
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ8.15(d、1H)、8.05〜7.89(m、3H)、7.67(dd、1H)、7.31(s、1H)、7.27〜7.17(m、3H)、7.12(dd、3H)、6.83(s、1H)、6.48(s、1H)、5.42(s、2H)、5.31(d、2H)、4.67〜4.37(m、1H)、3.52〜3.45(m、2H)、3.45〜3.25(m、2H)、3.17(q、2H)、3.02(d、3H)、2.54〜2.50(m、2H)、2.47〜2.43(m、1H)、2.36(dd、1H)、2.13〜2.03(m、2H)、1.86(hept、2H)、1.79〜1.64(m、2H)、1.28(t、3H)、0.86(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例79:(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート
工程1〜4:実施例76に記載した工程に従った。
工程5:無水DCM5mL中のBoc−無水物(65mg、69μL、1.3当量、0.30mmol)および(S)−4,11−ジエチル−4,9−ジヒドロキシ−1,12−ジヒドロ−14H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−3,14(4H)−ジオン(90mg、1当量、0.23mmol)の攪拌懸濁液に、窒素下で、ピリジン(0.54g、0.56mL、30当量、6.9mmol)を滴下した。反応物を、18時間室温で攪拌し、次に、DCM10mLで希釈した。有機層を、1M HCl(10mL×2)で洗浄し、飽和NaCl(10mL)で洗浄した。有機層を、MgSO4乾燥させ、濾過し、濃縮して、(S)−tert−ブチル(4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル)カルボネートを粗残渣を得た。
工程6:DMF2mL中の(S)−tert−ブチル(4,11−ジエチル−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4,9−ジイル)(4−ニトロフェニル)ビス(炭素ate)(130mg、1.1当量、0.19mmol)の攪拌溶液に、窒素下で、DMF2mL中の(R)−N1−(2−(メチルアミノ)エチル)−2−オクタナミドスクシンアミドトリフルオロアセテート(75mg、1当量、0.18mmol)の溶液、続いて、トリエチルアミン(53mg、73μL、3当量、0.53mmol)を加えた。反応物を、室温で45分間攪拌し、濃縮し、逆相分取クロマトグラフィー(水/0.1重量%TFA中の10〜100%アセトニトリル)により精製した。画分を濃縮して、(S)−9−((tert−ブトキシカルボニル)オキシ)−4,11−ジエチル−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(0.052g、36%)を得た。
工程7:無水ジクロロメタン2mL中の(S)−9−((tert−ブトキシカルボニル)オキシ)−4,11−ジエチル−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(50mg、1当量、60μmol)の溶液に、トリフルオロアセテート2mLを加えた。反応物を、30分間攪拌し、濃縮し、逆相分取HPLC(0.1%TFAを含む水中の0〜90%アセトニトリル)により精製して、(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル(2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート(14mg、32%)を得た。
LCMS:(M+H+):733.5
H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ10.27(s、1H)、8.01(dd、1H)、7.99〜7.70(m、2H)、7.42〜7.35(m、2H)、7.20(d、1H)、6.94(d、1H)、6.79(d、1H)、5.41(d、2H)、5.26(d、2H)、4.49(dq、1H)、3.46〜3.26(m、2H)、3.22〜2.96(m、5H)、2.76(s、2H)、2.52〜2.22(m、2H)、2.11(p、3H)、2.03(t、1H)、1.51〜1.35(m、2H)、1.27(t、3H)、1.24〜1.11(m、8H)、0.97〜0.86(m、3H)、0.86〜0.74(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例80:(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−3,4−ジヒドロピリミジン−1(2H)−イル)メチル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメート
実施例72について記載した実験手法に従い合成し、(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−3,4−ジヒドロピリミジン−1(2H)−イル)メチル(R)−(2−(4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)エチル)(メチル)カルバメートを白色の固体(50mg)として得た。LCMS:(M+H+):501.1。1H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ11.94(t、1H)、8.09(d、1H)、7.88(m、2H)、7.25(s、1H)、6.84(s、1H)、5.53(s、2H)、4.48(m、1H)、3.22(m、4H)、2.82(s、3H)、2.37〜2.28(m、2H)、2.09(t、2H)、1.47(m、2H)、1.24(m、8H)、0.86(t、3H)。
Figure 2021535092
実施例81:(R)−N1−(2−(5−フルオロ−N−メチル−2,4−ジオキソ−1,2,3,4−テトラヒドロピリミジン−1−カルボキサミド)エチル)−2−オクタナミドスクシンアミド
実施例55について記載した実験手法に従い合成して、(R)−N1−(2−(5−フルオロ−N−メチル−2,4−ジオキソ−1,2,3,4−テトラヒドロピリミジン−1−カルボキサミド)エチル)−2−オクタナミドスクシンアミドを白色の固体(30mg)として得た。LCMS:(M+H+):471.1。H NMR(400MHz、DMSO−d6)δ12.03(s、1H)、8.05(d、1H)、7.90(m、2H)、7.75(m、1H)、7.27(s、1H)、6.83(s、1H)、4.48(q、1H)、3.22−3.18(m、2H)2.94(d、3H)、2.30−2.39(m、2H)、2.12(m、2H)、1.51−1.38(m、3H)、1.26〜1.21(m、8H)、0.89〜0.81(m、3H)。
Figure 2021535092
実施例82:(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル((S)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)(メチル)カルバメート
この化合物を、実施例79に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例83:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル((S)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)(メチル)カルバメート
この化合物を、実施例76に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例84:(R)−N1−((S)−1−(5−フルオロ−N−メチル−2,4−ジオキソ−1,2,3,4−テトラヒドロピリミジン−1−カルボキサミド)プロパン−2−イル)−2−オクタナミドスクシンアミド
この化合物を、実施例74に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例85:(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−3,4−ジヒドロピリミジン−1(2H)−イル)メチル((S)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)(メチル)カルバメート
この化合物を、実施例72に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例86:(S)−4,11−ジエチル−9−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−4−イル((R)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)(メチル)カルバメート
この化合物を、実施例79に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例87:(S)−4,11−ジエチル−4−ヒドロキシ−3,14−ジオキソ−3,4,12,14−テトラヒドロ−1H−ピラノ[3’,4’:6,7]インドリジノ[1,2−b]キノリン−9−イル((R)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)(メチル)カルバメート
この化合物を、実施例76に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例88:(R)−N1−((R)−1−(5−フルオロ−N−メチル−2,4−ジオキソ−1,2,3,4−テトラヒドロピリミジン−1−カルボキサミド)プロパン−2−イル)−2−オクタナミドスクシンアミド
この化合物を、実施例74に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
Figure 2021535092
実施例89:(5−フルオロ−2,4−ジオキソ−3,4−ジヒドロピリミジン−1(2H)−イル)メチル((R)−2−((R)−4−アミノ−2−オクタナミド−4−オキソブタンアミド)プロピル)(メチル)カルバメート
この化合物を、実施例72に関して記載した実験手法に従い合成してもよい。
生物学的アッセイ
以下の実施例は、本発明の例示的な結合体の切断に対する活性および感受性を評価するためのアッセイを記載する。
実施例90:結合体のインビトロ安定性
アッセイ1。模擬胃液(SGF)における結合体の安定性。このアッセイを使用して、胃における結合体の安定性が評価された。培地は、超純水(MilliQ(登録商標)、Millipore Sigma社、ドイツ、ダルムシュタット)中、0.6Lで2gの塩化ナトリウムを溶解させることにより調製された。1N塩酸を用いてpHを1.6に調整し、次いで精製水で体積を1Lに調整した。60mgのFaSSIF粉末(Biorelevant(商標)、London,UK)を500mLの緩衝液(上記)に溶解した。ペプシン(0.1mg/mL)(Millipore Sigma社、ドイツ、ダルムシュタット)を加え、溶液を攪拌した。新鮮な得られたSGF培地を各実験に対して使用した。試験化合物は、1mMにDMSOストック中で溶解した。DMSOストック溶液の分注物を取り出し、15mLのファルコン管中、SGF培地で希釈し、化合物総濃度を1μMとした。T0時点について、1mLの分注物を直ちに取り出し、1体積のアセトニトリルで1回希釈した。混合液を密封し、インキュベーター中、37℃で混合した。分注物(1mL)を一定間隔で取り出し、1体積のアセトニトリルを加えることにより直ちにクエンチした。得られた試料をLC/MSにより分析し、SGF中の分解速度を決定した。
アッセイ2。模擬腸液(SIF)における結合体の安定性。このアッセイを使用して、小腸における結合体の安定性が評価された。リン酸緩衝液は、0.42gの水酸化ナトリウムペレット、および3.95gのリン酸一ナトリウム一水和物、および6.19gの塩化ナトリウムを超純水(MilliQ(登録商標)、Millipore Sigma社、ドイツ、ダルムシュタット)に溶解させることにより調製された。pHを、必要に応じてHCl水溶液と、NaOH水溶液を使用して6.7に調整し、溶液を超純水で希釈して、1LのpH6.7緩衝液を生成した。112mgのFaSSIF粉末(Biorelevant(商標)、英国、ロンドン)を50mLのpH6.7緩衝液に溶解した。次いで、2〜3mLの得られた溶液を500mgのパンクレアチン(Millipore Sigma社、ドイツ、ダルムシュタット)に加えた。得られた混合物を、混合物を含む容器を指でタッピングすることによって、乳白色の懸濁液が形成されるまで撹拌した。この時点で、50mLのFaSSiF/pH6.7緩衝液の残りを加えた。得られた懸濁液を10回転倒混和してSIFを作製し、新鮮な状態で使用した。試験化合物は、1mMにDMSOストック中で溶解した。DMSOストック溶液の分注物を取り出し、15mLのファルコン管中、SIF培地で希釈し、試験化合物濃度が1μMの混合液を作製した。T0時点について、1mLの分注物を直ちに取り出し、1体積のアセトニトリルで1回希釈した。混合液を密封し、インキュベーター中、37℃で攪拌した。分注物(1mL)を一定間隔で取り出し、1体積のアセトニトリルを加えることにより直ちにクエンチした。得られた試料をLC/MSにより分析し、分解速度を決定した。
アッセイ3インビトロ結腸内物質安定性試験 このアッセイを使用して、大腸におけるアシル化活性剤の安定性が評価された。すべての実験は、窒素90%、水素5%、および二酸化炭素5%を含有する嫌気チャンバー中で実施された。結腸内物質は、予め還元され、嫌気的に滅菌された希釈ブランク(Anaerobe Systems AS−908)中のスラリー(15%w/v 最終濃度)として再懸濁された。次いで、結腸内物質を、YCFAC培地(Anaerobe Systems AS−680)または他の適切な培地(6.7μLのスラリーを1mLの総培地に含む)を含有する96ウェルプレートに接種した。化合物、または化合物群を個々の各ウェルに添加し、最終検体濃度を1μMまたは10μMとし、物質をピペッティングにより混合した。試料を、設定時点(アッセイ開始後、0、120、240、480、1440、2880分)の後に取り出し、内部標準を含有するアセトニトリルでクエンチし、LC/MSにより分析した。結果を表2に示す。
Figure 2021535092
Figure 2021535092
表2において、A:残存する試験した化合物の<25%;B:残存する試験した化合物の25〜75%;およびC:残存する試験した化合物の>75%。
表2は、例えば、化合物12、20、21、22、および66を、結腸に選択的にデリバリーすることができることを示す。
実施例91:生化学的アッセイのための酵素の単離
対象のタンパク質の溶解ドメインを同定し、大腸菌のような宿主において融合タンパク質として異種発現に適した適当なベクターをクローニングした。同様に、触媒的に不活性であった溶解性バリアントを、酵素活性に重要なアミノ酸を変異させることによって構築した。
タンパク質および触媒的に不活性なバリアントを、適当な発現宿主に発現した。細胞を溶解し、溶解物を清澄化し、タンパク質を適切な樹脂でインキュベートした。単離後、タグを任意で除去し、第二の直交クロマトグラフィー工程を使用して、タグのないバージョンのタンパク質を単離してもよい。
実施例92:生化学的アッセイのためのClbPの単離
本実施例は、実施例91に記載した方法の代表であり、ClbPの溶解性ペプチドドメイン(アミノ酸38〜375)または触媒上不活性な変異S95Aを、開始点として既に定義した境界を使用して、pET28aにクローニングした(Brotherton、J.Am.Chem.Soc.、135:3359〜3362、2013年)。
WT ClbPまたはS95A ClbPを、タンパク質を発現させるための大腸菌BL21(DE3)RIPLを使用し、pET28bからN−末端にタグ付したHis−SUMO1−融合タンパク質として単離した。細胞を、30mM Tris pH8.0、300mM NaCl、10%(v/v)グリセロール、ベンゾナーゼ(Sigma−Millipore)、リゾチーム、B−per(ThermoFisher)、およびY−per(ThermoFisher)において溶解した。溶解物を、遠心分離(13,000g、20分間)を介して清澄化し、上清を、Hi結合Ni−NTAアガロース(5mL)とインキュベーションした。続いて、樹脂を、洗浄バッファー(30mM Tris pH7.5、250mM NaCl、10mMイミダゾール、3%(v/v)グリセロール、および2mM TCEP)で洗浄した。樹脂を、30℃で1時間、ULP1タンパク質分解酵素1.4mgとインキュベーションした。次に、樹脂を、追加の画分の洗浄バッファーで洗浄した。遠心分離濾過物を使用して、タンパク質を濃縮し、続いて、濃縮したタンパク質を、流速XmL/分で16/600 Superdex 200サイズ限界カラムに、25mM HEPES、25mM Tris pH7.4、325mM NaCl、10mM KClおよび3%(v/v)グリセロールの定組成溶離で適用した。タンパク質を含有する画分を、SDS−PAGEにより決定し、合わせ、遠心分離濾過により濃縮した。3mM TCEPを、濃縮したタンパク質に加え、次に、一定分量に分け、液体Nにおいて瞬間凍結し、−80℃で保存した。
実施例93:生化学的アッセイのための他の細菌酵素の単離
実施例91および92に展開した原理に従い、他の細菌酵素をクローニングし、発現させ、生化学的アッセイのため単離し得る。これらは、プロピオニバクテリウム・アクネス株KPA171202由来の溶解性バージョンのD−アラニル−D−アラニンカルボキシペプチダーゼ(遺伝子WP_002531210.1)およびβ−N−アセチルグルコサミニダーゼ(遺伝子WP_041444232.1)、クラミジア・ニューモニエCWL029由来のタンパク質分解酵素(遺伝子NP_224809.1)およびシンナモイルエステラーゼ(遺伝子NP_224360.1)、サラモネラ・エンテリカ・血清型チフィ株CT18由来のペニシリン無感受性マウスエンドペプチダーゼ(遺伝子NP_456924.1)およびエンドグルカナーゼ(遺伝子NP_458303.1)、メチロバクテリウム・ラデイオトレランスJCM 2831由来のD−アラニル−D−アラニンカルボキシペプチダーゼ(遺伝子WP_041372295.1)およびセルラーゼ(WP_012317297.1)、ならびにクラミジア・トラコマティスD/UW−3/CX由来のD−アラニル−D−アラニンカルボキシペプチダーゼ(遺伝子NP_220066.1)およびシンナモイルエステラーゼ(遺伝子NP_219652.1)を含む。各場合で、可溶性で触媒的に不活性なタンパク質バージョンも同様にクローニングし、発現させ、単離した。
実施例94:精製したタンパク質を用いたアッセイ
精製した酵素の活性を評価するために、精製したタンパク質またはその触媒的に不活性なバリアントを、化合物とインキュベーションする。対照として、化合物を、バッファー単独とインキュベーションする。指定の間隔後、反応を、有機溶媒の添加により止める。LCMS解析を使用して、活性な酵素、不活性な酵素、および酵素のない対照を含む反応物における出発材料および生成物の相対量を決定する。
実施例95:精製したClbPタンパク質を用いたアッセイ
本実施例は、実施例94に記載した方法の代表であり、ClbPを、インビトロアッセイで試験化合物と共にインキュベーションした。典型的なアッセイでは、0、1、または20μM精製WTまたはS95A ClbPを、反応バッファー(50mM Tris−HCl pH7.5、37.5mM NaCl)中の100または500μM化合物と室温、24時間インキュベーションした。この反応物の総容量は、150μLであった。
24時間後、2容量のアセトニトリル(300μL)を、反応物に加え、溶液をクエンチした。
反応物を遠心分離し(4,000g、15分)、次に、上清をLCMSにより分析した。上清5μmLを、Acquity UPLC BEH C18 1.7μm 2.1×100カラムに注入した。バッファーAは、水中の0.1%(v/v)ギ酸であり、バッファーBは、アセトニトリル中の0.1%(v/v)ギ酸であった。流量は0.5mL/分であった。最初の%Bは10であり、30秒間保持し、次に3分間にわたり90%Bまで上昇させ、1分間、90%Bで保持し、15秒間にわたり10%Bまで下げ、次に、15秒間10%Bで保持した。210〜400nmのUV−Visスペクトルを、3.6nmの解像度でモニターした。正および負モードESIを、セントロイド収集物において5Hzサンプリング周波数で20Vの円錐電圧で100〜1000m/zモニターした。
WT ClbP反応物に残留する相対的出発材料を、LCMSにより決定し、次に、酵素を含まないおよび触媒的に不活性な酵素(S95A ClbP)反応物における残りの開始物質と比較した。理想的な場合では、WT ClbP反応物における残りの出発材料の量は、S95A ClbPおよび酵素を含まない条件下で<25%の量であった。許容可能な場合では、WT ClbP反応物における残りの出発材料の量は、S95A ClbPおよび酵素を含まない条件下で25〜75%の量であった。好ましくない場合では、WT ClbP反応物における残りの出発材料の量は、S95A ClbPおよび酵素を含まない条件下で>75%の量であった。
予想される生成物の形成を、LCMS解析により同様に定量し、外部生成物標準との共溶出により確認した。理想的な場合では、WT ClbP反応物において形成した生成物の量は、理論上の最大値の>75%に対応した。許容可能な事例では、WT ClbP反応で形成される生成物の量は、理論上の最大値の25〜75%に対応した。好ましくない場合では、WT ClbP反応物において形成した生成物の量は、理論上の最大値の<25%に対応した。結果を以下の表3に示す。
Figure 2021535092
表3では、状態:「−」は、酵素を含まない対照と比較して20μM WT ClbP反応物に残存する>75%化合物を示し、「+」は、酵素を含まない対照と比較して、20μM WT ClbP反応物に残存する25〜75%化合物を示し、「++」は、対照と比較して、20μM WT ClbP反応物に残存する<25%化合物を示す。
実施例96:他の細菌酵素を用いたアッセイ
実施例94および95に記載した原理に従い、実施例Cに列挙したタンパク質の活性バージョンおよび不活性バージョンを、適切に設計した化合物と反応するそれらの活性についてアッセイしてもよい。
実施例97:LCMS読み取りでの最近酵素を用いた細胞ベースアッセイ
ベクターを、その天然の形態または触媒的に不活性なバージョンの酵素を発現するよう設計してもよい。ベクターは、異種宿主、例えば、大腸菌発現株に形質転換されてもよい。あるいは、実施例93で同定した酵素のうちの一つをコードする天然で生じる株生成してもよく、同定した酵素を欠く密接に関連する株を陰性対照として使用する。ClbPの場合、例えば、大腸菌CFT073 ATCC 700928または大腸菌ニッスル1917のようなClbPを天然でコードする株を使用してもよい。大腸菌BL21(DE3)は、ClbPをコードしないため、陰性対照として使用することができる。
異種性宿主(野生型酵素、触媒的に不活性なバージョン、または空のベクターを含有する)または天然株を、望ましいレベルまで成長させてもよい。
化合物を、細菌増殖または非接種媒体に加えてもよい。混合物を、指定した時間インキュベートしてもよい。
インキュベーション後、混合物は、有機溶媒の添加または凍結乾燥に続いて有機溶媒中での溶解により、LCMS解析と適合させることができる。残留開始物質の量および生成物は、LCMS解析により定量化されてもよい。
実施例98:LCMSを用いたClbPを用いた細胞ベースアッセイ
本実施例は、実施例97に記載した方法を表す。ClbPを、化合物を活性化する能力について試験した。種々の試験化合物を、全長WT ClbP(大腸菌CFT073 ATCC 700928および/または大腸菌Nissle 1917)を天然に発現する大腸菌と共に、または陰性対照として、ClbP(大腸菌BL21(DE3))をコードしない大腸菌株と共にインキュベーションした。これら三つの株の各々を、LB寒天またはBHI寒天などの適切な固体培地に打ちつけた。次に、細菌を37℃で一晩好気的に成長させた。
単一のコロニーをプレートから単離し、10mLのLBに接種した。液体培養物を、振動装置上で揺動させながら37℃で一晩好気的に成長させた。
飽和した大腸菌培養物をバイオセーフティキャビネットに移した。各培養物5μLを新鮮なLBブロス(合計200μL、一晩培養物の1:40(v/v)希釈)に接種し、試験した化合物を最終濃度10μMに加えた。培地単独での化合物の天然安定性を確立するために、化合物を、最終濃度10μMで非接種培地に加えた。各化合物を、各株または培地単独のインキュベーションで2回試験した。プレートを密封し、37℃で20時間振動装置上で好気的にインキュベーションした。
20時間後、200μLのアセトニトリルの添加により、反応を停止させた。各ウェルの内容物を混合し、次にプレートを遠心分離した(4,000rpm、10分)。プレートを、最初にアセトニトリル(10×希釈)で最終希釈1:100まで、次に(4:1)移動相A−20mMギ酸アンモニウム+水:移動相B−イソプロパノール:メタノール:水(4:4:2)+20mMギ酸アンモニウム(10×希釈)で連続希釈した。
各インキュベーション中の残りの各親化合物の量を、各親化合物に特異的な移行を標的にする複数の反応をモニタリングしながら、LC−MS解析により定量した。
培地単独条件に存在する化合物の量を、100%と正規化した。ClbPをコードする大腸菌(大腸菌CFT073 ATCC 700928および/または大腸菌Nissle 1917)との反応物に存在する親化合物の量を、培地単独に存在する量と比較し、パーセントとして表した。同様に、陰性対照の大腸菌BL21(DE3)との反応物に存在する親化合物の量を、培地単独に存在する量と比較し、パーセントとして表した。
理想的な場合では、ClbPをコードする大腸菌との反応(複数可)における残留の出発物質の量は、大腸菌BL21(DE3)および培地単独条件における量の<25%であった。理想的な場合では、ClbPをコードする大腸菌との反応(複数可)における残留の出発物質の量は、大腸菌BL21(DE3)および培地単独条件における量の25〜75%であった。好ましくない場合では、ClbPをコードする大腸菌との反応(複数可)における残留の出発物質の量は、大腸菌BL21(DE3)および培地単独条件における量の>75%であった。結果を表4に要約する。
Figure 2021535092
Figure 2021535092
表4では、状態:「−」は、酵素を含まない対照と比較して20μM WT ClbP反応物に残存する>75%化合物を示し、「+」は、酵素を含まない対照と比較して、20μM WT ClbP反応物に残存する25〜75%化合物を示し、「++」は、対照と比較して、20μM WT ClbP反応物に残存する<25%化合物を示す。
化合物5、13、46、35、53、70、および72Bは、ClbP陽性とClbP陰性放出プロファイルの間の特に好ましい差を呈した。
実施例99:LCMS読み取りを用いた他の細菌酵素を用いた細胞ベースアッセイ
実施例97および98の原則に従い、実施例93に列挙したタンパク質の活性および不活性バージョンを、細胞ベースアッセイにおいて適切に設計した化合物と反応する能力についてアッセイしてもよい。
実施例100:哺乳類CT26.CL25マウス結腸直腸癌生存率読み取りを用いた細菌酵素の細胞ベースアッセイ
化合物を細胞毒に変換する細菌酵素の能力を評価するために、実施例98の工程1〜3を続けてもよい。
インキュベーション後、上清を濾過して、すべての細菌を除去してもよい。次に、上清を哺乳類細胞株に適用してもよく、生じる細胞生存率を、例えば、CellTiter−Gloキット(Promega社)を使用して、適切なインキュベーション期間後に評価してもよい。
実施例101:Caco−2生存率の読み取りを用いたClbPの細胞ベースアッセイ:
本実施例は、実施例100に記載した方法を表す。
細菌を含まない培地を、示した試験化合物と共にインキュベーションした。ペイロードを欠く認識エレメント−リンカー結合体である((R)−N1−(2−(メチルアミノ)エチル)−2−オクタナミドスクシンアミドを、DMSO中で1:1000、および培地+10%のFBS中で1:10000まで連続希釈して、最終濃度10nMを得た。化合物35、化合物76、化合物77、化合物78、化合物79、およびSN−38を、DMSO中では1:1000、培地中で1:1000まで連続希釈して、最終濃度10nMを得、次に、哺乳類細胞を殺す能力について、細菌を含まない上清を試験した。追加の対照として、試験化合物をまた、細菌を含まない培地とインキュベーションする。上述の工程を、大腸菌(CFT073 ATCC 700928、Nissle1917、またはBL21(DE3))の存在下で行い、本出願の結合体の切断をもたらすことができる。
1日目、CT26.CL25細胞(15,000細胞/ウェル)を24ウェルプレートに三重に播種し、完全培地100μL中で一晩インキュベーションした。反応物(細菌または培地ブランク)を遠心分離によりペレット化し、次に、上清を0.2μmの滅菌フィルターに通し、残留細菌を取り除いた。
2日目に、培地中の各化合物の10nMの溶液300μLを、1日目に調製したCT26.CL25細胞の別々のウェルに適用した。細胞を、37℃で72時間インキュベーションした。このポイント後、CellTiter−Gloキットを使用して生存率を評価した。
化合物の貯蔵を、細胞の成長または停止を測定することにより達成した(例えば、残りの細胞は、>90%生存可能、>80%生存可能、>70%生存可能、>60%生存可能、>50%生存可能、>40%生存可能、>30%生存可能、>20%生存可能、または>10%生存可能である)。結果を表5に示す。
Figure 2021535092
実施例100:CT26.CL25生存率読み取りを用いた他の細菌酵素の細胞ベースアッセイ
実施例100および101の原則に従い、実施例93に列挙した酵素を、哺乳類細胞の生存率を低減させることができる細胞毒を生成する能力について評価してもよい。
実施例103:糞便の存在下での細菌酵素活性化による化合物動態
糞便試料を、対象の特異的な遺伝子の存在について、PCRによりそれを増幅するその遺伝子に特異的なプライマーを使用することにより、アッセイしてもよい。有意なシグナルを生じない試料を、その後の工程でエクスビボでのインキュベーションのための供給材料として使用してもよい。
対象の遺伝子(野生型または触媒的に不活性)を有する発現ベクターを含有する異種宿主を、所望のレベルまで成長させてもよい。あるいは、野生型遺伝子を含有する天然株、または遺伝子を欠く密接に関連する株を、望ましいレベルまで成長させてもよい。
糞便試料を、異種宿主(野生型または触媒的に不活性タンパク質のいずれかを発現する)で補正してもよい。あるいは、糞便試料を、天然の株またはその活性を欠く密接に関連する株を用いて、様々なレベルで補正してもよい。
化合物の安定性を、予め決めた時間間隔後の上清のLCMS解析により評価してもよい。化合物安定性も、哺乳類細胞の生存率を低減する濾過した上清の能力により評価してもよい。
実施例104:糞便の存在下でのClbP活性化による化合物動態
本実施例は、実施例103に記載した方法を表す。糞便試料を、メタゲノミクス全ゲノムショットガンシーケンシングに供し、続いて、データセットにclbP遺伝子の存在を検索するか、またはqPCRによりそれに特異的なプライマーを用いて遺伝子を増幅しようと試みた。検出限界を下回るシグナルを与えた試料を、その後の工程で使用した。糞便試料を、嫌気性リン酸緩衝液生理食塩水中の15%(w/v)スラリーとして再懸濁した。
実施例98に詳述した工程1および2に続いて、大腸菌CFT073 ATCC 700928、大腸菌Nissle 1917、または大腸菌BL21(DE3)を液体培養で成長させた。
嫌気性チャンバーにおいて、大腸菌株を、200μLの容積のPRAS希釈ブランクに存在するすべての生物体の0、1、10、50、90、99、または100%を表すように計算した希釈レベルで、工程1で得た糞便試料に加えた。試験化合物(10μM最終濃度)を混合物に加えた。試験化合物も、類似の条件下で最近を含まない培地対照に加えた。プレートを密封し、37℃で20時間インキュベーションした。同様の条件下で、出発物質およびペイロード化合物の両方の標準曲線を、細菌を含まない培地中で作製した。
20時間後、アリコートを、外部標準曲線と比較した絶対量で、最初にアセトニトリル(10×希釈)で、次いで(1:1)移動相A−水中の0.1%のギ酸:移動相B−アセトニトリル中の0.1%のホルミン酸(10倍希釈)で、最終希釈1:100に連続希釈することにより、LCMSによってペイロードの分解および放出について試験した。理想的な場合では、ClbPをコードする大腸菌との反応において放出したペイロードの量は、理論上の最大値の>75%であり、大腸菌BL21(DE3)および培地単独の条件下では放出されなかった。許容可能な場合では、ClbPをコードする大腸菌との反応において放出したペイロードの量は、理論上の最大値の25〜75%であり、理論上の最大値の<25%は、大腸菌BL21(DE3)および培地単独の条件下では放出されなかった。好ましくない場合では、ClbPをコードする大腸菌との反応において放出したペイロードの量は、理論上の最大値の<25%%であり、理論上の最大値の>25%は、大腸菌BL21(DE3)および培地単独の条件下では放出されなかった。
あるいは、化合物を、実施例100に記載したアッセイに上清を添加することにより、有効性について試験してもよい。
Figure 2021535092
Figure 2021535092
実施例105:糞便の存在下での他の細菌酵素による化合物動態
実施例103および104の原則に従い、実施例93に列挙した遺伝子を同様の様式で試験してもよい。
実施例106:前臨床マウスモデルにおける化合物有効性
以下の前臨床モデルは、炎症関連結腸直腸癌の研究に適したモデルとして一般的に認められている(De Robertis,J.Carcinog.2011,10,1−22 The AOM/DSS murine model for the study of colon hammonasesis:From pathways to diagnosis and therapy studies)。生殖細胞を含まないマウスまたは抗生物質処置をしたマウスを、タンパク質の触媒的に不活性なバージョンを欠くか、または発現するClbPまたは大腸菌変異体を発現する野生型大腸菌でモノコロニー化してもよい。細菌コロニー形成を、実験中の様々な時点での細菌コロニー形成単位を決定するための糞便ペレットの収集、均質化、および播種により決定してもよい。コロニー形成を確立した後、発癌物質アゾキシメタン(AOM)で腹腔内処置したマウスに、飲料水中に投与したデキストラン硫酸ナトリウム(DSS)の7日間のコースの1週間続けた。細菌がコロニー形成していない対照マウスでは、腫瘍は、AOM処置の12週間後(AOMの数週間後)に形成されると予測する。マウスを、対象の化合物で、腫瘍発現前または腫瘍発現後(AOMの5〜11週間後の範囲)の様々な時点で、異なる処置期間で、経口、静脈内または皮下投与してもよい。化合物介入の早期の時点は、前癌を定義し、癌腫への進行を阻害する可能性を決定することを目的としてもよい。後の介入の時点で、確立した癌表現型を処置する化合物の能力を決定してもよい。
全てのマウスを、AOM処置の18〜20週間後に屠殺してもよい。結腸を集め、全長について肉眼的にモニタリングしてもよい。化合物の治療有効性を、腫瘍の頻度およびサイズに対するその効果を測定することにより決定し得る。次に、結腸組織を固定し、埋め込むことができ、その後、組織学的検査により、腫瘍形成の様々なマーカーに対する化合物の効果を決定する。炎症、腫瘍浸潤、および異形成のレベルをスコア化し得る。細胞増殖のマーカー(すなわち、Ki67)およびDNA損傷(すなわち、H2AX)を評価してもよい。Wnt/Apc/B−カテニン経路、ならびにK−Rasおよびc−Myc活性化の関与を、モニタリングしてもよい。細菌増殖および増加する炎症マーカーを確立する場合の腫瘍形成の予防における化合物の効果を評価するために、炎症の以下のマーカー、サイトカイン(IL6、IL17、IL18、IL23、IL1b、IL12、TNFα)、COX−2、TGF−ベータ、およびiNOS)をモニタリングしてもよい。例えば、治療上有効な化合物は、上記マーカーのレベルを、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも100%、未処置コホートよりも低く変化させ得る。
全生存に対する化合物の効果を決定するために、マウスを細菌でモノコロニー形成し、前述したようにAOM/DSSおよび治療化合物で処置してもよい。各マウスの健康状態を、(動き、グルーミング、隆肉に基づいて)スコア付けし、体重を、定期的な間隔で測定し得る。マウスを、健康スコアおよび体重の極度な低下に基づいて、所定の基準を満たした上で安楽死させてもよい。
実施例107:マウスにおける同所性直腸癌モデル
ヒト直腸癌を模倣する同所性直腸癌モデルも使用される。抗生物質処置したBalb/Cマウスを、タンパク質の触媒的に不活性なバージョンを欠くか、または発現するClbPまたは大腸菌変異体を発現する野生型大腸菌でモノコロニー化してもよい。細菌コロニー形成を、実験中の様々な時点での細菌コロニー形成単位を決定するための糞便ペレットの収集、均質化、および播種により決定してもよい。コロニー形成を確立した後、マウス結腸癌細胞株CT26−Luc−2A−GFP細胞を、Balb/Cマウスの遠位直腸の粘膜下に注射する。50μlのHamiltonシリンジ上の30G針を、肛門管の1〜2mm上の遠位後部直腸粘膜下組織に注意深く挿入する。腫瘍細胞を、50μLのSF RPMI−1640:20% GFR Matrigel(商標)の体積で、1e06腫瘍細胞を直腸粘膜下組織にゆっくりと注入する。動物が麻酔から回復するので、モニタリングし、注射後約1時間観察する。マウスにおける腫瘍発生を追跡し、応答を定量する。腫瘍負荷を、記録したLumina Series III in−life Imaging system(IVIS;PerkinElmer)および総放射束(TRF;光子/秒(ph/秒))により、0.2mLのRediJect D−ルシフェリン生物発光基質(PerkinElmer#770504)の腹腔内注射の12分後に、全身撮像(腹)を介して毎週2回(2×/週)測定する。マウスを、対象の化合物で、腫瘍発現前または腫瘍発現後の様々な時点で、異なる処置期間で、経口、静脈内または皮下投与してもよい。化合物介入の早期の時点は、前癌を定義し、癌腫への進行を阻害する可能性を決定することを目的としてもよい。後の介入の時点で、確立した癌表現型を処置する化合物の能力を決定してもよい。人道的な評価項目に達したとき、全てのマウスを屠殺してもよい。結腸を集め、全長について肉眼的にモニタリングしてもよい。化合物の治療有効性を、初代および第二の腫瘍の頻度およびサイズに対するその効果を測定することにより決定し得る。次に、結腸組織を固定し、埋め込むことができ、その後、組織学的検査により、腫瘍形成の様々なマーカーに対する化合物の効果を決定する。炎症、腫瘍浸潤、および異形成のレベルをスコア化し得る。細胞増殖のマーカー(すなわち、Ki67)およびDNA損傷(すなわち、H2AX)を評価してもよい。Wnt/Apc/B−カテニン経路、ならびにK−Rasおよびc−Myc活性化の関与を、モニタリングしてもよい。細菌増殖および増加する炎症マーカーを確立する場合の腫瘍形成の予防における化合物の効果を評価するために、炎症の以下のマーカー、サイトカイン(IL6、IL17、IL18、IL23、IL1b、IL12、TNF−α、COX−2、TGF−β、およびiNOS)をモニタリングしてもよい。例えば、治療上有効な化合物は、上記マーカーのレベルを、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも100%、未処置コホートよりも低く変化させ得る。
実施例109:培養物におけるクレブシエラ・ニューモニエ生存率に対する抗感染結合体の評価
工程1:pks病原性膵島をコードするクレブシエラ・ニューモニエの株(好ましくは、株クレブシエラ・ニューモニエ亜種SGH10、Lam、Nat.Commun.,2018,9,2703 Population genomics of hypervirulent クレブシエラ・ニューモニエ均一な群23のような過病原性の均一の群23に属する臨床単離物により、早期の出現および急速な全体的播種が明らかにする)を得てもよい。
工程2:株を、栄養寒天(ATCC培地3)などの適切な固体成長培地上で成長させてもよい。単一のコロニーを選択し、5mLの栄養ブロスに接種し、37℃で中間の対数期に成長させてもよい。
工程3:アリコートを回収して、逆転写酵素ポリメラーゼ鎖反応を介して遺伝子clbPの発現、またはウェスタンブロッティングを介してタンパク質ClbPの産生を確認してもよい。残りの細菌培養物に、化合物(例えば、0または10μM)を加えてもよく、混合物を37℃で2時間インキュベーションしてもよい。
工程4:化合物の有効性を、600nmでの光学密度をモニターし、播種して、無化合物対照と比較してコロニー形成単位を列挙することにより評価してもよい。残留出発物質および生成物を評価するために、アリコートを回収し、例えば、実施例95の工程3のように、LCMSにより解析してもよい。
実施例110:化膿性肝膿瘍マウスモデルにおけるクレブシエラ・ニューモニエに対する抗感染結合体の評価
以下の前臨床モデルを使用して、ヒトの化膿性肝膿瘍を模倣した(Chung,Infect.Immun.,2011,79,2234−2240 Role of T Lymphocytes in Liver Abscess Formation by Bacteroides fragilis in Mice)。C57BL/6マウス(4〜6週、オス)を得ることができる。マウスを麻酔し、毛を削り、消毒する。前方正中線切開を、マウスの腹壁および腹膜を通して行う。実施例107の工程1〜2に従い0.1mLの容量で調製した細菌接種剤を、肝門脈に注射してもよい。細菌接種は、クレブシエラ・ニューモニエの毒性株またはclbP遺伝子を欠く(または遺伝子的に欠失した可能性のある)クレブシエラ・ニューモニエを含んでもよい。次いで、腹壁を縫合で閉じてもよい。
マウスを、対象の化合物で、細菌感染前または後の様々な時点で、異なる処置期間で、経口、静脈内または皮下投与してもよい。糞便を、マウスから定期的に集め、培養し、クレブシエラ・ニューモニエがマウスの消化管に浸潤したかどうかを評価してもよい。すべてのマウスを、細菌感染の1〜3週間後に屠殺してもよい。肝膿瘍形成を調べるために、肝臓切片をマウスから取り出してもよい。肝臓を病理組織学的に調べて、膿瘍の数および膿瘍のサイズを含むがこれらに限定されない指標を評価してもよい。クレブシエラ・ニューモニエを肝臓切片から培養して、細菌感染を除去する化合物の有効性を評価してもよい。さらに、屠殺時にマウスから他の器官を取り出し、それを使用して、クレブシエラ・ニューモニエを培養し、細菌が転移したかどうかを判断してもよい。
他の実施形態
記載される本発明の様々な改変およびバリエーションが、本発明の主旨および範囲から逸脱することなく当業者には明白であろう。本発明は特定の実施形態と連関させて記載されているが、請求される本発明は、そうした特定の実施形態に不当に拘束されるべきではないことを理解されたい。事実、当業者にとって明白な、本発明の実施に関する記載の様式の様々な改変が、本発明の範囲の内にあることが意図される。
他の実施形態は、特許請求の範囲にある。

Claims (86)

  1. ペイロードに共有結合された、またはペイロードにリンカーを介して結合される認識エレメントを含み、前記ペイロードは医薬剤である、結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  2. 前記ペイロードが抗腫瘍剤である、請求項1に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  3. 前記抗腫瘍剤が、7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン(SN−38)、イリノテカン、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、パクリタキセル、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ピロロベンゾジアゼピン、10−ヒドロキシカンプトテシン、エキサテカン、シクロパミン、タセジナリン、5’−デオキシ−5−フルオロウリジン、5−フルオロウラシル、カリチアマイシン、メイタンシノイド、メイタンシン、メトトレキサート、ズオカルマイシン、エルロチニブ、ゲフィチニブ、カペシタビン、ロイコボリン、トリフルリジン、チピラシル、またはCC−1065である、請求項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  4. 前記抗腫瘍剤が、SN−38、モノメチルオーリスタチンE、カペシタビン、5’−デオキシ−5−フルオロウリジン、または5−フルオロウラシルである、請求項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  5. 前記抗腫瘍剤が、SN−38である、請求項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  6. 前記抗腫瘍剤が、モノメチルオーリスタチンEである、請求項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  7. 前記抗腫瘍剤が、5−フルオロウラシルである、請求項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  8. 前記抗腫瘍剤が、5’−デオキシ−5−フルオロウリジンである、請求項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  9. 前記抗腫瘍剤が、カペシタビンである、請求項2に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  10. 前記ペイロードが抗感染剤である、請求項1に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  11. 前記抗感染剤が、アミカシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、ストレプトマイシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、リファキシミン、ロラカルベフ、エルタペネム、ドリペネム、メロペネム、セファドロキシル、セファゾリン、セファレキシン、セファクロル、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフチブテン、セフトリアクソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、セフトビプロール、バンコマイシン、テイコプラニン、テラバンシン、ダルババンシン、オリタバンシン、クリンダマイシン、リンコマイシン、ダプトマイシン、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、スピラマイシン、アズトレオナム、フラゾリドン、ニトロフラトイン、リネゾリド、ポシゾリド、ラデゾリド、トレゾリド、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンG、ペニシリンV、ピペラシリン、テモシリン、チカルシリン、コリスチン、バシトラシン、ポリミキシンB、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナジフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、テマフロキサシン、マフェナイド、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジアジン銀、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファニルアミド、スルファサラジン、スルフィソキサゾール、トリメトプリム、スルファメトキサゾール、スルホンアミドクリソイジン、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、シクロセリン、エタンブトール、エチオンアミド、イソニアジド、ピラジンアミド、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、ストレプトマイシン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン、ダルホプリスチン、チアムフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、テイクソバクチン、マラシジン、フェノール、ヒドロキシナフタレン、キニーネ、ヒドロキシクロロキン、ケトコナゾール、フルコナゾール、またはアムホテリシンBである、請求項10に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  12. ペイロードに共有結合された、またはペイロードにリンカーを介して結合される認識エレメントを含み、前記ペイロードが診断剤である、結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  13. 前記認識エレメントが、微生物またはそれにより産生されるタンパク質により認識可能である、請求項1〜12のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  14. 前記認識エレメントが、式R−L−(式中、
    が、任意で置換されるC1−22アルカノイル、任意で置換されるC2−22アルケノイル、任意で置換されるC2−22アルキノイル、任意で置換されるC6−12アロイル、任意で置換されるC1−22アルコキシカルボニル、任意で置換されるC1−22アルキルアミノカルボニル、任意で置換されるC1−22アルキルウレイド、−N(Rで任意で置換される脂肪酸アシル、メトキシポリエチレングリコール酢酸アシル、メトキシポリエチレングリコールプロピオン酸アシル、アミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチド、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド、任意で置換されるアルキル、または任意で置換されるアリールアルキルであり;
    Lは、アミノ酸残基、−O−CO−L−、−NH−CO−L−、または−SO−L−であり、各Rは、独立してC1−6アルキルであり、Lは、アミノ酸残基である)の基である、請求項1〜13のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  15. が、任意で置換されるC1−14アルカノイル、任意で置換されるベンゾイル、任意で置換されるC1−14アルコキシカルボニル、または任意で置換されるC1−14アルキルアミノカルボニルである、請求項14に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  16. が、任意で置換されるプロパノイル、任意で置換されるベンゾイル、任意で置換されるフェニルプロピオニル、任意で置換されるナフチルプロピオニル、任意で置換されるジヒドロキノリンカルボニル、ブタノイル、ヘキサノイル、オクタノイル、ドデカノイル、テトラデカノイル、ヘキシルオキシカルボニル、オクチルオキシカルボニル、ドデシルオキシカルボニル、ヘキシルウレイド、オクチルウレイド、およびドデシルオキシウレイドからなる群から選択される、請求項14に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  17. 各任意の置換基が、独立してヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、C1−6アルキル、ならびにハロゲン、ヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、C1−6アルキル、5員のヘテロ環、および6員のヘテロ環からなる群から独立して選択される1〜5個の基で任意で置換されるフェニルである、請求項14〜16のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  18. 各任意の置換基が、ヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、C1−6アルキル、ならびにヒドロキシル、アミノ、C1−6アルコキシ、およびC1−6アルキルからなる群から独立して選択される1、2、3、4、または5個の基で任意で置換されるフェニルからなる群から独立して選択される、請求項17に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  19. が、−N(Rで任意で置換される脂肪酸アシル、メトキシポリエチレングリコール酢酸アシル、メトキシポリエチレングリコールプロピオン酸アシル、アミノ酸残基、ジペプチド、トリペプチド、β−N−アセチルグルコサミン、β−1,4−グルカン、任意で置換されるシンナモイル、D−アラニル−メソ−2,6−ジアミノ−ピメリルアミド、任意で置換されるアルキル、または任意で置換されるアリールアルキルである、請求項14に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  20. Lが、アミノ酸残基である、請求項14〜19のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  21. Lが、Rにそのα−アミノ基を介して結合したアミノ酸残基である、請求項14〜20のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  22. が、フェニルで任意で置換されるC1−14脂肪酸アシルである、請求項14〜21のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  23. Lが、D−アミノ酸残基である、請求項14〜22のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  24. Lが、D−アスパラギン、D−アルギニン、D−グルタミン、D−アスパラギン酸、D−ヒスチジン、またはD−グルタミン酸である、請求項23に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  25. Lが、任意で置換されるD−アスパラギン、任意で置換されるD−アルギニン、任意で置換されるD−グルタミン、任意で置換されるD−アスパラギン酸、任意で置換されるD−ヒスチジン、または任意で置換されるD−グルタミン酸である、請求項23に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  26. Lが、D−アスパラギンである、請求項23に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  27. 前記認識エレメントが、3−(2−メトキシエトキシ)プロパノイル−D−アスパラギニル、2−(4−イソブチルフェニル)プロパノイル−D−アスパラギニル、6−メトキシナフタレン−2−イル)プロパノイル−D−アスパラギニル、(1−シクロプロピル−6−フルオロ−4−オキソ−7−(ピペラジン−1−イル)−1,4−ジヒドロキノリン−3−カルボニル、ヘキシルオキシカルボニル−D−アスパラギニル、ドデシルオキシカルボニル−D−アスパラギニル、ヘキシルカルバモイル−D−アスパラギニル、ドデシルカルバモイル−D−アスパラギニル、ブタノイル−D−アスパラギニル、ヘキサノイル−D−アスパラギニル、オクタノイル−D−アスパラギニル、ドデカノイル−D−アスパラギニル、テトラデカノイル−D−アスパラギニル、ベンゾイル−D−アスパラギニル、2−ヒドロキシベンゾイル−D−アスパラギニル、5−アミノ−2−ヒドロキシベンゾイル−D−アスパラギニル、2−フェニルアセチル−D−アスパラギニル、ブタノイル−D−アルギニニル、ヘキサノイル−D−アルギニニル、オクタノイル−D−アルギニニル、ドデカノイル−D−アルギニニル、テトラデカノイル−D−アルギニニル、ブタノイル−D−アスパルチル、ヘキサノイル−D−アスパルチル、オクタノイル−D−アスパルチル、ドデカノイル−D−アスパルチル、テトラデカノイル−D−アスパルチル、ブタノイル−D−グルタミニル、ヘキサノイル−D−グルタミニル、オクタノイル−D−グルタミニル、ドデカノイル−D−グルタミニル、テトラデカノイル−D−グルタミニル、ブタノイル−D−グルタミル、ヘキサノイル−D−グルタミル、オクタノイル−D−グルタミル、ドデカノイル−D−グルタミル、テトラデカノイル−D−グルタミル、ブタノイル−D−ヒスチジニル、ヘキサノイル−D−ヒスチジニル、オクタノイル−D−ヒスチジニル、ドデカノイル−D−ヒスチジニル、およびテトラデカノイル−D−ヒスチジニルからなる群から選択される、請求項1〜13のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  28. 前記認識エレメントが、リンカーを介して前記ペイロードに共有結合される、請求項1〜27のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  29. 前記リンカーが、エステル結合、アミド結合、チオエステル結合、グリコシド結合、カルボネートリンカー、カルバメートリンカー、または尿素リンカーを介して前記ペイロードに共有結合される、請求項1〜28のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  30. 前記リンカーが、トレースレスリンカーである、請求項1〜29のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  31. 前記リンカーが、式R−(CO)−NR−L−(C(R−L−(R
    (式中、nおよびmの各々が、独立して0または1であり、kが、1、2、または3であり、Rは、前記認識エレメントへの結合であり、Rが、前記ペイロードへの結合であり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、任意で置換されるスチレン−ジイル、任意で置換されるC1−3炭化水素鎖、または−L−NR−CO−O−L−(式中、Lが、任意で置換されるC2−6アルキレンであり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるスチレン−ジイルである)であり、Lは、(Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R、−S−R、−OCO−R、−N(R(R3−qを形成する)、または
    Figure 2021535092
    (式中、Rは、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、qは、1、2、または3であり、各Rは、独立してHまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、各Rは、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRは、各々が結合している原子と結合して、シクロアルキレンを形成し、Rは、HまたはC1−6アルキルである)のものである、請求項28〜30のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  32. 前記リンカーが、式R−(CO)−NH−L−(C(R−L−(R
    (式中、nおよびmの各々が、独立して0または1であり、kが、1、2、または3であり、Rは、前記認識エレメントへの結合であり、Rが、前記ペイロードへの結合であり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、任意で置換されるスチレン−ジイル、任意で置換されるC1−3炭化水素鎖、または−L−NR−CO−O−L−(式中、Lが、任意で置換されるC2−6アルキレンであり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるスチレン−ジイルである)であり、Lは、(Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R、−S−R、−OCO−R、−N(R(R3−qを形成する)、または
    Figure 2021535092
    (式中、Rは、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、qは、1、2、または3であり、各Rは、独立してHまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、および各Rは、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRは、各Rが結合している原子に結合して、シクロアルキレンを形成する)のものである、請求項28〜30のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  33. 前記リンカーが、式R−NR−L−(C(R−L−R
    (式中、Rが、前記認識エレメントへの結合であり、Rが、前記ペイロードへの結合であり、Lが、1,4−フェニレン、または任意で置換されるC1−3アルキレンであり、Lが、Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R、または−COO−Rを形成し、mが、0または1であり、
    は、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、各Rが、独立してHまたはC1−6アルキルであり、Rが、HまたはC1−6アルキルである)である、請求項28〜30のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  34. 前記リンカーが、式R−NH−L−(C(R)−L−R
    (式中、Rが、前記認識エレメントへの結合であり、Rが、前記ペイロードへの結合であり、Lが、1,4−フェニレン、1,2−フェニレン、または任意で置換されるC1−3炭化水素鎖であり、Lが、Rと結合して、−NR−CO−R、−(CO)−R、−S−R、−OCO−R、−N(R(R3−qを形成する)、または
    Figure 2021535092
    (式中、Rは、Hまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、qは、1、2、または3であり、各Rは、独立してHまたは任意で置換されるC1−6アルキルであり、各Rは、独立してHまたはC1−6アルキルであるか、または両方のRは、各Rが結合している原子に結合して、シクロアルキレンを形成する)のものである、請求項28〜30のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  35. 前記リンカーが、2−アミノベンジル、4−アミノベンジル、4−アミノブタノイル、4−アミノペンタノイル、2−アミノ−3−メチルブタノイル、4−アミノ−2,2−ジメチルブタノイル、2−アミノプロパノイル、2−アミノ−4−メチルペンタノイル、4−アミノブタノエートカルボキシメチレン、2−アミノエチルアミノカルボニル、2−アミノプロピルアミノカルボニル、2−アミノプロピルメチルアミノカルボニル、2−アミノプロピルメチルアミノカルボキシメチレン、2−メチルアミノエチルアミノカルボニル、および2−アミノエチルメチルアミノカルボニルからなる群から選択される、請求項28〜30のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  36. 前記リンカーが、D−2−アミノプロパノイル、L−2−アミノプロパノイル、2−アミノエチルアミノカルボニル、4−アミノペンタノイル、4−アミノブタノエートカルボキシメチレン、2−アミノプロピルメチルアミノカルボニル、および2−アミノエチルメチルアミノカルボニルからなる群から選択される、請求項28〜30のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  37. 前記認識エレメントが、前記ペイロードに共有結合される、請求項1〜27のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  38. 前記結合体が、インビボで切断して、前記ペイロードを前記結合体から放出可能である、請求項1〜37のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  39. 前記ペイロードが、前記認識エレメントを前記ペイロードに結合する共有結合のインビボでの切断の際に放出可能である、請求項38に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  40. 前記ペイロードが、前記認識エレメントを前記ペイロードに結びつける前記リンカーのインビボでの切断の際に放出可能である、請求項38に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  41. 前記結合体が、インビボで切断して、前記結合体から前記認識エレメントを放出可能である、請求項38〜40のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  42. 前記認識エレメントが、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエにより産生される酵素により認識可能である、請求項1〜41のいずれか1項に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  43. 前記結合体が、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエにより産生される前記酵素によりインビボで切断可能である、請求項42に記載の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  44. 以下の構造:
    Figure 2021535092
    Figure 2021535092
    Figure 2021535092
    Figure 2021535092
    の結合体、

    またはその医薬的に許容される塩。
  45. 以下の構造:
    Figure 2021535092
    Figure 2021535092
    Figure 2021535092
    Figure 2021535092
    、の結合体、またはその医薬的に許容される塩。
  46. 請求項1〜11および13〜45のいずれか1項に記載の結合体ならびに医薬的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
  47. それを必要とする対象における癌マーカーを調節する方法であって、前記対象に、治療上有効量の請求項1〜11および13〜45のいずれか1項に記載の結合体または請求項46に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  48. 前記癌マーカーが、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、子宮頸癌、非小細胞肺癌、頭頸部扁平上皮癌、古典的ホジキンリンパ腫、尿路上皮癌、メラノーマ、腎細胞癌、肝細胞癌、メルケル細胞癌、前立腺癌、およびマイクロサテライト不安定性を有する癌腫からなる群から選択される癌または前癌状態についてのものである、請求項47に記載の方法。
  49. 前記癌マーカーが、炭水化物抗原19−9および癌胎児性抗原からなる群から選択される結腸直腸癌マーカーである、請求項47に記載の方法。
  50. 前記対象が、癌に罹患している、請求項47〜49のいずれか1項に記載の方法。
  51. それを必要とする対象における感染マーカーを調節する方法であって、前記対象に、治療上有効量の請求項1〜11および13〜45のいずれか1項に記載の結合体または請求項46に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  52. 前記感染マーカーが、血液、尿もしくは脳脊髄の白血球細胞カウント;赤血球沈降速度;血清の肝トランスアミラーゼレベル;血清の血中アルカリホスファターゼレベル;または無菌の体液の培養物である、請求項51に記載の方法。
  53. 前記感染マーカーが、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、および菌血症からなる群から選択される感染についてのものである、請求項51または52に記載の方法。
  54. それを必要とする対象における疾患を治療する方法であって、前記対象に、治療上有効量の請求項1〜11および13〜45のいずれか1項に記載の結合体または請求項46に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  55. 前記疾患が、癌または前癌状態である、請求項54に記載の方法。
  56. 前記癌または前癌状態が、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、子宮頸癌、非小細胞肺癌、頭頸部扁平上皮癌、古典的ホジキンリンパ腫、尿路上皮癌、メラノーマ、腎細胞癌、肝細胞癌、メルケル細胞癌、前立腺癌、またはマイクロサテライト不安定性を有する癌腫である、請求項55に記載の方法。
  57. 前記癌または前癌状態が、結腸直腸癌、結腸ポリープ、肺癌、胆嚢癌、乳癌、または子宮頸癌である、請求項56に記載の方法。
  58. 前記疾患が、感染である、請求項54に記載の方法。
  59. 前記感染が、肺炎、肺膿瘍、肝膿瘍、髄膜炎、脊椎感染、硬膜外膿瘍、脳膿瘍、血流感染、尿路感染症、または菌血症である、請求項58に記載の方法。
  60. それを必要とする対象における疾患部位にペイロードをデリバリーする方法であって、前記対象に、治療上有効量の請求項1〜11および13〜45のいずれか1項に記載の結合体または請求項46に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  61. 前記疾患部位に微生物が集合する、請求項60に記載の方法。
  62. 前記微生物が、細菌である、請求項61に記載の方法。
  63. 前記微生物が、ClbPを発現する、請求項61または62に記載の方法。
  64. 前記疾患部位に、大腸菌、プロピオニバクテリウム・アクネス、クラミジア・ニューモニエ、サルモネラ・エンテリカ・チフィ、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、クラミジア・トラコマティス、またはクレブシエラ・ニューモニエが集合する、請求項63に記載の方法。
  65. 前記結合体が、インビボで切断されて、前記ペイロードを前記疾患部位にデリバリー可能である、請求項60〜64のいずれか1項に記載の方法。
  66. 癌、感染、または病変を有する対象のマイクロバイオームを調節する方法であって、前記対象に、治療上有効量の請求項1〜11および13〜45のいずれか1項に記載の結合体または請求項46に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  67. 前記結合体が、微生物により産生されるタンパク質によりインビボで切断可能である、請求項61〜66のいずれか1項に記載の方法。
  68. 前記結合体が、細菌により産生されるタンパク質によりインビボで切断可能である、請求項67に記載の方法。
  69. 前記細菌が、大腸菌、プロピオニバクテリウム・アクネス、クラミジア・ニューモニエ、サルモネラ・エンテリカ・チフィ、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、クラミジア・トラコマティス、またはクレブシエラ・ニューモニエである、請求項68に記載の方法。
  70. 前記細菌が、ClbPを発現する、請求項68または69に記載の方法。
  71. 前記細菌が、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエである、請求項68〜70のいずれか1項に記載の方法。
  72. CD4CD25Treg細胞カウント、細胞毒性T細胞カウント、インターフェロンγ(IFNγ)レベル、インターロイキン−17(IL17)レベル、または細胞間接着分子(ICAM)レベルが、前記結合体またはその医薬的に許容される塩の前記投与後に調節される、請求項47〜71のいずれか1項に記載の方法。
  73. NFκBレベル、マトリックスメタロペプチダーゼ9(MMP9)レベル、8−イソ−プロスタグランジンF2α(8−イソ−PGF2α)レベル、またはCXCL13レベルが、前記結合体またはその医薬的に許容される塩の前記投与後に低減される、請求項47〜72のいずれか1項に記載の方法。
  74. 1細胞カウント、IgAレベル、または誘導型一酸化窒素合成酵素(iNOS)レベルが、前記結合体またはその医薬的に許容される塩の前記投与後に調節される、請求項47〜73のいずれか1項に記載の方法。
  75. 微生物の存在または量を決定することをさらに含み、前記微生物が、アミド、エステル、チオエステル、もしくはグリコシド結合、またはカルバメートもしくは尿素リンカーを切断する能力がある、請求項47〜74のいずれか1項に記載の方法。
  76. それを必要とする対象における疾患を治療する方法であって、
    前記疾患と診断された前記対象における請求項1〜45のいずれか1項に記載の結合体を切断する能力があるタンパク質を発現する微生物の存在または量を決定すること、および
    前記対象の評価が前記微生物の存在について陽性である場合、前記対象に、治療上有効量の請求項1〜11および13〜45のいずれか1項に記載の結合体または請求項46に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
  77. 前記決定工程が、PCR、細菌学的培養分析、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、ガス−液体クロマトグラフィー、および/または細菌酵素活性分析を行うことを含む、請求項75または76に記載の方法。
  78. 前記決定工程が、前記投与工程前、中、および/または後に行われる、請求項75〜77のいずれか1項に記載の方法。
  79. 前記微生物の存在が、前記対象由来の試料において決定される、請求項75〜78のいずれか1項に記載の方法。
  80. 前記試料が、糞便試料、体液試料、または生検試料である、請求項79に記載の方法。
  81. 前記微生物が、細菌である、請求項75〜80のいずれか1項に記載の方法。
  82. 前記細菌が、大腸菌、プロピオニバクテリウム・アクネス、クラミジア・ニューモニエ、サルモネラ・エンテリカ・チフィ、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、クラミジア・トラコマティス、またはクレブシエラ・ニューモニエである、請求項81に記載の方法。
  83. 前記細菌が、ClbPを発現する、請求項81または82に記載の方法。
  84. 前記細o菌が、大腸菌またはクレブシエラ・ニューモニエである、請求項81または83に記載の方法。
  85. 前記結合体が、前記結合体および医薬的に許容される賦形剤を含む医薬組成物として投与される、請求項47〜84のいずれか1項に記載の方法。
  86. 前記結合体が、経口、直腸、静脈内、腫瘍内、または病巣内投与される、請求項47〜85のいずれか1項に記載の方法。
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