JP2021525541A - 変異体Cpf1エンドヌクレアーゼ - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、野生型Cpf1と比較して変更された活性を有する変異体Cpf1(別名Cas12a)エンドヌクレアーゼ、ならびに一本鎖または二本鎖のいずれかである核酸標的配列中に一本鎖破損または二本鎖破損を導入するため、および、一本鎖または二本鎖非特異的な様式によるDNA標的に対する結合(であるが切断ではない)の後に一本鎖DNA破損を導入するための、それらの使用に関する。核酸配列の検出および定量のための方法もまた、開示される。感染性疾患の診断のための方法もまた、開示される。
Cpf1は、細菌および古細菌が潜在的に危険なDNA分子の侵入に対して細胞を保護するために用いるCRISPR−Cas(クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats))クラス2・V−B型の適応免疫系に属するDNAエンドヌクレアーゼである(Makarova et al., 2011;Makarova and Koonin, 2015;Vestergaard et al., 2014)。Cpf1は、比較的小さな(40〜45塩基)のcrRNA(CRISPR−RNA)分子と共に、当該crRNAに対して相補的なDNA標的を、高い特異性により認識し、巻き戻し、これをカットすることができるリボ核タンパク質複合体形成する。Cpf1のDNA標的配列は、細胞が先に遭遇した潜在的に危険なDNAの記録であるユニークな配列(スペーサー)に隣接する反復配列を含むDNAの領域である、CRISPR−アレイにおいて保存される(Zetsche et al., 2015)。CRISPRアレイは、単一のプレ−crRNAとして転写され、これは次いで、Cpf1によりプロセッシングされて、成熟crRNAsを生成する(Fonfara et al., 2016。これらのRNAは、したがって、Cpf1により認識されるシュードノット構造に折りたたまれる全てのcrRNAについて同一である保存された部分と、標的DNAに対して相補的な可変領域とを含む。CRISPR−アレイの統合性を維持するために、DNA標的の切断は、標的部位の上流の3または4ヌクレオチド長の短いPAM配列(プロトスペーサー隣接モチーフ)の認識に結びついている。Cpf1により認識されるPAM配列は、侵入するDNA分子中に存在するがCRISPR−アレイ中には存在せず、したがってこのことが、このDNA領域を切断から保護している(Mojica et al., 2005)。
本開示は、一本鎖または二本鎖のいずれかである核酸標的配列において一本鎖破損または二本鎖破損を導入することができる、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼに関する。さらに、本開示の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼは、一本鎖または二本鎖のいずれかのDNA標的に結合することができ(カットすることなく)、非特異的な様式において一本鎖DNAを切断することができる。さらに、crRNAにより認識されてハイブリダイズされる核酸配列とは異なる核酸配列において1つ以上の一本鎖または二本鎖破損を導入することができる、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼ、およびそれらがcrRNAと共に形成する複合体が開示される。
i) 配列番号2の残基1〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、
a. RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の変異、ここで、各々の変異は、独立して、アミノ酸の置換または欠失である;および/または
b. Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ここで、位置917および1006における残基のうちの少なくとも1つは、グルタミン酸(E)もしくはアスパラギン酸(D)である;
をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の残基918、1013、1014、1025および1028に対応する位置から独立して選択される2つの位置において少なくとも2個のアミノ酸の置換を含む、
を含む、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログに関する。
a. 本明細書において開示されるような変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログをコードするポリヌクレオチドまたは核酸を含む、ポリヌクレオチドまたは組み換えベクター;および
b. プロモーターに作動的に連結されているガイドRNA(crRNA)をコードするポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドまたは組み換えベクター;
を含む。
a. Cpf1エンドヌクレアーゼ またはそのオルトログを、ガイドRNA(crRNA)と接触させ、それにより、第二の標的核酸を認識することができるcrRNA−Cpf1複合体を得ること、ここで第二の標的核酸は、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)を含む、および
b. crRNA−Cpf1複合体を、第一の標的核酸と接触させること;
これにより、第一の標的配列において一本鎖破損が行われる。
a. プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)を含む第二の標的核酸を認識することができるガイド−RNA(crRNA)を設計すること;
b. ステップa.のcrRNAをCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログと接触させ、それにより、前記第二の標的核酸に結合することができるcrRNA−Cpf1複合体を得ること;および
c. crRNA及びCpf1を前記第一の標的核酸と接触させること;
を含み、それにより、第一の標的核酸において1つ以上の一本鎖破損を導入する。
a. crRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、本明細書において開示されるようなCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つの色素および少なくとも1つのクエンチャーを含む少なくとも1つの相互作用的標識のセットで標識されている;
c. crRNA−Cpf1複合体およびssDNAを試料と接触させること、ここで、試料は、少なくとも1つの第二の標的核酸を含む;ならびに
d. フルオロフォアからの蛍光シグナルを検出することにより、ssDNAの切断を検出し、
を含み、それにより、試料中の第二の標的核酸の存在を検出する。
a. crRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、本明細書において開示されるようなCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つの色素および少なくとも1つのクエンチャーを含む少なくとも1つの相互作用的標識のセットで標識されている;
c. 対象からの試料を提供すること、ここで、前記試料は、第二の標的核酸を含むか、またはこれを含むことが疑われる;ならびに
d. 本明細書において開示される方法により第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度を決定すること;
ここで、第二の標的核酸は、疾患を引き起こす感染性病原体のゲノムの核酸またはそのフラグメントである、
を含み、それにより、対象における感染性疾患を診断する。
本発明は、請求の範囲において定義されるとおりである。
本開示は、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ、および特異的または非特異的な様式において、一本鎖または二本鎖のいずれかである核酸標的配列において一本鎖破損または二本鎖破損を導入するためのそれらの使用に関する。本開示全体にわたり、「変異体Cpf1エンドヌクレアーゼ」は、天然に存在する変異体、例えば、1つ以上の一塩基多型(SNP)を担持するCpf1遺伝子によりコードされる変異体、または天然に存在しない変異体、例えば、Cpf1遺伝子の直接的な変異誘発またはランダム変異誘発により得られる変異体であってよい。
コドン 用語「コドン」とは、本明細書において用いられる場合、特異的アミノ酸をコードする隣接するヌクレオチドの三つ組みを指す。
CRISPR−Cas系 当該用語は、CRISPR−Casファミリーのメンバーを指す。原核生物の適応免疫系であるCRISPR−Cas(クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピートおよびCRISPR関連タンパク質)は、RNAによりガイドされる認識を通して、標的DNA配列に結合してこれを切断することができる。それらの分子構造に従って、CRISPR−Cas系の異なるメンバーは、2つのクラスに分類されてきた:クラス1は、いくつかのエフェクタータンパク質を包含し、一方、クラス2系は、単一のエレメントを用いる(Makarova et al., 2015)。Cpf1(「CRISPR from Prevotella and Francisella」)は、多くの細菌ゲノムにおいて存在するクラス2・V型のCRISPR−Casエンドヌクレアーゼの新たなメンバーとして記載されてきた(Zetsche et al., 2015)。
ニッキングエンドヌクレアーゼは、本明細書において用いられる場合、また、一本鎖DNAの一本の鎖をカットするエンドヌクレアーゼをも指す。
用語「クエンチャー」は、本明細書において用いられる場合、フルオロフォアなどの所与の物質をクエンチすることができる化学化合物を指す。
本発明者らは、Cpf1の、酵素の異なる活性に関与すると考えられる3つのドメインを同定した。これら3つのドメインは:
・RECドメイン
・Lidドメイン
・フィンガードメイン
である。
・RECドメイン:残基324〜残基336;
・Lidドメイン:残基1006〜1018;
・フィンガードメイン:残基298〜309。
i) 配列番号2の残基1〜297、310〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、ここで、前記ポリペプチド配列は、フィンガードメイン(残基298〜309;配列番号12)、RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)またはLidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも1個のアミノ酸の置換または欠失をさらに含む;および/または
ii) 配列番号2に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の位置918、1013、1014、1025または1028において、少なくとも1個のアミノ酸の置換を含む;
を含む、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログに関する。
i) 配列番号2の残基1〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、
a. RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の変異、ここで、各々の変異は、独立して、アミノ酸の置換または欠失である;および/または
b. Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ここで、位置917および1006における残基のうちの少なくとも1つは、グルタミン酸(E)もしくはアスパラギン酸(D)である;
をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の残基位置918、1013、1014、1025および1028に対応する位置から独立して選択される2つの位置において、少なくとも2個のアミノ酸の置換を含む;
を含む、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログに関する。
一態様において、Cpf1エンドヌクレアーゼは、Francisella novicidaに由来する。
別の態様において、変異体は、配列番号2の位置918、1013、1014、1025および1028の5つにおいて、アミノ酸の置換および/または欠失をさらに含む。
いくつかの態様において、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログは、配列番号3または配列番号4からなる。
Cpf1は、RNAse活性部位を含み、これは、それ自体のプレ−crRNAをプロセッシングして、干渉を達成するための活性なリボヌクレオタンパク質を組み立てるために用いられる。
・二本鎖標的核酸を切断する;
・二本鎖非標的核酸を切断する;
・一本鎖標的核酸を切断する;
・一本鎖非標的核酸を切断する;
・一本鎖DNAを、任意に二本鎖標的DNAにより増強された非特異的な様式において切断する;
・一本鎖DNAを、任意に一本鎖標的DNAにより増強された非特異的な様式において切断する;
・二本鎖核酸標的の一方の鎖飲みを切断する;
・標的二本鎖核酸のみを切断する;および/または
・標的一本鎖核酸のみを切断する。
本明細書において開示される変異体は、したがって、異なる用途を有していてもよい。例えば、標的および/または非標的核酸が一本鎖または二本鎖のいずれであっても、当該変異体が由来する野生型Cpf1よりも効率的な様式においてこれを切断する変異体は、一般に、効率的な遺伝子編集のために、より有用であり得る。二本鎖の標的および/または非標的核酸を優先的に切断する変異体は、当該変異体が由来する野生型Cpf1よりも高い特異性を示し得る。一本鎖DNAを非特異的に切断することができるが、標的または非標的鎖を切断することができない変異体は、野生型タンパク質よりも長くにわたり活性を保持し得る。
本明細書において開示される変異体Cpf1をコードするポリヌクレオチドおよび核酸配列もまた、提供される。当業者は、所望されるCpf1変異体をコードするかかる核酸配列を設計する方法を知悉している。
i) 配列番号2の残基1〜297、310〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、フィンガードメイン(残基298〜309;配列番号12)、RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)またはLidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも1個のアミノ酸の置換または欠失をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の位置918、1013、1014、1025または1028において、少なくとも1個のアミノ酸の置換を含む;
を含む変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログをコードする核酸を提供する。
i) 配列番号2の残基1〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、以下:
a. RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の変異、ここで、各々の変異は、独立して、アミノ酸の置換または欠失である;および/または
b. Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ここで、位置917および1006における残基のうちの少なくとも1つは、グルタミン酸(E)もしくはアスパラギン酸(D)である
をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の残基918、1013、1014、1025および1028に対応する位置から独立して選択される2つの位置において、少なくとも2個のアミノ酸の置換を含む;
を含む変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログをコードする核酸を提供する。
いくつかの態様において、核酸配列は、フィンガードメインが欠失しているCpf1変異体をコードする。特定の態様において、核酸配列は、配列番号41において記載され、配列番号42の変異体Cpf1をコードする。
a. 変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログをコードするポリヌクレオチドを含む、本明細書において開示されるようなポリヌクレオチド、または本明細書において開示されるような組み換えベクター;
b. プロモーターに作動的に連結されているガイドRNA(crRNA)をコードするポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドまたは組み換えベクター。
一態様において、Cpf1は、Francisella novicidaからのFnCpf1であってよく、ドメインは、本明細書において上で定義されるとおりである。
エンドヌクレアーゼとして機能するために、crRNA−Cpf1複合体は、Cpf1エフェクタータンパク質のみならず、切断されるべき標的核酸の認識を担うガイドRNA(crRNA)もまた必要とする。
定常領域は、Francisella novicidaに対して特異的であってもよく、配列番号5において記載される配列を有していてもよい。
適切なcrRNAと会合した場合、Cpf1は、crRNA−Cpf1複合体を形成する。本開示のいくつかのCpf1変異体により形成されるcrRNA−Cpf1複合体は、以下を行うことができる:
− 第一の標的核酸において一本鎖破損を導入すること、および
− 第二の標的核酸を特異的に認識すること。
このことは、野生型Cpf1エンドヌクレアーゼにより形成され、特異的核酸を認識して、前記特異的核酸の両方の鎖をねじれ型様式において切断することができるcrRNA−Cpf1複合体とは、対照的である。
i) 配列番号2の残基1〜297、310〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、フィンガードメイン(残基298〜309;配列番号12)、RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)またはLidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも1個のアミノ酸の置換または欠失をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、ポリペプチド配列は、配列番号2の位置918、1013、1014、1025または1028において、少なくとも1個のアミノ酸の置換を含む;
を含む、Cpf1変異体である。
本開示の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼは、crRNA−Cpf1複合体を形成した後、第一の標的核酸において一本鎖破損を導入することができる。第一の標的核酸とは、本開示のcrRNA−Cpf1複合体により特異的に認識され得ないにもかかわらず、切断され得る核酸配列である。
crRNA−Cpf1複合体の第二の標的核酸への認識および結合は、crRNAの第二の標的核酸への結合に依存する。これは、標的核酸におけるPAM(プロトスペーサー隣接モチーフ)の存在に依存する。いくつかの態様において、Cpf1はFnCpf1であり、PAM配列は、5’−YRN−3’または5’−RYN−3’であり、ここで、Yは、AまたはGなどのピリミジンであり、Rは、T、UまたはCなどのプリンであり、Nは、任意のヌクレオチドである。好ましくは、RはTまたはCである。
いくつかの態様において、第二の標的核酸は、好ましくはDNAである。
第二の標的核酸は、特異的に切断することが望ましい可能性がある任意の核酸であってよい。第二の標的核酸は、それをcrRNA−Cpf1複合体と接触させる前に、当該分野において公知の方法により精製してもよい。
いくつかの態様において、第二の標的核酸は、in vivoで認識されて、ハイブリダイズされるものであってよい。
本開示の一側面は、第一の標的核酸において一本鎖破損を導入するためのcrRNA−Cpf1複合体の使用に関し、ここで:
a. Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログを、ガイドRNA(crRNA)と接触させ、それにより、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)を含む第二の標的核酸を認識することができるcrRNA−Cpf1複合体を得ること、および
b. crRNA−Cpf1複合体を、第一の標的核酸と接触させること;
により、第一の標的配列において一本鎖破損が行われる。
i) 配列番号2の残基1〜297、310〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、フィンガードメイン(残基298〜309;配列番号12)、RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)またはLidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも1個のアミノ酸の置換または欠失をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の位置918、1013、1014、1025または1028において、少なくとも1個のアミノ酸の置換を含む;
を含む、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログを含む。
i) 配列番号2の残基1〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、以下:
a. RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも1つのアミノ酸変異、ここで、各々の変異は、独立して、アミノ酸の置換または欠失である;および/または
b. Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ここで、位置917および1006における残基のうちの少なくとも1つは、グルタミン酸(E)もしくはアスパラギン酸(D)である;
をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して、少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列、ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の位置918、1013、1014、1025または1028において、少なくとも1個のアミノ酸の置換を含む;
を含む、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログを含む。
crRNAの特徴は、本明細書において上でセクション「ガイドRNA(crRNA)」において記載される。
crRNA−Cpf1複合体は、ex-vivoの方法において第一の標的核酸において一本鎖破損を導入するために用いることができる。crRNA−Cpf1複合体はまた、in-vivoの方法において第一の標的核酸において一本鎖破損を導入するために用いることができる。
本開示の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼのいくつかは、crRNA−Cpf1複合体のcrRNAによりハイブリダイズされる標的配列においてのみ、一本鎖破損を導入することができる。したがって、いくつかの態様において、crRNA−Cpf1複合体のcrRNAが第二の標的配列を認識してこれにハイブリダイズした場合、前記複合体のCpf1のDNAse活性が活性化され、それが、第二の標的核酸配列の特異的部位において特異的に一本鎖破損を導入するであろう。さらに、非特異的な核酸配列は、変異体Cpf1によって切断されることはない。このことは、かわりに非特異的なssDNA活性を有する野生型Cpf1に対して、多大な利点を構成する。実際に、一本鎖非特異的なDNA切断は、細胞にとって危険な活性である。なぜならば、それは、複製および転写などの正常な細胞の活動の間に開くDNAを標的とするかである。この非特異的なssDNA活性の主な帰結は、ランダムな破損の生成であり、これは、望ましくない変異誘発および細胞死までもをもたらし得る。
したがって、本開示の一側面は、哺乳動物細胞における第二の標的DNA配列において部位特異的な二本鎖破損を導入するin vitroの方法に関し、該方法は、哺乳動物細胞に、crRNA−Cpf1複合体を導入することを含み、ここで、Cpf1は、本明細書において記載されるような変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である。
いくつかの態様において、本明細書において開示され、哺乳動物細胞における第二の標的DNA配列において部位特異的な二本鎖破損を導入するin vitroの方法において用いられる、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼは、配列番号2に対して少なくとも80%の配列同一性、例えば少なくとも85%の配列同一性、例えば少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも95%の配列同一性、例えば少なくとも96%の配列同一性、例えば少なくとも97%の配列同一性、例えば少なくとも98%の配列同一性、例えば少なくとも99%の配列同一性を有するポリペプチド配列を含む、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであってよく、ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の位置1025および1028において、少なくとも2個のアミノ酸の置換を含む。
例えば、哺乳動物細胞における第二の標的DNA配列において部位特異的な二本鎖破損を導入するin vitroの方法において用いられる、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼは、本明細書において定義されるようなLidドメインにおける少なくとも2個のアミノ酸の置換、および配列番号2の位置918、1013、1014、1025または1028のうちのいずれか1つにおける1つ以上のアミノ酸置換を含む、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであってよい。
本開示の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼのいくつかは、crRNA−Cpf1複合体のcrRNAによりハイブリダイズされない一の標的配列においてのみ、一本鎖破損を導入することができる。したがって、いくつかの態様において、crRNA−Cpf1複合体のcrRNAが第二の標的配列を認識してこれにハイブリダイズした場合、前記複合体のCpf1のDNAse活性が活性化され、それが、核酸配列のランダムな部位において、例えば第一の標的配列のランダムな部位において、非特異的に一本鎖破損を導入するであろう。さらに、第二の標的核酸は、Cpf1によって切断されることはなく、これは、したがって、より長い期間にわたり活性状態に留まり、1つより多くの第一の標的配列を切断するであろう。第一の標的配列が、当該第一の標的配列の切断によりシグナルが放出されるような方法において標識されているのであれば、記載される方法は、したがって、第二の標的配列の検出を可能にするであろう。
a. crRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、本明細書において記載されるようなCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つの色素および少なくとも1つのクエンチャーを含む少なくとも1つの相互作用的標識のセットで標識されている;
c. crRNA−Cpf1複合体およびssDNAを試料と接触させること、ここで、試料は、少なくとも1つの第二の標的核酸を含む;ならびに
d. 色素からのシグナルを検出することにより、ssDNAの切断を検出すること;
を含み、それにより、試料中の第二の標的核酸の存在を検出する。
したがって、ステップc.は、crRNA−Cpf1複合体の活性化を含んでもよい。
一態様において、少なくとも1つの色素は、フルオロフォアである。
したがって、方法のステップd.におけるssDNAの切断は、ssDNAの切断から生じる蛍光シグナルを検出することを含む。
フルオロフォア/クエンチャーの好適なペアは、当該分野において公知である。
試料中の第二の標的核酸の検出のための方法において用いられる変異体Cpf1エンドヌクレアーゼは、本明細書において上で、特にセクション「変異体Cpf1」において、記載される変異体のいずれかであってよい。
本開示はまた、増大/減少した遺伝子発現に、および/または外来遺伝子材料の存在に関連する任意の疾患の診断のための方法に関する。
a. crRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、本明細書において定義されるような変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つのフルオロフォアおよび少なくとも1つのクエンチャーを含む少なくとも1つの相互作用的標識のセットにより標識されている;
c. 対象からの試料を提供すること、ここで、前記試料は、第二の標的核酸を含むか、またはこれを含むことが疑われる;ならびに
d. 本明細書において記載される検出の方法に従って第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度を決定すること、
ここで、第二の標的核酸は、疾患に相関する核酸フラグメントである;
を含み、それにより、対象における疾患を診断する。
本開示の一側面は、対象における感染性疾患の診断のためのin vitroでの方法に関し、該方法は、以下:
a. crRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、本明細書において定義されるような変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つの相互作用的標識のセットにより標識されており、ここで、前記相互作用的な標識は、ssDNAの切断によりシグナルを生じる;
c. 対象からの試料を提供すること、ここで、前記試料は、第二の標的核酸を含むか、またはこれを含むことが疑われる;ならびに
d. 本明細書において記載される検出の方法に従って第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度を決定すること、
ここで、第二の標的核酸は、疾患を引き起こす感染性病原体のゲノムの核酸フラグメントである;
を含み、それにより、対象における感染性疾患を診断する。
a. crRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、本明細書において定義されるような変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つのフルオロフォアおよび少なくとも1つのクエンチャーを含む少なくとも1つの相互作用的標識のセットにより標識されている;
c. 対象からの試料を提供すること、ここで、前記試料は、第二の標的核酸を含むか、またはこれを含むことが疑われる;ならびに
d. 本明細書において記載される検出の方法に従って第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度を決定すること、
ここで、第二の標的核酸は、疾患を引き起こす感染性病原体のゲノムの核酸フラグメントである;
を含み、それにより、対象における感染性疾患を診断する。
相互作用的な標識は、例えば、発光標識を含んでもよい。
ここで、前記カットオフ値は、健康な対象、例えば感染性疾患を呈しない対象における、前記第二の標的核酸の濃度範囲から決定され、
ここで、カットオフ値よりも高いレベルおよび/または濃度は、感染性疾患の存在を示す。
したがって、第二の標的核酸を含む試料は、ヒトの身体から採取された試料であってもよい。例えば、試料は、血液、全血、血漿、血清、尿、唾液、涙液、脳脊髄液および精液からなる群より選択されるヒトの体液であってもよい。
1.以下:
i) 配列番号2の残基1〜297、310〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、フィンガードメイン(残基298〜309;配列番号12)、RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)またはLidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも1個のアミノ酸の置換または欠失をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の位置918、1013、1014、1025または1028において、少なくとも1個のアミノ酸の置換を含む;
を含む、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
i) 配列番号2の残基1〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、
a. RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の変異、ここで、各々の変異は、独立して、アミノ酸の置換または欠失である;
および/または
b. Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ここで、位置917および1006における残基のうちの少なくとも1つは、グルタミン酸(E)もしくはアスパラギン酸(D)である;
をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の残基918、1013、1014、1025および1028に対応する位置から独立して選択される2つの位置において少なくとも2個のアミノ酸の置換を含む;
を含む、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
a. RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換または欠失;および/または
b. Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ただし、配列番号2の位置917および1006における残基のうちの少なくとも1つは、グルタミン酸(E)もしくはアスパラギン酸(D)である;
をさらに含み、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の位置918、1013、1014、1025または1028における少なくとも1個のアミノ酸の置換をさらに含む。
a. 変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログをコードするポリヌクレオチドを含む、項目64または65に記載のポリヌクレオチド、または項目66〜70のいずれか一項に記載の組み換えベクター;
b. 任意にプロモーターに作動的に連結されている、ガイドRNA(crRNA)をコードするポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドまたは組み換えベクター;
を含む、前記系。
をさらに含む、項目72に記載の系。
a. Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログを、ガイドRNA(crRNA)と接触させ、それにより、第二の標的核酸を認識することができるcrRNA−Cpf1複合体を得ること、第二の標的核酸は、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)を含み、および
b. crRNA−Cpf1複合体を、第一の標的核酸と接触させること;
これにより、第一の標的配列において一本鎖破損が行われる、
前記使用。
a. プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)を含む第二の標的核酸を認識することができるガイド−RNA(crRNA)を設計すること;
b. ステップa.のcrRNAをCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログと接触させ、それにより、前記第二の標的核酸に結合することができるcrRNA−Cpf1複合体を得ること、および
c. crRNA及びCpf1を前記第一の標的核酸と接触させ、
それにより、第一の標的核酸において1つ以上の一本鎖破損を導入すること
を含む、前記方法。
a. crRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、項目1〜63のいずれか一項に記載のCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つの色素および少なくとも1つのクエンチャーを含む少なくとも1つの相互作用的標識のセットで標識されている;
c. crRNA−Cpf1複合体およびssDNAを試料と接触させること、ここで、試料は、少なくとも1つの第二の標的核酸を含む;ならびに
d. フルオロフォアからの蛍光シグナルを検出することにより、ssDNAの切断を検出し、
それにより、試料中の第二の標的核酸の存在を検出すること
を含む、前記方法。
ここで、第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度は、切断されたssDNAに相関する、
をさらに含む、項目121または122に記載の方法。
a. crRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、項目1〜63のいずれか一項に記載のCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つの色素および少なくとも1つのクエンチャーを含む少なくとも1つの相互作用的標識のセットで標識されている;
c. 対象からの試料を提供すること、ここで、前記試料は、第二の標的核酸を含むか、またはこれを含むことが疑われる;ならびに
d. 先行する項目のうちのいずれか一項において定義されるように、第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度を決定すること、
ここで、第二の標的核酸は、疾患を引き起こす感染性病原体のゲノムの核酸またはそのフラグメントであり、
それにより、対象における感染性疾患を診断すること
を含む、前記方法。
ここで、前記カットオフ値は、健康な対象、例えば感染性疾患を呈しない対象における、前記第二の標的核酸の濃度範囲から決定され、
ここで、カットオフ値よりも高いレベルおよび/または濃度は、感染性疾患の存在を示す、
前記方法。
例1.切断アッセイ
以下をアニーリングすることにより、二本鎖DNA標的を調製した:
標識されたDNAについて、標的鎖(t鎖)5’−atgcagtggccttattaaatgacttctcTAA CG−3’−6FAM(配列番号6)および
非標的鎖(nt鎖) 6FAM−5’−cgTTAgagaagtcatttaataaggccactgcat−3’(配列番号7)、ならびに
未標識DNA標的について、t鎖5’−atgcagtggccttattaaatgacttctcTAACG−3’(配列番号8)および
nt−標的鎖5’−cgTTAgagaagtcatttaataaggccactgcat−3’(配列番号9)。
4ピコモルのFnCpf1タンパク質(野生型タンパク質を対照として用いた)および5.2ピコモルのcrRNA(rArArUrUrUrCrUrArCrUrGrUrUrGrUrArGrArUrCrArCrCrGrArGrUrGrCrArGrCrCrArCrUrCrGrGrCrGrCrU)(配列番号10)を、20mMビシン−HCl(pH8)、150mMのKCl、0.5mMのTCPE(pH8)および5mMのMgCl中で、25℃で30分間にわたり混合した。次いで、6ピコモルの二本鎖の標識されたDNA標的を混合物に添加し、それをさらに30分間にわたり25℃でインキュベートした。等容積の停止溶液(pH8における8Mの尿素および100mMのEDTA)を添加し、その後、95℃で5分間にわたりインキュベートすることにより、反応を停止させた。試料を15%のNovex TBE−尿素ゲル(Invitrogen)上にロードし、Odyssey FC Imaging System(Li-Cor)を用いてゲルを可視化した。
4ピコモルのFnCpf1タンパク質(野生型タンパク質を対照として用いた)および5.2ピコモルのcrRNAを、20mMのビシン−HCl(pH8)、150mMのKCl、0.5mMのTCPE(pH8)および5mMのMgCl中で、25℃で30分間にわたり混合した。次いで6ピコモルの二本鎖の標識されていないDNA標的を混合物に添加し、それをさらに30分間にわたり25℃でインキュベートした。次いで、標識された非特異的なssDNA(/5’ 6−FAM/AGCATGCCCAAATTGCTTACATATGTGTTACGACGGT)(配列番号23)を添加し、混合物25℃で30分間にわたりインキュベートした。等容積の停止溶液(pH8における8Mの尿素および100mMのEDTA)を添加し、その後、95℃で5分間にわたりインキュベートすることにより、反応を停止させた。試料を15%のNovex TBE−尿素ゲル(Invitrogen)上にロードし、製造者の指示に従って流した。Odyssey FC Imaging System(Li-Cor)を用いてゲルを可視化した。
DNA二重鎖において、PAM配列(5’−TTA−3’)およびcrRNAの一部に対して相補的なt鎖における標的配列を含む(図1)。
FnCpf1野生型タンパク質は、t鎖およびnt鎖の両方をカットすることができる(図2〜4および6)。 変異体1(配列番号3;K1013−R1014Cpf1)は、t鎖のみをカットすることができる(図2、4および6D)。この変異体は、ニッカーゼとして有用である。
フィンガードメイン全体の欠失を担持するCpf1変異体(配列番号42)は、可溶性ではない(図5)。
配列番号1 FnCpf1 DNA配列
配列番号2 FnCpf1 アミノ酸配列
配列番号3 二重変異体−ニッカーゼ、Cpf1 K1013G-R1014G
配列番号4 二重変異体−非特異的エンドヌクレアーゼ、Cpf1 R918G-K1013G
配列番号5 crRNA定常領域
配列番号6 t鎖
配列番号7 nt鎖
配列番号8 t鎖
配列番号9 nt鎖
配列番号10 crRNA
配列番号11 FnCpf1のRECドメイン、DNA配列
配列番号12 FnCpf1のRECドメイン、アミノ酸配列
配列番号13 FnCpf1の変異型RECドメイン、DNA配列
配列番号14 FnCpf1の変異型RECドメイン、アミノ酸配列
配列番号15 FnCpf1のLidドメイン、DNA配列
配列番号16 FnCpf1のLidドメイン、アミノ酸配列
配列番号17 FnCpf1の変異型Lidドメイン、DNA配列
配列番号18 FnCpf1の変異型Lidドメイン、アミノ酸配列
配列番号19 FnCpf1のフィンガードメイン、DNA配列
配列番号20 FnCpf1のフィンガードメイン、アミノ酸配列
配列番号21 FnCpf1の変異型フィンガードメイン、DNA配列
配列番号22 FnCpf1の変異型フィンガードメイン、アミノ酸配列
配列番号23 標識された非特異的ssDNA
配列番号24 アシダミノコッカス種BV3L6のCpf1
配列番号25 ラクノスピラ科の細菌COE1のCpf1
配列番号26 スクシクラスチカム・ルミニスのCpf1
配列番号27 Butyrivibrio fibrisolvensのCpf1
配列番号28 非特異的ssDNA
配列番号29 FnCpf1 Q1025G変異体
配列番号30 FnCpf1 Q1025G変異体
配列番号31 FnCpf1 Q1025G E1028G変異体
配列番号32 FnCpf1 Q1025G E1028G変異体
配列番号33 Rec欠失変異体FnCpf1
配列番号34 Rec欠失変異体FnCpf1
配列番号35 Rec置換FnCpf1変異体
配列番号36 Rec置換FnCpf1変異体
配列番号37 LID置換FnCpf1変異体
配列番号38 LID置換FnCpf1変異体
配列番号39 LID欠失FnCpf1変異体
配列番号40 LID欠失FnCpf1変異体
配列番号41 フィンガー欠失FnCpf1変異体
配列番号42 フィンガー欠失FnCpf1変異体
配列番号43 Candidatus Methanoplasma termitumのCpf1
配列番号44 未培養のクロストリジウム属の種のCpf1
Claims (114)
- 以下:
i) 配列番号2の残基1〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、
a. RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の変異、ここで、各々の変異は、独立して、アミノ酸の置換または欠失である;および/または
b. Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ここで、位置917および1006における残基のうちの少なくとも1つは、グルタミン酸(E)もしくはアスパラギン酸(D)である;
をさらに含む;
ならびに/あるいは
ii) 配列番号2に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチド配列、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の残基918、1013、1014、1025および1028に対応する位置から独立して選択される2つの位置において少なくとも2個のアミノ酸の置換を含む;
を含む、変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。 - Cpf1エンドヌクレアーゼが、Francisella novicidaに由来する、請求項1に記載のCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 請求項1または2に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであって、ここで、変異体Cpf1は、配列番号2の残基1〜323、337〜1005、および1019〜1329に対応する配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチド配列を含み、ここで、前記ポリペプチド配列は、
a. RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換または欠失;および/または
b. Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ただし、配列番号2の位置917および1006における残基のうちの少なくとも1つは、グルタミン酸(E)もしくはアスパラギン酸(D)である;
をさらに含み、
ここで、前記ポリペプチド配列は、配列番号2の位置918、1013、1014、1025または1028における少なくとも1個のアミノ酸の置換をさらに含む、
前記変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。 - 少なくとも2個のアミノ酸の置換のうちの1つが、荷電した側鎖を有するアミノ酸の、荷電していない側鎖を有するアミノ酸への置換である、請求項1〜3のいずれか一項に記載のCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2個のアミノ酸の置換のうちの1つが、荷電した側鎖を有するアミノ酸の、非極性の側鎖を有するアミノ酸残基への置換である、請求項1〜4のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2個のアミノ酸の置換のうちの1つが、荷電した側鎖を有するアミノ酸の、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリンまたはスレオニンへの置換である、請求項1〜5のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2個のアミノ酸の置換のうちの1つが、荷電した側鎖を有するアミノ酸の、グリシンへの置換である、請求項1〜6のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2個のアミノ酸の置換または欠失が、RECドメインにおけるものである、請求項1〜7のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2個のアミノ酸の置換または欠失が、RECドメインにおける少なくとも2個の残基の置換または欠失、例えば、RECドメインの、少なくとも3個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも4個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも5個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも6個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも7個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも8個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも9個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも10個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも11個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも12個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも13個の残基の置換または欠失である、請求項1〜8のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2個の置換または欠失が、RECドメインの全ての残基の置換または欠失である、請求項1〜9のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2個のアミノ酸の置換が、Lidドメインにおけるものである、請求項1〜10のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2個のアミノ酸の置換が、Lidドメインにおける少なくとも2個の残基の置換、例えば、Lidドメインの、少なくとも3個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも4個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも5個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも6個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも7個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも8個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも9個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも10個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも11個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも12個の残基の置換または欠失、例えば少なくとも13個の残基の置換または欠失である、請求項1〜11のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2つの置換が、Lidドメインの全ての残基の置換である、請求項1〜12のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 少なくとも2個のアミノ酸の置換が、独立して、R918G、K1013G、R1014G、Q1025GおよびE1028Gから選択される、請求項1〜13のいずれか一項に記載のCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- Cpf1エンドヌクレアーゼが、ニッキングエンドヌクレアーゼである、請求項1〜14のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のK1013に対応する位置における置換を含む、請求項1〜15のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のR918およびK1013に対応する位置における置換を含む、請求項1〜16のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2の1013およびR1014に対応する位置における置換を含む、請求項1〜17のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のK1013Gに対応する置換を含む、請求項1〜18のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のK1013GおよびR1014Gに対応する置換を含む、請求項1〜19のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のQ1025に対応する位置における置換を含む、請求項1〜20のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のE1028に対応する位置における置換を含む、請求項1〜21のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のQ1025およびE1028に対応する位置における置換を含む、請求項1〜22のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のQ1025Gに対応する置換を含む、請求項1〜23のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のE1028Gに対応する置換を含む、請求項1〜24のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2のQ1025GおよびE1028Gに対応する置換を含む、請求項1〜25のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- Cpf1エンドヌクレアーゼが、RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換または欠失、ならびに配列番号2の位置918、1013、1014、1025および1028のうちのいずれか1つにおいて、少なくとも1個のアミノ酸の置換を含む、請求項1〜26のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- Cpf1エンドヌクレアーゼが、Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ならびに配列番号2の位置918、1013、1014、1025および1028のうちのいずれか1つにおいて、少なくとも1個のアミノ酸の置換を含む、請求項1〜27のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- Cpf1エンドヌクレアーゼが、RECドメイン(残基324〜336;配列番号16)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換または欠失、ならびに配列番号2の位置918、1013、1014、1025および1028のうちのいずれか1つにおける少なくとも2個のアミノ酸の置換を含む、請求項1〜28のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- Cpf1エンドヌクレアーゼが、Lidドメイン(残基1006〜1018;配列番号20)において、配列番号2と比較して、少なくとも2個のアミノ酸の置換、ならびに配列番号2の位置918、1013、1014、1025および1028のうちのいずれか1つにおける少なくとも2個のアミノ酸の置換を含む、請求項1〜29のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 変異R918G K1013GまたはQ1025G E1028GまたはK1013G R1014Gを含む、請求項1〜30のいずれか一項に記載のCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- Cpf1エンドヌクレアーゼは、配列番号3または配列番号4に対して少なくとも95%の配列同一性を有するポリペプチドを含むか、またはこれからなる、請求項1〜31のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- Cpf1エンドヌクレアーゼは、配列番号3または配列番号4のポリペプチドを含むか、またはこれからなる、請求項1〜32のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 変異体Cpf1エンドヌクレアーゼのRECドメインは、配列番号14を含むか、またはこれからなる、請求項1〜33のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 変異体Cpf1エンドヌクレアーゼのLidドメインは、配列番号18を含むか、またはこれからなる、請求項1〜34いずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 変異体Cpf1エンドヌクレアーゼのフィンガードメインが、配列番号22を含むか、またはこれからなる、請求項1〜35のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 変異体Cpf1が、野生型Cpf1と比較して、1つ以上の変更された活性を有し、前記活性が、以下:標的または非標的核酸の二本鎖切断;鎖になった標的または非標的核酸の一本鎖切断;任意に一本鎖または二本鎖標的DNAにより増強される、非特異的な様式における核酸の一本鎖切断からなる群より選択される、請求項1〜36のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2の位置917における残基が、グルタミン酸(E)またはアスパラギン酸(D)である、請求項1〜37のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 配列番号2の位置1006における残基が、グルタミン酸(E)またはアスパラギン酸(D)である、請求項1〜38のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログ。
- 請求項1〜39のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログをコードする、ポリヌクレオチド。
- 宿主細胞における発現のためにコドン最適化されている、請求項40に記載のポリヌクレオチド。
- 請求項40もしくは41に記載のポリヌクレオチド、または請求項1〜39のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログをコードする核酸配列を含む、組み換えベクター
- 前記ポリヌクレオチドまたは核酸配列が、プロモーターに作動的に連結されている、請求項42に記載の組み換えベクター。
- プロモーターに作動的に連結されているガイドRNA(crRNA)をコードする核酸配列をさらに含む、請求項42〜43のいずれか一項に記載の組み換えベクターであって、ここで、crRNAが、コードされているCpf1エンドヌクレアーゼおよび標的核酸にハイブリダイズするために十分な塩基対を有するフラグメントに結合する、前記組み換えベクター。
- crRNAが、少なくとも40ヌクレオチド長、例えば41ヌクレオチド長、例えば42ヌクレオチド長、例えば43ヌクレオチド長、例えば44ヌクレオチド長となるように、crRNAが、19または20ヌクレオチドの定常領域、および12〜24ヌクレオチドからなる可変領域からなる、請求項42〜44のいずれか一項に記載の組み換えベクター。
- crRNAの定常領域が、配列番号5において記載されるとおりである、請求項42〜45のいずれか一項に記載の組み換えベクター。
- 請求項1〜39のいずれか一項に記載の変異体Cpf1またはそのオルトログ、請求項40または41に記載のポリヌクレオチド、または請求項42〜46のいずれか一項に記載の組み換えベクターを発現することができる、細胞。
- crRNA−Cpf1複合体の発現のための系であって、
a. 変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログをコードするポリヌクレオチドを含む、請求項40または41に記載のポリヌクレオチド、または請求項42〜46のいずれか一項に記載の組み換えベクター;
b. 任意にプロモーターに作動的に連結されている、ガイドRNA(crRNA)をコードするポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドまたは組み換えベクター
を含む、前記系。 - c. 上のa.およびb.のポリヌクレオチドまたは組み換えベクターの発現のための細胞
をさらに含む、請求項48に記載の系。 - 前記細胞が、原核または真核細胞である、請求項47に記載の細胞、または請求項48もしくは49に記載の系。
- 第一の標的核酸において一本鎖破損を導入するためのcrRNA−Cpf1複合体の使用であって、ここで:
a. Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログを、ガイドRNA(crRNA)と接触させ、それにより、第二の標的核酸を認識することができるcrRNA−Cpf1複合体を得る、ここで、第二の標的核酸は、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)を含み、およびここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログは、請求項1〜5のいずれか一項によるものである;
b. crRNA−Cpf1複合体を、第一の標的核酸と接触させる;
これにより、第一の標的配列において一本鎖破損が行われる、
前記使用。 - Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、請求項1〜39のいずれか一項に記載されるか、または請求項40〜46のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたはベクターによりコードされる、請求項51に記載の使用。
- crRNAが、第二の標的核酸にハイブリダイズする、請求項52に記載の使用。
- crRNAの第二の標的核酸へのハイブリダイゼーションが、crRNA−Cpf1複合体を活性化する、請求項51〜53のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸の特異的認識ヌクレオチド配列において一本鎖破損が行われる、請求項51〜54のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸の1つ以上の非特異的なヌクレオチド配列において一本鎖破損が行われる、請求項51〜54のいずれか一項に記載の使用。
- crRNAが、請求項44〜56のいずれか一項において定義されるとおりである、請求項51〜56のいずれか一項に記載の使用。
- Cpf1のcrRNAに対するモル濃度比が、0.5:3.0〜1.0:1.0、例えば0.7:2.5、例えば0.8:2.0、例えば0.9:1.75、例えば0.95:1.5、例えば1.0:1.4、例えば1.0:1.3、例えば1.1:1.2である、請求項51〜57のいずれか一項に記載の使用。
- Cpf1:crRNA:第二の標的核酸のモル濃度比が、0.5:3.0:5.0、例えば0.7:2.5:4.0、例えば0.8:2.0:3.5、例えば0.9:1.75:3.0、例えば0.95:1.5:2.0、例えば1.0:1.4:1.9、例えば1.0:1.3:1.7である、請求項51〜58のいずれか一項に記載の使用。
- 第二の標的核酸が、少なくとも15個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも16個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも17個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも18個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも19個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも20個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも21個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも22個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも23個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも24個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも25個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも26個の連続したヌクレオチド、例えば少なくとも27個の連続したヌクレオチドの配列を含む認識配列を含むか、またはこれからなり、ただし、5’末端の3個の核酸は、PAM配列からなる、請求項51〜59のいずれか一項に記載の使用。
- PAMが、配列5’−YRN−3’または5’−RYN−3’を含むか、またはこれからなる、請求項51〜60のいずれか一項に記載の使用。
- PAMが、配列5’−TTN−3’を含むか、またはこれからなる、請求項51〜61のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸および第二の標的核酸が、DNAまたはRNAである、請求項51〜62のいずれか一項に記載の使用。
- 第二の標的核酸が、二本鎖DNAである、請求項51〜63のいずれか一項に記載の使用。
- 第二の標的核酸が、ゲノムDNA、クロマチン、ヌクレオソーム、プラスミドDNA、メチル化DNA、合成DNA、およびDNAフラグメントからなる群より選択されるDNAである、請求項51〜64のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸と第二の標的核酸とが、同一である、請求項51〜65のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸と第二の標的核酸とが、同じ分子であり、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置1013および1014においてアミノ酸置換を含む、請求項51〜66のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸と第二の標的核酸とが、同じ分子であり、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号3を含むか、またはこれからなる、請求項51〜67のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸の特異的認識ヌクレオチド配列において一本鎖破損が行われ、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置1013および1014においてアミノ酸置換を含む、請求項51〜68のいずれか一項に記載の使用。
- Cpf1が、第一の標的核酸において特異的または非特異的に一本鎖破損を行い、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号3を含むか、またはこれからなる、請求項51〜69のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸と第二の標的核酸とが異なっており、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置918および1013においてアミノ酸置換を含む、請求項51〜70のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸と第二の標的核酸とが異なっており、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号4を含むか、またはこれからなる、請求項51〜71のいずれか一項に記載の使用。
- Cpf1が、第一の標的核酸において特異的または非特異的に一本鎖破損を行い、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置918および1013においてアミノ酸置換を含む、請求項51〜72のいずれか一項に記載の使用。
- Cpf1が、第一の標的核酸において特異的または非特異的に一本鎖破損を行い、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号4を含むか、またはこれからなる、請求項51〜73のいずれか一項に記載の使用。
- 請求項51〜74のいずれか一項に記載の使用であって、ここで、第一の標的核酸と第二の標的核酸とが異なっており、およびここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置324〜336のうちのいずれか1つにおいて2つ以上のアミノ酸の置換または欠失を含む、例えばここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置324〜336に対応する残基の全てにおいてアミノ酸置換を含む、例えばここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置324〜336に対応する残基の全てにおいてアミノ酸欠失を含む、前記使用。
- 第一の標的核酸と第二の標的核酸とが異なっており、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号34または配列番号36を含むか、またはこれからなる、請求項51〜75のいずれか一項に記載の使用。
- 請求項51〜76のいずれか一項に記載の使用であって、ここで、Cpf1が、第一の標的核酸において特異的または非特異的に一本鎖破損を行い、およびここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置324〜336のうちのいずれか1つにおいて2つ以上のアミノ酸の置換または欠失を含む、例えばここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置324〜336に対応する残基の全てにおいてアミノ酸置換を含む、例えばここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置324〜336に対応する残基の全てにおいてアミノ酸欠失を含む、前記使用。
- Cpf1が、第一の標的核酸において特異的または非特異的に一本鎖破損を行い、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号34または配列番号36を含むか、またはこれからなる、請求項51〜77のいずれか一項に記載の使用。
- 請求項51〜78のいずれか一項に記載の使用であって、ここで、第一の標的核酸と第二の標的核酸とが異なっており、およびここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置1006〜1018のうちのいずれか1つにおいて2つ以上のアミノ酸置換を含む、例えばここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置1006〜1018に対応する残基の全てにおいてアミノ酸置換を含む、前記使用。
- 第一の標的核酸と第二の標的核酸とが異なっており、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号38を含むか、またはこれからなる、請求項51〜79のいずれか一項に記載の使用。
- 請求項51〜80のいずれか一項に記載の使用であって、ここで、Cpf1が、第一の標的核酸において特異的または非特異的に一本鎖破損を行い、およびここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置1006〜1018のうちのいずれか1つにおいて2つ以上のアミノ酸置換を含む、例えばここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置1006〜1018に対応する残基の全てにおいてアミノ酸置換を含む、前記使用。
- Cpf1が、第一の標的核酸において特異的または非特異的に一本鎖破損を行い、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号38を含むか、またはこれからなる、請求項51〜81のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸と第二の標的核酸とが、同一であるかまたは異なっており、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の1025および1028に対応する位置においてアミノ酸置換を含む、請求項51〜82のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸と第二の標的核酸とが、同一であるかまたは異なっており、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号32を含むか、またはこれからなる、請求項51〜83のいずれか一項に記載の使用。
- Cpf1が、第一の標的核酸において特異的に一本鎖破損を行い、ここで、標的核酸が、二本鎖の形態であり、およびここで、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の1025および1028に対応する位置において2つ以上のアミノ酸置換を含む、請求項51〜84のいずれか一項に記載の使用。
- Cpf1が、第一の標的核酸において特異的に一本鎖破損を行い、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号32を含むか、またはこれからなる、請求項51〜85のいずれか一項に記載の使用。
- ex-vivoで行われる、請求項51〜86のいずれか一項に記載の使用。
- 第一の標的核酸において一本鎖破損を導入する方法であって、以下のステップ:
a. プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)を含む第二の標的核酸を認識することができるガイド−RNA(crRNA)を設計すること;
b. ステップa.のcrRNAをCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログと接触させ、それにより、前記第二の標的核酸に結合することができるcrRNA−Cpf1複合体を得ること;および
c. crRNA及びCpf1を前記第一の標的核酸と接触させること;
を含み、
それにより、第一の標的核酸において1つ以上の一本鎖破損を導入する、
前記方法。 - Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、請求項1〜39のいずれか一項に記載されるか、または請求項40〜46のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたはベクターによりコードされる、請求項88に記載の方法。
- ステップb.およびc.が、同時に行われるか、または一方が他方の後に行われ得る、請求項88〜89のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞においてin vitroで行われる、請求項88〜90のいずれか一項に記載の方法。
- 第一の標的核酸の特異的認識ヌクレオチド配列において一本鎖破損が行われる、請求項88〜91のいずれか一項に記載の方法。
- 第一の標的核酸において特異的または非特異的に一本鎖破損が行われる、請求項88〜92のいずれか一項に記載の方法。
- 第一および第二の標的核酸が、請求項1〜93のいずれか一項において定義されるとおりである、請求項88〜93のいずれか一項に記載の方法。
- 哺乳動物細胞において第二の標的核酸において部位特異的な二本鎖破損を導入するin vitroの方法であって、哺乳動物細胞中にcrRNA−Cpf1複合体を導入することを含み、ここで、Cpf1は、請求項1〜39のいずれか一項に記載の変異体Cpf1エンドヌクレアーゼまたはオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である、前記方法。
- 試料中の第二の標的核酸の検出のための方法であって、以下:
a. crRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、請求項1〜39のいずれか一項に記載のCpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つの色素および少なくとも1つのクエンチャーを含む少なくとも1つの相互作用的標識のセットで標識されている;
c. crRNA−Cpf1複合体およびssDNAを試料と接触させること、ここで、試料は、少なくとも1つの第二の標的核酸を含む;ならびに
d. フルオロフォアからの蛍光シグナルを検出することにより、ssDNAの切断を検出すること;
を含み
それにより、試料中の第二の標的核酸の存在を検出し、
ここで、ステップc.は、任意にcrRNA−Cpf1複合体の活性化を含む、
前記方法。 - ステップc.が、crRNA−Cpf1複合体の活性化、例えば一本鎖または二本鎖標的DNAによる活性化、を含む、請求項96に記載の方法。
- e. 第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度を決定すること
をさらに含み、
ここで、第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度は、切断されたssDNAに相関する、
請求項96〜97のいずれか一項に記載の方法。 - ナノモル濃度以下の範囲における、例えばピコモル濃度以下の範囲における、例えばフェムトモル濃度以下の範囲における、例えばアトモル濃度以下の範囲における濃度で、第二の標的核酸を検出することができる、請求項96〜98のいずれか一項に記載の方法。
- ssDNAが、鎖に沿った任意の位置における少なくとも1つの塩基において標識されている、請求項96〜99のいずれか一項に記載の方法。
- 少なくとも1つの色素が、フルオロフォアである、請求項96〜100のいずれか一項に記載の方法。
- ステップd.が、ssDNAの切断から生じる蛍光シグナルを検出することを含む、請求項96〜101のいずれか一項に記載の方法。
- 試料が、DNAおよび/またはRNAを含む、請求項96〜102のいずれか一項に記載の方法。
- 試料が、第二の標的核酸を含むことが疑われる、請求項96〜103のいずれか一項に記載の方法。
- 第二の標的核酸が、ウイルスゲノム、微生物ゲノム、遺伝子、または病原体のゲノムの核酸フラグメントである、請求項96〜104のいずれか一項に記載の方法。
- 対象における感染性疾患の診断のためのin vitroでの方法であって、以下:
a. 請求項1〜39のいずれか一項に記載のcrRNA−Cpf1複合体を提供すること、ここで、Cpf1は、Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログであり、およびここで、およびここで、crRNAは、第二の標的核酸に対して特異的である;
b. 標識されたssDNAを提供すること、ここで、ssDNAは、少なくとも1つの色素および少なくとも1つのクエンチャーを含む少なくとも1つの相互作用的標識のセットで標識されている;
c. 対象からの試料を提供すること、ここで、前記試料は、第二の標的核酸を含むか、またはこれを含むことが疑われる;ならびに
d. 請求項51〜105のいずれか一項において定義されるような第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度を決定すること、
ここで、第二の標的核酸は、疾患を引き起こす感染性病原体のゲノムの核酸またはそのフラグメントである、
を含み、それにより、対象における感染性疾患を診断する、前記方法。 - 前記感染性疾患を処置するステップをさらに含む、請求項106に記載の方法。
- 治療有効化合物の投与により前記感染性疾患を処置することをさらに含む、請求項107に記載の方法。
- 前記第二の標的核酸のレベルおよび/または濃度をカットオフ値と比較するステップをさらに含む、請求項106〜108のいずれか一項に記載の方法であって、
ここで、前記カットオフ値は、健康な対象、例えば感染性疾患を呈しない対象における、前記第二の標的核酸の濃度範囲から決定され、
ここで、カットオフ値よりも高いレベルおよび/または濃度は、感染性疾患の存在を示す、
前記方法。 - 前記感染性疾患が、感染性病原体により引き起こされ、感染性病原体が、ウイルス、ウイロイド、プリオン、細菌、線虫、寄生回虫、蟯虫、節足動物、真菌、白癬および大寄生虫を含む、請求項106〜109のいずれか一項に記載の方法。
- 対象が、ヒトである、請求項106〜110のいずれか一項に記載の方法。
- 試料体液が、血液、全血、血漿、血清、尿、唾液、涙液、脳脊髄液および精液からなる群より選択される、請求項106〜111のいずれか一項に記載の方法。
- Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号2の位置918および1013においてアミノ酸置換を含む、請求項106〜112のいずれか一項に記載の方法。
- Cpf1エンドヌクレアーゼまたはそのオルトログが、配列番号4を含むか、またはこれからなる、請求項106〜113のいずれか一項に記載の方法。
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