JP2021523379A - 血清バイオマーカー - Google Patents

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Abstract

本開示は、がんバイオマーカー及び治療の分野に関し、より詳細には、がん治療に対する感受性を予測する方法、特に、Ａｘｌ阻害剤による治療に関する。また、開示された方法を実施する場合に、有用であるキット等の製品もまた、開示される。

Description

〔先の出願〕
本出願は、２０１８年５月１４日に出願された英国特許出願第１８０７７８９．１号、２０１８年１０月１９日に出願された英国特許出願第１８１７０２４．１号、及び２０１８年１０月１５日に出願された英国出願ＧＢ１８１６７６４．３号の優先権を主張する。当該３つの優先権書類の開示は、あらゆる目的のため、参照により本出願に援用される。
〔開示の分野〕
本開示は、がん治療の分野に関する。特に、本開示は、がんバイオマーカー及び治療の分野に関し、より詳細には、がん治療に対する感受性を予測する方法、並びに当該方法を実施するキット等の製品に関する。
不均一な患者集団
がんは、異常な細胞増殖を特徴とし、身体の他の部位に侵入又は拡散しうる疾患の大きなファミリーである。がんは広範な特徴を共有するクラスに分類されるが、当該クラスのいくつかは特に不均一である。その結果、当該不均一集団の患者の薬物反応は不均一性を示しうる。すなわち、不均一ながん群の患者は、同じがん治療に対して異なる反応を示しうる。一例として、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）は、異なる被験体が同じがん治療に対して異なる反応を示しうる不均一ながんである（非特許文献１）。
当該バイオマーカーを用いて、治療に反応した被験体又は治療から利益を得た被験体とそうでない被験体を確実に識別するバイオマーカーを同定すれば、当該患者の臨床転帰を予測しうるはずである。
予測方法
予測方法は、特定の治療計画の転帰の見込みに関する情報を提供し、かつ、個別化治療法の使用を導く威力がある。当該方法は、例えば、被験体が治療に反応する見込み、個人の特定の治療計画内における精力的な治療方法、及び／又は個人の放射線／化学療法等の従来の治療方法における精力的治療方法、に関する情報を提供し得る。
国際公開第２０１５／１９３４２８号 国際公開第２０１５／１９３４３０号 国際公開第２０１６／０９７３７０号 国際公開第２０１６／１０２６７２号 国際公開第２０１６／１６６２９６号
Ｄｅ Ｋｏｕｃｈｋｏｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ，２０１６，Ｂｌｏｏｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ．，６（７）：ｅ４４１ Ｂｅｎ−Ｂａｔａｌｌａ ｅｔ ａｌ，２０１３，Ｂｌｏｏｄ，１２２（１４）：２４４３−５２ Ｂｕｒｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，２０１１，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．２９（５）：４８７−９４ Ｈａｆｅｒｌａｃｈ，２００８，Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ Ａｍ Ｓｏｃ Ｈｅｍａｔｏｌ Ｅｄｕｃ Ｐｒｏｇｒａｍ，１：４００−１１ Ｍａ ｅｔ ａｌ，２０１８，Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ），９７（１６）：ｅ０４３４ Ｈｓｕｅｈ ｅｔ ａｌ，２０１６，Ｅｘｐ Ｈｅｍａｔｏｌ Ｏｎｃｏｌ．，５：２３ Ｊｈａｎ ｅｔ ａｌ，２０１７，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ，１８（１７）：１５９５−１６０９． Ｈｅｒｂｓｔ ｅｔ ａｌ，２０１８，Ｎａｔｕｒｅ，５５３（７６８９）：４４６−４５４． Ｚａｐｐａ ｅｔ ａｌ，２０１６，Ｔｒａｎｓｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５（３）：２８８−３００
予測的バイオマーカー及び方法の分野の進歩にもかかわらず、多くの不均一がんにおけるがん治療に対する患者の反応を予測する高感度、効率的、及び迅速な非侵襲的方法が依然として望まれている。
本開示は、上記の考察に照らして考案された。
本開示は、被験体における又は前記被験体に由来する試料における、バイオマーカーを評価することにより、がんである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体におけるがん治療の感受性を予測する方法の必要性に対処する。特に、本開示は、当該被験体由来の血清試料中の本明細書に記載されたバイオマーカーの１又はそれ以上を評価する当該予測方法を提供する。
本発明者らは、本明細書において、がん患者の臨床転帰の予測において有意な価値がある、バイオマーカー及びその組み合わせ、当該方法で用いる方法及び製品を記載する。特に、本発明者らは、がん治療に対する被験体の反応予測において有意な価値があるバイオマーカー及びその組み合わせを評価し、同定し；特に興味深い臨床結果は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤に対する被験体の反応、特にＢＧＢ３２４等のＡｘｌキナーゼ阻害剤に対する被験体の反応の予測である。
従って、本開示の一側面では、発明者らは、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体に対するがん治療に対する反応予測において著しい価値のあるバイオマーカー及びその組み合わせを同定した。
本側面の第１態様では、本開示は、被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群より選択され；かつ、ここで、前記被験体が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、方法を提供する。
ある実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
いくつかの実施形態では、前記予測は、前記試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。いくつかの当該実施形態では、前記試料プロファイルは、前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤との接触、又は、投与前に得られる。
前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤との接触、又は、投与前に得られる実施形態では、対照プロファイルは、（ｉ）ＡＭＬである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）ＡＭＬであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体集団から得られた；
（ｉｉｉ）ＡＭＬであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「平均、中央値又は平均」又は値の「標準範囲」の所定のプロファイル；
（ｉｖ）ＡＭＬであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」を有する対照試料から得られた；
（ｖ）ＡＭＬであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体の集団から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）ＡＭＬであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体の集団を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を有する対照試料から得られた；である。
前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤との接触、又は、投与前に得られる態様では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌのうちの少なくとも１つを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す。他の態様では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、及び／又はＬＨのうちの少なくとも１つを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す。
前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤との接触、又は、投与前に得られるいくつかの態様では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌを含み得る。他の実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び以下の：ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌ、から選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のバイオマーカーを含み得る。
ある実施形態では、前記試料プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる。いくつかの当該実施形態では、前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる。
前記試料プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られるいくつかの態様では、前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。いくつかの当該実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む。
ある実施形態では、前記方法が、被験体における又は前記被験体に由来する試料における、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む。いくつかの実施形態では、被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：前記試料又は前記試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質に選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質により形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程を含む。ある態様では、前記特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
ある実施形態では、前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤である。好ましくは、前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、又は特許文献１〜３、又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である。
ある実施形態では、前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、さらなるがん治療と組み合わされて投与される。いくつかの好ましい態様では、前記さらなるがん治療が、シタラビン又はデシタビンである。
好ましい態様では、前記被験体が哺乳類であり、より好ましくはヒトである。好ましい態様では、試料は、血液、血清、又は血漿試料、最も好ましくは血清試料である。
ある態様では、前記方法は、インビトロ又はエクスビボで行われる。
本側面の他の態様では、本開示は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：上記予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、当該同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法を提供する。ある実施形態では、本方法は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：上記予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を継続治療のために選択する工程；を含む、方法である。
本開示の本側面のさらなる態様は、以下の：各々が、以下の：Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、診断キット又は試験装置に関する。ある実施形態では、当該診断キット又はテスト装置は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法に用いられる。ある態様では、前記方法は、上記予測方法である。
本開示の本側面のさらなる態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、以下の：Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌ；の１又はそれ以上を使用に関する。ある実施形態では、前記使用が、上記予測方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
本開示のさらなる側面は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、メラノーマ、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、及び肺腺がんである、これらが疑われる、又はこれらと診断された、被験体に対する臨床転帰の予測において有意な価値がある、バイオマーカー及びその組み合わせ、当該方法で用いる方法及び製品に関する。
特に、本発明者らは、がん患者の臨床転帰の予測において有意な価値がある、バイオマーカー及びその組み合わせ、当該方法で用いる方法及び製品を記載する。特に、本発明者らは、がん治療に対する上記がんの反応のうちの１つがある被験体の予測において有意な価値があるバイオマーカー及びその組み合わせを評価し、同定し；特に興味深い臨床結果は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤に対する被験体の反応、特にＢＧＢ３２４等のＡｘｌキナーゼ阻害剤に対する被験体の反応の予測である。当該側面の各々は、ＡＭＬについて上記に対応する実施形態があり、当該及び他の態様は、以下により詳細に開示される。
本開示は、当該組み合わせが明らかに許容されない、又は明示的に回避される場合を除き、記載された態様及び好ましい特徴の組み合わせを含む。
治療前のＬＤＨ値並びにＢＧＢ３２４及びペムブロリズマブによる治療後の腫瘍サイズの変化の相関関係の分析結果を示すグラフである。
ここで、添付の図面を参照して、本開示の側面、態様及び実施形態を説明する。さらなる態様及び実施形態は、当業者に明らかであろう。本開示で言及されている全ての文書は、参照により本明細書に援用される。
本発明者らは、本明細書において、バイオマーカー及びその組み合わせ、並びにがん関連転帰の予測に有意な価値がある当該方法で用いる方法及び製品を記載する。特に、本発明者らは、がん治療に対する被験体の反応の予測に有意な価値がある血清系マーカー、及びその組み合わせを同定し、評価した。ある実施形態では、がん治療は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤又はＡｋｔ３阻害剤である。
〔予測方法におけるバイオマーカー〕
［不均一な患者集団］
がんは広範な特徴を共有するクラスに分類されるが、当該クラスは不均一な亜集団で構成される場合がある。異なる亜集団の患者が同じがん治療に対して示す反応は、異なりうる。
例えば、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）は、ＢＧＢ３２４等のＡｘｌ阻害剤に対するＩＣ５０が低いＭＯＬＭ１３及びＭｖ４−１１等の既存の細胞系（すなわち、Ａｘｌ阻害剤、いわゆる「応答性（responder）」細胞系）、及びＫａｓｕｍｉ、ＯＣＩ−Ｍ１及びＯＣＩ−ＡＭＬ５等の、ＢＧＢ３２４等のＡｘｌ阻害剤に対するＩＣ５０が高い細胞（すなわち、Ａｘｌ阻害剤、いわゆる「非応答性」細胞系、いわゆる「非応答性（non-responder）」細胞系、非特許文献２）を有する異種性がんであることが知られている。同様に、本発明者らは、ヒトのＡＭＬには、ＢＧＢ３２４等のＡｘｌ阻害剤に反応する被験体（いわゆる「応答性」被験体）又はＢＧＢ３２４等のＡｘｌ阻害剤に反応しない被験体（いわゆる「非応答性」の被験体）がいることを見出した。
当該応答性と非応答性を確実に識別するバイオマーカーを同定することで、当該バイオマーカーを被験体の臨床転帰の予測に用いうる。
〔予測方法〕
本明細書中で用いられる用語「予測方法」は、被験体が特定の薬剤／計画による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる方法を意味する。当該予測方法は、特定の治療計画の予想される転帰に関する情報、例えば、被験体が前記治療に反応する見込み、個人の特定の治療計画内における積極的治療方法、及び／又は個人の放射線／化学療法等の従来の治療方法における積極的治療方法、に関する情報を提供する。従って、本明細書に記載された予測方法は、個別化医薬の分野における適用として有力である。
本明細書に記載された予測方法は、疾患と診断されたヒト又は動物の被験体の、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する、感受性を予測しうる。より具体的には、被験体となる疾患は、がんであり得、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、乳がん、肺がん、前立腺がん、卵巣がん、結腸直腸がん、神経膠腫、メラノーマ、胃がん、頭頸部がん、腎がん、膵がん、子宮がん、肝がん、膀胱がん、子宮内膜がん、並びに他の白血病を含む。非小細胞肺がん、特に肺腺がん等の肺がんと同様に、ＡＭＬ及びＭＤＳは特に関連がある。
本発明者らは、本明細書において、がん患者の臨床転帰の予測に有意な価値がある、バイオマーカー及びその組み合わせを記載する。特に、本発明者らは、がん治療に対する被験体の反応の予測に有意な価値がある、血清系マーカーを評価し、同定した。また、２又はそれ以上のバイオマーカーを含むパネルは、がん関連転帰の感度及び信頼性、例えばＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の予測を向上させることが意図される。
〔固形及び液体の腫瘍〕
腫瘍は、体内における増殖部位により、「固形」又は「液体」という場合がある。がんの大部分は、特定の臓器又は組織に存在する細胞の塊として存在する固形腫瘍が原因である。一般的な「固形」腫瘍としては、乳がん、肺がん、前立腺がん、及び結腸がんがあげられる。液体腫瘍は、血液又は骨髄に生じ、例えば白血病又は骨髄腫等、身体のどの部位にも転移しうる。「液体」腫瘍は、「血液がん」ともいう。
本発明者らは、液体腫瘍がんと比較して、異なるマーカーが固形がん治療に対する被験体の反応を予測することを見出した。
従って、本開示は、固形腫瘍がんである、の疑いがある、又は固形腫瘍がんと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
本開示はまた、液体腫瘍がんである、である疑いがある、又は液体腫瘍がんと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。いくつかの好ましい態様では、がん関連転帰は、Ａｘｌ阻害剤による治療に対する感受性である。
固形腫瘍がんとしては、例えば、乳がん、腎臓がん、子宮内膜がん、卵巣がん、甲状腺がん、及び非小細胞肺がん、メラノーマ、前立腺がん、肉腫、胃がん、及びブドウ膜メラノーマが挙げられる。液体腫瘍がんとしては、例えば、白血病（特に骨髄性白血病）及びリンパ腫があげられる。
《第１側面：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）》
急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）は、細胞の増殖、分化及び細胞死の正常なメカニズムを変化させる多数の不均一な遺伝的変化を特徴とする造血前駆細胞のクローン性疾患である（非特許文献３）。現在、ほとんどのＡＭＬ患者はシタラビン等の化学療法で治療されている。慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）の治療用ＢＣＲ−Ａｂｌ標的薬であるグリベック及び急性骨髄球性白血病（ＡＰＬ）の治療用分化誘導薬であるＡＴＲＡを除き、これまで、白血病の分野では標的療法が広く欠如している。これは、ＡＭＬが治療の標的となりうるいくつかの変異したがん遺伝子がある十分に特徴づけられた疾患であるにもかかわらずである（非特許文献４）。
従って、被験体におけるがん関連転帰、例えば、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性、を予測する安定したバイオマーカー、は、特定の薬剤／計画による治療に反応するか又は利益を受ける見込みが最も高い被験体を同定するのに有用であろう。
「応答性」ＡＭＬ細胞株は、Ａｘｌ阻害剤に対するＩＣ５０が低い細胞株であり、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ；例として、ＭＯＬＭ１３及びＭｖ４−１１細胞株が挙げられ、ＩＣ５０は各々０．４５μＭ及び０．１４μＭである。これに対応する、「非応答性」ＡＭＬ細胞株は、Ａｘｌ阻害剤に対するＩＣ５０が高い細胞株であり、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ；例として、Ｋａｓｕｍｉ及びＯＣＩ−Ｍ１細胞株が挙げられ、ＩＣ５０は各々１．２μＭ及び１．８μＭである。
本明細書で記載される「応答性」被験体とは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが高い、又は反応する（又は治療から利益を受ける）被験体である。
これに対応する、本明細書で記載される「非応答性」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが低い（又は反応しない）被験体である。
本明細書中で用いられる「治療に反応する」又は「治療から利益を得る」とは、治療からの全体的な臨床的利益を経験することをいう。この全体的な臨床的利益とは、生存期間の延長、疾患の部分寛解又は完全寛解（例えば、骨髄中の骨髄芽球％及び／又は細胞系の正常な成熟により評価される）、疾患の進行の遅延又は非進行（例えば、骨髄中の骨髄芽球％及び／又は細胞系の正常な成熟により評価される）、生活の質の改善（例えば、がん治療の機能的評価（ＦＡＣＴ）質問票等の健康関連ＱＯＬ質問票を用いて評価される）、無増悪生存率、血液学的改善（例えば、血中ヘモグロビン、血小板数、及び／又は好中球数の増加）、骨髄反応（例えば、骨髄芽球が５％以下の骨髄の場合、骨髄芽球の３０％、４０％、５０％以上の減少；循環骨髄芽球及びアウエル小体を伴う骨髄芽球の欠如；髄外疾患の欠如）、血液学的回復（例えば、ヘモグロビン≧１１ｇ／ｄＬ、血小板≧１００×１０９／Ｌ、及び／又は末梢血中の好中球≧１×１０９／Ｌ）、遺伝学的マーカー（例えば、ＣＥＢＰＡ、ＮＰＭ１、又はＦＬＴ３）に対する負の反応、又はその他の正の患者転帰；のいずれかである。
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版（entry version）１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
線維芽細胞増殖因子２１（ＦＧＦ−２１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＳＡ１（登録版１４５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
進行性グリコシル化最終生成物の受容体（ＲＡＧＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５１０９−１、Ｑ１５１０９−２、Ｑ１５１０９−３、Ｑ１５１０９−４、Ｑ１５１０９−５、Ｑ１５１０９−６、Ｑ１５１０９−７、Ｑ１５１０９−８、Ｑ１５１０９−９、Ｑ１５１０９−１０（登録版１８９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
がん胎児性抗原（ＣＥＡ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０６７３１−１又はＰ０６７３１−２（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１２２５（登録版１８９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
マトリクスメタロプロテイナーゼ−１０（ＭＭＰ−１０）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９２３８（登録版１８５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
オメンチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ８ＷＷＡ０（登録版１２７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
がん抗原１９−９（ＣＡ−１９−９）のバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＸＪ９−１又はＱ９ＢＸＪ９−２（登録版１６０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
黄体形成ホルモン（ＬＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１２２９（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ハプトグロビン（ＨＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００７３８−１若しくはＰ００７３８−２（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７５（登録版１９１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１８５４（登録版１６２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；及び／又は、
ＣＤ４０リガンド（ＣＤ４０−Ｌ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２９９６５（登録版１９９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；ように特定されうる。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として特定され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する−４；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６の、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８４０８）から得られた患者データを解析して、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、ＡＭＬ患者の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例１を参照）。同様に、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、第１態様では、本開示は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、の疑いがある、又は固形腫瘍がんと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
ある実施形態では、１つ又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、線維芽細胞増殖因子２１（ＦＧＦ−２１）、進行性グリコシル化最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、がん胎児性抗原（ＣＥＡ）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、マトリクスメタロプロテイナーゼ−１０（ＭＭＰ−１０）、オメンチン、がん抗原１９−９（ＣＡ−１９−９）、黄体形成ホルモン（ＬＨ）、ハプトグロビン（ＨＰ）、好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０リガンド（ＣＤ４０−Ｌ）からなる群から選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌであるか、又はＡｘｌを含む。
本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書中に記載された、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定された各バイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。同様に、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「非応答性」の被験体の血清よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清に存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。同様に、被験体の治療前に、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「非応答性」の被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体である。すなわち、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料において本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同じバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬである対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬでない対照被験体の集団から獲得しうる。他の実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の所定のプロファイル、例えば、値の「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＡＭＬである対照被験体又は対照被験体の集団、ＡＭＬでない対照被験体又はＡＭＬである対照被験体又は対照被験体の集団であって、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されたもの（すなわち、非応答性被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の所定のプロファイル、例えば、値の「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＡＭＬであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、反応被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、試料プロファイルで決定されるのと同じバイオマーカーの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、ＡＭＬである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、ＡＭＬである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがバイオマーカー発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定された各バイオマーカーの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：ＡＭＬである対照被験体の集団から得られたもの；ＡＭＬでない対照被験体の集団から得られたもの；ＡＭＬであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（average）、中央値又は平均(mean)」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおける、本明細書中に記載された、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうるもの；である。同様に、対照プロファイルと比較して、本明細書中に記載された試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、及び／又はＬＨから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して、：Ａｘｌの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＦＧＦ−２１の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＲＡＧＥの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＣＥＡの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＦＳＨの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、オメンチンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＣＡ−１９−９の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＬＨの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ハプトグロビンの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＮＡＰ−２の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、免疫グロブリンＥの活性、発現、又は量がより高く；ＣＤ４０−Ｌの活性、発現、又は量がより高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＡＭＬである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＡＭＬである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＡＭＬである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」を下回る場合は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、ＡＭＬである被験体であって、ＥＭＴを阻害又は逆転させることができる物質又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる物質による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、ＡＭＬである被験体であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる物質による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる物質による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたバイオマーカー発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、ＡＭＬであり、かつ、ＥＭＴを阻害又は逆転させることができる物質又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる物質による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、ＡＭＬであり、かつ、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる物質による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる物質による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＡＭＬでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＡＭＬでない被験体に典型的な値の「標準範囲」外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＡＭＬでない被験体に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、値の「標準範囲」外にあってよい。正常値の上限及び下限は、ＡＭＬでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
本明細書中で用いられる場合、用語「１又はそれ以上」とは、本明細書中に記載されるバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０をいう。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦＧＦ−２１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＲＡＧＥである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＥＡである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦＳＨである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＭＰ−１０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはオメンチンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＡ−１９−９である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＨである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはハプトグロビンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮＡＰ−２である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは免疫グロブリンＥである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０−Ｌである。
いくつかの当該実施形態では、方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、当該バイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、本方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がＡＭＬの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、ＡＭＬに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、ＡＭＬの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、ＡＭＬの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる物質とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔バイオマーカーの治療後の変化〕
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、予測方法は、さらに、被験体又は被験体に由来する試料において、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤を治療又は治療コース後に、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価するその後の工程を含み、本明細書に記載の１又はそれ以上のバイオマーカーの第２試料プロファイルを得る。
すなわち、いくつかの実施形態では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）被験体が、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを決定する工程であって、１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群より選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、Ａｘｌの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＡｘｌの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
〔治療後予測のバイオマーカー及び方法〕
臨床試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８４０８）から得られた患者データを解析することにより、発明者らは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤によるＡＭＬ患者の治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で上昇するが、「非応答性」の被験体の血清中では上昇しないことを発見した（実施例１参照）。同様に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で低下するが、「非応答性」の被験体の血清中では低下しない。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療の前後に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価することで、被験体が前記薬剤による治療に感受性又は応答性であることを決定又は確認しうる。
従って、当該側面の第２態様では、本開示は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、の疑いがある、又は急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）と診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触した後に、被験体又は前記被験体に由来する試料における、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本開示のこの態様の好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療する前に、同じ被験体から得られる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬである対照被験体の集団から得られる。他の態様では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」又は値の「標準範囲」のプロファイルである。
従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、対照プロファイルが同一の被験体から得られる態様では、被験体をＥＭＴ又はがん治療剤を阻害又は逆転しうる薬剤と接触させた後の、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。当該態様では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡｘｌを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、被験体は、上記本開示の第１態様による予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために選択された。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。本明細書で用いられる用語「ＥＭＴを阻害しうる薬剤」（用語「ＥＭＴ阻害剤」と交換可能に用いられる）は、上皮−間葉転換（ＥＭＴ）の変化を阻害又は低下させる薬剤を意味する。本明細書で用いられる用語「ＥＭＴを逆転しうる薬剤」は、ＥＭＴの逆転を促進、すなわち、間葉−上皮転換（ＭＥＴ）を促進する薬剤を意味する。
ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤としては、Ａｘｌキナーゼの阻害剤（Ａｘｌ阻害剤）及びＡｋｔ３キナーゼの阻害剤（Ａｋｔ３阻害剤）が挙げられる。従って、ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である。最も好ましい態様では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤である。
Ａｘｌ阻害剤としては、例えば、小分子Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、並びにカボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、ｆｒｅｔｉｎｉｂ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、及びＵＮＣ２０２５があげられる。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい態様では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい態様では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
好ましい態様では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｋｔ３阻害剤である。Ａｋｔ３阻害剤は、例えば、特許文献４に記載される。従って、いくつかの態様では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、特許文献４に記載されたＡｋｔ３阻害剤である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤はＡｋｔ３阻害剤でない。ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤はＳｌｆｎ１１阻害剤でない。ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤はＰＨＧＤＨ阻害剤でない。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、単剤として投与される。いくつかの他の態様では、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。
適当なさらなるがん治療には、以下が含まれるが、これらに限定されない：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘiｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等、である。
いくつかの好ましい態様では、さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである。いくつかの特に好ましい態様では、さらなるがん治療はシタラビンである。他の特に好ましい態様では、さらなるがん治療はデシタビンである。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。好ましくは、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、各々がそれぞれのバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にＡＭＬである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がＡＭＬによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該１又はそれ以上のバイオマーカーの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Biogenesis）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Qiagen）又はＰＡＸｇｅｎｅ（PreAnalytix、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Melton et al., Nuc. Acids Res. 12:7035）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
好ましくは、バイオマーカーレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Borrebaeck CA, 2000, Immunol Today 21(8):379-82）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、MacBeath and Schreiber, 2000, Science, 289(5485):1760-1763に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの測定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中の１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの他の態様では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットによってタンパク質産物を検出することによって検出しうる。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数を決定することによって評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇ ｅｔ ａｌ． （Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． 候補遺伝子におけるコピー数変異体は、ヒルシュスプルング病の遺伝的修飾因子である。ＰＬｏＳ Ｏｎｅ； ６（６））に記載されているようなＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準的な技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態であり、該方法はインビトロ又はエクスビボで実施される。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示の本側面の第３態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を有する、有すると疑われる、又は診断される被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記開示の第１及び第２態様に従って定義された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定すること；及び、そのように同定された被験体を治療のために選択することを含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を有している、有していると疑われる、若しくは診断される被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記の開示の第２態様に従って定義された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定し、そしてそのようにして同定された被験体を治療のために選択することを含む。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載されるように、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、処置は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤には、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体が含まれる。いくつかの好ましい態様では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３又は５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい態様では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい態様では、処理は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある態様では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されているＡｋｔ３阻害剤である。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、治療は、単剤として投与される。他の態様では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説されている。ある態様では、さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、又はトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである。いくつかの特に好ましい態様では、さらなるがん治療はシタラビンである。他の特に好ましい態様では、さらなるがん治療はデシタビンである。
〔キット〕
本開示の本側面の第４態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キットを提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。ある実施形態では、検出するための試薬の各々は、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群より選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
他の態様では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置を提供し、当該試薬の各々は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。ある実施形態では、検出するための試薬の各々は、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群より選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は本明細書に記載されたバイオマーカーの１つに選択的に結合する；かつ、当該１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカーにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。ある実施形態では、各特異的結合メンバーは、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、以下の：ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
本開示はまた、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における当該診断キット及び試験装置の使用を提供する。好ましい実施形態では、がん関連転帰は、本明細書に記載される、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、ＡＭＬであり、であると疑われる、又はＡＭＬと診断されている。
いくつかの実施形態では、当該方法は、上記開示の第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第６態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの、活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第７態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、ＩｇＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌの１又はそれ以上の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、並びに、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の以下の：ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌの使用に関する。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第８態様は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
他の実施形態では、当該方法は、以下の：（ａ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び（ｂ）本開示の第２側面の上記第２態様に従って定義された予測方法を用いて、前記被験体が前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程を含む。ある実施形態では、本方法はさらに、（ｃ）前記被験体が前記治療に感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転させることができる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤を、前記被験体に投与することを含む。
本開示の本側面の第９態様は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第１０態様は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はシタラビンである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はデシタビンである。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、からなる群より選択され；かつ、
Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、ＩｇＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌ
ここで、前記被験体が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む、１０１に記載の方法。
１０３．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２に記載の方法。
１０４．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０３に記載の方法。
１０５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）ＡＭＬである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）ＡＭＬであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｉｉ）バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、ＡＭＬであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（average）、中央値又は平均(mean)」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｉｖ）ＡＭＬであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり；
（ｖ）ＡＭＬであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）ＡＭＬであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０７．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌのうちの少なくとも１つを含み、かつ、前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
１０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、及び／又はＬＨのうちの少なくとも１つを含み、かつ、前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおいて、以下の：
Ａｘｌの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＦＧＦ−２１の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＲＡＧＥの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＣＥＡの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＦＳＨの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＭＭＰ−１０の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
オメンチンの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＣＡ−１９−９の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＬＨの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ハプトグロビンの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＮＡＰ−２の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
免疫グロブリンＥの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＣＤ４０−Ｌの活性、発現、又は量が高い；
場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーがＡｘｌを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び以下の：ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、ＩｇＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌ；から選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１２．：以下の：
前記Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版（entry version）１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記線維芽細胞増殖因子２１（ＦＧＦ−２１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＳＡ１（登録版１４５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記進行性グリコシル化最終生成物の受容体（ＲＡＧＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５１０９−１、Ｑ１５１０９−２、Ｑ１５１０９−３、Ｑ１５１０９−４、Ｑ１５１０９−５、Ｑ１５１０９−６、Ｑ１５１０９−７、Ｑ１５１０９−８、Ｑ１５１０９−９、Ｑ１５１０９−１０（登録版１８９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記がん胎児性抗原（ＣＥＡ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０６７３１−１若しくはＰ０６７３１−２（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１２２５（登録版１８９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記マトリクスメタロプロテイナーゼ−１０（ＭＭＰ−１０）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９２３８（登録版１８５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記オメンチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ８ＷＷＡ０（登録版１２７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記がん抗原１９−９（ＣＡ−１９−９）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＸＪ９−１又はＱ９ＢＸＪ９−２（登録版１６０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記黄体形成ホルモン（ＬＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１２２９（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記ハプトグロビン（ＨＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００７３８−１若しくはＰ００７３８−２（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７５（登録版１９１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記免疫グロブリンＥ（ＩｇＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１８５４（登録版１６２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；及び／若しくは、
前記ＣＤ４０リガンド（ＣＤ４０−Ｌ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２９９６５（登録版１９９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
又は、前記アミノ酸配列をコードする全長の核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、１０１〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
１１３．前記方法が、前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、１０１〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
１１４．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、
検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；
を含む、１０４〜１１３のうちのいずれか一項に記載の方法。
１１５．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍRNAに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍRNAにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１１４に記載の方法。
１１６．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１１５に記載の方法。
１１７．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術を用いて行われる、１１５又は１１６に記載の方法。
１１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＡＭＬによって変化しない、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１２０．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
１２１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１２０に記載の方法。
１２２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１２１に記載の方法。
１２３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２２に記載の方法。
１２４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１２３に記載の方法。
１２５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２３に記載の方法。
１２６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１２１記載の方法。
１２７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１２６に記載の方法。
１２８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１２９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１３０．前記さらなるがん治療は、以下の：
（i）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（iｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（iｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（iｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘiｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１２９に記載の方法。
１３１．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、１２９記載の方法。
１３２．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、１３１に記載の方法。
１３３．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、１３１に記載の方法。
１３４．前記被験体が哺乳動物である、１０１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３５．前記被験体がヒトである、１３４に記載の方法。
１３６．前記予測方法は、前記被験体がＡＭＬの治療又は治療コースを受ける前に実施される、１０１〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
１３７．前記予測方法は、ＡＭＬの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１３８．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１３５又は１３７のいずれか一項に記載の方法。
１３９．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１３８に記載の方法。
１４０．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１３８又は１３９に記載の方法。
１４１．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜1３６のいずれか一項に記載の方法。
１４２．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４３．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４４．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１４３のいずれか一項に記載の方法。
１４５．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１４４に記載の方法。
１４６．前記試料は、血清試料である、１４５に記載の方法。
１４７．前記方法が、前記被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価する後工程をさらに含み、試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる剤と、接触させた後に得られる、１０４〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
１４８．前記試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる、１０３に記載の方法。
１４９．前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、１４７又は１４８に記載の方法。
１５０．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５１．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５２．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５３．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、１５０に記載の方法。
１５５．前記被験体又は前記被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１４７〜１５４のいずれか一項に記載の方法：
１５６．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍRNAに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍRNAにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１５５に記載の方法。
１５７．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１５６に記載の方法。
１５８．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる、１５６又は１５７に記載の方法。
１５９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＡＭＬによって変化しない、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、1４８〜１６０のいずれか一項に記載の方法。
１６２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１６１に記載の方法。
１６３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６２に記載の方法。
１６４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１６３に記載の方法。
１６５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６３に記載の方法。
１６６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１６１記載の方法。
１６７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１６６に記載の方法。
１６８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１６９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１７０．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、１６９に記載の方法。
１７１．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、１６９記載の方法。
１７２．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、１７１に記載の方法。
１７３．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、１７１に記載の方法。
１７４．前記被験体が哺乳動物である、１４８〜１７３のいずれか一項に記載の方法。
１７５．前記被験体がヒトである、１７４に記載の方法。
１７６．前記被験体が、上記１０１〜１４７のいずれか１つの予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる前記薬剤又は化学療法剤による治療に選択される、１４８〜１７５のいずれか一項に記載の方法。
１７７．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１４８〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
１７８．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１７７に記載の方法。
１７９．前記試料は、血清試料である、１７８に記載の方法。
１８０．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
２０１．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１４８〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０３．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１又は２０２に記載の方法。
２０４．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０３に記載の方法。
２０５．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２０６．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５に記載の方法。
２０７．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０６に記載の方法。
２０８．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０６に記載の方法。
２０９．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２１０．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０９に記載の方法。
２１１．前記治療が、単剤として投与される、２０３〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
２１２．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０３〜２１１のいずれか一項に記載の方法。
２１３．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１２に記載の方法。
２１４．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、２１２に記載の方法。
２１５．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、２１４に記載の方法。
２１６．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、２１４に記載の方法。
３０１．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、その各々は、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キット。
３０２．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための、その各々は、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置。
３０３．以下の：Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、ＩｇＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３に記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０７．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０６のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０７に記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１０に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記被験体が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、３０７〜３１０のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、３０７〜３１５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの、活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用。
３１９．前記検出用試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１７又は３１８に記載の使用。
３２０．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜１８０のいずれか１つに基づく方法である、３１７又は３１８に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、ＩｇＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌの１又はそれ以上の使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．（ｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が増えた場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；か、又は、（ｉｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が減少した場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；４０１の使用。
４０４．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、４０１〜４０３のいずれか一項に記載の使用。
５０１．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；及び前記被験体が、上記１４８〜１８０のいずれかに記載の方法を用いて、前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程；を含む、方法。
５０５．前記方法が、前記被験体が前記治療に対して感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤又は化学療法剤を前記被験体に投与することを含む、５０４に記載の方法。
５０６．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０７．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０７のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０９に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１２に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．上記１３０に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１９．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
《第２側面：骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）》
骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）は、造血不良、その結果として生じる末梢血球減少症、及び急性骨髄性白血病への進行リスク亢進を特徴とするクローン性及び悪性骨髄性疾患の多様な群である。ＭＤＳに対する化学療法剤療法には、レナリドミド、抗胸腺細胞グロブリン、アザシチジン、及びデシタビンがある。しかしながら、現在の治療法の効能は限られ、ＭＤＳ治療には併用療法及び標的療法が依然として必要である（非特許文献５）。
従って、ＭＤＳである被験体におけるがん関連転帰、例えば、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性、を予測する安定したバイオマーカー、は、特定の薬剤／計画による治療に反応するか又は利益を受ける見込みが最も高い被験体を同定するのに有用であろう。
本明細書で記載される「対照被験体集団性」被験体とは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが高い、又は反応する（又は治療から利益を受ける）被験体である。
これに対応する、本明細書で記載される「非応答性」被験体は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが低い（又は反応しない）被験体である。
本明細書中で用いられる「治療に反応する」又は「治療から利益を得る」とは、治療からの全体的な臨床的利益を経験することをいう。この全体的な臨床的利益とは、生存期間の延長、疾患の部分寛解又は完全寛解（例えば、骨髄中の骨髄芽球％及び／又は細胞系の正常な成熟により評価される）、疾患の進行の遅延又は非進行（例えば、骨髄中の骨髄芽球％及び／又は細胞系の正常な成熟により評価される）、生活の質の改善（例えば、がん治療の機能的評価（ＦＡＣＴ）質問票等の健康関連ＱＯＬ質問票を用いて評価される）、無増悪生存率、血液学的改善（例えば、血中ヘモグロビン、血小板数、及び／又は好中球数の増加）、骨髄反応（例えば、骨髄芽球が５％以下の骨髄の場合、骨髄芽球の３０％、４０％、５０％以上の減少；循環骨髄芽球及びアウエル小体を伴う骨髄芽球の欠如；髄外疾患の欠如）、血液学的回復（例えば、ヘモグロビン≧１１ｇ／ｄＬ、血小板≧１００×１０９／Ｌ、及び／又は末梢血中の好中球≧１×１０９／Ｌ）、遺伝学的マーカー（例えば、ＣＥＢＰＡ、ＮＰＭ１、又はＦＬＴ３）に対する負の反応、又はその他の正の患者転帰；のいずれかである。
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。
当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
トランスフェリン受容体タンパク質１（ＴＦＲ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７８６（登録版２２２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ＦＡＳＬＧ受容体（ＦＡＳ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２５４４５−１、Ｐ２５４４５−２、Ｐ２５４４５−３、Ｐ２５４４５−４、Ｐ２５４４５−５、Ｐ２５４４５−６、又はＰ２５４４５−７（登録版２２７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−８（ＩＬ−８）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１０１４５（登録版２１０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
Ｔａｍｍ−Ｈｏｒｓｆａｌｌ尿中糖タンパク質（ＴＨＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７９１１−１、Ｐ０７９１１−２、Ｐ０７９１１−３、Ｐ０７９１１−４、又はＰ０７９１１−５（登録版１８２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ＴＮＦ関連アポトーシス誘導性リガンド受容体３（ＴＲＡＩＬ−Ｒ３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ１４７９８（登録版１５２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ００６２６（登録版１５３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０３９７３（登録版１８４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
トレフォイル因子３（ＴＦＦ３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ０７６５４（登録版１６１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
脂肪酸結合タンパク質、脂肪細胞（ＦＡＢＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１５０９０（登録版１８３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
フォンウィルブランド因子（ｖＷＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０４２７５−１又はＰ０４２７５−２（登録版２３３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）バイオマーカーバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７４−１、Ｐ０２７７４−２、又はＰ０２７７４−３（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
シスタチン−Ｂバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０４０８０（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ウテログロビンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１１６８４（登録版１６３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
フィブリノーゲンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６７１−１若しくはＰ０２６７１−２（登録版２２７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ５０４Ｕ８（登録版１３８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；及び／又は、
レプチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４１１５９（登録版１７６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；と、特定されうる。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として特定され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６；のように、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８４０８）から得られた患者データを解析して、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、ＭＤＳ患者の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例１を参照）。同様に、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、本側面の第１態様では、本開示は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、トランスフェリン受容体タンパク質１（ＴＦＲ１）、ＦＡＳＬＧ受容体（ＦＡＳ）、インターロイキン−８（ＩＬ−８）、Ｔａｍｍ−Ｈｏｒｓｆａｌｌ尿中糖タンパク質（ＴＨＰ）、ＴＮＦ関連アポトーシス誘導性リガンド受容体３（ＴＲＡＩＬ−Ｒ３）、マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）、抗白血球タンパク質（ＡＬＰ）、トレフォイル因子３（ＴＦＦ３）、脂肪酸結合タンパク質、脂肪細胞（ＦＡＢＰ）、フォンウィルブランド因子（ｖＷＦ）、ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、及び／又はレプチンからなる群から選択される。
本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定された各バイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。同様に、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「非応答性」の被験体の血清よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清に存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。同様に、被験体の治療前に、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「非応答性」の被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体である。すなわち、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料において本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同じバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、ＭＤＳである対照被験体の集団から得ることができる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＭＤＳでない対照被験体の集団から得ることができる。他の実施形態では、対照プロファイルは、ＭＤＳであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から得ることができる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＭＤＳである対照被験体又は対照被験体の集団、ＭＤＳでない対照被験体又はＭＤＳである対照被験体又は対照被験体の集団であって、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されたもの（すなわち、非応答性被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、ＭＤＳであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、値の「閾値」、又は「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＭＤＳであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、反応被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、試料プロファイルで決定されるのと同じバイオマーカーの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性の被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、ＭＤＳである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、ＭＤＳである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがバイオマーカー発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定された各バイオマーカーの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：ＭＤＳである対照被験体の集団から得られたもの；ＭＤＳでない対照被験体の集団から得られたもの；ＭＤＳであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおける、本明細書中に記載された、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうるもの；である。同様に、対照プロファイルと比較して、本明細書中に記載された試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、及び／又はＩＬ−８から選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して、：Ａｘｌの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＴＦＲ１の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＦＡＳの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＩＬ−８の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＴＨＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＭＤＣの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＡＬＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＴＦＦ３の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＦＡＢＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ｖＷＦの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＶＤＢＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、シスタチン−Ｂの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ウテログロビンの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、フィブリノーゲンの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＥＧＦＲの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、レプチンの活性、発現、又は量がより高く場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＭＤＳである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＭＤＳである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＭＤＳである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」を下回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、ＭＤＳである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、ＭＤＳである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたバイオマーカー発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、ＭＤＳであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、ＭＤＳであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＭＤＳでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＭＤＳでない被験体に典型的な値の「標準範囲」外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＭＤＳでない被験体に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、値の「標準範囲」外にあってよい。正常値の上限及び下限は、ＭＤＳでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
本明細書中で用いられる場合、用語「１又はそれ以上」とは、本明細書中に記載されるバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０をいう。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＦＲ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦＡＳである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−８である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＨＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＲＡＩＬ−Ｒ３である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＤＣである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＬＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＦＦ３である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦＡＢＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはｖＷＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶＤＢＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはシスタチン−Ｂである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはウテログロビンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはフィブリノーゲンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥＧＦＲである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはレプチンである。
いくつかの当該実施形態では、方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、当該バイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、本方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がＭＤＳの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、ＭＤＳに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、ＭＤＳの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、ＭＤＳの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔バイオマーカーの治療後の変化〕
本開示のこの態様のいくつかの態様では、予測方法は、さらに、被験体又は被験体に由来する試料において、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤を治療又は治療コース後に、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価するその後の工程を含み、本明細書に記載の１又はそれ以上のバイオマーカーの第２試料プロファイルを得る。
すなわち、いくつかの実施形態では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程；を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＰ、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程；を含む。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、Ａｘｌの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＡｘｌの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
〔治療後予測のバイオマーカー及び方法〕
臨床試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８４０８）から得られた患者データを解析することにより、発明者らは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤によるＭＤＳ患者の治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で上昇するが、「非応答性」の被験体の血清中では上昇しないことを発見した（実施例１参照）。同様に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で低下するが、「非応答性」の被験体の血清中では低下しない。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療の前後に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価することで、被験体が前記薬剤による治療に感受性又は応答性であることを決定又は確認しうる。
従って、当該側面の第２態様では、本開示は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触した後に、被験体又は前記被験体に由来する試料における、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。好ましい態様では、試料プロファイルは、被験体を、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる。
本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本開示のこの態様の好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療する前に、同じ被験体から得られる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＭＤＳである対照被験体の集団から得られる。他の態様では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」又は値の「標準範囲」のプロファイルである。
従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、対照プロファイルが同一の被験体から得られる態様では、被験体をＥＭＴ又はがん治療剤を阻害又は逆転しうる薬剤と接触させた後の、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。当該態様では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡｘｌを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルの活性、発現、又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。本開示の本態様のいくつかの実施形態では、被験体は、上記本開示の本側面の第１態様による予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために選択された。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」とは、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
本開示の当該ＭＤＳ側面で用いる、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、上記のＡＭＬ側面の記載のように特定される（上記と同項目、第１４頁第１９行目〜第１７頁第７行目参照）。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。好ましくは、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、各々がそれぞれのバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にＭＤＳである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がＭＤＳによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該１又はそれ以上のバイオマーカーの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２：７０３５）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
好ましくは、バイオマーカーレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＣＡ， ２０００， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１（８）：３７９−８２）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、ＭａｃＢｅａｔｈ ａｎｄ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ， ２０００， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２８９（５４８５）：１７６０−１７６３に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの測定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中の１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該試料からＲＮＡを抽出し、ＱＰＣＲによる遺伝子発現の検出を含みうる。いくつかの他の実施形態では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットでタンパク質産物を検出することで検出しうる。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数の決定により評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇら（Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． Ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｓ ａｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ ｏｆ Ｈｉｒｓｃｈｓｐｒｕｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ． ２０１１；６（６））に記載されるＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態では、当該方法はインビトロ又はエクスビボで行われる。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示のこの側面の第３態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のため、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、その疑いがある、又は骨髄異形成症候群と診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記本明細書の本側面の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体の同定工程；及び、当該同定された被験体の治療のための選択工程を含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、その疑いがある、又は骨髄異形成症候群と診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、本開示のこの側面の上記第２態様により特定された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定し、かつ、当該同定された被験体の治療のための選択を含む。
本開示のこの態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載される、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤の被験体への投与を含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。
いくつかの好ましい実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、当該治療は、単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はシタラビンである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はデシタビンである。
〔キット〕
本開示の本側面の第４態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断キットを提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
他の実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断装置を提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は本明細書に記載されたバイオマーカーの１つに選択的に結合する；かつ、当該１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカーにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。いくつかの実施形態では、各特異的結合メンバーは、Ａｘｌと選択的に結合する特異的結合メンバー、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌと選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーと選択的に結合する特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ、から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
本開示はまた、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における当該診断キット及び試験装置の使用を提供する。好ましい実施形態では、がん関連転帰は、本明細書に記載される、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、ＭＤＳであり、であると疑われる、又は、と診断されている。
いくつかの実施形態では、本方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定され得る。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法において、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第６態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第７態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンの１又はそれ以上の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、Ａｘｌ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンの使用に関する。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第８態様は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された、被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
他の実施形態では、当該方法は、以下の：（ａ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び（ｂ）本開示の第２側面の上記第２側面に従って定義された予測方法を用いて、前記被験体が前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程を含む。ある実施形態では、本方法はさらに、（ｃ）前記被験体が前記治療に感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転させることができる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤を、前記被験体に投与することを含む。
本開示の本側面の第９態様は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第１０態様は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はシタラビンである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はデシタビンである。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群より選択され；かつ、
ここで、前記被験体が、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；を含む、請求項１０１に記載の方法。
１０３．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２に記載の方法。
１０４．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０３に記載の方法。
１０５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）ＭＤＳである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）ＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｉｉ）バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、ＭＤＳであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｉｖ）ＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖ）ＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）ＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、である、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０７．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンのうちの少なくとも１つを含み、ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
１０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、及び／又はＩＬ−８のうちの少なくとも１つを含み、
対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０８のうちのいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおいて、以下の：
Ａｘｌの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＴＦＲ１の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＦＡＳの活性、発現、又は量が；及び／又は、
ＩＬ−８の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＴＨＰの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＴＲＡＩＬ−Ｒ３の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＭＤＣの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＡＬＰの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＴＦＦ３の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＦＡＢＰの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ｖＷＦの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＶＤＢＰの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
シスタチン−Ｂの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ウテログロビンの活性、発現又は量が高く；及び／又は、
ｖＷＦの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＥＧＦＲの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
レプチンの活性、発現、又は量が高い；
場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び以下の：Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１２．以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版（ｅｎｔｒｙ ｖｅｒｓｉｏｎ）１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
トランスフェリン受容体タンパク質１（ＴＦＲ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７８６（登録版２２２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ＦＡＳＬＧ受容体（ＦＡＳ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２５４４５−１、Ｐ２５４４５−２、Ｐ２５４４５−３、Ｐ２５４４５−４、Ｐ２５４４５−５、Ｐ２５４４５−６、又はＰ２５４４５−７（登録版２２７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
インターロイキン−８（ＩＬ−８）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１０１４５（登録版２１０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
Ｔａｍｍ−Ｈｏｒｓｆａｌｌ尿中糖タンパク質（ＴＨＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７９１１−１、Ｐ０７９１１−２、Ｐ０７９１１−３、Ｐ０７９１１−４、又はＰ０７９１１−５（登録版１８２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ＴＮＦ関連アポトーシス誘導性リガンド受容体３（ＴＲＡＩＬ−Ｒ３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ１４７９８（登録版１５２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
マクロファージ由来ケモカイン（ＭＤＣ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ００６２６（登録版１５３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０３９７３（登録版１８４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
トレフォイル因子３（ＴＦＦ３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ０７６５４（登録版１６１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
脂肪酸結合タンパク質、脂肪細胞（ＦＡＢＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１５０９０（登録版１８３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
フォンウィルブランド因子（ｖＷＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０４２７５−１又はＰ０４２７５−２（登録版２３３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）バイオマーカーバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７４−１、Ｐ０２７７４−２、又はＰ０２７７４−３（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
シスタチン−Ｂバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０４０８０（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ウテログロビンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１１６８４（登録版１６３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
フィブリノーゲンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６７１−１若しくはＰ０２６７１−２（登録版２２７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ５０４Ｕ８（登録版１３８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；及び／又は
レプチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４１１５９（登録版１７６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；又は、
前記アミノ酸配列をコードする全長の核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、
１０１〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
１１３．前記方法が、前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、１０１〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
１１４．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、
検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１０４〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
１１５．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１１４に記載の方法。
１１６．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１１５に記載の方法。
１１７．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ選択される技術を用いて行われる、１１５又は１１６に記載の方法。
１１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＭＤＳによって変化しない、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１２０．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
１２１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１２０に記載の方法。
１２２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１２１に記載の方法。
１２３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２２に記載の方法。
１２４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１２３に記載の方法。
１２５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２３に記載の方法。
１２６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１２１記載の方法。
１２７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１２６に記載の方法。
１２８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１２９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１３０．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘｉｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１２９に記載の方法。
１３１．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、１２９記載の方法。
１３２．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、１３１に記載の方法。
１３３．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、１３１に記載の方法。
１３４．前記被験体が哺乳動物である、１０１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３５．前記被験体がヒトである、１３４に記載の方法。
１３６．前記予測方法は、ＭＤＳの治療又は治療コース前に実施される、１０１〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
１３７．前記予測方法は、ＭＤＳの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１３８．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１３５又は１３７のいずれか一項に記載の方法。
１３９．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１３８に記載の方法。
１４０．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１３８又は１３９に記載の方法。
１４１．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１４２．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４３．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４４．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１４３のいずれか一項に記載の方法。
１４５．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１４４に記載の方法。
１４６．前記試料は、血清試料である、１４５に記載の方法。
１４７．前記方法が、前記被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価する後工程をさらに含み、試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる剤と、接触させた後に得られる、１０４〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
１４８．前記試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる、１０３に記載の方法。
１４９．前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、１４７又は１４８に記載の方法。
１５０．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５１．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５２．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５３．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、１５０に記載の方法。
１５５．前記被験体又は前記被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１４７〜１５４のいずれか一項に記載の方法：
１５６．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１５５に記載の方法。
１５７．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１５６に記載の方法。
１５８．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる、１５６又は１５７に記載の方法。
１５９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＭＤＳによって変化しない、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１４８〜１６０のいずれか一項に記載の方法。
１６２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１６１に記載の方法。
１６３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６２に記載の方法。
１６４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１６３に記載の方法。
１６５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６３に記載の方法。
１６６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１６１記載の方法。
１６７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１６６に記載の方法。
１６８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１６９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１７０．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、１６９に記載の方法。
１７１．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、１６９記載の方法。
１７２．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、１７１に記載の方法。
１７３．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、１７１に記載の方法。
１７４．前記被験体が哺乳動物である、１４８〜１７３のいずれか一項に記載の方法。
１７５．前記被験体がヒトである、１７４に記載の方法。
１７６．前記被験体が、上記１０１〜１４７のいずれか１つの予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる前記薬剤又は化学療法剤による治療に選択される、１４８〜１７５のいずれか一項に記載の方法。
１７７．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１４８〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
１７８．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１７７に記載の方法。
１７９．前記試料は、血清試料である、１７８に記載の方法。
１８０．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
２０１．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１４８〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０３．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１又は２０２に記載の方法。
２０４．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０３に記載の方法。
２０５．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２０６．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５に記載の方法。
２０７．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０６に記載の方法。
２０８．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０６に記載の方法。
２０９．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２１０．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０９に記載の方法。
２１１．前記治療が、単剤として投与される、２０３〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
２１２．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０３〜２１１のいずれか一項に記載の方法。
２１３．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１２に記載の方法。
２１４．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、２１２に記載の方法。
２１５．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、２１４に記載の方法。
２１６．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、２１４に記載の方法。
３０１．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、その各々は、前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キット。
３０２．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための、その各々は前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置。
３０３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群より選択されからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３に記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０７．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０６のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０７に記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１０に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記被験体が、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、３０７〜３１０のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、３０７〜３１５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１９．前記検出用試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１７又は３１８に記載の使用。
３２０．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜１８０のいずれか１つに基づく方法である、３１７又は３１８に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＴＦＲ１、ＦＡＳ、ＩＬ−８、ＴＨＰ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＭＤＣ、ＡＬＰ、ＴＦＦ３、ＦＡＢＰ、ｖＷＦ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｂ、ウテログロビン、フィブリノーゲン、ＥＧＦＲ、及び／又はレプチンの１又はそれ以上の使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．（ｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が増えた場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；か、又は、（ｉｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が減少した場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；４０１の使用。
４０４．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、４０１〜４０３のいずれか一項に記載の使用。
５０１．骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；及び前記被験体が、上記１４８〜１８０のいずれかに記載の方法を用いて、前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程；を含む、方法。
５０５．前記方法が、前記被験体が前記治療に対して感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤又は化学療法剤を前記被験体に投与することを含む、５０４に記載の方法。
５０６．骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０７．骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０７のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０９に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１２に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．上記１３０に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１９．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
《第３側面：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）及び骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）》
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版（entry version）１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
線維芽細胞増殖因子２１（ＦＧＦ−２１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＳＡ１（登録版１４５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
マトリクスメタロプロテイナーゼ−１０（ＭＭＰ−１０）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９２３８（登録版１８５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
トランスフェリン受容体タンパク質１（ＴＦＲ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７８６（登録版２２２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
Ｔａｍｍ−Ｈｏｒｓｆａｌｌ尿中糖タンパク質（ＴＨＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７９１１−１、Ｐ０７９１１−２、Ｐ０７９１１−３、Ｐ０７９１１−４、又はＰ０７９１１−５（登録版１８２で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ヘモペキシンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７９０（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ハプトグロビンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００７３８−１若しくはＰ００７３８−２（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；及び／又は
免疫グロブリンＭ（ＩｇＭ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１８７１−１若しくはＰ０１８７１−２（登録版１８０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；ように特定され得る。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として定義され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する−４；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６の、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８４０８）から得られた患者データを解析して、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例１を参照）。同様に、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、本側面の第１態様では、本開示は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、線維芽細胞増殖因子２１（ＦＧＦ−２１）、マトリクスメタロプロテイナーゼ−１０（ＭＭＰ−１０）、トランスフェリン受容体タンパク質１（ＴＦＲ１）、Ｔａｍｍ−Ｈｏｒｓｆａｌｌ尿中糖タンパク質（ＴＨＰ）、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭ（ＩｇＭ）からなる群より選択される。
本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定された各バイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。同様に、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「非応答性」の被験体の血清よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清に存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。同様に、被験体の治療前に、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「非応答性」の被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体である。すなわち、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料において本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同じバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体の集団から得ることができる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体の集団から得ることができる。他の実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から得ることができる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体又は対照被験体の集団、ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体又はＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体又は対照被験体の集団であって、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されたもの（すなわち、非応答性被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、値の「閾値」、又は「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、反応被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、試料プロファイルで決定されるのと同じバイオマーカーの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性の被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、ＡＭＬ又はＭＤＳである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、ＡＭＬ又はＭＤＳである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがバイオマーカー発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定された各バイオマーカーの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体の集団から得られたもの；ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体の集団から得られたもの；ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（average）、中央値又は平均(mean)」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおける、本明細書中に記載された、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうるもの；である。同様に、対照プロファイルと比較して、本明細書中に記載された試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、及び／又はＴＦＲ１から選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して：Ａｘｌの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＦＧＦ−２１の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＭＭＰ−１０の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＴＦＲ１の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＴＨＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ヘモペキシンの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ハプトグロビンの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、免疫グロブリンＭの活性、発現、又は量がより高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」を下回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたバイオマーカー発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＡＭＬ又はＭＤＳでない被験体に典型的な値の「標準範囲」外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＡＭＬ又はＭＤＳでない被験体に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、値の「標準範囲」外にあってよい。正常値の上限及び下限は、ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
本明細書中で用いられる場合、用語「１又はそれ以上」とは、本明細書中に記載されるバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０をいう。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦＧＦ−２１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＭＰ−１０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＦＲ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＨＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはヘモペキシンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはハプトグロビンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは免疫グロブリンＭである。
いくつかの当該実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、当該バイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がＡＭＬ又はＭＤＳの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、ＡＭＬ又はＭＤＳに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、ＡＭＬ又はＭＤＳの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、ＡＭＬ又はＭＤＳの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔バイオマーカーの治療後の変化〕
本開示のこの態様のいくつかの態様では、予測方法は、さらに、被験体又は被験体に由来する試料において、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤を治療又は治療コース後に、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価するその後の工程を含み、本明細書に記載の１又はそれ以上のバイオマーカーの第２試料プロファイルを得る。
すなわち、いくつかの実施形態では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、当該１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、Ａｘｌの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＡｘｌの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
〔治療後予測のバイオマーカー及び方法〕
臨床試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８４０８）から得られた患者データを解析することにより、発明者らは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤によるＡＭＬ又はＭＤＳ患者の治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で上昇するが、「非応答性」の被験体の血清中では上昇しないことを発見した（実施例１参照）。同様に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で低下するが、「非応答性」の被験体の血清中では低下しない。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療の前後に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価することで、被験体が前記薬剤による治療に感受性又は応答性であることを決定又は確認しうる。
従って、当該側面の第２態様では、本開示は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又は急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）と診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触した後に、被験体又は前記被験体に由来する試料における、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本開示のこの態様の好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療する前に、同じ被験体から得られる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体の集団から得られる。他の態様では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」又は値の「標準範囲」のプロファイルである。
従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、対照プロファイルが同一の被験体から得られる態様では、被験体をＥＭＴ又はがん治療剤を阻害又は逆転しうる薬剤と接触させた後の、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。当該態様では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡｘｌを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、上記開示の本側面の第１態様による予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために選択された。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」とは、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
本開示の当該ＡＭＬ又はＭＤＳ側面で用いる、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、上記のＡＭＬ側面の記載のように特定される（上記と同項目、第１４頁第１９行目〜第１７頁第７行目参照）。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。好ましくは、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、各々がそれぞれのバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にＡＭＬ又はＭＤＳである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がＡＭＬ又はＭＤＳによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該１又はそれ以上のバイオマーカーの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２：７０３５）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
好ましくは、バイオマーカーレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＣＡ， ２０００， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１（８）：３７９−８２）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、ＭａｃＢｅａｔｈ ａｎｄ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ， ２０００， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２８９（５４８５）：１７６０−１７６３に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの測定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中の１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該試料からＲＮＡを抽出し、ＱＰＣＲによる遺伝子発現の検出を含みうる。いくつかの他の実施形態では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットでタンパク質産物を検出することで検出しうる。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数の決定により評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇら（Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． Ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｓ ａｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ ｏｆ Ｈｉｒｓｃｈｓｐｒｕｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ． ２０１１；６（６））に記載されるＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態では、当該方法はインビトロ又はエクスビボで行われる。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示のこの側面の第３態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のため、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、その疑いがある、又は骨髄異形成症候群と診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記本明細書の本側面の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体の同定工程；及び、当該同定された被験体の治療のための選択工程を含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、その疑いがある、又は骨髄異形成症候群と診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、本開示のこの側面の上記第２態様により特定された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定し、かつ、当該同定された被験体の治療のための選択を含む。
本開示のこの態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載される、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤の被験体への投与を含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。
いくつかの好ましい実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、当該治療は、単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はシタラビンである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はデシタビンである。
〔キット〕
本開示の本側面の第４態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断キットを提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
他の実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断装置を提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は本明細書に記載されたバイオマーカーの１つに選択的に結合する；かつ、当該１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカーにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。いくつかの実施形態では、各特異的結合メンバーは、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ、から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
本開示はまた、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における当該診断キット及び試験装置の使用を提供する。好ましい実施形態では、がん関連転帰は、本明細書に記載される、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、であると疑われる、又は、と診断されている。
いくつかの実施形態では、本方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定され得る。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法において、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第６態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第７態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭの１又はそれ以上の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、Ａｘｌ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンの使用に関する。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第８態様は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された、被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
他の実施形態では、当該方法は、以下の：（ａ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び（ｂ）本開示の第２側面の上記第２側面に従って定義された予測方法を用いて、前記被験体が前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程を含む。ある実施形態では、本方法はさらに、（ｃ）前記被験体が前記治療に感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転させることができる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤を、前記被験体に投与することを含む。
本開示の本側面の第９態様は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第１０態様は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はシタラビンである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はデシタビンである。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群より選択され；かつ、
ここで、前記被験体が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；を含む、１０１に記載の方法。
１０３．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２に記載の方法。
１０４．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０３に記載の方法。
１０５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｉｉ）バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、ＡＭＬ又はＭＤＳであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｉｖ）ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖ）ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、である、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０７．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭのうちの少なくとも１つを含み、ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
１０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、及び／又はＴＦＲ１のうちの少なくとも１つを含み、
対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０８のうちのいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおいて、以下の：
Ａｘｌの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＦＧＦ−２１の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＭＭＰ−１０の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＴＦＲ１の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＴＨＰの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ヘモペキシンの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ハプトグロビンＭの活性、発現、又は量が高い；
場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び以下のＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭ：から選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１２．以下の：
前記Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記線維芽細胞増殖因子２１（ＦＧＦ−２１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＳＡ１（登録版１４５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記マトリクスメタロプロテイナーゼ−１０（ＭＭＰ−１０）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９２３８（登録版１８５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記トランスフェリン受容体タンパク質１（ＴＦＲ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７８６（登録版２２２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記Ｔａｍｍ−Ｈｏｒｓｆａｌｌ尿中糖タンパク質（ＴＨＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７９１１−１、Ｐ０７９１１−２、Ｐ０７９１１−３、Ｐ０７９１１−４、又はＰ０７９１１−５（登録版１８２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記ヘモペキシンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７９０（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記ハプトグロビンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００７３８−１若しくはＰ００７３８−２（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記免疫グロブリンＭ（ＩｇＭ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１８７１−１若しくはＰ０１８７１−２（登録版１８０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；又は、
前記アミノ酸配列をコードする全長の核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、
１０１〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
１１３．前記方法が、前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、１０１〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
１１４．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、
検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１０４〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
１１５．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１１４に記載の方法。
１１６．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１１５に記載の方法。
１１７．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ選択される技術を用いて行われる、１１５又は１１６に記載の方法。
１１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＡＭＬ又はＭＤＳによって変化しない、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１２０．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
１２１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１２０に記載の方法。
１２２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１２１に記載の方法。
１２３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２２に記載の方法。
１２４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１２３に記載の方法。
１２５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２３に記載の方法。
１２６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１２１記載の方法。
１２７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１２６に記載の方法。
１２８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１２９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１３０．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘｉｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１２９に記載の方法。
１３１．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、１２９記載の方法。
１３２．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、１３１に記載の方法。
１３３．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、１３１に記載の方法。
１３４．前記被験体が哺乳動物である、１０１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３５．前記被験体がヒトである、１３４に記載の方法。
１３６．前記予測方法は、ＡＭＬ又はＭＤＳの治療前に実施される、１０１〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
１３７．前記予測方法は、ＡＭＬ又はＭＤＳの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１３８．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１３５又は１３７のいずれか一項に記載の方法。
１３９．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１３８に記載の方法。
１４０．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１３８又は１３９に記載の方法。
１４１．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１４２．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４３．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４４．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１４３のいずれか一項に記載の方法。
１４５．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１４４に記載の方法。
１４６．前記試料は、血清試料である、１４５に記載の方法。
１４７．前記方法が、前記被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価する後工程をさらに含み、試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる剤と、接触させた後に得られる、１０４〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
１４８．前記試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる、１０３に記載の方法。
１４９．前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、１４７又は１４８に記載の方法。
１５０．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５１．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５２．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５３．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、１５０に記載の方法。
１５５．前記被験体又は前記被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１４７〜１５４のいずれか一項に記載の方法：
１５６．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１５５に記載の方法。
１５７．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１５６に記載の方法。
１５８．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる、１５６又は１５７に記載の方法。
１５９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＡＭＬ又はＭＤＳによって変化しない、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１４８〜１６０のいずれか一項に記載の方法。
１６２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１６１に記載の方法。
１６３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６２に記載の方法。
１６４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１６３に記載の方法。
１６５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６３に記載の方法。
１６６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１６１記載の方法。
１６７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１６６に記載の方法。
１６８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１６９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１７０．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、１６９に記載の方法。
１７１．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、１６９記載の方法。
１７２．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、１７１に記載の方法。
１７３．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、１７１に記載の方法。
１７４．前記被験体が哺乳動物である、１４８〜１７３のいずれか一項に記載の方法。
１７５．前記被験体がヒトである、１７４に記載の方法。
１７６．前記被験体が、上記１０１〜１４７のいずれか１つの予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる前記薬剤又は化学療法剤による治療に選択される、１４８〜１７５のいずれか一項に記載の方法。
１７７．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１４８〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
１７８．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１７７に記載の方法。
１７９．前記試料は、血清試料である、１７８に記載の方法。
１８０．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
２０１．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１４８〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０３．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１又は２０２に記載の方法。
２０４．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０３に記載の方法。
２０５．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２０６．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５に記載の方法。
２０７．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０６に記載の方法。
２０８．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０６に記載の方法。
２０９．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２１０．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０９に記載の方法。
２１１．前記治療が、単剤として投与される、２０３〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
２１２．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０３〜２１１のいずれか一項に記載の方法。
２１３．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１２に記載の方法。
２１４．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、２１２に記載の方法。
２１５．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、２１４に記載の方法。
２１６．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、２１４に記載の方法。
３０１．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、その各々は、前記１又はそれ以上のバイオマーカーがＡｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キット。
３０２．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための、その各々は前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置。
３０３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群より選択されからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３に記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０７．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０６のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０７に記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１０に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記被験体が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、３０７〜３１０のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、３０７〜３１５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用。
３１９．前記検出用試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１７又は３１８に記載の使用。
３２０．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜１８０のいずれか１つに基づく方法である、３１７又は３１８に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭの１又はそれ以上の使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．（ｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が増えた場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；か、又は、（ｉｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が減少した場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；４０１の使用。
４０４．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、４０１〜４０３のいずれか一項に記載の使用。
５０１．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；及び前記被験体が、上記１４８〜１８０のいずれかに記載の方法を用いて、前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程；を含む、方法。
５０５．前記方法が、前記被験体が前記治療に対して感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤又は化学療法剤を前記被験体に投与することを含む、５０４に記載の方法。
５０６．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０７．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０７のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０９に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１２に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．上記１３０に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１９．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
《側面３ａ：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）及び骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）》
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版（entry version）１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
Ｔａｍｍ−Ｈｏｒｓｆａｌｌ尿中糖タンパク質（ＴＨＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７９１１−１、Ｐ０７９１１−２、Ｐ０７９１１−３、Ｐ０７９１１−４、又はＰ０７９１１−５（登録版１８２で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７４−１、Ｐ０２７７４−２、又はＰ０２７７４−３（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
上皮細胞接着分子（ＥｐＣａｍ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１６４２２−１（登録版１８６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ５０４Ｕ８（登録版１３８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
フェチュイン（Fetuin）−Ａバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７６５−１（登録版２０５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
インターロイキン−６受容体サブユニットβ（ＩＬ−６Ｒβ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０８８８７−１若しくはＰ０８８８７−２（登録版２１０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
補体Ｈ因子−関連タンパク質１（ＣＦＨＲ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ０３５９１−１（登録版１６３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
成長／分化因子１５（ＧＤＦ−１５）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９９９８８−１（登録版１６６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２６９２７（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
パラオキソナーゼ−１（ＰＯＮ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２７１６９−１（登録版２０２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
インシュリン（Ｃ−ペプチド）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１３０８−１（登録版２４５）、Ｆ８ＷＣＭ５−１（登録版５７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；及び／又は
アポリポタンパク質Ａ−ＩＩ（ＡｐｏＡ−ＩＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６５２−１（登録版２１７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；ように特定され得る。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として定義され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する−４；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６の、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８４０８）から得られた患者データを解析して、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例１を参照）。同様に、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、本側面の第１態様では、本開示は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、Ｆｅｔｕｉｎ−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群より選択される。
本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定された各バイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。同様に、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「非応答性」の被験体の血清よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清に存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。同様に、被験体の治療前に、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「非応答性」の被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体である。すなわち、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料において本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同じバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体の集団から得ることができる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体の集団から得ることができる。他の実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から得ることができる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体又は対照被験体の集団、ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体又はＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体又は対照被験体の集団であって、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されたもの（すなわち、非応答性被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、反応被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、試料プロファイルで決定されるのと同じバイオマーカーの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性の被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、ＡＭＬ又はＭＤＳである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、ＡＭＬ又はＭＤＳである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがバイオマーカー発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定された各バイオマーカーの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体の集団から得られたもの；ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体の集団から得られたもの；ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（average）、中央値又は平均(mean)」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおける、本明細書中に記載された、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうるもの；である。同様に、対照プロファイルと比較して、本明細書中に記載された試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ａｘｌ、ＧＤＦ−１５、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＣＦＨＲ１から選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して：Ａｘｌの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＧＤＦ−１５の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、インシュリン（ｃ−ペプチド）の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＣＦＨＲ１の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＶＤＢＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＴＨＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＥｐＣａｍの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＥＧＦＲの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、フェチュイン−Ａの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＩＬ−６Ｒβの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＭＳＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＰＯＮ−１の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＡｐｏＡ−ＩＩの活性、発現、又は量がより高い；場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」を下回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたバイオマーカー発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＡＭＬ又はＭＤＳでない被験体に典型的な値の「標準範囲」外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＡＭＬ又はＭＤＳでない被験体に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、値の「標準範囲」外にあってよい。正常値の上限及び下限は、ＡＭＬ又はＭＤＳでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
本明細書中で用いられる場合、用語「１又はそれ以上」とは、本明細書中に記載されるバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０をいう。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶＤＢＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＨＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥｐＣａｍである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥＧＦＲである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはフェチュイン−Ａである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−６Ｒβである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは免疫グロブリンＭである。
いくつかの当該実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、当該バイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がＡＭＬ又はＭＤＳの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、ＡＭＬ又はＭＤＳに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、ＡＭＬ又はＭＤＳの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、ＡＭＬ又はＭＤＳの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔バイオマーカーの治療後の変化〕
本開示のこの態様のいくつかの態様では、予測方法は、さらに、被験体又は被験体に由来する試料において、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤を治療又は治療コース後に、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価するその後の工程を含み、本明細書に記載の１又はそれ以上のバイオマーカーの第２試料プロファイルを得る。
すなわち、いくつかの実施形態では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、当該１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、Ａｘｌの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＡｘｌの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、ＶＤＢＰの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＶＤＢＰの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、ＴＨＰの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＴＨＰの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、ＥｐＣａｍの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＥｐＣａｍの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
〔治療後予測のバイオマーカー及び方法〕
臨床試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８４０８）から得られた患者データを解析することにより、発明者らは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤によるＡＭＬ又はＭＤＳ患者の治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で上昇するが、「非応答性」の被験体の血清中では上昇しないことを発見した（実施例１参照）。同様に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で低下するが、「非応答性」の被験体の血清中では低下しない。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療の前後に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価することで、被験体が前記薬剤による治療に感受性又は応答性であることを決定又は確認しうる。
従って、当該側面の第２態様では、本開示は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又は急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）と診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触した後に、被験体又は前記被験体に由来する試料における、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本開示のこの態様の好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療する前に、同じ被験体から得られる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体の集団から得られる。他の態様では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」又は値の「標準範囲」のプロファイルである。
従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、対照プロファイルが同一の被験体から得られる態様では、被験体をＥＭＴ又はがん治療剤を阻害又は逆転しうる薬剤と接触させた後の、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。当該態様では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡｘｌを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＶＤＢＰを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶＤＢＰである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＴＨＰを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＨＰである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＥｐＣａｍを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥｐＣａｍである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、上記開示の本側面の第１態様による予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために選択された。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」とは、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
本開示の当該ＡＭＬ又はＭＤＳ側面で用いる、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、上記のＡＭＬ側面の記載のように特定される（上記と同項目、第１４頁第１９行目〜第１７頁第７行目参照）。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。好ましくは、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、各々がそれぞれのバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にＡＭＬ又はＭＤＳである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がＡＭＬ又はＭＤＳによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該１又はそれ以上のバイオマーカーの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２：７０３５）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
好ましくは、バイオマーカーレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＣＡ， ２０００， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１（８）：３７９−８２）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、ＭａｃＢｅａｔｈ ａｎｄ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ， ２０００， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２８９（５４８５）：１７６０−１７６３に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの測定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中の１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該試料からＲＮＡを抽出し、ＱＰＣＲによる遺伝子発現の検出を含みうる。いくつかの他の実施形態では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットでタンパク質産物を検出することで検出しうる。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数の決定により評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇら（Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． Ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｓ ａｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ ｏｆ Ｈｉｒｓｃｈｓｐｒｕｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ． ２０１１；６（６））に記載されるＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態では、当該方法はインビトロ又はエクスビボで行われる。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示のこの側面の第３態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のため、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、その疑いがある、又は骨髄異形成症候群と診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記本明細書の本側面の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体の同定工程；及び、当該同定された被験体の治療のための選択工程を含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、その疑いがある、又は骨髄異形成症候群と診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、本開示のこの側面の上記第２態様により特定された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定し、かつ、当該同定された被験体の治療のための選択を含む。
本開示のこの態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載される、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤の被験体への投与を含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。
いくつかの好ましい実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、当該治療は、単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はシタラビンである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はデシタビンである。
〔キット〕
本開示の本側面の第４態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断キットを提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
他の実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断装置を提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は本明細書に記載されたバイオマーカーの１つに選択的に結合する；かつ、当該１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカーにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。いくつかの実施形態では、各特異的結合メンバーは、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ、から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
本開示はまた、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における当該診断キット及び試験装置の使用を提供する。好ましい実施形態では、がん関連転帰は、本明細書に記載される、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、ＡＭＬ又はＭＤＳであり、であると疑われる、又は、と診断されている。
いくつかの実施形態では、本方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定され得る。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法において、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第６態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第７態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩの１又はそれ以上の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、Ａｘｌ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩの使用に関する。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第８態様は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された、被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
他の実施形態では、当該方法は、以下の：（ａ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び（ｂ）本開示の第２側面の上記第２側面に従って定義された予測方法を用いて、前記被験体が前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程を含む。ある実施形態では、本方法はさらに、（ｃ）前記被験体が前記治療に感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転させることができる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤を、前記被験体に投与することを含む。
本開示の本側面の第９態様は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第１０態様は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はシタラビンである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はデシタビンである。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群より選択され；かつ、
ここで、前記被験体が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；を含む、１０１に記載の方法。
１０３．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２に記載の方法。
１０４．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０３に記載の方法。
１０５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）ＡＭＬ又はＭＤＳである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｉｉ）バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、ＡＭＬ又はＭＤＳであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｉｖ）ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖ）ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）ＡＭＬ又はＭＤＳであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、である、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０７．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩのうちの少なくとも１つを含み、ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
１０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＧＤＦ−１５、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＣＦＨＲ１、のうちの少なくとも１つを含み、
対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０８のうちのいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおいて、以下の：Ａｘｌの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、ＧＤＦ−１５の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、インシュリン（Ｃ−ペプチド）の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、ＣＦＨＲ１の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、ＴＨＰの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、ＶＤＢＰの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、ＥｐＣａｍの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、ＥＧＦＲの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、フェチュイン−Ａの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、ＩＬ−６Ｒβの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、ＭＳＰの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、ＰＯＮ−１の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、ＡｐｏＡ−ＩＩの活性、発現、又は量が高い；場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び以下のＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩ：から選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰ、及び以下の、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩ：から選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＴＨＰを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＴＨＰ、及び以下の：ＶＤＢＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＥｐＣａｍを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＥｐＣａｍ、及び以下の：ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰ及びＴＨＰを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰ及びＴＨＰ、並びに以下の：ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰ及びＥｐＣａｍを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰ及びＥｐＣａｍ、及び以下の：ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＥｐＣａｍ及びＴＨＰを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＥｐＣａｍ及びＴＨＰ、並びに以下の：ＶＤＢＰ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ及びＥｐＣａｍを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ及びＥｐＣａｍ、並びに以下の：ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。

１１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらにＡｘｌを含む、１１２〜１１８のいずれか一項に記載の方法。
１２０．以下の：
前記Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記Ｔａｍｍ−Ｈｏｒｓｆａｌｌ尿中糖タンパク質（ＴＨＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７９１１−１、Ｐ０７９１１−２、Ｐ０７９１１−３、Ｐ０７９１１−４、又はＰ０７９１１−５（登録版１８２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７４−１、Ｐ０２７７４−２、又はＰ０２７７４−３（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％若しくは１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含み；
前記上皮細胞接着分子（ＥｐＣａｍ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１６４２２−１（登録版１８６）は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７８６（登録版２２２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ５０４Ｕ８（登録版１３８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記フェチュイン−Ａバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７６５−１（登録版２０５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記インターロイキン−６受容体サブユニットβ（ＩＬ−６Ｒβ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０８８８７−１又はＰ０８８８７−２（登録版２１０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記補体Ｈ因子−関連タンパク質１（ＣＦＨＲ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ０３５９１−１（登録版１６２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記増殖／分化因子１５（ＧＤＦ−１５）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ０３５９１−１（登録版１６５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２６９２７（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記パラオキソナーゼ−１（ＰＯＮ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２７１６９−１（登録版２０２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；
前記インシュリン（Ｃ−ペプチド）バイオマーカーが、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１３０８−１（登録版２４５）、Ｆ８ＷＣＭ５−１（登録版５７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；及び／又は
前記アポリポタンパク質Ａ−ＩＩ（ＡｐｏＡ−ＩＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１８７１−１又はＰ０１８７１−２（登録版１８０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はその断片を含む；又は、
前記アミノ酸配列をコードする全長の核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、
１０１〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
１２１．前記方法が、前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、１０１〜１２０のいずれか一項に記載の方法。
１２２．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、
検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１０４〜１２１のいずれか一項に記載の方法。
１２３．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１２２に記載の方法。
１２４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１２３に記載の方法。
１２５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ選択される技術を用いて行われる、１２３又は１２４に記載の方法。
１２６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１２３〜１２５のいずれか一項に記載の方法。
１２７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＡＭＬ又はＭＤＳによって変化しない、１２３〜１２５のいずれか一項に記載の方法。
１２８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１２９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１２８に記載の方法。
１３０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１２９に記載の方法。
１３１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１３０に記載の方法。
１３２．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１３１に記載の方法。
１３３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１３１に記載の方法。
１３４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１２９記載の方法。
１３５．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１３４に記載の方法。
１３６．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１２８〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
１３７．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１２８〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
１３８．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘｉｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１３７に記載の方法。
１３９．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、１３７記載の方法。
１４０．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、１３９に記載の方法。
１４１．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、１３９に記載の方法。
１４２．前記被験体が哺乳動物である、１０１〜１４１のいずれか一項に記載の方法。
１４３．前記被験体がヒトである、１４２に記載の方法。
１４４．前記予測方法は、ＡＭＬ又はＭＤＳの治療前に実施される、１０１〜１４３のいずれか一項に記載の方法。
１４５．前記予測方法は、ＡＭＬ又はＭＤＳの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１４４のいずれか一項に記載の方法。
１４６．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１４３又は１４５のいずれか一項に記載の方法。
１４７．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１４６に記載の方法。
１４８．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１４６又は１４７に記載の方法。
１４９．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜１４４のいずれか一項に記載の方法。
１５０．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１４９に記載の方法。
１５１．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１４９に記載の方法。
１５２．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１５１のいずれか一項に記載の方法。
１５３．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１５２に記載の方法。
１５４．前記試料は、血清試料である、１５３に記載の方法。
１５５．前記方法が、前記被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価する後工程をさらに含み、試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる剤と、接触させた後に得られる、１０４〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
１５６．前記試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる、１０３に記載の方法。
１５７．前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、１５５又は１５６に記載の方法。
１５８．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１５７に記載の方法。
１５９．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１５７に記載の方法。
１６０．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１５７に記載の方法。
１６１．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１５７に記載の方法。
１６２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、１５８に記載の方法。
１６３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＶＤＢＰを含む、１５８に記載の方法。
１６４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＴＨＰを含む、１５８に記載の方法。
１６５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＥｐＣａｍを含む、１５８に記載の方法。
１６６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＶＤＢＰ及びＴＨＰを含む、１５８に記載の方法。
１６７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＶＤＢＰ及びＥｐＣａｍを含む、１５８に記載の方法。
１６８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＴＨＰ及びＥｐＣａｍを含む、１５８に記載の方法。
１６９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＶＤＢＰ、ＴＨＰ及びＥｐＣａｍを含む、１５８に記載の方法。
１７０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、さらに、Ａｘｌを含む、１６３〜１６９のいずれか一項に記載の方法。
１７１．前記被験体又は前記被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１４７〜１５５〜１７０のいずれか一項に記載の方法：
１７２．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１７１に記載の方法。
１７３．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１７２に記載の方法。
１７４．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる、１７２又は１７３に記載の方法。
１７５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１７２〜１７４のいずれか一項に記載の方法。
１７６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＡＭＬ又はＭＤＳによって変化しない、１７２〜１７４のいずれか一項に記載の方法。
１７７．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１５６〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
１７８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１７７に記載の方法。
１７９．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１７８に記載の方法。
１８０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１７９に記載の方法。
１８１．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１７９に記載の方法。
１８２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１７７記載の方法。
１８３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１８２に記載の方法。
１８４．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１７７〜１８３のいずれか一項に記載の方法。
１８５．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１７７〜１８３のいずれか一項に記載の方法。
１８６．前記さらなるがん治療は、上記１３８に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、１８５に記載の方法。
１８７．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、１８５記載の方法。
１８８．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、１８７に記載の方法。
１８９．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、１８７に記載の方法。
１９０．前記被験体が哺乳動物である、１５６〜１８９のいずれか一項に記載の方法。
１９１．前記被験体がヒトである、１９０に記載の方法。
１９２．前記被験体が、上記１０１〜１５５のいずれか１つの予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる前記薬剤又は化学療法剤による治療に選択される、１５６〜１９１のいずれか一項に記載の方法。
１９３．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１５６〜１９２のいずれか一項に記載の方法。
１９４．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１９３に記載の方法。
１９５．前記試料は、血清試料である、１９４に記載の方法。
１９６．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜１９５のいずれか一項に記載の方法。
２０１．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜１９６のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１５６〜１９６のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０３．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１又は２０２に記載の方法。
２０４．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０３に記載の方法。
２０５．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２０６．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５に記載の方法。
２０７．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０６に記載の方法。
２０８．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０６に記載の方法。
２０９．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２１０．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０９に記載の方法。
２１１．前記治療が、単剤として投与される、２０３〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
２１２．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０３〜２１１のいずれか一項に記載の方法。
２１３．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１２に記載の方法。
２１４．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、２１２に記載の方法。
２１５．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、２１４に記載の方法。
２１６．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、２１４に記載の方法。
３０１．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、その各々は、前記１又はそれ以上のバイオマーカーがＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キット。
３０２．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための、その各々は前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置。
３０３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：ＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩからなる群より選択されからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３に記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０７．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０６のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０７に記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１０に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記被験体が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、３０７〜３１０のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記方法は、１０１〜１９６のいずれか一項に記載の方法である、３０７〜３１５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＭＭＰ−１０、ＴＦＲ１、ＴＨＰ、ヘモペキシン、ハプトグロビン、及び／又は免疫グロブリンＭからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１９．前記検出用試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１７又は３１８に記載の使用。
３２０．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜１９６のいずれか１つに基づく方法である、３１７又は３１８に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしてのＶＤＢＰ、ＴＨＰ、ＥｐＣａｍ、ＥＧＦＲ、フェチュイン−Ａ、ＩＬ−６Ｒβ、Ａｘｌ、ＣＦＨＲ１、ＧＤＦ−１５、ＭＳＰ、ＰＯＮ−１、インシュリン（Ｃ−ペプチド）、及び／又はＡｐｏＡ−ＩＩの１又はそれ以上の使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．（ｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が増えた場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；か、又は、（ｉｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が減少した場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；４０１の使用。
４０４．前記方法は、１０１〜１９６のいずれか一項に記載の方法である、４０１〜４０３のいずれか一項に記載の使用。
５０１．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜１９６のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜１９６のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜１９６のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；及び前記被験体が、上記１５６〜１９６のいずれかに記載の方法を用いて、前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程；を含む、方法。
５０５．前記方法が、前記被験体が前記治療に対して感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤又は化学療法剤を前記被験体に投与することを含む、５０４に記載の方法。
５０６．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０７．急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０７のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０９に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１２に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．上記１３０に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、ピリミジン類似物質、例えば、アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン若しくはトロキサシタビン、又はシチジン類似物質、例えば、デシタビンである、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、シタラビンである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１９．前記さらなるがん治療は、デシタビンである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
《第４側面：メラノーマ》
悪性メラノーマとしても知られるメラノーマは、メラニン形成細胞から発生するがんの一種である。当該がんは、通常、皮膚に生じるが、口腔、腸、又は眼にもおこりうる。メラノーマに対する化学療法剤療法としては、例えば、イピリムマブ、ペムブロリズマブ、及びニボルマブがあげられる。転移性メラノーマに対する当該治療の成功率には未だ総じて限界があり、この種のがんに対する標的療法が未だに必要である（非特許文献６）。
従って、メラノーマである被験体におけるがん関連転帰、例えば、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性、を予測する安定したバイオマーカーは、特定の薬剤／計画による治療に反応するか又は利益を受ける見込みが最も高い被験体を同定するのに有用であろう。
本明細書で記載される「応答性」被験体とは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが高い、又は反応する（又は治療から利益を受ける）被験体である。
これに対応する、本明細書で記載される「非応答性」被験体は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが低い（又は反応しない）被験体である。
本明細書中で用いられる「治療に反応する」又は「治療から利益を得る」とは、治療からの全体的な臨床的利益を経験することをいう。この全体的な臨床的利益とは、生存期間の延長、疾患の部分寛解又は完全寛解、疾患の進行の遅延又は非進行、腫瘍の縮小（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍体積の減少（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍増大の遅延又は非増大、腫瘍体積増加の遅延又は非進行、生活の質の改善、無増悪生存、全体生存、又はその他の正の患者転帰；のいずれかである。腫瘍体積／負荷を決定する適当な方法は、当業者に周知であり、例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）又は磁気共鳴画像（ＭＲＩ）画像技術；Ｘ線画像、例えば、マンモグラフィ；超音波画像；核画像、例えば、陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）、ＰＥＴ／ＣＴスキャン、骨スキャン、ガリウムスキャン、又はメタヨードベンジルグアニジン（ＭＩＢＧ）スキャン；生物発光画像（ＢＬＩ）；蛍光画像（ＦＬＩ）；ＢＤ ＴｏＦ（赤外線系３Ｄ飛行時間カメラ画像技術である。
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版（entry version）１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６ｒ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０８８８７−１又はＰ０８８８７−２（登録版２１０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ケモカインＣＣ−４（ＨＣＣ−４）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ１５４６７（登録版１４６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
メタロプロテイナーゼ１の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１０３３（登録版２０２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９９０７５（登録版１７１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０３９７３（登録版１８４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
トランスフォーミング増殖因子β１の潜伏関連ペプチド（ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１３７（登録版２３５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
上皮成長因子（ＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１３３−１、Ｐ０１１３３−２、又はＰ０１１３３−３（登録版２０４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
血小板由来成長因子ＢＢ（ＰＤＧＦ−ＢＢ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１２７−１又はＰ０１１２７−２（登録版２１７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ００３００（登録版１５５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７５（登録版１９１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ＳＴ２バイオマーカーが、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ０１６３８−１、Ｑ０１６３８−２、Ｑ０１６３８−３又はＱ０１６３８−４（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
腫瘍壊死因子受容体Ｉ（ＴＮＦ ＲＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１９４３８−１、Ｐ１９４３８−２、Ｐ１９４３８−３、Ｐ１９４３８−４、又はＰ１９４３８−５（登録版２２５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１５６９２−１、Ｐ１５６９２−２、Ｐ１５６９２−３、Ｐ１５６９２−４、Ｐ１５６９２−５、Ｐ１５６９２−６、Ｐ１５６９２−７、Ｐ１５６９２−８、Ｐ１５６９２−９、Ｐ１５６９２−１０、Ｐ１５６９２−１１、Ｐ１５６９２−１２、Ｐ１５６９２−１３、Ｐ１５６９２−１４、Ｐ１５６９２−１５、Ｐ１５６９２−１６、Ｐ１５６９２−１７、又はＰ１５６９２−１８（登録版２３０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
成長調節αタンパク質（ＧＲＯ−α）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９３４１（登録版１８３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；と特定されうる。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として特定され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する−４；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６の、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＩＬ００６（ＮＣＴ０２８７２２５９）から得られた患者データを解析して、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、メラノーマである被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例２及び７を参照）。同様に、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、本側面の第１態様では、本開示は、メラノーマである、の疑いがある、又はメラノーマと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６ｒ）、ケモカインＣＣ−４（ＨＣＣ−４）、メタロプロテイナーゼ１の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−１）、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）、抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）、トランスフォーミング増殖因子β１の潜伏関連ペプチド（ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、血小板由来増殖因子ＢＢ（ＰＤＧＦ−ＢＢ）、オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）、好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）、ＳＴ２、腫瘍壊死因子受容体Ｉ（ＴＮＦ ＲＩ）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、増殖調節αタンパク質（ＧＲＯ−α）及び／又は乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）からなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６ｒ）、ケモカインＣＣ−４（ＨＣＣ−４）、メタロプロテイナーゼ１の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−１）、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）、抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）、トランスフォーミング増殖因子β１の潜伏関連ペプチド（ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、血小板由来増殖因子ＢＢ（ＰＤＧＦ−ＢＢ）、オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）、好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）、ＳＴ２、腫瘍壊死因子受容体Ｉ（ＴＮＦ ＲＩ）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、及び／又は増殖調節αタンパク質（ＧＲＯ−α）からなる群より選択される。
本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定された各バイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。同様に、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「非応答性」の被験体の血清よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清に存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。同様に、被験体の治療前に、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「非応答性」の被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体である。すなわち、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料において本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同じバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマである対照被験体の集団から得ることができる。ある実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマでない対照被験体の集団から得ることができる。他の実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から得ることができる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、メラノーマである対照被験体又は対照被験体の集団、メラノーマでない対照被験体又はメラノーマである対照被験体又は対照被験体の集団であって、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されたもの（すなわち、非応答性被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、メラノーマであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、反応被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、試料プロファイルで決定されるのと同じバイオマーカーの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性の被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、メラノーマである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、メラノーマである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがバイオマーカー発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定された各バイオマーカーの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：メラノーマである対照被験体の集団から得られたもの；メラノーマでない対照被験体の集団から得られたもの；メラノーマであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（average）、中央値又は平均(mean)」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおける、本明細書中に記載された、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうるもの；である。同様に、対照プロファイルと比較して、本明細書中に記載された試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、及び／又はＨＣＣ−４から選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して：Ａｘｌの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＩＬ−６ｒの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＨＣＣ−４の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＴＩＭＰ−１の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＨＢ−ＥＧＦの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＡＬＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＥＧＦの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＰＤＧＦ−ＢＢの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＯＰＧの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＮＡＰ−２の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＳＴ２の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＴＮＦ ＲＩの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＶＥＧＦの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＧＲＯ−αの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＬＤＨの活性、発現、又は量がより高い；場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、メラノーマである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、メラノーマである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、メラノーマである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」を下回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、メラノーマである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、メラノーマである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたバイオマーカー発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、メラノーマであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、メラノーマであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、メラノーマでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、メラノーマでない被験体に典型的な値の「標準範囲」外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、メラノーマでない被験体に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、値の「標準範囲」外にあってよい。正常値の上限及び下限は、メラノーマでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
１又はそれ以上のバイオマーカーがＬＤＨを含む実施形態では、２８７ユニット／リットル（Ｕ／Ｌ）を超えるＬＤＨの発現又は量は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
本明細書中で用いられる場合、用語「１又はそれ以上」とは、本明細書中に記載されるバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０をいう。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−６ｒである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＣＣ−４である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＩＭＰ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＬＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＰＤＧＦ−ＢＢである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＯＰＧである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮＡＰ−２である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＳＴ２である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＮＦ ＲＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＧＲＯ−αである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。その他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌ及びＬＤＨである。
いくつかの当該実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、当該バイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＬＤＨ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及びＬＤＨ並びに、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がメラノーマの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、メラノーマに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、メラノーマの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、メラノーマの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔バイオマーカーの治療後の変化〕
本開示のこの態様のいくつかの態様では、予測方法は、さらに、被験体又は被験体に由来する試料において、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤を治療又は治療コース後に、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価するその後の工程を含み、本明細書に記載の１又はそれ以上のバイオマーカーの第２試料プロファイルを得る。
すなわち、いくつかの実施形態では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、当該１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、当該１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、及び／又はＧＲＯ−αからなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、Ａｘｌの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＡｘｌの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
〔治療後予測のバイオマーカー及び方法〕
臨床試験ＢＧＢＩＬ００６（ＮＣＴ０２８７２２５９）から得られた患者データを解析することにより、発明者らは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤によるメラノーマ患者の治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で上昇するが、「非応答性」の被験体の血清中では上昇しないことを発見した。同様に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で低下するが、「非応答性」の被験体の血清中では低下しない。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療の前後に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価することで、被験体が前記薬剤による治療に感受性又は応答性であることを決定又は確認しうる。
従って、当該側面の第２態様では、本開示は、メラノーマである、の疑いがある、又はメラノーマと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触した後に、被験体又は前記被験体に由来する試料における、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本開示のこの態様の好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療する前に、同じ被験体から得られる。ある実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマである対照被験体の集団から得られる。他の態様では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」又は値の「標準範囲」のプロファイルである。
従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、対照プロファイルが同一の被験体から得られる態様では、被験体をＥＭＴ又はがん治療剤を阻害又は逆転しうる薬剤と接触させた後の、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。当該態様では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡｘｌを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、上記開示の本側面の第１態様による予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために選択された。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」とは、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
本開示の当該メラノーマ側面で用いる、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、以下の好ましい実施形態以外は、上記のＡＭＬ側面の記載のように特定される（上記と同項目、第１４頁第１９行目〜第１７頁第２行目参照）。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの実施形態では、ＬＤＨの活性を評価する工程を含み、ＬＤＨの活性評価は、被験体又は被験体に由来する試料におけるＬＤＨの酵素活性の測定工程を含む。好ましくは、当該酵素活性は、被験体又は被験体に由来する試料中のＬＤＨにより触媒される酵素反応の基質又は生成物のレベル又は量を測定して評価される。特に好ましい実施形態では、当該酵素活性は、被験体又は被験体由来の試料中の還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤＨ）のレベル又は量の測定により評価される。ある実施形態では、これは、比色アッセイ、例えば、Sigma-Aldrich製カタログ番号ＭＡＫ０６６の比色アッセイを用いて測定しうる。ＬＤＨ活性評価の他の適当なアッセイは、当業者に周知である。特に好ましい態様では、ＬＤＨ活性は、血液又は血清中のＬＤＨの酵素活性の測定により評価される。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。好ましくは、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、各々がそれぞれのバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にメラノーマである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がメラノーマによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該１又はそれ以上のバイオマーカーの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２：７０３５）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
好ましくは、バイオマーカーレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＣＡ， ２０００， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１（８）：３７９−８２）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、ＭａｃＢｅａｔｈ ａｎｄ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ， ２０００， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２８９（５４８５）：１７６０−１７６３に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの測定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中の１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該試料からＲＮＡを抽出し、ＱＰＣＲによる遺伝子発現の検出を含みうる。いくつかの他の実施形態では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットでタンパク質産物を検出することで検出しうる。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数の決定により評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇら（Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． Ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｓ ａｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ ｏｆ Ｈｉｒｓｃｈｓｐｒｕｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ． ２０１１；６（６））に記載されるＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態では、当該方法はインビトロ又はエクスビボで行われる。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示のこの側面の第３態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のため、メラノーマである、その疑いがある、又はメラノーマと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記本明細書の本側面の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体の同定工程；及び、当該同定された被験体の治療のための選択工程を含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、メラノーマである、その疑いがある、又はメラノーマと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、本開示のこの側面の上記第２態様により特定された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定し、かつ、当該同定された被験体の治療のための選択を含む。
本開示のこの態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載される、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤の被験体への投与を含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。
いくつかの好ましい実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、当該治療は、単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である。
〔キット〕
本開示の本側面の第４態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断キットを提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、及び／又はＧＲＯ−αからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
他の実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断装置を提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、及び／又はＧＲＯ−αからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は本明細書に記載されたバイオマーカーの１つに選択的に結合する；かつ、当該１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカーにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。いくつかの実施形態では、各特異的結合メンバーは、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、及び／又はＧＲＯ−αからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＬＤＨに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、及び／又はＧＲＯ−αからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、ＬＤＨに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、及び／又はＧＲＯ−αからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ、から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
本開示はまた、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における当該診断キット及び試験装置の使用を提供する。好ましい実施形態では、がん関連転帰は、本明細書に記載される、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、メラノーマであり、であると疑われる、又は、と診断されている。
いくつかの実施形態では、本方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定され得る。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法においてＡｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第６態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的であるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第７態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨの１又はそれ以上の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、Ａｘｌ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＬＤＨ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＡｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、及び／又はＧＲＯ−αの使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、Ａｘｌ、ＬＤＨ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、及び／又はＧＲＯ−αの使用に関する。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第８態様は、メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された、被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
他の実施形態では、当該方法は、以下の：（ａ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び（ｂ）本開示の第２側面の上記第２側面に従って定義された予測方法を用いて、前記被験体が前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程を含む。ある実施形態では、本方法はさらに、（ｃ）前記被験体が前記治療に感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転させることができる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤を、前記被験体に投与することを含む。
本開示の本側面の第９態様は、メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第１０態様は、メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群より選択され；かつ、
ここで、前記被験体が、メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；を含む、１０１に記載の方法。
１０３．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２に記載の方法。
１０４．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０３に記載の方法。
１０５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）メラノーマである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）メラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｉｉ）バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、メラノーマであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｉｖ）メラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖ）メラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）メラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、である、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０７．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨのうちの少なくとも１つを含み、ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
１０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、及び／又はＨＣＣ−４のうちの少なくとも１つを含み、
対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０８のうちのいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおいて、以下の：
Ａｘｌの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＩＬ−６ｒの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＨＣＣ−４の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＴＩＭＰ−１の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＨＢ−ＥＧＦの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＡＬＰの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＥＧＦの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＰＤＧＦ−ＢＢの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＯＰＧの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＮＡＰ−２の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＳＴ２の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＴＮＦ ＲＩの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＶＥＧＦの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＧＲＯ−αの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＬＤＨの活性、発現、又は量が高い；場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌを及び／又はＬＤＨ含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び以下の：ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１２．以下の：
前記Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６ｒ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０８８８７−１又はＰ０８８８７−２（登録版２１０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ケモカインＣＣ−４（ＨＣＣ−４）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ１５４６７（登録版１４６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
メタロプロテイナーゼ１の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１０３３（登録版２０２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９９０７５（登録版１７１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０３９７３（登録版１８４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
トランスフォーミング増殖因子β１の潜伏関連ペプチド（ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１３７（登録版２３５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
上皮成長因子（ＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１３３−１、Ｐ０１１３３−２、又はＰ０１１３３−３（登録版２０４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
血小板由来成長因子ＢＢ（ＰＤＧＦ−ＢＢ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１２７−１又はＰ０１１２７−２（登録版２１７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ００３００（登録版１５５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７５（登録版１９１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ＳＴ２バイオマーカーが、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ０１６３８−１、Ｑ０１６３８−２、Ｑ０１６３８−３又はＱ０１６３８−４（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
腫瘍壊死因子受容体Ｉ（ＴＮＦ ＲＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１９４３８−１、Ｐ１９４３８−２、Ｐ１９４３８−３、Ｐ１９４３８−４、又はＰ１９４３８−５（登録版２２５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１５６９２−１、Ｐ１５６９２−２、Ｐ１５６９２−３、Ｐ１５６９２−４、Ｐ１５６９２−５、Ｐ１５６９２−６、Ｐ１５６９２−７、Ｐ１５６９２−８、Ｐ１５６９２−９、Ｐ１５６９２−１０、Ｐ１５６９２−１１、Ｐ１５６９２−１２、Ｐ１５６９２−１３、Ｐ１５６９２−１４、Ｐ１５６９２−１５、Ｐ１５６９２−１６、Ｐ１５６９２−１７、又はＰ１５６９２−１８（登録版２３０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
成長調節αタンパク質（ＧＲＯ−α）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９３４１（登録版１８３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；又は、
前記アミノ酸配列をコードする全長の核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、
１０１〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
１１３．前記方法が、前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、１０１〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
１１４．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、
検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１０４〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
１１５．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１１４に記載の方法。
１１６．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１１５に記載の方法。
１１７．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ選択される技術を用いて行われる、１１５又は１１６に記載の方法。
１１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はメラノーマによって変化しない、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１２０．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
１２１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１２０に記載の方法。
１２２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１２１に記載の方法。
１２３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２２に記載の方法。
１２４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１２３に記載の方法。
１２５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２３に記載の方法。
１２６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１２１記載の方法。
１２７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１２６に記載の方法。
１２８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１２９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１３０．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘｉｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１２９に記載の方法。
１３１．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、１２９に記載の方法。
１３２．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、１３１に記載の方法。
１３３．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、１３１に記載の方法。
１３４．前記被験体が哺乳動物である、１０１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３５．前記被験体がヒトである、１３４に記載の方法。
１３６．前記予測方法は、メラノーマの治療前に実施される、１０１〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
１３７．前記予測方法は、メラノーマの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１３８．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１３５又は１３７のいずれか一項に記載の方法。
１３９．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１３８に記載の方法。
１４０．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１３８又は１３９に記載の方法。
１４１．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１４２．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４３．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４４．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１４３のいずれか一項に記載の方法。
１４５．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１４４に記載の方法。
１４６．前記試料は、血清試料である、１４５に記載の方法。
１４７．前記方法が、前記被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価する後工程をさらに含み、試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる剤と、接触させた後に得られる、１０４〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
１４８．前記試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる、１０３に記載の方法。
１４９．前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、１４７又は１４８に記載の方法。
１５０．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５１．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５２．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５３．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、１５０に記載の方法。
１５５．前記被験体又は前記被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１４７〜１５４のいずれか一項に記載の方法：
１５６．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１５５に記載の方法。
１５７．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１５６に記載の方法。
１５８．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる、１５６又は１５７に記載の方法。
１５９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はメラノーマによって変化しない、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１４８〜１６０のいずれか一項に記載の方法。
１６２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１６１に記載の方法。
１６３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６２に記載の方法。
１６４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１６３に記載の方法。
１６５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６３に記載の方法。
１６６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１６１記載の方法。
１６７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１６６に記載の方法。
１６８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１６９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１７０．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、１６９に記載の方法。
１７１．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、１６９記載の方法。
１７２．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、１７１に記載の方法。
１７３．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、１７１に記載の方法。
１７４．前記被験体が哺乳動物である、１４８〜１７３のいずれか一項に記載の方法。
１７５．前記被験体がヒトである、１７４に記載の方法。
１７６．前記被験体が、上記１０１〜１４７のいずれか１つの予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる前記薬剤又は化学療法剤による治療に選択される、１４８〜１７５のいずれか一項に記載の方法。
１７７．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１４８〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
１７８．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１７７に記載の方法。
１７９．前記試料は、血清試料である、１７８に記載の方法。
１８０．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
２０１．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１４８〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０３．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１又は２０２に記載の方法。
２０４．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０３に記載の方法。
２０５．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２０６．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５に記載の方法。
２０７．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０６に記載の方法。
２０８．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０６に記載の方法。
２０９．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２１０．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０９に記載の方法。
２１１．前記治療が、単剤として投与される、２０３〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
２１２．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０３〜２１１のいずれか一項に記載の方法。
２１３．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１２に記載の方法。
２１４．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、２１２に記載の方法。
２１５．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、２１４に記載の方法。
２１６．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、２１４に記載の方法。
３０１．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、その各々は、前記１又はそれ以上のバイオマーカーがＡｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キット。
３０２．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための、その各々は前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置。
３０３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３に記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０７．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０６のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０７に記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１０に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記被験体が、メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、３０７〜３１０のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、３０７〜３１５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用。
３１９．前記検出用試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１７又は３１８に記載の使用。
３２０．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜１８０のいずれか１つに基づく方法である、３１７又は３１８に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨの１又はそれ以上の使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．（ｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が増えた場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；か、又は、（ｉｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が減少した場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；４０１の使用。
４０４．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、４０１〜４０３のいずれか一項に記載の使用。
５０１．メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；及び前記被験体が、上記１４８〜１８０のいずれかに記載の方法を用いて、前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程；を含む、方法。
５０５．前記方法が、前記被験体が前記治療に対して感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤又は化学療法剤を前記被験体に投与することを含む、５０４に記載の方法。
５０６．メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０７．メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０７のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０９に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１２に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．上記１３０に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１９．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、である、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
《第４側面４ａ：メラノーマ》
悪性メラノーマとしても知られるメラノーマは、メラニン形成細胞から発生するがんの一種である。当該がんは、通常、皮膚に生じるが、口腔、腸、又は眼にもおこりうる。メラノーマに対する化学療法剤療法としては、例えば、イピリムマブ、ペムブロリズマブ、及びニボルマブがあげられる。転移性メラノーマに対する当該治療の成功率には未だ総じて限界があり、この種のがんに対する標的療法が未だに必要である（非特許文献６）。
従って、メラノーマである被験体におけるがん関連転帰、例えば、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性、を予測する安定したバイオマーカーは、特定の薬剤／計画による治療に反応するか又は利益を受ける見込みが最も高い被験体を同定するのに有用であろう。
本明細書で記載される「応答性」被験体とは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが高い、又は反応する（又は治療から利益を受ける）被験体である。
これに対応する、本明細書で記載される「非応答性」被験体は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが低い（又は反応しない）被験体である。
本明細書中で用いられる「治療に反応する」又は「治療から利益を得る」とは、治療からの全体的な臨床的利益を経験することをいう。この全体的な臨床的利益とは、生存期間の延長、疾患の部分寛解又は完全寛解、疾患の進行の遅延又は非進行、腫瘍の縮小（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍体積の減少（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍増大の遅延又は非増大、腫瘍体積増加の遅延又は非進行、生活の質の改善、無増悪生存、全体生存、又はその他の正の患者転帰；のいずれかである。腫瘍体積／負荷を決定する適当な方法は、当業者に周知であり、例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）又は磁気共鳴画像（ＭＲＩ）画像技術；Ｘ線画像、例えば、マンモグラフィ；超音波画像；核画像、例えば、陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）、ＰＥＴ／ＣＴスキャン、骨スキャン、ガリウムスキャン、又はメタヨードベンジルグアニジン（ＭＩＢＧ）スキャン；生物発光画像（ＢＬＩ）；蛍光画像（ＦＬＩ）；ＢＤ ＴｏＦ（赤外線系３Ｄ飛行時間カメラ画像技術である。
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版（entry version）１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
α−フェトプロテイン（ＡＦＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７１−１（登録版１９２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９９０７５（登録版１７１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９２８２３−１、Ｑ９２８２３−２、Ｑ９２８２３−３、Ｑ９２８２３−４、Ｑ９２８２３−５、又はＱ９２８２３−６（登録版１７２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
腎障害分子−１（ＫＩＭ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９６Ｄ４２−１（登録版１４１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ＣＤ４０抗原（ＣＤ４０）は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２５９４２−１若しくはＰ２５９４２−２（登録版２２１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
クロモグラニン−Ａ（ＣｇＡ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１０６４５−１（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−２受容体α（ＩＬ−２受容体α）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１５８９−１（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ヒト絨毛性性腺刺激ホルモンβ（ｈＣＧ）は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０ＤＮ８６−１若しくはＰ０ＤＮ８６−２（登録版２６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
トランスフォーミング増殖因子β１の潜伏関連ペプチド（ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１３７（登録版２３５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
胸腺及び活性化調節ケモカイン（ＴＡＲＣ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９２５８３−１（登録版１６３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ＣＤ４０リガンド（ＣＤ４０−Ｌ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２９９６５（登録版１９９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
上皮成長因子（ＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１３３−１、Ｐ０１１３３−２、又はＰ０１１３３−３（登録版２０４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
血管内皮増殖因子受容体３（ＶＥＧＦＲ−３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３５９１６−１、Ｐ３５９１６−２、又はＰ３５９１６−３（登録版２０６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
膵分泌トリプシン阻害剤（ＴＡＴＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００９９５−１（登録版１９３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
マトリクスメタロプロテイナーゼ−７（ＭＭＰ−７）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９２３７−１（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
レプチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４１１５９（登録版１７６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
アポリポタンパク質Ａ−Ｉ（ＡｐｏＡ−Ｉ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６４７−１（登録版２４１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ペリオスチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５０６３−１、Ｑ１５０６３−２、Ｑ１５０６３−３、Ｑ１５０６３−４、Ｑ１５０６３−５、Ｑ１５０６３−６、Ｑ１５０６３−７（登録版１６０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
アンジオポイエチン−２（ＡＮＧ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ１５１２３−１、Ｏ１５１２３−２、又はＯ１５１２３−３（登録版１６３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
シスタチン−Ｃバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１０３４−１（登録版２１３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ヘプシンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５９８１−１（登録版１８３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６５４（登録版１７５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−１受容体１型（ＩＬ−１ＲＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１４７７８−１（登録版２１５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
エオタキシン−２バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ００１７５−１（登録版１６２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ミエロペルオキシダーゼ（ＭＰＯ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５１６４−１、Ｐ０５１６４−２、又はＰ０５１６４−３（登録版２１７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
フェリチン（ＦＲＴＮ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７９４（登録版２１３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；と特定されうる。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として特定され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する−４；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６の、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＩＬ００６（ＮＣＴ０２８７２２５９）から得られた患者データを解析して、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、メラノーマである被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例２及び７を参照）。同様に、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、本側面の第１態様では、本開示は、メラノーマである、の疑いがある、又はメラノーマと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、前記被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択される。
本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定された各バイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。同様に、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「非応答性」の被験体の血清よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清に存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。同様に、被験体の治療前に、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「非応答性」の被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体である。すなわち、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料において本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同じバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマである対照被験体の集団から得ることができる。ある実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマでない対照被験体の集団から得ることができる。他の実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から得ることができる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、メラノーマである対照被験体又は対照被験体の集団、メラノーマでない対照被験体又はメラノーマである対照被験体又は対照被験体の集団であって、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されたもの（すなわち、非応答性被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、メラノーマであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、反応被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、試料プロファイルで決定されるのと同じバイオマーカーの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性の被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、メラノーマである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、メラノーマである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがバイオマーカー発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定された各バイオマーカーの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：メラノーマである対照被験体の集団から得られたもの；メラノーマでない対照被験体の集団から得られたもの；メラノーマであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（average）、中央値又は平均(mean)」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおける、本明細書中に記載された、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうるもの；である。同様に、対照プロファイルと比較して、本明細書中に記載された試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＡＦＰ、ペリオスチン、ｈＣＧ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、及び／又はＦＲＴＮから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して：ＡＦＰの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ペリオスチンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ｈＣＧの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、エオタキシン−２の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＭＰＯの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＦＲＴＮの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＨＢ−ＥＧＦの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＣｇＡの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、Ｎｒ−ＣＡＭの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＫＩＭ−１の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＣＤ４０の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＥＧＦの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＩＬ−２受容体αの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＴＡＲＣの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＣＤ４０−Ｌの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＶＥＧＦＲ−３の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＴＡＴＩの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＭＭＰ−７の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、レプチンの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＡｐｏＡ−Ｉの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＡＮＧ−２の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、シスタチン−Ｃの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ヘプシンの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＡｐｏＣ−Ｉの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＩＬ−１ＲＩの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、Ａｘｌの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＬＤＨの活性、発現、又は量がより高い；場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、メラノーマである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、メラノーマである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、メラノーマである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」を下回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、メラノーマである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、メラノーマである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたバイオマーカー発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、メラノーマであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、メラノーマであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、メラノーマでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、メラノーマでない被験体に典型的な値の「標準範囲」外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、メラノーマでない被験体に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、値の「標準範囲」外にあってよい。正常値の上限及び下限は、メラノーマでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
１又はそれ以上のバイオマーカーがＬＤＨを含む実施形態では、２８７ユニット／リットル（Ｕ／Ｌ）を超えるＬＤＨの発現又は量は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
本明細書中で用いられる場合、用語「１又はそれ以上」とは、本明細書中に記載されるバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０をいう。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−２受容体αである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはｈＣＧである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＲＣである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０−Ｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶＥＧＦＲ−３である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＭＰ−７である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはレプチンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｐｏＡ−Ｉである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはペリオスチンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＮＧ−２である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはシスタチン−Ｃである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはヘプシンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｐｏＣ−Ｉである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−１ＲＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはエオタキシン−２であり、ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＰＯである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦＲＴＮである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。
いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥＧＦである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ及びＡＦＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＣｇＡである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＮｒ−ＣＡＭである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ及びＣｇＡである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ及びＮｒ−ＣＡＭである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ及びＮｒ−ＣＡＭである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ及びＣＤ４０である。ある態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭ及びＣＤ４０である。ある態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＨＢ−ＥＧＦ及びＡＦＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、ＨＢ−ＥＧＦ及びＮｒ−ＣＡＭである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＨＢ−ＥＧＦ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＨＢ−ＥＧＦ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＨＢ−ＥＧＦ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、ＨＢ−ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、ＨＢ−ＥＧＦ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＨＢ−ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＡＦＰ及びＮｒ−ＣＡＭである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＡＦＰ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＡＦＰ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＡＦＰ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、ＡＦＰ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＡＦＰ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＡＦＰ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＴＡＴＩ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＴＡＴＩ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、ＴＡＴＩ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、ＴＡＴＩ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＴＡＴＩ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＫＩＭ−１及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、ＫＩＭ−１及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、ＫＩＭ−１及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＫＩＭ−１及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＣＤ４０及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＣＤ４０及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＣＤ４０及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡ、ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡ、Ａｘｌ、及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ及びＡＦＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＣｇＡである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＮｒ−ＣＡＭである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＦＰ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＴＡＴＩ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＴＡＴＩ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＦＰ、ＴＡＴＩ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＴＡＴＩ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＴＡＴＩ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＫＩＭ−１及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＫＩＭ−１及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＫＩＭ−１及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＫＩＭ−１及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＣＤ４０及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＣＤ４０及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＣＤ４０及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰ、ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＦＰ、Ａｘｌ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＴＡＴＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、Ｎｒ−ＣＡＭ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＴＡＴＩ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＴＡＴＩ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＴＡＴＩ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＴＡＴＩ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＴＡＴＩ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＫＩＭ−１及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＫＩＭ−１及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＫＩＭ−１及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＫＩＭ−１及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＣＤ４０及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＣＤ４０及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＣＤ４０及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、Ａｘｌ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＴＡＴＩ及びＫＩＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＴＡＴＩ及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＴＡＴＩ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＴＡＴＩ及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＴＡＴＩ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１及びＣＤ４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＣＤ４０及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＣＤ４０及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＣＤ４０及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭ、Ａｘｌ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ、ＫＩＭ−１及びＣＤ４０である。ある態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＴＡＴＩ、ＫＩＭ−１及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ、ＫＩＭ−１及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ、ＫＩＭ−１及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ、ＣＤ４０及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ、ＣＤ４０及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ、ＣＤ４０及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ、ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＡＴＩ、ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＴＡＴＩ、Ａｘｌ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１、ＣＤ４０及びＥＧＦである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１、ＣＤ４０及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＫＩＭ−１、ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１、ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＫＩＭ−１、Ａｘｌ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣＤ４０、ＥＧＦ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０、ＥＧＦ及びＡｘｌである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０、Ａｘｌ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。
ある態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＥＧＦ、Ａｘｌ及びＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。
いくつかの当該実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、当該バイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＬＤＨ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及びＬＤＨ並びに、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がメラノーマの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、メラノーマに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、メラノーマの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、メラノーマの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔バイオマーカーの治療後の変化〕
本開示のこの態様のいくつかの態様では、予測方法は、さらに、被験体又は被験体に由来する試料において、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤を治療又は治療コース後に、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価するその後の工程を含み、本明細書に記載の１又はそれ以上のバイオマーカーの第２試料プロファイルを得る。
すなわち、いくつかの実施形態では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、当該１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。

いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
〔治療後予測のバイオマーカー及び方法〕
臨床試験ＢＧＢＩＬ００６（ＮＣＴ０２８７２２５９）から得られた患者データを解析することにより、発明者らは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤によるメラノーマ患者の治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で上昇するが、「非応答性」の被験体の血清中では上昇しないことを発見した。同様に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で低下するが、「非応答性」の被験体の血清中では低下しない。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療の前後に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価することで、被験体が前記薬剤による治療に感受性又は応答性であることを決定又は確認しうる。
従って、当該側面の第２態様では、本開示は、メラノーマである、の疑いがある、又は急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）と診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触した後に、被験体又は前記被験体に由来する試料における、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本開示のこの態様の好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療する前に、同じ被験体から得られる。ある実施形態では、対照プロファイルは、メラノーマである対照被験体の集団から得られる。他の態様では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」又は値の「標準範囲」のプロファイルである。
従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、対照プロファイルが同一の被験体から得られる態様では、被験体をＥＭＴ又はがん治療剤を阻害又は逆転しうる薬剤と接触させた後の、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。当該態様では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＨＢ−ＥＧＦを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＨＢ−ＥＧＦである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中のＨＢ−ＥＧＦの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡＦＰを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＦＰである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中のＡＦＰの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＣｇＡを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中のＣｇＡの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＮｒ−ＣＡＭを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中のＮｒ−ＣＡＭの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＫＩＭ−１を含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＫＩＭ−１である。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中のＫＩＭ−１の活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＣＤ４０を含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＤ４０である。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中のＣＤ４０の活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１を含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１である。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中のＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１の活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＥＧＦを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥＧＦである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中のＥＧＦの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡｘｌを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、上記開示の本側面の第１態様による予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために選択された。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」とは、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
本開示の当該メラノーマ側面で用いる、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、以下の好ましい実施形態以外は、上記のＡＭＬ側面の記載のように特定される（上記と同項目、第１４頁第１９行目〜第１７頁第７行目参照）。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの実施形態では、ＬＤＨの活性を評価する工程を含み、ＬＤＨの活性評価は、被験体又は被験体に由来する試料におけるＬＤＨの酵素活性の測定工程を含む。好ましくは、当該酵素活性は、被験体又は被験体に由来する試料中のＬＤＨにより触媒される酵素反応の基質又は生成物のレベル又は量を測定して評価される。特に好ましい実施形態では、当該酵素活性は、被験体又は被験体由来の試料中の還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤＨ）のレベル又は量の測定により評価される。ある実施形態では、これは、比色アッセイ、例えば、Sigma-Aldrich製カタログ番号ＭＡＫ０６６の比色アッセイを用いて測定しうる。ＬＤＨ活性評価の他の適当なアッセイは、当業者に周知である。特に好ましい態様では、ＬＤＨ活性は、血液又は血清中のＬＤＨの酵素活性の測定により評価される。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。好ましくは、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、各々がそれぞれのバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にメラノーマである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がメラノーマによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該１又はそれ以上のバイオマーカーの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２：７０３５）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
好ましくは、バイオマーカーレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＣＡ， ２０００， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１（８）：３７９−８２）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、ＭａｃＢｅａｔｈ ａｎｄ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ， ２０００， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２８９（５４８５）：１７６０−１７６３に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの測定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中の１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該試料からＲＮＡを抽出し、ＱＰＣＲによる遺伝子発現の検出を含みうる。いくつかの他の実施形態では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットでタンパク質産物を検出することで検出しうる。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数の決定により評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇら（Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． Ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｓ ａｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ ｏｆ Ｈｉｒｓｃｈｓｐｒｕｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ． ２０１１；６（６））に記載されるＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態では、当該方法はインビトロ又はエクスビボで行われる。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示のこの側面の第３態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のため、メラノーマである、その疑いがある、又はメラノーマと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記本明細書の本側面の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体の同定工程；及び、当該同定された被験体の治療のための選択工程を含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、メラノーマである、その疑いがある、又はメラノーマと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、本開示のこの側面の上記第２態様により特定された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定し、かつ、当該同定された被験体の治療のための選択を含む。
本開示のこの態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載される、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤の被験体への投与を含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。
いくつかの好ましい実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、当該治療は、単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である。
〔キット〕
本開示の本側面の第４態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断キットを提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
他の実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断装置を提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は本明細書に記載されたバイオマーカーの１つに選択的に結合する；かつ、当該１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカーにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。いくつかの実施形態では、各特異的結合メンバーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＬＤＨに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＨＢ−ＥＧＦに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＡＦＰに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＣｇＡに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ｎｒ−ＣＡＭに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＫＩＭ−１に選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＣＤ４０に選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１に選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＥＧＦに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＴＡＴＩに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＨＢ−ＥＧＦに選択的に結合する特異的結合メンバー、ＡＦＰに選択的に結合する特異的結合メンバー、ＣｇＡに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ、から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
本開示はまた、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における当該診断キット及び試験装置の使用を提供する。好ましい実施形態では、がん関連転帰は、本明細書に記載される、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、メラノーマであり、であると疑われる、又は、と診断されている。
いくつかの実施形態では、本方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定され得る。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法においてＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第６態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第７態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの１又はそれ以上の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＴＡＴＩ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＨＢ−ＥＧＦ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＡＦＰ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＨＢ−ＥＧＦ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＣｇＡ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、Ｎｒ−ＣＡＭ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＫＩＭ−１、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＣＤ４０、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＥＧＦ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＴＡＴＩ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの使用に関する。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第８態様は、メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された、被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
他の実施形態では、当該方法は、以下の：（ａ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び（ｂ）本開示の第２側面の上記第２側面に従って定義された予測方法を用いて、前記被験体が前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程を含む。ある実施形態では、本方法はさらに、（ｃ）前記被験体が前記治療に感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転させることができる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤を、前記被験体に投与することを含む。
本開示の本側面の第９態様は、メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第１０態様は、メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択され；かつ、
ここで、前記被験体が、メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；を含む、１０１に記載の方法。
１０３．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２に記載の方法。
１０４．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０３に記載の方法。
１０５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）メラノーマである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）メラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｉｉ）バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、メラノーマであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｉｖ）メラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖ）メラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）メラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、である、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０７．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨのうちの少なくとも１つを含み、ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
１０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＡＦＰ、ペリオスチン、ｈＣＧ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、及び／又はＦＲＴＮのうちの少なくとも１つを含み、
対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０８のうちのいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおいて、以下の：
ＡＦＰの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ペリオスチンの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ｈＣＧの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
エオタキシン−２の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＭＰＯの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＦＲＴＮの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＣｇＡの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＨＢ−ＥＧＦの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
Ｎｒ−ＣＡＭの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＫＩＭ−１の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＣＤ４０の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＥＧＦの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＩＬ−２ｒａ（ＩＬ−２受容体α）の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＴＡＲＣの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＣＤ４０−Ｌの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＶＥＧＦＲ−３の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＴＡＴＩの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＭＭＰ−７の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
レプチンの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＡｐｏＡ−Ｉの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＡＮＧ−２の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
シスタチン−Ｃの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ヘプシンの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＡｐｏＣ−Ｉの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＩＬ−１ＲＩの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
Ａｘｌの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＬＤＨの活性、発現、又は量が高い；場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＦＰを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｎｒ−ＣＡＭを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＫＩＭ−１を含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣＤ４０を含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１を含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＥＧＦを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＩＬ−２ｒａを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ｈＣＧを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＴＡＲＣを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣＤ４０−Ｌを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＥＧＦＲ−３を含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＴＡＴＩを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＭＭＰ−７を含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、レプチンを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡｐｏＡ−Ｉを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ペリオスチンを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＮＧ−２を含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、シスタチン−Ｃを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ヘプシンを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡｐｏＣ−Ｉを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＩＬ−１ＲＩを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、エオタキシン−２を含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＭＰＯを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＦＲＴＮを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＬＤＨを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１４０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＡＦＰを含む、１１１〜１３９のいずれか一項に記載の方法。
１４１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＣｇＡを含む、１１１〜１４０のいずれか一項に記載の方法。
１４２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、Ｎｒ−ＣＡＭを含む、１１１〜１４１のいずれか一項に記載の方法。
１４３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＫＩＭ−１を含む、１１１〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
１４４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＣＤ４０を含む、１１１〜１４３いずれか一項に記載の方法。
１４５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１を含む、１１１〜１４４のいずれか一項に記載の方法。
１４６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＥＧＦを含む、１１１〜１４５のいずれか一項に記載の方法。
１４７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＴＡＴＩを含む、１１１〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
１４８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、Ａｘｌを含む、１１１〜１４７のいずれか一項に記載の方法。
１４９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＬＤＨを含む、１１１〜１４８のいずれか一項に記載の方法。
１５０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＩＬ−２ｒａを含む、１１１〜１４９のいずれか一項に記載の方法。
１５１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ｈＣＧを含む、１１１〜１５０のいずれか一項に記載の方法。
１５２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＴＡＲＣを含む、１１１〜１５１のいずれか一項に記載の方法。
１５３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＣＤ４０−Ｌを含む、１１１〜１５２のいずれか一項に記載の方法。
１５４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＶＥＧＦＲ−３を含む、１１１〜１５３のいずれか一項に記載の方法。
１５５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＭＭＰ−７を含む、１１１〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
１５６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、レプチンを含む、１１１〜１５５のいずれか一項に記載の方法。
１５７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＡｐｏＡ−Ｉを含む、１１１〜１５６のいずれか一項に記載の方法。
１５８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ペリオスチンを含む、１１１〜１５７のいずれか一項に記載の方法。
１５９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＡＮＧ−２を含む、１１１〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、シスタチン−Ｃを含む、１１１〜１５９のいずれか一項に記載の方法。
１６１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ヘプシンを含む、１１１〜１６０のいずれか一項に記載の方法。
１６２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＡｐｏＣ−Ｉを含む、１１１〜１６１のいずれか一項に記載の方法。
１６３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＩＬ−１ＲＩを含む、１１１〜１６２のいずれか一項に記載の方法。
１６４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、エオタキシン−２を含む、１１１〜１６３のいずれか一項に記載の方法。
１６５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＭＰＯを含む、１１１〜１６４のいずれか一項に記載の方法。
１６６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＦＲＴＮを含む、１１１〜１６５のいずれか一項に記載の方法。
１６７．以下の：
前記Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記α−フェトプロテイン（ＡＦＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７１−１（登録版１９２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９９０７５（登録版１７１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９２８２３−１、Ｑ９２８２３−２、Ｑ９２８２３−３、Ｑ９２８２３−４、Ｑ９２８２３−５、又はＱ９２８２３−６（登録版１７２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記腎障害分子−１（ＫＩＭ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９６Ｄ４２−１（登録版１４１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ＣＤ４０抗原（ＣＤ４０）は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２５９４２−１若しくはＰ２５９４２−２（登録版２２１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記クロモグラニン−Ａ（ＣｇＡ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１０６４５−１（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記インターロイキン−２受容体α（ＩＬ−２受容体α）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１５８９−１（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ヒト絨毛性性腺刺激ホルモンβ（ｈＣＧ）は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０ＤＮ８６−１若しくはＰ０ＤＮ８６−２（登録版２６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記トランスフォーミング増殖因子β１の潜伏関連ペプチド（ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１３７（登録版２３５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記胸腺及び活性化調節ケモカイン（ＴＡＲＣ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９２５８３−１（登録版１６３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ＣＤ４０リガンド（ＣＤ４０−Ｌ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２９９６５（登録版１９９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記上皮成長因子（ＥＧＦ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１１３３−１、Ｐ０１１３３−２、又はＰ０１１３３−３（登録版２０４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記血管内皮増殖因子受容体３（ＶＥＧＦＲ−３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３５９１６−１、Ｐ３５９１６−２、又はＰ３５９１６−３（登録版２０６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記膵分泌トリプシン阻害剤（ＴＡＴＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００９９５−１（登録版１９３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記マトリクスメタロプロテイナーゼ−７（ＭＭＰ−７）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９２３７−１（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記レプチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４１１５９（登録版１７６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記アポリポタンパク質Ａ−Ｉ（ＡｐｏＡ−Ｉ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６４７−１（登録版２４１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ペリオスチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５０６３−１、Ｑ１５０６３−２、Ｑ１５０６３−３、Ｑ１５０６３−４、Ｑ１５０６３−５、Ｑ１５０６３−６、Ｑ１５０６３−７（登録版１６０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記アンジオポイエチン−２（ＡＮＧ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ１５１２３−１、Ｏ１５１２３−２、又はＯ１５１２３−３（登録版１６３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記シスタチン−Ｃバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１０３４−１（登録版２１３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ヘプシンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５９８１−１（登録版１８３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６５４（登録版１７５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記インターロイキン−１受容体１型（ＩＬ−１ＲＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１４７７８−１（登録版２１５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記エオタキシン−２バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ００１７５−１（登録版１６２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ミエロペルオキシダーゼ（ＭＰＯ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５１６４−１、Ｐ０５１６４−２、又はＰ０５１６４−３（登録版２１７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記フェリチン（ＦＲＴＮ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７９４（登録版２１３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は
前記乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；又は
上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、１０１〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
１６８．前記方法が、前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、１０１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１６９．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、
検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１０４〜１６８のいずれか一項に記載の方法。
１７０．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１６９に記載の方法。
１７１．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１７０に記載の方法。
１７２．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ選択される技術を用いて行われる、１７０又は１７１に記載の方法。
１７３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１７０〜１７２のいずれか一項に記載の方法。
１７４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はメラノーマによって変化しない、１７０〜１７２のいずれか一項に記載の方法。
１７５．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１７４のいずれか一項に記載の方法。
１７６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１７４に記載の方法。
１７７．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１７６に記載の方法。
１７８．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１７７に記載の方法。
１７９．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１７８に記載の方法。
１８０．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１７８に記載の方法。
１８１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１７６記載の方法。
１８２．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１８１に記載の方法。
１８３．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１７５〜１８２のいずれか一項に記載の方法。
１８４．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１７５〜１８２のいずれか一項に記載の方法。
１８５．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘｉｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１８４に記載の方法。
１８６．前記さらなるがん治療は、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、１８４に記載の方法。
１８７．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、１８６に記載の方法。
１８８．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、１８６に記載の方法。
１８９．前記被験体が哺乳動物である、１０１〜１８６のいずれか一項に記載の方法。
１９０．前記被験体がヒトである、１８９に記載の方法。
１９１．前記予測方法は、メラノーマの治療前に実施される、１０１〜１９０のいずれか一項に記載の方法。
１９２．前記予測方法は、メラノーマの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１９１のいずれか一項に記載の方法。
１９３．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１９０又は１９２のいずれか一項に記載の方法。
１９４．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１９３に記載の方法。
１９５．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１９３又は１９５に記載の方法。
１９６．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜１９１のいずれか一項に記載の方法。
１９７．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１９６に記載の方法。
１９８．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１９６に記載の方法。
１９９．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１９８のいずれか一項に記載の方法。
２００．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１９９に記載の方法。
２０１．前記試料は、血清試料である、２００に記載の方法。
２０２．前記方法が、前記被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価する後工程をさらに含み、試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる剤と、接触させた後に得られる、１０４〜２０１のいずれか一項に記載の方法。
２０３．前記試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる、１０３に記載の方法。
２０４．前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、２０２又は２０３に記載の方法。
２０５．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、２０４に記載の方法。
２０６．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、２０４に記載の方法。
２０７．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、２０４に記載の方法。
２０８．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、２０４に記載の方法。
２０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＨＢ−ＥＧＦを含む、２０５に記載の方法。
２１０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＣｇＡを含む、２０５に記載の方法。
２１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＮｒ−ＣＡＭを含む、２０５に記載の方法。
２１２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＫＩＭ−１を含む、２０５に記載の方法。
２１３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＣＤ４０を含む、２０５に記載の方法。
２１４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１を含む、２０５に記載の方法。
２１５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＥＧＦを含む、２０５に記載の方法。
２１６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＴＡＴＩを含む、２０５に記載の方法。
２１７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、２０５に記載の方法。
２１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＬＤＨを含む、２０５に記載の方法。
２１９．前記被験体又は前記被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、２０２〜２１８のいずれか一項に記載の方法：
２２０．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、２１９に記載の方法。
２２１．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、２２０に記載の方法。
２２２．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる、２２０又は２２１に記載の方法。
２２３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、２２０〜２２２のいずれか一項に記載の方法。
２２４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はメラノーマによって変化しない、２２０〜２２２のいずれか一項に記載の方法。
２２５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、２０３〜２２４のいずれか一項に記載の方法。
２２６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、２２５に記載の方法。
２２７．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２２６に記載の方法。
２２８．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２２７に記載の方法。
２２９．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２２７に記載の方法。
２３０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、２２５記載の方法。
２３１．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２３０に記載の方法。
２３２．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、２２５〜２３１のいずれか一項に記載の方法。
２３３．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、２２５〜２３１のいずれか一項に記載の方法。
２３４．前記さらなるがん治療は、上記１８５に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２３３に記載の方法。
２３５．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、２３３記載の方法。
２３６．前記さらなるがん治療がペムブロリズマブである、２３５に記載の方法。
２３７．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、２３５に記載の方法。
２３８．前記被験体が哺乳動物である、２０３〜２３７のいずれか一項に記載の方法。
２３９．前記被験体がヒトである、２３８に記載の方法。
２４０．前記被験体が、上記１０１〜２０２のいずれか１つの予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる前記薬剤又は化学療法剤による治療に選択される、２０３〜２３９のいずれか一項に記載の方法。
２４１．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、２０３〜２４０のいずれか一項に記載の方法。
２４２．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、２４１に記載の方法。
２４３．前記試料は、血清試料である、２４２に記載の方法。
２４４．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜２４３のいずれか一項に記載の方法。
２０１ａ．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜２４４のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２ａ．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：２０３〜２４４のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０３ａ．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１ａ又は２０２ａに記載の方法。
２０４ａ．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０３ａに記載の方法。
２０５ａ．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４ａに記載の方法。
２０６ａ．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５ａに記載の方法。
２０７ａ．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０６ａに記載の方法。
２０８ａ．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０６ａに記載の方法。
２０９ａ．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４ａに記載の方法。
２１０ａ．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０９ａに記載の方法。
２１１ａ．前記治療が、単剤として投与される、２０３ａ〜２１０ａのいずれか一項に記載の方法。
２１２ａ．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０３ａ〜２１１ａのいずれか一項に記載の方法。
２１３ａ．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１２に記載の方法。
２１４ａ．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、２１２ａに記載の方法。
２１５ａ．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、２１４ａに記載の方法。
２１６ａ．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、２１４ａに記載の方法。
３０１．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、その各々は、前記１又はそれ以上のバイオマーカーがＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キット。
３０２．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための、その各々は前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置。
３０３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３に記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０７．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０６のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０７に記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１０に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記被験体が、メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、３０７〜３１０のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、３０７〜３１５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１９．前記検出用試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１７又は３１８に記載の使用。
３２０．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜２４４のいずれか１つに基づく方法である、３１７又は３１８に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＦＰ、ＣｇＡ、Ｎｒ−ＣＡＭ、ＫＩＭ−１、ＣＤ４０、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＩＬ−２受容体α、ｈＣＧ、ＴＡＲＣ、ＣＤ４０−Ｌ、ＶＥＧＦＲ−３、ＴＡＴＩ、ＭＭＰ−７、レプチン、ＡｐｏＡ−Ｉ、ペリオスチン、ＡＮＧ−２、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＩＬ−１ＲＩ、エオタキシン−２、ＭＰＯ、ＦＲＴＮ、Ａｘｌ、及び／又はＬＤＨの１又はそれ以上の使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．（ｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が増えた場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；か、又は、（ｉｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が減少した場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；４０１の使用。
４０４．前記方法は、１０１〜２４４のいずれか一項に記載の方法である、４０１〜４０３のいずれか一項に記載の使用。
５０１．メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜２４４のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜２４４のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜２４４のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．メラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；及び前記被験体が、上記２０３〜２４４のいずれかに記載の方法を用いて、前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程；を含む、方法。
５０５．前記方法が、前記被験体が前記治療に対して感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤又は化学療法剤を前記被験体に投与することを含む、５０４に記載の方法。
５０６．メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０７．メラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０７のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０９に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１２に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．上記１３０に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１９．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、である、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
《第５側面：トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）》
トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）は、エストロゲン受容体（ＥＲ）、プロゲステロン受容体（ＰＲ）及びＨｅｒ２／ｎｅｕに対する遺伝子を発現しない不均一な乳がん群である。ほとんどのホルモン療法は当該受容体の１つを標的とするため、トリプルネガティブ乳がんは最も治療が困難であり、通常は併用療法が必要である。トリプルネガティブ乳がんにおける有意な不均一性及び薬物療法に対する患者の反応を考慮すると、トリプルネガティブ乳がんに対する標的療法が依然として必要である（非特許文献７）。
従って、トリプルネガティブ乳がんである被験体におけるがん関連転帰を予測する安定したバイオマーカー、例えば、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性、を予測する安定したバイオマーカーは、特定の薬剤／計画による治療に反応するか又は利益を受ける見込みが最も高い被験体を同定するのに有用であろう。
本明細書で記載される「応答性」被験体とは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが高い、又は反応する（又は治療から利益を受ける）被験体である。
これに対応する、本明細書で記載される「非応答性」被験体は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが低い（又は反応しない）被験体である。
本明細書中で用いられる「治療に反応する」又は「治療から利益を得る」とは、治療からの全体的な臨床的利益を経験することをいう。この全体的な臨床的利益とは、生存期間の延長、疾患の部分寛解又は完全寛解、疾患の進行の遅延又は非進行、腫瘍の縮小（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍体積の減少（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍増大の遅延又は非増大、腫瘍体積増加の遅延又は非進行、生活の質の改善、無増悪生存、全体生存、又はその他の正の患者転帰；のいずれかである。腫瘍体積／負荷を決定する適当な方法は、当業者に周知であり、例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）又は磁気共鳴画像（ＭＲＩ）画像技術；Ｘ線画像、例えば、マンモグラフィ；超音波画像；核画像、例えば、陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）、ＰＥＴ／ＣＴスキャン、骨スキャン、ガリウムスキャン、又はメタヨードベンジルグアニジン（ＭＩＢＧ）スキャン；生物発光画像（ＢＬＩ）；蛍光画像（ＦＬＩ）；ＢＤ ＴｏＦ（赤外線系３Ｄ飛行時間カメラ画像技術である。
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−６受容体サブユニットβ（ＩＬ−６Ｒβ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４０１８９−１若しくはＰ４０１８９−２（登録版２０９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５３６２（登録版２２１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
マクロファージ炎症性タンパク質−１β（ＭＩＰ−１β）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１３２３６（登録版１８７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ペリオスチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５０６３−１、Ｑ１５０６３−２、Ｑ１５０６３−３、Ｑ１５０６３−４、Ｑ１５０６３−５、Ｑ１５０６３−６、Ｑ１５０６３−７（登録版１６０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＰＦ７（登録版１３３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
葉酸受容体γ（ＦＯＬＲ３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４１４３９−１、Ｐ４１４３９−２、又はＰ４１４３９−３（登録版１２７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
クラステリン（ＣＬＵ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号 Ｐ１０９０９−１、Ｐ１０９０９−２、Ｐ１０９０９−３、Ｐ１０９０９−４、又はＰ１０９０９−５（登録版２０９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４８０２３−１又はＰ４８０２３−２（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；と特定されうる。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として特定され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する−４；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６の、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＣ００７（ＮＣＴ０３１８４５５８）から得られた患者データを解析して、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、ＴＮＢＣである被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例３を参照）。同様に、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、本側面の第１態様では、本開示は、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、の疑いがある、又はＴＮＢＣと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、前記被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、インターロイキン−６受容体サブユニットβ（ＩＬ−６Ｒβ）、細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）、マクロファージ炎症性タンパク質−１β（ＭＩＰ−１β）、ペリオスチン、インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）、葉酸受容体γ（ＦＯＬＲ３）、クラステリン（ＣＬＵ）、及び／又はＦａｓリガンド（ＦａｓＬ）からなる群より選択される。

本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定された各バイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。同様に、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「非応答性」の被験体の血清よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清に存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。同様に、被験体の治療前に、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「非応答性」の被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体である。すなわち、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料において本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同じバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、ＴＮＢＣである対照被験体の集団から得ることができる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＴＮＢＣでない対照被験体の集団から得ることができる。他の実施形態では、対照プロファイルは、ＴＮＢＣであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から得ることができる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＴＮＢＣである対照被験体又は対照被験体の集団、ＴＮＢＣでない対照被験体又はＴＮＢＣである対照被験体又は対照被験体の集団であって、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されたもの（すなわち、非応答性被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、ＴＮＢＣであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＴＮＢＣであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、反応被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、試料プロファイルで決定されるのと同じバイオマーカーの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性の被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、ＴＮＢＣである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、ＴＮＢＣである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがバイオマーカー発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定された各バイオマーカーの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：ＴＮＢＣである対照被験体の集団から得られたもの；ＴＮＢＣでない対照被験体の集団から得られたもの；ＴＮＢＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（average）、中央値又は平均(mean)」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおける、本明細書中に記載された、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうるもの；である。同様に、対照プロファイルと比較して、本明細書中に記載された試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ及び／又はＦａｓＬから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、及び／又はペリオスチンから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して：Ａｘｌの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＩＬ−６Ｒβの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＩＣＡＭ−１の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＭＩＰ−１βの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ペリオスチンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＩＬ−２３の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＦＯＬＲ３の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＣＬＵの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＦａｓＬの活性、発現、又は量がより高い；場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＴＮＢＣである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＴＮＢＣである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＴＮＢＣである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」を下回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、ＴＮＢＣである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、ＴＮＢＣである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたバイオマーカー発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、ＴＮＢＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、ＴＮＢＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＴＮＢＣでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＴＮＢＣでない被験体に典型的な値の「標準範囲」外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＴＮＢＣでない被験体に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、値の「標準範囲」外にあってよい。正常値の上限及び下限は、ＴＮＢＣでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
本明細書中で用いられる場合、用語「１又はそれ以上」とは、本明細書中に記載されるバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０をいう。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−６Ｒβである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＣＡＭ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＩＰ−１βである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはペリオスチンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−２３である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦＯＬＲ３である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＬＵである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦａｓＬである。
いくつかの当該実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、当該バイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がＴＮＢＣの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、ＴＮＢＣに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、ＴＮＢＣの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、ＴＮＢＣの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔バイオマーカーの治療後の変化〕
本開示のこの態様のいくつかの態様では、予測方法は、さらに、被験体又は被験体に由来する試料において、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤を治療又は治療コース後に、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価するその後の工程を含み、本明細書に記載の１又はそれ以上のバイオマーカーの第２試料プロファイルを得る。
すなわち、いくつかの実施形態では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、当該１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、ＧＲＯ−α、及び／又はＬＤＨからなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、当該１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、Ａｘｌの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＡｘｌの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
〔治療後予測のバイオマーカー及び方法〕
臨床試験ＢＧＢＣ００７（ＮＣＴ０３１８４５５８）から得られた患者データを解析することにより、発明者らは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤によるＴＮＢＣ患者の治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で上昇するが、「非応答性」の被験体の血清中では上昇しないことを発見した。同様に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で低下するが、「非応答性」の被験体の血清中では低下しない。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療の前後に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価することで、被験体が前記薬剤による治療に感受性又は応答性であることを決定又は確認しうる。
従って、当該側面の第２態様では、本開示は、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、の疑いがある、又はＴＮＢＣと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触した後に、被験体又は前記被験体に由来する試料における、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本開示のこの態様の好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療する前に、同じ被験体から得られる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＴＮＢＣである対照被験体の集団から得られる。他の態様では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」又は値の「標準範囲」のプロファイルである。
従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、対照プロファイルが同一の被験体から得られる態様では、被験体をＥＭＴ又はがん治療剤を阻害又は逆転しうる薬剤と接触させた後の、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。当該態様では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡｘｌを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、上記開示の本側面の第１態様による予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために選択された。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」とは、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
本開示の当該ＴＮＢＣ側面で用いる、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、以下の好ましい実施形態以外は、上記のＡＭＬ側面の記載のように特定される（上記と同項目、第１４頁第１９行目〜第１７頁第２行目参照）。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、又はリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。好ましくは、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、各々がそれぞれのバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にＴＮＢＣである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がＴＮＢＣによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該１又はそれ以上のバイオマーカーの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２：７０３５）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
好ましくは、バイオマーカーレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＣＡ， ２０００， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１（８）：３７９−８２）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、ＭａｃＢｅａｔｈ ａｎｄ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ， ２０００， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２８９（５４８５）：１７６０−１７６３に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの測定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中の１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該試料からＲＮＡを抽出し、ＱＰＣＲによる遺伝子発現の検出を含みうる。いくつかの他の実施形態では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットでタンパク質産物を検出することで検出しうる。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数の決定により評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇら（Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． Ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｓ ａｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ ｏｆ Ｈｉｒｓｃｈｓｐｒｕｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ． ２０１１；６（６））に記載されるＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態では、当該方法はインビトロ又はエクスビボで行われる。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示のこの側面の第３態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のため、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、その疑いがある、又はＴＮＢＣと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記本明細書の本側面の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体の同定工程；及び、当該同定された被験体の治療のための選択工程を含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、その疑いがある、又はＴＮＢＣと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、本開示のこの側面の上記第２態様により特定された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定し、かつ、当該同定された被験体の治療のための選択を含む。
本開示のこの態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載される、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤の被験体への投与を含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。
いくつかの好ましい実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、当該治療は、単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。
〔キット〕
本開示の本側面の第４態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断キットを提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
他の実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断装置を提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は本明細書に記載されたバイオマーカーの１つに選択的に結合する；かつ、当該１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカーにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。いくつかの実施形態では、各特異的結合メンバーは、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ、から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
本開示はまた、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における当該診断キット及び試験装置の使用を提供する。好ましい実施形態では、がん関連転帰は、本明細書に記載される、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、ＴＮＢＣであり、であると疑われる、又は、と診断されている。
いくつかの実施形態では、本方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定され得る。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法においてＡｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第６態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々がＡｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第７態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬの１又はそれ以上の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、Ａｘｌ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬの使用に関する。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第８態様は、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、の疑いがある、又はと診断された、被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
他の実施形態では、当該方法は、以下の：（ａ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び（ｂ）本開示の第２側面の上記第２側面に従って定義された予測方法を用いて、前記被験体が前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程を含む。ある実施形態では、本方法はさらに、（ｃ）前記被験体が前記治療に感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転させることができる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤を、前記被験体に投与することを含む。
本開示の本側面の第９態様は、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第１０態様は、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群より選択され；かつ、
ここで、前記被験体が、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；を含む、１０１に記載の方法。
１０３．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２に記載の方法。
１０４．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０３に記載の方法。
１０５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）ＴＮＢＣである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）ＴＮＢＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｉｉ）バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、ＴＮＢＣであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｉｖ）ＴＮＢＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖ）ＴＮＢＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）ＴＮＢＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、である、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０７．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬのうちの少なくとも１つを含み、ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
１０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、及び／又はペリオスチン、のうちの少なくとも１つを含み、
対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０８のうちのいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおいて、以下の：
Ａｘｌの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＩＬ−６Ｒβの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＩＣＡＭ−１の活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＭＩＰ−１βの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ペリオスチンの活性、発現、又は量が低く；及び／又は、
ＩＬ−２３の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＦＯＬＲ３の活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＣＬＵの活性、発現、又は量が高く；及び／又は、
ＦａｓＬの活性、発現、又は量が高い；場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌを含み、
場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び以下の：ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１２．以下の：
前記Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記インターロイキン−６受容体サブユニットβ（ＩＬ−６Ｒβ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４０１８９−１若しくはＰ４０１８９−２（登録版２０９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５３６２（登録版２２１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記マクロファージ炎症性タンパク質−１β（ＭＩＰ−１β）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１３２３６（登録版１８７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ペリオスチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５０６３−１、Ｑ１５０６３−２、Ｑ１５０６３−３、Ｑ１５０６３−４、Ｑ１５０６３−５、Ｑ１５０６３−６、Ｑ１５０６３−７（登録版１６０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＰＦ７（登録版１３３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記葉酸受容体γ（ＦＯＬＲ３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４１４３９−１、Ｐ４１４３９−２、又はＰ４１４３９−３（登録版１２７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記クラステリン（ＣＬＵ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号 Ｐ１０９０９−１、Ｐ１０９０９−２、Ｐ１０９０９−３、Ｐ１０９０９−４、又はＰ１０９０９−５（登録版２０９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ４８０２３−１又はＰ４８０２３−２（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；又は、
前記アミノ酸配列をコードする全長の核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、１０１〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
１１３．前記方法が、前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、１０１〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
１１４．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、
検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１０４〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
１１５．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１１４に記載の方法。
１１６．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１１５に記載の方法。
１１７．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ選択される技術を用いて行われる、１１５又は１１６に記載の方法。
１１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＴＮＢＣによって変化しない、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１２０．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
１２１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１２０に記載の方法。
１２２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１２１に記載の方法。
１２３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２２に記載の方法。
１２４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１２３に記載の方法。
１２５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２３に記載の方法。
１２６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１２１記載の方法。
１２７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１２６に記載の方法。
１２８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１２９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１３０．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘｉｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１２９に記載の方法。
１３１．前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である、１２９に記載の方法。
１３２．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体である、１２９に記載の方法。
１３３．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、１３１に記載の方法。
１３４．前記被験体が哺乳動物である、１０１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３５．前記被験体がヒトである、１３４に記載の方法。
１３６．前記予測方法は、ＴＮＢＣの治療前に実施される、１０１〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
１３７．前記予測方法は、ＴＮＢＣの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１３８．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１３５又は１３７のいずれか一項に記載の方法。
１３９．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１３８に記載の方法。
１４０．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１３８又は１３９に記載の方法。
１４１．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１４２．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４３．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４４．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１４３のいずれか一項に記載の方法。
１４５．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１４４に記載の方法。
１４６．前記試料は、血清試料である、１４５に記載の方法。
１４７．前記方法が、前記被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価する後工程をさらに含み、試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる剤と、接触させた後に得られる、１０４〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
１４８．前記試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる、１０３に記載の方法。
１４９．前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、１４７又は１４８に記載の方法。
１５０．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５１．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５２．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５３．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、１５０に記載の方法。
１５５．前記被験体又は前記被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１４７〜１５４のいずれか一項に記載の方法：
１５６．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１５５に記載の方法。
１５７．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１５６に記載の方法。
１５８．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる、１５６又は１５７に記載の方法。
１５９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＴＮＢＣによって変化しない、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１４８〜１６０のいずれか一項に記載の方法。
１６２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１６１に記載の方法。
１６３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６２に記載の方法。
１６４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１６３に記載の方法。
１６５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６３に記載の方法。
１６６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１６１記載の方法。
１６７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１６６に記載の方法。
１６８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１６９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１７０．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、１６９に記載の方法。
１７１．前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である、１６９記載の方法。
１７２．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体である、１６９記載の方法。
１７３．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、１７１に記載の方法。
１７４．前記被験体が哺乳動物である、１４８〜１７３のいずれか一項に記載の方法。
１７５．前記被験体がヒトである、１７４に記載の方法。
１７６．前記被験体が、上記１０１〜１４７のいずれか１つの予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる前記薬剤又は化学療法剤による治療に選択される、１４８〜１７５のいずれか一項に記載の方法。
１７７．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１４８〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
１７８．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１７７に記載の方法。
１７９．前記試料は、血清試料である、１７８に記載の方法。
１８０．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
２０１．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１４８〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０３．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１又は２０２に記載の方法。
２０４．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０３に記載の方法。
２０５．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２０６．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５に記載の方法。
２０７．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０６に記載の方法。
２０８．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０６に記載の方法。
２０９．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２１０．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０９に記載の方法。
２１１．前記治療が、単剤として投与される、２０３〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
２１２．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０３〜２１１のいずれか一項に記載の方法。
２１３．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１２に記載の方法。
２１４．前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である、２１２に記載の方法。
２１５．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体である、２１２に記載の方法。
２１６．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、２１４に記載の方法。
３０１．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、その各々は、前記１又はそれ以上のバイオマーカーがＡｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キット。
３０２．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための、その各々は前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置。
３０３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群より選択されからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３に記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０７．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０６のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０７に記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１０に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記被験体が、ＴＮＢＣである、であると疑われる、又はと診断されていた、３０７〜３１０のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、３０７〜３１５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１９．前記検出用試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１７又は３１８に記載の使用。
３２０．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜１８０のいずれか１つに基づく方法である、３１７又は３１８に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＩＬ−６Ｒβ、ＩＣＡＭ−１、ＭＩＰ−１β、ペリオスチン、ＩＬ−２３、ＦＯＬＲ３、ＣＬＵ、及び／又はＦａｓＬの１又はそれ以上の使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．（ｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が増えた場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；か、又は、（ｉｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が減少した場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；４０１の使用。
４０４．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、４０１〜４０３のいずれか一項に記載の使用。
５０１．トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；及び前記被験体が、上記１４８〜１８０のいずれかに記載の方法を用いて、前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程；を含む、方法。
５０５．前記方法が、前記被験体が前記治療に対して感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤又は化学療法剤を前記被験体に投与することを含む、５０４に記載の方法。
５０６．トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０７．トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０７のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０９に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１２に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．上記１３０に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体である、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１９．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
《第６側面：非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）》
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）は、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）以外のあらゆる種類の上皮性肺がんであり、全肺がんの大部分を占める。非小細胞肺がんは予後とマネジメントが類似する、扁平上皮がん、腺がん、大細胞肺がんの３つと、組織学的分類に分類される。腺がんは、肺がんの最も一般的な組織型である。非小細胞肺がんはしばしば、シスプラチン又はカルボプラチンを、ゲムシタビン、パクリタキセル、ドセタキセル、エトポシド又はビノレルビンと併用して治療される。ＮＳＣＬＣに対する標的療法が依然として必要である（非特許文献８〜９）。
従って、ＮＳＣＬＣである被験体である被験体におけるがん関連転帰を予測する安定したバイオマーカー、例えば、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性、を予測する安定したバイオマーカーは、特定の薬剤／計画による治療に反応するか又は利益を受ける見込みが最も高い被験体を同定するのに有用であろう。
本明細書で記載される「応答性」被験体とは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが高い、又は反応する（又は治療から利益を受ける）被験体である。
これに対応する、本明細書で記載される「非応答性」被験体は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが低い（又は反応しない）被験体である。
本明細書中で用いられる「治療に反応する」又は「治療から利益を得る」とは、治療からの全体的な臨床的利益を経験することをいう。この全体的な臨床的利益とは、生存期間の延長、疾患の部分寛解又は完全寛解、疾患の進行の遅延又は非進行、腫瘍の縮小（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍体積の減少（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍増大の遅延又は非増大、腫瘍体積増加の遅延又は非進行、生活の質の改善、無増悪生存、全体生存、又はその他の正の患者転帰；のいずれかである。腫瘍体積を決定する適当な方法は、当業者に周知であり、例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）又は磁気共鳴画像（ＭＲＩ）画像技術；Ｘ線画像、例えば、マンモグラフィ；超音波画像；核画像、例えば、陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）、ＰＥＴ／ＣＴスキャン、骨スキャン、ガリウムスキャン、又はメタヨードベンジルグアニジン（ＭＩＢＧ）スキャン；生物発光画像（ＢＬＩ）；蛍光画像（ＦＬＩ）；ＢＤ ＴｏＦ（赤外線系３Ｄ飛行時間カメラ画像技術である。
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
βアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号：Ｐ０５０６７−１、Ｐ０５０６７−２、Ｐ０５０６７−３、Ｐ０５０６７−４、Ｐ０５０６７−５、Ｐ０５０６７−６、Ｐ０５０６７−７、Ｐ０５０６７−８、Ｐ０５０６７−９、Ｐ０５０６７−１０、又はＰ０５０６７−１１（登録版２７１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
アグレカンコアタンパク質（アグレカン）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１６１１２−１、Ｐ１６１１２−２、又はＰ１６１１２−３（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
フェリチン（ＦＲＴＮ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７９４（登録版２１３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
進行性グリコシル化最終生成物の受容体（ＲＡＧＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５１０９−１、Ｑ１５１０９−２、Ｑ１５１０９−３、Ｑ１５１０９−４、Ｑ１５１０９−５、Ｑ１５１０９−６、Ｑ１５１０９−７、Ｑ１５１０９−８、Ｑ１５１０９−９、Ｑ１５１０９−１０（登録版１８９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９２８２３−１、Ｑ９２８２３−２、Ｑ９２８２３−３、Ｑ９２８２３−４、Ｑ９２８２３−５、又はＱ９２８２３−６（登録版１７２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
スクレロスチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＱＢ４−１又はＱ９ＢＱＢ４−２（登録版１４５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前立腺特異的抗原フリー（ＰＳＡ−ｆ）バイオマーカーは、Ｐ０７２８８−１、Ｐ０７２８８−２、Ｐ０７２８８−３、Ｐ０７２８８−４、又はＰ０７２８８−５（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ５０４Ｕ８（登録版１３８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
神経線維重鎖ポリペプチド（ＮＦ−Ｈ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１２０３６−１又はＰ１２０３６−２（登録版１７７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ドーパミンβ−ヒドロキシラーゼ（ＤＢＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９１７２（登録版１９４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
フィブリン−１Ｃ（Ｆｉｂ−１Ｃ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２３１４２−１、Ｐ２３１４２−２、Ｐ２３１４２−３、又はＰ２３１４２−４（登録版２１７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ミオグロビンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２１４４（登録版１７８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００７４９−１又はＰ００７４９−２（登録版２３０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
内臓脂肪組織由来セルピンＡ１２（Ｖａｓｐｉｎ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ８ＩＷ７５（登録版１２２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＰＦ７（登録版１３３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
α−２−マクログロブリン（Ａ２Ｍａｃｒｏ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１０２３（登録版２０６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
メタロプロテイナーゼ２の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１６０３５（登録版１８７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；と特定されうる。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１２２２−１又はＰ０１２２２−２（登録版１６１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
テトラネクチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５４５２（登録版１７７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
骨髄前駆細胞抑制因子１（ＭＰＩＦ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ５５７７３−１又はＰ５５７７３−２（登録版１６２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
膵臓ポリペプチド（ＰＰＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１２９８−１若しくはＰ０１２９８−２（登録版１７５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
内臓脂肪組織由来セルピンＡ１２（Ｖａｓｐｉｎ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ８ＩＷ７５（登録版１２２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−７（ＩＬ−７）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１３２３２−１、Ｐ１３２３２−２、又はＰ１３２３２−３（登録版１７０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
肺及び活性化調節ケモカイン（ＰＡＲＣ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ５５７７４（登録版１５２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
がん抗原１５−３（ＣＡ−１５−３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１５９４１−１、Ｐ１５９４１−２、Ｐ１５９４１−３、Ｐ１５９４１−４、Ｐ１５９４１−５、Ｐ１５９４１−６、Ｐ１５９４１−７、Ｐ１５９４１−８、Ｐ１５９４１−９、Ｐ１５９４１−１０、Ｐ１５９４１−１１、Ｐ１５９４１−１２、Ｐ１５９４１−１３、Ｐ１５９４１−１４、Ｐ１５９４１−１５、Ｐ１５９４１−１６、又はＰ１５９４１−１７（登録版２０４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；と特定されうる。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ペプシノーゲンＩ（ＰＧＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０ＤＪＤ８（登録版５０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６４９（登録版２３０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６５４（登録版１７５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２６９２７（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１５（ＣＣＬ１５）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１６６６３（登録版１６１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
プログラニュリンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２８７９９−１、Ｐ２８７９９−２、又はＰ２８７９９−３（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
がん胎児性抗原関連細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１３６８８−１、Ｐ１３６８８−２、Ｐ１３６８８−３、Ｐ１３６８８−４、Ｐ１３６８８−５、Ｐ１３６８８−６、Ｐ１３６８８−７、Ｐ１３６８８−８、Ｐ１３６８８−９、Ｐ１３６８８−１０、又はＰ１３６８８−１１（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）バイオマーカーバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７４−１、Ｐ０２７７４−２、又はＰ０２７７４−３（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
炭酸脱水酵素９（ＣＡ−９）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１６７９０（登録版１７１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；と特定されうる。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として特定され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する−４；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６の、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＣ００８（ＮＣＴ０３１８４５７１）、ＢＧＢＩＬ００５（ＮＣＴ０２９２２７７７）、及びＢＧＢＣ００４（ＮＣＴ０２４２４６１７）から得られた患者データを解析して、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、ＮＳＣＬＣである被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例４、５、６、及び７参照）。同様に、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、本側面の第１態様では、本開示は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はＮＳＣＬＣと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、前記被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、βアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）、アグレカンコアタンパク質（アグレカン）、フェリチン（ＦＲＴＮ）、進行性グリコシル化最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）、スクレロスチン、前立腺特異的抗原、フリー（ＰＳＡ−ｆ）、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）神経線維重鎖ポリペプチド（ＮＦ−Ｈ）、ドーパミンβ−ヒドロキシラーゼ（ＤＢＨ）、フィブリン−１Ｃ（Ｆｉｂ−１Ｃ）、ミオグロビン、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）、内臓脂肪組織由来セルピンＡ１２（Ｖａｓｐｉｎ）、インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）、α−２−マクログロブリン（Ａ２Ｍａｃｒｏ）、メタロプロテイナーゼ２の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−２）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、テトラネクチン、骨髄前駆細胞抑制因子１（ＭＰＩＦ−１）、膵臓ポリペプチド（ＰＰＰ）、インターロイキン−７（ＩＬ−７）、肺及び活性化調節ケモカイン（ＰＡＲＣ）、がん抗原１５−３（ＣＡ−１５−３）、ペプシノーゲンＩ（ＰＧＩ）、アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）、アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）、マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１５（ＣＣＬ１５）、プログラニュリン、がん胎児性抗原関連細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１）、ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−９）、及び／又は乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）からなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、βアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）、アグレカンコアタンパク質（アグレカン）、フェリチン（ＦＲＴＮ）、進行性グリコシル化最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）、スクレロスチン、前立腺特異的抗原、フリー（ＰＳＡ−ｆ）、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、神経線維重鎖ポリペプチド（ＮＦ−Ｈ）、ドーパミンβ−ヒドロキシラーゼ（ＤＢＨ）、フィブリン−１Ｃ（Ｆｉｂ−１Ｃ）、ミオグロビン、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）、内臓脂肪組織由来セルピンＡ１２（Ｖａｓｐｉｎ）、インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）、α−２−マクログロブリン（Ａ２Ｍａｃｒｏ）、メタロプロテイナーゼ２の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−２）、及び／又は乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）からなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、βアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）、アグレカンコアタンパク質（アグレカン）、フェリチン（ＦＲＴＮ）、進行性グリコシル化最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）、スクレロスチン、前立腺特異的抗原、フリー（ＰＳＡ−ｆ）、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、神経線維重鎖ポリペプチド（ＮＦ−Ｈ）、ドーパミンβ−ヒドロキシラーゼ（ＤＢＨ）、フィブリン−１Ｃ（Ｆｉｂ−１Ｃ）、ミオグロビン、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）、内臓脂肪組織由来セルピンＡ１２（Ｖａｓｐｉｎ）、インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）、α−２−マクログロブリン（Ａ２Ｍａｃｒｏ）、及び／又はメタロプロテイナーゼ２の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−２）からなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、テトラネクチン、骨髄前駆細胞抑制因子１（ＭＰＩＦ−１）、膵臓ポリペプチド（ＰＰＰ）、内臓脂肪組織由来セルピンＡ１２（Ｖａｓｐｉｎ）、インターロイキン−７（ＩＬ−７）、肺及び活性化調節ケモカイン（ＰＡＲＣ）、がん抗原１５−３（ＣＡ−１５−３）、及び／又は乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）からなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、テトラネクチン、骨髄前駆細胞抑制因子１（ＭＰＩＦ−１）、膵臓ポリペプチド（ＰＰＰ）、内臓脂肪組織由来セルピンＡ１２（Ｖａｓｐｉｎ）、インターロイキン−７（ＩＬ−７）、肺及び活性化調節ケモカイン（ＰＡＲＣ）、及び／又はがん抗原１５−３（ＣＡ−１５−３）からなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ペプシノーゲンＩ（ＰＧＩ）、アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）、アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）、マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１５（ＣＣＬ１５）、プログラニュリン、がん胎児性抗原関連細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１）、ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−９）、及び／又は乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）からなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ペプシノーゲンＩ（ＰＧＩ）、アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）、アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）、マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１５（ＣＣＬ１５）、プログラニュリン、がん胎児性抗原関連細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１）、ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）、及び／又は炭酸脱水酵素９（ＣＡ−９）からなる群より選択される。
本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定された各バイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。同様に、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「非応答性」の被験体の血清よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清に存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。同様に、被験体の治療前に、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「非応答性」の被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体である。すなわち、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料において本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同じバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣである対照被験体の集団から得ることができる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団から得ることができる。他の実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から得ることができる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＮＳＣＬＣである対照被験体又は対照被験体の集団、ＮＳＣＬＣでない対照被験体又はＮＳＣＬＣである対照被験体又は対照被験体の集団であって、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されたもの（すなわち、非応答性被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＮＳＣＬＣであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、反応被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、試料プロファイルで決定されるのと同じバイオマーカーの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性の被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、ＮＳＣＬＣである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、ＮＳＣＬＣである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがバイオマーカー発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定された各バイオマーカーの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：ＮＳＣＬＣである対照被験体の集団から得られたもの；ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団から得られたもの；ＮＳＣＬＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおける、本明細書中に記載された、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうるもの；である。同様に、対照プロファイルと比較して、本明細書中に記載された試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、及び／又はＲＡＧＥから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して：Ａｘｌの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＡＢ−４０の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、アグレカンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＦＲＴＮの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＲＡＧＥの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、Ｎｒ−ＣＡＭの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、スクレロスチンの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＰＳＡ−ｆの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＥＧＦＲの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＮＦ−Ｈの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＤＢＨの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、Ｆｉｂ−１Ｃの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ミオグロビンの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ｕＰＡの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、Ｖａｓｐｉｎの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＩＬ−２３の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、Ａ２Ｍａｃｒｏの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＴＩＭＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＬＤＨの活性、発現、又は量がより高い；場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ａｘｌ、ＴＳＨ、及び／又はテトラネクチンから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して：Ａｘｌの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＴＳＨの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、テトラネクチンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＭＰＩＦ−１の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＰＰＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、Ｖａｓｐｉｎの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＩＬ−７の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＰＡＲＣの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＣＡ−１５−３の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＬＤＨの活性、発現、又は量がより高い；場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、及び／又はＣＥＡＣＡＭ１から選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して：Ａｘｌの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＰＧＩの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＡｐｏＥの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＡｐｏＣ−Ｉの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＭＳＰの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＣＣＬ１５の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、プログラニュリンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＣＥＡＣＡＭ１の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＶＤＢＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＣＡ−９の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＬＤＨの活性、発現、又は量がより高い；場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＮＳＣＬＣである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」を下回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたバイオマーカー発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＮＳＣＬＣでない被験体に典型的な値の「標準範囲」外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＮＳＣＬＣでない被験体に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、値の「標準範囲」外にあってよい。正常値の上限及び下限は、ＮＳＣＬＣでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
１又はそれ以上のバイオマーカーがＬＤＨを含む実施形態では、２８７ユニット／リットル（Ｕ／Ｌ）を超えるＬＤＨの発現又は量は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
本明細書中で用いられる場合、用語「１又はそれ以上」とは、本明細書中に記載されるバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０をいう。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＢ−４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはアグレカンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦＲＴＮである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮｒ−ＣＡＭである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはスクレロスチンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＰＳＡ−ｆである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＥＧＦＲである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮＦ−Ｈである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＤＢＨである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＦｉｂ−１Ｃである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはミオグロビンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはｕＰＡである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶａｓｐｉｎである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−２３である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡ２Ｍａｃｒｏである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＩＭＰ−２である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌ及びＬＤＨである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＴＳＨである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはテトラネクチンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＰＩＦ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＰＰＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶａｓｐｉｎである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−７である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＰＡＲＣである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＡ−１５−３である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌ及びＬＤＨである。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＰＧＩである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｐｏＥである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｐｏＣ−Ｉである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＳＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＣＬ１５である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはプログラニュリンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＥＡＣＡＭ１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶＤＢＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＡ−９である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＡ−９である。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌ及びＣＡ−９である。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌ及びＬＤＨである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣＡ−９及びＬＤＨである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌ、ＣＡ−９及びＬＤＨである。
いくつかの当該実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、当該バイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＬＤＨ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＣＡ−９及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ、ＬＤＨ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ、ＣＡ−９及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＣＡ−９、ＬＤＨ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ、ＣＡ−９、ＬＤＨ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がＮＳＣＬＣの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、ＮＳＣＬＣに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、ＮＳＣＬＣの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、ＮＳＣＬＣの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔バイオマーカーの治療後の変化〕
本開示のこの態様のいくつかの態様では、予測方法は、さらに、被験体又は被験体に由来する試料において、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤を治療又は治療コース後に、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価するその後の工程を含み、本明細書に記載の１又はそれ以上のバイオマーカーの第２試料プロファイルを得る。
すなわち、いくつかの実施形態では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、当該１又はそれ以上のバイオマーカーは、以下の：
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、及び／又はＴＩＭＰ−２；
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｖ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、及び／又はＣＡ−１５−３；
（ｖ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９及び／又はＬＤＨ
（ｖｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９；
からなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、Ａｘｌの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＡｘｌの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
〔治療後予測のバイオマーカー及び方法〕
臨床試験ＢＧＢＣ００８（ＮＣＴ０３１８４５７１）、ＢＧＢＩＬ００５（ＮＣＴ０２９２２７７７）及びＢＧＢＣ００４（ＮＣＴ０２４２４６１７）から得られた患者データを解析することにより、発明者らは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤によるＮＳＣＬＣ患者の治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で上昇するが、「非応答性」の被験体の血清中では上昇しないことを発見した。同様に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で低下するが、「非応答性」の被験体の血清中では低下しない。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療の前後に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価することで、被験体が前記薬剤による治療に感受性又は応答性であることを決定又は確認しうる。
従って、当該側面の第２態様では、本開示は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はＮＳＣＬＣと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触した後に、被験体又は前記被験体に由来する試料における、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本開示のこの態様の好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療する前に、同じ被験体から得られる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣである対照被験体の集団から得られる。他の態様では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」又は値の「標準範囲」のプロファイルである。
従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、対照プロファイルが同一の被験体から得られる態様では、被験体をＥＭＴ又はがん治療剤を阻害又は逆転しうる薬剤と接触させた後の、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。当該態様では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡｘｌを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、上記開示の本側面の第１態様による予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために選択された。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」とは、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
本開示の当該ＮＳＣＬＣ側面で用いる、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、以下の好ましい実施形態以外は、上記のＡＭＬ側面の記載のように特定される（上記と同項目、第１４頁第１９行目〜第１７頁第２行目参照）。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、又はリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、タキサン類のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤である。いくつかの好ましい態様では、さらなるがん治療は、塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ドセタキセルである。さらに他の特に好ましい態様では、さらなるがん治療はエルロチニブである。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの実施形態では、ＬＤＨの活性を評価する工程を含み、ＬＤＨの活性評価は、被験体又は被験体に由来する試料におけるＬＤＨの酵素活性の測定工程を含む。好ましくは、当該酵素活性は、被験体又は被験体に由来する試料中のＬＤＨにより触媒される酵素反応の基質又は生成物のレベル又は量を測定して評価される。特に好ましい実施形態では、当該酵素活性は、被験体又は被験体由来の試料中の還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤＨ）のレベル又は量の測定により評価される。ある実施形態では、これは、比色アッセイ、例えば、Sigma-Aldrich製カタログ番号ＭＡＫ０６６の比色アッセイを用いて測定しうる。ＬＤＨ活性評価の他の適当なアッセイは、当業者に周知である。特に好ましい態様では、ＬＤＨ活性は、血液又は血清中のＬＤＨの酵素活性の測定により評価される。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。好ましくは、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、各々がそれぞれのバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にＮＳＣＬＣである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がＮＳＣＬＣによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該１又はそれ以上のバイオマーカーの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２：７０３５）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
好ましくは、バイオマーカーレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＣＡ， ２０００， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１（８）：３７９−８２）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、ＭａｃＢｅａｔｈ ａｎｄ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ， ２０００， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２８９（５４８５）：１７６０−１７６３に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの測定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中の１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該試料からＲＮＡを抽出し、ＱＰＣＲによる遺伝子発現の検出を含みうる。いくつかの他の実施形態では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットでタンパク質産物を検出することで検出しうる。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数の決定により評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇら（Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． Ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｓ ａｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ ｏｆ Ｈｉｒｓｃｈｓｐｒｕｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ． ２０１１；６（６））に記載されるＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態では、当該方法はインビトロ又はエクスビボで行われる。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示のこの側面の第３態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のため、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、その疑いがある、又はＮＳＣＬＣと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記本明細書の本側面の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体の同定工程；及び、当該同定された被験体の治療のための選択工程を含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、その疑いがある、又はＮＳＣＬＣと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、本開示のこの側面の上記第２態様により特定された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定し、かつ、当該同定された被験体の治療のための選択を含む。
本開示のこの態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載される、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤の被験体への投与を含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。
いくつかの好ましい実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、又はリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、タキサン類のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤である。いくつかの好ましい態様では、さらなるがん治療は、塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ドセタキセルである。さらに他の特に好ましい態様では、さらなるがん治療はエルロチニブである。
〔キット〕
本開示の本側面の第４態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断キットを提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９からなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
他の実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断装置を提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９からなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は本明細書に記載されたバイオマーカーの１つに選択的に結合する；かつ、当該１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカーにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。いくつかの実施形態では、各特異的結合メンバーは、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。いくつかの実施形態では、各特異的結合メンバーは、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９からなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、検出用試薬又は特異的結合メンバーは、以下の：
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、及び／又はＴＩＭＰ−２；
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｖ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、及び／又はＣＡ−１５−３；
（ｖ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９及び／又はＬＤＨ
（ｖｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９；
の群から選択されるバイオマーカーに選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、及び／又はＴＩＭＰ−２；
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｖ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、及び／又はＣＡ−１５−３；
（ｖ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９及び／又はＬＤＨ
（ｖｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９；
からなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＬＤＨに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、及び／又はＴＩＭＰ−２；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、及び／又はＣＡ−１５−３；又は、
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９；
からなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、ＬＤＨに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：
（ｉ） ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ及び／又はＴＩＭＰ−２；
（ｉｉ） ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、及び／又はＣＡ−１５−３；又は、
（ｉｉｉ） ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９；
からなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＣＡ−９に選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＣＡ−９に選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、及び／又はＶＤＢＰからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、ＣＡ−９に選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、ＣＡ−９に選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、及び／又はＶＤＢＰからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＣＡ−９に選択的に結合する特異的結合メンバー、ＬＤＨに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、Ｐｒｏｇｒａｎｕｌｉｎ、ＣＥＡＣＡＭ１、及び／又はＶＤＢＰからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、Ａｘｌに選択的に結合する特異的結合メンバー、ＣＡ−９に選択的に結合する特異的結合メンバー、ＬＤＨに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、及び／又はＶＤＢＰからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ、から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
本開示はまた、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における当該診断キット及び試験装置の使用を提供する。好ましい実施形態では、がん関連転帰は、本明細書に記載される、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、ＮＳＣＬＣであり、であると疑われる、又は、と診断されている。
いくつかの実施形態では、本方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定され得る。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法においてＡｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第６態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々がＡｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、Ｐｒｏｇｒａｎｕｌｉｎ、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
ある実施形態では、検出用の当該試薬又は特異的結合メンバーは、以下の：
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、及び／又はＴＩＭＰ−２；
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｖ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、及び／又はＣＡ−１５−３；
（ｖ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９及び／又はＬＤＨ
（ｖｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９；
からなるp群から選択されうる。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第７態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨの１又はそれ以上の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、Ａｘｌ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＡｂ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＬＤＨ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＡｘｌ、ＡＢ−４０、Ａｇｇｒｅｃａｎ、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、Ａｘｌ、ＬＤＨ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９の使用に関する。
ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、以下の：
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、及び／又はＴＩＭＰ−２；
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｖ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、及び／又はＣＡ−１５−３；
（ｖ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９及び／又はＬＤＨ
（ｖｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９；
からなる群から選択されうる。
いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣＡ−９である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＬＤＨである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ及びＣＡ−９である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ及びＬＤＨである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣＡ−９及びＬＤＨである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＣＡ−９、及びＬＤＨである。
他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の本明細書に記載されるさらなるバイオマーカーである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣＡ−９及び、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の本明細書に記載されるさらなるバイオマーカーである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＬＤＨ及び、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の本明細書に記載されるさらなるバイオマーカーである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＣＡ−９及び、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の本明細書に記載されるさらなるバイオマーカーである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＬＤＨ及び、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の本明細書に記載されるさらなるバイオマーカーである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣＡ−９、ＬＤＨ及び、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の本明細書に記載されるさらなるバイオマーカーである。他の好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＣＡ−９、ＬＤＨであり、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の本明細書に記載されるさらなるバイオマーカーである。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第８態様は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された、被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
他の実施形態では、当該方法は、以下の：（ａ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び（ｂ）本開示の第２側面の上記第２側面に従って定義された予測方法を用いて、前記被験体が前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程を含む。ある実施形態では、本方法はさらに、（ｃ）前記被験体が前記治療に感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転させることができる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤を、前記被験体に投与することを含む。
本開示の本側面の第９態様は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第１０態様は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、又はリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、タキサン類のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤である。いくつかの好ましい態様では、さらなるがん治療は、塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ドセタキセルである。さらに他の特に好ましい態様では、さらなるがん治療はエルロチニブである。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群より選択され；かつ、
ここで、前記被験体が、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；を含む、１０１に記載の方法。
１０３．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２に記載の方法。
１０４．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０３に記載の方法。
１０５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）ＮＳＣＬＣである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）ＮＳＣＬＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｉｉ）バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、ＮＳＣＬＣであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｉｖ）ＮＳＣＬＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖ）ＮＳＣＬＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）ＮＳＣＬＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、である、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０７．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨのうちの少なくとも１つを含み、ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
１０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、ＴＳＨ、テトラネクチン、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、及び／又はＬＤＨ、のうちの少なくとも１つを含み、
対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０８のうちのいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ；又は、
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９及び／又はＬＤＨ；から選択される群を含む、１０１〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び／又はＣＡ−９、及び／又はＬＤＨ、を含み、場合によっては、
（ａ）前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の以下の：
（ｉ） ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ；又は
（ｉｉｉ） ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨ；
から選択されるバイオマーカーを含み；
（ｂ）前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣＡ−９、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の以下の：ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、及び／又はＶＤＢＰから選択されるバイオマーカーを含み；又は、
（ｃ）前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＣＡ−９、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の以下の：ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、及び／又はＶＤＢＰから選択される、バイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１２．以下の：
前記Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記βアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５０６７−１、Ｐ０５０６７−２、Ｐ０５０６７−３、Ｐ０５０６７−４、Ｐ０５０６７−５、Ｐ０５０６７−６、Ｐ０５０６７−７、Ｐ０５０６７−８、Ｐ０５０６７−９、Ｐ０５０６７−１０、又はＰ０５０６７−１１（登録版２７１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記アグレカンコアタンパク質（アグレカン）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１６１１２−１、Ｐ１６１１２−２、又はＰ１６１１２−３（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記フェリチン（ＦＲＴＮ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７９４（登録版２１３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記進行性グリコシル化最終生成物の受容体（ＲＡＧＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５１０９−１、Ｑ１５１０９−２、Ｑ１５１０９−３、Ｑ１５１０９−４、Ｑ１５１０９−５、Ｑ１５１０９−６、Ｑ１５１０９−７、Ｑ１５１０９−８、Ｑ１５１０９−９、Ｑ１５１０９−１０（登録版１８９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９２８２３−１、Ｑ９２８２３−２、Ｑ９２８２３−３、Ｑ９２８２３−４、Ｑ９２８２３−５、又はＱ９２８２３−６（登録版１７２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記スクレロスチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＱＢ４−１若しくはＱ９ＢＱＢ４−２（登録版１４５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記前立腺特異的抗原フリー（ＰＳＡ−ｆ）バイオマーカーは、Ｐ０７２８８−１、Ｐ０７２８８−２、Ｐ０７２８８−３、Ｐ０７２８８−４、又はＰ０７２８８−５（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ５０４Ｕ８（登録版１３８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記神経線維重鎖ポリペプチド（ＮＦ−Ｈ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１２０３６−１又はＰ１２０３６−２（登録版１７７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ドーパミンβ−ヒドロキシラーゼ（ＤＢＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０９１７２（登録版１９４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記フィブリン−１Ｃ（Ｆｉｂ−１Ｃ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２３１４２−１、Ｐ２３１４２−２、Ｐ２３１４２−３、又はＰ２３１４２−４（登録版２１７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ミオグロビンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２１４４（登録版１７８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００７４９−１又はＰ００７４９−２（登録版２３０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記内臓脂肪組織由来セルピンＡ１２（Ｖａｓｐｉｎ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ８ＩＷ７５（登録版１２２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＰＦ７（登録版１３３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記α−２−マクログロブリン（Ａ２Ｍａｃｒｏ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１０２３（登録版２０６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記メタロプロテイナーゼ２の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１６０３５（登録版１８７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１２２２−１又はＰ０１２２２−２（登録版１６１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記テトラネクチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５４５２（登録版１７７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記骨髄前駆細胞抑制因子１（ＭＰＩＦ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ５５７７３−１又はＰ５５７７３−２（登録版１６２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記膵臓ポリペプチド（ＰＰＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１２９８−１若しくはＰ０１２９８−２（登録版１７５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記インターロイキン−７（ＩＬ−７）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１３２３２−１、Ｐ１３２３２−２、又はＰ１３２３２−３（登録版１７０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記肺及び活性化調節ケモカイン（ＰＡＲＣ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ５５７７４（登録版１５２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記がん抗原１５−３（ＣＡ−１５−３）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１５９４１−１、Ｐ１５９４１−２、Ｐ１５９４１−３、Ｐ１５９４１−４、Ｐ１５９４１−５、Ｐ１５９４１−６、Ｐ１５９４１−７、Ｐ１５９４１−８、Ｐ１５９４１−９、Ｐ１５９４１−１０、Ｐ１５９４１−１１、Ｐ１５９４１−１２、Ｐ１５９４１−１３、Ｐ１５９４１−１４、Ｐ１５９４１−１５、Ｐ１５９４１−１６、又はＰ１５９４１−１７（登録版２０４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ペプシノーゲンＩ（ＰＧＩ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０ＤＪＤ８（登録版５０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６４９（登録版２３０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２６５４（登録版１７５）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２６９２７（登録版１７９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１５（ＣＣＬ１５）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１６６６３（登録版１６１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記プログラニュリンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ２８７９９−１、Ｐ２８７９９−２、又はＰ２８７９９−３（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記がん胎児性抗原関連細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１３６８８−１、Ｐ１３６８８−２、Ｐ１３６８８−３、Ｐ１３６８８−４、Ｐ１３６８８−５、Ｐ１３６８８−６、Ｐ１３６８８−７、Ｐ１３６８８−８、Ｐ１３６８８−９、Ｐ１３６８８−１０、又はＰ１３６８８−１１（登録版１９７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）バイオマーカーバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７４−１、Ｐ０２７７４−２、又はＰ０２７７４−３（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は、
前記乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
又は、前記アミノ酸配列をコードする全長の核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、１０１〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
１１３．前記方法が、前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、１０１〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
１１４．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、
検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１０４〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
１１５．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１１４に記載の方法。
１１６．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１１５に記載の方法。
１１７．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ選択される技術を用いて行われる、１１５又は１１６に記載の方法。
１１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＮＳＣＬＣによって変化しない、１１５〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
１２０．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
１２１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１２０に記載の方法。
１２２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１２１に記載の方法。
１２３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２２に記載の方法。
１２４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１２３に記載の方法。
１２５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１２３に記載の方法。
１２６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１２１記載の方法。
１２７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１２６に記載の方法。
１２８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１２９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１２０〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
１３０．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘｉｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１２９に記載の方法。
１３１．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ） ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤；
（ｉｉ） ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、リツキシマブのモノクローナル抗体；
（ｉｉｉ） タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；及び／又は
（ｉｖ） 塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、セマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である、１２９に記載の方法。
１３２．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、１３１に記載の方法。
１３３．前記さらなるがん治療は、ドセタキセルである、１３１に記載の方法。
１３４．前記さらなるがん治療は、エルロチニブである、１３１に記載の方法。
１３５．前記被験体が哺乳動物、場合によっては、前記被験体がヒトである、１０１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
１３６．前記予測方法は、ＮＳＣＬＣの治療前に実施される、１０１〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
１３７．前記予測方法は、ＮＳＣＬＣの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１３８．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１３５又は１３７のいずれか一項に記載の方法。
１３９．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１３８に記載の方法。
１４０．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１３８又は１３９に記載の方法。
１４１．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
１４２．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４３．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１４１に記載の方法。
１４４．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１４３のいずれか一項に記載の方法。
１４５．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１４４に記載の方法。
１４６．前記試料は、血清試料である、１４５に記載の方法。
１４７．前記方法が、前記被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価する後工程をさらに含み、試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる剤と、接触させた後に得られる、１０４〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
１４８．前記試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる、１０３に記載の方法。
１４９．前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、１４７又は１４８に記載の方法。
１５０．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５１．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１４９に記載の方法。
１５２．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５３．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１４９に記載の方法。
１５４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、１５０に記載の方法。
１５５．前記被験体又は前記被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１４７〜１５４のいずれか一項に記載の方法：
１５６．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１５５に記載の方法。
１５７．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１５６に記載の方法。
１５８．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる、１５６又は１５７に記載の方法。
１５９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＮＳＣＬＣによって変化しない、１５６〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１４８〜１６０のいずれか一項に記載の方法。
１６２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１６１に記載の方法。
１６３．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６２に記載の方法。
１６４．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１６３に記載の方法。
１６５．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６３に記載の方法。
１６６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１６１記載の方法。
１６７．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１６６に記載の方法。
１６８．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１６９．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１６１〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
１７０．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、１６９に記載の方法。
１７１．前記さらなるがん治療は、（ｉ） ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤；
（ｉｉ） ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、リツキシマブのモノクローナル抗体；
（ｉｉｉ） タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；及び／又は
（ｉｖ） 塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、セマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である、１６９記載の方法。
１７２．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブであるである、１７１記載の方法。
１７３．前記さらなるがん治療がドセタキセルである、１７１に記載の方法。
１７４．前記さらなるがん治療は、エルロチニブである、１７１に記載の方法。
１７５．前記被験体が哺乳動物、場合によっては、前記被験体がヒトである、１４８〜１７４のいずれか一項に記載の方法。
１７６．前記被験体が、上記１０１〜１４７のいずれか１つの予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる前記薬剤又は化学療法剤による治療に選択される、１４８〜１７５のいずれか一項に記載の方法。
１７７．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１４８〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
１７８．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１７７に記載の方法。
１７９．前記試料は、血清試料である、１７８に記載の方法。
１８０．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
２０１．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１４８〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０３．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１又は２０２に記載の方法。
２０４．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０３に記載の方法。
２０５．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２０６．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５に記載の方法。
２０７．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０６に記載の方法。
２０８．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０６に記載の方法。
２０９．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４に記載の方法。
２１０．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０９に記載の方法。
２１１．前記治療が、単剤として投与される、２０３〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
２１２．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０３〜２１１のいずれか一項に記載の方法。
２１３．前記さらなるがん治療は、上記１３０に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１２に記載の方法。
２１４．前記さらなるがん治療は、（ｉ） ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤；
（ｉｉ） ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、リツキシマブのモノクローナル抗体；
（ｉｉｉ） タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；及び／又は
（ｉｖ） 塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、セマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である、２１２に記載の方法。
２１５．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、２１２に記載の方法。
２１６．前記さらなるがん治療は、ドセタキセルである、２１４に記載の方法。
２１７．前記さらなるがん治療は、エルロチニブである、２１４に記載の方法。
３０１．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、その各々は、前記１又はそれ以上のバイオマーカーがＡｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キット。
３０２．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための、その各々は前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置。
３０３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：Ａｘｌ、ＡＢ−４０、Ａｇｇｒｅｃａｎ、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群より選択されからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．各検出試薬又は特異的結合メンバーが
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９及び／又はＬＤＨ；の群から選択されるバイオマーカーに選択的である、３０１〜３０３のいずれかに記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３〜３０５のいずれかに記載の診断キット又は検査装置。
３０７．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０６のいずれかに記載の診断キット又は検査装置。
３０８．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０７のいずれかに記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０９に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０９に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１２に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１２に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０９に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記被験体が、ＮＳＣＬＣである、であると疑われる、又はと診断されていた、３０８〜３１１のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、３０８〜３１６のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１９．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３２０．前記各検出試薬が、以下の：
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ；又は、
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９及び／又はＬＤＨ；の群から選択されるバイオマーカーに選択的である、３１８又は３１９の使用。
３２１．前記検出用試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１８〜３２０のいずれか一項に記載の使用。
３２２．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜１８０のいずれか１つに基づく方法である、３１８〜３２１のいずれか一項に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラヌリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９、及び／又はＬＤＨの１又はそれ以上の使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．（ｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が増えた場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；か、又は、（ｉｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が減少した場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；４０１の使用。
４０４．１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：
（ｉ） Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、及び／又はＬＤＨ；
（ｉｉ） Ａｘｌ、ＴＳＨ、ＭＰＩＦ−１、ＰＰＰ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、及び／又はＬＤＨ
（ｉｉｉ） Ａｘｌ、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、プログラニュリン、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、ＣＡ−９及び／又はＬＤＨ；からなる群から選択される、４０１〜４０３のいずれか一項に記載の使用。
４０５．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、４０１〜４０４のいずれか一項に記載の使用。
５０１．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；及び前記被験体が、上記１４８〜１８０のいずれかに記載の方法を用いて、前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程；を含む、方法。
５０５．前記方法が、前記被験体が前記治療に対して感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤又は化学療法剤を前記被験体に投与することを含む、５０４に記載の方法。
５０６．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０７．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０７のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０９に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１２に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．上記１３０に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、（ｉ） ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤；
（ｉｉ） ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、リツキシマブのモノクローナル抗体；
（ｉｉｉ） タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；及び／又は
（ｉｖ） 塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、セマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１９．前記さらなるがん治療は、ドセタキセルである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５２０．前記さらなるがん治療は、エルロチニブである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
《第６ａ側面：非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）》
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）は、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）以外のあらゆる種類の上皮性肺がんであり、全肺がんの大部分を占める。非小細胞肺がんは予後とマネジメントが類似する、扁平上皮がん、腺がん、大細胞肺がんの３つと、組織学的分類に分類される。腺がんは、肺がんの最も一般的な組織型である。非小細胞肺がんはしばしば、シスプラチン又はカルボプラチンを、ゲムシタビン、パクリタキセル、ドセタキセル、エトポシド又はビノレルビンと併用して治療される。ＮＳＣＬＣに対する標的療法が依然として必要である（非特許文献８〜９）。
従って、ＮＳＣＬＣである被験体である被験体におけるがん関連転帰を予測する安定したバイオマーカー、例えば、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性、を予測する安定したバイオマーカーは、特定の薬剤／計画による治療に反応するか又は利益を受ける見込みが最も高い被験体を同定するのに有用であろう。
本明細書で記載される「応答性」被験体とは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが高い、又は反応する（又は治療から利益を受ける）被験体である。
これに対応する、本明細書で記載される「非応答性」被験体は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが低い（又は反応しない）被験体である。
本明細書中で用いられる「治療に反応する」又は「治療から利益を得る」とは、治療からの全体的な臨床的利益を経験することをいう。この全体的な臨床的利益とは、生存期間の延長、疾患の部分寛解又は完全寛解、疾患の進行の遅延又は非進行、腫瘍の縮小（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍体積の減少（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍増大の遅延又は非増大、腫瘍体積増加の遅延又は非進行、生活の質の改善、無増悪生存、全体生存、又はその他の正の患者転帰；のいずれかである。腫瘍体積を決定する適当な方法は、当業者に周知であり、例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）又は磁気共鳴画像（ＭＲＩ）画像技術；Ｘ線画像、例えば、マンモグラフィ；超音波画像；核画像、例えば、陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）、ＰＥＴ／ＣＴスキャン、骨スキャン、ガリウムスキャン、又はメタヨードベンジルグアニジン（ＭＩＢＧ）スキャン；生物発光画像（ＢＬＩ）；蛍光画像（ＦＬＩ）；ＢＤ ＴｏＦ（赤外線系３Ｄ飛行時間カメラ画像技術である。
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
脳性ナトリウム利尿ペプチド（ＮＴｐｒｏＢＮＰ）バイオマーカーのＮ末端プロホルモンは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１６８６０−１（登録版１８６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
エンドスタチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３９０５９−１（登録版１７０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インシュリン様成長因子結合タンパク質２（ＩＧＦＢＰ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１８０６５−１（登録版１９３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
血管内皮増殖因子Ｄ（ＶＥＧＦ−Ｄ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ４３９１５−１（登録版１５９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
成長／分化因子１５（ＧＤＦ−１５）は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９９９８８−１（登録版１６６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
βアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号： Ｐ０５０６７−１、Ｐ０５０６７−２、Ｐ０５０６７−３、Ｐ０５０６７−４、Ｐ０５０６７−５、Ｐ０５０６７−６、Ｐ０５０６７−７、Ｐ０５０６７−８、Ｐ０５０６７−９、Ｐ０５０６７−１０、又はＰ０５０６７−１１（登録版２７１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０３９７３（登録版１８４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
単球走化性タンパク質３（ＭＣＰ−３）は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ８００９８−１（登録版１６９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
スーパーオキシドジスムターゼ１、可溶性（ＳＯＤ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００４４１−１（登録版２４０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
骨形成タンパク質９（ＢＭＰ−９）のバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＵＫ０５−１（登録版１６２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
インターロイキン−８（ＩＬ−８）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１０１４５（登録版２１０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
マクロファージ炎症性タンパク質−１β（ＭＩＰ−１β）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１３２３６（登録版１８７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
進行性グリコシル化最終生成物の受容体（ＲＡＧＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５１０９−１、Ｑ１５１０９−２、Ｑ１５１０９−３、Ｑ１５１０９−４、Ｑ１５１０９−５、Ｑ１５１０９−６、Ｑ１５１０９−７、Ｑ１５１０９−８、Ｑ１５１０９−９、Ｑ１５１０９−１０（登録版１８９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ミエロペルオキシダーゼ（ＭＰＯ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５１６４−１、Ｐ０５１６４−２、又はＰ０５１６４−３（登録版２１７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
クロモグラニン−Ａ（ＣｇＡ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１０６４５−１（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ＨＥ４バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１４５０８−１、Ｑ１４５０８−２、Ｑ１４５０８−３、Ｑ１４５０８−４、又はＱ１４５０８−５（登録版１６９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
アドレノメデュリン（ＡＤＭ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３５３１８−１（登録版１７４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
β−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ６１７６９−１（登録版１８１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７４−１、Ｐ０２７７４−２、又はＰ０２７７４−３（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
シスタチン−Ｃバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１０３４−１（登録版２１３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
ヘプシンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５９８１−１（登録版１８３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；と特定されうる。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として特定され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する−４；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６の、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＣ００８（ＮＣＴ０３１８４５７１）から得られたさらなる患者データを解析して、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、ＮＳＣＬＣである被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例４、５、６、及び７参照）。同様に、本明細書に記載の特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、本側面の第１態様では、本開示は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はＮＳＣＬＣと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、前記被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、及び／又はＶＥＧＦ−Ｄからなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＢ−４０、ＲＡＧＥ、ＶＤＢＰ、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択される。
ある実施形態では、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＢ−４０、ＲＡＧＥ、及び／又はＶＤＢＰからなる群より選択される。
本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定された各バイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。同様に、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載される特定のバイオマーカーは、「非応答性」の被験体の血清よりも低いレベルで「応答性」被験体の血清に存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。同様に、被験体の治療前に、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「非応答性」の被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、本明細書に記載されたバイオマーカーのあるものは、「応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体である。すなわち、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料において本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同じバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣである対照被験体の集団から得ることができる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団から得ることができる。他の実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から得ることができる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＮＳＣＬＣである対照被験体又は対照被験体の集団、ＮＳＣＬＣでない対照被験体又はＮＳＣＬＣである対照被験体又は対照被験体の集団であって、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されたもの（すなわち、非応答性被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＮＳＣＬＣであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、反応被験体）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、試料プロファイルで決定されるのと同じバイオマーカーの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性の被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、ＮＳＣＬＣである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、ＮＳＣＬＣである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがバイオマーカー発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定された各バイオマーカーの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：ＮＳＣＬＣである対照被験体の集団から得られたもの；ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団から得られたもの；ＮＳＣＬＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおける、本明細書中に記載された、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうるもの；である。同様に、対照プロファイルと比較して、本明細書中に記載された試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＭＰＯ、ＶＤＢＰ及び／又はＡｘｌから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が高い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、本方法は、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＲＡＧＥ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、及び／又はＬＤＨから選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得；ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の該バイオマーカーの１又はそれ以上の活性、発現、又は量が低い場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、試料プロファイルにおいて、対照プロファイルと比較して：ＮＴｐｒｏＢＮＰの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、エンドスタチンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＩＧＦＢＰ−２の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＶＥＧＦ−Ｄの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＧＤＦ−１５の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＡＢＤＦ−４０の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＡＬＰの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＲＡＧＥの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＣｇＡの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＨＥ４の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＡＤＭの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、Ｂ２Ｍの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、シスタチン−Ｃの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ヘプシンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＬＤＨの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、ＭＣＰ−３の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＳＯＤ−１の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＢＭＰ−９の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＩＬ−８の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＭＩＰ−１βの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、ＶＤＢＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、Ａｘｌの活性、発現、又は量がより高い；場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＮＳＣＬＣである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」を下回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたバイオマーカー発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＮＳＣＬＣでない被験体に典型的な値の「標準範囲」外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＮＳＣＬＣでない被験体に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、値の「標準範囲」外にあってよい。正常値の上限及び下限は、ＮＳＣＬＣでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
１又はそれ以上のバイオマーカーがＬＤＨを含む実施形態では、２８７ユニット／リットル（Ｕ／Ｌ）を超えるＬＤＨの発現又は量は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
本明細書中で用いられる場合、用語「１又はそれ以上」とは、本明細書中に記載されるバイオマーカーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０をいう。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＮＴｐｒｏＢＮＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはエンドスタチンである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＧＦＢＰ−２である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶＥＧＦ−Ｄである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＧＤＦ−１５である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＢ−４０である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡＬＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＣＰ−３である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＳＯＤ−１である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＢＭＰ−９である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＩＬ−８である。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＩＰ−１βである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＲＡＧＥである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＭＰＯである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＣｇＡである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＶＤＢＰである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはシスタチン−Ｃである。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはヘプシンである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＬＤＨである。
いくつかの当該実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、当該バイオマーカーの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＮＴｐｒｏＢＮＰ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、エンドスタチン及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＩＧＦＢＰ−２及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＶＥＧＦ−Ｄ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＬＤＨ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、Ａｘｌ及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、ＩＧＦＢＰ−２、及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、ＶＥＧＦ−Ｄ、及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。ある実施形態では、当該方法は、被験体又は被験体に由来する試料において、ＡＢ−４０、ＲＡＧＥ、ＶＤＢＰ、及び、本明細書中に記載される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含み得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がＮＳＣＬＣの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、ＮＳＣＬＣに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、ＮＳＣＬＣの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、ＮＳＣＬＣの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔バイオマーカーの治療後の変化〕
本開示のこの態様のいくつかの態様では、予測方法は、さらに、被験体又は被験体に由来する試料において、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤を治療又は治療コース後に、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価するその後の工程を含み、本明細書に記載の１又はそれ以上のバイオマーカーの第２試料プロファイルを得る。
すなわち、いくつかの実施形態では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：
（ａ）上記のように、被験体が、被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することによって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であるかを判定する工程であって、ここで、当該１又はそれ以上のバイオマーカーは、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌ；からなる群から選択される；
（ｂ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び、
（ｃ）その後、被験体又は被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価する工程、を含む。
いくつかの好ましい態様では、当該方法は、その後、被験体又は被験体に由来する試料中の、Ａｘｌの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、第２試料プロファイルにおけるＡｘｌの活性、発現、又は量が増えた場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより感受性が高いことを示す。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療前に、同じ被験体から得られる。
〔治療後予測のバイオマーカー及び方法〕
臨床試験ＢＧＢＣ００８（ＮＣＴ０３１８４５７１）から得られたさらなる患者データを解析することにより、発明者らは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤によるＮＳＣＬＣ患者の治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で上昇するが、「非応答性」の被験体の血清中では上昇しないことを発見した。同様に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療後、本明細書に記載の特定のバイオマーカーのレベルは、「応答性」被験体の血清中で低下するが、「非応答性」の被験体の血清中では低下しない。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療の前後に、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を評価することで、被験体が前記薬剤による治療に感受性又は応答性であることを決定又は確認しうる。
従って、当該側面の第２態様では、本開示は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はＮＳＣＬＣと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触した後に、被験体又は前記被験体に由来する試料における、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、試料プロファイルと同一のバイオマーカーの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本開示のこの態様の好ましい態様では、対照プロファイルは、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療する前に、同じ被験体から得られる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣである対照被験体の集団から得られる。他の態様では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」又は値の「標準範囲」のプロファイルである。
従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、対照プロファイルが同一の被験体から得られる態様では、被験体をＥＭＴ又はがん治療剤を阻害又は逆転しうる薬剤と接触させた後の、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。当該態様では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の増加は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。いくつかの当該実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較した、試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の減少は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が低いことを示し得る。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、少なくともＡｘｌを含む。ある実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーはＡｘｌである。ある実施形態では、被験体をがん治療剤と接触させた後の対照プロファイルと比較して、試料プロファイルの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対するより高い感受性を示す。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、上記開示の本側面の第１態様による予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために選択された。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」とは、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
本開示の当該ＮＳＣＬＣ側面で用いる、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、以下の好ましい実施形態以外は、上記のＡＭＬ側面の記載のように特定される（上記と同項目、第１４頁第１９行目〜第１７頁第２行目参照）。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、又はリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、タキサン類のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤である。いくつかの好ましい態様では、さらなるがん治療は、塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ドセタキセルである。さらに他の特に好ましい態様では、さらなるがん治療はエルロチニブである。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの実施形態では、ＬＤＨの活性を評価する工程を含み、ＬＤＨの活性評価は、被験体又は被験体に由来する試料におけるＬＤＨの酵素活性の測定工程を含む。好ましくは、当該酵素活性は、被験体又は被験体に由来する試料中のＬＤＨにより触媒される酵素反応の基質又は生成物のレベル又は量を測定して評価される。特に好ましい実施形態では、当該酵素活性は、被験体又は被験体由来の試料中の還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤＨ）のレベル又は量の測定により評価される。ある実施形態では、これは、比色アッセイ、例えば、Sigma-Aldrich製カタログ番号ＭＡＫ０６６の比色アッセイを用いて測定しうる。ＬＤＨ活性評価の他の適当なアッセイは、当業者に周知である。特に好ましい態様では、ＬＤＨ活性は、血液又は血清中のＬＤＨの酵素活性の測定により評価される。
いくつかの好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。好ましくは、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、各々がそれぞれのバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にＮＳＣＬＣである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がＮＳＣＬＣによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該１又はそれ以上のバイオマーカーの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２：７０３５）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
好ましくは、バイオマーカーレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＣＡ， ２０００， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１（８）：３７９−８２）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、ＭａｃＢｅａｔｈ ａｎｄ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ， ２０００， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２８９（５４８５）：１７６０−１７６３に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの測定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中の１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該試料からＲＮＡを抽出し、ＱＰＣＲによる遺伝子発現の検出を含みうる。いくつかの他の実施形態では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットでタンパク質産物を検出することで検出しうる。
いくつかの実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数の決定により評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇら（Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． Ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｓ ａｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ ｏｆ Ｈｉｒｓｃｈｓｐｒｕｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ． ２０１１；６（６））に記載されるＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態では、当該方法はインビトロ又はエクスビボで行われる。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示のこの側面の第３態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のため、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、その疑いがある、又はＮＳＣＬＣと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記本明細書の本側面の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体の同定工程；及び、当該同定された被験体の治療のための選択工程を含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、その疑いがある、又はＮＳＣＬＣと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、本開示のこの側面の上記第２態様により特定された予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定し、かつ、当該同定された被験体の治療のための選択を含む。
本開示のこの態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載される、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤の被験体への投与を含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。
いくつかの好ましい実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、又はリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、タキサン類のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤である。いくつかの好ましい態様では、さらなるがん治療は、塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ドセタキセルである。さらに他の特に好ましい態様では、さらなるがん治療はエルロチニブである。
〔キット〕
本開示の本側面の第４態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載された１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は以上の試薬を含む診断キットを提供し、当該各試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的である。いくつかの実施形態では、当該検出用試薬は各々、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群から選択されるバイオマーカーに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は本明細書に記載されたバイオマーカーの１つに選択的に結合する；かつ、当該１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及び当該バイオマーカーにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。いくつかの実施形態では、各特異的結合メンバーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、検出用試薬又は特異的結合メンバーは、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択されるバイオマーカーに選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＮＴｐｒｏＢＮＰに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、エンドスタチンに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、ＶＤＢＰ、Ｃｙｓｔａｔｉｎ−Ｃ、Ｈｅｐｓｉｎ、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＩＧＦＢＰ−２に選択的に結合する特異的結合メンバー、ＬＤＨに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＶＥＧＦ−Ｄに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＧＤＦ−１５に選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＡＢ−４０に選択的に結合する特異的結合メンバー及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＡＢ−４０に選択的に結合する特異的結合メンバー、ＲＡＧＥに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチンＣ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＡＢ−４０に選択的に結合する特異的結合メンバー、ＲＡＧＥに選択的に結合する特異的結合メンバー、ＶＤＢＰに選択的に結合する特異的結合メンバー、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０若しくはそれ以上の特異的結合メンバーを含み、その各々は、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されるバイオマーカーに選択的に結合する。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ、から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
本開示はまた、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における当該診断キット及び試験装置の使用を提供する。好ましい実施形態では、がん関連転帰は、本明細書に記載される、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、ＮＳＣＬＣであり、であると疑われる、又は、と診断されている。
いくつかの実施形態では、本方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定され得る。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法においてＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第６態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々がＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチンＣ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第７態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしての、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌの１又はそれ以上の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のエンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌの使用に関する。ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、エンドスタチン、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＮＴｐｒｏＢＮＰ、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌの使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＩＧＦＢＰ−２、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌの使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＶＥＧＦ−Ｄ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＮＴｐｒｏＢＮＰ、ＩＧＦＢＰ−２、エンドスタチン、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌの使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＧＤＦ−１５、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＮＴｐｒｏＢＮＰ、ＩＧＦＢＰ−２、エンドスタチン、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌの使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＡＢ−４０、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上のＮＴｐｒｏＢＮＰ、ＩＧＦＢＰ−２、エンドスタチン、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌの使用に関する。
いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、エンドスタチンである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＩＧＦＢＰ−２である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＥＧＦ−Ｄである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＧＤＦ−１５である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＢ−４０である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＬＰである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＭＣＰ−３である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＳＯＤ−１である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＢＭＰ−９である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＩＬ−８である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＭＩＰ−１βである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＲＡＧＥである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＭＰＯである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＥ４である。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＤＭである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｂ２Ｍである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、シスタチン−Ｃである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ヘプシンである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＬＤＨである。いくつかの好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌである。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第８態様は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された、被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１及び第２態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
他の実施形態では、当該方法は、以下の：（ａ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；及び（ｂ）本開示の第２側面の上記第２側面に従って定義された予測方法を用いて、前記被験体が前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程を含む。ある実施形態では、本方法はさらに、（ｃ）前記被験体が前記治療に感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転させることができる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤を、前記被験体に投与することを含む。
本開示の本側面の第９態様は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第１０態様は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、又はリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、タキサン類のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤である。いくつかの好ましい態様では、さらなるがん治療は、塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ドセタキセルである。さらに他の特に好ましい態様では、さらなるがん治療はエルロチニブである。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択され；かつ、
ここで、前記被験体が、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；を含む、１０１に記載の方法。
１０３．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２に記載の方法。
１０４．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０３に記載の方法。
１０５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）ＮＳＣＬＣである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）ＮＳＣＬＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｉｉ）バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、ＮＳＣＬＣであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｉｖ）ＮＳＣＬＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖ）ＮＳＣＬＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉ）ＮＳＣＬＣであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、である、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０７．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０５に記載の方法。
１０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＭＰＯ、ＶＤＢＰ及び／又はＡｘｌのうちの少なくとも１つを含み、ここで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
１０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＲＡＧＥ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、及び／又はＬＤＨ、のうちの少なくとも１つを含み、
対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、１０５〜１０８のうちのいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおいて、以下の：
ＮＴｐｒｏＢＮＰの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
エンドスタチンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＩＧＦＢＰ−２の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＶＥＧＦ−Ｄの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＧＤＦ−１５の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＡＢＤＦ−４０の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＡＬＰの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＲＡＧＥの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＣｇＡの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＨＥ４の活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＡＤＭの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
Ｂ２Ｍの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
シスタチン−Ｃの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ヘプシンの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＬＤＨの活性、発現、又は量がより低く；及び／又は、
ＭＣＰ−３の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、
ＳＯＤ−１の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、
ＢＭＰ−９の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、
ＩＬ−８の活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、
ＭＩＰ−１βの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、
ＶＤＢＰの活性、発現、又は量がより高く；及び／又は、
Ａｘｌの活性、発現、又は量がより高い；場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０４〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、エンドスタチンを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＩＧＦＢＰ−２を含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、Ｈｅｐｓｉｎ、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＥＧＦ−Ｄを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＧＤＦ−１５を含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＢ−４０を含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＬＰを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＭＣＰ−３を含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＳＯＤ−１を含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＢＭＰ−９を含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＩＬ−８を含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌ選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＭＩＰ−１βを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＲＡＧＥを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＭＰＯを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＣｇＡを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＨＥ４を含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＡＤＭを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ｂ２Ｍを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１２９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＶＤＢＰを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、シスタチン−Ｃを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ヘプシンを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＬＤＨを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、及び／又はＡｘｌから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌを含み、場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、及び／又はＬＤＨから選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０のさらなるバイオマーカーを含む、１０１〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
１３４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＮＴｐｒｏＢＮＰを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、エンドスタチンを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＩＧＦＢＰ−２を含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＶＥＧＦ−Ｄを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＧＤＦ−１５を含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＡＢ−４０を含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＡＬＰを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＭＣＰ−３を含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＳＯＤ−１を含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＢＭＰ−９を含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＩＬ−８を含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＭＩＰ−１βを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＲＡＧＥを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＭＰＯを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＣｇＡを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１４９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＨＥ４を含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１５０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＡＤＭを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１５１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、Ｂ２Ｍを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１５２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＶＤＢＰを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１５３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、シスタチン−Ｃを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１５４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ヘプシンを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１５５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、ＬＤＨを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１５６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、さらに、Ａｘｌを含む、１１１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１５７．以下の：
前記Ａｘｌバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３０５３０−１又はＰ３０５３０−２（登録版１９６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記脳性ナトリウム利尿ペプチド（ＮＴｐｒｏＢＮＰ）バイオマーカーのＮ末端プロホルモンは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１６８６０−１（登録版１８６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記エンドスタチンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３９０５９−１（登録版１７０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記インシュリン様成長因子結合タンパク質２（ＩＧＦＢＰ−２）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１８０６５−１（登録版１９３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記血管内皮増殖因子Ｄ（ＶＥＧＦ−Ｄ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｏ４３９１５−１（登録版１５９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記成長／分化因子１５（ＧＤＦ−１５）は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９９９８８−１（登録版１６６）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ベータアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５０６７−１、Ｐ０５０６７−２、Ｐ０５０６７−３、Ｐ０５０６７−４、Ｐ０５０６７−５、Ｐ０５０６７−６、Ｐ０５０６７−７、Ｐ０５０６７−８、Ｐ０５０６７−９、Ｐ０５０６７−１０、又はＰ０５０６７−１１（登録版２７１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０３９７３（登録版１８４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記単球走化性タンパク質３（ＭＣＰ−３）は、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ８００９８−１（登録版１６９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記スーパーオキシドジスムターゼ１、可溶性（ＳＯＤ−１）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００４４１−１（登録版２４０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記骨形成タンパク質９（ＢＭＰ−９）のバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ９ＵＫ０５−１（登録版１６２）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記インターロイキン−８（ＩＬ−８）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１０１４５（登録版２１０）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記マクロファージ炎症性タンパク質−１β（ＭＩＰ−１β）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１３２３６（登録版１８７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記進行性グリコシル化最終生成物の受容体（ＲＡＧＥ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１５１０９−１、Ｑ１５１０９−２、Ｑ１５１０９−３、Ｑ１５１０９−４、Ｑ１５１０９−５、Ｑ１５１０９−６、Ｑ１５１０９−７、Ｑ１５１０９−８、Ｑ１５１０９−９、Ｑ１５１０９−１０（登録版１８９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ミエロペルオキシダーゼ（ＭＰＯ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５１６４−１、Ｐ０５１６４−２、又はＰ０５１６４−３（登録版２１７）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記クロモグラニン−Ａ（ＣｇＡ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ１０６４５−１（登録版２００）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ＨＥ４バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｑ１４５０８−１、Ｑ１４５０８−２、Ｑ１４５０８−３、Ｑ１４５０８−４、又はＱ１４５０８−５（登録版１６９）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記アドレノメデュリン（ＡＤＭ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ３５３１８−１（登録版１７４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記β−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ６１７６９−１（登録版１８１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０２７７４−１、Ｐ０２７７４−２、又はＰ０２７７４−３（登録版２０１）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記シスタチン−Ｃバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０１０３４−１（登録版２１３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記ヘプシンバイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０５９８１−１（登録版１８３）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
前記乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；
又は、前記アミノ酸配列をコードする全長の核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、１０１〜１５６のいずれか一項に記載の方法。
１５８．前記方法が、前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、１０１〜１５７のいずれか一項に記載の方法。
１５９．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、
検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１０４〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
１６０．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：
試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、１５９に記載の方法。
１６１．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１６０に記載の方法。
１６２．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ選択される技術を用いて行われる、１６０又は１６１に記載の方法。
１６３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１６０〜１６２のいずれか一項に記載の方法。
１６４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＮＳＣＬＣによって変化しない、１６０〜１６２のいずれか一項に記載の方法。
１６５．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１６４のいずれか一項に記載の方法。
１６６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１６５に記載の方法。
１６７．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１６６に記載の方法。
１６８．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６７に記載の方法。
１６９．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１６８に記載の方法。
１７０．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１６８に記載の方法。
１７１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１６６記載の方法。
１７２．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１７１に記載の方法。
１７３．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１６５〜１７２のいずれか一項に記載の方法。
１７４．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１６５〜１７２のいずれか一項に記載の方法。
１７５．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘｉｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１７４に記載の方法。
１７６．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ） ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤；
（ｉｉ） ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、リツキシマブのモノクローナル抗体；
（ｉｉｉ） タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；及び／又は
（ｉｖ） 塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、セマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である、１２９に記載の方法。
１７７．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、１７６に記載の方法。
１７８．前記さらなるがん治療は、ドセタキセルである、１７６に記載の方法。
１７９．前記さらなるがん治療は、エルロチニブである、１７６に記載の方法。
１８０．前記被験体が哺乳動物、場合によっては、前記被験体がヒトである、１０１〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
１８１．前記予測方法は、ＮＳＣＬＣの治療前に実施される、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法。
１８２．前記予測方法は、ＮＳＣＬＣの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１８１のいずれか一項に記載の方法。
１８３．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１８０又は１８２のいずれか一項に記載の方法。
１８４．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１８３に記載の方法。
１８５．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１８３又は１８４に記載の方法。
１８６．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜１８１のいずれか一項に記載の方法。
１８７．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１８６に記載の方法。
１８８．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１８６に記載の方法。
１８９．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１８８のいずれか一項に記載の方法。
１９０．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１８９に記載の方法。
１９１．前記試料は、血清試料である、１９０に記載の方法。
１９２．前記方法が、前記被験体における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価する後工程をさらに含み、試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる剤と、接触させた後に得られる、１０４〜１９１のいずれか一項に記載の方法。
１９３．前記試料プロファイルは、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られる、１０３に記載の方法。
１９４．前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、１９２又は１９３に記載の方法。
１９５．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１９４に記載の方法。
１９６．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、１９４に記載の方法。
１９７．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が増える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１９４に記載の方法。
１９８．対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量が減る場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより低いことを示す、１９４に記載の方法。
１９９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、１９５に記載の方法。
２００．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＮＴｐｒｏＢＮＰを含む、１９５に記載の方法。
２０１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともエンドスタチンを含む、１９５に記載の方法。
２０２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＩＧＦＢＰ−２を含む、１９５に記載の方法。
２０３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＶＥＧＦ−Ｄを含む、１９５に記載の方法。
２０４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＧＤＦ−１５を含む、１９５に記載の方法。
２０５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡＢ−４０を含む、１９５に記載の方法。
２０６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡＬＰを含む、１９５に記載の方法。
２０７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＭＣＰ−３を含む、１９５に記載の方法。
２０８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＳＯＤ−１を含む、１９５に記載の方法。
２０９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＢＭＰ−９を含む、１９５に記載の方法。
２１０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＩＬ−８を含む、１９５に記載の方法。
２１１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＭＩＰ−１βを含む、１９５に記載の方法。
２１２．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＲＡＧＥを含む、１９５に記載の方法。
２１３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＭＰＯを含む、１９５に記載の方法。
２１４．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＣｇＡを含む、１９５に記載の方法。
２１５．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＨＥ４を含む、１９５に記載の方法。
２１６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡＤＭを含む、１９５に記載の方法。
２１７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＢ２Ｍを含む、１９５に記載の方法。
２１８．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＶＤＢＰを含む、１９５に記載の方法。
２１９．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともシスタチン−Ｃを含む、１９５に記載の方法。
２２０．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともヘプシンを含む、１９５に記載の方法。
２２１．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＬＤＨを含む、１９５に記載の方法。
２２２．前記被験体又は前記被験体由来の試料における１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、各々が特定のバイオマーカーに対して選択的である、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量を検出する、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬と、接触させる工程；かつ、検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程；を含む、１９２〜２２１のいずれか一項に記載の方法：
２２３．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中の１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：試料又は試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡにより形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、２２２に記載の方法。
２２４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、２２３に記載の方法。
２２５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ；から選択される技術を用いて行われる、２２３又は２２４に記載の方法。
２２６．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、２２３〜２２５のいずれか一項に記載の方法。
２２７．前記１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現はＮＳＣＬＣによって変化しない、２２３〜２２５のいずれか一項に記載の方法。
２２８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１９６〜２２７のいずれか一項に記載の方法。
２２９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、２２８に記載の方法。
２３０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２２９に記載の方法。
２３１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２３０に記載の方法。
２３２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２３０に記載の方法。
２３３．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、２２８記載の方法。
２３４．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２３３に記載の方法。
２３５．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、２２８〜２３４のいずれか一項に記載の方法。
２３６．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、２２８〜２３４のいずれか一項に記載の方法。
２３７．前記さらなるがん治療は、上記１７５に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２３６に記載の方法。
２３８．前記さらなるがん治療は、（ｉ） ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤；
（ｉｉ） ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、リツキシマブのモノクローナル抗体；
（ｉｉｉ） タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；及び／又は
（ｉｖ） 塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、セマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である、２３６記載の方法。
２３９．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブであるである、２３８記載の方法。
２４０．前記さらなるがん治療がドセタキセルである、２３８に記載の方法。
２４１．前記さらなるがん治療は、エルロチニブである、２３８に記載の方法。
２４２．前記被験体が哺乳動物、場合によっては、前記被験体がヒトである、１９３〜２４１のいずれか一項に記載の方法。
２４３．前記被験体が、上記１０１〜１９２のいずれか１つの予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる前記薬剤又は化学療法剤による治療に選択される、１９３〜２４２のいずれか一項に記載の方法。
２４４．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１９３〜２４３のいずれか一項に記載の方法。
２４５．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、２４４に記載の方法。
２４６．前記試料は、血清試料である、２４５に記載の方法。
２４７．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜２４６のいずれか一項に記載の方法。
２０１ａ．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２ａ．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、１９３〜２４７のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０３ａ．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１ａ又は２０２ａに記載の方法。
２０４ａ．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０３ａに記載の方法。
２０５ａ．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４ａに記載の方法。
２０６ａ．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５ａに記載の方法。
２０７ａ．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０６ａに記載の方法。
２０８ａ．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０６ａに記載の方法。
２０９ａ．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０４ａに記載の方法。
２１０ａ．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０９ａに記載の方法。
２１１ａ．前記治療が、単剤として投与される、２０３ａ〜２１０ａのいずれか一項に記載の方法。
２１２ａ．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０３ａ〜２１１ａのいずれか一項に記載の方法。
２１３ａ．前記さらなるがん治療は、上記１７５に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１２ａに記載の方法。
２１４ａ．前記さらなるがん治療は、（ｉ） ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤；
（ｉｉ） ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、リツキシマブのモノクローナル抗体；
（ｉｉｉ） タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；及び／又は
（ｉｖ） 塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、セマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である、２１２ａに記載の方法。
２１５ａ．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、２１２ａに記載の方法。
２１６ａ．前記さらなるがん治療は、ドセタキセルである、２１４ａに記載の方法。
２１７ａ．前記さらなるがん治療は、エルロチニブである、２１４ａに記載の方法。
３０１．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する、その各々は、前記１又はそれ以上のバイオマーカーがＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む診断キット。
３０２．１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出するための、その各々は前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の試薬を含む試験装置。
３０３．前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、以下の：ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群より選択されからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３に記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０５のいずれかに記載の診断キット又は検査装置。
３０７．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０６のいずれかに記載の診断キット又は検査装置。
３０８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０７に記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１０に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１２に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記被験体が、ＮＳＣＬＣである、であると疑われる、又はと診断されていた、３０７〜３１０のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記方法は、１０１〜２４７のいずれか一項に記載の方法である、３０７〜３１５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１β、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群から選択されるバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、各々が、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌからなる群から選択される特定のバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、バイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１９．前記検出用試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１７又は３１８に記載の使用。
３２０．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜２４７のいずれか１つに基づく方法である、３１７〜３１９のいずれか一項に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、ＮＴｐｒｏＢＮＰ、エンドスタチン、ＩＧＦＢＰ−２、ＶＥＧＦ−Ｄ、ＧＤＦ−１５、ＡＢ−４０、ＡＬＰ、ＭＣＰ−３、ＳＯＤ−１、ＢＭＰ−９、ＩＬ−８、ＭＩＰ−１ベータ、ＲＡＧＥ、ＭＰＯ、ＣｇＡ、ＨＥ４、ＡＤＭ、Ｂ２Ｍ、ＶＤＢＰ、シスタチン−Ｃ、ヘプシン、ＬＤＨ、及び／又はＡｘｌの１又はそれ以上の使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する１又はそれ以上の前記バイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．（ｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が増えた場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；か、又は、（ｉｉ）被験体をがん治療剤と接触させた後、各バイオマーカーの対照プロファイルに対する、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現又は量が減少した場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が高まったことを示す；４０１の使用。
４０４．前記方法は、１０１〜２４７のいずれか一項に記載の方法である、４０１〜４０３のいずれか一項に記載の使用。
５０１．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜２４７のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜２４７のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜２４７のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；及び前記被験体が、上記１９３〜２４７のいずれかに記載の方法を用いて、前記治療に感受性があるかどうかを判定する工程；を含む、方法。
５０５．前記方法が、前記被験体が前記治療に対して感受性であると同定される場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる１又はそれ以上のさらなる治療有効量の薬剤又は化学療法剤を前記被験体に投与することを含む、５０４に記載の方法。
５０６．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０７．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０７のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０９に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５１０に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０８に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１２に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１３のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．上記１７５に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、（ｉ） ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤；
（ｉｉ） ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、リツキシマブのモノクローナル抗体；
（ｉｉｉ） タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；及び／又は
（ｉｖ） 塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、セマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤である、５１５に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１９．前記さらなるがん治療は、ドセタキセルである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５２０．前記さらなるがん治療は、エルロチニブである、５１７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
《第７側面：乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）》
悪性メラノーマとしても知られるメラノーマは、メラニン形成細胞から発生するがんの一種である。当該がんは、通常、皮膚に生じるが、口腔、腸、又は眼にもおこりうる。メラノーマに対する化学療法剤療法としては、例えば、イピリムマブ、ペムブロリズマブ、及びニボルマブがあげられる。転移性メラノーマに対する当該治療の成功率には未だ総じて限界があり、この種のがんに対する標的療法が未だに必要である（非特許文献６）。
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）は、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）以外のあらゆる種類の上皮性肺がんであり、全肺がんの大部分を占める。非小細胞肺がんは予後とマネジメントが類似する、扁平上皮がん、腺がん、大細胞肺がんの３つと、組織学的分類に分類される。腺がんは、肺がんの最も一般的な組織型である。非小細胞肺がんはしばしば、シスプラチン又はカルボプラチンを、ゲムシタビン、パクリタキセル、ドセタキセル、エトポシド又はビノレルビンと併用して治療される。ＮＳＣＬＣに対する標的療法が依然として必要である（非特許文献８〜９）。
従って、メラノーマ又はＮＳＣＬＣである被験体におけるがん関連転帰、例えば、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性、を予測する安定したバイオマーカーは、特定の薬剤／計画による治療に反応するか又は利益を受ける見込みが最も高い被験体を同定するのに有用であろう。
本明細書で記載される「応答性」被験体とは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが高い、又は反応する（又は治療から利益を受ける）被験体である。
これに対応する、本明細書で記載される「非応答性」被験体は、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤、又は化学療法剤、例えば、小分子Ａｘｌキナーゼ阻害剤ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブを用いて、単剤として又は別のがん治療と組み合わせて投与する場合に、治療に反応する見込みが低い（又は反応しない）被験体である。
本明細書中で用いられる「治療に反応する」又は「治療から利益を得る」とは、治療からの全体的な臨床的利益を経験することをいう。この全体的な臨床的利益とは、生存期間の延長、疾患の部分寛解又は完全寛解、疾患の進行の遅延又は非進行、腫瘍の縮小（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍体積の減少（例えば、腫瘍体積の５、１０、２０、３０、４０％又はそれ以上の減少）、腫瘍増大の遅延又は非増大、腫瘍体積増加の遅延又は非進行、生活の質の改善、無増悪生存、全体生存、又はその他の正の患者転帰；のいずれかである。腫瘍体積／負荷を決定する適当な方法は、当業者に周知であり、例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）又は磁気共鳴画像（ＭＲＩ）画像技術；Ｘ線画像、例えば、マンモグラフィ；超音波画像；核画像、例えば、陽電子放出断層撮影（ＰＥＴ）、ＰＥＴ／ＣＴスキャン、骨スキャン、ガリウムスキャン、又はメタヨードベンジルグアニジン（ＭＩＢＧ）スキャン；生物発光画像（ＢＬＩ）；蛍光画像（ＦＬＩ）；ＢＤ ＴｏＦ（赤外線系３Ｄ飛行時間カメラ画像技術である。
〔バイオマーカー〕
本明細書における用語「マーカー」又は「バイオマーカー」は、被験体又は前記被験体に由来する試料における発現が、がんにおいて、例えば上方又は下方調節されて改変又は変調される遺伝子又はタンパク質を示すのに用いられる。当該バイオマーカーがタンパク質である場合、発現の変調又は改変は、異なる翻訳後修飾を介する変調を包含する。
本開示の当該側面のいかなる態様でも、本明細書に記載されるバイオマーカーは、以下の：
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は
乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；と特定されうる。
本明細書に記載されるバイオマーカーはまた、上記アミノ酸配列のいずれかをコードする全長核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）として特定され得る。
同一性ＦＡＳＴＡ及びＦＡＳＴＰ（Pearson&Lipman,1988.Methods in Enzymology 183:63-98を参照）を用いた配列比較を用いて特定しうる。パラメータは、以下の：Ｇａｐｏｐｅｎ（ギャップの最初の残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−１２／ＤＮＡに対する−１６；Ｇａｐｅｘｔ（ギャップの追加残基に対するペナルティ）：タンパク質に対する−２／ＤＮＡに対する−４；ＫＴＵＰワード長：タンパク質に対する２／ＤＮＡに対する６の、デフォルトのマトリクスを用いて設定するのが好ましい。
〔治療前予測のバイオマーカー及び方法〕
発明者らは、臨床試験ＢＧＢＩＬ００６（ＮＣＴ０２８７２２５９）及びＢＧＢＣ００８（ＮＣＴ０３１８４５７１）から得られた患者データを解析して、乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）が、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマである被験体の治療前に、「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで「応答性」被験体の血清中に存在することを発見した（実施例７を参照）。従って、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療前に、当該バイオマーカーの活性、発現又は量を評価すれば、被験体が、当該薬剤による治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうる。
従って、本側面の第１態様では、本開示は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、の疑いがある、又はＮＳＣＬＣ又はメラノーマと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測する方法を提供し、当該方法は、前記被験体における又は前記被験体に由来する試料におけるバイオマーカーＬＤＨの活性、発現、又は量を評価することを含む。
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はＮＳＣＬＣと診断された実施形態では、当該方法は、当該バイオマーカーＬＤＨ、及び被験体又は被験体に由来する試料中に存在する、Ａｘｌ、βアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）、アグレカンコアタンパク質（アグレカン）、フェリチン（ＦＲＴＮ）、進行性グリコシル化最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）、スクレロスチン、前立腺特異的抗原、遊離（ＰＳＡ−ｆ）、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、神経線維重鎖ポリペプチド（ＮＦ−Ｈ）、ドーパミンβ−ヒドロキシラーゼ（ＤＢＨ）、フィブリン−１Ｃ（Ｆｉｂ−１Ｃ）、ミオグロビン、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）、内臓脂肪組織−セルピンＡ１２（Ｖａｓｐｉｎ）、インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）、アルファ−２−マクログロブリン（Ａ２Ｍａｃｒｏ）、組織メタロプロテイナーゼ阻害剤（ＴＩＭＰ−２）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、テトラネクチン、骨髄前駆細胞抑制因子１（ＭＰＩＦ−１）、膵臓ポリペプチド（ＰＰＰ）、インターロイキン−７（ＩＬ−７）、肺及び活性化調節ケモカイン（ＰＡＲＣ）、がん抗原１５−３（ＣＡ−１５−３）、ペプシノーゲンＩ（ＰＧＩ）、アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）、アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）、マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１５（ＣＣＬ１５）、プログラニュリン、カルシノエンブリオン抗原関連細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１）、ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−９）、及び／又は乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）からなる群から選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含んでよい。
メラノーマである、の疑いがある、又はメラノーマと診断された実施形態では、当該方法は、当該バイオマーカーＬＤＨ、及び被験体又は被験体に由来する試料中に存在する、Ａｘｌ、インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６ｒ）、ケモカインＣＣ−４（ＨＣＣ−４）、メタロプロテイナーゼ１の組織阻害剤（ＴＩＭＰ−１）、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）、抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）、トランスフォーミング増殖因子β１の潜伏関連ペプチド（ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、血小板由来増殖因子ＢＢ（ＰＤＧＦ−ＢＢ）、オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）、好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）、ＳＴ２、腫瘍壊死因子受容体Ｉ（ＴＮＦ ＲＩ）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、及び／又は成長調節αタンパク質（ＧＲＯ−α）からなる群から選択される１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含んでよい。
本明細書に記載される「がん関連転帰」は、がんと関連する臨床的予測又は予後である。ある実施形態では、がん関連転帰は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である。
いくつかの実施形態では、本方法は、前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、ＬＤＨの活性、発現、又は量を評価して、ＬＤＨの試料プロファイルを得る工程；かつ、前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含む。
本明細書中で用いる「試料プロファイル」は、被験体又は被験体に由来する試料において決定されたＬＤＨの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
本方法のいくつかの実施形態では、予測は、試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる。本明細書で用いる「対照プロファイル」は、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、ＬＤＨの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。適当な対照プロファイルは、以下で詳細に説明される。
ＬＤＨは、被験体の治療前に、「応答性」被験体における発現が上方制御されたことが見出された。すなわち、ＬＤＨは、「応答性」被験体の血清よりも高いレベルで存在することが見出された。
この「応答性」と「非応答性」の間の発現レベルの差は、逆の方法で表現しうる。すなわちＬＤＨは、被験体の治療前に「非応答性」の被験体における発現が下方制御されたこと、すなわち、ＬＤＨは、「応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで「非応答性」の被験体の血清中に存在することが見出された。
当該異なる発現パターンの発見は、被験体が薬剤での治療前に、ＬＤＨの活性、発現、又は量を評価することで、当該被験体が、当該薬剤での治療に感受性又は応答性である見込みを判定しうることを意味する。従って、特に好ましい態様では、当該試料プロファイルは、被験体へのＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の接触又は投与前に得られる。
ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療（又は治療からの利益）に反応する見込みが高い、又は応答する被験体であり、薬剤で「治療に感受性がある」被験体は、上記で特定したように、当該薬剤について「応答性」である。「感受性を示す」予測とは、被験体が治療に反応したり、治療から利益を得たりする見込みを示唆又は指摘するものである。
いくつかの態様では、本開示の予測方法は、被験体又は被験体に由来する試料においてＬＤＨの活性、発現、又は量を評価して、ＬＤＨの試料プロファイルを得る工程と、１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルに基づいて予測を行う工程を含む。本方法のいくつかの態様では、当該予測は、対照プロファイルと試料プロファイルの比較により行われ、対照プロファイルは、対照被験体又は対照被験体の集団において決定された、ＬＤＨの活性、発現、又は量に対応する数値又は数値範囲のプロファイルである。
ある実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣである対照被験体の集団及び／又はメラノーマである対照被験体の集団から得ることができる。ある実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団及び／又はメラノーマでない対照被験体の集団から得ることができる。他の実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団、及び／又はメラノーマであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から得ることができる。
ある実施形態では、対照プロファイルは、ＬＤＨの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「平均」値、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。ＬＤＨの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＮＳＣＬＣである対照被験体の集団及び／又はメラノーマである対照被験体の集団、ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団及び／又はメラノーマでない対照被験体の集団から獲得しうる。このＬＤＨ発現、活性、又は量の所定のプロファイルは、また、例えば、ＮＳＣＬＣであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団、及び／又はメラノーマであり、かつ以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤（すなわち、非応答性被験体）による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体の集団から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、ＮＳＣＬＣであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、「応答性被験体」）、及び／又はメラノーマであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、「応答性被験体」）から獲得しうる。ある実施形態では、対照プロファイルは、バイオマーカーの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイル、例えば、「閾値」、又は値の「標準範囲」のプロファイルであってよい。バイオマーカーの発現、活性、又は量のこの所定のプロファイルは、例えば、ＮＳＣＬＣであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、「応答性被験体」）、及び／又はメラノーマであり、かつＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された対照被験体又は対照被験体の集団（すなわち、「応答性被験体」）から獲得しうる。
いくつかの他の実施形態では、対照プロファイルは、ＬＤＨの既知の量（例えば、「閾値」量）を備えるコントロール試料から獲得しうる。この閾値量は、例えば、上記のように、非応答性又は応答性の被験体から獲得しうる。
当業者であれば、特定のバイオマーカーの適当な「平均」、「閾値」又は値の「標準範囲」を容易に決定しうる。
例えば、「平均」値は、ＮＳＣＬＣである（又はでない）被験体集団及び／又はメラノーマである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；及び「平均」値の決定に測定されたバイオマーカー活性、発現、又は量を平均して、決定しうる。
例えば、「平均」値は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中のバイオマーカー活性、発現、又は決定された量の平均による、「平均」値の決定により、決定され得る。
例えば、「閾値」は被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最高又は最低のバイオマーカー活性、発現、又は量の「閾値」としての適宜選択により決定され得る。
例えば、値の「標準範囲」は、ＮＳＣＬＣである（又はでない）被験体集団及び／又はメラノーマである（又はでない）被験体集団における特定のバイオマーカーの活性、発現又は量の評価、及びこの評価に基づいて値の「標準範囲」を決定することで、決定しうる。
例えば、値の「標準範囲」は、被験体の集団における特定のバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び当該評価に基づき、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが判明した被験体に対する値の「標準範囲」を決定することで、決定され得る。
対照プロファイルがＬＤＨの発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである場合、これは「ルックアップテーブル」又はデータレコードとして提供され得る。当該所定の対照プロファイルは、複数の対照被験体（例えば、上記の非応答性又は応答性被験体）において決定されたＬＤＨの中心傾向（平均、中央値又は平均）量の尺度に対応する数値又は数値範囲のプロファイルであり得る。当業者であれば、標準的なタンパク質定量化技術及び適当な統計的ツールを用いて、集団内の中心傾向の尺度及び変動の尺度をともに容易に決定しうる。
従って、いくつかの実施形態では、対照プロファイルは、以下の：ＮＳＣＬＣである対照被験体の集団及び／又はメラノーマである対照被験体の集団から得られたもの；ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団及び／又はメラノーマでない対照被験体の集団から得られたもの；ＮＳＣＬＣであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）及び／又はメラノーマであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が以前に見出されている対照被験体の集団から得られたもの（非応答性被験体である）；非応答性被験体から得られたＬＤＨの発現、活性又は量の所定のプロファイル（例えば、「平均（average）、中央値又は平均(mean)」のプロファイル又は値の「標準範囲」）；非応答性被験体を示すＬＤＨの既知の「平均、中央値又は平均値」を備える対照試料から得られたもの；応答性被験体から得られたＬＤＨの発現、活性又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、応答性被験体を示すＬＤＨの既知の「閾値」を備える対照試料から得られたもの；次いで、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおけるＬＤＨの活性、発現、又は量がより高い場合には、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。同様に、対照プロファイルと比較して、試料プロファイルにおけるＬＤＨの活性、発現、又は量がより低い場合には、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＮＳＣＬＣである対照被験体又は対照被験体の集団から得られ、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された場合（すなわち、反応被験体）、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体、及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出された被験体）に典型的な「閾値」値を上回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイル中の発現、活性又は量が、反応被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣである被験体、及び、以前に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見出された被験体）に典型的な「閾値」値を下回る場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がないことを示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、応答性被験体から得られたＬＤＨの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマである被験体であって、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが以前に見出されたもの）に典型的な値の「標準範囲」外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、非応答性被験体から得られたＬＤＨの発現、活性、又は量の「標準範囲」の所定のプロファイルであり、試料プロファイルの発現、活性、又は量が、非応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出された被験体）に典型的な値の「標準範囲」内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性、又は量の値が、非応答性被験体（すなわち、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマであり、かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が以前に見出されている被験体）に典型的な「標準範囲」値外にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示しうる。
いくつかの当該実施形態では、対照プロファイルが、ＮＳＣＬＣでない対照被験体の集団から得られたもの及び／又はメラノーマでない対照被験体の集団から得られたものであり、かつ、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＮＳＣＬＣでない被験体及び／又はメラノーマでない被験体に典型的な「標準範囲」値外である場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す。同様に、試料プロファイルの発現、活性又は量が、ＮＳＣＬＣでない被験体及び／又はメラノーマでない被験体に典型的な「標準範囲」値内にある場合は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如を示す。この場合、発現、活性又は量は、所与のバイオマーカーについて正常の上限を上回るか又は正常の下限を下回るかのいずれかである場合に、「標準範囲」値外にあってよい。正常値の上限及び下限は、ＮＳＣＬＣでない対照被験体集団及び／又はメラノーマでない対照被験体集団の所定のバイオマーカーの正常分布の限界である。
いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、ＬＤＨ発現、活性、又は量の値の所定のプロファイルである。いくつかの好ましい態様では、対照プロファイルは、以下の：被験体の集団におけるＬＤＨの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して集団中のどの被験体が感受性であるかの決定；及び、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対して感受性であることが判明した被験体中の最低のＬＤＨの活性、発現、又は量の「閾値」としての選択；により決定される「閾値」である。
いくつかの当該実施形態では、ＬＤＨの制御閾値は、２８７ユニット／リットル（Ｕ／Ｌ）である。すなわち、いくつかの実施形態では、試料プロファイル中の２８７ユニット／Ｌ（Ｕ／Ｌ）を超えるＬＤＨバイオマーカーの活性は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示しうる。
他の好ましい実施形態では、対照プロファイルは、以下の：ＮＳＣＬＣでない被験体集団及び／又はメラノーマでない被験体集団における、ＬＤＨの活性、発現、又は量の評価；及び、当該評価に基づく値の標準範囲の決定；により決定される値の「標準範囲」である。当該実施形態では、値の「標準範囲」を超えるか又は当該範囲外の発現、活性又は量の値、例えば、ＬＤＨの正規の上限を超える場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療の感受性を示しうる。
当業者であれば、適当な統計的ツール及び適当な対照との比較を用いて、試料プロファイルが、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示すか又は感受性の欠如を示すかを容易に決定しうる。
いくつかの実施形態では、試料プロファイルは、上記のように２又はそれ以上の対照プロファイルと比較され得る。
〔被験体〕
本明細書に記載の「被験体」は、哺乳動物として分類されるいかなる種の動物であり、家畜、畜産動物、霊長類、及びヒトを含むが、これらに限定されない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、あらゆる性又は人種のヒトである。ある態様では、ヒトは、成人ヒトである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法は、被験体がＮＳＣＬＣ又はメラノーマの治療中又は治療コース前に実施される。他の実施形態では、当該予測方法は、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマに対する治療中又は治療コース後に実施される。ある実施形態では、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤である。他の実施形態では、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマの治療又は治療コースは、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤ではない化学療法剤による治療である。
本明細書に記載の予測方法のいくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている。ある実施形態では、被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている。
本明細書に記載された予測方法のいくつかの態様では、当該被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている。すなわち、被験体は、予測方法が被験体の感受性を決定する薬剤ではない薬剤で既に治療されている。従って、いくつかの態様では、被験体は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で予め治療されていない。いくつかの好ましい態様では、被験体は、以前にＡｘｌ阻害剤で治療されていない。他の好ましい態様では、被験体は、Ａｋｔ３阻害剤で予め治療されていない。
〔ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤〕
本開示は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体におけるがん関連転帰を予測するための方法を提供する。「がん関連転帰」とは、がんと関連する臨床的予測又は予後である。
本開示の当該ＮＳＣＬＣ又はメラノーマ側面で用いる、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、以下の好ましい実施形態以外は、上記のＡＭＬ側面の記載のように特定される（上記と同項目、第１４頁第１９行目〜第１７頁第２行目参照）。
被験体が非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断されたいくつかの実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。
被験体がメラノーマである、の疑いがある、又はと診断されたいくつかの実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である。
〔バイオマーカーの活性、発現、量の評価〕
本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、本明細書に記載される予測方法のいくつかの態様では、被験体又は被験体に由来する試料におけるＬＤＨの活性、発現又は量の評価は、試料又は試料由来の抽出物を、ＬＤＨに対して選択的である、ＬＤＨの活性、発現又は量を検出する試薬と接触させる工程；及び検出用の前記試薬を検出及び／又は定量する工程を含む。
いくつかの好ましい実施形態では、ＬＤＨの活性評価は、被験体又は被験体に由来する試料におけるＬＤＨの酵素活性の測定工程を含む。好ましくは、当該酵素活性は、被験体又は被験体に由来する試料中のＬＤＨにより触媒される酵素反応の基質又は生成物のレベル又は量を測定して評価される。特に好ましい実施形態では、当該酵素活性は、被験体又は被験体由来の試料中の還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤＨ）のレベル又は量の測定により評価される。ある実施形態では、これは、比色アッセイ、例えば、Sigma-Aldrich製カタログ番号ＭＡＫ０６６の比色アッセイを用いて測定しうる。ＬＤＨ活性評価の他の適当なアッセイは、当業者に周知である。特に好ましい態様では、ＬＤＨ活性は、血液又は血清中のＬＤＨの酵素活性の測定により評価される。
いくつかの態様では、ＬＤＨの発現又は量の評価は、被験体又は被験体由来の試料におけるＬＤＨのタンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定を含む。ＬＤＨの発現又は量は、タンパク質発現のレベルの測定により、評価される。特に好ましい実施形態では、１又はそれ以上のバイオマーカーの発現又は量は、血清中のタンパク質発現のレベルの測定により、評価される。
用語「発現」とは、対応するｍＲＮＡを生成する遺伝子のＤＮＡ鋳型の転写、及び対応する遺伝子産物（すなわち、ペプチド、ポリペプチド、又はタンパク質）を生成する当該ｍＲＮＡの翻訳、並びに翻訳後修飾がされたかもしれない１又はそれ以上の形態のタンパク質の「発現」を意味する。
いくつかの実施形態では、ＬＤＨのタンパク質又はｍＲＮＡのレベルの決定工程は、試料又は試料由来の抽出物を、ＬＤＨのタンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する特異的結合メンバーと接触させる工程と、当該特異的結合メンバー及び当該ＬＤＨタンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出及び／又は定量の工程とを含む。ある態様では、特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
タンパク質及びｍＲＮＡ発現レベルを決定する一連の適当な技術、例えばマイクロアレイ分析、ウェスタンブロット法、及びＱＰＣＲ等のＰＣＲ技術は、当該分野で周知である。いくつかの態様では、１又はそれ以上のバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量の決定は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用を含み得る。
いくつかの態様では、ＬＤＨの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される。その場合、タンパク質又はｍＲＮＡは、試料中で定量され得、当該量は、試料の尺度、例えば、試料の容積、質量、又は総タンパク質量として表され得る。
いくつかの態様では、ＬＤＨの発現又は量は、試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、ここで、当該相対量は、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定される。このように、ＬＤＨのタンパク質又はｍＲＮＡの相対量を決定することで、正規化が可能となり、例えば、総タンパク質濃度の差異を考慮して、試料間のバイアスを除去しうる。
好ましくは、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、その発現又は量が、がんである、特にＮＳＣＬＣ又はメラノーマである被験体とがんでない被験体との間で有意に変化しない。すなわち、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、好ましくは、その発現又は量がＮＳＣＬＣ又はメラノーマによって変化しない。従って、参照タンパク質又はｍＲＮＡは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つではない１又はそれ以上のタンパク質又はｍＲＮＡを含み得る。当該ＬＤＨの発現量又は量を相対量として表す場合、試料中のＬＤＨタンパク質又はｍＲＮＡの絶対量を、試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡの絶対量で除算しうる。
〔ＲＮＡレベルでのバイオマーカー発現の評価〕
遺伝子発現はＲＮＡレベルで検出しうる。ＲＮＡは、例えば、酸性フェノール／グアニジンイソチオシアネート抽出（ＲＮＡｚｏｌ Ｂ；Ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）、ＲＮｅａｓｙＲＮＡ調製キット（Ｑｉａｇｅｎ）又はＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ、スイス）を用いることを含むＲＮＡ抽出技術を用いて細胞から抽出され得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する通常の分析フォーマットとしては、核ランオンアッセイ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイ（Ｍｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２：７０３５）、ノーザンブロット法及びＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーションがあげられる。遺伝子発現はまた、以下に記載するマイクロアレイ分析によって検出され得る。
〔タンパク質レベルでのバイオマーカー発現の評価〕
ＬＤＨレベルは、タンパク質発現の測定により評価される。改変された遺伝子又はタンパク質の発現は、遺伝子によりコードされるポリペプチドの測定によっても検出しうる。これは、バイオマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドに結合する分子を用いることにより達成され得る。タンパク質の存在の検出のためにポリペプチドに直接的又は間接的に結合する適当な分子／剤は、天然に存在する分子、例えば、ペプチド及びタンパク質、例えば、抗体を含むか、又はそれらは合成分子であってよい。
抗体は、市販の供給源から、又は当業者に周知の技術を介して獲得しうる。一の実施形態では、改変された発現が、タンパク質バイオマーカーの翻訳後改変された形態の改変の発現を介して現れる場合、当該異なる形態に特異的な抗体が用いられ得る。本開示の目的のため、「抗体」という用語は、別段の規定がない限り、標的抗原に対するそれらの結合活性を保持する全抗体又は全抗体の断片を含む。当該断片としては、Ｆｖ、Ｆ（ａｂ'）及びＦ（ａｂ'）２断片、並びに単鎖抗体（ｓｃＦｖ）があげられる。さらに、抗体及びその断片は、例えば、欧州特許公開第２３９４００号に記載されているヒト化抗体であり得る。例えば、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体、組換え抗体、抗体のタンパク質分解断片及び組換え断片（Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジアボディ）、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、ｓｄＡｂ、ナノボディ、ＩｇＮＡＲ、ＶＮＡＲ）、及び抗体様特異的結合を有するように操作された、抗体とは無関係のタンパク質である。抗体は、固体支持体に結合され、及び／又は適当な試薬、対照、指示書等と共に適当な容器中のキットにパッケージされ得る。
〔アレイ〕
アレイ技術及びそれに関連する様々な技術及び適用は、当技術分野で周知である。アレイ技術は一般に「１の実験で１の遺伝子」に基づいて機能し、その結果、スループットが低下し、遺伝子機能の「全体像」が理解できないという、分子生物学における従来の方法の欠点を克服する。本開示の産物及び方法の文脈では、アレイ技術は、例えば、バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの発現の分析で用いられうる。
一般に、いかなるライブラリ又は試料群は、ライブラリ又は群のメンバーを空間的に分離して、アレイに秩序正しく配列しうる。アレイ化に適したライブラリの例としては、核酸ライブラリ（ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド等のライブラリを含む）、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質ライブラリ、並びにリガンドライブラリ等のいかなる分子をも含むライブラリが挙げられる。従って、本明細書で「ライブラリ」を参照する場合は、文脈上別段の指示がない限り、当該参照は、アレイの形態のライブラリを参照することを含むものと解釈されるべきである。
タンパク質、ポリペプチド等もまた、アレイで固定化しうる。例えば、抗体は、タンパク質チップ（Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ ＣＡ， ２０００， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ ２１（８）：３７９−８２）を用いたプロテオームのマイクロアレイ分析に用いられる。ポリペプチドアレイは、例えば、ＭａｃＢｅａｔｈ ａｎｄ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ， ２０００， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２８９（５４８５）：１７６０−１７６３に概説がある。
〔試料〕
適当な試料としては、組織生検、血液、尿、頬側擦過物等の組織試料、並びに血清、血漿、又は組織培養上清試料が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい態様では、ＬＤＨの発現又は量は、試料中のタンパク質発現のレベルの決定により評価される。いくつかの好ましい態様では、試料は、血液、血清又は血漿試料である。いくつかの特に好ましい態様では、試料は血清試料である。
被験体由来の血清又は血漿試料中のＬＤＨタンパク質又はｍＲＮＡの発現又は量を評価する場合、試料を除去し、フローサイトメトリー、マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）、ＥＬＩＳＡ、ＰＥＴ、及びＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ ＭＳ等の分析技術に供する。いくつかの実施形態では、当該方法は、当該試料からＲＮＡを抽出し、ＱＰＣＲによる遺伝子発現の検出を含みうる。いくつかの他の実施形態では、遺伝子発現は、例えばウェスタンブロットでタンパク質産物を検出することで検出しうる。
いくつかの実施形態では、ＬＤＨの発現レベルは、１又はそれ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のコピー数の決定により評価される。コピー数（すなわち、遺伝子重複事象）は、例えば、Ｊｉａｎｇら（Ｊｉａｎｇ Ｑ， Ｈｏ ＹＹ， Ｈａｏ Ｌ， Ｎｉｃｈｏｌｓ Ｂｅｒｒｉｏｓ Ｃ， Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｉ Ａ． Ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｖａｒｉａｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｇｅｎｅｓ ａｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ ｏｆ Ｈｉｒｓｃｈｓｐｒｕｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ． ＰＬｏＳ Ｏｎｅ． ２０１１；６（６））に記載されるＤＮＡチップを用いて、当該技術分野で公知の標準技術を用いて決定しうる。
本明細書に記載される予測方法のいくつかの好ましい実施形態では、当該方法はインビトロ又はエクスビボで行われる。
〔治療被験体の選択方法〕
本開示のこの側面の第２態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のため、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、その疑いがある、又はＮＳＣＬＣ又はメラノーマと診断された被験体を選択する方法に関する。ある実施形態では、本方法は、上記本明細書の本側面の第１態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体の同定工程；及び、当該同定された被験体の治療のための選択工程を含む。
ある実施形態では、この態様は、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療を継続するために、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、その疑いがある、又はＮＳＣＬＣ又はメラノーマと診断された被験体を選択する方法に関する。
本開示のこの態様のいくつかの実施形態では、治療は、本明細書に記載される、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤の被験体への投与を含む。従って、ある実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい実施形態では、治療は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、当該治療は、単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。
被験体が非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、の疑いがある、又はと診断されたいくつかの実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体である。
被験体がメラノーマである、の疑いがある、又はと診断されたいくつかの実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である。
〔キット〕
本開示の本側面の第３態様は、診断キット及び試験装置に関する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＬＤＨの活性、発現、又は量を検出する試薬を含む診断キットを提供し、当該試薬は、ＬＤＨに対して選択的である。
他の実施形態では、本開示は、本開示は、ＬＤＨの活性、発現、又は量を検出する試薬を含む診断装置を提供し、当該試薬は、ＬＤＨに対して選択的である。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＬＤＨの酵素活性を測定する試薬を含む。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＬＤＨにより触媒される酵素反応の基質又は産物の量のレベルを決定する試薬を含む。ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、還元型ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤＨ）のレベル又は量を測定する試薬を含む。ある実施形態では、診断キット又は試験装置はＮＡＤＨに特異的なプローブを含む。ある態様では、プローブは、ＮＡＤＨと相互作用して、シグナル、例えば、色を生成する。
ある実施形態では、診断キット又は試験装置は、ＬＤＨに選択的に結合する特異的結合メンバー；かつ、当該特異的結合メンバーを検出する１又はそれ以上の試薬、又は当該特異的結合メンバー及びＬＤＨにより形成された複合体の検出及び／又は定量化のための、１又はそれ以上の試薬を含む。
本開示の本態様のいくつかの実施形態では、診断キット又は試験装置は、基板上にアレイの形態で提供されるか、又はビーズ又はマイクロスフェア等の複数の粒子に結合された、複数の前記特異的結合メンバーを含む。当該粒子は、検出可能な標識でコードしうる。ある実施形態では、当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む。
当該特異的結合メンバー及びＬＤＨによって形成される複合体の形成を検出する診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ、から選択される技術を用いて行われる。
当該診断キット又は検査装置のいくつかの実施形態では、キット又は検査装置は、検出用の試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む。当該診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、当該キット又は試験装置は、１５、２０、２５、３０、４０、又は５０以下の特異的結合メンバーを含む。
ある実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、若しくはＰＨＧＤＨ阻害剤である。いくつかの好ましい実施形態では、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５を含む。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマであり、であると疑われる、又は、と診断されている。当該予測方法に用いられる診断キット又は試験装置のいくつかの実施形態では、被験体は、ＮＳＣＬＣであり、であると疑われる、又は、と診断されている。当該予測方法に用いられる診断キット又はテスト装置のいくつかの実施形態では、被験体は、メラノーマであり、であると疑われる、又は、と診断されている。
いくつかの実施形態では、本方法は、本開示の本側面の上記第１態様により特定され得る。
本開示の本側面の第４態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法においてＬＤＨの活性、発現、又は量を検出するための試薬の使用に関する。
本開示の本側面の第５態様は、被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、ＬＤＨの、活性、発現、又は量を検出する試薬の使用に関する。ある実施形態では、検出用の当該試薬は、特定のバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む。当該特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記開示の第１態様により特定される通りであり得る。
〔使用〕
本開示の本側面の第６態様は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとしてのＬＤＨの使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＬＤＨ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、Ａｘｌ、ＡＢ−４０、アグレカン、ＦＲＴＮ、ＲＡＧＥ、Ｎｒ−ＣＡＭ、スクレロスチン、ＰＳＡ−ｆ、ＥＧＦＲ、ＮＦ−Ｈ、ＤＢＨ、Ｆｉｂ−１Ｃ、ミオグロビン、ｕＰＡ、Ｖａｓｐｉｎ、ＩＬ−２３、Ａ２Ｍａｃｒｏ、ＴＩＭＰ−２、ＴＳＨ、テトラネクチン、ＭＰＩＦ−１、ＰＰ、ＩＬ−７、ＰＡＲＣ、ＰＡＲＣ、ＣＡ−１５−３、ＰＧＩ、ＡｐｏＥ、ＡｐｏＣ−Ｉ、ＭＳＰ、ＣＣＬ１５、Ｐｒｏｇｒａｎｕｌｉｎ、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＤＢＰ、及び／又はＣＡ−９の使用に関する。
ある実施形態では、本使用は、被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性があるかどうかを判定するバイオマーカーとして、ＬＤＨ、及び少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、Ａｘｌ、ＩＬ−６ｒ、ＨＣＣ−４、ＴＩＭＰ−１、ＨＢ−ＥＧＦ、ＡＬＰ、ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＯＰＧ、ＮＡＰ−２、ＳＴ２、ＴＮＦ ＲＩ、ＶＥＧＦ、及び／又はＧＲＯ−αの使用に関する。
いくつかの態様では、当該使用は、本開示の本側面の上記開示の第１態様により特定される方法におけるバイオマーカーとしての使用である。
〔被験体の治療方法〕
本開示の本側面の第７態様は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、の疑いがある、又はと診断された、被験体の治療方法に関する。ある実施形態では、本方法は、開示の本側面の上記開示の第１態様により特定される予測方法を用いて、治療用被験体を同定する工程；及びＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療的有効量を前記被験体に投与する工程を含む。
すなわち、いくつかの態様では、当該予測方法は、以下の：（ａ）当該被験体から試料を得る工程；（ｂ）本開示の本側面の上記第１態様により特定される予測方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に前記被験体が、感受性があるかどうかを判定する工程；（ｃ）ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を被験体に投与する工程；を含む。
ある実施形態では、当該方法は、本開示の本側面の上記第１態様により特定される予測方法を用いて、当該治療に感受性であると同定された被験体に、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を投与する工程を含む。
本開示の本側面の第８態様は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
本開示の本側面の第９態様は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用に関する。ある実施形態では、当該治療方法は上記のように特定された方法である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む。いくつかの好ましい態様では、当該ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤は、Ａｘｌ阻害剤、例えば、Ａｘｌ阻害剤、例えば、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、又はＵＮＣ２０２５である。他のＡｘｌ阻害剤としては、特許文献１〜３及び５に記載されている抗Ａｘｌ抗体があげられる。いくつかの好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、特許文献１〜３及び５に記載された抗Ａｘｌ抗体である。いくつかの特に好ましい実施形態では、Ａｘｌ阻害剤は、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである。
いくつかの他の好ましい実施形態では、当該治療は、Ａｋｔ３阻害剤を含む。ある実施形態では、Ａｋｔ３阻害剤は、特許文献４に開示されるＡｋｔ３阻害剤である。
当該方法、使用のための薬剤、又は使用のいくつかの態様では、当該治療は単剤として投与される。他の実施形態では、治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される。適当なさらなるがん治療は、上記で詳細に概説される。
いくつかの好ましい実施形態では、前記さらなるがん治療は、ＰＤ−１阻害剤又はＰＤ−Ｌ１阻害剤である。いくつかの実施形態では、さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ、チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である。いくつかの特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療はペムブロリズマブである。他の特に好ましい実施形態では、さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である。
〔開示に関する記載〕
以下の番号つきの記載は、本開示の本側面に関し、記載の部分を構成する：
１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記被験体が、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、ＬＤＨバイオマーカーの１の活性、発現、又は量を評価して、前記ＬＤＨバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記ＬＤＨバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；
場合によっては、前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１に記載の方法。
３．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、２に記載の方法。
４．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマでない対照被験体集団から得られた
（ｉｉｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団から得られた；
（ｉｖ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」の所定のプロファイル；
（ｖ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値を有する対照試料由来であり；
（ｖｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団から得られた、バイオマーカー発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団を示す、バイオマーカー既知の「閾値」を有する対照試料由来である。
バイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｖ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団から得られた、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である、である、３に記載の方法。
５．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）被験体集団におけるＬＤＨの活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である当該集団における、被験体の決定；かつ、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見いだされた被験体において測定された最低ＬＤＨ活性、発現、又は量の「閾値」として選択；により決定される「閾値」、又は
（ｉｉ）ＮＳＣＬＣでない被験体集団及び／又はメラノーマでない被験体集団におけるＬＤＨ活性、発現量又は量の評価；かつ、当該被験体におけるＬＤＨ活性、発現量又は量の「標準範囲」の決定によって決定される、値の「標準範囲」、
である、４に記載の方法。
６．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおけるＬＤＨのバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、３〜５のいずれか一項に記載の方法。
７．前記方法は、被験体中、又は被験体由来の試料における、以下の：
（ｉ）Ａｘｌ、βアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）、アグレカンコアタンパク質（アグレカン）、フェリチン（ＦＲＴＮ）、進行性グリコシル化最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）、スクレロスチン、前立腺特異的抗原、遊離型（ＰＳＡ−ｆ）、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、神経線維重鎖ポリペプチド（ＮＦ−Ｈ）、ドーパミンβ−ヒドロキシラーゼ（ＤＢＨ）、フィブリン−１Ｃ（Ｆｉｂ−１Ｃ）、ミオグロビン、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）、内臓脂肪組織由来のセルピンＡ１２（バスピン）、インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）、アルファ−２−マクログロブリン（Ａ２Ｍａｃｒｏ）、金属プロテイナーゼ２の組織阻害因子（ＴＩＭＰ）−２）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、テトラネクチン、骨髄前駆細胞抑制因子１（ＭＰＩＦ−１）、膵臓ポリペプチド（ＰＰＰ）、インターロイキン−７（ＩＬ−７）、肺及び活性化調節ケモカイン（ＰＡＲＣ）、がん抗原１５−３（ＣＡ−１５）３）ペプシノーゲンＩ（ＰＧＩ）、アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）、アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）、マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１５（ＣＣＬ１５）、プログラニュリン、がん胎児性抗原関連細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１）、ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−９）、及び／又は乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）；又は、
（ｉｉ）Ａｘｌ、インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６ｒ）、ケモカインＣＣ−４（ＨＣＣ−４）、メタロプロテイナーゼの組織阻害因子１（ＴＩＭＰ−１）、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）、抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）、トランスフォーミング増殖因子β１の潜伏関連ペプチド（ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、血小板由来増殖因子ＢＢ（ＰＤＧＦ−ＢＢ）、オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）、好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）、ＳＴ２、腫瘍壊死因子受容体Ｉ（ＴＮＦ ＲＩ）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、及び／又は成長調節αタンパク質（ＧＲＯ−α）；
からなる群から選択される１又はそれ以上のさらなるバイオマーカーの前記活性、発現、又は量を評価することを含む、１〜６のいずれか一項に記載の方法。
８．前記被験体又は前記被験体由来試料中のＬＤＨバイオマーカーの前記活性、発現又は量の評価は、以下の：
試料、又は試料由来抽出物を、ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量の検出試薬と接触させる工程；かつ、
前記検出試薬を検出及び／又は定量する工程；
を含む、１〜７のいずれか一項に記載の方法。
９．被験体又は被験体に由来する試料中のＬＤＨバイオマーカーの活性の評価が、被験体又は被験体由来試料中のＬＤＨの酵素活性を測定する工程を含み；
場合によっては、ＬＤＨにより触媒される酵素反応の基質又は生成物のレベル又は量の測定により、酵素活性が評価される、８に記載の方法。
１０．前記被験体中、又は前記被験体由来試料中のＬＤＨバイオマーカーの発現又は量の評価が、以下の：
前記試料又は前記試料由来の抽出物を、ＬＤＨタンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記ＬＤＨタンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含む、８に記載の方法であって、
場合によっては、前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、方法。
１１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３〜１０のいずれか一項に記載の方法。
１２．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１１に記載の方法。
１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１１に記載の方法。
１４．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、さらなるがん治療と組み合わされて投与される、３〜１３のいずれか一項に記載の方法。
１５．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、１４に記載の方法。
１６．前記がんのさらなる治療は、ペムブロリズマブである、15に記載の方法。
１７．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、１５に記載の方法。
１８．前記被験体が哺乳動物、場合によっては、前記被験体がヒトである、１〜１７に記載の方法。
１９．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料、場合によっては、前記試料は、（ａ）血清試料；又は、（ｂ）血液試料である、１〜１８に記載の方法。
２０．前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
２１．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：
上記１〜２０のいずれかに記載された方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤を用いた治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、
このように同定された被験体を治療のために選択する工程；
を含む、方法。
２２．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤であり：
場合によっては、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる物質は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２１に記載の方法。
２３．ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量の検出試薬を含み、前記検出試薬がＬＤＨに対して選択的である、診断キット又は試験装置。
２４．被験体のがん関連転帰の予測方法に用いる、上記２３に記載のキット又は試験装置であって、
場合によっては、前記方法は、上記１〜２０のいずれか一項に記載の方法である、キット又は試験装置。
２５．被験体が、前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかを決定するバイオマーカーとしてのＬＤＨの使用であって、
場合によっては、前記使用は、上記１〜２０のいずれか一項に記載の方法におけるバイオマーカーとしての使用である、使用。
１０１．被験体における、又は前記被験体に由来する試料における、ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
ここで、前記被験体が、ＮＳＣＬＣ又はメラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、方法。
１０２．以下の：
前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記ＬＤＨバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
前記ＬＤＨのバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測をする工程；を含む、１０１に記載の方法。
１０３．前記方法が、被験体中又は前記被験体由来試料における、以下の：
（ｉ）Ａｘｌ、βアミロイド１−４０（ＡＢ−４０）、アグレカンコアタンパク質（アグレカン）、フェリチン（ＦＲＴＮ）、進行性グリコシル化最終産物の受容体（ＲＡＧＥ）、神経細胞接着分子（Ｎｒ−ＣＡＭ）、スクレロスチン、前立腺特異的抗原、遊離型（ＰＳＡ−ｆ）、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、神経線維重鎖ポリペプチド（ＮＦ−Ｈ）、ドーパミンβ−ヒドロキシラーゼ（ＤＢＨ）、フィブリン−１Ｃ（Ｆｉｂ−１Ｃ）、ミオグロビン、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）、内臓脂肪組織由来のセルピンＡ１２（バスピン）、インターロイキン−２３（ＩＬ−２３）、アルファ−２−マクログロブリン（Ａ２Ｍａｃｒｏ）、金属プロテイナーゼ２の組織阻害因子（ＴＩＭＰ）−２）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、テトラネクチン、骨髄前駆細胞抑制因子１（ＭＰＩＦ−１）、膵臓ポリペプチド（ＰＰＰ）、インターロイキン−７（ＩＬ−７）、肺及び活性化調節ケモカイン（ＰＡＲＣ）、がん抗原１５−３（ＣＡ−１５）３）ペプシノーゲンＩ（ＰＧＩ）、アポリポタンパク質Ｅ（ＡｐｏＥ）、アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡｐｏＣ−Ｉ）、マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１５（ＣＣＬ１５）、プログラニュリン、がん胎児性抗原関連細胞接着分子１（ＣＥＡＣＡＭ１）、ビタミンＤ結合タンパク質（ＶＤＢＰ）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−９）、及び／又は乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）；又は、
（ｉｉ）Ａｘｌ、インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６ｒ）、ケモカインＣＣ−４（ＨＣＣ−４）、メタロプロテイナーゼの組織阻害因子１（ＴＩＭＰ−１）、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（ＨＢ−ＥＧＦ）、抗ロイコプロテイナーゼ（ＡＬＰ）、トランスフォーミング増殖因子β１の潜伏関連ペプチド（ＬＡＰ ＴＧＦ−ｂ１）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、血小板由来増殖因子ＢＢ（ＰＤＧＦ−ＢＢ）、オステオプロテゲリン（ＯＰＧ）、好中球活性化ペプチド２（ＮＡＰ−２）、ＳＴ２、腫瘍壊死因子受容体Ｉ（ＴＮＦ ＲＩ）、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）、及び／又は成長調節αタンパク質（ＧＲＯ−α）；
からなる群から選択される１又はそれ以上のさらなるバイオマーカーの前記活性、発現、又は量の評価を含む、１０１又は１０２に記載の方法。
１０４．前記予測は、前記試料プロファイルを制御プロファイルと比較して行われる、１０２又は１０３に記載の方法。
１０５．前記試料プロファイルが、前記被験体が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤との接触、又は、投与前に得られる、１０４に記載の方法。
１０６．前記対照プロファイルは、以下の：
（ｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである対照被験体集団から得られた；又は
（ｉｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマでない対照被験体集団から得られた；
（ｉｉｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）から得られた；
（ｉｖ）ＬＤＨバイオマーカーの発現、活性又は量の値の所定のプロファイルであって、例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非反応被験体）から得られた、例えば、「平均（ａｖｅｒａｇｅ）、中央値又は平均（ｍｅａｎ）」のプロファイル、又は値の「標準範囲」；
（ｖ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、非応答性被験体）を示す、バイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」値である対照試料由来であり、
（ｖｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）から得られた、ＬＤＨバイオマーカーの発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
（ｖｉｉ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団（すなわち、応答性被験体）を示す、ＬＤＨバイオマーカーの既知の「閾値」である対照試料由来である；である、１０５に記載の方法。
１０７．前記プロファイルは、以下の：
（ｉ）被験体集団におけるＬＤＨ活性、発現、又は量の評価；ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である被験体の決定；かつ、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性であることが見いだされた被験体において測定された最低ＬＤＨ活性、発現、又は量の「閾値」として選択；又は
（ｉｉ）ＮＳＣＬＣでない被験体集団及び／又はメラノーマでない被験体集団におけるＬＤＨ活性、発現量又は量の評価；かつ、当該被験体におけるＬＤＨ活性、発現量又は量の「標準範囲」の決定によって決定される、値の「標準範囲」、
である；１０５に記載の方法。
１０８．前記対照プロファイルと比較して、前記試料プロファイルにおけるＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す、１０６又は１０７に記載の方法。
１０９．前記乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ００３３８−１、Ｐ００３３８−２、Ｐ００３３８−３、Ｐ００３３８−４、又はＰ００３３８−５（登録版２２４）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；及び／又は
前記乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）バイオマーカーは、ＵｎｉＰｒｏｔ受託番号Ｐ０７１９５−１（登録版２１８）で開示されたアミノ酸配列の全長と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又はその断片を含む；又は、
前記アミノ酸配列をコードする全長の核酸配列と少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、９９％又は１００％の配列同一性を有する核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡのいずれか）である、
１０１〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
１１０．前記被験体又は前記被験体に由来する試料中のＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量の評価が、以下の：
前記試料又は前記試料由来抽出物を、ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量の検出試薬と接触させる工程；かつ、
前記検出試薬を検出及び／又は定量する工程；
を含む、１０５〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
１１１．前記被験体又は前記被験体由来試料におけるＬＤＨバイオマーカーの活性の評価工程が、前記被験体又は前記被験体由来試料におけるＬＤＨの酵素活性の測定工程を含み、
場合によっては、ＬＤＨによって触媒される酵素反応の基質又は生成物のレベル又は量の測定により、酵素活性を評価する、１１０に記載の方法。
１１２．前記被験体又は前記被験体由来試料におけるＬＤＨバイオマーカーの発現又は量の評価工程が、以下の：
前記試料又は前記試料抽出物を、ＬＤＨタンパク質又はｍＲＮＡに選択的に結合する特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
前記特異的結合メンバー及び前記ＬＤＨタンパク質又はｍＲＮＡによって形成された複合体の形成の検出及び／又は定量工程；
を含む、１１０に記載の方法。
１１３．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、１１２に記載の方法。
１１４．前記特異的結合メンバー及びＬＤＨバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡによって形成される複合体の形成の検出工程は、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイ選択される技術を用いて行われる、１１２又は１１３に記載の方法。
１１５．前記ＬＤＨバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中のＬＤＨバイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの絶対量として決定される、１１２〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
１１６．前記ＬＤＨバイオマーカーの発現又は量が、前記試料中の各バイオマーカータンパク質又はｍＲＮＡの相対量として決定され、
場合によっては、前記相対量は、前記試料中の参照タンパク質又はｍＲＮＡに対して決定され、その発現は非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマよって変化しない、１１２〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
１１７．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、１０１〜１１６のいずれか一項に記載の方法。
１１８．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、１１７に記載の方法。
１１９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、１１８記載の方法。
１２０．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１１９に記載の方法。
１２１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、１１９に記載の方法。
１２２．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、１１９に記載の方法。
１２３．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤である、１１８記載の方法。
１２４．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、１２３に記載の方法。
１２５．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤が、単剤として投与される、１１７〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
１２６．前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤を、さらなるがん治療と組み合わせて投与する、１１７〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
１２７．前記さらなるがん治療は、以下の：
（ｉ）ブスルファン等のアルキルスルホン酸塩を含むアルキル化剤；
（ｉｉ）クロラムブシル、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メルファラン及びウラムスチン等のナイトロジェンマスタード；
（ｉｉｉ）チオテパ等のエチレンイミン誘導体；
（ｉｖ）カルムスチン、ロムスチン及びストレプトゾシン等のニトロソウレア；
（ｖ）ダカルバジン、プロカルバジン、及びテモゾラミド等のトリアゼン；
（ｖｉ）シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチンオンナプラチン、テトラプラチン、スプロプラチン、イプロプラチン、クロロ（ジエチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）塩化物、ジクロロ（エチレンジアミノ）−白金（ＩＩ）、ジアミノ（２−エチルマロナト）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）マロナトプラチン（ＩＩ）、（４−カルボキシフタロ）−（１，２−ジアミノシクロヘキサン）白金（ＩＩ）、（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（イソシトラート）白金（ＩＩ）及び（１，２−ジアミノシクロヘキサン）−（ピルバト）白金（ＩＩ）等の白金化合物；
（ｖｉｉ）メトトレキサート、パーメトレキセート、ラルチトレキセート及びトリメトレキセート等の抗葉酸薬を含む代謝拮抗薬；
（ｖｉｉｉ）アザシチジン、カペシタビン、シタラビン、エダトレキセート、フロクスウリジン、フルオロウラシル、ゲムシタビン及びトロキサシタビン等のピリミジン類似物質；
（ｉｘ）クラドリビン、クロロデオキシアデノシン、クロロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ペントスタチン及びチオグアニン等のプリン類似物質；
（ｘ）ブレオマイシン、ダクチノマイシン、ミスラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、ポルフィロマイシン等の抗腫瘍抗生物質を含む天然産物；
（ｘｉ）ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、及びバルビシン等のアントラサイクリン系薬剤；
（ｘｉｉ）ビンカアルカロイド系のビンブラスチン、ビンベシル、ビンクリスチン、ビンデシン、及びビノレルビン等の有糸分裂阻害剤；
（ｘｉｉｉ）Ｌ−アスパラギナーゼ及びＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ等の酵素；
（ｘｉｖ）タキサン系のパクリタキセル及びドセタキセル等の微小管ポリマー安定剤；
（ｘｖ）カンプトテシン、イリノテカン及びトポテカン等のトポイソメラーゼＩ阻害剤；
（ｘｖｉ）ポドフィロトキシン、アムサクリン、エトポシド、テニポシド、ロソキサントロン及びアクチノマイシン等のトポイソメラーゼＩＩ阻害剤；
（ｘｖｉｉ）以下のホルモン及びホルモン拮抗剤：
−フルオキシメステロン及びテストラクトン等のアンドロゲン；
−ビカルタミド、シプロテロン、フルタミド及びニルタミド等の抗アンドロゲン剤；
−デキサメタゾン及びプレドニゾン等のコルチコステロイド薬；
−アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン及びレトロゾール等のアロマターゼ阻害剤；
−ジエチルスチルベストロール等のエストロゲン類；
−フルベストラント、ラロキシフェン、タモキシフェン及びトレミフィン等の抗エストロゲン剤；
−アバレリックス、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロリド、ヒストレリン、デソレリン、酢酸ナファレリン及びトリプトレリン等の黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）作用薬と拮抗薬；
−酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロール等のプロゲスチン；
−レボチロキシン及びリオチロニン等の甲状腺ホルモン；
（ｘｖｉｉｉ）ペリホシン、エンザスタウリン塩酸塩及びトリシリビン等のＰＫＢ経路阻害剤；
（ｘｉｘ）セマフォア及びＳＦ１１２６等のＰ１３Ｋ阻害剤並びにラパマイシン及びその類似物質等のＭＴＯＲ阻害剤；
（ｘｘ）セリシクリブ、アルボシジブ及び７−ヒドロキシスタウロスポリン等のＣＤＫ阻害剤；
（ｘｘｉ）セレコキシブを含むＣＯＸ−２阻害剤；
（ｘｘｉｉ）トリコスタチンＡ、スベロイルアニリドヒドロキサム酸、及びクラミドシンを含むＨＤＡＣ阻害剤；
（ｘｘｉｉｉ）ＤＮＡメチラーゼ阻害剤（テモゾロミドを含む）及びその他の薬剤（アルトレタミン、三酸化ヒ素、サリドマイド、レナリドミド、硝酸ガリウム、レバミゾール、ミトタン、ヒドロキシ尿素、オクトレオチド、プロカルバジン、スラミン、メトキサレン及びナトリウムポルフィマー等の光力学的化合物）；
（ｘｘｉｖ）ボルテゾミブ等のプロテアソーム阻害剤；
（Ｘｘｖ）遺伝子治療薬及びアンチセンス治療薬等の機能的治療薬を含む分子標的治療薬；
（ｘｘｖｉ）塩酸エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ及びセマキサニブ等のチロシンキナーゼ阻害剤；
（ｘｘｖｉｉ）ソラフェニブ等のＲａｆ阻害剤、並びにレチノイド及びレキシノイド等の遺伝子発現調節剤、例えばアダパレン、ベキサロテン、ｔｒａｎｓ−レチノイン酸、９−ｃｉｓ−レチノイン酸、及びＮ−（４−ヒドロキシフェニル）レチナミド；
（ｘｘｖｉｉｉ）表現型標的治療薬である、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、リツキシマブ、トラスツズマブ等のモノクローナル抗体、ゲムツズマブ・オゾガミシン等の免疫毒素、Ｉ−トシツモバブ等の放射性免疫複合体；
（ｘｘｉｘ）がんワクチン；
（ｘｘｘ）生物学的療法剤である、インターフェロン−［α］２ａ及びインターフェロン−［α］２ｂ等のインターフェロン、及びアルデスロイキン、デニロイキンジフチトクス及びオプレルベキン等のインターロイキン；
（ｘｘｘｉ）予防薬又は補助薬の使用を含む抗がん療法：アミフォスチン及びデクスラゾキサン等の細胞保護薬、パミドロネート及びゾレドロン酸等のホスホネート、並びにエポエチン、ダルベペチン、フィルグラスチム、ＰＥＧ−フィルグラスチム及びサルグラモスチム等の刺激因子；
（ｘｘｘｉｉ）Ａｘｌ阻害剤である、１−（６，７−ジヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［６，７］シクロヘプタ［１，２−ｃ］ピリダジン−３−イル）−Ｎ３−（（７−（Ｓ）−ピロリジン−１−イル）−６，７，８，９−テトラヒドロ−５Ｈ−ベンゾ［７］アヌレン−２−イル）−１Ｈ−１，２，４−トリアゾール−３，５−ジアミン等；及び／又は、
（ｘｘｘｉｉｉ）さらなる併用化学療法計画である、カルボプラチン／パクリタキセル、カペシタビン／ドセタキセル、フルオラウラシル／レバミゾール、フルオラウラシル／ロイコボリン、メトトレキサート／ロイコボリン、及びトラスツズマブ／パクリタキセルの単独又はさらなるカルボプラチンとの併用等；
中から選択される、１２６に記載の方法。
１２８．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、１２６に記載の方法。
１２９．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、１２８に記載の方法。
１３０．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、１２８に記載の方法。
１３１．前記被験体が哺乳動物である、１０１〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
１３２．前記被験体がヒトである、１３１に記載の方法。
１３３．前記予測方法は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマの治療前に実施される、１０１〜１３２のいずれか一項に記載の方法。
１３４．前記予測方法は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマの治療中又は治療コース後に実施される、１０１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３５．前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で既に治療されている、１０１〜１３２又は１３４のいずれか一項に記載の方法。
１３６．前記被験体は、ＰＨＧＤＨ阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、Ａｘｌ阻害剤、又はＡｋｔ３阻害剤から選択される薬剤で既に治療されている、１３５に記載の方法。
１３７．前記被験体は、被験体の反応が予測されている、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤とは異なる物質で既に治療されている、１３５又は１３６に記載の方法。
１３８．前記被験体が、以前ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤で治療されていない、１０１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
１３９．前記被験体が、以前Ａｘｌ阻害剤で治療されていない、１３８に記載の方法。
１４０．前記被験体が、以前Ａｋｔ３阻害剤で治療されていない、１３８に記載の方法。
１４１．前記試料が、血液、血清、血漿、組織生検、培養上清、又は尿から選択される、１０１〜１４０のいずれか一項に記載の方法。
１４２．前記試料は、血液、血清、又は血漿試料である、１４１に記載の方法。
１４３．前記試料は、血清試料である、１４２に記載の方法。
１４４．前記試料は、血液試料である、１４２に記載の方法。
２０１．ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：１０１〜１４４のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、このように同定された被験体を治療のために選択する工程；を含む、方法。
２０２．前記治療が、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転させることができる治療有効量の薬剤を被験体に投与することを含む、２０１に記載の方法。
２０３．前記治療は、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、２０２に記載の方法。
２０４．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０３に記載の方法。
２０５．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０４に記載の方法。
２０６．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、２０５に記載の方法。
２０７．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、２０５に記載の方法。
２０８．前記治療が、Ａｘｌ阻害剤を含む、２０３に記載の方法。
２０９．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、２０８に記載の方法。
２１０．前記治療が、単剤として投与される、２０２〜２０９のいずれか一項に記載の方法。
２１１．前記治療は、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、２０２〜２０９のいずれか一項に記載の方法。
２１２．前記さらなるがん治療は、上記１２６に列挙されるさらなるがん治療の中から選択される、２１１に記載の方法。
２１３．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、２１１に記載の方法。
２１４．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、２１３に記載の方法。
２１５．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、２１３に記載の方法。
３０１．ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量の検出試薬を含む、診断キットであって、前記検出試薬は、ＬＤＨバイオマーカーに対して選択的である、診断キット。
３０２．ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量の検出試薬を含む、試験装置であって、前記検出試薬は、ＬＤＨバイオマーカーに対して選択的である、試験装置。
３０３．以下の：
ＬＤＨバイオマーカーに選択的に結合する特異的結合メンバー；かつ、
前記１特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記ＬＤＨバイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；を含む、３０１又は３０２に記載の診断キット又は検査装置。
３０４．前記特異的結合メンバーが抗体分子又はその結合断片を含む、３０３に記載の診断キット又は検査装置。
３０５．前記特異的結合メンバー及びバイオマーカーによって形成される複合体の形成を検出が、ウェスタンブロット；酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）；ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；競合的酵素免疫アッセイ；二重抗体サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＤＡＳ−ＥＬＩＳＡ）；液体免疫アレイ技術；免疫細胞化学；免疫組織化学；抗体マイクロアレイ検出；コロイド金の沈殿；アフィニティークロマトグラフィー；リガンド結合アッセイ；及びレクチン結合アッセイから選択される技術の使用によって行われる、３０３又は３０４に記載の診断キット又は検査装置。
３０６．前記キット又は検査装置は、検出用試薬を、１５、２０、２５、３０、４０又は５０以下で含む、３０１〜３０５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０７．被験体のがん関連転帰を予測する方法に用いられる、３０１〜３０６のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３０８．前記がん関連の転帰が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性である、３０７に記載の診断キット又は検査装置。
３０９．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１０．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１１．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１０に記載の診断キット又は検査装置。
３１２．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１３．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、３１１に記載の診断キット又は検査装置。
３１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤がＡｋｔ３阻害剤である、３０８に記載の診断キット又は検査装置。
３１５．前記被験体が、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、３０７〜３１０のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１６．前記方法は、１０１〜１８０のいずれか一項に記載の方法である、３０７〜３１５のいずれか一項に記載の診断キット又は検査装置。
３１７．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法における、ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量を検出する試薬の使用。
３１８．被験体におけるがん関連転帰を予測する方法で用いる診断キット又は試験装置の製造方法における、ＬＤＨバイオマーカーに対して選択的である、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量の検出試薬の使用。
３１９．前記検出用試薬は、ＬＤＨバイオマーカーに対して選択的な特異的結合メンバーを含む、３１７又は３１８に記載の使用。
３２０．被験体におけるがん関連の転帰を予測する方法は、１０１〜１８０のいずれか１つに基づく方法である、３１７又は３１８に記載の使用。
４０１．被験体がＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる薬剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、ＬＤＨの使用。
４０２．（ｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来するＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示し；又は、（ｉｉ）各バイオマーカーの対照プロファイルと比較して、被験体又は被験体に由来する前記ＬＤＨバイオマーカーの活性、発現、又は量が低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性を示す；４０１の使用。
４０３．前記方法は、１０１〜１４４のいずれか一項に記載の方法である、４０１又は４０２のいずれか一項に記載の使用。
５０１．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：上記１０１〜１４４のいずれか一項に記載の方法を用いて、治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量を前記被験体に投与する工程；を含む、方法。
５０２．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、以下の：（ａ）被験体からの試料の採取工程；（ｂ）前記被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤、又は上記１０１〜１４４のいずれか一項に記載された方法を用いた化学療法剤による治療に感受性があるかどうかの判定工程；（ｃ）前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の治療有効量の前記被験体への投与工程；を含む、方法。
５０３．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を治療する方法であって、ＥＭＴ又は化学療法剤を阻害又は逆転しうる治療有効量の薬剤を、上記１０１〜１４４のいずれか一項に記載の方法を用いて、前記治療に感受性であると同定された被験体に投与する工程を含む、方法。
５０４．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０３のいずれか一項に記載の方法において用いられる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤。
５０５．非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又はメラノーマである、の疑いがある、又はと診断された被験体を治療する、上記５０１〜５０３のいずれか一項に記載の方法で用いる医薬の製造方法で用られる、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤の使用。
５０６．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤、Ａｋｔ３阻害剤、Ｓｌｆｎ１１阻害剤、又はＰＨＧＤＨ阻害剤を含む、５０１〜５０５のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０７．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、５０６に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０８．前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブ、カボザンチニブ、ＴＰ−０９０３、フォレチニブ、メレスチニブ、ボスチニブ、ギルタリティニブ、クリゾチニブ、アムバチニブ、スニチニブ、シトラバチニブ、ＬＤＣ１２６７、ＵＮＣ２０２５、又は特許文献１〜３若しくは５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５０９．前記Ａｘｌ阻害剤がＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、５０７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１０．前記Ａｘｌ阻害剤が、特許文献１〜３又は５に記載の抗Ａｘｌ抗体である、５０７に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１１．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｋｔ３阻害剤を含む、５０６に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１２．前記Ａｋｔ３阻害剤が、特許文献４に開示されたＡｋｔ３阻害剤である、５１１に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１３．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、単剤として投与される、５０１〜５１２のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１４．前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、さらなるがん治療と組み合わせて投与される、５０１〜５１２のいずれか一項に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１５．上記１２６に列挙されたさらなるがん治療の中からさらなるがん治療が選択される、５１４に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１６．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブ、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、イブリツモマブ・チウキセタン、若しくはリツキシマブ等のモノクローナル抗体であるか、又はデブラフェニブ等のＢ−Ｒａｆ阻害剤、トラメチニブ等のＭＥＫ阻害剤、又は当該薬剤の併用療法である、５１４に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１７．前記さらなるがん治療は、ペムブロリズマブである、５１６に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。
５１８．前記さらなるがん治療は、デブラフェニブ及びトラメチニブの併用療法である、である、５１６に記載の方法、使用のための薬剤、又は使用。

上記説明、特許請求の範囲、又は添付の図面に開示された特徴は、当該特定の形態で、又は開示された機能を実行する手段で表現されているか、又は開示された結果を得る方法又はプロセスで、適宜、別個に又は当該特徴のいかなる組み合わせで、本開示をその多様な形態で実現するために利用しうる。
本開示は、上記例示的な実施形態に関連して説明されたが、当業者には、多くの等価な修正及び変形が、本開示が与えられても明らかであろう。すなわち、上記開示の例示的な実施形態は、例示的であり、限定的でないと考えられる。記載された実施形態に対する様々な変更は、本開示の精神及び範囲から逸脱することなく行うことができる。
疑義を避けるため、本明細書で提供される理論的説明は、読者の理解を改善する目的で提供される。発明者らは、当該理論的説明のいずれにも拘束されることを望まない。
本明細書中で用いられるいかなる項目見出しは、構成上の目的のみを意図しており、記載される主題事項を制限するものと解釈されるべきではない。
文脈上他に要求されない限り、以下の特許請求の範囲を含め、本明細書全体において、用語「含むcomprise」及び「含むinclude」、その派生語「含む/comprises/comprising」、「含むincluding」等のバリエーションは、記載された整数又は工程又は整数又は工程の群の包含を意味するが、整数又は工程又は工程の他のいかなる整数又は工程又は群の除外も意味しないと理解される。
本明細書及び添付の特許請求の範囲で用いられる、単数形の「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」（原文）は、文脈上他を明確に指示しない限り、複数の基準を含むことに留意しなければならない。範囲は、本明細書中では、ある特定の値から「約」及び／又は別の特定の値へ「約」として表現しうる。当該範囲が表現される場合、別の実施形態は、ある特定の値及び／又は他の特定の値を含む。同様に、値が近似として表現される場合、前記「約」を用いて、特定の値が他の実施形態を形成することが理解されるであろう。数値に関する用語「ａｂｏｕｔ」は、任意であり、かつ、例えば＋／１０％を意味する。
《実施例》
がん患者へのＡｘｌ阻害剤の単独投与又は他の薬剤との併用投与の前かつ投与後すぐに、当該患者のコホートから血清試料を採取した。当該コホートの被験体を、投与した治療に対する反応に基づき、「応答性」又は「非応答性」のいずれかに分類した。
その後、当該血清試料を、ＤｉｓｃｏｖｅｒｙＭＡＰ ｖ３．３可溶性タンパク質パネルを用いて、受託研究機関（ＣＲＯ）で分析し、血清試料中の可溶性タンパク質マーカー（総数２８１タンパク質）のレベルを測定し、かつ、当該タンパク質パネルデータの統計分析を行い、当該応答性群及び非応答性群において差次的に発現したタンパク質を同定した。
当該比較分析では、タンパク質パネルデータにおける治療前（Ｃ１Ｄ１）の以下の相違が、応答性群と非応答性群の間で確認された：治療前、特定のバイオマーカーが、「応答性」被験体の血清において「非応答性」被験体の血清中よりも高いレベルで存在していた。同様に、治療前、特定のバイオマーカーが、「応答性」被験体の血清において「非応答性」被験体の血清中よりも低いレベルで存在していた。
そこで、本研究の発明者らは、Ａｘｌ阻害剤による治療後の患者の利益を予測する複数の血清系可溶性タンパク質バイオマーカーを同定した。
本実施例では、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）及び骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８８４０８）の解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４を単独又はシタラビン若しくはデシタビンと併用して投与した。
タンパク質パネルデータセットを、ＡＭＬ試料のみのサブセットとＭＤＳ試料のみのサブセットの２つのサブセットに分けた。当該タンパク質パネルデータの統計解析により、タンパク質発現における前処理（Ｃ１Ｄ１）の相違を、応答群と非応答群の間で同定した。
第１解析では、Ａｘｌ阻害剤による治療前、応答性被験体では、Ａｘｌが、非応答性被験体と比較して、有意に下方制御されたバイオマーカーとして同定され（ｐ＝０．００６）、かつ、Ａｘｌ阻害剤による治療後では、応答性被験体ではＡｘｌレベルが上昇するが、非応答性では上昇しないことが見いだされた。
その後の解析では、ＡＭＬサブセット内のさらに１２のタンパク質に、治療前試料における応答性被験体と非応答性被験体との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
 ＭＤＳサブセットでは、１６のタンパク質が、治療前試料の応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
 併用（ＡＭＬ及びＭＤＳ）セットでは、７のタンパク質が、治療前試料の応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
本実施例では、メラノーマと診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＩＬ００６（ＮＣＴ０２８７２２５９）の解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４をペムブロリズマブ又はダブラフェニブ及びトラメチニブと併用投与した。
治療前試料において、１４のタンパク質は、応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
本実施例では、メラノーマと診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＣ００７（ＮＣＴ０３１８４５５８）の解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４をペムブロリズマブと併用投与した。
治療前試料において、８のタンパク質は、応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
本実施例では、NSCLCと診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＣ００８（ＮＣＴ０３１８４５７１）の解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４をペムブロリズマブと併用投与した。
治療前試料において、１７のタンパク質は、応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
本実施例では、ＮＳＣＬＣと診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＩＬ００５（ＮＣＴ０２９２２７７７）の解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４をドセタキセルと併用投与した。
治療前試料において、８のタンパク質は、応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
本実施例では、ＮＳＣＬＣと診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＣ００４（ＮＣＴ０２４２４６１７）の解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４をエルロチニブと併用投与した。
治療前試料において、９のタンパク質は、応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
本実施例では、メラノーマと診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＩＬ００６（ＮＣＴ０２８７２２５９）及びＮＳＣＬＣと診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＣ００８（ＮＣＴ０３１８４５７１）の解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４をペムブロリズマブ又はダブラフェニブ及びトラメチニブのいずれか併用投与した。
計２９例（ＮＣＴ０２８７２２５９から７例、ＮＣＴ０３１８４５７１から２２例）の患者から試料を採取し、分析した。臨床試験のスクリーニングプロセスの一部として、血液系バイオマーカー乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）の治療前濃度を、臨床検査室で測定し、電子症例報告書（ｅＣＲＦ）に入力した。被験体に、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４をペムブロリズマブ又はダブラフェニブとトラメチニブのいずれかと併用投与し、効果判定はＲＥＣＩＳＴ（固形がんにおける効果判定規準）基準で評価した。
ＬＤＨタンパク質は、治療前試料において、応答性と非応答性との間で有意差が認められた。予備的カットオフ値２８７単位／Ｌ（Ｕ／Ｌ）を用いると、患者は、検査精度７９％で応答性と非応答性に分類される。「正常」ＬＤＨレベルは１１５−２５５Ｕ／Ｌの間と考えられる：
Figure 2021523379
Figure 2021523379
Figure 2021523379
 さらに、試験ＢＧＢＩＬ００６（ＮＣＴ０２８７２２５９）からのデータを分析し、治療前のＬＤＨ値と、ＢＧＢ３２４及びペムブロリズマブによる治療後の腫瘍サイズの増加／減少と、の相関関係を検討した。この分析結果を図１に示す。
本実施例では、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）及び骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）と診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＣ００３（ＮＣＴ０２４８８４０８）由来のデータのさらなる解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４を単独又はシタラビン若しくはデシタビンと併用して投与した。
タンパク質パネルデータセットを、ＡＭＬ試料のみのサブセットとＭＤＳ試料のみのサブセットの２つのサブセットに分けた。当該タンパク質パネルデータの統計解析により、タンパク質発現における前処理（Ｃ１Ｄ１）の相違を、応答群と非応答群の間で同定した。
当該解析では、併用ＡＭＬ及びＭＤＳ単治療サブセットにおいて、１０のタンパク質について、治療前試料の応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
 当該解析では、併用ＡＭＬ及びＭＤＳ併用治療サブセットにおいて、５種類のタンパク質について、治療前試料の応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
本実施例では、メラノーマと診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＩＬ００６（ＮＣＴ０２８７２２５９）の解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４をペムブロリズマブ又はダブラフェニブ及びトラメチニブのいずれかと併用投与した。
タンパク質パネルデータセットを、ペムブロリズマブのみの併用試料のサブセットとトラメチニブのみのサブセットの２つのサブセットに分けた。当該タンパク質パネルデータの統計解析により、タンパク質発現における前処理（Ｃ１Ｄ１）の相違を、応答群と非応答群の間で同定した。
当該解析では、ペムブロリズマブサブセットにおいて、１９種類のタンパク質について、治療前試料の応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
 当該解析では、全ての患者のデータセットにおいて、１３種類のタンパク質について、治療前試料の応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
本実施例では、ＮＳＣＬＣと診断された患者由来の試料からなる試験ＢＧＢＣ００８（ＮＣＴ０３１８４５７１）のさらなる解析結果を記載する。被験体には、Ａｘｌ阻害剤ＢＧＢ３２４をペムブロリズマブと併用投与した。
治療前試料において、２１のタンパク質は、応答性と非応答性との間で有意差（ｐ＜０．０５）が認められた（ｌｏｇＦＣ＝タンパク質のｌｏｇ２倍の変化；関心被験体の比較における正の値は上方制御を示し、負の値は下方制御を示す）：
Figure 2021523379
 〔参考文献〕
本開示及び本開示が関係する技術の現状をより完全に記載及び開示するために、多くの刊行物が上記に引用されている。当該参考文献の全文を以下に示す。当該参考文献の各々の全体が、本明細書に組み込まれる。
Figure 2021523379
 標準的な分子生物学的技術については、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．，Ｒｕｓｓｅｌ，Ｄ．Ｗ．著「分子クローニング実験室マニュアル」第３版２００１年，コールドスプリングハーバーニューヨーク、コールドスプリングハーバー研究所プレスを参照のこと。

Claims (25)

  1. 被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価することを含む、前記被験体におけるがん関連転帰を予測する方法であって；
    ここで、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群より選択され；かつ、
    ここで、前記被験体が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、
    方法。
  2. 以下の：
    前記被験体又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量を評価して、前記１又はそれ以上のバイオマーカーの試料プロファイルを得る工程；かつ、
    前記１又はそれ以上のバイオマーカーの前記試料プロファイルに基づいた予測を行う工程；を含み、
    場合によっては、前記予測は、前記試料プロファイルを対照プロファイルと比較して行われる、
    請求項１に記載の方法。
  3. 前記試料プロファイルは、前記被験体が、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤との接触、又は、投与前に得られる、請求項２に記載の方法。
  4. 前記対照プロファイルは、以下の：
    （ｉ）ＡＭＬである対照被験体集団から得られた；又は
    （ｉｉ）ＡＭＬであり、かつ、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた対照被験体又は対照被験体集団から得られた；
    （ｉｉｉ）ＡＭＬであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団から得られたバイオマーカーの発現、活性又は量の値の「平均、中央値又は平均」又は「標準範囲」の所定のプロファイル；
    （ｉｖ）ＡＭＬであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性の欠如が見いだされた、対照被験体又は対照被験体集団を示すバイオマーカーの既知の「平均、中央値又は平均」を有する対照試料から得られた；
    （ｖ）ＡＭＬであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体の集団から得られたバイオマーカーの発現、活性、又は量の「閾値」の所定のプロファイル；又は、
    （ｖｉ）ＡＭＬであって、以前にＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性が見いだされた、対照被験体又は対照被験体の集団を示すバイオマーカーの既知の「閾値」を有する対照試料から得られた；
    である、請求項３に記載の方法。
  5. 前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌのうちの少なくとも１つを含み；かつ、
    対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、
    請求項３〜４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、及び／又はＬＨのうちの少なくとも１つを含み、かつ、
    対照プロファイルと比較して、試料プロファイル中の前記１又はそれ以上のバイオマーカーの活性、発現、又は量がより低い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に対する感受性を示す、
    請求項３〜５のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌを含み、
    場合によっては、前記１又はそれ以上のバイオマーカーは、Ａｘｌ、及び以下の：ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌ、から選択される、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のバイオマーカーを含む、
    請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 前記試料プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させた後に得られ、
    場合によっては、前記対照プロファイルが、前記被験体を、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤と接触させる前に、同一被験体から得られる、
    請求項２に記載の方法。
  9. 前記対照プロファイルと比較した、前記試料プロファイルにおける１又はそれ以上のバイオマーカーの前記活性、発現、又は量が高い場合、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に対する感受性がより高いことを示す、請求項８に記載の方法。
  10. 前記１又はそれ以上のバイオマーカーが、少なくともＡｘｌを含む、請求項９に記載の方法。
  11. 前記方法が、前記被験体における又は前記被験体に由来する試料における、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０の前記バイオマーカーの量を測定することを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記被験体における又は前記被験体に由来する試料における、１又はそれ以上のバイオマーカーの前記発現又は量を評価する工程は、以下の：
    前記試料又は前記試料由来の抽出物を、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の、各々が各バイオマーカータンパク質に選択的に結合する、特異的結合メンバーと接触させる工程；かつ、
    前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカータンパク質により形成された複合体の形成を検出及び／又は定量する工程；を含み、
    場合によっては、前記特異的結合メンバーは、抗体分子又はその結合断片を含む；
    請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤が、Ａｘｌ阻害剤である、請求項３〜１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 前記Ａｘｌ阻害剤が、ＢＧＢ３２４／Ｒ４２８／ベムセンチニブである、請求項１３に記載の方法。
  15. 前記Ａｘｌ阻害剤が、国際公開第２０１５／１９３４２８号、国際公開第２０１５／１９３４３０号、国際公開第２０１６／０９７３７０号、又は国際公開第２０１６／１６６２９６号に記載の抗Ａｘｌ抗体である、請求項１３に記載の方法。
  16. 前記ＥＭＴを阻害又は逆転しうる薬剤は、さらなるがん治療と組み合わされて投与される、請求項３〜１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記さらなるがん治療が、シタラビン又はデシタビンである、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記被験体が哺乳類であり、
    場合によっては、前記被験体はヒトである、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記試料が、血液、血清、又は血漿試料であり；
    場合によっては、前記試料は血清試料である、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記方法が、インビトロ又はエクスビボで行われる、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：
    請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、
    このように同定された被験体を治療のために選択する工程；
    を含む、方法。
  22. ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による継続治療のために、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、であると疑われる、又はと診断されていた、被験体を選択する方法であって、以下の：
    請求項８〜２０のいずれか一項に記載の方法を用いて、ＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤での治療に感受性のある被験体を同定する工程；かつ、
    このように同定された被験体を継続治療のために選択する工程；
    を含む、方法。
  23. 以下の：
    各々が、以下の：Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌからなる群から選択されるバイオマーカーに選択的に結合する、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の特異的結合メンバー；かつ、
    前記１又はそれ以上の特異的結合メンバーを検出する、１若しくはそれ以上の試薬、又は前記特異的結合メンバー及び前記バイオマーカーによって形成された複合体を検出及び／又は定量化する、１又はそれ以上の試薬；
    含む、診断キット又は試験装置。
  24. 被験体におけるがん関連転帰を予測する方法に用いる；
    場合によっては、前記方法が、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法である、
    請求項２３に記載の診断キット又は試験装置。
  25. 被験体がＥＭＴを阻害若しくは逆転しうる薬剤又は化学療法剤による治療に感受性があるかを判定するバイオマーカーとしての、以下の：Ａｘｌ、ＦＧＦ−２１、ＲＡＧＥ、ＣＥＡ、ＦＳＨ、ＭＭＰ−１０、オメンチン、ＣＡ−１９−９、ＬＨ、ハプトグロビン、ＮＡＰ−２、免疫グロブリンＥ、及び／又はＣＤ４０−Ｌ；の１又はそれ以上を使用であって、
    場合によっては、前記使用が、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法におけるバイオマーカーとしての使用である、使用。
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