CN112639474A - 血清生物标志物 - Google Patents

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Abstract

本公开涉及癌症生物标志物和治疗的领域，并且更具体地涉及预测对癌症治疗、特别是用Axl抑制剂进行治疗的敏感性的方法。还公开了在执行所公开的方法中具有效用的产品，如试剂盒。

Description

血清生物标志物
早期应用
本申请要求以下的优先权：2018年5月14日提交的英国申请GB1807789.1、2018年10月19日提交的英国申请GB1817024.1和2018年10月15日提交的英国申请GB1816764.3。出于所有目的，这三个优先权文件的公开内容以引用的方式并入本申请中
技术领域
本公开涉及癌症治疗的领域。特别地，本公开涉及癌症生物标志物和治疗的领域，并且更具体地涉及预测对癌症治疗的敏感性的方法，以及产品如试剂盒，以执行这些方法。
背景技术
异质患者群体
癌症是一大类疾病，其特征在于异常细胞生长并且具有侵入或扩散至身体的其他部位的潜力。尽管癌症被归类为具有广泛特征的类别，但这些类别中的尤其是异质的。结果，这些异质群体中的患者在它们的药物应答中可表现出异质性，也就是说，异质癌症组中的患者对相同癌症治疗可具有不同的应答。举例来说，急性骨髓性白血病(AML)是异质癌症，其中不同的受试者对相同癌症治疗可具有不同的应答(De Kouchkovsky等人，2016)。
通过鉴定可靠地区分对治疗有应答或受益于治疗的受试者和对治疗没有应答或不受益于治疗的受试者的生物标志物，应该有可能使用这些生物标志物来预测此类患者的临床结果。
预测方法
预测方法可提供有关特定治疗方案的可能结果的信息，并且具有指导定制疗法的使用的能力。此类方法可提供有关以下的信息：例如，受试者对治疗产生应答的可能性，应在特定治疗方案内对个体进行积极治疗的程度，和/或应用常规治疗方法(如放射/化学疗法)对个体进行积极治疗的程度。
尽管预测性生物标志物和方法的领域取得了进展，但仍需要灵敏、有效且快速的非侵入性方法来预测多种异质性癌症中患者对癌症治疗的应答。
鉴于以上考虑而设计了本公开。
发明内容
本公开满足了对于通过评估患有、疑似患有或被诊断为患有癌症的受试者中或从所述受试者获得的样品中的生物标志物来预测所述受试者对癌症治疗的敏感性的方法的需求。特别地，本公开提供了此类预测方法，所述预测方法评估来自所述受试者的血清样品中本文所述的一种或多种生物标志物。
本文中的作者描述了在预测癌症患者的临床结果中具有重要价值的生物标志物和它们的组合、方法以及用于此类方法中的产品。特别地，本发明的作者评价并鉴定了在预测受试者对癌症疗法的应答中具有重要价值的生物标志物和它们的组合；特别令人感兴趣的临床结果是预测所述受试者对能够抑制或逆转EMT的剂的应答，特别是所述受试者对Axl激酶抑制剂如BGB324的应答。
因此，在本公开的一个方面，作者已经鉴定了在预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者对癌症疗法的应答中具有重要价值的生物标志物和它们的组合。
在这个方面的第一方面中，本公开提供了一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素(Omentin)、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L；并且，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
在一些实施方案中，通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。在一些此类实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况的实施方案中，所述对照概况：(i)可从患有AML的对照受试者群体获得；(ii)可从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体获得；(iii)可以是从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体获得的生物标志物表达、活性或量的值的“平均值、中值或均值”或“标准范围”的预先确定的概况；(iv)可从具有指示对照受试者或对照受试者群体的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；(v)可以是从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或(vi)可从具有指示对照受试者或对照受试者群体的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况的实施方案中，所述一种或多种生物标志物可包括以下中的至少一者：触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在其他实施方案中，所述一种或多种生物标志物可包括以下中的至少一者：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9和/或LH；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况的一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物可包括Axl。在其他实施方案中，所述一种或多种生物标志物可包括Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L。
在一些实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。在一些此类实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之前从同一受试者获得对照概况。
在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况的一些实施方案中，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些此类实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
在一些实施方案中，所述方法包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。在一些实施方案中，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。优选地，所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼(bemcentinib)，或在WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
在一些实施方案中，所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷或地西他滨。
在优选的实施方案中，所述受试者是哺乳动物，更优选是人。在优选的实施方案中，所述样品是血液、血清或血浆样品，最优选是血清样品。
在一些实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
在这个方面的另一方面，本公开提供了选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：使用如上文概述的预测方法鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。在一些实施方案中，所述方法是选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：使用如上文概述的预测方法鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行持续治疗。
本公开的这个方面的另一方面涉及一种诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L；以及一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在一些实施方案中，所述方法是如上文概述的预测方法。
本公开的这个方面的另一方面涉及Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途是在如上文概述的预测方法中用作生物标志物。
本公开的其他方面涉及在预测患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合症(MDS)、黑素瘤、三阴性乳腺癌(TNBC)、非小细胞肺癌(NSCLC)和肺腺癌的受试者的临床结果中具有重要价值的生物标志物和它们的组合、方法以及用于此类方法中的产品。特别地，本发明的作者评价并鉴定了在预测患有这些癌症之一的受试者对癌症疗法的应答中具有重要价值的生物标志物和它们的组合；特别令人感兴趣的临床结果是预测所述受试者对能够抑制或逆转EMT的剂的应答，特别是所述受试者对Axl激酶抑制剂如BGB324的应答。这些方面各自具有对应于上文针对AML阐述的那些的方面；这些和其他方面在下面更详细地公开。
本公开包括所描述的方面和优选特征的组合，除非这种组合是明显不允许的或者明确避免的。
具体实施方式
现在将参考附图讨论本公开的方面、方面和实施方案。对于本领域技术人员而言，其他方面和实施方案将是显而易见的。本文中提及的所有文献均以引用的方式并入本文。
本文中的作者描述了对于预测癌症相关结果具有重要价值的生物标志物和它们的组合、以及方法和在此类方法中使用的产品。特别地，本发明的作者鉴定并评价了在预测受试者对癌症疗法的应答中具有重要价值的基于血清的标志物和它们的组合。在一些实施方案中，所述癌症疗法是能够抑制或逆转EMT的剂，例如Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
预测方法中的生物标志物
异质患者群体
尽管癌症被归类为具有广泛特征的类别，但是这些类别可由异质亚群体组成。不同亚群体中的患者对同一癌症治疗可具有不同的应答。
例如，已知急性骨髓性白血病(AML)是异质癌症，具有对Axl抑制剂(如BGB324)具有低IC50的现有细胞系如MOLM13和Mv4-11(即对用Axl抑制剂治疗应答良好的细胞，所谓的“应答者”细胞系)和对Axl抑制剂(如BGB324)具有高IC50的细胞如Kasumi、OCI-M1和OCI-AML5(即对用Axl抑制剂治疗应答较差的细胞，所谓的“无应答者”细胞系；Ben-Batalla等人，2013)。类似地，本发明人发现，在人的AML中，存在对用Axl抑制剂(如BGB324)治疗有应答或受益于所述治疗的受试者(所谓的“应答者”受试者)，以及对用Axl抑制剂(如BGB324)治疗无应答或不受益于所述治疗的受试者(所谓的“无应答者”受试者)。
通过鉴定可靠地区分这些应答者和无应答者受试者的生物标志物，有可能使用所述生物标志物来预测受试者的临床结果。
预测方法
如本文所用的术语“预测方法”是指使得能够确定受试者对用特定剂/方案治疗敏感或有应答的可能性的方法。此类预测方法提供关于特定治疗方案的可能结果的信息，例如，受试者对所述治疗产生应答的可能性，和/或关于应在特定治疗方案内对个体进行积极治疗的程度和/或应用常规治疗方法(如放射/化学疗法)对个体进行积极治疗的程度的信息。因此，本文所述的预测方法在个体化用药领域中具有重要应用。
本文所述的预测方法使得能够做出关于被诊断患有疾病的人或动物受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的预测。更具体地，目标疾病可以是癌症，包括急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合症(MDS)、乳腺癌、肺癌、前列腺癌、卵巢癌、结肠直肠癌、神经胶质瘤、黑素瘤、胃癌、头颈癌、肾癌、胰腺癌、子宫癌、肝癌、膀胱癌和子宫内膜癌以及其他白血病。AML和MDS特别令人感兴趣，肺癌(如非小细胞肺癌，特别是肺腺癌)也如此。
本文的作者描述了在预测癌症患者的临床结果中具有重要价值的生物标志物和它们的组合。特别地，本发明的作者评价并鉴定了在预测受试者对癌症疗法的应答中具有重要价值的基于血清的标志物和它们的组合。还考虑了包括两种或更多种生物标志物的组，从而在预测癌症相关结果(例如对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性)中提供增加的灵敏度和可靠性。
实体瘤和液体瘤
取决于肿瘤在体内生长的位置，肿瘤可被称为“实体”或“液体”。大多数癌症由实体瘤(以特定器官或组织中的大量细胞形式存在)引起。常见的“实体”瘤癌症包括乳腺癌、肺癌、前列腺癌和结肠癌。液体瘤是在血液或骨髓中发展并且可行进至身体任何部位的那些，例如白血病或骨髓瘤。“液体”瘤癌症也可被称为“血癌”。
作者已经观察到，与液体瘤癌症相比，不同的标志物可预测受试者对实体瘤的癌症疗法的应答。
因此，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有实体瘤癌症的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
本公开还提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有液体瘤癌症的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在一些优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用Axl抑制剂进行治疗的敏感性。
实体瘤癌症包括例如乳腺癌、肾癌、子宫内膜癌、卵巢癌、甲状腺癌和非小细胞肺癌、黑素瘤、前列腺癌、肉瘤、胃癌和葡萄膜黑素瘤。液体瘤癌症包括例如白血病(特别是骨髓性白血病)和淋巴瘤。
方面1：急性髓细胞性白血病(AML)
急性髓细胞性白血病(AML)是造血祖细胞的克隆性疾病，所述疾病的特征在于改变细胞的正常增殖、分化和细胞死亡机制的许多异质性遗传变化(Burnett等人，2011)。目前，大多数AML患者都用化学疗法如阿糖胞苷进行治疗。除了用于治疗慢性骨髓性白血病(CML)的BCR-Abl靶向药物格列卫和用于治疗急性早幼粒细胞性白血病(APL)的分化诱导药物ATRA以外，靶向疗法迄今为止一直在白血病领域广泛缺乏。尽管AML是充分表征的疾病，但具有可能潜在为治疗靶标的几种突变致癌基因(Haferlach，2008年)。
因此，用于预测受试者的癌症相关结果(例如对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性)的稳健生物标志物将可用于鉴定最可能对用特定剂/方案进行治疗产生应答或受益于所述治疗的受试者。
“应答者”AML细胞系是对于Axl抑制剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼)具有低IC50的细胞系；实例包括MOLM13和Mv4-11细胞系，IC50分别为0.45μM和0.14μM。相应地，“无应答者”AML细胞系是对于Axl抑制剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼)具有高IC50的细胞系；实例是Kasumi和OCI-M1细胞系，IC50分别为1.2μM和1.8μM。
如本文所述的“应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。
相应地，如本文所述的“无应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，不太可能或不对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼进行治疗有应答(或不太可能或不受益于所述治疗)的受试者。
如本文所用的“对治疗有应答”或“受益于治疗”是指从治疗获得总体临床益处。这种总体临床益处可以是以下中的任一项：存活期延长、部分或完全疾病缓解(例如，如根据骨髓成髓细胞％和/或细胞系的正常成熟所评估)、疾病进展减慢或不存在(例如，如根据骨髓成髓细胞％的变化所评估)、生活质量改善(例如，如使用健康相关的生活质量问卷如癌症疗法功能评估(FACT)问卷所评估)、无进展存活期、血液学改善(例如：血红蛋白、血小板计数和/或嗜中性粒细胞计数增加)、骨髓应答(例如：具有≤5％成髓细胞的骨髓；骨髓成髓细胞减少30％、40％、50％或更多；不存在循环成髓细胞和具有Auer棒的成髓细胞；不存在髓外疾病)、血液学恢复(例如：外周血中≥11g/dL血红蛋白、≥100x109/L血小板和/或≥1x109/L嗜中性粒细胞)、遗传标志物(例如，CEBPA、NPM1或FLT3)的阴性应答，或任何其他阳性患者结果。
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
成纤维细胞生长因子21(FGF-21)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9NSA1(条目版本145)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
晚期糖基化终产物受体(RAGE)生物标志物包含与UniProt登录号：Q15109-1、Q15109-2、Q15109-3、Q15109-4、Q15109-5、Q15109-6、Q15109-7、Q15109-8、Q15109-9、Q15109-10(条目版本189)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
癌胚抗原(CEA)生物标志物包含与UniProt登录号：P06731-1或P06731-2(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
促卵泡激素(FSH)生物标志物包含与UniProt登录号：P01225(条目版本189)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
基质金属蛋白酶-10(MMP-10)生物标志物包含与UniProt登录号：P09238(条目版本185)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
网膜素生物标志物包含与UniProt登录号：Q8WWA0(条目版本127)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
癌症抗原19-9(CA-19-9)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9BXJ9-1或Q9BXJ9-2(条目版本160)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
促黄体激素(LH)生物标志物包含与UniProt登录号：P01229(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
触珠蛋白(HP)生物标志物包含与UniProt登录号：P00738-1或P00738-2(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)生物标志物包含与UniProt登录号：P02775(条目版本191)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
免疫球蛋白E(IgE)生物标志物包含与UniProt登录号：P01854(条目版本162)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
CD40配体(CD40-L)生物标志物包含与UniProt登录号：P29965(条目版本199)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC003(NCT02488408)获得的患者数据，作者已经发现，在治疗患有AML的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例1。类似地，在治疗所述受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较低水平存在。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、成纤维细胞生长因子21(FGF-21)、晚期糖基化终产物受体(RAGE)、癌胚抗原(CEA)、促卵泡激素(FSH)、基质金属蛋白酶10(MMP-10)、网膜素、癌症抗原19-9(CA-19-9)、促黄体激素(LH)、触珠蛋白(HP)、嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)、免疫球蛋白E(IgE)和/或CD40配体(CD40-L)。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是或包括Axl。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的相应生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这些差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在一些实施方案中，对照概况可从患有AML的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患AML的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有AML的对照受试者或对照受试者群体、未患AML的对照受试者或对照受试者群体或患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”、值或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的与将在样品概况中确定的相同生物标志物的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)AML的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)AML的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的相应生物标志物的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围的概况。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有AML的对照受试者群体获得；从未患AML的对照受试者群体获得；从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9和/或LH；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或FGF-21的活性、表达或量较低；和/或RAGE的活性、表达或量较低；和/或CEA的活性、表达或量较低；和/或FSH的活性、表达或量较低；和/或MMP-10的活性、表达或量较低；和/或网膜素的活性、表达或量较低；和/或CA-19-9的活性、表达或量较低；和/或LH的活性、表达或量较低；和/或触珠蛋白的活性、表达或量较高；和/或NAP-2的活性、表达或量较高；和/或IgE的活性、表达或量较高；和/或CD40-L的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有AML且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有AML且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有AML且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有AML且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有AML且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有AML且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患AML的对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患AML的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患AML的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患AML的对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
如本文所用，术语“一种或多种”是指本文所述的生物标志物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是FGF-21。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是RAGE。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CEA。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是FSH。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MMP-10。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是网膜素。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CA-19-9。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LH。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是触珠蛋白。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是NAP-2。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IgE。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40-L。
在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对AML的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对AML的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对AML的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对AML的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
生物标志物的治疗后变化
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述预测方法还包括在受试者接受了能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂的治疗或治疗过程后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量以获得本文所述的一种或多种生物标志物的第二样品概况的后续步骤。
即，在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)如上文所概述，通过评估受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
治疗后预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC003(NCT02488408)获得的患者数据，作者已经发现，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗患有AML的受试者后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中增加，而不在“无应答者”受试者的血清中增加–参见实施例1。类似地，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中降低，而不在“无应答者”受试者的血清中降低。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前和之后评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定或确认受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答。
因此，在这个方面的第二方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括在受试者已经与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。在优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。
如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在本公开的这个方面的优选实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前从同一受试者获得对照概况。在一些实施方案中，从患有AML的对照受试者群体获得对照概况。在其他实施方案中，对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”或值的“标准范围”的概况。
因此，在其中在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前从同一受试者获得对照概况的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，使用根据上文概述的本公开的第一方面的预测方法，选择受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。如本文所用的术语“能够抑制EMT的剂”(与术语“EMT抑制剂”互换使用)是指预防上皮-间质转化(EMT)或降低上皮-间质转化速率的剂。如本文所用的术语“能够逆转EMT的试剂”是指促进EMT的逆转，即促进间质至上皮(MET)转化的剂。
能够抑制或逆转EMT的剂包括Axl激酶的抑制剂(Axl抑制剂)和Akt3激酶的抑制剂(Akt3抑制剂)。因此，在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在最优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
Axl抑制剂包括，例如小分子Axl抑制剂BGB324/R428/本森替尼以及卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267和UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。Akt3抑制剂描述于例如WO2016/102672中。因此，在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是WO2016/102672中描述的Akt3抑制剂。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂不是Akt3抑制剂。在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂不是Slfn11抑制剂。在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂不是PHGDH抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。在一些其他实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
合适的其他癌症治疗包括但不限于：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂(onnaplatin)、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林(desorelin)、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀(darbeopetin)、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
在一些优选的实施方案中，另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。在一些特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是阿糖胞苷。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是地西他滨。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在一些优选的实施方案中，评估一种或多种生物标志物的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平。优选地，通过确定蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在特别优选的实施方案中，通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量相应生物标志物蛋白或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定生物标志物蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是AML)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因AML而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将一种或多种生物标志物的表达或量表示为相对量时，可将样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
优选地，通过测量蛋白质表达来评估生物标志物水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath和Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估一种或多种生物标志物的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy number variants in candidate genes are genetic modifiersof Hirschsprung disease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第三方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的上述第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些实施方案中，另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。在一些特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是阿糖胞苷。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是地西他滨。
试剂盒
本公开的这个方面的第四方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L。
在其他实施方案中，本公开提供了一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至本文所述的生物标志物中的一种；以及用于检测所述一个或多个特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有AML。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的上述第一方面和第二方面所定义。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测选自由Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
本公开的这个方面的第六方面涉及1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第七方面涉及Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及Axl和FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第八方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
在其他实施方案中，所述方法包括：(a)向受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及(b)使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。在一些实施方案中，所述方法还包括：(c)向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
本公开的这个方面的第九方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第十方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些实施方案中，另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。在一些特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是阿糖胞苷。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是地西他滨。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
103.根据声明102所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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104.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
105.根据声明104所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有AML的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iii)从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
106.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
107.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
108.根据声明105-107中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明105-108中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9和/或LH，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
110.根据声明105-109中任一项所述的方法，其中：
与所述对照概况相比，所述样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或
FGF-21的活性、表达或量较低；和/或
RAGE的活性、表达或量较低；和/或
CEA的活性、表达或量较低；和/或
FSH的活性、表达或量较低；和/或
MMP-10的活性、表达或量较低；和/或
网膜素的活性、表达或量较低；和/或
CA-19-9的活性、表达或量较低；和/或
LH的活性、表达或量较低；和/或
触珠蛋白的活性、表达或量较高；和/或
NAP-2的活性、表达或量较高；和/或
IgE的活性、表达或量较高；和/或
CD40-L的活性、表达或量较高；
指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
111.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L。
112.根据声明101-111中任一项所述的方法，其中：
所述Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述成纤维细胞生长因子21(FGF-21)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9NSA1(条目版本145)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述晚期糖基化终产物受体(RAGE)生物标志物包含与UniProt登录号：Q15109-1、Q15109-2、Q15109-3、Q15109-4、Q15109-5、Q15109-6、Q15109-7、Q15109-8、Q15109-9、Q15109-10(条目版本189)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述癌胚抗原(CEA)生物标志物包含与UniProt登录号：P06731-1或P06731-2(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述促卵泡激素(FSH)生物标志物包含与UniProt登录号：P01225(条目版本189)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述基质金属蛋白酶-10(MMP-10)生物标志物包含与UniProt登录号：P09238(条目版本185)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述网膜素生物标志物包含与UniProt登录号：Q8WWA0(条目版本127)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述癌症抗原19-9(CA-19-9)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9BXJ9-1或Q9BXJ9-2(条目版本160)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述促黄体激素(LH)生物标志物包含与UniProt登录号：P01229(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述触珠蛋白(HP)生物标志物包含与UniProt登录号：P00738-1或P00738-2(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)生物标志物包含与UniProt登录号：P02775(条目版本191)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述免疫球蛋白E(IgE)生物标志物包含与UniProt登录号：P01854(条目版本162)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
所述CD40配体(CD40-L)生物标志物包含与UniProt登录号：P29965(条目版本199)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
或与编码所述氨基酸序列的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
113.根据声明101-112中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
114.根据声明104-113中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
115.根据声明114所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
116.根据声明115所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
117.根据声明115或116所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
118.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
119.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因AML而改变。
120.根据声明101-119中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
121.根据声明120所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
122.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
123.根据声明122所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
124.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
125.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
126.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
127.根据声明126所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
128.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
129.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
130.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀(darbeopetin)、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
131.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
132.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
133.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
134.根据声明101-133中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
135.根据声明134所述的方法，其中所述受试者是人。
136.根据声明101-135中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对AML的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
137.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中在针对AML的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
138.根据声明101-135或137中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
139.根据声明138所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
140.根据声明138-139中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
141.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
142.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
143.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
144.根据声明101-143中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
145.根据声明144所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
146.根据声明145所述的方法，其中所述样品是血清样品。
147.根据声明104-146中任一项所述的方法，其中所述方法还包括评估所述受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的后续步骤，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得样品概况。
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148.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况。
149.根据声明147或148所述的方法，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之前从同一受试者获得所述对照概况。
150.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
151.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
152.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
153.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
154.根据声明150所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
155.根据声明147-154中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
156.根据声明155所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
157.根据声明156所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
158.根据声明156或157所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
159.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
160.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因AML而改变。
161.根据声明148-160中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
162.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
163.根据声明162所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
164.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
165.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
166.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
167.根据声明166所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
168.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
169.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
170.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
171.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
172.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
173.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
174.根据声明148-173中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
175.根据声明174所述的方法，其中所述受试者是人。
176.根据声明148-175中任一项所述的方法，其中使用根据声明101-147中任一项所述的预测方法，选择所述受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
177.根据声明148-176中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
178.根据声明177所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
179.根据声明178所述的方法，其中所述样品是血清样品。
180.根据声明1-179中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
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201.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明148-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
203.根据声明201-202中任一项所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
204.根据声明203所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
205.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
206.根据声明205所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
207.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
208.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
209.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
210.根据声明209所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
211.根据声明203-210中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
212.根据声明203-211中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
213.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
214.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
215.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
216.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L。
302.一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L；并且
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
304.根据声明303所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
305.根据声明303或304所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
306.根据声明301-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
308.根据声明307使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
310.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
311.根据声明310使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
312.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
313.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
314.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
315.根据声明307-310中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)。
316.根据声明307-315中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
317.用于检测选自由Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
318.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.根据声明317或318所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
320.根据声明317或318所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
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401.Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401所述的用途，其中：
(i)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加；或
(ii)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加。
404.根据声明401-403中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-180中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-180中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-180中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法，所述方法包括：
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
使用根据声明148-180中任一项所述的方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。
505.根据声明504所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
506.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
507.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
508.根据声明501-507中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
509.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
510.根据声明509所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
512.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
512.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
513.根据声明512所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
514.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
515.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
516.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
517.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
518.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
519.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
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方面2：骨髓增生异常综合征(MDS)
骨髓增生异常综合症(MDS)是一组多样化的克隆性和恶性骨髓病症，其特征在于无效造血、由此导致的外周血细胞减少和进展为急性骨髓性白血病的风险增加。用于MDS的化学治疗药物疗法包括来那度胺、抗胸腺细胞球蛋白、阿扎胞苷和地西他滨。然而，当前疗法的功效有限，并且它们仍然需要组合疗法和靶向疗法来治疗MDS(Ma等人，2018)。
因此，用于预测患有MDS的受试者的癌症相关结果(例如对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性)的稳健生物标志物将可用于鉴定最可能对用特定剂/方案进行治疗产生应答或受益于所述治疗的受试者。
如本文所述的“应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。
相应地，如本文所述的“无应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，不太可能或不对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或不太可能或不受益于所述治疗)的受试者。
如本文所用的“对治疗有应答”或“受益于治疗”是指从治疗获得总体临床益处。这种总体临床益处可以是以下中的任一项：存活期延长、部分或完全疾病缓解(例如，如根据骨髓成髓细胞％和/或细胞系的正常成熟所评估)、疾病进展减慢或不存在(例如，如根据骨髓成髓细胞％的变化所评估)、生活质量改善(例如，如使用健康相关的生活质量问卷如癌症疗法功能评估(FACT)问卷所评估)、无进展存活期、血液学改善(例如：血红蛋白、血小板计数和/或嗜中性粒细胞计数增加)、骨髓应答(例如：具有≤5％成髓细胞的骨髓；骨髓成髓细胞减少30％、40％、50％或更多；不存在循环成髓细胞和具有Auer棒的成髓细胞；不存在髓外疾病)、血液学恢复(例如：外周血中≥11g/dL血红蛋白、≥100x109/L血小板和/或≥1x109/L嗜中性粒细胞)、遗传标志物(例如，CEBPA、NPM1或FLT3)的阴性应答，或任何其他阳性患者结果。
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
转铁蛋白受体蛋白1(TFR1)生物标志物包含与UniProt登录号：P02786(条目版本222)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
FASLG受体(FAS)生物标志物包含与UniProt登录号：P25445-1、P25445-2、P25445-3、P25445-4、P25445-5、P25445-6或P25445-7(条目版本227)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
白细胞介素-8(IL-8)生物标志物包含与UniProt登录号：P10145(条目版本210)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
塔姆-霍斯福尔(Tamm-Horsfall)尿糖蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P07911-1、P07911-2、P07911-3、P07911-4或P07911-5(条目版本182)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
TNF相关的细胞凋亡诱导配体受体3(TRAIL-R3)生物标志物包含与UniProt登录号：O14798(条目版本152)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
巨噬细胞源性趋化因子(MDC)生物标志物包含与UniProt登录号：O00626(条目版本153)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
抗白细胞蛋白酶(ALP)生物标志物包含与UniProt登录号：P03973(条目版本184)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
三叶因子3(TFF3)生物标志物包含与UniProt登录号：Q07654(条目版本161)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
脂肪酸结合蛋白，脂肪细胞(FABP)生物标志物包含与UniProt登录号：P15090(条目版本183)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
冯维勒布兰德因子(vWF)生物标志物包含与UniProt登录号：P04275-1或P04275-2(条目版本233)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
维生素D结合蛋白(VDBP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02774-1、P02774-2或P02774-3(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胱抑素-B生物标志物包含与UniProt登录号：P04080(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
子宫球蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P11684(条目版本163)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
纤维蛋白原生物标志物包含与UniProt登录号：P02671-1或P02671-2(条目版本227)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
表皮生长因子受体(EGFR)生物标志物包含与UniProt登录号：Q504U8(条目版本138)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
瘦蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P41159(条目版本176)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC003(NCT02488408)获得的患者数据，作者已经发现，在治疗患有MDS的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例1。类似地，在治疗所述受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中的以较低水平存在。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在这个方面的第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、转铁蛋白受体蛋白1(TFR1)、FASLG受体(FAS)、白细胞介素8(IL-8)、塔姆-霍斯福尔尿糖蛋白(THP)、TNF相关的细胞凋亡诱导配体受体3(TRAIL-R3)、巨噬细胞源性趋化因子(MDC)、抗白细胞蛋白酶(ALP)、三叶因子3(TFF3)、脂肪酸结合蛋白，脂肪细胞(FABP)、冯维勒布兰德因子(vWF)、维生素D结合蛋白(VDBP)、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、表皮生长因子受体(EGFR)和/或瘦蛋白。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的相应生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这些差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在一些实施方案中，对照概况可从患有MDS的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患MDS的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有MDS的对照受试者或对照受试者群体、未患MDS的对照受试者或对照受试者群体或患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”、值或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的与将在样品概况中确定的相同生物标志物的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)MDS的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)MDS的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的相应生物标志物的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围的概况。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有MDS的对照受试者群体获得；从未患MDS的对照受试者群体获得；从患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、TFR1、FAS和/或IL-8；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或TFR1的活性、表达或量较低；和/或FAS的活性、表达或量较低；和/或IL-8的活性、表达或量较低；和/或THP的活性、表达或量较高；和/或TRAIL-R3的活性、表达或量较高；和/或MDC的活性、表达或量较高；和/或ALP的活性、表达或量较高；和/或TFF3的活性、表达或量较高；和/或FABP的活性、表达或量较高；和/或vWF的活性、表达或量较高；和/或VDBP的活性、表达或量较高；和/或胱抑素-B的活性、表达或量较高；和/或子宫球蛋白的活性、表达或量较高；和/或纤维蛋白原的活性、表达或量较高；和/或EGFR的活性、表达或量较高；和/或瘦蛋白的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患MDS的对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患MDS的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患MDS的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患MDS的对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
如本文所用，术语“一种或多种”是指本文所述的生物标志物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TFR1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是FAS。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-8。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是THP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TRAIL-R3。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MDC。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是ALP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TFF3。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是FABP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是vWF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是VDBP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是胱抑素B。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是子宫球蛋白。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是纤维蛋白原。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGFR。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是瘦蛋白。
在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对MDS的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对MDS的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对MDS的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对MDS的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
生物标志物的治疗后变化
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述预测方法还包括在受试者接受了能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂的治疗或治疗过程后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量以获得本文所述的一种或多种生物标志物的第二样品概况的后续步骤。
即，在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)如上文所概述，通过评估受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
治疗后预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC003(NCT02488408)获得的患者数据，作者已经发现，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗患有MDS的受试者后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中增加，而不在“无应答者”受试者的血清中增加–参见实施例1。类似地，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中降低，而不在“无应答者”受试者的血清中降低。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前和之后评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定或确认受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答。
因此，在这个方面的第二方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括在受试者已经与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。在优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。
如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在本公开的这个方面的优选实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。在一些实施方案中，从患有MDS的对照受试者群体获得对照概况。在其他实施方案中，对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”或值的“标准范围”的概况。
因此，在其中在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，相同概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，使用根据上文概述的本公开的这个方面的第一方面的预测方法，选择受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
如上文在AML方面中所描述定义用于本公开的这一MDS方面中的能够抑制或逆转EMT的剂(参见上文第14页第19行至第17页第7行的相同标题的章节)。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在一些优选的实施方案中，评估一种或多种生物标志物的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平。优选地，通过确定蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在特别优选的实施方案中，通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量相应生物标志物蛋白或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定生物标志物蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是MDS)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因MDS而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将一种或多种生物标志物的表达或量表示为相对量时，可将样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
优选地，通过测量蛋白质表达来评估生物标志物水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath and Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估一种或多种生物标志物的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy number variants in candidate genes are genetic modifiersof Hirschsprung disease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第三方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些实施方案中，另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。在一些特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是阿糖胞苷。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是地西他滨。
试剂盒
本公开的这个方面的第四方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白。
在其他实施方案中，本公开提供了一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至本文所述的生物标志物中的一种；以及用于检测所述一个或多个特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有MDS。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测选自由Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
本公开的这个方面的第六方面涉及1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第七方面涉及Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及Axl和TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第八方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
在其他实施方案中，所述方法包括：(a)向受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及(b)使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。在一些实施方案中，所述方法还包括：(c)向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
本公开的这个方面的第九方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第十方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些实施方案中，另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。在一些特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是阿糖胞苷。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是地西他滨。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
103.根据声明102所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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104.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
105.根据声明104所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有MDS的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iii)从患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
106.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
107.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
108.根据声明105-107中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明105-108中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：Axl、TFR1、FAS和/或IL-8，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
110.根据声明105-109中任一项所述的方法，其中：
与所述对照概况相比，所述样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或
TFR1的活性、表达或量较低；和/或
FAS的活性、表达或量较低；和/或
IL-8的活性、表达或量较低；和/或
THP的活性、表达或量较高；和/或
TRAIL-R3的活性、表达或量较高；和/或
MDC的活性、表达或量较高；和/或
ALP的活性、表达或量较高；和/或
TFF3的活性、表达或量较高；和/或
FABP的活性、表达或量较高；和/或
vWF的活性、表达或量较高；和/或
VDBP的活性、表达或量较高；和/或
胱抑素-B的活性、表达或量较高；和/或
子宫球蛋白的活性、表达或量较高；和/或
纤维蛋白原的活性、表达或量较高；和/或
EGFR的活性、表达或量较高；和/或
瘦蛋白的活性、表达或量较高；
指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
111.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白。
112.根据声明101-111中任一项所述的方法，其中：
所述Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述转铁蛋白受体蛋白1(TFR1)生物标志物包含与UniProt登录号：P02786(条目版本222)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述FASLG受体(FAS)生物标志物包含与UniProt登录号：P25445-1、P25445-2、P25445-3、P25445-4、P25445-5、P25445-6或P25445-7(条目版本227)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述白细胞介素-8(IL-8)生物标志物包含与UniProt登录号：P10145(条目版本210)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述塔姆-霍斯福尔尿糖蛋白(THP)生物标志物包含与UniProt登录号：P07911-1、P07911-2、P07911-3、P07911-4或P07911-5(条目版本182)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述TNF相关的细胞凋亡诱导配体受体3(TRAIL-R3)生物标志物包含与UniProt登录号：O14798(条目版本152)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述巨噬细胞源性趋化因子(MDC)生物标志物包含与UniProt登录号：O00626(条目版本153)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述抗白细胞蛋白酶(ALP)生物标志物包含与UniProt登录号：P03973(条目版本184)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述三叶因子3(TFF3)生物标志物包含与UniProt登录号：Q07654(条目版本161)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述脂肪酸结合蛋白，脂肪细胞(FABP)生物标志物包含与UniProt登录号：P15090(条目版本183)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述冯维勒布兰德因子(vWF)生物标志物包含与UniProt登录号：P04275-1或P04275-2(条目版本233)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述维生素D结合蛋白(VDBP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02774-1、P02774-2或P02774-3(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胱抑素-B生物标志物包含与UniProt登录号：P04080(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述子宫球蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P11684(条目版本163)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述纤维蛋白原生物标志物包含与UniProt登录号：P02671-1或P02671-2(条目版本227)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述表皮生长因子受体(EGFR)生物标志物包含与UniProt登录号：Q504U8(条目版本138)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
所述瘦蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P41159(条目版本176)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
或与编码所述氨基酸序列的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
113.根据声明101-112中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
114.根据声明104-113中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
115.根据声明114所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
116.根据声明115所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
117.根据声明115或116所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
118.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
119.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因MDS而改变。
120.根据声明101-119中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
121.根据声明120所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
122.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
123.根据声明122所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
124.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
125.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
126.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
127.根据声明126所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
128.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
129.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
130.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀(darbeopetin)、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
131.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
132.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
133.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
134.根据声明101-133中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
135.根据声明134所述的方法，其中所述受试者是人。
136.根据声明101-135中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对MDS的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
137.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中在针对MDS的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
138.根据声明101-135或137中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
139.根据声明138所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
140.根据声明138-139中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
141.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
142.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
143.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
144.根据声明101-143中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
145.根据声明144所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
146.根据声明145所述的方法，其中所述样品是血清样品。
147.根据声明104-146中任一项所述的方法，其中所述方法还包括评估所述受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的后续步骤，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得样品概况。
--------
148.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况。
149.根据声明147或148所述的方法，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之前从同一受试者获得所述对照概况。
150.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
151.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
152.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
153.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
154.根据声明150所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
155.根据声明147-154中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
156.根据声明155所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
157.根据声明156所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
158.根据声明156或157所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
159.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
160.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因MDS而改变。
161.根据声明148-160中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
162.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
163.根据声明162所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
164.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
165.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
166.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
167.根据声明166所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
168.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
169.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
170.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
171.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
172.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
173.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
174.根据声明148-173中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
175.根据声明174所述的方法，其中所述受试者是人。
176.根据声明148-175中任一项所述的方法，其中使用根据声明101-147中任一项所述的预测方法，选择所述受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
177.根据声明148-176中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
178.根据声明177所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
179.根据声明178所述的方法，其中所述样品是血清样品。
180.根据声明1-179中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
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201.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明148-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
203.根据声明201-202中任一项所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
204.根据声明203所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
205.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
206.根据声明205所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
207.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
208.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
209.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
210.根据声明209所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
211.根据声明203-210中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
212.根据声明203-211中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
213.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
214.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
215.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
216.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白。
302.一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白；以及
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
304.根据声明303所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
305.根据声明303或304所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
306.根据声明301-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
308.根据声明307使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
310.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
311.根据声明310所述使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
312.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
313.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
314.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
315.根据声明307-310中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)。
316.根据声明307-315中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
317.用于检测选自由Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
318.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.根据声明317或318所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
320.根据声明317或318所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
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401.Axl、TFR1、FAS、IL-8、THP、TRAIL-R3、MDC、ALP、TFF3、FABP、vWF、VDBP、胱抑素-B、子宫球蛋白、纤维蛋白原、EGFR和/或瘦蛋白中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401所述的用途，其中：
(i)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加；或
(ii)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加。
404.根据声明401-403中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-180中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-180中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-180中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括：
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
使用根据声明148-180中任一项所述的方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。
505.根据声明504所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
506.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
507.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
508.根据声明501-507中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
509.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
510.根据声明509所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
512.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
512.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
513.根据声明512所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
514.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
515.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
516.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
517.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
518.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
519.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
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方面3：急性髓细胞性白血病(AML)和骨髓增生异常综合征(MDS)
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
成纤维细胞生长因子21(FGF-21)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9NSA1(条目版本145)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
基质金属蛋白酶-10(MMP-10)生物标志物包含与UniProt登录号：P09238(条目版本185)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
转铁蛋白受体蛋白1(TFR1)生物标志物包含与UniProt登录号：P02786(条目版本222)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
塔姆-霍斯福尔尿糖蛋白(THP)生物标志物包含与UniProt登录号：P07911-1、P07911-2、P07911-3、P07911-4或P07911-5(条目版本182)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
血色素结合蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P02790(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
触珠蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P00738-1或P00738-2(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
免疫球蛋白M(IgM)生物标志物包含与UniProt登录号：P01871-1或P01871-2(条目版本180)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC003(NCT02488408)获得的患者数据，作者已经发现，在治疗患有AML或MDS的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例1。类似地，在治疗所述受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较低水平存在。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在这个方面的第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、成纤维细胞生长因子21(FGF-21)、基质金属蛋白酶-10(MMP-10)、转铁蛋白受体蛋白1(TFR1)、塔姆-霍斯福尔尿糖蛋白(THP)、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或免疫球蛋白M(IgM)。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的相应生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这些差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在一些实施方案中，对照概况可从患有AML或MDS的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患有AML或MDS的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有AML或MDS的对照受试者或对照受试者群体、未患AML或MDS的对照受试者或对照受试者群体或患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”、值或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的与将在样品概况中确定的相同生物标志物的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)AML或MDS的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)AML或MDS的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的相应生物标志物的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围的概况。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有AML或MDS的对照受试者群体获得；从未患AML或MDS的对照受试者群体获得；从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一种或多种的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、FGF-21、MMP-10和/或TFR1；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或FGF-21的活性、表达或量较低；和/或MMP-10的活性、表达或量较低；和/或TFR1的活性、表达或量较低；和/或THP的活性、表达或量较高；和/或血色素结合蛋白的活性、表达或量较高；和/或触珠蛋白的活性、表达或量较高；和/或IgM的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患AML或MDS的对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患AML或MDS的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患AML或MDS的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患AML或MDS的对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
如本文所用，术语“一种或多种”是指本文所述的生物标志物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是FGF-21。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MMP-10。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TFR1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是THP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是血色素结合蛋白。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是触珠蛋白。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IgM。
在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对AML或MDS的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对AML或MDS的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对AML或MDS的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对AML或MDS的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
生物标志物的治疗后变化
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述预测方法还包括在受试者接受了能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂的治疗或治疗过程后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量以获得本文所述的一种或多种生物标志物的第二样品概况的后续步骤。
即，在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)如上文所概述，通过评估受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
治疗后预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC003(NCT02488408)获得的患者数据，作者已经发现，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗患有AML或MDS的受试者后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中增加，而不在“无应答者”受试者的血清中增加–参见实施例1。类似地，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中降低，而不在“无应答者”受试者的血清中降低。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前和之后评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定或确认受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答。
因此，在这个方面的第二方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括在受试者已经与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。在优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。
如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在本公开的这个方面的优选实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。在一些实施方案中，从患有AML或MDS的对照受试者群体获得对照概况。在其他实施方案中，对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”或值的“标准范围”的概况。
因此，在其中在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，相同概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，使用根据上文概述的本公开的这个方面的第一方面的预测方法，选择受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
如上文在AML方面中所描述定义用于本公开的这一AML或MDS方面中的能够抑制或逆转EMT的剂(参见上文第14页第19行至第17页第7行的相同标题的章节)。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在一些优选的实施方案中，评估一种或多种生物标志物的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平。优选地，通过确定蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在特别优选的实施方案中，通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量相应生物标志物蛋白或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定生物标志物蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是AML或MDS)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因AML或MDS而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将一种或多种生物标志物的表达或量表示为相对量时，可将样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
优选地，通过测量蛋白质表达来评估生物标志物水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath and Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估一种或多种生物标志物的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy number variants in candidate genes are genetic modifiersof Hirschsprung disease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第三方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些实施方案中，另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。在一些特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是阿糖胞苷。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是地西他滨。
试剂盒
本公开的这个方面的第四方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM。
在其他实施方案中，本公开提供了一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至本文所述的生物标志物中的一种；以及用于检测所述一个或多个特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有AML或MDS。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测选自由Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
本公开的这个方面的第六方面涉及1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第七方面涉及Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及Axl和FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第八方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面和方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
在其他实施方案中，所述方法包括：(a)向受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及(b)使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。在一些实施方案中，所述方法还包括：(c)向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
本公开的这个方面的第九方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第十方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些实施方案中，另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。在一些特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是阿糖胞苷。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是地西他滨。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
103.根据声明102所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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104.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
105.根据声明104所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有AML或MDS的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iii)从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
106.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
107.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
108.根据声明105-107中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明105-108中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：Axl、FGF-21、MMP-10和/或TFR1，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
110.根据声明105-109中任一项所述的方法，其中：
与所述对照概况相比，所述样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或
FGF-21的活性、表达或量较低；和/或
MMP-10的活性、表达或量较低；和/或
TFR1的活性、表达或量较低；和/或
THP的活性、表达或量较高；和/或
血色素结合蛋白的活性、表达或量较高；和/或
触珠蛋白的活性、表达或量较高；和/或
IgM的活性、表达或量较高；
指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
111.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM。
112.根据声明101-111中任一项所述的方法，其中：
所述Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述成纤维细胞生长因子21(FGF-21)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9NSA1(条目版本145)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述基质金属蛋白酶-10(MMP-10)生物标志物包含与UniProt登录号：P09238(条目版本185)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述转铁蛋白受体蛋白1(TFR1)生物标志物包含与UniProt登录号：P02786(条目版本222)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述塔姆-霍斯福尔尿糖蛋白(THP)生物标志物包含与UniProt登录号：P07911-1、P07911-2、P07911-3、P07911-4或P07911-5(条目版本182)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述血色素结合蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P02790(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述触珠蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P00738-1或P00738-2(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
所述免疫球蛋白M(IgM)生物标志物包含与UniProt登录号：P01871-1或P01871-2(条目版本180)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
或与编码所述氨基酸序列的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
113.根据声明101-112中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
114.根据声明104-113中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
115.根据声明114所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
116.根据声明115所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
117.根据声明115或116所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
118.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
119.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因AML或MDS而改变。
120.根据声明101-119中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
121.根据声明120所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
122.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
123.根据声明122所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
124.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
125.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
126.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
127.根据声明126所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
128.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
129.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
130.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀(darbeopetin)、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
131.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
132.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
133.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
134.根据声明101-133中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
135.根据声明134所述的方法，其中所述受试者是人。
136.根据声明101-135中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对AML或MDS的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
137.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中在针对AML或MDS的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
138.根据声明101-135或137中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
139.根据声明138所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
140.根据声明138-139中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
141.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
142.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
143.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
144.根据声明101-143中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
145.根据声明144所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
146.根据声明145所述的方法，其中所述样品是血清样品。
147.根据声明104-146中任一项所述的方法，其中所述方法还包括评估所述受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的后续步骤，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得样品概况。
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148.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况。
149.根据声明147或148所述的方法，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之前从同一受试者获得所述对照概况。
150.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
151.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
152.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
153.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
154.根据声明150所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
155.根据声明147-154中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
156.根据声明155所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
157.根据声明156所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
158.根据声明156或157所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
159.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
160.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因AML或MDS而改变。
161.根据声明148-160中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
162.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
163.根据声明162所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
164.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
165.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
166.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
167.根据声明166所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
168.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
169.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
170.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
171.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
172.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
173.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
174.根据声明148-173中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
175.根据声明174所述的方法，其中所述受试者是人。
176.根据声明148-175中任一项所述的方法，其中使用根据声明101-147中任一项所述的预测方法，选择所述受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
177.根据声明148-176中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
178.根据声明177所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
179.根据声明178所述的方法，其中所述样品是血清样品。
180.根据声明1-179中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
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201.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明148-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
203.根据声明201-202中任一项所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
204.根据声明203所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
205.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
206.根据声明205所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
207.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
208.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
209.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
210.根据声明209所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
211.根据声明203-210中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
212.根据声明203-211中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
213.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
214.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
215.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
216.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM。
302.一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM；以及
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
304.根据声明303所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
305.根据声明303或304所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
306.根据声明301-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
308.根据声明307使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
310.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
311.根据声明310所述使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
312.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
313.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
314.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
315.根据声明307-310中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)。
316.根据声明307-315中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
317.用于检测选自由Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
318.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.根据声明317或318所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
320.根据声明317或318所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
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401.Axl、FGF-21、MMP-10、TFR1、THP、血色素结合蛋白、触珠蛋白和/或IgM中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401所述的用途，其中：
(i)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加；或
(ii)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加。
404.根据声明401-403中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-180中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-180中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-180中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括：
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
使用根据声明148-180中任一项所述的方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。
505.根据声明504所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
506.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
507.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
508.根据声明501-507中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
509.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
510.根据声明509所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
512.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
512.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
513.根据声明512所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
514.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
515.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
516.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
517.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
518.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
519.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
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方面3a：急性髓细胞性白血病(AML)和骨髓增生异常综合征(MDS)
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
塔姆-霍斯福尔尿糖蛋白(THP)生物标志物包含与UniProt登录号：P07911-1、P07911-2、P07911-3、P07911-4或P07911-5(条目版本182)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
维生素D结合蛋白(VDBP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02774-1、P02774-2或P02774-3(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
上皮细胞粘附分子(EpCam)生物标志物包含与UniProt登录号：P16422-1(条目版本186)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
表皮生长因子受体(EGFR)生物标志物包含与UniProt登录号：Q504U8(条目版本138)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胎球蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P02765-1(条目版本205)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
白细胞介素-6受体亚基β(IL-6Rβ)生物标志物包含与UniProt登录号：P08887-1或P08887-2(条目版本210)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
补体因子H-相关蛋白1(CFHR1)生物标志物包含与UniProt登录号：Q03591-1(条目版本163)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
生长/分化因子15(GDF-15)生物标志物包含与UniProt登录号：Q99988-1(条目版本166)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
巨噬细胞刺激蛋白(MSP)生物标志物包含与UniProt登录号：P26927(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
对氧磷酶-1(PON-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P27169-1(条目版本202)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胰岛素(C-肽)标志物包含与UniProt登录号：P01308-1(条目版本245)、F8WCM5-1(条目版本57)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
载脂蛋白A-II(Apo A-II)生物标志物包含与UniProt登录号：P02652-1(条目版本217)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
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治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC003(NCT02488408)获得的患者数据，作者已经发现，在治疗患有AML或MDS的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例1。类似地，在治疗所述受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较低水平存在。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在这个方面的第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或ApoA-II。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的相应生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这些差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在一些实施方案中，对照概况可从患有AML或MDS的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患有AML或MDS的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有AML或MDS的对照受试者或对照受试者群体、未患AML或MDS的对照受试者或对照受试者群体或患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”、值或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的与将在样品概况中确定的相同生物标志物的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)AML或MDS的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)AML或MDS的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的相应生物标志物的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围的概况。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有AML或MDS的对照受试者群体获得；从未患AML或MDS的对照受试者群体获得；从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、MSP、PON-1和/或Apo A-II；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一种或多种的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、GDF-15、胰岛素(c-肽)和/或CFHR1；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或GDF-15的活性、表达或量较低；和/或胰岛素(c-肽)的活性、表达或量较低；和/或CFHR1的活性、表达或量较低；和/或VDBP的活性、表达或量较高；和/或THP的活性、表达或量较高；和/或EpCam的活性、表达或量较高；和/或EGFR的活性、表达或量较高；和/或胎球蛋白-A的活性、表达或量较高；和/或IL-6Rβ的活性、表达或量较高；和/或MSP的活性、表达或量较高；和/或PON-1的活性、表达或量较高；和/或Apo A-II的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有AML或MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患AML或MDS的对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患AML或MDS的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患AML或MDS的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患AML或MDS的对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
如本文所用，术语“一种或多种”是指本文所述的生物标志物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是VDBP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是THP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EpCam。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGFR。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是胎球蛋白-A。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-6Rβ。
在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对AML或MDS的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对AML或MDS的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对AML或MDS的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对AML或MDS的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
生物标志物的治疗后变化
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述预测方法还包括在受试者接受了能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂的治疗或治疗过程后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量以获得本文所述的一种或多种生物标志物的第二样品概况的后续步骤。
即，在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)如上文所概述，通过评估受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中VDBP的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中VDBP的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中THP的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中THP的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中EpCam的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中EpCam的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
治疗后预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC003(NCT02488408)获得的患者数据，作者已经发现，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗患有AML或MDS的受试者后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中增加，而不在“无应答者”受试者的血清中增加–参见实施例1。类似地，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中降低，而不在“无应答者”受试者的血清中降低。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前和之后评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定或确认受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答。
因此，在这个方面的第二方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括在受试者已经与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。在优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。
如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在本公开的这个方面的优选实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。在一些实施方案中，从患有AML或MDS的对照受试者群体获得对照概况。在其他实施方案中，对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”或值的“标准范围”的概况。
因此，在其中在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，相同概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括VDBP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是VDBP。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中VDBP的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括THP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是THP。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中THP的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括EpCam。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EpCam。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中EpCam的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，使用根据上文概述的本公开的这个方面的第一方面的预测方法，选择受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
如上文在AML方面中所描述定义用于本公开的这一AML或MDS方面中的能够抑制或逆转EMT的剂(参见上文第14页第19行至第17页第7行的相同标题的章节)。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在一些优选的实施方案中，评估一种或多种生物标志物的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平。优选地，通过确定蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在特别优选的实施方案中，通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量相应生物标志物蛋白或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定生物标志物蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是AML或MDS)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因AML或MDS而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将一种或多种生物标志物的表达或量表示为相对量时，可将样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
优选地，通过测量蛋白质表达来评估生物标志物水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath and Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估一种或多种生物标志物的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy number variants in candidate genes are genetic modifiersof Hirschsprung disease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第三方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些实施方案中，另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。在一些特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是阿糖胞苷。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是地西他滨。
试剂盒
本公开的这个方面的第四方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
在其他实施方案中，本公开提供了一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至本文所述的生物标志物中的一种；以及用于检测所述一个或多个特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有AML或MDS。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测选自由VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
本公开的这个方面的第六方面涉及1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或ApoA-II组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第七方面涉及VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及Axl和VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第八方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面和方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
在其他实施方案中，所述方法包括：(a)向受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及(b)使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。在一些实施方案中，所述方法还包括：(c)向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
本公开的这个方面的第九方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第十方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些实施方案中，另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。在一些特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是阿糖胞苷。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是地西他滨。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
103.根据声明102所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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104.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
105.根据声明104所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有AML或MDS的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iii)从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML或MDS并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
106.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
107.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
108.根据声明105-107中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、MSP、PON-1和/或Apo A-II，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明105-108中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：Axl、GDF-15、胰岛素(c-肽)和/或CFHR1，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
110.根据声明105-109中任一项所述的方法，其中：
与所述对照概况相比，所述样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或
GDF-15的活性、表达或量较低；和/或
胰岛素(c-肽)的活性、表达或量较低；和/或
CHFR1的活性、表达或量较低；和/或
THP的活性、表达或量较高；和/或
VDBP的活性、表达或量较高；和/或
EpCam的活性、表达或量较高；和/或
EGFR的活性、表达或量较高；和/或
胎球蛋白-A的活性、表达或量较高；和/或
IL-6Rβ的活性、表达或量较高；和/或
MSP的活性、表达或量较高；和/或
PON-1的活性、表达或量较高；和/或
Apo-AII的活性、表达或量较高；
指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
111.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
112.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括VDBP，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括VDBP和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
113.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括THP，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括THP和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：VDBP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
114.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括EpCam，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括EpCam和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：VDBP、THP、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
115.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括VDBP和THP，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括VDBP、THP和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
116.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括VDBP和EpCam，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括VDBP、EpCam和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：THP、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
117.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括EpCam和THP，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括EpCam、THP和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：VDBP、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
118.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括VDBP、THP和EpCam，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括VDBP、THP、EpCam和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
119.根据声明112-118中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括Axl。
120.根据声明101-119中任一项所述的方法，其中：
所述Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述塔姆-霍斯福尔尿糖蛋白(THP)生物标志物包含与UniProt登录号：P07911-1、P07911-2、P07911-3、P07911-4或P07911-5(条目版本182)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述维生素D结合蛋白(VDBP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02774-1、P02774-2或P02774-3(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述上皮细胞粘附分子(EpCam)生物标志物包含与UniProt登录号：P16422-1(条目版本186)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述表皮生长因子受体(EGFR)生物标志物包含与UniProt登录号：Q504U8(条目版本138)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胎球蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P02765-1(条目版本205)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述白细胞介素-6受体亚基β(IL-6Rβ)生物标志物包含与UniProt登录号：P08887-1或P08887-2(条目版本210)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述补体因子H-相关蛋白1(CFHR1)生物标志物包含与UniProt登录号：Q03591-1(条目版本162)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述生长/分化因子15(GDF-15)生物标志物包含与UniProt登录号：Q03591-1(条目版本165)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述巨噬细胞刺激蛋白(MSP)生物标志物包含与UniProt登录号：P26927(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述对氧磷酶-1(PON-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P27169-1(条目版本202)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胰岛素(C-肽)标志物包含与UniProt登录号：P01308-1(条目版本245)、F8WCM5-1(条目版本57)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
所述载脂蛋白A-II(Apo A-II)生物标志物包含与UniProt登录号：P01871-1或P01871-2(条目版本180)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
121.根据声明101-120中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
122.根据声明104-121中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
123.根据声明122所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
124.根据声明123所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
125.根据声明123或124所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
126.根据声明123-125中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
127.根据声明123-125中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因AML或MDS而改变。
128.根据声明101-127中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
129.根据声明128所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
130.根据声明129所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
131.根据声明130所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
132.根据声明131所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
133.根据声明131所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
134.根据声明129所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
135.根据声明134所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
136.根据声明128-135中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
137.根据声明128-135中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
138.根据声明137所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀(darbeopetin)、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
139.根据声明137所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
140.根据声明139所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
141.根据声明139所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
142.根据声明101-141中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
143.根据声明142所述的方法，其中所述受试者是人。
144.根据声明101-143中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对AML或MDS的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
145.根据声明101-144中任一项所述的方法，其中在针对AML或MDS的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
146.根据声明101-143或145中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
147.根据声明146所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
148.根据声明146-147中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
149.根据声明101-144中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
150.根据声明149所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
151.根据声明149所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
152.根据声明101-151中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
153.根据声明152所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
154.根据声明153所述的方法，其中所述样品是血清样品。
155.根据声明104-154中任一项所述的方法，其中所述方法还包括评估所述受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的后续步骤，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得样品概况。
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156.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况。
157.根据声明155或156所述的方法，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之前从同一受试者获得所述对照概况。
158.根据声明157所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
159.根据声明157所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
160.根据声明157所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
161.根据声明157所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
162.根据声明158所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
163.根据声明158所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括VDBP。
164.根据声明158所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括THP。
165.根据声明158所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括EpCam。
166.根据声明158所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括VDBP和THP。
167.根据声明158所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括VDBP和EpCam。
168.根据声明158所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括THP和EpCam。
169.根据声明158所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括VDBP、THP和EpCam。
170.根据声明163-169中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括Axl。
171.根据声明155-170中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
172.根据声明171所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
173.根据声明172所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
174.根据声明172或173所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
175.根据声明172-174中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
176.根据声明172-174中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因AML或MDS而改变。
177.根据声明156-176中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
178.根据声明177所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
179.根据声明178所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
180.根据声明179所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
181.根据声明179所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
182.根据声明177所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
183.根据声明182所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
184.根据声明177-183中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
185.根据声明177-183中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
186.根据声明185所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明138中所列出的其他癌症治疗。
187.根据声明185所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
188.根据声明187所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
189.根据声明187所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
190.根据声明156-189中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
191.根据声明190所述的方法，其中所述受试者是人。
192.根据声明156-191中任一项所述的方法，其中使用根据声明101-155中任一项所述的预测方法，选择所述受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
193.根据声明156-192中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
194.根据声明193所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
195.根据声明194所述的方法，其中所述样品是血清样品。
196.根据声明1-195中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
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201.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-196中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明156-196中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
203.根据声明201-202中任一项所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
204.根据声明203所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
205.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
206.根据声明205所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
207.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
208.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
209.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
210.根据声明209所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
211.根据声明203-210中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
212.根据声明203-211中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
213.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明138中所列出的其他癌症治疗。
214.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
215.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
216.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
302.一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II；以及
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
304.根据声明303所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
305.根据声明303或304所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
306.根据声明301-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
308.根据声明307使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
310.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
311.根据声明310所述使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
312.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
313.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
314.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
315.根据声明307-310中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)。
316.根据声明307-315中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-196中任一项所述的方法。
317.用于检测选自由VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
318.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.根据声明317或318所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
320.根据声明317或318所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-196中任一项所述的方法。
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401.VDBP、THP、EpCam、EGFR、胎球蛋白-A、IL-6Rβ、Axl、CFHR1、GDF-15、MSP、PON-1、胰岛素(C-肽)和/或Apo A-II中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401所述的用途，其中：
(i)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加；或
(ii)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加。
404.根据声明401-403中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-196中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-196中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-196中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-196中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法，所述方法包括：
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
使用根据声明156-196中任一项所述的方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。
505.根据声明504所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
506.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
507.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)或骨髓增生异常综合征(MDS)的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
508.根据声明501-507中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
509.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
510.根据声明509所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
512.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
512.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
513.根据声明512所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
514.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
515.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
516.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
517.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是嘧啶类似物，例如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨或曲沙他滨，或胞苷类似物，例如地西他滨。
518.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷。
519.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是地西他滨。
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方面4：黑素瘤
黑素瘤，也称为恶性黑色素瘤，是一类从黑色素细胞发展的癌症。这些癌症通常发生在皮肤中，但也可能发生在口腔、肠或眼睛中。黑素瘤的化学治疗药物疗法包括，例如，伊匹单抗、派姆单抗和纳武单抗。此类治疗在转移性黑素瘤中的总体成功率仍然有限，并且仍然需要针对这种癌症类型的靶向疗法(Hsueh等人，2016)。
因此，用于预测患有黑素瘤的受试者的癌症相关结果(例如对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性)的稳健生物标志物将可用于鉴定最可能对用特定剂/方案进行治疗产生应答或受益于所述治疗的受试者。
如本文所述的“应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。
相应地，如本文所述的“无应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，不太可能或不对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或不太可能或不受益于所述治疗)的受试者。
如本文所用的“对治疗有应答”或“受益于治疗”是指从治疗获得总体临床益处。这种总体临床益处可以是以下中的任一项：存活期延长、部分或完全疾病缓解、疾病进展减慢或不存在、肿瘤缩小(例如，肿瘤体积减小5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤负荷降低(例如，肿瘤负荷降低5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤增大减慢或不存在、肿瘤负担增加减慢或不存在、生活质量改善、无进展存活期、总体存活或任何其他阳性患者结果。用于确定肿瘤体积/负荷的合适方法是本领域技术人员众所周知的，例如，使用：计算机断层摄影术(CT)或磁共振成像(MRI)成像技术；X射线成像，例如，乳房X线照相术；超声成像；核成像，例如正电子发射断层摄影术(PET)、PET/CT扫描、骨扫描、镓扫描或间碘苯甲胍(MIBG)扫描；生物发光成像(BLI)；荧光成像(FLI)；BD ToF(基于红外的3D飞行时间相机)成像。
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
白细胞介素-6受体(IL-6r)生物标志物包含与UniProt登录号：P08887-1或P08887-2(条目版本210)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
趋化因子CC-4(HCC-4)生物标志物包含与UniProt登录号：O15467(条目版本146)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
金属蛋白酶的组织抑制剂1(TIMP-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P01033(条目版本202)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
肝素结合EGF样生长因子(HB-EGF)生物标志物包含与UniProt登录号：Q99075(条目版本171)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
抗白细胞蛋白酶(ALP)生物标志物包含与UniProt登录号：P03973(条目版本184)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
转化生长因子β的潜在联系多肽1(LAP TGF-b1)生物标志物包含与UniProt登录号：P01137(条目版本235)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
表皮生长因子(EGF)生物标志物包含与UniProt登录号：P01133-1、P01133-2或P01133-3(条目版本204)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
血小板源性生长因子BB(PDGF-BB)生物标志物包含与UniProt登录号：P01127-1或P01127-2(条目版本217)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
骨保护素(OPG)生物标志物包含与UniProt登录号：O00300(条目版本155)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)生物标志物包含与UniProt登录号：P02775(条目版本191)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
ST2生物标志物包含与UniProt登录号：Q01638-1、Q01638-2、Q01638-3或Q01638-4(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
肿瘤坏死因子受体I(TNF RI)生物标志物包含与UniProt登录号：P19438-1、P19438-2、P19438-3、P19438-4或P19438-5(条目版本225)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
血管内皮生长因子(VEGF)生物标志物包含与UniProt登录号：P15692-1、P15692-2、P15692-3、P15692-4、P15692-5、P15692-6、P15692-7、P15692-8、P15692-9、P15692-10、P15692-11、P15692-12、P15692-13、P15692-14、P15692-15、P15692-16、P15692-17或P15692-18(条目版本230)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
生长调节α蛋白(GRO-α)生物标志物包含与UniProt登录号：P09341(条目版本183)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBIL006(NCT02872259)获得的患者数据，作者已经发现，在治疗患有黑素瘤的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例2和实施例7。类似地，在治疗所述受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较低水平存在。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在这个方面的第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、白细胞介素-6受体(IL-6r)、趋化因子CC-4(HCC-4)、金属蛋白酶的组织抑制剂1(TIMP-1)、肝素结合EGF样生长因子(HB-EGF)、抗白细胞蛋白酶(ALP)、转化生长因子β的潜在联系多肽1(LAP TGF-b1)、表皮生长因子(EGF)、血小板源性生长因子BB(PDGF-BB)、骨保护素(OPG)、嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)、ST2、肿瘤坏死因子受体I(TNF RI)、血管内皮生长因子(VEGF)、生长调节α蛋白(GRO-α)和/或乳酸脱氢酶(LDH)。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、白细胞介素-6受体(IL-6r)、趋化因子CC-4(HCC-4)、金属蛋白酶的组织抑制剂1(TIMP-1)、肝素结合EGF样生长因子(HB-EGF)、抗白细胞蛋白酶(ALP)、转化生长因子β的潜在联系多肽1(LAP TGF-b1)、表皮生长因子(EGF)、血小板源性生长因子BB(PDGF-BB)、骨保护素(OPG)、嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)、ST2、肿瘤坏死因子受体I(TNF RI)、血管内皮生长因子(VEGF)和/或生长调节α蛋白(GRO-α)。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的相应生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这些差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在一些实施方案中，对照概况可从患有黑素瘤的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患黑素瘤的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体、未患黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体或患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”、值或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的与将在样品概况中确定的相同生物标志物的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)黑素瘤的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)黑素瘤的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的相应生物标志物的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围的概况。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有黑素瘤的对照受试者群体获得；从未患黑素瘤的对照受试者群体获得；从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNFRI、VEGF、GRO-α和/或LDH；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一种或多种的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、IL-6r和/或HCC-4；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一种或多种的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或IL-6r的活性、表达或量较低；和/或HCC-4的活性、表达或量较低；和/或TIMP-1的活性、表达或量较高；和/或HB-EGF的活性、表达或量较高；和/或ALP的活性、表达或量较高；和/或ALP的活性、表达或量较高；和/或LAP TGF-b1的活性、表达或量较高；和/或EGF的活性、表达或量较高；和/或PDGF-BB的活性、表达或量较高；和/或OPG的活性、表达或量较高；和/或NAP-2的活性、表达或量较高；和/或ST2的活性、表达或量较高；和/或TNF RI的活性、表达或量较高；和/或VEGF的活性、表达或量较高；和/或GRO-α的活性、表达或量较高；和/或LDH的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患黑素瘤的对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患黑素瘤的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患黑素瘤的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患黑素瘤的对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
在一种或多种生物标志物包括LDH的实施方案中，高于287单位每升(U/L)的LDH的表达或量可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
如本文所用，术语“一种或多种”是指本文所述的生物标志物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-6r。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HCC-4。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TIMP-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是ALP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LAPTGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是PDGF-BB。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是OPG。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是NAP-2。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是ST2。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TNF RI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是VEGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是GRO-α。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl和LDH。
在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl、LDH和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对黑素瘤的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对黑素瘤的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对黑素瘤的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对黑素瘤的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
生物标志物的治疗后变化
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述预测方法还包括在受试者接受了能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂的治疗或治疗过程后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量以获得本文所述的一种或多种生物标志物的第二样品概况的后续步骤。
即，在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)如上文所概述，通过评估受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF和/或GRO-α；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
治疗后预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBIL006(NCT02872259)获得的患者数据，作者已经发现，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗患有黑素瘤的受试者后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中增加，而不在“无应答者”受试者的血清中增加。类似地，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中降低，而不在“无应答者”受试者的血清中降低。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前和之后评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定或确认受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答。
因此，在这个方面的第二方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括在受试者已经与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。在优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。
如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在本公开的这个方面的优选实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。在一些实施方案中，从患有黑素瘤的对照受试者群体获得对照概况。在其他实施方案中，对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”或值的“标准范围”的概况。
因此，在其中在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，相同概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，使用根据上文概述的本公开的这个方面的第一方面的预测方法，选择受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
如上文在AML方面中所描述定义用于本公开的这一黑素瘤方面中的能够抑制或逆转EMT的剂(参见上文第14页第19行至第17页第2行的相同标题的章节)，除了下文列出的优选实施方案。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼(debrafenib)，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在包括评估LDH的活性的一些实施方案中，评估LDH的活性包括确定受试者或源自受试者的样品中LDH的酶活性。优选地，通过确定受试者或源自受试者的样品中由LDH催化的酶促反应的底物或产物的水平或量来评估酶活性。在特别优选的实施方案中，通过确定受试者或源自受试者的样品中还原烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)的水平或量来评估酶活性。在一些实施方案中，这可使用比色测定，例如，可从Sigma-Aldrich以目录号MAK066获得的比色测定来确定。用于评估LDH活性的其他合适的测定是熟练的技术人员众所周知的。在特别优选的实施方案中，通过确定血液或血清中LDH的酶活性来评估LDH的活性。
在一些优选的实施方案中，评估一种或多种生物标志物的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平。优选地，通过确定蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在特别优选的实施方案中，通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量相应生物标志物蛋白或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定生物标志物蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是黑素瘤)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因黑素瘤而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将一种或多种生物标志物的表达或量表示为相对量时，可将样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
优选地，通过测量蛋白质表达来评估生物标志物水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath and Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估一种或多种生物标志物的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy number variants in candidate genes are genetic modifiersof Hirschsprung disease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第三方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的上述第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼(debrafenib)，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
试剂盒
本公开的这个方面的第四方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF和/或GRO-α。
在其他实施方案中，本公开提供了一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF和/或GRO-α。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至本文所述的生物标志物中的一种；以及用于检测所述一个或多个特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAPTGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF和/或GRO-α。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至LDH的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF和/或GRO-α。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，选择性地结合至LDH的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF和/或GRO-α。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有黑素瘤。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测选自由Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
本公开的这个方面的第六方面涉及1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第七方面涉及Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAPTGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及Axl和IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAPTGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及LDH和Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF和/或GRO-α中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及Axl、LDH和IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF和/或GRO-α中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第八方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
在其他实施方案中，所述方法包括：(a)向受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及(b)使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。在一些实施方案中，所述方法还包括：(c)向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
本公开的这个方面的第九方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第十方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有黑素瘤。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
103.根据声明102所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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104.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
105.根据声明104所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有黑素瘤的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iii)从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
106.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
107.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
108.根据声明105-107中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNFRI、VEGF、GRO-α和/或LDH，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明105-108中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：Axl、IL-6r和/或HCC-4，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
110.根据声明105-109中任一项所述的方法，其中：
与所述对照概况相比，所述样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或
IL-6r的活性、表达或量较低；和/或
HCC-4的活性、表达或量较低；和/或
TIMP-1的活性、表达或量较高；和/或
HB-EGF的活性、表达或量较高；和/或
ALP的活性、表达或量较高；和/或
LAP TGF-b1的活性、表达或量较高；和/或
EGF的活性、表达或量较高；和/或
PDGF-BB的活性、表达或量较高；和/或
OPG的活性、表达或量较高；和/或
NAP-2的活性、表达或量较高；和/或
ST2的活性、表达或量较高；和/或
TNF RI的活性、表达或量较高；和/或
VEGF的活性、表达或量较高；和/或
GRO-α的活性、表达或量较高；和/或
LDH的活性、表达或量较高
指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
111.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl和/或LDH
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH。
112.根据声明101-111中任一项所述的方法，其中：
所述Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述白细胞介素-6受体(IL-6r)生物标志物包含与UniProt登录号：P08887-1或P08887-2(条目版本210)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述趋化因子CC-4(HCC-4)生物标志物包含与UniProt登录号：O15467(条目版本146)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述金属蛋白酶的组织抑制剂1(TIMP-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P01033(条目版本202)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述肝素结合EGF样生长因子(HB-EGF)生物标志物包含与UniProt登录号：Q99075(条目版本171)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述抗白细胞蛋白酶(ALP)生物标志物包含与UniProt登录号：P03973(条目版本184)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述转化生长因子β的潜在联系多肽1(LAP TGF-b1)生物标志物包含与UniProt登录号：P01137(条目版本235)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述表皮生长因子(EGF)生物标志物包含与UniProt登录号：P01133-1、P01133-2或P01133-3(条目版本204)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述血小板源性生长因子BB(PDGF-BB)生物标志物包含与UniProt登录号：P01127-1或P01127-2(条目版本217)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述骨保护素(OPG)生物标志物包含与UniProt登录号：O00300(条目版本155)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)生物标志物包含与UniProt登录号：P02775(条目版本191)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述ST2生物标志物包含与UniProt登录号：Q01638-1、Q01638-2、Q01638-3或Q01638-4(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述肿瘤坏死因子受体I(TNF RI)生物标志物包含与UniProt登录号：P19438-1、P19438-2、P19438-3、P19438-4或P19438-5(条目版本225)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述血管内皮生长因子(VEGF)生物标志物包含与UniProt登录号：P15692-1、P15692-2、P15692-3、P15692-4、P15692-5、P15692-6、P15692-7、P15692-8、P15692-9、P15692-10、P15692-11、P15692-12、P15692-13、P15692-14、P15692-15、P15692-16、P15692-17或P15692-18(条目版本230)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述生长调节α蛋白(GRO-α)生物标志物包含与UniProt登录号：P09341(条目版本183)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
或与编码所述氨基酸序列的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
113.根据声明101-112中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
114.根据声明104-113中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
115.根据声明114所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
116.根据声明115所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
117.根据声明115或116所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
118.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
119.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因黑素瘤而改变。
120.根据声明101-119中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
121.根据声明120所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
122.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
123.根据声明122所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025、或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
124.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
125.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
126.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
127.根据声明126所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
128.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
129.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
130.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀(darbeopetin)、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
131.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
132.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
133.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
134.根据声明101-133中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
135.根据声明134所述的方法，其中所述受试者是人。
136.根据声明101-135中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对黑素瘤的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
137.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中在针对黑素瘤的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
138.根据声明101-135或137中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
139.根据声明138所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
140.根据声明138-139中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
141.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
142.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
143.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
144.根据声明101-143中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
145.根据声明144所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
146.根据声明145所述的方法，其中所述样品是血清样品。
147.根据声明104-146中任一项所述的方法，其中所述方法还包括评估所述受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的后续步骤，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得样品概况。
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148.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况。
149.根据声明147或148所述的方法，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之前从同一受试者获得所述对照概况。
150.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
151.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
152.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
153.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
154.根据声明150所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
155.根据声明147-154中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
156.根据声明155所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
157.根据声明156所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
158.根据声明156或157所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
159.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
160.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因黑素瘤而改变。
161.根据声明148-160中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
162.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
163.根据声明162所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
164.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
165.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
166.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
167.根据声明166所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
168.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
169.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
170.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
171.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
172.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
173.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
174.根据声明148-173中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
175.根据声明174所述的方法，其中所述受试者是人。
176.根据声明148-175中任一项所述的方法，其中使用根据声明101-147中任一项所述的预测方法，选择所述受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
177.根据声明148-176中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
178.根据声明177所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
179.根据声明178所述的方法，其中所述样品是血清样品。
180.根据声明1-179中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
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201.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明148-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
203.根据声明201-202中任一项所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
204.根据声明203所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
205.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
206.根据声明205所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
207.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
208.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
209.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
210.根据声明209所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
211.根据声明203-210中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
212.根据声明203-211中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
213.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
214.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
215.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
216.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAPTGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH。
302.一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH；以及
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
304.根据声明303所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
305.根据声明303或304所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
306.根据声明301-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
308.根据声明307使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
310.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
311.根据声明310所述使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
312.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
313.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
314.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
315.根据声明307-310中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有黑素瘤。
316.根据声明307-315中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
317.用于检测选自由Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
318.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAPTGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.根据声明317或318所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
320.根据声明317或318所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
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401.Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF、GRO-α和/或LDH中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401所述的用途，其中：
(i)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加；或
(ii)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加。
404.根据声明401-403中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-180中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-180中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-180中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括：
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
使用根据声明148-180中任一项所述的方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。
505.根据声明504所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
506.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
507.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
508.根据声明501-507中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
509.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
510.根据声明509所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
512.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
512.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
513.根据声明512所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
514.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
515.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
516.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
517.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
518.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
519.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
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方面4a：黑素瘤
黑素瘤，也称为恶性黑色素瘤，是一类从黑色素细胞发展的癌症。这些癌症通常发生在皮肤中，但也可能发生在口腔、肠或眼睛中。黑素瘤的化学治疗药物疗法包括，例如，伊匹单抗、派姆单抗和纳武单抗。此类治疗在转移性黑素瘤中的总体成功率仍然有限，并且仍然需要针对这种癌症类型的靶向疗法(Hsueh等人，2016)。
因此，用于预测患有黑素瘤的受试者的癌症相关结果(例如对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性)的稳健生物标志物将可用于鉴定最可能对用特定剂/方案进行治疗产生应答或受益于所述治疗的受试者。
如本文所述的“应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。
相应地，如本文所述的“无应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，不太可能或不对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或不太可能或不受益于所述治疗)的受试者。
如本文所用的“对治疗有应答”或“受益于治疗”是指从治疗获得总体临床益处。这种总体临床益处可以是以下中的任一项：存活期延长、部分或完全疾病缓解、疾病进展减慢或不存在、肿瘤缩小(例如，肿瘤体积减小5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤负荷降低(例如，肿瘤负荷降低5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤增大减慢或不存在、肿瘤负担增加减慢或不存在、生活质量改善、无进展存活期、总体存活或任何其他阳性患者结果。用于确定肿瘤体积/负荷的合适方法是本领域技术人员众所周知的，例如，使用：计算机断层摄影术(CT)或磁共振成像(MRI)成像技术；X射线成像，例如，乳房X线照相术；超声成像；核成像，例如正电子发射断层摄影术(PET)、PET/CT扫描、骨扫描、镓扫描或间碘苯甲胍(MIBG)扫描；生物发光成像(BLI)；荧光成像(FLI)；BD ToF(基于红外的3D飞行时间相机)成像。
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
α-胎儿蛋白(AFP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02771-1(条目版本192)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
肝素结合EGF样生长因子(HB-EGF)生物标志物包含与UniProt登录号：Q99075(条目版本171)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
神经细胞粘附分子(Nr-CAM)生物标志物包含与UniProt登录号：Q92823-1、Q92823-2、Q92823-3、Q92823-4、Q92823-5或Q92823-6(条目版本172)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
肾损伤分子-1(KIM-1)生物标志物包含与UniProt登录号：Q96D42-1(条目版本141)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
CD 40抗原(CD40)生物标志物包含与UniProt登录号：P25942-1或P25942-2(条目版本221)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
嗜铬粒蛋白-A(CgA)生物标志物包含与UniProt登录号：P10645-1(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
白细胞介素-2受体α(IL-2受体α)生物标志物包含与UniProt登录号：P01589-1(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
人绒毛膜促性腺激素β(hCG)包含与UniProt登录号：P0DN86-1或P0DN86-2(条目版本26)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
转化生长因子β的潜在联系多肽1(LAP TGF-b1)生物标志物包含与UniProt登录号：P01137(条目版本235)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胸腺和激活调节趋化因子(TARC)生物标志物包含与UniProt登录号：Q92583-1(条目版本163)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
CD40配体(CD40-L)生物标志物包含与UniProt登录号：P29965(条目版本199)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
表皮生长因子(EGF)生物标志物包含与UniProt登录号：P01133-1、P01133-2或P01133-3(条目版本204)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
血管内皮生长因子受体3(VEGFR-3)生物标志物包含与UniProt登录号：P35916-1、P35916-2或P35916-3(条目版本206)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胰分泌型胰蛋白酶抑制因子(TATI)生物标志物包含与UniProt登录号：P00995-1(条目版本193)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
基质金属蛋白酶-7(MMP-7)生物标志物包含与UniProt登录号：P09237-1(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
瘦蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P41159(条目版本176)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
载脂蛋白A-I(Apo A-I)生物标志物包含与UniProt登录号：P02647-1(条目版本241)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
骨膜蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：Q15063-1、Q15063-2、Q15063-3、Q15063-4、Q15063-5、Q15063-6、Q15063-7(条目版本160)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
血管生成素-2(ANG-2)生物标志物包含与UniProt登录号：O15123-1、O15123-2或O15123-3(条目版本163)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胱抑素-C生物标志物包含与UniProt登录号：P01034-1(条目版本213)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
丝氨酸蛋白酶生物标志物包含与UniProt登录号：P05981-1(条目版本183)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
载脂蛋白C-I(Apo C-I)生物标志物包含与UniProt登录号：P02654(条目版本175)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
白细胞介素-1受体1型(IL-1RI)生物标志物包含与UniProt登录号：P14778-1(条目版本215)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
嗜酸性粒细胞趋化因子-2生物标志物包含与UniProt登录号：O00175-1(条目版本162)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
髓过氧化物酶(MPO)生物标志物包含与UniProt登录号：P05164-1、P05164-2或P05164-3(条目版本217)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
铁蛋白(FRTN)生物标志物包含与UniProt登录号：P02794(条目版本213)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBIL006(NCT02872259)获得的患者数据，作者已经发现，在治疗患有黑素瘤的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例2和实施例7。类似地，在治疗所述受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较低水平存在。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在这个方面的第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的相应生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这些差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在一些实施方案中，对照概况可从患有黑素瘤的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患黑素瘤的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体、未患黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体或患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”、值或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的与将在样品概况中确定的相同生物标志物的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)黑素瘤的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)黑素瘤的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的相应生物标志物的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围的概况。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有黑素瘤的对照受试者群体获得；从未患黑素瘤的对照受试者群体获得；从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：HB-EGF、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、Axl和/或LDH；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：AFP、骨膜蛋白、hCG、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO和/或FRTN；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中AFP的活性、表达或量较低；和/或骨膜蛋白的活性、表达或量较低；和/或hCG的活性、表达或量较低；和/或嗜酸性粒细胞趋化因子-2的活性、表达或量较低；和/或MPO的活性、表达或量较低；和/或FRTN的活性、表达或量较低；和/或TIMP-1的活性、表达或量较高；和/或HB-EGF的活性、表达或量较高；和/或HB-EGF的活性、表达或量较高；和/或CgA的活性、表达或量较高；和/或Nr-CAM的活性、表达或量较高；和/或KIM-1的活性、表达或量较高；和/或CD40的活性、表达或量较高；和/或LAP TGF-b1的活性、表达或量较高；和/或EGF的活性、表达或量较高；和/或IL-2ra的活性、表达或量较高；和/或TARC的活性、表达或量较高；和/或CD40-L的活性、表达或量较高；和/或VEGFR-3的活性、表达或量较高；和/或TATI的活性、表达或量较高；和/或MMP-7的活性、表达或量较高；和/或瘦蛋白的活性、表达或量较高；和/或Apo A-I的活性、表达或量较高；和/或ANG-2的活性、表达或量较高；和/或胱抑素-C的活性、表达或量较高；和/或丝氨酸蛋白酶的活性、表达或量较高；和/或Apo C-I的活性、表达或量较高；和/或IL-1RI的活性、表达或量较高；和/或Axl的活性、表达或量较高；和/或LDH的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有MDS且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患黑素瘤的对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患黑素瘤的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患黑素瘤的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患黑素瘤的对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
在一种或多种生物标志物包括LDH的实施方案中，高于287单位每升(U/L)的LDH的表达或量可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
如本文所用，术语“一种或多种”是指本文所述的生物标志物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-2受体α。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是hCG。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TARC。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40-L。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是VEGFR-3。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MMP-7。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是瘦蛋白。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是ApoA-I。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是骨膜蛋白。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是ANG-2。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是胱抑素-C。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是丝氨酸蛋白酶。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Apo C-I。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-1RI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是嗜酸性粒细胞趋化因子-2。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MPO。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是FRTN。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LAP TGF-b1。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGF。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和AFP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和CgA。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和Nr-CAM。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP和CgA。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP和Nr-CAM。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA和Nr-CAM。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl和LAP TGF-b1。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、HB-EGF和AFP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、HB-EGF和Nr-CAM。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、HB-EGF和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、HB-EGF和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、HB-EGF和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、HB-EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、HB-EGF和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、HB-EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、AFP和Nr-CAM。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、AFP和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、AFP和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、AFP和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、AFP和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、AFP和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、AFP和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、Nr-CAM和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、Nr-CAM和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、Nr-CAM和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、Nr-CAM和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、Nr-CAM和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、Nr-CAM和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、TATI和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、TATI和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、TATI和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、TATI和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、TATI和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、KIM-1和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、KIM-1和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、KIM-1和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、KIM-1和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、CD40和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、CD40和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、CD40和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA、Axl和LAP TGF-b1。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和AFP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和CgA。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和Nr-CAM。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、Nr-CAM和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、Nr-CAM和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、Nr-CAM和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、Nr-CAM和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、Nr-CAM和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、TATI和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、TATI和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、TATI和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、TATI和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、TATI和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、KIM-1和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、KIM-1和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、KIM-1和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、KIM-1和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、CD40和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、CD40和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、CD40和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP、Axl和LAP TGF-b1。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、Nr-CAM和TATI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、Nr-CAM和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、Nr-CAM和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、Nr-CAM和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、Nr-CAM和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、Nr-CAM和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、TATI和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、TATI和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、TATI和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、TATI和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、TATI和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、KIM-1和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、KIM-1和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、KIM-1和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、KIM-1和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、CD40和LAPTGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、CD40和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、CD40和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF、Axl和LAP TGF-b1。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、TATI和KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、TATI和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、TATI和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、TATI和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、TATI和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、KIM-1和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、KIM-1和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、Nr-CAM、KIM-1和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、KIM-1和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、CD40和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、CD40和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、CD40和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM、Axl和LAP TGF-b1。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI、KIM-1和CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI、KIM-1和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI、KIM-1和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI、KIM-1和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI,,CD40和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI,,CD40和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI,,CD40和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI、EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI、EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TATI、Axl和LAP TGF-b1。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1、CD40和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1、CD40和EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1、CD40和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1、EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1、EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1、Axl和LAP TGF-b1。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40、EGF和LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40、EGF和Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40、Axl和LAP TGF-b1。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGF、Axl和LAP TGF-b1。
在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl、LDH和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对黑素瘤的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对黑素瘤的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对黑素瘤的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对黑素瘤的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
生物标志物的治疗后变化
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述预测方法还包括在受试者接受了能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂的治疗或治疗过程后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量以获得本文所述的一种或多种生物标志物的第二样品概况的后续步骤。
即，在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)如上文所概述，通过评估受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、Axl和/或LDH的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、Axl和/或LDH的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
治疗后预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBIL006(NCT02872259)获得的患者数据，作者已经发现，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗患有黑素瘤的受试者后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中增加，而不在“无应答者”受试者的血清中增加。类似地，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中降低，而不在“无应答者”受试者的血清中降低。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前和之后评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定或确认受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答。
因此，在这个方面的第二方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括在受试者已经与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。在优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。
如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在本公开的这个方面的优选实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。在一些实施方案中，从患有黑素瘤的对照受试者群体获得对照概况。在其他实施方案中，对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”或值的“标准范围”的概况。
因此，在其中在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，相同概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括HB-EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HB-EGF。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中HB-EGF的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括AFP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AFP。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中AFP的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括CgA。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中CgA的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Nr-CAM。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Nr-CAM的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括KIM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是KIM-1。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中KIM-1的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括CD40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CD40。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中CD40的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括LAP TGF-b1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LAP TGF-b1。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中LAP TGF-b1的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括EGF。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGF。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中EGF的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，使用根据上文概述的本公开的这个方面的第一方面的预测方法，选择受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
如上文在AML方面中所描述定义用于本公开的这一黑素瘤方面中的能够抑制或逆转EMT的剂(参见上文第14页第19行至第17页第2行的相同标题的章节)，除了下文列出的优选实施方案。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在包括评估LDH的活性的一些实施方案中，评估LDH的活性包括确定受试者或源自受试者的样品中LDH的酶活性。优选地，通过确定受试者或源自受试者的样品中由LDH催化的酶促反应的底物或产物的水平或量来评估酶活性。在特别优选的实施方案中，通过确定受试者或源自受试者的样品中还原烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)的水平或量来评估酶活性。在一些实施方案中，这可使用比色测定，例如，可从Sigma-Aldrich以目录号MAK066获得的比色测定来确定。用于评估LDH活性的其他合适的测定是熟练的技术人员众所周知的。在特别优选的实施方案中，通过确定血液或血清中LDH的酶活性来评估LDH的活性。
在一些优选的实施方案中，评估一种或多种生物标志物的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平。优选地，通过确定蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在特别优选的实施方案中，通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量相应生物标志物蛋白或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定生物标志物蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是黑素瘤)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因黑素瘤而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将一种或多种生物标志物的表达或量表示为相对量时，可将样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
优选地，通过测量蛋白质表达来评估生物标志物水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath and Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估一种或多种生物标志物的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy number variants in candidate genes are genetic modifiersof Hirschsprung disease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第三方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的上述第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
试剂盒
本公开的这个方面的第四方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
在其他实施方案中，本公开提供了一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至本文所述的生物标志物中的一种；以及用于检测所述一个或多个特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至LDH的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN和/或Axl。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至HB-EGF的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至AFP的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至CgA的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Nr-CAM的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至KIM-1的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、ApoA-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至CD40的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至LAP-TGF b1的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至EGF的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至TATI的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至HB-EGF的特异性结合成员，选择性地结合至AFP的特异性结合成员，选择性地结合至CgA的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAPTGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有黑素瘤。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测选自由HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
本公开的这个方面的第六方面涉及1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第七方面涉及HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAPTGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAPTGF-b1、EGF、TATI、Axl和LDH中的至少一者以及IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO和/或FRTN中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及HB-EGF和AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAPTGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及AFP和HB-EGF、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及CgA和AFP、HB-EGF、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及Nr-CAM和CgA、AFP、HB-EGF、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及KIM-1和CgA、AFP、HB-EGF、Nr-CAM、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及CD40和CgA、AFP、HB-EGF、Nr-CAM、KIM-1、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及LAP TGF-b1和CgA、AFP、HB-EGF、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及EGF和CgA、AFP、HB-EGF、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及TATI和CgA、AFP、HB-EGF、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAPTGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第八方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
在其他实施方案中，所述方法包括：(a)向受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及(b)使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。在一些实施方案中，所述方法还包括：(c)向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
本公开的这个方面的第九方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第十方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有黑素瘤。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
103.根据声明102所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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104.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
105.根据声明104所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有黑素瘤的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iii)从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
106.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
107.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
108.根据声明105-107中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：HB-EGF、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、ApoC-I、IL-1RI、Axl和/或LDH，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明105-108中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：AFP、骨膜蛋白、hCG、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO和/或FRTN，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
110.根据声明105-109中任一项所述的方法，其中：
AFP的活性、表达或量较低；和/或
骨膜蛋白的活性、表达或量较低；和/或
hCG的活性、表达或量较低；和/或
嗜酸性粒细胞趋化因子-2的活性、表达或量较低；和/或
MPO的活性、表达或量较低；和/或
FRTN的活性、表达或量较低；和/或
CgA的活性、表达或量较高；和/或
HB-EGF的活性、表达或量较高；和/或
Nr-CAM的活性、表达或量较高；和/或
KIM-1的活性、表达或量较高；和/或
CD40的活性、表达或量较高；和/或
LAP TGF-b1的活性、表达或量较高；和/或
EGF的活性、表达或量较高；和/或
IL-2ra的活性、表达或量较高；和/或
TARC的活性、表达或量较高；和/或
CD40-L的活性、表达或量较高；和/或
VEGFR-3的活性、表达或量较高；和/或
TATI的活性、表达或量较高；和/或
MMP-7的活性、表达或量较高；和/或
瘦蛋白的活性、表达或量较高；和/或
Apo A-I的活性、表达或量较高；和/或
ANG-2的活性、表达或量较高；和/或
胱抑素-C的活性、表达或量较高；和/或
丝氨酸蛋白酶的活性、表达或量较高；和/或
Apo C-I的活性、表达或量较高；和/或
IL-1RI的活性、表达或量较高；和/或
Axl的活性、表达或量较高；和/或
LDH的活性、表达或量较高
指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
111.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括HB-EGF，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
112.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括AFP，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
113.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括CgA，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
114.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Nr-CAM，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
115.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括KIM-1，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
116.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括CD40，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
117.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括LAP TGF-b1，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
118.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括EGF，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
119.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括IL-2ra，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
120.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括hCG，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
121.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括TARC，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
122.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括CD40-L，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
123.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括VEGFR-3，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
124.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括TATI，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
125.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括MMP-7，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
126.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括瘦蛋白，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
127.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Apo A-I，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
128.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括骨膜蛋白，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
129.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括ANG-2，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
130.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括胱抑素-C，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
131.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括丝氨酸蛋白酶，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
132.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Apo C-I，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
133.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括IL-1RI，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
134.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括HB-EGF，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
135.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括嗜酸性粒细胞趋化因子-2，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
136.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括MPO，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、FRTN、Axl和/或LDH。
137.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括FRTN，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、Axl和/或LDH。
138.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN和/或LDH。
139.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括LDH，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、TATI、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN和/或Axl。
140.根据声明111-139中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括AFP。
141.根据声明111-140中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括CgA。
142.根据声明111-141中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括Nr-CAM。
143.根据声明111-142中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括KIM-1。
144.根据声明111-143中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括CD40。
145.根据声明111-144中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括LAP-TGF-b1。
146.根据声明111-145中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括EGF。
147.根据声明111-146中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括TATI。
148.根据声明111-147中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括Axl。
149.根据声明111-148中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括LDH。
150.根据声明111-149中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括IL-2ra。
151.根据声明111-150中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括hCG。
152.根据声明111-151中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括TARC。
153.根据声明111-152中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括CD40-L。
154.根据声明111-153中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括VEGFR-3。
155.根据声明111-154中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括MMP-7。
156.根据声明111-155中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括瘦蛋白。
157.根据声明111-156中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括Apo A-I。
158.根据声明111-157中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括骨膜蛋白。
159.根据声明111-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括ANG-2。
160.根据声明111-159中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括胱抑素-C。
161.根据声明111-160中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括丝氨酸蛋白酶。
162.根据声明111-161中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括Apo C-I。
163.根据声明111-162中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括IL-1RI。
164.根据声明111-163中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括嗜酸性粒细胞趋化因子-2。
165.根据声明111-164中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括MPO。
166.根据声明111-165中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括FRTN。
167.根据声明101-166中任一项所述的方法，其中：
所述Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述α-胎儿蛋白(AFP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02771-1(条目版本192)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述肝素结合EGF样生长因子(HB-EGF)生物标志物包含与UniProt登录号：Q99075(条目版本171)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述神经细胞粘附分子(Nr-CAM)生物标志物包含与UniProt登录号：Q92823-1、Q92823-2、Q92823-3、Q92823-4、Q92823-5或Q92823-6(条目版本172)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述肾损伤分子-1(KIM-1)生物标志物包含与UniProt登录号：Q96D42-1(条目版本141)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述CD 40抗原(CD40)生物标志物包含与UniProt登录号：P25942-1或P25942-2(条目版本221)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述嗜铬粒蛋白-A(CgA)生物标志物包含与UniProt登录号：P10645-1(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述白细胞介素-2受体α(IL-2受体α)生物标志物包含与UniProt登录号：P01589-1(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述人绒毛膜促性腺激素β(hCG)包含与UniProt登录号：P0DN86-1或P0DN86-2(条目版本26)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述转化生长因子β的潜在联系多肽1(LAP TGF-b1)生物标志物包含与UniProt登录号：P01137(条目版本235)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胸腺和激活调节趋化因子(TARC)生物标志物包含与UniProt登录号：Q92583-1(条目版本163)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述CD40配体(CD40-L)生物标志物包含与UniProt登录号：P29965(条目版本199)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述表皮生长因子(EGF)生物标志物包含与UniProt登录号：P01133-1、P01133-2或P01133-3(条目版本204)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述血管内皮生长因子受体3(VEGFR-3)生物标志物包含与UniProt登录号：P35916-1、P35916-2或P35916-3(条目版本206)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胰分泌型胰蛋白酶抑制因子(TATI)生物标志物包含与UniProt登录号：P00995-1(条目版本193)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述基质金属蛋白酶-7(MMP-7)生物标志物包含与UniProt登录号：P09237-1(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述瘦蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P41159(条目版本176)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述载脂蛋白A-I(Apo A-I)生物标志物包含与UniProt登录号：P02647-1(条目版本241)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述骨膜蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：Q15063-1、Q15063-2、Q15063-3、Q15063-4、Q15063-5、Q15063-6、Q15063-7(条目版本160)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述血管生成素-2(ANG-2)生物标志物包含与UniProt登录号：O15123-1、O15123-2或O15123-3(条目版本163)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胱抑素-C生物标志物包含与UniProt登录号：P01034-1(条目版本213)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述丝氨酸蛋白酶生物标志物包含与UniProt登录号：P05981-1(条目版本183)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述载脂蛋白C-I(Apo C-I)生物标志物包含与UniProt登录号：P02654(条目版本175)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
所述白细胞介素-1受体1型(IL-1RI)生物标志物包含与UniProt登录号：P14778-1(条目版本215)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述嗜酸性粒细胞趋化因子-2生物标志物包含与UniProt登录号：O00175-1(条目版本162)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述髓过氧化物酶(MPO)生物标志物包含与UniProt登录号：P05164-1、P05164-2或P05164-3(条目版本217)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述铁蛋白(FRTN)生物标志物包含与UniProt登录号：P02794(条目版本213)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
所述乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
或与编码所述氨基酸序列的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
168.根据声明101-167中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
169.根据声明104-168中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
170.根据声明169所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
171.根据声明170所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
172.根据声明170或171所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
173.根据声明170-172中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
174.根据声明170-172中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因黑素瘤而改变。
175.根据声明101-174中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
176.根据声明174所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
177.根据声明176所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
178.根据声明177所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
179.根据声明178所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
180.根据声明178所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
181.根据声明176所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
182.根据声明181所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
183.根据声明175-182中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
184.根据声明175-182中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
185.根据声明184所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
186.根据声明184所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
187.根据声明186所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
188.根据声明186所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
189.根据声明101-186中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
190.根据声明189所述的方法，其中所述受试者是人。
191.根据声明101-190中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对黑素瘤的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
192.根据声明101-191中任一项所述的方法，其中在针对黑素瘤的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
193.根据声明101-190或192中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
194.根据声明193所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
195.根据声明193-194中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
196.根据声明101-191中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
197.根据声明196所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
198.根据声明196所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
199.根据声明101-198中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
200.根据声明199所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
201.根据声明200所述的方法，其中所述样品是血清样品。
202.根据声明104-201中任一项所述的方法，其中所述方法还包括评估所述受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的后续步骤，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得样品概况。
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203.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况。
204.根据声明202或203所述的方法，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之前从同一受试者获得所述对照概况。
205.根据声明204所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
206.根据声明204所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
207.根据声明204所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
208.根据声明204所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
209.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括HB-EGF。
210.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括CgA。
211.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Nr-CAM。
212.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括KIM-1。
213.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括CD40。
214.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括LAPTGF-b1。
215.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括EGF。
216.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括TATI。
217.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
218.根据声明205所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括LDH。
219.根据声明202-218中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
220.根据声明219所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
221.根据声明220所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
222.根据声明220或221所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
223.根据声明220-222中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
224.根据声明220-222中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因黑素瘤而改变。
225.根据声明203-224中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
226.根据声明225所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
227.根据声明226所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
228.根据声明227所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
229.根据声明227所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
230.根据声明225所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
231.根据声明230所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
232.根据声明225-231中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
233.根据声明225-231中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
234.根据声明233所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明185中所列出的其他癌症治疗。
235.根据声明233所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
236.根据声明235所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
237.根据声明235所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
238.根据声明203-237中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
239.根据声明238所述的方法，其中所述受试者是人。
240.根据声明203-239中任一项所述的方法，其中使用根据声明101-202中任一项所述的预测方法，选择所述受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
241.根据声明203-240中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
242.根据声明241所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
243.根据声明242所述的方法，其中所述样品是血清样品。
244.根据声明1-243中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
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201a.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-244中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202a.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明203-244中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
203a.根据声明201a-202a中任一项所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
204a.根据声明203a所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
205a.根据声明204a所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
206a.根据声明205a所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
207a.根据声明206a所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
208a.根据声明206a所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
209a.根据声明204a所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
210a.根据声明209a所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
211a.根据声明203a-210a中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
212a.根据声明203a-211a中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
213a.根据声明212a所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明185中所列出的其他癌症治疗。
214a.根据声明212a所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
215a.根据声明214a所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
216a.根据声明214a所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAPTGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
302.一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、ApoA-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH；并且
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
304.根据声明303所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
305.根据声明303或304所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
306.根据声明301-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
308.根据声明307使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
310.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
311.根据声明310所述使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
312.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
313.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
314.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
315.根据声明307-310中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有黑素瘤。
316.根据声明307-315中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-244中任一项所述的方法。
317.用于检测选自由HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
318.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAPTGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.根据声明317或318所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
320.根据声明317或318所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-244中任一项所述的方法。
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401.HB-EGF、AFP、CgA、Nr-CAM、KIM-1、CD40、LAP TGF-b1、EGF、IL-2受体α、hCG、TARC、CD40-L、VEGFR-3、TATI、MMP-7、瘦蛋白、Apo A-I、骨膜蛋白、ANG-2、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、Apo C-I、IL-1RI、嗜酸性粒细胞趋化因子-2、MPO、FRTN、Axl和/或LDH中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401所述的用途，其中：
(i)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加；或
(ii)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加。
404.根据声明401-403中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-244中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-244中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-244中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-244中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括：
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
使用根据声明203-244中任一项所述的方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。
505.根据声明504所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
506.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
507.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
508.根据声明501-507中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
509.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
510.根据声明509所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
512.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
512.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
513.根据声明512所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
514.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
515.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
516.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明185中所列出的其他癌症治疗。
517.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
518.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
519.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
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方面5：三阴性乳腺癌(TNBC)
三阴性乳腺癌(TNBC)是不表达雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和Her2/neu的基因的一组异质乳腺癌。由于大多数激素疗法靶向这些受体中的一种，因此三阴性乳腺癌是最难治疗的，通常需要组合疗法。鉴于三阴性乳腺癌的显著异质性程度以及患者对药物疗法的应答，仍然需要针对三阴性乳腺癌的靶向疗法(Jhan等人，2017)。
因此，用于预测患有三阴性乳腺癌的受试者的癌症相关结果(例如对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性)的稳健生物标志物将可用于鉴定最可能对用特定剂/方案进行治疗产生应答或受益于所述治疗的受试者。
如本文所述的“应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。
相应地，如本文所述的“无应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，不太可能或不对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或不太可能或不受益于所述治疗)的受试者。
如本文所用的“对治疗有应答”或“受益于治疗”是指从治疗获得总体临床益处。这种总体临床益处可以是以下中的任一项：存活期延长、部分或完全疾病缓解、疾病进展减慢或不存在、肿瘤缩小(例如，肿瘤体积减小5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤负荷降低(例如，肿瘤负荷降低5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤增大减慢或不存在、肿瘤负担增加减慢或不存在、生活质量改善、无进展存活期、总体存活或任何其他阳性患者结果。用于确定肿瘤体积的合适方法是本领域技术人员众所周知的，例如，使用：计算机断层摄影术(CT)或磁共振成像(MRI)成像技术；X射线成像，例如，乳房X线照相术；超声成像；核成像，例如正电子发射断层摄影术(PET)、PET/CT扫描、骨扫描、镓扫描或间碘苯甲胍(MIBG)扫描；生物发光成像(BLI)；荧光成像(FLI)；BD ToF(基于红外的3D飞行时间相机)成像。
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
白细胞介素-6受体亚基β(IL-6Rβ)生物标志物包含与UniProt登录号：P40189-1或P40189-2(条目版本209)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
细胞间粘附分子1(ICAM-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P05362(条目版本221)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
巨噬细胞炎症蛋白-1β(MIP-1β)生物标志物包含与UniProt登录号：P13236(条目版本187)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
骨膜蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：Q15063-1、Q15063-2、Q15063-3、Q15063-4、Q15063-5、Q15063-6、Q15063-7(条目版本160)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
白细胞介素-23(IL-23)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9NPF7(条目版本133)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
叶酸受体γ(FOLR3)生物标志物包含与UniProt登录号：P41439-1、P41439-2或P41439-3(条目版本127)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
丛生蛋白(CLU)生物标志物包含与UniProt登录号：P10909-1、P10909-2、P10909-3、P10909-4或P10909-5(条目版本209)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
Fas配体(FasL)生物标志物包含与UniProt登录号：P48023-1或P48023-2(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC007(NCT03184558)获得的患者数据，作者已经发现，在治疗患有TNBC的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例3。类似地，在治疗所述受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较低水平存在。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在这个方面的第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、白细胞介素-6受体亚基β(IL-6Rβ)、细胞间粘附分子1(ICAM-1)、巨噬细胞炎症蛋白-1β(MIP-1β)、骨膜蛋白、白细胞介素-23(IL-23)、叶酸受体γ(FOLR3)、丛生蛋白(CLU)和/或Fas配体(FasL)。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的相应生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这些差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在一些实施方案中，对照概况可从患有TNBC的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患TNBC的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有TNBC的对照受试者或对照受试者群体、未患TNBC的对照受试者或对照受试者群体或患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”、值或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的与将在样品概况中确定的相同生物标志物的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)TNBC的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)TNBC的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的相应生物标志物的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围的概况。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有TNBC的对照受试者群体获得；从未患TNBC的对照受试者群体获得；从患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β和/或骨膜蛋白；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或IL-6Rβ的活性、表达或量较低；和/或ICAM-1的活性、表达或量较低；和/或MIP-1β的活性、表达或量较低；和/或骨膜蛋白的活性、表达或量较低；和/或IL-23的活性、表达或量较高；和/或FOLR3的活性、表达或量较高；和/或CLU的活性、表达或量较高；和/或FasL的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有TNBC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有TNBC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有TNBC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有TNBC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有TNBC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有TNBC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患TNBC的对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患TNBC的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患TNBC的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患TNBC的对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
如本文所用，术语“一种或多种”是指本文所述的生物标志物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-6Rβ。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是ICAM-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MIP-1β。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是骨膜蛋白。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-23。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是FOLR3。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CLU。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是FasL。
在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对TNBC的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对TNBC的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对TNBC的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对TNBC的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
生物标志物的治疗后变化
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述预测方法还包括在受试者接受了能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂的治疗或治疗过程后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量以获得本文所述的一种或多种生物标志物的第二样品概况的后续步骤。
即，在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)如上文所概述，通过评估受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。
治疗后预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC007(NCT03184558)获得的患者数据，作者已经发现，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗患有TNBC的受试者后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中增加，而不在“无应答者”受试者的血清中增加。类似地，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中降低，而不在“无应答者”受试者的血清中降低。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前和之后评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定或确认受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答。
因此，在这个方面的第二方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括在受试者已经与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。在优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。
如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在本公开的这个方面的优选实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况。在一些实施方案中，从患有TNBC的对照受试者群体获得对照概况。在其他实施方案中，对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”或值的“标准范围”的概况。
因此，在其中在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，相同概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，使用根据上文概述的本公开的这个方面的第一方面的预测方法，选择受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
如上文在AML方面中所描述定义用于本公开的这一TNBC方面中的能够抑制或逆转EMT的剂(参见上文第14页第19行至第17页第2行的相同标题的章节)。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在一些优选的实施方案中，评估一种或多种生物标志物的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平。优选地，通过确定蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在特别优选的实施方案中，通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量相应生物标志物蛋白或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定生物标志物蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是TNBC)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因TNBC而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将一种或多种生物标志物的表达或量表示为相对量时，可将样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
优选地，通过测量蛋白质表达来评估生物标志物水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath and Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估一种或多种生物标志物的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy number variants in candidate genes are genetic modifiersof Hirschsprung disease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第三方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
试剂盒
本公开的这个方面的第四方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL。
在其他实施方案中，本公开提供了一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至本文所述的生物标志物中的一种；以及用于检测所述一个或多个特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有TNBC。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测选自由Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
本公开的这个方面的第六方面涉及1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第七方面涉及Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及Axl和IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第八方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
在其他实施方案中，所述方法包括：(a)向受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及(b)使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。在一些实施方案中，所述方法还包括：(c)向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
本公开的这个方面的第九方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第十方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
103.根据声明102所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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104.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
105.根据声明104所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有TNBC的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iii)从患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有TNBC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
106.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
107.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
108.根据声明105-107中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明105-108中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β和/或骨膜蛋白，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
110.根据声明105-109中任一项所述的方法，其中：
与所述对照概况相比，所述样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或
IL-6Rβ的活性、表达或量较低；和/或
ICAM-1的活性、表达或量较低；和/或
MIP-1β的活性、表达或量较低；和/或
骨膜蛋白的活性、表达或量较低；和/或
IL-23的活性、表达或量较高；和/或
FOLR3的活性、表达或量较高；和/或
CLU的活性、表达或量较高；和/或
FasL的活性、表达或量较高
指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
111.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL。
112.根据声明101-111中任一项所述的方法，其中：
所述Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述白细胞介素-6受体亚基β(IL-6Rβ)生物标志物包含与UniProt登录号：P40189-1或P40189-2(条目版本209)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述细胞间粘附分子1(ICAM-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P05362(条目版本221)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述巨噬细胞炎症蛋白-1β(MIP-1β)生物标志物包含与UniProt登录号：P13236(条目版本187)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述骨膜蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：Q15063-1、Q15063-2、Q15063-3、Q15063-4、Q15063-5、Q15063-6、Q15063-7(条目版本160)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述白细胞介素-23(IL-23)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9NPF7(条目版本133)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述叶酸受体γ(FOLR3)生物标志物包含与UniProt登录号：P41439-1、P41439-2或P41439-3(条目版本127)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述丛生蛋白(CLU)生物标志物包含与UniProt登录号：P10909-1、P10909-2、P10909-3、P10909-4或P10909-5(条目版本209)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
所述Fas配体(FasL)生物标志物包含与UniProt登录号：P48023-1或P48023-2(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
或与编码所述氨基酸序列的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
113.根据声明101-112中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
114.根据声明104-113中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
115.根据声明114所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
116.根据声明115所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
117.根据声明115或116所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
118.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
119.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因TNBC而改变。
120.根据声明101-119中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
121.根据声明120所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
122.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
123.根据声明122所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
124.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
125.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
126.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
127.根据声明126所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
128.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
129.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
130.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
131.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。
132.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。
133.根据声明131或132所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
134.根据声明101-133中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
135.根据声明134所述的方法，其中所述受试者是人。
136.根据声明101-135中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对TNBC的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
137.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中在针对TNBC的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
138.根据声明101-135或137中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
139.根据声明138所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
140.根据声明138-139中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
141.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
142.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
143.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
144.根据声明101-143中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
145.根据声明144所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
146.根据声明145所述的方法，其中所述样品是血清样品。
147.根据声明104-146中任一项所述的方法，其中所述方法还包括评估所述受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的后续步骤，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得样品概况。
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148.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况。
149.根据声明147或148所述的方法，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之前从同一受试者获得所述对照概况。
150.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
151.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
152.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
153.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
154.根据声明150所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
155.根据声明147-154中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
156.根据声明155所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
157.根据声明156所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
158.根据声明156或157所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
159.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
160.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因TNBC而改变。
161.根据声明148-160中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
162.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
163.根据声明162所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
164.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
165.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
166.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
167.根据声明166所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
168.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
169.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
170.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
171.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。
172.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。
173.根据声明171或172所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
174.根据声明148-173中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
175.根据声明174所述的方法，其中所述受试者是人。
176.根据声明148-175中任一项所述的方法，其中使用根据声明101-147中任一项所述的预测方法，选择所述受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
177.根据声明148-176中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
178.根据声明177所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
179.根据声明178所述的方法，其中所述样品是血清样品。
180.根据声明1-179中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
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201.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明148-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
203.根据声明201-202中任一项所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
204.根据声明203所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
205.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
206.根据声明205所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
207.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
208.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
209.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
210.根据声明209所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
211.根据声明203-210中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
212.根据声明203-211中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
213.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
214.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。
215.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。
216.根据声明214或215所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL。
302.一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL；并且
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
304.根据声明303所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
305.根据声明303或304所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
306.根据声明301-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
308.根据声明307使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
310.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
311.根据声明310所述使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
312.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
313.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
314.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
315.根据声明307-310中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)。
316.根据声明307-315中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
317.用于检测选自由Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
318.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.根据声明317或318所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
320.根据声明317或318所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
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401.Axl、IL-6Rβ、ICAM-1、MIP-1β、骨膜蛋白、IL-23、FOLR3、CLU和/或FasL中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401所述的用途，其中：
(i)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加；或
(ii)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加。
404.根据声明401-403中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-180中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-180中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-180中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的方法，所述方法包括：
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
使用根据声明148-180中任一项所述的方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。
505.根据声明504所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
506.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
507.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有三阴性乳腺癌(TNBC)的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
508.根据声明501-507中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
509.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
510.根据声明509所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
512.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
512.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
513.根据声明512所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
514.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
515.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
516.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
517.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。
518.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。
519.根据声明517或518所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
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方面6：非小细胞肺癌(NSCLC)
非小细胞肺癌(NSCLC)是除小细胞肺癌(SCLC)以外的任何类型的上皮性肺癌，并且占所有肺癌的大多数。由于非小细胞肺癌的预后和控制相似，因此将非小细胞肺癌分组在一起-三种主要的组织学类别为：鳞状细胞癌、腺癌和大细胞肺癌。腺癌是肺癌最常见的组织学类型。非小细胞肺癌经常用顺铂或卡铂与吉西他滨、紫杉醇、多西他赛、依托泊苷或长春瑞滨的组合进行治疗。仍然需要针对NSCLC的靶向疗法(Herbst等人，2018；Zappa等人，2016)。
因此，用于预测患有NSCLC的受试者的癌症相关结果(例如对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性)的稳健生物标志物将可用于鉴定最可能对用特定剂/方案进行治疗产生应答或受益于所述治疗的受试者。
如本文所述的“应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。
相应地，如本文所述的“无应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，不太可能或不对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或不太可能或不受益于所述治疗)的受试者。
如本文所用的“对治疗有应答”或“受益于治疗”是指从治疗获得总体临床益处。这种总体临床益处可以是以下中的任一项：存活期延长、部分或完全疾病缓解、疾病进展减慢或不存在、肿瘤缩小(例如，肿瘤体积减小5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤负荷降低(例如，肿瘤负荷降低5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤增大减慢或不存在、肿瘤负担增加减慢或不存在、生活质量改善、无进展存活期、总体存活或任何其他阳性患者结果。用于确定肿瘤体积的合适方法是本领域技术人员众所周知的，例如，使用：计算机断层摄影术(CT)或磁共振成像(MRI)成像技术；X射线成像，例如，乳房X线照相术；超声成像；核成像，例如正电子发射断层摄影术(PET)、PET/CT扫描、骨扫描、镓扫描或间碘苯甲胍(MIBG)扫描；生物发光成像(BLI)；荧光成像(FLI)；BD ToF(基于红外的3D飞行时间相机)成像。
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
β淀粉样蛋白1-40(AB-40)生物标志物包含与UniProt登录号：P05067-1、P05067-2、P05067-3、P05067-4、P05067-5、P05067-6、P05067-7、P05067-8、P05067-9、P05067-10或P05067-11(条目版本271)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
聚集蛋白聚糖核心蛋白(聚集蛋白聚糖)生物标志物包含与UniProt登录号：P16112-1、P16112-2或P16112-3(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
铁蛋白(FRTN)生物标志物包含与UniProt登录号：P02794(条目版本213)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
晚期糖基化终产物受体(RAGE)生物标志物包含与UniProt登录号：Q15109-1、Q15109-2、Q15109-3、Q15109-4、Q15109-5、Q15109-6、Q15109-7、Q15109-8、Q15109-9、Q15109-10(条目版本189)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
神经细胞粘附分子(Nr-CAM)生物标志物包含与UniProt登录号：Q92823-1、Q92823-2、Q92823-3、Q92823-4、Q92823-5或Q92823-6(条目版本172)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
硬化蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：Q9BQB4-1或Q9BQB4-2(条目版本145)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
游离前列腺特异性抗原(PSA-f)生物标志物包含与UniProt登录号：P07288-1、P07288-2、P07288-3、P07288-4或P07288-5(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
表皮生长因子受体(EGFR)生物标志物包含与UniProt登录号：Q504U8(条目版本138)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
神经丝重链多肽(NF-H)生物标志物包含与UniProt登录号：P12036-1或P12036-2(条目版本177)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
多巴胺β-羟化酶(DBH)生物标志物包含与UniProt登录号：P09172(条目版本194)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
腓骨蛋白-1C(Fib-1C)生物标志物包含与UniProt登录号：P23142-1、P23142-2、P23142-3或P23142-4(条目版本217)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
肌红蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P02144(条目版本178)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)生物标志物包含与UniProt登录号：P00749-1或P00749-2(条目版本230)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白(serpin)A12(Vaspin)生物标志物包含与UniProt登录号：Q8IW75(条目版本122)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
白细胞介素-23(IL-23)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9NPF7(条目版本133)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
α-2-巨球蛋白(A2Macro)生物标志物包含与UniProt登录号：P01023(条目版本206)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
金属蛋白酶的组织抑制剂2(TIMP-2)生物标志物包含与UniProt登录号：P16035(条目版本187)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物还可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
促甲状腺激素(TSH)生物标志物包含与UniProt登录号：P01222-1或P01222-2(条目版本161)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
四连接素生物标志物包含与UniProt登录号：P05452(条目版本177)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
髓系祖细胞抑制因子1(MPIF-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P55773-1或P55773-2(条目版本162)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胰多肽(PPP)生物标志物包含与UniProt登录号：P01298-1或P01298-2(条目版本175)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白(serpin)A12(Vaspin)生物标志物包含与UniProt登录号：Q8IW75(条目版本122)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
白细胞介素-7(IL-7)生物标志物包含与UniProt登录号：P13232-1、P13232-2或P13232-3(条目版本170)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
肺部和激活调节趋化因子(PARC)生物标志物包含与UniProt登录号：P55774(条目版本152)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
癌症抗原15-3(CA-15-3)生物标志物包含与UniProt登录号：P15941-1、P15941-2、P15941-3、P15941-4、P15941-5、P15941-6、P15941-7、P15941-8、P15941-9、P15941-10、P15941-11、P15941-12、P15941-13、P15941-14、P15941-15、P15941-16或P15941-17(条目版本204)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物还可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胃蛋白酶原I(PGI)生物标志物包含与UniProt登录号：P0DJD8(条目版本50)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
载脂蛋白E(Apo E)生物标志物包含与UniProt登录号：P02649(条目版本230)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
载脂蛋白C-I(Apo C-I)生物标志物包含与UniProt登录号：P02654(条目版本175)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
巨噬细胞刺激蛋白(MSP)生物标志物包含与UniProt登录号：P26927(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
C-C基序趋化因子15(CCL15)生物标志物包含与UniProt登录号：Q16663(条目版本161)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
颗粒蛋白前体生物标志物包含与UniProt登录号：P28799-1、P28799-2或P28799-3(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
癌胚抗原相关细胞粘附分子1(CEACAM1)生物标志物包含与UniProt登录号：P13688-1、P13688-2、P13688-3、P13688-4、P13688-5、P13688-6、P13688-7、P13688-8、P13688-9、P13688-10或P13688-11(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
维生素D结合蛋白(VDBP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02774-1、P02774-2或P02774-3(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
碳酸酐酶9(CA-9)生物标志物包含与UniProt登录号：Q16790(条目版本171)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC008(NCT03184571)、BGBIL005(NCT02922777)和BGBC004(NCT02424617)获得的患者数据，作者已经发现，在治疗患有NSCLC的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例4、5、6和7。类似地，在治疗所述受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较低水平存在。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在这个方面的第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、β淀粉样蛋白1-40(AB-40)、聚集蛋白聚糖核心蛋白(聚集蛋白聚糖)、铁蛋白(FRTN)、晚期糖基化终产物受体(RAGE)、神经细胞粘附分子(Nr-CAM)、硬化蛋白、游离前列腺特异性抗原(PSA-f)、表皮生长因子受体(EGFR)、神经丝重链多肽(NF-H)、多巴胺β-羟化酶(DBH)、腓骨蛋白-1C(Fib-1C)、肌红蛋白、尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)、内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白A12(Vaspin)、白细胞介素-23(IL-23)、α-2-巨球蛋白(A2Macro)、金属蛋白酶的组织抑制剂2(TIMP-2)、促甲状腺激素(TSH)、四连接素、髓系祖细胞抑制因子1(MPIF-1)、胰多肽(PPP)、白细胞介素-7(IL-7)、肺部和激活调节趋化因子(PARC)、癌症抗原15-3(CA-15-3)、胃蛋白酶原I(PGI)、载脂蛋白E(Apo E)、载脂蛋白C-I(Apo C-I)、巨噬细胞刺激蛋白(MSP)、C-C基序趋化因子15(CCL15)、颗粒蛋白前体、癌胚抗原相关细胞粘附分子1(CEACAM1)、维生素D结合蛋白(VDBP)、碳酸酐酶9(CA-9)和/或乳酸脱氢酶(LDH)。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、β淀粉样蛋白1-40(AB-40)、聚集蛋白聚糖核心蛋白(聚集蛋白聚糖)、铁蛋白(FRTN)、晚期糖基化终产物受体(RAGE)、神经细胞粘附分子(Nr-CAM)、硬化蛋白、游离前列腺特异性抗原(PSA-f)、表皮生长因子受体(EGFR)、神经丝重链多肽(NF-H)、多巴胺β-羟化酶(DBH)、腓骨蛋白-1C(Fib-1C)、肌红蛋白、尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)、内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白A12(Vaspin)、白细胞介素-23(IL-23)、α-2-巨球蛋白(A2Macro)、金属蛋白酶的组织抑制剂2(TIMP-2)和/或乳酸脱氢酶(LDH)。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、β淀粉样蛋白1-40(AB-40)、聚集蛋白聚糖核心蛋白(聚集蛋白聚糖)、铁蛋白(FRTN)、晚期糖基化终产物受体(RAGE)、神经细胞粘附分子(Nr-CAM)、硬化蛋白、游离前列腺特异性抗原(PSA-f)、表皮生长因子受体(EGFR)、神经丝重链多肽(NF-H)、多巴胺β-羟化酶(DBH)、腓骨蛋白-1C(Fib-1C)、肌红蛋白、尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)、内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白A12(Vaspin)、白细胞介素-23(IL-23)、α-2-巨球蛋白(A2Macro)和/或金属蛋白酶的组织抑制剂2(TIMP-2)。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、促甲状腺激素(TSH)、四连接素、髓系祖细胞抑制因子1(MPIF-1)、胰多肽(PPP)、内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白A12(Vaspin)、白细胞介素-7(IL-7)、肺部和激活调节趋化因子(PARC)、癌症抗原15-3(CA-15-3)和/或乳酸脱氢酶(LDH)。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、促甲状腺激素(TSH)、四连接素、髓系祖细胞抑制因子1(MPIF-1)、胰多肽(PPP)、内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白A12(Vaspin)、白细胞介素-7(IL-7)、肺部和激活调节趋化因子(PARC)和/或癌症抗原15-3(CA-15-3)。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、胃蛋白酶原I(PGI)、载脂蛋白E(Apo E)、载脂蛋白C-I(Apo C-I)、巨噬细胞刺激蛋白(MSP)、C-C基序趋化因子15(CCL15)、颗粒蛋白前体、癌胚抗原相关细胞粘附分子1(CEACAM1)、维生素D结合蛋白(VDBP)、碳酸酐酶9(CA-9)和/或乳酸脱氢酶(LDH)。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、胃蛋白酶原I(PGI)、载脂蛋白E(Apo E)、载脂蛋白C-I(Apo C-I)、巨噬细胞刺激蛋白(MSP)、C-C基序趋化因子15(CCL15)、颗粒蛋白前体、癌胚抗原相关细胞粘附分子1(CEACAM1)、维生素D结合蛋白(VDBP)和/或碳酸酐酶9(CA-9)。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的相应生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这些差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在一些实施方案中，对照概况可从患有NSCLC的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患NSCLC的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有NSCLC的对照受试者或对照受试者群体、未患NSCLC的对照受试者或对照受试者群体或患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”、值或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的与将在样品概况中确定的相同生物标志物的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)NSCLC的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)NSCLC的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的相应生物标志物的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围的概况。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有NSCLC的对照受试者群体获得；从未患NSCLC的对照受试者群体获得；从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN和/或RAGE；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或AB-40的活性、表达或量较低；和/或聚集蛋白聚糖的活性、表达或量较低；和/或FRTN的活性、表达或量较低；和/或RAGE的活性、表达或量较低；和/或Nr-CAM的活性、表达或量较高；和/或硬化蛋白的活性、表达或量较高；和/或PSA-f的活性、表达或量较高；和/或EGFR的活性、表达或量较高；和/或NF-H的活性、表达或量较高；和/或DBH的活性、表达或量较高；和/或Fib-1C的活性、表达或量较高；和/或肌红蛋白的活性、表达或量较高；和/或uPA的活性、表达或量较高；和/或Vaspin的活性、表达或量较高；和/或IL-23的活性、表达或量较高；和/或A2Macro的活性、表达或量较高；和/或TIMP-2的活性、表达或量较高；和/或LDH的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在其他此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在其他此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、TSH和/或四连接素；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在其他此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或TSH的活性、表达或量较低；和/或四连接素的活性、表达或量较低；和/或MPIF-1的活性、表达或量较高；和/或PPP的活性、表达或量较高；和/或Vaspin的活性、表达或量较高；和/或IL-7的活性、表达或量较高；和/或PARC的活性、表达或量较高；和/或CA-15-3的活性、表达或量较高；和/或LDH的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在其他此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：VDBP、CA-9和/或LDH；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一种或多种的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在其他此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体和/或CEACAM1；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在其他此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量较低；和/或PGI的活性、表达或量较低；和/或Apo E的活性、表达或量较低；和/或Apo C-I的活性、表达或量较低；和/或MSP的活性、表达或量较低；和/或CCL15的活性、表达或量较低；和/或颗粒蛋白前体的活性、表达或量较低；和/或CEACAM1的活性、表达或量较低；和/或VDBP的活性、表达或量较高；和/或CA-9的活性、表达或量较高；和/或LDH的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患NSCLC的对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患NSCLC的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患NSCLC的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患NSCLC的对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
在一种或多种生物标志物包括LDH的实施方案中，高于287单位每升(U/L)的LDH的表达或量可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
如本文所用，术语“一种或多种”是指本文所述的生物标志物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AB-40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是聚集蛋白聚糖。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是FRTN。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是RAGE。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Nr-CAM。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是硬化蛋白。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是PSA-f。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是EGFR。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是NF-H。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是DBH。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Fib-1C。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是肌红蛋白。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是uPA。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Vaspin。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-23。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是A2Macro。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TIMP-2。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl和LDH。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是TSH。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是四连接素。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MPIF-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是PPP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Vaspin。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-7。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是PARC。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CA-15-3。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl和LDH。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是PGI。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Apo E。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Apo C-I。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MSP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CCL15。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是颗粒蛋白前体。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CEACAM1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是VDBP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CA-9。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CA-9。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl和CA-9。在其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl和LDH。在其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CA-9和LDH。在其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl、CA-9和LDH。
在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中CA-9和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl、LDH和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在其他优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl、CA-9和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中CA-9、LDH和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl、CA-9、LDH和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对NSCLC的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对NSCLC的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对NSCLC的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对NSCLC的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
生物标志物的治疗后变化
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述预测方法还包括在受试者接受了能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂的治疗或治疗过程后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量以获得本文所述的一种或多种生物标志物的第二样品概况的后续步骤。
即，在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)如上文所概述，通过评估受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro和/或TIMP-2；
(iii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；
(iv)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC和/或CA-15-3；
(v)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH；或
(vi)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗同一受试者获得对照概况。
治疗后预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC008(NCT03184571)、BGBIL005(NCT02922777)和BGBC004(NCT02424617)获得的患者数据，作者已经发现，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗患有NSCLC的受试者后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中增加，而不在“无应答者”受试者的血清中增加。类似地，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中降低，而不在“无应答者”受试者的血清中降低。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前和之后评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定或确认受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答。
因此，在这个方面的第二方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括在受试者已经与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。在优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。
如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在本公开的这个方面的优选实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗同一受试者获得对照概况。在一些实施方案中，从患有NSCLC的对照受试者群体获得对照概况。在其他实施方案中，对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”或值的“标准范围”的概况。
因此，在其中在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，相同概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，使用根据上文概述的本公开的这个方面的第一方面的预测方法，选择受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
如上文在AML方面中所描述定义用于本公开的这一NSCLC方面中的能够抑制或逆转EMT的剂(参见上文第14页第19行至第17页第2行的相同标题的章节)。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是多西他赛。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是埃罗替尼。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在包括评估LDH的活性的一些实施方案中，评估LDH的活性包括确定受试者或源自受试者的样品中LDH的酶活性。优选地，通过确定受试者或源自受试者的样品中由LDH催化的酶促反应的底物或产物的水平或量来评估酶活性。在特别优选的实施方案中，通过确定受试者或源自受试者的样品中还原烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)的水平或量来评估酶活性。在一些实施方案中，这可使用比色测定，例如，可从Sigma-Aldrich以目录号MAK066获得的比色测定来确定。用于评估LDH活性的其他合适的测定是熟练的技术人员众所周知的。在特别优选的实施方案中，通过确定血液或血清中LDH的酶活性来评估LDH的活性。
在一些优选的实施方案中，评估一种或多种生物标志物的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平。优选地，通过确定蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在特别优选的实施方案中，通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量相应生物标志物蛋白或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定生物标志物蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是NSCLC)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因NSCLC而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将一种或多种生物标志物的表达或量表示为相对量时，可将样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
优选地，通过测量蛋白质表达来评估生物标志物水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath and Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估一种或多种生物标志物的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy number variants in candidate genes are genetic modifiersof Hirschsprung disease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第三方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是多西他赛。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是埃罗替尼。
试剂盒
本公开的这个方面的第四方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9。
在其他实施方案中，本公开提供了一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至本文所述的生物标志物中的一种；以及用于检测所述一个或多个特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9。
在一些实施方案中，用于检测的每种试剂或特异性结合成员对选自以下组的生物标志物具有选择性：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro和/或TIMP-2；
(iii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；
(iv)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC和/或CA-15-3；
(v)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH；或
(vi)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro和/或TIMP-2；
(iii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；
(iv)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC和/或CA-15-3；
(v)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH；或
(vi)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至LDH的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro和/或TIMP-2；
(ii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC和/或CA-15-3；或
(iii)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，选择性地结合至LDH的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：
(i)AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro和/或TIMP-2；
(ii)TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC和/或CA-15-3；或
(iii)PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至CA-9的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至CA-9的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1和/或VDBP。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，选择性地结合至CA-9的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或LDH。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，选择性地结合至CA-9的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1和/或VDBP。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至CA-9的特异性结合成员，选择性地结合至LDH的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1和/或VDBP。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至Axl的特异性结合成员，选择性地结合至CA-9的特异性结合成员，选择性地结合至LDH的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1和/或VDBP。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有NSCLC。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测选自由Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
本公开的这个方面的第六方面涉及1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，用于检测的试剂或特异性结合成员可选自由以下组成的组：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro和/或TIMP-2；
(iii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；
(iv)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC和/或CA-15-3；
(v)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH；或
(vi)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第七方面涉及Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及Axl和AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及LDH和Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及Axl、LDH和AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro和/或TIMP-2；
(iii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；
(iv)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC和/或CA-15-3；
(v)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH；或
(vi)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CA-9。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl和CA-9。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl和LDH。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CA-9和LDH。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl、CA-9和LDH。
在其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种本文所述的其他生物标志物。在一些其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CA-9和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种本文所述的其他生物标志物。在一些其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种本文所述的其他生物标志物。在一些其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl、CA-9和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种本文所述的其他生物标志物。在一些其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl、LDH和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种本文所述的其他生物标志物。在一些其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CA-9、LDH和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种本文所述的其他生物标志物。在一些其他优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl、CA-9、LDH和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种本文所述的其他生物标志物。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第八方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
在其他实施方案中，所述方法包括：(a)向受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及(b)使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。在一些实施方案中，所述方法还包括：(c)向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
本公开的这个方面的第九方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第十方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是多西他赛。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是埃罗替尼。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
103.根据声明102所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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104.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
105.根据声明104所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有NSCLC的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iii)从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
106.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
107.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
108.根据声明105-107中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、VDBP、CA-9和/或LDH
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明105-108中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、TSH、四连接素、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1和/或LDH，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
110.根据声明101-109中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括选自以下的生物标志物的组：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；或
(iii)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH。
111.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl和/或CA-9和/或LDH，任选地，其中
(a)所述一种或多种生物标志物包括Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：
(i)AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；或
(iii)PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH；
(b)所述一种或多种生物标志物包括CA-9和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1和/或VDBP；或
(c)所述一种或多种生物标志物包括Axl、CA-9和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1和/或VDBP。
112.根据声明101-111中任一项所述的方法，其中：
所述Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述β淀粉样蛋白1-40(AB-40)生物标志物包含与UniProt登录号：P05067-1、P05067-2、P05067-3、P05067-4、P05067-5、P05067-6、P05067-7、P05067-8、P05067-9、P05067-10或P05067-11(条目版本271)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述聚集蛋白聚糖核心蛋白(聚集蛋白聚糖)生物标志物包含与UniProt登录号：P16112-1、P16112-2或P16112-3(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述铁蛋白(FRTN)生物标志物包含与UniProt登录号：P02794(条目版本213)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述晚期糖基化终产物受体(RAGE)生物标志物包含与UniProt登录号：Q15109-1、Q15109-2、Q15109-3、Q15109-4、Q15109-5、Q15109-6、Q15109-7、Q15109-8、Q15109-9、Q15109-10(条目版本189)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述神经细胞粘附分子(Nr-CAM)生物标志物包含与UniProt登录号：Q92823-1、Q92823-2、Q92823-3、Q92823-4、Q92823-5或Q92823-6(条目版本172)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述硬化蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：Q9BQB4-1或Q9BQB4-2(条目版本145)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述游离前列腺特异性抗原(PSA-f)生物标志物包含与UniProt登录号：P07288-1、P07288-2、P07288-3、P07288-4或P07288-5(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述表皮生长因子受体(EGFR)生物标志物包含与UniProt登录号：Q504U8(条目版本138)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述神经丝重链多肽(NF-H)生物标志物包含与UniProt登录号：P12036-1或P12036-2(条目版本177)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述多巴胺β-羟化酶(DBH)生物标志物包含与UniProt登录号：P09172(条目版本194)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述腓骨蛋白-1C(Fib-1C)生物标志物包含与UniProt登录号：P23142-1、P23142-2、P23142-3或P23142-4(条目版本217)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述肌红蛋白生物标志物包含与UniProt登录号：P02144(条目版本178)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)生物标志物包含与UniProt登录号：P00749-1或P00749-2(条目版本230)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白(serpin)A12(Vaspin)生物标志物包含与UniProt登录号：Q8IW75(条目版本122)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述白细胞介素-23(IL-23)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9NPF7(条目版本133)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述α-2-巨球蛋白(A2Macro)生物标志物包含与UniProt登录号：P01023(条目版本206)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述金属蛋白酶的组织抑制剂2(TIMP-2)生物标志物包含与UniProt登录号：P16035(条目版本187)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述促甲状腺激素(TSH)生物标志物包含与UniProt登录号：P01222-1或P01222-2(条目版本161)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述四连接素生物标志物包含与UniProt登录号：P05452(条目版本177)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述髓系祖细胞抑制因子1(MPIF-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P55773-1或P55773-2(条目版本162)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胰多肽(PPP)生物标志物包含与UniProt登录号：P01298-1或P01298-2(条目版本175)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述白细胞介素-7(IL-7)生物标志物包含与UniProt登录号：P13232-1、P13232-2或P13232-3(条目版本170)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述肺部和激活调节趋化因子(PARC)生物标志物包含与UniProt登录号：P55774(条目版本152)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述癌症抗原15-3(CA-15-3)生物标志物包含与UniProt登录号：P15941-1、P15941-2、P15941-3、P15941-4、P15941-5、P15941-6、P15941-7、P15941-8、P15941-9、P15941-10、P15941-11、P15941-12、P15941-13、P15941-14、P15941-15、P15941-16或P15941-17(条目版本204)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胃蛋白酶原I(PGI)生物标志物包含与UniProt登录号：P0DJD8(条目版本50)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述载脂蛋白E(Apo E)生物标志物包含与UniProt登录号：P02649(条目版本230)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
所述载脂蛋白C-I(Apo C-I)生物标志物包含与UniProt登录号：P02654(条目版本175)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述巨噬细胞刺激蛋白(MSP)生物标志物包含与UniProt登录号：P26927(条目版本179)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述C-C基序趋化因子15(CCL15)生物标志物包含与UniProt登录号：Q16663(条目版本161)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述颗粒蛋白前体生物标志物包含与UniProt登录号：P28799-1、P28799-2或P28799-3(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述癌胚抗原相关细胞粘附分子1(CEACAM1)生物标志物包含与UniProt登录号：P13688-1、P13688-2、P13688-3、P13688-4、P13688-5、P13688-6、P13688-7、P13688-8、P13688-9、P13688-10或P13688-11(条目版本197)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述维生素D结合蛋白(VDBP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02774-1、P02774-2或P02774-3(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述碳酸酐酶9(CA-9)生物标志物包含与UniProt登录号：Q16790(条目版本171)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
所述乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
或与编码所述氨基酸序列的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
113.根据声明101-112中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
114.根据声明104-113中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
115.根据声明114所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
116.根据声明115所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
117.根据声明115或116所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
118.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
119.根据声明115-117中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因NSCLC而改变。
120.根据声明101-119中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
121.根据声明120所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
122.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
123.根据声明122所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
124.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
125.根据声明123所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
126.根据声明121所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
127.根据声明126所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
128.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
129.根据声明120-127中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
130.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
131.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是：
(i)PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂；
(ii)单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；
(iii)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；和/或
(iv)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。
132.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
133.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是多西他赛。
134.根据声明131所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是埃罗替尼。
135.根据声明101-134中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物，任选地其中所述受试者是人。
136.根据声明101-135中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对NSCLC的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
137.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中在针对NSCLC的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
138.根据声明101-135或137中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
139.根据声明138所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
140.根据声明138-139中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
141.根据声明101-136中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
142.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
143.根据声明141所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
144.根据声明101-143中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
145.根据声明144所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
146.根据声明145所述的方法，其中所述样品是血清样品。
147.根据声明104-146中任一项所述的方法，其中所述方法还包括评估所述受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的后续步骤，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得样品概况。
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148.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况。
149.根据声明147或148所述的方法，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触同一受试者获得所述对照概况。
150.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
151.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
152.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
153.根据声明149所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
154.根据声明150所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
155.根据声明147-154中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
156.根据声明155所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
157.根据声明156所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
158.根据声明156或157所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
159.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
160.根据声明156-158中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因NSCLC而改变。
161.根据声明148-160中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
162.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
163.根据声明162所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
164.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
165.根据声明163所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
166.根据声明161所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
167.根据声明166所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
168.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
169.根据声明161-167中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
170.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
171.根据声明169所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是：
(i)PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂；
(ii)单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；
(iii)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；和/或
(iv)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。
172.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
173.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是多西他赛。
174.根据声明171所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是埃罗替尼。
175.根据声明148-174中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物，任选地其中所述受试者是人。
176.根据声明148-175中任一项所述的方法，其中使用根据声明101-147中任一项所述的预测方法，选择所述受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
177.根据声明148-176中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
178.根据声明177所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
179.根据声明178所述的方法，其中所述样品是血清样品。
180.根据声明1-179中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
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201.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明148-180中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
203.根据声明201-202中任一项所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
204.根据声明203所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
205.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
206.根据声明205所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
207.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
208.根据声明206所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
209.根据声明204所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
210.根据声明209所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
211.根据声明203-210中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
212.根据声明203-211中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
213.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
214.根据声明212所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是：
(i)PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂；
(ii)单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；
(iii)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；和/或
(iv)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。
215.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
216.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是多西他赛。
217.根据声明214所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是埃罗替尼。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH。
302.一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH；以及
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
304.根据声明301-303中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中用于检测特异性结合成员的每种试剂对选自下组的生物标志物具有选择性：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；或
(iii)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH。
305.根据声明303或304所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
306.根据声明303-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
308.根据声明301-307中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
310.根据声明309使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
311.根据声明309使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
312.根据声明311所述使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
313.根据声明312使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
314.根据声明312使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
315.根据声明309使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
316.根据声明308-311中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)。
317.根据声明308-316中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
318.用于检测选自由Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
320.根据声明318或319中任一项所述的用途，其中用于检测的每种试剂对选自下组的生物标志物具有选择性：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；或
(iii)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH。
321.根据声明318-320中任一项所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
322.根据声明318-321中任一项所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-180中任一项所述的方法。
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401.Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401所述的用途，其中：
(i)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加；或
(ii)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加。
404.根据声明401-403中任一项所述的用途，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：
(i)Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2和/或LDH；
(ii)Axl、TSH、MPIF-1、PPP、Vaspin、IL-7、PARC、CA-15-3和/或LDH；或
(iii)Axl、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP、CA-9和/或LDH。
405.根据声明401-404中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-180中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-180中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-180中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-180中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法，所述方法包括：
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
使用根据声明148-180中任一项所述的方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。
505.根据声明504所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
506.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
507.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
508.根据声明501-507中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
509.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
510.根据声明509所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
512.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
512.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
513.根据声明512所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
514.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
515.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
516.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明130中所列出的其他癌症治疗。
517.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是：
(i)PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂；
(ii)单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；
(iii)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；和/或
(iv)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。
518.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
519.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是多西他赛。
520.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是埃罗替尼。
***
方面6a：非小细胞肺癌(NSCLC)
非小细胞肺癌(NSCLC)是除小细胞肺癌(SCLC)以外的任何类型的上皮性肺癌，并且占所有肺癌的大多数。由于非小细胞肺癌的预后和控制相似，因此将非小细胞肺癌分组在一起-三种主要的组织学类别为：鳞状细胞癌、腺癌和大细胞肺癌。腺癌是肺癌最常见的组织学类型。非小细胞肺癌经常用顺铂或卡铂与吉西他滨、紫杉醇、多西他赛、依托泊苷或长春瑞滨的组合进行治疗。仍然需要针对NSCLC的靶向疗法(Herbst等人，2018；Zappa等人，2016)。
因此，用于预测患有NSCLC的受试者的癌症相关结果(例如对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性)的稳健生物标志物将可用于鉴定最可能对用特定剂/方案进行治疗产生应答或受益于所述治疗的受试者。
如本文所述的“应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。
相应地，如本文所述的“无应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，不太可能或不对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或不太可能或不受益于所述治疗)的受试者。
如本文所用的“对治疗有应答”或“受益于治疗”是指从治疗获得总体临床益处。这种总体临床益处可以是以下中的任一项：存活期延长、部分或完全疾病缓解、疾病进展减慢或不存在、肿瘤缩小(例如，肿瘤体积减小5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤负荷降低(例如，肿瘤负荷降低5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤增大减慢或不存在、肿瘤负担增加减慢或不存在、生活质量改善、无进展存活期、总体存活或任何其他阳性患者结果。用于确定肿瘤体积的合适方法是本领域技术人员众所周知的，例如，使用：计算机断层摄影术(CT)或磁共振成像(MRI)成像技术；X射线成像，例如，乳房X线照相术；超声成像；核成像，例如正电子发射断层摄影术(PET)、PET/CT扫描、骨扫描、镓扫描或间碘苯甲胍(MIBG)扫描；生物发光成像(BLI)；荧光成像(FLI)；BD ToF(基于红外的3D飞行时间相机)成像。
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
大脑利尿钠肽的N末端激素原(NT proBNP)生物标志物包含与UniProt登录号：P16860-1(条目版本186)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
内皮抑素生物标志物包含与UniProt登录号：P39059-1(条目版本170)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP-2)生物标志物包含与UniProt登录号：P18065-1(条目版本193)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
血管内皮生长因子D(VEGF-D)生物标志物包含与UniProt登录号：O43915-1(条目版本159)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
生长/分化因子15(GDF-15)包含与UniProt登录号：Q99988-1(条目版本166)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
β淀粉样蛋白1-40(AB-40)生物标志物包含与UniProt登录号：P05067-1、P05067-2、P05067-3、P05067-4、P05067-5、P05067-6、P05067-7、P05067-8、P05067-9、P05067-10或P05067-11(条目版本271)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
抗白细胞蛋白酶(ALP)生物标志物包含与UniProt登录号：P03973(条目版本184)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
单核细胞趋化蛋白3(MCP-3)包含与UniProt登录号：P80098-1(条目版本169)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
可溶性超氧化物歧化酶1(SOD-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P00441-1(条目版本240)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
骨形态发生蛋白9(BMP-9)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9UK05-1(条目版本162)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
白细胞介素-8(IL-8)生物标志物包含与UniProt登录号：P10145(条目版本210)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
巨噬细胞炎症蛋白-1β(MIP-1β)生物标志物包含与UniProt登录号：P13236(条目版本187)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
晚期糖基化终产物受体(RAGE)生物标志物包含与UniProt登录号：Q15109-1、Q15109-2、Q15109-3、Q15109-4、Q15109-5、Q15109-6、Q15109-7、Q15109-8、Q15109-9、Q15109-10(条目版本189)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
髓过氧化物酶(MPO)生物标志物包含与UniProt登录号：P05164-1、P05164-2或P05164-3(条目版本217)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
嗜铬粒蛋白-A(CgA)生物标志物包含与UniProt登录号：P10645-1(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
HE4生物标志物包含与UniProt登录号：Q14508-1、Q14508-2、Q14508-3、Q14508-4或Q14508-5(条目版本169)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
肾上腺髓质素(ADM)生物标志物包含与UniProt登录号：P35318-1(条目版本174)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
β-2-微球蛋白(B2M)生物标志物包含与UniProt登录号：P61769-1(条目版本181)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
维生素D结合蛋白(VDBP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02774-1、P02774-2或P02774-3(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
胱抑素-C生物标志物包含与UniProt登录号：P01034-1(条目版本213)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
丝氨酸蛋白酶生物标志物包含与UniProt登录号：P05981-1(条目版本183)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC008(NCT03184571)获得的其他患者数据，作者已经发现，在治疗患有NSCLC的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例4、5、6和7。类似地，在治疗所述受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较低水平存在。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在这个方面的第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：NTproBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：NTproBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：NTproBNP、内皮抑素、IGFBP-2和/或VEGF-D。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：AB-40、RAGE、VDBP、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：AB-40、RAGE和/或VDBP。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的相应生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。类似地，在治疗受试者之前，已发现本文所述的某些生物标志物在“无应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，本文所述的某些生物标志物以较高水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这些差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在一些实施方案中，对照概况可从患有NSCLC的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患NSCLC的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有NSCLC的对照受试者或对照受试者群体、未患NSCLC的对照受试者或对照受试者群体或患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”、值或值的“标准范围”的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的与将在样品概况中确定的相同生物标志物的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)NSCLC的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)NSCLC的受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的相应生物标志物的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围的概况。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有NSCLC的对照受试者群体获得；从未患NSCLC的对照受试者群体获得；从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、MPO、VDBP和/或Axl；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中，所述方法可包括评估选自以下的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、RAGE、CgA、HE4、ADM、B2M、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶和/或LDH；其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些此类实施方案中：与对照概况相比，样品概况中和/或NT proBNP的活性、表达或量较低；和/或内皮抑素的活性、表达或量较低；和/或IGFBP-2的活性、表达或量较低；和/或VEGF-D的活性、表达或量较低；和/或GDF-15的活性、表达或量较低；和/或AB-40的活性、表达或量较低；和/或ALP的活性、表达或量较低；和/或RAGE的活性、表达或量较低；和/或CgA的活性、表达或量较低；和/或HE4的活性、表达或量较低；和/或ADM的活性、表达或量较低；和/或B2M的活性、表达或量较低；和/或胱抑素-C的活性、表达或量较低；和/或丝氨酸蛋白酶的活性、表达或量较低；和/或LDH的活性、表达或量较低；和/或MCP-3的活性、表达或量较高；和/或SOD-1的活性、表达或量较高；和/或BMP-9的活性、表达或量较高；和/或IL-8的活性、表达或量较高；和/或MIP-1β的活性、表达或量较高；和/或MPO的活性、表达或量较高；和/或VDBP的活性、表达或量较高；和/或Axl的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的生物标志物表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患NSCLC的对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患NSCLC的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患NSCLC的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患NSCLC的对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
在一种或多种生物标志物包括LDH的实施方案中，高于287单位每升(U/L)的LDH的表达或量可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
如本文所用，术语“一种或多种”是指本文所述的生物标志物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是NT proBNP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是内皮抑素。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IGFBP-2。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是VEGF-D。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是GDF-15。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AB-40。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是ALP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MCP-3。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是SOD-1。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是BMP-9。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-8。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MIP-1β。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是RAGE。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MPO。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HE4。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是VDBP。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是胱抑素-C。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是丝氨酸蛋白酶。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。
在一些实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中NT proBNP和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中内皮抑素和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中IGFBP-2和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中VEGF-D和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中NT proBNP、内皮抑素和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在其他优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中NT proBNP、IGFBP-2和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中NT proBNP、VEGF-D和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中内皮抑素、IGFBP-2和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。在一些优选的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中AB-40、RAGE、VDBP和本文所述的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种其他生物标志物的活性、表达或量。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对NSCLC的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对NSCLC的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对NSCLC的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对NSCLC的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
生物标志物的治疗后变化
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述预测方法还包括在受试者接受了能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂的治疗或治疗过程后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量以获得本文所述的一种或多种生物标志物的第二样品概况的后续步骤。
即，在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)如上文所概述，通过评估受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些实施方案中，所述预测方法包括：
(a)通过评估受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量来确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感，其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl；
(b)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
(c)随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量。
在一些优选的实施方案中，所述方法包括随后评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中Axl的活性、表达或量。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，第二样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。在一些优选的实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗同一受试者获得对照概况。
治疗后预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBC008(NCT03184571)获得的其他患者数据，作者已经发现，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗患有NSCLC的受试者后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中增加，而不在“无应答者”受试者的血清中增加。类似地，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗后，本文所述的某些生物标志物的水平在“应答者”受试者的血清中降低，而不在“无应答者”受试者的血清中降低。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂治疗之前和之后评估本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定或确认受试者对用所述剂进行治疗敏感或有应答。
因此，在这个方面的第二方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括在受试者已经与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后，评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。在优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之后获得所述样品概况。
如本文所用，“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的关于样品概况的相同生物标志物的活性、表达或量相对应的数值或数值范围的概况。
在本公开的这个方面的优选实施方案中，在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗同一受试者获得对照概况。在一些实施方案中，从患有NSCLC的对照受试者群体获得对照概况。在其他实施方案中，对照概况是生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“阈值”或值的“标准范围”的概况。
因此，在其中在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前从同一受试者获得对照概况的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，相同概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。在此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。在一些此类实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。在一些实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。在一些实施方案中，在使受试者与癌症治疗剂接触之后，与对照概况相比，样品概况中Axl的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，使用根据上文概述的本公开的这个方面的第一方面的预测方法，选择受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
如上文在AML方面中所描述定义用于本公开的这一NSCLC方面中的能够抑制或逆转EMT的剂(参见上文第14页第19行至第17页第2行的相同标题的章节)。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是多西他赛。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是埃罗替尼。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在包括评估LDH的活性的一些实施方案中，评估LDH的活性包括确定受试者或源自受试者的样品中LDH的酶活性。优选地，通过确定受试者或源自受试者的样品中由LDH催化的酶促反应的底物或产物的水平或量来评估酶活性。在特别优选的实施方案中，通过确定受试者或源自受试者的样品中还原烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)的水平或量来评估酶活性。在一些实施方案中，这可使用比色测定，例如，可从Sigma-Aldrich以目录号MAK066获得的比色测定来确定。用于评估LDH活性的其他合适的测定是熟练的技术人员众所周知的。在特别优选的实施方案中，通过确定血液或血清中LDH的酶活性来评估LDH的活性。
在一些优选的实施方案中，评估一种或多种生物标志物的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平。优选地，通过确定蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在特别优选的实施方案中，通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量相应生物标志物蛋白或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，一种或多种生物标志物的表达或量被确定为样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定生物标志物蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是NSCLC)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因NSCLC而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将一种或多种生物标志物的表达或量表示为相对量时，可将样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
优选地，通过测量蛋白质表达来评估生物标志物水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath and Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估一种或多种生物标志物的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估一种或多种生物标志物的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy number variants in candidate genes are genetic modifiersof Hirschsprung disease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第三方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是多西他赛。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是埃罗替尼。
试剂盒
本公开的这个方面的第四方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测本文所述的一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性。在一些实施方案中，用于检测的试剂中的每一者对选自由以下组成的组的生物标志物具有选择性：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至本文所述的生物标志物中的一种；以及用于检测所述一个或多个特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。在一些实施方案中，每个特异性结合成员选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，用于检测的每种试剂或特异性结合成员对选自以下组的生物标志物具有选择性：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至NT proBNP的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至内皮抑素的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：NT proBNP、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至IGFBP-2的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至VEGF-D的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至GDF-15的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至AB-40的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至AB-40的特异性结合成员，选择性地结合至RAGE的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括选择性地结合至AB-40的特异性结合成员，选择性地结合至RAGE的特异性结合成员，选择性地结合至VDBP的特异性结合成员，以及至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有NSCLC。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测选自由NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
本公开的这个方面的第六方面涉及1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第七方面涉及NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及NT proBNP和内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。在一些实施方案中，所述用途涉及内皮抑素和NT proBNP、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及IGFBP-2和NT proBNP、内皮抑素、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及VEGF-D和NT proBNP、IGFBP-2、内皮抑素、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及GDF-15和NT proBNP、IGFBP-2、内皮抑素、VEGF-D、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及AB-40和NT proBNP、IGFBP-2、内皮抑素、VEGF-D、GDF-15、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是NT proBNP。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是内皮抑素。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IGFBP-2。在一些优选的施方案中，所述一种或多种生物标志物是VEGF-D。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是GDF-15。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是AB-40。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是ALP。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MCP-3。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是SOD-1。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是BMP-9。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是IL-8。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MIP-1β。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是RAGE。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是MPO。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是CgA。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是HE4。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是ADM。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是B2M。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是VDBP。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是胱抑素-C。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是丝氨酸蛋白酶。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是LDH。在一些优选的实施方案中，所述一种或多种生物标志物是Axl。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第八方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面和第二方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
在其他实施方案中，所述方法包括：(a)向受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及(b)使用根据本公开的这个方面的上述第二方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。在一些实施方案中，所述方法还包括：(c)向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
本公开的这个方面的第九方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第十方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是多西他赛。在其他特别优选的实施方案中，另一种癌症治疗是埃罗替尼。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测。
103.根据声明102所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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104.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
105.根据声明104所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有NSCLC的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iii)从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
106.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
107.根据声明105所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
108.根据声明105-107中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、MPO、VDBP和/或Axl，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明105-108中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、RAGE、CgA、HE4、ADM、B2M、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶和/或LDH，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
110.根据声明104-109中任一项所述的方法，其中：
与所述对照概况相比，所述样品概况中NT proBNP的活性、表达或量较低；和/或
内皮抑素的活性、表达或量较低；和/或
IGFBP-2的活性、表达或量较低；和/或
VEGF-D的活性、表达或量较低；和/或
GDF-15的活性、表达或量较低；和/或
AB-40的活性、表达或量较低；和/或
ALP的活性、表达或量较低；和/或
RAGE的活性、表达或量较低；和/或
CgA的活性、表达或量较低；和/或
HE4的活性、表达或量较低；和/或
ADM的活性、表达或量较低；和/或
B2M的活性、表达或量较低；和/或
胱抑素-C的活性、表达或量较低；和/或
丝氨酸蛋白酶的活性、表达或量较低；和/或
LDH的活性、表达或量较低；和/或
MCP-3的活性、表达或量较高；和/或
SOD-1的活性、表达或量较高；和/或
BMP-9的活性、表达或量较高；和/或
IL-8的活性、表达或量较高；和/或
MIP-1β的活性、表达或量较高；和/或
MPO的活性、表达或量较高；和/或
VDBP的活性、表达或量较高；和/或
Axl的活性、表达或量较高
指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
111.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括NT proBNP，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
112.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括内皮抑素，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
113.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括IGFBP-2，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
114.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括VEGF-D，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
115.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括GDF-15，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
116.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括AB-40，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
117.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括ALP，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
118.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括MCP-3，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
119.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括SOD-1，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
120.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括BMP-9，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
121.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括IL-8，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
122.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括MIP-1β，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
123.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括RAGE，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
124.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括MPO，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
125.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括CgA，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
126.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括HE4，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
127.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括ADM，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
128.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括B2M，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
129.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括VDBP，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
130.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括胱抑素-C，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
131.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括丝氨酸蛋白酶，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、LDH和/或Axl。
132.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括LDH，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶和/或Axl。
133.根据声明101-110中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶和/或LDH。
134.根据声明111-133中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括NT proBNP。
135.根据声明111-134中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括内皮抑素。
136.根据声明111-135中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括IGFBP-2。
137.根据声明111-136中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括VEGF-D。
138.根据声明111-137中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括GDF-15。
139.根据声明111-138中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括AB-40。
140.根据声明111-139中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括ALP。
141.根据声明111-140中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括MCP-3。
142.根据声明111-141中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括SOD-1。
143.根据声明111-142中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括BMP-9。
144.根据声明111-143中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括IL-8。
145.根据声明111-144中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括MIP-1β。
146.根据声明111-145中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括RAGE。
147.根据声明111-146中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括MPO。
148.根据声明111-147中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括CgA。
149.根据声明111-148中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括HE4。
150.根据声明111-149中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括ADM。
151.根据声明111-150中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括B2M。
152.根据声明111-151中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括VDBP。
153.根据声明111-152中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括胱抑素-C。
154.根据声明111-153中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括丝氨酸蛋白酶。
155.根据声明111-154中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括LDH。
156.根据声明111-155中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物还包括Axl。
157.根据声明101-156中任一项所述的方法，其中：
所述Axl生物标志物包含与UniProt登录号：P30530-1或P30530-2(条目版本196)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述大脑利尿钠肽的N末端激素原(NT proBNP)生物标志物包含与UniProt登录号：P16860-1(条目版本186)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述内皮抑素生物标志物包含与UniProt登录号：P39059-1(条目版本170)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP-2)生物标志物包含与UniProt登录号：P18065-1(条目版本193)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述血管内皮生长因子D(VEGF-D)生物标志物包含与UniProt登录号：O43915-1(条目版本159)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述生长/分化因子15(GDF-15)包含与UniProt登录号：Q99988-1(条目版本166)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述β淀粉样蛋白1-40(AB-40)生物标志物包含与UniProt登录号：P05067-1、P05067-2、P05067-3、P05067-4、P05067-5、P05067-6、P05067-7、P05067-8、P05067-9、P05067-10或P05067-11(条目版本271)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述抗白细胞蛋白酶(ALP)生物标志物包含与UniProt登录号：P03973(条目版本184)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述单核细胞趋化蛋白3(MCP-3)包含与UniProt登录号：P80098-1(条目版本169)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述可溶性超氧化物歧化酶1(SOD-1)生物标志物包含与UniProt登录号：P00441-1(条目版本240)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述骨形态发生蛋白9(BMP-9)生物标志物包含与UniProt登录号：Q9UK05-1(条目版本162)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述白细胞介素-8(IL-8)生物标志物包含与UniProt登录号：P10145(条目版本210)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述巨噬细胞炎症蛋白-1β(MIP-1β)生物标志物包含与UniProt登录号：P13236(条目版本187)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述晚期糖基化终产物受体(RAGE)生物标志物包含与UniProt登录号：Q15109-1、Q15109-2、Q15109-3、Q15109-4、Q15109-5、Q15109-6、Q15109-7、Q15109-8、Q15109-9、Q15109-10(条目版本189)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述髓过氧化物酶(MPO)生物标志物包含与UniProt登录号：P05164-1、P05164-2或P05164-3(条目版本217)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述嗜铬粒蛋白-A(CgA)生物标志物包含与UniProt登录号：P10645-1(条目版本200)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述HE4生物标志物包含与UniProt登录号：Q14508-1、Q14508-2、Q14508-3、Q14508-4或Q14508-5(条目版本169)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述肾上腺髓质素(ADM)生物标志物包含与UniProt登录号：P35318-1(条目版本174)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述β-2-微球蛋白(B2M)生物标志物包含与UniProt登录号：P61769-1(条目版本181)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述维生素D结合蛋白(VDBP)生物标志物包含与UniProt登录号：P02774-1、P02774-2或P02774-3(条目版本201)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述胱抑素-C生物标志物包含与UniProt登录号：P01034-1(条目版本213)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述丝氨酸蛋白酶生物标志物包含与UniProt登录号：P05981-1(条目版本183)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
所述乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
所述乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
或与编码所述氨基酸序列的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
158.根据声明101-157中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
159.根据声明104-158中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
160.根据声明159所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
161.根据声明160所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
162.根据声明160或161所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
163.根据声明160-162中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
164.根据声明160-162中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因NSCLC而改变。
165.根据声明101-164中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
166.根据声明165所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
167.根据声明166所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
168.根据声明167所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
169.根据声明168所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
170.根据声明168所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
171.根据声明166所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
172.根据声明171所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
173.根据声明165-172中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
174.根据声明165-172中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
175.根据声明174所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
176.根据声明129所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是：
(i)PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂；
(ii)单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；
(iii)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；和/或
(iv)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。
177.根据声明176所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
178.根据声明176所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是多西他赛。
179.根据声明176所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是埃罗替尼。
180.根据声明101-179中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物，任选地其中所述受试者是人。
181.根据声明101-180中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对NSCLC的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
182.根据声明101-181中任一项所述的方法，其中在针对NSCLC的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
183.根据声明101-180或182中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
184.根据声明183所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
185.根据声明183-184中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
186.根据声明101-181中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
187.根据声明186所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
188.根据声明186所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
189.根据声明101-188中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
190.根据声明189所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
191.根据声明190所述的方法，其中所述样品是血清样品。
192.根据声明104-191中任一项所述的方法，其中所述方法还包括评估所述受试者中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的后续步骤，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得样品概况。
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193.根据声明103所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况。
194.根据声明192或193所述的方法，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触同一受试者获得所述对照概况。
195.根据声明194所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
196.根据声明194所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
197.根据声明194所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
198.根据声明194所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较低。
199.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
200.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括NTproBNP。
201.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括内皮抑素。
202.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括IGFBP-2。
203.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括VEGF-D。
204.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括GDF-15。
205.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括AB-40。
206.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括ALP。
207.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括MCP-3。
208.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括SOD-1。
209.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括BMP-9。
210.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括IL-8。
211.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括MIP-1β。
212.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括RAGE。
213.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括MPO。
214.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括CgA。
215.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括HE4。
216.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括ADM。
217.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括B2M。
218.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括VDBP。
219.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括胱抑素-C。
220.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括丝氨酸蛋白酶。
221.根据声明195所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括LDH。
222.根据声明192-221中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂中的每一者对特定生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
223.根据声明222所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
224.根据声明223所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
225.根据声明223或224所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
226.根据声明223-225中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
227.根据声明223-225中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物的表达或量被确定为所述样品中相应生物标志物蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因NSCLC而改变。
228.根据声明196-227中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
229.根据声明228所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
230.根据声明229所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
231.根据声明230所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
232.根据声明230所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
233.根据声明228所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
234.根据声明233所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
235.根据声明228-234中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
236.根据声明228-234中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
237.根据声明236所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明175中所列出的其他癌症治疗。
238.根据声明236所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是：
(i)PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂；
(ii)单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；
(iii)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；和/或
(iv)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。
239.根据声明238所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
240.根据声明238所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是多西他赛。
241.根据声明238所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是埃罗替尼。
242.根据声明193-241中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物，任选地其中所述受试者是人。
243.根据声明193-242中任一项所述的方法，其中使用根据声明101-192中任一项所述的预测方法，选择所述受试者用于用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
244.根据声明193-243中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
245.根据声明244所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
246.根据声明245所述的方法，其中所述样品是血清样品。
247.根据声明1-246中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
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201a.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-247中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202a.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明193-247中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
203a.根据声明201a-202a中任一项所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
204a.根据声明203a所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
205a.根据声明204a所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
206a.根据声明205a所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
207a.根据声明206a所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
208a.根据声明206a所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
209a.根据声明204a所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
210a.根据声明209a所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
211a.根据声明203a-210a中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
212a.根据声明203a-211a中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
213a.根据声明212a所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明175中所列出的其他癌症治疗。
214a.根据声明212a所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是：
(i)PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂；
(ii)单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；
(iii)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；和/或
(iv)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。
215a.根据声明214a所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
216a.根据声明214a所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是多西他赛。
217a.根据声明214a所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是埃罗替尼。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
302.一种测试装置，所述测试装置包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测一种或多种生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂中的每一者对选自由以下组成的组的特定生物标志物具有选择性：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl；并且
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
304.根据声明303所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
305.根据声明303-304中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
306.根据声明301-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
308.根据声明307使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
310.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
311.根据声明310所述使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
312.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
313.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
314.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
315.根据声明307-310中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)。
316.根据声明307-315中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-247中任一项所述的方法。
317.用于检测选自由NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl组成的组的生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
318.1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种用于检测生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述试剂中的每一者对选自由NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl组成的组的特定生物标志物具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.根据声明317-318中任一项所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
320.根据声明317-319中任一项所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-247中任一项所述的方法。
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401.NT proBNP、内皮抑素、IGFBP-2、VEGF-D、GDF-15、AB-40、ALP、MCP-3、SOD-1、BMP-9、IL-8、MIP-1β、RAGE、MPO、CgA、HE4、ADM、B2M、VDBP、胱抑素-C、丝氨酸蛋白酶、LDH和/或Axl中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401所述的用途，其中：
(i)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加；或
(ii)在使所述受试者与癌症治疗剂接触之后，相对于相应生物标志物的对照概况，一种或多种生物标志物的活性、表达或量的降低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性增加。
404.根据声明401-403中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-247中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-247中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-247中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-247中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法，所述方法包括：
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂；以及
使用根据声明193-247中任一项所述的方法确定所述受试者是否对所述治疗敏感。
505.根据声明504所述的方法，其中所述方法包括向所述受试者施用一个或多个其他治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，条件是所述受试者被鉴定为对所述治疗敏感。
506.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
507.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-505中任一项所述的方法。
508.根据声明501-507中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
509.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
510.根据声明509所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
512.根据声明510所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
512.根据声明508所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
513.根据声明512所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
514.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
515.根据声明501-513中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
516.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明175中所列出的其他癌症治疗。
517.根据声明515所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是：
(i)PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂；
(ii)单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；
(iii)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；和/或
(iv)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼。
518.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
519.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是多西他赛。
520.根据声明517所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是埃罗替尼。
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方面7：乳酸脱氢酶(LDH)
黑素瘤，也称为恶性黑色素瘤，是一类从黑色素细胞发展的癌症。这些癌症通常发生在皮肤中，但也可能发生在口腔、肠或眼睛中。黑素瘤的化学治疗药物疗法包括，例如，伊匹单抗、派姆单抗和纳武单抗。此类治疗在转移性黑素瘤中的总体成功率仍然有限，并且仍然需要针对这种癌症类型的靶向疗法(Hsueh等人，2016)。
非小细胞肺癌(NSCLC)是除小细胞肺癌(SCLC)以外的任何类型的上皮性肺癌，并且占所有肺癌的大多数。由于非小细胞肺癌的预后和控制相似，因此将非小细胞肺癌分组在一起-三种主要的组织学类别为：鳞状细胞癌、腺癌和大细胞肺癌。腺癌是肺癌最常见的组织学类型。非小细胞肺癌经常用顺铂或卡铂与吉西他滨、紫杉醇、多西他赛、依托泊苷或长春瑞滨的组合进行治疗。仍然需要针对NSCLC的靶向疗法(Herbst等人，2018；Zappa等人，2016)。
因此，用于预测患有黑素瘤或NSCLC的受试者的癌症相关结果(例如对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性)的稳健生物标志物将可用于鉴定最可能对用特定剂/方案进行治疗产生应答或受益于所述治疗的受试者。
如本文所述的“应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。
相应地，如本文所述的“无应答者”受试者是当以单一剂或与另一种癌症治疗组合施用时，不太可能或不对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂(例如小分子Axl激酶抑制剂BGB324/R428/本森替尼治疗有应答(或不太可能或不受益于所述治疗)的受试者。
如本文所用的“对治疗有应答”或“受益于治疗”是指从治疗获得总体临床益处。这种总体临床益处可以是以下中的任一项：存活期延长、部分或完全疾病缓解、疾病进展减慢或不存在、肿瘤缩小(例如，肿瘤体积减小5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤负荷降低(例如，肿瘤负荷降低5％、10％、20％、30％、40％或更多)、肿瘤增大减慢或不存在、肿瘤负担增加减慢或不存在、生活质量改善、无进展存活期、总体存活或任何其他阳性患者结果。用于确定肿瘤体积/负荷的合适方法是本领域技术人员众所周知的，例如，使用：计算机断层摄影术(CT)或磁共振成像(MRI)成像技术；X射线成像，例如，乳房X线照相术；超声成像；核成像，例如正电子发射断层摄影术(PET)、PET/CT扫描、骨扫描、镓扫描或间碘苯甲胍(MIBG)扫描；生物发光成像(BLI)；荧光成像(FLI)；BD ToF(基于红外的3D飞行时间相机)成像。
生物标志物
本文使用术语“标志物”或“生物标志物”来指在癌症中，在受试者或源自受试者的样品中表达被改变或调节(例如上调或下调)的基因或蛋白质。当生物标志物是蛋白质时，表达的调节或改变涵盖通过不同翻译后修饰的调节。
根据本公开的这个方面的任何方面，本文所述的生物标志物可如下定义，其中：
乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列。
本文所述的生物标志物也可定义为与编码以上氨基酸序列中的任一者的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
同一性可通过使用FASTA和FASTP(参见Pearson和Lipman,1988.Methods inEnzymology 183:63-98)进行的序列比较来定义。优选使用默认矩阵如下设置参数：Gapopen(缺口中第一个残基的罚分)：对于蛋白质-12/对于DNA-16；Gapext(缺口中另外残基的罚分)：对于蛋白质-2/对于DNA-4；KTUP字长：对于蛋白质2/对于DNA 6。
治疗前预测生物标志物和方法
通过分析从临床试验BGBIL006(NCT02872259)和BGBC008(NCT03184571)获得的患者数据，作者已经发现，在治疗患有NSCLC或黑素瘤的受试者之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，酶乳酸脱氢酶在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在-参见实施例7。因此，通过在用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗之前评估这种生物标志物的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。
因此，在这个方面的第一方面，本公开提供了预测患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中生物标志物LDH的活性、表达或量。
在受试者是患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的受试者的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中生物标志物LDH和选自由以下组成的组的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、β淀粉样蛋白1-40(AB-40)、聚集蛋白聚糖核心蛋白(聚集蛋白聚糖)、铁蛋白(FRTN)、晚期糖基化终产物受体(RAGE)、神经细胞粘附分子(Nr-CAM)、硬化蛋白、游离前列腺特异性抗原(PSA-f)、表皮生长因子受体(EGFR)、神经丝重链多肽(NF-H)、多巴胺β-羟化酶(DBH)、腓骨蛋白-1C(Fib-1C)、肌红蛋白、尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)、内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白A12(Vaspin)、白细胞介素-23(IL-23)、α-2-巨球蛋白(A2Macro)、金属蛋白酶的组织抑制剂2(TIMP-2)、促甲状腺激素(TSH)、四连接素、髓系祖细胞抑制因子1(MPIF-1)、胰多肽(PPP)、白细胞介素-7(IL-7)、肺部和激活调节趋化因子(PARC)、癌症抗原15-3(CA-15-3)、胃蛋白酶原I(PGI)、载脂蛋白E(Apo E)、载脂蛋白C-I(Apo C-I)、巨噬细胞刺激蛋白(MSP)、C-C基序趋化因子15(CCL15)、颗粒蛋白前体、癌胚抗原相关细胞粘附分子1(CEACAM1)、维生素D结合蛋白(VDBP)、碳酸酐酶9(CA-9)和/或乳酸脱氢酶(LDH)。
在受试者是患有、疑似患有或被诊断为患有黑素瘤的受试者的实施方案中，所述方法可包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中生物标志物LDH和选自由以下组成的组的一种或多种生物标志物的活性、表达或量：Axl、白细胞介素-6受体(IL-6r)、趋化因子CC-4(HCC-4)、金属蛋白酶的组织抑制剂1(TIMP-1)、肝素结合EGF样生长因子(HB-EGF)、抗白细胞蛋白酶(ALP)、转化生长因子β的潜在联系多肽1(LAP TGF-b1)、表皮生长因子(EGF)、血小板源性生长因子BB(PDGF-BB)、骨保护素(OPG)、嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)、ST2、肿瘤坏死因子受体I(TNF RI)、血管内皮生长因子(VEGF)和/或生长调节α蛋白(GRO-α)。
如本文所述的“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。在一些实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH的活性、表达或量，以获得LDH的样品概况；以及基于所述样品概况进行预测。
如本文所用的“样品概况”是与受试者或源自受试者的样品中确定的LDH的活性、表达或量相对应的数值或数值范围。
在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测。如本文所用的“对照概况”是与对照受试者或对照受试者群体中确定的LDH的活性、表达或量相对应的数值或数值范围。合适的对照概况在下文更详细地描述。
在治疗受试者之前，已发现LDH在“应答者”受试者中表现出上调的表达，也就是说，已发现与“无应答者”受试者的血清中相比，LDH以较高水平存在于“应答者”受试者的血清中。
“应答者”与“无应答者”受试者之间表达水平的这种差异也可以相反的方式表述。也就是说，在治疗受试者之前，已发现LDH在“无应答者”受试者中表现出下调的表达，也就是说，已发现与“应答者”受试者的血清中相比，LDH以较低水平存在于“无应答者”受试者的血清中。
这种差异表达模式的发现意味着，在用剂治疗受试者之前，通过评估LDH的活性、表达或量，有可能确定所述受试者对用所述剂治疗敏感或有应答的可能性。因此，在特别优选的实施方案中，在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗“敏感”的受试者是可能或确实对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗有应答(或受益于所述治疗)的受试者。即，如上文所定义的，对用剂进行治疗“敏感”的受试者是所述剂的“应答者”受试者。“指示敏感性”的预测是表明或指出受试者将对治疗有应答或受益于治疗的可能性的预测。
在一些实施方案中，本公开的预测方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH的活性、表达或量，以获得LDH的样品概况；以及基于所述样品概况进行预测。在所述方法的一些实施方案中，通过将样品概况与对照概况进行比较来进行预测，其中所述对照概况是与对照受试者或对照受试者群体中确定的LDH的活性、表达或量相对应的数值或数值范围。
在一些实施方案中，对照概况可从患有NSCLC的对照受试者群体和/或患有黑素瘤的对照受试者群体获得。在一些实施方案中，对照概况可从未患NSCLC的对照受试者群体和/或未患黑素瘤的对照受试者群体获得。在其他实施方案中，对照概况可从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)和/或患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可以是LDH表达、活性或量的值(例如“均值”、“阈值”或值的“标准范围”)的预先确定的概况。LDH表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有NSCLC的对照受试者或对照受试者群体和/或患有黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体获得，或从未患NSCLC的对照受试者或对照受试者群体或未患黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体获得。LDH表达、活性或量的值的这种预先确定的概况还可例如从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)和/或患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得。
在一些实施方案中，对照概况可从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即应答者受试者)和/或患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。在一些实施方案中，对照概况可以是生物标志物表达、活性或量的值(例如“阈值”或值的“标准范围”)的预先确定的概况。生物标志物表达、活性或量的值的这种预先确定的概况可例如从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)和/或患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得。
在一些其他实施方案中，对照概况可从具有已知量(例如，“阈值”量)的LDH的对照样品获得。可例如从如上文概述的无应答者或应答者受试者获得这种阈值量。
熟练的技术人员能够容易地确定特定生物标志物的合适“均值”、“阈值”或“标准范围”值。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估患有(或未患)NSCLC的受试者群体和/或患有(或未患)黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及对所确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“均值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及，对被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的生物标志物活性、表达或量取平均值以确定“均值”。
例如，可通过以下方式来确定“阈值”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及在适当的情况下选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最高或最低生物标志物活性、表达或量作为“阈值”。
例如，可通过以下方式确定值的“标准范围”：评估患有(或未患)NSCLC的受试者群体和/或患有(或未患)黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。
例如，可通过以下方法来确定值的“标准范围”：评估受试者群体中特定生物标志物的活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及基于这种评估确定被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)的值的“标准范围”。
在对照概况是LDH表达、活性或量的值的预先确定的概况的情况下，这可提供为“查询表”或数据记录。这种类型的预先确定的对照概况可以是与多个对照受试者(例如如上文概述的无应答者或应答者受试者)中确定的LDH的集中趋势(如平均值、中值或均值)量的量度相对应的数值或数值范围。熟练的技术人员能够容易地使用标准蛋白质定量技术和合适的统计工具来确定群体内的集中趋势的量度和变化性的量度。
因此，在对照概况是以下的实施方案中：从患有NSCLC的对照受试者群体和/或患有黑素瘤的对照受试者群体获得；从未患NSCLC的对照受试者群体和/或未患黑素瘤的对照受试者群体获得；从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)和/或患有黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即无应答者受试者)获得；从无应答者受试者获得的LDH表达、活性或量的值的预先确定的概况(例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况)；从具有指示无应答者受试者的LDH的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得；从应答者受试者获得的LDH表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或从具有指示应答受试者的LDH的已知“阈值”的对照样品获得；则与所述对照概况相比，样品概况中LDH的活性、表达或量较高可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，与对照概况相比，所述样品概况中LDH的活性、表达或量较低可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况从患有NSCLC并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值高于应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”)，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值低于应答者受试者(即，患有NSCLC且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的“阈值”，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从应答者受试者获得的LDH表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有NSCLC或黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在应答者受试者(即，患有NSCLC或黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。
在对照概况是从无应答者受试者获得的LDH表达、活性或量的值的“标准范围”的预先确定的概况的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有NSCLC或黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在无应答者受试者(即，患有NSCLC或黑素瘤且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的受试者)典型的值的“标准范围”之外，则这可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在对照概况从未患NSCLC的对照受试者群体和/或未患黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体获得的实施方案中；如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患NSCLC的受试者和/或未患黑素瘤的受试者典型的值的“标准范围”之外，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。类似地，如果样品概况中的表达、活性或量的值在未患NSCLC的受试者和/或未患黑素瘤的受试者典型的值的“标准范围”内，则这指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性。在此类情况下，当表达、活性或量的值高于给定生物标志物的正常上限或低于给定生物标志物的正常下限时，表达、活性或量的值可在值的“标准范围”之外。正常上限和正常下限是未患NSCLC的对照受试者群体和/或未患黑素瘤的对照受试者或对照受试者群体中给定生物标志物的正态分布的极限。
在一些优选的实施方案中，对照概况是LDH表达、活性或量的值的预先确定的概况。在一些此类优选的实施方案中，对照概况是通过以下方式确定的“阈值”：评估受试者群体中的LDH活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最低LDH活性、表达或量作为“阈值”。
在一些此类实施方案中，LDH的对照阈值是287单位每升(U/L)。也就是说，在一些实施方案中，样品概况中高于287单位每升(U/L)的LDH生物标志物的活性可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在其他优选的实施方案中，对照概况是通过以下方式确定值的“标准范围”：评估未患NSCLC的受试者群体和/或未患黑素瘤的受试者群体中的LDH活性、表达或量；以及基于这种评估确定值的“标准范围”。在此类实施方案中，表达、活性或量的值高于或超出值的“标准范围”，例如高于LDH的正常上限可指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
熟练的技术人员能够容易地使用合适的统计工具和与适当的对照比较来确定样品概况是指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性还是缺乏所述敏感性。
在一些实施方案中，可将样品概况与如上所述的两个或更多个对照概况进行比较。
受试者
如本文所提及的“受试者”是被分类为哺乳动物的任何动物物种，并且包括但不限于家养动物和农场动物、灵长类动物和人。在一些优选的实施方案中，受试者是任何性别或种族的人。在一些实施方案中，人是成年人。
在一些实施方案中，在受试者接受针对NSCLC或黑素瘤的治疗或治疗过程之前进行本文所述的预测方法。在其他实施方案中，在针对NSCLC或黑素瘤的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。在一些实施方案中，针对NSCLC或黑素瘤的治疗或治疗过程是能够抑制或逆转EMT的剂。在其他实施方案中，针对NSCLC或黑素瘤的治疗或治疗过程是不为能够抑制或逆转EMT的剂的化学疗法治疗。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。在一些实施方案中，受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，受试者先前已用与正在预测受试者对其的应答的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。也就是说，受试者先前已用一种剂进行了治疗，所述剂不是预测方法正在确定受试者对其的敏感性的剂。因此，在一些实施方案中，受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。在一些优选的实施方案中，受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。在其他优选的实施方案中，受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
能够抑制或逆转EMT的剂
本公开提供了用于预测患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的癌症相关结果的方法。“癌症相关结果”是与癌症相关的临床预测或预后。
如上文在AML方面中所描述定义用于本公开的这一方面中的能够抑制或逆转EMT的剂(参见上文第14页第19行至第17页第2行的相同标题的章节)。
在受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的一些实施方案中，另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些此类实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。
在受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有黑素瘤的一些实施方案中，另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
评估生物标志物活性、表达、量
在本文所述的预测方法的一些实施方案中，评估受试者中或源自受试者的样品中LDH的活性、表达或量包括：使样品或来自样品的提取物与用于检测LDH的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂对LDH具有选择性；以及检测和/或定量所述用于检测的试剂。
在一些优选的实施方案中，评估LDH的活性包括确定受试者或源自受试者的样品中LDH的酶活性。优选地，通过确定受试者或源自受试者的样品中由LDH催化的酶促反应的底物或产物的水平或量来评估酶活性。在特别优选的实施方案中，通过确定受试者或源自受试者的样品中还原烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)的水平或量来评估酶活性。在一些实施方案中，这可使用比色测定，例如，可从Sigma-Aldrich以目录号MAK066获得的比色测定来确定。用于评估LDH活性的其他合适的测定是熟练的技术人员众所周知的。在特别优选的实施方案中，通过确定血液或血清中LDH的酶活性来评估LDH的活性。
在一些实施方案中，评估LDH的表达或量包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中LDH蛋白或mRNA的水平。可通过确定蛋白质表达的水平来评估LDH的表达或量。可通过确定血清中蛋白质表达的水平来评估LDH的表达或量。
术语“表达”是指基因的DNA模板的转录以产生相应的mRNA，以及这种mRNA的翻译以产生相应的基因产物(即肽、多肽或蛋白质)，以及在翻译后可能已经修饰的一种或多种形式的蛋白质的表达。
在一些实施方案中，确定LDH蛋白或mRNA的水平包括：使样品或来自样品的提取物与特异性结合成员接触，所述特异性结合成员选择性地结合至LDH蛋白或mRNA；以及检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述LDH蛋白或mRNA形成的复合物的形成。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
用于确定蛋白质和mRNA表达水平的一系列合适技术是本领域众所周知的，例如微阵列分析、蛋白质印迹和PCR技术如QPCR。在一些实施方案中，确定一种或多种生物标志物蛋白或mRNA的表达或量可包括使用选自以下的技术：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在一些实施方案中，LDH的表达或量被确定为样品中蛋白质或mRNA的绝对量。在此类情况下，可在样品中定量蛋白质或mRNA，并将量表示为样品的量度，例如样品的体积、质量或总蛋白含量。
在一些实施方案中，LDH的表达或量被确定为样品中蛋白质或mRNA的相对量，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定。以这种方式确定LDH蛋白或mRNA的相对量允许标准化，以例如将总蛋白质浓度的差异考虑在内并消除样品之间的偏差。
优选地，所述参考蛋白质或mRNA是其表达或量在患有癌症的受试者与未患癌症(特别是NSCLC或黑素瘤)的受试者之间没有显著变化的蛋白质或mRNA。即，所述参考蛋白质或mRNA优选是其表达或量不会因NSCLC或黑素瘤而改变的蛋白质或mRNA。因此，所述参考蛋白质或mRNA可包括不是本文所述的生物标志物之一的一种或多种蛋白质或mRNA。当将LDH的表达或量表示为相对量时，可将样品中LDH蛋白或mRNA的绝对量除以所述样品中参考蛋白质或mRNA的绝对量。
在RNA水平下评估生物标志物表达
可在RNA水平下检测基因表达。可使用RNA提取技术从细胞提取RNA，包括例如使用酸苯酚/胍异硫氰酸酯提取(RNAzol B；Biogenesis)、RNeasy RNA制备试剂盒(凯杰公司(Qiagen)或PAXgene(PreAnalytix,Switzerland)。使用核糖核酸杂交的典型测定形式包括核连缀测定、RT-PCR、RNA酶保护测定(Melton等人,Nuc.Acids Res.12:7035)、RNA印迹法和原位杂交。还可通过如下所述的微阵列分析来检测基因表达。
在蛋白质水平下评估生物标志物表达
可通过测量蛋白质表达来评估LDH水平。也可通过测量由基因编码的多肽来检测改变的基因或蛋白质表达。这可通过使用结合至由生物标志物基因编码的多肽的分子来实现。直接或间接结合至多肽以检测蛋白质的存在的合适的分子/剂包括天然存在的分子，如肽和蛋白质，例如抗体，或者它们可以是合成分子。
抗体可从商业来源或通过本领域技术人员熟悉的技术获得。在一个实施方案中，并且在改变的表达通过蛋白质生物标志物的翻译后修饰形式的改变的表达而显现出来时，可使用对那些不同形式具有特异性的抗体。为了本公开的目的，除非相反地指定，否则术语“抗体”包括完整抗体或保留它们对靶抗原的结合活性的完整抗体的片段。此类片段包括Fv、F(ab′)和F(ab′)2片段，以及单链抗体(scFv)。此外，抗体及其片段可以是人源化抗体，例如，如EP239400A中所描述。例如：单克隆抗体和多克隆抗体、重组抗体、抗体的蛋白水解片段和重组片段(Fab、Fv、scFv、双抗体)、单结构域抗体(VHH、sdAb、纳米抗体、IgNAR、VNAR)和与抗体无关的蛋白质，它们已被工程化为具有抗体样特异性结合。抗体可结合至固体载体和/或与合适的试剂、对照、说明书等一起包装在合适容器中的试剂盒中。
阵列
阵列技术以及与之相关的各种技术和应用在本领域中是众所周知的。阵列技术克服了分子生物学中传统方法的缺点，所述传统方法通常在“一个实验中一种基因”的基础上工作，从而导致低通量和不能了解基因功能的“全面情况”。在本公开的产品和方法的上下文中，阵列技术可用于例如生物标志物蛋白或mRNA的表达的分析中。
一般来说，通过空间上分离文库或组的成员，可将样品的任何文库或组以有序的方式排列成阵列。用于排列的合适文库的实例包括核酸文库(包括DNA、cDNA、寡核苷酸等文库)，肽、多肽和蛋白质文库，以及包含任何分子的文库，如配体文库等。因此，在此文献中提及“文库”的情况下，除非上下文另外指明，否则这种提及应视为包括对阵列形式的文库的提及。
蛋白质、多肽等也可固定在阵列中。例如，抗体已经用于使用蛋白质芯片的蛋白质组的微阵列分析中(Borrebaeck CA,2000,Immunol Today 21(8):379-82)。在例如MacBeath and Schreiber,2000,Science,289(5485):1760-1763中综述了多肽阵列。
样品
合适的样品包括但不限于组织样品，如组织活检物、血液、尿液、颊刮擦物等，以及血清、血浆或组织培养上清液样品。在优选的实施方案中，通过确定样品中蛋白质表达的水平来评估LDH的表达或量。在一些优选的实施方案中，样品是血液、血清或血浆样品。在一些特别优选的实施方案中，样品是血清样品。
当评估源自受试者的血清或血浆样品中LDH蛋白或mRNA的表达或量时，将样品取出并经受分析技术，如流式细胞术、大量细胞计数法(CyTOF)、ELISA、PET和SELDI-TOF MS。在一些实施方案中，所述方法可包括从所述样品中提取RNA并通过QPCR检测基因表达。在一些其他实施方案中，可通过例如蛋白质印迹检测蛋白质产物来检测基因表达。
在一些实施方案中，通过确定编码一种或多种生物标志物的基因的拷贝数来评估LDH的表达水平。拷贝数(即基因复制事件)可使用本领域已知的标准技术来确定，例如使用如Jiang等人(Jiang Q,Ho YY,Hao L,Nichols Berrios C,Chakravarti A.Copy numbervariants in candidate genes are genetic modifiers of Hirschsprungdisease.PLoS One.2011；6(6))中所述的DNA芯片。
在本文所述的预测方法的一些优选的实施方案中，所述方法是在体外或离体进行。
选择用于治疗的受试者的方法
本公开的这个方面的第二方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面所定义的预测方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及选择如此鉴定的受试者进行治疗。
在一些实施方案中，这个方面涉及选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的如本文所述的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。因此，在一些实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗包括Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。
在受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)的一些实施方案中，另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些此类实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗。
在受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有黑素瘤的一些实施方案中，另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
试剂盒
本公开的这个方面的第三方面涉及诊断试剂盒和测试装置。在一些实施方案中，本公开提供了一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括用于检测LDH的活性、表达或量的试剂，所述用于检测的试剂对LDH具有选择性。
在其他实施方案中，本公开提供了一种测试装置，所述测试装置包括用于检测LDH的活性、表达或量的试剂，所述用于检测的试剂对LDH具有选择性。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括用于确定LDH的酶活性的试剂。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括用于确定由LDH催化的酶促反应的底物或产物的水平或量的试剂。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括用于确定还原烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)的水平或量的试剂。在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括对NADH具有特异性的探针。在一些实施方案中，所述探针与NADH相互作用以产生信号，例如颜色。
在一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括特异性结合成员，所述特异性结合成员选择性地结合至LDH；以及用于检测所述特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和LDH形成的复合物的形成的一种或多种试剂。
在本公开的这个方面的一些实施方案中，所述诊断试剂盒或测试装置包括以阵列形式提供在基底上或缀合至多个颗粒(如珠粒或微球)的多个所述特异性结合成员。所述颗粒可用可检测标记编码。在一些实施方案中，所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，通过使用选自以下的技术来检测由特异性结合成员和LDH形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过2、5、10、15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。在诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，所述试剂盒或测试装置包括不超过2、5、10、15、20、25、30、40或50个特异性结合成员。
本公开还提供了此类诊断试剂盒和测试装置在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。在优选的实施方案中，所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
在一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有NSCLC或黑素瘤。在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有NSCLC。在用于预测方法中的诊断试剂盒或测试装置的一些实施方案中，受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有黑素瘤。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面所定义。
本公开的这个方面的第四方面涉及用于检测LDH的活性、表达或量的试剂在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。
本公开的这个方面的第五方面涉及用于检测LDH的活性、表达或量的试剂的用途，所述用于检测的试剂对LDH具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。在这些用途的一些实施方案中，用于检测的试剂包括对特定生物标志物具有选择性的特异性结合成员。所述特异性结合成员可包括抗体分子或其结合片段。
在一些实施方案中，所述方法可如根据本公开的这个方面的上述第一方面所定义。
用途
本公开的这个方面的第六方面涉及LDH作为生物标志物用于预测受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及LDH和Axl、AB-40、聚集蛋白聚糖、FRTN、RAGE、Nr-CAM、硬化蛋白、PSA-f、EGFR、NF-H、DBH、Fib-1C、肌红蛋白、uPA、Vaspin、IL-23、A2Macro、TIMP-2、TSH、四连接素、MPIF-1、PPP、IL-7、PARC、CA-15-3、PGI、Apo E、Apo C-I、MSP、CCL15、颗粒蛋白前体、CEACAM1、VDBP和/或CA-9中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途涉及LDH和Axl、IL-6r、HCC-4、TIMP-1、HB-EGF、ALP、LAP TGF-b1、EGF、PDGF-BB、OPG、NAP-2、ST2、TNF RI、VEGF和/或GRO-α中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10者或更多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
在一些实施方案中，所述用途是在如根据本公开的这个方面的上述第一方面所定义的方法中用作生物标志物。
治疗受试者的方法
本公开的这个方面的第七方面涉及治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：使用根据本公开的这个方面的上述第一方面所定义的预测方法来鉴定用于治疗的受试者；以及向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
因此，在一些实施方案中，所述方法包括：(a)从所述受试者获得样品；(b)使用根据本发明的这个方面的上述第一方面所定义的预测方法确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
在一些实施方案中，所述方法包括将治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂施用至使用根据本公开的这个方面的上述第一方面所定义的预测性方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者。
本公开的这个方面的第八方面涉及一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
本公开的这个方面的第九方面涉及能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的方法中。在一些实施方案中，所述治疗方法是如上文所定义的方法。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。在一些优选的实施方案中，能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂，例如BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267或UNC2025。其他Axl抑制剂包括WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370和WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些优选的实施方案中，Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。在一些特别优选的实施方案中，Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
在一些其他优选的实施方案中，所述治疗包括Akt3抑制剂。在一些实施方案中，Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
在这些方法、使用的剂或用途的一些实施方案中，所述治疗作为单一剂施用。在其他实施方案中，所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。合适的其他癌症治疗已在上文详细概述。
在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是PD-1抑制剂或PD-L1抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。在一些特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是派姆单抗。在其他特别优选的实施方案中，所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
公开内容的声明
以下编号的声明涉及本公开的这个方面的多个方面，并且形成说明书的一部分：
1.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的活性、表达或量；
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤。
2.根据声明1所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的活性、表达或量，以获得所述LDH生物标志物的样品概况；以及
基于所述LDH生物标志物的所述样品概况进行预测；
任选地，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
3.根据声明2所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
4.根据声明3所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的对照受试者群体获得；或
(ii)从未患非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的对照受试者群体获得；或
(iii)从患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体获得；
(iv)从患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体获得的生物标志物表达、活性或量的值的“平均值、中值或均值”或“标准范围”的预先确定的概况；
(v)从具有指示对照受试者或对照受试者群体的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(vi)从患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vii)从具有指示对照受试者或对照受试者群体的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
5.根据声明4所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)通过以下方式确定的“阈值”：评估受试者群体中的LDH活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最低LDH活性、表达或量作为“阈值”；
(ii)通过以下方式确定值的“标准范围”：评估未患NSCLC的受试者群体和/或未患黑素瘤的受试者群体中的LDH活性、表达或量；以及确定这些受试者中的LDH活性、表达或量的值的“标准范围”。
6.根据声明3-5中任一项所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中LDH生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
7.根据声明1-6中任一项所述的方法，其中所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中选自由以下组成的组的一种或多种其他生物标志物的活性、表达或量：
(i)Axl、β淀粉样蛋白1-40(AB-40)、聚集蛋白聚糖核心蛋白(聚集蛋白聚糖)、铁蛋白(FRTN)、晚期糖基化终产物受体(RAGE)、神经细胞粘附分子(Nr-CAM)、硬化蛋白、游离前列腺特异性抗原(PSA-f)、表皮生长因子受体(EGFR)、神经丝重链多肽(NF-H)、多巴胺β-羟化酶(DBH)、腓骨蛋白-1C(Fib-1C)、肌红蛋白、尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)、内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白A12(Vaspin)、白细胞介素-23(IL-23)、α-2-巨球蛋白(A2Macro)、金属蛋白酶的组织抑制剂2(TIMP-2)、促甲状腺激素(TSH)、四连接素、髓系祖细胞抑制因子1(MPIF-1)、胰多肽(PPP)、白细胞介素-7(IL-7)、肺部和激活调节趋化因子(PARC)、癌症抗原15-3(CA-15-3)、胃蛋白酶原I(PGI)、载脂蛋白E(Apo E)、载脂蛋白C-I(Apo C-I)、巨噬细胞刺激蛋白(MSP)、C-C基序趋化因子15(CCL15)、颗粒蛋白前体、癌胚抗原相关细胞粘附分子1(CEACAM1)、维生素D结合蛋白(VDBP)、碳酸酐酶9(CA-9)和/或乳酸脱氢酶(LDH)；或
(ii)Axl、白细胞介素-6受体(IL-6r)、趋化因子CC-4(HCC-4)、金属蛋白酶的组织抑制剂1(TIMP-1)、肝素结合EGF样生长因子(HB-EGF)、抗白细胞蛋白酶(ALP)、转化生长因子β的潜在联系多肽1(LAP TGF-b1)、表皮生长因子(EGF)、血小板源性生长因子BB(PDGF-BB)、骨保护素(OPG)、嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)、ST2、肿瘤坏死因子受体I(TNF RI)、血管内皮生长因子(VEGF)和/或生长调节α蛋白(GRO-α)。
8.根据声明1-7中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与用于检测LDH生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂对所述LDH生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
9.根据声明8所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的活性包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH的酶活性；
任选地，其中通过确定由LDH催化的酶促反应的底物或产物的水平或量来评估所述酶活性。
10.根据声明8所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与特异性结合成员接触，所述特异性结合成员选择性地结合至LDH蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述LDH蛋白或mRNA形成的复合物的形成；
任选地，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
11.根据声明3-10中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
12.根据声明11所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
13.根据声明11所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
14.根据声明3-13中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
15.根据声明14所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
16.根据声明15所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
17.根据声明15所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
18.根据声明1-17中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物；
任选地，其中所述受试者是人。
19.根据声明1-18中任一项所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品；
任选地，其中所述样品是：(a)血清样品；或(b)血液样品。
20.根据声明1-19中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
21.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明1-20中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
22.根据声明21所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂；
任选地，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
23.一种诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括用于检测LDH生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述用于检测的试剂对LDH具有选择性。
24.根据声明23所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
任选地，其中所述方法是根据声明1-20中任一项所述的方法。
25.LDH作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途，
任选地，其中所述用途是在根据声明1-20中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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101.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的活性、表达或量；
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤。
102.根据声明101所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的活性、表达或量，以获得所述LDH生物标志物的样品概况；以及
基于所述LDH生物标志物的所述样品概况进行预测。
103.根据声明101或102所述的方法，其中所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中选自由以下组成的组的一种或多种其他生物标志物的活性、表达或量：
(i)Axl、β淀粉样蛋白1-40(AB-40)、聚集蛋白聚糖核心蛋白(聚集蛋白聚糖)、铁蛋白(FRTN)、晚期糖基化终产物受体(RAGE)、神经细胞粘附分子(Nr-CAM)、硬化蛋白、游离前列腺特异性抗原(PSA-f)、表皮生长因子受体(EGFR)、神经丝重链多肽(NF-H)、多巴胺β-羟化酶(DBH)、腓骨蛋白-1C(Fib-1C)、肌红蛋白、尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)、内脏脂肪组织源性丝氨酸蛋白酶抑制蛋白A12(Vaspin)、白细胞介素-23(IL-23)、α-2-巨球蛋白(A2Macro)、金属蛋白酶的组织抑制剂2(TIMP-2)、促甲状腺激素(TSH)、四连接素、髓系祖细胞抑制因子1(MPIF-1)、胰多肽(PPP)、白细胞介素-7(IL-7)、肺部和激活调节趋化因子(PARC)、癌症抗原15-3(CA-15-3)、胃蛋白酶原I(PGI)、载脂蛋白E(Apo E)、载脂蛋白C-I(Apo C-I)、巨噬细胞刺激蛋白(MSP)、C-C基序趋化因子15(CCL15)、颗粒蛋白前体、癌胚抗原相关细胞粘附分子1(CEACAM1)、维生素D结合蛋白(VDBP)、碳酸酐酶9(CA-9)和/或乳酸脱氢酶(LDH)；或
(ii)Axl、白细胞介素-6受体(IL-6r)、趋化因子CC-4(HCC-4)、金属蛋白酶的组织抑制剂1(TIMP-1)、肝素结合EGF样生长因子(HB-EGF)、抗白细胞蛋白酶(ALP)、转化生长因子β的潜在联系多肽1(LAP TGF-b1)、表皮生长因子(EGF)、血小板源性生长因子BB(PDGF-BB)、骨保护素(OPG)、嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2)、ST2、肿瘤坏死因子受体I(TNF RI)、血管内皮生长因子(VEGF)和/或生长调节α蛋白(GRO-α)。
104.根据声明102或103所述的方法，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
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105.根据声明104所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
106.根据声明105所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的对照受试者群体获得；或
(ii)从未患非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的对照受试者群体获得
(iii)从患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得；
(iv)从患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)获得的LDH生物标志物表达、活性或量的值的预先确定的概况，例如“平均值、中值或均值”或值的“标准范围”的概况；
(v)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，无应答者受试者)的LDH生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(vi)从患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vii)从具有指示对照受试者或对照受试者群体(即，应答者受试者)的LDH生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
107.根据声明105所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)通过以下方式确定的“阈值”：评估受试者群体中的LDH活性、表达或量；确定所述群体中哪些受试者对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；以及选择被发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者(即，应答者受试者)中确定的最低LDH活性、表达或量作为“阈值”；
(ii)通过以下方式确定值的“标准范围”：评估未患NSCLC的受试者群体和/或未患黑素瘤的受试者群体中的LDH活性、表达或量；以及确定这些受试者中的LDH活性、表达或量的值的“标准范围”。
108.根据声明106或107所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中LDH生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
109.根据声明101-108中任一项所述的方法，其中：
所述乳酸脱氢酶(LDH)标志物包含与UniProt登录号：P00338-1、P00338-2、P00338-3、P00338-4或P00338-5(条目版本224)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；和/或
所述乳酸脱氢酶(LDH)生物标志物包含与UniProt登录号：P07195-1(条目版本218)公开的氨基酸序列的全长或其片段具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的氨基酸序列；
或与编码所述氨基酸序列的全长核酸序列具有至少70％、80％、90％、95％、99％或100％序列同一性的核酸(DNA或RNA)。
110.根据声明105-109中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的活性、表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与用于检测LDH生物标志物的活性、表达或量的试剂接触，所述试剂对所述LDH生物标志物具有选择性；以及
检测和/或定量所述用于检测的试剂。
111.根据声明110所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的活性包括确定所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH的酶活性；
任选地，其中通过确定由LDH催化的酶促反应的底物或产物的水平或量来评估所述酶活性。
112.根据声明110所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中LDH生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与特异性结合成员接触，所述特异性结合成员选择性地结合至LDH蛋白或mRNA；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述LDH蛋白或mRNA形成的复合物的形成。
113.根据声明112所述的方法，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
114.根据声明112或113所述的方法，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述LDH生物标志物蛋白或mRNA形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
115.根据声明112-114中任一项所述的方法，其中所述LDH生物标志物的表达或量被确定为所述样品中LDH生物标志物蛋白或mRNA的绝对量。
116.根据声明112-114中任一项所述的方法，其中所述LDH生物标志物的表达或量被确定为所述样品中的蛋白或mRNA的相对量，
任选地，其中所述相对量是相对于所述样品中的参考蛋白质或mRNA而确定，所述参考蛋白质或mRNA的表达不会因非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤而改变。
117.根据声明101-116中任一项所述的方法，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
118.根据声明117所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
119.根据声明118所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
120.根据声明119所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
121.根据声明119所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
122.根据声明119所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
123.根据声明118所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
124.根据声明123所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
125.根据声明117-124中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂作为单一剂施用。
126.根据声明117-124中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
127.根据声明126所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自：
(i)烷化剂，包括烷基磺酸盐，如白消安；
(ii)氮芥，如苯丁酸氮芥、环磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、二氯甲基二乙胺、美法仑和尿嘧啶氮芥；
(iii)乙烯亚胺衍生物，如噻替派；
(iv)亚硝基脲，如卡莫司汀、洛莫司汀和链脲菌素；
(v)三氮烯，如达卡巴嗪、丙卡巴肼和替莫唑胺；
(vi)铂化合物，如顺铂、卡铂、奥沙利铂、赛特铂和吡铂、欧恩纳铂、四铂、螺铂、异丙铂、氯(二亚乙基二氨基)-铂(II)氯化物、二氯(亚乙基二氨基)-铂(II)、二氨基(2-乙基丙二酸)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)丙二酸铂(II)、(4-羧基邻苯二甲酸)-(1,2-二氨基环己烷)铂(II)、(1,2-二氨基环己烷)-(异柠檬酸)铂(II)和(1,2-二氨基环己烷)-顺式-(丙酮酸)铂(II)；
(vii)抗代谢药，包括抗叶酸剂，如甲氨蝶呤、培美曲塞、雷替曲塞和三甲曲沙；
(viii)嘧啶类似物，如阿扎胞苷、卡培他滨、阿糖胞苷、依达曲沙、氟尿苷、氟尿嘧啶、吉西他滨和曲沙他滨；
(ix)嘌呤类似物，如克拉屈滨、氯脱氧腺苷、氯法拉滨、氟达拉滨、巯嘌呤、喷司他丁和硫鸟嘌呤；
(x)天然产物，包括抗肿瘤抗生素，如博来霉素、更生霉素、光神霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、泊非霉素；
(xi)蒽环类药物，如道诺霉素、阿霉素、表柔比星、伊达比星和戊柔比星；
(xii)有丝分裂抑制剂，如长春花生物碱长春花碱、vinvesir、长春新碱、长春地辛和长春瑞滨；
(xiii)酶，如L-天冬酰胺酶和PEG-L-天冬酰胺酶；
(xiv)微管聚合物稳定剂，如紫杉烷类紫杉醇和多西他赛；
(xv)拓扑异构酶I抑制剂，如喜树碱伊立替康和拓扑替康；
(xvi)拓扑异构酶II抑制剂，如鬼臼毒素、安吖啶、依托泊苷、替尼泊苷、洛索蒽醌和放线菌素；
(xvii)激素和激素拮抗剂，包括
-雄激素，如氟甲睾酮和睾内酯；
-抗雄激素，如比卡鲁胺、环丙孕酮、氟他胺和尼鲁米特；
-皮质类固醇，如地塞米松和泼尼松；
-芳香酶抑制剂，如氨鲁米特、阿那曲唑、依西美坦、福美司坦和来曲唑；
-雌激素，如己烯雌酚；
-抗雌激素，如氟维司群、雷洛昔芬、他莫昔芬和托瑞米芬；
-促黄体激素释放激素(LHRH)激动剂和拮抗剂，如阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、亮丙瑞林、组氨瑞林、德舍瑞林、醋酸那法瑞林和曲普瑞林；
-孕激素，如醋酸甲羟孕酮和醋酸甲地孕酮；以及
-甲状腺激素，如左甲状腺素和碘塞罗宁；
(xviii)PKB途径抑制剂，包括哌立福辛、盐酸恩斯他瑞和曲西立滨；
(xix)P13K抑制剂，如semaphore和SF1126，以及MTOR抑制剂，如雷帕霉素和类似物；
(xx)CDK抑制剂，包括塞利西利、阿伏西地和7-羟基星形孢菌素；
(xxi)COX-2抑制剂，包括塞来昔布；
(xxii)HDAC抑制剂，包括曲古抑菌素A、辛二酰苯胺异羟肟酸和克林霉素；
(xxiii)DNA甲基化酶抑制剂，包括替莫唑胺，以及其他剂，包括六甲蜜胺、三氧化二砷、沙利度胺、来那度胺、硝酸镓、左旋咪唑、米托坦、羟基脲、奥曲肽、丙卡巴肼、苏拉明、光动力化合物如甲氧沙林和卟吩姆钠；
(xxiv)蛋白酶体抑制剂，如硼替佐米；
(xxv)分子靶向治疗剂，包括：功能性治疗剂，包括基因治疗剂和反义治疗剂；
(xxvi)酪氨酸激酶抑制剂，如盐酸埃罗替尼、吉非替尼、甲磺酸伊马替尼和司马沙尼；
(xxvii)Raf抑制剂，如索拉非尼，和基因表达调节剂如类视黄醇和rexinoid，例如阿达帕林、贝沙罗汀、反式视黄酸、9-顺式视黄酸和N-(4-羟基苯基)视黄酰胺；
(xxviii)表型指导的治疗剂，包括单克隆抗体如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗，免疫毒素如吉妥珠单抗奥唑米星，放射免疫缀合物如I-tositumobab；
(xxix)癌症疫苗；
(xxx)生物治疗剂，包括：干扰素如干扰素-[α]2a和干扰素-[α]2b，以及白细胞介素如阿地白介素、地尼白介素-毒素连接物和奥普瑞白介素；
(xxxi)涉及使用保护剂或辅助剂的抗癌疗法，包括：细胞保护剂如氨磷汀和右雷佐生，膦酸酯如帕米膦酸酯和唑来膦酸，以及刺激因子如促红细胞生成素、达贝比汀、非格司亭、PEG-非格司亭和沙格司亭；
(xxxii)Axl抑制剂，如1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚并[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-(((7-(S)-吡咯烷-1-基)-6,7,8,9-四氢-5H-苯并[7]轮烯-2-基)-1H-1,2,4-三唑-3,5-二胺；和/或
(xxxiii)其他组合化学治疗方案，如卡铂/紫杉醇、卡培他滨/多西他赛、氟尿嘧啶/左旋咪唑、氟尿嘧啶/亚叶酸、甲氨蝶呤/亚叶酸和曲妥珠单抗/紫杉醇的组合，单独或与卡铂进一步组合。
128.根据声明126所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
129.根据声明128所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
130.根据声明128所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
131.根据声明101-130中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物。
132.根据声明131所述的方法，其中所述受试者是人。
133.根据声明101-132中任一项所述的方法，其中在所述受试者接受针对非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的治疗或治疗过程之前进行所述预测方法。
134.根据声明101-133中任一项所述的方法，其中在针对非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的治疗或治疗过程期间或之后进行所述预测方法。
135.根据声明101-132或134中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行了治疗。
136.根据声明135所述的方法，其中所述受试者先前已用选自以下的剂进行了治疗：PHGDH抑制剂、Slfn11抑制剂、Axl抑制剂或Akt3抑制剂。
137.根据声明135-136中任一项所述的方法，其中所述受试者先前已用与正在预测受试者对其的敏感性的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂不同的剂进行了治疗。
138.根据声明101-133中任一项所述的方法，其中所述受试者先前未曾用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗。
139.根据声明138所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Axl抑制剂进行治疗。
140.根据声明138所述的方法，其中所述受试者先前未曾用Akt3抑制剂进行治疗。
141.根据声明101-140中任一项所述的方法，其中所述样品选自：血液、血清、血浆、组织活检物、培养上清液或尿液。
142.根据声明141所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
143.根据声明142所述的方法，其中所述样品是血清样品。
144.根据声明142所述的方法，其中所述样品是血液样品。
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201.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-144中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
202.根据声明201所述的方法，其中治疗包括向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
203.根据声明202所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
204.根据声明203所述的方法，其中所述治疗包括Axl抑制剂。
205.根据声明204所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
206.根据声明205所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
207.根据声明205所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
208.根据声明203所述的方法，其中所述治疗包括Akt3抑制剂。
209.根据声明208所述的方法，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
210.根据声明202-209中任一项所述的方法，其中所述治疗作为单一剂施用。
211.根据声明202-209中任一项所述的方法，其中所述治疗与另一种癌症治疗组合施用。
212.根据声明211所述的方法，其中所述另一种癌症治疗选自声明126中所列出的其他癌症治疗。
213.根据声明211所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
214.根据声明213所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
215.根据声明213所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
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301.一种诊断试剂盒，所述诊断试剂盒包括用于检测LDH生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述用于检测的试剂对LDH具有选择性。
302.一种测试装置，所述测试装置包括用于检测LDH生物标志物的活性、表达或量的试剂，所述试剂对LDH具有选择性。
303.根据声明301或302中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
特异性结合成员，所述特异性结合成员选择性地结合至LDH生物标志物；以及
用于检测所述特异性结合成员的一种或多种试剂，或用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述LDH生物标志物形成的复合物的形成的一种或多种试剂。
304.根据声明303所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
305.根据声明303或304所述的诊断试剂盒或测试装置，其中通过使用选自以下的技术来检测由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成：蛋白质印迹；酶联免疫吸附测定(ELISA)；放射免疫测定(RIA)；竞争性酶免疫测定；双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)；液体免疫阵列技术；免疫细胞化学；免疫组织化学；抗体微阵列检测；胶体金沉淀；亲和色谱法；配体结合测定；以及凝集素结合测定。
306.根据声明301-305中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，其中所述试剂盒或测试装置包括不超过2、5、10、15、20、25、30、40或50种用于检测的试剂。
307.根据声明301-306中任一项所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
308.根据声明307使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述癌症相关结果是对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
309.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
310.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
311.根据声明310所述使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
312.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
313.根据声明311使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
314.根据声明308使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Akt3抑制剂。
315.根据声明307-310中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤。
316.根据声明307-315中任一项使用的诊断试剂盒或使用的测试装置，其中所述方法是根据声明101-144中任一项所述的方法。
317.用于检测LDH生物标志物的活性、表达或量的试剂在预测受试者的癌症相关结果的方法中的用途。
318.用于检测LDH生物标志物的活性、表达或量的试剂的用途，所述用于检测的试剂对LDH具有选择性，所述试剂用于制造诊断试剂盒或测试装置的方法中，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中。
319.根据声明317或318所述的用途，其中所述用于检测的试剂包括对LDH生物标志物具有选择性的特异性结合成员。
320.根据声明317或318所述的用途，其中所述预测受试者的癌症相关结果的方法是根据声明101-144中任一项所述的方法。
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401.LDH作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途。
402.根据声明401所述的用途，其中：
(i)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述LDH生物标志物的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性；或
(ii)与相应生物标志物的对照概况相比，所述受试者或源自所述受试者的样品中所述LDH生物标志物的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
403.根据声明401-402中任一项所述的用途，其中所述用途是在根据声明101-144中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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501.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括：
使用根据声明101-144中任一项所述的方法鉴定对治疗敏感的受试者；以及
向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
502.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括：
(a)从所述受试者获得样品；
(b)使用根据声明101-144中任一项所述的方法，确定所述受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感；
(c)向所述受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
503.一种治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的方法，所述方法包括向使用根据声明101-144中任一项所述的方法被鉴定为对所述治疗敏感的受试者施用治疗有效量的能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂。
504.一种能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂，其用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的方法中，
其中所述方法是根据声明501-503中任一项所述的方法。
505.能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂用于制造药物的方法中的用途，所述药物用于治疗患有、疑似患有或被诊断为患有非小细胞肺癌(NSCLC)或黑素瘤的受试者的方法中，
其中所述治疗方法是根据声明501-503中任一项所述的方法。
506.根据声明501-505中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂、Akt3抑制剂、Slfn11抑制剂或PHGDH抑制剂。
507.根据声明506所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Axl抑制剂。
508.根据声明507所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼、卡博替尼、TP-0903、佛瑞替尼、美瑞替尼、博舒替尼、吉特替尼、克唑替尼、阿伐替尼、舒尼替尼、西屈替尼、LDC1267、UNC2025，或WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
509.根据声明507所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
510.根据声明507所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
511.根据声明506所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂包括Akt3抑制剂。
512.根据声明511所述的方法、使用的剂或用途，其中所述Akt3抑制剂是WO2016/102672中公开的Akt3抑制剂。
513.根据声明501-512中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂作为单一剂施用。
514.根据声明501-512中任一项所述的方法、使用的剂或用途，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂与另一种癌症治疗组合施用。
515.根据声明514所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗选自声明126中所列出的其他癌症治疗。
516.根据声明514所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是单克隆抗体，如派姆单抗、阿仑单抗、贝伐单抗、西妥昔单抗、替伊莫单抗或利妥昔单抗；或者是B-Raf抑制剂如德拉菲尼，MEK抑制剂如曲美替尼或这些剂的组合疗法。
517.根据声明516所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是派姆单抗。
518.根据声明516所述的方法、使用的剂或用途，其中所述另一种癌症治疗是德拉菲尼和曲美替尼的组合疗法。
***
在适当的情况下以其特定形式或根据用于执行所公开的功能的方式或者用于获得所公开的结果的方法或过程表述的在前述描述或以下权利要求书或附图中公开的特征可单独地或者以此类特征的任何组合用于以其各种形式实现本公开。
虽然已结合上述示例性实施方案描述了本公开，但是当给出本公开时，许多等效的修改和变型对于本领域的技术人员将显而易见。因此，以上列出的本公开的示例性实施方案被认为是说明性的而不是限制性的。在不背离本公开的精神和范围的情况下，可对所描述实施方案进行各种改变。
为了避免任何疑问，出于提高读者的理解的目的提供本文提供的任何理论解释。作者不希望被任何这些理论解释所束缚。
本文所用的任何章节标题仅出于组构目的，并且不应被解释为限制所描述的主题。
贯穿本说明书(包括以下权利要求)，除非本文另有要求外，否则词语“包括(comprise)”和“包括(include)”以及变化形式如“包括(comprises)”、“包括(comprising)”和“包括(including)”将理解为隐含包括陈述的整体或步骤或一组整体或步骤，但不排除任何其他整体或步骤或任何其他组整体或步骤。
必须指出，除非上下文另外清楚地指明，否则如在说明书和所附权利要求书中所使用，单数形式“一个/种(a/an)”和“所述(the)”包括复数个指示物。范围在本文以起自大约一个特定的数值和/或止于大约另一个特定的数值进行表述。当表示这样的范围时，另一实施方案包括从一个特定值和/或至另一个特定值。类似地，在通过使用先行词“约”将值表示为近似值时，应理解具体值形成另一个实施方案。关于数值的术语“约”是任选的，并且是指例如+/-10％。
实施例
在向这些受试者单独或与另一种剂组合施用Axl抑制剂的药物治疗之前和之后立即从癌症患者群组获得血清样品。基于对所施用的治疗的应答，将这些群组中的受试者分类为“应答者”或“非应答者”。
随后，由合同研究组织(CRO)使用DiscoveryMAP v3.3可溶性蛋白质组对血清样品进行分析，以测量血清样品中的可溶性蛋白质标志物的水平(总共281种蛋白质)，并且对这种蛋白质组数据进行统计分析以鉴定在应答者和非应答者组中差异表达的蛋白质。
在这些比较分析中，鉴定了应答者与非应答者组之间蛋白质组数据的治疗前(C1D1)差异：在治疗之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较高水平存在。类似地，在治疗之前，与“无应答者”受试者的血清中相比，某些生物标志物在“应答者”受试者的血清中以较低水平存在。
因此，本发明人已经鉴定了可预测在用Axl抑制剂治疗后的患者益处的多种基于血清的可溶性蛋白质生物标志物。
实施例1
此实施例描述来自试验BGBC003(NCT02488408)的分析的结果，所述试验由来自被诊断患有急性骨髓性白血病(AML)和骨髓增生异常综合症(MDS)的患者的样品组成。以单一剂或与阿糖胞苷或地西他滨组合的形式向受试者施用Axl抑制剂BGB324。
蛋白质组数据集分为两个子集，一个子集仅具有AML样品，并且另一个子集仅具有MDS样品。通过对蛋白质组数据的统计分析，鉴定了应答者组与非应答者组之间蛋白质表达的治疗前(C1D1)差异。
首次分析鉴定了Axl作为生物标志物，与在用Axl抑制剂治疗之前的非应答者相比，其在应答者中显著下调(p＝0.006)，并且发现在用Axl抑制剂治疗后，Axl水平在应答者中增加，但不在无应答者中增加。
随后的分析将AML子集中的其他12种蛋白质鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
生物标志物ID FC logFC P值 调整的P值
触珠蛋白 6.973 2.802 0.009401 0.9861 上调
成纤维细胞生长因子21(FGF-21) -4.877 -2.286 0.0148 0.9861 下调
晚期糖基化终产物受体(RAGE) -2.676 -1.42 0.01642 0.9861 下调
癌胚抗原(CEA) -2.147 -1.102 0.01764 0.9861 下调
促卵泡激素(FSH) -2.818 -1.495 0.02104 0.9861 下调
基质金属蛋白酶-10(MMP-10) -1.881 -0.911 0.02581 0.9861 下调
嗜中性粒细胞激活肽2(NAP-2) 3.271 1.71 0.03312 0.9861 上调
免疫球蛋白E(IgE) 2.611 1.385 0.03414 0.9861 上调
网膜素 -1.795 -0.844 0.03658 0.9861 下调
CD40配体(CD40-L) 2.877 1.525 0.04076 0.9861 上调
癌症抗原19-9(CA-19-9) -5.153 -2.365 0.04178 0.9861 下调
促黄体激素(LH) -2.136 -1.095 0.04562 0.9861 下调
MDS子集中的16种蛋白质被鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003491
在合并(AML和MDS)集中7种蛋白质被鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003492
实施例2
此实施例描述来自试验BGBIL006(NCT02872259)的分析的结果，所述试验由来自被诊断患有黑素瘤的患者的样品组成。向受试者施用Axl抑制剂BGB324与派姆单抗或达拉菲尼和曲美替尼的组合。
14种蛋白质被鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003501
实施例3
此实施例描述来自试验BGBC007(NCT03184558)的分析的结果，所述试验由来自被诊断患有黑素瘤的患者的样品组成。向受试者施用Axl抑制剂BGB324与派姆单抗的组合。
8种蛋白质被鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003502
Figure BDA0002887399950003511
实施例4
此实施例描述来自试验BGBC008(NCT03184571)的分析的结果，所述试验由来自被诊断患有NSCLC的患者的样品组成。向受试者施用Axl抑制剂BGB324与派姆单抗的组合。
17种蛋白质被鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003512
实施例5
此实施例描述来自试验BGBIL005(NCT02922777)的分析的结果，所述试验由来自被诊断患有NSCLC的患者的样品组成。向受试者施用Axl抑制剂BGB324与多西他赛的组合。
8种蛋白质被鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003513
Figure BDA0002887399950003521
实施例6
此实施例描述来自试验BGBC004(NCT02424617)的分析的结果，所述试验由来自被诊断患有NSCLC的患者的样品组成。向受试者施用Axl抑制剂BGB324与埃罗替尼的组合。
9种蛋白质被鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003522
实施例7
此实施例描述来自试验BGBIL006(NCT02872259)(其由来自被诊断患有黑素瘤的患者的样品组成)和试验BGBC008(NCT03184571)(其由来自被诊断患有NSCLC的患者的样品组成)的分析的结果。向受试者施用Axl抑制剂BGB324与派姆单抗或达拉菲尼和曲美替尼的组合。
收集并分析了来自总共29例患者的样品(7例来自NCT02872259，并且22例来自NCT03184571)。作为临床试验筛选过程的一部分，临床实验室测量了基于血液的生物标志物乳酸脱氢酶(LDH)的治疗前水平，并将其输入电子病例报告表(eCRF)中。向受试者施用Axl抑制剂BGB324与派姆单抗或达拉菲尼和曲美替尼的组合，并且通过RECIST(实体瘤应答评估标准)标准测量应答。
发现在治疗前样品中，LDH蛋白在应答者与非应答者之间显著不同。使用每升287单位(U/L)的初始截止值，可将患者分为应答者和非应答者，测试准确度为79％。“正常”LDH水平被认为介于115-255U/L之间：
Figure BDA0002887399950003531
Figure BDA0002887399950003541
Figure BDA0002887399950003542
此外，对来自试验BGBIL006(NCT02872259)的数据进行了分析，以研究治疗前LDH水平与用BGB324和派姆单抗治疗后肿瘤大小的增加/减少之间的相关性。此分析的结果在图1中示出。
实施例8
此实施例描述来自试验BGBC003(NCT02488408)的进一步分析的结果，所述试验由来自被诊断患有急性骨髓性白血病(AML)和骨髓增生异常综合症(MDS)的患者的样品组成。以单一剂或与阿糖胞苷或地西他滨组合的形式向受试者施用Axl抑制剂BGB324。
蛋白质组数据集分为两个子集，一个子集仅具有AML样品，并且另一个子集仅具有MDS样品。通过对蛋白质组数据的统计分析，鉴定了应答者组与非应答者组之间蛋白质表达的治疗前(C1D1)差异。
所述分析将合并的AML和MDS单一疗法子集中的10种蛋白质鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
生物标志物ID FC logFC P值 调整的P值
维生素D结合蛋白 2.045 1.032 0.002 0.480 上调
生长/分化因子15(GDF-15) -2.006 -1.005 0.016 0.856 下调
EGFR 1.294 0.372 0.018 0.856 上调
上皮细胞粘附分子(EpCam) 2.457 1.297 0.019 0.856 上调
塔姆-霍斯福尔尿糖蛋白(THP) 1.665 0.735 0.023 0.856 上调
巨噬细胞刺激蛋白 1.605 0.682 0.025 0.856 上调
对氧磷酶-1(PON-1) 1.660 0.731 0.036 0.856 上调
胎球蛋白-A 1.268 0.343 0.040 0.856 上调
C-肽 -1.773 -0.826 0.045 0.856 下调
载脂蛋白A-II(Apo A-II) 1.309 0.389 0.045 0.856 上调
所述分析将合并的AML和MDS组合疗法子集中的5种蛋白质鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003551
实施例9
此实施例描述来自试验BGBIL006(NCT02872259)的分析的结果，所述试验由来自被诊断患有黑素瘤的患者的样品组成。向受试者施用Axl抑制剂BGB324与派姆单抗或达拉菲尼和曲美替尼的组合。
蛋白质组数据集分为两个子集，一个子集仅具有派姆单抗组合样品，并且另一个子集具有全部患者样品。通过对蛋白质组数据的统计分析，鉴定了应答者组与非应答者组之间蛋白质表达的治疗前(C1D1)差异。
所述分析将派姆单抗子集中的19种蛋白质鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003552
Figure BDA0002887399950003561
所述分析将全部患者数据集中的13种蛋白质鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003562
实施例10
此实施例描述来自试验BGBC008(NCT03184571)的进一步分析的结果，所述试验由来自被诊断患有NSCLC的患者的样品组成。向受试者施用Axl抑制剂BGB324与派姆单抗的组合。
21种蛋白质被鉴定为在治疗前样品中的应答者组与非应答者之间显著不同(p<0.05)(logFC＝蛋白质的Log2倍数变化；正值指示上调，而负值指示在目标比较中下调)：
Figure BDA0002887399950003563
Figure BDA0002887399950003571
参考文献
上文引用了许多出版物，以便更全面地描述和公开本公开以及本公开所属领域的现有技术。以下提供了这些参考文献的完整引用。这些参考文献中的每一者的全部内容并入本文。
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关于标准分子生物学技术，参见Sambrook，J.，Russel，D.W.Molecular Cloning，ALaboratory Manual.3 ed.2001，Cold Spring Harbor，New York：Cold Spring HarborLaboratory Press

Claims (25)

1.一种预测受试者的癌症相关结果的方法，所述方法包括评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量；
其中所述一种或多种生物标志物选自由以下组成的组：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L；并且
其中所述受试者患有、疑似患有或已被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包括：
评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的活性、表达或量，以获得所述一种或多种生物标志物的样品概况；以及
基于所述一种或多种生物标志物的样品概况进行预测；
任选地，其中通过将所述样品概况与对照概况进行比较来进行所述预测。
3.根据权利要求2所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触或向所述受试者施用所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂之前获得所述样品概况。
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述对照概况是：
(i)从患有AML的对照受试者群体获得；或
(ii)从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体获得；
(iii)从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性的对照受试者或对照受试者群体获得的生物标志物表达、活性或量的值的“平均值、中值或均值”或“标准范围”的预先确定的概况；
(iv)从具有指示对照受试者或对照受试者群体的生物标志物的已知“平均值、中值或均值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗缺乏敏感性；
(v)从患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的对照受试者或对照受试者群体获得的生物标志物表达、活性或量“阈值”的预先确定的概况；或
(vi)从具有指示对照受试者或对照受试者群体的生物标志物的已知“阈值”的对照样品获得，所述对照受试者或对照受试者群体患有AML并且先前发现对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感。
5.根据权利要求3-4中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较高指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
6.根据权利要求3-5中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括以下中的至少一者：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9和/或LH，
并且其中与所述对照概况相比，所述样品概况中所述生物标志物中的一者或多者的活性、表达或量较低指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl，
任选地，其中所述一种或多种生物标志物包括Axl和至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种选自以下的其他生物标志物：FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L。
8.根据权利要求2所述的方法，其中在使所述受试者与能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触后获得所述样品概况，
任选地，其中在使所述受试者与所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂接触之前从同一受试者获得所述对照概况。
9.根据权利要求8所述的方法，其中与所述对照概况相比，所述样品概况中一种或多种生物标志物的活性、表达或量的增加指示对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的敏感性较高。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述一种或多种生物标志物至少包括Axl。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述方法包括确定所述受试者或源自所述受试者的样品中所述生物标志物中的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20种的量。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中评估所述受试者中或源自所述受试者的样品中一种或多种生物标志物的表达或量包括：
使样品或来自所述样品的提取物与至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员接触，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至相应的生物标志物蛋白；以及
检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物蛋白形成的复合物的形成，
任选地，其中所述特异性结合成员包括抗体分子或其结合片段。
13.根据权利要求3-12中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂是Axl抑制剂。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述Axl抑制剂是BGB324/R428/本森替尼。
15.根据权利要求13所述的方法，其中所述Axl抑制剂是WO2015/193428、WO2015/193430、WO2016/097370或WO2016/166296中描述的抗Axl抗体。
16.根据权利要求3-15中任一项所述的方法，其中所述能够抑制或逆转EMT的剂与另一种癌症治疗组合施用。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述另一种癌症治疗是阿糖胞苷或地西他滨。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述受试者是哺乳动物；
任选地，其中所述受试者是人。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品；
任选地，其中所述样品是血清样品。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，其中所述方法是在体外或离体进行。
21.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗的方法，所述方法包括：
使用根据权利要求1-20中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行治疗。
22.一种选择患有、疑似患有或被诊断为患有急性髓细胞性白血病(AML)的受试者以用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行持续治疗的方法，所述方法包括：
使用根据权利要求8-20中任一项所述的方法，鉴定对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的受试者；以及
选择如此鉴定的受试者进行持续治疗。
23.一种诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置包括：
1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个特异性结合成员，所述特异性结合成员中的每一者选择性地结合至选自由以下组成的组的生物标志物：Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L；以及
一种或多种用于检测所述一个或多个特异性结合成员的试剂，或一种或多种用于检测和/或定量由所述特异性结合成员和所述生物标志物形成的复合物的形成的试剂。
24.根据权利要求23所述的诊断试剂盒或测试装置，所述诊断试剂盒或测试装置用于预测受试者的癌症相关结果的方法中，
任选地，其中所述方法是根据权利要求1-20中任一项所述的方法。
25.Axl、FGF-21、RAGE、CEA、FSH、MMP-10、网膜素、CA-19-9、LH、触珠蛋白、NAP-2、IgE和/或CD40-L中的一者或多者作为生物标志物用于确定受试者是否对用能够抑制或逆转EMT的剂或化学治疗剂进行治疗敏感的用途，
任选地，其中所述用途是在根据权利要求1-20中任一项所述的方法中用作生物标志物。
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