JP2021531751A - アデノシン経路活性化を有する癌を検出および治療するための方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2018年7月12日に出願された米国仮特許出願第62/697,303号、2018年10月8日に出願された米国仮特許出願第62/742,912号、2018年11月8日に出願された米国仮特許出願第62/757,623号、および2019年5月10日に出願された米国仮特許出願第62/846,524号の優先権を主張し、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される「a」または「an」という用語は、1つ以上を意味する。
腫瘍微小環境における細胞外アデノシンは、免疫細胞上のアデノシン受容体、例えば、A2A受容体(A2AR)を介してシグナル伝達することによって、腫瘍の成長および転移を促進する免疫抑制ニッチを生成する。理論によって拘束されることなく、腫瘍微小環境に高レベルのアデノシンを有する腫瘍を有する患者は、アデノシン経路阻害剤(例えば、ADORA2Aアンタゴニスト)による治療のための良い候補者であると考えられる。実施形態において、本開示は、腫瘍または対象における遺伝子/タンパク質または遺伝子/タンパク質のサブセットの発現を測定することによって腫瘍、または癌を有する対象において、遺伝子もしくはタンパク質、または遺伝子もしくはタンパク質のサブセットの発現レベルを判定することによって、癌がアデノシン経路阻害剤による治療の影響を受けやすいと予想されるかどうかを判定する方法に関する。
バイオマーカー(複数可)を検出する方法
本開示は、対象からの生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することを含む、癌を有する、または癌を有する疑いのある対象における1つ以上の遺伝子またはタンパク質(上記のように)の発現レベルを検出するための方法に関する。理論によって拘束されることなく、1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルは、対象(または癌)におけるアデノシン経路の活性化のレベル、およびアデノシン経路の阻害剤による治療に対する癌の感受性を示すと考えられる。
本開示はさらに、癌を有する対象を治療する方法に関し、本方法は、対象から生物学的サンプルを得ることと、生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子またはタンパク質(上記のように)の発現レベルを検出することと、対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤(例えば、ADORA2Aアンタゴニスト)を投与し、それにより癌を治療することと、を含む。
一態様において、アデノシン経路の活性化と相関する発現を有する1つ以上の遺伝子を識別する方法が、提供される。実施形態において、本方法は、1つ以上の遺伝子の発現を1つ以上のアデノシン活性化遺伝子の発現と比較することを含み、アデノシン活性化遺伝子は、アデノシン経路の活性化に応答して上方調節されることが知られている遺伝子である。実施形態において、本方法は、1つ以上の遺伝子の発現を1つ以上のアデノシン抑制遺伝子の発現と比較することを含み、アデノシン抑制遺伝子は、アデノシン経路の活性化に応答して下方調節されることが知られている遺伝子である。
実施形態において、生物学的サンプル中の遺伝子発現のレベルを判定するためのキットが提供され、キットは、(i)CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、および/またはWDR83OSから選択される1つ以上の遺伝子のためのプライマーと、(ii)生物学的サンプルを処理するための試薬と、を含む。実施形態において、生物学的サンプルを処理するための試薬は、生物学的サンプルからcDNAを調製するための試薬である。表1および/または表2に列記されるもの
5’−N−エチルカルボキサミドアデノシン(NECA)で処理され、抗CD3/CD28抗体で活性化された正常で健常なヒト末梢血単核細胞(PBMC)から精製されたRNAを、NanoStringハイブリダイゼーションベースの定量化(NanoString Technologies,Inc.)によって分析した。図1は、NanoString定量化データを示し、標識された遺伝子は、NECA処置によって一貫して調節される。各ドットは、特定の遺伝子の発現レベルを表す。ドットシェードは、使用されたNECAおよび/または異なるPBMCドナーの濃度を表す。対角軸より上の遺伝子は、DMSO対照と比較して上方調節されている。対角軸より下の遺伝子は、DMSO対照と比較して下方調節されている。表3は、NanoString NPR1配列決定によって判定された、0.1μM、1μM、および/または10μMのNECA処理(ビヒクル処理対照と比較して)によって上方調節または下方調節された遺伝子の一覧を提供する。
CXCL5タンパク質発現のNECA活性化を評価した。PBMCは、2人の異なるヒトドナーから採取された。図2Aに示されるように、細胞は、NECAで処理され、続いてCPI−444で処理され、次いで、抗CD3/CD28で処理されて、PBMCを活性化した。CPI−444(Corvus Pharmaceuticals)は、アデノシンA2A受容体のアンタゴニストである。培養上清中のCXCL5タンパク質は、活性化の2日後にELISAによって評価された。データを、図2Bおよび2Cに提供する。CXCL5の発現は、NECAによって活性化される。CXCL5におけるこの活性化が、NECAの免疫抑制効果を中和するA2AR受容体アンタゴニストであるCPI−444の添加によってブロックすることができる。これは、CXCL5の誘導がアデノシン受容体を介したシグナル伝達に特異的であることを確立する。
アデノシンによって調節されることが示された遺伝子のサブセットの発現と比較したCCL20の遺伝子発現は、癌ゲノムアトラス(National Cancer Institute,National Human Genome Research Institute;cancergenome.nih.govで見つけられる)Genomic Data Commons Data Portalを使用して、複数の固形腫瘍型で判定された。アデノシン経路の発現レベルは、アデノシンによって誘導されることが示された遺伝子(CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、SERPINB2、IL8、およびIL1B)の発現のLog2の平均として各腫瘍型で計算された。CCL20の遺伝子発現およびこの遺伝子サブセットの発現は、固形腫瘍で高度に相関しており(図3Aおよび3B)、CCL20(および共調節遺伝子)がこの遺伝子サブセットの発現の代理として使用され得ることを示す。全ての腫瘍型について、p<0.0001。全ての腫瘍型について、この遺伝子群は、CCL20と全ての遺伝子相関の上位5%にある。12種類の腫瘍のうちの7種類について、この遺伝子群は、CCL20と全ての遺伝子相関の上位1%にある。
方法:RCC(n=30)の患者からの試験スクリーニングで得られた腫瘍生検は、免疫活性および炎症の770個のマーカーを含むNanostring PanCancer Immune Panelで遺伝子発現プロファイルについて分析された。遺伝子発現相関(スピアマン)マトリックスを、階層的クラスター化を行い(ウォード法)、腫瘍全体で共発現した遺伝子のモジュールを識別した。遺伝子発現は、PanCancer免疫パネルに含まれるハウスキーパー遺伝子に対して正規化された。遺伝子クラスターの発現強度を、腫瘍サイズにおける評価可能な最良の変化が0以下(n=8)と0超(n=15)の患者間で比較した。複合遺伝子発現スコアは、アデノシンによって正常な末梢血単核細胞でインビトロで誘導されることが示された7つの遺伝子(CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、IL1B、IL8、SERPINB2)の発現値(正規化されたNanostringカウント)のLog2の平均値として計算された。タンパク質発現は、MesoScaleアッセイを使用して、ベースライン(未治療)腎細胞癌(RCC)患者からの血液(血漿)サンプルから判定された。
腎癌患者を、CPI−444で治療し、腫瘍サイズにおける変化を測定した。高いCCL20および低いCX3CL1血漿タンパク質レベルを有する患者は、CPI−444による治療に応答する可能性が高かった(図8A)。腫瘍が高い複合遺伝子発現スコアを示した4人の患者は、治療後に腫瘍サイズにおける減少を示したが、腫瘍退縮は、低い複合遺伝子発現スコアを有する腫瘍を有する患者においては観察されなかった(図8Bおよび8C)。
CD68の遺伝子発現およびアデノシンシグネチャー遺伝子モジュールにおける遺伝子の発現は、治療前のRCCサンプル(図11A)および市販の腎癌サンプル(図11B)で評価された固形腫瘍で高度に相関する。
アデノシンレベルによって調節される遺伝子のサブセットの発現は、RCCにおけるCPI−444治療を伴う進行中のPh1/1b試験における腫瘍退縮と相関する。遺伝子のサブセットの高い発現を有する患者は、低い発現を有する患者よりも腫瘍退縮を有する可能性が高かった。A2ARアゴニストは、MDSCおよび単球/マクロファージ生物学の免疫抑制メディエーターによって支配された特定の遺伝子シグネチャーを誘導する。CPI−444によるこれらの遺伝子およびタンパク質の阻害は、治療を受けた患者の腫瘍生検でインビトロおよびインビボで観察される。これらの遺伝子およびタンパク質は、高レベルのアデノシンを有する患者を識別し、アデノシン産生またはシグナル伝達に拮抗する薬剤による治療に応答する可能性が最も高い患者を選択するための患者選択のためのバイオマーカーとして使用することができる。
8つのアデノシン誘導免疫関連遺伝子(IL1B、PTGS2、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8)の発現は、CPI−444のPh1/1b臨床試験からの患者腫瘍サンプル中の検出可能なレベルで発現されたため、アデノシン調節遺伝子として選択された。遺伝子発現複合スコア(「AdenoSig」)は、各遺伝子成分のカウントのLog2値の平均値として計算された。Ph1/1b試験で評価された全てのRCC患者のAdenoSigの分布が判定され、最適なカットオフは、AdenoSigの低い発現を有する患者と高い発現を有する患者を区別するために選択された。
1.Katoh et al.,“CXCR2−Expressing Myeloid−Derived Suppressor Cells are Essential to Protein Colitis−Associated Tumorigenesis,” Cancer Cell
2.Steele et al.,“CXCR2 Inhibition Profoundly Suppresses Metastases and Augments Immunotherapy in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma,” Cancer Cell
3.Willingham S,et al.Identification of Adenosine Pathway Genes Associated with Response to Therapy with the Adenosine Receptor Antagonist CPI−444.European Society for Medical Oncology poster presentation.Munich,Germany,2018.
実施形態1.癌を有する、または癌を有する疑いのある対象における1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出するための方法であって、
a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
b)生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、遺伝子が、CD68、CD163、BIRC5、BST1、CARD11、CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CDK1、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、CXCL2、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、SAA1、TFRC、TLR5、TNFRSF11A、TNFSF14、TREM1、TREM2、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、LBP、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH1、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、MIF、NOTCH1、NRP1、PRKCE、RORA、TLR3、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、S100A8、および/またはWDR83OSから選択される、検出することと、を含む、方法。
(c)サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを、好適な対照中の1つ以上の遺伝子の発現レベルと比較することをさらに含む、実施形態1〜21のいずれか1つの方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、遺伝子が、CD68、CD163、BIRC5、BST1、CARD11、CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CDK1、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、CXCL2、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、SAA1、TFRC、TLR5、TNFRSF11A、TNFSF14、TREM1、TREM2、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、LBP、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH1、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、MIF、NOTCH1、NRP1、PRKCE、RORA、TLR3、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、S100A8、および/またはWDR83OSから選択される、検出することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、遺伝子が、CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、TREM2、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、および/またはTNFSF18から選択され、
対照よりも高い1つ以上の遺伝子の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、遺伝子が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/またはVEGFAから選択され、
対照よりも低い1つ以上の遺伝子の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、遺伝子が、CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、および/またはTREM2から選択され、
対照よりも高い1つ以上の遺伝子の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、遺伝子が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/またはVEGFAから選択され、
対照よりも低い1つ以上の遺伝子の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、遺伝子が、CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、および/またはTREM21から選択され、対照よりも高い1つ以上の遺伝子の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、遺伝子が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/またはVEGFAから選択され、対照よりも低い1つ以上の遺伝子の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/もしくはVEGFAから選択される1つ以上の遺伝子の減少した発現レベル、ならびに/あるいはCD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、および/もしくはTREM21から選択される1つ以上の遺伝子の増加した発現レベルを有するとしての患者の識別を受容することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上のタンパク質の発現レベルを検出することであって、タンパク質が、CD68、CD163、LBP、BIRC5、BST1、CARD11、CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CDK1、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、CXCL2、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、SAA1、TFRC、TLR5、TNFRSF11A、TNFSF14、TREM1、TREM2、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH1、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、MIF、NOTCH1、NRP1、PRKCE、RORA、TLR3、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、S100A8、および/またはWDR83OSから選択される、検出することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上のタンパク質の発現レベルを検出することであって、タンパク質が、CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、および/またはTREM2から選択され、
対照よりも高い1つ以上のタンパク質の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上のタンパク質の発現レベルを検出することであって、タンパク質が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/またはVEGFAから選択され、
対照よりも低い1つ以上のタンパク質の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上のタンパク質の発現レベルを検出することであって、タンパク質が、CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、および/またはTREM2から選択され、
対照よりも高い1つ以上のタンパク質の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上のタンパク質の発現レベルを検出することであって、タンパク質が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/またはVEGFAから選択され、
対照よりも低い1つ以上のタンパク質の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上のタンパク質の発現レベルを検出することであって、タンパク質が、CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、および/またはTREM2から選択され、対照よりも高い1つ以上のタンパク質の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の1つ以上のタンパク質の発現レベルを検出することであって、タンパク質が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/またはVEGFAから選択され、対照よりも低い1つ以上のタンパク質の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/もしくはVEGFAから選択される1つ以上のタンパク質の減少した発現レベル、ならびに/あるいはCD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、および/もしくはTREM21から選択される1つ以上のタンパク質の増加した発現レベルを有するとしての患者の識別を受容することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(i)CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、CXCL2、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、TREM2、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、および/またはWDR83OSから選択される1つ以上の遺伝子のためのプライマーと、
(ii)生物学的サンプルを処理するための試薬と、を含む、キット。
a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
b)生物学的サンプル中のCD68および/またはCD163の発現レベルを検出することと、を含む、方法。
(c)サンプル中のCD68および/またはCD163の発現レベルを、好適な対照中のCD68および/またはCD163の発現レベルと比較することをさらに含む、実施形態213〜228のいずれか1つの方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中のCD68および/またはCD163の発現レベルを検出することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(c)サンプル中のCD68および/またはCD163の発現レベルを、好適な対照中のCD68および/またはCD163の発現レベルと比較することをさらに含む、実施形態231〜250のいずれか1つの方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)CD68および/またはCD163の発現レベルを検出することであって、
好適な対照よりも高いCD68および/またはCD163の発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の、ACTBL2、ADAM8、ALOX5AP、ANXA2P2、AQP9、AREG、ARHGAP9、BCL2A1、BCL3、BDKRB2、BIRC3、C10orf55、C15orf48、C19orf59、C1orf38、C1R、C1S、C3、C5AR1、C8orf4、CASP4、CCL18、CCL2、CCL20、CCL3、CCL3L1、CCL4、CCL4L2、CCL7、CCL8、CCR1、CD14、CD300A、CD300E、CD300LB、CD53、CD69、CD86、CDCP1、CEACAM3、CFB、CLEC4A、CLEC4D、CLEC4E、CLEC5A、CLEC7A、CSF2、CSF2RB、CSF3、CSF3R、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCR1、CXCR2、CXorf21、CYR61、CYTH4、CYTIP、DAPP1、DUSP1、DUSP5、EGR3、EMP1、EMR2、EMR3、EREG、F3、FCAR、FCER1G、FCGR2A、FCGR2B、FCGR3B、FFAR2、FGR、FOS、FOSL1、FPR1、FPR2、G0S2、GLIPR1、GNA15、GPR109A、GPR109B、GPR183、GPR84、GPR97、GPRC5A、HAS1、HBEGF、HCK、HK3、ICAM1、IER3、IL10、IL1A、IL1B、IL1R2、IL1RL1、IL1RN、IL4R、IL6、IL7R、IL8、JUNB、KLF6、LAMC2、LCP2、LIF、LILRA5、LILRA6、LILRB2、LILRB3、LRG1、LYN、MAFF、MAP3K8、MCL1、MEFV、MMP1、MMP12、MMP3、MMP7、MNDA、MYO1G、NAMPT、NCF2、NCF4、NCOA7、NFE2、NFKBIZ、NLRP3、NNMT、OBFC2A、OSM、OSMR、P2RY6、PF4V1、PHLDA1、PI3、PLAU、PLAUR、PLEK、PLK3、PPBP、PPP1R15A、PRDM1、PTGS2、PTPN22、RARRES1、RASGRP4、RGS1、RGS2、RND1、RND3、S100A12、S100A8、S100A9、SAA1、SAA2、SAA4、SAMSN1、SAT1、SELE、SERPINA1、SERPINB2、SERPINB4、SERPINB7、SERPINB8、SERPINE1、SLC11A1、SLC2A14、SLC2A3、SNAI1、SOCS3、SOD2、SPI1、SRGN、STX11、TDO2、TGM2、THBS1、TLR2、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TNFAIP6、TNIP3、TREM1、VNN1、VNN2、VNN3、ZC3H12A、ZFP36から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することと、を含む、方法。
(c)サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを、好適な対照中の1つ以上の遺伝子の発現レベルと比較することをさらに含む、実施形態259の方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の、ACTBL2、ADAM8、ALOX5AP、ANXA2P2、AQP9、AREG、ARHGAP9、BCL2A1、BCL3、BDKRB2、BIRC3、C10orf55、C15orf48、C19orf59、C1orf38、C1R、C1S、C3、C5AR1、C8orf4、CASP4、CCL18、CCL2、CCL20、CCL3、CCL3L1、CCL4、CCL4L2、CCL7、CCL8、CCR1、CD14、CD300A、CD300E、CD300LB、CD53、CD69、CD86、CDCP1、CEACAM3、CFB、CLEC4A、CLEC4D、CLEC4E、CLEC5A、CLEC7A、CSF2、CSF2RB、CSF3、CSF3R、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCR1、CXCR2、CXorf21、CYR61、CYTH4、CYTIP、DAPP1、DUSP1、DUSP5、EGR3、EMP1、EMR2、EMR3、EREG、F3、FCAR、FCER1G、FCGR2A、FCGR2B、FCGR3B、FFAR2、FGR、FOS、FOSL1、FPR1、FPR2、G0S2、GLIPR1、GNA15、GPR109A、GPR109B、GPR183、GPR84、GPR97、GPRC5A、HAS1、HBEGF、HCK、HK3、ICAM1、IER3、IL10、IL1A、IL1B、IL1R2、IL1RL1、IL1RN、IL4R、IL6、IL7R、IL8、JUNB、KLF6、LAMC2、LCP2、LIF、LILRA5、LILRA6、LILRB2、LILRB3、LRG1、LYN、MAFF、MAP3K8、MCL1、MEFV、MMP1、MMP12、MMP3、MMP7、MNDA、MYO1G、NAMPT、NCF2、NCF4、NCOA7、NFE2、NFKBIZ、NLRP3、NNMT、OBFC2A、OSM、OSMR、P2RY6、PF4V1、PHLDA1、PI3、PLAU、PLAUR、PLEK、PLK3、PPBP、PPP1R15A、PRDM1、PTGS2、PTPN22、RARRES1、RASGRP4、RGS1、RGS2、RND1、RND3、S100A12、S100A8、S100A9、SAA1、SAA2、SAA4、SAMSN1、SAT1、SELE、SERPINA1、SERPINB2、SERPINB4、SERPINB7、SERPINB8、SERPINE1、SLC11A1、SLC2A14、SLC2A3、SNAI1、SOCS3、SOD2、SPI1、SRGN、STX11、TDO2、TGM2、THBS1、TLR2、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TNFAIP6、TNIP3、TREM1、VNN1、VNN2、VNN3、ZC3H12A、および/またはZFP36から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することと、
(c)対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより癌を治療することと、を含む、方法。
(d)サンプル中の1つ以上の遺伝子の発現レベルを、好適な対照中の1つ以上の遺伝子の発現レベルと比較することをさらに含む、実施形態286〜292のいずれか1つの方法。
(a)対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の、ACTBL2、ADAM8、ALOX5AP、ANXA2P2、AQP9、AREG、ARHGAP9、BCL2A1、BCL3、BDKRB2、BIRC3、C10orf55、C15orf48、C19orf59、C1orf38、C1R、C1S、C3、C5AR1、C8orf4、CASP4、CCL18、CCL2、CCL20、CCL3、CCL3L1、CCL4、CCL4L2、CCL7、CCL8、CCR1、CD14、CD300A、CD300E、CD300LB、CD53、CD69、CD86、CDCP1、CEACAM3、CFB、CLEC4A、CLEC4D、CLEC4E、CLEC5A、CLEC7A、CSF2、CSF2RB、CSF3、CSF3R、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCR1、CXCR2、CXorf21、CYR61、CYTH4、CYTIP、DAPP1、DUSP1、DUSP5、EGR3、EMP1、EMR2、EMR3、EREG、F3、FCAR、FCER1G、FCGR2A、FCGR2B、FCGR3B、FFAR2、FGR、FOS、FOSL1、FPR1、FPR2、G0S2、GLIPR1、GNA15、GPR109A、GPR109B、GPR183、GPR84、GPR97、GPRC5A、HAS1、HBEGF、HCK、HK3、ICAM1、IER3、IL10、IL1A、IL1B、IL1R2、IL1RL1、IL1RN、IL4R、IL6、IL7R、IL8、JUNB、KLF6、LAMC2、LCP2、LIF、LILRA5、LILRA6、LILRB2、LILRB3、LRG1、LYN、MAFF、MAP3K8、MCL1、MEFV、MMP1、MMP12、MMP3、MMP7、MNDA、MYO1G、NAMPT、NCF2、NCF4、NCOA7、NFE2、NFKBIZ、NLRP3、NNMT、OBFC2A、OSM、OSMR、P2RY6、PF4V1、PHLDA1、PI3、PLAU、PLAUR、PLEK、PLK3、PPBP、PPP1R15A、PRDM1、PTGS2、PTPN22、RARRES1、RASGRP4、RGS1、RGS2、RND1、RND3、S100A12、S100A8、S100A9、SAA1、SAA2、SAA4、SAMSN1、SAT1、SELE、SERPINA1、SERPINB2、SERPINB4、SERPINB7、SERPINB8、SERPINE1、SLC11A1、SLC2A14、SLC2A3、SNAI1、SOCS3、SOD2、SPI1、SRGN、STX11、TDO2、TGM2、THBS1、TLR2、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TNFAIP6、TNIP3、TREM1、VNN1、VNN2、VNN3、ZC3H12A、および/またはZFP36から選択される1つ以上の遺伝子の発現レベルを検出することであって、
好適な対照よりも高い発現レベルは、対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、検出することと、を含む、方法。
Claims (192)
- 癌を有する、または癌を有する疑いのある対象における1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを検出するための方法であって、
a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
b)前記生物学的サンプル中の前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを検出することであって、前記遺伝子またはタンパク質が、CD68、CD163、BIRC5、BST1、CARD11、CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CDK1、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、CXCL2、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、SAA1、TFRC、TLR5、TNFRSF11A、TNFSF14、TREM1、TREM2、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、LBP、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH1、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、MIF、NOTCH1、NRP1、PRKCE、RORA、TLR3、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、S100A8、および/またはWDR83OSから選択される、検出することと、を含む、方法。 - 前記遺伝子またはタンパク質が、CCL2、CCL3、CCL7、CD300E、CD93、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL8、ECEL1、HAS1、IL−1β、IL8、IL23、INHBA、PADI2、PID1、PTGS2、SCL747、SERPINB2、ST6GALNAC2、および/またはTHBS1から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、SERPINB2、IL8、および/またはIL−1βから選択される、請求項2に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、IL1β、PTGS2、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、および/またはCXCL8から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、および/またはTBX21から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、EHF、FUT7、および/またはOST4から選択される、請求項5に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CCL20およびCX3CL1を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL6を含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL8を含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CD68を含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CD163を含む、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、TREM2、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、および/またはTNFSF18から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、および/またはTNFSF18から選択される、請求項12に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/またはVEGFAから選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CDH1、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、MIF、PPARG、RORA、RORC、SPA17、STAT5B、TLR3、および/またはTOLLIPから選択される、請求項14に記載の方法。
- 他の遺伝子またはタンパク質の発現が、検出されない、請求項1〜15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、または免疫細胞から選択される、請求項1〜16のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、腫瘍生検である、請求項17に記載の方法。
- 遺伝子発現が、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、またはハイブリダイゼーションベースの配列決定によって測定される、請求項1〜18のいずれか一項に記載の方法。
- (c)前記サンプル中の前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを、好適な対照中の前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルと比較することをさらに含む、請求項1〜19のいずれか一項に記載の方法。
- 前記好適な対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項20に記載の方法。
- 前記癌におけるCD68タンパク質レベルおよび/またはCD163タンパク質レベルを判定することをさらに含む、請求項1〜21のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CD68タンパク質レベルおよび/または前記CD163タンパク質レベルが、免疫組織化学によって判定される、請求項22に記載の方法。
- 癌を有する対象を治療する方法であって、
(a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)前記生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを検出することであって、前記遺伝子またはタンパク質が、CD68、CD163、BIRC5、BST1、CARD11、CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CDK1、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、CXCL2、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、SAA1、TFRC、TLR5、TNFRSF11A、TNFSF14、TREM1、TREM2、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、LBP、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH1、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、MIF、NOTCH1、NRP1、PRKCE、RORA、TLR3、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、S100A8、および/またはWDR83OSから選択される、検出することと、
(c)前記対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより前記癌を治療することと、を含む、方法。 - 前記アデノシン経路阻害剤が、A2A受容体(ADORA2A)アンタゴニストである、請求項24に記載の方法。
- 前記ADORA2Aアンタゴニストが、CPI−444である、請求項25に記載の方法。
- 前記アデノシン経路阻害剤が、CD73アンタゴニスト、CD38アンタゴニスト、CD39アンタゴニスト、またはアデノシンデアミナーゼであるである、請求項24に記載の方法。
- 前記CD73アンタゴニストが、抗CD73抗体である、請求項27に記載の方法。
- 前記対象に、CXCR2阻害剤を投与することをさらに含む、請求項24〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CXCR2阻害剤が、AZD5069、抗CXCR2抗体、およびナバリキシンから選択される、請求項29に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CCL20およびCX3CL1を含む、請求項24〜30のいずれか一項に記載の方法。
- 高いCCL20発現および低いCX3CL1発現は、前記対象が前記アデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、請求項31に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL6を含む、請求項24〜32のいずれか一項に記載の方法。
- 高いIL6発現は、前記対象が前記アデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、請求項33に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL8を含む、請求項24〜34のいずれか一項に記載の方法。
- 高いIL8発現は、前記対象が前記アデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、請求項35に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CCL2、CCL3、CCL7、CD300E、CD93、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、ECEL1、HAS1、IL−1β、IL8、IL23、INHBA、PADI2、PID1、PTGS2、SCL747、SERPINB2、ST6GALNAC2、および/またはTHBS1から選択される、請求項24〜30のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、SERPINB2、IL8、および/またはIL−1βから選択される、請求項37に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、IL1β、PTGS2、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、および/またはCXCL8から選択される、請求項37に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CD68を含む、請求項24〜39のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CD163を含む、請求項24〜39のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、および/またはTBX21から選択される、請求項1〜30のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、EHF、FUT7、および/またはOST4から選択される、請求項42に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、BIRC5、BST1、C4BPA、CARD11、CCL11、CDK1、CLEC5A、CXCL1、CXCL2、CXCL6、LIF、PTGS2、SAA1、SLC11A1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C1R、C1S、C2、CCL20、CCL8、CD14、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IL8、IRAK4、LY96、LYN、PLAUR、RIPK2、STAT2、STAT3、TLR5、TNFSF14、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCL3、CXCL5、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、LBP、MAP2K2、PRAME、PSMD7、および/またはTNFSF18から選択される、請求項1〜30のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CDH1、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、MIF、PPARG、RORA、RORC、SPA17、STAT5B、TLR3、および/またはTOLLIPから選択される、請求項1〜30のいずれか一項に記載の方法。
- 他の遺伝子またはタンパク質の発現が、検出されない、請求項1〜45のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、または免疫細胞から選択される、請求項1〜46のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、腫瘍生検である、請求項47に記載の方法。
- 遺伝子発現が、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、またはハイブリダイゼーションベースの配列決定によって測定される、請求項1〜48のいずれか一項に記載の方法。
- 前記癌におけるCD68タンパク質レベルおよび/またはCD163タンパク質レベルを判定することをさらに含む、請求項24〜49のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CD68タンパク質レベルおよび/または前記CD163タンパク質レベルが、免疫組織化学によって判定される、請求項50に記載の方法。
- アデノシン経路阻害剤による治療のための対象を選択するための方法であって、前記対象が、癌を有するか、または癌を有する疑いがあり、
(a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)前記生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子またはタンパク質の高レベルの発現を検出することであって、前記遺伝子またはタンパク質が、CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、TREM2、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、および/またはTNFSF18から選択される、検出することと、
(c)アデノシン経路阻害剤による治療のための前記対象を選択することと、を含む、方法。 - 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL6を含む、請求項52に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL8を含む、請求項52または53に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CCL2、CCL3、CCL7、CD300E、CD93、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL8、ECEL1、HAS1、IL−1β、IL8、IL23、INHBA、PADI2、PID1、PTGS2、SCL747、SERPINB2、ST6GALNAC2、および/またはTHBS1から選択される、請求項52に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、BIRC5、BST1、C4BPA、CARD11、CCL11、CDK1、CLEC5A、CXCL1、CXCL2、CXCL6、LIF、PTGS2、SAA1、SLC11A1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C1R、C1S、C2、CCL20、CCL8、CD14、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IL8、IRAK4、LY96、LYN、PLAUR、RIPK2、STAT2、STAT3、TLR5、TNFSF14、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCL3、CXCL5、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、LBP、MAP2K2、PRAME、PSMD7、および/またはTNFSF18から選択される請求項52〜55のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CD68を含む、請求項52〜56のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CD163を含む、請求項52〜56のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アデノシン経路阻害剤が、A2A受容体(ADORA2A)アンタゴニストである、請求項52〜58のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ADORA2Aアンタゴニストが、CPI−444である、請求項57に記載の方法。
- 前記アデノシン経路阻害剤が、CD73アンタゴニスト、CD38アンタゴニスト、CD39アンタゴニスト、またはアデノシンデアミナーゼである、請求項52〜60のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CD73アンタゴニストが、抗CD73抗体である、請求項61に記載の方法。
- 前記対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項52〜62のいずれか一項に記載の方法。
- 他の遺伝子またはタンパク質の発現が、検出されない、請求項52〜63のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、または免疫細胞から選択される、請求項52〜64のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、腫瘍生検である、請求項65に記載の方法。
- 遺伝子発現が、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、またはハイブリダイゼーションベースの配列決定によって測定される、請求項52〜66のいずれか一項に記載の方法。
- 前記癌におけるCD68タンパク質レベルおよび/またはCD163タンパク質レベルを判定することをさらに含む、請求項53〜67のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CD68タンパク質レベルおよび/または前記CD163タンパク質レベルが、免疫組織化学によって判定される、請求項68に記載の方法。
- アデノシン経路阻害剤による治療のための対象を選択するための方法であって、前記対象が、癌を有するか、または癌を有する疑いがあり、
(a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)前記生物学的サンプル中の1つ以上の遺伝子またはタンパク質の低レベルの発現を検出することであって、前記遺伝子またはタンパク質が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/またはVEGFAから選択される、検出することと、
(c)アデノシン経路阻害剤による治療のための前記対象を選択することと、を含む、方法。 - 前記遺伝子またはタンパク質が、EHF、FUT7、および/またはOST4から選択される、請求項70に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CDH1、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、MIF、PPARG、RORA、RORC、SPA17、STAT5B、TLR3、および/またはTOLLIPから選択される、請求項70に記載の方法。
- 前記アデノシン経路阻害剤が、A2A受容体(ADORA2A)アンタゴニストである、請求項70〜72のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ADORA2Aアンタゴニストが、CPI−444である、請求項73に記載の方法。
- 前記アデノシン経路阻害剤が、CD73アンタゴニスト、CD38アンタゴニスト、CD39アンタゴニスト、またはアデノシンデアミナーゼである、請求項70〜74のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CD73アンタゴニストが、抗CD73抗体である、請求項75に記載の方法。
- 前記対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項70〜76のいずれか一項に記載の方法。
- 他の遺伝子またはタンパク質の発現が、検出されない、請求項70〜77のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、または免疫細胞から選択される、請求項70〜78のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、腫瘍生検である、請求項79に記載の方法。
- 遺伝子発現が、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、またはハイブリダイゼーションベースの配列決定によって測定される、請求項70〜80のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18および/またはTREM21から選択され、対照よりも高い前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルは、前記対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、請求項24に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL6を含む、請求項82に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL8を含む、請求項82または83に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CCL2、CCL3、CCL7、CD300E、CD93、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL8、ECEL1、HAS1、IL−1β、IL8、IL23、INHBA、PADI2、PID1、PTGS2、SCL747、SERPINB2、ST6GALNAC2、および/またはTHBS1から選択される、請求項82〜84のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、BIRC5、BST1、C4BPA、CARD11、CCL11、CDK1、CLEC5A、CXCL1、CXCL2、CXCL6、LIF、PTGS2、SAA1、SLC11A1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C1R、C1S、C2、CCL20、CCL8、CD14、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IL8、IRAK4、LY96、LYN、PLAUR、RIPK2、STAT2、STAT3、TLR5、TNFSF14、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCL3、CXCL5、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、LBP、MAP2K2、PRAME、PSMD7、およびTNFSF18から選択される、請求項82〜85のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CD68を含む、請求項82〜86のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CD163を含む、請求項82〜87のいずれか一項に記載の方法。
- 他の遺伝子またはタンパク質の発現が、検出されない、請求項82〜88のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、または免疫細胞から選択される、請求項82〜87のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、腫瘍生検である、請求項90に記載の方法。
- 遺伝子発現が、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、またはハイブリダイゼーションベースの配列決定によって測定される、請求項82〜91のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項82〜92のいずれか一項に記載の方法。
- 前記癌におけるCD68タンパク質レベルおよび/またはCD163タンパク質レベルを判定することをさらに含む、請求項82〜93のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CD68タンパク質レベルおよび/または前記CD163タンパク質レベルが、免疫組織化学によって判定される、請求項94に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/またはVEGFAから選択され、対照よりも低い前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルは、前記対象がアデノシン経路阻害剤による治療のための候補者であることを示す、請求項24に記載の方法。
- 前記アデノシン経路阻害剤が、A2A受容体(ADORA2A)アンタゴニストである、請求項82〜96のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ADORA2Aアンタゴニストが、CPI−444である、請求項97に記載の方法。
- 前記アデノシン経路阻害剤が、CD73アンタゴニスト、CD38アンタゴニスト、CD39アンタゴニスト、またはアデノシンデアミナーゼである、請求項82〜96のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CD73アンタゴニストが、抗CD73抗体である、請求項82〜96のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、EHF、FUT7、および/またはOST4から選択される、請求項96〜100のいずれか一項に記載の方法。
- 前記遺伝子またはタンパク質が、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CDH1、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、MIF、PPARG、RORA、RORC、SPA17、STAT5B、TLR3、および/またはTOLLIPから選択される、請求項96〜100のいずれか一項に記載の方法。
- 他の遺伝子またはタンパク質の発現が、検出されない、請求項82〜102のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、または免疫細胞から選択される、請求項82〜103のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、腫瘍生検である、請求項104に記載の方法。
- 遺伝子発現が、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、またはハイブリダイゼーションベースの配列決定によって測定される、請求項82〜105のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項82〜106のいずれか一項に記載の方法。
- 癌を有する対象を治療する方法であって、
(a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)生物学的サンプル中の、CCL24、CCNE1、EHF、FUT7、GALM、GBP6、IL5、LAP3、MRPL11、OST4、WDR83OS、TBX21、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、CD36、CDH1、MIF、RORA、TLR3、および/もしくはVEGFAから選択される1つ以上の遺伝子またはタンパク質の減少した発現レベル、ならびに/あるいはCD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL6、IL8、INHBA、LAYN、LOC100505585、NID1、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、S100A8、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、BIRC5、BST1、CARD11、CDK1、TNFRSF11A、TREM1、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、および/もしくはTREM21から選択される1つ以上の遺伝子またはタンパク質の増加した発現レベルを有するとして患者の識別を受容することと、
(c)前記対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより前記癌を治療することと、を含む、方法。 - 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL6を含む、請求項108に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、IL8を含む、請求項108に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、CCL20およびCX3CL1を含む、請求項108に記載の方法。
- 前記生物学的サンプル中のCCL20の発現レベルが、前記対照よりも高く、前記生物学的サンプル中のCX3CL1の発現レベルが、前記対照よりも低い、請求項111に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子の発現レベルが、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、ハイブリダイゼーションベースの配列決定によって決定された、請求項108〜112のいずれか一項に記載の方法。
- タンパク質発現が、ELISAによって測定される、請求項1〜113のいずれか一項に記載の方法。
- タンパク質発現が、免疫組織化学によって測定される、請求項1〜114のいずれか一項に記載の方法。
- 生物学的サンプル中の遺伝子発現のレベルを判定するためのキットであって、
(i)CD68、CD163、LBP、CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、CXCL2、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、SAA1、TFRC、TLR5、TNFSF14、TREM2、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、NOTCH1、NRP1、PRKCE、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、および/またはWDR83OSから選択される1つ以上の遺伝子のためのプライマーと、
(ii)前記生物学的サンプルを処理するための試薬と、を含む、キット。 - 前記生物学的サンプルを処理するための前記試薬が、前記生物学的サンプルからcDNAを調製するための試薬である、請求項116に記載のキット。
- RNA配列決定のための1つ以上の試薬をさらに含む、請求項116または117に記載のキット。
- 前記1つ以上の遺伝子の配列決定のために構成されたマイクロアレイをさらに含む、請求項116〜118のいずれか一項に記載のキット。
- 前記1つ以上の遺伝子の定量的PCRのための試薬をさらに含む、請求項116〜119のいずれか一項に記載のキット。
- RNA−seq用の試薬をさらに含む、請求項116〜120のいずれか一項に記載のキット。
- 前記生物学的サンプル中の遺伝子発現のレベルを判定するための取扱説明書をさらに含む、請求項116〜121のいずれか一項に記載のキット。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、および免疫細胞から選択される、請求項116〜122のいずれか一項に記載のキット。
- 抗CD68および/または抗CD163抗体をさらに含む、請求項116〜123のいずれか一項に記載のキット。
- 癌を有する、または癌を有する疑いのある対象におけるCD68および/またはCD163の発現レベルを検出するための方法であって、
a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
b)前記生物学的サンプル中のCD68および/またはCD163の発現レベルを検出することと、を含む、方法。 - CD68タンパク質のレベルが、検出される、請求項125に記載の方法。
- CD68遺伝子発現のレベルが、検出される、請求項125に記載の方法。
- CD163タンパク質のレベルが、検出される、請求項125に記載の方法。
- CD163遺伝子発現のレベルが、検出される、請求項125に記載の方法。
- 前記タンパク質レベルが、免疫組織化学を使用して検出される、請求項126または128に記載の方法。
- 前記サンプル中の1つ以上の追加の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを検出することをさらに含む、請求項125〜130のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の追加の遺伝子またはタンパク質が、CD68、CD163、BIRC5、BST1、CARD11、CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CDK1、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、CXCL2、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、SAA1、TFRC、TLR5、TNFRSF11A、TNFSF14、TREM1、TREM2、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、LBP、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH1、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、MIF、NOTCH1、NRP1、PRKCE、RORA、TLR3、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、S100A8、および/またはWDR83OSから選択される、請求項131に記載の方法。
- 前記生物学的サンプル中のCD68発現が、対照よりも高い、請求項125〜132のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプル中のCD163発現が、対照よりも高い、請求項125〜133のいずれか一項に記載の方法。
- 他の遺伝子またはタンパク質の発現が、検出されない、請求項125〜134のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、または免疫細胞から選択される、請求項125〜135のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、腫瘍生検である、請求項136に記載の方法。
- 遺伝子発現が、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、またはハイブリダイゼーションベースの配列決定(例えば、NanoString)によって測定される、請求項125〜137のいずれか一項に記載の方法。
- (c)前記サンプル中のCD68および/またはCD163の発現レベルを、好適な対照中のCD68および/またはCD163の発現レベルと比較することをさらに含む、請求項125〜138のいずれか一項に記載の方法。
- 前記好適な対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項139に記載の方法。
- 癌を有する対象を治療する方法であって、
(a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)前記生物学的サンプル中のCD68および/またはCD163の発現レベルを検出することと、
(c)前記対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより前記癌を治療することと、を含む、方法。 - 前記アデノシン経路阻害剤が、A2A受容体(ADORA2A)アンタゴニストである、請求項141に記載の方法。
- 前記ADORA2Aアンタゴニストが、CPI−444である、請求項142に記載の方法。
- 前記アデノシン経路阻害剤が、CD73アンタゴニスト、CD38アンタゴニスト、CD39アンタゴニスト、またはアデノシンデアミナーゼであるである、請求項141に記載の方法。
- 前記CD73アンタゴニストが、抗CD73抗体である、請求項144に記載の方法。
- 前記対象に、CXCR2阻害剤を投与することをさらに含む、請求項141〜145のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CXCR2阻害剤が、AZD5069、抗CXCR2抗体、およびナバリキシンから選択される、請求項146に記載の方法。
- CD68タンパク質のレベルが、検出される、請求項141〜147のいずれか一項に記載の方法。
- CD68遺伝子発現のレベルが、検出される、請求項141〜147のいずれか一項に記載の方法。
- CD163タンパク質のレベルが、検出される、請求項141〜147のいずれか一項に記載の方法。
- CD163遺伝子発現のレベルが、検出される、請求項141〜147のいずれか一項に記載の方法。
- 前記タンパク質レベルが、免疫組織化学を使用して検出される、請求項148または150に記載の方法。
- 前記サンプル中の1つ以上の追加の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを検出することをさらに含む、請求項141〜152のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の追加の遺伝子またはタンパク質が、CD68、CD163、BIRC5、BST1、CARD11、CCL2、CCL3、CCL7、CCL24、CCNE1、CD14、CD300E、CD86、CD93、CDK1、CLEC5A、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCL8、DFNA5、ECEL1、EPB41L3、EHF、FUT7、GALM、GBP6、GPR157、HAS1、IL1A、IL−1β、IL23、IL24、IL5、IL6、IL8、INHBA、LAP3、LAYN、LOC100505585、MRPL11、NID1、OST4、PADI2、PID1、PLAUR、PPBP、PTGS2、RHCG、SERPINB2、SLC11A1、SLC7A7、SPON1、ST6GALNAC2、TBX21、THBS1、C1R、C1S、C4BPA、CCL11、CCL20、CXCL16、CXCL2、HAMP、HSD11B1、ITGAM、LIF、SAA1、TFRC、TLR5、TNFRSF11A、TNFSF14、TREM1、TREM2、TTK、ADA、BCL6、C2、CCL8、CEBPB、CFD、CSF1、CSF2RB、CXCR4、FCGR2A、IFI16、IRAK4、LY96、LYN、RIPK2、STAT2、STAT3、TNFSF4、ALCAM、C9、CCR6、CEACAM6、CT45A1、CXCR1、CXCR2、DMBT1、FOXJ1、ITCH、LBP、MAP2K2、PRAME、PSMD7、TNFSF18、APP、ATG10、BCL2、CCL15、CD24、CD46、CD59、CREB5、CX3CL1、CXCL14、CYFIP2、DEFB1、DPP4、ECSIT、EPCAM、IFIT1、IGF1R、ITGA6、ITGB3、MAP2K4、MAPK1、MASP1、PPARG、RORC、SPA17、STAT5B、TOLLIP、AKT3、BMI1、CD164、CD34、CD36、CDH1、CDH5、CREB1、DOCK9、ENG、HMGB1、ITGA1、JAM3、MAF、MAPK3、MAPK8、MCAM、MFGE8、MIF、NOTCH1、NRP1、PRKCE、RORA、TLR3、SMAD2、TAL1、THY1、TNFSF12、TRAF6、TXNIP、VEGFA、S100A8、および/またはWDR83OSから選択される、請求項153に記載の方法。
- 他の遺伝子またはタンパク質の発現が、検出されない、請求項141〜154のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、または免疫細胞から選択される、請求項141〜155のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、腫瘍生検である、請求項156に記載の方法。
- 遺伝子発現が、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、またはハイブリダイゼーションベースの配列決定(例えば、NanoString)によって測定される、請求項141〜157のいずれか一項に記載の方法。
- (d)前記サンプル中のCD68および/またはCD163の発現レベルを、好適な対照中のCD68および/またはCD163の発現レベルと比較することをさらに含む、請求項141〜158のいずれか一項に記載の方法。
- 前記好適な対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項159に記載の方法。
- アデノシン経路阻害剤による治療のために対象を選択する方法であって、前記対象が、癌を有するか、または癌を有する疑いがあり、
(a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)CD68および/またはCD163の高レベルの発現を検出することと、
(c)前記アデノシン経路阻害剤による治療のための前記対象を選択することと、を含む、方法。 - 前記レベルが、好適な対照と比較して高く、前記好適な対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項161に記載の方法。
- CD68タンパク質のレベルが、検出される、請求項161または162に記載の方法。
- CD68遺伝子発現のレベルが、検出される、請求項161または162に記載の方法。
- CD163タンパク質のレベルが、検出される、請求項161または162に記載の方法。
- CD163遺伝子発現のレベルが、検出される、請求項161または162に記載の方法。
- 癌を有する、または癌を有する疑いのある対象における1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを検出するための方法であって、
(a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)前記生物学的サンプル中の、ACTBL2、ADAM8、ALOX5AP、ANXA2P2、AQP9、AREG、ARHGAP9、BCL2A1、BCL3、BDKRB2、BIRC3、C10orf55、C15orf48、C19orf59、C1orf38、C1R、C1S、C3、C5AR1、C8orf4、CASP4、CCL18、CCL2、CCL20、CCL3、CCL3L1、CCL4、CCL4L2、CCL7、CCL8、CCR1、CD14、CD300A、CD300E、CD300LB、CD53、CD69、CD86、CDCP1、CEACAM3、CFB、CLEC4A、CLEC4D、CLEC4E、CLEC5A、CLEC7A、CSF2、CSF2RB、CSF3、CSF3R、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCR1、CXCR2、CXorf21、CYR61、CYTH4、CYTIP、DAPP1、DUSP1、DUSP5、EGR3、EMP1、EMR2、EMR3、EREG、F3、FCAR、FCER1G、FCGR2A、FCGR2B、FCGR3B、FFAR2、FGR、FOS、FOSL1、FPR1、FPR2、G0S2、GLIPR1、GNA15、GPR109A、GPR109B、GPR183、GPR84、GPR97、GPRC5A、HAS1、HBEGF、HCK、HK3、ICAM1、IER3、IL10、IL1A、IL1B、IL1R2、IL1RL1、IL1RN、IL4R、IL6、IL7R、IL8、JUNB、KLF6、LAMC2、LCP2、LIF、LILRA5、LILRA6、LILRB2、LILRB3、LRG1、LYN、MAFF、MAP3K8、MCL1、MEFV、MMP1、MMP12、MMP3、MMP7、MNDA、MYO1G、NAMPT、NCF2、NCF4、NCOA7、NFE2、NFKBIZ、NLRP3、NNMT、OBFC2A、OSM、OSMR、P2RY6、PF4V1、PHLDA1、PI3、PLAU、PLAUR、PLEK、PLK3、PPBP、PPP1R15A、PRDM1、PTGS2、PTPN22、RARRES1、RASGRP4、RGS1、RGS2、RND1、RND3、S100A12、S100A8、S100A9、SAA1、SAA2、SAA4、SAMSN1、SAT1、SELE、SERPINA1、SERPINB2、SERPINB4、SERPINB7、SERPINB8、SERPINE1、SLC11A1、SLC2A14、SLC2A3、SNAI1、SOCS3、SOD2、SPI1、SRGN、STX11、TDO2、TGM2、THBS1、TLR2、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TNFAIP6、TNIP3、TREM1、VNN1、VNN2、VNN3、ZC3H12A、ZFP36から選択される1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを検出することと、を含む、方法。 - (c)前記サンプル中の前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを、好適な対照中の前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルと比較することをさらに含む、請求項167に記載の方法。
- 前記好適な対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項168に記載の方法。
- 癌を有する対象を治療する方法であって、
(a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)前記生物学的サンプル中の、ACTBL2、ADAM8、ALOX5AP、ANXA2P2、AQP9、AREG、ARHGAP9、BCL2A1、BCL3、BDKRB2、BIRC3、C10orf55、C15orf48、C19orf59、C1orf38、C1R、C1S、C3、C5AR1、C8orf4、CASP4、CCL18、CCL2、CCL20、CCL3、CCL3L1、CCL4、CCL4L2、CCL7、CCL8、CCR1、CD14、CD300A、CD300E、CD300LB、CD53、CD69、CD86、CDCP1、CEACAM3、CFB、CLEC4A、CLEC4D、CLEC4E、CLEC5A、CLEC7A、CSF2、CSF2RB、CSF3、CSF3R、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCR1、CXCR2、CXorf21、CYR61、CYTH4、CYTIP、DAPP1、DUSP1、DUSP5、EGR3、EMP1、EMR2、EMR3、EREG、F3、FCAR、FCER1G、FCGR2A、FCGR2B、FCGR3B、FFAR2、FGR、FOS、FOSL1、FPR1、FPR2、G0S2、GLIPR1、GNA15、GPR109A、GPR109B、GPR183、GPR84、GPR97、GPRC5A、HAS1、HBEGF、HCK、HK3、ICAM1、IER3、IL10、IL1A、IL1B、IL1R2、IL1RL1、IL1RN、IL4R、IL6、IL7R、IL8、JUNB、KLF6、LAMC2、LCP2、LIF、LILRA5、LILRA6、LILRB2、LILRB3、LRG1、LYN、MAFF、MAP3K8、MCL1、MEFV、MMP1、MMP12、MMP3、MMP7、MNDA、MYO1G、NAMPT、NCF2、NCF4、NCOA7、NFE2、NFKBIZ、NLRP3、NNMT、OBFC2A、OSM、OSMR、P2RY6、PF4V1、PHLDA1、PI3、PLAU、PLAUR、PLEK、PLK3、PPBP、PPP1R15A、PRDM1、PTGS2、PTPN22、RARRES1、RASGRP4、RGS1、RGS2、RND1、RND3、S100A12、S100A8、S100A9、SAA1、SAA2、SAA4、SAMSN1、SAT1、SELE、SERPINA1、SERPINB2、SERPINB4、SERPINB7、SERPINB8、SERPINE1、SLC11A1、SLC2A14、SLC2A3、SNAI1、SOCS3、SOD2、SPI1、SRGN、STX11、TDO2、TGM2、THBS1、TLR2、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TNFAIP6、TNIP3、TREM1、VNN1、VNN2、VNN3、ZC3H12A、および/またはZFP36から選択される1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを検出することと、
(c)前記対象に、有効量のアデノシン経路阻害剤を投与し、それにより前記癌を治療することと、を含む、方法。 - 前記アデノシン経路阻害剤が、A2A受容体(ADORA2A)アンタゴニストである、請求項170に記載の方法。
- 前記ADORA2Aアンタゴニストが、CPI−444である、請求項171に記載の方法。
- 前記アデノシン経路阻害剤が、CD73アンタゴニスト、CD38アンタゴニスト、CD39アンタゴニスト、またはアデノシンデアミナーゼであるである、請求項171に記載の方法。
- 前記CD73アンタゴニストが、抗CD73抗体である、請求項173に記載の方法。
- 前記対象に、CXCR2阻害剤を投与することをさらに含む、請求項170〜174のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CXCR2阻害剤が、AZD5069、抗CXCR2抗体、およびナバリキシンから選択される、請求項175に記載の方法。
- (d)前記サンプル中の前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルを、好適な対照中の前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質の発現レベルと比較することをさらに含む、請求項170〜176のいずれか一項に記載の方法。
- 前記好適な対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項177に記載の方法。
- アデノシン経路阻害剤による治療のために対象を選択する方法であって、前記対象が、癌を有するか、または癌を有する疑いがあり、
(a)前記対象から生物学的サンプルを得ることと、
(b)前記生物学的サンプル中の、ACTBL2、ADAM8、ALOX5AP、ANXA2P2、AQP9、AREG、ARHGAP9、BCL2A1、BCL3、BDKRB2、BIRC3、C10orf55、C15orf48、C19orf59、C1orf38、C1R、C1S、C3、C5AR1、C8orf4、CASP4、CCL18、CCL2、CCL20、CCL3、CCL3L1、CCL4、CCL4L2、CCL7、CCL8、CCR1、CD14、CD300A、CD300E、CD300LB、CD53、CD69、CD86、CDCP1、CEACAM3、CFB、CLEC4A、CLEC4D、CLEC4E、CLEC5A、CLEC7A、CSF2、CSF2RB、CSF3、CSF3R、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCR1、CXCR2、CXorf21、CYR61、CYTH4、CYTIP、DAPP1、DUSP1、DUSP5、EGR3、EMP1、EMR2、EMR3、EREG、F3、FCAR、FCER1G、FCGR2A、FCGR2B、FCGR3B、FFAR2、FGR、FOS、FOSL1、FPR1、FPR2、G0S2、GLIPR1、GNA15、GPR109A、GPR109B、GPR183、GPR84、GPR97、GPRC5A、HAS1、HBEGF、HCK、HK3、ICAM1、IER3、IL10、IL1A、IL1B、IL1R2、IL1RL1、IL1RN、IL4R、IL6、IL7R、IL8、JUNB、KLF6、LAMC2、LCP2、LIF、LILRA5、LILRA6、LILRB2、LILRB3、LRG1、LYN、MAFF、MAP3K8、MCL1、MEFV、MMP1、MMP12、MMP3、MMP7、MNDA、MYO1G、NAMPT、NCF2、NCF4、NCOA7、NFE2、NFKBIZ、NLRP3、NNMT、OBFC2A、OSM、OSMR、P2RY6、PF4V1、PHLDA1、PI3、PLAU、PLAUR、PLEK、PLK3、PPBP、PPP1R15A、PRDM1、PTGS2、PTPN22、RARRES1、RASGRP4、RGS1、RGS2、RND1、RND3、S100A12、S100A8、S100A9、SAA1、SAA2、SAA4、SAMSN1、SAT1、SELE、SERPINA1、SERPINB2、SERPINB4、SERPINB7、SERPINB8、SERPINE1、SLC11A1、SLC2A14、SLC2A3、SNAI1、SOCS3、SOD2、SPI1、SRGN、STX11、TDO2、TGM2、THBS1、TLR2、TNF、TNFAIP2、TNFAIP3、TNFAIP6、TNIP3、TREM1、VNN1、VNN2、VNN3、ZC3H12A、および/またはZFP36から選択される1つ以上の遺伝子またはタンパク質の高い発現レベルを検出することと、
(c)前記アデノシン経路阻害剤による治療のための前記対象を選択することと、を含む、方法。 - 前記発現レベルが、好適な対照と比較して高く、前記好適な対照が、健常な対象からのサンプル、非癌性組織からのサンプル、または集団における平均発現レベルである、請求項179に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、ALOX5AP、AQP9、BCL2A1、BCL3、BIRC3、C15orf48、C19orf59、C5AR1、CCL2、CCL20、CCL3、CCL4、CCL7、CD300A、CD300E、CEACAM3、CFB、CLEC5A、CLEC7A、CSF3、CSF3R、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、CXCR1、CXCR2、EMR3、EREG、FCAR、FCGR3B、FFAR2、FOS、FOSL1、FPR1、FPR2、G0S2、GNA15、GPR109A、GPR109B、GPR183、GPR84、GPR97、HBEGF、ICAM1、IER3、IL10、IL1A、IL1B、IL1RN、IL6、IL8、JUNB、LIF、LILRA5、MAP3K8、MEFV、MNDA、NAMPT、NCOA7、NFKBIZ、NLRP3、OSM、PI3、PLAU、PLAUR、PPBP、PTGS2、RND3、S100A12、S100A8、S100A9、SAA1、SAA2、SAMSN1、SERPINB2、SERPINB8、SERPINE1、SLC11A1、SLC2A3、SOCS3、SOD2、SRGN、TNF、TNFAIP3、TNFAIP6、TREM1、VNN3、ZC3H12A、および/またはZFP36から選択される、請求項167〜180のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の遺伝子またはタンパク質が、BCL2A1、CCL2、CCL20、CSF3、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5、CXCL6、FCGR3B、FPR2、IER3、IL1B、IL6、IL8、NFKBIZ、OSM、PLAUR、PTGS2、S100A8、S100A9、SOCS3、および/またはTREM1から選択される、請求項167〜180のいずれか一項に記載の方法。
- タンパク質レベルが、検出される、請求項167〜182のいずれか一項に記載の方法。
- 前記タンパク質レベルが、免疫組織化学を使用して検出される、請求項183に記載の方法。
- 遺伝子発現レベルが、検出される、請求項167〜182のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サンプル中の1つ以上の追加の遺伝子および/または1つ以上の追加のタンパク質の発現レベルを検出することをさらに含む、請求項167〜185のいずれか一項に記載の方法。
- 前記1つ以上の追加の遺伝子および/または1つ以上の追加のタンパク質が、表1〜9の遺伝子/タンパク質から選択される、請求項186に記載の方法。
- 前記生物学的サンプル中の発現レベルが、対照よりも高い、請求項167〜187のいずれか一項に記載の方法。
- 他の遺伝子またはタンパク質の発現が、検出されない、請求項167〜188のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、血液サンプル、腫瘍生検、または免疫細胞から選択される、請求項167〜189のいずれか一項に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが、腫瘍生検である、請求項190に記載の方法。
- 遺伝子発現が、RNA配列決定、ナノ細孔配列決定、マイクロアレイ、またはハイブリダイゼーションベースの配列決定(例えば、NanoString)によって測定される、請求項167〜191のいずれか一項に記載の方法。
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