JP2021517888A - 抗クローディン１８．２抗体およびその使用 - Google Patents

抗クローディン１８．２抗体およびその使用 Download PDF

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Abstract

野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有し、Ｍ１４９Ｌ突然変異体に結合する能力も有する、抗体またはその断片を提供する。対照的に、このような抗体および断片は、クローディン１８．１（ＣＬＤＮ１８．１）に結合しないか、または弱く結合する。上記抗体またはその断片は、クローディン１８．２タンパク質の第１および第２の細胞外断片中の特定のアミノ酸との結合に関与または影響を与え得る。

Description

背景
クローディンは、密接な細胞間結合の重要な構成成分を形成するタンパク質のファミリーである。それらは、細胞の間の分子の流れを制御する傍細胞障壁を確立する。タンパク質は、細胞質にＮ末端およびＣ末端を有する。異なるクローディンは、異なる組織で発現し、それらの機能の変化は、それぞれの組織のがんの形成に関連付けられている。クローディン−１は結腸がんにおいて発現し、クローディン−１８は胃がんにおいて発現し、クローディン−１０は肝細胞癌において発現する。
クローディン−１８は、アイソフォーム１およびアイソフォーム２の２つのアイソフォームを有する。アイソフォーム２（クローディン１８．２またはＣＬＤＮ１８．２）は、非常に選択的な細胞系統マーカーである。正常組織におけるクローディン１８．２の発現は、胃粘膜の分化した上皮細胞に厳密に限局するが、胃幹細胞ゾーンに存在しなかった。クローディン１８．２は、悪性形質転換において保持され、相当な割合の原発胃がんおよびその転移において発現していた。クローディン１８．２の異所性活性化は、高い頻度で、膵臓、食道、卵巣および肺の腫瘍においても見られた。これらのデータは、ＣＬＤＮ１８．２が、多様なヒトのがんにおける頻繁な異所性活性化を伴う、正常な組織における非常に制限された発現パターンを有することを示唆した。
要旨
野生型クローディン１８．２および一般的な突然変異体のＭ１４９Ｌの両方に高い親和性を有する抗クローディン１８．２抗体が、本明細書において発見される。したがって、このような抗体は、野生型およびＭ１４９Ｌ突然変異体のクローディン１８．２タンパク質の両方を標的にする能力がある固有の利点を有する。この利点は、かなりの部分のがん患者が、この一般的な突然変異を保有するので、重要である。また、本開示の抗体は、他のクローディン１８のアイソフォームである、クローディン１８．１に結合せず、したがって非常に選択的である。
本開示の一実施形態によれば、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、さらに、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の少なくとも約１％である親和性で、ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌ突然変異体と結合し、さらに、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の約１％を超える親和性では、ヒト野生型クローディン１８．１（ＣＬＤＮ１８．１）タンパク質と結合しない、抗体またはその断片が提供される。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．１タンパク質と結合しない。
一実施形態では、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片と野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質との間の結合に、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質の、Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６およびＳ５８からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基；ならびにＹ１６９およびＧ１７２からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基を含むアミノ酸残基が関与する、抗体またはその断片も提供される。一部の実施形態では、結合に、ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＷ３０がさらに関与する。
一部の実施形態では、結合に、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質の、Ｗ３０；Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３およびＥ５６からなる群から選択される２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基；ならびにＹ１６９およびＧ１７２からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基を含むアミノ酸残基が関与する。一部の実施形態では、結合に、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＷ３０、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｅ５６およびＹ１６９を含むアミノ酸残基が関与する。
疾患および状態の処置のための方法および使用も提供される。一実施形態では、それを必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、本開示の抗体またはその断片を患者に投与するステップを含む、方法が提供される。別の実施形態では、それを必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、（ａ）細胞を、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、本開示の抗体またはその断片で処理するステップ、および（ｂ）処理された細胞を患者に投与するステップを含む、方法が提供される。
図１は、ＤＮＡ免疫化後のすべてのマウスからのマウス血清が、フローサイトメトリーによると、ＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞と高いタイトレーションで反応したことを示す図である。ＣＬＤ１８Ａ１は陰性対照である。
図２は、ハイブリドーマ上清が、細胞ＥＬＩＳＡまたはヒトＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示す図である。
図３は、精製マウス抗体が、陽性の参照抗体と比較して、高いＥＣ５０で、ヒトＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＭＫＮ４５細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示す図である。
図４は、精製マウス抗体が、高いＥＣ５０で、Ｍ１４９Ｌ突然変異を持つヒトＣＬＤ１８Ａ２を内因的に発現するＳＵ６２０細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができるが、参照抗体は結合することができなかったことを示す図である。
図５は、精製マウス抗体が、高いＥＣ５０で、マウスＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示す図である。
図６は、精製マウス抗体が、高いＥＣ５０で、カニクイザルＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示す図である。
図７は、精製マウス抗体が、高いＥＣ５０で、ヒトＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示す図である。
図８は、キメラ抗体が、陽性の参照抗体と比較して、高いＥＣ５０で、ヒトＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＭＫＮ４５細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示す図である。
図９は、キメラ抗体が、ヒトＣＬＤ１８Ａ１をトランスフェクトされたＭＫＮ４５細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができないことを示す図である。
図１０は、ヒト化抗体が、陽性の参照抗体と比較して、高いＥＣ５０で、ヒトＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＭＫＮ４５細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示す図である。
図１１は、ヒト化抗体が、ヒトＣＬＤ１８Ａ１をトランスフェクトされたＭＫＮ４５細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができないことを示す図である。
図１２は、ＣＤＲ突然変異を有するヒト化抗体が、陽性の参照抗体と比較して、高いＥＣ５０で、ヒトＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＭＫＮ４５細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示す図である。
図１３は、ＣＤＲ突然変異を有するヒト化抗体が、ヒトＣＬＤ１８Ａ１をトランスフェクトされたＭＫＮ４５細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができないことを示す図である。
図１４は、危険性除去バリアントが、細胞表面のＣＬＤ１８Ａ２への強力な結合を有していたことを示す図である。
図１５は、ＣＬＤ１８Ａ２のある特定の突然変異が、それらの突然変異体にトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞への指示された抗体結合に対する顕著な効果を有することを示す図であり、それらのアミノ酸残基がエピトープの少なくとも一部を構成することを示唆する。
図１６は、抗体４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２が、１７５Ｄ１０と比較して、クローディン１８．２高および低ＣＨＯ−Ｋ１細胞の両方において優れた結合を有していたことを示す図である。
図１７は、参照として１７５Ｄ１０抗体を使用した、４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２の強力なＡＤＣＣ試験結果を示す図である。
図１８は、４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２のＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅバージョンが、ＡＤＣＣアッセイにおいて、１７５Ｄ１０の対応物より優れていたことを示す図である。
図１９は、４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２も、１７５Ｄ１０よりも良好なＡＤＣＰ効果を有していたことを示す図である。
詳細な説明
定義
「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」実体という用語は、１つまたは複数のその実体を指すことに留意すべきであり、例えば、「１つの抗体（ａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ）」は、１つまたは複数の抗体を表すとして理解される。このように、「１つの（ａ）」（または「１つの（ａｎ）」）、「１つまたは複数」および「少なくとも１つ」という用語は、本明細書において互換可能に使用され得る。
本明細書で使用される場合、「ポリペプチド」という用語は、単一の「ポリペプチド」および複数の「ポリペプチド」を包含することを意図し、アミド結合（ペプチド結合としても公知）によって直鎖状に連結されるモノマー（アミノ酸）で構成される分子を指す。「ポリペプチド」という用語は、２つまたはそれよりも多くのアミノ酸の任意の鎖または複数の鎖を指し、特定の長さの生成物を指すわけではない。このため、ペプチド、ジペプチド、トリペプチド、オリゴペプチド、「タンパク質」、「アミノ酸鎖」、または２つもしくはそれよりも多くのアミノ酸の鎖もしくは複数の鎖を指すために使用される任意の他の用語は、「ポリペプチド」の定義内に含まれ、「ポリペプチド」という用語は、それらの用語のいずれかの代わりに、またはそれらの用語のいずれかと互換可能に使用され得る。「ポリペプチド」という用語は、限定されないが、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、公知の保護（ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ）／保護（ｂｌｏｃｋｉｎｇ）基による誘導体化、タンパク質切断、または天然に存在しないアミノ酸による修飾を含む、ポリペプチドの発現後修飾の生成物を指すことも意図する。ポリペプチドは、天然の生物学的起源に由来していてもよく、または組換え技術によって産生されてもよいが、設計された核酸配列から必ずしも翻訳されない。ポリペプチドは、化学合成を含む任意の手法で作製されてもよい。
細胞、ＤＮＡまたはＲＮＡなどの核酸に関して本明細書で使用される場合の「単離された」という用語は、天然起源の高分子中に存在する、それぞれ他のＤＮＡまたはＲＮＡから分離された分子を指す。本明細書で使用される場合、「単離された」という用語は、組換えＤＮＡ技術によって産生される場合は、細胞物質、ウイルス物質もしくは培養培地を実質的に含まないか、または化学的に合成される場合は、化学前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない、核酸またはペプチドも指す。また、「単離された核酸」とは、断片として天然に存在せず、天然状態で見出されない、核酸の断片を含むことも意味する。「単離された」という用語はまた、本明細書において、他の細胞タンパク質または組織から単離された細胞またはポリペプチドを指すために使用される。単離されたポリペプチドは、精製ポリペプチドおよび組換えポリペプチドの両方を包含することを意味する。
本明細書で使用される場合、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに関する「組換え」という用語は、天然に存在しないポリペプチドまたはポリヌクレオチドの形態を意図し、その非限定的な例は、通常は天然に一緒に存在しないポリヌクレオチドまたはポリペプチドを組み合わせることによって作出することができる。
「相同性」または「同一性」または「類似性」は、２つのペプチド間、または２つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性は、比較の目的のためにアライメントされ得るそれぞれの配列中の位置を比較することによって決定することができる。比較される配列中の位置が、同じ塩基またはアミノ酸によって占められる場合、分子は、その位置で相同である。配列間の相同性の程度は、マッチングの数、または配列によって共有される相同な位置の関数である。「無関係」または「非相同」配列は、本開示の配列の１つと、４０％未満の同一性、しかし好ましくは、２５％未満の同一性を共有する。
別の配列に対してある特定のパーセンテージ（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％）の「配列同一性」を有するポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド領域（またはポリペプチドまたはポリペプチド領域）は、アライメントした場合に、塩基（またはアミノ酸）のパーセンテージが、２つの配列の比較において同じであることを意味する。このアライメント、および相同性パーセントまたは配列同一性は、当技術分野において公知のソフトウェアプログラム、例えば、Ausubel et al. eds. (2007) Current Protocols in Molecular Biologyに記載されているものを使用して、決定することができる。好ましくは、デフォルトのパラメーターが、アライメントのために使用される。アライメントプログラムの１つは、デフォルトのパラメーターを使用するＢＬＡＳＴである。特に、プログラムは、以下のデフォルトのパラメーターを使用する、ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＰである。遺伝コード＝標準；フィルター＝なし；鎖＝両方；カットオフ＝６０；予想＝１０；行列＝ＢＬＯＳＵＭ６２；記述＝５０配列；ソート＝ハイスコアによる；データベース＝非冗長性のＧｅｎＢａｎｋ＋ＥＭＢＬ＋ＤＤＢＪ＋ＰＤＢ＋ＧｅｎＢａｎｋ ＣＤＳ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎｓ＋ＳｗｉｓｓＰｒｏｔｅｉｎ＋ＳＰｕｐｄａｔｅ＋ＰＩＲ。生物学的に等価なポリヌクレオチドは、上述で特定された相同性パーセントを有するもの、および同じまたは類似の生物活性を有するポリペプチドをコードするものである。
「等価な核酸またはポリヌクレオチド」という用語は、核酸のヌクレオチド配列またはその相補体と、ある特定の程度の相同性または配列同一性を有するヌクレオチド配列を有する核酸を指す。二本鎖核酸の相同体は、その相補体とある特定の程度の相同性を有するヌクレオチド配列を有する核酸を含むことを意図する。一態様では、核酸の相同体は、核酸またはその相補体とハイブリダイズする能力がある。同様に、「等価なポリペプチド」は、参照ポリペプチドのアミノ酸配列と、ある特定の程度の相同性または配列同一性を有するポリペプチドを指す。一部の態様では、配列同一性は、少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％である。一部の態様では、等価なポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、参照ポリペプチドまたはポリヌクレオチドと比較して、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの付加、欠失、置換およびそれらの組合せを有する。一部の態様では、等価な配列は、参照配列の活性（例えば、エピトープ結合）または構造（例えば、塩橋）を保持する。
ハイブリダイゼーション反応は、異なる「ストリンジェンシー」の条件下で行うことができる。一般に、低ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション反応は、約１０倍のＳＳＣまたは等しいイオン強度／温度の溶液中、約４０℃で行われる。中ストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、典型的には、約６倍のＳＳＣ中、約５０℃で行われ、高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション反応は、一般に、約１倍のＳＳＣ中、約６０℃で行われる。ハイブリダイゼーション反応はまた、当業者に周知の「生理学的条件」下で行うこともできる。生理学的条件の非限定的な例は、細胞中で通常見られる、温度、イオン強度、ｐＨおよびＭｇ２＋の濃度である。
ポリヌクレオチドは、４つのヌクレオチド塩基：アデニン（Ａ）；シトシン（Ｃ）；グアニン（Ｇ）；チミン（Ｔ）；およびポリヌクレオチドがＲＮＡの場合チミンに対してウラシル（Ｕ）の特定の配列で構成される。このため、「ポリヌクレオチド配列」という用語は、ポリヌクレオチド分子のアルファベット表現である。このアルファベット表現は、中央演算処理装置を有するコンピューター中のデータベースに入力することができ、機能ゲノミクスおよびホモロジー検索などのバイオインフォマティクスのアプリケーションのために使用することができる。「多形」という用語は、遺伝子またはその部分の１つより多くの形態の共在を指す。少なくとも２つの異なる形態、すなわち、２つの異なるヌクレオチド配列が存在する遺伝子の一部は、「遺伝子の多形領域」と称される。多形領域は、単一のヌクレオチドであってもよく、その同一性は、異なるアレルにおいて異なる。
「ポリヌクレオチド」および「オリゴヌクレオチド」という用語は、互換可能に使用され、任意の長さのデオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドまたはそれらのアナログのいずれかのヌクレオチドの多型形態を指す。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有することができ、公知または未知の任意の機能を行い得る。以下は、ポリヌクレオチドの非限定的な例である：遺伝子または遺伝子断片（例えば、プローブ、プライマー、ＥＳＴまたはＳＡＧＥタグ）、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意配列の単離されたＤＮＡ、任意配列の単離されたＲＮＡ、核酸プローブおよびプライマー。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログなどの修飾ヌクレオチドを含むことができる。存在する場合、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリヌクレオチドのアセンブリーの前または後に付与することができる。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されていてもよい。ポリヌクレオチドは、重合の後に、例えば、標識化成分とのコンジュゲーションによって、さらに修飾されてもよい。この用語はまた、二本鎖分子および一本鎖分子の両方を指す。他に規定または必要のない限り、ポリヌクレオチドである本開示の任意の実施形態は、二本鎖形態、および二本鎖形態を作り上げることが公知または予測される２つの相補的な一本鎖形態のそれぞれの両方を包含する。
ポリヌクレオチドに適用される「コードする」という用語は、その天然の状態で、または当業者に周知の方法によって操作された場合に、転写および／または翻訳されて、ポリペプチドおよび／またはその断片についてのｍＲＮＡを産生するなら、ポリペプチドを「コードする」と言われるポリヌクレオチドを指す。アンチセンス鎖は、このような核酸の相補体であり、そのコード配列はそれらから推定することができる。
本明細書で使用される場合、「抗体」または「抗原結合性ポリペプチド」は、抗原を特異的に認識および結合する、ポリペプチドまたはポリペプチド複合体を指す。抗体は、全抗体および任意の抗原結合性断片、またはそれらの一本鎖であり得る。したがって、「抗体」という用語は、抗原に結合する生物活性を有する免疫グロブリン分子の少なくとも一部を含む分子を含有する、任意のタンパク質またはペプチドを含む。このような例としては、限定されるものではないが、相補性決定領域（ＣＤＲ）の重鎖もしくは軽鎖またはそれらのリガンド結合部分、重鎖または軽鎖可変領域、重鎖または軽鎖定常領域、フレームワーク（ＦＲ）領域、あるいはそれらの任意の部分、あるいは結合タンパク質の少なくとも一部が挙げられる。
「抗体断片」または「抗原結合性断片」という用語は、本明細書で使用される場合、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ）２、Ｆａｂ’、Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖなどのような抗体の一部である。構造にかかわらず、抗体断片は、無傷抗体によって認識される同じ抗原と結合する。「抗体断片」という用語は、アプタマー、シュピーゲルマーおよびダイアボディを含む。「抗体断片」という用語は、特定の抗原と結合して複合体を形成することによって抗体のように作用する、任意の合成または遺伝子操作されたタンパク質も含む。
「一本鎖可変断片」または「ｓｃＦｖ」は、免疫グロブリンの重鎖（ＶＨ）および軽鎖（ＶＬ）の可変領域の融合タンパク質を指す。一部の態様では、この領域は、１０〜約２５アミノ酸の短リンカーペプチドと接続される。リンカーは、柔軟性のためにはグリシンがリッチであり得、溶解性のためにはセリンまたはトレオニンもリッチであり得、ＶＨのＮ末端とＶＬのＣ末端と、またはその逆でのいずれかで接続され得る。このタンパク質は、定常領域の除去およびリンカーの導入にもかかわらず、元の免疫グロブリンの特異性を保持する。ｓｃＦｖ分子は、当技術分野において公知であり、例えば、米国特許第５，８９２，０１９号に記載されている。
抗体という用語は、生化学的に区別され得る各種の幅広いポリペプチドのクラスを包含する。当業者は、重鎖が、ガンマ、ミュー、アルファ、デルタまたはイプシロン（γ、μ、α、δ、ε）と、その中でいくつかのサブクラス（例えば、γｌ〜γ４）として分類されることを理解するだろう。抗体の「クラス」を、それぞれ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ ＩｇＧまたはＩｇＥとして決定するのはこの鎖の種類である。免疫グロブリンのサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＧ５などは、十分に特徴付けられ、機能分化を付与することが公知である。それらのクラスおよびアイソタイプのそれぞれの改変バージョンは、本開示の観点から当業者に容易に認識され、したがって、本開示の範囲内である。すべての免疫グロブリンのクラスは、明確に本開示の範囲内であり、以下の議論は、一般に、免疫グロブリン分子のＩｇＧクラスを対象とする。ＩｇＧに関して、標準的な免疫グロブリン分子は、およそ２３，０００ダルトンの分子量の２つの同一の軽鎖ポリペプチド、および５３，０００〜７０，０００の分子量の２つの同一の重鎖ポリペプチドを含む。４つの鎖は、典型的には、「Ｙ」状の構成になるようにジスルフィド結合によって繋がれ、ここで、軽鎖は、「Ｙ」の口で始まり、可変領域を通って連続する重鎖をひとまとめにする。
本開示の抗体、抗原結合性ポリペプチド、バリアントまたはそれらの誘導体としては、限定されるものではないが、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、多重特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、霊長類化抗体またはキメラ抗体、一本鎖抗体、エピトープ結合性断片、例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’およびＦ（ａｂ’）２、Ｆｄ、Ｆｖ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、一本鎖抗体、ジスルフィド連結Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、ＶＫまたはＶＨドメインのいずれかを含む断片、Ｆａｂ発現ライブラリーから生成された断片、および抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体（例えば、本明細書に開示のＬＩＧＨＴ抗体に対する抗Ｉｄ抗体）が挙げられる。本開示の免疫グロブリンまたは抗体分子は、免疫グロブリン分子の、任意のタイプ（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡおよびＩｇＹ）、クラス（例えば、ＩｇＧｌ、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡｌおよびＩｇＡ２）またはサブクラスであり得る。
軽鎖は、カッパまたはラムダ（κ、λ）のいずれかとして分類される。それぞれの重鎖のクラスは、カッパまたはラムダ軽鎖のいずれかと結合し得る。一般に、軽鎖および重鎖は、互いに共有結合的に結合し、２つの重鎖の「テイル」部分は、免疫グロブリンが、ハイブリドーマ、Ｂ細胞または遺伝子操作された宿主細胞のいずれかによって生じる場合に、共有結合的なジスルフィド連結または非共有結合的な連結によって、互いに結合される。重鎖において、アミノ酸配列は、Ｙ状の構成の分岐した端のＮ末端からそれぞれの鎖の下部のＣ末端まで続く。
軽鎖および重鎖は両方とも、構造および機能的相同性の領域に分けられる。「定常」および「可変」という用語は、機能的に使用される。これに関して、軽鎖（ＶＫ）および重鎖（ＶＨ）部分の両方の可変ドメインは、抗原認識および特異性を決定することが理解されるだろう。逆に、軽鎖（ＣＫ）および重鎖（ＣＨ１、ＣＨ２またはＣＨ３）の定常ドメインは、分泌、経胎盤性の可動性、Ｆｃ受容体結合、相補体結合などのような重要な生物学的性質を付与する。慣例により、定常領域ドメインの番号付けは、それらが抗体の抗原結合部位またはアミノ末端からより遠位になるように増加する。Ｎ末端部分は可変領域であり、Ｃ末端部分は定常領域であり；ＣＨ３およびＣＫドメインは、実際には、重鎖および軽鎖のカルボキシ末端をそれぞれ含む。
上記に示したように、可変領域は、抗体が、抗原上のエピトープを選択的に認識し、特異的に結合することを可能にする。すなわち、抗体のＶＫドメインおよびＶＨドメイン、または相補性決定領域（ＣＤＲ）のサブセットは、組み合わされて、三次元の抗原結合部位を定義する可変領域を形成する。この４つ一組の抗体構造は、Ｙのそれぞれのアームの末端に存在する抗原結合部位を形成する。より具体的には、抗原結合部位は、ＶＨおよびＶＫ鎖のそれぞれにおける３つのＣＤＲ（すなわち、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３、ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３）によって定義される。一部の例、例えば、ラクダ科の種に由来するか、またはラクダ科の免疫グロブリンに基づいて操作されたある特定の免疫グロブリン分子では、完全免疫グロブリン分子は、軽鎖がなく、重鎖のみからなることがある。例えば、Hamers-Casterman et al., Nature 363:446-448 (1993)を参照のこと。
天然に存在する抗体では、それぞれの抗原結合ドメインに存在する６つの「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」は、抗体が水性環境中でその三次元構成をとるので、特異的に位置して抗原結合ドメインを形成するアミノ酸の短く非連続的な配列である。抗原結合ドメイン中の残りのアミノ酸は、「フレームワーク」領域と称され、少ない分子間変動を示す。フレームワーク領域は、主に、β−シート高次構造の形をとり、ＣＤＲは接続されたループを形成し、一部の場合では、β−シート構造の部分を形成する。したがって、フレームワーク領域は、鎖間の非共有結合的な相互作用による正しい方向へのＣＤＲの位置決めのために提供されるスキャフォールドを形成するように作用する。正しく位置決めされたＣＤＲによって形成される抗原結合ドメインは、免疫反応性抗原上のエピトープに相補的な表面を規定する。この相補的な表面は、その関連するエピトープへの抗体の非共有結合を促進する。ＣＤＲおよびフレームワーク領域を構成するアミノ酸は、それぞれ、それらが以前に定義されているので（"Sequences of Proteins of Immunological Interest," Kabat, E., et al., U.S. Department of Health and Human Services, (1983)；およびChothia and Lesk, J. MoI. Biol., 196:901-917 (1987)を参照のこと）、当業者によって、任意の所与の重鎖または軽鎖可変領域について容易に特定され得る。
当技術分野内で使用および／または許容される２つまたはそれよりも多くの用語の定義が存在する場合において、本明細書で使用される場合の用語の定義は、正反対に明確に述べられていない限り、そのようなすべての意味を含むことが意図される。具体的な例は、重鎖および軽鎖ポリペプチドの両方の可変領域内で見出される非連続的な抗原結合部位を説明するための「相補性決定領域」（「ＣＤＲ」）という用語の使用である。この特定の領域は、Kabat et al., U.S. Dept. of Health and Human Services, "Sequences of Proteins of Immunological Interest" (1983)によって、およびChothia et al., J. MoI. Biol. 196:901-917 (1987)によって記載されており、これらは、それらの全体が参照によって本明細書に組み込まれる。KabatおよびChothiaによるＣＤＲの定義は、互いに対して比較した場合に、アミノ酸残基の重複またはサブセットを含む。それにもかかわらず、抗体またはそのバリアントのＣＤＲを指すいずれかの定義の適用は、本明細書で定義および使用される用語の範囲内であることが意図される。上記で引用した参照文献のそれぞれによって定義されるＣＤＲを包含する適切なアミノ酸残基は、比較として、下記の表において説明する。特定のＣＤＲを包含する正確な残基の数は、ＣＤＲの配列およびサイズに応じて変動する。当業者は、どの残基が、抗体の可変領域のアミノ酸配列を与える特定のＣＤＲを含むかを日常的に決定することができる。
Figure 2021517888
Kabatらはまた、任意の抗体に適用可能な可変ドメイン配列のための番号付け方式を定義した。当業者は、配列それ自体を超えて任意の実験データを頼りにすることなく、この「Ｋａｂａｔ番号付け」の方式を任意の可変ドメイン配列に一義的に割り当てることができる。本明細書で使用される場合、「Ｋａｂａｔ番号付け」は、Kabat et al., U.S. Dept. of Health and Human Services, "Sequence of Proteins of Immunological Interest" (1983)によって説明された番号付け方式を指す。
上記の表に加えて、Ｋａｂａｔ番号付け方式は、以下のＣＤＲ領域を記載する。ＣＤＲ−Ｈ１は、およそ３１番目のアミノ酸（すなわち、最初のシステイン残基のおよそ９残基後）で開始し、およそ５〜７アミノ酸を含み、次のトリプトファン残基で終わる。ＣＤＲ−Ｈ２は、ＣＤＲ−Ｈ１の末端の後の１５番目の残基で開始し、およそ１６〜１９アミノ酸を含み、次のアルギニンまたはリシン残基で終わる。ＣＤＲ−Ｈ３は、ＣＤＲ−Ｈ２の末端の後のおよそ３３番目のアミノ酸残基で開始し、３〜２５アミノ酸を含み、配列Ｗ−Ｇ−Ｘ−Ｇ（式中、Ｘは任意のアミノ酸である）で終わる。ＣＤＲ−Ｌ１は、およそ２４番目の残基（すなわち、システイン残基の後）で開始し、およそ１０〜１７残基を含み、次のトリプトファン残基で終わる。ＣＤＲ−Ｌ２は、ＣＤＲ−Ｌ１の末端の後のおよそ１６番目の残基で開始し、およそ７残基を含む。ＣＤＲ−Ｌ３は、ＣＤＲ−Ｌ２の末端の後のおよそ３３番目のアミノ酸残基（すなわち、システイン残基の後）で開始し、およそ７〜１１残基を含み、配列ＦまたはＷ−Ｇ−Ｘ−Ｇ（式中、Ｘは任意のアミノ酸である）で終わる。
本明細書に開示の抗体は、鳥類および哺乳動物を含む任意の動物起源に由来し得る。好ましくは、抗体は、ヒト、マウス、ロバ、ウサギ、ヤギ、モルモット、ラクダ、ラマ、ウマまたはニワトリ抗体である。別の実施形態では、可変領域は、起源が軟骨魚類（condricthoid）（例えば、サメ由来）であってもよい。
本明細書で使用される場合、「重鎖定常領域」という用語は、免疫グロブリンの重鎖に由来するアミノ酸配列を含む。重鎖定常領域を含むポリペプチドは、ＣＨ１ドメイン、ヒンジ（例えば、上部、中部および／または下部のヒンジ領域）ドメイン、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメインまたはそれらのバリアントもしくは断片のうちの少なくとも１つを含む。例えば、本開示における使用のための抗原結合性ポリペプチドは、ＣＨ１ドメインを含むポリペプチド鎖；ＣＨ１ドメイン、ヒンジドメインの少なくとも一部、およびＣＨ２ドメインを含むポリペプチド鎖；ＣＨ１ドメインおよびＣＨ３ドメインを含むポリペプチド鎖；ＣＨ１ドメイン、ヒンジドメインの少なくとも一部、およびＣＨ３ドメインを含むポリペプチド鎖、またはＣＨ１ドメイン、ヒンジドメインの少なくとも一部、ＣＨ２ドメイン、およびＣＨ３ドメインを含むポリペプチド鎖を含み得る。別の実施形態では、本開示のポリペプチドは、ＣＨ３ドメインを含むポリペプチド鎖を含む。さらに、本開示における使用のための抗体は、ＣＨ２ドメインの少なくとも一部（例えば、ＣＨ２ドメインのすべて、または部分）が欠如していてもよい。上記で説明したように、重鎖定常領域が、それらが天然に存在する免疫グロブリン分子由来のアミノ酸配列中で変動するように改変されてもよいことは、当業者によって理解されるだろう。
本明細書に開示の抗体の重鎖定常領域は、異なる免疫グロブリン分子に由来していてもよい。例えば、ポリペプチドの重鎖定常領域は、ＩｇＧ１分子に由来するＣＨ１ドメイン、およびＩｇＧ３分子に由来するヒンジ領域を含んでいてもよい。別の例では、重鎖定常領域は、一部分においてＩｇＧ１分子に由来し、および一部分においてＩｇＧ３分子に由来するヒンジ領域を含み得る。別の例では、重鎖部分は、一部分においてＩｇＧ１分子に由来し、および一部分においてＩｇＧ４分子に由来するキメラヒンジを含み得る。
本明細書で使用される場合、「軽鎖定常領域」という用語は、抗体の軽鎖に由来するアミノ酸配列を含む。好ましくは、軽鎖定常領域は、定常カッパドメインまたは定常ラムダドメインのうちの少なくとも１つを含む。
「軽鎖−重鎖ペア」とは、軽鎖のＣＬドメインと重鎖のＣＨ１ドメインとの間のジスルフィド結合を通じて二量体を形成することができる、軽鎖および重鎖のコレクションを指す。
以前に示されているように、各種の免疫グロブリンのクラスの定常領域のサブユニット構造および三次元構成は周知である。本明細書で使用される場合、「ＶＨドメイン」という用語は、免疫グロブリンの重鎖のアミノ末端可変ドメインを含み、「ＣＨ１ドメイン」という用語は、免疫グロブリンの重鎖の最初（最もアミノ末端）の定常領域ドメインを含む。ＣＨ１ドメインは、ＶＨドメインに隣接し、免疫グロブリンの重鎖分子のヒンジ領域に対してアミノ末端である。
本明細書で使用される場合、「ＣＨ２ドメイン」という用語は、慣用の番号付けスキームを使用して、例えば、抗体の約２４４番目の残基から３６０番目の残基まで伸びる重鎖分子の部分を含む（２４４〜３６０番目の残基、Ｋａｂａｔ番号付け方式；および２３１〜３４０番目の残基、ＥＵの番号付け方式；Kabat et al., U.S. Dept. of Health and Human Services, "Sequences of Proteins of Immunological Interest" (1983)を参照のこと）。ＣＨ２ドメインは、別のドメインと密接にペアを成さないという点で、固有である。むしろ、２つのＮ連結の分岐炭水化物鎖が、無傷のネイティブＩｇＧ分子の２つのＣＨ２ドメイン間に挿入される。ＣＨ３ドメインが、ＣＨ２ドメインからＩｇＧ分子のＣ末端まで延びており、およそ１０８の残基を含むことも十分に立証されている。
本明細書で使用される場合、「ヒンジ領域」という用語は、ＣＨ１ドメインをＣＨ２ドメインに繋ぐ重鎖分子の部分を含む。このヒンジ領域は、およそ２５残基を含み、柔軟であり、したがって、２つのＮ末端抗原結合領域が独立して動くことを可能にする。ヒンジ領域は、上部、中部および下部ヒンジドメインの３つの区別されたドメインにさらに分割することができる（Roux et al., J. Immunol 161:4083 (1998)）。
本明細書で使用される場合、「ジスルフィド結合」という用語は、２つの硫黄原子間で形成される共有結合を含む。アミノ酸のシステインは、第２のチオール基とジスルフィド結合または架橋を形成することができるチオール基を含む。最も天然に存在するＩｇＧ分子では、ＣＨ１およびＣＫ領域は、ジスルフィド結合によって連結され、２つの重鎖は、Ｋａｂａｔ番号付け方式を使用して２３９および２４２番目に相当する位置で（２２６位または２２９位、ＥＵの番号付け方式）、２つのジスルフィド結合によって連結される。
本明細書で使用される場合、「キメラ抗体」という用語は、免疫反応性の領域または部位が、第１の種から得られるか、または由来し、定常領域（部分的に無傷であってもよく、または本開示により改変されていてもよい）が、第２の種から得られる、任意の抗体を意味することが適用できる。ある特定の実施形態では、標的が結合する領域または部位は、非ヒト起源（例えば、マウスまたは霊長類）由来であり、定量領域はヒトである。
本明細書で使用される場合、「ヒト化パーセント」は、ヒト化ドメインと生殖細胞系列ドメインとの間のフレームワークのアミノ酸の相違（すなわち、非ＣＤＲの相違）の数を決定し、アミノ酸の総数からその数を減算し、次いでそれをアミノ酸の総数によって除算し、１００を掛けることによって計算される。
「特異的に結合する」または「に対する特異性を有する」とは、一般に、抗体がその抗原結合ドメインを介してエピトープに結合すること、および結合が、抗原結合ドメインとエピトープとの間で一部の相補性を必要とすることを意味する。この定義によれば、抗体が、その抗原結合ドメインを介して、無作為の無関係のエピトープに結合するよりも容易に、そのエピトープに結合する場合、抗体はエピトープに「特異的に結合する」と言われる。「特異性」という用語は、本明細書において、ある特定の抗体がある特定のエピトープに結合することによる相対的な親和性を定量化するために使用される。例えば、抗体「Ａ」は、抗体「Ｂ」よりも所与のエピトープについて高い特異性を有すると見なされる場合があり、または抗体「Ａ」は、それが関連するエピトープ「Ｄ」に対してよりも高い特異性でエピトープ「Ｃ」に結合すると言われる場合がある。
本明細書で使用される場合、「処置する」または「処置」という用語は、治療的処置および予防的もしくは予防方策の両方を指し、その目的は、がんの進行などの望ましくない生理学的な変化もしくは障害を、予防すること、またはそれらを遅らせる（和らげる）ことである。有益な臨床結果または所望される臨床結果としては、限定されるものではないが、検出可能か検出不可能かに関係なく、症状の軽減、疾患の程度の縮小、疾患の状態の安定化（すなわち、悪化させない）、疾患進行の遅延もしくは緩慢化、疾患状態の緩和または一時的抑制、および寛解（部分的または完全に関係なく）が挙げられる。「処置」はまた、処置を受けなかった場合に予測される生存と比較して、生存を延長させることも意味し得る。処置を必要とするものには、状態もしくは障害をすでに有するもの、および状態もしくは障害を有する傾向があるもの、または状態もしくは障害が予防されるべきであるものが含まれる。
「対象」または「個体」または「動物」または「患者」または「哺乳動物」とは、診断、予後予測または治療が望まれる、任意の対象、特に哺乳動物対象を意味する。哺乳動物対象としては、ヒト、家畜、農業動物および動物園、スポーツまたはペット動物、例えば、イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、畜牛、乳牛などが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「処置を必要とする患者に」または「処置を必要とする対象」などの語句は、例えば、検出のため、診断手順のため、および／もしくは処置のために使用される本開示の抗体または組成物の投与から利益を得るであろう、哺乳動物対象などの対象を含む。
抗クローディン１８．２抗体
本開示は、野生型クローディン１８．２および一般的な突然変異体のＭ１４９Ｌ（この突然変異を内因的に発現するＳＵ６２０細胞）の両方に高い親和性を有する抗クローディン１８．２抗体を提供する。本発明者らの知る限り、現在公知のすべての抗クローディン１８．２タンパク質は、この突然変異体に結合しない。したがって、本開示の抗体は、野生型およびＭ１４９Ｌ突然変異体のクローディン１８．２タンパク質の両方を標的にする能力を有するという固有の利点を有する。この利点は、かなりの部分のがん患者が、この一般的な突然変異を保有するので、重要である。本開示の抗体が、他のクローディン１８アイソフォームであるクローディン１８．１に結合しない（または、非常に低い親和性でクローディン１８．１に結合する）ことも注目に値する。
実施例に提示された実験は、クローディン１８．２タンパク質の第１および第２の細胞外断片中のある特定のアミノ酸が、本開示の抗体のタンパク質への結合に関与するか、そうでなければこれに影響を与えることを明らかにした。より詳細には、アミノ酸残基の３つのクラスターが、抗体のエピトープを提示するために示されている。第１のクラスターはＷ３０を含み、これは、クローディン１８．２タンパク質の第１の細胞外ドメインの第１の部分にある。Ｎ４５、Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６、Ｓ５８、Ｆ６０、Ｅ６２およびＣ６３を含む第２のクラスターも、第１の細胞外ドメインに位置する。一方、Ｙ１６９およびＧ１７２を含む第３のクラスターは、第２の細胞外ドメインに位置するか、またはその近くにある。
本開示の抗体および断片は、参照として臨床候補を使用する場合でさえ、優れた性質を呈した。である。本抗体および断片は、１７５Ｄ１０と比較して、より強い結合活性を示しただけでなく、各種の異なる条件下でより高いＡＤＣＣおよびＡＤＣＰ活性も呈した。
これらの新たな抗体および断片の性質の改善は、１７５Ｄ１０などの開発中のものと比較して、これらの抗体および断片のより高い結合特異性に帰することが企図されている。例えば、１７５Ｄ１０のクローディン１８．２との相互作用は、図１５におけるスペクトル全体にわたって強く、これは、Ｄ２８、Ｑ３３、Ｎ３８およびＶ４３との強い結合、そしてＧ５９およびＶ７９との強い結合を含む。新たな抗体の４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２は、対照的に、第１の細胞外ドメインの前半でＷ３０に対するより高い特異性を有し、第１の細胞外ドメインの後半でＧ４８からＥ５６に対するより高い特異性を有する。新たな抗体はまた、やはり後半にあるＹ４６およびＳ５８に対するわずかにより強い結合も有する。Ｄ２８、Ｑ３３、Ｎ３８、Ｖ４３、Ｇ５９およびＶ７９へのそれらの結合は、かなり弱く（または機能せず）、これは、新たな抗体のＡＤＣＣおよびＡＤＣＰの改善に寄与する可能性がある。
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本開示の一実施形態によれば、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、さらにＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌ突然変異体と結合する、抗体またはその断片が提供される。一部の実施形態では、抗体または断片は、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の約１％を超える親和性で、ヒト野生型クローディン１８．１（ＣＬＤＮ１８．１）タンパク質と結合せず、またはＣＬＤＮ１８．１と結合しない。
タンパク質に対する抗体または断片の結合親和性は、当技術分野において公知の多くの方法で測定することができる。例えば、これは、スタンドアロンのＣＬＤＮ１８．１またはＣＬＤＮ１８．２タンパク質を用いる無細胞アッセイで測定することができる。しかしながら、好ましくは、測定は、実際の結合環境を模倣する細胞表面上のＣＬＤＮ１８．１またはＣＬＤＮ１８．２タンパク質を用いて行われる。このような結合アッセイは、実験例において適切に例示されている。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する、少なくとも１％、またはあるいは少なくとも０．００１％、０．０１％、０．１％、０．５％、２％、３％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％もしくは９９％の親和性である、Ｍ１４９Ｌ突然変異体に対する結合親和性を有する。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ヒトＣＬＤＮ１８．１と結合しない。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２への結合と比較して、例えば、限定されないが、１０％、５％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％、０．０１％、０．００５％または０．００１％を超えない、ヒトＣＬＤＮ１８．１に対する非常に弱い結合を有する。
上に記載のように、本開示の抗体およびその断片は、公知の抗体とは異なるエピトープでクローディン１８．２タンパク質に結合する（図４を参照のこと；少なくとも参照抗体は、Ｍ１４９と相互作用するが、本開示のものは相互作用しない）。したがって、一実施形態では、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片と野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質との間の結合に、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質の、Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６およびＳ５８からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基；ならびにＹ１６９およびＧ１７２からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基を含むアミノ酸残基が関与する、抗体またはその断片が提供される。一部の実施形態では、結合に、ＣＬＤＮ１８．２タンパク質の１つまたは複数のＷ３０がさらに関与する。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＮ４５と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＹ４６と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＧ４８と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＬ４９と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＷ５０と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＣ５３と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＶ５４と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＲ５５と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＥ５６と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＥ５８と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＦ６０と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＥ６２と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＣ６３と結合する。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５およびＥ５６から選択される少なくとも２つのアミノ酸残基と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５およびＥ５６から選択される少なくとも３つのアミノ酸残基と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５およびＥ５６から選択される少なくとも４つのアミノ酸残基と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５およびＥ５６から選択される少なくとも５つのアミノ酸残基と結合する。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６およびＳ５８から選択される少なくとも２つのアミノ酸残基と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６およびＳ５８から選択される少なくとも３つのアミノ酸残基と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６およびＳ５８から選択される少なくとも４つのアミノ酸残基と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６およびＳ５８から選択される少なくとも５つのアミノ酸残基と結合する。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２の少なくともＹ１６９と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２の少なくともＧ１７２と結合する。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２のＹ１６９およびＧ１７２から選択される少なくとも２つのアミノ酸残基と結合する。
一部の実施形態では、結合に、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質の、Ｗ３０；Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３およびＥ５６からなる群から選択される２つ、３つ、４つ、５つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基；ならびにＹ１６９およびＧ１７２からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基を含むアミノ酸残基が関与する。一部の実施形態では、結合に、野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＷ３０、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｅ５６およびＹ１６９を含むアミノ酸残基が関与する。
一部の実施形態では、抗体またはその断片と野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質との間の結合に、少なくともＹ４６および／またはＳ５８が関与する。一部の実施形態では、抗体またはその断片と野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質との間の結合に、Ｎ３８またはＶ４３が関与しない。一部の実施形態では、抗体またはその断片と野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質との間の結合に、Ｄ２８、Ｑ３３、Ｎ３８、Ｖ４３、Ｇ５９およびＶ７９が関与しないか、または結合は、Ｄ２８、Ｑ３３、Ｎ３８、Ｖ４３、Ｇ５９およびＶ７９の１つ、２つ、３つ、４つまたはすべてとのより弱い結合を有する。
ＣＬＤＮ１８．２におけるこれらのアミノ酸へのより弱い結合は、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６などの他のアミノ酸と比較され得る。一部の実施形態では、比較は、１７５Ｄ１０と同じアミノ酸での結合とである。例えば、本開示の抗体または断片の結合は、Ｄ２８、Ｑ３３、Ｎ３８、Ｖ４３、Ｇ５９およびＶ７９のうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはすべてに対して、１７５Ｄ１０（ＩＭＧＴ／２Ｄ構造−ＤＢカード番号：１０４７３）のものよりも弱い。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌと結合しない。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌ突然変異体と結合する。
本開示の一実施形態によれば、表Ａおよび表Ａ’のＣＤＲの組合せに示されるＣＤＲ領域を有する重鎖および軽鎖可変ドメインを含む抗体またはその断片が提供される。
Figure 2021517888
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これらのＣＤＲ領域を含有する抗体は、マウス、ヒト化またはキメラにかかわらず、強力なクローディン１８．２結合および阻害活性を有していた。実施例１１および１２に示すように、ＣＤＲ内のある特定の残基は、性質を保持もしくは改善するため、または翻訳後修飾（ＰＴＭ）を有するそれらの可能性を低減するために、改変され得る。このような改変ＣＤＲは、親和性成熟ＣＤＲ、または危険性除去ＣＤＲと称され得る。
危険性除去ＣＤＲの非限定的な例は、表Ｂ〜ＤおよびＢ’〜Ｄ’の第３列に提供されている。親和性成熟したものは、１つ、２つまたは３つのアミノ酸付加、欠失および／または置換を有するものを含み得る。一部の実施形態では、置換は保存的置換であり得る。
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野において定義されており、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、無電荷の極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ−分岐側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が挙げられる。したがって、免疫グロブリンポリペプチド中の非必須アミノ酸残基は、好ましくは、同じ側鎖ファミリーからの別のアミノ酸残基と置き換えられる。別の実施形態では、アミノ酸のストリングは、側鎖のファミリーメンバーの順序および／または組成が異なる構造的に類似のストリングで置き換えられ得る。
保存的アミノ酸置換の非限定的な例は、下記の表に提供され、ここで、０またはそれよりも高い類似性スコアは、２つのアミノ酸間の保存的置換を示す。
Figure 2021517888
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したがって、一実施形態では、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、表Ａまたは表Ａ’の組合せ１〜３３、あるいはＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３の１つまたは複数が、それぞれ、１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、保存的アミノ酸置換またはそれらの組合せを含む組合せ１〜３３のそれぞれから選択される、抗体またはその断片が提供される。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む抗ＣＬＤＮ１８．２抗体または断片であって、このそれぞれが、表Ａまたは表Ｂ〜Ｄから選択される、抗ＣＬＤＮ１８．２抗体または断片が提供される。例えば、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、ＣＤＲＬ１が、配列番号１、１２および３１〜３８の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号１、１２および３１〜３８のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ２が、配列番号２、７および３９〜４１の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、またはアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２、７および３９〜４１のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ３が、配列番号３、８、１３、１９および４２〜５８の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号３、８、１３、１９および４２〜５８のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ１が、配列番号４、９、１４および５９〜７６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号４、９、１４および５９〜７６のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ２が、配列番号５、１０、１５および７７〜９５の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号５、１０、１５および７７〜９５のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ３が、配列番号６、１１、１６および９６〜１１６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号６、１１、１６および９６〜１１６のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含む、抗体またはその断片が提供される。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号１、１２、１７〜１８、２３〜２４および３１〜３８の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ２は、配列番号２、７および３９〜４１の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ３は、配列番号３、８、１３、１９〜２０および４２〜５８の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ１は、配列番号４、９、１４および５９〜７６の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ２は、配列番号５、１０、１５、２１、２５〜２６および７７〜９５の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ３は、配列番号６、１１、１６、２２、２７〜２９および９６〜１１６の群から選択されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む抗ＣＬＤＮ１８．２抗体または断片であって、このそれぞれが、表Ａ’または表Ｂ’〜Ｄ’から選択される、抗ＣＬＤＮ１８．２抗体または断片が提供される。例えば、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、ＣＤＲＬ１が、配列番号２０８〜２２６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２０８〜２２６のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７〜２３３の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、またはアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２２７〜２３３のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ３が、配列番号３、８、１３、１９および４２〜５８の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号３、８、１３、１９および４２〜５８のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ１が、配列番号２３４〜２５４の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２３４〜２５４のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ２が、配列番号２５５〜２８０の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２５５〜２８０のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ３が、配列番号２８１〜３０３の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２８１〜３０３のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含む、抗体またはその断片が提供される。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号２０８〜２２６、３０４〜３０５および３０８〜３０９の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ２は、配列番号２２７〜２３３の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＬ３は、配列番号３、８、１３、１９、２０および４２〜５８の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ１は、配列番号２３４〜２５４の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ２は、配列番号２５５〜２８０、３０６、３１０および３１１の群から選択されるアミノ酸配列を含み；ＣＤＲＨ３は、配列番号２８１〜３０３、３０７および３１２〜３１４の群から選択されるアミノ酸配列を含む。
抗体１２０Ｂ７Ｂ２は、クローディン１８．２の強力な阻害剤であることが実証された。そのＣＤＲ配列は、いくつかの危険性除去バージョンと一緒に、表Ｂに提供されている。一実施形態では、本開示は、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、ＣＤＲＬ１が、ＱＳＬＬＮＳＧＮＱＫＮＹ（配列番号１）、ＱＳＬＬＮＡＧＮＱＫＮＹ（配列番号１７）もしくはＱＳＬＬＥＳＧＮＱＫＮＹ（配列番号１８）のアミノ酸配列、または配列番号１、１７もしくは１８からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２が、ＷＡＳ（配列番号２）のアミノ酸配列、または配列番号２からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３が、ＣＱＮＧＹＹＦＰＦＴ（配列番号３）、ＱＮＡＹＹＦＰＦＴ（配列番号１９）もしくはＱＥＧＹＹＦＰＦＴ（配列番号２０）のアミノ酸配列、または配列番号３、１９もしくは２０からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１が、ＧＹＴＦＴＧＹＩ（配列番号４）のアミノ酸配列、または配列番号４からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２が、ＩＮＰＹＮＤＧＴ（配列番号５）もしくはＩＮＰＹＮＤＤＴ（配列番号２１）のアミノ酸配列、または配列番号５もしくは２１からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３が、ＡＲＡＹＦＧＮＳＦＡＹ（配列番号６）もしくはＡＲＡＹＦＧＮＡＦＡＹ（配列番号２２）のアミノ酸配列、または配列番号６もしくは２２からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、抗体またはその断片を提供する。
異なる抗体由来のＣＤＲが高い相同性を共有していることに注目することは興味深い（表Ａを参照のこと）。その結果として、対応するそれぞれのＣＤＲは、抗体もしくは断片の結合親和性または活性に大きな影響を与えることなく、交換され得ることが企図される。あるいは、ＣＤＲ中のそれぞれの特定のアミノ酸は、異なる抗体由来の対応するＣＤＲ中に存在する別のアミノ酸と置換され得る。したがって、一部の実施形態では、以下の表は、配列のアライメントに基づく一部の実行可能な置換をまとめる。
Figure 2021517888
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抗体またはその断片の一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号１、１７または１８のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号３、１９または２０のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号４のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号５または２１のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号６または２２のアミノ酸配列を含む。
軽鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１４１、１９２〜１９５および２０６〜２０７からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１４１、１９２〜１９５および２０６〜２０７からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
重鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１７１、１８８〜１９１および２０５からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１７１、１８８〜１９１および２０５からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号１７のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号１９のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号４のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号２１のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号２２のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、配列番号２０６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号２０５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、またはそれらのその生物学的等価体を含む。
表Ａ’〜Ｄ’は、Ｋａｂａｔ番号付けによるＣＤＲ配列を提供する。上記に開示の置換は、異なる番号付けスキームに従ってＣＤＲに容易に翻訳することができることは、当業者には明らかである。
一部の実施形態では、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片が提供される。一部の実施形態では、抗体またはその断片は、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、ＣＤＲＬ１は、配列番号２１０、３０４もしくは３０５のアミノ酸配列、または配列番号２１０、３０４もしくは３０５からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２２７のアミノ酸配列、または配列番号２２７からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号３、１９もしくは２０のアミノ酸配列、または配列番号３、１９もしくは２０からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号２５３のアミノ酸配列、または配列番号２５３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号２７８もしくは３０６のアミノ酸配列、または配列番号２７８もしくは３０６からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号３０３もしくは３０７のアミノ酸配列、または配列番号３０３もしくは３０７からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号２１０、３０４または３０５のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号３、１９または２０のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号２５３のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号２７８または３０６のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号３０３または３０７のアミノ酸配列を含む。
軽鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１４１、１９２〜１９５および２０６〜２０７からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１４１、１９２〜１９５および２０６〜２０７からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
重鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１７１、１８８〜１９１および２０５からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１７１、１８８〜１９１および２０５からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号３０４のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号１９のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号２５３のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号３０６のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号３０７のアミノ酸配列を含む。抗体または断片の非限定的な例は、配列番号２０６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号２０５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。
同様に、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３は、良好な抗体であることが示されている。したがって、別の実施形態では、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、ＣＤＲＬ１が、ＱＳＬＬＮＳＧＮＱＫＮＹ（配列番号１）、ＱＳＬＬＮＡＧＮＱＫＮＹ（配列番号１７）もしくはＱＳＬＬＥＳＧＮＱＫＮＹ（配列番号１８）のアミノ酸配列、または配列番号１、１７もしくは１８からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２が、ＲＡＳ（配列番号７）のアミノ酸配列、または配列番号７からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３が、ＱＮＤＹＩＹＰＹＴ（配列番号８）のアミノ酸配列、または配列番号８からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１が、ＧＹＴＦＴＴＹＰ（配列番号９）のアミノ酸配列、または配列番号９からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２が、ＦＨＰＹＮＤＤＴ（配列番号１０）のアミノ酸配列、または配列番号１０からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３が、ＡＲＲＡＹＧＹＰＹＡＭＤＹ（配列番号１１）のアミノ酸配列、または配列番号１１からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、抗体またはその断片が提供される。
同様に、ＣＤＲ中のそれぞれの特定のアミノ酸は、異なる抗体由来の対応するＣＤＲ中に存在する別のアミノ酸と置換され得る。したがって、一部の実施形態では、以下の表は、配列のアライメントに基づく一部の実行可能な置換をまとめる。
Figure 2021517888
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２３の抗体またはその断片の一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号１、１７または１８のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号７のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号８のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号９のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号１０のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号１１のアミノ酸配列を含む。
軽鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１２４、１８５〜１８７および２０３〜２０４からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１２４、１８５〜１８７および２０３〜２０４からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
配列番号１５３および１８１〜１８４からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１５３および１８１〜１８４からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む、重鎖可変領域の非限定的な例。
一部の実施形態では、抗体またはその断片において、ＣＤＲＬ１は、配列番号１７のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号７のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号８のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号９のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号１０のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号１１のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、配列番号２０３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１８１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、またはそれらの対応する生物学的等価体を含む。
表Ａ’〜Ｄ’は、Ｋａｂａｔ番号付けによるＣＤＲ配列を提供する。上記に開示の置換は、異なる番号付けスキームに従ってＣＤＲに容易に翻訳することができることは、当業者には明らかである。
一部の実施形態では、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、ＣＤＲＬ１が、配列番号２１０、３０４もしくは３０５のアミノ酸配列、または配列番号２１０、３０４もしくは３０５からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２が、配列番号２２９のアミノ酸配列、または配列番号２２９からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３が、配列番号８のアミノ酸配列、または配列番号８からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１が、配列番号２４２のアミノ酸配列、または配列番号２４２からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２が、配列番号２６３のアミノ酸配列、または配列番号２６３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３が、配列番号２８９のアミノ酸配列、または配列番号２８９からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、抗体またはその断片が提供される。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号２１０、３０４または３０５のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２２９のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号８のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号２４２のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号２６３のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号２８９のアミノ酸配列を含む。
軽鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１２４、１８５〜１８７および２０３〜２０４からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１２４、１８５〜１８７および２０３〜２０４からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
配列番号１５３および１８１〜１８４からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１５３および１８１〜１８４からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む、重鎖可変領域の非限定的な例。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号３０４のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２２９のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号８のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号２４２のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号２６３のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号２８９のアミノ酸配列を含む。抗体またはその断片の非限定的な例は、配列番号２０３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１８１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。
また、４Ｆ１１Ｅ２は、良好な抗体であることが示されている。したがって、別の実施形態では、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、ＣＤＲＬ１が、ＱＳＬＬＮＳＧＮＲＫＮＹ（配列番号１２）、ＱＳＬＬＥＳＧＮＲＫＮＹ（配列番号２３）もしくはＱＳＬＬＮＡＧＮＲＫＮＹ（配列番号２４）のアミノ酸配列、または配列番号１２、２３もしくは２４からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２が、ＷＡＳ（配列番号２）のアミノ酸配列、または配列番号２からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３が、ＱＮＡＹＳＹＰＦＴ（配列番号１３）のアミノ酸配列、または配列番号１３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１が、ＧＦＴＦＳＴＦＧ（配列番号１４）のアミノ酸配列、または配列番号１４からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２が、ＩＴＳＧＮＳＰＩ（配列番号１５）、ＩＴＳＧＱＳＰＩ（配列番号２５）もしくはＩＴＳＧＥＳＰＩ（配列番号２６）のアミノ酸配列、または配列番号１５、２５もしくは２６からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３が、ＡＲＳＳＹＹＧＮＳＭＤＹ（配列番号１６）、ＡＲＳＳＹＹＧＱＳＭＤＹ（配列番号２７）、ＡＲＳＳＹＹＧＥＳＭＤＹ（配列番号２８）もしくはＡＲＳＳＹＹＧＮＡＭＤＹ（配列番号２９）のアミノ酸配列、または配列番号１６、２７、２８もしくは２９からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、抗体またはその断片が提供される。
同様に、ＣＤＲ中のそれぞれの特定のアミノ酸は、異なる抗体由来の対応するＣＤＲ中に存在する別のアミノ酸と置換され得る。したがって、一部の実施形態では、以下の表は、配列のアライメントに基づく一部の実行可能な置換をまとめる。
Figure 2021517888
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一部の実施形態では、抗体またはその断片において、ＣＤＲＬ１は、配列番号１２、２３または２４のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号１４のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号１５、２５または２６のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号１６、２７、２８または２９のアミノ酸配列を含む。
軽鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１２９、１７８〜１８０および２０１〜２０２からなる群から選択されるアミノ酸配列、またはそれらの生物学的等価体、例えば、配列番号１２９、１７８〜１８０および２０１〜２０２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
重鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１５９、１７５〜１７７および１９６〜２００からなる群から選択されるアミノ酸配列、またはそれらの生物学的等価体、例えば、配列番号１５９、１７５〜１７７および１９６〜２００からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号２４のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号１４のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号２６のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号１６のアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、抗体またはその断片は、配列番号２０２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１９７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、またはそれらの対応する生物学的等価体を含む。
表Ａ’〜Ｄ’は、Ｋａｂａｔ番号付けによるＣＤＲ配列を提供する。上記に開示の置換は、異なる番号付けスキームに従ってＣＤＲに容易に翻訳することができることは、当業者には明らかである。
本開示の一部の実施形態は、野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、ＣＤＲＬ１が、配列番号２１６、３０８もしくは３０９のアミノ酸配列、または配列番号２１６、３０８もしくは３０９からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列、または配列番号２２７からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３が、配列番号１３のアミノ酸配列、または配列番号１３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１が、配列番号２４６のアミノ酸配列、または配列番号２４６からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２が、配列番号２６８、３１０もしくは３１１のアミノ酸配列、または配列番号２６８、３１０もしくは３１１からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３が、配列番号２９４、３１２、３１３もしくは３１４のアミノ酸配列、または配列番号２９４、３１２、３１３もしくは３１４からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、抗体またはその断片を提供する。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号２１６、３０８または３０９のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号２４６のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号２６８、３１０または３１１のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号２９４、３１２、３１３または３１４のアミノ酸配列を含む。
軽鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１２９、１７８〜１８０および２０１〜２０２からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１２９、１７８〜１８０および２０１〜２０２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
重鎖可変領域の非限定的な例は、配列番号１５９、１７５〜１７７および１９６〜２００からなる群から選択されるアミノ酸配列、または生物学的等価体、例えば、配列番号１５９、１７５〜１７７および１９６〜２００からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む。
一部の実施形態では、ＣＤＲＬ１は、配列番号３０９のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＬ３は、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ１は、配列番号２４６のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号３１１のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号２９４のアミノ酸配列を含む。抗体または断片の非限定的な例は、配列番号２０２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１９７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。
一部の実施形態では、抗体はヒト化抗体である。実施例９に示すように、ヒト化抗体は、マウス対応物に対する１つまたは複数の逆突然変異を含み得る。このような逆突然変異の例を表３に示す。一部の実施形態では、抗体または断片は、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれよりも多くの逆突然変異を含み得る。
一部の実施形態では、本開示の抗クローディン１８．２抗体は、配列番号１１７〜１４４、１７８〜１８０、１８５〜１８７、１９２〜１９５、２０１〜２０２、２０３〜２０４もしくは２０６〜２０７のいずれか１つのＶＬ、および配列番号１４５〜１７４、１７５〜１７７、１８１〜１８４、１８８〜１９１、１９６〜２００もしくは２０５のいずれか１つのＶＨ、またはそれらの個々の生物学的等価体を含む。ＶＨまたはＶＬの生物学的等価体は、全体で８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の配列同一性を有しながら、設計されたアミノ酸を含む配列である。したがって、配列番号１４５の生物学的等価体は、配列番号１４５に対して全体で８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の配列同一性を有するが、ＣＤＲを保持し、必要に応じて１つもしくは複数、またはすべての逆突然変異を保持するＶＨであり得る。
本明細書に開示の抗体は、それらが由来する天然に存在する結合ポリペプチドからアミノ酸配列において変動するように、改変されていてもよいことも、当業者によって理解されるだろう。例えば、設計されたタンパク質に由来するポリペプチドまたはアミノ酸配列は、類似していてもよく、例えば、出発配列に対してある特定の同一性パーセントを有していてもよく、例えば、出発配列に対して６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性であってもよい。
ある特定の実施形態では、抗体は、アミノ酸配列、または抗体と通常関連しない１つもしくは複数の部分を含む。例示的な改変を、下記により詳細に記載する。例えば、本開示の抗体は、柔軟なリンカー配列を含んでいてもよく、または機能的部分（例えば、ＰＥＧ、薬物、毒素または標識）を追加するように改変されていてもよい。
本開示の抗体、それらのバリアントまたは誘導体は、共有結合的な付着が抗体のエピトープへの結合を妨げないように、すなわち、任意の種類の分子の抗体への共有結合的な付着によって修飾された誘導体を含む。例えば、限定を目的とするわけではないが、抗体は、例えば、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、リン酸化、アミド化、公知の保護（ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ）／保護（ｂｌｏｃｋｉｎｇ）基による誘導体化、タンパク質切断、細胞のリガンドまたは他のタンパク質への連結などによって、修飾され得る。任意の多数の化学的修飾は、限定されないが、特定の化学的切断、アセチル化、ホルミル化、ツニカマイシンの代謝的合成などを含む公知の技術によって行ってもよい。加えて、抗体は、１つまたは複数の非古典的なアミノ酸を含有していてもよい。
一部の実施形態では、抗体は、治療剤、プロドラッグ、ペプチド、タンパク質、酵素、ウイルス、脂質、生体応答修飾物質、医薬剤またはＰＥＧとコンジュゲートされていてもよい。
抗体は、治療剤とコンジュゲートまたは融合されていてもよく、これは、放射性標識などの検出可能な標識、免疫調節剤、ホルモン、酵素、オリゴヌクレオチド、光反応性治療剤または診断剤、薬物または毒素であってもよい細胞傷害剤、超音波増強剤、非放射性標識、これらの組合せおよび当技術分野において公知の他のこのような薬剤を含み得る。
抗体は、それを化学発光化合物にカップリングすることによって検出可能に標識することができる。次いで、化学発光タグ化抗原結合性ポリペプチドの存在は、化学反応の過程の間に生じる発光の存在を検出することによって、決定される。特定の有用な化学発光標識化合物の例は、ルミノール、イソルミノール、ｔｈｅｒｏｍａｔｉｃアクリジニウムエステル、イミダゾール、アクリジニウム塩およびシュウ酸エステルである。
抗体は、１５２Ｅｕまたは他のランタニド系列などの蛍光発光金属を使用して、検出可能に標識することもできる。これらの金属は、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）またはエチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）などの金属キレート基を使用して、抗体に付着させることができる。各種の部分を抗体にコンジュゲートするための技術は、周知であり、例えば、Arnon et al., "Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy", in Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy、Reisfeld et al. (eds.), pp. 243-56 (Alan R. Liss, Inc. (1985)；Hellstrom et al., "Antibodies For Drug Delivery", in Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al., (eds.), Marcel Dekker, Inc., pp. 623-53 (1987)；Thorpe, "Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review", in Monoclonal Antibodies '84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al. (eds.), pp. 475-506 (1985)；"Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy", in Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy, Baldwin et al. (eds.), Academic Press pp. 303-16 (1985)、およびThorpe et al., "The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody-Toxin Conjugates", Immunol. Rev. (52:119-58 (1982))を参照のこと。
二官能性分子
腫瘍抗原を標的にする分子として、クローディン１８．２に特異的な抗体または抗原結合性断片を、免疫細胞に特異的な第２の断片と組み合わせて、二特異性抗体を作製することができる。
一部の実施形態では、免疫細胞は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、単球、マクロファージ、好中球、樹状細胞、食細胞、ナチュラルキラー細胞、好酸球、好塩基球およびマスト細胞からなる群から選択される。
一部の実施形態では、第２の特異性は、ＣＤ３、ＣＤ４７、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＣＴＬＡ４、ＶＩＳＴＡ、ＣＳＦＲ１、Ａ２ＡＲ、ＣＤ７３、ＣＤ３９、ＣＤ４０、ＣＥＡ、ＨＥＲ２、ＣＭＥＴ、４−１ＢＢ、ＯＸ４０、ＳＩＲＰＡ ＣＤ１６、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＴＬＡ４、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＨＶＥＭ、ＣＤ２７、ＶＥＧＦＲまたはＶＥＧＦに対する。
二特異性抗体の異なる形式も提供する。一部の実施形態では、抗クローディン１８．２断片のそれぞれ、および第２の断片は、それぞれ、独立して、Ｆａｂ断片、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）またはシングルドメイン抗体から選択される。一部の実施形態では、二特異性抗体は、Ｆｃ断片をさらに含む。
抗体または抗原結合性断片を含むだけではない二官能性分子も提供する。腫瘍抗原を標的にする分子として、クローディン１８．２に特異的な抗体または抗原結合性断片、例えば本明細書に記載のものを、免疫サイトカインまたはリガンドと、必要に応じてペプチドリンカーを介して組み合わせることができる。連結された免疫サイトカインまたはリガンドとしては、限定されないが、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＧＭ−ＣＳＦ、ＴＮＦ−α、ＣＤ４０Ｌ、ＯＸ４０Ｌ、ＣＤ２７Ｌ、ＣＤ３０Ｌ、４−１ＢＢＬ、ＬＩＧＨＴおよびＧＩＴＲＬが挙げられる。このような二官能性分子は、免疫チェックポイント遮断効果を腫瘍部位の局所免疫調節と組み合わせることができる。
抗体をコードするポリヌクレオチドおよび抗体を調製する方法
本開示は、本開示の抗体、それらのバリアントまたは誘導体をコードする、単離されたポリヌクレオチドまたは核酸分子も提供する。本開示のポリヌクレオチドは、同じポリヌクレオチド分子または別のポリヌクレオチド分子上の、抗原結合性ポリペプチド、それらのバリアントまたは誘導体の重鎖および軽鎖可変領域全体をコードし得る。加えて、本開示のポリヌクレオチドは、同じポリヌクレオチド分子または別のポリヌクレオチド分子上の、抗原結合性ポリペプチド、それらのバリアントまたは誘導体の重鎖および軽鎖可変領域の部分をコードし得る。
抗体を作製する方法は、当技術分野において公知であり、本明細書に記載される。ある特定の実施形態では、本開示の抗原結合性ポリペプチドの可変領域および定常領域は両方とも、完全にヒトである。完全ヒト抗体は、当技術分野に記載の技術および本明細書に記載の技術を使用して作製することができる。例えば、特異的な抗原に対する完全ヒト抗体は、抗原の負荷に応答してそのような抗体を産生するように改変されているが、内因性遺伝子座が無効化されているトランスジェニック動物に抗原を投与することによって、調製することができる。このような抗体を作製するために使用することができる例示的な技術は、米国特許第６，１５０，５８４号、米国特許第６，４５８，５９２号、米国特許第６，４２０，１４０号に記載されており、これらは、それらの全体が参照によって組み込まれる。
処置方法
本明細書に記載される場合、本開示の抗体、バリアントまたは誘導体は、ある特定の処置方法および診断方法において使用され得る。
本開示は、本開示の抗体を、本明細書に記載の１つまたは複数の障害または状態を処置するために、動物、哺乳動物およびヒトなどの患者に投与することを含む、抗体ベースの治療をさらに対象とする。本開示の治療用化合物としては、限定されるものではないが、本開示の抗体（本明細書に記載のそれらのバリアントおよび誘導体を含む）、および本開示の抗体（本明細書に記載のそれらのバリアントおよび誘導体を含む）をコードする核酸またはポリヌクレオチドが挙げられる。
本開示の抗体は、がんを処置または阻害するために使用することもできる。上記で提供したように、クローディン１８．２は、腫瘍細胞、特に、胃、膵臓、食道、卵巣および肺の腫瘍で過剰発現し得る。クローディン１８．２の阻害は、腫瘍を処置するために有用であることが示されている。
したがって、一部の実施形態では、それを必要とする患者におけるがんを処置するための方法が提供される。一実施形態では、この方法は、本開示の抗体の有効量を患者に投与することを伴う。一部の実施形態では、患者における少なくとも１つのがん細胞（例えば、間質細胞）は、クローディン１８．２を過剰発現する。
キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞治療などの細胞治療も、本開示において提供される。本開示の抗クローディン１８．２抗体と接触させる（または本開示の抗クローディン１８．２抗体を発現するように代わりに操作された）適切な細胞を使用することができる。このような接触または操作の際に、細胞は、次に、処置を必要とするがん患者に導入され得る。がん患者は、本明細書に開示の任意の種類のがんを有し得る。細胞（例えば、Ｔ細胞）は、限定されないが、例えば、腫瘍浸潤性Ｔリンパ球、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはそれらの組合せであり得る。
一部の実施形態では、細胞は、患者自身のがんから単離された。一部の実施形態では、細胞は、ドナーによって、または細胞バンクから提供された。細胞ががん患者から単離される場合、望ましくない免疫反応を最小化することができる。
がんの非限定的な例としては、膀胱がん、乳がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、食道がん、頭頸部がん、腎臓がん、白血病、肝臓がん、肺がん、リンパ腫、黒色腫、膵臓がん、前立腺がんおよび甲状腺がんが挙げられる。一部の実施形態では、がんは、胃、膵臓、食道、卵巣および肺のがんの１つまたは複数である。
本開示の抗体またはそれらのバリアントもしくは誘導体を用いて処置、予防、診断および／または予後予測され得る、細胞の生存の増加に関連する追加の疾患または障害としては、限定されないが、悪性腫瘍の進行および／または転移が挙げられ、白血病（急性白血病（例えば、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病（骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性および赤白血病を含む））および慢性白血病（例えば、慢性骨髄性（顆粒球性）白血病および慢性リンパ球性白血病）を含む）、真性赤血球増加症、リンパ腫（例、ホジキン病および非ホジキン病）、多発性骨髄腫、ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症、重鎖病、ならびに限定されないが、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫（endotheliosarcoma）、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫（lymphangioendotheliosarcoma）、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、膵臓がん、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支癌、腎細胞癌、肝細胞腫、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胚性癌腫、ウィルムス腫瘍、子宮頸がん、精巣腫瘍、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起神経膠腫、髄膜腫（menangioma）、黒色腫、神経芽細胞腫および網膜芽細胞腫などの肉腫および癌腫を含む固形腫瘍などの障害に関連する。
任意の特定の患者に対する特定の投薬量および処置レジメンは、使用される特定の抗体、それらのバリアントまたは誘導体、患者の年齢、体重、全体的な健康、性別および食事、ならびに投与の時間、排出率、薬物の組合せ、ならびに処置される特定の疾患の重症度を含むさまざまな要因に依存する。医療介護者によるこのような要因の判断は、当技術分野における通常の技能の範囲内である。量は、処置される個々の患者、投与の経路、製剤の種類、使用される化合物の特性、疾患の重症度および望まれる効果にも依存するだろう。使用される量は、当技術分野において周知の薬理学および薬物動態の原理によって決定することができる。
抗体、バリアントの投与の方法は、限定されるものではないが、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、経鼻、硬膜外および経口の経路が挙げられる。抗原結合性ポリペプチドおよび組成物は、任意の簡便な経路によって、例えば、注入またはボーラス注射によって、上皮または皮膚粘膜の裏層（例えば、口腔粘膜、直腸および腸粘膜など）による吸収によって投与されてもよく、他の生物活性剤と一緒に投与されてもよい。したがって、本開示の抗原結合性ポリペプチドを含有する医薬組成物は、経口的、直腸的、非経口的、嚢内（intracistemally）、膣内、腹腔内、局所的（粉末、軟膏、点滴剤または経皮パッチによるような）、バッカルで、または経口もしくは点鼻スプレーとして、投与されてもよい。
本明細書で使用される場合、「非経口的」という用語は、静脈内、筋肉内、腹腔内、胸骨内、皮下および関節内の注射ならびに注入を含む、投与の様式を指す。
投与は、全身または局所であり得る。加えて、脳室内および髄腔内注射を含む、任意の適切な経路によって、中枢神経系に本開示の抗体を導入することが望ましい場合があり、脳室内注射は、例えばＯｍｍａｙａリザーバーなどのリザーバーに取り付けられた脳室内カテーテルによって容易になり得る。肺投与は、例えば、吸入器または噴霧器、およびエアロゾル化剤を有する製剤の使用によって、利用することもできる。
本開示の抗原結合性ポリペプチドまたは組成物を、処置を必要とする領域に局所投与することが望ましい場合があり、これは、例えば、限定されないが、手術中の局所注入、局所的適用、例えば、手術後の創傷被覆材と組み合わせて、注射によって、カテーテル手段によって、坐剤手段によって、またはインプラント手段によって達成されてもよく、前記インプラントは、ｓｉａｌａｓｔｉｃ膜などの膜または繊維を含む、多孔性、非多孔性またはゼリー状の材料である。好ましくは、本開示の抗体を含むタンパク質が投与される場合、ケアは、タンパク質が吸収されない材料を使用して行わなければならない。
炎症性の免疫または悪性の疾患、障害または状態の処置、阻害および予防に有効な本開示の抗体の量は、標準的な臨床技術によって決定することができる。加えて、ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイは、必要に応じて、最適な投薬量の範囲を識別するのを助けるために用いられ得る。製剤に用いられる正確な用量は、投与の経路、および疾患、障害または状態の重篤度にも依存し、開業医の判断およびそれぞれの患者の状況に従って決定されるべきである。有効用量は、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたは動物モデルの試験系に由来する用量反応曲線から外挿されてもよい。
一般的な問題として、本開示の抗原結合性ポリペプチドの患者に投与される投薬量は、典型的には、患者の体重の０．１ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ、患者の体重の０．１ｍｇ／ｋｇ〜２０ｍｇ／ｋｇの間、または患者の体重の１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇである。一般に、ヒト抗体は、ヒト体内で、外来ポリペプチドに対する免疫応答に起因して、他の種由来の抗体よりも長い半減期を有する。このため、多くの場合、より少ないヒト抗体の投薬量およびより少ない頻度の投与が可能である。さらに、本開示の抗体の投薬量および投与の頻度は、例えば、脂質化などの改変によって、抗体の取り込みおよび組織透過性（例えば、脳への）を増強することによって、低減され得る。
追加の実施形態では、本開示の組成物は、サイトカインと組み合わせて投与される。本開示の組成物とともに投与され得るサイトカインとしては、限定されるものではないが、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、抗ＣＤ４０、ＣＤ４０ＬおよびＴＮＦ−αが挙げられる。
追加の実施形態では、本開示の組成物は、例えば、放射線治療などの他の治療的または予防的レジメンと組み合わせて投与される。
併用療法および抗体−薬物コンジュゲート
本開示の１つまたは複数の抗クローディン１８．２抗体またはその断片と一緒に第２の抗がん剤（化学療法剤）の使用を含む併用療法も提供される。一部の実施形態では、化学療法剤は、抗体または断片にコンジュゲートされる。
化学療法剤は、それらの作用機構によって、例えば、以下の群に分類され得る：
− ピリミジンアナログのフロクスウリジン、カペシタビンおよびシタラビンなどの代謝拮抗剤／抗がん剤；
− プリンアナログ、葉酸アンタゴニストおよび関連する阻害剤；
− ビンカアルカロイド（ビンブラスチン、ビンクリスチン）などの天然物、ならびにタキサン（パクリタキセル、ドセタキセル）、ビンブラスチン、ノコダゾール、エポチロン、ビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））およびエピポドフィロトキシン（エトポシド、テニポシド）などの微小管を含む、抗増殖剤／抗有糸分裂剤；
− アクチノマイシン、アムサクリン、ブスルファン、カルボプラチン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イホスファミド（iphosphamide）、メルファラン、メクロレタミン（merchlorethamine）、マイトマイシン、ミトキサントロン、ニトロソウレア、プロカルバジン、タキソール、タキソテール、テニポシド、エトポシドおよびトリエチレンチオホスホルアミドなどのＤＮＡ損傷剤；
− ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、イダルビシン、アントラサイクリン、ミトキサントロン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）およびマイトマイシンなどの抗生物質；
− 全身的にＬ−アスパラギンを代謝するＬ−アスパラギナーゼなどの酵素、およびそれら自身のアスパラギンを合成する能力を有さない欠乏細胞；
− 抗血小板剤；
− ナイトロジェンマスタード、シクロホスファミドおよびアナログ（メルファラン、クロラムブシル、ヘキサメチルメラミンおよびチオテパ）、アルキルニトロソウレア（カルムスチン）およびアナログ、ストレプトゾシン、ならびにトリアゼン（ダカルバジン）などの抗増殖性／抗有糸分裂性のアルキル化剤；
− 葉酸アナログ（メトトレキセート）などの抗増殖性／抗有糸分裂性の代謝拮抗剤；
− 白金配位錯体（シスプラチン、オキサリプラチナム（oxiloplatinim）およびカルボプラチン）、プロカルバジン、ヒドロキシウレア、ミトタンおよびアミノグルテチミド；
− ホルモン、ホルモンアナログ（エストロゲン、タモキシフェン、ゴセレリン、ビカルタミドおよびニルタミド）およびアロマターゼ阻害剤（レトロゾールおよびアナストロゾール）；
− ヘパリン、合成のヘパリン塩および他のトロンビンの阻害剤などの抗凝固剤；
− 組織プラスミノーゲン活性化因子、ストレプトキナーゼ、ウロキナーゼ、アスピリン、ジピリダモール、チクロピジンおよびクロピドグレルなどの血栓溶解剤；
− 抗遊走剤；
− 抗分泌剤（ブレべルジン）；
− 免疫抑制剤のタクロリムス、シロリムス、アザチオプリンおよびミコフェノレート；
− 化合物（ＴＮＰ−４７０、ゲニステイン）および増殖因子阻害剤（血管内皮増殖因子阻害剤および線維芽細胞増殖因子阻害剤）；
− アンジオテンシン受容体ブロッカー、一酸化窒素ドナー；
− アンチセンスオリゴヌクレオチド；
− トラスツズマブ、リツキシマブなどの抗体；
− 細胞周期阻害剤、およびトレチノインなどの分化誘導因子；
− 阻害剤のトポイソメラーゼ阻害剤（ドキソルビシン、ダウノルビシン、ダクチノマイシン、エニポシド（eniposide）、エピルビシン、エトポシド、イダルビシン、イリノテカン、ミトキサントロン、トポテカンおよびイリノテカン）、およびコルチコステロイド（コルチゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾンおよびプレドニゾロン）；
− 増殖因子シグナル伝達キナーゼ阻害剤；
− 機能障害誘導因子；
− コレラ毒素、リシン、シュードモナス外毒素、百日咳菌アデニル酸シクラーゼ毒素、ジフテリア毒素などの毒素、およびカスパーゼ活性化因子；
− ならびに、クロマチン。
化学療法剤のさらなる例を挙げる。
− チオテパおよびシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））などのアルキル化剤；
− ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファンなどのアルキルスルホネート；
− ベンゾドパ、カルボコン、メツレドパおよびウレドパなどのアジリジン；
− アルトレタミン（alfretamine）、トリエチレンメラミン（triemylenemelamine）、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミドおよびトリメミロロメラミン（trimemylolomelamine）を含む、エミレルミン（emylerumine）およびメミラメラミン（memylamelamine）；
− アセトゲニン、特に、ブラタシンおよびブラタシノン；
− カンプトテシン、合成アナログであるトポテカンを含む；
− ブリオスタチン；
− カリスタチン；
− ＣＣ−１０６５、そのアドゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成アナログを含む；
− クリプトフィシン、特に、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８；
− ドラスタチン；
− デュオカルマイシン、合成アナログのＫＷ−２１８９およびＣＢＩ−ＴＭＩを含む；
− エリュテロビン；
− パンクラチスタチン；
− サルコジクチイン；
− スポンジスタチン；
− クロラムブシル、クロルナファジン、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノボエンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミドおよびウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；
− カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン（foremustine）、ロムスチン、ニムスチンおよびラニムスチンなどのニトロソウレア；
− エネジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシン ガンマ１Ｉおよびカリケアマイシン ファイＩ１）、ダイネマイシンＡを含むダイネマイシン、クロドロネートなどのビスホスホネート、エスペラミシン、ネオカルチノスタチン発色団および関連する色素タンパク質のエネジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチンおよびゾルビシンなどの抗生物質；
− メトトレキセートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗剤；
− デモプテリン、メトトレキセート、プテロプテリンおよびトリメトレキセートなどの葉酸アナログ；
− フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリンおよびチオグアニンなどのプリンアナログ；
− アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビンおよびフロクスウリジンなどのピリミジンアナログ；
− カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタンおよびテストラクトンなどのアンドロゲン；
− アミノグルテチミド、ミトタンおよびトリロスタンなどの抗アドレナール；
− フロリン酸などの葉酸補充剤；
− トリコテセン、特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡおよびアングイジン；
− パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））およびドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））などのタキソイド；
− シスプラチンおよびカルボプラチンなどの白金アナログ；
− アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル ；アムサクリン；ヘストラブシル；ビスアントレン；エダトレキセート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン；エルホルムチン；エリプチニウム酢酸塩；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロイコボリン；ロニダミン；マイタンシンおよびアンサマイトシンなどのマイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；フルオロピリミジン；フォリン酸；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ポリサッカリド−Ｋ（ＰＳＫ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン（tricUorotriemylamine）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオペタ；クロラムブシル；ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン（mitroxantrone）；ビンクリスチン（vancristine）；ビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））；ノバントロン；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ（xeoloda）；イバンドロネート；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤のＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＦＭＯ）；レチノイン酸などのレチノイド；カペシタビン；ＦＯＬＦＩＲＩ（フルオロウラシル、ロイコボリンおよびイリノテカン）；
− ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体。
また、「化学療法剤」の定義には、抗エストロゲンおよび選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）などの抗ホルモン剤、酵素アロマターゼの阻害剤、抗アンドロゲン、ならびに腫瘍におけるホルモン作用を調節または阻害するように作用する上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体を含む。
抗エストロゲンおよびＳＥＲＭの例としては、例えば、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（商標）を含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストンおよびトレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））が挙げられる。
副腎におけるエストロゲン産生を調節する酵素のアロマターゼの阻害剤。例としては、４（５）−イミダゾール、アミノグルテチミド、酢酸メゲストロール（ＭＥＧＡＣＥ（登録商標））、エキセメスタン、フォルメスタン、ファドロゾール、ボロゾール（ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標））、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標））およびアナストロゾール（ＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標））が挙げられる。
抗アンドロゲンの例としては、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド（leuprohde）およびゴセレリンが挙げられる。
化学療法剤の例としては、限定されないが、レチノイド酸およびその誘導体、２−メトキシエストラジオール、ＡＮＧＩＯＳＴＡＴＩＮ（登録商標）、ＥＮＤＯＳＴＡＴＩＮ（登録商標）、スラミン、スクアラミン、メタロプロテイナーゼ−１の組織阻害剤、メタロプロテイナーゼ−２の組織阻害剤、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤−１、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤−２、軟骨由来の阻害剤、パクリタキセル（ｎａｂ−パクリタキセル）、血小板因子４、硫酸プロタミン（クルペイン）、硫酸化キチン誘導体（ズワイガニ殻から調製）、硫酸化多糖ペプチドグリカン複合体（ｓｐ−ｐｇ）、スタウロスポリン、プロリンアナログ（（ｌ−アゼチジン−２−カルボン酸（ＬＡＣＡ））を含むマトリックス代謝モジュレーター、シスヒドロキシプロリン、ｄ，Ｉ−３，４−デヒドロプロリン、チアプロリン、α，α’−ジピリジル、ベータ−アミノプロピオニトリルフマレート、４−プロピル−５−（４−ピリジニル）−２（３ｈ）−オキサゾロン、メトトレキセート、ミトキサントロン、ヘパリン、インターフェロン、２マクログロブリン−血清、ニワトリのメタロプロテイナーゼ−３阻害剤（ＣｈＩＭＰ−３）、キモスタチン、テトラデカ硫酸ベータ−シクロデキストリン、エポネマイシン、フマギリン、金チオリンゴ酸ナトリウム、ｄ−ペニシラミン、ベータ−１−アンチコラゲナーゼ−血清、アルファ−２−抗プラスミン、ビスアントレン、ロベンザリット二ナトリウム、ｎ−２−カルボキシフェニル−４−クロロアントロニル酸二ナトリウムまたは「ＣＣＡ」、サリドマイド、血管新生抑制ステロイド、カルボキシアミノイミダゾール、およびＢＢ−９４などのメタロプロテイナーゼ阻害剤を含む、抗血管新生剤も挙げられる。他の抗血管新生剤としては、抗体、好ましくは、これらの血管新生増殖因子：ベータ−ＦＧＦ、アルファ−ＦＧＦ、ＦＧＦ−５、ＶＥＧＦアイソフォーム、ＶＥＧＦ−Ｃ、ＨＧＦ／ＳＦおよびＡｎｇ−１／Ａｎｇ−２に対するモノクローナル抗体が挙げられる。
化学療法剤の例としては、限定されるものではないが、ベータ−アミノプロピオニトリル（aminoproprionitrile）（ＢＡＰＮ）などの化合物、ならびにリシルオキシダーゼの阻害剤およびコラーゲンの異常沈着に関連する疾患および状態の処置におけるこれらの使用に関する米国特許第４，９６５，２８８号（Palfreyman, et al.）、ならびに各種の病理学的線維性の状態の処置のためにＬＯＸを阻害する化合物に関する米国特許第４，９９７，８５４号（Kagan et al.）に開示された化合物を含む抗線維化剤も挙げられ、これらは参照によって本明細書に組み込まれる。さらなる例示的な阻害剤は、２−イソブチル−３−フルオロ−、クロロ−、またはブロモ−アリルアミンなどの化合物に関する米国特許第４，９４３，５９３号（Palfreyman et al.）、２−（１−ナフチルオキシメチル（naphthyloxymemyl））−３−フルオロアリルアミンに関する米国特許第５，０２１，４５６号（Palfreyman et al.）、米国特許第５，０５９，７１４号（Palfreyman et al.）、米国特許第５，１２０，７６４号（Mccarthy et al.）、米国特許第５，１８２，２９７号（Palfreyman et al.）、米国特許第５，２５２，６０８号（Palfreyman et al.）および米国特許出願公開第２００４／０２４８８７１号（Farjanel et al.）に記載されており、これらは参照によって本明細書に組み込まれる。
例示的な抗線維化剤としては、リシルオキシダーゼの活性部位のカルボニル基と反応する第１級アミン、より具体的には、カルボニルとの結合後に生成するもの、共鳴により安定化される生成物、例えば、以下の第１級アミン：エミレンマミン（emylenemamine）、ヒドラジン、フェニルヒドラジンおよびそれらの誘導体；セミカルバジドおよび尿素誘導体；ＢＡＰＮまたは２−ニトロエチルアミンなどのアミノニトリル；２−ブロモ−エチルアミン、２−クロロエチルアミン、２−トリフルオロエチルアミン、３−ブロモプロピルアミンおよびｐ−ハロベンジルアミンなどの不飽和または飽和ハロアミン；ならびにセレノホモシステインラクトンも挙げられる。
他の抗線維化剤は、細胞を透過するか、または透過しない銅キレート剤である。例示的な化合物としては、リシルオキシダーゼによるリシル残基およびヒドロキシリシル残基の酸化的脱アミノ化が起源のアルデヒド誘導体を遮断する間接的阻害剤が挙げられる。例としては、チオールアミン、特に、Ｄ−ペニシラミン、およびそのアナログ、例えば、２−アミノ−５−メルカプト−５−メチルヘキサン酸、Ｄ−２−アミノ−３−メチル−３−（（２−アセトアミドエチル）ジチオ）ブタン酸、ｐ−２−アミノ−３−メチル−３−（（２−アミノエチル）ジチオ）ブタン酸、４−（（ｐ−１−ジメチル−２−アミノ−２−カルボキシエチル）ジチオ）ブタン硫酸ナトリウム、２−アセトアミドエチル−２−アセトアミドエタンチオールスルファネートおよび４−メルカプトブタンスルフィン酸ナトリウム三水和物が挙げられる。
化学療法剤の例としては、限定されないが患者を処置するために適切な治療用抗体を含む、免疫治療剤も挙げられる。治療用抗体の一部の例としては、シムツズマブ、アバゴボマブ、アデカツムマブ、アフツズマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、アマツキシマブ、アナツモマブ、アルシツモマブ、バビツキシマブ、ベクツモマブ、ベバシズマブ、ビバツズマブ、ブリナツモマブ、ブレンツキシマブ、カンツズマブ、カツマキソマブ、セツキシマブ、シタツズマブ、シクツムマブ、クリバツズマブ、コナツムマブ、ダラツムマブ、ドロジツマブ、ドゥリゴツマブ、ドゥシギツマブ、デツモマブ、ダセツズマブ、ダロツズマブ、エクロメキシマブ、エロツズマブ、エンシツキシマブ、エルツマキソマブ、エタラシズマブ、ファルレツズマブ、フィクラツズマブ、フィギツムマブ、フランボツマブ、フツキシマブ、ガニツマブ、ゲムツズマブ、ギレンツキシマブ、グレンバツムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、イマガツズマブ、インダツキシマブ、イノツズマブ、インテツムマブ、イピリムマブ、イラツムマブ、ラベツズマブ、レクサツムマブ、リンツズマブ、ロルボツズマブ、ルカツムマブ、マパツムマブ、マツズマブ、ミラツズマブ、ミンレツモマブ、ミツモマブ、モキセツモマブ、ナルナツマブ、ナプツモマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、ノフェツモマブ、オカラツズマブ、オファツムマブ、オララツマブ、オナルツズマブ、オポルツズマブ、オレゴボマブ、パニツムマブ、パルサツズマブ、パトリツマブ、ペムツモマブ、ペルツズマブ、ピンツモマブ、プリツムマブ、ラコツモマブ、ラドレツマブ、リロツムマブ、リツキシマブ、ロバツムマブ、サツモマブ、シブロツズマブ、シルツキシマブ、ソリトマブ、タカツズマブ、タプリツモマブ、テナツモマブ、テプロツムマブ、ティガツズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、ツコツズマブ、ウブリツキシマブ、ベルツズマブ、ボルセツズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ＣＣ４９および３Ｆ８が挙げられる。リツキシマブは、辺縁帯リンパ腫、ＷＭ、ＣＬＬおよび小リンパ球性リンパ腫を含む緩慢進行性Ｂ細胞がんを処置するために使用することができる。リツキシマブおよび化学療法剤の組合せが特に有効である。
例示された治療用抗体は、インジウム−１１１、イットリウム−９０またはヨウ素−１３１などの放射性同位元素粒子でさらに標識されていてもよく、またはこれらと組み合わせてもよい。
一実施形態では、追加の治療剤はナイトロジェンマスタードアルキル化剤である。ナイトロジェンマスタードアルキル化剤の非限定的例としては、クロラムブシルが挙げられる。
一実施形態では、本明細書に記載の化合物および組成物は、１つまたは複数の追加の治療剤とともに使用されてもよく、または１つまたは複数の追加の治療剤と組み合わされてもよい。１つまたは複数の治療剤としては、限定されるものではないが、Ａｂｌ、活性化ＣＤＣキナーゼ（ＡＣＫ）、アデノシンＡ２Ｂ受容体（Ａ２Ｂ）、アポトーシスシグナル調節キナーゼ（ＡＳＫ）、オーロラキナーゼ（Auroa kinase）、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、ＢＲＤ４などのＢＥＴ−ブロモドメイン（ＢＲＤ）、ｃ−Ｋｉｔ、ｃ−Ｍｅｔ、ＣＤＫ活性化キナーゼ（ＣＡＫ）、カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ（ＣａＭＫ）、サイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）、カゼインキナーゼ（ＣＫ）、ジスコイジンドメイン受容体（ＤＤＲ）、上皮性増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）、焦点接着キナーゼ（ＦＡＫ）、Ｆｌｔ−３、ＦＹＮ、グリコーゲン合成酵素キナーゼ（ＧＳＫ）、ＨＣＫ、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）、ＩＫＫβεなどのＩＫＫ、ＩＤＨ１などのイソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＤＨ）、ヤヌスキナーゼ（ＪＡＫ）、ＫＤＲ、リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ（ＬＣＫ）、リシルオキシダーゼタンパク質、リシルオキシダーゼ様タンパク質（ＬＯＸＬ）、ＬＹＮ、マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）、ＭＥＫ、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＡＰＫ）、ＮＥＫ９、ＮＰＭ−ＡＬＫ、ｐ３８キナーゼ、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、ホスホリラーゼキナーゼ（ＰＫ）、ポロ様キナーゼ（ＰＬＫ）、ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）、タンパク質キナーゼＡ、Ｂおよび／またはＣなどのタンパク質キナーゼ（ＰＫ）、ＰＹＫ、脾臓チロシンキナーゼ（ＳＹＫ）、セリン／トレオニンキナーゼＴＰＬ２、セリン／トレオニンキナーゼＳＴＫ、シグナル変換および転写（ＳＴＡＴ）、ＳＲＣ、ＴＢＫ１などのセリン／トレオニン−タンパク質キナーゼ（ＴＢＫ）、ＴＩＥ、チロシンキナーゼ（ＴＫ）、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）、ＹＥＳまたはこれらの任意の組合せの阻害剤が挙げられる。
ＡＳＫ阻害剤としては、ＡＳＫ１阻害剤が挙げられる。ＡＳＫ１阻害剤の例としては、限定されるものではないが、国際公開第２０１１／００８７０９号（Ｇｉｌｅａｄ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）および国際公開第２０１３／１１２７４１号（Ｇｉｌｅａｄ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）に記載されているものが挙げられる。
ＢＴＫ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、イブルチニブ、ＨＭ７１２２４、ＯＮＯ−４０５９およびＣＣ−２９２が挙げられる。
ＤＤＲ阻害剤としては、ＤＤＲ１および／またはＤＤＲ２の阻害剤が挙げられる。ＤＤＲ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、国際公開第２０１４／０４７６２４号（Ｇｉｌｅａｄ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、米国特許出願公開第２００９／０１４２３４５号（武田薬品工業株式会社）、米国特許出願公開第２０１１／０２８７０１１号（Ｏｎｃｏｍｅｄ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、国際公開第２０１３／０２７８０２号（中外製薬株式会社）および国際公開第２０１３／０３４９３３号（Ｉｍｐｅｒｉａｌ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎｓ）に開示されているものが挙げられる。
ＨＤＡＣ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、プラシノスタットおよびパノビノスタットが挙げられる。
ＪＡＫ阻害剤は、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２および／またはＪＡＫ３を阻害する。ＪＡＫ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、フィルゴチニブ、ルキソリチニブ、フェドラチニブ、トファシチニブ、バリシチニブ、レスタウルチニブ、パクリチニブ、ＸＬ０１９、ＡＺＤ１４８０、ＩＮＣＢ０３９１１０、ＬＹ２７８４５４４、ＢＭＳ９１１５４３およびＮＳ０１８が挙げられる。
ＬＯＸＬ阻害剤としては、ＬＯＸＬ１、ＬＯＸＬ２、ＬＯＸＬ３、ＬＯＸＬ４および／またはＬＯＸＬ５の阻害剤が挙げられる。ＬＯＸＬ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、国際公開第２００９／０１７８３３号（Ａｒｒｅｓｔｏ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）に記載の抗体が挙げられる。
ＬＯＸＬ２阻害剤の例としては、限定されるものではないが、国際公開第２００９／０１７８３３号（Ａｒｒｅｓｔｏ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、国際公開第２００９／０３５７９１号（Ａｒｒｅｓｔｏ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）および国際公開第２０１１／０９７５１３号（Ｇｉｌｅａｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）に記載の抗体が挙げられる。
ＭＭＰ阻害剤としては、ＭＭＰ１〜１０の阻害剤が挙げられる。ＭＭＰ９阻害剤の例としては、限定されるものではないが、マリマスタット（ＢＢ−２５１６）、シペマスタット（Ｒｏ３２−３５５５）および国際公開第２０１２／０２７７２１号（Ｇｉｌｅａｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）に記載されているものが挙げられる。
ＰＩ３Ｋ阻害剤としては、ＰＩ３Ｋγ、ＰＩ３Ｋδ、ＰＩ３Ｋβ、ＰＩ３Ｋαおよび／またはｐａｎ−ＰＩ３Ｋの阻害剤が挙げられる。ＰＩ３Ｋ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、ウォルトマンニン、ＢＫＭ１２０、ＣＨ５１３２７９９、ＸＬ７５６およびＧＤＣ−０９８０が挙げられる。
ＰＩ３Ｋγ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、ＺＳＴＫ４７４、ＡＳ２５２４２４、ＬＹ２９４００２およびＴＧ１００１１５が挙げられる。
ＰＩ３Ｋδ阻害剤の例として、限定されるものではないが、ＰＩ３Ｋ ＩＩ、ＴＧＲ−１２０２、ＡＭＧ−３１９、ＧＳＫ２２６９５５７、Ｘ−３３９、Ｘ−４１４、ＲＰ５０９０、ＫＡＲ４１４１、ＸＬ４９９、ＯＸＹ１１１Ａ、ＩＰＩ−１４５、ＩＰＩ−４４３、ならびに国際公開第２００５／１１３５５６号（ＩＣＯＳ）、国際公開第２０１３／０５２６９９号（Ｇｉｌｅａｄ Ｃａｌｉｓｔｏｇａ）、国際公開第２０１３／１１６５６２号（Ｇｉｌｅａｄ Ｃａｌｉｓｔｏｇａ）、国際公開第２０１４／１００７６５号（Ｇｉｌｅａｄ Ｃａｌｉｓｔｏｇａ）、国際公開第２０１４／１００７６７号（Ｇｉｌｅａｄ Ｃａｌｉｓｔｏｇａ）および国際公開第２０１４／２０１４０９号（Ｇｉｌｅａｄ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）に記載の化合物が挙げられる。
ＰＩ３Ｋβ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、ＧＳＫ２６３６７７１、ＢＡＹ１０８２４３９１およびＴＧＸ２２１が挙げられる。
ＰＩ３Ｋα阻害剤の例としては、限定されるものではないが、ブパルリシブ、ＢＡＹ８０−６９４６、ＢＹＬ７１９、ＰＸ−８６６、ＲＧ７６０４、ＭＬＮ１１１７、ＷＸ−０３７、ＡＥＺＡ−１２９およびＰＡ７９９が挙げられる。
ｐａｎ−ＰＩ３Ｋ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、ＬＹ２９４００２、ＢＥＺ２３５、ＸＬ１４７（ＳＡＲ２４５４０８）およびＧＤＣ−０９４１が挙げられる。
ＳＹＫ阻害剤の例としては、限定されるものではないが、タマチニブ（Ｒ４０６）、フォスタマチニブ（Ｒ７８８）、ＰＲＴ０６２６０７、ＢＡＹ−６１−３６０６、ＮＶＰ−ＱＡＢ２０５ＡＡ、Ｒ１１２、Ｒ３４３および米国特許第８，４５０，３２１号（Ｇｉｌｅａｄ Ｃｏｎｎｅｃｔｉｃｕｔ）に記載されているものが挙げられる。
ＴＫＩは、上皮性増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）、ならびに線維芽細胞増殖因子（ＦＧＦ）、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）および血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）に対する受容体を標的にし得る。ＥＧＦＲを標的にするＴＫＩの例としては、限定されるものではないが、ゲフィチニブおよびエルロチニブが挙げられる。スニチニブは、ＦＧＦ、ＰＤＧＦおよびＶＥＧＦに対する受容体を標的にするＴＫＩの非限定的な例である。
診断方法
クローディン１８．２の過剰発現は、ある特定の腫瘍試料で観察され、クローディン１８．２を過剰発現する細胞を有する患者は、本開示の抗クローディン１８．２抗体による処置に反応する可能性がある。したがって、本開示の抗体は、診断および予後予測の目的のために使用することもできる。
好ましくは細胞を含む試料は、患者から得ることができ、患者は、がん患者または診断を望む患者であり得る。細胞は、腫瘍組織もしくは腫瘍ブロックの細胞、血液試料、尿試料または患者からの任意の試料の細胞である。必要に応じた試料の前処理の際に、試料は、試料中に潜在的に存在するクローディン１８．２タンパク質と抗体が相互作用することが可能な条件下、本開示の抗体とともにインキュベートすることができる。ＥＬＩＳＡなどの方法を使用することができ、試料中のクローディン１８．２タンパク質の存在を検出するために、抗クローディン１８．２抗体は有利である。
試料中のクローディン１８．２タンパク質の存在（必要に応じて、量または濃度）は、患者が抗体による処置のために適切であることを示すので、または、患者ががん処置に反応している（または反応していない）ことを示すので、がんの診断のために使用することができる。予後予測の方法については、検出は、処置の進行を示すために、がん処置の開始の際に１回、２回またはそれよりも多く、ある特定の段階で、行うことができる。
組成物
本開示は医薬組成物も提供する。このような組成物は、有効量の抗体および許容される担体を含む。一部の実施形態では、組成物は、第２の抗がん剤（例えば、免疫チェックポイント阻害剤）をさらに含む。
具体的な実施形態では、「薬学的に許容される」という用語は、連邦政府もしくは州政府の規制当局によって承認されていること、または米国薬局方もしくは他の一般的に認識されている薬局方において、動物、より具体的にはヒトにおける使用のために列挙されていることを意味する。さらに、「薬学的に許容される担体」は、一般に、非毒性の、固体、半固体または液体の増量剤、希釈剤、カプセル化材料、または任意の種類の製剤補助剤である。
「担体」という用語は、治療薬とともに投与される、希釈剤、アジュバント、賦形剤またはビヒクルを指す。このような薬学的担体は、水、およびピーナッツ油、大豆油、鉱油、ゴマ油などの石油、動物、植物または合成起源のものを含む油などの無菌液体であり得る。水は、医薬組成物が静脈内に投与される場合、好ましい担体である。生理食塩水、ならびにデキストロースおよびグリセロール水溶液は、特に注射可能溶液のために、液体担体としても利用することができる。適切な薬学的賦形剤としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、コメ、小麦粉、胡粉、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが挙げられる。所望により、組成物は、微量の、湿潤剤もしくは乳化剤、または酢酸塩、クエン酸塩もしくはリン酸塩などのｐＨ緩衝剤を含有することもできる。ベンジルアルコールまたはメチルパラベンなどの抗菌剤；アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムなどの抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸などのキレート化剤；および塩化ナトリウムまたはデキストロースなどの浸透圧の調整のための薬剤も想定される。これらの組成物は、溶液、懸濁液、エマルジョン、錠剤、丸剤、カプセル剤、散剤、持続放出製剤などの形態をとることができる。組成物は、伝統的な結合剤およびトリグリセリドなどの担体を用いて坐剤として製剤化することができる。経口製剤は、医薬グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどのような標準的な担体を含むことができる。適切な薬学的担体の例は、参照によって本明細書に組み込まれるE. W. MartinによるRemington’s Pharmaceutical Sciencesに記載されている。このような組成物は、患者への適切な投与のための形態を提供するように、適切な量の担体と一緒に、好ましくは精製形態の治療有効量の抗原結合性ポリペプチドを含有する。製剤は、投与の様式に適していなければならない。非経口調製物は、ガラスもしくはプラスチック製の、アンプル、使い捨てシリンジまたは複数回投与用バイアルに封入され得る。
ある実施形態では、組成物は、ヒトへの静脈内投与に適合する医薬組成物として、定められた手順に従って製剤化される。典型的には、静脈内投与用の組成物は、無菌の等張水性緩衝剤中の溶液である。必要な場合、組成物は、可溶化剤、および注射部位での痛みを和らげるためにリグノカインなどの局所麻酔薬も含み得る。一般に、成分は、別々に、または単位剤形で一緒に混合されてのいずれかで、例えば、活性剤の量を示すアンプルまたはサシェなどの密閉シールされた容器中の乾燥した凍結乾燥粉末または無水濃縮物として、供給される。組成物が注入によって投与される場合、無菌の医薬品グレードの水または生理食塩水を含有する注入ボトルで分注することができる。組成物が注射によって投与される場合、注射用の滅菌水または生理食塩水のアンプルを提供して、投与前に成分を混合することができる。
本開示の化合物は、中性または塩の形態として製剤化することができる。薬学的に許容される塩としては、塩酸、リン酸、酢酸、シュウ酸、酒石酸などに由来するものなどのアニオンと形成されるもの、およびナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、水酸化第二鉄、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、２−エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどに由来するものなどのカチオンと形成されるものが挙げられる。
（実施例１）
ヒトクローディン１８アイソフォーム２（ＣＬＤ１８Ａ２）に対するマウスモノクローナル抗体の作製
ａ．免疫化
Ｂａｌｂ／ｃおよびＣ５７／ＢＬ６マウスを、ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤ１８Ａ２）断片をコードする真核生物発現ベクターで免疫した。５０μｇのプラスミドＤＮＡを、１日目および１０日目に、四頭筋（筋肉内、ｉ．ｍ．）に注射した。マウスの血清中のヒトＣＬＤ１８Ａ２に対する抗体の存在を、ヒトＣＬＤ１８Ａ２をコードする核酸を一過的トランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞を使用して、フローサイトメトリーによって、２０日目にモニターした。検出可能な免疫応答を有するマウス（図１）を、ヒトＣＬＤ１８Ａ２をコードする核酸を一過的トランスフェクトされた５×１０７個のＨＥＫ２９３細胞の腹腔内注射による融合の３日および２日前に追加免疫した。
ｂ．ＣＬＤ１８Ａ２に対するヒトモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマの作製
マウス脾細胞を単離し、標準的なプロトコールに基づいて、ＰＥＧによってマウスミエローマ細胞系に融合した。次いで、得られたハイブリドーマを、ヒトＣＬＤ１８をコードする核酸をトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞を使用して、細胞ＥＬＩＳＡによって、ＣＬＤ１８Ａ２特異性を有する免疫グロブリンの産生についてスクリーニングした。
免疫されたマウスからの脾臓リンパ球の単一細胞懸濁液を、５０％のＰＥＧ（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、ＣＲＬ ７３８６４１）を使用して、２：１の比でＰ３Ｘ６３Ａｇ８Ｕ．１非分泌マウスミエローマ細胞（ＡＴＣＣ、ＣＲＬ １５９７）と融合した。細胞を、平底マイクロタイタープレートにおよそ３×１０４／ウェルで蒔き、続いて１０％のウシ胎仔血清、２％のハイブリドーマ融合体およびクローニング補充物（ＨＦＣＳ、Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、ＣＲＬ １ ３６３ ７３５）と１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、０．０５５ｍＭの２−メルカプトエタノール、５０μｇ／ｍｌのゲンタマイシンおよび１倍のＨＡＴ（Ｓｉｇｍａ、ＣＲＬ Ｈ０２６２）を含有する選択培地中で、約２週間インキュベーションを行った。１０〜１４日後、個々のウェルを、抗ＣＬＤ１８Ａ２モノクローナル抗体について、細胞ＥＬＩＳＡによって、スクリーニングした（図２）。抗体を分泌するハイブリドーマを再度蒔き、再び、ＣＬＤ１８Ａ２またはＣＬＤ１８Ａ１を発現するＨＥＫ２９３を用いて、ＦＡＣＳによってスクリーニングし、依然としてＣＬＤ１８Ａ２について陽性およびＣＬＤ１８Ａ１について陰性の場合、限界希釈によってサブクローニングした。次いで、安定なサブクローンをｉｎ ｖｉｔｒｏで培養して、特性評価のための組織培養培地中で少量の抗体を作製した。親細胞の反応性を保持する（ＦＡＣＳによる）それぞれのハイブリドーマからの少なくとも１つのクローンを選択した。３つのウイルス細胞バンクを、それぞれのクローンについて作製し、液体窒素中で保管した。
ｃ．ＣＬＤ１８Ａ２に結合するがＣＬＤ１８Ａ１に結合しないモノクローナル抗体の選択
抗体のアイソタイプを決定するために、アイソタイプＥＬＩＳＡを行った。マウスｍｏｎｏＡＢ ＩＤキット（Ｚｙｍｅｄ、ＣＲＬ ９０−６５５０）を使用して、特定されたＣＬＤ１８Ａ２反応性モノクローナル抗体のＩｇサブクラスを決定した。３２のハイブリドーマ細胞系を作製した：６４Ｇ１１Ｂ４、６５Ｇ８Ｂ８、５６Ｅ８Ｆ１０Ｆ４、５４Ａ２Ｃ４、４４Ｆ６Ｂ１１、１５Ｃ２Ｂ７、２０Ｆ１Ｅ１０、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３、５８Ｇ２Ｃ２、１０１Ｃ４Ｆ１２、１０３Ａ１０Ｂ２、４０Ｃ１０Ｅ３、７８Ｅ８Ｇ９Ｇ６、４Ｆ１１Ｅ２、１０Ｇ７Ｇ１１、１２Ｆ１Ｆ４、７８Ｃ１０Ｂ６Ｇ４、１１９Ｇ１１Ｄ９、１１３Ｇ１２Ｅ５Ｅ６、１１６Ａ８Ｂ７、１０５Ｆ７Ｇ１２、８４Ｅ９Ｅ１２、１０３Ｆ４Ｄ４、１１０Ｃ１２Ｂ６、８５Ｈ１２Ｅ８、１０３Ｈ２Ｂ４、１０３Ｆ６Ｄ３、１１３Ｅ１２Ｆ７、１２０Ｂ７Ｂ２、１１１Ｂ１２Ｄ１１、１１１Ｅ７Ｅ２、および１００Ｆ４Ｇ１２、さらなる詳細は下記に示す通り：
６４Ｇ１１Ｂ４、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
６５Ｇ８Ｂ８、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
５６Ｅ８Ｆ１０Ｆ４、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
５４Ａ２Ｃ４、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
４４Ｆ６Ｂ１１、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１５Ｃ２Ｂ７、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
２０Ｆ１Ｅ１０、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
７２Ｃ１Ｂ６Ａ３、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
５８Ｇ２Ｃ２、マウスモノクローナルＩｇＧ２ａ、κ抗体
１０１Ｃ４Ｆ１２、マウスモノクローナルＩｇＧ２ｂ、κ抗体
１０３Ａ１０Ｂ２、マウスモノクローナルＩｇＧ２ｂ、κ抗体
４０Ｃ１０Ｅ３、マウスモノクローナルＩｇＧ１、λ抗体
７８Ｅ８Ｇ９Ｇ６、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
４Ｆ１１Ｅ２、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１０Ｇ７Ｇ１１、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１２Ｆ１Ｆ４、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
７８Ｃ１０Ｂ６Ｇ４、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１１９Ｇ１１Ｄ９、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１１３Ｇ１２Ｅ５Ｅ６、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１１６Ａ８Ｂ７、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１０５Ｆ７Ｇ１２、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
８４Ｅ９Ｅ１２、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１０３Ｆ４Ｄ４、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１１０Ｃ１２Ｂ６、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
８５Ｈ１２Ｅ８、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１０３Ｈ２Ｂ４、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１０３Ｆ６Ｄ３、マウスモノクローナルＩｇＧ１、κ抗体
１１３Ｅ１２Ｆ７、マウスモノクローナルＩｇＧ２ａ、κ抗体
１２０Ｂ７Ｂ２、マウスモノクローナルＩｇＧ２ａ、κ抗体
１１１Ｂ１２Ｄ１１、マウスモノクローナルＩｇＧ２ａ、κ抗体
１１１Ｅ７Ｅ２、マウスモノクローナルＩｇＧ２ａ、κ抗体
１００Ｆ４Ｇ１２、マウスモノクローナルＩｇＧ３、κ抗体。
（実施例２）
ハイブリドーマ配列決定
ハイブリドーマ細胞（１×１０７）を回収し、総ＲＮＡを、脾臓組織について上に記載のようにしてＴｒｉ試薬を使用して抽出した。ｃＤＮＡを、上に記載のようにして、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩＩキットを使用して、製造者の使用説明書に従って調製した。得られたｃＤＮＡ産物を、プライマーのＶｈＲｅｖＵおよびＶｈＦｏｒＵを用いるＰＣＲのための鋳型として使用し、得られた３００ｂｐのＰＣＲ産物を、ＰＣＲ ｃｌｅａｎ−ｕｐキットを使用して清浄化し、同じプライマーで配列決定した。ＰＣＲ反応はまた、軽鎖Ｖ領域特異的プライマーのＶｋＲｅｖ７およびＶｋＦｏｒ（可変領域のみのため）またはＫａｐｐａＦｏｒプライマー（全カッパ軽鎖のため）を用いて行った。配列決定反応を、清浄化されたＰＣＲ産物に対して行って、抗体６４Ｇ１１Ｂ４、６５Ｇ８Ｂ８、５６Ｅ８Ｆ１０Ｆ４、５４Ａ２Ｃ４、４４Ｆ６Ｂ１１、１５Ｃ２Ｂ７、２０Ｆ１Ｅ１０、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３、５８Ｇ２Ｃ２、１０１Ｃ４Ｆ１２、１０３Ａ１０Ｂ２、４０Ｃ１０Ｅ３、７８Ｅ８Ｇ９Ｇ６、４Ｆ１１Ｅ２、１０Ｇ７Ｇ１１、１２Ｆ１Ｆ４、７８Ｃ１０Ｂ６Ｇ４、１１９Ｇ１１Ｄ９、１１３Ｇ１２Ｅ５Ｅ６、１１６Ａ８Ｂ７、１０５Ｆ７Ｇ１２、８４Ｅ９Ｅ１２、１０３Ｆ４Ｄ４、１１０Ｃ１２Ｂ６、８５Ｈ１２Ｅ８、１０３Ｈ２Ｂ４、１０３Ｆ６Ｄ３、１１３Ｅ１２Ｆ７、１２０Ｂ７Ｂ２、１１１Ｂ１２Ｄ１１、１１１Ｅ７Ｅ２および１００Ｆ４Ｇ１２についてのＤＮＡ配列を得た。これらの可変（ＶＨおよびＶＬ）配列を下記の表１に示す。
Figure 2021517888
Figure 2021517888
Figure 2021517888
Figure 2021517888
Figure 2021517888
（実施例３）
ＣＬＤ１８Ａ２に対して反応性のモノクローナル抗体の産生および精製
機能特性評価のためのｍｇ量の抗体を産生させるために、ハイブリドーマ細胞を、透析ベースのバイオリアクター（ＣＥＬＬｉｎｅ ＣＬ１０００、Ｉｎｔｅｇｒａ、Ｃｈｕｒ、ＣＨ）に２×１０６細胞／ｍｌで播種した。抗体を含有する上清を、週に１回、回収した。マウスモノクローナル抗体を、Ｍｅｌｏｎ Ｇｅｌ（Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＵＳＡ）を使用して精製し、硫酸アンモニウム沈殿によって濃縮した。抗体の濃度および純度を、ドデシル硫酸ナトリウムゲル電気泳動およびクーマシー染色によって推定した。
（実施例４）
ＣＬＤ１８Ａ２に対して反応性のマウスモノクローナル抗体の結合
ＣＬＤ１８Ａ２を過剰発現したＭＫＮ４５細胞をフラスコから回収した。１００μｌの１×１０６細胞／ｍｌの細胞を、１００ｎＭから始めて０．００３ｎＭまでの３倍連続希釈で、図３に示した一次抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄した後、細胞を、二次抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。細胞を２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄し、ＢＤ Ｆａｌｃｏｎの５ｍｌチューブに移し、ＦＡＣＳによって分析した。研究の結果は、精製マウス抗体が、陽性の参照抗体と比較して、高いＥＣ５０で、ヒトＣＬＤ１８Ａ２をトランスフェクトされたＭＫＮ４５細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示した。
（実施例５）
ＣＬＤ１８Ａ２突然変異体に対して反応性のマウスモノクローナル抗体の結合
Ｍ１４９Ｌ突然変異を持つＣＬＤ１８Ａ２を内因的に発現するＳＵ６２０細胞をフラスコから回収した。１００μｌの１×１０６細胞／ｍｌの細胞を、１００ｎＭから始めて０．００３ｎＭまでの３倍連続希釈で、図４に示した一次抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄した後、細胞を、二次抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。細胞を２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄し、ＢＤ Ｆａｌｃｏｎの５ｍｌチューブに移し、ＦＡＣＳによって分析した。研究の結果は、精製マウス抗体が、高いＥＣ５０で、Ｍ１４９Ｌ突然変異を持つヒトＣＬＤ１８Ａ２を内因的に発現するＳＵ６２０細胞に、フローサイトメトリーによると結合することができるが、参照抗体は結合することができなかったことを示した（図４）。
（実施例６）
マウスおよびカニクイザルＣＬＤ１８Ａ２に対して反応性のマウスモノクローナル抗体の結合
マウスおよびカニクイザルＣＬＤ１８Ａ２と交差反応性のこれらの抗体を評価するために、マウス、カニクイザルまたはヒトＣＬＤ１８Ａ２を過剰発現したＨＥＫ２９３細胞をフラスコから回収した。１００μｌの１×１０６細胞／ｍｌの細胞を、１００ｎＭから始めて０．００３ｎＭまでの３倍連続希釈で、図３ａに示した一次抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄した後、細胞を、二次抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。細胞を２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄し、ＢＤ Ｆａｌｃｏｎの５ｍｌチューブに移し、ＦＡＣＳによって分析した。研究の結果は、精製マウス抗体が、少なくとも参照抗体と同様に、高いＥＣ５０で、マウスおよびカニクイザルＣＬＤ１８Ａ２に、フローサイトメトリーによると結合することができることを示した（図５、６および７）。
（実施例７）
ＣＬＤ１８Ａ２に対して反応性のキメラ抗体の結合
マウスＶＨおよびＶＫ遺伝子を合成により生成し、次いで、それぞれ、ヒトガンマ１およびヒトカッパ定常ドメインを含有するベクターにクローニングした。精製キメラ抗体をトランスフェクトされたＣＨＯ細胞から産生させた。
ヒトＣＬＤ１８Ａ２またはＣＬＤ１８Ａ１を安定的に発現したＭＫＮ４５細胞をフラスコから回収した。１００μｌの１×１０６細胞／ｍｌの細胞を、１００ｎＭから始めて０．００３ｎＭまでの３倍連続希釈で、図４に示した一次キメラ抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄した後、細胞を、二次抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。細胞を２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄し、ＢＤ Ｆａｌｃｏｎの５ｍｌチューブに移し、ＦＡＣＳによって分析した。研究の結果は、キメラ抗体が、高いＥＣ５０で、ヒトＣＬＤ１８Ａ２とは結合することができるが、ＣＬＤ１８Ａ１とは結合することができないことを示した（図８および９）。
（実施例８）
キメラ抗体の抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）
ＡＤＣＣレポーターバイオアッセイは、ＡＤＣＣ ＭＯＡ経路の活性化の早期段階：エフェクター細胞におけるＮＦＡＴ（活性化Ｔ細胞の核因子）経路による遺伝子転写の活性化で、代替のリードアウトを使用する。加えて、ＡＤＣＣレポーターバイオアッセイは、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体、Ｖ１５８（高親和性）バリアント、およびエフェクター細胞として蛍ルシフェラーゼの発現を駆動するＮＦＡＴ応答エレメントを安定的に発現する操作されたジャーカット細胞を使用する。ＡＤＣＣ ＭＯＡにおける抗体の生物活性は、ＮＦＡＴ経路活性化の結果として産生されるルシフェラーゼにより定量化され、エフェクター細胞におけるルシフェラーゼ活性は、発光リードアウトで定量化される（図１）。シグナルは高く、アッセイのバックグラウンドは低い。
クローディン１８．２キメラモノクローナル抗体または参照抗体の連続希釈を、ＡＤＣＣバイオアッセイ標的細胞（クローディン１８．２を発現する）ありまたはなしで、操作されたジャーカットエフェクター細胞（ＡＤＣＣバイオアッセイエフェクター細胞）とともに３７℃で６時間の誘導のためにインキュベートした。ルシフェラーゼ活性をＢｉｏ−Ｇｌｏ（商標）試薬を使用して定量化した（表２）。結果は、これらのキメラ抗体が非常に強いＡＤＣＣ活性を有することを示す。
Figure 2021517888
（実施例９）
４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２のマウスｍＡｂのヒト化
ｍＡｂの４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２可変領域遺伝子を、ヒト化ＭＡｂを作出するために利用した。このプロセスの第１のステップにおいて、ＭＡｂのＶＨおよびＶＬのアミノ酸配列を、ヒトＩｇ遺伝子配列の利用可能なデータベースに対して比較して、全体的に最も一致するヒト生殖細胞系列のＩｇ遺伝子配列を見出した。
ヒト化抗体のアミノ酸配列を下記の表３に列挙する。
Figure 2021517888
Figure 2021517888
Figure 2021517888
ヒト化ＶＨおよびＶＬ遺伝子を合成により生成し、次いで、それぞれ、ヒトガンマ１およびヒトカッパ定常ドメインを含有するベクターにクローニングした。ヒトＶＨおよびヒトＶＬの対形成によりヒト化抗体を作出した（表４を参照のこと）。
Figure 2021517888
（実施例１０）
ＣＬＤ１８Ａ２に対して反応性のヒト化抗体の結合
ヒトＣＬＤ１８Ａ２またはＣＬＤ１８Ａ１を安定的に発現するＭＫＮ４５細胞をフラスコから回収した。１００μｌの１×１０６細胞／ｍｌの細胞を、１００ｎＭから始めて０．００３ｎＭまでの３倍連続希釈で、図４に示した一次ヒト化抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄した後、細胞を、二次抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。細胞を２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄し、ＢＤ Ｆａｌｃｏｎの５ｍｌチューブに移し、ＦＡＣＳによって分析した。研究の結果は、示されたヒト化抗体が、高いＥＣ５０で、ヒトＣＬＤ１８Ａ２とは結合することができるが、ＣＬＤ１８Ａ１とは結合することができないことを示した（図１０および１１）。
（実施例１１）
ＣＬＤ１８Ａ２と反応性のＰＴＭ（翻訳後修飾）危険性除去ヒト化抗体の結合
翻訳後修飾（ＰＴＭ）は、異種性の増加、生物活性の低下、安定性の低下、免疫原性、断片化および凝集などの治療用タンパク質の開発の間に問題を引き起こし得る。ＰＴＭの潜在的な影響は、それらの位置、および一部の場合では、溶媒曝露に依存する。ＣＤＲの配列を、以下の潜在的なＰＴＭについて分析した：アスパラギン脱アミノ化、アスパラギン酸異性化、遊離システインチオール基、Ｎ−グリコシル化、酸化、潜在的な加水分解部位による断片化など。
４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２においてＰＴＭが発生する危険性を低減するために、ＶＨおよびＶＬ中の一部の懸念されるアミノ酸を突然変異させた。次いで、９つの抗体を作製した。
Figure 2021517888
Figure 2021517888
Figure 2021517888
ヒトＣＬＤ１８Ａ２またはＣＬＤ１８Ａ１を安定的に発現したＭＫＮ４５細胞をフラスコから回収した。１００μｌの１×１０６細胞／ｍｌの細胞を、１００ｎＭから始めて０．００３ｎＭまでの３倍連続希釈で、図４に示した一次突然変異ヒト化抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄した後、細胞を、二次抗体とともに、氷上で３０分間インキュベートした。細胞を２００μｌのＦＡＣＳ緩衝剤で２回洗浄し、ＢＤ Ｆａｌｃｏｎの５ｍｌチューブに移し、ＦＡＣＳによって分析した。研究の結果は、示された抗体が、高いＥＣ５０で、ヒトＣＬＤ１８Ａ２とは結合することができるが、ＣＬＤ１８Ａ１とは結合することができないことを示した（図１２および１３）。
危険性除去バリアントの４Ｆ１１Ｅ２ｄ（ＨＣ Ｎ５５Ｅ／ＬＣ Ｓ３２Ａ）および４Ｆ１１Ｅ２ｄ（Ｈ Ｎ５５Ｅ Ｎ１０４Ｑ／ＬＣ Ｓ３２Ａ）の抗原結合効力を評価するために、バリアントを細胞ベース結合アッセイで試験した。１００ｎＭから開始して連続希釈された抗ＣＬＤＮ１８．２抗体を、１０５個の細胞とともに、氷上で３０分間インキュベートした。ＦＡＣＳ緩衝剤で洗浄した後、細胞を、ＡＰＣ標識化二次抗体とともに、氷上でさらに３０分間インキュベートした。抗体と結合した細胞をＦＡＣＳによって分析した。バリアントは、細胞表面のクローディン１８．２への強力な結合を示した（図１４）。
（実施例１２）
ＰＴＭ危険性除去ヒト化抗体の抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）
クローディン１８．２ ＰＴＭ危険性除去ヒト化抗体または参照抗体の連続希釈を、ＡＤＣＣバイオアッセイ標的細胞（クローディン１８．２を発現する）ありまたはなしで、操作されたジャーカットエフェクター細胞（ＡＤＣＣバイオアッセイエフェクター細胞）とともに３７℃で６時間の誘導のためにインキュベートした。ルシフェラーゼ活性をＢｉｏ−Ｇｌｏ（商標）試薬を使用して定量化した（表５）。結果は、これらのヒト化抗体が非常に強いＡＤＣＣ活性を有することを示す。
Figure 2021517888
（実施例１３）
エピトープマッピング
クローディン１８．２の細胞外ドメインのすべてのアミノ酸をＡに単一突然変異させた。それぞれの突然変異クローディン１８．２または野生型クローディン１８．２を、Ｈｅｋ２９３細胞にトランスフェクトした。クローディン１８．２の発現を、示された抗体によって評価した。結果を図１４に示す（突然変異が結合を低減させたアミノ酸残基のみを示す）。
図１５に示すように、アミノ酸Ｗ３０、Ｎ４５、Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６、Ｓ５８、Ｆ６０、Ｅ６２、Ｃ６３、Ｒ８０、Ｙ１６９およびＧ１７２は、３つの試験された抗体４Ｆ１１Ｅ２（Ｈ４Ｆ）、７２Ｃ１８６Ａ３（Ｈ７２Ｃ１）および１２０Ｂ７Ｂ２（１２０）、または参照抗体１７５Ｄ１０（ＩＭＡＢ３６２）の結合に関与する。Ｗ３０は、クローディン１８．２タンパク質の最初の細胞外ドメインの前半で残基のクラスターを形成するように思われた。Ｎ４５、Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６、Ｓ５８、Ｆ６０、Ｅ６２およびＣ６３は、同じ細胞外ドメイン内の第２の残基のクラスターであるように思われた。一方、Ｙ１６９およびＧ１７２は、第２の細胞外ドメインに位置するか、またはその近くにある。
（実施例１４）
ヒト化４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２抗体の、ベンチマークの１７５Ｄ１０クローディン１８．２抗体との比較
細胞ベース結合
ヒト化抗クローディン１８．２抗体：４Ｆ１１Ｅ２（ＨＣ Ｎ５５Ｅ／ＬＣ Ｓ３２Ａ）、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３（ＨＣ ＷＴ／ＬＣ Ｓ３２Ａ）および１２０Ｂ７Ｂ２（ＨＣ Ｇ５７Ｄ Ｓ１０４Ａ／ＬＣ Ｓ３２Ａ Ｇ９７Ａ）をベンチマーク抗体１７５Ｄ１０（ＩＭＡＢ３６２）と比較するために、この例では、ヒトクローディン１８．２発現細胞における細胞ベース結合を決定した。ヒトＣＬＤ１８Ａ２を安定的に発現するＣＨＯ−Ｋ１細胞を、ヒトＣＬＤＮ１８．２発現のレベルに基づいて、高発現体および低発現体に分けた。１００ｎＭから開始して連続希釈された抗ＣＬＤＮ１８．２抗体を、１０５個の細胞とともに、氷上で３０分間インキュベートした。ＦＡＣＳ緩衝剤で洗浄した後、細胞を、ＡＰＣ標識化二次抗体とともに、氷上でさらに３０分間インキュベートした。抗体と結合した細胞をＦＡＣＳによって分析した。
図１６に示すように、４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２は、クローディン１８．２高および低ＣＨＯ−Ｋ１細胞の両方で、１７５Ｄ１０との優れた結合を示した。
ＡＤＣＣアッセイ
ヒト化抗クローディン１８．２抗体：４Ｆ１１Ｅ２（ＨＣ Ｎ５５Ｅ／ＬＣ Ｓ３２Ａ）、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３（ＨＣ ＷＴ／ＬＣ Ｓ３２Ａ）および１２０Ｂ７Ｂ２（ＨＣ Ｇ５７Ｄ Ｓ１０４Ａ／ＬＣ Ｓ３２Ａ Ｇ９７Ａ）のＡＤＣＣ効果をベンチマーク抗体１７５Ｄ１０（ＩＭＡＢ３６２）とさらに比較するために、この例では、細胞ベースＡＤＣＣアッセイを行った。簡潔には、ＮＫ９２細胞を、異なる用量の抗クローディン１８．２抗体の存在中で、クローディン１８．２を過剰発現する２９３細胞と共培養した。図１７に示すように、４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２は、１７５Ｄ１０抗体に対して、優れたＡＤＣＣ効力を示した。
ある特定の治療用抗体のために、増強されたＡＤＣＣは、抗体ベース標的療法への治療ウィンドウを増加させ得る。増強されたＡＤＣＣは、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ突然変異などを有するＦｃ領域を操作することによって達成され得る。ＮＫ９２細胞ベースＡＤＣＣアッセイにおいて、Ｆｃ領域中にＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ突然変異を有する４Ｈ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２抗体は、同じＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ突然変異を有する対照抗体１７５Ｄ１０と比較して、クローディン１８．２を過剰発現する２９３細胞のより強いＮＫ９２媒介性細胞死滅を媒介した（図１８）。
抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）
マクロファージによる腫瘍細胞食作用に対する抗ＣＬＤＮ１８．２ｍＡｂの効果を、ＣＬＤＮ１８．２陽性ＮＵＧ−Ｃ４細胞を異なる濃度の抗ＣＬＤＮ１８．２ｍＡｂの存在中でヒト分化マクロファージと共培養した、ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイで評価した。手短に述べると、ＣＤ１４＋単球を、ヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から精製し、６日間成熟マクロファージにｉｎ ｖｉｔｒｏで分化させた。単球由来マクロファージ（ＭＤＭ）を収集し、エフェクター細胞として、終夜、２４ウェルのディッシュに再度蒔いた。標的細胞としてＣＬＤＮ１８．２−ｅＧＦＰを発現するＮＵＧ−Ｃ４を、異なる濃度の抗ＣＬＤＮ１８．２ｍＡｂの存在中で、食細胞あたり５腫瘍細胞の比で、ＭＤＭに添加した。３時間のインキュベーション後、捕食されなかった標的細胞をＰＢＳで洗い流し、残った食細胞を収集し、マクロファージマーカーＣＤ１４で染色し、続いてフローサイトメトリー分析を行った。食作用指数を、ＩｇＧ対照のものに対して正規化されたＣＤ１４＋細胞中のＧＦＰ＋細胞のパーセントを定量化することによって計算した。
図１９に示すように、すべてのＣ１８．２ｍＡｂは、濃度依存性の様式で、ＮＵＧ−Ｃ４細胞の食作用を顕著に増強した。野生型ＩｇＧ１およびＳ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ突然変異ＩｇＧ１のフォーマットの両方で、４Ｈ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２抗体は、参照抗体１７５Ｄ１０よりも強いＡＤＣＰ効果を示した。
総合すると、この例では、新たに開発された４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２抗体が、参照抗体１７５Ｄ１０よりも強い細胞ベース結合およびＡＤＣＣ／ＡＤＣＰ効力を有していたことを実証する。これらの新たな抗体の改善された性質は、参照抗体１７５Ｄ１０の性質と比較して、これらの抗体のより高い結合特異性に起因し得ると考えられる。例えば、１７５Ｄ１０のクローディン１８．２との相互作用は、図１５においてスペクトル全体にわたって強く、これは、Ｄ２８、Ｑ３３、Ｎ３８およびＶ４３との強い結合、そしてＧ５９およびＶ７９との強い結合を含む。新たな抗体の４Ｆ１１Ｅ２、７２Ｃ１Ｂ６Ａ３および１２０Ｂ７Ｂ２は、対照的に、第１の細胞外ドメインの前半でＷ３０に対するより高い特異性を有し、第１の細胞外ドメインの後半でＧ４８からＥ５６に対するより高い特異性を有する。新たな抗体はまた、やはり後半にあるＹ４６に対するわずかに強い結合も有する。Ｄ２８、Ｑ３３、Ｎ３８、Ｖ４３、Ｇ５９およびＶ７９へのそれらの結合は、かなり弱く、これは、新たな抗体の改善されたＡＤＣＣおよびＡＤＣＰに寄与する可能性がある。
本開示は、本開示の個々の態様の単一の説明として意図される、記載された具体的な実施形態によって範囲が限定されるべきではなく、機能的等価物である任意の組成物または方法は、本開示の範囲内である。当業者には、本開示の精神または範囲から逸脱することなく、各種の改変および変更を本開示の方法および組成物に行うことができることが明らかであろう。したがって、本開示は、添付の特許請求の範囲およびそれらの等価物の範囲内に入る限り、本開示の改変および変更に及ぶことが意図される。
本明細書で言及されたすべての刊行物および特許出願は、個々の刊行物または特許出願それぞれが、参照によって組み込まれることが具体的かつ個々に示されたかのように、同じ程度で、参照によって本明細書に組み込まれる。
疾患および状態の処置のための方法および使用も提供される。一実施形態では、それを必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、本開示の抗体またはその断片を患者に投与するステップを含む、方法が提供される。別の実施形態では、それを必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、（ａ）細胞を、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、本開示の抗体またはその断片で処理するステップ、および（ｂ）処理された細胞を患者に投与するステップを含む、方法が提供される。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、さらに、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の少なくとも約１％である親和性で、前記ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌ突然変異体と結合し、さらに、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の約１％を超える親和性では、ヒト野生型クローディン１８．１（ＣＬＤＮ１８．１）タンパク質と結合しない、抗体またはその断片。
（項目２）
前記ＣＬＤＮ１８．１タンパク質と結合しない、項目１に記載の抗体またはその断片。
（項目３）
前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の少なくとも１０％である親和性で、前記ＣＬＤＮ１８．２のＭ１４９Ｌ突然変異体と結合する、項目１または２に記載の抗体またはその断片。
（項目４）
前記親和性が、細胞膜上で発現するクローディンタンパク質を用いてｉｎ ｖｉｔｒｏで測定される、いずれかの先行する項目に記載の抗体またはその断片。
（項目５）
野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片と前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質との間の結合に、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質の、
Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６およびＳ５８からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基；ならびに
Ｙ１６９およびＧ１７２からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基
を含むアミノ酸残基が関与する、抗体またはその断片。
（項目６）
前記結合に、前記ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＷ３０がさらに関与する、項目５に記載の抗体またはその断片。
（項目７）
前記結合に、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質の、
Ｗ３０；
Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５およびＥ５６からなる群から選択される２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基；ならびに
Ｙ１６９およびＧ１７２からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基
を含むアミノ酸残基が関与する、項目５または６に記載の抗体またはその断片。
（項目８）
前記結合に、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＷ３０、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｅ５６およびＹ１６９を含むアミノ酸残基が関与する、項目７に記載の抗体またはその断片。
（項目９）
前記結合に、少なくともＹ４６またはＳ５８が関与する、項目５から８のいずれか一項に記載の抗体またはその断片。
（項目１０）
前記結合が、Ｄ２８、Ｑ３３、Ｎ３８、Ｖ４３、Ｇ５９およびＶ７９を含まない、項目５から９のいずれか一項に記載の抗体またはその断片。
（項目１１）
前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の少なくとも約１％である親和性で、前記ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌ突然変異体とさらに結合する、項目５から１０のいずれか一項に記載の抗体またはその断片。
（項目１２）
前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の約１％を超える親和性で、ヒト野生型クローディン１８．１（ＣＬＤＮ１８．１）タンパク質と結合しない、項目１１に記載の抗体またはその断片。
（項目１３）
野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２０８〜２２６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２０８〜２２６のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７〜２３３の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、またはアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２２７〜２３３のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号３、８、１３、１９および４２〜５８の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号３、８、１３、１９および４２〜５８のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２３４〜２５４の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２３４〜２５４のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２５５〜２８０の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２５５〜２８０のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８１〜３０３の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２８１〜３０３のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含む、
抗体またはその断片。
（項目１４）
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２０８〜２２６、３０４〜３０５および３０８〜３０９の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７〜２３３の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号３、８、１３、１９、２０および４２〜５８の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２３４〜２５４の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２５５〜２８０、３０６、３１０および３１１の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８１〜３０３、３０７および３１２〜３１４の群から選択されるアミノ酸配列を含む、
項目１３に記載の抗体またはその断片。
（項目１５）
前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、表Ａ’の組合せ１〜３３、あるいはＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３の１つまたは複数が、それぞれ、１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、保存的アミノ酸置換またはそれらの組合せを含む組合せ１〜３３のそれぞれから選択される、項目１３に記載の抗体またはその断片。
（項目１６）
前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、表Ａ’の組合せ１〜３３から選択される、項目１５に記載の抗体またはその断片。
（項目１７）
野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１０、３０４もしくは３０５のアミノ酸配列、または配列番号２１０、３０４もしくは３０５からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列、または配列番号２２７からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号３、１９もしくは２０のアミノ酸配列、または配列番号３、１９もしくは２０からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２５３のアミノ酸配列、または配列番号２５３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２７８もしくは３０６のアミノ酸配列、または配列番号２７８もしくは３０６からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号３０３もしくは３０７のアミノ酸配列、または配列番号３０３もしくは３０７からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、
抗体またはその断片。
（項目１８）
抗体またはその断片であって、
ＣＤＲＬ１が、配列番号２１０、３０４または３０５のアミノ酸配列を含み、
ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、
ＣＤＲＬ３が、配列番号３、１９または２０のアミノ酸配列を含み、
ＣＤＲＨ１が、配列番号２５３のアミノ酸配列を含み、
ＣＤＲＨ２が、配列番号２７８または３０６のアミノ酸配列を含み、
ＣＤＲＨ３が、配列番号３０３または３０７のアミノ酸配列を含む、
抗体またはその断片。
（項目１９）
配列番号１４１、１９２〜１９５および２０６〜２０７からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１４１、１９２〜１９５および２０６〜２０７からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む軽鎖可変領域を含む、項目１８に記載の抗体またはその断片。
（項目２０）
配列番号１７１、１８８〜１９１および２０５からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１７１、１８８〜１９１および２０５からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む重鎖可変領域を含む、項目１８または１９に記載の抗体またはその断片。
（項目２１）
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号３０４のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号１９のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２５３のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号３０６のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号３０７のアミノ酸配列を含む、
項目１７に記載の抗体またはその断片。
（項目２２）
配列番号２０６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号２０５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、項目２１に記載の抗体またはその断片。
（項目２３）
野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１０、３０４もしくは３０５のアミノ酸配列、または配列番号２１０、３０４もしくは３０５からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２９のアミノ酸配列、または配列番号２２９からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号８のアミノ酸配列、または配列番号８からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４２のアミノ酸配列、または配列番号２４２からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６３のアミノ酸配列、または配列番号２６３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８９のアミノ酸配列、または配列番号２８９からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、
抗体またはその断片。
（項目２４）
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１０、３０４または３０５のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２９のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号８のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４２のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６３のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８９のアミノ酸配列を含む、
２３に記載の抗体またはその断片。
（項目２５）
配列番号１２４、１８５〜１８７および２０３〜２０４からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１２４、１８５〜１８７および２０３〜２０４からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む軽鎖可変領域を含む、項目２４に記載の抗体またはその断片。
（項目２６）
配列番号１５３および１８１〜１８４からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１５３および１８１〜１８４からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む重鎖可変領域を含む、項目２４または２５に記載の抗体またはその断片。
（項目２７）
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号３０４のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２９のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号８のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４２のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６３のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８９のアミノ酸配列を含む、
項目２３に記載の抗体またはその断片。
（項目２８）
配列番号２０３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１８１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、項目２７に記載の抗体またはその断片。
（項目２９）
野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１６、３０８もしくは３０９のアミノ酸配列、または配列番号２１６、３０８もしくは３０９からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列、または配列番号２２７からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号１３のアミノ酸配列、または配列番号１３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４６のアミノ酸配列、または配列番号２４６からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６８、３１０もしくは３１１のアミノ酸配列、または配列番号２６８、３１０もしくは３１１からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２９４、３１２、３１３もしくは３１４のアミノ酸配列、または配列番号２９４、３１２、３１３もしくは３１４からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、
抗体またはその断片。
（項目３０）
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１６、３０８または３０９のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４６のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６８、３１０または３１１のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２９４、３１２、３１３または３１４のアミノ酸配列を含む、
２９に記載の抗体またはその断片。
（項目３１）
配列番号１２９、１７８〜１８０および２０１〜２０２からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１２９、１７８〜１８０および２０１〜２０２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む軽鎖可変領域を含む、項目３０に記載の抗体またはその断片。
（項目３２）
配列番号１５９、１７５〜１７７および１９６〜２００からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１５９、１７５〜１７７および１９６〜２００からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む重鎖可変領域を含む、項目３０または３１に記載の抗体またはその断片。
（項目３３）
前記ＣＤＲＬ１が、配列番号３０９のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＬ３が、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４６のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ２が、配列番号３１１のアミノ酸配列を含み、
前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２９４のアミノ酸配列を含む、
項目２９に記載の抗体またはその断片。
（項目３４）
配列番号２０２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１９７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、項目３３に記載の抗体またはその断片。
（項目３５）
第２の標的タンパク質に対する結合特異性をさらに有する、項目１から３４のいずれか一項に記載の抗体またはその断片。
（項目３６）
前記第２の標的タンパク質が、ＣＤ３、ＣＤ４７、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＣＴＬＡ４、ＶＩＳＴＡ、ＣＳＦＲ１、Ａ２ＡＲ、ＣＤ７３、ＣＤ３９、ＣＤ４０、ＣＥＡ、ＨＥＲ２、ＣＭＥＴ、４−１ＢＢ、ＯＸ４０、ＳＩＲＰＡ ＣＤ１６、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＴＬＡ４、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＨＶＥＭ、ＣＤ２７、ＶＥＧＦＲおよびＶＥＧＦからなる群から選択される、項目３５に記載の抗体またはその断片。
（項目３７）
項目１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片および薬学的に許容される担体を含む、組成物。
（項目３８）
項目１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片をコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドを含む、単離された細胞。
（項目３９）
それを必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、項目１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片を前記患者に投与するステップを含む、方法。
（項目４０）
前記がんが、膀胱がん、肝臓がん、結腸がん、直腸がん、子宮内膜がん、白血病、リンパ腫、膵臓がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、乳がん、尿道がん、頭頸部がん、消化器がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、腎臓がん、黒色腫、前立腺がんおよび甲状腺がんからなる群から選択される、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記がんが胃がんである、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記患者が、ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌ突然変異体を有する、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
試料中のＣＬＤＮ１８．２タンパク質の発現を検出する方法であって、前記試料を、項目１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片がＣＬＤＮ１８．２タンパク質と結合する条件下で、前記抗体またはその断片と接触させるステップ、および前記試料中のＣＬＤＮ１８．２タンパク質の発現を示す結合を検出するステップを含む、方法。
（項目４４）
抗ＣＬＤＮ１８．２抗体を含む治療に適切な患者を識別する方法であって、前記患者から単離された試料中のＣＬＤＮ１８．２の発現を検出するステップを含み、前記検出が、項目１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片を使用する、方法。
（項目４５）
項目１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片とコンジュゲートされた細胞毒性薬を含む、抗体−薬物コンジュゲート。
（項目４６）
それを必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、
（ａ）細胞を、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、項目１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片で処理するステップ、および
（ｂ）前記患者に前記処理された細胞を投与するステップ
を含む、方法。
（項目４７）
ステップ（ａ）の前に、個体から前記細胞を単離するステップをさらに含む、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記細胞が、前記患者から単離される、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記細胞が、前記患者とは異なるドナー個体から単離される、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記細胞がＴ細胞である、項目４６から４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記Ｔ細胞が、腫瘍浸潤性Ｔリンパ球、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはそれらの組合せである、項目５０に記載の方法。

Claims (51)

  1. 野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、さらに、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の少なくとも約１％である親和性で、前記ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌ突然変異体と結合し、さらに、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の約１％を超える親和性では、ヒト野生型クローディン１８．１（ＣＬＤＮ１８．１）タンパク質と結合しない、抗体またはその断片。
  2. 前記ＣＬＤＮ１８．１タンパク質と結合しない、請求項１に記載の抗体またはその断片。
  3. 前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の少なくとも１０％である親和性で、前記ＣＬＤＮ１８．２のＭ１４９Ｌ突然変異体と結合する、請求項１または２に記載の抗体またはその断片。
  4. 前記親和性が、細胞膜上で発現するクローディンタンパク質を用いてｉｎ ｖｉｔｒｏで測定される、いずれかの先行する請求項に記載の抗体またはその断片。
  5. 野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片と前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質との間の結合に、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質の、
    Ｙ４６、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５、Ｅ５６およびＳ５８からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基；ならびに
    Ｙ１６９およびＧ１７２からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基
    を含むアミノ酸残基が関与する、抗体またはその断片。
  6. 前記結合に、前記ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＷ３０がさらに関与する、請求項５に記載の抗体またはその断片。
  7. 前記結合に、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質の、
    Ｗ３０；
    Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｖ５４、Ｒ５５およびＥ５６からなる群から選択される２つまたはそれよりも多くのアミノ酸残基；ならびに
    Ｙ１６９およびＧ１７２からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基
    を含むアミノ酸残基が関与する、請求項５または６に記載の抗体またはその断片。
  8. 前記結合に、前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＷ３０、Ｇ４８、Ｌ４９、Ｗ５０、Ｃ５３、Ｅ５６およびＹ１６９を含むアミノ酸残基が関与する、請求項７に記載の抗体またはその断片。
  9. 前記結合に、少なくともＹ４６またはＳ５８が関与する、請求項５から８のいずれか一項に記載の抗体またはその断片。
  10. 前記結合が、Ｄ２８、Ｑ３３、Ｎ３８、Ｖ４３、Ｇ５９およびＶ７９を含まない、請求項５から９のいずれか一項に記載の抗体またはその断片。
  11. 前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の少なくとも約１％である親和性で、前記ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌ突然変異体とさらに結合する、請求項５から１０のいずれか一項に記載の抗体またはその断片。
  12. 前記野生型ＣＬＤＮ１８．２タンパク質に対する親和性の約１％を超える親和性で、ヒト野生型クローディン１８．１（ＣＬＤＮ１８．１）タンパク質と結合しない、請求項１１に記載の抗体またはその断片。
  13. 野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、
    前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２０８〜２２６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２０８〜２２６のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７〜２３３の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、またはアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２２７〜２３３のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号３、８、１３、１９および４２〜５８の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号３、８、１３、１９および４２〜５８のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２３４〜２５４の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２３４〜２５４のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２５５〜２８０の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２５５〜２８０のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８１〜３０３の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、アミノ酸置換によって配列番号２８１〜３０３のいずれか１つから誘導されたアミノ酸配列を含む、
    抗体またはその断片。
  14. 前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２０８〜２２６、３０４〜３０５および３０８〜３０９の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７〜２３３の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号３、８、１３、１９、２０および４２〜５８の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２３４〜２５４の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２５５〜２８０、３０６、３１０および３１１の群から選択されるアミノ酸配列を含み；
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８１〜３０３、３０７および３１２〜３１４の群から選択されるアミノ酸配列を含む、
    請求項１３に記載の抗体またはその断片。
  15. 前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、表Ａ’の組合せ１〜３３、あるいはＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３の１つまたは複数が、それぞれ、１つ、２つもしくは３つのアミノ酸付加、欠失、保存的アミノ酸置換またはそれらの組合せを含む組合せ１〜３３のそれぞれから選択される、請求項１３に記載の抗体またはその断片。
  16. 前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、表Ａ’の組合せ１〜３３から選択される、請求項１５に記載の抗体またはその断片。
  17. 野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、
    前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１０、３０４もしくは３０５のアミノ酸配列、または配列番号２１０、３０４もしくは３０５からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列、または配列番号２２７からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号３、１９もしくは２０のアミノ酸配列、または配列番号３、１９もしくは２０からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２５３のアミノ酸配列、または配列番号２５３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２７８もしくは３０６のアミノ酸配列、または配列番号２７８もしくは３０６からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号３０３もしくは３０７のアミノ酸配列、または配列番号３０３もしくは３０７からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、
    抗体またはその断片。
  18. 抗体またはその断片であって、
    ＣＤＲＬ１が、配列番号２１０、３０４または３０５のアミノ酸配列を含み、
    ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、
    ＣＤＲＬ３が、配列番号３、１９または２０のアミノ酸配列を含み、
    ＣＤＲＨ１が、配列番号２５３のアミノ酸配列を含み、
    ＣＤＲＨ２が、配列番号２７８または３０６のアミノ酸配列を含み、
    ＣＤＲＨ３が、配列番号３０３または３０７のアミノ酸配列を含む、
    抗体またはその断片。
  19. 配列番号１４１、１９２〜１９５および２０６〜２０７からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１４１、１９２〜１９５および２０６〜２０７からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む軽鎖可変領域を含む、請求項１８に記載の抗体またはその断片。
  20. 配列番号１７１、１８８〜１９１および２０５からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１７１、１８８〜１９１および２０５からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む重鎖可変領域を含む、請求項１８または１９に記載の抗体またはその断片。
  21. 前記ＣＤＲＬ１が、配列番号３０４のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号１９のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２５３のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号３０６のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号３０７のアミノ酸配列を含む、
    請求項１７に記載の抗体またはその断片。
  22. 配列番号２０６のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号２０５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、請求項２１に記載の抗体またはその断片。
  23. 野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、
    前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１０、３０４もしくは３０５のアミノ酸配列、または配列番号２１０、３０４もしくは３０５からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２９のアミノ酸配列、または配列番号２２９からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号８のアミノ酸配列、または配列番号８からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４２のアミノ酸配列、または配列番号２４２からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６３のアミノ酸配列、または配列番号２６３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８９のアミノ酸配列、または配列番号２８９からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、
    抗体またはその断片。
  24. 前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１０、３０４または３０５のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２９のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号８のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４２のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６３のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８９のアミノ酸配列を含む、
    ２３に記載の抗体またはその断片。
  25. 配列番号１２４、１８５〜１８７および２０３〜２０４からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１２４、１８５〜１８７および２０３〜２０４からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む軽鎖可変領域を含む、請求項２４に記載の抗体またはその断片。
  26. 配列番号１５３および１８１〜１８４からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１５３および１８１〜１８４からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む重鎖可変領域を含む、請求項２４または２５に記載の抗体またはその断片。
  27. 前記ＣＤＲＬ１が、配列番号３０４のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２９のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号８のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４２のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６３のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２８９のアミノ酸配列を含む、
    請求項２３に記載の抗体またはその断片。
  28. 配列番号２０３のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１８１のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、請求項２７に記載の抗体またはその断片。
  29. 野生型ヒトクローディン１８．２（ＣＬＤＮ１８．２）タンパク質に対する結合特異性を有する抗体またはその断片であって、前記抗体またはその断片が、軽鎖相補性決定領域ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変領域、ならびに重鎖相補性決定領域ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変領域を含み、
    前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１６、３０８もしくは３０９のアミノ酸配列、または配列番号２１６、３０８もしくは３０９からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列、または配列番号２２７からの１つもしくは２つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号１３のアミノ酸配列、または配列番号１３からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４６のアミノ酸配列、または配列番号２４６からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６８、３１０もしくは３１１のアミノ酸配列、または配列番号２６８、３１０もしくは３１１からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２９４、３１２、３１３もしくは３１４のアミノ酸配列、または配列番号２９４、３１２、３１３もしくは３１４からの１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含む、
    抗体またはその断片。
  30. 前記ＣＤＲＬ１が、配列番号２１６、３０８または３０９のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４６のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号２６８、３１０または３１１のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２９４、３１２、３１３または３１４のアミノ酸配列を含む、
    ２９に記載の抗体またはその断片。
  31. 配列番号１２９、１７８〜１８０および２０１〜２０２からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１２９、１７８〜１８０および２０１〜２０２からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む軽鎖可変領域を含む、請求項３０に記載の抗体またはその断片。
  32. 配列番号１５９、１７５〜１７７および１９６〜２００からなる群から選択されるアミノ酸配列、または配列番号１５９、１７５〜１７７および１９６〜２００からなる群から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するペプチドを含む重鎖可変領域を含む、請求項３０または３１に記載の抗体またはその断片。
  33. 前記ＣＤＲＬ１が、配列番号３０９のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ２が、配列番号２２７のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＬ３が、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ１が、配列番号２４６のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ２が、配列番号３１１のアミノ酸配列を含み、
    前記ＣＤＲＨ３が、配列番号２９４のアミノ酸配列を含む、
    請求項２９に記載の抗体またはその断片。
  34. 配列番号２０２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１９７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、請求項３３に記載の抗体またはその断片。
  35. 第２の標的タンパク質に対する結合特異性をさらに有する、請求項１から３４のいずれか一項に記載の抗体またはその断片。
  36. 前記第２の標的タンパク質が、ＣＤ３、ＣＤ４７、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＬＡＧ３、ＴＩＭ３、ＣＴＬＡ４、ＶＩＳＴＡ、ＣＳＦＲ１、Ａ２ＡＲ、ＣＤ７３、ＣＤ３９、ＣＤ４０、ＣＥＡ、ＨＥＲ２、ＣＭＥＴ、４−１ＢＢ、ＯＸ４０、ＳＩＲＰＡ ＣＤ１６、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＴＬＡ４、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＨＶＥＭ、ＣＤ２７、ＶＥＧＦＲおよびＶＥＧＦからなる群から選択される、請求項３５に記載の抗体またはその断片。
  37. 請求項１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片および薬学的に許容される担体を含む、組成物。
  38. 請求項１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片をコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドを含む、単離された細胞。
  39. それを必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、請求項１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片を前記患者に投与するステップを含む、方法。
  40. 前記がんが、膀胱がん、肝臓がん、結腸がん、直腸がん、子宮内膜がん、白血病、リンパ腫、膵臓がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、乳がん、尿道がん、頭頸部がん、消化器がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、腎臓がん、黒色腫、前立腺がんおよび甲状腺がんからなる群から選択される、請求項３９に記載の方法。
  41. 前記がんが胃がんである、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記患者が、ＣＬＤＮ１８．２タンパク質のＭ１４９Ｌ突然変異体を有する、請求項４０に記載の方法。
  43. 試料中のＣＬＤＮ１８．２タンパク質の発現を検出する方法であって、前記試料を、請求項１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片がＣＬＤＮ１８．２タンパク質と結合する条件下で、前記抗体またはその断片と接触させるステップ、および前記試料中のＣＬＤＮ１８．２タンパク質の発現を示す結合を検出するステップを含む、方法。
  44. 抗ＣＬＤＮ１８．２抗体を含む治療に適切な患者を識別する方法であって、前記患者から単離された試料中のＣＬＤＮ１８．２の発現を検出するステップを含み、前記検出が、請求項１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片を使用する、方法。
  45. 請求項１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片とコンジュゲートされた細胞毒性薬を含む、抗体−薬物コンジュゲート。
  46. それを必要とする患者におけるがんを処置する方法であって、
    （ａ）細胞を、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、請求項１から３６のいずれか一項に記載の抗体またはその断片で処理するステップ、および
    （ｂ）前記患者に前記処理された細胞を投与するステップ
    を含む、方法。
  47. ステップ（ａ）の前に、個体から前記細胞を単離するステップをさらに含む、請求項４６に記載の方法。
  48. 前記細胞が、前記患者から単離される、請求項４７に記載の方法。
  49. 前記細胞が、前記患者とは異なるドナー個体から単離される、請求項４８に記載の方法。
  50. 前記細胞がＴ細胞である、請求項４６から４９のいずれか一項に記載の方法。
  51. 前記Ｔ細胞が、腫瘍浸潤性Ｔリンパ球、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはそれらの組合せである、請求項５０に記載の方法。
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