JP2021502110A - がん特異的抗原に対するｔリンパ球のスクリーニング - Google Patents

Abstract

本明細書では、ＴＣＲ認識がん特異的抗原、及び、抗原特異的細胞傷害活性を有するＴＣＲ改変Ｔ細胞、を同定するための方法を提供する。本明細書では、本明細書に記載の方法により作製された改変Ｔリンパ球を提供する。本明細書では、本明細書に記載の改変Ｔリンパ球を投与することを含む、対象内におけるがんを治療するための方法を提供する。本明細書では、本明細書に記載の方法により作製された抗体またはそのフラグメントを提供する。本明細書では、本明細書に記載の抗体を対象に投与することを含む、対象内におけるがんを治療するための方法を提供する。一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、など）及び方法は、キットまたはシステムの一部として提供される。

Description

関連出願の相互参照
本発明は、２０１７年１０月６日出願の米国仮特許出願６２／５６９，２１５の優先権利益を主張するものであり、その全体は参照により組み込まれる。

本明細書では、Ｔ細胞受容体認識がん特異的抗原、及び、抗原特異的細胞傷害活性を有するＴ細胞受容体改変Ｔ細胞、を同定するための方法を提供する。

がん免疫療法は、患者自身の抗腫瘍免疫応答を増強することによってがんを治療する。とりわけ、免疫チェックポイント阻害薬の成功は、がん患者における抗がん免疫活性化の重要性を浮き彫りにした。とはいえ、抗免疫チェックポイント治療による臨床効果を示す患者は少数派であり、がん患者の７０〜８０％は、このタイプの治療による効果を示していない、または、最小限の効果を示している。それゆえ、免疫療法に対する耐性のメカニズムを同定し、免疫応答を更に促進及び向上させるための方法を開発することが、重要かつ緊急である（参照文献１（その全体は参照により組み込まれる））。細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）はがん免疫療法において重要な役割を果たしているが、ＣＴＬのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）、ならびに、それらの標的であるがん特異的抗原の同定は、困難かつ時間を要するものである。

本明細書では、ＴＣＲ認識がん特異的抗原、及び、抗原特異的細胞傷害活性を有するＴＣＲ改変Ｔ細胞、を同定するための方法を提供する。

本明細書の一部の実施形態では、（ａ）候補抗原配列を含む刺激ペプチドで標的リンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を刺激すること、（ｂ）候補ペプチドに結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）で免疫活性化リンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を捕捉すること（上記捕捉することは、免疫活性化Ｔリンパ球を、候補抗原配列を含む捕捉用ペプチドに結合した主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）を提示する捕捉用試薬と接触させることを含む）、及び、（ｃ）捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの全てまたは一部をシークエンスすること、を含む方法を提供する。

一部の実施形態では、標的リンパ球は健康ドナーから得られる。一部の実施形態では、標的リンパ球はＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球である。一部の実施形態では、刺激することはインビトロ（例えば、細胞培養液内）で実施される。

一部の実施形態では、候補抗原配列を含むペプチドは、オンコアンチゲン及びネオアンチゲンの全てまたはフラグメントである。一部の実施形態では、候補抗原配列は、オンコアンチゲン及びネオアンチゲンの全てまたはフラグメントである。

一部の実施形態では、捕捉用試薬はＭＨＣ多量体である。一部の実施形態では、ＭＨＣ多量体はＭＨＣデキストラマーである。

一部の実施形態では、シークエンスすることは次世代シークエンシング法を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部はＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖のＣＤＲ３を含む。

一部の実施形態では、標的リンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）は標的リンパ球の集団であり、刺激ペプチドは、異なる候補抗原配列を含む刺激ペプチドの集団のうちの１つであり、上記捕捉することは、免疫活性化Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）の集団を、候補抗原配列を含む捕捉用ペプチドの集団に結合した主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）を提示する捕捉用試薬と接触させることを含む。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書に記載の方法により同定されたＴＣＲ認識がん特異的抗原（例えば、配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５、配列番号：６、配列番号：７、配列番号：８、配列番号：９、配列番号：１０、配列番号：１１、配列番号：１２、配列番号：１３、配列番号：１４、配列番号：１５、配列番号：１６、配列番号：１７、配列番号：１８、配列番号：１９、配列番号：２０、配列番号：２１、配列番号：２２、配列番号：２３、配列番号：２４、配列番号：２５、配列番号：２６、配列番号：２７、配列番号：２８、配列番号：２９、配列番号：３０、配列番号：３１、配列番号：３２、配列番号：３３、配列番号：３４、配列番号：３５、配列番号：３６、配列番号：３７、配列番号：３８、配列番号：３９、配列番号：４０、配列番号：４１、配列番号：４２、配列番号：４３、配列番号：４４、など）を提供する。

本明細書の一部の実施形態では、（ａ）候補抗原配列を含む刺激ペプチドで標的リンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を刺激すること、（ｂ）候補ペプチドに結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）で免疫活性化Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を捕捉すること（上記捕捉することは、免疫活性化Ｔリンパ球を、候補抗原配列を含む捕捉用ペプチドに結合した主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）を提示する捕捉用試薬と接触させることを含む）、及び、（ｃ）捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの全てまたは一部をシークエンスすること、を含み、（ｄ）捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの全てまたは一部を提示する改変Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を作製すること（改変Ｔリンパ球は、候補抗原配列を含むペプチドに結合したＭＨＣを提示する抗原提示細胞を認識する）、を更に含む、方法を提供する。

一部の実施形態では、改変Ｔリンパ球はＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球である。

一部の実施形態では、捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの全てまたは一部を提示する改変Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を作製することは、（ｉ）捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの一部をコードする核酸配列をベクターにクローニングすること、（ｉｉ）ベクターを宿主Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）に導入すること、及び、（ｉｉｉ）捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの一部が改変Ｔリンパ球上に発現及び提示されるような条件下で培養すること、を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲの一部はＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、配列番号：４５〜１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、改変Ｔリンパ球は、配列番号４５及び４６、４７及び４８、４９及び５０、５１及び５２、５３及び５４、５５及び５６、５７及び５８、５９及び６０、６１及び６２、６３及び６４、６５及び６６、６７及び６８、６９及び７０、７１及び７２、７３及び７４、７５及び７６、７７及び７８、７９及び８０、８１及び８２、８３及び８４、８５及び８６、８７及び８８、８９及び９０、９１及び９２、９３及び９４、９５及び９６、９７及び９８、９９及び１００、１０１及び１０２、１０３及び１０４、１０５及び１０６、１０７及び１０８、１０９及び１１０、１１１及び１１２、１１３及び１１４、１１５及び１１６、１１７及び１１８、１１９及び１２０、１２１及び１２２、１２３及び１２４、１２５及び１２６、１２７及び１２８、１２９及び１３０、及び、１３１及び１３２、からなる群から選択されるアミノ酸配列ペアを含むα鎖及びβ鎖（例えば、ＣＤＲ３）を含むＴＣＲを提示する。一部の実施形態では、ベクターは、健康ドナー宿主に由来する宿主Ｔリンパ球に導入される。一部の実施形態では、ベクターは、改変Ｔリンパ球で治療されるがん患者に由来する宿主Ｔリンパ球に導入される。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書に記載の方法により作製された改変Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を提供する。一部の実施形態では、改変Ｔリンパ球はＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球である。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書に記載の改変Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を対象に投与することを含む、対象内におけるがんを治療するための方法を提供する。

本明細書の一部の実施形態では、（ａ）候補抗原配列を含む刺激ペプチドで標的リンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を刺激すること、（ｂ）候補ペプチドに結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）で免疫活性化Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を捕捉すること（上記捕捉することは、免疫活性化Ｔリンパ球を、候補抗原配列を含む捕捉用ペプチドに結合した主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）を提示する捕捉用試薬と接触させることを含む）、及び、（ｃ）捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの全てまたは一部をシークエンスすること、を含み、（ｄ）捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの配列の全てまたは一部を含む治療抗体を作製すること、を更に含む、方法を提供する。一部の実施形態では、ＴＣＲの一部はＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、配列番号：４５〜１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、治療抗体は、配列番号４５及び４６、４７及び４８、４９及び５０、５１及び５２、５３及び５４、５５及び５６、５７及び５８、５９及び６０、６１及び６２、６３及び６４、６５及び６６、６７及び６８、６９及び７０、７１及び７２、７３及び７４、７５及び７６、７７及び７８、７９及び８０、８１及び８２、８３及び８４、８５及び８６、８７及び８８、８９及び９０、９１及び９２、９３及び９４、９５及び９６、９７及び９８、９９及び１００、１０１及び１０２、１０３及び１０４、１０５及び１０６、１０７及び１０８、１０９及び１１０、１１１及び１１２、１１３及び１１４、１１５及び１１６、１１７及び１１８、１１９及び１２０、１２１及び１２２、１２３及び１２４、１２５及び１２６、１２７及び１２８、１２９及び１３０、及び、１３１及び１３２、からなる群から選択されるアミノ酸配列ペアを含むＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、抗体は抗体フラグメントである。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書に記載の方法により作製された抗体を提供する。一部の実施形態では、抗体は抗体フラグメントである。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書に記載の抗体を対象に投与することを含む、対象内におけるがんを治療するための方法を提供する。

本明細書の実施形態は、ＣＤ８＋細胞傷害性リンパ球を、標的細胞として、及び／または、改変ＣＤ８＋細胞傷害性リンパ球を作製するために、利用することについて記載している。しかしながら、本明細書の範囲内であるその他の実施形態では、本明細書に記載の標的細胞及び／または改変リンパ球は、代わりに、ＣＤ４＋ヘルパーリンパ球、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞を、標的細胞として含んでいてもよい。

ＦＯＸＭ１由来ペプチド特異的ＣＴＬ及びＵＢＥ２Ｔ由来ペプチド特異的ＣＴＬの誘導を示す図である。ＦＯＸＭ１特異的ペプチドまたはＵＢＥ２Ｔ特異的ペプチドで刺激したＣ１Ｒ−Ａ２４細胞で曝露した場合にのみ、ＦＯＸＭ１特異的ＣＴＬ及びＵＢＥ２Ｔ特異的ＣＴＬによるＩＦＮ−γ産生を確認した。Ｒ／Ｓ比率はキラー細胞（ＣＴＬ）／刺激因子（Ｃ１Ｒ−Ａ２４細胞）比率を示している。 作製したＣＴＬの細胞傷害活性を示す図である。ＦＯＸＭ１特異的ＣＴＬは、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陽性ＳＷ４８０細胞に対する有意な細胞殺傷効果を発揮したが、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陰性ＨＣＣ１１４３細胞またはＢＴ５４９細胞に対してはそうではなかった。両方のＣＴＬ（２×１０５の細胞／ウェル）をがん細胞（２×１０４の細胞／ウェル）と５時間共培養した。 作製したＣＴＬの細胞傷害活性を示す図である。ＵＢＥ２Ｔ特異的ＣＴＬは、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陽性ＳＷ４８０細胞に対する有意な細胞殺傷効果を発揮したが、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陰性ＨＣＣ１１４３細胞またはＢＴ５４９細胞に対してはそうではなかった。両方のＣＴＬ（２×１０５の細胞／ウェル）をがん細胞（２×１０４の細胞／ウェル）と５時間共培養した。 ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞及びＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の作製を示す図である。ＦＯＸＭ１特異的ＣＴＬ及びＵＢＥ２Ｔ特異的ＣＴＬにおけるＴＣＲＡ ＣＤＲ３クロノタイプ及びＴＣＲＢ ＣＤＲ３クロノタイプの分布について、ＣＤＲ３配列の円グラフで示している。黒色は、読み取り頻度が１％未満であるＣＤＲ３クロノタイプの一部を示している。この集団には、ＴＣＲＡ及びＴＣＲＢに対する１つの支配的なクロノタイプのみが含まれていた。 ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞及びＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の作製を示す図である。ＣＤ８とＴＣＲｖβ８（ＦＯＸＭ１ ＴＣＲ改変Ｔ細胞）、または、ＣＤ８とＴＣＲｖβ１３（ＵＢＥ２Ｔ ＴＣＲ改変Ｔ細胞）に対する染色により、形質導入効率を確認した。フローサイトメトリー図は、ＦＯＸＭ１ ＴＣＲ改変Ｔ細胞またはＵＢＥ２Ｔ ＴＣＲ改変Ｔ細胞を示している。 ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の細胞傷害活性を示す図である。ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞は、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陽性ＳＷ４８０細胞に対する有意な細胞殺傷効果を発揮したが、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陰性ＨＣＣ１１４３細胞に対してはそうではなかった。 ＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の細胞傷害活性を示す図である。ＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞は、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陽性ＳＷ４８０細胞に対する有意な細胞殺傷効果を発揮したが、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陰性ＨＣＣ１１４３細胞に対してはそうではなかった。 ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の細胞傷害活性を示す図である。ＦＯＸＭ１ ＴＣＲ改変Ｔ細胞と共培養した際のがん細胞生存率の時間経過である。両方のソートＴＣＲ改変Ｔ細胞（４×１０５の細胞／ウェル）をがん細胞（２×１０４の細胞／ウェル）と２０時間共培養した。 ＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の細胞傷害活性を示す図である。ＵＢＥ２Ｔ ＴＣＲ改変Ｔ細胞と共培養した際のがん細胞生存率の時間経過である。両方のソートＴＣＲ改変Ｔ細胞（４×１０５の細胞／ウェル）をがん細胞（２×１０４の細胞／ウェル）と２０時間共培養した。 ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の細胞傷害活性を示す図である。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおいて、ＦＯＸＭ１特異的ペプチドを負荷した場合またはしなかった場合における、Ｃ１Ｒ−Ａ２４細胞で刺激したＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の認識である。ソートＴＣＲ改変Ｔ細胞（５×１０４の細胞／ウェル）をペプチド負荷刺激細胞（２×１０４の細胞／ウェル）と、９６ウェルプレート内、３７℃で２０時間共培養した。 ＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の細胞傷害活性を示す図である。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおいて、ＵＢＥ２Ｔ特異的ペプチドを負荷した場合またはしなかった場合における、Ｃ１Ｒ−Ａ２４細胞で刺激したＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の認識である。ソートＴＣＲ改変Ｔ細胞（５×１０４の細胞／ウェル）をペプチド負荷刺激細胞（２×１０４の細胞／ウェル）と、９６ウェルプレート内、３７℃で２０時間共培養した。 ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の細胞傷害活性を示す図である。がん細胞との共培養後０時間、２．５時間、及び、５時間における、オリジナルの特異的ＣＴＬまたはＴＣＲ改変Ｔ細胞から分泌されたグランザイムＢのタンパク質レベル、及び、オリジナルの特異的ＣＴＬまたはＴＣＲ改変Ｔ細胞から分泌されたパーフォリンのタンパク質レベルである。 ＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞の細胞傷害活性を示す図である。がん細胞との共培養後０時間、２．５時間、及び、５時間における、オリジナルの特異的ＣＴＬまたはＴＣＲ改変Ｔ細胞から分泌されたグランザイムＢのタンパク質レベル、及び、オリジナルの特異的ＣＴＬまたはＴＣＲ改変Ｔ細胞から分泌されたパーフォリンのタンパク質レベルである。 がん細胞内におけるＦＯＸＭ１タンパク質発現及びＵＢＥ２Ｔタンパク質発現を示す図である。ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陽性または陰性がん細胞株内における内在性ＦＯＸＭ１タンパク質及び内在性ＵＢＥ２Ｔタンパク質の発現について、ウェスタンブロット解析を用いて確認した。

定義
本明細書で使用する専門用語は特定の実施形態を説明するためだけのものであり、本明細書に記載する実施形態の範囲を限定することを意図するものではない。特に定義しない限り、本明細書で使用する全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者が一般に理解する意味と同一の意味を有する。しかしながら、矛盾が生じた場合には、本明細書（定義を含む）が優先される。それゆえ、本明細書に記載の実施形態に関しては以下の定義を適用する。

本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用する場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈上特に明確に定めない限り、複数の指示対象を含む。それゆえ、例えば、「１つの 改変リンパ球」への言及は、１つまたは複数の改変リンパ球及び当業者に周知のその同等物などへの言及である。

本明細書で使用する場合、用語「含む」及びその言語学上の変形形態は、追加の特徴（複数可）、要素（複数可）、方法の工程（複数可）などの存在を除外することなく、列挙した特徴（複数可）、要素（複数可）、方法の工程（複数可）などの存在を示す。逆に、用語「からなる」及びその言語学上の変形形態は、列挙した特徴（複数可）、要素（複数可）、方法の工程（複数可）などの存在を示し、通常は付随する不純物を除き、列挙していないあらゆる特徴（複数可）、要素（複数可）、方法の工程（複数可）などを除外する。語句「から本質的になる」は、列挙した特徴（複数可）、要素（複数可）、方法の工程（複数可）など、及び、本組成物、システムまたは方法の基本的な性質に実質的に影響を及ぼさない任意の追加の特徴（複数可）、要素（複数可）、方法の工程（複数可）などを示す。本明細書の多くの実施形態はオープンな「含む」用語を使用して記載される。このような実施形態は、多数のクローズドな「からなる」及び／または「から本質的になる」実施形態を包含し、あるいは、このような用語を使用してクレームまたは記載され得る。

本明細書で使用する場合、「免疫応答」とは、侵入病原体、病原体に感染した細胞もしくは組織、または、がん性もしくはその他の異常細胞への、選択的な標的化、結合、傷害、破壊、及び／または対象からの除去をもたらす、免疫系の細胞（例えば、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、マクロファージ、好酸球、肥満細胞、樹状細胞、好中球など）と、これら細胞のいずれかまたは肝臓が産生する可溶性の巨大分子（抗体、サイトカイン及び補体を含む）の作用のことを意味する。本明細書の一部の実施形態は、対象内における免疫応答を引き起こしてがんを治療することを含む。

本明細書で使用する場合、用語「免疫療法」とは、免疫応答を誘導、促進、抑制、または別の方法で調節することを含む方法により、疾患または症状を治療または予防することを意味する。本明細書の一部の実施形態は免疫療法を含む。

本明細書で使用する場合、用語「養子免疫療法」及び「養子細胞移入」とは、がんまたは感染症を治療するために免疫担当細胞（例えば、ＴＣＲ改変Ｔ細胞）を移入することを意味する（Ｊｕｎｅ，Ｃ．Ｈ．，ｅｄ．，２００１，Ｉｎ：Ｃａｎｃｅｒ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ；Ｖｏｎｄｅｒｈｅｉｄｅ ｅｔ ａｌ．，２００３，Ｉｍｍｕｎ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２７：１−１５（その全体は参照により組み込まれる））。本明細書の一部の実施形態は養子免疫療法を含む。

本明細書で使用する場合、用語「がんワクチン」とは、特定の免疫応答を誘発する組成物（例えば、腫瘍抗原）のことを意味する。応答は、がんワクチンを投与することにより、対象自身の免疫系によって誘発される。

本明細書で使用する場合、用語「自然免疫細胞」とは、対象の免疫系に自然に存在する免疫細胞のことを意味する。例示としては、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、Ｂ細胞、及び、樹状細胞、が挙げられるがこれらに限定されない。本明細書の一部の実施形態は、本自然免疫細胞に対する対象内における応答を誘発することを含む。

本明細書で使用する場合、用語「改変免疫細胞」とは、遺伝子組換えされた免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞など）のことを意味する。本明細書の一部の実施形態は、改変免疫細胞を作製及び／または投与することを含む。

本明細書で使用する場合、用語「Ｔ細胞受容体」（「ＴＣＲ」）とは、抗原提示細胞の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）に結合した抗原フラグメントの認識を担う、Ｔ細胞（Ｔリンパ球）の表面上に存在する分子複合体のことを意味する。ＴＣＲと抗原ペプチドの間の結合は、比較的低い親和性の結合であり変性する、すなわち、多くのＴＣＲが同一の抗原ペプチドを認識し、多くの抗原ペプチドが同一のＴＣＲにより認識される。ＴＣＲは、２つの異なるタンパク質鎖で構成されるヘテロ二量体である。ヒトＴ細胞の９５％において、ＴＣＲは、アルファ（α）鎖とベータ（β）鎖（それぞれ、ＴＲＡとＴＲＢがコードする）で構成されており、その一方で、Ｔ細胞の５％において、ＴＣＲは、ガンマ鎖とデルタ鎖（γ／δ）（それぞれ、ＴＲＧとＴＲＤがコードする）で構成されている。ＴＣＲが抗原ペプチド及びＭＨＣと結合すると、シグナル伝達を介してＴリンパ球が活性化される。本明細書の一部の実施形態は、改変ＴＣＲを作製すること、改変ＴＣＲを提示する細胞を調製すること、及び／または、がんを治療するために改変ＴＣＲを提示する細胞を対象に投与すること、を含む。

本明細書で使用する場合、用語「ヒト白血球抗原」（「ＨＬＡ」）とは、ヒトにおける主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）タンパク質、または、ヒトＭＨＣタンパク質をコードする遺伝子複合体、のことを意味する。

本明細書で使用する場合、用語「抗体」とは、全抗体分子またはそのフラグメント（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、及び、Ｆ（ａｂ’）２などのフラグメント）のことを意味し、ポリクローナルまたはモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体などであってもよい。本明細書で使用する場合、抗体またはその他の要素が抗原またはエピトープを「特異的に認識する」またはそれらに「特異的に結合する」場合、抗体またはその他の要素は、タンパク質及び／または巨大分子の複合混合物内における抗原を優先的に認識し、抗原またはエピトープを提示しないその他の要素と比較して実質的により高い親和性で抗原またはエピトープに結合する。これに関連して、「実質的により高い親和性」とは、抗原またはエピトープの検出を可能とするのに十分に高い親和性のことを意味し、所望のアッセイまたは測定装置を使用した要素とは区別される。一般的には、少なくとも１０７Ｍ−１（例えば、＞１０７Ｍ−１、＞１０８Ｍ−１、＞１０９Ｍ−１、＞１０１０Ｍ−１、＞１０１１Ｍ−１、＞１０１２Ｍ−１、＞１０１３Ｍ−１など）の結合定数（Ｋａ）を有する結合親和性のことを意味する。特定のこのような実施形態では、抗体は、異なる抗原がその特定のエピトープを含む限りにおいて異なる抗原に結合可能である。特定の例においては、例えば、異なる種由来の相同タンパク質は同一のエピトープを含んでいてもよい。本明細書の一部の実施形態は、オンコアンチゲン及び／またはネオアンチゲンに結合する抗体を作製及び／または投与することを含む。

本明細書で使用する場合、用語「抗体フラグメント」とは、抗原結合領域または可変領域の少なくとも一部を含む、全長抗体の一部のことを意味する。抗体フラグメントとしては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、Ｆｄ、ディアボディ、及び、インタクト抗体の可変領域の少なくとも一部を保持するその他の抗体フラグメントが挙げられるがこれらに限定されない。例えば、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．９：１２９−１３４を参照されたい（その全体は参照により本明細書に組み込まれる）。特定の実施形態では、組換えＤＮＡ技術または化学的ポリペプチド合成で作製したインタクト抗体の酵素的または化学的な開裂（例えば、抗体のパパイン消化及びペプシン消化）により抗体フラグメントを作製する。例えば、「Ｆａｂ」フラグメントは、１本の軽鎖ならびにＣＨ１及び１本の重鎖の可変領域を含む。Ｆａｂ分子の重鎖は別の重鎖分子とジスルフィド結合を形成することができない。「Ｆａｂ’」フラグメントは、１本の軽鎖、及び、ＣＨ１ドメインとＣＨ２ドメインの間に延びる別の定常領域を含む１本の重鎖を含む。Ｆａｂ’フラグメントの２本の重鎖間に鎖間ジスルフィド結合を形成して、「Ｆ（ａｂ’）２」分子を形成してもよい。「Ｆｖ」フラグメントは重鎖と軽鎖の両方に由来する可変領域を含むが、定常領域を欠いている。一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）フラグメントは、フレキシブルリンカーにより連結して抗原結合領域を有する１本のポリペプチド鎖を形成する、重鎖可変領域と軽鎖可変領域を含む。例示的な一本鎖抗体については、ＷＯ８８／０１６４９ならびに米国特許第４，９４６，７７８号及び第５，２６０，２０３号に詳細に記載されている（それら全体は参照により本明細書に組み込まれる）。特定の例においては、単一の可変領域（例えば、重鎖可変領域または軽鎖可変領域）は抗原を認識して結合する能力を有していてもよい。その他の抗体フラグメントについて当業者は理解している。本明細書の一部の実施形態は、オンコアンチゲン及び／またはネオアンチゲンに結合する抗体フラグメントを作製及び／または投与することを含む。

本明細書で使用する場合、用語「モノクローナル抗体」とは、同一エピトープに特異的に結合する抗体の実質的に均一な集団のメンバーである抗体のことを意味する。特定の実施形態では、モノクローナル抗体はハイブリドーマにより分泌される。特定のこのような実施形態では、ハイブリドーマは、当業者に周知の特定の方法により作製される。例えば、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５−４９９（その全体は参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。特定の実施形態では、モノクローナル抗体は組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照のこと）を使用して作製される。特定の実施形態では、モノクローナル抗体とは、ファージディスプレイライブラリから単離された抗体フラグメントのことを意味する。例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ ３５２：６２４−６２８；及びＭａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（それら全体は参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。修飾語「モノクローナル」とは、実質的に均一な抗体集団から得られた抗体の特性のことを示し、抗体を作製するための方法を特定の方法に限定するものではない。様々なその他のモノクローナル抗体作製技術については、例えば、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．）（その全体は参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。本明細書の一部の実施形態は、オンコアンチゲン及び／またはネオアンチゲンに結合するモノクローナル抗体を作製及び／または投与することを含む。

用語「抗原結合部位」とは、抗原に特異的に結合可能な抗体の一部のことを意味する。特定の実施形態では、抗原結合部位は、１つまたは複数の抗体可変領域により提供される。

用語「エピトープ」とは、免疫グロブリンまたはＴ細胞もしくはＢ細胞受容体に特異的に結合可能な任意のポリペプチド決定基のことを意味する。特定の実施形態では、エピトープとは、抗体が特異的に結合する抗原の領域のことである。特定の実施形態では、エピトープは、化学的に活性な表面分子群、例えば、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル基またはスルホニル基などを含み得る。特定の実施形態では、エピトープは、特定の３次元構造特性（例えば、「立体構造」エピトープ）及び／または特定の荷電特性を有し得る。

特定の抗体が両方のエピトープに特異的に結合する場合、エピトープは別のエピトープと「同一」と定義される。特定の実施形態では、異なる一次アミノ酸配列を有するポリペプチドは、同一のエピトープを含み得る。特定の実施形態では、同一のエピトープは異なる一次アミノ酸配列を有し得る。異なる抗体が同一エピトープへの特異的結合において競合する場合、異なる抗体は同一エピトープに結合すると言われる。

本明細書で使用する場合、用語「配列同一性」とは、２つのポリマー配列（例えば、ペプチド、ポリペプチド、核酸など）がモノマーサブユニットの同一配列組成を有する度合いのことを意味する。用語「配列類似性」とは、２つのポリマー配列（例えば、ペプチド、ポリペプチド、核酸など）が類似したポリマー配列を有する度合いのことを意味する。例えば、類似したアミノ酸とは、同一の生物物理特性を共有しファミリーに分類可能（上記を参照のこと）なアミノ酸のことである。「パーセント配列同一性」（または「パーセント配列類似性」）は、（１）比較窓（例えば、より長い配列の長さ、より短い配列の長さ、特定の窓など）にわたり２つの最適アライン配列を比較して、（２）同一（または類似）のモノマー（例えば、両方の配列に存在する同一のアミノ酸、両方の配列に存在する類似のアミノ酸）を含有する位置の数を同定してマッチ位置の数を得て、（３）マッチ位置の数を比較窓（例えば、より長い配列の長さ、より短い配列の長さ、特定の窓など）内における位置の総数で割り、（４）その結果に１００を掛けてパーセント配列同一性またはパーセント配列類似性を得ること、により計算される。例えば、ペプチドＡとＢが両方とも２０アミノ酸長であり、１つの位置以外全てにおいて同一アミノ酸を有する場合、ペプチドＡとペプチドＢは９５％の配列同一性を有する。非同一位置におけるアミノ酸が同一の生物物理特性を共有している（例えば、両方とも酸性である）場合、ペプチドＡとペプチドＢは１００％の配列類似性を有する。別の例としては、ペプチドＣが２０アミノ酸長であり、ペプチドＤが１５アミノ酸長であり、ペプチドＤにおける１５のアミノ酸のうちの１４がペプチドＣの一部のアミノ酸と同一である場合、ペプチドＣとＤは７０％の配列同一性を有するが、ペプチドＤはペプチドＣの最適比較窓に対して９３．３％の配列同一性を有する。本明細書の「パーセント配列同一性」（または「パーセント配列類似性」）を計算する目的において、アライン配列における任意のギャップはその位置におけるミスマッチとして扱われる。一部の実施形態では、本明細書のペプチドまたはポリペプチドは、ベース配列に対する最低限の配列同一性を含む。

用語「有効用量」または「有効量」とは、患者における症状の抑制をもたらす、または、所望の生物学的効果をもたらす、因子、例えば、抗体の量のことを意味する。特定の実施形態では、有効用量または有効量は、疾患または病態の症状を治療または抑制するのに十分である。

本明細書で使用する場合、用語「投与」及び「投与すること」とは、対象、または、インビボ、インビトロもしくはエクスビボの細胞、組織及び器官に、薬物、プロドラッグもしくはその他の因子、または、治療薬を与える行為のことを意味する。人体への例示的な投与経路は、脳または脊髄のくも膜下の空間（硬膜内）、眼（点眼）、口腔（経口）、皮膚（局所または経皮）、鼻（経鼻）、肺（吸入）、口腔粘膜（頬側）、耳、直腸、膣、注射（例えば、静脈内、皮下、腫瘍内、腹腔内など）など、を介したものであってもよい。

用語「治療」とは、特に明記しない限り、治療方法と予防（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）／予防（ｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）方法の両方を包含する。治療を必要とする個人としては、特定の症状を既に有している個人に加えて、特定の症状または疾患を被るリスクのある個人（例えば、年齢、性別、生活様式などに基づいた、遺伝的またはエピジェネティックな素因を有する個人）が挙げられるがこれらに限定されない。用語「治療すること」とは、治療目的及び／または予防／予防目的で薬剤を対象に投与することを意味する。

「治療薬」とは、治療効果及び／または予防／予防効果をもたらすためにインビボで投与され得る薬剤のことを意味する。

「治療抗体」とは、治療効果及び／または予防／予防効果をもたらすためにインビボで投与され得る抗体のことを意味する。

本明細書で使用する場合、用語「同時投与」及び「同時投与すること」とは、少なくとも２種の薬剤（複数可）または治療薬を対象に投与することを意味する。一部の実施形態では、２種以上の薬剤または治療薬の同時投与は同時である。その他の実施形態では、第１の薬剤／治療薬は第２の薬剤／治療薬に先立って投与される。当業者は、使用する様々な薬剤または治療薬の配合及び／または投与経路が様々であり得るということを理解する。同時投与のための適切な用量については、当業者が容易に決定することができる。一部の実施形態では、薬剤または治療薬を同時投与する場合、それぞれの薬剤または治療薬は、それらを単独で投与する場合の適切な用量と比較してより少ない用量で投与される。それゆえ、同時投与は、薬剤または治療薬の同時投与が潜在的に有害（例えば、有毒）な薬剤（複数可）の必要な用量を低下させる実施形態、及び／または、２種以上の薬剤の同時投与が、薬剤のうちの一方の有益な効果がもう一方の薬剤の同時投与を介するように対象の感作をもたらす実施形態において、特に望ましい。

本明細書で使用する場合、用語「医薬組成物」とは、活性剤（例えば、結合剤）と担体（不活性または活性）を組み合わせて、インビトロ、インビボまたはエクスビボにおける診断用途または治療用途に特に好適な組成物を作製することを意味する。

本明細書で使用する場合、用語「薬学的に許容される」または「薬理学的に許容される」とは、対象に投与する際に、有害反応、例えば、毒性反応、アレルギー性反応、または、免疫反応を実質的にもたらさない組成物のことを意味する。

本明細書で使用する場合、用語「薬学的に許容される担体」とは、リン酸緩衝生理食塩水、水、エマルション剤（例えば、油／水または水／油のエマルション剤など）、及び、様々なタイプの湿潤剤、全ての溶媒、分散媒、コーティング剤、ラウリル硫酸ナトリウム、等張化剤及び吸収遅延剤、崩壊剤（例えば、ポテトスターチまたはデンプングリコール酸ナトリウム）などを含むがこれらに限定されない標準的な医薬品担体のうちのいずれかのことを意味する。組成物はまた、安定化剤及び防腐剤を含んでいてもよい。担体、安定化剤及び補助剤の例については、例えば、Ｍａｒｔｉｎ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１５ｔｈ Ｅｄ．，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌ．Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．（１９７５）（その全体は参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。

本明細書で使用する場合、用語「健康ドナー」とは、任意の形態のがんを患っていない、及び／または、本明細書の実施形態に使用するその細胞／組織ががんの任意の徴候（例えば、がん形態、がんバイオマーカーなど）を示していないヒトなどの哺乳動物のことを意味する。

本明細書では、ＴＣＲ認識がん特異的抗原、及び、抗原特異的細胞傷害活性を有するＴＣＲ改変Ｔ細胞、を同定するための方法を提供する。

腫瘍または血液循環中のがん特異的抗原（オンコアンチゲン及びネオアンチゲン）を認識する既存の細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）は、がん免疫療法に対する有益な臨床効果を得るために重要な役割を果たしている。例えば、体細胞変異の数が多くなるほど、高い細胞溶解活性を有するリンパ球が認識可能なより多数の免疫原性ネオアンチゲンが生成される可能性が高くなり得、リンパ球は免疫チェックポイント阻害薬により更に開放され得る（参照文献２〜５（それら全体は参照により組み込まれる））。加えて、Ｔ細胞におけるプログラム死１（ＰＤ−１）と相互作用するプログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）のがん細胞におけるより高い発現レベルが上方制御されるが、そのＰＤ−Ｌ１は良好な臨床効果のためのバイオマーカーである（参照文献４、６〜８（それら全体は参照により組み込まれる））。更に、養子腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）移入療法に反応を示す患者内におけるＴＩＬとしては、ネオアンチゲンとオンコアンチゲンの両方（共通抗原）を標的とするＣＴＬが挙げられる（参照文献９（その全体は参照により組み込まれる））。

ＣＴＬ介在性抗腫瘍免疫応答を増強してがん免疫療法の臨床効果を更に向上させるために、本明細書の実施形態では、がん特異的抗原（オンコアンチゲン及びネオアンチゲン）をワクチンとして利用してがん患者内における抗原特異的ＣＴＬを活性化させる。オンコアンチゲンは、がん細胞内において高発現しているが正常器官（精巣または胎児器官を除く）内においては発現していない発がんタンパク質に由来する免疫原性ペプチドである（参照文献１０（その全体は参照により組み込まれる））。オンコアンチゲンに由来する免疫原性ペプチドエピトープがオンコアンチゲン特異的ＣＴＬを誘導してがん患者の予後を改善するということが考えられている（参照文献１１〜１３（それら全体は参照により組み込まれる））。ネオアンチゲンは、がん細胞内における非同義変異に由来する免疫原性ペプチドである（参照文献１０（その全体は参照により組み込まれる））。ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞が良好な臨床効果を示した一部のエビデンス（参照文献１４〜１５（それら全体は参照により組み込まれる））を考慮すると、ネオアンチゲンワクチンは、患者内における抗がん免疫応答を更に活性化させるための選択肢を提供する。しかしながら、ワクチン療法による十分な数の抗腫瘍Ｔ細胞の誘導が多くの場合非常に段階的にもたらされ数ヶ月間を要することから、このワクチンアプローチは、腫瘍負荷量の多い患者には役立たない。それゆえ、がん抗原特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）の同定、自家Ｔリンパ球を用いたＴＣＲ改変Ｔ細胞の作製、及び、このような遺伝子組換えＴ細胞の注入（抗免疫チェックポイント抗体を伴う／伴わない）は、通常は宿主免疫系が著しく抑制されている進行腫瘍を有する患者に魅力的な選択肢を提供する。オンコアンチゲン／ネオアンチゲン特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞が大きなサイズの固形がんにおいても有効であるという有望な結果を、前臨床研究及び最近の臨床試験が示している（参照文献１６〜１８（それら全体は参照により組み込まれる））。本明細書では、ネオアンチゲンを認識するＴＣＲ配列を同定するための迅速なスクリーニング法、及び、その方法による個別化ＴＣＲ改変Ｔ細胞治療薬の迅速な調製を提供する。

本明細書の実施形態の開発中に実験を実施して、オンコアンチゲン／ネオアンチゲン特異的ＴＣＲを検出するための迅速なスクリーニング法を確立した。候補ペプチドで健康ドナー由来ＣＤ８＋Ｔリンパ球のインビトロ刺激を行った後、それぞれのペプチドを含むＨＬＡクラスＩデキストラマーを使用してＣＤ８＋Ｔ細胞をソートし、これらの細胞のＴＣＲ配列を同定した。エピトープペプチドの刺激により固有Ｔ細胞のモノクローン性増殖またはオリゴクローン性増殖を達成した。ＴＣＲ ｃＤＮＡをクローニングしてＴＣＲ改変Ｔ細胞を作製した。このアプローチにより２種の抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞クローンを作製したが、ＦＯＸＭ１とＵＢＥ２Ｔに由来するオンコアンチゲンを認識する２種のＴ細胞クローンにより、標的タンパク質を発現するＨＬＡマッチがん細胞に対する（ＨＬＡ非マッチがん細胞に対してではなく）強い細胞傷害活性が明らかとなった。本明細書に記載の方法は、抗原ペプチドの取得後におけるＴＣＲ認識がん特異的抗原の迅速な同定を可能とする。本アプローチは、がんを治療するための個別化Ｔ細胞免疫療法薬の迅速な開発を可能とする。本明細書では、Ｔ細胞のインビトロネオアンチゲン刺激とデキストラマーソーティングを一元化することによってＴＣＲ認識がん特異的抗原を同定するためのパイプラインに加え、抗原特異的細胞傷害活性を有するＴＣＲ改変Ｔ細胞を作製するための次世代シークエンサーを使用したＴＣＲシークエンスを提供する。

推定上のオンコアンチゲン／ネオアンチゲン由来ペプチドをスクリーニングして健康ドナーの末梢血単核球（ＰＢＭＣ）から特定のＴ細胞を誘導することによってパイプラインを開発するための実験を本明細書の実施形態の開発中に実施し、抗原特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞についても作製した。このパイプラインにより、免疫原性オンコアンチゲン／ネオアンチゲン由来ペプチドががんワクチンに有用であると同定され、ＨＬＡマッチがん細胞に対する細胞傷害活性を観察するための抗原特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞の作製につながる、オンコアンチゲン／ネオアンチゲン特異的ＴＣＲが同定された。

ＣＴＬががん患者のＰＢＭＣに由来する異なるＴ細胞レパートリーを有することから、健康ドナー由来のＰＢＭＣは、ＰＢＭＣの供給源として、オンコアンチゲン／ネオアンチゲン特異的ＣＴＬの候補の検出を可能とする。健康ドナーから得られたＴ細胞は、ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞の反応性を広げ、患者自身の免疫系が認識してこなかったネオアンチゲンの標的化を可能とする（参照文献３０（その全体は参照により組み込まれる））。一部の実施形態では、ＴＣＲ認識がん特異的抗原の同定後、患者由来の自家Ｔ細胞からＴＣＲ改変Ｔ細胞を作製して養子細胞移入療法薬として注入する。

本明細書に記載の方法を使用して、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２陽性健康ドナーに由来するＰＢＭＣを使用して作製されたＴＣＲ改変Ｔ細胞は、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２拘束性ペプチドのみを認識し、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２マッチがん細胞に対する有意な細胞傷害活性を示した。自家ＰＢＭＣを使用したＨＬＡ−Ａ＊０２：０１拘束性ＮＹ−ＥＳＯ−１由来ペプチドを標的とするＴＣＲ改変Ｔ細胞が、骨髄腫患者における有望な臨床効果を示したこと（参照文献２１（その全体は参照により組み込まれる））を考慮すると、本明細書の健康ドナーに由来するＴＣＲ改変Ｔ細胞がまた、ＨＬＡ−Ａマッチがん細胞に対する細胞傷害活性を発揮することは注目に値する。これらの結果は、例えば、患者由来の自家Ｔ細胞を得ることが不可能な状況において、健康ドナーに由来するＴＣＲ改変Ｔ細胞を調製する可能性を示している。

本明細書に記載のパイプラインは、オンコアンチゲンとネオアンチゲンの両方に対応した個別化免疫療法薬を提供する。多くのタイプのがんにおいて一部のオンコアンチゲンが頻繁に過剰発現していることを考慮すると、オンコアンチゲンを標的とするＴＣＲ改変Ｔ細胞治療薬は、特異的なオンコアンチゲンを認識する同定ＴＣＲが同一ＨＬＡ遺伝子型を有する患者に対する広範な有用性を有していることから、合理的である。例えば、腫瘍組織内におけるＦＯＸＭ１またはＵＢＥ２Ｔの高発現は、乳癌、結腸癌、及び、前立腺癌を有する患者の低生存率と相関していた（参照文献３１〜３４（その全体は参照により組み込まれる））。それゆえ、一部の実施形態では、本明細書に記載のＦＯＸＭ１特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞及びＵＢＥ２Ｔ特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞は、養子移入療法に有用である。キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞療法及びＴＣＲ改変Ｔ細胞療法の臨床効果が現時点で血液悪性腫瘍に限定されていること（参照文献３５〜３６（それら全体は参照により組み込まれる））を考慮すると、オンコアンチゲン特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞用に本明細書で提供するパイプラインは、固形腫瘍用の別の養子細胞移入療法薬を提供する。対照的に、ネオアンチゲンは、がん細胞により特異的であり、ネオアンチゲンの提示ががん細胞の体細胞変異に依存してはいるが、魅力的な免疫標的とみなされている。ネオアンチゲン特異的ＴＩＬの移入療法が既に、黒色腫だけではなく固形腫瘍に対する有望な臨床結果を示していること（参照文献１４〜１５（それら全体は参照により組み込まれる））を考慮すると、本明細書に記載のネオアンチゲン用ＴＣＲ改変Ｔ細胞は、臨床現場における治療薬を提供する。

本明細書の一部の実施形態では、候補抗原配列を含む刺激ペプチドで標的リンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を刺激することを含む、免疫活性化ＴＣＲの配列を同定するための方法を提供する。一部の実施形態では、刺激ペプチドは、がん及び／または腫瘍細胞上に発現しているタンパク質のフラグメントである。一部の実施形態では、刺激ペプチドは、がん特異的抗原及び／または腫瘍特異的抗原のフラグメントである。一部の実施形態では、標的Ｔリンパ球は、任意の好適な供給源（例えば、ドナー、細胞培養液など）から得られる。一部の実施形態では、標的Ｔリンパ球は健康ドナーから得られる。一部の実施形態では、標的Ｔリンパ球はＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球である。一部の実施形態では、刺激することはインビトロ（例えば、細胞培養液内）で実施される。一部の実施形態では、細胞培養液のタイプは、標的Ｔリンパ球のタイプに応じて決定される。Ｔリンパ球を培養するための好適な条件及び方法、ならびに、刺激ペプチドでＴリンパ球を刺激するための好適な条件及び方法については、当分野において理解されている。

一部の実施形態では、標的Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）は標的Ｔリンパ球の集団であり、刺激ペプチドは、異なる候補抗原配列を含む刺激ペプチドの集団のうちの１つであり、上記捕捉することは、免疫活性化Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）の集団を、候補抗原配列を含む捕捉用ペプチドの集団に結合した主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）を提示する捕捉用試薬と接触させることを含む。

一部の実施形態では、標的リンパ球は、ＣＤ８＋細胞傷害性リンパ球、ＣＤ４＋ヘルパーリンパ球、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞などである。

一部の実施形態では、候補抗原配列を含む刺激ペプチドは、オンコアンチゲン及びネオアンチゲンの全てまたはフラグメントである。一部の実施形態では、候補抗原配列は、オンコアンチゲン及びネオアンチゲンの全てまたはフラグメントである。一部の実施形態では、刺激ペプチドはランダムアミノ酸配列を含み、本明細書の方法は、免疫応答を誘発可能なペプチドの同定を可能とする。一部の実施形態では、刺激ペプチドは、配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５、配列番号：６、配列番号：７、配列番号：８、配列番号：９、配列番号：１０、配列番号：１１、配列番号：１２、配列番号：１３、配列番号：１４、配列番号：１５、配列番号：１６、配列番号：１７、配列番号：１８、配列番号：１９、配列番号：２０、配列番号：２１、配列番号：２２、配列番号：２３、配列番号：２４、配列番号：２５、配列番号：２６、配列番号：２７、配列番号：２８、配列番号：２９、配列番号：３０、配列番号：３１、配列番号：３２、配列番号：３３、配列番号：３４、配列番号：３５、配列番号：３６、配列番号：３７、配列番号：３８、配列番号：３９、配列番号：４０、配列番号：４１、配列番号：４２、配列番号：４３、配列番号：４４、からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。

一部の実施形態では、刺激ペプチドで標的Ｔリンパ球を刺激した後、刺激ペプチドに結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）で免疫活性化Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を捕捉する。一部の実施形態では、捕捉することは、免疫活性化Ｔリンパ球を、候補抗原配列を含む捕捉用ペプチドに結合した主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）を提示する捕捉用試薬と接触させることを含む。一部の実施形態では、捕捉用試薬は、１つまたは複数の刺激ペプチドの配列を含むペプチドを提示する。一部の実施形態では、ペプチドは、ＭＨＣ Ｉ複合体に結合した形態でＴリンパ球に付加される。一部の実施形態では、捕捉用試薬はＭＨＣ多量体である。一部の実施形態では、ＭＨＣ多量体はＭＨＣデキストラマーである。例えば、ペプチドは、ＭＨＣデキストラマーに結合したＴリンパ球に提示されていてもよい。一部の実施形態では、ＭＨＣデキストラマーは、デキストロース主鎖に結合した蛍光標識ＭＨＣ多量体である。多重結合ＭＨＣ構造体の使用には、多数のペプチド複製を提示することにより捕捉潜在能を向上させるという利点がある。

一部の実施形態では、免疫活性化Ｔリンパ球の捕捉後、捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの全てまたは一部をシークエンスする。一部の実施形態では、シークエンスすることは次世代シークエンシング法を含む。次世代シークエンシング法については以下でより詳細に説明する。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部はＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖のＣＤＲ３を含む。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書に記載の方法により同定されたＴＣＲ認識がん特異的抗原（例えば、配列番号：１、配列番号：２など）を提供する。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法により同定されたがん特異的抗原は、治療薬、例えば、がんワクチンなどとして採用される。がんワクチンの送達システムとしては、例えば、リポソーム、コレステロール、コレステロールヘミサクシネートもしくはα−トコフェロール（例えば、ビタミンＥ）から作製されたシステム、または、改変または合成ネオアンチゲンを結合または挿入可能なその他の両親媒性分子、を挙げてもよい。一部の実施形態では、がんワクチンは、本明細書に記載の方法の変形例により同定されたがん特異的抗原を含む。一部の実施形態では、がん特異的抗原は融合ペプチドとして提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法により同定された多数の配列を組み込む。一部の実施形態では、がんワクチンに使用されるペプチドは、１０〜８０アミノ酸長（例えば、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、または、それらの間の範囲）である。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書に記載のＴＣＲ認識がん特異的抗原に結合する治療抗体を提供する。一部の実施形態では、本明細書に記載の治療抗体は抗体フラグメントである。がんの治療に使用する抗体及び抗体フラグメントについては、当分野において十分に理解されている。一部の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。一部の実施形態では、抗体はヒト化抗体である。一部の実施形態では、治療抗体は、配列番号：１〜４４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む抗原に結合する。一部の実施形態では、治療抗体は、配列番号：４５及び４６、４７及び４８、４９及び５０、５１及び５２、５３及び５４、５５及び５６、５７及び５８、５９及び６０、６１及び６２、６３及び６４、６５及び６６、６７及び６８、６９及び７０、７１及び７２、７３及び７４、７５及び７６、７７及び７８、７９及び８０、８１及び８２、８３及び８４、８５及び８６、８７及び８８、８９及び９０、９１及び９２、９３及び９４、９５及び９６、９７及び９８、９９及び１００、１０１及び１０２、１０３及び１０４、１０５及び１０６、１０７及び１０８、１０９及び１１０、１１１及び１１２、１１３及び１１４、１１５及び１１６、１１７及び１１８、１１９及び１２０、１２１及び１２２、１２３及び１２４、１２５及び１２６、１２７及び１２８、１２９及び１３０、及び、１３１及び１３２、からなる群から選択されるアミノ酸配列のペアを含むＣＤＲ３配列を含む。

本明細書の一部の実施形態では、捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの全てまたは一部を提示する改変Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を作製するための方法（改変Ｔリンパ球は、候補抗原配列を含むペプチドに結合したＭＨＣを提示する抗原提示細胞を認識する）を提供する。一部の実施形態では、改変リンパ球は、ＣＤ８＋細胞傷害性リンパ球、ＣＤ４＋ヘルパーリンパ球、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞などである。一部の実施形態では、免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲ配列を使用して、標的オンコアンチゲンまたはネオアンチゲンを認識するＴＣＲをコードする核酸及び／またはベクターを調製する。一部の実施形態では、このような核酸及び／またはベクターを、Ｔリンパ球に形質転換、トランスフェクション、及び／または、別の方法で配置して、改変Ｔリンパ球を作製する。このような目的のための核酸、ベクター、及び、方法は当分野において周知であり、本明細書に記載されている。一部の実施形態では、改変Ｔリンパ球はＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球である。一部の実施形態では、捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの全てまたは一部を提示する改変Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を作製することは、（ｉ）捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの一部をコードする核酸配列をベクターにクローニングすること、（ｉｉ）ベクターを宿主Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）に導入すること、及び、（ｉｉｉ）捕捉した免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲの一部が改変Ｔリンパ球上に発現及び提示されるような条件下で培養すること、を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲの一部はＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、配列番号：４５〜１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、改変Ｔリンパ球は、配列番号：４５及び４６、４７及び４８、４９及び５０、５１及び５２、５３及び５４、５５及び５６、５７及び５８、５９及び６０、６１及び６２、６３及び６４、６５及び６６、６７及び６８、６９及び７０、７１及び７２、７３及び７４、７５及び７６、７７及び７８、７９及び８０、８１及び８２、８３及び８４、８５及び８６、８７及び８８、８９及び９０、９１及び９２、９３及び９４、９５及び９６、９７及び９８、９９及び１００、１０１及び１０２、１０３及び１０４、１０５及び１０６、１０７及び１０８、１０９及び１１０、１１１及び１１２、１１３及び１１４、１１５及び１１６、１１７及び１１８、１１９及び１２０、１２１及び１２２、１２３及び１２４、１２５及び１２６、１２７及び１２８、１２９及び１３０、及び、１３１及び１３２、からなる群から選択されるアミノ酸配列ペアを含むα鎖とβ鎖を含むＴＣＲを提示する。一部の実施形態では、ベクターは、健康ドナー宿主に由来する宿主Ｔリンパ球に導入される。一部の実施形態では、ベクターは、改変Ｔリンパ球で治療されるがん患者に由来する宿主Ｔリンパ球に導入される。

本明細書の一部の実施形態では、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む改変Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球）を作製するための方法（ＣＡＲは、候補抗原配列を含むペプチドに結合したＭＨＣを提示する抗原提示細胞を認識する）を提供する。特定の実施形態では、抗原結合ドメインは、所望の抗原に特異的に結合する重鎖可変領域と軽鎖可変領域（例えば、本明細書に記載の方法により同定された可変領域）を含有する一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）である。一部の実施形態では、ＣＡＲは、膜貫通ドメイン（例えば、Ｔ細胞膜貫通ドメイン（例えば、ＣＤ２８膜貫通ドメイン））、及び、１つまたは複数の免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含むシグナル伝達ドメイン（例えば、Ｔ細胞受容体シグナル伝達ドメイン（例えば、ＴＣＲζ鎖））、を更に含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、１つまたは複数の共刺激ドメイン（例えば、Ｔ細胞活性化を刺激するための第２のシグナルをもたらすドメイン）を含む。本発明はこのタイプの共刺激ドメインに限定されない。一部の実施形態では、改変リンパ球は、ＣＤ８＋細胞傷害性リンパ球、ＣＤ４＋ヘルパーリンパ球、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞などである。一部の実施形態では、免疫活性化Ｔリンパ球のＴＣＲ配列を使用して、標的オンコアンチゲンまたはネオアンチゲンを認識するＣＡＲを調製する。一部の実施形態では、このようなＣＡＲをコードする核酸及び／またはベクターを、Ｔ細胞に形質転換またはトランスフェクション、及び／または、ＣＡＲを別の方法でＴリンパ球に配置して、改変Ｔリンパ球を作製する。このような目的のための核酸、ベクター、及び、方法は当分野において周知であり、本明細書に記載されている。一部の実施形態では、改変Ｔリンパ球はＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球である。一部の実施形態では、ＣＡＲは、本明細書に記載の方法により同定されたＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の配列を含む抗原結合領域を含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖のＣＤＲ３を含む。一部の実施形態では、シークエンスしたＴＣＲの一部は、配列番号：４５〜１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、改変Ｔリンパ球は、配列番号：４５及び４６、４７及び４８、４９及び５０、５１及び５２、５３及び５４、５５及び５６、５７及び５８、５９及び６０、６１及び６２、６３及び６４、６５及び６６、６７及び６８、６９及び７０、７１及び７２、７３及び７４、７５及び７６、７７及び７８、７９及び８０、８１及び８２、８３及び８４、８５及び８６、８７及び８８、８９及び９０、９１及び９２、９３及び９４、９５及び９６、９７及び９８、９９及び１００、１０１及び１０２、１０３及び１０４、１０５及び１０６、１０７及び１０８、１０９及び１１０、１１１及び１１２、１１３及び１１４、１１５及び１１６、１１７及び１１８、１１９及び１２０、１２１及び１２２、１２３及び１２４、１２５及び１２６、１２７及び１２８、１２９及び１３０、及び、１３１及び１３２、からなる群から選択されるアミノ酸配列ペアを含むα鎖とβ鎖を含むＴＣＲを提示する。一部の実施形態では、ベクターは、健康ドナー宿主に由来する宿主Ｔリンパ球に導入される。一部の実施形態では、ベクターは、改変Ｔリンパ球で治療されるがん患者に由来する宿主Ｔリンパ球に導入される。

一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、改変リンパ球、例えば、ＣＤ４＋ヘルパーリンパ球、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞などを作製することに適用できる。

一部の実施形態では、核酸（例えば、ＴＣＲ ｃＤＮＡ）をシークエンスする。多くの技術を用いて核酸分子を配列解析してもよい。解析により、核酸の全てまたは一部の配列を同定してもよい。核酸シークエンシング法の例示的な非限定例としては、チェーンターミネーター（サンガー）シークエンシング法、及び、ダイターミネーターシークエンシング法、ならびに、「次世代」シークエンシング法、が挙げられるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、シークエンシング前にＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写する。

蛍光ベースのシークエンシング法を含む多くのＤＮＡシークエンシング法は当該技術分野において周知である（例えば、Ｂｉｒｒｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａｎａｌｙｚｉｎｇ ＤＮＡ，１，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（その全体は参照により本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。一部の実施形態では、当該技術分野において理解されている自動化シークエンシング法を利用する。一部の実施形態では、本システム、デバイス及び方法は、分割したアンプリコンの並列シークエンシングを採用している（Ｋｅｖｉｎ ＭｃＫｅｒｎａｎ ｅｔ ａｌ．のＰＣＴ公開第ＷＯ２００６０８４１３２号（その全体は参照により本明細書に組み込まれる））。一部の実施形態では、ＤＮＡシークエンシングは並列オリゴヌクレオチド伸長により達成される（例えば、Ｍａｃｅｖｉｃｚ ｅｔ ａｌ．の米国特許第５，７５０，３４１号及びＭａｃｅｖｉｃｚ ｅｔ ａｌ．の米国特許第６，３０６，５９７号（その両方はそれら全体が参照により本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。シークエンシング技術の別の例としては、Ｃｈｕｒｃｈ ｐｏｌｏｎｙ法（Ｍｉｔｒａ ｅｔ ａｌ．，２００３，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３２０，５５−６５；Ｓｈｅｎｄｕｒｅ ｅｔ ａｌ．，２００５ Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０９，１７２８−１７３２；米国特許第６，４３２，３６０号、米国特許第６，４８５，９４４号、米国特許第６，５１１，８０３号（それら全体は参照により本明細書に組み込まれる））、４５４ピコタイターパイロシークエンシング法（Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ ｅｔ ａｌ．，２００５ Ｎａｔｕｒｅ ４３７，３７６−３８０；ＵＳ２００５０１３０１７３（それら全体は参照により本明細書に組み込まれる））、Ｓｏｌｅｘａ一塩基付加法（Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，２００５，Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ，６，３７３−３８２；米国特許第６，７８７，３０８号；米国特許第６，８３３，２４６号（それら全体は参照により本明細書に組み込まれる））、Ｌｙｎｘ超並列シグネチャーシークエンシング法（Ｂｒｅｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０００）．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１８：６３０−６３４；米国特許第５，６９５，９３４号；米国特許第５，７１４，３３０号（それら全体は参照により本明細書に組み込まれる））、Ａｄｅｓｓｉ ＰＣＲコロニー法（Ａｄｅｓｓｉ ｅｔ ａｌ．（２０００）．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．２８，Ｅ８７；ＷＯ０００１８９５７（その全体は参照により本明細書に組み込まれる））、及び、好適な組み合わせまたはその代替法、が挙げられる。

「次世代シークエンシング」法と呼ばれる一式の方法は、サンガー及びダイターミネーターシークエンシング法（Ｖｏｅｌｋｅｒｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍ．，５５：６４１−６５８，２００９；ＭａｃＬｅａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，７：２８７−２９６（それぞれはそれら全体が参照により本明細書に組み込まれる））に代わる選択肢として登場した。次世代シークエンシング（ＮＧＳ）法は、旧式のシークエンシング法と比較してより安価なコスト及びより速いスピードという目標において、超並列ハイスループット戦略の共通の特徴を共有している。ＮＧＳ法は、鋳型増幅を必要とするＮＧＳ法とそれを必要としないＮＧＳ法に広く分類することができる。

本明細書の実施形態に有用なシークエンシング法としては、例えば、Ｈｅｌｉｃｏｓ Ｔｒｕｅ Ｓｉｎｇｌｅ Ｍｏｌｅｃｕｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ｔＳＭＳ）（Ｈａｒｒｉｓ Ｔ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３２０：１０６−１０９）が挙げられる。ｔＳＭＳ法では、約１００〜２００ヌクレオチドのストランドへとＤＮＡ試料を切断し、それぞれのＤＮＡストランドの３’末端にポリＡ配列を付加する。蛍光標識アデノシンヌクレオチドを付加することによりそれぞれのストランドを標識する。次に、ＤＮＡストランドをフローセルにハイブリダイズするが、そのフローセルは、フローセル表面に固定された数百万のオリゴ−Ｔ捕捉部位を含有している。鋳型の密度は約１００百万鋳型／ｃｍ２であってもよい。次に、フローセルをシークエンサーに装填してから、フローセルの表面にレーザーを照射して、それぞれの鋳型の位置を明らかにする。フローセル表面上における鋳型の位置をＣＣＤカメラでマッピングすることができる。次に、鋳型の蛍光標識を切断して洗浄除去する。シークエンシング反応は、ＤＮＡポリメラーゼと蛍光標識ヌクレオチドを導入することにより開始される。オリゴ−Ｔ核酸はプライマーとして機能する。ポリメラーゼにより、標識ヌクレオチドが鋳型直接的な方法でプライマーに組み込まれる。ポリメラーゼと非組み込みヌクレオチドを除去する。フローセル表面をイメージングすることにより、蛍光標識ヌクレオチドが直接組み込まれた鋳型を検出する。イメージング後、切断工程により蛍光標識を除去し、所望のリード長が得られるまで、その他の蛍光標識ヌクレオチドを用いてそのプロセスを繰り返す。それぞれのヌクレオチド添加工程において配列情報を収集する。ｔＳＭＳの更なる記述については、例えば、Ｌａｐｉｄｕｓ ｅｔ ａｌ．（米国特許第７，１６９，５６０号），Ｌａｐｉｄｕｓ ｅｔ ａｌ．（米国特許出願第２００９／０１９１５６５号），Ｑｕａｋｅ ｅｔ ａｌ．（米国特許第６，８１８，３９５号），Ｈａｒｒｉｓ（米国特許第７，２８２，３３７号），Ｑｕａｋｅ ｅｔ ａｌ．（米国特許出願第２００２／０１６４６２９号），及びＢｒａｓｌａｙｓｋｙ，ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ（ＵＳＡ），１００：３９６０−３９６４（２００３）（そのそれぞれはそれら全体が参照により組み込まれる）に示されている。

本明細書の実施形態に有用なＤＮＡシークエンシング法の別の例は４５４シークエンシング（Ｒｏｃｈｅ）（Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ，Ｍ ｅｔ ａｌ．２００５，Ｎａｔｕｒｅ，４３７，３７６−３８０（その全体は参照により組み込まれる））である。４５４シークエンシングには２つの工程が含まれている。第１の工程では、約３００〜８００塩基対のフラグメントへとＤＮＡをせん断し、それらフラグメントを平滑末端にする。次に、オリゴヌクレオチドアダプターをフラグメントの末端にライゲートする。アダプターは、フラグメントの増幅及びシークエンシングのためのプライマーとして機能する。例えば、５’−ビオチンタグを含有するＡｄａｐｔｏｒ Ｂを使用して、フラグメントを、ＤＮＡ捕捉用ビーズ、例えば、ストレプトアビジン被覆ビーズに結合する。ビーズに結合したフラグメントを油−水エマルションの液滴中でＰＣＲ増幅する。その結果、それぞれのビーズ上にクローン増幅されたＤＮＡフラグメントの多数の複製がもたらされる。第２の工程では、ウェル（ピコリットルサイズ）内でビーズを捕捉する。それぞれのＤＮＡフラグメントに対して並列的にパイロシークエンシングを実施する。１種または複数種のヌクレオチドの添加により生成された光シグナルをシークエンシング機器内のＣＣＤカメラで記録する。シグナル強度は組み込まれたヌクレオチドの数に比例する。パイロシークエンシングは、ヌクレオチド添加により放出されるピロリン酸塩（ＰＰｉ）を利用している。ＰＰｉは、アデノシン５’ホスホ硫酸の存在下でＡＴＰスルフリラーゼにより、ＡＴＰへと変換される。ルシフェラーゼはルシフェリンをオキシルシフェリンへと変換するためにＡＴＰを使用しており、この反応により光が生成され、その光を検出及び解析する。

本明細書の実施形態に有用なＤＮＡシークエンシング法の別の例はＳＯＬｉＤ法（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）である。ＳＯＬｉＤシークエンシングでは、フラグメントへとゲノムＤＮＡをせん断してから、フラグメントの５’末端と３’末端にアダプターを結合して、フラグメントライブラリを作製する。あるいは、フラグメントの５’末端と３’末端にアダプターをライゲートしてから、フラグメントを環化し、環化フラグメントを消化して内部アダプターを生成し、得られたフラグメントの５’末端と３’末端にアダプターを結合してメイトペアライブラリを作製することにより、内部アダプターを導入してもよい。次に、ビーズ、プライマー、鋳型及びＰＣＲ成分を含有するマイクロリアクター内でクローンビーズ集団を調製する。ＰＣＲに続いて、鋳型を変性させてから、ビーズを濃縮して、伸長鋳型を有するビーズを分離する。選択したビーズ上の鋳型に、スライドガラスへの結合を可能とする３’修飾を施す。特定の蛍光体により同定される中央決定塩基（または一対の塩基）を用いた、部分的にランダムなオリゴヌクレオチドの連続的なハイブリダイゼーションとライゲーションにより、配列を同定してもよい。色を記録した後、ライゲートオリゴヌクレオチドを切断して除去してから、このプロセスを繰り返す。

本明細書の実施形態に有用なＤＮＡシークエンシング法の別の例は、Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔシークエンシング（米国特許出願第２００９／００２６０８２号、第２００９／０１２７５８９号、第２０１０／００３５２５２号、第２０１０／０１３７１４３号、第２０１０／０１８８０７３号、第２０１０／０１９７５０７号、第２０１０／０２８２６１７号、第２０１０／０３００５５９号、第２０１０／０３００８９５号、第２０１０／０３０１３９８号、及び、第２０１０／０３０４９８２号（それら全体は参照により組み込まれる））である。Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔシークエンシングでは、約３００〜８００塩基対のフラグメントへとＤＮＡをせん断し、それらフラグメントを平滑末端にする。次に、オリゴヌクレオチドアダプターをフラグメントの末端にライゲートする。アダプターは、フラグメントの増幅及びシークエンシングのためのプライマーとして機能する。フラグメントを表面に結合させてもよく、フラグメントを個々に解像できるような解像度で結合させる。１種または複数種のヌクレオチドの添加によりプロトン（Ｈ＋）が放出されるが、そのシグナルをシークエンシング機器で検出及び記録する。シグナル強度は組み込まれたヌクレオチドの数に比例する。

本明細書の実施形態に有用なＤＮＡシークエンシング法の別の例はＩｌｌｕｍｉｎａシークエンシングである。Ｉｌｌｕｍｉｎａシークエンシングは、フォールドバックＰＣＲ及びアンカープライマーを用いた固体表面上でのＤＮＡ増幅に基づいている。ゲノムＤＮＡをフラグメント化し、そのフラグメントの５’末端及び３’末端にアダプターを付加する。フローセルチャネル表面上に結合させたＤＮＡフラグメントを、伸長及びブリッジ増幅させる。フラグメントを二本鎖にし、その二本鎖分子を変性させる。複数サイクルの固相増幅に続いて変性を行うことにより、それぞれのフローセルチャネル内に、同一鋳型から複製した約１，０００個の一本鎖ＤＮＡ分子からなる数百万ものクラスターを形成することができる。プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、及び、４色蛍光標識した可逆ターミネーターヌクレオチドを用いて、連続シークエンシングを行う。ヌクレオチドに組み込んだ後、レーザーを用いて蛍光体を励起させてから画像をキャプチャし、第１の塩基の識別を記録する。３’末端及び蛍光体をそれぞれの組み込み塩基から除去し、組み込み、検出、及び、同定からなる工程を繰り返す。

本明細書の実施形態に有用なＤＮＡシークエンシング法の別の例は、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓの一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）法である。ＳＭＲＴでは、４つのＤＮＡ塩基のそれぞれを、４つの異なる蛍光色素のうちの１つに結合させる。これらの色素はリン酸に結合している。単一ＤＮＡポリメラーゼを、ゼロモード導波路（ＺＭＷ）の底部の鋳型一本鎖ＤＮＡの単一分子に固定する。ＺＭＷとは、ＺＭＷの内外に急速に（マイクロ秒で）拡散する蛍光ヌクレオチドのバックグラウンドを背景とした、ＤＮＡポリメラーゼによる単一ヌクレオチドの組み込みの観察を可能とする閉じ込め構造体のことである。ヌクレオチドを伸長ストランドへと組み込むには数ミリ秒を要する。この期間中に蛍光標識を励起して蛍光シグナルを生成してから、蛍光タグを切断除去する。色素の対応する蛍光の検出は、どの塩基が組み込まれたかを示している。このプロセスを繰り返す。

本明細書の実施形態に有用なＤＮＡシークエンシング法の別の例は、ナノポアシークエンシング（Ｓｏｎｉ Ｇ Ｖ ａｎｄ Ｍｅｌｌｅｒ Ａ．（２００７）Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ ５３：１９９６−２００１（その全体は参照により組み込まれる））を含む。ナノポアとは直径１ナノメートル程度の小さな孔のことである。導電性液体中にナノポアを浸漬させてその全体に電位を印加すると、ナノポアを通るイオンの伝導によるわずかな電流が生じる。流れる電流の量はナノポアのサイズの影響を受けやすい。ＤＮＡ分子がナノポアを通過する際、ＤＮＡ分子上のそれぞれのヌクレオチドが異なる度合いでナノポアを塞ぐ。その結果、ＤＮＡ分子がナノポアを通過する際にナノポアを通過する電流の変化が、ＤＮＡ配列の読み取りを表すことになる。

本明細書の実施形態に有用なＤＮＡシークエンシング法の別の例は、化学反応性電界効果トランジスタ（ｃｈｅｍＦＥＴ）アレイを使用してＤＮＡをシークエンスすることを含む（例えば、米国特許出願公開第２００９００２６０８２号（その全体は参照により組み込まれる）に記載のとおり）。本方法の一実施例では、ＤＮＡ分子を反応チャンバー内に入れてもよく、鋳型分子を、ポリメラーゼに結合したシークエンシングプライマーにハイブリダイズしてもよい。シークエンシングプライマーの３’末端における新しい核酸ストランドへの１つまたは複数の三リン酸の組み込みを、ｃｈｅｍＦＥＴを用いた電流の変化により検出してもよい。アレイは複数のｃｈｅｍＦＥＴセンサーを有していてもよい。別の例では、単一の核酸をビーズに結合させてもよく、その核酸をそのビーズ上で増幅させてもよく、それぞれのチャンバーがｃｈｅｍＦＥＴセンサーを有するｃｈｅｍＦＥＴアレイ上の個々の反応チャンバーに個々のビーズを移してもよく、核酸をシークエンスしてもよい。

一部の実施形態では、当分野において理解されているその他のシークエンシング法（例えば、ＮＧＳ法）、または、上記方法の代替法もしくは組み合わせは、本明細書の実施形態に有用である。

本明細書の特定の実施形態は、１種または複数種のバイオマーカーの検出（例えば、免疫応答を検出及び／または定量するためのサイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ）の検出）を含む。本方法の一部の実施形態では、本方法は、生体試料またはインビトロ培養物から１種または複数種のバイオマーカー（例えば、免疫応答を検出及び／または定量するためのサイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ）の検出）を単離することを更に含む。一部の実施形態では、バイオマーカーに結合する試薬を提供する。このような試薬は、抗体、抗体フラグメント、アプタマーなどから選択される。

一部の実施形態では、検出方法は、バイオマーカーレベルに対応した検出可能なシグナルを生成する酵素／基質の組み合わせ（例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット、等電点電気泳動の技術を使用して）を含む。一般的に、酵素は、分光分析法、蛍光、及び、化学発光を含む様々な方法を使用して測定することができる発色基質の化学変化を触媒する。好適な酵素としては、例えば、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、ウレアーゼ、西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、及び、グルコース６リン酸デヒドロゲナーゼ、ウリカーゼ、キサンチンオキシダーゼ、ラクトペルオキシダーゼ、ミクロペルオキシダーゼなど、が挙げられる。一部の実施形態では、検出方法は、蛍光、化学発光、放射性核種の組み合わせ、または、測定可能なシグナルを生成する酵素／基質の組み合わせである。一部の実施形態では、多峰性シグナル伝達は、バイオマーカーアッセイフォーマットにおいて固有で優れた特徴を有している。

一部の実施形態では、以下で説明する、シングルプレックスアプタマーアッセイ、マルチプレックスアプタマーアッセイ、シングルプレックスまたはマルチプレックスのイムノアッセイ、発現プロファイリング、質量分析法、組織学／細胞学的な方法など、を含む任意の解析法を使用して、バイオマーカーの存在／レベルを検出する。

一部の実施形態では、好適なイムノアッセイを使用してバイオマーカー（例えば、免疫応答を検出及び／または定量するためのサイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ）の検出）を検出／定量する。イムノアッセイ法は、抗体の対応する標的または検体に対する抗体の反応に基づいており、特定のアッセイフォーマットに応じて試料中の検体を検出することができる。免疫反応に基づいたアッセイ法の特異度及び感度を向上させるためには、モノクローナル抗体及びそのフラグメントの特異的なエピトープ認識ゆえに、モノクローナル抗体及びそのフラグメントを使用する場合が多い。モノクローナル抗体と比較したポリクローナル抗体の標的に対する高い親和性ゆえに、ポリクローナル抗体もまた様々なイムノアッセイに成功裏に使用されている。イムノアッセイは、広範囲の生体試料マトリックスと共に使用するように設計されている。イムノアッセイフォーマットは、定性的、半定量的及び定量的な結果を提供するように設計されている。

多数のイムノアッセイフォーマットが設計されている。ＥＬＩＳＡまたはＥＩＡは、検体の検出において定量的であり得る。この方法は、検体または抗体のいずれかへの標識の結合に依存しており、標識構成要素は、直接または間接的のいずれかで酵素を含む。検体の直接的検出、間接的検出、競合検出、または、サンドイッチ検出用に、ＥＬＩＳＡ試験をフォーマットしてもよい。その他の方法は、標識、例えば、放射性同位体（Ｉ１２５）または蛍光などに依存している。別の方法としては、例えば、凝集、比濁分析、濁度測定、ウェスタンブロット、免疫沈降、免疫細胞化学、免疫組織化学、フローサイトメトリー、Ｌｕｍｉｎｅｘアッセイ、及び、その他、が挙げられる（ＩｍｍｕｎｏＡｓｓａｙ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｂｒｉａｎ Ｌａｗ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｔａｙｌｏｒ ＆ Ｆｒａｎｃｉｓ，Ｌｔｄ．，２００５ ｅｄｉｔｉｏｎ（その全体は参照により本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。

例示的なアッセイフォーマットとしては、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ、蛍光、化学発光、及び、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）法または時間分解−ＦＲＥＴ（ＴＲ−ＦＲＥＴ）法、が挙げられる。バイオマーカーを検出するための方法の例としては、サイズとペプチドレベルの識別を可能とする、バイオマーカー免疫沈降に続いて定量を行う方法、例えば、ゲル電気泳動、キャピラリ電気泳動、平面電気クロマトグラフィーなどが挙げられる。

検出可能標識またはシグナル生成物質を検出及び／または定量するための方法は、標識の性質に依存している。適切な酵素（検出可能標識が酵素である場合（上記を参照のこと））が触媒する反応の産物は、限定するわけではないが、蛍光、発光または放射性であってもよく、あるいは、産物は、可視光線または紫外線を吸収してもよい。このような検出可能標識を検出するのに適した検出器の例としては、Ｘ線フィルム、放射能計数器、シンチレーション計数器、分光光度計、比色計、蛍光光度計、照度計、及び、濃度計、が挙げられるがこれらに限定されない。

検出用の方法のいずれかを、反応物質の任意の好適な調製、加工及び解析を可能とする任意のフォーマットで実施してもよい。これは、例えば、マルチウェルアッセイプレート（例えば、９６ウェルまたは３８４ウェル）であってもよく、あるいは、任意の好適なアレイまたはマイクロアレイを使用したものであってもよい。様々な薬剤用の原液を手動または機械的に調製してもよく、それに続く全てのピペッティング、希釈、混合、分配、洗浄、インキュベート、試料読み取り、データ収集、及び、解析を、市販の解析ソフトウェア、ロボット、及び、検出可能標識を検出可能な検出装置を使用して、機械的に実施してもよい。

一部の実施形態では、本明細書の実施形態に使用する抗原ペプチド及びその配列は、がんマーカーまたは腫瘍細胞マーカーに由来している。このようなマーカーは、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲ１、ＥｒｂＢ−１、ＨＥＲ１）、ＥｒｂＢ−２（ＨＥＲ２／ｎｅｕ）、ＥｒｂＢ−３／ＨＥＲ３、ＥｒｂＢ−４／ＨＥＲ４、ＥＧＦＲリガンドファミリー；インスリン様増殖因子受容体（ＩＧＦＲ）ファミリー、ＩＧＦ結合タンパク質（ＩＧＦＢＰ）、ＩＧＦＲリガンドファミリー（ＩＧＦ−１Ｒ）；血小板由来増殖因子受容体（ＰＤＧＦＲ）ファミリー、ＰＤＧＦＲリガンドファミリー；線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）ファミリー、ＦＧＦＲリガンドファミリー、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）ファミリー、ＶＥＧＦファミリー；ＨＧＦ受容体ファミリー：ＴＲＫ受容体ファミリー；エフリン（ＥＰＨ）受容体ファミリー：ＡＸＬ受容体ファミリー；白血球チロシンキナーゼ（ＬＴＫ）受容体ファミリー；ＴＩＥ受容体ファミリー、アンジオポエチン１、２；受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体（ＲＯＲ）受容体ファミリー；ジスコイジンドメイン受容体（ＤＤＲ）ファミリー；ＲＥＴ受容体ファミリー；ＫＬＧ受容体ファミリー；ＲＹＫ受容体ファミリー；ＭｕＳＫ受容体ファミリー；トランスフォーミング増殖因子α（ＴＧＦ−α）、ＴＧＦ−α受容体；トランスフォーミング増殖因子−β（ＴＧＦ−β）、ＴＧＦ−β受容体；インターロイキンβ受容体α２鎖（ＩＬ１３Ｒα２）、インターロイキン−６（ＩＬ−６）、１Ｌ−６受容体、インターロイキン−４、ＩＬ−４受容体、サイトカイン受容体、クラスＩ（ヘマトポイエチンファミリー）及びクラスＩＩ（インターフェロン／１Ｌ−１０ファミリー）受容体、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）ファミリー、ＴＮＦ−α、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）受容体スーパーファミリー（ＴＮＴＲＳＦ）、細胞死受容体ファミリー、ＴＲＡＩＬ受容体；がん−精巣（ＣＴ）抗原、系統特異的抗原、分化抗原、α−アクチニン−４、ＡＲＴＣ１、切断点クラスター領域−エーベルソン（Ｂｃｒ−ａｂｌ）融合産物、Ｂ−ＲＡＦ、カスパーゼ−５（ＣＡＳＰ−５）、カスパーゼ−８（ＣＡＳＰ−８）、β−カテニン（ＣＴＮＮＢ１）、細胞分裂周期２７（ＣＤＣ２７）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＯＡ−１、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＥＦＴＵＤ−２、伸長因子２（ＥＬＦ２）、Ｅｔｓ変異遺伝子６／急性骨髄性白血病１遺伝子ＥＴＳ（ＥＴＣ６−ＡＭＬ１）融合タンパク質、フィブロネクチン（ＦＮ）、ＧＰＮＭＢ、低密度脂質受容体／ＧＤＰ−Ｌフコース：β−Ｄガラクトース２−α−Ｌフコシルトランスフェラーゼ（ＬＤＬＲ／ＦＵＴ）融合タンパク質、ＨＬＡ−Ａ２、ＭＬＡ−Ａ１１、熱ショックタンパク質７０−２変異（ＨＳＰ７０−２Ｍ）、ＫＩＡＡ０２０５，ＭＡＲＴ２，黒色腫遍在変異１、２、３（ＭＵＭ−１、２、３）、前立腺酸ホスファターゼ（ＰＡＰ）、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ミオシンクラス１、ＮＦＹＣ、ＯＧＴ、ＯＳ−９、ｐｍｌ−ＲＡＲα融合タンパク質、ＰＲＤＸ５、ＰＴＰＲＫ、Ｋ−ｒａｓ（ＫＲＡＳ２）、Ｎ−ｒａｓ（ＮＲＡＳ）、ＨＲＡＳ、ＲＢＡＦ６００、ＳＩＲＴ１２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＹＴ−ＳＳＸ１または−ＳＳＸ２融合タンパク質、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＢＡＧＥ、ＢＡＧＥ−１、ＢＡＧＥ−２、３、４、５、ＧＡＧＥ−１、２、３、４、５、６、７、８、ＧｎＴ−Ｖ（異所性Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＶ、ＭＧＡＴ５）、ＨＥＲＶ−Ｋ ＭＥＬ、ＫＫ−ＬＣ、ＫＭ−ＨＮ−１、ＬＡＧＥ、ＬＡＧＥ−１、黒色腫上のＣＴＬ認識抗原（ラクダ）、ＭＡＧＥ−Ａ１（ＭＡＧＥ−１）、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−ＡＳ、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−３、ＭＡＧＥ−Ｂ１、ＭＡＧＥ−Ｂ２、ＭＡＧＥ−Ｂ５、ＭＡＧＥ−Ｂ６、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ムチン１（ＭＵＣ１）、ＭＡＲＴ−１／Ｍｅｌａｎ−Ａ（ＭＬＡＮＡ）、ｇｐ１００、ｇｐ１００／Ｐｍｅ１１７（Ｓ１ＬＶ）、チロシナーゼ（ＴＹＲ）、ＴＲＰ−１、ＨＡＧＥ、ＮＡ−８８、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＳＡＧＥ、Ｓｐ１７、ＳＳＸ−１、２、３、４、ＴＲＰ２−１ＮＴ２、がん胎児性抗原（ＣＥＡ）、カリクレイン４、マンマグロビン−Ａ、ＯＡ１、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）、前立腺特異的膜抗原、ＴＲＰ−１／、７５、ＴＲＰ−２アディポフィリン、黒色腫には存在しないインターフェロン誘導性タンパク質２（ＡＩＭ−２）、ＢＩＮＧ−４、ＣＰＳＦ、サイクリンＤ１、上皮細胞接着分子（Ｅｐ−ＣＡＭ）、ＥｐｂＡ３、線維芽細胞増殖因子−５（ＦＧＦ−５）、糖タンパク質２５０（ｇｐ２５０）、腸内カルボキシルエステラーゼ（ｉＣＥ）、α−フェトプロテイン（ＡＦＰ）、Ｍ−ＣＳＦ、ｍｄｍ−２、ＭＵＣＩ、ｐ５３（ＴＰ５３）、ＰＢＦ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＲＡＧＥ−１、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＯＸ１０、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン（ＢＩＲＣＳ）、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素（ｈＴＥＲＴ）、テロメラーゼ、ウィルムス腫瘍遺伝子（ＷＴ１）、ＳＹＣＰ１、ＢＲＤＴ、ＳＰＡＮＸ、ＸＡＧＥ、ＡＤＡＭ２、ＰＡＧＥ−５、ＬＩＰ１、ＣＴＡＧＥ−１、ＣＳＡＧＥ、ＭＭＡ１、ＣＡＧＥ、ＢＯＲＩＳ、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＡＦ１５ｑ１４、ＨＣＡ６６Ｉ、ＬＤＨＣ、ＭＯＲＣ、ＳＧＹ−１、ＳＰＯ１１、ＴＰＸ１、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＦＴＨＬＩ７、ＮＸＦ２ ＴＤＲＤ１、ＴＥＸ １５、ＦＡＴＥ、ＴＰＴＥ、免疫グロブリンイディオタイプ、ベンスジョーンズタンパク質、エストロゲン受容体（ＥＲ）、アンドロゲン受容体（ＡＲ）、ＣＤ４０、ＣＤ３０、ＣＤ２０、ＣＤ１９、ＣＤ３３、ＣＤ４、ＣＤ２５、ＣＤ３、がん抗原７２−４（ＣＡ７２−４）、がん抗原１５−３（ＣＡ１５−３）、がん抗原２７−２９（ＣＡ２７−２９）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、がん抗原１９−９（ＣＡ１９−９）、β−ヒト絨毛性ゴナドトロピン、１−２ミクログロブリン、扁平上皮癌抗原、ニューロン特異的エノラーゼ、熱ショックタンパク質ｇｐ９６、ＧＭ２、サルグラモスチム、ＣＴＬＡ−４、７０７アラニンプロリン（７０７−ＡＰ）、Ｔ細胞が認識する腺癌抗原４（ＡＲＴ−４）、がん胎児性抗原ペプチド−１（ＣＡＰ−１）、カルシウム活性化クロライドチャネル−２（ＣＬＣＡ２）、シクロフィリンＢ（Ｃｙｐ−Ｂ）、ヒト印環腫瘍−２（ＨＳＴ−２）など、を含むがこれらに限定されない群から選択されてもよい。一部の実施形態では、本明細書の実施形態に使用する抗原ペプチド及びその配列は、がん／腫瘍細胞に特異的な細胞表面マーカー、または、主にがん／腫瘍細胞上に提示された細胞表面マーカー（例えば、抗体及び／または免疫細胞により認識可能な）に由来している。

本明細書の一部の実施形態では、免疫活性化ＴＣＲを発現するように改変されたＴリンパ球を提供する。本明細書の一部の実施形態では、免疫活性化ＣＡＲを発現するように改変されたＴリンパ球を提供する。改変細胞は当該技術分野における任意の好適な方法を用いて作製されてもよい。一部の実施形態では、Ｔリンパ球は、本明細書に記載の方法（例えば、刺激、捕捉、シークエンス）により得られた免疫活性化ＴＣＲを発現／提示するように改変される。一部の実施形態では、Ｔリンパ球は、本明細書に記載の方法（例えば、刺激、捕捉、シークエンス）により得られた免疫活性化ＣＡＲを発現／提示するように改変される。

本明細書の一部の実施形態では、上記の免疫活性化ＴＣＲ（または免疫活性化ＣＡＲ）をコードする核酸及び核酸配列、ならびに、このような核酸を有する細胞を提供する。一部の実施形態では、核酸分子は組換え核酸分子である。一部の実施形態では、核酸分子は合成である。免疫活性化ＴＣＲ及びその一部をコードする核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、及び、そのハイブリッドを含んでいてもよい。

一部の実施形態では、免疫活性化ＴＣＲ及びその一部をコードする核酸は、１つまたは複数の調節配列を含む。例えば、本開示のポリヌクレオチドの誘導発現を可能とするプロモーター、転写エンハンサー及び／または配列を採用してもよい。一部の実施形態では、核酸分子は、細胞内における核酸分子の転写を可能とするキメラ遺伝子を含む適切なベクターにより転写される。

一部の実施形態では、核酸分子は、上記の核酸分子のいずれかを単独または組み合わせで含む、組換えで作製されたキメラ核酸分子である。一部の実施形態では、核酸分子はベクターの一部である。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書に記載の核酸分子（例えば、免疫活性化ＴＣＲ及びその一部をコードする）を含むベクターを提供する。多くの好適なベクターが分子生物学の当業者に知られており、それらの選択は望まれる機能に依存し得るが、それらとしては、プラスミド、コスミド、ウイルス、バクテリオファージ、及び、遺伝子組換えにおいて通常用いられているその他のベクター、が挙げられる。当業者に周知の方法を使用して様々なプラスミド及びベクターを構築してもよいが、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９）ａｎｄ Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），（１９９４）（その全体は参照により組み込まれる）に記載の方法を参照されたい。あるいは、標的細胞への送達用のリポソーム内に本開示のポリヌクレオチド及びベクターを再構成する。クローニングベクターを使用してＤＮＡの個々の配列を単離してもよい。特定ポリペプチドの発現が必要な発現ベクター内に適切な配列を導入してもよい。標準的なクローニングベクターとしては、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ、ｐＧＥＭ、ｐＵＣ９、ｐＢＲ３２２、及び、ｐＧＢＴ９、が挙げられる。標準的な発現ベクターとしては、ｐＴＲＥ、ｐＣＡＬ−ｎ−ＥＫ、ｐＥＳＰ−１、ｐＯＰ１３ＣＡＴ、が挙げられる。

一部の実施形態では、ベクターは、免疫活性化ＴＣＲ及びその一部をコードする核酸配列に機能的に連結する調節配列である核酸配列を含む。このような調節配列（制御エレメント）は当業者に周知であり、プロモーター、スプライシングカセット、翻訳開始コドン、インサートをベクターに導入するための挿入部位、を含んでいてもよい。特定の実施形態では、核酸分子は、真核細胞または原核細胞内における発現を可能とする上記の発現制御配列に機能的に連結する。

一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクター、例えば、レンチウイルスベクターまたはアデノウイルス随伴ベクターなどである。

一部の実施形態では、核酸及び／またはベクターを細胞内で使用して、コードポリペプチド（例えば、免疫活性化ＴＣＲ及びその一部など）を細胞内で発現させる。本明細書に記載の免疫活性化ＴＣＲのいずれかをコードするＤＮＡ配列（複数可）を含有する核酸分子またはベクターを細胞に導入し、次いで、ポリペプチド（複数可）を産生させる。細胞への直接導入用、または、リポソームまたはウイルスベクター（例えば、アデノウイルス、レトロウイルス）を介した導入用に、列挙した核酸分子及びベクターを設計してもよい。

本明細書では、上記に従い、本明細書に記載のポリペプチド配列（例えば、免疫活性化ＴＣＲ及びその一部）をコードする核酸分子を含む、遺伝子組換えにおいて通常用いられているベクター、とりわけ、プラスミド、コスミド、ウイルス及びバクテリオファージを誘導するための方法を提供する。一部の実施形態では、ベクターは、発現ベクター及び／または遺伝子導入もしくは標的化ベクターである。レトロウイルス、ワクシニアウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、または、ウシパピローマウイルスなどのウイルスから誘導される発現ベクターを、ポリヌクレオチド及び／またはベクターを標的細胞集団内に送達するために使用してもよい。当業者に周知の方法を使用して組換えベクターを構築してもよい。周知の方法を用いてベクターを宿主細胞に導入するが、それらの方法は細胞宿主のタイプによって様々である。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書の上記で定義したベクター（例えば、本明細書に記載の免疫活性化ＴＣＲをコードする）を用いて形質転換またはトランスフェクションした宿主細胞を含む細胞を提供する。上記のベクターのうちの少なくとも１つまたは上記の核酸分子のうちの少なくとも１つを宿主細胞に導入することにより、宿主細胞を作製してもよい。少なくとも１つのベクターまたは少なくとも１つの核酸分子の宿主内における存在により、上記の免疫活性化ＴＣＲ及びその一部をコードする遺伝子の発現が媒介され得る。宿主細胞に導入された核酸分子またはベクターは、宿主のゲノムに組み込まれるか、または、染色体外に保持されるか、のいずれかであり得る。

本明細書の一部の実施形態では、本明細書の上記で定義した宿主細胞を核酸及び／またはベクターの導入を可能とする条件下で培養することを含む方法を提供する。本明細書の一部の実施形態では、本明細書の上記で定義した宿主細胞を構築物（例えば、免疫活性化ＴＣＲまたはその一部を含む）の発現を可能とする条件下で培養することを含む方法を提供する。特定の実施形態では、培養細胞を対象（例えば、そこからオリジナルの細胞を得た対象、第２の対象、など）に提供する。発現構築物を有する細胞を培養するための条件は、当該技術分野において周知である。

一部の実施形態では、本明細書の実施形態に従い組換えを行うためのリンパ球は、任意の好適な供給源に由来する。例えば、リンパ球の供給源は対象（例えば、治療する対象、健康な対象、など）である。リンパ球は、末梢血単核球、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来の組織、腹水、胸水、脾臓組織、及び腫瘍を含む多数の供給源から得ることができる。一部の実施形態では、本明細書に記載の実施形態において望ましい特定のタイプのリンパ球（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞）は、適切な方法により得られる。一部の実施形態では、特定のマーカーを発現するリンパ球は周知の方法（例えば、セルソーティング）により得られる。一部の実施形態では、細胞は単離後に培養される。一部の実施形態では、細胞は本明細書に記載の方法を使用して改変される。

一部の実施形態では、本明細書の組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチン、核酸分子、ベクターなど）は、標準的な送達システム及び方法を使用して、単独または任意の組み合わせのいずれかで投与されるが、少なくとも一部の態様では、薬学的に許容される担体または賦形剤と共に投与される。核酸分子またはベクターの場合、それらは対象のゲノムに安定的に組み込まれてもよい。

一部の実施形態では、有効量の本明細書の組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチン、核酸分子、ベクター、など）（本明細書において検討される及び／または本明細書でにおいて検討されるプロセスにより作製される）を必要とする対象にそれらを投与する工程を含む、がんの予防、治療または改善に関連する方法及び組成物を提供する。細胞を投与する場合、改変細胞は、治療部位に投与されるか、または、治療部位（例えば、細胞タイプ、組織タイプ、など）に局在化し得るか、のいずれかである。

本明細書に記載の組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法を用いて治療可能ながんの非限定例としては、膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、結腸、食道、胃腸、歯肉、頭部、腎臓、肝臓、肺、上咽頭、頸部、卵巣、前立腺、皮膚、胃、精巣、舌、または、子宮、に由来するがん細胞が挙げられるがこれらに限定されない。加えて、がんはとりわけ、以下の組織学的タイプ、腫瘍（悪性）；がん腫；がん腫（未分化）；巨大紡錘形細胞癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；毛質癌；移行上皮癌；乳頭移行上皮癌；腺癌；ガストリノーマ（悪性）；胆管癌；肝細胞癌；肝細胞癌と胆管癌の複合体；索状腺癌；腺様嚢胞癌；腺腫性ポリープ内腺癌；腺癌、家族性大腸ポリポーシス；固形がん；カルチノイド腫瘍（悪性）；細気管支肺胞腺癌；乳頭腺癌；非染色性がん；好酸性がん；好酸性腺癌；好塩基性がん；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾胞腺癌；乳頭濾胞腺癌；非被包性硬化性がん；副腎皮質癌；類内膜癌；皮膚付属器癌；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳垢腺癌；粘液性類表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭状嚢胞腺癌；乳頭状漿液嚢胞腺癌；粘液嚢胞腺癌；粘液腺癌；印環細胞癌；浸潤性管癌；髄様がん；小葉癌；炎症性がん；パジェット病（乳房）；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生を伴う腺癌；胸腺腫（悪性）；卵巣間質腫瘍（悪性）；莢膜細胞腫（悪性）；顆粒膜細胞腫瘍（悪性）；男性胚細胞腫（悪性）；セルトリ細胞癌；ライディッヒ細胞腫瘍（悪性）；脂質細胞腫瘍（悪性）；傍神経節腫（悪性）；乳房外傍神経節腫（悪性）；褐色細胞腫；グロムス血管肉腫；悪性黒色腫；メラニン欠乏性黒色腫；表在拡大型黒色腫；巨大色素性母斑内悪性黒色腫；類上皮細胞黒色腫；青色母斑（悪性）；肉腫；線維肉腫；線維性組織球腫（悪性）；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胎児性横紋筋肉腫；肺胞横紋筋肉腫；間質肉腫；混合腫瘍（悪性）；ミュラー混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；がん肉腫；間葉腫（悪性）；ブレンナー腫瘍（悪性）；葉状腫瘍（悪性）；滑膜肉腫；中皮腫（悪性）；未分化胚細胞腫；胎児性がん；奇形腫（悪性）；卵巣甲状腺腫（悪性）；絨毛癌；中腎腫（悪性）；血管肉腫；血管内皮腫（悪性）；カポジ肉腫；血管周囲細胞腫（悪性）；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍骨性骨肉腫；軟骨肉腫；軟骨芽細胞腫（悪性）；間葉性軟骨肉腫；骨巨細胞腫；ユーイング肉腫；歯原性腫瘍（悪性）；エナメル上皮歯牙肉腫；エナメル上皮腫（悪性）；エナメル上皮線維肉腫；松果体腫（悪性）；脊索腫；神経膠腫（悪性）；上衣腫；星状細胞腫；原形質性星状細胞腫；原線維性星状細胞腫；星状芽細胞腫；膠芽腫；希突起膠腫；希突起膠芽腫；原始神経外胚葉性；小脳肉腫；神経節芽細胞腫；神経芽細胞腫；網膜芽細胞腫；嗅神経原性腫瘍；髄膜腫（悪性）；神経線維肉腫；神経鞘腫（悪性）；顆粒細胞腫瘍（悪性）；悪性リンパ腫；ホジキン病；ホジキンリンパ腫；側肉芽腫；悪性リンパ腫（小リンパ球性）；悪性リンパ腫（大細胞びまん性）；悪性リンパ腫（濾胞性）；菌状息肉腫；その他特定の非ホジキンリンパ腫；悪性組織球症；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞性白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞性白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；肥満細胞性白血病；巨核芽球性白血病；骨髄性肉腫；及び、毛様細胞性白血病、であり得るが、これらに限定されない。一部の実施形態では、がんは、黒色腫（例えば、転移性悪性黒色腫）、腎臓癌（例えば、明細胞癌）、前立腺癌（例えば、ホルモン不応性前立腺腺癌）、膵臓癌（例えば、腺癌）、乳癌、結腸癌、胆嚢癌、肺癌（例えば、非小細胞肺癌）、食道癌、頭頸部の扁平上皮癌、肝臓癌、卵巣癌、子宮頸癌、甲状腺癌、膠芽腫、神経膠腫、白血病、リンパ腫、及び、その他の腫瘍性悪性腫瘍、である。一部の実施形態では、がんは固形腫瘍がんである。

一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法は、がんを治療するための１種または複数種の同時治療薬と共に採用されている。一部の実施形態では、１種または複数種の化学療法薬及び／または免疫療法薬は、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法と共に、同時適用される。一部の実施形態では、１種または複数種の化学療法薬及び／または免疫療法薬は、（既知の）相乗作用を伴ってまたは伴わずに、同時治療薬として提供される。

本開示は、その他の化合物、例えば、免疫細胞を介して作用する標的化毒素またはその他の遮断性もしくは機能性抗体もしくは化合物との同時投与プロトコルを更に包含する。同時投与用の臨床レジメンは、その他の成分の投与と同時、その前、または、その後の同時投与を包含していてもい。別々の組み合わせ療法としては、化学療法、放射線、外科手術、ホルモン療法、または、その他のタイプの免疫療法、が挙げられる。現在多くの化学療法が当該技術分野において周知であり、本発明の化合物と組み合わせて使用することができる。一部の実施形態では、化学療法薬は、有糸分裂阻害剤、アルキル化剤、代謝拮抗薬、挿入性抗生物質、増殖因子阻害剤、細胞周期阻害剤、酵素、トポイソメラーゼ阻害剤、生物学的応答調節物質、抗ホルモン、血管新生阻害剤、及び、抗アンドロゲン剤、からなる群から選択される。

一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法は、１種または複数種の化学療法薬と共に同時適用される。本明細書における同時投与用の化学療法薬としては、全ての部類の化学療法薬、例えば、アルキル化剤、代謝拮抗薬、植物アルカロイド、抗生物質、ホルモン剤、及び、種々雑多な抗がん薬物、などが挙げられる。具体的な薬剤としては、例えば、アブラキサン、アルトレタミン、ドセタキセル、ハーセプチン、メトトレキサート、ノバントロン、ゾラデックス、シスプラチン（ＣＤＤＰ）、カルボプラチン、プロカルバジン、メクロレタミン、シクロホスファミド、カンプトテシン、イホスファミド、メルファラン、クロラムブシル、ブスルファン、ニトロソウレア、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ブレオマイシン、プリコマイシン、マイトマイシン、エトポシド（ＶＰ１６）、タモキシフェン、ラロキシフェン、エストロゲン受容体結合剤、タキソール、ゲムシタビン、フルダラビン、ナベルビン、ファルネシル−タンパク質トランスフェラーゼ阻害剤、トランスプラチン、５−フルオロウラシル、ビンクリスチン、及び、ビンブラスチン、または、上記の任意の類似もしくは誘導変異体、ならびに、更にこれらの組み合わせ、が挙げられる。一部の実施形態では、化学療法は、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）の投与及び方法の前、その間、及び／または、その後に用いられる。

一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法は放射線治療と共に同時適用されるが、その方法は当分野において理解されている。一部の実施形態では、放射線療法は、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）の投与及び方法の前、その間、及び／または、その後に用いられる。

一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法は、非免疫ベースの標的化療法薬、例えば、ＷＮＴ、ｐ５３、及び／または、ＲＢ−シグナル伝達経路などのシグナル伝達経路を阻害する薬剤などと共に同時適用される。その他の例としては、チロシンキナーゼ、ＢＲＡＦ、ＳＴＡＴ３、ｃ−ｍｅｔを阻害する薬剤、遺伝子発現を制御する薬剤、細胞死を誘導する薬剤、または、血管形成を阻害する薬剤、が挙げられる。具体的な薬剤の例としては、メシル酸イマチニブ、ダサチニブ、ニロチニブ、ボスチニブ、ラパチニブ、ゲフィニチブ、エルロチニブ、テンシロリムス、エベロリムス、ベムラフェニブ、クリゾチニブ、ボリノスタット、ロミデプシン、ベキサロテン、アリトリオニン、トレチオニン、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、プララトレキサート、ソラフェニブ、スニチニブ、パゾパニブ、レゴラフェニブ、または、カボザンチニブ、が挙げられる。一部の実施形態では、非免疫ベースの標的化療法は、改変リンパ球の投与の前、その間、及び／または、その後に用いられる。

一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法は、免疫療法と共に同時適用される。免疫療法は通常、がん細胞を標的としてそれらを破壊する免疫エフェクター細胞及び分子の使用に依存している。免疫エフェクターは、例えば、腫瘍細胞表面上の一部のマーカーに特異的な抗体であってもよい。抗体は単独で治療のエフェクターとして機能し得る、または、抗体は、実際に細胞の殺傷を行うその他の細胞をリクルートし得る。抗体はまた、がんの免疫逃避または免疫抑制を予防し得る。抗体はまた、薬物または毒素（化学療法薬、放射性核種、リシンＡ鎖、コレラ毒素、百日咳毒素など）にコンジュゲートし得、また単に、標的化剤として機能し得る。あるいは、エフェクターは、腫瘍細胞標的と直接または間接的のいずれかで相互作用する表面分子を有するリンパ球であってもよい。一部の実施形態では、免疫療法は、改変リンパ球の投与の前、その間、及び／または、その後に用いられる。

一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法は、本明細書に記載の改変リンパ球の前、その後、または、それと同時に、治療用ポリヌクレオチドを投与する遺伝子治療と共に同時適用される。細胞増殖の誘導因子、細胞増殖の阻害因子、または、プログラム細胞死の制御因子、を含む、様々な発現産物が包含される。

一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法は、外科手術の前、その間、及び／または、その後に適用される。外科手術としては、がん組織の全てまたは一部を物理的に除去、切除、及び／または破壊する切除術が挙げられる。腫瘍切除術とは、腫瘍の少なくとも一部を物理的に除去することを意味する。腫瘍切除術に加え、外科手術による治療としては、レーザー手術、凍結手術、電気手術、及び、顕微鏡でコントロールする手術（Ｍｏｈｓ手術）、が挙げられる。表在性のがん、前がん、または、付随量の正常組織の除去と共に、本明細書の実施形態を使用してもよいということが更に考えられる。

一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法は、治療の治療効果を向上させるためのその他の薬剤と共に同時適用される。

一部の実施形態では、同時投与される薬剤は、単回用量及び／または組成物へと製剤化される。一部の実施形態では、同時投与される薬剤は、独立した用量及び／または組成物である。独立した用量及び／または組成物を投与する一部の実施形態では、用量及び／または組成物は、同時に、連続的に、または、期間（例えば、＜３０分間、１時間、２時間、４時間、６時間、１２時間、１日間、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、１週間、もしくはそれ以上、または、それらの間の任意の好適な範囲）にわたる間隔を置いて、投与される。

一部の実施形態では、本明細書の治療用組成物（例えば、改変リンパ球、抗体、ワクチンなど）及び方法は、１つまたは複数の別の構成要素、例えば、取扱説明書、投与用デバイス、別の治療薬、診断薬、研究薬などと共に、キットまたはシステムの一部として提供される。

物質及び方法
ペプチド
標準的な固相合成法を使用することにより９マー及び１０マーのペプチドを合成してから、逆相高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）を用いて精製を行った（表１ａ〜ｅを参照のこと）。ペプチドの純度（＞９０％）及び同一性を、それぞれ分析ＨＰＬＣと質量分析法を用いて測定した。ペプチドを２０ｍｇ／ｍｌでジメチルスルホキシド中に溶解し、−８０℃で保存した。

表１．ペプチド特異的ＣＴＬを作製するためのペプチドアミノ酸配列

細胞株
ＴＩＳＩ（ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２、Ｂリンパ芽球様細胞株）については、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｗｏｒｋｉｎｇ Ｇｒｏｕｐから購入した。Ｔ２（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１、Ｂリンパ芽球様細胞株）、ＥＢ−３（ＨＬＡ−Ａ３／Ａｗ３２、Ｂリンパ芽球様細胞株）、Ｊｉｙｏｙｅ（ＨＬＡ−Ａ３２、Ｂリンパ芽球様細胞株）、ＳＷ４８０（ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２、結腸腺癌）、ＨＣＣ１１４３（ＨＬＡ−Ａ＊３１：０１、乳癌）、ＢＴ５４９（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１、乳癌）、及び、Ｃ１Ｒ（ＨＬＡ−ＡとＨＬＡ−Ｂを欠く、Ｂリンパ芽球）については、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から購入した。全ての細胞は、それらの対応する寄託者の推奨に基づいて培養された。

ＨＬＡクラスＩを安定的に発現するＣ１Ｒ細胞の作製
ＴＩＳＩ及びＴ２に加えて、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）をトランスフェクションしたＣ１Ｒ細胞を刺激細胞として使用した。ＨＬＡクラスＩ（Ａ＊２４：０２、Ａ＊０２：０１、Ａ＊１１：０１、Ａ＊３３：０３、または、Ａ＊０３：０１）のオープンリーディングフレームをコードするｃＤＮＡをＰＣＲを用いて増幅してから、発現ベクターに挿入した。ＨＬＡクラスＩ発現ベクターをＣ１Ｒ細胞にトランスフェクションしてから、Ｇ４１８（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）の存在下で１４日間培養した。Ｇ４１８を補足した培地を含有する９６ウェル細胞培養プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｉｎｃ．，Ｃｏｒｎｉｎｇ，ＮＹ）にＧ４１８耐性単一細胞及びフィーダー細胞を播種してから、更に３０日間培養した。トランスフェクションしたＨＬＡクラスＩのＣ１Ｒ細胞上における発現をフローサイトメトリー解析により確認した。

インビトロＣＴＬ誘導
単球由来樹状細胞（ＤＣ）を抗原提示細胞として使用して、ＨＬＡクラスＩ上に提示されるペプチドに反応を示す細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を誘導した。ＤＣをインビトロで作製した（参照文献３７（その全体は参照により組み込まれる））。Ｆｉｃｏｌｌ−Ｐａｑｕｅ ＰＬＵＳ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を用いて健康なボランティアの血液から末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を単離した。２％加熱不活化ヒト血清を含有するＡＩＭ−Ｖ培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）（ＡＩＭ−Ｖ／２％ＨＳ培地）中の１０００ＩＵ／ｍｌの顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）と１０００ＩＵ／ｍｌのインターロイキン（ＩＬ）−４（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍ）の存在下で、単球（ＰＢＭＣ中の接着細胞）を培養して、ＤＣを生じさせた。７日間の培養の後、３マイクロｇ／ｍｌのβ２−ミクログロブリンの存在下、ＡＩＭ−Ｖ培地中、３７℃で３時間、単球由来ＤＣに２０マイクロｇ／ｍｌの合成ペプチドを負荷した。Ｘ線照射（２０Ｇｙ）でこれらのペプチド負荷ＤＣを不活化してから、ＣＤ８ Ｐｏｓｉｔｉｖｅ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用してＰＢＭＣから得た自家ＣＤ８＋Ｔ細胞と１：２０の比率で混合した。これらの培養液を４８ウェル細胞培養プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）内に入れた。それぞれのウェルは、０．５ｍｌのＡＩＭ−Ｖ／２％ＨＳ培地中の、１．５×１０４のペプチド負荷ＤＣ、３×１０５のＣＤ８＋Ｔ細胞、及び、１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−７（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍ）、を含有していた。翌々日（２日目）、２０ＩＵ／ｍｌの終濃度となるように培養液にＩＬ−２（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）を加えた。７日目と１４日目に、自家ペプチド負荷ＤＣでＣＤ８＋Ｔ細胞を更に刺激した。ＤＣは上記の同じ方法で毎回調製した。２１日目にＥＬＩＳＰＯＴアッセイでＣＤ８＋Ｔ細胞のペプチド特異的ＩＦＮ−γ産生を試験した（参照文献３８〜３９（それら全体は参照により組み込まれる））。

増殖培養
限界希釈後、Ｒａｐｉｄ Ｅｘｐａｎｓｉｏｎ Ｍｅｔｈｏｄ（参照文献４０（その全体は参照により組み込まれる））を使用してＣＤ８＋Ｔ細胞を増殖させた。ＥＢ−３及びＪｉｙｏｙｅをマイトマイシンＣで処理してフィーダー細胞として使用した。２５ｍｌのＡＩＭ−Ｖ／５％ＨＳ培地中のフィーダー細胞（それぞれ５×１０６の細胞）と４０ｎｇ／ｍｌの抗ＣＤ３抗体と共に、ＣＤ８＋Ｔ細胞を培養した。翌日（１日目）、３０００ＩＵのＩＬ−２を培養液に加えた。５日目、８日目、及び、１１日目に、半分の容積の培地を、６０ＩＵ／ｍｌのＩＬ−２を含有する新鮮なＡＩＭ−Ｖ／５％ＨＳ培地に交換した。１４日目から１６日目の間にＥＬＩＳＡでＣＤ８＋Ｔ細胞のペプチド特異的ＩＦＮ−γ産生を試験した（参照文献３８〜３９（それら全体は参照により組み込まれる））。

ペプチド特異的ＩＦＮ−γの検出
ＣＤ８＋Ｔ細胞のペプチド特異的ＩＦＮ−γ産生を試験するために、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイまたはＥＬＩＳＡを実施した。ペプチドを負荷した、Ｔ２、ＴＩＳＩ、または、ＨＬＡクラスＩを発現するＣ１Ｒ細胞（１×１０４の細胞）を刺激細胞として調製した。ＣＤ８＋Ｔ細胞をキラー細胞として使用した。製造業者の手順（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，ＣＡ）に従いＩＦＮ−γＥＬＩＳＰＯＴアッセイ及びＩＦＮ−γＥＬＩＳＡを実施した。

低速度撮影記録によるがん細胞に対するＣＴＬの細胞傷害活性の評価
ＣＴＬ及びＴＣＲ改変Ｔ細胞をＩＬ−２（１００Ｕ／ｍＬ）で１６時間前処理した。実験の前に、標的細胞をＩＦＮ−γ（１００Ｕ／ｍＬ）で４８時間前処理した。１ｕｇ／ｍＬのＣａｌｃｅｉｎ ＡＭ（Ｄｏｊｉｎｄｏ，Ｋｕｍａｍｏｔｏ，Ｊａｐａｎ）と共に細胞を３０分間インキュベートした。ＰＢＳによる３回の洗浄後、２×１０４の標的細胞を、２×１０５のＦＯＸＭ１／ＵＢＥ２Ｔ特異的ＣＴＬまたは４×１０５のＴＣＲ改変Ｔ細胞と混合して、Ｌａｂ−Ｔｅｋ Ｃｈａｍｂｅｒ Ｓｌｉｄｅ Ｃｏｖｅｒ Ｇｌａｓｓ Ｓｌｉｄｅ Ｓｔｅｒｉｌｅ １６ Ｗｅｌｌ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に入れた。倒立顕微鏡Ａｘｉｏ Ｖｅｒｔ．Ａ１ ＴＬ（Ｚｅｉｓｓ，Ｏｂｅｒｋｏｃｈｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて低速度撮影記録を実施した。ＩｍａｇｅＪプログラム（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ）を使用して生細胞及び死細胞を定量した。

Ｔ細胞受容体シークエンシング
ＴＣＲ配列を同定した（参照文献４１（その全体は参照により組み込まれる））。増殖Ｔ細胞またはデキストラマー陽性Ｔ細胞からトータルＲＮＡを抽出した。ＳＭＡＲＴライブラリ構築キット（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ）を使用して、一般的な５’−ＲＡＣＥアダプターを有するｃＤＮＡを合成した。ＳＭＡＲＴアダプター配列に対応するフォワードプライマー、及び、ＴＣＲＡまたはＴＣＲＢのそれぞれの定常領域に対応するリバースプライマーを使用して、フュージョンＰＣＲを実施し、ＴＣＲＡ ｃＤＮＡまたはＴＣＲＢ ｃＤＮＡを増幅した。Ｎｅｘｔｅｒａ Ｉｎｄｅｘキット（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用してバーコードを含むＩｌｌｕｍｉｎａインデックス配列を付加した後、ＭｉＳｅｑ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）上で３００ｂｐペアエンドリードを用いて調製ライブラリをシークエンスした。Ｔｃｒｉｐソフトウェアを使用して、得られたシークエンスリードを解析した（参照文献４１（その全体は参照により組み込まれる））。フュージョンＰＣＲ産物を雛形として使用したサンガーシークエンス（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）により、配列も確認した。

ＴＣＲ改変Ｔ細胞
ＴＣＲＡ配列とＴＣＲＢ配列の両方をコドン最適化してから、ｐＭＰ７１−ＰＲＥにクローニングした（参照文献１８、４２（それら全体は参照により組み込まれる））。ＴＣＲ発現を最大化するために、改変マウスＴＣＲＡ定常ドメイン及び改変マウスＴＣＲＢ定常ドメインを使用した。一過性レトロウイルス上清を作製してから、ドナー由来のＰＢＭＣの形質導入を行った（参照文献１８（その全体は参照により組み込まれる））。抗ヒトＴＣＲβＶ抗体を用いてＴＣＲの発現を評価した。ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞及びＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞用の適切な条件で、ＡＰＣコンジュゲート抗マウスＴＣＲβモノクローナル抗体（Ｈ５７−５９７，ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）による染色を使用して、形質導入ＴＣＲ改変Ｔ細胞のみを形質導入し、それに続いて、製造業者の取扱説明書に従い抗ＡＰＣマイクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ，Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）と共に培養した。抗体が占有していない所望のＴＣＲを形質導入したＴ細胞の数を増加させるために、条件は、５つの異なる抗体希釈条件を比較することによるピーク蛍光強度及びソート細胞の数を基準とした。ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞とＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞をソートするには、それぞれ１：２０００（０．１ｕｇ／ｍＬ）の比率と１：４０００（０．０５ｕｇ／ｍＬ）の比率の抗体染色が適切であるということが明らかとなった。

結果
ペプチド特異的ＣＴＬ
表１ａ〜ｅのＨＬＡ−Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊３３：０３、または、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１拘束性ペプチドに特異的なＣＴＬクローンを誘導した。それぞれのペプチドを含むＨＬＡデキストラマーを用いてＣＴＬを捕捉し、これらの細胞のＴＣＲ配列を同定した（ペプチド特異的ＣＴＬ内のＴＣＲにおけるＣＤＲ３アミノ酸配列については表２ａ〜ｅを参照のこと）。ペプチドを含むまたは含まないＨＬＡ発現細胞を使用して、４４種のＣＴＬクローンの全てにおけるペプチド特異的ＩＦＮ−γ産生についてＥＬＩＳＡアッセイによる評価を行った。

表２．ペプチド特異的ＣＴＬ内のＴＣＲのＣＤＲ３アミノ酸配列

がん細胞に対する細胞傷害活性を有する、ＦＯＸＭ１由来ペプチド特異的ＣＴＬ及びＵＢＥ２Ｔ由来ペプチド特異的ＣＴＬの誘導
ＦＯＸＭ１に由来するペプチドに特異的なＣＴＬクローン及びＵＢＥ２Ｔに由来するペプチドに特異的なＣＴＬクローンを誘導した（参照文献１９〜２０（それら全体は参照により組み込まれる））。インターフェロン（ＩＦＮ）−γＥｎｚｙｍｅ−Ｌｉｎｋｅｄ ＩｍｍｕｎｏＳｐｏｔ（ＥＬＩＳＰＯＴ）アッセイにより健康ドナーのＰＢＭＣからＨＬＡ−Ａ＊２４：０２拘束性ＣＴＬを誘導することができる、高免疫原性ＦＯＸＭ１由来ショートペプチド及び高免疫原性ＵＢＥ２Ｔ由来ショートペプチドを同定した（例えば、それぞれＩＹＴＷＩＥＤＨＦ（配列番号：３）及びＲＹＰＦＥＰＰＱＩ（配列番号：１３））。限界希釈によりＣＴＬクローンを得た後、特定のペプチド負荷で刺激されたＨＬＡ−Ａ＊２４：０２を発現する抗原提示Ｃ１Ｒ細胞（Ｃ１Ｒ−Ａ２４細胞）に曝露される際にこれらＦＯＸＭ１特異的ＣＴＬ及びＵＢＥ２Ｔ特異的ＣＴＬがＩＦＮ−γを産生する一方で、Ｃ１Ｒ−Ａ２４細胞に対するペプチド刺激がない場合にＩＦＮ−γ産生が検出されないまたは低いＩＦＮ−γ産生が検出されることが確認されたが（図１Ａ）、このことは、作製したＦＯＸＭ１特異的ＣＴＬ及びＵＢＥ２Ｔ特異的ＣＴＬがＨＬＡ−Ａ＊２４：０２拘束性ペプチドを特異的に認識していることを示している。

ウェスタンブロット解析によるがん細胞株内におけるＦＯＸＭ１とＵＢＥ２Ｔのタンパク質レベルについての試験（図４）を行った後、低速度撮影記録法による数種類のがん細胞株に対するＦＯＸＭ１特異的ＣＴＬとＵＢＥ２Ｔ特異的ＣＴＬの細胞傷害活性についての試験を行った。ＦＯＸＭ１特異的ＣＴＬ及びＵＢＥ２Ｔ特異的ＣＴＬは、ＦＯＸＭ１タンパク質とＵＢＥ２Ｔタンパク質の両方に加えて高レベルのＨＬＡ−Ａ２４を発現するＳＷ４８０細胞に対する非常に強力な細胞傷害活性を示した。ＨＬＡ−Ａ２４陰性がん細胞株であるＨＣＣ１１４３細胞とＢＴ５４９細胞に対する細胞傷害はほとんど認められなかった（図１Ｂ及び図１Ｃ）。結果は、抗原特異的Ｔ細胞のがん細胞に対するＨＬＡ拘束性細胞傷害活性を明確に示した。

ＦＯＸＭ１特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞及びＵＢＥ２Ｔ特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞の作製
続いて、次世代シークエンシングを用いたＴＣＲレパートリー解析により、これらＦＯＸＭ１特異的ＣＴＬ及びＵＢＥ２Ｔ特異的ＣＴＬのＴＣＲＡ鎖及びＴＣＲＢ鎖をシークエンスした（図２Ａ）。これらＣＴＬクローンの両方は、単クローン性のＴＣＲレパートリーを示した（図２Ａ）。ＤＮＡシークエンシングにより、ＦＯＸＭ１−ＣＴＬ（ＣＡＣＰＩＭＷＧＳＮＹＫＬＴＦ（配列番号：４９）及びＣＡＳＳＬＲＶＨＥＱＹＦ（配列番号：５０））ならびにＵＢＥ２Ｔ−ＣＴＬ（ＣＡＭＲＥＧＲＮＦＮＫＦＹＦ（配列番号：６９）及びＣＡＳＳＬＳＧＧＰＮＥＱＦＦ（配列番号：７０））における、支配的なＴＣＲＡ ＣＤＲ３クロノタイプ及びＴＣＲＢ ＣＤＲ３クロノタイプを同定した。ｃＤＮＡ情報を使用してＴＣＲ発現ベクターを構築してからレンチウイルスベクターにクローニングし、ＦＯＸＭ１を認識するＴＣＲ改変Ｔ細胞及びＵＢＥ２Ｔを認識するＴＣＲ改変Ｔ細胞を作製した。ＴＣＲｖβ特異的抗体を用いて形質導入効率を測定した（代表的な染色データについては図２Ｂに示した）。アッセイ用に、ＴＣＲ形質導入細胞のみを形質導入した。

ＦＯＸＭ１特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞及びＵＢＥ２Ｔ特異的ＴＣＲ改変Ｔ細胞の細胞傷害活性
次に、ＴＣＲ改変Ｔ細胞が、図１Ｂ及び図１Ｃに示すとおりオリジナルのＣＴＬクローンと同様にがん細胞を殺傷するかどうかを評価した。ＦＯＸＭ１に対するＴＣＲ改変Ｔ細胞とＵＢＥ２Ｔに対するＴＣＲ改変Ｔ細胞は、最初の５時間の間にそれぞれ４７．５％と３９．３％の細胞生存率を低下させて、ＨＬＡ−Ａ２４陽性ＳＷ４８０細胞に対する有意な殺傷効果を発揮したが、ＨＬＡ−Ａ２４陰性ＨＣＣ１１４３細胞に対してはそうではなかった（図３Ａ〜図３Ｄ）。ＴＣＲ改変Ｔ細胞は、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイでそれぞれのペプチドを負荷したＣ１Ｒ−Ａ２４細胞と共培養した際に、ペプチド特異的ＩＦＮ−γ産生を示した（図３Ｅ及び図３Ｆ）。

参照文献
以下の参照文献について、それらの一部は上記において数字で引用しているが、それらの全体は参照により組み込まれる。
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４．Ｔｏｐａｌｉａｎ ＳＬ，Ｈｏｄｉ ＦＳ，Ｂｒａｈｍｅｒ ＪＲ，Ｇｅｔｔｉｎｇｅｒ ＳＮ，Ｓｍｉｔｈ ＤＣ，ＭｃＤｅｒｍｏｔｔ ＤＦ，Ｐｏｗｄｅｒｌｙ ＪＤ，Ｃａｒｖａｊａｌ ＲＤ，Ｓｏｓｍａｎ ＪＡ，Ａｔｋｉｎｓ ＭＢ，Ｌｅｍｉｎｇ ＰＤ，Ｓｐｉｇｅｌ ＤＲ，Ａｎｔｏｎｉａ ＳＪ，Ｈｏｒｎ Ｌ，Ｄｒａｋｅ ＣＧ，Ｐａｒｄｏｌｌ ＤＭ，Ｃｈｅｎ Ｌ，Ｓｈａｒｆｍａｎ ＷＨ，Ａｎｄｅｒｓ ＲＡ，Ｔａｕｂｅ ＪＭ，ＭｃＭｉｌｌｅｒ ＴＬ，Ｘｕ Ｈ，Ｋｏｒｍａｎ ＡＪ，Ｊｕｒｅ−Ｋｕｎｋｅｌ Ｍ，Ａｇｒａｗａｌ Ｓ，ＭｃＤｏｎａｌｄ Ｄ，Ｋｏｌｌｉａ ＧＤ，Ｇｕｐｔａ Ａ，Ｗｉｇｇｉｎｔｏｎ ＪＭ，Ｓｚｎｏｌ Ｍ．Ｓａｆｅｔｙ，ａｃｔｉｖｉｔｙ，ａｎｄ ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ ｏｆ ａｎｔｉ−ＰＤ−１ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１２；３６６：２４４３−５４．
５．Ｒｏｏｎｅｙ ＭＳ，Ｓｈｕｋｌａ ＳＡ，Ｗｕ ＣＪ，Ｇｅｔｚ Ｇ，Ｈａｃｏｈｅｎ Ｎ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ ｔｕｍｏｒｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｌｏｃａｌ ｉｍｍｕｎｅ ｃｙｔｏｌｙｔｉｃ ａｃｔｉｖｉｔｙ．Ｃｅｌｌ．２０１５；１６０：４８−６１．
６．Ｔｕｍｅｈ ＰＣ，Ｈａｒｖｉｅｗ ＣＬ，Ｙｅａｒｌｅｙ ＪＨ，Ｓｈｉｎｔａｋｕ ＩＰ，Ｔａｙｌｏｒ ＥＪ，Ｒｏｂｅｒｔ Ｌ，Ｃｈｍｉｅｌｏｗｓｋｉ Ｂ，Ｓｐａｓｉｃ Ｍ，Ｈｅｎｒｙ Ｇ，Ｃｉｏｂａｎｕ Ｖ，Ｗｅｓｔ ＡＮ，Ｃａｒｍｏｎａ Ｍ，Ｋｉｖｏｒｋ Ｃ，Ｓｅｊａ Ｅ，Ｃｈｅｒｒｙ Ｇ，Ｇｕｔｉｅｒｒｅｚ ＡＪ，Ｇｒｏｇａｎ ＴＲ，Ｍａｔｅｕｓ Ｃ，Ｔｏｍａｓｉｃ Ｇ，Ｇｌａｓｐｙ ＪＡ，Ｅｍｅｒｓｏｎ ＲＯ，Ｒｏｂｉｎｓ Ｈ，Ｐｉｅｒｃｅ ＲＨ，Ｅｌａｓｈｏｆｆ ＤＡ，Ｒｏｂｅｒｔ Ｃ，Ｒｉｂａｓ Ａ．ＰＤ−１ ｂｌｏｃｋａｄｅ ｉｎｄｕｃｅｓ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｂｙ ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ ａｄａｐｔｉｖｅ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ．Ｎａｔｕｒｅ．２０１４；５１５：５６８−７１．
７．Ｓｃｈａｌｐｅｒ ＫＡ，Ｖｅｌｃｈｅｔｉ Ｖ，Ｃａｒｖａｊａｌ Ｄ，Ｗｉｍｂｅｒｌｙ Ｈ，Ｂｒｏｗｎ Ｊ，Ｐｕｓｚｔａｉ Ｌ，Ｒｉｍｍ ＤＬ．Ｉｎ ｓｉｔｕ ｔｕｍｏｒ ＰＤ−Ｌ１ ｍＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ＴＩＬｓ ａｎｄ ｂｅｔｔｅｒ ｏｕｔｃｏｍｅ ｉｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２０１４；２０：２７７３−８２．
８．Ｐａｒｄｏｌｌ ＤＭ．Ｔｈｅ ｂｌｏｃｋａｄｅ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔｓ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ．２０１２；１２：２５２−６４．
９．Ｓｔｅｖａｎｏｖｉｃ Ｓ，Ｐａｓｅｔｔｏ Ａ，Ｈｅｌｍａｎ ＳＲ，Ｇａｒｔｎｅｒ ＪＪ，Ｐｒｉｃｋｅｔｔ ＴＤ，Ｈｏｗｉｅ Ｂ，Ｒｏｂｉｎｓ ＨＳ，Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｋｌｅｂａｎｏｆｆ ＣＡ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ，Ｈｉｎｒｉｃｈｓ ＣＳ．Ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ ｔｕｍｏｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｉｎ ｓｕｃｃｅｓｓｆｕｌ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ ｖｉｒａｌｌｙ ｉｎｄｕｃｅｄ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃａｎｃｅｒ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１７；３５６：２００−２０５．
１０． Ｃｏｕｌｉｅ ＰＧ，Ｖａｎ ｄｅｎ Ｅｙｎｄｅ ＢＪ，ｖａｎ ｄｅｒ Ｂｒｕｇｇｅｎ Ｐ，Ｂｏｏｎ Ｔ．Ｔｕｍｏｕｒ ａｎｔｉｇｅｎｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ：ａｔ ｔｈｅ ｃｏｒｅ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ．２０１４；１４：１３５−４６．
１１． Ｙｏｓｈｉｔａｋｅ Ｙ，Ｆｕｋｕｍａ Ｄ，Ｙｕｎｏ Ａ，Ｈｉｒａｙａｍａ Ｍ，Ｎａｋａｙａｍａ Ｈ，Ｔａｎａｋａ Ｔ，Ｎａｇａｔａ Ｍ，Ｔａｋａｍｕｎｅ Ｙ，Ｋａｗａｈａｒａ Ｋ，Ｎａｋａｇａｗａ Ｙ，Ｙｏｓｈｉｄａ Ｒ，Ｈｉｒｏｓｕｅ Ａ，Ｏｇｉ Ｈ，Ｈｉｒａｋｉ Ａ，Ｊｏｎｏ Ｈ，Ｈａｍａｄａ Ａ，Ｙｏｓｈｉｄａ Ｋ，Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ Ｙ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ，Ｓｈｉｎｏｈａｒａ Ｍ．Ｐｈａｓｅ ＩＩ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｔｒｉａｌ ｏｆ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｐｅｐｔｉｄｅ ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｆｏｒ ａｄｖａｎｃｅｄ ｈｅａｄ ａｎｄ ｎｅｃｋ ｃａｎｃｅｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ａｎｄ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ＯＳ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２０１５；２１：３１２−２１．
１２． Ｈａｚａｍａ Ｓ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ，Ｔａｎａｋａ Ｈ，Ｈｉｒａｋａｗａ Ｋ，Ｔａｈａｒａ Ｋ，Ｓｈｉｍｉｚｕ Ｒ，Ｏｚａｓａ Ｈ，Ｅｔｏｈ Ｒ，Ｓｕｇｉｕｒａ Ｆ，Ｏｋｕｎｏ Ｋ，Ｆｕｒｕｙａ Ｔ，Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ Ｔ，Ｓａｋａｔａ Ｋ，Ｙｏｓｈｉｍａｔｓｕ Ｋ，Ｔａｋｅｎｏｕｃｈｉ Ｈ，Ｔｓｕｎｅｄｏｍｉ Ｒ，Ｉｎｏｕｅ Ｙ，Ｋａｎｅｋｉｙｏ Ｓ，Ｓｈｉｎｄｏ Ｙ，Ｓｕｚｕｋｉ Ｎ，Ｙｏｓｈｉｎｏ Ｓ，Ｓｈｉｎｏｚａｋｉ Ｈ，Ｋａｍｉｙａ Ａ，Ｆｕｒｕｋａｗａ Ｈ，Ｙａｍａｎａｋａ Ｔ，Ｆｕｊｉｔａ Ｔ，Ｋａｗａｋａｍｉ Ｙ，Ｏｋａ Ｍ．Ａ ｐｈａｓｅ ΙＩ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｆｉｖｅ ｐｅｐｔｉｄｅｓ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｏｘａｌｉｐｌａｔｉｎ−ｂａｓｅｄ ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ａｓ ａ ｆｉｒｓｔ−ｌｉｎｅ ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ ａｄｖａｎｃｅｄ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ （ＦＸＶ ｓｔｕｄｙ）．Ｊ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ．２０１４；１２：１０８．
１３． Ｋｏｎｏ Ｋ，Ｉｉｎｕｍａ Ｈ，Ａｋｕｔｓｕ Ｙ，Ｔａｎａｋａ Ｈ，Ｈａｙａｓｈｉ Ｎ，Ｕｃｈｉｋａｄｏ Ｙ，Ｎｏｇｕｃｈｉ Ｔ，Ｆｕｊｉｉ Ｈ，Ｏｋｉｎａｋａ Ｋ，Ｆｕｋｕｓｈｉｍａ Ｒ，Ｍａｔｓｕｂａｒａ Ｈ，Ｏｈｉｒａ Ｍ，Ｂａｂａ Ｈ，Ｎａｔｓｕｇｏｅ Ｓ，Ｋｉｔａｎｏ Ｓ，Ｔａｋｅｄａ Ｋ，Ｙｏｓｈｉｄａ Ｋ，Ｔｓｕｎｏｄａ Ｔ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ．Ｍｕｌｔｉｃｅｎｔｅｒ，ｐｈａｓｅ ＩＩ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｔｒｉａｌ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｆｏｒ ａｄｖａｎｃｅｄ ｅｓｏｐｈａｇｅａｌ ｃａｎｃｅｒ ｗｉｔｈ ｔｈｒｅｅ ｐｅｐｔｉｄｅｓ ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ ｎｏｖｅｌ ｃａｎｃｅｒ−ｔｅｓｔｉｓ ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｊ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ．２０１２；１０：１４１．
１４． Ｔｒａｎ Ｅ，Ｔｕｒｃｏｔｔｅ Ｓ，Ｇｒｏｓ Ａ，Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｌｕ ＹＣ，Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ ＪＲ，Ｓｏｍｅｒｖｉｌｌｅ ＲＰ，Ｈｏｇａｎ Ｋ，Ｈｉｎｒｉｃｈｓ ＣＳ，Ｐａｒｋｈｕｒｓｔ ＭＲ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．Ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｍｕｔａｔｉｏｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＣＤ４＋ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｉｎ ａ ｐａｔｉｅｎｔ ｗｉｔｈ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃａｎｃｅｒ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１４；３４４：６４１−５．
１５． Ｔｒａｎ Ｅ Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｌｕ ＹＣ，Ｐｒｉｃｋｅｔｔ ＴＤ，Ｇａｒｔｎｅｒ ＪＪ，Ｊｉａ Ｌ，Ｐａｓｅｔｔｏ Ａ，Ｚｈｅｎｇ Ｚ，Ｒａｙ Ｓ，Ｇｒｏｈ ＥＭ，Ｋｒｉｌｅｙ ＩＲ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．Ｔ−Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｍｕｔａｎｔ ＫＲＡＳ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１６；３７５：２２５５−２２６２．
１６． Ｊｏｈｎｓｏｎ ＬＡ，Ｍｏｒｇａｎ ＲＡ，Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，Ｃａｓｓａｒｄ Ｌ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｈｕｇｈｅｓ ＭＳ，Ｋａｍｍｕｌａ ＵＳ，Ｒｏｙａｌ ＲＥ，Ｓｈｅｒｒｙ ＲＭ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ ＪＲ，Ｌｅｅ ＣＣ，Ｒｅｓｔｉｆｏ ＮＰ，Ｓｃｈｗａｒｚ ＳＬ，Ｃｏｇｄｉｌｌ ＡＰ，Ｂｉｓｈｏｐ ＲＪ，Ｋｉｍ Ｈ，Ｂｒｅｗｅｒ ＣＣ，Ｒｕｄｙ ＳＦ，ＶａｎＷａｅｓ Ｃ，Ｄａｖｉｓ ＪＬ，Ｍａｔｈｕｒ Ａ，Ｒｉｐｌｅｙ ＲＴ，Ｎａｔｈａｎ ＤＡ，Ｌａｕｒｅｎｃｏｔ ＣＭ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．Ｇｅｎｅ ｔｈｅｒａｐｙ ｗｉｔｈ ｈｕｍａｎ ａｎｄ ｍｏｕｓｅ Ｔ−ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ｍｅｄｉａｔｅｓ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ｔａｒｇｅｔｓ ｎｏｒｍａｌ ｔｉｓｓｕｅｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ ｃｏｇｎａｔｅ ａｎｔｉｇｅｎ．Ｂｌｏｏｄ．２００９；１１４：５３５−４６．
１７． Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｍｏｒｇａｎ ＲＡ，Ｆｅｌｄｍａｎ ＳＡ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｓｈｅｒｒｙ ＲＭ，Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ ＪＲ，Ｎａｈｖｉ ＡＶ，Ｈｅｌｍａｎ ＬＪ，Ｍａｃｋａｌｌ ＣＬ，Ｋａｍｍｕｌａ ＵＳ，Ｈｕｇｈｅｓ ＭＳ，Ｒｅｓｔｉｆｏ ＮＰ，Ｒａｆｆｅｌｄ Ｍ，Ｌｅｅ ＣＣ，Ｌｅｖｙ ＣＬ，Ｌｉ ＹＦ，Ｅｌ−Ｇａｍｉｌ Ｍ，Ｓｃｈｗａｒｚ ＳＬ，Ｌａｕｒｅｎｃｏｔ Ｃ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．Ｔｕｍｏｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｓｙｎｏｖｉａｌ ｃｅｌｌ ｓａｒｃｏｍａ ａｎｄ ｍｅｌａｎｏｍａ ｕｓｉｎｇ ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｒｅａｃｔｉｖｅ ｗｉｔｈ ＮＹ−ＥＳＯ−１．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．２０１１；２９：９１７−２４．
１８． Ｌｅｉｓｅｇａｎｇ Ｍ，Ｅｎｇｅｌｓ Ｂ，Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ Ｋ，Ｙｅｗ ＰＹ，Ｋｉｙｏｔａｎｉ Ｋ，Ｉｄｅｌ Ｃ，Ａｒｉｎａ Ａ，Ｄｕｒａｉｓｗａｍｙ Ｊ，Ｗｅｉｃｈｓｅｌｂａｕｍ ＲＲ，Ｕｃｋｅｒｔ Ｗ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ，Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ Ｈ．Ｅｒａｄｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｌａｒｇｅ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ ｂｙ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ｗｉｔｈ ａ Ｔ−Ｃｅｌｌ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ａ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃａｎｃｅｒ−Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｐｏｉｎｔ Ｍｕｔａｔｉｏｎ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２０１６；２２：２７３４−４３．
１９． Ｏｓａｗａ Ｒ，Ｔｓｕｎｏｄａ Ｔ，Ｙｏｓｈｉｍｕｒａ Ｓ，Ｗａｔａｎａｂｅ Ｔ，Ｍｉｙａｚａｗａ Ｍ，Ｔａｎｉ Ｍ，Ｔａｋｅｄａ Ｋ，Ｎａｋａｇａｗａ Ｈ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ，Ｙａｍａｕｅ Ｈ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＨＬＡ−Ａ２４−ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ ｎｏｖｅｌ Ｔ Ｃｅｌｌ ｅｐｉｔｏｐｅ ｐｅｐｔｉｄｅｓ ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ Ｐ−ｃａｄｈｅｒｉｎ ａｎｄ ｋｉｎｅｓｉｎ ｆａｍｉｌｙ ｍｅｍｂｅｒ ２０Ａ．Ｊ Ｂｉｏｍｅｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１２；２０１２：８４８０４２．
２０． Ｙｏｓｈｉｍｕｒａ Ｓ，Ｔｓｕｎｏｄａ Ｔ，Ｏｓａｗａ Ｒ，Ｈａｒａｄａ Ｍ，Ｗａｔａｎａｂｅ Ｔ，Ｈｉｋｉｃｈｉ Ｔ，Ｋａｔｓｕｄａ Ｍ，Ｍｉｙａｚａｗａ Ｍ，Ｔａｎｉ Ｍ，Ｉｗａｈａｓｈｉ Ｍ，Ｔａｋｅｄａ Ｋ，Ｋａｔａｇｉｒｉ Ｔ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ，Ｙａｍａｕｅ Ｈ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ ＨＬＡ−Ａ２−ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅ ｐｅｐｔｉｄｅ ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ ｈｙｐｏｘｉａ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ２ （ＨＩＧ２）．ＰＬｏＳ Ｏｎｅ．２０１４；９：ｅ８５２６７．
２１． Ｒａｐｏｐｏｒｔ ＡＰ，Ｓｔａｄｔｍａｕｅｒ ＥＡ，Ｂｉｎｄｅｒ−Ｓｃｈｏｌｌ ＧＫ，Ｇｏｌｏｕｂｅｖａ Ｏ，Ｖｏｇｌ ＤＴ，Ｌａｃｅｙ ＳＦ，Ｂａｄｒｏｓ ＡＺ，Ｇａｒｆａｌｌ Ａ，Ｗｅｉｓｓ Ｂ，Ｆｉｎｋｌｅｓｔｅｉｎ Ｊ，Ｋｕｌｉｋｏｖｓｋａｙａ Ｉ，Ｓｉｎｈａ ＳＫ，Ｋｒｏｎｓｂｅｒｇ Ｓ，Ｇｕｐｔａ Ｍ，Ｂｏｎｄ Ｓ，Ｍｅｌｃｈｉｏｒｉ Ｌ，Ｂｒｅｗｅｒ ＪＥ，Ｂｅｎｎｅｔｔ ＡＤ，Ｇｅｒｒｙ ＡＢ，Ｐｕｍｐｈｒｅｙ ＮＪ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ Ｄ，Ｔａｙｔｏｎ−Ｍａｒｔｉｎ ＨＫ，Ｒｉｂｅｉｒｏ Ｌ，Ｈｏｌｄｉｃｈ Ｔ，Ｙａｎｏｖｉｃｈ Ｓ，Ｈａｒｄｙ Ｎ，Ｙａｒｅｄ Ｊ，Ｋｅｒｒ Ｎ，Ｐｈｉｌｉｐ Ｓ，Ｗｅｓｔｐｈａｌ Ｓ，Ｓｉｅｇｅｌ ＤＬ，Ｌｅｖｉｎｅ ＢＬ，Ｊａｋｏｂｓｅｎ ＢＫ，Ｋａｌｏｓ Ｍ，Ｊｕｎｅ ＣＨ．ＮＹ−ＥＳＯ−１−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＴＣＲ−ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｍｅｄｉａｔｅ ｓｕｓｔａｉｎｅｄ ａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ｅｆｆｅｃｔｓ ｉｎ ｍｙｅｌｏｍａ．Ｎａｔ Ｍｅｄ．２０１５；２１：９１４−９２１．
２２． ｖａｎ ｄｅｒ Ｂｒｕｇｇｅｎ Ｐ，Ｔｒａｖｅｒｓａｒｉ Ｃ，Ｃｈｏｍｅｚ Ｐ，Ｌｕｒｑｕｉｎ Ｃ，Ｄｅ Ｐｌａｅｎ Ｅ，Ｖａｎ ｄｅｎ Ｅｙｎｄｅ Ｂ，Ｋｎｕｔｈ Ａ，Ｂｏｏｎ Ｔ．Ａ ｇｅｎｅ ｅｎｃｏｄｉｎｇ ａｎ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ ｃｙｔｏｌｙｔｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｏｎ ａ ｈｕｍａｎ ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．１９９１；２５４：１６４３−７．
２３． Ｉｓｈｉｄａ Ｙ，Ａｇａｔａ Ｙ，Ｓｈｉｂａｈａｒａ Ｋ，Ｈｏｎｊｏ Ｔ．Ｉｎｄｕｃｅｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ＰＤ−１，ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｍｂｅｒ ｏｆ ｔｈｅ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｇｅｎｅ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ，ｕｐｏｎ ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ ｃｅｌｌ ｄｅａｔｈ．ＥＭＢＯ Ｊ．１９９２；１１：３８８７−９５．
２４． Ｋｒｕｍｍｅｌ ＭＦ，Ａｌｌｉｓｏｎ ＪＰ．ＣＤ２８ ａｎｄ ＣＴＬＡ−４ ｈａｖｅ ｏｐｐｏｓｉｎｇ ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｎ ｔｈｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｏｆ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｔｏ ｓｔｉｍｕｌａｔｉｏｎ．Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ．１９９５；１８２：４５９−６５．
２５． Ｇｕｏ Ｃ，Ｍａｎｊｉｌｉ ＭＨ，Ｓｕｂｊｅｃｋ ＪＲ，Ｓａｒｋａｒ Ｄ，Ｆｉｓｈｅｒ ＰＢ，Ｗａｎｇ ＸＹ．Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｃａｎｃｅｒ ｖａｃｃｉｎｅｓ：ｐａｓｔ，ｐｒｅｓｅｎｔ，ａｎｄ ｆｕｔｕｒｅ．Ａｄｖ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２０１３；１１９：４２１−７５．
２６． Ｈｉｎｒｉｃｈｓ ＣＳ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．Ｅｘｐｌｏｉｔｉｎｇ ｔｈｅ ｃｕｒａｔｉｖｅ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｏｆ ａｄｏｐｔｉｖｅ Ｔ−ｃｅｌｌ ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．２０１４；２５７：５６−７１．
２７． Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ ＪＲ，Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｈｗｕ Ｐ，Ｓｃｈｗａｒｔｚｅｎｔｒｕｂｅｒ ＤＪ，Ｔｏｐａｌｉａｎ ＳＬ，Ｓｈｅｒｒｙ Ｒ，Ｒｅｓｔｉｆｏ ＮＰ，Ｈｕｂｉｃｋｉ ＡＭ，Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ＭＲ，Ｒａｆｆｅｌｄ Ｍ，Ｄｕｒａｙ Ｐ，Ｓｅｉｐｐ ＣＡ，Ｒｏｇｅｒｓ−Ｆｒｅｅｚｅｒ Ｌ，Ｍｏｒｔｏｎ ＫＥ，Ｍａｖｒｏｕｋａｋｉｓ ＳＡ，Ｗｈｉｔｅ ＤＥ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ．Ｃａｎｃｅｒ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ａｆｔｅｒ ｃｌｏｎａｌ ｒｅｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２００２；２９８：８５０−４．
２８． Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ，Ｙａｎｇ ＪＣ，Ｓｈｅｒｒｙ ＲＭ，Ｋａｍｍｕｌａ ＵＳ，Ｈｕｇｈｅｓ ＭＳ，Ｐｈａｎ ＧＱ，Ｃｉｔｒｉｎ ＤＥ，Ｒｅｓｔｉｆｏ ＮＰ，Ｒｏｂｂｉｎｓ ＰＦ，Ｗｕｎｄｅｒｌｉｃｈ ＪＲ，Ｍｏｒｔｏｎ ＫＥ，Ｌａｕｒｅｎｃｏｔ ＣＭ，Ｓｔｅｉｎｂｅｒｇ ＳＭ，Ｗｈｉｔｅ ＤＥ，Ｄｕｄｌｅｙ ＭＥ．Ｄｕｒａｂｌｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｉｎ ｈｅａｖｉｌｙ ｐｒｅｔｒｅａｔｅｄ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｍｅｌａｎｏｍａ ｕｓｉｎｇ Ｔ−ｃｅｌｌ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２０１１；１７：４５５０−７．
２９． Ｈｏｄｉ ＦＳ，Ｏ’Ｄａｙ ＳＪ，ＭｃＤｅｒｍｏｔｔ ＤＦ，Ｗｅｂｅｒ ＲＷ，Ｓｏｓｍａｎ ＪＡ，Ｈａａｎｅｎ ＪＢ，Ｇｏｎｚａｌｅｚ Ｒ，Ｒｏｂｅｒｔ Ｃ，Ｓｃｈａｄｅｎｄｏｒｆ Ｄ，Ｈａｓｓｅｌ ＪＣ，Ａｋｅｒｌｅｙ Ｗ，ｖａｎ ｄｅｎ Ｅｅｒｔｗｅｇｈ ＡＪ，Ｌｕｔｚｋｙ Ｊ，Ｌｏｒｉｇａｎ Ｐ，Ｖａｕｂｅｌ ＪＭ，Ｌｉｎｅｔｔｅ ＧＰ，Ｈｏｇｇ Ｄ，Ｏｔｔｅｎｓｍｅｉｅｒ ＣＨ，Ｌｅｂｂｅ Ｃ，Ｐｅｓｃｈｅｌ Ｃ，Ｑｕｉｒｔ Ｉ，Ｃｌａｒｋ ＪＩ，Ｗｏｌｃｈｏｋ ＪＤ，Ｗｅｂｅｒ ＪＳ，Ｔｉａｎ Ｊ，Ｙｅｌｌｉｎ ＭＪ，Ｎｉｃｈｏｌ ＧＭ，Ｈｏｏｓ Ａ，Ｕｒｂａ ＷＪ．Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｓｕｒｖｉｖａｌ ｗｉｔｈ ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１０；３６３：７１１−２３．
３０． Ｓｔｒｏｎｅｎ Ｅ，Ｔｏｅｂｅｓ Ｍ，Ｋｅｌｄｅｒｍａｎ Ｓ，ｖａｎ Ｂｕｕｒｅｎ ＭＭ，Ｙａｎｇ Ｗ，ｖａｎ Ｒｏｏｉｊ Ｎ，Ｄｏｎｉａ Ｍ，Ｂｏｓｃｈｅｎ ＭＬ，Ｌｕｎｄ−Ｊｏｈａｎｓｅｎ Ｆ，Ｏｌｗｅｕｓ Ｊ，Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ ＴＮ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ ｗｉｔｈ ｄｏｎｏｒ−ｄｅｒｉｖｅｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１６；３５２：１３３７−４１．
３１． Ｂｅｋｔａｓ Ｎ，Ｈａａｆ Ａｔ，Ｖｅｅｃｋ Ｊ，Ｗｉｌｄ ＰＪ，Ｌｕｓｃｈｅｒ−Ｆｉｒｚｌａｆｆ Ｊ，Ｈａｒｔｍａｎｎ Ａ，Ｋｎｕｃｈｅｌ Ｒ，Ｄａｈｌ Ｅ．Ｔｉｇｈｔ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｆｏｒｋｈｅａｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ＦＯＸＭ１ ａｎｄ ＨＥＲ２ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ．ＢＭＣ Ｃａｎｃｅｒ．２００８；８：４２．
３２． Ｗｅｎｇ Ｗ，Ｏｋｕｇａｗａ Ｙ，Ｔｏｄｅｎ Ｓ，Ｔｏｉｙａｍａ Ｙ，Ｋｕｓｕｎｏｋｉ Ｍ，Ｇｏｅｌ Ａ．ＦＯＸＭ１ ａｎｄ ＦＯＸＱ１ Ａｒｅ Ｐｒｏｍｉｓｉｎｇ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ ａｎｄ Ｎｏｖｅｌ Ｔａｒｇｅｔｓ ｏｆ Ｔｕｍｏｒ−Ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｖｅ ｍｉＲ−３４２ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ Ｃａｎｃｅｒ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２０１６；２２：４９４７−４９５７．
３３． Ｗｅｎ Ｍ，Ｋｗｏｎ Ｙ，Ｗａｎｇ Ｙ，Ｍａｏ ＪＨ，Ｗｅｉ Ｇ．Ｅｌｅｖａｔｅｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ＵＢＥ２Ｔ ｅｘｈｉｂｉｔｓ ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．２０１５；６：２５２２６−３９．
３４． Ｙｕ Ｈ，Ｘｉａｎｇ Ｐ，Ｐａｎ Ｑ，Ｈｕａｎｇ Ｙ，Ｘｉｅ Ｎ，Ｚｈｕ Ｗ．Ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ−Ｃｏｎｊｕｇａｔｉｎｇ Ｅｎｚｙｍｅ Ｅ２Ｔ ｉｓ ａｎ Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ Ｆａｃｔｏｒ ａｎｄ Ｐｒｏｍｏｔｅｓ Ｇａｓｔｒｉｃ Ｃａｎｃｅｒ Ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ．Ｔｕｍｏｕｒ Ｂｉｏｌ．２０１６；３７：１１７２３−１１７３２．
３５． Ｍａｕｄｅ ＳＬ，Ｆｒｅｙ Ｎ，Ｓｈａｗ ＰＡ，Ａｐｌｅｎｃ Ｒ，Ｂａｒｒｅｔｔ ＤＭ，Ｂｕｎｉｎ ＮＪ，Ｃｈｅｗ Ａ，Ｇｏｎｚａｌｅｚ ＶＥ，Ｚｈｅｎｇ Ｚ，Ｌａｃｅｙ ＳＦ，Ｍａｈｎｋｅ ＹＤ，Ｍｅｌｅｎｈｏｒｓｔ ＪＪ，Ｒｈｅｉｎｇｏｌｄ ＳＲ，Ｓｈｅｎ Ａ，Ｔｅａｃｈｅｙ ＤＴ，Ｌｅｖｉｎｅ ＢＬ，Ｊｕｎｅ ＣＨ，Ｐｏｒｔｅｒ ＤＬ，Ｇｒｕｐｐ ＳＡ．Ｃｈｉｍｅｒｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｆｏｒ ｓｕｓｔａｉｎｅｄ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎｓ ｉｎ ｌｅｕｋｅｍｉａ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１４；３７１：１５０７−１７．
３６． Ｊａｃｋｓｏｎ ＨＪ，Ｒａｆｉｑ Ｓ，Ｂｒｅｎｔｊｅｎｓ ＲＪ．Ｄｒｉｖｉｎｇ ＣＡＲ Ｔ−ｃｅｌｌｓ ｆｏｒｗａｒｄ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．２０１６；１３：３７０−８３．
３７． Ｕｃｈｉｄａ Ｎ，Ｔｓｕｎｏｄａ Ｔ，Ｗａｄａ Ｓ，Ｆｕｒｕｋａｗａ Ｙ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ，Ｔａｈａｒａ Ｈ．Ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ４３ ａｓ ａ ｎｅｗ ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００４；１０：８５７７−８６．
３８． Ｗａｔａｎａｂｅ Ｔ，Ｓｕｄａ Ｔ，Ｔｓｕｎｏｄａ Ｔ，Ｕｃｈｉｄａ Ｎ，Ｕｒａ Ｋ，Ｋａｔｏ Ｔ，Ｈａｓｅｇａｗａ Ｓ，Ｓａｔｏｈ Ｓ，Ｏｈｇｉ Ｓ，Ｔａｈａｒａ Ｈ，Ｆｕｒｕｋａｗａ Ｙ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ １１（ＩＧＳＦ１１）ａｓ ａ ｎｏｖｅｌ ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ａｎｄ ｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ．２００５；９６：４９８−５０６．
３９． Ｓｕｄａ Ｔ，Ｔｓｕｎｏｄａ Ｔ，Ｕｃｈｉｄａ Ｎ，Ｗａｔａｎａｂｅ Ｔ，Ｈａｓｅｇａｗａ Ｓ，Ｓａｔｏｈ Ｓ，Ｏｈｇｉ Ｓ，Ｆｕｒｕｋａｗａ Ｙ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ，Ｔａｈａｒａ Ｈ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｅｃｅｒｎｉｎ １ ａｓ ａ ｎｏｖｅｌ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ ｔａｒｇｅｔ ｆｏｒ ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｏｆ ｃＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ．Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ．２００６；９７：４１１−９．
４０． Ｒｉｄｄｅｌｌ ＳＲ，Ｅｌｌｉｏｔｔ Ｍ，Ｌｅｗｉｎｓｏｈｎ ＤＡ，Ｇｉｌｂｅｒｔ ＭＪ，Ｗｉｌｓｏｎ Ｌ，Ｍａｎｌｅｙ ＳＡ，Ｌｕｐｔｏｎ ＳＤ，Ｏｖｅｒｅｌｌ ＲＷ，Ｒｅｙｎｏｌｄｓ ＴＣ，Ｃｏｒｅｙ Ｌ，Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ ＰＤ．Ｔ−ｃｅｌｌ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｒｅｊｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｅ−ｍｏｄｉｆｉｅｄ ＨＩＶ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｎ ＨＩＶ−ｉｎｆｅｃｔｅｄ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｎａｔ Ｍｅｄ．１９９６；２：２１６−２３．
４１． Ｆａｎｇ Ｈ，Ｙａｍａｇｕｃｈｉ Ｒ，Ｌｉｕ Ｘ，Ｄａｉｇｏ Ｙ，Ｙｅｗ ＰＹ，Ｔａｎｉｋａｗａ Ｃ，Ｍａｔｓｕｄａ Ｋ，Ｉｍｏｔｏ Ｓ，Ｍｉｙａｎｏ Ｓ，Ｎａｋａｍｕｒａ Ｙ．Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｂｙ ｄｅｅｐ ｃＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ α ａｎｄ β ｃｈａｉｎｓ ｕｓｉｎｇ ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ＮＧＳ）．Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．２０１５；３：ｅ９６８４６７．
４２． Ｅｎｇｅｌｓ Ｂ，Ｃｈｅｒｖｉｎ ＡＳ，Ｓａｎｔ ＡＪ，Ｋｒａｎｚ ＤＭ，Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ Ｈ．Ｌｏｎｇ−ｔｅｒｍ ｐｅｒｓｉｓｔｅｎｃｅ ｏｆ ＣＤ４（＋）ｂｕｔ ｒａｐｉｄ ｄｉｓａｐｐｅａｒａｎｃｅ ｏｆ ＣＤ８（＋）Ｔ ｃｅｌｌｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ ａｎ ＭＨＣ ｃｌａｓｓ Ｉ−ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ ＴＣＲ ｏｆ ｎａｎｏｍｏｌａｒ ａｆｆｉｎｉｔｙ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２０１２；２０：６５２−６０．

Claims (36)

1. （ａ）候補抗原配列を含む刺激ペプチドで標的リンパ球を刺激することと、
   （ｂ）前記候補ペプチドに結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）で免疫活性化リンパ球を捕捉することであって、前記捕捉することは、前記免疫活性化リンパ球を、前記候補抗原配列を含む捕捉用ペプチドに結合した主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）を提示する捕捉用試薬と接触させることを含む、前記捕捉することと、
   （ｃ）前記捕捉した免疫活性化リンパ球の前記ＴＣＲの全てまたは一部をシークエンスすることと、
   を含む、方法。
2. 前記標的リンパ球は健康ドナーから得られる、請求項１に記載の方法。
3. 前記標的リンパ球はＣＤ８＋細胞傷害性リンパ球である、請求項１に記載の方法。
4. 前記刺激することはインビトロで実施される、請求項１に記載の方法。
5. 前記捕捉用試薬はＭＨＣ多量体である、請求項１に記載の方法。
6. 前記ＭＨＣ多量体はＭＨＣデキストラマーである、請求項５に記載の方法。
7. 前記シークエンスすることは次世代シークエンシング技術を含む、請求項１に記載の方法。
8. シークエンスした前記ＴＣＲの前記一部はＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖を含む、請求項１に記載の方法。
9. シークエンスした前記ＴＣＲの前記一部は、前記ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む、請求項８に記載の方法。
10. シークエンスした前記ＴＣＲの前記一部は、前記ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖のＣＤＲ３を含む、請求項９に記載の方法。
11. 前記標的リンパ球は標的リンパ球の集団であり、前記刺激ペプチドは、異なる候補抗原配列を含む刺激ペプチドの集団のうちの１つであり、
    前記捕捉することは、免疫活性化リンパ球の前記集団を、前記候補抗原配列を含む捕捉用ペプチドの集団に結合した主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）を提示する捕捉用試薬と接触させることを含む、
    請求項１に記載の方法。
12. 請求項１から請求項１１のうちの１項に記載の方法により同定されるＴＣＲ認識がん特異的抗原。
13. 請求項１２に記載のＴＣＲ認識がん特異的抗原に結合する治療抗体。
14. 前記治療抗体は抗体フラグメントである、請求項１３に記載の治療抗体。
15. （ｄ）前記捕捉した免疫活性化リンパ球の前記ＴＣＲの全てまたは一部を提示する改変リンパ球を作製することであって、前記改変リンパ球は、前記候補抗原配列を含む前記ペプチドに結合したＭＨＣを提示する抗原提示細胞を認識する、前記作製すること、
    を更に含む、請求項１から請求項１１のうちの１項に記載の方法。
16. 前記改変リンパ球はＣＤ８＋細胞傷害性リンパ球である、請求項１５に記載の方法。
17. 前記捕捉した免疫活性化リンパ球の前記ＴＣＲの全てまたは一部を提示する改変リンパ球を作製することは、
    （ｉ）前記捕捉した免疫活性化リンパ球の前記ＴＣＲの前記一部をコードする核酸配列をベクターにクローニングすることと、
    （ｉｉ）前記ベクターを宿主リンパ球に導入することと、
    （ｉｉｉ）前記捕捉した免疫活性化リンパ球の前記ＴＣＲの前記一部が前記改変リンパ球上に発現及び提示されるような条件下で、前記宿主リンパ球を培養することと、
    を更に含む、請求項１５に記載の方法。
18. 前記ＴＣＲの前記一部は前記ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖を含む、請求項１７に記載の方法。
19. 前記ＴＣＲの前記一部は、前記ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む、請求項１８に記載の方法。
20. シークエンスした前記ＴＣＲの前記一部は、前記ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖のＣＤＲ３を含む、請求項１９に記載の方法。
21. シークエンスした前記ＴＣＲの前記一部は、配列番号：４５〜１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２０に記載の方法。
22. 前記改変リンパ球は、配列番号４５及び４６、４７及び４８、４９及び５０、５１及び５２、５３及び５４、５５及び５６、５７及び５８、５９及び６０、６１及び６２、６３及び６４、６５及び６６、６７及び６８、６９及び７０、７１及び７２、７３及び７４、７５及び７６、７７及び７８、７９及び８０、８１及び８２、８３及び８４、８５及び８６、８７及び８８、８９及び９０、９１及び９２、９３及び９４、９５及び９６、９７及び９８、９９及び１００、１０１及び１０２、１０３及び１０４、１０５及び１０６、１０７及び１０８、１０９及び１１０、１１１及び１１２、１１３及び１１４、１１５及び１１６、１１７及び１１８、１１９及び１２０、１２１及び１２２、１２３及び１２４、１２５及び１２６、１２７及び１２８、１２９及び１３０、及び、１３１及び１３２、からなる群から選択されるアミノ酸配列ペアを含むα鎖及びβ鎖を含むＴＣＲを提示する、請求項２１に記載の方法。
23. 前記ベクターは、健康ドナー宿主に由来する宿主リンパ球に導入される、請求項１７に記載の方法。
24. 前記ベクターは、前記改変リンパ球で治療されるがん患者に由来する宿主リンパ球に導入される、請求項１７に記載の方法。
25. 請求項１５から請求項２４のうちの１項に記載の方法により作製される改変リンパ球。
26. 前記改変リンパ球はＣＤ８＋細胞傷害性リンパ球である、請求項２５に記載の改変リンパ球。
27. 請求項２５に記載の改変ＣＤ８＋リンパ球を対象に投与することを含む、対象内におけるがんを治療するための方法。
28. （ｄ）前記捕捉した免疫活性化リンパ球の前記ＴＣＲの前記配列の全てまたは一部を含む治療抗体を作製すること、
    を更に含む、請求項１から請求項１１のうちの１項に記載の方法。
29. 前記ＴＣＲの前記一部は前記ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖を含む、請求項２８に記載の方法。
30. 前記ＴＣＲの前記一部は、前記ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む、請求項２９に記載の方法。
31. シークエンスした前記ＴＣＲの前記一部は、前記ＴＣＲ−α鎖及び／またはＴＣＲ−β鎖のＣＤＲ３を含む、請求項３０に記載の方法。
32. シークエンスした前記ＴＣＲの前記一部は、配列番号：４５〜１３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項３１に記載の方法。
33. 前記治療抗体は、配列番号４５及び４６、４７及び４８、４９及び５０、５１及び５２、５３及び５４、５５及び５６、５７及び５８、５９及び６０、６１及び６２、６３及び６４、６５及び６６、６７及び６８、６９及び７０、７１及び７２、７３及び７４、７５及び７６、７７及び７８、７９及び８０、８１及び８２、８３及び８４、８５及び８６、８７及び８８、８９及び９０、９１及び９２、９３及び９４、９５及び９６、９７及び９８、９９及び１００、１０１及び１０２、１０３及び１０４、１０５及び１０６、１０７及び１０８、１０９及び１１０、１１１及び１１２、１１３及び１１４、１１５及び１１６、１１７及び１１８、１１９及び１２０、１２１及び１２２、１２３及び１２４、１２５及び１２６、１２７及び１２８、１２９及び１３０、及び、１３１及び１３２、からなる群から選択されるアミノ酸配列ペアを含むＣＤＲ３を含む、請求項３２に記載の方法。
34. 前記抗体は抗体フラグメントである、請求項２８に記載の方法。
35. 請求項２８から請求項３４のうちの１項に記載の方法により作製される抗体。
36. 請求項３５に記載の抗体を対象に投与することを含む、対象内におけるがんを治療するための方法。