JP2021072868A - 感染性疾患の診断および処置 - Google Patents

Abstract

【課題】感染性疾患の診断および処置の提供。【解決手段】微生物により引き起こされる感染性疾患を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、抗微生物剤に対して感受性である微生物の株に感染しているのかどうかを決定するための方法であって、抗微生物剤に対して耐性である微生物の異なる株が存在する方法について記載される。方法は、対象に感染する微生物の株の核酸が、保存的ヌクレオチド位置において、野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップを含み、その位置における突然変異が、耐性である異なる株の核酸内で、抗微生物剤に対する耐性と関連する。方法は特に、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、抗微生物剤に対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定するのに適用可能である。

Description

本発明は、感染性疾患、例えば、淋病（Gonorrhoea）などの性感染疾患を診断および処
置するための方法、ならびにこのような方法における使用のためのキットに関する。本発
明はまた、感染性疾患を引き起こす微生物の、抗微生物剤に対する耐性の蔓延を低減する
ための方法にも関する。

Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅは、グラム陰性菌であり、公衆衛生上の
懸念の重大な対象である性感染症の淋病の病原作用物質である。Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａへ
の感染は、増大しつつある。世界保健機構（ＷＨＯ）は、世界中の成人の間で、年間１億
６００万例の淋病の新たな症例が見られ、２００５年における感染率で、２１％の増大で
あると推定している。淋病感染は、女性では無症状性であることが多い（症例のうちの≧
５０％）。これは重大な問題であり、なぜならば、未診断の感染症は子宮内膜炎および骨
盤内炎症性疾患をもたらす可能性があり、結果として、不妊症または子宮外妊娠による死
亡をもたらしうるからである。男性における感染は一般に、精巣上体炎、陰茎の分泌物、
腫脹、および疼痛を含む症候を伴う症状性（症例のうちの≧９０％において）である。特
に、男性との性交渉を行う男性において、性器外感染が一般的であるが、性交渉歴に応じ
て、異性愛者においても見出されうる。性器外感染は、高頻度で無症状性であるが、性交
渉の相手の間の淋病感染の伝播に著明に寄与する。

淋病への感染の診断は、合併症を軽減し、一層の伝播を低減するのに極めて重要である
。しかし、集中化したクラミジア感染症（Chlamydia）／淋病診断の結果として、現行の
臨床経路に内在する遅延は、著明な数の症状性患者が、陽性診断の非存在下で、患者の性
交渉歴および症候に従い、経験的に処置されていることを意味する。淋病感染が、他の多
数の性感染症と症候を共有することを踏まえると、症状性患者は、感染の病因についての
知見を伴わずに、複数の抗生剤のカクテルで処置されるので、過剰処置が重大な問題であ
る。このような無差別的な抗生剤の使用は、Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａにおける抗微生物剤耐
性の発生に対する著明な寄与因子となっており、そのスーパー耐性菌状態への進化をもた
らしている。

多年にわたり、広範にわたる抗生剤が、淋病感染の処置に使用されている。しかし、Ｎ
．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅは、抗微生物剤の選択圧の非存在下でであってもなお、抗微生
物剤耐性機構をたやすく発生させやすいことが実証されている。エリスロマイシンの化学
的誘導体であるアジスロマイシンは、１９８０年代初頭以来、淋病の処置に使用されてい
た（エリスロマイシンは、処置に十分に効果的ではなかった）。しかし、その実施後、ア
ジスロマイシンに対する耐性が急速に発生し、抗生剤の単剤療法では、もはや使用されて
いない。シプロフロキサシンは、１９８０年代半ばから、淋病感染を処置するのに広く使
用された。当初は、低用量が使用されたが、１９９０年までに感受性の低減が観察された
。最小推奨用量が増大した。しかし、耐性が発生し、２０００年代半ばまでに、シプロフ
ロキサシンが処置選択肢として放棄される程度にまで、急速に拡散した。セフィキシムお
よびセフトリアキソンという、２つの広域スペクトルセファロスポリン（ＥＳＣ）が、淋
病感染を処置するために広く使用されている。セフィキシムは、＞９５％の治癒率につい
ての基準を満たしたので、世界保健機構（ＷＨＯ）により、第１選択治療に推奨された、
唯一の経口ＥＳＣであった。しかし、セフィキシムに対する感受性の低減が、２０００年
代末に最初に観察されて以来、推奨処置は、セフトリアキソンおよびアジスロマイシンに
よる二重療法へと切り換えられた。

多剤耐性Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａへの不安は、感染を処置するための、広範にわたる抗生
剤の自由適用により増幅されている。処置のための新たな抗生剤の導入の後に、Ｎ．ｇｏ
ｎｏｒｒｈｏｅａｅによる薬物耐性の発生が急速に続いている。世界中で蔓延するＧｏｎ
ｏｒｒｈｏｅａ型の大部分は、超多剤耐性（ＸＤＲ）株（少なくとも２つの一般に使用さ
れる抗微生物剤に対して耐性である株）への発生まで、今や少数の耐性マーカーを隔てる
に過ぎない。実際、それぞれ、Ｈ０４１株およびＦ８９株という、２つのＸＤＲ株が、近
年、日本および欧州で同定されている。いずれの株も、淋病の処置のために、単剤療法で
使用されうる、最後の完全に効果的な抗微生物剤である、広域スペクトルセファロスポリ
ン（ＥＳＣ）のセフトリアキソンに対して耐性である。

一般に、特定の抗生剤の広範な使用は、選択圧を介して、耐性を推進することにより、
時間経過と共に、それらの有効性を減殺する。逆に、抗生剤の使用の減少は、時間経過と
共に、特定の薬物に対する耐性の蔓延を低減しうるであろう。したがって、処置を、Ｎ．
ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅが感受性である、最も狭い範囲の抗生剤へと限定することにより
、多剤耐性Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａの発生を緩徐化することが可能である。これは、抗微生
物剤のスチュワードシップとしてとして公知である。

抗生剤使用の低減を容易とするため、Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａへの感染を、迅速に診断す
ることが可能であれば、これは、症状性患者における症候群管理の結果としての過剰処置
を低減するので、有益であろう。Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ陽性である患者にとって、抗生剤
処置に対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのか、耐性株
に感染しているのかを知ることは、著明に有益であろう。これは、感染を効果的に処置し
、これにより、淋病の処置に現在利用可能な薬物の有用性を拡大するのに、可能な最も狭
い範囲の抗生剤の処方を誘導するであろう。

今日では、核酸増幅検査が、淋病感染の診断のための「ゴールドスタンダード」である
ので、多くの臨床検査室は、もはや、Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａの培養技法により抗生剤感受
性を決定するのに適する試料は受領しない。代わりに、培養物／寒天希釈液により完全耐
性プロファイルが確立される、「前哨」地点における集団についてのランダムサンプリン
グによる、抗微生物剤耐性株の監視が企図されている。この情報は、処置ガイドラインを
改変するのに使用されるが、全集団を代表しうるわけではない。診療所に来院したときに
、各患者について分子検査を実施しうるなら、症例ごとのベースで、効果的処置を投与し
、抗微生物剤に対するスチュワードシップおよび処置の転帰を改善しうるであろう。

現在のところ、非培養検体に由来する抗生剤感受性検査を可能とする、信頼できる技術
は存在しない。抗微生物剤耐性の決定因子について、文献では、多数の診断アッセイにつ
いて記載されている（ペニシリン、テトラサイクリン、マクロリド、フルオロキノロン、
および広域スペクトルセファロスポリンについて）が、それらの感度／特異度は、最適未
満であることが多い。また、抗生剤耐性の一因となる、多くの異なる突然変異も存在する
ので、どの耐性株が存在するのかを決定するのに、各異なる突然変異について調べること
は、実践的ではない。Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａの抗生剤耐性／感受性パターンを確立するた
めの、市販の診断用プラットフォームは現在のところ存在しない。

したがって、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、抗生剤による処置
に対して感受性または耐性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかど
うかを迅速に決定するのに使用しうる検査が必要とされている。

本出願人は、対象に感染する株の識別を決定するのに、標準的な培養技法による感受性
検査を実行したり、複数の異なる核酸検査を実行したりするのではなく、感染する株の核
酸が、野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定することだけが必要であることを
察知している。特に、感染する株の核酸が、それに関する突然変異が、抗微生物剤に対す
る耐性と関連することが公知である核酸の領域内に、野生型ヌクレオチド配列を含むのか
どうかは、簡単に決定することができる。対象が、野生型ヌクレオチド配列を含む株に感
染している場合、対象に、抗微生物剤を、単剤療法として投与することができる。対象が
、野生型配列を含まない株に感染している場合、対象に、異なる抗微生物剤または抗微生
物剤の組合せを投与することができる。

このような方法の使用は、抗微生物剤を、抗微生物剤により効果的に処置される可能性
が高い対象だけに投与し、耐性株に感染した対象には投与しないため、抗微生物剤耐性の
発生および／または拡散を制限するであろう。

本出願人は、そのＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株が発生している、各異なる抗生
剤について、この抗生剤に対して耐性である、大半の株またはほぼ全ての株では、ヌクレ
オチド配列内の一部の位置が突然変異することを認識している。本出願人は、これらの保
存的ヌクレオチド位置のうちの１または複数が、野生型ヌクレオチド配列を含有するのか
どうかを評価することにより、特定の株が、抗生剤に対して感受性であるのかどうかをた
やすく決定しうることを察知している。これは、Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａの培養技法を実施
する必要を伴わずに、核酸検査により行うことができる。

本出願人はまた、このような方法が、抗微生物剤に対して感受性である微生物の株と、
抗微生物剤に対して耐性である微生物の異なる株とが存在する微生物により引き起こされ
る、他の感染性疾患に適用可能であることも認識している。

本発明に従い、微生物により引き起こされる感染性疾患を患うかまたはこれを患うこと
が疑われる対象が、抗微生物剤に対して感受性である微生物の株に感染しているのかどう
かを決定する方法であって、抗微生物剤に対して耐性である微生物の１または複数の異な
る株が存在し、対象に感染する微生物の株の核酸が、野生型ヌクレオチド配列を含むのか
どうかを決定するステップを含む方法が提供される。

特に、本発明の方法は、対象に感染する微生物の株の核酸が、それに関する突然変異が
、抗微生物剤に対する耐性と関連することが公知である核酸の領域内に、野生型ヌクレオ
チド配列を含むのかどうかを決定するステップを含みうる。

領域は、感染する株の任意の長さの核酸領域、例えば、遺伝子の場合もあり、遺伝子の
部分、例えば、遺伝子のエクソンもしくはイントロンの場合もあり、複数の連続的ヌクレ
オチドの場合もあり、抗微生物剤に対する耐性と関連する一塩基多型（ＳＮＰ）など、単
一のヌクレオチドの場合もある。

特に、本発明の方法は、対象に感染する微生物の株の核酸が、保存的ヌクレオチド位置
において、野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップを含んでもよく
、その位置における突然変異は、異なる耐性株の核酸内で、抗微生物剤に対する耐性と関
連する。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
（項目１）
微生物により引き起こされる感染性疾患を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象
が、抗微生物剤に対して感受性である前記微生物の株に感染しているのかどうかを決定す
るための方法であって、前記抗微生物剤に対して耐性である前記微生物の異なる株が存在
し、前記方法は、前記対象に感染する前記微生物の前記株の核酸が、保存的ヌクレオチド
位置において、野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップを含み、保
存的ヌクレオチド位置における突然変異が、耐性である前記異なる株の核酸内で、前記抗
微生物剤に対する耐性と関連する、方法。
（項目２）
前記対象に感染する前記株の核酸が、第１の保存的ヌクレオチド位置および異なる第２
の保存的ヌクレオチド位置において、野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定し
、この場合、前記第１の保存的ヌクレオチド位置が、前記抗微生物剤に対して耐性である
前記微生物の株の第１のサブセット内で突然変異しており、前記第２の保存的ヌクレオチ
ド位置が、前記抗微生物剤に対して耐性である前記微生物の株の第２のサブセット内で突
然変異している、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記抗微生物剤が、第１の抗微生物剤であり、前記方法が、前記対象が、第２の抗微生
物剤に対して感受性である前記微生物の株に感染しているのかどうかを決定するステップ
をさらに含み、前記第２の抗微生物剤に対して耐性である前記微生物の異なる株が存在し
、前記対象に感染する前記微生物の前記株の核酸が、保存的ヌクレオチド位置において、
野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップを含み、保存的ヌクレオチ
ド位置における突然変異が、耐性の前記異なる株の核酸内で、前記第２の抗微生物剤に対
する耐性と関連する、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記対象が、前記第１の抗微生物剤に対して耐性である前記微生物の株に感染している
ことが決定される場合に、前記対象が、前記第２の抗微生物剤に対して感受性である前記
微生物の株に感染しているのかどうかを決定する、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記野生型ヌクレオチド配列について特異的に検出することにより、前記対象に感染す
る前記微生物の前記株が、前記野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステ
ップを含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目６）
前記対象から得られた、前記対象に感染する前記株の核酸の増幅を含む方法を使用して
、前記野生型ヌクレオチド配列について特異的に検出するステップを含む、項目５に記載
の方法。
（項目７）
ディップスティックを使用して、前記核酸の増幅から生じる産物について検出するステ
ップをさらに含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
厳密な条件下で、前記野生型ヌクレオチド配列と同じ配列であるかまたはこれと相補的
な配列を含む核酸とハイブリダイズするが、厳密な条件下で、前記抗微生物剤に対する耐
性と関連する前記保存的ヌクレオチド位置において突然変異を含むヌクレオチド配列と同
じ配列であるかまたはこれと相補的な配列を含む核酸とハイブリダイズしないオリゴヌク
レオチドを使用して、前記野生型ヌクレオチド配列について特異的に検出するステップを
含む、項目５から７のいずれかに記載の方法。
（項目９）
前記感染性疾患が、性感染疾患である、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記感染性疾患が、淋病である、前記項目のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
淋病を患う対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの抗生剤感受性株に
感染しているのかどうかを決定するためのものであり、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子、ｇｙｒＡ遺伝子、または２３Ｓリボ
ソームＲＮＡの保存的ヌクレオチド位置において、野生型ヌクレオチド配列を含むのかど
うかを決定するステップを含む、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのセファロスポリン感受性
株に感染しているのかどうかを決定するためのものであり、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎ
ｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位および／またはＡ５
１０位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定する、項目１１に記
載の方法。
（項目１３）
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子の
Ａ５０１位および／またはＡ５１６位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかど
うかを決定するステップをさらに含む、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
淋病を患う対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのセファロスポリン
感受性株に感染しているのかどうかを決定するためのものであり、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子の保存的位置、好ましく
は、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子のＡ５０１位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含む
のかどうかを決定するステップを含む、項目１０に記載の方法。
（項目１５）
前記対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのシプロフロキサシン感受
性株に感染しているのかどうかを決定するためのものであり、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏ
ｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／またはＤ９５位をコ
ードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定する、項目１１から１４のいず
れかに記載の方法。
（項目１６）
前記対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのアジスロマイシン感受性
株に感染しているのかどうかを決定するためのものであり、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎ
ｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位および／またはＡ
２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定し、任意選択で
、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３ＳリボソームＲＮＡの
Ｃ２６１１位および／またはＡ２０５９位をコードする突然変異体ヌクレオチド配列を含
まないのかどうかを決定する、項目１１から１５のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、野生型のｍｔｒＲプロモーター配列および／
またはｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうか
を決定するステップをさらに含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
ｉ）項目１１から１７のいずれかに記載の方法を使用して、前記対象が、セファロスポ
リン、シプロフロキサシン、およびアジスロマイシンから選択される第１の抗微生物剤に
対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているの
かどうかを決定するステップと；前記対象が、前記第１の抗微生物剤に対して耐性である
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染していることが決定される場合
、
ｉｉ）項目１１から１７のいずれかに記載の方法を使用して、前記対象が、セファロス
ポリン（Cephalopsorin）、シプロフロキサシン、およびアジスロマイシンから選択さ
れる異なる第２の抗微生物剤に対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定するステップと；前記対象が、前記第２の
抗微生物剤に対して耐性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染
していることが決定される場合、
ｉｉｉ）項目１１から１７のいずれかに記載の方法を使用して、前記対象が、セファロ
スポリン、シプロフロキサシン、およびアジスロマイシンから選択される異なる第３の抗
微生物剤に対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染
しているのかどうかを決定するステップと
を含む、項目１１に記載の方法。
（項目１９）
微生物により引き起こされる感染性疾患を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象
を処置するかまたはこの処置を処方する方法であって、
項目１から８のいずれかに記載の方法を使用して、抗微生物剤に対して感受性である前
記微生物の株に感染しているのかどうかを決定するステップであり、前記抗微生物剤に対
して耐性である前記微生物の異なる株が存在する、ステップと；
前記対象が、前記抗微生物剤に対して感受性である前記微生物の株に感染していること
が決定される場合に、前記対象へ、有効量の前記抗微生物剤を単剤療法として投与するか
または投与するために処方するステップと
を含む方法。
（項目２０）
項目１から８のいずれかに記載の方法を使用して、前記対象が、第１の抗微生物剤に対
して感受性である前記微生物の株に感染しているのかどうかを決定するステップであり、
前記第１の抗微生物剤に対して耐性である前記微生物の異なる株が存在する、ステップと
；
前記対象が、前記第１の抗微生物剤に対して感受性である前記微生物の株に感染してい
ることが決定される場合に、前記対象へ、有効量の前記第１の抗微生物剤を単剤療法とし
て投与するかまたは投与するために処方するステップと
を含むか；あるいは
項目１から８のいずれかに記載の方法を使用して、前記対象が、前記第１の抗微生物剤
に対して耐性である前記微生物の株に感染していることが決定される場合、前記対象が、
異なる第２の抗微生物剤に対して感受性である前記微生物の株に感染しているのかどうか
を決定するステップであり、前記第２の抗微生物剤に対して耐性である前記微生物の異な
る株が存在する、ステップと；
前記対象が、前記第２の抗微生物剤に対して感受性である前記微生物の株に感染してい
ることが決定される場合に、前記対象へ、有効量の前記第２の抗微生物剤を単剤療法とし
て投与するかもしくは投与するために処方するか；または
前記対象が、前記第２の抗微生物剤に対して耐性である前記微生物の株に感染している
ことが決定される場合に、前記対象へ、有効量の前記第１の抗微生物剤および前記第２の
抗微生物剤を、組合せ療法として投与するかもしくは投与するために処方するステップと
を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記感染性疾患が、淋病であり、前記方法が、
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子、
ｇｙｒＡ遺伝子、または２３ＳリボソームＲＮＡをコードする野生型ヌクレオチド配列を
含むのかどうかを決定することにより、前記対象が、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの抗生
剤感受性株に感染しているのかどうかを決定するステップと；
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子をコードする野生型
ヌクレオチド配列を含むことが決定される場合に、セファロスポリンを、前記対象へ、単
剤療法として投与するかもしくは投与するために処方するか；
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｇｙｒＡ遺伝子をコードする野生型ヌクレオ
チド配列を含むことが決定される場合に、シプロフロキサシンを、前記対象へ、単剤療法
として投与するかもしくは投与するために処方するか；または
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３ＳリボソームＲＮＡの野生型ヌクレオチ
ド配列を含むことが決定される場合に、アジスロマイシンを、前記対象へ、単剤療法とし
て投与するかもしくは投与するために処方するステップと
を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
前記感染性疾患が、淋病であり、前記方法が、
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子、
ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子、ｇｙｒＡ遺伝子、または２３ＳリボソームＲＮＡ、ならびに
、任意選択で、ｍｔｒＲ遺伝子および／またはｍｔｒＲプロモーターをコードする野生型
ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定することにより、前記対象が、Ｎ．ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅの抗生剤感受性株に感染しているのかどうかを決定するステップと；
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子またはｐｅｎＡ非モ
ザイク遺伝子をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むことが決定される場合に、セフ
ァロスポリンを、前記対象へ、単剤療法として投与するかもしくは投与するために処方す
るか；
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｇｙｒＡ遺伝子をコードする野生型ヌクレオ
チド配列を含むことが決定される場合に、シプロフロキサシンを、前記対象へ、単剤療法
として投与するかもしくは投与するために処方するか；または
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３ＳリボソームＲＮＡ、ならびに、任意選
択で、ｍｔｒＲ遺伝子および／もしくはｍｔｒＲプロモーターの野生型ヌクレオチド配列
を含むことが決定される場合に、アジスロマイシンを、前記対象へ、単剤療法として投与
するかもしくは投与するために処方するステップと
を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２３）
前記感染性疾患が、淋病であり、前記第１の抗微生物剤および前記第２の抗微生物剤が
各々、セファロスポリン、シプロフロキサシン、およびアジスロマイシンから選択され、
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子をコードする野生型ヌ
クレオチド配列を含むのかどうかを決定することにより、前記対象が、セファロスポリン
感受性株に感染しているのかどうかを決定し、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、
ｇｙｒＡ遺伝子をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定することに
より、前記対象が、シプロフロキサシン耐性株に感染しているのかどうかを決定し、Ｎ．
ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３ＳリボソームＲＮＡの野生型ヌクレオチド配列
を含むのかどうかを決定することにより、前記対象が、アジスロマイシン耐性株に感染し
ているのかどうかを決定する、項目２０に記載の方法。
（項目２４）
前記感染性疾患が、淋病であり、前記第１の抗微生物剤および前記第２の抗微生物剤が
各々、セファロスポリン、シプロフロキサシン、およびアジスロマイシンから選択され、
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子またはｐｅｎＡ非モザ
イク遺伝子をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定することにより
、前記対象が、セファロスポリン感受性株に感染しているのかどうかを決定し、Ｎ．ｇｏ
ｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｇｙｒＡ遺伝子をコードする野生型ヌクレオチド配列を
含むのかどうかを決定することにより、前記対象が、シプロフロキサシン耐性株に感染し
ているのかどうかを決定し、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３Ｓリボソーム
ＲＮＡの野生型ヌクレオチド配列、ならびに、任意選択で、ｍｔｒＲ遺伝子および／また
はｍｔｒＲプロモーターを含むのかどうかを決定することにより、前記対象が、アジスロ
マイシン耐性株に感染しているのかどうかを決定する、項目２０に記載の方法。
（項目２５）
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子の
Ｆ５０４位および／またはＡ５１０位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかど
うかを決定することにより、前記対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
のセファロスポリン感受性株に感染しているのかどうかを決定するステップと；Ｎ．ｇｏ
ｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位および／またはＡ
５１０位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むことが決定される場合に、有効量の
セファロスポリンを、前記対象へ、単剤療法として投与するかまたは投与するために処方
するステップとを含む、項目２１から２４のいずれかに記載の方法。
（項目２６）
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子の
Ａ５０１位および／またはＡ５１６位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかど
うかを決定するステップと；Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡモザイク
遺伝子のＦ５０４位および／またはＡ５１０位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含
むことが決定される場合に、有効量のセファロスポリンを、前記対象へ、単剤療法として
投与するかまたは投与するために処方するステップとをさらに含む、項目２５に記載の方
法。
（項目２７）
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子
のＡ５０１位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定することによ
り、前記対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのセファロスポリン感受
性株に感染しているのかどうかを決定するステップと；Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前
記株が、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子のＡ５０１位をコードする野生型ヌクレオチド配列を
含むことが決定される場合に、有効量のセファロスポリンを、前記対象へ、単剤療法とし
て投与するかまたは投与するために処方するステップとを含む、項目２２または２４に記
載の方法。
（項目２８）
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位
および／またはＤ９５位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定す
ることにより、前記対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのシプロフロ
キサシン感受性株に感染しているのかどうかを決定するステップと；Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅの前記株が、ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／またはＤ９５位をコードする野
生型ヌクレオチド配列を含むことが決定される場合に、有効量のシプロフロキサシンを、
前記対象へ、単剤療法として投与するかまたは投与するために処方するステップとを含む
、項目２１から２７のいずれかに記載の方法。
（項目２９）
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３ＳリボソームＲＮＡの
Ｃ２６１１位および／またはＡ２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むの
かどうかを決定することにより、前記対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅ
ａｅのアジスロマイシン感受性株に感染しているのかどうかを決定するステップと；Ｎ．
ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３ＳリボソームＲＮＡの野生型ヌクレオチド配列
を含むことが決定される場合に、有効量のアジスロマイシンを、単剤療法として投与する
かまたは投与するために処方するステップとを含む、項目２１から２８のいずれかに記載
の方法。
（項目３０）
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３ＳリボソームＲＮＡの
Ｃ２６１１位および／またはＡ２０５９位をコードする突然変異体ヌクレオチド配列を含
まないのかどうかを決定するステップと；Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３
ＳリボソームＲＮＡの野生型ヌクレオチド配列を含み、２３ＳリボソームＲＮＡの突然変
異体ヌクレオチド配列を含まないことが決定される場合に、有効量のアジスロマイシンを
、単剤療法として投与するかまたは投与するために処方するステップとをさらに含む、項
目２９に記載の方法。
（項目３１）
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、野生型のｍｔｒＲプロモーター配列および／
またはｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうか
を決定するステップと；Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、２３ＳリボソームＲＮ
Ａの野生型ヌクレオチド配列を含み、任意選択で、２３ＳリボソームＲＮＡの突然変異体
ヌクレオチド配列を含まず、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの前記株が、野生型のｍｔｒＲ
プロモーター配列および／またはｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコードする野生型ヌクレオ
チド配列を含むことが決定される場合に、有効量のアジスロマイシンを、単剤療法として
投与するかまたは投与するために処方するステップとをさらに含む、項目２９または３０
に記載の方法。
（項目３２）
淋病を患う対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの抗生剤感受性株に
感染しているのかどうかを決定するためのキットであって、
ｉ）厳密な条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子の野生型ヌクレオチド配列と同じ配列で
あるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダ
イズするオリゴヌクレオチドであり、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位および／もし
くはＡ５１０位をコードする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同
じ配列であるヌクレオチド配列を含み、厳密な条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５
０４位および／もしくはＡ５１０位における突然変異をコードするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏ
ｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含
むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド；ならび
に／または
ｉｉ）厳密な条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子の野生型ヌクレオチド配列と同じ配列
であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリ
ダイズするオリゴヌクレオチドであり、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／も
しくはＡ５１６位をコードする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと
同じ配列であるヌクレオチド配列を含み、厳密な条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ
５０１位および／もしくはＡ５１６位における突然変異をコードするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を
含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド；なら
びに／または
ｉｉｉ）厳密な条件下で、ｇｙｒＡ遺伝子の野生型ヌクレオチド配列と同じ配列である
かもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズ
するオリゴヌクレオチドであり、ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／もしくはＤ９５位を
コードする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同じ配列であるヌク
レオチド配列を含み、厳密な条件下で、ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／もしくはＤ９
５位における突然変異をコードするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド
配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
核酸とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド；ならびに／または
ｉｖ）厳密な条件下で、２３ＳリボソームＲＮＡの野生型ヌクレオチド配列と同じ配列
であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリ
ダイズするオリゴヌクレオチドであり、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位および／
もしくはＡ２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこ
れと同じ配列であるヌクレオチド配列を含み、厳密な条件下で、２３ＳリボソームＲＮＡ
のＣ２６１１位および／もしくはＡ２０５９位における突然変異をコードするＮ．ｇｏｎ
ｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的
な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチ
ド
を含むキット。
（項目３３）
（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）および／もしくは（ｉｉｉ）および／もしくは（ｉｖ
）の前記オリゴヌクレオチド、ならびに／または
ｖ）厳密な条件下で、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子の野生型ヌクレオチド配列と同じ配列
であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリ
ダイズするオリゴヌクレオチドであり、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子のＡ５０１位をコード
する野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同じ配列であるヌクレオチ
ド配列を含み、厳密な条件下で、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子のＡ５０１位における突然変
異をコードするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列であ
るかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイ
ズしないオリゴヌクレオチドを含む、項目３２に記載のキット。
（項目３４）
（ｉｖ）の前記オリゴヌクレオチドを含み、
ｖｉ）厳密な条件下で、ｍｔｒＲプロモーターの−１０〜−３５位における野生型ヌク
レオチド配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅ核酸とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであり、ｍｔｒＲプロモーターの
−１０〜−３５における野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同じ配
列であるヌクレオチド配列を含み、厳密な条件下で、ｍｔｒＲプロモーターの−１０〜−
３５位における突然変異を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列
と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸
とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド；および／または
ｖｉｉ）厳密な条件下で、ｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコードする野生型ヌクレオチド
配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
核酸とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであり、ｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコー
ドする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同じ配列であるヌクレオ
チド配列を含み、厳密な条件下で、ｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位における突然変異をコード
するＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列であるかもしく
はこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズしないオ
リゴヌクレオチド
をさらに含む、項目３２または３３に記載のキット。
（項目３５）
前記オリゴヌクレオチドが、厳密な条件下で、
ＡＡＡＣＣＧＧＣＡＣＧＧＣＧＣＧＣＡＡＧＴＴＣＧＴＣＡＡＣＧＧＧＣＧＴ（配列番号
１）；
ＴＡＴＧＣＣＧＡＣＡＡＣＡＡＡＣＡＣＧＴＣＧＣＴＡＣＣＴＴＴＡＴＣＧＧ（配列番号
２）；
ＡＡＡＴＡＣＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＣＧＡＴＴＣＣＧＣＡＧＴＴＴＡＣＧＡＣ（配列番
号３）；
ＡＣＣＡＴＣＧＴＣＣＧＴＡＴＧＧＣＧＣＡＡＡＡＴＴＴＣＧＣＴＡＴＧＣＧＴ（配列番
号４）；
ＧＡＡＧＡＴＧＣＡＡＴＣＴＡＣＣＣＧＣＴＧＣＴＡＧＡＣＧＧＡＡＡＧＡＣＣＣＣＧＴ
ＧＡＡＣＣＴＴＴＡＣＴＧＴＡＧＣＴＴＴＧＣ（配列番号５）；または
ＣＡＴＴＴＡＡＡＧＴＧＧＴＡＣＧＴＧＡＧＣＴＧＧＧＴＴＴＡＡＡＡＣＧＴＣＧＴＧＡ
ＧＡＣＡＧＴＴＴＧＧＴＣＣＣＴＡＴＣＴＧＣＡＧＴＧＧＧ（配列番号６）
のヌクレオチド配列と同じ配列であるかまたはこれと相補的な配列を含む核酸とハイブリ
ダイズするオリゴヌクレオチドから選択される、項目３２から３４のいずれかに記載のキ
ット。
（項目３６）
厳密な条件下で、
ＡＡＡＣＣＧＧＣＡＣＧＧＣＧＣＧＣＡＡＧＴＴＣＧＴＣＡＡＣＧＧＧＣＧＴ（配列番号
１）；
ＴＡＴＧＣＣＧＡＣＡＡＣＡＡＡＣＡＣＧＴＣＧＣＴＡＣＣＴＴＴＡＴＣＧＧ（配列番号
２）；
ＡＡＡＴＡＣＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＣＧＡＴＴＣＣＧＣＡＧＴＴＴＡＣＧＡＣ（配列番
号３）；
ＡＣＣＡＴＣＧＴＣＣＧＴＡＴＧＧＣＧＣＡＡＡＡＴＴＴＣＧＣＴＡＴＧＣＧＴ（配列番
号４）；
ＧＡＡＧＡＴＧＣＡＡＴＣＴＡＣＣＣＧＣＴＧＣＴＡＧＡＣＧＧＡＡＡＧＡＣＣＣＣＧＴ
ＧＡＡＣＣＴＴＴＡＣＴＧＴＡＧＣＴＴＴＧＣ（配列番号５）；または
ＣＡＴＴＴＡＡＡＧＴＧＧＴＡＣＧＴＧＡＧＣＴＧＧＧＴＴＴＡＡＡＡＣＧＴＣＧＴＧＡ
ＧＡＣＡＧＴＴＴＧＧＴＣＣＣＴＡＴＣＴＧＣＡＧＴＧＧＧ（配列番号６）；または
ＡＡＡＣＣＧＧＣＡＣＧＧＣＧＣＧＣＡＡＧＴＴＣＧＴＣＡＡＣＧＧＧＣＧＴＴＡＴＧＣ
ＣＧＡＣＡＡＣＡＡＡＣＡＣＧＴＣＧＣＴＡＣＣＴＴＴＡＴＣＧＧ（配列番号７）；また
は
ＡＡＡＴＡＣＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＣＧＡＴＴＣＣＧＣＡＧＴＴＴＡＣＧＡＣＡＣＣＡ
ＴＣＧＴＣＣＧＴＡＴＧＧＣＧＣＡＡＡＡＴＴＴＣＧＣＴＡＴＧＣＧＴ（配列番号８）
のヌクレオチド配列と同じ配列であるかまたはこれと相補的な配列を含む核酸とハイブリ
ダイズするオリゴヌクレオチドから選択されるオリゴヌクレオチドを含む、項目３２から
３４のいずれかに記載のキット。
（項目３７）
厳密な条件下で、
ＧＡＡＧＡＴＧＣＡＡＴＣＴＡＣＣＣＧＣＴＧＣＴＡＧＡＣＧＧＡＡＡＧＡＣＣＣＣＧＴ
ＧＡＡＣＣＴＴＴＡＣＴＧＴＡＧＣＴＴＴＧＣ（配列番号５）；
ＣＡＴＴＴＡＡＡＧＴＧＧＴＡＣＧＴＧＡＧＣＴＧＧＧＴＴＴＡＡＡＡＣＧＴＣＧＴＧＡ
ＧＡＣＡＧＴＴＴＧＧＴＣＣＣＴＡＴＣＴＧＣＡＧＴＧＧＧ（配列番号６）；
ＡＡＡＣＣＧＧＣＡＣＧＧＣＧＣＧＣＡＡＧＴＴＣＧＴＣＡＡＣＧＧＧＣＧＴＴＡＴＧＣ
ＣＧＡＣＡＡＣＡＡＡＣＡＣＧＴＣＧＣＴＡＣＣＴＴＴＡＴＣＧＧ（配列番号７）；また
は
ＡＡＡＴＡＣＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＣＧＡＴＴＣＣＧＣＡＧＴＴＴＡＣＧＡＣＡＣＣＡ
ＴＣＧＴＣＣＧＴＡＴＧＧＣＧＣＡＡＡＡＴＴＴＣＧＣＴＡＴＧＣＧＴ （配列番号８）
のヌクレオチド配列と同じ配列であるかまたはこれと相補的な配列を含む核酸とハイブリ
ダイズするオリゴヌクレオチドから選択されるオリゴヌクレオチドを含む、項目３２から
３４のいずれかに記載のキット。
（項目３８）
ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／もしくはＡ５１６位；ｇｙｒＡ遺伝子の
Ｓ９１位および／もしくはＤ９５位；または２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位およ
び／もしくはＡ２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むＮｅｉｓｓｅｒｉ
ａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーをさら
に含む、項目３２から３７のいずれかに記載のキット。
（項目３９）
ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位および／もしくはＡ５１０位、ならびに、任意選
択で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／もしくはＡ５１６位；ｇｙｒＡ遺伝
子のＳ９１位および／もしくはＤ９５位；または２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位
および／もしくはＡ２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むＮｅｉｓｓｅ
ｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーを
さらに含む、項目３２から３７のいずれかに記載のキット。
（項目４０）
ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位および／またはＡ５１０位、ならびに、任意選択
で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／またはＡ５１６位；ｐｅｎＡ非モザイ
ク遺伝子のＡ５０１位；ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／またはＤ９５位；２３Ｓリボ
ソームＲＮＡのＣ２６１１位および／またはＡ２０５９位、ならびに、任意選択で、ｍｔ
ｒＲプロモーターの−１０〜−３５位および／またはｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコード
する野生型ヌクレオチド配列を含むＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸を
増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーをさらに含む、項目３２から３８のいずれ
かに記載のキット。

本発明の実施形態について、添付の図面を参照しながら、下記に記載する。

図１Ａは、１００を超えるｐｅｎＡ配列のうちの、ヌクレオチド１５９０〜１６６０の配列アライメントを示す図である。野生型と異なる残基を強調する。ｐｅｎＡ突然変異体内の保存的突然変異の箇所を示す。図１Ｂは、ｐｅｎＡ野生型配列を検出するためにターゲティングする領域の一次ヌクレオチド配列を示す図である。モザイクｐｅｎＡ対立遺伝子内で突然変異している残基を強調する。

図２Ａは、Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａのおよそ１５０のｇｙｒＡ配列のうちの、ヌクレオチド２１０〜３４０の配列アライメントを示す図である。野生型と異なる残基を強調する。ｇｙｒＡ突然変異体内の保存的突然変異の箇所を示す。図２Ｂは、ｇｙｒＡ野生型配列を検出するためにターゲティングする領域の一次ヌクレオチド配列を示す図である。シプロフロキサシン耐性ｇｙｒＡ突然変異体内で突然変異している残基を強調する。

図３Ａは、野生型についての、Ａ２０５９Ｇ突然変異体との配列アライメントを示す図であり、突然変異を２列目に示す（この領域内の、他の全てのヌクレオチドは、野生型と突然変異体との間で同じである）。図３Ｂは、野生型についての、Ｃ２６１１Ｔ突然変異体との配列アライメントを示す図であり、突然変異を２、３、および４列目に示す。この領域内の、他の全てのヌクレオチドは、野生型と突然変異体との間で同じである。

本明細書では、「保存的ヌクレオチド位置」という用語は、耐性株について、この位置
におけるヌクレオチド配列が、感受性株内の対応する位置におけるヌクレオチド配列と異
なるので、このヌクレオチド位置における配列は、抗微生物剤に対する耐性と関連するこ
とを意味するのに使用される。場合によって、保存的ヌクレオチド位置は、一塩基多型（
ＳＮＰ）、例えば、保存的ヌクレオチド位置が見出されるヌクレオチド配列によりコード
されるアミノ酸配列の変化を結果としてもたらすＳＮＰ（非同義ＳＮＰ）の場合もあり、
コードされるアミノ酸配列の変化を結果としてもたらさないＳＮＰ（同義ＳＮＰ）の場合
もある。また、抗微生物剤に対する耐性と関連する、２カ所またはこれを超えて隣接する
保存的ヌクレオチド位置が存在することも可能である。

一部の実施形態では、保存的ヌクレオチド位置は、抗微生物剤に対して耐性である公知
の微生物の株全てにおいて突然変異している可能性があり、抗微生物剤に対して感受性で
ある公知の株全てにおいて突然変異していない可能性がある。抗微生物剤に対して耐性で
ある公知の微生物の株全てが、保存的ヌクレオチド位置において突然変異している場合、
この保存的ヌクレオチド位置における野生型配列の存在を決定するだけで、対象に感染す
る株が、抗微生物剤に対して感受性であることを決定することが可能となるであろう。

しかし、一部の抗微生物剤については、この抗微生物剤に対して耐性である公知の微生
物の株全てにおいて突然変異した保存的ヌクレオチド位置が存在しない場合もある。この
ような状況下では、感染する株が、この抗微生物剤に対して耐性であるのかどうかに関し
て、信頼できる決定を下しうるように、対象に感染する株の核酸が、異なる保存的ヌクレ
オチド位置の組合せであって、各公知の微生物の耐性株が、組合せの保存的ヌクレオチド
位置のうちの一方または他方において、突然変異を含む組合せにおいて、野生型ヌクレオ
チド配列を含むのかどうかを決定することが必要でありうる。例えば、第１の保存的ヌク
レオチド位置は、抗微生物剤に対して耐性である公知の微生物の株の第１のサブセット内
で突然変異している可能性があり、第２の保存的ヌクレオチド位置は、抗微生物剤に対し
て耐性である公知の微生物の株の異なる第２のサブセット内で突然変異している可能性が
ある。抗微生物剤に対して耐性である公知の微生物の株全てが、第１のサブセットと第２
のサブセットとの組合せに含まれている場合、対象が、抗微生物剤による処置に対して感
受性である微生物の株に感染しているのかどうかを決定するには、対象に感染する株の核
酸が、第１の保存的ヌクレオチド位置および第２の保存的ヌクレオチド位置において、野
生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定することが要請されるであろう。

代替的に、抗微生物剤に対して耐性である公知の微生物の株全てにおいて突然変異して
いる保存的ヌクレオチド位置も存在せず、そのうちの少なくとも１つが、各公知の微生物
の耐性株において突然変異している保存的ヌクレオチド位置の組合せも存在しない、例え
ば、公知の耐性株の大部分の各々だけにおいて（または少なくとも６０％、７０％、８０
％、もしくは９０％において）突然変異している保存的ヌクレオチド位置の組合せも存在
しない場合、感染する株の核酸が、この位置またはこの位置の組合せにおいて、野生型ヌ
クレオチド配列を含むのかどうかを決定することにより、対象に感染する株が、抗微生物
剤に対して感受性である可能性が高いのかどうかを決定することもできる。

抗微生物剤に対して感受性であることが公知の微生物の１または複数の株のヌクレオチ
ド配列を、抗微生物剤に対して耐性であることが公知の微生物の１または複数の株のヌク
レオチド配列とアライメントすることにより、ヌクレオチド位置が、保存的ヌクレオチド
位置であるのかどうかを決定することができる。突然変異が耐性株には存在するが感受性
株には存在しない任意のヌクレオチド位置は、耐性と関連する保存的ヌクレオチド位置で
あろう。同様の方法を使用して、より長いヌクレオチド配列の領域が、耐性と関連するの
かどうかを決定することができる。

当業者には、核酸配列アライメントプログラムが周知である。適切なプログラムの例は
、ＢＬＡＳＴ、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｏｍｅｇａ、およびＭｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃ
ｅ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｂｙ Ｌｏｇ−Ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ（ＭＵＳＣＬＥ）な
ど、複数の配列アライメントプログラムを含む。

株の増殖を阻害する抗微生物剤の最小濃度（最小阻害濃度（ＭＩＣ））を決定するため
に、例えば寒天培養ディッシュ上で、株の培養物を抗微生物剤の異なる希釈液へと曝露す
ることにより、微生物の株が、抗微生物剤に対して感受性であるのかどうかを決定するこ
とができる。当業者には、このような技法が周知である。抗微生物剤に対して感受性であ
る微生物の株は、ＭＩＣが耐性株より小さいであろう。

微生物は、関与性の抗微生物剤について、感受性微生物、中程度に感受性の微生物、お
よび耐性微生物へと類別することができる。感受性微生物を、非感受性微生物から区別す
る濃度を、Ｓ切断点と呼び、Ｓ≦Ｘｍｇ／Ｌ（式中、Ｘは、ＭＩＣ値である）と表し、耐
性微生物を、非耐性微生物（例えば、感受性微生物または中程度に感受性の微生物）から
区別する濃度を、Ｒ切断点と呼び、Ｒ＞Ｙｍｇ／Ｌ（式中、Ｙは、Ｘと同じであるかまた
はこれを超えるＭＩＣ値でありうる）と表す。臨床切断点とは、処置が成功する可能性が
高い株を、処置が失敗する可能性が高い株から区別するＭＩＣを指す。欧州では、Ｅｕｒ
ｏｐｅａｎ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｎ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｓｕｓｃｅｐｔ
ｉｂｉｌｉｔｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ（ＥＵＣＡＳＴ）が、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｅｄｉｃｉ
ｎｅｓ Ａｇｅｎｃｙ（ＥＭＡ）と共に、抗微生物剤についての臨床切断点を決定してい
る（Kahlmeter、Upsala Journal of Medical Sciences、２０１４年、１１９巻：７
８〜８６頁）。これらは、公表されており、ＥＵＣＡＳＴのウェブサイト（ｗｗｗ．ｅｕ
ｃａｓｔ．ｏｒｇ）上で利用可能である。米国では、切断点は、Ｃｌｉｎｉｃａｌ ＆
Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＣＬＳＩ）（ｗｗｗ
．ｃｌｓｉ．ｏｒｇ）により決定されている。

「野生型ヌクレオチド配列」とは、抗微生物剤に対して感受性である微生物の１または
複数の株には存在するが、抗微生物剤に対して耐性である１または複数の株には存在しな
い配列であって、野生型配列の突然変異が、抗微生物剤に対する耐性と関連する配列を意
味することが察知される。

抗微生物剤は、抗微生物剤に対して感受性である微生物の株の増殖または複製を防止ま
たは阻害し、対象において、株により引き起こされる感染性疾患を処置するために使用さ
れうる、任意の抗微生物剤でありうる。例は、抗生剤、抗ウイルス剤、または抗真菌剤を
含む。抗生剤は、例えば、静菌剤の場合もあり、殺菌剤の場合もある。

１または複数の抗微生物剤に対して耐性である微生物の異なる株が存在することが公知
の微生物により引き起こされる感染性疾患の例を、下記の表１に明示する。

淋病を処置するために、過去または現在において推奨されている抗微生物剤に対する、
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅにおける耐性の決定因子および機構につい
ては、UnemoおよびShafer、Clinical Microbiology Reviews、２０１４年、２７巻（３
号）：５８７〜６１３頁により、特に、この文献の表１において記載されている。抗微生
物剤処置に対するＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性と関連する公知の
突然変異を、下記の表２にまとめる。

感染性疾患は、性感染疾患でありうる。特定の実施形態では、感染性疾患は、淋病であ
る。このような実施形態では、抗微生物剤は、セファロスポリン、シプロフロキサシン、
またはアジスロマイシンなど、抗生剤でありうる。セファロスポリンは、セフィキシムま
たはセフトリアキソンなど、広域スペクトルセファロスポリン（ＥＳＣ）でありうる。

Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅについてのＥＵＣＡＳＴ ＭＩＣ切断点
（２０１５年１月１日から有効）は、セフィキシム：Ｓ≦０．１２５ｍｇ／Ｌ；Ｒ＞０．
１２５ｍｇ／Ｌ；セフトリアキソン：Ｓ≦０．１２５ｍｇ／Ｌ；Ｒ＞０．１２５ｍｇ／Ｌ
；シプロフロキサシン：Ｓ≦０．０３１２５ｍｇ／Ｌ；Ｒ＞０．０６２５ｍｇ／Ｌ；アジ
スロマイシン：Ｓ≦０．２５ｍｇ／Ｌ；Ｒ＞０．５ｍｇ／Ｌ（ｗｗｗ．ｅｕｃａｓｔ．ｏ
ｒｇ）である。

感染性疾患が淋病である、他の実施形態では、抗微生物剤は、スルホンアミド、ペニシ
リン（例えば、ペニシリンＧまたはアンピシリン）、テトラサイクリン（例えば、テトラ
サイクリンまたはドキシサイクリン）、スペクチノマイシン、キノロン（例えば、シプロ
フロキサシン（ciproflaxin）またはオフロキサシン）、マクロリド（例えば、エリスロ
マイシンまたはアジスロマイシン）、またはセファロスポリン（例えば、セフチブテン、
セフポドキシム、セフィキシム、セフォタキシム、またはセフトリアキソン）でありうる
。このような実施形態では、本発明の方法は、対象に感染するＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏ
ｎｏｒｒｈｏｅａｅの株の核酸が、上記の表２で列挙した遺伝子のうちのいずれか、また
は上記の表２で列挙した遺伝子の領域もしくは保存的ヌクレオチド位置（特に、ＳＮＰ）
のうちのいずれかであって、それに関する突然変異が、抗微生物剤に対する耐性と関連す
ることが公知である遺伝子または遺伝子の領域もしくは保存的ヌクレオチド位置において
、野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップを含みうる。

ｐｅｎＡ遺伝子（ペニシリン結合性タンパク質２；ＰＢＰ２をコードする）内の複数の
突然変異が、淋病におけるＥＳＣ耐性に関与しており、これらのうちで著明な関与性を有
するのは、ｐｅｎＡモザイク対立遺伝子であると考えられている。モザイクｐｅｎＡは、
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅにより、遺伝子形質転換を介して獲得され
た可能性が高い、多数の異なるＮｅｉｓｓｅｒｉａ属種に由来する複数の領域を含む。３
０を超えるモザイク対立遺伝子が、循環中に存在し、これらの各々は、突然変異の数およ
び識別が、野生型のＧｏｎｏｒｒｈｏｅａ配列と比べて変動している。しかし、ある特定
の突然変異は、大部分のｐｅｎＡモザイク対立遺伝子の間で保存的である。

モザイクｐｅｎＡが、セフィキシム耐性の発生における、唯一の著名な決定因子である
と考えられる。しかし、耐性を決定的に付与する、単一のモザイク対立遺伝子は存在しな
い。しかし、本出願人は、野生型ｐｅｎＡ配列を伴う患者を同定することにより、セフィ
キシム処置に対して感受性である、全ての患者を同定することが可能であることを察知し
ている。セフトリアキソン耐性の機構は、セフィキシムについての機構より著明に複雑で
ある。３０を超えるｐｅｎＡモザイク対立遺伝子のうちのいずれか１つの存在は、耐性の
発生における主要な因子であるが、耐性を確保するわけではない。むしろ、耐性は、ｐｅ
ｎＡ遺伝子、ｍｔｒＲ遺伝子、およびｐｏｒＢ遺伝子における、複雑な相乗作用突然変異
に依存する。しかし、現在、高レベルのセフトリアキソン耐性を伴うと同定されている、
全てのＧｏｎｏｒｒｈｏｅａ株は、モザイクｐｅｎＡを有する。どの対象が、野生型ｐｅ
ｎＡを含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかの決定は、セフトリアキ
ソンによる処置に対して感受性である淋病感染を伴う対象の同定を可能とする。

シプロフロキサシンなどのキノロンは、ＤＮＡ代謝に要請される２つの酵素である、Ｄ
ＮＡギラーゼおよびトポイソメラーゼＩＶの活性を阻害することにより作用する。キノロ
ンに対する耐性は、ＤＮＡギラーゼおよびトポイソメラーゼＩＶ（それぞれ、ｇｙｒＡお
よびｐａｒＣ）をコードする遺伝子における、一塩基多型（ＳＮＰ）の獲得を介して発生
した。ｇｙｒＡ単独における特異的ＳＮＰ（Ｓ９１およびＤ９５における）で、低〜中レ
ベルの耐性を誘発するのに十分である。高レベルの耐性は、ｇｙｒＡおよびｐａｒＣの両
方における突然変異を要請する。どの対象が、野生型ｇｙｒＡを含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅの株に感染しているのかの決定は、シプロフロキサシンによる処置に対して感受
性である淋病を伴う対象の同定を可能とする。これは、淋病を患う対象のうちの約５０％
を占める可能性が高く、ＥＳＣなどの薬物の使用を、処置選択肢として、可能な限り温存
しながら、廉価な抗生剤の使用を可能とするであろう。

アジスロマイシンは、５０Ｓサブユニットの一部である、２３ＳリボソームＲＮＡ（ｒ
ＲＮＡ）に結合することから、細菌タンパク質合成の阻害をもたらすことにより作用する
。アジスロマイシンに対する耐性は、２３Ｓ ｒＲＮＡのメチラーゼ修飾；細胞からの抗
生剤の除去を増大させるように作用しうる、排出ポンプの過剰発現；または２３Ｓ ｒＲ
ＮＡの特定のヌクレオチドの一塩基多型（ＳＮＰ）により生じうる。アジスロマイシンは
、Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ陽性患者において高頻度で見出される、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ属感
染に推奨される処置である。多くの先進国では、処置の成功を確保するのに、セフトリア
キソンと共に、アジスロマイシンを投与する。対象が、アジスロマイシン感受性Ｇｏｎｏ
ｒｒｈｏｅａに感染しているのかどうかについて知ることにより、それをこれらの患者の
ために、単剤療法として使用することを可能とし、これにより、ＥＳＣは、アジスロマイ
シンに対して耐性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染してい
る他の対象のための処置選択肢として温存される。２３Ｓ ｒＲＮＡ配列内のＳＮＰの結
果として生じる耐性を検出することが可能なのは、核酸検査だけである。しかし、メチラ
ーゼ修飾は、アジスロマイシン株では、極めてまれである。核酸検査はまた、排出ポンプ
の過剰発現の結果として生じる、アジスロマイシンに対する耐性を検出するのにも使用す
ることができる。

本発明に従い、淋病を患う対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの抗
生剤感受性株に感染しているのかどうかを決定する方法であって、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子、ｇｙｒＡ遺伝子、または２３
ＳリボソームＲＮＡをコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するス
テップを含む方法が提供される。

本発明に従い、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、抗微生物剤に対
して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのか
どうかを決定する方法であって、対象に感染するＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株の核酸
が、保存的ヌクレオチド位置において、野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定
するステップを含み、その位置における突然変異が、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの異な
る株であり抗微生物剤に対して耐性である株の核酸内で、抗微生物剤に対する耐性と関連
する、方法もまた提供される。

本発明の一部の実施形態に従い、ｐｅｎＡモザイク遺伝子内の１または複数の保存的ヌ
クレオチド位置における突然変異は、セファロスポリンに対する耐性と関連する。特に、
ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位およびＡ５１０位をコードするヌクレオチド配列に
おける突然変異が、セファロスポリンに対して耐性である株内の、ほぼ全てのモザイク対
立遺伝子において保存的である一方、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位およびＡ５１
６位をコードするヌクレオチド配列における突然変異は、セファロスポリンに対して耐性
である株内の、モザイク対立遺伝子のより小さなサブセットにおいて保存的である。

したがって、本発明の一部の実施形態では、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑わ
れる対象が、セファロスポリンに対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定する方法であって、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅの株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位および／またはＡ５１０位をコー
ドする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップを含む方法が提供さ
れる。これに代えてまたは加えて、方法は、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ
ｅの株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／またはＡ５１６位をコードする
野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップも含みうる。

他の実施形態では、非モザイクｐｅｎＡ遺伝子のＡ５０１位をコードするヌクレオチド
配列における突然変異（特に、Ａ５０１Ｖ）は、セファロスポリン（とりわけ、セフトリ
アキソンおよびセフィキシム）に対して耐性である株内で保存的である（UnemoおよびSha
fer、Clinical Microbiology Reviews、２０１４年、２７巻（３号）：５８７〜６１３
頁）。したがって、本発明に従い、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が
、セファロスポリンに対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
の株に感染しているのかどうかを決定する方法であって、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの
株が、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子のＡ５０１位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含
むのかどうかを決定するステップを含む方法もまた提供される。

本発明の他の実施形態に従い、ｇｙｒＡ遺伝子内の１または複数の保存的ヌクレオチド
位置における突然変異は、シプロフロキサシンに対する耐性と関連する。特に、ｇｙｒＡ
遺伝子のＳ９１位および／またはＤ９５位をコードするヌクレオチド配列における突然変
異は、シプロフロキサシンに対して耐性である株内で保存的である。

したがって、本発明の一部の実施形態では、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑わ
れる対象が、シプロフロキサシンに対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定する方法であって、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅの株が、ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／またはＤ９５位をコードする野生
型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップを含む方法が提供される。

本発明のさらなる実施形態に従い、２３ＳリボソームＲＮＡ内の、１または複数の保存
的ヌクレオチド位置における突然変異は、アジスロマイシンに対する耐性と関連する。特
に、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位および／またはＡ２０５９位をコードするヌ
クレオチド配列における突然変異は、アジスロマイシンに対して耐性である株内で保存的
である。

２３ＳリボソームＲＮＡの特異点における突然変異は、様々な程度の耐性を結果として
もたらしうる。例えば、Ｃ２６１１Ｔが、低レベルの耐性を有する株と関連するのに対し
、Ａ２０５９Ｇは、高レベルの耐性を有する株と関連する。アジスロマイシンに対する耐
性のレベルはまた、突然変異した２３Ｓ対立遺伝子の数とも連関する。Ｎ．ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅは、２３ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の４つのコピーを有する。突然変異が、対
立遺伝子のうちの１つだけにおいて観察される場合、突然変異が、Ａ２０５９Ｇであって
も、観察される耐性は、低レベルであろう。しかし、単一の突然変異した対立遺伝子を伴
う株は、アジスロマイシンによる処置に対して感受性であっても、急速に、高レベルの耐
性を発生させるであろう。

したがって、本発明の一部の実施形態では、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑わ
れる対象が、アジスロマイシンに対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定する方法であって、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅの株が、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位および／またはＡ２０５９位を
コードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップを含む方法が提
供される。任意選択で、方法はさらに、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、２３Ｓリボ
ソームＲＮＡのＣ２６１１位および／またはＡ２０５９位をコードする突然変異体ヌクレ
オチド配列を含まないのかどうかを決定するステップを含みうる。

株が、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位および／またはＡ２０５９位をコードす
る、検出可能な突然変異体ヌクレオチド配列を含まない場合、２３ＳリボソームＲＮＡ遺
伝子の４つのコピー全ては、野生型であり、対象は、アジスロマイシンに対して感受性で
あるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染していることが結論付けら
れうる。

株が、Ｃ２６１１位および／またはＡ２０５９位をコードする突然変異体ヌクレオチド
配列を含むのかどうかを決定することができる。何らかの突然変異体配列が存在する場合
（例えば、２３ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の単一のコピーだけが、突然変異体配列を含む
場合であっても）、アジスロマイシン耐性を選択しないように、アジスロマイシンによる
処置を回避すべきである。

Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位および／
またはＡ２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含む（かつ、任意選択で、Ｃ
２６１１位および／またはＡ２０５９位をコードする突然変異体ヌクレオチド配列を含ま
ない）のかどうかの決定は、野生型（および、任意選択で、突然変異体）のコード配列自
体について検出することにより実行することもでき、このような配列によりコードされる
野生型（および、任意選択で、突然変異体）の２３ＳリボソームＲＮＡ配列について検出
することにより実行することもできる。

Ngら（Antimicrobial Agents and Chemotherapy、２００２年、４６巻（９号）：３
０２０〜３０２５頁）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ対立遺伝子の各々：
対立遺伝子１：ＴＣＡＧＡＡＴＧＣＣＡＣＡＧＣＴＴＡＣＡＡＡＣＴ（配列番号１０）；
対立遺伝子２：ＧＣＧＡＣＣＡＴＡＣＣＡＡＡＣＡＣＣＣＡＣＡＧＧ（配列番号１１）；
対立遺伝子３：ＧＡＴＣＣＣＧＴＴＧＣＡＧＴＧＡＡＧＡＡＡＧＴＣ（配列番号１２）；
対立遺伝子４：ＡＡＣＡＧＡＣＴＴＡＣＴＡＴＣＣＣＡＴＴＣＡＧＣ（配列番号１３）
に特異的なプライマーと対合させた、配列：ＡＣＧＡＡＴＧＧＣＧＴＡＡＣＧＡＴＧＧＣ
ＣＡＣＡ（配列番号９）のＰＣＲフォワードプライマーを使用するＰＣＲによる、Ｎｅｉ
ｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの２３ＳリボソームＲＮＡの４つの対立遺伝子の
特異的な増幅について記載している。

対立遺伝子特異的プライマーは、２３Ｓ ｒＲＮＡの下流においてプライミングする。

Ｎｇらにより使用されたＰＣＲ条件は、９４℃で１分間の変性、アニーリングのための
６６℃（対立遺伝子２および３について）または６８℃（対立遺伝子１および４について
）で１．５分間、および伸長のための７２℃で２．５分間の３０サイクルにわたる条件で
あった。

次いで、得られた単位複製配列を、配列番号９のＰＣＲフォワードプライマーと、配列
：ＴＴＣＧＴＣＣＡＣＴＣＣＧＧＴＣＣＴＣＴＣＧＴＡ（配列番号１４）のリバースプラ
イマーとを使用する、第２のＰＣＲ反応における鋳型として使用した。この第２のＰＣＲ
反応のための条件は、９４℃で１分間の変性、アニーリングのための５９℃で１分間、お
よび伸長のための７２℃で１分間の３５サイクルにわたる条件であった。

本発明に従う同様の方法を使用して、対象に感染するＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅの株が、２３Ｓ ｒＲＮＡのＣ２６１１位および／またはＡ２０５９位をコ
ードする野生型ヌクレオチド配列を含み、任意選択で、２３Ｓ ｒＲＮＡのＣ２６１１位
および／またはＡ２０５９位をコードする突然変異体ヌクレオチド配列を含まないのかど
うかを決定することができる。例えば、第２のＰＣＲ反応の産物を、シーケンシングする
か、またはハイブリダイズ条件下で、野生型配列を含むＰＣＲ産物と、突然変異体配列を
含むＰＣＲ産物とを識別することが可能な、標識化オリゴヌクレオチドプローブと共にイ
ンキュベートすることができる。

核酸検査はまた、排出ポンプの過剰発現の結果として生じる、アジスロマイシンに対す
る耐性を検出するのにも使用することができる。ＭｔｒＣＤＥ排出ポンプは、構造的に多
様な疎水性抗微生物剤を移出しうる。ＭｔｒＣＤＥ排出ポンプの基質に対する中程度レベ
ルの耐性を示す淋菌株は、ｍｔｒＣＤＥプロモーターに結合するＭｔｒＲリプレッサーを
コードする、ｍｔｒＲ遺伝子のＤＮＡ結合性ドメインコード領域内のミスセンス突然変異
（一般に、アミノ酸残基３２〜５３のヘリックス−ターン−ヘリックスドメイン内のＧ４
５Ｄ置換）を有することが典型的である。高レベルの耐性を発現させる株は、ｍｔｒＲプ
ロモーター内に、突然変異（最も高頻度には、−１０〜−３５におけるヘキサマー配列の
間の１３塩基対の逆位リピート配列内の、単一の「Ａ」ヌクレオチドの欠失）を有する。
このような突然変異は、ＭｔｒＣＤＥ排出ポンプの過剰発現およびＭｔｒＣＤＥ排出ポン
プからの排出の増大を結果としてもたらす（UnemoおよびShafer、Clinical Microbiolog
y Reviews、２０１４年、２７巻（３号）：５８７〜６１３頁）。

したがって、本発明の一部の実施形態では、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑わ
れる対象が、アジスロマイシンに対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定する方法はさらに、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅの株が、野生型のｍｔｒＲプロモーター配列（特に、−１０〜−３５におけるヘ
キサマー配列の間の野生型の１３塩基対のリピート配列）、および／またはｍｔｒＲ遺伝
子のアミノ酸残基３２〜５３のヘリックス−ターン−ヘリックスドメイン内のＧ４５位を
コードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するステップを含みうる。

Zarantonelliら（Antimicrobial Agents and Chemotherapy、１９９９年、４３巻（
１０号）：２４６８〜２４７２頁）およびNgら（Antimicrobial Agents and Chemothe
rapy、２００２年、４６巻（９号）：３０２０〜３０２５頁）は、プライマー：ＡＣＴＧ
ＡＡＧＣＴＴＡＴＴＴＣＣＧＧＣＧＣＡＧＧＣＡＧＧＧ（配列番号１５）およびＧＡＣＧ
ＡＣＡＧＴＧＣＣＡＡＴＧＣＡＡＣＧ（配列番号１６）を使用して、プロモーター領域を
含むｍｔｒＲ遺伝子をＰＣＲ増幅するための方法について記載している。このような方法
は、本発明に従い、対象に感染するＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が
、野生型のｍｔｒＲプロモーター配列および／またはｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコード
する野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定するのに使用することができる。例
えば、ＰＣＲ反応の産物を、シーケンシングするか、またはハイブリダイズ条件下で、野
生型配列を含むＰＣＲ産物と、突然変異体配列を含むＰＣＲ産物とを識別することが可能
な、標識化オリゴヌクレオチドプローブと共にインキュベートすることができる。

Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの複数の株について、ゲノム配列が決定
されている。例えば、Lewisら、The Complete Genome Sequence of Neisseria gon
orrhoeae（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号：ＡＥ００４９６９、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏ
ｒｒｈｏｅａｅ ＦＡ１０９０、完全ゲノム）；Chungら、Complete Genome Sequence
of Neisseria gonorrhoeae NCCP11945、Journal of Bacteriology、２００８年、
６０３５〜６０３６頁（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号：ＣＰ００１０５０）；Hessら、Genome
Sequence of a Neisseria gonorrhoeae Isolate of a Successful Internati
onal Clone with Decreased Susceptibility and Resistance to Extended-Spec
trum Cephalosporins、Antimicrobial Agents and Chemotherapy、２０１２年、５６
巻（１１号）：５６３３〜５６４１頁（ＳＭ−３株）を参照されたい。

Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ株ＬＭ３０６についての、ペニシリン結
合性タンパク質２（ｐｅｎＡ）遺伝子の配列であって、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ受託番
号：Ｍ３２０９１（ｖｅｒｓｉｏｎ Ｍ３２０９１．１；Spratt、Nature（１９８８年）
、３３２巻（６１６０号）、１７３〜１７６頁）に基づく配列と、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ株ＦＡ１０９０についての、ｇｙｒＡ遺伝子、およびｍｔｒＲ遺
伝子、ならびに２３ＳリボソームＲＮＡの対立遺伝子の配列であって、ＮＣＢＩ基準配列
：ＮＣ＿００２９４６．２に基づく配列とを、下記に提示する。これらの配列（または他
の利用可能なＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ配列）を使用して、特定の野
生型配列（または野生型配列の組合せ）が、対象に感染するＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎ
ｏｒｒｈｏｅａｅの株内に存在するのかどうかを決定するように、適切なオリゴヌクレオ
チドプライマーおよびオリゴヌクレオチドプローブをデザインすることができる。

Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子をコー
ドする野生型ヌクレオチド配列を含む場合、対象を、単剤療法としてのセファロスポリン
により、効果的に処置しうることが予測される。Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏ
ｅａｅの株が、ｇｙｒＡ遺伝子をコードする野生型ヌクレオチド配列を含む場合、対象を
、単剤療法としてのシプロフロキサシンにより、効果的に処置しうることが予測される。
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、２３ＳリボソームＲＮＡをコード
する野生型ヌクレオチド配列を含む（かつ、任意選択で、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２
６１１位および／またはＡ２０５９位をコードする突然変異体ヌクレオチド配列を含まな
い）場合、対象を、単剤療法としてのアジスロマイシンにより、効果的に処置しうること
が予測される。同様に、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株がまた、野生
型のｍｔｒＲプロモーター配列および／またはｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコードする野
生型ヌクレオチド配列も含む場合、対象を、単剤療法としてのアジスロマイシンにより、
効果的に処置しうることが予測される。

本発明の一部の実施形態では、対象が、複数の異なる抗微生物剤のうちのいずれかに対
して感受性である微生物の株に感染しているのかどうかを決定することができる。このよ
うな実施形態では、異なる抗微生物剤に関する決定を、例えば、単回の検査で、同時に下
すことができる。例えば、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、シプロ
フロキサシン、アジスロマイシン、およびセファロスポリン；シプロフロキサシンおよび
アジスロマイシン；シプロフロキサシンおよびセファロスポリン；またはアジスロマイシ
ンおよびセファロスポリンの各々に対して感受性であるＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定することができる。

他の実施形態では、抗微生物剤のうちの１つについて、感染性疾患を患うかまたはこれ
を患うことが疑われる対象が、この抗微生物剤に対して感受性である微生物の株に感染し
ているのかどうかを、まず決定することができる。対象が、抗微生物剤に対して感受性で
ある微生物の株に感染していることが見出される場合、対象に、抗微生物剤を、単剤療法
として投与するかまたは投与するために処方することができる。対象が、抗微生物剤に対
して耐性である微生物の株に感染していることが見出される場合、対象が、第２の抗微生
物剤に対して感受性である微生物の株に感染しているのかどうかを決定することができる
。対象が、第２の抗微生物剤に対して感受性である微生物の株に感染していることが見出
される場合、対象に、第２の抗微生物剤を、単剤療法として投与するかまたは投与するた
めに処方することができる。対象が、第２の抗微生物剤に対して耐性である微生物の株に
感染していることが見出されており、微生物に対するさらなる抗微生物剤が公知である場
合、対象に感染する株が感受性である抗微生物剤が見出されるまで、対象が、第３の抗微
生物剤などに対して感受性である微生物の株に感染しているのかどうかを決定することが
できる。対象に感染する株が感受性である抗微生物剤が存在しない場合、対象に、株が耐
性である抗微生物剤のうちの２つまたはこれを超える組合せを投与するかまたは投与する
ために処方することができる。

例えば、本発明の一部の実施形態では、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる
対象が、シプロフロキサシン、アジスロマイシン、およびセファロスポリンから選択され
る抗微生物剤のうちのいずれかに対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に
感染しているのかどうかを、まず決定することができる。対象が、選択される抗微生物剤
に対して感受性である株に感染していることが見出される場合、対象に、この抗微生物剤
を、単剤療法として投与することができる。対象が、選択される抗微生物剤に対して耐性
である株に感染していることが見出される場合、対象が、残りの抗微生物剤のうちの１つ
に対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定
することができる。対象が、第２の選択される抗微生物剤に対して感受性である株に感染
していることが見出される場合、対象に、この抗微生物剤を、単剤療法として投与するこ
とができる。対象が、第２の選択される抗微生物剤に対して耐性である株に感染している
ことが見出される場合、対象が、残りの抗微生物剤に対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定することができる。対象が、第３の選
択される抗微生物剤に対して感受性である株に感染していることが見出される場合、対象
に、この抗微生物剤を、単剤療法として投与することができる。対象が、第３の選択され
る抗微生物剤に対して耐性である株に感染していることが見出される場合、対象に、第１
の選択される抗微生物剤と第２の選択される抗微生物剤との組合せ、第１の選択される抗
微生物剤と第３の選択される抗微生物剤との組合せ、もしくは第２の選択される抗微生物
剤と第３の選択される抗微生物剤との組合せ、または３つの抗微生物剤全てを投与するこ
とができる。

このような方法により、抗微生物剤の使用は、単剤療法として選択される抗微生物剤に
対して感受性であることが公知の株により引き起こされる感染の処置に限定され、抗微生
物剤に対して耐性である株に対する抗微生物剤の使用は、最小化され、これにより、この
ような耐性株に対する選択量が低減される。このような方法は、抗微生物剤に対する耐性
の蔓延のほか、耐性の発生または拡散、および複数の抗微生物剤に対する耐性（多剤耐性
）の発生も低減する。

例えば、シプロフロキサシン、アジスロマイシン、およびセファロスポリンについての
感受性の決定は、以下の順序：セファロスポリン、次いで、アジスロマイシン、次いで、
シプロフロキサシン；セファロスポリン、次いで、シプロフロキサシン、次いで、アジス
ロマイシン；アジスロマイシン、次いで、シプロフロキサシン、次いで、セファロスポリ
ン；アジスロマイシン、次いで、セファロスポリン、次いで、シプロフロキサシン；シプ
ロフロキサシン、次いで、セファロスポリン、次いで、アジスロマイシン；シプロフロキ
サシン、次いで、アジスロマイシン、次いで、セファロスポリンのうちのいずれかで下す
ことができる。

例えば、本発明の一部の実施形態では、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる
対象が、シプロフロキサシンに対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感
染しているのかどうかを、まず決定することができる。対象が、シプロフロキサシンに対
して感受性である株に感染していることが見出される場合、対象に、シプロフロキサシン
を、単剤療法として投与することができる。対象が、シプロフロキサシンに対して耐性で
ある株に感染していることが見出される場合、対象が、アジスロマイシンに対して感受性
であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定することができ
る。対象が、アジスロマイシンに対して感受性である株に感染していることが見出される
場合、対象に、アジスロマイシンを、単剤療法として投与することができる。対象が、ア
ジスロマイシンに対して耐性である株に感染していることが見出される場合、対象が、セ
ファロスポリンに対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているの
かどうかを決定することができる。対象が、セファロスポリンに対して感受性である株に
感染していることが見出される場合、対象に、セファロスポリンを、単剤療法として投与
することができる。対象が、セファロスポリンに対して耐性である株に感染していること
が見出される場合、対象に、アジスロマイシンおよびセファロスポリン、またはシプロフ
ロキサシンおよびアジスロマイシン、またはシプロフロキサシンおよびセファロスポリン
を投与することができる。

他の実施形態では、淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、アジスロマ
イシンに対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうか
を、まず決定することができる。対象が、アジスロマイシンに対して感受性である株に感
染していることが見出される場合、対象に、アジスロマイシンを、単剤療法として投与す
ることができる。対象が、アジスロマイシンに対して耐性である株に感染していることが
見出される場合、対象が、シプロフロキサシンに対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定することができる。対象が、シプロフロキ
サシンに対して感受性である株に感染していることが見出される場合、対象に、シプロフ
ロキサシンを、単剤療法として投与することができる。対象が、シプロフロキサシンに対
して耐性である株に感染していることが見出される場合、対象が、セファロスポリンに対
して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定する
ことができる。対象が、セファロスポリンに対して感受性である株に感染していることが
見出される場合、対象に、セファロスポリンを、単剤療法として投与することができる。
対象が、セファロスポリンに対して耐性である株に感染していることが見出される場合、
対象に、アジスロマイシンおよびセファロスポリン、またはシプロフロキサシンおよびア
ジスロマイシン、またはシプロフロキサシンおよびセファロスポリンを投与することがで
きる。

代替的に、シプロフロキサシン、アジスロマイシン、およびセファロスポリンのうちの
２つについての感受性の決定は、任意の順序、例えば、シプロフロキサシン、次いで、ア
ジスロマイシン；シプロフロキサシン、次いで、セファロスポリン；アジスロマイシン、
次いで、セファロスポリン；アジスロマイシン、次いで、シプロフロキサシン；セファロ
スポリン、次いで、シプロフロキサシン；またはシプロフロキサシン、次いで、セファロ
スポリンの順序で下すことができる。

また、本発明に従い、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅに感染した対象を処置するための方
法であって、
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子、ｇｙｒＡ遺伝子、また
は２３ＳリボソームＲＮＡをコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定
することにより、対象が、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの抗生剤感受性株に感染している
のかどうかを決定するステップと；
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子をコードする野生型ヌク
レオチド配列を含むことが決定される場合、セファロスポリンを、対象へ、単剤療法とし
て投与するか；または
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、ｇｙｒＡ遺伝子をコードする野生型ヌクレオチド
配列を含むことが決定される場合、シプロフロキサシンを、対象へ、単剤療法として投与
するか；または
Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、２３ＳリボソームＲＮＡの野生型ヌクレオチド配
列を含むことが決定される場合、アジスロマイシンを、対象へ、単剤療法として投与する
ステップとを含む方法
も提供される。

対象が、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのセファロスポリン感受性株に感染しているのか
どうかは、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位お
よび／またはＡ５１０位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定す
ることにより決定することができる。任意選択で、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、
ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／またはＡ５１６位をコードする野生型ヌク
レオチド配列を含むのかどうかもさらに決定することができる。他の実施形態では、対象
が、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのセファロスポリン感受性株に感染しているのかどうか
は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子のＡ５０１位をコー
ドする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定することにより決定することがで
きる。

対象が、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのシプロフロキサシン感受性株に感染しているの
かどうかは、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／ま
たはＤ９５位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定することによ
り決定することができる。

対象が、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅのアジスロマイシン感受性株に感染しているのか
どうかは、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株が、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位
および／またはＡ２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列を伴う核酸を含むのか
どうかを決定することにより決定することができる。任意選択で、また、Ｎ．ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅの株が、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位および／またはＡ２０５９
位をコードする突然変異体ヌクレオチド配列を含まないのかどうかを決定することができ
る。任意選択で、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株がまた、野生型のｍｔｒＲプロモータ
ー配列（特に、−１０〜−３５におけるヘキサマー配列の間の野生型の１３塩基対のリピ
ート配列）および／またはｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコードする野生型ヌクレオチド配
列も含むのかどうかを決定することができる。

Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅに感染した対象を処置するための本発明の一部の方法は、
ｉ）淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、第１の抗微生物剤に対して
感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定するステ
ップと；
ｉｉ）対象が、第１の抗微生物剤に対して感受性である株に感染していることが見出さ
れる場合、第１の抗微生物剤を、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｉｉｉ）対象が、第１の抗微生物剤に対して耐性である株に感染していることが見出さ
れる場合、対象が、第２の抗微生物剤に対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
の株に感染しているのかどうかを決定するステップと；
ｉｖ）対象が、第２の抗微生物剤に対して感受性である株に感染していることが見出さ
れる場合、第２の抗微生物剤を、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｖ）対象が、第２の抗微生物剤に対して耐性である株に感染していることが見出される
場合、第１の抗微生物剤および第２の抗微生物剤を、組合せ療法として、対象へ投与する
ステップと
を含む。

第１の抗微生物剤および第２の抗微生物剤は、シプロフロキサシン、アジスロマイシン
、およびセファロスポリンから選択することができる。例えば、第１の抗微生物剤および
第２の抗微生物剤はそれぞれ、シプロフロキサシンおよびアジスロマイシン；シプロフロ
キサシンおよびセファロスポリン；アジスロマイシンおよびセファロスポリン；アジスロ
マイシンおよびシプロフロキサシン；セファロスポリンおよびシプロフロキサシン；また
はシプロフロキサシンおよびセファロスポリンでありうる。

他の実施形態では、第１の抗微生物剤および第２の抗微生物剤は、上記の表２で列挙し
た抗微生物剤のうちのいずれかから選択することができる。

３つの抗微生物剤について調べる、一部の実施形態では、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
に感染した対象を処置するための本発明の方法は、
ｉ）感染性疾患を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、第１の抗微生物剤に
対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定す
るステップと；
ｉｉ）対象が、第１の抗微生物剤に対して感受性である株に感染していることが見出さ
れる場合、第１の抗微生物剤を、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｉｉｉ）対象が、第１の抗微生物剤に対して耐性である株に感染していることが見出さ
れる場合、対象が、第２の抗微生物剤に対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
の株に感染しているのかどうかを決定するステップと；
ｉｖ）対象が、第２の抗微生物剤に対して感受性である株に感染していることが見出さ
れる場合、第２の抗微生物剤を、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｖ）対象が、第２の抗微生物剤に対して耐性である株に感染していることが見出される
場合、対象が、第３の抗微生物剤に対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株
に感染しているのかどうかを決定するステップと；
ｖｉ）対象が、第３の抗微生物剤に対して感受性である株に感染していることが見出さ
れる場合、第３の抗微生物剤を、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｖｉｉ）対象が、第３の抗微生物剤に対して耐性である株に感染していることが見出さ
れる場合、第１の抗微生物剤および第２の抗微生物剤、第１の抗微生物剤および第３の抗
微生物剤、第２の抗微生物剤および第３の抗微生物剤、または第１の抗微生物剤、第２の
抗微生物剤、および第３の抗微生物剤を、組合せ療法として、対象へ投与するステップと
を含みうる。

例えば、第１の抗微生物剤、第２の抗微生物剤、および第３の抗微生物剤はそれぞれ、
セファロスポリン、アジスロマイシン、およびシプロフロキサシン；セファロスポリン、
シプロフロキサシン、およびアジスロマイシン；アジスロマイシン、シプロフロキサシン
、およびセファロスポリン；アジスロマイシン、セファロスポリン、およびシプロフロキ
サシン；シプロフロキサシン、セファロスポリン、およびアジスロマイシン；またはシプ
ロフロキサシン、アジスロマイシン、およびセファロスポリンでありうる。

他の実施形態では、第１の抗微生物剤、第２の抗微生物剤、および第３の抗微生物剤は
、上記の表２で列挙した抗微生物剤のうちのいずれかから選択することができる。

例えば、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅに感染した対象を処置するための本発明の方法は
、
ｉ）淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、シプロフロキサシンに対し
て感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定するス
テップと；
ｉｉ）対象が、シプロフロキサシンに対して感受性である株に感染していることが見出
される場合、シプロフロキサシンを、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｉｉｉ）対象が、シプロフロキサシンに対して耐性である株に感染していることが見出
される場合、対象が、アジスロマイシンに対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ
ｅの株に感染しているのかどうかを決定するステップと；
ｉｖ）対象が、アジスロマイシンに対して感受性である株に感染していることが見出さ
れる場合、アジスロマイシンを、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｖ）対象が、アジスロマイシンに対して耐性である株に感染していることが見出される
場合、対象が、セファロスポリンに対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株
に感染しているのかどうかを決定するステップと；
ｖｉ）対象が、セファロスポリンに対して感受性である株に感染していることが見出さ
れる場合、セファロスポリンを、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｖｉｉ）対象が、セファロスポリンに対して耐性である株に感染していることが見出さ
れる場合、アジスロマイシンおよびセファロスポリン、シプロフロキサシンおよびアジス
ロマイシン、またはシプロフロキサシンおよびセファロスポリンを、組合せ療法として、
対象へ投与するステップと
を含みうる。

代替的な例では、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅに感染した対象を処置するための本発明
の方法は、
ｉ）淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、アジスロマイシンに対して
感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定するステ
ップと；
ｉｉ）対象が、アジスロマイシンに対して感受性である株に感染していることが見出さ
れる場合、アジスロマイシンを、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｉｉｉ）対象が、アジスロマイシンに対して耐性である株に感染していることが見出さ
れる場合、対象が、シプロフロキサシンに対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ
ｅの株に感染しているのかどうかを決定するステップと；
ｉｖ）対象が、シプロフロキサシンに対して感受性である株に感染していることが見出
される場合、シプロフロキサシンを、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｖ）対象が、シプロフロキサシンに対して耐性である株に感染していることが見出され
る場合、対象が、セファロスポリンに対して感受性であるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの
株に感染しているのかどうかを決定するステップと；
ｖｉ）対象が、セファロスポリンに対して感受性である株に感染していることが見出さ
れる場合、セファロスポリンを、単剤療法として、対象へ投与するステップと；
ｖｉｉ）対象が、セファロスポリンに対して耐性である株に感染していることが見出さ
れる場合、アジスロマイシンおよびセファロスポリン、シプロフロキサシンおよびアジス
ロマイシン、またはシプロフロキサシンおよびセファロスポリンを、組合せ療法として、
対象へ投与するステップと
を含みうる。

対象は、ヒト対象であることが典型的である。対象は、男性のヒト対象の場合もあり、
女性のヒト対象の場合もある。対象は、感染性疾患について、症状性の場合もあり、無症
状性の場合もある。

対象に感染する微生物の株の核酸が、野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定
する方法は、対象から得られた核酸を使用して実行することもでき、対象から得られた核
酸から導出された核酸を使用して実行することもできる。核酸は、例えば、対象から得ら
れた核酸の核酸増幅または対象から得られた核酸と相補的な核酸鎖（すなわち、配列）の
合成により、対象から得られた核酸から導出することができる。

対象に感染する微生物の株の核酸が、野生型ヌクレオチド配列を含むのかどうかを決定
する方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ方法でありうる。方法は、対象から得られた生体試料に対
して実行することができる。生体試料は、野生型配列の検出を可能とするのに十分な数量
の、感染する微生物の株の核酸を含有しうる、任意の生体試料でありうる。例えば、生体
試料は、血液試料、血漿試料、または尿試料でありうる。生体試料の他の例は、直腸試料
、口腔咽頭試料、膣試料、尿道試料、外陰部試料、尿道口試料、子宮頸管試料、血清試料
、皮膚試料、または結膜試料を含む。Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸の存在について調
べるための生体試料の例は、直腸試料、口腔咽頭試料、膣試料、尿試料、尿道試料、外陰
部試料、尿道口試料、子宮頸管試料を含む。ＭＲＳＡについて調べるための生体試料の例
は、鼻腔、鼠径部、腋窩、または皮膚から採取されたスワブを含む。

任意の適切な方法を使用して、対象が、野生型ヌクレオチド配列を含む核酸を含む微生
物の株に感染しているのかどうかを決定することができる。一部の実施形態では、野生型
ヌクレオチド配列について特異的に検出することにより、対象が、野生型ヌクレオチド配
列を含む核酸を含む微生物の株に感染しているのかどうかを決定する。例えば、野生型ヌ
クレオチド配列は、野生型ヌクレオチド配列と相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドを
活用するために、特異的に検出することができる。適切な厳密性の条件下で、相補的なオ
リゴヌクレオチドは、野生型ヌクレオチド配列を含む核酸とはハイブリダイズするが、突
然変異体配列を含む核酸とはハイブリダイズしない。オリゴヌクレオチドが、核酸とハイ
ブリダイズしたのかどうかの検出を使用して、野生型ヌクレオチド配列が存在するのかど
うかを決定することができる。当業者には、このような方法を実行するのに適する技法が
周知である。

他の実施形態では、野生型ヌクレオチド配列は、野生型ヌクレオチド配列と同じ配列で
ある配列を含むオリゴヌクレオチドを活用するために、検出することができる。適切な厳
密性の条件下で、このようなオリゴヌクレオチドは、野生型ヌクレオチド配列と相補的な
核酸とはハイブリダイズするが、突然変異体配列と相補的な核酸とはハイブリダイズしな
い。オリゴヌクレオチドが、相補的な核酸とハイブリダイズしたのかどうかの検出を使用
して、野生型ヌクレオチド配列が存在するのかどうかを決定することができる。当業者に
は、このような方法を実行するのに適する技法が周知である。

対象に感染する微生物の株の核酸は、生体試料中に極めて低量で存在する場合がある。
したがって、野生型配列が存在するのかどうかの決定を可能とするには、感染する株の核
酸を増幅することが必要でありうる。当業者には、核酸増幅の方法が周知である。適切な
増幅方法の例は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、核
酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写を介する増幅（ＴＭＡ）、自己持続配列複製（
３ＳＲ）など、転写ベースの増幅を含む等温核酸増幅（ChanおよびFox、Rev. Med. Mic
robiol.、１０巻：１８５〜１９６頁（１９９９年）；Guatelliら、Proc. Natl. Acad.
Sci.、８７巻：１８７４〜１８７８頁（１９９０年）；Compton、Nature、３５０巻：
９１〜９２頁（１９９１年））を含む。適切な等温核酸増幅方法のさらなる例は、ループ
を介する等温増幅（ＬＡＭＰ）である（Notomiら、Nucleic Acids Res.、２８巻（１２
号）：Ｅ６３頁）。

対象に感染する微生物の株の核酸であって、野生型ヌクレオチド配列と同じ配列である
かもしくはこれと相補的なオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションのために使用
されるか、または野生型配列が存在するのかどうかの決定を可能とするように増幅される
核酸は、微生物ゲノム核酸、特に微生物ゲノムＤＮＡまたは微生物ゲノムＲＮＡ（例えば
、レトロウイルスなど、ＲＮＡウイルスのゲノムＲＮＡ）の場合もあり、微生物ゲノムＤ
ＮＡから転写された微生物ＲＮＡ（例えば、２３ＳリボソームＲＮＡなど）の場合もある
ことが察知されるであろう。

本発明の特定の実施形態に従い、増幅産物は、ディップスティックを使用して検出する
ことができる。ディップスティック検出の適切な方法では、増幅産物は、毛細管作用によ
り、ディップスティックに沿って、ディップスティックの捕捉帯域へと輸送され、捕捉帯
域において検出される。増幅産物は、捕捉プローブとのハイブリダイゼーションにより、
増幅産物を、ディップスティックの捕捉帯域に固定化し、検出プローブとのハイブリダイ
ゼーションにより、捕捉帯域において検出する、サンドイッチ核酸ディップスティック検
出アッセイを使用して、捕捉および検出することができる。

当業者には、ディップスティックアッセイによる核酸の検出方法が公知である。本出願
人は、ディップスティック検出の、特に高感度な方法を開発したが、これらは、ＷＯ０２
／００４６６７、ＷＯ０２／０４６６８、ＷＯ０２／００４６６９、ＷＯ０２／０４６７
１、ＷＯ２００８／０９０３４０、およびDinevaら（Journal of Clinical Microbiol
ogy、２００５年、４３巻（８号）：４０１５〜４０２１頁）において記載されている。

従来の核酸増幅反応の欠点は、偽陽性をもたらしうる非標的核酸の、標的核酸との夾雑
の危険性であることが周知である。従来、核酸増幅反応における夾雑の危険性は、検査室
内で、試料の調製、核酸の増幅、および増幅された核酸の検出に特化した別個の領域を使
用して反応を実行することにより最小化されている。しかし、これは、核酸増幅反応を、
このような施設から離れた場所で実行する場合（例えば、現場、医師の診療室、自宅、遠
隔地方、または専門施設が利用可能でない場合がある開発途上国において）、不可能であ
ることが察知されるであろう。

本出願人は、核酸増幅反応を、専門検査施設から離れた場所で実行する場合、増幅反応
を、外部環境から密封された加工チャンバー内で実施することにより夾雑の危険性を低減
しうることを察知している。次いで、増幅産物の検出を、これもまた外部環境から密封さ
れた、解析チャンバー内で実行することができる。

加工チャンバーおよび解析チャンバーは、デバイスにより提供することができる。デバ
イスには、標的核酸の増幅に要請される試薬（酵素活性を含む）および／または増幅産物
の検出に要請される試薬（凍結乾燥形態であることが適する）をあらかじめロードするこ
とができる。

他の試料の、増幅産物との夾雑の危険性は、そのさらなる増幅を防止する核酸修飾剤ま
たは加水分解剤で、増幅産物を処理することにより低減することができる。適切な処理は
、核酸を修飾および分解する化学的処理、例えば、化学的ヌクレアーゼによる核酸の非酵
素的分解である。化学的ヌクレアーゼの例は、Sigmanら（J.Biol. Chem（１９７９年）
、２５４巻、１２２６９〜１２２７２頁）およびChiou（J. Biochem（１９８４年）、９
６巻、１３０７〜１３１０頁）により記載されている、銅フェナントロリン−Ｃｕ（ＩＩ
）切断剤またはアスコルベート−Ｃｕ（ＩＩ）切断剤などの二価金属キレート錯体である
。代替的に、標的核酸内に天然では存在しない塩基を、増幅産物へと組み込むこともでき
る。例えば、ｄＵＴＰを使用して、ウラシルを、ＤＮＡ増幅産物へと組み込むことができ
る（ＵＳ５，０３５，９９６において記載されている通り）。次いで、増幅の前に、ウラ
シルＤＮＡグリコシラーゼ（ＵＤＧ）を、このようなＤＮＡ増幅産物と夾雑している可能
性がある試料へと添加すれば、これは、試料中の天然のＤＮＡに影響を及ぼさずに、任意
の夾雑する増幅産物（ウラシルを含有する）の酵素的加水分解を引き起こすであろう。

標的核酸の増幅および／または増幅産物の検出に要請される試薬は、凍結乾燥形態で提
供することができる。凍結乾燥は、試薬の安定性を改善し、これにより、試薬を、高温で
、より長期にわたり保管することを可能とする。凍結乾燥はまた、それらの輸送が容易と
なるように、試薬の重量および容量も低減する。したがって、凍結乾燥試薬の使用は、本
発明の方法を、現場で実行するために有利である。

本出願人は、（凍結乾燥させると、）試薬を、少なくとも１年間にわたり、最大３７℃
の温度で、安定状態に維持することが可能な、凍結乾燥製剤（すなわち、ＷＯ２００８／
０９０３４０において記載されている、凍結乾燥に適する製剤）を開発した。これは、試
薬の低温保存またはコールドチェーン輸送に対する要請を除去する。製剤はまた、凍結乾
燥の後で、迅速に再水和させうるという利点も有する。現場では、核酸標的の増幅または
増幅産物の検出に要請される試薬が、増幅方法または検出方法の間に、たやすく再水和し
なければ、検査の速度または精度が悪影響を受けるので、これは、特に、核酸検査に使用
される凍結乾燥製剤の所望の特性である。

野生型ヌクレオチド配列の検出のために、検出試薬を使用することができる。検出試薬
は、増幅産物または標的核酸の検出に適する、任意の試薬でありうる。検出試薬は、増幅
産物または標的核酸とハイブリダイズする検出プローブを含みうる。検出試薬自体を標識
し（１または複数の標識で）、これにより、検出試薬を活用して、増幅産物または標的核
酸の直接的な検出を可能とすることができる。代替的に、検出試薬に結合する標識化試薬
（１または複数の標識を含む）を用意し、これにより、検出試薬および標識化試薬を活用
して、増幅産物または標的核酸の間接的な検出を可能とすることができる。

検出試薬の標識（検出試薬を標識する場合）または標識化試薬は、目視により検出可能
な標識でありうる。本明細書では、十分な量で存在する場合に、装置の補助を伴わずに、
眼により検出されうる標識を含むように、「目視により検出可能な標識」を使用する。目
視により検出可能な標識の例は、コロイド状金属ゾル粒子、ラテックス粒子、または繊維
色素粒子を含む。コロイド状金属ゾル粒子の例は、金コロイド粒子である。

検出試薬は、それらの各々に標識化試薬が結合しうる、複数の検出用リガンド（例えば
、ビオチン）と共に用意されうる検出プローブでありうる。各標識化試薬は、各検出リガ
ンド結合性部分が、検出試薬の検出リガンドに結合することが可能な、複数の検出リガン
ド結合性部分を含みうる。このような標識化試薬の例は、抗ビオチン抗体へとコンジュゲ
ートさせた金コロイドである。検出プローブおよび標識化試薬の例は、それぞれ、Dineva
ら（Journal of Clinical Microbiology、２００５年、４３巻（８号）：４０１５〜
４０２１頁）において記載および例示されている、検出用プローブおよび有色抗ハプテン
検出コンジュゲートである。

増幅産物または標的核酸の検出は、標準的なハイブリダイゼーション緩衝液中で行うこ
とができる。典型的な標準的ハイブリダイゼーション緩衝液の例は、塩（１００〜４００
ｍＭが適切である）、界面活性剤（ＰＶＰなど）、および洗浄剤を含む、トリスまたはリ
ン酸緩衝液を含む。

生体試料から単離された核酸の増幅および検出に好ましい方法については、ＷＯ２００
８／０９０３４０において記載されている。

淋病を患うかまたはこれを患うことが疑われる対象が、抗微生物剤に対して感受性であ
るＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの株に感染しているのかどうかを決定するための本発明の
方法における使用のための、増幅産物を作出するのに適する核酸増幅プライマーの例、な
らびにこの使用の適する捕捉プローブおよび検出プローブの例は、
ｉ）厳密なハイブリダイゼーション条件下で、図１に示されるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅ
ａｅ核酸配列の上流とハイブリダイズする５’側核酸増幅プライマー；厳密なハイブリダ
イゼーション条件下で、図１に示されるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸配列の下流の逆
鎖とハイブリダイズする３’側核酸増幅プライマー；ならびに厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位およびＡ５１０位をコードするＮ．
ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸の領域とハイブリダイズする捕捉プローブおよび／または検
出プローブであって、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位およびＡ５１０位をコードす
る野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかまたはこれと同じ配列であるヌクレオチド配
列を含む捕捉プローブおよび／または検出プローブと；
ｉｉ）厳密なハイブリダイゼーション条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位
をコードするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸の領域とハイブリダイズする５’側核酸増
幅プライマーであって、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位をコードする野生型ヌクレ
オチド配列と相補的であるかまたはこれと同じ配列であるヌクレオチド配列を含む５’プ
ライマー；厳密なハイブリダイゼーション条件下で、図１に示されるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅ核酸配列の下流の逆鎖とハイブリダイズする３’側核酸増幅プライマー；厳密な
ハイブリダイゼーション条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５１０位をコードするＮ
．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸の領域とハイブリダイズする捕捉プローブおよび／または
検出プローブであって、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５１０位をコードする野生型ヌクレ
オチド配列と相補的であるかまたはこれと同じ配列であるヌクレオチド配列を含む捕捉プ
ローブおよび／または検出プローブと；
ｉｉｉ）厳密なハイブリダイゼーション条件下で、図１に示されるＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅ核酸配列の上流とハイブリダイズする５’側核酸増幅プライマー；厳密なハイブ
リダイゼーション条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５１０位をコードするＮ．ｇｏ
ｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸の領域に対する逆鎖とハイブリダイズする３’側核酸増幅プライ
マーであって、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５１０位をコードする野生型ヌクレオチド配
列と相補的であるかまたはこれと同じ配列であるヌクレオチド配列を含む３’プライマー
；厳密なハイブリダイゼーション条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位をコー
ドするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸の領域とハイブリダイズする捕捉プローブおよび
／または検出プローブであって、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位をコードする野生
型ヌクレオチド配列と相補的であるかまたはこれと同じ配列であるヌクレオチド配列を含
む捕捉プローブおよび／または検出プローブと
を含む。

また、本発明に従い、淋病を患う対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ
ｅの抗生剤感受性株に感染しているのかどうかを決定するためのキットであって、
ｉ）厳密な条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子の野生型ヌクレオチド配列と同じ配列で
あるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダ
イズするオリゴヌクレオチドであり、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位および／もし
くはＡ５１０位をコードする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同
じ配列であるヌクレオチド配列を含み、厳密な条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５
０４位および／もしくはＡ５１０位における突然変異をコードするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏ
ｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含
むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド；または
ｉｉ）厳密な条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子の野生型ヌクレオチド配列と同じ配列
であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリ
ダイズするオリゴヌクレオチドであり、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／も
しくはＡ５１６位をコードする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと
同じ配列であるヌクレオチド配列を含み、厳密な条件下で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ
５０１位および／もしくはＡ５１６位における突然変異をコードするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を
含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド；また
は
ｉｉｉ）厳密な条件下で、ｇｙｒＡ遺伝子の野生型ヌクレオチド配列と同じ配列である
かもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズ
するオリゴヌクレオチドであり、ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／もしくはＤ９５位を
コードする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同じ配列であるヌク
レオチド配列を含み、厳密な条件下で、ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／もしくはＤ９
５位における突然変異をコードするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド
配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
核酸とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド；または
ｉｖ）厳密な条件下で、２３ＳリボソームＲＮＡの野生型ヌクレオチド配列と同じ配列
であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリ
ダイズするオリゴヌクレオチドであり、２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位および／
もしくはＡ２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこ
れと同じ配列であるヌクレオチド配列を含み、厳密な条件下で、２３ＳリボソームＲＮＡ
のＣ２６１１位および／もしくはＡ２０５９位における突然変異をコードするＮ．ｇｏｎ
ｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的
な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチ
ド
を含むキットも提供される。

また、本発明に従い、淋病を患う対象が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ
ｅの抗生剤感受性株に感染しているのかどうかを決定するためのキットであって、上記の
（ｉ）および／もしくは（ｉｉ）および／もしくは（ｉｉｉ）および／もしくは（ｉｖ）
のオリゴヌクレオチド、ならびに／または
（ｖ）厳密な条件下で、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子の野生型ヌクレオチド配列と同じ配
列であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブ
リダイズするオリゴヌクレオチドであり、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子のＡ５０１位をコー
ドする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同じ配列であるヌクレオ
チド配列を含み、厳密な条件下で、ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子のＡ５０１位における突然
変異をコードするＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列で
あるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダ
イズしないオリゴヌクレオチド
を含むキットも提供される。

上記の（ｉｖ）のオリゴヌクレオチドを含む本発明のキットはさらに、
ｖｉ）厳密な条件下で、ｍｔｒＲプロモーターの−１０〜−３５位における野生型ヌク
レオチド配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈ
ｏｅａｅ核酸とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであり、ｍｔｒＲプロモーターの
−１０〜−３５における野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同じ配
列であるヌクレオチド配列を含み、厳密な条件下で、ｍｔｒＲプロモーターの−１０〜−
３５位における突然変異を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列
と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸
とハイブリダイズしないオリゴヌクレオチド；および／または
ｖｉｉ）厳密な条件下で、ｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコードする野生型ヌクレオチド
配列と同じ配列であるかもしくはこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ
核酸とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドであり、ｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位をコー
ドする野生型ヌクレオチド配列と相補的であるかもしくはこれと同じ配列であるヌクレオ
チド配列を含み、厳密な条件下で、ｍｔｒＲ遺伝子のＧ４５位における突然変異をコード
するＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの耐性株のヌクレオチド配列と同じ配列であるかもしく
はこれと相補的な配列を含むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸とハイブリダイズしないオ
リゴヌクレオチド
を含みうる。

オリゴヌクレオチドは、厳密な条件下で、
ＡＡＡＣＣＧＧＣＡＣＧＧＣＧＣＧＣＡＡＧＴＴＣＧＴＣＡＡＣＧＧＧＣＧＴ（配列番号
１）；
ＴＡＴＧＣＣＧＡＣＡＡＣＡＡＡＣＡＣＧＴＣＧＣＴＡＣＣＴＴＴＡＴＣＧＧ（配列番号
２）；
ＡＡＡＴＡＣＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＣＧＡＴＴＣＣＧＣＡＧＴＴＴＡＣＧＡＣ（配列番
号３）；
ＡＣＣＡＴＣＧＴＣＣＧＴＡＴＧＧＣＧＣＡＡＡＡＴＴＴＣＧＣＴＡＴＧＣＧＴ（配列番
号４）；
ＧＡＡＧＡＴＧＣＡＡＴＣＴＡＣＣＣＧＣＴＧＣＴＡＧＡＣＧＧＡＡＡＧＡＣＣＣＣＧＴ
ＧＡＡＣＣＴＴＴＡＣＴＧＴＡＧＣＴＴＴＧＣ（配列番号５）；または
ＣＡＴＴＴＡＡＡＧＴＧＧＴＡＣＧＴＧＡＧＣＴＧＧＧＴＴＴＡＡＡＡＣＧＴＣＧＴＧＡ
ＧＡＣＡＧＴＴＴＧＧＴＣＣＣＴＡＴＣＴＧＣＡＧＴＧＧＧ（配列番号６）または；
ＡＡＡＣＣＧＧＣＡＣＧＧＣＧＣＧＣＡＡＧＴＴＣＧＴＣＡＡＣＧＧＧＣＧＴＴＡＴＧＣ
ＣＧＡＣＡＡＣＡＡＡＣＡＣＧＴＣＧＣＴＡＣＣＴＴＴＡＴＣＧＧ（配列番号７）；また
は
ＡＡＡＴＡＣＣＡＣＣＣＣＣＡＣＧＧＣＧＡＴＴＣＣＧＣＡＧＴＴＴＡＣＧＡＣＡＣＣＡ
ＴＣＧＴＣＣＧＴＡＴＧＧＣＧＣＡＡＡＡＴＴＴＣＧＣＴＡＴＧＣＧＴ（配列番号８）
のヌクレオチド配列と同じ配列であるかまたはこれと相補的な配列を含む核酸とハイブリ
ダイズするオリゴヌクレオチドから選択することができる。

オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０、１５、または２０ヌクレオチドの長さであり
うる。オリゴヌクレオチドは、最大で３０、４０、５０、または１００ヌクレオチドの長
さでありうる。

オリゴヌクレオチドは、少なくとも２５、３０、３５、４０、４５、５０、または５０
を超えるヌクレオチドの長さ、例えば、５０を超えて１００ヌクレオチドまでの長さであ
りうる。

オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜８のうちのいずれかまたはその相補体のヌクレオ
チド配列と少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７
％、９８％、もしくは９９％同一なヌクレオチド配列、またはこれと１００％同一なヌク
レオチド配列を含みうる。

ハイブリダイゼーションの厳密性は、温度、塩濃度、イオン強度、およびハイブリダイ
ゼーション緩衝液の組成などの条件の影響を受ける。一般に、低厳密性の条件は、規定の
イオン強度およびｐＨにおける、特異的な配列の熱融解点（Ｔｍ）より約３０℃低くなる
ように選択する。中程度の厳密性条件は、温度がＴｍを２０℃下回る場合であり、高厳密
性条件は、温度がＴｍを１０℃下回る場合である。高厳密性のハイブリダイゼーション条
件は、標的核酸配列との配列類似性が高い、ハイブリダイジング配列を単離するために使
用されることが典型的である。しかし、核酸は、遺伝子コードの縮重性のために、配列が
逸脱しながら、やはり実質的に同一なポリペプチドをコードする場合がある。したがって
、場合によって、このような核酸分子を同定するには、中程度の厳密性ハイブリダイゼー
ション条件が必要とされうる。

Ｔｍとは、規定のイオン強度およびｐＨ下における温度であって、標的配列のうちの５
０％が、完全にマッチさせたプローブとハイブリダイズする温度である。Ｔｍは、溶液条
件および塩基組成ならびにプローブの長さに依存する。例えば、長い配列は、高温で、特
異的にハイブリダイズする。最大のハイブリダイゼーション率は、Ｔｍを約１６℃〜最大
３２℃下回る温度で得られる。ハイブリダイゼーション溶液中の、一価カチオンの存在は
、２つの核酸鎖の間の静電的斥力を低減し、これにより、ハイブリッド体の形成を促進す
るが、この効果は、最大０．４Ｍのナトリウム濃度で明らかとなる（より高濃度では、こ
の効果は、無視しうる）。ホルムアミドは、ＤＮＡ間二重鎖およびＤＮＡ−ＲＮＡ二重鎖
の融解温度を、ホルムアミド１パーセント当たり、０．６〜０．７℃ずつ低減し、５０％
ホルムアミドの添加は、ハイブリダイゼーション率は低下するが、ハイブリダイゼーショ
ンを、３０〜４５℃で実施することを可能とする。塩基対のミスマッチは、ハイブリダイ
ゼーション率および二重鎖の熱安定性を低減する。平均で、かつ、大型のプローブの場合
、Ｔｍは、塩基ミスマッチ１％当たり、約１℃ずつ低下する。Ｔｍは、ハイブリッド体の
種類に応じて、以下の式：
１）ＤＮＡ間ハイブリッド体（MeinkothおよびWahl、Anal. Biochem.、１３８巻：２
６７〜２８４頁、１９８４年）：
Ｔ_ｍ＝８１．５℃＋１６．６×ｌｏｇ_１０［Ｎａ^＋］^ａ＋０．４１×［Ｇ／Ｃ％^ｂ］
−５００×［Ｌ^ｃ］^−１−０．６１×ホルムアミド％；
２）ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド体またはＲＮＡ間ハイブリッド体：
Ｔ_ｍ＝７９．８℃＋１８．５（ｌｏｇ_１０［Ｎａ^＋］^ａ）＋０．５８（Ｇ／Ｃ％^ｂ）
＋１１．８（Ｇ／Ｃ％^ｂ）^２−８２０／Ｌ^ｃ；
３）オリゴ−ＤＮＡハイブリッド体またはオリゴ−ＲＮＡハイブリッド体：
＜２０ヌクレオチドの場合：Ｔ_ｍ＝２（ｌ_ｎ）；
２０〜３５ヌクレオチドの場合：Ｔ_ｍ＝２２＋１．４６（ｌ_ｎ）；
^ａまたは他の一価カチオンの場合、０．０１〜０．４Ｍの範囲内に限り正確である
^ｂ３０％〜７５％の範囲内のＧＣ％に限り正確である
^ｃＬ＝塩基対単位の二重鎖の長さ
^ｄオリゴ、オリゴヌクレオチド；ｌ_ｎ＝プライマーの有効長＝２×（Ｇ／Ｃの数）＋（
ＮＴの数）
を使用して計算することができる。

ハイブリダイゼーション条件のほかに、ハイブリダイゼーションの特異性はまた、ハイ
ブリダイゼーション後洗浄の機能にも依存することが典型的である。非特異的ハイブリダ
イゼーションから生じるバックグラウンドを除去するため、試料を、希釈塩溶液で洗浄す
る。このような洗浄の最重要因子は、最終洗浄溶液のイオン強度および温度を含む：塩濃
度が低く、洗浄温度が高いほど、洗浄の厳密性は上昇する。洗浄条件は、ハイブリダイゼ
ーションの厳密性で、またはこれを下回るように実施することが典型的である。陽性のハ
イブリダイゼーションは、バックグラウンドの少なくとも２倍のシグナルをもたらす。一
般に、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ手順または遺伝子増幅検出手順に適する厳密
性条件は、上記で明記した通りである。また、より高度な厳密性の条件も選択することが
でき、より低度な厳密性の条件も選択することができる。当業者は、洗浄時に変更するこ
とができ、厳密性条件を維持する場合もあり、変化させる場合もある、多様なパラメータ
に精通している。

例えば、５０ヌクレオチドより長いＤＮＡハイブリッド体に典型的な厳密な条件（また
、高厳密性のハイブリダイゼーション条件とも称する）は、１倍濃度のＳＳＣ中６５℃に
おけるハイブリダイゼーションまたは１倍濃度のＳＳＣおよび５０％のホルムアミド中４
２℃におけるハイブリダイゼーションに続く、０．３倍濃度のＳＳＣ中６５℃における洗
浄を包摂する。ハイブリッド体の長さとは、ハイブリダイズする核酸について予測される
長さである。配列が公知の核酸をハイブリダイズさせる場合、ハイブリッド体の長さは、
配列をアライメントし、本明細書で記載される保存的領域を同定することにより決定する
ことができる。１倍濃度のＳＳＣとは、０．１５ＭのＮａＣｌおよび１５ｍＭのクエン酸
ナトリウムであり、ハイブリダイゼーション溶液と、洗浄液とは併せて、５倍濃度のデン
ハルト試薬、０．５〜１．０％のＳＤＳ、１００μｇ／ｍｌの変性させ、断片化させた、
サケ精子ＤＮＡ、０．５％のリン酸ナトリウムを含みうる。

厳密性のレベルを規定する目的では、Sambrookら（２００１年）、Molecular Cloning
: a laboratory manual、３版、Cold Spring Harbor Laboratory Press、CSH、Ne
w York；またはCurrent Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons
、N.Y.（１９８９年および毎年の改訂）を参照することができる。オリゴヌクレオチドは
、例えば、目視により検出可能な標識で標識することができる。目視により検出可能な標
識の例は、コロイド状金属ゾル粒子、ラテックス粒子、または繊維色素粒子を含む。コロ
イド状金属ゾル粒子の例は、金コロイド粒子である。

本発明のキットは、上記のオリゴヌクレオチド（ｉ）、（ｉｉ）、（ｉｉｉ）、および
（ｉｖ）の任意の組合せ、例えば、（ｉ）＋（ｉｉ）、（ｉｉ）＋（ｉｉｉ）、（ｉｉｉ
）＋（ｉｖ）、（ｉ）＋（ｉｉｉ）、（ｉ）＋（ｉｖ）、（ｉｉ）＋（ｉｖ）、または（
ｉ）＋（ｉｉ）＋（ｉｉｉ）、（ｉ）＋（ｉｉ）＋（ｉｖ）、（ｉ）＋（ｉｉｉ）＋（ｉ
ｖ）、（ｉｉ）＋（ｉｉｉ）＋（ｉｖ）、または（ｉ）＋（ｉｉ）＋（ｉｉｉ）＋（ｉｖ
）を含みうる。オリゴヌクレオチド（ｉｉ）が存在する場合、オリゴヌクレオチド（ｉ）
もまた存在することが好ましい。

他の実施形態では、本発明のキットは、上記のオリゴヌクレオチド（ｉ）〜（ｖｉｉ）
の任意の組合せ、例えば、
（ｉ）（任意選択で、＋（ｉｉ））＋（ｉｉｉ）；
（ｉ）（任意選択で、＋（ｉｉ））＋（ｉｖ）（任意選択で、＋（ｖｉ）、および／ま
たは（ｖｉｉ）；
（ｉ）（任意選択で、＋（ｉｉ））＋（ｉｉｉ）＋（ｉｖ）（任意選択で、＋（ｖｉ）
、および／または（ｖｉｉ）；
（ｖ）＋（ｉｉｉ）；
（ｖ）＋（ｉｖ）（任意選択で、＋（ｖｉ）、および／または（ｖｉｉ）；
（ｖ）＋（ｉｉｉ）＋（ｉｖ）（任意選択で、＋（ｖｉ）、および／または（ｖｉｉ）
；
（ｉｉｉ）＋（ｉｖ）（任意選択で、＋（ｖｉ）、および／または（ｖｉｉ）；
（ｉｉｉ）＋（ｖ）；
（ｉｖ）＋（ｖｉ）、および／または（ｖｉｉ）
を含みうる。

本発明のキットは、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／もしくはＡ５１６位
；ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／もしくはＤ９５位；または２３ＳリボソームＲＮＡ
のＣ２６１１位および／もしくはＡ２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含
むＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーをさ
らに含みうる。

本発明のキットは、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位および／もしくはＡ５１０位
、ならびに、任意選択で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／もしくはＡ５１
６位；ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／もしくはＤ９５位；または２３ＳリボソームＲ
ＮＡのＣ２６１１位および／もしくはＡ２０５９位をコードする野生型ヌクレオチド配列
を含むＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ核酸を増幅するためのオリゴヌクレ
オチドプライマーをさらに含みうる。

本発明のキットは、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＦ５０４位および／またはＡ５１０位、
ならびに、任意選択で、ｐｅｎＡモザイク遺伝子のＡ５０１位および／またはＡ５１６位
；ｐｅｎＡ非モザイク遺伝子のＡ５０１位；ｇｙｒＡ遺伝子のＳ９１位および／またはＤ
９５位；２３ＳリボソームＲＮＡのＣ２６１１位および／またはＡ２０５９位、ならびに
、任意選択で、ｍｔｒＲプロモーターの−１０〜−３５位および／またはｍｔｒＲ遺伝子
のＧ４５位をコードする野生型ヌクレオチド配列を含むＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅ核酸を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーをさらに含みうる。

Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ株ＬＭ３０６についての、ペニシリン結
合性タンパク質２（ｐｅｎＡ）遺伝子の配列であって、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ受託番
号：Ｍ３２０９１（ｖｅｒｓｉｏｎ Ｍ３２０９１．１；Spratt、Nature（１９８８年）
、３３２巻（６１６０号）、１７３〜１７６頁）に基づく配列、ならびに遺伝子によりコ
ードされるアミノ酸配列を、下記に提示する。その突然変異が抗微生物耐性と関連する保
存的ヌクレオチド位置、およびそれらの対応するコードアミノ酸配列を、下線を付し、太
字で示し、強調する。
ペニシリン結合性タンパク質２（ｐｅｎＡ）遺伝子：ヌクレオチド配列（ＮＣＢＩ受託：
Ｍ３２０９１；Ｖｅｒｓｉｏｎ Ｍ３２０９１．１；ＧＩ １５０２７８）（配列番号１
７）

ペニシリン結合性タンパク質２（ｐｅｎＡ）遺伝子：タンパク質配列（ＮＣＢＩ受託：Ｍ
３２０９１；Ｖｅｒｓｉｏｎ Ｍ３２０９１．１；ＧＩ １５０２７８；ｐｒｏｔｅｉｎ
ｉｄ：ＡＡＡ２５４６３．１）（配列番号１８）

Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ株ＦＡ１０９０についての、ｇｙｒＡ遺
伝子、およびｍｔｒＲ遺伝子、ならびに２３ＳリボソームＲＮＡの対立遺伝子の配列であ
って、ＮＣＢＩ基準配列：ＮＣ＿００２９４６．２（ｌｏｃｕｓ ＮＣ＿００２９４６；
ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＥ００４９６９．１）に基づく配列、ならびにｇｙｒＡ遺伝子および
ｍｔｒＲ遺伝子によりコードされるアミノ酸配列を、下記に提示する。その突然変異が抗
微生物耐性と関連する保存的ヌクレオチド位置、およびそれらの対応するコードアミノ酸
配列（該当する場合）を、下線を付し、太字で示し、強調する。
ｇｙｒＡ遺伝子：ヌクレオチド配列（ＮＣＢＩ ＧｅｎｅＩＤ：３２８２８９１；Ｇｅｎ
ｅ ｓｙｍｂｏｌ：ＮＧＯ０６２９）（配列番号１９）

ｇｙｒＡ遺伝子：タンパク質配列（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号：ＡＡＷ８９３５７）（配列
番号２０）

２３Ｓ ｒＲＮＡ対立遺伝子１ヌクレオチド配列（ＮＣＢＩ ＧｅｎｅＩＤ：３３７０８
４３；Ｇｅｎｅ ｓｙｍｂｏｌ：ＮＧＯ＿ｒ０２）（配列番号２１）

２３Ｓ ｒＲＮＡ対立遺伝子２ヌクレオチド配列（ＮＣＢＩ ＧｅｎｅＩＤ：３３７０８
４４；Ｇｅｎｅ ｓｙｍｂｏｌ：ＮＧＯ＿ｒ０５）（配列番号２２）

２３Ｓ ｒＲＮＡ対立遺伝子３ヌクレオチド配列（ＮＣＢＩ ＧｅｎｅＩＤ：３３７０８
４５；Ｇｅｎｅ ｓｙｍｂｏｌ：ＮＧＯ＿ｒ０８）（配列番号２３）

２３Ｓ ｒＲＮＡ対立遺伝子４ヌクレオチド配列（ＮＣＢＩ ＧｅｎｅＩＤ：３３７０８
４６；Ｇｅｎｅ ｓｙｍｂｏｌ：ＮＧＯ＿ｒ１１）（配列番号２４）

ｍｔｒＲ遺伝子：ヌクレオチド配列（ＮＣＢＩ ＧｅｎｅＩＤ：３２８１５４６；Ｇｅｎ
ｅ ｓｙｍｂｏｌ：ＮＧＯ１３６６）（配列番号２５）

ｍｔｒＲ遺伝子：タンパク質配列（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号：ＡＡＷ９００１４）（配列
番号２６）

Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ株ＦＡ１９のｍｔｒＲプロモーター領域

上記のｍｔｒＲプロモーター領域配列（配列番号２７）では、−１０および−３５にお
けるヘキサマーを、ボックス内に示し、１３塩基対の逆位リピートを、下線を付して示し
、単一の「Ａ」ヌクレオチド欠失の位置を、強調して示す（Zarantonelliら、Antimicrob
ial Agents and Chemotherapy、１９９９年、４３巻（１０号）：２４６８〜２４７２
頁）。

（実施例１）
セファロスポリンについての感受性検査
ｐｅｎＡ遺伝子内の複数の突然変異が、淋病における広域スペクトルセファロスポリン
耐性に関与しており、これらのうちで著明な関与性を有するのは、ｐｅｎＡモザイク対立
遺伝子であると考えられている。モザイクｐｅｎＡは、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒ
ｒｈｏｅａｅにより、遺伝子形質転換を介して獲得された可能性が高い、多数の異なるＮ
ｅｉｓｓｅｒｉａ属種に由来する複数の領域を含む。３０を超えるモザイク対立遺伝子が
、循環中に存在し、これらの各々は、突然変異の数および識別が、野生型のＧｏｎｏｒｒ
ｈｏｅａ配列と比べて変動している。しかし、ある特定の突然変異は、大部分のｐｅｎＡ
モザイク対立遺伝子の間で保存的である。

ＥＳＣに対する感受性の決定は、耐性でない患者を、セフィキシムまたはセフトリアキ
ソン単独で処置することを可能とし、これにより、著明な数の患者に、さらなる処置選択
肢をもたらすかまたは単剤療法を可能とする。モザイクｐｅｎＡが、セフィキシム耐性の
発生における、唯一の著名な決定因子であると考えられるが、耐性を決定的に付与する、
単一のモザイク対立遺伝子は存在しない。しかし、本発明者らは、野生型ｐｅｎＡ配列を
伴う患者を同定することにより、セフィキシム処置に対して明確に感受性である、全ての
患者を同定することが可能であることを察知している。

セフトリアキソン耐性の機構は、セフィキシムについての機構より著明に複雑である。
セフィキシムと同様に、ｐｅｎＡモザイク対立遺伝子の存在は、耐性の発生における主要
な因子である。３０を超えるｐｅｎＡモザイク対立遺伝子のうちのいずれか１つの存在が
、耐性を確保するわけではなく、むしろ、耐性は、ｐｅｎＡ遺伝子、ｍｔｒＲ遺伝子、お
よびｐｏｒＢ遺伝子における、複雑な相乗作用突然変異に依存する。しかし、現在、高レ
ベルのセフトリアキソン耐性を伴うと同定されている、全てのＧｏｎｏｒｒｈｏｅａ株は
、モザイクｐｅｎＡを有する。したがって、本発明者らは、野生型ｐｅｎＡを伴う患者の
同定が、セフトリアキソンで効果的に処置されうる全ての患者の決定を可能とすることを
察知している。

ｐｅｎＡモザイク対立遺伝子には、著明な多様性が存在する。現在のところ、３０を超
える異なる配列が同定されている。可能な限り多くの症例において、野生型ｐｅｎＡ遺伝
子を検出するため、突然変異が大部分のｐｅｎＡモザイク対立遺伝子の間で保存的な野生
型残基をターゲティングするオリゴヌクレオチドを使用する。これは、野生型の特異的な
検出を可能とし、Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ突然変異体に対する交差反応を防止する。

図１Ａは、野生型対立遺伝子およびモザイク対立遺伝子の両方を含む、１００を超える
ｐｅｎＡヌクレオチド配列についてのアライメントを示す。垂直方向の直線は、モザイク
対立遺伝子内で突然変異している位置を指し示す。Ｆ５０４Ｌ突然変異およびＡ５１０Ｖ
突然変異は、ほぼ全てのモザイク対立遺伝子内に存在するが、Ａ５０１突然変異およびＡ
５１６突然変異は、Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ株のうちの、より小さなサブセット内に存在す
る。

図１Ｂは、突然変異が、大部分のｐｅｎＡモザイク対立遺伝子内に存在する、図１Ａで
示した領域の野生型ヌクレオチド配列を示す。突然変異の箇所に下線を付す。これは、突
然変異が大部分のｐｅｎＡモザイク対立遺伝子内に存在する唯一の領域であるので、これ
は、野生型配列の特異的な検出のためにターゲティングする領域である。他の領域を検出
するのでは、野生型対立遺伝子と、ある特定の突然変異体対立遺伝子との間の鑑別が可能
とならないであろう。
（実施例２）
シプロフロキサシンについての感受性／耐性検査

シプロフロキサシンなどのキノロンは、ＤＮＡ代謝に要請される２つの酵素である、Ｄ
ＮＡギラーゼおよびトポイソメラーゼＩＶの活性を阻害することにより作用する。キノロ
ンに対する耐性は、ＤＮＡギラーゼおよびトポイソメラーゼＩＶ（それぞれ、ｇｙｒＡお
よびｐａｒＣ）をコードする遺伝子における、一塩基多型（ＳＮＰ）の獲得を介して発生
した。ｇｙｒＡ単独における特異的ＳＮＰ（Ｓ９１およびＤ９５における）で、低〜中レ
ベルの耐性を誘発するのに十分である。高レベルの耐性は、ｇｙｒＡおよびｐａｒＣの両
方における突然変異を要請する。

野生型ｇｙｒＡを伴う患者を同定すれば、シプロフロキサシンによる処置に対して感受
性である淋病感染を伴う患者の同定が可能となるであろう。これは、患者のうちの約５０
％を占める可能性が高く、ＥＳＣなどの薬物の使用を、処置選択肢として、可能な限り温
存しながら、廉価な抗生剤の使用を可能とするであろう。

図２Ａは、野生型配列および突然変異体配列を含む、およそ１５０のｇｙｒＡ配列につ
いてのアライメントを示す。垂直方向の直線は、ｇｙｒＡ突然変異体内で突然変異してい
るヌクレオチドを示す。これらは、シプロフロキサシンに対して耐性に連関する、ｇｙｒ
Ａ内の唯一の突然変異であるので、これは、野生型ｇｙｒＡの特異的な検出のためにター
ゲティングする領域である。

図２Ｂは、耐性Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ株内で突然変異している、図２Ａで示した領域の
野生型ヌクレオチド配列を示す。突然変異の箇所に下線を付す。この領域のターゲティン
グは、突然変異体株に対する交差反応を防止しながら、野生型Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａの特
異的な検出を可能とする。
（実施例３）
マクロリド耐性についての検査（アジスロマイシン）

Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａの、アジスロマイシンに対する耐性について知ることは、３つの
理由：１）アジスロマイシンは、Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａ陽性患者において高頻度で見出さ
れる、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ属感染に推奨される処置であること；２）多くの先進国では、
処置の成功を確保するのに、セフトリアキソンと共に、アジスロマイシンを投与すること
；３）患者が、アジスロマイシン感受性Ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａに感染しているのかどうか
について知ることにより、それをある比率の患者のために、単独で使用することを可能と
し、これにより、ＥＳＣを、処置選択肢として温存しうることのために、関心の的である
。

アジスロマイシンは、５０Ｓサブユニットの一部である、２３ＳリボソームＲＮＡ（ｒ
ＲＮＡ）に結合することから、細菌タンパク質合成の阻害をもたらすことにより作用する
。アジスロマイシンに対する耐性は、３つの機構：１）２３Ｓ ｒＲＮＡのメチラーゼ修
飾；２）細胞からの抗生剤の除去を増大させるように作用しうる、排出ポンプの過剰発現
；３）２３Ｓ ｒＲＮＡの特定のヌクレオチドのＳＮＰにより生じうる。

２３Ｓ ｒＲＮＡ配列内のＳＮＰの結果として生じる耐性を検出することが可能なのは
、核酸検査だけである。しかし、メチラーゼ修飾は、アジスロマイシン株では、極めてま
れである。

アジスロマイシン標的である２３Ｓ ｒＲＮＡの特異点における突然変異は、様々な程
度の耐性（Ｃ２６１１Ｔ：低レベルの耐性；Ａ２０５９Ｇ：高レベルの耐性）を結果とし
てもたらしうる。アジスロマイシン耐性のレベルはまた、突然変異した２３Ｓ対立遺伝子
の数とも連関する（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅは、２３Ｓ ｒＲＮＡ
遺伝子の４つのコピーを有する）。突然変異が、４つの対立遺伝子のうちの１つだけにお
いて観察される場合、突然変異が、Ａ２０５９Ｇであっても、観察される耐性は、低レベ
ルであろう。しかし、単一の突然変異した対立遺伝子を伴う株は、処置に対して感受性で
あっても、急速に、高レベルの耐性を発生させるであろう。

アジスロマイシンによる処置に対して「高危険性」となりうる株を決定するのに、これ
らの点突然変異をターゲティングすることにより、異なる抗生剤を、処置のために選択す
ることを可能としうるであろう。

Claims (1)

1. 本願明細書に記載の発明。

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