CN108026581A - 感染性疾病的诊断与治疗 - Google Patents
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Abstract
描述了用于确定患有或疑似患有由微生物引起的感染性疾病的受试者是否感染有对抗微生物剂敏感的微生物菌株的方法，其中存在对该抗微生物剂有耐药性的该微生物的不同菌株。该方法包括确定感染受试者的微生物菌株的核酸在保守核苷酸位点处是否包含野生型核苷酸序列，在有耐药性的不同菌株的核酸中的保守核苷酸位点处的突变与对抗微生物剂的耐药性相关。该方法特别适用于确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株。描述了用于在该方法中使用的试剂盒以及治疗感染性疾病的方法。还描述了减缓引起感染性疾病的微生物对抗微生物剂的耐药性普遍盛行的方法。
Description
技术领域
本发明涉及诊断和治疗感染性疾病(例如性传播疾病，如淋病)的方法，以及用于在该方法中使用的试剂盒。本发明还涉及用于减缓引起感染性疾病的微生物对抗微生物剂的耐药性普遍盛行的方法。
背景技术
淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae)是一种革兰氏阴性细菌且是淋病的发病原因，通过性传播而感染，具有重大的公共健康问题。淋病感染正在增加。世界卫生组织(WHO)估计，全球成年人中每年新增1.06亿件淋病病例，比2005年的感染率增加了21％。对于女性，淋病感染通常是无症状的(≥50％的病例)。这是个重要的问题，由于未确诊的感染可能会导致子宫内膜炎和盆腔炎症疾病，这可能会导致不孕或因异位妊娠导致丧失生命。男性感染通常是有症状的(≥90％的病例)，症状包含附睾炎、阴茎流脓、肿胀和疼痛。性器官外的感染是常见的，特别是在与男性发生性关系的男性中，但也可以在异性恋者中发现，取决于性史。性器官外的感染时常是无症状的，但却严重促使性伴侣之间淋病感染的传播。
淋病感染的诊断对减少并发症和限制后续传播至关重要。然而，由于集中式的衣原体/淋病诊断，当前临床途径中固有的延迟意味着在没有阳性诊断的情况下根据患者的性史和症状凭经验地对数量众多的有症状患者进行治疗。考虑到淋病感染与许多其它性传播感染有共同的症状，因而过度治疗是个严重的问题，由于在不知道感染病因的情况下对有症状患者进行多种抗生素的鸡尾酒治疗。如此不谨慎的使用抗生素已经成为促使对淋病产生抗微生物耐药性发展的重要因素，这导致淋病奈瑟菌进化成超级细菌态。
随着时间的推移，已经使用广泛的抗生素来治疗淋病感染。然而，即使在没有抗生素选择压力的情况下，已证明淋病奈瑟菌(N.gonorrhoeae)非常擅长开发抗微生物耐药性机制。自从20世纪80年代初期以来，红霉素的化学衍生物阿奇霉素被用于治疗淋病(红霉素治疗效果不佳)。然而，阿奇霉素耐药性的发展在其实施之后快速发展，并不再用于抗生素单药治疗。从20世纪80年代中期开始，广泛地使用环丙沙星来治疗淋病感染。起初，使用较低剂量，但到1990年观察到敏感性降低。将推荐的最少剂量增加。然而，耐药性快速发展和传播，到21世纪中叶，其发展成已经将环丙沙星放弃为作为治疗选择的程度。已经将两种广谱头孢菌素(ESC)广泛用于治疗淋病感染：头孢克肟和头孢曲松。头孢克肟由于符合>95％治愈率的标准是世界卫生组织(WHO)推荐用于一线治疗的唯一口服的ESC。然而，由于首先在21世纪后期观察到头孢克肟的敏感性降低，因而建议的治疗方式变为头孢曲松和阿奇霉素双重治疗。
因自由应用广泛范围抗生素治疗感染加剧了对多重耐药性淋病的忧虑。在引入用于治疗的新的抗生素之后，淋病奈瑟菌的耐药性快速发展。全球范围内流行的大部分淋病类型现在仅仅只有少数避免发展为广泛耐药(XDR)菌株(耐受至少两种常用抗微生物剂的菌株)的耐药性标志物。事实上，最近在日本和欧洲已经鉴定出两种XDR菌株；分别为H041和F89菌株。这两种菌株均对广谱头孢菌素(ESC)头孢曲松具有耐药性，后者是对淋病治疗非常有效的抗微生物剂，因而可以用于单药治疗。
通常，广泛使用特定的抗生素会随着时间通过选择性压力促进耐药性而降低其疗效。相反，随着时间的推移，减少抗生素的使用可以普遍减少对特定药物的耐药性。因此，通过将治疗方式限制为淋病奈瑟菌敏感的最窄范围的抗生素，可以减缓多重耐药性淋病的发展。这被称为抗微生物药物管理。
为了促进减少抗生素的使用，能够快速诊断淋病感染是有益的，因为这样可以减少有症状患者的病征处理引起的过度治疗。对于淋病呈阳性的患者，了解他们是否感染有对抗生素治疗敏感或耐受的淋病奈瑟菌的菌株是非常有益的。这将指导可能的最窄范围的抗生素的处方来有效地治疗感染，从而扩大目前可用于治疗淋病的药物的功效。
核酸扩增检测目前是用于诊断淋病感染的“黄金标准”，因此许多临床实验室不再接收适用于通过淋病培养技术确定抗生素敏感性的样本。相反，对抗微生物耐药菌株的监测是通过对“标记”位点处的群体随机取样而进行的，其中通过培养/琼脂稀释确定完整的耐药谱。这些信息用于修改治疗指南，但可能并不代表整个人群。如果每位患者在就诊时都可以进行分子检测，则可以根据具体情况进行有效的治疗，改善抗微生物药物管理和治疗效果。
目前，还没有可靠的技术可以对非培养的样本进行抗生素敏感性试验。尽管文献中已经描述了大量针对抗微生物耐药决定簇(对于青霉素、四环素、大环内酯类、氟喹诺酮类和广谱头孢菌素)的诊断测定法，但其灵敏度/特异性常常并不理想。也还存在许多导致抗生素耐药性的不同突变，所以测试每种不同的突变以确定存在哪种耐药菌株是不切实际的。目前还没有商业上可利用的诊断平台来建立淋病的抗生素耐药性/敏感性模式。
因此，需要可以用于快速确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对抗生素治疗敏感或耐受的淋病奈瑟菌菌株的测试。
发明内容
申请人已经意识到，不用通过标准培养技术进行敏感性测试，或进行几种不同的核酸测试，而仅需要确定感染菌株的核酸是否包含野生型核苷酸序列，以确定感染受试者的菌株的身份。具体地，可以简单地确定感染菌株的核酸是否在具有被已知为与对抗微生物剂的耐药性相关的突变的核酸区域中包含野生型核苷酸序列。如果受试者感染有包含野生型核苷酸序列的菌株，则可以向受试者给予作为单药治疗的抗微生物剂。如果受试者感染有不包含野生型序列的菌株，则可以向受试者给予不同的抗微生物剂，或者向受试者给予组合的多种抗微生物剂。
由于将仅会向那些可能对抗微生物剂治疗有效的受试者给予抗微生物剂，而不会向那些感染有耐药性菌株的受试者给予抗微生物剂，因此使用这样的方法会限制抗微生物耐药性的发展和/或传播。
申请人已经意识到，对于已经产生了淋病奈瑟菌耐药性菌株的每种不同的抗生素，对该抗生素具有耐药性的大多数或几乎所有的菌株在该核苷酸序列中的一些位点处发生了突变。申请人已经意识到，通过评估这些保守核苷酸位点中的一个或多个是否含有野生型核苷酸序列，可以容易地确定特定菌株是否对抗生素敏感。这可以通过核酸测试来完成，而不需要进行淋病培养技术。
申请人还意识到，这些方法适用于在存在对抗微生物剂敏感的微生物菌株以及对抗微生物剂有耐药性的不同微生物菌株的情形下由该微生物所引起的其它感染性疾病。
根据本发明，提供了确定患有或疑似患有由微生物引起的感染性疾病的受试者是否感染有对抗微生物剂敏感的微生物菌株的方法，其中存在对抗微生物剂有耐药性的一种或多种不同的微生物菌株，其中所述方法包括确定感染受试者的微生物菌株的核酸是否包含野生型核苷酸序列。
具体地，本发明的方法可以包括确定感染受试者的微生物菌株的核酸是否在具有被已知为与对抗微生物剂的耐药性相关的突变的核酸区域中包含野生型核苷酸序列。
该区域可以是感染菌株的核酸的任何长度区域，例如基因或基因的一部分，例如基因的外显子或内含子，或几个连续的核苷酸，或单个核苷酸，如与抗微生物剂的耐药性有关的单核苷酸多态性(SNP)。
具体地，本发明的方法可以包括确定感染受试者的微生物菌株的核酸是否在保守核苷酸位点处包含野生型核苷酸序列，在不同耐药性菌株核酸中的该位点处的突变与抗微生物剂的耐药性相关。
具体实施方式
如在本文中使用的术语“保守核苷酸位点”表示对于耐药菌株，该位点处的核苷酸序列不同于敏感菌株中的相应位点处的核苷酸序列，因此该核苷酸位点处的序列与对抗微生物剂的耐药性有关。在一些情况下，保守核苷酸位点可以是单核苷酸多态性(SNP)，例如导致由发现保守核苷酸位点的核苷酸序列编码的氨基酸序列发生变化的SNP(错义SNP)，或不导致编码的氨基酸序列改变的SNP(同义SNP)。也可能存在与抗微生物剂的耐药性相关的两个或更多个连续保守核苷酸位点。
在一些实施方式中，保守核苷酸位点可以在对抗微生物剂有耐药性的所有已知微生物菌株中发生突变，并且在对抗微生物剂敏感的所有已知菌株中不发生突变。如果对抗微生物剂有耐药性的所有已知微生物菌株都在保守核苷酸位点发生突变，则确定仅在该保守核苷酸位点存在野生型序列将能够确定感染受试者的菌株对抗微生物剂是敏感的。
然而，对于一些抗微生物剂，可能不存在在对抗微生物剂有耐药性的所有已知菌株中发生突变的保守核苷酸位点。在这种情况下，可能有必要确定感染受试者的菌株的核酸是否在组合的不同保守核苷酸位点处包含野生型核苷酸序列，其中微生物的每种已知的耐药菌株在组合的多个保守核苷酸位点的一处或另一处包含突变，从而可以对感染菌株是否对抗微生物剂有耐药性做出可靠决定。例如，对该抗微生物剂有耐药性的微生物的第一亚组的多个已知菌株可以在第一保守核苷酸位点发生突变，并且对该抗微生物剂有耐药性的微生物的不同第二亚组的多个已知菌株可以在第二保守核苷酸位点发生突变。如果对该抗微生物剂有耐药性的微生物的所有已知菌株都包含在合并的第一亚组和第二亚组中，则确定受试者是否感染有对抗微生物剂治疗敏感的微生物菌株将需要确定感染受试者的菌株的核酸是否在第一保守核苷酸位点和第二保守核苷酸位点处包含野生型核苷酸序列。
可替换地，如果在对抗微生物剂有耐药性的微生物的所有已知菌株中没有保守核苷酸位点发生突变，或者如果在微生物的每种已知的耐药菌株中(例如仅仅在大多数(或至少60％、70％、80％或90％)已知的耐药菌株中的每一种)没有组合的多个保守核苷酸位点的至少一处发生突变，则可以通过确定感染菌株的核酸是否在该位点或在该组合的多个位点处包含野生型核苷酸序列来确定感染受试者的菌株是否可能对抗微生物剂敏感。
通过将已知为对抗微生物剂敏感的微生物的一种或多种菌株的核苷酸序列与已知为对抗微生物剂有耐药性的微生物的一种或多种菌株的核苷酸序列比对，可以确定核苷酸位点是否为保守核苷酸位点。在耐药菌株中存在突变但在敏感菌株中不存在突变的任何核苷酸位点将是与耐药性相关的保守核苷酸位点。可以使用类似的方法来确定核苷酸序列的更长区域是否与耐药性相关。
对技术人员而言，核酸序列比对程序是熟知的。合适程序的实例包括多重序列比对程序，如BLAST、Clustal Omega和Log-Expectation的多重序列比较(MUSCLE)。
可以通过将菌株培养物暴露于不同稀释度的抗微生物剂，例如琼脂培养皿上，以确定抑制菌株生长的抗微生物剂的最小浓度(最小抑制浓度(MIC))来确定微生物菌株是否对抗微生物剂敏感。该技术对于本领域技术人员是公知的。对抗微生物剂敏感的微生物菌株将具有比耐药菌株更低的MIC。
可以将微生物分类为对相关的抗微生物剂敏感的、中等敏感的和有耐药性的。将敏感微生物与非敏感微生物分开的浓度称为S-断点，并且用S≤X mg/L表示(其中X为MIC值)，将耐药微生物与非耐药微生物(例如，敏感的或中等敏感的)分开的浓度称为R-断点，并且用R>Y mg/L表示(其中Y可以是与X相等或高于X的MIC值)。临床断点是指那些将治疗成功的可能性较高的菌株与治疗更可能失败的菌株分开的MIC。在欧洲，欧洲抗微生物药物敏感性试验委员会(European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing)(EUCAST)与欧洲药品管理局(European Medicines Agency)(EMA)一起，确定了抗微生物剂的临床断点(Kahlmeter，Upsala Journal of Medical Sciences，2014；119：78-86)。这些内容已经公布，并可在EUCAST网站(www.eucast.org)获得。在美国，断点由临床和实验室标准研究所(CLSI)(www.clsi.org)确定。
应当理解的是，“野生型核苷酸序列”是指在对抗微生物剂敏感的一种或多种微生物菌株中存在，但在对抗微生物剂有耐药性的一种或多种菌株中不存在的序列，其中野生型序列的突变与对抗微生物剂的耐药性相关。
抗微生物剂可以是防止或抑制对抗微生物剂敏感的微生物菌株的生长或复制的任何抗微生物剂，并且可以使用其用于治疗受试者中由菌株引起的感染性疾病。实例包括抗生素、抗病毒剂或抗真菌剂。例如，抗生素可以是抑菌或杀菌的。
由已知存在对一种或多种抗微生物剂有耐药性的不同微生物菌株的微生物引起的感染性疾病的实例列于下表1中：
表1.由包含抗微生物耐药菌株的微生物引起的感染性疾病的实例
来源包括：2014年世界卫生组织的“全球抗微生物耐药性监测报告”
淋病奈瑟菌针对先前或目前所推荐用于治疗淋病的抗微生物剂的耐药性的决定簇和机制记载在Unemo和Shafer，Clinical Microbiology Reviews，2014年，第27(3)卷：587-613中，特别是记载在该文件的表1中。以下表2中总结了与淋病奈瑟菌对抗微生物剂治疗的耐药性相关的已知突变。
表2.与淋病奈瑟菌对抗微生物剂治疗的耐药性相关的已知突变
感染性疾病可能是性传播疾病。在具体的实施方式中，感染性疾病是淋病。在这样的实施方式中，抗微生物剂可以是抗生素，如头孢菌素、环丙沙星或阿奇霉素。头孢菌素可以是广谱头孢菌素(ESC)，如头孢克肟或头孢曲松。
针对淋病奈瑟菌的EUCAST MIC断点(从2015年1月1日起生效)为：头孢克肟S≤0.125mg/L；R>0.125mg/L；头孢曲松：S≤0.125mg/L；R>0.125mg/L；环丙沙星：S≤0.03125mg/L；R>0.0625mg/L；阿奇霉素：S≤0.25mg/L；R>0.5mg/L(www.eucast.org)。
在其中感染性疾病为淋病的其它实施方式中，抗微生物剂可以是磺酰胺、青霉素(例如青霉素G或氨苄青霉素)、四环素类(例如四环素或多西环素)、奇霉素、喹诺酮(例如环丙沙星或氧氟沙星)、大环内酯(例如红霉素或阿奇霉素)或头孢菌素(例如头孢布烯、头孢泊肟、头孢克肟、头孢噻肟或头孢曲松)。在这样的实施方式中，本发明的方法可以包括确定感染受试者的淋病奈瑟菌菌株的核酸是否包含以上表2中列举的任何基因的野生型核苷酸序列，或者在以上表2中列举的基因的区域或保守核苷酸位点(特别是SNP)中的任一处包含野生型核苷酸序列，在该野生型核苷酸序列中具有已知为与抗微生物剂的耐药性相关的突变。
penA基因中的一些突变(编码青霉素结合蛋白2，PBP2)涉嫌了淋病的ESC耐药性，其中penA嵌合等位基因被认为具有显著的相关性。嵌合penA包含来自大量不同奈瑟菌属物种的若干区域，其很可能通过遗传转化而被淋病奈瑟菌获得。在此过程中超过30个嵌合等位基因中的每一个，相对于野生型淋病序列，在突变数目和同一性上都不相同。然而，某些突变在大多数penA嵌合等位基因中是保守的。
嵌合penA似乎是头孢克肟耐药性发展的唯一重要的决定簇。但是，没有任何单一的嵌合等位基因确定地赋予了耐药性。然而，申请人已经认识到通过鉴定具有野生型penA序列的患者，就可能鉴定出对头孢克肟治疗敏感的所有患者。头孢曲松耐药机制比头孢克肟耐药机制复杂太多。30多个penA嵌合等位基因中任何一个的存在都是耐药性发展的主要因素，但不能保证耐药性。相反，耐药性取决于penA、mtrR和porB基因中的突变的复杂协同作用。然而，迄今为止鉴定出的具有高水平头孢曲松耐药性的所有淋病菌株都具有嵌合penA。确定哪些受试者感染有包含野生型penA的淋病奈瑟菌菌株将允许鉴定出患有对头孢曲松治疗敏感的淋病感染的受试者。
喹诺酮类(如环丙沙星)通过抑制DNA代谢所需的两种酶(DNA促旋酶和拓扑异构酶IV)的活性起作用。通过在编码DNA促旋酶和拓扑异构酶IV(分别为gyrA和parC)的基因中获得单核苷酸多态性(SNP)而产生对喹诺酮类的耐药性。单独在gyrA中的特定SNP(在S91和D95处)足以引起较低至中等水平的耐药性。高水平的耐药性需要在gyrA和parC中都具有突变。确定哪些受试者感染有包含野生型gyrA的淋病奈瑟菌菌株将允许鉴定出患有对环丙沙星治疗敏感的淋病的受试者。这可能占患有淋病的受试者的约50％，并且将使得能够使用更便宜的抗生素，同时尽可能长时间地使用如ESC的药物作为治疗选择。
阿奇霉素通过与23S核糖体RNA(rRNA)(50S亚基的一部分)结合而起作用，其导致抑制细菌蛋白质合成。对阿奇霉素的耐药性可以通过以下方式发生：23S rRNA的甲基化酶修饰；流出泵的过表达，这可以起到增加从细胞中去除抗生素的作用；或23S rRNA特定核苷酸的单核苷酸多态性(SNP)。阿奇霉素是用于在淋病阳性患者中经常存在的衣原体感染的推荐治疗方法。在许多发达国家，通过与头孢曲松联合给药，以确保治疗成功。了解受试者是否感染有阿奇霉素敏感性淋病，将允许对这些患者采用阿奇霉素作为单药治疗，从而将ESC作为感染有对阿奇霉素耐药的淋病奈瑟菌菌株的其它受试者的治疗选择。核酸测试仅能够检测由于23S rRNA序列中的SNP而出现的耐药性。然而，阿奇霉素菌株中的甲基化酶修饰是非常罕见的。核酸检测也可用于检测由于流出泵过表达而出现的对阿奇霉素的耐药性。
根据本发明，提供了确定患有淋病的受试者是否感染有淋病奈瑟菌的抗生素敏感性菌株的方法，其包含确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码penA嵌合基因、gyrA基因或23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列。
根据本发明，还提供了确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株的方法，该方法包括确定感染受试者的淋病奈瑟菌菌株的核酸在保守核苷酸位点处是否包含野生型核苷酸序列，在对抗微生物剂耐药的不同淋病奈瑟菌菌株的核酸中的该保守核苷酸位点处的突变与抗微生物剂的耐药性相关。
根据本发明的一些实施方式，penA嵌合基因中的一个或多个保守核苷酸位点处的突变与对头孢菌素的耐药性相关。具体地，在几乎所有的嵌合等位基因中对头孢菌素有耐药性的菌株中，编码penA嵌合基因的位点F504和A510的核苷酸序列的突变是保守的，而较小亚组的在嵌合等位基因中对头孢菌素有耐药性的菌株中，在编码penA嵌合基因的位点A501和A516的核苷酸序列处的突变是保守的。
因此，在本发明的一些实施方式中，提供了确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株的方法，该方法包括确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码penA嵌合基因的位点F504和/或A510的野生型核苷酸序列。可替换地，或另外地，该方法可以包括确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码penA嵌合基因的位点A501和/或A516的野生型核苷酸序列。
在其它的实施方式中，在对头孢菌素(特别是头孢曲松和头孢克肟)有耐药性的菌株中，在编码penA非嵌合基因的位点A501的核苷酸序列处的突变是保守的(Unemo&Shafer，Clinical Microbiology Reviews，2014，27(3)：587-613)。因此，根据本发明，还提供了确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株的方法，该方法包括确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码penA非嵌合基因的位点A501的野生型核苷酸序列。
根据本发明的其它实施方式，gyrA基因中的一个或多个保守核苷酸位点处的突变与对环丙沙星的耐药性相关。具体地，在对环丙沙星有耐药性的菌株中，编码gyrA基因的位点S91和/或D95的核苷酸序列的突变是保守的。
因此，在本发明的一些实施方式中，提供了确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对环丙沙星敏感的淋病奈瑟菌菌株的方法，该方法包括确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码gyrA基因的位点S91和/或D95的野生型核苷酸序列。
根据本发明的其它实施方式，23S核糖体RNA中的一个或多个保守核苷酸位点处的突变与对阿奇霉素的耐药性相关。具体地，在对阿奇霉素有耐药性的菌株中，编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的核苷酸序列的突变是保守的。
23S核糖体RNA的特定点突变可以导致不同程度的耐药性。例如，C2611T与具有低水平耐药性的菌株相关，而A2059G与具有高水平耐药性的菌株相关。阿奇霉素的耐药性水平也与突变的23S等位基因的数量有关。淋病奈瑟菌具有4个拷贝的23S核糖体RNA基因。如果仅在一个等位基因中观察到突变，则即使突变是A2059G，也将观察到低水平的耐药性。然而，具有单突变等位基因的菌株虽然对阿奇霉素的治疗敏感，但也会快速发展为高水平的耐药性。
因此，在本发明的一些实施方式中，提供了确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株的方法，该方法包括确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列。任选地，该方法可以进一步包含确定淋病奈瑟菌菌株是否不包含编码23S核糖体RNA的C2611和/或A2059位点的突变型核苷酸序列。
如果菌株不包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的可检测的突变型核苷酸序列，则可以得出结论为23S核糖体RNA基因的四个拷贝全部都是野生型的，并且受试者感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株。
可以确定该菌株是否包含编码位点C2611和/或A2059的突变型核苷酸序列。如果存在任何突变序列(例如，即使只有23S核糖体RNA基因的单个拷贝包含突变序列)，则由于阿奇霉素耐药性而应该避免选择用阿奇霉素治疗。
可以通过检测编码序列本身的野生型(和任选的突变体)，或者通过检测由该序列编码的23S核糖体RNA序列的野生型(和任选的突变体)来进行确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列(且任选地不包含编码位点C2611和/或A2059的突变型核苷酸序列)。
Ng等人(Antimicrobial Agents and Chemotherapy，2002，46(9)：3020-3025)描述了使用与23S rRNA等位基因中的每一种的特异性引物成对的PCR正向引物序列：ACGAATGGCGTAACGATGGCCACA(SEQ ID NO：9)由PCR进行特异性扩增淋病奈瑟菌23S核糖体RNA的四个等位基因：
等位基因1:TCAGAATGCCACAGCTTACAAACT(SEQ ID NO:10)；
等位基因2:GCGACCATACCAAACACCCACAGG(SEQ ID NO:11)；
等位基因3:GATCCCGTTGCAGTGAAGAAAGTC(SEQ ID NO:12)；
等位基因4:AACAGACTTACTATCCCATTCAGC(SEQ ID NO:13)。
等位基因特异性引物起始于23S rRNA的下游。
Ng等人使用的PCR条件是94℃变性1分钟，66℃退火1.5分钟(对于等位基因2和3)或68℃退火1.5分钟(对于等位基因1和4)和72℃延伸2.5分钟，30个循环。
然后使用SEQ ID NO：9的PCR正向引物和序列为TTCGTCCACTCCGGTCCTCTCGTA(SEQID NO：14)的反向引物，使用获得的扩增子用作第二PCR反应的模板。第二PCR反应的条件为94℃变性1分钟、59℃退火1分钟和72℃延伸1分钟，35个循环。
根据本发明，可以使用类似的方法来确定感染受试者的淋病奈瑟菌菌株是否包含编码23S rRNA的位点C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列，并且任选地不包含编码23SrRNA的位点C2611和/或A2059的突变型核苷酸序列。例如，可以对第二PCR反应的产物进行测序，或者在杂交条件下将其与标记的寡核苷酸探针孵育，该标记的寡核苷酸探针能够区分包含野生型和突变型序列的PCR产物。
核酸检测也可以用来检测由于流出泵过表达而出现的对阿奇霉素的耐药性。MtrCDE流出泵可以输出结构不同的疏水性抗微生物剂。对MtrCDE流出泵的底物显示出中等水平的耐药性的淋球菌菌株通常在mtrR基因的DNA结合域编码区中具有错义突变(通常为在氨基酸第32-53残基的螺旋-转角-螺旋结构域中的G45D取代)，其编码结合至mtrCDE启动子的MtrR阻遏物。表达高水平耐药性的菌株在mtrR启动子中具有突变(最常见的是在-10和-35的六聚体序列之间的13个碱基对的反向重复序列中的单个'A'核苷酸缺失)。这种突变导致MtrCDE流出泵的过表达以及从MtrCDE流出泵的流出增加(Unemo&Shafer，ClinicalMicrobiology Reviews，2014,27(3)：587-613)。
因此，在本发明的一些实施方式中，确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株的方法可以进一步包括确定淋病奈瑟菌菌株是否包含野生型mtrR启动子序列(特别是-10和-35的六聚体序列之间的野生型13个碱基对的重复序列)，和/或编码mtrR基因的氨基酸第32至53残基的螺旋-转角-螺旋结构域的位点G45的野生型核苷酸序列。
Zarantonelli等人(Antimicrobial Agents and Chemotherapy，1999 43(10)：2468-2472)和Ng等人(Antimicrobial Agents and Chemotherapy，2002，46(9)：3020-3025)描述了使用引物：ACTGAAGCTTATTTCCGGCGCAGGCAGGG(SEQ ID NO：15)和GACGACAGTGCCAATGCAACG(SEQ ID NO：16)，用于PCR扩增包含启动子区的mtrR基因的方法。根据本发明，可以使用这些方法来确定感染受试者的淋病奈瑟菌菌株是否包含野生型mtrR启动子序列和/或编码mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列。例如，可以对PCR反应的产物进行测序，或在杂交条件下将其与标记的寡核苷酸探针孵育，所述标记的寡核苷酸探针能够区分包含野生型和突变型序列的PCR产物。
已经确定了几种淋病奈瑟菌菌株的基因组序列。参见，例如Lewis等人，淋病奈瑟菌的完整基因组序列(The Complete Genome Sequence of Neisseria gonorrhoeae)(GenBank登录号AE004969，淋病奈瑟菌FA1090，完整基因组)；Chung等人，淋病奈瑟菌NCCP11945的完整基因组序列，细菌学杂志(Journal of Bacteriology)，2008，6035-6036(GenBank登录号CP001050)；Hess等人，Genome Sequence of a Neisseria gonorrhoeaeIsolate of a Successful International Clone with Decreased Susceptibility andResistance to Extended-Spectrum Cephalosporins，Antimicrobial Agents andChemotherapy，2012，56(11)：5633-5641(菌株SM-3)。
以下提供了基于NCBI GenBank登录号M32091(版本M32091.1；Spratt，Nature(1988)332(6160)，173-176)的淋病奈瑟菌菌株LM306的青霉素结合蛋白2(penA)基因的序列和基于NCBI参考序列NC_002946.2的淋病奈瑟菌菌株FA 1090的gyrA和mtrR基因以及23S核糖体RNA等位基因的序列。可以使用这些序列(或其它可利用的淋病奈瑟菌序列)来设计合适的寡核苷酸引物和探针，以确定在感染受试者的淋病奈瑟菌菌株中是否存在特定的野生型序列(或野生型序列的组合)。
如果淋病奈瑟菌菌株包含编码penA嵌合基因的野生型核苷酸序列，则预期可以使用头孢菌素作为单药治疗来有效治疗受试者。如果淋病奈瑟菌菌株包含编码gyrA基因的野生型核苷酸序列，则预期可以使用环丙沙星作为单药治疗来有效治疗受试者。如果淋病奈瑟菌菌株包含编码23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列(且任选地不包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的突变型核苷酸序列)，则预期可以用阿奇霉素作为单药治疗来有效治疗受试者。类似地，如果淋病奈瑟菌菌株还包含野生型mtrR启动子序列和/或编码mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列，则预期可以使用阿奇霉素作为单药治疗来有效治疗受试者。
在本发明的一些实施方式中，可以确定受试者是否感染有对多组不同抗微生物剂中的任何一组敏感的微生物菌株。在这样的实施方式中，对于不同的抗微生物剂的确定可以同时进行，例如在单个测试中同时进行。例如，可以确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对环丙沙星、阿奇霉素和头孢菌素；环丙沙星和阿奇霉素；环丙沙星和头孢菌素；或阿奇霉素和头孢菌素中的每一组敏感的淋病奈瑟菌菌株。
在其它的实施方式中，可以首先针对抗微生物剂之一确定患有或疑似患有感染性疾病的受试者是否感染有对该抗微生物剂敏感的微生物菌株。如果发现受试者感染有对抗微生物剂敏感的微生物菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的该抗微生物剂，或者可以以作为单药治疗的该抗微生物剂为受试者制定给药方案。如果发现受试者感染有对该抗微生物剂有耐药性的微生物菌株，则可以确定受试者是否感染有对第二抗微生物剂敏感的微生物菌株。如果发现受试者感染有对第二抗微生物剂敏感的微生物菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的该第二抗微生物剂，或者可以以作为单药治疗的该第二抗微生物剂为受试者制定给药方案。如果发现受试者感染有对第二抗微生物剂有耐药性的微生物菌株，并且已知抵抗该微生物的其它抗微生物剂，则可以确定受试者是否感染有对第三抗微生物剂敏感的微生物菌株，等等，直到发现对感染受试者的菌株敏感的抗微生物剂。如果不存在对感染受试者的菌株敏感的抗微生物剂，则可以向受试者给予两种或更多种对该菌株有耐药性的抗微生物剂的组合，或者可以以两种或更多种对该菌株有耐药性的抗微生物剂的组合为受试者制定给药方案。
例如，在本发明的一些实施方式中，首先可以确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对选自环丙沙星、阿奇霉素和头孢菌素的抗微生物剂中的任一种敏感的淋病奈瑟菌菌株。如果发现受试者感染有对选定的抗微生物剂敏感的菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的该抗微生物剂。如果发现受试者感染有对选定的抗微生物剂有耐药性的菌株，则随后可以确定受试者是否感染有对其余的抗微生物剂之一敏感的淋病奈瑟菌菌株。如果发现受试者感染有对第二选定的抗微生物剂敏感的菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的该抗微生物剂。如果发现受试者感染有对第二选定的抗微生物剂有耐药性的菌株，则随后可以确定受试者是否感染有对其余的抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株。如果发现受试者感染有对第三选定的抗微生物剂敏感的菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的该抗微生物剂。如果发现受试者感染对第三选定的抗微生物剂有耐药性的菌株，则随后可以向受试者给予第一和第二选定的抗微生物剂、第一和第三选定的抗微生物剂或第二和第三选定的抗微生物剂的组合，或者所有这三种抗微生物剂。
通过这样的方法，将抗微生物剂的使用限制于治疗由已知对作为单药治疗的所选定的抗微生物剂敏感的菌株引起的感染，并且将抵抗对抗微生物剂有耐药性的菌株的抗微生物剂的使用最小化，由此减少了这种耐药菌株的选择量。这样的方法减缓了对抗微生物剂耐药性的普遍盛行和耐药性的发展或传播，以及对多种抗微生物剂的耐药性(多重耐药性)的发展。
例如，可以按照以下顺序中的任一种进行环丙沙星、阿奇霉素和头孢菌素的敏感性测定：头孢菌素、其次阿奇霉素、最后环丙沙星；头孢菌素、其次环丙沙星、最后阿奇霉素；阿奇霉素、其次环丙沙星、最后头孢菌素；阿奇霉素、随后头孢菌素、最后环丙沙星；环丙沙星、其次头孢菌素、最后阿奇霉素；环丙沙星、其次阿奇霉素、最后头孢菌素。
例如，在本发明的一些实施方式中，首先可以确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对环丙沙星敏感的淋病奈瑟菌菌株。如果发现受试者感染有对环丙沙星敏感的菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的环丙沙星。如果发现受试者感染有对环丙沙星有耐药性的菌株，则随后可以确定受试者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株。如果发现受试者感染有对阿奇霉素敏感的菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的阿奇霉素。如果发现受试者感染有对阿奇霉素有耐药性的菌株，则随后可以确定受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株。如果发现受试者感染有对头孢菌素敏感的菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的头孢菌素。如果发现受试者感染有对头孢菌素有耐药性的菌株，则随后可以向受试者给予阿奇霉素和头孢菌素、或环丙沙星和阿奇霉素、或环丙沙星和头孢菌素。
在其它的实施方式中，首先可以确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株。如果发现受试者感染有对阿奇霉素敏感的菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的阿奇霉素。如果发现受试者感染有对阿奇霉素有耐药性的菌株，则随后可以确定受试者是否感染有对环丙沙星敏感的淋病奈瑟菌菌株。如果发现受试者感染有对环丙沙星敏感的菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的环丙沙星。如果发现受试者感染有对环丙沙星有耐药性的菌株，则随后可以确定受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株。如果发现受试者感染有对头孢菌素敏感的菌株，则随后可以向受试者给予作为单药治疗的头孢菌素。如果发现受试者感染有对头孢菌素有耐药性的菌株，则随后可以向受试者给予阿奇霉素和头孢菌素、或环丙沙星和阿奇霉素，或环丙沙星和头孢菌素。
可替换地，可以以任何顺序对环丙沙星、阿奇霉素和头孢菌素中的两种进行敏感性测定，例如环丙沙星，其次阿奇霉素；环丙沙星，其次头孢菌素；阿奇霉素，其次头孢菌素；阿奇霉素，其次环丙沙星；头孢菌素，其次环丙沙星；或环丙沙星，其次头孢菌素。
根据本发明，还提供了用于治疗感染有淋病奈瑟菌的受试者的方法，该方法包括：
通过确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码penA嵌合基因、gyrA基因或23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列来确定受试者是否感染有淋病奈瑟菌的抗生素敏感菌株；和
如果确定淋病奈瑟菌菌株包含编码penA嵌合基因的野生型核苷酸序列，则向受试者给予作为单药治疗的头孢菌素；或
如果确定淋病奈瑟菌菌株包含编码gyrA基因的野生型核苷酸序列，则向受试者给予作为单药治疗的环丙沙星；或
如果确定淋病奈瑟菌菌株包含23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列，则向受试者给予作为单药治疗的阿奇霉素。
可以通过确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码penA嵌合基因的位点F504和/或A510的野生型核苷酸序列，来确定受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株。任选地，可以进一步确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码penA嵌合基因的位点A501和/或A516的野生型核苷酸序列。在其它的实施方式中，可以通过确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码penA非嵌合基因的位点A501的野生型核苷酸序列，来确定受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株。
可以通过确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码gyrA基因的位点S91和/或D95的野生型核苷酸序列，来确定受试者是否感染有对环丙沙星敏感的淋病奈瑟菌菌株。
可以通过确定淋病奈瑟菌菌株是否包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列的核酸，来确定受试者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株。任选地，还可以确定淋病奈瑟菌菌株是否不包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的突变型核苷酸序列。任选地，可以确定淋病奈瑟菌菌株是否还包含野生型mtrR启动子序列(特别是，-10和-35的六聚体序列之间的野生型13个碱基对的重复序列)和/或编码mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列。
本发明用于治疗感染有淋病奈瑟菌的受试者的一些方法包括：
i)确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对第一抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株；
ii)如果发现受试者感染有对第一抗微生物剂敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的第一抗微生物剂；
iii)如果发现受试者感染有对第一抗微生物剂有耐药性的菌株，则确定受试者是否感染有对第二抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株；
iv)如果发现受试者感染有对第二抗微生物剂敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的第二抗微生物剂；
v)如果发现受试者感染有对第二抗微生物剂有耐药性的菌株，则向受试者给予作为联合治疗的第一和第二抗微生物剂。
第一和第二抗微生物剂可以选自环丙沙星、阿奇霉素和头孢菌素。例如，第一和第二抗微生物剂可以分别是：环丙沙星和阿奇霉素；环丙沙星和头孢菌素；阿奇霉素和头孢菌素；阿奇霉素和环丙沙星；头孢菌素和环丙沙星；或环丙沙星和头孢菌素。
在其它的实施方式中，第一和第二抗微生物剂可以选自以上表2中列出的抗微生物剂中的任一种。
在一些实施方式中，在需要测试三种抗微生物剂的情况下，本发明用于治疗感染有淋病奈瑟菌的受试者的方法可以包括：
i)确定患有或疑似患有感染性疾病的受试者是否感染有对第一抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株；
ii)如果发现受试者感染有对第一抗微生物剂敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的第一抗微生物剂；
iii)如果发现受试者感染有对第一抗微生物剂有耐药性的菌株，则确定受试者是否感染有对第二抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株；
iv)如果发现受试者感染有对第二抗微生物剂敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的第二抗微生物剂；
v)如果发现受试者感染有对第二抗微生物剂有耐药性的菌株，则确定受试者是否感染有对第三抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株；
vi)如果发现受试者感染有对第三抗微生物剂敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的第三抗微生物剂；
vii)如果发现受试者感染有对第三抗微生物剂有耐药性的菌株，则向受试者给予作为联合治疗的第一和第二抗微生物剂、第一和第三抗微生物剂、第二和第三抗微生物剂或第一、第二和第三抗微生物剂。
例如，第一、第二和第三抗微生物剂可以分别是：头孢菌素、阿奇霉素和环丙沙星；头孢菌素、环丙沙星和阿奇霉素；阿奇霉素、环丙沙星和头孢菌素；阿奇霉素、头孢菌素和环丙沙星；环丙沙星、头孢菌素和阿奇霉素；或环丙沙星、阿奇霉素和头孢菌素。
在其它的实施方式中，第一、第二和第三抗微生物剂可以选自以上表2中列出的抗微生物剂中的任一种。
例如，本发明用于治疗感染有淋病奈瑟菌的受试者的方法可以包括：
i)确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对环丙沙星敏感的淋病奈瑟菌菌株；
ii)如果发现受试者感染有对环丙沙星敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的环丙沙星；
iii)如果发现受试者感染有对环丙沙星有耐药性的菌株，则确定受试者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株；
iv)如果发现受试者感染有对阿奇霉素敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的阿奇霉素；
v)如果发现受试者感染有对阿奇霉素有耐药性的菌株，则确定受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株；
vi)如果发现受试者感染有对头孢菌素敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的头孢菌素；
vii)如果发现受试者感染有对头孢菌素有耐药性的菌株，则向受试者给予作用联合治疗的阿奇霉素和头孢菌素、环丙沙星和阿奇霉素、或环丙沙星和头孢菌素。
在可替换的实施例中，本发明用于治疗感染有淋病奈瑟菌的受试者的方法可以包括：
i)确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株；
ii)如果发现受试者感染有对阿奇霉素敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的阿奇霉素；
iii)如果发现受试者感染有对阿奇霉素有耐药性的菌株，则确定受试者是否感染有对环丙沙星敏感的淋病奈瑟菌菌株；
iv)如果发现受试者感染有对环丙沙星敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的环丙沙星；
v)如果发现受试者感染有对环丙沙星有耐药性的菌株，则确定受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株；
vi)如果发现受试者感染有对头孢菌素敏感的菌株，则向受试者给予作为单药治疗的头孢菌素；
vii)如果发现受试者感染有对头孢菌素有耐药性的菌株，则向受试者给予作为联合治疗的阿奇霉素和头孢菌素、环丙沙星和阿奇霉素、或环丙沙星和头孢菌素。
通常，受试者是人类受试者。受试者可以是男性或女性人类受试者。受试者针对感染性疾病可以是有症状的、或无症状的。
确定感染受试者的微生物菌株的核酸是否包含野生型核苷酸序列的方法可以使用从受试者获得的核酸或使用来源于从受试者获得的核酸的核酸来进行。核酸可以来源于从受试者获得的核酸，例如通过核酸扩增从受试者获得的核酸，或通过合成与从受试者获得的核酸互补的核酸链(即序列)。
确定感染受试者的微生物菌株的核酸是否包含野生型核苷酸序列的方法可以是体外方法。该方法可以在从受试者获得的生物样品上进行。生物样品可以是可含有足够量的感染性微生物菌株的核酸以允许检测野生型序列的任何生物样品。例如，生物样品可以是血液、血浆或尿液样品。生物样品的其它实例包括直肠、口咽、阴道、尿道、外阴、尿道口(meatal)、子宫颈、血清、皮肤或结膜样品。用于检测淋病奈瑟菌核酸存在性的生物样品的实例包括直肠、口咽、阴道、尿液、尿道、外阴、尿道口、子宫颈。用于检测MRSA的生物样品的实例包括从鼻孔、腹股沟、腋窝或皮肤采集的拭子。
可以使用任何合适的方法来确定受试者是否感染有包含含有野生型核苷酸序列的核酸的微生物菌株。在一些实施方式中，通过特异性检测野生型核苷酸序列来确定受试者是否感染有包含含有野生型核苷酸序列的核酸的微生物菌株。例如，可以利用包含与野生型核苷酸序列互补的序列的寡核苷酸，特异性检测野生型核苷酸序列。在合适的严格条件下，互补的寡核苷酸将与包含野生型核苷酸序列的核酸杂交，但不与包含突变序列的核酸杂交。检测寡核苷酸是否与核酸杂交可以用于确定野生型核苷酸序列是否存在。进行这种方法的合适技术对于本领域技术人员而言是公知的。
在其它的实施方式中，可以利用包含与野生型核苷酸序列具有相同序列的序列的寡核苷酸来检测野生型核苷酸序列。在合适的严格条件下，这样的寡核苷酸将与和野生型核苷酸序列互补的核酸杂交，但不与和突变序列互补的核酸杂交。检测寡核苷酸是否已经与互补性核酸杂交可以用于确定野生型核苷酸序列是否存在。进行这种方法的合适技术对于本领域技术人员而言是公知的。
感染受试者的微生物菌株的核酸可以以非常低的量存在于生物样品中。因此，有必要扩增感染性菌株的核酸，以允许确定是否存在野生型序列。核酸扩增的方法对于本领域技术人员而言是公知的。合适的扩增方法的实例包括聚合酶链式反应(PCR)、逆转录PCR(RT-PCR)、等温核酸扩增，其包括基于转录的扩增，如基于核酸序列的扩增(NASBA)、转录介导的扩增(TMA)、自我维持的序列复制(3SR)(Chan和Fox，Rev.Med.Microbiol.10：185-196(1999)；Guatelli等人，Proc.Natl.Acad.Sci.87：1874-1878(1990)；Compton，Nature 350：91-92(1991))。合适的等温核酸扩增方法的另一个实例是环介导的等温扩增(LAMP)(Notomi等人，Nucleic Acids Res.28(12)：E63)。
可以理解的是，用于与具有与野生型核苷酸序列相同或互补的序列，或被扩增以允许确定野生型序列是否存在的寡核苷酸杂交的感染受试者的微生物菌株的核酸可以是微生物基因组核酸，特别是微生物基因组DNA或RNA(例如，RNA病毒的基因组RNA，如逆转录病毒)，或者可以是已经从微生物基因组DNA转录的微生物RNA(例如23S核糖体RNA)。
根据本发明的具体实施方式，可以使用试纸条来检测扩增产物。在试纸条检测的合适方法中，扩增产物通过毛细管作用沿着试纸条转移到试纸条的捕获区，并在捕获区被检测到。可以使用夹心核酸试纸条检测测定法来捕获和检测扩增产物，其中扩增产物通过与捕获探针杂交而固定在试纸条的捕获区，并且通过与检测探针杂交而在捕获区被检测到。
通过试纸条测定法检测核酸的方法是技术人员已知的。申请人已经开发了特别敏感的试纸条检测方法，其记载于WO 02/004667、WO 02/04668、WO 02/004669、WO 02/04671、WO 2008/090340和Dineva等人(Journal of Clinical Microbiology，2005年，第43(8)卷：4015-4021)。
众所周知，常规核酸扩增反应的缺点是可能导致假阳性的非靶核酸对靶核酸造成污染的风险。常规地，通过在实验室中使用进行样品制备、核酸扩增和扩增核酸的检测的分开的专用区域进行反应来将核酸扩增反应中污染的风险最小化。但是，应该理解的是，当核酸扩增反应在远离这些设施的地方(例如在现场、医生办公室、家中，偏远区域或不能利用专门设施的发展中国家)进行核酸扩增反应时，将污染的风险最小化是不可能的。
申请人已经意识到，当核酸扩增反应在远离专门的实验室设施的地方进行时，通过在与外部环境隔离的处理室中进行扩增反应，可以降低污染的风险。随后可以在也与外部环境隔离的分析室中进行扩增产物的检测。
处理室和分析室可以是由装置提供的。该装置可以预先加载用于靶核酸扩增(包含酶活性)和/或检测扩增产物所需的试剂(适当地以冻干形式)。
可以通过用防止扩增产物进一步扩增的核酸修饰剂或核酸水解剂处理扩增产物来降低其它样品对扩增产物造成的污染的风险。合适的处理是修饰和降解核酸的化学处理，例如化学核酸酶对核酸的非酶促降解。如Sigman等人(J.Biol.Chem(1979)254,12269-12272)和Chiou(J.Biochem(1984)96,1307-1310)所描述的，化学核酸酶的实例是二价金属螯合络合物，如邻菲罗啉铜-Cu(II)或抗坏血酸-Cu(II)裂解。可替换地，不是天然存在于靶核酸中的碱基可以被掺入到扩增产物中。例如，可以使用dUTP将尿嘧啶掺入到DNA扩增产物中(如US 5,035,996所描述的)。如果在扩增之前将尿嘧啶DNA糖基化酶(UDG)加入到可能已经被这种DNA扩增产物污染的样品中，这将致使任何受到污染的扩增产物(含有尿嘧啶)的酶促水解，而不影响样品中的天然DNA。
可以以冻干形式提供靶核酸扩增和/或扩增产物检测所需的试剂。冻干提高了试剂的稳定性，从而使它们能够在较高温度下储存更长时间。冻干也降低了试剂的重量和体积，从而使它们更易于运输。因此，冻干试剂的使用对于在进行本领域的本发明方法是有利的。
本申请人已经开发了冻干制剂(即，适于冻干的制剂，记载于WO 2008/090340中)，(一旦冻干)能够将试剂在高达37℃的温度下保持稳定状态至少一年。这消除了冷藏或冷链运输试剂的任何要求。该制剂还具有可以在冻干后快速再水化的优点。这点是本领域中用于核酸测试的冻干制剂的特别需要的性质，因为如果在扩增或检测方法期间扩增核酸靶或检测扩增产物所需的试剂不易于再水化时，测试的速度或准确性可能受到不利影响。
可以使用检测试剂用于检测野生型核苷酸序列。检测试剂可以是用于检测扩增产物或靶核酸的任何合适的试剂。检测试剂可以包含与扩增产物或靶核酸杂交的检测探针。检测试剂本身可以被标记(具有一个或多个标签)，从而能够利用检测试剂直接检测扩增产物或靶核酸。可替换地，可以提供用于结合检测试剂的标记试剂(其包含一个或多个标签)，从而能够利用检测和标记试剂间接检测扩增产物或靶核酸。
检测试剂(如果被标记的话)或标记试剂的标签可以是视觉上可检测的标签。本文中所使用的“视觉上可检测的标签”包括在以足够量存在时可以在没有仪器辅助下通过目测检测到的标签。视觉上可检测的标签的实例包括胶体金属溶胶颗粒、胶乳颗粒或纺织染料颗粒。胶体金属溶胶颗粒的实例是胶体金颗粒。
检测试剂可以是提供有多个检测配体(例如生物素)的检测探针，检测配体中的每一个可以被标记试剂结合。每种标记试剂可以包含多个检测配体结合部分，每个检测配体结合部分能够与检测试剂的检测配体结合。这样的标记试剂的实例是与抗生物素抗体缀合的胶体金。检测探针和标记试剂的实例分别是检测器探针和着色的抗半抗原检测缀合物，在Dineva等人的Journal of Clinical Microbiology，2005，第43(8)卷：4015-4021中进行了描述和举例说明。
扩增产物或靶核酸的检测可以在标准杂交缓冲液中进行。典型的标准杂交缓冲液的实例包括含有盐(适当的100-400mM)、表面活性剂(如PVP)和去垢剂的Tris或磷酸盐缓冲液。
WO 2008/090340描述了用于扩增和检测从生物样品分离的核酸的优选方法。
用于在本发明用于确定患有或疑似患有淋病的受试者是否感染有对抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株的方法中使用的，用于产生扩增产物的合适的核酸扩增引物的实例和合适的捕获和检测探针的实例包括：
i)在严格杂交条件下与图1所示的淋病奈瑟菌核酸序列的上游杂交的5'核酸扩增引物；在严格杂交条件下与图1所示的淋病奈瑟菌核酸序列的下游的相反链杂交的3'核酸扩增引物；以及在严格杂交条件下与编码penA嵌合基因的位点F504和A510的淋病奈瑟菌核酸区域杂交的捕获和/或检测探针，其中该捕获和/或检测探针包含与编码penA嵌合基因的位点F504和A510的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列；
ii)在严格杂交条件下与编码penA嵌合基因的位点F504的淋病奈瑟菌核酸区域杂交的5'核酸扩增引物，其中该5'引物包含与编码penA嵌合基因的位点F504的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列；在严格杂交条件下与图1所示的淋病奈瑟菌核酸序列的下游的相反链杂交的3'核酸扩增引物；在严格杂交条件下与编码penA嵌合基因的位点A510的淋病奈瑟菌核酸区域杂交的捕获和/或检测探针，其中该捕获和/或检测探针包含与编码penA嵌合基因的位点A510的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列；
iii)在严格杂交条件下与图1所示的淋病奈瑟菌核酸序列的上游杂交的5'核酸扩增引物；在严格杂交条件下与编码penA嵌合基因的位点A510的淋病奈瑟菌核酸区域的相反链杂交的3'核酸扩增引物，其中该3'引物包含与编码penA嵌合基因的位点A510的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列；在严格杂交条件下与编码penA嵌合基因的位点F504的淋病奈瑟菌核酸区域杂交的捕获和/或检测探针，其中该捕获和/或检测探针包含与编码penA嵌合基因的位点F504的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列。
根据本发明还提供了用于确定患有淋病的受试者是否感染有对抗生素敏感的淋病奈瑟菌菌株的试剂盒，其包含：
i)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与penA嵌合基因的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中该寡核苷酸包含与编码penA嵌合基因的位点F504和/或A510的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中该寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码penA嵌合基因的位点F504和/或A510突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交；或
ii)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与penA嵌合基因的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中该寡核苷酸包含与编码penA嵌合基因的位点A501和/或A516的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中该寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码penA嵌合基因的位点A501和/或A516突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交；或
iii)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与gyrA基因的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中该寡核苷酸包含与编码gyrA基因的位点S91和/或D95的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中该寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码gyrA基因的位点S91和/或D95突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交；或
iv)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中该寡核苷酸包含与编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中该寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交。
根据本发明还提供了用于确定患有淋病的受试者是否感染有对抗生素敏感的淋病奈瑟菌菌株的试剂盒，其包含以上(i)和/或(ii)和/或(iii)和/或(iv)的寡核苷酸，和/或：
(v)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与penA非嵌合基因的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中该寡核苷酸包含与编码penA非嵌合基因的位点A501的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中该寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码penA非嵌合基因的位点A501突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交。
本发明的包含上述(iv)寡核苷酸的试剂盒还可以包含：
vi)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与mtrR启动子的位点-10至-35的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中该寡核苷酸包含与mtrR启动子的-10至-35的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中该寡核苷酸在严格条件下不与包含与mtrR启动子的位点-10至-35突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交；和/或
vii)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与编码mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中该寡核苷酸包含与编码mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中该寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码mtrR基因的位点G45突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交。
寡核苷酸可以选自在严格条件下与包含与以下核苷酸序列相同或互补的序列的核酸杂交的寡核苷酸：
AAACCGGCACGGCGCGCAAGTTCGTCAACGGGCGT(SEQ ID NO:1)；
TATGCCGACAACAAACACGTCGCTACCTTTATCGG(SEQ ID NO:2)；
AAATACCACCCCCACGGCGATTCCGCAGTTTACGAC(SEQ ID NO:3)；
ACCATCGTCCGTATGGCGCAAAATTTCGCTATGCGT(SEQ ID NO:4)；
GAAGATGCAATCTACCCGCTGCTAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTGTAGCTTTGC(SEQ IDNO:5)；或
CATTTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCAGTGGG(SEQ ID NO:6)；或
AAACCGGCACGGCGCGCAAGTTCGTCAACGGGCGTTATGCCGACAACAAACACGTCGCTACCTTTATCGG(SEQ IDNO:7)；或
AAATACCACCCCCACGGCGATTCCGCAGTTTACGACACCATCGTCCGTATGGCGCAAAATTTCGCTATGCGT(SEQID NO:8)。
寡核苷酸的长度可以是至少10、15或20个核苷酸。寡核苷酸的长度可以多达至30、40、50或100个核苷酸。
寡核苷酸的长度可以是至少25、30、35、40、45、50或超过50个核苷酸，例如长度为大于50至100个核苷酸。
寡核苷酸可以包含与SEQ ID NO：1-8中的任一种的核苷酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性或100％同一性的核苷酸序列或其互补序列。
杂交的严格度受如温度、盐浓度、离子强度和杂交缓冲液组成等条件的影响。通常，低严格度的条件被选择为在限定离子强度和pH下比特定序列的热熔解温度(Tm)低约30℃。中等严格度的条件是温度比Tm低20℃，并且高严格度的条件是温度比Tm低10℃。通常使用高严格度的杂交条件用于分离与靶核酸序列具有高度序列相似性的杂交序列。然而，由于遗传密码的简并性，核酸可能偏离序列但仍然能编码基本上相同的多肽。因此，有时可能需要中等严格度的杂交条件来鉴定这种核酸分子。
Tm是在限定的离子强度和pH下50％的靶序列与完全匹配的探针杂交的温度。Tm取决于溶液条件和探针的碱基组成和长度。例如，较长序列在较高温度下特异性杂交。在低于Tm约16℃至高达32℃处获得杂交的最大速率。杂交溶液中存在的单价阳离子减少了两条核酸链之间的静电排斥，从而促进杂交体形成；对于高达0.4M的钠浓度，这种效应是可见的(对于更高的浓度，这种效应可能被忽略)。每百分比的甲酰胺会降低DNA-DNA和DNA-RNA双链体的熔解温度0.6至0.7℃，加入50％甲酰胺允许在30至45℃下进行杂交，尽管杂交速率会降低。碱基对错配降低了双链体的杂交速率和热稳定性。平均而言，对于大型探针，每百分比碱基错配会将Tm降低约1℃。根据杂交体的类型，可以使用以下等式来计算Tm：
1)DNA-DNA杂交体(Meinkoth和Wahl,Anal.Biochem.,138:267-284,1984)：
Tm＝81.5℃.+16.6xlog10[Na+]a+0.41x％[G/Cb]-500x[Lc]-1-0.61x％甲酰胺；
2)DNA-RNA或RNA-RNA杂交体：
Tm＝79.8℃+18.5(log10[Na+]a)+0.58(％G/Cb)+11.8(％G/Cb)2-820/Lc；
3)寡DNA或寡RNA杂交体：
对于<20个核苷酸：Tm＝2(ln)；
对于20-35个核苷酸：Tm＝22+1.46(ln)；
a或对于其它单价阳离子，但是仅在0.01-0.4M范围内准确。
b％GC仅在30％到75％范围内准确。
c L＝碱基对中双链体的长度。
d寡,寡核苷酸；1n,＝引物的有效长度＝2x(G/C数量)+(NT数量)。
除了杂交条件之外，杂交的特异性通常也取决于杂交后洗涤的作用。为了去除由非特异性杂交产生的背景，用稀释的盐溶液洗涤样品。这种洗涤的关键因素包括最终洗涤溶液的离子强度和温度：盐浓度越低，洗涤温度越高，那么洗涤的严格度越高。洗涤条件通常在杂交严格度或低于杂交严格度下进行。阳性杂交给出的信号至少是背景的两倍。通常，用于核酸杂交测定或基因扩增检测程序的合适严格度的条件如上所述。也可以选择更高或更低的严格度的条件。本领域技术人员知道可以在洗涤期间改变各种参数，并且将保持或改变严格度条件。
例如，对于长度大于50个核苷酸的DNA杂交体，典型的严格度条件(也称为高严格度的杂交条件)包含在1×SSC(65℃)或1×SSC(42℃)和50％甲酰胺下杂交，然后在0.3xSSC(65℃)下洗涤。杂交体的长度是杂交核酸的预期长度。当将已知序列的核酸杂交时，杂交体长度可以通过比对序列和鉴定本文所描述的保守区域来确定。1×SSC是0.15M NaCl和15mM柠檬酸钠；杂交溶液和洗涤溶液可以另外包含5xDenhardt's试剂、0.5-1.0％SDS、100μg/ml变性的片段化鲑鱼精子DNA、0.5％焦磷酸钠。
为了确定严格度水平的目的，可以参考Sambrook等人(2001)分子克隆：实验室手册(Molecular Cloning：a laboratory manual)，第三版，冷泉港实验室出版社(ColdSpring Harbor Laboratory Press)，CSH，纽约或者分子生物学现代方法(CurrentProtocols in Molecular Biology)，John Wiley&Sons,Ν.Υ.(1989年且每年更新)。寡核苷酸可以被标记，例如用视觉上可检测的标签。视觉上可检测的标签的实例包括胶体金属溶胶颗粒、胶乳颗粒或纺织染料颗粒。胶体金属溶胶颗粒的实例是胶体金颗粒。
本发明的试剂盒可以包含以上寡核苷酸(i)、(ii)、(iii)和(iv)的任意组合，例如(i)+(ii)、(ii)+(iii)、(iii)+(iv)、(i)+(iii)、(i)+(iv)、(ii)+(iv)或(i)+(ii)+(iii)、(i)+(ii)+(iv)、(i)+(iii)+(iv)、(ii)+(iii)+(iv)或(i)+(ii)+(iii)+(iv)。如果寡核苷酸(ii)存在，则优选寡核苷酸(i)也存在。
在其它的实施方式中，本发明的试剂盒可以包含以上(i)-(vii)的寡核苷酸的任意组合，例如：
(i)(+任选(ii))+(iii)；
(i)(+任选(ii))+(iv)(+任选(vi)+/或(vii)；
(i)(+任选(ii))+(iii)+(iv)(+任选(vi)+/或(vii)；
(v)+(iii)；
(v)+(iv)(+任选(vi)+/或(vii)；
(v)+(iii)+(iv)(+任选(vi)+/或(vii)；
(iii)+(iv)(+任选(vi)+/或(vii)；
(iii)+(v)；
(iv)+(vi)+/或(vii)。
本发明的试剂盒可以进一步包含用于对包含编码penA嵌合基因的位点A501和/或A516；gyrA基因的S91和/或D95；或23S核糖体RNA的C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列的淋病奈瑟菌核酸进行扩增的寡核苷酸引物。
本发明的试剂盒可以进一步包含用于对包含编码penA嵌合基因的位点F504和/或A510，且任选的penA嵌合基因的位点A501和/或A516；gyrA基因的位点S91和/或D95；或23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列的淋病奈瑟菌核酸进行扩增的寡核苷酸引物。
本发明的试剂盒可以进一步包含用于对包含编码penA嵌合基因的位点F504和/或A510且任选的penA嵌合基因的位点A501和/或A516；penA非嵌合基因的位点A501；gyrA基因的位点S91和/或D95；23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059且任选的mtrR启动子的-10至-35和/或mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列的淋病奈瑟菌核酸进行扩增的寡核苷酸引物。
以下提供了基于NCBI GenBank登录号M32091(版本M32091.1；Spratt，Nature(1988)332(6160)，173-176)的淋病奈瑟菌菌株LM306的青霉素结合蛋白2(penA)基因的序列，以及由该基因编码的氨基酸序列。其突变与对抗微生物剂的耐药性相关的保守核苷酸位点及其相应编码的氨基酸序列以粗体下划线显示，并突出显示。
青霉素结合蛋白2(penA)基因：核苷酸序列(NCBI登录号M32091；版本M32091.1；GI
150278)(SEQ ID NO：17)
青霉素结合蛋白2(penA)基因：蛋白质序列(NCBI登录号M32091；版本M32091.1；GI
150278；蛋白质ID AAA25463.1)(SEQ ID NO：18)
以下提供了基于NCBI参考序列NC_002946.2(基因座NC_002946；GenBank：AE004969.1)的淋病奈瑟菌菌株FA1090的gyrA和mtrR基因以及23S核糖体RNA等位基因的序列，以及由gyrA和mtrR基因编码的氨基酸序列。其突变与对抗微生物剂的耐药性相关的保守核苷酸位点及其相应编码的氨基酸序列(在适当的情况下)以粗体下划线显示，并突出显示。
gyrA基因：核苷酸序列(NCBI基因ID 3282891；基因符号NGO0629)(SEQ ID NO：19)
gyrA基因：蛋白质序列(GenBank登录号AAW89357)(SEQ ID NO：20)
23S rRNA等位基因1的核苷酸序列(NCBI基因ID：3370843；基因符号：NGO_r02)
(SEQ ID NO：21)
23S rRNA等位基因2的核苷酸序列(NCBI基因ID：3370844；基因符号：NGO_r05)
(SEQ ID NO：22)
23S rRNA等位基因3的核苷酸序列(NCBI基因ID：3370845；基因符号：NGO_r08)
(SEQ ID NO：23)
23S rRNA等位基因4的核苷酸序列(NCBI基因ID：3370846；基因符号：NGO_r11)
(SEQ
ID
NO：24)
mtrR基因：核苷酸序列(NCBI基因ID：3281546；基因符号：NGO1366)(SEQ ID NO：
25)
mtrR基因：蛋白质序列(GenBank登录号AAW90014)(SEQ ID NO：26)
淋病奈瑟菌菌株FA19的mtrR启动子区域
在以上的mtrR启动子区序列(SEQ ID NO：27)中，-10和-35六聚体显示在方框内，13个碱基对反向重复序列以下划线显示，并且将单个“A”核苷酸缺失的位点突出显示(Zarantonelli等人，Antimicrobial Agents and Chemotherapy，1999,43(10)：2468-2472)。
附图说明
以下参考附图描述了本发明的实施方式，其中：
图1A示出了超过100个penA序列的第1590位至1660位核苷酸的序列比对。突出示出了与野生型不同的残基。示出了penA突变体中保守突变的位点。图1B示出了用于检测penA野生型序列的靶区域的主要核苷酸序列。突出显示了penA嵌合等位基因中突变的残基；
图2A示出了约150个淋病的gyrA序列的第210位至340位核苷酸的序列比对。突出显示了与野生型不同的残基。示出了gyrA突变体中保守突变的位点。图2B示出了用于检测gyrA野生型序列的靶区域的主要核苷酸序列。突出显示了在对环丙沙星有耐药性的gyrA突变体中突变的残基；和
图3A示出了野生型与A2059G突变体的序列比对，突变显示于第二行中(该区域中的所有其它核苷酸在野生型和突变体之间是相同的)。图3B示出了野生型与C2611T突变体的序列比对，突变显示于第2、3和4行中。该区域中的所有其它核苷酸在野生型和突变体之间是相同的。
实施例1
头孢菌素敏感性测试
penA基因中的几个突变涉嫌了广谱头孢菌素对淋病的耐药性，其中penA嵌合等位基因被认为具有显著的相关性。嵌合penA包含来自大量不同奈瑟球菌属物种的若干区域，其很可能通过遗传转化而被淋病奈瑟菌获得。在此过程中超过30个嵌合等位基因中的每一个，相对于野生型淋病序列，在突变数目和同一性上都不相同。然而，某些突变在大多数penA嵌合等位基因中是保守的。
确定对ESC的敏感性将允许单独用头孢克肟或头孢曲松治疗对头孢菌素不具有耐药性的患者，从而向大量患者给予额外的治疗选择或允许对大量患者进行单药治疗。似乎嵌合penA是头孢克肟耐药性发展中唯一明显的决定簇，但是还不存在明确赋予耐药性的单个嵌合等位基因。然而，我们已经意识到，通过鉴定具有野生型penA序列的患者，可以鉴定出对头孢克肟治疗确实敏感的所有患者。
头孢曲松耐药机制比头孢克肟更为复杂。与头孢克肟类似，penA嵌合等位基因的存在是耐药性发展的主要因素。超过30个penA嵌合等位基因中任一个的存在都不能保证耐药性；而耐药性取决于penA、mtrR和porB基因突变的复杂协同作用。然而，迄今为止鉴定出的具有高水平的头孢曲松耐药性的所有淋病菌株都具有嵌合penA。因此，我们已经意识到，对含有野生型penA的患者的鉴定允许确定可以用头孢曲松进行有效治疗的所有患者。
penA嵌合等位基因具有显著的多样性。目前已经确定了超多30个不同的序列。为了在尽可能多的情况下检测野生型penA基因，使用了靶向在大多数penA嵌合等位基因之间保守突变的野生型残基的寡核苷酸。这允许特异性检测野生型，并防止对淋病突变体的交叉反应。
图1A示出了超过100个penA核苷酸序列(包含野生型和嵌合等位基因)的比对。垂直线表示嵌合等位基因中突变的位点。几乎所有的嵌合等位基因都存在F504L和A510V突变，而A501和A516突变仅存在于较小亚组的淋病菌株中。
图1B示出了图1A所示区域的野生型核苷酸序列，其中大部分penA嵌合等位基因中存在突变。以下划线示出突变位点。这是大多数penA嵌合等位基因中存在突变的唯一区域，所以这是靶向特异性检测野生型序列的区域。检测其它区域将不会允许区分野生型和某些突变等位基因。
实施例2
环丙沙星敏感性/耐药性测试
喹诺酮类如环丙沙星，通过抑制DNA代谢所需的两种酶，DNA促旋酶和拓扑异构酶IV的活性起作用。通过获得编码DNA促旋酶和拓扑异构酶IV(分别为gyrA和parC)的基因中的单核苷酸多态性(SNP)，来产生对喹诺酮类的耐药性。仅在gyrA中的特定SNP(在S91和D95处)足以引起低至中等水平的耐药性。高水平的耐药性需要gyrA和parC的突变。
对野生型gyrA患者的鉴定将能够鉴定出对环丙沙星治疗敏感的淋病感染患者。这可能占到患者总数的50％左右，并且可以使用更便宜的抗生素，同时尽可能长时间地维持使用如ESC类的药物作为治疗选择。
图2A示出了约150个gyrA序列(包含野生型和突变型序列)的比对。垂直线示出了在gyrA突变体中突变的核苷酸。这些是gyrA中与对环丙沙星的耐药性相关的仅有的突变，所以其是靶向特异性检测野生型gyrA的区域。
图2B示出了图2A所示的在淋病耐药菌株中发生突变的区域的野生型核苷酸序列。以下划线表示突变位点。靶向该区域将能够特异性检测野生型淋病，同时防止对突变菌株的交叉反应。
实施例3
大环内酯耐药性测试(阿奇霉素)
了解淋病对阿奇霉素的耐药性是有意义的，原因有三：1)阿奇霉素被推荐用于治疗经常在淋病阳性患者中发现的衣原体感染，2)许多发达国家将阿奇霉素与头孢曲松联合给药以确保治疗成功；3)了解患者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病可以允许将其单独用于一定比例的患者，从而维持ESC作为治疗选择。
阿奇霉素通过与23S核糖体RNA(rRNA)(50S亚基的一部分)结合而起作用，其导致抑制细菌蛋白质合成。对阿奇霉素的耐药性可以通过三种机制发生：1)23S rRNA的甲基化酶修饰；2)流出泵的过表达，其可以增加从细胞中去除抗生素；3)23S rRNA特定核苷酸的SNP。
核酸测试仅能够检测由于23S rRNA序列中的SNP而出现的耐药性。然而，阿奇霉素菌株中的甲基化酶修饰是非常罕见的。
阿奇霉素靶标-23S rRNA的特定点突变可以导致不同程度的耐药性(C2611T-低水平的耐药性；A2059G-高水平的耐药性)。阿奇霉素耐药性的水平也与突变的23S等位基因的数目相关，淋病奈瑟菌具有4个拷贝的23S rRNA基因。如果仅在四个等位基因中的一个中观察到突变，则即使突变是A2059G，也将观察到低水平的耐药性。然而，具有单一突变等位基因的菌株，即使对治疗敏感，但也会快速发展为具有高水平的耐药性。
针对这些点突变来确定对于阿奇霉素治疗可能是“高风险”的菌株，允许选择不同的抗生素用于治疗。
Claims (40)
1.一种用于确定患有或疑似患有由微生物引起的感染性疾病的受试者是否感染有对抗微生物剂敏感的所述微生物的菌株的方法，其中存在对所述抗微生物剂有耐药性的所述微生物的不同菌株，其中所述方法包括确定感染所述受试者的所述微生物的所述菌株的核酸是否包含在保守核苷酸位点处的野生型核苷酸序列，在有耐药性的所述不同菌株的核酸中的所述保守核苷酸位点处的突变与对所述抗微生物剂的耐药性相关。
2.根据权利要求1所述的方法，其中确定感染所述受试者的所述菌株的核酸是否包含第一保守核苷酸位点和不同的第二保守核苷酸位点处的野生型核苷酸序列，其中对所述抗微生物剂有耐药性的所述微生物的第一亚组菌株在所述第一保守核苷酸位点发生突变，并且对所述抗微生物剂有耐药性的所述微生物的第二亚组菌株在所述第二保守核苷酸位点发生突变。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述抗微生物剂是第一抗微生物剂，并且所述方法进一步包括确定所述受试者是否感染有对第二抗微生物剂敏感的所述微生物的菌株，其中存在对所述第二抗微生物剂有耐药性的所述微生物的不同菌株，并且其中所述方法包括确定感染所述受试者的所述微生物的所述菌株的核酸是否在保守核苷酸位点处包含野生型核苷酸序列，在有耐药性的所述不同菌株的核酸中的所述保守核苷酸位点处的突变与对所述第二抗微生物剂的耐药性相关。
4.根据权利要求3所述的方法，其中如果确定所述受试者感染有对所述第一抗微生物剂有耐药性的所述微生物的菌株，则确定所述受试者是否感染有对所述第二抗微生物剂敏感的所述微生物的菌株。
5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，所述方法包括通过特异性检测野生型核苷酸序列来确定感染所述受试者的所述微生物的所述菌株是否包含野生型核苷酸序列。
6.根据权利要求5所述的方法，所述方法包括使用包括将已经从所述受试者获得的感染所述受试者的所述菌株的核酸扩增的方法来特异性检测所述野生型核苷酸序列。
7.根据权利要求6所述的方法，所述方法进一步包括使用试纸条检测由所述核酸的扩增产生的产物。
8.根据权利要求5至7中任一项所述的方法，所述方法包括使用寡核苷酸来特异性检测所述野生型核苷酸序列，所述寡核苷酸在严格条件下与包含与所述野生型核苷酸序列相同或互补的序列的核酸杂交，但在严格条件下不与包含与含有所述保守核苷酸位点处的突变的核苷酸序列相同或互补的序列的核酸杂交，所述保守核苷酸位点处的突变与所述抗微生物剂的耐药性相关。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述感染性疾病是性传播疾病。
10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述感染性疾病是淋病。
11.根据权利要求10所述的方法，所述方法包括确定所述淋病奈瑟菌(Neisseriagonorrhoeae)菌株是否在penA嵌合基因、gyrA基因或23S核糖体RNA的保守核苷酸位点处包含野生型核苷酸序列，以确定患有淋病的受试者是否感染有对抗生素敏感的淋病奈瑟菌菌株。
12.根据权利要求11所述的方法，其中确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述penA嵌合基因的位点F504和/或A510的野生型核苷酸序列，以确定所述受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株。
13.根据权利要求12所述的方法，所述方法进一步包括确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述penA嵌合基因的位点A501和/或A516的野生型核苷酸序列。
14.根据权利要求10所述的方法，所述方法包括确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码penA非嵌合基因的保守位点、优选所述penA非嵌合基因的位点A501的野生型核苷酸序列，以确定患有淋病的受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株。
15.根据权利要求11至14中任一项所述的方法，其中确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述gyrA基因的位点S91和/或D95的野生型核苷酸序列，以确定所述受试者是否感染有对环丙沙星敏感的淋病奈瑟菌菌株。
16.根据权利要求11至15中任一项所述的方法，其中确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列，且任选地，所述淋病奈瑟菌菌株是否不包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的突变型核苷酸序列，以确定所述受试者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株。
17.根据权利要求16所述的方法，所述方法进一步包括确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含野生型mtrR启动子序列和/或编码所述mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列。
18.根据权利要求11所述的方法，所述方法包括：
i)使用根据权利要求11至17中任一项所述的方法确定所述受试者是否感染有对选自头孢菌素、环丙沙星和阿奇霉素的第一抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株；并且如果确定所述受试者感染有对所述第一抗微生物剂有耐药性的淋病奈瑟菌菌株，
ii)使用根据权利要求11至17中任一项所述的方法确定所述受试者是否感染有对选自头孢菌素、环丙沙星和阿奇霉素的不同的第二抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株；并且如果确定所述受试者感染有对所述第二抗微生物剂有耐药性的淋病奈瑟菌菌株，
iii)使用根据权利要求11至17中任一项所述的方法确定所述受试者是否感染有对选自头孢菌素、环丙沙星和阿奇霉素的不同的第三抗微生物剂敏感的淋病奈瑟菌菌株。
19.一种对患有或疑似患有由微生物引起的感染性疾病的受试者进行治疗或制定治疗方案的方法，所述方法包括：
使用根据权利要求1至8中任一项所述的方法确定所述受试者是否感染有对抗微生物剂敏感的所述微生物的菌株，其中存在对所述抗微生物剂有耐药性的所述微生物的不同菌株；和
如果确定所述受试者感染有对所述抗微生物剂敏感的所述微生物的菌株，则向所述受试者给予有效量的作为单药治疗的所述抗微生物剂或者以有效量的作为单药治疗的所述抗微生物剂为所述受试者制定给药方案。
20.根据权利要求19所述的方法，所述方法包括：
使用根据权利要求1至8中任一项所述的方法确定所述受试者是否感染有对第一抗微生物剂敏感的所述微生物的菌株，其中存在对所述第一抗微生物剂有耐药性的所述微生物的不同菌株；和
如果确定所述受试者感染有对所述第一抗微生物剂敏感的所述微生物的菌株，则向所述受试者给予有效量的作为单药治疗的所述第一抗微生物剂或者以有效量的作为单药治疗的所述第一抗微生物剂为所述受试者制定给药方案；或
使用根据权利要求1至8中任一项所述的方法，如果确定所述受试者感染有对所述第一抗微生物剂有耐药性的所述微生物的菌株，则确定所述受试者是否感染有对不同的第二抗微生物剂敏感的所述微生物的菌株，其中存在对所述第二抗微生物剂有耐药性的所述微生物的不同菌株；和
如果确定所述受试者感染有对所述第二抗微生物剂敏感的所述微生物的菌株，则向所述受试者给予有效量的作为单药治疗的所述第二抗微生物剂或者以有效量的作为单药治疗的所述第二抗微生物剂为所述受试者制定给药方案；或
如果确定所述受试者感染有对所述第二抗微生物剂有耐药性的所述微生物的菌株，则向所述受试者给予有效量的作为联合治疗的所述第一抗微生物剂和所述第二抗微生物剂或者以有效量的作为联合治疗的所述第一抗微生物剂和所述第二抗微生物剂为所述受试者制定给药方案。
21.根据权利要求19所述的方法，其中所述感染性疾病是淋病，并且其中所述方法包括：
通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述penA嵌合基因、所述gyrA基因或23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对抗生素敏感的淋病奈瑟菌菌株；和
如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含编码所述penA嵌合基因的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予作为单药治疗的头孢菌素，或以作为单药治疗的头孢菌素为所述受试者制定给药方案；
如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含编码所述gyrA嵌合基因的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予作为单药治疗的环丙沙星，或以作为单药治疗的环丙沙星为所述受试者制定给药方案；或
如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予作为单药治疗的阿奇霉素，或以作为单药治疗的阿奇霉素为所述受试者制定给药方案。
22.根据权利要求19所述的方法，其中所述感染性疾病是淋病，并且其中所述方法包括：
通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述penA嵌合基因、所述penA非嵌合基因、所述gyrA基因或23S核糖体RNA且任选的所述mtrR基因和/或所述mtrR启动子的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对抗生素敏感的淋病奈瑟菌菌株；和
如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含编码所述penA嵌合基因或所述penA非嵌合基因的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予作为单药治疗的头孢菌素，或以作为单药治疗的头孢菌素为所述受试者制定给药方案；
如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含编码所述gyrA基因的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予作为单药治疗的环丙沙星，或以作为单药治疗的环丙沙星为所述受试者制定给药方案；或
如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含23S核糖体RNA且任选的所述mtrR基因和/或所述mtrR启动子的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予作为单药治疗的阿奇霉素，或以作为单药治疗的阿奇霉素为所述受试者制定给药方案。
23.根据权利要求20所述的方法，其中所述感染性疾病是淋病，并且所述第一抗微生物剂和所述第二抗微生物剂各自选自头孢菌素、环丙沙星和阿奇霉素，并且其中通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述penA嵌合基因的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对头孢菌素敏感的菌株，通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述gyrA基因的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对环丙沙星耐药的菌株，并且通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对阿奇霉素耐药的菌株。
24.根据权利要求20所述的方法，其中所述感染性疾病是淋病，并且所述第一抗微生物剂和所述第二抗微生物剂各自选自头孢菌素、环丙沙星和阿奇霉素，并且其中通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述penA嵌合基因和所述penA非嵌合基因的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对头孢菌素敏感的菌株，通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述gyrA基因的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对环丙沙星耐药的菌株，并且通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含23S核糖体RNA且任选的所述mtrR基因和/或所述mtrR启动子的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对阿奇霉素耐药的菌株。
25.根据权利要求21至24中任一项所述的方法，所述方法包括通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述penA嵌合基因的位点F504和/或A510的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株，并且如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含编码所述penA嵌合基因的位点F504和/或A510的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予作为单药治疗的头孢菌素，或以作为单药治疗的头孢菌素为所述受试者制定给药方案。
26.根据权利要求25所述的方法，所述方法进一步包括确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述penA嵌合基因的位点A501和/或A516的野生型核苷酸序列，并且如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含编码所述penA嵌合基因的位点F504和/或A510的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予有效量的作为单药治疗的头孢菌素，或以有效量的作为单药治疗的头孢菌素为所述受试者制定给药方案。
27.根据权利要求22或24所述的方法，所述方法包括通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述penA非嵌合基因的位点A501的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株，并且如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含编码所述penA非嵌合基因的位点A501的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予有效量的作为单药治疗的头孢菌素，或以有效量的作为单药治疗的头孢菌素为所述受试者制定给药方案。
28.根据权利要求21至27中任一项所述的方法，所述方法包括通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码所述gyrA基因的位点S91和/或D95的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对头孢菌素敏感的淋病奈瑟菌菌株，并且如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含编码所述gyrA基因的位点S91和/或D95的野生型核苷酸序列，则向所述受试者给予有效量的作为单药治疗的环丙沙星，或以有效量的作为单药治疗的环丙沙星为所述受试者制定给药方案。
29.根据权利要求21至28中任一项所述的方法，所述方法包括通过确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列来确定所述受试者是否感染有对阿奇霉素敏感的淋病奈瑟菌菌株，并且如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列，则给予有效量的作为单药治疗的阿奇霉素，或以有效量的作为单药治疗的阿奇霉素制定给药方案。
30.根据权利要求29所述的方法，所述方法进一步包括确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的突变型核苷酸序列，并且如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列并且不包含23S核糖体RNA的突变型核苷酸序列，则给予有效量的作为单药治疗的阿奇霉素，或以有效量的作为单药治疗的阿奇霉素制定给药方案。
31.根据权利要求29或30所述的方法，所述方法进一步包括确定所述淋病奈瑟菌菌株是否包含野生型mtrR启动子序列和/或编码所述mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列，并且如果确定所述淋病奈瑟菌菌株包含23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列且可选地不包含23S核糖体RNA的突变型核苷酸序列，以及确定所述淋病奈瑟菌菌株包含野生型mtrR启动子序列和/或编码所述mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列，则给予有效量的作为单药治疗的阿奇霉素，或以有效量的作为单药治疗的阿奇霉素制定给药方案。
32.一种用于确定患有淋病的受试者是否感染有对抗生素敏感的淋病奈瑟菌菌株的试剂盒，所述试剂盒包含：
i)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与penA嵌合基因的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中所述寡核苷酸包含与编码所述penA嵌合基因的位点F504和/或A510的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中所述寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码所述penA嵌合基因的位点F504和/或A510突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交；和/或
ii)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与所述penA嵌合基因的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中所述寡核苷酸包含与编码所述penA嵌合基因的位点A501和/或A516的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中所述寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码所述penA嵌合基因的位点A501和/或A516突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交；和/或
iii)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与gyrA基因的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中所述寡核苷酸包含与编码所述gyrA基因的位点S91和/或D95的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中所述寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码所述gyrA基因的位点S91和/或D95突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交；和/或
iv)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与23S核糖体RNA的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中所述寡核苷酸包含与编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中所述寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交。
33.根据权利要求32所述的试剂盒，所述试剂盒包含(i)和/或(ii)和/或(iii)和/或(iv)的寡核苷酸，和/或
v)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与penA非嵌合基因的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中所述寡核苷酸包含与编码所述penA非嵌合基因的位点A501的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中所述寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码所述penA非嵌合基因的位点A501突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交。
34.根据权利要求32或33所述的试剂盒，所述试剂盒包含(iv)的所述寡核苷酸，并且其中所述试剂盒进一步包含：
vi)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与mtrR启动子的位点-10至-35的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中所述寡核苷酸包含与所述mtrR启动子的-10至-35的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中所述寡核苷酸在严格条件下不与包含与所述mtrR启动子的位点-10至-35突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交；和/或
vii)寡核苷酸，其在严格条件下与包含与编码mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交，其中所述寡核苷酸包含与编码所述mtrR基因的位点G45的野生型核苷酸序列互补或相同的核苷酸序列，并且其中所述寡核苷酸在严格条件下不与包含与编码所述mtrR基因的位点G45突变的淋病奈瑟菌耐药菌株的核苷酸序列相同或互补的序列的淋病奈瑟菌核酸杂交。
35.根据权利要求32至34中任一项所述的试剂盒，其中所述寡核苷酸选自在严格条件下与包含与以下核苷酸序列相同或互补的序列的核酸杂交的寡核苷酸：
AAACCGGCACGGCGCGCAAGTTCGTCAACGGGCGT(SEQ ID NO:1)；
TATGCCGACAACAAACACGTCGCTACCTTTATCGG(SEQ ID NO:2)；
AAATACCACCCCCACGGCGATTCCGCAGTTTACGAC(SEQ ID NO:3)；
ACCATCGTCCGTATGGCGCAAAATTTCGCTATGCGT(SEQ ID NO:4)；
GAAGATGCAATCTACCCGCTGCTAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTGTAGCTTTGC(SEQ ID NO:5)；或
CATTTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCAGTGGG(SEQID NO:6)。
36.根据权利要求32至34中任一项所述的试剂盒，其中所述试剂盒包含寡核苷酸，所述寡核苷酸选自在严格条件下与包含与以下核苷酸序列相同或互补的序列的核酸杂交的寡核苷酸：
AAACCGGCACGGCGCGCAAGTTCGTCAACGGGCGT(SEQ ID NO:1)；
TATGCCGACAACAAACACGTCGCTACCTTTATCGG(SEQ ID NO:2)；
AAATACCACCCCCACGGCGATTCCGCAGTTTACGAC(SEQ ID NO:3)；
ACCATCGTCCGTATGGCGCAAAATTTCGCTATGCGT(SEQ ID NO:4)；
GAAGATGCAATCTACCCGCTGCTAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTGTAGCTTTGC(SEQ ID NO:5)；或
CATTTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCAGTGGG(SEQID NO:6)；或
AAACCGGCACGGCGCGCAAGTTCGTCAACGGGCGTTATGCCGACAACAAACACGTCGCTACCTTTATCGG(SEQ ID NO:7)；或
AAATACCACCCCCACGGCGATTCCGCAGTTTACGACACCATCGTCCGTATGGCGCAAAATTTCGCTATGCGT(SEQ ID NO:8)。
37.根据权利要求32至34中任一项所述的试剂盒，其中所述试剂盒包含寡核苷酸，所述寡核苷酸选自在严格条件下与包含与以下核苷酸序列相同或互补的序列的核酸杂交的寡核苷酸：
GAAGATGCAATCTACCCGCTGCTAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTGTAGCTTTGC(SEQ ID NO:5)；
CATTTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCAGTGGG(SEQID NO:6)；
AAACCGGCACGGCGCGCAAGTTCGTCAACGGGCGTTATGCCGACAACAAACACGTCGCTACCTTTATCGG(SEQ ID NO:7)；或
AAATACCACCCCCACGGCGATTCCGCAGTTTACGACACCATCGTCCGTATGGCGCAAAATTTCGCTATGCGT(SEQ ID NO:8)。
38.根据权利要求32至37中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包含用于对包含编码所述penA嵌合基因的位点A501和/或A516；所述gyrA基因的S91和/或D95；或23S核糖体RNA的C2611和/或A2059的所述野生型核苷酸序列的淋病奈瑟菌核酸进行扩增的寡核苷酸引物。
39.根据权利要求32至37中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包含用于对包含编码所述penA嵌合基因的位点F504和/或A510，且任选的所述penA嵌合基因的位点A501和/或A516；所述gyrA基因的位点S91和/或D95；或23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059的所述野生型核苷酸序列的淋病奈瑟菌核酸进行扩增的寡核苷酸引物。
40.根据权利要求32至38中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包含用于对包含编码所述penA嵌合基因的位点F504和/或A510且任选的所述penA嵌合基因的位点A501和/或A516；所述penA非嵌合基因的位点A501；所述gyrA基因的位点S91和/或D95；23S核糖体RNA的位点C2611和/或A2059且任选的所述mtrR启动子的位点-10至-35和/或所述mtrR基因的位点G45的所述野生型核苷酸序列的淋病奈瑟菌核酸进行扩增的寡核苷酸引物。
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|---|---|---|---|
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Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110643722A (zh) * | 2019-09-10 | 2020-01-03 | 中国医学科学院病原生物学研究所 | 一种淋病奈瑟菌耐药位点多重检测方法及试剂盒 |
| CN112930228A (zh) * | 2018-09-03 | 2021-06-08 | 维斯比医学公司 | 用于抗生素敏感性测试的装置和方法 |
Families Citing this family (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB201902887D0 (en) | 2019-03-04 | 2019-04-17 | St Georges Hospital Medical School | Detection and antibiotic resistance profiling of microorganisms |
| US20220175791A1 (en) * | 2019-04-18 | 2022-06-09 | The Regents Of The University Of California | Methods for Predicting Neisseria Spp. Susceptibility to Cefixime |
| JP7387357B2 (ja) * | 2019-09-26 | 2023-11-28 | 直 早川 | 淋菌のｄｎａジャイレースのサブユニットａの８３番目のアミノ酸をコードする塩基配列における変異の有無を検出するためのプライマーセット、淋菌のフルオロキノロンに対する感受性の有無を評価するためのプライマーセット、及びそれらの使用 |
| EP4085149A4 (en) * | 2020-01-03 | 2024-03-06 | Visby Medical, Inc. | ANTIBIOTIC SUSCEPTIBILITY TESTING DEVICES AND METHODS |
| CN111394438A (zh) * | 2020-01-19 | 2020-07-10 | 中国医学科学院病原生物学研究所 | 一种淋病奈瑟菌耐药位点多重检测方法 |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6329138B1 (en) * | 1994-06-09 | 2001-12-11 | Innogenetics, N.V. | Method for detection of the antibiotic resistance spectrum of mycobacterium species |
| CN1396271A (zh) * | 2001-07-13 | 2003-02-12 | 北京三雄高新技术开发有限责任公司 | 采用基因芯片技术检测耐药基因 |
| US20050009044A1 (en) * | 1998-04-01 | 2005-01-13 | The Government Of The Usa As Represented By The Secretary Of The Dept. Of Health & Human Services, | Oligonucleotide probes for detecting Enterobacteriaceae and quinolone-resistant Enterobacteriaceae |
| CN1774511A (zh) * | 2002-11-27 | 2006-05-17 | 斯昆诺有限公司 | 用于序列变异检测和发现的基于断裂的方法和系统 |
| CN101903535A (zh) * | 2007-03-28 | 2010-12-01 | 信号诊断公司 | 高解析度分析核酸以检测序列变异的系统和方法 |
Family Cites Families (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5035996A (en) | 1989-06-01 | 1991-07-30 | Life Technologies, Inc. | Process for controlling contamination of nucleic acid amplification reactions |
| JP2001103981A (ja) * | 1999-08-03 | 2001-04-17 | Nisshinbo Ind Inc | 結核菌診断キット |
| GB0016833D0 (en) | 2000-07-07 | 2000-08-30 | Lee Helen | Improved dipstick assays (2) |
| GB0016814D0 (en) | 2000-07-07 | 2000-08-30 | Lee Helen | Improved dipstick assays (3) |
| GB0016836D0 (en) | 2000-07-07 | 2000-08-30 | Lee Helen | Improved dipstick assays (1) |
| GB0016813D0 (en) | 2000-07-07 | 2000-08-30 | Lee Helen | Improved dipstick assays (4) |
| TWI349704B (en) * | 2004-08-10 | 2011-10-01 | Food And Drug Administration Dept Of Health | A method for rapidly detecting quinolone-resistant salmonella spp. and the probes and primers utilized therein |
| GB0428255D0 (en) * | 2004-12-23 | 2005-01-26 | Health Prot Agency | Detection of nucleic acid mutations |
| GB0701253D0 (en) | 2007-01-23 | 2007-02-28 | Diagnostics For The Real World | Nucleic acid amplification and testing |
| KR101374045B1 (ko) * | 2011-11-17 | 2014-03-14 | 솔젠트 (주) | 중합효소연쇄반응을 이용한 생물학적 시료내에서 퀴놀론 내성 캠필로박터균을 검출하는 방법 및 이에 사용되는 키트 |
-
2016
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-
2018
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2021
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-
2022
- 2022-07-18 AU AU2022206701A patent/AU2022206701A1/en active Pending
-
2024
- 2024-01-04 JP JP2024000152A patent/JP2024019730A/ja active Pending
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6329138B1 (en) * | 1994-06-09 | 2001-12-11 | Innogenetics, N.V. | Method for detection of the antibiotic resistance spectrum of mycobacterium species |
| US20050009044A1 (en) * | 1998-04-01 | 2005-01-13 | The Government Of The Usa As Represented By The Secretary Of The Dept. Of Health & Human Services, | Oligonucleotide probes for detecting Enterobacteriaceae and quinolone-resistant Enterobacteriaceae |
| CN1396271A (zh) * | 2001-07-13 | 2003-02-12 | 北京三雄高新技术开发有限责任公司 | 采用基因芯片技术检测耐药基因 |
| CN1774511A (zh) * | 2002-11-27 | 2006-05-17 | 斯昆诺有限公司 | 用于序列变异检测和发现的基于断裂的方法和系统 |
| CN101903535A (zh) * | 2007-03-28 | 2010-12-01 | 信号诊断公司 | 高解析度分析核酸以检测序列变异的系统和方法 |
Non-Patent Citations (4)
| Title |
|---|
| AMY S. PIATEK等: "Genotypic Analysis of Mycobacterium tuberculosis in Two Distinct Populations Using Molecular Beacons: Implications for Rapid Susceptibility Testing", 《ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY》 * |
| SIDHARATH DEV: "MOLECULAR MECHANISMS OF ANTIMICROBIAL RESISTANCE AND POPULATION DYNAMICS OF NEISSERIA GONORRHOEAE IN SASKATCHEWAN (2003-2011)", 《A THESIS SUBMITTED TO THE COLLEGE OF GRADUATE STUDIES AND RESEARCH IN PARTIAL FULFILLMENT OF THE REQUIREMENTS FOR THE DEGREE OF DOCTOR OF PHILOSOPHY IN THE DEPARTMENT OF MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY UNIVERSITY OF SASKATCHEWAN》 * |
| STEPHANIE A. CHISHOLM等: "High-Level Azithromycin Resistance Occurs in Neisseria gonorrhoeae as a Result of a Single Point Mutation in the 23S rRNA Genes", 《ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY》 * |
| 陈桂山等: "淋球菌耐药性分析及相关耐药基因检测", 《国际检验医学杂志》 * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112930228A (zh) * | 2018-09-03 | 2021-06-08 | 维斯比医学公司 | 用于抗生素敏感性测试的装置和方法 |
| CN110643722A (zh) * | 2019-09-10 | 2020-01-03 | 中国医学科学院病原生物学研究所 | 一种淋病奈瑟菌耐药位点多重检测方法及试剂盒 |
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