JP2020512017A - 外傷性脳傷害及び脳震盪症状の分析及び予測 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2017年3月23日に出願された仮特許出願第62/475,698号、2017年3月31日に出願された同第62/480,079号、2017年5月5日に出願された同第62/502,107号、及び2018年1月29日に出願された同第62/623,145号に基づく優先権を主張する。これらの出願の内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれている。
対象から採取された生体サンプル中の1種以上のマイクロRNA(miRNA)のカウントを判定することと、
サンプル間カウント変化を考慮するために対象のエピジェネティックデータを正規化することであって、カウント正規化が1種以上の不変のmiRNAを使用する、正規化することと、
生体サンプルが採取された時刻を判定することと、
対象のmiRNA発現レベルを時刻に対して更に正規化するために、時刻を使用することにより、カウント正規化されたmiRNAに時刻正規化を適用することと、
1種以上のmiRNAのカウント及び時刻正規化された発現レベルを、1名以上の健康な対照対象または健康な対照対象のコンペンディアから得た1種以上の対照miRNAのカウント及び時刻正規化された発現レベルに対して比較することであって、1名以上の健康な対照対象または健康な対照対象のコンペンディアから得た同じ1種以上のmiRNAと比較した、対象のmiRNAのうちの1種以上の発現レベルの上昇または低下が、対象がTBIを受けた可能性があることを示す、比較することと
を含む、方法を提供することであった。
対象から採取された生体サンプル中の1種以上のマイクロRNA(miRNA)のカウントを判定することと、
サンプル間カウント変化を考慮するために対象のエピジェネティックデータを正規化することであって、カウント正規化が1種以上の不変のmiRNAを使用する、正規化することと、
生体サンプルが採取された時刻を判定することと、
対象のmiRNA発現レベルを時刻に対して更に正規化するために、時刻を使用することにより、カウント正規化されたmiRNAに時刻正規化を適用することと、
対象のmiRNAのうちの1種以上のカウント及び時刻正規化された発現レベルを、1名以上の健康な対照対象または健康な対照対象のコンペンディアから得た同じ1種以上のmiRNAのカウント及び時刻正規化された発現レベルに対して比較することであって、1名以上の健康な対照対象または健康な対照対象のコンペンディアから得た同じ1種以上のmiRNAに対する、対象のmiRNAのうちの1種以上の発現レベルの上昇または低下が、対象が経験している可能性があるかまたは経験する可能性が高い症状を示す、比較することと
を含む、方法を提供することであった。
対象から採取された生体サンプル中の1種以上のマイクロRNA(miRNA)のカウントを判定することと、
サンプル間カウント変化を考慮するために対象のエピジェネティックデータを正規化することであって、カウント正規化が1種以上の不変のmiRNAを使用する、正規化することと、
生体サンプルが採取された時刻を判定することと、
対象のmiRNA発現レベルを時刻に対して更に正規化するために、時刻を使用することにより、カウント正規化されたmiRNAに時刻正規化を適用することと、
対象のmiRNAのうちの1種以上のカウント及び時刻正規化された発現レベルを、1名以上の健康な対照対象または健康な対照対象のコンペンディアから得た同じ1種以上のmiRNAのカウント及び時刻正規化された発現レベルと比較することであって、1名以上の健康な対照対象または健康な対照対象のコンペンディアから得た同じ1種以上のmiRNAと比較した、対象のmiRNAのうちの1種以上の発現レベルの正または負の差が、TBIの重症度を示し、かつ対象が経験しているかまたは経験する可能性が高い症状の潜在的な持続時間を示す、比較することと
を含む、方法を提供することであった。
同じ対象から異なる時点で採取された少なくとも2つの生体サンプルを分析して、少なくとも2つの生体サンプルのそれぞれにおける1種以上のmiRNAのカウント及び時刻正規化された発現レベルを判定することと、
1種以上のmiRNAの判定されたレベルを経時的に比較して、対象の1種以上の特定のmiRNAのカウント及び時刻正規化された発現レベルが経時的に変化しているかどうかを判定することと
を含み、
1種以上のmiRNAのカウント及び時刻正規化された発現レベルの経時的な上昇または低下が、対象のTBIの進行を示し、及び/または、1種以上のmiRNAのカウント及び時刻正規化された発現レベルの発現レベルの経時的な正または負の差が、対象のTBIの進行を示す、
方法を提供することであった。
対象から生体サンプルを得ることと、
生体サンプル中に見られる、hsa−let−7f−5p、hsa−let−7i、hsa−miR−10a−5p、hsa−miR−10b−5p、hsa−miR−23a−3p、hsa−mir−23b、hsa−mir−25、hsa−miR−25−3p、hsa−mir−26a−1、hsa−mir−26a−2、hsa−miR−26a−5p、hsa−mir−26b、hsa−miR−26b−5p、hsa−mir−28、hsa−miR−28−3p、hsa−miR−28−5p、hsa−miR−29c−3p、hsa−mir−30b、hsa−miR−30e−3p、hsa−miR−30e−5p、hsa−mir−92a−1、hsa−mir−92a−2、hsa−mir−103a−1、hsa−mir−103a−2、hsa−miR−125b−1−3p、hsa−miR−125b−2−3p、hsa−miR−141−3p、hsa−miR−148b−3p、hsa−mir−151a、hsa−miR−151a−3p、hsa−miR−151a−5p、hsa−miR−155−5p、hsa−mir−181a−2、hsa−miR−181a−5p、hsa−miR−182−5p、hsa−miR−193a−3p、hsa−miR−203a−3p、hsa−miR−205−5p、hsa−mir−218−2、hsa−miR−221−3p、hsa−miR−320c、hsa−miR−338−3p、hsa−miR−338−5p、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−374a−5p、hsa−miR−378d、hsa−miR−378f、hsa−miR−378g、hsa−miR−378i、hsa−miR−454−3p、hsa−miR−501−3p、hsa−miR−532−5p、hsa−miR−577、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−944、hsa−miR−1273g−5p、hsa−miR−1285−3p、hsa−miR−1303、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−3074−5p、hsa−mir−3160−1、hsa−mir−3613、hsa−miR−3613−5p、hsa−miR−3916、hsa−mir−4532、hsa−mir−5091、hsa−miR−6770−5p、及び上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択される1種以上のmiRNA配列のそれぞれに対し、二本鎖の相補的DNA配列(cDNA)を作出することと、
ノーザンブロット、リアルタイムPCR、または次世代シーケンシングを用い、cDNA及びcDNAの存在、非存在、または相対量を検知することであって、cDNAの存在、非存在、または相対量が、相補的miRNA配列の存在、非存在、または相対量を示す、検知することと
を含む、方法を提供することであった。
該対象から第2の時点で第2の生体サンプルを得ることと、
第2の生体サンプル中に見られる、hsa−let−7f−5p、hsa−let−7i、hsa−miR−10a−5p、hsa−miR−10b−5p、hsa−miR−23a−3p、hsa−mir−23b、hsa−mir−25、hsa−miR−25−3p、hsa−mir−26a−1、hsa−mir−26a−2、hsa−miR−26a−5p、hsa−mir−26b、hsa−miR−26b−5p、hsa−mir−28、hsa−miR−28−3p、hsa−miR−28−5p、hsa−miR−29c−3p、hsa−mir−30b、hsa−miR−30e−3p、hsa−miR−30e−5p、hsa−mir−92a−1、hsa−mir−92a−2、hsa−mir−103a−1、hsa−mir−103a−2、hsa−miR−125b−1−3p、hsa−miR−125b−2−3p、hsa−miR−141−3p、hsa−miR−148b−3p、hsa−mir−151a、hsa−miR−151a−3p、hsa−miR−151a−5p、hsa−miR−155−5p、hsa−mir−181a−2、hsa−miR−181a−5p、hsa−miR−182−5p、hsa−miR−193a−3p、hsa−miR−203a−3p、hsa−miR−205−5p、hsa−mir−218−2、hsa−miR−221−3p、hsa−miR−320c、hsa−miR−338−3p、hsa−miR−338−5p、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−374a−5p、hsa−miR−378d、hsa−miR−378f、hsa−miR−378g、hsa−miR−378i、hsa−miR−454−3p、hsa−miR−501−3p、hsa−miR−532−5p、hsa−miR−577、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−944、hsa−miR−1273g−5p、hsa−miR−1285−3p、hsa−miR−1303、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−3074−5p、hsa−mir−3160−1、hsa−mir−3613、hsa−miR−3613−5p、hsa−miR−3916、hsa−mir−4532、hsa−mir−5091、hsa−miR−6770−5p、及び上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択される1種以上のmiRNA配列のそれぞれに対し、第2のcDNAを作出することと、
ノーザンブロット、リアルタイムPCR、または次世代シーケンシングを用い、第2のcDNA及び第2のcDNAの存在、非存在、または相対量を検知することであって、
該第2の時点で得た該生体サンプル中の第2のcDNAの存在、非存在、または相対量は、この第2の時点における相補的miRNA配列の存在、非存在、または相対量を示す、検知することと、
場合により、第1の時点からの結果を第2の時点からの結果と比較することによって、TBIの進行を追跡することと
を更に含む。
第2の生体サンプル中に見られる、hsa−let−7f−5p、hsa−let−7i、hsa−miR−10a−5p、hsa−miR−10b−5p、hsa−miR−23a−3p、hsa−mir−23b、hsa−mir−25、hsa−miR−25−3p、hsa−mir−26a−1、hsa−mir−26a−2、hsa−miR−26a−5p、hsa−mir−26b、hsa−miR−26b−5p、hsa−mir−28、hsa−miR−28−3p、hsa−miR−28−5p、hsa−miR−29c−3p、hsa−mir−30b、hsa−miR−30e−3p、hsa−miR−30e−5p、hsa−mir−92a−1、hsa−mir−92a−2、hsa−mir−103a−1、hsa−mir−103a−2、hsa−miR−125b−1−3p、hsa−miR−125b−2−3p、hsa−miR−141−3p、hsa−miR−148b−3p、hsa−mir−151a、hsa−miR−151a−3p、hsa−miR−151a−5p、hsa−miR−155−5p、hsa−mir−181a−2、hsa−miR−181a−5p、hsa−miR−182−5p、hsa−miR−193a−3p、hsa−miR−203a−3p、hsa−miR−205−5p、hsa−mir−218−2、hsa−miR−221−3p、hsa−miR−320c、hsa−miR−338−3p、hsa−miR−338−5p、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−374a−5p、hsa−miR−378d、hsa−miR−378f、hsa−miR−378g、hsa−miR−378i、hsa−miR−454−3p、hsa−miR−501−3p、hsa−miR−532−5p、hsa−miR−577、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−944、hsa−miR−1273g−5p、hsa−miR−1285−3p、hsa−miR−1303、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−3074−5p、hsa−mir−3160−1、hsa−mir−3613、hsa−miR−3613−5p、hsa−miR−3916、hsa−mir−4532、hsa−mir−5091、hsa−miR−6770−5p、及びこれらのmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択されるmiRNAのリボヌクレオチド配列に対応するリボヌクレオチド配列を有する、2つ以上のmiRNAプローブを含むプローブセットを含む、
キットを提供することであった。
(a)陰性対照として使用される、1つのランダムに生成されたリボヌクレオチド配列、(b)全RNA分解の標準対照として使用される、ハウスキーピング遺伝子に由来する少なくとも1つのオリゴヌクレオチド配列、または(c)陽性対照として使用される、少なくとも1つのランダムに生成されたリボヌクレオチド配列のうち、少なくとも1つを更に含む。
対象の唾液サンプルにおけるマイクロRNA(miRNA)アレイの発現を測定することと、対象のサンプル中のmiRNAの発現レベルの上昇または低下が、対象がPCSを発症する可能性が高いことを示すように、miRNAアレイの発現プロファイルを、健康な対象及び/または急性脳震盪症状(ACS)を有する対象のmiRNAの対照アレイと比較することとを含み、
miRNAのアレイが、少なくとも10種、好ましくは少なくとも15種、より好ましくは少なくとも20種のmiRNAを含み、アレイ中のmiRNAが、miR−769、miR−769−3p、miR−769−5p、miR−320c−1、miR−320c−1−3p、miR−320c−1−5p、miR−4792、miR−4792−3p、miR−4792−5p、miR−140、miR−140−3p、miR−140−5p、miR−629、miR−629−3p、miR−629−5p、miR−192、miR−192−3p、miR−192−5p、miR−145、miR−145−3p、miR−145−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7s−5p、miR−133a、miR−133a−3p、miR−133a−5p、miR−1307、miR−1307−3p、miR−1307−5p、miR−200b、miR−200b−3p、miR−200b−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7a−5p、miR−4508、miR−4508−3p、miR−4508−5p、miR−30e、miR−30e−3p、miR−30e−5p、let−7b、let−7b−3p、let−7b−5p、miR−194、miR−194−3p、miR−194−5p、miR−199a、miR−199a−3p、miR−199a−5p、let−7f、let−7f−3p、let−7f−5p、miR−128、miR−128−3p、miR−128−5p、miR−215、miR−215−3p、miR−215−5p、miR−149、miR−149−3p、miR−149−5p、miR−421、miR−421−3p、及びmiR−421−5pからなる群から選択される、
方法を提供することであった。
対象から唾液サンプルを得ることと、
サンプル中のmiRNAのアレイの存在または非存在を検知することであって、アレイが少なくとも10種、11種、12種、13種、14種、15種、16種、17種、18種、19種、20種またはそれ以上のmiRNA、好ましくは少なくとも15種のmiRNA、より好ましくは少なくとも20種のmiRNAを含む、検知することと
を含み、
miRNAが、miR−769、miR−769−3p、miR−769−5p、miR−320c−1、miR−320c−1−3p、miR−320c−1−5p、miR−4792、miR−4792−3p、miR−4792−5p、miR−140、miR−140−3p、miR−140−5p、miR−629、miR−629−3p、miR−629−5p、miR−192、miR−192−3p、miR−192−5p、miR−145、miR−145−3p、miR−145−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7s−5p、miR−133a、miR−133a−3p、miR−133a−5p、miR−1307、miR−1307−3p、miR−1307−5p、miR−200b、miR−200b−3p、miR−200b−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7a−5p、miR−4508、miR−4508−3p、miR−4508−5p、miR−30e、miR−30e−3p、miR−30e−5p、let−7b、let−7b−3p、let−7b−5p、miR−194、miR−194−3p、miR−194−5p、miR−199a、miR−199a−3p、miR−199a−5p、let−7f、let−7f−3p、let−7f−5p、miR−128、miR−128−3p、miR−128−5p、miR−215、miR−215−3p、miR−215−5p、miR−149、miR−149−3p、miR−149−5p、miR−421、miR−421−3p、及びmiR−421−5pからなる群から選択される、
方法を提供することであった。
miR−769、miR−769−3p、miR−769−5p、miR−320c−1、miR−320c−1−3p、miR−320c−1−5p、miR−4792、miR−4792−3p、miR−4792−5p、miR−140、miR−140−3p、miR−140−5p、miR−629、miR−629−3p、miR−629−5p、miR−192、miR−192−3p、miR−192−5p、miR−145、miR−145−3p、miR−145−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7s−5p、miR−133a、miR−133a−3p、miR−133a−5p、miR−1307、miR−1307−3p、miR−1307−5p、miR−200b、miR−200b−3p、miR−200b−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7a−5p、miR−4508、miR−4508−3p、miR−4508−5p、miR−30e、miR−30e−3p、miR−30e−5p、let−7b、let−7b−3p、let−7b−5p、miR−194、miR−194−3p、miR−194−5p、miR−199a、miR−199a−3p、miR−199a−5p、let−7f、let−7f−3p、let−7f−5p、miR−128、miR−128−3p、miR−128−5p、miR−215、miR−215−3p、miR−215−5p、miR−149、miR−149−3p、miR−149−5p、miR−421、miR−421−3p、及びmiR−421−5pからなる群から選択されるmiRNAの配列に対応するか、またはこれらの配列と少なくとも90%の相同性を有し、かつmiRNAに特異的に結合する、核酸プローブのアレイを含み、アレイが、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、より好ましくは少なくとも20個の核酸プローブを含む、
キットを提供することであった。
対象の唾液中の脳傷害に関連する1種以上のマイクロRNAを検知することと、該マイクロRNAが、脳傷害のない対照対象の量を有意に下回るかまたは上回る量で存在する場合、脳傷害ステータスを評価または予後診断することと、場合により、脳傷害を有する対象を処置することと
を含む、方法を提供することであった。
対象の唾液または血清中で、TBIに関連する1種以上のマイクロRNAを検知することと、
該マイクロRNAが、対照対象において検知される量を有意に下回るかまたは上回る量で存在する場合、TBIを検知、診断、予後診断、またはモニタリングすることと、
場合により、異常に低いかまたは高いレベルが検知された場合、他のTBI症状について患者を更に評価すること、または対象のTBIを処置することと
を含む、方法を提供することであった。
対象から採取された生体サンプル中の1種以上のmiRNAのリードカウントを判定することと、
サンプル間リードカウント変化を考慮するために対象のエピジェネティックデータを正規化することであって、リードカウント正規化が1種以上の不変のmiRNAを使用する、正規化することと、
生体サンプルが採取された時刻を判定することと、
リードカウント正規化されたmiRNAにアルゴリズムを適用することであって、アルゴリズムが、対象のmiRNA発現レベルを時刻に対して正規化するために時刻を使用する、適用することと
を含む、方法を提供することであった。
対象から異なる時点で採取された少なくとも2つの生体サンプルを分析して、少なくとも2つの生体サンプルのそれぞれにおける1種以上の特定のmiRNAのリードカウント及び時刻正規化された発現レベルを判定することと、
1種以上の特定のmiRNAの判定されたレベルを経時的に比較して、対象の1種以上の特定のmiRNAのリードカウント及び時刻正規化された発現レベルが経時的に変化しているかどうかを判定することと
を含み、
1種以上の特定のmiRNAのリードカウント及び時刻正規化された発現レベルの経時的な上昇または低下が、対象の障害または病状または傷害が改善または悪化していることを示す、
方法を提供することであった。
対象から生体サンプルを得ることと、
A群のcircaMiR及びB群のcircaMiRから選択される1種以上のmiRNAのそれぞれに対し、二本鎖の相補的DNA配列(cDNA)を作出することと、
cDNAの存在、非存在、または相対量を検知することであって、cDNAの存在、非存在、または相対量が、相補的miRNAの存在、非存在、または相対量を示す、検知することと
を含む、方法を提供することであった。
該対象から第2の時点で生体サンプルを得ることと、
A群のcircaMiR及びB群のcircaMiRから選択される1種以上のmiRNAのそれぞれに対し、二本鎖の相補的DNA配列(cDNA)を作出することと、
cDNAの存在、非存在、または相対量を検知することであって、該第2の時点で得た該生体サンプル中のcDNAの存在、非存在、または相対量が、第2の時点における相補的miRNAの存在、非存在、または相対量を示す、検知することと、
場合により、第1の時点からの結果を第2の時点からの結果と比較することによって、障害、疾患、または傷害の進行を追跡することと
を含む、方法を提供することであった。
1名以上の正常な対象による対照値と比較して、唾液または血清中のmiRNAレベルの少なくとも1つの異常なパターンまたは変化したパターンを検知することと、
miRNAの量の少なくとも1つの異常なパターンまたは変化したパターンを有する対象を選択することと、
場合により、一時的リズムの変化に関連するTBI、mTBI、またはPCS関連症状を有する対象を選択することと、
場合により、miRNAの量の少なくとも1つの異常なパターンまたは変化したパターンを低減または再同期させる処置を供与することと
を含む、方法を提供することであった。
1.脳震盪、軽度外傷性脳傷害(「mTBI」)、または他の外傷性脳傷害(「TBI」)を検知または診断するための方法であって、
(a)ヒト対象から採取された唾液サンプル中の1種以上のマイクロRNA(「miRNA」)の濃度レベル(複数可)を判定することと、
(b)前記1種以上のmiRNAの前記判定された濃度レベル(複数可)を同じ1種以上のmiRNAの正常レベル(複数可)に対して比較することであって、前記正常(または対照)レベルが、脳震盪、軽度外傷性脳傷害を有しない対象に見られるものか、脳震盪、軽度外傷性脳傷害を有しない2名、3名、4名、5名、6名、7名、8名、9名、10名もしくはそれ以上の対象の平均か、または脳震盪、mTBI、もしくはTBIをもたらし得る事象の前に前記対象において判定された濃度レベル(複数可)である、前記比較することと、
(c)前記1種以上のmiRNAの異常なレベルを有する対象を、脳震盪、軽度外傷性脳傷害(「mTBI」)、もしくは他の外傷性脳傷害(「TBI」)を有するか、または有するリスクがより高いものとして選択することと
を含み、
前記1種以上のmiRNAが、hsa−let−7f−5p、hsa−let−7i、hsa−miR−10a−5p、hsa−miR−10b−5p、hsa−miR−23a−3p、hsa−mir−23b、hsa−mir−25、hsa−miR−25−3p、hsa−mir−26a−1、hsa−mir−26a−2、hsa−miR−26a−5p、hsa−mir−26b、hsa−miR−26b−5p、hsa−mir−28、hsa−miR−28−3p、hsa−miR−28−5p、hsa−miR−29c−3p、hsa−mir−30b、hsa−miR−30e−3p、hsa−miR−30e−5p、hsa−mir−92a−1、hsa−mir−92a−2、hsa−mir−103a−1、hsa−mir−103a−2、hsa−miR−125b−1−3p、hsa−miR−125b−2−3p、hsa−miR−141−3p、hsa−miR−148b−3p、hsa−mir−151a、hsa−miR−151a−3p、hsa−miR−151a−5p、hsa−miR−155−5p、hsa−mir−181a−2、hsa−miR−181a−5p、hsa−miR−182−5p、hsa−miR−193a−3p、hsa−miR−203a−3p、hsa−miR−205−5p、hsa−mir−218−2、hsa−miR−221−3p、hsa−miR−320c、hsa−miR−338−3p、hsa−miR−338−5p、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−374a−5p、hsa−miR−378d、hsa−miR−378f、hsa−miR−378g、hsa−miR−378i、hsa−miR−454−3p、hsa−miR−501−3p、hsa−miR−532−5p、hsa−miR−577、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−944、hsa−miR−1273g−5p、hsa−miR−1285−3p、hsa−miR−1303、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−3074−5p、hsa−mir−3160−1、hsa−mir−3613、hsa−miR−3613−5p、hsa−miR−3916、hsa−mir−4532、hsa−mir−5091、hsa−miR−6770−5p、及び上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択され、及び/または、miR−769、miR−769−3p、miR−769−5p、miR−320c−1、miR−320c−1−3p、miR−320c−1−5p、miR−4792、miR−4792−3p、miR−4792−5p、miR−140、miR−140−3p、miR−140−5p、miR−629、miR−629−3p、miR−629−5p、miR−192、miR−192−3p、miR−192−5p、miR−145、miR−145−3p、miR−145−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7s−5p、miR−133a、miR−133a−3p、miR−133a−5p、miR−1307、miR−1307−3p、miR−1307−5p、miR−200b、miR−200b−3p、miR−200b−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7a−5p、miR−4508、miR−4508−3p、miR−4508−5p、miR−30e、miR−30e−3p、miR−30e−5p、let−7b、let−7b−3p、let−7b−5p、miR−194、miR−194−3p、miR−194−5p、miR−199a、miR−199a−3p、miR−199a−5p、let−7f、let−7f−3p、let−7f−5p、miR−128、miR−128−3p、miR−128−5p、miR−215、miR−215−3p、miR−215−5p、miR−149、miR−149−3p、miR−149−5p、miR−421、miR−421−3p、及びmiR−421−5pのうち少なくとも1種、ならびに上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択される、
前記方法。TBIの前に起こり得る事象としては、スポーツに関連した転倒及び傷害、例えばフットボール、フラッグフットボール、サッカー、ラグビー、アイスホッケー、ラクロス、バスケットボール、及び他のコンタクトスポーツ、テニス、ゴルフ、野球、クリケット、陸上競技、体操、ボクシング、柔道、空手、テコンドー、及び他の格闘技、ウマを用いるスポーツ、ロデオスポーツ、高飛び込み及びスキンダイビングを含むダイビング、スカイダイビング、登山、サイクリング、チアリーディング、車両スポーツ、及び他のスポーツにおける高速衝突に起因するもの、ならびに車両事故、及び業務に関連した衝撃、転倒、及び傷害が挙げられる。銃撃、突風もしくは爆発などの衝撃、超音波エネルギーもしくは音響エネルギーへの曝露、揺さぶり(例えば乳児の激しい揺さぶり)、あるいは拳、足、または重い物体、密な物体、もしくは鈍器などによる身体の強打といった他の事象がTBIの前に起こる場合もある。
前記微生物のRNAの前記発現レベル(複数可)を同じ1種以上の微生物のRNAの正常レベル(複数可)に対して比較することであって、前記正常(または対照)発現レベルが、TBIを有しない対象に見られるものか、TBIを有しない2名以上の対象の平均か、またはTBIの1種以上の症状の出現前に前記対象において判定された濃度レベル(複数可)である、前記比較することと、
更に、前記1種以上の微生物RNAの異常な発現レベルを有する対象を、前記TBIを有するか、または有するリスクがより高いものとして選択することと
を更に含む、実施形態1〜11のいずれか1つに記載の方法。
hsa−let−7f−5p、hsa−let−7i、hsa−miR−10a−5p、hsa−miR−10b−5p、hsa−miR−23a−3p、hsa−mir−23b、hsa−mir−25、hsa−miR−25−3p、hsa−mir−26a−1、hsa−mir−26a−2、hsa−miR−26a−5p、hsa−mir−26b、hsa−miR−26b−5p、hsa−mir−28、hsa−miR−28−3p、hsa−miR−28−5p、hsa−miR−29c−3p、hsa−mir−30b、hsa−miR−30e−3p、hsa−miR−30e−5p、hsa−mir−92a−1、hsa−mir−92a−2、hsa−mir−103a−1、hsa−mir−103a−2、hsa−miR−125b−1−3p、hsa−miR−125b−2−3p、hsa−miR−141−3p、hsa−miR−148b−3p、hsa−mir−151a、hsa−miR−151a−3p、hsa−miR−151a−5p、hsa−miR−155−5p、hsa−mir−181a−2、hsa−miR−181a−5p、hsa−miR−182−5p、hsa−miR−193a−3p、hsa−miR−203a−3p、hsa−miR−205−5p、hsa−mir−218−2、hsa−miR−221−3p、hsa−miR−320c、hsa−miR−338−3p、hsa−miR−338−5p、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−374a−5p、hsa−miR−378d、hsa−miR−378f、hsa−miR−378g、hsa−miR−378i、hsa−miR−454−3p、hsa−miR−501−3p、hsa−miR−532−5p、hsa−miR−577、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−944、hsa−miR−1273g−5p、hsa−miR−1285−3p、hsa−miR−1303、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−3074−5p、hsa−mir−3160−1、hsa−mir−3613、hsa−miR−3613−5p、hsa−miR−3916、hsa−mir−4532、hsa−mir−5091、hsa−miR−6770−5p、及び上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択されるmiRNAに相補的であるか、ないしはmiRNAの増幅及び/または検知に好適な、1つ、2つ、またはそれ以上のプローブまたはプライマーを含み、及び/または、前記アッセイキットが、miR−769、miR−769−3p、miR−769−5p、miR−320c−1、miR−320c−1−3p、miR−320c−1−5p、miR−4792、miR−4792−3p、miR−4792−5p、miR−140、miR−140−3p、miR−140−5p、miR−629、miR−629−3p、miR−629−5p、miR−192、miR−192−3p、miR−192−5p、miR−145、miR−145−3p、miR−145−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7s−5p、miR−133a、miR−133a−3p、miR−133a−5p、miR−1307、miR−1307−3p、miR−1307−5p、miR−200b、miR−200b−3p、miR−200b−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7a−5p、miR−4508、miR−4508−3p、miR−4508−5p、miR−30e、miR−30e−3p、miR−30e−5p、let−7b、let−7b−3p、let−7b−5p、miR−194、miR−194−3p、miR−194−5p、miR−199a、miR−199a−3p、miR−199a−5p、let−7f、let−7f−3p、let−7f−5p、miR−128、miR−128−3p、miR−128−5p、miR−215、miR−215−3p、miR−215−5p、miR−149、miR−149−3p、miR−149−5p、miR−421、miR−421−3p、及びmiR−421−5p、ならびに上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAのうち少なくとも1種を検知し、
前記miRNAの増幅及び/または検知のための試薬と、場合により、反応基質、プラットフォーム、装置、アレイ、パッケージング材料、及び/または使用説明書とを含む、
前記アッセイキット。
(a)24時間中の2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12またはそれ以上の時点または間隔において1名以上の対象から唾液サンプルを収集することと、
(b)前記サンプル中のmiRNAをシーケンシングすることと、
(c)miRNA毎のシーケンシングリードをカウントし、配列リードデータを正規化し、正規化された配列リードカウントを異なる時点で採取された唾液サンプル間で比較することにより、差次的に発現されるmiRNAを特定することと、
(d)ハウスキーピング遺伝子もしくはmiRNA(24時間にわたって不変の発現を呈する)のRNA発現、または2種以上のハウスキーピング遺伝子からの平均RNA発現に対して、配列リードデータを正規化することと、
(e)異なる時点または間隔で得た、正規化されたRNA発現データに対して、多変数回帰分析または他の統計分析を行うことと、
(f)場合により、唾液中に見られる1種以上のmiRNAの濃度レベルを表す取得データについて、Pearson相関係数を計算することと、
(g)日周リズムまたは概日リズムに従って変動する発現レベルを有する1種以上のmiRNAを選択することと、
(h)場合により、DIANA miRpathまたは他のソフトウェアを使用して、miRNAの標的遺伝子を判定することと
を含む、前記方法。
小児脳震盪
小児脳震盪の正確かつ生理的に関連性のあるマーカーとしてのmiRNAの循環濃度の有用性を評価するため、本発明者らは、小児期TBI後の唾液のmiRNA及び脳脊髄液(CSF)のmiRNAにおける変化を比較した。略語:曲線下面積(AUC);中枢神経系(CNS);脳脊髄液(CSF);脳室外ドレーン(EVD);グラスゴー昏睡スコア(GCS);マイクロリボ核酸(miRNA);軽度外傷性脳傷害(mTBI);受信者動作特性(ROC);重度外傷性脳傷害(sTBI)。
mTBIの臨床診断ありまたはなしの対象(5〜21歳)において、今回の研究の一環として得た唾液miRNAプロファイルを精査した。mTBIコホートには、初回傷害の14日以内にmTBIの評価のために医療センターを訪れた61名の子供及び青年が含まれた。14日のカットオフは、ほとんどの臨床症状及びバイオマーカープロファイルが脳震盪の2週間以内にベースラインに戻ると示唆した過去の調査(Yokobori et al.,2013)に基づいて選択した。mTBI群の除外基準は、GCS<12、重度TBIの臨床診断、穿通性頭部傷害、頭蓋骨骨折、頭蓋内出血、または潜在する心理的障害(例えば抑うつまたは不安)に起因し得る症状を含んだ。対照コホートには、定期的に予定された小児科検診のために小児科医院を訪れた19名の子供及び青年が含まれた。この群の除外基準は、脳震盪の既往歴、継続中のリウマチ状態、または直近の整形外科的傷害を含んだ。歯周病、上気道感染症、発作性障害、知的障害、片頭痛歴、または薬物/アルコール使用障害のある対象は両群から除外した。唾液サンプルは、登録時に非絶食状態の各参加者に、水道水で口をゆすぎOragene RE−100唾液収集キット(DNA Genotek;Ottawa,Canada)に喀痰させて収集した。サンプルを5〜10回手で振盪し、4℃の冷蔵庫に移す前に室温で最長10日間保管した。年齢、性別、人種/民族性、身長、体重、食事制限、医療歴、選択的セロトニン再取り込み阻害薬の使用、アレルギー、薬物、及び中咽頭のステータス(表2A〜B)をはじめとする医学的及び人口学的情報を、mTBI及び対照参加者の両方から収集した。mTBIコホートは、脳震盪の既往歴、現在の脳震盪の詳細(傷害後の日数、機転、関連する嘔吐、脱力感、記憶喪失、骨折、または意識消失)、及び最後に鎮痛薬(非ステロイド性抗炎症薬またはアセトアミノフェン)を使用した時間についても報告した。最後に、mTBI対象及びその親/保護者が、小児スポーツ脳震盪評価ツール(SCAT−3)を使用した震盪性症状の調査表に記入した。
過去に報告されているように(Xia et al.,2016)、Norgen Circulating and Exosomal RNA Purification Kit(Norgen Biotek,Ontario,Canada)を製造元の説明に従って使用して、唾液及びCSFサンプルからRNAを抽出した。最終的なRNA濃度をNanodrop Spectrophotmeterで定量化し、抽出したRNAをシーケンシングする前に−80℃で保管した。ライブラリー構築の前にAgilent 2100 Bioanalyzerを用いてRNAの収率及び品質を評価した。唾液RNAのシーケンシングは、NEXTflex(登録商標)Small RNA−Seq Kit v3(Bioo Scientific;Austin,Texas)、Illumina HiSeq(登録商標)2500 Instrument、及び1サンプル当たり300万リードの標的深度を使用して行った。CSF RNAサンプルのシーケンシングは、Upstate Medical UniversityのSUNY Molecular Analysis Coreにて、Illumina TruSeq Small RNA Sample Prepプロトコール(Illumina;San Diego,California)、Illumina MiSeq機器、及び1サンプル当たり300万リードの標的深度を使用して行った。Partek Flow(Partek;St.Louis,Missouri)でSHRiMP2アライナを使用し、リードをヒトゲノムのhg38ビルドにアラインメントした。miRBase mature−microRNA v21を用い、各サンプル中の全miRNAカウントを定量化した。全カウントが5×103未満であった唾液サンプルを最終分析から除外し、結果として60個のmTBI唾液サンプル及び18個の対照唾液サンプルを得た。CSF及び唾液のそれぞれで、少なくとも25%のサンプルにおいて生リードカウントが10超であったmiRNAのみを、差次的発現分析において評価した。また、sTBI CSFサンプルの25%に存在し、対照CSFサンプルのいずれにも存在しなかったmiRNAを、「上方調節された」miRNAとして精査した。統計分析の前に、リードカウントの和の正規化を行い、平均センタリングし、各変数の標準偏差で除算した。「リード」または「リードカウント」という用語は、例えば、サンプル中の全てのmiRNAのレベルをより正確に比較することができるように、予測可能なレベルで唾液中に常に存在するある特定の対照miRNAまたは代謝物の発現レベルを使用してそれらを正規化することなど、サンプル間の変化を考慮するためにmiRNAまたはマイクロバイオームの発現データを調整するための任意の方法に適用されるものと理解されたい。
目的の6種の唾液miRNAの、子供のSCAT3スコア、親のSCAT3スコア、及び医学的/人口学的因子との相関性を探求した(図4A〜C)。子供の報告によるSCAT−3評価と、miR−26b−5p及びmiR−320cの唾液中濃度との間には、有意な相関性があった(表10A)。miR−26b−5pのレベルは「かなり疲れる」及び「すぐに疲れる」の報告と逆相関しており、一方miR−320cのレベルは、「白昼夢をよくみる」及び「混乱する」の報告と直接相関していた。また、miR−320cと、「注意力の持続が困難」及び「すぐに気が散る」を含む親の報告によるSCAT−3評価との間にも、有意な直接相関性があった(表10B)。女性と、miR−182−5p及びmiR−221−3pの唾液中濃度との間には、名目上の相関性があった(表10C)。しかしながら、目的の6種のmiRNAと、参加者の年齢、民族性、体重、身長、抗うつ薬の使用、または食事制限を含む他の医学的/人口学的特性との間には、有意な相関性は見られなかった。また、6種のmiRNAの濃度とスポーツ中の骨折または脳震盪との間にも相関性はなかった。
成人総合格闘技選手におけるmTBIの特定及び特性評価のための血清及び唾液miRNAの比較。
この研究における本発明者らの目的は、軽度頭部外傷を受けたばかりの成人対象において、血液及び唾液中のmiRNAの末梢測定値と、バランス及び認知機能の客観的尺度との関係を判定し、特定されたmiRNAのいずれかが、脳機能及び傷害応答に関連する特定の生物学的経路に関与しているかどうかを調査し、miRNAと機能的尺度との間の関係の強固性を定量化し、それらの潜在的な診断有用性を判定することであった。
唾液。本発明者らは、唾液及び血清のmiRNAデータにおける時間的変化を特定することができたため、特定の時点で最も大きな変化を示し、ASRまたはDSR miRNAと相関し得るものを検知するバランス及び認知スコアデータも調査した。これはまず、機能的データと共に、39個の試合後唾液サンプル中の合計12種のASR miRNA及び14種の機能的尺度に対するPCAを使用して行った。我々の結果は、3つの因子が複合データにおける分散のおよそ半数を説明したことを示した。一部のmiRNA及び機能的尺度は複数の成分に強く負荷したものの、因子1は、9/12種のmiRNA及び4種の機能的尺度の最大負荷成分であった(表24)。注目すべきことに、因子1が負荷する唾液miRNAのほとんどは、増加した身体の揺れを示すいくつかの機能的尺度と共に、大きな正の重みを示した。対照的に、1種の唾液miRNAのみが、認知能力の減少を示す複数の機能的尺度(TMA_COG、TMB_Dual_COG、及びTMB_COG)と共に、因子1に対する大きな負の重みを示した。これらのデータのグラフ表示は、試合直後の時点を除く経時的な身体の揺れの減少の証拠と共に、バランス尺度のうちの1つ(TLEOFP)における学習効果の可能性を明らかにした(図42)。
タンパク質バイオマーカー。ヒト対象及び齧歯動物モデルの両方における多数の研究では、mTBI、そしてより一般的には重度TBIとの関連において、様々な血清タンパク質の潜在的有用性が調査されている。本発明者らは、試合直前及び直後に得られた我々のMMA選手サンプルのサブセット中、11種の潜在的なバイオマーカーのセットを調査した。これらのタンパク質の一部は試合前と比べて試合後の上昇を示したが、これは、対象が頭部打撃を多く(または一度でも)経験したかどうかにかかわらず、多くの場合に当てはまった。この唯一の例外は、頭部打撃の回数と相関した試合後の増加を示したUCHL1であった。興味深いことに、UCHL1に関する文献には様々な研究における変化に関する多くの報告が含まれているが、これは統一された所見ではなく、また多くの研究は、mTBI後の発現の減少または変化の欠如を主張している。我々のデータは、血清中のUCHL1の発現増加が、mTBIの最も重度な症例(すなわち、30回以上の頭部打撃を受けたMMA選手)にのみ観察され得ることを示す。注目すべきことに、UCHL1及びGFAPの尺度を用いる脳震盪の血液検査が、United States Food and Drug Administrationにより近年認可された[https://_www.fda.gov/newsevents/newsroom/pressannouncements/ucm596531.htm]。
TBI及びTBIからの回復に関する唾液miRNAの予測有用性
研究集団。この研究には、mTBIの臨床診断を受けた7〜21歳の対象が含まれた。mTBI群は、初回頭部傷害の14日以内にmTBIの評価のためにPenn State Hershey Medical Centerを訪れた61名の子供及び青年から構成された。この14日のカットオフ期間は、ほとんどの臨床症状及びバイオマーカープロファイルが脳震盪の2週間以内にベースラインに戻ると示した過去の調査(McCarthy et al.,2015)に基づいて選択した。傷害時にGCS≦12、sTBIの臨床診断、穿通性頭部傷害、頭蓋骨骨折、頭蓋内出血を有した対象、または抑うつもしくは不安に起因し得る症状があった者は除外した。更なる除外基準は、英語以外の一次言語、法定管理下にある者(wards of the state)、歯周病、上気道感染症、局所神経障害、片頭痛歴、及び薬物/アルコール乱用であった。
小児SCAT−3の症状評価部分を、初回評価時(傷害の2週間以内)、そして傷害の4週間後に再び、全ての参加者及びその親に供与した(表28)。
分析した52個の唾液サンプルにおいて、平均リードカウントは、1サンプル当たり2.1×105リードであり、437種のmiRNAが少なくとも22/30個のサンプルで検知された。これら437種のmiRNAのうち14種は、Mann−Whitney検定(表4B)においてACS群とPCS群との間で名目上の差を示したが、多重検定補正の後に残ったものはなかった。これら14種のmiRNAのうち3種はACS対象において下方調節され、11種は上方調節された。ACS群とPCS群との間で最も有意に変化した5種のmiRNAは、miR−769−5p(1.8FC;p=0.002)、miR−215−5p(2.4FC;p=0.024)、miR−769(2.5FC;p=0.025)、miR−320c−1(0.44FC;p=0.028)、及びmiR−194−2(1.4FC;p=0.028)を含んだ。437種全てのmiRNAのmiRNA発現レベルを用いたPLSDAでは、データセットにおける分散の21.5%を考慮しつつ、ACS群とPCS群との部分的な空間的分離が達成された(表29A〜B)。VIPスコアにより、ACS対象とPCS対象との分離のために最も重要な15種のmiRNAが特定された(図18)。これらのmiRNAのうちの2種(miR−30e及びmiR−320c)は、6種の唾液miRNAのセットにおいて、小児mTBI後の唾液中で(健康な対照と比べて)有意に変化したものとしてこれまでに特定されている。15種のmiRNAのうちある特定のものは、過去のTBI調査において特定されている。
症状特性(傷害4週間後)及び15種の唾液miRNAの濃度(初回評価時)に関するPearson相関を求めた。12種のmiRNA−症状ペアの間で名目上の相関性(p<0.05)が特定された(図21)。これらの相関性のうち3つは、多重検定補正の後に残った。miR−320c−1は、「人に言われたことを覚えておくのが難しい」と正の相関性を有し(R=0.55;FDR=0.02)、miR−629は、「頭痛がある」と正の相関性を有し(R=0.47;FDR=0.04)、let−7b−5pは、「かなり疲れる」と正の相関性を有した(R=0.45;FDR=0.04)。個々のmiRNAは、互いと正の相関性及び負の相関性の両方を示し、個々のSCAT−3項目の大多数は、互いと正の相関性を有した。しかしながら、個々のSCAT−3項目と合計SCAT−3スコアとの間に相関性はなかった。子供と親の合計SCAT−3症状スコアは、互いに正の相関性を有したが、個々のmiRNAまたは個々の子供の症状項目とは正の相関性を有しなかった。
miRNAの標的となるKEGG経路:
−FoxOシグナル伝達(p=0.001;29種の遺伝子)、
−軸索ガイダンス(p=0.003;23種の遺伝子)、
−神経膠腫(p=0.0004;14種の遺伝子)、
−PI3K−Aktシグナル伝達(p=0.0004;57種の遺伝子)。
唾液miRNAの長期的調査
急性時点(傷害の0〜3日後)、亜急性時点(傷害の7〜17日後)、及び慢性時点(傷害の≧28日後)で、医師により診断された軽度外傷性脳傷害のために三次医療センターを訪れた50名の子供(7〜21歳)から、唾液マイクロRNAを収集した。受傷機転及び人口学的特徴を記録した。SCAT−5調査で主観的症状を評価し、ClearEdge(登録商標)Concussion Toolkitでバランス及び認知(例えば、処理速度、分割的注意能力)の機能的症状を測定した。ハイスループットRNAシーケンシングで唾液マイクロRNAレベルを定量化した。マイクロRNAレベルと、1)傷害後の日数、2)ClearEdge(商標)バランススコア、3)ClearEdge(商標)認知スコア、及び4)参加者の年齢という4つの連続型変数との間の潜在的関係を特定するため、Spearmanの順位相関を使用した。
発現及び存在量において概日リズムを呈する唾液miRNA
参照により本明細書に組み込まれている2018年3月20日に出願されたPCT/US2018/023336に記載されているように、唾液miRNAの一部分は強い概日リズムを呈し(「circamiRNA」)、その多くが、概日リズムに関連する公知の遺伝子を標的とする。これらのmiRNAの一部は、特定の微生物のレベルと関連して振動または変動する。
48サンプルデータセット:合計41種のmiRNAが、収集時間の高度に有意な効果を示し(FDR<0.001)、収集日の効果はなかった。
図32に示すように、19種のmiRNAは両方で共通して変化し、第3のデータセットにおいて収集時間を予測する能力について調査した。
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Claims (19)
- 脳震盪、軽度外傷性脳傷害(「mTBI」)、または他の外傷性脳傷害(「TBI」)を検知または診断するための方法であって、
(a)ヒト対象から採取された唾液サンプル中の1種以上のマイクロRNA(「miRNA」)の存在量または濃度レベル(複数可)を判定することと、
(b)前記1種以上のmiRNAの前記判定された存在量または濃度レベル(複数可)を同じ1種以上のmiRNAの正常レベル(複数可)に対して比較することであって、前記正常(または対照)レベルが、脳震盪、軽度外傷性脳傷害を有しない対象に見られるものか、もしくは脳震盪、軽度外傷性脳傷害を有しない2名以上の対象の平均か、または脳震盪、mTBI、もしくは他のTBIをもたらし得る事象の前に前記対象において判定された存在量もしくは濃度レベル(複数可)である、前記比較することと、
(c)前記1種以上のmiRNAの異常なレベルを有する対象を、脳震盪、軽度外傷性脳傷害(「mTBI」)、もしくは他の外傷性脳傷害(「TBI」)を有するか、または有するリスクがより高いものとして選択することと
を含み、
前記1種以上のmiRNAが、hsa−let−7f−5p、hsa−let−7i、hsa−miR−10a−5p、hsa−miR−10b−5p、hsa−miR−23a−3p、hsa−mir−23b、hsa−mir−25、hsa−miR−25−3p、hsa−mir−26a−1、hsa−mir−26a−2、hsa−miR−26a−5p、hsa−mir−26b、hsa−miR−26b−5p、hsa−mir−28、hsa−miR−28−3p、hsa−miR−28−5p、hsa−miR−29c−3p、hsa−mir−30b、hsa−miR−30e−3p、hsa−miR−30e−5p、hsa−mir−92a−1、hsa−mir−92a−2、hsa−mir−103a−1、hsa−mir−103a−2、hsa−miR−125b−1−3p、hsa−miR−125b−2−3p、hsa−miR−141−3p、hsa−miR−148b−3p、hsa−mir−151a、hsa−miR−151a−3p、hsa−miR−151a−5p、hsa−miR−155−5p、hsa−mir−181a−2、hsa−miR−181a−5p、hsa−miR−182−5p、hsa−miR−193a−3p、hsa−miR−203a−3p、hsa−miR−205−5p、hsa−mir−218−2、hsa−miR−221−3p、hsa−miR−320c、hsa−miR−338−3p、hsa−miR−338−5p、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−374a−5p、hsa−miR−378d、hsa−miR−378f、hsa−miR−378g、hsa−miR−378i、hsa−miR−454−3p、hsa−miR−501−3p、hsa−miR−532−5p、hsa−miR−577、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−944、hsa−miR−1273g−5p、hsa−miR−1285−3p、hsa−miR−1303、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−3074−5p、hsa−mir−3160−1、hsa−mir−3613、hsa−miR−3613−5p、hsa−miR−3916、hsa−mir−4532、hsa−mir−5091、hsa−miR−6770−5p、及び上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択され、及び/または、miR−769、miR−769−3p、miR−769−5p、miR−320c−1、miR−320c−1−3p、miR−320c−1−5p、miR−4792、miR−4792−3p、miR−4792−5p、miR−140、miR−140−3p、miR−140−5p、miR−629、miR−629−3p、miR−629−5p、miR−192、miR−192−3p、miR−192−5p、miR−145、miR−145−3p、miR−145−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7s−5p、miR−133a、miR−133a−3p、miR−133a−5p、miR−1307、miR−1307−3p、miR−1307−5p、miR−200b、miR−200b−3p、miR−200b−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7a−5p、miR−4508、miR−4508−3p、miR−4508−5p、miR−30e、miR−30e−3p、miR−30e−5p、let−7b、let−7b−3p、let−7b−5p、miR−194、miR−194−3p、miR−194−5p、miR−199a、miR−199a−3p、miR−199a−5p、let−7f、let−7f−3p、let−7f−5p、miR−128、miR−128−3p、miR−128−5p、miR−215、miR−215−3p、miR−215−5p、miR−149、miR−149−3p、miR−149−5p、miR−421、miR−421−3p、及びmiR−421−5pのうち少なくとも1種、ならびに上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択される、
前記方法。 - 前記miRNAの発現レベルが、RNA発現レベルが実質的に不変である1種以上のハウスキーピング遺伝子の発現レベルもしくは平均発現レベルに対して正規化され、及び/または、前記miRNAのレベルが、前記1種以上のmiRNAの前記発現レベルにおける日周変動もしくは概日変動を補償するように正規化されるか、食物摂取もしくは心拍数を上げるエクササイズに起因する前記1種以上のmiRNAの前記発現レベルの変動を補償するように制御もしくは正規化されるか、または年齢、性別、もしくは遺伝的バックグラウンドの差を補償するように調整される、請求項1に記載の方法。
- (a)1種以上のmiRNAの存在量または濃度を判定することが、RNAシーケンシング(「RNA−seq」)、qPCR、miRNAアレイ、またはマルチプレックスmiRNAプロファイリングによって行われる、請求項1に記載の方法。
- 前記唾液サンプルが、mTBIを有する疑いのあるヒト対象から採取され、前記miRNAが、miR−769、miR−769−3p、miR−769−5p、miR−320c−1、miR−320c−1−3p、miR−320c−1−5p、miR−4792、miR−4792−3p、miR−4792−5p、miR−140、miR−140−3p、miR−140−5p、miR−629、miR−629−3p、miR−629−5p、miR−192、miR−192−3p、miR−192−5p、miR−145、miR−145−3p、miR−145−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7s−5p、miR−133a、miR−133a−3p、miR−133a−5p、miR−1307、miR−1307−3p、miR−1307−5p、miR−200b、miR−200b−3p、miR−200b−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7a−5p、miR−4508、miR−4508−3p、miR−4508−5p、miR−30e、miR−30e−3p、miR−30e−5p、let−7b、let−7b−3p、let−7b−5p、miR−194、miR−194−3p、miR−194−5p、miR−199a、miR−199a−3p、miR−199a−5p、let−7f、let−7f−3p、let−7f−5p、miR−128、miR−128−3p、miR−128−5p、miR−215、miR−215−3p、miR−215−5p、miR−149、miR−149−3p、miR−149−5p、miR−421、miR−421−3p、及びmiR−421−5pのうち少なくとも1種、ならびに上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記唾液サンプルが、脳震盪を有する疑いのあるヒト対象から採取され、前記miRNAが、miR−29c−3p、miR−26b−5p、miR−30e−5p、miR−182−5p、miR−320c、及びmiR−221−3pのうち少なくとも1種、ならびに上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記唾液サンプルが、特定の時刻において前記ヒト対象から採取され、前記サンプル中のmiRNAの前記存在量または濃度レベル(複数可)が、別途同一の条件下の同時刻に採取された唾液中の正常なmiRNA値と比較される、請求項1に記載の方法。
- 請求項1に記載の方法であって、miRNAの前記正常レベル(複数可)が判定された時刻とは異なる時刻で前記唾液サンプルが前記ヒト対象から採取され、miRNAレベル(複数可)の日周変動もしくは概日変動を補償するように、前記唾液サンプル中で判定された前記miRNAレベル(複数可)の値を調整または正規化することを更に含む、前記方法。
- 請求項1に記載の方法であって、miRNAの前記正常レベル(複数可)が判定された時刻とは異なる時刻で前記唾液サンプルが前記ヒト対象から採取され、回帰モデルもしくは他の統計分析を使用してmiRNAレベル(複数可)の日周変動もしくは概日変動を補償するように、または年齢、性別、もしくは遺伝的バックグラウンドを補償するように、前記唾液サンプル中で判定された前記miRNAレベル(複数可)の値を調整または正規化することを更に含む、前記方法。
- 前記唾液サンプルが、覚醒の1時間以内、歯磨きもしくは洗口の前、飲食の前、及び/または心拍数を上昇させるエクササイズの前に採取される、請求項1に記載の方法。
- 前記選択することが、前記miRNAのうちの4種以上の異常なレベルを有する対象を選択することと、場合により、前記異常なmiRNAレベルの、脳震盪、mTBI、またはTBIの少なくとも1種の症状とのPearson相関係数を計算することとを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記選択することが、前記miRNAのうちの10種以上の異常なレベルを有する対象を選択することと、場合により、前記異常なmiRNAレベルの、脳震盪、mTBI、またはTBIの少なくとも1種の症状とのPearson相関係数を計算することとを含む、請求項1に記載の方法。
- 唾液miRNAレベルを判定することが、RNAシーケンシング(RNA−seq)によって行われる、請求項1に記載の方法。
- 前記シーケンシングデータの生リードカウントを分位数正規化し、平均センタリングし、各変数の標準偏差で除算し、サンプル間カウント変化を考慮するためにデータを正規化し、及び/または、相対発現レベル及び/または絶対発現レベルを表現するために1種以上の不変のmiRNAの発現に対してデータを正規化し、場合により、前記正規化されたデータを更に統計的に分析する、請求項12に記載の方法。
- miRNAの少なくとも1種の異常なレベルを有する対象を、1種以上のmiRNAの前記少なくとも1種の異常な唾液中レベルを低下させるレジメンで処置することを更に含む、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも2つの異なる時点で前記対象から唾液サンプルを得ることと、前記第2または後続の唾液サンプルのmiRNAレベル(複数可)の存在量または発現レベルが正常により近い場合、処置レジメンの有効性を判定することとを更に含む、請求項14に記載の方法。
- 脳震盪、軽度外傷性脳傷害(mTBI)を有するか、または有するリスクがより高いものとして選択された対象を、1種以上のmiRNAの少なくとも1種の異常な唾液中レベルを低下させるレジメンで処置することを更に含み、前記レジメンが、手術療法、薬物療法、miRNAもしくはmiRNAアンタゴニスト療法、抗菌療法、食事もしくは栄養療法、理学療法、光線療法、精神療法、行動療法、または代替医学療法のうちの1つ以上を供与することを含む、請求項1に記載の方法。
- miRNAを検知するためのmiRNAアッセイキットであって、
hsa−let−7f−5p、hsa−let−7i、hsa−miR−10a−5p、hsa−miR−10b−5p、hsa−miR−23a−3p、hsa−mir−23b、hsa−mir−25、hsa−miR−25−3p、hsa−mir−26a−1、hsa−mir−26a−2、hsa−miR−26a−5p、hsa−mir−26b、hsa−miR−26b−5p、hsa−mir−28、hsa−miR−28−3p、hsa−miR−28−5p、hsa−miR−29c−3p、hsa−mir−30b、hsa−miR−30e−3p、hsa−miR−30e−5p、hsa−mir−92a−1、hsa−mir−92a−2、hsa−mir−103a−1、hsa−mir−103a−2、hsa−miR−125b−1−3p、hsa−miR−125b−2−3p、hsa−miR−141−3p、hsa−miR−148b−3p、hsa−mir−151a、hsa−miR−151a−3p、hsa−miR−151a−5p、hsa−miR−155−5p、hsa−mir−181a−2、hsa−miR−181a−5p、hsa−miR−182−5p、hsa−miR−193a−3p、hsa−miR−203a−3p、hsa−miR−205−5p、hsa−mir−218−2、hsa−miR−221−3p、hsa−miR−320c、hsa−miR−338−3p、hsa−miR−338−5p、hsa−miR−342−5p、hsa−miR−374a−5p、hsa−miR−378d、hsa−miR−378f、hsa−miR−378g、hsa−miR−378i、hsa−miR−454−3p、hsa−miR−501−3p、hsa−miR−532−5p、hsa−miR−577、hsa−miR−625−3p、hsa−miR−744−5p、hsa−miR−944、hsa−miR−1273g−5p、hsa−miR−1285−3p、hsa−miR−1303、hsa−miR−1307−3p、hsa−miR−3074−5p、hsa−mir−3160−1、hsa−mir−3613、hsa−miR−3613−5p、hsa−miR−3916、hsa−mir−4532、hsa−mir−5091、hsa−miR−6770−5p、及び上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAからなる群から選択されるmiRNAに相補的であるか、ないしはmiRNAの増幅及び/または検知に好適な、1つ、2つ、またはそれ以上のプローブまたはプライマーを含み、及び/または、前記アッセイキットが、miR−769、miR−769−3p、miR−769−5p、miR−320c−1、miR−320c−1−3p、miR−320c−1−5p、miR−4792、miR−4792−3p、miR−4792−5p、miR−140、miR−140−3p、miR−140−5p、miR−629、miR−629−3p、miR−629−5p、miR−192、miR−192−3p、miR−192−5p、miR−145、miR−145−3p、miR−145−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7s−5p、miR−133a、miR−133a−3p、miR−133a−5p、miR−1307、miR−1307−3p、miR−1307−5p、miR−200b、miR−200b−3p、miR−200b−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7a−5p、miR−4508、miR−4508−3p、miR−4508−5p、miR−30e、miR−30e−3p、miR−30e−5p、let−7b、let−7b−3p、let−7b−5p、miR−194、miR−194−3p、miR−194−5p、miR−199a、miR−199a−3p、miR−199a−5p、let−7f、let−7f−3p、let−7f−5p、miR−128、miR−128−3p、miR−128−5p、miR−215、miR−215−3p、miR−215−5p、miR−149、miR−149−3p、miR−149−5p、miR−421、miR−421−3p、及びmiR−421−5p、ならびに上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAのうち少なくとも1種を検知し、場合により、1つ以上のサンプル収集ツール、1つ以上のサンプル収集容器、前記miRNAの増幅及び/または検知及び/または定量化のための1つ以上の試薬、1つ以上の陽性対照もしくは陰性対照、1つ以上の反応基質もしくはプラットフォーム、パッケージング材料(複数可)、及び/または使用説明書を含む、
前記アッセイキット。 - miR−769、miR−769−3p、miR−769−5p、miR−320c−1、miR−320c−1−3p、miR−320c−1−5p、miR−4792、miR−4792−3p、miR−4792−5p、miR−140、miR−140−3p、miR−140−5p、miR−629、miR−629−3p、miR−629−5p、miR−192、miR−192−3p、miR−192−5p、miR−145、miR−145−3p、miR−145−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7s−5p、miR−133a、miR−133a−3p、miR−133a−5p、miR−1307、miR−1307−3p、miR−1307−5p、miR−200b、miR−200b−3p、miR−200b−5p、let−7a、let−7a−3p、let−7a−5p、miR−4508、miR−4508−3p、miR−4508−5p、miR−30e、miR−30e−3p、miR−30e−5p、let−7b、let−7b−3p、let−7b−5p、miR−194、miR−194−3p、miR−194−5p、miR−199a、miR−199a−3p、miR−199a−5p、let−7f、let−7f−3p、let−7f−5p、miR−128、miR−128−3p、miR−128−5p、miR−215、miR−215−3p、miR−215−5p、miR−149、miR−149−3p、miR−149−5p、miR−421、miR−421−3p、及びmiR−421−5p、ならびに上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAのうち少なくとも1種を検知する、mTBIの診断または検知のための請求項18に記載のアッセイキット。
- miR−29c−3p、miR−26b−5p、miR−30e−5p、miR−182−5p、miR−320c、及びmiR−221−3p、ならびに上掲のmiRNAと共通のシード配列をもつmiRNAのレベルを検知する、脳震盪の診断または検知のための請求項18に記載のアッセイキット。
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