JP2020503049A5 - - Google Patents
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Description
添付の図面は、本開示の特定の態様および実施形態の包括的ではなく例示的で概略的な例を提供することを意図している。図面は、いかなる特定の理論またはモデルにも限定または拘束することを意図するものではなく、必ずしも縮尺通りではない。上記を限定することなく、核酸およびポリペプチドは、線状配列として、または概略的な２次元もしくは３次元構造として描くことができ；これらの描写は、それらの構造に関するいかなる特定のモデルまたは理論にも限定または拘束されるのではなく、例示を目的としている。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子であって、式：
の化学結合を含み、
式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、合成単分子ガイド分子。
（項目２）
Ｒ ２’ は、Ｈ、フルオロ、およびＯ−Ｒ’からなる群から選択され、ここで、Ｒ’は、保護基または任意選択により置換されたアルキル基である、項目１に記載のガイド分子。
（項目３）
式：
のものであり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目１または２に記載のガイド分子。
（項目４）
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、リボヌクレオチド残基または糖修飾リボヌクレオチド残基である、項目３に記載のガイド分子。
（項目５）
（Ｎ） ｃ または（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のデオキシリボヌクレオチド残基を含む、項目３または４に記載のガイド分子。
（項目６）
（Ｎ） ｃ または（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数の２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目３〜５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目７）
（Ｎ） ｃ の５’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれ、および／または（Ｎ） ｔ の３’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれは、ホスホロチオエート結合を介してその隣接ヌクレオチドに結合した２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目３〜６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目８）
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレングリコール、およびポリプロピレングリコールからなる群から選択される部分を含む非ヌクレオチドリンカーである、項目１〜７のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目９）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目３〜８のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１０）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目３〜９のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１１）
Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイドリボ核タンパク質複合体の形成を媒介することができる、項目１〜１０のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１２）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目３〜１１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１３）
式：
のものであり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目１〜１２のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１４）
ｐおよびｑは、それぞれ０である、項目１３に記載のガイド分子。
（項目１５）
ｕは、３〜２２（両端を含む）の整数である、項目１３に記載のガイド分子。
（項目１６）
式：
のものであり、式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数である、項目１〜１５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数である、項目１〜１５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１８）
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１４または１５に記載のガイド分子。
（項目１９）
ｕ’は、３〜２２（両端を含む）の整数である、項目１４または１５に記載のガイド分子。
（項目２０）
Ｌ １ は、−（ＣＨ ２ ） Ｗ −であり、かつｗは、１〜２０（両端を含む）の整数である、項目１３〜１９のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２１）
Ｒ １ は、−（ＣＨ ２ ＣＨ ２ Ｏ） ｖ −であり、かつｖは、１〜１０（両端を含む）の整数である、項目１３〜２０のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２２）
ｗは、６であり、かつｖは、４である、項目２１に記載のガイド分子。
（項目２３）
配列番号３６〜５６から選択される配列を含む、項目１〜２２のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２４）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子であって、式：
の化学結合を含み、
式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、合成単分子ガイド分子。
（項目２５）
Ｒ ２’ は、Ｈ、フルオロ、およびＯ−Ｒ’からなる群から選択され、ここで、Ｒ’は、保護基または任意選択により置換されたアルキル基である、項目２４に記載のガイド分子。
（項目２６）
式：
のものであり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目２４または２５に記載のガイド分子。
（項目２７）
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、リボヌクレオチド残基または糖修飾リボヌクレオチド残基である、項目２６に記載のガイド分子。
（項目２８）
（Ｎ） ｃ または（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のデオキシリボヌクレオチド残基を含む、項目２６または２７に記載のガイド分子。
（項目２９）
（Ｎ） ｃ または（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数の２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目２６〜２８のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３０）
（Ｎ） ｃ の５’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれ、および／または（Ｎ） ｔ の３’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれは、ホスホロチオエート結合を介してその隣接ヌクレオチドに結合した２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目２６〜２９のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３１）
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレングリコール、およびポリプロピレングリコールからなる群から選択される部分を含む非ヌクレオチド非ヌクレオチドリンカーである、項目２４〜３０のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３２）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目２６〜３１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３３）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目２６〜３２のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３４）
Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイドリボ核タンパク質複合体の形成を媒介することができる、項目２４〜３３のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３５）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目２６〜３４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３６）
式：
のものであり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目２４〜３５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３７）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数である、項目２４〜３６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３８）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数である、項目２４〜３６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３９）
Ｌ １ は、−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−または−（ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ） ｖ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −であり；ｗは、それぞれ独立に、１〜２０であり；かつｖは、それぞれ独立に、１〜１０である、項目３６〜３８のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目４０）
Ｒ １ は、−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −または−（ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ） ｖ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −であり；ｗは、それぞれ独立に、１〜２０であり；かつｖは、それぞれ独立に、１〜１０である、項目３６〜３９のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目４１）
Ｌ １ は、−（ＣＨ ２ ） ６ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） １ −ＮＨ−であり、かつＲ １ は、−（ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ） ４ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ２ −である、項目４０に記載のガイド分子。
（項目４２）
配列番号３５から選択される配列を含む、項目２４〜４１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目４３）
項目１〜４２のいずれか一項に記載の複数の合成ガイド分子を含む組成物であって、前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含む、組成物。
（項目４４）
前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、項目３９に記載の組成物。
（項目４５）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まない、組成物。
（項目４６）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まない、組成物。
（項目４７）
いかなる精製ステップにも供されていない、項目４５または４６に記載の組成物。
（項目４８）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目４９）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５０）
ａは、ｃ未満であり、かつ／またはｂは、ｔ未満である、項目４８または４９に記載の組成物。
（項目５１）
いかなる精製ステップにも供されていない、項目４８〜５０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５２）
前記ガイド分子とＣａｓ９またはＲＮＡガイドヌクレアーゼとの複合体を含む、項目４５〜５１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５３）
前記ガイド分子は、溶液中または薬学的に許容される担体中に懸濁されている、項目４５〜５２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５４）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目４５〜５３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５５）
式：
の、項目２４〜４２のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５６）
式：
の、項目２４〜４２のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５７）
式：
の、項目２４〜４２のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５８）
式：
の、項目２４〜４２のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５９）
ａは、ｃ未満であり、かつ／またはｂは、ｔ未満である、項目５５〜５８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６０）
いかなる精製ステップにも供されていない、項目５５〜５８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６１）
前記ガイド分子とＣａｓ９またはＲＮＡガイドヌクレアーゼとの複合体を含む、項目５５〜６０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６２）
前記ガイド分子は、溶液中または薬学的に許容される担体中に懸濁されている、項目５５〜６１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６３）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目５５〜６２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６４）
（ａ）ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子であって、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、合成単分子ガイド分子；ならびに
（ｂ）以下の１つまたは複数：
（ｉ）カルボジイミドまたはその塩；
（ｉｉ）イミダゾール、シアノイミダゾール、ピリジン、およびジメチルアミノピリジン、またはそれらの塩；および
（ｉｉｉ）式：
の化合物またはその塩
を含み、式中、Ｒ ４ およびＲ ５ は、それぞれ独立に、置換もしくは非置換アルキル、または置換もしくは非置換カルボシクリルである、組成物。
（項目６５）
前記カルボジイミドは、ＥＤＣ、ＤＣＣ、またはＤＩＣである、項目６４に記載の組成物。
（項目６６）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子を含む組成物であって、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し、
前記組成物は、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａ＋ｂは、ｃ＋ｔ−ｋであり、ここで、ｋは、１〜１０（両端を含む）の整数である、組成物。
（項目６７）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
前記式中に示される２’−５’ホスホジエステル結合は、前記二重鎖における２つのヌクレオチド間にあり；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、組成物。
（項目６８）
前記ガイド分子は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目６７に記載の組成物。
（項目６９）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目６７または６８に記載の組成物。
（項目７０）
前記ガイド分子は、Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイド分子複合体の形成を媒介することができる、項目６７〜６９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７１）
前記ガイド分子は、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長であるヌクレオチドループを表し；
ｕは、０〜２２（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し、
前記式中に示される二重鎖領域における２つのヌクレオチド間の少なくとも１つのホスホジエステル結合は、２’−５’ホスホジエステル結合であり；かつ Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目６７〜７０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７２）
前記２’−５’ホスホジエステル結合は、項目７１に記載の式に示される前記バルジの５’に位置する２つのヌクレオチド間にある、項目６７〜７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７３）
前記２’−５’ホスホジエステル結合は、ヌクレオチドループＺの５’および項目７１に記載の式に示される前記バルジの３’に位置する２つのヌクレオチド間にある、項目６７〜７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７４）
前記２’−５’ホスホジエステル結合は、ヌクレオチドループＺの３’および項目７１に記載の式に示される前記バルジの５’に位置する２つのヌクレオチド間にある、項目６７〜７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７５）
前記２’−５’ホスホジエステル結合は、項目７１に記載の式に示される前記バルジの３’に位置する２つのヌクレオチド間にある、項目６７〜７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７６）
前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含む、項目４５〜７５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７７）
前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、項目７６に記載の組成物。
（項目７８）
ＣＲＩＳＰＲシステムのためのガイド分子の組成物であって、式：
のガイド分子またはその薬学的に許容される塩から本質的になり、式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
リンカーは、非ヌクレオチド化学結合であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよい、組成物。
（項目７９）
式：
のガイド分子またはその塩から本質的になり、式中：
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目７８に記載のガイド分子の組成物。
（項目８０）
式：
のガイド分子またはその塩から本質的になり、式中：
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目７８に記載のガイド分子の組成物。
（項目８１）
式：
のガイド分子またはその塩から本質的になり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長のヌクレオチドループを表し；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜２（両端を含む）の整数であり、任意選択により０であり；
ｐ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり、任意選択により０であり；
ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
Ｎ １ およびＮ ２ は、それぞれ独立に、ヌクレオチド残基であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目７８に記載のガイド分子の組成物。
（項目８２）
ＣＲＩＳＰＲシステムのためのガイド分子の組成物であって、前記ガイド分子は、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
リンカーは、非ヌクレオチド化学結合であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ここで、前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含み、
ここで、前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、組成物。
（項目８３）
前記ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中：
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目８２に記載のガイド分子の組成物。
（項目８４）
前記ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中：
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目８２に記載のガイド分子の組成物。
（項目８５）
前記ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長のヌクレオチドループを表し；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜２（両端を含む）の整数であり、任意選択により０であり；
ｐ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり、任意選択により０であり；
ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
Ｎ １ およびＮ ２ は、それぞれ独立に、ヌクレオチド残基であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目８２に記載のガイド分子の組成物。
（項目８６）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成する方法であって、
第１のオリゴヌクレオチドと第２のオリゴヌクレオチドとをアニールして、前記第１のオリゴヌクレオチドの３’領域と前記第２のオリゴヌクレオチドの５’領域との間に二重鎖を形成するステップであって、前記第１のオリゴヌクレオチドは、２’反応性基および３’反応性基の少なくとも一方である第１の反応性基を含み、前記第２のオリゴヌクレオチドは、５’反応性基である第２の反応性基を含む、ステップ；および
前記アニールされた第１および第２のオリゴヌクレオチドを、前記第１および第２の反応性基を介してコンジュゲートさせて、前記第１および第２のオリゴヌクレオチドを結合する共有結合を含む単分子ガイド分子を形成するステップ
を含む方法。
（項目８７）
前記ガイド分子は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ前記第１のオリゴヌクレオチドの５’領域は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記第２のオリゴヌクレオチドの３’領域は、１つまたは複数のステムループ構造を含む、項目８６または８７に記載の方法。
（項目８９）
前記ガイド分子は、Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイド分子複合体の形成を媒介することができる、項目８６〜８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９０）
前記第１および第２の反応性基は、両方ともアミン部分を含み、かつ前記コンジュゲートさせるステップは、前記第１および第２の反応性基の前記アミン部分をカーボネート含有二官能性架橋剤で架橋して尿素結合を形成することを含む、項目８６〜８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９１）
前記カーボネート含有二官能性架橋剤は、ジスクシンイミジルカーボネート、ジイミダゾールカーボネート、またはビス−（ｐ−ニトロフェニル）カーボネートである、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度は、１０μＭ〜１ｍＭの範囲である、項目８６〜９１のいずれか一項に記載の方法。
（項目９３）
カーボネート含有二官能性架橋剤の濃度は、１ｍＭ〜１００ｍＭの範囲である、項目９０〜９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
カーボネート含有二官能性架橋剤の濃度は、前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度よりも１００〜１，０００倍高い、項目９０〜９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目９５）
前記コンジュゲートさせるステップは、７〜９の範囲のｐＨで行われる、項目８６〜９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目９６）
前記コンジュゲートさせるステップは、共溶媒としてＤＭＳＯ、ＤＭＦ、ＮＭＰ、ＤＭＡ、モルホリン、ピリジン、またはＭｅＣＮを用いて水中で行われる、項目８６〜９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
前記コンジュゲートさせるステップは、二価金属カチオンの存在下で行われる、項目８６〜９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
前記コンジュゲートさせるステップは、０℃〜４０℃の範囲の温度で行われる、項目８６〜９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９９）
前記第１のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；かつ前記第２のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目８６〜９８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１００）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩である、項目８６〜９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０１）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目８２〜９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０２）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目８６〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数である、項目８６〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
ｐ’＝ｑ’であり、任意選択によりｐ’＝ｑ’＝０、ｐ’＝ｑ’＝１、またはｐ’＝ｑ’＝２である、項目１０２または１０３に記載の方法。
（項目１０５）
Ｌ １ は、−（ＣＨ ２ ） Ｗ −であり、かつｗは、１〜２０である、項目１０１〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０６）
Ｒ １ は、−（ＣＨ ２ ＣＨ ２ Ｏ） ｖ −であり、かつｖは、１〜１０である、項目１０１〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目９９〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目９９〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０９）
（ａ）前記第１の反応性基は、ブロモアセチル部分を含み、かつ前記第２の反応性基は、スルフヒドリル部分を含むか、または（ｂ）前記第１の反応性基は、スルフヒドリル部分を含み、かつ前記第２の反応性基は、ブロモアセチル部分を含み、および前記コンジュゲートさせるステップは、前記ブロモアセチル部分を前記スルフヒドリル部分と反応させてブロモアセチル−チオール結合を形成することを含む、項目８６〜８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度は、１０μＭ〜１ｍＭの範囲である、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記コンジュゲートさせるステップは、７〜９の範囲のｐＨで行われる、項目１０９または１１０に記載の方法。
（項目１１２）
前記コンジュゲートさせるステップは、アルゴン下で行われる、項目１０９〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１３）
前記コンジュゲートさせるステップは、キレート化試薬、任意選択によりエチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、またはその塩の存在下で行われる、項目１０９〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１４）
前記コンジュゲートさせるステップは、０℃〜４０℃の範囲の温度で行われる、項目１０９〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１５）
（ａ）前記第１のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり、かつ前記第２のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であるか；または
（ｂ）前記第１のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり、かつ前記第２のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目１０９〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１６）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩である、項目１０９〜１１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１７）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目１０９〜１１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１８）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目１０９〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１９）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数である、項目１０９〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２０）
ｐ’＝ｑ’であり、任意選択によりｐ’＝ｑ’＝０、ｐ’＝ｑ’＝１、またはｐ’＝ｑ’＝２である、項目１１８または１１９に記載の方法。
（項目１２１）
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、−（ＣＨ ２ ） Ｗ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−または−（ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ） ｖ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −であり：ｗは、それぞれ独立に、１〜２０であり；かつｖは、それぞれ独立に、１〜１０である、項目１１７〜１２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２２）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目１１５〜１２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２３）
（ａ）前記第１の反応性基は、２’または３’ヒドロキシル部分を含み、かつ前記第２の反応性基は、５’リン酸部分を含むか、または（ｂ）前記第１の反応性基は、５’リン酸部分を含み、かつ前記第２の反応性基は、２’または３’ヒドロキシル部分を含み、および前記コンジュゲーションさせるステップは、活性化剤の存在下で前記ヒドロキシル部分およびリン酸部分を反応させてホスホジエステル結合を形成することを含む、項目８６〜８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２４）
前記活性化剤は、カルボジイミドまたはその塩である、項目１２３に記載の方法。
（項目１２５）
前記カルボジイミドは、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）、Ｎ、Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド（ＤＣＣ）、もしくはＮ’，Ｎ’−ジイソプロピルカルボジイミド（ＤＩＣ）、またはそれらの塩である、項目１２４に記載の方法。
（項目１２６）
前記コンジュゲートさせるステップは、活性化剤および安定化剤の存在下で前記ヒドロキシル部分およびリン酸部分を反応させることを含む、項目１２３〜１２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２７）
前記安定化剤は、イミダゾール、シアノイミダゾール、ピリジン、もしくはジメチルアミノピリジン、またはそれらの塩である、項目１２６に記載の方法。
（項目１２８）
前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度は、１０μＭ〜１ｍＭの範囲である、項目１２３〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２９）
前記活性化剤の濃度は、１ｍＭ〜１００ｍＭの範囲である、項目１２３〜１２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３０）
前記活性化剤の濃度は、前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度よりも１００〜１，０００倍高い、項目１２３〜１２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３１）
前記コンジュゲートさせるステップは、５〜９の範囲のｐＨで行われる、項目１２３〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３２）
前記コンジュゲートさせるステップは、二価金属カチオンの存在下で行われる、項目１２３〜１３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３３）
前記コンジュゲートさせるステップは、０℃〜４０℃の範囲の温度で行われる、項目１２３〜１３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３４）
前記第１のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；かつ前記第２のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｒ ３ ’は、独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目１２３〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３５）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩である、項目１２３〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３６）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長のヌクレオチドループを表し；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、任意選択により二重鎖領域に少なくとも１つの２’−５’ホスホジエステル結合を含む、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目１２３〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３７）
項目８６〜１３６のいずれか一項に記載の方法によって作製された複数のガイド分子を含む組成物であって、前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含む、組成物。
（項目１３８）
前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、項目１３７に記載の組成物。
（項目１３９）
式：
の、ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含む組成物であって、前記合成単分子ガイド分子は、ホスホジエステル結合を形成するために、活性化剤の存在下において、
またはそれらの塩間の反応を含むプロセスによって調製され、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、組成物。
（項目１４０）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチドであって、式：
のものまたはその塩であり、式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域、およびＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含み；
（Ｎ） ｔ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの抗反復の少なくとも一部を含む５’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド。
（項目１４１）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目１４０に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１４２）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１４０または１４１に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１４３）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチド中間体であって、式：
のものまたはその塩であり、式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域、およびＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含み；
（Ｎ） ｔ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの抗反復の少なくとも一部を含む５’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド中間体。
（項目１４４）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１４３に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１４５）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチド中間体であって、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域、およびＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含み；
（Ｎ） ｔ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの抗反復の少なくとも一部を含む５’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド中間体。
（項目１４６）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１４５に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１４７）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するための、アニールされた二重鎖を有する中間体を含む組成物であって、前記中間体は、式：
のものまたはその塩であり、式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、組成物。
（項目１４８）
ｐおよびｑは、それぞれ０である、項目１４７に記載の組成物。
（項目１４９）
ｕは、３〜２２の整数である、項目１４７に記載の組成物。
（項目１５０）
前記中間体は、式：
のものまたはその塩である、項目１４７〜１４９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５１）
前記中間体は、式：
のものまたはその塩である、項目１４７〜１４９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５２）
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１５０または１５１に記載の組成物。
（項目１５３）
ｕ’は、３〜２２の整数である、項目１５０または１５１に記載の組成物。
（項目１５４）
（Ｎ） ｍ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目１４７〜１５３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５５）
（Ｎ） ｎ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１４７〜１５４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５６）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチドであって、式：
のものまたはその塩であり、式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に完全にまたは部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド。
（項目１５７）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目１５６に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１５８）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１５６または１５７に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１５９）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチド中間体であって、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｒ ６ およびＲ ７ は、それぞれ独立に、置換もしくは非置換アルキル、または置換もしくは非置換カルボシクリルであり；
（Ｎ） ｔ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの抗反復の少なくとも一部を含む５’領域を含み、ここで、（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ ２ は、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド中間体。
（項目１６０）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するための、アニールされた二重鎖を有する中間体を含む組成物であって、前記中間体は、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長のヌクレオチドループを表し；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、組成物。
（項目１６１）
（Ｎ） ｍ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目１６０に記載の組成物。
（項目１６２）
（Ｎ） ｎ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１６０または１６１に記載の組成物。
（項目１６３）
カルボジイミドもしくはその塩、ならびに／またはイミダゾール、シアノイミダゾール、ピリジン、およびジメチルアミノピリジン、あるいはそれらの塩をさらに含む、項目１６０〜１６２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６４）
前記カルボジイミドは、ＥＤＣ、ＤＣＣ、またはＤＩＣである、項目１６３に記載の組成物。
（項目１６５）
カルボジイミドまたはその塩、およびイミダゾールまたはその塩を含む、項目１６０〜１６４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６６）
式：
の化合物であって、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に完全にまたは部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、化合物。
（項目１６７）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子、および／または、またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に完全にまたは部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、組成物。
（項目１６８）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子、および／または、またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に完全にまたは部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、組成物。
（項目１６９）
式：
の、ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子であって、
式中：
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し、
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
ｐおよびｑは、それぞれ０であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
リンカーは、非ヌクレオチド化学結合であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよい、合成単分子ガイド分子。
（項目１７０）
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、フルオロ、およびＯ−Ｒ’からなる群から選択され、ここで、Ｒ’は、保護基または任意選択により置換されたアルキル基である、項目１６９に記載のガイド分子。
（項目１７１）
Ｎは、それぞれ独立に、リボヌクレオチド残基または糖修飾リボヌクレオチド残基である、項目１６９または１７０に記載のガイド分子。
（項目１７２）
１つまたは複数のＮは、デオキシリボヌクレオチド残基である、項目１６９〜１７１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７３）
１つまたは複数のＮは、２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基である、項目１６９〜１７２のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７４）
（Ｎ） ｍ の５’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれ、および／または（Ｎ） ｎ の３’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれは、ホスホロチオエート結合を介してその隣接ヌクレオチドに結合した２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目１６９〜１７３のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７５）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ（Ｎ） ｍ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目１６９〜１７４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７６）
（Ｎ） ｎ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１６９〜１７５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７７）
Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイドリボ核タンパク質複合体の形成を媒介することができる、項目１６９〜１７６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７８）
（Ｎ） ｍ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目１６９〜１７７のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７９）
（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｕ および（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｓ は、３つ以上のヌクレオチドの同一配列を含まない、項目１６９〜１７８のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１８０）
（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｕ および（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｓ は、４つ以上のヌクレオチドの同一配列を含まない、項目１７９に記載のガイド分子。
（項目１８１）
（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｓ は、Ｎ’ＵＵＵ、ＵＮ’ＵＵ、ＵＵＮ’Ｕ、またはＵＵＵＮ’配列を含み、かつ（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｕ は、ＵＵＵＵ配列を含み、ここで、Ｎ’は、Ａ、Ｇ、またはＣである、項目１８０に記載のガイド分子。
（項目１８２）
Ｎ’は、Ａである、項目１８１に記載のガイド分子。
（項目１８３）
（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｓ の下部ステム配列は、ＵＵＵＵ配列を含み、かつ（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｕ は、Ｎ’ＵＵＵ、ＵＮ’ＵＵ、ＵＵＮ’Ｕ、またはＵＵＵＮ’配列を含み、ここで、Ｎ’は、Ａ、Ｇ、またはＣである、項目１８０に記載のガイド分子。
（項目１８４）
Ｎ’は、Ａである、項目１８３に記載のガイド分子。
（項目１８５）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１６９〜１８４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１８６）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、式中：
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０であり；かつ
ｕ’は、０〜１５（両端を含む）の整数である、項目１８５に記載のガイド分子。
（項目１８７）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、シトシン残基であり、かつＢ ２ は、グアニン残基である、項目１８６に記載のガイド分子。
（項目１８８）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１８６に記載のガイド分子。
（項目１８９）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１８６に記載のガイド分子。
（項目１９０）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、式中：
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０であり；かつ
ｕ’は、０〜１５（両端を含む）の整数である、項目１８５に記載のガイド分子。
（項目１９１）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、シトシン残基であり、かつＢ ２ は、グアニン残基である、項目１９０に記載のガイド分子。
（項目１９２）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１９０に記載のガイド分子。
（項目１９３）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１９０に記載のガイド分子。
（項目１９４）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１６９〜１８４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１９５）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、
式中：
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１９４に記載のガイド分子。
（項目１９６）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、アデニン残基であり、かつＢ ２ は、ウラシル残基である、項目１９５に記載のガイド分子。
（項目１９７）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、ウラシル残基であり、かつＢ ２ は、アデニン残基である、項目１９５に記載のガイド分子。
（項目１９８）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１９５に記載のガイド分子。
（項目１９９）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、
式中：
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１６９〜１８４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２００）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、アデニン残基であり、かつＢ ２ は、ウラシル残基である、項目１９９に記載のガイド分子。
（項目２０１）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、ウラシル残基であり、かつＢ ２ は、アデニン残基である、項目１９９に記載のガイド分子。
（項目２０２）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１９９に記載のガイド分子。
（項目２０３）
式：
のものであり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − である、項目１６９〜１８４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２０４）
式：
のものであり、式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目２０３に記載のガイド分子。
（項目２０５）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、式中：
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０であり；かつ
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数である、項目２０４に記載のガイド分子。
（項目２０６）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、シトシン残基であり、かつＢ ２ は、グアニン残基である、項目２０５に記載のガイド分子。
（項目２０７）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２０５に記載のガイド分子。
（項目２０８）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２０５に記載のガイド分子。
（項目２０９）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、式中：
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０であり；かつ
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数である、項目２０３に記載のガイド分子。
（項目２１０）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、シトシン残基であり、かつＢ ２ は、グアニン残基である、項目２０９に記載のガイド分子。
（項目２１１）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２０９に記載のガイド分子。
（項目２１２）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２０９に記載のガイド分子。
（項目２１３）
式：
のものであり、式中：
ｕ’は、０〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目２０３に記載のガイド分子。
（項目２１４）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、
式中：
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目２１３に記載のガイド分子。
（項目２１５）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、アデニン残基であり、かつＢ ２ は、ウラシル残基である、項目２１４に記載のガイド分子。
（項目２１６）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、ウラシル残基であり、かつＢ ２ は、アデニン残基である、項目２１４に記載のガイド分子。
（項目２１７）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２１４に記載のガイド分子。
（項目２１８）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、
式中：
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目２０３に記載のガイド分子。
（項目２１９）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、アデニン残基であり、かつＢ ２ は、ウラシル残基である、項目２１８に記載のガイド分子。
（項目２２０）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、ウラシル残基であり、かつＢ ２ は、アデニン残基である、項目２１８に記載のガイド分子。
（項目２２１）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２１８に記載のガイド分子。
（項目２２２）
項目１６９〜２２１のいずれか一項に記載の複数の合成ガイド分子を含む組成物であって、前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含む、組成物。
（項目２２３）
前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、項目２２２に記載の組成物。
（項目２２４）
５’から３’に：
第１のガイド分子断片であって、
標的ドメイン配列；
第１の下部ステム配列；
第１のバルジ配列；
第１の上部ステム配列
を含む第１のガイド分子断片；
非ヌクレオチド化学結合；ならびに
第２のガイド分子断片であって、
第２の上部ステム配列；
第２のバルジ配列；および
第２の下部ステム配列
を含む第２のガイド分子断片
を含み、
ここで、（ａ）前記第１の下部ステム配列中の少なくとも１つのヌクレオチドは、前記第２の下部ステム配列中のヌクレオチドと塩基対合し、かつ（ｂ）前記第１の上部ステム配列中の少なくとも１つのヌクレオチドは、前記第２の上部ステム配列中のヌクレオチドと塩基対合する、ガイド分子。
（項目２２５）
（ｃ）前記ガイド分子は、前記第１および第２の上部ステム配列間にテトラループ配列を含まない、項目２２４に記載のガイド分子。
（項目２２６）
前記第１および／または第２の上部ステム配列は、４〜２２個（両端を含む）のヌクレオチドを含む、項目２２４または２２５に記載のガイド分子。
（項目２２７）
前記第１および第２のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのギブス自由エネルギー（ΔＧ）は、２つの第１のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのΔＧより小さいことを特徴とする、項目２２４〜２２６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２２８）
（ｉ）前記第１および第２の上部ステム配列間および（ｉｉ）前記第１および第２の下部ステム配列間の５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、９０％超、または９５％超の塩基対合によって特徴付けられる、前記第１および第２のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのΔＧは、（ｉ）と（ｉｉ）との間の５０％未満、６０％未満、７０％未満、８０％未満、９０％未満、または９５％未満の塩基対合によって特徴付けられる二重鎖の形成のためのΔＧよりも小さい、項目２２７に記載のガイド分子。
（項目２２９）
前記非ヌクレオチド化学結合は、前記第１の上部ステム配列の３’末端またはその近傍の第１のヌクレオチドを前記第２の上部ステム配列の５’末端またはその近傍の第２のヌクレオチドと共有結合させる、項目２２４または２２５に記載のガイド分子。
（項目２３０）
前記第１および第２のヌクレオチドは、塩基対合している、項目２２９に記載のガイド分子。
（項目２３１）
前記第１および第２のヌクレオチドの塩基対合を含む、前記第１および第２のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのギブス自由エネルギー（ΔＧ）は、前記第１および第２のヌクレオチドが塩基対合していない、前記第１および第２のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのΔＧよりも小さい、項目２２９に記載のガイド分子。
（項目２３２）
前記非ヌクレオチド化学結合は、尿素を含む、項目２２４〜２３１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２３３）
項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子を含む組成物。
（項目２３４）
前記組成物中のガイド分子の９０％超は、完全長ガイド分子であることを特徴とする、項目２３３に記載の組成物。
（項目２３５）
前記組成物中のガイド分子の８５％超は、同一の標的ドメイン配列を含むことを特徴とする、項目２３３または２３４に記載の組成物。
（項目２３６）
前記標的ドメイン配列は、所定の標的配列である、項目２３３〜２３５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２３７）
Ｃａｓ９タンパク質をさらに含み、前記ガイド分子および前記Ｃａｓ９タンパク質は、（ｘ）前記標的ドメイン配列に相補的な配列、および（ｙ）前記Ｃａｓ９タンパク質によって認識されるプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列を含む標的核酸と相互作用することができる複合体を形成する、項目２３３〜２３６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２３８）
前記複合体は、前記標的核酸中に一本鎖または二本鎖の切断を形成する、項目２３７に記載の組成物。
（項目２３９）
前記複合体は、前記標的核酸または前記標的核酸と会合したタンパク質を化学的に修飾する、項目２３７に記載の組成物。
（項目２４０）
項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子を含むゲノム編集システム。
（項目２４１）
治療に使用するための、項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、項目２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物、または項目２４０に記載のゲノム編集システム。
（項目２４２）
医薬の製造に使用するための、項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、項目２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物、または項目２４０に記載のゲノム編集システム。
（項目２４３）
エクスビボでの対象の細胞の改変に使用するための、項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、項目２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物、または項目２４０に記載のゲノム編集システム。
（項目２４４）
インビボでの対象の細胞の改変に使用するための、項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、項目２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物、または項目２４０に記載のゲノム編集システム。
（項目２４５）
細胞または対象において核酸を変化させる方法であって、項目１〜４２、１６９〜２２１、もしくは２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、または項目４３〜８５、１３７〜１３９、１４７〜１５５、１６１〜１６５、２２２、２２３、もしくは２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与することを含む方法。
（項目２４６）
項目１〜４２、１６９〜２２１、または２２４〜２３２のいずれか一項に記載の複数の合成分子ガイド分子から本質的になる組成物。
（項目２４７）
項目８６〜１３７のいずれか一項に記載の方法によって作製された複数のガイド分子および薬学的に許容される担体から本質的になる組成物。
（項目２４８）
前記ガイド分子は、ＲＮＡに作用する酵素の基質として作用することができる、項目８６〜１３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４９）
前記酵素は、逆転写酵素である、項目２４８に記載の方法。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子であって、式：
の化学結合を含み、
式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、合成単分子ガイド分子。
（項目２）
Ｒ ２’ は、Ｈ、フルオロ、およびＯ−Ｒ’からなる群から選択され、ここで、Ｒ’は、保護基または任意選択により置換されたアルキル基である、項目１に記載のガイド分子。
（項目３）
式：
のものであり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目１または２に記載のガイド分子。
（項目４）
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、リボヌクレオチド残基または糖修飾リボヌクレオチド残基である、項目３に記載のガイド分子。
（項目５）
（Ｎ） ｃ または（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のデオキシリボヌクレオチド残基を含む、項目３または４に記載のガイド分子。
（項目６）
（Ｎ） ｃ または（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数の２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目３〜５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目７）
（Ｎ） ｃ の５’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれ、および／または（Ｎ） ｔ の３’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれは、ホスホロチオエート結合を介してその隣接ヌクレオチドに結合した２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目３〜６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目８）
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレングリコール、およびポリプロピレングリコールからなる群から選択される部分を含む非ヌクレオチドリンカーである、項目１〜７のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目９）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目３〜８のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１０）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目３〜９のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１１）
Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイドリボ核タンパク質複合体の形成を媒介することができる、項目１〜１０のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１２）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目３〜１１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１３）
式：
のものであり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目１〜１２のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１４）
ｐおよびｑは、それぞれ０である、項目１３に記載のガイド分子。
（項目１５）
ｕは、３〜２２（両端を含む）の整数である、項目１３に記載のガイド分子。
（項目１６）
式：
のものであり、式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数である、項目１〜１５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数である、項目１〜１５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１８）
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１４または１５に記載のガイド分子。
（項目１９）
ｕ’は、３〜２２（両端を含む）の整数である、項目１４または１５に記載のガイド分子。
（項目２０）
Ｌ １ は、−（ＣＨ ２ ） Ｗ −であり、かつｗは、１〜２０（両端を含む）の整数である、項目１３〜１９のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２１）
Ｒ １ は、−（ＣＨ ２ ＣＨ ２ Ｏ） ｖ −であり、かつｖは、１〜１０（両端を含む）の整数である、項目１３〜２０のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２２）
ｗは、６であり、かつｖは、４である、項目２１に記載のガイド分子。
（項目２３）
配列番号３６〜５６から選択される配列を含む、項目１〜２２のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２４）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子であって、式：
の化学結合を含み、
式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、合成単分子ガイド分子。
（項目２５）
Ｒ ２’ は、Ｈ、フルオロ、およびＯ−Ｒ’からなる群から選択され、ここで、Ｒ’は、保護基または任意選択により置換されたアルキル基である、項目２４に記載のガイド分子。
（項目２６）
式：
のものであり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目２４または２５に記載のガイド分子。
（項目２７）
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、リボヌクレオチド残基または糖修飾リボヌクレオチド残基である、項目２６に記載のガイド分子。
（項目２８）
（Ｎ） ｃ または（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のデオキシリボヌクレオチド残基を含む、項目２６または２７に記載のガイド分子。
（項目２９）
（Ｎ） ｃ または（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数の２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目２６〜２８のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３０）
（Ｎ） ｃ の５’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれ、および／または（Ｎ） ｔ の３’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれは、ホスホロチオエート結合を介してその隣接ヌクレオチドに結合した２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目２６〜２９のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３１）
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレングリコール、およびポリプロピレングリコールからなる群から選択される部分を含む非ヌクレオチド非ヌクレオチドリンカーである、項目２４〜３０のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３２）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目２６〜３１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３３）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目２６〜３２のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３４）
Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイドリボ核タンパク質複合体の形成を媒介することができる、項目２４〜３３のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３５）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目２６〜３４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３６）
式：
のものであり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目２４〜３５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３７）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数である、項目２４〜３６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３８）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数である、項目２４〜３６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目３９）
Ｌ １ は、−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−または−（ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ） ｖ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −であり；ｗは、それぞれ独立に、１〜２０であり；かつｖは、それぞれ独立に、１〜１０である、項目３６〜３８のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目４０）
Ｒ １ は、−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −または−（ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ） ｖ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −であり；ｗは、それぞれ独立に、１〜２０であり；かつｖは、それぞれ独立に、１〜１０である、項目３６〜３９のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目４１）
Ｌ １ は、−（ＣＨ ２ ） ６ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） １ −ＮＨ−であり、かつＲ １ は、−（ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ） ４ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ２ −である、項目４０に記載のガイド分子。
（項目４２）
配列番号３５から選択される配列を含む、項目２４〜４１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目４３）
項目１〜４２のいずれか一項に記載の複数の合成ガイド分子を含む組成物であって、前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含む、組成物。
（項目４４）
前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、項目３９に記載の組成物。
（項目４５）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まない、組成物。
（項目４６）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まない、組成物。
（項目４７）
いかなる精製ステップにも供されていない、項目４５または４６に記載の組成物。
（項目４８）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目４９）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５０）
ａは、ｃ未満であり、かつ／またはｂは、ｔ未満である、項目４８または４９に記載の組成物。
（項目５１）
いかなる精製ステップにも供されていない、項目４８〜５０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５２）
前記ガイド分子とＣａｓ９またはＲＮＡガイドヌクレアーゼとの複合体を含む、項目４５〜５１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５３）
前記ガイド分子は、溶液中または薬学的に許容される担体中に懸濁されている、項目４５〜５２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５４）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目４５〜５３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５５）
式：
の、項目２４〜４２のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５６）
式：
の、項目２４〜４２のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５７）
式：
の、項目２４〜４２のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５８）
式：
の、項目２４〜４２のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、組成物。
（項目５９）
ａは、ｃ未満であり、かつ／またはｂは、ｔ未満である、項目５５〜５８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６０）
いかなる精製ステップにも供されていない、項目５５〜５８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６１）
前記ガイド分子とＣａｓ９またはＲＮＡガイドヌクレアーゼとの複合体を含む、項目５５〜６０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６２）
前記ガイド分子は、溶液中または薬学的に許容される担体中に懸濁されている、項目５５〜６１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６３）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目５５〜６２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６４）
（ａ）ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子であって、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、合成単分子ガイド分子；ならびに
（ｂ）以下の１つまたは複数：
（ｉ）カルボジイミドまたはその塩；
（ｉｉ）イミダゾール、シアノイミダゾール、ピリジン、およびジメチルアミノピリジン、またはそれらの塩；および
（ｉｉｉ）式：
の化合物またはその塩
を含み、式中、Ｒ ４ およびＲ ５ は、それぞれ独立に、置換もしくは非置換アルキル、または置換もしくは非置換カルボシクリルである、組成物。
（項目６５）
前記カルボジイミドは、ＥＤＣ、ＤＣＣ、またはＤＩＣである、項目６４に記載の組成物。
（項目６６）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子を含む組成物であって、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し、
前記組成物は、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａ＋ｂは、ｃ＋ｔ−ｋであり、ここで、ｋは、１〜１０（両端を含む）の整数である、組成物。
（項目６７）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
前記式中に示される２’−５’ホスホジエステル結合は、前記二重鎖における２つのヌクレオチド間にあり；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、組成物。
（項目６８）
前記ガイド分子は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目６７に記載の組成物。
（項目６９）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目６７または６８に記載の組成物。
（項目７０）
前記ガイド分子は、Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイド分子複合体の形成を媒介することができる、項目６７〜６９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７１）
前記ガイド分子は、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長であるヌクレオチドループを表し；
ｕは、０〜２２（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し、
前記式中に示される二重鎖領域における２つのヌクレオチド間の少なくとも１つのホスホジエステル結合は、２’−５’ホスホジエステル結合であり；かつ Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目６７〜７０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７２）
前記２’−５’ホスホジエステル結合は、項目７１に記載の式に示される前記バルジの５’に位置する２つのヌクレオチド間にある、項目６７〜７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７３）
前記２’−５’ホスホジエステル結合は、ヌクレオチドループＺの５’および項目７１に記載の式に示される前記バルジの３’に位置する２つのヌクレオチド間にある、項目６７〜７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７４）
前記２’−５’ホスホジエステル結合は、ヌクレオチドループＺの３’および項目７１に記載の式に示される前記バルジの５’に位置する２つのヌクレオチド間にある、項目６７〜７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７５）
前記２’−５’ホスホジエステル結合は、項目７１に記載の式に示される前記バルジの３’に位置する２つのヌクレオチド間にある、項目６７〜７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７６）
前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含む、項目４５〜７５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７７）
前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、項目７６に記載の組成物。
（項目７８）
ＣＲＩＳＰＲシステムのためのガイド分子の組成物であって、式：
のガイド分子またはその薬学的に許容される塩から本質的になり、式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
リンカーは、非ヌクレオチド化学結合であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよい、組成物。
（項目７９）
式：
のガイド分子またはその塩から本質的になり、式中：
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目７８に記載のガイド分子の組成物。
（項目８０）
式：
のガイド分子またはその塩から本質的になり、式中：
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目７８に記載のガイド分子の組成物。
（項目８１）
式：
のガイド分子またはその塩から本質的になり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長のヌクレオチドループを表し；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜２（両端を含む）の整数であり、任意選択により０であり；
ｐ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり、任意選択により０であり；
ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
Ｎ １ およびＮ ２ は、それぞれ独立に、ヌクレオチド残基であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目７８に記載のガイド分子の組成物。
（項目８２）
ＣＲＩＳＰＲシステムのためのガイド分子の組成物であって、前記ガイド分子は、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
リンカーは、非ヌクレオチド化学結合であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ここで、前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含み、
ここで、前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、組成物。
（項目８３）
前記ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中：
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目８２に記載のガイド分子の組成物。
（項目８４）
前記ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中：
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基である、項目８２に記載のガイド分子の組成物。
（項目８５）
前記ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長のヌクレオチドループを表し；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜２（両端を含む）の整数であり、任意選択により０であり；
ｐ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり、任意選択により０であり；
ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり、任意選択により２であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり、任意選択により４であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
Ｎ １ およびＮ ２ は、それぞれ独立に、ヌクレオチド残基であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目８２に記載のガイド分子の組成物。
（項目８６）
ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成する方法であって、
第１のオリゴヌクレオチドと第２のオリゴヌクレオチドとをアニールして、前記第１のオリゴヌクレオチドの３’領域と前記第２のオリゴヌクレオチドの５’領域との間に二重鎖を形成するステップであって、前記第１のオリゴヌクレオチドは、２’反応性基および３’反応性基の少なくとも一方である第１の反応性基を含み、前記第２のオリゴヌクレオチドは、５’反応性基である第２の反応性基を含む、ステップ；および
前記アニールされた第１および第２のオリゴヌクレオチドを、前記第１および第２の反応性基を介してコンジュゲートさせて、前記第１および第２のオリゴヌクレオチドを結合する共有結合を含む単分子ガイド分子を形成するステップ
を含む方法。
（項目８７）
前記ガイド分子は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ前記第１のオリゴヌクレオチドの５’領域は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記第２のオリゴヌクレオチドの３’領域は、１つまたは複数のステムループ構造を含む、項目８６または８７に記載の方法。
（項目８９）
前記ガイド分子は、Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイド分子複合体の形成を媒介することができる、項目８６〜８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９０）
前記第１および第２の反応性基は、両方ともアミン部分を含み、かつ前記コンジュゲートさせるステップは、前記第１および第２の反応性基の前記アミン部分をカーボネート含有二官能性架橋剤で架橋して尿素結合を形成することを含む、項目８６〜８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９１）
前記カーボネート含有二官能性架橋剤は、ジスクシンイミジルカーボネート、ジイミダゾールカーボネート、またはビス−（ｐ−ニトロフェニル）カーボネートである、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度は、１０μＭ〜１ｍＭの範囲である、項目８６〜９１のいずれか一項に記載の方法。
（項目９３）
カーボネート含有二官能性架橋剤の濃度は、１ｍＭ〜１００ｍＭの範囲である、項目９０〜９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
カーボネート含有二官能性架橋剤の濃度は、前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度よりも１００〜１，０００倍高い、項目９０〜９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目９５）
前記コンジュゲートさせるステップは、７〜９の範囲のｐＨで行われる、項目８６〜９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目９６）
前記コンジュゲートさせるステップは、共溶媒としてＤＭＳＯ、ＤＭＦ、ＮＭＰ、ＤＭＡ、モルホリン、ピリジン、またはＭｅＣＮを用いて水中で行われる、項目８６〜９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
前記コンジュゲートさせるステップは、二価金属カチオンの存在下で行われる、項目８６〜９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
前記コンジュゲートさせるステップは、０℃〜４０℃の範囲の温度で行われる、項目８６〜９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９９）
前記第１のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；かつ前記第２のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目８６〜９８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１００）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩である、項目８６〜９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０１）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目８２〜９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０２）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目８６〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数である、項目８６〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
ｐ’＝ｑ’であり、任意選択によりｐ’＝ｑ’＝０、ｐ’＝ｑ’＝１、またはｐ’＝ｑ’＝２である、項目１０２または１０３に記載の方法。
（項目１０５）
Ｌ １ は、−（ＣＨ ２ ） Ｗ −であり、かつｗは、１〜２０である、項目１０１〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０６）
Ｒ １ は、−（ＣＨ ２ ＣＨ ２ Ｏ） ｖ −であり、かつｖは、１〜１０である、項目１０１〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目９９〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目９９〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０９）
（ａ）前記第１の反応性基は、ブロモアセチル部分を含み、かつ前記第２の反応性基は、スルフヒドリル部分を含むか、または（ｂ）前記第１の反応性基は、スルフヒドリル部分を含み、かつ前記第２の反応性基は、ブロモアセチル部分を含み、および前記コンジュゲートさせるステップは、前記ブロモアセチル部分を前記スルフヒドリル部分と反応させてブロモアセチル−チオール結合を形成することを含む、項目８６〜８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度は、１０μＭ〜１ｍＭの範囲である、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記コンジュゲートさせるステップは、７〜９の範囲のｐＨで行われる、項目１０９または１１０に記載の方法。
（項目１１２）
前記コンジュゲートさせるステップは、アルゴン下で行われる、項目１０９〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１３）
前記コンジュゲートさせるステップは、キレート化試薬、任意選択によりエチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、またはその塩の存在下で行われる、項目１０９〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１４）
前記コンジュゲートさせるステップは、０℃〜４０℃の範囲の温度で行われる、項目１０９〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１５）
（ａ）前記第１のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり、かつ前記第２のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であるか；または
（ｂ）前記第１のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり、かつ前記第２のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目１０９〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１６）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩である、項目１０９〜１１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１７）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目１０９〜１１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１８）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目１０９〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１９）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、
式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数である、項目１０９〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２０）
ｐ’＝ｑ’であり、任意選択によりｐ’＝ｑ’＝０、ｐ’＝ｑ’＝１、またはｐ’＝ｑ’＝２である、項目１１８または１１９に記載の方法。
（項目１２１）
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、−（ＣＨ ２ ） Ｗ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−または−（ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ） ｖ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −であり：ｗは、それぞれ独立に、１〜２０であり；かつｖは、それぞれ独立に、１〜１０である、項目１１７〜１２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２２）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその塩であり、式中、ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数であり；かつｕ’は、２〜１４（両端を含む）の整数である、項目１１５〜１２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２３）
（ａ）前記第１の反応性基は、２’または３’ヒドロキシル部分を含み、かつ前記第２の反応性基は、５’リン酸部分を含むか、または（ｂ）前記第１の反応性基は、５’リン酸部分を含み、かつ前記第２の反応性基は、２’または３’ヒドロキシル部分を含み、および前記コンジュゲーションさせるステップは、活性化剤の存在下で前記ヒドロキシル部分およびリン酸部分を反応させてホスホジエステル結合を形成することを含む、項目８６〜８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２４）
前記活性化剤は、カルボジイミドまたはその塩である、項目１２３に記載の方法。
（項目１２５）
前記カルボジイミドは、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）、Ｎ、Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド（ＤＣＣ）、もしくはＮ’，Ｎ’−ジイソプロピルカルボジイミド（ＤＩＣ）、またはそれらの塩である、項目１２４に記載の方法。
（項目１２６）
前記コンジュゲートさせるステップは、活性化剤および安定化剤の存在下で前記ヒドロキシル部分およびリン酸部分を反応させることを含む、項目１２３〜１２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２７）
前記安定化剤は、イミダゾール、シアノイミダゾール、ピリジン、もしくはジメチルアミノピリジン、またはそれらの塩である、項目１２６に記載の方法。
（項目１２８）
前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度は、１０μＭ〜１ｍＭの範囲である、項目１２３〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２９）
前記活性化剤の濃度は、１ｍＭ〜１００ｍＭの範囲である、項目１２３〜１２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３０）
前記活性化剤の濃度は、前記第１および第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれの濃度よりも１００〜１，０００倍高い、項目１２３〜１２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３１）
前記コンジュゲートさせるステップは、５〜９の範囲のｐＨで行われる、項目１２３〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３２）
前記コンジュゲートさせるステップは、二価金属カチオンの存在下で行われる、項目１２３〜１３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３３）
前記コンジュゲートさせるステップは、０℃〜４０℃の範囲の温度で行われる、項目１２３〜１３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３４）
前記第１のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；かつ前記第２のオリゴヌクレオチドは、式：
のものまたはその塩であり；
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｒ ３ ’は、独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、項目１２３〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３５）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩である、項目１２３〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３６）
前記単分子ガイド分子は、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長のヌクレオチドループを表し；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、任意選択により二重鎖領域に少なくとも１つの２’−５’ホスホジエステル結合を含む、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、項目１２３〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３７）
項目８６〜１３６のいずれか一項に記載の方法によって作製された複数のガイド分子を含む組成物であって、前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含む、組成物。
（項目１３８）
前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、項目１３７に記載の組成物。
（項目１３９）
式：
の、ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含む組成物であって、前記合成単分子ガイド分子は、ホスホジエステル結合を形成するために、活性化剤の存在下において、
またはそれらの塩間の反応を含むプロセスによって調製され、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、組成物。
（項目１４０）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチドであって、式：
のものまたはその塩であり、式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域、およびＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含み；
（Ｎ） ｔ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの抗反復の少なくとも一部を含む５’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド。
（項目１４１）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目１４０に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１４２）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１４０または１４１に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１４３）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチド中間体であって、式：
のものまたはその塩であり、式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域、およびＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含み；
（Ｎ） ｔ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの抗反復の少なくとも一部を含む５’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド中間体。
（項目１４４）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１４３に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１４５）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチド中間体であって、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域、およびＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含み；
（Ｎ） ｔ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの抗反復の少なくとも一部を含む５’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド中間体。
（項目１４６）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１４５に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１４７）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するための、アニールされた二重鎖を有する中間体を含む組成物であって、前記中間体は、式：
のものまたはその塩であり、式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、組成物。
（項目１４８）
ｐおよびｑは、それぞれ０である、項目１４７に記載の組成物。
（項目１４９）
ｕは、３〜２２の整数である、項目１４７に記載の組成物。
（項目１５０）
前記中間体は、式：
のものまたはその塩である、項目１４７〜１４９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５１）
前記中間体は、式：
のものまたはその塩である、項目１４７〜１４９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５２）
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１５０または１５１に記載の組成物。
（項目１５３）
ｕ’は、３〜２２の整数である、項目１５０または１５１に記載の組成物。
（項目１５４）
（Ｎ） ｍ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目１４７〜１５３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５５）
（Ｎ） ｎ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１４７〜１５４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５６）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチドであって、式：
のものまたはその塩であり、式中：
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に完全にまたは部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド。
（項目１５７）
（Ｎ） ｃ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目１５６に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１５８）
（Ｎ） ｔ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１５６または１５７に記載のオリゴヌクレオチド。
（項目１５９）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するためのオリゴヌクレオチド中間体であって、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｒ ６ およびＲ ７ は、それぞれ独立に、置換もしくは非置換アルキル、または置換もしくは非置換カルボシクリルであり；
（Ｎ） ｔ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの抗反復の少なくとも一部を含む５’領域を含み、ここで、（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ ２ は、核酸塩基であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、オリゴヌクレオチド中間体。
（項目１６０）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を合成するための、アニールされた二重鎖を有する中間体を含む組成物であって、前記中間体は、式：
のものまたはその塩であり、
式中：
Ｚは、４〜６ヌクレオチド長、任意選択により４または６ヌクレオチド長のヌクレオチドループを表し；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、組成物。
（項目１６１）
（Ｎ） ｍ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目１６０に記載の組成物。
（項目１６２）
（Ｎ） ｎ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１６０または１６１に記載の組成物。
（項目１６３）
カルボジイミドもしくはその塩、ならびに／またはイミダゾール、シアノイミダゾール、ピリジン、およびジメチルアミノピリジン、あるいはそれらの塩をさらに含む、項目１６０〜１６２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６４）
前記カルボジイミドは、ＥＤＣ、ＤＣＣ、またはＤＩＣである、項目１６３に記載の組成物。
（項目１６５）
カルボジイミドまたはその塩、およびイミダゾールまたはその塩を含む、項目１６０〜１６４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６６）
式：
の化合物であって、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に完全にまたは部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、化合物。
（項目１６７）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子、および／または、またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に完全にまたは部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、組成物。
（項目１６８）
式：
の、項目１〜２３のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる組成物であって、式：
の分子、および／または、またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に完全にまたは部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、組成物。
（項目１６９）
式：
の、ＣＲＩＳＰＲシステムのための合成単分子ガイド分子であって、
式中：
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表し、
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し；
ｐおよびｑは、それぞれ０であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
リンカーは、非ヌクレオチド化学結合であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；かつ
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよい、合成単分子ガイド分子。
（項目１７０）
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、フルオロ、およびＯ−Ｒ’からなる群から選択され、ここで、Ｒ’は、保護基または任意選択により置換されたアルキル基である、項目１６９に記載のガイド分子。
（項目１７１）
Ｎは、それぞれ独立に、リボヌクレオチド残基または糖修飾リボヌクレオチド残基である、項目１６９または１７０に記載のガイド分子。
（項目１７２）
１つまたは複数のＮは、デオキシリボヌクレオチド残基である、項目１６９〜１７１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７３）
１つまたは複数のＮは、２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基である、項目１６９〜１７２のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７４）
（Ｎ） ｍ の５’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれ、および／または（Ｎ） ｎ の３’末端における３つのヌクレオチドのそれぞれは、ホスホロチオエート結合を介してその隣接ヌクレオチドに結合した２’−Ｏ−メチル修飾リボヌクレオチド残基を含む、項目１６９〜１７３のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７５）
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムのためのものであり、かつ（Ｎ） ｍ は、標的配列内の標的ドメインに完全にまたは部分的に相補的な標的ドメインを含む５’領域を含む、項目１６９〜１７４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７６）
（Ｎ） ｎ は、１つまたは複数のステムループ構造を含む３’領域を含む、項目１６９〜１７５のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７７）
Ｃａｓ９分子と相互作用し、かつＣａｓ９／ガイドリボ核タンパク質複合体の形成を媒介することができる、項目１６９〜１７６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７８）
（Ｎ） ｍ は、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムからの反復の少なくとも一部を含む３’領域を含む、項目１６９〜１７７のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１７９）
（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｕ および（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｓ は、３つ以上のヌクレオチドの同一配列を含まない、項目１６９〜１７８のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１８０）
（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｕ および（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｓ は、４つ以上のヌクレオチドの同一配列を含まない、項目１７９に記載のガイド分子。
（項目１８１）
（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｓ は、Ｎ’ＵＵＵ、ＵＮ’ＵＵ、ＵＵＮ’Ｕ、またはＵＵＵＮ’配列を含み、かつ（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｕ は、ＵＵＵＵ配列を含み、ここで、Ｎ’は、Ａ、Ｇ、またはＣである、項目１８０に記載のガイド分子。
（項目１８２）
Ｎ’は、Ａである、項目１８１に記載のガイド分子。
（項目１８３）
（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｓ の下部ステム配列は、ＵＵＵＵ配列を含み、かつ（Ｎ‐‐‐Ｎ） ｕ は、Ｎ’ＵＵＵ、ＵＮ’ＵＵ、ＵＵＮ’Ｕ、またはＵＵＵＮ’配列を含み、ここで、Ｎ’は、Ａ、Ｇ、またはＣである、項目１８０に記載のガイド分子。
（項目１８４）
Ｎ’は、Ａである、項目１８３に記載のガイド分子。
（項目１８５）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１６９〜１８４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１８６）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、式中：
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０であり；かつ
ｕ’は、０〜１５（両端を含む）の整数である、項目１８５に記載のガイド分子。
（項目１８７）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、シトシン残基であり、かつＢ ２ は、グアニン残基である、項目１８６に記載のガイド分子。
（項目１８８）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１８６に記載のガイド分子。
（項目１８９）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１８６に記載のガイド分子。
（項目１９０）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、式中：
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０であり；かつ
ｕ’は、０〜１５（両端を含む）の整数である、項目１８５に記載のガイド分子。
（項目１９１）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、シトシン残基であり、かつＢ ２ は、グアニン残基である、項目１９０に記載のガイド分子。
（項目１９２）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１９０に記載のガイド分子。
（項目１９３）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１９０に記載のガイド分子。
（項目１９４）
式：
のものであり、
式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１６９〜１８４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目１９５）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、
式中：
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１９４に記載のガイド分子。
（項目１９６）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、アデニン残基であり、かつＢ ２ は、ウラシル残基である、項目１９５に記載のガイド分子。
（項目１９７）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、ウラシル残基であり、かつＢ ２ は、アデニン残基である、項目１９５に記載のガイド分子。
（項目１９８）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１９５に記載のガイド分子。
（項目１９９）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、
式中：
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目１６９〜１８４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２００）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、アデニン残基であり、かつＢ ２ は、ウラシル残基である、項目１９９に記載のガイド分子。
（項目２０１）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、ウラシル残基であり、かつＢ ２ は、アデニン残基である、項目１９９に記載のガイド分子。
（項目２０２）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目１９９に記載のガイド分子。
（項目２０３）
式：
のものであり、
式中：
Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ ２ は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ ３ は、それぞれ独立に、Ｏ − またはＣＯＯ − である、項目１６９〜１８４のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２０４）
式：
のものであり、式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目２０３に記載のガイド分子。
（項目２０５）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、式中：
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０であり；かつ
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数である、項目２０４に記載のガイド分子。
（項目２０６）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、シトシン残基であり、かつＢ ２ は、グアニン残基である、項目２０５に記載のガイド分子。
（項目２０７）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２０５に記載のガイド分子。
（項目２０８）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２０５に記載のガイド分子。
（項目２０９）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、式中：
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０であり；かつ
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数である、項目２０３に記載のガイド分子。
（項目２１０）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、シトシン残基であり、かつＢ ２ は、グアニン残基である、項目２０９に記載のガイド分子。
（項目２１１）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２０９に記載のガイド分子。
（項目２１２）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２０９に記載のガイド分子。
（項目２１３）
式：
のものであり、式中：
ｕ’は、０〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目２０３に記載のガイド分子。
（項目２１４）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、
式中：
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目２１３に記載のガイド分子。
（項目２１５）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、アデニン残基であり、かつＢ ２ は、ウラシル残基である、項目２１４に記載のガイド分子。
（項目２１６）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、ウラシル残基であり、かつＢ ２ は、アデニン残基である、項目２１４に記載のガイド分子。
（項目２１７）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２１４に記載のガイド分子。
（項目２１８）
式：
のものまたはそのコバリアントであり、
式中：
ｕ’は、０〜１９（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、項目２０３に記載のガイド分子。
（項目２１９）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、アデニン残基であり、かつＢ ２ は、ウラシル残基である、項目２１８に記載のガイド分子。
（項目２２０）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、ウラシル残基であり、かつＢ ２ は、アデニン残基である、項目２１８に記載のガイド分子。
（項目２２１）
（Ｎ−−−−Ｎ） ｕ’ は、式：
のものまたはそのコバリアントであり；
ここで、Ｂ １ は、グアニン残基であり、かつＢ ２ は、シトシン残基である、項目２１８に記載のガイド分子。
（項目２２２）
項目１６９〜２２１のいずれか一項に記載の複数の合成ガイド分子を含む組成物であって、前記ガイド分子の約１０％未満は、参照ガイド分子配列に対して５’末端に切断を含む、組成物。
（項目２２３）
前記ガイド分子の少なくとも約９９％は、前記参照ガイド分子配列の対応する５’配列と１００％同一である前記ガイド分子のヌクレオチド１〜２０を含む５’配列を含む、項目２２２に記載の組成物。
（項目２２４）
５’から３’に：
第１のガイド分子断片であって、
標的ドメイン配列；
第１の下部ステム配列；
第１のバルジ配列；
第１の上部ステム配列
を含む第１のガイド分子断片；
非ヌクレオチド化学結合；ならびに
第２のガイド分子断片であって、
第２の上部ステム配列；
第２のバルジ配列；および
第２の下部ステム配列
を含む第２のガイド分子断片
を含み、
ここで、（ａ）前記第１の下部ステム配列中の少なくとも１つのヌクレオチドは、前記第２の下部ステム配列中のヌクレオチドと塩基対合し、かつ（ｂ）前記第１の上部ステム配列中の少なくとも１つのヌクレオチドは、前記第２の上部ステム配列中のヌクレオチドと塩基対合する、ガイド分子。
（項目２２５）
（ｃ）前記ガイド分子は、前記第１および第２の上部ステム配列間にテトラループ配列を含まない、項目２２４に記載のガイド分子。
（項目２２６）
前記第１および／または第２の上部ステム配列は、４〜２２個（両端を含む）のヌクレオチドを含む、項目２２４または２２５に記載のガイド分子。
（項目２２７）
前記第１および第２のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのギブス自由エネルギー（ΔＧ）は、２つの第１のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのΔＧより小さいことを特徴とする、項目２２４〜２２６のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２２８）
（ｉ）前記第１および第２の上部ステム配列間および（ｉｉ）前記第１および第２の下部ステム配列間の５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、９０％超、または９５％超の塩基対合によって特徴付けられる、前記第１および第２のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのΔＧは、（ｉ）と（ｉｉ）との間の５０％未満、６０％未満、７０％未満、８０％未満、９０％未満、または９５％未満の塩基対合によって特徴付けられる二重鎖の形成のためのΔＧよりも小さい、項目２２７に記載のガイド分子。
（項目２２９）
前記非ヌクレオチド化学結合は、前記第１の上部ステム配列の３’末端またはその近傍の第１のヌクレオチドを前記第２の上部ステム配列の５’末端またはその近傍の第２のヌクレオチドと共有結合させる、項目２２４または２２５に記載のガイド分子。
（項目２３０）
前記第１および第２のヌクレオチドは、塩基対合している、項目２２９に記載のガイド分子。
（項目２３１）
前記第１および第２のヌクレオチドの塩基対合を含む、前記第１および第２のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのギブス自由エネルギー（ΔＧ）は、前記第１および第２のヌクレオチドが塩基対合していない、前記第１および第２のガイド分子断片間の二重鎖の形成のためのΔＧよりも小さい、項目２２９に記載のガイド分子。
（項目２３２）
前記非ヌクレオチド化学結合は、尿素を含む、項目２２４〜２３１のいずれか一項に記載のガイド分子。
（項目２３３）
項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子を含む組成物。
（項目２３４）
前記組成物中のガイド分子の９０％超は、完全長ガイド分子であることを特徴とする、項目２３３に記載の組成物。
（項目２３５）
前記組成物中のガイド分子の８５％超は、同一の標的ドメイン配列を含むことを特徴とする、項目２３３または２３４に記載の組成物。
（項目２３６）
前記標的ドメイン配列は、所定の標的配列である、項目２３３〜２３５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２３７）
Ｃａｓ９タンパク質をさらに含み、前記ガイド分子および前記Ｃａｓ９タンパク質は、（ｘ）前記標的ドメイン配列に相補的な配列、および（ｙ）前記Ｃａｓ９タンパク質によって認識されるプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列を含む標的核酸と相互作用することができる複合体を形成する、項目２３３〜２３６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２３８）
前記複合体は、前記標的核酸中に一本鎖または二本鎖の切断を形成する、項目２３７に記載の組成物。
（項目２３９）
前記複合体は、前記標的核酸または前記標的核酸と会合したタンパク質を化学的に修飾する、項目２３７に記載の組成物。
（項目２４０）
項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子を含むゲノム編集システム。
（項目２４１）
治療に使用するための、項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、項目２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物、または項目２４０に記載のゲノム編集システム。
（項目２４２）
医薬の製造に使用するための、項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、項目２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物、または項目２４０に記載のゲノム編集システム。
（項目２４３）
エクスビボでの対象の細胞の改変に使用するための、項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、項目２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物、または項目２４０に記載のゲノム編集システム。
（項目２４４）
インビボでの対象の細胞の改変に使用するための、項目２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、項目２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物、または項目２４０に記載のゲノム編集システム。
（項目２４５）
細胞または対象において核酸を変化させる方法であって、項目１〜４２、１６９〜２２１、もしくは２２４〜２３２のいずれか一項に記載のガイド分子、または項目４３〜８５、１３７〜１３９、１４７〜１５５、１６１〜１６５、２２２、２２３、もしくは２３３〜２３９のいずれか一項に記載の組成物を前記対象に投与することを含む方法。
（項目２４６）
項目１〜４２、１６９〜２２１、または２２４〜２３２のいずれか一項に記載の複数の合成分子ガイド分子から本質的になる組成物。
（項目２４７）
項目８６〜１３７のいずれか一項に記載の方法によって作製された複数のガイド分子および薬学的に許容される担体から本質的になる組成物。
（項目２４８）
前記ガイド分子は、ＲＮＡに作用する酵素の基質として作用することができる、項目８６〜１３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４９）
前記酵素は、逆転写酵素である、項目２４８に記載の方法。
Claims (24)
- 尿素を含む非ヌクレオチド結合を含むＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子であって、式：
のものであり、
式中：
（Ｎ）ｃおよび（Ｎ）ｔ中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基であり；
（Ｎ）ｃは、（Ｎ）ｔの５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ）ｔの５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し、
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択で置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、
ガイド分子。 - 式：
のものであり、
式中：
Ｌ１およびＲ１は、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；
Ｒ２は、それぞれ独立に、ＯまたはＳであり；
Ｒ３は、それぞれ独立に、Ｏ−またはＣＯＯ−であり；
ｐおよびｑは、それぞれ独立に、０〜６（両端を含む）の整数であり、かつｐ＋ｑは、０〜６（両端を含む）の整数であり；
ｕは、２〜２２（両端を含む）の整数であり；
ｓは、１〜１０（両端を含む）の整数であり；
ｘは、１〜３（両端を含む）の整数であり；
ｙは、＞ｘであり、かつ３〜５（両端を含む）の整数であり；
ｍは、１５以上の整数であり；
ｎは、３０以上の整数であり；
Ｎは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基、任意選択により修飾ヌクレオチド残基であり；かつ
Ｎ−−−−Ｎは、それぞれ独立に、２つの相補的なヌクレオチド、任意選択により水素結合で塩基対合した２つの相補的なヌクレオチドを表す、請求項１に記載のガイド分子。 - ｐおよびｑは、それぞれ０である、請求項２に記載のガイド分子。
- ｕは、４〜１４（両端を含む）の整数である、請求項２に記載のガイド分子。
- 式：
のものであり、式中：
ｕ’は、２〜２２（両端を含む）の整数であり；かつ
ｐ’およびｑ’は、それぞれ独立に、０〜４（両端を含む）の整数であり、かつｐ’＋ｑ’は、０〜４（両端を含む）の整数である、請求項２に記載のガイド分子。 - ｐ’およびｑ’は、それぞれ０である、請求項５に記載のガイド分子。
- Ｌ １ およびＲ １ は、それぞれ独立に、−（ＣＨ ２ ） ｗ −、−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −ＮＨ−、−（ＯＣＨ ２ ＣＨ ２ ） ｖ −ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−（ＣＨ ２ ） ｗ −および−（ＣＨ ２ ＣＨ ２ Ｏ） ｖ −から選択され、ｗは、それぞれ独立に、１〜２０（両端を含む）の整数であり、ｖは、それぞれ１〜１０（両端を含む）の整数である、請求項２に記載のガイド分子。
- ｗは、６であり、かつｖは、４である、請求項７に記載のガイド分子。
- 配列番号３６−［ＵＲ］−配列番号５８；
配列番号３７−［ＵＲ］−配列番号５９；
配列番号３８−［ＵＲ］−配列番号６０；
配列番号３９−［ＵＲ］−配列番号６１；
配列番号４０−［ＵＲ］−配列番号６２；
配列番号４１−［ＵＲ］−配列番号６３；
配列番号４２−［ＵＲ］−配列番号６４；
配列番号４３−［ＵＲ］−配列番号６５；
配列番号４４−［ＵＲ］−配列番号６６；
配列番号４５−［ＵＲ］−配列番号６７；
配列番号４６−［ＵＲ］−配列番号６８；
配列番号４７−［ＵＲ］−配列番号６９；
配列番号４８−［ＵＲ］−配列番号７０；
配列番号４９−［ＵＲ］−配列番号７１；
配列番号５０−［ＵＲ］−配列番号７２；
配列番号５１−［ＵＲ］−配列番号７３；
配列番号５２−［ＵＲ］−配列番号７４；
配列番号５３−［ＵＲ］−配列番号７５；
配列番号５４−［ＵＲ］−配列番号７６；
配列番号５５−［ＵＲ］−配列番号７７；および
配列番号５６−［ＵＲ］−配列番号７８
から選択され、
［ＵＲ］は、尿素を含む前記非ヌクレオチド結合である、請求項１に記載のガイド分子。 - 請求項１〜９のいずれか一項に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含む組成物。
- 前記ガイド分子は、溶液中または薬学的に許容される担体中に懸濁されている、請求項１０に記載の組成物。
- Ｃａｓ９タンパク質をさらに含み、前記ガイド分子および前記Ｃａｓ９タンパク質は、（ｉ）前記標的ドメイン配列に相補的な配列、および（ｉｉ）前記Ｃａｓ９タンパク質によって認識されるプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列を含む標的核酸と相互作用することができる複合体を形成する、請求項１０に記載の組成物。
- （ｉ）前記ガイド分子は、式：
のものであり、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まない、あるいは
（ｉｉ）前記ガイド分子は、式：
のものであり、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まない、
請求項１０に記載の組成物。 - （ｉ）前記ガイド分子は、式：
のものであり、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、あるいは
（ｉｉ）前記ガイド分子は、式：
のものであり、式：
の分子またはその薬学的に許容される塩を実質的に含まず、
式中：
ａは、ｃと等しくなく；かつ／または
ｂは、ｔと等しくない、
請求項１０に記載の組成物。 - （ｉ）前記ガイド分子は、式：
のものであり、式：
の分子を実質的に含まない、あるいは
（ｉｉ）前記ガイド分子は、式：
のものであり、式：
の分子を実質的に含まない、
請求項１０に記載の組成物。 - 請求項１〜９のいずれか一項に記載のガイド分子を合成する方法であって、
第１のオリゴヌクレオチドと第２のオリゴヌクレオチドとをアニールして、前記第１のオリゴヌクレオチドの３’領域と前記第２のオリゴヌクレオチドの５’領域との間に二重鎖を形成するステップであって、
前記第１のオリゴヌクレオチドは第１の反応性基を含み、前記第１の反応性基は、アミン部分を含み、かつ２’反応性基または３’反応性基であり、
前記第２のオリゴヌクレオチドは第２の反応性基を含み、前記第２の反応性基は、アミン部分を含み、かつ５’反応性基である、ステップ；および
前記アニールされた第１および第２のオリゴヌクレオチドを、前記第１および第２の反応性基を介してコンジュゲートさせて、前記第１および第２のオリゴヌクレオチドを結合する共有結合を含む前記ガイド分子を形成するステップ
を含む方法。 - 細胞または対象において核酸を変化させるための、請求項１０〜１５のいずれか一項に記載の組成物。
- ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子であって、式：
のものであり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表し、
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択で置換されてもよく；
ＬおよびＲは、それぞれ独立に、非ヌクレオチドリンカーであり；かつ
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基である、
ガイド分子。 - 請求項１８に記載のガイド分子またはその薬学的に許容される塩を含む組成物。
- 請求項１８に記載のガイド分子を合成する方法であって、
第１のオリゴヌクレオチドと第２のオリゴヌクレオチドとをアニールして、前記第１のオリゴヌクレオチドの３’領域と前記第２のオリゴヌクレオチドの５’領域との間に二重鎖を形成するステップであって、
（ｉ）前記第１のオリゴヌクレオチドは第１の反応性基を含み、前記第１の反応性基は、ブロモアセチル部分を含み、かつ２’反応性基または３’反応性基であり、前記第２のオリゴヌクレオチドは第２の反応性基を含み、前記第２の反応性基は、スルフヒドリル部分を含み、かつ５’反応性基である、あるいは
（ｉｉ）前記第１のオリゴヌクレオチドは第１の反応性基を含み、前記第１の反応性基は、スルフヒドリル部分を含み、かつ２’反応性基または３’反応性基であり、前記第２のオリゴヌクレオチドは第２の反応性基を含み、前記第２の反応性基は、ブロモアセチル部分を含み、かつ５’反応性基である、
ステップ；および
前記アニールされた第１および第２のオリゴヌクレオチドを、前記第１および第２の反応性基を介してコンジュゲートさせて、前記第１および第２のオリゴヌクレオチドを結合する共有結合を含む前記ガイド分子を形成するステップ
を含む方法。 - 細胞または対象において核酸を変化させるための、請求項１９に記載の組成物。
- ＣＲＩＳＰＲシステムのための単分子ガイド分子を含む組成物であって、前記ガイド分子は、式：
のものまたはその薬学的に許容される塩であり、
式中：
（Ｎ） ｃ および（Ｎ） ｔ 中のＮは、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を介してその隣接ヌクレオチドにそれぞれ独立に結合したヌクレオチド残基であり；
（Ｎ） ｃ は、（Ｎ） ｔ の５’領域に相補的または部分的に相補的であり、かつ前記（Ｎ） ｔ の５’領域と二重鎖を形成する３’領域を含み；
前記式中に示される２’−５’ホスホジエステル結合は、前記二重鎖における２つのヌクレオチド間にあり；
ｃは、２０以上の整数であり；
ｔは、２０以上の整数であり；
Ｂ １ およびＢ ２ は、それぞれ独立に、核酸塩基であり；
Ｒ ２ ’およびＲ ３ ’は、それぞれ独立に、Ｈ、ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ＮＨ ２ 、ＳＨ、Ｓ−Ｒ’、またはＯ−Ｒ’であり、ここで、Ｒ’は、それぞれ独立に、保護基またはアルキル基であり、ここで、前記アルキル基は、任意選択により置換されてもよく；かつ
は、それぞれ独立に、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホノアセテート結合、チオホスホノアセテート結合、またはホスホロアミデート結合を表す、組成物。 - 請求項２２に記載のガイド分子を合成する方法であって、
第１のオリゴヌクレオチドと第２のオリゴヌクレオチドとをアニールして、前記第１のオリゴヌクレオチドの３’領域と前記第２のオリゴヌクレオチドの５’領域との間に二重鎖を形成するステップであって、
前記第１のオリゴヌクレオチドは第１の反応性基を含み、前記第１の反応性基は、ヒドロキシル部分を含み、かつ２’反応性基または３’反応性基であり、
前記第２のオリゴヌクレオチドは第２の反応性基を含み、前記第２の反応性基は、ホスフェート部分を含み、かつ５’反応性基である、
ステップ；および
前記アニールされた第１および第２のオリゴヌクレオチドを、前記第１および第２の反応性基を介してコンジュゲートさせて、前記第１および第２のオリゴヌクレオチドを結合する共有結合を含むガイド分子を含む組成物を提供するステップ
を含む方法。 - 細胞または対象において核酸を変化させるための、請求項２２に記載の組成物。
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