JP2020198886A - 結核菌(Mycobacterium tuberculosis)タンパク質 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、結核菌(Mycobacterium tuberculosis)(M.tuberculosis)タンパク質および免疫学的に活性のある、その断片(ペプチドまたはミモトープペプチド)に関する。特に、本発明は、抗原性が高く、かつ結核菌の臨床株に特有の結核菌タンパク質およびそのペプチドのグループに関する。従って、本発明は、さらに、結核菌群感染の診断、治療、または予防における、これらの結核菌タンパク質またはペプチドの使用に関する。
結核は、結核菌(M.tuberculosis)群の一員によって引き起こされる、蔓延している感染症である。ほとんどの結核菌群感染は無症候性、すなわち潜伏性である。しかしながら、潜伏感染のおよそ1/10が最終的に活動性疾患(通常、肺結核)に進行し、未治療のままにしておくと50%超の個体が死に至る。
-本発明の断片の1つまたは複数を含む、対象において結核菌群感染を診断するためのキット;
-対象における結核菌群感染の治療または予防において使用するための、前記で定義した(a)〜(g)の1つまたは複数を含む、組成物;および
-前記で定義した(a)〜(g)の1つまたは複数を対象に投与する工程を含む、対象において結核菌群感染を治療または予防する方法
を提供する。
SEQ ID NO:1は、TBFG_13463のアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:2は、Mtub2_17866のアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:3は、Rv2654cのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:4は、Rv3845のアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:5は、Rv1495のアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:6は、Rv0840cのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:7は、Rv1677のアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:8〜10は、TBFG_13463に由来するHLAクラスIIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:11および12は、Mtub2_17866に由来するHLAクラスIIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:13〜19は、Rv0840cに由来するHLAクラスIIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:20〜24は、Rv3845に由来するHLAクラスIIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:25〜27は、Rv2654cに由来するHLAクラスIIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:28〜33は、Rv1677に由来するHLAクラスIIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:34〜40は、Rv1495に由来するHLAクラスIIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:41〜48は、TBFG_13463に由来するHLAクラスIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:49〜52は、Mtub2_17866に由来するHLAクラスIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:53〜58は、Rv2654cに由来するHLAクラスIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:59〜64は、Rv3845に由来するHLAクラスIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:65〜69は、Rv1495に由来するHLAクラスIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:70〜87は、Rv0840cに由来するHLAクラスIエピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:88〜100は、TBFG_13463に由来するB細胞エピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:101〜103は、Mtub2_17866に由来するB細胞エピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:104は、Rv2654cに由来するB細胞エピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:105〜112は、Rv3845に由来するB細胞エピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:113〜120は、Rv1495に由来するB細胞エピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:121〜136は、Rv0840cに由来するB細胞エピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:137〜141は、Rv1677に由来するB細胞エピトープのアミノ酸配列である。
SEQ ID NO:142〜145は、TBFG_13463に由来するさらなるT細胞エピトープである。
SEQ ID NO:146は、Mtub2_17866に由来するさらなるT細胞エピトープである。
SEQ ID NO:147および148は、Rv2654cに由来するさらなるT細胞エピトープである。
SEQ ID NO:149〜152は、Rv3845に由来するさらなるT細胞エピトープである。
SEQ ID NO:153は、Rv1495に由来するさらなるT細胞エピトープである。
SEQ ID NO:154〜157は、Rv0840cに由来するさらなるT細胞エピトープである。
開示された産物および方法の様々な用途が当技術分野における特定のニーズに合わせられ得ることを理解しなければならない。本明細書で使用する用語は本発明の特定の態様の説明を目的としているのにすぎず、限定することを目的としないことも理解しなければならない。
本発明者らは、結核菌に対して免疫応答を誘発することができる結核菌抗原およびその断片を特定した。従って、これらの抗原は、対象において結核菌群感染(M.tuberculosis群感染)を診断する方法において用いられ得る。前記抗原はまた、例えば、ワクチン接種によって、結核菌群感染を治療または予防するのに用いられ得る。結核菌群には、特に、結核菌、マイコバクテリウム・アフリカヌム(Mycobacterium africanum)、マイコバクテリウム・ボビス(Mycobacterium bovis)(カルメット・ゲラン杆菌株を含む)、マイコバクテリウム・ミクロティ(Mycobacterium microti)、マイコバクテリウム・カネティ(Mycobacterium canettii)、マイコバクテリウム・カプラエ(Mycobacterium caprae)、マイコバクテリウム・ピンニペディ(Mycobacterium pinnipedii)、マイコバクテリウム・スリカタエ(Mycobacterium suricattae)、およびマイコバクテリウム・ムンギ(Mycobacterium mungi)の1つまたは複数が含まれる。結核菌群には好ましくは結核菌が含まれる。
Rv0840c(SEQ ID NO:6)、TBFG_13463(SEQ ID NO:1)、Rv1677(SEQ ID NO:7)、Rv2654c(SEQ ID NO:3)、Rv3845(SEQ ID NO:4)、Rv1495(SEQ ID NO:5)、またはMtub2_17866(SEQ ID NO:2)の断片は、親配列のN末端および/またはC末端を切断することによって得られた5以上のアミノ酸を含む配列でもよい。例えば、断片は、約5以上、約6以上、約7以上、約8以上、約9以上、約10以上、約11以上、約12以上、約13以上、約14以上、約15以上、約16以上、約17以上、約18以上、約19以上、約20以上、約21以上、約22以上、約23以上、約24以上、約25以上、約26以上、または約27以上のアミノ酸を含んでもよい。断片は、長さが約5〜約27、約6〜約26、約7〜約25、約8〜約24、約9〜約23、約10〜約22、約11〜約21、約12〜約20、約13〜約19、約14〜約18、約12〜約18、約12〜約15、約15〜約18、約13〜約17、約14〜約16、約5〜約10、約10〜約15、約15〜約20、約20〜約25、または約10〜約20アミノ酸でもよい。
前記で定義した(a)〜(g)の1つまたは複数に対する免疫応答のインビトロ検出は、対象から得られた試料を用いて行われる。試料は、体液、例えば、血液、血漿、血清、痰もしくは他の呼吸分泌物、唾液、尿、または脳脊髄液でもよい。試料は、好ましくは、血液、血漿、血清、または痰もしくは他の呼吸分泌物である。または、試料は生検材料または吸引液などの組織試料でもよい。例えば、試料はリンパ節吸引液でもよく、肉芽腫などの結核病変部の中または周囲から採取した試料でもよい。別の局面において、試料は体液または組織試料、例えば、細胞溶解産物に由来してもよい。
本発明の方法は、任意の適切な対象において結核菌群感染を診断するのに使用することができる。対象は概してヒト対象である。または、対象は、作製された別の動物または哺乳動物、例えば、商業的に飼育されている動物、例えば、ウマ、ウシ、ヒツジ、もしくはブタ、実験動物、例えば、マウスもしくはラット、ペット動物、例えば、ネコ、イヌ、ウサギ、もしくはモルモット、または別の動物、例えば、鳥類もしくは霊長類でもよい。
インビトロで検出される免疫応答は、(a)〜(g)の1つまたは複数によって誘発される任意の応答でよい。免疫応答は任意のタイプの免疫細胞によって媒介されてもよい。例えば、免疫応答は、T細胞、B細胞、樹状細胞、好中球、好塩基球、マスト細胞、好酸球、自然リンパ球系細胞(ILC)、ナチュラルキラー(NK)細胞、単球、マクロファージ、および/または胸腺細胞によって媒介されてもよい。免疫応答は好ましくはT細胞応答である。T細胞応答は、好ましくはサイトカイン分泌、より好ましくはIFN-ガンマ(IFNγ)分泌である。T細胞応答はT細胞増殖でもよい。または、免疫応答はB細胞応答でもよい。B細胞応答はB細胞増殖でもよく、抗体の産生または分泌でもよい。免疫応答は、好ましくは、前記で定義した(a)〜(g)の1つまたは複数に対する抗体の産生である。T細胞増殖、B細胞増殖、サイトカイン分泌、および抗体の分泌または産生を測定する方法は当技術分野において周知である。
個体の免疫状態を明らかにするために一般的には細胞性免疫(CMI)応答が用いられる。典型的に、臨床免疫学の分野においてCMI応答という用語は、インビボでの皮膚検査、リンパ球増殖アッセイ、および特異的抗原の存在下で末梢血単核球(PBMC)が産生したサイトカインのインビトロ検出を包含する。本発明の方法は、インビトロ細胞性免疫応答を検出する工程を含んでもよい。特に、本発明のタンパク質およびペプチドに対する、インビトロでのサイトカインに基づくCMI応答が検出されてもよい。このアッセイを下記では「CMIアッセイ」と呼ぶ。
一部の局面において、本発明の方法は、1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質を検出する工程をさらに含む。1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質は任意の結核菌タンパク質でよい。非常に多くの結核菌タンパク質が当技術分野において周知である。1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質はRD1タンパク質を含んでもよい。RD1タンパク質はCFP-10およびESAT-6の一方または両方を含んでもよい。
本発明の方法は、断片の1つまたは複数のプールに対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含んでもよく、各プールは、TBFG_13463(SEQ ID NO:1)、Mtub2_17866(SEQ ID NO:2)、Rv2654c(SEQ ID NO:3)、Rv3845(SEQ ID NO:4)、Rv1495(SEQ ID NO:5)、Rv0840c(SEQ ID NO:6)、またはRv1677(SEQ ID NO:7)に由来する2つ以上の断片を含む。例えば、各プールは、TBFG_13463(SEQ ID NO:1)、Mtub2_17866(SEQ ID NO:2)、Rv2654c(SEQ ID NO:3)、Rv3845(SEQ ID NO:4)、Rv1495(SEQ ID NO:5)、Rv0840c(SEQ ID NO:6)、またはRv1677(SEQ ID NO:7)に由来する3以上、4以上、5以上、6以上、7以上、8以上、9以上、10以上、15以上、20以上、25以上、50以上、75以上、100以上、200以上、または250以上の断片を含んでもよい。
本発明の一局面において、プールの中の断片はタンパク質断片ライブラリーを形成する。タンパク質断片ライブラリーは、合わせて親タンパク質の配列の少なくとも10%、例えば、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%を含む、親タンパク質(本発明の場合、TBFG_13463(SEQ ID NO:1)、Mtub2_17866(SEQ ID NO:2)、Rv2654c(SEQ ID NO:3)、Rv3845(SEQ ID NO:4)、Rv1495(SEQ ID NO:5)、Rv0840c(SEQ ID NO:6)、またはRv1677(SEQ ID NO:7))に由来する複数の断片を含む。本発明において、プールの中の断片は、好ましくは、断片が由来するタンパク質の配列の少なくとも80%をカバーするタンパク質断片ライブラリーを形成する。より好ましくは、プールの中の断片は、断片が由来するタンパク質の配列全体をカバーするタンパク質断片ライブラリーを形成する。
エピトープは、免疫系によって認識される抗原部分である。具体的には、エピトープは、抗体、B細胞、またはT細胞によって認識される抗原部分である。従って、T細胞エピトープは、T細胞によって認識される抗原部分である。T細胞はT細胞受容体(TCR)を介して抗原を認識するので、T細胞エピトープは、T細胞受容体に結合する(すなわち、T細胞受容体によって認識される)抗原部分でもよい。同様に、B細胞エピトープは、B細胞によって認識される抗原部分である。B細胞はB細胞受容体(BCR)を介して抗原を認識するので、B細胞エピトープは、T細胞受容体に結合する(すなわち、T細胞受容体によって認識される)抗原部分でもよい。
一局面において、本発明の方法は、対象から得られた免疫細胞集団を、前記で定義した(a)〜(g)の1つまたは複数と接触させる工程を含む。(a)〜(g)の1つまたは複数は、上記で議論した1つもしくは複数のタンパク質断片ライブラリーおよび/または1つもしくは複数のエピトーププールを構成してもよい。
上記で示したように、本発明の方法は、1種または複数種の結核菌抗原に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含む。免疫応答が検出されることは、対象が結核菌群感染を有することを示している。免疫応答が検出されない(すなわち、免疫応答の検出が存在しない)ことは、対象が結核菌群感染を有さないことを示している。従って、本発明の方法は、好ましくは、1種または複数種の結核菌抗原に対する免疫応答の存在または非存在をインビトロで検出する工程を含む。
本発明はまた、容器に入れられてキットの形で包装される、本発明の治療における使用に適した本明細書に記載の成分の組み合わせに関する。
本発明は、対象における結核菌群感染の治療または予防において使用するための、前記で定義した(a)〜(g)の1つまたは複数を含む組成物を提供する。さらに、本発明は、前記で定義した(a)〜(g)の1つまたは複数を対象に投与する工程を含む、対象において結核菌群感染を治療または予防する方法を提供する。
プラットフォームNeutraCorpを用いた結核菌ゲノムの分析
Proxagenが開発したイムノインフォマティクス(immunoinformatics)プラットフォーム(登録商標: BG Per.No.85788, 2013年8月27日)を用いて結核菌ゲノムを分析した。免疫原性タンパク質抗原を特定するために、臨床分離株から得たゲノムを分析した。合計44個のMTB完全ゲノムをGOLDデータベースから入手した。
T細胞エピトープおよび連続B細胞エピトープいずれかの抗原特性をもつ可能性のある全てのタンパク質断片を特定するために、NeutraCorp(登録商標: BG Per.No.85788, 2013年8月27日)イムノインフォマティクスプラットフォームを用いて、本発明者らはMTBゲノムを完全に分析した。各ゲノムにおいて、インシリコ親和性が理論値の1%より大きい少なくとも1つの利用可能なエピトープ(T細胞エピトープおよびB細胞エピトープの両方)をもつタンパク質を選択した。これらのタンパク質は、表2のように、TB発症に対する感受性または防御に関連するHLA-DR対立遺伝子または対立遺伝子群に対するT細胞エピトープが存在するかどうか分析されている。
T細胞エピトープを特定および設計するために、特定した7種のタンパク質配列を、イムノインフォマティクスプラットフォーム NeutraCorp(商標)(登録商標: BG Per.No.85788, 2013年8月27日)を用いてスクリーニングした。
線状B細胞エピトープが存在するかどうか、特定した7種のタンパク質を、開発したイムノインフォマティクスプラットフォーム NeutraCorp(商標)(登録商標: BG Per.No.85788, 2013年8月27日)を用いてスクリーニングした。
特定された遊離末端ペプチドの化学合成は標準的なFmoc化学(Espikem, Prato, Italy)によって行われている。ペプチドを>90%純度で生成した。
Proxagenは、競争力プロジェクト助成金(competitiveness project grant)「Development of a rapid test prototype for the diagnosis of active tuberculosis」(プロジェクト番号BG161PO003-1.1.01-0220, 2011年12月28日)のためのEU地域基金の結果としてTB患者および対照の血清バンクを利用することができた。
-健常対照(N=60)
-活動性TB(N=50)
-治癒TB(N=10)
手順:
a.試薬
-滅菌PBS 1X
-コーティング緩衝液-Na2CO3/NaHCO3 pH9.3
-洗浄緩衝液-PBS 1x
-ブロッキング緩衝液-PBS+BSA 1%
-アッセイ緩衝液-PBS+BSA 1%
-西洋ワサビペルオキシダーゼ結合(HRP)抗ヒトIgG(Zymed)
-基質-(0.04mg/ml o-フェニレンジアミン(Sigma)
-停止溶液-1N H2SO4
-発色緩衝液-尿素+H2O2錠剤(Sigma)
b.ELISAプレートをコーティングする:
-ペプチドをコーティング緩衝液で1□g/mlまで希釈する
-1ウェルにつき50μlの希釈ペプチドをELISAプレートに移す
-プレートを密閉し、室温で1時間、4℃で一晩インキュベートする
c.プレートをブロッキングする:
-1ウェルにつき200μlのブロッキング溶液(PBS+BSA 1%)を添加する。
-室温で1時間インキュベートする
-ELISAプレートの内容物を捨てる
d.ELISA工程1:試料を添加する
-プール血清をアッセイ緩衝液(PBS+BSA 1%)で1:100に希釈する
-50μlの希釈血清を、スキームのように、検査されている各ELISAプレートに移す
-37℃で2時間インキュベートする
-PBS(200μl/ウェル)で3回洗浄する
e.ELISA工程2:抗体結合体を希釈し、ELISAプレートに添加する
-HRP-抗ヒトIgGをアッセイ緩衝液(PBS+BSA 1%)で1:4000に希釈する
-スキームのように、マルチチャンネルピペットを用いて1ウェルにつき50μlをELISAプレートに移す
-室温で1時間インキュベートする
-洗浄緩衝液(200μl/ウェル)で5回洗浄する
f.ELISA工程3:基質を添加し、プレートを読み取る
-1個の尿素錠剤を20mlのdH2Oに添加して発色緩衝液を調製する
-1個のOPD錠剤を20mlの発色緩衝液に添加して基質緩衝液を調製する
-1ウェルにつき50μlの基質緩衝液を添加し、暗所で室温で15分間インキュベートする
-50μlの1N硫酸を用いて反応を停止する
-ELISAプレートリーダーを用いて492nmで吸光度を読み取る
図1は、様々な群の血清を用いて得られた結果を示す。6種のタンパク質に由来するエピトープ群を抗原として用いた時に、活動性TB対象における抗体レベルは他の群と比較して有意に高い。このことは、この試薬の抗原性と、診断検査におけるその用途を証明している。
拡大した抗原性スクリーニング
イムノバイオインフォマティクス(immuno-bioinformatic)分析によって特定したB細胞エピトープペプチドの抗原性を確かめるために、ペプチドSEQ ID NO:88〜SEQ ID NO:141に対して作られた抗体が存在するかどうか、微生物学的に確かめられた活動性結核菌群感染をもつ対象、IGRAによって確かめられた潜伏結核菌群感染(LTBI)をもつ対象、および健常対照対象に由来する血清をELISAによってスクリーニングした。
a.試薬
-滅菌PBS 1X
-コーティング緩衝液-Na2CO3/NaHCO3 pH9.3
-洗浄緩衝液-PBS 1x
-ブロッキング緩衝液-PBS+BSA 1%
-アッセイ緩衝液-PBS+BSA 1%
-西洋ワサビペルオキシダーゼ結合(HRP)抗ヒトIgG(Zymed)
-基質-(0.04mg/ml o-フェニレンジアミン(Sigma)
-停止溶液-1N H2SO4
-発色緩衝液-尿素+H2O2錠剤(Sigma)
b.ELISAプレートをコーティングする:
-ペプチドをコーティング緩衝液で1μg/mlまで希釈する
-1ウェルにつき50μlの希釈ペプチドをELISAプレートに移す
-プレートを密閉し、室温で1時間、4℃で一晩インキュベートする
c.プレートをブロッキングする:
-1ウェルにつき200μlのブロッキング溶液(PBS+BSA 1%)を添加する。
-室温で1時間インキュベートする
-ELISAプレートの内容物を捨てる
d.ELISA工程1:試料を添加する
-プール血清をアッセイ緩衝液(PBS+BSA 1%)で1:100に希釈する
-50μlの希釈血清を、スキームのように、検査されている各ELISAプレートに移す
-37℃で2時間インキュベートする
-PBS(200μl/ウェル)で3回洗浄する
e.ELISA工程2:抗体結合体を希釈し、ELISAプレートに添加する
-HRP-抗ヒトIgGをアッセイ緩衝液(PBS+BSA 1%)で1:4000に希釈する
-スキームのように、マルチチャンネルピペットを用いて1ウェルにつき50μlをELISAプレートに移す
-室温で1時間インキュベートする
-洗浄緩衝液(200μl/ウェル)で5回洗浄する
f.ELISA工程3:基質を添加し、プレートを読み取る
-1個の尿素錠剤を20mlのdH2Oに添加して発色緩衝液を調製する
-1個のOPD錠剤を20mlの発色緩衝液に添加して基質緩衝液を調製する
-1ウェルにつき50μlの基質緩衝液を添加し、暗所で室温で15分間インキュベートする
-50μlの1N硫酸を用いて反応を停止する
-ELISAプレートリーダーを用いて492nmで吸光度を読み取る
表21は、B細胞エピトープペプチドSEQ ID NO:88〜SEQ ID NO:141の抗原性および予備感度データを立証するために、ELISAによって検査した、それぞれのペプチド/血清組み合わせの光学密度(ODデータ)を示す。ODデータは、ペプチド含有(すなわち、検査)ウェルについて1種の各血清の反応性を2回繰り返して求めたものから、ペプチドを含まない(すなわち、負の対照)ウェルの同一血清の基礎反応性を引いた絶対値である。
●TB対対照のマンホイットニー検定p値は、大まかに言うと、それぞれのペプチドの結果が有意であることを示す。
●対照データ分布の99thパーセンタイルカットオフは単純なカットオフ閾値を示し、これより大きいと活動性TB血清は陽性とみなされる。
●対照データ分布の平均+3SDカットオフは、理論上の誤り率が<1%になる、さらに控えめなカットオフを示す。
●カットオフ99th%を用いた検査TB間のN個の陽性は、99thパーセンタイルカットオフに従う、それぞれのペプチドに対する活動性TB血清間の陽性結果の数を示す。
●カットオフ99th%でのTB間の%陽性は、99thパーセンタイルカットオフに従う、陽性結果をもつ活動性TB血清のパーセントを示す。
●カットオフ平均+3SDを用いた検査TB間のN個の陽性は、平均+3SDカットオフに従う、それぞれのペプチドに対する活動性TB血清間の陽性結果の数を示す。
●カットオフ平均+3SDでのTB間の%陽性は、平均+3SDに従う、陽性結果をもつ活動性TB血清のパーセントを示す。
●N個の陽性>TB平均は、ペプチドに対する全ての活動性TB血清の平均(average)(平均(mean))ODより大きなODをもつ活動性TB血清(本質的には、ペプチドに対する上位の反応血清)の数を示す。
●%陽性>TB平均は、ペプチドに対する全ての活動性TB血清の平均(平均)ODより大きなODをもつ活動性TB血清(本質的には、ペプチドに対する上位の反応血清)のパーセントを示す。
多重ペプチドELISA
例えば、遺伝的背景により反応に個体差がある場合があるので、多重ペプチドに対する反応性に基づく診断検査は、1種のペプチドに対する反応性に基づく検査より感度が高いことが多い。従って、大きな一組の対照血清(IGRA陰性および/またはIGRA陽性)、活動性結核菌群感染をもつ対象に由来する血清(活動性TB)、ならびに24ヶ月以上にわたって結核菌群感染が治癒した患者に由来する血清(治癒TB)と反応するかどうか、実施例2でスクリーニングしたペプチドを含むペプチドプールをスクリーニングした。各群の試料の数は以下の通りであった。
-健常対照(IGRA陰性)(N=74)
-MTBに感染した健常対照(LTBI、IGRA陽性、および活動性TBの他の徴候なし)(N=30)
-活動性TB(N=66)
-治癒TB(N=10)
表7は、ペプチドプールで検査した各血清の光学密度(ODデータ)を示す。ODデータは、多重ペプチド含有(すなわち、検査)ウェルについて1種の各血清の反応性を2回繰り返して求めたものから血清モック(mock)値を引いた絶対値である。
候補T細胞抗原の特定
1.序論
本調査は、T-SPOT.TBアッセイ用の可能性のある新たな抗原を特定するように設計した、ならびに新たな抗原がESAT-6抗原およびCFP10抗原にとって代わることができるかどうか、またはこのアッセイに加えて、現行のT-SPOT(登録商標).TBアッセイの感度を高めることができるかどうか計算するように設計した、実現の可能性を探るための初期調査であった。これを実現するために、87人のTB確認ドナーおよび96人の健常ドナーを用いたT-SPOT(登録商標).TBアッセイにおいて一組の新たなTB抗原をスクリーニングした。
TB確認ドナー(GeneXpert(登録商標)MTB/RIFアッセイによって確認した)および健常ドナーから単離した末梢血単核球(PBMC)を、T-SPOT.TBパネルA(PA)、T-SPOT.TBパネルB(PB)、および24種の代替TB抗原を用いたT-SPOT.TBアッセイにおいて検査した。GeneXpert(登録商標)MTB/RIFアッセイは、Cepheidが製造した結核用核酸増幅検査である。これは、TBが蔓延している国々において使用するために世界保健機関による支援を受けており、培養によって確かめられたTBドナーにおける主張された感度は92.2%であり(675/732)、TBがないドナーにおける特異度は99.2%である(604/609)。Boehme, C.(2011)。
3.1ドナー
3.1.1 TB陽性ドナー
University of Cape Townにおいて120人のドナーをT-SPOTアッセイで検査した。TB感染状況をGeneXpert MTB/RIFアッセイによって確かめた。120人のドナーのうち93人がGeneXpert陽性であった(8/120人はGeneXpert陰性であり、19/120人はGeneXpertで検査しなかった)。93人のGeneXpert陽性ドナーのうち4/93人のドナーは細胞数が少なく(<2.0x106細胞/mL)、2/93人のドナーはハイネガティブコントロール(high negative control)であった(>10個のスポット)。従って、これらのドナーを除外した。残りの87人のTB陽性ドナーを本実施例に使用した。
Oxford Immunotec UKにおいて107人の健常ドナーをT-SPOTアッセイで検査した。TB感染リスクが高いという理由で、この群から11人のドナーを除外した(8人のドナーは、TBが蔓延している地域が出身地であるために、またはTBが蔓延している地域に渡航して過ごした期間があるために除外した。1人のドナーは、TB感染個体と密接に接触したことがあるために除外した。2人のドナーは、以前にT-SPOT.TBアッセイにおいて陽性応答があった経歴があるために除外した)。残りの96人のドナーを分析に含めた。
GraphPad Prism6ソフトウェアを用いてデータを解析した。健常ドナーの基準化スポット数を対照値としてプロットした。TB確認ドナーの基準化スポット数を患者値としてプロットした。
ROC曲線はMedCalcソフトウェアを用いて比較されている。HanleyおよびMcNeilの方法(Hanley, J, McNeil B J.(1983))は、同じ患者群間に由来する曲線間の曲線下面積(AUC)の違いを比較するために用いられている(p<0.05=曲線間の有意差)。
現行のT-SPOT.TBアッセイ性能のROC曲線を図2Aに示した。パネルA/パネルB最大の様々なカットオフでのアッセイ感度および特異度を図2Bに示した。本検査におけるT-SPOT.TBアッセイ性能は6スポットカットオフでは感度94.2%および特異度97.9%であった。これらの性能の数字は、U.S.A T-SPOT.TBアッセイ添付文書において以前に公表した性能と似ている(感度=95.6%(175/183)、特異度=97.1%(297/306)、PI-TB-US-V4、2013年3月)。パネルA/パネルB抗原を用いて検査して陽性であった健常ドナーは2/96人であった。これらのドナーは、この結果が正しいか確かめるためにT-SPOT.TBアッセイで再検査することになっている。カットオフを3スポットまで減らしても感度は影響を受けなかったが、アッセイの特異度は87.5%まで低下しただろう。
本検査のこの部門(arm)では、Mtbゲノムから、CD4/CD8エピトープの可能性があるとインシリコで特定したペプチド配列を合成し、CD4/CD8エピトープが得られたMtbタンパク質に従ってプールした。これと同時に、Mtbタンパク質配列のコピーを入手し、ペプチドライブラリー(11アミノ酸重複をもつ15mer)を合成し、それぞれのタンパク質についてプールした。これらのペプチドプールセットを両方とも、T-SPOT.TBアッセイにおいてパネルAおよびパネルBと比較して検査した。結果を図3および図4に示した。
本検査の始めに提起された主な質問の1つは、T-SPOT.TBアッセイにおいて現在用いられているESAT-6(パネルA)またはCFP10(パネルB)プールのうちの1つを、アッセイ性能に影響を及ぼさずに交換できるかどうかということであった。この分析では、ESAT-6およびCFP10はRv0840cペプチドライブラリーと交換されており、結果をROC曲線としてプロットした。図7は、ESAT-6を交換した結果を示す。図8は、CFP10を交換した結果を示す。ESAT-6またはCFP10をRv0840cペプチドライブラリーと交換した時の感度および特異度は高いことが分かる。
本検査の始めに提起された最後の質問は、現行のT-SPOT.TBアッセイに抗原を加えることによってT-SPOT.TBアッセイの感度を高めることができるかどうかであった。本研究において作成されたデータおよび上述の「最大」分析を用いて、ペプチドライブラリーをT-SPOT.TBアッセイに加えた結果が確かめられている。図9は、パネルA/パネルB最大およびパネルA/パネルB/Rv0840cペプチドライブラリー最大のROC曲線の比較を示す。表20は、パネルA/パネルB最大およびパネルA/パネルB/Rv084cペプチドライブラリー最大の感度および特異度をまとめたものである。
本検査は、T-SPOT.TBアッセイにおけるESAT-6抗原およびCFP10抗原に取って代わる、可能性のある候補抗原を特定するように設計された、ならびに/または現行のT-SPOT.TBアッセイの感度を高めるように設計された、実現の可能性を探るための初期調査であった。パネルA、パネルB、TBFG_13463、Mtub2_17866、Rv2654c、Rv3845、Rv1495、Rv0840c、およびRv1677 CD4/CD8エピトーププール、ならびにTBFG_13463、Mtub2_17866、Rv2654c、Rv3845、Rv1495、Rv0840c、およびRv1677ペプチドライブラリーを用いたT-SPOT.TBアッセイにおいて、87人のTB陽性ドナーおよび96人までの健常ドナーを検査した。
1)結核菌の感染または疾患を検出するためのインビトロ検査におけるバイオマーカーとしての、結核菌に由来し、かつ少なくとも1つのT細胞エピトープまたはB細胞エピトープを単独で、もしくはグループで含む7種のタンパク質のうちの任意のタンパク質の使用、または7種のタンパク質のうちの任意のタンパク質と他の結核菌タンパク質との使用であって、前記タンパク質がSeqID#1〜#7からなる群より選択される、使用。
2)7種のタンパク質にある任意のT細胞エピトープが、結核菌の感染または疾患を検出するためのインビトロ検査におけるバイオマーカーとして、単一の抗原として単独で、もしくはグループで、または他のタンパク質抗原と共同で用いられ、前記タンパク質エピトープがSeqID#8〜#87からなる群より選択される、項目1記載の使用。
3)7種のタンパク質にある任意のB細胞エピトープ(連続もしくは不連続)または任意のミモトープエピトープが、結核菌の感染または疾患を検出するためのインビトロ検査におけるバイオマーカーとして、単一の抗原として単独で、もしくはグループで、または他のタンパク質抗原と共同で用いられ、前記タンパク質エピトープがSeqID#88〜#136からなる群より選択される、項目1記載の使用。
4)タンパク質のホモログまたはオルソログが全体、一部、断片、または80%もしくは80%超の配列相同性をもつ相同性断片として用いられる、項目1、2、および3記載の使用。相同性は以下のように定義される:
a.最適にアラインメントされた後に、項目1〜3にあるタンパク質もしくはペプチドの1つと比較して少なくとも80%の類似性をもつアミノ酸配列;または
b.B細胞エピトープおよび/またはT細胞エピトープ(seqID#8-136)またはその化学的類似体を含有する、項目1〜3において定義されたタンパク質およびペプチドのペプチド断片。
5)対象においてマイコバクテリウム(Mycobacterium)感染を検出するためのインビトロ検査における項目1〜4のいずれか一項記載の使用。
6)マイコバクテリウム種が、結核菌(M.tuberculosis)、M.ボビス(M.bovis)、M.ボビスBCG、M.アフリカヌム(M.africanum)、M.カネティ(M.canetti)、M.カプラエ(M.caprae)、M.ミクロティ(M.microti)、M.ピンニペディ(M.pinnipedii)、M.アビウム(M.avium)、ヨーネ菌(M.avium paratuberculosis)、M.アビウム・シルバチカム(M.avium silvaticum)、M.アビウム・「ホミニスイス」(M.avium "hominissuis")、M.コロムビエンス(M.colombiense)、M.アシアチカム(M.asiaticum)、M.ゴルドナエ(M.gordonae)、M.ガストリ(M.gastri)、M.カンサシ(M.kansasii)、M.ヒベルニアエ(M.hiberniae)、M.ノンクロモゲニカム(M.nonchromogenicum)、M.テラエ(M.terrae)、M.トリビアレ(M.triviale)、M.ウルセランス(M.ulcerans)、M.シュードソツシ(M.pseudoshottsii)、M.ソツシ(M.shottsii)、M.トリプレックス(M.triplex)、M.ゲナベンス(M.genavense)、M.フロレンチナム(M.florentinum)、M.レンチフラバム(M.lentiflavum)、M.パルストレ(M.palustre)、M.クビカエ(M.kubicae)、M.パラスクロフラセウム(M.parascrofulaceum)、M.ヘイデルベルゲンセ(M.heidelbergense)、M.インテルジェクタム(M.interjectum)、M.シミアエ(M.simiae)、M.ブランデリ(M.branderi)、M.コオキ(M.cookii)、M.セラタム(M.celatum)、M.ボヘミカム(M.bohemicum)、M.ハエモフィラム(M.haemophilum)、M.マルモエンス(M.malmoense)、M.スズルガイ(M.szulgai)、M.レプラエ(M.leprae)、M.レプラエムリウム(M.lepraemurium)、M.レプロマトシス(M.lepromatosis)、M.アフリカヌム、M.ボトニエンス(M.botniense)、M.キマエラ(M.chimaera)、M.コンスピカム(M.conspicuum)、M.ドリカム(M.doricum)、M.ファルシノゲネス(M.farcinogenes)、M.ヘケショルネンス(M.heckeshornense)、M.イントラセルラレ(M.intracellulare)、M.ラカス(M.lacus)、M.マリナム(M.marinum)、M.モナセンス(M.monacense)、M.モンテフィオレンス(M.montefiorense)、M.ムラレ(M.murale)、M.ネブラスケンス(M.nebraskense)、M.サスカチェワネンス(M.saskatchewanense)、M.スクロフラセウム(M.scrofulaceum)、M.シモイデイ(M.shimoidei)、M.ツシアエ(M.tusciae)、M.キセノピ(M.xenopi)、M.インテルメディウム(M.intermedium)、M.アブセサス(M.abscessus)、M.ケロナエ(M.chelonae)、M.ボレチ(M.bolletii)、M.フォーチュイタム(M.fortuitum)、M.フォーチュイタム亜種アセタミドリチカム(M.fortuitum subsp. acetamidolyticum)、M.ボエニケイ(M.boenickei)、M.ペレグリナム(M.peregrinum)、M.ポルシナム(M.porcinum)、M.セネガレンス(M.senegalense)、M.セプチカム(M.septicum)、M.ネヲルレアンセンス(M.neworleansense)、M.ハウストネンス(M.houstonense)、M.ムコゲニカム(M.mucogenicum)、M.マゲリテンス(M.mageritense)、M.ブリスバネンス(M.brisbanense)、M.コスメチカム(M.cosmeticum)、M.パラフォルツイタム(M.parafortuitum)、M.アウストロアフリカヌム(M.austroafricanum)、M.ジエルンホフェリ(M.diernhoferi)、M.ホドレリ(M.hodleri)、M.ネオアウラム(M.neoaurum)、M.フレデリクスベルゲンス(M.frederiksbergense)、M.アウラム(M.aurum)、M.バクアエ(M.vaccae)、M.キタエ(M.chitae)、M.ファラクス(M.fallax)、M.コンフルエンティス(M.confluentis)、M.フラベセンス(M.flavescens)、M.マダガスカリエンス(M.madagascariense)、M.フレイ(M.phlei)、M.スメグマティス(M.smegmatis)、M.ゴオジ(M.goodii)、M.ウォリンスキ(M.wolinskyi)、M.サーモレシスチブレ(M.thermoresistibile)、M.ガジウム(M.gadium)、M.コモセンス(M.komossense)、M.オブエンス(M.obuense)、M.スファグニ(M.sphagni)、M.アグリ(M.agri)、M.アイキエンス(M.aichiense)、M.アルベイ(M.alvei)、M.アルペンス(M.arupense)、M.ブルマエ(M.brumae)、M.カナリアセンス(M.canariasense)、M.チュブエンス(M.chubuense)、M.コンセプチオネンス(M.conceptionense)、M.ドゥバリ(M.duvalii)、M.エレファンティス(M.elephantis)、M.ギルバム(M.gilvum)、M.ハシアカム(M.hassiacum)、M.ホルサチカム(M.holsaticum)、M.イムノゲナム(M.immunogenum)、M.マシリエンス(M.massiliense)、M.モリオカエンス(M.moriokaense)、M.サイクロトレランス(M.psychrotolerans)、M.ピレニボランス(M.pyrenivorans)、M.ヴァンバレニ(M.vanbaalenii)、M.プルベリス(M.pulveris)、M.アロシエンス(M.arosiense)、M.アブバグネンス(M.aubagnense)、M.カプラエ(M.caprae)、M.クロロフェノリカム(M.chlorophenolicum)、M.フルオロアンテニボランス(M.fluoroanthenivorans)、M.クマモトネンス(M.kumamotonense)、M.ノボカストレンス(M.novocastrense)、M.パルメンス(M.parmense)、M.フォカイカム(M.phocaicum)、M.ポリフェラエ(M.poriferae)、M.ロデシアエ(M.rhodesiae)、M.セオウレンス(M.seoulense)、およびM.トカイエンス(M.tokaiense)より選択される、項目5記載の使用。
7)マイコバクテリウム種が結核菌群のうちの任意の種である、項目5および6記載の使用
8)対象がヒトである、項目5〜7記載の使用。
9)対象が非ヒト動物である、項目5〜7記載の使用。
10)項目1記載のタンパク質または項目2および3記載のペプチドをコードする、単離された核酸分子。
11)項目10記載の核酸分子を含む、ベクター。
12)容器を備えるキットであって、容器が、項目1、2、3、10、11記載の少なくとも1種のタンパク質もしくはペプチドまたは得られた核酸配列を含む、キット。
13)項目1および2について選択された少なくとも1種のバイオマーカーの存在下で、前記対象に由来するリンパ球を含む血液試料をインキュベートする工程を含む、対象または動物においてマイコバクテリウム種による感染をインビトロ診断するための方法。
14)項目1、3記載のタンパク質、ペプチド、またはミモトープの抗体特異的検出によってインビトロ診断するための方法。
15)項目1〜4について選択された少なくとも1種の薬剤を含むか、または項目1〜4について選択された少なくとも1種の薬剤からなる、マイコバクテリウム種による感染を治療または予防するためのワクチン。
-本発明の断片の1つまたは複数を含む、対象において結核菌群感染を診断するためのキット;
-対象における結核菌群感染の治療または予防において使用するための、前記で定義した(a)〜(g)の1つまたは複数を含む、組成物;および
-前記で定義した(a)〜(g)の1つまたは複数を対象に投与する工程を含む、対象において結核菌群感染を治療または予防する方法
を提供する。
[本発明1001]
(a)Rv0840c(SEQ ID NO:6)または1つもしくは複数のその断片;(b)TBFG_13463(SEQ ID NO:1)または1つもしくは複数のその断片;(c)Rv1677(SEQ ID NO:7)または1つもしくは複数のその断片;(d)Rv2654c(SEQ ID NO:3)または1つもしくは複数のその断片;(e)Rv3845(SEQ ID NO:4)または1つもしくは複数のその断片;(f)Rv1495(SEQ ID NO:5)または1つもしくは複数のその断片;および(g)Mtub2_17866(SEQ ID NO:2)または1つもしくは複数のその断片の1つまたは複数に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含む、対象において結核菌(Mycobacterium tuberculosis)(M.tuberculosis)群感染を診断するための方法。
[本発明1002]
(i)Rv0840c(SEQ ID NO:6)または1つもしくは複数のその断片;(ii)TBFG_13463(SEQ ID NO:1)または1つもしくは複数のその断片;(iii)Rv1677(SEQ ID NO:7)または1つもしくは複数のその断片;(iv)Rv3845(SEQ ID NO:4)または1つもしくは複数のその断片;および(v)Rv2654c(SEQ ID NO:3)または1つもしくは複数のその断片の1つまたは複数に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含む、本発明1001の方法。
[本発明1003]
Rv0840c(SEQ ID NO:6)または1つもしくは複数のその断片に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含む、本発明1001または1002の方法。
[本発明1004]
1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質に対する免疫応答をインビトロで検出する工程をさらに含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1005]
1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質がRD1タンパク質を含む、本発明1004の方法。
[本発明1006]
RD1タンパク質がCFP-10またはESAT-6である、本発明1005の方法。
[本発明1007]
断片の1つまたは複数のプールに対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含み、各プールが、TBFG_13463(SEQ ID NO:1)、Mtub2_17866(SEQ ID NO:2)、Rv2654c(SEQ ID NO:3)、Rv3845(SEQ ID NO:4)、Rv1495(SEQ ID NO:5)、Rv0840c(SEQ ID NO:6)、またはRv1677(SEQ ID NO:7)に由来する2つ以上の断片を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1008]
プールの中の断片が、断片が由来するタンパク質の配列の少なくとも80%をカバーするタンパク質断片ライブラリーを形成する、本発明1007の方法。
[本発明1009]
プールの中の断片が、断片が由来するタンパク質の配列全体をカバーするタンパク質断片ライブラリーを形成する、本発明1008の方法。
[本発明1010]
各プールが、配列が重複する断片を含む、本発明1008または1009の方法。
[本発明1011]
配列が11アミノ酸重複する、本発明1010の方法。
[本発明1012]
前記1つもしくは複数の断片または2つ以上の断片が15アミノ酸長である、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1013]
断片の1つまたは複数が、断片が由来するタンパク質のT細胞エピトープまたはB細胞エピトープを含む、本発明1007の方法。
[本発明1014]
T細胞エピトープがCD4エピトープである、本発明1013の方法。
[本発明1015]
T細胞エピトープがCD8エピトープである、本発明1013の方法。
[本発明1016]
免疫応答がインビトロ細胞性免疫応答である、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1017]
免疫応答がT細胞応答である、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1018]
T細胞応答がサイトカイン分泌またはT細胞増殖である、本発明1017の方法。
[本発明1019]
サイトカイン分泌がインターフェロンガンマ(IFNγ)分泌である、本発明1018の方法。
[本発明1020]
免疫応答がB細胞応答である、本発明1001〜1015のいずれかの方法。
[本発明1021]
B細胞応答が抗体分泌またはB細胞増殖である、本発明1020の方法。
[本発明1022]
免疫応答が、本発明1001の(a)〜(g)の1つまたは複数に対する抗体の産生である、本発明1001〜1015のいずれかの方法。
[本発明1023]
酵素結合免疫スポットアッセイ(ELISPOT)を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1024]
患者から得られた免疫細胞集団を、本発明1001の(a)〜(g)の1つまたは複数と接触させる工程を含む、前記本発明のいずれかの方法。
[本発明1025]
本発明1001の(a)〜(g)の2つ以上に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含み、同じ免疫細胞集団を(a)〜(g)の2つ以上と接触させる、本発明1024の方法。
[本発明1026]
免疫細胞集団を、本発明1004〜1006のいずれかの1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質とさらに接触させる、本発明1024または1025の方法。
[本発明1027]
本発明1001の(a)〜(g)の2つ以上に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含み、(a)〜(g)の2つ以上のそれぞれを異なる免疫細胞集団と接触させる、本発明1024の方法。
[本発明1028]
本発明1004〜1006のいずれかの1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質に対する免疫応答をインビトロで検出する工程をさらに含み、さらなる結核菌タンパク質のそれぞれを異なる免疫細胞集団と接触させる、本発明1024または1027の方法。
[本発明1029]
本発明1008〜1015のいずれかの断片の1つまたは複数を含む、対象において結核菌(M.tuberculosis)群感染を診断するためのキット。
[本発明1030]
免疫応答を検出するための手段をさらに備える、本発明1029のキット。
[本発明1031]
対象における結核菌群感染の治療または予防において使用するための、本発明1001の(a)〜(g)の1つまたは複数を含む、組成物。
[本発明1032]
本発明1001の(a)〜(g)の1つまたは複数を対象に投与する工程を含む、対象において結核菌群感染を治療または予防する方法。
Claims (32)
- (a)Rv0840c(SEQ ID NO:6)または1つもしくは複数のその断片;(b)TBFG_13463(SEQ ID NO:1)または1つもしくは複数のその断片;(c)Rv1677(SEQ ID NO:7)または1つもしくは複数のその断片;(d)Rv2654c(SEQ ID NO:3)または1つもしくは複数のその断片;(e)Rv3845(SEQ ID NO:4)または1つもしくは複数のその断片;(f)Rv1495(SEQ ID NO:5)または1つもしくは複数のその断片;および(g)Mtub2_17866(SEQ ID NO:2)または1つもしくは複数のその断片の1つまたは複数に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含む、対象において結核菌(Mycobacterium tuberculosis)(M.tuberculosis)群感染を診断するための方法。
- (i)Rv0840c(SEQ ID NO:6)または1つもしくは複数のその断片;(ii)TBFG_13463(SEQ ID NO:1)または1つもしくは複数のその断片;(iii)Rv1677(SEQ ID NO:7)または1つもしくは複数のその断片;(iv)Rv3845(SEQ ID NO:4)または1つもしくは複数のその断片;および(v)Rv2654c(SEQ ID NO:3)または1つもしくは複数のその断片の1つまたは複数に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含む、請求項1記載の方法。
- Rv0840c(SEQ ID NO:6)または1つもしくは複数のその断片に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含む、請求項1または2記載の方法。
- 1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質に対する免疫応答をインビトロで検出する工程をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- 1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質がRD1タンパク質を含む、請求項4記載の方法。
- RD1タンパク質がCFP-10またはESAT-6である、請求項5記載の方法。
- 断片の1つまたは複数のプールに対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含み、各プールが、TBFG_13463(SEQ ID NO:1)、Mtub2_17866(SEQ ID NO:2)、Rv2654c(SEQ ID NO:3)、Rv3845(SEQ ID NO:4)、Rv1495(SEQ ID NO:5)、Rv0840c(SEQ ID NO:6)、またはRv1677(SEQ ID NO:7)に由来する2つ以上の断片を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- プールの中の断片が、断片が由来するタンパク質の配列の少なくとも80%をカバーするタンパク質断片ライブラリーを形成する、請求項7記載の方法。
- プールの中の断片が、断片が由来するタンパク質の配列全体をカバーするタンパク質断片ライブラリーを形成する、請求項8記載の方法。
- 各プールが、配列が重複する断片を含む、請求項8または9記載の方法。
- 配列が11アミノ酸重複する、請求項10記載の方法。
- 前記1つもしくは複数の断片または2つ以上の断片が15アミノ酸長である、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- 断片の1つまたは複数が、断片が由来するタンパク質のT細胞エピトープまたはB細胞エピトープを含む、請求項7記載の方法。
- T細胞エピトープがCD4エピトープである、請求項13記載の方法。
- T細胞エピトープがCD8エピトープである、請求項13記載の方法。
- 免疫応答がインビトロ細胞性免疫応答である、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- 免疫応答がT細胞応答である、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- T細胞応答がサイトカイン分泌またはT細胞増殖である、請求項17記載の方法。
- サイトカイン分泌がインターフェロンガンマ(IFNγ)分泌である、請求項18記載の方法。
- 免疫応答がB細胞応答である、請求項1〜15のいずれか一項記載の方法。
- B細胞応答が抗体分泌またはB細胞増殖である、請求項20記載の方法。
- 免疫応答が、請求項1記載の(a)〜(g)の1つまたは複数に対する抗体の産生である、請求項1〜15のいずれか一項記載の方法。
- 酵素結合免疫スポットアッセイ(ELISPOT)を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- 患者から得られた免疫細胞集団を、請求項1記載の(a)〜(g)の1つまたは複数と接触させる工程を含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- 請求項1記載の(a)〜(g)の2つ以上に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含み、同じ免疫細胞集団を(a)〜(g)の2つ以上と接触させる、請求項24記載の方法。
- 免疫細胞集団を、請求項4〜6のいずれか一項記載の1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質とさらに接触させる、請求項24または25記載の方法。
- 請求項1記載の(a)〜(g)の2つ以上に対する免疫応答をインビトロで検出する工程を含み、(a)〜(g)の2つ以上のそれぞれを異なる免疫細胞集団と接触させる、請求項24記載の方法。
- 請求項4〜6のいずれか一項記載の1種または複数種のさらなる結核菌タンパク質に対する免疫応答をインビトロで検出する工程をさらに含み、さらなる結核菌タンパク質のそれぞれを異なる免疫細胞集団と接触させる、請求項24または27記載の方法。
- 請求項8〜15のいずれか一項記載の断片の1つまたは複数を含む、対象において結核菌(M.tuberculosis)群感染を診断するためのキット。
- 免疫応答を検出するための手段をさらに備える、請求項29記載のキット。
- 対象における結核菌群感染の治療または予防において使用するための、請求項1記載の(a)〜(g)の1つまたは複数を含む、組成物。
- 請求項1記載の(a)〜(g)の1つまたは複数を対象に投与する工程を含む、対象において結核菌群感染を治療または予防する方法。
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