JP2019531763A5 - - Google Patents
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Description
本明細書で使用される場合、用語「転写制御配列」とは、遺伝子の転写を増加させるか、または減少させる核酸配列を指す。「エンハンシング配列」は、遺伝子転写の可能性を増加させる。「サイレンシングまたは抑制配列」は、遺伝子転写の可能性を減少させる。エンハンサーおよびサイレンシング配列は、約５０〜３５００ｂｐの長さであり、最大で１Ｍｂ離れた遺伝子転写に影響し得る。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
部位特異的破壊剤であって、それが細胞内の内因性核形成ポリペプチドの結合と競合する十分な親和性で、前記細胞内の１つまたは複数の標的アンカー配列に特異的に結合し、前記細胞内の非標的アンカー配列に結合しないＤＮＡ結合部分を含む部位特異的破壊剤。
（項目２）
前記ＤＮＡ結合部分に付随するネガティブエフェクター部分をさらに含み、前記ＤＮＡ結合部分が前記１つまたは複数の標的アンカー配列に結合した場合、前記ネガティブエフェクター部分がそこに局在し、前記ネガティブエフェクター部分が、前記ネガティブエフェクター部分が存在しない場合と比較して存在する場合に、前記内因性核形成ポリペプチドの二量体化が減少することにより特徴付けられる、項目１に記載の部位特異的破壊剤。
（項目３）
前記ネガティブエフェクター部分が、前記内因性核形成ポリペプチドの二量体化ドメインのバリアント、またはその二量体化部分であるか、またはそれを含む、項目２に記載の部位特異的破壊剤。
（項目４）
前記ＤＮＡ結合部分がポリマーであるか、またはそれを含む、前記項目のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤。
（項目５）
前記ポリマーがポリアミドであるか、またはそれを含む、項目４に記載の部位特異的破壊剤。
（項目６）
前記ポリマーがオリゴヌクレオチドである、項目４に記載の部位特異的破壊剤。
（項目７）
前記オリゴヌクレオチドが前記標的アンカー配列の相補体を含む配列を有する、項目６に記載の部位特異的破壊剤。
（項目８）
前記オリゴヌクレオチドが化学的修飾を含む、項目６または７に記載の部位特異的破壊剤。
（項目９）
前記ポリマーがペプチド核酸である、項目４に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１０）
前記ＤＮＡ結合部分がペプチド核酸混合体であるか、またはそれを含む、項目４に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１１）
前記ＤＮＡ結合部分がペプチドまたはポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１２）
前記ポリペプチドが亜鉛フィンガーポリペプチドである、項目１１に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１３）
前記ポリペプチドが転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目１３に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１４）
前記ＤＮＡ結合部分が低分子であるか、またはそれを含む、項目１〜３のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１５）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、前記第１および／または第２のアンカー配列と、
項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤とを接触させるステップを含む、方法。
（項目１６）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目２に記載の方法。
（項目１７）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目１５〜１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１５〜１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の第１のアンカー配列の１０ｋｂ以内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目２４）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目２４に記載の方法。
（項目２７）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目２４〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目２８に記載の方法。
（項目３１）
第１のアンカー配列、第２のアンカー配列、および内部エンハンシング配列を含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を減少させる方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目３２）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部サイレンシングまたは抑制配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目３１または３２に記載の方法。
（項目３４）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を増加させる方法であって、前記第１および／または前記第２のアンカー配列が外部エンハンシング配列の１０ｋｂ以内に位置し、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目３５）
前記アンカー配列媒介接続が、内部エンハンシング配列をさらに含む、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記遺伝子が少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
（ａ）項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤を哺乳動物細胞に送達するステップ
を含む方法。
（項目３８）
前記哺乳動物細胞が体細胞である、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記哺乳動物細胞が一次細胞である、項目３７または３８に記載の方法。
（項目４０）
前記送達するステップがｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目３７〜３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
前記送達するステップの前に、対象から前記哺乳動物細胞を取り出すステップをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記送達するステップの後に、（ｂ）前記哺乳動物細胞を対象に投与するステップをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
前記送達するステップが、前記部位特異的破壊剤を含む組成物を対象に投与することを含む、項目３７〜３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記対象が疾患または状態を有する、項目４１または４２に記載の方法。
（項目４５）
前記送達するステップが細胞膜を横断する送達を含む、項目３７〜４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
（ｉ）部位特異的標的化部分と、
（ｉｉ）脱アミノ化剤と
を含む融合分子であって、前記部位特異的標的化部分が、前記融合分子を、標的アンカー配列に標的化するが、少なくとも１つの非標的アンカー配列には標的化しない、融合分子。
（項目４７）
前記標的アンカー配列がＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目４６に記載の融合分子。
（項目４８）
前記少なくとも１つの非標的アンカー配列もＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目４７に記載の融合分子。
（項目４９）
前記脱アミノ化剤がデアミナーゼである、項目４６〜４８のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５０）
前記部位特異的標的化部分が、Ｃａｓポリペプチドと部位特異的ガイドＲＮＡとを含む、項目４６〜４９のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５１）
前記Ｃａｓポリペプチドが酵素的に不活性である、項目５０に記載の融合分子。
（項目５２）
前記ＣａｓポリペプチドがＣａｓ９ポリペプチドである、項目５０または５１に記載の融合分子。
（項目５３）
前記脱アミノ化剤がオリゴヌクレオチドを含む、項目４６〜４８のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５４）
前記オリゴヌクレオチドが亜硫酸水素ナトリウムにコンジュゲートされている、項目５３に記載の融合分子。
（項目５５）
前記部位特異的標的化部分がポリマーである、項目４６〜４９のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５６）
前記ＤＮＡ結合部分がポリマーであるか、またはそれを含む、項目４６〜５５のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５７）
前記ポリマーがポリアミドであるか、またはそれを含む、項目５６に記載の融合分子。
（項目５８）
前記ポリマーがオリゴヌクレオチドである、項目５６に記載の融合分子。
（項目５９）
前記オリゴヌクレオチドが前記標的アンカー配列の相補体を含む配列を有する、項目５８に記載の融合分子。
（項目６０）
前記オリゴヌクレオチドが化学的修飾を含む、項目５８または５９に記載の融合分子。
（項目６１）
前記ポリマーがペプチド核酸である、項目５６に記載の融合分子。
（項目６２）
前記ＤＮＡ結合部分がペプチド核酸混合体であるか、またはそれを含む、項目４６に記載の融合分子。
（項目６３）
前記ＤＮＡ結合部分がペプチドまたはポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目５６に記載の融合分子。
（項目６４）
前記ポリペプチドが亜鉛フィンガーポリペプチドである、項目６３に記載の融合分子。
（項目６５）
前記ポリペプチドが転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目６３に記載の融合分子。
（項目６６）
前記ＤＮＡ結合部分が低分子であるか、またはそれを含む、項目４６〜４８のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目６７）
（ｉ）酵素的に不活性なＣａｓポリペプチドと、脱アミノ化剤とを含む融合ポリペプチド、または前記融合ポリペプチドをコードする核酸；および
（ｉｉ）前記融合ポリペプチドを、標的アンカー配列に標的化するが、少なくとも１つの非標的アンカー配列には標的化しないガイドＲＮＡ
を含む組成物。
（項目６８）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物とを接触させるステップを含む、方法。
（項目６９）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目６９に記載の方法。
（項目７２）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目６９〜７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目６９〜７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目７３に記載の方法。
（項目７６）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の第１のアンカー配列の１０ｋｂ以内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目７７）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目７７に記載の方法。
（項目８０）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、請求項７７〜７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目７６〜７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８２）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目８１に記載の方法。
（項目８４）
第１のアンカー配列、第２のアンカー配列、および内部エンハンシング配列を含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を減少させる方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目８５）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部サイレンシングまたは抑制配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目８４または８５に記載の方法。
（項目８７）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を増加させる方法であって、前記第１および／または前記第２のアンカー配列が外部エンハンシング配列の１０ｋｂ以内に位置し、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目８８）
前記アンカー配列媒介接続が、内部エンハンシング配列をさらに含む、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
前記遺伝子が少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
（ａ）項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物を哺乳動物細胞に送達するステップ
を含む方法。
（項目９１）
前記哺乳動物細胞が体細胞である、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記哺乳動物細胞が一次細胞である、項目９０または９１に記載の方法。
（項目９３）
前記送達するステップがｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目９０〜９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
前記送達するステップの前に、対象から前記哺乳動物細胞を取り出すステップをさらに含む、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
（ｂ）前記哺乳動物細胞を対象に投与するステップをさらに含む、項目９３または９４に記載の方法。
（項目９６）
前記送達するステップが、前記項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物を含む組成物を対象に投与することを含む、項目９０〜９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
前記送達するステップが細胞膜を横断する送達を含む、項目９０〜９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
（ａ）哺乳動物体細胞内のアンカー配列の１つまたは複数のヌクレオチドを置換する、付加する、または欠失させるステップ
を含む方法。
（項目９９）
前記哺乳動物体細胞が一次細胞である、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
前記置換する、付加する、または欠失させるステップが、ｉｎ ｖｉｖｏで実行される、項目９８に記載の方法。
（項目１０１）
前記置換する、付加する、または欠失させるステップが、ｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目９８に記載の方法。
（項目１０２）
前記哺乳動物体細胞が非胚細胞である、項目９８〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
前記アンカー配列がゲノムアンカー配列である、項目９８〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
哺乳動物体細胞を、疾患または状態を有する対象に送達するステップを含む方法であって、前記哺乳動物体細胞内のアンカー配列の１つまたは複数のヌクレオチドが置換されている、付加されている、または欠失している、方法。
（項目１０５）
（ａ）哺乳動物体細胞を対象に投与するステップ
を含み、前記哺乳動物体細胞が前記対象から得られたものであり、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物がｅｘ ｖｉｖｏで前記哺乳動物細胞に送達されたものである、方法。
（項目１０６）
前記対象が哺乳動物である、項目９４〜９６または１０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記対象が疾患または状態を有する、項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
（ｉ）部位特異的標的化部分および
（ｉｉ）エピジェネティック改変剤
を含む融合分子であって、前記部位特異的標的化部分が、前記融合分子を、標的アンカー配列に標的化するが、少なくとも１つの非標的アンカー配列には標的化しない、融合分子。
（項目１０９）
前記標的アンカー配列がＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目１０８に記載の融合分子。
（項目１１０）
前記少なくとも１つの非標的アンカー配列もＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目１０９に記載の融合分子。
（項目１１１）
前記エピジェネティック改変剤が、ＤＮＡメチラーゼ、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、およびその組合せからなる群から選択される、項目１０８〜１１０のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目１１２）
前記部位特異的標的化部分が、Ｃａｓポリペプチドと部位特異的ガイドＲＮＡとを含む、項目１０８〜１１１のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目１１３）
前記Ｃａｓポリペプチドが酵素的に不活性である、項目１１２に記載の融合分子。
（項目１１４）
前記ＣａｓポリペプチドがＣａｓ９ポリペプチドである、項目１１２または１１３に記載の融合分子。
（項目１１５）
前記部位特異的標的化部分がポリマーである、項目１０８〜１１１のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目１１６）
前記ポリマーがポリアミドであるか、またはそれを含む、項目１１５に記載の融合分子。
（項目１１７）
前記ポリマーがオリゴヌクレオチドである、項目１１５に記載の融合分子。
（項目１１８）
前記オリゴヌクレオチドが前記標的アンカー配列の相補体を含む配列を有する、項目１１６に記載の融合分子。
（項目１１９）
前記オリゴヌクレオチドが化学的修飾を含む、項目１１６に記載の融合分子。
（項目１２０）
前記ポリマーがペプチド核酸である、項目１１５に記載の融合分子。
（項目１２１）
前記部位特異的標的化部分がペプチド核酸混合体であるか、またはそれを含む、項目１０８に記載の融合分子。
（項目１２２）
前記部位特異的標的化結合部分がペプチドまたはポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目１１５に記載の融合分子。
（項目１２３）
前記ポリペプチドが亜鉛フィンガーポリペプチドである、項目１２２に記載の融合分子。
（項目１２４）
前記ポリペプチドが転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目１２２に記載の融合分子。
（項目１２５）
前記部位特異的結合部分が低分子であるか、またはそれを含む、項目１０８〜１１０のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目１２６）
アンカー配列を含む標的核酸と相補的な標的化ドメインを含む部位特異的ガイドＲＮＡ。
（項目１２７）
前記標的化ドメインが、前記アンカー配列を含む少なくとも１つの非標的核酸と相補的ではない、項目１２６に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ。
（項目１２８）
前記アンカー配列がＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目１２６または１２７に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ。
（項目１２９）
（ｉ）酵素的に不活性なＣａｓポリペプチドと、エピジェネティック改変剤とを含む融合ポリペプチド、または前記融合ポリペプチドをコードする核酸；および
（ｉｉ）前記融合ポリペプチドを、標的アンカー配列に標的化するが、少なくとも１つの非標的アンカー配列には標的化しないガイドＲＮＡ
を含む組成物。
（項目１３０）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１３１）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目１３０に記載の方法。
（項目１３２）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１３１に記載の方法。
（項目１３４）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目１３０〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３５）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１３０〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３６）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１３５に記載の方法。
（項目１３７）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１３５に記載の方法。
（項目１３８）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の第１のアンカー配列の１０ｋｂ以内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１３９）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目１３８記載の方法。
（項目１４０）
前記内部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１３９に記載の方法。
（項目１４１）
前記内部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１３９に記載の方法。
（項目１４２）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目１３９〜１４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４３）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１３８〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４４）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１４３に記載の方法。
（項目１４６）
第１のアンカー配列、第２のアンカー配列、および内部エンハンシング配列を含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を減少させる方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１４７）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部サイレンシングまたは抑制配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１４６に記載の方法。
（項目１４８）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目１４６または１４７に記載の方法。
（項目１４９）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を増加させる方法であって、前記第１および／または前記第２のアンカー配列が外部エンハンシング配列の１０ｋｂ以内に位置し、前記方法が、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１５０）
前記アンカー配列媒介接続が、内部エンハンシング配列をさらに含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
前記遺伝子が少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目１５０に記載の方法。
（項目１５２）
（ａ）項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物を哺乳動物細胞に送達するステップ
を含む方法。
（項目１５３）
前記哺乳動物細胞が体細胞である、項目１５２に記載の方法。
（項目１５４）
前記哺乳動物細胞が一次細胞である、項目１５２または１５３に記載の方法。
（項目１５５）
前記送達するステップがｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目１５２〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５６）
前記送達するステップの前に、対象から前記哺乳動物細胞を取り出すステップをさらに含む、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
前記送達するステップの後に、（ｂ）前記哺乳動物細胞を対象に投与するステップをさらに含む、項目１５５または１５６に記載の方法。
（項目１５８）
前記送達するステップが、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物を含む組成物を対象に投与することを含む、項目１５２〜１５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５９）
前記対象が疾患または状態を有する、項目１５６、１５７または１５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６０）
前記送達するステップが細胞膜を横断する送達を含む、項目１５２〜１５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６１）
操作された部位特異的核形成剤であって、
それが細胞内の内因性核形成ポリペプチドの結合と競合する十分な親和性で、前記細胞内の１つまたは複数の標的配列に特異的に結合し、前記細胞内の非標的配列には結合しない、操作されたＤＮＡ結合部分；および
前記操作されたＤＮＡ結合部分に付随する核形成ポリペプチド二量体化ドメイン
を含み、前記操作されたＤＮＡ結合部分が前記少なくとも１つの標的配列で結合する場合、核形成ポリペプチド二量体化ドメインがそこに局在し、それぞれの少なくとも１つの標的配列が標的アンカー配列であり、
前記核形成ポリペプチド二量体化ドメインが前記標的アンカー配列に局在する場合、前記核形成ポリペプチド二量体化ドメインと核形成ポリペプチドとの相互作用がアンカー配列媒介接続を生成するように、前記少なくとも１つまたは複数の標的アンカー配列が、前記核形成ポリペプチドが結合するアンカー配列に対して配置されている、
操作された部位特異的核形成剤。
（項目１６２）
前記標的アンカー配列がＣＴＣＦ結合モチーフを含まない、項目１に記載の操作された部位特異的核形成剤。
（項目１６３）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１６４）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目１６３に記載の方法。
（項目１６５）
前記内部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１６３に記載の方法。
（項目１６６）
前記内部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１６３に記載の方法。
（項目１６７）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、請求項１６３〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６８）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１６３〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６９）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１６８に記載の方法。
（項目１７０）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１６８に記載の方法。
（項目１７１）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の第１のアンカー配列の１０ｋｂ以内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１７２）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目１７１に記載の方法。
（項目１７３）
前記内部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１７２に記載の方法。
（項目１７４）
前記内部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１７２に記載の方法。
（項目１７５）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目１７１〜１７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７６）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１７１〜１７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７７）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１７６に記載の方法。
（項目１７８）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１７６に記載の方法。
（項目１７９）
第１のアンカー配列、第２のアンカー配列、および内部エンハンシング配列を含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を減少させる方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１８０）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部サイレンシングまたは抑制配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目１７９または１８０に記載の方法。
（項目１８２）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を増加させる方法であって、前記第１および／または前記第２のアンカー配列が外部エンハンシング配列の１０ｋｂ以内に位置し、前記方法が、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１８３）
前記アンカー配列媒介接続が、内部エンハンシング配列をさらに含む、項目１８２に記載の方法。
（項目１８４）
前記遺伝子が少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目１８３に記載の方法。
（項目１８５）
（ａ）項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤を哺乳動物細胞に送達するステップ
を含む方法。
（項目１８６）
前記哺乳動物細胞が体細胞である、項目１８５に記載の方法。
（項目１８７）
前記哺乳動物細胞が一次細胞である、項目１８６に記載の方法。
（項目１８８）
前記送達するステップがｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目１８５〜１８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８９）
前記送達するステップの前に、対象から前記哺乳動物細胞を取り出すステップをさらに含む、項目１８８に記載の方法。
（項目１９０）
前記送達するステップの後に、（ｂ）前記哺乳動物細胞を対象に投与するステップをさらに含む、項目１８８または１８９に記載の方法。
（項目１９１）
前記送達するステップが、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤を含む組成物を哺乳動物細胞に対象に投与することを含む、項目１８５〜１８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９２）
前記対象が疾患または状態を有する、項目１８９、１９０または１９１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９３）
前記送達するステップが細胞膜を横断する送達を含む、項目１８５〜１９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９４）
発現ユニット中の標的遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記標的遺伝子または前記遺伝子の転写に影響するその付随する転写制御配列、例えば、アンカー配列の外側の配列を標的にする、またはその一部ではない標的化部分を用いてアンカー配列媒介接続の形成を変化させることによって、前記標的遺伝子の発現をモジュレートすることを含む、方法。
（項目１９５）
核酸配列、例えば、発現ユニット中の標的遺伝子の転写をモジュレートする方法であって、
前記アンカー配列媒介接続の形成を変化させるために、前記標的遺伝子または前記標的遺伝子の転写に影響するその付随する転写制御配列と非連続的な配列を標的にする標的化部分を用いてアンカー配列媒介接続の形成を変化させることを含む、方法。
（項目１９６）
アンカー配列媒介接続のアンカー配列に結合し、前記アンカー配列媒介接続の形成を変化させる標的化部分を含む組成物であって、例えば、ヒト細胞中で、前記アンカー配列媒介接続に付随する標的遺伝子の転写をモジュレートする組成物を含む医薬調製物。
（項目１９７）
アンカー配列媒介接続のアンカー配列に結合し、前記アンカー配列媒介接続の形成を変化させる（例えば、前記アンカー配列の、接続核形成分子に対する親和性を、例えば、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれよりも大きく変化させる）標的化部分を含む組成物。
（項目１９８）
前記標的化部分が、
（ｉ）化学物質、例えば、シトシン（Ｃ）またはアデニン（Ａ）をモジュレートする化学物質（例えば、亜硫酸水素Ｎａ、亜硫酸水素アンモニウム）である、
（ｉｉ）酵素活性（メチルトランスフェラーゼ、デメチラーゼ、ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９）、デアミナーゼ）を有する、
（ｉｉｉ）前記アンカー配列媒介接続の形成を立体的に障害する、例えば、ｓｓＤＮＡオリゴ、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチドオリゴヌクレオチドコンジュゲート（例えば、核酸側鎖を有する膜透過移行ポリペプチド）、架橋核酸（ＢＮＡ）、ポリアミド、およびＤＮＡ結合分子を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドコンジュゲートである、エフェクター部分を含む、項目１９４〜１９７のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目１９９）
１つまたは複数の転写制御配列が、前記アンカー配列媒介接続、例えば、１型アンカー配列媒介接続の内部にある、項目１９４〜１９８のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目２００）
１つまたは複数の転写制御配列が、例えば、２型アンカー配列媒介接続を含む前記アンカー配列媒介接続の外部にある、項目１９４〜１９９のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目２０１）
１つまたは複数の転写制御配列が、例えば、エンハンシング配列の内部にあり、少なくとも部分的には、例えば、サイレンシング配列、前記アンカー配列媒介接続、例えば、３型アンカー配列媒介接続の外部にある、項目１９４〜２００のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目２０２）
１つまたは複数の転写制御配列が、例えば、エンハンシング配列の内部にあり、少なくとも部分的には、例えば、エンハンシング配列、前記アンカー配列媒介接続、例えば、４型アンカー配列媒介接続の外部にある、項目１９４〜２０１のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目２０３）
（ａ）標的化部分と、（ｂ）例えば、アンカー配列を含むＤＮＡ配列とを含む医薬組成物。
（項目２０４）
ＤＮＡに対して作用するドメイン、例えば、酵素ドメイン（例えば、ヌクレアーゼドメイン、例えば、Ｃａｓ９ドメイン、例えば、ｄＣａｓ９ドメイン；ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、デメチラーゼ、デアミナーゼ）を含むタンパク質を、前記タンパク質を標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化する少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチドとの組合せで含む組成物であって、ヒト細胞中で、前記標的アンカー配列媒介接続を変化させるのに有効である組成物。
（項目２０５）
アンカー配列媒介接続中のアンカー配列に結合して前記アンカー配列媒介接続のトポロジーを変化させる標的化部分、を含む組成物。
（項目２０６）
Ｃａｓまたは改変Ｃａｓタンパク質ドメインを含む第１のポリペプチドと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドとを含むタンパク質を、前記タンパク質を標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化する少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチドとの組合せで含む組成物であって、システムが、ヒト細胞中で、前記標的アンカー配列媒介接続を変化させるのに有効である、組成物。
（項目２０７）
Ｃａｓタンパク質と、前記Ｃａｓタンパク質を、標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化する少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）とを含む医薬組成物であって、前記Ｃａｓタンパク質が、前記標的アンカー配列に付随するアンカー配列媒介接続の形成を減少させる前記標的アンカー配列の突然変異を引き起こすのに有効である、医薬組成物。
（項目２０８）
（ａ）Ｃａｓまたは改変Ｃａｓタンパク質を含む第１のポリペプチドドメインと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドドメインとを含むタンパク質をコードする核酸；および
（ｂ）前記タンパク質を、標的細胞中の標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化するための少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチドを含むキット。
（項目２０９）
哺乳動物対象における［遺伝子発現を変化させる／アンカー配列媒介接続を変化させる］方法であって、前記対象に（別々に、または同じ医薬組成物中で）、
ａ）（ｉ）Ｃａｓもしくは改変Ｃａｓタンパク質を含む第１のポリペプチドドメインと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドドメインとを含むタンパク質または（ｉｉ）Ｃａｓタンパク質を含む第１のポリペプチドドメインと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドドメインとを含むタンパク質をコードする核酸、および
ｂ）アンカー配列媒介接続のアンカー配列を標的にする少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチド
を投与することを含む、方法。
（項目２１０）
アンカー配列媒介接続のトポロジー、例えば、ループを変化させて、核酸配列の転写をモジュレートすることを含み、
前記アンカー配列媒介接続の前記トポロジーの変化が、前記核酸配列の転写をモジュレートする、クロマチン構造、例えば、２次元構造を改変する方法。
（項目２１１）
核酸配列の転写をモジュレートするために、複数のアンカー配列媒介接続のトポロジー、例えば、複数のループを変化させることを含み、
前記トポロジーの変化が、前記核酸配列の転写をモジュレートする、クロマチン構造、例えば、２次元構造を改変する方法。
（項目２１２）
核酸配列の転写に影響する、アンカー配列媒介接続、例えば、ループを変化させることを含み、
前記アンカー配列媒介接続の変化が、前記核酸配列の転写をモジュレートする、核酸配列の転写をモジュレートする方法。
（項目２１３）
アンカー配列媒介接続の標的化された変更を含む、操作された細胞。
（項目２１４）
標的化された変更を有するアンカー配列媒介接続を含む、操作された核酸配列。
（項目２１５）
前記項目のいずれか一項に記載の操作された細胞または前記項目のいずれか一項に記載の操作された核酸配列を含む医薬組成物。
（項目２１６）
前記項目のいずれか一項に記載の操作された細胞を含む複数の細胞。
（項目２１７）
前記項目のいずれか一項に記載の操作された核酸配列を含むベクター。
（項目２１８）
標的化された変更をアンカー配列媒介接続に導入して、核酸配列の転写をモジュレートするための組成物であって、前記アンカー配列に結合する標的化部分を含む組成物。
（項目２１９）
前記アンカー配列媒介接続内のアンカー配列に対する選択された結合親和性を有する合成接続核形成分子を含む組成物。
（項目２２０）
複数のアンカー配列、遺伝子配列、および転写モディファイアー配列を含む合成核酸。
（項目２２１）
前記項目のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。
（項目２２２）
前記項目のいずれか一項に記載の核酸を含む細胞。
（項目２２３）
前記項目のいずれか一項に記載の核酸を含む医薬組成物。
（項目２２４）
前記項目のいずれか一項に記載の核酸を含む組成物を投与することによって遺伝子の発現をモジュレートする方法。
（項目２２５）
選択された結合親和性を有する接続核形成分子を調製する方法。
（項目２２６）
外因性接続核形成分子、前記接続核形成分子をコードする核酸、または配列標的化ポリペプチドと、接続核形成分子との融合物から選択される標的化部分であって、アンカー配列媒介接続を変化させる標的化部分を対象に投与することを含む、疾患または状態を処置する方法。
（項目２２７）
ＡＢＸ ｎ Ｃ（式中、Ａは、核酸側鎖を有する、疎水性アミノ酸またはアミド含有骨格、例えば、アミノエチル−グリシンから選択され；ＢおよびＣは、同じか、または異なっていてもよく、それぞれ独立に、アルギニン、アスパラギン、グルタミン、リシン、およびそれらのアナログから選択され；Ｘは、それぞれ独立に、疎水性アミノ酸であるか、またはＸは、それぞれ独立に、核酸側鎖を有する、アミド含有骨格、例えば、アミノエチル−グリシンであり；ｎは、１〜４の整数である）の少なくとも１つの配列をそれぞれ含む少なくとも１つのポリペプチドであって、
アンカー配列媒介接続内の核酸配列（例えば、アンカー配列媒介接続のアンカー配列、例えば、ＣＴＣＦ結合モチーフ、ＢＯＲＩＳ結合モチーフ、コヘシン結合モチーフ、ＵＳＦ１結合モチーフ、ＹＹ１結合モチーフ、ＴＡＴＡボックス、ＺＮＦ１４３結合モチーフなど）にハイブリダイズするポリペプチドをさらに含む、前記項目のいずれか一項に記載の組成物および方法。
（項目２２８）
標的遺伝子の発現を改変する方法であって、
前記標的遺伝子に付随するアンカー配列媒介接続を変化させること
を含み、前記変更が、前記標的遺伝子の転写をモジュレートする、方法。
（項目２２９）
標的遺伝子の発現を改変する方法であって、
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を、細胞、組織または対象に投与すること
を含む、方法。
（項目２３０）
核酸配列の転写をモジュレートする方法であって、
核酸配列の転写をモジュレートするアンカー配列媒介接続、例えば、ループを変化させるために、前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含み、前記アンカー配列媒介接続の変化が、前記核酸配列の転写をモジュレートする、方法。
（項目２３１）
標的遺伝子の発現を変化させる方法であって、ゲノムに、（ａ）標的化部分と、（ｂ）アンカー配列を含むＤＮＡ配列とを含む医薬組成物を投与することを含み、前記アンカー配列が、遺伝子発現因子（エンハンシング配列、サイレンシング／抑制配列）を、前記標的遺伝子と作動可能に連結させる接続の形成を促進する、方法。
（項目２３２）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を提供することを含む遺伝子発現をモジュレートする方法であって、例えば、前記標的化部分が、ＣｐＧ結合を阻害するエフェクター部分を含む、内因性エフェクターである、外因性エフェクターである、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストである、方法。
（項目２３３）
治療剤を送達する方法であって、
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を対象に投与することを含み、前記標的化部分が、前記治療剤であるエフェクター部分を含み、前記組成物が前記治療剤のみと比較して前記治療剤の細胞内送達を増加させ、前記組成物が遺伝子の転写をモジュレートする、方法。
（項目２３４）
細胞上の膜タンパク質をモジュレートする方法であって、
前記細胞と、前記項目のいずれか一項に記載の組成物とを接触させることを含み、前記組成物が、前記細胞を標的にし、前記膜タンパク質をモジュレートする、方法。
（項目２３５）
細胞と、前記項目のいずれか一項に記載の組成物とを接触させることを含み、前記組成物が前記細胞を標的にし、アポトーシスを誘導する、細胞死を誘導する方法。
（項目２３６）
治療剤のバイオアベイラビリティを増大させる方法であって、
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含み、前記治療剤が異種部分である、方法。
（項目２３７）
対象における疾患／障害／状態を処置する方法であって、
前記項目のいずれかに記載の組成物を投与することを含み、前記組成物が転写をモジュレートして前記疾患／障害／状態を処置する、方法。
（項目２３８）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含む、急性または慢性感染を処置する方法。
（項目２３９）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含む、がんを処置する方法。
（項目２４０）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含む、神経疾患または障害を処置する方法。
（項目２４１）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を提供することを含む免疫寛容を誘導する方法であって、例えば、前記異種部分が抗原である、方法。
（項目２４２）
Ｃａｓまたは改変Ｃａｓタンパク質を含む第１のポリペプチドドメインと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドドメインとを含むタンパク質を、前記タンパク質を標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化する少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチドとの組合せで含む、薬学的使用のためのシステムであって、ヒト細胞中で、前記標的アンカー配列媒介接続を変化させるのに有効であるシステム。
（項目２４３）
ヒト細胞中で、標的遺伝子の発現を変化させるためのシステムであって、
前記標的遺伝子に付随するアンカー配列と会合する標的化部分（例えば、ｇＲＮＡ、ＬＤＢ）、
任意選択で、前記標的化部分に作動可能に連結した異種部分（例えば、酵素、例えば、ヌクレアーゼまたは脱活性化されたヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９、ｄＣａｓ９）、メチラーゼ、デメチラーゼ、デアミナーゼ）を含み、前記アンカー配列によって媒介される接続をモジュレートし、前記標的遺伝子の発現を変化させるのに有効である、システム。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
部位特異的破壊剤であって、それが細胞内の内因性核形成ポリペプチドの結合と競合する十分な親和性で、前記細胞内の１つまたは複数の標的アンカー配列に特異的に結合し、前記細胞内の非標的アンカー配列に結合しないＤＮＡ結合部分を含む部位特異的破壊剤。
（項目２）
前記ＤＮＡ結合部分に付随するネガティブエフェクター部分をさらに含み、前記ＤＮＡ結合部分が前記１つまたは複数の標的アンカー配列に結合した場合、前記ネガティブエフェクター部分がそこに局在し、前記ネガティブエフェクター部分が、前記ネガティブエフェクター部分が存在しない場合と比較して存在する場合に、前記内因性核形成ポリペプチドの二量体化が減少することにより特徴付けられる、項目１に記載の部位特異的破壊剤。
（項目３）
前記ネガティブエフェクター部分が、前記内因性核形成ポリペプチドの二量体化ドメインのバリアント、またはその二量体化部分であるか、またはそれを含む、項目２に記載の部位特異的破壊剤。
（項目４）
前記ＤＮＡ結合部分がポリマーであるか、またはそれを含む、前記項目のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤。
（項目５）
前記ポリマーがポリアミドであるか、またはそれを含む、項目４に記載の部位特異的破壊剤。
（項目６）
前記ポリマーがオリゴヌクレオチドである、項目４に記載の部位特異的破壊剤。
（項目７）
前記オリゴヌクレオチドが前記標的アンカー配列の相補体を含む配列を有する、項目６に記載の部位特異的破壊剤。
（項目８）
前記オリゴヌクレオチドが化学的修飾を含む、項目６または７に記載の部位特異的破壊剤。
（項目９）
前記ポリマーがペプチド核酸である、項目４に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１０）
前記ＤＮＡ結合部分がペプチド核酸混合体であるか、またはそれを含む、項目４に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１１）
前記ＤＮＡ結合部分がペプチドまたはポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１２）
前記ポリペプチドが亜鉛フィンガーポリペプチドである、項目１１に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１３）
前記ポリペプチドが転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目１３に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１４）
前記ＤＮＡ結合部分が低分子であるか、またはそれを含む、項目１〜３のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤。
（項目１５）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、前記第１および／または第２のアンカー配列と、
項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤とを接触させるステップを含む、方法。
（項目１６）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目２に記載の方法。
（項目１７）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目１５〜１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１５〜１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目２０に記載の方法。
（項目２３）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の第１のアンカー配列の１０ｋｂ以内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目２４）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目２４に記載の方法。
（項目２７）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目２４〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目２８に記載の方法。
（項目３１）
第１のアンカー配列、第２のアンカー配列、および内部エンハンシング配列を含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を減少させる方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目３２）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部サイレンシングまたは抑制配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目３１または３２に記載の方法。
（項目３４）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を増加させる方法であって、前記第１および／または前記第２のアンカー配列が外部エンハンシング配列の１０ｋｂ以内に位置し、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目３５）
前記アンカー配列媒介接続が、内部エンハンシング配列をさらに含む、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記遺伝子が少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
（ａ）項目１〜１４のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤を哺乳動物細胞に送達するステップ
を含む方法。
（項目３８）
前記哺乳動物細胞が体細胞である、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記哺乳動物細胞が一次細胞である、項目３７または３８に記載の方法。
（項目４０）
前記送達するステップがｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目３７〜３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
前記送達するステップの前に、対象から前記哺乳動物細胞を取り出すステップをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記送達するステップの後に、（ｂ）前記哺乳動物細胞を対象に投与するステップをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
前記送達するステップが、前記部位特異的破壊剤を含む組成物を対象に投与することを含む、項目３７〜３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記対象が疾患または状態を有する、項目４１または４２に記載の方法。
（項目４５）
前記送達するステップが細胞膜を横断する送達を含む、項目３７〜４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
（ｉ）部位特異的標的化部分と、
（ｉｉ）脱アミノ化剤と
を含む融合分子であって、前記部位特異的標的化部分が、前記融合分子を、標的アンカー配列に標的化するが、少なくとも１つの非標的アンカー配列には標的化しない、融合分子。
（項目４７）
前記標的アンカー配列がＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目４６に記載の融合分子。
（項目４８）
前記少なくとも１つの非標的アンカー配列もＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目４７に記載の融合分子。
（項目４９）
前記脱アミノ化剤がデアミナーゼである、項目４６〜４８のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５０）
前記部位特異的標的化部分が、Ｃａｓポリペプチドと部位特異的ガイドＲＮＡとを含む、項目４６〜４９のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５１）
前記Ｃａｓポリペプチドが酵素的に不活性である、項目５０に記載の融合分子。
（項目５２）
前記ＣａｓポリペプチドがＣａｓ９ポリペプチドである、項目５０または５１に記載の融合分子。
（項目５３）
前記脱アミノ化剤がオリゴヌクレオチドを含む、項目４６〜４８のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５４）
前記オリゴヌクレオチドが亜硫酸水素ナトリウムにコンジュゲートされている、項目５３に記載の融合分子。
（項目５５）
前記部位特異的標的化部分がポリマーである、項目４６〜４９のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５６）
前記ＤＮＡ結合部分がポリマーであるか、またはそれを含む、項目４６〜５５のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目５７）
前記ポリマーがポリアミドであるか、またはそれを含む、項目５６に記載の融合分子。
（項目５８）
前記ポリマーがオリゴヌクレオチドである、項目５６に記載の融合分子。
（項目５９）
前記オリゴヌクレオチドが前記標的アンカー配列の相補体を含む配列を有する、項目５８に記載の融合分子。
（項目６０）
前記オリゴヌクレオチドが化学的修飾を含む、項目５８または５９に記載の融合分子。
（項目６１）
前記ポリマーがペプチド核酸である、項目５６に記載の融合分子。
（項目６２）
前記ＤＮＡ結合部分がペプチド核酸混合体であるか、またはそれを含む、項目４６に記載の融合分子。
（項目６３）
前記ＤＮＡ結合部分がペプチドまたはポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目５６に記載の融合分子。
（項目６４）
前記ポリペプチドが亜鉛フィンガーポリペプチドである、項目６３に記載の融合分子。
（項目６５）
前記ポリペプチドが転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目６３に記載の融合分子。
（項目６６）
前記ＤＮＡ結合部分が低分子であるか、またはそれを含む、項目４６〜４８のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目６７）
（ｉ）酵素的に不活性なＣａｓポリペプチドと、脱アミノ化剤とを含む融合ポリペプチド、または前記融合ポリペプチドをコードする核酸；および
（ｉｉ）前記融合ポリペプチドを、標的アンカー配列に標的化するが、少なくとも１つの非標的アンカー配列には標的化しないガイドＲＮＡ
を含む組成物。
（項目６８）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物とを接触させるステップを含む、方法。
（項目６９）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目６９に記載の方法。
（項目７２）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目６９〜７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目６９〜７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目７３に記載の方法。
（項目７６）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の第１のアンカー配列の１０ｋｂ以内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目７７）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目７７に記載の方法。
（項目８０）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、請求項７７〜７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目７６〜７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８２）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目８１に記載の方法。
（項目８４）
第１のアンカー配列、第２のアンカー配列、および内部エンハンシング配列を含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を減少させる方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目８５）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部サイレンシングまたは抑制配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目８４または８５に記載の方法。
（項目８７）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を増加させる方法であって、前記第１および／または前記第２のアンカー配列が外部エンハンシング配列の１０ｋｂ以内に位置し、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目８８）
前記アンカー配列媒介接続が、内部エンハンシング配列をさらに含む、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
前記遺伝子が少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
（ａ）項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物を哺乳動物細胞に送達するステップ
を含む方法。
（項目９１）
前記哺乳動物細胞が体細胞である、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記哺乳動物細胞が一次細胞である、項目９０または９１に記載の方法。
（項目９３）
前記送達するステップがｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目９０〜９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
前記送達するステップの前に、対象から前記哺乳動物細胞を取り出すステップをさらに含む、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
（ｂ）前記哺乳動物細胞を対象に投与するステップをさらに含む、項目９３または９４に記載の方法。
（項目９６）
前記送達するステップが、前記項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物を含む組成物を対象に投与することを含む、項目９０〜９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
前記送達するステップが細胞膜を横断する送達を含む、項目９０〜９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
（ａ）哺乳動物体細胞内のアンカー配列の１つまたは複数のヌクレオチドを置換する、付加する、または欠失させるステップ
を含む方法。
（項目９９）
前記哺乳動物体細胞が一次細胞である、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
前記置換する、付加する、または欠失させるステップが、ｉｎ ｖｉｖｏで実行される、項目９８に記載の方法。
（項目１０１）
前記置換する、付加する、または欠失させるステップが、ｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目９８に記載の方法。
（項目１０２）
前記哺乳動物体細胞が非胚細胞である、項目９８〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
前記アンカー配列がゲノムアンカー配列である、項目９８〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
哺乳動物体細胞を、疾患または状態を有する対象に送達するステップを含む方法であって、前記哺乳動物体細胞内のアンカー配列の１つまたは複数のヌクレオチドが置換されている、付加されている、または欠失している、方法。
（項目１０５）
（ａ）哺乳動物体細胞を対象に投与するステップ
を含み、前記哺乳動物体細胞が前記対象から得られたものであり、項目４６〜６６のいずれか一項に記載の融合分子または項目６７に記載の組成物がｅｘ ｖｉｖｏで前記哺乳動物細胞に送達されたものである、方法。
（項目１０６）
前記対象が哺乳動物である、項目９４〜９６または１０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記対象が疾患または状態を有する、項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
（ｉ）部位特異的標的化部分および
（ｉｉ）エピジェネティック改変剤
を含む融合分子であって、前記部位特異的標的化部分が、前記融合分子を、標的アンカー配列に標的化するが、少なくとも１つの非標的アンカー配列には標的化しない、融合分子。
（項目１０９）
前記標的アンカー配列がＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目１０８に記載の融合分子。
（項目１１０）
前記少なくとも１つの非標的アンカー配列もＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目１０９に記載の融合分子。
（項目１１１）
前記エピジェネティック改変剤が、ＤＮＡメチラーゼ、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、およびその組合せからなる群から選択される、項目１０８〜１１０のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目１１２）
前記部位特異的標的化部分が、Ｃａｓポリペプチドと部位特異的ガイドＲＮＡとを含む、項目１０８〜１１１のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目１１３）
前記Ｃａｓポリペプチドが酵素的に不活性である、項目１１２に記載の融合分子。
（項目１１４）
前記ＣａｓポリペプチドがＣａｓ９ポリペプチドである、項目１１２または１１３に記載の融合分子。
（項目１１５）
前記部位特異的標的化部分がポリマーである、項目１０８〜１１１のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目１１６）
前記ポリマーがポリアミドであるか、またはそれを含む、項目１１５に記載の融合分子。
（項目１１７）
前記ポリマーがオリゴヌクレオチドである、項目１１５に記載の融合分子。
（項目１１８）
前記オリゴヌクレオチドが前記標的アンカー配列の相補体を含む配列を有する、項目１１６に記載の融合分子。
（項目１１９）
前記オリゴヌクレオチドが化学的修飾を含む、項目１１６に記載の融合分子。
（項目１２０）
前記ポリマーがペプチド核酸である、項目１１５に記載の融合分子。
（項目１２１）
前記部位特異的標的化部分がペプチド核酸混合体であるか、またはそれを含む、項目１０８に記載の融合分子。
（項目１２２）
前記部位特異的標的化結合部分がペプチドまたはポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目１１５に記載の融合分子。
（項目１２３）
前記ポリペプチドが亜鉛フィンガーポリペプチドである、項目１２２に記載の融合分子。
（項目１２４）
前記ポリペプチドが転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチドであるか、またはそれを含む、項目１２２に記載の融合分子。
（項目１２５）
前記部位特異的結合部分が低分子であるか、またはそれを含む、項目１０８〜１１０のいずれか一項に記載の融合分子。
（項目１２６）
アンカー配列を含む標的核酸と相補的な標的化ドメインを含む部位特異的ガイドＲＮＡ。
（項目１２７）
前記標的化ドメインが、前記アンカー配列を含む少なくとも１つの非標的核酸と相補的ではない、項目１２６に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ。
（項目１２８）
前記アンカー配列がＣＴＣＦ結合モチーフを含む、項目１２６または１２７に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ。
（項目１２９）
（ｉ）酵素的に不活性なＣａｓポリペプチドと、エピジェネティック改変剤とを含む融合ポリペプチド、または前記融合ポリペプチドをコードする核酸；および
（ｉｉ）前記融合ポリペプチドを、標的アンカー配列に標的化するが、少なくとも１つの非標的アンカー配列には標的化しないガイドＲＮＡ
を含む組成物。
（項目１３０）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１３１）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目１３０に記載の方法。
（項目１３２）
前記転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１３１に記載の方法。
（項目１３４）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目１３０〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３５）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１３０〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３６）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１３５に記載の方法。
（項目１３７）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１３５に記載の方法。
（項目１３８）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の第１のアンカー配列の１０ｋｂ以内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１３９）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目１３８記載の方法。
（項目１４０）
前記内部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１３９に記載の方法。
（項目１４１）
前記内部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１３９に記載の方法。
（項目１４２）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目１３９〜１４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４３）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１３８〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４４）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１４３に記載の方法。
（項目１４６）
第１のアンカー配列、第２のアンカー配列、および内部エンハンシング配列を含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を減少させる方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１４７）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部サイレンシングまたは抑制配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１４６に記載の方法。
（項目１４８）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目１４６または１４７に記載の方法。
（項目１４９）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を増加させる方法であって、前記第１および／または前記第２のアンカー配列が外部エンハンシング配列の１０ｋｂ以内に位置し、前記方法が、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１５０）
前記アンカー配列媒介接続が、内部エンハンシング配列をさらに含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
前記遺伝子が少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目１５０に記載の方法。
（項目１５２）
（ａ）項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物を哺乳動物細胞に送達するステップ
を含む方法。
（項目１５３）
前記哺乳動物細胞が体細胞である、項目１５２に記載の方法。
（項目１５４）
前記哺乳動物細胞が一次細胞である、項目１５２または１５３に記載の方法。
（項目１５５）
前記送達するステップがｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目１５２〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５６）
前記送達するステップの前に、対象から前記哺乳動物細胞を取り出すステップをさらに含む、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
前記送達するステップの後に、（ｂ）前記哺乳動物細胞を対象に投与するステップをさらに含む、項目１５５または１５６に記載の方法。
（項目１５８）
前記送達するステップが、項目１０８〜１２５のいずれか一項に記載の融合分子、項目１２６〜１２８のいずれか一項に記載の部位特異的ガイドＲＮＡ、または項目１２９に記載の組成物を含む組成物を対象に投与することを含む、項目１５２〜１５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５９）
前記対象が疾患または状態を有する、項目１５６、１５７または１５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６０）
前記送達するステップが細胞膜を横断する送達を含む、項目１５２〜１５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６１）
操作された部位特異的核形成剤であって、
それが細胞内の内因性核形成ポリペプチドの結合と競合する十分な親和性で、前記細胞内の１つまたは複数の標的配列に特異的に結合し、前記細胞内の非標的配列には結合しない、操作されたＤＮＡ結合部分；および
前記操作されたＤＮＡ結合部分に付随する核形成ポリペプチド二量体化ドメイン
を含み、前記操作されたＤＮＡ結合部分が前記少なくとも１つの標的配列で結合する場合、核形成ポリペプチド二量体化ドメインがそこに局在し、それぞれの少なくとも１つの標的配列が標的アンカー配列であり、
前記核形成ポリペプチド二量体化ドメインが前記標的アンカー配列に局在する場合、前記核形成ポリペプチド二量体化ドメインと核形成ポリペプチドとの相互作用がアンカー配列媒介接続を生成するように、前記少なくとも１つまたは複数の標的アンカー配列が、前記核形成ポリペプチドが結合するアンカー配列に対して配置されている、
操作された部位特異的核形成剤。
（項目１６２）
前記標的アンカー配列がＣＴＣＦ結合モチーフを含まない、項目１に記載の操作された部位特異的核形成剤。
（項目１６３）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１６４）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目１６３に記載の方法。
（項目１６５）
前記内部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１６３に記載の方法。
（項目１６６）
前記内部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１６３に記載の方法。
（項目１６７）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、請求項１６３〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６８）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１６３〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６９）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１６８に記載の方法。
（項目１７０）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１６８に記載の方法。
（項目１７１）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の第１のアンカー配列の１０ｋｂ以内の遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１７２）
前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列を含む、項目１７１に記載の方法。
（項目１７３）
前記内部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１７２に記載の方法。
（項目１７４）
前記内部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１７２に記載の方法。
（項目１７５）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、項目１７１〜１７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７６）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１７１〜１７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７７）
前記外部転写制御配列がエンハンシング配列である、項目１７６に記載の方法。
（項目１７８）
前記外部転写制御配列がサイレンシングまたは抑制配列である、項目１７６に記載の方法。
（項目１７９）
第１のアンカー配列、第２のアンカー配列、および内部エンハンシング配列を含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を減少させる方法であって、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１８０）
前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部サイレンシングまたは抑制配列の５００ｋｂ以内に位置する、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目１７９または１８０に記載の方法。
（項目１８２）
第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の遺伝子の発現を増加させる方法であって、前記第１および／または前記第２のアンカー配列が外部エンハンシング配列の１０ｋｂ以内に位置し、前記方法が、
前記第１および／または第２のアンカー配列と、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤とを接触させるステップ
を含む、方法。
（項目１８３）
前記アンカー配列媒介接続が、内部エンハンシング配列をさらに含む、項目１８２に記載の方法。
（項目１８４）
前記遺伝子が少なくとも３００塩基対だけ前記内部エンハンシング配列から離れている、項目１８３に記載の方法。
（項目１８５）
（ａ）項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤を哺乳動物細胞に送達するステップ
を含む方法。
（項目１８６）
前記哺乳動物細胞が体細胞である、項目１８５に記載の方法。
（項目１８７）
前記哺乳動物細胞が一次細胞である、項目１８６に記載の方法。
（項目１８８）
前記送達するステップがｅｘ ｖｉｖｏで実行される、項目１８５〜１８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８９）
前記送達するステップの前に、対象から前記哺乳動物細胞を取り出すステップをさらに含む、項目１８８に記載の方法。
（項目１９０）
前記送達するステップの後に、（ｂ）前記哺乳動物細胞を対象に投与するステップをさらに含む、項目１８８または１８９に記載の方法。
（項目１９１）
前記送達するステップが、項目１６１または１６２に記載の操作された部位特異的核形成剤を含む組成物を哺乳動物細胞に対象に投与することを含む、項目１８５〜１８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９２）
前記対象が疾患または状態を有する、項目１８９、１９０または１９１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９３）
前記送達するステップが細胞膜を横断する送達を含む、項目１８５〜１９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９４）
発現ユニット中の標的遺伝子の発現をモジュレートする方法であって、
前記標的遺伝子または前記遺伝子の転写に影響するその付随する転写制御配列、例えば、アンカー配列の外側の配列を標的にする、またはその一部ではない標的化部分を用いてアンカー配列媒介接続の形成を変化させることによって、前記標的遺伝子の発現をモジュレートすることを含む、方法。
（項目１９５）
核酸配列、例えば、発現ユニット中の標的遺伝子の転写をモジュレートする方法であって、
前記アンカー配列媒介接続の形成を変化させるために、前記標的遺伝子または前記標的遺伝子の転写に影響するその付随する転写制御配列と非連続的な配列を標的にする標的化部分を用いてアンカー配列媒介接続の形成を変化させることを含む、方法。
（項目１９６）
アンカー配列媒介接続のアンカー配列に結合し、前記アンカー配列媒介接続の形成を変化させる標的化部分を含む組成物であって、例えば、ヒト細胞中で、前記アンカー配列媒介接続に付随する標的遺伝子の転写をモジュレートする組成物を含む医薬調製物。
（項目１９７）
アンカー配列媒介接続のアンカー配列に結合し、前記アンカー配列媒介接続の形成を変化させる（例えば、前記アンカー配列の、接続核形成分子に対する親和性を、例えば、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれよりも大きく変化させる）標的化部分を含む組成物。
（項目１９８）
前記標的化部分が、
（ｉ）化学物質、例えば、シトシン（Ｃ）またはアデニン（Ａ）をモジュレートする化学物質（例えば、亜硫酸水素Ｎａ、亜硫酸水素アンモニウム）である、
（ｉｉ）酵素活性（メチルトランスフェラーゼ、デメチラーゼ、ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９）、デアミナーゼ）を有する、
（ｉｉｉ）前記アンカー配列媒介接続の形成を立体的に障害する、例えば、ｓｓＤＮＡオリゴ、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチドオリゴヌクレオチドコンジュゲート（例えば、核酸側鎖を有する膜透過移行ポリペプチド）、架橋核酸（ＢＮＡ）、ポリアミド、およびＤＮＡ結合分子を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドコンジュゲートである、エフェクター部分を含む、項目１９４〜１９７のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目１９９）
１つまたは複数の転写制御配列が、前記アンカー配列媒介接続、例えば、１型アンカー配列媒介接続の内部にある、項目１９４〜１９８のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目２００）
１つまたは複数の転写制御配列が、例えば、２型アンカー配列媒介接続を含む前記アンカー配列媒介接続の外部にある、項目１９４〜１９９のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目２０１）
１つまたは複数の転写制御配列が、例えば、エンハンシング配列の内部にあり、少なくとも部分的には、例えば、サイレンシング配列、前記アンカー配列媒介接続、例えば、３型アンカー配列媒介接続の外部にある、項目１９４〜２００のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目２０２）
１つまたは複数の転写制御配列が、例えば、エンハンシング配列の内部にあり、少なくとも部分的には、例えば、エンハンシング配列、前記アンカー配列媒介接続、例えば、４型アンカー配列媒介接続の外部にある、項目１９４〜２０１のいずれか一項に記載の方法または組成物。
（項目２０３）
（ａ）標的化部分と、（ｂ）例えば、アンカー配列を含むＤＮＡ配列とを含む医薬組成物。
（項目２０４）
ＤＮＡに対して作用するドメイン、例えば、酵素ドメイン（例えば、ヌクレアーゼドメイン、例えば、Ｃａｓ９ドメイン、例えば、ｄＣａｓ９ドメイン；ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ、デメチラーゼ、デアミナーゼ）を含むタンパク質を、前記タンパク質を標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化する少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチドとの組合せで含む組成物であって、ヒト細胞中で、前記標的アンカー配列媒介接続を変化させるのに有効である組成物。
（項目２０５）
アンカー配列媒介接続中のアンカー配列に結合して前記アンカー配列媒介接続のトポロジーを変化させる標的化部分、を含む組成物。
（項目２０６）
Ｃａｓまたは改変Ｃａｓタンパク質ドメインを含む第１のポリペプチドと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドとを含むタンパク質を、前記タンパク質を標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化する少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチドとの組合せで含む組成物であって、システムが、ヒト細胞中で、前記標的アンカー配列媒介接続を変化させるのに有効である、組成物。
（項目２０７）
Ｃａｓタンパク質と、前記Ｃａｓタンパク質を、標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化する少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）とを含む医薬組成物であって、前記Ｃａｓタンパク質が、前記標的アンカー配列に付随するアンカー配列媒介接続の形成を減少させる前記標的アンカー配列の突然変異を引き起こすのに有効である、医薬組成物。
（項目２０８）
（ａ）Ｃａｓまたは改変Ｃａｓタンパク質を含む第１のポリペプチドドメインと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドドメインとを含むタンパク質をコードする核酸；および
（ｂ）前記タンパク質を、標的細胞中の標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化するための少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチドを含むキット。
（項目２０９）
哺乳動物対象における［遺伝子発現を変化させる／アンカー配列媒介接続を変化させる］方法であって、前記対象に（別々に、または同じ医薬組成物中で）、
ａ）（ｉ）Ｃａｓもしくは改変Ｃａｓタンパク質を含む第１のポリペプチドドメインと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドドメインとを含むタンパク質または（ｉｉ）Ｃａｓタンパク質を含む第１のポリペプチドドメインと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドドメインとを含むタンパク質をコードする核酸、および
ｂ）アンカー配列媒介接続のアンカー配列を標的にする少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチド
を投与することを含む、方法。
（項目２１０）
アンカー配列媒介接続のトポロジー、例えば、ループを変化させて、核酸配列の転写をモジュレートすることを含み、
前記アンカー配列媒介接続の前記トポロジーの変化が、前記核酸配列の転写をモジュレートする、クロマチン構造、例えば、２次元構造を改変する方法。
（項目２１１）
核酸配列の転写をモジュレートするために、複数のアンカー配列媒介接続のトポロジー、例えば、複数のループを変化させることを含み、
前記トポロジーの変化が、前記核酸配列の転写をモジュレートする、クロマチン構造、例えば、２次元構造を改変する方法。
（項目２１２）
核酸配列の転写に影響する、アンカー配列媒介接続、例えば、ループを変化させることを含み、
前記アンカー配列媒介接続の変化が、前記核酸配列の転写をモジュレートする、核酸配列の転写をモジュレートする方法。
（項目２１３）
アンカー配列媒介接続の標的化された変更を含む、操作された細胞。
（項目２１４）
標的化された変更を有するアンカー配列媒介接続を含む、操作された核酸配列。
（項目２１５）
前記項目のいずれか一項に記載の操作された細胞または前記項目のいずれか一項に記載の操作された核酸配列を含む医薬組成物。
（項目２１６）
前記項目のいずれか一項に記載の操作された細胞を含む複数の細胞。
（項目２１７）
前記項目のいずれか一項に記載の操作された核酸配列を含むベクター。
（項目２１８）
標的化された変更をアンカー配列媒介接続に導入して、核酸配列の転写をモジュレートするための組成物であって、前記アンカー配列に結合する標的化部分を含む組成物。
（項目２１９）
前記アンカー配列媒介接続内のアンカー配列に対する選択された結合親和性を有する合成接続核形成分子を含む組成物。
（項目２２０）
複数のアンカー配列、遺伝子配列、および転写モディファイアー配列を含む合成核酸。
（項目２２１）
前記項目のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。
（項目２２２）
前記項目のいずれか一項に記載の核酸を含む細胞。
（項目２２３）
前記項目のいずれか一項に記載の核酸を含む医薬組成物。
（項目２２４）
前記項目のいずれか一項に記載の核酸を含む組成物を投与することによって遺伝子の発現をモジュレートする方法。
（項目２２５）
選択された結合親和性を有する接続核形成分子を調製する方法。
（項目２２６）
外因性接続核形成分子、前記接続核形成分子をコードする核酸、または配列標的化ポリペプチドと、接続核形成分子との融合物から選択される標的化部分であって、アンカー配列媒介接続を変化させる標的化部分を対象に投与することを含む、疾患または状態を処置する方法。
（項目２２７）
ＡＢＸ ｎ Ｃ（式中、Ａは、核酸側鎖を有する、疎水性アミノ酸またはアミド含有骨格、例えば、アミノエチル−グリシンから選択され；ＢおよびＣは、同じか、または異なっていてもよく、それぞれ独立に、アルギニン、アスパラギン、グルタミン、リシン、およびそれらのアナログから選択され；Ｘは、それぞれ独立に、疎水性アミノ酸であるか、またはＸは、それぞれ独立に、核酸側鎖を有する、アミド含有骨格、例えば、アミノエチル−グリシンであり；ｎは、１〜４の整数である）の少なくとも１つの配列をそれぞれ含む少なくとも１つのポリペプチドであって、
アンカー配列媒介接続内の核酸配列（例えば、アンカー配列媒介接続のアンカー配列、例えば、ＣＴＣＦ結合モチーフ、ＢＯＲＩＳ結合モチーフ、コヘシン結合モチーフ、ＵＳＦ１結合モチーフ、ＹＹ１結合モチーフ、ＴＡＴＡボックス、ＺＮＦ１４３結合モチーフなど）にハイブリダイズするポリペプチドをさらに含む、前記項目のいずれか一項に記載の組成物および方法。
（項目２２８）
標的遺伝子の発現を改変する方法であって、
前記標的遺伝子に付随するアンカー配列媒介接続を変化させること
を含み、前記変更が、前記標的遺伝子の転写をモジュレートする、方法。
（項目２２９）
標的遺伝子の発現を改変する方法であって、
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を、細胞、組織または対象に投与すること
を含む、方法。
（項目２３０）
核酸配列の転写をモジュレートする方法であって、
核酸配列の転写をモジュレートするアンカー配列媒介接続、例えば、ループを変化させるために、前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含み、前記アンカー配列媒介接続の変化が、前記核酸配列の転写をモジュレートする、方法。
（項目２３１）
標的遺伝子の発現を変化させる方法であって、ゲノムに、（ａ）標的化部分と、（ｂ）アンカー配列を含むＤＮＡ配列とを含む医薬組成物を投与することを含み、前記アンカー配列が、遺伝子発現因子（エンハンシング配列、サイレンシング／抑制配列）を、前記標的遺伝子と作動可能に連結させる接続の形成を促進する、方法。
（項目２３２）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を提供することを含む遺伝子発現をモジュレートする方法であって、例えば、前記標的化部分が、ＣｐＧ結合を阻害するエフェクター部分を含む、内因性エフェクターである、外因性エフェクターである、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストである、方法。
（項目２３３）
治療剤を送達する方法であって、
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を対象に投与することを含み、前記標的化部分が、前記治療剤であるエフェクター部分を含み、前記組成物が前記治療剤のみと比較して前記治療剤の細胞内送達を増加させ、前記組成物が遺伝子の転写をモジュレートする、方法。
（項目２３４）
細胞上の膜タンパク質をモジュレートする方法であって、
前記細胞と、前記項目のいずれか一項に記載の組成物とを接触させることを含み、前記組成物が、前記細胞を標的にし、前記膜タンパク質をモジュレートする、方法。
（項目２３５）
細胞と、前記項目のいずれか一項に記載の組成物とを接触させることを含み、前記組成物が前記細胞を標的にし、アポトーシスを誘導する、細胞死を誘導する方法。
（項目２３６）
治療剤のバイオアベイラビリティを増大させる方法であって、
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含み、前記治療剤が異種部分である、方法。
（項目２３７）
対象における疾患／障害／状態を処置する方法であって、
前記項目のいずれかに記載の組成物を投与することを含み、前記組成物が転写をモジュレートして前記疾患／障害／状態を処置する、方法。
（項目２３８）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含む、急性または慢性感染を処置する方法。
（項目２３９）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含む、がんを処置する方法。
（項目２４０）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含む、神経疾患または障害を処置する方法。
（項目２４１）
前記項目のいずれか一項に記載の組成物を提供することを含む免疫寛容を誘導する方法であって、例えば、前記異種部分が抗原である、方法。
（項目２４２）
Ｃａｓまたは改変Ｃａｓタンパク質を含む第１のポリペプチドドメインと、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を有する［または脱メチル化もしくはデアミナーゼ活性を伴う］ポリペプチドを含む第２のポリペプチドドメインとを含むタンパク質を、前記タンパク質を標的アンカー配列媒介接続のアンカー配列に標的化する少なくとも１つのガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）またはアンチセンスＤＮＡオリゴヌクレオチドとの組合せで含む、薬学的使用のためのシステムであって、ヒト細胞中で、前記標的アンカー配列媒介接続を変化させるのに有効であるシステム。
（項目２４３）
ヒト細胞中で、標的遺伝子の発現を変化させるためのシステムであって、
前記標的遺伝子に付随するアンカー配列と会合する標的化部分（例えば、ｇＲＮＡ、ＬＤＢ）、
任意選択で、前記標的化部分に作動可能に連結した異種部分（例えば、酵素、例えば、ヌクレアーゼまたは脱活性化されたヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９、ｄＣａｓ９）、メチラーゼ、デメチラーゼ、デアミナーゼ）を含み、前記アンカー配列によって媒介される接続をモジュレートし、前記標的遺伝子の発現を変化させるのに有効である、システム。
Claims (23)
- 部位特異的破壊剤であって、それが細胞内の内因性核形成ポリペプチドの結合と競合する十分な親和性で、前記細胞内の１つまたは複数の標的アンカー配列に特異的に結合し、前記細胞内の非標的アンカー配列に結合しないＤＮＡ結合部分を含む部位特異的破壊剤。
- 前記ＤＮＡ結合部分に付随するネガティブエフェクター部分をさらに含み、前記ＤＮＡ結合部分が前記１つまたは複数の標的アンカー配列に結合した場合、前記ネガティブエフェクター部分がそこに局在し、前記ネガティブエフェクター部分が、前記ネガティブエフェクター部分が存在しない場合と比較して存在する場合に、前記内因性核形成ポリペプチドの二量体化が減少することにより特徴付けられる、請求項１に記載の部位特異的破壊剤。
- 前記１つまたは複数の標的アンカー配列への前記部位特異的破壊剤の結合が、アンカー媒介配列接続の形成および／または維持に物理的に干渉する、請求項２に記載の部位特異的破壊剤。
- 前記ＤＮＡ結合部分がポリマー（例えば、ポリアミドまたはオリゴヌクレオチド）であるか、またはそれを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤。
- 前記オリゴヌクレオチドが、前記標的アンカー配列の相補体を含むかまたは前記標的アンカー配列に少なくとも８０％相補的である配列を有する、請求項４に記載の部位特異的破壊剤。
- （ｉ）前記オリゴヌクレオチドが化学的修飾を含む；
（ｉｉ）前記ポリマーがペプチド核酸である；または
（ｉｉｉ）前記ＤＮＡ結合部分がペプチド核酸混合体であるか、またはそれを含む、
請求項４または請求項５に記載の部位特異的破壊剤。 - 前記ＤＮＡ結合部分がペプチドまたはポリペプチドであるか、またはそれを含む；例えば、前記ポリペプチドが亜鉛フィンガーポリペプチド、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）ポリペプチド、またはＣａｓタンパク質である、請求項４に記載の部位特異的破壊剤。
- （ｉ）第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の、または
（ｉｉ）第１のアンカー配列と第２のアンカー配列とを含むアンカー配列媒介接続内の第１のアンカー配列の１０ｋｂ以内の、
遺伝子の発現をモジュレートする（例えば、低減または増加させる）方法において使用するための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜７のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤を含み、
前記方法は、前記第１および／または第２のアンカー配列と、前記部位特異的破壊剤とを接触させるステップを含むことを特徴とする、組成物。 - 前記アンカー配列媒介接続が、少なくとも１つの内部転写制御配列（例えば、エンハンシング配列あるいはサイレンシングまたは抑制配列）を含む、請求項８に記載の組成物。
- （ｉ）前記遺伝子が、少なくとも３００塩基対だけ前記内部転写制御配列から離れている、ならびに／あるいは
（ｉｉ）前記第１および／または前記第２のアンカー配列が、外部転写制御配列（例えば、エンハンシング配列あるいはサイレンシングまたは抑制配列）の５００ｋｂ以内に位置する
請求項８または９のいずれか一項に記載の組成物。 - 前記部位特異的破壊剤が、
（ｉ）部位特異的標的化部分と、
（ｉｉ）脱アミノ化剤（例えば、デアミナーゼ）またはエピジェネティック改変剤（例えば、ＤＮＡメチラーゼ、ＤＮＡデメチラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、ヒストンデアセチラーゼ、およびその組合せ）と
を含む融合分子であり、
前記部位特異的標的化部分が、前記融合分子を、標的アンカー配列に標的化するが、少なくとも１つの非標的アンカー配列には標的化しない、請求項１〜７のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤または請求項８〜１０のいずれか一項に記載の組成物。 - 前記標的アンカー配列がＣＴＣＦ結合モチーフを含む、請求項１１に記載の部位特異的破壊剤または組成物。
- 前記部位特異的標的化部分が、Ｃａｓポリペプチドと部位特異的ガイドＲＮＡとを含み、
必要に応じて、
（ｉ）前記Ｃａｓポリペプチドが酵素的に不活性である、および／または
（ｉｉ）前記ＣａｓポリペプチドがＣａｓ９ポリペプチドである、
請求項１１または１２のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤または組成物。 - 接触させることが、前記部位特異的破壊剤を哺乳動物細胞にｎ ｖｉｔｒｏで送達することを含み、例えば、前記哺乳動物細胞は、体細胞および／または一次細胞である、請求項８〜１３のいずれか一項に記載の組成物。
- それを必要とする対象にける標的遺伝子の発現の改変における使用のための医薬調製物であって、前記調製物は、請求項１〜７のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤を含み、必要に応じて、前記対象は、ヒト対象であり、および／または前記標的遺伝子は、疾患または状態に関連する遺伝子である、医薬調製物。
- 前記部位特異的破壊剤が、前記１つまたは複数の標的アンカー配列に、標的化された変更を導入する、例えば、前記標的化された変更は、置換、付加または欠失の少なくとも１つを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤、請求項８〜１４のいずれかに記載の組成物、または請求項１５に記載の使用のための医薬調製物。
- 前記ＣＴＣＦ結合モチーフが、配列番号１または配列番号２の配列を有する、請求項１２および１６のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤、請求項１２、１４および１６のいずれか一項に記載の組成物、または請求項１５および１６のいずれか一項に記載の使用のための医薬調製物。
- 前記内因性核形成ポリペプチドが、ＣＴＣＦであるか、またはそれを含む、請求項１〜７、１１〜１３および１６〜１７のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤、請求項８〜１４および１６〜１７のいずれか一項に記載の組成物、または請求項１５〜１７のいずれかに記載の使用のための医薬調製物。
- 第１のアンカー配列も第２のアンカー配列も、エンハンサーまたはプロモーターのいずれかの中に位置しない、請求項１〜７、１１〜１３および１６〜１８のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤、請求項８〜１４および１６〜１８のいずれか一項に記載の組成物、または請求項１５〜１８のいずれかに記載の使用のための医薬調製物。
- 前記標的遺伝子が、がん遺伝子、腫瘍抑制因子、またはヌクレオチド反復と関連する遺伝子である、請求項８〜１４および１６〜１９のいずれか一項に記載の組成物、または請求項１５〜１９のいずれかに記載の使用のための医薬調製物。
- 前記標的遺伝子がＦＯＸＪ３である、請求項８〜１４および１６〜２０のいずれか一項に記載の組成物、または請求項１５〜２０のいずれかに記載の使用のための医薬調製物。
- 前記オリゴヌクレオチドがｇＲＮＡを含む、請求項４〜７、１１〜１３および１６〜１９のいずれか一項に記載の部位特異的破壊剤、請求項８〜１４および１６〜２１のいずれか一項に記載の組成物、または請求項１５〜２１のいずれかに記載の使用のための医薬調製物。
- 前記ｇＲＮＡが配列番号４０〜４７、８６または８７のいずれかの配列を含む、請求項２２に記載の部位特異的破壊剤、組成物、または使用のための医薬調製物。
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