JP2019528072A - 抗原がインバリアント鎖（ｃｄ７４）の小断片と連結された融合ペプチド - Google Patents

抗原がインバリアント鎖（ｃｄ７４）の小断片と連結された融合ペプチド Download PDF

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Abstract

本出願は、特に、ポリペプチドを含有する融合タンパク質を提供するが、そのポリペプチドは、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片からなり、このインバリアント鎖断片は配列番号1の残基17-97の一部からなり、その部分は配列番号1の残基77-92から少なくとも5つの連続する残基を含んでなる。【選択図】なし

Description

本明細書は、抗原配列およびインバリアント鎖断片をコードするポリヌクレオチドに関する。また本明細書は、前記ポリヌクレオチドによってコードされる融合タンパク質、ならびに前記ポリヌクレオチドを含有するウイルスベクターに関する。
感染性疾患は今もなお人類にとって重大な脅威である。感染性疾患を予防または治療する一つの方法は、ワクチン接種によって人為的に免疫応答を誘導することであり、このワクチン接種は、抗原物質を個体に投与して、それぞれの抗原に対する適応免疫応答を生じさせることである。抗原物質は、構造的にインタクトであるが不活化されている（すなわち非感染性の）病原体、もしくは弱毒化された（すなわち低下した感染性を有する）病原体（たとえば、微生物もしくはウイルス）であるか、または高い免疫原性を示すことが判明している病原体の精製成分とすることができる。病原体に対する免疫応答を誘導するためのもう一つのアプローチは、病原体の免疫原性タンパク質をコードする1つもしくは複数のベクターを含んでなる発現系の提供である。このようなベクターは、ネイキッドプラスミドDNAの形をとることもあるが、免疫原性タンパク質は、たとえば、改変ワクシニアウイルス（例、Modified Vaccinia Ankara; MVA）もしくはアデノウイルスベクターを基本とする、ウイルスベクターを使用して送達することもできる。このような発現系は、環境条件に対して低い感受性を有する、特性のはっきりした成分を含有するという利点を有する。
ベクターによる発現系を開発する際の具体的な目標は、こうした発現系の患者への適用が、個々の病原体による感染に対して防御的な免疫応答を引き起こすことである。しかしながら、発現系には、病原体に対して免疫原性の反応を誘導するものの、（たとえば、病原体による感染を完全に予防するほど強い）強力な免疫応答を引き起こすことができないものもある。したがって、病原体に対して強力な免疫応答を誘導する能力を有する、改良型発現系が今もなお必要とされている。
抗原は、体内で免疫応答を誘導する物質であり、特に抗体産生を誘導する物質である。抗原は、MHC分子によって抗原提示細胞の表面に提示される。抗原は外来の、すなわち病原体起源のもの、またはその生物自体に由来するものとすることができるが、後者は自己抗原と呼ばれる。MHC分子には2つのクラス、MHCクラスI（MHC-I）およびMHCクラスII（MHC-II）がある。MHC-I分子は、それぞれの細胞内で合成されるペプチド分子を提示する。MHC-II分子は、食作用によって取り込まれ、その後エンドソーム内で消化されたペプチド断片を提示する。典型的には、MHC-II分子は、マクロファージや樹状細胞などの「プロフェッショナルな」抗原提示細胞によってのみ発現される。MHC-II分子に結合した抗原は、ヘルパーT細胞によって認識される。ヘルパーT細胞のT細胞受容体と、MHC-II分子により提示された抗原との結合は、抗原提示細胞によって分泌されるサイトカインとともに、Th0表現型の未熟ヘルパーT細胞の、さまざまなタイプのエフェクター細胞への成熟を誘導する。
MHC-I分子は、おもにプロテアソームによる細胞質タンパク質の分解から生じるペプチドと結合する。MHC-I：ペプチド複合体はその後、小胞体を介して細胞の外側にある細胞膜に挿入される。エピトープペプチドは、クラスI MHC分子の細胞外部分に結合している。したがって、クラスI MHCの機能は、細胞内タンパク質を細胞傷害性T細胞（CTL）にディスプレイすることである。しかしながら、クラスI MHCは、交差提示として知られるプロセスで、外来タンパク質から生じるペプチドを提示することもできる。正常な細胞は、そのクラスI HMC上に、正常な細胞タンパク質の代謝回転から生じるペプチドをディスプレイするが、CTLは、中枢性および末梢性トレランス機構のおかげで、それに応じて活性化されることはない。たとえばウイルス感染後などに、細胞が外来タンパク質を発現すると、一部のクラスI MHCは、細胞表面においてこれらのペプチドをディスプレイする。その結果、そのMHC:ペプチド複合体に特異的なCTLは、提示細胞を認識し、これを死滅させることができる。
MHC-II分子は膜結合型受容体であって、それは小胞体で合成され、MHCクラスIIコンパートメント内で小胞体から出る。内因性ペプチド、すなわち自己抗原がMHC-II分子と結合するのを妨げるために、新生MHC-II分子は別のタンパク質、インバリアント鎖と結合し、それがMHC-II分子のペプチド結合溝を塞ぐ。MHCクラスIIコンパートメントが、貪食されて消化されたタンパク質を含有する後期エンドソームと融合すると、インバリアント鎖が開裂して、CLIP領域だけがMHC-II分子に結合したままとなる。第2段階で、HLA-DM分子によってCLIPが外されるが、この分子はMHC-II分子を遊離状態にして、外来抗原の断片と結合できるようする。MHCクラスIIコンパートメントが細胞膜と融合すると、前記断片は抗原提示細胞の表面に提示され、その結果、他の細胞、主としてヘルパーT細胞に対して外来抗原が提示される。
抗原に対する免疫応答は、インバリアント鎖および前記抗原の融合物をコードするアデノウイルス発現系をワクチン接種に使用すると増加し（US2011/0293704としても公開されているWO2007/062656を参照されたいが、これはインバリアント鎖の配列を明らかにする目的で、参考として本明細書に組み入れられる）、すなわち、インバリアント鎖は抗原の免疫原性を強めることが知られている。さらに、前記アデノウイルス構築物は、プライム・ブーストワクチン接種法との関連において免疫応答を刺激するのに有用であると判明している（US2016/0000904としても公開されているWO2014/141176：およびWO2010/057501を参照されたいが、これらは、インバリアント鎖の配列、およびインバリアント鎖配列をコードするベクターを明らかにする目的で、参考として本明細書に組み入れられる）。
米国特許出願公開第2011/0293704号 国際公開第2007/062656号パンフレット 米国特許出願公開第2016/0000904号 国際公開第2014/141176号パンフレット 国際公開第2010/057501号パンフレット
本発明者らは驚くべきことに、インバリアント鎖の特定の小断片も抗原の免疫原性を高める能力を有することを発見した。特定の実施形態において、インバリアント鎖の特定の断片が、実質的に全長インバリアント鎖と同じ免疫原性増強効果をもたらすことが判明した。さらに他の特定の実施形態において、インバリアント鎖の特定の断片は、全長インバリアント鎖より高い免疫原性増強効果をもたらすことが判明した。
こうした断片は、ある程度の免疫原性をもたらす、あるいは、全長インバリアント鎖とほぼ同じ免疫原性増強効果を維持している、あるいは、全長インバリアント鎖より高い免疫原性増強効果をもたらすこともある一方で、全長インバリアント鎖よりもさまざまな点で優れている。たとえば、断片は、意図せぬ免疫学的結果、たとえば、アナフィラキシー性と思われるショック症状、または抗自己の免疫応答を引き起こす可能性がある抗原擬態などのリスクが低いと考えられる。その上、多くの、その他の点では好都合な宿主ベクターは、挿入スペースが限られている可能性があるため、本発明の断片は、宿主ベクターにおいて抗原もしくは他の成分のための追加スペースをもたらす、より小型のインバリアント鎖由来のインサートを意味している。
本発明の実施形態は、先行技術に記載された関連アプローチと比べて、下記の利点のうち1つもしくは2つ以上を有すると考えられる：
(i) 免疫応答（CD4 T細胞および/またはCD8 T細胞および/または抗体応答など）の増加、
(ii) より広範な免疫応答、
(iii) 免疫応答の持続時間の増加、
(iv) 有害な、および/または意図しない、免疫応答リスクの低下、
(v) ベクター内への追加の核酸組込みに利用できるスペースの増加。
本発明のある態様において、ポリペプチドを含有する融合タンパク質が与えられるが、該ポリペプチドは、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片からなり、該インバリアント鎖断片は、下記からなる：
(a) 配列番号1の残基17-97の一部分であって、該部分は配列番号1の残基77-92から少なくとも5つの連続する残基を含有する；
(b) 80個以下の残基であって、少なくとも5つの連続する残基の配列を含有し、その配列は配列番号1の残基77-92に由来する少なくとも5つの連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
(c) 配列番号1の残基1-97；
(d) 91〜103個の残基であって、配列番号1の残基1-97と少なくとも95%同一性を共有する；
(e) 配列番号1の残基17-97；
(f) 76〜84個の残基であって、配列番号1の残基17-97と少なくとも95%同一性を共有する；
(g) 配列番号1の残基1-92；
(h) 88〜96個の残基であって、配列番号1の残基1-92と少なくとも95%同一性を共有する；
(i) 配列番号1の残基17-92；または
(j) 71〜79個の残基であって、配列番号1の残基17-92と少なくとも95%同一性を共有する。
本発明の他の態様において、ポリペプチドを含有する融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドが与えられるが、該ポリペプチドは、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片からなり、該インバリアント鎖断片は、下記からなる：
(a) 配列番号1の残基17-97の一部分であって、該部分は配列番号1の残基77-92から少なくとも5つの連続する残基を含有する；
(b) 80個以下の残基であって、少なくとも5つの連続する残基の配列を含有し、その配列は配列番号1の残基77-92に由来する少なくとも5つの連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
(c) 配列番号1の残基1-97；
(d) 91〜103個の残基であって、配列番号1の残基1-97と少なくとも95%同一性を共有する；
(e) 配列番号1の残基17-97；
(f) 76〜84個の残基であって、配列番号1の残基17-97と少なくとも95%同一性を共有する；
(g) 配列番号1の残基1-92；
(h) 88〜96個の残基であって、配列番号1の残基1-92と少なくとも95%同一性を共有する；
(i) 配列番号1の残基17-92；または
(j) 71〜79個の残基であって、配列番号1の残基17-92と少なくとも95%同一性を共有する。
本発明の他の態様において、ポリペプチドを含有する融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含有するウイルスベクターが与えられるが、該ポリペプチドは、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片からなり、該インバリアント鎖断片は、下記からなる：
(a) 配列番号1の残基17-97の一部分であって、該部分は配列番号1の残基77-92から少なくとも5つの連続する残基を含有する；
(b) 80個以下の残基であって、少なくとも5つの連続する残基の配列を含有し、その配列は配列番号1の残基77-92に由来する少なくとも5つの連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
(c) 配列番号1の残基1-97；
(d) 91〜103個の残基であって、配列番号1の残基1-97と少なくとも95%同一性を共有する；
(e) 配列番号1の残基17-97；
(f) 76〜84個の残基であって、配列番号1の残基17-97と少なくとも95%同一性を共有する；
(g) 配列番号1の残基1-92；
(h) 88〜96個の残基であって、配列番号1の残基1-92と少なくとも95%同一性を共有する；
(i) 配列番号1の残基17-92；または
(j) 71〜79個の残基であって、配列番号1の残基17-92と少なくとも95%同一性を共有する。
マウスIiおよびヒトIiアイソフォームの模式図。 Ad5構築物中に含まれるOVA（オボアルブミン）と融合されたマウスIi断片の模式図。 マウスにおいて、Ad5構築物中に含まれるOVAと融合されたマウスIi断片によって引き起こされる免疫応答（脾細胞100万個当たりのIFN-γ産生T細胞数）。 OVAに連結されたmIi全長配列または短い配列1-50、1-75、および50-215をコードするAd5ベクターによるBMDC感染の24時間後の、MHCクラスIにおけるオボアルブミンペプチドSIINFEKLの抗原提示。抗原提示は、Ad5-Ova対照に対する、Ad5-mIiおよびmIiバリアント感染後のCD11+/SIINFEKL+細胞のパーセント比として表される。 Ad5構築物中に含まれるOVAと融合されたmIi(1-75)およびmIi(50-75)の模式図。 Ad5構築物中に含まれるOVAと融合されたマウスIi断片1-75および50-75によって引き起こされる免疫応答（脾細胞100万個当たりのIFN-γ産生T細胞数）。 OVAに連結された短いmIi配列1-75および50-75をコードするAd5ベクターによるBMDC感染の24時間後の、MHCクラスIにおけるオボアルブミンペプチドSIINFEKLの抗原提示。抗原提示は、Ad5-Ova対照に対する、Ad5-mIiおよびmIiバリアント感染後のCD11+/SIINFEKL+細胞のパーセント比として表される。 MAGE A3を単独で含有するPanAd5構築物、ならびに融合物hIi(全長)-MAGE A3、hIi(1-97)-MAGE A3、およびhIi(17-97)-MAGE A3を含有する同構築物によって引き起こされる免疫応答（脾細胞100万個当たりのIFN-γ産生T細胞数）。 HCV-NSを単独で含有するChAd3構築物、ならびに融合物hIi(全長)-HCV-NS、hIi(1-97)-HCV-NS、およびhIi(17-97)-HCV-NSを含有する同構築物によって引き起こされる免疫応答（脾細胞100万個当たりのIFN-γ産生T細胞数）。 （図10A-10B） Ad5構築物中に含まれるOVAに連結されたmIi配列1-75および1-50による、ユビキチンシグナルを介したプロテアソームへのIi抗原のターゲティングを示すウェスタンブロット。 （図10A-10B） Ad5構築物中に含まれるOVAに連結されたmIi配列1-75および1-50による、ユビキチンシグナルを介したプロテアソームへのIi抗原のターゲティングを示すウェスタンブロット。 Ad5構築物中に含まれるOVAに連結されたmIi全長配列もしくは短配列1-75および50-75による、ユビキチンシグナルを介したプロテアソームへのIi抗原のターゲティングを示すウェスタンブロット。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 （図12A-12J） さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列のアラインメント。 ヒトp35インバリアント鎖の残基1-97に対応する、さまざまな生物に由来するインバリアント鎖の断片のアラインメント。 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に対応する、さまざまな生物に由来するインバリアント鎖の断片のアラインメント。 Ad5構築物中に含まれるOVAと融合したmIi(50-75)、mIi(28-75)、mIi(55-75)およびmIi(60-75)の模式図。 Ad5構築物中に含まれるOVAと融合されたmIi(50-75)、mIi(28-75)、mIi(55-75)およびmIi(60-75)によって引き起こされる免疫応答（脾細胞100万個当たりのIFN-γ産生T細胞数）。 Ad5構築物中に含まれるOVAと融合された変異型全長インバリアント鎖および変異型インバリアント鎖断片によって引き起こされる免疫応答（脾細胞100万個当たりのIFN-γ産生T細胞数）。
配列識別名の簡単な説明
配列番号1 ヒトインバリアント鎖アイソフォームp35のアミノ酸配列
配列番号2 ヒトインバリアント鎖アイソフォームp35をコードするヌクレオチド配列
配列番号3 ヒトインバリアント鎖アイソフォームp33のアミノ酸配列
配列番号4 MAGE抗原をコードするヌクレオチド配列
配列番号5 ヒトインバリアント鎖アイソフォームp43のアミノ酸配列
配列番号6 ヒトインバリアント鎖アイソフォームp43をコードするヌクレオチド配列
配列番号7 ヒトインバリアント鎖アイソフォームp41のアミノ酸配列
配列番号8 OVA抗原をコードするヌクレオチド配列
配列番号9 ヒトインバリアント鎖アイソフォームcのアミノ酸配列
配列番号10 ヒトインバリアント鎖アイソフォームcをコードするヌクレオチド配列
配列番号11 マウスインバリアント鎖p31のアミノ酸配列
配列番号12 マウスインバリアント鎖p31をコードするヌクレオチド配列
配列番号13 マウスインバリアント鎖p41のアミノ酸配列
配列番号14 マウスインバリアント鎖p41をコードするヌクレオチド配列
配列番号15 モルモット（Cavia porcellus）インバリアント鎖のアミノ酸配列（UniProtアクセッション番号H0UZ94）
配列番号16 ハダカデバネズミ（Heterocephalus glaber）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G5C391）のアミノ酸配列
配列番号17 ダマラランドデバネズミ（Fukomys damarensis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A0A091E9W3）のアミノ酸配列
配列番号18 ドブネズミ（Rattus norvegicus）第2アイソフォームインバリアント鎖（UniProtアクセッション番号P10247-2）のアミノ酸配列
配列番号19 ドブネズミ（Rattus norvegicus）第1アイソフォームインバリアント鎖（UniProtアクセッション番号P10247）のアミノ酸配列
配列番号20 トビイロホオヒゲコウモリ（Myotis lucifugus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G1QEN4）のアミノ酸配列
配列番号21 ホオヒゲコウモリ属の一種（Myotis davidii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L5LQM9）のアミノ酸配列
配列番号22 ブラントホオヒゲコウモリ（Myotis brandtii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号S7N2W2）のアミノ酸配列
配列番号23 クロオオコウモリ（Pteropus alecto）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L5L1G3）のアミノ酸配列
配列番号24 ニシチンパンジー（Pan troglodytes verus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A5A6L4）のアミノ酸配列
配列番号25 スマトラオランウータン（Pongo abelii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q5RFJ4）のアミノ酸配列
配列番号26 チンパンジー（Pan troglodytes）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号H2QRT2）のアミノ酸配列
配列番号27 ニシローランドゴリラ（Gorilla gorilla gorilla）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3R7S6）のアミノ酸配列
配列番号28 キタホオジロテナガザル（Nomascus leucogenys）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G1RHB8）のアミノ酸配列
配列番号29 アカゲザル（Macaca mulatta）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号I0FWR3）のアミノ酸配列
配列番号30 カニクイザル（Macaca fascicularis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G7P8P8）のアミノ酸配列
配列番号31 アカゲザル（Macaca mulatta）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G7MVM5）のアミノ酸配列
配列番号32 アカゲザル（Macaca mulatta）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号I0FWR4）のアミノ酸配列
配列番号33 アカゲザル（Macaca mulatta）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号F7E9S4）のアミノ酸配列
配列番号34 アヌビスヒヒ（Papio anubis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A0A096MM48）のアミノ酸配列
配列番号35 グリーンモンキー（Chlorocebus sabaeus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A0A0D9RGK4）のアミノ酸配列
配列番号36 コモンマーモセット（Callithrix jacchus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号F7ENM4）のアミノ酸配列
配列番号37 イエネコ（Felis catus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号M3VXS2）のアミノ酸配列
配列番号38 フェレット（Mustela putorius furo）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号M3YQS4）のアミノ酸配列
配列番号39 アフリカゾウ（Loxodonta africana）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3TJE1）のアミノ酸配列
配列番号40 アフリカゾウ（Loxodonta africana）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3U7Y6）のアミノ酸配列
配列番号41 イノシシ（Sus scrofa）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q764N1）のアミノ酸配列
配列番号42 フタコブラクダ（Camelus ferus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号S9XLT6）のアミノ酸配列
配列番号43 ノヤク（Bos mutus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L8I7V9）のアミノ酸配列
配列番号44 ウシ（Bos taurus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q7JFY1）のアミノ酸配列
配列番号45 ウシ（Bos taurus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q29630）のアミノ酸配列
配列番号46 ウマ（Equus caballus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号F6TGS3）のアミノ酸配列
配列番号47 ウマ（Equus caballus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q9MXD5）のアミノ酸配列
配列番号48 アナウサギ（Oryctolagus cuniculus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G1SKK3）のアミノ酸配列
配列番号49 ガーネットガラゴ（Otolemur garnettii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号H0WQB3）のアミノ酸配列
配列番号50 ツパイ（Tupaia chinensis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L9KN01）のアミノ酸配列
配列番号51 ジュウサンセンジリス（Ictidomys tridecemlineatus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号I3MCR9）のアミノ酸配列
配列番号52 タスマニアデビル（Sarcophilus harrisii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3X0Q6）のアミノ酸配列
配列番号53 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97のアミノ酸配列
配列番号54 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するマウスp31インバリアント鎖の領域のアミノ酸配列
配列番号55 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するアフリカゾウ（Loxodonta africana）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3TJE1）の領域のアミノ酸配列
配列番号56 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するイエネコ（Felis catus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号M3VXS2）の領域のアミノ酸配列
配列番号57 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するウマ（Equus caballus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号F6TGS3）の領域のアミノ酸配列
配列番号58 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するフタコブラクダ（Camelus ferus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号S9XLT6）の領域のアミノ酸配列
配列番号59 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するイノシシ（Sus scrofa）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q764N1）の領域のアミノ酸配列
配列番号60 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するフェレット（Mustela putorius furo）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号M3YQS4）の領域のアミノ酸配列
配列番号61 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するアカゲザル（Macaca mulatta）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号I0FWR3）の領域のアミノ酸配列
配列番号62 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するカニクイザル（Macaca fascicularis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G7P8P8）の領域のアミノ酸配列
配列番号63 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するグリーンモンキー（Chlorocebus sabaeus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A0A0D9RGK4）の領域のアミノ酸配列
配列番号64 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するアヌビスヒヒ（Papio anubis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A0A096MM48）の領域のアミノ酸配列
配列番号65 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するニシチンパンジー（Pan troglodytes verus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A5A6L4）の領域のアミノ酸配列
配列番号66 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するニシローランドゴリラ（Gorilla gorilla gorilla）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3R7S6）の領域のアミノ酸配列
配列番号67 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するキタホオジロテナガザル（Nomascus leucogenys）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G1RHB8）の領域のアミノ酸配列
配列番号68 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するスマトラオランウータン（Pongo abelii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q5RFJ4）の領域のアミノ酸配列
配列番号69 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するコモンマーモセット（Callithrix jacchus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号F7ENE8）の領域のアミノ酸配列
配列番号70 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するトビイロホオヒゲコウモリ（Myotis lucifugus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G1QEN4）の領域のアミノ酸配列
配列番号71 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するホオヒゲコウモリ属の一種（Myotis davidii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L5LQM9）の領域のアミノ酸配列
配列番号72 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するノヤク（Bos mutus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L8I7V9）の領域のアミノ酸配列
配列番号73 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するウシ（Bos taurus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q29630）の領域のアミノ酸配列
配列番号74 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するブラントホオヒゲコウモリ（Myotis brandtii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号S7N2W2）の領域のアミノ酸配列
配列番号75 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するハダカデバネズミ（Heterocephalus glaber）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G5C391）の領域のアミノ酸配列
配列番号76 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するダマラランドデバネズミ（Fukomys damarensis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A0A091E9W3）の領域のアミノ酸配列
配列番号77 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するモルモット（Cavia porcellus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号H0UZ94）の領域のアミノ酸配列
配列番号78 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するアナウサギ（Oryctolagus cuniculus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G1SKK3）の領域のアミノ酸配列
配列番号79 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するクロオオコウモリ（Pteropus alecto）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L5L1G3）の領域のアミノ酸配列
配列番号80 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するドブネズミ（Rattus norvegicus）第2アイソフォームインバリアント鎖（UniProtアクセッション番号P10247-2）の領域のアミノ酸配列
配列番号81 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するツパイ（Tupaia chinensis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L9KN01）の領域のアミノ酸配列
配列番号82 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するジュウサンセンジリス（Ictidomys tridecemlineatus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号I3MCR9）の領域のアミノ酸配列
配列番号83 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するガーネットガラゴ（Otolemur garnettii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号H0WQB3）の領域のアミノ酸配列
配列番号84 ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に相当するタスマニアデビル（Sarcophilus harrisii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3X0Q6）の領域のアミノ酸配列
配列番号85 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92のアミノ酸配列
配列番号86 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するマウスp31インバリアント鎖の領域のアミノ酸配列
配列番号87 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するフェレット（Mustela putorius furo）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号M3YQS4）の領域のアミノ酸配列
配列番号88 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するブラントホオヒゲコウモリ（Myotis brandtii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号S7N2W2）の領域のアミノ酸配列
配列番号89 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するクロオオコウモリ（Pteropus alecto）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L5L1G3）の領域のアミノ酸配列
配列番号90 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するダマラランドデバネズミ（Fukomys damarensis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A0A091E9W3）の領域のアミノ酸配列
配列番号91 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するジュウサンセンジリス（Ictidomys tridecemlineatus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号I3MCR9）の領域のアミノ酸配列
配列番号92 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するノヤク（Bos mutus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L8I7V9）の領域のアミノ酸配列
配列番号93 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するハダカデバネズミ（Heterocephalus glaber）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G5C391）の領域のアミノ酸配列
配列番号94 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するホオヒゲコウモリ属の一種（Myotis davidii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L5LQM9）の領域のアミノ酸配列
配列番号95 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するツパイ（Tupaia chinensis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号L9KN01）の領域のアミノ酸配列
配列番号96 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するトビイロホオヒゲコウモリ（Myotis lucifugus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G1QEN4）の領域のアミノ酸配列
配列番号97 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するドブネズミ（Rattus norvegicus）第2アイソフォームインバリアント鎖（UniProtアクセッション番号P10247-2）の領域のアミノ酸配列
配列番号98 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するウシ（Bos taurus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q29630）の領域のアミノ酸配列
配列番号99 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するガーネットガラゴ（Otolemur garnettii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号H0WQB3）の領域のアミノ酸配列
配列番号100 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するモルモット（Cavia porcellus）インバリアント鎖のアミノ酸配列（UniProtアクセッション番号H0UZ94）の領域のアミノ酸配列
配列番号101 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するコモンマーモセット（Callithrix jacchus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号F7ENE8）の領域のアミノ酸配列
配列番号102 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するキタホオジロテナガザル（Nomascus leucogenys）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G1RHB8）の領域のアミノ酸配列
配列番号103 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するニシローランドゴリラ（Gorilla gorilla gorilla）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3R7S6）の領域のアミノ酸配列
配列番号104 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するスマトラオランウータン（Pongo abelii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q5RFJ4）の領域のアミノ酸配列
配列番号105 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するニシチンパンジー（Pan troglodytes verus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A5A6L4）の領域のアミノ酸配列
配列番号106 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するアカゲザル（Macaca mulatta）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号I0FWR3）の領域のアミノ酸配列
配列番号107 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するカニクイザル（Macaca fascicularis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G7P8P8）の領域のアミノ酸配列
配列番号108 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するグリーンモンキー（Chlorocebus sabaeus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A0A0D9RGK4）の領域のアミノ酸配列
配列番号109 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するアヌビスヒヒ（Papio anubis）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号A0A096MM48）の領域のアミノ酸配列
配列番号110 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するアフリカゾウ（Loxodonta africana）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3TJE1）の領域のアミノ酸配列
配列番号111 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するイエネコ（Felis catus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号M3VXS2）の領域のアミノ酸配列
配列番号112 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するウマ（Equus caballus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号F6TGS3）の領域のアミノ酸配列
配列番号113 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するイノシシ（Sus scrofa）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号Q764N1）の領域のアミノ酸配列
配列番号114 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するアナウサギ（Oryctolagus cuniculus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G1SKK3）の領域のアミノ酸配列
配列番号115 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するタスマニアデビル（Sarcophilus harrisii）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号G3X0Q6）の領域のアミノ酸配列
配列番号116 ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に相当するフタコブラクダ（Camelus ferus）インバリアント鎖（UniProtアクセッション番号S9XLT6）の領域のアミノ酸配列
配列番号117 HCV-NS抗原をコードするヌクレオチド配列
配列番号118 OVA257-264 (SIINFEKL) ペプチド配列
配列番号119 resリンカーのアミノ酸配列
配列番号120 resリンカーをコードするヌクレオチド配列
配列番号121 HAタグのアミノ酸配列
配列番号122 HAタグをコードするヌクレオチド配列
配列番号123 ヒトAd5ヘキソンタンパク質配列
配列番号124 ヒトAd5ペントンタンパク質配列
配列番号125 ヒトAd5ファイバータンパク質配列
配列番号126 チンパンジーアデノウイルスChAd3ヘキソンタンパク質配列
配列番号127 チンパンジーアデノウイルスChAd3ファイバータンパク質配列
配列番号128 チンパンジーアデノウイルスChAd19ヘキソンタンパク質配列
配列番号129 チンパンジーアデノウイルスChAd19ファイバータンパク質配列
配列番号130 チンパンジーアデノウイルスChAd63ヘキソンタンパク質配列
配列番号131 チンパンジーアデノウイルスChAd63ファイバータンパク質配列
配列番号132 ChAd155ヘキソンのポリペプチド配列
配列番号133 ChAd155ペントンのポリペプチド配列
配列番号134 ChAd155ファイバーのポリペプチド配列
配列番号135 mIi(全長)LLLmutのポリペプチド配列
配列番号136 mIi(全長)K63Rのポリペプチド配列
配列番号137 mIi(1-75)K63Rのポリペプチド配列
配列番号138 mIi(D+ER)のポリペプチド配列
配列番号139 mIi(D-17) (すなわちN末端Met＋p31 mIiの残基18-215)のポリペプチド配列
配列番号140 mIi(50-215) (すなわちN末端Met＋p31 mIiの残基51-215)のポリペプチド配列
発明の詳細な説明
上記のように、本発明者らは、驚くべきことに、インバリアント鎖の特定の小断片が抗原の免疫原性を増強する能力を有することを見出した。本明細書に記載のインバリアント鎖断片は、具体的には、インバリアント鎖のKEY、CLIPおよび三量体形成領域を欠いている。さらに、一部の実施形態では、本明細書に記載のインバリアント鎖断片は、リソソーム内ソーティング配列("ESS")も欠如している。
先行技術では、インバリアント鎖のKEY、CLIP、三量体形成、およびESS領域を含む全長インバリアント鎖の免疫原性増強効果に関する情報が明らかにされている（たとえば、Holst et al. 2008を参照されたい)。また、先行技術は、インバリアント鎖KEY領域自体の免疫原性増強効果に関する情報を開示している(たとえば、(a) Holmes et al. 2008は、KEY領域のLRMKアミノ酸とHER-2/neuペプチドとの融合物の第I相試験を開示しており、(b) Kallinteris et al. 2006は、ワクチン効力の増強のために、特にKEY領域を利用することを目的としている)。三量体形成領域に関しては、この領域がMHC-IIシャペロンおよびMIFシグナル伝達受容体としての役割に重要であることが知られている。最後に、ESS領域については、インバリアント鎖がエンドソーム経路における共局在化を介してその効果を仲介することが、Waelchli et al. 2014によって開示されている。したがって、ESSを欠くインバリアント鎖断片は、エンドソームに位置することができないため、この経路を利用することができないと予想される。
WO2010057501 (上記)において、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス糖タンパク質(GP)抗原に融合された残基51-118のマウスインバリアント鎖断片をコードするアデノウイルスの免疫原性がGP抗原に融合された全長インバリアント鎖をコードするアデノウイルスに比べて低下したことが開示されている(WO2010057501、図7および81ページ、33-34行を参照されたいが、ここには、「したがって、51-118バリアント (Ad-Ii51-118GP)を調べると、CD8+ T細胞刺激能力の顕著な減少が観察された」と記載されている)。
したがって、先行技術に照らして、驚くべきことに、本明細書に記載の実施例に示される通り、mli1-80、mli1-75およびmli50-75断片は、KEY、CLIPおよび三量体形成領域を欠いている(ならびにmli50-75の場合は、ESSを欠いている)が、それにもかかわらず、免疫原性および/または抗原提示を、全長mliと実質的に同じレベルか、それ以上に増加させることができる。
さらに、本明細書に記載の実施例に示されるように、mli55-75およびmli60-75断片が、既知の機能的ドメインを欠いているにもかかわらず、免疫原性および/または抗原提示を、全長mliと実質的に同じレベルか、それ以上に増加させることができるのは驚くべきことである。
特に、驚くべきことに、マウスliの残基55-75および60-75は、上記WO2010057501に記載の51-118断片内に含まれ（加えて、マウスIino残基50-75は、1つのアミノ酸を除けば、上記WO2010057501に記載の51-118断片内に含まれ）るが、全長インバリアント鎖と実質的に同一の免疫原性増強効果をもたらす。
mli1-80、mli1-75、mli50-75、mli55-75およびmli60-75断片のバリアントは、同じような有利で驚くべき特性を共有していることが、予想できる。
別に明記されない限り、本明細書で使用されるすべての科学技術用語は、当業者が一般に理解している意味と同じ意味を有する。たとえば、本明細書で使用される用語は、A multilingual glossary of biotechnological terms: (IUPAC Recommendations), Leuenberger, H.G.W, Nagel, B. and Klbl, 1995に記載のように定義される。
以下の本明細書および特許請求の範囲を通じて、文脈上他の意味に解すべき場合を除き、「含む(comprise)」という用語、ならびに「含む(comprises)」および「含む(comprising)」のような変化形は、記載された整数もしくはステップ、または整数群もしくはステップ群を包含することを意味するが、他のいかなる整数もしくはステップ、または整数群もしくはステップ群の除外を意味するものではないことを理解すべきである。文脈上他の意味に解すべき場合を除き、「からなる(consist of)」という用語、および「からなる(consisting of)」などの変化形は、記載された整数もしくはステップ、または整数群もしくはステップ群を包含することを意味し、かつ、そのほかの同じまたは異なる整数もしくはステップ、または同じまたは異なる整数群もしくはステップ群を除外すること、すなわち「のみからなる(consisting only of)」を意味することを理解すべきである。文脈上他の意味に解すべき場合を除き、「少なくとも〜からなる(consist of at least)」という用語、および「少なくとも〜からなる(consisting of at least)」などの変化形は、最小限として記載の整数もしくはステップを包含し、また、同じ整数もしくはステップ、または整数群もしくはステップ群の追加例も包含することを意味すると理解されるべきであるが、それ以外の異なる整数もしくはステップ、または異なる整数群もしくはステップ群は除外する。
本明細書の本文中には、いくつかの文献が引用されている。本明細書で引用された文献(すべての特許、特許出願、科学刊行物、製造者の仕様書、説明書などを含む)は、上記下記にかかわらずいずれも、参考としてその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書の何ものも、本発明が先行発明に基づくこうした開示に先行する権利がないと認めていると解釈されるべきではない。本発明の一態様に関連して本明細書で与えられるすべての定義は、本発明の他の態様にも適用される。
タンパク質、融合タンパク質およびポリヌクレオチド
「タンパク質」、「ポリペプチド」および「ペプチド」という用語は、本明細書では区別なく使用され、長さ、翻訳時修飾、もしくは翻訳後修飾にかかわらず、任意のアミノ酸ペプチド結合鎖を指す。融合タンパク質(もしくは「キメラタンパク質」)は、2つ以上のペプチド結合タンパク質を含んでなる組換えタンパク質である。融合タンパク質は、本来、別々のタンパク質をコードした2つ以上の遺伝子の結合によって作製される。この融合遺伝子の翻訳が、結果として単一の融合タンパク質をもたらす。
「ポリヌクレオチド」および「核酸」という用語は、本明細書では区別なく使用され、ヌクレオチド単量体から作製された重合による高分子を意味する。好適には、本発明のポリヌクレオチドは組換え体である。組換え体は、そのポリヌクレオチドが、クローニング、制限切断もしくはライゲーションステップ、または天然に存在するポリヌクレオチドとは異なるポリヌクレオチドをもたらすその他の方法のうち、少なくとも1つの産物であることを意味する。
異種配列は、宿主生物に含まれる天然に存在する核酸配列から単離されず、それに由来せず、それに基づかない、任意の配列をいう。「天然に存在する」とは、自然界に見いだされる配列であって、合成によって調製もしくは修飾されない配列を意味する。ある配列がある起源に「由来する」とは、その配列がある起源から単離されるが、（たとえば、欠失、置換（変異）、挿入、または他の修飾によって）起源の遺伝子の正常な機能を損なわないように適切に修飾されている場合である。
本発明で使用されるポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、適切には、単離されている。「単離された」ポリヌクレオチド(またはポリペプチド)は、その元の環境から取り出されたものである。たとえば、天然に存在するポリヌクレオチドが、自然の系において共存する物質の一部またはすべてから分離されていれば、そのポリヌクレオチドは単離されている。ポリヌクレオチドは、たとえば、その自然環境の一部ではないベクター内にクローニングされているならば、あるいは、cDNA内に含まれているならば、単離されているとみなされる。
ポリペプチドおよびポリヌクレオチドの配列比較
2つの密接に関連するポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列を比較するために、第1の配列と第2の配列との間の「%配列同一性」を計算することができる。ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列は、その全長にわたって100%の配列同一性を共有するならば、他のポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列と同じ、または同一であるといわれる。配列中の残基は、左から右へ、すなわち、ポリペプチドについてはN末端からC末端へ、ポリヌクレオチドについては5’から3’へ、番号付けされる。「同一の」またはパーセント「同一性」という用語は、以下の配列比較アルゴリズムの1つを用いて、または手作業のアラインメントおよび見比べる検査によって評価されるように、比較ウィンドウもしくは指定領域の全域にわたって最大の対応が得られるようにアラインして比較したときに、同一であるか、または指定のパーセンテージの同一アミノ酸残基（すなわち、70%同一性、場合によっては75%、80%、85%、90%、95%、98%または99%の同一性）を有する、2つ以上の配列もしくは部分配列をいう。この定義はまた、テスト配列の補完も意味する。場合によっては、長さが少なくとも250アミノ酸、たとえば300アミノ酸または350アミノ酸の領域にわたって同一性が存在する。この比較は、(派生した配列ではなく)基準配列の全長に対応するウィンドウにわたって行われることが適切である。
配列比較のために、一方の配列が基準配列としての役割を果たし、それに対してテスト配列を比較する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、テスト配列および基準配列をコンピュータに入力し、必要に応じてサブシーケンス座標を指定して、シーケンスアルゴリズムパラメータを指定する。デフォルトのプログラムパラメータを使用することができるが、その代わりに他のパラメータを指定してもよい。次いで、配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメータに基づいて、基準配列に対するテスト配列のパーセント配列同一性を計算する。
本明細書で使用される「比較ウィンドウ」は、2つの配列が最適にアラインされた後、ある配列を、同数の隣接ポジションの基準配列と比較することができる区域をいう。比較のための配列のアラインメント方法は、当技術分野においてよく知られている。比較のための最適な配列アラインメントは、たとえば、Smith & Waterman 1981のローカルホモロジーアルゴリズムによって、またはNeedleman & Wunsch 1970のホモロジーアラインメントアルゴリズムによって、またはPearson & Lipman 1988の類似検索法によって、または、これらのアルゴリズムのコンピュータ処理（Wisconsin Genetics Software Package内のGAP、BESTFIT、FASTA、およびTFASTA、Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI）によって、または手作業のアラインメントおよび見比べる検査（たとえば、Current Protocols in Molecular Biology (Ausubel et al. 1995)を参照されたい）によって、実施することができる。
有用なアルゴリズムの一例はPILEUPである。PILEUPは、関係性およびパーセント配列同一性を示すために、プログレッシブ、ペアワイズアラインメントを用いて、関連する配列群からマルチプルシーケンスアラインメントを作成する。また、アラインメントを作成するために使用されるクラスタリング関係を示すツリーまたはデンドログラムをプロットする。PILEUPは、Feng & Doolittle 1987のプログレッシブアラインメント法の簡単化を使用する。使用される方法は、Higgins & Sharp 1989に記載の方法に類似している。このプログラムは、それぞれ最大長さ5,000個のヌクレオチドまたはアミノ酸の配列を300個までアラインすることができる。マルチプルアラインメント法は、もっとも類似した2つの配列のペアワイズアラインメントから開始し、2つのアラインされた配列のクラスターを作成する。次いで、このクラスターを、次のもっとも関連した配列、またはアラインされた配列のクラスターとアラインする。2つの配列クラスタは、2つの個々の配列のペアワイズアラインメントの単純な延長によってアラインされる。最終的なアラインメントは、一連のプログレッシブ、ペアワイズアラインメントによって達成される。配列比較の領域について個別の配列およびそれらのアミノ酸座標を指定し、プログラムパラメータを指定することにより、プログラムを実行する。PILEUPを使用して、基準配列を他のテスト配列と比較し、以下のパラメータ：デフォルトギャップウェイト(3.00)、デフォルトギャップレングスウェイト(0.10)、および重み付けしたエンドギャップを用いてパーセント配列同一性の関係を決定する。PILEUPは、GCG Sequence Analysis Software Package、たとえばversion 7.0 (Devereaux et al. 1984)、から入手することができる。
パーセント配列同一性および配列類似性を決定するのに適した別のアルゴリズムの例は、BLASTおよびBLAST 2.0アルゴリズムであって、これらはそれぞれ、Altschul et al. 1977およびAltschul et al. 1990に記載されている。BLAST分析を実行するためのソフトウェアは、National Center for Biotechnology Information (website at www.ncbi.nlm.nih.gov/)から公開されている。このアルゴリズムは、データベース配列において同じ長さのワードとアラインしたときに、一致するか、またはいくつかの正値の閾値スコアTを満たす、クエリ配列内の長さwのショートワードを識別することによって、最初に高スコア配列ペア(HSP)を同定することが必要である。Tは、近傍ワードスコア閾値(neighbourhood word score threshold)と呼ばれる(Altschul et al.、上記)。これらの最初の近傍ワードヒットは、それを含むより長いHSPを見出すためのサーチを開始するためのシードとして機能する。ワードヒットは、累積アラインメントスコアを増加させることができる限り、各配列に沿って両方向に延長される。累積スコアは、ヌクレオチド配列については、パラメーターM(マッチする残基のペアについての報酬スコア；常に>0)およびN(マッチしない残基ペアについてのペナルティスコア；常に<0)を用いて計算される。アミノ酸配列については、スコアリングマトリックスを用いて累積スコアを計算する。各方向へのワードヒットの延長は、累積アラインメントスコアが、その最大達成値から量xだけ減少したとき；1つもしくは複数の負のスコアの残基アラインメントが蓄積したために累積スコアがゼロ以下になったとき；または、いずれか一方の配列の末端に達したときに、停止される。BLASTアルゴリズムパラメータW、T、およびXは、アラインメントの感度およびスピードを決定する。BLASTNプログラム（ヌクレオチド配列用）は、デフォルトとして、ワード長(W)11、期待値(E) 10、M=5、N=-4、および2つのストランドの比較を使用する。アミノ酸用には、BLASTPプログラムが、デフォルトとして、ワード長3、および期待値(E)
10、およびBLOSUM62スコアリングマトリックス (Henikoff & Henikoff 1989を参照されたい)アラインメント(B) 50、期待値(E) 10、M=5、N=-4、および2つのストランドの比較を使用する。
BLASTアルゴリズムはまた、2つの配列間の類似性に関する統計分析を実行する（たとえば、Karlin & Altschul 1993を参照されたい）。BLASTアルゴリズムによって与えられる類似性の1つの尺度は、最小和確率(P(N))であるが、これは、2つのヌクレオチドもしくはアミノ酸配列間のマッチが偶然に起こる可能性の指標を与える。たとえば、核酸は、テスト核酸の基準核酸との比較における最小和確率が約0.2未満、より好ましくは約0.01未満、もっとも好ましくは0.001未満であるならば、基準配列に類似しているとみなされる。
配列間の「差異」は、第1の配列と比較して、第2の配列のある位置における単一残基の挿入、欠失もしくは置換をいう。2つの配列は、1つ、2つ、または3つ以上のそうした差異を含有することができる。それがなければ第1の配列と同一（100%配列同一性）である第2の配列において、挿入、欠失または置換は、結果として%配列同一性の低下をもたらす。たとえば、同一の配列が9残基の長さである場合、第2の配列における1つの置換は、88.9%の配列同一性をもたらす。同一の配列が17アミノ酸残基の長さである場合、第2の配列における2つの置換は、88.2%の配列同一性をもたらす。
あるいはまた、第1の基準配列を第2の比較配列と比較する目的で、第2の配列を生成するために第1の配列に対してなされた付加、置換および/または欠失の数を確認することができる。付加は、第1の配列への1つの残基の付加である(第1の配列のいずれかの末端における付加を含む)。置換は、第1の配列中の1つの残基の、1つの異なる残基への置換である。欠失は、第1の配列からの1つの残基の欠失である(第1の配列のいずれかの末端における欠失を含む)。
適切には、置換は保存的とすることができる。「保存的」置換は、アミノ酸残基が化学構造の類似した別のアミノ酸残基に置換されており、ポリペプチドの機能、活性、もしくは他の生物学的特性にほとんど影響しないと予想される、アミノ酸置換である。このような保存的置換は、当然のことながら、以下のグループ内の1つのアミノ酸が、同じグループ内の別のアミノ酸残基によって置換されている置換である：
インバリアント鎖およびインバリアント鎖の断片
「インバリアント鎖」という用語は、”li”または”CD74”としても知られているが、非多型II型内在性膜タンパク質を指す。このタンパク質は、リンパ球成熟および適応免疫応答において多様な機能を有する；具体的には、liは、新規合成MHC IIのエンドサイトーシス経路へのターゲティングを確実にし、そこで、その複合体は抗原ペプチドと出会うことができる。(Pieters J. 1997)。さらに、liはMHCクラスIシャペロンとして機能すること(Morris et al. 2004)、ならびに、そのエンドソーム標的化配列によって、CD4+ T細胞の刺激を促進するが、共有結合した抗原に対するCD8+ T細胞の刺激は促進しないこと(Diebold et al. 2001)が示されている。
ヒトインバリアント鎖については、4種の異なるアイソフォームが知られており、一般にp33、p35、p41およびp43(Strubin et al. 1986)と称される。配列番号1および配列番号2は、それぞれ、ヒトインバリアント鎖p35アイソフォームのアミノ酸配列および核酸配列に対応する。配列番号3は、ヒトインバリアント鎖p33アイソフォームのアミノ酸配列に対応する。配列番号5および配列番号6は、それぞれ、ヒトインバリアント鎖p43アイソフォームのアミノ酸配列および核酸配列に対応する。配列番号7は、ヒトインバリアント鎖p41アイソフォームのアミノ酸配列に対応する。ヒトp33およびp41に関しては、別の翻訳開始が選択されたため、ヒトp35およびp43アイソフォームに、N末端において追加の16残基が含まれている。ヒトp33およびp35と比べて、ヒトp41およびp43アイソフォームは、インバリアント鎖のC末端領域にインフレームで挿入された追加ドメイン(エクソン6bの選択的スプライシング)を含んでいる。ヒトp33およびp35に関連して、2つのエクソンを欠く追加的なヒトアイソフォームcの配列は、Genbank(アクセッション番号bc024272)において利用できる。配列番号9および配列番号10は、それぞれ、ヒトインバリアント鎖cアイソフォームのアミノ酸配列および核酸配列に対応する。適切には、インバリアント鎖の断片は、インバリアント鎖のヒトp33、p35、p41、p43またはcアイソフォームから誘導される。
種々のアイソフォームの概要を図1に示す。
インバリアント鎖は、いくつかのドメイン、すなわち細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン（TM、ヒトインバリアント鎖配列番号1の47〜72位、マウスインバリアント鎖配列番号11の30〜55位）、および小胞体内腔ドメインを含有するが、この細胞質ドメインは、ヒトインバリアント鎖p35およびp43バリアントにおいて小胞体残留シグナル（ERRまたはER）（ヒトインバリアント鎖の配列番号1における1〜16位）が先行する、ソーティング（ターゲティング）ペプチド（リソソームターゲティング配列もしくはリソソーム内ソーティング配列（ESS）としても知られる）（ヒトインバリアント鎖配列番号1の17〜46位、マウスインバリアント鎖配列番号11の1〜29位）を含んでおり、小胞体内腔ドメインは、それ自体、KEY領域（ヒトインバリアント鎖配列番号1の93〜96位、マウスインバリアント鎖配列番号11の76〜79位）、および隣接するCLIP領域（ヒトインバリアント鎖配列番号1の97〜120位、マウスインバリアント鎖配列番号11の80〜103位）を含む。CLIP領域は、コアCLIPペプチド(ヒトインバリアント鎖配列番号1の103〜117位、マウスインバリアント鎖配列番号11の86〜100位)、および三量体形成ドメイン(ヒトインバリアント鎖配列番号1の134〜208位、マウスインバリアント鎖配列番号11の117〜191位)を含む(Mittendorf et al. 2009; Strumptner-Cuvelette and Benaroch 2002)。小胞体内腔ドメインの残りは、膜貫通領域とKEY領域の間（ヒトインバリアント鎖配列番号1の73-92位、マウスインバリアント鎖配列番号11の56〜75位）または三量体形成ドメインの下流（ヒトインバリアント鎖配列番号1の209〜232位、マウスインバリアント鎖配列番号11の192〜215位）に位置する2つの高度にフレキシブルな領域を含む。
適切には、融合タンパク質は、全長インバリアント鎖を含まない。
インバリアント鎖は、ニワトリ、ウシ、イヌ、マウス、ラットおよびヒトなどのいくつかの生物で特徴が明らかにされている。さまざまな生物に由来するインバリアント鎖のポリペプチド配列が、ヒトp35インバリアント鎖（配列番号1）に対してアラインされ、図12に示されている。この図には、ヒトp43およびcアイソタイプ、ならびにマウスp31およびp41アイソタイプも含まれている。それぞれのインバリアント鎖配列は、その対応するUniProtアクセッション番号および配列番号により明示される。これらのインバリアント鎖配列の配列識別番号は、配列番号1、5、9、11、13、および15-52である。ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97に対応する、さまざまな生物由来のインバリアント鎖の断片の例を、図13に示すが、その配列は、ヒトp35インバリアント鎖(配列番号1)の残基17-97に対してアラインされている。これらのインバリアント鎖断片配列の配列識別番号は、配列番号53-84である。ヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に対応するさまざまな生物由来のインバリアント鎖の部分の例を、図14に示すが、その配列はヒトp35インバリアント鎖の残基67-92に対してアラインされている。これらのインバリアント鎖断片配列の配列識別番号は、配列番号85-116である。
配列番号1の残基77-92からの連続残基を含むインバリアント鎖の断片の部分
ある実施形態において、インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基17-97の一部分からなるが、その部分は、配列番号1の残基77-92から少なくとも5、より好適には少なくとも6、より好適には少なくとも7、より好適には少なくとも8を含む、より好適には少なくとも9、より好適には少なくとも10、より好適には少なくとも11、より好適には少なくとも12、より好適には少なくとも13、より好適には少なくとも14、より好適には少なくとも15の連続する残基を含有する。さらに他の実施形態において、その部分は配列番号1の残基77-92を含むが、より好適なのは、それらの残基からなることである。
さらに他の実施形態において、インバリアント鎖の断片は、80個以下の残基からなり、少なくとも5つの連続する残基(5連続残基)の配列を含むが、その配列は、配列番号1の残基77-92からの少なくとも5つの連続する残基、より好適には少なくとも6、より好適には少なくとも7、より好適には少なくとも8、より好適には少なくとも9、より好適には少なくとも10、より好適には少なくとも11、より好適には少なくとも12、より好適には少なくとも13、より好適には少なくとも14、より好適には少なくとも15の連続する残基と、少なくとも80%の同一性、より好適には少なくとも90%の同一性を共有している。より適切なのは、インバリアント鎖の断片が、80個以下の残基からなり、配列番号1の残基77-92から少なくとも5の連続する残基の配列を含むことであるが、より好適には少なくとも6、より好適には少なくとも7、より好適には少なくとも8、より好適には少なくとも9、より好適には少なくとも10、より好適には少なくとも11、より好適には少なくとも12、より好適には少なくとも13、より好適には少なくとも14、より好適には少なくとも15の連続する残基の配列を含む。
あるいはまた、インバリアント鎖の断片は、80個以下の残基からなり、少なくとも5の連続する残基の配列を含むが、その配列は、配列番号1の残基77-92からの少なくとも5の連続する残基、より好適には少なくとも6、より好適には少なくとも7、より好適には少なくとも8、より好適には少なくとも9、より好適には少なくとも10、より好適には少なくとも11、より好適には少なくとも12、より好適には少なくとも13、より好適には少なくとも14、より好適には少なくとも15の連続する残基に関して、4個以下、より適切には3個以下、より適切には2個以下、より適切にはわずかに1個の、置換、欠失、または付加を含む。
インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基77-81、78-82、79-83、80-84、81-85、82-86、83-87、84-88、85-89、86-90もしくは87-91を含むか、またはそれらからなることが適切である。
インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基77-84、78-85、79-86、80-87、81-88、82-89、もしくは83-90を含むか、またはそれらからなることが適切である。
配列番号1の残基72-92からの連続残基を含むインバリアント鎖断片の部分
ある実施形態において、インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基17-97の一部分からなるが、その部分は、配列番号1の残基72-92から少なくとも5の連続する残基、より好適には少なくとも6、より好適には少なくとも7、より好適には少なくとも8、より好適には少なくとも9、より好適には少なくとも10、より好適には少なくとも11、より好適には少なくとも12、より好適には少なくとも13、より好適には少なくとも14、より好適には少なくとも15、より好適には少なくとも16、より好適には少なくとも17、より好適には少なくとも18、より好適には少なくとも19、より好適には少なくとも20の連続する残基を含有する。さらに他の実施形態において、その部分は配列番号1の残基72-92を含むが、より好適なのは、それらの残基からなることである。
さらに他の実施形態において、インバリアント鎖の断片は、80個以下の残基からなり、少なくとも5の連続する残基の配列を含むが、その配列は、配列番号1の残基72-92からの少なくとも5の連続する残基、より好適には少なくとも6、より好適には少なくとも7、より好適には少なくとも8、より好適には少なくとも9、より好適には少なくとも10、より好適には少なくとも11、より好適には少なくとも12、より好適には少なくとも13、より好適には少なくとも14、より好適には少なくとも15、より好適には少なくとも16、より好適には少なくとも17、より好適には少なくとも18、より好適には少なくとも19、より好適には少なくとも20の連続する残基と、少なくとも80%の同一性、より好適には少なくとも90%の同一性を共有している。
より適切なのは、インバリアント鎖の断片が、80個以下の残基からなり、配列番号1の残基72-92から少なくとも5の連続する残基の配列を含むことであるが、より好適には少なくとも6、より好適には少なくとも7、より好適には少なくとも8、より好適には少なくとも9、より好適には少なくとも10、より好適には少なくとも11、より好適には少なくとも12、より好適には少なくとも13、より好適には少なくとも14、より好適には少なくとも15、より好適には少なくとも16、より好適には少なくとも17、より好適には少なくとも18、より好適には少なくとも19、より好適には少なくとも20の連続する残基の配列を含む。
あるいはまた、インバリアント鎖の断片は、80個以下の残基からなり、少なくとも5の連続する残基の配列を含むが、その配列は、配列番号1の残基72-92からの少なくとも5の連続する残基、より好適には少なくとも6、より好適には少なくとも7、より好適には少なくとも8、より好適には少なくとも9、より好適には少なくとも10、より好適には少なくとも11、より好適には少なくとも12、より好適には少なくとも13、より好適には少なくとも14、より好適には少なくとも15、より好適には少なくとも16、より好適には少なくとも17、より好適には少なくとも18、より好適には少なくとも19、より好適には少なくとも20の連続する残基に関して、7個以下、より好適には6個以下、より好適には5個以下、より好適には4個以下、より適切には3個以下、より適切には2個以下、より適切にはわずかに1個の、置換、欠失、または付加を含む。
配列番号1の残基67-92からの連続配列を含むインバリアント鎖断片の部分
ある実施形態において、インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基17-97の一部分からなるが、その部分は、配列番号1の残基67-92から少なくとも10、より好適には少なくとも15、より好適には少なくとも20の連続する残基を含有する。さらに他の実施形態において、その部分は配列番号1の残基67-92を含むが、より好適なのは、それらの残基からなることである。
さらに他の実施形態において、インバリアント鎖の断片は、80個以下の残基からなり、少なくとも10の連続する残基の配列を含むが、その配列は、配列番号1の残基67-92からの少なくとも10の連続する残基と、少なくとも80%の同一性、より好適には少なくとも90%の同一性を共有している。より適切なのは、インバリアント鎖の断片が、80個以下の残基からなり、少なくとも10の連続する残基の配列を含むことであって、その配列は、配列番号1の残基67-92からの少なくとも10個の連続配列を含む。インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基67-76、68-77、69-78、70-79、71-80、72-81、73-82、74-83、75-84、76-85、77-86、78-87、79-88、80-89、81-90、82-91、もしくは83-92を含むか、またはそれらからなることが適切である。
インバリアント鎖の断片は、少なくとも15の連続する残基を含むことが適切であるが、この少なくとも15の連続する残基は、配列番号1の残基67-92からの少なくとも15の連続する残基と、少なくとも80%の同一性、より好適には少なくとも90%同一性を共有する。より好適には、インバリアント鎖の断片は、少なくとも15の連続する残基を含むが、この少なくとも15の連続する残基は、配列番号1の残基67-92からの少なくとも15の連続する残基を含む。インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基67-81、68-82、69-83、70-84、71-85、72-86、73-87、74-88、75-89、76-90、77-91、もしくは78-92を含むか、またはそれらからなることが適切である。
インバリアント鎖の断片は、少なくとも20の連続する残基を含むことが適切であるが、この少なくとも20の連続する残基は、配列番号1の残基67-92からの少なくとも20の連続する残基と、少なくとも80%の同一性、より好適には少なくとも90%同一性を共有する。好適には、インバリアント鎖の断片は、少なくとも20の連続する残基を含むが、この少なくとも20の連続する残基は、配列番号1の残基67-92からの少なくとも20の連続する残基を含む。インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基67-86、68-87、69-88、70-89、71-90、72-91、もしくは73-92を含むか、またはそれらからなることが適切である。
インバリアント鎖の断片は、少なくとも25の連続する残基を含むことが適切であるが、この少なくとも25の連続する残基は、配列番号1の残基67-92からの少なくとも25の連続する残基と、少なくとも80%の同一性、より好適には少なくとも90%同一性を共有する。好適には、インバリアント鎖の断片は、少なくとも25の連続する残基を含むが、この少なくとも25の連続する残基は、配列番号1の残基67-92からの少なくとも25の連続する残基を含む。インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基67-91、もしくは68-92を含むか、またはそれらからなることが適切である。
インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基70-92、72-92、73-92、77-92、79-92、もしくは85-92を含むことが適当であり、それらからなることがより好適である。あるいはまた、インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基67-90、67-87、もしくは67-82を含み、より好適にはそれらからなる。さらに好適には、インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基72-92もしくは77-92を含み、より好適にはそれらからなる。
インバリアント鎖の断片は、配列番号85-116から選択される配列を含むことが適切であり、その配列からなることがより好適である。
融合タンパク質は、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片を含有しないことが適切であって、そのインバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基67-92より多くの、配列番号1のの連続する残基を含有する。
ヒトp35インバリアント鎖の残基1-97および関連配列からなるインバリアント鎖の断片
ある実施形態において、インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基1-97からなる。他の実施形態において、インバリアント鎖の断片は、91〜103個、より好適には93〜101個、より好適には95〜99個、より好適には97個の残基からなり、ならびに/または、配列番号1の残基1-97と少なくとも95%の同一性、より好適には97%の同一性を共有する。インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基1-97、または配列番号1の残基1-97に対応する、配列番号5、9、11、13、および15-52の残基からなることが適当である。インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基1-97からなることが、より好適である。
融合タンパク質は、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片を含有しないことが適切であって、そのインバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基1-97より多くの、配列番号1のの連続する残基を含有する。
ヒトp35インバリアント鎖の残基17-97および関連配列からなるインバリアント鎖の断片
ある実施形態において、インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基17-97からなる。他の実施形態において、インバリアント鎖の断片は、76〜84個、より好適には78〜82個、より好適には80〜82個、より好適には81個の残基からなり、ならびに/または、配列番号1の残基17-97と少なくとも95%の同一性、より好適には97%の同一性を共有する。インバリアント鎖の断片は、より多くの配列番号53-84のうちいずれか1つからなることが適当である。インバリアント鎖の断片は、配列番号53からなることが、より好適である。
融合タンパク質は、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片を含有しないことが適切であって、そのインバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基17-97より多くの、配列番号1のの連続する残基を含有する。
ヒトp35インバリアント鎖の残基1-92および関連配列からなるインバリアント鎖の断片
ある実施形態において、インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基1-92からなる。他の実施形態において、インバリアント鎖の断片は、88〜96個、より好適には90〜95個、より好適には91〜93個、より好適には92個の残基からなり、ならびに/または、配列番号1の残基1-92と少なくとも95%の同一性、より好適には97%の同一性を共有する。インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基1-92、または配列番号1の残基1-92に対応する、配列番号5、9、11、13、および15-52の残基からなることが適当である。インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基1-92からなることが、より好適である。
融合タンパク質は、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片を含有しないことが適当であって、そのインバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基1-92より多くの、配列番号1のの連続する残基を含有する。
ヒトp35インバリアント鎖の残基17-92および関連配列からなるインバリアント鎖の断片
ある実施形態において、インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基17-92からなる。他の実施形態において、インバリアント鎖の断片は、71〜79個、より好適には74〜78個、より好適には75〜77個、より好適には76個の残基からなり、ならびに/または、配列番号1の残基1〜97、または配列番号1の残基17-92に対応する、配列番号5、9、11、13、および15-52の残基と少なくとも95%の同一性、より好適には97%の同一性を共有する。インバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基17-92からなることがより適当である。
融合タンパク質は、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片を含有しないことが適切であって、このインバリアント鎖の断片は、配列番号1の残基17-92より多くの、配列番号1のの連続する残基を含有する。
断片の大きさ、断片の位置、および断片の数
インバリアント鎖の断片は、30個未満の残基、より好適には25個未満、より好適には20個未満、より好適には15個未満、より好適には10個未満、より好適には7個未満の残基からなることが適当である。好適には、インバリアント鎖の断片は、少なくとも25個の残基、より好適には少なくとも35個、より好適には少なくとも45個、より好適には少なくとも55個、より好適には少なくとも75個の残基からなる。
インバリアント鎖の断片は、インバリアント鎖断片のN末端またはC末端により抗原配列に連結されていることが適当である。より好適には、インバリアント鎖の断片はインバリアント鎖断片のC末端により抗原配列に結合している。
インバリアント鎖の断片は、融合タンパク質のN末端またはC末端にあることが適当である。もっとも好適には、インバリアント鎖の断片は、融合タンパク質のN末端にある。
融合タンパク質は、複数のインバリアント鎖断片を含んでなることが適当である。たとえば、2個、3個、4個または5個以上のインバリアント鎖断片。インバリアント鎖の断片は抗原の内部にコードされていることが好適である。
本発明の融合タンパク質は、ポリペプチドを含有するが、該ポリペプチドは抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖断片からなり、該インバリアント鎖断片はある特定の配列からなる。「からなる」とは、インバリアント鎖断片のどちらの末端にもさらに追加の残基が存在するかもしれないが、そのインバリアント鎖のいずれかの末端の追加的な他の残基が、定義されているより大きなインバリアント鎖断片となるインバリアント鎖断片をもたらさないこと（ならびに、全長インバリアント鎖となるインバリアント鎖断片をもたらさないこと）を意味する。
当然のことながら、本発明の融合タンパク質は、WO2010057501 (これは、具体的にはそれに記載された融合物への請求権を放棄する目的で、参考として本明細書に組み入れられる)に記載の融合タンパク質ではない。
異なる種に由来するインバリアント鎖
適切には、インバリアント鎖の断片は、脊椎動物、たとえば魚類、鳥類、もしくは哺乳類などの動物に由来するインバリアント鎖のトランケート型をいう。より好適には、インバリアント鎖の断片は、哺乳動物由来のインバリアント鎖のトランケート型をいう。より好適には、インバリアント鎖の断片は、ニワトリ、ウシ、イヌ、マウス、ラット、非ヒト霊長類またはヒトからなるリストから選択される哺乳動物に由来する、インバリアント鎖のトランケート型をいう。より適切には、インバリアント鎖の断片は、ヒトまたはマウス由来のインバリアント鎖のトランケート型をいう。より適切には、インバリアント鎖の断片は、ヒト由来のインバリアント鎖のトランケート型をいう。
さまざまな種に由来するさまざまなインバリアント鎖が配列番号1、5、9、1、13、および15-52で与えられる。
異なる種に由来するインバリアント鎖：マウスインバリアント鎖
マウスインバリアント鎖については、ヒトインバリアント鎖アイソフォームp33およびp41にそれぞれ対応する2つのアイソフォームp31およびp41だけが知られている。配列番号11および配列番号12は、マウスインバリアント鎖p31アイソフォームのアミノ酸配列および核酸配列にそれぞれ対応する。配列番号13および配列番号14は、それぞれ、マウスインバリアント鎖p41アイソフォームのアミノ酸配列および核酸配列に対応する。インバリアント鎖の断片は、マウスインバリアント鎖p31またはp41アイソフォームに由来する。
本発明は、マウスインバリアント鎖の断片を用いて実施することができる。したがって、以下の態様が与えられる。
ポリペプチドを含む融合タンパク質であって、そのポリペプチドが、抗原配列に機能的に連結されたインバリアント鎖断片からなり、該インバリアント鎖断片が下記からなる、前記融合タンパク質：
(a) 配列番号11の残基1-80の一部分であって、その部分は配列番号1の残基60-75からの少なくとも5の連続する残基を含む；
(b) 80個以下の残基であって、少なくとも5の連続する残基の配列を含み、その配列は、配列番号11の残基60-75からの少なくとも5の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
(c) 配列番号11の残基1-80；
(d) 91〜103個の残基であって、配列番号11の残基1-80と少なくとも95%の同一性を共有する；または
(e) 配列番号11の残基1-75；
(f) 88〜96個の残基であって、配列番号11の残基1-75と少なくとも95%の同一性を共有する。
ポリペプチドを含む融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、そのポリペプチドが、抗原配列に機能的に連結されたインバリアント鎖断片からなり、該インバリアント鎖断片が下記からなる、前記ポリヌクレオチド：
(a) 配列番号11の残基1-80の一部分であって、その部分は配列番号1の残基60-75から少なくとも5の連続する残基を含む；
(b) 80個以下の残基であって、少なくとも5の連続する残基の配列を含み、その配列は、配列番号11の残基60-75からの少なくとも5の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
(c) 配列番号11の残基1-80；
(d) 91〜103個の残基であって、配列番号11の残基1-80と少なくとも95%の同一性を共有する；または
(e) 配列番号11の残基1-75；
(f) 88〜96個の残基であって、配列番号11の残基1-75と少なくとも95%の同一性を共有する。
ポリペプチドを含む融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含有するウイルスベクターであって、そのポリペプチドが、抗原配列に機能的に連結されたインバリアント鎖断片からなり、該インバリアント鎖断片が下記からなる、前記ウイルスベクター：
(a) 配列番号11の残基1-80の一部分であって、その部分は配列番号1の残基60-75からの少なくとも5の連続する残基を含む；
(b) 80個以下の残基であって、少なくとも5の連続する残基の配列を含み、その配列は、配列番号11の残基60-75からの少なくとも5の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
(c) 配列番号11の残基1-80；
(d) 91〜103個の残基であって、配列番号11の残基1-80と少なくとも95%の同一性を共有する；または
(e) 配列番号11の残基1-75；
(f) 88〜96個の残基であって、配列番号11の残基1-75と少なくとも95%の同一性を共有する。
ポリペプチドを含む融合タンパク質であって、そのポリペプチドが、抗原配列に機能的に連結されたインバリアント鎖断片からなり、該インバリアント鎖断片が下記からなる、前記融合タンパク質：
(a) 配列番号11の残基1-80の一部分であって、その部分は配列番号1の残基50-75からの少なくとも10の連続する残基を含む；
(b) 80個以下の残基であって、少なくとも10の連続する残基の配列を含み、その配列は、配列番号11の残基50-75からの少なくとも10の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
(c) 配列番号11の残基1-80；
(d) 91〜103個の残基であって、配列番号11の残基1-80と少なくとも95%の同一性を共有する；または
(e) 配列番号11の残基1-75；
(f) 88〜96個の残基であって、配列番号11の残基1-75と少なくとも95%の同一性を共有する。
ポリペプチドを含む融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、そのポリペプチドが、抗原配列に機能的に連結されたインバリアント鎖断片からなり、該インバリアント鎖断片が下記からなる、前記ポリヌクレオチド：
(a) 配列番号11の残基1-80の一部分であって、その部分は配列番号1の残基50-75からの少なくとも10の連続する残基を含む；
(b) 80個以下の残基であって、少なくとも10の連続する残基の配列を含み、その配列は、配列番号11の残基50-75からの少なくとも10の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
(c) 配列番号11の残基1-80；
(d) 91〜103個の残基であって、配列番号11の残基1-80と少なくとも95%の同一性を共有する；または
(e) 配列番号11の残基1-75；
(f) 88〜96個の残基であって、配列番号11の残基1-75と少なくとも95%の同一性を共有する。
ポリペプチドを含む融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含有するウイルスベクターであって、そのポリペプチドが、抗原配列に機能的に連結されたインバリアント鎖断片からなり、該インバリアント鎖断片が下記からなる、前記ウイルスベクター：
(a) 配列番号11の残基1-80の一部分であって、その部分は配列番号1の残基50-75からの少なくとも10の連続する残基を含む；
(b) 80個以下の残基であって、少なくとも10の連続する残基の配列を含み、その配列は、配列番号11の残基50-75からの少なくとも10の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
(c) 配列番号11の残基1-80；
(d) 91〜103個の残基であって、配列番号11の残基1-80と少なくとも95%の同一性を共有する；または
(e) 配列番号11の残基1-75；
(f) 88〜96個の残基であって、配列番号11の残基1-75と少なくとも95%の同一性を共有する。
より詳細には、上記の部分は、配列番号11の残基53-75、55-75、56-75、60-75、62-75、または68-75を含むことができるが、より好適には、それらからなるとすることができる。あるいはまた、上記の部分は、配列番号11の残基50-73、50-70、または50-65を含むことができるが、より好適には、それらからなるとすることができる。さらに好適には、上記の部分は、配列番号11の残基55-75、または60-75を含むことができるが、より好適には、それらからなるとすることができる。
機能的連結(機能的に有効な結合)
本発明によれば、インバリアント鎖の断片は、抗原配列に機能しうるように連結される。機能的連結(機能的に有効な結合)とは、融合タンパク質を投与する際に、抗原配列に直接結合したインバリアント鎖断片とほぼ同程度に、そのインバリアント鎖断片が抗原配列に対する免疫応答を強めるように、インバリアント鎖の断片と抗原配列とを結合するか、またはコードされたインバリアント鎖断片と抗原配列とを結合する、アミノ酸残基もしくはヌクレオチドの直接的な結合を指すか、または、それらの配列を指す。直接的な結合は、第1のポリヌクレオチドの3'末端が、核酸の介在なしに第2の配列の5'末端に直接隣接している場合である。あるいはまた、ORFは、介在する核酸が存在するように間接的に連結されていてもよい。たとえば、介在する核酸は、非翻訳性であってもよく、またはアミノ酸配列、例えばペプチドリンカーをコードしていてもよい。機能しうるように連結された核酸は、直接連結されたポリペプチドをコードしていてもよく、すなわち、コードされたポリペプチドのカルボキシ末端(C末端)は、第2のコードされたポリペプチドのアミノ末端(N末端)に直接隣接している。あるいはまた、機能しうるように連結された核酸は、コードされたポリペプチド間に介在アミノ酸が存在するように、間接的に連結されたポリペプチドをコードしていてもよい。このような介在アミノ酸は、本明細書では、ペプチド配列またはリンカーと呼ばれる。
ある実施形態において、インバリアント鎖の断片は、抗原配列に直接結合している。別の実施形態では、インバリアント鎖の断片は、抗原配列に間接的に連結される。適切には、インバリアント鎖の断片は、ペプチド配列によって間接的に、抗原配列に連結される。ペプチド配列は、グリシンおよびセリンを含むことが適当であるが、配列GlySerからなることがより適切である。あるいは、ペプチド配列は、AscIリンカーを含むか、またはAscIリンカーからなるが、このリンカーは、ポリペプチド配列ArgArgAlaを有するリンカーであって、ポリヌクレオチド配列AGGCGCGCCによってコードされる。あるいはまた、ペプチド配列は、resリンカーを含むか、またはより適切にはresリンカーからなるが、このリンカーは、ポリペプチド配列SerAspArgTyrLeuAsnArgArgAla (配列番号119)を有するリンカーであって、ポリヌクレオチド配列AGCGATCGCTATTTAAATAGGCGCGCC (配列番号120)によりコードされる。あるいは、ペプチド配列は、ヒトインフルエンザヘマグルチニン(HA)タグ (ポリペプチド配列番号121、ポリヌクレオチド配列番号122)を含むが、このHAタグからなることがより好適である。
ペプチド配列は、配列番号1の残基98-100の連続配列を含まないことが適当であるが、より適切には残基98-105、より適切には残基98-110、より適切には残基98-125、より適切には残基98-150の連続配列を含まない。ペプチド配列は、配列番号1の残基98-232からの11の連続する残基以上の連続配列を含まないことが適切であるが、より好適には8の連続する残基以上、より好適には6の連続する残基以上、より好適には4の連続する残基以上の連続配列を含まない。
ペプチド配列は、配列番号1の残基93-100の連続配列を含まないことが適切であるが、より好適には残基93-105、より好適には残基93-110、より好適には残基93-125、より好適には残基93-150の連続配列を含まない。
ペプチド配列は、配列番号1の残基93-232から11の連続する残基以上の連続配列を含まないことが適当であるが、より好適には8の連続する残基以上、より好適には6の連続する残基以上、より好適には4の連続する残基以上の連続配列を含まない。
本明細書を通じて、「〜の連続配列を含まない」という表現は、当該配列が、言及される連続配列全体を含まないことを意味する。
ペプチド配列は50個以下の残基からなることが適当であるが、より好適には30個以下、より好適には10個以下、より好適には5個以下の残基からなる。
抗原配列
抗原配列は、免疫応答を引き起こすことができる少なくとも1つのエピトープを含有するポリペプチドである。抗原配列、抗原タンパク質、抗原断片、抗原および免疫原という用語は、本明細書では同義的に使用される。エピトープ(抗原決定基としても知られる)は、免疫系によって認識される抗原配列の一部分である。適切には、この認識は、抗体、B細胞またはT細胞の当該エピトープとの結合によってなされる。抗体またはB細胞が結合したエピトープをB細胞エピトープと呼び、T細胞が結合したエピトープをT細胞エピトープと称する。当然のことながら、結合とは、抗体もしくはT細胞受容体(TCR)と個々のエピトープとの間の結合定数が1 x 105 M-1 以上であるか、または1 x 106 M-1 、1 x 107 M-1 、1 x 108 M-1 以上である結合として定義される。「エピトープ」という用語は、立体構造エピトープならびに非立体構造エピトープを指す。立体構造エピトープおよび非立体構造エピトープは、前者との結合が変性溶媒の存在下で失われるのに対して、後者との結合は失われないという点で区別される。T細胞エピトープは非立体構造的であり、すなわち、このエピトープは線状であるが、B細胞エピトープは立体構造的であっても、非立体構造的であってもよい。線状の（リニア）B細胞エピトープは、典型的には、長さが5〜20アミノ酸までさまざまである。
融合タンパク質は複数の抗原配列を含むことが適当である。抗原配列は病原体に由来することが適当である。抗原配列は、ウイルス、細菌、原虫および多細胞性寄生虫からなる一群から選択される病原体に由来することが適当である。他の実施形態において、抗原配列はがん細胞に由来する。
抗原配列は、B細胞応答、またはT細胞応答、またはB細胞応答およびT細胞応答を誘導する。したがって、抗原タンパク質または抗原断片は、少なくとも1つのT細胞エピトープおよび/または少なくとも1つのB細胞エピトープを含む。
抗原配列をコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号4、配列番号8、または配列番号117からなるリストから選択される配列を含むことが適当である。
マウスインバリアント鎖断片に関する以下の実施例は、アデノウイルス5型（Ad5）ベクター内に配置されたときに、そうした断片がオボアルブミン（OVA）抗原の免疫原性およびOVA抗原の提示に及ぼす影響を示す。OVAは、弱い免疫原性を示すのに十分な大きさ、および複雑さを有する糖タンパク質である。このため、OVAは、ワクチン接種実験にしばしば使用されるよく知られたモデル抗原であって、これに関する知見は他の抗原にも等しくあてはまることが期待される。
ベクター
ある実施形態において、本発明のポリヌクレオチドはベクター内に含まれる。
適切には、ベクターは、ウイルスベクター、細菌性ベクター（サルモネラ属(Salmonella)もしくはリステリア属(Listeria)など）および脂質ナノ粒子(LNP)（たとえばSAM（登録商標） - LNPにより輸送される合成の自己増幅性mRNA）からなるリストの1つもしくはいくつかから選択される。
ウイルスベクターは、生物の細胞内に異種核酸を導入する能力を有する、異種核酸を含有するウイルスである。本発明の文脈において、異種核酸によってコードされる抗原およびインバリアント鎖断片は、ウイルスベクターによって導入されると、当該細胞内で発現されると考えられる。
組換えウイルスベクターは、組換えポリヌクレオチドを含有するウイルスベクターであって、元の組換えウイルスベクターの複製も含まれる。好適には、ウイルスベクターは、アデノウイルスベクター(adenovirus vector)(本明細書では“adenoviral vectors”もしくは単に“adenovirus”とも称される)、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター(たとえば、AAV 5型および2型)、アルファウイルス(たとえば、ベネズエラウマ脳炎ウイルス(VEE)、シンドビスウイルス(SIN)、セムリキ森林熱ウイルス(SFV)、およびVEE-SINキメラ)、ヘルペスウイルスベクター(たとえば、アカゲザルサイトメガロウイルス(RhCMV)のようなサイトメガロウイルス由来のベクター)、アレナウイルスベクター(たとえば、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(LCMV)ベクター)、麻疹ウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、パラミクソウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、水疱性口内炎ウイルスベクター、レトロウイルス、レンチウイルス、およびウイルス様粒子(VLP)からなる一群から選択される。
特定の実施形態において、ウイルスベクターはアデノウイルスベクターである。アデノウイルスは、さまざまな標的組織において高効率の遺伝子導入を達成できる能力、ならびに大きな導入遺伝子を収容できる能力に起因して、遺伝子導入用途に広く用いられてきた。本発明において使用されるアデノウイルスベクターは、さまざまな哺乳動物宿主に由来するものとすることができる。さまざまな哺乳動物種に感染する、100を超える異なる血清型のアデノウイルスが単離されている。これらのアデノウイルス血清型は、配列相同性に従い、赤血球凝集能に基づいて、6つの亜属(A-F：BはさらにB1およびB2に分けられる)に分類されている(Tatsis and Ertl 2004)。
本発明に使用されるアデノウイルスベクターはヒトアデノウイルスに由来することが適当である。ヒト由来アデノウイルスの例には、Ad1、Ad2、Ad4、Ad5、Ad6、Ad11、Ad19、Ad24、Ad34、およびAd35がある。Ad5に基づくベクターは、多くの遺伝子治療試験において広く使用されてきたが、自然感染により一般集団に既存の免疫が存在するため、Ad5および他のヒトC群アデノウイルスベクターの使用には制限がある可能性がある。Ad5および他のヒトC群メンバーは、もっとも血清有病率の高い血清型に含まれる傾向がある。さらに、治療時のベクターへの暴露の結果として、存在するベクターに対する免疫が発現する可能性がある。このような、血清有病率の高いベクターに対する既存の免疫および発現した免疫は、遺伝子治療もしくはワクチン接種の取り組みの有効性を制限する可能性がある。したがって、代わりとなる他のアデノウイルス血清型は、宿主免疫応答を回避することができる遺伝子導入系の達成に向けて非常に重要なターゲットとなる。
当然のことながら、アデノウイルスは、ヘキソン、ペントンおよび/またはファイバータンパク質を含み、ヘキソン、ペントンおよびファイバータンパク質のうち1つまたは2つ以上は、配列番号123、配列番号124、もしくは配列番号125と、少なくとも95%の同一性、または、より好適には少なくとも98%の同一性を共有し、または、より好適にはそれらと同一である。これらの配列は、Ad5のヘキソン、ペントン、およびファイバータンパク質配列である。
あるいはまた、本発明で使用するアデノウイルスベクターは、非ヒトサルアデノウイルスに由来する。多数のアデノウイルスがヒト以外のサル、たとえばチンパンジー、ボノボ、アカゲザルおよびゴリラから単離されており、これらのアデノウイルスに由来するベクターは、これらのベクターがコードする導入遺伝子に対して強い免疫応答を誘導する（Colloca et al. 2012; Roy et al. 2004; Roy et al. 2010）。非ヒトサルアデノウイルスに基づくベクターの確かな利点としては、標的とする集団においてこれらのアデノウイルスに対する交差中和抗体が相対的に欠如していることが挙げられる。たとえば、既存の中和抗体応答による特定のチンパンジーアデノウイルスの交差反応は、あるヒトアデノウイルスベクター候補の場合の35%と比べて、標的集団のわずか2%にしか存在しない。
アデノウイルスベクターは、たとえばChAd3、ChAd63、ChAd83、ChAd155、Pan 5、Pan 6、Pan 7 (C7とも称される)またはPan 9などのチンパンジーアデノウイルスである、非ヒトサルアデノウイルスに由来することが適当である。このような株の例は、WO03/000283、WO2005/071093、WO2010/086189およびGB1510357.5に記載されており、American Type Culture Collection, 10801 University Boulevard, Manassas, Virginia 20110-2209、およびその他の供給源から入手することができる。あるいはまた、アデノウイルスベクターは、ボノボから単離された非ヒトサルアデノウイルス、PanAd1、PanAd2もしくはPanAd3に由来してもよい。本明細書に記載のこうしたベクターの例は、たとえばWO2005/071093 and WO2010/086189に見出すことができる。アデノウイルスベクターは、WO2013/52799, WO2013/52811およびWO2013/52832に記載のようにゴリラから単離されたアデノウイルス由来であってもよい。
アデノウイルスはヘキソンおよび/またはファイバータンパク質を含有し、そのヘキソンおよびファイバータンパク質のうち1つもしくは2つ以上が、それぞれ、配列番号126または配列番号127と、少なくとも95%の同一性、またはより好適には少なくとも98%の同一性を共有し、あるいはより好適にはそれらと同一であることが適当である。これらはChAd3のヘキソンおよびファイバータンパク質配列である。
アデノウイルスはヘキソンおよび/またはファイバータンパク質を含有し、そのヘキソンおよびファイバータンパク質のうち1つもしくは2つ以上が、それぞれ、配列番号128または配列番号129と、少なくとも95%の同一性、またはより好適には少なくとも98%の同一性を共有し、あるいはより好適にはそれらと同一であることが適当である。これらはChAd19のヘキソンおよびファイバータンパク質配列である。
アデノウイルスはヘキソンおよび/またはファイバータンパク質を含有し、そのヘキソンおよびファイバータンパク質のうち1つもしくは2つ以上が、それぞれ、配列番号130または配列番号131と、少なくとも95%の同一性、またはより好適には少なくとも98%の同一性を共有し、あるいはより好適にはそれらと同一であることが適当である。これらはChAd63のヘキソンおよびファイバータンパク質配列である。
アデノウイルスはヘキソン、ペントンおよび/またはファイバータンパク質を含有し、そのヘキソン、ペントンおよびファイバータンパク質のうち1つもしくは2つ以上が、それぞれ、配列番号132、配列番号133または配列番号134と、少なくとも95%の同一性、またはより好適には少なくとも98%の同一性を共有し、あるいはより好適にはそれらと同一であることが適当である。これらはChAd155のヘキソン、ペントンおよびファイバータンパク質配列である。
アデノウイルスは、いくつかの他の微量タンパク質VI、VIII、IX、IIIaおよびIVa2とともに3つの主要なタンパク質、ヘキソン(II)、ペントンベース(III)およびノブ状のファイバー(IV)を含む二十面体のカプシドを有する特徴的な形態を有する。ウイルスゲノムは、線状、二本鎖DNAである。ウイルスDNAは、高塩基性タンパク質VIIおよび小ペプチドpX(かつてmuと呼ばれた)と密接に結びついている。別のタンパク質、Vは、このDNA-タンパク質複合体と共にパッケージングされ、タンパク質VIを介してカプシドヘの構造的なリンクを提供する。ウイルスは、ウイルスにコードされたプロテアーゼも含有するが、これは、成熟した感染性ウイルスを生成するために、一部の構造タンパク質のプロセシングに必要である。
アデノウイルスゲノムは十分に特徴が明らかにされている。アデノウイルスゲノムの全体的な構成において、同様に配置された特定のオープンリーディングフレーム、たとえば、各ウイルスのE1A、E1、E2A、E2B、E3、E4、L1、L2、L3、L4およびL5遺伝子の位置に関して、全般的な保存が存在する。アデノウイルスゲノムの各末端は、逆位末端反復配列(ITR)として知られる配列を含むが、これはウイルス複製に必要である。ウイルスはまた、ウイルスにコードされたプロテアーゼを含有するが、これは、感染性ビリオンを産生するために必要とされる一部の構造タンパク質のプロセシングに必要である。アデノウイルスゲノムの構造は、ウイルス遺伝子が宿主細胞に導入された後に発現される順序に基づいて説明される。より具体的には、ウイルス遺伝子は、転写がDNA複製開始前に起こるか、後に起こるかに応じて、初期(E)または後期(L)遺伝子と称される。形質導入の初期段階において、アデノウイルスのE1A、E1B、E2A、E2B、E3およびE4遺伝子が発現され、ウイルス複製のために宿主細胞を準備する。感染の後期に、後期遺伝子L1〜L5の発現が活性化されるが、これはウイルス粒子の構造成分をコードする。
複製可能なアデノウイルスは、細胞内に含まれる任意の組換えヘルパータンパク質の非存在下で宿主細胞中で複製することができるアデノウイルスである。適切には、複製可能なアデノウイルスは、次のインタクトな、すなわち機能的な、必須の初期遺伝子：E1A、E1B、E2A、E2B、E3、およびE4を含む。特定の動物から単離された野生型アデノウイルスは、その動物において複製可能である。
複製能力のない、もしくは複製欠損のアデノウイルスとは、E1A、E1B、E2A、E2B、E3、およびE4（たとえばE3 ORF1、E3 ORF2、E3 ORF3、E3 ORF4、E3 ORF5、E3 ORF6、E3 ORF7、E3 ORF8、E3 ORF9、E4 ORF7、E4 ORF6、E4 ORF5、E4 ORF4、E4 ORF3、E4 ORF2および/またはE4 ORF1など）から選択されるアデノウイルス遺伝子の1つもしくは2つ以上のような、ウイルス複製に不可欠の遺伝子産物をコードする遺伝子の、少なくとも機能的欠失（すなわち「機能喪失」変異）、または完全な除去を含むように操作されたために、複製する能力を持たないアデノウイルスであって、前記機能的欠失とは、すなわち、遺伝子を完全に除去することなしに遺伝子の機能を損なう欠失もしくは変異、たとえば人工終止コドンの導入、活性部位もしくは相互作用ドメインの欠失もしくは変異、遺伝子の制御配列の変異もしくは欠失などである。EIおよびE3遺伝子が欠失していることが適当である。より適切には、E1、E3およびE4遺伝子が欠失している。Ad5ベクターを用いる場合、E1、E3、およびE4遺伝子は、Ad5 E4 ORF6の再挿入によって欠失することが適当である。PanAd3ベクターを用いる場合、E1およびE4遺伝子は、Ad5 E4 ORF6の挿入により欠失することが適当である。ChAd3ベクターを用いる場合、適切には、E1、E3、およびE4遺伝子は、Ad5 E4 ORF6の挿入により欠失している。
哺乳動物（たとえばヒト）細胞への遺伝子導入のためのアデノウイルスベクターの構築に関して、さまざまな改変アデノウイルス核酸配列をそのベクターに用いることができる。たとえば、アデノウイルスの遅延初期遺伝子E3の全部または一部を、組換えウイルスの一部をなすアデノウイルス配列から除去することができる。E3の機能は、組換えウイルス粒子の機能および産生とは無関係であると考えられる。アデノウイルスベクターはまた、E4遺伝子の少なくともORF6領域の欠失を有するように構築することができるが、この領域の機能の重複性のため、E4領域全体の欠失がより望ましい。本発明のさらに別のベクターは、遅延初期遺伝子E2Aにおける欠失を含む。欠失は、アデノウイルスゲノムの後期遺伝子L1〜L5のいずれかになされてもよい。同様に、中期遺伝子IXおよびIVa2の欠失は、目的によっては有用となりうる。他の構造もしくは非構造アデノウイルス遺伝子において、他の欠失を行うことができる。上記の欠失は個々に用いられてもよく、すなわち、本明細書に記載のように使用されるアデノウイルス配列は、ただ1つの領域だけに欠失を含有することもある。あるいはまた、生物活性を損なうために有効な遺伝子全体またはその一部分の欠失を、任意に組み合わせて用いてもよい。
1つもしくは複数の不可欠なアデノウイルス配列（たとえば、E1A、E1B、E2A、E2B、E4 ORF6、L1、L2、L3、L4およびL5）を欠いたアデノウイルスは、アデノウイルス粒子のウイルス感染性および増殖に必要な、欠損したアデノウイルス遺伝子産物の存在下で培養することができる。これらのヘルパー機能は、1つもしくは複数のヘルパー構築物（たとえばプラスミドウイルス）またはパッケージング宿主細胞の存在下でアデノウイルスを培養することによって提供することができる。
ウイルスベクターはポックスウイルスベクターであることが適当である。ポックスウイルス科は、二本鎖DNAからなるゲノムで特徴付けられる。好適には、ポックスウイルスベクターは、コードポックスウイルス亜科に属し、より好ましくは、オルソポックスウイルス属、パラポックスウイルス属、ヤタポックスウイルス属、アビポックスウイルス属（好ましくはカナリア痘瘡ウイルス(ALVAC)もしくは鶏痘ウイルス(FPV)）およびモルシポックスウイルス属からなる一群から選択される、前記亜科内の属に属す。さらに好ましくは、ポックスウイルスベクターは、オルソポックスウイルス属に属し、ワクシニアウイルス、NYVAC（ワクシニアのコペンハーゲン株に由来する）、改変ワクシニアアンカラ(MVA)、牛痘ウイルスおよびサル痘ウイルスからなる一群から選択される。もっとも好ましくは、ポックスウイルスベクターはMVAである。
MVAに関する説明は、Mayr A, Stickl H, Mueller HK, Danner K, Singer H. 1978、およびMayr, A., Hochstein-Mintzel, V. & Stickl, H. 1975に見出すことができる。
MVAは、ニワトリ胚線維芽細胞において570継代以上にわたって、複数の、完全に特徴の明らかな欠失を経た、高度に弱毒化されたワクシニアウイルス株である。これらは、宿主域遺伝子およびサイトカイン受容体をコードする遺伝子を含んでいた。このウイルスは、ヒトおよびほとんどの他の哺乳動物細胞において効率的に複製することができないが、複製欠損はビリオン構築の後期段階で生じ、ウイルス遺伝子および組換え遺伝子の発現が損なわれないようにして、MVAを、哺乳動物に感染を引き起こす能力のない効率的なシングルラウンド発現ベクターとする。ある実施形態において、MVAは、CEF細胞でワクシニアウイルスを継代した571代目から得られた、ウイルスシードバッチ460 MGに由来する。別の実施形態において、MVAはウイルスシードバッチMVA 476 MG/14/78に由来する。さらに他の実施形態において、MVAは、1978年12月31日以前に誘導または製造され、プリオン汚染はない。
融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドに加えて、ベクターはまた、ベクターでトランスフェクトされた細胞内で、その転写、翻訳および/または発現を可能にするように、コード化ポリヌクレオチドに機能しうるように連結された通常の調節エレメントを含むことができる。
発現調節配列には、適切な転写開始、終結、プロモーターおよびエンハンサー配列；ウサギβグロビンポリAなどを含む、スプライシングおよびポリアデニル化（polyA）シグナルのような効率的なRNAプロセシングシグナル；細胞質mRNAを安定化する配列；翻訳効率を高める配列（Kozakコンセンサス配列）；タンパク質安定性を高める配列；ならびに、必要に応じて、コードされた産物の分泌を高める配列が含まれる。他の配列の中で、キメライントロンを使用することができる。
プロモーターは、RNAポリメラーゼの結合を可能にし、遺伝子の転写を指示するヌクレオチド配列である。典型的には、プロモーターは、遺伝子の5’非コード領域内、遺伝子の転写開始部位に近接して配置されている。転写開始時に機能するプロモーター内の配列エレメントは、コンセンサスヌクレオチド配列によって特徴付けられることが多い。プロモーターの例としては、細菌、酵母、植物、ウイルスおよび哺乳動物(ヒトを含む)からのプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。内部プロモーター、天然プロモーター、構成的プロモーター、誘導性プロモーターおよび組織特異的プロモーターであるプロモーターを含めて、多数の発現調節配列が当技術分野で知られており利用可能である。
構成的プロモーターの例としては、TBGプロモーター、レトロウイルス性ラウス肉腫ウイルス(RSV) LTRプロモーター（必要に応じてRSVエンハンサーを含む）、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター（必要に応じてCMVエンハンサーを含む、たとえばBoshart et al. 1985を参照されたい）、CASIプロモーター、SV40プロモーター、ジヒドロ葉酸還元酵素プロモーター、βアクチンプロモーター、ホスホグリセロールキナーゼ(PGK)プロモーター、およびEF1aプロモーター(Invitrogen)が挙げられる。適切には、プロモーターは、HCVプロモーターまたはそのバリアントであり、より適切には、ヒトCMV(HCMV)プロモーターまたはそのバリアントである。
マウスインバリアント鎖断片に関する下記の実施例は、アデノウイルス5型（Ad5）ベクター内に配置されたときに、そうした断片がOVA抗原の免疫原性およびOVA抗原提示に及ぼす影響を実証する。Ad5は有効なワクチンベクターであることが判明している（たとえば、Tatsis and Hildegund 2004を参照されたい）。本明細書の実施例で与えられるAd5ベクターに関する知見は、他のベクター、たとえば細菌ベクターおよび合成脂質ナノ粒子などにも等しく当てはまることが期待できる。細菌ベクターの場合、本明細書に記載のインバリアント鎖断片は、特に、そうしたベクターによって引き起こされるCD8+ T細胞応答に好ましい影響を及ぼすことが期待される。
医薬組成物およびアジュバント
本発明の融合タンパク質、ポリヌクレオチドまたはベクターは、医薬組成物中に含まれることが考えられる。医薬組成物には、製薬上許容される担体(キャリア)が含まれることが適当である。ワクチンは、特定の疾患に対する獲得免疫を提供する医薬組成物である。本発明は、本発明の融合タンパク質、ポリヌクレオチドまたはベクターを含むワクチンを提供する。
ベクターは、等張食塩水または他の等張塩類溶液のような製薬上または生理学的に許容される担体に懸濁または溶解することによって投与用に調製することができる。適当な担体は当業者には明らかであり、大部分は投与経路によって決まってくる。本明細書に記載の組成物は、好適には生分解性の生体適合性ポリマーを使用して、持続放出製剤として投与するか、またはミセル、ゲルおよびリポソームを用いた現場での送達によって投与することができる。
本明細書で使用される「担体(キャリア)」という用語は、治療上有効な成分がそれとともに投与される、賦形剤、添加剤、もしくは基剤などの薬理学的に不活性な物質を意味するが、これらに限定されない。このような製薬担体は、液体または固体とすることができる。液体担体には、生理食塩水、ならびに石油、動物、植物または合成起源などの油、たとえば、ピーナッツ油、大豆油、鉱油、ゴマ油、のような滅菌液が挙げられるが、これに限定されない。生理食塩水、ならびにデキストロースおよびグリセロール水溶液を液体担体として、特に注射液用に、使用することもできる。生理食塩水は、医薬組成物が静脈内に、またはネブライザーにより鼻腔内に投与される場合に、好ましい担体の一つである。
適当な医薬品添加物には、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセリン、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセリン、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどがある。適当な製薬担体の例は、E. W. Martin により"Remington's Pharmaceutical Sciences"に記載されている。
「アジュバント」という用語は、細胞性免疫レベルまたは体液性免疫レベルのいずれかにおいて、組成物の有効成分に対する免疫応答を、増強、刺激、活性化、強化、または調整する薬剤（医薬）を意味し、たとえば、免疫学的アジュバントは実際の抗原に対する免疫系の応答を刺激するが、免疫学的効果自体を有するわけではない。本発明の医薬組成物はアジュバントを含むことが適当である。
このようなアジュバントの例としては、無機アジュバント（たとえば、リン酸アルミニウムもしくは水酸化アルミニウムなどの無機金属塩）、有機アジュバント（たとえば、QS21などのサポニン、またはスクアレン）、油性アジュバント（たとえば、フロイント完全アジュバントおよびフロイント不完全アジュバント）、サイトカイン（たとえば、IL-1β、IL-2、IL-7、IL-12、IL-18、GM-CFS、およびIFN-γ）、粒子アジュバント（たとえば、免疫刺激複合体(ISCOMS)、リポソーム、または生分解性ミクロスフェア）、ビロソーム、細菌アジュバント（たとえば、3-デ-O-アシル化モノホスホリルリピドA (3D-MPL)などのモノホスホリルリピドA、またはムラミルペプチド）、合成アジュバント（たとえば、非イオン性ブロックコポリマー、ムラミンペプチド類似体、または合成リピドA）、合成ポリヌクレオチドアジュバント（たとえば、ポリアルギニンまたはポリリジン)、および非メチル化CpGジヌクレオチド(CpG)を含む免疫賦活性オリゴヌクレオチドが挙げられるが、それらに限定されない。
適当なアジュバントは、モノホスホリルリピドA（MPL）、特に3-デ-O-アシル化モノホスホリルリピドA (3D-MPL)である。化学的には、3-デ-O-アシル化モノホスホリルリピドAと4、5、もしくは6アシル化鎖のいずれかとの混合物として供給されることが多い。それは、GB 2122204Bに記載の方法により精製して調製することができるが、この文献は、ジホスホリルリピドA、およびその3-O-脱アシル化バリアントの調製も開示している。他の精製および合成リポ多糖類が記載されている（U.S. Pat. No. 6,005,099およびEP 0 729 473 B1; Hilgers et al. 1986; Hilgers et al. 1987; およびEP 0 549 074 B1）。
サポニンもまた好適なアジュバントである（Lacaille-Dubois, M and Wagner, H 1996を参照されたい）。たとえば、サポニンQuil A（南米の樹木Quillaja Saponaria Molinaの樹皮に由来する）およびその画分がU.S. Pat. No. 5,057,540およびKensil 1996; and EP 0 362 279 B1に記載されている。Quil Aの精製画分はQS21およびQS17などの免疫賦活剤としても知られている；これらの製造方法は、U.S. Pat. No. 5,057,540 およびEP 0 362 279 B1に記載されている。上記文献にはQS7（Quil Aの非溶血性画分）も記載されている。QS21の使用は、さらにKensil et al 1991に記載されている。QS21とポリソルベートまたはシクロデキストリンの組合せも知られている（WO 99/10008）。QS21およびQS7などのQuil Aの画分を含む粒子アジュバント系は、WO 96/33739およびWO 96/11711に記載されている。
もう1つのアジュバントが、非メチル化CpGジヌクレオチド（CpG）を含有する免疫賦活性オリゴヌクレオチドである（Krieg 1995）。CpGはDNA中に存在するシトシン-グアノシンジヌクレオチドモチーフの略号である。CpGは、全身経路および粘膜経路の両者によって投与された場合にアジュバントとして知られている（WO 96/02555, EP 468520, Davis et al 1998; McCluskie and Davis 1998）。CpGは、ワクチンに製剤された場合、遊離抗原とともに遊離溶液中で投与されることがあり（WO 96/02555）、あるいは抗原に共有結合していてもよく（WO 98/16247）、あるいは水酸化アルミニウムなどの担体とともに製剤されてもよい（Brazolot-Millan et al. 1998）。
上記のようなアジュバントは、リポソーム。水中油型エマルション、および/または金属塩（水酸化アルミニウムなどのアルミニウム塩を含む）などの担体とともに製剤することができる。たとえば、3D-MPLは水酸化アルミニウム（EP 0 689 454）または水中油型エマルション（WO 95/17210）とともに製剤することができる；QS21はコレステロール含有リポソーム（WO 96/33739）、水中油型エマルション（WO 95/17210）、またはミョウバン（WO 98/15287）とともに製剤することができる；CpGは、ミョウバン（Brazolot-Millan、上記）または他のカチオン性担体とともに製剤することができる。
アジュバントの組合せ、具体的には、モノホスホリルリピドAとサポニン誘導体との組み合わせ（たとえば、WO 94/00153; WO 95/17210; WO 96/33739; WO 98/56414; WO 99/12565; WO 99/11241を参照されたい）、より具体的には、WO 94/00153に記載のQS21と3D-MPLとの組み合わせ、またはWO 96/33739に記載のようにQS21がコレステロール含有リポソーム（DQ）内でクエンチされている組成物を本発明において利用することができる。あるいはまた、CpGとQS21などのサポニンとの組み合わせは、本発明での使用に適したアジュバントである。水中油型エマルション中にQS21、3D-MPLおよびトコフェロールを含む強力なアジュバント製剤がWO 95/17210に記載されており、もう1つの、本発明用の製剤である。サポニンアジュバントは、リポソーム中で製剤し、免疫賦活性オリゴヌクレオチドと組み合わせることができる。したがって、適当なアジュバント系としては、たとえば、モノホスホリルリピドA、好ましくは3D-MPLをアルミニウム塩と合わせた組み合わせが挙げられる（たとえば、WO00/23105に記載）。他に例として挙げられるアジュバントはQS21および/またはMPLおよび/またはCpGを含有する。QS21はWO 96/33739に記載のようにコレステロール含有リポソーム中でクエンチされていてもよい。
他に適当なアジュバントとしては、WO9850399またはU.S. Pat. No. 6,303,347（AGPの調製方法も開示されている）に記載のようなアルキルグルコサミニドホスフェート（AGP）、またはU.S. Pat. No. 6,764,840に記載の、AGPの製薬上許容される塩が挙げられる。AGPにはTLR4アゴニストであるものがあり、またTLR4アンタゴニストであるものもある。両者とも、アジュバントとして有用であると考えられる。
ある実施形態において、本発明にしたがって、医薬として使用するための融合タンパク質、ポリヌクレオチド、ウイルスベクター、または医薬組成物が与えられる。適切には、融合タンパク質、ポリヌクレオチド、ウイルスベクター、または医薬組成物は、B型肝炎ウイルス感染またはC型肝炎ウイルス感染の治療または予防用である。B型肝炎ウイルス感染またはC型肝炎ウイルス感染の予防または治療用の医薬(薬剤)の製造に、本発明の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、ウイルスベクター、または医薬組成物を使用することも与えられる。また、B型肝炎ウイルス感染またはC型肝炎ウイルス感染を治療または予防する方法も提供されるが、その方法は、必要な人に、有効量の本発明の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、ウイルスベクター、または医薬組成物を投与することを含む。
投与
ある実施形態において、ベクターは鼻腔内、筋肉内、皮下、皮内、胃内、経口、直腸または局所経路で投与される。
鼻腔内投与は、肺を含めた気道のすべての粘膜へのベクターの投与である。より詳細には、組成物は、鼻の粘膜に投与される。ある実施形態において、鼻腔内投与は噴霧またはエアロゾルによって達成される。他の実施形態において、前記投与は、針などの機械的手段による粘膜の穿孔を伴わない。筋肉内投与とは、個体の任意の筋肉へのベクターの注射をいう。典型的な筋肉内注射は、三角筋、外側広筋、または腹側殿筋、および背側殿筋の区域に投与される。皮下投与とは、皮下組織へのベクターの注射をいう。皮内投与とは、皮膚層の間の真皮へのベクターの注射をいう。胃内投与とは、胃への直接的なベクターの投与をいう。経口投与とは、口を経由した胃組織へのベクターの投与をいう。局所投与は、皮膚を針または同等のデバイスで貫通させることなく、皮膚または粘膜の任意の部分にベクターを投与することである。ベクターは、口腔、鼻、性器部および/または直腸の粘膜に局所的に投与することができる。局所投与は、舌下および/または頬側投与のような投与手段を含む。舌下投与は、舌の下へのベクターの投与である（たとえば、口腔用薄膜（OTF）による）。頬側投与は、頬の頬側粘膜を介したベクターの投与である。
本発明の融合タンパク質、ポリヌクレオチドまたはベクターは、免疫応答をプライミングするために使用することができる。「免疫応答をプライミングする」という表現は、免疫系の抗原配列との初回遭遇、およびその後の一定期間内の抗原特異的免疫応答の誘導をいう。ある実施形態において、個体の免疫系の、抗原特異的免疫応答を誘導しない抗原配列との遭遇は、「免疫応答をプライミングする」とはみなされない。たとえば、個体の免疫系の、免疫を誘導しない抗原配列との遭遇は、本発明によれば「免疫応答をプライミングする」とはみなされない。他の実施形態において、免疫の誘導は、メモリーB細胞および/またはメモリーT細胞の生成によってもたらされる。たとえば、がんの場合、がん細胞は、免疫応答を誘発することなく、特定の抗原を発現させることができる。この抗原が存在するだけでは、前記抗原に対する「免疫応答のプライミング」ではない。ある実施形態において、個体は、前に与えられた期間内に疾患を治療または予防する目的で、抗原配列、またはそうした配列をコードするポリヌクレオチドを含有するベクターによって、意図的に免疫化されなかった。
本発明のポリヌクレオチドで免疫化される個体は、たとえば、哺乳類または鳥類、より具体的には、霊長類、マウス、ラット、ヒツジ、ヤギ、ウシ、ブタ、ウマ、ガチョウ、ニワトリ、アヒルまたはシチメンチョウであるが、もっとも具体的にはヒトである。適切には、融合タンパク質、ポリヌクレオチド、ウイルスベクターまたは医薬組成物は、哺乳動物への投与用であり、より好適にはヒトへの投与のためのものである。
本発明のポリヌクレオチドは、プライム-ブーストワクチン接種法に使用することができる。多くの場合、ワクチンの単回投与は、当該病原体の将来の感染に備えて有効な防御のために必要とされる数の長期間持続する免疫細胞を生じ、疾患を予防し、または疾患を治療するためには十分でない。その結果、特定の病原体または疾患に特異的な生物学的製剤を用いた繰り返しのチャレンジが、前記病原体に対する持続性防御免疫を確立するために、または当該疾患を治癒させるために必要となる可能性がある。同一の病原体または疾患に対するワクチンの反復投与を含む投与計画を、「プライム-ブーストワクチン接種法」と呼ぶ。ある実施形態において、プライム-ブーストワクチン接種法は、特定の1つの病原体、病原体群、または疾患群に対するワクチンの少なくとも2回の投与を必要とする。ワクチンの初回投与を「プライミング」と呼び、その後の、同一ワクチンの投与、または初回ワクチンと同じ病原体に対するワクチンの投与をいずれも、「ブースティング」と呼ぶ。したがって、本発明のさらに他の実施形態において、プライム-ブーストワクチン接種法は、免疫応答をプライミングするためのワクチンの単回投与、および免疫応答を高めるためのその後の少なくとも1回の投与を必要とする。当然のことながら、免疫応答を高めるために、2回、3回、4回または5回もの投与も考慮される。プライミングとブーストとの間の期間は、必要に応じて1週間、2週間、4週間、6週間または8週間である。より詳細には、それは4週間または8週間である。2回以上のブーストが実行される場合、後のブーストは先行するブーストの1週間後、2週間後、4週間後、6週間後または8週間後に投与される。たとえば、任意の2回のブースト間の間隔は、4週間または8週間である。
プライム-ブーストワクチン接種法は、同種であっても異種であってもよい。同種プライム-ブースト法において、プライミングおよび少なくとも1回のブースティングはともに、同じ、抗原タンパク質またはその抗原断片の投与手段を用いて行われる、すなわちプライミングおよびブースティングは1つのポリペプチドを用いて行われるか、または、プライミングおよびブースティングは、同一ベクターに含まれる1つのポリヌクレオチドを用いて行われる。本発明の文脈において、同種プライム-ブーストワクチン接種法は、免疫応答をプライミングするためにも、ブースティングするためにも本発明のベクターの使用を含むことになる。異種プライム-ブースト法は、免疫応答のプライミング用とブースティング用に異なる手段の使用を含む。異種プライム-ブースト法は、免疫応答のプライミングのために本発明のベクターを含み、免疫応答のブースティングのために、異なるベクターまたはペプチドワクチンを含むことになる。
あるいはまた、異種プライム-ブースト接種法は、免疫応答のプライミング用に異なるベクターもしくはペプチドワクチンを含み、免疫応答のブースティング用に本発明のベクターを含むことも考えられる。本発明のある実施形態において、プライム-ブーストワクチン接種法は同種性である。本発明の別の実施形態では、プライム-ブーストワクチン接種法は異種性である。ある異種プライム-ブーストワクチン接種法において、ベクターは免疫応答のブースティングのために使用され、異なるベクター、またはペプチドワクチンが免疫応答のプライミングのために使用される。別の実施形態の異種プライム-ブースト法において、ベクターは免疫応答のプライミングのために使用され、異なるベクター、またはペプチドワクチンが免疫応答のブースティングのために使用される。免疫応答のブースティングに使用される抗原配列は、免疫応答のプライミングに使用される抗原配列と、免疫学的に同一であることが適当である。2つ以上の抗原配列は、同一の抗体、T細胞、またはB細胞によって認識されるならば、「免疫学的に同一」である。2つ以上の免疫原性配列の、同一の抗体、T細胞もしくはB細胞による認識は、前記抗体、T細胞もしくはB細胞の「交差反応性」としても知られている。ある実施形態において、同一の抗体、T細胞もしくはB細胞による、2つ以上の免疫学的に同一な配列の認識は、すべての配列に同一エピトープもしくは類似したエピトープが存在することに起因する。類似したエピトープは、同一の抗体もしくはB細胞受容体のFab領域によって、または同一のT細胞受容体のV領域によって結合されるのに十分な構造特性および/または荷電特性を共有している。抗体、T細胞受容体もしくはB細胞受容体の結合特性は、たとえば、当該エピトープに対する受容体の結合親和性によって定義される。適切には、2つの免疫原性ポリペプチドは、親和性定数が低い方のポリペプチドの親和性定数が、親和性定数が高い方のポリペプチドの親和性定数の、少なくとも30%、少なくとも40%である、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、または少なくとも98%であるならば、免疫学的に同一である。適切には、2つ以上の免疫学的に同一なポリペプチドは、少なくとも1つの同一エピトープを含む。免疫原性ポリペプチドが同一エピトープを含む場合、またはそれらが同一アミノ酸配列を有する場合に、通常、もっとも強いワクチン接種効果を得ることができる。ある実施形態において、免疫応答のプライミングまたはブースティングのためのベクターの使用は、病原体もしくは疾患に対する防御免疫を確立し、または疾患の根絶をもたらすことになる。ある実施形態において、免疫応答のプライミングまたはブースティングのためのベクターの使用は、抗原特異的CD8+ T細胞応答を、インバリアント鎖断片なしの同じ方法と比べて増大させることになる。ある実施形態において、免疫応答のプライミングまたはブースティングのためのベクターの使用は、抗原特異的CD4+ T細胞応答を、インバリアント鎖断片なしの同じ方法と比べて高めることになる。
本発明のある実施形態において、ワクチンは、プライム-ブーストワクチン接種法に使用される。このプライム-ブーストワクチン接種法の第1の実施形態において、免疫応答のプライミングのためにベクターが使用される。プライム-ブーストワクチン接種法の別の実施形態において、免疫応答のブースティングのためにベクターが使用される。
本発明のある実施形態において、免疫応答は鼻腔内投与によってプライミングされ、免疫応答は、少なくとも1回の筋肉内投与によってブースティングされる；免疫応答は鼻腔内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮下投与によってブースティングされる；免疫応答は鼻腔内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮内投与によってブースティングされる；免疫応答は鼻腔内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の胃内投与によってブースティングされる；免疫応答は鼻腔内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の経口投与によってブースティングされる；免疫応答は鼻腔内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の局所投与によってブースティングされる；免疫応答は、鼻腔内投与によってプライミングされ、免疫応答は、少なくとも1回の鼻腔内投与によってブースティングされる；免疫応答は、筋肉内投与によってプライミングされ、免疫応答は、少なくとも1回の筋肉内投与によってブースティングされる；免疫応答は筋肉内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮下投与によってブースティングされる；免疫応答は筋肉内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮内投与によってブースティングされる；免疫応答は筋肉内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の胃内投与によってブースティング強される；免疫応答は筋肉内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の経口投与によってブースティングされる；免疫応答は筋肉内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の局所投与によってブースティングされる；免疫応答は筋肉内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の鼻腔内投与によってブースティングされる；免疫応答は皮下投与によりプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の筋肉内投与によってブースティングされる；免疫応答は皮下投与によりプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮下投与によりブースティングされる；免疫応答は皮下投与によりプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮内投与によってブースティングされる；免疫応答は皮下投与によりプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の胃内投与によってブースティングされる；免疫応答は皮下投与によりプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の経口投与によってブースティングされる；免疫応答は皮下投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の局所投与によってブースティングされる；免疫応答は皮下投与によりプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の鼻腔内投与によってブースティングされる；免疫応答は皮内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の筋肉内投与によってブースティングされる；免疫応答は皮内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮下投与によってブースティングされる；免疫応答は皮内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮内投与によってブースティングされる；免疫応答は皮内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の胃内投与によってブースティングされる；免疫応答は皮内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の経口投与によってブースティングされる；免疫応答は皮内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の局所投与によってブースティングされる；免疫応答は皮内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の鼻腔内投与によってブースティングされる；免疫応答は胃内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の筋肉内投与によってブースティングされる；免疫応答は胃内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮下投与によってブースティングされる；免疫応答は胃内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮内投与によってブースティングされる；免疫応答は胃内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の胃内投与によってブースティングされる；免疫応答は胃内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の経口投与によってブースティングされる；免疫応答は胃内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の局所投与によってブースティングされる；免疫応答は胃内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の鼻腔内投与によってブースティングされる；免疫応答は経口投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の筋肉内投与によってブースティングされる；免疫応答は経口投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮下投与によってブースティングされる；免疫応答は経口投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の皮内投与によってブースティングされる；免疫応答は経口投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の胃内投与によってブースティングされる；免疫応答は経口投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の経口投与によってブースティングされる；免疫応答は経口投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の局所投与によってブースティングされる；免疫応答は経口投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の鼻腔内投与によってブースティングされる；免疫応答は、局所投与によってプライミングされ、免疫応答は、少なくとも1回の筋肉内投与によってブースティングされる；免疫応答は、局所投与によってプライミングされ、免疫応答は、少なくとも1回の皮下投与によってブースティングされる；免疫応答は、局所投与によってプライミングされ、免疫応答は、少なくとも1回の皮内投与によってブースティングされる；免疫応答は局所投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の胃内投与によってブースティングされる；免疫応答は局所投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の経口投与によってブースティングされる；免疫応答は、局所投与によってプライミングされ、免疫応答は、少なくとも1回の局所投与によってブースティングされる；免疫応答は、局所投与によってプライミングされ、免疫応答は、少なくとも1回の鼻腔内投与によってブースティングされる。ある実施形態において、免疫応答は鼻腔内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の筋肉内投与によってブースティングされる。さらに別の実施形態では、免疫応答は鼻腔内投与によってプライミングされ、免疫応答は少なくとも1回の鼻腔内投与によってブースティングされる。さらに別の実施形態において、免疫応答は、筋肉内投与によってプライミングされ、免疫応答は、少なくとも1回の筋肉内投与によってブースティングされる。
本発明のベクターが、それぞれ異なる組成物中に配合されている他の成分と同時投与することを含む投与計画で投与される場合、本発明のベクターは、同一の部位に、またはその近くに、共通の位置設定で投与されることが好ましい。たとえば、成分は、（たとえば、筋肉内、経皮、皮内、皮下から選択される投与経路を介して）同じ側もしくは同じ腕に（「同側」投与）、または反対側もしくは反対の腕に（「対側」投与）、投与することができる。
投与量
ベクターの投与量は、主として、治療される症状、患者の年齢、体重および健康状態などの要因によって決まってくるので、患者によってさまざまに変化しうる。たとえば、ウイルスベクターの、治療上有効な成人ヒトもしくは成体動物投与量は、概して1x105 〜 1x1015 ウイルス粒子、たとえば、1x108 〜1x1012 (たとえば、1x108、5x108、1x109、5x109、1x1010、2.5x1010、5x1010、1x1011、5x1011 または1x1012 粒子)を含有する。あるいはまた、ウイルスベクターは、典型的には1x105 〜1x1010 プラーク形成単位(PFU)、たとえば1x105 PFU、5x105 PFU、1x106 PFU、5x106 PFU、1x107 PFU、5x107 PFU、1x108 PFU、5x108 PFU、1x109 PFU、5x109 PFU、または1x1010 PFUの用量で投与することができる。投与量は、動物の大きさおよび投与経路に応じてさまざまに変化することになる。たとえば、筋肉内注射のためのヒトもしくは動物の（約80 kgの動物に対する）適当な投与量は、単一部位について約1 x 109 〜約5 x 1012 粒子/mLの範囲内である。適宜、複数の投与部位を用いることができる。もう1つの例において、適当なヒトもしくは動物投与量は、経口投与用として、約1 x 1011 〜約1 x 1015 粒子の範囲内とすることができる。
核酸の免疫学的に有効な量は、適切には、1 ngから100 mgの間とすることができる。たとえば、適当な量は1μg〜100 mgとすることができる。個別の核酸の適切な量を当業者は容易に決定することができる。核酸成分の典型的な有効量は、1 ng〜100μgの間、たとえば1 ng〜1μg（たとえば、100 ng〜1μg）、または1μg〜100μgの間、たとえば10 ng、50 ng、100 ng、150 ng、200 ng、250 ng、500 ng、750 ng、もしくは1μgとすることができる。核酸の有効量には、1μg〜500μg、たとえば1μg〜200μgの間、たとえば10〜100μg、たとえば1μg、2μg、5μg、10μg、20μg、50μg、75μg、100μg、150μg、または200μgも含めることができる。あるいはまた、核酸の典型的な有効量は、100μg〜1 mgの間、たとえば100μg〜500μg、たとえば100μg、150μg、200μg、250μg、300μg、400μg、500μg、600μg、700μg、800μg、900μgまたは1 mgとすることができる。
概して、ヒト用量は、容積で0.5 mlから2 mlの範囲となる。したがって、本明細書に記載の組成物は、たとえば、個々の、または混和された免疫原性成分について容積で0.5、1.0、1.5または2.0 mlヒト用量として調剤することができる。
当業者は、投与経路、ならびに組換えベクターが使用される治療への応用またはワクチン応用に応じて、上記の用量を加減することができる。抗原配列の発現レベルをモニターして用量投与の頻度を決定することができる。
（実施例）
OVAと融合された一連のマウスIi断片の調製およびin vivo免疫原性テスト
オボアルブミン抗原（OVA、配列番号8）を含有するE1E3欠失Ad5構築物を作製したが、このOVAはマウスIi配列（mIi）、アイソフォームp31の断片のC末端に、ヒトインフルエンザヘマグルチニン（HA）タグ（配列番号121）を介して融合された。テストするmIiを図2に示すが、そこでの番号はmIi p31に対する断片中のアミノ酸位置を示し（配列番号11を参照されたい）、"D+ER"は小胞体保持配列の付加を示し、"D-17"はリソソーム内ソーティング配列（ESS）の除去を示す。下記を含むAd5構築物が作製された：
1. OVA単独（図2には示さない）
2. mIi(全長)-OVA
3. mIi(1-105)-OVA
4. mIi(1-80)-OVA
5. mIi(1-75)-OVA
6. mIi(1-70)-OVA
7. mIi(1-65)-OVA
8. mIi(1-60)-OVA
9. mIi(1-50)-OVA
10. mIi(D+ER)-OVA
11. mIi(D-17)-OVA
12. mIi(50-215)-OVA
mli(D+ER)のポリペプチド配列は、配列番号138に示される。mli(D-17)のポリペプチド配列（N-末端Met＋p31 mliの残基18-215）は配列番号139に示されている。mIi(50-215)のポリペプチド配列（N-末端Met＋p31 mliの残基51-215)は、配列番号140に示されている。標記に反して、mli(50-215)は、p31の残基50-215を含有するのではなく、代わりに残基51-215を含む。
本実施例の全構築物および下記の全構築物に使用されるmIiTheプロモーターは、HCMVプロモーターもしくはそのバリアント（たとえばpacCMV）とした。ウイルスの同時トランスフェクションは、Becker et al. 1994に記載のように、HCMVプロモーター、Sv40 polyA配列、およびpJM17を用いて行った。さまざまな構築物の免疫学的効力は、3x106 粒子（vp）を筋肉内単回投与でC57BL/6マウスに注射することによって評価した。注射の2週間後に脾細胞が採取され、抗原としてOVA 257-264ドミナントCD8ペプチドSIINFEKL（配列番号118、C57BL/6マウスにおいてあらかじめ同定およびマッピングされた）を用いて、IFN-γELISpotによりテストした。結果を図3に示すが、応答は、脾細胞100万個当たりのIFNγ産生T細胞数として表される。適用される統計的検定は、一元配置分散分析（Dunnett多重比較検定）としたが、ここで、*p<0,05; **p<0,01; ***p<0,001; ****p<0,0001である。
予想されるようにmIi(全長)-OVA構築物は、OVA単独と比較して平均して高い応答をもたらした（図3、mIi-OVAおよびOVAを参照されたい）。同様に、先行技術に基づく構築物mIi(D+ER)-OVA、mIi(D-17)-OVAおよびmIi(50-215)-OVAは、OVA単独より平均して高い応答をもたらした。mIi(全長)-OVAと、mIi断片を含む類似構築物との比較は、テストしたmIi断片の中から、mIi(1-75)配列が、全長mIiの完全なアジュバント作用を維持する最小の配列であることを明らかにした。実際、mIi(1-75)は全長mIiより高い免疫原性増強の平均レベルを示した。これが驚くべき知見であるのは、mIi(1-75)が三量体形成領域（MHC-IIシャペロンおよびMIFシグナリング受容体としてのその役割に重要である）を欠いているだけでなく、Iiのアジュバント効果に重要であると以前考えられたKEYおよびCLIP領域も欠いているからである。これに対して、mIi(1-70)断片へとさらに切り詰めると、免疫原性のかなりの損失が生じた。mIi(1-105)-OVAについてはデータを示さない。mIi(1-105)-OVAは、mIi(全長)-OVAと類似した応答をもたらした。
OVAに融合されたマウスIi1-50、Ii1-75、Ii1-80、Ii50-215またはマウスIi(全長)による抗原提示のin vitroテスト
トランケート型mIiの活性を、MHC-I抗原提示への影響に関してin vitroでも評価した。in vitroテストは、実施例1に概説したのと同じ方向で、OVA、ならびにHAタグを介してOVAに融合された個々のmIi断片（mIi(1-50)-OVA、mIi(1-75)-OVA、mIi(1-80)-OVA、 mIi(50-215)-OVAおよびmIi(全長)-OVA）を含有するAd5による、骨髄由来樹状細胞（BMDC）の感染からなる。
感染の24時間後に、MHC-IのH-2Kbと結合したオボアルブミン由来ペプチドSIINFEKL（配列番号118）を認識する蛍光モノクローナル抗体で、細胞を染色し、図4に示すように、Ad5-mIi(全長)-OVAおよびAd5-mIi(トランケート型)-OVA による感染後にAd5-OVA対照に対するCD11+/SIINFEKL+細胞の％を測定することによって、抗原提示レベルを立証した。抗体は、MHCクラスIのH-2Kbに結合したOVA由来ペプチドSIINFEKLと特異的に反応するが、未結合H-2Kbもしくは不適切なペプチドと結合したH-2Kbとは反応しない。したがって、図4は、OVAと比較した、mIi(全長)-OVAもしくはバリアントに関するOVA抗原提示の倍率差異を示す。統計的有意性は、対応のない両側パラメトリック スチューデントt検定（* p<0,05, ** p<0,01, *** p<0,001, **** p<0,001）によって判定した。mIi(1-75)およびmIi(50-215)はいずれも、全長mIi（図4ではmIi-OVAと標記）と同レベルまで抗原提示を増加させることが明らかになった。これに対して、mIi(1-50)は、OVA単独（図5ではOVAと標記）と同様の低レベルの抗原提示をもたらした。mIi(1-80)-OVAについてはデータは示さない。mIi(1-80)-OVAは、mIi(全長)-OVAと同様の応答をもたらした。
OVAに融合されたマウスIi1-75または Ii50-75の調製、in vivo免疫原性、およびin vitro抗原提示テスト
OVAを含有するAd5構築物を作製したが、このOVAは、HAタグを介してマウスp31 Ii配列の断片のC末端に融合された。Ad5構築物はE1E3E4を欠失し、Ad5 E4ORF6が再挿入され、HCMVプロモーターのバリアントおよびウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナル（BGHpolyA）を含有した。mIi(1-75)-OVAおよびmIi(50-75)-OVAを含有するAd5構築物を作製した（図5の模式図を参照されたい）。
さまざまな構築物の免疫学的効力は、106 vpを筋肉内単回投与で雌C57BL/6マウスに注射することによって評価した。注射の2週間後に脾細胞が採取され、抗原として配列番号118のOVA 257-264ドミナントCD8ペプチド（SIINFEKL、C57BL/6マウスにおいてあらかじめ同定およびマッピングされた）を用いて、IFN-γELISpotによりテストした。結果を図6に示すが、応答は、脾細胞100万個当たりのIFNγ産生T細胞数として表される。ボックスはデータ分布（第1および第3四分位数）を表し、ボックス内のラインは中央値であり、各ボックスの2つのひげは、データの最小値および最大値である。
mIi全長配列およびmIi1-75のOVA抗原との結合は、未結合Ad5-OVAより高い応答をもたらしたが、これは実施例1の知見を確認するものである。これらのデータは、mIi(50-75)が全長mIiおよびmIi(1-75)と同様のレベルまで免疫応答を増加させる能力を有することを示す。mIi(1-75)は最高の平均応答レベルを示した。
トランケート型mIi(50-75)の活性は、前記実施例2に記載のようにMHC-I抗原提示に及ぼす影響についてもin vitroで評価した。OVA、ならびにHAタグを介してOVAに融合された個々のmIi断片（mIi(1-75)-OVAおよびmIi(50-75)-OVA）を含有するAd5によって、骨髄由来樹状細胞（BMDC）を感染させた。感染の24時間後に、MHC-IのH-2Kbと結合したオボアルブミン由来ペプチドSIINFEKL（配列番号118）を認識する蛍光モノクローナル抗体で、細胞を染色し、Ad5-OVA対照に対するCD11+/SIINFEKL+細胞の％として、抗原提示レベルを図7に示す。
したがって、図7は、OVAと比較した、mIi(1-75)-OVAまたはmIi(50-75)-OVAバリアントに関するOVA提示の倍率差異を示す。統計的有意性は、対応のない両側スチューデントt検定（* p<0,05, **** p<0,0001）によって判定した。mIi(1-75)およびmIi(50-75)は、OVA単独（OVAと標記）と比較して抗原提示を増加させることが判明した。
本実施例においてin vivoおよびin vitroテストでなされた観察が驚くべきことであるのは、mIi(50-75)（hIi(67-92)に対応する）が、インバリアント鎖の非常に短い断片であって、（mIi(1-75)の場合のように）Iiの三量体形成領域、KEYおよびCLIP領域を欠いているだけでなく、リソソーム内ソーティング配列（ESS）を含む、N末端から残基50までのすべての残基を欠いているからである。
MAGE A3に融合されたさまざまなヒトIi断片の調製およびin vivo免疫原性テスト
メラノーマ関連抗原3（MAGE A3、配列番号4）を単独で含有するPanAd3構築物、ならびに、MAGE A3が全長ヒトp35 Ii（hIi）またはその断片のC末端に融合された融合物、hIi(全長)-MAGE A3、hIi(1-97)-MAGE A3、およびhIi(17-97)-MAGE A3を含有するPanAd3構築物を作製した。PanAd3構築物はE1 E4を欠失し、Ad5 E4 ORF6が挿入された。hIi(17-97)は、mIi(1-80)に類似した領域であるが、hIi(1-97)はN末端に、選択的翻訳開始のため追加の16残基をさらに含んでいる（図1および12を参照されたい）。
これらの構築物の免疫原性は、CB6F1マウスにおいて、106 vpの用量で1回の筋肉内免疫化後に評価した。免疫化の2週間後に脾細胞が採取され、抗原としてMAGE A3ドミナントCD8ペプチドを用いて、IFN-γELISpotによりテストした。結果を図8に示すが、図中、MAGE A3を単独で含有するPanAd3による免疫化は「MAGE」と標記され、MAGE A3と融合された全長hIiを含有するPanAd3は応答は、「hIi MAGE」と標記され、MAGE A3と融合されたhIi断片を含有するPanAd3は「1-97 MAGEおよび17-97 MAGE」と標記される。応答は、脾細胞100万個当たりのIFNγ産生T細胞数として表される。
図8からわかるように、hIi(1-97)（これはER保持配列を含有する）は全長hIiより低いアジュバント効果をもたらしたが、hIi(17-97)は、全長hIiに匹敵するT細胞応答を誘導した。hIi(17-97)に関する発見は、独立した繰り返し実験（示さない）でさらに確認された。
HCV-NSに融合されたさまざまなヒトIi断片の調製およびin vivo免疫原性テスト
C型肝炎ウイルス非構造タンパク質（HCV-NS、配列番号117）を単独で含有するChAd3構築物、ならびにHCV-NSが全長ヒトp35 Ii（hIi）またはその断片のC末端に融合された融合物、hIi(全長)-HCV-NS、hIi(1-97)-HCV-NS、およびhIi(17-97)-HCV-NSを含有するChAd3構築物を作製した。ChAd3構築物はE1 E3 E4が欠失し、Ad5 E4 ORF6が挿入された。
これらの構築物の免疫原性は、非近交系CD1マウスにおいて、106 vpの用量で1回の筋肉内免疫化後に評価した。免疫化の2週間後に脾細胞を採取し、抗原として全NS配列をカバーするペプチドプールを用いて、IFN-γELISpotによりテストした（図9）。
図9からわかるように、hIi(全長)-HCV-NS、hIi(1-97)-HCV-NS、およびhIi(17-97)-HCV-NSはすべて、HCV-NSより高い平均の応答をもたらした。
ユビキチンシグナルを介したプロテアソームへのIi抗原のターゲティング
増強された抗原提示の原因となるIiの分子機構/経路の特徴を明らかにするために、プロテアソーム阻害剤MG-132の存在下で、抗原プロセシングに及ぼすIi結合の効果を調べた。プロテアソームによるタンパク質分解はクラスI抗原プロセシングのキーステップであって、決定的に重要な事項として、分解されるタンパク質に対する1つもしくは複数のユビキチン分子の共有結合を必要とする、高度に特異的なプロセスである。
ユビキチンがプロテアソームを介したIi-OVA分解を促進するかどうかを確認するために、2つの実験を行った。第1の実験において、HeLa細胞を、ユビキチン発現プラスミドで一過性にトランスフェクトした後、10μM MG-132の存在下または非存在下で、50 MOIのAd5-mIi(全長)-OVA、Ad5-mIi(1-75)-OVA、およびAd5-mIi(1-50)-OVAに感染させた。細胞抽出物を、抗Lys48抗体を用いて免疫沈降させた後、抗HAタグ抗体でウェスタンブロットを行った。未感染細胞に対応するモック試料を対照として使用した。第2の実験では、同じ手順を行ったが、Ad5-OVA、Ad5-mIi(全長)-OVA、Ad5-mIi(1-75)-OVA、およびAd5-mIi(50-75)-OVAを使用した。
第1の実験の結果を図10に示し、第2の実験の結果を図11に示す。この結果から、Ad5-mIi(全長)-OVA、Ad5-mIi(1-75)-OVA、およびAd5-mIi(50-75)-OVAに関して、プロテアソーム阻害後のポリユビキチン化Ii-OVAの存在および蓄積が明らかになった（図11）。したがって、この抗原の全長mIi、mIi(1-75)、およびmIi(50-75)との結合は、プロテアソームをブロックすることによって検出することができる、抗原のユビキチン化を引き起こす。このポリユビキチン化現象は、mIi(1-50)によっては起こらない（図10）。
この結果は、全長mIi、mIi(1-75)、およびmIi(50-75)の存在下で、抗原がプロテアソームによってより効率よくプロセシングされ、MHCクラスIによって樹状細胞上にうまく提示される抗原ペプチドをより多量に生じることを示唆する。これらの同じ断片は、抗原の免疫原性をin vivoで増強するのに非常に有効である。しかしながら、この効果はmIi(1-50)断片では観察されなかった（すなわち、抗原の免疫原性をin vivoで増強するのに有効でないIi断片）。
OVAに融合された小型のマウスIi断片の調製およびin vivo免疫原性テスト
実施例3において、mIi(50-75)断片（hIi(67-92)に対応する）が免疫学的応答を、全長mIiおよびmIi(1-75)と同様のレベルにまで増大させる能力を有することが立証された。この実施例では、オボアルブミン抗原（OVA）に融合されたマウスp31 Ii (mIi)の、さらに切り詰められた断片をコードするAd5ベクターを作製し、それらの免疫原性を1回の免疫化後にマウスでテストした。
下記を含むAd5構築物を作製した：mIi(28-75)-OVA、mIi(55-75)-OVAおよびmIi(60-75)-OVA。mIi(28-75)-OVA構築物は、膜貫通ドメイン（TM）を含んでいることの効果を調べるために含められた。これらの新規構築物を、OVAのみ、mIi(全長)-OVA、およびmIi(50-75)-OVA を含有するAd5構築物と比較した（図15、OVA単独、およびmIi(全長)-OVAは示さない）。この実施例で使用されるAd5構築物は、実施例3に記載のとおりとした（E1 E3 E4が欠失してAd5 E4 ORF6が挿入されており、HCMVプロモーターのバリアントおよびウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナル（BGHpolyA）を含む）。
さまざまな構築物の免疫学的効力を、C57BL/6マウスにおいて、106 ウイルス粒子(vp)の筋肉内単回投与後に評価した。注射の2週間後に脾細胞を採取し、抗原としてOVA 257-264ドミナントCD8ペプチドSIINFEKL（配列番号118、C57BL/6マウスにおいてあらかじめ同定されマッピングされた）を用いてIFN-γELISpotによりテストした。中央値のELISpot応答を表2に示す。
これらのmIi断片（28-75、55-75、および60-75）のOVA抗原との結合が、未結合OVAベクターより有意に（p<0.05）高い応答をもたらすことが判明した。具体的には、たった16アミノ酸長の断片であるmIi-60-75が、mIi(全長)またはmIi(50-75)と同等か、またはそれより高いアジュバント効果まで生じる能力を有すると思われることは注目に値する（図16）。ボックスはデータの分布（第1および第3四分位数）を表し、ボックス内のラインは中央値であり、各ボックスの2つのひげは、データの最小値および最大値である。
mIi55-75はhIi(72-92)に対応し、mIi60-75はhIi(77-92)に対応する。
実施例1および2でも考察されたように、mIi(55-75)およびmIi(60-75)によってもたらされる免疫原性の増強は、インバリアント鎖のこうした短い領域が、既知の機能ドメインを含まないとすると、特に驚くべきことである（図15を参照されたい）。
OVAに融合された変異型マウスIiおよびマウスIi断片の調製およびin vivo免疫原性テスト
以下の変異型マウスIiおよびマウスIi断片を含有するAd5構築物を作製した：mIi(全長)LLLmut-OVA、mIi(全長)K63R-OVA、およびmIi(1-75)K63R-OVA。
mIi(全長)LLLmut（配列番号135）において、全長p31 mIiの42位、43位および44位にある3つのアミノ酸LLLがいずれもAに変異しているのに対して、mIi(全長)K63R（配列番号136）およびmIi(1-75)K63R（配列番号137）では、全長p31 mIiの63位のKがRに変異していた。これらの新規構築物を、OVAのみ、mIi(全長)-OVA、およびmIi(1-75)-OVA を含有するAd5構築物と比較した。この実施例で使用されるAd5構築物は、実施例3に記載のとおりとした（E1 E3 E4が欠失してAd5 E4 ORF6が挿入されており、HCMVプロモーターのバリアントおよびウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナル（BGHpolyA）を含む）。
さまざまなAd5-mIi変異型構築物の免疫学的効力を、C57BL/6マウスにおいて、106 ウイルス粒子の筋肉内単回投与後に評価した。注射の2週間後に脾細胞を採取し、抗原としてOVA 257-264ドミナントCD8ペプチドSIINFEKL（配列番号118、C57BL/6マウスにおいてあらかじめ同定されマッピングされた）を用いてIFN-γELISpotによりテストした。
結果を図17に示す。ボックスはデータの分布（第1および第3四分位数）を表し、ボックス内のラインは中央値であり、各ボックスの2つのひげは、データの最小値および最大値である。63Kから63Rへの変異が、全長Iiのアジュバント活性にも1-75Ii断片のアジュバント活性にも実質的に影響を及ぼさないことが判明した。同様に、42、43および44位のLLLのAAAへの変異に起因する影響は見られなかった。
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Claims (154)

  1. ポリペプチドを含有する融合タンパク質であって、該ポリペプチドは、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片からなり、該インバリアント鎖断片は：
    (a) 配列番号1の残基17-97の一部分であって、該部分は配列番号1の残基77-92から少なくとも5つの連続する残基を含有する；
    (b) 80個以下の残基であって、少なくとも5つの連続する残基の配列を含有し、該配列は配列番号1の残基77-92に由来する少なくとも5つの連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
    (c) 配列番号1の残基1-97；
    (d) 91〜103個の残基であって、配列番号1の残基1-97と少なくとも95%同一性を共有する；
    (e) 配列番号1の残基17-97；
    (f) 76〜84個の残基であって、配列番号1の残基17-97と少なくとも95%同一性を共有する；
    (g) 配列番号1の残基1-92；
    (h) 88〜96個の残基であって、配列番号1の残基1-92と少なくとも95%同一性を共有する；
    (i) 配列番号1の残基17-92；または
    (j) 71〜79個の残基であって、配列番号1の残基17-92と少なくとも95%同一性を共有する、
    からなる、前記融合タンパク質。
  2. ポリペプチドを含有する融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドであって、該ポリペプチドは、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片からなり、該インバリアント鎖断片は：
    (a) 配列番号1の残基17-97の一部分であって、該部分は配列番号1の残基77-92から少なくとも5つの連続する残基を含有する；
    (b) 80個以下の残基であって、少なくとも5つの連続する残基の配列を含有し、その配列は配列番号1の残基77-92に由来する少なくとも5つの連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
    (c) 配列番号1の残基1-97；
    (d) 91〜103個の残基であって、配列番号1の残基1-97と少なくとも95%同一性を共有する；
    (e) 配列番号1の残基17-97；
    (f) 76〜84個の残基であって、配列番号1の残基17-97と少なくとも95%同一性を共有する；
    (g) 配列番号1の残基1-92；
    (h) 88〜96個の残基であって、配列番号1の残基1-92と少なくとも95%同一性を共有する；
    (i) 配列番号1の残基17-92；または
    (j) 71〜79個の残基であって、配列番号1の残基17-92と少なくとも95%同一性を共有する、
    からなる、前記ポリヌクレオチド。
  3. ポリペプチドを含有する融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含有するウイルスベクターであって、該ポリペプチドは、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片からなり、該インバリアント鎖断片は：
    (a) 配列番号1の残基17-97の一部分であって、該部分は配列番号1の残基77-92から少なくとも5つの連続する残基を含有する；
    (b) 80個以下の残基であって、少なくとも5つの連続する残基の配列を含有し、その配列は配列番号1の残基77-92に由来する少なくとも5つの連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
    (c) 配列番号1の残基1-97；
    (d) 91〜103個の残基であって、配列番号1の残基1-97と少なくとも95%同一性を共有する；
    (e) 配列番号1の残基17-97；
    (f) 76〜84個の残基であって、配列番号1の残基17-97と少なくとも95%同一性を共有する；
    (g) 配列番号1の残基1-92；
    (h) 88〜96個の残基であって、配列番号1の残基1-92と少なくとも95%同一性を共有する；
    (i) 配列番号1の残基17-92；または
    (j) 71〜79個の残基であって、配列番号1の残基17-92と少なくとも95%同一性を共有する、
    からなる、前記ウイルスベクター。
  4. インバリアント鎖の断片が配列番号1の残基17-97の一部分からなり、該部分が配列番号1の残基77-92から少なくとも5つの連続する残基を含んでなる、請求項1〜3のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  5. 前記部分が配列番号1の残基77-92から少なくとも8の連続する残基を含んでなる、請求項4に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  6. 前記部分が配列番号1の残基77-92から少なくとも12の連続する残基を含んでなる、請求項5に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  7. インバリアント鎖の断片が80個以下の残基からなり、少なくとも5つの連続する残基の配列を含んでなるものであって、その配列が配列番号1の残基77-92からの少なくとも5つの連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有している、請求項1〜3のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  8. インバリアント鎖の断片が80個以下の残基からなり、少なくとも5つの連続する残基の配列を含んでなるものであって、その配列が配列番号1の残基77-92からの少なくとも5つの連続する残基を含んでなる、請求項７に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  9. インバリアント鎖の断片が少なくとも7の連続する残基を含んでなり、その少なくとも7の連続する残基が配列番号1の残基77-92からの少なくとも7の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有している、請求項1〜3のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  10. インバリアント鎖の断片が少なくとも7の連続する残基を含んでなり、その少なくとも7の連続する残基が配列番号1の残基77-92からの少なくとも7の連続する残基と、少なくとも90%の同一性を共有している、請求項9に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  11. インバリアント鎖の断片が少なくとも7の連続する残基を含んでなり、その少なくとも7の連続する残基が配列番号1の残基77-92からの少なくとも7の連続する残基を含んでなる、請求項10に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  12. インバリアント鎖の断片が少なくとも9の連続する残基を含んでなり、その少なくとも9の連続する残基が配列番号1の残基77-92からの少なくとも9の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有している、請求項1〜3のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  13. インバリアント鎖の断片が少なくとも9の連続する残基を含んでなり、その少なくとも9の連続する残基が配列番号1の残基77-92からの少なくとも9の連続する残基と、少なくとも90%の同一性を共有している、請求項12に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  14. インバリアント鎖の断片が少なくとも9の連続する残基を含んでなり、その少なくとも9の連続する残基が配列番号1の残基77-92からの少なくとも9の連続する残基を含んでなる、請求項13に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  15. 前記ポリペプチドが、抗原配列に機能しうるように連結されたインバリアント鎖の断片からなり、該インバリアント鎖断片が：
    (a) 配列番号1の残基17-97の一部分であって、該部分は配列番号1の残基67-92から少なくとも10の連続する残基を含有する；
    (b) 80個以下の残基であって、少なくとも10の連続する残基の配列を含有し、その配列は配列番号1の残基67-92に由来する少なくとも10の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有する；
    (c) 配列番号1の残基1-97；
    (d) 91〜103個の残基であって、配列番号1の残基1-97と少なくとも95%同一性を共有する；
    (e) 配列番号1の残基17-97；
    (f) 76〜84個の残基であって、配列番号1の残基17-97と少なくとも95%同一性を共有する；
    (g) 配列番号1の残基1-92；
    (h) 88〜96個の残基であって、配列番号1の残基1-92と少なくとも95%同一性を共有する；
    (i) 配列番号1の残基17-92；または
    (j) 71〜79個の残基であって、配列番号1の残基17-92と少なくとも95%同一性を共有する、
    からなる、請求項1〜3のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  16. インバリアント鎖の断片が配列番号1の残基17-97の一部分からなり、該部分が配列番号1の残基67-92からの少なくとも10の連続する残基を含んでなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  17. 前記部分が配列番号1の残基67-92からの少なくとも15の連続する残基を含んでなる、請求項16に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  18. 前記部分が配列番号1の残基67-92からの少なくとも20の連続する残基を含んでなる、請求項17に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  19. 前記部分が配列番号1の残基67-92を含んでなる、請求項18に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  20. 前記部分が配列番号1の残基67-92からなる、請求項18に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  21. インバリアント鎖の断片が80個以下の残基からなり、少なくとも10の連続する残基の配列を含んでなるものであって、その配列が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも10の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有している、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  22. インバリアント鎖の断片が80個以下の残基からなり、少なくとも10の連続する残基の配列を含んでなるものであって、その配列が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも10の連続する残基と、少なくとも90%の同一性を共有している、請求項21に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  23. インバリアント鎖の断片が80個以下の残基からなり、少なくとも10の連続する残基の配列を含んでなるものであって、その配列が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも10の連続する残基を含んでなる、請求項22に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  24. インバリアント鎖の断片が配列番号1の残基67-76、68-77、69-78、70-79、71-80、72-81、73-82、74-83、75-84、76-85、77-86、78-87、79-88、80-89、81-90、82-91または83-92を含んでなる、請求項23に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  25. インバリアント鎖の断片が配列番号1の残基67-76、68-77、69-78、70-79、71-80、72-81、73-82、74-83、75-84、76-85、77-86、78-87、79-88、80-89、81-90、82-91または83-92からなる、請求項24に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  26. インバリアント鎖の断片が、少なくとも15の連続する残基を含んでなり、その少なくとも15の連続する残基が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも15の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有している、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  27. インバリアント鎖の断片が、少なくとも15の連続する残基を含んでなり、その少なくとも15の連続する残基が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも15の連続する残基と、少なくとも90%の同一性を共有している、請求項26に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  28. インバリアント鎖の断片が、少なくとも15の連続する残基を含んでなり、その少なくとも15の連続する残基が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも15の連続する残基を含んでなる、請求項27に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  29. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基67-81、68-82、69-83、70-84、71-85、72-86、73-87、74-88、75-89、76-90、77-91または78-92を含んでなる、請求項28に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  30. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基67-81、68-82、69-83、70-84、71-85、72-86、73-87、74-88、75-89、76-90、77-91または78-92からなる、請求項29に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  31. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基77-92を含んでなる、請求項28に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  32. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基77-92からなる、請求項31に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  33. インバリアント鎖の断片が、少なくとも20の連続する残基を含んでなり、その少なくとも20の連続する残基が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも20の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有している、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  34. インバリアント鎖の断片が、少なくとも20の連続する残基を含んでなり、その少なくとも20の連続する残基が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも20の連続する残基と、少なくとも90%の同一性を共有している、請求項33に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  35. インバリアント鎖の断片が、少なくとも20の連続する残基を含んでなり、その少なくとも20の連続する残基が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも20の連続する残基を含んでなる、請求項34に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  36. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基67-86、68-87、69-88、70-89、71-90、72-91または73-92を含んでなる、請求項35に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  37. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基67-86、68-87、69-88、70-89、71-90、72-91または73-92からなる、請求項36に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  38. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基72-92を含んでなる、請求項35に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  39. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基72-92からなる、請求項38に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  40. インバリアント鎖の断片が、少なくとも25の連続する残基を含んでなり、その少なくとも25の連続する残基が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも25の連続する残基と、少なくとも80%の同一性を共有している、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  41. インバリアント鎖の断片が、少なくとも25の連続する残基を含んでなり、その少なくとも25の連続する残基が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも25の連続する残基と、少なくとも90%の同一性を共有している、請求項40に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  42. インバリアント鎖の断片が、少なくとも25の連続する残基を含んでなり、その少なくとも25の連続する残基が、配列番号1の残基67-92からの少なくとも25の連続する残基を含んでなる、請求項41に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  43. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基67-91または68-92を含んでなる、請求項42に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  44. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基67-91または68-92からなる、請求項43に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  45. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基1-97からなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  46. インバリアント鎖の断片が、91〜103個の残基からなり、配列番号1の残基1-97と少なくとも95%の同一性を共有している、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  47. インバリアント鎖の断片が、93〜101個の残基からなる、請求項46に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  48. インバリアント鎖の断片が、95〜99個の残基からなる、請求項47に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  49. インバリアント鎖の断片が、97個の残基からなる、請求項48に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  50. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基1-97と少なくとも97%の同一性を共有している、請求項46〜49のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  51. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基1-97からなるか、または配列番号1の残基1-97に対応する配列番号5、9、11、13、および15-52の残基からなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  52. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基17-97からなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  53. インバリアント鎖の断片が、76〜84個の残基からなり、配列番号1の残基17-97と少なくとも95%の同一性を共有している、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  54. インバリアント鎖の断片が、78〜82個の残基からなる、請求項53に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  55. インバリアント鎖の断片が、80〜82個の残基からなる、請求項54に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  56. インバリアント鎖の断片が、81個の残基からなる、請求項55に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  57. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基17-97と少なくとも97%の同一性を共有している、請求項53〜56のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  58. インバリアント鎖の断片が、配列番号53-84のいずれか1つからなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  59. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基1-92からなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  60. インバリアント鎖の断片が、88〜96個の残基からなり、配列番号1の残基1-92と少なくとも95%の同一性を共有している、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  61. インバリアント鎖の断片が、90〜95個の残基からなる、請求項60に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  62. インバリアント鎖の断片が、91〜93個の残基からなる、請求項61に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  63. インバリアント鎖の断片が、92個の残基からなる、請求項62に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  64. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基1-92と少なくとも97%の同一性を共有している、請求項60〜63のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  65. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基1-92からなるか、または配列番号1の残基1-92に対応する配列番号5、9、11、13、および15-52の残基からなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  66. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基17-92からなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  67. インバリアント鎖の断片が、71〜79個の残基からなり、配列番号1の残基17-92と少なくとも95%の同一性を共有している、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  68. インバリアント鎖の断片が、74〜78個の残基からなる、請求項67に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  69. インバリアント鎖の断片が、75〜77個の残基からなる、請求項68に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  70. インバリアント鎖の断片が、76個の残基からなる、請求項69に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  71. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基17-92と少なくとも97%の同一性を共有している、請求項67〜70のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  72. インバリアント鎖の断片が、配列番号53-84のいずれか1つを含んでなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  73. インバリアント鎖の断片が、配列番号53もしくは配列番号54のいずれか一方を含んでなる、請求項72に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  74. インバリアント鎖の断片が、配列番号53を含んでなる、請求項73に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  75. インバリアント鎖の断片が、配列番号53-84のいずれか1つからなる、請求項72に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  76. インバリアント鎖の断片が、配列番号53もしくは配列番号54のいずれか一方からなる、請求項75に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  77. インバリアント鎖の断片が、配列番号53からなる、請求項76に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  78. インバリアント鎖の断片が、配列番号85-116のいずれか1つから選択される配列を含んでなる、請求項15に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  79. インバリアント鎖の断片が、配列番号85もしくは配列番号86のいずれかから選択される配列を含んでなる、請求項78に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  80. インバリアント鎖の断片が、配列番号85-116のいずれか1つから選択される配列からなる、請求項78に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  81. インバリアント鎖の断片が、配列番号85もしくは配列番号86のいずれかから選択される配列からなる、請求項80に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  82. インバリアント鎖の断片が、30個未満の残基からなる、請求項1〜81のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  83. インバリアント鎖の断片が、25個未満の残基からなる、請求項82に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  84. インバリアント鎖の断片が、20個未満の残基からなる、請求項83に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  85. インバリアント鎖の断片が、15個未満の残基からなる、請求項84に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  86. インバリアント鎖の断片が、少なくとも25個の残基からなる、請求項1〜81のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  87. インバリアント鎖の断片が、少なくとも35個の残基からなる、請求項86に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  88. インバリアント鎖の断片が、少なくとも45個の残基からなる、請求項87に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  89. インバリアント鎖の断片が、少なくとも55個の残基からなる、請求項88に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  90. インバリアント鎖の断片が、ヒトインバリアント鎖に由来する、請求項1〜89のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  91. インバリアント鎖の断片が、ヒトインバリアント鎖p33、p35、p41、p43またはcアイソフォームに由来する、請求項90に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  92. インバリアント鎖の断片が、マウスインバリアント鎖に由来する、請求項1〜89のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  93. インバリアント鎖の断片が、マウスインバリアント鎖p31またはp41アイソフォームに由来する、請求項92に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  94. インバリアント鎖の断片が、抗原配列に直接連結されている、請求項1〜93のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  95. インバリアント鎖の断片が、抗原配列に間接的に連結されている、請求項1〜93のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  96. インバリアント鎖の断片が、抗原配列に、ペプチド配列によって間接的に連結されている、請求項95に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  97. ペプチド配列が配列番号1の残基98-150の連続配列を含まない、請求項96に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  98. ペプチド配列が配列番号1の残基98-125の連続配列を含まない、請求項97に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  99. ペプチド配列が配列番号1の残基98-110の連続配列を含まない、請求項98に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  100. ペプチド配列が配列番号1の残基98-105の連続配列を含まない、請求項99に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  101. ペプチド配列が配列番号1の残基98-100の連続配列を含まない、請求項100に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  102. ペプチド配列が、配列番号1の残基98-232からの4の連続する残基以上の連続配列を含まない、請求項96に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  103. ペプチド配列が、配列番号1の残基98-232からの6の連続する残基以上の連続配列を含まない、請求項102に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  104. ペプチド配列が、配列番号1の残基98-232からの8の連続する残基以上の連続配列を含まない、請求項103に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  105. ペプチド配列が、配列番号1の残基98-232からの11の連続する残基以上の連続配列を含まない、請求項104に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  106. ペプチド配列が配列番号1の残基93-150の連続配列を含まない、請求項96に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  107. ペプチド配列が配列番号1の残基93-125の連続配列を含まない、請求項106に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  108. ペプチド配列が配列番号1の残基93-110の連続配列を含まない、請求項107に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  109. ペプチド配列が配列番号1の残基93-105の連続配列を含まない、請求項108に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  110. ペプチド配列が配列番号1の残基93-100の連続配列を含まない、請求項109に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  111. ペプチド配列が、配列番号1の残基93-232からの4の連続する残基以上の連続配列を含まない、請求項96に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  112. ペプチド配列が、配列番号1の残基93-232からの6の連続する残基以上の連続配列を含まない、請求項111に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  113. ペプチド配列が、配列番号1の残基93-232からの8の連続する残基以上の連続配列を含まない、請求項112に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  114. ペプチド配列が、配列番号1の残基93-232からの11の連続する残基以上の連続配列を含まない、請求項113に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  115. ペプチド配列が50個以下の残基からなる、請求項96〜114のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  116. ペプチド配列が30個以下の残基からなる、請求項115に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  117. ペプチド配列が10個以下の残基からなる、請求項116に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  118. ペプチド配列が5個以下の残基からなる、請求項117に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  119. ペプチド配列がグリシンおよびセリン残基からなる、請求項96〜118のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  120. インバリアント鎖の断片が、インバリアント鎖断片のN末端によって抗原配列に連結されている、請求項1〜119のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  121. インバリアント鎖の断片が、インバリアント鎖断片のC末端によって抗原配列に連結されている、請求項1〜119のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  122. インバリアント鎖の断片が、融合タンパク質のN末端にある、請求項1〜119のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  123. インバリアント鎖の断片が、融合タンパク質のC末端にある、請求項1〜119のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  124. 融合タンパク質が複数の抗原配列を含有する、請求項1〜123のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  125. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基1-97より多数の、配列番号1のの連続する残基を含まない、請求項1〜124のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  126. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基17-97より多数の、配列番号1のの連続する残基を含まない、請求項1〜124のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  127. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基1-92より多数の、配列番号1のの連続する残基を含まない、請求項1〜124のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  128. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基17-92より多数の、配列番号1のの連続する残基を含まない、請求項1〜124のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  129. インバリアント鎖の断片が、配列番号1の残基67-92より多数の、配列番号1のの連続する残基を含まない、請求項1〜124のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  130. 融合タンパク質が全長インバリアント鎖を含まない、請求項1〜129のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  131. 抗原配列が病原体に由来する、請求項1〜130のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  132. 抗原配列が、MAGE抗原、OVA抗原、およびHCV-NS抗原からなる1つもしくは複数の抗原から選択される、請求項131に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  133. 抗原配列が、配列番号4、配列番号8、および配列番号117からなるリストから選択される1つの配列を含んでなるか、またはその配列からなる、請求項132に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  134. 病原体が、ウイルス、細菌、原虫および多細胞性寄生虫からなる一群から選択される、請求項131に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  135. 抗原配列が、がん細胞に由来する、請求項1〜130のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、またはウイルスベクター。
  136. ウイルスベクターがアデノウイルスである、請求項1〜135のいずれか1項に記載のウイルスベクター。
  137. アデノウイルスがヒトアデノウイルスである、請求項136に記載のウイルスベクター。
  138. アデノウイルスが、Ad1、Ad2、Ad4、Ad5、Ad6、Ad11、Ad19、Ad24、Ad34およびAd35からなる一群から選択されるアデノウイルスである、請求項137に記載のウイルスベクター。
  139. アデノウイルスが非ヒト霊長類アデノウイルスである、請求項136に記載のウイルスベクター。
  140. アデノウイルスが、ChAd3、ChAd63、ChAd83、ChAd155、PanAd1、PanAd2、PanAd3、Pan 5、Pan 6、Pan 7およびPan 9からなる一群から選択されるアデノウイルスである、請求項139に記載のウイルスベクター。
  141. アデノウイルスがヘキソン、ペントンおよびファイバータンパク質を含んでなり、そのヘキソン、ペントンおよびファイバータンパク質は、配列番号123、配列番号124または配列番号125と少なくとも95%の同一性を共有している、請求項136に記載のウイルスベクター。
  142. アデノウイルスがヘキソンおよびファイバータンパク質を含んでなり、そのヘキソンおよびファイバータンパク質はともに、それぞれ、配列番号126および配列番号127と少なくとも95%の同一性を共有している、請求項136に記載のウイルスベクター。
  143. アデノウイルスがヘキソンおよびファイバータンパク質を含んでなり、そのヘキソンおよびファイバータンパク質はともに、それぞれ、配列番号128および配列番号129と少なくとも95%の同一性を共有している、請求項136に記載のウイルスベクター。
  144. アデノウイルスがヘキソンおよびファイバータンパク質を含んでなり、そのヘキソンおよびファイバータンパク質はともに、それぞれ、配列番号130および配列番号131と少なくとも95%の同一性を共有している、請求項136に記載のウイルスベクター。
  145. アデノウイルスがヘキソン、ペントンおよびファイバータンパク質を含んでなり、そのヘキソン、ペントンおよびファイバータンパク質は、それぞれ、配列番号132、配列番号133および配列番号134と少なくとも95%の同一性を共有している、請求項136に記載のウイルスベクター。
  146. ウイルスベクターがポックスウイルスである、請求項1〜135のいずれか1項に記載のウイルスベクター。
  147. ポックスウイルスが、オルソポックス、パラポックス、ヤタポックス、アビポックスおよびモルシポックス ウイルスベクターの1つもしくは複数から選択される、請求項146に記載のウイルスベクター。
  148. ポックスウイルスがMVAである、請求項146に記載のウイルスベクター。
  149. 請求項1〜148のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチドまたはウイルスベクター、および製薬上許容される賦形剤を含んでなる医薬組成物。
  150. アジュバントを追加して含んでなる、請求項149に記載の医薬組成物。
  151. 医薬として使用するための、請求項1〜150のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、ウイルスベクターまたは医薬組成物。
  152. B型肝炎ウイルス感染またはC型肝炎ウイルス感染の治療または予防に使用するための、請求項151に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、ウイルスベクターまたは医薬組成物。
  153. B型肝炎ウイルス感染またはC型肝炎ウイルス感染の予防または治療用の医薬の製造における、請求項1〜150のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、ウイルスベクターまたは医薬組成物の使用。
  154. 請求項1〜150のいずれか1項に記載の融合タンパク質、ポリヌクレオチド、ウイルスベクターまたは医薬組成物の有効量を、必要としている人に投与することを含む、B型肝炎ウイルス感染またはC型肝炎ウイルス感染を治療または予防する方法。
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