JP2019526526A - ペプチドリンカーを含む化学的部分の部位特異的カップリングのための標的化合物 - Google Patents
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Abstract
本発明は、概して、化学的部分の部位特異的カップリングのための標的化合物に関する。本発明は、化学的部分の特異的カップリングのための標的化合物であって、標的に結合することができる少なくとも1の標的化ドメインと、最大80個のアミノ酸からなる少なくとも1の連結部分、好ましくはアラニン、プロリンおよびセリンと、システインまたはシステインリッチなペプチドモチーフ(CXC、CXXCまたはCXXXC)からなる少なくとも1のカップリング部位とを含み、連結部分が標的化ドメインとカップリング部位とを連結し、かつ/または連結部分が2のカップリング部位を連結する、標的化合物を特徴とする。さらに、本発明は、標的化ドメインとしてのユビキチンムテイン(アフィリン(登録商標))を有する融合タンパク質を特徴とする。また、本発明は、疾患の治療または診断における医療用の標的化合物の使用に関する。【選択図】図1
Description
本発明は、二次構造または三次構造を持たない特定のアミノ酸に組み込まれた規定位置の規定数のカップリング部位に起因する化学的部分の部位特異的カップリングの能力を有する標的化合物に関する。標的化合物は、標的に結合することができる非免疫グロブリンタンパク質または抗体フラグメントから選択される少なくとも1の標的化ドメインを含む。さらに、標的化合物は、最大80個のアミノ酸、好ましくはアラニン、プロリンおよびセリンからなる少なくとも1の連結部分を含む。さらに、標的化合物は、1のシステインまたはシステインリッチなペプチドモチーフからなる少なくとも1のカップリング部位を含む。上記連結部分は、標的化ドメインとカップリング部位とを連結し、かつ/または上記連結部分は2のカップリング部位を連結する。本発明は、特に、非Ig標的化ドメインとしてのユビキチンムテイン(アフィリン(登録商標))との融合タンパク質を特徴とする。また、本発明は、疾患の診断または治療における医療用の標的化合物の使用にも関する。
抗体−薬物コンジュゲート(ADC)は、薬物を所望の位置に選択的に標的化するもので、モノクローナル抗体および細胞毒薬物(トキシン)からなる。抗体は、薬物を細胞の表面上の特定の標的に標的化して、そのコンジュゲートを細胞に結合させることにより、薬物が細胞を破壊することを可能にする。ADCの未解決の問題は、化学的部分のカップリングにある。何故なら、抗体は、例えばトキシンの部位特異的カップリングを可能にする規定された遊離システインを有さないためである。その代わりに、抗体への薬物のカップリングは、しばしばリシン残基を介して行われ、その結果、トキシンが結合する位置およびコンジュゲートに結合したトキシンの数に関して不均一な産物がもたらされる。モノクローナル抗体に対する薬物のコンジュゲーションの別の確立された手順は、抗体に存在するシステイン残基間のジスルフィド架橋の還元を利用して、薬物を還元システイン残基の遊離チオール基に結合させるというものである。しかしながら、そのような結合は、構造的に不安定であり、更なる治療または診断用途や製造において大きな問題となる。
抗体−化学的部分コンジュゲートのいくつかの制約のため、上述した問題を克服する改善された特性を有する新規な化合物を提供することが急務である。このため、この技術分野において、規定された数の化学的部分を標的化合物に特異的にカップリングさせて均質な標的産物をもたらすことを可能にするカップリング部位を有する新規化合物を提供する必要がある。本発明の目的は、標的化ドメインの構造的および機能的特徴を維持しながらも、規定数および規定位置のカップリング部位を有する新規な標的化キャリアタンパク質を提供することである。
本発明は、非Igタンパク質または抗体フラグメントに基づく標的化部分と、二次または三次構造を有さない特定のアミノ酸に組み込まれた規定位置の規定数のカップリング部位とを含む化合物を提供する。そのような化合物は、上記の欠点を克服する医療用途に特によく適している。
上記概要は、本発明によって解決されるすべての問題を必ずしも説明するものではない。
本発明は、化学的部分のカップリングのための標的化合物に関するものであり、この標的化合物が、500nM以下の結合定数KDを有し、標的に結合することができる少なくとも1の標的化ドメインと、最大約80個のアミノ酸からなる少なくとも1の連結部分であって、アラニン、プロリンおよびセリンを含むか、本質的にそれらからなる連結部分と、この連結部分のC末端またはN末端に位置する少なくとも1のカップリング部位とを含み、このカップリング部位が、1のシステインまたはシステインリッチなペプチドモチーフCXC、CXXCまたはCXXXCからなり、ここで、Xは非芳香族アミノ酸のなかから選択され、連結部分が標的化ドメインとカップリング部位とを連結し、かつ/または連結部分が2のカップリング部位を連結する。好ましくは、連結部分は、20%〜60%のアラニン残基、20%〜40%のプロリン残基、および10%〜60%のセリン残基から本質的になるか、またはそれらからなる。任意選択的には、標的化合物は、最も末端に位置するカップリング部位の後に、または最も末端に位置する標的化ドメインの後に、最大80個のアミノ酸のアミノ酸配列(「キャップ」)をさらに含む。好ましくは、標的化合物はTmLnSoを含み、ここで、mが1,2,3,4,5であり、nが1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19または20であり、o=n、またはo=n−1であり、任意選択的には標的化合物がTmLnSoキャップを含む。したがって、標的化合物は、少なくとも1の標的化ドメインおよび1〜20の連結部分およびカップリング部位を含む。
さらに、本発明は、カップリング部位中のXが、非芳香族アミノ酸および非疎水性アミノ酸のなかから選択され、好ましくは、プロリン、アラニン、セリン、バリン、グリシン、スレオニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、グルタミン酸、リジン、ヒスチジンまたはアルギニンのような小アミノ酸または親水性アミノ酸のなかから選択される、標的化合物に関する。
また、本発明は、標的化ドメインが非免疫グロブリンタンパク質であり、この非免疫グロブリンタンパク質が、好ましくは、ユビキチンムテイン(アフィリン(登録商標))、ブドウ球菌プロテインAのドメインのムテイン、アンキリンリピートタンパク質ムテイン、リポカリンムテイン、ヒトFyn SH3ドメインのムテイン、ヒトフィブロネクチンの第10ドメインのムテイン、様々なプロテアーゼ阻害剤のKunitzドメインのムテイン、Sac7dムテイン、シャガシンムテイン、または多量体化低密度リポタンパク質受容体−Aのムテイン、FN3ドメインのムテイン、システインノットミニタンパク質ムテイン、アルマジロリピートタンパク質ムテイン、テトラネクチンムテイン、C型レクチンドメインのムテインまたはCTLA4ムテイン、または抗体フラグメント若しくは抗体誘導体から選択されるが、それらに限定されるものではない、標的化合物に関する。
好ましくは、標的化合物の標的化ドメインは、非免疫グロブリンタンパク質、より好ましくは、親タンパク質に対して80%〜94%の同一性を示すムテイン、さらにより好ましくは、ユビキチン(配列番号1)に対して80%〜94%の同一性、またはビスユビキチン(配列番号2)に対して80%〜94%の同一性を示すユビキチンムテイン(アフィリン)である。
さらに、本発明は、融合タンパク質である標的化合物、または標的化ドメインと第1の連結部分との間に共有結合を含む標的化合物に関する。
本発明は、生物学的に活性な部分がカップリング部位に化学的にカップリングされている、標的化合物に関する。生物学的に活性な部分は、薬物、トキシン、小分子、キレート剤および色素などの化学的部分のなかから選択することができる。
本発明は、診断または治療用途、好ましくはインビトロ診断または治療用途における標的化合物の使用に関する。
本発明は、本明細書に記載の標的化合物を含む組成物、並びに、当該組成物を含むキットに関する。
本発明は、標的化合物の調製方法を対象とする。
この本発明の要約は、必ずしも本発明のすべての特徴を説明するものではない。
他の実施形態は、以下の詳細な説明の検討から明らかになるであろう。
本発明を以下に詳細に説明する前に、本発明は、本明細書に記載の特定の方法論、プロトコルおよび試薬に限定されるものではなく、それらは変更し得るものであることを理解されたい。また、本明細書で使用する用語は、特定の実施形態を説明する目的のみのものであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本発明の範囲を限定することを意図したものではないことも理解されたい。他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
好ましくは、本明細書で使用される用語は、“A multilingual glossary of biotechnological terms:(IUPAC Recommendations)”,Leuenberger,H.G.W,Nagel,B.and Kolbl,H.eds.(1995),Helvetica Chimica Acta,CH−4010 Basel,Switzerland)に記載されているように定義される。
以下に続く本明細書及び特許請求の範囲を通じて、文脈上別途必要な場合を除き、「comprise(備える)」という語および「comprises」および「comprising」などのその変化形は、記載した整数若しくはステップまたは整数若しくはステップの群を含むことを意味し、他の如何なる整数若しくはステップまたは整数若しくはステップの群を排除するものではないことが理解されよう。
本明細書の本文中には、いくつかの文書(例えば、特許、特許出願、科学刊行物、製造者の仕様書、指示書など)が引用されている。本明細書中の如何なるものも、本発明が先行発明によってそのような開示よりも先行する権利がないと認めるものとして解釈されるものではない。本明細書で引用される文書のいくつかは、「引用により援用される」ものとして特徴付けられる。そのように援用された文献の定義または教示と、本明細書に記載した定義または教示との間に矛盾がある場合、本明細書の記載が優先される。
本明細書中で言及されるすべての配列は、その全体的な内容および開示が本明細書の一部である添付の配列表に開示される。
本明細書で使用する「約」という用語は、明示的に記載された量と、そこからの±20%までの偏差を包含する。より好ましくは±15%までの偏差、より好ましくは±10%までの偏差、最も好ましくは5%までの偏差が「約」という用語によって包含される。「少なくとも約10,20,30,40,50,60,70,80のアミノ酸残基」という用語は、簡潔な数のアミノ酸残基に限定されるものではなく、最大20%の追加アミノ酸残基を含むアミノ酸ストレッチ、または最大20%少ない残基を含むアミノ酸ストレッチも含む。例えば、「約70のアミノ酸残基」は、本発明の外延を変えることなく、56〜84個のアミノ酸残基も含むことができる。
本明細書で使用する「化合物」は、少なくとも2つの成分を含む物質の組成物を指し、それらの少なくとも2つの成分は、任意の種類の相互作用、例えば、共有結合、イオン結合、水素結合、ファンデルワールス相互作用または疎水性相互作用によって互いに結び付けられている。
「成分」または「部分」または「ドメイン」または「部位」という用語は、本明細書では同じ意味で使用され、化合物の一部であるサブ構造を指す。
以下にさらに詳細に説明するように、本発明の「標的化合物」は、少なくとも3つの成分、すなわち(i)少なくとも1つの標的化ドメインおよび(ii)少なくとも1つの連結部分および(iii)少なくとも1つのカップリング部位を含み、それぞれが1つの成分としてカウントされる。このため、本明細書で使用する「標的化合物」は、少なくとも3つの成分を含む物質の組成物を指す。本発明の化合物は、融合タンパク質またはコンジュゲートであることもある。
「タンパク質」および「ポリペプチド」という用語は、ペプチド結合により連結された任意の2以上のアミノ酸鎖を指し、産物の特定の長さを意味するものではない。したがって、「ペプチド」、「タンパク質」、「アミノ酸鎖」、または2以上のアミノ酸鎖を指すのに用いられる任意の他の用語は「ポリペプチド」の定義内に含まれ、「ポリペプチド」という用語は、これらの用語の何れかに代わりまたは置き換えて用いることができる。「ポリペプチド」という用語は、ポリペプチドの翻訳後修飾産物を指すことも意図されており、それには、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、タンパク質分解的切断、非天然アミノ酸による修飾、および当技術分野で周知の同様の修飾が含まれるが、それらに限定されるものではない。したがって、2以上のタンパク質部分を具える融合タンパク質も、「タンパク質」または「ポリペプチド」の用語の定義に該当する。
「融合タンパク質」という用語は、少なくとも第2のアミノ酸鎖に遺伝子的に結合する少なくとも第1のアミノ酸鎖を含むタンパク質に関する。したがって、融合タンパク質は、単一の線状ポリペプチドとして発現するタンパク質/ペプチドのマルチマーを含むことができる。それは、1、2、3、4またはそれ以上のタンパク質/ペプチドを含むことができる。例えば、融合タンパク質は、もともと別個のタンパク質/ペプチドをコードする2以上の遺伝子の結合を通じて作られる。
「融合した」という語は、複数の成分がペプチド結合により直接またはペプチドリンカーを介して連結されることを意味する。
本明細書で使用する「コンジュゲート」という用語は、第2のタンパク質または非タンパク質性部分などの他の物質に化学的に結合した少なくとも第1のタンパク質を含むか、または本質的にそれからなるタンパク質に関する。コンジュゲーションは、有機合成により、または酵素的な翻訳後修飾の天然プロセスを含む酵素の使用により行うことができる。タンパク質コンジュゲートの例は、糖タンパク質(炭水化物成分とコンジュゲートしたタンパク質)またはリポタンパク質(脂質成分とコンジュゲートしたタンパク質)である。分子は、例えば任意の形態のリンカーを通して1または複数の部位に結合することができる。化学結合は、置換(例えば、N−スクシンイミジル化学)、付加または付加環化(例えば、マレイミド化学またはクリック化学)または酸化化学(例えば、ジスルフィド形成)を含む、当業者に周知の化学により行うことが可能である。本発明の化合物に化学的に結合し得る非タンパク質のポリマー分子のいくつかの例は、ヒドロキシエチルスターチ、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、樹枝状ポリマー、ポリオキシアルキレン、キレート剤、薬物、トキシン、小分子、色素などである。
融合タンパク質またはタンパク質コンジュゲートは、1または複数の反応基、またはリガンドのようなペプチド性または非ペプチド性成分、または放射性核種若しくはトキシンのような治療上或いは診断上関連する分子をさらに含むことができる。これは、例えば、糖、オリゴ糖、多糖、脂肪酸等の小さい有機または非アミノ酸ベースの物質も含むことができる。対象のタンパク質をそのような非タンパク質成分に結合させる方法は、当該技術分野で周知であるため、ここではさらに詳細には説明しない。
本明細書を通じて、「非免疫グロブリンタンパク質」という用語は、「非Igタンパク質」と略称されることもある。時には、「非免疫グロブリン(Ig)タンパク質」という表現のように、長い形式と略称形式の両方が同時に使用されることもある。
本明細書で使用する「天然に存在する」という用語は、対象物に適用される場合、対象物を自然界で見出すことができるという事実を指している。例えば、自然界の供給源から単離することができ、かつ実験室で人間によって意図的に改変されていない生物に存在するポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列は、天然に存在するものである。
これとは対照的に、本明細書で同じ意味で使用する「非天然」または「人工」という用語は、天然に存在しない対象物、すなわち人間によって生成、産生または改変された対象物を指している。例えば、実験室で人間により意図的に改変または生成されたポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列は、「非天然」である。本発明の非Ig結合タンパク質は、天然に存在しない人工タンパク質である。
本発明による「結合」という用語は、好ましくは特異的結合に関連する。
「解離定数」または「KD」という用語は、特定の結合親和性を規定する。本明細書で使用する「KD」という用語(通常は「mol/L」で測定され、「M」と略称されることもある)は、第1の化合物と第2の化合物との特定の相互作用の解離平衡定数を指すものとする。本発明の文脈において、KDという用語は特に、結合タンパク質と標的タンパク質(または標的化ドメイン)との間の結合親和性を説明するのに用いられる。
本明細書中で使用する「特異的に結合する」および「特異的な結合」は、本発明の標的化合物の標的化ドメインが、特定の標的に対する選択的結合親和性を有し、解離定数KDが、1μM(10−6M)以下、好ましくは100nM(10−7M)以下、好ましくは10nM(10−8M)以下、好ましくは1nM(10−9M)以下、好ましくは100pM(10−10M)、または好ましくは10pM(10−11M)以下であることを理解されたい。高親和性は、KDの低い値に対応する。「特異的結合」は、タンパク質が、特異的である標的に対して、別の分子への結合と比較した場合に、強く結合することを意味する。好ましくは、化合物が特異的に結合する標的についての解離定数(KD)は、結合タンパク質が特異的に結合しない標的についての解離定数の、10/1未満、好ましくは20/1未満、より好ましくは50/1未満、さらにより好ましくは100/1、200/1、500/1または1000/1未満である。
「特異的」結合と「非特異的」結合を区別するために、当業者に知られている適切な対照を使用することができる。
「結合することができるタンパク質」または「結合タンパク質」または「標的化ドメイン」という用語は、標的タンパク質(例えば、腫瘍特異的タンパク質、腫瘍細胞または循環腫瘍細胞またはマトリックスタンパク質などの表面上に発現するタンパク質)に結合することができるアミノ酸配列(タンパク質)を指している。任意のこのような結合タンパク質は、例えば、マルチマー化部分、ポリペプチドタグ、ポリペプチドリンカーおよび/または非タンパク質性ポリマー分子のような追加成分を含むことができる。
本明細書で使用する「アフィリン(Affilin)(登録商標)」(以前はScil Proteins GmbHとして知られていたNavigo Proteins GmbHの登録商標)という用語は、ユビキチンムテインに基づく非免疫グロブリン由来の結合タンパク質を指す。「アフィリン」および「ユビキチンムテイン」および「修飾ユビキチン」という用語は、すべて同義語で使用され、置き換え可能である。アフィリンが、少なくとも10/1未満であるか、非修飾ユビキチンまたはビスユビキチンに存在しない標的に対して特異的な結合親和性を有することを条件として、本明細書で使用されるそれら用語は、アミノ酸の置換、挿入、欠失またはそれらの任意の組合せにより、非修飾ユビキチン(例えば、配列番号1)またはビスユビキチン(例えば、配列番号2)とは異なるユビキチンの誘導体を指している。このアフィリンの機能特性は、de novoで作られた特性である。アフィリンは、自然界に存在するまたは自然界から分離された天然に存在するユビキチンではない。本発明に係るアフィリン分子は、ヘッドトゥーテール融合で互いに連結した2つの修飾されたユビキチン部分、または少なくとも1つの修飾されたユビキチン部分を含むか、または本質的にそれからなる。「ヘッドトゥーテール融合」は、例えば本明細書に引用により援用されるEP2379581B1に記載のように、(ヘッド)N−C−N−C−(テール)の方向に2つのユビキチンを連結することによりそれらのユビキチンを互いに融合するものと理解すべきである。ユビキチン部分は、リンカーなしで直接、またはペプチドリンカーを介して連結される。
「ユビキチン」または「非修飾ユビキチン」という用語は、配列番号1によるユビキチン(野生型ユビキチン)、または配列番号1に対して少なくとも95%のアミノ酸同一性(例えば、標的への結合に影響しない点変異F45W、G75A、G76A)を有するタンパク質を指している。哺乳類、例えば、ヒト、霊長類、ブタおよびげっ歯類からのユビキチン分子が特に好ましい。一方、当技術分野では、すべての真核生物ユビキチンは高度に保存され、これまで研究された哺乳類のユビキチンはアミノ酸配列に関して全く同一であるため、ユビキチンの由来はそれ程重要ではないことに留意すべきである。この意味で、他の任意の真核生物源由来のユビキチンを、新規な結合能力をもたらすための更なる修飾に使用することができる。例えば、酵母のユビキチンは、野生型ヒトユビキチン(配列番号1)と3つのアミノ酸が異なるのみである。
「ビスユビキチン」という用語は、2つのユビキチン部分がヘッドトゥーテールの方向に互いに直接融合している、線状タンパク質を指している。「ビスユビキチン」という用語は、配列番号2、または配列番号2と少なくとも95%のアミノ酸同一性(例えば、F45W、G75A、G76A、F121W、G151A、G152Aのなかから選択される点変異)を有するタンパク質を指している。
本明細書中で使用する「置換」は、別のアミノ酸によるアミノ酸の置き換えとして定義される。既知の遺伝コード、および組換えおよび合成DNA技術が与えられると、熟練した科学者はアミノ酸変異体をコードするDNAを容易に構築することができる。「挿入」という用語は、元のアミノ酸が有意な構造変化なしに安定したままである、元のアミノ酸配列へのアミノ酸の付加を含む。「欠失」という用語は、元の配列から1または複数のアミノ酸が取り出され、元々は欠失したアミノ酸のN末端およびC末端であるアミノ酸が、直接連結されて連続的なアミノ酸配列を形成することを意味する。
「アミノ酸配列同一性」という用語は、2以上のタンパク質のアミノ酸配列の同一性(または差異)の定量的比較を指す。基準ポリペプチド配列に対する「パーセント(%)アミノ酸配列同一性」は、配列を並べて、必要に応じてギャップを導入して最大パーセント配列同一性を達成した後の、基準ポリペプチド配列におけるアミノ酸残基と同一である配列におけるアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。配列同一性を決定するために、クエリータンパク質の配列を基準タンパク質の配列に整列させる。整列方法は、当技術分野において周知である。例えば、自由に利用可能なSIM局所類似性プログラム(Xiaoquin Huang and Webb Miller(1991),Advances in Applied Mathematics,vol.12:337−357)が好ましくは使用される(http://www.expasy.org/tools/sim−prot.htmlも参照されたい)。多重整列分析については、ClustalWが好ましくは用いられる(Thompson et al.(1994)Nucleic Acids Res.,22(22):4673−4680)。
所定の位置の基準アミノ酸配列と異なるクエリー配列の各アミノ酸は、1つの差異としてカウントされる。クエリー配列における挿入または欠失も1つの差異としてカウントされる。例えば、2つのユビキチン部分間のリンカー挿入は、基準配列と比較して1つの差異としてカウントされる。その後、差異の合計は、非同一性のパーセンテージを得るために、基準配列の長さに関連付けられる。同一性の定量的パーセンテージは、100から非同一性のパーセンテージを差し引いて計算される。非修飾ユビキチンに対して並べられたユビキチンムテインの同一性を決定する特定の事例において、45、75および/または76位における差異は、ユビキチンムテインの新規の結合能力に関係無く、特定の実験設定に関連する修飾に過ぎないため、カウントされない。
本明細書で使用する「リンカー」または「連結部分」という用語は、機能的要素を少なくとも第2の機能的要素と連結する部分を指す。例えば、本発明のリンカーは、2つのカップリング部位、または標的化ドメインとカップリング部位を連結する。他のリンカーは、2つの標的化ドメインを連結することができる。本発明の好ましい実施形態は、ペプチドリンカーを含む。例えば、ペプチドリンカーは、ペプチド結合を介して2つの機能的要素(例えば、ペプチド)を連結して、単一の線状ポリペプチド鎖を生成するアミノ酸配列である。
本明細書において、「標的」および「結合パートナー」という用語は同義語として使用されており、置き換えることが可能である。標的は、標的化ドメインに対して先に定義した親和性で結合することができる、任意のタンパク質、ペプチド、ペプチドのフラグメントまたはグリコシル構造のような他の分子である。好ましい標的分子は、タンパク質、グリコシル構造または他のエピトープなどの腫瘍抗原であって、腫瘍細胞の外側に存在するが、非腫瘍細胞上に存在しないか若しくは発現が少ない腫瘍抗原、または腫瘍組織中に存在するが、正常組織上に存在しないか若しくはまれにしか存在しない腫瘍抗原である。
「抗体フラグメント」という用語は、抗原に対する特異的結合親和性を有する抗体のフラグメントを指す。抗体フラグメントの例としては、一本鎖抗体、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFv、ドメイン抗体、ミニボディー、一本鎖抗体および抗体定常領域の誘導体が挙げられる。
本明細書で使用する「カップリング部位」という用語は、他の化学基と反応して本発明の化合物を他の化学的部分に結合することができるシステインまたはシステインリッチなアミノ酸配列を意味する。
「薬物」という用語は、ウイルス、細菌、真菌、植物、動物およびヒトを含むがこれらに限定されない生物体に対して、物理的特性または生化学的特性に影響を与え得る任意の物質を意味する。特に、この用語は、生物、特にヒトまたは動物における疾患の診断、治療または予防を目的とする任意の物質を含む。
分子生物学、細胞生物学、タンパク質化学および抗体技術の分野で一般的に知られており、実施されている方法は、継続的に更新される刊行物“Molecular Cloning:A Laboratory Manual”,(Sambrook et al.,Cold Spring Harbor);Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel et al.Eds.,Wiley & Sons);Current Protocols in Protein Science(J.E.Colligan et al.eds.,Wiley & Sons);Current Protocols in Cell Biology(J.S.Bonifacino et al.,Wiley & Sons)およびCurrent Protocols in Immunology(J.E.Colligan et al.,Eds.,Wiley & Sons)に十分に記載されている。細胞培養および培地に関する既知の技術は、“Large Scale Mammalian Cell Culture(D.Hu et al.,Curr.Opin.Biotechnol.8:148−153,1997);“Serum free Media”(K.Kitano,Biotechnol.17:73−106,1991);および“Suspension Culture of Mammalian Cells”(J.R.Birch et al.Bioprocess Technol.10:251−270,1990)に記載されている。
[本発明の実施形態]
以下、本発明をさらに詳細に説明する。以下に定義される各実施形態は、明確に反対の表示がない限り、1または複数の他の実施態様と組み合わせることができる。特に、好ましいまたは有利であると示される任意の特徴は、好ましいまたは有利であると示される1または複数の他の任意の特徴と組み合わせることができる。
以下、本発明をさらに詳細に説明する。以下に定義される各実施形態は、明確に反対の表示がない限り、1または複数の他の実施態様と組み合わせることができる。特に、好ましいまたは有利であると示される任意の特徴は、好ましいまたは有利であると示される1または複数の他の任意の特徴と組み合わせることができる。
本発明は、化学的部分のカップリングのための標的化合物に関するものであり、この標的化合物が、500nM以下の結合定数KDで標的に結合することができる非免疫グロブリンタンパク質または抗体フラグメントから選択される少なくとも1の標的化ドメインと、最大80個のアミノ酸からなる少なくとも1の連結部分であって、アラニン、プロリンおよびセリンを含むか、本質的にそれらからなる連結部分と、連結部分のC末端またはN末端にある少なくとも1のカップリング部位とを含み、このカップリング部位が、Cys(C)、CXC、CXXCまたはCXXXCからなり、ここで、Xは非芳香族アミノ酸のなかから選択され、連結部分が標的化ドメインとカップリング部位とを連結し、かつ/または連結部分が2のカップリング部位を連結する。化学的部分のカップリングのための1または複数の部位は、1、2または3の非芳香族アミノ酸残基が介在する1つのシステイン残基または2つのシステイン残基からなる。好ましい実施形態では、カップリング部位が連結部分のC末端に位置する。
N末端からC末端まで、またはC末端からN末端までの標的化合物の構造
好ましい実施形態は、T[LS]n、任意にはT[LS]nキャップを含み、ここで、n=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19または20である。本発明のいくつかの実施形態において、標的化合物は、TmLnSoからなり、ここで、m=1または2、n=1,2,3または4、o=1,2,3または4であり、任意にはキャップを有する。
好ましい実施形態は、T[LS]n、任意にはT[LS]nキャップを含み、ここで、n=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19または20である。本発明のいくつかの実施形態において、標的化合物は、TmLnSoからなり、ここで、m=1または2、n=1,2,3または4、o=1,2,3または4であり、任意にはキャップを有する。
化合物のN末端からC末端までの要素またはC末端からN末端までの要素の順序は、例えば、標的化ドメイン、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、連結部分3、カップリング部位3である。更なる実施形態は、N末端からC末端まで、
(i)標的化ドメイン、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、任意には追加のキャップ、
(ii)標的化ドメイン、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、連結部分3、カップリング部位3、連結部分4、カップリング部位4、任意には追加のキャップ、
(iii)標的化ドメイン、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、連結部分3、カップリング部位3、任意には追加のキャップ、
(iv)カップリング部位1、連結部分1、標的化ドメイン、連結部分2、カップリング部位2、任意には追加のキャップ、
(v)標的化ドメイン1、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、標的化ドメイン、連結部分3、カップリング部位3、任意には追加のキャップ、
(vi)標的化ドメイン1、標的化ドメイン2、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、任意には追加のキャップ、
(vii)標的化ドメイン1、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、標的化ドメイン2、任意には追加のキャップを含むことができる。
(i)標的化ドメイン、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、任意には追加のキャップ、
(ii)標的化ドメイン、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、連結部分3、カップリング部位3、連結部分4、カップリング部位4、任意には追加のキャップ、
(iii)標的化ドメイン、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、連結部分3、カップリング部位3、任意には追加のキャップ、
(iv)カップリング部位1、連結部分1、標的化ドメイン、連結部分2、カップリング部位2、任意には追加のキャップ、
(v)標的化ドメイン1、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、標的化ドメイン、連結部分3、カップリング部位3、任意には追加のキャップ、
(vi)標的化ドメイン1、標的化ドメイン2、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、任意には追加のキャップ、
(vii)標的化ドメイン1、連結部分1、カップリング部位1、連結部分2、カップリング部位2、標的化ドメイン2、任意には追加のキャップを含むことができる。
i)、ii)およびiii)の説明のために図1を参照されたい。例えば、上で(iii)として記載されている実施形態は、二次または三次構造を持つことなく、親水性アミノ酸(すなわち、連結部分およびキャップ)に組み込まれた所定位置における化学的部分をカップリングするための3つのカップリング部位を含む。
標的化部分、連結部分およびカップリング部位の他の順列も可能である。
末端「キャップ」アミノ酸
本発明の一実施形態では、本発明のカップリング部位は、化合物のC末端またはN末端に直接位置していない。そのような実施形態では、化合物は、「キャップ」、すなわち最も末端に位置するカップリング部位の後に10〜80個のアミノ酸のアミノ酸配列をさらに含む。例えば、標的化合物が融合タンパク質である実施形態では、少なくとも約5個、好ましくは約10個のアミノ酸が、部位特異的カップリングのためにカップリング部位と末端アミノ酸との間に位置する。好ましくは、キャップは、芳香族アミノ酸またはシステインを除く任意のアミノ酸から本質的になるか、またはそのようなアミノ酸からなり、よって好ましくは、アラニン、プロリン、セリン、バリン、ロイシン、メチオニン、イソロイシン、リジン、アルギニン、グルタミン酸、アスパラギン酸、スレオニン、グルタミン、グリシン、アスパラギンまたはヒスチジンのなかから選択される。アラニン、プロリンおよびセリンのなかから選択されるアミノ酸が好ましい。好ましい実施形態において、キャップは、アラニン、プロリンおよびセリンから本質的になるか、またはそれらからなる。
本発明の一実施形態では、本発明のカップリング部位は、化合物のC末端またはN末端に直接位置していない。そのような実施形態では、化合物は、「キャップ」、すなわち最も末端に位置するカップリング部位の後に10〜80個のアミノ酸のアミノ酸配列をさらに含む。例えば、標的化合物が融合タンパク質である実施形態では、少なくとも約5個、好ましくは約10個のアミノ酸が、部位特異的カップリングのためにカップリング部位と末端アミノ酸との間に位置する。好ましくは、キャップは、芳香族アミノ酸またはシステインを除く任意のアミノ酸から本質的になるか、またはそのようなアミノ酸からなり、よって好ましくは、アラニン、プロリン、セリン、バリン、ロイシン、メチオニン、イソロイシン、リジン、アルギニン、グルタミン酸、アスパラギン酸、スレオニン、グルタミン、グリシン、アスパラギンまたはヒスチジンのなかから選択される。アラニン、プロリンおよびセリンのなかから選択されるアミノ酸が好ましい。好ましい実施形態において、キャップは、アラニン、プロリンおよびセリンから本質的になるか、またはそれらからなる。
標的化合物の連結部分/カップリング部位(L n S o )のサイズ
一実施形態において、標的化合物は、TmLnSoキャップという化学式を有し、nまたはo=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19または20である。したがって、LnSoは、最小約5個、好ましくは約10個から、最大約1800個のアミノ酸を含む。LnSoキャップのアミノ酸の総数は、約20〜1800個のアミノ酸、好ましくは25〜1000個のアミノ酸、好ましくは50〜800個のアミノ酸、好ましくは70〜500個のアミノ酸、好ましくは100〜300個のアミノ酸である。
一実施形態において、標的化合物は、TmLnSoキャップという化学式を有し、nまたはo=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19または20である。したがって、LnSoは、最小約5個、好ましくは約10個から、最大約1800個のアミノ酸を含む。LnSoキャップのアミノ酸の総数は、約20〜1800個のアミノ酸、好ましくは25〜1000個のアミノ酸、好ましくは50〜800個のアミノ酸、好ましくは70〜500個のアミノ酸、好ましくは100〜300個のアミノ酸である。
連結部分の規定された数および位置
本発明の標的化合物は、標的化ドメインおよびカップリング部位を共有結合する少なくとも1つのペプチドリンカー、および/または2つのカップリング部位を連結する少なくとも1つのペプチドリンカーを含む。一実施形態では、化合物が、10〜80個のアミノ酸の2つのペプチドリンカー、すなわち、標的化ドメインと第1のカップリング部位とを連結する1つのペプチドリンカーと、第1および第2のカップリング部位間の第2のペプチドリンカーとを含む。別の実施形態では、化合物は、10〜80個のアミノ酸の3つのペプチドリンカー、すなわち、標的化ドメインと第1のカップリング部位とを連結する1つのペプチドリンカーと、第1および第2のカップリング部位間の第2のペプチドリンカーと、第2および第3のカップリング部位間の第3のペプチドリンカーとを含む。更なる実施形態では、化合物は、10〜80個のアミノ酸の4つのペプチドリンカー、すなわち、標的化ドメインと第1のカップリング部位とを連結する1つのペプチドリンカーと、第1および第2のカップリング部位間の第2のペプチドリンカーと、第2および第3のカップリング部位間の第3のペプチドリンカーと、第3および第4のカップリング部位間の第4のペプチドリンカーとを含む。それに応じて、最大20個のリンカーを有する本発明の更なる実施形態が構成される。
本発明の標的化合物は、標的化ドメインおよびカップリング部位を共有結合する少なくとも1つのペプチドリンカー、および/または2つのカップリング部位を連結する少なくとも1つのペプチドリンカーを含む。一実施形態では、化合物が、10〜80個のアミノ酸の2つのペプチドリンカー、すなわち、標的化ドメインと第1のカップリング部位とを連結する1つのペプチドリンカーと、第1および第2のカップリング部位間の第2のペプチドリンカーとを含む。別の実施形態では、化合物は、10〜80個のアミノ酸の3つのペプチドリンカー、すなわち、標的化ドメインと第1のカップリング部位とを連結する1つのペプチドリンカーと、第1および第2のカップリング部位間の第2のペプチドリンカーと、第2および第3のカップリング部位間の第3のペプチドリンカーとを含む。更なる実施形態では、化合物は、10〜80個のアミノ酸の4つのペプチドリンカー、すなわち、標的化ドメインと第1のカップリング部位とを連結する1つのペプチドリンカーと、第1および第2のカップリング部位間の第2のペプチドリンカーと、第2および第3のカップリング部位間の第3のペプチドリンカーと、第3および第4のカップリング部位間の第4のペプチドリンカーとを含む。それに応じて、最大20個のリンカーを有する本発明の更なる実施形態が構成される。
カップリング部位の規定された数および位置
本発明に係るカップリング部位は、CysまたはCysXaaCysまたはCysXaaXaaCysまたはCysXaaXaaXaaCysからなり、ここで、Xaaは芳香族アミノ酸ではない(すなわち、XaaはPhe、Trp、Tyrではない)か、または好ましくはCysまたはMetまたはIleまたはLeuからは選択されない。カップリング部位の規定された数および規定された位置は、標的化合物、すなわち標的融合タンパク質に対する、化学的部分の部位特異的結合を可能にする。本発明の化合物は、化学的部分を結合させるための多くのシステイン残基(少なくとも1〜最大40まで)を含有する。したがって、必要な場合には、多数の化学的部分を本発明の化合物にカップリングさせることができ、カップリングさせた化学的部分を有する化合物を、標的に対して特異的に標的化することができる。化学的部分の量をそれに応じて調節するために、当業者は、カップリング部位(すなわち、システインまたはシステイン含有ペプチドモチーフ)の数を特定の用途に最適な数に調節することができる。一実施形態では、本発明の化合物は、連結部分のN末端およびC末端に位置する2つのカップリング部位(例えば、CysまたはCysリッチモチーフ)を含む。本発明の特定の実施形態では、連結部分は、化合物の2つのカップリング部位の間の、約20〜30個のアミノ酸(Pro、SerおよびAla)、例えば18〜33個のアミノ酸からなる。化合物中のカップリング部位は同一でも異なっていてもよい。好ましい実施形態において、化合物中のすべてのカップリング部位は同一である。
本発明に係るカップリング部位は、CysまたはCysXaaCysまたはCysXaaXaaCysまたはCysXaaXaaXaaCysからなり、ここで、Xaaは芳香族アミノ酸ではない(すなわち、XaaはPhe、Trp、Tyrではない)か、または好ましくはCysまたはMetまたはIleまたはLeuからは選択されない。カップリング部位の規定された数および規定された位置は、標的化合物、すなわち標的融合タンパク質に対する、化学的部分の部位特異的結合を可能にする。本発明の化合物は、化学的部分を結合させるための多くのシステイン残基(少なくとも1〜最大40まで)を含有する。したがって、必要な場合には、多数の化学的部分を本発明の化合物にカップリングさせることができ、カップリングさせた化学的部分を有する化合物を、標的に対して特異的に標的化することができる。化学的部分の量をそれに応じて調節するために、当業者は、カップリング部位(すなわち、システインまたはシステイン含有ペプチドモチーフ)の数を特定の用途に最適な数に調節することができる。一実施形態では、本発明の化合物は、連結部分のN末端およびC末端に位置する2つのカップリング部位(例えば、CysまたはCysリッチモチーフ)を含む。本発明の特定の実施形態では、連結部分は、化合物の2つのカップリング部位の間の、約20〜30個のアミノ酸(Pro、SerおよびAla)、例えば18〜33個のアミノ酸からなる。化合物中のカップリング部位は同一でも異なっていてもよい。好ましい実施形態において、化合物中のすべてのカップリング部位は同一である。
二次または三次構造を持たない連結部分
本発明はさらに、連結部分が20〜60%のアラニン、20〜40%のプロリンおよび10〜60%のセリンからなる標的化合物に関する。したがって、本発明の化合物のためのリンカーは、親水性であり、二次または三次構造を持たない。したがって、二次または三次構造を持たないリンカー部分によって、標的化ドメインの機能的および構造的特徴が、カップリング部位の規定された数および位置を有する標的化合物において維持される。
本発明はさらに、連結部分が20〜60%のアラニン、20〜40%のプロリンおよび10〜60%のセリンからなる標的化合物に関する。したがって、本発明の化合物のためのリンカーは、親水性であり、二次または三次構造を持たない。したがって、二次または三次構造を持たないリンカー部分によって、標的化ドメインの機能的および構造的特徴が、カップリング部位の規定された数および位置を有する標的化合物において維持される。
最大80個のアミノ酸の連結部分の規定された長さ
ペプチドリンカーの長さは、少なくとも約10個のアミノ酸から最大約80個のアミノ酸まで変化する。より好ましくは、本発明のペプチドリンカーは、約10〜約80個のアミノ酸の長さを有する。好ましい化合物において、連結部分は、約10〜約60個のアミノ酸または約20〜約60個のアミノ酸または約40〜約60個のアミノ酸または約60〜約80個のアミノ酸からなる。リンカーは、約10〜約80個のアミノ酸から、独立して構成することができる。例えば、本発明の一実施形態では、第1のペプチドリンカーは約50個のアミノ酸からなり、第2のペプチドリンカーは約25個のアミノ酸からなる。例えば、本発明の一実施形態では、第1のペプチドリンカーは約10個のアミノ酸からなり、第2ペプチドリンカーは約25個のアミノ酸からなり、第3のペプチドリンカーは約30個のアミノ酸からなる。例えば、本発明の別の実施形態では、第1のペプチドリンカーは約50個のアミノ酸からなり、第2のペプチドリンカーは約60個のアミノ酸からなり、第3のペプチドリンカーは約60個のアミノ酸からなる。例えば、本発明の別の実施形態では、第1のペプチドリンカーは約50個のアミノ酸からなり、第2のペプチドリンカーは約75個のアミノ酸からなり、第3のペプチドリンカーは約75個のアミノ酸からなり、第4のペプチドリンカーは約60個のアミノ酸からなる。1つの構築物中のペプチドリンカーの長さは、異なっていても同一であってもよい。
ペプチドリンカーの長さは、少なくとも約10個のアミノ酸から最大約80個のアミノ酸まで変化する。より好ましくは、本発明のペプチドリンカーは、約10〜約80個のアミノ酸の長さを有する。好ましい化合物において、連結部分は、約10〜約60個のアミノ酸または約20〜約60個のアミノ酸または約40〜約60個のアミノ酸または約60〜約80個のアミノ酸からなる。リンカーは、約10〜約80個のアミノ酸から、独立して構成することができる。例えば、本発明の一実施形態では、第1のペプチドリンカーは約50個のアミノ酸からなり、第2のペプチドリンカーは約25個のアミノ酸からなる。例えば、本発明の一実施形態では、第1のペプチドリンカーは約10個のアミノ酸からなり、第2ペプチドリンカーは約25個のアミノ酸からなり、第3のペプチドリンカーは約30個のアミノ酸からなる。例えば、本発明の別の実施形態では、第1のペプチドリンカーは約50個のアミノ酸からなり、第2のペプチドリンカーは約60個のアミノ酸からなり、第3のペプチドリンカーは約60個のアミノ酸からなる。例えば、本発明の別の実施形態では、第1のペプチドリンカーは約50個のアミノ酸からなり、第2のペプチドリンカーは約75個のアミノ酸からなり、第3のペプチドリンカーは約75個のアミノ酸からなり、第4のペプチドリンカーは約60個のアミノ酸からなる。1つの構築物中のペプチドリンカーの長さは、異なっていても同一であってもよい。
連結部分のアミノ酸組成
1つの化合物中のペプチドリンカーの組成は、異なっていても同一であってもよい。本発明の好ましい実施形態では、化合物のペプチドリンカーは、Ala、ProまたはSerから選択されるアミノ酸から、独立して構成される。ペプチドリンカーは、約30%〜約60%のアラニン、約20%〜約45%のプロリンおよび約10%〜約60%のセリンからなり、好ましくは約40%〜約60%のアラニン、約20%〜約40%のプロリンおよび約10%〜約30%のセリンからなる。一実施形態では、ペプチドリンカーは、約50%のアラニン、約30%のプロリンおよび約20%のセリンからなる。さらに好ましくは、アミノ酸のアラニン、プロリンおよびセリンがリンカーアミノ酸配列全体に均一に分布し、最大で2,3,4または5個以下の同一アミノ酸残基、好ましくは最大で3個のアミノ酸が隣接する。本発明の好ましいリンカーは、タンパク質分解的に安定である。表1aは、本発明の標的化合物のための適切な連結部分の例示的なアミノ酸組成を示している。
1つの化合物中のペプチドリンカーの組成は、異なっていても同一であってもよい。本発明の好ましい実施形態では、化合物のペプチドリンカーは、Ala、ProまたはSerから選択されるアミノ酸から、独立して構成される。ペプチドリンカーは、約30%〜約60%のアラニン、約20%〜約45%のプロリンおよび約10%〜約60%のセリンからなり、好ましくは約40%〜約60%のアラニン、約20%〜約40%のプロリンおよび約10%〜約30%のセリンからなる。一実施形態では、ペプチドリンカーは、約50%のアラニン、約30%のプロリンおよび約20%のセリンからなる。さらに好ましくは、アミノ酸のアラニン、プロリンおよびセリンがリンカーアミノ酸配列全体に均一に分布し、最大で2,3,4または5個以下の同一アミノ酸残基、好ましくは最大で3個のアミノ酸が隣接する。本発明の好ましいリンカーは、タンパク質分解的に安定である。表1aは、本発明の標的化合物のための適切な連結部分の例示的なアミノ酸組成を示している。
本発明の一実施形態では、カップリング部位は、連結部分のC末端に位置するシステインである。表1bに、C末端カップリング部位(システイン)を有する連結部分のための選択された例のアミノ酸組成を示す。
例えば、SAPAPSAPAASAPPAPAAPCAPAAAPASAPAPASAPAASPC(配列番号73)、SAPAPSAPAASAPPAPAAPCAPAAPASAPAPASAPAASPC(配列番号75)のように、C末端カップリング部位をそれぞれ有する2つの連結部分を連結させることができる。
好ましい実施形態において、SAPAPSAPAASAPPAPAAPCAPAAAPASAPAPASAPAASPCPAAPAPSPASPAPASPASAP(配列番号74)、SAPAPSAPAASAPPAPAAPCAPAAPASAPAPASAPAASPCPAAPAPSPASPAPASPASAP (配列番号76)のように、C末端「カップ」が最もC末端のカップリング部位の後に付加される。
好ましくは、連結部分のアミノ酸配列は、配列番号3−34および配列番号55−76を含むか、本質的にそれらからなり、または配列番号3−34および配列番号55−76と少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列である。
例えば、化学的部分の特異的カップリングが与えられ、標的化ドメインの機能的および構造的特性が維持されるように、例示的な標的化合物は、二次または三次構造を有することなく連結部分に組み込まれた規定の位置における2つの規定されたカップリング部位を有する。
カップリング部位の規定された組成
本発明によるカップリング部位は、Cys(C)またはCXCまたはCXXCまたはCXXXCからなる。本発明はさらに、Xが非芳香族アミノ酸から選択される標的化合物に関する。2つのシステイン間のカップリング部位におけるXとして排除されるアミノ酸は、芳香族アミノ酸(Phe、Tyr、Trp)、好ましくは疎水性アミノ酸(Ile、Leu、Met、Cys)である。好ましくは、2つのシステイン間のカップリング部位におけるアミノ酸は、Pro、Ser、Ala、Val、Gly、Thr、Asn、Asp、Gln、Glu、Lys、ArgおよびHisのような小アミノ酸または親水性アミノ酸のなかから選択される。CXXCモチーフ(配列番号35)を有するカップリング部位の非限定的な例は、CPAC(配列番号36)、CSSC(配列番号37)、CAAC(配列番号38)またはCASC(配列番号39)である。本発明の化合物は、1,2,3,4,5,6またはそれ以上、最大20個までのカップリング部位を含む。
本発明によるカップリング部位は、Cys(C)またはCXCまたはCXXCまたはCXXXCからなる。本発明はさらに、Xが非芳香族アミノ酸から選択される標的化合物に関する。2つのシステイン間のカップリング部位におけるXとして排除されるアミノ酸は、芳香族アミノ酸(Phe、Tyr、Trp)、好ましくは疎水性アミノ酸(Ile、Leu、Met、Cys)である。好ましくは、2つのシステイン間のカップリング部位におけるアミノ酸は、Pro、Ser、Ala、Val、Gly、Thr、Asn、Asp、Gln、Glu、Lys、ArgおよびHisのような小アミノ酸または親水性アミノ酸のなかから選択される。CXXCモチーフ(配列番号35)を有するカップリング部位の非限定的な例は、CPAC(配列番号36)、CSSC(配列番号37)、CAAC(配列番号38)またはCASC(配列番号39)である。本発明の化合物は、1,2,3,4,5,6またはそれ以上、最大20個までのカップリング部位を含む。
標的化ドメイン
一実施形態では、本発明の標的化合物は、標的化ドメインとして非Igタンパク質または抗体フラグメント(例えば、Fabフラグメント)を含む。本発明の標的化合物は、完全長抗体を含まない。完全長抗体の欠点は、抗体のFc部分が、可変ドメインの標的特異性とは無関係に細胞受容体に結合し、それにより望ましくない反応を引き起こすことである。完全長モノクローナル抗体とは対照的に、非Igタンパク質または抗体フラグメントは、所望の標的に対して特異的に結合するが、他のタンパク質には特異的に結合しない。さらに、非Igタンパク質は、操作が容易な小タンパク質であり、微生物で産生することができ、よって技術的利点を提供する。
一実施形態では、本発明の標的化合物は、標的化ドメインとして非Igタンパク質または抗体フラグメント(例えば、Fabフラグメント)を含む。本発明の標的化合物は、完全長抗体を含まない。完全長抗体の欠点は、抗体のFc部分が、可変ドメインの標的特異性とは無関係に細胞受容体に結合し、それにより望ましくない反応を引き起こすことである。完全長モノクローナル抗体とは対照的に、非Igタンパク質または抗体フラグメントは、所望の標的に対して特異的に結合するが、他のタンパク質には特異的に結合しない。さらに、非Igタンパク質は、操作が容易な小タンパク質であり、微生物で産生することができ、よって技術的利点を提供する。
一実施形態では、標的化ドメインは、標的に対する解離定数KDが0.001nM〜500nM、好ましくは100nM未満、好ましくは10nM未満、より好ましくは1nM未満である非Igタンパク質である。本発明のいくつかの実施形態では、標的化合物、例えば標的化融合タンパク質は、1,2またはそれ以上の標的化ドメインを含む。いくつかの実施形態では、2つの同一の標的化ドメインがペプチドリンカーを介して連結される。他の実施形態では、2つの異なる標的化ドメインがペプチドリンカーを介して連結される。異なる標的化ドメインは、同じエピトープまたは同じ標的タンパク質に対して特異性を有するが、異なるエピトープに対しては有さない。別の実施形態において、異なる標的化ドメインは、異なる標的タンパク質に対して特異性を有してもよく、すなわち、化合物は二重特異性である。
一実施形態では、2つの標的化ドメインは、それらのN末端およびC末端の両方の連結部分に連結されるものであってもよい。他の実施形態では、1つの標的化ドメインが化合物のN末端またはC末端にあり、第2の標的化ドメインがそのN末端およびC末端の両方の連結ドメインに連結される。さらに別の実施形態では、両方の標的化ドメインは、それらのN末端またはC末端の一方でのみ連結ドメインに連結され、すなわち、融合タンパク質は、N末端に第1の標的化ドメインおよびC末端に第2の標的化ドメインを含む。
結合親和性標的化ドメインの決定
結合親和性を測定する方法、すなわち解離定数KDを測定する方法は、当業者に公知であり、例えば、表面プラズモン共鳴(SPR)に基づく技術、バイオレイヤー干渉法(BLI)、酵素結合免疫吸着法(ELISA)、フローサイトメトリー、蛍光分光法、等温滴定熱量測定(ITC)、分析超遠心分離、ラジオイムノアッセイ(RIAまたはIRMA)および増強化学発光(ECL)など、当技術分野で知られている方法のなかから選択することができる。それら方法の一部は、以下の実施例でより詳細に説明する。典型的には、約20℃〜約37℃の温度で解離定数KDが測定される。特に断りのない限り、本明細書に記載するKD値は、SPR分析により25℃で測定される。
結合親和性を測定する方法、すなわち解離定数KDを測定する方法は、当業者に公知であり、例えば、表面プラズモン共鳴(SPR)に基づく技術、バイオレイヤー干渉法(BLI)、酵素結合免疫吸着法(ELISA)、フローサイトメトリー、蛍光分光法、等温滴定熱量測定(ITC)、分析超遠心分離、ラジオイムノアッセイ(RIAまたはIRMA)および増強化学発光(ECL)など、当技術分野で知られている方法のなかから選択することができる。それら方法の一部は、以下の実施例でより詳細に説明する。典型的には、約20℃〜約37℃の温度で解離定数KDが測定される。特に断りのない限り、本明細書に記載するKD値は、SPR分析により25℃で測定される。
標的化合物の更なる特性評価
本発明の標的化合物、例えば本発明の融合タンパク質または非Igタンパク質、例えばユビキチンムテインの更なる特性評価は、単離された可溶性タンパク質の形態で行うことができる。適切な方法は、当業者に知られており、または文献に記載されている。そのような方法には、タンパク質の物理的、生物物理学的および機能的特性評価の測定が含まれる。単離された変異体の親和性および特異性は、当業者に知られているような実施例における上述した生化学的な標準的な方法によって検出することができる。安定性分析のために、例えば、示差走査蛍光定量(DSF)を含む、化学的または熱的アンフォールディングに関連する分光または蛍光に基づく方法が、当業者に知られている。
本発明の標的化合物、例えば本発明の融合タンパク質または非Igタンパク質、例えばユビキチンムテインの更なる特性評価は、単離された可溶性タンパク質の形態で行うことができる。適切な方法は、当業者に知られており、または文献に記載されている。そのような方法には、タンパク質の物理的、生物物理学的および機能的特性評価の測定が含まれる。単離された変異体の親和性および特異性は、当業者に知られているような実施例における上述した生化学的な標準的な方法によって検出することができる。安定性分析のために、例えば、示差走査蛍光定量(DSF)を含む、化学的または熱的アンフォールディングに関連する分光または蛍光に基づく方法が、当業者に知られている。
標的化ドメインとして適切な非Igタンパク質
適切な非Igタンパク質の例は、アフィリン(ユビキチンムテイン)、DARPin(アンキリンリピートタンパク質ムテイン)、アンチカリン(リポカリンムテイン)、Affibody(staphylococcalプロテインAのZドメインのムテイン)、Fynomer(ヒトFyn SH3ドメインのムテイン)、AdNectin(ヒトフィブロネクチンの第10ドメインのムテイン)、Kunitzドメインペプチド(種々のプロテアーゼ阻害剤のKunitzドメインのムテイン)、Nanofitins(Sac7dムテイン)、Avimers(多量体化低密度リポタンパク質受容体−Aのムテイン)、シャガシン足場またはシャガシン様プロテアーゼ阻害剤タンパク質、アドネキシン足場、セントリリン(FN3ドメインのムテイン)、ノッティン(システインノットミニタンパク質ムテイン)、アルマジロリピートタンパク質ムテイン、アトリマー(テトラネクチンムテイン;C型レクチンドメインのムテイン)またはCTLA4ベースのムテインのなかのタンパク質から選択されるが、それらに限定されるものではない。非Igタンパク質に基づく足場に関する更なる情報は、例えば、Vazquez−Lombardi et al.,Drug Discov.Today,2015 20:1271−1283またはWeidle et al.,Cancer Genomics and Proteomics 2013 10:155−168に記載されている。
適切な非Igタンパク質の例は、アフィリン(ユビキチンムテイン)、DARPin(アンキリンリピートタンパク質ムテイン)、アンチカリン(リポカリンムテイン)、Affibody(staphylococcalプロテインAのZドメインのムテイン)、Fynomer(ヒトFyn SH3ドメインのムテイン)、AdNectin(ヒトフィブロネクチンの第10ドメインのムテイン)、Kunitzドメインペプチド(種々のプロテアーゼ阻害剤のKunitzドメインのムテイン)、Nanofitins(Sac7dムテイン)、Avimers(多量体化低密度リポタンパク質受容体−Aのムテイン)、シャガシン足場またはシャガシン様プロテアーゼ阻害剤タンパク質、アドネキシン足場、セントリリン(FN3ドメインのムテイン)、ノッティン(システインノットミニタンパク質ムテイン)、アルマジロリピートタンパク質ムテイン、アトリマー(テトラネクチンムテイン;C型レクチンドメインのムテイン)またはCTLA4ベースのムテインのなかのタンパク質から選択されるが、それらに限定されるものではない。非Igタンパク質に基づく足場に関する更なる情報は、例えば、Vazquez−Lombardi et al.,Drug Discov.Today,2015 20:1271−1283またはWeidle et al.,Cancer Genomics and Proteomics 2013 10:155−168に記載されている。
標的化ドメインとして適切な抗体フラグメント
抗体に由来する適切なフラグメントの選択された例は、一本鎖抗体、抗体定常領域の誘導体、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFvまたはドメイン抗体(例えば、ナノボディまたはアブドリン)である。
抗体に由来する適切なフラグメントの選択された例は、一本鎖抗体、抗体定常領域の誘導体、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、scFvまたはドメイン抗体(例えば、ナノボディまたはアブドリン)である。
適切な標的の例
非Igタンパク質は、標的、例えば、特定の疾患(例えば、癌、自己免疫疾患または心臓血管疾患)に関連する標的に対して、検出可能な特異的結合親和性で結合する。標的化ドメインのための結合パートナーの例は、Her2、EGFR、ED−B、PSMAまたはVEGF−Aから選択されるが、これらに限定されない細胞表面発現標的である。複数の可能性のある標的を使用できることに留意されたい。2以上の標的化ドメインを含む本発明の化合物は、同じ標的に結合することができるが、異なるエピトープにも結合することができる。例えば、Her2に対する親和性をそれぞれ有する2つの同一でない標的化ドメインを有する化合物は、異なるHer2エピトープに結合し得る。2または3の標的化ドメインを含む本発明の化合物は、二重特異性または三重特異性であり、2または3の異なる標的に結合することができる。例えば、Her2に対して親和性を有する標的化ドメインおよびEGFRに対して親和性を有する第2の標的化ドメインを有する化合物は、Her2およびEGFRの両方に結合する。
非Igタンパク質は、標的、例えば、特定の疾患(例えば、癌、自己免疫疾患または心臓血管疾患)に関連する標的に対して、検出可能な特異的結合親和性で結合する。標的化ドメインのための結合パートナーの例は、Her2、EGFR、ED−B、PSMAまたはVEGF−Aから選択されるが、これらに限定されない細胞表面発現標的である。複数の可能性のある標的を使用できることに留意されたい。2以上の標的化ドメインを含む本発明の化合物は、同じ標的に結合することができるが、異なるエピトープにも結合することができる。例えば、Her2に対する親和性をそれぞれ有する2つの同一でない標的化ドメインを有する化合物は、異なるHer2エピトープに結合し得る。2または3の標的化ドメインを含む本発明の化合物は、二重特異性または三重特異性であり、2または3の異なる標的に結合することができる。例えば、Her2に対して親和性を有する標的化ドメインおよびEGFRに対して親和性を有する第2の標的化ドメインを有する化合物は、Her2およびEGFRの両方に結合する。
標的化ドメインの例としてのアフィリン
好ましくは、標的化合物の標的化ドメインは、アフィリンが標的に対して特異的結合親和性を有するならば、ユビキチン(配列番号1)に対して80%〜94%の同一性、またはビスユビキチン(配列番号2)に対して80%〜94%の同一性を示すユビキチンムテイン(アフィリン)である。換言すれば、ユビキチンムテインは、配列番号1と比較して5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15または16のアミノ酸において修飾され、好ましくは配列番号1の6,7,8,9,10または11のアミノ酸の修飾であり、または配列番号2と比較して10−32のアミノ酸において修飾され、好ましくは配列番号2の12−22のアミノ酸の修飾であり、それにより、標的抗原に対して新たに生成された測定可能な結合特性を有する非天然タンパク質を産生する。
好ましくは、標的化合物の標的化ドメインは、アフィリンが標的に対して特異的結合親和性を有するならば、ユビキチン(配列番号1)に対して80%〜94%の同一性、またはビスユビキチン(配列番号2)に対して80%〜94%の同一性を示すユビキチンムテイン(アフィリン)である。換言すれば、ユビキチンムテインは、配列番号1と比較して5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15または16のアミノ酸において修飾され、好ましくは配列番号1の6,7,8,9,10または11のアミノ酸の修飾であり、または配列番号2と比較して10−32のアミノ酸において修飾され、好ましくは配列番号2の12−22のアミノ酸の修飾であり、それにより、標的抗原に対して新たに生成された測定可能な結合特性を有する非天然タンパク質を産生する。
標的化ドメインの同定
非Igタンパク質、例えばユビキチンの誘導体化により、特定の標的抗原に特異的に結合するムテインを生成することは、当技術分野において知られている。例えば、配列番号1または配列番号2に示される配列が改変されたライブラリーを作成可能である。好ましくは、改変は、当技術分野において知られている、置換、挿入または欠失である。ユビキチンに由来する新規な結合タンパク質生成のためのアミノ酸残基の置換は、任意の所望のアミノ酸を用いて行うことができる。これは、EP1626985B1、EP2379581B1およびEP2721152に詳細に記載されて記載されており、それらは引用により本明細書に援用される。
非Igタンパク質、例えばユビキチンの誘導体化により、特定の標的抗原に特異的に結合するムテインを生成することは、当技術分野において知られている。例えば、配列番号1または配列番号2に示される配列が改変されたライブラリーを作成可能である。好ましくは、改変は、当技術分野において知られている、置換、挿入または欠失である。ユビキチンに由来する新規な結合タンパク質生成のためのアミノ酸残基の置換は、任意の所望のアミノ酸を用いて行うことができる。これは、EP1626985B1、EP2379581B1およびEP2721152に詳細に記載されて記載されており、それらは引用により本明細書に援用される。
選択したアミノ酸の修飾のステップは、好ましくは、選択したアミノ酸のランダム突然変異誘発によって遺伝子レベルで、本発明に従って実施される。置換、挿入または欠失によって修飾されるアミノ酸の事前選択は、修飾されるユビキチンタンパク質について利用可能な構造情報に基づいて行うことができる。好ましくは、非Igタンパク質の修飾は、それぞれのタンパク質に属するDNAの改変のための遺伝子工学的方法を用いて行われる。ランダム化されるアミノ酸の異なるセットの選択は、異なるライブラリーをもたらす。得られた遺伝子プールライブラリーは、表示方法のような選択方法のためのタンパク質の発現を可能にする適切な機能的遺伝子エレメントと組み合わせることができる。結合親和性が存在する場合には、発現されたタンパク質を標的分子と接触させて、パートナーどうしの結合を可能にする。このプロセスは、標的分子への結合活性を有するタンパク質の同定を可能にする。
本発明による接触は、好ましくは、ファージディスプレイ、リボソームディスプレイ、mRNAディスプレイまたは細胞表面ディスプレイ、酵母表面ディスプレイまたはバクテリア表面ディスプレイ法などの適切な提示および選択方法、好ましくは当業者に周知のファージディスプレイ法により行われる。次いで、所望の結合特性を有する同定されたクローンをシーケンシングして、ムテインのアミノ酸配列を明らかにする。同定した結合タンパク質は、例えば、上述した当業者に知られているような同定した配列の改変および繰り返されるファージディスプレイ、リボソームディスプレイ、パニングおよびスクリーニングステップに基づいて追加のライブラリーを生成することにより、更なる成熟ステップの対象とするようにしてもよい。
本発明の一実施形態において、標的に対して少なくとも10−7MのKDの測定可能な結合親和性を生成するために、配列番号1の62,63,64,65,66,67または68位から選択される5個のアミノ酸においてユビキチンが少なくとも置換される。さらに、1,2,3,4,5または6個のアミノ酸を、標的に対して測定可能な結合親和性を生じるように改変することができる。
一実施形態では、本発明の化合物の標的化部分は、配列番号1に基づくユビキチンムテインを含み、改変は、(i)領域2−11または(ii)領域62−68または(iii)両領域に同時に位置する、1,2,3,4,5,6,7,8,9,10または11、好ましくは合計で5,6,7,8または9個のアミノ酸で行われる。それらの領域に含まれない更なる位置も同様に改変される場合がある。
標的化ドメインとしてのアフィリンタンパク質の具体例
本発明の一実施形態において、標的に対して少なくとも10−7MのKDの測定可能な結合親和性を生成するために、ユビキチン部分は、配列番号1の8−11位、好ましくは配列番号1の9位と10位との間に対応するループ領域における2〜10個のアミノ酸の挿入と好ましくは組み合わせて、配列番号1の62,63,64,65,66位に対応する5個のアミノ酸において少なくとも置換されている(例えば、EGFR特異的アフィリン−139819;配列番号41)。
本発明の一実施形態において、標的に対して少なくとも10−7MのKDの測定可能な結合親和性を生成するために、ユビキチン部分は、配列番号1の8−11位、好ましくは配列番号1の9位と10位との間に対応するループ領域における2〜10個のアミノ酸の挿入と好ましくは組み合わせて、配列番号1の62,63,64,65,66位に対応する5個のアミノ酸において少なくとも置換されている(例えば、EGFR特異的アフィリン−139819;配列番号41)。
本発明の別の実施形態では、2つのユビキチン部分は、領域2−11および62−68から選択されかつそれら領域に対応する、例えば配列番号1の2,4,6,8,62,63,64,65,66,68位から選択される、5,6,7,8または9個のアミノ酸において独立して少なくとも置換されており、2つのユビキチン部分は、直接またはペプチドリンカーを介して連結され、好ましくは直接結合されている。
さらに別の実施形態では、本発明の連結部分は、標的に対して500nM未満の結合親和性(KD)を有する結合タンパク質に関し、ここで、標的結合タンパク質は、2つのユビキチン部分が少なくとも7個のアミノ酸において独立して置換され、第1のユビキチン部分における置換が配列番号1の42,44,68,70,72,73,74位から少なくとも選択され、第2のユビキチン部分における置換が配列番号1の6,8,62,63,64,65,66位から少なくとも選択される、アミノ酸配列を含み、2つのユビキチン部分がリンカーなしで直接連結されている。さらに、結合タンパク質は、ビスユビキチン(配列番号2)と少なくとも85%の配列同一性を有する。標的結合ユビキチンムテインは、1,2,3,4,5または6個の更なる置換を含み、それにより、標的に対して高い親和性を有する結合タンパク質、例えば、Her2特異的結合タンパク質(アフィリン−142628;配列番号40)を生成することができる。
さらに別の実施形態において、標的結合ユビキチンムテインは、配列番号1の6,8,62,63,64,65,66位から少なくとも選択される第1のユビキチン部分の置換と、配列番号1の6,8,62,63,64,65,66位から少なくとも選択される第2のユビキチン部分の置換とを含み、2つのユビキチン部分がショートペプチドリンカーで結合して、標的に対して高親和性の結合タンパク質、例えば、本明細書中に引用により援用されるEP2513138B1に開示されるED−B特異的結合タンパク質を生成することができる。
VEGF−A特異的アフィリンタンパク質の例は、WO2012/172054に開示されている。
さらに好ましい実施形態では、本発明の融合タンパク質は、配列番号42−51からなる群のなかから選択されるアミノ酸配列、または配列番号42−51と少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列、またはその機能的変異体から本質的になるか、またはそれらからなる。
さらに、本発明は、融合タンパク質である標的化合物に関する。融合タンパク質の例は、配列番号42−51のアミノ酸配列に示されている。
化学的部分の具体例
本発明は、化合物のカップリング部位にカップリングされる化学的部分が色素、キレート剤、薬物、トキシンおよび小分子のなかから選択される、標的化合物に関する。小分子の例は、低分子量(約5000ダルトン未満)の有機化合物である。適切な色素の例は、EDANS(5−[(2−アミノエチル)アミノ]ナフタレン−1−スルホン酸)である。キレート剤の例は、放射性同位元素を含む様々な構造を有する分子の錯化剤として使用できるDOTAである。得られた化合物は、特に医療用途で使用するために、数多くの、例えば、放射性同位体とともに使用することができる。トキシンの例は、オーリスタチン、チューブリシン、アマニチン、ドキソルビシン、メイタンシン、カリケアマイシン、ビンカアルカロイド、カンプトテシンおよびデュオカルマイシンのなかから選択されるが、それらに限定されるものではない。
本発明は、化合物のカップリング部位にカップリングされる化学的部分が色素、キレート剤、薬物、トキシンおよび小分子のなかから選択される、標的化合物に関する。小分子の例は、低分子量(約5000ダルトン未満)の有機化合物である。適切な色素の例は、EDANS(5−[(2−アミノエチル)アミノ]ナフタレン−1−スルホン酸)である。キレート剤の例は、放射性同位元素を含む様々な構造を有する分子の錯化剤として使用できるDOTAである。得られた化合物は、特に医療用途で使用するために、数多くの、例えば、放射性同位体とともに使用することができる。トキシンの例は、オーリスタチン、チューブリシン、アマニチン、ドキソルビシン、メイタンシン、カリケアマイシン、ビンカアルカロイド、カンプトテシンおよびデュオカルマイシンのなかから選択されるが、それらに限定されるものではない。
標的化合物の使用
また、本発明は、診断または治療用途における標的化合物の使用に関する。結合したキレート剤、薬物、トキシンおよび小分子を有する標的化合物は、治療用途、例えば癌治療において特に有用な場合がある。例えば、カップリング部位にカップリングした色素を有する化合物は、診断用途、例えば癌診断において有用な場合がある。例えば、カップリング部位にカップリングしたキレート剤を有する化合物は、診断または治療用途に有用な場合があり、例えば、放射性同位体のような更なる物質をキレート剤に結合させることができる。
また、本発明は、診断または治療用途における標的化合物の使用に関する。結合したキレート剤、薬物、トキシンおよび小分子を有する標的化合物は、治療用途、例えば癌治療において特に有用な場合がある。例えば、カップリング部位にカップリングした色素を有する化合物は、診断用途、例えば癌診断において有用な場合がある。例えば、カップリング部位にカップリングしたキレート剤を有する化合物は、診断または治療用途に有用な場合があり、例えば、放射性同位体のような更なる物質をキレート剤に結合させることができる。
標的化合物の組成
また、本発明は、標的化合物の組成物、並びに、標的化合物の組成物を含むキットに関する。キットは、予め定められた量の標的化合物の組成物と、任意には、化合物を取り扱うのに適した、あるいは更なる使用のために標的化合物を調製するのに適した、溶液、緩衝液、ハンドリングデバイスなどの更なる構成要素とを含む。
また、本発明は、標的化合物の組成物、並びに、標的化合物の組成物を含むキットに関する。キットは、予め定められた量の標的化合物の組成物と、任意には、化合物を取り扱うのに適した、あるいは更なる使用のために標的化合物を調製するのに適した、溶液、緩衝液、ハンドリングデバイスなどの更なる構成要素とを含む。
標的化合物の調製方法
さらに、本発明は、上述したような本発明による標的化合物の調製方法に関するもので、当該方法が、先に規定した融合タンパク質をコードする核酸を調製するステップと、核酸を発現ベクターに導入するステップと、発現ベクターを宿主細胞に導入するステップと、宿主細胞を培養するステップと、融合タンパク質が発現される培養条件に宿主細胞を供して、上述したような融合タンパク質を産生するステップと、任意選択的に、ステップ(e)で産生した融合タンパク質を単離するステップと、任意選択的に、融合タンパク質を上述したような更なる機能的部分とコンジュゲートするステップとを含む。タンパク質産生を目的とした細胞の培養およびタンパク質発現は、当業者に周知の技術を適用して、少容量の振とうフラスコから大型の発酵槽に至るまで任意の規模で行うことができる。
さらに、本発明は、上述したような本発明による標的化合物の調製方法に関するもので、当該方法が、先に規定した融合タンパク質をコードする核酸を調製するステップと、核酸を発現ベクターに導入するステップと、発現ベクターを宿主細胞に導入するステップと、宿主細胞を培養するステップと、融合タンパク質が発現される培養条件に宿主細胞を供して、上述したような融合タンパク質を産生するステップと、任意選択的に、ステップ(e)で産生した融合タンパク質を単離するステップと、任意選択的に、融合タンパク質を上述したような更なる機能的部分とコンジュゲートするステップとを含む。タンパク質産生を目的とした細胞の培養およびタンパク質発現は、当業者に周知の技術を適用して、少容量の振とうフラスコから大型の発酵槽に至るまで任意の規模で行うことができる。
以下の実施例は、本発明の更なる説明のために提供されるものである。しかしながら、本発明はそれらに限定されるものではなく、以下の実施例は上記記載に基づく本発明の実行可能性を示すに過ぎない。本発明の完全な開示のために、本出願に引用される文献も参照される。それら文献は、引用により本出願に完全に組み込まれるものである。
実施例1.発現構築物の生成
本発明の好ましい化合物の概略を図1に示す。融合タンパク質は、標的化ドメイン−(リンカー−カップリング部位)n−キャップという、構造的特徴を有する。特異的融合タンパク質であって、(i)標的化ドメインとして、Her2特異的結合タンパク質またはEGFR特異的結合タンパク質と、(ii)連結部分として、Ala、Pro、Ser(表2で「APS」と称する)から選択される22〜74個のアミノ酸であって、融合タンパク質の2,3または4つの連結部分と、(iii)カップリング部位として、アミノ酸22個の各カップリング間の最小距離からアミノ酸74個の最大距離で連結部分間に規則的に間隔を置いて配置されるアミノ酸CysまたはペプチドモチーフCys−Pro−Ala−Cysと、(iv)C末端のキャップとして、カップリング部位の末端位置を避けるための(Ala、Pro、Serから選択される)10〜30アミノ酸とを有する特異的融合タンパク質を産生した。
本発明の好ましい化合物の概略を図1に示す。融合タンパク質は、標的化ドメイン−(リンカー−カップリング部位)n−キャップという、構造的特徴を有する。特異的融合タンパク質であって、(i)標的化ドメインとして、Her2特異的結合タンパク質またはEGFR特異的結合タンパク質と、(ii)連結部分として、Ala、Pro、Ser(表2で「APS」と称する)から選択される22〜74個のアミノ酸であって、融合タンパク質の2,3または4つの連結部分と、(iii)カップリング部位として、アミノ酸22個の各カップリング間の最小距離からアミノ酸74個の最大距離で連結部分間に規則的に間隔を置いて配置されるアミノ酸CysまたはペプチドモチーフCys−Pro−Ala−Cysと、(iv)C末端のキャップとして、カップリング部位の末端位置を避けるための(Ala、Pro、Serから選択される)10〜30アミノ酸とを有する特異的融合タンパク質を産生した。
標的化ドメインとして使用されるアフィリンタンパク質は、EGFRに対する約20nMのKDおよび73℃での熱安定性を有するEGFR特異的アフィリン−139819(配列番号41)と、Her2に対する約0.4nMのKDおよび62℃での熱安定性を有するHer2特異的アフィリン−142628(配列番号40)である。これらのアフィリン結合タンパク質の任意の他の標的特異的機能的変異体または他の標的特異的非Igタンパク質または標的特異的抗体フラグメントを使用することができる。
当業者に公知の標準的な方法を用いて、遺伝子を合成し、大腸菌発現ベクターにクローニングした。標準的な精製プロトコルを可能にするために、C末端タグ(例えば、StrepTagII、配列番号54、または/およびHisTag、配列番号53)を加えた。DNAシークエンシングを用いて、融合タンパク質の正しい配列を確認した。
実施例2.融合タンパク質の発現
HMS174(DE3)コンピテント細胞を発現プラスミドで形質転換した。細胞を選択寒天プレート(カナマイシン)上に分散させ、37℃で一晩インキュベートした。前培養物を単一コロニーから100mlのスーパーリッチ培地(改変H15培地2%グルコース、5%酵母エキス、1%カザミノ酸、0.76%グリセロール、0.7%ラクトース、1%トルラ酵母RNA、250mMのMOPS、202mMのTRIS、10mg/LのRNase A、pH7.4、消泡剤SE15)に接種し、ラクトースおよび消泡剤を含まない150μg/mlのカナマイシンを添加したバッフル付き1リットル三角フラスコ中に、従来のオービタルシェーカーを用いて160rpm、37℃で16時間培養した。主培養物を、グリセロール、グルコース、ラクトース、消泡剤および150μg/mlのカナマイシンを補充した1リットル厚壁三角フラスコ中の400mlのスーパーリッチ培地中で、0.5の調整された開始OD600で前の一晩培養物から接種した。培養物を共鳴音響ミキサ(RAMbio)に移し、37℃で20×gでインキュベートした。Oxy−Pumpストッパによってエアレーションを促進した。グルコースを代謝させ、続いてラクトースを細胞に入れることにより、組み換えタンパク質発現を誘導した。予め設定された時点で、OD600を測定し、5/OD600に調整した試料を取り出し、ペレット化し、−20℃で凍結させた。細胞を約24時間一晩増殖させて、約45−60の最終的なOD600に到達させた。バイオマスを回収するために、細胞を16000×gで10分間、20℃で遠心分離した。ペレットを秤量し(湿重量)、上清中のpHを測定した。処理前に細胞を−20℃で保存した。
HMS174(DE3)コンピテント細胞を発現プラスミドで形質転換した。細胞を選択寒天プレート(カナマイシン)上に分散させ、37℃で一晩インキュベートした。前培養物を単一コロニーから100mlのスーパーリッチ培地(改変H15培地2%グルコース、5%酵母エキス、1%カザミノ酸、0.76%グリセロール、0.7%ラクトース、1%トルラ酵母RNA、250mMのMOPS、202mMのTRIS、10mg/LのRNase A、pH7.4、消泡剤SE15)に接種し、ラクトースおよび消泡剤を含まない150μg/mlのカナマイシンを添加したバッフル付き1リットル三角フラスコ中に、従来のオービタルシェーカーを用いて160rpm、37℃で16時間培養した。主培養物を、グリセロール、グルコース、ラクトース、消泡剤および150μg/mlのカナマイシンを補充した1リットル厚壁三角フラスコ中の400mlのスーパーリッチ培地中で、0.5の調整された開始OD600で前の一晩培養物から接種した。培養物を共鳴音響ミキサ(RAMbio)に移し、37℃で20×gでインキュベートした。Oxy−Pumpストッパによってエアレーションを促進した。グルコースを代謝させ、続いてラクトースを細胞に入れることにより、組み換えタンパク質発現を誘導した。予め設定された時点で、OD600を測定し、5/OD600に調整した試料を取り出し、ペレット化し、−20℃で凍結させた。細胞を約24時間一晩増殖させて、約45−60の最終的なOD600に到達させた。バイオマスを回収するために、細胞を16000×gで10分間、20℃で遠心分離した。ペレットを秤量し(湿重量)、上清中のpHを測定した。処理前に細胞を−20℃で保存した。
実施例3:融合タンパク質の発現および可溶性の分析
発酵中に採取した試料を300μl抽出緩衝液(0.2mg/mlのリゾチーム、0.5×のBugBuster、7.5mMのMgSO4、40UのBenzonaseを添加したPBS)に再懸濁し、サーモミキサで700rpm、室温で15分間攪拌して可溶化した。可溶性融合タンパク質を、遠心分離(16000×g、2分、室温)によって不溶性融合タンパク質から分離した。上清を回収し(可溶性画分)、ペレット(不溶性画分)を等量の尿素緩衝液(8M尿素、0.2Mトリス、2mMのEDTA、pH8.5)に再懸濁した。可溶性画分および不溶性画分の両方から50μlを採取し、12μlの5×の試料緩衝液および5μlの0.5MのDTTを添加した。試料を95℃で5分間沸騰させた。最後に、これらの試料8μlを、製造者の推奨に従って作用させたSDSゲルに加えた。
発酵中に採取した試料を300μl抽出緩衝液(0.2mg/mlのリゾチーム、0.5×のBugBuster、7.5mMのMgSO4、40UのBenzonaseを添加したPBS)に再懸濁し、サーモミキサで700rpm、室温で15分間攪拌して可溶化した。可溶性融合タンパク質を、遠心分離(16000×g、2分、室温)によって不溶性融合タンパク質から分離した。上清を回収し(可溶性画分)、ペレット(不溶性画分)を等量の尿素緩衝液(8M尿素、0.2Mトリス、2mMのEDTA、pH8.5)に再懸濁した。可溶性画分および不溶性画分の両方から50μlを採取し、12μlの5×の試料緩衝液および5μlの0.5MのDTTを添加した。試料を95℃で5分間沸騰させた。最後に、これらの試料8μlを、製造者の推奨に従って作用させたSDSゲルに加えた。
実施例4:融合タンパク質の精製
すべての融合タンパク質を、C末端StrepTagIIを有する大腸菌の可溶性画分中で発現させた。細胞を超音波処理によって溶解させ(1gのバイオマス)、最初の精製工程を製造者の指示に従って、陽イオン交換クロマトグラフィーにより、HiTrap SP HPカラム1ml、50mM酢酸ナトリウムpH4.0を使用して行った。溶出画分を、20mMのクエン酸pH6.0および150mMのNaClで平衡化したサイズ排除クロマトグラフィーカラムXK16/600 Superdex 200pg(GE Healthcare)に注入した。ピーク画分をプールし、SDS−PAGEにより分析した。
すべての融合タンパク質を、C末端StrepTagIIを有する大腸菌の可溶性画分中で発現させた。細胞を超音波処理によって溶解させ(1gのバイオマス)、最初の精製工程を製造者の指示に従って、陽イオン交換クロマトグラフィーにより、HiTrap SP HPカラム1ml、50mM酢酸ナトリウムpH4.0を使用して行った。溶出画分を、20mMのクエン酸pH6.0および150mMのNaClで平衡化したサイズ排除クロマトグラフィーカラムXK16/600 Superdex 200pg(GE Healthcare)に注入した。ピーク画分をプールし、SDS−PAGEにより分析した。
実施例5.標的特異的融合タンパク質の熱安定性
本発明の融合タンパク質の熱安定性を示差走査蛍光定量法により測定した。各プローブを、0.1μg/μLの濃度でMicroAmp(登録商標)Optical 384−ウェルプレート(ThermoFisher)に移し、SYPROオレンジ色素を適切な希釈で添加した。25から95℃の温度匂配を毎分1℃の加熱速度でプログラムした(ViiA−7、Applied Biosystems)。蛍光は、520nmの励起波長および623nmの発光波長で常に測定した(ViiA−7、Applied Biosystems)。同様の融点は、関連するタンパク質構造と相関する。
本発明の融合タンパク質の熱安定性を示差走査蛍光定量法により測定した。各プローブを、0.1μg/μLの濃度でMicroAmp(登録商標)Optical 384−ウェルプレート(ThermoFisher)に移し、SYPROオレンジ色素を適切な希釈で添加した。25から95℃の温度匂配を毎分1℃の加熱速度でプログラムした(ViiA−7、Applied Biosystems)。蛍光は、520nmの励起波長および623nmの発光波長で常に測定した(ViiA−7、Applied Biosystems)。同様の融点は、関連するタンパク質構造と相関する。
実施例6.ELISAによる標的結合の分析
特異的標的(例えば、Her2、EGFR)に対する融合タンパク質の親和性を、酵素結合免疫吸着法(ELISA)を用いて測定した。標的を96ウェルNunc MaxiSorb ELISAプレート(2μg/ml)に固定化した。4℃で16時間インキュベートした後、ウェルをPBST(PBS+0.1% Tween20)で3回洗浄し、ウェルをPBS中3%BSAでブロックした(室温で2時間)。ネガティブコントロールは、BSAのみでブロックされたウェルであった。ブロッキング後、ウェルをPBSTで3回洗浄し、室温で融合タンパク質(PBST中)とともに1時間インキュベートした。インキュベーション後、ウェルをPBSTで3回洗浄し、続いてIBA社のStrep−Tactin−HRP(1:10000)とともに室温で1時間インキュベートした。その後、ウェルをPBSTで3回、PBSで3回洗浄した。ホースラディッシュ・ペルオキシダーゼの活性を、TMB−Plus基質を添加することによって視覚化した。30分後、0.2MのH2SO4を添加することによって反応を停止させ、吸光度を450nmで測定した。
特異的標的(例えば、Her2、EGFR)に対する融合タンパク質の親和性を、酵素結合免疫吸着法(ELISA)を用いて測定した。標的を96ウェルNunc MaxiSorb ELISAプレート(2μg/ml)に固定化した。4℃で16時間インキュベートした後、ウェルをPBST(PBS+0.1% Tween20)で3回洗浄し、ウェルをPBS中3%BSAでブロックした(室温で2時間)。ネガティブコントロールは、BSAのみでブロックされたウェルであった。ブロッキング後、ウェルをPBSTで3回洗浄し、室温で融合タンパク質(PBST中)とともに1時間インキュベートした。インキュベーション後、ウェルをPBSTで3回洗浄し、続いてIBA社のStrep−Tactin−HRP(1:10000)とともに室温で1時間インキュベートした。その後、ウェルをPBSTで3回、PBSで3回洗浄した。ホースラディッシュ・ペルオキシダーゼの活性を、TMB−Plus基質を添加することによって視覚化した。30分後、0.2MのH2SO4を添加することによって反応を停止させ、吸光度を450nmで測定した。
実施例7:表面プラズモン共鳴による標的結合の分析
CM5センサーチップ(GE Healthcare)を、SPRランニング緩衝液で平衡化した。EDCとNHSの混合物を通過させることにより、表面に露出したカルボキシル基を活性化して反応性エステル基を得た。700−1500(1028)RUオンリガンド(rプロテインA)をフローセルに固定化し、オフリガンドを別のフローセルに固定化した。リガンド固定化後のエタノールアミンの注入は、非共有結合リガンド(アフィリン−142628、融合タンパク質146414,146416および146418のhHER2−Fc、アフィリン−139819、融合タンパク質143276および140350のhEGFR−Fc)を除去する。リガンド結合の際に、タンパク質分析物が表面上に蓄積し、屈折率が増加した。この屈折率の変化をリアルタイムで測定し、時間に対する応答または共鳴単位(RU)としてプロットした。分析物を適切な流速(30μl/分)で連続希釈してチップに適用した。各ランの後、チップの表面を、再生緩衝液で再生し、ランニング緩衝液で平衡化した。対照試料をマトリックスに適用した。前述のように再生および再平衡化を行った。結合試験は、Biacore(登録商標)3000(GE Healthcare)を用いて行い、データ評価は、Langmuir 1:1モデル(RI=0)の使用により、製造業者によって提供されたBIAevaluation 3.0ソフトウェアを介して行った。評価した解離定数(KD)をオフターゲットに対して標準化した。結果を表4に示す(実施例9を参照されたい)。
CM5センサーチップ(GE Healthcare)を、SPRランニング緩衝液で平衡化した。EDCとNHSの混合物を通過させることにより、表面に露出したカルボキシル基を活性化して反応性エステル基を得た。700−1500(1028)RUオンリガンド(rプロテインA)をフローセルに固定化し、オフリガンドを別のフローセルに固定化した。リガンド固定化後のエタノールアミンの注入は、非共有結合リガンド(アフィリン−142628、融合タンパク質146414,146416および146418のhHER2−Fc、アフィリン−139819、融合タンパク質143276および140350のhEGFR−Fc)を除去する。リガンド結合の際に、タンパク質分析物が表面上に蓄積し、屈折率が増加した。この屈折率の変化をリアルタイムで測定し、時間に対する応答または共鳴単位(RU)としてプロットした。分析物を適切な流速(30μl/分)で連続希釈してチップに適用した。各ランの後、チップの表面を、再生緩衝液で再生し、ランニング緩衝液で平衡化した。対照試料をマトリックスに適用した。前述のように再生および再平衡化を行った。結合試験は、Biacore(登録商標)3000(GE Healthcare)を用いて行い、データ評価は、Langmuir 1:1モデル(RI=0)の使用により、製造業者によって提供されたBIAevaluation 3.0ソフトウェアを介して行った。評価した解離定数(KD)をオフターゲットに対して標準化した。結果を表4に示す(実施例9を参照されたい)。
実施例8.融合タンパク質の標識化
(A)EDANS−C2−マレイミドによる融合タンパク質の標識化
35μM融合タンパク質(Her2特異的CID146414,146416および146418;EGFR特異的CID143276;アフィリン、CID140350のC末端またはアフィリン、CID140353のN末端の何れかに、3つの連結部分および3つのカップリング部位「CPAC」を有する)(それぞれ0.632mg/ml)を、20mMリン酸緩衝液pH7.0中で、10倍過剰のEDANS(5−((2−アミノエチル)アミノ)ナフタレン−1−スルホン酸)とともに室温で1時間インキュベートした。非反応マレイミドを1Mシステインで室温で1時間ブロッキングした後、試料をHitrapカラム(5ml、GEHC)およびランニング緩衝液としてのPBSを用いて脱塩した。MALDI−TOF分析を用いて標識化の程度を判定した。
(A)EDANS−C2−マレイミドによる融合タンパク質の標識化
35μM融合タンパク質(Her2特異的CID146414,146416および146418;EGFR特異的CID143276;アフィリン、CID140350のC末端またはアフィリン、CID140353のN末端の何れかに、3つの連結部分および3つのカップリング部位「CPAC」を有する)(それぞれ0.632mg/ml)を、20mMリン酸緩衝液pH7.0中で、10倍過剰のEDANS(5−((2−アミノエチル)アミノ)ナフタレン−1−スルホン酸)とともに室温で1時間インキュベートした。非反応マレイミドを1Mシステインで室温で1時間ブロッキングした後、試料をHitrapカラム(5ml、GEHC)およびランニング緩衝液としてのPBSを用いて脱塩した。MALDI−TOF分析を用いて標識化の程度を判定した。
(B)DOTAによる融合タンパク質の標識化
2つの連結ドメインと、各連結ドメインのC末端にカップリング部位としての2つのシステインと、融合タンパク質のC末端に「キャップ」とを有する融合タンパク質を、20倍過剰のマレイミド−DOTA(2,2’,2”−(10−(2−((2−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)エチル)アミノ)−2−オキソエチル)−1,4,7,10−テトラアザシクロドデカン−1,4,7−トリイル)トリ酢酸,CheMatech)とともに、50mMのHEPES、150mM塩化ナトリウム、5mMのEDTA pH7.0中において、室温で3時間処理した。DOTA分子と相互作用する可能性のある金属イオンを減少させるために、すべてのカラムおよびAKTA素子(GE Healthcare)を0.1MのEDTA溶液とともに30分間インキュベートした。溶液を調製するために、無金属または金属還元成分のみを使用した。インキュベーション後、100mM酢酸ナトリウムpH5.0〜5.8中でサイズ排除(Superdex S200、GE Healthcare)によって、未結合のDOTA分子から試料を分離した。標識化されたタンパク質の試料を室温で1時間5mM塩化鉄(II)とともにインキュベートして、DOTA分子が放射性同位元素との結合に利用可能であることを実証した。インキュベーション後、未結合の鉄をHiTrap Desaltingカラム(GE Healthcare)を用いて除去した。MALDI−TOF分析を用いて標識化の程度を判定した。
2つの連結ドメインと、各連結ドメインのC末端にカップリング部位としての2つのシステインと、融合タンパク質のC末端に「キャップ」とを有する融合タンパク質を、20倍過剰のマレイミド−DOTA(2,2’,2”−(10−(2−((2−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)エチル)アミノ)−2−オキソエチル)−1,4,7,10−テトラアザシクロドデカン−1,4,7−トリイル)トリ酢酸,CheMatech)とともに、50mMのHEPES、150mM塩化ナトリウム、5mMのEDTA pH7.0中において、室温で3時間処理した。DOTA分子と相互作用する可能性のある金属イオンを減少させるために、すべてのカラムおよびAKTA素子(GE Healthcare)を0.1MのEDTA溶液とともに30分間インキュベートした。溶液を調製するために、無金属または金属還元成分のみを使用した。インキュベーション後、100mM酢酸ナトリウムpH5.0〜5.8中でサイズ排除(Superdex S200、GE Healthcare)によって、未結合のDOTA分子から試料を分離した。標識化されたタンパク質の試料を室温で1時間5mM塩化鉄(II)とともにインキュベートして、DOTA分子が放射性同位元素との結合に利用可能であることを実証した。インキュベーション後、未結合の鉄をHiTrap Desaltingカラム(GE Healthcare)を用いて除去した。MALDI−TOF分析を用いて標識化の程度を判定した。
実施例9:マトリックス支援レーザー脱離/イオン化質量分析(MALDI−TOF)質量分析による融合タンパク質の均一な標識化の確認
以下のようにして、マトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析(MALDI−TOF MS)を行った。先ず、融合タンパク質を精製し、C18−P10−ZipTips(Millipore;カタログ番号ZTC18S096)を用いて濃縮した。Tipsを水中0.1%(v/v)トリフルオロ酢酸(TFA)で洗浄し、50%(v/v)アセトニトリル/0.1%TFAで溶離した。試料を水中2%(v/v)TFAにより処理し、2,5−ジヒドロキシアセトフェノン(DHAP)マトリックス(Bruker、カタログ番号8231829)に包埋した。融合タンパク質の質量を、autoflex(商標)スピード質量分析計(Bruker)で測定した。autoflexスピード質量分析計のチューニングには、Protein calibration standards(Bruker、部品番号8206355および部品番号8207234)を使用した。
以下のようにして、マトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析(MALDI−TOF MS)を行った。先ず、融合タンパク質を精製し、C18−P10−ZipTips(Millipore;カタログ番号ZTC18S096)を用いて濃縮した。Tipsを水中0.1%(v/v)トリフルオロ酢酸(TFA)で洗浄し、50%(v/v)アセトニトリル/0.1%TFAで溶離した。試料を水中2%(v/v)TFAにより処理し、2,5−ジヒドロキシアセトフェノン(DHAP)マトリックス(Bruker、カタログ番号8231829)に包埋した。融合タンパク質の質量を、autoflex(商標)スピード質量分析計(Bruker)で測定した。autoflexスピード質量分析計のチューニングには、Protein calibration standards(Bruker、部品番号8206355および部品番号8207234)を使用した。
EDANS標識有りの融合タンパク質およびEDANS標識無しの融合タンパク質をMALDI−TOF質量スペクトルによって分析し、ピークを比較した。結果を図4に示す。融合タンパク質が2または4または6の色素分子で均一に標識化されていることが確認される。MALDI−TOF分析は、融合タンパク質140350および140353が、融合タンパク質中の6のシステインに対応する6の色素分子で標識化されていることを示している。
DOTA標識有りの融合タンパク質およびDOTA標識無しの融合タンパク質をMALDI−TOF質量スペクトルによって分析し、ピークを比較した。分析により、融合タンパク質が2つのマレイミド−DOTA分子で均一に標識化されていることが確認される。また、MALDI−TOF分析は、2つのカップリング部位を有する融合タンパク質に標識化されたDOTA分子が、塩化鉄(II)分子とのカップリングに利用可能であることを示している。KDは融合タンパク質の標識化後に僅かに変化したが、標識化は、標的に対する融合タンパク質の親和性に大きな影響を与えることはない。結果は表4に要約されている(n.d.は検出されず)。
Claims (23)
- 化学的部分の特異的カップリングのための標的化合物であって、
a)500nM以下の結合定数KDで標的に結合することができる、非免疫グロブリンタンパク質または抗体フラグメントから選択される少なくとも1の標的化ドメイン(T)と、
b)5〜80個のアミノ酸からなる少なくとも1の連結部分(L)であって、アラニン、プロリンおよびセリンを含むか、本質的にそれらからなる連結部分と、
c)前記連結部分のC末端またはN末端に位置する少なくとも1のカップリング部位(S)とを含み、このカップリング部位が、1のシステイン(C)またはシステインリッチなペプチドモチーフCXC、CXXCまたはCXXXCからなり、ここで、Xは非芳香族アミノ酸のなかから選択され、
前記連結部分が前記標的化ドメインとカップリング部位とを連結し、かつ/または前記連結部分が2のカップリング部位を連結することを特徴とする標的化合物。 - 請求項1に記載の標的化合物において、TmLnSoを含み、ここで、mが1,2,3,4,5であり、nが1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19または20であり、o=n、またはo=n−1であることを特徴とする標的化合物。
- 請求項1に記載の標的化合物において、連結部分が、20〜60%のアラニン、20〜40%のプロリン、および10〜60%のセリンから本質的になることを特徴とする標的化合物。
- 請求項3に記載の標的化合物において、前記連結部分のアミノ酸配列が、配列番号3−34および配列番号55−76を含むか、本質的にそれらからなり、または配列番号3−34および配列番号55−76と少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列であることを特徴とする標的化合物。
- 請求項1に記載の標的化合物において、前記カップリング部位のXが、プロリン、アラニン、セリン、バリン、グリシン、スレオニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、グルタミン酸、リジン、ヒスチジンまたはアルギニンのような小アミノ酸または親水性アミノ酸のなかから選択されることを特徴とする標的化合物。
- 請求項1に記載の標的化合物において、前記標的化ドメインが非免疫グロブリンタンパク質であることを特徴とする標的化合物。
- 請求項6に記載の標的化合物において、非免疫グロブリンタンパク質が、ユビキチンムテイン、プロテインAのドメインのムテイン、アンキリンリピートタンパク質ムテイン、リポカリンムテイン、ヒトFyn SH3ドメインのムテイン、ヒトフィブロネクチンの第10ドメインのムテイン、Fn3ドメインのムテイン、Kunitzドメインのムテイン、Sac7dムテイン、シャガシンムテイン、多量体化低密度リポタンパク質受容体−Aのムテイン、システインノットミニタンパク質ムテイン、アルマジロリピートタンパク質ムテイン、テトラネクチンムテイン、C型レクチンドメインのムテインまたはCTLA4ムテインのなかから選択されることを特徴とする標的化合物。
- 請求項7に記載の標的化合物において、非免疫グロブリンタンパク質が、ユビキチン(配列番号1)に対して80%〜94%の同一性、またはビスユビキチン(配列番号2)に対して80%〜94%の同一性を示すユビキチンムテインであることを特徴とする標的化合物。
- 請求項1に記載の標的化合物において、前記標的化ドメインが抗体フラグメントであることを特徴とする標的化合物。
- 請求項1に記載の標的化合物において、最も末端に位置するカップリング部位の後に10〜80個のアミノ酸のアミノ酸配列を追加的に含むことを特徴とする標的化合物。
- 請求項10に記載の標的化合物において、TmLnSoキャップを含み、ここで、「キャップ」が、前記最も末端に位置するカップリング部位の後の10〜80個のアミノ酸のアミノ酸配列であることを特徴とする標的化合物。
- 請求項10に記載の標的化合物において、前記最も末端に位置するカップリング部位の後のアミノ酸が、芳香族アミノ酸またはシステインを除く任意のアミノ酸のなかから選択されることを特徴とする標的化合物。
- 請求項12に記載の標的化合物において、アミノ酸が、アラニン、プロリン、セリン、バリン、ロイシン、メチオニン、イソロイシン、リジン、アルギニン、グルタミン酸、アスパラギン酸、スレオニン、グルタミン、グリシン、アスパラギンまたはヒスチジンのなかから選択されることを特徴とする標的化合物。
- 請求項1乃至13の何れか一項に記載の標的化合物において、当該標的化合物が融合タンパク質であることを特徴とする標的化合物。
- 請求項1乃至14の何れか一項に記載の標的化合物において、カップリング部位が連結部分のC末端に位置することを特徴とする標的化合物。
- 請求項14に記載の標的化合物において、前記融合タンパク質が、配列番号42−51または少なくとも85%同一のアミノ酸配列を含むか、本質的にそれからなることを特徴とする標的化合物。
- 請求項1乃至16の何れか一項に記載の標的化合物において、標的化ドメインと連結部分との間の共有結合を含むことを特徴とする標的化合物。
- 請求項1に記載の標的化合物において、前記化学的部分が、薬物、トキシン、色素、小分子およびキレート剤のなかから選択されることを特徴とする標的化合物。
- 請求項18に記載の標的化合物において、前記化学的部分が色素であることを特徴とする標的化合物。
- 請求項18に記載の標的化合物において、前記化学的部分が、更なる部分のカップリングのための錯化剤としてのキレート剤であることを特徴とする標的化合物。
- 請求項20に記載の標的化合物において、前記キレート剤が、放射性同位体のための錯化剤であることを特徴とする標的化合物。
- 診断または治療用途、好ましくはインビトロ診断または治療用途における請求項1乃至21の何れか一項に記載の標的化合物の使用。
- 請求項1乃至21の何れか一項に記載の標的化合物を含む組成物。
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