JP2019519772A - Her2及びher3の経路サブタイピングに基づく乳癌患者の薬物療法の選択方法 - Google Patents
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Abstract
本発明で提供されるのは、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤を含む治療が奏効するか否かを判定する方法である。本方法は、短縮されたHER2タンパク質、完全長HER2タンパク質、HER3タンパク質、PI3Kタンパク質などの様々なシグナル伝達分子の発現レベル及び/又は活性化レベルを測定することを含む。チロシンキナーゼ阻害剤による治療又は生物学的製剤による治療が奏効しやすいかどうかの判定は、シグナル伝達分子の発現レベル及び/又は活性化レベルを、特定のシグナル伝達分子の参照発現/活性化レベルと比較することを含む。
【選択図】 図1
【選択図】 図1
Description
[0002]乳癌の約25%において発生するHER2過剰発現の結果、細胞増殖が増加し、悪い臨床結果をもたらす。HER2タンパク質の細胞外ドメインに対する組み換えヒト化モノクローナル抗体であるトラスツズマブは、HER2シグナル伝達経路をブロックするために開発されたものであり、また、転移性及び初期段階のHER2陽性の乳癌がある女性における化学療法の効力を実質的に高めることが示されている。NSABP B−31及びNCCTG N9831試験の共同解析の結果、ドキソルビシン及びシクロホスファミド(AC)→パクリタキセルのアジュバントレジメンへのトラスツズマブの組込みにより、HER2陽性の手術可能な乳癌の女性において、無病生存(DFS)の52%の改良が示されている。BCIRG 006試験では、AC→ドセタキセルの逐次使用レジメンにトラスツズマブを追加することにより、DFSイベントに対するリスクが同様に低減することが示された。アジュバント又はネオアジュバント化学療法(HERAトライアル)の終了後のトラスツズマブの投与もまた、より良好な結果をもたらした。これらの結果を基礎として、逐次AC及びそれに続くトラスツズマブとタキサンとの併用開始が、米国における、最初の手術後の、手術可能なHER2陽性の乳癌に対するケアの標準となった。
[0003]ヒト上皮成長因子受容体は、EGFR/HER1/ErbB1、HER2/ErbB2、HER3/ErbB3及びHER4/ErbB4の4つの受容体を包含する、HER受容体キナーゼファミリーのメンバーである。4つの受容体はいずれも、細胞外結合ドメイン、単一の膜貫通領域、及び調節ドメインからなる。HER1、HER2及びHER4は細胞内チロシン−キナーゼドメインを有するが、HER3は有さない。HER2にはリガンドがないが、補助受容体として機能し、実際に他のErbBファミリーメンバーの好適なパートナーである。ヘテロ二量体HER2:HER3は、下流のシグナル伝達について最も強力である。リガンドの結合により、ErbB受容体のホモ及びヘテロ二量体の複数の組み合わせの形成が誘導され、細胞質キナーゼドメインの活性化がもたらされる。これにより、特定のチロシン残基のリン酸化が促進され、複数のシグナル伝達経路が刺激される。
[0004]ErbB受容体の超活性化(hyperactivation)は、過剰発現のため、又はリガンドにより媒介される刺激により発生し得る。HER2のドメインIVに結合するトラスツズマブは、複数の可能な機序で作用すると考えられ、それによりその抗増殖性及び治療機能を発揮でき、かかる機能には、HER1又はHER3によるHER2の二量化依存的な活性化のブロッキング、及びHER2−Src相互作用のブロッキングによる、リガンドから独立したHER2ホモ二量体化のシグナル伝達機能の阻害が含まれる。トラスツズマブはインタクトモノクローナル抗体であるため、分子のFcγ部分は、免疫エフェクター細胞(例えばマクロファージ、NK細胞又は細胞障害性T細胞)上のFcγ受容体への結合能力によってin vivo活性において重要な役割を果たし、抗体依存性細胞障害(ADCC)を誘発することができる。最近の臨床所見では、Fcγ受容体の多型性が乳癌患者におけるトラスツズマブの奏効の決定因子である可能性があり、トラスツズマブベースの治療剤におけるADCCの潜在的役割を裏付けると考えられている。
[0005]転移性HER2陽性の疾患患者は、最終的にはトラスツズマブベースの治療剤への耐性を有するようになる。トラスツズマブに対する耐性機序として複数の提案がされており、提案としては上流のシグナル伝達からヘレグリン誘導によるリガンド刺激に至るPI3Kの超活性化、HER2:HER3などの交互の成長因子受容体のヘテロ二量体化、及び免疫エフェクター細胞への結合を低減させるFcγ受容体の多形現象が挙げられる。ペルツズマブ(HER2に対する別の抗体)は、ドメインIIと結合し、HER2:HER3のヘテロ二量体化を防止する。HER2陽性の転移性乳癌患者における、先行するトラスツズマブの試験の間に進行したペルツズマブ及びトラスツズマブのフェーズII試験(n=66)では、24%の全奏効率及び7.6%の完全奏効率であった。無増悪生存の中央値は5.5ヶ月であった。転移性疾患におけるフェーズIII試験(n=808)において、トラスツズマブ及びペルツズマブ・プラス・ドセタキセルによる二重阻害の結果、トラスツズマブ及びドセタキセル単独と比較して無増悪生存が改善された(12.4対18.5ヶ月、HR 0.62、p<0.001)。
[0006]NeoSphere試験(n=417)において、トラスツズマブ及びペルツズマブについて、単独若しくは組み合わせのいずれか、又はドセタキセルへの追加により、局所的に進行した炎症性の乳癌の女性に対する術前評価を行った。病理学的完全奏効(pCR)は、以下の通りであった:トラスツズマブ・プラス・ドセタキセル(TH)(29%)、トラスツズマブ、ペルツズマブ・プラス・ドセタキセル(THP)(46%)、トラスツズマブ及びペルツズマブ(HP)(17%)、並びにペルツズマブ・プラス・ドセタキセル(TP)(24%)。THPによる病理学CRは、HPより有意に高かった(p=0.020)THより有意に高かった(p=0.014)。まとめると、これらの試験の解釈から、HER経路のより完全な遮断により、高いpCRがもたらされることが示唆される。
[0007]下流のシグナル伝達をブロックする別の可能性のある方法は、HER1:1、HER1:2、HER1:3及びHER2:3などの二量体のチロシンキナーゼ活性を、小分子阻害剤(例えばラパチニブ又はネラチニブ)によって阻害することである。ラパチニブは、転移性HER2陽性の局所的に進行した乳癌の患者における、第1選択治療剤としての活性を示し、24%の全奏効率を有する。ラパチニブの承認は、進行性の、局所的に進行した、又は転移性HER2陽性の乳癌がある、以前にアントラサイクリン、タキサン及びトラスツズマブで治療された女性における、カペシタビンとの組み合わせ活性に基づくものであった。アントラサイクリン、タキサン及びトラスツズマブの治療レジメンは、カペシタビン単独による4.4ヶ月から、カペシタビン・プラス・ラパチニブによる8.4ヶ月までのTTPの中央値における改良を有する、22%の全奏効率を示した(HR、0.49;95% CI(0.34〜0.71);p=0.00004(ログランク)、片側)。
[0008]NeoALLTO試験では、患者(n=450)を、ラパチニブ・プラス・パクリタキセル、対するトラスツズマブ・プラス・パクリタキセル、対するラパチニブ及びトラスツズマブ・プラス・パクリタキセルの併用にランダム化した。ラパチニブ及びトラスツズマブ・プラス・パクリタキセルの併用アームにおいて、ラパチニブの投与量は、GI毒性のため、1000mg/日から750mg/日まで低下させた。組み合わせアームの試験では、その第1エンドポイントは51.3%のpCR(乳房)であり、それに対し、トラスツズマブ及びラパチニブアーム単独ではそれぞれ29.5%及び24.7%であった。ネオアジュバント、HER2陽性の患者におけるGeparquinto試験(n=620)では、エピルビシン、シクロホスファミド及びそれに続くドセタキセル(EC−DOC)を、トラスツズマブ又はラパチニブのいずれかと比較した。pCR率(乳房における侵襲性疾患でない)は、トラスツズマブアームが優勢であった(50%対35%(p<0.05))。なお、ラパチニブの投与量は、慣らしフェーズにおける毒性のため減少させ、また多くの患者はラパチニブによる標的特異的治療を中断した。
[0009]2008年のサンアントニオ乳癌シンポジウムで発表された別の研究において、先行する治療のないHER2陽性の局所的に進行した疾患の、2つの患者コホートの結果が報告されている。40人の患者の第1の試験では、トラスツズマブを週1回×3サイクル、続いてトラスツズマブ及びドセタキセルの組み合わせを3週毎×4サイクル行った。pCR率は34%であった。49人の患者の第2のコホートでは、ラパチニブを1日1回、6週間、1500mgの総量の単剤として投与し、続いてトラスツズマブ/ドセタキセルを4サイクル行った。このコホートにおけるpCR率は、68%であった。この試験は、低いPTEN発現及びPI3キナーゼの変異がある患者で示されるバイオマーカーに関する興味深い解析を含むものであった。トラスツズマブコホートにおけるpCR率は18%であり、一方、pCR率はラパチニブにおいて87%であり、異なる作用機序を示唆するものであった。トラスツズマブに対する耐性について可能性のある機序としては、HER2の細胞外ドメインの分裂により、トラスツズマブによる奏効性が低い、腫瘍形成性が強い受容体(p95HER2)となること;異常なPTEN機能;及び、EGFRとのヘテロ二量体化で、EGFR活性化によるヘテロ二量体全体の活性化は維持されるが、HER2シグナル伝達は中断されること、が挙げられる。
[0010]ラパチニブ及びネラチニブはいずれも、panErbB受容体チロシンキナーゼのATP部位と結合し、下流のシグナル伝達経路のリン酸化及び活性化を防止する。BT474細胞株において、ネラチニブ(HKI−272)は、MAPK及びAKTシグナル伝達経路のリン酸化を効果的に抑制したが、トラスツズマブは、HER2受容体のリン酸化又は下流のシグナル伝達イベントを完全に阻害できなかった。HER2を過剰発現する腫瘍異種移植において、ネラチニブは、用量依存的な腫瘍増殖を抑制することが観察されている。
[0011]別々のフェーズII試験ではあるが、同等な患者におけるラパチニブ及びネラチニブによる全奏効率は、トラスツズマブ難治性の患者(5.1%対26%の奏効率)、及びトラスツズマブにナイーブな患者(24%対56%の奏効率)において、単独療法としてのネラチニブの好ましい有効性を示唆するものである。これらのデータをまとめると、乳癌患者を治療するための治療方法の選択が課題であることが示されている。ゆえに、乳癌患者の薬物療法を選択するための改良された方法に対するニーズが、本分野では存在する。
[0012]一態様において、本発明では、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定する方法が提供される。本方法は、(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解して細胞抽出物を生成することと、(b)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することと、(c)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルとそれぞれ比較することと、(d)短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルとそれぞれ比較した、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルの違いに基づき、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定することと、を含む。
[0013]本発明の他の目的、特徴、及び利点は、以下の詳細な説明及び図面より、当業者にとって明確となるであろう。
1.イントロダクション
[0025]本願発明においては、乳癌患者の治療法選択を補助できる方法が提供される。また、チロシンキナーゼ阻害剤(TKI)が奏効しやすい患者にTKIを投与することによる乳癌の治療方法も提供される。同様に、生物学的製剤が奏効しやすい患者に生物学的製剤を投与することによる乳癌の治療方法も提供される。
[0025]本願発明においては、乳癌患者の治療法選択を補助できる方法が提供される。また、チロシンキナーゼ阻害剤(TKI)が奏効しやすい患者にTKIを投与することによる乳癌の治療方法も提供される。同様に、生物学的製剤が奏効しやすい患者に生物学的製剤を投与することによる乳癌の治療方法も提供される。
II.定義
[0026]本明細書で用いられる場合、以下の用語は、特別な定めのない限り、それらの用語に帰する意味を有している。
[0026]本明細書で用いられる場合、以下の用語は、特別な定めのない限り、それらの用語に帰する意味を有している。
[0027]「チロシンキナーゼ阻害剤」又は「TKI」という用語は、チロシンキナーゼ(例えば受容体のチロシンキナーゼ又は非受容体のチロシンキナーゼ)の活性を阻害(例えばブロック、攪乱又は不活化)する、任意の小分子化合物又は生物学的製剤を意味する。例えば、阻害剤は、チロシンキナーゼと直接結合(例えば複合体形成)することができ、チロシンキナーゼの下流に存在しているシグナル伝達経路を中断(例えばブロック)することができる。
[0028]用語「生物学的製剤(biologic)」、「生物学的製剤(biologic drug)」又は「生物学的製剤(biological drugs)」は、生物学的資源(例えばヒト、動物、微生物及びその他)から、製造され、抽出され、誘導され、又は部分的に合成される治療薬又は薬剤を指す。生物学的製剤の非限定的な例には、血液及びその成分、アレルゲンエキス、ヒト細胞及び組織、ワクチン、抗体、組み換えポリペプチド、組み換えポリヌクレオチド、遺伝子療法剤、細胞療法剤などが含まれる。癌の治療に用いることができる生物学的製剤には、標的特異的な癌療法剤(例えばヒト化抗体、モノクローナル抗体、免疫療法剤など)が含まれる。
[0029]用語「ネオアジュバント治療剤」とは、手術前に投与される術前又は初期療法剤を意味する。
[0030]用語「検体」は、目的となるあらゆる分子、典型的には高分子(例えばポリペプチド)であって、その存在、量(発現レベル)、活性化状態又はレベル、及び/又は同一性が測定される高分子を指す。非限定的な検体としては、細胞が、細胞外シグナルを変換する、すなわち典型的には、細胞内部の一連の生化学反応に関与する応答を誘導することによりプロセスを実施するタンパク質及びその他の分子が挙げられる。特定の例において、検体は、腫瘍細胞の細胞成分であり、好ましくは、HER1、HER2及び/又はHER3シグナル伝達経路、並びに癌に関連する他のシグナル伝達経路の分子である。
[0031]用語「シグナル伝達分子」又は「シグナル伝達因子」には、細胞が、細胞外シグナルを変換する、すなわち典型的には、細胞内部の一連の生化学反応に関与する応答を誘導することによりプロセスを実施するタンパク質及びその他の分子が含まれる。シグナル伝達分子の例としては、EGFR(例えば、EGFR/HER−1/ErbB1、HER−2/Neu/ErbB2、HER−3/ErbB3、HER−4/ErbB4)、VEGFR−1/FLT−1、VEGFR−2/FLK−1/KDR、VEGFR−3/FLT−4、FLT−3/FLK−2、PDGFR(例えば、PDGFRA、PDGFRB)、c−KIT/SCFR、INSR(インスリン受容体)、IGF−IR、IGF−IIR、IRR(インスリン受容体関連受容体)、CSF−1R、FGFR1〜4、HGFR1〜2、CCK4、TRK A〜C、MET、RON、EPHA1〜8、EPHB1〜6、AXL、MER、TYRO3、TIE1〜2、TEK、RYK、DDR1〜2、RET、c−ROS、V−カドヘリン、LTK(白血球チロシンキナーゼ)、ALK(未分化リンパ腫キナーゼ)、ROR1〜2、MUSK、AATYK1〜3、RTK106などの受容体型チロシンキナーゼ、及びp95ErbB2などの受容体型チロシンキナーゼの短縮型;BCR−ABL、Src、Frk、Btk、Csk、Abl、Zap70、Fes/Fps、Fak、Jak、Ack、及びLIMKなどの非受容体型チロシンキナーゼ;Akt、MAPK/ERK、MEK、RAF、PLA2、MEKK、JNKK、JNK、p38、Shc(p66)、PI3K、Ras(例えば、K−Ras、N−Ras、H−Ras)、Rho、Rac1、Cdc42、PLC、PKC、p70 S6キナーゼ、p53、サイクリンD1、STAT1、STAT3、PIP2、PIP3、PDK、mTOR、BAD、p21、p27、ROCK、IP3、TSP−1、NOS、PTEN、RSK1〜3、JNK、c−Jun、Rb、CREB、Ki67、及びパキシリンなどのチロシンキナーゼシグナル伝達カスケード成分;エストロゲン受容体(ER)、プロゲステロン受容体(PR)、アンドロゲン受容体、グルココルチコイド受容体、ミネラロコルチコイド受容体、ビタミンA受容体、ビタミンD受容体、レチノイド受容体、甲状腺ホルモン受容体及びオーファン受容体などの核ホルモン受容体;それぞれ、amplified in breast cancer−1(AIB1)及び核受容体コリプレッサー1(NCOR)などの、核受容体活性化補助因子及びリプレッサー;並びにそれらの組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない。
[0032]用語「活性化レベル」は、検体又はバイオマーカーの文脈においては、特定のシグナル伝達分子又は検体が活性化(例えばリン酸化、ユビキチン化、及び/又は複合体化)されるレベルの程度を指す。
[0033]用語「発現レベル」は、検体又はバイオマーカーの文脈においては、特定のシグナル伝達タンパク質の量又はレベルを指す。
[0034]「サンプル(sample)」という用語には、患者から得られるあらゆる生物学的試料が含まれる。サンプルには、限定されないが、全血、血漿、血清、赤血球、白血球(例えば末梢血単核細胞)、唾液、尿、便(すなわち排泄物)、痰、気管支洗浄液、涙液、乳頭吸引液、リンパ(例えば、リンパ節の播種性腫瘍細胞)、細針吸引液、その他のあらゆる体液、腫瘍の生検(例えば針生検)などの組織サンプル(例えば腫瘍組織)、及びその細胞抽出物が含まれる。いくつかの実施形態では、サンプルは、全血、又は血漿、血清、又は細胞ペレットなどの分画成分である。特定の例において、サンプルは、当該技術分野において公知のいずれかの技術を用いて、固形腫瘍の循環細胞をその全血又は細胞画分から単離し、該循環細胞の細胞抽出物を調製することによって得られる。その他の実施形態では、サンプルは、例えば、乳房固形腫瘍由来のホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)腫瘍組織サンプルである。
[0035]用語「対象」又は「患者」は、典型的には、ヒトを包含するが、その他の動物、例えば、その他の霊長類、げっ歯類、イヌ、ネコ、ウマ、ヒツジ、ブタなども包含され得る。
[0036]「1倍高い」又は「100%倍高い変化」という用語は、検体の文脈においては、検体の基準レベルの倍のレベル(例えば発現レベル又は活性化レベル)を指す。
III.発明を実施するための形態
[0037]本明細書で提供されるのは、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定する方法である。本方法は、(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解して細胞抽出物を生成することと、(b)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することと、(c)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを、短縮されたHER2タンパク質、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルとそれぞれ比較することと、(d)短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルとそれぞれ比較した、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルの違いに基づき、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定することと、を含む。
[0037]本明細書で提供されるのは、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定する方法である。本方法は、(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解して細胞抽出物を生成することと、(b)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することと、(c)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを、短縮されたHER2タンパク質、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルとそれぞれ比較することと、(d)短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルとそれぞれ比較した、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルの違いに基づき、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定することと、を含む。
[0038]いくつかの実施形態において、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定する方法は、(a)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することと、(b)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルとそれぞれ比較することと、(c)短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルとそれぞれ比較した、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルの違いに基づき、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定することと、を含む。特定の例において、細胞抽出物は、ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させることによって生成される。
[0039]いくつかの実施形態において、乳癌は、HER2陽性の、局所的に進行した乳癌である。
[0040]いくつかの実施形態において、チロシンキナーゼ阻害剤は、pan−HER阻害剤又は二重HER1/HER2阻害剤である。pan−HER阻害剤は、ネラチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ポジオチニブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択され得る。二重HER1/HER2阻害剤は、ラパチニブ、AZD8931、BIBW2992、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの例において、生物学的製剤は、モノクローナル抗体、アフィボディ、プロボディ、ダイアボディ、二重抗体、それらの断片、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。モノクローナル抗体は、抗HER2抗体又はHER二量体化を阻害する抗体であってもよい。モノクローナル抗体は、抗HER2抗体であってもよい。いくつかの場合において、抗HER2抗体は、トラスツズマブである。HERの二量化を阻害する抗体は、ペルツズマブであってもよい。
[0041]いくつか実施形態において、治療剤をネオアジュバント治療剤として用いる。ネオアジュバント治療剤は、パクリタキセル、ドキソルビシン、シクロホスファミド、又はそれらの組み合わせを更に含んでもよい。
[0042]本開示の一態様において、細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。
[0043]いくつかの実施形態において、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、短縮されたHER2タンパク質の中央値発現レベルである。細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい対象において、短縮されたHER2タンパク質の中央値発現レベルより約3倍〜約5倍高くなり得る。
[0044]他の実施形態において、細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルは、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルの比率である。制御タンパク質は、サイトケラチン(CK)であり得る。いくつかの例において、細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約0.44の比率に対応する短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。
[0045]特定の実施形態において、本開示は、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤により該ヒト対象を治療する方法を提供し、該方法は、(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させ、細胞抽出物を生成することと、(b)細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルを測定することと、(c)細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルを、本明細書にて記載の短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルと比較すること(例えば、中央値発現レベル又は比率と比較すること)と、(d)細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤による治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(e)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤(例えばネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。
[0046]いくつかの実施形態において、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤で該ヒト対象を治療する方法は、(a)細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルを測定することと、(b)細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルを、本明細書にて記載の短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルと比較すること(例えば、中央値発現レベル又は比率と比較すること)と、(c)細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤による治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(d)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤(例えばネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。特定の例において、細胞抽出物は、ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させることによって生成される。
[0047]いくつかの実施形態において、この方法は、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することを更に含む。
[0048]本開示の別の態様において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しやすい。
[0049]いくつかの例において、完全長HER2タンパク質の参照発現レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである。いくつかの実施形態において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。
[0050]他の例において、完全長HER2タンパク質の参照発現レベルは、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである。いくつかの実施形態において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍高いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい。
[0051]いくつかの実施形態において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルは、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルの比率である。制御タンパク質は、サイトケラチン(CK)であり得る。いくつかの実施形態において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約38.7の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。他の実施形態において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約5.6〜約38.7の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルの間にあるときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい。いくつかの場合において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約5.6の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより低いときに、ヒト対象には、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しにくい。
[0052]特定の実施形態において、本開示は、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤で該ヒト対象を治療する方法を提供し、該方法は、(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させ、細胞抽出物を生成することと、(b)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルを測定することと、(c)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルを、本明細書にて記載の完全長HER2タンパク質の参照発現レベルと比較すること(例えば、中央値発現レベル又は比率と比較すること)と、(d)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(e)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤及び/又は生物学的製剤(例えばネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。
[0053]いくつかの実施形態において、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤で該ヒト対象を治療する方法は、(a)細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルを測定することと、(b)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルを、本明細書にて記載の完全長HER2タンパク質の参照発現レベルと比較すること(例えば、中央値発現レベル又は比率と比較すること)と、(c)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(d)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤及び/又は生物学的製剤(例えばネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。特定の例において、細胞抽出物は、ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させることによって生成される。
[0054]いくつかの実施形態において、この方法は、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することを更に含む。
[0055]本開示の更に他の態様において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、完全長HER2タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。いくつかの例において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、完全長HER2タンパク質の活性化レベル中央値より約3倍〜約7倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。
[0056]いくつかの実施形態において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルは、制御タンパク質の活性化レベルに対する、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルの比率である。制御タンパク質は、サイトケラチン(CK)であり得る。いくつかの場合において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約3.1の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。他の場合において、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約0.3の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象には、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しにくい。
[0057]特定の実施形態において、本開示は、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤で該ヒト対象を治療する方法を提供し、該方法は、(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させ、細胞抽出物を生成することと、(b)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルを測定することと、(c)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルを、本明細書にて記載の完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルと比較すること(例えば、活性化レベル中央値又は比率と比較すること)と、(d)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤による治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(e)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤(例えばネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。
[0058]いくつかの実施形態において、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤で該ヒト対象を治療する方法は、(a)細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の活性化レベルを測定することと、(b)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルを、本明細書にて記載の完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルと比較すること(例えば、活性化レベル中央値又は比率と比較すること)と、(c)細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤による治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(d)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤(例えばネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。特定の例において、細胞抽出物は、ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させることによって生成される。
[0059]いくつかの実施形態において、この方法は、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することを更に含む。
[0060]本開示のいくつかの態様において、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。HER3タンパク質の参照活性化レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象におけるHER3タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。いくつかの場合において、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。
[0061]本開示の他の態様において、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい。HER3タンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又はチロシンキナーゼ阻害剤が奏効したヒト対象におけるHER3タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。いくつかの例において、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルは、HER3タンパク質の活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍低い。
[0062]いくつかの場合において、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルは、制御タンパク質の発現レベルに対する細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルの比率であり得る。いくつかの場合において、制御タンパク質はサイトケラチン(CK)である。いくつかの実施形態において、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約0.2の比率に対応するHER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。他の実施形態において、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対する約0.2の比率に対応するHER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい。
[0063]特定の実施形態において、本開示は、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤により該ヒト対象を治療する方法を提供し、該方法は、(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させ、細胞抽出物を生成することと、(b)細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルを測定することと、(c)細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルを、本明細書にて記載のHER3タンパク質の参照活性化レベルと比較すること(例えば、活性化レベル中央値又は比率と比較すること)と、(d)細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤による治療に対する奏効例であろうと、判定すること、又は、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象が生物学的製剤の治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(e)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤(例えば、ネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。
[0064]いくつかの実施形態において、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤で該ヒト対象を治療する方法は、(a)細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルを測定することと、(b)細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルを、本明細書にて記載のHER3タンパク質の参照活性化レベルと比較すること(例えば、活性化レベル中央値又は比率と比較すること)と、(c)細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤による治療に対する奏効例であろうと、判定すること、又は、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象が生物学的製剤による治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(d)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤(例えば、ネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。特定の例において、細胞抽出物は、ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させることによって生成される。
[0065]いくつかの実施形態において、この方法は、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することを更に含む。
[0066]本開示のいくつかの態様において、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。完全長PI3Kタンパク質の参照活性化レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象におけるPI3Kタンパク質の活性化レベル中央値であり得る。いくつかの例において、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルは、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値より約0.5倍〜約3.5倍高い。
[0067]本開示の他の態様において、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい。完全長PI3Kタンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又はチロシンキナーゼ阻害剤が奏効したヒト対象におけるPI3Kタンパク質の活性化レベル中央値であり得る。いくつかの場合において、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルは、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値より約0.5倍〜約3.5倍低い。
[0068]いくつかの実施形態において、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルは、制御タンパク質の発現レベルに対する細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルの比率であり得る。制御タンパク質は、サイトケラチン(CK)であり得る。いくつかの場合において、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約0.04の比率に対応するPI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい。
[0069]特定の実施形態において、本開示は、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤により該ヒト対象を治療する方法を提供し、該方法は、(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させ、細胞抽出物を生成することと、(b)細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することと、(c)細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを、本明細書にて記載のPI3Kタンパク質の参照活性化レベルと比較すること(例えば、活性化レベル中央値又は比率と比較すること)と、(d)細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤による治療に対する奏効例であろうと、判定すること、又は、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象が生物学的製剤による治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(e)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤(例えば、ネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。
[0070]いくつかの実施形態において、乳癌のヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療への奏効を示すか否かを判定して、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤で該ヒト対象を治療する方法は、(a)細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することと、(b)細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを、本明細書にて記載のPI3Kタンパク質の参照活性化レベルと比較すること(例えば、活性化レベル中央値又は比率と比較すること)と、(c)細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象がチロシンキナーゼ阻害剤による治療に対する奏効例であろうと、判定すること、又は、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象が生物学的製剤による治療に対する奏効例であろうと、判定することと、(d)奏効例であるヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤(例えば、ネオアジュバント治療剤として)の有効量を投与することと、を含む。特定の例において、細胞抽出物は、ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解させることによって生成される。
[0071]いくつかの実施形態において、この方法は、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルを測定することを更に含む。
[0072]本明細書にて提供される方法において、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル及び完全長HER2タンパク質の活性化レベルが測定され得る。あるいは、完全長HER2タンパク質の発現レベル及びHER3タンパク質の活性化レベルが測定される。
[0073]いくつかの実施形態において、本方法は、細胞抽出物における一つ以上の更なるシグナル伝達分子の発現レベル及び/又は活性化レベルを測定することを更に含む。一つ以上の更なるシグナル伝達分子は、AKT、PRAS40、ERK1(MAPK3)、ERK2(MAPK1)、RSK、及びそれらの組み合わせからなる群から選択され得る。
[0074]いくつかの実施形態において、サンプルは、乳房腫瘍組織、全血、血清、又は血漿サンプルである。乳房腫瘍組織のサンプルは、針生検サンプルであってもよい。特定の実施形態において、本方法は更にヒト対象から採取したサンプルを得ることを含む。
[0075]短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、完全長HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は完全長PI3Kタンパク質の活性化レベルは、協調的酵素増強反応による免疫アッセイ(CEER)により測定され得る。この方法は、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤を投与することを更に含み得る。
A.細胞抽出物における検体の発現レベル及び/又は活性化レベルの定量
[0076]本発明の対象は、乳癌のヒト対象であり得る。乳癌のタイプは、乳管上皮内癌、侵襲性腺管癌、トリプルネガティブ乳癌、炎症性乳癌(局所的に進行した乳癌)、転移癌、髄様癌、管状癌、粘液癌、乳房ページェット病又は他のタイプの乳癌であり得る。いくつかの例において、対象は、ステージ0(非侵襲性乳癌)、ステージI(初期の、又は、非侵襲性乳癌)、ステージI又はII(初期の、又は、非侵襲性乳癌)、ステージII又はIII(局所的に進行した乳癌)、又は、ステージIV(進行した乳癌)乳癌を有する。いくつかの実施形態において、ヒト対象は、HER2陽性の乳癌を有する。かかる対象は、HER2タンパク質の過剰発現をもたらすHER2遺伝子の変異がある乳癌細胞を有する。
[0076]本発明の対象は、乳癌のヒト対象であり得る。乳癌のタイプは、乳管上皮内癌、侵襲性腺管癌、トリプルネガティブ乳癌、炎症性乳癌(局所的に進行した乳癌)、転移癌、髄様癌、管状癌、粘液癌、乳房ページェット病又は他のタイプの乳癌であり得る。いくつかの例において、対象は、ステージ0(非侵襲性乳癌)、ステージI(初期の、又は、非侵襲性乳癌)、ステージI又はII(初期の、又は、非侵襲性乳癌)、ステージII又はIII(局所的に進行した乳癌)、又は、ステージIV(進行した乳癌)乳癌を有する。いくつかの実施形態において、ヒト対象は、HER2陽性の乳癌を有する。かかる対象は、HER2タンパク質の過剰発現をもたらすHER2遺伝子の変異がある乳癌細胞を有する。
[0077]乳癌細胞は、対象のサンプルから得ることができる。乳癌細胞は、サンプルから一つ以上の分離法、例えば、免疫磁気分離(Racila et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,95:4589〜4594(1998);Bilkenroth et al.,Int.J.Cancer,92:577〜582(2001)を参照)、マイクロ流体分離(Mohamed et al.,IEEE Trans.Nanobiosci.,3:251〜256(2004);Lin et al.,Abstract No.5147,97th AACR Annual Meeting,Washington,D.C.(2006)を参照)、FACS(Mancuso et al.,Blood,97:3658〜3661(2001)を参照)、密度勾配遠心法(Baker et al.,Clin.Cancer Res.,13:4865〜4871(2003)を参照)、及びデプリーション法、(Meye et al.,Int.J.Oncol.,21:521〜530(2002)を参照)を用いて単離することができる。乳癌細胞は、循環腫瘍細胞であり得る。いくつかの実施形態において、対象から得られるサンプルは、乳房腫瘍組織サンプル、血液サンプル、血清サンプル、又は血漿サンプルである。他の場合において、乳癌細胞は、腫瘍の針生検から得ることができる。単離された乳癌細胞は、当業者に公知のいずれかの方法を用いて溶解させ、細胞抽出物を生成することができる。
[0078]癌と関連するHER1シグナル伝達経路、HER2シグナル伝達経路、HER3シグナル伝達経路又は他のシグナル伝達経路の一つ以上の検体の発現レベル及び/又は活性化レベルを、検出又は測定することができる。いくつかの実施形態において、短縮されたHER2タンパク質(例えば、p95HER2タンパク質)の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、HER3タンパク質の発現レベル、PI3Kタンパク質の発現レベル、ERK1(MAPK3)タンパク質の発現レベル、ERK2(MAPK1)タンパク質の発現レベル、RSKタンパク質の発現レベル、AKTタンパク質の発現レベル、PRAS40タンパク質の発現レベル、及びそれらのいずれかの組み合わせが測定される。他の実施形態において、短縮されたHER2タンパク質(例えば、p95HER2タンパク質)の活性化レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、PI3Kタンパク質の活性化レベル、ERK1(MAPK3)タンパク質の活性化レベル、ERK2(MAPK1)タンパク質の活性化レベル、RSKタンパク質の活性化レベル、AKTタンパク質の活性化レベル、PRAS40タンパク質の活性化レベル、及びそれらのいずれかの組み合わせが測定される。本明細書に記載される1、2、3、4、5、6、7、8、9個又はそれ以上の検体(シグナル伝達分子)の発現レベルを定量することができる。いくつかの場合において、本明細書に記載される1、2、3、4、5、6、7、8、9個又はそれ以上の検体(シグナル伝達分子)の活性化レベルを定量することができる。他の場合において、1、2、3、4、5、6、7、8、9個又はそれ以上の検体の発現レベル、及び1、2、3、4、5、6、7、8、9個又はそれ以上の同じ又は異なる検体の活性化レベルが測定される。
[0079]本明細書において記載される検体のいずれか1つの発現及び/又は活性化レベルを検出する方法には、免疫アッセイ(例えば酵素結合免疫吸着測定法)、質量分析法、フローサイトメトリー、免疫細胞化学、免疫組織化学、ウェスタンブロッティング、キナーゼ活性アッセイ、及び他のタンパク質活性アッセイが含まれる。いくつかの実施形態において、発現及び/又は活性化レベルは、協調的酵素増強反応による免疫アッセイ(CEER(登録商標))により測定される。例示的なCEER(登録商標)アッセイの説明は、米国特許第8,609,349号、同第8,658,388号、同第9,250,243号、同第9,274,116号、及び同第9,285,369号、Lim et al.,Proteome Sci,2011,9:75、並びにLee et al.,PLoS One,2013,8(1):e54644に記載されている。
[0080]短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の発現レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、PI3Kタンパク質の発現レベル及び/又はPI3Kタンパク質の活性化レベルは、CEER(登録商標)を用いて検出される。いくつかの実施形態において、AKT、PRAS40、ERK1、ERK2、RSK、及びそれらのいずれかの組み合わせの発現レベル及び/又は活性化レベルもまた、かかるアッセイを用いて測定することができる。
B.チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤を含む治療に対する、奏効例か非奏効例かの尤度予測
[0081]対象にチロシンキナーゼ阻害剤(TKI)又は生物学的製剤を含む薬物療法が奏効しやすい(例えば臨床奏効を示しやすい)か否かを判定するため、短縮されたHER2タンパク質(p95HER2タンパク質)、完全長HER2タンパク質、HER3タンパク質、PI3Kタンパク質、ERK1(MAPK3)タンパク質、ERK2(MAPK1)タンパク質、RSKタンパク質、AKTタンパク質、PRAS40タンパク質、及びRPS6タンパク質などの検体の発現レベルを、対応するタンパク質の参照発現レベルと比較することができる。例えば、p95HER2タンパク質の参照発現レベルを、対象のサンプル由来の細胞抽出物におけるp95HER2タンパク質の発現レベルと比較することができる。いくつかの実施形態において、例えば、薬物療法による奏効の予測は、完全長HER1タンパク質、短縮されたHER2タンパク質(p95HER2タンパク質)、完全長HER2タンパク質、HER3タンパク質、PI3Kタンパク質、ERK1(MAPK3)タンパク質、ERK2(MAPK1)タンパク質、RSKタンパク質、AKTタンパク質、PRAS40タンパク質、RPS6タンパク質などの検体の活性化レベル(例えばリン酸化レベル)を、対応するタンパク質の参照活性化レベルと比較することに基づく。例えば、HER2タンパク質の参照活性化レベル(例えば活性化HER2タンパク質の参照レベル)を、対象のサンプル由来の細胞抽出物におけるHER2タンパク質の活性化レベルと比較することができる。以下の比較を行うことができる:短縮されたHER2タンパク質の測定された発現レベルと、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル;完全長HER2タンパク質の測定された発現レベルと、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル;HER3タンパク質の測定された発現レベルと、HER3タンパク質の参照発現レベル;PI3Kタンパク質の測定された発現レベルと、PI3Kタンパク質の参照発現レベル;ERK1タンパク質の測定された発現レベルと、ERK1タンパク質の参照発現レベル;ERK2タンパク質の測定された発現レベルと、ERK2タンパク質の参照発現レベル;RSKタンパク質の測定された発現レベルと、RSKタンパク質の参照発現レベル;RPS6タンパク質の測定された発現レベルと、RPS6タンパク質の参照発現レベル;AKTタンパク質の測定された発現レベルと、AKTタンパク質の参照発現レベル;PRAS40タンパク質の測定された発現レベルと、PRAS40タンパク質の参照発現レベル;短縮されたHER2タンパク質の測定された活性化レベルと、短縮されたHER2タンパク質の参照活性化レベル;完全長HER2タンパク質の測定された活性化レベルと、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル;HER3タンパク質の測定された活性化レベルと、HER3タンパク質の参照活性化レベル;PI3Kタンパク質の測定された活性化レベルと、PI3Kタンパク質の参照活性化レベル;ERK1タンパク質の測定された活性化レベルと、ERK1タンパク質の参照活性化レベル;ERK2タンパク質の測定された活性化レベルと、ERK2タンパク質の参照活性化レベル;RSKタンパク質の測定された活性化レベルと、RSKタンパク質の参照活性化レベル;RPS6タンパク質の測定された活性化レベルと、RPS6タンパク質の参照活性化レベル;AKTタンパク質の測定された活性化レベルと、AKTタンパク質の参照活性化レベル;及び/又はPRAS40タンパク質の測定された活性化レベルと、PRAS40タンパク質の参照活性化レベル。
[0081]対象にチロシンキナーゼ阻害剤(TKI)又は生物学的製剤を含む薬物療法が奏効しやすい(例えば臨床奏効を示しやすい)か否かを判定するため、短縮されたHER2タンパク質(p95HER2タンパク質)、完全長HER2タンパク質、HER3タンパク質、PI3Kタンパク質、ERK1(MAPK3)タンパク質、ERK2(MAPK1)タンパク質、RSKタンパク質、AKTタンパク質、PRAS40タンパク質、及びRPS6タンパク質などの検体の発現レベルを、対応するタンパク質の参照発現レベルと比較することができる。例えば、p95HER2タンパク質の参照発現レベルを、対象のサンプル由来の細胞抽出物におけるp95HER2タンパク質の発現レベルと比較することができる。いくつかの実施形態において、例えば、薬物療法による奏効の予測は、完全長HER1タンパク質、短縮されたHER2タンパク質(p95HER2タンパク質)、完全長HER2タンパク質、HER3タンパク質、PI3Kタンパク質、ERK1(MAPK3)タンパク質、ERK2(MAPK1)タンパク質、RSKタンパク質、AKTタンパク質、PRAS40タンパク質、RPS6タンパク質などの検体の活性化レベル(例えばリン酸化レベル)を、対応するタンパク質の参照活性化レベルと比較することに基づく。例えば、HER2タンパク質の参照活性化レベル(例えば活性化HER2タンパク質の参照レベル)を、対象のサンプル由来の細胞抽出物におけるHER2タンパク質の活性化レベルと比較することができる。以下の比較を行うことができる:短縮されたHER2タンパク質の測定された発現レベルと、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル;完全長HER2タンパク質の測定された発現レベルと、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル;HER3タンパク質の測定された発現レベルと、HER3タンパク質の参照発現レベル;PI3Kタンパク質の測定された発現レベルと、PI3Kタンパク質の参照発現レベル;ERK1タンパク質の測定された発現レベルと、ERK1タンパク質の参照発現レベル;ERK2タンパク質の測定された発現レベルと、ERK2タンパク質の参照発現レベル;RSKタンパク質の測定された発現レベルと、RSKタンパク質の参照発現レベル;RPS6タンパク質の測定された発現レベルと、RPS6タンパク質の参照発現レベル;AKTタンパク質の測定された発現レベルと、AKTタンパク質の参照発現レベル;PRAS40タンパク質の測定された発現レベルと、PRAS40タンパク質の参照発現レベル;短縮されたHER2タンパク質の測定された活性化レベルと、短縮されたHER2タンパク質の参照活性化レベル;完全長HER2タンパク質の測定された活性化レベルと、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル;HER3タンパク質の測定された活性化レベルと、HER3タンパク質の参照活性化レベル;PI3Kタンパク質の測定された活性化レベルと、PI3Kタンパク質の参照活性化レベル;ERK1タンパク質の測定された活性化レベルと、ERK1タンパク質の参照活性化レベル;ERK2タンパク質の測定された活性化レベルと、ERK2タンパク質の参照活性化レベル;RSKタンパク質の測定された活性化レベルと、RSKタンパク質の参照活性化レベル;RPS6タンパク質の測定された活性化レベルと、RPS6タンパク質の参照活性化レベル;AKTタンパク質の測定された活性化レベルと、AKTタンパク質の参照活性化レベル;及び/又はPRAS40タンパク質の測定された活性化レベルと、PRAS40タンパク質の参照活性化レベル。
[0082]いくつかの実施形態において、対象が、50%より高い確率で治療への奏効を示すときに、例えば、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%又は95%の確率で治療への奏効を示すときに、該対象は、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤を含む薬物療法が奏効しやすい。他の実施形態において、対象が、50%未満の確率で治療への奏効を示すときに、例えば、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%又は5%未満の確率で治療への奏効を示すときに、該対象は、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤を含む薬物療法が奏効しにくい。特定の実施形態において、治療による奏効は、乳房及び結節における病理学的完全奏効(pCRBN)などの臨床奏効の達成に対応する。
[0083]対象のサンプルから生成される細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質(p95HER2タンパク質)の発現レベルが、p95HER2タンパク質の参照発現レベルより高い場合、チロシンキナーゼ阻害剤を含んでいる治療が対象に奏効しやすいと予測される。いくつかの場合において、参照発現レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤を含む治療を受け、治療に対する明らかな又は臨床的な奏効効果を示さなかったヒト対象、生物学的製剤を含む治療を受け、治療に対する明らかな奏効又は臨床的な奏効を示さなかったヒト対象、及び生物学的製剤を含む治療を受け、治療に対する明らかな奏効又は臨床的な奏効を示したヒト対象、の一つ以上を含む対象集団におけるp95HER2タンパク質の中央値発現レベルである。
[0084]いくつかの例において、p95HER2タンパク質の高い発現レベルは、短縮されたHER2タンパク質の中央値発現レベルより約3倍〜約5倍高く、例えば約3倍高く、約3.5倍高く、約4倍高く、約4.5倍高く、又は約5倍高くなり得る。他の例において、p95HER2の高い発現レベルは、p95HER2タンパク質の中央値発現レベルより約1倍〜約10倍高く、例えば、約1倍高く、約1.5倍高く、約2倍高く、約2.5倍高く、約3倍高く、3.5倍高く、約4倍高く、約4.5倍高く、約5倍高く、約5.5倍高く、約6倍高く、約6.5倍高く、約7倍高く、7.5倍高く、約8倍高く、約8.5倍高く、約9倍高く、9.5倍高く、又は約10倍高くなり得る。
[0085]対象のサンプルから生成される細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルは、制御タンパク質の発現レベルに対する、この細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルの比率として表すことができる。制御タンパク質は、サイトケラチン又はアッセイ制御タンパク質として使用できる任意のタンパク質であってもよい。いくつかの例において、サイトケラチンに対するp95HER2の発現レベルの比率が、サイトケラチンに対するp95HER2の発現レベルの参照比率より高い場合、対象はチロシンキナーゼ阻害剤を含む治療が奏効しやすい。いくつかの場合において、参照比率は約0.44である。すなわち、対象のp95HER2タンパク質の発現レベル(p95HER2発現のCK発現に対する比率で表す場合)が0.44より高く、例えば0.45、0.50、0.55、0.60、0.65、0.70、0.8、0.9又はそれ以上である場合、該対象は、チロシンキナーゼ阻害剤治療に対する奏効例であると予測される。
[0086]対象のサンプルから生成される細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高い場合、対象は、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤を含む治療が奏効しやすいと予測される。
[0087]いくつかの実施形態において、完全長HER2の参照発現レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤の投与による治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである。いくつかの例において、完全長HER2タンパク質の測定した発現レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤の投与による治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍以上高く、例えば約2.5倍高く、約3.0倍高く、約3.5倍高く、約4.0倍高く、約4.5倍高く、約5.0倍高く、又はそれ以上高いときに、対象はチロシンキナーゼ阻害剤を含む治療が奏効しやすい。他の例において、完全長HER2タンパク質の高い発現レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤の投与による治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.0倍〜約5.0倍高く、例えば、約2.0倍〜約5.0倍高く、約3.0倍〜約5.0倍高く、約2.0倍〜約4.0倍高く、約2.0倍〜約3.0倍高く、約3.0倍〜約4.0倍高く、約4.0倍〜約5.0倍高く、約2.0倍高く、約2.5倍高く、約3.0倍高く、約3.5倍高く、約4.0倍高く、約4.5倍高く、又は約5.0倍高い。
[0088]他の実施形態において、完全長HER2の参照発現レベルは、生物学的製剤を含む治療を投与され、それが奏効しなかったヒト対象集団における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである。いくつかの例において、完全長HER2タンパク質の測定された発現レベルが、生物学的製剤の投与による治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象の集団における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍以上、例えば、約2.5倍、約3.0倍、約3.5倍、約4.0倍、約4.5倍、約5.0倍又はそれ以上高いときに、対象は、TKIを含む治療が奏効しやすい。他の例において、生物学的製剤の投与による治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより、対象における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、約2.0倍〜約5.0倍高く、例えば、約2.0倍〜約5.0倍高く、約3.0倍〜約5.0倍高く、約2.0倍〜約4.0倍高く、約2.0倍〜約3.0倍高く、約3.0倍〜約4.0倍高く、約4.0倍〜約5.0倍高く、約2.0倍高く、約2.5倍高く、約3.0倍高く、約3.5倍高く、約4.0倍高く、約4.5倍高く、又は約5.0倍高いときに、対象は、TKIを含む治療が奏効しやすい。
[0089]いくつかの実施形態において、対象のサンプルから生成される細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルは、制御タンパク質の発現レベルに対する、この細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルの比率である。制御タンパク質は、サイトケラチン(CK)、又はアッセイ制御タンパク質として使用できる任意のタンパク質であってもよい。いくつかの例において、サイトケラチンタンパク質の発現レベルに対する完全長HER2タンパク質の発現レベルの比率が約38.7より高い場合、対象はTKIを含む治療が奏効しやすい。例えば、(HER2発現レベルのCK発現レベルに対する比率で表したとき)約38.7より高い、例えば約38.8、約39、約40、約41、約42、約43、約44、約45、約46、約47、約48、約49、約50、約55、約60、約65又はそれ以上の完全長HER2の発現レベルを有する対象は、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効すると予測される。
[0090]他の例において、対象におけるサイトケラチンタンパク質の発現レベルに対する完全長HER2タンパク質の発現レベルの比率が約5.6〜約38.7、例えば約5.6〜約38.7、約8.0〜約38.0、約10.0〜約30.0、約15.0〜約30.0、約20.0〜約30.0、約25.0〜約38.7、約5.6〜約10.0、約5.6、約10.0、約15.6、約20.0、約25.6、約30.0、約35.6、約38.7などであるときに、対象は、生物学的製剤を含む治療が奏効しやすい。
[0091]更に他の例において、対象におけるサイトケラチンタンパク質の発現レベルに対する完全長HER2タンパク質の発現レベルの比率が約5.6未満、例えば、約5.4、約5.3、約5.2、約5.1、約5.0、約4.9、約4.8、約4.7、約4.6、約4.5、約4.4、約4.3、約4.2、約4.1、約4.0、約3.9、約3.8、約3.7、約3.6、約3.5又はそれ以下であるときに、対象は、TKI又は生物学的製剤のいずれかを含む治療が奏効しにくい。
[0092]対象のサンプルから生成される細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高い場合、対象は、チロシンキナーゼ阻害剤を含む治療が奏効しやすいと予測することができる。HER2タンパク質の参照活性化レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤を含む治療を受けて、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるHER2タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。あるいは、HER2タンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤を含む治療を受け、それが奏効したヒト対象集団におけるHER2タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。他の場合において、HER2タンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤を含む治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるHER2タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。いくつかの実施形態において、対象の細胞抽出物におけるHER2タンパク質の活性化レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤を含む治療を受け、治療に対する明らかな又は臨床的な奏効を示さなかったヒト対象集団における、完全長HER2タンパク質の活性化レベル中央値より高い場合、対象にチロシンキナーゼ阻害剤治療が奏効すると予測される。他の実施形態において、HER2タンパク質の活性化レベルが、生物学的製剤を含む治療を受け、治療への明らかな奏効又は臨床的奏効を示さなかったヒト対象集団における、HER2タンパク質の活性化レベル中央値より高い場合、対象は、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しやすい。更に他の実施形態において、HER2タンパク質の活性化レベルが、生物学的製剤を含む治療を受け、治療への明らかな奏効又は臨床的奏効を示したヒト対象集団における、HER2タンパク質の活性化レベル中央値より高い場合、対象は、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しやすい。
[0093]HER2の活性化レベルは、HER2活性化レベル中央値より約3倍〜約7倍高く、例えば、約3倍〜約7倍、約3倍〜約6倍、約3倍〜約5倍、約4倍〜約7倍、約5倍〜約7倍、約3倍〜約4倍、約4倍〜約5倍、約5倍〜約6倍、又は約6倍〜約7倍高くなり得る。他の場合において、HER2タンパク質活性化レベルは、HER2活性化レベル中央値より約3倍〜約7倍高く(上昇又は増強され)、例えば約3倍高く、約3.5倍高く、約4倍高く、約4.5倍高く、約5倍高く、約5.5倍高く、約6倍高く、約6.5倍高く、又は約7倍高い。
[0094]いくつかの実施形態において、対象のサンプルから生成される細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルは、制御タンパク質の発現レベルに対する、この細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルの比率である。制御タンパク質は、サイトケラチン又はアッセイ制御タンパク質として使用できる任意のタンパク質であってもよい。いくつかの例において、対象におけるサイトケラチンの発現レベルに対するHER2の活性化レベルの比率が、3.1の参照比率(サイトケラチンの参照発現レベルに対するHER2の参照活性化レベルに対応)より高い場合、対象はTKIを含む治療が奏効しやすい。言い換えると、対象におけるサイトケラチンタンパク質の発現レベルに対する完全長HER2タンパク質の活性化レベルの比率が、約3.1より高いときに、例えば約3.2、約3.4、約3.6、約3.8、約4.0、約4.2、約4.4、約4.6、約4.8、約5.0、約5.2、約5.4、約5.6、約5.8、約6.0、約6.2、約6.4、約6.6、約6.8、約7.0、約7.2、約7.4、約7.6又はそれ以上高いときに、対象はTKIに対する奏効例となりやすい。他の例において、対象におけるサイトケラチンの発現レベルに対するHER2の活性化レベルの比率が、約0.3の参照比率より低い場合、対象はTKI又は生物学的製剤のいずれかの治療が奏効しにくい。この対象は、約0.3未満、例えば、約0.29、約0.28、約0.27、約0.26、約0.25、約0.24、約0.23、約0.22、約0.21、約0.20、約0.19、約0.18、約0.17、約0.16、約0.15、又はそれ以下の完全長HER2タンパク質の活性化レベル(比率に対応する)を有し得る。
[0095]対象のサンプルから生成される細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより高い場合、対象は、チロシンキナーゼ阻害剤を含む治療が奏効しやすいと予測することができる。HER3タンパク質の参照活性化レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤を含む治療を受けて、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるHER3タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。あるいは、HER3タンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤を含む治療を受け、それが奏効したヒト対象集団におけるHER3タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。他の場合において、HER3タンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤を含む治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるHER3タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。
[0096]いくつかの実施形態において、HER3タンパク質の活性化レベルは、活性化レベル中央値と比較して約1倍〜約3.5倍高く、例えば、HER3活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍高く、約1倍〜約3倍高く、約1倍〜約2倍高く、約2倍〜約3.5倍高く、又は約3倍〜約3.5倍高い。他の場合において、HER3タンパク質の活性化レベルは、中央値HER3活性化レベルより約1倍〜約3.5倍高く(上昇又は増強され)、例えば、約1倍高く、約1.5倍高く、約2倍高く、約2.5倍高く、約3倍高く、又は約3.5倍高い。
[0097]対象のサンプルから生成される細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより低い場合、対象は、生物学的製剤を含む治療が奏効しやすいと予測することができる。HER3タンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤を含む治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるHER3タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。あるいは、HER3タンパク質の参照活性化レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤を含む治療を受け、それが奏効したヒト対象集団におけるHER3タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。他の場合において、HER3タンパク質の参照活性化レベルは、チロシンキナーゼ阻害剤含む治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるHER3タンパク質の活性化レベル中央値であり得る。
[0098]いくつかの実施形態において、HER3タンパク質の活性化レベルは、活性化レベル中央値と比較して約1倍〜約3.5倍低く、例えば、HER3活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍低く、約1倍〜約3倍低く、約1倍〜約2倍低く、約2倍〜約3.5倍低く、又は約3倍〜約3.5倍低い。いくつかの場合において、HER3タンパク質の活性化レベルは、中央値HER3活性化レベルより約1倍〜約3.5倍低く(低下し、又は低減され)、例えば、約1倍低く、約1.5倍低く、約2倍低く、約2.5倍低く、約3倍低く、又は約3.5倍低い。
[0099]いくつかの実施形態において、対象のサンプルから生成される細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルは、制御タンパク質の発現レベルに対する、この細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルの比率である。制御タンパク質は、サイトケラチン又はアッセイ制御タンパク質として使用できる任意のタンパク質であってもよい。いくつかの例において、対象におけるサイトケラチンの発現レベルに対するHER3の活性化レベルの比率が0.2より高い(又はサイトケラチンの参照発現レベルに対するHER3タンパク質の参照活性化レベルの参照比率より高い)場合、対象はTKIを含む治療が奏効しやすい。TKIに対する奏効例は、約0.2より高い、例えば約0.25、約0.3、約0.4、約0.5、約0.6、約0.7、約0.8、約0.9、約1.0、約1.1、約1.2又はそれ以上高い、サイトケラチンタンパク質の発現に対する活性化HER3タンパク質の比率を有し得る。他の例において、サイトケラチンの発現レベルに対するHER3の活性化レベルの比率が0.2より低い(又はサイトケラチンの参照発現レベルに対するHER3タンパク質の参照活性化レベルの参照比率より低い)場合、対象は、生物学的製剤を含む治療が奏効しやすい。生物学的製剤に対する奏効例は、約0.2未満の、例えば約0.19、約0.18、約0.17、約0.16、約0.15、約0.14、約0.13、約0.12、約0.11、約0.10、約0.09、約0.08、約0.07、約0.06、約0.05又はそれ以下の、サイトケラチンタンパク質の発現に対する活性化HER3タンパク質の比率を有し得る。
[0100]対象のサンプルから生成される細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高い場合、対象は、TKIを含む治療が奏効しやすいと予測することができる。PI3Kタンパク質の参照活性化レベルは、TKIを含む治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるPI3Kタンパク質の活性化レベル中央値であり得る。あるいは、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤を含む治療を受け、それが奏効したヒト対象集団におけるPI3Kタンパク質の活性化レベル中央値であり得る。他の場合において、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤を含む治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるPI3Kタンパク質の活性化レベル中央値であり得る。
[0101]いくつかの実施形態において、PI3Kタンパク質の活性化レベルは、活性化レベル中央値と比較して約0.5倍〜約3.5倍高く、例えば、PI3K活性化レベル中央値より約0.5倍〜約3.5倍高く、約0.5倍〜約3倍高く、約0.5倍〜約2倍高く、約0.5倍〜約1.5倍高く、約0.5倍〜約1倍高く、約1倍〜より約3.5倍高く、約2倍〜約3.5倍高く、約3倍〜約3.5倍高く、約1倍〜約2倍高く、又は約2倍〜約3倍高い。他の場合において、PI3Kタンパク質の活性化レベルは、中央値PI3K活性化レベルより約0.5倍〜約3.5倍高く(上昇又は増強され)、例えば約0.5倍高く、約1倍高く、約1.5倍高く、約2倍高く、約2.5倍高く、約3倍高く、又は約3.5倍高い。
[0102]対象のサンプルから生成される細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低い場合、対象は、生物学的製剤を含む治療が奏効しやすいと予測することができる。PI3Kタンパク質の参照活性化レベルは、生物学的製剤を含む治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるPI3Kタンパク質の活性化レベル中央値であり得る。あるいは、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルは、TKIを含む治療を受け、それが奏効したヒト対象集団におけるPI3Kタンパク質の活性化レベル中央値であり得る。他の場合において、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルは、TKIを含む治療を受け、それが奏効しなかったヒト対象集団におけるPI3Kタンパク質の活性化レベル中央値であり得る。
[0103]いくつかの場合において、対象の細胞抽出物における活性化PI3Kレベルが、活性化PI3Kレベルの中央値より約0.5倍〜約3.5倍低い場合、例えば約0.5倍〜約3.5倍低く、約1.0倍〜約3.5倍低く、約1.5倍〜約3.5倍低く、約2.0倍〜約3.5倍低く、約2.5倍〜約3.5倍低く、0.5倍〜約3.0倍低く、0.5倍〜2.5倍低く、0.5倍〜約2.0倍低く、0.5倍〜約1.5倍低く、0.5倍〜約1.0倍低く、0.5倍低く、1.0倍低く、1.5倍低く、2.0倍低く、2.5倍低く、3.0倍低く、又は3.5倍低い場合、対象は生物学的製剤が奏効しやすい。
[0104]いくつかの実施形態において、対象のサンプルから生成される細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルは、制御タンパク質の発現レベルに対するPI3Kタンパク質の活性化レベルの比率である。制御タンパク質は、サイトケラチン又はアッセイ制御タンパク質として使用できる任意のタンパク質であってもよい。いくつかの例において、対象におけるサイトケラチンの発現レベルに対するPI3Kの活性化レベルの比率が0.04より高い(又はサイトケラチンの参照発現レベルに対するPI3Kタンパク質の参照活性化レベルの参照比率より高い)場合、対象はTKIを含む治療が奏効しやすい。TKIに対する奏効例は、約0.04より高い、例えば約0.05、約0.06、約0.07、約0.08、約0.09、約0.10、約0.11、約0.12、約0.13、約0.14、約0.15、約0.16、約0.17、約0.18、約0.19、約0.20、約0.30、約0.40、約0.50、約0.60又はそれ以上高い、サイトケラチンタンパク質の発現に対する活性化PI3Kタンパク質の比率を有し得る。
[0105]他の例において、サイトケラチンの発現レベルに対するPI3Kの活性化レベルの比率が約0.04より低い(又はサイトケラチンの参照発現レベルに対するPI3Kタンパク質の参照活性化レベルの参照比率より低い)場合、対象は、生物学的製剤を含む治療が奏効しやすい。生物学的製剤に対する奏効例は、約0.04未満の、例えば0.039、約0.030、約0.020、約0.010、約0.009又はそれ以下の、サイトケラチンタンパク質の発現に対する活性化PI3Kタンパク質の比率を有し得る。
C.統計解析
[0106]いくつかの実施形態において、治療法選択モデルは、具体的な療法の奏効例及び非奏効例による公知の結果の後ろ向きコホート試験を用いて決定する。統計的アルゴリズムを、奏効例及び非奏効例の後ろ向きデータに適用することができる。いくつかの例において、後ろ向きコホートにおいて記載されている一つ以上の検体に関する、統計学的に妥当な参照レベル、しきい値レベル又はカットオフレベルを決定するため、ロジスティック回帰分析を適用する。また、治療法選択モデルは、ロジスティック回帰機械学習アルゴリズムと組み合わせ、又は一緒に用いることができる。
[0106]いくつかの実施形態において、治療法選択モデルは、具体的な療法の奏効例及び非奏効例による公知の結果の後ろ向きコホート試験を用いて決定する。統計的アルゴリズムを、奏効例及び非奏効例の後ろ向きデータに適用することができる。いくつかの例において、後ろ向きコホートにおいて記載されている一つ以上の検体に関する、統計学的に妥当な参照レベル、しきい値レベル又はカットオフレベルを決定するため、ロジスティック回帰分析を適用する。また、治療法選択モデルは、ロジスティック回帰機械学習アルゴリズムと組み合わせ、又は一緒に用いることができる。
[0107]特定の例において、統計的アルゴリズム又は統計解析は、学習統計分類システムである。一態様において、該アルゴリズムは、既知のサンプルによって訓練することができ、その後で、既知の同一性のサンプルによって確認することができる。本明細書において用いられる場合、「学習統計分類システム」の用語には、複合データセット(例えば、目的の標識のパネル及び/又はIBS関連の症状のリスト)に適応し、かかるデータセットに基づき判定をすることができる機械学習アルゴリズム技術が含まれる。学習統計分類システムは、ランダムフォレスト(RF)、分類及び回帰ツリー(C&RT)、ブーストされたツリー、ニューラルネットワーク(NN)、サポートベクトルマシーン(SVM)、一般的なχ−二乗自動相関検出モデル、インタラクティブツリー、マルチ適応回帰スプライン、機械学習分類、及びそれらの組み合わせからなる群から選択され得る。好ましくは、学習統計分類システムは、ツリーベースの統計アルゴリズム(例えばRF、CARTなど)及び/又はNN(例えば人工NNなど)である。学習統計分類システムの更なる例は、米国特許公開第2008/0085524号、同第2011/0045476号、及び同第2012/0171672号に記載されている。
[0108]特定の例において、統計アルゴリズムは、単一の学習統計分類システムである。好ましくは、単一の学習統計分類システムは、ツリーベースの統計アルゴリズム(例えばRF又はCART)を含む。非限定的な例として、単一の学習統計分類システムを用いることで、本明細書に記載される予測又は確率値、並びに一つ以上の検体の発現及び/又は活性化レベルに基づき、それらのみで、又は疾患エンドポイント(例えば乳房及び結節における病理学的完全奏効)の有無との組み合わせで、サンプルを、治療奏効例サンプル又は治療非奏効例サンプルに分類することができる。単一の学習統計分類システムの使用により、典型的には、少なくとも約75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の、感度、特異性、正の予測値、負の予測値、及び/又は全体精度を有するサンプルを、奏効例サンプルとして分類する。このように、治療奏効例サンプル又は非奏効例サンプルとしてのサンプルの分類は、乳癌の対象の治療法選択を補助するのに有用である。
[0109]特定の他の例において、統計アルゴリズムは、少なくとも2つの学習統計分類システムの組み合わせである。いくつかの場合において、学習統計分類システムの組み合わせには、例えばタンデム又は並列に用いるRF及びNNが含まれる。非限定的な例として、最初RFを単独で、又は症状プロファイルとの組み合わせで用いて、診断マーカープロファイルに基づく予測又は確率値を発生させることができ、次に、NNを用いて、予測又は確率値、及び同じ又は異なる検体のプロファイル若しくはプロファイルの組み合わせに基づき、サンプルを奏効例サンプル又は非奏効例サンプルとして分類することができる。特定の例において、複合型RF/NN学習統計分類システムでは、少なくとも約75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の感度、特異性、正の予測値、負の予測値、及び/又は全体精度を有するサンプルを、奏効例サンプルとして分類する。例示的な実施形態において、統計アルゴリズムは、ランダムフォレスト分類又はランダムフォレスト分類とニューラルネットワーク分類との組み合わせである。
[0110]いくつかの例において、1つ以上の学習統計分類システムの使用から得られたデータは、処理アルゴリズムを用いて処理することができる。かかる処理アルゴリズムは、例えば、多層パーセプトロン、逆伝播ネットワーク、及びLevenberg−Marquardtアルゴリズムからなる群から選択され得る。他の例において、かかる処理アルゴリズムの組み合わせは、例えばパラレル又はシリアル形式で用いることができる。
[0111]特定の例において、統計アルゴリズム又は統計解析は、四分位値分析である。いくつかの場合において、四分位値分析は、検体の発現レベル又は活性化レベルを四分位値スコアに変換する。非限定的な例として、検出した検体の組み合わせの四分位値スコアを合計することにより得られる四分位値合計スコア(QSS)に基づき、ヒト対象が特異的な療法に対する奏効例であるか又は非奏効例であるかの判定をすることができる。
[0112]四分位値分析においては、データの範囲を4等部分するための3つの数(値)が存在する。第1の四分位値(「下位四分位値」とも呼ばれる)は、それ未満に25%の下位データが存在する数である。第2の四分位値(「中央値」)は、範囲を中央で分離し、それ未満に50%のデータが存在する。第3の四分位値(「上位四分位値」とも呼ばれる)では、それ未満に75%のデータが存在し、それより上に25%の上位データが存在する。非限定的な例として、本明細書に記載される検体の発現レベル又は活性化レベルに、四分位値分析を適用することができ、それにより、第1の四分位値(<25%)における検体レベルが1の値を割り当てられ、第2の四分位値(25〜50%)における検体レベルが2の値を割り当てられ、第3の四分位値(51%〜<75%)における検体レベルが3の値を割り当てられ、そして、第4の四分位値(75%〜100%)における検体レベルが4の値を割り当てられる。
[0113]本願明細書に記載される各種の統計的方法及びモデルにより、治療奏効例及び治療非奏効例からのサンプルのコホートを使用して訓練及び試験することができる。当業者であれば、本願明細書に記載される統計的方法及びモデルを訓練及び試験する際に使用できる患者サンプルのコホートを得るための、更なる技術及び薬剤選択基準を理解するであろう。
D.チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤を含む治療剤の投与
[0114]本明細書において、チロシンキナーゼ阻害剤(TKI)を含む治療剤が奏効しやすい対象に該治療剤を投与する方法が提供される。TKIの非限定的な例としては、ネラチニブ、アファチニブ(Gilotrif(登録商標))、BIBW2992、ダコミチニブ、ポジオチニブ、ラパチニブ(GW−572016;Tykerb(登録商標))、AZD8931(サパチニブ)、ゲフィチニブ(Iressa(登録商標))、スニチニブ(Sutent(登録商標))、エルロチニブ(Tarceva(登録商標))、カネルチニブ(CI1033)、セマキシニブ(SU5416)、バタラニブ(PTK787/ZK222584)、ソラフェニブ(BAY43−9006;Nexavar(登録商標))、イマチニブメシレート(Gleevec(登録商標))、レフルノミド(SU101)、バンデタニブ(ZACTIMA(登録商標)ZD6474)、及びそれらの組み合わせなどのチロシンキナーゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。TKIは、受容体チロシンキナーゼ、短縮された受容体チロシンキナーゼ、非受容体チロシンキナーゼ、そのヘテロ二量体、そのホモ二量体、又はそれらのいずれかの組み合わせも阻害することができる。いくつかの実施形態において、TKIは、ネラチニブ、アファチニブ(Gilotrif(登録商標))、ダコミチニブ、ポジオチニブ、AC480、又はそれらのいずれかの組み合わせなどのpan−HER阻害剤であるが、これらに限定されない。他の実施形態において、TKIは、限定されないが、ラパチニブ、AZD8931、BIBW2992、又はそれらのいずれかの組み合わせなどの二重HER1/HER2阻害剤である。
[0114]本明細書において、チロシンキナーゼ阻害剤(TKI)を含む治療剤が奏効しやすい対象に該治療剤を投与する方法が提供される。TKIの非限定的な例としては、ネラチニブ、アファチニブ(Gilotrif(登録商標))、BIBW2992、ダコミチニブ、ポジオチニブ、ラパチニブ(GW−572016;Tykerb(登録商標))、AZD8931(サパチニブ)、ゲフィチニブ(Iressa(登録商標))、スニチニブ(Sutent(登録商標))、エルロチニブ(Tarceva(登録商標))、カネルチニブ(CI1033)、セマキシニブ(SU5416)、バタラニブ(PTK787/ZK222584)、ソラフェニブ(BAY43−9006;Nexavar(登録商標))、イマチニブメシレート(Gleevec(登録商標))、レフルノミド(SU101)、バンデタニブ(ZACTIMA(登録商標)ZD6474)、及びそれらの組み合わせなどのチロシンキナーゼ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。TKIは、受容体チロシンキナーゼ、短縮された受容体チロシンキナーゼ、非受容体チロシンキナーゼ、そのヘテロ二量体、そのホモ二量体、又はそれらのいずれかの組み合わせも阻害することができる。いくつかの実施形態において、TKIは、ネラチニブ、アファチニブ(Gilotrif(登録商標))、ダコミチニブ、ポジオチニブ、AC480、又はそれらのいずれかの組み合わせなどのpan−HER阻害剤であるが、これらに限定されない。他の実施形態において、TKIは、限定されないが、ラパチニブ、AZD8931、BIBW2992、又はそれらのいずれかの組み合わせなどの二重HER1/HER2阻害剤である。
[0115]本明細書において、生物学的製剤(バイオ抗癌剤)を含む治療剤が奏効しやすい対象に該治療剤を投与する方法が提供される。乳癌を治療するための生物学的製剤の非限定的な例としては、モノクローナル抗体、アフィボディ、プロボディ、ダイアボディ、二重抗体、二重特異性抗体、それらの断片、及びそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。アフィボディには高い結合能で標的タンパク質又はペプチドと結合できる遺伝子操作を受けたタンパク質が含まれ、それにより、モノクローナル抗体の活性を模倣する。プロボディとは、遺伝子操作を受けた、タンパク質分解的に活性化された抗体のことを指す(Desnoyers et al.,Science Translational Medicine,2013,5(207):207ra144;Polu and Louwman,Expt Opin Biol Ther,2014,14(5):1049〜53)。ダイアボディには、小型の、遺伝子操作を受けた二価及び二重特異性抗体断片が含まれるが、これらに限定されない(Perisic,Structure,1994,2(12):1217〜26)。いくつかの実施形態において、乳癌を治療するための生物学的製剤は、抗HER2モノクローナル抗体(例えばトラスツズマブ)である。他の実施形態において、生物学的製剤は、HER二量化を阻害する抗体(例えばペルツズマブ)である。
[0116]TKI又は生物学的製剤を含む治療剤をネオアジュバント治療剤として投与することができる。このように、TKI又は生物学的製剤は、手術を受ける前に、乳癌の対象に投与することができる。いくつかの場合において、TKI又は生物学的製剤は、パクリタキセル、ドキソルビシン、シクロホスファミド、又はそれらの組み合わせもまた含む治療レジメンにおいて投与される。
IV.実施例
[0117]以下の実施例は、例示を目的として提供するものであり、特許請求の範囲に記載の本発明を限定するものではない。
[0117]以下の実施例は、例示を目的として提供するものであり、特許請求の範囲に記載の本発明を限定するものではない。
実施例1:HER2及びHER3シグナル伝達経路バイオマーカーにより、乳癌腫瘍への抗癌剤(例えばチロシンキナーゼ阻害剤及び抗癌生物学的製剤)による奏効を予測することができる。
[0118]本実施例は、HER2及びHER3シグナル伝達経路の一つ以上のシグナル伝達分子の発現レベル及び/又は活性化レベルが、乳癌の治療のためのチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤により患者に奏効を示しやすいか否かの判定に用いることができることを例示する。かかる方法をサポートする研究結果もまた記載される。
[0119]フェーズIIの多施設無作為試験において、HER2陽性の、局所的に進行した乳癌の女性を、週1回のパクリタキセルとの組み合わせで、トラスツズマブの有無において、ネラチニブにより治療し、続いてネオアジュバント治療剤としてドキソルビシン及びシクロホスファミド(AC)により治療した。対照アーム(control arm)における患者には、週1回のパクリタキセルとの組み合わせで、ネオアジュバントのトラスツズマブを投与し、続いてACにより治療した。図1は、臨床試験の概略図を示す。
[0120]アーム1の患者に、80mg/m2のパクリタキセルを、28日のサイクルのうち1、8及び15日目に投与し、それを4サイクル行った。トラスツズマブをパクリタキセルと同時に、週1回、合計16回(初回投与は4mg/kg、以降は2mg/kgで週1回)投与した。パクリタキセル/トラスツズマブに続いて、標準AC(ドキソルビシン/シクロホスファミドの60/600mg/m2静注)を21日毎に4サイクルで投与した。
[0121]アーム2の患者に、80mg/m2のパクリタキセルを、28日のサイクルのうち1、8及び15日目に投与し、それを4サイクル行った。パクリタキセルの1日目から始まり、パクリタキセルの最終サイクルの28日目まで、ネラチニブを240mg、1日1回経口摂取させた。標準ACを21日毎に4サイクルで投与し、次にパクリタキセル/ネラチニブ治療剤を投与した。
[0122]アーム3の患者に、80mg/m2のパクリタキセルを、28日のサイクルのうち1、8及び15日目に投与し、それを4サイクル行い、その際、トラスツズマブをパクリタキセルと同時に、週1回、合計16回(初回投与は4mg/kg、以降は2mg/kgで週1回)投与した。パクリタキセルの1日目から始まり、パクリタキセルの最終サイクルの28日目まで、ネラチニブを200mg、1日1回経口摂取させた。標準ACを21日毎に4サイクルで投与し、次にパクリタキセル/トラスツズマブ/ネラチニブ治療剤を投与した。
[0123]全てのアームにおいて、化学療法レジメンの間及び手術の前の触診により、臨床奏効を評価した。臨床データ及び病理学的完全奏効(pCR)の状態を、これらの患者についてまとめた。
[0124]CEER試験に参加した対象からの3個の新鮮な腫瘍サンプルを、治療ランダム化前、及び試験治療の開始前に得た。血液サンプルも、試験治療の開始前に回収した。合計42人の患者からのサンプルを分析した(図2A)。これらの患者は、3+の免疫組織化学スコア及び/又は正のFISHスコアによると、手術可能な乳癌(ステージIIB〜IIIC)を有し、HER2陽性であった。臨床データ及びpCR結果の状態を、これらの患者についてまとめた。
[0125]本研究において、被験患者から得られるベースラインサンプルにおける特異的バイオマーカーの発現レベル及び/又は活性化レベルを、CEER(登録商標)によって分析した。例えば、サンプル中の、HER2タンパク質の総発現レベル、p95HER2タンパク質の総発現レベル、p95HER2タンパク質の総発現レベル、HER3タンパク質の総発現レベル、PI3Kタンパク質の総発現レベル、IGF1Rタンパク質の総発現レベル、cMETタンパク質の総発現レベル、HER2タンパク質の活性化レベル、p95HER2タンパク質の活性化レベル、p95HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、PI3Kタンパク質の活性化レベル、IGF1Rタンパク質の活性化レベル、cMETタンパク質の活性化レベル、AKTタンパク質の活性化レベル、PRAS40タンパク質の活性化レベル、RPS6タンパク質の活性化レベル、ERK1タンパク質の活性化レベル、MEK1タンパク質の活性化レベル、RSKタンパク質の活性化レベル、及びサイトケラチン(CK又はpaNCK)の総発現レベルを定量した(図2B)。データは、HER2陽性の腫瘍サンプルにおけるHER2タンパク質の広範囲にわたる発現レベルを示す。
[0126]サンプルにおけるHER2発現レベル(総HER2レベルのCKレベルに対する比率)の分布を、図3Aに示す。同一のデータを、自然対数スケールにて図3Bに示す。分位値及び中央値による分布の統計解析を図3Cに示す。サンプルにおけるベースラインのHER2発現の最大レベルは250であり、中央値レベルは15であり、最小レベルは0.3であった。75%〜100%の分位値にわたる最上位の四分位値では、HER2の発現レベルは、38〜250で変動した。0%〜25%の分位値にわたる最下位の四分位値では、該レベルは0.3〜4.4であった。
[0127]図4Aは、HER2タンパク質の発現レベルと患者の臨床結果とを(例えばHER2を標的とする治療剤による治療と、病理学的完全奏効の存在とを)関連させたものである。HER2を標的とする治療剤を投与したときに、HER2陽性の患者の約60%(42人の患者のうちの24人)は、乳房及び結節における病理学的完全奏効(pCRBN)が得られなかった(図4B)。非奏効例(pCRBNが得られなかった患者)と考えられる患者は、分析した全ての患者と比較して、HER2発現レベルが低かった。
[0128]データは、複数のHERシグナル伝達経路を標的とするチロシンキナーゼ阻害剤(すなわちネラチニブ)が奏効した患者の腫瘍が、HER2シグナル伝達経路のシグナル伝達分子の高い発現レベル及び/又は活性化レベル有していたことを示す。ネラチニブに対する奏効例は、ネラチニブの非奏効例と比較して、腫瘍における短縮されたHER2のレベルが高かった(図5A、図5B及び図5C)。ゆえに、高レベルのp95HER2、又はCKタンパク質発現に対するp95HER2タンパク質発現の、0.44より大きい比率を示す患者は、ネラチニブ又は他のチロシンキナーゼ阻害剤が奏効しやすい。0.44未満の比率を有し、又はp95HER2タンパク質の発現レベルが中程度/低い患者は、ネラチニブに対する非奏効例であると予測される。図5Cは、短縮されたHER2タンパク質レベルに関する、治療群間(ネラチニブに対する奏効例及び非奏効例と、トラスツズマブに対する奏効例及び非奏効例との間)の中央値の倍数変化(%)を示す。ネラチニブ奏効例は、他の治療群より3倍〜5倍高いp95HER2の発現を示す。
[0129]ネラチニブに対する奏効例はまた、ネラチニブの非奏効例と比較して、腫瘍における完全長HER2タンパク質のレベルが高かった(図6A、図6B及び図6C)。これらの奏効例は、CKタンパク質発現に対する完全長HER2タンパク質の比率が38.7より大きかった。図6Cは、完全長HER2タンパク質レベルに関する、治療群間(ネラチニブに対する奏効例及び非奏効例と、トラスツズマブに対する奏効例及び非奏効例との間)の中央値の倍数変化(%)を示す。ネラチニブ奏効例は、他の群より2.5倍高い完全長HER2タンパク質の発現を示す。これらのTKI奏効例は、HER2タンパク質を最高レベル(又は38.7より大きい比率に相当)で有する腫瘍を有した。中程度のHER2タンパク質を有するか、又はCKタンパク質発現に対する完全長HER2タンパク質の比率が5.61〜38.7である腫瘍を有する患者は、トラスツズマブが奏効したが、ネラチニブが奏効しなかった。低レベルのHER2タンパク質を有するか、又はCKタンパク質発現に対する完全長HER2タンパク質の比率が5.61未満である腫瘍を有する患者は、トラスツズマブ又はネラチニブが奏効しなかった。
[0130]HER2タンパク質の活性化レベルが高いか、又はCKの発現レベルに対する活性化HER2のレベルの比率が3.08より大きい患者は、ネラチニブが奏効した(図7A、図7B及び図7C)。ベースラインで高レベルのHER2タンパク質を発現する(薬物療法を受ける前の)腫瘍患者には、TKI(例えばネラチニブ)が奏効すると予測される。各治療群(ネラチニブ群又はトラスツズマブ群)内において、ベースラインでのHER2中央値発現レベルは、奏効例では非奏効例より高かった。
[0131]本試験はまた、何人かの患者が、生物学的製剤であるトラスツズマブが奏効する腫瘍を有していたことを示す。これらの腫瘍は、ネラチニブに対する奏効例で、HER2発現のレベルが高い者と比較して、HER2発現が中程度であることを特徴としていた(図6A)。
[0132]活性化HER3タンパク質のレベルが低いか、又はCKの発現レベルに対する活性化HER3レベルの比率が0.2未満である患者の腫瘍は、トラスツズマブ治療が奏効した。活性化HER3タンパク質のレベルが高い(0.2より大きい比率を有する)患者は、トラスツズマブが奏効しなかった(図8A、図8B及び図8C)。TKIに対する奏効例はまた、非奏効例と比較して活性化HER3タンパク質のレベルが高かった。
[0133]トラスツズマブ治療に対する奏効例は、活性化PI3Kタンパク質のレベルが低く、又はCKの発現レベルに対する活性化PI3Kレベルの比率が0.04未満であった。これは、高いレベルの活性化PI3Kがトラスツズマブ耐性をもたらすことを示す公表されたデータを裏付けるものである。活性化PI3Kのレベルが高い腫瘍は、ネラチニブが奏効した(図9A、図9B及び図9C)。
[0134]活性化AKT、活性化PRAS40、活性化ERK及び活性化RSKを含む他のHERシグナル伝達分子の解析から、トラスツズマブに対する奏効例が、トラスツズマブ非奏効例及びネラチニブ非奏効例と比較して、これらの分子の発現レベルが低いことが示された(図10)。
[0135]複数のシグナル伝達分子の発現レベル及び/又は活性化レベルは、統計的モデルと組み合わせることで、患者が具体的な治療剤(例えばネラチニブ又はトラスツズマブ)に対する奏効例又は非奏効例であるかを、判定することができる。この統計モデルは、上記治療剤を投与しなかった患者における治療奏効の可能性の予測にも用いることができる。図11A、図11B及び図11Cは、短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、HER3タンパク質の活性化レベルと組み合わせて、アルゴリズムを用いて変換し、トラスツズマブへの奏効例及び非奏効例に識別したことを示す。図11Aは、非奏効例では選択されたカットオフ値未満のプロファイル又はスコアであり(0.60;CEER陰性)、奏効例ではCEER陽性であるか、又はカットオフより大きいプロファイル又はスコアであった。この例示的な統計モデルのデータにおいて、治療の奏効を判定する方法は、59%の特異性及び92%の感度を有した。
V.例示的実施形態
[0136]例示的な本開示の課題に関連して提供される実施形態としては、特許請求の範囲及び以下の実施形態が挙げられるが、これらに限定されない。
[0136]例示的な本開示の課題に関連して提供される実施形態としては、特許請求の範囲及び以下の実施形態が挙げられるが、これらに限定されない。
1.乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定する方法であって、
(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解して細胞抽出物を生成することと、
(b)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することと、
(c)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルと比較することと、
(d)短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルと比較した、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルの違いに基づき、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定することと
を含む、方法。
2.乳癌が、HER2陽性の、局所的に進行した乳癌である、実施形態1に記載の方法。
3.チロシンキナーゼ阻害剤が、pan−HER阻害剤又は二重HER1/HER2阻害剤である、実施形態1又は2に記載の方法。
4.pan−HER阻害剤が、ネラチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ポジオチニブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態3に記載の方法。
5.二重HER1/HER2阻害剤が、ラパチニブ、AZD8931、BIBW2992、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態3に記載の方法。
6.生物学的製剤が、モノクローナル抗体、アフィボディ、プロボディ、ダイアボディ、二重抗体、それらの断片、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態1〜5のいずれか1つに記載の方法。
7.モノクローナル抗体が、抗HER2抗体又はHER二量体化を阻害する抗体である、実施形態6に記載の方法。
8.抗HER2抗体が、トラスツズマブである、実施形態7に記載の方法。
9.HER二量体化を阻害する抗体が、ペルツズマブである、実施形態7に記載の方法。
10.治療剤をネオアジュバント治療剤として用いる、実施形態1〜9のいずれか1つに記載の方法。
11.ネオアジュバント治療剤が、パクリタキセル、ドキソルビシン、シクロホスファミド、又はそれらの組み合わせを更に含む、実施形態10に記載の方法。
12.細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜11のいずれか1つに記載の方法。
13.短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、短縮されたHER2タンパク質の中央値発現レベルである、実施形態12に記載の方法。
14.細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、短縮されたHER2タンパク質の中央値発現レベルより約3倍〜約5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態13に記載の方法。
15.細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルの比率である、実施形態12に記載の方法。
16.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態15に記載の方法。
17.細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約0.44の比率に対応する短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態16に記載の方法。
18.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しやすい、実施形態1〜17のいずれか1つに記載の方法。
19.完全長HER2タンパク質の参照発現レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである、実施形態18に記載の方法。
20.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態19に記載の方法。
21.完全長HER2タンパク質の参照発現レベルが、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである、実施形態18に記載の方法。
22.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍高いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態21に記載の方法。
23.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルの比率である、実施形態18に記載の方法。
24.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態23に記載の方法。
25.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約38.7の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態24に記載の方法。
26.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約5.6〜約38.7の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルの間にあるときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態24に記載の方法。
27.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約5.6の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより低いときに、ヒト対象には、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しにくい、実施形態24に記載の方法。
28.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜27のいずれか1つに記載の方法。
29.完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、完全長HER2タンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態28に記載の方法。
30.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、完全長HER2タンパク質の活性化レベル中央値より約3倍〜約7倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態29に記載の方法。
31.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルの比率である、実施形態28に記載の方法。
32.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態31に記載の方法。
33.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約3.1の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態32に記載の方法。
34.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約0.3の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象には、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しにくい、実施形態33に記載の方法。
35.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜34のいずれか1つに記載の方法。
36.HER3タンパク質の参照活性化レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、HER3タンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態35に記載の方法。
37.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態36に記載の方法。
38.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜34のいずれか1つに記載の方法。
39.HER3タンパク質の参照活性化レベルが、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又はチロシンキナーゼ阻害剤が奏効したヒト対象における、HER3タンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態38に記載の方法。
40.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態39に記載の方法。
41.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルの比率である、実施形態35又は38に記載の方法。
42.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態41に記載の方法。
43.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約0.2の比率に対応するHER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態42に記載の方法。
44.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対する約0.2の比率に対応するHER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態42に記載の方法。
45.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜44のいずれか1つに記載の方法。
46.PI3Kタンパク質の参照活性化レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態45に記載の方法。
47.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値より約0.5倍〜約3.5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態46に記載の方法。
48.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜44のいずれか1つに記載の方法。
49.PI3Kタンパク質の参照活性化レベルが、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又はチロシンキナーゼ阻害剤が奏効したヒト対象における、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態48に記載の方法。
50.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値より約0.5倍〜約3.5倍低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態49に記載の方法。
51.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルの比率である、実施形態45又は48に記載の方法。
52.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態51に記載の方法。
53.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約0.04の比率に対応するPI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態52に記載の方法。
54.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対する約0.04の比率に対応するPI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態52に記載の方法。
55.短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル及び完全長HER2タンパク質の活性化レベルを測定する、実施形態1に記載の方法。
56.完全長HER2タンパク質の発現レベル及びHER3タンパク質の活性化レベルを測定する、実施形態1に記載の方法。
57.細胞抽出物における一つ以上の更なるシグナル伝達分子の発現レベル及び/又は活性化レベルを測定することを更に含む、実施形態1〜56のいずれか1つに記載の方法。
58.一つ以上の更なるシグナル伝達分子が、AKT、PRAS40、ERK1(MAPK3)、ERK2(MAPK1)、RSK、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態57に記載の方法。
59.サンプルが、乳房腫瘍組織、全血、血清、又は血漿サンプルである、実施形態1〜58のいずれか1つに記載の方法。
60.乳房腫瘍組織サンプルが、針生検サンプルである、実施形態59に記載の方法。
61.短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の活性化レベルを、協調的酵素増強反応による免疫アッセイ(CEER)により測定する、実施形態1〜60のいずれか1つに記載の方法。
62.ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤を投与することを更に含む、実施形態1〜61のいずれか1つに記載の方法。
(a)ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解して細胞抽出物を生成することと、
(b)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することと、
(c)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルと比較することと、
(d)短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルと比較した、短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルの違いに基づき、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定することと
を含む、方法。
2.乳癌が、HER2陽性の、局所的に進行した乳癌である、実施形態1に記載の方法。
3.チロシンキナーゼ阻害剤が、pan−HER阻害剤又は二重HER1/HER2阻害剤である、実施形態1又は2に記載の方法。
4.pan−HER阻害剤が、ネラチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ポジオチニブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態3に記載の方法。
5.二重HER1/HER2阻害剤が、ラパチニブ、AZD8931、BIBW2992、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態3に記載の方法。
6.生物学的製剤が、モノクローナル抗体、アフィボディ、プロボディ、ダイアボディ、二重抗体、それらの断片、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態1〜5のいずれか1つに記載の方法。
7.モノクローナル抗体が、抗HER2抗体又はHER二量体化を阻害する抗体である、実施形態6に記載の方法。
8.抗HER2抗体が、トラスツズマブである、実施形態7に記載の方法。
9.HER二量体化を阻害する抗体が、ペルツズマブである、実施形態7に記載の方法。
10.治療剤をネオアジュバント治療剤として用いる、実施形態1〜9のいずれか1つに記載の方法。
11.ネオアジュバント治療剤が、パクリタキセル、ドキソルビシン、シクロホスファミド、又はそれらの組み合わせを更に含む、実施形態10に記載の方法。
12.細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜11のいずれか1つに記載の方法。
13.短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、短縮されたHER2タンパク質の中央値発現レベルである、実施形態12に記載の方法。
14.細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、短縮されたHER2タンパク質の中央値発現レベルより約3倍〜約5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態13に記載の方法。
15.細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルの比率である、実施形態12に記載の方法。
16.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態15に記載の方法。
17.細胞抽出物における短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約0.44の比率に対応する短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態16に記載の方法。
18.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しやすい、実施形態1〜17のいずれか1つに記載の方法。
19.完全長HER2タンパク質の参照発現レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである、実施形態18に記載の方法。
20.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態19に記載の方法。
21.完全長HER2タンパク質の参照発現レベルが、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである、実施形態18に記載の方法。
22.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍高いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態21に記載の方法。
23.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルの比率である、実施形態18に記載の方法。
24.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態23に記載の方法。
25.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約38.7の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態24に記載の方法。
26.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約5.6〜約38.7の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルの間にあるときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態24に記載の方法。
27.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の発現レベルが、CKの発現レベルに対して約5.6の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより低いときに、ヒト対象には、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しにくい、実施形態24に記載の方法。
28.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜27のいずれか1つに記載の方法。
29.完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、完全長HER2タンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態28に記載の方法。
30.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、完全長HER2タンパク質の活性化レベル中央値より約3倍〜約7倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態29に記載の方法。
31.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルの比率である、実施形態28に記載の方法。
32.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態31に記載の方法。
33.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約3.1の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態32に記載の方法。
34.細胞抽出物における完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約0.3の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象には、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しにくい、実施形態33に記載の方法。
35.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜34のいずれか1つに記載の方法。
36.HER3タンパク質の参照活性化レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、HER3タンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態35に記載の方法。
37.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態36に記載の方法。
38.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜34のいずれか1つに記載の方法。
39.HER3タンパク質の参照活性化レベルが、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又はチロシンキナーゼ阻害剤が奏効したヒト対象における、HER3タンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態38に記載の方法。
40.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、HER3タンパク質の活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態39に記載の方法。
41.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルの比率である、実施形態35又は38に記載の方法。
42.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態41に記載の方法。
43.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約0.2の比率に対応するHER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態42に記載の方法。
44.細胞抽出物におけるHER3タンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対する約0.2の比率に対応するHER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態42に記載の方法。
45.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜44のいずれか1つに記載の方法。
46.PI3Kタンパク質の参照活性化レベルが、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は生物学的製剤が奏効したヒト対象における、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態45に記載の方法。
47.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値より約0.5倍〜約3.5倍高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態46に記載の方法。
48.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態1〜44のいずれか1つに記載の方法。
49.PI3Kタンパク質の参照活性化レベルが、生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又はチロシンキナーゼ阻害剤が奏効したヒト対象における、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値である、実施形態48に記載の方法。
50.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値より約0.5倍〜約3.5倍低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態49に記載の方法。
51.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルの比率である、実施形態45又は48に記載の方法。
52.制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、実施形態51に記載の方法。
53.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対して約0.04の比率に対応するPI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、実施形態52に記載の方法。
54.細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルが、CKの発現レベルに対する約0.04の比率に対応するPI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低いときに、ヒト対象に生物学的製剤による治療が奏効しやすい、実施形態52に記載の方法。
55.短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル及び完全長HER2タンパク質の活性化レベルを測定する、実施形態1に記載の方法。
56.完全長HER2タンパク質の発現レベル及びHER3タンパク質の活性化レベルを測定する、実施形態1に記載の方法。
57.細胞抽出物における一つ以上の更なるシグナル伝達分子の発現レベル及び/又は活性化レベルを測定することを更に含む、実施形態1〜56のいずれか1つに記載の方法。
58.一つ以上の更なるシグナル伝達分子が、AKT、PRAS40、ERK1(MAPK3)、ERK2(MAPK1)、RSK、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態57に記載の方法。
59.サンプルが、乳房腫瘍組織、全血、血清、又は血漿サンプルである、実施形態1〜58のいずれか1つに記載の方法。
60.乳房腫瘍組織サンプルが、針生検サンプルである、実施形態59に記載の方法。
61.短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の活性化レベルを、協調的酵素増強反応による免疫アッセイ(CEER)により測定する、実施形態1〜60のいずれか1つに記載の方法。
62.ヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤を投与することを更に含む、実施形態1〜61のいずれか1つに記載の方法。
[0137]前述の発明は、理解の明瞭さを目的とした説明及び例示の方法により、少し詳しく記述されているものの、当業者は、ある種の変化及び修正が、添付の請求項の範囲内において実施可能であることを理解するであろう。更に、ここで与えられた各参考文献は、個々の参考文献が参照により本明細書に個別に組み込まれるがごとくに、参照により本明細書全体に同程度に組み込まれる。 (関連出願の相互参照)
[0001]本出願は、2016年5月31日に出願された、米国仮特許出願第62/343,555号の優先権を主張するものであり、その開示の全容は全ての目的において参照により本明細書に組み込まれる。
Claims (62)
- 乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定する方法であって、
(a)前記ヒト対象から採取したサンプルから得られる乳癌細胞を溶解して細胞抽出物を生成することと、
(b)短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の発現レベル、完全長HER2タンパク質の活性化レベル、HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は前記細胞抽出物におけるPI3Kタンパク質の活性化レベルを測定することと、
(c)前記短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、前記完全長HER2タンパク質の発現レベル、前記完全長HER2タンパク質の活性化レベル、前記HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルを、短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又はPI3Kタンパク質の参照活性化レベルと比較することと、
(d)前記短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベル、前記完全長HER2タンパク質の参照発現レベル、前記完全長HER2タンパク質の参照活性化レベル、前記HER3タンパク質の参照活性化レベル、及び/又は前記PI3Kタンパク質の参照活性化レベルと比較した、前記短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、前記完全長HER2タンパク質の発現レベル、前記完全長HER2タンパク質の活性化レベル、前記HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルの違いに基づき、乳癌のヒト対象にチロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤による治療が奏効するか否かを判定することと
を含む、方法。 - 前記乳癌が、HER2陽性の、局所的に進行した乳癌である、請求項1に記載の方法。
- 前記チロシンキナーゼ阻害剤が、pan−HER阻害剤又は二重HER1/HER2阻害剤である、請求項1に記載の方法。
- 前記pan−HER阻害剤が、ネラチニブ、アファチニブ、ダコミチニブ、ポジオチニブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項3に記載の方法。
- 前記二重HER1/HER2阻害剤が、ラパチニブ、AZD8931、BIBW2992、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項3に記載の方法。
- 前記生物学的製剤が、モノクローナル抗体、アフィボディ、プロボディ、ダイアボディ、二重抗体、それらの断片、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記モノクローナル抗体が、抗HER2抗体又はHER二量体化を阻害する抗体である、請求項6に記載の方法。
- 前記抗HER2抗体が、トラスツズマブである、請求項7に記載の方法。
- 前記HER二量体化を阻害する抗体が、ペルツズマブである、請求項7に記載の方法。
- 前記治療剤をネオアジュバント治療剤として用いる、請求項1に記載の方法。
- 前記ネオアジュバント治療剤が、パクリタキセル、ドキソルビシン、シクロホスファミド、又はそれらの組み合わせを更に含む、請求項10に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、前記短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、前記ヒト対象は、チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項1に記載の方法。
- 前記短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルが、前記チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、前記生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は前記生物学的製剤が奏効したヒト対象における、短縮されたHER2タンパク質の中央値発現レベルである、請求項12に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、前記短縮されたHER2タンパク質の中央値発現レベルより約3倍〜約5倍高いときに、前記ヒト対象は、チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項13に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、前記細胞抽出物における前記短縮されたHER2タンパク質の発現レベルの比率である、請求項12に記載の方法。
- 前記制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、請求項15に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記短縮されたHER2タンパク質の発現レベルが、前記CKの発現レベルに対して約0.44の比率に対応する短縮されたHER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、前記ヒト対象は、チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項16に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の発現レベルが、前記完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、前記ヒト対象は、チロシンキナーゼ阻害剤又は生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しやすい、請求項1に記載の方法。
- 前記完全長HER2タンパク質の参照発現レベルが、前記チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである、請求項18に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の発現レベルが、前記完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍高いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項19に記載の方法。
- 前記完全長HER2タンパク質の参照発現レベルが、前記生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルである、請求項18に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の発現レベルが、前記完全長HER2タンパク質の中央値発現レベルより約2.5倍高いときに、前記ヒト対象は、前記生物学的製剤による治療が奏効しやすい、請求項21に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の発現レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の発現レベルの比率である、請求項18に記載の方法。
- 前記制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、請求項23に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の発現レベルが、前記CKの発現レベルに対して約38.7の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより高いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項24に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の発現レベルが、前記CKの発現レベルに対して約5.6〜約38.7の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルの間にあるときに、前記ヒト対象は、前記生物学的製剤による治療が奏効しやすい、請求項24に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の発現レベルが、前記CKの発現レベルに対して約5.6の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照発現レベルより低いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤又は前記生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しにくい、請求項24に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、前記完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、前記ヒト対象は、チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項1に記載の方法。
- 前記完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルが、前記チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、前記生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は前記生物学的製剤が奏効したヒト対象における、完全長HER2タンパク質の活性化レベル中央値である、請求項28に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、前記完全長HER2タンパク質の活性化レベル中央値より約3倍〜約7倍高いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項29に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の活性化レベルの比率である、請求項28に記載の方法。
- 前記制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、請求項31に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、前記CKの発現レベルに対して約3.1の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項32に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記完全長HER2タンパク質の活性化レベルが、前記CKの発現レベルに対して約0.3の比率に対応する完全長HER2タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤又は前記生物学的製剤のいずれかによる治療が奏効しにくい、請求項33に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記HER3タンパク質の活性化レベルが、前記HER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項1に記載の方法。
- 前記HER3タンパク質の参照活性化レベルが、前記チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、前記生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は前記生物学的製剤が奏効したヒト対象における、HER3タンパク質の活性化レベル中央値である、請求項35に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記HER3タンパク質の活性化レベルが、前記HER3タンパク質の活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍高いときに、前記ヒト対象は、チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項36に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記HER3タンパク質の活性化レベルが、前記HER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、前記ヒト対象は、生物学的製剤による治療が奏効しやすい、請求項1に記載の方法。
- 前記HER3タンパク質の参照活性化レベルが、前記生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、前記チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は前記チロシンキナーゼ阻害剤が奏効したヒト対象における、HER3タンパク質の活性化レベル中央値である、請求項38に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記HER3タンパク質の活性化レベルが、前記HER3タンパク質の活性化レベル中央値より約1倍〜約3.5倍低いときに、前記ヒト対象は、生物学的製剤による治療が奏効しやすい、請求項39に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記HER3タンパク質の活性化レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、前記細胞抽出物における前記HER3タンパク質の活性化レベルの比率である、請求項35又は38に記載の方法。
- 前記制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、請求項41に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記HER3タンパク質の活性化レベルが、前記CKの発現レベルに対して約0.2の比率に対応するHER3タンパク質の参照活性化レベルより高いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項42に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記HER3タンパク質の活性化レベルが、前記CKの発現レベルに対する約0.2の比率に対応するHER3タンパク質の参照活性化レベルより低いときに、前記ヒト対象は、前記生物学的製剤による治療が奏効しやすい、請求項42に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルが、前記PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項1に記載の方法。
- 前記PI3Kタンパク質の参照活性化レベルが、前記チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、前記生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は前記生物学的製剤が奏効したヒト対象における、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値である、請求項45に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルが、前記PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値より約0.5倍〜約3.5倍高いときに、前記ヒト対象は、チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項46に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルが、前記PI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低いときに、前記ヒト対象は、生物学的製剤による治療が奏効しやすい、請求項1に記載の方法。
- 前記PI3Kタンパク質の参照活性化レベルが、前記生物学的製剤が奏効しなかったヒト対象における、前記チロシンキナーゼ阻害剤が奏効しなかったヒト対象における、及び/又は前記チロシンキナーゼ阻害剤が奏効したヒト対象における、PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値である、請求項48に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルが、前記PI3Kタンパク質の活性化レベル中央値より約0.5倍〜約3.5倍低いときに、前記ヒト対象は、生物学的製剤による治療が奏効しやすい、請求項49に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルが、制御タンパク質の発現レベルに対する、前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルの比率である、請求項45又は48に記載の方法。
- 前記制御タンパク質が、サイトケラチン(CK)である、請求項51に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルが、前記CKの発現レベルに対して約0.04の比率に対応するPI3Kタンパク質の参照活性化レベルより高いときに、前記ヒト対象は、前記チロシンキナーゼ阻害剤による治療が奏効しやすい、請求項52に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における前記PI3Kタンパク質の活性化レベルが、前記CKの発現レベルに対する約0.04の比率に対応するPI3Kタンパク質の参照活性化レベルより低いときに、前記ヒト対象は、前記生物学的製剤による治療が奏効しやすい、請求項52に記載の方法。
- 前記短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、前記完全長HER2タンパク質の発現レベル、及び前記完全長HER2タンパク質の活性化レベルを測定する、請求項1に記載の方法。
- 前記完全長HER2タンパク質の発現レベル及び前記HER3タンパク質の活性化レベルを測定する、請求項1に記載の方法。
- 前記細胞抽出物における一つ以上の更なるシグナル伝達分子の発現レベル及び/又は活性化レベルを測定することを更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記一つ以上の更なるシグナル伝達分子が、AKT、PRAS40、ERK1(MAPK3)、ERK2(MAPK1)、RSK、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項57に記載の方法。
- 前記サンプルが、乳房腫瘍組織、全血、血清、又は血漿サンプルである、請求項1に記載の方法。
- 前記乳房腫瘍組織サンプルが、針生検サンプルである、請求項59に記載の方法。
- 前記短縮されたHER2タンパク質の発現レベル、前記完全長HER2タンパク質の発現レベル、前記完全長HER2タンパク質の活性化レベル、前記HER3タンパク質の活性化レベル、及び/又は前記PI3Kタンパク質の活性化レベルを、協調的酵素増強反応による免疫アッセイ(CEER)により測定する、請求項1に記載の方法。
- 前記ヒト対象に前記チロシンキナーゼ阻害剤又は前記生物学的製剤を投与することを更に含む、請求項1に記載の方法。
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