JP2019518068A - グリコシル化免疫チェックポイントタンパク質に特異的に結合する抗体を選択する方法 - Google Patents

グリコシル化免疫チェックポイントタンパク質に特異的に結合する抗体を選択する方法 Download PDF

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Abstract

非グリコシル化免疫チェックポイントタンパク質（ＩＣＰ）と比較してグリコシル化ＩＣＰに特異的に結合する抗体を産生およびスクリーニングする方法を提供する。そのような抗体は、グリコシル化ＩＣＰの特異的エピトープを認識し、グリコシル化ＩＣＰとそのリガンド、例えば別のＩＣＰとの結合を防止または遮断することができ、ヒトＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１相互作用によって例証される、免疫抑制を引き起こしうる２つのタンパク質の間の相互作用を阻害することができる。特定の例として、ＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−１にそれぞれ特異的に結合して、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１相互作用を阻害する抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１または抗グリコシル化ＰＤ−１抗体を生成するために、その細胞外ドメイン内にグリコシル化アミノ酸残基を含むヒトＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−１ポリペプチドを提供する。本方法によって産生および選択した抗体は、ＩＣＰ系およびその特異的ＩＣＰ相互作用を妨害、遮断、または中和するためのがん治療薬として特に有用である。

Description

配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子提出され、参照により全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０１７年３月２３日に作製された前記ＡＳＣＩＩのコピーは、名称が２４２５８＿１０５００６ＰＣＴ＿ＳＬ．ｔｘｔであり、大きさは３１，６５２バイトである。
本明細書に示す方法は、全般的に分子生物学、医学、および腫瘍学の分野に関する。より詳しくは、グリコシル化免疫チェックポイントタンパク質に特異的かつ優先的に結合する抗体を作製、選択、およびスクリーニングする方法を提供する。
免疫チェックポイント経路は、免疫チェックポイント分子（ポリペプチドおよびペプチド）を有する免疫細胞間の相互作用を伴い、正常な条件下では自己寛容を維持し、抗菌免疫応答の際の側副組織損傷を制限する。がんおよび腫瘍細胞は、免疫による破壊を逃れるためにこれらの経路を利用することができる。腫瘍細胞と免疫Ｔ細胞との相互作用を遮断するため、抗腫瘍免疫を提供するため、および持続的ながん縮小治療を媒介するために、抗ＣＴＬＡ−４、抗ＰＤ−１、抗ＰＤ−Ｌ１抗体などの免疫チェックポイントを中断するための薬物が開発および試験中である。免疫チェックポイント経路の生物学は複雑であり、単独または併用で使用されるチェックポイント遮断薬の完全な活性スペクトルは、現在、集中的な研究の対象である（S. Topalian et al., 2015, Cancer Cell, 27(4): 450-461）。
がん疾患の病因における交絡事象は、腫瘍が、特に腫瘍抗原に対して特異的であるＴ細胞に対する免疫耐性の主要なメカニズムとして、ある特定の免疫チェックポイント経路を組み込むことができるという点である。免疫チェックポイントの多くは、リガンド−受容体相互作用によって開始されることから、それらは、抗体によって容易に遮断することができるか、またはリガンドもしくは受容体の組み換え形態によって調節することができる。例えば、細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原４（ＣＴＬＡ４）抗体は、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって承認された最初の免疫治療剤であった。プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ−１）などの追加の免疫チェックポイントタンパク質の遮断剤に関する知見から、永続的な臨床応答を生じる可能性を有する抗腫瘍免疫を増強する広く多様な機会があることが示される（D. Pardoll, 2012, Nature Reviews Cancer, 12:252-264）。ＰＤ−１に対する治療抗体であるＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）ペンブロリズマブおよびＯＰＤＩＶＯ（登録商標）ニボルマブが、米国ＦＤＡによって承認されている。
医学界において、免疫チェックポイント分子、特に腫瘍細胞上で安定に発現して免疫Ｔ細胞上のリガンドに結合する免疫チェックポイント分子を特異的に認識して結合し、このようにして腫瘍細胞に対するＴ細胞活性の免疫抑制を促進する抗体を生成して選択する方法が必要である。同様に、腫瘍細胞を破壊して、最終的にがんを処置するために必要であるＴ細胞応答の免疫抑制を防止または阻害するために、エフェクターＴ細胞上の同起源のリガンドと腫瘍細胞上の免疫チェックポイント分子との相互作用を遮断して阻害するために、そのような方法によって産生される新規の特異的抗体も必要である。
本発明者らは、腫瘍細胞上に発現する、例えばＰＤ−Ｌ１などの、本明細書において「ＩＣＰ」と省略する免疫チェックポイントタンパク質のグリコシル化が、免疫エフェクター細胞上の同起源のリガンド、例えばＰＤ−１への結合を促進または増強し、それによって腫瘍細胞に対するＴ細胞活性の抑制を増加させること、およびＰＤ−Ｌ１などのＩＣＰのグリコシル化が同様に、細胞表面上のそのような免疫チェックポイントタンパク質の発現も安定化させることができることを発見した。本発明者らは、非グリコシル化ヒトＩＣＰと比較してＰＤ−Ｌ１ポリペプチド（ＣＤ２７４、ＰＤＣＤ１Ｌ１、またはＢ７−Ｈ１としても知られる）またはＰＤ−１ポリペプチド（ＣＤ２７９としても知られる）などのグリコシル化ヒトＩＣＰに優先的に結合し（すなわち、非グリコシル化形態よりＩＣＰのグリコシル化形態に高い親和性で結合し）、そのような特異的結合によって、例えば腫瘍細胞上のＩＣＰと、例えばＴ細胞またはナチュラルキラー細胞（ＮＫ細胞）などの免疫エフェクター細胞上のその同起源のリガンドとの相互作用、またはその逆を防止または阻害する抗体を産生および同定する方法を開発した。本明細書における方法は、グリコシル化ＩＣＰに選択的であり、かつ優先的に結合し、ＩＣＰ相互作用経路を通してのそのような腫瘍細胞とＴ細胞の相互作用に起因する免疫抑制作用を防止、低減、遮断、または阻害するための有効なＩＣＰ阻害剤として役立つ抗体を提供する。用語「免疫チェックポイントタンパク質」および「免疫チェックポイントポリペプチド」（同様に「免疫チェックポイント分子」とも呼ばれる）は、本明細書において「ＩＣＰ」と省略されると理解される。用語「グリコシル化ＩＣＰ」は、本明細書において「ｇｌｙｃＩＣＰ」と省略される。
本明細書において、免疫系の細胞および／または腫瘍細胞に存在しうる、ＩＣＰ標的抗原（本明細書における抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体）の非グリコシル化形態またはグリコシル化変種形態と比較して、グリコシル化ＩＣＰ標的抗原を選択的に認識し、かつ優先的に結合する単離抗体を産生およびスクリーニング、または選択する方法が提供される。いくつかの例において、グリコシル化ＩＣＰは、ＩＣＰの野生型または天然に存在する形態（すなわち、ＩＣＰ ＷＴ）でありえて、このためＩＣＰ ＷＴは、抗体産生およびスクリーニングのための標的抗原として役立つ。実施形態において、当技術分野で公知の方法、例えばハイブリドーマ技術、抗体レパートリーのファージディスプレイライブラリ、親和性成熟抗体等によって産生されたクローン化抗体集団を、ＩＣＰ標的抗原の非グリコシル化形態と比較してＩＣＰ標的抗原のグリコシル化形態に結合するそれらの抗体についてスクリーニングおよび選択してもよい。
特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ヒトグリコシル化ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド（ＣＤ２７４、ＰＤＣＤ１Ｌ１、またはＢ７−Ｈ１としても知られる）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化タンパク質抗原は、ヒトグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチド（ＣＤ２７９としても知られる）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ヒトグリコシル化ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドである。本明細書において使用される限り、「ＰＤ−Ｌ１」は、ＰＤ−Ｌ１タンパク質、ポリペプチド、またはペプチド、特にヒトＰＤ−Ｌ１（そのアミノ酸配列は配列番号１である）であり、「ＰＤ−１」は、ＰＤ−１タンパク質、ポリペプチド、またはペプチド、特にヒトＰＤ−１（そのアミノ酸配列は配列番号２である）である。
別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＣＤ３６６、ＦＬＪ１４４２８、ＴＩＭＤ３、およびＨＡＶＣＲ２（アミノ酸配列は配列番号４である）としても知られるヒトグリコシル化「Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン３」（ＴＩＭ−３）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＣＤ２２３（アミノ酸配列は配列番号５である）としても知られるヒトグリコシル化「リンパ球活性化遺伝子３」（ＬＡＧ−３）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＣＤ２７２（アミノ酸配列は配列番号３である）としても知られるヒトグリコシル化「ＢおよびＴリンパ球アテニュエーター」（ＢＴＬＡ）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＩＡＰ、ＭＥＫ６、およびＯＡ３としても知られるヒトグリコシル化ＣＤ４７である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＣＤ９６分子またはＣＤ９６抗原としても知られるヒトグリコシル化ＣＤ９６である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＢＧＰまたはＢＧＰ１（アミノ酸配列は配列番号７である）としても知られるヒトグリコシル化「癌胎児性抗原関連細胞接着分子１（胆管糖タンパク質）」（ＣＥＡＣＡＭ１）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＢＴＮまたはＢＴＮ１（アミノ酸配列は配列番号６である）としても知られるヒトグリコシル化「ブチロフィリンサブファミリー１メンバーＡ１」（ＢＴＮ１Ａ１）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＳＥＭＡＪ、ＣＤ１００、ｃｏｌｌ−４、およびＦＬＪ３９７３７（アミノ酸配列は配列番号８である）としても知られるヒトグリコシル化セマフォリン４Ｄである。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＢＴＬ−ＩＩ、ＢＴＮ７、ＨＳＢＬＭＨＣＩおよびＳＳ２としても知られるヒトグリコシル化「ブチロフィリン様２」（ＢＴＮＬ２）である。本明細書において使用される限り、実施形態のＩＣＰ抗原は、タンパク質、ポリペプチド、またはペプチド、特にヒトＩＣＰタンパク質、ポリペプチド、またはペプチドを指す。一態様において、本明細書において記述される方法の実践によって、以下の表１に記載のグリコシル化アミノ酸を含む、前述のＩＣＰのいずれかへの優先的結合について、抗体を産生およびスクリーニングする。簡単に説明すると、グリコシル化ＩＣＰポリペプチドまたはそのグリコシル化部分を、免疫原として使用して、それぞれのグリコシル化ＩＣＰタンパク質またはその一部に優先的に結合する抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体を生成してもよい。
非グリコシル化ＩＣＰ抗原と比較してグリコシル化ＩＣＰに結合するその特異性について産生および選択された抗体を、グリコシル化ＩＣＰ抗原に特異的に結合して、ＩＣＰと、通常は別の細胞、例えば免疫細胞または腫瘍細胞上に発現するタンパク質受容体であるその同起源のリガンドとの相互作用を遮断するＩＣＰ阻害剤として使用してもよい。例えば、抗体は、ＩＣＰ抗原の非グリコシル化形態と比較して２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、８倍、または１０倍大きいが、ある特定の実施形態において、ＩＣＰ抗原の非グリコシル化形態より２０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、または１００００倍以下大きい結合親和性でＩＣＰ抗原のグリコシル化形態に結合しうる。
あるいは、抗体は、対応する非グリコシル化ＩＣＰへの抗体の結合によって示されるＫｄの半分より小さいＫｄでグリコシル化ＩＣＰに結合しうる。別の実施形態において、抗体は、非グリコシル化ＩＣＰと比較して示されるＫｄの８５％より小さい、８０％より小さい、７５％より小さい、７０％より小さい、６５％より小さい、６０％より小さい、５５％より小さい、５０％より小さい、４５％より小さい、３０％より小さい、２０％より小さい、または１０％より小さいＫｄでグリコシル化ＩＣＰに結合する。さらなる実施形態において、抗体は、非グリコシル化ＩＣＰと比較して示されるＫｄのわずか１０分の１、１００分の１、または１０００分の１のＫｄでグリコシル化ＩＣＰに結合する。
グリコシル化ＩＣＰ抗原に特異的かつ優先的に結合する抗体をスクリーニングおよび同定する方法が提供され、方法は、グリコシル化ＩＣＰ抗原を特異的に認識して結合する１つまたは複数の抗体についてクローン化抗体集団（例えばハイブリドーマ集団、抗体のレパートリーを発現するファージディスプレイライブラリ等）をスクリーニングするステップ、次に抗体がグリコシル化形態に結合する親和性より低い親和性でのＩＣＰ抗原の非グリコシル化形態への結合について、グリコシル化ＩＣＰ抗原に特異的に結合する抗体をさらにスクリーニングするステップを含む。あるいは、抗体集団を、非グリコシル化ＩＣＰと比較してグリコシル化ＩＣＰへの特異的結合およびグリコシル化ＩＣＰへの抗体の優先的に結合について１回のステップでスクリーニングする。
スクリーニングは、当技術分野で公知の任意の方法、例えば標識グリコシル化ＩＣＰ抗原のパニング、またはグリコシル化ＩＣＰ抗原もしくは固相支持体上に抗原を有するグリコシル化ＩＣＰを発現する培養細胞への結合に関するハイブリドーマ培地もしくはライブラリメンバーの試験、ウェスタンブロッティング、もしくはＦＡＣＳ、または抗原に対する抗体の特異的結合を検出するために公知の任意の他の方法を使用して実施することができる。ＩＣＰの非グリコシル化形態と比較してＩＣＰのグリコシル化形態への優先的結合についてのアッセイは、固相表面にそれぞれコーティングしたグリコシル化ＩＣＰ抗原および非グリコシル化ＩＣＰ抗原への抗体の結合を、ＦＡＣＳまたはフローサイトメトリーを介して比較することによって実施することができる。
好ましい実施形態において、優先的結合についてのスクリーニングは、フローサイトメトリーを使用してＩＣＰのグリコシル化および非グリコシル化形態を発現する細胞において実施する。例えば、ＷＴ ＩＣＰ（グリコシル化されている）を組み換えにより発現する細胞を、グリコシル化されていない（グリコシル化部位内のアスパラギンがグルタミンに置換されている）変異体ＩＣＰを組み換えにより発現する同じ宿主細胞と共に、細胞の１つまたは両方の組を検出可能または選択可能に標識して、培養において混合することができる。例えば、細胞の１つの組をビオチンで標識し、これを検出可能なまたは選択可能なマーカーに連結したストレプトアビジンへの結合を通して検出および／または選別することができる。細胞混合物に、試験される抗体（直接、または検出可能なもしくは選択可能なマーカーによって標識された、試験される抗体を認識する二次抗体などによって間接でありうる）を接触させることができ、次に例えばＦＡＣＳまたは例えば実施例２に記述される他の抗体結合アッセイを通して、アッセイされる細胞の両方のタイプに結合させることができる。ある特定の実施形態において、本明細書において記述されるフローサイトメトリーアッセイにおいて、非グリコシル化ＩＣＰを発現する細胞より少なくとも１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍大きい頻度でグリコシル化ＩＣＰを発現する細胞に優先的に結合する抗体が同定され、結合は、例えば抗体を蛍光マーカーによって直接または間接的に（例えば、標識二次抗体によって）標識した場合の、２つの細胞集団で測定された蛍光強度（ＭＦＩ）によって測定される。
グリコシル化形態は、一般的に野生型ＩＣＰまたはそのペプチドである。ＩＣＰの非グリコシル化形態は、例えば、ＰＮＧアーゼＦによる消化、しかしこれに限定されない、タンパク質からグリコシル化、特にＮ−連結グリコシル化を除去する酵素によってＩＣＰを処置することによって生成することができる。あるいは、ＩＣＰを変異させて、タンパク質内のグリコシル化部位または複数の部位を除去することができる。Ｎ−連結グリコシル化は一般的に、コンセンサス配列Ａｓｎ−Ｘ−Ｓｅｒ／Ｔｈｒ（式中、Ｘはプロリン以外の任意のアミノ酸である）のアスパラギンで起こり、アスパラギンを別のアミノ酸、好ましくはグルタミンに置換することによって、その部位でグリコシル化されないタンパク質が得られる。
一実施形態において、方法はさらに、グリコシル化ＩＣＰ抗原とその同起源のＩＣＰ結合パートナー（リガンドまたは受容体、例えばＰＤ−１は、ＰＤ−Ｌ１の同起源のＩＣＰ結合パートナーである等）の間の相互作用または結合を特異的に遮断する抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体を同定するために、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体をスクリーニングすることを伴う。一実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原またはそのペプチドは、腫瘍細胞またはがん細胞上に発現し、ＩＣＰリガンドは免疫細胞上に発現する。一実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原またはそのペプチドは、免疫細胞上に発現し、ＩＣＰリガンドは腫瘍細胞またはがん細胞上に発現する。一実施形態において、免疫細胞はエフェクターＴ細胞またはナチュラルキラー細胞（ＮＫ細胞）である。抗体を、ＩＣＰへの結合についての、ＩＣＰ結合パートナーの細胞外ドメインとのＦｃ融合体などの結合パートナーの改変された可溶性形態を含む、標識されたＩＣＰ結合パートナーと抗体との競合をアッセイすることによって、そのＩＣＰ結合パートナーへのＩＣＰの結合の阻害または遮断についてスクリーニングすることができる。あるいは、抗体を、ＩＣＰ−ＩＣＰ結合パートナー結合の生物学的結末を検出する細胞アッセイ（例えば、免疫抑制、ある特定のサイトカイン産生レベルの変化等）において、ＩＣＰ−ＩＣＰ結合パートナー結合を遮断するその能力についてアッセイすることができる。
抗体、好ましくはグリコシル化ＩＣＰに対する抗体を発現するクローン集団を生成する方法が提供され、方法は、動物において抗グリコシル化ＩＣＰ免疫応答を誘発するために有効な量の、グリカン部分への結合によって改変された少なくとも１つのグリコシル化アスパラギン（Ｎ）アミノ酸を含むヒトＩＣＰの少なくとも７連続アミノ酸の断片を含むヒトグリコシル化ＩＣＰまたはそのペプチドをレシピエント動物に投与すること、および次にスクリーニングのために動物からハイブリドーマを調製することを含む。一実施形態において、動物は、マウス、ラット、またはウサギ、ヤギ、ロバ、または非ヒト霊長類である。あるいは、抗体のライブラリ、例えば抗体のファージライブラリを、免疫した動物から生成することができるか、または抗体のナイーブライブラリを使用してもよい。ある特定の実施形態において、動物は、ヒト免疫グロブリンについてトランスジェニックである。他の実施形態において、ライブラリは、ヒト抗体レパートリーを代表する合成ライブラリである。抗体ライブラリは、四量体免疫グロブリン、Ｆ（ａｂ）断片、ｓｃＦｖ、またはシングルドメイン抗体を含む任意の形態の抗体を発現するクローンでありうる。
一実施形態において、抗体を作製および選択する方法において使用するためのグリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡ、ＣＥＡＣＡＭ１、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮＬ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＣＤ４７、ＣＤ９６、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＣＴＬＡ−４、ＶＩＳＴＡ、またはＫＩＲから選択される。好ましくは、ＩＣＰはヒトＩＣＰである。他の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、以下の１つである：ＡＧＥＲ、ＡＬＣＡＭ、ＡＭＩＧＯ１、ＡＭＩＧＯ２、ＡＭＩＧＯ３、ＡＸＬ、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡＭ、ＢＣＡＮ、ＢＯＣ、ＢＳＧ、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ３、ＢＴＮＬ１、ＢＴＮＬ６、ＢＴＮＬ７、ＢＴＮＬ９、ＣＡＤＭ１、ＣＡＤＭ２、ＣＡＤＭ３、ＣＡＤＭ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＣＤ１Ｄ２、ＣＤ２、ＣＤ２００、ＣＤ２２、ＣＤ２２６、ＣＤ２４４、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ２８、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＢ、ＣＤ３００ＬＤ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＤ３３、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４、ＣＤ４８、ＣＤ７、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８４、ＣＤ８６、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＣＤ８Ｂ１、ＣＤＯＮ、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ５、ＣＨＬ１、ＣＩＬＰ、ＣＮＴＦＲ、ＣＮＴＮ１、ＣＮＴＮ２、ＣＮＴＮ６、ＣＲＬ、ＣＲＴＡＭ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＸＡＤＲ、ＥＭＢＦ、ＥＲＭＡＰ、ＥＳＡＭ、Ｆ１１Ｒ、ＦＡＩＭ３、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲＴ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬＡ、ＦＣＲＬＢ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ１、ＦＬＴ３、ＧＰ６、ＧＰＡ３３、ＨＡＰＬＮ１、ＨＡＰＬＮ２、ＨＡＰＬＮ３、ＨＡＶＣＲ１、ＨＥＰＡＣＡＭ、ＨＥＰＡＣＡＭ２、ＩＣＡＭ１、ＩＣＡＭ２、ＩＣＡＭ４、ＩＣＡＭ５、ＩＣＯＳ、ＩＦＮＧＲ１、ＫＩＴ、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＩＲ１、ＬＥＰＲ、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＮＧＯ１、ＬＩＮＧＯ２、ＬＩＮＧＯ４、ＬＲＦＮ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＦＮ３、ＬＲＦＮ４、ＬＲＦＮ５、ＬＲＩＧ１、ＬＲＩＧ２、ＬＲＩＧ３、ＬＲＩＴ１、ＬＲＲＣ４、ＬＲＲＮ１、ＬＲＲＮ２、ＬＲＲＮ３、ＬＳＡＭＰ、ＬＳＲ、ＬＹ６Ｇ６Ｆ、ＬＹ９、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＡＬＴ１、ＭＣＡＭ、ＭＥＲＴＫ、ＭＦＡＰ３、ＭＯＧ、ＭＰＺ、ＭＰＺＬ１、ＭＰＺＬ２、ＭＰＺＬ３、ＭＲ１、ＭＵＳＫ、ＭＸＲＡ８、ＮＣＡＭ１、ＮＣＡＭ２、ＮＣＲ１、ＮＥＧＲ１、ＮＥＯ１、ＮＦＡＭ１、ＮＰＴＮ、ＮＲＣＡＭ、ＮＲＧ１、ＮＴＭ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＯＰＣＭＬ、ＯＳＣＡＲ、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＣＤ１、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＣＡＭ１、ＰＩＧＲ、ＰＲＴＧ、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＫ７、ＰＴＰＲＤ、ＰＴＰＲＫ、ＰＴＰＲＳ、ＰＴＰＲＴ、ＰＴＰＲＵ、ＰＶＲ、ＰＶＲＬ１、ＰＶＲＬ２、ＰＶＲＬ３、ＰＶＲＬ４、ＰＸＤＮ、ＲＯＢＯ１、ＲＯＢＯ２、ＲＯＢＯ３、ＲＯＢＯ４、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＣＮ２Ｂ、ＳＣＮ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ｃ、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ４Ｃ、ＳＥＭＡ４Ｆ、ＳＥＭＡ４Ｇ、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＩＧＧＩＲ、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＬＡＭＦ１、ＳＬＡＭＦ６、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ８、ＳＬＡＭＦ９、ＴＡＰＢＰ、ＴＡＰＢＰＬ、ＴＥＫ、ＴＨＹ１、ＴＩＥ１、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭＤ４、ＴＭＥＭ２５、ＴＭＥＭ８１、ＴＭＩＧＤ１、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭ２、ＴＲＥＭＬ１、ＴＲＥＭＬ２、ＴＲＥＭＬ４、ＴＹＲＯ３、ＵＮＣ５Ａ、ＵＮＣ５Ｂ、ＵＮＣ５Ｃ、ＶＣＡＭ１、ＶＰＲＥＢ１、ＶＰＲＥＢ３、ＶＳＩＧ１、ＶＳＩＧ２、ＶＳＩＧ４、ＶＳＩＧ８、ＶＴＣＮ１、ＷＦＩＫＫＮ２。
一実施形態において、ヒトグリコシル化ＩＣＰ抗原は、ヒトＰＤ−Ｌ１の少なくとも７連続アミノ酸の断片を含む単離ポリペプチドであり、ポリペプチドは、ヒトＰＤ−Ｌ１のＮ３５、Ｎ１９２、Ｎ２００、またはＮ２１９位（配列番号１における付番）に対応する少なくとも１つのアミノ酸を含み、ＰＤ−Ｌ１のＮ３５、Ｎ１９２、Ｎ２００、またはＮ２１９位に対応するアミノ酸の少なくとも１つがグリコシル化されている。一実施形態において、単離ポリペプチドは、ヒトＰＤ−Ｌ１の少なくとも８〜２０連続アミノ酸を含む。一実施形態において、単離ポリペプチドは、ヒトＰＤ−Ｌ１のＮ３５、Ｎ１９２、Ｎ２００、および／またはＮ２１９位に対応するグリコシル化アミノ酸を含む。別の実施形態において、ヒトグリコシル化ＩＣＰ抗原は、ヒトＰＤ−１の少なくとも７連続アミノ酸の断片を含む単離ポリペプチドであり、前記ポリペプチドは、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、および／またはＮ１１６位（配列番号２における付番）に対応する少なくとも１つのアミノ酸を含み、ＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、および／またはＮ１１６位に対応するアミノ酸の少なくとも１つがグリコシル化されている。一実施形態において、単離ポリペプチドは、ヒトＰＤ−１の少なくとも８〜２０連続アミノ酸を含む。一実施形態において、単離ポリペプチドは、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、および／またはＮ１１６位に対応するグリコシル化アミノ酸を含む。一実施形態において、単離ポリペプチドは、そのアミノまたはカルボキシ末端でＩＣＰポリペプチドではない免疫原性ポリペプチドに融合またはコンジュゲートされる。
単離された抗体がヒト抗体ではない（例えば、マウスモノクローナル抗体である）他の実施形態では、方法は、抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むアミノ酸を同定すること、およびヒト化抗体を産生するためにＣＤＲ周囲のアミノ酸配列をヒト化して、これを組み換えにより発現させることをさらに伴う。一実施形態において、方法は、ヒト化抗体を組み換えにより発現させることを伴う。あるいは、抗体の非ヒト定常ドメインを、ヒト定常ドメインと置換して、キメラ抗体を産生してもよい。
別の態様において、非グリコシル化ＩＣＰと比較してグリコシル化ＩＣＰ抗原に選択的かつ優先的に結合する、上記の方法によって産生された単離抗体が提供される。一実施形態において、単離抗体は、抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗体である。実施形態において、単離抗体は、抗グリコシル化ＰＤ−１抗体である。一実施形態において、抗体は、モノクローナル、ヒト化、キメラ、またはヒト抗体である。別の実施形態において、抗体は、アイソタイプＩｇＭ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４の抗体、またはその抗原結合断片である。一実施形態において、抗体は、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ’）３、一価ｓｃＦｖ、二価ｓｃＦｖ、またはシングルドメイン抗体から選択される。別の実施形態において、抗体は、造影剤、化学療法剤、毒素、または放射性核種にコンジュゲートされる。
特定の態様において、本明細書において記述される方法は、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１タンパク質と比較してグリコシル化ＰＤ−Ｌ１タンパク質に特異的かつ優先的に結合する抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗体（本明細書において抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体と呼ばれる）をスクリーニングおよび選択するために適している。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１タンパク質と比較して、例えば配列番号１に記載のＰＤ−Ｌ１タンパク質、特にＰＤ−Ｌ１タンパク質の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）におけるアミノ酸Ｎ３５、Ｎ１９２、Ｎ２００、および／またはＮ２１９位でグリコシル化されるＰＤ−Ｌ１タンパク質に特異的に結合する。いくつかの実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、ＰＤ−Ｌ１グリコポリペプチドまたはそのペプチドにおける１つまたは複数のグリコシル化モチーフに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、グリコシル化モチーフおよび隣接ペプチドを含むＰＤ−Ｌ１グリコペプチドに結合する。いくつかの実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、三次元で１つまたは複数のグリコシル化モチーフの近傍に位置するペプチド配列に結合する。したがって、実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、グリコシル化ＰＤ−Ｌ１のコンフォメーションエピトープを認識して、これに選択的に結合する。例として、ある特定の実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１への抗体の結合によって示されるＫｄの半分より小さいＫｄでグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に結合する。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１への抗体の結合によって示されるＫｄの少なくとも５倍小さいＫｄでグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に結合する。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１タンパク質と比較して示されるＫｄの少なくとも１０倍小さいＫｄでグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に結合する。一実施形態において、実施例２において記述される細胞フローサイトメトリー結合アッセイにおいて、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１を発現する細胞への結合についてのＭＦＩより１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍大きいＭＦＩとして表される、ＷＴ ＰＤ−Ｌ１を発現する細胞への結合を示す。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、５〜２０ｎＭ、５〜１０ｎＭ、または１０〜２０ｎＭの親和性でグリコシル化ＰＤ−Ｌ１タンパク質に選択的に結合する。実施形態において、抗体はヒト、ヒト化、または組み換え抗体である。
別の具体的態様において、非グリコシル化ＰＤ−１タンパク質と比較してグリコシル化ＰＤ−１タンパク質に特異的かつ優先的に結合する抗グリコシル化ＰＤ−１抗体（本明細書において抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体と呼ばれる）またはその結合断片をスクリーニングおよび選択する方法が提供される。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１タンパク質と比較して、例えば配列番号２に記載されるヒトＰＤ−１タンパク質、特にＰＤ−１タンパク質の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）におけるアミノ酸Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、および／またはＮ１１６位でグリコシル化されるＰＤ−１タンパク質に特異的に結合する。いくつかの実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、ＰＤ−１グリコポリペプチドまたはそのペプチドにおける１つまたは複数のグリコシル化モチーフに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化モチーフおよび隣接するペプチドを含むＰＤ−１グリコペプチドに結合する。いくつかの実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、三次元において、グリコシル化モチーフの１つまたは複数の近位に存在するペプチド配列に結合する、したがって、実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、グリコシル化ＰＤ−１の非線形のコンフォメーションエピトープを認識して選択的に結合する。例として、ある特定の実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１への抗体の結合によって示されるＫｄの半分より小さいＫｄでグリコシル化ＰＤ−１に結合する。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１への抗体の結合によって示されるＫｄの少なくとも５倍小さいＫｄでグリコシル化ＰＤ−１に結合する。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−１タンパク質と比較して示されるＫｄの少なくとも１０倍小さいＫｄでグリコシル化ＰＤ−１に結合する。一実施形態において、実施例２において記述される細胞フローサイトメトリー結合アッセイにおいて、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１を発現する細胞への結合についてのＭＦＩより１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍大きいＭＦＩとして表される、ＷＴ ＰＤ−Ｌ１を発現する細胞への結合を示す。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−１抗体は、５〜２０ｎＭ、５〜１０ｎＭ、または１０〜２０ｎＭの親和性でグリコシル化ＰＤ−１タンパク質に選択的に結合する。一実施形態において、抗体はモノクローナル抗体である。実施形態において、抗体はヒト、ヒト化、または組み換え抗体である。
なお別の態様において、生物試料中のＩＣＰのグリコシル化、Ｎ−連結グリコシル化、またはＮ−グリコシル化を評価する方法が提供され、方法は、ＩＣＰ含有試料に、本明細書において記述される方法によって産生される抗体（例えば、非グリコシル化ＩＣＰと比較してグリコシル化ＩＣＰに選択的に結合する抗体）を接触させることを含む。いくつかの態様において、方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏの方法またはアッセイである。ある特定の態様において、生物試料は、細胞試料、組織試料、体液（例えば、血漿、血清、血液、尿、喀痰、リンパ、腹水、腹腔内液、脳脊髄液、およびその他）である。特定の実施形態において、試料は、細胞試料、またはがんもしくは腫瘍を有する対象から得た腫瘍もしくはがんからの細胞試料である。そのようながんまたは腫瘍細胞試料を、抗グリコシル化タンパク質抗体を使用してがんまたは腫瘍細胞表面上のグリコシル化ＩＣＰについてアッセイして、特にグリコシル化ＩＣＰが対象のがんまたは腫瘍細胞に存在すれば、細胞が１つまたは複数の抗グリコシル化ＩＣＰ抗体による処置の適切な標的である可能性があることを決定してもよい。例として、そのようなグリコシル化タンパク質に特異的に結合してその同起源の結合パートナーとのその相互作用を防止または遮断する単離抗体によって検出可能であるグリコシル化ＩＣＰには、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡ、ＣＥＡＣＡＭ１、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮＬ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＣＤ４７、ＣＤ９６、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＣＴＬＡ−４、ＶＩＳＴＡ、またはＫＩＲ等が挙げられる。
他の実施形態において、抗体は、以下とその同起源の結合パートナーとの相互作用を遮断する：ＡＧＥＲ、ＡＬＣＡＭ、ＡＭＩＧＯ１、ＡＭＩＧＯ２、ＡＭＩＧＯ３、ＡＸＬ、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡＭ、ＢＣＡＮ、ＢＯＣ、ＢＳＧ、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ３、ＢＴＮＬ１、ＢＴＮＬ６、ＢＴＮＬ７、ＢＴＮＬ９、ＣＡＤＭ１、ＣＡＤＭ２、ＣＡＤＭ３、ＣＡＤＭ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＣＤ１Ｄ２、ＣＤ２、ＣＤ２００、ＣＤ２２、ＣＤ２２６、ＣＤ２４４、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ２８、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＢ、ＣＤ３００ＬＤ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＤ３３、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４、ＣＤ４８、ＣＤ７、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８４、ＣＤ８６、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＣＤ８Ｂ１、ＣＤＯＮ、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ５、ＣＨＬ１、ＣＩＬＰ、ＣＮＴＦＲ、ＣＮＴＮ１、ＣＮＴＮ２、ＣＮＴＮ６、ＣＲＬ、ＣＲＴＡＭ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＸＡＤＲ、ＥＭＢＦ、ＥＲＭＡＰ、ＥＳＡＭ、Ｆ１１Ｒ、ＦＡＩＭ３、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲＴ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬＡ、ＦＣＲＬＢ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ１、ＦＬＴ３、ＧＰ６、ＧＰＡ３３、ＨＡＰＬＮ１、ＨＡＰＬＮ２、ＨＡＰＬＮ３、ＨＡＶＣＲ１、ＨＥＰＡＣＡＭ、ＨＥＰＡＣＡＭ２、ＩＣＡＭ１、ＩＣＡＭ２、ＩＣＡＭ４、ＩＣＡＭ５、ＩＣＯＳ、ＩＦＮＧＲ１、ＫＩＴ、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＩＲ１、ＬＥＰＲ、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＮＧＯ１、ＬＩＮＧＯ２、ＬＩＮＧＯ４、ＬＲＦＮ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＦＮ３、ＬＲＦＮ４、ＬＲＦＮ５、ＬＲＩＧ１、ＬＲＩＧ２、ＬＲＩＧ３、ＬＲＩＴ１、ＬＲＲＣ４、ＬＲＲＮ１、ＬＲＲＮ２、ＬＲＲＮ３、ＬＳＡＭＰ、ＬＳＲ、ＬＹ６Ｇ６Ｆ、ＬＹ９、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＡＬＴ１、ＭＣＡＭ、ＭＥＲＴＫ、ＭＦＡＰ３、ＭＯＧ、ＭＰＺ、ＭＰＺＬ１、ＭＰＺＬ２、ＭＰＺＬ３、ＭＲ１、ＭＵＳＫ、ＭＸＲＡ８、ＮＣＡＭ１、ＮＣＡＭ２、ＮＣＲ１、ＮＥＧＲ１、ＮＥＯ１、ＮＦＡＭ１、ＮＰＴＮ、ＮＲＣＡＭ、ＮＲＧ１、ＮＴＭ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＯＰＣＭＬ、ＯＳＣＡＲ、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＣＤ１、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＣＡＭ１、ＰＩＧＲ、ＰＲＴＧ、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＫ７、ＰＴＰＲＤ、ＰＴＰＲＫ、ＰＴＰＲＳ、ＰＴＰＲＴ、ＰＴＰＲＵ、ＰＶＲ、ＰＶＲＬ１、ＰＶＲＬ２、ＰＶＲＬ３、ＰＶＲＬ４、ＰＸＤＮ、ＲＯＢＯ１、ＲＯＢＯ２、ＲＯＢＯ３、ＲＯＢＯ４、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＣＮ２Ｂ、ＳＣＮ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ｃ、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ４Ｃ、ＳＥＭＡ４Ｆ、ＳＥＭＡ４Ｇ、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＩＧＧＩＲ、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＬＡＭＦ１、ＳＬＡＭＦ６、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ８、ＳＬＡＭＦ９、ＴＡＰＢＰ、ＴＡＰＢＰＬ、ＴＥＫ、ＴＨＹ１、ＴＩＥ１、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭＤ４、ＴＭＥＭ２５、ＴＭＥＭ８１、ＴＭＩＧＤ１、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭ２、ＴＲＥＭＬ１、ＴＲＥＭＬ２、ＴＲＥＭＬ４、ＴＹＲＯ３、ＵＮＣ５Ａ、ＵＮＣ５Ｂ、ＵＮＣ５Ｃ、ＶＣＡＭ１、ＶＰＲＥＢ１、ＶＰＲＥＢ３、ＶＳＩＧ１、ＶＳＩＧ２、ＶＳＩＧ４、ＶＳＩＧ８、ＶＴＣＮ１、またはＷＦＩＫＫＮ２。
一態様において、本明細書に開示の方法の実践によって、ポリペプチドの非グリコシル化形態と比較して少なくとも１つのグリコシル化アミノ酸（例えば、グリカン部分への結合によって改変されたアミノ酸（Ｎまたはアスパラギン））を有する少なくとも７連続アミノ酸の断片を含むグリコシル化ＩＣＰのコンフォメーションエピトープなどのエピトープに選択的に結合する単離抗体が提供される。特定の実施形態において、ヒトＰＤ−Ｌ１のＮ３５、Ｎ１９２、Ｎ２００、またはＮ２１９位に対応する少なくとも１つのアミノ酸を含むＰＤ−Ｌ１のコンフォメーションエピトープなどのエピトープに選択的に結合する単離抗体が提供され、ＰＤ−Ｌ１のＮ３５、Ｎ１９２、Ｎ２００、またはＮ２１９位に対応するアミノ酸の少なくとも１つがグリコシル化されている。特定の実施形態において、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、またはＮ１１６位に対応する少なくとも１つのアミノ酸を含むＰＤ−１のコンフォメーションエピトープなどのエピトープに選択的に結合する単離抗体が提供され、ＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、またはＮ１１６位に対応するアミノ酸の少なくとも１つがグリコシル化されている。
特定の実施形態において、本発明は、それぞれが、グリコシル化ＩＣＰの他の抗原結合ドメインのエピトープと重複しないエピトープに結合する２つの異なる抗原結合ドメインを有し、少なくとも１つの結合ドメイン（およびある特定の実施形態において、両方の結合ドメイン）が、例えば本明細書において記載されるグリコシル化部位の１つまたは複数を含むエピトープに結合することによって、ＩＣＰのグリコシル化形態に優先的に結合する、二重パラトープ性抗体を作製する方法を提供する。これらの抗体は、細胞表面タンパク質に架橋して、内在化、リソソーム輸送、および分解を促進することができる。そのような二重パラトープ性抗体は、本明細書において記載されるスクリーニング方法を使用して、ＩＣＰの非グリコシル化形態と比較してグリコシル化ＩＣＰに優先的に結合する抗体についてスクリーニングすること、好ましくは１つまたは両方が非グリコシル化形態と比較してＩＣＰのグリコシル化形態に優先的に結合する、グリコシル化ＩＣＰの重複しないエピトープに結合する２つの抗体を同定することによって作製することができる。グリコシル化含有エピトープ、または抗体がグリコシル化ＩＣＰに優先的に結合する本明細書において記述されるエピトープのいずれかに対する抗体を使用することができる。２つの抗原結合ドメインを、抗体分子において、例えばDimasi et al., J. Mol. Biol., 393:672-692 (2009)に記述されるように整列させることができる。特定の実施形態において、抗原結合ドメインの１つを、一本鎖Ｆｖのフォーマットとなるように操作し、次にこれを、例えばペプチドリンカーを介して、他の抗原結合ドメインまたはＣＨ３ドメインのＣ末端を有する抗体の重鎖および／または軽鎖のＮ末端に連結する。
特定の態様において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、細胞表面上の標的抗原に結合後のその標的ｇｌｙｃＩＣＰ抗原の内在化および分解を促進する。標的ｇｌｙｃＩＣＰ抗原が腫瘍細胞上で発現するまたは高度に発現する場合、本明細書において提供される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体による結合後に腫瘍細胞上で発現するグリコシル化標的抗原の内在化によって、例えばＴ細胞などの免疫細胞上で同起源の結合分子との相互作用にとって腫瘍細胞上で利用できるグリコシル化ＩＣＰが減少し、それによって腫瘍細胞に対するＴ細胞の細胞傷害性エフェクター機能が増加し、ｇｌｙｃＩＣＰ／同起源の結合分子相互作用に起因するＴ細胞アネルギーを低減させる。特定の実施形態において、抗体は、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との相互作用を阻害する、特にエフェクターＴ細胞によって発現するＰＤ−１と腫瘍細胞によって発現するＰＤ−Ｌ１、特にグリコシル化ＰＤ−Ｌ１との相互作用を阻害し、同様に特にＰＤ−Ｌ１の内在化および細胞内分解を増加させることによって、腫瘍細胞の表面上のＰＤ−Ｌ１、特にグリコシル化ＰＤ−Ｌ１のレベルを低減する。本明細書において提供される抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗体による結合後に腫瘍細胞上で発現したＰＤ−Ｌ１の内在化は、Ｔ細胞上でのＰＤ−１との相互作用のために腫瘍細胞上で利用可能であり、それによって腫瘍細胞に対するＴ細胞の細胞傷害性エフェクター機能を増加させ、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１相互作用に起因するＴ細胞アネルギーを低減させるため、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体の有益な特徴である。
別の態様において、本明細書において記述される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体、特にグリコシル化標的抗原への結合後に有効な内在化活性を示す抗体を、抗新生物薬および薬剤に化学的に連結し、本明細書において記述および例示される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−薬物コンジュゲート（抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体またはＭＡｂ ＡＤＣ）を産生する、抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）が提供される。ある特定の実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣは、腫瘍細胞またはがん細胞の殺滅において、および癌を有する対象を処置するための抗新生物治療において非常に有効である。実施形態において、ＡＤＣの抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体成分は、二重特異性、多重特異性、二重パラトープ性、もしくは多重パラトープ性抗体、またはその抗原結合部分である。他の実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、本明細書においてさらに記述されるように、抗分裂剤、例えばメイタンシン誘導体、例えばＤＭ１もしくはＤＭ４などのメイタンシノイド、またはチューブリン重合化アウリスタチン、例えばモノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）、もしくはモノメチルアウリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）に化学的に連結される。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体に対するリンカーは、細胞外液で安定であるが、ＡＤＣが腫瘍細胞またはがん細胞の中に入るとカテプシンによって切断され、このようにしてＭＭＡＥまたは他の毒素薬物の抗分裂メカニズムを活性化する。特異的な実施形態において、ＡＤＣの抗体成分は、本明細書において記述されるＳＴＭ０７３ ＭＡｂまたはＳＴＭ１０８ ＭＡｂである。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体含有ＡＤＣ（抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣ）、例えばＳＴＭ１０８ Ｍａｂ含有ＡＤＣ（ＳＴＭ１０８−ＡＤＣ）は、切断可能なリンカーを介してＭＭＡＥに化学的に連結される。特定の実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣ（例えば、ＳＴＭ１０８−ＡＤＣ）は、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体（例えば、ＳＴＭ１０８ ＭＡｂ）がそのＣ領域におけるシステイン残基を介してマレイミドおよびカプロン酸（ＭＣ）結合基に化学的に連結され、これにバリン（Ｖａｌ）およびシトルリン（Ｃｉｔ）からなる「ｖｃ」などのカテプシン切断可能なリンカーが化学的に連結され、これにスペーサー「ＰＡＢ」、すなわちパラアミノ安息香酸が化学的に結合され、これにＭＭＡＥ細胞毒素が化学的に連結される構造を含み、このようにして、その成分構造抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ、例えばＳＴＭ１０８−ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥによって示されるＡＤＣを産生する。
以下の図面は、本明細書の一部を形成し、本明細書において記述される方法および抗体の特定の態様をさらに証明するために含める。それらは、限定的であると意図されない、本明細書において示される実施形態の詳細な説明と共にこれらの図面の１つまたは複数を参照することによってよりよく理解することができる。本特許または本出願のファイルは、カラー表示の少なくとも１つの図面を含む。カラーの図面を含むこの特許または特許出願公報のコピーは、要請に応じ、必要な料金を支払うことによって、当局によって提供される。
ＰＮＧアーゼＦ処置の存在下または非存在下でのｉｎ ｖｉｔｒｏのヒトＰＤ−Ｌ１と抗ヒトＰＤ−Ｌ１抗体の結合。ＨｉｓタグＰＤ−Ｌ１を、本来の条件でＰＮＧアーゼＦの存在下または非存在下で処置した後、Ｎｉ−ＮＴＡコーティングプレートに固定した。蛍光標識抗ＰＤ−Ｌ１抗体を、固定したリガンドと共にインキュベートし、リガンドについての抗体の結合親和性を定量した。 ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１の結合についての抗ヒトＰＤ−Ｌ１抗体の遮断。ＰＤ−Ｌ１発現ＢＴ５４９細胞を、抗ヒトＰＤ−Ｌ１抗体および蛍光標識ＰＤ−１−Ｆｃ融合タンパク質と共にインキュベートした。リガンドと受容体との結合を、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）Ｚｏｏｍによって毎時間定量した。赤色で示したものは、抗体が、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１結合の完全な遮断を示したことを示している。 抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体の特徴付け。Ａ．ＰＤ−Ｌ１ ＷＴと、ＰＤ−Ｌ１アミノ酸配列内のグリコシル化部位を変異させることによって生成した非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１（ＰＤ−Ｌ１ ４ＮＱは、４箇所のアスパラギン（Ｎ）のグルタミン（Ｑ）への置換を表す）の概略図。Ｂ．５個の抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１１抗体のウェスタンブロット分析。左のパネルは、抗Ｆｌａｇ抗体を使用してＰＤ−Ｌ１ ＷＴおよび４ＮＱ発現が等量であることを示す。Ｃ．５個の抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体のフローサイトメトリー分析。 抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗体の特徴付け。Ａ．ＰＤ−Ｌ１ ＷＴおよび非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１変種の概略図。Ｂ．ＷＴ、Ｎ３５／３ＮＱ、Ｎ１９２／３ＮＱ、Ｎ２００／３ＮＱ、およびＮ２１９／３ＮＱ ＰＤ−Ｌ１を発現するＢＴ５４９の安定なクローンのウェスタンブロット分析。Ｃ．６個の抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体のウェスタンブロット分析。Ｄ．肝臓がん細胞株における５個の抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体のウェスタンブロット分析。 免疫組織化学（ＩＨＣ）による抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体の特徴付け。サイトスピン分析に関して、ＰＤ−Ｌ１ ＷＴまたはＰＤ−Ｌ１ ４ＮＱタンパク質のいずれかを発現するＢＴ−５４９細胞を塗抹し、５個の抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体によって染色した。ＩＨＣ染色に関して、乳がん患者試料を抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体によって染色した。 結合アッセイ。図６Ａ及び６Ｂは、実施例５に記述した結合アッセイの結果を示す。抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、アッセイ対照であるＰＤ−１／Ｆｃなし、Ａｂなし、ｍＩｇＧ Ａｂ（図６Ｄ）と比較して、ＷＴ ＰＤ−Ｌ１を発現するＢＴ５４９標的細胞へのＰＤ−１の結合を用量依存的に遮断する（図６Ａは、ＳＴＭ００４結合を示し、図６ＢはＳＴＭ０７３結合を示す）。 結合アッセイ。図６Ｃは、実施例５に記述した結合アッセイの結果を示す。抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、アッセイ対照であるＰＤ−１／Ｆｃなし、Ａｂなし、ｍＩｇＧ Ａｂ（図６Ｄ）と比較して、ＷＴ ＰＤ−Ｌ１を発現するＢＴ５４９標的細胞へのＰＤ−１の結合を用量依存的に遮断する（図６Ｃは、ＳＴＭ１０８結合を示す）。 抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、Ｔ細胞による腫瘍細胞殺滅を増強する。本明細書において記述される方法を使用して生成した２つの異なる抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗体を、実施例６に記述される細胞傷害アッセイにおいて試験し、腫瘍細胞（ＢＴ５４９）に対するＰＢＭＣ由来Ｔ細胞の細胞傷害性を評価した。図７Ａ（ＳＴＭ００４）および７Ｂ（ＳＴＭ０７３）はそれぞれ、２つの異なる抗体によって処置したＰＤ−Ｌ１ ＷＴ発現ＢＴ５４９細胞の死滅（アポトーシス）をリアルタイムで示す。図７Ａおよび７Ｂにおいて、下のグラフ（塗りつぶした青色の四角）は、対照（ＰＢＭＣからのＴ細胞なし）を表し、塗りつぶした赤色の丸は抗体なし対照を表し、塗りつぶした黒色の四角は、アッセイに使用した抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗体の２０μｇ／ｍｌを表し、および塗りつぶした茶色の丸は、アッセイに使用した抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗体の４０μｇ／ｍｌを表す。図７Ａおよび７Ｂに示すように、ＰＤ−Ｌ１を有する腫瘍細胞の経時的な殺滅は用量依存的である。 抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体による結合後のＰＤ−Ｌ１の内在化および分解。図８Ａ〜８Ｃは、二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体と共にインキュベートしたＰＤ−Ｌ１発現細胞の生細胞イメージングの結果を示す。図８Ａ〜８Ｃにおいて、抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、赤色の蛍光色素であるｐＨｒｏｄｏ（商標）レッド（スクシンイミジルエステル（ｐＨｒｏｄｏ（商標）レッド、ＳＥ）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）にコンジュゲートしたＳＴＭ１０８ ＭＡｂである。ｐＨｒｏｄｏ（商標）レッド色素コンジュゲートは、細胞外では非蛍光であるが、ファゴソームにおいて明るい赤色の蛍光を発し、このため生体粒子の食作用から受容体の内在化に及ぶ研究の有用な試薬となっている。緑色の染色は、ＬｙｓｏＴｒａｃｋｅｒ（登録商標）グリーンＤＮＤ−２６によって染色された細胞を反映し、この色素は生細胞イメージングを介して撮像される生細胞における酸性区画（リソソーム）を染色する細胞透過性の緑色色素である。図８Ａは、第１の時点（時間０）で、矢印によって示される細胞の強い赤色の細胞内染色によって表されるように、ＳＴＭ１０８が細胞に内在化されることを示している。図８Ｂは、図８Ａで表した同じ細胞において、図８Ａの時点の２分後の時点で細胞内赤色染色が弱くなったことを示す。図８Ｃは、図８Ａにおける時点の４分後での赤色の細胞内染色がないことを示し、このことは、細胞内部でのＳＴＭ１０８抗体および／または抗体−抗原複合体の分解を反映している。 総Ｔ細胞と比較した腫瘍細胞における抗ＰＤ−Ｌ１抗体が結合したＰＤ−Ｌ１の内在化。図９Ａ及び９Ｂは、二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体がＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞に内在化することができるが、活性化または非活性化Ｔ細胞のいずれにも内在化しないことを示す細胞の画像を表す。図９Ａ及び９Ｂは、以下の抗体と共にインキュベーション後の末梢血からの非活性化総Ｔ細胞の画像を示す：マウスＩｇＧ抗体対照（図９Ａ）；非内在化抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ ＳＴＭ００４（図９Ｂ）。図９Ａ及び９Ｂは、試験した抗体のいずれも、非活性化総Ｔ細胞に内在化しなかったことを示している。 総Ｔ細胞と比較した腫瘍細胞における抗ＰＤ−Ｌ１抗体が結合したＰＤ−Ｌ１の内在化。図９Ｃおよび９Ｄは、二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体がＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞に内在化することができるが、活性化または非活性化Ｔ細胞のいずれにも内在化しないことを示す細胞の画像を表す。図９Ｃおよび９Ｄは、以下の抗体と共にインキュベーション後の末梢血からの非活性化総Ｔ細胞の画像を示す：二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ ＳＴＭ０７３（図９Ｃ）；および二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体ＳＴＭ１０８（図９Ｄ）。図９Ｃおよび９Ｄは、試験した抗体のいずれも、非活性化総Ｔ細胞に内在化しなかったことを示している。 総Ｔ細胞と比較した腫瘍細胞における抗ＰＤ−Ｌ１抗体が結合したＰＤ−Ｌ１の内在化。図９Ｅおよび９Ｆは、二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体がＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞に内在化することができるが、活性化または非活性化Ｔ細胞のいずれにも内在化しないことを示す細胞の画像を表す。図９Ｅおよび９Ｆは、以下の抗体と共にインキュベーション後の末梢血由来の活性化総Ｔ細胞の画像を示す：マウスＩｇＧ抗体対照（図９Ｅ）；非内在化ＳＴＭ００４（図９Ｆ）。Ｔ細胞活性化に関して、総Ｔ細胞を抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８抗体（例えば、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ，ＮＹ）と１：１の比率で共有結合によりカップリングさせたビーズ、例えば不活性な超常磁性ビーズと混合した。図９Ｅおよび９Ｆは、試験した抗体のいずれについても、活性化総Ｔ細胞への内在化が実質的に観察されなかったことを示している。 総Ｔ細胞と比較した腫瘍細胞における抗ＰＤ−Ｌ１抗体が結合したＰＤ−Ｌ１の内在化。図９Ａ〜９Ｌは、二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体がＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞に内在化することができるが、活性化または非活性化Ｔ細胞のいずれにも内在化しないことを示す細胞の画像を表す。図９Ｇおよび９Ｈは、以下の抗体と共にインキュベーション後の末梢血由来の活性化総Ｔ細胞の画像を示す：二重機能ＳＴＭ０７３（図９Ｇ）；および二重機能ＳＴＭ１０８（図９Ｈ）。Ｔ細胞活性化に関して、総Ｔ細胞を抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８抗体（例えば、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ，ＮＹ）と１：１の比率で共有結合によりカップリングさせたビーズ、例えば不活性な超常磁性ビーズと混合した。図９Ｇおよび９Ｈは、試験した抗体のいずれについても、活性化総Ｔ細胞への内在化が実質的に観察されなかったことを示している。 総Ｔ細胞と比較した腫瘍細胞における抗ＰＤ−Ｌ１抗体が結合したＰＤ−Ｌ１の内在化。図９Ａ〜９Ｌは、二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体がＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞に内在化することができるが、活性化または非活性化Ｔ細胞のいずれにも内在化しないことを示す細胞の画像を表す。図９Ｉおよび９Ｊは、以下の抗体と共にインキュベーション後のＮＣＩ−Ｈ２２６細胞（ヒト肺がん細胞株、扁平上皮中皮腫）の画像を示す：マウスＩｇＧ抗体対照（図９Ｉ）；非内在化抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体ＳＴＭ００４（図９Ｊ）。図９Ｉおよび９Ｊは、赤色の細胞内染色によって証明されるように、二重機能の内在化ＳＴＭ０７３およびＳＴＭ１０８ ＭＡｂｓが、対照抗体であるｍＩｇＧ（図９Ｉ）および非内在化ＳＴＭ００４ ＭＡｂと比較して、これらの細胞とのインキュベーション後にＮＣＩ−Ｈ２２６細胞に内在化されたことを示している。 総Ｔ細胞と比較した腫瘍細胞における抗ＰＤ−Ｌ１抗体が結合したＰＤ−Ｌ１の内在化。図９Ａ〜９Ｌは、二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体がＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞に内在化することができるが、活性化または非活性化Ｔ細胞のいずれにも内在化しないことを示す細胞の画像を表す。図９Ｋおよび９Ｌは、以下の抗体と共にインキュベーション後のＮＣＩ−Ｈ２２６細胞（ヒト肺がん細胞株、扁平上皮中皮腫）の画像を示す：二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ ＳＴＭ０７３（図９Ｋ）；および二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ ＳＴＭ１０８（図９Ｌ）。図９Ｋおよび９Ｌは、赤色の細胞内染色によって証明されるように、二重機能の内在化ＳＴＭ０７３およびＳＴＭ１０８ ＭＡｂｓが、対照抗体であるｍＩｇＧ（図９Ｉ）および非内在化ＳＴＭ００４ ＭＡｂと比較して、これらの細胞とのインキュベーション後にＮＣＩ−Ｈ２２６細胞に内在化されたことを示している。 抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体−ＡＤＣの抗腫瘍有効性。図１０Ａ〜１０Ｄは、本明細書において記述される抗体−薬物コンジュゲート（ＳＴＭ１０８−ＡＤＣ）を産生するためにＭＭＡＥにカップリングさせた二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ ＳＴＭ１０８を含むＡＤＣの有効性を、ＰＤ−Ｌ１発現および非ＰＤ−Ｌ１発現腫瘍細胞の殺滅について評価する、ならびに対照（ＩｇＧおよびＳＴＭ１０８ ＭＡｂ単独）を注射した腫瘍を有する動物と比較して、ＳＴＭ１０８−ＡＤＣを、腫瘍を有する動物に注射後の腫瘍移植マウスにおける腫瘍体積の低減について評価する実験の結果を表す。図１０Ａは、異なる濃度のＳＴＭ１０８−ＡＤＣ、すなわち「ＡＤＣ１０８」（塗りつぶした黒四角）への曝露後のＰＤ−Ｌ１のその発現をノックアウトするように改変されているＭＢ２３１細胞（「ＭＢ２３１ ＰＤＬ１ ＫＯ」）の％生存率と比較した、異なる濃度（ｎＭ）のＳＴＭ１０８−ＡＤＣ（塗りつぶした黒丸）への曝露後のＰＤ−Ｌ１発現ＭＤＡ−ＭＢ２３１（ヒト乳癌細胞株）腫瘍細胞（「ＭＢ２３１」）の％生存率を示す。図１０Ｂでは、ＭＤＡ−ＭＢ２３１マウス乳がんモデルを使用し、ＭＢ２３１細胞に由来する腫瘍を移植した動物を、図１０Ｂのグラフに示すように、ＩｇＧ−ＭＭＡＥ対照（１００μｇ）；またはＳＴＭ１０８ＡＤＣ（「ＡＤＣ」）の５０μｇ、１００μｇ、もしくは１５０μｇ；またはＳＴＭ１０８ ＭＡｂの１００μｇのいずれかによって処置した。ＳＴＭ１０８−ＡＤＣ１００μｇを投与したマウス５匹中３匹、およびＳＴＭ１０８−ＡＤＣの１５０μｇを投与したマウス５匹中４匹において、完全奏効（「ＣＲ」）が観察された。 抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体−ＡＤＣの抗腫瘍有効性。図１０Ａ〜１０Ｄは、本明細書において記述される抗体−薬物コンジュゲート（ＳＴＭ１０８−ＡＤＣ）を産生するためにＭＭＡＥにカップリングさせた二重機能抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ ＳＴＭ１０８を含むＡＤＣの有効性を、ＰＤ−Ｌ１発現および非ＰＤ−Ｌ１発現腫瘍細胞の殺滅について評価する、ならびに対照（ＩｇＧおよびＳＴＭ１０８ ＭＡｂ単独）を注射した腫瘍を有する動物と比較して、ＳＴＭ１０８−ＡＤＣを、腫瘍を有する動物に注射後の腫瘍移植マウスにおける腫瘍体積の低減について評価する実験の結果を表す。図１０Ｃは、異なる濃度（ｎＭ）のＳＴＭ１０８−ＡＤＣ、すなわち「ＡＤＣ１０８」（白抜きの赤い四角）への曝露後の、ＰＤ−Ｌ１を天然に発現しない４Ｔ１細胞（「４Ｔ１」）の％生存率と比較して、異なる濃度（ｎＭ）のＳＴＭ１０８−ＡＤＣ（白抜きの赤い丸）への曝露後の細胞表面上にヒトＰＤ−Ｌ１を発現するように改変されている４Ｔ１乳癌細胞（「４Ｔ１ ｈＰＤＬ１」）の％生存率を示す。図１０Ｄでは、４Ｔ１同系マウス乳がんモデルを使用し、動物（Ｂａｌｂ／ｃマウス）に、細胞表面上にＰＤ−Ｌ１を発現するように改変されている４Ｔ１乳癌細胞（「４Ｔ１ ｈＰＤ−Ｌ１」）に由来する腫瘍を移植したか、またはＢａｌｂ／ｃマウスに、細胞表面上にＰＤ−Ｌ１を天然に発現しない非トランスフェクト４Ｔ１乳癌細胞（「４Ｔ１」）に由来する腫瘍を移植した。２つのタイプの４Ｔ１細胞に由来する腫瘍を有する動物を、図１０Ｄのグラフに示すように、ＩｇＧ−ＭＭＡＥ対照（１００μｇ）；またはＳＴＭ１０８ ＭＡｂ（１００μｇ）またはＳＴＭ１０８ＡＤＣ（１００μｇ）のいずれかによって処置した。実施例８を参照されたい。
記載の実施形態の他の態様、特徴、および利点は、以下の詳細な説明および例としての実施例から明らかになると予想される。
本明細書において、非グリコシル化ＩＣＰまたはその非グリコシル化ペプチドと比較して、グリコシル化免疫チェックポイントタンパク質（ＩＣＰ）またはそのグリコシル化ペプチドを特異的かつ優先的に認識して結合するモノクローナル抗体（ＭＡｂ）などの抗体を産生、スクリーニング、および選択するための方法を提供する。ＩＣＰの非制限的な例には、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡ、ＣＥＡＣＡＭ１、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮＬ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＣＤ４７、ＣＤ９６、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＣＴＬＡ−４、ＶＩＳＴＡ、またはＫＩＲ等が挙げられ、そのいくつかまたは全てが１つまたは複数のグリカン構造を含む糖タンパク質である。略語「Ｍａｂ」は、本明細書において「モノクローナル抗体」を指すために使用される。
当業者に認識されるように、腫瘍細胞上に発現するＩＣＰ、例えばプログラム細胞死リガンド１タンパク質（ＰＤ−Ｌ１）と、免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞上に発現するプログラム細胞死１タンパク質（ＰＤ−１）との間の細胞外相互作用は、腫瘍関連免疫逃避に対して顕著な影響を有する（例えば、Pardoll, D. M., 2012, Nature Reviews, 12:252-264を参照されたい）。抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１抗体を使用する免疫チェックポイント遮断の臨床での成功にもかかわらず、ＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１との相互作用の基礎となる調節メカニズムおよび構造特徴は依然として不明のままである。ＰＤ−Ｌ１のＮ−連結グリコシル化は、ＰＤ−Ｌ１タンパク質リガンドを安定化させ、同様にＰＤ−１へのその結合を容易にして増強し、Ｔ細胞媒介免疫応答の抑制を促進することが見出された。本明細書において記述される方法によって生成された抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１相互作用を防止、遮断、または阻害するために役立ち、このため、がんの処置のために有効なＩＣＰ阻害剤として有用である。
特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ヒトグリコシル化ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド（ＣＤ２７４、ＰＤＣＤ１Ｌ１、またはＢ７−Ｈ１としても知られる）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ヒトグリコシル化ＰＤ−１ポリペプチド（ＣＤ２７９としても知られる）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ヒトグリコシル化ＰＤ−Ｌ２ポリペプチドである。本明細書において使用する限り、「ＰＤ−Ｌ１」は、ＰＤ−Ｌ１タンパク質、ポリペプチド、またはペプチド、特にヒトＰＤ−Ｌ１（そのアミノ酸配列は配列番号１である）を指し、「ＰＤ−１」は、ＰＤ−１タンパク質、ポリペプチド、またはペプチド、特にヒトＰＤ−１（そのアミノ酸配列は配列番号２である）を指す。
特定の実施形態において、本明細書において記述される方法に使用されるグリコシル化ＩＣＰ抗原は、例えば配列番号１に記載されるＰＤ−Ｌ１タンパク質のＮ３５、Ｎ１９２、Ｎ２００、および／またはＮ２１９位でグリコシル化部位の１つまたは複数を含む、ＰＤ−Ｌ１タンパク質の少なくとも７アミノ酸のポリペプチドである。別の実施形態において、本明細書において記述される方法に使用されるグリコシル化ＩＣＰ抗原は、例えば配列番号２に記載されるヒトＰＤ−１タンパク質のアミノ酸Ｎ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、および／またはＮ１１６位でグリコシル化部位の１つまたは複数を含むＰＤ−１タンパク質の少なくとも７アミノ酸のポリペプチドである。
別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＣＤ３６６、ＦＬＪ１４４２８、ＴＩＭＤ３およびＨＡＶＣＲ２（配列番号４）としても知られるヒトグリコシル化「Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン３（ＴＩＭ−３）」である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＣＤ２２３（配列番号５）としても知られるヒトグリコシル化「リンパ球活性化遺伝子−３」（ＬＡＧ−３）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＣＤ２７２（配列番号３）としても知られるヒトグリコシル化「ＢおよびＴリンパ球アテニュエーター」（ＢＴＬＡ）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＩＡＰ、ＭＥＲ６、およびＯＡ３としても知られるヒトグリコシル化ＣＤ４７である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＣＤ９６分子またはＣＤ９６抗原としても知られるヒトグリコシル化ＣＤ９６である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＢＧＰまたはＢＧＰ１（配列番号７）としても知られるヒトグリコシル化「癌胎児性抗原関連細胞接着分子１（胆管糖タンパク質）」である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＢＴＮまたはＢＴＮ１（配列番号６）としても知られるヒトグリコシル化「ブチロフィリンサブファミリー１メンバーＡ１」（ＢＴＮ１Ａ１）である。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＳＥＭＡＪ、ＣＤ１００、ｃｏｌｌ−４、およびＦＬＪ３９７３７（配列番号８）としても知られるヒトグリコシル化セマフォリン４Ｄである。別の特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、ＢＴＬ−ＩＩ、ＢＴＮ７、ＨＳＢＬＭＨＣＩ、およびＳＳ２としても知られるヒトグリコシル化「ブチロフィリン様２」（ＢＴＮＬ２）である。本明細書において使用される限り、本実施形態のＩＣＰ抗原は、タンパク質、ポリペプチド、またはペプチド、特にヒトＩＣＰタンパク質、ポリペプチド、またはペプチドを指す。
表１において、グリコシル化アミノ酸（Ｎ）を太字および下線で示す。具体的には、ＢＴＬＡに関して、３つのグリコシル化部位は、配列番号３のＢＴＬＡ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ７５、Ｎ９４、およびＮ１１０位に示される。ＴＩＭ−３に関して、２つのグリコシル化部位は、配列番号４のＴＩＭ−３ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ７８およびＮ１５１位に示される。ＬＡＧ−３に関して、４つのグリコシル化部位は、配列番号５のＬＡＧ−３ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ１６６、Ｎ２２８、Ｎ２３４、およびＮ３２１位に示される。ＢＴＮ１Ａ１に関して、３つのグリコシル化部位は、配列番号６のＢＴＮ１Ａ１ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ５５、Ｎ２１５、およびＮ４４９位に示される。ＣＥＡＣＡＭ１に関して、３つのグリコシル化部位は、配列番号７のＢＴＬＡ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ１０４、Ｎ１１１、およびＮ１１５位に示される。セマフォリン４Ｄに関して、６つのグリコシル化部位は、配列番号８のセマフォリン４Ｄアミノ酸配列のアミノ酸Ｎ１３９、Ｎ１９１、Ｎ２０４、Ｎ２５４、Ｎ６１３、およびＮ６３２位に示される。
ある特定の実施形態において、記述される方法に使用されるグリコシル化ＩＣＰ抗原は、配列番号３のＢＴＬＡ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ７５、Ｎ９４、およびＮ１１０位でグリコシル化部位の１つまたは複数を含むヒトＢＴＬＡの少なくとも７アミノ酸のポリペプチドでありうる。ある特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、配列番号４のＴＩＭ−３ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ７８およびＮ１５１位で１つまたは両方のグリコシル化部位を含むヒトＴＩＭ−３の少なくとも７アミノ酸のポリペプチドである。ある特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、配列番号５のＬＡＧ−３ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ１６６、Ｎ２２８、Ｎ２３４、およびＮ３２１位でグリコシル化部位の１つまたは複数を含むヒトＬＡＧ−３の少なくとも７アミノ酸のポリペプチドである。ある特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、配列番号６のＢＴＮ１Ａ１ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ５５、Ｎ２１５、およびＮ４４９位でグリコシル化部位の１つまたは複数を含むヒトＢＴＮ１Ａ１の少なくとも７アミノ酸のポリペプチドである。ある特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、配列番号７のＢＴＬＡ ＩＣＰタンパク質配列のアミノ酸Ｎ１０４、Ｎ１１１、およびＮ１１５位でグリコシル化部位の１つまたは複数を含むヒトＣＥＡＣＡＭ１の少なくとも７アミノ酸のポリペプチドである。ある特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原は、配列番号８のセマフォリン４Ｄアミノ酸配列のアミノ酸Ｎ１３９、Ｎ１９１、Ｎ２０４、Ｎ２５４、Ｎ６１３、およびＮ６３２位で６つのグリコシル化部位の１つまたは複数を含むヒトセマフォリン４Ｄの少なくとも７アミノ酸のポリペプチドである。抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、これらのグリコシル化部位の１つまたは複数を含むエピトープに結合しうる。
他の実施形態において、抗体を作製および選択する方法において使用するためのグリコシル化ヒトＩＣＰ抗原は、ＰＤ−Ｌ２、ＢＴＮＬ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＣＴＬＡ−４、ＶＩＳＴＡ、またはＫＩＲから選択される。好ましくは、ＩＣＰはヒトＩＣＰである。他の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原（好ましくはヒト）は、以下の１つである：ＡＧＥＲ、ＡＬＣＡＭ、ＡＭＩＧＯ１、ＡＭＩＧＯ２、ＡＭＩＧＯ３、ＡＸＬ、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡＭ、ＢＣＡＮ、ＢＯＣ、ＢＳＧ、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ３、ＢＴＮＬ１、ＢＴＮＬ６、ＢＴＮＬ７、ＢＴＮＬ９、ＣＡＤＭ１、ＣＡＤＭ２、ＣＡＤＭ３、ＣＡＤＭ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＣＤ１Ｄ２、ＣＤ２、ＣＤ２００、ＣＤ２２、ＣＤ２２６、ＣＤ２４４、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ２８、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＢ、ＣＤ３００ＬＤ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＤ３３、ＣＤ３Ｅ、ＣＤ３Ｇ、ＣＤ４、ＣＤ４８、ＣＤ７、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８４、ＣＤ８６、ＣＤ８Ａ、ＣＤ８Ｂ、ＣＤ８Ｂ１、ＣＤＯＮ、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ５、ＣＨＬ１、ＣＩＬＰ、ＣＮＴＦＲ、ＣＮＴＮ１、ＣＮＴＮ２、ＣＮＴＮ６、ＣＲＬ、ＣＲＴＡＭ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＸＡＤＲ、ＥＭＢＦ、ＥＲＭＡＰ、ＥＳＡＭ、Ｆ１１Ｒ、ＦＡＩＭ３、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲＴ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬＡ、ＦＣＲＬＢ、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ１、ＦＬＴ３、ＧＰ６、ＧＰＡ３３、ＨＡＰＬＮ１、ＨＡＰＬＮ２、ＨＡＰＬＮ３、ＨＡＶＣＲ１、ＨＥＰＡＣＡＭ、ＨＥＰＡＣＡＭ２、ＩＣＡＭ１、ＩＣＡＭ２、ＩＣＡＭ４、ＩＣＡＭ５、ＩＣＯＳ、ＩＦＮＧＲ１、ＫＩＴ、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＩＲ１、ＬＥＰＲ、ＬＩＬＲＡ５、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＮＧＯ１、ＬＩＮＧＯ２、ＬＩＮＧＯ４、ＬＲＦＮ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＦＮ３、ＬＲＦＮ４、ＬＲＦＮ５、ＬＲＩＧ１、ＬＲＩＧ２、ＬＲＩＧ３、ＬＲＩＴ１、ＬＲＲＣ４、ＬＲＲＮ１、ＬＲＲＮ２、ＬＲＲＮ３、ＬＳＡＭＰ、ＬＳＲ、ＬＹ６Ｇ６Ｆ、ＬＹ９、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＡＬＴ１、ＭＣＡＭ、ＭＥＲＴＫ、ＭＦＡＰ３、ＭＯＧ、ＭＰＺ、ＭＰＺＬ１、ＭＰＺＬ２、ＭＰＺＬ３、ＭＲ１、ＭＵＳＫ、ＭＸＲＡ８、ＮＣＡＭ１、ＮＣＡＭ２、ＮＣＲ１、ＮＥＧＲ１、ＮＥＯ１、ＮＦＡＭ１、ＮＰＴＮ、ＮＲＣＡＭ、ＮＲＧ１、ＮＴＭ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＯＰＣＭＬ、ＯＳＣＡＲ、ＰＡＰＬＮ、ＰＤＣＤ１、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＥＣＡＭ１、ＰＩＧＲ、ＰＲＴＧ、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＫ７、ＰＴＰＲＤ、ＰＴＰＲＫ、ＰＴＰＲＳ、ＰＴＰＲＴ、ＰＴＰＲＵ、ＰＶＲ、ＰＶＲＬ１、ＰＶＲＬ２、ＰＶＲＬ３、ＰＶＲＬ４、ＰＸＤＮ、ＲＯＢＯ１、ＲＯＢＯ２、ＲＯＢＯ３、ＲＯＢＯ４、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＣＮ２Ｂ、ＳＣＮ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ａ、ＳＥＭＡ３Ｂ、ＳＥＭＡ３Ｃ、ＳＥＭＡ３Ｆ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ４Ｃ、ＳＥＭＡ４Ｆ、ＳＥＭＡ４Ｇ、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＩＧＧＩＲ、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＬＡＭＦ１、ＳＬＡＭＦ６、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ８、ＳＬＡＭＦ９、ＴＡＰＢＰ、ＴＡＰＢＰＬ、ＴＥＫ、ＴＨＹ１、ＴＩＥ１、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭＤ４、ＴＭＥＭ２５、ＴＭＥＭ８１、ＴＭＩＧＤ１、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭ２、ＴＲＥＭＬ１、ＴＲＥＭＬ２、ＴＲＥＭＬ４、ＴＹＲＯ３、ＵＮＣ５Ａ、ＵＮＣ５Ｂ、ＵＮＣ５Ｃ、ＶＣＡＭ１、ＶＰＲＥＢ１、ＶＰＲＥＢ３、ＶＳＩＧ１、ＶＳＩＧ２、ＶＳＩＧ４、ＶＳＩＧ８、ＶＴＣＮ１、またはＷＦＩＫＫＮ２。
非グリコシル化ＩＣＰと比較してグリコシル化ＩＣＰへの選択的かつ優先的結合についてスクリーニングされる抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体を産生する方法は、限定的であると意図されない。特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ抗原に対するモノクローナル抗体（ＭＡｂ）を産生するために、ハイブリドーマ技術を使用し、抗体をグリコシル化ＩＣＰまたはそのグリコシル化ペプチドへの特異的結合についてスクリーニングする。本発明の方法によれば、グリコシル化ＩＣＰまたはそのグリコシル化ペプチドは、免疫応答を誘発するため、およびグリコシル化ＩＣＰに対する抗体を産生するＢ細胞を生成するために、非ヒト動物を免疫するための抗原または免疫原として使用される。次に、抗体を、ＩＣＰの非グリコシル化形態と比較してグリコシル化ＩＣＰへの特異的結合およびグリコシル化ＩＣＰへの優先的結合についてスクリーニングする。抗体はまた、そのＩＣＰ結合パートナーへのグリコシル化ＩＣＰの結合の遮断または阻害についてスクリーニングしてもよい。一例において、抗体は、グリコシル化ＰＤ−Ｌ１に選択的かつ優先的に結合し、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を遮断または阻害する。あるいは、抗体は、グリコシル化ＰＤ−１に選択的かつ優先的に結合し、ＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−Ｌ２を含むＰＤ−１の結合パートナーへのＰＤ−１の結合を遮断または阻害する。本明細書において提供される方法によって選択および同定された抗体は、ＩＣＰによって媒介される免疫抑制活性を調節することができる治療剤として、または生物試料中のグリコシル化ＩＣＰを検出および特徴付けするために有用な試薬としての用途を有する。
モノクローナル抗体は、所定の標的抗原に対して単特異的である抗体である。ＭＡｂは、標的抗原を対象とするが様々なＢ細胞によって産生されるポリクローナル抗体とは対照的に、独自の親Ｂ細胞の全てのクローンである同一の免疫Ｂ細胞によって合成および産生される。モノクローナル抗体は、一価の親和性を有し、同じエピトープに結合する。一般的に、抗体を生成するための免疫原として使用される標的抗原に特異的に結合するモノクローナル抗体を産生することができる。そのようなＭＡｂは、標的抗原を検出もしくは精製するために、または標的抗原の生物活性を調節するために役立ちうる。加えて、所定の標的抗原に対して特異性を有するＭＡｂ、特に単離および精製されたＭＡｂを、がん、腫瘍などの疾患および病的状態の処置に使用してもよい。実施形態において、標的抗原はグリコシル化ＩＣＰまたはそのグリコシル化ペプチド部分である。実施形態において、グリコシル化ＩＣＰまたはそのグリコシル化ペプチド部分に対して生成されたＭＡｂは、非グリコシル化ＩＣＰと比較してグリコシル化ＩＣＰを特異的かつ選択的に認識して結合する。
定義
本明細書において使用される用語「１つの（a）」または「１つの（an）」は、１つまたは複数を意味しうる。
本明細書において使用される用語「または」は、代替物のみを指すことが明白に示されている場合、または代替物が相互に排他的である場合を除き「および／または」を意味するが、本開示は、代替物のみと「および／または」を指す定義を支持する。
本明細書において使用される用語「別の」は、少なくとも２番目以上を意味する。
本明細書において使用される用語「約」は、方法が、値または試験対象間に存在する変動を決定するために使用される、値が装置の固有の誤差の変動を含むことを示すために使用される。
本明細書において使用される用語「プログラム死リガンド−１」または「ＰＤ−Ｌ１」は、特に示していなければ、哺乳動物、例えば霊長類（例えば、ヒト、カニクイザル（ｃｙｎｏ））、イヌ、および齧歯類（例えば、マウスおよびラット）を含む任意の脊椎動物源由来のポリペプチド（用語「ポリペプチド」および「タンパク質」は本明細書において互換的に使用される）または任意のネイティブＰＤ−Ｌ１を指し、ある特定の実施形態において、様々なＰＤ−Ｌ１アイソフォーム、そのＳＮＰ変種を含む関連するＰＤ−Ｌ１ポリペプチドを含む。同様に、用語「プログラム細胞死１」または「ＰＤ−１」は、霊長類（例えば、ヒト、カニクイザル（ｃｙｎｏ））、イヌ、および齧歯類（例えば、マウスおよびラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物起源のＰＤ−１を指す。特に示していなければ、ＰＤ−１はまた、様々なＰＤ−１アイソフォーム、そのＳＮＰ変種を含む関連するＰＤ−１ポリペプチド、ならびにリン酸化ＰＤ−１、グリコシル化ＰＤ−１、およびユビキチン化ＰＤ−１を含むが、これらに限定されないＰＤ−１の異なる改変形態も含む。
ヒトＰＤ−Ｌ１の例示的なアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ：Ｑ９ＮＺＱ７．１；ＧＩ：８３２８７８８４）を以下に提供する：
ＭＲＩＦＡＶＦＩＦＭ ＴＹＷＨＬＬＮＡＦＴ ＶＴＶＰＫＤＬＹＶＶ ＥＹＧＳＮＭＴＩＥＣ ＫＦＰＶＥＫＱＬＤＬ ＡＡＬＩＶＹＷＥＭＥ ＤＫＮＩＩＱＦＶＨＧ ＥＥＤＬＫＶＱＨＳＳ ＹＲＱＲＡＲＬＬＫＤ ＱＬＳＬＧＮＡＡＬＱ ＩＴＤＶＫＬＱＤＡＧ ＶＹＲＣＭＩＳＹＧＧ ＡＤＹＫＲＩＴＶＫＶ ＮＡＰＹＮＫＩＮＱＲ ＩＬＶＶＤＰＶＴＳＥ ＨＥＬＴＣＱＡＥＧＹ ＰＫＡＥＶＩＷＴＳＳ ＤＨＱＶＬＳＧＫＴＴ ＴＴＮＳＫＲＥＥＫＬ ＦＮＶＴＳＴＬＲＩＮ ＴＴＴＮＥＩＦＹＣＴ ＦＲＲＬＤＰＥＥＮＨ ＴＡＥＬＶＩＰＥＬＰ ＬＡＨＰＰＮＥＲＴＨ ＬＶＩＬＧＡＩＬＬＣ ＬＧＶＡＬＴＦＩＦＲ ＬＲＫＧＲＭＭＤＶＫ ＫＣＧＩＱＤＴＮＳＫ ＫＱＳＤＴＨＬＥＥＴ（配列番号１）。配列番号１において、アミノ末端のアミノ酸１〜１８は、ヒトＰＤ−Ｌ１タンパク質のシグナル配列を構成する。したがって、成熟ヒトＰＤ−Ｌ１タンパク質は、配列番号１のアミノ酸１９〜２９０からなる。
ヒトＰＤ−１の例示的なアミノ酸配列（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｑ１５１１６．３ ＧＩ：１４５５５９５１５）を以下に提供する：
ＭＱＩＰＱＡＰＷＰＶ ＶＷＡＶＬＱＬＧＷＲ ＰＧＷＦＬＤＳＰＤＲ ＰＷＮＰＰＴＦＳＰＡ ＬＬＶＶＴＥＧＤＮＡ ＴＦＴＣＳＦＳＮＴＳ ＥＳＦＶＬＮＷＹＲＭ ＳＰＳＮＱＴＤＫＬＡ ＡＦＰＥＤＲＳＱＰＧ ＱＤＣＲＦＲＶＴＱＬ ＰＮＧＲＤＦＨＭＳＶ ＶＲＡＲＲＮＤＳＧＴ ＹＬＣＧＡＩＳＬＡＰ ＫＡＱＩＫＥＳＬＲＡ ＥＬＲＶＴＥＲＲＡＥ ＶＰＴＡＨＰＳＰＳＰ ＲＰＡＧＱＦＱＴＬＶ ＶＧＶＶＧＧＬＬＧＳ ＬＶＬＬＶＷＶＬＡＶ ＩＣＳＲＡＡＲＧＴＩ ＧＡＲＲＴＧＱＰＬＫ ＥＤＰＳＡＶＰＶＦＳ ＶＤＹＧＥＬＤＦＱＷ ＲＥＫＴＰＥＰＰＶＰ ＣＶＰＥＱＴＥＹＡＴ ＩＶＦＰＳＧＭＧＴＳ ＳＰＡＲＲＧＳＡＤＧ ＰＲＳＡＱＰＬＲＰＥ ＤＧＨＣＳＷＰＬ（配列番号２）。配列番号２において、グリコシル化アミノ酸残基を下線および太字で示す。同様に配列番号２において、アミノ末端アミノ酸１〜２０位は、ヒトＰＤ−１タンパク質のシグナル配列を構成する。したがって、成熟ヒトＰＤ−１タンパク質は、配列番号２のアミノ酸２１〜２８８位からなる。
本明細書において記述されるポリペプチドおよびペプチドを構成するアミノ酸残基の略語、ならびにこれらのアミノ酸残基対する保存的置換を、以下の表２に示す。１つまたは複数の保存的アミノ酸置換を含むポリペプチド、または本明細書において記述されるポリペプチドの保存的に改変された変種は、当初のまたは天然に存在するアミノ酸が、類似の特徴、例えば類似の電荷、疎水性／親水性、側鎖の大きさ、骨格のコンフォメーション、構造、および剛性などを有する他のアミノ酸に置換されているポリペプチドを指す。このため、これらのアミノ酸変化は、典型的に、ポリペプチドの生物活性、機能、または他の所望の特性、例えば抗原に対するその親和性またはその特異性を変更することなく行われうる。一般的に、ポリペプチドの非必須領域における１つのアミノ酸置換は、生物活性を実質的に変更しない。さらに、構造または機能が類似であるアミノ酸の置換は、ポリペプチドの生物活性を妨害する可能性がより低い。
用語「抗体」、「免疫グロブリン」、および「Ｉｇ」は、本明細書において広い意味で互換的に使用され、具体的に、以下に記述されるように、例えば個々の抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、例えば本明細書において記述されるモノクローナル抗体（アゴニスト、アンタゴニスト、中和抗体、完全長またはインタクトモノクローナル抗体、抗原結合活性を維持している抗体のペプチド断片を含む）、抗非グリコシル化ＩＣＰ抗体、および抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、ポリエピトープまたはモノエピトープ特異性を有する抗ＩＣＰ抗体組成物、ポリクローナル抗体または一価抗体、多価抗体、少なくとも２つのインタクト抗体またはその抗原結合断片から形成される多重特異性抗体（例えば、それらが所望の生物活性を示す限り二重特異性抗体または二重パラトープ性抗体）、一本鎖抗ＩＣＰ抗体、および抗ＩＣＰ抗体の断片が範囲に含まれる。抗体は、ヒト、ヒト化、キメラ、および／または親和性成熟抗体でありうる。抗体は、他の種、例えばマウス、ラット、ウサギなど由来であってもよい。用語「抗体」は、特異的分子抗原に結合することができるポリペプチドの免疫グロブリンクラス内のＢ細胞のポリペプチド産物を含むと意図される。抗体は典型的に、ポリペプチド鎖の２つの同一の対で構成され、それぞれの対は、１つの重鎖（約５０〜７０ｋＤａ）と１つの軽鎖（約２５ｋＤａ）を有し、重鎖および軽鎖のアミノ末端部分は、約１００〜約１３０またはそれ超のアミノ酸の可変領域を含み、それぞれの鎖のカルボキシ末端部分は定常領域を含む（Borrebaeck (ed.), 1995, Antibody Engineering, Second Ed., Oxford University Press.; Kuby, 1997, Immunology, Third Ed., W.H. Freeman and Company, New Yorkを参照されたい）。特異的実施形態において、本明細書において提供される抗体が結合する特異的分子抗原は、ＩＣＰ抗原ポリペプチド、ＩＣＰペプチド断片、またはＩＣＰエピトープを含む。ＩＣＰポリペプチド、ＩＣＰペプチド断片、またはＩＣＰエピトープは、非グリコシル化またはグリコシル化されうる。特定の実施形態において、ＩＣＰポリペプチド、ＩＣＰペプチド断片、またはＩＣＰエピトープはグリコシル化される。ＩＣＰ抗原に結合する抗体またはそのペプチド断片は、例えば、イムノアッセイ、ＢＩＡｃｏｒｅ、または当業者に公知のおよび本明細書における実施例において記述される他の技術によって同定することができる。抗体またはその断片は、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）および酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）などの実験技術を使用して決定した場合に、いかなる交叉反応抗原よりも高い親和性でＩＣＰ抗原に結合するとき、ＩＣＰ抗原に特異的に結合する。典型的に、特異的または選択的結合反応は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの少なくとも２倍、より典型的に、バックグラウンドシグナルまたはノイズの５〜１０倍超である。例えば、抗体特異性に関する考察に関しては、Paul, ed., 1989, Fundamental Immunology Second Edition, Raven Press, New York at pages 332-336を参照されたい。
本明細書において提供される抗体には、合成抗体、モノクローナル抗体、組み換え産生された抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、イントラボディ、抗イディオタイプ抗体（抗Ｉｄ）、および上記のいずれか１つの機能的断片（例えば、グリコシル化ＩＣＰ結合断片などの抗原結合断片）が挙げられるがこれらに限定されるわけではない。結合断片は、抗体重鎖または軽鎖ポリペプチドの一部、例えば断片が由来する抗体の結合活性のいくつかまたは全てを保持するペプチド部分を指す。機能的断片（例えば、ＩＣＰ結合断片などの抗原結合断片）の非限定的な例には、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（例えば、単特異性、二重特異性、二重パラトープ性、一価（例えば単一のＶＨまたはＶＬドメインを有する）、または二価等）、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）断片、Ｆ（ａｂ）２断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、およびミニボディが挙げられる。特に、本明細書において提供される抗体は、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、例えばＩＣＰ抗原、特にグリコシル化ＩＣＰ抗原に結合する抗原結合部位（例えば、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ））を含む抗原結合ドメインまたは分子を含む。そのような抗体断片の説明は、例えば、Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York(1989); Myers (ed.), Molec. Biology and Biotechnology: A Comprehensive Desk Reference, New York: VCH Publisher, Inc.；Huston et al., Cell Biophysics, 22:189-224(1993)；Pluckthun and Skerra, Meth. Enzymol., 178:497-515(1989) and in Day, E.D., Advanced Immunochemistry, Second Ed., Wiley-Liss, Inc., New York, NY(1990)に見出されうる。本明細書において提供される抗体は、免疫グロブリン分子の任意のタイプ（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、およびＩｇＹ）、任意のクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、およびＩｇＡ２）、または任意のサブクラス（例えば、ＩｇＧ２ａおよびＩｇＧ２ｂ）の抗体でありうる。抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、アゴニスト抗体またはアンタゴニスト抗体でありうる。ある特定の実施形態において、抗ＩＣＰ抗体は、完全ヒト、例えば完全ヒトモノクローナル抗ＩＣＰ抗体である。ある特定の実施形態において、抗ＩＣＰ抗体は、ヒト化されており、例えば、ヒト化モノクローナル抗ＩＣＰ抗体である。ある特定の実施形態において、本明細書において提供される抗体は、ＩｇＧ抗体、またはそのクラス（例えば、ヒトＩｇＧ１またはＩｇＧ４）もしくはサブクラス、特にＩｇＧ１サブクラスの抗体である。
４本鎖抗体単位は、２つの同一の軽（Ｌ）鎖と２つの同一の重（Ｈ）鎖で構成されるヘテロ４量体糖タンパク質である。ＩｇＧの場合、４本鎖（非還元）抗体単位の分子量は、一般的に約１５０，０００ダルトンである。それぞれのＬ鎖は、１つの共有ジスルフィド結合によってＨ鎖に連結され、Ｈ鎖のアイソタイプに応じて、２つのＨ鎖が１つまたは複数のジスルフィド結合によって互いに連結される。それぞれのＨおよびＬ鎖はまた、規則正しい間隔の鎖内ジスルフィド架橋を有する。Ｎ末端において、それぞれのＨ鎖は、可変ドメイン（ＶＨ）の後に、αおよびγ鎖のそれぞれにつき３つの定常ドメイン（ＣＨ）を有し、μおよびεアイソタイプにつき４つのＣＨドメインを有する。それぞれのＬ鎖は、Ｎ末端において可変ドメイン（ＶＬ）を有し、その後にそのカルボキシ末端において定常ドメイン（ＣＬ）を有する。ＶＬドメインは、ＶＨドメインと整列し、ＣＬドメインは、重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）と整列する。特定のアミノ酸残基が、軽鎖と重鎖可変ドメインの間の界面を形成すると考えられている。ＶＨおよびＶＬが共に対形成すると、単一の抗原結合部位を形成する。免疫グロブリン分子の基本構造は、当業者によって理解される。例えば、抗体の異なるクラスの構造および特性は、Basic and Clinical Immunology, 8th edition, Daniel P. Stites, Abba I. Terr and Tristram G. Parslow (eds.), Appleton & Lange, Norwalk, CT, 1994, page 71 and Chapter 6において見出されうる。
本明細書において使用される用語「抗原」または「標的抗原」は、抗体が選択的に結合することができる既定の分子である。標的抗原は、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、核酸、脂質、ハプテン、または他の天然に存在するもしくは合成の化合物でありうる。実施形態において、標的抗原は低分子である。ある特定の実施形態において、標的抗原は、ポリペプチドまたはペプチドであり、好ましくはグリコシル化ＩＣＰである。
本明細書において使用される用語「抗原結合断片」、「抗原結合ドメイン」、「抗原結合領域」、および類似の用語は、抗原と相互作用して、結合剤としての抗体に、抗原に対するその特異性および親和性を付与するアミノ酸残基を含む抗体の部分を指す（例えば、抗体のＣＤＲは、抗原結合領域である）。抗原結合領域は、任意の動物種、例えば齧歯類（例えば、ウサギ、ラット、またはハムスター）およびヒトに由来しうる。特異的実施形態において、抗原結合領域は、ヒト起源の領域でありうる。
「単離」抗体は、細胞材料または細胞もしくは組織起源の他の混入タンパク質、および／または抗体が由来する他の混入成分を実質的に含まず、または化学合成されるときの化学前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない。語句「細胞材料を実質的に含まない」には、単離されたまたは組み換え産生された細胞の細胞成分から分離されている抗体の調製物を含む。このため、細胞材料を実質的に含まない抗体は、異種タンパク質（本明細書において「混入タンパク質」とも呼ばれる）の約３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または１％未満（乾燥重量で）を有する抗体の調製物を含む。ある特定の実施形態において、抗体が組み換え産生されるとき、抗体は培養培地を実質的に含まず、例えば、培養培地はタンパク質調製物の体積の約２０％、１５％、１０％、５％、または１％未満を表す。ある特定の実施形態において、抗体が化学合成によって産生されるとき、抗体は、化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まず、例えば抗体は、タンパク質の合成に関係する化学前駆体または他の化学物質から分離されている。したがって、抗体のそのような調製物は、目的の抗体以外の化学前駆体または化合物の約３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または１％未満（乾燥重量で）を有する。混入成分はまた、抗体に対する治療的使用を妨げる材料を含みうるがこれらに限定されるわけではなく、酵素、ホルモン、および他のタンパク質様または非タンパク質様溶質を含みうる。ある特定の実施形態において、抗体は、（１）ローリー法（Lowry et al., J. Bio. Chem., 193: 265-275, 1951）によって決定した場合に、抗体の９５重量％より大きいもしくはそれに等しい、例えば９５重量％、９６重量％、９７重量％、９８重量％、もしくは９９重量％まで、（２）スピニングカップシーケネーターを使用することによって、Ｎ−末端もしくは内部のアミノ酸配列の少なくとも１５残基を得るために十分な程度まで、または（３）クーマシーブルーもしくは銀染色を使用して還元もしくは非還元条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥによって均一となるまで、精製される。単離抗体はまた、抗体の天然の環境の少なくとも１つの成分が存在しないことから、組み換え細胞内のその場の抗体を含む。単離抗体は、典型的に少なくとも１つの精製ステップによって調製される。いくつかの実施形態において、本明細書において提供される抗体は単離されている。
本明細書において使用される用語「結合する」または「結合している」は、例えば複合体の形成を含む分子間の相互作用を指す。実例として、そのような相互作用は、水素結合、イオン結合、疎水性相互作用、およびファンデルワールス相互作用を含む非共有結合的相互作用を包含する。複合体はまた、共有もしくは非共有結合、相互作用、または力によって共に保持される２つまたはそれ超の分子の結合を含みうる。抗体の１つの抗原結合部位と、ＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−１などの標的（抗原）分子上のそのエピトープの間の全体的な非共有結合的相互作用の強度は、そのエピトープについての抗体または機能的断片の親和性である。一価の抗原への抗体の結合（ｋｏｎ）と解離（ｋｏｆｆ）との比率（ｋｏｎ／ｋｏｆｆ）は、結合定数Ｋであり、これは親和性の測定値である。Ｋの値は、抗体および抗原の異なる複合体ごとに異なり、ｋｏｎおよびｋｏｆｆの両方に依存する。本明細書において提供される抗体に対する結合定数Ｋは、本明細書において提供される任意の方法、または当業者に公知の他の任意の方法を使用して決定されうる。１つの結合部位での親和性は、抗体と抗原の間の相互作用の真の強度を必ずしも反映しない。多数の反復抗原性決定基を含む複合抗原が、多数の結合部位を含む抗体と接触するとき、１つの部位で抗体と抗原とが相互作用すると、第２の結合部位での相互作用の確率が増加する。多価抗体と抗原の間のそのような多数の相互作用の強度は、アビディティと呼ばれる。抗体のアビディティは、その個々の結合部位の親和性よりもその結合能のよりよい尺度でありうる。例えば、高いアビディティは、時に、ＩｇＧより低い親和性を有しうる５量体のＩｇＭ抗体において見出されるように低い親和性を補うことができるが、ＩｇＭのアビディティがその多価性に起因して高い場合、ＩｇＭは抗原に有効に結合することができる。
「結合親和性」は、一般的に、ある分子（例えば、抗体などの結合タンパク質）の１つの結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）の間の非共有結合的相互作用の合計の強度を指す。特に示していなければ、本明細書において使用される「結合親和性」は、結合対のメンバー（例えば、抗体と抗原）間の１：１相互作用を反映する内因性の結合親和性を指す。結合分子Ｘのその結合パートナーＹに対する親和性は、一般的に解離定数（Ｋｄ）によって表されうる。親和性は、本明細書において記述される方法を含む、当技術分野で公知の一般的な方法によって測定することができる。低親和性抗体は一般的に、抗原への結合が遅く、容易に解離する傾向があるが、高親和性抗体は一般的に、抗原への結合が速く、抗原により長い時間結合したままである傾向がある。結合親和性を測定する多様な方法が当技術分野で公知であり、そのいずれも、本開示の目的のために使用されうる。特異的な例示的実施形態は、以下を含む：一実施形態において、「Ｋｄ」または「Ｋｄ値」は、当技術分野で公知のアッセイ、例えば結合アッセイによって測定される。Ｋｄは、例えば目的の抗体のＦａｂ部分とその抗原について実施される放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）において測定することができる（Chen, et al., (1999) J. Mol. Biol 293:865-881）。ＫｄまたはＫｄ値はまた、例えばＢＩＡｃｏｒｅ（商標）−２０００またはＢＩＡｃｏｒｅ（商標）−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を使用する表面プラズモン共鳴アッセイ（ＢＩＡｃｏｒｅによる）を使用することによって、または例えばＯｃｔｅｔＱＫ３８４システム（ＦｏｒｔｅＢｉｏ，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ）を使用するバイオレイヤー干渉法によっても測定することができる。「オンレート」または「結合の速度」または「結合速度」または「ｋｏｎ」はまた、例えばＢＩＡｃｏｒｅ（商標）−２０００もしくはＢＩＡｃｏｒｅ（商標）−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）、またはＯｃｔｅｔＱＫ３８４システム（ＦｏｒｔｅＢｉｏ，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ）を使用する、上記の同じ表面プラズモン共鳴またはバイオレイヤー干渉法によって決定することもできる。
用語「抗ｇｌｙＩＣＰ抗体」、「グリコシル化ＩＣＰに特異的に結合する抗体」、または「グリコシル化ＩＣＰに対して特異的である抗体」、「グリコシル化ＩＣＰエピトープに特異的に結合する抗体」、「グリコシル化ＩＣＰに選択的に結合する抗体」、「グリコシル化ＩＣＰエピトープに選択的に結合する抗体」、「グリコシル化ＩＣＰエピトープに優先的に結合する抗体」および類似の用語は、本明細書において互換的に使用され、十分な親和性および特異性で、ＩＣＰ、すなわちグリコシル化またはＷＴ ＩＣＰに結合することができる抗体を指す。抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、グリコシル化ＩＣＰ抗原、ペプチド断片、またはエピトープ（例えば、ヒトＰＤ−Ｌ１ポリペプチド、抗原、またはエピトープなどのヒトＰＤ−Ｌ１）などのグリコシル化ＩＣＰポリペプチドに特異的に結合する。本明細書において提供される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体の「優先的結合」は、例えばグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に優先的に結合する抗体について本明細書の実施例２において記述したように、ＩＣＰの非グリコシル化形態を発現する細胞への結合などの適切な対照と比較した、細胞上に発現するグリコシル化ＩＣＰへの抗体の結合の蛍光強度の定量に基づいて決定されうる。記述の抗ＩＣＰ抗体のグリコシル化ＩＣＰポリペプチドまたはグリコシル化ＩＣＰ発現細胞への優先的結合は、実施例２に記述されるアッセイを使用して、非グリコシル化ＩＣＰポリペプチドまたは非グリコシル化ＩＣＰ発現細胞への抗体の結合と比較して、少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも６７倍、少なくとも８倍、少なくとも１０倍、少なくとも１４倍、少なくとも２０倍またはそれ超高い、測定される蛍光結合強度（ＭＦＩ）値によって示される。実施形態において、グリコシル化ＩＣＰに優先的または選択的に結合する抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、例えば実施例２におけるフローサイトメトリーアッセイに従って決定した場合に、ＩＣＰの非グリコシル化形態または完全にはグリコシル化されていないＩＣＰグリコシル化変種を発現する細胞の結合についての同じ抗体のＭＦＩ値より、ＩＣＰのグリコシル化形態を発現する細胞の結合について、１．５倍から２５倍、または２倍から２０倍、または３倍から１５倍、または４倍から８倍、または２倍から１０倍、または２倍から５倍大きいＭＦＩを示す。前述の全ての間のおよび全てに等しい蛍光強度の倍率値が含まれると意図される。
実施形態において、ヒトグリコシル化ＩＣＰ（例えば、ヒトＰＤ−Ｌ１）に特異的に結合する抗体は、少なくとも１つのＮ連結グリコシル化アミノ酸を含む細胞外ドメイン（ＥＣＤ）またはグリコシル化ＩＣＰのＥＣＤに由来するペプチドに結合することができる。ヒトグリコシル化ＩＣＰ抗原（例えば、ヒトＰＤ−Ｌ１）に特異的に結合する抗体は、近縁の抗原（例えば、カニクイザル（ｃｙｎｏ）ＩＣＰ抗原）と交差反応することができる。好ましい実施形態において、ヒトグリコシル化ＩＣＰ抗原に特異的に結合する抗体は、他のＩＣＰ抗原と交差反応しない。ヒトグリコシル化ＩＣＰ抗原に特異的に結合する抗体は、例えばイムノアッセイ法、Ｂｉａｃｏｒｅ、または当業者に公知の他の技術によって同定することができる。ある特定の実施形態において、本明細書において記述されるヒトグリコシル化ＩＣＰに結合する抗体は、２０ｎＭ、１９ｎＭ、１８ｎＭ、１７ｎＭ、１６ｎＭ、１５ｎＭ、１４ｎＭ、１３ｎＭ、１２ｎＭ、１１ｎＭ、１０ｎＭ、９ｎＭ、８ｎＭ、７ｎＭ、６ｎＭ、５ｎＭ、４ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、または０．１ｎＭ未満であるかまたはそれに等しい、および／または０．１ｎＭ超であるかまたはそれに等しい解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰに結合する抗体は、異なる種（例えば、ヒトとｃｙｎｏ ＰＤ−Ｌ１の間）のＩＣＰにおいて保存されているそのタンパク質のエピトープに結合する。抗体は、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、および酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）などの実験技術を使用して決定した場合に、任意の交差反応抗原より高い親和性でグリコシル化ＩＣＰに結合する場合、グリコシル化ＩＣＰ抗原に特異的に結合する。典型的に、特異的または選択的反応は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの少なくとも２倍であり、バックグラウンドの１０倍超でありうる。例えば、抗体の特異性に関する考察に関しては、Paul, ed., 1989, Fundamental Immunology Second Edition, Raven Press, New York at pages 332 336を参照されたい。そのような実施形態において、「非標的」タンパク質への抗体の結合の程度は、例えば蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）分析または放射免疫沈殿（ＲＩＡ）によって決定した場合に、その特定の標的タンパク質への抗体の結合の約１０％未満と予想される。
実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、グリコシル化ＩＣＰに対して特異的である抗体、例えば抗グリコシル化ＩＣＰ抗体または抗野生型ＩＣＰ（ＩＣＰ ＷＴ）抗体を含み、野生型ＩＣＰタンパク質はグリコシル化されており、グリコシル化ＩＣＰに対して特異的である抗体を含む。好ましい実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、非グリコシル化ＩＣＰと比較してグリコシル化ＩＣＰに特異的かつ優先的に結合する。いくつかの実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、ＩＣＰの線形のグリコシル化モチーフに結合する。いくつかの実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、三次元においてグリコシル化モチーフの１つまたは複数の近位に位置するペプチド配列に結合する。いくつかの実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、非グリコシル化ＩＣＰと比較してグリコシル化モチーフを有するＩＣＰまたはそのペプチドの１つまたは複数のグリコシル化モチーフに選択的に結合する。他の実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、ＩＣＰアミノ酸配列の連続アミノ酸を含む線形のエピトープに結合する。なお他の実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、グリコシル化ＩＣＰの不連続アミノ酸を含むコンフォメーション（非線形）エピトープに結合する。いくつかの実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体またはその結合部分は、非グリコシル化ＩＣＰと比較して示されるＫｄの少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％より小さいＫｄでグリコシル化ＩＣＰに結合する。ある特定の実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体またはその結合部分は、非グリコシル化ＩＣＰと比較して示されるＫｄより５０％より小さいＫｄでグリコシル化ＩＣＰに結合する。いくつかの実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体またはその結合部分は、非グリコシル化ＩＣＰと比較して示されるＫｄの１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、５０％より小さいＫｄでグリコシル化ＩＣＰに結合する。さらなる態様において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体またはその結合部分は、非グリコシル化ＩＣＰと比較して示されるＫｄより少なくとも５〜１０倍小さいＫｄでグリコシル化ＩＣＰに結合する。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体またはその結合部分は、非グリコシル化ＩＣＰと比較して示されるＫｄより少なくとも１０倍小さいＫｄでグリコシル化ＩＣＰに結合する。ある特定の実施形態において、抗体は、ＩＣＰの非グリコシル化形態への結合によって示されるＫｄの１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、または２０％以下であるＫｄでグリコシル化ＩＣＰに結合する。一実施形態において、抗ＩＣＰ抗体またはその結合部分は、ナノモル濃度の親和性で、例えば下限および上限の値を含む５〜２０ｎＭまたは１０〜２０ｎＭの親和性で、グリコシル化ＩＣＰに結合する。
本明細書において抗体を参照して使用される用語「重（Ｈ）鎖」は、アミノ末端部分が約１１５〜１３０またはそれ超のアミノ酸の可変（Ｖ）領域（Ｖドメインとも呼ばれる）を含み、カルボキシ末端部分が定常（Ｃ）領域を含む、約５０〜７０ｋＤａのポリペプチド鎖を指す。定常領域（または定常ドメイン）は、重鎖定常領域のアミノ酸配列に基づき、アルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）、およびミュー（μ）と呼ばれる異なる５つのタイプ（例えば、アイソタイプ）の１つでありうる。異なる重鎖は、大きさが異なる：α、δ、およびγは、およそ４５０アミノ酸を含むが、μおよびεは、およそ５５０アミノ酸を含む。軽鎖と併せると、これらの異なるタイプの重鎖はそれぞれ、５つの周知のクラス（例えば、アイソタイプ）の抗体、すなわち、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭを生じ、ＩｇＧの４つのサブクラス、すなわちＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４を含む。抗体重鎖は、ヒト抗体重鎖でありうる。
本明細書において抗体を参照して使用される用語「軽（Ｌ）鎖」は、約２５ｋＤａのポリペプチド鎖を指し、アミノ末端部分は、約１００〜約１１０またはそれ超のアミノ酸の可変ドメインを含み、カルボキシ末端部分は、定常領域を含む。軽鎖（ＶおよびＣドメインの両方）のおおよその長さは、２１１〜２１７アミノ酸である。軽鎖には２つの異なるタイプが存在し、定常ドメインのアミノ酸配列に基づいてカッパ（κ）およびラムダ（λ）と呼ばれる。軽鎖アミノ酸配列は、当技術分野で周知である。抗体軽鎖は、ヒト抗体軽鎖でありうる。
本明細書において使用される用語「可変（Ｖ）領域」または「可変（Ｖ）ドメイン」は、軽（Ｌ）または重（Ｈ）鎖のアミノ末端に一般的に位置する抗体ポリペプチドのＬ鎖またはＨ鎖の部分を指す。Ｈ鎖Ｖドメインは、約１１５〜１３０アミノ酸長を有するが、Ｌ鎖Ｖドメインは、約１００〜１１０アミノ酸長である。ＨおよびＬ鎖Ｖドメインは、その特定の抗原に対するそれぞれの特定の抗体の結合および特異性において使用される。Ｈ鎖のＶドメインは、「ＶＨ」と呼ばれうる。Ｌ鎖のＶ領域は、「ＶＬ」と呼ばれうる。用語「可変」は、Ｖドメインのある特定の区分が、異なる抗体の間で配列が大きく異なるという事実を指す。Ｖドメインは、抗原の結合を媒介して、その特定の抗原に対する特定の抗体の特異性を定義するが、可変性は抗体Ｖドメインの１１０アミノ酸の全長にわたって均一に分布しているわけではない。その代わりに、Ｖドメインは、それぞれが約９〜１２アミノ酸長である「超可変領域」または「相補性決定領域」（ＣＤＲ）と呼ばれるより大きい可変性（例えば、極度の可変性）のより短い領域によって隔てられた約１５〜３０アミノ酸のフレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれるより可変性の低い（例えば、比較的不変である）鎖からなる。抗体ＨおよびＬ鎖のＶドメインはそれぞれ、４つのＦＲを含み、これらは大部分がβシート立体配座を採用し、３つの超可変領域で接続され、βシート構造を接続するループを形成し、いくつかの例ではβシート構造の一部を形成する。それぞれの鎖における超可変領域は、ＦＲによって共に近位に保持され、他の鎖からの超可変領域と共に、抗体の抗原結合部位の形成に関与する（例えば、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991を参照されたい））。Ｃドメインは、抗原への抗体の結合に直接関与しないが、抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）および補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）などの様々なエフェクター機能を示す。Ｖドメインは、異なる抗体クラスまたはタイプでは配列が大きく異なる。配列の多様性は、ＣＤＲに集中し、これは主に抗体と抗原との相互作用の原因である。特異的実施形態において、抗体の可変ドメインはヒトまたはヒト化可変ドメインである。
本明細書において使用される用語「相補性決定領域」、「ＣＤＲ」、「超可変領域」、「ＨＶＲ」、および「ＨＶ」は、互換的に使用される。「ＣＤＲ」は、抗体ＶＨβシートフレームワークの非フレームワーク領域内の３つの超可変領域（Ｈ１、Ｈ２、もしくはＨ３）の１つ、または抗体ＶＬβシートフレームワークの非フレームワーク領域内の３つの超可変領域（Ｌ１、Ｌ２、もしくはＬ３）の１つを指す。この用語は、本明細書において使用されるとき、配列が高度に可変でありおよび／または構造的に定義されたループを形成する抗体Ｖドメインの領域を指す。一般的に、抗体は、６つの超可変領域：ＶＨドメインにおける３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）およびＶＬドメインにおける３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）を含む。したがって、ＣＤＲは、典型的に、Ｖドメインのフレームワーク領域配列内に介在する高度に可変の配列である。「フレームワーク」または「ＦＲ」残基は、ＣＤＲに隣接するそれらの可変領域残基である。ＦＲ残基は、例えばキメラ、ヒト化、ヒト、ドメイン抗体、ダイアボディ、線形抗体、二重特異性抗体または二重パラトープ性抗体に存在する。
多数の高度可変領域の描写が使用されており、本明細書において包含される。ＣＤＲ領域は当業者に周知であり、例えば、抗体Ｖドメイン内の最も超可変性の領域としてＫａｂａｔによって定義されている（Kabat et al., J. Biol. Chem. 252:6609-6616(1977); Kabat, Adv. Prot. Chem. 32:1-75(1978)）。Ｋａｂａｔ ＣＤＲは、配列多様性に基づいており、最も一般的に使用される（例えば、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)を参照されたい）。ＣＤＲ領域配列はまた、保存されたβシートフレームワークの一部ではなく、このため異なる立体構造を採用することができる残基としてＣｈｏｔｈｉａによって構造的に定義されている（Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917(1987)）。Ｃｈｏｔｈｉａは、その代わりに構造ループの位置を指す。Ｋａｂａｔ付番の慣例を使用して付番したときのＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ−Ｈ１ループの末端は、ループの長さに応じてＨ３２からＨ３４の間で変化する（これは、Ｋａｂａｔの付番スキームがＨ３５ＡおよびＨ３５Ｂで挿入を配置するために起こり；３５Ａも３５Ｂのいずれも存在しなければ、ループは３２で終了し、３５Ａのみが存在する場合ループは３３で終了し、３５Ａと３５Ｂの両方が存在する場合、ループは３４で終了する）。いずれの付番システムおよび専門用語も当技術分野で十分に認識されている。
最近、普遍的な付番システム、ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ（ＩＭＧＴ）情報システム（登録商標）（Lafranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27(1):55-77(2003)）が開発されて、広く使用されている。ＩＭＧＴは、免疫グロブリン（Ｉｇ）、Ｔ細胞受容体（ＴＲ）、ならびにヒトおよび他の脊椎動物の主要組織適合複合体（ＭＨＣ）を専門とする総合情報システムである。本明細書において、ＣＤＲは、アミノ酸配列と、軽鎖または重鎖内の位置の両方に関して参照される。免疫グロブリンＶドメインの構造内のＣＤＲの「位置」は、構造特徴に従って可変ドメイン配列を整列させる付番システムを使用することによって、種の間で保存されており、ループと呼ばれる構造で存在することから、ＣＤＲおよびフレームワーク残基は容易に同定される。この情報は、１つの種の免疫グロブリンからのＣＤＲ残基を典型的にヒト抗体からのアクセプターフレームワークに移植および置換するために使用することができる。追加の付番システム（ＡＨｏｎ）が、Honegger and Pluckthun, J. Mol. Biol. 309: 657-670 (2001)によって開発されている。例えば、Ｋａｂａｔの付番とＩＭＧＴの独自の付番システムを含む付番システム間の対応は、当業者に周知である（例えば、Kabat、上記；Chothia and Lesk、上記；Martin、上記；およびLefranc et al., 1999, Nuc. Acids Res., 27:209-212を参照されたい）。
ＣＤＲ領域配列はまた、ＡｂＭ、Ｃｏｎｔａｃｔ、およびＩＭＧＴによっても定義されている。ＡｂＭ超可変領域は、Ｋａｂａｔ ＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ構造ループの間の妥協点を表し、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェア（例えば、Martin, in Antibody Engineering, Vol. 2, Chapter 3, Springer Verlagを参照されたい）によって使用される。「ｃｏｎｔａｃｔ」超可変領域は、利用可能な複合体の結晶構造の解析に基づく。これらの超可変領域またはＣＤＲのそれぞれからの残基を以下に記す。
ＣＤＲ領域配列の例示的な描写を、以下の表３に例示する。標準的な抗体可変領域内のＣＤＲの位置は、多数の構造との比較によって決定されている（Al-Lazikani et al., J. Mol. Biol. 273:927-948 (1997); Morea et al., Methods 20:267-279 (2000)）。超可変領域内の残基数は、異なる抗体において変化することから、標準的な可変領域付番スキーム（Al-Lazikani et al.,上記(1997)）では、標準的な位置と比較した追加の残基を、慣例によって残基番号の次にａ、ｂ、ｃなどと付番する。そのような命名法は同様に当業者に周知である。
「親和性成熟」抗体は、それらの変更を有しない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性の改善が起こる、１つまたは複数のそのＨＶＲにおける１つまたは複数の変更（例えば、変化、付加、および／または欠失を含むアミノ酸配列の変動）を有する抗体である。ある特定の実施形態において、親和性成熟抗体は、標的抗原、例えばグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に対してナノモル濃度またはピコモル濃度の親和性さえ有すると予想される。親和性成熟抗体は、当技術分野で公知の技法によって産生される。総説に関しては、Hudson and Souriau, Nature Medicine 9:129-134(2003)；Hoogenboom, Nature Bioethanol. 23:1105-1116(2005)；Quiroz and Sinclair, Revitas Ingeneria Biomedia 4 : 39-51(2010)を参照されたい。
「キメラ」抗体は、所望の生物活性を示す限り、Ｈおよび／またはＬ鎖の一部、例えばＶドメインが、特定の種に由来するまたは特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応するアミノ酸配列と同一または相同であるが、鎖の残り、例えばＣドメインは、別の種に由来するまたは別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一または相同である抗体、ならびにそのような抗体の断片である（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号明細書；およびMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855(1984)を参照されたい）。
「ヒト化」された非ヒト（例えば、マウス）抗体は、本来のＣＤＲ残基が、所望の特異性、親和性、ならびに抗原結合および相互作用能を有する非ヒト種（例えば、ドナー抗体）、例えばマウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長類の対応するＣＤＲの残基で置き換えられているヒト免疫グロブリン配列を指す抗体（例えば、レシピエント抗体）のキメラ形態である。いくつかの例において、ヒト免疫グロブリンの１つまたは複数のＦＲ領域残基を同様に、対応する非ヒト残基で置き換えてもよい。加えて、ヒト化抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体において見出されない残基を含みうる。これらの改変は、ヒト化抗体の性能をさらに精密化するために行われる。ヒト化抗体のＨまたはＬ鎖は、ＣＤＲの全てまたは実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト免疫グロブリン配列のＦＲである、少なくとも１つまたは複数の可変領域の実質的に全てを含みうる。ある特定の実施形態において、ヒト化抗体は、典型的に、ヒト免疫グロブリンの、免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部（Ｆｃ）を含む。当業者に公知であるが、さらなる詳細は、望ましければ、例えばJones et al., Nature, 321:522-525(1986)；Riechmann et al., Nature, 332:323-329(1988)；およびPresta, Curr. Op. Struct. Biol., 2:593-596(1992)；Carter et al., Proc. Natl. Acd. Sci. USA, 89:4285-4289(1992)；ならびに米国特許第６，８００，７３８号明細書（２００４年１０月５日発行）、同第６，７１９，９７１号明細書（２００５年９月２７日発行）、同第６，６３９，０５５号明細書（２００３年１０月２８日発行）、同第６，４０７，２１３号明細書（２００２年６月１８日発行）、および同第６，０５４，２９７号明細書（２０００年４月２５日発行）において見出されうる。
用語「ヒト抗体」および「完全ヒト抗体」は、本明細書において互換的に使用され、ヒトによって産生された、および／または当業者によって実践されるようにヒト抗体を作製する技術のいずれかを使用して作製されている抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有する抗体を指す。ヒト抗体のこの定義は、具体的には、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を除外する。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリ（Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227:381(1991)；Marks et al., J. Mol. Biol., 222:581(1991)）、および酵母ディスプレイライブラリ（Chao et al., Nature Protocols 1:755-768(2006)）を含む、当技術分野で公知の様々な技術を使用して産生することができる。Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77(1985)；Boerner et al., J. Immunol., 147(1):86-95(1991)に記述される方法も同様に、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用可能である。同様にvan Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol., 5: 368-74(2001)も参照されたい。ヒト抗体は、その内因性のＩｇ座が無能力化されていて、抗原チャレンジに応答してヒト抗体が生成されるように、ヒト抗体をコードするヒト免疫グロブリン遺伝子を有するように遺伝子改変されているトランスジェニック動物、例えばマウスに抗原を投与することによって調製することができる（例えば、Jakobovits, A., Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 6(5):561-6；Bruggemann and Taussing, Curr. Opin. Biotechnol. 1997, 8(4):455-8；ならびにＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）技術に関して米国特許第６，０７５，１８１号明細書および同第６，１５０，５８４号明細書を参照されたい）。同様に、例えばヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術によって生成されるヒト抗体に関して、Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562(2006)も参照されたい。特異的実施形態において、ヒト抗体は、ヒト起源の可変領域と定常領域とを含む。「完全なヒト」抗グリコシル化ＩＣＰ抗体はまた、ある特定の実施形態において、免疫チェックポイントポリペプチドに結合し、ヒト生殖系列免疫グロブリン核酸配列の天然に存在する体細胞変種である核酸配列によってコードされる抗体も包含することができる。特異的実施形態において、本明細書において提供される抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、完全なヒト抗体である。用語「完全ヒト抗体」は、Ｋａｂａｔら（Kabat, et al., 1991, Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242を参照されたい）によって記述されるヒト生殖系列免疫グロブリン配列に対応する可変および定常領域を有する抗体を含む。語句「組み換えヒト抗体」は、組み換え手段によって調製、発現、作製、または単離されたヒト抗体、例えば宿主細胞にトランスフェクトされた組み換え発現ベクターを使用して発現された抗体；組み換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリから単離された抗体；ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックおよび／またはトランスクロモゾームである動物（例えば、マウスまたはウシ）から単離された抗体（例えば、Taylor, L. D., et al. (1992) Nucl. Acids Res. 20:6287-6295を参照されたい）；またはヒト免疫グロブリン遺伝子配列の他のＤＮＡ配列へのスプライシングを伴う他の任意の手段によって調製、発現、作製、もしくは単離された抗体を含む。そのような組み換えヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変および定常領域を有しうる（Kabat, E. A., et al., 1991、同上を参照されたい）。しかし、ある特定の実施形態において、そのような組み換えヒト抗体は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ変異誘発（またはヒトＩｇ配列についてトランスジェニックである動物を使用するときは、ｉｎ ｖｉｖｏ体細胞変異誘発）を受け、このため、組み換え抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖系列ＶＨおよびＶＬ配列に由来して関連するが、ｉｎ ｖｉｖｏでヒト抗体生殖系列レパートリー内に天然には存在しない配列である。
本明細書において使用される用語「エピトープ」は、１つの抗体分子が結合する抗原分子の表面上の部位または領域、例えば抗原、例えば抗ＩＣＰまたは抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体の１つまたは複数の抗原結合領域が結合することができるＩＣＰポリペプチドまたはグリコシル化ＩＣＰポリペプチドの表面上の局所領域である。エピトープは、免疫原性でありえて、動物において免疫応答を誘発することができる。エピトープは、必ずしも免疫原性である必要はない。エピトープはしばしば、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学活性表面基からなり、特異的三次元構造特徴および特異的電荷特徴を有する。エピトープは、線形エピトープおよびコンフォメーションエピトープでありうる。エピトープに関与するポリペプチドの領域は、線形エピトープを形成するポリペプチドの連続するアミノ酸でありうるか、またはエピトープは、典型的にコンフォメーションエピトープと呼ばれるポリペプチドの２つもしくはそれ超の不連続なアミノ酸もしくは領域から形成されうる。エピトープは、抗原の三次元表面特徴であってもなくてもよい。ある特定の実施形態において、グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドエピトープは、グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドの三次元表面特徴である。他の実施形態において、グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドエピトープは、グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドの線形の表面特徴である。いくつかの実施形態において、免疫チェックポイントポリペプチドエピトープは、非グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドである。いくつかの実施形態において、グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドエピトープは、１つまたは複数の部位でグリコシル化されている。一般的に、抗原はいくつかのまたは多くの異なるエピトープを有し、多くの異なる抗体と反応することができる。特定の実施形態において、抗グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチド抗体は、コンフォメーションエピトープであるグリコシル化免疫チェックポイントポリペプチド、例えばグリコシル化ＰＤ−Ｌ１のエピトープに結合する。
抗体は、２つの抗体が、三次元空間において、同一の、重なり合う、または隣接するエピトープを認識するとき、「１つのエピトープ」、または参照抗体と「本質的に同じエピトープ」もしくは「同じエピトープ」に結合する。２つの抗体が、三次元空間において、同一、重なり合う、または隣接するエピトープに結合するか否かを決定するために最も広く使用される迅速な方法は、競合アッセイであり、これは例えば標識抗原または標識抗体のいずれかを使用する多数の異なるフォーマットで構成することができる。いくつかのアッセイにおいて、抗原を９６ウェルプレートに固定するか、または細胞表面上で発現させて、非標識抗体が、標識抗体の抗原への結合を遮断する能力を、検出可能なシグナル、例えば放射活性、蛍光、または酵素標識を使用して測定する。
グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチド標的タンパク質またはそのペプチド上の同じエピトープまたは結合部位について競合する抗グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチド抗体の文脈において使用するときの用語「競合する」は、試験中の抗体またはその結合断片が、共通の抗原（例えば、ＩＣＰまたはその断片）への参照分子（例えば、参照リガンド、または参照抗原結合タンパク質、例えば参照抗体）の特異的結合を防止、遮断、または阻害するアッセイにおいて決定した場合の競合を意味する。多数のタイプの競合結合アッセイを使用して、試験抗体が、グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドまたはそのエピトープ（例えば、ヒトＰＤ−Ｌ１またはヒトグリコシル化ＰＤ−Ｌ１）への結合について参照抗体と競合するか否かを決定することができる。使用することができるアッセイの例には、固相の直接または間接的ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；固相の直接または間接的酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ（例えば、Stahli et al., (1983) Methods in Enzymology 9:242-253を参照されたい）；固相の直接のビオチン−アビジンＥＩＡ（例えば、Kirkland et al., (1986) J. Immunol. 137:3614-3619を参照されたい）；固相の直接標識アッセイ；固相の直接標識サンドイッチアッセイ（例えば、Harlow and Lane, (1988) Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Pressを参照されたい）；標識ヨウ素（Ｉ１２５標識）を使用する固相の直接標識ＲＩＡ（例えば、Morel et al., (1988) Molec. Immunol. 25:7-15を参照されたい）；固相の直接ビオチン−アビジンＥＩＡ（例えば、Cheung, et al., (1990) Virology 176:546-552を参照されたい）；および直接標識ＲＩＡ（Moldenhauer et al., (1990) Scand. J. Immunol. 32:77-82）が挙げられる。典型的に、そのようなアッセイは、固体表面に結合した精製グリコシル化ＩＣＰ抗原（例えば、ヒトＰＤ−Ｌ１またはグリコシル化ＰＤ−Ｌ１）、または非標識試験抗原結合タンパク質（例えば、試験抗ＰＤ−Ｌ１抗体）もしくは標識参照抗原結合タンパク質（例えば、参照抗ＰＤ−Ｌ１抗体）のいずれかを有する細胞の使用を伴う。競合的阻害は、試験抗原結合タンパク質の公知の量の存在下で固体表面または細胞に結合した標識の量を決定することによって測定することができる。通常、試験抗原結合タンパク質は過剰に存在する。競合アッセイによって同定される抗体（競合抗体）は、立体妨害を引き起こすために、参照抗体と同じエピトープに結合する抗体、および／または参照抗体が結合するエピトープに十分に近位の隣接するエピトープに結合してする抗体を含む。競合的結合を決定する方法に関するさらなる詳細を本明細書に記述する。通常、競合抗体タンパク質が過剰に存在するとき、競合抗体は、共通の抗原への参照抗体の特異的結合を少なくとも１５％、または少なくとも２３％、例えば４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、または７５％またはそれ超、および記載の量の間のパーセント量で阻害するが、これらに限定されない。いくつかの例において、結合は、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、または９７％、９８％、９９％、またはそれ超阻害される。
本明細書において使用される用語「遮断」抗体または「アンタゴニスト」抗体は、それが結合する抗原の生物活性または機能的活性を防止、阻害、遮断、または低減させる抗体を指す。遮断抗体またはアンタゴニスト抗体は、抗原の生物活性または機能を、実質的または完全に防止、阻害、遮断、または低減させることができる。例えば、ブロッキング抗グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチド抗体は、相互作用する２つのＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１との間の結合相互作用を防止、阻害、遮断、または低減することができ、このように相互作用に関連する免疫抑制機能を防止、遮断、阻害、または低減する。用語遮断、阻害、および中和は、本明細書において互換的に使用され、抗グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチド抗体が、ＩＣＰ−ＩＣＰ相互作用を防止するかまたはそうでなければ妨害する能力を指す。
本明細書において使用される用語「ポリペプチド」または「ペプチド」は、ペプチド結合によって連結された一続きの３またはそれ超のアミノ酸のアミノ酸のポリマーを指す。「ポリペプチド」は、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質アナログ、オリゴペプチドなどでありうる。ポリペプチドを構成するアミノ酸は、天然由来または合成でありうる。ポリペプチドは、生物試料から精製してもよい。例えば、ＩＣＰポリペプチドまたはペプチドは、ＩＣＰのアミノ酸配列の少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５連続アミノ酸で構成されうる。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ヒト免疫チェックポイントポリペプチドまたはグリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドの少なくとも２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、または２８５連続アミノ酸を有する。ある特定の実施形態において、グリコシル化または非グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドは、免疫チェックポイントポリペプチドまたはグリコシル化免疫チェックポイントのアミノ酸配列の少なくとも５連続アミノ酸残基、少なくとも１０連続アミノ酸残基、少なくとも１５連続アミノ酸残基、少なくとも２０連続アミノ酸残基、少なくとも２５連続アミノ酸残基、少なくとも４０連続アミノ酸残基、少なくとも５０連続アミノ酸残基、少なくとも６０連続アミノ酸残基、少なくとも７０連続アミノ酸残基、少なくとも８０連続アミノ酸残基、少なくとも９０連続アミノ酸残基、少なくとも１００連続アミノ酸残基、少なくとも１２５連続アミノ酸残基、少なくとも１５０連続アミノ酸残基、少なくとも１７５連続アミノ酸残基、少なくとも２００連続アミノ酸残基、少なくとも２５０連続アミノ酸残基を含む。
本明細書において使用される用語「アナログ」は、参照ポリペプチドと類似もしくは同一の機能を保有するが、必ずしも参照ポリペプチドと類似もしくは同一のアミノ酸配列を含まないか、または参照ポリペプチドと類似もしくは同一の構造を保有しないポリペプチドを指す。参照ポリペプチドは、ＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１ポリペプチド、ＩＣＰの断片、抗ＩＣＰ抗体、または抗グリコシル化ＩＣＰ抗体でありうる。参照ポリペプチドと類似のアミノ酸配列を有するポリペプチドは、本明細書において記述されるＩＣＰまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体でありうる参照ポリペプチドのアミノ酸配列と少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドを指す。参照ポリペプチドと類似の構造を有するポリペプチドは、ＩＣＰまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体でありうる参照ポリペプチドの構造と類似の二次、三次、または四次構造を有するポリペプチドを指す。ポリペプチドの構造は、Ｘ線結晶学、核磁気共鳴法（ＮＭＲ）、および結晶電子顕微鏡を含むがこれらに限定されるわけではない、当業者に公知の方法によって決定することができる。
本明細書において使用される用語「変種」は、ＩＣＰまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体に関連して使用するとき、ネイティブまたは非改変のＩＣＰ配列または抗ＩＣＰ抗体配列と比較して１つまたは複数（例えば、約１〜約２５、約１〜約２０、約１〜約１５、約１〜約１０、または約１〜約５個など）のアミノ酸配列の置換、欠失、および／または付加を有するポリペプチドまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体を指す。例えば、ＩＣＰ変種は、ネイティブＩＣＰのアミノ酸配列に対する１つまたは複数（例えば、約１〜約２５、約１〜約２０、約１〜約１５、約１〜約１０、または約１〜約５個など）の変化に起因しうる。同様に、例として、抗ＩＣＰ抗体の変種は、ネイティブまたはこれまで未改変の抗ＩＣＰ抗体のアミノ酸配列に対する１つまたは複数（例えば、約１〜約２５、約１〜約２０、約１〜約１５、約１〜約１０、または約１〜約５個など）の変化に起因しうる。変種は、対立遺伝子変種もしくはスプライス変種などの天然に存在しうるか、または人為的に構築することができる。ポリペプチド変種は、変種をコードする対応する核酸分子から調製することができる。
本明細書において使用される用語「誘導体」は、アミノ酸残基の置換、欠失、または付加の導入によって変更されている参照ポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。参照ポリペプチドは、ＩＣＰまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体でありうる。本明細書において使用される用語「誘導体」はまた、例えば任意のタイプの分子をポリペプチドに共有結合により付着させることによって化学的に改変されているＩＣＰまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体を指す。例えば、ＩＣＰまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、例えばグリコシル化、アセチル化、ｐｅｇ化、リン酸化、アミド化、公知の保護基／ブロック基による誘導体化、タンパク質分解、細胞リガンドへの連結、ペプチドもしくはタンパク質タグ分子への連結、または他のタンパク質などによって化学改変することができる。誘導体は、付着した分子のタイプまたは位置のいずれかで、天然に存在するまたは開始ペプチドもしくはポリペプチドとは異なるように改変される。誘導体はさらに、ペプチドまたはポリペプチド上に本来存在する１つまたは複数の化学基の欠失を含みうる。ＩＣＰまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体の誘導体は、特異的化学的切断、アセチル化、製剤化、ツニカマイシンによる代謝合成などを含むがこれらに限定されるわけではない当業者に公知の技術を使用する化学的改変によって化学的に改変されうる。さらに、ＩＣＰまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体の誘導体は、１つまたは複数の非古典的アミノ酸を含みうる。ポリペプチド誘導体は、本明細書において記述されるＩＣＰまたは抗グリコシル化ＩＣＰ抗体でありうる、参照ポリペプチドと類似または同一の機能を保有する。
本明細書において使用される用語「組成物」は、明記された構成成分（例えば、本明細書において提供されるポリペプチドまたは抗体）を、任意選択で明記された量または有効量で含む産物、および任意選択で明記された量または有効量の、特異的構成成分の併用または相互作用に直接または間接的に起因する任意の所望の産物を指す。
本明細書において使用される用語「処置する」、「処置」、または「処置している」は、少なくとも１つの陽性の治療効果または利益を得る目的、例えば疾患または健康関連状態を処置する目的で、それを必要とする対象に治療剤を投与もしくは適用すること、または対象に技法もしくはモダリティを行うことを指す。例えば、処置は、様々なタイプのがんを処置する目的での、グリコシル化ＩＣＰに特異的に結合する抗体またはその組成物もしくは製剤の薬学的有効量の投与を含みうる。用語「処置レジメン」、「投与レジメン」、または「投与プロトコール」は、互換的に使用され、治療剤、例えば本明細書において記述される方法によって産生された抗グリコシル化ＩＣＰ抗体の投与時期および用量を指す。本明細書において使用される用語「対象」は、がんを有するまたはがんを有すると診断されたヒトまたは非ヒト動物、例えば霊長類、哺乳動物および脊椎動物のいずれかを指す。好ましい実施形態において、対象はヒトである。いくつかの実施形態において、対象はがん患者である。一実施形態において、必要とする対象は、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体処置から利益を得るまたは得ると予測される。
本明細書において使用される用語「治療上有益な」または「治療上有効な」は、必要とする対象（例えば、がんを有する、またはがんを有すると診断された対象）の、特に抗グリコシル化ＩＣＰ抗体の使用およびこれらの抗体を使用する方法の実施の結果としての、状態の医学的処置、治療、用量の投与に関する幸福度の促進または増強を指す。これには、疾患の兆候または症状の頻度または重症度の低減が挙げられるがこれらに限定されるわけではない。例えば、がんの処置は、例えば腫瘍の大きさの低減、腫瘍の浸潤性もしくは重症度の低減、末梢組織もしくは臓器へのがん細胞の浸潤の低減、腫瘍もしくはがんの増殖速度の低減、または転移の予防もしくは低減を伴いうる。がんの処置はまた、対象において持続的な応答を達成すること、またはがんを有する対象の生存を延長させることも指しうる。
グリコシル化免疫チェックポイントタンパク質に優先的に結合する抗体を産生する方法
抗体産生に関して、レシピエント動物に、グリコシル化ＩＣＰまたはペプチドなどの抗原を接種して、免疫応答を生成し、グリコシル化ＩＣＰまたはペプチド、例えばＰＤ−Ｌ１に対して特異的な抗体を産生する。免疫応答を増強するために、しばしば、抗原を別の分子に結合またはコンジュゲートさせる。本明細書において使用されるように、コンジュゲートは、動物において免疫応答を誘発するために使用される、抗原に結合する任意のペプチド、ポリペプチド、タンパク質、または非タンパク質様物質である。抗原の接種に応答して動物において産生される抗体は、多様な個々の抗体産生Ｂリンパ球によって作製される多様な非同一の分子（ポリクローナル抗体）を含む。ポリクローナル抗体は、そのそれぞれが、同じ抗原上の異なるエピトープを認識しうる抗体種の混合集団である。動物におけるポリクローナル抗体産生に対する正確な条件を考慮すると、動物の血清中の抗体のほとんどは、動物が免疫されている抗原性化合物上の集合的エピトープを認識する。この特異性を親和性精製によってさらに増強して、目的の抗原またはエピトープを認識するそれらの抗体のみを選択する。
モノクローナル抗体（ＭＡｂ）を作製する方法は、ポリクローナル抗体を調製する方法と同じ方向に沿って始まる。いくつかの実施形態において、マウスおよびラットなどの齧歯類を、モノクローナル抗体の生成に使用する。いくつかの実施形態において、ウサギ、ヒツジ、またはカエル細胞がモノクローナル抗体の生成に使用される。ラットの使用は周知であり、特定の利点を提供しうる。マウス（例えば、ＢＡＬＢ／ｃマウス）は日常的に使用され、一般的に、安定な融合体を高い割合で生じる。モノクローナル抗体産生に使用されるハイブリドーマ技術は、グリコシル化ＩＣＰ抗原によって予め免疫したマウスから単離した１つの抗体産生Ｂリンパ球と、不死化骨髄腫細胞、例えばマウス骨髄腫細胞株との融合を伴う。この技術は、１つの抗体産生細胞を、無限の世代にわたって繁殖させる方法を提供し、それによって同じ抗原またはエピトープ特異性を有する構造的に同一の抗体、すなわちモノクローナル抗体の無限の量が産生されうる。免疫した動物に由来するモノクローナル抗体の集団を発現するハイブリドーマまたは他の細胞の集団を、本明細書において記述される抗グリコシル化ＩＣＰ抗体についてスクリーニングしてもよい。
特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰ、または本明細書において記述されるそのグリコシル化ペプチド部分、例えばグリコシル化ＰＤ−Ｌ１またはそのペプチドは、投与スキームに従う注射経路によって、レシピエント動物、例えばマウスまたはラットに投与される。典型的に、初回免疫を与え、動物を一定期間、例えば限定されないが７〜１５日間休息させ、追加免疫を既定の期間、例えば２〜３週間または１ヶ月間与える。追加免疫期間の間に、動物を、当技術分野で通常使用される方法によって血漿または血清中の抗体力価について試験してもよい。この目的に関して、数週間の免疫後に血清中抗体を測定するために、動物から血液試料を得る。マウスから少量の血液を採取するために、Clinical Chemistry of Laboratory Animals, Eds. W.F. Loeb and F.W. Quimby, Taylor & Francis, 1999に記載されるような、いくつかの人道的技術が開発されている。血清中抗体力価を、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）およびフローサイトメトリーなどの様々な技術によって決定する。抗体力価が高い場合、細胞融合を行うことができる。力価が低すぎる場合には、繰り返し採血によって決定して適切な応答が達成されるまでマウスに追加免疫を行うことができる。抗体力価が十分に高い場合、マウスにアジュバントなしで抗原を、例えば融合の３日前であるが、前回の免疫の２週間後に、腹腔内または静脈内（尾静脈を介して）に注射することによって一般的に追加免疫する。
抗体力価が当技術分野の医師によって決定した場合に十分である場合、マウスを安楽死させてその脾臓を摘出する。脾細胞を単細胞浮遊液に分散させて、細胞融合およびｉｎ ｖｉｔｒｏでのハイブリドーマの産生にとって適切な条件下で、不死化骨髄腫細胞株（例えば、限定されないが、Ｓｐ／０２）と混合する。有限の寿命を有する抗体産生脾細胞を、不死化骨髄腫細胞に由来する細胞と融合することによって、無限に成長することができるハイブリドーマが得られる。骨髄腫細胞は、細胞融合後に使用するヒポキサンチン−アミノプテリン−チミジン（ＨＡＴ）選択培地に対するその感受性を確保するために、８−アザグアニンと共に培養した不死化細胞である。細胞融合の約１週間前に、骨髄腫細胞を８−アザグアニン中で成長させ、細胞は高い生存率および急速な成長を有しなければならない。ＨＡＴ選択培地は、融合した細胞のみを培養中で生存させる。ＨＡＴ選択技術において、選択増殖培地は、ヌクレオチドを作製する合成経路を遮断する阻害剤であるアミノプテリンを含む。したがって、細胞は、核酸を合成するために迂回経路を使用しなければならない。この経路は、通常の抗体産生細胞を融合する骨髄腫細胞株において欠損している。骨髄腫も抗体産生細胞もいずれも単独で成長することができないことから、ハイブリッド細胞である「ハイブリドーマ」のみが、細胞分裂を経て、培養中で持続して増殖する。（Monoclonal Antibody Production, 1999, Inst. For Laboratory Animal Research and National Research Council, National Academy Press）。
細胞融合は、新しく採取した脾細胞と骨髄腫細胞とを、細胞膜融合増強剤であるポリエチレングリコール中で同時に遠心沈降させることによって実施する。次に、細胞を、マウス腹腔の食塩水洗浄液に由来しうるフィーダー細胞の存在下または非存在下でマルチウェルプレートに分配する。フィーダー細胞は、ハイブリドーマ細胞の成長を促進する増殖因子を供給すると考えられているが、培養細胞の成長を支持し、増殖因子を含む培地のコレクションに起因する市販の調製物を、マウス由来フィーダー細胞の代わりに使用することができる。マウスの骨髄由来マクロファージもフィーダー細胞として使用することができる。マルチウェルプレートからのハイブリドーマ細胞の小さいクラスターを組織培養において成長させた後、本明細書において記述される方法によって抗原結合について選択することができる。ハイブリドーマはまた、マウス腹水中で成長することができ、これを後にクローニングすることができる。ハイブリドーマ細胞の限界希釈「クローニング」により、多数のウェルがそれぞれ多くて単一のクローンを確実に含む。当業者は、増大およびさらに成長することができるハイブリドーマを選択することができる。ハイブリドーマを、適した結合特異性を有するモノクローナル抗体の産生についてスクリーニングする。
モノクローナル抗体のスクリーニングは、当技術分野で公知の様々な技法を通して、例えば抗体がバクテリオファージの表面上に提示される細菌系（「ファージディスプレイ」技法）において達成してもよいが、他のスクリーニング技術も同様に想定される。ヒトコンビナトリアル抗体ライブラリから、ヒト抗体を同定および単離してもよい。例えば、参照により全体が本明細書に組み込まれる、米国特許第６，９４６，５４６号明細書に記述されるように、動物の免疫を行うことなく、バクテリオファージ抗体発現技術によって、特異的抗体を産生することができる。これらの技術は、Marks et al., 1992, Bio/Technol., 10:779-783；Stemmer, 1994, Nature, 370:389-391；Gram et al., 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:3576-3580；Barbas et al., 1994, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91:3809-3813；およびSchier et al., 1996, Gene, 169(2):147-155に詳しく記述されている。
例えば、グリコシル化ＩＣＰまたはそのペプチドに特異的かつ優先的に結合するモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を選択および同定する、ハイブリドーマライブラリ技術を使用してもよい。ハイブリドーマライブラリを、クローニングの前に抗体結合活性について試験することができる。そのようなプロセスは、真のクローンの分析を可能にし、複数ラウンドのサブクローニングを必要としない、フローサイトメトリーによる単細胞のクローニングを含む（例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ，Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡを参照されたい）。ＦＡＣＳソーティングを繰り返し使用して、特に多数の抗グリコシル化ＩＣＰ抗体をその表面上に表示するそれらのハイブリドーマ細胞変種を選択することができる。ハイブリドーマライブラリは、多数の種におけるｉｎ ｖｉｖｏ親和性成熟；自己抗原結合に関する負の選択；重鎖および軽鎖の天然の対形成；ハイブリドーマによる直接抗体分泌；発現に関するクローニングなし；および抗体の哺乳動物翻訳後修飾と共に利用することができる非常に感度が高くかつ特異的である誘導系を有しうる。（Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ，Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡ）。所望の抗グリコシル化ＩＣＰ抗体を産生するハイブリドーマを、本明細書において記述される方法を使用してスクリーニングおよび同定した後、クローンを増大させて、さらに使用するために抗体を単離することができる。
ハイブリドーマ技術によって産生されたモノクローナル抗体、またはファージディスプレイライブラリなどの抗体発現細胞の他の集団を、特定の抗原に特異的に結合する抗体の選択および同定に関して公知のプロトコールおよび技術を使用して結合特異性について選択してもよい。当業者に公知であるように、多様な直接、間接、および競合結合アッセイを使用して、標的抗原に特異的に結合する抗体についてアッセイしてもよい。実例として、限定ではないが、グリコシル化ＩＣＰ抗原を、固相基質に結合させて、適切な検出可能に標識されたレポーター分子、例えば標識二次抗体を使用して、固相基質上のグリコシル化ＩＣＰ抗原に結合している抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体の特異的結合を決定してもよい。加えて、抗体が細胞表面上に表示される抗体のライブラリ、例えばファージディスプレイライブラリをスクリーニングする場合、ライブラリを、グリコシル化ＩＣＰ抗原に結合する抗体について「パニング」してもよい。抗体が選択される抗原またはリガンドを、検出可能または選択可能標識によって標識してもよく、抗体発現細胞集団を、検出可能または選択可能な標識に接触させた後、標識した抗原に結合する抗体を発現する細胞を選択する。例えば、標識がビオチンである場合、ビオチン標識抗原に結合する抗体を発現する細胞を、固相支持体、ビーズ等に存在しうるストレプトアビジンへのビオチンの結合を使用して単離することができる。
特定の実施形態において、スクリーニングされる抗体集団は、ＩＣＰの非グリコシル化形態と比較してＩＣＰのグリコシル化形態に優先的に結合する抗体についてアッセイすることができる。例えば、グリコシル化ＩＣＰを発現する、優先的に組み換えにより発現する細胞を、例えばビオチンによって標識し、ＩＣＰの非グリコシル化形態を発現するが、標識されていないか、または異なる標識を有する細胞と混合する。例えば、ＩＣＰ上のグリコシル化部位または複数の部位を、ＩＣＰがグリコシル化されないように変異（例えば、グリコシル化コンセンサス部位におけるアスパラギンのグルタミンへの置換）させてもよい。細胞混合物を、試験される抗体、ならびに標識細胞（グリコシル化形態を発現する細胞）に結合するが非標識細胞には結合しない分子と共にインキュベートする。例えば、標識がビオチンである場合、細胞混合物を、試験される抗体および標識されたストレプトアビジンと共にインキュベートする。次に細胞を、細胞に結合したいかなる抗体も検出するために、標識された二次抗体と共にインキュベートする。当技術分野で公知の任意の方法を使用して、グリコシル化ＩＣＰを発現する細胞および非グリコシル化ＩＣＰを発現する細胞への抗体の結合を比較することができる。例えば、グリコシル化ＩＣＰを発現する細胞と非グリコシル化ＩＣＰを発現する細胞とを分離して、二次抗体結合レベルを、ＦＡＣＳ／フローサイトメトリー分析によって測定し、グリコシル化ＩＣＰおよび非グリコシル化ＩＣＰへの抗体の相対的結合を評価することができる。例示的な方法を、実施例２に記述し、非グリコシル化ＩＣＰと比較してグリコシル化ＩＣＰへの２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍または１０倍大きい結合を有する抗体を、優先的に結合するグリコシル化ＩＣＰとして選択してもよい。
グリコシル化ＩＣＰに特異的に結合する抗体を最初に同定した後、それらの抗体を、非グリコシル化形態への結合を比較するために、当技術分野で公知の他の任意の方法によってさらにスクリーニングおよび分析することができる。例えば、抗体は、抗原結合に関する、任意の結合アッセイ、例えばＥＬＩＳＡ、ラジオイムノアッセイ、ＢＩＡＣＯＲＥ等に存在しうる。特定の実施形態において、グリコシル化ＩＣＰおよび非グリコシル化ＩＣＰは、固相表面（例えば、アッセイプレートのウェル）上にコーティングされる。非グリコシル化ＩＣＰは、グリコシル化を除去する酵素、例えばＮ−連結グリコシル化を除去するＰＮＧアーゼによってグリコシル化ＩＣＰを処置することによって、または発現細胞によってグリコシル化されないように変異体グリコシル化部位を有するＩＣＰを組み換えにより発現させることによって生成してもよい。次に、抗体を、抗体の多様な濃度でグリコシル化および非グリコシル化形態の結合についてアッセイし、非グリコシル化ＩＣＰと比較してグリコシル化ＩＣＰについての結合親和性の差を検出する。
加えて、優先的結合も同様に、ウェスタンブロットまたはＦＡＣＳフローサイトメトリー分析によって試験することができる。当業者に周知であるように、ウェスタンブロットは、抗体が特異的に結合するエピトープを含むタンパク質を分離および同定するために使用される実験研究技術である、一般的に、技術は、ゲル電気泳動を介してサイズ／分子量によってタンパク質抗原（しばしば細胞溶解物中）を分離することを伴う。ゲル上で分離されたタンパク質を、ナイロン、ポリフッ化ビニリデン（ＰＶＤＦ）、またはニトロセルロースなどの固相のメンブレン支持体に転写し、検出可能に標識された抗体を、抗体が、抗体によって特異的に認識されるエピトープを含む固相支持体上のタンパク質に結合することができる条件でインキュベートする。結合したタンパク質を可視化して、定量することができる。同様に、結合を検出するために、第一の抗原特異的抗体に結合する標識された二次抗体を使用することも可能である。非制限的な例として、Mahmood and Yang, 2012, NAM J Med Sci, 4(9):429-434を参照されたい。同様に、当業者に公知であるように、フローサイトメトリーは、単細胞の多数の特徴および特性を迅速に定量するために、一度に１つの細胞がレーザービームを通り過ぎて流れる自動フローサイトメーター機器（ＦＣまたはＦＣＭ）を使用して行われる。ＦＣは、細胞のサイズ、細胞の充実度、特異的表面受容体タンパク質の量、細胞内タンパク質の量、総ＤＮＡなどの細胞成分の量、新たに合成されたＤＮＡ、特定の遺伝子のメッセンジャーＲＮＡの量としての遺伝子発現、または生きている細胞における一過性のシグナリング事象を測定することができる。量は通常、相対的であるが、絶対値が必要である場合には、細胞あたりの分子数でありうる。典型的に、３〜６個の特性または成分が、単一の試料において細胞毎に約１×１０４〜１×１０５個の細胞について１分未満で定量されうる。（Brown, M. and Wittwer, C., 2000, Clin. Chem., 46(8):1221-1229; and Martz, E., 2003, Microbiology 542, U. Massachusetts, Amherst, MA）。
加えて、抗体が対象とするグリコシル化標的リガンド、例えばグリコシル化ＰＤ−Ｌ１とその同起源の（ＩＣＰ）結合分子、例えばＰＤ−１との間の相互作用を特異的に遮断する能力について、抗体をアッセイしてもよい。例えば、グリコシル化ＩＣＰを細胞表面上に発現させるか、または固相支持体に接着させ、試験される抗体および検出可能な標識を有する同起源のＩＣＰ結合パートナーと共にインキュベートする。標識されたＩＣＰ結合パートナーのＩＣＰへの結合レベルを、試験される抗体の非存在下の対照と比較して定量する。ＩＣＰ結合パートナーの結合が低減すれば、抗体が、ＩＣＰおよびＩＣＰ結合パートナーの相互作用を阻害または遮断することができることを示している。ＩＣＰ結合分子の結合が存在しなければ、抗体が、ＩＣＰ結合パートナーへのＩＣＰの結合を遮断したことを示している。例示的な方法を実施例２および５に記述する。
ＩＣＰ阻害剤として使用するために適した抗体の形態
グリコシル化ＩＣＰに優先的かつ特異的に結合する抗体を同定および単離した後、それらを、例えば治療としてより適切にするためにさらに操作してもよい。非ヒトモノクローナル抗体の場合、抗体を「キメラ」または「ヒト化」にすべきである。モノクローナル抗体の軽鎖および重鎖定常ドメインを、外来抗体の可変領域をインタクトにしたままで、ヒト起源の類似のドメインで置き換える方法が開発されている。齧歯類とヒトアミノ酸配列の両方を有する抗体可変ドメインを組み換えにより構築することによって、モノクローナル抗体の可変ドメインをよりヒト形態に変換する方法も同様に開発されている。「ヒト化」モノクローナル抗体では、超可変ＣＤＲのみが非ヒト（例えば、マウス、ラット、ニワトリ、ラマ等）モノクローナル抗体に由来して、フレームワーク領域は、ヒト抗体アミノ酸配列に由来する。齧歯類の特徴である抗体中のアミノ酸配列を、ヒト抗体の対応する位置に見出されるアミノ酸配列に置き換えると、ヒトにおいて治療的に使用する際の外来タンパク質に対する有害な免疫反応の可能性を低減させる。ハイブリドーマまたは他の抗体産生細胞を同様に、ハイブリドーマによって産生される抗体の結合特異性を変更しうるまたは変更しない遺伝子変異または他の変化に供してもよい。
モノクローナル抗体および他の抗体および組み換えＤＮＡ技術を使用して改変抗体を作製して、当初の抗体の抗原またはエピトープ結合特異性を保持する他の抗体またはキメラ抗体を産生してもよく、すなわち分子は、特異的結合ドメインを有する。そのような技術は、抗体の免疫グロブリン可変領域またはＣＤＲをコードするＤＮＡを、異なる抗体のフレームワーク領域、定常領域、または定常領域プラスフレームワーク領域に対する遺伝子材料に導入することを伴いうる。例えば、参照により全体が本明細書に組み込まれる、米国特許第５，０９１，５１３号明細書および同第６，８８１，５５７号明細書を参照されたい。
本明細書において記述される公知の手段によって、そのような抗原またはエピトープが天然起源から単離されたか、または天然化合物の合成誘導体もしくは変種であるか否かによらず、グリコシル化ＩＣＰ、１つもしくは複数のそのそれぞれのエピトープに特異的に結合し、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体、結合活性、結合ドメイン、およびＣＤＲを有する抗体断片（前述の任意の１つの改変形態を含む）を作製してもよく、または前述の任意の１つをコンジュゲートしてよい。
ある特定の動物種は、それらが、抗体の「Ｆｃ」部分を通して補体系の活性化により免疫応答またはアレルギー応答を引き起こす可能性がありうることから、治療抗体を作製するためにはあまり好ましくない。しかし、抗体全体を、「Ｆｃ」（補体結合）断片および結合ドメインまたはＣＤＲを有するペプチド断片へと酵素的に消化してもよい。Ｆｃ部分の除去は、この抗体断片が望ましくない免疫応答を誘発する可能性を低減させ、このように、Ｆｃ部分を有しない抗体は、予防的または治療的処置にとって好ましくなりうる。上記のように、抗体はまた、キメラ、ヒト化、または部分的もしくは完全なヒトとなるように、別の種において産生されているまたは別の種からのアミノ酸配列を有する抗体を動物に投与することに起因する、潜在的に有害な免疫学的効果を低減または消失させるように構築されうる。
置換変種は典型的に、タンパク質内の１つまたは複数の部位で１つのアミノ酸の別のアミノ酸への交換を含み、他の機能または特性の喪失を伴うまたは伴うことなく、ポリペプチドの１つまたは複数の特性を調節するように設計されうる。置換は保存的、すなわち１つのアミノ酸が類似の形状および電荷のアミノ酸に置き換えられる置換でありうる。保存的置換は、上記の表１に記述する通りである。あるいは、置換は、ポリペプチドの機能または活性が影響を受ける非保存的であってもよい。非保存的変化は典型的に、ある残基を化学的に異なる残基に置換すること、極性または荷電アミノ酸を非極性または非荷電アミノ酸に置換することおよびその逆を伴う。
抗体タンパク質は、組み換えであってもよく、またはｉｎ ｖｉｔｒｏで合成されてもよい。あるいは、非組み換えまたは組み換え抗体タンパク質を細菌から単離してもよい。同様に、改善された結合または他のパラメータを有する抗体を単離するために、抗体タンパク質変種を含む細菌を、本明細書における組成物および方法において利用してもよいと企図される。本明細書において記述される組成物において、全抗体ポリペプチドが１ｍｌあたり約０．００１ｍｇから１０ｍｇの間で存在すると企図される。このため、組成物中の抗体タンパク質の濃度は、約、少なくとも約、または多くて約０．００１、０．０１０、０．０５０、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．５、２．０、２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、５．０、５．５、６．０、６．５、７．０、７．５、８．０、８．５、９．０、９．５、１０．０ｍｇ／ｍｌまたはそれ超（またはそれらから誘導可能な任意の範囲）でありうるかまたはそれらに等しい。この中で、グリコシル化ＩＣＰに結合する抗体は、約、少なくとも約、多くて約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％でありうるか、またはそれらに等しい。
抗体またはＩＣＰに対する結合活性を保持する抗体の免疫学的部分を、他のタンパク質に化学的にコンジュゲートさせることができ、または他のタンパク質との融合タンパク質として組み換え発現させることができる。そのような全ての融合タンパク質が、抗体または抗体の免疫学的部分の定義に含まれる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの薬剤に連結されて、抗体コンジュゲートまたはペイロードを形成する、グリコシル化免疫チェックポイントポリペプチドまたはそのペプチドに対して生成された抗体および抗体様分子が包含される。診断または治療剤としての抗体分子の有効性を増加させるために、通常、少なくとも１つの所望の分子または部分を抗体に連結させる、または共有結合させる、または複合体形成させる。そのような連結された分子または部分は、少なくとも１つのエフェクターまたはレポーター分子でありうるがこれらに限定されるわけではない。エフェクター分子は、所望の活性、例えば細胞傷害活性を有する分子を含む。抗体に付着されうるエフェクター分子の非限定的な例には、毒素、治療的酵素、抗体、放射標識ヌクレオチドなどが挙げられる。これに対し、レポーター分子は、アッセイを使用して検出されうる任意の部分として定義される。抗体にコンジュゲートされうるレポーター分子の非限定的な例には、酵素、放射標識、ハプテン、蛍光標識、リン光分子、化学発光分子、発色団、発光分子、光親和性分子、着色粒子またはリガンド、例えばビオチンなどが挙げられる。抗体をコンジュゲート分子または部分に付着またはコンジュゲートさせるいくつかの方法が当技術分野で公知である。いくつかの付着方法は、非限定的な例として有機キレート剤、例えばジエチレントリアミン五酢酸無水物（ＤＴＰＡ）；エチレントリアミン四酢酸；Ｎ−クロロ−ｐ−トルエンスルホンアミド；および／または抗体に付着させたテトラクロロ−３−６α−ジフェニルグリクリル−３を使用する、金属キレート錯体を使用することを伴う。抗体はまた、グルタルアルデヒドまたは過ヨウ素酸塩などのカップリング剤の存在下で酵素と反応しうる。フルオレセインマーカーとのコンジュゲートは、慣例的に、これらのカップリング剤の存在下で、またはイソチオシアネートとの反応によって調製される。別の実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体を、投与後の血漿、血清、または血液中のそのｉｎ ｖｉｖｏ半減期を増加させるために、化合物または物質、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）にカップリングまたは連結させてもよい。
一実施形態において、抗体はキメラ抗体、例えば異種の非ヒト、ヒト、またはヒト化配列（例えば、フレームワークおよび／または定常ドメイン配列）に移植された非ヒトドナー由来の抗原結合配列（例えば、Ｖドメインおよび／またはＣＤＲ）を含む抗体である。一実施形態において、非ヒトドナー配列は、マウスまたはラットに由来する。一実施形態において、抗原結合配列は、合成、例えば変異誘発（例えば、ヒトファージライブラリのファージディスプレイスクリーニングなど）によって得られる。一実施形態において、キメラ抗体はマウスＶ領域とヒトＶ領域とを有する。一実施形態において、マウス軽鎖Ｖ領域はヒトκ軽鎖Ｃ領域に融合される。一実施形態において、マウス重鎖Ｖ領域は、ヒトＩｇＧ１ Ｃ領域に融合される。
一実施形態において、抗体は、ラクダ抗体に由来し、好ましくはＶＨＨドメイン配列またはＮａｎｏｂｏｄｉｅｓ（商標）として知られる、軽鎖を欠如する重鎖ラクダ抗体に由来する免疫グロブリン単一可変ドメインである。Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）（Ｎｂ）は、天然に存在する一本鎖抗体の最小の機能的断片または単一可変ドメイン（ＶＨＨ）であり、当業者に公知である。それらは、ラクダに見られる重鎖のみの抗体に由来する（Hamers-Casterman et al., 1993, Nature, 363, p. 446-448；およびDesmyter et al., 1996, Nat. Struct. Biol., pp. 803-811）。「ラクダ」科では、軽鎖ポリペプチドを欠如する免疫グロブリンが見出される。「ラクダ」は、旧大陸ラクダ（フタコブラクダ（Camelus bactrianus）およびヒトコブラクダ（Camelus dromedarius））、ならびに新大陸ラクダ（例えば、アルパカ（Lama paccos）、リャマ（Lama glama）、グアナコ（Lama guanicoe）、およびビクーニャ（Lama vicugna））を含む。単一可変ドメイン重鎖抗体は、本明細書において、Ｎａｎｏｂｏｄｙ（商標）またはＶＨＨ抗体として示される。Ｎｂの大きさが小さいことおよび独自の生物物理学的特性は、一般的でないまたは隠れたエピトープの認識について、およびタンパク質標的の腔または活性部位への結合について通常の抗体断片より優れている。さらに、Ｎｂは、レポーター分子に付着したまたはヒト化された、多重特異性および多価抗体として設計することができる。Ｎｂは、安定で、消化管系で分解されることなく、容易に製造することができる。
別の実施形態において、抗体は二重特異性抗体である。異なる特異性の２つの抗原結合部位を１つの構築物に統合すると、二重特異性抗体は、優れた特異性を有する２つの異なる抗原を一つにする能力を有し、したがって、治療剤として非常に有望である。二重特異性抗体は、それぞれが異なる免疫グロブリンを産生することができる、２つのハイブリドーマを融合することによって当初作製された。二重特異性抗体はまた、完全な免疫グロブリンに存在するＦｃ部分を除外しながら２つのｓｃＦｖ抗体断片を接続させることによっても産生される。そのような構築物におけるそれぞれのｓｃＦｖ単位は、合成ペプチドリンカーによって互いに接続した、重鎖（ＶＨ）および軽鎖（ＶＬ）抗体鎖のそれぞれからの１つの可変ドメインを含み、後者はしばしば、タンパク質分解に対して最大限の抵抗性を残しながら最小の免疫原性となるように遺伝子改変されている。それぞれのｓｃＦｖ単位を、２つのｓｃＦｖ単位を架橋する短い（通常、１０アミノ酸未満）ポリペプチドスペーサーを組み込むことを含む、多数の公知の技術によって接続して、それによって二重特異性一本鎖抗体を作製してもよい。したがって、得られた二重特異性一本鎖抗体は、それぞれのｓｃＦｖ単位におけるＶＨおよびＶＬドメインが、これらの２つのドメイン間の分子内会合を可能にするために十分に長いポリペプチドリンカーによって隔てられており、そのように形成されたｓｃＦｖ単位が、例えば１つのｓｃＦｖ単位のＶＨドメインと他のｓｃＦｖ単位のＶＬドメインとの間での望ましくない会合を防止するために十分に短く維持されるポリペプチドスペーサーを通して互いに連続してつながれている、１つのポリペプチド鎖上で異なる特異性の２つのＶＨ／ＶＬ対を含む種である。
別の実施形態において、抗体は二重パラトープ性抗体である。本明細書において使用される用語「二重パラトープ性抗体」は、同じタンパク質標的、例えば腫瘍関連ＩＣＰ標的抗原または本明細書において記述されるグリコシル化ＩＣＰ標的抗原上の２つの異なる重複しないエピトープ、抗原性決定基、またはドメインを認識して結合する２つの抗原結合ドメインを含む二重特異性結合分子を指す。一実施形態において、本明細書において記述されるｇｌｙｃＩＣＰまたはその１つもしくは複数のペプチド部分に対する二重パラトープ性抗体は、第１の免疫グロブリン可変ドメインと第２の免疫グロブリン可変ドメインとを含み、２つの結合ドメインは、同じ標的ｇｌｙｃＩＣＰタンパク質の２つの異なる重複しないエピトープに結合する。第１および第２の免疫グロブリン結合ドメインによって認識されるエピトープの１つまたは両方はグリコシル化されていてもよく、またはグリコシル化残基を含んでもよい。好ましくは、免疫グロブリンの少なくとも１つは、非グリコシル化形態と比較してｇｌｙｃＩＣＰタンパク質のグリコシル化形態に優先的に結合する。
別の実施形態において、二重パラトープ性抗体は、ｇｌｙｃＩＣＰ標的分子上のエピトープに結合する免疫グロブリン（好ましくは四価ＩｇＧ）と、同じｇｌｙｃＩＣＰ標的分子上の異なる重複しないエピトープに結合するｓｃＦｖとを含み、免疫グロブリンとｓｃＦｖは、免疫グロブリンおよびｓｃＦｖが、ｇｌｙｃＩＣＰ標的分子上の異なる重複しないエピトープに結合することができるようにリンカーによって連結される。したがって、バイパラトピック抗体は、結合親和性／アビディティを増強するために、抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）および／もしくは補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）などの増強されたエフェクター機能のために腫瘍細胞上の抗体量を増加させるために、ならびに／または腫瘍の保持時間を改善または増加させるために、同じｇｌｙｃＩＣＰ標的上の異なるエピトープ（またはドメイン）に結合する（すなわち、バイパラトピック結合）、本明細書において記述される方法によって同定された２つの抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体から作製される。加えて、腫瘍関連ｇｌｙｃＩＣＰ抗原上の２つの重複しないエピトープを標的とする二価の二重パラトープ性抗体は、細胞膜においてｇｌｙｃＩＣＰ標的分子のクラスターを誘導する可能性を有し、次に、内在化、リソソーム輸送、および分解の増加を促進しうる。標的タンパク質／抗原上の２つの異なる重複しないエピトープに対する二重パラトープ性抗体は、当技術分野で公知の技術を使用して作製されうる。例えば、B. Roberts et al., 1999, Int. J. Cancer, Vol. 81:285-291 (carcinoembryonic antigen, CEA)；D. Lu et al., 1999, J. Immunol. Methods, Vol. 230:159-71 (vascular endothelial growth factor receptor 2, VEGF2)；２００９年６月４日に公開された国際公開第２００９／０６８６２７号パンフレット、Ａｂｌｙｎｘ ＮＶ；２０１０年１２月１６日に公開された国際公開第２０１０／１４２５３４号パンフレット、およびＡｂｌｙｎｘ ＮＶを参照されたい。
一実施形態において、二価の二重パラトープ性抗体は、所定のｇｌｙｃＩＣＰ標的タンパク質上の異なる重複しないエピトープを認識して結合する、本明細書において記述されるように同定された２つの異なる抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体からの可変ドメイン配列を使用することによって産生してもよく、抗体は、ｇｌｙｃＩＣＰ上の異なる重複しないエピトープを認識する第２の抗ＩＣＰ抗体のＨ鎖および／もしくはＬ鎖のＮ末端、またはあるいはＣＨ３ドメインのＣ末端に結合した抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体の１つの一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）を含む。ｓｃＦｖを、ペプチドリンカー、例えばｓｃＦｖにおける結合ドメインを連結するために使用されるリンカーなどを介して、第２の抗ＩＣＰ抗体に連結してもよい。例えば、Dimasi et al., J. Mol. Biol., 393:672-692 (2009)を参照されたい。得られた結合分子産物または二重パラトープ性抗体は、ｇｌｙｃＩＣＰ上の２つの異なるエピトープと相互作用して結合することができる４つの抗ｇｌｙｃＩＣＰ結合単位または２つの結合単位を、分子のそれぞれのアームに含む。本実施形態によれば、腫瘍細胞の表面上に発現したｇｌｙｃＩＣＰ上の２つの重複しないエピトープを標的とする二価の二重パラトープ性抗体は、エピトープ結合を通してｇｌｙｃＩＣＰと有効に架橋して、細胞表面上のｇｌｙｃＩＣＰのクラスター形成を誘導し、増強された内在化およびリソソーム分解を誘発および促進する大きい複合体を形成することができる。一実施形態において、二重パラトープ性抗体を、本明細書においてさらに記述されるように、毒素または抗がん剤に連結して抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を産生する。そのような抗ＩＣＰ二重パラトープ性抗体の増強された内在化およびエンドサイトーシスならびにリソソーム輸送によって、最終的に標的細胞への毒素の大量の送達およびより大きい腫瘍細胞の殺滅または縮小が起こる。そのような効果は、二重パラトープ性抗ＨＥＲ２ ＡＤＣに関して記述されているように（J.Y. Li et al., 2016, Cancer Cell, Vol. 29:117-129）ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏの両方で観察された。実例として、その同起源の結合パートナーとのその相互作用を防止または遮断するため、その内在化および分解を促進するため、ならびに抗ｇｌｙｃＩＣＰ ＡＤＣを使用する場合には腫瘍細胞の殺滅を促進するために、以下のグリコシル化ＩＣＰ：ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡ、ＣＥＡＣＡＭ１、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮＬ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＣＤ４７、ＣＤ９６、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＣＴＬＡ−４、ＶＩＳＴＡ、またはＫＩＲの１つの、２つの重複しないエピトープに特異的に結合するバイパラトピック抗ｇｌｙＩＣＰ抗体または抗ｇｌｙｃＩＣＰ ＡＤＣを産生してもよい。
他の実施形態において、本発明によって包含される抗ｇｌｙｃＩＣＰ結合分子または抗体は、多重パラトープ性であってもよく、すなわち同じｇｌｙｃＩＣＰ標的分子上に３つ、４つ、またはそれ超の異なる、好ましくは重複しないエピトープまたは抗原性決定基を認識して結合する抗原結合ドメインを含んでもよい。なお他の実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、二重パラトープ性または多重パラトープ性で多価の両方であり、すなわち異なる標的ｇｌｙｃＩＣＰ分子上の１つまたは複数の異なるエピトープまたは抗原性決定基を認識して結合する抗原結合部位または「パラトープ」を同様に含む。
抗体断片の例には、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、およびＣＨ１ドメインからなるＦａｂ断片；（ｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなる「Ｆｄ」断片；（ｉｉｉ）１つの抗体のＶＬおよびＶＨドメインからなる「Ｆｖ断片」；（ｉｖ）ＶＨドメインからなる「ｄＡｂ」断片；（ｖ）単離ＣＤＲ領域；（ｖｉ）Ｆ（ａｂ’）２断片、２つの連結したＦａｂ断片を含む二価の断片；（ｖｉｉ）ＶＨドメインとＶＬドメインが、２つのドメインを会合させて結合ドメインを形成するペプチドリンカーによって連結されている一本鎖Ｆｖ分子（「ｓｃＦｖ」）；（ｖｉｉｉ）二重特異性一本鎖Ｆｖ二量体（米国特許第５，０９１，５１３号明細書を参照されたい）；および（ｉｘ）ダイアボディ、遺伝子融合によって構築された多価または多重特異性断片（米国特許出願公開第２００５０２１４８６０号明細書）が挙げられるがこれらに限定されるわけではない。Ｆｖ、ｓｃＦｖ、またはダイアボディ分子は、ＶＨおよびＶＬドメインを連結するジスルフィド架橋を取り込むことによって安定化されうる。ＣＨ３ドメインに接続したｓｃＦｖを含むミニボディ（Hu et al., 1996, Cancer Res., 56:3055-3061）も同様に、有用でありうる。加えて、抗体様結合ペプチド模倣体も同様に、実施形態において企図される。「抗体様結合ペプチド模倣体」（ＡＢｉＰ）は、小さい抗体として作用し、より長い血清中半減期およびより面倒でない合成方法という特定の利点を有するペプチドであり、Liu et al., 2003, Cell Mol. Biol., 49:209-216によって報告されている。
抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗体（抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体）
特定の実施形態において、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１と比較してグリコシル化ＩＣＰタンパク質、ＰＤ−Ｌ１（例えば、特異的Ｎ−グリカン構造を有するＰＤ−Ｌ１タンパク質；ＰＤ−Ｌ１の特異的グリコペプチド）またはグリコシル化ＰＤ−Ｌ１ペプチドに特異的に結合し、グリコシル化ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１相互作用（抗ｇｌｙＰＤ−Ｌ１抗体）の免疫抑制機能を阻害する抗体を単離および同定する方法が提供される。そのような抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、疾患、特にがんの処置において有用である。抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、およびＩｇＥ Ｉｇクラスの抗体、ならびに抗原結合活性を保持する抗体ＣＤＲドメインを含むポリペプチドでありうる。実例として、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、キメラ、親和性成熟、ヒト化、またはヒト抗体でありうる。好ましい実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、モノクローナル抗体である。別の好ましい実施形態において、モノクローナル抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、ヒト化またはヒト抗体である。公知の手段によって、および本明細書において記述されるように、そのような抗原またはエピトープが、天然起源から単離されるか、または天然の化合物の合成誘導体もしくは変種であるかによらず、グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗原、そのそれぞれのエピトープの１つもしくは複数、または前述のいずれか１つのコンジュゲートに対して特異的な、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体、抗体断片、結合ドメイン、およびＣＤＲ（前述のいずれかの改変形態を含む）を作製してもよい。抗体は二重特異性またはバイパラトピックでありうる。
方法によって得た抗ｇｌｙｃＩＣＰ特異的抗体による疾患の処置
ある特定の態様において、記述される方法によって得た抗体またはその抗原結合断片（例えば、ＰＤ−Ｌ１などのグリコシル化ＩＣＰに特異的に結合する抗体）を、がんを処置するために処置方法に使用して投与してもよい。したがって、本明細書において、がんを処置するために、少なくとも１つの抗グリコシル化ＩＣＰ抗体またはその結合断片、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体の治療有効量を、必要とする対象に投与することによって、がんを処置する方法が提供される。本明細書において記載されるように、処置または治療的処置は、がん細胞の成長、増殖、遊走等を低減、防止、阻害、または遮断することを伴う。方法は、Ｔ細胞、特にキラーまたは細胞傷害性Ｔ細胞などの免疫エフェクター細胞の細胞表面上に発現する同起源のＩＣリガンドと結合／相互作用することができるＩＣＰ細胞表面タンパク質を発現する対象の腫瘍細胞について、処置を受けている対象、例えばヒト患者に利益をもたらす。これらの対象を、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体の少なくとも１つの有効量で処置することによって、腫瘍細胞上のグリコシル化ＩＣＰへの抗体の結合、ならびにＩＣＰ発現腫瘍細胞と、同起源のＩＤＰリガンドを発現するＴ細胞との相互作用の防止、遮断、または阻害が起こり、それによってＴ細胞活性の免疫抑制を防止または回避して、ＰＤ−Ｌ１などのＩＣＰを発現する腫瘍細胞を殺滅するようにＴ細胞を活性化することができる。したがって、記述の方法によって産生されて得られた抗グリコシル化ＩＣＰ抗体を使用する方法は、本発明の方法の実践によって達成される抗がん結果の利益を必要とする、利益を受けることができる、または利益を受けることが望ましい対象にとって有利である。対象が、少なくとも１つの抗グリコシル化ＩＣＰ抗体またはその結合断片、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体またはその結合断片の治療有効量の投与を伴う方法の治療上の利益を求めることは、当技術分野に対して利点を提供する。加えて、本発明の方法は、他の処置および処置モダリティと比較して、副作用、有害な転帰、禁忌等をなくすもしくは回避する、またはそのような問題が起こるリスクまたは可能性を低減させるさらなる利点を提供する。
本発明の処置方法が有用であるがんは、任意の悪性細胞タイプ、例えば固形腫瘍または血液腫瘍、特にその表面にグリコシル化ＰＤ−Ｌ１などのグリコシル化ＩＣＰを発現する細胞を有する腫瘍において見出されるがんを含む。一般的に、腫瘍は、任意の大きさの悪性または潜在的に悪性の新生物または組織塊を指し、原発腫瘍および二次腫瘍を含む。固形腫瘍は、通常、嚢胞または液体を含まない異常な組織塊または成長である。例示的な固形腫瘍には、膵臓、胆嚢、結腸、盲腸、胃、脳、頭部、頸部、卵巣、精巣、腎臓、咽頭、肉腫、肺、膀胱、黒色腫、前立腺、および乳房からなる群より選択される臓器の腫瘍が挙げられるがこれらに限定されるわけではない。例示的な血液腫瘍には、骨髄の腫瘍、ＴまたはＢ細胞悪性腫瘍、白血病、リンパ腫、芽腫、骨髄腫などが挙げられる。本明細書において提供される方法を使用して処置されうるがんのさらなる例には、癌腫、リンパ腫、芽腫、肉腫、白血病、扁平上皮がん、肺がん（小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺癌、および肺扁平上皮癌を含む）、腹膜のがん、肝細胞がん、胃がん（gastric cancer）または胃がん（stomach cancer）（消化管がん、および消化管間質がんを含む）、膵臓がん、神経膠芽腫、子宮頚がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜癌または子宮癌、唾液腺癌、腎臓がん（kidney cancer）または腎臓がん（renal cancer）、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、様々なタイプの頭頚部がん、黒色腫、表在拡大型黒色腫、悪性黒子型黒色腫、肢端黒子型黒色腫、結節性黒色腫、ならびにＢ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中間悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中間悪性度びまん性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽球性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小型非切れ込み型細胞ＮＨＬ、巨大病変ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、およびワルデンストレームマクログロブリン血症）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、ヘアリーセル白血病、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、および慢性骨髄芽球性白血病が挙げられるがこれらに限定されるわけではない
がんは、具体的に以下の組織学タイプのがんでありうるが、これらに限定される必要はない：悪性新生物；癌腫；未分化癌；巨細胞および紡錘細胞癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；毛母癌；移行上皮癌；乳頭状移行上皮癌；腺癌；悪性ガストリノーマ；胆管癌；肝細胞癌；混合型肝細胞癌および胆管癌；索状腺癌；腺様嚢胞癌；腺癌、腺腫様ポリープ；腺癌、家族性大腸ポリポーシス；固形癌；悪性カルチノイド腫瘍；気管支肺胞腺癌；乳頭状腺癌；色素嫌性癌；好酸性癌；好酸性腺癌；好塩基性癌；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾胞腺癌；乳頭状濾胞腺癌；非被包性硬化性癌；副腎皮質癌；子宮内膜癌；皮膚付属器癌；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳道腺癌；粘表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭状嚢胞腺癌；乳頭状漿液性嚢胞腺癌；粘液性嚢胞腺癌；膠様腺癌；印環細胞癌；浸潤性乳管癌；髄様癌；小葉癌；炎症性癌；乳房パジェット病；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生を有する腺癌；悪性胸腺腫；悪性卵巣間質腫瘍；悪性莢膜細胞腫；悪性顆粒膜細胞腫瘍；悪性男性胚細胞腫；セルトリ細胞癌；悪性ライディッヒ細胞腫瘍；悪性脂質細胞腫瘍；悪性傍神経節腫；悪性乳房外傍神経節腫；褐色細胞腫；血管球血管肉腫；悪性黒色腫；メラニン欠乏性黒色腫；表在拡大型黒色腫；巨大色素性母斑の悪性黒色腫；類上皮細胞黒色腫；悪性青色母斑；肉腫；線維肉腫；悪性線維性組織球腫；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胎児型横紋筋肉腫；胞巣型横紋筋肉腫；間質性肉腫；悪性混合腫瘍；ミュラー管混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；癌肉腫；悪性間葉腫；ブレンナー腫瘍；悪性葉状腫瘍；滑膜肉腫；悪性中皮腫；未分化胚細胞腫；胎生期癌；悪性奇形腫；悪性卵巣甲状腺腫；絨毛癌；悪性中腎腫；血管肉腫；悪性血管内皮腫；カポジ肉腫；悪性血管外皮腫；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍骨性骨肉腫；軟骨肉腫；悪性軟骨芽細胞腫；間葉性軟骨肉腫；骨の巨細胞腫瘍；ユーイング肉腫；悪性歯原性腫瘍；エナメル上皮歯牙腫；悪性エナメル上皮腫；エナメル上皮線維肉腫；悪性松果体腫；脊索腫；悪性神経膠腫；上衣腫；星細胞腫；原形質性星細胞腫；原線維性星細胞腫；星芽細胞腫；神経膠芽腫；乏突起神経膠腫；乏突起神経芽細胞腫；原始神経外胚葉腫瘍；小脳肉腫；神経節芽細胞腫；神経芽腫；網膜芽腫；嗅神経腫瘍；悪性髄膜腫；神経線維肉腫；悪性神経鞘腫；悪性顆粒細胞腫瘍；悪性リンパ腫；ホジキン病；側肉芽腫；小リンパ球性悪性リンパ腫；びまん性大細胞型悪性リンパ腫；濾胞性悪性リンパ腫；菌状息肉腫；他の明記された非ホジキンリンパ腫；悪性組織球腫；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ球性白血病；形質細胞白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞性白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；肥満細胞性白血病；巨核球性白血病；骨髄肉腫；およびヘアリーセル白血病。
記述の方法によって得た抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体によって処置されるがんは、好ましくは腫瘍細胞またはがん細胞上に発現するＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１、特にグリコシル化ＰＤ−Ｌ１について陽性である。具体的には、処置されるがんは、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体が結合するＩＣＰについて陽性である。ある特定の実施形態において、腫瘍細胞はまた、例えば乳がん細胞において発現するＥＧＦＲまたはＨＥＲ２／ｎｅｕ発現などの腫瘍細胞マーカーについて陽性である。これらのマーカーの存在または非存在は、ＥＧＦＲ陽性がんに対する標的化治療薬、例えばゲフィチニブなどのチロシンキナーゼ阻害剤、またはＨＥＲ２／ｎｅｕ陽性がんに対するハーセプチンと、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体との併用治療が、それを必要とする対象に治療上の恩典を提供するか否かを示しうる。ある特定の実施形態において、がんはＢＬＢＣである。
治療の選択を誘導するためにがんを特徴付けするためまたは抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体を用いる治療をモニターするために使用されうる他のマーカーには、非小細胞肺がんおよび異型性大細胞リンパ腫におけるＡＬＫ遺伝子の再配列および過剰発現；肝臓がんおよび胚細胞腫瘍に関するα−フェトプロテイン（ＡＦＰ）；多発性骨髄腫、慢性リンパ球性白血病、およびいくつかのリンパ腫に関するβ−２ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）；絨毛がんおよび胚細胞腫瘍に関するβ−ヒト絨毛性ゴナドトロピン（β−ｈＣＧ）；卵巣がんおよび乳がんに関するＢＲＣＡ１およびＢＲＣＡ２遺伝子変異；慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病および急性骨髄性白血病に関するＢＣＲ−ＡＢＬ融合遺伝子（フィラデルフィア染色体）；皮膚黒色腫および結腸直腸がんに関するＢＲＡＦ Ｖ６００変異；消化管間質腫瘍および粘膜黒色腫に関するＣ−ｋｉｔ／ＣＤ１１７；乳がんに関するＣＡ１５−３／ＣＡ２７．２９；膵臓がん、胆嚢がん、胆管がん、および胃がんに関するＣＡ１９−９；卵巣がんに関するＣＡ−１２５；甲状腺髄様がんに関するカルシトニン；結腸直腸がんおよびいくつかの他のがんに関する癌胎児性抗原（ＣＥＡ）；非ホジキンリンパ腫に関するＣＤ２０；神経内分泌腫瘍に関するクロモグラニンＡ（ＣｇＡ）；膀胱がんに関する第３、７、１７および９ｐ２１染色体；肺がんに関するサイトケラチン断片２１−１；非小細胞肺がんに関するＥＧＦＲ遺伝子変異分析；乳がんに関するエストロゲン受容体（ＥＲ）／プロゲステロン受容体（ＰＲ）；膀胱がんに関するフィブリン／フィブリノーゲン；卵巣がんに関するＨＥ４；乳がん、胃がん、および胃食道接合部腺癌に関するＨＥＲ２／ｎｅｕ遺伝子増幅またはタンパク質過剰発現；多発性骨髄腫およびワルデンストレームマクログロブリン血症に関する免疫グロブリン；結腸直腸癌および非小細胞肺がんに関するＫＲＡＳ遺伝子変異分析；胚細胞腫瘍、リンパ腫、白血病、黒色腫、および神経芽細胞腫に関する乳酸デヒドロゲナーゼ；小細胞肺がんおよび神経芽腫に関するニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）；膀胱がんに関する核マトリクスタンパク質２２；前立腺がんに関する前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）；甲状腺がんに関するサイログロブリン；ならびに乳がんに関するウロキナーゼプラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）およびプラスミノーゲン活性化因子阻害剤（ＰＡＩ−１）が挙げられる。
抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、多様なモダリティにおいて抗腫瘍剤として使用されうる。特定の実施形態において、抗腫瘍剤として抗体を使用する方法が企図され、したがって方法は、腫瘍細胞集団に、抗体、または抗体を含む組成物の治療有効量を、腫瘍細胞の成長を遮断または阻害するために十分な期間、接触させることを含む。一実施形態において、腫瘍細胞にｉｎ ｖｉｖｏで接触させることは、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体またはその結合断片、例えば記述の抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体またはその結合断片を含む生理的に忍容される組成物の治療有効量を、必要とする患者に、例えば静脈内、皮下、腹腔内、または腫瘍内注射によって投与することによって達成される。抗体は、注射または経時的な徐々の注入によって非経口投与されてもよい。有用な投与および送達レジメンには、静脈内、腹腔内、経口、筋肉内、皮下、腔内、経皮、皮内、蠕動ポンプ手段、または腫瘍細胞を含む組織への直接注射が挙げられる。
抗体を含む治療組成物は、慣例的に静脈内に、例えば単位用量の注射によって投与される。治療組成物を参照して使用される用語「単位用量」は、それぞれの単位が、必要な希釈剤、すなわち担体またはビヒクルに関連して所望の治療効果を生じるように計算された活性材料の既定量を含む、対象の単位投与量として適した物理的に個別の単位を指す。例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体などの抗グリコシル化ＩＣＰ抗体を含む組成物は、投与製剤と適合性である方法で、治療有効量で投与される。投与される量は、処置される対象、対象の系が活性成分を利用する能力、所望の治療効果の程度に依存する。投与するために必要な活性成分の正確な量は、医師の判断に依存して、個々の個体に特異的である。しかし、全身適用について適した投与量範囲が本明細書において開示され、投与経路に依存する。初回および追加投与にとって適したレジメンも同様に企図され、典型的に初回投与後に１つまたは複数の間隔（時間）で皮下注射または他の投与による繰り返し投与を伴いうる。例示的な複数回投与は、抗体の高い血清中および組織レベルを持続的に維持するために適している。あるいは、ｉｎ ｖｉｖｏ治療について明記された範囲で血液中の濃度を維持するために十分な持続的な静脈内注入が企図される。
記述の方法によって産生された抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、疾患を処置するために、例えば局所進行または転移がんを有するがん患者における腫瘍細胞成長を阻害するためまたはがん細胞を殺滅するために全身または局所投与されてもよいと企図される。抗体は、単独で、または抗増殖薬もしくは抗がん薬と併用して投与されうる。一実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、手術または他の技法前に患者におけるがんの負荷を低減させるために投与される。あるいは、残っているいかなるがん（例えば、手術によって除去できなかったがん）も大きさまたは成長能が確実に低減されるように、および／または確実に生存しないように、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体を、術後、定期的な間隔で投与することができる。上記で注目したように、抗体の治療有効量は、所望の効果を達成するように計算された既定量である。このため、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体の投与のための投与量範囲は、腫瘍細胞分裂および細胞周期進行の兆候が低減される所望の効果を生じるために十分に大きい範囲である。最適には、投与量は、有害な副作用、例えば過粘稠度症候群、肺浮腫、うっ血性心不全、神経学的効果などを引き起こすほど多量であってはならない。一般的に、投与量は、患者の年齢、状態、体格、および性別、ならびに疾患の程度によって変化し、内科医または臨床医などの当業者が決定することができる。当然、いずれかの合併症が起こった場合には、個々の医師が投与量を調節することができる。
処置方法
ある特定の実施形態において、組成物および方法は、グリコシル化ＩＣＰタンパク質、例えばＰＤ−Ｌ１に特異的かつ優先的に結合する抗グリコシル化ＩＣＰ抗体またはその結合部分、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体の単独投与、または第２のもしくは追加の薬物もしくは治療との併用投与を伴う。そのような薬物または治療は、そのリガンドと相互作用するヒトグリコシル化ＩＣＰに関連する、例えばヒトＰＤ−Ｌ１もしくはグリコシル化ヒトＰＤ−Ｌ１とヒトＰＤ−１との相互作用に関連する任意の疾患の処置に適用されうる。例えば、疾患はがんでありうる。特定のおよび例示的な実施形態において、グリコシル化ＰＤ−Ｌ１タンパク質またはその結合部分に結合する少なくとも１つの抗ＰＤ−Ｌ１抗体を含む組成物および方法は、がんまたは他の疾患の処置において、特にＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用を防止、低減、遮断、または阻害して、それによって治療効果および処置を提供することによって、治療効果または保護効果を有する。
併用治療を含む組成物および方法は、治療効果もしくは保護効果を有し、治療効果もしくは保護効果を増強し、および／または別の抗がん治療もしくは抗増殖剤治療の治療効果を増加させうる。治療および予防の方法ならびに組成物は、所望の効果、例えばがん細胞の殺滅および／または細胞の過増殖の阻害を達成するために有効な併用量で提供されうる。このプロセスは、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体またはその結合断片と、第２の治療とを投与することを伴いうる。第２の治療は、直接の細胞傷害効果を有しても有しなくてもよい。例えば、第２の治療は、直接の細胞傷害作用を有することなく免疫系をアップレギュレートする薬剤でありうる。組織、腫瘍および／または細胞に、１つもしくは複数の薬剤（例えば、抗体もしくは抗がん剤）を含む１つもしくは複数の組成物もしくは薬理学的製剤を曝露するか、または組織、腫瘍、および／もしくは細胞に、２つもしくはそれ超の異なる組成物もしくは製剤を曝露することができ、１つの組成物は、例えば、１）抗体、２）抗がん剤、３）抗体と抗がん剤の両方、または４）２つもしくはそれ超の抗体を提供する。同様に、そのような併用治療は、化学療法、放射線療法、外科療法、または免疫療法と共に使用されうると企図される。
例として、用語「接触した」および「曝露した」は、細胞に適用されるとき、特に腫瘍細胞またはがん細胞の表面で標的抗原、例えばＰＤ−Ｌ１、特にグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に特異的に結合するように、治療ポリペプチド、好ましくは本明細書において記述される抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体を標的細胞に送達するかまたは標的細胞の直接近位に配置するプロセスを記述するために使用される。治療的抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体によるそのような結合は、腫瘍細胞またはがん細胞が発現するＰＤ−Ｌ１とエフェクターＴ細胞上のＰＤ−１との相互作用を防止、遮断、阻害、または低減させて、それによって、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１相互作用に関連する免疫抑制を防止する。実施形態において、化学療法剤または放射線療法剤はまた、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体またはその結合断片と共に対象に投与または送達される。細胞の殺滅を達成するために、例えば１つまたは複数の薬剤は、細胞を殺滅させるためにまたは細胞が分裂するのを防止するために有効な併用量で細胞に送達される。
本明細書において記述される抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体は、別の抗がん処置に対してその前に、間に、後に、または様々な組み合わせで投与されうる。投与は、互いを前後として、同時から数分まで、数日まで、数週間までの範囲の間隔でありうる。抗体が抗がん剤とは別に患者に提供される実施形態において、投与された化合物が患者に対して有利な併用効果をなおも発揮することができるように、一般的に、それぞれの送達時間の間に有意な時間が経過しないように確保される。実例として、そのような例において、患者に抗体と抗がん治療とを互いに約１２〜２４時間または７２時間以内に、より詳しくは互いに約６〜１２時間以内に提供してもよいと企図される。いくつかの状況では、それぞれの投与の間に数日（２、３、４、５、６、または７日）から数週間（１、２、３、４、５、６、７、または８週間）が経過する、処置期間の有意な延長が望ましいと予想される。
ある特定の実施形態において、一連の処置または処置サイクルは、１〜９０日またはそれ超持続すると予想される（この範囲はその間の日および最後の日を含む）。１つの薬剤を、１日〜９０日のいずれかの日（このような範囲はその間の日および最後の日を含む）にまたはその任意の組み合わせで投与してもよく、別の薬剤が１日〜９０日（このそのような範囲は、その間の日および最後の日を含む）またはその任意の組み合わせのいずれかの日に投与されると企図される。１日の間（２４時間の期間）に、患者に、薬剤を１回または複数回投与してもよい。その上、一連の処置の後、抗がん処置が投与されない期間が存在してもよいと企図される。この期間は、患者の状態、例えば予後、体力、健康などに応じて、例えば１〜７日間、および／または１〜５週間、および／または１〜１２ヶ月またはそれ以上持続してもよい（このそのような範囲は、その間の日および上限の時点を含む）。処置のサイクルは必要に応じて繰り返される。様々な処置の組み合わせを使用してもよい。以下に示す併用処置レジメンの代表的な例において、抗体、例えば抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体またはその結合断片を「Ａ」で表し、抗がん治療を「Ｂ」で表す。
Ａ／Ｂ／Ａ Ｂ／Ａ／Ｂ Ｂ／Ｂ／Ａ Ａ／Ａ／Ｂ Ａ／Ｂ／Ｂ Ｂ／Ａ／Ａ Ａ／Ｂ／Ｂ／Ｂ Ｂ／Ａ／Ｂ／Ｂ
Ｂ／Ｂ／Ｂ／Ａ Ｂ／Ｂ／Ａ／Ｂ Ａ／Ａ／Ｂ／Ｂ Ａ／Ｂ／Ａ／Ｂ Ａ／Ｂ／Ｂ／Ａ Ｂ／Ｂ／Ａ／Ａ
Ｂ／Ａ／Ｂ／Ａ Ｂ／Ａ／Ａ／Ｂ Ａ／Ａ／Ａ／Ｂ Ｂ／Ａ／Ａ／Ａ Ａ／Ｂ／Ａ／Ａ Ａ／Ａ／Ｂ／Ａ
本実施形態の任意の抗体または治療の患者への投与は、もしあるとすれば、薬剤の毒性を考慮に入れて、そのような化合物を投与するための一般的プロトコールに従う。したがって、いくつかの実施形態において、有害事象および毒性、特に併用治療に帰することができる有害事象および毒性をモニターするステップが存在する。
一実施形態において、治療または処置方法は、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体を単独または別の抗がん剤と併用して、それを必要とする患者、すなわちがんまたは腫瘍を有する患者に投与することを伴う。抗グリコシル化ＩＣＰ抗体の投与前に、患者の腫瘍またはがんの試料をＩＣＰの存在について評価してもよい。そのような評価の結果によって、患者の腫瘍またはがんがグリコシル化ＩＣＰについて陽性であることが判明すれば、患者のグリコシル化ＩＣＰ＋腫瘍またはがんが抗グリコシル化ＩＣＰ抗体による処置により感受性がある可能性、および処置を進めて有益な転帰が得られる可能性がより高いことに基づいて、患者を処置について選択する。医療の専門家または医師は、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体処置方法を進めるように患者に助言を与えてもよく、患者は医療の専門家または医師の助言に基づいて処置を進めることを決定してもよい。加えて、一連の処置において、患者の腫瘍細胞またはがん細胞を、処置の進行または有効性をモニターする方法として、グリコシル化ＩＣＰの存在についてアッセイしてもよい。アッセイによって、例えば、患者の腫瘍細胞またはがん細胞上のグリコシル化ＩＣＰの変化、喪失、または減少が示される場合、医療の専門家は患者と共に、処置を継続すべきか否か、または何らかの方法で変更すべきか、例えばより高い投薬量に、別の抗がん剤もしくは治療を追加するか否かなどを決定してもよい。
免疫療法
方法のいくつかの実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体の投与と併用して、または投与と共に、免疫療法を使用してもよい。がんの処置の文脈において、免疫療法は一般的に、がん細胞を標的として破壊するために、免疫エフェクター細胞および分子の使用に依存する。リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））は、そのような一例である。チェックポイント阻害剤、例えばイピリムマブは、別のそのような例である。免疫エフェクターは、例えば、腫瘍細胞の表面上のマーカー（細胞表面タンパク質または受容体）に対して特異的な抗体でありうる。抗体単独は、治療のエフェクターとしての役割を果たしてもよく、または細胞殺滅を実際に行うために他の細胞を動員してもよい。抗体はまた、薬物または毒素（化学療法剤、放射性核種、リシンＡ鎖、コレラ毒素、百日咳毒素など）にコンジュゲートしてもよく、単に標的化剤としての役割を果たしてもよい。あるいは、エフェクターは、腫瘍細胞標的と直接または間接的に相互作用する表面分子、例えばＴ細胞上のＰＤ−１／腫瘍細胞上のＰＤ−Ｌ１相互作用を有するリンパ球でありうる。様々なエフェクター細胞には、細胞傷害性Ｔ細胞およびＮＫ細胞が挙げられる。
免疫療法の一態様において、腫瘍細胞は、標的化に感受性があるいくつかのマーカー（タンパク質／受容体）を有しなければならない。最適には、腫瘍マーカータンパク質／受容体は、大部分の他の細胞、例えば非がん細胞または正常細胞には存在しない。多くの腫瘍マーカーが存在し、これらのいずれも本実施形態の文脈において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体と共に投与される別の薬物または治療による標的化にとって適しうる。一般的な腫瘍マーカーには、例えばＣＤ２０、がん胎児性抗原（ＣＥＡ）、チロシナーゼ（ｐ９７）、ｇｐ６８、ＴＡＧ−７２、ＨＭＦＧ、シアリルルイス抗原、ＭｕｃＡ、ＭｕｃＢ、ＰＬＡＰ、ラミニン受容体、ｅｒｂＢ、およびｐ１５５が挙げられる。免疫療法の代替の態様は、抗がん作用と免疫刺激作用とを組み合わせることである。免疫刺激分子も同様に存在し、これにはサイトカイン、例えばＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１２、ＧＭ−ＣＳＦ、γ−ＩＦＮ；ケモカイン、例えばＭＩＰ−１、ＭＣＰ−１、ＩＬ−８；および増殖因子、例えばＦＬＴ３リガンドが挙げられる。
現在治験中または使用されている免疫療法の例は、免疫アジュバント、例えば、ウシ型結核菌（Mycobacterium bovis）、マラリア原虫（Plasmodium falciparum）、ジニトロクロロベンゼン、および芳香族化合物（米国特許第５，８０１，００５号明細書および同第５，７３９，１６９号明細書；Hui and Hashimoto, 1998, Infection Immun., 66(11):5329-5336；Christodoulides et al., 1998, Microbiology, 144(Pt 11):3027-3037）；サイトカイン療法、例えばα、β、およびγインターフェロン；ＩＬ−１、ＧＭ−ＣＳＦ、およびＴＮＦ（Bukowski et al., 1998, Clinical Cancer Res., 4(10):2337-2347；Davidson et al., 1998, J. Immunother., 21(5):389-398；Hellstrand et al., 1998, Acta Oncologica, 37(4):347-353）；遺伝子治療、例えばＴＮＦ、ＩＬ−１、ＩＬ−２、およびｐ５３（Qin et al., 1998, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95(24):14411-14416；Austin-Ward et al., 1998, Revista Medica de Chile, 126(7):838-845；米国特許第５，８３０，８８０号明細書および同第５，８４６，９４５号明細書）；ならびにモノクローナル抗体、例えば抗ＣＤ２０、抗ガングリオシドＧＭ２、および抗ｐ１８５（Hollander, 2012, Front. Immun., 3:3；Hanibuchi et al., 1998, Int. J. Cancer, 78(4):480-485；米国特許第５，８２４，３１１号明細書）である。１つまたは複数の抗がん治療を、本明細書において記述される抗体治療と共に使用してもよいと企図される。
タンパク質の精製
抗グリコシル化ＩＣＰ抗体を含むタンパク質の精製技術は、当業者に周知である。これらの技術は、１つのレベルで細胞、組織、または臓器のホモジナイゼーション、ならびにポリペプチドおよび非ポリペプチド分画への簡易分画を伴う。目的のタンパク質またはポリペプチドを、特に示していなければ部分精製または十分な精製（または均一になるまで精製）を達成するためにクロマトグラフィーおよび電気泳動技術を使用してさらに精製してもよい。純粋なタンパク質またはペプチドの調製に特に適した分析方法は、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、アフィニティークロマトグラフィー、イムノアフィニティークロマトグラフィー、および等電点電気泳動である。ペプチドの特に効率的な精製方法は、中圧液体クロマトグラフィー（ＦＰＬＣ）または高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）である。一般的に当技術分野で公知であるように、様々な精製ステップを実施する順序を変化させてもよく、および／またはある特定のステップを省略してもよく、それでもなお実質的に精製されたポリペプチドの適した調製方法が得られうる。
精製ポリペプチド、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体などの抗グリコシル化ＩＣＰは、他の成分から単離可能なまたは単離されて、その天然に得ることができる状態と比較して任意の程度に精製されるポリペプチドを指す。したがって、単離または精製ポリペプチドはまた、それが天然に存在しうる環境、例えば、細胞、組織、臓器、生物試料などを含まないポリペプチドを指す。一般的に、「精製」は、様々な他の成分を除去するために分画に供されているが、組成物がその発現された生物活性を実質的に保持しているポリペプチド組成物を指す。「実質的に精製された」組成物は、ポリペプチドが組成物の主成分を形成し、そのため、ポリペプチドが、組成物のタンパク質成分の約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９５％、またはそれ超を構成する組成物を指す。
ポリペプチド、例えば抗体タンパク質の精製の程度を定量する様々な方法が、本開示に照らして当業者に公知である。これらは、例えば、活性分画の特異的活性を決定すること、またはＳＤＳ／ＰＡＧＥ分析によって分画内のポリペプチドの量を評価することを含む。分画の純度を評価する好ましい方法は、分画の特異的活性を計算すること、それを最初の抽出物の特異的活性と比較すること、およびこのようにして「精製倍率」によって評価したその純度の程度を計算することである。活性の量を表すために使用される実際の単位は、精製後に行うように選択される特定のアッセイ技術、および発現されたポリペプチドが検出可能な活性を示すか否かに依存する。
一般的に、ポリペプチドが常にその最も精製された状態で提供される必要はない。実際に、実質的にあまり精製されていない産物は、ある特定の実施形態において有用性を有しうると企図される。部分精製は、より少ない精製ステップを組み合わせて使用することによって、または同じ一般的精製スキームの異なる形態を利用することによって達成されうる。例えば、ＨＰＬＣ装置を利用して実施する陽イオン交換カラムクロマトグラフィーでは、一般的に、低圧のクロマトグラフィーシステムを利用する同じ技術より大きい精製「倍率」が得られると認識される。低い程度の相対的精製を示す方法は、タンパク質産物の全体的な回収において、または発現されたタンパク質の活性の維持において利点を有しうる。
アフィニティークロマトグラフィーは、単離される物質（タンパク質）とそれが特異的に結合することができる分子との間の特異的親和性、すなわち、受容体−リガンド型相互作用に依存するクロマトグラフィー技法である。結合パートナーの１つを不溶性マトリクスに共有結合的にカップリングさせることによって、カラム材料（樹脂）を合成する。次いで、カラム材料は、カラム樹脂の上を通過する溶液から物質を特異的に吸着することができる。条件を、結合が妨害される／起こらない条件（例えば、ｐＨ、イオン強度、温度の変更など）に変化させることによって、溶出が起こる。マトリクスは、いかなる有意な程度にも分子を吸着せず、広範囲の化学的、物理的、および温度安定性を有する物質であるべきである。リガンドは、その結合特性に影響を及ぼさないようにカップリングすべきである。リガンドはまた、比較的堅固な結合を提供すべきであるが、結合した物質の溶出は、望ましい試料タンパク質またはリガンドを破壊することなく起こるべきである。
サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）は、溶液中の分子がその大きさに基づいて、またはより技術的な用語ではその流体力学的体積に基づいて分離されるクロマトグラフィー方法である。これは通常、大きい分子または高分子複合体、例えばタンパク質および工業用ポリマーに適用される。典型的に、水溶液を使用して試料をカラムの中に通過させるとき、この技術は、ゲル濾過クロマトグラフィーとして知られるが、これに対し、ゲル透過性クロマトグラフィーという名称は、移動相として有機溶媒を使用するときに使用される。ＳＥＣの基礎となる原理は、異なる大きさの粒子が、異なる速度で静止相の中を溶出（濾過）して、それによって、大きさに基づいて粒子の溶液が分離されることである。粒子の全てが同時またはほぼ同時にロードされると仮定すれば、同じ大きさの粒子は共に溶出するはずである。
高速（すなわち、高圧）液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）は、化合物を分離、同定、および定量するために生化学および分析化学において頻繁に使用されるカラムクロマトグラフィーの１つの形態である。ＨＰＬＣは、クロマトグラフィー充填材料（静止相）、移動相をカラムの中に移動させるポンプ、および分子の保持時間を示す検出器を利用する。保持時間は、静止相、分析される分子、および使用する溶媒の間の相互作用に応じて変化する。
患者のバイオマーカーとしてのグリコシル化ＩＣＰは、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体処置によって利益を得る
一実施形態において、記述の少なくとも１つの抗グリコシル化ＩＣＰ抗体の使用を伴う方法が提供される。そのような方法は、がんまたは腫瘍を有する対象から得た腫瘍細胞またはがん細胞のバイオマーカー評価において有用でありうる。がんを有する対象が、ＩＣＰを有する腫瘍細胞またはがん細胞のバイオマーカーとしてグリコシル化ＩＣＰ、特にそのような細胞の細胞表面上にグリコシル化ＰＤ−Ｌ１の検出可能なレベルを発現するがんまたは腫瘍を有するか否かを決定する方法が提供される。例えば、対象のがんまたは腫瘍細胞を試験して、細胞表面上にグリコシル化ＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１を発現すると決定されれば、対象を、記述の抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体の単独、または例えば別の抗がん剤との併用によって処置すると、処置によって利益が得られる可能性が高くなる。そのような方法は、がんまたは腫瘍を有する対象から試料を得ること、当技術分野において公知で使用される、または上記の結合方法を使用して、対象のがんまたは腫瘍に由来する細胞上のグリコシル化ＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１の存在について試料を試験すること、ならびに対象のがんまたは腫瘍がグリコシル化ＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１タンパク質の細胞表面発現について陽性であることが見出されれば、対象に、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体の有効量を単独でまたは別の抗がん剤と併用して投与することを含む。処置前に対象が、グリコシル化ＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１を発現するがんまたは腫瘍を有すると診断されれば、投与された抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体が、対象のグリコシル化ＩＣＰ、例えばｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１発現がんまたは腫瘍細胞と、対象のＩＣＰ発現Ｔ細胞、例えばＰＤ−１発現Ｔ細胞との相互作用を遮断または阻害する可能性がより高く、それによってＴ細胞活性の免疫抑制を防止して、活性化Ｔ細胞殺滅により腫瘍細胞またはがん細胞の殺滅を促進することから、より有効な処置が得られ、対象にとって利益が得られる。一実施形態において、方法は、そのがんまたは腫瘍が、発現されたグリコシル化ＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１タンパク質の存在に対する試験に感受性がありうる対象を最初に選択することを伴いうる。
類似の方法を使用して、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体と別の抗がん薬または処置との併用処置を含む、一連のがんの処置または治療の間に、ならびに処置の終了後に、患者の腫瘍細胞上のグリコシル化ＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１の存在を経時的にモニターしてもよい。そのような方法はまた、処置前に、および一連の処置の間に、抗がん処置レジメンまたは併用処置が、グリコシル化ＩＣＰ発現腫瘍細胞またはがん細胞、例えばグリコシル化ＰＤ−Ｌ１発現腫瘍細胞またはがん細胞について患者の腫瘍またはがん試料を試験またはアッセイすること、例えば成功の転帰またはその可能性を決定するためにモニターすることを伴うコンパニオン診断法において使用されうる。
他の薬剤
他の薬剤を、処置の治療有効性を改善するために、本実施形態のある特定の態様と共に使用してもよいと企図される。これらの追加の薬剤は、細胞表面受容体およびＧＡＰ接合部のアップレギュレーションに影響を及ぼす薬剤、細胞抑制および分化剤、細胞接着阻害剤、アポトーシス誘発剤に対する過増殖細胞の感受性を増加させる薬剤、または他の生物薬剤を含む。ＧＡＰ接合部の数を増加させることによる細胞内シグナル伝達の増加は、隣接する過増殖細胞集団に対して抗過増殖作用を増加させうる。他の実施形態において、細胞抑制または分化剤は、処置の抗過増殖有効性を改善するために、本実施形態のある特定の態様と併用して使用されうる。細胞接着阻害剤は、本実施形態の有効性を改善すると企図される。細胞接着阻害剤の例は、接着斑キナーゼ（ＦＡＫ）阻害剤およびロバスタチンである。さらに、処置の有効性を改善するために、アポトーシスに対する過増殖細胞の感受性を増加させる他の薬剤、例えば抗体ｃ２２５を、本実施形態のある特定の態様において併用して使用することができると企図される。
融合体およびコンジュゲート
本明細書において提供される抗グリコシル化ＩＣＰ抗体はまた、他のタンパク質との融合タンパク質として発現させるか、または別の部分と化学的にコンジュゲートさせることができる。いくつかの実施形態において、抗体またはポリペプチドは、アイソタイプまたはサブクラスによって変化しうるＦｃ部分を有し、キメラもしくはハイブリッドであってよく、および／または例えばエフェクター機能を改善するために、半減期もしくは組織アクセシビリティを制御するために、生物物理学的特徴、例えば安定性を強化するために、および産物の有効性を改善するために、改変することができ、これらはコスト低減に関連しうる。融合タンパク質の構築において有用な多くの改変、およびそれらを作製するための方法は、当技術分野で公知であり、例えば、Mueller, J.P. et al., 1997, Mol. Immun. 34(6):441-452；Swann, P.G., 2008, Curr. Opin. Immunol., 20:493-499；およびPresta, L.G., 2008, Curr. Opin. Immunol., 20:460-470に記述されている。いくつかの実施形態において、Ｆｃ領域は、抗体のネイティブＩｇＧ１、ＩｇＧ２、またはＩｇＧ４ Ｆｃ領域である。いくつかの実施形態において、Ｆｃ領域はハイブリッド、例えばＩｇＧ２／ＩｇＧ４ Ｆｃ定常領域を含むキメラである。Ｆｃ領域の改変には、Ｆｃγ受容体および補体への結合を防止するために改変されるＩｇＧ４；１つまたは複数のＦｃγ受容体への結合を改善するために改変されるＩｇＧ１；エフェクター機能を最小限にするように改変されるＩｇＧ１（アミノ酸の変化）；変更されたグリカンを有する／グリカンを有しない（典型的に、発現宿主を変化させることによって）ＩｇＧ１；ならびにＦｃＲｎへのｐＨ依存的結合が変更されたＩｇＧ１が挙げられるがこれらに限定されるわけではない。Ｆｃ領域は、全ヒンジ領域、または抗体の全ヒンジ領域より少ない部分を含みうる。
別の実施形態は、その半減期を増加させるＦｃＲへの結合が低減したＩＧ２−４ハイブリッドおよびＩｇＧ４変異体を含む。代表的なＩｇＧ２−４ハイブリッドおよびＩｇＧ４変異体は、例えば、Angal et al., 1993, Molec. Immunol., 30(1):105-108；Mueller et al., 1997, Mol. Immun., 34(6):441-452；および米国特許第６，９８２，３２３号明細書に記載され、その参照により全体が本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ１および／またはＩｇＧ２ドメインは欠失している。例えば、Ａｎｇａｌら、同上は、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ドメインのセリン２４１位がプロリンで置換されているタンパク質を記述している。いくつかの実施形態において、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、または少なくとも１００個のアミノ酸を有する融合タンパク質またはポリペプチドが企図される。
いくつかの実施形態において、抗グリコシル化ＩＣＰ抗体を、連結または共有結合させる、または少なくとも１つの部分と複合体を形成させる。そのような部分は、診断剤または治療剤として抗体の有効性を増加させる部分でありうるが、これらに限定されるわけではない。いくつかの実施形態において、部分は、造影剤、毒素、治療酵素、抗生物質、放射標識ヌクレオチド、化学療法剤などでありうる。
いくつかの実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体にコンジュゲートまたは融合される部分は、酵素、ホルモン、細胞表面受容体、毒素、例えば、限定されないが、アブリン、リシンＡ、シュードモナスエンテロトキシン（すなわちＰＥ−４０）、ジフテリア毒素、リシン、ゲロニン、またはヨウシュヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質、タンパク質（腫瘍壊死因子、インターフェロン（例えば、α−インターフェロン、β−インターフェロン）、神経生長因子（ＮＧＦ）、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、組織プラスミノーゲン活性化因子（ＴＰＡ）、またはアポトーシス剤（例えば、腫瘍壊死因子−α、腫瘍壊死因子−β）、生物応答修飾剤（例えば、リンフォカイン（例えば、インターロイキン−１（「ＩＬ−１」）、インターロイキン−２（「ＩＬ−２」）、インターロイキン−６（「ＩＬ−６」））、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ−ＣＳＦ」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ−ＣＳＦ」）、またはマクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ−ＣＳＦ」））、または増殖因子（例えば、成長ホルモン（「ＧＨ」））、細胞毒素（例えば、細胞抑制または細胞障害剤、例えばパクリタキセル、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、エチジウムブロミド、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テニポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ツブリシンベースの微小管阻害剤、例えばメイタンシノイド、例えばメイタンシノイドＤＭ１（Ｎ２’−デアセチル−Ｎ２’−（３−メルカプト−１−オキソプロピル）−メイタンシン、使用するリンカーに応じてメルタンシンまたはエムタンシン、ならびにメイタンシノイドＤＭ４（Ｎ２’−デアセチル−ｎ２’−（４−メルカプト−４−メチル−１−オキソペンチル）−６−メチルメイタンシン；ラブタンシン、ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ，Ｉｎｃ、Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）、ならびにピューロマイシンおよびそのアナログまたはホモログ）、抗代謝薬（例えば、メトトレキサート、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−フルオロウラシル、ダカルバジン）、アルキル化剤（例えば、メクロレタミン、チオテパ、クロラムブシル、メルファラン、ＢｉＣＮＵ（登録商標）（カルムスチン、ＢＳＮＵ）およびロムスチン（ＣＣＮＵ））、シクロホスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾシン、マイトマイシンＣ、およびシスジクロロジアミン白金（ＩＩ）（ＤＤＰ）、シスプラチン）、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン（これまでのダウノマイシン）、およびドキソルビシン）、抗生物質（例えば、ダクチノマイシン（これまでのアクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン、アントラマイシン（ＡＭＣ））、抗分裂剤ならびに／またはチューブリン阻害剤、例えば、ビンクリスチンおよびビンブラスチン、モノメチルアウリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）、モノメチルアウリスタチンＥ（またはデスメチルアウリスタチンＥ）（ＭＭＡＥ）、例えばベドチン、またはその組み合わせであってもよい。
抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）
抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、強力な細胞傷害薬が、化学リンカー、またはカップリング剤を介して特異的標的抗原、特に腫瘍細胞またはがん細胞の表面上に発現するまたは過剰発現する標的抗原に対する抗体、典型的にモノクローナル抗体に共有結合により連結されている生物学的治療剤である。そのような「ロード」された抗体は、腫瘍細胞またはがん細胞に対して致死性の細胞傷害性の積み荷を送達するように設計される。ＡＤＣは、副作用を低減させ、全身毒性を最小限にしながら、新生物細胞にペイロード薬物を標的化する手段を提供する。ＡＤＣは、ＡＤＣの抗体成分とその標的抗原との特異的相互作用により、細胞表面発現標的抗原に結合する。標的抗原に結合後、ＡＤＣは、特に抗体が高い内在化活性を有する場合には細胞に内在化されうる。内在化機能を有する抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体の例は、本明細書において記述される実施形態の抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体、例えばＳＴＭ１０８およびＳＴＭ０７３である。したがって、そのようなＡＤＣが細胞に内在化される場合、それらは細胞を殺滅するかまたは細胞内の分子を標的とするように直接作用し、それによってアポトーシスまたは細胞死が起こる。本明細書において記述される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体（例えば、ＳＴＭ１０８およびＳＴＭ０７３）、特にモノクローナル、ヒト化、キメラ、またはヒト抗体を含むそのようなＡＤＣは、腫瘍およびがん細胞上のグリコシル化ＩＣＰへの抗体の特異的標的化を、細胞傷害薬または化合物のがん殺滅能と組み合わせ、それによって抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体による処置および治療のさらなる利点を提供する。ＡＤＣを調製および使用する技術は当技術分野で公知であり、本明細書において記述される抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体に限定されないと意図される。（例えば、Valliere Douglass, J.F., et al., 2015, Mol. Pharm., 12(6):1774-1783；Leal, M. et al., 2014, Ann. N.Y. Acad. Sci., 1321:41-54；Panowski, S. et al., 2014, mAbs, 6(1):34-45；Beck, A. 2014, mAbs, 6(1):30-33；Behrens, C.R. et al., 2014, mAbs, 6(1):46-53；およびFlygare, J.A. et al., 2013, Chem. Biol. Drug Des., 81(1):113-121を参照されたい）。実施形態において、上記の部分のいくつかまたは全て、特に毒素および細胞毒素を、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体にコンジュゲートさせて、がんを処置するために有効なＡＤＣを産生してもよい。実施形態において、ＡＣＤの抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体成分は、二重特異性、多重特異性、二重パラトープ性または多重パラトープ性抗体でありうる。
治療的または細胞傷害性部分を抗体にコンジュゲートさせる方法は周知である。例えば、Amon et al., "Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy", in MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY, Reisfeld et al. (eds.), 1985, pp. 243-56, Alan R. Liss, Inc.)；Hellstrom et al., "Antibodies For Drug Delivery", in CONTROLLED DRUG DELIVERY (2nd Ed.), Robinson et al. (eds.), 1987, pp. 623-53, Marcel Dekker, Inc.)；Thorpe, "Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review", in MONOCLONAL ANTIBODIES '84: BIOLOGICAL AND CLINICAL APPLICATIONS, Pinchera et al. (eds.), 1985, pp. 475-506)；"Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy", in MONOCLONAL ANTIBODIES FOR CANCER DETECTION AND THERAPY, Baldwin et al. (eds.), 1985, pp. 303-16, Academic Press；Thorpe et al., Immunol. Rev. 62:119-158 (1982)；Carter et al., Cancer J. 14(3):154-169 (2008)；Alley et al., Curr. Opin. Chem. Biol. 14(4):529-537 (2010)；Carter et al., Amer. Assoc. Cancer Res. Educ. Book. 2005(1):147-154 (2005)；Carter et al., Cancer J. 14(3):154-169(2008)；Chari, Acc. Chem Res. 41(1):98-107 (2008)；Doronina et al., Nat. Biotechnol. 21(7):778-784(2003)；Ducry et al., Bioconjug Chem. 21(1):5-13(2010)；Senter, Curr. Opin. Chem. Biol. 13(3):235-244 (2009)；およびTeicher, Curr Cancer Drug Targets. 9(8):982-1004 (2009)を参照されたい。ＡＤＣおよびＡＤＣ腫瘍学産物の総説は、Lambert, British J. Clin. Pharmacol., 76(2):248-262 (2013) and in Bouchard et al., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 24:5357-5363 (2014)において見出される。
特異的実施形態において、ｇｌｙｃＩＣＰ、例えばＰＤ−Ｌ１の腫瘍細胞への内在化を容易にする抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体、例えば抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体を、典型的に本明細書において抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣと呼ばれる抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を産生するために、不安定な結合を有する化学リンカーによって、上記のように細胞傷害剤および／または化学療法剤、毒素、または細胞毒素、または放射性核種などの非常に強力な生物活性薬または薬剤にコンジュゲートする。生物活性薬または細胞傷害剤は、例えば細胞、特に抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣが結合する細胞表面標的受容体または分子を発現する腫瘍細胞またはがん細胞に送達される「細胞障害性ペイロード」として役立つ。その標的分子に結合したそのような抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣは、細胞に内在化され、そこで細胞傷害薬ペイロードが放出される。非常に強力な細胞傷害性ペイロードとのコンジュゲーションを通しての本明細書において記述される抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体などの内在化抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体のがん細胞殺滅活性の増強により、高い抗腫瘍活性を有する抗がんＡＤＣ生物学が得られ、副作用は一般的に軽度で良好に忍容される。
本実施形態において記述される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、当技術分野において公知で使用される、またはまだ商品化されていない様々なタイプの細胞傷害性またはＤＮＡ作用ペイロードに連結してもよい。例えば、メイタンシンは、エチオピアの低木であるメイテヌス・オバツス（Ｍａｙｔｅｎｕｓ ｏｖａｔｕｓ）の樹皮から最初に単離されたベンゾアンサマクロライド（benzoansamacrolide）である。この細胞傷害剤およびその誘導体（例えば、メイタンシノイド）は、ビンカアルカロイド結合部位の近くでチューブリンに結合する。それらは、微小管の末端に位置するチューブリンに対して高い親和性および微小管全体に分布する部位に対してより低い親和性を有すると考えられる。微小管動態の抑制により、細胞は細胞周期のＧ２／Ｍ期で停止し、最終的にアポトーシスによる細胞死が起こる（Oroudjev et al., Mol. Cancer Ther., 10L2700-2713 (2010)）。２つのメイタンシン誘導体（チオール含有メイタンシノイド）は、ＤＭ１およびＤＭ４（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ，Ｉｎｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を含み、これらは非可逆的および可逆的リンカーと組み合わせて広く使用されている。特に、チオエーテルリンカーによって抗体に結合したＤＭ１は、「エムタンシン」と呼ばれる。ＳＰＰリンカーによって抗体に結合したＤＭ１は、「メルタンシン」と呼ばれる。ＳＰＤＢリンカーによって結合したＤＭ４は、「ラブタンシン」と呼ばれ、ｓＳＰＤＢリンカーによって結合したＤＮ４は、「ソラブタンシン」（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ，Ｉｎｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）と呼ばれる。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣは、チューブリン作用メイタンシノイドペイロードＤＭ１を含む。特定の実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣは、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体−ＤＭ１である。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣは、チューブリン作用メイタンシノイドペイロードＤＭ４を含む。特定の実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣは、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体ＤＭ４である。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣは、ＤＮＡ作用ペイロード、例えばＤＧＮ４６２（ＩｍｍｕｎｏＧｅｎ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を含む。特定の実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣは、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体−ＤＧＮ４６２である。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体−ＡＤＣの抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体成分は、ＳＴＭ０７３またはその結合部分である。一実施形態において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体−ＡＤＣの抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体成分は、ＳＴＭ１０８またはその結合部分である。
特定の実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体にコンジュゲートされる細胞傷害剤は、その抗分裂活性がチューブリンの重合化を遮断することによって細胞分裂を阻害することを伴う毒性の高い抗新生物剤である、ＭＭＡＥ（モノメチルアウリスタチンＥ（またはデスメチル−アウリスタチンＥ））である。国際一般的名称であるベドチンは、ＭＭＡＥプラスＭＭＡＥ−抗体コンジュゲートにおける抗体とのその連結構造を指す。より特定の実施形態において、ＡＤＣは、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体−ＭＭＡＥ、例えばＳＴＭ０７３−ＭＭＡＥまたはＳＴＭ１０８−ＭＭＡＥである。
多数の化学リンカーが公知であり、細胞傷害剤またはＤＮＡ作用薬ペイロードをコンジュゲートするために使用される。抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体を含むＡＤＣ、特に本明細書において記述されるその標的の結合後に内在化されるＡＤＣを産生するために単独でまたは併用して使用することが想像されるある特定のリンカーには、ＳＭＣＣ（４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサンカルボン酸 Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル）；ＳＰＤＢ（Ｎ−スクシンイミジル ３−（２−ピリジルジチオ）ブチレート）；ＳＰＰ（Ｎ−スクシンイミジル ４−（２−ピリジルジチオ）ペンタノエート）；スルホ−ＳＰＤＢまたはｓＳＰＤＢ（Ｎ−スクシンイミジル−４−（２−ピリジルジチオ）−２−スルホブタノエート）；チオエーテルリンカー スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボン酸（ＭＣＣ）；およびｖｃ（バリン−シトルリンジペプチドリンカー）が挙げられる。例として、操作されたリンカー（例えば、ＳＭＣＣ、ＳＰＤＢ、Ｓ−ＳＰＤＢ）（Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．）は、ＡＤＣの腫瘍への結合の前に安定であるように設計されており、次に、ＡＤＣががん細胞内に内在化されるとペイロードの有効性を最適化するように設計されている。カテプシン切断可能リンカーであるジペプチドｖｃリンカーなどの他のリンカーを使用して、抗体を、ドラスタチン１０に由来する分裂阻害剤であるアウリスタチン、例えばモノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）、例えばベドチンなどの細胞傷害剤にコンジュゲートしてもよい。細胞毒素を、１つ超の毒素分子がそれぞれの抗体分子に結合するように抗体にコンジュゲートさせてもよく、例えば抗体あたり平均で２、３、４、５、６、７、または８個の毒素分子が存在してもよい。
特定の実施形態において、ＭＭＡＥを、マレイミドカプロイル（ＭＣ）結合基によって抗体システインに間接的に連結させ、これを、バリン−シトルリン−ｐ−アミノベンジルオキシカルボニル−ＭＭＡＥ（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）にカップリングさせる。「ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ」の線形構造において、「ＭＣ」は、マレイミドおよびカプロン酸からなり、典型的にＨ鎖上のシステイン基を介して抗体に結合する部分である。次に「ＭＣ」を、腫瘍細胞またはがん細胞内部のカテプシンによって切断されるカテプシン切断可能リンカーである、バリン（Ｖａｌ）およびシトルリン（Ｃｉｔ）からなる「ｖｃ」リンカーに結合させる。「ｖｃ」を、スペーサー「ＰＡＢ」、すなわちパラアミノ安息香酸に結合し、これにＭＭＡＥ細胞毒素を連結する。ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ ＡＤＣは、カテプシンＢなどのプロテアーゼによって切断されると遊離の膜透過性のＭＭＡＥを放出する。一実施形態において、抗体に対するリンカーは、細胞外液において安定であるが、ＡＤＣが腫瘍細胞またはがん細胞に入るとカテプシンによって切断され、このように、ＭＭＡＥまたは他の毒素薬物の抗分裂メカニズムを活性化する。別の実施形態において、モノメチルアウリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）を、マレイミドカプロイル（ＭＣ−ＭＭＡＦ）によって抗体システインに連結する。ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ ＡＤＣとは対照的に、ＭＣ−ＭＭＡＦ ＡＤＣは、ＭＭＣ−ＤＭＩ ＡＤＣと同様に切断不能であり、細胞内で内在化して分解されなければならず、細胞内の活性薬としてシステイン−ＭＣ−ＭＭＡＦを放出する。
一実施形態において、細胞傷害性ペイロードは、ＡＤＣの細胞内への内在化後にリソソームにおいて放出される。リソソームにおいて、リソソーム酵素は、ＡＤＣの抗体成分を消化する。リソソーム分解後、薬物（および薬物−リンカー）ペイロードが細胞質に放出され、ここで薬物が細胞内標的と結合し、最終的に細胞死を引き起こす。任意選択で、放出されたペイロードは、リンカーがなおも結合しているが完全に活性である。ＡＤＣに標的が結合することによってリソソームへの輸送の不良が起こる他の実施形態において、標的細胞の外部で安定であるが、細胞内に入ると抗体成分からペイロードを切断するリンカーは、細胞内であるがリソソームの外部でペイロードを放出する代替の様式を提供する。他の実施形態において、リンカーは、細胞外液で安定であるが、ＡＤＣが腫瘍細胞またはがん細胞に入るとカテプシンによって切断され、このように毒素薬物の抗分裂または他の細胞傷害メカニズムを活性化する。他の実施形態において、切断可能リンカーの作用によって放出されるペイロードは、隣接するがん細胞に入り、バイスタンダー作用を介してそれらを殺滅することができ、このようにしてＡＤＣの標的化および腫瘍殺滅活性を増強する。
特定の例として、細胞表面ＰＤ−Ｌ１の内在化を促進する抗ＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂｓ ＳＴＭ０７３またはＳＴＭ１０８によって表される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、リンカーＳＭＣＣ（スクシンイミジル ４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート）を介してＤＭ１にカップリングされる。別の特定の実施例において、ＳＴＭ０７３またはＳＴＭ１０８によって表される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、リンカーＳＰＤＢ（Ｎ−スクシンイミジル ３−（２−ピリジルジチオ）ブチレート）またはｓＳＰＤＢ（Ｎ−スクシンイミジル−４−（２−ピリジルジチオ）−２−スルホブタノエート）を介してＤＭ４にカップリングされる。別の特定の実施例において、アウリスタチンモノメチルアウリスタチンＥは、マレイミドカプロイル−バリン−シトルリン−ｐ−アミノベンジルオキシカルボニル（ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）によって、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体、例えばＳＴＭ０７３またはＳＴＭ１０８のシステイン残基に連結される。特定の実施形態において、ＡＤＣは、ＳＴＭ１０８−ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥまたはＳＴＭ０７３−ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥである。
一実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体−ＡＤＣは、１分子あたり、ＭＭＡＥなどの薬物の多数の単位、例えば分子あたり１〜１０、１〜５、２〜５、３−５、または２、３、４、５、６、７、８、９、１０単位のＭＭＡＥなどの薬物、ならびにその間の値を含む。他の実施形態において、抗体−薬物比は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ超、ならびに２〜１０の間の範囲およびその間の値でありうる。実施形態において、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体、例えばＳＴＭ１０８またはＳＴＭ０７３は、二重特異性、多重特異性、二重パラトープ性もしくは多重パラトープ性抗体であるか、またはその抗原結合部分である。本明細書において記述される内在化機能を有する抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体を含むそのようなＡＤＣ、例えば上記のＳＴＭ１０８−ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥは、がんの処置のために腫瘍およびがん細胞の殺滅において強化された多面的な抗新生物効果を提供する。ほんの数例の実例の利点として、抗ヒトｇｌｙｃＩＣＰＭＡｂ−ＡＤＣ、例えばＳＴＭ１０８−ＡＤＣは、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用を遮断して、それによって腫瘍細胞に対するＴ細胞免疫およびエフェクター機能を増強することができ、腫瘍およびがん細胞上で発現したグリコシル化ＰＤ−Ｌ１を選択的に標的とすることができ、結合後に腫瘍細胞またはがん細胞上のＰＤ−Ｌ１を内在化して、それによって腫瘍細胞またはがん細胞上の表面発現ＰＤ−Ｌ１を低減させ、ＰＤ−Ｌ１の腫瘍形成能をさらに低減させることができ、抗体が内在化されて毒性薬物が放出される腫瘍細胞またはがん細胞のアポトーシスを引き起こし、細胞に損傷を与え、最終的に殺滅することができ、ならびにアポトーシスを受けた腫瘍または細胞からの毒性薬物の放出を通して、付近または近隣の腫瘍細胞またはがん細胞を殺滅することによって、バイスタンダー作用を容易にすることができる。
いくつかの実施形態において、本明細書において記述される抗体は、精製を容易にするために、マーカー、例えばペプチドにコンジュゲートさせてもよい。いくつかの実施形態において、マーカーは、ヘキサヒスチジンペプチド、すなわちインフルエンザ血液凝集素タンパク質に由来するエピトープに対応する血液凝集素「ＨＡ」タグ（Wilson, I. A. et al., Cell, 37:767-778 (1984)）、または「ｆｌａｇ」タグ（Knappik, A. et al., Biotechniques 17(4):754-761 (1994)）である。
他の実施形態において、本明細書において記述される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体にコンジュゲートされる部分は、アッセイにおいて検出することができる造影剤でありうる。そのような造影剤は、酵素、補欠分子団、放射標識、非放射活性常磁性金属イオン、ハプテン、蛍光標識、リン光分子、化学発光分子、発色団、発光分子、生物発光分子、光親和性分子、または色素粒子もしくはリガンド、例えばビオチンでありうる。実施形態において、適した酵素には、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼが挙げられるがこれらに限定されるわけではない；補欠分子団には、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられるがこれらに限定されるわけではない；蛍光材料には、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、塩化ダンシル、またはフィコエリスリンが挙げられるがこれらに限定されるわけではない；発光材料には、ルミノールが挙げられるがこれらに限定されるわけではない；生物発光材料には、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンが挙げられるがこれらに限定されるわけではない；放射活性材料には、ビスマス（２１３Ｂｉ）、炭素（１４Ｃ）、クロム（５１Ｃｒ）、コバルト（５７Ｃｏ）、フッ素（１８Ｆ）、ガドリニウム（１５３Ｇｄ、１５９Ｇｄ）、ガリウム（６８Ｇａ、６７Ｇａ）、ゲルマニウム（６８Ｇｅ）、ホルミウム（１６６Ｈｏ）、インジウム（１１５Ｉｎ、１１３Ｉｎ、１１２Ｉｎ、１１１Ｉｎ）、ヨウ素（１３１Ｉ、１２５Ｉ、１２３Ｉ、１２１Ｉ）、ランタン（１４０Ｌａ）、ルテチウム（１７７Ｌｕ）、マンガン（５４Ｍｎ）、モリブデン（９９Ｍｏ）、パラジウム（１０３Ｐｄ）、リン（３２Ｐ）、プラセオジム（１４２Ｐｒ）、プロメチウム（１４９Ｐｍ）、レニウム（１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ）、ロジウム（１０５Ｒｈ）、ルテニウム（９７Ｒｕ）、サマリウム（１５３Ｓｍ）、スカンジウム（４７Ｓｃ）、セレン（７５Ｓｅ）、ストロンチウム（８５Ｓｒ）、イオウ（３５Ｓ）、テクネチウム（９９Ｔｃ）、タリウム（２０１Ｔｉ）、スズ（１１３Ｓｎ、１１７Ｓｎ）、トリチウム（３Ｈ）、キセノン（１３３Ｘｅ）、イッテルビウム（１６９Ｙｂ、１７５Ｙｂ）、イットリウム（９０Ｙ）、亜鉛（６５Ｚｎ）；様々な陽電子射出トモグラフィーを使用して陽子を放出する金属；および非放射活性常磁性金属イオンが挙げられるがこれらに限定されるわけではない。
造影剤は、当技術分野で公知の技術を使用して、本明細書において記述される抗体またはポリペプチドに、直接、または中間体（例えば、当技術分野で公知のリンカー）を通して間接的にコンジュゲートさせてもよい。例えば、診断薬として使用するために、本明細書において記述される抗体および他の分子にコンジュゲートすることができる金属イオンに関して報告する米国特許第４，７４１，９００号明細書を参照されたい。いくつかのコンジュゲーション方法は、例えば抗体に付着した有機キレート剤、例えばジエチレントリアミン五酢酸無水物（ＤＴＰＡ）、エチレンジアミン四酢酸、Ｎ−クロロ−ｐ−トルエンスルホンアミド、および／またはテトラクロロ−３−６α−ジフェニルグリクリル−３を使用する金属キレート錯体の使用を伴う。モノクローナル抗体はまた、グルタルアルデヒドまたは過ヨウ素酸塩などのカップリング剤の存在下で酵素と反応することができる。フルオレセインマーカーとのコンジュゲートは、これらのカップリング剤の存在下で、またはイソチオシアネートとの反応によって調製することができる。
いくつかの実施形態において、本明細書において記述される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体を、例えば米国特許第４，６７６，９８０号明細書に記述されるように、二次抗体にコンジュゲートして、抗体ヘテロコンジュゲートを形成してもよい。そのようなヘテロコンジュゲート抗体は、ハプテン（例えば、フルオレセイン）、または細胞マーカー、サイトカイン、またはケモカインにさらに結合することができる。
いくつかの実施形態において、本明細書において記述される抗グリコシル化ＩＣＰ抗体は、固相支持体に付着させることができ、これは、本明細書において記述される抗体もしくは抗原結合断片との結合を通して支持体に固定されている標的抗原もしくは標的抗原に結合することができる他の分子のイムノアッセイまたは精製を行うために有用でありうる。そのような固相支持体には、ガラス、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、またはポリプロピレンが挙げられるがこれらに限定されるわけではない。
本明細書における実施例は、腫瘍およびがん細胞においてグリコシル化形態で本発明者らによって安定に発現することが見出された具体的かつ代表的なＩＣＰ、すなわちＰＤ−Ｌ１、ならびにＰＤ−Ｌ１およびそのペプチドのグリコシル化形態に対して生成された抗体に関する。記述の方法によって単離され、本明細書において例証される代表的な抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体には、ＳＴＭ００４、ＳＴＭ１１５、ＳＴＭ０７３、およびＳＴＭ１０８が挙げられる。抗体ＳＴＭ００４およびＳＴＭ１１５は、２０１６年１０月６日に公開されたＰＣＴ出願国際公開第２０１６／１６０７９２号パンフレットに開示され、抗体ＳＴＭ０７３およびＳＴＭ１０８は、２０１６年７月１２日に提出された米国仮特許出願第６２／３６１，３１２号明細書に開示されている。当業者は、実施例が、エフェクターＴ細胞などの免疫細胞上で発現するＰＤ−Ｌ１およびそのリガンドＩＣＰに加えて、腫瘍細胞上で発現する他のグリコシル化ＩＣＰを包含しうることを認識するであろう。
[実施例１]
材料および方法
細胞培養、安定なトランスフェクタント、およびトランスフェクション。細胞は全て、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）から得た。これらの細胞は、１０％ウシ胎仔血清（ＦＢＳ）を補充したＤＭＥＭ／Ｆ１２またはＲＰＭＩ １６４０培地で成長させた。ＭＤＡ−ＭＢ−４６８、ＢＴ５４９、および２９３Ｔ細胞におけるＰＤ−Ｌ１安定トランスフェクタントを、ピューロマイシン（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して選択した。一過性のトランスフェクションに関して、細胞に、ＳＮリポソーム（Hu, M. C. et al., 2004, Cell, 117:225-237）およびｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）２０００（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して、ＤＮＡ、例えばＰＤ−Ｌ１をコードするＤＮＡを一過性にトランスフェクトした。
レンチウイルス感染を使用する安定な細胞の生成。細胞におけるＰＤ−Ｌ１の発現をノックダウンするために使用されるレンチウイルスに基づくｓｈＲＮＡ（ｐＧＩＰＺプラスミド）（Shen, J. et al., 2013, Nature, 497:383-387）を、sｈＲＮＡ／ＯＲＦコア施設（ＵＴ ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ）から購入した。ＭＤＡ−ＭＢ−２３１またはＡ４３１細胞におけるＰＤ−Ｌ１タンパク質発現のノックダウン効率に基づいて、本発明者らは、この試験について２つのＰＤ−Ｌ１クローンを選択した。成熟アンチセンス配列は以下の通りである：ＴＣＡＡＴＴＧＴＣＡＴＡＴＴＧＣＴＡＣ（ｓｈＰＤ−Ｌ１ ＃１、配列番号９）、ＴＴＧＡＣＴＣＣＡＴＣＴＴＴＣＴＴＣＡ（ｓｈＰＤ−Ｌ１ ＃５、配列番号１０）。内因性のＰＤ−Ｌ１をノックダウンして同時にＦｌａｇ−ＰＤ−Ｌ１を再構成するために、ｐＧＩＰＺ−ｓｈＰＤ−Ｌ１／Ｆｌａｇ−ＰＤ−Ｌ１二重発現構築物を使用して、本発明者らは、内因性のＰＤ−Ｌ１ノックダウンおよびＦｌａｇ−ＰＤ−Ｌ１ ＷＴまたは４ＮＱ変異体発現細胞株を確立した。ＰＤ−Ｌ１およびＦｌａｇ−ＰＤ−Ｌ１に関するレンチウイルス発現ｓｈＲＮＡを生成するために、本発明者らは、ＦｕＧＥＮＥ６トランスフェクション試薬によって、２９３Ｔ細胞にｐＧＩＰＺ非サイレンス（ベクター対照ウイルスについて）、ｐＧＩＰＺ−ｓｈＰＤ−Ｌ１、またはｐＧＩＰＺ−ｓｈＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−Ｌ１ ＷＴ、またはｐＧＩＰＺ−ｓｈＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−Ｌ１ ４ＮＱ変異体をトランスフェクトした。トランスフェクションの２４時間後、培地を交換した後、培地を２４時間間隔で収集した。収集したレンチウイルスを含む培地を遠心分離して、細胞破片を除去し、０．４５μｍフィルターを通して濾過した。細胞を、注射の１２時間前に５０％コンフルエンスで播種して、培地を、レンチウイルスを含む培地に交換した。２４時間感染後、培地を新しい培地に交換して、感染した細胞を１μｇ／ｍｌピューロマイシン（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ）によって選択した。
プラスミド。ヒトＰＤ−Ｌ１クローンをｓｈＲＮＡ／ＯＲＦコア施設（ＵＴ ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ，ＵＳＡ）から得て、ｐＣＤＨレンチウイルス発現ベクターにクローニングして、公知の分子生物学技術を使用してＰＤ−Ｌ１−ＦｌａｇまたはＰＤ−Ｌ１−Ｍｙｃ発現細胞株を確立した。加えてヒトＰＤ−Ｌ１核酸を、一過性のトランスフェクションのためにｐＥＧＦＰ−Ｎ１およびｐＣＭＶ−ＨＡ哺乳動物細胞発現ベクターにクローニングした。ｐＣＤＨ／ＰＤ−Ｌ１−Ｆｌａｇ発現ベクターを鋳型として使用して、以下の表４に示されるプライマーを使用して部位特異的変異誘発を実施することによって、ＰＤ−Ｌ１−Ｆｌａｇ ＮＱ変異体Ｎ３５Ｑ、Ｎ１９２Ｑ、Ｎ２００Ｑ、Ｎ２１９Ｑ、および４ＮＱ（Ｎ３５Ｑ／Ｎ１９２Ｑ／Ｎ２００Ｑ／Ｎ２１９Ｑ）を生成した。内因性のＰＤ−Ｌ１をノックダウンして同時にＦｌａｇ−ＰＤ−Ｌ１を再構成するために、ｐＧＩＰＺ−ｓｈＰＤ−Ｌ１／Ｆｌａｇ−ＰＤ−Ｌ１二重発現構築物を作製するために、ＰＤ−Ｌ１ ｍＲＮＡの３−ＵＴＲ領域を標的とするｓｈＰＤ−Ｌ１構築物（ｓｈＰＤ−Ｌ１ ＃５）を選択した。Ｆｌａｇ−ＰＤ−Ｌ１野生型（ＷＴ）または４ＮＱ変異体ＤＮＡを、内因性のＰＤ−Ｌ１に対して特異的なｓｈＲＮＡを発現するｐＧＩＰＺ−ｓｈＰＤ−Ｌ１（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ，ＵＳＡ）にクローニングした。全ての構築物を酵素消化およびＤＮＡシークエンシングを使用して確認した。
抗体および化学物質。以下の抗体を、実施例において記述される実験に使用した：Ｆｌａｇ（Ｆ３１６５；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）；ＰＤ−Ｌ１（１３６８４；Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｄａｎｖｅｒｓ，ＭＡ，ＵＳＡ）；ＰＤ−Ｌ１（３２９７０２；ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ，ＳａｎＤｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ，）；ＰＤ−Ｌ１（ＧＴＸ１１７４４６；ＧｅｎｅＴｅｘ，Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡ，ＵＳＡ）；ＰＤ−Ｌ１（ＡＦ１５６；Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ，ＵＳＡ）；ＰＤ−１（ａｂ５２５８７；Ａｂｃａｍ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ，ＵＳＡ）。
イムノブロット分析および免疫組織化学。イムノブロット分析は既に記述されるように実施した（Lim et al., 2008, Gastroenterology, 135:2128-2140；およびLee et al., 2007, Cell, 130:440-455）。画像獲得およびバンド強度の定量を、Ｏｄｙｓｓｅｙ（登録商標）赤外線イメージングシステム（ＬＩ−ＣＯＲ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｌｉｎｃｏｌｎ，ＮＥ，ＵＳＡ）を使用して実施した。免疫細胞化学について、細胞を４％パラホルムアルデヒド中、室温で１５分間固定して５％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００中で５分間透過性にした後、一次抗体を使用して染色した。使用した二次抗体は、抗マウスＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４８８または５９４色素コンジュゲートおよび／または抗ウサギＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ４８８または５９４色素コンジュゲート（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）であった。核を４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩｂｌｕｅ）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によって染色した。封入後、多光子共焦点レーザー走査型顕微鏡（Ｃａｒｌ Ｚｅｉｓｓ，Ｔｈｏｒｎｗｏｏｄ，ＮＹ，ＵＳＡ）を使用して、細胞を可視化した。
ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−１相互作用アッセイ。ＰＤ−１タンパク質とＰＤ−Ｌ１タンパク質の相互作用を測定するために、細胞を４％パラホルムアルデヒド中、室温で１５分間固定した後、組み換えヒトＰＤ−Ｌ１ Ｆｃキメラタンパク質（Ｒ＆ＤＳｙｓｔｅｍｓ）と共に１時間インキュベートした。使用した二次抗体は抗ヒトＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４８８色素コンジュゲート（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）であった。核を４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩｂｌｕｅ）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によって染色した。Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４８８色素の蛍光強度を、マイクロプレートリーダーＳｙｎｅｒｇｙ Ｎｅｏ（ＢｉｏＴｅＫ，Ｗｉｎｏｏｓｋｉ，ＶＴ，ＵＳＡ）を使用して測定して、総タンパク質の量によって強度に対して標準化した。封入後、画像を得るために、共焦点レーザー走査型顕微鏡（Ｃａｒｌ Ｚｅｉｓｓ）を使用して、細胞を可視化した。
統計分析。棒グラフのデータは、３回の独立した実験の標準偏差と共に無処置または対照群と比較した倍率変化を意味する。統計分析は、ＳＰＳＳ（バージョン、２０ ＳＰＳＳ、Ｃｈｉｃａｇｏ，ＩＬ）を使用して実施した。タンパク質発現と、ＢＬＢＣサブセットの間の相関を、Ｓｐｅａｒｍａｎ相関およびＭａｎ Ｗｈｉｔｎｅｙ検定を使用して分析した。実験データに関してスチューデントのｔ検定を実施した。Ｐ値＜０．０５は統計学的に有意であると考えられた。
[実施例２]
グリコシル化ＰＤ−Ｌ１結合抗体の産生およびスクリーニング
この代表的な実施例は、グリコシル化ＩＣＰ、すなわちグリコシル化ＰＤ−Ｌ１に特異的に結合するモノクローナル抗体を得る説明を提供する。しかし、本明細書において記述される方法は、グリコシル化ＩＣＰとその相互作用リガンドとの会合を防止することによって、免疫抑制を阻害するために、他のグリコシル化免疫チェックポイント分子に特異的に結合する抗体を生成することに応用可能である。
グリコシル化ヒトＰＤ−Ｌ１に対して作製されたモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを、標準化プロトコールに従って、ＳＰ２／０マウス黒色腫細胞と、ヒトＰＤ−Ｌ１免疫ＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝６）から単離した脾細胞との融合によって得た（Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ，Ｉｎｃ）。融合前に、免疫したマウスの血清を、ＦＡＣＳ分析を使用してＰＤ−Ｌ１免疫原への結合について確認した。モノクローナル抗体（ＭＡｂ）産生ハイブリドーマを作製した。全てのＭＡｂのアイソタイプがＩｇＧ１であった。抗体を産生するハイブリドーマを、グリコシル化ＰＤ−Ｌ１に対する特異性について再度試験した。この目的のため、４２個の候補ＭＡｂ産生ハイブリドーマを選択し、ＡＤＣＦ培地において成長させ、そのモノクローナル抗体含有上清を濃縮して精製した。
非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１と比較してグリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗原に対して特異的であり、優先的に結合する抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂを同定するために、異なるタイプのアッセイを実施した。ＭＡｂのグリコシル化ＰＤ−Ｌ１への優先的結合を検出するスクリーニングアッセイにおいて、抗体結合は、ＦＡＣＳ分析を通して試験される抗体を認識する二次抗体の蛍光強度の測定に基づいて決定した（膜結合タンパク質を使用して）。例として、ＢＴ５４９ヒト乳がん細胞株を使用して、アッセイを実施した。実例として、ＰＤ−Ｌ１ ＷＴ（完全にグリコシル化された）を過剰発現するＢＴ５４９細胞を、従来の技法に従ってビオチンによって標識した後、ビオチンによって標識していないＰＤ−Ｌ１ ４ＮＱ（完全な非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１変種）を過剰発現するＢＴ５４９細胞と混合した。混合した細胞を、試験される抗体およびＰＥにコンジュゲートした組み換えストレプトアビジン（ｒＳＡ−ＰＥ）と共にインキュベートした。細胞を、ＦＩＴＣにコンジュゲートした二次抗体（ＳＡ−ＦＩＴＣ）と共にさらにインキュベートした。洗浄後、ビオチン−ｒＳＡ−ＰＥ標識細胞（グリコシル化ＰＤ−Ｌ１）とビオチン−ｒＳＡ−ＰＥで標識されなかった細胞（非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１ ４ＮＱ細胞）とを分離するように、細胞のゲートを設定した。ＦＩＴＣにコンジュゲートした二次抗体（ＳＡ−ＦＩＴＣ）を介して、膜結合ＷＴまたは４ＮＱ ＰＤ−Ｌ１への抗ＰＤ−Ｌ１抗体の相対的結合を評価するために、平均蛍光強度（ＭＦＩ）を測定した。４ＮＱ ＰＤ−Ｌ１と比較してＷＴ ＰＤ−Ｌ１において有意により高いＭＦＩを示した抗体を、さらなる評価のために選択した。ＳＴＭ００４、ＳＴＭ０７３、ＳＴＭ１０８およびＳＴＭ１１５抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ＭＡｂの蛍光結合分析の結果を、以下の表５に示し、これは、野生型（グリコシル化）ＰＤ−Ｌ１を発現するＢＴ５４９細胞（ＢＴ５４９ＰＤ−Ｌ１ＷＴ細胞）への抗体結合に対するＭＦＩ値を、変種（非グリコシル化４ＮＱ）ＰＤ−Ｌ１を発現するＢＴ５４９細胞（ＢＴ５４９ＰＤ−Ｌ１ ４ＮＱ細胞）への抗体結合に対するＭＦＩ値と比較して示す。
別のアッセイにおいて、グリコシル化ヒトＰＤ−Ｌ１タンパク質および非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１、すなわちＰＮＧアーゼＦによって処置したＰＤ−Ｌ１タンパク質の両方を、固相表面にコーティングして、ＰＤ−Ｌ１抗原に対するＭＡｂの結合親和性について試験した。「ＰＤ−Ｌ１抗原」は、「ＰＤ−Ｌ１タンパク質」と同義であると理解される。１２個のＭＡｂが、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１タンパク質（ＰＮＧアーゼＦ処置タンパク質）と比較してグリコシル化ＰＤ−Ｌ１タンパク質と高親和性の相互作用を示した。さらなる特異性分析について、選択されたＭＡｂをウェスタンブロットおよびＦＡＣＳフローサイトメトリー分析によって分析した。様々な分析から、ＳＴＭ００４、ＳＴＭ０７３、ＳＴＭ１０８およびＳＴＭ１１５などのＭＡｂが、ＰＤ−Ｌ１の非グリコシル化形態と比較してＰＤ−Ｌ１のグリコシル化形態に特異的に結合することが見出され、このことは、グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗原に対するこれらのＭＡｂの特異性をさらに確認した。図１を参照されたい。
いくつかの例において、精製ＭＡｂをさらに、生細胞イメージングアッセイＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）（Ｅｓｓｅｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用して、そのＰＤ−Ｌ１とＰＤ−１との間の相互作用（ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１相互作用）の中和または阻害能について試験した。このアッセイについて、ＰＤ−Ｌ１を発現するＢＴ−５４９細胞を、抗ヒトＰＤ−Ｌ１抗体および蛍光標識ＰＤ−１−Ｆｃ融合タンパク質と共にインキュベートした。リガンドおよび受容体結合を、製造元の説明書に従ってＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）Ｚｏｏｍによって毎時間定量した。試験した４２個のＭＡｂについてこのアッセイに基づき、および図２に示すように、１５個のＭＡｂがＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を完全に遮断した。
グリコシル化ＰＤ−Ｌ１への優先的結合をウェスタンブロットおよびフローサイトメトリー分析によって確認した。図３Ｂは、本明細書において記述されるスクリーニング方法によって同定された抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体の５個がグリコシル化ＰＤ−Ｌ１（「ＷＴ」）に結合するが、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１ ４ＮＱには結合しないことを証明する。図３Ｃは、フローサイトメトリーによって、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１ ４ＮＱ変異体と比較して、グリコシル化またはＷＴ ＰＤ−Ｌ１に対するこれらの５つの抗体の優先的結合を確認する。
[実施例３]
特異的グリコシル化ＰＤ−Ｌ１結合抗体の結合領域の同定
グリコシル化ＰＤ−Ｌ１に結合するモノクローナル抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体の領域を同定するために、野生型（グリコシル化）ＰＤ−Ｌ１（ＰＤ−Ｌ１ ＷＴ）およびグリコシル化変種タンパク質Ｎ３５／３ＮＱ、Ｎ１９２／３ＮＱ、Ｎ２００／３ＮＱ、およびＮ２１９／３ＮＱ（図４Ａ〜４Ｃ）を、ＰＤ−Ｌ１ノックダウンＢＴ５４９細胞において過剰発現させた。図４Ｃにおけるウェスタンブロットによって決定した場合に、いくつかのＭＡｂは、他のＰＤ−Ｌ１変異体と比較して高い結合レベルで特定のＰＤ−Ｌ１変異体を認識し、そのようなＭＡｂが認識されるグリコシル化に対して部位特異的であることを証明した。さらに、肝臓がん細胞溶解物を使用するウェスタンブロット分析はまた、異なる抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体が、異なるパターンのＰＤ−Ｌ１グリコシル化を認識することも明らかにした（図４Ｄ）。
[実施例４]
抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体を使用する免疫組織化学染色
これらのＭＡｂの組織病理学的重要性を、図５に示すように免疫組織化学（ＩＨＣ）染色によってさらに証明した。サイトスピン染色分析において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体は、一貫してＰＤ−Ｌ１タンパク質のグリコシル化タンパク質を認識して結合したが、非グリコシル化ＰＤ−Ｌ１タンパク質には結合しなかった。ヒトトリプルネガティブ乳がん患者の試料において、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体はまた、膜および細胞質染色を１：３０の比率で示した。これらのデータは、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体が、バイオマーカー分析において、バイオマーカーとしてグリコシル化ＰＤ−Ｌ１の検出のために使用することができることを証明した。
[実施例５]
結合アッセイ
本明細書において記述される抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体がＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との相互作用を特異的に阻害するか否かを決定するために、以下の結合アッセイを実施した。アッセイの０日目に、血清含有培地をＰＤ−Ｌ１発現ＢＴ５４９標的細胞培養物から採取して、Ｄ−ＰＢＳによって丁寧に２回すすいだ。細胞を採取して計数した。細胞浮遊液を遠心分離（１０００ＲＰＭ、５分間）して、細胞沈降物を細胞５０，０００個／ｍｌで培養培地に浮遊させた。手動でのマルチチャンネルピペットを使用して、細胞（１００μＬ／ウェル、すなわち、細胞５０００個／ウェル）を平底マイクロプレートのあらゆるウェルに播種した。プレートを室温で３０分間放置した。その後、細胞を含むプレートを、５％ＣＯ２インキュベータにおいて終夜インキュベートした。
アッセイの１日目に（すなわち翌朝）、１μｇ／ｍＬ ＰＤ−１／Ｆｃおよび１：４００倍希釈のＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４８８ヤギ抗ヒトＩｇＧを含む培養培地を調製して、インキュベータ内で３７℃に加温した。細胞プレートをインキュベータから取り出して、細胞層を傷つけないように注意して培地を吸引した。試験抗体５０μＬを、用量依存的に各ウェルに添加した。ＰＤ−１／ＦｃおよびＡｌｅｘ Ｆｌｕｏｒ４８８ヤギ抗ヒトＩｇＧを含む培養培地５０μＬをあらゆるウェルに添加した。細胞プレートをＩｎｃｕＣｙｔｅＺＯＯＭ（登録商標）機器の中に入れて、２０分間平衡にして、初回スキャンを行った。２４時間の自動繰り返しスキャンを１〜２時間毎に２４時間まで計画した。対物レンズ１０倍；容器のタイプ：Ｃｏｒｎｉｎｇ３５９６；スキャンモード：標準；スキャンパターン：ウェルあたり画像４個；チャンネル：フェーズ＋「緑色」。異なる濃度の代表的なモノクローナル抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体の結合を、対照（図６Ｄ）と比較して図６Ａ〜６Ｃに示す。図６Ａは、ＳＴＭ００４の結果を示し、図６Ｂは、ＳＴＭ０７３の結果を示し、図６Ｃは、ＳＴＭ１０８の結果を示す。ＰＤ−１への結合は、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体の濃度が増加すると減少し、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体が、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害することを証明した。
[実施例６]
Ｔ細胞殺滅アッセイ
Ｔ細胞殺滅活性を利用して、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体が腫瘍細胞に及ぼす細胞傷害活性を決定した。従ったプロトコールは以下のとおりである；０日目、グリコシル化野生型ＰＤ−Ｌ１（ＰＤ−Ｌ１ ＷＴ）発現ＢＴ５４９ ＲＦＰ標的細胞培養物から血清含有培地を除去して、ＰＢＳで丁寧に２回すすいだ。細胞を回収して計数した。細胞浮遊液を遠心分離（１０００ＲＰＭ、４分間）して、細胞沈降物を培養培地に細胞５０，０００個／ｍｌで浮遊させた。手動のマルチチャンネルピペットを使用して、細胞を平底マイクロプレートのあらゆるウェルに播種した（１００μＬ／ウェル、すなわち、細胞５０００個／ウェル）。プレートを室温で３０分間放置した後、ＩｎｃｕＣｙｔｅＺＯＯＭ（登録商標）生細胞イメージング装置の中に入れて、２０分間平衡にした後、初回スキャンを計画した。初回スキャンの開始直後から３時間ごとに、２４時間の繰り返しスキャン（１０倍対物レンズ）を計画した。細胞のコンフルエンスを、所望のコンフルエンス（例えば２０％）が達成されるまで、続く１８時間で（終夜）モニターした。
翌朝、アッセイの日（すなわち、１日目）、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）Ｃａｓｐａｓｅ３／７アポトーシス緑色蛍光検出試薬（Ｅｓｓｅｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ ４４４０）の１０μＭ溶液を、アッセイ培地（４×最終アッセイ濃度２．５μＭ）中で調製して、インキュベータにおいて３７℃に加温した。抗ＣＤ３抗体（１００ｎｇ／ｍＬ）＋ＩＬ−２（１０ｎｇ／ｍＬ）Ｔ細胞活性化剤処置を、アッセイ培地中で４×最終アッセイ濃度で調製して、３７℃に加温した。試験ＭＡｂも同様に調製した。標的細胞プレートをインキュベータから取り出して、細胞層を傷つけないように注意して培地を吸引した。マルチチャンネルピペットを使用して、加温したカスパーゼ３／７溶液２５μＬを各ウェルに移した。その後、加温した抗ＣＤ３抗体＋ＩＬ−２ ２５μＬおよび抗体を、細胞プレートの適切なウェルの中に入れた。エフェクター細胞（ＰＢＭＣまたは総Ｔ細胞）を含む追加の培地５０μＬを添加して、総アッセイ容積を１００μＬにした。脱気した細胞プレートをＩｎｃｕＣｙｔｅＺＯＯＭ（登録商標）機器の中に入れて、２０分間平衡にして、初回スキャンを行った。２４時間の繰り返しスキャンを２〜３時間毎に５日まで計画した。（対物レンズ１０倍；容器のタイプ：Ｃｏｒｎｉｎｇ３５９６；スキャンモード：標準；スキャンパターン：ウェルあたり画像２個；チャンネル：フェーズ＋「緑色」（＋ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）赤色標的細胞を使用する場合は＋「赤色」）。
分析に関して、標的細胞アポトーシスを、視野における「大きい」緑色蛍光オブジェクト（核）の総数を経時的に計数することによってＩｎｃｕＣｙｔｅ（商標）ソフトウェアにおいて定量した。標的細胞の増殖は、赤色細胞核の数に対応する、赤色オブジェクトの数から測定した。データは１ｍｍ２あたりの蛍光オブジェクト数として表記した。データは、試験した抗体の添加を通して腫瘍細胞殺滅が増強されたことを示した。図７Ａは、ＳＴＭ００４の結果を示し、図７ＢはＳＴＭ０７３の結果を示す。
[実施例７]
抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体によるＰＤ−Ｌ１の結合は、ＰＤ−Ｌ１内在化および分解を促進する
抗ｇｌｙＩＣＰ抗体が、その同起源のＩＣＰ結合分子への結合後に内在化および分解を促進するか否かを決定するために、細胞染色アッセイを実施した。本実施例において、使用した抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体は、抗ＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ ＳＴＭ１０８であった。アッセイに関して、Ａ４３１細胞を、無血清培地中で一晩インキュベートした後、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体１０μｇと共に２日間インキュベートした。次に、細胞を回収し、細胞中のＰＤ−Ｌ１をウェスタンブロットによって評価した。細胞を抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂと共にインキュベートすると、対照（ＩｇＧ）と比較して細胞におけるＰＤ−Ｌ１レベルの低減を示した。
ＳＴＭ１０８ ＭＡｂの細胞内在化を、ｐＨｒｏｄｏ（商標）レッドＭｉｃｒｏｓｃａｌｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇキット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ，ＮＹ）を使用して、製造元の説明書に従って、ｐＨｒｏｄｏ（商標）レッド色素による抗体の標識によって可視化した。簡単に説明すると、細胞を０時間で播種し、播種後２４時間で、細胞を標識ＳＴＭ１０８ ＭＡｂｓ（５μｇ／ｍＬ）と共にインキュベートした。１時間後、細胞のイメージスキャンを、ＩｎｃｕＣｙｔｅ ＺＯＯＭ（登録商標）機器を使用して、予定される２４時間で１時間ごとにスキャンを繰り返した（１０×）。対物レンズ：１０倍；容器タイプ：Ｃｏｒｎｉｎｇ ３５６４０７；スキャンモード：標準；スキャンパターン；ウェルあたり３画像；チャンネル：フェーズ＋「レッド」。
図８Ａ〜８Ｃは、ＢＴ５４９−ＰＤ−Ｌ１細胞上で発現するＰＤ−Ｌ１への抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ ＳＴＭ１０８の結合後の生細胞イメージング分析を介したＰＤ−Ｌ１内在化および分解の例を提供する。図８Ａ〜８Ｃにおいて、ＳＴＭ１０８は、上述のとおり、ｐＨｒｏｄｏ（商標）レッド Ｍｉｃｒｏｓｃａｌｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇキット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ，ＮＹ）を使用して、赤色蛍光色素ｐＨｒｏｄｏ（商標）レッド（スクシンイミジルエステル（ｐＨｒｏｄｏ（商標）レッド、ＳＥ）にコンジュゲートされる。緑色染色は、生細胞イメージングを介して撮像した生細胞において酸性区画（リソソーム）を染色する細胞透過性緑色色素であるＬｙｓｏＴｒａｃｋｅｒ（登録商標）グリーンＤＮＤ−２６によって染色された細胞を反映する。図８Ａは、最初の時点（時間０）で、矢印で示される細胞の強い赤色の細胞内染色によって観察されるように、ＳＴＭ１０８抗体が細胞に内在化されることを示している。図８Ｂは、図８Ａにおける時間０の２分後の時点での、図８Ａに示した同じ細胞における弱められた細胞内赤色染色を示す。図８Ｃは、図８Ａにおける時間０の４分後の赤色細胞内染色の欠如を示し、細胞内のＳＴＭ１０８抗体および／または抗体−抗原複合体が分解したことを反映する。これらの画像は、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体、すなわちＳＴＭ１０８ ＭＡｂなどの抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体が細胞表面上に発現するＰＤ−Ｌ１への結合後にＰＤ−Ｌ１の内在化および分解を行うことを反映している。
[実施例８]
総Ｔ細胞と比較した腫瘍細胞における抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体が結合したＰＤ−Ｌ１の内在化
抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体を、活性化または非活性化Ｔ細胞と比較して細胞表面発現ＰＤ−Ｌ１の結合後にＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞に内在化する能力について試験した。抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体ＳＴＭ００４、ＳＴＭ０７３、およびＳＴＭ１０８および対照としてのマウスＩｇＧを、末梢血からの非活性化総Ｔ細胞、末梢血からの活性化総Ｔ細胞、およびＰＤ−Ｌ１を発現するＮＣＩ−Ｈ２２６細胞と共にインキュベートした。Ｔ細胞の活性化に関して、総Ｔ細胞をビーズ、例えば抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８抗体（例えば、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ，ＮＹ）に１：１で共有結合によりカップリングさせた不活性な超常磁性ビーズと混合して、抗原提示細胞による刺激を模倣するようにＴ細胞を刺激した（例えば、A. Trickett et al., 2003, J. Immunol. Methods, 275, Issues 1-2:251-255を参照されたい）。全ての抗体を、ｐＨｒｏｄｏ（商標）レッドによって標識し、内在化を上記のように可視化した。図９Ａ〜９Ｄおよび図９Ｅ〜９Ｈは、試験したいずれの抗体も非活性化総Ｔ細胞または活性化総Ｔ細胞に内在化されなかったことを示す。図９Ｉ〜９Ｌは、ＳＴＭ０７３およびＳＴＭ１０８ ＭＡｂが、赤色の細胞内染色を示さなかった標識対照抗体ｍＩｇＧ（図９Ｉ）および標識非内在化ＳＴＭ００４ ＭＡｂ（図９Ｊ）と比較して、赤色の細胞内染色によって証明されるように、これらの細胞とのインキュベーション後にＮＣＩ−Ｈ２２６細胞に内在化されたことを示している。本実施例は、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１抗体ＳＴＭ０７３およびＳＴＭ１０８が、ＰＤ−Ｌ１発現腫瘍細胞に選択的に内在化されるが、活性化または非活性化Ｔ細胞のいずれにも内在化されない抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体の例であることを証明している。
[実施例９]
腫瘍細胞殺滅および腫瘍体積の低減におけるＰＤ−Ｌ１ ＡＤＣの有効性
腫瘍の殺滅および腫瘍体積の低減における細胞毒素ＭＭＡＥにカップリングさせた抗ヒトＩＣＰ抗体、特に抗ヒトｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ、すなわちＳＴＭ１０８ ＭＡｂを含むＡＤＣの有効性を評価するために、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏ実験の両方を実施した。ＳＴＭ１０８−ＡＤＣは、ＭＭＡＥ細胞毒素ペイロードをＰＤ−Ｌ１発現腫瘍細胞またはがん細胞に特異的に送達するために、本明細書において上記のようにシステインを介してＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥに化学的に連結したＳＴＭ１０８ ＭＡｂを含む。ＳＴＭ１０８−ＡＤＣ（ＳＴＭ１０８−ＭＣ−ｖｃ−ＰＡＢ−ＭＭＡＥ）の測定された物理特性は、以下の通りである。
本実施例に関連して、図１０Ａ〜１０Ｄは、対照（ＩｇＧおよびＳＴＭ１０８ ＭＡｂ単独）と比較して、腫瘍移植マウスにおけるＰＤ−Ｌ１発現および非ＰＤ−Ｌ１発現腫瘍細胞の殺滅ならびに腫瘍体積の低減における、ＳＴＭ１０８−ＡＤＣの有効性を評価するために実施した実験の結果を表す。図１０Ａは、異なる濃度のＳＴＭ１０８−ＡＤＣ、すなわち「ＡＤＣ１０８」（塗りつぶした黒四角）に曝露後のＰＤ−Ｌ１のその発現をノックアウトするように改変されたＭＢ２３１細胞（「ＭＢ２３１ ＰＤＬ１ ＫＯ」）の％生存率と比較した、異なる濃度（ｎＭ）のＳＴＭ１０８−ＡＤＣ（塗りつぶした黒丸）に曝露後のＰＤ−Ｌ１発現ＭＤＡ−ＭＢ２３１（ヒト乳癌細胞株）腫瘍細胞（「ＭＢ２３１」）の％生存率を示す。観察されるように、その表面にＰＤ−Ｌ１を発現しないＭＢ２３１細胞の生存率は、最高濃度においてもＳＴＭ１０８−ＡＤＣによって有意に影響を受けなかったが、ＰＤ−Ｌ１発現ＭＢ２３１細胞の生存率は、特に１ｎＭ〜１００ｎＭまでのＳＴＭ１０８−ＡＤＣ濃度で有意に低減された。図１０Ｂでは、ＭＤＡ−ＭＢ２３１マウス乳がんモデルを使用し、このモデルでは、ＭＢ２３１細胞に由来する腫瘍を移植した動物を、ＩｇＧ−ＭＭＡＥ対照（１００μｇ）、ＳＴＭ１０８−ＡＤＣの５０μｇ、１００μｇ、もしくは１５０μｇ、またはＳＴＭ１０８ ＭＡｂ単独（１００μｇ）のいずれかによって処置した。結果は、ＩｇＧ−ＭＭＡＥ対照によって処置した動物と比較して、腫瘍体積が、全ての用量レベルのＳＴＭ１０８−ＡＤＣ、ならびにある程度、ＳＴＭ１０８ ＭＡｂ（１００μｇ）によって処置した腫瘍を有する動物において有効に減少されることを証明した。加えて、約１８日までに、ＳＴＭ１０８−ＡＤＣ（１００μｇ）によって処置した動物５匹中３匹（３／５）およびＳＴＭ１０８−ＡＤＣ（１５０μｇ）によって処置した動物５匹中４匹（４／５）において、完全寛解（「ＣＲ」）が意外にも見出された。
図１０Ｃは、異なる濃度のＳＴＭ１０８−ＡＤＣ、すなわち「ＡＤＣ１０８」（白抜きの赤い四角）に曝露後のＰＤ−Ｌ１を本来発現しない４Ｔ１細胞（「４Ｔ１」）の％生存率と比較して、異なる濃度（ｎＭ）のＳＴＭ１０８−ＡＤＣ（白抜きの赤い丸）に曝露後の細胞表面上にＰＤ−Ｌ１を発現するように改変された４Ｔ１乳癌細胞（「４Ｔ１ ｈＰＤＬ１」）の％生存率を示す。観察されるように、その表面上にＰＤ−Ｌ１を発現しない４Ｔ１細胞の生存率は、最高濃度であってもＳＴＭ１０８−ＡＤＣによって有意に影響を受けなかったが、ＰＤ−Ｌ１発現４Ｔ１細胞の生存率は、１０ｎＭ超〜１００ｎＭのＳＴＭ１０８−ＡＤＣ濃度で低減された。
４Ｔ１同系マウス乳がんモデルを使用し、このモデルにおいて、動物（Ｂａｌｂ／ｃマウス）に、細胞表面上にＰＤ−Ｌ１を発現するように改変されている４Ｔ１乳癌細胞に由来する腫瘍を移植したか、または細胞表面上にＰＤ−Ｌ１を本来発現しない非トランスフェクト４Ｔ１乳癌細胞（「４Ｔ１」）に由来する腫瘍を移植した。ＢＡＬＢ／ｃマウス（６〜８週齢、雌性；Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ，Ｍａｉｎｅ，ＵＳＡ）を使用する手順は全て、ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎの施設内動物飼育および使用に関する委員会（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ）によって承認された指針に従って実施した。マウスを各群における平均腫瘍体積に従って群分けした。４Ｔ１細胞（Ｍａｔｒｉｘｇｅｌ基底膜基質［ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｓａｎ Ｊｏｓｅ，ＣＡ，ＵＳＡ］２５μＬと混合した培地２５μＬ中に細胞１×１０５個）を乳房脂肪体に注射した。ＩｇＧ−ＭＭＡＥ対照（１００μｇ）、ＳＴＭ１０８ ＭＡｂ（１００μｇ）、またはＳＴＭ１０８−ＡＤＣ（１５０μｇ）を、マウスの腫瘍細胞接種後３、５、７、９、１１、および１３日目に腹腔内注射した。腫瘍をキャリパーによって３日毎に測定し、腫瘍体積を以下の式：π／６×長さ×幅２を使用して計算した。
図１０Ｄに観察されるように、細胞表面ＰＤ−Ｌ１発現をほとんどまたは全く有しない４Ｔ１由来腫瘍を有する動物（白抜きの丸／破線）において、結果は、腫瘍体積が全ての処置タイプ、すなわちＩｇＧ−ＭＭＡＥ対照、ＳＴＭ１０８ ＭＡｂ、またはＳＴＭ１０８−ＡＤＣについて時間と共に増加することを示した。ＰＤ−Ｌ１発現４Ｔ１細胞に由来する腫瘍を有し、ＩｇＧ−ＭＭＡＥ対照によって処置した動物では、処置動物における腫瘍体積も同様に時間と共に増加した（塗りつぶした黒丸）。これに対し、ＰＤ−Ｌ１発現４Ｔ１細胞に由来する腫瘍を有し、ＳＴＭ１０８ ＭＡｂ（塗りつぶした青色の丸）またはＳＴＭ１０８−ＡＤＣ（塗りつぶした赤色の丸）のいずれかによって処置した動物では、腫瘍体積は有効に減少した。加えて、約２１日までに、ＳＴＭ１０８−ＡＤＣによって処置した動物７匹中５匹（５／７）では完全寛解（「ＣＲ」）が起こることが意外にも見出された。
がん、例えば２つのタイプの乳房腫瘍を処置するための、抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体、例えばＳＴＭ１０８などの、本明細書において上記の抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ Ｍａｂを含むＡＤＣの使用に関連する有益で有効な抗新生物および治療態様は、抗ｇｌｙｃＰＤ−Ｌ１ ＭＡｂ ＡＤＣによって処置されている動物における処置後２５日以内、例えば約１５〜２３日での腫瘍体積の有意な低減および腫瘍の完全寛解を示すｉｎ ｖｉｖｏ結果によって強調されている。
本明細書において開示され特許請求される方法の全ては、本開示に照らして不当な実験を行うことなく、作製および実行することができる。組成物および方法は、好ましい実施形態に関して記述してきたが、その概念、精神および範囲から逸脱することなく、本明細書において記述される方法およびステップに、または方法のステップの順序に変更を適用してもよいことは、当業者に明白である。より具体的に、化学的および物理的に関連する特定の薬剤を、本明細書において記述される薬剤の代わりに置換してもよく、それでも同じまたは類似の結果が得られることは明白である。当業者に明白であるそのような全ての類似の置換および改変は、添付の特許請求の範囲によって定義される記述の実施形態の精神、範囲、および概念に含まれると考えられる。
本明細書において引用した全ての特許、刊行された特許出願、およびその他の刊行物は、参照により全体が本出願に組み込まれる。

Claims (65)

  1. グリコシル化免疫チェックポイントタンパク質（ＩＣＰ）抗原に優先的に結合する抗体を同定および単離する方法であって、
    ａ）グリコシル化ＩＣＰ抗原への特異的結合について抗体集団をスクリーニングするステップと、
    ｂ）前記グリコシル化ＩＣＰ抗原より前記ＩＣＰ抗原の非グリコシル化形態への結合が弱いことについて、前記グリコシル化ＩＣＰに特異的に結合する抗体をスクリーニングするステップと、
    ｃ）前記ＩＣＰの非グリコシル化形態より高い親和性で前記グリコシル化ＩＣＰに結合する抗体を単離するステップと
    を含む方法。
  2. 前記抗体集団が、グリカン部分への結合によって改変された少なくとも１つのグリコシル化アスパラギン（Ｎ）アミノ酸を含むＩＣＰの少なくとも７連続アミノ酸の断片を含むグリコシル化ＩＣＰ抗原またはそのペプチドによって免疫した動物から得たモノクローナル抗体である、請求項１に記載の方法。
  3. 前記スクリーニングステップの前に、
    ａ）動物において抗グリコシル化ＩＣＰ特異的抗体の免疫応答を誘発するために有効な量で、グリカン部分への結合によって改変された少なくとも１つのグリコシル化アスパラギン（Ｎ）アミノ酸を含むＩＣＰの少なくとも７連続アミノ酸の断片を含むグリコシル化ＩＣＰ抗原またはそのペプチドを、レシピエント動物に投与するステップと、
    ｂ）抗体集団を分泌するハイブリドーマ集団を前記動物から産生するステップと
    をさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
  4. 前記動物がマウスまたはラットである、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 前記動物が、ヒト免疫グロブリンを発現する遺伝子についてトランスジェニックである、請求項２から４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 前記抗体集団が、ファージディスプレイ抗体ライブラリである、請求項１に記載の方法。
  7. 前記ファージ抗体ライブラリが、ヒト抗体レパートリーライブラリである、請求項６に記載の方法。
  8. 前記抗体を、ＩＣＰ抗原の非グリコシル化形態への抗体の結合によって示されるＫｄの半分より小さいＫｄでのグリコシル化ＩＣＰ抗原への結合について試験する、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記抗体を、ＩＣＰ抗原の非グリコシル化形態への抗体の結合によって示されるＫｄの少なくとも５倍小さいＫｄでのグリコシル化ＩＣＰ抗原への結合について試験する、請求項８に記載の方法。
  10. 前記抗体を、ＩＣＰ抗原の非グリコシル化形態への抗体の結合によって示されるＫｄの半分より小さいＫｄでのグリコシル化ＩＣＰ抗原への結合について試験する、請求項９に記載の方法。
  11. 蛍光標識によって直接または間接的に標識された前記抗体を、ＩＣＰ抗原の非グリコシル化形態を発現する細胞への抗体の結合によって示される平均蛍光強度（ＭＦＩ）値より少なくとも２倍から少なくとも２０倍大きい、グリコシル化ＩＣＰ抗原を発現する細胞への結合についてのＭＦＩ値で、グリコシル化ＩＣＰ抗原への結合について試験する、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記抗体を、ＩＣＰ抗原の非グリコシル化形態への前記抗体の結合によって示されるＭＦＩ値より少なくとも３倍から少なくとも５倍大きい、グリコシル化ＩＣＰ抗原への結合についてのＭＦＩ値で、グリコシル化ＩＣＰ抗原への結合について試験する、請求項１１に記載の方法。
  13. グリコシル化ＩＣＰ抗原またはそのペプチドが腫瘍細胞またはがん細胞上に発現し、ＩＣＰリガンドが免疫細胞上に発現する、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. グリコシル化ＩＣＰ抗原またはそのペプチドが免疫細胞上に発現し、ＩＣＰリガンドが腫瘍細胞またはがん細胞上に発現する、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
  15. 前記免疫細胞がエフェクターＴ細胞またはナチュラルキラー細胞（ＮＫ細胞）である、請求項１３または１４に記載の方法。
  16. 前記ＩＣＰがヒトＩＣＰである、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. グリコシル化ＩＣＰ抗原が、ＣＤ４７、ＣＤ９６、ＴＩＭ−３、ＬＡＧ−３、ＣＥＡＣＡＭ１、ＢＴＮ１Ａ１、セマフォリン４Ｄ、ブチロフィリン様２（ＢＴＮＬ２）、ＢＴＬＡ、ＰＤ−１およびＰＤ−Ｌ１からなる群から選択される、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記グリコシル化ＩＣＰがＰＤ−Ｌ１である、請求項１７に記載の方法。
  19. 前記グリコシル化ＩＣＰがＰＤ−１である、請求項１７に記載の方法。
  20. 前記グリコシル化ＩＣＰがＣＤ４７である、請求項１７に記載の方法。
  21. 前記グリコシル化ＩＣＰがＣＤ９６である、請求項１７に記載の方法。
  22. 前記グリコシル化ＩＣＰがＴＩＭ−３である、請求項１７に記載の方法。
  23. 前記グリコシル化ＩＣＰがＬＡＧ−３である、請求項１７に記載の方法。
  24. 前記グリコシル化ＩＣＰがＣＥＡＣＡＭ１である、請求項１７に記載の方法。
  25. 前記グリコシル化ＩＣＰがＢＴＮ１Ａ１である、請求項１７に記載の方法。
  26. 前記グリコシル化ＩＣＰがセマフォリン４Ｄである、請求項１７に記載の方法。
  27. 前記グリコシル化ＩＣＰがＢＴＮＬ２である、請求項１７に記載の方法。
  28. 前記グリコシル化ＩＣＰがＢＴＬＡである、請求項１７に記載の方法。
  29. ステップ（ａ）および／またはステップ（ｂ）でのスクリーニングがフローサイトメトリー分析によって行われる、請求項１から２８のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記ＩＣＰの、その同起源のＩＣＰ結合パートナーへの結合の阻害について前記抗体を試験するステップをさらに含む、請求項１から２９のいずれか一項に記載の方法。
  31. 前記抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むアミノ酸を同定するステップ、およびヒト化抗体を産生するためにＣＤＲ周囲のアミノ酸配列をヒト化するステップをさらに含む、請求項１から３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. ヒト化抗体を組み換え発現するステップをさらに含む、請求項３１に記載の方法。
  33. 前記ヒトグリコシル化ＩＣＰ抗原が、ヒトＰＤ−Ｌ１の少なくとも７連続アミノ酸の断片を含む単離ポリペプチドであり、前記ポリペプチドが、ヒトＰＤ−Ｌ１のＮ３５、Ｎ１９２、Ｎ２００、またはＮ２１９位に対応する少なくとも１つのアミノ酸を含み、ＰＤ−Ｌ１のＮ３５、Ｎ１９２、Ｎ２００、またはＮ２１９位に対応するアミノ酸の少なくとも１つがグリコシル化されている、請求項２から３２のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記単離ポリペプチドが、ヒトＰＤ−Ｌ１の少なくとも８〜２０連続アミノ酸を含む、請求項１３に記載の方法。
  35. 前記単離ポリペプチドが、そのアミノまたはカルボキシ末端で免疫原性ポリペプチドに融合またはコンジュゲートされる、請求項３３または３４に記載の方法。
  36. 前記ヒトグリコシル化ＩＣＰ抗原が、ヒトＰＤ−１の少なくとも７連続アミノ酸の断片を含む単離ポリペプチドであり、前記ポリペプチドが、ヒトＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、および／またはＮ１１６位に対応する少なくとも１つのアミノ酸を含み、ＰＤ−１のＮ４９、Ｎ５８、Ｎ７４、および／またはＮ１１６位に対応するアミノ酸の少なくとも１つがグリコシル化されている、請求項２から３２のいずれか一項に記載の方法。
  37. 前記単離ポリペプチドがヒトＰＤ−１の少なくとも８〜２０連続アミノ酸を含む、請求項３６に記載の方法。
  38. 前記単離ポリペプチドが、そのアミノまたはカルボキシ末端で免疫原性ポリペプチドに融合またはコンジュゲートされる、請求項３６または３７に記載の方法。
  39. 前記抗体のエピトープと重複しないヒトグリコシル化ＩＣＰのエピトープに結合する二次抗体の抗原結合ドメインを含むｓｃＦｖを、前記抗体の重鎖および／または軽鎖のＮ−末端に連結するステップをさらに含む、請求項１から３８のいずれか一項に記載の方法。
  40. 請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法に従って単離された単離抗体。
  41. 抗グリコシル化ＰＤ−Ｌ１抗体である、請求項４０に記載の単離抗体。
  42. 抗グリコシル化ＰＤ−１抗体である、請求項４０に記載の単離抗体。
  43. ヒト化またはヒト抗体である、請求項４０から４２のいずれか一項に記載の単離抗体。
  44. 組み換え抗体である、請求項４０から４３のいずれか一項に記載の単離抗体。
  45. ＩｇＭ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４からなる群から選択されるアイソタイプである、請求項４０から４４のいずれか一項に記載の単離抗体。
  46. Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ’）３、一価ｓｃＦｖ、二価ｓｃＦｖ、二重パラトープ性またはシングルドメイン抗体である、請求項３９から４５のいずれか一項に記載の単離抗体。
  47. 二重特異性または二重パラトープ性抗体である、請求項４０から４６のいずれか一項に記載の単離抗体。
  48. 造影剤、化学療法剤、毒素、抗新生物剤、または放射性核種にコンジュゲートされる、請求項４０から４７のいずれか一項に記載の抗体。
  49. 抗新生物剤とコンジュゲートして抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を産生する、請求項４８に記載の単離抗体。
  50. 前記抗新生物剤が、チューブリン重合化を阻害する薬剤である、請求項４９に記載の単離抗体。
  51. 前記薬剤がメイタンシノイドまたはアウリスタチンである、請求項５０に記載の単離抗体。
  52. 前記メイタンシノイドが、ＤＭ１（Ｎ２’−デアセチル−Ｎ２’−（３−メルカプト−１−オキソプロピル）−メイタンシン）、またはＤＭ４（Ｎ２’−デアセチル−ｎ２’−（４−メルカプト−４−メチル−１−オキソペンチル）−６−メチルメイタンシンである、請求項５１に記載の単離抗体。
  53. 前記アウリスタチンがモノメチルアウリスタチンＥ（ＭＭＡＥ）またはモノメチルアウリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）である、請求項５０に記載の単離抗体。
  54. 前記アウリスタチンがＭＭＡＥである、請求項５３に記載の単離抗体。
  55. 前記抗体が、マレイミドおよびカプロン酸（ＭＣ）結合基に化学的にコンジュゲートされ、これがカテプシン切断可能リンカーに化学的にコンジュゲートされ、これがパラアミノ安息香酸（ＰＡＢ）スペーサーに化学的にコンジュゲートされ、これがＭＭＡＥに化学的にコンジュゲートされ、それによってＡＤＣが形成された、請求項５４に記載の単離抗体。
  56. 前記カテプシン切断可能リンカーがバリン−シトルリン（ｖｃ）である、請求項５５に記載の単離抗体。
  57. 細胞に内在化される抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体を含むＡＤＣであって、前記抗体は細胞傷害薬に化学的にカップリングされたものである、ＡＤＣ。
  58. 前記細胞傷害薬が、チューブリン重合化を阻害する薬剤である、請求項５７に記載のＡＤＣ。
  59. 前記薬剤がメイタンシノイドまたはアウリスタチンである、請求項５８に記載のＡＤＣ。
  60. 前記メイタンシノイドがＤＭ１またはＤＭ４である、請求項５９に記載のＡＤＣ。
  61. 前記アウリスタチンがＭＭＡＥまたはＭＭＡＦである、請求項５９に記載のＡＤＣ。
  62. 前記アウリスタチンがＭＭＡＥである、請求項６１に記載のＡＤＣ。
  63. 前記抗体が、ＭＣ結合基に化学的にコンジュゲートされ、これがカテプシン切断可能リンカーに化学的にコンジュゲートされ、これがＰＡＢスペーサーに化学的にコンジュゲートされ、これがＭＭＡＥに化学的にコンジュゲートされ、それによってＡＤＣが形成された、請求項５７に記載のＡＤＣ。
  64. 前記カテプシン切断可能リンカーがバリン−シトルリン（ｖｃ）である、請求項６３に記載のＡＤＣ。
  65. 切断可能リンカーを介してＭＭＡＥに化学的にカップリングされた抗ｇｌｙｃＩＣＰ抗体を含むＡＤＣ。
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