JP2019517250A - トランスポザーゼランダムプライミング法によるdna試料の調製 - Google Patents
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Abstract
Description
例示的な実施形態をさらに詳細に記載する前に、以下の定義を言及して、本記載中で使用する用語の意味および範囲を例示し定義する。
本開示によってさらに提供するのは、前に記載したように主題の方法を実施するためのキットである。ある実施形態では、キットはそれぞれアダプターが装着された複数のトランスポザーゼデュプレックス(またはこのようなデュプレックスを作製するための別のトランスポザーゼおよびアダプター試薬)を含むことができ、アダプターは、トランスポザーゼ認識配列を有するデュプレックス領域および第1のプライマー配列を含む5’オーバーハング領域、ランダム3’配列および第2のプライマー配列を含む5’配列を有するランダムプライマー、またはオリゴ−dNテールとハイブリダイズする3’配列および第2のプライマー配列を含む5’配列を有するテールプライマー、その3’末端に第1のプライマー配列を有するフォワードプライマー、およびその3’末端に第2のプライマー配列を有するリバースプライマーを含む。幾つかの実施形態では、キットは別々の容器中に多数の異なるアダプターを含むことができ、それぞれの異なるアダプターは異なる試料由来のタグDNA断片と異なるバーコード配列を有する。キットは、本明細書に記載する任意の方法を実施するための、他の試薬を含むことができる。例えばキットは、酵素(例えば、リガーゼ、ポリメラーゼ、耐熱性ポリメラーゼ、ターミナルトランスフェラーゼなど)、ヌクレオチド、バッファー、核酸精製試薬などを含むことができる。
<試料DNAの断片化およびR1アダプター配列の挿入>
トランスポザーゼ装着配列:(1A)5’−CTGTCTCTTGATCACAAGT−3’(配列番号1);5’−GCTGACGTCGAGACTTGTGATCAAGAGACAG−3’(配列番号2)。(1A)を装着した100ngのトランスポザーゼをSureSelectQXTバッファー(Agilent Technologies P/N 5190−7053)中で10ngの試料DNAと混合する。次いで試料を42℃で10分間インキュベートする。試料を4℃に冷却し、次いで32μlのSureSelectQXT反応停止液(Agilent Technologies P/N 5190−7059)を加え、室温で1分間インキュベートする。試料の浄化:試料DNAを50μlのAgencourt AMPure XPビーズ(Beckman Coulter P/N A63882)と結合させ、70%エタノールで2回洗浄し、37℃においてヒートブロック上で乾燥させ、20μlの水中にDNAを溶出する。
第1の鎖の直鎖環状化用プライマー:5’−GCTGACGTCGAGACTTGTGA−3’(配列番号3)。反応設定(50μl):17.5μlの水、10μlのHerculase II Fusion PCR反応用バッファー(Agilent Technologies P/N 600675−52)、0.5μlのdNTPそれぞれ200μM(Agilent Technologies P/N 200415−51)、2μMの第1の鎖の直鎖環状化用プライマー、1μMのHerculase II Fusion DNAポリメラーゼ(Agilent Technologies P/N 600672−51)、および20μlの断片状試料DNA。環状化パラメーター:68℃で8分間、98℃で2分間、98℃で30秒間、57℃で30秒間、および72℃で1分間(4サイクル)、72℃で5分間。試料の浄化:試料DNAを50μlのAgencourt AMPure XPビーズ(Beckman Coulter P/N A63882)と結合させ、70%エタノールで2回洗浄し、37℃においてヒートブロック上で乾燥させ、20μlの水中にDNAを溶出する。
第2の鎖のランダムプライマー配列:5’−AGCTGTGCGTAGATGTGATCAAGAGACAGNNNN−3’(配列番号4)。反応設定(50μl):23μlの水、5μlのNEBuffer2(New England Biolabs P/N B7002S)、0.5μlのdNTP(Agilent Technologies P/N 200415−51)、0.5μlの第2の鎖のランダムプライマー(100μM)、20μlの第1の鎖の直鎖環状化DNAまたは20μlの断片状試料DNA、および変性後に加える1μlのエクソ(−)クレノウ断片(Agilent Technologiesバルク酵素50U/μl)。環状化パラメーター:95℃で2分間、4℃で15分間、4℃+1℃サイクル毎(32サイクル)、37℃で1時間および30分、70℃で10分間。試料の浄化:試料DNAを50μlのAgencourt AMPure XPビーズ(Beckman Coulter P/N A63882)と結合させ、70%エタノールで2回洗浄し、37℃においてヒートブロック上で乾燥させ、20μlの水中にDNAを溶出する。
フォワードR1プライマー:5’−GCTGACGTCGAGACTTGTGA−3’(配列番号3)、リバースR2プライマー:5’−CGGTGGAGCTGTGCGTAGATGTGATCAAGAGACAG−3’(配列番号5)。反応設定(50μl):18.25μlの水、10μlのHerculase II Fusion PCR反応用バッファー(Agilent Technologies P/N 600675−52)、0.5μlのdNTPそれぞれ200μM(Agilent Technologies P/N 200415−51)、それぞれ0.25μMのフォワードおよびリバースプライマー、1μlのHerculase II Fusion DNAポリメラーゼ(Agilent Technologies P/N 600672−51)、および20μlの第2の鎖のDNA。環状化パラメーター:98℃で2分間、98℃で30秒間、56℃で30秒間、および72℃で1分間(14サイクル)、72℃で5分間。試料の浄化:試料DNAを50μlのAgencourt AMPure XPビーズ(Beckman Coulter P/N A63882)と結合させ、70%エタノールで2回洗浄し、37℃においてヒートブロック上で乾燥させ、13μlの水中にDNAを溶出する。SureSelectQXT標的富化キット(Agilent Technologies P/N G9681B)を使用して標的富化を実施した。
図5および6中の表は以下の情報を含む。Tn(ng)=それぞれ50μlDNAの断片化反応において使用した装着トランスポザーゼの量ng、第1の鎖のサイクル=第1の鎖のサイクルの数、維持された読み枠の%=フィルタリング後参照ゲノムにマッピングされる読み枠の割合、非マッピング読み枠の%=参照ゲノムにマッピングされない読み枠および低率の読み枠の割合、複製%=複製として示され特有ではないマッピング配列の割合、標的における%=捕捉用擬似ライブラリーまたはゲノムの標的領域に再度マッピングし位置合わせした読み枠の割合、倍率1倍、10倍、20倍=少なくとも1倍、10倍、または20倍の倍率で得た塩基の割合。高レベルの倍率では、それぞれの塩基は多数の位置合わせした配列読み枠に覆われ、したがって高レベルの信頼度でベースコール(base calls)を作製することができる。
<肺腫瘍FFPEのDNA断片のタグ化−第1の鎖の合成サイクルおよびバーコード化>
ES配列の分子バーコード化によって第1の鎖の富化法を実施することができる。
<乳房腫瘍および胃腫瘍FFPEのDNA断片のタグ化−第1の鎖の合成サイクルなし、およびバーコード化なし>
方法:10ngのFFPE/FR DNA Input、ClearSeq Comprehensive Cancer Panel、80万の読み枠、2×100の塩基、12のPre−hyb PCRサイクル。
本開示のある実施形態の非制限的な例を以下に与える。
Claims (17)
- (a)アダプタータグ化断片を生成するために、150bp〜1.5Kbの平均長を有する二本鎖DNA断片を含む試料と、それぞれアダプターが装着された複数のトランスポザーゼデュプレックスとを接触させるステップと、ここで、アダプターが、トランスポザーゼ認識配列を含むデュプレックス領域と第1のプライマー配列を含む5’オーバーハング領域とを含み、
(b)ランダムプライマー伸長産物を生成するために、ランダムプライマーを使用してアダプタータグ化断片にプライマー伸長反応を実施するステップと、ここで、ランダムプライマーが、ランダム3’配列と第2のプライマー配列とを含む5’配列を含み、
(c)ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅産物を生成するために、その3’末端に第1のプライマー配列を含むフォワードプライマーと、その3’末端に第2のプライマー配列を含むリバースプライマーとを使用して、PCRにより(b)のランダムプライマー伸長産物を増幅するステップと
を含む方法。 - ステップ(b)の前に、
(i)5’オーバーハング領域を充填しアダプタータグ化断片のギャップを充填するために、アダプタータグ化断片に伸長または伸長/ライゲーション反応を実施するステップと、
(ii)その3’末端に第1のプライマー配列を含む直鎖増幅プライマーを用いて少なくとも1回の直鎖増幅反応を実施するステップと
をさらに含む、請求項1に記載の方法。 - ステップ(ii)が2〜30回の直鎖増幅反応を実施することを含む、請求項2に記載の方法。
- 前記第1のプライマー配列が第1のシーケンシングプライマー配列であり、前記フォワードプライマーが第1のシーケンシングプライマー配列を含む5’テールを含み、または前記アダプターが前記第1のプライマー配列の下流に第1のシーケンシングプライマー配列をさらに含み、かつ
前記第2のプライマー配列が第2のシーケンシングプライマー配列であり、前記リバースプライマーが第2のシーケンシングプライマー配列を含む5’テールを含み、または前記ランダムプライマーが前記第2のプライマー配列の下流に第2のシーケンシングプライマー配列をさらに含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。 - 前記第1および第2のシーケンシングプライマー配列が次世代シーケンシング用である、請求項4に記載の方法。
- 前記アダプターが前記第1のシーケンシングプライマー配列の下流にバーコードをさらに含み、かつ/または
前記ランダムプライマーが前記第2のシーケンシングプライマー配列の下流にバーコードをさらに含む、請求項4に記載の方法。 - 前記アダプターおよび/またはランダムプライマー中の前記バーコードが試料特異的バーコードである、請求項6に記載の方法。
- 前記アダプターおよび/またはランダムプライマー中の前記バーコードが縮重塩基領域(DBR)を含む、請求項6に記載の方法。
- 試料中のDNA断片の少なくとも一部分に関する配列の読み枠を得るために、PCR増幅産物をシーケンシングするステップと、配列の読み枠をコンティグに構築するステップとをさらに含む、請求項4〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 前記DNA断片の試料を臨床試料から単離する、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 前記臨床試料が体液から抽出した無細胞DNAである、請求項10に記載の方法。
- 前記体液が血液である、請求項11に記載の方法。
- 前記臨床試料がホルマリン固定されパラフィン包埋された(FFPE)試料である、請求項10に記載の方法。
- (a)アダプタータグ化断片を生成するために、1kb未満の平均長を有する二本鎖DNA断片を含む試料とそれぞれアダプターが装着された複数のトランスポザーゼデュプレックスとを接触させるステップと、ここで、アダプターが、トランスポザーゼ認識配列を含むデュプレックス領域と、第1のプライマー配列を含む5’オーバーハング領域とを含み、
(b)ターミナルトランスフェラーゼ活性を有する酵素を使用して、アダプタータグ化断片の上部鎖にオリゴ−dNテールを加えてテールアダプタータグ化断片を生成するステップと、
(c)テールプライマー伸長産物を生成するために、テールプライマーを使用してテールアダプタータグ化断片にプライマー伸長反応を実施するステップと、ここで、テールプライマーが、オリゴ−dNテールとハイブリダイズする3’配列と、第2のプライマー配列を含む5’配列とを含み、
(d)ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅産物を生成するために、その3’末端に第1のプライマー配列を含むフォワードプライマーと、その3’末端に第2のプライマー配列を含むリバースプライマーとを使用して、PCRにより(c)のテールプライマー伸長産物を増幅するステップと
を含む方法。 - 試料中のDNA断片の少なくとも一部分に関する配列の読み枠を得るためにPCR増幅産物をシーケンシングするステップと、配列の読み枠をコンティグに構築するステップとをさらに含む、請求項14に記載の方法。
- DNA断片の試料が臨床試料から単離されたものであり、臨床試料がホルマリン固定されパラフィン包埋された(FFPE)試料である、請求項14または15に記載の方法。
- トランスポザーゼ認識配列を含むデュプレックス領域と、第1のプライマー配列を含む5’オーバーハング領域とを含むアダプターが、それぞれ装着された複数のトランスポザーゼデュプレックス、
ランダム3’配列と第2のプライマー配列を含む5’配列とを含むランダムプライマー、またはオリゴ−dNテールとハイブリダイズする3’配列および第2のプライマー配列を含む5’配列を含むテールプライマー、
その3’末端に前記第1のプライマー配列を含むフォワードプライマー、
その3’末端に前記第2のプライマー配列を含むリバースプライマー、および
請求項1または14に記載の方法を実施するための1つまたは複数の追加的試薬を含むキット。
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Families Citing this family (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
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US11773441B2 (en) | 2018-05-03 | 2023-10-03 | Becton, Dickinson And Company | High throughput multiomics sample analysis |
WO2019217486A1 (en) * | 2018-05-08 | 2019-11-14 | Memorial Sloan Kettering Cancer Center | Methods and compositions for detecting myeloma |
KR102640255B1 (ko) * | 2018-05-17 | 2024-02-27 | 일루미나, 인코포레이티드 | 감소된 증폭 편향을 갖는 고속-대량 단일 세포 서열분석 |
US20220298545A1 (en) * | 2019-08-19 | 2022-09-22 | Universal Sequencing Technology Corporation | Methods and Compositions for Tracking Nucleic Acid Fragment Origin for Nucleic Acid Sequencing |
WO2021232184A1 (zh) * | 2020-05-18 | 2021-11-25 | 深圳华大智造科技有限公司 | 标签化的转座复合体及其在高通量测序中的应用 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012506704A (ja) * | 2008-10-24 | 2012-03-22 | エピセンター テクノロジーズ コーポレイション | 核酸を修飾するためのトランスポゾン末端組成物及び方法 |
JP2015536156A (ja) * | 2012-12-10 | 2015-12-21 | レゾリューション バイオサイエンス, インコーポレイテッド | 標的化ゲノム解析のための方法 |
WO2016033251A2 (en) * | 2014-08-26 | 2016-03-03 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation |
Family Cites Families (22)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5981179A (en) | 1991-11-14 | 1999-11-09 | Digene Diagnostics, Inc. | Continuous amplification reaction |
US5604097A (en) | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
US6458530B1 (en) | 1996-04-04 | 2002-10-01 | Affymetrix Inc. | Selecting tag nucleic acids |
US5948902A (en) | 1997-11-20 | 1999-09-07 | South Alabama Medical Science Foundation | Antisense oligonucleotides to human serine/threonine protein phosphatase genes |
US20090105959A1 (en) | 2007-06-01 | 2009-04-23 | Braverman Michael S | System and method for identification of individual samples from a multiplex mixture |
US9080211B2 (en) | 2008-10-24 | 2015-07-14 | Epicentre Technologies Corporation | Transposon end compositions and methods for modifying nucleic acids |
US20100323348A1 (en) | 2009-01-31 | 2010-12-23 | The Regents Of The University Of Colorado, A Body Corporate | Methods and Compositions for Using Error-Detecting and/or Error-Correcting Barcodes in Nucleic Acid Amplification Process |
US9074251B2 (en) | 2011-02-10 | 2015-07-07 | Illumina, Inc. | Linking sequence reads using paired code tags |
EP2670894B1 (en) * | 2011-02-02 | 2017-11-29 | University Of Washington Through Its Center For Commercialization | Massively parallel continguity mapping |
CA2844056A1 (en) * | 2011-08-04 | 2013-02-07 | Sage Science, Inc. | Systems and methods for processing fluids |
US20160153039A1 (en) * | 2012-01-26 | 2016-06-02 | Nugen Technologies, Inc. | Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation |
CA3156663A1 (en) * | 2013-03-15 | 2014-09-18 | Verinata Health, Inc. | Generating cell-free dna libraries directly from blood |
CA2921620C (en) * | 2013-08-19 | 2021-01-19 | Abbott Molecular Inc. | Next-generation sequencing libraries |
US10287622B2 (en) | 2013-11-07 | 2019-05-14 | Agilent Technologies, Inc. | Plurality of transposase adapters for DNA manipulations |
EP3957750A1 (en) | 2013-12-20 | 2022-02-23 | Illumina, Inc. | Preserving genomic connectivity information in fragmented genomic dna samples |
US20190194718A1 (en) | 2014-01-14 | 2019-06-27 | Qiagen Gmbh | Generation of tagged dna fragments |
US20170009288A1 (en) | 2014-02-03 | 2017-01-12 | Thermo Fisher Scientific Baltics Uab | Method for controlled dna fragmentation |
DK3161152T3 (en) | 2014-06-30 | 2019-03-25 | Illumina Inc | Methods and compositions using one-sided transposition |
US11661597B2 (en) | 2015-04-15 | 2023-05-30 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Robust quantification of single molecules in next-generation sequencing using non-random combinatorial oligonucleotide barcodes |
EP3286326A1 (en) | 2015-04-23 | 2018-02-28 | Cellular Research, Inc. | Methods and compositions for whole transcriptome amplification |
WO2016191618A1 (en) * | 2015-05-27 | 2016-12-01 | Jianbiao Zheng | Methods of inserting molecular barcodes |
US20170175182A1 (en) * | 2015-12-18 | 2017-06-22 | Agilent Technologies, Inc. | Transposase-mediated barcoding of fragmented dna |
-
2016
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2019
- 2019-11-08 US US16/678,868 patent/USRE49207E1/en active Active
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
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