JP2019500346A - 腎臓病の処置のための組成物と方法 - Google Patents

腎臓病の処置のための組成物と方法 Download PDF

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Abstract

タンパク質の発現を増加させるため、かつ、その必要のある被験体、例えばタンパク質の発現が不足している被験体または腎臓病を抱えている被験体を処置するための、方法および組成物が本明細書に提供される。
【選択図】図１

Description

本出願は、２０１５年１２月１４日に出願された米国仮特許出願第６２／２６７，２４２号の利益を主張し、該仮出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
配列リストへの言及
本出願は配列表を包含しており、これは、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩフォーマットで提出され、その全体が引用により本明細書に組み込まれる。２０１６年１２月１２日に作成されたＡＳＣＩＩのコピーは、４７９９１−７１５＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔのファイル名であり、４，３５１，０５９バイトのサイズである。前述のファイルは２０１６年１２月１２日に作成され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
腎臓病は、腎臓の損傷に関連する疾病の衰弱性かつ潜在的には致命的な群である。腎臓は、限定されないが、廃棄物と過剰な流体を取り除き、血液中の塩分と無機質の平衡を維持し、および血圧を調節することによる血液の浄化を含む身体中の多くの機能に重要である。腎臓病の発生率はしばしば流体や廃棄物の蓄積、嘔吐、脱力、浅眠、および息切れをもたらし、最終的には死に至る危険さえあり得る。腎臓移植はしばしば死亡率を防ぐ一方で、ドナーの腎臓を受け取る見込みは一般に低い。
腎臓に関連する多くの疾患や疾病があるが、腎臓病の一部は、遺伝子の発現における欠失と同様に遺伝子産物における欠失によって進行することが分かっている。例えば、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、およびＰＰＡＲＤ。
１つの態様において、本明細書では、被験体の細胞により標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させることによって被験体の腎臓病を処置する方法が開示され、ここで、該細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、該ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、該方法は、被験体の細胞を、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させる。
いくつかの実施形態において、腎臓病は、幼児の腎症性シスチン蓄積症、遅発性シスチン蓄積症、巣状分節性糸球体硬化症７、乳頭腎（Ｐａｐｉｌｌｏｒｅｎａｌ）症候群、あるいは幼児の高カルシウム血症である。
１つの態様において、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有している細胞によって、標的タンパク質の発現を増加させる方法が本明細書で提供され、該ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は標的タンパク質をコードし、該方法は、細胞を、標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、細胞内で標的タンパク質の発現を増加させ、ここで、標的タンパク質は、シスチノシン（ｃｙｓｔｉｎｏｓｉｎ）、タンパク質ペアードボックス遺伝子２タンパク質、タンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１、あるいはペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである。
いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、シスチノシン（ｃｙｓｔｉｎｏｓｉｎ）、タンパク質ペアードボックス遺伝子２タンパク質、タンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１、あるいはペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである。
いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、細胞は、標的タンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体内にあるか、または被験体に由来する。
いくつかの実施形態では、標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、標的タンパク質が産生されない第２の対立遺伝子、または非機能的な標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する。
いくつかの実施形態において、被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、ここで、被験体は、標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、標的タンパク質が生成されない、第１の変異対立遺伝子と、および、標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成され、あるいは、標的タンパク質が生成されない、第２の変異対立遺伝子とを有し、ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、および／または、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から転写される。
いくつかの実施形態において、標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成される。
いくつかの実施形態において、標的タンパク質は、同等な野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにある。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６９〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−７９までの領域内の保持されたイントロンにある。
いくつかの実施形態では、標的タンパク質はシスチノシンである。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６２４−１００６８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３４の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６２４−１００６８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、標的タンパク質はペアードボックス遺伝子２タンパク質である。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９５３−８６２３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３８またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４０の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９５３−８６２３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０−１５のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、標的タンパク質はタンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１である。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９５２０−１０７３３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４５、あるいはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９５２０−１０７３３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６−１９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、標的タンパク質はペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３５、あるいはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４４の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５−９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部の保持されたイントロンにある：保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する、＋６から＋１００の領域；あるいは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６から−１００の領域。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部にある：保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域；あるいは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、機能的ＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシング、または野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された。
いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである。
いくつかの実施形態において、生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である。
いくつかの実施形態において、いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞において生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む。
いくつかの実施形態において、それぞれの糖部は修飾された糖部である。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基からなる。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である。
いくつかの実施形態において、細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する。
いくつかの実施形態において、最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するためにＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。
いくつかの実施形態において、細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する。
いくつかの実施形態において、２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するためにＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。
いくつかの実施形態では、疾病は、疾患また障害である。
いくつかの実施形態において、疾患または障害は腎臓病である。
いくつかの実施形態において、腎臓病は、幼児の腎症性シスチン蓄積症、遅発性シスチン蓄積症、巣状分節性糸球体硬化症７、乳頭腎症候群、あるいは幼児の高カルシウム血症である。
いくつかの実施形態において、標的タンパク質とＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、遺伝子によってコードされ、ここで、遺伝子はＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、あるいはＰＰＡＲＤである。
いくつかの実施形態において、当該方法はタンパク質発現を評価する工程をさらに含む。
いくつかの実施形態では、被験体はヒトである。
いくつかの実施形態では、被験体はヒト以外の動物である。
いくつかの実施形態において、被験体は胎児、胚、あるいは子供である。
いくつかの実施形態では、細胞はエクスビボである。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、被験体の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される。
いくつかの実施形態において、５’スプライス部位に隣接するエクソンの−３ｅ〜−１ｅと、保持されたイントロンの＋１〜＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である。
いくつかの実施形態において、保持されたイントロンの−１５〜−１と３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である。
１つの態様では、本明細書に記載された方法で使用されるようなアンチセンスオリゴマーが本明細書で提供される。
１つの態様では、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−１０７３３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含むアンチセンスオリゴマーが本明細書で提供される。
１つの態様では、本明細書に記載されたアンチセンスオリゴマーと賦形剤を含む医薬組成物が本明細書に提供される。
１つの態様では、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって本明細書に記載された医薬組成物を投与することにより、被験体を処置する方法が本明細書に提供される。
１つの態様において、不足しているタンパク質または不足している機能的ＲＮＡに関連している被験体の腎臓病を処置するために、細胞によって標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物が本明細書で提供され、ここで、不足しているタンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の構成的のスプライシングを増強し、ここで、標的タンパク質は：不足しているタンパク質；あるいは、被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質であり、ここで、機能的ＲＮＡは：不足しているＲＮＡ；あるいは、被験体の不足している機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償機能的ＲＮＡであり、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質または機能的ＲＮＡの産生または活性を増加させる。
いくつかの実施形態において、腎臓病は、幼児の腎症性シスチン蓄積症、遅発性シスチン蓄積症、巣状分節性糸球体硬化症７、乳頭腎症候群、あるいは幼児の高カルシウム血症である。
１つの態様において、被験体において標的タンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物が本明細書で提供され、該方法は、被験体の細胞によって標的タンパク質の発現を増加させる工程を含み、ここで、細胞は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含む、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、標的タンパク質をコードし、該方法は、細胞をアンチセンスオリゴマーと接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質の発現を増加させる。
いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、シスチノシン（ｃｙｓｔｉｎｏｓｉｎ）、タンパク質ペアードボックス遺伝子２タンパク質、タンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１、あるいはペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである。
幾つかの実施形態では、疾病は、疾患また障害である。
幾つかの実施形態では、疾患または障害は腎臓病である。
幾つかの実施形態では、腎臓病は、幼児の腎症性シスチン蓄積症、遅発性シスチン蓄積症、巣状分節性糸球体硬化症７、乳頭腎症候群、または幼児の高カルシウム血症である。
幾つかの実施形態では、標的タンパク質およびＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、遺伝子によってコードされ、ここで遺伝子は、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤである。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６の領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６９から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−７９の領域内にある。
幾つかの実施形態では、標的タンパク質はシスチノシンである。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６２４−１００６８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％相補的である配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８または１０７３４の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６２４−１００６８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６または１７に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
幾つかの実施形態では、標的タンパク質は、ペアードボックス遺伝子２タンパク質である。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９５３−８６２３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％相補的である配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３８または１０７４０の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９５３−８６２３に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０−１５のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
幾つかの実施形態では、標的タンパク質は、タンパク質シトクロムＰ４５０のファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１である。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９５２０−１０７３３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％相補的である配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８、１０７３４、１０７４６、１０７４５または１０７４１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９５２０−１０７３３に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６−１９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
幾つかの実施形態では、標的タンパク質は、ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％または１００％相補的である配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３６、１０７４７、１０７３９、１０７４３、１０７４２、１０７３７、１０７３５、または１０７４４の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５−９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンにおいて、
保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から＋１００の領域；または保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６から−１００の領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００のヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００のヌクレオチド上流までの領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域；または保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内にある。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能ＲＮＡの量を増加させない。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能ＲＮＡの量を増加させない。
幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長ｍＲＮＡ前駆体または野生型ｍＲＮＡ前駆体から部分的スプライシングによって産生された。
幾つかの実施形態では、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである。
幾つかの実施形態では、産生される標的タンパク質は、全長タンパク質または野生型タンパク質である。
幾つかの実施形態では、保持されたイントロンは、律速の（ｒａｔｅ−ｌｉｍｉｔｉｎｇ）イントロンである。
幾つかの実施形態では、前記保持されたイントロンは、前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で最も豊富な保持されたイントロンである。
幾つかの実施形態では、保持されたイントロンは、前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で２番目に豊富な保持されたイントロンである。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。
幾つかの実施形態では、前記アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む。
幾つかの実施形態では、各糖部は、修飾された糖部である。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０核酸塩基、１２〜３５核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２から１５の核酸塩基から成る。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。
一態様では、本明細書には、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴマー、および賦形剤を含む、医薬組成物が提供される。
一態様において、本明細書には、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射により本明細書に記載される医薬組成物を投与することによって、必要としている被験体を処置する方法が提供される。
一態様において、本明細書には医薬組成物が提供され、該医薬組成物は、不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマーであって、ここで不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物が、保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが、不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマー；および薬学的に許容可能な賦形剤を含む。
幾つかの実施形態では、不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物は、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である。
幾つかの実施形態では、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある。
幾つかの実施形態では、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−４のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。
幾つかの実施形態では、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ；５−１９のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５核酸塩基、１２〜３０核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基を含む。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。
幾つかの実施形態では、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１００３４−１０７４８から選択される配列内にある。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−１０７３３のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％配列同一性であるヌクレオチド配列を含む。
幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−１０７３３から選択されるヌクレオチド配列を含む。
幾つかの実施形態では、医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射のために製剤される。
一態様において、本明細書には、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質（次のものを含む方法）の機能形態をコードする、十分に処理されたＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物を産生するために、不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発し、保持されたイントロンの除去を促進する方法が提供され、該方法は、アンチセンスオリゴマーを被験体の標的細胞に接触させる工程；アンチセンスオリゴマーを、不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物にハイブリダイズする工程であって、不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物が、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質の機能形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含む、工程；ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質の機能形態をコードする、十分に処理されたＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物を産生するために、少なくとも１つの保持されたイントロンを不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物から除去する工程；および十分に処理されたＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物から、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質の機能形態を翻訳する工程を含む。
幾つかの実施形態では、保持されたイントロンは、保持されたイントロン全体である。
幾つかの実施形態では、不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物は、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である。
一態様において、本明細書には、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体を処置する方法が提供され、該方法は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−１０７３３のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む。
引用による組み込み
本明細書で言及されるすべての公報、特許、および特許出願は、個々の公報、特許、特許出願が引用によって組み込まれるように具体的且つ個々に示される程度まで、引用によって本明細書に組み込まれる。
本発明の新規な特徴は、特に添付の請求項に明記されている。本発明の原則が利用される例示の実施形態について説明する以下の詳細な記載と、添付の図面を参照することで、本発明の特徴および利点についてのよりよい理解が得られるであろう。
図１は、典型的な保持されたイントロン含有（ＲＩＣ）ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の概略図を示す。５’スプライス部位コンセンサス配列は、−３ｅから−１ｅおよび＋１から＋６（「ｅ」と標識された数字はエクソンであり、標識されていない数字はイントロンである）まで下線を引かれた文字（文字はヌクレオチドである；大文字：エクソン部分、および小文字：イントロン部分）で示されている。３’スプライス部位コンセンサス配列は、−１５から−１および＋１ｅ（「ｅ」と標識された数字はエクソンであり、標識されていない数字はイントロンである）まで下線を引かれた文字（文字はヌクレオチドである；大文字：エクソン部分、および小文字：イントロン部分）で示されている。ＡＳＯスクリ−ニングのためのイントロン標的領域は、保持されたイントロンの５’スプライス部位（左の矢印）に対するヌクレオチド＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位（右の矢印）に対するヌクレオチド−１６までを含む。実施形態では、ＡＳＯスクリ−ニングのためのイントロン標的領域は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋６から＋１００、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に対するヌクレオチド−１６から−１００を含む。エクソン標的部位は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅ、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅのヌクレオチドを含む。「ｎ」または「Ｎ」はヌクレオチドを表し、「ｙ」はピリミジンを表す。図示された配列は、哺乳動物のスプライス部位に対するコンセンサス配列を表わし、個々のイントロンおよびエクソンは、すべての位置でコンセンサス配列に一致する必要はなない。 図２Ａは、核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）の典型的な概略図を示す。図２Ａは、核と細胞質の区画に分割された細胞を示す。核内では、エクソン（長方形）およびイントロン（接続線）から成る標的遺伝子のｍＲＮＡ前駆体の転写産物が、ｍＲＮＡを生成するためにスプライシングを受け、このｍＲＮＡは、細胞質に輸送され、標的タンパク質に翻訳される。この標的遺伝子に関して、イントロン１のスプライシングは非効率的であり、保持されたイントロン含有（ＲＩＣ）ｍＲＮＡ前駆体は、主として核内に蓄積し、細胞質に輸送された場合は劣化し、標的タンパク質の産生にはつながらない。 図２Ｂは、核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）の典型的な概略図を示す。図２Ｂは、核と細胞質の区画に分割された図２Ａと同じ細胞の一例を示す。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）での処置は、イントロン１のスプライシングを促進し、結果としてｍＲＮＡの増加をもたらし、これは順に、高レベルの標的タンパク質に翻訳される。 図３Ａは、ＮＭ＿００４９３７およびＮＭ＿００１０３１６８１に対応するＣＴＮＳのためのＲｅＳｅｑ遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率（ＰＩＲ）が示される。 図３Ｂは、ＮＭ＿００４９３７およびＮＭ＿００１０３１６８１に対応するＣＴＮＳのためのＲｅＳｅｑ遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのＰＩＲが示される。 図３Ｃは、偽処理した細胞と比較した、８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置されたＡＲＰＥ−１９細胞におけるイントロン１０なしでのＣＴＮＳ ｍＲＮＡの発現レベルの平均（ｎ＝３）倍率変化を示す典型的なグラフを示す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。 図４Ａは、ＮＭ＿０００７８２およびＮＭ＿００１１２８９１５に対応するＣＹＰ２４Ａ１のためのＲｅＳｅｑ遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのＰＩＲが示される。 図４Ｂは、ＮＭ＿０００７８２およびＮＭ＿００１１２８９１５に対応するＣＹＰ２４Ａ１のためのＲｅＳｅｑ遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのＰＩＲが示される。 図４Ｃは、偽処理した細胞と比較した、８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置されたＡＲＰＥ−１９細胞におけるイントロン１０なしでのＣＹＰ２４Ａ１ ｍＲＮＡの発現レベルの平均（ｎ＝３）倍率変化を示す典型的なグラフを示す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。 図５は、ＮＭ＿００１３０４５６９、ＮＭ＿０００２７８、ＮＭ＿００３９９０、ＮＭ＿００３９８８、ＮＭ＿００３９８７およびＮＭ＿００３９８９に対応するＰＡＸ２のためのＲｅＳｅｑ遺伝子の概略を示す。 図６Ａは、ＰＰＡＲＤ：ＮＭ＿００６２３８、ＮＭ＿１７７４３５、ＮＭ＿００１１７１８１８、ＮＭ＿００１１７１８１９およびＮＭ＿００１１７１８２０に対応するＰＰＡＲＤのためのＲｅｆＳｅｑ遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率（ＰＩＲ）が示される（ＰＰＡＲＤイントロン３、ＮＭ＿００６２３８）。 図６Ｂは、偽処理した細胞と比較した、８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置されたＡＲＰＥ−１９細胞におけるイントロン１０なしでのＰＰＡＲＤ ｍＲＮＡの発現レベルの平均（ｎ＝３）倍率変化を示す典型的なグラフを示す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。 図６Ｃは、ＰＰＡＲＤ：ＮＭ＿００６２３８、ＮＭ＿１７７４３５、ＮＭ＿００１１７１８１８、ＮＭ＿００１１７１８１９およびＮＭ＿００１１７１８２０に対応するＰＰＡＲＤのためのＲｅｆＳｅｑ遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率（ＰＩＲ）が示される（ＰＰＡＲＤイントロン４、ＮＭ＿００６２３８）。 図６Ｄは、ＰＰＡＲＤ：ＮＭ＿００６２３８、ＮＭ＿１７７４３５、ＮＭ＿００１１７１８１８、ＮＭ＿００１１７１８１９およびＮＭ＿００１１７１８２０に対応するＰＰＡＲＤのためのＲｅｆＳｅｑ遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率（ＰＩＲ）が示される（ＰＰＡＲＤイントロン５、ＮＭ＿００６２３８）。 図６Ｅは、ＰＰＡＲＤ：ＮＭ＿００６２３８、ＮＭ＿１７７４３５、ＮＭ＿００１１７１８１８、ＮＭ＿００１１７１８１９およびＮＭ＿００１１７１８２０に対応するＰＰＡＲＤのためのＲｅｆＳｅｑ遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率（ＰＩＲ）が示される（ＰＰＡＲＤイントロン６、ＮＭ＿００６２３８）。 図６Ｆは、偽処理した細胞と比較した、８０ｎＭの示されたＡＳＯで２４時間処置されたＡＲＰＥ−１９細胞におけるイントロン１０なしでのＰＰＡＲＤ ｍＲＮＡの発現レベルの平均（ｎ＝３）倍率変化を示す典型的なグラフを示す。データはＲＰＬ３２発現に正規化される。 図６Ｇは、ＰＰＡＲＤ：ＮＭ＿００６２３８、ＮＭ＿１７７４３５、ＮＭ＿００１１７１８１８、ＮＭ＿００１１７１８１９およびＮＭ＿００１１７１８２０に対応するＰＰＡＲＤのためのＲｅｆＳｅｑ遺伝子の概略を示す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率（ＰＩＲ）が示される（ＰＰＡＲＤイントロン７、ＮＭ＿００６２３８）。
腎不全は、米国だけで６００，０００を超える人に影響を与えると推測される衰弱した状態である。多くの場合、透析は寿命を延ばすことができ、２００９年の試験によると、概算で４００，０００人の患者が腎透析を受けている。さらに、腎不全に苦しむ多数の患者にとっての唯一の望みは腎臓移植であるが、ドナープールは、それを必要とする患者のわずか少数の処置に十分であるだけである。それ故、移植を受ける確率は低く、移植を受けることができない人の状態を改善することができる処置はほとんどない。それ故、腎臓病を処置する組成物および方法が必要とされている。
１つを超えるイントロンを有するタンパク質コード遺伝子の一次転写産物における個々のイントロンは、異なる効率性を有する一次転写産物からスプライシングされる。ほとんどの場合、完全にスプライシングされたｍＲＮＡだけが、続く細胞質での翻訳のために核膜孔を通って輸送される。スプライシングされていない又は部分的にスプライシングされた転写産物は、核内で検出可能である。完全にスプライシングされていない転写産物の核内蓄積が、タンパク質に翻訳され得る細胞質中の有害である可能性のあるｍＲＮＡの蓄積を防ぐメカニズムであると一般的に考えられる。幾つかの遺伝子に関して、最も効率性の低いイントロンのスプライシングは、細胞質中での翻訳に先立つ、遺伝子発現における転写後の律速の工程である。
腎臓病のサブセットにおいて不足しているタンパク質をコードする、かなりのレベルの遺伝子の部分的にスプライシングされた転写産物が、ヒト細胞の核内で発見されてきた。
これらのｍＲＮＡ前駆体の種は、少なくとも１つの保持されたイントロンを含む。本発明は、完全にスプライシングされた成熟ｍＲＮＡの安定した状態の産生を増加させる、およびそれ故、翻訳された−タンパク質レベルを増加させるために、遺伝子発現の核ステージに対して律速的である１つ以上の保持されたイントロンのスプライシングをアップレギュレートするための組成物および方法を提供する。これらの組成物および方法は、核内に蓄積する保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体のイントロンスプライス部位で構成的スプライシングを促進するアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を活用する。したがって、実施形態では、タンパク質不足によって引き起こされた疾病を処置するために本発明の方法を使用して、タンパク質が増加される。
本明細書に記載される本発明によって処置することができる腎臓病は、被験体において遺伝子産物が不足している疾患であり、ここで遺伝子産物の不足は腎臓病を引き起こす。
これらのＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１およびＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ前駆体の種は、少なくとも１つの保持されたイントロンを含む。本発明は、完全にスプライシングされた成熟ｍＲＮＡの安定した状態の産生を増加させる、およびそれ故、翻訳されたＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質レベルを増加させるために、遺伝子発現の核ステージに対して律速的である１つ以上の保持されたＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのイントロンのスプライシングをアップレギュレートするための組成物および方法を提供する。これらの組成物および方法は、核内に蓄積する保持されたイントロン含有ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）のイントロンスプライス部位で構成的スプライシングを促進するアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を活用することができる。したがって、実施形態では、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤの不足によって引き起こされた疾病を処置するために本発明の方法を使用して、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質が増加される。
他の実施形態では、本発明の方法は、必要としている被験体の症状を処置するために、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤの産生を増加させるために使用され得る。実施形態では、被験体は、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤが野生型と比較して必ずしも不足していない疾病を有し、その場合、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤの増加は、それにもかかわらず疾病を軽減する。実施形態では、疾病は、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのハプロ不全によって引き起こされ得る。
腎障害シスチン蓄積症／遅発性シスチン蓄積症
いくつかの実施形態では、本明細書において記載された本発明は、常染色体劣性腎障害の幼児腎障害シスチン蓄積症を処置するために使用されうる。幼児腎障害シスチン蓄積症は、リソソーム中のシスチンの蓄積によって特徴づけられる。幼児腎障害シスチン蓄積症の臨床症状は、低血糖および電解質、尿中のタンパク質の過剰排泄、遅い身体発育、弱い骨、甲状腺機能低下症、失明、筋力低下、肺機能障害および腎不全を含む。典型的には幼児腎障害性シスチン蓄積症は幼児期に診断される。
いくつかの実施形態では、本明細書において記載された本発明は、常染色体劣性腎障害の遅発性シスチン蓄積症を処置するために使用されうる。遅発性シスチン蓄積症は幼児型として類似の臨床症状を有するが、遅発型は、典型的には青年期後期または成人早期のいずれかにおいて現われる。
タンパク質シスチノシン（ＣＴＮＳ）の不足は、幼児腎障害シスチン蓄積症および遅発性シスチン蓄積症の両方において見られる臨床症状を結果としてもたらす。１７ｑ１３．２に位置し、１２エクソンに及ぶＣＴＮＳ遺伝子は、ＣＴＮＳタンパク質をコードする。不十分な量のＣＴＮＳタンパク質を結果としてもたらすＣＴＮＳ遺伝子の突然変異が、幼児腎障害シスチン蓄積症および遅発性シスチン蓄積症の両方の進行の原因であることが示されてきた。ある研究では、Ｇ１６９Ｄミスセンス変異が、幼児腎障害シスチン蓄積症の患者において発見された。このミスセンス変異は結果としてＣＴＮＳのレベルを減少させ、ＣＴＮＳの不足と、幼児腎障害シスチン蓄積症の進行との間の明確な関係を提供した。
巣状分節性糸球体硬化症７／乳頭腎症候群
いくつかの実施形態では、本明細書において記載された本発明は、常染色体優性腎障害巣状分節性糸球体硬化症７（ＦＳＧＳ７）を処置するために使用することができる。ＦＳＧＳ７は成人における腎不全の主要原因のうち１つである。ＦＳＧＳ７は浮腫、低アルブミン血症、高脂血症および高血圧症を特徴づけ、最終的に腎不全を結果としてもたらす。
いくつかの実施形態では、本明細書において記載された本発明は、常染色体優性腎障害の乳頭腎症候群（ＰＡＰＲＳ）を処置するために使用することができる。ＰＡＰＲＳは、低形成腎、低異形成、多嚢胞性異形性腎、寡巨大糸球体症、腎不全、および膀胱尿管逆流によって特徴づけられる。
タンパク質ペアードボックス遺伝子２（ＰＡＸ２）の欠失は、ＦＳＧＳ７およびＰＡＰＲＳの両方において見られる臨床症状を結果としてもたらす。１０ｑ２４．３１に位置し、１２エクソンに及ぶＰＡＸ２遺伝子は、ＰＡＸ２タンパク質をコードする。不十分な量のＰＡＸ２タンパク質を結果としてもたらすＰＡＸ２遺伝子の突然変異が、ＦＳＧＳ７およびＰＡＰＲＳの両方の進行の原因であることが示されてきた。ある研究では、Ｇ７６Ｓのミスセンス変異がＰＡＰＲＳで苦しむ家族の５世代において発見された。このミスセンス変異は結果としてＰＡＸ２タンパク質のレベルを減少させ、ＰＡＸ２タンパク質の不足と、ＰＡＰＲＳの進行との間の明確な関係を提供した。
幼児高カルシウム血症
いくつかの実施形態では、本明細書において記載された本発明は、常染色体劣性腎疾患の幼児高カルシウム血症を処置するために使用されうる。幼児高カルシウム血症は、腎結石、骨痛、腹痛症、吐き気、嘔吐、多尿症、ならびにうつ病、不安症、認知機能障害、不眠症、および昏睡などの精神状態を結果としてもたらしうる、血液中の上昇したカルシウムのレベルによって特徴づけられる。
タンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１（ＣＹＰ２４Ａ１）の不足は、幼児高カルシウム血症において見られる臨床症状を結果としてもたらす。２０ｑ１３．２に位置し、２エクソンに及ぶＣＹＰ２４Ａ１遺伝子は、ＣＹＰ２４Ａ１タンパク質をコードする。不十分な量のＣＹＰ２４Ａ１タンパク質を結果としてもたらすＣＹＰ２４Ａ１遺伝子の突然変異が、幼児高カルシウム血症の進行の原因であることが示されてきた。ある研究では、幼児高カルシウム血症と診断された多数の子供たちが調査された。Ｒ３９６ＷまたはＥ３２２Ｋのミスセンス変異を示す子供たちは、ＣＹＰ２４Ａ１活性の完全な破壊（ｃｏｍｐｌｅｔｅ ａｂｌａｔｉｏｎ）を受けることが示され、Ｌ４０９Ｓの突然変異を示す子供たちは、少ないが測定可能なレベルを保持した。この発見により、減少したＣＹＰ２４Ａ１タンパク質と、幼児高カルシウム血症の臨床症状との間の明確な関係が提供される。
脂質代謝機能障害および慢性腎疾患
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される本発明は、タンパク質ペルオキシソーム増殖剤応答性受容体δ（ＰＰＡＲＤ）の不足により引き起こされた、脂質代謝不全、慢性腎臓病（ＣＫＤ）、末期腎不全（ＥＳＲＤ）、または心血管疾患（ＣＶＤ）を治療するために使用される。染色体６に位置し、８エクソンに及ぶＰＰＡＲＤ遺伝子によりコードされるＰＰＡＲＤタンパク質の量の欠失は、増大した脂質代謝の機能障害に関連づけられることが示されてきた。
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）
実施形態では、本発明の方法は、遺伝子から転写され、かつ本明細書において記載される疾患において不足していることが分かるタンパク質をコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の存在を、細胞核中で活用する。成熟し、完全にスプライシングされたｍＲＮＡを産出するための、特定のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の種のスプライシングは、保持されたイントロンのスプライシングアウトを刺激するＡＳＯを用いて誘導される。結果としてもたらされる成熟ｍＲＮＡは、細胞質に輸送され翻訳され、それによって被験体の細胞中のタンパク質量を増加させ、本明細書で記載される疾患または疾病の症状を緩和する。実施形態では、本発明の方法は、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤ遺伝子から転写され、かつＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤタンパク質をコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の存在を、細胞核中で活用することができる。成熟し、完全にスプライシングされたＣＴＮＳ， ＰＡＸ２， ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡを産出するための、ＣＴＮＳ， ＰＡＸ２， ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の種のスプライシングは、保持されたイントロンのスプライシングアウトを刺激するＡＳＯを用いて誘導されうる。結果としてもたらされる成熟したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡは、細胞質に輸送されて翻訳され、それによって、患者の細胞内でＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤのタンパク質の量を増大させ、かつＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤの不足により引き起こされるＣＮＳの疾患または疾病の症状の緩和させることができる。この方法は以下でさらに詳述されるが、核内遺伝子出力の標的化増大（ＴＡＮＧＯ）として知られる。
実施形態では、保持されたイントロンは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％あるいは少なくとも約５０％の保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである。実施形態では、保持されたイントロンはすなわち、約５％から約１００％、約５％から約９５％、約５％から約９０％、約５％から約８５％、約５％から約８０％、約５％から約７５％、約５％から約７０％、約５％から約６５％、約５％から約６０％、約５％から約６５％、約５％から約６０％、約５％から約５５％、約５％から約５０％、約５％から約４５％、約５％から約４０％、約５％から約３５％、約５％から約３０％、約５％から約２５％、約５％から約２０％、約５％から約１５％、約１０％から約１００％、約１０％から約９５％、約１０％から約９０％、約１０％から約８５％、約１０％から約８０％、約１０％から約７５％、約１０％から約７０％、約１０％から約６５％、約１０％から約６０％、約１０％から約６５％、約１０％から約６０％、約１０％から約５５％、約１０％から約５０％、約１０％から約４５％、約１０％から約４０％、約１０％から約３５％、約１０％から約３０％、約１０％から約２５％、約１０％から約２０％、約１５％から約１００％、約１５％から約９５％、約１５％から約９０％、約１５％から約８５％、約１５％から約８０％、約１５％から約７５％、約１５％から約７０％、約１５％から約６５％、約１５％から約６０％、約１５％から約６５％、約１５％から約６０％、約１５％から約５５％、約１５％から約５０％、約１５％から約４５％、約１５％から約４０％、約１５％から約３５％、約１５％から約３０％、約１５％から約２５％、約２０％から約１００％、約２０％から約９５％、約２０％から約９０％、約２０％から約８５％、約２０％から約８０％、約２０％から約７５％、約２０％から約７０％、約２０％から約６５％、約２０％から約６０％、約２０％から約６５％、約２０％から約６０％、約２０％から約５５％、約２０％から約５０％、約２０％から約４５％、約２０％から約４０％、約２０％から約３５％、約２０％から約３０％、約２５％から約１００％、約２５％から約９５％、約２５％から約９０％、約２５％から約８５％、約２５％から約８０％、約２５％から約７５％、約２５％から約７０％、約２５％から約６５％、約２５％から約６０％、約２５％から約６５％、約２５％から約６０％、約２５％から約５５％、約２５％から約５０％、約２５％から約４５％、約２５％から約４０％、あるいは約２５％から約３５％の保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである。複数の実施形態では、この目的に有用な他のＡＳＯは、例えば、本明細書に記載の方法を用いて特定される。
実施形態では、ＣＴＮＳ イントロンの番号付けは、ＮＭ＿００１０３１６８１またはＮＭ＿００１０３１６８１におけるｍＲＮＡ配列に相当する。実施形態では、ＣＴＮＳ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン９および／または１０内にある。実施形態では、ＣＴＮＳ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン１０内にある。実施形態では、保持されたイントロンのパーセントは１８％でありうる。実施形態では、ＣＴＮＳ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン９内にある。実施形態では、保持されたイントロンのパーセントは１０％でありうる。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位へのＡＳＯのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン９および／または１０のスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）におけるスプライシングの増強と、その後のＣＴＮＳタンパク質産生の増大をもたらした。異なるＣＴＮＳアイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化しうると解される。当業者であれば、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、ＮＭ＿００１０３１６８１またはＮＭ＿００１０３１６８１におけるｍＲＮＡ配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームにおける対応する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、ＮＭ＿００１０３１６８１またはＮＭ＿００１０３１６８１におけるｍＲＮＡ配列を参照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化のための任意のＣＴＮＳアイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、ＰＡＸ２イントロンの番号付けは、ＮＭ＿００１３０４５６９、ＮＭ＿０００２７８、ＮＭ＿００３９９０、ＮＭ＿００３９８８、ＮＭ＿００３９８７、またはＮＭ＿００３９８９におけるｍＲＮＡ配列に相当する。実施形態では、ＰＡＸ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン１または２内にある。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位へのＡＳＯのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン１または２のスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）におけるスプライシングの増強と、その後のＰＡＸ２タンパク質産生の増大をもたらした。異なるＰＡＸ２アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化しうると解される。当業者は、本明細書において提供されるイントロン配列に基づくか、またはＮＭ＿００１３０４５６９、ＮＭ＿０００２７８、ＮＭ＿００３９９０、ＮＭ＿００３９８８、ＮＭ＿００３９８７、もしくはＮＭ＿００３９８９におけるｍＲＮＡ配列に関して提供される番号を使用して、任意のアイソフォーム中の対応するイントロン番号を判定することができる。当業者は、本明細書において提供されるイントロン配列に基づくか、またはＮＭ＿００１３０４５６９、ＮＭ＿０００２７８、ＮＭ＿００３９９０、ＮＭ＿００３９８８、ＮＭ＿００３９８７、もしくはＮＭ＿００３９８９におけるｍＲＮＡ配列に関して提供されたイントロン番号を使用する本発明の方法を使用して、標的とするための任意のＰＡＸ２アイソフォーム中の隣接するエクソンの配列を判定することもできる。
実施形態では、ＣＹＰ２４Ａ１イントロンの番号付けは、ＮＭ＿０００７８２またはＮＭ＿００１１２８９１５におけるｍＲＮＡ配列に相当する。実施形態では、ＣＹＰ２４Ａ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１内にある。実施形態では、ＣＹＰ２４Ａ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン９内にある。実施形態では、ＣＹＰ２４Ａ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン１１内にある。実施形態では、保持されたイントロンのパーセントは２３％でありうる。実施形態では、ＣＹＰ２４Ａ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位はイントロン１０内にある。実施形態では、保持されたイントロンのパーセントは５０％でありうる。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位へのＡＳＯのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１のスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）におけるスプライシングの増強と、その後のＣＹＰ２４Ａ１タンパク質産生の増大をもたらした。異なるＣＹＰ２４Ａ１アイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化しうると解される。当業者であれば、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、ＮＭ＿０００７８２またはＮＭ＿００１１２８９１５におけるｍＲＮＡ配列を参照して得られる番号を使用することで、任意のアイソフォームにおける対応する番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、ＮＭ＿０００７８２またはＮＭ＿００１１２８９１５におけるｍＲＮＡ配列を参照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化のための任意のＣＹＰ２４Ａ１アイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することができる。
実施形態では、ＰＰＡＲＤイントロンの番号付けは、ＮＭ＿００６２３８、ＮＭ＿１７７４３５、ＮＭ＿００１１７１８１８、ＮＭ＿００１１７１８１９、またはＮＭ＿００１１７１８２０におけるｍＲＮＡ配列に相当する。実施形態では、ＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、イントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／またはイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８内にある。実施形態では、ＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分はイントロン２内にある。実施形態では、ＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分はイントロン３内にある。実施形態では、ＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分はイントロン４内にある。実施形態では、ＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分はイントロン５内にある。実施形態では、ＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分はイントロン６内にある。実施形態では、ＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分はイントロン７内にある。実施形態では、ＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分はイントロン８内にある。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対するＡＳＯのハイブリダイゼーションは、保持されたイントロンのスプライス部位（５’スプライス部位または３’スプライス部位）における増強されたスプライシングを結果としてもたらし、その後ＰＰＡＲＤタンパク質産生を増大させる。異なるＰＰＡＲＤアイソフォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変化することもあると解される。当業者は、本明細書において提供されるイントロン配列に基づくか、またはＮＭ＿００６２３８， ＮＭ＿１７７４３５， ＮＭ＿００１１７１８１８， ＮＭ＿００１１７１８１９、もしくはＮＭ＿００１１７１８２０におけるｍＲＮＡ配列に関して提供される番号を使用して、任意のアイソフォーム中の対応するイントロン番号を判定することができる。当業者は、本明細書において提供されるイントロン配列に基づくか、またはＮＭ＿００６２３８， ＮＭ＿１７７４３５， ＮＭ＿００１１７１８１８， ＮＭ＿００１１７１８１９、もしくはＮＭ＿００１１７１８２０におけるｍＲＮＡ配列に関して提供されたイントロン番号を使用する本発明の方法を使用して、標的とするための任意のＰＰＡＲＤ アイソフォーム中の隣接するエクソンの配列を判定することもできる。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＣＴＮＳ， ＰＡＸ２， ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤのゲノム配列から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＣＴＮＳ， ＰＡＸ２， ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＣＴＮＳゲノム配列によりコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン９および／または１０を含むＣＴＮＳのゲノム配列によりコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３によってコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６または１７のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン９および／または１０を含むＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６または１７のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８および／または１０７３４を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２のうちいずれか１つの配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＡＸ２のゲノム配列によりコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１および／または２を含むＰＡＸ２のゲノム配列によりコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２によってコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０−１５のうち１つ以上のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１または２を含む、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０−１５のうち１つ以上のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４０および／または１０７３８を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９５３−８６２３のうちいずれか１つの配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＣＹＰ２４Ａ１のゲノム配列によりコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を含むＣＹＰ２４Ａ１のゲノム配列によりコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４によってコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８または１９のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を含むＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８または１９のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８、１０７３４、１０７４６、１０７４５、および／または１０７４１を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９５２０−１０７３３のうちいずれか１つの配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＰＰＡＲＤのゲノム配列によりコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／または保持されたイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を含むＰＰＡＲＤのゲノム配列によりコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１によってコードされたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５−９のうち１つ以上のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／または保持されたイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を含むＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５−９のうち１つ以上のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３６、１０７４７、１０７３９、１０７４３、１０７４２、１０７３７、１０７３５、および／または１０７４４を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２のうちいずれか１つの配列を含む。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン９および／または１０を含む、ＣＴＮＳのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体のエクソン９および／または１０を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン９および／または１０を含む、ＣＴＮＳ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のエクソン９および／または１０配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン９および／または１０を含む、ＣＴＮＳのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体におけるイントロン９および／または１０を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン９および／または１０を含む、ＣＴＮＳ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（あるいは３’）のイントロン９および／または１０配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン９および／または１０を含む、ＣＴＮＳ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のイントロン９および／または１０配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン９および／または１０を含む、ＣＴＮＳのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体におけるエクソン１０および／または１１を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン９および／または１０を含む、ＣＴＮＳ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（あるいは３’）のエクソン１０および／または１１配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１または２を含む、ＰＡＸ２のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体のエクソン１または２を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１または２を含む、ＰＡＸ２のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のエクソン１または２配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１または２を含む、ＰＡＸ２のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体におけるイントロン１または２を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１または２を含む、ＰＡＸ２のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（あるいは３’）のイントロン１または２配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１または２を含む、ＰＡＸ２のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のイントロン１または２配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１または２を含む、ＰＡＸ２のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体におけるエクソン２または３を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１または２を含む、ＰＡＸ２のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（あるいは３’）のエクソン２または３配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を含む、ＣＹＰ２４Ａ１のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体のエクソン１０および／もしくは９、またはエクソン１１を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を含む、ＣＹＰ２４Ａ１のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のエクソン１０および／もしくは９、またはエクソン１１配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を含む、ＣＹＰ２４Ａ１のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体におけるイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を含む、ＣＹＰ２４Ａ１のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（あるいは３’）のイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を含む、ＣＹＰ２４Ａ１のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を含む、ＣＹＰ２４Ａ１のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体におけるエクソン１１および／もしくは１０、またはエクソン１２を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１０および／もしくは９、またはイントロン１１を含む、ＣＹＰ２４Ａ１のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（あるいは３’）のエクソン１１および／もしくは１０、またはエクソン１２配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／または保持されたイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を含む、ＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体のエクソン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／またはエクソン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／または保持されたイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を含む、ＰＰＡＲＤの５’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のエクソン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／またはエクソン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８の配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／または保持されたイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を含むＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体における、イントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／またはイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／または保持されたイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を含む、ＰＰＡＲＤの５’スプライス部位よりも下流（あるいは３’）のイントロン３、もしくは４、もしくは３、もしくは６、もしくは７、および／またはイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８の配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／または保持されたイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を含む、ＰＰＡＲＤの３’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／またはイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８の配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／または保持されたイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を含む、ＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体におけるエクソン４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８、および／またはエクソン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８、もしくは９を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、および／または保持されたイントロン２、もしくは３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８を含む、ＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（あるいは３’）のエクソン４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８、および／またはエクソン３、もしくは４、もしくは５、もしくは６、もしくは７、もしくは８、もしくは９の配列を標的とする。
タンパク質発現
実施形態では、本明細書において記載される方法が、機能的タンパク質の産生を増加させるために使用される。本明細書で使用されるように、用語「機能的な（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ）」は、処置される疾患の１つ以上の症状を除去するのに必要とされるタンパク質の活性または機能の量を指す。実施形態では、部分的な機能的タンパク質の産生を増加させるために、前記方法が使用される。本明細書において使用されるように、用語「部分的な機能的」は、疾患または疾病の１つ以上の症状を除去または予防するために必要な活性または機能の量よりも少ない、タンパク質の活性または機能の任意の量を指す。いくつかの実施形態では、部分的な機能的タンパク質またはＲＮＡは、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％の、完全な機能的タンパク質またはＲＮＡに比してより小さな活性を持つだろう。
実施形態では、該方法は、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を有する被験体の細胞によって、タンパク質発現を増加させる方法であり、前記被験体は、本明細書に記載されたタンパク質の活性量の欠失に起因する、本明細書に記載の疾患を有する。いくつかの実施形態では、タンパク質量の欠失は、タンパク質のハプロ不全に起因する。そのような実施形態では、被験体は、機能的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、タンパク質を産生しない第２の対立遺伝子とを有する。別のそのような実施形態では、被験体は、機能的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、非機能的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態では、被験体は、機能的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、部分的な機能的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。これらの実施形態のいずれの場合でも、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子（機能的タンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位に結合し、それによって、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘導し、かつ、機能的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡ量の増加と、被検体の細胞中のタンパク質発現の増加をもたらす。
実施形態では、被験体は、機能的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、部分的な機能的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位、あるいは第２の対立遺伝子（部分的な機能的タンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位に結合する。それによって、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘導し、タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡ量の増加と、被検体の細胞中の機能的あるいは部分的な機能的タンパク質発現の増加をもたらす。
関連する実施形態では、前記方法は、タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増大させるためにＡＳＯを用いる方法である。実施形態では、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を有する被験体の細胞中の、本明細書に記載のタンパク質発現を増加させるために、ＡＳＯを用いる。その被験体は、タンパク質の量または機能の不足を有する。
実施形態では、疾患または疾病を引き起こすタンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、本明細書に記載されるＡＳＯによって標的化される。いくつかの実施形態では、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＡＳＯの標的とされる疾患の原因ではない。例えば、特定の経路における第１のタンパク質の突然変異または不足がもたらす疾患は、第２のタンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的とし、それによって第２のタンパク質産生が増加することで、改善しうる。いくつかの実施形態では、第２のタンパク質の機能は、第１のタンパク質の突然変異または不足（それは疾患または疾病の原因である）を補うことができる。
実施形態では、被験体は、
ａ．第１の変異対立遺伝子であって、そこから、
ｉ）タンパク質が、野生型対立遺伝子からの生成と比較して低下したレベルで生成され、
ｉｉ）タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で生成され、または
ｉｉｉ）タンパク質あるいは機能的ＲＮＡは生成されない、
第１の変異対立遺伝子；及び
ｂ．第２の変異対立遺伝子であって、そこから、
ｉ）タンパク質が、野生型対立遺伝子からの生成と比較して低下したレベルで生成され、
ｉｉ）タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して低下した機能を有する形態で生成され、または
ｉｉｉ）タンパク質は生成されない、
第２の変異対立遺伝子を有し、
ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、第１の対立遺伝子および／または第２の対立遺伝子から転写される。これらの実施形態では、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子または第２の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘導し、被験体の細胞中でタンパク質をコードするｍＲＮＡ量の増加を引き起こし、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現の増加をもたらす。これらの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングによって、発現レベルの増加した標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡは、同等の野性型タンパク質（部分的機能）と比較して機能が低い、あるいは同等の野性型タンパク質（完全機能）と比較して十分な機能を有する、いずれかの形態である。
実施形態では、本明細書に記載されるタンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルは、例えば、アンチセンスオリゴマーで処置されない、あるいはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分と結合しないアンチセンスオリゴマーによって処置される、対照細胞中で生成されたタンパク質をコードするｍＲＮＡの量と比較した時、１．１から１０倍に増加する。
実施形態では、タンパク質の量または活性の不足に起因する疾病は、ＡＳＯが標的とする保持されたイントロンの選択的または異常なスプライシングに起因する疾病ではない。実施形態では、タンパク質の量または活性の不足に起因する疾病は、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体中の保持されたイントロンの選択的または異常なスプライシングに起因する疾病ではない。実施形態では、選択的または異常なスプライシングは、遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体に生じ得るが、本発明の組成物および方法は、ｍＲＮＡ前駆体中の選択的または異常なスプライシングを妨げず、または修正しない。
実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子から部分的に機能的タンパク質を発現し、部分的に機能的タンパク質は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的な遺伝子欠失に起因する。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子から非機能的タンパク質を発現し、非機能的タンパク質は、１つの対立遺伝子中のフレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的な遺伝子欠失に起因する。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子に全体の遺伝子欠失を有する。
タンパク質発現を増加させるためのＴＡＮＧＯの使用
上述したように、実施形態では、核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）は、タンパク質の発現を増加させるために、本発明の方法において使用される。これらの実施形態では、タンパク質をコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）は、細胞核に存在する。保持されたイントロンを含むＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を有する細胞、５’スプライス部位に隣接するエクソン、および３’スプライス部位に隣接するエクソンは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位に対して相補的な、アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触する。ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部位とハイブリダイズするＡＳＯは、保持されたイントロンのスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）のスプライシングを強化し、その後の標的タンパク質生成を増加させる。
「ｍＲＮＡ前駆体」と「ｍＲＮＡ前駆体の転写産物」の用語は、交換可能に使用され、少なくとも１つのイントロンを含む任意のｍＲＮＡ前駆体種を指す。実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’−７−メチルグアノシン・キャップ、および／またはポリＡ末端を含む。実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’−７−メチルグアノシン・キャップおよびポリＡ末端の両方を含む。幾つかの実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’−７−メチルグアノシン・キャップ、および／またはポリＡ末端を含まない。タンパク質に翻訳されない場合（あるいは核から細胞質へと輸送された場合）、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は非増殖性のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子である。
本明細書で使用されるように、「保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体」（「ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体」）は、少なくとも１つの保持されたイントロンを含むｍＲＮＡ前駆体の転写産物である。ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、標的タンパク質をコードする。「標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体」は、完全にスプライシングされた時、標的タンパク質をコードすると解される。「保持されたイントロン」は、同じ遺伝子によってコードされた、例えば隣接するイントロンのような１つ以上の他のイントロンが、同じｍＲＮＡ前駆体の転写産物からスプライシングアウトされた時に、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物に存在する任意のイントロンである。幾つかの実施形態では、保持されたイントロンは、標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体中で最も豊富なイントロンである。実施形態では、保持されたイントロンは、細胞中の標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団中で最も豊富なイントロンであり、そのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団中で最も豊富なイントロンに対し標的とされるアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的にする、あるいは結合する保持されたイントロンを含む集団中で、２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘導する。実施形態では、それにより標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡが生成される。「成熟ｍＲＮＡ」および「完全にスプライシングされたｍＲＮＡ」の用語は、標的タンパク質をコードする完全にプロセシングされたｍＲＮＡ（例えば、核から細胞質へと輸送され、標的タンパク質に翻訳されたｍＲＮＡ）、あるいは完全にプロセシングされた機能的ＲＮＡを説明するために、本明細書で交換可能に使用される。「増殖性ｍＲＮＡ」の用語も、標的タンパク質をコードする完全にプロセシングされたｍＲＮＡを説明するために使用することができる。実施形態では、標的領域は、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体に最も豊富に存在するイントロンである、保持されたイントロン中にある。
本明細書で使用されるように、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、あるいは「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」または「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」等の変化形は、詳細に言及された特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合は、定義された核酸塩基配列）を含むが、他のいかなる特徴をも排除するものではないと解される。したがって、本明細書で使用されるように、用語「含んでいる」は包括的であり、詳細に言及されていない追加の特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、詳細に言及されていない追加の核酸塩基の存在）を除外しない。
本明細書で提供される組成物及び方法の何れかの実施形態において、「含んでいる」は、「〜から実質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」または「〜から成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」と置き換えられ得る。「〜から実質的に成る」という句は、請求項に係る発明の形質や機能に実質的に影響しない特徴と同様、特定の特徴（例えば核酸塩基配列）を要するように本明細書において使用される。本明細書で使用されるように、「成る」という用語は、詳細に言及された特徴（例えば核酸塩基配列）のみの存在を示すために使用される（よって、特定の核酸塩基配列から成るアンチセンスオリゴマーの場合には、詳細に言及されていない追加の核酸塩基の存在は除外される）。
実施形態では、標的領域は、本明細書に記載されるタンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において２番目に豊富に存在するイントロンである、保持されたイントロン中にある。例えば、２番目に豊富な保持されたイントロンのヌクレオチド配列の独自性、特定のヌクレオチド配列を標的とするＡＳＯ設計の容易さ、及び／又はＡＳＯを持つイントロンの標的化から結果として生じるタンパク質生成の増加の量により、最も豊富な保持されたイントロンではなく、２番目に豊富な保持されたイントロンが標的とされ得る。実施形態では、保持されたイントロンは、細胞中の標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団中において２番目に豊富なイントロンであり、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団において２番目に豊富なアンチセンスオリゴマーに標的とされるアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的とされるまたは結合する保持されたイントロンを含む集団において、２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘導する。実施形態では、それにより標的タンパク質をコードする完全にスプライシングされた（成熟）ＲＮＡが生成される。
実施形態において、ＡＳＯは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体中の保持されていないイントロン内にある、標的とされた領域に相補的である。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されていないイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から＋１００の領域；または保持されていないイントロンの３’スプライス部位に対する−１６〜−１００の領域内にある。実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されていないイントロンの５’スプライス部位に対して＋１００から、保持されていないイントロンの３’スプライス部位に対して−１００までの領域内にある。領域または配列の場所を特定するために使用されるように、「内（ｗｉｔｈｉｎ）」は、列挙される位置で残基を含むように理解される。例えば、＋６〜＋１００の領域は、＋６および＋１００の位置で残基を含む。実施形態では、それにより標的タンパク質をコードする完全にスプライシングされた（成熟）ＲＮＡが生成される。
実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の保持されたイントロンは非効率的にスプライシングされたイントロンである。本明細書で使用されるように「非効率的にスプライシングされた」は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体における別のスプライス部位でのスプライシングの頻度と比較して、保持されたイントロンに隣接しているスプライス部位（５’スプライス部位または３’スプライス部位）での比較的少ない頻度のスプライシングを指し得る。用語「非効率的にスプライシングされた」はまた、スプライス部位でのスプライシングの相対速度または動力学を指し、ここでは、「非効率的にスプライシングされた」イントロンは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体における別のイントロンと比較して遅い速度でスプライシングまたは除去され得る。
実施形態において、５’スプライス部位、および保持されたイントロンの＋１〜＋６に隣接するエクソンの−３ｅ〜−１ｅでの９つのヌクレオチド配列は、対応する野生型の配列と同一である。実施形態において、保持されたイントロンの−１５〜−１、及び３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１ｅでの１６のヌクレオチド配列は、対応する野生型の配列と同一である。本明細書で使用されるように、「野生型の配列」は、生物学および科学情報のＮＣＢＩリポジトリに寄託される公開された参照ゲノムにおける遺伝子のヌクレオチド配列を指す（全米バイオテクノロジー情報センター、国立医療図書館、８６００ Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ Ｐｉｋｅ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ ＵＳＡ ２０８９４により操作される）。本明細書で使用されるように、「ｅ」で表わされたヌクレオチド位置は、ヌクレオチドがエクソン（例えば５’スプライス部位に隣接するエクソンまたは３’スプライス部位に隣接するエクソン）の配列に存在することを示す。
方法は、細胞を、本明細書に記載されるタンパク質をコードするｍＲＮＡ前駆体の一部に相補的なＡＳＯと接触させる工程を含み、その結果、タンパク質の発現の増加がもたらされる。本明細書で使用されるように、細胞に「接触させること」または投与することは、ＡＳＯと細胞が相互に作用するように細胞に最も近づいた状態でＡＳＯを提供する方法を指す。ＡＳＯと接触される細胞は、細胞を取り入れ、または細胞にＡＳＯを運ぶ。該方法は、疾病または疾患に関係する又は疾病または疾患に関連する細胞を、ＡＳＯと接触させる工程を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＡＳＯを細胞型に対して標的とする、ＡＳＯと疾病または疾患に関係する又は疾病または疾患に関連する細胞との間の接触を増強する、またはＡＳＯの取り込みを増強するために、さらに修飾され得るか又は別の分子に結合され得る（例えば、共有結合される）。
本明細書で使用されるように、用語「タンパク質生成を増加する」または「標的タンパク質の発現を増加する」は、細胞中のｍＲＮＡから翻訳されるタンパク質の量を増強することを意味する。「標的タンパク質」は発現／生成の増加が望まれる任意のタンパク質でもよい。
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を発現する細胞を、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写物の標的部分に相補的なＡＳＯと接触させた結果、ｍＲＮＡ前駆体によりコードされるタンパク質（例えば標的タンパク質）の量の測定可能な増加がもたらされる。タンパク質の生成を測定または検出する方法は、当業者に明白であり、例えば、ウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査、及びＥＬＩＳＡといった既知の方法を含む。
実施形態では、細胞を、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的なＡＳＯと接触させた結果、ＡＳＯの欠如／処置の欠如における細胞により生成されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％生成されたタンパク質の量の増加がもたらされる。実施形態では、アンチセンスオリゴマーが接触される細胞により生成されたタンパク質の総量は、対照の化合物により生成される標的タンパク質の量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍、増加する。対照の化合物は、例えば、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドでもよい。
幾つかの実施形態では、細胞を、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写物の標的部分に相補的なＡＳＯと接触させた結果、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡを含む、タンパク質をコード化するｍＲＮＡの量の増加がもたらされる。幾つかの実施形態では、タンパク質をコードするｍＲＮＡの量、またはタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの量は、ＡＳＯの欠如／処置の欠如における細胞により生成されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％増加される。実施形態では、タンパク質をコードするｍＲＮＡの総量、またはアンチセンスオリゴマーが接触された細胞において生成されたタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの総量は、未処置の細胞、例えば未処置の細胞対照の化合物で処置した細胞において生成される成熟ＲＮＡの量と比較して、約１．１から約１０倍、約１．５から約１０倍、約２から約１０倍、約３から約１０倍、約４から約１０倍、約１．１から約５倍、約１．１から約６倍、約１．１から約７倍、約１．１から約８倍、約１．１から約９倍、約２から約５倍、約２から約６倍、約２から約７倍、約２から約８倍、約２から約９倍、約３から約６倍、約３から約７倍、約３から約８倍、約３から約９倍、約４から約７倍、４から約８倍、約４から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍、増加する。対照の化合物は、例えば、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドでもよい。
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的なスプライシング
本明細書で提供される方法とアンチセンスオリゴヌクレオチドの組成物は、タンパク質をコードするｍＲＮＡ、或いはタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの増加により、細胞、例えば、本明細書に記載されるタンパク質の量または活性の不足により引き起こされる疾病を患う被験体において、タンパク質の発現を増加させるのに有用である。特に、本明細書に記載されるような方法と組成物は、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写物からの保持されたイントロンの構成的なスプライシングを誘発し、それにより、タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベル、或いはタンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルを増加させ、且つタンパク質の発現を増加させる。
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的なスプライシングは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から保持されたイントロンを正確に取り除き、ここで、保持されたイントロンには野生型スプライス配列がある。本明細書で使用されるように、構成的なスプライシングは、遺伝子または対立遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシング或いは異常なスプライシングを引き起こす突然変異を伴う、遺伝子または対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの、保持されたイントロンのスプライシングを包含しない。例えば、保持されたイントロンの構成的なスプライシングは、本明細書で提供される方法とアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用して誘発されるように、ｍＲＮＡ前駆体の異常なスプライシングを調整せず、又はその選択的スプライシングに影響せず、その結果、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現の増加がもたらされる。
実施形態では、構成的なスプライシングは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から保持されたイントロンを正確に取り除き、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、完全に機能的な標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする、野生型遺伝子または対立遺伝子、或いは多型遺伝子または対立遺伝子から転写され、及び、遺伝子または対立遺伝子には、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常なスプライシングを引き起こす突然変異がない。
幾つかの実施形態では、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的なスプライシングは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から保持されたイントロンを正確に取り除き、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、標的遺伝子または機能的ＲＮＡが野生型対立遺伝子からの生成と比較して低下したレベルで生成される遺伝子または対立遺伝子から転写され、および、遺伝子または対立遺伝子には、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常なスプライシングを引き起こす突然変異がない。これら実施形態では、構成的にスプライシングされた保持されたイントロンの正確な除去の結果、同等の野生型タンパク質または機能的ＲＮＡと比較した時に機能的である標的タンパク質または機能的ＲＮＡの生成がもたらされる。
他の実施形態では、構成的なスプライシングは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から保持されたイントロンを正確に取り除き、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、同等な野生型タンパク質または機能的ＲＮＡと比較して機能が低下した形態で生成される、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子または対立遺伝子から転写され、及び、遺伝子または対立遺伝子には、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常なスプライシングを引き起こす突然変異がない。これら実施形態では、構成的にスプライシングされた保持されたイントロンの正確な除去の結果、部分的に機能的な標的タンパク質、または、同等の野生型タンパク質または機能的ＲＮＡと比較した時に部分的に機能的である機能的ＲＮＡの生成がもたらされる。
構成的なスプライシングによる保持されたイントロンの「正確な除去」は、エクソンの任意の部分の除去を行わない、イントロン全体の除去を指す。
実施形態において、本明細書に記載されるような、または本明細書に記載される任意の方法で使用されるアンチセンスオリゴマーは、遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングまたは異常なスプライシングの調節により、タンパク質をコードするｍＲＮＡの量、またはタンパク質の量を増加しない。選択的スプライシングまたは異常なスプライシングの調節は、例えばＲＴ−ＰＣＲによりＲＮＡ種の配列と長さを分析する既知の方法により、および本明細書と文献の中で別記された方法を使用して、測定され得る。実施形態では、選択的または異常なスプライシングの調節は、少なくとも１０％または１．１倍の対象のスプライシングされた種の量の増加或いは減少に基づいて決定される。実施形態では、調節は、本発明の方法でタンパク質をコードするｍＲＮＡの増加の決定に関して本明細書に記載されるように、少なくとも１０％から１００％または１．１から１０倍であるレベルでの増加または減少に基づいて決定される。
実施形態では、方法は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、野生型ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって生成された方法である。実施形態では、方法は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、全長の野生型ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって生成された方法である。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって生成された。これらの実施形態では、全長のｍＲＮＡ前駆体は、野生型スプライス部位配列を有する保持されたイントロンのスプライシングと比較して、保持されたイントロンの正しいスプライシングを損なわない保持されたイントロンのスプライス部位に多型性を有し得る。
実施形態では、タンパク質をコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである。これらの実施形態では、全長の成熟ｍＲＮＡは、野生型成熟ｍＲＮＡによってコードされたタンパク質の活性と比較して、成熟ｍＲＮＡによってコードされた標的タンパク質または機能的ＲＮＡの活性に影響しない多型を有し得る。
アンチセンスオリゴマー
本開示の一態様は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することによってスプライシングを増強するアンチセンスオリゴマーを含む組成物である。本明細書で使用されるように、用語「ＡＳＯ」および「アンチセンスオリゴマー」は、交換可能に使用され、ワトソン・クリック塩基対またはゆらぎ塩基対（Ｇ−Ｕ）によって標的核酸（例えば、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）配列にハイブリダイズする、核酸塩基を含む、ポリヌクレオチドなどのオリゴマーを指す。ＡＳＯは、標的配列に相補的な又はほぼ相補的（例えば、標的配列に結合し、スプライス部位でスプライシングを増強させるのに十分な相補性）である正確な配列を有し得る。ＡＳＯは、標的核酸（例えば、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分）に結合し（ハイブリダイズし）、生理学的条件下でハイブリダイズされたままであるように設計されている。典型的に、ＡＳＯは、意図した（標的とされた）核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸でない限られた数の配列に（標的核酸以外の少数の部位に）ハイブリダイズする。ＡＳＯの設計は、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分の核酸配列、或いはゲノムまたは細胞のｍＲＮＡ前駆体またはトランスクリプトームにおける他の場所での十分に類似した核酸配列の発生を考慮に入れることができ、その結果、ＡＳＯが他の部位に結合し「オフターゲット」効果を引き起こす可能性は限定される。例えば、発明の名称「Ｒｅｄｕｃｉｎｇ Ｎｏｎｓｅｎｓｅ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ ｍＲＮＡ Ｄｅｃａｙ」のＷＯ２０１５／０３５０９１として公開されたＰＣＴ国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５４１５１におけるものなどの、当業者に既知のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載される方法を実施するために使用され得る。
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、標的核酸またはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に「特異的にハイブリダイズする」または「特異的」である。典型的に、そのようなハイブリダイゼーションは、３７℃より実質的に高い融解温度（Ｔｍ）で、好ましくは少なくとも５０℃で、および典型的に６０℃からおよそ９０℃の間で生じる。そのようなハイブリダイゼーションは、好ましくは、厳しいハイブリダイゼーション条件に対応している。与えられたイオン強度およびｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
オリゴヌクレオチドなどのオリゴマーは、ハイブリダイゼーションが２つの一本鎖ポリヌクレオチド間の逆平行構成で生じるときに、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが第１のポリヌクレオチドの鎖の１つと第２のポリヌクレオチドの鎖の１つとの間に生じる場合に、別のポリヌクレオチドに「相補的」であり得る。相補性（１つのポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度）は、一般に容認された塩基対合則に従って、互いに水素結合を形成すると予期される対向する鎖における塩基の割合（例えばパーセンテージ）の点から数量化できる。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）の配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に１００％相補的である必要はない。特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的とされる標的核酸配列内の標的部位に対する、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列相補性を含むことができる。例えば、オリゴマー化合物の２０の核酸塩基のうちの１８が標的部位に相補的であり、それ故、特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、９０パーセントの相補性を表わす。この例において、残りの相補的でない核酸塩基は、ともにクラスター化され得るか、または相補的な核酸塩基と分散され（ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ）、互いに又は相補的な核酸塩基に隣接している必要はない。ＡＳＯの標的核酸の領域とのパーセント相補性は、ＢＬＡＳＴプログラム（基礎的なローカルアライメント検索ツール）および当該技術分野で既知のＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， １９９０， ２１５， ４０３−４１０； Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．， １９９７， ７， ６４９−６５６）を慣例的に使用して判定され得る。
ＡＳＯは、標的配列におけるすべての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、それがハイブリダイズする核酸塩基は、隣接しているか又は隣接していないかもしれない。ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の１つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズし得、その結果、介在する又は隣接するセグメントは、ハイブリダイゼーション事象に関係しない（例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る）。特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的ｍＲＮＡ前駆体の転写産物において隣接していない核酸塩基にハイブリダイズする。例えば、ＡＳＯは、ＡＳＯがハイブリダイズしない１つ以上の核酸塩基によって分離される、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物における核酸塩基にハイブリダイズすることができる。
本明細書に記載されるＡＳＯは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に存在する核酸塩基に相補的である核酸塩基を含む。用語「ＡＳＯ」は、オリゴヌクレオチド、および標的ｍＲＮＡ上の相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、ペプチド核酸（ＰＮＡ）などの糖部を含まない、他のオリゴマー分子を具体化する。ＡＳＯは、自然発生のヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、修飾されたヌクレオチド、またはそれらの２つ又は３つの任意の組み合わせを含み得る。用語「自然発生のヌクレオチド」は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。用語「修飾されたヌクレオチド」は、修飾された又は置換された糖類及び／又は修飾された骨格を有するヌクレオチドを含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯのヌクレオチドのすべてが、修飾されたヌクレオチドである。本明細書に記載される方法および組成物と適合性のあるＡＳＯの化学修飾およびＡＳＯの成分は、当業者に明白であり、例えば、米国特許第８，２５８，１０９号Ｂ２、米国特許第５，６５６，６１２号、米国特許公開番号２０１２／０１９０７２８、およびＤｉａｓ ａｎｄ Ｓｔｅｉｎ，Ｍｏｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ．２００２，３４７−３５５で見ることができ、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる。
ＡＳＯの核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミンおよびウラシルなどの自然発生の未修飾の核酸塩基、または標的ｍＲＮＡ前駆体上に存在する核酸塩基との水素結合が可能であるように未修飾の核酸塩基に十分に類似している合成または修飾された核酸塩基であり得る。修飾された核酸塩基の例としては、限定されないが、ヒポキサンチン、キサンチン、７−メチルグアニン、５，６−ジヒドロウラシル、５−メチルシトシン、および５−ヒドロキシメチルシトシンが挙げられる。
本明細書に記載されるＡＳＯはまた、オリゴマーの成分に結合する骨格構造を含む。用語「骨格構造」および「オリゴマー結合」は、交換可能に使用され、ＡＳＯの単量体間の結合を指し得る。自然発生のオリゴヌクレオチドでは、骨格は、オリゴマーの糖部を結合する３’−５’ホスホジエステル結合を含む。本明細書に記載されるＡＳＯの骨格構造またはオリゴマー結合は、（限定されないが）ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホラニラデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｎｉｌａｄａｔｅ）、ホスホラミデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄａｔｅ）などを含む。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１４：９０８１（１９８６）；Ｓｔｅｃ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０６：６０７７（１９８４），Ｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：３２０９（１９８８），Ｚｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ６：５３９（１９９１）；Ｚｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｐｐ．８７−１０８（Ｆ．Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，Ｅｄ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｅｎｇｌａｎｄ（１９９１））；Ｓｔｅｃ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，１５１，５１０号；Ｕｈｌｍａｎｎ ａｎｄ Ｐｅｙｍａｎ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ９０：５４３（１９９０）を参照。幾つかの実施形態では、ＡＳＯの骨格構造は、亜リン酸を含有していないが、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、またはカルバミン酸塩、アミド、および直鎖および環式の炭化水素基を含む連結基において、ペプチド結合を含有している。幾つかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホロチオエート結合である。幾つかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホラミデート結合である。
実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は、ランダムである。実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は、制御され、ランダムではない。例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開番号２０１４／０１９４６１０，「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」は、核酸オリゴマーにおいて各リン原子でキラリティーの掌性（ｈａｎｄｅｄｎｅｓｓ）を独立して選択する方法について記載している。実施形態では、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、ランダムではないリンヌクレオチド間の結合を有するＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使用される組成物は、純粋なジアステレオマーＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使用される組成物は、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、約１００％、約９０％から約１００％、約９１％から約１００％、約９２％から約１００％、約９３％から約１００％、約９４％から約１００％、約９５％から約１００％、約９６％から約１００％、約９７％から約１００％、約９８％から約１００％、または約９９％から約１００％のジアステレオマー純度を有するＡＳＯを含む。
実施形態では、ＡＳＯは、そのリンヌクレオチド間の連鎖でＲｐおよびＳｐの構成のランダムでない混合物を有している。例えば、良好な活性とヌクレアーゼの安定性のバランスを達成するために、ＲｐとＳｐの混合がアンチセンスオリゴヌクレオチドに求められることが示唆されてきた（Ｗａｎ，ｅｔ ａｌ．，２０１４，「Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ａｎｄ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｓｅｃｏｎｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｃｈｉｒａｌ ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ ｌｉｎｋａｇｅｓ」Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４２（２２）：１３４５６−１３４６８、参照により本明細書に組み込まれる）。実施形態では、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、約５〜１００％のＲｐ、少なくとも約５％のＲｐ、少なくとも約１０％のＲｐ、少なくとも約１５％のＲｐ、少なくとも約２０％のＲｐ、少なくとも約２５％のＲｐ、少なくとも約３０％のＲｐ、少なくとも約３５％のＲｐ、少なくとも約４０％のＲｐ、少なくとも約４５％のＲｐ、少なくとも約５５％のＲｐ、少なくとも約６０％のＲｐ、少なくとも約６５％のＲｐ、少なくとも約７０％のＲｐ、少なくとも約７５％のＲｐ、少なくとも約８０％のＲｐ、少なくとも約８５％のＲｐ、少なくとも約９０％のＲｐ、または少なくとも約９５％のＲｐと、残りのＳｐ、あるいは約１００％のＲｐを含む。実施形態では、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、約１０％から約１００％のＲｐ、約１５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約１００％のＲｐ、約２５％から約１００％のＲｐ、約３０％から約１００％の、約３５％から約１００％のＲｐ、約４０％から約１００％のＲｐ、約４５％から約１００％のＲｐ、約５０％から約１００％のＲｐ、約５５％から約１００％のＲｐ、約６０％から約１００％のＲｐ、約６５％から約１００％のＲｐ、約７０％から約１００％のＲｐ、約７５％から約１００％のＲｐ、約８０％から約１００％のＲｐ、約８５％から約１００％のＲｐ、約９０％から約１００％のＲｐ、あるいは約９５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約８０％のＲｐ、約２５％から約７５％のＲｐ、約３０％から約７０％のＲｐ、約４０％から約６０％のＲｐ、あるいは約４５％から約５５％のＲｐと、残りのＳｐを含む。
実施形態では、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、約５〜１００％のＳｐ、少なくとも約５％のＳｐ、少なくとも約１０％のＳｐ、少なくとも約１５％のＳｐ、少なくとも約２０％のＳｐ、少なくとも約２５％のＳｐ、少なくとも約３０％のＳｐ、少なくとも約３５％のＳｐ、少なくとも約４０％のＳｐ、少なくとも約４５％のＳｐ、少なくとも約５０％のＳｐ、少なくとも約５５％のＳｐ、少なくとも約６０％のＳｐ、少なくとも約６５％のＳｐ、少なくとも約７０％のＳｐ、少なくとも約７５％のＳｐ、少なくとも約８０％のＳｐ、少なくとも約８５％のＳｐ、少なくとも約９０％のＳｐ、あるいは少なくとも約９５％のＳｐと、残りのＲｐ、あるいは約１００％のＳｐを含む。実施形態では、本発明の方法において使用されるＡＳＯは、約１０％から約１００％のＳｐ、約１５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約１００％のＳｐ、約２５％から約１００％のＳｐ、約３０％から約１００％のＳｐ、約３５％から約１００％のＳｐ、約４０％から約１００％のＳｐ、約４５％から約１００％のＳｐ、約５０％から約１００％のＳｐ、約５５％から約１００％のＳｐ、約６０％から約１００％のＳｐ、約６５％から約１００％のＳｐ、約７０％から約１００％のＳｐ、約７５％から約１００％のＳｐ、約８０％から約１００％のＳｐ、約８５％から約１００％のＳｐ、約９０％から約１００％のＳｐ、あるいは約９５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約８０％のＳｐ、約２５％から約７５％のＳｐ、約３０％から約７０％のＳｐ、約４０％から約６０％のＳｐ、あるいは約４５％から約５５％のＳｐと、残りのＲｐを含む。
本明細書に記載されるＡＳＯのいずれかは、自然発生のヌクレオチド中に存在するような、リボースまたはデオキシリボースを含む糖部、あるいはモルホリン環を含む、修飾された糖部または糖アナログを含有し得る。修飾された糖部の限定しない例は、２’−Ｏ−メチル（２’−Ｏ−Ｍｅ）、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’ＭＯＥ）、２’−Ｏ−アミノエチル、２’Ｆ；Ｎ３’−Ｐ５’ホスホラミデート、２’ジメチルアミノオキシエトキシ、２’ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’−グアニジニウム（ｇｕａｎｉｄｉｎｉｄｉｕｍ）、２’−Ｏ−グアニジニウムエチル、カルバミン酸塩修飾した糖、および二環式修飾した糖などの、２’置換基を含む。幾つかの実施形態では、糖部修飾は、２’−Ｏ−Ｍｅ、２’Ｆ、および２’ＭＯＥから選択される。幾つかの実施形態では、糖部修飾は、ロックド核酸（ＬＮＡ）におけるような追加の架橋結合である。幾つかの実施形態では、糖アナログは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）などのモルホリン環を含有している。幾つかの実施形態では、糖部は、リボフラノシルまたは２’デオキシリボフラノシルの修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、２’４’抑制された（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ）２’Ｏ−メチルオキシエチル（ｃＭＯＥ）修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、ｃＥｔ ２’，４抑制された２’−ＯエチルＢＮＡ修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、エチレン核酸（ＥＮＡ）修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、ＭＣＥ修飾を含む。修飾は当該技術分野で既知であり、文献、例えば、Ｊａｒｖｅｒ，ｅｔ ａｌ．，２０１４，「Ａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｖｉｅｗ ｏｆ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｅｘｏｎ Ｓｋｉｐｐｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅｌａｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ２４（１）：３７−４７に記載され、これは、この目的のための引用によって本明細書に組み込まれる。
幾つかの例では、ＡＳＯの各単量体は、同じ方法で修飾され、例えば、ＡＳＯの骨格の各結合はホスホロチオエート結合を含み、または各リボース糖部は２’Ｏ−メチル修飾を含む。ＡＳＯの単量体成分の各々の上に存在する、そのような修飾は、「均一な修飾」と呼ばれる。幾つかの例では、異なる修飾の組み合わせが望まれ得、例えば、ＡＳＯは、ホスホロジアミデート結合とモルホリン環を含む糖部（モルホリノ）との組み合わせを含み得る。ＡＳＯへの異なる修飾の組み合わせは、「混合修飾」または「混合化学作用」と呼ばれる。
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の骨格修飾を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の糖部修飾を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の骨格修飾および１つ以上の糖部修飾を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、２’ＭＯＥ修飾およびホスホロチオエート骨格を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。本明細書に記載されるＡＳＯのいずれか又はＡＳＯの成分（例えば、核酸塩基、糖部、骨格）は、ＡＳＯの望ましい特性または活性を達成するために或いはＡＳＯの望ましくない特性または活性を減少させるために修飾されてもよい。例えば、ＡＳＯまたはＡＳＯの１つ以上の成分は、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物上の標的配列への結合親和性を増強する；非標的配列への結合を減少させる；細胞のヌクレアーゼ（つまり、ＲＮａｓｅ Ｈ）による分解を減少させる；細胞及び／又は細胞の核へのＡＳＯの取り込みを改善する；ＡＳＯの薬物動態（ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ）または薬力（ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃｓ）を変更する；およびＡＳＯの半減期を調節するために修飾され得る。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）（ＭＯＥ）ホスホロチオエート修飾されたヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構成されたＡＳＯは、特に、本明細書で開示される方法によく適しており、そのような修飾を有しているオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する著しく増強された耐性および増加したバイオアベイラビリティを有すると示されており、これによって、例えば、本明細書に記載される幾つかの実施形態における経口送達に適するようになる。例えば、Ｇｅａｒｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ．２００１；２９６（３）：８９０−７；Ｇｅａｒｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ．２００１；２９６（３）：８９８−９０４を参照。
ＡＳＯを合成する方法は当業者に既知である。代替的に又は加えて、ＡＳＯは商用源から得てもよい。
他に明記されない限り、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物、オリゴヌクレオチド、ＡＳＯなど）配列の左端は、５’末端であり、一本鎖または二本鎖の核酸配列の左方向は、５’方向と呼ばれる。同様に、核酸配列（一本鎖または二本鎖）の右端または右方向は、３’末端または３’方向である。一般に、核酸中の基準点に対する５’にある領域または配列は、「上流」として言及され、核酸中の基準点に対する３’にある領域または配列は、「下流」として言及される。一般に、ｍＲＮＡの５’方向または５’末端は、開始コドン（ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｏｒ ｓｔａｒｔ ｃｏｄｏｎ）が位置する場所であり、一方で、３’末端または３’方向は、終止コドンが位置する場所である。幾つかの態様では、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは、負の数によって指定され、基準点の下流にあるヌクレオチドは、正の数によって指定され得る。例えば、基準点（例えば、ｍＲＮＡ中のエクソン−エクソン連結）は「ゼロ」部位として指定され得、基準点に直接隣接し且つその上流にあるヌクレオチドは、「マイナス１」、例えば「−１」と指定され、一方で、基準点に直接隣接し且つその下流にあるヌクレオチドは、「プラス１」、例えば「＋１」と指定される。
他の実施形態では、ＡＳＯは、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの５’スプライス部位の下流（３’の方向）である、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば、５’スプライス部位に対して正の数で示された方向）に対して相補的である（及び、標的部分に結合する）（図１）。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、１から＋４０００、１から＋３５００、１から＋３０００、１から＋２５００、１から＋２０００、１から＋１５００、１から＋１０００、１から＋５００、＋２から＋４０００、＋２から＋３５００、＋２から＋３０００、＋２から＋２５００、＋２から＋２０００、＋２から＋１５００、＋２から＋１０００、＋２から＋５００、＋２から＋４００、＋２から＋３００、＋２から＋２００、＋６から＋４０００、＋６から＋３５００、＋６から＋３０００、＋６から＋２５００、＋６から＋２０００、＋６から＋１５００、＋６から＋１０００、＋６から＋５００、＋６から＋４００、＋６から＋３００、＋６から＋２００、または＋６から＋１００の領域内である、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して、＋１から＋５までのヌクレオチド（５’スプライス部位の下流に位置付けられた最初の５つのヌクレオチド）に対して相補的ではない。
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、＋６から＋５０のヌクレオチドの領域内にあるＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であることもある。
いくつかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して ＋６から＋９０、＋６から＋８０、＋６から＋７０、＋６から＋６０、＋６から＋５０、＋６から＋４０、＋６から＋３０、または＋６から＋２０の領域内にあるＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの３’スプライス部位の上流（５’の方向）にあるＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば、負の数で指定された方向）に対して相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６から−４０００、−１６から−３０００、−１６から−２０００、−１６から−１０００、−１６から−５００、−１６から−４００、−１６から−３００、−６から−２００、または−１６から−１００の領域内にある、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位に対して、−１から−１５までのヌクレオチド（３’スプライス部位の上流に位置付けられた最初の１５のヌクレオチド）には相補的ではない。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、−１６から−５０の領域内にあるＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、−１６から−９０、−１６から−８０、−１６から−７０、−１６から−６０、−１６から−５０、−１６から−４０、または−１６から−３０の領域内にある、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。
実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋１００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１００までの領域内に存在する。
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位（上流）に隣接するエクソンにある、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内にあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド−１ｅから−３ｅに相補的ではない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、−４ｅから−１００ｅ、−４ｅから−９０ｅ、−４ｅから−８０ｅ、−４ｅから−７０ｅ、−４ｅから−６０ｅ、−４ｅから−５０ｅ、−４ｅから−４０ｅ、−４ｅから−３０ｅ、または−４ｅから−２０ｅの領域内にある、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位（下流）に隣接するエクソン内にあるＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン内にある、＋２ｅから−４ｅの領域内にあるＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対するヌクレオチド＋１ｅに相補的ではない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、＋２ｅから＋１００ｅ、＋２ｅから＋９０ｅ、＋２ｅから＋８０ｅ、＋２ｅから＋７０ｅ、＋２ｅから＋６０ｅ、＋２ｅから＋５０ｅ、＋２ｅから＋４０ｅ、＋２ｅから＋３０ｅ、または＋２ｅから＋２０ｅの領域内にある、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。ＡＳＯは、スプライシングの特異的結合および効果的な増強作用に適する任意の長さでもよい。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは８から５０の核酸塩基から成る。例えば、ＡＳＯは、長さが８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４５または５０の核酸塩基であってもよい。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは５０よりも多い核酸塩基から成る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、８から５０の核酸塩基、８から４０の核酸塩基、８から３５の核酸塩基、８から３０の核酸塩基、８から２５の核酸塩基、８から２０の核酸塩基、８から１５の核酸塩基、９から５０の核酸塩基、９から４０の核酸塩基、９から３５の核酸塩基、９から３０の核酸塩基、９から２５の核酸塩基、９から２０の核酸塩基、９から１５の核酸塩基、１０から５０の核酸塩基、１０から４０の核酸塩基、１０から３５の核酸塩基、１０から３０の核酸塩基、１０から２５の核酸塩基、１０から２０の核酸塩基、１０から１５の核酸塩基、１１から５０の核酸塩基、１１から４０の核酸塩基、１１から３５の核酸塩基、１１から３０の核酸塩基、１１から２５の核酸塩基、１１から２０の核酸塩基、１１から１５の核酸塩基、１２から５０の核酸塩基、１２から４０の核酸塩基、１２から３５の核酸塩基、１２から３０の核酸塩基、１２から２５の核酸塩基、１２から２０の核酸塩基、１２から１５の核酸塩基、１３から５０の核酸塩基、１３から４０の核酸塩基、１３から３５の核酸塩基、１３から３０の核酸塩基、１３から２５の核酸塩基、１３から２０の核酸塩基、１４から５０の核酸塩基、１４から４０の核酸塩基、１４から３５の核酸塩基、１４から３０の核酸塩基、１４から２５の核酸塩基、１４から２０の核酸塩基、１５から５０の核酸塩基、１５から４０の核酸塩基、１５から３５の核酸塩基、１５から３０の核酸塩基、１５から２５の核酸塩基、１５から２０の核酸塩基、２０から５０の核酸塩基、２０から４０の核酸塩基、２０から３５の核酸塩基、２０から３０の核酸塩基、２０から２５の核酸塩基、２５から５０の核酸塩基、２５から４０の核酸塩基、２５から３５の核酸塩基、または２５から３０の核酸塩基の長さである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが３０のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２９のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２８のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２７のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２６のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２５のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２４のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２３のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２２のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２１のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２０のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１９のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１８のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１７のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１６のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１５のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１４のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１３のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１２のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１１のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１０のヌクレオチドである。
幾つかの実施形態では、異なる化学的性質を有するが、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の同じ標的部分に相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の異なる標的部分に相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の部分または抱合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または他の抱合体に化学的に連結される。そのような部分には、限定されないが、例えば、コレステロール部分、コレステリル部分、例えばドデカンジオールまたはウンデシル残基などの脂肪族鎖、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、または、アダマンタン酢酸として、脂質部分が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公開された文献に記載されている。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えばＮ−アセチルガラクトサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、Ｎ−Ａｃグルコサミン（ＧａｌＮＡｃ）、もしくはマンノース（例えばマンノース−６−リン酸）、脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分で抱合される。抱合体は、当該技術分野で理解され文献に記載されるように、例えばリンカーを用いて、糖、塩基またはリン酸基上のいくつかの位置のうちのいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの１つ以上に連結されうる。リンカーは二価または三価の分枝リンカーを含みうる。実施形態では、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に結合している。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば、米国特許第８，４５０，４６７号「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。
幾つかの実施形態では、ＡＳＯによって標的とされる核酸は、真核細胞などの細胞内に発現したＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体である。幾つかの実施形態では、用語「細胞」は、細胞の集団を指すこともある。幾つかの実施形態では、細胞は被験体内に存在する。幾つかの実施形態では、細胞は被験体から単離されている。幾つかの実施形態では、細胞はエクスビボである。幾つかの実施形態では、細胞は疾患または疾病に関連した細胞もしくは細胞株である。幾つかの実施形態では、細胞はインビトロである（例えば細胞培養液中にある）。
医薬組成物
記載された組成物のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、上記方法のいずれかにおいて使用するための医薬組成物または医薬製剤は、医薬品産業において周知の従来技術に従って調製することができ、且つ公開文献においても記載されている。実施形態において、被験体を処置するための医薬組成物または医薬製剤は、上記のような任意のアンチセンスオリゴマー、またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、またはエステルの有効量、および薬学的に許容可能な希釈剤を含む。医薬製剤のアンチセンスオリゴマーはさらに、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤または担体を含み得る。
薬学的に許容可能な塩は、過度の毒性反応、刺激反応、アレルギー反応等を持たないヒトおよび下等動物の組織に接する使用に適しており、かつ適切なベネフィット・リスク比に相応している（例えば、この目的のための参照によって本明細書に組み込まれる、Ｓ．Ｍ．Ｂｅｒｇｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６６：１−１９（１９７７）を参照）。塩は、化合物の最終的な分離および精製中にインサイチュで、または遊離基機能を適切な有機酸と反応させることによって別々に調製されうる。薬学的に許容可能で無毒な酸付加塩の例は、塩化水素、臭化水素酸、リン酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸か、酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸もしくはマロン酸などの有機酸か、またはイオン交換などの他の文書で立証された方法を用いることによって形成されたアミノ基の塩である。他の薬学的に許容可能な塩は、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸、チオシアン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などを含む。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属の塩は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどを含む。さらに薬学的に許容可能な塩は、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルのスルホン酸塩、およびアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成された、無毒なアンモニウム、第四級アンモニウム、およびアミンのカチオンを含む。
実施形態において、組成物は、限定されないが、錠剤、カプセル、ゲルカプセル、液体シロップ、ソフトゲル、坐剤、および浣腸剤などの多くの考え得る剤形のいずれかに製剤される。実施形態において、組成物は、水性培地、非水性培地、または混合培地状の懸濁液として製剤される。水性懸濁液は、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム（ソルビトールおよび／またはデキストラン）を含む懸濁液の粘度を増加させる物質をさらに含むこともある。その懸濁液は、安定化剤も含むこともある。実施形態において、本発明の医薬製剤または医薬組成物は、限定されないが、溶液、エマルジョン、マイクロエマルジョン、発泡体またはリポソーム含有製剤（例えばカチオンリポソームまたは非カチオンリポソーム）を含む。
本発明の医薬組成物または医薬製剤は、当業者にとって適当でありかつ周知である、または公開文献に記載されている、１つ以上の透過促進剤、担体、賦形剤、または他の活性成分あるいは非活性成分を含むこともある。実施形態において、リポソームは立体的に安定したリポソーム、例えば１つ以上の特定の脂質を含むリポソームも含む。これらの特定の脂質は、循環寿命が増強されたリポソームを結果としてもたらす。実施形態では、立体的に安定したリポソームは、１つ以上の糖脂質を含むか、またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分などの１つ以上の親油性ポリマーを用いて誘導体化される。実施形態では、界面活性剤は医薬製剤または医薬組成物中に含まれる。薬物製品、製剤およびエマルジョンにおける界面活性剤の使用は、当技術分野においてよく知られている。実施形態では、本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの効率的な送達を達成する、例えば、細胞膜にわたる拡散を助ける及び／又は脂溶性薬物の浸透性を増強するために、浸透促進剤を利用する。実施形態では、浸透促進剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、または非キレート性の非界面活性剤である。
実施形態において、医薬製剤は複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは他の薬物または治療剤と組み合わせて投与される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野において既知の任意の方法によって、血液脳関門を介する対象のアンチセンスオリゴヌクレオチドの浸透を促進することができる１つ以上の薬剤と共に投与される。例えば、筋組織内の運動ニューロンへアデノウイルスベクターを投与することによる薬剤の送達は、引用によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，６３２，４２７号「Ａｄｅｎｏｖｉｒａｌ−ｖｅｃｔｏｒ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎｔｏ ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｍｏｔｏｒ ｎｅｕｒｏｎｓ」に記載されている。脳、例えば、線条体、視床、海馬、または黒質への直接のベクターの送達は、例えば、引用によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，７５６，５２３号「Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎｔｏ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓ ｓｙｓｔｅｍ ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ ｉｎ ｂｒａｉｎ」に記載される。
実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、望ましい薬理学的性質または薬力学的性質を提供する薬剤に結合されるか抱合される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を介する浸透または輸送を促進すると当技術分野において知られている物質、例えばトランスフェリン受容体の抗体に結合される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、アンチセンス化合物をより効果的にするために、または血液脳関門を介する輸送を増加させるためにウイルスベクターに結合される。実施形態において、浸透性の血液脳関門の破壊は、砂糖、例えばメソエリスリトール、キシリトール、Ｄ（＋）ガラクトース、Ｄ（＋）ラクトース、Ｄ（＋）キシロース、ズルシトール、ミオ−イノシトール、Ｌ（−）フルクトース、Ｄ（−）マンニトール、Ｄ（＋）グルコース、Ｄ（＋）アラビノース、Ｄ（−）アラビノース、セロビオース、Ｄ（＋）マルトース、Ｄ（＋）ラフィノース、Ｌ（＋）ラムノース、Ｄ（＋）メリビオース、Ｄ（−） リボース、アドニトール、Ｄ（＋）アラビトール、Ｌ（−）アラビトール、Ｄ（＋）フコース、Ｌ（−）フコース、Ｄ（−）リキソース、Ｌ（＋）リキソース、およびＬ（−）リキソース、または アミノ酸、例えばグルタミン、リジン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン、およびタウリンを注入することにより促進される。血液脳関門浸透を増強する方法および材料は、例えば、それぞれが引用により本明細書に組み込まれた、米国特許第４，８６６，０４２号「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｔｅｒｉａｌ ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、米国特許第６，２９４，５２０号「Ｍａｔｅｒｉａｌ ｆｏｒ ｐａｓｓａｇｅ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ−ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、および米国特許第６，９３６，５８９号「Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍｓ」に記載されている。
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の部分または抱合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または他の抱合体、に化学的に結合される。そのような部分は、限定されないが、例えばコレステロール部分、コレステリル部分のような脂質部分、例えばドデカンジオールもしくはウンデシルの残基、ポリアミン鎖もしくはポリエチレングリコール鎖などの脂肪鎖、またはアダマンタン酢酸を含む。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公開された文献に記載されている。複数の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えば、Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、Ｎ−Ａｃグルコサミン（ＧａｌＮＡｃ）、もしくはマンノース（例えばマンノース−６−リン酸）、脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分で抱合される。当該技術分野で理解され文献に記載されるように、例えばリンカーを用いて、抱合体は、糖、塩基またはリン酸基上のいくつかの位置のうちのいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの１つ以上に結合することができる。リンカーは二価または三価の分枝リンカーを含むことができる。実施形態では、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に結合されている。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば、米国特許第８，４５０，４６７号「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載され、該文献は参照により本明細書に組み込まれる。
被験体の処置
本明細書に提供される組成物のうちのいずれかが個体に投与されうる。「個体」は、「被験体」または「患者」と交換可能に使用されてもよい。個体は哺乳動物でもよく、例えば人間、または、人類以外の霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、馬、ロバ、ヤギ、猫、犬、雌牛、ブタ、あるいは羊などの動物である。実施形態では、個体はヒトである。実施形態では、個体は胎児、胚、または小児である。他の実施形態では、個体は植物などの別の真核生物であってもよい。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される化合物は細胞にエクスビボで投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、疾病または障害を処置する方法として個体に投与される。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記述された疾病のいずれかなどの遺伝病を有する。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記述された疾病のいずれかなどの疾病を有するリスクがある。いくつかの実施形態では、個体は、不十分な量のタンパク質または不十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾病または障害を有するリスクが増大している。個体が、不十分な量のタンパク質または不十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾病または障害を有するリスクが増大している場合、方法は防止的または予防的な処置を含む。例えば、個体は、その疾病の家族健康歴のために、そのような疾病または障害を有するリスクが増大している場合がある。典型的には、そのような疾病または障害を有するリスクが増大している個体は、予防的処置（例えば、疾病または障害の発症または悪化を予防するかまたは遅らせることによる）から利益を受ける。
本発明のＡＳＯの投与に適切な経路は、ＡＳＯの送達が所望される細胞型に応じて変わりうる。多数の組織および器官は本明細書に記載の症状に影響を受けることがあり、腎臓が最も著しく影響を受ける組織である。本発明のＡＳＯは、例えば、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射または静脈内注射によって、患者に非経口的に投与されてもよい。複数の実施形態では、送達は腎臓に行われる。実施形態では、胎児は、例えば胎児にＡＳＯ組成物を直接的または間接的に（例えば母親を介して）投与することによって、子宮内で処置される。
スプライシングを増強する追加のＡＳＯを特定する方法
本発明の範囲内にはまた、特異的に標的イントロンでのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを増強する追加のＡＳＯを特定する（判定する）方法がある。ｍＲＮＡ前駆体の標的領域内で様々なヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、標的イントロンのスプライシングの速度および／または程度を改善するＡＳＯを特定する（判定する）ためにスクリーニングされてもよい。いくつかの実施形態では、ＡＳＯはスプライシング抑制因子／サイレンサーの結合部位をブロックまたは妨害することがある。当該技術分野において既知の任意の方法が、イントロンの標的領域にハイブリダイズされた時に所望の効果（例えばスプライシング、タンパク質または機能的ＲＮＡ生産の向上）をもたらすＡＳＯを特定する（判定する）ために使用されてもよい。これらの方法はまた、保持されたイントロンに隣接するエクソン中、または保持されていないイントロン中の標的領域へ結合することにより、保持されたイントロンのスプライシングを増強するＡＳＯの特定のために使用することができる。使用されうる方法の一例が下記に提供される。
ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを用いて、ＡＳＯ「ウォーク」（ｗａｌｋ）と呼ばれる、一ラウンドのスクリーニングを行いうる。例えば、ＡＳＯウォークに使用されるＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流（例えば、標的とされた／保持されたイントロンの上流に位置するエクソンの配列の一部）から、標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流まで、および／または、保持されたイントロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流から、標的とされた／保持されたイントロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流（例えば、標的とされた／保持されたイントロンの下流に位置するエクソンの配列の一部）まで、５つのヌクレオチドごとに敷き詰められ得る。例えば、１５ヌクレオチドの長さの第１のＡＳＯは、標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対しヌクレオチド＋６から＋２０に特異的にハイブリダイズするように設計され得る。第２のＡＳＯは、標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋１１から＋２５に特異的にハイブリダイズするように設計されている。ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域に及ぶように設計されている。複数の実施形態では、ＡＳＯは、より密に、例えば、１、２、３、または４つのヌクレオチドごとに敷き詰められ得る。さらに、ＡＳＯは、５’スプライス部位の１００ヌクレオチド下流から、３’スプライス部位の１００ヌクレオチド上流まで敷き詰められ得る。
１つ以上のＡＳＯ、または１つの対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズするとは予期されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）は、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体（例えば、本明細書で別記されるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を発現する疾患関連の細胞株へと送達される。ＡＳＯの各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）−ＰＣＲによって評価され得る（「イントロン保持事象の特定」を参照）。対照ＡＳＯ処理された細胞と比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用して生成されたＲＴ−ＰＣＲ産物が減少または欠如することは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施形態では、スプライシング効率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するスプライシングされたｍＲＮＡ前駆体の割合、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記載されるＡＳＯを使用して改善され得る。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコードされるタンパク質または機能的ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡなどの、タンパク質産生を評価し及び／又は定量するための、当該技術分野で既知の方法も使用することができる。
ＡＳＯ「ミクロウォーク」（ｍｉｃｒｏ−ｗａｌｋ）と呼ばれる第２ラウンドのスクリーニングは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを使用して実行され得る。ＡＳＯミクロウォークに使用されるＡＳＯは、ＡＳＯでハイブリダイズされたときに結果的にスプライシングを増強させるｍＲＮＡ前駆体のヌクレオチド酸配列をさらに改良する（ｒｅｆｉｎｅ）ために、１つのヌクレオチドごとに敷き詰められる。標的イントロンのスプライシングを促進するＡＳＯによって定義される領域は、１−ｎｔステップ（１−ｎｔ ｓｔｅｐｓ）で配置されたＡＳＯ、ならびに、典型的には１８−２５ｎｔである、より長いＡＳＯを含む、ＡＳＯ「ミクロウォーク」によって、より詳細に調査される。上記でＡＳＯウォークに関して記載されたように、１つ以上のＡＳＯ、または対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズすると予期されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）を、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体を発現する疾患関連細胞株へと送達することにより、ＡＳＯミクロウォークが実行される。ＡＳＯの各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）−ＰＣＲによって評価され得る（「イントロン保持事象の特定」を参照）。対照ＡＳＯ処理された細胞と比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用して生成されたＲＴ−ＰＣＲ産物が減少または欠如することは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施形態では、スプライシング効率、比率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するスプライシングされたｍＲＮＡ前駆体の割合、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記載されるＡＳＯを使用して改善され得る。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコードされるタンパク質または機能的ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡなどの、タンパク質産生を評価し及び／又は定量するための、当該技術分野で既知の方法も使用することができる。
ｍＲＮＡ前駆体の領域にハイブリダイズされたときに、結果的にスプライシングを増強させ、タンパク質産生を増加させるＡＳＯは、動物モデル、例えば、全長ヒト遺伝子がノックインされたトランスジェニックマウスモデルまたは疾患のヒト化マウスモデルを使用して、インビボで試験され得る。ＡＳＯの投与に適した経路は、ＡＳＯの送達が望まれる疾患及び／又は細胞型に応じて変化し得る。ＡＳＯは、例えば、腹腔内注射、筋肉注射、皮下注射、または静脈注射によって投与され得る。投与後に、モデル動物の細胞、組織、及び／又は臓器は、当該技術分野に既知の方法および本明細書に記載される方法によって、例えば、スプライシング（効率、速度、程度）およびタンパク質産生を評価することにより、ＡＳＯ処置の効果を判定するために評価され得る。動物モデルはまた、疾患または疾患重症度の表現型の徴候または行動的な徴候であり得る。
本発明の好ましい実施形態が本明細書に示され記載された一方、そのような実施形態が一例としてのみ提供されていることは当業者にとって明白である。多くの変更、変化および置換が、本発明から逸脱することなく、当業者の心に思い浮かぶであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されるかもしれないことを理解されたい。以下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、この請求項とその均等物の範囲内の方法および構造体がそれによって包含されるものであるということが意図されている。
実施例
本発明は、以下の実施例によってより具体的に例示されるだろう。しかしながら、本発明がどんな方法でもこれらの実施例によって制限されていないことが理解されるべきである。
実施例１：次世代配列決定を用いたＲＮＡｓｅｑによる転写産物のイントロン保持事象の特定
イントロン保持事象を特定するために本明細書で記載された遺伝子によって生成された転写産物のスナップショットを明らかにするために、次世代配列決定を使用して、全トランスクリプトームのショットガン配列決定を実行した。このために、腎上皮細胞の核および細胞質の分画からのｐｏｌｙＡ＋ ＲＮＡを分離し、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ ｍＲＮＡライブラリＰｒｅｐキットを用いてｃＤＮＡライブラリを構築した。ライブラリを対末端配列決定（ｐａｉｒ−ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ）し、結果として、ヒトゲノム（２００９年２月、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９アセンブリ）にマッピングされた１００ヌクレオチドの読み取りをもたらした。マッピングされた読み取りは（ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｇｒｏｕｐ （Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，１１５６ Ｈｉｇｈ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ ９５０６４）によって操作され、かつ、例えばＲｏｓｅｎｂｌｏｏｍ， ｅｔ ａｌ．，２０１５，“Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔａｂａｓｅ： ２０１５ ｕｐｄａｔｅ，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４３，Ｄａｔａｂａｓｅ Ｉｓｓｕｅ ｄｏｉ： １０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｕ１１７７に記載された）ＵＣＳＣゲノムブラウザを使用して視覚化され、読み取りの範囲および数はピーク信号によって推論される。ピークの高さは、特定の領域における読取密度によって与えられた発現のレベルを示している。ピークをエクソン領域およびイントロン領域に一致させられるように、（読み取りシグナルの下に）ＵＣＳＣゲノムブラウザによってＰ遺伝子の模式図（縮尺通りに描かれている）が提供される。このディスプレイに基づいて、腎上皮細胞の核分画において高い読み取り密度を有するが、これらの細胞の細胞質分画においては読み取りが非常に低いかまたは全くないイントロンを特定した（本明細書に記載の遺伝子において特定されたイントロンについてのイントロン保持率（ＰＩＲ）データについては表１を参照）。これは、これらのイントロンが保持されたこと、および、イントロン含有転写産物が核内に残っていることを示し、かつ、この保持されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、細胞質に排出されないので、非生産的であることを示唆している。
実施例２：未だ特定されていない保持されたイントロンのための次世代配列決定を用いたＲＮＡｓｅｑによる遺伝子転写産物でのイントロン保持事象の特定
未知のイントロン保持事象を特定するために、本明細書に記載された遺伝子によって生成された転写産物のスナップショットを明らかにするために、次世代配列決定を使用して、全トランスクリプトームのショットガン配列決定を実行した。このために、腎上皮細胞の核および細胞質の分画からのｐｏｌｙＡ＋ ＲＮＡを分離し、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ ｍＲＮＡライブラリＰｒｅｐキットを用いてｃＤＮＡライブラリを構築した。ライブラリを対末端配列決定（ｐａｉｒ−ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ）し、結果として、ヒトゲノム（２００９年２月、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９アセンブリ）にマッピングされた１００ヌクレオチドの読み取りがもたらされた。マッピングされた読み取りは（ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｇｒｏｕｐ （Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， １１５６ Ｈｉｇｈ Ｓｔｒｅｅｔ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， ＣＡ ９５０６４）によって操作され、かつ、例えばＲｏｓｅｎｂｌｏｏｍ， ｅｔ ａｌ．， ２０１５， “Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔａｂａｓｅ：２０１５ ｕｐｄａｔｅ，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４３， Ｄａｔａｂａｓｅ Ｉｓｓｕｅ ｄｏｉ： １０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｕ１１７７に記載された）ＵＣＳＣゲノムブラウザを使用して視覚化され、読み取りの範囲および数はピーク信号によって推論されうる。ピークの高さは、特定の領域における読取密度によって与えられた発現のレベルを示している。ピークをエクソン領域およびイントロン領域に一致させられるように、（読み取りシグナルの下に）ＵＣＳＣゲノムブラウザによって遺伝子の模式図（縮尺通りに描かれている）が提供される。このディスプレイに基づいて、保持されたイントロンは、腎臓の上皮細胞の核分画においては高い読取密度を有するが、これらの細胞の細胞質分画においては読み取りが非常に低いかまたは無いものとして推論された。これは、イントロンが保持されたこと、および、イントロン含有転写産物が核内に残ったことを示し、かつ、これらの保持されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、細胞質に排出されないので、非生産的であることを示唆している。
実施例３：保持されたイントロンを標的とするＡＳＯウォークの設計
ＡＳＯウォークは、本明細書に記述された方法を使用して、保持されたイントロンを標的とするように設計された。例えばヌクレオチド＋６から＋６９に及ぶイントロン５’スプライス部位のすぐ下流の領域と、例えばイントロンのヌクレオチド−１６から−７９に及ぶイントロン３’スプライス部位のすぐ上流の領域とが２’−Ｏ−Ｍｅ ＲＮＡ、ＰＳ骨格、５ヌクレオチド間隔でシフトした１８ｍｅｒ ＡＳＯで標的とされた。表１は、設計された例示的なＡＳＯおよびそれらの標的配列を列挙する。
Figure 2019500346
Figure 2019500346
実施例４：保持されたイントロンのＡＳＯ標的化による改善したスプライシング効率はＣＴＮＳ転写レベルを増加させる
ＡＳＯを使用して保持されたイントロンのスプライシング効率を改善することにより、ＣＴＮＳの発現の増加を達成しうるかどうかを判定するために、本明細書に記述された方法が使用されうる。ＡＲＰＥ−１９細胞は、独立してＲＮＡｉＭＡＸ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）送達試薬を使用し、偽トランスフェクト（ｍｏｃｋ−ｔｒａｎｓｆｅｃｔ）され、または、ＣＴＮＳ標的化ＡＳＯで、または非標的化ＡＳＯ対照で、トランスフェクトされた。実験は８０ｎＭ ＡＳＯを使用して２４時間行なわれた（図３ＢおよびＣ）。Ｔａｑｍａｎ ｑＰＣＲの結果は、いくつかの標的化ＡＳＯが偽トランスフェクトされたものと比較してＣＴＮＳ遺伝子転写レベルを増加させることを示した。ＣＴＮＳ標的化ＡＳＯトランスフェクト細胞からのＣｔ値をＲＰＬ３２に対して正規化し、偽処理細胞からの正規化ｑＰＣＲ産物と比較してプロットする。この分析の結果は、いくつかのＣＴＮＳ標的化ＡＳＯが遺伝子転写レベルを増加させることを示した。これらの結果は、ＡＳＯを用いる遺伝子中の保持されたイントロンのスプライシングの誘導が、遺伝子発現の増加をもたらすことを示す。全体的に、これらの結果は、ＡＳＯを用いるＣＴＮＳ遺伝子中の律速イントロンのスプライシング効率を改善すると、ＣＴＮＳ遺伝子発現が増加することを示している。
実施例５：保持されたイントロンのＡＳＯ標的化による改善したスプライシング効率はＣＹＰ２４Ａ１転写レベルを増加させる
ＡＳＯを使用して保持されたイントロンのスプライシング効率を改善することにより、ＣＹＰ２４Ａ１の発現の増加を達成しうるかどうかを判定するために、本明細書に記述された方法が使用されうる。ＡＲＰＥ−１９細胞は、独立してＲＮＡｉＭＡＸ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）送達試薬を使用し、偽トランスフェクト（ｍｏｃｋ−ｔｒａｎｓｆｅｃｔ）され、または、ＣＹＰ２４Ａ１標的化ＡＳＯまたは非標的化ＡＳＯ対照でトランスフェクトされた。実験は８０ｎＭ ＡＳＯを使用して２４時間行なわれた（図４ＢおよびＣ）。
Ｔａｑｍａｎ ｑＰＣＲの結果は、いくつかの標的化ＡＳＯが偽トランスフェクトされたものと比較してＣＹＰ２４Ａ１遺伝子転写レベルを増加させることを示した。ＣＹＰ２４Ａ１標的化ＡＳＯトランスフェクト細胞からのＣｔ値をＲＰＬ３２に対して正規化し、偽処理細胞からの正規化ｑＰＣＲ産物と比較してプロットする。この分析の結果は、いくつかのＣＹＰ２４Ａ１標的化ＡＳＯが遺伝子転写レベルを増加させることを示した。これらの結果は、ＡＳＯを用いる遺伝子中の保持されたイントロンのスプライシングの誘導が、遺伝子発現の増加をもたらすことを示す。全体的に、これらの結果は、ＡＳＯを用いるＣＹＰ２４Ａ１遺伝子中の律速イントロンのスプライシング効率を改善すると、ＣＹＰ２４Ａ１遺伝子発現が増加することを示している。
実施例６：保持されたイントロンのＡＳＯ標的化による改善したスプライシング効率はＰＰＡＲＤ転写レベルを増加させる
ＡＳＯを使用して保持されたイントロンのスプライシング効率を改善することにより、ＰＰＡＲＤの発現の増加を達成しうるかどうかを判定するために、本明細書に記述された方法が使用されうる。ＡＲＰＥ−１９細胞は、独立してＲＮＡｉＭＡＸ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）送達試薬を使用し、偽トランスフェクト（ｍｏｃｋ−ｔｒａｎｓｆｅｃｔ）され、または、ＰＰＡＲＤ標的化ＡＳＯまたは非標的化ＡＳＯ対照でトランスフェクトされた。実験は８０ｎＭ ＡＳＯを使用して２４時間行なわれた（図６ＡおよびＢ、図６ＥおよびＦ）。Ｔａｑｍａｎ ｑＰＣＲの結果は、いくつかの標的化ＡＳＯが偽トランスフェクトされたものと比較してＰＰＡＲＤ遺伝子転写レベルを増加させることを示した。ＰＰＡＲＤ標的化ＡＳＯトランスフェクト細胞からのＣｔ値をＲＰＬ３２に対して正規化し、偽処理細胞からの正規化ｑＰＣＲ産物と比較してプロットする。この分析の結果は、いくつかのＰＰＡＲＤ標的化ＡＳＯが遺伝子転写レベルを増加させることを示した。これらの結果は、ＡＳＯを用いる遺伝子中の保持されたイントロンのスプライシングの誘導が、遺伝子発現の増加をもたらすことを示す。全体的に、これらの結果は、ＡＳＯを用いるＰＰＡＲＤ遺伝子中の律速イントロンのスプライシング効率を改善すると、ＰＰＡＲＤ遺伝子発現が増加することを示している。
実施例７：保持されたイントロンのＡＳＯ標的化による改善したスプライシング効率は転写レベルを増加させる
ＡＳＯでのイントロンスプライシング効率の改善により標的遺伝子の発現の増加を達成しうるかどうかを判定するために、本明細書に記述された方法を使用した。ＡＲＰＥ−１９細胞、すなわちヒトの網膜の上皮細胞株（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ （ＡＴＣＣ）， ＵＳＡ）、またはＨｕｈ−７、すなわちヒトの肝細胞腫細胞株（ＮＩＢＩＯＨＮ、Ｊａｐａｎ）、またはＳＫ−Ｎ−ＡＳ、すなわちヒトの神経芽細胞腫細胞株（ＡＴＣＣ）は、図３−６および表１に記載の標的化ＡＳＯで、偽トランスフェクトされるか、またはトランスフェクトされる。細胞を、供給元の仕様書に従って、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いてトランスフェクトする。簡潔に述べると、ＡＳＯを９６ウェル組織培養プレートに播種し、Ｏｐｔｉ−ＭＥＭで希釈したＲＮＡｉＭａｘと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全培地に再懸濁し、約２５，０００個の細胞をＡＳＯトランスフェクション混合物に加える。トランスフェクション実験は三通りのプレート複製において実行される。最終的なＡＳＯ濃度は８０ｎＭであった。供給元の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの６時間後に交換し、細胞をＣｅｌｌｓ−ｔｏ−Ｃｔ溶解試薬を用い、ＤＮＡｓｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で試薬を補充し、２４時間で採取する。供給元の仕様書に従い、ｃＤＮＡをＣｅｌｌｓ−ｔｏ−Ｃｔ ＲＴ試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で生成される。対象のイントロンでのスプライシングの量を定量化するために、表１に列挙した、保持されたイントロンの対応するエクソン−エクソンジャンクション（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）に及ぶプローブでＴａｑｍａｎアッセイを用いて、定量ＰＣＲが実行される。Ｔａｑｍａｎアッセイは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ７Ｆｌｅｘ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲシステム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）上で、供給元の仕様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、ＲＰＬ３２（ｄｅｌｔａＣｔ）およびプレート一致偽トランスフェクションサンプル（ｄｅｌｔａ−ｄｅｌｔａ Ｃｔ）に対して正規化し、モック定量（２ ＾−（ｄｅｌｔａ−ｄｅｌｔａ Ｃｔ）に対して倍率変化を生成する。３つのプレート複製のモック（ｍｏｃｋ）に対する平均倍率変化をプロットする（図３Ｃ、図４Ｃ、図６Ｂおよび図６Ｆ）。標的遺伝子発現を増加させるいくつかのＡＳＯが特定され、その標的イントロンでのスプライシングの増加が示唆された。標的イントロン（図３−６）の保持を示す全トランスクリプトームデータと共に、これらの結果は、ＡＳＯが律速イントロンのスプライシング効率を改善し得ることを確認する。

Claims (153)

  1. 被験体の細胞により標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させることによって被験体の腎臓病を処置する方法であって、ここで、前記細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、該ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、前記方法は、被験体の細胞を、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
  2. 腎臓病は、幼児の腎症性シスチン蓄積症、遅発性シスチン蓄積症、巣状分節性糸球体硬化症７、乳頭腎症候群、あるいは幼児の高カルシウム血症である、請求項１に記載の方法。
  3. 保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有している細胞によって、標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は標的タンパク質をコードし、前記方法は、細胞を、標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、細胞内で標的タンパク質の発現を増加させ、ここで、標的タンパク質は、シスチノシン、タンパク質ペアードボックス遺伝子２タンパク質、タンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１、あるいはペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである、方法。
  4. 標的タンパク質は、シスチノシン、タンパク質ペアードボックス遺伝子２タンパク質、タンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１、あるいはペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである、請求項１または２に記載の方法。
  5. 標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである、請求項１または２に記載の方法。
  6. 細胞は、標的タンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体内にあるか、または被験体に由来する、請求項３に記載の方法。
  7. 標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、標的タンパク質が産生されない第２の対立遺伝子、または非機能的な標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、請求項１−６のいずれか１つに記載の方法。
  8. 被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、ここで、被験体は、
    （ａ）（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
    （ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
    （ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、第１の変異対立遺伝子と、
    （ｂ）（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
    （ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成され、あるいは、
    （ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、第２の変異対立遺伝子と、を有し、
    ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）であり、被験体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）であり、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、および／または、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から転写される、請求項１−６のいずれか１つに記載の方法。
  9. 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成される、請求項８に記載の方法。
  10. 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される、請求項８に記載の方法。
  11. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−１６までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項１−１０のいずれか１つに記載の方法。
  12. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６９〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−７９までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項１−１０のいずれか１つに記載の方法。
  13. 標的タンパク質はシスチノシンである、請求項１−１２のいずれか１つに記載の方法。
  14. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項１３に記載の方法。
  15. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６２４−１００６８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１３または１４に記載の方法。
  16. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３４の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１３−１５のいずれか１つに記載の方法。
  17. ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６２４−１００６８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１３−１６のいずれか１つに記載の方法。
  18. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１７に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１３−１７のいずれか１つに記載の方法。
  19. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項１３−１８のいずれか１つに記載の方法。
  20. 標的タンパク質はペアードボックス遺伝子２タンパク質である、請求項１−１２のいずれか１つに記載の方法。
  21. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項２０に記載の方法。
  22. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９５３−８６２３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２０または２１に記載の方法。
  23. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３８またはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４０の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項２０−２２のいずれか１つに記載の方法。
  24. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９５３−８６２３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項２０−２３のいずれか１つに記載の方法。
  25. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０−１５のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項２０−２４のいずれか１つに記載の方法。
  26. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項２０−２５のいずれか１つに記載の方法。
  27. 標的タンパク質はタンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１である、請求項１−１２のいずれか１つに記載の方法。
  28. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項２７に記載の方法。
  29. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９５２０−１０７３３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２７または２８に記載の方法。
  30. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３４、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４５、あるいはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項２７−２９のいずれか１つに記載の方法。
  31. ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９５２０−１０７３３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項２７−３０のいずれか１つに記載の方法。
  32. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６−１９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項２７−３１のいずれか１つに記載の方法。
  33. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項２７−３２のいずれか１つに記載の方法。
  34. 標的タンパク質はペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである、請求項１−１２のいずれか１つに記載の方法。
  35. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋５００〜保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して−５００までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項３４に記載の方法。
  36. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項３４または３５に記載の方法。
  37. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３９、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４３、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４２、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３７、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３５、あるいはＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４４の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項３４−３６のいずれか１つに記載の方法。
  38. ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項３４−３７のいずれか１つに記載の方法。
  39. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５−９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項３４−３８のいずれか１つに記載の方法。
  40. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項３４−３９のいずれか１つに記載の方法。
  41. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
    （ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する、＋６から＋１００の領域、あるいは、
    （ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６から−１００の領域、
    の内部の保持されたイントロンにある、請求項１−１０および１３−４０のいずれか１つに記載の方法。
  42. アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項１−１０および１３−４０のいずれか１つに記載の方法。
  43. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
    （ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、あるいは、
    （ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ〜−４ｅの領域、
    の内部にある、請求項１−１０および１３−４０のいずれか１つに記載の方法。
  44. アンチセンスオリゴマーは、機能的ＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項１−４３のいずれか１つに記載の方法。
  45. アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項１−４４のいずれか１つに記載の方法。
  46. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシング、または野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって生成された、請求項１−４５のいずれか１つに記載の方法。
  47. 標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、請求項１−４６のいずれか１つに記載の方法。
  48. 生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、請求項１−４７のいずれか１つに記載の方法。
  49. アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞において生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、請求項１−４８のいずれか１つに記載の方法。
  50. アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１〜約１０倍、約１．５〜約１０倍、約２〜約１０倍、約３〜約１０倍、約４〜約１０倍、約１．１〜約５倍、約１．１〜約６倍、約１．１〜約７倍、約１．１〜約８倍、約１．１〜約９倍、約２〜約５倍、約２〜約６倍、約２〜約７倍、約２〜約８倍、約２〜約９倍、約３〜約６倍、約３〜約７倍、約３〜約８倍、約３〜約９倍、約４〜約７倍、約４〜約８倍、約４〜約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、請求項１−４９のいずれか１つに記載の方法。
  51. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項１−５０のいずれか１つに記載の方法。
  52. アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、あるいは２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項１−５１のいずれか１つに記載の方法。
  53. アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項１−５２のいずれか１つに記載の方法。
  54. それぞれの糖部は修飾された糖部である、請求項５３に記載の方法。
  55. アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、あるいは１２〜１５の核酸塩基からなる、請求項１−５４のいずれか１つに記載の方法。
  56. アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、請求項１−５５のいずれか１つに記載の方法。
  57. 細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１−５６のいずれか１つに記載の方法。
  58. 最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するためにＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項５７に記載の方法。
  59. 細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１−５６のいずれか１つに記載の方法。
  60. ２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するためにＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項５９に記載の方法。
  61. 疾病は、疾患または障害である、請求項６−６０のいずれか１つに記載の方法。
  62. 疾患または障害は腎臓病である、請求項６１に記載の方法。
  63. 腎臓病は、幼児の腎症性シスチン蓄積症、遅発性シスチン蓄積症、巣状分節性糸球体硬化症７、乳頭腎症候群、あるいは幼児の高カルシウム血症である、請求項６２に記載の方法。
  64. 標的タンパク質とＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、遺伝子によってコードされ、ここで、遺伝子はＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１、あるいはＰＰＡＲＤである、請求項６３に記載の方法。
  65. 前記方法はタンパク質発現を評価する工程をさらに含む、請求項１−６４のいずれか１つに記載の方法。
  66. 被験体はヒトである、請求項１−６５のいずれか１つに記載の方法。
  67. 被験体はヒト以外の動物である、請求項１−６５のいずれか１つに記載の方法。
  68. 被験体は胎児、胚、あるいは子供である、請求項１−６６のいずれか１つに記載の方法。
  69. 細胞はエクスビボである、請求項１−６７のいずれか１つに記載の方法。
  70. アンチセンスオリゴマーは、被験体の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される、請求項１−６７のいずれか１つに記載の方法。
  71. ５’スプライス部位に隣接するエクソンの−３ｅ〜−１ｅと、保持されたイントロンの＋１〜＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項１−７０のいずれか１つに記載の方法。
  72. 保持されたイントロンの−１５〜−１と３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項１−７１のいずれか１つに記載の方法。
  73. 請求項１−７２のいずれか１つの方法で使用されるアンチセンスオリゴマー。
  74. ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−１０７３３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含むアンチセンスオリゴマー。
  75. 請求項７３または７４のアンチセンスオリゴマーと賦形剤とを含む医薬組成物。
  76. 腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって請求項７５に記載の医薬組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
  77. 不足しているタンパク質または不足している機能的なＲＮＡに関連している被験体の腎臓病を処置するために、細胞によって標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、ここで、不足しているタンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の構成的スプライシングを増強し、ここで、標的タンパク質は、
    （ａ）不足しているタンパク質、あるいは、
    （ｂ）被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質であり、
    ここで、機能的ＲＮＡは、
    （ａ）不足しているＲＮＡ、あるいは、
    （ｂ）被験体の不足している機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償機能的ＲＮＡであり、
    ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質または機能的ＲＮＡの産生または活性を増加させる、組成物。
  78. 腎臓病は、幼児の腎症性シスチン蓄積症、遅発性シスチン蓄積症、巣状分節性糸球体硬化症７、乳頭腎症候群、あるいは幼児の高カルシウム血症である、請求項７７に記載の組成物。
  79. 被験体において標的タンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、前記方法は、被験体の細胞によって標的タンパク質の発現を増加させる工程であって、細胞が保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含む、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、標的タンパク質をコードする、工程と、細胞をアンチセンスオリゴマーと接触させる工程であって、それによって、保持されたイントロンが、標的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質の発現を増加させる、工程とを含む、組成物。
  80. 標的タンパク質は、シスチノシン、タンパク質ペアードボックス遺伝子２タンパク質、タンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１、あるいはペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである、請求項７７−７９のいずれか１つに記載の組成物。
  81. 疾病は、疾患または障害である、請求項７９に記載の組成物。
  82. 疾患または障害は腎臓病である、請求項８０に記載の組成物。
  83. 腎臓病は、幼児の腎症性シスチン蓄積症、遅発性シスチン蓄積症、巣状分節性糸球体硬化症７、乳頭腎症候群、または幼児の高カルシウム血症である請求項８２に記載の組成物。
  84. 標的タンパク質およびＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、遺伝子によってコードされ、ここで遺伝子は、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤである、請求項８２または８３に記載の組成物。
  85. アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６の領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項７７−８４のいずれか１つに記載の組成物。
  86. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６９から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−７９の領域内にある、請求項７７−８４のいずれか１つに記載の組成物。
  87. 標的タンパク質はシスチノシンである、請求項７７−８６のいずれか１つに記載の組成物。
  88. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある、請求項８７に記載の組成物。
  89. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６２４−１００６８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％相補的な配列を含む、請求項８７または８８に記載の組成物。
  90. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８または１０７３４の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項８７−８９のいずれか１つに記載の組成物。
  91. ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：８６２４−１００６８のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項８７−９０のいずれか１つに記載の組成物。
  92. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６または１７に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項８７−９１のいずれか１つに記載の組成物。
  93. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項８７−９２のいずれか１つに記載の組成物。
  94. 標的タンパク質は、ペアードボックス遺伝子２タンパク質である、請求項７７−８６のいずれか１つに記載の組成物。
  95. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある、請求項９４に記載の組成物。
  96. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９５３−８６２３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％相補的である配列を含む、請求項９４または９５に記載の組成物。
  97. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３８または１０７４０の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項９４−９６のいずれか１つに記載の組成物。
  98. ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６９５３−８６２３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項９４−９７のいずれか１つに記載の組成物。
  99. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０−１５のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項９４−９８のいずれか１つに記載の組成物。
  100. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項９４−９９のいずれか１つに記載の組成物。
  101. 標的タンパク質は、タンパク質シトクロムＰ４５０ファミリー２４、サブファミリーＡ、ポリペプチド１である、請求項７７−８６のいずれか１つに記載の組成物。
  102. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある、請求項１０１に記載の組成物。
  103. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９５２０−１０７３３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％相補的である配列を含む、請求項１０１または１０２に記載の組成物。
  104. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７４８、１０７３４、１０７４６、１０７４５または１０７４１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１０１−１０３のいずれか１つに記載の組成物。
  105. ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：９５２０−１０７３３のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１０１−１０４のいずれか１つに記載の組成物。
  106. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１６−１９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１０１−１０５のいずれか１つに記載の組成物。
  107. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項１０１−１０６のいずれか１つに記載の組成物。
  108. 標的タンパク質は、ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体δである、請求項７７−８６のいずれか１つに記載の組成物。
  109. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある、請求項１０８に記載の組成物。
  110. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％相補的である配列を含む、請求項１０８または１０９に記載の組成物。
  111. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７３６、１０７４７、１０７３９、１０７４３、１０７４２、１０７３７、１０７３５、または１０７４４の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１０８−１１０のいずれか１つに記載の組成物。
  112. ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−６９５２のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１０８−１１１のいずれか１つに記載の組成物。
  113. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５−９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１０８−１１２のいずれか１つに記載の組成物。
  114. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項１０８−１１３のいずれか１つに記載の組成物。
  115. アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンにおいて、
    （ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から＋１００の領域、または、
    （ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６から−１００の領域、
    の内部にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項７７−８４、および、８７−１１４のいずれか１つに記載の組成物。
  116. アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項７７−８４、および、８７−１１４のいずれか１つに記載の組成物。
  117. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
    （ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域、または、
    （ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域、
    の内部にある、請求項７７−８４、および、８７−１１４のいずれか１つに記載の組成物。
  118. アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項７７−１１７のいずれか１つに記載の組成物。
  119. アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより機能的ＲＮＡまたは機能的タンパク質の量を増加させない、請求項７７−１１８のいずれか１つに記載の組成物。
  120. ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長ｍＲＮＡ前駆体または野生型ｍＲＮＡ前駆体からの部分的スプライシングによって生成された、請求項７７−１１９のいずれか１つに記載の組成物。
  121. 標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである、請求項７７−１２０のいずれか１つに記載の組成物。
  122. 生成される標的タンパク質は、全長タンパク質または野生型タンパク質である、請求項７７−１２１のいずれか１つに記載の組成物。
  123. 保持されたイントロンは律速イントロンである、請求項７７−１２２のいずれか１つに記載の組成物。
  124. 前記保持されたイントロンは、前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で最も豊富な保持されたイントロンである、請求項７７−１２３のいずれか１つに記載の組成物。
  125. 保持されたイントロンは、前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で２番目に豊富な保持されたイントロンである、請求項７７−１２３のいずれか１つに記載の組成物。
  126. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項７７−１２５のいずれか１つに記載の組成物。
  127. 前記アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項７７−１２６のいずれか１つに記載の組成物。
  128. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項７７−１２７のいずれか１つに記載の組成物。
  129. アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項７７−１２８のいずれか１つに記載の組成物。
  130. 各糖部は、修飾された糖部である、請求項１２９に記載の組成物。
  131. アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０核酸塩基、１２〜３５核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基から成る、請求項７７−１３０のいずれか１つに記載の組成物。
  132. アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項７７−１３１のいずれか１つに記載の組成物。
  133. 請求項７７−１３２の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマー、および賦形剤を含む、医薬組成物。
  134. 腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射により請求項１３３に記載の医薬組成物を投与することによって、被験体を処置する方法。
  135. 不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマーであって、不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物が保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが、不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、
    薬学的に許容可能な賦形剤と、を含む、医薬組成物。
  136. 不足したＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物は、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である、請求項１３５に記載の医薬組成物。
  137. ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋５００から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−５００の領域内にある、請求項１３５または１３６に記載の医薬組成物。
  138. ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−４のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項１３５または１３６に記載の医薬組成物。
  139. ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５−１９のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１３５または１３６に記載の医薬組成物。
  140. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項１３５に記載の医薬組成物。
  141. アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項１３５に記載の医薬組成物。
  142. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項１３５に記載の医薬組成物。
  143. アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項１３５に記載の医薬組成物。
  144. アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５核酸塩基、１２〜３０核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基を含む、請求項１３５に記載の医薬組成物。
  145. アンチセンスオリゴマーは、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項１３５または１３６に記載の医薬組成物。
  146. ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１００３４−１０７４８から選択される配列内にある、請求項１３５または１３６に記載の医薬組成物。
  147. アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−１０７３３のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項１３５に記載の医薬組成物。
  148. アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−１０７３３から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１３５に記載の医薬組成物。
  149. 医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射のために製剤される、請求項１３５−１４８のいずれか１つに記載の医薬組成物。
  150. ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質の機能形態をコードする、十分に処理されたＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物を産生するために、保持されたイントロンの除去を促進する、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発する方法であって、前記方法は、
    （ａ）アンチセンスオリゴマーを被験体の標的細胞に接触させる工程と、
    （ｂ）アンチセンスオリゴマーを、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物にハイブリダイズする工程であって、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物が、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質の機能形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含む、工程と、
    （ｃ）ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質の機能形態をコードする、十分に処理されたＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物を産生するために、少なくとも１つの保持されたイントロンをＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物から除去する工程と、
    （ｄ）十分に処理されたＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物から、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質の機能形態を翻訳する工程と、を含む、方法。
  151. 保持されたイントロンは、保持されたイントロン全体である、請求項１５０に記載の方法。
  152. ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのｍＲＮＡ転写産物は、ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である、請求項１５０または１５１に記載の方法。
  153. ＣＴＮＳ、ＰＡＸ２、ＣＹＰ２４Ａ１またはＰＰＡＲＤのタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体を処置する方法であって、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２０−１０７３３のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む、方法。
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PNAS, vol. 93, JPN6020044629, 1996, pages 12840 - 12844, ISSN: 0004715767 *

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