CN114746550A - 用于调节剪接和蛋白质表达的组合物和方法 - Google Patents
用于调节剪接和蛋白质表达的组合物和方法 Download PDFInfo
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Abstract
另路剪接事件可导致非生产性mRNA转录物,其进而可导致异常的蛋白质表达,而可靶向基因中的另路剪接事件的治疗药剂可调节患病患者中功能性蛋白质的表达水平,并且/或者抑制异常蛋白质表达。本文描述了可用于治疗由这些另路剪接事件所致的病况的治疗药剂和方法。
Description
交叉引用
本申请要求2019年8月19日提交的第62/888,887号美国临时申请、2020年7月08日提交的第63/049,262号美国临时申请的权益,所述临时申请中的每一个均通过引用而整体并入本文中。
援引序列表
本申请包含已以ASCII格式电子提交的序列表,所述序列表在此通过引用整体并入。所述ASCII副本创建于2020年8月19日,名为47991-727_60l_SL.txt,大小为17,694,293字节。
背景技术
基因中的另路剪接(alternative splicing)事件可导致非生产性或较低生产性mRNA转录物,而可靶向基因中的另路剪接事件的治疗药剂可调节患者中功能性蛋白质的表达水平,并且/或者抑制异常蛋白质表达。此类治疗药剂可用于治疗由蛋白质缺乏所致的病症或疾病。
发明内容
在一些方面中,本文提供了一种组合物,所述组合物包含无义介导的RNA衰变另路外显子((non-sense mediated RNA decay alternative exon)NSAE)调节药剂,其与加工前的mRNA转录物内的靶基序相互作用以调节NSAE从经加工的mRNA转录物中排除并且调节典型外显子包含在经加工的mRNA转录物中,其中靶基序定位(i)在介于两个典型外显子之间的内含子区中,(ii)在两个典型外显子之一中,或者(iii)在涵盖内含子和典型外显子二者的区域中;并且其中所述NSAE包含(i)仅典型外显子的一部分,或者(ii)典型外显子以及与典型外显子邻近的内含子的至少一部分;其中所述NSAE调节药剂调节NSAE从经加工的mRNA转录物中排除并且调节典型外显子包含在经加工的mRNA转录物中。
在一些方面中,本文提供了一种组合物,所述组合物包含无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂,其调节靶蛋白质在包含加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞中的表达,所述加工前的mRNA转录物(前mRNA)编码所述靶蛋白质并且包含:包含另路5’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路5’剪接位点在典型外显子的5’剪接位点下游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的5’剪接位点上游并且在内含子内,其中所述NSAE-调节药剂通过调节前mRNA在所述5’另路剪接位点处的剪接而调节从加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的剪接调节所述靶蛋白质在细胞中的表达。
在一些方面中,本文提供了一种组合物,所述组合物包含无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂,其调节靶蛋白质在包含加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞中的表达,所述加工前的mRNA转录物(前mRNA)编码所述靶蛋白质并且包含:包含另路3’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路3’剪接位点在典型外显子的3’剪接位点上游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的3’剪接位点下游并且在内含子内,其中所述NSAE-调节药剂通过调节所述前mRNA在3’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的剪接调节所述靶蛋白质在细胞中的表达。
在一些方面中,本文提供了一种组合物,所述组合物包含无义介导的RNA衰变另路5’或3’剪接位点(NSASS)调节药剂,其与加工前的mRNA转录物内的靶基序相互作用以调节在加工前的mRNA转录物另路5’或3’剪接位点处的剪接并且调节典型外显子包含在从所述加工前的mRNA转录物加工的经加工的mRNA转录物中,其中所述靶基序定位在:介于两个典型外显子之间的内含子区中,在两个典型外显子之一中,或者在涵盖内含子和典型外显子二者的区域中;其中调节在所述加工前的mRNA转录物的另路5’或3’剪接位点处的剪接调节另路外显子从所述经加工的mRNA转录物中排除,其中所述另路外显子包含仅典型外显子的一部分,或者典型外显子以及与所述典型外显子邻近的内含子的至少一部分;并且其中所述NSASS调节药剂调节所述另路外显子从所述经加工的mRNA转录物中排除并且调节典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中。
在一些方面中,本文提供一种组合物,所述组合物包含无义介导的RNA衰变另路5’或3’剪接位点(NSASS)-调节药剂,其调节靶蛋白质在包含编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞中的表达,其中所述前mRNA包含:包含另路5’剪接位点的另路外显子,所述另路5’剪接位点在典型外显子的5’剪接位点下游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述5’剪接位点上游并且在内含子内;其中所述NSASS调节药剂通过调节所述前mRNA在5’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的剪接调节所述靶蛋白质在细胞中的表达。
在一些方面中,本文提供了一种组合物,所述组合物包含无义介导的RNA衰变另路外显子(NSASS)调节药剂,其调节靶蛋白质在包含编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞中的表达,其中所述前mRNA包含另路外显子,所述另路外显子包含另路3’剪接位点,所述另路3’剪接位点在典型外显子的3’剪接位点上游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述3’剪接位点下游并且在内含子内,其中所述NSASS调节药剂通过调节所述前mRNA在3’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的剪接调节所述靶蛋白质在细胞中的表达。
在一些实施方案中,所述药剂是小分子。在一些实施方案中,所述药剂是多肽。在一些实施方案中,多肽是核酸结合蛋白质。在一些实施方案中,核酸结合蛋白质包含TAL-效应物或锌指结合结构域。在一些实施方案中,核酸结合蛋白质是Cas家族蛋白质。在一些实施方案中,多肽与一种或多种核酸分子相伴或复合。在一些实施方案中,所述药剂是与所述前mRNA的靶向区互补的反义寡聚体(ASO)。在一些实施方案中,所述药剂与编码靶蛋白质的前mRNA的靶向区至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互补。在一些实施方案中,所述药剂是反义寡聚体,并且其中所述药剂包含骨架修饰,所述骨架修饰包含硫代磷酸酯键或二氨基磷酸酯(phosphorodiamidate)键。在一些实施方案中,所述药剂是反义寡聚体,并且其中所述药剂包含二氨基磷酸酯吗啉代。在一些实施方案中,所述药剂是反义寡聚体,并且其中所述药剂包含锁核酸。在一些实施方案中,所述药剂是反义寡聚体,并且其中所述药剂包含肽核酸。在一些实施方案中,所述药剂是反义寡聚体,并且其中所述药剂包含2'-O-甲基。在一些实施方案中,所述药剂是反义寡聚体,并且其中所述药剂包含2'-氟或2'-O-甲氧基乙基部分。在一些实施方案中,所述药剂是反义寡聚体,并且其中所述药剂包含至少一个修饰的糖部分。在一些实施方案中,每个糖部分都是修饰的糖部分。在一些实施方案中,所述药剂是反义寡聚体,并且其中所述药剂由8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基或12至15个核碱基组成。在一些方面中,本文描述了编码NSAE-调节药剂的核酸分子的组合物。在一些实施方案中,所述核酸分子被掺入病毒递送系统中。在一些实施方案中,所述病毒递送系统是腺病毒相关载体。
在一些方面中,本文提供了一种调节蛋白质表达的方法,所述方法包括:(a)使无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与加工前的mRNA转录物内的靶基序接触,其中所述NSAE包含(i)仅典型外显子的一部分,或者(ii)典型外显子以及与所述典型外显子邻近的内含子的至少一部分;(b)从所述加工前的mRNA转录物加工mRNA转录物,从而形成经加工的mRNA转录物,其中所述NSAE-调节药剂调节NSAE从所述经加工的mRNA转录物中排除并且调节所述典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中;和(c)翻译所述经加工的mRNA转录物,其中相对于包含所述NSAE而不包含所述典型外显子的等效mRNA转录物的蛋白质表达,对所述NSAE的排除和对所述典型外显子的包含调节蛋白质表达。在一些实施方案中,靶基序定位在介于两个典型外显子之间的内含子区中。在一些实施方案中,靶基序定位在两个典型外显子之一中。在一些实施方案中,靶基序定位在涵盖内含子和典型外显子二者的区域中。
在一些方面中,本文提供了一种调节具有编码靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞对所述靶蛋白质的表达的方法,所述前mRNA包含:包含另路3’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路3’剪接位点在典型外显子的3’剪接位点上游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的3’剪接位点下游并且在内含子内,所述方法包括使无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与所述细胞接触,其中所述无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂通过调节所述前mRNA在3’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的剪接调节所述靶蛋白质的表达。
在一些方面中,本文提供了一种调节具有编码靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞对所述靶蛋白质的表达的方法,所述前mRNA包含:包含另路5’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路5’剪接位点在典型外显子的5’剪接位点下游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述5’剪接位点上游并且在内含子内,所述方法包括使无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与所述细胞接触,其中所述无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂通过调节所述前mRNA在5’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的剪接调节所述靶蛋白质的表达。
在一些实施方案中,无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与加工前的mRNA转录物的靶向部分结合。在一些实施方案中,其中无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与参与所述NSAE或NMD外显子的剪接的因子结合。在一些实施方案中,其中无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂抑制参与所述NMD外显子的剪接的因子的活性。在一些实施方案中,其中无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂干扰参与所述NMD外显子的剪接的因子与加工前的mRNA转录物的靶向部分的区域的结合。在一些实施方案中,调节所述前mRNA的剪接使靶蛋白质的表达增加。在一些实施方案中,与在对照细胞中编码靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,在所述细胞中所述靶蛋白质的水平增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。在一些实施方案中,调节所述前mRNA的剪接使编码靶蛋白质的经加工的mRNA的产量增加。在一些实施方案中,与在对照细胞中编码靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,在与治疗药剂接触的细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。在一些实施方案中,靶蛋白质是所述蛋白质的典型同种型。在一些实施方案中,靶蛋白质是SynGAP1。在一些实施方案中,靶蛋白质是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂是本文所述的组合物。
在一些方面中,本文提供了一种药物组合物,所述药物组合物包含:包含本文所述的组合物的治疗药剂;和药学上可接受的赋形剂和/或递送介质。
在一些方面中,本文提供了一种治疗或预防有需要的对象的疾病或病况的方法,所述方法包括:向所述对象施用本文所述的药物组合物。
在一些方面中,本文提供了一种治疗或预防有需要的对象的疾病或病况的方法,所述方法包括:向所述对象施用药物组合物,所述药物组合物包含:(a)无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂,其与加工前的mRNA转录物内的靶基序相互作用以调节NSAE从经加工的mRNA转录物中排除并且调节典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中,其中所述NSAE包含(i)仅典型外显子的一部分,或者(ii)典型外显子以及与所述典型外显子邻近的内含子的至少一部分;和(b)药学上可接受的赋形剂和/或递送介质,其中在所述对象中所述疾病或病况通过施用所述NSAE-调节药剂通过调节从所述经加工的mRNA转录物翻译的靶蛋白质的表达而进行治疗或预防。
在一些方面中,本文提供了一种通过调节靶蛋白质在有需要的对象的细胞中的表达而治疗所述对象的疾病或病况的方法,其中所述对象的所述细胞具有编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA),所述加工前的mRNA转录物(前mRNA)包含:(a)外显子,后随在所述外显子的3’剪接位点侧翼的内含子;和(b)包含另路3’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路3’剪接位点在所述外显子的3’剪接位点上游并且在所述外显子内,或者在所述外显子的3’剪接位点下游并且在所述内含子内,所述方法包括使治疗药剂与所述细胞接触,其中所述治疗药剂通过调节所述前mRNA在3’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的剪接调节所述靶蛋白质在所述对象的所述细胞中的表达。
在一些方面中,本文提供了一种通过调节靶蛋白质在有需要的对象的细胞中的表达而治疗所述对象的疾病或病况的方法,其中所述对象的所述细胞具有编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA),所述mRNA转录物(前mRNA)包含:(a)外显子,前有在所述外显子的5’剪接位点侧翼的内含子;和(b)包含另路5’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路5’剪接位点在所述外显子的5’剪接位点下游并且在所述外显子内,或者在所述外显子的5’剪接位点上游并且在所述内含子内,所述方法包括使治疗药剂与所述细胞接触,其中所述治疗药剂通过调节所述前mRNA在5’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的剪接调节所述靶蛋白质在所述对象的所述细胞中的表达。
在一些实施方案中,所述疾病是常染色体显性精神发育迟滞、癫痫性脑病或孤独症。在一些实施方案中,所述疾病或病况是因所述靶蛋白质的量或活性不足所致。在一些实施方案中,所述治疗药剂使所述细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平增加。在一些实施方案中,所述治疗药剂使所述靶蛋白质在所述细胞中的表达增加。在一些实施方案中,与在对照细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,在与所述治疗药剂接触的细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。在一些实施方案中,与在对照细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,所述细胞中所述靶蛋白质的水平增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。在一些实施方案中,所述方法还包括评估mRNA水平或所述靶蛋白质的表达水平。在一些实施方案中,所述方法还包括评估所述对象的基因组的与所述疾病相关的至少一个基因突变。
在一些实施方案中,所述疾病或病况是因所述靶蛋白质的量或活性过度所致。在一些实施方案中,所述治疗药剂使细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平降低。在一些实施方案中,所述治疗药剂使所述靶蛋白质在细胞中的表达降低。在一些实施方案中,与在对照细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,在与所述治疗药剂接触的细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平减少到约1/1.1至约1/10、约1/1.5至约1/10、约1/2至约1/10、约1/3至约1/10、约1/4至约1/10、约1/1.1至约1/5、约1/1.1至约1/6、约1/1.1至约1/7、约1/1.1至约1/8、约1/1.1至约1/9、约1/2至约1/5、约1/2至约1/6、约1/2至约1/7、约1/2至约1/8、约1/2至约1/9、约1/3至约1/6、约1/3至约1/7、约1/3至约1/8、约1/3至约1/9、约1/4至约1/7、约1/4至约1/8、约1/4至约1/9、至少约1/1.1、至少约1/1.5、至少约1/2、至少约1/2.5、至少约1/3、至少约1/3.5、至少约1/4、至少约1/5或至少约1/10。在一些实施方案中,与在对照细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,所述细胞中所述靶蛋白质的水平减少到约1/1.1至约1/10、约1/1.5至约1/10、约1/2至约1/10、约1/3至约1/10、约1/4至约1/10、约1/1.1至约1/5、约1/1.1至约1/6、约1/1.1至约1/7、约1/1.1至约1/8、约1/1.1至约1/9、约1/2至约1/5、约1/2至约1/6、约1/2至约1/7、约1/2至约1/8、约1/2至约1/9、约1/3至约1/6、约1/3至约1/7、约1/3至约1/8、约1/3至约1/9、约1/4至约1/7、约1/4至约1/8、约1/4至约1/9、至少约1/1.1、至少约1/1.5、至少约1/2、至少约1/2.5、至少约1/3、至少约1/3.5、至少约1/4、至少约1/5或至少约1/10。
在一些实施方案中,至少一个基因突变在与所述疾病相关的基因座内。在一些实施方案中,至少一个基因突变在与所述疾病相关的基因的表达相关的基因座内。在一些实施方案中,至少一个基因突变在SYNGAP1基因座内。在一些实施方案中,至少一个基因突变在与SYNGAP1基因表达相关的基因座内。在一些实施方案中,其中至少一个基因突变在靶基因座内,其中所述靶基因座是选自以下中的任一个:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14基因座。在一些实施方案中,至少一个基因突变在与靶基因表达相关的基因座内,其中所述靶基因是选自以下中的任一个:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14基因。在一些实施方案中,所述对象是人。在一些实施方案中,所述对象是非人类动物。在一些实施方案中,所述对象是胎儿、胚胎或儿童。在一些实施方案中,一个或多个所述细胞是离体的,或在离体的组织或器官中。在一些实施方案中,所述治疗药剂通过脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、鞘内注射、皮下注射、经口施用、滑膜注射、玻璃体内施用、视网膜下注射、局部敷用、植入或静脉内注射而向所述对象施用。
在一些方面中,本文提供了一种用于本文所述的方法中的治疗药剂。
在一些方面中,本文提供了一种药物组合物,其包含本文所述的治疗药剂和药学上可接受的赋形剂。
在一些方面中,本文提供了一种治疗有需要的对象的方法,包括通过脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、鞘内注射、皮下注射、经口施用、滑膜注射、玻璃体内施用、视网膜下注射、局部敷用、植入或静脉内注射而向所述对象施用本文所述的药物组合物。
附图说明
图1A描绘了示例性示意图,其描绘了野生型细胞,所述野生型细胞表达被另路剪接以生成生产性mRNA和非生产性mRNA的前mRNA。虽然非生产性mRNA被NMD降解,但是生产性mRNA被翻译成正常蛋白质水平。
图1B描绘了示例性示意图,其描绘用靶向非生产性AS事件(例如外显子包含)的TANGO(靶向增加核基因输出)ASO处理的野生型细胞,这防止对非生产性外显子的包含并且导致生产性mRNA增加。增加的生产性mRNA水平导致超过100%的增加的蛋白质水平。
图1C描绘了示例性示意图,其描绘包含野生型等位基因(橙色)和突变等位基因(红色)的单倍体不足型(haploinsufficient)细胞的示例。两种等位基因都表达被另路剪接而生成生产性mRNA和非生产性mRNA的前mRNA。虽然非生产性mRNA被NMD降解,但是来自野生型等位基因的生产性mRNA产生正常蛋白质水平的50%,从而导致疾病。
图1D描绘了示例性示意图,其描绘用靶向非生产性AS事件(例如外显子包含)的TANGO ASO处理的单倍体不足型细胞的示例,这防止对非生产性外显子的包含并且导致来自两种等位基因的生产性mRNA增加。虽然突变体mRNA不会生产功能性蛋白质,但是增加的野生型生产性mRNA水平使蛋白质水平恢复正常。
图1E描绘了示例性示意图,其描绘外显子(外显子B)的另路5’ss(其与在所述外显子前面的内含子(内含子A)的另路3’ss对应。在此示例中,另路外显子比对应的典型外显子更长,并且另路内含子比对应的典型内含子更短。
图1F描绘了示例性示意图,其描绘外显子(外显子B)的另路5’ss(其与在所述外显子前面的内含子(内含子A)的另路3’ss对应。在此示例中,另路外显子比对应的典型外显子更短,并且另路内含子比对应的典型内含子更长。
图1G描绘了示例性示意图,其描绘外显子(外显子B)的另路3’ss(其与在所述外显子后面的内含子(内含子B)的另路5’ss对应。在此示例中,另路外显子比对应的典型外显子更长,并且另路内含子比对应的典型内含子更短。
图1H描绘了示例性示意图,其描绘外显子(外显子B)的另路3’ss(其与在所述外显子后面的内含子(内含子B)的另路5’ss对应。在此示例中,另路外显子比对应的典型外显子更短,并且另路内含子比对应的典型内含子更长。
图2描绘了非生产性另路剪接事件的示例,其被预测以导致早熟终止密码子并且进行经加工的mRNA转录物的无义介导的降解。左小图描绘了另路剪接事件的类型(盒式外显子、另路剪接位点和另路内含子),其被预测以导致早熟终止密码子(PTC)的引入和转录物降解。水平条形图总结了包含每种非生产性另路剪接事件类型的编码蛋白质的基因数。非疾病相关性基因由上条形图描绘并且疾病相关性基因由下条形图描绘(基于Orphanet疾病数据库)。外显子由矩形表示,内含子由线条表示。深灰色矩形或线条表示非生产性另路剪接区。
图3描绘了内含子的SYNGAP1 NMD-诱导性另路3’剪接位点(其与在另路内含子下游的外显子的另路5’ss对应)的示例性示意图。NMD-诱导性另路3’ss事件:SYNGAP1基因中的区域的UCSC基因组浏览器快照(外显子是矩形,内含子是带箭头的线条),其包含由阴影区和顶部黑条描绘的NMD-诱导性另路3’剪接位点事件(chr633440553 33440728)。显示了用环己酰亚胺(CHX)或DMSO对照处理的各种年龄个体的人额中回样品以及增殖或分化的RenCellVM细胞的RNA测序轨迹。
图4描绘了示例性ASO步移设计。有阴影的核苷酸与SYNGAP1的延伸外显子11的部分对应,所述部分从选择内含子的所示另路3’ss(其与在另路内含子下游的外显子的另路5’ss对应)得到。图按照出现顺序分别公开了SEQ ID NO 10226-10228。
图5A-图5C描绘了显示示例性ASO步移Taqman qPCR结果的图,例如,通过TaqmanqPCR进行ASO筛选。
图5A描绘了利用经来自图4所描绘的区域1的80nM ASO转染24h的HEK293细胞的RNA的示例性Taqman qPCR结果。示例性Taqman探针跨越外显子10和11接头并且测量生产性mRNA。
图5B描绘了利用经来自图4所描绘的区域2的80nM ASO转染24h的HEK293细胞的RNA的示例性Taqman qPCR结果。示例性Taqman探针跨越外显子10和11接头并且测量生产性mRNA。
图5C描绘了利用经来自图4所描绘的区域3的80nM ASO转染24h的HEK293细胞的RNA的示例性Taqman qPCR结果。示例性Taqman探针跨越外显子10和11接头并且测量生产性mRNA。
图6描绘了反义寡聚体用于调节非生产性另路剪接事件并且在体外以剂量依赖性方式使mRNA和蛋白质水平增加。靶向另路3’剪接位点事件的所选SYNGAP1 ASO以增加的浓度被转染在HEK293细胞(人胚胎肾细胞)中持续24h,并且进行RT-PCR(反转录聚合酶链反应)和TaqMan qPCR(定量聚合酶链反应)。左侧条形图显示了非生产性mRNA的剂量依赖性下降,并且右侧条形图显示了生产性mRNA的剂量依赖性增加。右侧显示了以增加的浓度经相应选择的ASO处理48h的HEK293细胞的SynGAP的蛋白质印迹和蛋白质定量。用丽春红染色证实了相等的蛋白质负荷。Fc=相对于对照的倍数变化。
图7描绘了在用50μg/mL环己酰亚胺(CHX)或等体积的DMSO(二甲亚砜)处理3小时的细胞中对于SYNGAP1的示例性RT-PCR和RT-PCR验证的密度计量化。
图8描绘了反义寡聚体调节非生产性另路剪接事件的剂量依赖性效果。描绘了用增加浓度的靶向SYNGAP1中的另路3’ss的所选反义寡聚体转染的细胞的代表性RT-PCRPAGE(聚丙烯酰胺凝胶电泳)。
图9描绘了在HEK293细胞中针对SYNGAP1经100nM siRNA处理48小时后SynGAP的示例性蛋白质印迹。
图10A-图10D描绘了示例性示意性图示、图片和图,显示了内含子(内含子10)的另路3’剪接位点事件(其与在另路内含子下游的外显子(外显子11)的另路5’ss对应)的验证。*小鼠事件具有与人事件不同的尺寸。
图10A描绘了SYNGAP1中内含子(内含子10)的另路3’剪接位点(另路3’ss)事件(其与在另路内含子下游的外显子(外显子11)的另路5’ss对应)的示例性示意图。
图10B描绘了利用来自经DMSO(-)或环己酰亚胺(CHX)(+)处理的RenCellsVM(神经祖细胞)或Neuro 2A(小鼠神经母细胞瘤细胞)的RNA对于SYNGAP1的RT-PCR的示例性结果。引物定位在外显子10和11中。
图10C描绘了利用来自小鼠全脑的RNA对于SYNGAP1的RT-PCR的示例性结果。引物定位在外显子10和11中。
图10D描绘了利用来自各种非人类灵长目动物脑区的RNA的RT-PCR SYNGAP1产物的示例性量化,绘制为另路内含子3’ss同种型的百分比(另路下游外显子5’ss同种型)(另路内含子3’ss同种型/(另路内含子3’ss同种型+生产性mRNA)*100,即,另路下游外显子5’ss同种型/(另路下游外显子5’ss同种型+生产性mRNA)。
图11A-图11C描绘了图表和图片,显示了示例性ASO防止另路3’ss选择并且增加SYNGAP1 mRNA和蛋白质。
图11A和图11B分别描绘了显示SYNGAP1另路3’ss同种型降低的示例性RT-PCR结果,以及显示生产性mRNA增加的示例性Taqman qPCR结果。
图11A显示了利用来自经来自区域2的所选ASO#1转染24h的HEK293细胞的RNA对RT-PCR产物的量化,绘制为另路内含子3’ss同种型的百分比(另路下游外显子5’ss同种型)(另路内含子3’ss同种型/(另路内含子3’ss同种型+生产性mRNA)*100,即,另路下游外显子5’ss同种型/(另路下游外显子5’ss同种型+生产性mRNA)。引物定位在外显子10和11中。N=2。NT=非靶向ASO对照。
图11B显示了利用跨越外显子10-11接头的探针的Taqman qPCR结果,其利用与图11A中相同的样品测量生产性mRNA,绘制为相对于无ASO对照(-)的倍数变化。N=2。NT=非靶向ASO对照。
图11C描绘了示例性蛋白质印迹结果,显示了SynGAP蛋白质增加。图11C显示了利用来自经所选ASO转染48h的HEK293细胞的全细胞溶解物进行的蛋白质印迹分析。与SynGAP对应的条带的量化被归一至丽春红负荷对照,并且在凝胶下显示了相对于对照(-)的倍数变化(fc)。
图12A-图12E描绘了图片和图表,显示了示例性所选的MOE(2-甲氧基乙基))长聚体(lengthmer)和PMO(二氨基磷酸酯吗啉代)防止另路内含子3’ss选择(另路下游外显子5’ss选择)并且使SYNGAP1mRNA和蛋白质增加。
图12A和图12B描绘了示例性RT-PCR结果,显示了SYNGAP1另路内含子3’ss同种型(另路下游外显子5’ss同种型)降低。
图12A显示了利用来自经区域1的所选MOE#5和衍生MOE长聚体和PMO核转染24h的MEF(小鼠胚胎成纤维细胞)的RNA的RT-PCR结果。引物定位在外显子10和11中。
图12B显示了图12A中所示RT-PCR产物的量化,绘制为另路内含子3’ss同种型的百分比(另路下游外显子5’ss同种型)(另路内含子3’ss同种型/(另路内含子3’ss同种型+生产性mRNA)*100,即,另路下游外显子5’ss同种型/(另路下游外显子5’ss同种型+生产性mRNA)。N=2。-=无ASO对照。
图12C描绘了示例性Taqman qPCR结果,显示了生产性mRNA增加。图12C显示了利用跨越外显子10-11接头的探针的Taqman qPCR结果,其利用与图12A相同的样品测量生产性mRNA,绘制为相对于无ASO对照(-)的倍数变化。N=2。-=无ASO对照。
图12D和图12E描绘了示例性蛋白质印迹结果,显示了SynGAP蛋白质增加。
图12D显示了利用来自经所选ASO#5(MOE)和#29(PMO)I核转染48h的MEF的全细胞溶解物进行的蛋白质印迹分析。
图12E显示了与SynGAP对应的条带的量化被归一至丽春红负荷对照,并且绘制为相对于对照(-)的倍数变化(fc)。N=2。-=无ASO对照。
具体实施方式
本说明书的某些具体细节是为了提供对各种实施方案的全面理解而阐述。然而,本邻域技术人员将理解,本公开内容可以在没有这些细节的情况下实施。在其他情形中,没有详细示出或描述熟知的结构以免多余地使实施方案的描述模糊。除非上下文中另有要求,否则在整个说明书和随后的权利要求中,词语“包含”及其变化形式例如“包含(comprises)”和“包含有(comprising)”应该在开放的包含性意义上进行解释,即,解释为“包括但不限于”。此外,本文提供的标题仅是为了方便而并非解释要求保护的公开内容的范围或含义。
如在本说明书和随附权利要求书中使用的,除非内容另有明确规定,否则单数形式“一个”、“一种”和“所述”包括复数个所指物。还应该注意,除非内容另有明确规定,否则术语“或”通常采用其包括“和/或”的意义。
本文使用的坐标是指基因组参考组装GRCh38的坐标(Genome ResearchConsortium human build 38),也称为Hg38(人类基因组build38)。
除非另有定义,否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本公开内容所属领域的普通技术人员普遍理解的相同的含义。虽然与本文所述的那些相似或等同的方法和材料可以用于实施或测试本公开内容,但是在下文中描述了适合的方法和材料。
如本文中使用的,内含子的另路3’剪接位点等同于所述内含子紧接下游的外显子的另路5’剪接位点。
如本文中使用的,内含子的另路5’剪接位点等同于所述内含子紧接上游的外显子的另路3’剪接位点。
常染色体显性精神发育迟滞和SYNGAP1基因
常染色体显性精神发育迟滞是常染色体显性神经发育障碍,其特征在于显著受损的智力功能性和适应性行为,其一个病因是SYNGAP1基因表达的单倍体不足。SYNGAP1编码SYNGAP1蛋白质,所述蛋白质是参与认知发育和适当的突触功能等神经元的ras GTPase-激活性蛋白质。已知道SYNGAP1涉及突触可塑性、轴突形成和AMPA受体运输。通常SYNGAP1活性对于发育和存活而言是必需的。SYNGAP1缺陷可能是因散发性突变或另路剪接事件所致。缺乏SYNGAP1活性可能导致精神发育迟滞或智力残疾、癫痫性脑病或孤独症。
本公开内容提供了用于调节SYNGAP1的另路剪接的组合物和方法,以调节编码功能性蛋白质的成熟mRNA的产量,并因此调节翻译的功能性SYNGAP1蛋白质。这些组合物和方法包含反义寡聚体(ASO),其可以促进SYNGAP1前mRNA的典型剪接。在各种实施方案中,功能性SYNGAP1蛋白质可以通过利用本公开内容的方法而增加以治疗因SYNGAP1蛋白质不足所致的病症。在一些实施方案中,所述病症是常染色体显性精神发育迟滞。在其他实施方案中,所述病症是癫痫性脑病或孤独症。
在一些实施方案中,本发明的方法用于增加功能性SYNGAP1蛋白质产量以治疗有需要的对象的病症。在一些实施方案中,所述对象患有的病症中,相对于野生型,SYNGAP1不一定不足,尽管如此,但是SYNGAP1的增加仍然缓解所述病症。在一些实施方案中,所述病症是因散发性突变所致。在一些实施方案中,本发明的方法用于降低功能性SYNGAP1蛋白质产量以治疗有需要的对象的病症。在一些实施方案中,本发明的方法用于调节功能性SYNGAP1蛋白质产量以治疗有需要的对象的病症。
靶基因
本公开内容提供了用于调节靶标的另路剪接的组合物和方法以调节编码功能性蛋白质的成熟mRNA的产量,并因此调节翻译的功能性靶蛋白质,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。这些组合物和方法包括反义寡聚体(ASO),所述反义寡聚体(ASO)可以促进靶前mRNA的典型剪接,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在各种实施方案中,功能性靶蛋白质可以通过使用本公开内容的方法而增加以治疗由靶蛋白质缺乏所致的病症,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,所述病症是常染色体显性精神发育迟滞。在其他实施方案中,所述病症是癫痫性脑病或孤独症。
在一些实施方案中,本发明的方法用于增加功能性靶蛋白质产量以治疗有需要的对象的病症,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,所述对象患有的病症中,相对于野生型,靶蛋白质不一定不足,尽管如此,但是靶蛋白质的增加仍然缓解所述病症,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,所述病症是因散发性突变所致。在一些实施方案中,本发明的方法用于降低功能性靶蛋白质产量以治疗有需要的对象的病症,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,本发明的方法用于调节功能性靶蛋白质产量以治疗有需要的对象的病症,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
剪接
间插序列或内含子被称为剪接体的大型且高度动态的RNA蛋白质复合物去除,所述复合物协调初级转录物、小核RNA(snRNA)和大量蛋白质之间的复杂相互作用。剪接体以有序的方式在每个内含子上专门装配,开始于U1 snRNA对5'剪接位点(5’ss)的识别,或对3'剪接位点(3'ss)的识别,这涉及U2辅助因子(U2AF)与3'ss区域的结合,以促进U2 snRNA与分支点序列(BPS)的结合。U2AF是一种稳定的异二聚体,由结合聚嘧啶束(PPT)的U2AF2编码的65kD亚单位(U2AF65)和与3’ss处高度保守的AG二核苷酸相互作用并稳定U2AF65结合的U2AF1编码的35kD亚单位(U2AF35)组成。除了BPS/PPT单元和3'ss/5'ss之外,准确的剪接还需要激活或阻抑剪接位点识别的辅助序列或结构,这被称为内含子或外显子剪接增强子或沉默子。这些元件使得真正的剪接位点可以在高等真核生物基因组中的大量过剩的隐蔽位点或伪位点中得到识别,这些隐蔽位点或伪位点具有相同的序列,但是数目比真正的位点多一个数量级。尽管它们通常具有调节功能,但对其激活或阻抑的确切机制知之甚少。
关于剪接是否发生的确定可以通常被建模为随机性而非确定性过程,以至即使最确定性剪接信号也可能有时不正确地剪接。然而,在正常条件下,前mRNA剪接以惊人地高准确性进行。这可能部分地归因于邻近顺式作用的辅助性外显子和内含子剪接调节元件(ESR或ISR)的活性。通常这些功能性元件分别基于它们刺激或抑制剪接的能力而被分类为外显子或内含子剪接增强子(ESE或ISE)或沉默子(ESS或ISS)。虽然现在有证据表明一些辅助性顺式作用元件可能通过影响剪接体组装的动力学(例如U1 snRNP和5’ss之间复合体的排列)而发挥作用,但是似乎很可能多个元件以与反式作用RNA结合蛋白质(RBP)协同的方式发挥功能。例如,RBP的丝氨酸和精氨酸富集家族(SR蛋白质)是在确定外显子中发挥关键作用的蛋白质的保守家族。SR蛋白质通过将前剪接体的组分招募至邻近剪接位点或通过在附近拮抗ESS的效果而促进外显子识别。ESS和ISS的阻遏效果可以由异质性胞核核糖核蛋白质(hnRNP)家族的成员介导并且可以改变核心剪接因子向邻近剪接位点的募集。沉默子元件除了它们在剪接调节中的作用之外还已经表明在阻遏伪外显子中发挥作用,伪外显子是具有外显子的典型间隔但没有功能性开放阅读框的诱骗性内含子剪接位点的集合。ISE、ISS、ESE和ESS与它们的相关反式作用RBP配合代表剪接控件集合的重要组分,其规定mRNA如何、在何处和在何时从它们的前体组装。
标记外显子-内含子边界的序列是不同强度的简并信号,这些信号可以在人类基因内高频率地发生。在多外显子基因中,不同的剪接位点对可以以许多不同的组合连接在一起,从而从单个基因创建出一系列多样的转录物。这通常被称为另路前mRNA剪接。尽管通过另路剪接产生的大多数mRNA同种型可以从细胞核输出并翻译为功能性多肽,但是来自单个基因的不同mRNA同种型在其翻译效率上可能有很大差异。在外显子连接复合物上游至少50bp处具有提前终止密码子(PTC)的那些mRNA同种型可能被无义介导的mRNA衰变(NMD)途径靶向以供降解。这些mRNA同种型中存在无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE),其是导致NMD的另路剪接的外显子。传统(BPS/PPT/3’ss/5’ss)和辅助剪接基序中的突变可导致异常剪接,如外显子跨越或隐蔽(或伪)外显子包含或剪接位点激活,并显著地助长了人类发病率和死亡率。异常剪接模式和另路剪接模式均可受到外显子和内含子中的天然DNA变体的影响。
靶转录物
在一些实施方案中,本公开内容的方法利用从基因转录的包含无义介导的RNA衰变另路外显子的前mRNA(NSAE前mRNA)的存在。在一些实施方案中,本公开内容的方法利用从SYNGAP1基因转录的包含无义介导的RNA衰变另路外显子的前mRNA(NSAE前mRNA)的存在。鉴定的SYNGAP1 NSAE前mRNA转录物的典型剪接(用于产生功能性成熟SYNGAP1 mRNA)可以利用治疗药剂例如ASO来诱导,所述治疗药剂促进SYNGAP1 NSAE前mRNA在典型剪接位点处的组成性剪接。在一些实施方案中,所得的功能性成熟SYNGAP1 mRNA可以被正常翻译,从而在患者的细胞中增加功能性SYNGAP1蛋白质的量并且预防SYNGAP1相关疾病的症状。在一些实施方案中,鉴定的SYNGAP1 NSAE前mRNA转录物的典型剪接(用于产生功能性成熟SYNGAP1mRNA)可以利用治疗药剂例如ASO来减少,所述治疗药剂抑制SYNGAP1 NSAE前mRNA在典型剪接位点处的组成性剪接。在一些实施方案中,所得的功能性成熟SYNGAP1 mRNA可被异常翻译,从而在患者的细胞中降低功能性SYNGAP1蛋白质的量并且预防SYNGAP1相关疾病的症状。
在一些实施方案中,本公开内容的方法利用从靶基因转录的包含无义介导的RNA衰变另路外显子的前mRNA(NSAE前mRNA)的存在,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。鉴定的靶NSAE前mRNA转录物的典型剪接(用于产生功能性成熟靶mRNA)可以利用治疗药剂例如ASO来诱导,所述治疗药剂促进靶NSAE前mRNA在典型剪接位点处的组成性剪接。在一些实施方案中,所得的功能性成熟靶mRNA可以被正常翻译,从而在患者的细胞中增加功能性靶蛋白质的量并且预防靶相关疾病的症状。在一些实施方案中,鉴定的靶NSAE前mRNA转录物的典型剪接(用于产生功能性成熟靶mRNA)可以利用治疗药剂例如ASO来减少,所述治疗药剂抑制靶NSAE前mRNA在典型剪接位点处的组成性剪接。在一些实施方案中,所得的功能性成熟靶mRNA可被异常翻译,从而在患者的细胞中降低功能性靶蛋白质的量并且预防靶相关疾病的症状。
在各种实施方案中,本公开内容提供了一种治疗药剂,所述治疗药剂可以靶向SYNGAP1前mRNA以调节剪接或蛋白质表达水平。所述治疗药剂可以是小分子、核酸寡聚体或多肽。在一些实施方案中,所述治疗药剂是ASO。SYNGAP1前mRNA上的各种区域或序列可以被治疗药剂例如ASO靶向。在一些实施方案中,ASO靶向从SYNGAP1基因转录的SYNGAP1 NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向从包含无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)的SYNGAP1基因转录的SYNGAP1 NSAE前mRNA。在一些实施方案中,NSAE包含SYNGAP1前mRNA转录物的典型外显子11的一部分或整个典型外显子11。在一些实施方案中,NSAE包含仅SYNGAP1前mRNA转录物的典型外显子11的一部分,或者SYNGAP1前mRNA转录物的典型外显子11以及在SYNGAP1前mRNA转录物的外显子11上游的内含子的至少一部分。在一些实施方案中,NSAE由于异常剪接而被包含在SYNGAP1前mRNA转录物中。在一些实施方案中,异常剪接是因SYNGAP1基因中的突变所致。在一些实施方案中,突变是在外显子11剪接供体的位置-1处的G→A突变(E8SJM,外显子11剪接接头突变,c.894G>A)。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE内的序列。在一些实施方案中,NSAE包含SYNGAP1前mRNA转录物的典型外显子11的一部分或整个典型外显子11。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的外显子10或11内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向外显子序列,所述外显子序列在SYNGAP1前mRNA转录物的外显子11的5’剪接位点上游(或5’)。在一些实施方案中,ASO靶向外显子序列,所述外显子序列在SYNGAP1前mRNA转录物的外显子11的3’剪接位点下游(或3’)。在一些实施方案中,ASO靶向在SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点侧翼的内含子内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的内含子10或11内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向内含子序列,所述内含子序列在SYNGAP1前mRNA转录物的内含子10或11的3’剪接位点上游(或5’)。在一些实施方案中,ASO靶向内含子序列,所述内含子序列在SYNGAP1前mRNA转录物的内含子10或11的5’剪接位点下游(或3’)。在一些实施方案中,ASO靶向在SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点侧翼的内含子内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的内含子10内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的内含子11内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向内含子序列,所述内含子序列在SYNGAP1前mRNA转录物的内含子10或11的3’剪接位点上游(或5’)。在一些实施方案中,ASO靶向内含子序列,所述内含子序列在SYNGAP1前mRNA转录物的内含子10或11的5’剪接位点下游(或3’)。在一些实施方案中,ASO靶向包含SYNGAP1前mRNA转录物的外显子-内含子边界的序列。在一些实施方案中,外显子是NSAE。外显子-内含子边界可以是指外显子序列和内含子序列的接头。在一些实施方案中,内含子序列可以在NSAE的5’端或外显子的3’端侧翼。在一些实施方案中,ASO靶向包含SYNGAP1前mRNA转录物的外显子10-内含子11边界的序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含SYNGAP1 NSAE前mRNA转录物的内含子10-外显子11边界的序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含内含子的一部分和外显子的一部分二者的序列。
在各种实施方案中,本公开内容提供了一种治疗药剂,所述治疗药剂可以靶向靶前mRNA以调节剪接或蛋白质表达水平,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。所述治疗药剂可以是小分子、核酸寡聚体或多肽。在一些实施方案中,所述治疗药剂是ASO。靶前mRNA上的各种区域或序列可以被治疗药剂例如ASO靶向。在一些实施方案中,ASO靶向从靶基因转录的靶NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向从包含无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)的靶基因转录的靶NSAE前mRNA。在一些实施方案中,NSAE包含靶前mRNA转录物的典型外显子的一部分或整个典型外显子。在一些实施方案中,NSAE包含仅靶前mRNA转录物的典型外显子的一部分,或者靶前mRNA转录物的典型外显子以及在靶前mRNA转录物的外显子上游的内含子的至少一部分。在一些实施方案中,NSAE由于异常剪接而被包含在靶前mRNA转录物中。在一些实施方案中,异常剪接是因靶基因中的突变所致。在一些实施方案中,ASO靶向靶前mRNA转录物的NSAE内的序列。在一些实施方案中,NSAE包含靶前mRNA转录物的典型外显子的一部分或整个典型外显子。在一些实施方案中,ASO靶向靶前mRNA转录物的外显子内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向外显子序列,所述外显子序列在靶前mRNA转录物的外显子的5’剪接位点上游(或5’)。在一些实施方案中,ASO靶向外显子序列,所述外显子序列在靶前mRNA转录物的外显子的3’剪接位点下游(或3’)。在一些实施方案中,ASO靶向在靶前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点侧翼的内含子内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向靶前mRNA转录物的内含子内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向内含子序列,所述内含子序列在靶前mRNA转录物的内含子的3’剪接位点上游(或5’)。在一些实施方案中,ASO靶向内含子序列,所述内含子序列在靶前mRNA转录物的内含子的5’剪接位点下游(或3’)。在一些实施方案中,ASO靶向在靶前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点侧翼的内含子内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向靶前mRNA转录物的内含子内的序列。在一些实施方案中,ASO靶向内含子序列,所述内含子序列在靶前mRNA转录物的内含子的3’剪接位点上游(或5’)。在一些实施方案中,ASO靶向内含子序列,所述内含子序列在靶前mRNA转录物的内含子的5’剪接位点下游(或3’)。在一些实施方案中,ASO靶向包含靶前mRNA转录物的外显子-内含子边界的序列。在一些实施方案中,外显子是NSAE。外显子-内含子边界可以是指外显子序列和内含子序列的接头。在一些实施方案中,内含子序列可以在NSAE的5’端或外显子的3’端侧翼。在一些实施方案中,ASO靶向包含靶前mRNA转录物的外显子-内含子边界的序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含靶NSAE前mRNA转录物的内含子-外显子边界的序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含内含子的一部分和外显子的一部分二者的序列。
在一些实施方案中,ASO靶向自SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点上游(或5’)约4至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点上游(或5’)约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO可以靶向自SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点上游超过300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点下游(或3’)约4至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点下游(或3’)约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO可以靶向SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点下游超过300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点下游(或3’)约4至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点下游约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点下游超过300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点上游(或5’)约4至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE外显子的5’剪接位点上游约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自SYNGAP1前mRNA转录物的NSAE外显子的5’剪接位点上游超过300个核苷酸的序列。
在一些实施方案中,ASO靶向自靶前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点上游(或5’)约4至约300个核苷酸的序列,其中所述靶标是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,ASO靶向自靶前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点上游(或5')约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO可以靶向自靶前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点上游超过300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向靶前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点下游(或3’)约4至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自靶前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点下游(或3’)约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO可以靶向靶前mRNA转录物的NSAE的3’剪接位点下游超过300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向靶前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点下游(或3’)约4至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向靶前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点下游约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向靶前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点下游超过300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自靶前mRNA转录物的NSAE的5’剪接位点上游(或5’)约4至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自靶前mRNA转录物的NSAE外显子的5’剪接位点上游约1至约20个核苷酸、约20至约50个核苷酸、约50至约100个核苷酸、约100至约150个核苷酸、约150至约200个核苷酸、约200至约250个核苷酸或约250至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自靶前mRNA转录物的NSAE外显子的5’剪接位点上游超过300个核苷酸的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从基因组序列转录的NSAE前mRNA,所述基因组序列选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14基因组序列。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述基因组序列选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14基因组序列。在一些实施方案中,ASO靶向来自基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子,其选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14基因组序列。在一些实施方案中,ASO靶向NSAE前mRNA转录物,其包含选自表4的前mRNA转录物中的序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的前mRNA序列,其选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的前mRNA序列,其选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的前mRNA序列,其选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自表4的转录物。
在一些实施方案中,前mRNA转录物包含与前mRNA转录物具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列,所述前mRNA转录物选自本文所述的ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14前mRNA转录物或其互补序列。
在一些实施方案中,选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14前mRNA中的前mRNA的靶向部分包含与包含表4的前mRNA转录物的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14前mRNA中的前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.170-SEQ ID NO.1098中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14前mRNA中的前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SYNGAP1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SYNGAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,NSAE外显子是外显子11。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含外显子11的SYNGAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SYNGAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SYNGAP1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子是内含子10,并且位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子是内含子11。在一些实施方案中,ASO靶向来自SYNGAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SYNGAP1基因组序列包含内含子10、外显子11和内含子11。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000293748.9、premrna_ENST00000418600.7、premrna_ENST00000428982.4、premrna_ENST00000449372.7、premrna_ENST00000470232.1、premrna_ENST00000479510.2、premrna_ENST00000628646.2、premrna_ENST00000629380.3、premrna_ENST00000635885.1、premrna_ENST00000636075.1、premrna_ENST00000636116.1、premrna_ENST00000636146.1、premrna_ENST00000636193.1、premrna_ENST00000636436.1、premrna_ENST00000636443.1、premrna_ENST00000636640.1、premrna_ENST00000636731.1、premrna_ENST00000636905.1、premrna_ENST00000637052.1、premrna_ENST00000637194.1、premrna_ENST00000637490.1、premrna_ENST00000637587.1、premrna_ENST00000637671.1、premrna_ENST00000637721.1、premrna_ENST00000637911.1、premrna_ENST00000638127.1、premrna_ENST00000638142.2、premrna_ENST00000644458.1、premrna_ENST00000645250.1、premrna_ENST00000646630.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含外显子10和外显子11的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SYNGAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含外显子11的SYNGAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA序列,其包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含内含子10的SYNGAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向SYNGAP1前mRNA序列,其包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000293748.9、transcript_ENST00000418600.7、transcript_ENST00000428982.4、transcript_ENST00000449372.7、transcript_ENST00000470232.1、transcript_ENST00000479510.2、transcript_ENST00000628646.2、transcript_ENST00000629380.3、transcript_ENST00000635885.1、transcript_ENST00000636075.1、transcript_ENST00000636116.1、transcript_ENST00000636146.1、transcript_ENST00000636193.1、transcript_ENST00000636436.1、transcript_ENST00000636443.1、transcript_ENST00000636640.1、transcript_ENST00000636731.1、transcript_ENST00000636905.1、transcript_ENST00000637052.1、transcript_ENST00000637194.1、transcript_ENST00000637490.1、transcript_ENST00000637587.1、transcript_ENST00000637671.1、transcript_ENST00000637721.1、transcript_ENST00000637911.1、transcript_ENST00000638127.1、transcript_ENST00000638142.2、transcript_ENST00000644458.1、transcript_ENST00000645250.1和transcript_ENST00000646630.1。
在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000227460.8或ENSG00000197283.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA转录物包含与本文所述的SYNGAP1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000293748.9、premrna_ENST00000418600.7、premrna_ENST00000428982.4、premrna_ENST00000449372.7、premrna_ENST00000470232.1、premrna_ENST00000479510.2、premrna_ENST00000628646.2、premrna_ENST00000629380.3、premrna_ENST00000635885.1、premrna_ENST00000636075.1、premrna_ENST00000636116.1、premrna_ENST00000636146.1、premrna_ENST00000636193.1、premrna_ENST00000636436.1、premrna_ENST00000636443.1、premrna_ENST00000636640.1、premrna_ENST00000636731.1、premrna_ENST00000636905.1、premrna_ENST00000637052.1、premrna_ENST00000637194.1、premrna_ENST00000637490.1、premrna_ENST00000637587.1、premrna_ENST00000637671.1、premrna_ENST00000637721.1、premrna_ENST00000637911.1、premrna_ENST00000638127.1、premrna_ENST00000638142.2、premrna_ENST00000644458.1、premrna_ENST00000645250.1、premrna_ENST00000646630.1的序列或表2的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.166-SEQ ID NO.169中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ASO包含与表1的任一序列或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、97%或100%同一性的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ABCA5基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ABCA5基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ABCA5基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ABCA5基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000392676.8、premrna_ENST00000586601.1、premrna_ENST00000586811.1、premrna_ENST00000586995.5、premrna_ENST00000587607.5、premrna_ENST00000588106.1、premrna_ENST00000588665.5、premrna_ENST00000588877.5、premrna_ENST00000589609.1、premrna_ENST00000589975.5、premrna_ENST00000591234.5、premrna_ENST00000592568.1、premrna_ENST00000593153.5和premrna_ENST00000593253.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ABCA5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ABCA5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ABCA5前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000392676.8、transcript_ENST00000586601.1、transcript_ENST00000586811.1、transcript_ENST00000586995.5、transcript_ENST00000587607.5、transcript_ENST00000588106.1、transcript_ENST00000588665.5、transcript_ENST00000588877.5、transcript_ENST00000589609.1、transcript_ENST00000589975.5、transcript_ENST00000591234.5、transcript_ENST00000592568.1、transcript_ENST00000593153.5和transcript_ENST00000593253.5。
在一些实施方案中,ABCA5前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000154265.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ABCA5前mRNA转录物包含与本文所述的ABCA5前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ABCA5前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000392676.8、premrna_ENST00000586601.1、premrna_ENST00000586811.1、premrna_ENST00000586995.5、premrna_ENST00000587607.5、premrna_ENST00000588106.1、premrna_ENST00000588665.5、premrna_ENST00000588877.5、premrna_ENST00000589609.1、premrna_ENST00000589975.5、premrna_ENST00000591234.5、premrna_ENST00000592568.1、premrna_ENST00000593153.5或premrna_ENST00000593253.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCA5前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.170-SEQ ID NO.173中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCA5前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ABCA7基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ABCA7基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ABCA7基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ABCA7基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000263094.11、premrna_ENST00000433129.6、premrna_ENST00000435683.7、premrna_ENST00000524383.1、premrna_ENST00000524850.5、premrna_ENST00000525073.6、premrna_ENST00000525238.2、premrna_ENST00000526885.5、premrna_ENST00000527496.1、premrna_ENST00000529442.7、premrna_ENST00000530092.2、premrna_ENST00000530703.1、premrna_ENST00000531467.5、premrna_ENST00000531478.5、premrna_ENST00000532194.3、premrna_ENST00000533574.1、premrna_ENST00000612569.1和premrna_ENST00000673773.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ABCA7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ABCA7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ABCA7前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000263094.11、transcript_ENST00000433129.6、transcript_ENST00000435683.7、transcript_ENST00000524383.1、transcript_ENST00000524850.5、transcript_ENST00000525073.6、transcript_ENST00000525238.2、transcript_ENST00000526885.5、transcript_ENST00000527496.1、transcript_ENST00000529442.7、transcript_ENST00000530092.2、transcript_ENST00000530703.1、transcript_ENST00000531467.5、transcript_ENST00000531478.5、transcript_ENST00000532194.3、transcript_ENST00000533574.1、transcript_ENST00000612569.1和transcript_ENST00000673773.1。
在一些实施方案中,ABCA7前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000064687.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ABCA7前mRNA转录物包含与本文所述的ABCA7前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ABCA7前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000263094.11、premrna_ENST00000433129.6、premrna_ENST00000435683.7、premrna_ENST00000524383.1、premrna_ENST00000524850.5、premrna_ENST00000525073.6、premrna_ENST00000525238.2、premrna_ENST00000526885.5、premrna_ENST00000527496.1、premrna_ENST00000529442.7、premrna_ENST00000530092.2、premrna_ENST00000530703.1、premrna_ENST00000531467.5、premrna_ENST00000531478.5、premrna_ENST00000532194.3、premrna_ENST00000533574.1、premrna_ENST00000612569.1、premrna_ENST00000673773.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCA7前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.174-SEQ ID NO.177中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCA7前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ABCC3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ABCC3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ABCC3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ABCC3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000285238.13、premrna_ENST00000427699.5、premrna_ENST00000502426.5、premrna_ENST00000503304.1、premrna_ENST00000503337.1、premrna_ENST00000504586.1、premrna_ENST00000505699.5、premrna_ENST00000506464.5、premrna_ENST00000508929.1、premrna_ENST00000510633.5、premrna_ENST00000510891.1、premrna_ENST00000513511.5、premrna_ENST00000513589.1、premrna_ENST00000513745.1、premrna_ENST00000515070.1、premrna_ENST00000515585.1、premrna_ENST00000515707.1和premrna_ENST00000571855.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ABCC3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ABCC3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ABCC3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000285238.13、transcript_ENST00000427699.5、transcript_ENST00000502426.5、transcript_ENST00000503304.1、transcript_ENST00000503337.1、transcript_ENST00000504586.1、transcript_ENST00000505699.5、transcript_ENST00000506464.5、transcript_ENST00000508929.1、transcript_ENST00000510633.5、transcript_ENST00000510891.1、transcript_ENST00000513511.5、transcript_ENST00000513589.1、transcript_ENST00000513745.1、transcript_ENST00000515070.1、transcript_ENST00000515585.1、transcript_ENST00000515707.1和transcript_ENST00000571855.1。
在一些实施方案中,ABCC3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000108846.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ABCC3前mRNA转录物包含与本文所述的ABCC3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ABCC3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000285238.13、premrna_ENST00000427699.5、premrna_ENST00000502426.5、premrna_ENST00000503304.1、premrna_ENST00000503337.1、premrna_ENST00000504586.1、premrna_ENST00000505699.5、premrna_ENST00000506464.5、premrna_ENST00000508929.1、premrna_ENST00000510633.5、premrna_ENST00000510891.1、premrna_ENST00000513511.5、premrna_ENST00000513589.1、premrna_ENST00000513745.1、premrna_ENST00000515070.1、premrna_ENST00000515585.1、premrna_ENST00000515707.1、premrna_ENST00000571855.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCC3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.178-SEQ ID NO.181中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCC3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ABCC5基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ABCC5基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ABCC5基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ABCC5基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000265586.10、premrna_ENST00000334444.11、premrna_ENST00000382494.6、premrna_ENST00000392579.6、premrna_ENST00000427120.6、premrna_ENST00000437205.5、premrna_ENST00000437341.5、premrna_ENST00000438979.6、premrna_ENST00000443376.5、premrna_ENST00000443497.1、premrna_ENST00000446941.2、premrna_ENST00000476402.1和premrna_ENST00000492216.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ABCC5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ABCC5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ABCC5前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000265586.10、transcript_ENST00000334444.11、transcript_ENST00000382494.6、transcript_ENST00000392579.6、transcript_ENST00000427120.6、transcript_ENST00000437205.5、transcript_ENST00000437341.5、transcript_ENST00000438979.6、transcript_ENST00000443376.5、transcript_ENST00000443497.1、transcript_ENST00000446941.2、transcript_ENST00000476402.1和transcript_ENST00000492216.1。
在一些实施方案中,ABCC5前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000114770.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ABCC5前mRNA转录物包含与本文所述的ABCC5前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ABCC5前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000265586.10、premrna_ENST00000334444.11、premrna_ENST00000382494.6、premrna_ENST00000392579.6、premrna_ENST00000427120.6、premrna_ENST00000437205.5、premrna_ENST00000437341.5、premrna_ENST00000438979.6、premrna_ENST00000443376.5、premrna_ENST00000443497.1、premrna_ENST00000446941.2、premrna_ENST00000476402.1、premrna_ENST00000492216.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCC5前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.182-SEQ ID NO.185中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCC5前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ABCC8基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ABCC8基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ABCC8基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ABCC8基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000302539.9、premrna_ENST00000389817.7、premrna_ENST00000524561.1、premrna_ENST00000525022.1、premrna_ENST00000526002.1、premrna_ENST00000526037.5、premrna_ENST00000526168.5、premrna_ENST00000526921.5、premrna_ENST00000527905.5、premrna_ENST00000528202.5、premrna_ENST00000528374.1、premrna_ENST00000529967.5、premrna_ENST00000530147.5、premrna_ENST00000531137.1、premrna_ENST00000531642.5、premrna_ENST00000531891.1、premrna_ENST00000531911.1、premrna_ENST00000532220.1、premrna_ENST00000532728.6、premrna_ENST00000612903.1、premrna_ENST00000635881.1、premrna_ENST00000642271.1、premrna_ENST00000642579.1、premrna_ENST00000642611.1、premrna_ENST00000642902.1、premrna_ENST00000643260.1、premrna_ENST00000643562.1、premrna_ENST00000643925.1、premrna_ENST00000644057.1、premrna_ENST00000644447.1、premrna_ENST00000644472.1、premrna_ENST00000644484.1、premrna_ENST00000644542.1、premrna_ENST00000644649.1、premrna_ENST00000644675.1、premrna_ENST00000644757.1、premrna_ENST00000644772.1、premrna_ENST00000645004.1、premrna_ENST00000645076.1、premrna_ENST00000645417.1、premrna_ENST00000645744.1、premrna_ENST00000645760.1、premrna_ENST00000645884.1、premrna_ENST00000646003.1、premrna_ENST00000646207.1、premrna_ENST00000646276.1、premrna_ENST00000646592.1、premrna_ENST00000646737.1、premrna_ENST00000646902.1、premrna_ENST00000646993.1、premrna_ENST00000647013.1、premrna_ENST00000647015.1、premrna_ENST00000647086.1和premrna_ENST00000647158.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ABCC8前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ABCC8前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ABCC8前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000302539.9、transcript_ENST00000389817.7、transcript_ENST00000524561.1、transcript_ENST00000525022.1、transcript_ENST00000526002.1、transcript_ENST00000526037.5、transcript_ENST00000526168.5、transcript_ENST00000526921.5、transcript_ENST00000527905.5、transcript_ENST00000528202.5、transcript_ENST00000528374.1、transcript_ENST00000529967.5、transcript_ENST00000530147.5、transcript_ENST00000531137.1、transcript_ENST00000531642.5、transcript_ENST00000531891.1、transcript_ENST00000531911.1、transcript_ENST00000532220.1、transcript_ENST00000532728.6、transcript_ENST00000612903.1、transcript_ENST00000635881.1、transcript_ENST00000642271.1、transcript_ENST00000642579.1、transcript_ENST00000642611.1、transcript_ENST00000642902.1、transcript_ENST00000643260.1、transcript_ENST00000643562.1、transcript_ENST00000643925.1、transcript_ENST00000644057.1、transcript_ENST00000644447.1、transcript_ENST00000644472.1、transcript_ENST00000644484.1、transcript_ENST00000644542.1、transcript_ENST00000644649.1、transcript_ENST00000644675.1、transcript_ENST00000644757.1、transcript_ENST00000644772.1、transcript_ENST00000645004.1、transcript_ENST00000645076.1、transcript_ENST00000645417.1、transcript_ENST00000645744.1、transcript_ENST00000645760.1、transcript_ENST00000645884.1、transcript_ENST00000646003.1、transcript_ENST00000646207.1、transcript_ENST00000646276.1、transcript_ENST00000646592.1、transcript_ENST00000646737.1、transcript_ENST00000646902.1、transcript_ENST00000646993.1、transcript_ENST00000647013.1、transcript_ENST00000647015.1、transcript_ENST00000647086.1和transcript_ENST00000647158.1。
在一些实施方案中,ABCC8前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000006071.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ABCC8前mRNA转录物包含与本文所述的ABCC8前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ABCC8前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000302539.9、premrna_ENST00000389817.7、premrna_ENST00000524561.1、premrna_ENST00000525022.1、premrna_ENST00000526002.1、premrna_ENST00000526037.5、premrna_ENST00000526168.5、premrna_ENST00000526921.5、premrna_ENST00000527905.5、premrna_ENST00000528202.5、premrna_ENST00000528374.1、premrna_ENST00000529967.5、premrna_ENST00000530147.5、premrna_ENST00000531137.1、premrna_ENST00000531642.5、premrna_ENST00000531891.1、premrna_ENST00000531911.1、premrna_ENST00000532220.1、premrna_ENST00000532728.6、premrna_ENST00000612903.1、premrna_ENST00000635881.1、premrna_ENST00000642271.1、premrna_ENST00000642579.1、premrna_ENST00000642611.1、premrna_ENST00000642902.1、premrna_ENST00000643260.1、premrna_ENST00000643562.1、premrna_ENST00000643925.1、premrna_ENST00000644057.1、premrna_ENST00000644447.1、premrna_ENST00000644472.1、premrna_ENST00000644484.1、premrna_ENST00000644542.1、premrna_ENST00000644649.1、premrna_ENST00000644675.1、premrna_ENST00000644757.1、premrna_ENST00000644772.1、premrna_ENST00000645004.1、premrna_ENST00000645076.1、premrna_ENST00000645417.1、premrna_ENST00000645744.1、premrna_ENST00000645760.1、premrna_ENST00000645884.1、premrna_ENST00000646003.1、premrna_ENST00000646207.1、premrna_ENST00000646276.1、premrna_ENST00000646592.1、premrna_ENST00000646737.1、premrna_ENST00000646902.1、premrna_ENST00000646993.1、premrna_ENST00000647013.1、premrna_ENST00000647015.1、premrna_ENST00000647086.1、premrna_ENST00000647158.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCC8前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.186-SEQ ID NO.189中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCC8前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ABCD1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ABCD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ABCD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ABCD1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000218104.6、premrna_ENST00000370129.4和premrna_ENST00000443684.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ABCD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ABCD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ABCD1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000218104.6、transcript_ENST00000370129.4和transcript_ENST00000443684.2。
在一些实施方案中,ABCD1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000101986.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ABCD1前mRNA转录物包含与本文所述的ABCD1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ABCD1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000218104.6、premrna_ENST00000370129.4、premrna_ENST00000443684.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCD1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.190-SEQ ID NO.193中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCD1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ABR基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ABR基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ABR基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ABR基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000291107.6、premrna_ENST00000302538.9、premrna_ENST00000536794.6、premrna_ENST00000543210.6、premrna_ENST00000544583.6、premrna_ENST00000570441.5、premrna_ENST00000570525.5、premrna_ENST00000570688.1、premrna_ENST00000571022.5、premrna_ENST00000571120.5、premrna_ENST00000571306.1、premrna_ENST00000571383.5、premrna_ENST00000571543.1、premrna_ENST00000571797.5、premrna_ENST00000571945.5、premrna_ENST00000572152.5、premrna_ENST00000572441.5、premrna_ENST00000572585.5、premrna_ENST00000572650.1、premrna_ENST00000573325.1、premrna_ENST00000573559.3、premrna_ENST00000573667.1、premrna_ENST00000573895.1、premrna_ENST00000574048.2、premrna_ENST00000574139.6、premrna_ENST00000574257.5、premrna_ENST00000574266.1、premrna_ENST00000574437.5、premrna_ENST00000574544.1、premrna_ENST00000574632.5、premrna_ENST00000574875.1、premrna_ENST00000575770.5、premrna_ENST00000575934.5、premrna_ENST00000576668.1、premrna_ENST00000576964.5和premrna_ENST00000577052.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ABR前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ABR前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ABR前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000291107.6、transcript_ENST00000302538.9、transcript_ENST00000536794.6、transcript_ENST00000543210.6、transcript_ENST00000544583.6、transcript_ENST00000570441.5、transcript_ENST00000570525.5、transcript_ENST00000570688.1、transcript_ENST00000571022.5、transcript_ENST00000571120.5、transcript_ENST00000571306.1、transcript_ENST00000571383.5、transcript_ENST00000571543.1、transcript_ENST00000571797.5、transcript_ENST00000571945.5、transcript_ENST00000572152.5、transcript_ENST00000572441.5、transcript_ENST00000572585.5、transcript_ENST00000572650.1、transcript_ENST00000573325.1、transcript_ENST00000573559.3、transcript_ENST00000573667.1、transcript_ENST00000573895.1、transcript_ENST00000574048.2、transcript_ENST00000574139.6、transcript_ENST00000574257.5、transcript_ENST00000574266.1、transcript_ENST00000574437.5、transcript_ENST00000574544.1、transcript_ENST00000574632.5、transcript_ENST00000574875.1、transcript_ENST00000575770.5、transcript_ENST00000575934.5、transcript_ENST00000576668.1、transcript_ENST00000576964.5和transcript_ENST00000577052.5。
在一些实施方案中,ABR前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000276016.4、ENSG00000278741.4或ENSG00000159842.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ABR前mRNA转录物包含与本文所述的ABR前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ABR前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000291107.6、premrna_ENST00000302538.9、premrna_ENST00000536794.6、premrna_ENST00000543210.6、premrna_ENST00000544583.6、premrna_ENST00000570441.5、premrna_ENST00000570525.5、premrna_ENST00000570688.1、premrna_ENST00000571022.5、premrna_ENST00000571120.5、premrna_ENST00000571306.1、premrna_ENST00000571383.5、premrna_ENST00000571543.1、premrna_ENST00000571797.5、premrna_ENST00000571945.5、premrna_ENST00000572152.5、premrna_ENST00000572441.5、premrna_ENST00000572585.5、premrna_ENST00000572650.1、premrna_ENST00000573325.1、premrna_ENST00000573559.3、premrna_ENST00000573667.1、premrna_ENST00000573895.1、premrna_ENST00000574048.2、premrna_ENST00000574139.6、premrna_ENST00000574257.5、premrna_ENST00000574266.1、premrna_ENST00000574437.5、premrna_ENST00000574544.1、premrna_ENST00000574632.5、premrna_ENST00000574875.1、premrna_ENST00000575770.5、premrna_ENST00000575934.5、premrna_ENST00000576668.1、premrna_ENST00000576964.5、premrna_ENST00000577052.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABR前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.194-SEQ ID NO.201中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABR前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ACAD9基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ACAD9基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ACAD9基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ACAD9基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000308982.12、premrna_ENST00000505192.5、premrna_ENST00000505602.1、premrna_ENST00000505867.5、premrna_ENST00000508971.1、premrna_ENST00000511227.5、premrna_ENST00000511325.1、premrna_ENST00000511526.5、premrna_ENST00000512801.5、premrna_ENST00000514336.1、premrna_ENST00000514643.5和premrna_ENST00000515429.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ACAD9前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ACAD9前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ACAD9前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000308982.12、transcript_ENST00000505192.5、transcript_ENST00000505602.1、transcript_ENST00000505867.5、transcript_ENST00000508971.1、transcript_ENST00000511227.5、transcript_ENST00000511325.1、transcript_ENST00000511526.5、transcript_ENST00000512801.5、transcript_ENST00000514336.1、transcript_ENST00000514643.5和transcript_ENST00000515429.1。
在一些实施方案中,ACAD9前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000177646.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ACAD9前mRNA转录物包含与本文所述的ACAD9前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ACAD9前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000308982.12、premrna_ENST00000505192.5、premrna_ENST00000505602.1、premrna_ENST00000505867.5、premrna_ENST00000508971.1、premrna_ENST00000511227.5、premrna_ENST00000511325.1、premrna_ENST00000511526.5、premrna_ENST00000512801.5、premrna_ENST00000514336.1、premrna_ENST00000514643.5、premrna_ENST00000515429.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACAD9前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.202-SEQ ID NO.207中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACAD9前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ACAP1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ACAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ACAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ACAP1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000308982.12、premrna_ENST00000505192.5、premr-na_ENST00000505602.1、premrna_ENST00000505867.5、premrna_ENST00000508971.1、premr-na_ENST00000511227.5、premrna_ENST00000511325.1、premrna_ENST00000511526.5、premr-na_ENST00000512801.5、premrna_ENST00000514336.1、premrna_ENST00000514643.5、premrna_ENST00000515429.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ACAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ACAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ACAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000308982.12、transcript_ENST00000505192.5、transcript_ENST00000505602.1、transcript_ENST00000505867.5、transcript_ENST00000508971.1、transcript_ENST00000511227.5、transcript_ENST00000511325.1、trans-cript_ENST00000511526.5、transcript_ENST00000512801.5、transcript_ENST00000514336.1、transcript_ENST00000514643.5和transcript_ENST00000515429.1。
在一些实施方案中,ACAP1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000072818.12或ENSG00000288169.1或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ACAP1前mRNA转录物包含与本文所述的ACAP1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ACAP1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000308982.12、premrna_ENST00000505192.5、premrna_ENST00000505602.1、premrna_ENST00000505867.5、premrna_ENST00000508971.1、premrna_ENST00000511227.5、premrna_ENST00000511325.1、premrna_ENST00000511526.5、premrna_ENST00000512801.5、premrna_ENST00000514336.1、premrna_ENST00000514643.5、premrna_ENST00000515429.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACAP1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.208-SEQ ID NO.211中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACAP1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ACOX2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ACOX2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ACOX2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ACOX2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000302819.10、premrna_ENST00000459701.6、premrna_ENST00000459888.1、premrna_ENST00000460921.1、premrna_ENST00000466689.1、premrna_ENST00000466810.5、premrna_ENST00000467738.1、premrna_ENST00000474098.1、premrna_ENST00000475143.5、premrna_ENST00000480791.1、premrna_ENST00000481527.5、premrna_ENST00000489472.1和premrna_ENST00000492530.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ACOX2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ACOX2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ACOX2前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000302819.10、transcript_ENST00000459701.6、transcript_ENST00000459888.1、transcript_ENST00000460921.1、transcript_ENST00000466689.1、transcript_ENST00000466810.5、transcript_ENST00000467738.1、transcript_ENST00000474098.1、transcript_ENST00000475143.5、transcript_ENST00000480791.1、transcript_ENST00000481527.5、transcript_ENST00000489472.1和transcript_ENST00000492530.1。
在一些实施方案中,ACOX2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000168306.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ACOX2前mRNA转录物包含与本文所述的ACOX2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ACOX2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000302819.10、premrna_ENST00000459701.6、premrna_ENST00000459888.1、premrna_ENST00000460921.1、premrna_ENST00000466689.1、premrna_ENST00000466810.5、premrna_ENST00000467738.1、premrna_ENST00000474098.1、premrna_ENST00000475143.5、premrna_ENST00000480791.1、premrna_ENST00000481527.5、premrna_ENST00000489472.1、premrna_ENST00000492530.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACOX2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.212-SEQ ID NO.215中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACOX2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ACSF3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ACSF3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ACSF3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ACSF3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000317447.9、premrna_ENST00000378345.8、premrna_ENST00000393145.5、premrna_ENST00000406948.7、premrna_ENST00000535176.1、premrna_ENST00000537116.5、premrna_ENST00000537155.1、premrna_ENST00000537290.5、premrna_ENST00000537895.5、premrna_ENST00000538340.5、premrna_ENST00000540697.5、premrna_ENST00000541755.2、premrna_ENST00000542688.5、premrna_ENST00000543676.1、premrna_ENST00000544543.5、premrna_ENST00000562204.1、premrna_ENST00000562750.1、premrna_ENST00000614302.5和premrna_ENST00000649953.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ACSF3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ACSF3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ACSF3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000317447.9、transcript_ENST00000378345.8、transcript_ENST00000393145.5、transcript_ENST00000406948.7、transcript_ENST00000535176.1、transcript_ENST00000537116.5、transcript_ENST00000537155.1、transcript_ENST00000537290.5、transcript_ENST00000537895.5、transcript_ENST00000538340.5、transcript_ENST00000540697.5、transcript_ENST00000541755.2、transcript_ENST00000542688.5、transcript_ENST00000543676.1、transcript_ENST00000544543.5、transcript_ENST00000562204.1、transcript_ENST00000562750.1、transcript_ENST00000614302.5和transcript_ENST00000649953.1。
在一些实施方案中,ACSF3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000176715.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ACSF3前mRNA转录物包含与本文所述的ACSF3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ACSF3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000317447.9、premrna_ENST00000378345.8、premrna_ENST00000393145.5、premrna_ENST00000406948.7、premrna_ENST00000535176.1、premrna_ENST00000537116.5、premrna_ENST00000537155.1、premrna_ENST00000537290.5、premrna_ENST00000537895.5、premrna_ENST00000538340.5、premrna_ENST00000540697.5、premrna_ENST00000541755.2、premrna_ENST00000542688.5、premrna_ENST00000543676.1、premrna_ENST00000544543.5、premrna_ENST00000562204.1、premrna_ENST00000562750.1、premrna_ENST00000614302.5、premrna_ENST00000649953.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACSF3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.216-SEQ ID NO.221中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACSF3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ACTN4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ACTN4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ACTN4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ACTN4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000252699.7、premrna_ENST00000390009.7、premrna_ENST00000424234.6、premrna_ENST00000440400.1、premrna_ENST00000477174.1、premrna_ENST00000489451.1、premrna_ENST00000495553.1、premrna_ENST00000497637.5、premrna_ENST00000586538.1、premrna_ENST00000588618.5和premrna_ENST00000589528.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ACTN4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ACTN4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ACTN4前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000252699.7、transcript_ENST00000390009.7、transcript_ENST00000424234.6、transcript_ENST00000440400.1、transcript_ENST00000477174.1、transcript_ENST00000489451.1、transcript_ENST00000495553.1、transcript_ENST00000497637.5、transcript_ENST00000586538.1、transcript_ENST00000588618.5和transcript_ENST00000589528.1。
在一些实施方案中,ACTN4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000130402.12或ENSG00000282844.2或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ACTN4前mRNA转录物包含与本文所述的ACTN4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ACTN4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000252699.7、premrna_ENST00000390009.7、premrna_ENST00000424234.6、premrna_ENST00000440400.1、premrna_ENST00000477174.1、premrna_ENST00000489451.1、premrna_ENST00000495553.1、premrna_ENST00000497637.5、premrna_ENST00000586538.1、premrna_ENST00000588618.5、premrna_ENST00000589528.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACTN4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.222-SEQ ID NO.225中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ACTN4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ADAM17基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ADAM17基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ADAM17基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ADAM17基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000310823.8、premrna_ENST00000478059.1、premrna_ENST00000618923.2、premrna_ENST00000647610.1、premrna_ENST00000647622.1、premrna_ENST00000647979.1、premrna_ENST00000648002.1、premrna_ENST00000648548.1、premrna_ENST00000648857.1、premrna_ENST00000649068.1、premrna_ENST00000649227.1、premrna_ENST00000649686.1、premrna_ENST00000649798.1、premrna_ENST00000649972.1、premrna_ENST00000650116.1和premrna_ENST00000650241.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ADAM17前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ADAM17前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ADAM17前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000310823.8、transcript_ENST00000478059.1、transcript_ENST00000618923.2、transcript_ENST00000647610.1、transcript_ENST00000647622.1、transcript_ENST00000647979.1、transcript_ENST00000648002.1、transcript_ENST00000648548.1、transcript_ENST00000648857.1、transcript_ENST00000649068.1、transcript_ENST00000649227.1、transcript_ENST00000649686.1、transcript_ENST00000649798.1、transcript_ENST00000649972.1、transcript_ENST00000650116.1和transcript_ENST00000650241.1。
在一些实施方案中,ADAM17前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000151694.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ADAM17前mRNA转录物包含与本文所述的ADAM17前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ADAM17前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000310823.8、premrna_ENST00000478059.1、premrna_ENST00000618923.2、premrna_ENST00000647610.1、premrna_ENST00000647622.1、premrna_ENST00000647979.1、premrna_ENST00000648002.1、premrna_ENST00000648548.1、premrna_ENST00000648857.1、premrna_ENST00000649068.1、premrna_ENST00000649227.1、premrna_ENST00000649686.1、premrna_ENST00000649798.1、premrna_ENST00000649972.1、premrna_ENST00000650116.1、premrna_ENST00000650241.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ADAM17前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.226-SEQ ID NO.229中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ADAM17前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ADAMTS13基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ADAMTS13基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ADAMTS13基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ADAMTS13基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000355699.6、premrna_ENST00000356589.6、premrna_ENST00000371910.1、premrna_ENST00000371911.7、premrna_ENST00000371916.5、premrna_ENST00000371929.7、premrna_ENST00000474918.1、premrna_ENST00000485925.5和premrna_ENST00000495234.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ADAMTS13前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ADAMTS13前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ADAMTS13前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000355699.6、transcript_ENST00000356589.6、transcript_ENST00000371910.1、transcript_ENST00000371911.7、transcript_ENST00000371916.5、transcript_ENST00000371929.7、transcript_ENST00000474918.1、transcript_ENST00000485925.5和transcript_ENST00000495234.5。
在一些实施方案中,ADAMTS13前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000160323.18或ENSG00000281244.2或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ADAMTS13前mRNA转录物包含与本文所述的ADAMTS13前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ADAMTS13前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000355699.6、premrna_ENST00000356589.6、premrna_ENST00000371910.1、premrna_ENST00000371911.7、premrna_ENST00000371916.5、premrna_ENST00000371929.7、premrna_ENST00000474918.1、premrna_ENST00000485925.5、premrna_ENST00000495234.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ADAMTS13前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.230-SEQ ID NO.238中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ADAMTS13前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从AKR1E2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的AKR1E2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自AKR1E2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述AKR1E2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000298375.12、premrna_ENST00000334019.4、premrna_ENST00000345253.9、premrna_ENST00000441590.5、premrna_ENST00000462718.7、premrna_ENST00000463345.5、premrna_ENST00000474119.5、premrna_ENST00000487985.1、premrna_ENST00000525281.5、premrna_ENST00000525572.1、premrna_ENST00000525627.1、premrna_ENST00000532248.5和premrna_ENST00000533295.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的AKR1E2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的AKR1E2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的AKR1E2前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000298375.12、transcript_ENST00000334019.4、transcript_ENST00000345253.9、transcript_ENST00000441590.5、transcript_ENST00000462718.7、transcript_ENST00000463345.5、transcript_ENST00000474119.5、transcript_ENST00000487985.1、transcript_ENST00000525281.5、transcript_ENST00000525572.1、transcript_ENST00000525627.1、transcript_ENST00000532248.5和transcript_ENST00000533295.5。
在一些实施方案中,AKR1E2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000165568.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,AKR1E2前mRNA转录物包含与本文所述的AKR1E2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,AKR1E2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000298375.12、premrna_ENST00000334019.4、premrna_ENST00000345253.9、premrna_ENST00000441590.5、premrna_ENST00000462718.7、premrna_ENST00000463345.5、premrna_ENST00000474119.5、premrna_ENST00000487985.1、premrna_ENST00000525281.5、premrna_ENST00000525572.1、premrna_ENST00000525627.1、premrna_ENST00000532248.5、premrna_ENST00000533295.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,AKR1E2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.239-SEQ ID NO.242中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,AKR1E2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ALAD基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ALAD基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ALAD基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ALAD基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000409155.8、premrna_ENST00000445750.1、premrna_ENST00000448137.5、premrna_ENST00000452726.1、premrna_ENST00000464749.5、premrna_ENST00000468504.5、premrna_ENST00000482001.1、premrna_ENST00000482847.5和premrna_ENST00000494848.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ALAD前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ALAD前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ALAD前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000409155.8、transcript_ENST00000445750.1、transcript_ENST00000448137.5、transcript_ENST00000452726.1、transcript_ENST00000464749.5、transcript_ENST00000468504.5、transcript_ENST00000482001.1、transcript_ENST00000482847.5和transcript_ENST00000494848.1。
在一些实施方案中,ALAD前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000148218.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ALAD前mRNA转录物包含与本文所述的ALAD前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ALAD前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000409155.8、premrna_ENST00000445750.1、premrna_ENST00000448137.5、premrna_ENST00000452726.1、premrna_ENST00000464749.5、premrna_ENST00000468504.5、premrna_ENST00000482001.1、premrna_ENST00000482847.5、premrna_ENST00000494848.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ALAD前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.243-SEQ ID NO.248中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ALAD前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ALG3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ALG3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ALG3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ALG3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000397676.8、premrna_ENST00000411922.5、premrna_ENST00000414845.5、premrna_ENST00000423996.5、premrna_ENST00000445626.6、premrna_ENST00000446569.1、premrna_ENST00000455059.5、premrna_ENST00000461415.5、premrna_ENST00000462735.6、premrna_ENST00000463495.5、premrna_ENST00000477959.1、premrna_ENST00000482048.1premrna_ENST00000485912.1、premrna_ENST00000488976.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ALG3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ALG3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ALG3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000397676.8、transcript_ENST00000411922.5、transcript_ENST00000414845.5、transcript_ENST00000423996.5、transcript_ENST00000445626.6、transcript_ENST00000446569.1、transcript_ENST00000455059.5、transcript_ENST00000461415.5、transcript_ENST00000462735.6、transcript_ENST00000463495.5、transcript_ENST00000477959.1、transcript_ENST00000482048.1transcript_ENST00000485912.1和transcript_ENST00000488976.5。
在一些实施方案中,ALG3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000214160.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ALG3前mRNA转录物包含与本文所述的ALG3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ALG3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000397676.8、premrna_ENST00000411922.5、premrna_ENST00000414845.5、premrna_ENST00000423996.5、premrna_ENST00000445626.6、premrna_ENST00000446569.1、premrna_ENST00000455059.5、premrna_ENST00000461415.5、premrna_ENST00000462735.6、premrna_ENST00000463495.5、premrna_ENST00000477959.1、premrna_ENST00000482048.1premrna_ENST00000485912.1、premrna_ENST00000488976.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ALG3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.249-SEQ ID NO.255中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ALG3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ANKRD29基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ANKRD29基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ANKRD29基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ANKRD29基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000322980.13、premrna_ENST00000585908.2、premrna_ENST00000586087.1、premrna_ENST00000586511.1、premrna_ENST00000587763.1、premrna_ENST00000591280.5、premrna_ENST00000591617.1和premrna_ENST00000592179.6。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ANKRD29前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ANKRD29前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ANKRD29前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000322980.13、transcript_ENST00000585908.2、transcript_ENST00000586087.1、transcript_ENST00000586511.1、transcript_ENST00000587763.1、transcript_ENST00000591280.5、transcript_ENST00000591617.1和transcript_ENST00000592179.6。
在一些实施方案中,ANKRD29前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000154065.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ANKRD29前mRNA转录物包含与本文所述的ANKRD29前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ANKRD29前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000322980.13、premrna_ENST00000585908.2、premrna_ENST00000586087.1、premrna_ENST00000586511.1、premrna_ENST00000587763.1、premrna_ENST00000591280.5、premrna_ENST00000591617.1、premrna_ENST00000592179.6的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ANKRD29前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.256-SEQ ID NO.259中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ANKRD29前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ANKS3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ANKS3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ANKS3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ANKS3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000304283.9、premrna_ENST00000446014.6、premrna_ENST00000450067.6、premrna_ENST00000585773.5、premrna_ENST00000586159.5、premrna_ENST00000586166.5、premrna_ENST00000586605.5、premrna_ENST00000586632.1、premrna_ENST00000587005.5、premrna_ENST00000588398.1、premrna_ENST00000588513.1、premrna_ENST00000589035.5、premrna_ENST00000589065.5、premrna_ENST00000590147.5、premrna_ENST00000590193.5、premrna_ENST00000590689.1、premrna_ENST00000590730.5、premrna_ENST00000590803.5、premrna_ENST00000591185.5、premrna_ENST00000591281.5、premrna_ENST00000591653.5、premrna_ENST00000592068.5、premrna_ENST00000592077.5、premrna_ENST00000592190.1、premrna_ENST00000592421.5、premrna_ENST00000592698.5、premrna_ENST00000592711.5、premrna_ENST00000592840.1、premrna_ENST00000593120.5和premrna_ENST00000614075.4。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ANKS3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ANKS3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ANKS3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000304283.9、transcript_ENST00000446014.6、transcript_ENST00000450067.6、transcript_ENST00000585773.5、transcript_ENST00000586159.5、transcript_ENST00000586166.5、transcript_ENST00000586605.5、transcript_ENST00000586632.1、transcript_ENST00000587005.5、transcript_ENST00000588398.1、transcript_ENST00000588513.1、transcript_ENST00000589035.5、transcript_ENST00000589065.5、transcript_ENST00000590147.5、transcript_ENST00000590193.5、transcript_ENST00000590689.1、transcript_ENST00000590730.5、transcript_ENST00000590803.5、transcript_ENST00000591185.5、transcript_ENST00000591281.5、transcript_ENST00000591653.5、transcript_ENST00000592068.5、transcript_ENST00000592077.5、transcript_ENST00000592190.1、transcript_ENST00000592421.5、transcript_ENST00000592698.5、transcript_ENST00000592711.5、transcript_ENST00000592840.1、transcript_ENST00000593120.5和transcript_ENST00000614075.4。
在一些实施方案中,ANKS3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000168096.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ANKS3前mRNA转录物包含与本文所述的ANKS3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ANKS3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000304283.9、premrna_ENST00000446014.6、premrna_ENST00000450067.6、premrna_ENST00000585773.5、premrna_ENST00000586159.5、premrna_ENST00000586166.5、premrna_ENST00000586605.5、premrna_ENST00000586632.1、premrna_ENST00000587005.5、premrna_ENST00000588398.1、premrna_ENST00000588513.1、premrna_ENST00000589035.5、premrna_ENST00000589065.5、premrna_ENST00000590147.5、premrna_ENST00000590193.5、premrna_ENST00000590689.1、premrna_ENST00000590730.5、premrna_ENST00000590803.5、premrna_ENST00000591185.5、premrna_ENST00000591281.5、premrna_ENST00000591653.5、premrna_ENST00000592068.5、premrna_ENST00000592077.5、premrna_ENST00000592190.1、premrna_ENST00000592421.5、premrna_ENST00000592698.5、premrna_ENST00000592711.5、premrna_ENST00000592840.1、premrna_ENST00000593120.5、premrna_ENST00000614075.4的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ANKS3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.260-SEQID NO.263中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ANKS3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ANO4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ANO4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ANO4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ANO4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000392977.8、premrna_ENST00000392979.7、premrna_ENST00000546991.1、premrna_ENST00000548940.1、premrna_ENST00000549155.6、premrna_ENST00000549234.1、premrna_ENST00000550015.1、premrna_ENST00000551148.1和premrna_ENST00000644049.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ANO4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ANO4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ANO4前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000392977.8、transcript_ENST00000392979.7、transcript_ENST00000546991.1、transcript_ENST00000548940.1、transcript_ENST00000549155.6、transcript_ENST00000549234.1、transcript_ENST00000550015.1、transcript_ENST00000551148.1和transcript_ENST00000644049.1。
在一些实施方案中,ANO4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000151572.18或ENSG00000262139.9或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ANO4前mRNA转录物包含与本文所述的ANO4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ANO4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000392977.8、premrna_ENST00000392979.7、premrna_ENST00000546991.1、premrna_ENST00000548940.1、premrna_ENST00000549155.6、premrna_ENST00000549234.1、premrna_ENST00000550015.1、premrna_ENST00000551148.1、premrna_ENST00000644049.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ANO4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.264-SEQ ID NO.267中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ANO4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从AP3B2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的AP3B2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自AP3B2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述AP3B2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000261722.8、premrna_ENST00000535348.5、premrna_ENST00000535359.6、premrna_ENST00000535385.6、premrna_ENST00000535513.2、premrna_ENST00000537735.2、premrna_ENST00000541693.5、premrna_ENST00000542200.2、premrna_ENST00000543938.6、premrna_ENST00000559888.1、premrna_ENST00000560529.1、premrna_ENST00000561455.5、premrna_ENST00000620652.4、premrna_ENST00000642989.2、premrna_ENST00000652847.1、premrna_ENST00000657321.1、premrna_ENST00000659252.1、premrna_ENST00000660624.1、premrna_ENST00000661532.1、premrna_ENST00000663651.1、premrna_ENST00000664460.1、premrna_ENST00000665513.1、premrna_ENST00000666055.1、premrna_ENST00000666672.1、premrna_ENST00000666894.1、premrna_ENST00000666973.1、premrna_ENST00000667758.1、premrna_ENST00000668385.1、premrna_ENST00000668458.1、premrna_ENST00000668990.2、premrna_ENST00000669880.1和premrna_ENST00000669930.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的AP3B2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的AP3B2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的AP3B2前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000261722.8、transcript_ENST00000535348.5、transcript_ENST00000535359.6、transcript_ENST00000535385.6、transcript_ENST00000535513.2、transcript_ENST00000537735.2、transcript_ENST00000541693.5、transcript_ENST00000542200.2、transcript_ENST00000543938.6、transcript_ENST00000559888.1、transcript_ENST00000560529.1、transcript_ENST00000561455.5、transcript_ENST00000620652.4、transcript_ENST00000642989.2、transcript_ENST00000652847.1、transcript_ENST00000657321.1、transcript_ENST00000659252.1、transcript_ENST00000660624.1、transcript_ENST00000661532.1、transcript_ENST00000663651.1、transcript_ENST00000664460.1、transcript_ENST00000665513.1、transcript_ENST00000666055.1、transcript_ENST00000666672.1、transcript_ENST00000666894.1、transcript_ENST00000666973.1、transcript_ENST00000667758.1、transcript_ENST00000668385.1、transcript_ENST00000668458.1、transcript_ENST00000668990.2、transcript_ENST00000669880.1和transcript_ENST00000669930.1。
在一些实施方案中,AP3B2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000103723.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,AP3B2前mRNA转录物包含与本文所述的AP3B2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,AP3B2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000261722.8、premrna_ENST00000535348.5、premrna_ENST00000535359.6、premrna_ENST00000535385.6、premrna_ENST00000535513.2、premrna_ENST00000537735.2、premrna_ENST00000541693.5、premrna_ENST00000542200.2、premrna_ENST00000543938.6、premrna_ENST00000559888.1、premrna_ENST00000560529.1、premrna_ENST00000561455.5、premrna_ENST00000620652.4、premrna_ENST00000642989.2、premrna_ENST00000652847.1、premrna_ENST00000657321.1、premrna_ENST00000659252.1、premrna_ENST00000660624.1、premrna_ENST00000661532.1、premrna_ENST00000663651.1、premrna_ENST00000664460.1、premrna_ENST00000665513.1、premrna_ENST00000666055.1、premrna_ENST00000666672.1、premrna_ENST00000666894.1、premrna_ENST00000666973.1、premrna_ENST00000667758.1、premrna_ENST00000668385.1、premrna_ENST00000668458.1、premrna_ENST00000668990.2、premrna_ENST00000669880.1、premrna_ENST00000669930.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,AP3B2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.268-SEQ ID NO.271中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,AP3B2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从AP3M1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的AP3M1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自AP3M1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述AP3M1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000355264.8、premrna_ENST00000372745.1、premrna_ENST00000480373.1和premrna_ENST00000487653.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的AP3M1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的AP3M1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的AP3M1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000355264.8、transcript_ENST00000372745.1、transcript_ENST00000480373.1和transcript_ENST00000487653.1。
在一些实施方案中,AP3M1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000185009.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,AP3M1前mRNA转录物包含与本文所述的AP3M1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,AP3M1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000355264.8、premrna_ENST00000372745.1、premrna_ENST00000480373.1、premrna_ENST00000487653.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,AP3M1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.272-SEQ ID NO.275中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,AP3M1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从AP5Z1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的AP5Z1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自AP5Z1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述AP5Z1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000469614.1、premrna_ENST00000477454.1、premrna_ENST00000477680.6、premrna_ENST00000490487.1、premrna_ENST00000491375.1、premrna_ENST00000496303.6、premrna_ENST00000647628.1、premrna_ENST00000647984.1、premrna_ENST00000648237.1、premrna_ENST00000648360.1、premrna_ENST00000648765.1、premrna_ENST00000648925.1、premrna_ENST00000649063.2、premrna_ENST00000649315.1、premrna_ENST00000649419.1、premrna_ENST00000649736.1、premrna_ENST00000650310.1、premrna_ENST00000650451.1和premrna_ENST00000650581.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的AP5Z1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的AP5Z1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的AP5Z1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000469614.1、transcript_ENST00000477454.1、transcript_ENST00000477680.6、transcript_ENST00000490487.1、transcript_ENST00000491375.1、transcript_ENST00000496303.6、transcript_ENST00000647628.1、transcript_ENST00000647984.1、transcript_ENST00000648237.1、transcript_ENST00000648360.1、transcript_ENST00000648765.1、transcript_ENST00000648925.1、transcript_ENST00000649063.2、transcript_ENST00000649315.1、transcript_ENST00000649419.1、transcript_ENST00000649736.1、transcript_ENST00000650310.1、transcript_ENST00000650451.1和transcript_ENST00000650581.1。
在一些实施方案中,AP5Z1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000242802.9或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,AP5Z1前mRNA转录物包含与本文所述的AP5Z1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,AP5Z1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000469614.1、premrna_ENST00000477454.1、premrna_ENST00000477680.6、premrna_ENST00000490487.1、premrna_ENST00000491375.1、premrna_ENST00000496303.6、premrna_ENST00000647628.1、premrna_ENST00000647984.1、premrna_ENST00000648237.1、premrna_ENST00000648360.1、premrna_ENST00000648765.1、premrna_ENST00000648925.1、premrna_ENST00000649063.2、premrna_ENST00000649315.1、premrna_ENST00000649419.1、premrna_ENST00000649736.1、premrna_ENST00000650310.1、premrna_ENST00000650451.1、premrna_ENST00000650581.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,AP5Z1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.276-SEQ ID NO.279中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,AP5Z1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ARNTL基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ARNTL基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ARNTL基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ARNTL基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000389707.8、premrna_ENST00000401424.6、premrna_ENST00000403290.5、premrna_ENST00000403482.7、premrna_ENST00000403510.8、premrna_ENST00000472842.1、premrna_ENST00000480685.5、premrna_ENST00000482049.6、premrna_ENST00000485918.2、premrna_ENST00000497429.5、premrna_ENST00000524392.5、premrna_ENST00000527998.5、premrna_ENST00000529050.5、premrna_ENST00000529388.6、premrna_ENST00000529390.1、premrna_ENST00000529825.6、premrna_ENST00000530357.6、premrna_ENST00000531665.5、premrna_ENST00000533520.5、premrna_ENST00000534102.1、premrna_ENST00000534544.5、premrna_ENST00000673626.1、premrna_ENST00000673817.1、premrna_ENST00000673834.1、premrna_ENST00000673837.1、premrna_ENST00000673868.1、premrna_ENST00000673888.1、premrna_ENST00000673892.1和premrna_ENST00000674108.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ARNTL前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ARNTL前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ARNTL前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000389707.8、transcript_ENST00000401424.6、transcript_ENST00000403290.5、transcript_ENST00000403482.7、transcript_ENST00000403510.8、transcript_ENST00000472842.1、transcript_ENST00000480685.5、transcript_ENST00000482049.6、transcript_ENST00000485918.2、transcript_ENST00000497429.5、transcript_ENST00000524392.5、transcript_ENST00000527998.5、transcript_ENST00000529050.5、transcript_ENST00000529388.6、transcript_ENST00000529390.1、transcript_ENST00000529825.6、transcript_ENST00000530357.6、transcript_ENST00000531665.5、transcript_ENST00000533520.5、transcript_ENST00000534102.1、transcript_ENST00000534544.5、transcript_ENST00000673626.1、transcript_ENST00000673817.1、transcript_ENST00000673834.1、transcript_ENST00000673837.1、transcript_ENST00000673868.1、transcript_ENST00000673888.1、transcript_ENST00000673892.1和transcript_ENST00000674108.1。
在一些实施方案中,ARNTL前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000133794.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ARNTL前mRNA转录物包含与本文所述的ARNTL前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ARNTL前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000389707.8、premrna_ENST00000401424.6、premrna_ENST00000403290.5、premrna_ENST00000403482.7、premrna_ENST00000403510.8、premrna_ENST00000472842.1、premrna_ENST00000480685.5、premrna_ENST00000482049.6、premrna_ENST00000485918.2、premrna_ENST00000497429.5、premrna_ENST00000524392.5、premrna_ENST00000527998.5、premrna_ENST00000529050.5、premrna_ENST00000529388.6、premrna_ENST00000529390.1、premrna_ENST00000529825.6、premrna_ENST00000530357.6、premrna_ENST00000531665.5、premrna_ENST00000533520.5、premrna_ENST00000534102.1、premrna_ENST00000534544.5、premrna_ENST00000673626.1、premrna_ENST00000673817.1、premrna_ENST00000673834.1、premrna_ENST00000673837.1、premrna_ENST00000673868.1、premrna_ENST00000673888.1、premrna_ENST00000673892.1、premrna_ENST00000674108.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ARNTL前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.280-SEQ ID NO.283中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ARNTL前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ASAP3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ASAP3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ASAP3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ASAP3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000336689.8、premrna_ENST00000437606.6、premrna_ENST00000449467.2、premrna_ENST00000465372.5、premrna_ENST00000475814.5、premrna_ENST00000478858.5、premrna_ENST00000484418.1、premrna_ENST00000492982.6、premrna_ENST00000495646.5、premrna_ENST00000530874.1、premrna_ENST00000608765.1和premrna_ENST00000618240.4。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ASAP3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ASAP3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ASAP3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000336689.8、transcript_ENST00000437606.6、transcript_ENST00000449467.2、transcript_ENST00000465372.5、transcript_ENST00000475814.5、transcript_ENST00000478858.5、transcript_ENST00000484418.1、transcript_ENST00000492982.6、transcript_ENST00000495646.5、transcript_ENST00000530874.1、transcript_ENST00000608765.1和transcript_ENST00000618240.4。
在一些实施方案中,ASAP3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000088280.19或ENSG00000282854.2或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ASAP3前mRNA转录物包含与本文所述的ASAP3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ASAP3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000336689.8、premrna_ENST00000437606.6、premrna_ENST00000449467.2、premrna_ENST00000465372.5、premrna_ENST00000475814.5、premrna_ENST00000478858.5、premrna_ENST00000484418.1、premrna_ENST00000492982.6、premrna_ENST00000495646.5、premrna_ENST00000530874.1、premrna_ENST00000608765.1、premrna_ENST00000618240.4的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ASAP3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.284-SEQ ID NO.287中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ASAP3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ATRX基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ATRX基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ATRX基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ATRX基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000373344.10、premrna_ENST00000395603.7、premrna_ENST00000400866.4、premrna_ENST00000460639.2、premrna_ENST00000479487.1、premrna_ENST00000480283.5、premrna_ENST00000493470.2、premrna_ENST00000622960.1、premrna_ENST00000623242.3、premrna_ENST00000623316.1、premrna_ENST00000623321.3、premrna_ENST00000623706.3、premrna_ENST00000624032.3、premrna_ENST00000624166.3、premrna_ENST00000624193.1、premrna_ENST00000624403.1、premrna_ENST00000624668.3、premrna_ENST00000624766.1、premrna_ENST00000625063.3、premrna_ENST00000635865.1、premrna_ENST00000636152.1、premrna_ENST00000636868.1、premrna_ENST00000637175.1和premrna_ENST00000637959.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ATRX前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ATRX前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ATRX前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000373344.10、transcript_ENST00000395603.7、transcript_ENST00000400866.4、transcript_ENST00000460639.2、transcript_ENST00000479487.1、transcript_ENST00000480283.5、transcript_ENST00000493470.2、transcript_ENST00000622960.1、transcript_ENST00000623242.3、transcript_ENST00000623316.1、transcript_ENST00000623321.3、transcript_ENST00000623706.3、transcript_ENST00000624032.3、transcript_ENST00000624166.3、transcript_ENST00000624193.1、transcript_ENST00000624403.1、transcript_ENST00000624668.3、transcript_ENST00000624766.1、transcript_ENST00000625063.3、transcript_ENST00000635865.1、transcript_ENST00000636152.1、transcript_ENST00000636868.1、transcript_ENST00000637175.1和transcript_ENST00000637959.1。
在一些实施方案中,ATRX前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000085224.22或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ATRX前mRNA转录物包含与本文所述的ATRX前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ATRX前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000373344.10、premrna_ENST00000395603.7、premrna_ENST00000400866.4、premrna_ENST00000460639.2、premrna_ENST00000479487.1、premrna_ENST00000480283.5、premrna_ENST00000493470.2、premrna_ENST00000622960.1、premrna_ENST00000623242.3、premrna_ENST00000623316.1、premrna_ENST00000623321.3、premrna_ENST00000623706.3、premrna_ENST00000624032.3、premrna_ENST00000624166.3、premrna_ENST00000624193.1、premrna_ENST00000624403.1、premrna_ENST00000624668.3、premrna_ENST00000624766.1、premrna_ENST00000625063.3、premrna_ENST00000635865.1、premrna_ENST00000636152.1、premrna_ENST00000636868.1、premrna_ENST00000637175.1、premrna_ENST00000637959.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ATRX前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.288-SEQ ID NO.297中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ATRX前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从BBS2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的BBS2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自BBS2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述BBS2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000245157.10、premrna_ENST00000561853.1、premrna_ENST00000561877.1、premrna_ENST00000561951.5、premrna_ENST00000562012.1、premrna_ENST00000562059.1、premrna_ENST00000562813.1、premrna_ENST00000564123.6、premrna_ENST00000564459.5、premrna_ENST00000565378.1、premrna_ENST00000565781.5、premrna_ENST00000565859.1、premrna_ENST00000566210.1、premrna_ENST00000566410.1、premrna_ENST00000566452.1、premrna_ENST00000566495.1、premrna_ENST00000566689.5、premrna_ENST00000568104.5、premrna_ENST00000569192.5、premrna_ENST00000569342.5和premrna_ENST00000569941.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的BBS2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的BBS2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的BBS2前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000245157.10、transcript_ENST00000561853.1、transcript_ENST00000561877.1、transcript_ENST00000561951.5、transcript_ENST00000562012.1、transcript_ENST00000562059.1、transcript_ENST00000562813.1、transcript_ENST00000564123.6、transcript_ENST00000564459.5、transcript_ENST00000565378.1、transcript_ENST00000565781.5、transcript_ENST00000565859.1、transcript_ENST00000566210.1、transcript_ENST00000566410.1、transcript_ENST00000566452.1、transcript_ENST00000566495.1、transcript_ENST00000566689.5、transcript_ENST00000568104.5、transcript_ENST00000569192.5、transcript_ENST00000569342.5和transcript_ENST00000569941.5。
在一些实施方案中,BBS2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000125124.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,BBS2前mRNA转录物包含与本文所述的BBS2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,BBS2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000245157.10、premrna_ENST00000561853.1、premrna_ENST00000561877.1、premrna_ENST00000561951.5、premrna_ENST00000562012.1、premrna_ENST00000562059.1、premrna_ENST00000562813.1、premrna_ENST00000564123.6、premrna_ENST00000564459.5、premrna_ENST00000565378.1、premrna_ENST00000565781.5、premrna_ENST00000565859.1、premrna_ENST00000566210.1、premrna_ENST00000566410.1、premrna_ENST00000566452.1、premrna_ENST00000566495.1、premrna_ENST00000566689.5、premrna_ENST00000568104.5、premrna_ENST00000569192.5、premrna_ENST00000569342.5、premrna_ENST00000569941.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,BBS2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.298-SEQ ID NO.301中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,BBS2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从BBS4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的BBS4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自BBS4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述BBS4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000268057.9、premrna_ENST00000395205.6、premrna_ENST00000561914.5、premrna_ENST00000562084.5、premrna_ENST00000562219.1、premrna_ENST00000563600.5、premrna_ENST00000564239.1、premrna_ENST00000565160.5、premrna_ENST00000566197.1、premrna_ENST00000566400.5、premrna_ENST00000566829.1、premrna_ENST00000566938.5、premrna_ENST00000567279.5、premrna_ENST00000568535.1、premrna_ENST00000569001.1、premrna_ENST00000569151.1、premrna_ENST00000569338.5和premrna_ENST00000569440.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的BBS4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的BBS4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的BBS4前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000268057.9、transcript_ENST00000395205.6、transcript_ENST00000561914.5、transcript_ENST00000562084.5、transcript_ENST00000562219.1、transcript_ENST00000563600.5、transcript_ENST00000564239.1、transcript_ENST00000565160.5、transcript_ENST00000566197.1、transcript_ENST00000566400.5、transcript_ENST00000566829.1、transcript_ENST00000566938.5、transcript_ENST00000567279.5、transcript_ENST00000568535.1、transcript_ENST00000569001.1、transcript_ENST00000569151.1、transcript_ENST00000569338.5和transcript_ENST00000569440.5。
在一些实施方案中,BBS4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000140463.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,BBS4前mRNA转录物包含与本文所述的BBS4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,BBS4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000268057.9、premrna_ENST00000395205.6、premrna_ENST00000561914.5、premrna_ENST00000562084.5、premrna_ENST00000562219.1、premrna_ENST00000563600.5、premrna_ENST00000564239.1、premrna_ENST00000565160.5、premrna_ENST00000566197.1、premrna_ENST00000566400.5、premrna_ENST00000566829.1、premrna_ENST00000566938.5、premrna_ENST00000567279.5、premrna_ENST00000568535.1、premrna_ENST00000569001.1、premrna_ENST00000569151.1、premrna_ENST00000569338.5、premrna_ENST00000569440.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,BBS4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.302-SEQ ID NO.309中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,BBS4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从BRD9基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的BRD9基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自BRD9基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述BRD9基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000466684.5、premrna_ENST00000467963.6、premrna_ENST00000475706.5、premrna_ENST00000483173.5、premrna_ENST00000483234.5、premrna_ENST00000487688.1、premrna_ENST00000489093.1、premrna_ENST00000489816.5、premrna_ENST00000490814.6、premrna_ENST00000493082.5、premrna_ENST00000494422.1、premrna_ENST00000495265.5、premrna_ENST00000495794.5、premrna_ENST00000497410.5、premrna_ENST00000518250.5、premrna_ENST00000518251.1、premrna_ENST00000519112.5、premrna_ENST00000519838.5和premrna_ENST00000523139.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的BRD9前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的BRD9前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的BRD9前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000466684.5、transcript_ENST00000467963.6、transcript_ENST00000475706.5、transcript_ENST00000483173.5、transcript_ENST00000483234.5、transcript_ENST00000487688.1、transcript_ENST00000489093.1、transcript_ENST00000489816.5、transcript_ENST00000490814.6、transcript_ENST00000493082.5、transcript_ENST00000494422.1、transcript_ENST00000495265.5、transcript_ENST00000495794.5、transcript_ENST00000497410.5、transcript_ENST00000518250.5、transcript_ENST00000518251.1、transcript_ENST00000519112.5、transcript_ENST00000519838.5和transcript_ENST00000523139.5。
在一些实施方案中,BRD9前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000028310.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,BRD9前mRNA转录物包含与本文所述的BRD9前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,BRD9前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000466684.5、premrna_ENST00000467963.6、premrna_ENST00000475706.5、premrna_ENST00000483173.5、premrna_ENST00000483234.5、premrna_ENST00000487688.1、premrna_ENST00000489093.1、premrna_ENST00000489816.5、premrna_ENST00000490814.6、premrna_ENST00000493082.5、premrna_ENST00000494422.1、premrna_ENST00000495265.5、premrna_ENST00000495794.5、premrna_ENST00000497410.5、premrna_ENST00000518250.5、premrna_ENST00000518251.1、premrna_ENST00000519112.5、premrna_ENST00000519838.5、premrna_ENST00000523139.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,BRD9前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.310-SEQ ID NO.313中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,BRD9前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CALM3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CALM3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CALM3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CALM3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000291295.14、premrna_ENST00000391918.6、premrna_ENST00000477244.5、premrna_ENST00000482455.5、premrna_ENST00000486500.1、premrna_ENST00000594523.5、premrna_ENST00000595072.2、premrna_ENST00000596362.1、premrna_ENST00000597743.5、premrna_ENST00000597868.5、premrna_ENST00000598871.5、premrna_ENST00000599839.5和premrna_ENST00000602169.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CALM3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CALM3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CALM3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000291295.14、transcript_ENST00000391918.6、transcript_ENST00000477244.5、transcript_ENST00000482455.5、transcript_ENST00000486500.1、transcript_ENST00000594523.5、transcript_ENST00000595072.2、transcript_ENST00000596362.1、transcript_ENST00000597743.5、transcript_ENST00000597868.5、transcript_ENST00000598871.5、transcript_ENST00000599839.5和transcript_ENST00000602169.2。
在一些实施方案中,CALM3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000160014.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CALM3前mRNA转录物包含与本文所述的CALM3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CALM3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000291295.14、premrna_ENST00000391918.6、premrna_ENST00000477244.5、premrna_ENST00000482455.5、premrna_ENST00000486500.1、premrna_ENST00000594523.5、premrna_ENST00000595072.2、premrna_ENST00000596362.1、premrna_ENST00000597743.5、premrna_ENST00000597868.5、premrna_ENST00000598871.5、premrna_ENST00000599839.5、premrna_ENST00000602169.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CALM3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.314-SEQ ID NO.317中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CALM3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CARS1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CARS1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CARS1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CARS1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000278224.13、premrna_ENST00000380525.8、premrna_ENST00000397111.9、premrna_ENST00000439280.6、premrna_ENST00000465207.5、premrna_ENST00000465240.1、premrna_ENST00000465331.1、premrna_ENST00000466442.6、premrna_ENST00000470221.6、premrna_ENST00000484484.5、premrna_ENST00000524825.5、premrna_ENST00000526890.5、premrna_ENST00000527330.2、premrna_ENST00000529772.5、premrna_ENST00000531387.5和premrna_ENST00000639317.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CARS1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CARS1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CARS1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000278224.13、transcript_ENST00000380525.8、transcript_ENST00000397111.9、transcript_ENST00000439280.6、transcript_ENST00000465207.5、transcript_ENST00000465240.1、transcript_ENST00000465331.1、transcript_ENST00000466442.6、transcript_ENST00000470221.6、transcript_ENST00000484484.5、transcript_ENST00000524825.5、transcript_ENST00000526890.5、transcript_ENST00000527330.2、transcript_ENST00000529772.5、transcript_ENST00000531387.5和transcript_ENST00000639317.1。
在一些实施方案中,CARS1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000110619.17或ENSG00000278191.4或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CARS1前mRNA转录物包含与本文所述的CARS1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CARS1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000278224.13、premrna_ENST00000380525.8、premrna_ENST00000397111.9、premrna_ENST00000439280.6、premrna_ENST00000465207.5、premrna_ENST00000465240.1、premrna_ENST00000465331.1、premrna_ENST00000466442.6、premrna_ENST00000470221.6、premrna_ENST00000484484.5、premrna_ENST00000524825.5、premrna_ENST00000526890.5、premrna_ENST00000527330.2、premrna_ENST00000529772.5、premrna_ENST00000531387.5、premrna_ENST00000639317.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CARS1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.318-SEQ ID NO.321中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CARS1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CASP9基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CASP9基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CASP9基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CASP9基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000333868.10、premrna_ENST00000348549.9、premrna_ENST00000375890.8、premrna_ENST00000400777.7、premrna_ENST00000424908.5、premrna_ENST00000440484.1、premrna_ENST00000447522.5、premrna_ENST00000469637.1、premrna_ENST00000474305.2、premrna_ENST00000546424.5和premrna_ENST00000546969.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CASP9前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CASP9前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CASP9前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000333868.10、transcript_ENST00000348549.9、transcript_ENST00000375890.8、transcript_ENST00000400777.7、transcript_ENST00000424908.5、transcript_ENST00000440484.1、transcript_ENST00000447522.5、transcript_ENST00000469637.1、transcript_ENST00000474305.2、transcript_ENST00000546424.5和transcript_ENST00000546969.1。
在一些实施方案中,CASP9前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000132906.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CASP9前mRNA转录物包含与本文所述的CASP9前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CASP9前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000333868.10、premrna_ENST00000348549.9、premrna_ENST00000375890.8、premrna_ENST00000400777.7、premrna_ENST00000424908.5、premrna_ENST00000440484.1、premrna_ENST00000447522.5、premrna_ENST00000469637.1、premrna_ENST00000474305.2、premrna_ENST00000546424.5、premrna_ENST00000546969.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CASP9前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.322-SEQ ID NO.325中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CASP9前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CATSPER1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CATSPER1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CATSPER1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CATSPER1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000312106.6和premrna_ENST00000529244.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CATSPER1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CATSPER1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CATSPER1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000312106.6和transcript_ENST00000529244.1。
在一些实施方案中,CATSPER1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000175294.6或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CATSPER1前mRNA转录物包含与本文所述的CATSPER1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CATSPER1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000312106.6、premrna_ENST00000529244.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CATSPER1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.326-SEQ IDNO.329中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CATSPER1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CCDC40基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CCDC40基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CCDC40基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CCDC40基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000269318.9、premrna_ENST00000374876.4、premrna_ENST00000374877.7、premrna_ENST00000397545.9、premrna_ENST00000571028.1、premrna_ENST00000572083.5、premrna_ENST00000572253.5、premrna_ENST00000572270.1、premrna_ENST00000573474.5、premrna_ENST00000573903.1、premrna_ENST00000574099.1、premrna_ENST00000574799.5、premrna_ENST00000574933.1、premrna_ENST00000575431.1、premrna_ENST00000576033.5和premrna_ENST00000576241.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CCDC40前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CCDC40前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CCDC40前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000269318.9、transcript_ENST00000374876.4、transcript_ENST00000374877.7、transcript_ENST00000397545.9、transcript_ENST00000571028.1、transcript_ENST00000572083.5、transcript_ENST00000572253.5、transcript_ENST00000572270.1、transcript_ENST00000573474.5、transcript_ENST00000573903.1、transcript_ENST00000574099.1、transcript_ENST00000574799.5、transcript_ENST00000574933.1、transcript_ENST00000575431.1、transcript_ENST00000576033.5和transcript_ENST00000576241.1。
在一些实施方案中,CCDC40前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000141519.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CCDC40前mRNA转录物包含与本文所述的CCDC40前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CCDC40前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000269318.9、premrna_ENST00000374876.4、premrna_ENST00000374877.7、premrna_ENST00000397545.9、premrna_ENST00000571028.1、premrna_ENST00000572083.5、premrna_ENST00000572253.5、premrna_ENST00000572270.1、premrna_ENST00000573474.5、premrna_ENST00000573903.1、premrna_ENST00000574099.1、premrna_ENST00000574799.5、premrna_ENST00000574933.1、premrna_ENST00000575431.1、premrna_ENST00000576033.5、premrna_ENST00000576241.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CCDC40前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.330-SEQ ID NO.333中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CCDC40前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CCDC88B基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CCDC88B基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CCDC88B基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CCDC88B基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000301897.5、premrna_ENST00000356786.10、premrna_ENST00000359902.2、premrna_ENST00000463837.5、premrna_ENST00000472524.1、premrna_ENST00000473405.1、premrna_ENST00000479965.5、premrna_ENST00000492980.1、premrna_ENST00000494080.5和premrna_ENST00000494566.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CCDC88B前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CCDC88B前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CCDC88B前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000301897.5、transcript_ENST00000356786.10、transcript_ENST00000359902.2、transcript_ENST00000463837.5、transcript_ENST00000472524.1、transcript_ENST00000473405.1、transcript_ENST00000479965.5、transcript_ENST00000492980.1、transcript_ENST00000494080.5和transcript_ENST00000494566.5。
在一些实施方案中,CCDC88B前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000168071.22或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CCDC88B前mRNA转录物包含与本文所述的CCDC88B前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CCDC88B前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000301897.5、premrna_ENST00000356786.10、premrna_ENST00000359902.2、premrna_ENST00000463837.5、premrna_ENST00000472524.1、premrna_ENST00000473405.1、premrna_ENST00000479965.5、premrna_ENST00000492980.1、premrna_ENST00000494080.5、premrna_ENST00000494566.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CCDC88B前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.334-SEQ ID NO.337中的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CCDC88B前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CD4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CD4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CD4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CD4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000011653.9、premrna_ENST00000437800.6、premrna_ENST00000535466.5、premrna_ENST00000535707.5、premrna_ENST00000536563.1、premrna_ENST00000536590.1、premrna_ENST00000536610.5、premrna_ENST00000538827.5、premrna_ENST00000539492.1、premrna_ENST00000541982.5、premrna_ENST00000543755.1和premrna_ENST00000544344.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CD4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CD4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CD4前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000011653.9、transcript_ENST00000437800.6、transcript_ENST00000535466.5、transcript_ENST00000535707.5、transcript_ENST00000536563.1、transcript_ENST00000536590.1、transcript_ENST00000536610.5、transcript_ENST00000538827.5、transcript_ENST00000539492.1、transcript_ENST00000541982.5、transcript_ENST00000543755.1和transcript_ENST00000544344.5。
在一些实施方案中,CD4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000010610.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CD4前mRNA转录物包含与本文所述的CD4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CD4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000011653.9、premrna_ENST00000437800.6、premrna_ENST00000535466.5、premrna_ENST00000535707.5、premrna_ENST00000536563.1、premrna_ENST00000536590.1、premrna_ENST00000536610.5、premrna_ENST00000538827.5、premrna_ENST00000539492.1、premrna_ENST00000541982.5、premrna_ENST00000543755.1、premrna_ENST00000544344.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CD4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.338-SEQ ID NO.341的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CD4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CD58基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CD58基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CD58基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CD58基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000369487.3、premrna_ENST00000369489.10、premrna_ENST00000457047.6、premrna_ENST00000464088.5和premrna_ENST00000526981.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CD58前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CD58前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CD58前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000369487.3、transcript_ENST00000369489.10、transcript_ENST00000457047.6、transcript_ENST00000464088.5和transcript_ENST00000526981.1。
在一些实施方案中,CD58前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000116815.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CD58前mRNA转录物包含与本文所述的CD58前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CD58前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000369487.3、premrna_ENST00000369489.10、premrna_ENST00000457047.6、premrna_ENST00000464088.5、premrna_ENST00000526981.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CD58前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.342-SEQID NO.347的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CD58前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CES2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CES2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CES2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CES2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000317091.10、premrna_ENST00000417689.6、premrna_ENST00000561697.5、premrna_ENST00000561843.1、premrna_ENST00000563988.1、premrna_ENST00000564420.1、premrna_ENST00000566182.1、premrna_ENST00000566359.1、premrna_ENST00000567128.1、premrna_ENST00000568347.1、premrna_ENST00000568470.6、premrna_ENST00000570032.2、premrna_ENST00000652196.1和premrna_ENST00000652667.1。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CES2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CES2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CES2前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000317091.10、transcript_ENST00000417689.6、transcript_ENST00000561697.5、transcript_ENST00000561843.1、transcript_ENST00000563988.1、transcript_ENST00000564420.1、transcript_ENST00000566182.1、transcript_ENST00000566359.1、transcript_ENST00000567128.1、transcript_ENST00000568347.1、transcript_ENST00000568470.6、transcript_ENST00000570032.2、transcript_ENST00000652196.1和transcript_ENST00000652667.1。
在一些实施方案中,CES2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000172831.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CES2前mRNA转录物包含与本文所述的CES2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CES2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000317091.10、premrna_ENST00000417689.6、premrna_ENST00000561697.5、premrna_ENST00000561843.1、premrna_ENST00000563988.1、premrna_ENST00000564420.1、premrna_ENST00000566182.1、premrna_ENST00000566359.1、premrna_ENST00000567128.1、premrna_ENST00000568347.1、premrna_ENST00000568470.6、premrna_ENST00000570032.2、premrna_ENST00000652196.1、premrna_ENST00000652667.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CES2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.348-SEQ ID NO.359的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CES2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CHFR基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CHFR基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CHFR基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CHFR基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000266880.11、premrna_ENST00000315585.11、premrna_ENST00000432561.6、premrna_ENST00000443047.6、premrna_ENST00000450056.6、premrna_ENST00000499045.2、premrna_ENST00000502279.2、premrna_ENST00000511001.2、premrna_ENST00000535181.5、premrna_ENST00000535527.5、premrna_ENST00000535897.1、premrna_ENST00000536196.1、premrna_ENST00000536843.5、premrna_ENST00000536932.5、premrna_ENST00000537551.5、premrna_ENST00000538235.2、premrna_ENST00000540537.5、premrna_ENST00000540963.1、premrna_ENST00000541341.5、premrna_ENST00000541817.5、premrna_ENST00000542714.5、premrna_ENST00000544093.5、premrna_ENST00000544268.5和premrna_ENST00000545046.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CHFR前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CHFR前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CHFR前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000266880.11、transcript_ENST00000315585.11、transcript_ENST00000432561.6、transcript_ENST00000443047.6、transcript_ENST00000450056.6、transcript_ENST00000499045.2、transcript_ENST00000502279.2、transcript_ENST00000511001.2、transcript_ENST00000535181.5、transcript_ENST00000535527.5、transcript_ENST00000535897.1、transcript_ENST00000536196.1、transcript_ENST00000536843.5、transcript_ENST00000536932.5、transcript_ENST00000537551.5、transcript_ENST00000538235.2、transcript_ENST00000540537.5、transcript_ENST00000540963.1、transcript_ENST00000541341.5、transcript_ENST00000541817.5、transcript_ENST00000542714.5、transcript_ENST00000544093.5、transcript_ENST00000544268.5和transcript_ENST00000545046.5。
在一些实施方案中,CHFR前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000072609.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CHFR前mRNA转录物包含与本文所述的CHFR前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CHFR前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000266880.11、premrna_ENST00000315585.11、premrna_ENST00000432561.6、premrna_ENST00000443047.6、premrna_ENST00000450056.6、premrna_ENST00000499045.2、premrna_ENST00000502279.2、premrna_ENST00000511001.2、premrna_ENST00000535181.5、premrna_ENST00000535527.5、premrna_ENST00000535897.1、premrna_ENST00000536196.1、premrna_ENST00000536843.5、premrna_ENST00000536932.5、premrna_ENST00000537551.5、premrna_ENST00000538235.2、premrna_ENST00000540537.5、premrna_ENST00000540963.1、premrna_ENST00000541341.5、premrna_ENST00000541817.5、premrna_ENST00000542714.5、premrna_ENST00000544093.5、premrna_ENST00000544268.5、premrna_ENST00000545046.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CHFR前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.360-SEQ ID NO.363的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CHFR前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CLCN2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CLCN2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CLCN2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CLCN2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000265593.9、premrna_ENST00000344937.11、premrna_ENST00000430397.5、premrna_ENST00000434054.6、premrna_ENST00000457512.1、premrna_ENST00000465231.1、premrna_ENST00000475279.2、premrna_ENST00000485667.1、premrna_ENST00000491162.1、premrna_ENST00000636180.1、premrna_ENST00000636241.1、premrna_ENST00000636419.1、premrna_ENST00000636492.1、premrna_ENST00000636658.1、premrna_ENST00000636661.1、premrna_ENST00000636830.1、premrna_ENST00000636860.1、premrna_ENST00000637258.1、premrna_ENST00000637392.1、premrna_ENST00000637538.1、premrna_ENST00000637909.1和premrna_ENST00000638134.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CLCN2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CLCN2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CLCN2前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000265593.9、transcript_ENST00000344937.11、transcript_ENST00000430397.5、transcript_ENST00000434054.6、transcript_ENST00000457512.1、transcript_ENST00000465231.1、transcript_ENST00000475279.2、transcript_ENST00000485667.1、transcript_ENST00000491162.1、transcript_ENST00000636180.1、transcript_ENST00000636241.1、transcript_ENST00000636419.1、transcript_ENST00000636492.1、transcript_ENST00000636658.1、transcript_ENST00000636661.1、transcript_ENST00000636830.1、transcript_ENST00000636860.1、transcript_ENST00000637258.1、transcript_ENST00000637392.1、transcript_ENST00000637538.1、transcript_ENST00000637909.1和transcript_ENST00000638134.1。
在一些实施方案中,CLCN2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000114859.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CLCN2前mRNA转录物包含与本文所述的CLCN2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CLCN2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000265593.9、premrna_ENST00000344937.11、premrna_ENST00000430397.5、premrna_ENST00000434054.6、premrna_ENST00000457512.1、premrna_ENST00000465231.1、premrna_ENST00000475279.2、premrna_ENST00000485667.1、premrna_ENST00000491162.1、premrna_ENST00000636180.1、premrna_ENST00000636241.1、premrna_ENST00000636419.1、premrna_ENST00000636492.1、premrna_ENST00000636658.1、premrna_ENST00000636661.1、premrna_ENST00000636830.1、premrna_ENST00000636860.1、premrna_ENST00000637258.1、premrna_ENST00000637392.1、premrna_ENST00000637538.1、premrna_ENST00000637909.1、premrna_ENST00000638134.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CLCN2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.364-SEQ ID NO.369的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CLCN2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CNOT3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CNOT3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CNOT3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CNOT3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000221232.11、premrna_ENST00000358389.7、premrna_ENST00000440571.6、premrna_ENST00000447684.5、premrna_ENST00000457463.1、premrna_ENST00000471126.1、premrna_ENST00000496327.2、premrna_ENST00000613073.4、premrna_ENST00000617930.2、premrna_ENST00000618939.5、premrna_ENST00000642159.1、premrna_ENST00000644245.1、premrna_ENST00000644707.1、premrna_ENST00000646002.1和premrna_ENST00000647082.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CNOT3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CNOT3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CNOT3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000221232.11、transcript_ENST00000358389.7、transcript_ENST00000440571.6、transcript_ENST00000447684.5、transcript_ENST00000457463.1、transcript_ENST00000471126.1、transcript_ENST00000496327.2、transcript_ENST00000613073.4、transcript_ENST00000617930.2、transcript_ENST00000618939.5、transcript_ENST00000642159.1、transcript_ENST00000644245.1、transcript_ENST00000644707.1、transcript_ENST00000646002.1和transcript_ENST00000647082.1。
在一些实施方案中,CNOT3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000088038.19、ENSG00000273943.4、ENSG00000274176.4、ENSG00000274616.4、ENSG00000274941.4、ENSG00000275979.4、ENSG00000276082.4、ENSG00000277600.4、ENSG00000277114.4或ENSG00000277615.4或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CNOT3前mRNA转录物包含与本文所述的CNOT3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CNOT3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000221232.11、premrna_ENST00000358389.7、premrna_ENST00000440571.6、premrna_ENST00000447684.5、premrna_ENST00000457463.1、premrna_ENST00000471126.1、premrna_ENST00000496327.2、premrna_ENST00000613073.4、premrna_ENST00000617930.2、premrna_ENST00000618939.5、premrna_ENST00000642159.1、premrna_ENST00000644245.1、premrna_ENST00000644707.1、premrna_ENST00000646002.1、premrna_ENST00000647082.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CNOT3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.370-SEQID NO.377的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CNOT3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CNTROB基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CNTROB基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CNTROB基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CNTROB基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000380262.7、premrna_ENST00000563694.6、premrna_ENST00000565740.5、premrna_ENST00000570782.1、premrna_ENST00000570784.1、premrna_ENST00000571540.5、premrna_ENST00000571632.5、premrna_ENST00000573862.1、premrna_ENST00000574430.5、premrna_ENST00000575408.5、premrna_ENST00000576536.1、premrna_ENST00000576538.5、premrna_ENST00000576587.1、premrna_ENST00000576723.5和premrna_ENST00000576922.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CNTROB前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CNTROB前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CNTROB前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000380262.7、transcript_ENST00000563694.6、transcript_ENST00000565740.5、transcript_ENST00000570782.1、transcript_ENST00000570784.1、transcript_ENST00000571540.5、transcript_ENST00000571632.5、transcript_ENST00000573862.1、transcript_ENST00000574430.5、transcript_ENST00000575408.5、transcript_ENST00000576536.1、transcript_ENST00000576538.5、transcript_ENST00000576587.1、transcript_ENST00000576723.5和transcript_ENST00000576922.5。
在一些实施方案中,CNTROB前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000170037.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CNTROB前mRNA转录物包含与本文所述的CNTROB前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CNTROB前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000380262.7、premrna_ENST00000563694.6、premrna_ENST00000565740.5、premrna_ENST00000570782.1、premrna_ENST00000570784.1、premrna_ENST00000571540.5、premrna_ENST00000571632.5、premrna_ENST00000573862.1、premrna_ENST00000574430.5、premrna_ENST00000575408.5、premrna_ENST00000576536.1、premrna_ENST00000576538.5、premrna_ENST00000576587.1、premrna_ENST00000576723.5、premrna_ENST00000576922.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CNTROB前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.378-SEQID NO.381的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CNTROB前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从COL5A3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的COL5A3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自COL5A3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述COL5A3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000264828.4和premrna_ENST00000461214.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的COL5A3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的COL5A3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的COL5A3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000264828.4和transcript_ENST00000461214.1。
在一些实施方案中,COL5A3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000080573.7或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,COL5A3前mRNA转录物包含与本文所述的COL5A3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,COL5A3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000264828.4、premrna_ENST00000461214.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,COL5A3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.382-SEQ IDNO.385的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,COL5A3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CPSF1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CPSF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CPSF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CPSF1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000526271.2、premrna_ENST00000527827.1、premrna_ENST00000527916.1、premrna_ENST00000529288.1、premrna_ENST00000531042.5、premrna_ENST00000531480.2、premrna_ENST00000531727.5、premrna_ENST00000532560.5、premrna_ENST00000532725.1、premrna_ENST00000532935.5、premrna_ENST00000533492.1、premrna_ENST00000616140.2、premrna_ENST00000620219.4和premrna_ENST00000622776.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CPSF1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CPSF1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CPSF1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000526271.2、transcript_ENST00000527827.1、transcript_ENST00000527916.1、transcript_ENST00000529288.1、transcript_ENST00000531042.5、transcript_ENST00000531480.2、transcript_ENST00000531727.5、transcript_ENST00000532560.5、transcript_ENST00000532725.1、transcript_ENST00000532935.5、transcript_ENST00000533492.1、transcript_ENST00000616140.2、transcript_ENST00000620219.4和transcript_ENST00000622776.1。
在一些实施方案中,CPSF1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000071894.17或ENSG00000285049.2或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CPSF1前mRNA转录物包含与本文所述的CPSF1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CPSF1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000526271.2、premrna_ENST00000527827.1、premrna_ENST00000527916.1、premrna_ENST00000529288.1、premrna_ENST00000531042.5、premrna_ENST00000531480.2、premrna_ENST00000531727.5、premrna_ENST00000532560.5、premrna_ENST00000532725.1、premrna_ENST00000532935.5、premrna_ENST00000533492.1、premrna_ENST00000616140.2、premrna_ENST00000620219.4、premrna_ENST00000622776.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CPSF1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.386-SEQ ID NO.389的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CPSF1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CSPP1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CSPP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CSPP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CSPP1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000262210.9、premrna_ENST00000519163.6、premrna_ENST00000519668.1、premrna_ENST00000519701.5、premrna_ENST00000521168.5、premrna_ENST00000521324.1和premrna_ENST00000521919.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CSPP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CSPP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CSPP1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000262210.9、transcript_ENST00000519163.6、transcript_ENST00000519668.1、transcript_ENST00000519701.5、transcript_ENST00000521168.5、transcript_ENST00000521324.1和transcript_ENST00000521919.5。
在一些实施方案中,CSPP1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000104218.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CSPP1前mRNA转录物包含与本文所述的CSPP1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CSPP1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000262210.9、premrna_ENST00000519163.6、premrna_ENST00000519668.1、premrna_ENST00000519701.5、premrna_ENST00000521168.5、premrna_ENST00000521324.1和premrna_ENST00000521919.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CSPP1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.390-SEQ ID NO.393的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CSPP1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CTF1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CTF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CTF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CTF1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000279804.2和premrna_ENST00000395019.3。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CTF1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CTF1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CTF1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000279804.2和transcript_ENST00000395019.3。
在一些实施方案中,CTF1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000150281.6或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CTF1前mRNA转录物包含与本文所述的CTF1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CTF1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000279804.2、premrna_ENST00000395019.3的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CTF1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.394-SEQ ID NO.399的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CTF1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CTH基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CTH基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CTH基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CTH基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000346806.2、premrna_ENST00000370938.8、premrna_ENST00000411986.6、premrna_ENST00000464926.1和premrna_ENST00000482383.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CTH前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CTH前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CTH前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000346806.2、transcript_ENST00000370938.8、transcript_ENST00000411986.6、transcript_ENST00000464926.1和transcript_ENST00000482383.1。
在一些实施方案中,CTH前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000116761.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CTH前mRNA转录物包含与本文所述的CTH前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CTH前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000346806.2、premrna_ENST00000370938.8、premrna_ENST00000411986.6、premrna_ENST00000464926.1、premrna_ENST00000482383.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CTH前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.400-SEQ IDNO.407的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CTH前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CYP3A5基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CYP3A5基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CYP3A5基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CYP3A5基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000222982.8、premrna_ENST00000339843.6、premrna_ENST00000439761.3、premrna_ENST00000456417.5、premrna_ENST00000461920.5、premrna_ENST00000463364.5、premrna_ENST00000463907.5、premrna_ENST00000466061.5、premrna_ENST00000469622.5、premrna_ENST00000469887.5、premrna_ENST00000473347.1、premrna_ENST00000480723.5、premrna_ENST00000481825.5、premrna_ENST00000488187.1、premrna_ENST00000489231.1和premrna_ENST00000646887.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CYP3A5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的CYP3A5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的CYP3A5前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000222982.8、transcript_ENST00000339843.6、transcript_ENST00000439761.3、transcript_ENST00000456417.5、transcript_ENST00000461920.5、transcript_ENST00000463364.5、transcript_ENST00000463907.5、transcript_ENST00000466061.5、transcript_ENST00000469622.5、transcript_ENST00000469887.5、transcript_ENST00000473347.1、transcript_ENST00000480723.5、transcript_ENST00000481825.5、transcript_ENST00000488187.1、transcript_ENST00000489231.1和transcript_ENST00000646887.1。
在一些实施方案中,CYP3A5前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000106258.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CYP3A5前mRNA转录物包含与本文所述的CYP3A5前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,CYP3A5前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000222982.8、premrna_ENST00000339843.6、premrna_ENST00000439761.3、premrna_ENST00000456417.5、premrna_ENST00000461920.5、premrna_ENST00000463364.5、premrna_ENST00000463907.5、premrna_ENST00000466061.5、premrna_ENST00000469622.5、premrna_ENST00000469887.5、premrna_ENST00000473347.1、premrna_ENST00000480723.5、premrna_ENST00000481825.5、premrna_ENST00000488187.1、premrna_ENST00000489231.1、premrna_ENST00000646887.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CYP3A5前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.408-SEQ ID NO.411的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CYP3A5前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DAB2IP基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DAB2IP基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DAB2IP基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DAB2IP基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000259371.6、premrna_ENST00000309989.1、premrna_ENST00000373782.7、premrna_ENST00000394340.7、premrna_ENST00000408936.7、premrna_ENST00000436835.5、premrna_ENST00000459906.1、premrna_ENST00000465078.1、premrna_ENST00000487716.1、premrna_ENST00000489314.1、premrna_ENST00000648444.1和premrna_ENST00000648693.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DAB2IP前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DAB2IP前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DAB2IP前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000259371.6、transcript_ENST00000309989.1、transcript_ENST00000373782.7、transcript_ENST00000394340.7、transcript_ENST00000408936.7、transcript_ENST00000436835.5、transcript_ENST00000459906.1、transcript_ENST00000465078.1、transcript_ENST00000487716.1、transcript_ENST00000489314.1、transcript_ENST00000648444.1和transcript_ENST00000648693.1。
在一些实施方案中,DAB2IP前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000136848.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DAB2IP前mRNA转录物包含与本文所述的DAB2IP前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DAB2IP前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000259371.6、premrna_ENST00000309989.1、premrna_ENST00000373782.7、premrna_ENST00000394340.7、premrna_ENST00000408936.7、premrna_ENST00000436835.5、premrna_ENST00000459906.1、premrna_ENST00000465078.1、premrna_ENST00000487716.1、premrna_ENST00000489314.1、premrna_ENST00000648444.1、premrna_ENST00000648693.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DAB2IP前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.412-SEQ IDNO.415的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DAB2IP前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DBN1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DBN1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DBN1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DBN1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000292385.9、premrna_ENST00000309007.9、premrna_ENST00000393565.5、premrna_ENST00000467054.2、premrna_ENST00000471767.1、premrna_ENST00000472831.5、premrna_ENST00000477391.6、premrna_ENST00000505550.1、premrna_ENST00000506117.5、premrna_ENST00000512501.1和premrna_ENST00000514833.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DBN1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DBN1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DBN1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000292385.9、transcript_ENST00000309007.9、transcript_ENST00000393565.5、transcript_ENST00000467054.2、transcript_ENST00000471767.1、transcript_ENST00000472831.5、transcript_ENST00000477391.6、transcript_ENST00000505550.1、transcript_ENST00000506117.5、transcript_ENST00000512501.1和transcript_ENST00000514833.1。
在一些实施方案中,DBN1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000113758.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DBN1前mRNA转录物包含与本文所述的DBN1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DBN1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000292385.9、premrna_ENST00000309007.9、premrna_ENST00000393565.5、premrna_ENST00000467054.2、premrna_ENST00000471767.1、premrna_ENST00000472831.5、premrna_ENST00000477391.6、premrna_ENST00000505550.1、premrna_ENST00000506117.5、premrna_ENST00000512501.1、premrna_ENST00000514833.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DBN1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.416-SEQ ID NO.424的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DBN1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DDX51基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DDX51基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DDX51基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DDX51基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000329073.8、premrna_ENST00000397333.4、premrna_ENST00000462829.2、premrna_ENST00000541489.5、premrna_ENST00000545991.1和premrna_ENST00000546058.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DDX51前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DDX51前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DDX51前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000329073.8、transcript_ENST00000397333.4、transcript_ENST00000462829.2、transcript_ENST00000541489.5、transcript_ENST00000545991.1和transcript_ENST00000546058.1。
在一些实施方案中,DDX51前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000185163.10或ENSG00000288503.1或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DDX51前mRNA转录物包含与本文所述的DDX51前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DDX51前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000329073.8、premrna_ENST00000397333.4、premrna_ENST00000462829.2、premrna_ENST00000541489.5、premrna_ENST00000545991.1、premrna_ENST00000546058.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DDX51前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.425-SEQ ID NO.428的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DDX51前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DEAF1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DEAF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DEAF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DEAF1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000382409.3、premrna_ENST00000524786.1、premrna_ENST00000525626.5、premrna_ENST00000525904.5、premrna_ENST00000526790.1、premrna_ENST00000526857.2、premrna_ENST00000527170.5、premrna_ENST00000527658.1、premrna_ENST00000528864.5、premrna_ENST00000529717.5、premrna_ENST00000529727.1和premrna_ENST00000530813.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DEAF1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DEAF1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DEAF1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000382409.3、transcript_ENST00000524786.1、transcript_ENST00000525626.5、transcript_ENST00000525904.5、transcript_ENST00000526790.1、transcript_ENST00000526857.2、transcript_ENST00000527170.5、transcript_ENST00000527658.1、transcript_ENST00000528864.5、transcript_ENST00000529717.5、transcript_ENST00000529727.1和transcript_ENST00000530813.1。
在一些实施方案中,DEAF1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000177030.17或ENSG00000282712.1或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DEAF1前mRNA转录物包含与本文所述的DEAF1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DEAF1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000382409.3、premrna_ENST00000524786.1、premrna_ENST00000525626.5、premrna_ENST00000525904.5、premrna_ENST00000526790.1、premrna_ENST00000526857.2、premrna_ENST00000527170.5、premrna_ENST00000527658.1、premrna_ENST00000528864.5、premrna_ENST00000529717.5、premrna_ENST00000529727.1、premrna_ENST00000530813.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DEAF1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.429-SEQ ID NO.432的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DEAF1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DGKE基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DGKE基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DGKE基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DGKE基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000284061.8、premrna_ENST00000570738.1、premrna_ENST00000571084.1、premrna_ENST00000572810.1、premrna_ENST00000572944.1和premrna_ENST00000576869.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DGKE前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DGKE前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DGKE前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000284061.8、transcript_ENST00000570738.1、transcript_ENST00000571084.1、transcript_ENST00000572810.1、transcript_ENST00000572944.1和transcript_ENST00000576869.5。
在一些实施方案中,DGKE前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000153933.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DGKE前mRNA转录物包含与本文所述的DGKE前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DGKE前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000284061.8、premrna_ENST00000570738.1、premrna_ENST00000571084.1、premrna_ENST00000572810.1、premrna_ENST00000572944.1、premrna_ENST00000576869.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DGKE前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.433-SEQ ID NO.436的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DGKE前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DHDDS基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DHDDS基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DHDDS基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DHDDS基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000236342.12、premrna_ENST00000360009.6、premrna_ENST00000374185.7、premrna_ENST00000374186.7、premrna_ENST00000416052.1、premrna_ENST00000427245.6、premrna_ENST00000430232.5、premrna_ENST00000431933.5、premrna_ENST00000434391.6、premrna_ENST00000436153.6、premrna_ENST00000487944.5、premrna_ENST00000525165.5、premrna_ENST00000525326.5、premrna_ENST00000525410.1、premrna_ENST00000525546.5、premrna_ENST00000525682.6、premrna_ENST00000526219.5、premrna_ENST00000526278.5、premrna_ENST00000527611.1、premrna_ENST00000528557.5、premrna_ENST00000529688.5、premrna_ENST00000530781.5、premrna_ENST00000531312.5、premrna_ENST00000531955.5和premrna_ENST00000533087.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DHDDS前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DHDDS前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DHDDS前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000236342.12、transcript_ENST00000360009.6、transcript_ENST00000374185.7、transcript_ENST00000374186.7、transcript_ENST00000416052.1、transcript_ENST00000427245.6、transcript_ENST00000430232.5、transcript_ENST00000431933.5、transcript_ENST00000434391.6、transcript_ENST00000436153.6、transcript_ENST00000487944.5、transcript_ENST00000525165.5、transcript_ENST00000525326.5、transcript_ENST00000525410.1、transcript_ENST00000525546.5、transcript_ENST00000525682.6、transcript_ENST00000526219.5、transcript_ENST00000526278.5、transcript_ENST00000527611.1、transcript_ENST00000528557.5、transcript_ENST00000529688.5、transcript_ENST00000530781.5、transcript_ENST00000531312.5、transcript_ENST00000531955.5和transcript_ENST00000533087.5。
在一些实施方案中,DHDDS前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000117682.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DHDDS前mRNA转录物包含与本文所述的DHDDS前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DHDDS前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000236342.12、premrna_ENST00000360009.6、premrna_ENST00000374185.7、premrna_ENST00000374186.7、premrna_ENST00000416052.1、premrna_ENST00000427245.6、premrna_ENST00000430232.5、premrna_ENST00000431933.5、premrna_ENST00000434391.6、premrna_ENST00000436153.6、premrna_ENST00000487944.5、premrna_ENST00000525165.5、premrna_ENST00000525326.5、premrna_ENST00000525410.1、premrna_ENST00000525546.5、premrna_ENST00000525682.6、premrna_ENST00000526219.5、premrna_ENST00000526278.5、premrna_ENST00000527611.1、premrna_ENST00000528557.5、premrna_ENST00000529688.5、premrna_ENST00000530781.5、premrna_ENST00000531312.5、premrna_ENST00000531955.5、premrna_ENST00000533087.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DHDDS前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.437-SEQID NO.444的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DHDDS前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DMKN基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DMKN基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DMKN基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DMKN基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000339686.8、premrna_ENST00000392206.6、premrna_ENST00000402589.6、premrna_ENST00000408915.6、premrna_ENST00000414866.6、premrna_ENST00000418261.5、premrna_ENST00000419602.5、premrna_ENST00000424570.6、premrna_ENST00000429837.5、premrna_ENST00000434389.5、premrna_ENST00000436012.5、premrna_ENST00000443640.5、premrna_ENST00000447113.6、premrna_ENST00000450261.1、premrna_ENST00000451297.6、premrna_ENST00000458071.5、premrna_ENST00000460051.5、premrna_ENST00000460327.5、premrna_ENST00000461300.5、premrna_ENST00000462126.5、premrna_ENST00000462538.5、premrna_ENST00000462721.5、premrna_ENST00000463292.5、premrna_ENST00000464709.6、premrna_ENST00000464894.5、premrna_ENST00000465927.5、premrna_ENST00000466587.6、premrna_ENST00000467532.5、premrna_ENST00000467637.5、premrna_ENST00000469960.5、premrna_ENST00000470746.6、premrna_ENST00000470857.1、premrna_ENST00000470964.1、premrna_ENST00000471017.5、premrna_ENST00000471786.6、premrna_ENST00000472065.1、premrna_ENST00000472252.6、premrna_ENST00000472365.6、premrna_ENST00000474928.5、premrna_ENST00000474992.5、premrna_ENST00000476051.5、premrna_ENST00000476246.5、premrna_ENST00000478648.6、premrna_ENST00000480502.5、premrna_ENST00000480507.1、premrna_ENST00000482321.5、premrna_ENST00000483855.5、premrna_ENST00000484064.5、premrna_ENST00000486450.5、premrna_ENST00000486756.6、premrna_ENST00000488542.6、premrna_ENST00000488762.5、premrna_ENST00000488892.5、premrna_ENST00000489395.6、premrna_ENST00000490622.5、premrna_ENST00000492341.6、premrna_ENST00000493517.5、premrna_ENST00000493979.5、premrna_ENST00000498211.5、premrna_ENST00000498269.5、premrna_ENST00000498593.5、premrna_ENST00000593342.5、premrna_ENST00000595571.5、premrna_ENST00000597212.5、premrna_ENST00000601368.5、premrna_ENST00000601650.1、premrna_ENST00000602679.5和premrna_ENST00000602781.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DMKN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DMKN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DMKN前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000339686.8、transcript_ENST00000392206.6、transcript_ENST00000402589.6、transcript_ENST00000408915.6、transcript_ENST00000414866.6、transcript_ENST00000418261.5、transcript_ENST00000419602.5、transcript_ENST00000424570.6、transcript_ENST00000429837.5、transcript_ENST00000434389.5、transcript_ENST00000436012.5、transcript_ENST00000443640.5、transcript_ENST00000447113.6、transcript_ENST00000450261.1、transcript_ENST00000451297.6、transcript_ENST00000458071.5、transcript_ENST00000460051.5、transcript_ENST00000460327.5、transcript_ENST00000461300.5、transcript_ENST00000462126.5、transcript_ENST00000462538.5、transcript_ENST00000462721.5、transcript_ENST00000463292.5、transcript_ENST00000464709.6、transcript_ENST00000464894.5、transcript_ENST00000465927.5、transcript_ENST00000466587.6、transcript_ENST00000467532.5、transcript_ENST00000467637.5、transcript_ENST00000469960.5、transcript_ENST00000470746.6、transcript_ENST00000470857.1、transcript_ENST00000470964.1、transcript_ENST00000471017.5、transcript_ENST00000471786.6、transcript_ENST00000472065.1、transcript_ENST00000472252.6、transcript_ENST00000472365.6、transcript_ENST00000474928.5、transcript_ENST00000474992.5、transcript_ENST00000476051.5、transcript_ENST00000476246.5、transcript_ENST00000478648.6、transcript_ENST00000480502.5、transcript_ENST00000480507.1、transcript_ENST00000482321.5、transcript_ENST00000483855.5、transcript_ENST00000484064.5、transcript_ENST00000486450.5、transcript_ENST00000486756.6、transcript_ENST00000488542.6、transcript_ENST00000488762.5、transcript_ENST00000488892.5、transcript_ENST00000489395.6、transcript_ENST00000490622.5、transcript_ENST00000492341.6、transcript_ENST00000493517.5、transcript_ENST00000493979.5、transcript_ENST00000498211.5、transcript_ENST00000498269.5、transcript_ENST00000498593.5、transcript_ENST00000593342.5、transcript_ENST00000595571.5、transcript_ENST00000597212.5、transcript_ENST00000601368.5、transcript_ENST00000601650.1、transcript_ENST00000602679.5和transcript_ENST00000602781.5。
在一些实施方案中,DMKN前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000161249.21或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DMKN前mRNA转录物包含与本文所述的DMKN前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DMKN前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000339686.8、premrna_ENST00000392206.6、premrna_ENST00000402589.6、premrna_ENST00000408915.6、premrna_ENST00000414866.6、premrna_ENST00000418261.5、premrna_ENST00000419602.5、premrna_ENST00000424570.6、premrna_ENST00000429837.5、premrna_ENST00000434389.5、premrna_ENST00000436012.5、premrna_ENST00000443640.5、premrna_ENST00000447113.6、premrna_ENST00000450261.1、premrna_ENST00000451297.6、premrna_ENST00000458071.5、premrna_ENST00000460051.5、premrna_ENST00000460327.5、premrna_ENST00000461300.5、premrna_ENST00000462126.5、premrna_ENST00000462538.5、premrna_ENST00000462721.5、premrna_ENST00000463292.5、premrna_ENST00000464709.6、premrna_ENST00000464894.5、premrna_ENST00000465927.5、premrna_ENST00000466587.6、premrna_ENST00000467532.5、premrna_ENST00000467637.5、premrna_ENST00000469960.5、premrna_ENST00000470746.6、premrna_ENST00000470857.1、premrna_ENST00000470964.1、premrna_ENST00000471017.5、premrna_ENST00000471786.6、premrna_ENST00000472065.1、premrna_ENST00000472252.6、premrna_ENST00000472365.6、premrna_ENST00000474928.5、premrna_ENST00000474992.5、premrna_ENST00000476051.5、premrna_ENST00000476246.5、premrna_ENST00000478648.6、premrna_ENST00000480502.5、premrna_ENST00000480507.1、premrna_ENST00000482321.5、premrna_ENST00000483855.5、premrna_ENST00000484064.5、premrna_ENST00000486450.5、premrna_ENST00000486756.6、premrna_ENST00000488542.6、premrna_ENST00000488762.5、premrna_ENST00000488892.5、premrna_ENST00000489395.6、premrna_ENST00000490622.5、premrna_ENST00000492341.6、premrna_ENST00000493517.5、premrna_ENST00000493979.5、premrna_ENST00000498211.5、premrna_ENST00000498269.5、premrna_ENST00000498593.5、premrna_ENST00000593342.5、premrna_ENST00000595571.5、premrna_ENST00000597212.5、premrna_ENST00000601368.5、premrna_ENST00000601650.1、premrna_ENST00000602679.5、premrna_ENST00000602781.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DMKN前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.445-SEQ ID NO.448的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DMKN前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DNHD1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DNHD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DNHD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DNHD1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000254579.11、premrna_ENST00000354685.7、premrna_ENST00000472080.1、premrna_ENST00000473019.5、premrna_ENST00000477562.1、premrna_ENST00000524401.2、premrna_ENST00000525080.1、premrna_ENST00000525883.5、premrna_ENST00000526027.1、premrna_ENST00000527143.1、premrna_ENST00000529821.5、premrna_ENST00000530197.5、premrna_ENST00000531903.5、premrna_ENST00000532027.5、premrna_ENST00000532467.1、premrna_ENST00000533635.5、premrna_ENST00000533649.1和premrna_ENST00000534210.6。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DNHD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DNHD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DNHD1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000254579.11、transcript_ENST00000354685.7、transcript_ENST00000472080.1、transcript_ENST00000473019.5、transcript_ENST00000477562.1、transcript_ENST00000524401.2、transcript_ENST00000525080.1、transcript_ENST00000525883.5、transcript_ENST00000526027.1、transcript_ENST00000527143.1、transcript_ENST00000529821.5、transcript_ENST00000530197.5、transcript_ENST00000531903.5、transcript_ENST00000532027.5、transcript_ENST00000532467.1、transcript_ENST00000533635.5、transcript_ENST00000533649.1和transcript_ENST00000534210.6。
在一些实施方案中,DNHD1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000179532.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DNHD1前mRNA转录物包含与本文所述的DNHD1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DNHD1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000254579.11、premrna_ENST00000354685.7、premrna_ENST00000472080.1、premrna_ENST00000473019.5、premrna_ENST00000477562.1、premrna_ENST00000524401.2、premrna_ENST00000525080.1、premrna_ENST00000525883.5、premrna_ENST00000526027.1、premrna_ENST00000527143.1、premrna_ENST00000529821.5、premrna_ENST00000530197.5、premrna_ENST00000531903.5、premrna_ENST00000532027.5、premrna_ENST00000532467.1、premrna_ENST00000533635.5、premrna_ENST00000533649.1、premrna_ENST00000534210.6的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DNHD1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.449-SEQ ID NO.452的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DNHD1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DOCK8基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DOCK8基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DOCK8基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DOCK8基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000382329.1、premrna_ENST00000382331.5、premrna_ENST00000382341.5、premrna_ENST00000432829.6、premrna_ENST00000453981.5、premrna_ENST00000454469.6、premrna_ENST00000462618.1、premrna_ENST00000469197.5、premrna_ENST00000469391.5、premrna_ENST00000474772.1、premrna_ENST00000478380.5、premrna_ENST00000479404.5、premrna_ENST00000483757.5、premrna_ENST00000487230.5、premrna_ENST00000493666.2、premrna_ENST00000495184.5和premrna_ENST00000524396.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DOCK8前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DOCK8前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DOCK8前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000382329.1、transcript_ENST00000382331.5、transcript_ENST00000382341.5、transcript_ENST00000432829.6、transcript_ENST00000453981.5、transcript_ENST00000454469.6、transcript_ENST00000462618.1、transcript_ENST00000469197.5、transcript_ENST00000469391.5、transcript_ENST00000474772.1、transcript_ENST00000478380.5、transcript_ENST00000479404.5、transcript_ENST00000483757.5、transcript_ENST00000487230.5、transcript_ENST00000493666.2、transcript_ENST00000495184.5和transcript_ENST00000524396.5。
在一些实施方案中,DOCK8前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000107099.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DOCK8前mRNA转录物包含与本文所述的DOCK8前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DOCK8前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000382329.1、premrna_ENST00000382331.5、premrna_ENST00000382341.5、premrna_ENST00000432829.6、premrna_ENST00000453981.5、premrna_ENST00000454469.6、premrna_ENST00000462618.1、premrna_ENST00000469197.5、premrna_ENST00000469391.5、premrna_ENST00000474772.1、premrna_ENST00000478380.5、premrna_ENST00000479404.5、premrna_ENST00000483757.5、premrna_ENST00000487230.5、premrna_ENST00000493666.2、premrna_ENST00000495184.5、premrna_ENST00000524396.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DOCK8前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.453-SEQ ID NO.456的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DOCK8前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DOK5基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DOK5基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DOK5基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DOK5基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000262593.10、premrna_ENST00000395939.5、premrna_ENST00000484860.1和premrna_ENST00000491469.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DOK5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的DOK5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的DOK5前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000262593.10、transcript_ENST00000395939.5、transcript_ENST00000484860.1和transcript_ENST00000491469.1。
在一些实施方案中,DOK5前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000101134.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DOK5前mRNA转录物包含与本文所述的DOK5前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,DOK5前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000262593.10、premrna_ENST00000395939.5、premrna_ENST00000484860.1、premrna_ENST00000491469.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DOK5前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.457-SEQ ID NO.460的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DOK5前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从EIF2B5基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的EIF2B5基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自EIF2B5基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述EIF2B5基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000432569.2、premrna_ENST00000432982.5、premrna_ENST00000465218.3、premrna_ENST00000468748.7、premrna_ENST00000471832.2、premrna_ENST00000479250.1、premrna_ENST00000481054.5、premrna_ENST00000484154.2、premrna_ENST00000491008.6、premrna_ENST00000491144.5、premrna_ENST00000492226.2、premrna_ENST00000492773.6、premrna_ENST00000493740.1、premrna_ENST00000498831.1、premrna_ENST00000647636.1、premrna_ENST00000647909.1、premrna_ENST00000648145.1、premrna_ENST00000648189.1、premrna_ENST00000648256.1、premrna_ENST00000648314.1、premrna_ENST00000648599.1、premrna_ENST00000648630.1、premrna_ENST00000648682.1、premrna_ENST00000648882.1、premrna_ENST00000648890.1、premrna_ENST00000648915.2、premrna_ENST00000649545.1、premrna_ENST00000649688.1、premrna_ENST00000649814.1、premrna_ENST00000650244.1和premrna_ENST00000650270.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的EIF2B5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的EIF2B5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的EIF2B5前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000432569.2、transcript_ENST00000432982.5、transcript_ENST00000465218.3、transcript_ENST00000468748.7、transcript_ENST00000471832.2、transcript_ENST00000479250.1、transcript_ENST00000481054.5、transcript_ENST00000484154.2、transcript_ENST00000491008.6、transcript_ENST00000491144.5、transcript_ENST00000492226.2、transcript_ENST00000492773.6、transcript_ENST00000493740.1、transcript_ENST00000498831.1、transcript_ENST00000647636.1、transcript_ENST00000647909.1、transcript_ENST00000648145.1、transcript_ENST00000648189.1、transcript_ENST00000648256.1、transcript_ENST00000648314.1、transcript_ENST00000648599.1、transcript_ENST00000648630.1、transcript_ENST00000648682.1、transcript_ENST00000648882.1、transcript_ENST00000648890.1、transcript_ENST00000648915.2、transcript_ENST00000649545.1、transcript_ENST00000649688.1、transcript_ENST00000649814.1、transcript_ENST00000650244.1和transcript_ENST00000650270.1。
在一些实施方案中,EIF2B5前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000145191.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,EIF2B5前mRNA转录物包含与本文所述的EIF2B5前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,EIF2B5前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000432569.2、premrna_ENST00000432982.5、premrna_ENST00000465218.3、premrna_ENST00000468748.7、premrna_ENST00000471832.2、premrna_ENST00000479250.1、premrna_ENST00000481054.5、premrna_ENST00000484154.2、premrna_ENST00000491008.6、premrna_ENST00000491144.5、premrna_ENST00000492226.2、premrna_ENST00000492773.6、premrna_ENST00000493740.1、premrna_ENST00000498831.1、premrna_ENST00000647636.1、premrna_ENST00000647909.1、premrna_ENST00000648145.1、premrna_ENST00000648189.1、premrna_ENST00000648256.1、premrna_ENST00000648314.1、premrna_ENST00000648599.1、premrna_ENST00000648630.1、premrna_ENST00000648682.1、premrna_ENST00000648882.1、premrna_ENST00000648890.1、premrna_ENST00000648915.2、premrna_ENST00000649545.1、premrna_ENST00000649688.1、premrna_ENST00000649814.1、premrna_ENST00000650244.1、premrna_ENST00000650270.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,EIF2B5前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.461-SEQ ID NO.464的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,EIF2B5前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ELAC2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ELAC2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ELAC2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ELAC2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000338034.9、premrna_ENST00000395962.6、premrna_ENST00000426905.7、premrna_ENST00000446899.5、premrna_ENST00000465825.5、premrna_ENST00000476042.1、premrna_ENST00000480891.5、premrna_ENST00000484122.5、premrna_ENST00000487229.6、premrna_ENST00000491478.5、premrna_ENST00000492559.5、premrna_ENST00000578071.1、premrna_ENST00000578104.1、premrna_ENST00000578991.5、premrna_ENST00000580504.5、premrna_ENST00000581499.6、premrna_ENST00000583371.5、premrna_ENST00000584650.5、premrna_ENST00000609101.5、premrna_ENST00000609345.1和premrna_ENST00000609757.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ELAC2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ELAC2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ELAC2前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000338034.9、transcript_ENST00000395962.6、transcript_ENST00000426905.7、transcript_ENST00000446899.5、transcript_ENST00000465825.5、transcript_ENST00000476042.1、transcript_ENST00000480891.5、transcript_ENST00000484122.5、transcript_ENST00000487229.6、transcript_ENST00000491478.5、transcript_ENST00000492559.5、transcript_ENST00000578071.1、transcript_ENST00000578104.1、transcript_ENST00000578991.5、transcript_ENST00000580504.5、transcript_ENST00000581499.6、transcript_ENST00000583371.5、transcript_ENST00000584650.5、transcript_ENST00000609101.5、transcript_ENST00000609345.1和transcript_ENST00000609757.5。
在一些实施方案中,ELAC2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000006744.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ELAC2前mRNA转录物包含与本文所述的ELAC2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ELAC2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000338034.9、premrna_ENST00000395962.6、premrna_ENST00000426905.7、premrna_ENST00000446899.5、premrna_ENST00000465825.5、premrna_ENST00000476042.1、premrna_ENST00000480891.5、premrna_ENST00000484122.5、premrna_ENST00000487229.6、premrna_ENST00000491478.5、premrna_ENST00000492559.5、premrna_ENST00000578071.1、premrna_ENST00000578104.1、premrna_ENST00000578991.5、premrna_ENST00000580504.5、premrna_ENST00000581499.6、premrna_ENST00000583371.5、premrna_ENST00000584650.5、premrna_ENST00000609101.5、premrna_ENST00000609345.1、premrna_ENST00000609757.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ELAC2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.465-SEQ ID NO.472的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ELAC2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ELP1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ELP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ELP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ELP1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000374647.10、premrna_ENST00000467959.1、premrna_ENST00000495759.5和premrna_ENST00000537196.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ELP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ELP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ELP1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000374647.10、transcript_ENST00000467959.1、transcript_ENST00000495759.5和transcript_ENST00000537196.1。
在一些实施方案中,ELP1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000070061.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ELP1前mRNA转录物包含与本文所述的ELP1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ELP1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000374647.10、premrna_ENST00000467959.1、premrna_ENST00000495759.5、premrna_ENST00000537196.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ELP1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.473-SEQ ID NO.476的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ELP1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ENTPD4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ENTPD4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ENTPD4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ENTPD4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000356206.10、premrna_ENST00000358689.9、premrna_ENST00000417069.6、premrna_ENST00000518471.5、premrna_ENST00000518718.1、premrna_ENST00000519839.1、premrna_ENST00000520936.1、premrna_ENST00000521321.5、premrna_ENST00000522255.1、premrna_ENST00000522913.1和premrna_ENST00000523958.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ENTPD4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ENTPD4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ENTPD4前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000356206.10、transcript_ENST00000358689.9、transcript_ENST00000417069.6、transcript_ENST00000518471.5、transcript_ENST00000518718.1、transcript_ENST00000519839.1、transcript_ENST00000520936.1、transcript_ENST00000521321.5、transcript_ENST00000522255.1、transcript_ENST00000522913.1和transcript_ENST00000523958.5。
在一些实施方案中,ENTPD4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000197217.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ENTPD4前mRNA转录物包含与本文所述的ENTPD4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ENTPD4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000356206.10、premrna_ENST00000358689.9、premrna_ENST00000417069.6、premrna_ENST00000518471.5、premrna_ENST00000518718.1、premrna_ENST00000519839.1、premrna_ENST00000520936.1、premrna_ENST00000521321.5、premrna_ENST00000522255.1、premrna_ENST00000522913.1、premrna_ENST00000523958.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ENTPD4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.477-SEQ ID NO.480的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ENTPD4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ESRRA基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ESRRA基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ESRRA基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ESRRA基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000000442.11、premrna_ENST00000405666.5、premrna_ENST00000406310.6、premrna_ENST00000467987.1、premrna_ENST00000468670.1、premrna_ENST00000539594.5、premrna_ENST00000545035.1和premrna_ENST00000673656.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ESRRA前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ESRRA前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ESRRA前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000000442.11、transcript_ENST00000405666.5、transcript_ENST00000406310.6、transcript_ENST00000467987.1、transcript_ENST00000468670.1、transcript_ENST00000539594.5、transcript_ENST00000545035.1和transcript_ENST00000673656.1。
在一些实施方案中,ESRRA前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000173153.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ESRRA前mRNA转录物包含与本文所述的ESRRA前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ESRRA前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000000442.11、premrna_ENST00000405666.5、premrna_ENST00000406310.6、premrna_ENST00000467987.1、premrna_ENST00000468670.1、premrna_ENST00000539594.5、premrna_ENST00000545035.1、premrna_ENST00000673656.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ESRRA前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.481-SEQ ID NO.484的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ESRRA前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ESS2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ESS2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ESS2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ESS2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000252137.11、premrna_ENST00000434568.5、premrna_ENST00000469466.1和premrna_ENST00000472073.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ESS2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ESS2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ESS2前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000252137.11、transcript_ENST00000434568.5、transcript_ENST00000469466.1和transcript_ENST00000472073.1。
在一些实施方案中,ESS2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000100056.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ESS2前mRNA转录物包含与本文所述的ESS2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ESS2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000252137.11、premrna_ENST00000434568.5、premrna_ENST00000469466.1、premrna_ENST00000472073.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ESS2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.485-SEQ ID NO.488的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ESS2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ETAA1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ETAA1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ETAA1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ETAA1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000272342.6、premrna_ENST00000462772.2、premrna_ENST00000644028.1和premrna_ENST00000645739.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ETAA1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ETAA1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ETAA1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000272342.6、transcript_ENST00000462772.2、transcript_ENST00000644028.1和transcript_ENST00000645739.1。
在一些实施方案中,ETAA1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000143971.9或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ETAA1前mRNA转录物包含与本文所述的ETAA1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ETAA1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000272342.6、premrna_ENST00000462772.2、premrna_ENST00000644028.1、premrna_ENST00000645739.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ETAA1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.489-SEQ ID NO.492的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ETAA1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ETHE1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ETHE1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ETHE1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ETHE1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000292147.7、premrna_ENST00000594342.5、premrna_ENST00000595115.1、premrna_ENST00000598330.1、premrna_ENST00000600651.5和premrna_ENST00000602138.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ETHE1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ETHE1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ETHE1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000292147.7、transcript_ENST00000594342.5、transcript_ENST00000595115.1、transcript_ENST00000598330.1、transcript_ENST00000600651.5和transcript_ENST00000602138.1。
在一些实施方案中,ETHE1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000105755.8或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ETHE1前mRNA转录物包含与本文所述的ETHE1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ETHE1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000292147.7、premrna_ENST00000594342.5、premrna_ENST00000595115.1、premrna_ENST00000598330.1、premrna_ENST00000600651.5、premrna_ENST00000602138.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ETHE1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.493-SEQ ID NO.496的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ETHE1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从FANCA基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的FANCA基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自FANCA基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述FANCA基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000305699.15、premrna_ENST00000389301.8、premrna_ENST00000389302.7、premrna_ENST00000534992.5、premrna_ENST00000543736.5、premrna_ENST00000561660.1、premrna_ENST00000561667.1、premrna_ENST00000561722.5、premrna_ENST00000562424.1、premrna_ENST00000563318.1、premrna_ENST00000563510.5、premrna_ENST00000563513.1、premrna_ENST00000563673.5、premrna_ENST00000563767.1、premrna_ENST00000564475.5、premrna_ENST00000564870.1、premrna_ENST00000564969.5、premrna_ENST00000565582.5、premrna_ENST00000566133.1、premrna_ENST00000566409.1、premrna_ENST00000566889.5、premrna_ENST00000567205.1、premrna_ENST00000567284.6、premrna_ENST00000567510.1、premrna_ENST00000567621.5、premrna_ENST00000567879.5、premrna_ENST00000567883.5、premrna_ENST00000567943.1、premrna_ENST00000567988.5、premrna_ENST00000568369.5、premrna_ENST00000568626.1和premrna_ENST00000568983.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的FANCA前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的FANCA前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的FANCA前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000305699.15、transcript_ENST00000389301.8、transcript_ENST00000389302.7、transcript_ENST00000534992.5、transcript_ENST00000543736.5、transcript_ENST00000561660.1、transcript_ENST00000561667.1、transcript_ENST00000561722.5、transcript_ENST00000562424.1、transcript_ENST00000563318.1、transcript_ENST00000563510.5、transcript_ENST00000563513.1、transcript_ENST00000563673.5、transcript_ENST00000563767.1、transcript_ENST00000564475.5、transcript_ENST00000564870.1、transcript_ENST00000564969.5、transcript_ENST00000565582.5、transcript_ENST00000566133.1、transcript_ENST00000566409.1、transcript_ENST00000566889.5、transcript_ENST00000567205.1、transcript_ENST00000567284.6、transcript_ENST00000567510.1、transcript_ENST00000567621.5、transcript_ENST00000567879.5、transcript_ENST00000567883.5、transcript_ENST00000567943.1、transcript_ENST00000567988.5、transcript_ENST00000568369.5、transcript_ENST00000568626.1和transcript_ENST00000568983.5。
在一些实施方案中,FANCA前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000187741.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,FANCA前mRNA转录物包含与本文所述的FANCA前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,FANCA前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000305699.15、premrna_ENST00000389301.8、premrna_ENST00000389302.7、premrna_ENST00000534992.5、premrna_ENST00000543736.5、premrna_ENST00000561660.1、premrna_ENST00000561667.1、premrna_ENST00000561722.5、premrna_ENST00000562424.1、premrna_ENST00000563318.1、premrna_ENST00000563510.5、premrna_ENST00000563513.1、premrna_ENST00000563673.5、premrna_ENST00000563767.1、premrna_ENST00000564475.5、premrna_ENST00000564870.1、premrna_ENST00000564969.5、premrna_ENST00000565582.5、premrna_ENST00000566133.1、premrna_ENST00000566409.1、premrna_ENST00000566889.5、premrna_ENST00000567205.1、premrna_ENST00000567284.6、premrna_ENST00000567510.1、premrna_ENST00000567621.5、premrna_ENST00000567879.5、premrna_ENST00000567883.5、premrna_ENST00000567943.1、premrna_ENST00000567988.5、premrna_ENST00000568369.5、premrna_ENST00000568626.1、premrna_ENST00000568983.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FANCA前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.497-SEQ ID NO.502的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FANCA前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从FASTK基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的FASTK基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自FASTK基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述FASTK基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000297532.11、premrna_ENST00000353841.6、premrna_ENST00000459800.1、premrna_ENST00000460980.5、premrna_ENST00000461979.1、premrna_ENST00000465272.1、premrna_ENST00000466855.1、premrna_ENST00000467237.5、premrna_ENST00000469237.5、premrna_ENST00000478477.1、premrna_ENST00000478883.1、premrna_ENST00000482571.2、premrna_ENST00000482806.5、premrna_ENST00000483953.5、premrna_ENST00000489884.5、premrna_ENST00000496663.1和premrna_ENST00000540185.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的FASTK前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的FASTK前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的FASTK前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000297532.11、transcript_ENST00000353841.6、transcript_ENST00000459800.1、transcript_ENST00000460980.5、transcript_ENST00000461979.1、transcript_ENST00000465272.1、transcript_ENST00000466855.1、transcript_ENST00000467237.5、transcript_ENST00000469237.5、transcript_ENST00000478477.1、transcript_ENST00000478883.1、transcript_ENST00000482571.2、transcript_ENST00000482806.5、transcript_ENST00000483953.5、transcript_ENST00000489884.5、transcript_ENST00000496663.1和transcript_ENST00000540185.5。
在一些实施方案中,FASTK前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000164896.20或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,FASTK前mRNA转录物包含与本文所述的FASTK前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,FASTK前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000297532.11、premrna_ENST00000353841.6、premrna_ENST00000459800.1、premrna_ENST00000460980.5、premrna_ENST00000461979.1、premrna_ENST00000465272.1、premrna_ENST00000466855.1、premrna_ENST00000467237.5、premrna_ENST00000469237.5、premrna_ENST00000478477.1、premrna_ENST00000478883.1、premrna_ENST00000482571.2、premrna_ENST00000482806.5、premrna_ENST00000483953.5、premrna_ENST00000489884.5、premrna_ENST00000496663.1、premrna_ENST00000540185.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FASTK前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.503-SEQ ID NO.517的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FASTK前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从FASTKD3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的FASTKD3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自FASTKD3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述FASTKD3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000264669.10、premrna_ENST00000282110.8、premrna_ENST00000504695.1、premrna_ENST00000507036.1、premrna_ENST00000507572.1、premrna_ENST00000511261.5、premrna_ENST00000513577.1和premrna_ENST00000513658.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的FASTKD3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的FASTKD3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的FASTKD3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000264669.10、transcript_ENST00000282110.8、transcript_ENST00000504695.1、transcript_ENST00000507036.1、transcript_ENST00000507572.1、transcript_ENST00000511261.5、transcript_ENST00000513577.1和transcript_ENST00000513658.5。
在一些实施方案中,FASTKD3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000124279.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,FASTKD3前mRNA转录物包含与本文所述的FASTKD3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,FASTKD3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000264669.10、premrna_ENST00000282110.8、premrna_ENST00000504695.1、premrna_ENST00000507036.1、premrna_ENST00000507572.1、premrna_ENST00000511261.5、premrna_ENST00000513577.1、premrna_ENST00000513658.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FASTKD3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.518-SEQ ID NO.521的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FASTKD3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从FPGS基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的FPGS基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自FPGS基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述FPGS基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000373225.7、premrna_ENST00000373228.5、premrna_ENST00000373247.7、premrna_ENST00000393706.6、premrna_ENST00000423577.1、premrna_ENST00000431857.5、premrna_ENST00000460181.5、premrna_ENST00000467826.5、premrna_ENST00000469310.1、premrna_ENST00000473536.1、premrna_ENST00000475270.1、premrna_ENST00000475765.5、premrna_ENST00000479147.6、premrna_ENST00000479375.6、premrna_ENST00000481552.6、premrna_ENST00000488307.5、premrna_ENST00000488506.5、premrna_ENST00000489522.5、premrna_ENST00000496586.5、premrna_ENST00000497386.5和premrna_ENST00000630236.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的FPGS前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的FPGS前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的FPGS前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000373225.7、transcript_ENST00000373228.5、transcript_ENST00000373247.7、transcript_ENST00000393706.6、transcript_ENST00000423577.1、transcript_ENST00000431857.5、transcript_ENST00000460181.5、transcript_ENST00000467826.5、transcript_ENST00000469310.1、transcript_ENST00000473536.1、transcript_ENST00000475270.1、transcript_ENST00000475765.5、transcript_ENST00000479147.6、transcript_ENST00000479375.6、transcript_ENST00000481552.6、transcript_ENST00000488307.5、transcript_ENST00000488506.5、transcript_ENST00000489522.5、transcript_ENST00000496586.5、transcript_ENST00000497386.5和transcript_ENST00000630236.2。
在一些实施方案中,FPGS前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000136877.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,FPGS前mRNA转录物包含与本文所述的FPGS前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,FPGS前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000373225.7、premrna_ENST00000373228.5、premrna_ENST00000373247.7、premrna_ENST00000393706.6、premrna_ENST00000423577.1、premrna_ENST00000431857.5、premrna_ENST00000460181.5、premrna_ENST00000467826.5、premrna_ENST00000469310.1、premrna_ENST00000473536.1、premrna_ENST00000475270.1、premrna_ENST00000475765.5、premrna_ENST00000479147.6、premrna_ENST00000479375.6、premrna_ENST00000481552.6、premrna_ENST00000488307.5、premrna_ENST00000488506.5、premrna_ENST00000489522.5、premrna_ENST00000496586.5、premrna_ENST00000497386.5、premrna_ENST00000630236.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FPGS前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.522-SEQ ID NO.525的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FPGS前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从FREM1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的FREM1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自FREM1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述FREM1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000380875.7、premrna_ENST00000380880.3、premrna_ENST00000380894.5、premrna_ENST00000422223.6、premrna_ENST00000427623.5、premrna_ENST00000466679.1、premrna_ENST00000485068.5、premrna_ENST00000486223.1和premrna_ENST00000497634.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的FREM1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的FREM1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的FREM1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000380875.7、transcript_ENST00000380880.3、transcript_ENST00000380894.5、transcript_ENST00000422223.6、transcript_ENST00000427623.5、transcript_ENST00000466679.1、transcript_ENST00000485068.5、transcript_ENST00000486223.1和transcript_ENST00000497634.2。
在一些实施方案中,FREM1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000164946.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,FREM1前mRNA转录物包含与本文所述的FREM1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,FREM1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000380875.7、premrna_ENST00000380880.3、premrna_ENST00000380894.5、premrna_ENST00000422223.6、premrna_ENST00000427623.5、premrna_ENST00000466679.1、premrna_ENST00000485068.5、premrna_ENST00000486223.1、premrna_ENST00000497634.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FREM1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.526-SEQ ID NO.531的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,FREM1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GAS8基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GAS8基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GAS8基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GAS8基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000268699.9、premrna_ENST00000536122.7、premrna_ENST00000537797.5、premrna_ENST00000540721.5、premrna_ENST00000561675.1、premrna_ENST00000563980.5、premrna_ENST00000564392.5、premrna_ENST00000564789.5、premrna_ENST00000564802.1、premrna_ENST00000564853.1、premrna_ENST00000565000.1、premrna_ENST00000565062.5、premrna_ENST00000565957.5、premrna_ENST00000566266.5、premrna_ENST00000568284.1、premrna_ENST00000568664.5、premrna_ENST00000568705.5、premrna_ENST00000569399.1、premrna_ENST00000569558.5和premrna_ENST00000620723.4。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GAS8前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的GAS8前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的GAS8前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000268699.9、transcript_ENST00000536122.7、transcript_ENST00000537797.5、transcript_ENST00000540721.5、transcript_ENST00000561675.1、transcript_ENST00000563980.5、transcript_ENST00000564392.5、transcript_ENST00000564789.5、transcript_ENST00000564802.1、transcript_ENST00000564853.1、transcript_ENST00000565000.1、transcript_ENST00000565062.5、transcript_ENST00000565957.5、transcript_ENST00000566266.5、transcript_ENST00000568284.1、transcript_ENST00000568664.5、transcript_ENST00000568705.5、transcript_ENST00000569399.1、transcript_ENST00000569558.5和transcript_ENST00000620723.4。
在一些实施方案中,GAS8前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000141013.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GAS8前mRNA转录物包含与本文所述的GAS8前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,GAS8前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000268699.9、premrna_ENST00000536122.7、premrna_ENST00000537797.5、premrna_ENST00000540721.5、premrna_ENST00000561675.1、premrna_ENST00000563980.5、premrna_ENST00000564392.5、premrna_ENST00000564789.5、premrna_ENST00000564802.1、premrna_ENST00000564853.1、premrna_ENST00000565000.1、premrna_ENST00000565062.5、premrna_ENST00000565957.5、premrna_ENST00000566266.5、premrna_ENST00000568284.1、premrna_ENST00000568664.5、premrna_ENST00000568705.5、premrna_ENST00000569399.1、premrna_ENST00000569558.5、premrna_ENST00000620723.4的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GAS8前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.532-SEQID NO.539的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GAS8前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GCK基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GCK基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GCK基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GCK基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000336642.9、premrna_ENST00000345378.7、premrna_ENST00000395796.7、premrna_ENST00000403799.8、premrna_ENST00000437084.1、premrna_ENST00000459642.1、premrna_ENST00000473353.1、premrna_ENST00000476008.1、premrna_ENST00000616242.4、premrna_ENST00000671824.1、premrna_ENST00000672743.1和premrna_ENST00000673284.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GCK前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的GCK前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的GCK前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000336642.9、transcript_ENST00000345378.7、transcript_ENST00000395796.7、transcript_ENST00000403799.8、transcript_ENST00000437084.1、transcript_ENST00000459642.1、transcript_ENST00000473353.1、transcript_ENST00000476008.1、transcript_ENST00000616242.4、transcript_ENST00000671824.1、transcript_ENST00000672743.1和transcript_ENST00000673284.1。
在一些实施方案中,GCK前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000106633.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GCK前mRNA转录物包含与本文所述的GCK前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,GCK前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000336642.9、premrna_ENST00000345378.7、premrna_ENST00000395796.7、premrna_ENST00000403799.8、premrna_ENST00000437084.1、premrna_ENST00000459642.1、premrna_ENST00000473353.1、premrna_ENST00000476008.1、premrna_ENST00000616242.4、premrna_ENST00000671824.1、premrna_ENST00000672743.1、premrna_ENST00000673284.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GCK前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.540-SEQ ID NO.543的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GCK前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GGA1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GGA1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GGA1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GGA1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000325180.12、premrna_ENST00000326597.6、premrna_ENST00000343632.9、premrna_ENST00000381756.9、premrna_ENST00000405147.7、premrna_ENST00000406772.5、premrna_ENST00000411501.5、premrna_ENST00000413251.5、premrna_ENST00000423024.1、premrna_ENST00000429218.5、premrna_ENST00000431745.5、premrna_ENST00000439161.5、premrna_ENST00000447515.5、premrna_ENST00000449944.5、premrna_ENST00000453208.5、premrna_ENST00000460957.1、premrna_ENST00000463672.1、premrna_ENST00000475445.1、premrna_ENST00000481613.1、premrna_ENST00000484804.5、premrna_ENST00000488672.1、premrna_ENST00000489772.5和premrna_ENST00000491295.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GGA1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的GGA1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的GGA1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000325180.12、transcript_ENST00000326597.6、transcript_ENST00000343632.9、transcript_ENST00000381756.9、transcript_ENST00000405147.7、transcript_ENST00000406772.5、transcript_ENST00000411501.5、transcript_ENST00000413251.5、transcript_ENST00000423024.1、transcript_ENST00000429218.5、transcript_ENST00000431745.5、transcript_ENST00000439161.5、transcript_ENST00000447515.5、transcript_ENST00000449944.5、transcript_ENST00000453208.5、transcript_ENST00000460957.1、transcript_ENST00000463672.1、transcript_ENST00000475445.1、transcript_ENST00000481613.1、transcript_ENST00000484804.5、transcript_ENST00000488672.1、transcript_ENST00000489772.5和transcript_ENST00000491295.1。
在一些实施方案中,GGA1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000100083.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GGA1前mRNA转录物包含与本文所述的GGA1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,GGA1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000325180.12、premrna_ENST00000326597.6、premrna_ENST00000343632.9、premrna_ENST00000381756.9、premrna_ENST00000405147.7、premrna_ENST00000406772.5、premrna_ENST00000411501.5、premrna_ENST00000413251.5、premrna_ENST00000423024.1、premrna_ENST00000429218.5、premrna_ENST00000431745.5、premrna_ENST00000439161.5、premrna_ENST00000447515.5、premrna_ENST00000449944.5、premrna_ENST00000453208.5、premrna_ENST00000460957.1、premrna_ENST00000463672.1、premrna_ENST00000475445.1、premrna_ENST00000481613.1、premrna_ENST00000484804.5、premrna_ENST00000488672.1、premrna_ENST00000489772.5、premrna_ENST00000491295.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GGA1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.544-SEQ ID NO.553的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GGA1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GGA3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GGA3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GGA3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GGA3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GGA3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的GGA3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的GGA3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000537686.5、transcript_ENST00000538886.5、transcript_ENST00000577435.5、transcript_ENST00000578208.1、transcript_ENST00000578348.5、transcript_ENST00000578773.1、transcript_ENST00000578896.1、transcript_ENST00000579743.2、transcript_ENST00000580646.5、transcript_ENST00000580799.2、transcript_ENST00000582232.1、transcript_ENST00000582376.1、transcript_ENST00000582486.5、transcript_ENST00000582717.5、transcript_ENST00000582821.5、transcript_ENST00000583282.5、transcript_ENST00000583667.1、transcript_ENST00000584243.5、transcript_ENST00000584550.1、transcript_ENST00000613421.4、transcript_ENST00000614198.4、transcript_ENST00000621217.4、transcript_ENST00000621870.4和transcript_ENST00000649398.1。
在一些实施方案中,GGA3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000125447.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GGA3前mRNA转录物包含与本文所述的GGA3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,GGA3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000537686.5、premrna_ENST00000538886.5、premrna_ENST00000577435.5、premrna_ENST00000578208.1、premrna_ENST00000578348.5、premrna_ENST00000578773.1、premrna_ENST00000578896.1、premrna_ENST00000579743.2、premrna_ENST00000580646.5、premrna_ENST00000580799.2、premrna_ENST00000582232.1、premrna_ENST00000582376.1、premrna_ENST00000582486.5、premrna_ENST00000582717.5、premrna_ENST00000582821.5、premrna_ENST00000583282.5、premrna_ENST00000583667.1、premrna_ENST00000584243.5、premrna_ENST00000584550.1、premrna_ENST00000613421.4、premrna_ENST00000614198.4、premrna_ENST00000621217.4、premrna_ENST00000621870.4、premrna_ENST00000649398.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GGA3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.554-SEQ ID NO.557的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GGA3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GGT1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GGT1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GGT1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GGT1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000248923.9、premrna_ENST00000400380.5、premrna_ENST00000400382.6、premrna_ENST00000401885.5、premrna_ENST00000403838.5、premrna_ENST00000404223.5、premrna_ENST00000404532.5、premrna_ENST00000404603.5、premrna_ENST00000404920.1、premrna_ENST00000411974.5、premrna_ENST00000412658.5、premrna_ENST00000412898.5、premrna_ENST00000419133.5、premrna_ENST00000425895.5、premrna_ENST00000428855.5、premrna_ENST00000430289.5、premrna_ENST00000432867.5、premrna_ENST00000438643.6、premrna_ENST00000439775.1、premrna_ENST00000445029.5、premrna_ENST00000447416.5、premrna_ENST00000451366.5、premrna_ENST00000452551.5、premrna_ENST00000455483.5、premrna_ENST00000456869.5、premrna_ENST00000466310.5、premrna_ENST00000474191.6、premrna_ENST00000487766.1、premrna_ENST00000490087.1、premrna_ENST00000651180.1和premrna_ENST00000652248.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GGT1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的GGT1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的GGT1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000248923.9、transcript_ENST00000400380.5、transcript_ENST00000400382.6、transcript_ENST00000401885.5、transcript_ENST00000403838.5、transcript_ENST00000404223.5、transcript_ENST00000404532.5、transcript_ENST00000404603.5、transcript_ENST00000404920.1、transcript_ENST00000411974.5、transcript_ENST00000412658.5、transcript_ENST00000412898.5、transcript_ENST00000419133.5、transcript_ENST00000425895.5、transcript_ENST00000428855.5、transcript_ENST00000430289.5、transcript_ENST00000432867.5、transcript_ENST00000438643.6、transcript_ENST00000439775.1、transcript_ENST00000445029.5、transcript_ENST00000447416.5、transcript_ENST00000451366.5、transcript_ENST00000452551.5、transcript_ENST00000455483.5、transcript_ENST00000456869.5、transcript_ENST00000466310.5、transcript_ENST00000474191.6、transcript_ENST00000487766.1、transcript_ENST00000490087.1、transcript_ENST00000651180.1和transcript_ENST00000652248.1。
在一些实施方案中,GGT1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000100031.19或ENSG00000286070.1或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GGT1前mRNA转录物包含与本文所述的GGT1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,GGT1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000248923.9、premrna_ENST00000400380.5、premrna_ENST00000400382.6、premrna_ENST00000401885.5、premrna_ENST00000403838.5、premrna_ENST00000404223.5、premrna_ENST00000404532.5、premrna_ENST00000404603.5、premrna_ENST00000404920.1、premrna_ENST00000411974.5、premrna_ENST00000412658.5、premrna_ENST00000412898.5、premrna_ENST00000419133.5、premrna_ENST00000425895.5、premrna_ENST00000428855.5、premrna_ENST00000430289.5、premrna_ENST00000432867.5、premrna_ENST00000438643.6、premrna_ENST00000439775.1、premrna_ENST00000445029.5、premrna_ENST00000447416.5、premrna_ENST00000451366.5、premrna_ENST00000452551.5、premrna_ENST00000455483.5、premrna_ENST00000456869.5、premrna_ENST00000466310.5、premrna_ENST00000474191.6、premrna_ENST00000487766.1、premrna_ENST00000490087.1、premrna_ENST00000651180.1、premrna_ENST00000652248.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GGT1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.558-SEQ ID NO.561的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GGT1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GLMN基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GLMN基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GLMN基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GLMN基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000370360.8、premrna_ENST00000463560.1、premrna_ENST00000471465.1、premrna_ENST00000487911.1、premrna_ENST00000495106.5和premrna_ENST00000495852.6。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GLMN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的GLMN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的GLMN前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000370360.8、transcript_ENST00000463560.1、transcript_ENST00000471465.1、transcript_ENST00000487911.1、transcript_ENST00000495106.5和transcript_ENST00000495852.6。
在一些实施方案中,GLMN前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000174842.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GLMN前mRNA转录物包含与本文所述的GLMN前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,GLMN前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000370360.8、premrna_ENST00000463560.1、premrna_ENST00000471465.1、premrna_ENST00000487911.1、premrna_ENST00000495106.5、premrna_ENST00000495852.6的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GLMN前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.562-SEQ ID NO.569的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GLMN前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GON4L基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GON4L基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GON4L基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GON4L基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000271883.9、premrna_ENST00000361040.9、premrna_ENST00000368331.5、premrna_ENST00000437809.5、premrna_ENST00000460075.1、premrna_ENST00000466224.1、premrna_ENST00000467009.1、premrna_ENST00000468867.1、premrna_ENST00000471341.5、premrna_ENST00000473267.1、premrna_ENST00000482386.5、premrna_ENST00000483032.1、premrna_ENST00000488251.1、premrna_ENST00000490801.1、premrna_ENST00000496021.1、premrna_ENST00000497369.5、premrna_ENST00000615926.4、premrna_ENST00000620426.4和premrna_ENST00000622608.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GON4L前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的GON4L前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的GON4L前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000271883.9、transcript_ENST00000361040.9、transcript_ENST00000368331.5、transcript_ENST00000437809.5、transcript_ENST00000460075.1、transcript_ENST00000466224.1、transcript_ENST00000467009.1、transcript_ENST00000468867.1、transcript_ENST00000471341.5、transcript_ENST00000473267.1、transcript_ENST00000482386.5、transcript_ENST00000483032.1、transcript_ENST00000488251.1、transcript_ENST00000490801.1、transcript_ENST00000496021.1、transcript_ENST00000497369.5、transcript_ENST00000615926.4、transcript_ENST00000620426.4和transcript_ENST00000622608.1。
在一些实施方案中,GON4L前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000116580.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GON4L前mRNA转录物包含与本文所述的GON4L前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,GON4L前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000271883.9、premrna_ENST00000361040.9、premrna_ENST00000368331.5、premrna_ENST00000437809.5、premrna_ENST00000460075.1、premrna_ENST00000466224.1、premrna_ENST00000467009.1、premrna_ENST00000468867.1、premrna_ENST00000471341.5、premrna_ENST00000473267.1、premrna_ENST00000482386.5、premrna_ENST00000483032.1、premrna_ENST00000488251.1、premrna_ENST00000490801.1、premrna_ENST00000496021.1、premrna_ENST00000497369.5、premrna_ENST00000615926.4、premrna_ENST00000620426.4、premrna_ENST00000622608.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GON4L前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.570-SEQ ID NO.573的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GON4L前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GRB14基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GRB14基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GRB14基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GRB14基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000263915.8、premrna_ENST00000424693.1、premrna_ENST00000446413.6、premrna_ENST00000469573.1、premrna_ENST00000488342.5和premrna_ENST00000497306.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GRB14前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的GRB14前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的GRB14前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000263915.8、transcript_ENST00000424693.1、transcript_ENST00000446413.6、transcript_ENST00000469573.1、transcript_ENST00000488342.5和transcript_ENST00000497306.1。
在一些实施方案中,GRB14前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000115290.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GRB14前mRNA转录物包含与本文所述的GRB14前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,GRB14前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000263915.8、premrna_ENST00000424693.1、premrna_ENST00000446413.6、premrna_ENST00000469573.1、premrna_ENST00000488342.5、premrna_ENST00000497306.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GRB14前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.574-SEQ ID NO.577的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GRB14前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从HDAC3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的HDAC3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自HDAC3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述HDAC3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000305264.8、premrna_ENST00000459727.5、premrna_ENST00000467533.5、premrna_ENST00000469207.5、premrna_ENST00000469550.6、premrna_ENST00000471968.1、premrna_ENST00000475549.1、premrna_ENST00000476739.5、premrna_ENST00000486618.1、premrna_ENST00000490808.1、premrna_ENST00000491581.5、premrna_ENST00000492407.1、premrna_ENST00000492506.1、premrna_ENST00000495485.1、premrna_ENST00000519474.5和premrna_ENST00000523088.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的HDAC3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的HDAC3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的HDAC3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000305264.8、transcript_ENST00000459727.5、transcript_ENST00000467533.5、transcript_ENST00000469207.5、transcript_ENST00000469550.6、transcript_ENST00000471968.1、transcript_ENST00000475549.1、transcript_ENST00000476739.5、transcript_ENST00000486618.1、transcript_ENST00000490808.1、transcript_ENST00000491581.5、transcript_ENST00000492407.1、transcript_ENST00000492506.1、transcript_ENST00000495485.1、transcript_ENST00000519474.5和transcript_ENST00000523088.5。
在一些实施方案中,HDAC3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000171720.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,HDAC3前mRNA转录物包含与本文所述的HDAC3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,HDAC3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000305264.8、premrna_ENST00000459727.5、premrna_ENST00000467533.5、premrna_ENST00000469207.5、premrna_ENST00000469550.6、premrna_ENST00000471968.1、premrna_ENST00000475549.1、premrna_ENST00000476739.5、premrna_ENST00000486618.1、premrna_ENST00000490808.1、premrna_ENST00000491581.5、premrna_ENST00000492407.1、premrna_ENST00000492506.1、premrna_ENST00000495485.1、premrna_ENST00000519474.5、premrna_ENST00000523088.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HDAC3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.578-SEQ ID NO.581的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HDAC3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从HELQ基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的HELQ基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自HELQ基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述HELQ基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000295488.8、premrna_ENST00000440639.2、premrna_ENST00000508591.5、premrna_ENST00000510985.1、premrna_ENST00000512539.1和premrna_ENST00000515482.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的HELQ前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的HELQ前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的HELQ前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000295488.8、transcript_ENST00000440639.2、transcript_ENST00000508591.5、transcript_ENST00000510985.1、transcript_ENST00000512539.1和transcript_ENST00000515482.1。
在一些实施方案中,HELQ前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000163312.11或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,HELQ前mRNA转录物包含与本文所述的HELQ前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,HELQ前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000295488.8、premrna_ENST00000440639.2、premrna_ENST00000508591.5、premrna_ENST00000510985.1、premrna_ENST00000512539.1和premrna_ENST00000515482.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HELQ前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.582-SEQ ID NO.585的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HELQ前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从HP1BP3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的HP1BP3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自HP1BP3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述HP1BP3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000312239.10、premrna_ENST00000375000.5、premrna_ENST00000375003.6、premrna_ENST00000414993.1、premrna_ENST00000417710.5、premrna_ENST00000419490.5、premrna_ENST00000419948.5、premrna_ENST00000424732.5、premrna_ENST00000437575.5、premrna_ENST00000438032.6、premrna_ENST00000443615.1、premrna_ENST00000487117.1、premrna_ENST00000488722.5和premrna_ENST00000491748.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的HP1BP3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的HP1BP3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的HP1BP3前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000312239.10、transcript_ENST00000375000.5、transcript_ENST00000375003.6、transcript_ENST00000414993.1、transcript_ENST00000417710.5、transcript_ENST00000419490.5、transcript_ENST00000419948.5、transcript_ENST00000424732.5、transcript_ENST00000437575.5、transcript_ENST00000438032.6、transcript_ENST00000443615.1、transcript_ENST00000487117.1、transcript_ENST00000488722.5和transcript_ENST00000491748.1。
在一些实施方案中,HP1BP3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000127483.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,HP1BP3前mRNA转录物包含与本文所述的HP1BP3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,HP1BP3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000312239.10、premrna_ENST00000375000.5、premrna_ENST00000375003.6、premrna_ENST00000414993.1、premrna_ENST00000417710.5、premrna_ENST00000419490.5、premrna_ENST00000419948.5、premrna_ENST00000424732.5、premrna_ENST00000437575.5、premrna_ENST00000438032.6、premrna_ENST00000443615.1、premrna_ENST00000487117.1、premrna_ENST00000488722.5、premrna_ENST00000491748.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HP1BP3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.586-SEQ ID NO.589的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HP1BP3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从HPS1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的HPS1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自HPS1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述HPS1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000325103.10、premrna_ENST00000338546.9、premrna_ENST00000359632.7、premrna_ENST00000361490.9、premrna_ENST00000414009.1、premrna_ENST00000462743.1、premrna_ENST00000465957.1、premrna_ENST00000467246.5、premrna_ENST00000470095.5、premrna_ENST00000474873.5、premrna_ENST00000478087.5、premrna_ENST00000480020.5、premrna_ENST00000497527.1、premrna_ENST00000498219.5和premrna_ENST00000613394.4。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的HPS1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的HPS1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的HPS1前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000325103.10、transcript_ENST00000338546.9、transcript_ENST00000359632.7、transcript_ENST00000361490.9、transcript_ENST00000414009.1、transcript_ENST00000462743.1、transcript_ENST00000465957.1、transcript_ENST00000467246.5、transcript_ENST00000470095.5、transcript_ENST00000474873.5、transcript_ENST00000478087.5、transcript_ENST00000480020.5、transcript_ENST00000497527.1、transcript_ENST00000498219.5和transcript_ENST00000613394.4。
在一些实施方案中,HPS1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000107521.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,HPS1前mRNA转录物包含与本文所述的HPS1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,HPS1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000325103.10、premrna_ENST00000338546.9、premrna_ENST00000359632.7、premrna_ENST00000361490.9、premrna_ENST00000414009.1、premrna_ENST00000462743.1、premrna_ENST00000465957.1、premrna_ENST00000467246.5、premrna_ENST00000470095.5、premrna_ENST00000474873.5、premrna_ENST00000478087.5、premrna_ENST00000480020.5、premrna_ENST00000497527.1、premrna_ENST00000498219.5、premrna_ENST00000613394.4的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HPS1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.590-SEQID NO.593的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HPS1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从HPS4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的HPS4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自HPS4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述HPS4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子以及位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000336873.9、premrna_ENST00000398145.6、premrna_ENST00000402105.7、premrna_ENST00000422379.2、premrna_ENST00000429411.5、premrna_ENST00000439453.5、premrna_ENST00000459918.1、premrna_ENST00000464362.5、premrna_ENST00000466781.5、premrna_ENST00000473782.1、premrna_ENST00000479064.5、premrna_ENST00000481910.1、premrna_ENST00000483631.1、premrna_ENST00000485842.5、premrna_ENST00000491142.1、premrna_ENST00000493455.6、premrna_ENST00000496385.5和premrna_ENST00000519774.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的HPS4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的HPS4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的HPS4前mRNA序列。在一些实施方案中,所述转录物选自transcript_ENST00000336873.9、transcript_ENST00000398145.6、transcript_ENST00000402105.7、transcript_ENST00000422379.2、transcript_ENST00000429411.5、transcript_ENST00000439453.5、transcript_ENST00000459918.1、transcript_ENST00000464362.5、transcript_ENST00000466781.5、transcript_ENST00000473782.1、transcript_ENST00000479064.5、transcript_ENST00000481910.1、transcript_ENST00000483631.1、transcript_ENST00000485842.5、transcript_ENST00000491142.1、transcript_ENST00000493455.6、transcript_ENST00000496385.5和transcript_ENST00000519774.5。
在一些实施方案中,HPS4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000100099.20或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,HPS4前mRNA转录物包含与本文所述的HPS4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,HPS4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000336873.9、premrna_ENST00000398145.6、premrna_ENST00000402105.7、premrna_ENST00000422379.2、premrna_ENST00000429411.5、premrna_ENST00000439453.5、premrna_ENST00000459918.1、premrna_ENST00000464362.5、premrna_ENST00000466781.5、premrna_ENST00000473782.1、premrna_ENST00000479064.5、premrna_ENST00000481910.1、premrna_ENST00000483631.1、premrna_ENST00000485842.5、premrna_ENST00000491142.1、premrna_ENST00000493455.6、premrna_ENST00000496385.5、premrna_ENST00000519774.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HPS4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.594-SEQ ID NO.597的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HPS4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从IDUA基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的IDUA基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自IDUA基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述IDUA基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000247933.9、premrna_ENST00000502829.1、premrna_ENST00000502910.5、premrna_ENST00000504568.5、premrna_ENST00000506561.5、premrna_ENST00000508168.5、premrna_ENST00000509744.1、premrna_ENST00000509948.5、premrna_ENST00000514192.5、premrna_ENST00000514224.2、premrna_ENST00000514417.1、premrna_ENST00000514698.5和premrna_ENST00000652070.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的IDUA前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的IDUA前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的IDUA前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000247933.9、transcript_ENST00000502829.1、transcript_ENST00000502910.5、transcript_ENST00000504568.5、transcript_ENST00000506561.5、transcript_ENST00000508168.5、transcript_ENST00000509744.1、transcript_ENST00000509948.5、transcript_ENST00000514192.5、transcript_ENST00000514224.2、transcript_ENST00000514417.1、transcript_ENST00000514698.5和transcript_ENST00000652070.1。
在一些实施方案中,IDUA前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000127415.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,IDUA前mRNA转录物包含与本文所述的IDUA前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,IDUA前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000247933.9、premrna_ENST00000502829.1、premrna_ENST00000502910.5、premrna_ENST00000504568.5、premrna_ENST00000506561.5、premrna_ENST00000508168.5、premrna_ENST00000509744.1、premrna_ENST00000509948.5、premrna_ENST00000514192.5、premrna_ENST00000514224.2、premrna_ENST00000514417.1、premrna_ENST00000514698.5、premrna_ENST00000652070.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IDUA前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.598-SEQ ID NO.603的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IDUA前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从IFT122基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的IFT122基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自IFT122基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述IFT122基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000296266.7、premrna_ENST00000347300.6、premrna_ENST00000348417.6、premrna_ENST00000349441.6、premrna_ENST00000431818.6、premrna_ENST00000440957.6、premrna_ENST00000448668.2、premrna_ENST00000502304.5、premrna_ENST00000502456.5、premrna_ENST00000504021.5、premrna_ENST00000504444.1、premrna_ENST00000504653.5、premrna_ENST00000506507.5、premrna_ENST00000507221.1、premrna_ENST00000507564.5、premrna_ENST00000508654.1、premrna_ENST00000508826.5、premrna_ENST00000509195.5、premrna_ENST00000509522.5、premrna_ENST00000509815.1、premrna_ENST00000510524.5、premrna_ENST00000511425.5、premrna_ENST00000511498.1、premrna_ENST00000512157.5、premrna_ENST00000512220.5、premrna_ENST00000512814.5、premrna_ENST00000513190.1、premrna_ENST00000513891.1、premrna_ENST00000513932.1、premrna_ENST00000514081.1、premrna_ENST00000514275.5和premrna_ENST00000515783.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的IFT122前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的IFT122前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的IFT122前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000296266.7、transcript_ENST00000347300.6、transcript_ENST00000348417.6、transcript_ENST00000349441.6、transcript_ENST00000431818.6、transcript_ENST00000440957.6、transcript_ENST00000448668.2、transcript_ENST00000502304.5、transcript_ENST00000502456.5、transcript_ENST00000504021.5、transcript_ENST00000504444.1、transcript_ENST00000504653.5、transcript_ENST00000506507.5、transcript_ENST00000507221.1、transcript_ENST00000507564.5、transcript_ENST00000508654.1、transcript_ENST00000508826.5、transcript_ENST00000509195.5、transcript_ENST00000509522.5、transcript_ENST00000509815.1、transcript_ENST00000510524.5、transcript_ENST00000511425.5、transcript_ENST00000511498.1、transcript_ENST00000512157.5、transcript_ENST00000512220.5、transcript_ENST00000512814.5、transcript_ENST00000513190.1、transcript_ENST00000513891.1、transcript_ENST00000513932.1、transcript_ENST00000514081.1、transcript_ENST00000514275.5和transcript_ENST00000515783.5。
在一些实施方案中,IFT122前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000163913.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,IFT122前mRNA转录物包含与本文所述的IFT122前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,IFT122前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000296266.7、premrna_ENST00000347300.6、premrna_ENST00000348417.6、premrna_ENST00000349441.6、premrna_ENST00000431818.6、premrna_ENST00000440957.6、premrna_ENST00000448668.2、premrna_ENST00000502304.5、premrna_ENST00000502456.5、premrna_ENST00000504021.5、premrna_ENST00000504444.1、premrna_ENST00000504653.5、premrna_ENST00000506507.5、premrna_ENST00000507221.1、premrna_ENST00000507564.5、premrna_ENST00000508654.1、premrna_ENST00000508826.5、premrna_ENST00000509195.5、premrna_ENST00000509522.5、premrna_ENST00000509815.1、premrna_ENST00000510524.5、premrna_ENST00000511425.5、premrna_ENST00000511498.1、premrna_ENST00000512157.5、premrna_ENST00000512220.5、premrna_ENST00000512814.5、premrna_ENST00000513190.1、premrna_ENST00000513891.1、premrna_ENST00000513932.1、premrna_ENST00000514081.1、premrna_ENST00000514275.5、premrna_ENST00000515783.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IFT122前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.604-SEQ IDNO.607的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IFT122前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从IL17RC基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的IL17RC基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自IL17RC基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述IL17RC基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000295981.7、premrna_ENST00000383812.9、premrna_ENST00000403601.8、premrna_ENST00000412901.5、premrna_ENST00000413608.2、premrna_ENST00000416074.6、premrna_ENST00000424206.5、premrna_ENST00000434756.5、premrna_ENST00000436503.5、premrna_ENST00000438091.5、premrna_ENST00000440502.5、premrna_ENST00000451165.6、premrna_ENST00000451231.5、premrna_ENST00000451271.5、premrna_ENST00000455057.5、premrna_ENST00000461995.5、premrna_ENST00000464406.5、premrna_ENST00000465794.1、premrna_ENST00000466046.5、premrna_ENST00000466712.1、premrna_ENST00000469686.5、premrna_ENST00000476810.5、premrna_ENST00000478206.1、premrna_ENST00000481032.1、premrna_ENST00000483582.5、premrna_ENST00000490512.5、premrna_ENST00000494365.5、premrna_ENST00000497102.5、premrna_ENST00000497387.5和premrna_ENST00000498214.6。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的IL17RC前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的IL17RC前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的IL17RC前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000295981.7、transcript_ENST00000383812.9、transcript_ENST00000403601.8、transcript_ENST00000412901.5、transcript_ENST00000413608.2、transcript_ENST00000416074.6、transcript_ENST00000424206.5、transcript_ENST00000434756.5、transcript_ENST00000436503.5、transcript_ENST00000438091.5、transcript_ENST00000440502.5、transcript_ENST00000451165.6、transcript_ENST00000451231.5、transcript_ENST00000451271.5、transcript_ENST00000455057.5、transcript_ENST00000461995.5、transcript_ENST00000464406.5、transcript_ENST00000465794.1、transcript_ENST00000466046.5、transcript_ENST00000466712.1、transcript_ENST00000469686.5、transcript_ENST00000476810.5、transcript_ENST00000478206.1、transcript_ENST00000481032.1、transcript_ENST00000483582.5、transcript_ENST00000490512.5、transcript_ENST00000494365.5、transcript_ENST00000497102.5、transcript_ENST00000497387.5和transcript_ENST00000498214.6。
在一些实施方案中,IL17RC前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000163702.20或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,IL17RC前mRNA转录物包含与本文所述的IL17RC前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,IL17RC前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000295981.7、premrna_ENST00000383812.9、premrna_ENST00000403601.8、premrna_ENST00000412901.5、premrna_ENST00000413608.2、premrna_ENST00000416074.6、premrna_ENST00000424206.5、premrna_ENST00000434756.5、premrna_ENST00000436503.5、premrna_ENST00000438091.5、premrna_ENST00000440502.5、premrna_ENST00000451165.6、premrna_ENST00000451231.5、premrna_ENST00000451271.5、premrna_ENST00000455057.5、premrna_ENST00000461995.5、premrna_ENST00000464406.5、premrna_ENST00000465794.1、premrna_ENST00000466046.5、premrna_ENST00000466712.1、premrna_ENST00000469686.5、premrna_ENST00000476810.5、premrna_ENST00000478206.1、premrna_ENST00000481032.1、premrna_ENST00000483582.5、premrna_ENST00000490512.5、premrna_ENST00000494365.5、premrna_ENST00000497102.5、premrna_ENST00000497387.5、premrna_ENST00000498214.6的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IL17RC前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.608-SEQID NO.611的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IL17RC前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从IMPDH1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的IMPDH1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自IMPDH1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述IMPDH1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000338791.11、premrna_ENST00000348127.10、premrna_ENST00000354269.9、premrna_ENST00000419067.6、premrna_ENST00000460045.1、premrna_ENST00000468842.1、premrna_ENST00000469328.5、premrna_ENST00000470772.5、premrna_ENST00000473463.1、premrna_ENST00000480861.5、premrna_ENST00000484496.5、premrna_ENST00000489263.1、premrna_ENST00000491376.5、premrna_ENST00000496200.5、premrna_ENST00000496487.5、premrna_ENST00000497868.5、premrna_ENST00000626419.2和premrna_ENST00000648462.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的IMPDH1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的IMPDH1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的IMPDH1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000338791.11、transcript_ENST00000348127.10、transcript_ENST00000354269.9、transcript_ENST00000419067.6、transcript_ENST00000460045.1、transcript_ENST00000468842.1、transcript_ENST00000469328.5、transcript_ENST00000470772.5、transcript_ENST00000473463.1、transcript_ENST00000480861.5、transcript_ENST00000484496.5、transcript_ENST00000489263.1、transcript_ENST00000491376.5、transcript_ENST00000496200.5、transcript_ENST00000496487.5、transcript_ENST00000497868.5、transcript_ENST00000626419.2和transcript_ENST00000648462.1。
在一些实施方案中,IMPDH1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000106348.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,IMPDH1前mRNA转录物包含与本文所述的IMPDH1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,IMPDH1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000338791.11、premrna_ENST00000348127.10、premrna_ENST00000354269.9、premrna_ENST00000419067.6、premrna_ENST00000460045.1、premrna_ENST00000468842.1、premrna_ENST00000469328.5、premrna_ENST00000470772.5、premrna_ENST00000473463.1、premrna_ENST00000480861.5、premrna_ENST00000484496.5、premrna_ENST00000489263.1、premrna_ENST00000491376.5、premrna_ENST00000496200.5、premrna_ENST00000496487.5、premrna_ENST00000497868.5、premrna_ENST00000626419.2、premrna_ENST00000648462.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IMPDH1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.612-SEQ ID NO.617的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IMPDH1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从INVS基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的INVS基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自INVS基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述INVS基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000262456.6、premrna_ENST00000262457.7、premrna_ENST00000374921.3、premrna_ENST00000460636.2、premrna_ENST00000466647.5、premrna_ENST00000480309.1和premrna_ENST00000496467.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的INVS前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的INVS前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的INVS前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000262456.6、transcript_ENST00000262457.7、transcript_ENST00000374921.3、transcript_ENST00000460636.2、transcript_ENST00000466647.5、transcript_ENST00000480309.1和transcript_ENST00000496467.5。
在一些实施方案中,INVS前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000119509.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,INVS前mRNA转录物包含与本文所述的INVS前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,INVS前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000262456.6、premrna_ENST00000262457.7、premrna_ENST00000374921.3、premrna_ENST00000460636.2、premrna_ENST00000466647.5、premrna_ENST00000480309.1、premrna_ENST00000496467.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,INVS前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.618-SEQ ID NO.621的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,INVS前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从IRF3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的IRF3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自IRF3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述IRF3基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000309877.11、premrna_ENST00000377135.8、premrna_ENST00000377139.8、premrna_ENST00000442265.2、premrna_ENST00000593337.5、premrna_ENST00000593818.5、premrna_ENST00000593922.5、premrna_ENST00000594387.1、premrna_ENST00000595034.5、premrna_ENST00000595240.5、premrna_ENST00000596644.5、premrna_ENST00000596756.5、premrna_ENST00000596765.5、premrna_ENST00000596788.1、premrna_ENST00000596822.5、premrna_ENST00000597180.1、premrna_ENST00000597198.5、premrna_ENST00000597369.1、premrna_ENST00000597636.5、premrna_ENST00000598108.5、premrna_ENST00000598808.5、premrna_ENST00000599144.5、premrna_ENST00000599223.5、premrna_ENST00000599680.1、premrna_ENST00000600022.5、premrna_ENST00000600453.1、premrna_ENST00000600911.5、premrna_ENST00000601291.5、premrna_ENST00000601373.5、premrna_ENST00000601809.5和premrna_ENST00000602190.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的IRF3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的IRF3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的IRF3前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000309877.11、transcript_ENST00000377135.8、transcript_ENST00000377139.8、transcript_ENST00000442265.2、transcript_ENST00000593337.5、transcript_ENST00000593818.5、transcript_ENST00000593922.5、transcript_ENST00000594387.1、transcript_ENST00000595034.5、transcript_ENST00000595240.5、transcript_ENST00000596644.5、transcript_ENST00000596756.5、transcript_ENST00000596765.5、transcript_ENST00000596788.1、transcript_ENST00000596822.5、transcript_ENST00000597180.1、transcript_ENST00000597198.5、transcript_ENST00000597369.1、transcript_ENST00000597636.5、transcript_ENST00000598108.5、transcript_ENST00000598808.5、transcript_ENST00000599144.5、transcript_ENST00000599223.5、transcript_ENST00000599680.1、transcript_ENST00000600022.5、transcript_ENST00000600453.1、transcript_ENST00000600911.5、transcript_ENST00000601291.5、transcript_ENST00000601373.5、transcript_ENST00000601809.5和transcript_ENST00000602190.1。
在一些实施方案中,IRF3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000126456.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,IRF3前mRNA转录物包含与本文所述的IRF3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,IRF3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000309877.11、premrna_ENST00000377135.8、premrna_ENST00000377139.8、premrna_ENST00000442265.2、premrna_ENST00000593337.5、premrna_ENST00000593818.5、premrna_ENST00000593922.5、premrna_ENST00000594387.1、premrna_ENST00000595034.5、premrna_ENST00000595240.5、premrna_ENST00000596644.5、premrna_ENST00000596756.5、premrna_ENST00000596765.5、premrna_ENST00000596788.1、premrna_ENST00000596822.5、premrna_ENST00000597180.1、premrna_ENST00000597198.5、premrna_ENST00000597369.1、premrna_ENST00000597636.5、premrna_ENST00000598108.5、premrna_ENST00000598808.5、premrna_ENST00000599144.5、premrna_ENST00000599223.5、premrna_ENST00000599680.1、premrna_ENST00000600022.5、premrna_ENST00000600453.1、premrna_ENST00000600911.5、premrna_ENST00000601291.5、premrna_ENST00000601373.5、premrna_ENST00000601809.5、premrna_ENST00000602190.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IRF3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.622-SEQ ID NO.627的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,IRF3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从KCTD3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的KCTD3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自KCTD3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述KCTD3基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000259154.9、premrna_ENST00000448333.1、premrna_ENST00000452413.1、premrna_ENST00000465650.1和premrna_ENST00000495537.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的KCTD3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的KCTD3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的KCTD3前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000259154.9、transcript_ENST00000448333.1、transcript_ENST00000452413.1、transcript_ENST00000465650.1和transcript_ENST00000495537.1。
在一些实施方案中,KCTD3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000136636.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,KCTD3前mRNA转录物包含与本文所述的KCTD3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,KCTD3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000259154.9、premrna_ENST00000448333.1、premrna_ENST00000452413.1、premrna_ENST00000465650.1、premrna_ENST00000495537.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KCTD3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.628-SEQID NO.631的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KCTD3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从KLKB1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的KLKB1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自KLKB1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述KLKB1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000264690.11、premrna_ENST00000428196.5、premrna_ENST00000446598.6、premrna_ENST00000467271.1、premrna_ENST00000511406.5、premrna_ENST00000511608.5和premrna_ENST00000513864.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的KLKB1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的KLKB1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的KLKB1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000264690.11、transcript_ENST00000428196.5、transcript_ENST00000446598.6、transcript_ENST00000467271.1、transcript_ENST00000511406.5、transcript_ENST00000511608.5和transcript_ENST00000513864.2。
在一些实施方案中,KLKB1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000164344.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,KLKB1前mRNA转录物包含与本文所述的KLKB1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,KLKB1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000264690.11、premrna_ENST00000428196.5、premrna_ENST00000446598.6、premrna_ENST00000467271.1、premrna_ENST00000511406.5、premrna_ENST00000511608.5、premrna_ENST00000513864.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KLKB1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.632-SEQ ID NO.635的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KLKB1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从KYAT1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的KYAT1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自KYAT1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述KYAT1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000302586.8、premrna_ENST00000320665.10、premrna_ENST00000416084.5、premrna_ENST00000427720.1、premrna_ENST00000436267.7、premrna_ENST00000451800.5、premrna_ENST00000462722.5、premrna_ENST00000466418.1、premrna_ENST00000474824.1和premrna_ENST00000483599.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的KYAT1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的KYAT1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的KYAT1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000302586.8、transcript_ENST00000320665.10、transcript_ENST00000416084.5、transcript_ENST00000427720.1、transcript_ENST00000436267.7、transcript_ENST00000451800.5、transcript_ENST00000462722.5、transcript_ENST00000466418.1、transcript_ENST00000474824.1和transcript_ENST00000483599.5。
在一些实施方案中,KYAT1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000171097.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,KYAT1前mRNA转录物包含与本文所述的KYAT1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,KYAT1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000302586.8、premrna_ENST00000320665.10、premrna_ENST00000416084.5、premrna_ENST00000427720.1、premrna_ENST00000436267.7、premrna_ENST00000451800.5、premrna_ENST00000462722.5、premrna_ENST00000466418.1、premrna_ENST00000474824.1、premrna_ENST00000483599.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KYAT1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.636-SEQID NO.641的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KYAT1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从LAMC3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的LAMC3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自LAMC3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述LAMC3基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000355452.5、premrna_ENST00000361069.9、premrna_ENST00000462567.1和premrna_ENST00000480883.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的LAMC3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的LAMC3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的LAMC3前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000355452.5、transcript_ENST00000361069.9、transcript_ENST00000462567.1和transcript_ENST00000480883.1。
在一些实施方案中,LAMC3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000050555.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,LAMC3前mRNA转录物包含与本文所述的LAMC3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,LAMC3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000355452.5、premrna_ENST00000361069.9、premrna_ENST00000462567.1、premrna_ENST00000480883.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,LAMC3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.642-SEQ ID NO.647的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,LAMC3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从LDAH基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的LDAH基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自LDAH基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述LDAH基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000237822.8、premrna_ENST00000381090.7、premrna_ENST00000402479.6、premrna_ENST00000403006.6、premrna_ENST00000412261.5、premrna_ENST00000419825.2、premrna_ENST00000432947.1、premrna_ENST00000435420.6、premrna_ENST00000440866.6、premrna_ENST00000470099.1、premrna_ENST00000541941.5、premrna_ENST00000619656.4和premrna_ENST00000626491.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的LDAH前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的LDAH前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的LDAH前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000237822.8、transcript_ENST00000381090.7、transcript_ENST00000402479.6、transcript_ENST00000403006.6、transcript_ENST00000412261.5、transcript_ENST00000419825.2、transcript_ENST00000432947.1、transcript_ENST00000435420.6、transcript_ENST00000440866.6、transcript_ENST00000470099.1、transcript_ENST00000541941.5、transcript_ENST00000619656.4和transcript_ENST00000626491.2。
在一些实施方案中,LDAH前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000118961.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,LDAH前mRNA转录物包含与本文所述的LDAH前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,LDAH前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000237822.8、premrna_ENST00000381090.7、premrna_ENST00000402479.6、premrna_ENST00000403006.6、premrna_ENST00000412261.5、premrna_ENST00000419825.2、premrna_ENST00000432947.1、premrna_ENST00000435420.6、premrna_ENST00000440866.6、premrna_ENST00000470099.1、premrna_ENST00000541941.5、premrna_ENST00000619656.4、premrna_ENST00000626491.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,LDAH前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.648-SEQ ID NO.651的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,LDAH前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从LIMS2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的LIMS2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自LIMS2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述LIMS2基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000324938.9、premrna_ENST00000355119.8、premrna_ENST00000409254.1、premrna_ENST00000409286.5、premrna_ENST00000409455.5、premrna_ENST00000409754.5、premrna_ENST00000409808.6、premrna_ENST00000410011.5、premrna_ENST00000410038.5、premrna_ENST00000413578.5、premrna_ENST00000426981.5、premrna_ENST00000466410.5、premrna_ENST00000469300.6、premrna_ENST00000476932.5、premrna_ENST00000484252.5、premrna_ENST00000494613.5、premrna_ENST00000545738.6和premrna_ENST00000582671.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的LIMS2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的LIMS2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的LIMS2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000324938.9、transcript_ENST00000355119.8、transcript_ENST00000409254.1、transcript_ENST00000409286.5、transcript_ENST00000409455.5、transcript_ENST00000409754.5、transcript_ENST00000409808.6、transcript_ENST00000410011.5、transcript_ENST00000410038.5、transcript_ENST00000413578.5、transcript_ENST00000426981.5、transcript_ENST00000466410.5、transcript_ENST00000469300.6、transcript_ENST00000476932.5、transcript_ENST00000484252.5、transcript_ENST00000494613.5、transcript_ENST00000545738.6和transcript_ENST00000582671.1。
在一些实施方案中,LIMS2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000072163.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,LIMS2前mRNA转录物包含与本文所述的LIMS2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,LIMS2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000324938.9、premrna_ENST00000355119.8、premrna_ENST00000409254.1、premrna_ENST00000409286.5、premrna_ENST00000409455.5、premrna_ENST00000409754.5、premrna_ENST00000409808.6、premrna_ENST00000410011.5、premrna_ENST00000410038.5、premrna_ENST00000413578.5、premrna_ENST00000426981.5、premrna_ENST00000466410.5、premrna_ENST00000469300.6、premrna_ENST00000476932.5、premrna_ENST00000484252.5、premrna_ENST00000494613.5、premrna_ENST00000545738.6、premrna_ENST00000582671.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,LIMS2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.652-SEQ ID NO.659的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,LIMS2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从MALT1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的MALT1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自MALT1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述MALT1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000345724.7、premrna_ENST00000587438.1、premrna_ENST00000589873.5、premrna_ENST00000591792.1、premrna_ENST00000648670.1、premrna_ENST00000649125.1、premrna_ENST00000649202.1、premrna_ENST00000649217.2、premrna_ENST00000649756.1、premrna_ENST00000650045.1和premrna_ENST00000650355.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的MALT1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的MALT1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的MALT1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000345724.7、transcript_ENST00000587438.1、transcript_ENST00000589873.5、transcript_ENST00000591792.1、transcript_ENST00000648670.1、transcript_ENST00000649125.1、transcript_ENST00000649202.1、transcript_ENST00000649217.2、transcript_ENST00000649756.1、transcript_ENST00000650045.1和transcript_ENST00000650355.1。
在一些实施方案中,MALT1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000172175.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,MALT1前mRNA转录物包含与本文所述的MALT1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,MALT1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000345724.7、premrna_ENST00000587438.1、premrna_ENST00000589873.5、premrna_ENST00000591792.1、premrna_ENST00000648670.1、premrna_ENST00000649125.1、premrna_ENST00000649202.1、premrna_ENST00000649217.2、premrna_ENST00000649756.1、premrna_ENST00000650045.1、premrna_ENST00000650355.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MALT1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.660-SEQ ID NO.663的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MALT1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从MAP3K7基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的MAP3K7基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自MAP3K7基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述MAP3K7基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000369320.1、premrna_ENST00000369325.7、premrna_ENST00000369327.7、premrna_ENST00000369329.8、premrna_ENST00000369332.7和premrna_ENST00000479630.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的MAP3K7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的MAP3K7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的MAP3K7前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000369320.1、transcript_ENST00000369325.7、transcript_ENST00000369327.7、transcript_ENST00000369329.8、transcript_ENST00000369332.7和transcript_ENST00000479630.1。
在一些实施方案中,MAP3K7前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000135341.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,MAP3K7前mRNA转录物包含与本文所述的MAP3K7前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,MAP3K7前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000369320.1、premrna_ENST00000369325.7、premrna_ENST00000369327.7、premrna_ENST00000369329.8、premrna_ENST00000369332.7、premrna_ENST00000479630.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MAP3K7前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.664-SEQ ID NO.667的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MAP3K7前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从MAPK13基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的MAPK13基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自MAPK13基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述MAPK13基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000211287.9、premrna_ENST00000373759.1、premrna_ENST00000373766.9、premrna_ENST00000476951.5和premrna_ENST00000490334.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的MAPK13前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的MAPK13前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的MAPK13前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000211287.9、transcript_ENST00000373759.1、transcript_ENST00000373766.9、transcript_ENST00000476951.5和transcript_ENST00000490334.1。
在一些实施方案中,MAPK13前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000156711.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,MAPK13前mRNA转录物包含与本文所述的MAPK13前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,MAPK13前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000211287.9、premrna_ENST00000373759.1、premrna_ENST00000373766.9、premrna_ENST00000476951.5、premrna_ENST00000490334.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MAPK13前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.668-SEQID NO.675的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MAPK13前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从MCAT基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的MCAT基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自MCAT基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述MCAT基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000290429.11、premrna_ENST00000327555.5、premrna_ENST00000464244.1和premrna_ENST00000608052.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的MCAT前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的MCAT前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的MCAT前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000290429.11、transcript_ENST00000327555.5、transcript_ENST00000464244.1和transcript_ENST00000608052.1。
在一些实施方案中,MCAT前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000100294.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,MCAT前mRNA转录物包含与本文所述的MCAT前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,MCAT前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000290429.11、premrna_ENST00000327555.5、premrna_ENST00000464244.1、premrna_ENST00000608052.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MCAT前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.676-SEQ ID NO.683的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MCAT前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从MCEE基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的MCEE基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自MCEE基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述MCEE基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000244217.6、premrna_ENST00000413592.5、premrna_ENST00000462609.2、premrna_ENST00000486135.1和premrna_ENST00000494660.6。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的MCEE前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的MCEE前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的MCEE前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000244217.6、transcript_ENST00000413592.5、transcript_ENST00000462609.2、transcript_ENST00000486135.1和transcript_ENST00000494660.6。
在一些实施方案中,MCEE前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000124370.11或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,MCEE前mRNA转录物包含与本文所述的MCEE前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,MCEE前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000244217.6、premrna_ENST00000413592.5、premrna_ENST00000462609.2、premrna_ENST00000486135.1、premrna_ENST00000494660.6的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MCEE前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.684-SEQID NO.689的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MCEE前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从MPI基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的MPI基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自MPI基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述MPI基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000323744.10、premrna_ENST00000352410.9、premrna_ENST00000535694.5、premrna_ENST00000561470.5、premrna_ENST00000562606.5、premrna_ENST00000562800.5、premrna_ENST00000563422.5、premrna_ENST00000563786.5、premrna_ENST00000564003.5、premrna_ENST00000564633.5、premrna_ENST00000564692.1、premrna_ENST00000565576.5、premrna_ENST00000566377.5、premrna_ENST00000566556.1、premrna_ENST00000567116.5、premrna_ENST00000567132.5、premrna_ENST00000567177.1、premrna_ENST00000567570.5、premrna_ENST00000568303.1、premrna_ENST00000568828.5、premrna_ENST00000568840.1、premrna_ENST00000568907.5、premrna_ENST00000569233.5和premrna_ENST00000569931.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的MPI前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的MPI前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的MPI前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000323744.10、transcript_ENST00000352410.9、transcript_ENST00000535694.5、transcript_ENST00000561470.5、transcript_ENST00000562606.5、transcript_ENST00000562800.5、transcript_ENST00000563422.5、transcript_ENST00000563786.5、transcript_ENST00000564003.5、transcript_ENST00000564633.5、transcript_ENST00000564692.1、transcript_ENST00000565576.5、transcript_ENST00000566377.5、transcript_ENST00000566556.1、transcript_ENST00000567116.5、transcript_ENST00000567132.5、transcript_ENST00000567177.1、transcript_ENST00000567570.5、transcript_ENST00000568303.1、transcript_ENST00000568828.5、transcript_ENST00000568840.1、transcript_ENST00000568907.5、transcript_ENST00000569233.5和transcript_ENST00000569931.5。
在一些实施方案中,MPI前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000178802.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,MPI前mRNA转录物包含与本文所述的MPI前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,MPI前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000323744.10、premrna_ENST00000352410.9、premrna_ENST00000535694.5、premrna_ENST00000561470.5、premrna_ENST00000562606.5、premrna_ENST00000562800.5、premrna_ENST00000563422.5、premrna_ENST00000563786.5、premrna_ENST00000564003.5、premrna_ENST00000564633.5、premrna_ENST00000564692.1、premrna_ENST00000565576.5、premrna_ENST00000566377.5、premrna_ENST00000566556.1、premrna_ENST00000567116.5、premrna_ENST00000567132.5、premrna_ENST00000567177.1、premrna_ENST00000567570.5、premrna_ENST00000568303.1、premrna_ENST00000568828.5、premrna_ENST00000568840.1、premrna_ENST00000568907.5、premrna_ENST00000569233.5、premrna_ENST00000569931.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MPI前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.690-SEQ ID NO.703的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MPI前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从MSTO1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的MSTO1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自MSTO1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述MSTO1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000245564.7、premrna_ENST00000368341.8、premrna_ENST00000460199.5、premrna_ENST00000462250.2、premrna_ENST00000465137.5、premrna_ENST00000466815.1、premrna_ENST00000471209.1、premrna_ENST00000473327.5、premrna_ENST00000475253.5、premrna_ENST00000478756.1、premrna_ENST00000482284.5、premrna_ENST00000483734.5、premrna_ENST00000483832.5、premrna_ENST00000488901.5、premrna_ENST00000490642.5、premrna_ENST00000490743.5、premrna_ENST00000491308.5、premrna_ENST00000494995.5和premrna_ENST00000649846.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的MSTO1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的MSTO1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的MSTO1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000245564.7、transcript_ENST00000368341.8、transcript_ENST00000460199.5、transcript_ENST00000462250.2、transcript_ENST00000465137.5、transcript_ENST00000466815.1、transcript_ENST00000471209.1、transcript_ENST00000473327.5、transcript_ENST00000475253.5、transcript_ENST00000478756.1、transcript_ENST00000482284.5、transcript_ENST00000483734.5、transcript_ENST00000483832.5、transcript_ENST00000488901.5、transcript_ENST00000490642.5、transcript_ENST00000490743.5、transcript_ENST00000491308.5、transcript_ENST00000494995.5和transcript_ENST00000649846.1。
在一些实施方案中,MSTO1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000125459.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,MSTO1前mRNA转录物包含与本文所述的MSTO1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,MSTO1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000245564.7、premrna_ENST00000368341.8、premrna_ENST00000460199.5、premrna_ENST00000462250.2、premrna_ENST00000465137.5、premrna_ENST00000466815.1、premrna_ENST00000471209.1、premrna_ENST00000473327.5、premrna_ENST00000475253.5、premrna_ENST00000478756.1、premrna_ENST00000482284.5、premrna_ENST00000483734.5、premrna_ENST00000483832.5、premrna_ENST00000488901.5、premrna_ENST00000490642.5、premrna_ENST00000490743.5、premrna_ENST00000491308.5、premrna_ENST00000494995.5、premrna_ENST00000649846.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MSTO1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.704-SEQ ID NO.707的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,MSTO1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从NBEAL2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的NBEAL2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自NBEAL2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述NBEAL2基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000416683.5、premrna_ENST00000423436.1、premrna_ENST00000441027.5、premrna_ENST00000443829.5、premrna_ENST00000450053.8、premrna_ENST00000461036.1、premrna_ENST00000469349.1、premrna_ENST00000475689.1、premrna_ENST00000476095.5、premrna_ENST00000477412.1、premrna_ENST00000486870.1、premrna_ENST00000651350.1、premrna_ENST00000651450.1、premrna_ENST00000651453.1、premrna_ENST00000651747.1、premrna_ENST00000652242.1和premrna_ENST00000652744.1。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的NBEAL2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的NBEAL2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的NBEAL2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000416683.5、transcript_ENST00000423436.1、transcript_ENST00000441027.5、transcript_ENST00000443829.5、transcript_ENST00000450053.8、transcript_ENST00000461036.1、transcript_ENST00000469349.1、transcript_ENST00000475689.1、transcript_ENST00000476095.5、transcript_ENST00000477412.1、transcript_ENST00000486870.1、transcript_ENST00000651350.1、transcript_ENST00000651450.1、transcript_ENST00000651453.1、transcript_ENST00000651747.1、transcript_ENST00000652242.1和transcript_ENST00000652744.1。
在一些实施方案中,NBEAL2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000160796.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,NBEAL2前mRNA转录物包含与本文所述的NBEAL2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,NBEAL2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000416683.5、premrna_ENST00000423436.1、premrna_ENST00000441027.5、premrna_ENST00000443829.5、premrna_ENST00000450053.8、premrna_ENST00000461036.1、premrna_ENST00000469349.1、premrna_ENST00000475689.1、premrna_ENST00000476095.5、premrna_ENST00000477412.1、premrna_ENST00000486870.1、premrna_ENST00000651350.1、premrna_ENST00000651450.1、premrna_ENST00000651453.1、premrna_ENST00000651747.1、premrna_ENST00000652242.1、premrna_ENST00000652744.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NBEAL2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.708-SEQ IDNO.711的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NBEAL2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从NLE1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的NLE1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自NLE1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述NLE1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000360831.9、premrna_ENST00000442241.9、premrna_ENST00000586869.5、premrna_ENST00000588019.1、premrna_ENST00000588642.1、premrna_ENST00000589367.5和premrna_ENST00000593176.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的NLE1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的NLE1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的NLE1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000360831.9、transcript_ENST00000442241.9、transcript_ENST00000586869.5、transcript_ENST00000588019.1、transcript_ENST00000588642.1、transcript_ENST00000589367.5和transcript_ENST00000593176.1。
在一些实施方案中,NLE1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000073536.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,NLE1前mRNA转录物包含与本文所述的NLE1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,NLE1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000360831.9、premrna_ENST00000442241.9、premrna_ENST00000586869.5、premrna_ENST00000588019.1、premrna_ENST00000588642.1、premrna_ENST00000589367.5、premrna_ENST00000593176.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NLE1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.712-SEQ ID NO.715的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NLE1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从NLRC5基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的NLRC5基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自NLRC5基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述NLRC5基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000262510.10、premrna_ENST00000399221.3、premrna_ENST00000436936.5、premrna_ENST00000534927.5、premrna_ENST00000534931.1、premrna_ENST00000535284.1、premrna_ENST00000535658.1、premrna_ENST00000536231.1、premrna_ENST00000537056.5、premrna_ENST00000538059.5、premrna_ENST00000538110.5、premrna_ENST00000538273.5、premrna_ENST00000538453.5、premrna_ENST00000538778.5、premrna_ENST00000538805.5、premrna_ENST00000538930.5、premrna_ENST00000539144.5、premrna_ENST00000539881.5、premrna_ENST00000540182.5、premrna_ENST00000541020.1、premrna_ENST00000543030.5、premrna_ENST00000543049.1、premrna_ENST00000543103.1、premrna_ENST00000543141.5、premrna_ENST00000543402.1、premrna_ENST00000544189.1、premrna_ENST00000544641.5、premrna_ENST00000545081.5和premrna_ENST00000545349.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的NLRC5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的NLRC5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的NLRC5前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000262510.10、transcript_ENST00000399221.3、transcript_ENST00000436936.5、transcript_ENST00000534927.5、transcript_ENST00000534931.1、transcript_ENST00000535284.1、transcript_ENST00000535658.1、transcript_ENST00000536231.1、transcript_ENST00000537056.5、transcript_ENST00000538059.5、transcript_ENST00000538110.5、transcript_ENST00000538273.5、transcript_ENST00000538453.5、transcript_ENST00000538778.5、transcript_ENST00000538805.5、transcript_ENST00000538930.5、transcript_ENST00000539144.5、transcript_ENST00000539881.5、transcript_ENST00000540182.5、transcript_ENST00000541020.1、transcript_ENST00000543030.5、transcript_ENST00000543049.1、transcript_ENST00000543103.1、transcript_ENST00000543141.5、transcript_ENST00000543402.1、transcript_ENST00000544189.1、transcript_ENST00000544641.5、transcript_ENST00000545081.5、transcript_ENST00000545349.1。
在一些实施方案中,NLRC5前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000140853.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,NLRC5前mRNA转录物包含与本文所述的NLRC5前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,NLRC5前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000262510.10、premrna_ENST00000399221.3、premrna_ENST00000436936.5、premrna_ENST00000534927.5、premrna_ENST00000534931.1、premrna_ENST00000535284.1、premrna_ENST00000535658.1、premrna_ENST00000536231.1、premrna_ENST00000537056.5、premrna_ENST00000538059.5、premrna_ENST00000538110.5、premrna_ENST00000538273.5、premrna_ENST00000538453.5、premrna_ENST00000538778.5、premrna_ENST00000538805.5、premrna_ENST00000538930.5、premrna_ENST00000539144.5、premrna_ENST00000539881.5、premrna_ENST00000540182.5、premrna_ENST00000541020.1、premrna_ENST00000543030.5、premrna_ENST00000543049.1、premrna_ENST00000543103.1、premrna_ENST00000543141.5、premrna_ENST00000543402.1、premrna_ENST00000544189.1、premrna_ENST00000544641.5、premrna_ENST00000545081.5、premrna_ENST00000545349.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NLRC5前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.716-SEQ ID NO.719的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NLRC5前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从NOM1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的NOM1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自NOM1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述NOM1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000275820.4、premrna_ENST00000460332.1、premrna_ENST00000469271.1、premrna_ENST00000472491.1、premrna_ENST00000475176.1、premrna_ENST00000485661.1、premrna_ENST00000486131.1和premrna_ENST00000489850.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的NOM1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的NOM1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的NOM1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000275820.4、transcript_ENST00000460332.1、transcript_ENST00000469271.1、transcript_ENST00000472491.1、transcript_ENST00000475176.1、transcript_ENST00000485661.1、transcript_ENST00000486131.1和transcript_ENST00000489850.5。
在一些实施方案中,NOM1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000146909.8或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,NOM1前mRNA转录物包含与本文所述的NOM1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,NOM1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000275820.4、premrna_ENST00000460332.1、premrna_ENST00000469271.1、premrna_ENST00000472491.1、premrna_ENST00000475176.1、premrna_ENST00000485661.1、premrna_ENST00000486131.1、premrna_ENST00000489850.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NOM1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.720-SEQ ID NO.723的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NOM1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从NOP58基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的NOP58基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自NOP58基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述NOP58基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000264279.10、premrna_ENST00000426814.5、premrna_ENST00000433543.2、premrna_ENST00000467734.5、premrna_ENST00000472050.5、premrna_ENST00000478508.1、premrna_ENST00000478941.1、premrna_ENST00000488403.5、premrna_ENST00000492688.5和premrna_ENST00000492740.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的NOP58前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的NOP58前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的NOP58前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000264279.10、transcript_ENST00000426814.5、transcript_ENST00000433543.2、transcript_ENST00000467734.5、transcript_ENST00000472050.5、transcript_ENST00000478508.1、transcript_ENST00000478941.1、transcript_ENST00000488403.5、transcript_ENST00000492688.5和transcript_ENST00000492740.5。
在一些实施方案中,NOP58前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000055044.11或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,NOP58前mRNA转录物包含与本文所述的NOP58前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,NOP58前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000264279.10、premrna_ENST00000426814.5、premrna_ENST00000433543.2、premrna_ENST00000467734.5、premrna_ENST00000472050.5、premrna_ENST00000478508.1、premrna_ENST00000478941.1、premrna_ENST00000488403.5、premrna_ENST00000492688.5、premrna_ENST00000492740.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NOP58前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.724-SEQID NO.727的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NOP58前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从NPHP1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的NPHP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自NPHP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述NPHP1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000316534.8、premrna_ENST00000355301.8、premrna_ENST00000393272.7、premrna_ENST00000417665.5、premrna_ENST00000418527.1、premrna_ENST00000422492.1、premrna_ENST00000445609.6、premrna_ENST00000449600.1、premrna_ENST00000461707.5、premrna_ENST00000493051.1和premrna_ENST00000496524.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的NPHP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的NPHP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的NPHP1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000316534.8、transcript_ENST00000355301.8、transcript_ENST00000393272.7、transcript_ENST00000417665.5、transcript_ENST00000418527.1、transcript_ENST00000422492.1、transcript_ENST00000445609.6、transcript_ENST00000449600.1、transcript_ENST00000461707.5、transcript_ENST00000493051.1和transcript_ENST00000496524.5。
在一些实施方案中,NPHP1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000144061.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,NPHP1前mRNA转录物包含与本文所述的NPHP1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,NPHP1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000316534.8、premrna_ENST00000355301.8、premrna_ENST00000393272.7、premrna_ENST00000417665.5、premrna_ENST00000418527.1、premrna_ENST00000422492.1、premrna_ENST00000445609.6、premrna_ENST00000449600.1、premrna_ENST00000461707.5、premrna_ENST00000493051.1、premrna_ENST00000496524.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NPHP1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.728-SEQ ID NO.733的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NPHP1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从NPR1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的NPR1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自NPR1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述NPR1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000368677.2、premrna_ENST00000368680.4和premrna_ENST00000413826.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的NPR1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的NPR1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的NPR1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000368677.2、transcript_ENST00000368680.4和transcript_ENST00000413826.1。
在一些实施方案中,NPR1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000169418.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,NPR1前mRNA转录物包含与本文所述的NPR1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,NPR1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000368677.2、premrna_ENST00000368680.4、premrna_ENST00000413 826.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NPR1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.734-SEQ ID NO.737的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NPR1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从NUP188基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的NUP188基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自NUP188基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述NUP188基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000372577.2、premrna_ENST00000464729.1、premrna_ENST00000465344.1、premrna_ENST00000467044.1、premrna_ENST00000477069.5、premrna_ENST00000485158.1、premrna_ENST00000487952.1、premrna_ENST00000491502.1、premrna_ENST00000491990.5、premrna_ENST00000495726.1和premrna_ENST00000550219.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的NUP188前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的NUP188前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的NUP188前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000372577.2、transcript_ENST00000464729.1、transcript_ENST00000465344.1、transcript_ENST00000467044.1、transcript_ENST00000477069.5、transcript_ENST00000485158.1、transcript_ENST00000487952.1、transcript_ENST00000491502.1、transcript_ENST00000491990.5、transcript_ENST00000495726.1和transcript_ENST00000550219.1。
在一些实施方案中,NUP188前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000095319.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,NUP188前mRNA转录物包含与本文所述的NUP188前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,NUP188前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000372577.2、premrna_ENST00000464729.1、premrna_ENST00000465344.1、premrna_ENST00000467044.1、premrna_ENST00000477069.5、premrna_ENST00000485158.1、premrna_ENST00000487952.1、premrna_ENST00000491502.1、premrna_ENST00000491990.5、premrna_ENST00000495726.1、premrna_ENST00000550219.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NUP188前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.738-SEQ ID NO.741的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,NUP188前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从OSGEP基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的OSGEP基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自OSGEP基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述OSGEP基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000206542.9、premrna_ENST00000553292.1、premrna_ENST00000553640.3、premrna_ENST00000554249.5、premrna_ENST00000554699.1、premrna_ENST00000554915.1、premrna_ENST00000555223.5、premrna_ENST00000555656.5、premrna_ENST00000555785.2、premrna_ENST00000556124.3、premrna_ENST00000556252.1和premrna_ENST00000556439.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的OSGEP前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的OSGEP前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的OSGEP前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000206542.9、transcript_ENST00000553292.1、transcript_ENST00000553640.3、transcript_ENST00000554249.5、transcript_ENST00000554699.1、transcript_ENST00000554915.1、transcript_ENST00000555223.5、transcript_ENST00000555656.5、transcript_ENST00000555785.2、transcript_ENST00000556124.3、transcript_ENST00000556252.1和transcript_ENST00000556439.1。
在一些实施方案中,OSGEP前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000092094.11或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,OSGEP前mRNA转录物包含与本文所述的OSGEP前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,OSGEP前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000206542.9、premrna_ENST00000553292.1、premrna_ENST00000553640.3、premrna_ENST00000554249.5、premrna_ENST00000554699.1、premrna_ENST00000554915.1、premrna_ENST00000555223.5、premrna_ENST00000555656.5、premrna_ENST00000555785.2、premrna_ENST00000556124.3、premrna_ENST00000556252.1、premrna_ENST00000556439.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,OSGEP前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.742-SEQ ID NO.745的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,OSGEP前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PABPC4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PABPC4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PABPC4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PABPC4基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000372856.7、premrna_ENST00000372857.7、premrna_ENST00000372858.8、premrna_ENST00000372862.7、premrna_ENST00000421687.6、premrna_ENST00000437136.5、premrna_ENST00000451091.2、premrna_ENST00000461578.1、premrna_ENST00000468476.1、premrna_ENST00000470443.5、premrna_ENST00000474378.1、premrna_ENST00000477556.1、premrna_ENST00000482028.5、premrna_ENST00000483770.1、premrna_ENST00000484555.1、premrna_ENST00000492468.5、premrna_ENST00000492519.1、premrna_ENST00000513632.2、premrna_ENST00000525045.5、premrna_ENST00000525669.5、premrna_ENST00000525751.5、premrna_ENST00000527718.1、premrna_ENST00000529216.1、premrna_ENST00000530186.1和premrna_ENST00000531243.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PABPC4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的PABPC4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的PABPC4前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000372856.7、transcript_ENST00000372857.7、transcript_ENST00000372858.8、transcript_ENST00000372862.7、transcript_ENST00000421687.6、transcript_ENST00000437136.5、transcript_ENST00000451091.2、transcript_ENST00000461578.1、transcript_ENST00000468476.1、transcript_ENST00000470443.5、transcript_ENST00000474378.1、transcript_ENST00000477556.1、transcript_ENST00000482028.5、transcript_ENST00000483770.1、transcript_ENST00000484555.1、transcript_ENST00000492468.5、transcript_ENST00000492519.1、transcript_ENST00000513632.2、transcript_ENST00000525045.5、transcript_ENST00000525669.5、transcript_ENST00000525751.5、transcript_ENST00000527718.1、transcript_ENST00000529216.1、transcript_ENST00000530186.1和transcript_ENST00000531243.2。
在一些实施方案中,PABPC4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000090621.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PABPC4前mRNA转录物包含与本文所述的PABPC4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PABPC4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000372856.7、premrna_ENST00000372857.7、premrna_ENST00000372858.8、premrna_ENST00000372862.7、premrna_ENST00000421687.6、premrna_ENST00000437136.5、premrna_ENST00000451091.2、premrna_ENST00000461578.1、premrna_ENST00000468476.1、premrna_ENST00000470443.5、premrna_ENST00000474378.1、premrna_ENST00000477556.1、premrna_ENST00000482028.5、premrna_ENST00000483770.1、premrna_ENST00000484555.1、premrna_ENST00000492468.5、premrna_ENST00000492519.1、premrna_ENST00000513632.2、premrna_ENST00000525045.5、premrna_ENST00000525669.5、premrna_ENST00000525751.5、premrna_ENST00000527718.1、premrna_ENST00000529216.1、premrna_ENST00000530186.1、premrna_ENST00000531243.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PABPC4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.746-SEQID NO.749的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PABPC4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PCOLCE基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PCOLCE基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PCOLCE基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PCOLCE基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000223061.6、premrna_ENST00000460002.1、premrna_ENST00000462260.1、premrna_ENST00000468214.1、premrna_ENST00000472348.1、premrna_ENST00000482863.1、premrna_ENST00000486440.5、premrna_ENST00000487172.1、premrna_ENST00000490909.1和premrna_ENST00000496269.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PCOLCE前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的PCOLCE前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的PCOLCE前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000223061.6、transcript_ENST00000460002.1、transcript_ENST00000462260.1、transcript_ENST00000468214.1、transcript_ENST00000472348.1、transcript_ENST00000482863.1、transcript_ENST00000486440.5、transcript_ENST00000487172.1、transcript_ENST00000490909.1和transcript_ENST00000496269.1。
在一些实施方案中,PCOLCE前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000106333.13或ENSG00000224729.6或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PCOLCE前mRNA转录物包含与本文所述的PCOLCE前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PCOLCE前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000223061.6、premrna_ENST00000460002.1、premrna_ENST00000462260.1、premrna_ENST00000468214.1、premrna_ENST00000472348.1、premrna_ENST00000482863.1、premrna_ENST00000486440.5、premrna_ENST00000487172.1、premrna_ENST00000490909.1、premrna_ENST00000496269.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PCOLCE前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.750-SEQID NO.753的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PCOLCE前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PHKA2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PHKA2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PHKA2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PHKA2基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000379942.5、premrna_ENST00000464455.1、premrna_ENST00000469485.5、premrna_ENST00000469645.5、premrna_ENST00000473597.1、premrna_ENST00000473739.5、premrna_ENST00000481718.1和premrna_ENST00000486231.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PHKA2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的PHKA2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的PHKA2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000379942.5、transcript_ENST00000464455.1、transcript_ENST00000469485.5、transcript_ENST00000469645.5、transcript_ENST00000473597.1、transcript_ENST00000473739.5、transcript_ENST00000481718.1和transcript_ENST00000486231.2。
在一些实施方案中,PHKA2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000044446.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PHKA2前mRNA转录物包含与本文所述的PHKA2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PHKA2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000379942.5、premrna_ENST00000464455.1、premrna_ENST00000469485.5、premrna_ENST00000469645.5、premrna_ENST00000473597.1、premrna_ENST00000473739.5、premrna_ENST00000481718.1、premrna_ENST00000486231.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PHKA2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.754-SEQ ID NO.757的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PHKA2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PIDD1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PIDD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PIDD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PIDD1基因组序列包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000347755.10、premrna_ENST00000411829.6、premrna_ENST00000524486.5、premrna_ENST00000525028.6、premrna_ENST00000527357.5、premrna_ENST00000527812.1、premrna_ENST00000528122.1、premrna_ENST00000530911.1、premrna_ENST00000531286.5、premrna_ENST00000534525.5和premrna_ENST00000534649.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PIDD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3'剪接位点侧翼的内含子的PIDD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5'剪接位点侧翼的内含子的PIDD1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000347755.10、transcript_ENST00000411829.6、transcript_ENST00000524486.5、transcript_ENST00000525028.6、transcript_ENST00000527357.5、transcript_ENST00000527812.1、transcript_ENST00000528122.1、transcript_ENST00000530911.1、transcript_ENST00000531286.5、transcript_ENST00000534525.5和transcript_ENST00000534649.1。
在一些实施方案中,PIDD1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000177595.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PIDD1前mRNA转录物包含与本文所述的PIDD1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PIDD1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000347755.10、premrna_ENST00000411829.6、premrna_ENST00000524486.5、premrna_ENST00000525028.6、premrna_ENST00000527357.5、premrna_ENST00000527812.1、premrna_ENST00000528122.1、premrna_ENST00000530911.1、premrna_ENST00000531286.5、premrna_ENST00000534525.5、premrna_ENST00000534649.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PIDD1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.758-SEQ ID NO.765的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PIDD1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PKD1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PKD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PKD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PKD1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000262304.9、premrna_ENST00000415938.7、premrna_ENST00000423118.5、premrna_ENST00000468674.5、premrna_ENST00000469241.2、premrna_ENST00000469851.1、premrna_ENST00000471603.6、premrna_ENST00000472577.1、premrna_ENST00000472659.1、premrna_ENST00000473780.2、premrna_ENST00000474088.1、premrna_ENST00000475889.1、premrna_ENST00000480227.5、premrna_ENST00000483024.1、premrna_ENST00000483558.5、premrna_ENST00000483731.5、premrna_ENST00000483814.1、premrna_ENST00000485120.1、premrna_ENST00000486339.6、premrna_ENST00000487932.5、premrna_ENST00000488185.2、premrna_ENST00000496574.6、premrna_ENST00000561668.5、premrna_ENST00000561991.5、premrna_ENST00000562297.5、premrna_ENST00000562425.1、premrna_ENST00000564313.1、premrna_ENST00000564865.5、premrna_ENST00000564890.1、premrna_ENST00000565639.6、premrna_ENST00000566784.5、premrna_ENST00000566905.5、premrna_ENST00000567355.1、premrna_ENST00000567946.1、premrna_ENST00000568591.5、premrna_ENST00000568796.1、premrna_ENST00000569983.5、premrna_ENST00000570150.1、premrna_ENST00000570193.5和premrna_ENST00000570253.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PKD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PKD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PKD1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000262304.9、transcript_ENST00000415938.7、transcript_ENST00000423118.5、transcript_ENST00000468674.5、transcript_ENST00000469241.2、transcript_ENST00000469851.1、transcript_ENST00000471603.6、transcript_ENST00000472577.1、transcript_ENST00000472659.1、transcript_ENST00000473780.2、transcript_ENST00000474088.1、transcript_ENST00000475889.1、transcript_ENST00000480227.5、transcript_ENST00000483024.1、transcript_ENST00000483558.5、transcript_ENST00000483731.5、transcript_ENST00000483814.1、transcript_ENST00000485120.1、transcript_ENST00000486339.6、transcript_ENST00000487932.5、transcript_ENST00000488185.2、transcript_ENST00000496574.6、transcript_ENST00000561668.5、transcript_ENST00000561991.5、transcript_ENST00000562297.5、transcript_ENST00000562425.1、transcript_ENST00000564313.1、transcript_ENST00000564865.5、transcript_ENST00000564890.1、transcript_ENST00000565639.6、transcript_ENST00000566784.5、transcript_ENST00000566905.5、transcript_ENST00000567355.1、transcript_ENST00000567946.1、transcript_ENST00000568591.5、transcript_ENST00000568796.1、transcript_ENST00000569983.5、transcript_ENST00000570150.1、transcript_ENST00000570193.5和transcript_ENST00000570253.5。
在一些实施方案中,PKD1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000008710.20或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PKD1前mRNA转录物包含与本文所述的PKD1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PKD1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000262304.9、premrna_ENST00000415938.7、premrna_ENST00000423118.5、premrna_ENST00000468674.5、premrna_ENST00000469241.2、premrna_ENST00000469851.1、premrna_ENST00000471603.6、premrna_ENST00000472577.1、premrna_ENST00000472659.1、premrna_ENST00000473780.2、premrna_ENST00000474088.1、premrna_ENST00000475889.1、premrna_ENST00000480227.5、premrna_ENST00000483024.1、premrna_ENST00000483558.5、premrna_ENST00000483731.5、premrna_ENST00000483814.1、premrna_ENST00000485120.1、premrna_ENST00000486339.6、premrna_ENST00000487932.5、premrna_ENST00000488185.2、premrna_ENST00000496574.6、premrna_ENST00000561668.5、premrna_ENST00000561991.5、premrna_ENST00000562297.5、premrna_ENST00000562425.1、premrna_ENST00000564313.1、premrna_ENST00000564865.5、premrna_ENST00000564890.1、premrna_ENST00000565639.6、premrna_ENST00000566784.5、premrna_ENST00000566905.5、premrna_ENST00000567355.1、premrna_ENST00000567946.1、premrna_ENST00000568591.5、premrna_ENST00000568796.1、premrna_ENST00000569983.5、premrna_ENST00000570150.1、premrna_ENST00000570193.5、premrna_ENST00000570253.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PKD1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.766-SEQID NO.769的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PKD1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PLA2G6基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PLA2G6基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PLA2G6基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PLA2G6基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000332509.8、premrna_ENST00000335539.7、premrna_ENST00000402064.5、premrna_ENST00000417303.6、premrna_ENST00000420435.5、premrna_ENST00000426674.1、premrna_ENST00000427114.6、premrna_ENST00000427453.5、premrna_ENST00000430886.5、premrna_ENST00000435484.5、premrna_ENST00000436218.6、premrna_ENST00000445591.5、premrna_ENST00000447598.6、premrna_ENST00000448094.5、premrna_ENST00000452542.5、premrna_ENST00000452794.5、premrna_ENST00000452972.1、premrna_ENST00000454670.1、premrna_ENST00000455341.2、premrna_ENST00000463287.1、premrna_ENST00000471636.5、premrna_ENST00000479641.5、premrna_ENST00000480154.1、premrna_ENST00000490473.1、premrna_ENST00000491986.1、premrna_ENST00000496409.1、premrna_ENST00000498338.1、premrna_ENST00000594306.1、premrna_ENST00000655142.1、premrna_ENST00000660610.1、premrna_ENST00000663895.1、premrna_ENST00000664587.1、premrna_ENST00000665987.1、premrna_ENST00000667521.1、premrna_ENST00000668208.1、premrna_ENST00000668499.1、premrna_ENST00000668949.1、premrna_ENST00000671093.1和premrna_ENST00000673413.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PLA2G6前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PLA2G6前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PLA2G6前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000332509.8、transcript_ENST00000335539.7、transcript_ENST00000402064.5、transcript_ENST00000417303.6、transcript_ENST00000420435.5、transcript_ENST00000426674.1、transcript_ENST00000427114.6、transcript_ENST00000427453.5、transcript_ENST00000430886.5、transcript_ENST00000435484.5、transcript_ENST00000436218.6、transcript_ENST00000445591.5、transcript_ENST00000447598.6、transcript_ENST00000448094.5、transcript_ENST00000452542.5、transcript_ENST00000452794.5、transcript_ENST00000452972.1、transcript_ENST00000454670.1、transcript_ENST00000455341.2、transcript_ENST00000463287.1、transcript_ENST00000471636.5、transcript_ENST00000479641.5、transcript_ENST00000480154.1、transcript_ENST00000490473.1、transcript_ENST00000491986.1、transcript_ENST00000496409.1、transcript_ENST00000498338.1、transcript_ENST00000594306.1、transcript_ENST00000655142.1、transcript_ENST00000660610.1、transcript_ENST00000663895.1、transcript_ENST00000664587.1、transcript_ENST00000665987.1、transcript_ENST00000667521.1、transcript_ENST00000668208.1、transcript_ENST00000668499.1、transcript_ENST00000668949.1、transcript_ENST00000671093.1和transcript_ENST00000673413.1。
在一些实施方案中,PLA2G6前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000184381.20或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PLA2G6前mRNA转录物包含与本文所述的PLA2G6前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PLA2G6前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000332509.8、premrna_ENST00000335539.7、premrna_ENST00000402064.5、premrna_ENST00000417303.6、premrna_ENST00000420435.5、premrna_ENST00000426674.1、premrna_ENST00000427114.6、premrna_ENST00000427453.5、premrna_ENST00000430886.5、premrna_ENST00000435484.5、premrna_ENST00000436218.6、premrna_ENST00000445591.5、premrna_ENST00000447598.6、premrna_ENST00000448094.5、premrna_ENST00000452542.5、premrna_ENST00000452794.5、premrna_ENST00000452972.1、premrna_ENST00000454670.1、premrna_ENST00000455341.2、premrna_ENST00000463287.1、premrna_ENST00000471636.5、premrna_ENST00000479641.5、premrna_ENST00000480154.1、premrna_ENST00000490473.1、premrna_ENST00000491986.1、premrna_ENST00000496409.1、premrna_ENST00000498338.1、premrna_ENST00000594306.1、premrna_ENST00000655142.1、premrna_ENST00000660610.1、premrna_ENST00000663895.1、premrna_ENST00000664587.1、premrna_ENST00000665987.1、premrna_ENST00000667521.1、premrna_ENST00000668208.1、premrna_ENST00000668499.1、premrna_ENST00000668949.1、premrna_ENST00000671093.1、premrna_ENST00000673413.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PLA2G6前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.770-SEQ ID NO.775的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PLA2G6前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PLD2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PLD2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PLD2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PLD2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000263088.11、premrna_ENST00000571273.5、premrna_ENST00000572127.1、premrna_ENST00000572199.1、premrna_ENST00000572940.5、premrna_ENST00000573258.1、premrna_ENST00000574268.1、premrna_ENST00000574796.1、premrna_ENST00000575246.6、premrna_ENST00000575316.1、premrna_ENST00000575813.5、premrna_ENST00000575945.1、premrna_ENST00000576329.1、premrna_ENST00000576864.1和premrna_ENST00000576983.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PLD2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PLD2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PLD2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000263088.11、transcript_ENST00000571273.5、transcript_ENST00000572127.1、transcript_ENST00000572199.1、transcript_ENST00000572940.5、transcript_ENST00000573258.1、transcript_ENST00000574268.1、transcript_ENST00000574796.1、transcript_ENST00000575246.6、transcript_ENST00000575316.1、transcript_ENST00000575813.5、transcript_ENST00000575945.1、transcript_ENST00000576329.1、transcript_ENST00000576864.1和transcript_ENST00000576983.5。
在一些实施方案中,PLD2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000129219.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PLD2前mRNA转录物包含与本文所述的PLD2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PLD2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000263088.11、premrna_ENST00000571273.5、premrna_ENST00000572127.1、premrna_ENST00000572199.1、premrna_ENST00000572940.5、premrna_ENST00000573258.1、premrna_ENST00000574268.1、premrna_ENST00000574796.1、premrna_ENST00000575246.6、premrna_ENST00000575316.1、premrna_ENST00000575813.5、premrna_ENST00000575945.1、premrna_ENST00000576329.1、premrna_ENST00000576864.1、premrna_ENST00000576983.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PLD2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.776-SEQID NO.787的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PLD2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PLEKHG5基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PLEKHG5基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PLEKHG5基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PLEKHG5基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000340850.9、premrna_ENST00000377725.5、premrna_ENST00000377728.7、premrna_ENST00000377732.5、premrna_ENST00000377740.4、premrna_ENST00000377748.5、premrna_ENST00000400913.5、premrna_ENST00000400915.7、premrna_ENST00000487949.4、premrna_ENST00000489097.5、premrna_ENST00000535355.5、premrna_ENST00000537245.5和premrna_ENST00000673471.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PLEKHG5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PLEKHG5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PLEKHG5前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000340850.9、transcript_ENST00000377725.5、transcript_ENST00000377728.7、transcript_ENST00000377732.5、transcript_ENST00000377740.4、transcript_ENST00000377748.5、transcript_ENST00000400913.5、transcript_ENST00000400915.7、transcript_ENST00000487949.4、transcript_ENST00000489097.5、transcript_ENST00000535355.5、transcript_ENST00000537245.5和transcript_ENST00000673471.1。
在一些实施方案中,PLEKHG5前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000171680.22或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PLEKHG5前mRNA转录物包含与本文所述的PLEKHG5前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PLEKHG5前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000340850.9、premrna_ENST00000377725.5、premrna_ENST00000377728.7、premrna_ENST00000377732.5、premrna_ENST00000377740.4、premrna_ENST00000377748.5、premrna_ENST00000400913.5、premrna_ENST00000400915.7、premrna_ENST00000487949.4、premrna_ENST00000489097.5、premrna_ENST00000535355.5、premrna_ENST00000537245.5、premrna_ENST00000673471.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PLEKHG5前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.788-SEQ ID NO.791的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PLEKHG5前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PNPO基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PNPO基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PNPO基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PNPO基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000225573.5、premrna_ENST00000434554.7、premrna_ENST00000582171.6、premrna_ENST00000583245.6、premrna_ENST00000583599.6、premrna_ENST00000584061.6、premrna_ENST00000584806.2、premrna_ENST00000585320.5、premrna_ENST00000641285.1、premrna_ENST00000641305.1、premrna_ENST00000641323.1、premrna_ENST00000641427.1、premrna_ENST00000641511.1、premrna_ENST00000641703.1、premrna_ENST00000641709.1、premrna_ENST00000641856.1和premrna_ENST00000642017.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PNPO前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PNPO前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PNPO前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000225573.5、transcript_ENST00000434554.7、transcript_ENST00000582171.6、transcript_ENST00000583245.6、transcript_ENST00000583599.6、transcript_ENST00000584061.6、transcript_ENST00000584806.2、transcript_ENST00000585320.5、transcript_ENST00000641285.1、transcript_ENST00000641305.1、transcript_ENST00000641323.1、transcript_ENST00000641427.1、transcript_ENST00000641511.1、transcript_ENST00000641703.1、transcript_ENST00000641709.1、transcript_ENST00000641856.1和transcript_ENST00000642017.1。
在一些实施方案中,PNPO前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000108439.11或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PNPO前mRNA转录物包含与本文所述的PNPO前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PNPO前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000225573.5、premrna_ENST00000434554.7、premrna_ENST00000582171.6、premrna_ENST00000583245.6、premrna_ENST00000583599.6、premrna_ENST00000584061.6、premrna_ENST00000584806.2、premrna_ENST00000585320.5、premrna_ENST00000641285.1、premrna_ENST00000641305.1、premrna_ENST00000641323.1、premrna_ENST00000641427.1、premrna_ENST00000641511.1、premrna_ENST00000641703.1、premrna_ENST00000641709.1、premrna_ENST00000641856.1、premrna_ENST00000642017.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PNPO前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.792-SEQ ID NO.803的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PNPO前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从POLE基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的POLE基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自POLE基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述POLE基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的POLE前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的POLE前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的POLE前mRNA序列。
在一些实施方案中,POLE前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000177084.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,POLE前mRNA转录物包含与本文所述的POLE前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,POLE前mRNA的靶向部分包含与包含表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,POLE前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.804-SEQ IDNO.807的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,POLE前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PON2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PON2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PON2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PON2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000222572.8、premrna_ENST00000433091.6、premrna_ENST00000446142.5、premrna_ENST00000455123.5、premrna_ENST00000459842.1、premrna_ENST00000460873.5、premrna_ENST00000469716.1、premrna_ENST00000469926.5、premrna_ENST00000471883.1、premrna_ENST00000478801.5、premrna_ENST00000483292.5、premrna_ENST00000490778.5、premrna_ENST00000491069.5、premrna_ENST00000493290.5、premrna_ENST00000493469.5、premrna_ENST00000632034.1、premrna_ENST00000633192.1和premrna_ENST00000633531.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PON2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PON2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PON2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000222572.8、transcript_ENST00000433091.6、transcript_ENST00000446142.5、transcript_ENST00000455123.5、transcript_ENST00000459842.1、transcript_ENST00000460873.5、transcript_ENST00000469716.1、transcript_ENST00000469926.5、transcript_ENST00000471883.1、transcript_ENST00000478801.5、transcript_ENST00000483292.5、transcript_ENST00000490778.5、transcript_ENST00000491069.5、transcript_ENST00000493290.5、transcript_ENST00000493469.5、transcript_ENST00000632034.1、transcript_ENST00000633192.1和transcript_ENST00000633531.1。
在一些实施方案中,PON2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000105854.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PON2前mRNA转录物包含与本文所述的PON2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PON2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000222572.8、premrna_ENST00000433091.6、premrna_ENST00000446142.5、premrna_ENST00000455123.5、premrna_ENST00000459842.1、premrna_ENST00000460873.5、premrna_ENST00000469716.1、premrna_ENST00000469926.5、premrna_ENST00000471883.1、premrna_ENST00000478801.5、premrna_ENST00000483292.5、premrna_ENST00000490778.5、premrna_ENST00000491069.5、premrna_ENST00000493290.5、premrna_ENST00000493469.5、premrna_ENST00000632034.1、premrna_ENST00000633192.1、premrna_ENST00000633531.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PON2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.808-SEQ ID NO.811的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PON2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PRMT7基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PRMT7基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PRMT7基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PRMT7基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000339507.9、premrna_ENST00000441236.2、premrna_ENST00000449359.7、premrna_ENST00000561806.5、premrna_ENST00000562050.5、premrna_ENST00000562381.7、premrna_ENST00000562456.1、premrna_ENST00000563443.1、premrna_ENST00000563520.5、premrna_ENST00000563562.5、premrna_ENST00000563608.2、premrna_ENST00000564050.6、premrna_ENST00000564441.5、premrna_ENST00000565356.5、premrna_ENST00000565745.5、premrna_ENST00000565761.1、premrna_ENST00000565983.5、premrna_ENST00000566341.5、premrna_ENST00000566430.2、premrna_ENST00000566657.5、premrna_ENST00000566687.1、premrna_ENST00000566708.1、premrna_ENST00000567542.5、premrna_ENST00000568463.1、premrna_ENST00000568975.5、premrna_ENST00000569047.7和premrna_ENST00000569571.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PRMT7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PRMT7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PRMT7前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000339507.9、transcript_ENST00000441236.2、transcript_ENST00000449359.7、transcript_ENST00000561806.5、transcript_ENST00000562050.5、transcript_ENST00000562381.7、transcript_ENST00000562456.1、transcript_ENST00000563443.1、transcript_ENST00000563520.5、transcript_ENST00000563562.5、transcript_ENST00000563608.2、transcript_ENST00000564050.6、transcript_ENST00000564441.5、transcript_ENST00000565356.5、transcript_ENST00000565745.5、transcript_ENST00000565761.1、transcript_ENST00000565983.5、transcript_ENST00000566341.5、transcript_ENST00000566430.2、transcript_ENST00000566657.5、transcript_ENST00000566687.1、transcript_ENST00000566708.1、transcript_ENST00000567542.5、transcript_ENST00000568463.1、transcript_ENST00000568975.5、transcript_ENST00000569047.7和transcript_ENST00000569571.5。
在一些实施方案中,PRMT7前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000132600.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PRMT7前mRNA转录物包含与本文所述的PRMT7前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PRMT7前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000339507.9、premrna_ENST00000441236.2、premrna_ENST00000449359.7、premrna_ENST00000561806.5、premrna_ENST00000562050.5、premrna_ENST00000562381.7、premrna_ENST00000562456.1、premrna_ENST00000563443.1、premrna_ENST00000563520.5、premrna_ENST00000563562.5、premrna_ENST00000563608.2、premrna_ENST00000564050.6、premrna_ENST00000564441.5、premrna_ENST00000565356.5、premrna_ENST00000565745.5、premrna_ENST00000565761.1、premrna_ENST00000565983.5、premrna_ENST00000566341.5、premrna_ENST00000566430.2、premrna_ENST00000566657.5、premrna_ENST00000566687.1、premrna_ENST00000566708.1、premrna_ENST00000567542.5、premrna_ENST00000568463.1、premrna_ENST00000568975.5、premrna_ENST00000569047.7、premrna_ENST00000569571.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PRMT7前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.812-SEQ ID NO.815的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PRMT7前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PRODH基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PRODH基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PRODH基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PRODH基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000313755.9、premrna_ENST00000334029.6、premrna_ENST00000357068.10、premrna_ENST00000399694.1、premrna_ENST00000420436.5、premrna_ENST00000429300.5、premrna_ENST00000438924.5、premrna_ENST00000446371.1、premrna_ENST00000450579.1、premrna_ENST00000457083.1、premrna_ENST00000482858.5、premrna_ENST00000491604.5、premrna_ENST00000496625.1、premrna_ENST00000609229.1和premrna_ENST00000610940.4。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PRODH前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PRODH前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PRODH前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000313755.9、transcript_ENST00000334029.6、transcript_ENST00000357068.10、transcript_ENST00000399694.1、transcript_ENST00000420436.5、transcript_ENST00000429300.5、transcript_ENST00000438924.5、transcript_ENST00000446371.1、transcript_ENST00000450579.1、transcript_ENST00000457083.1、transcript_ENST00000482858.5、transcript_ENST00000491604.5、transcript_ENST00000496625.1、transcript_ENST00000609229.1和transcript_ENST00000610940.4。
在一些实施方案中,PRODH前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000100033.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PRODH前mRNA转录物包含与本文所述的PRODH前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PRODH前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000313755.9、premrna_ENST00000334029.6、premrna_ENST00000357068.10、premrna_ENST00000399694.1、premrna_ENST00000420436.5、premrna_ENST00000429300.5、premrna_ENST00000438924.5、premrna_ENST00000446371.1、premrna_ENST00000450579.1、premrna_ENST00000457083.1、premrna_ENST00000482858.5、premrna_ENST00000491604.5、premrna_ENST00000496625.1、premrna_ENST00000609229.1、premrna_ENST00000610940.4的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PRODH前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.816-SEQID NO.819的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PRODH前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PRPF3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PRPF3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PRPF3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PRPF3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000324862.7、premrna_ENST00000467329.5、premrna_ENST00000467514.1、premrna_ENST00000470824.1、premrna_ENST00000476970.1、premrna_ENST00000493553.1和premrna_ENST00000496202.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PRPF3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PRPF3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PRPF3前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000324862.7、transcript_ENST00000467329.5、transcript_ENST00000467514.1、transcript_ENST00000470824.1、transcript_ENST00000476970.1、transcript_ENST00000493553.1和transcript_ENST00000496202.5。
在一些实施方案中,PRPF3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000117360.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PRPF3前mRNA转录物包含与本文所述的PRPF3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PRPF3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000324862.7、premrna_ENST00000467329.5、premrna_ENST00000467514.1、premrna_ENST00000470824.1、premrna_ENST00000476970.1、premrna_ENST00000493553.1、premrna_ENST00000496202.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PRPF3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.820-SEQ ID NO.823的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PRPF3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PRPF4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PRPF4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PRPF4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PRPF4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000374198.4、premrna_ENST00000374199.8和premrna_ENST00000488937.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PRPF4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PRPF4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PRPF4前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000374198.4、transcript_ENST00000374199.8和transcript_ENST00000488937.1。
在一些实施方案中,PRPF4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000136875.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PRPF4前mRNA转录物包含与本文所述的PRPF4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PRPF4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000374198.4、premrna_ENST00000374199.8、premrna_ENST00000488937.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PRPF4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.824-SEQ ID NO.827的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PRPF4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从PYCR1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的PYCR1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自PYCR1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述PYCR1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000329875.13、premrna_ENST00000337943.9、premrna_ENST00000402252.6、premrna_ENST00000403172.8、premrna_ENST00000405481.8、premrna_ENST00000577624.5、premrna_ENST00000577756.5、premrna_ENST00000579366.5、premrna_ENST00000579698.5、premrna_ENST00000581271.5、premrna_ENST00000582198.5、premrna_ENST00000583564.5、premrna_ENST00000584848.5、premrna_ENST00000585215.5、premrna_ENST00000585244.1、premrna_ENST00000619204.4和premrna_ENST00000629768.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的PYCR1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的PYCR1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的PYCR1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000329875.13、transcript_ENST00000337943.9、transcript_ENST00000402252.6、transcript_ENST00000403172.8、transcript_ENST00000405481.8、transcript_ENST00000577624.5、transcript_ENST00000577756.5、transcript_ENST00000579366.5、transcript_ENST00000579698.5、transcript_ENST00000581271.5、transcript_ENST00000582198.5、transcript_ENST00000583564.5、transcript_ENST00000584848.5、transcript_ENST00000585215.5、transcript_ENST00000585244.1、transcript_ENST00000619204.4和transcript_ENST00000629768.2。
在一些实施方案中,PYCR1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000183010.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,PYCR1前mRNA转录物包含与本文所述的PYCR1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,PYCR1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000329875.13、premrna_ENST00000337943.9、premrna_ENST00000402252.6、premrna_ENST00000403172.8、premrna_ENST00000405481.8、premrna_ENST00000577624.5、premrna_ENST00000577756.5、premrna_ENST00000579366.5、premrna_ENST00000579698.5、premrna_ENST00000581271.5、premrna_ENST00000582198.5、premrna_ENST00000583564.5、premrna_ENST00000584848.5、premrna_ENST00000585215.5、premrna_ENST00000585244.1、premrna_ENST00000619204.4、premrna_ENST00000629768.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PYCR1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.828-SEQ ID NO.831的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,PYCR1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从RAD52基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的RAD52基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自RAD52基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述RAD52基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000228345.9、premrna_ENST00000358495.8、premrna_ENST00000397230.6、premrna_ENST00000430095.6、premrna_ENST00000461568.5、premrna_ENST00000463750.5、premrna_ENST00000468231.5、premrna_ENST00000481052.5、premrna_ENST00000488642.6、premrna_ENST00000535376.5、premrna_ENST00000536177.5、premrna_ENST00000541619.1、premrna_ENST00000542297.1、premrna_ENST00000542584.5、premrna_ENST00000542785.5、premrna_ENST00000543912.5、premrna_ENST00000544742.5、premrna_ENST00000545564.5和premrna_ENST00000545967.1。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的RAD52前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的RAD52前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的RAD52前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000228345.9、transcript_ENST00000358495.8、transcript_ENST00000397230.6、transcript_ENST00000430095.6、transcript_ENST00000461568.5、transcript_ENST00000463750.5、transcript_ENST00000468231.5、transcript_ENST00000481052.5、transcript_ENST00000488642.6、transcript_ENST00000535376.5、transcript_ENST00000536177.5、transcript_ENST00000541619.1、transcript_ENST00000542297.1、transcript_ENST00000542584.5、transcript_ENST00000542785.5、transcript_ENST00000543912.5、transcript_ENST00000544742.5、transcript_ENST00000545564.5和transcript_ENST00000545967.1。
在一些实施方案中,RAD52前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000002016.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,RAD52前mRNA转录物包含与本文所述的RAD52前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,RAD52前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000228345.9、premrna_ENST00000358495.8、premrna_ENST00000397230.6、premrna_ENST00000430095.6、premrna_ENST00000461568.5、premrna_ENST00000463750.5、premrna_ENST00000468231.5、premrna_ENST00000481052.5、premrna_ENST00000488642.6、premrna_ENST00000535376.5、premrna_ENST00000536177.5、premrna_ENST00000541619.1、premrna_ENST00000542297.1、premrna_ENST00000542584.5、premrna_ENST00000542785.5、premrna_ENST00000543912.5、premrna_ENST00000544742.5、premrna_ENST00000545564.5、premrna_ENST00000545967.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RAD52前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.832-SEQ ID NO.839的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RAD52前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从REXO1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的REXO1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自REXO1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述REXO1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000170168.9、premrna_ENST00000586291.1、premrna_ENST00000586343.2、premrna_ENST00000587404.1、premrna_ENST00000587524.1、premrna_ENST00000588743.2、premrna_ENST00000590936.5和premrna_ENST00000643515.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的REXO1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的REXO1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的REXO1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000170168.9、transcript_ENST00000586291.1、transcript_ENST00000586343.2、transcript_ENST00000587404.1、transcript_ENST00000587524.1、transcript_ENST00000588743.2、transcript_ENST00000590936.5和transcript_ENST00000643515.1。
在一些实施方案中,REXO1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000079313.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,REXO1前mRNA转录物包含与本文所述的REXO1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,REXO1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000170168.9、premrna_ENST00000586291.1、premrna_ENST00000586343.2、premrna_ENST00000587404.1、premrna_ENST00000587524.1、premrna_ENST00000588743.2、premrna_ENST00000590936.5、premrna_ENST00000643515.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,REXO1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.840-SEQ ID NO.847的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,REXO1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从RFX5基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的RFX5基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自RFX5基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述RFX5基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000290524.8、premrna_ENST00000368870.6、premrna_ENST00000392746.7、premrna_ENST00000412774.5、premrna_ENST00000421986.5、premrna_ENST00000422595.5、premrna_ENST00000430227.5、premrna_ENST00000435314.5、premrna_ENST00000436271.5、premrna_ENST00000436637.5、premrna_ENST00000437327.5、premrna_ENST00000444392.5、premrna_ENST00000450506.5、premrna_ENST00000452456.1、premrna_ENST00000452671.6、premrna_ENST00000458484.5、premrna_ENST00000469513.5、premrna_ENST00000475144.1、premrna_ENST00000478564.5、premrna_ENST00000479681.5和premrna_ENST00000494217.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的RFX5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的RFX5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的RFX5前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000290524.8、transcript_ENST00000368870.6、transcript_ENST00000392746.7、transcript_ENST00000412774.5、transcript_ENST00000421986.5、transcript_ENST00000422595.5、transcript_ENST00000430227.5、transcript_ENST00000435314.5、transcript_ENST00000436271.5、transcript_ENST00000436637.5、transcript_ENST00000437327.5、transcript_ENST00000444392.5、transcript_ENST00000450506.5、transcript_ENST00000452456.1、transcript_ENST00000452671.6、transcript_ENST00000458484.5、transcript_ENST00000469513.5、transcript_ENST00000475144.1、transcript_ENST00000478564.5、transcript_ENST00000479681.5和transcript_ENST00000494217.5。
在一些实施方案中,RFX5前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000143390.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,RFX5前mRNA转录物包含与本文所述的RFX5前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,RFX5前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000290524.8、premrna_ENST00000368870.6、premrna_ENST00000392746.7、premrna_ENST00000412774.5、premrna_ENST00000421986.5、premrna_ENST00000422595.5、premrna_ENST00000430227.5、premrna_ENST00000435314.5、premrna_ENST00000436271.5、premrna_ENST00000436637.5、premrna_ENST00000437327.5、premrna_ENST00000444392.5、premrna_ENST00000450506.5、premrna_ENST00000452456.1、premrna_ENST00000452671.6、premrna_ENST00000458484.5、premrna_ENST00000469513.5、premrna_ENST00000475144.1、premrna_ENST00000478564.5、premrna_ENST00000479681.5、premrna_ENST00000494217.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RFX5前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.848-SEQ ID NO.853的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RFX5前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从RHBDF2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的RHBDF2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自RHBDF2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述RHBDF2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000313080.8、premrna_ENST00000585701.5、premrna_ENST00000585989.5、premrna_ENST00000587640.1、premrna_ENST00000589526.5、premrna_ENST00000589582.5、premrna_ENST00000590168.5、premrna_ENST00000590288.1、premrna_ENST00000590322.1、premrna_ENST00000591192.1、premrna_ENST00000591255.5、premrna_ENST00000591697.5、premrna_ENST00000591860.1、premrna_ENST00000591879.1、premrna_ENST00000591885.5、premrna_ENST00000592123.5、premrna_ENST00000592378.5和premrna_ENST00000593103.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的RHBDF2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的RHBDF2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的RHBDF2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000313080.8、transcript_ENST00000585701.5、transcript_ENST00000585989.5、transcript_ENST00000587640.1、transcript_ENST00000589526.5、transcript_ENST00000589582.5、transcript_ENST00000590168.5、transcript_ENST00000590288.1、transcript_ENST00000590322.1、transcript_ENST00000591192.1、transcript_ENST00000591255.5、transcript_ENST00000591697.5、transcript_ENST00000591860.1、transcript_ENST00000591879.1、transcript_ENST00000591885.5、transcript_ENST00000592123.5、transcript_ENST00000592378.5和transcript_ENST00000593103.1。
在一些实施方案中,RHBDF2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000129667.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,RHBDF2前mRNA转录物包含与本文所述的RHBDF2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,RHBDF2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000313080.8、premrna_ENST00000585701.5、premrna_ENST00000585989.5、premrna_ENST00000587640.1、premrna_ENST00000589526.5、premrna_ENST00000589582.5、premrna_ENST00000590168.5、premrna_ENST00000590288.1、premrna_ENST00000590322.1、premrna_ENST00000591192.1、premrna_ENST00000591255.5、premrna_ENST00000591697.5、premrna_ENST00000591860.1、premrna_ENST00000591879.1、premrna_ENST00000591885.5、premrna_ENST00000592123.5、premrna_ENST00000592378.5、premrna_ENST00000593103.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RHBDF2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.854-SEQ ID NO.857的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RHBDF2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从RMND1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的RMND1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自RMND1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述RMND1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000336451.8、premrna_ENST00000444024.3、premrna_ENST00000491268.2、premrna_ENST00000622845.5、premrna_ENST00000643550.1、premrna_ENST00000643564.1、premrna_ENST00000644054.1、premrna_ENST00000644711.1、premrna_ENST00000645367.1、premrna_ENST00000645895.1、premrna_ENST00000645917.1和premrna_ENST00000646926.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的RMND1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的RMND1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的RMND1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000336451.8、transcript_ENST00000444024.3、transcript_ENST00000491268.2、transcript_ENST00000622845.5、transcript_ENST00000643550.1、transcript_ENST00000643564.1、transcript_ENST00000644054.1、transcript_ENST00000644711.1、transcript_ENST00000645367.1、transcript_ENST00000645895.1、transcript_ENST00000645917.1和transcript_ENST00000646926.1。
在一些实施方案中,RMND1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000155906.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,RMND1前mRNA转录物包含与本文所述的RMND1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,RMND1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000336451.8、premrna_ENST00000444024.3、premrna_ENST00000491268.2、premrna_ENST00000622845.5、premrna_ENST00000643550.1、premrna_ENST00000643564.1、premrna_ENST00000644054.1、premrna_ENST00000644711.1、premrna_ENST00000645367.1、premrna_ENST00000645895.1、premrna_ENST00000645917.1、premrna_ENST00000646926.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RMND1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.858-SEQ ID NO.861的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RMND1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ROBO3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ROBO3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ROBO3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ROBO3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000397801.6、premrna_ENST00000524971.1、premrna_ENST00000525304.5、premrna_ENST00000525448.5、premrna_ENST00000525482.5、premrna_ENST00000526551.5、premrna_ENST00000527196.5、premrna_ENST00000527245.5、premrna_ENST00000528068.5、premrna_ENST00000528144.5、premrna_ENST00000528820.5、premrna_ENST00000529658.5、premrna_ENST00000530647.5、premrna_ENST00000531075.5、premrna_ENST00000531119.1、premrna_ENST00000531545.5、premrna_ENST00000531888.1、premrna_ENST00000532472.1、premrna_ENST00000534598.5、premrna_ENST00000538940.5和premrna_ENST00000543966.5。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ROBO3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ROBO3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ROBO3前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000397801.6、transcript_ENST00000524971.1、transcript_ENST00000525304.5、transcript_ENST00000525448.5、transcript_ENST00000525482.5、transcript_ENST00000526551.5、transcript_ENST00000527196.5、transcript_ENST00000527245.5、transcript_ENST00000528068.5、transcript_ENST00000528144.5、transcript_ENST00000528820.5、transcript_ENST00000529658.5、transcript_ENST00000530647.5、transcript_ENST00000531075.5、transcript_ENST00000531119.1、transcript_ENST00000531545.5、transcript_ENST00000531888.1、transcript_ENST00000532472.1、transcript_ENST00000534598.5、transcript_ENST00000538940.5和transcript_ENST00000543966.5。
在一些实施方案中,ROBO3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000154134.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ROBO3前mRNA转录物包含与本文所述的ROBO3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ROBO3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000397801.6、premrna_ENST00000524971.1、premrna_ENST00000525304.5、premrna_ENST00000525448.5、premrna_ENST00000525482.5、premrna_ENST00000526551.5、premrna_ENST00000527196.5、premrna_ENST00000527245.5、premrna_ENST00000528068.5、premrna_ENST00000528144.5、premrna_ENST00000528820.5、premrna_ENST00000529658.5、premrna_ENST00000530647.5、premrna_ENST00000531075.5、premrna_ENST00000531119.1、premrna_ENST00000531545.5、premrna_ENST00000531888.1、premrna_ENST00000532472.1、premrna_ENST00000534598.5、premrna_ENST00000538940.5、premrna_ENST00000543966.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ROBO3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.862-SEQ ID NO.871的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ROBO3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从RPGRIP1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的RPGRIP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自RPGRIP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述RPGRIP1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000382933.8、premrna_ENST00000400017.6、premrna_ENST00000553500.5、premrna_ENST00000553927.1、premrna_ENST00000554303.1、premrna_ENST00000554750.1、premrna_ENST00000555322.5、premrna_ENST00000555489.5、premrna_ENST00000555587.5、premrna_ENST00000556336.5、premrna_ENST00000557351.1、premrna_ENST00000557606.1和premrna_ENST00000557771.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的RPGRIP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的RPGRIP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的RPGRIP1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000382933.8、transcript_ENST00000400017.6、transcript_ENST00000553500.5、transcript_ENST00000553927.1、transcript_ENST00000554303.1、transcript_ENST00000554750.1、transcript_ENST00000555322.5、transcript_ENST00000555489.5、transcript_ENST00000555587.5、transcript_ENST00000556336.5、transcript_ENST00000557351.1、transcript_ENST00000557606.1和transcript_ENST00000557771.5。
在一些实施方案中,RPGRIP1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000092200.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,RPGRIP1前mRNA转录物包含与本文所述的RPGRIP1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,RPGRIP1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000382933.8、premrna_ENST00000400017.6、premrna_ENST00000553500.5、premrna_ENST00000553927.1、premrna_ENST00000554303.1、premrna_ENST00000554750.1、premrna_ENST00000555322.5、premrna_ENST00000555489.5、premrna_ENST00000555587.5、premrna_ENST00000556336.5、premrna_ENST00000557351.1、premrna_ENST00000557606.1、premrna_ENST00000557771.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RPGRIP1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.872-SEQ ID NO.879的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RPGRIP1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从RTTN基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的RTTN基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自RTTN基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述RTTN基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000255674.11、premrna_ENST00000578780.2、premrna_ENST00000579021.1、premrna_ENST00000579986.6、premrna_ENST00000580034.2、premrna_ENST00000581161.5、premrna_ENST00000581583.1、premrna_ENST00000581709.1、premrna_ENST00000583043.5、premrna_ENST00000583765.1、premrna_ENST00000638251.1、premrna_ENST00000638298.1、premrna_ENST00000638799.1、premrna_ENST00000639128.1、premrna_ENST00000639487.1、premrna_ENST00000640376.1、premrna_ENST00000640393.1、premrna_ENST00000640408.1、premrna_ENST00000640525.1、premrna_ENST00000640654.1、premrna_ENST00000640736.1、premrna_ENST00000640769.2和premrna_ENST00000640931.1。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的RTTN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的RTTN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的RTTN前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000255674.11、transcript_ENST00000578780.2、transcript_ENST00000579021.1、transcript_ENST00000579986.6、transcript_ENST00000580034.2、transcript_ENST00000581161.5、transcript_ENST00000581583.1、transcript_ENST00000581709.1、transcript_ENST00000583043.5、transcript_ENST00000583765.1、transcript_ENST00000638251.1、transcript_ENST00000638298.1、transcript_ENST00000638799.1、transcript_ENST00000639128.1、transcript_ENST00000639487.1、transcript_ENST00000640376.1、transcript_ENST00000640393.1、transcript_ENST00000640408.1、transcript_ENST00000640525.1、transcript_ENST00000640654.1、transcript_ENST00000640736.1、transcript_ENST00000640769.2和transcript_ENST00000640931.1。
在一些实施方案中,RTTN前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000176225.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,RTTN前mRNA转录物包含与本文所述的RTTN前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,RTTN前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000255674.11、premrna_ENST00000578780.2、premrna_ENST00000579021.1、premrna_ENST00000579986.6、premrna_ENST00000580034.2、premrna_ENST00000581161.5、premrna_ENST00000581583.1、premrna_ENST00000581709.1、premrna_ENST00000583043.5、premrna_ENST00000583765.1、premrna_ENST00000638251.1、premrna_ENST00000638298.1、premrna_ENST00000638799.1、premrna_ENST00000639128.1、premrna_ENST00000639487.1、premrna_ENST00000640376.1、premrna_ENST00000640393.1、premrna_ENST00000640408.1、premrna_ENST00000640525.1、premrna_ENST00000640654.1、premrna_ENST00000640736.1、premrna_ENST00000640769.2、premrna_ENST00000640931.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RTTN前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.880-SEQ ID NO.883的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RTTN前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从RUFY3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的RUFY3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自RUFY3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述RUFY3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000226328.8、premrna_ENST00000381006.8、premrna_ENST00000417478.6、premrna_ENST00000502653.5、premrna_ENST00000503025.5、premrna_ENST00000503876.5、premrna_ENST00000504805.6、premrna_ENST00000507333.5、premrna_ENST00000512103.5、premrna_ENST00000512331.5、premrna_ENST00000513593.1、premrna_ENST00000513597.5、premrna_ENST00000514898.1、premrna_ENST00000515442.1和premrna_ENST00000515479.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的RUFY3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的RUFY3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的RUFY3前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000226328.8、transcript_ENST00000381006.8、transcript_ENST00000417478.6、transcript_ENST00000502653.5、transcript_ENST00000503025.5、transcript_ENST00000503876.5、transcript_ENST00000504805.6、transcript_ENST00000507333.5、transcript_ENST00000512103.5、transcript_ENST00000512331.5、transcript_ENST00000513593.1、transcript_ENST00000513597.5、transcript_ENST00000514898.1、transcript_ENST00000515442.1和transcript_ENST00000515479.5。
在一些实施方案中,RUFY3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000018189.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,RUFY3前mRNA转录物包含与本文所述的RUFY3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,RUFY3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000226328.8、premrna_ENST00000381006.8、premrna_ENST00000417478.6、premrna_ENST00000502653.5、premrna_ENST00000503025.5、premrna_ENST00000503876.5、premrna_ENST00000504805.6、premrna_ENST00000507333.5、premrna_ENST00000512103.5、premrna_ENST00000512331.5、premrna_ENST00000513593.1、premrna_ENST00000513597.5、premrna_ENST00000514898.1、premrna_ENST00000515442.1、premrna_ENST00000515479.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RUFY3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.884-SEQID NO.887的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RUFY3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SEMA3B基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SEMA3B基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SEMA3B基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SEMA3B基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000416295.1、premrna_ENST00000418576.3、premrna_ENST00000419007.5、premrna_ENST00000433753.4、premrna_ENST00000434030.1、premrna_ENST00000439487.5、premrna_ENST00000441915.5、premrna_ENST00000456210.5、premrna_ENST00000456560.6、premrna_ENST00000611067.4、premrna_ENST00000612509.4、premrna_ENST00000616701.5、premrna_ENST00000618865.4、premrna_ENST00000619119.4和premrna_ENST00000621029.4。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SEMA3B前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SEMA3B前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SEMA3B前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000416295.1、transcript_ENST00000418576.3、transcript_ENST00000419007.5、transcript_ENST00000433753.4、transcript_ENST00000434030.1、transcript_ENST00000439487.5、transcript_ENST00000441915.5、transcript_ENST00000456210.5、transcript_ENST00000456560.6、transcript_ENST00000611067.4、transcript_ENST00000612509.4、transcript_ENST00000616701.5、transcript_ENST00000618865.4、transcript_ENST00000619119.4和transcript_ENST00000621029.4。
在一些实施方案中,SEMA3B前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000012171.20或ENSG00000232352.1或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SEMA3B前mRNA转录物包含与本文所述的SEMA3B前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SEMA3B前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000416295.1、premrna_ENST00000418576.3、premrna_ENST00000419007.5、premrna_ENST00000433753.4、premrna_ENST00000434030.1、premrna_ENST00000439487.5、premrna_ENST00000441915.5、premrna_ENST00000456210.5、premrna_ENST00000456560.6、premrna_ENST00000611067.4、premrna_ENST00000612509.4、premrna_ENST00000616701.5、premrna_ENST00000618865.4、premrna_ENST00000619119.4、premrna_ENST00000621029.4的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SEMA3B前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.888-SEQID NO.891的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SEMA3B前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SEMA3F基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SEMA3F基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SEMA3F基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SEMA3F基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000002829.8、premrna_ENST00000413852.5、premrna_ENST00000414301.5、premrna_ENST00000420831.1、premrna_ENST00000426511.5、premrna_ENST00000434342.5、premrna_ENST00000450338.5、premrna_ENST00000470737.1和premrna_ENST00000493743.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SEMA3F前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SEMA3F前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SEMA3F前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000002829.8、transcript_ENST00000413852.5、transcript_ENST00000414301.5、transcript_ENST00000420831.1、transcript_ENST00000426511.5、transcript_ENST00000434342.5、transcript_ENST00000450338.5、transcript_ENST00000470737.1和transcript_ENST00000493743.1。
在一些实施方案中,SEMA3F前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000001617.12或ENSG00000235016.1或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SEMA3F前mRNA转录物包含与本文所述的SEMA3F前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SEMA3F前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000002829.8、premrna_ENST00000413852.5、premrna_ENST00000414301.5、premrna_ENST00000420831.1、premrna_ENST00000426511.5、premrna_ENST00000434342.5、premrna_ENST00000450338.5、premrna_ENST00000470737.1、premrna_ENST00000493743.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SEMA3F前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.892-SEQ ID NO.895的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SEMA3F前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SH2D3A基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SH2D3A基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SH2D3A基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SH2D3A基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000245908.11、premrna_ENST00000437152.7、premrna_ENST00000595369.1、premrna_ENST00000595681.5、premrna_ENST00000597168.1、premrna_ENST00000597254.1、premrna_ENST00000597687.1和premrna_ENST00000599563.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SH2D3A前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SH2D3A前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SH2D3A前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000245908.11、transcript_ENST00000437152.7、transcript_ENST00000595369.1、transcript_ENST00000595681.5、transcript_ENST00000597168.1、transcript_ENST00000597254.1、transcript_ENST00000597687.1和transcript_ENST00000599563.5。
在一些实施方案中,SH2D3A前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000125731.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SH2D3A前mRNA转录物包含与本文所述的SH2D3A前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SH2D3A前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000245908.11、premrna_ENST00000437152.7、premrna_ENST00000595369.1、premrna_ENST00000595681.5、premrna_ENST00000597168.1、premrna_ENST00000597254.1、premrna_ENST00000597687.1、premrna_ENST00000599563.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SH2D3A前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.896-SEQ ID NO.901的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SH2D3A前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SIK3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SIK3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SIK3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SIK3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000375300.6、premrna_ENST00000413553.1、premrna_ENST00000415541.5、premrna_ENST00000445177.5、premrna_ENST00000446921.6、premrna_ENST00000454905.5、premrna_ENST00000465421.5、premrna_ENST00000472648.1、premrna_ENST00000480222.1、premrna_ENST00000480468.1、premrna_ENST00000485363.1、premrna_ENST00000488337.5和premrna_ENST00000497049.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SIK3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SIK3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SIK3前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000375300.6、transcript_ENST00000413553.1、transcript_ENST00000415541.5、transcript_ENST00000445177.5、transcript_ENST00000446921.6、transcript_ENST00000454905.5、transcript_ENST00000465421.5、transcript_ENST00000472648.1、transcript_ENST00000480222.1、transcript_ENST00000480468.1、transcript_ENST00000485363.1、transcript_ENST00000488337.5和transcript_ENST00000497049.5。
在一些实施方案中,SIK3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000160584.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SIK3前mRNA转录物包含与本文所述的SIK3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SIK3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000375300.6、premrna_ENST00000413553.1、premrna_ENST00000415541.5、premrna_ENST00000445177.5、premrna_ENST00000446921.6、premrna_ENST00000454905.5、premrna_ENST00000465421.5、premrna_ENST00000472648.1、premrna_ENST00000480222.1、premrna_ENST00000480468.1、premrna_ENST00000485363.1、premrna_ENST00000488337.5、premrna_ENST00000497049.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SIK3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.902-SEQ ID NO.905的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SIK3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SIRT3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SIRT3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SIRT3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SIRT3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000382743.9、premrna_ENST00000524564.5、premrna_ENST00000525237.1、premrna_ENST00000525319.5、premrna_ENST00000525776.1、premrna_ENST00000526854.5、premrna_ENST00000528469.1、premrna_ENST00000528702.5、premrna_ENST00000529055.5、premrna_ENST00000529382.5、premrna_ENST00000529937.1、premrna_ENST00000530067.1、premrna_ENST00000531753.5、premrna_ENST00000532837.5、premrna_ENST00000532956.5和premrna_ENST00000534381.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SIRT3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SIRT3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SIRT3前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000382743.9、transcript_ENST00000524564.5、transcript_ENST00000525237.1、transcript_ENST00000525319.5、transcript_ENST00000525776.1、transcript_ENST00000526854.5、transcript_ENST00000528469.1、transcript_ENST00000528702.5、transcript_ENST00000529055.5、transcript_ENST00000529382.5、transcript_ENST00000529937.1、transcript_ENST00000530067.1、transcript_ENST00000531753.5、transcript_ENST00000532837.5、transcript_ENST00000532956.5和transcript_ENST00000534381.1。
在一些实施方案中,SIRT3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000142082.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SIRT3前mRNA转录物包含与本文所述的SIRT3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SIRT3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000382743.9、premrna_ENST00000524564.5、premrna_ENST00000525237.1、premrna_ENST00000525319.5、premrna_ENST00000525776.1、premrna_ENST00000526854.5、premrna_ENST00000528469.1、premrna_ENST00000528702.5、premrna_ENST00000529055.5、premrna_ENST00000529382.5、premrna_ENST00000529937.1、premrna_ENST00000530067.1、premrna_ENST00000531753.5、premrna_ENST00000532837.5、premrna_ENST00000532956.5、premrna_ENST00000534381.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SIRT3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.906-SEQ ID NO.909的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SIRT3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SKIV2L基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SKIV2L基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SKIV2L基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SKIV2L基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000375394.7、premrna_ENST00000461073.5、premrna_ENST00000461915.5、premrna_ENST00000465703.5、premrna_ENST00000466290.1、premrna_ENST00000470453.1、premrna_ENST00000471818.1、premrna_ENST00000474839.5、premrna_ENST00000483553.5、premrna_ENST00000484835.1、premrna_ENST00000485349.5、premrna_ENST00000488648.5、premrna_ENST00000491994.1、premrna_ENST00000492900.1、premrna_ENST00000494058.5和premrna_ENST00000628157.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SKIV2L前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SKIV2L前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SKIV2L前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000375394.7、transcript_ENST00000461073.5、transcript_ENST00000461915.5、transcript_ENST00000465703.5、transcript_ENST00000466290.1、transcript_ENST00000470453.1、transcript_ENST00000471818.1、transcript_ENST00000474839.5、transcript_ENST00000483553.5、transcript_ENST00000484835.1、transcript_ENST00000485349.5、transcript_ENST00000488648.5、transcript_ENST00000491994.1、transcript_ENST00000492900.1、transcript_ENST00000494058.5和transcript_ENST00000628157.1。
在一些实施方案中,SKIV2L前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000204351.12、ENSG00000206353.11、ENSG00000228896.9、ENSG00000232616.9、ENSG00000223493.9或ENSG00000225737.9或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SKIV2L前mRNA转录物包含与本文所述的SKIV2L前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SKIV2L前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000375394.7、premrna_ENST00000461073.5、premrna_ENST00000461915.5、premrna_ENST00000465703.5、premrna_ENST00000466290.1、premrna_ENST00000470453.1、premrna_ENST00000471818.1、premrna_ENST00000474839.5、premrna_ENST00000483553.5、premrna_ENST00000484835.1、premrna_ENST00000485349.5、premrna_ENST00000488648.5、premrna_ENST00000491994.1、premrna_ENST00000492900.1、premrna_ENST00000494058.5、premrna_ENST00000628157.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SKIV2L前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.910-SEQ ID NO.913的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SKIV2L前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SLC2A13基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SLC2A13基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SLC2A13基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SLC2A13基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000280871.9、premrna_ENST00000380858.1、premrna_ENST00000465517.1和premrna_ENST00000505338.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SLC2A13前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SLC2A13前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SLC2A13前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000280871.9、transcript_ENST00000380858.1、transcript_ENST00000465517.1和transcript_ENST00000505338.1。
在一些实施方案中,SLC2A13前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000151229.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SLC2A13前mRNA转录物包含与本文所述的SLC2A13前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SLC2A13前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000280871.9、premrna_ENST00000380858.1、premrna_ENST00000465517.1、premrna_ENST00000505338.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC2A13前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.914-SEQ ID NO.917的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC2A13前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SLC12A7基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SLC12A7基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SLC12A7基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SLC12A7基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000264930.10、premrna_ENST00000504576.2、premrna_ENST00000510943.3、premrna_ENST00000513223.2、premrna_ENST00000514994.1和premrna_ENST00000634447.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SLC12A7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SLC12A7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SLC12A7前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000264930.10、transcript_ENST00000504576.2、transcript_ENST00000510943.3、transcript_ENST00000513223.2、transcript_ENST00000514994.1和transcript_ENST00000634447.1。
在一些实施方案中,SLC12A7前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000113504.21或ENSG00000276482.3或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SLC12A7前mRNA转录物包含与本文所述的SLC12A7前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SLC12A7前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000264930.10、premrna_ENST00000504576.2、premrna_ENST00000510943.3、premrna_ENST00000513223.2、premrna_ENST00000514994.1、premrna_ENST00000634447.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC12A7前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.918-SEQ ID NO.921的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC12A7前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SLC22A3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SLC22A3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SLC22A3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SLC22A3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含premrna_ENST00000275300.3的序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SLC22A3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SLC22A3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SLC22A3前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000275300.3。
在一些实施方案中,SLC22A3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000146477.6或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SLC22A3前mRNA转录物包含与本文所述的SLC22A3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SLC22A3前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000275300.3的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC22A3前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.922-SEQ ID NO.925的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC22A3前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SLC25A13基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SLC25A13基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SLC25A13基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SLC25A13基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000265631.9、premrna_ENST00000416240.6、premrna_ENST00000472162.2、premrna_ENST00000484495.5、premrna_ENST00000487710.1、premrna_ENST00000490072.5、premrna_ENST00000492869.1和premrna_ENST00000494085.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SLC25A13前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SLC25A13前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SLC25A13前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000265631.9、transcript_ENST00000416240.6、transcript_ENST00000472162.2、transcript_ENST00000484495.5、transcript_ENST00000487710.1、transcript_ENST00000490072.5、transcript_ENST00000492869.1和transcript_ENST00000494085.1。
在一些实施方案中,SLC25A13前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000004864.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SLC25A13前mRNA转录物包含与本文所述的SLC25A13前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SLC25A13前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000265631.9、premrna_ENST00000416240.6、premrna_ENST00000472162.2、premrna_ENST00000484495.5、premrna_ENST00000487710.1、premrna_ENST00000490072.5、premrna_ENST00000492869.1、premrna_ENST00000494085.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC25A13前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.926-SEQ ID NO.929的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC25A13前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SLC25A37基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SLC25A37基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SLC25A37基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SLC25A37基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000290075.10、premrna_ENST00000417331.6、premrna_ENST00000517923.1、premrna_ENST00000518881.5、premrna_ENST00000519192.1、premrna_ENST00000519973.6、premrna_ENST00000520654.1、premrna_ENST00000520949.1、premrna_ENST00000521637.1、premrna_ENST00000522164.5、premrna_ENST00000523883.5和premrna_ENST00000523930.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SLC25A37前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SLC25A37前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SLC25A37前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000290075.10、transcript_ENST00000417331.6、transcript_ENST00000517923.1、transcript_ENST00000518881.5、transcript_ENST00000519192.1、transcript_ENST00000519973.6、transcript_ENST00000520654.1、transcript_ENST00000520949.1、transcript_ENST00000521637.1、transcript_ENST00000522164.5、transcript_ENST00000523883.5和transcript_ENST00000523930.1。
在一些实施方案中,SLC25A37前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000147454.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SLC25A37前mRNA转录物包含与本文所述的SLC25A37前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SLC25A37前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000290075.10、premrna_ENST00000417331.6、premrna_ENST00000517923.1、premrna_ENST00000518881.5、premrna_ENST00000519192.1、premrna_ENST00000519973.6、premrna_ENST00000520654.1、premrna_ENST00000520949.1、premrna_ENST00000521637.1、premrna_ENST00000522164.5、premrna_ENST00000523883.5、premrna_ENST00000523930.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC25A37前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.930-SEQ IDNO.933的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC25A37前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SLC27A5基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SLC27A5基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SLC27A5基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SLC27A5基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000263093.7、premrna_ENST00000593745.1、premrna_ENST00000594683.1、premrna_ENST00000594786.1、premrna_ENST00000595851.5、premrna_ENST00000599700.1、premrna_ENST00000601355.1和premrna_ENST00000601997.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SLC27A5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SLC27A5前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SLC27A5前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000263093.7、transcript_ENST00000593745.1、transcript_ENST00000594683.1、transcript_ENST00000594786.1、transcript_ENST00000595851.5、transcript_ENST00000599700.1、transcript_ENST00000601355.1和transcript_ENST00000601997.1。
在一些实施方案中,SLC27A5前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000083807.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SLC27A5前mRNA转录物包含与本文所述的SLC27A5前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SLC27A5前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000263093.7、premrna_ENST00000593745.1、premrna_ENST00000594683.1、premrna_ENST00000594786.1、premrna_ENST00000595851.5、premrna_ENST00000599700.1、premrna_ENST00000601355.1、premrna_ENST00000601997.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC27A5前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.934-SEQ ID NO.937的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC27A5前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SLC30A9基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SLC30A9基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SLC30A9基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SLC30A9基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000264451.12、premrna_ENST00000505523.1、premrna_ENST00000509683.5、premrna_ENST00000510460.1和premrna_ENST00000513699.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SLC30A9前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SLC30A9前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SLC30A9前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000264451.12、transcript_ENST00000505523.1、transcript_ENST00000509683.5、transcript_ENST00000510460.1和transcript_ENST00000513699.5。
在一些实施方案中,SLC30A9前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000014824.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SLC30A9前mRNA转录物包含与本文所述的SLC30A9前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SLC30A9前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000264451.12、premrna_ENST00000505523.1、premrna_ENST00000509683.5、premrna_ENST00000510460.1、premrna_ENST00000513699.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC30A9前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.938-SEQ ID NO.941的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC30A9前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SLC30A10基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SLC30A10基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SLC30A10基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SLC30A10基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000356609.2、premrna_ENST00000366926.3、premrna_ENST00000484079.1和premrna_ENST00000484239.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SLC30A10前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SLC30A10前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SLC30A10前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000356609.2、transcript_ENST00000366926.3、transcript_ENST00000484079.1和transcript_ENST00000484239.5。
在一些实施方案中,SLC30A10前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000196660.11或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SLC30A10前mRNA转录物包含与本文所述的SLC30A10前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SLC30A10前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000356609.2、premrna_ENST00000366926.3、premrna_ENST00000484079.1、premrna_ENST00000484239.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC30A10前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.942-SEQ ID NO.945的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC30A10前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SMPD1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SMPD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SMPD1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SMPD1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000342245.9、premrna_ENST00000526280.1、premrna_ENST00000527275.5、premrna_ENST00000530395.1、premrna_ENST00000531303.5、premrna_ENST00000531336.1、premrna_ENST00000532367.1、premrna_ENST00000533123.5、premrna_ENST00000533196.1和premrna_ENST00000534405.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SMPD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SMPD1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SMPD1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000342245.9、transcript_ENST00000526280.1、transcript_ENST00000527275.5、transcript_ENST00000530395.1、transcript_ENST00000531303.5、transcript_ENST00000531336.1、transcript_ENST00000532367.1、transcript_ENST00000533123.5、transcript_ENST00000533196.1和transcript_ENST00000534405.5。
在一些实施方案中,SMPD1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000166311.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SMPD1前mRNA转录物包含与本文所述的SMPD1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SMPD1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000342245.9、premrna_ENST00000526280.1、premrna_ENST00000527275.5、premrna_ENST00000530395.1、premrna_ENST00000531303.5、premrna_ENST00000531336.1、premrna_ENST00000532367.1、premrna_ENST00000533123.5、premrna_ENST00000533196.1、premrna_ENST00000534405.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SMPD1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.946-SEQID NO.951的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SMPD1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SMTN基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SMTN基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SMTN基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SMTN基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000333137.11、premrna_ENST00000347557.6、premrna_ENST00000358743.5、premrna_ENST00000404574.5、premrna_ENST00000416786.5、premrna_ENST00000422839.5、premrna_ENST00000426927.5、premrna_ENST00000431481.1、premrna_ENST00000432777.5、premrna_ENST00000438223.5、premrna_ENST00000440425.5、premrna_ENST00000455608.5、premrna_ENST00000460658.5、premrna_ENST00000466272.1、premrna_ENST00000472911.1、premrna_ENST00000475548.5、premrna_ENST00000482444.5、premrna_ENST00000489337.5、premrna_ENST00000493335.5、premrna_ENST00000497697.5、premrna_ENST00000504335.1、premrna_ENST00000612341.4、premrna_ENST00000619644.4和premrna_ENST00000624247.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SMTN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SMTN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SMTN前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000333137.11、transcript_ENST00000347557.6、transcript_ENST00000358743.5、transcript_ENST00000404574.5、transcript_ENST00000416786.5、transcript_ENST00000422839.5、transcript_ENST00000426927.5、transcript_ENST00000431481.1、transcript_ENST00000432777.5、transcript_ENST00000438223.5、transcript_ENST00000440425.5、transcript_ENST00000455608.5、transcript_ENST00000460658.5、transcript_ENST00000466272.1、transcript_ENST00000472911.1、transcript_ENST00000475548.5、transcript_ENST00000482444.5、transcript_ENST00000489337.5、transcript_ENST00000493335.5、transcript_ENST00000497697.5、transcript_ENST00000504335.1、transcript_ENST00000612341.4、transcript_ENST00000619644.4和transcript_ENST00000624247.1。
在一些实施方案中,SMTN前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000183963.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SMTN前mRNA转录物包含与本文所述的SMTN前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SMTN前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000333137.11、premrna_ENST00000347557.6、premrna_ENST00000358743.5、premrna_ENST00000404574.5、premrna_ENST00000416786.5、premrna_ENST00000422839.5、premrna_ENST00000426927.5、premrna_ENST00000431481.1、premrna_ENST00000432777.5、premrna_ENST00000438223.5、premrna_ENST00000440425.5、premrna_ENST00000455608.5、premrna_ENST00000460658.5、premrna_ENST00000466272.1、premrna_ENST00000472911.1、premrna_ENST00000475548.5、premrna_ENST00000482444.5、premrna_ENST00000489337.5、premrna_ENST00000493335.5、premrna_ENST00000497697.5、premrna_ENST00000504335.1、premrna_ENST00000612341.4、premrna_ENST00000619644.4、premrna_ENST00000624247.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SMTN前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.952-SEQ ID NO.959的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SMTN前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SNRPB基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SNRPB基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SNRPB基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SNRPB基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000381342.6、premrna_ENST00000438552.6和premrna_ENST00000474384.2。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SNRPB前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SNRPB前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SNRPB前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000381342.6、transcript_ENST00000438552.6和transcript_ENST00000474384.2。
在一些实施方案中,SNRPB前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000125835.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SNRPB前mRNA转录物包含与本文所述的SNRPB前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SNRPB前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000381342.6、premrna_ENST00000438552.6、premrna_ENST00000474384.2的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SNRPB前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.960-SEQ ID NO.963的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SNRPB前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SP140基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SP140基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SP140基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SP140基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000343805.10、premrna_ENST00000373645.3、premrna_ENST00000392045.8、premrna_ENST00000417495.7、premrna_ENST00000420434.7、premrna_ENST00000441657.1、premrna_ENST00000456542.5、premrna_ENST00000473711.1、premrna_ENST00000476126.1、premrna_ENST00000479539.1、premrna_ENST00000486750.1、premrna_ENST00000538494.1、premrna_ENST00000543928.5、premrna_ENST00000544128.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SP140前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SP140前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SP140前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000343805.10、transcript_ENST00000373645.3、transcript_ENST00000392045.8、transcript_ENST00000417495.7、transcript_ENST00000420434.7、transcript_ENST00000441657.1、transcript_ENST00000456542.5、transcript_ENST00000473711.1、transcript_ENST00000476126.1、transcript_ENST00000479539.1、transcript_ENST00000486750.1、transcript_ENST00000538494.1、transcript_ENST00000543928.5和transcript_ENST00000544128.5。
在一些实施方案中,SP140前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000079263.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SP140前mRNA转录物包含与本文所述的SP140前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SP140前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000343805.10、premrna_ENST00000373645.3、premrna_ENST00000392045.8、premrna_ENST00000417495.7、premrna_ENST00000420434.7、premrna_ENST00000441657.1、premrna_ENST00000456542.5、premrna_ENST00000473711.1、premrna_ENST00000476126.1、premrna_ENST00000479539.1、premrna_ENST00000486750.1、premrna_ENST00000538494.1、premrna_ENST00000543928.5、premrna_ENST00000544128.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SP140前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.964-SEQ ID NO.967的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SP140前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从STAMBP基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的STAMBP基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自STAMBP基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述STAMBP基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000339566.7、premrna_ENST00000394070.7、premrna_ENST00000394073.5、premrna_ENST00000409707.5、premrna_ENST00000424659.5、premrna_ENST00000432295.6、premrna_ENST00000452725.5、premrna_ENST00000478946.1、premrna_ENST00000486458.1、premrna_ENST00000487811.1和premrna_ENST00000536064.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的STAMBP前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的STAMBP前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的STAMBP前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000339566.7、transcript_ENST00000394070.7、transcript_ENST00000394073.5、transcript_ENST00000409707.5、transcript_ENST00000424659.5、transcript_ENST00000432295.6、transcript_ENST00000452725.5、transcript_ENST00000478946.1、transcript_ENST00000486458.1、transcript_ENST00000487811.1和transcript_ENST00000536064.1。
在一些实施方案中,STAMBP前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000124356.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,STAMBP前mRNA转录物包含与本文所述的STAMBP前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,STAMBP前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000339566.7、premrna_ENST00000394070.7、premrna_ENST00000394073.5、premrna_ENST00000409707.5、premrna_ENST00000424659.5、premrna_ENST00000432295.6、premrna_ENST00000452725.5、premrna_ENST00000478946.1、premrna_ENST00000486458.1、premrna_ENST00000487811.1、premrna_ENST00000536064.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,STAMBP前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.968-SEQ ID NO.971的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,STAMBP前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从STXBP2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的STXBP2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自STXBP2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述STXBP2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000221283.10、premrna_ENST00000414284.6、premrna_ENST00000441779.6、premrna_ENST00000593535.5、premrna_ENST00000593854.5、premrna_ENST00000594221.5、premrna_ENST00000595181.5、premrna_ENST00000595800.1、premrna_ENST00000595861.1、premrna_ENST00000595950.5、premrna_ENST00000597068.5、premrna_ENST00000597467.1、premrna_ENST00000599278.1、premrna_ENST00000599400.1、premrna_ENST00000599558.1、premrna_ENST00000599648.1、premrna_ENST00000599737.5、premrna_ENST00000599905.1、premrna_ENST00000600702.5、premrna_ENST00000601061.1、premrna_ENST00000602355.1和premrna_ENST00000612033.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的STXBP2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的STXBP2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的STXBP2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000221283.10、transcript_ENST00000414284.6、transcript_ENST00000441779.6、transcript_ENST00000593535.5、transcript_ENST00000593854.5、transcript_ENST00000594221.5、transcript_ENST00000595181.5、transcript_ENST00000595800.1、transcript_ENST00000595861.1、transcript_ENST00000595950.5、transcript_ENST00000597068.5、transcript_ENST00000597467.1、transcript_ENST00000599278.1、transcript_ENST00000599400.1、transcript_ENST00000599558.1、transcript_ENST00000599648.1、transcript_ENST00000599737.5、transcript_ENST00000599905.1、transcript_ENST00000600702.5、transcript_ENST00000601061.1、transcript_ENST00000602355.1和transcript_ENST00000612033.1。
在一些实施方案中,STXBP2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000076944.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,STXBP2前mRNA转录物包含与本文所述的STXBP2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,STXBP2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000221283.10、premrna_ENST00000414284.6、premrna_ENST00000441779.6、premrna_ENST00000593535.5、premrna_ENST00000593854.5、premrna_ENST00000594221.5、premrna_ENST00000595181.5、premrna_ENST00000595800.1、premrna_ENST00000595861.1、premrna_ENST00000595950.5、premrna_ENST00000597068.5、premrna_ENST00000597467.1、premrna_ENST00000599278.1、premrna_ENST00000599400.1、premrna_ENST00000599558.1、premrna_ENST00000599648.1、premrna_ENST00000599737.5、premrna_ENST00000599905.1、premrna_ENST00000600702.5、premrna_ENST00000601061.1、premrna_ENST00000602355.1、premrna_ENST00000612033.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,STXBP2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.972-SEQ IDNO.975的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,STXBP2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SULF2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SULF2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SULF2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SULF2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000359930.8、premrna_ENST00000433632.1、premrna_ENST00000437955.1、premrna_ENST00000463221.2、premrna_ENST00000465769.1、premrna_ENST00000467815.5、premrna_ENST00000474450.5、premrna_ENST00000478766.1、premrna_ENST00000479472.1、premrna_ENST00000479970.1、premrna_ENST00000484875.5和premrna_ENST00000495544.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SULF2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SULF2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SULF2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000359930.8、transcript_ENST00000433632.1、transcript_ENST00000437955.1、transcript_ENST00000463221.2、transcript_ENST00000465769.1、transcript_ENST00000467815.5、transcript_ENST00000474450.5、transcript_ENST00000478766.1、transcript_ENST00000479472.1、transcript_ENST00000479970.1、transcript_ENST00000484875.5和transcript_ENST00000495544.5。
在一些实施方案中,SULF2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000196562.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SULF2前mRNA转录物包含与本文所述的SULF2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SULF2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000359930.8、premrna_ENST00000433632.1、premrna_ENST00000437955.1、premrna_ENST00000463221.2、premrna_ENST00000465769.1、premrna_ENST00000467815.5、premrna_ENST00000474450.5、premrna_ENST00000478766.1、premrna_ENST00000479472.1、premrna_ENST00000479970.1、premrna_ENST00000484875.5、premrna_ENST00000495544.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SULF2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.976-SEQ ID NO.979的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SULF2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SYNGAP1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SYNGAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SYNGAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SYNGAP1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000293748.9、premrna_ENST00000418600.7、premrna_ENST00000428982.4、premrna_ENST00000449372.7、premrna_ENST00000470232.1、premrna_ENST00000479510.2、premrna_ENST00000628646.2、premrna_ENST00000629380.3、premrna_ENST00000635885.1、premrna_ENST00000636075.1、premrna_ENST00000636116.1、premrna_ENST00000636146.1、premrna_ENST00000636193.1、premrna_ENST00000636436.1、premrna_ENST00000636443.1、premrna_ENST00000636640.1、premrna_ENST00000636731.1、premrna_ENST00000636905.1、premrna_ENST00000637052.1、premrna_ENST00000637194.1、premrna_ENST00000637490.1、premrna_ENST00000637587.1、premrna_ENST00000637671.1、premrna_ENST00000637721.1、premrna_ENST00000637911.1、premrna_ENST00000638127.1、premrna_ENST00000638142.2、premrna_ENST00000644458.1、premrna_ENST00000645250.1和premrna_ENST00000646630.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SYNGAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SYNGAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SYNGAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000293748.9、transcript_ENST00000418600.7、transcript_ENST00000428982.4、transcript_ENST00000449372.7、transcript_ENST00000470232.1、transcript_ENST00000479510.2、transcript_ENST00000628646.2、transcript_ENST00000629380.3、transcript_ENST00000635885.1、transcript_ENST00000636075.1、transcript_ENST00000636116.1、transcript_ENST00000636146.1、transcript_ENST00000636193.1、transcript_ENST00000636436.1、transcript_ENST00000636443.1、transcript_ENST00000636640.1、transcript_ENST00000636731.1、transcript_ENST00000636905.1、transcript_ENST00000637052.1、transcript_ENST00000637194.1、transcript_ENST00000637490.1、transcript_ENST00000637587.1、transcript_ENST00000637671.1、transcript_ENST00000637721.1、transcript_ENST00000637911.1、transcript_ENST00000638127.1、transcript_ENST00000638142.2、transcript_ENST00000644458.1、transcript_ENST00000645250.1和transcript_ENST00000646630.1。
在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000197283.17、ENSG00000227460.8或ENSG00000274259.2或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA转录物包含与本文所述的SYNGAP1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000293748.9、premrna_ENST00000418600.7、premrna_ENST00000428982.4、premrna_ENST00000449372.7、premrna_ENST00000470232.1、premrna_ENST00000479510.2、premrna_ENST00000628646.2、premrna_ENST00000629380.3、premrna_ENST00000635885.1、premrna_ENST00000636075.1、premrna_ENST00000636116.1、premrna_ENST00000636146.1、premrna_ENST00000636193.1、premrna_ENST00000636436.1、premrna_ENST00000636443.1、premrna_ENST00000636640.1、premrna_ENST00000636731.1、premrna_ENST00000636905.1、premrna_ENST00000637052.1、premrna_ENST00000637194.1、premrna_ENST00000637490.1、premrna_ENST00000637587.1、premrna_ENST00000637671.1、premrna_ENST00000637721.1、premrna_ENST00000637911.1、premrna_ENST00000638127.1、premrna_ENST00000638142.2、premrna_ENST00000644458.1、premrna_ENST00000645250.1、premrna_ENST00000646630.1的序列或表2的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.980-SEQ ID NO.983的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SYNJ2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SYNJ2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SYNJ2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SYNJ2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000355585.9、premrna_ENST00000367112.1、premrna_ENST00000367113.5、premrna_ENST00000367122.6、premrna_ENST00000449320.2、premrna_ENST00000485863.1、premrna_ENST00000638626.1、premrna_ENST00000640338.1和premrna_ENST00000640569.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SYNJ2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的SYNJ2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的SYNJ2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000355585.9、transcript_ENST00000367112.1、transcript_ENST00000367113.5、transcript_ENST00000367122.6、transcript_ENST00000449320.2、transcript_ENST00000485863.1、transcript_ENST00000638626.1、transcript_ENST00000640338.1和transcript_ENST00000640569.1。
在一些实施方案中,SYNJ2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000078269.15或ENSG00000233496.1或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SYNJ2前mRNA转录物包含与本文所述的SYNJ2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,SYNJ2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000355585.9、premrna_ENST00000367112.1、premrna_ENST00000367113.5、premrna_ENST00000367122.6、premrna_ENST00000449320.2、premrna_ENST00000485863.1、premrna_ENST00000638626.1、premrna_ENST00000640338.1、premrna_ENST00000640569.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SYNJ2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.984-SEQ ID NO.987的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SYNJ2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TAZ基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TAZ基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TAZ基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TAZ基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000369776.8、premrna_ENST00000426231.5、premrna_ENST00000439735.2、premrna_ENST00000470127.2、premrna_ENST00000475699.6、premrna_ENST00000476679.5、premrna_ENST00000476800.2、premrna_ENST00000479875.1、premrna_ENST00000483674.3、premrna_ENST00000483780.5、premrna_ENST00000494912.5、premrna_ENST00000498029.1、premrna_ENST00000601016.6、premrna_ENST00000612012.5、premrna_ENST00000612460.5、premrna_ENST00000613002.4、premrna_ENST00000613634.4、premrna_ENST00000614595.2、premrna_ENST00000615658.5、premrna_ENST00000615986.4、premrna_ENST00000616020.5、premrna_ENST00000617701.5、premrna_ENST00000620808.4、premrna_ENST00000621647.2、premrna_ENST00000651139.1、premrna_ENST00000652354.1、premrna_ENST00000652358.1、premrna_ENST00000652390.1、premrna_ENST00000652476.1、premrna_ENST00000652644.1、premrna_ENST00000652682.1和premrna_ENST00000652685.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TAZ前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TAZ前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TAZ前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000369776.8、transcript_ENST00000426231.5、transcript_ENST00000439735.2、transcript_ENST00000470127.2、transcript_ENST00000475699.6、transcript_ENST00000476679.5、transcript_ENST00000476800.2、transcript_ENST00000479875.1、transcript_ENST00000483674.3、transcript_ENST00000483780.5、transcript_ENST00000494912.5、transcript_ENST00000498029.1、transcript_ENST00000601016.6、transcript_ENST00000612012.5、transcript_ENST00000612460.5、transcript_ENST00000613002.4、transcript_ENST00000613634.4、transcript_ENST00000614595.2、transcript_ENST00000615658.5、transcript_ENST00000615986.4、transcript_ENST00000616020.5、transcript_ENST00000617701.5、transcript_ENST00000620808.4、transcript_ENST00000621647.2、transcript_ENST00000651139.1、transcript_ENST00000652354.1、transcript_ENST00000652358.1、transcript_ENST00000652390.1、transcript_ENST00000652476.1、transcript_ENST00000652644.1、transcript_ENST00000652682.1和transcript_ENST00000652685.1。
在一些实施方案中,TAZ前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000102125.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TAZ前mRNA转录物包含与本文所述的TAZ前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TAZ前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000369776.8、premrna_ENST00000426231.5、premrna_ENST00000439735.2、premrna_ENST00000470127.2、premrna_ENST00000475699.6、premrna_ENST00000476679.5、premrna_ENST00000476800.2、premrna_ENST00000479875.1、premrna_ENST00000483674.3、premrna_ENST00000483780.5、premrna_ENST00000494912.5、premrna_ENST00000498029.1、premrna_ENST00000601016.6、premrna_ENST00000612012.5、premrna_ENST00000612460.5、premrna_ENST00000613002.4、premrna_ENST00000613634.4、premrna_ENST00000614595.2、premrna_ENST00000615658.5、premrna_ENST00000615986.4、premrna_ENST00000616020.5、premrna_ENST00000617701.5、premrna_ENST00000620808.4、premrna_ENST00000621647.2、premrna_ENST00000651139.1、premrna_ENST00000652354.1、premrna_ENST00000652358.1、premrna_ENST00000652390.1、premrna_ENST00000652476.1、premrna_ENST00000652644.1、premrna_ENST00000652682.1、premrna_ENST00000652685.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TAZ前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.988-SEQ ID NO.991的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TAZ前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TBL2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TBL2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TBL2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TBL2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000305632.11、premrna_ENST00000417008.5、premrna_ENST00000424598.5、premrna_ENST00000426966.5、premrna_ENST00000432538.5、premrna_ENST00000433464.5、premrna_ENST00000435792.5、premrna_ENST00000437521.5、premrna_ENST00000450285.5、premrna_ENST00000452125.5、premrna_ENST00000452475.5、premrna_ENST00000458466.1、premrna_ENST00000459913.5、premrna_ENST00000465279.5、premrna_ENST00000468669.5、premrna_ENST00000469518.1、premrna_ENST00000476136.5、premrna_ENST00000479892.5、premrna_ENST00000488915.1、premrna_ENST00000495885.1、premrna_ENST00000496056.5和premrna_ENST00000610724.4。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TBL2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TBL2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TBL2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000305632.11、transcript_ENST00000417008.5、transcript_ENST00000424598.5、transcript_ENST00000426966.5、transcript_ENST00000432538.5、transcript_ENST00000433464.5、transcript_ENST00000435792.5、transcript_ENST00000437521.5、transcript_ENST00000450285.5、transcript_ENST00000452125.5、transcript_ENST00000452475.5、transcript_ENST00000458466.1、transcript_ENST00000459913.5、transcript_ENST00000465279.5、transcript_ENST00000468669.5、transcript_ENST00000469518.1、transcript_ENST00000476136.5、transcript_ENST00000479892.5、transcript_ENST00000488915.1、transcript_ENST00000495885.1、transcript_ENST00000496056.5和transcript_ENST00000610724.4。
在一些实施方案中,TBL2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000106638.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TBL2前mRNA转录物包含与本文所述的TBL2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TBL2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000305632.11、premrna_ENST00000417008.5、premrna_ENST00000424598.5、premrna_ENST00000426966.5、premrna_ENST00000432538.5、premrna_ENST00000433464.5、premrna_ENST00000435792.5、premrna_ENST00000437521.5、premrna_ENST00000450285.5、premrna_ENST00000452125.5、premrna_ENST00000452475.5、premrna_ENST00000458466.1、premrna_ENST00000459913.5、premrna_ENST00000465279.5、premrna_ENST00000468669.5、premrna_ENST00000469518.1、premrna_ENST00000476136.5、premrna_ENST00000479892.5、premrna_ENST00000488915.1、premrna_ENST00000495885.1、premrna_ENST00000496056.5、premrna_ENST00000610724.4的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TBL2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.992-SEQ ID NO.995的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TBL2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TDRD7基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TDRD7基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TDRD7基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TDRD7基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000355295.5和premrna_ENST00000492428.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TDRD7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TDRD7前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TDRD7前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000355295.5和transcript_ENST00000492428.1。
在一些实施方案中,TDRD7前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000196116.8或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TDRD7前mRNA转录物包含与本文所述的TDRD7前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TDRD7前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000355295.5、premrna_ENST00000492428.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TDRD7前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.996-SEQ ID NO.999的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TDRD7前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TECPR2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TECPR2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TECPR2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TECPR2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000359520.12、premrna_ENST00000557786.1、premrna_ENST00000558678.1、premrna_ENST00000559124.1、premrna_ENST00000560060.5、premrna_ENST00000561099.1和premrna_ENST00000561228.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TECPR2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TECPR2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TECPR2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000359520.12、transcript_ENST00000557786.1、transcript_ENST00000558678.1、transcript_ENST00000559124.1、transcript_ENST00000560060.5、transcript_ENST00000561099.1和transcript_ENST00000561228.1。
在一些实施方案中,TECPR2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000196663.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TECPR2前mRNA转录物包含与本文所述的TECPR2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TECPR2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000359520.12、premrna_ENST00000557786.1、premrna_ENST00000558678.1、premrna_ENST00000559124.1、premrna_ENST00000560060.5、premrna_ENST00000561099.1、premrna_ENST00000561228.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TECPR2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1000-SEQ IDNO.1003的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TECPR2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TFB1M基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TFB1M基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TFB1M基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TFB1M基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000367166.5、premrna_ENST00000466349.1、premrna_ENST00000468889.5、premrna_ENST00000470239.1、premrna_ENST00000475849.1、premrna_ENST00000480390.1、premrna_ENST00000487586.5、premrna_ENST00000489874.5和premrna_ENST00000495806.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TFB1M前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TFB1M前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TFB1M前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000367166.5、transcript_ENST00000466349.1、transcript_ENST00000468889.5、transcript_ENST00000470239.1、transcript_ENST00000475849.1、transcript_ENST00000480390.1、transcript_ENST00000487586.5、transcript_ENST00000489874.5和transcript_ENST00000495806.1。
在一些实施方案中,TFB1M前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000029639.11或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TFB1M前mRNA转录物包含与本文所述的TFB1M前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TFB1M前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000367166.5、premrna_ENST00000466349.1、premrna_ENST00000468889.5、premrna_ENST00000470239.1、premrna_ENST00000475849.1、premrna_ENST00000480390.1、premrna_ENST00000487586.5、premrna_ENST00000489874.5、premrna_ENST00000495806.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TFB1M前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1004-SEQ ID NO.1007的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TFB1M前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TM6SF1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TM6SF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TM6SF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TM6SF1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000258909.13、premrna_ENST00000322019.14、premrna_ENST00000379384.9、premrna_ENST00000379390.10、premrna_ENST00000561551.1、premrna_ENST00000564988.5、premrna_ENST00000565774.5和premrna_ENST00000565982.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TM6SF1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TM6SF1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TM6SF1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000258909.13、transcript_ENST00000322019.14、transcript_ENST00000379384.9、transcript_ENST00000379390.10、transcript_ENST00000561551.1、transcript_ENST00000564988.5、transcript_ENST00000565774.5和transcript_ENST00000565982.1。
在一些实施方案中,TM6SF1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000136404.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TM6SF1前mRNA转录物包含与本文所述的TM6SF1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TM6SF1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000258909.13、premrna_ENST00000322019.14、premrna_ENST00000379384.9、premrna_ENST00000379390.10、premrna_ENST00000561551.1、premrna_ENST00000564988.5、premrna_ENST00000565774.5、premrna_ENST00000565982.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TM6SF1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1008-SEQ ID NO.1011的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TM6SF1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TNK2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TNK2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TNK2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TNK2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000333602.13、premrna_ENST00000381916.7、premrna_ENST00000428187.7、premrna_ENST00000439230.6、premrna_ENST00000671726.1、premrna_ENST00000671734.1、premrna_ENST00000671753.1、premrna_ENST00000671767.1、premrna_ENST00000671831.1、premrna_ENST00000671880.1、premrna_ENST00000672024.1、premrna_ENST00000672098.1、premrna_ENST00000672145.1、premrna_ENST00000672320.1、premrna_ENST00000672542.1、premrna_ENST00000672548.1、premrna_ENST00000672614.1、premrna_ENST00000672623.1、premrna_ENST00000672669.1、premrna_ENST00000672886.1、premrna_ENST00000672887.1、premrna_ENST00000673038.1、premrna_ENST00000673167.1、premrna_ENST00000673236.1、premrna_ENST00000673358.1、premrna_ENST00000673374.1、premrna_ENST00000673420.1、premrna_ENST00000673440.1、premrna_ENST00000673443.1和premrna_ENST00000673559.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TNK2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TNK2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TNK2前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000333602.13、transcript_ENST00000381916.7、transcript_ENST00000428187.7、transcript_ENST00000439230.6、transcript_ENST00000671726.1、transcript_ENST00000671734.1、transcript_ENST00000671753.1、transcript_ENST00000671767.1、transcript_ENST00000671831.1、transcript_ENST00000671880.1、transcript_ENST00000672024.1、transcript_ENST00000672098.1、transcript_ENST00000672145.1、transcript_ENST00000672320.1、transcript_ENST00000672542.1、transcript_ENST00000672548.1、transcript_ENST00000672614.1、transcript_ENST00000672623.1、transcript_ENST00000672669.1、transcript_ENST00000672886.1、transcript_ENST00000672887.1、transcript_ENST00000673038.1、transcript_ENST00000673167.1、transcript_ENST00000673236.1、transcript_ENST00000673358.1、transcript_ENST00000673374.1、transcript_ENST00000673420.1、transcript_ENST00000673440.1、transcript_ENST00000673443.1和transcript_ENST00000673559.1。
在一些实施方案中,TNK2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000061938.19或ENSG00000224614.2或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TNK2前mRNA转录物包含与本文所述的TNK2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TNK2前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000333602.13、premrna_ENST00000381916.7、premrna_ENST00000428187.7、premrna_ENST00000439230.6、premrna_ENST00000671726.1、premrna_ENST00000671734.1、premrna_ENST00000671753.1、premrna_ENST00000671767.1、premrna_ENST00000671831.1、premrna_ENST00000671880.1、premrna_ENST00000672024.1、premrna_ENST00000672098.1、premrna_ENST00000672145.1、premrna_ENST00000672320.1、premrna_ENST00000672542.1、premrna_ENST00000672548.1、premrna_ENST00000672614.1、premrna_ENST00000672623.1、premrna_ENST00000672669.1、premrna_ENST00000672886.1、premrna_ENST00000672887.1、premrna_ENST00000673038.1、premrna_ENST00000673167.1、premrna_ENST00000673236.1、premrna_ENST00000673358.1、premrna_ENST00000673374.1、premrna_ENST00000673420.1、premrna_ENST00000673440.1、premrna_ENST00000673443.1、premrna_ENST00000673559.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TNK2前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1012-SEQID NO.1015的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TNK2前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TOE1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TOE1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TOE1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TOE1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000372090.6、premrna_ENST00000460057.1、premrna_ENST00000471337.5、premrna_ENST00000477731.5和premrna_ENST00000495703.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TOE1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TOE1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TOE1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000372090.6、transcript_ENST00000460057.1、transcript_ENST00000471337.5、transcript_ENST00000477731.5和transcript_ENST00000495703.5。
在一些实施方案中,TOE1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000132773.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TOE1前mRNA转录物包含与本文所述的TOE1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TOE1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000372090.6、premrna_ENST00000460057.1、premrna_ENST00000471337.5、premrna_ENST00000477731.5、premrna_ENST00000495703.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TOE1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1016-SEQID NO.1019的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TOE1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TOR1B基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TOR1B基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TOR1B基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TOR1B基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000259339.7、premrna_ENST00000427860.1、premrna_ENST00000486372.1和premrna_ENST00000488169.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TOR1B前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TOR1B前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TOR1B前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000259339.7、transcript_ENST00000427860.1、transcript_ENST00000486372.1和transcript_ENST00000488169.1。
在一些实施方案中,TOR1B前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000136816.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TOR1B前mRNA转录物包含与本文所述的TOR1B前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TOR1B前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000259339.7、premrna_ENST00000427860.1、premrna_ENST00000486372.1、premrna_ENST00000488169.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TOR1B前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1020-SEQ ID NO.1023的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TOR1B前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TRAPPC6B基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TRAPPC6B基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TRAPPC6B基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TRAPPC6B基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000330149.10、premrna_ENST00000347691.9、premrna_ENST00000469361.5、premrna_ENST00000554018.1、premrna_ENST00000555269.5、premrna_ENST00000556765.1和premrna_ENST00000557764.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TRAPPC6B前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TRAPPC6B前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TRAPPC6B前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000330149.10、transcript_ENST00000347691.9、transcript_ENST00000469361.5、transcript_ENST00000554018.1、transcript_ENST00000555269.5、transcript_ENST00000556765.1和transcript_ENST00000557764.5。
在一些实施方案中,TRAPPC6B前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000182400.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。
在一些实施方案中,TRAPPC6B前mRNA转录物包含与本文所述的TRAPPC6B前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TRAPPC6B前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000330149.10、premrna_ENST00000347691.9、premrna_ENST00000469361.5、premrna_ENST00000554018.1、premrna_ENST00000555269.5、premrna_ENST00000556765.1、premrna_ENST00000557764.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRAPPC6B前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1024-SEQ IDNO.1027的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRAPPC6B前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TRIP4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TRIP4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TRIP4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TRIP4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000261884.8、premrna_ENST00000557834.5、premrna_ENST00000558162.1、premrna_ENST00000558442.1、premrna_ENST00000558820.5、premrna_ENST00000559565.5、premrna_ENST00000559777.1、premrna_ENST00000559833.5、premrna_ENST00000560475.1、premrna_ENST00000560567.5、premrna_ENST00000560920.6和premrna_ENST00000561265.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TRIP4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TRIP4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TRIP4前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000261884.8、transcript_ENST00000557834.5、transcript_ENST00000558162.1、transcript_ENST00000558442.1、transcript_ENST00000558820.5、transcript_ENST00000559565.5、transcript_ENST00000559777.1、transcript_ENST00000559833.5、transcript_ENST00000560475.1、transcript_ENST00000560567.5、transcript_ENST00000560920.6和transcript_ENST00000561265.1。
在一些实施方案中,TRIP4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000103671.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TRIP4前mRNA转录物包含与本文所述的TRIP4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TRIP4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000261884.8、premrna_ENST00000557834.5、premrna_ENST00000558162.1、premrna_ENST00000558442.1、premrna_ENST00000558820.5、premrna_ENST00000559565.5、premrna_ENST00000559777.1、premrna_ENST00000559833.5、premrna_ENST00000560475.1、premrna_ENST00000560567.5、premrna_ENST00000560920.6、premrna_ENST00000561265.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRIP4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1028-SEQ IDNO.1031的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRIP4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TRMT2A基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TRMT2A基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TRMT2A基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TRMT2A基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000252136.12、premrna_ENST00000403707.7、premrna_ENST00000404751.7、premrna_ENST00000439169.2、premrna_ENST00000444256.1、premrna_ENST00000444845.5、premrna_ENST00000445045.1、premrna_ENST00000459644.1、premrna_ENST00000463710.1、premrna_ENST00000464535.1、premrna_ENST00000468917.1、premrna_ENST00000471040.5、premrna_ENST00000480339.1、premrna_ENST00000480460.1、premrna_ENST00000487378.1、premrna_ENST00000487668.5、premrna_ENST00000488335.1、premrna_ENST00000492988.5、premrna_ENST00000494641.1和premrna_ENST00000494820.5。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TRMT2A前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TRMT2A前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TRMT2A前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000252136.12、transcript_ENST00000403707.7、transcript_ENST00000404751.7、transcript_ENST00000439169.2、transcript_ENST00000444256.1、transcript_ENST00000444845.5、transcript_ENST00000445045.1、transcript_ENST00000459644.1、transcript_ENST00000463710.1、transcript_ENST00000464535.1、transcript_ENST00000468917.1、transcript_ENST00000471040.5、transcript_ENST00000480339.1、transcript_ENST00000480460.1、transcript_ENST00000487378.1、transcript_ENST00000487668.5、transcript_ENST00000488335.1、transcript_ENST00000492988.5、transcript_ENST00000494641.1和transcript_ENST00000494820.5。
在一些实施方案中,TRMT2A前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000099899.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TRMT2A前mRNA转录物包含与本文所述的TRMT2A前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TRMT2A前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000252136.12、premrna_ENST00000403707.7、premrna_ENST00000404751.7、premrna_ENST00000439169.2、premrna_ENST00000444256.1、premrna_ENST00000444845.5、premrna_ENST00000445045.1、premrna_ENST00000459644.1、premrna_ENST00000463710.1、premrna_ENST00000464535.1、premrna_ENST00000468917.1、premrna_ENST00000471040.5、premrna_ENST00000480339.1、premrna_ENST00000480460.1、premrna_ENST00000487378.1、premrna_ENST00000487668.5、premrna_ENST00000488335.1、premrna_ENST00000492988.5、premrna_ENST00000494641.1、premrna_ENST00000494820.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRMT2A前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1032-SEQ ID NO.1035的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRMT2A前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TRMU基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TRMU基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TRMU基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TRMU基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000381019.3、premrna_ENST00000381021.7、premrna_ENST00000441818.5、premrna_ENST00000453630.5、premrna_ENST00000456595.5、premrna_ENST00000457572.5、premrna_ENST00000463785.1、premrna_ENST00000465378.6、premrna_ENST00000470831.1、premrna_ENST00000476901.1、premrna_ENST00000479648.1、premrna_ENST00000485175.5、premrna_ENST00000485559.1、premrna_ENST00000486620.5、premrna_ENST00000491612.1、premrna_ENST00000493556.2、premrna_ENST00000496831.5、premrna_ENST00000642562.1、premrna_ENST00000642923.1、premrna_ENST00000643137.1、premrna_ENST00000644006.1、premrna_ENST00000645026.1、premrna_ENST00000645190.1和premrna_ENST00000647301.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TRMU前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TRMU前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TRMU前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000381019.3、transcript_ENST00000381021.7、transcript_ENST00000441818.5、transcript_ENST00000453630.5、transcript_ENST00000456595.5、transcript_ENST00000457572.5、transcript_ENST00000463785.1、transcript_ENST00000465378.6、transcript_ENST00000470831.1、transcript_ENST00000476901.1、transcript_ENST00000479648.1、transcript_ENST00000485175.5、transcript_ENST00000485559.1、transcript_ENST00000486620.5、transcript_ENST00000491612.1、transcript_ENST00000493556.2、transcript_ENST00000496831.5、transcript_ENST00000642562.1、transcript_ENST00000642923.1、transcript_ENST00000643137.1、transcript_ENST00000644006.1、transcript_ENST00000645026.1、transcript_ENST00000645190.1和transcript_ENST00000647301.1。
在一些实施方案中,TRMU前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000100416.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TRMU前mRNA转录物包含与本文所述的TRMU前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TRMU前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000381019.3、premrna_ENST00000381021.7、premrna_ENST00000441818.5、premrna_ENST00000453630.5、premrna_ENST00000456595.5、premrna_ENST00000457572.5、premrna_ENST00000463785.1、premrna_ENST00000465378.6、premrna_ENST00000470831.1、premrna_ENST00000476901.1、premrna_ENST00000479648.1、premrna_ENST00000485175.5、premrna_ENST00000485559.1、premrna_ENST00000486620.5、premrna_ENST00000491612.1、premrna_ENST00000493556.2、premrna_ENST00000496831.5、premrna_ENST00000642562.1、premrna_ENST00000642923.1、premrna_ENST00000643137.1、premrna_ENST00000644006.1、premrna_ENST00000645026.1、premrna_ENST00000645190.1、premrna_ENST00000647301.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRMU前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1036-SEQ ID NO.1043的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRMU前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TRPV4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TRPV4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TRPV4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TRPV4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000261740.7、premrna_ENST00000418703.6、premrna_ENST00000536570.1、premrna_ENST00000536838.1、premrna_ENST00000537083.5、premrna_ENST00000538125.5、premrna_ENST00000541794.5和premrna_ENST00000544971.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TRPV4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TRPV4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TRPV4前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000261740.7、transcript_ENST00000418703.6、transcript_ENST00000536570.1、transcript_ENST00000536838.1、transcript_ENST00000537083.5、transcript_ENST00000538125.5、transcript_ENST00000541794.5和transcript_ENST00000544971.5。
在一些实施方案中,TRPV4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000111199.11或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TRPV4前mRNA转录物包含与本文所述的TRPV4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TRPV4前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000261740.7、premrna_ENST00000418703.6、premrna_ENST00000536570.1、premrna_ENST00000536838.1、premrna_ENST00000537083.5、premrna_ENST00000538125.5、premrna_ENST00000541794.5、premrna_ENST00000544971.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRPV4前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1044-SEQ ID NO.1047的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TRPV4前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TTC19基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TTC19基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TTC19基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TTC19基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000261647.10、premrna_ENST00000465567.1、premrna_ENST00000466729.5、premrna_ENST00000470399.1、premrna_ENST00000470649.1、premrna_ENST00000475723.5、premrna_ENST00000481107.1、premrna_ENST00000497842.6、premrna_ENST00000578103.1和premrna_ENST00000583704.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TTC19前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TTC19前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TTC19前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000261647.10、transcript_ENST00000465567.1、transcript_ENST00000466729.5、transcript_ENST00000470399.1、transcript_ENST00000470649.1、transcript_ENST00000475723.5、transcript_ENST00000481107.1、transcript_ENST00000497842.6、transcript_ENST00000578103.1和transcript_ENST00000583704.1。
在一些实施方案中,TTC19前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000011295.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TTC19前mRNA转录物包含与本文所述的TTC19前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TTC19前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000261647.10、premrna_ENST00000465567.1、premrna_ENST00000466729.5、premrna_ENST00000470399.1、premrna_ENST00000470649.1、premrna_ENST00000475723.5、premrna_ENST00000481107.1、premrna_ENST00000497842.6、premrna_ENST00000578103.1、premrna_ENST00000583704.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TTC19前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1048-SEQID NO.1051的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TTC19前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TYMP基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TYMP基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TYMP基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TYMP基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000252029.8、premrna_ENST00000395678.7、premrna_ENST00000395680.6、premrna_ENST00000395681.6、premrna_ENST00000425169.1、premrna_ENST00000476284.1、premrna_ENST00000487162.1、premrna_ENST00000487577.5、premrna_ENST00000650719.1、premrna_ENST00000651095.1、premrna_ENST00000651196.1、premrna_ENST00000651401.1、premrna_ENST00000651490.1、premrna_ENST00000651906.1、premrna_ENST00000652237.1、premrna_ENST00000652352.1和premrna_ENST00000652401.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TYMP前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的TYMP前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的TYMP前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000252029.8、transcript_ENST00000395678.7、transcript_ENST00000395680.6、transcript_ENST00000395681.6、transcript_ENST00000425169.1、transcript_ENST00000476284.1、transcript_ENST00000487162.1、transcript_ENST00000487577.5、transcript_ENST00000650719.1、transcript_ENST00000651095.1、transcript_ENST00000651196.1、transcript_ENST00000651401.1、transcript_ENST00000651490.1、transcript_ENST00000651906.1、transcript_ENST00000652237.1、transcript_ENST00000652352.1和transcript_ENST00000652401.1。
在一些实施方案中,TYMP前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000025708.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TYMP前mRNA转录物包含与本文所述的TYMP前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,TYMP前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000252029.8、premrna_ENST00000395678.7、premrna_ENST00000395680.6、premrna_ENST00000395681.6、premrna_ENST00000425169.1、premrna_ENST00000476284.1、premrna_ENST00000487162.1、premrna_ENST00000487577.5、premrna_ENST00000650719.1、premrna_ENST00000651095.1、premrna_ENST00000651196.1、premrna_ENST00000651401.1、premrna_ENST00000651490.1、premrna_ENST00000651906.1、premrna_ENST00000652237.1、premrna_ENST00000652352.1、premrna_ENST00000652401.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TYMP前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1052-SEQ IDNO.1057的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TYMP前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从UMPS基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的UMPS基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自UMPS基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述UMPS基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000232607.7、premrna_ENST00000460034.5、premrna_ENST00000462091.5、premrna_ENST00000467167.5、premrna_ENST00000474588.5、premrna_ENST00000479719.5、premrna_ENST00000487622.5、premrna_ENST00000495751.1、premrna_ENST00000497791.5、premrna_ENST00000498715.1和premrna_ENST00000628619.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的UMPS前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的UMPS前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的UMPS前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000232607.7、transcript_ENST00000460034.5、transcript_ENST00000462091.5、transcript_ENST00000467167.5、transcript_ENST00000474588.5、transcript_ENST00000479719.5、transcript_ENST00000487622.5、transcript_ENST00000495751.1、transcript_ENST00000497791.5、transcript_ENST00000498715.1和transcript_ENST00000628619.1。
在一些实施方案中,UMPS前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000114491.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,UMPS前mRNA转录物包含与本文所述的UMPS前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,UMPS前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000232607.7、premrna_ENST00000460034.5、premrna_ENST00000462091.5、premrna_ENST00000467167.5、premrna_ENST00000474588.5、premrna_ENST00000479719.5、premrna_ENST00000487622.5、premrna_ENST00000495751.1、premrna_ENST00000497791.5、premrna_ENST00000498715.1、premrna_ENST00000628619.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,UMPS前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1058-SEQ ID NO.1061的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,UMPS前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从UROD基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的UROD基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自UROD基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述UROD基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000246337.9、premrna_ENST00000428106.1、premrna_ENST00000434478.6、premrna_ENST00000460334.5、premrna_ENST00000460906.5、premrna_ENST00000461035.5、premrna_ENST00000462688.5、premrna_ENST00000463092.5、premrna_ENST00000465678.1、premrna_ENST00000466193.1、premrna_ENST00000469548.5、premrna_ENST00000472254.1、premrna_ENST00000473012.1、premrna_ENST00000478467.5、premrna_ENST00000486699.5、premrna_ENST00000490385.5、premrna_ENST00000491300.5、premrna_ENST00000491773.6、premrna_ENST00000494399.5、premrna_ENST00000496439.1、premrna_ENST00000636293.1、premrna_ENST00000636836.1、premrna_ENST00000650713.1、premrna_ENST00000651476.1、premrna_ENST00000652165.1、premrna_ENST00000652287.1和premrna_ENST00000652514.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的UROD前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的UROD前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的UROD前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000246337.9、transcript_ENST00000428106.1、transcript_ENST00000434478.6、transcript_ENST00000460334.5、transcript_ENST00000460906.5、transcript_ENST00000461035.5、transcript_ENST00000462688.5、transcript_ENST00000463092.5、transcript_ENST00000465678.1、transcript_ENST00000466193.1、transcript_ENST00000469548.5、transcript_ENST00000472254.1、transcript_ENST00000473012.1、transcript_ENST00000478467.5、transcript_ENST00000486699.5、transcript_ENST00000490385.5、transcript_ENST00000491300.5、transcript_ENST00000491773.6、transcript_ENST00000494399.5、transcript_ENST00000496439.1、transcript_ENST00000636293.1、transcript_ENST00000636836.1、transcript_ENST00000650713.1、transcript_ENST00000651476.1、transcript_ENST00000652165.1、transcript_ENST00000652287.1和transcript_ENST00000652514.1。
在一些实施方案中,UROD前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000126088.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,UROD前mRNA转录物包含与本文所述的UROD前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,UROD前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000246337.9、premrna_ENST00000428106.1、premrna_ENST00000434478.6、premrna_ENST00000460334.5、premrna_ENST00000460906.5、premrna_ENST00000461035.5、premrna_ENST00000462688.5、premrna_ENST00000463092.5、premrna_ENST00000465678.1、premrna_ENST00000466193.1、premrna_ENST00000469548.5、premrna_ENST00000472254.1、premrna_ENST00000473012.1、premrna_ENST00000478467.5、premrna_ENST00000486699.5、premrna_ENST00000490385.5、premrna_ENST00000491300.5、premrna_ENST00000491773.6、premrna_ENST00000494399.5、premrna_ENST00000496439.1、premrna_ENST00000636293.1、premrna_ENST00000636836.1、premrna_ENST00000650713.1、premrna_ENST00000651476.1、premrna_ENST00000652165.1、premrna_ENST00000652287.1、premrna_ENST00000652514.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,UROD前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1062-SEQ IDNO.1065的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,UROD前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从WDR11基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的WDR11基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自WDR11基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述WDR11基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000263461.11、premrna_ENST00000462529.2、premrna_ENST00000470052.5、premrna_ENST00000478567.5、premrna_ENST00000497136.6、premrna_ENST00000603658.1、premrna_ENST00000604220.5、premrna_ENST00000604509.5、premrna_ENST00000604585.5、premrna_ENST00000604714.1、premrna_ENST00000605069.5、premrna_ENST00000605178.5、premrna_ENST00000605202.5、premrna_ENST00000605320.1、premrna_ENST00000605376.5、premrna_ENST00000605543.5和premrna_ENST00000605659.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的WDR11前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的WDR11前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的WDR11前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000263461.11、transcript_ENST00000462529.2、transcript_ENST00000470052.5、transcript_ENST00000478567.5、transcript_ENST00000497136.6、transcript_ENST00000603658.1、transcript_ENST00000604220.5、transcript_ENST00000604509.5、transcript_ENST00000604585.5、transcript_ENST00000604714.1、transcript_ENST00000605069.5、transcript_ENST00000605178.5、transcript_ENST00000605202.5、transcript_ENST00000605320.1、transcript_ENST00000605376.5、transcript_ENST00000605543.5和transcript_ENST00000605659.1。
在一些实施方案中,WDR11前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000120008.16或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,WDR11前mRNA转录物包含与本文所述的WDR11前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,WDR11前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000263461.11、premrna_ENST00000462529.2、premrna_ENST00000470052.5、premrna_ENST00000478567.5、premrna_ENST00000497136.6、premrna_ENST00000603658.1、premrna_ENST00000604220.5、premrna_ENST00000604509.5、premrna_ENST00000604585.5、premrna_ENST00000604714.1、premrna_ENST00000605069.5、premrna_ENST00000605178.5、premrna_ENST00000605202.5、premrna_ENST00000605320.1、premrna_ENST00000605376.5、premrna_ENST00000605543.5、premrna_ENST00000605659.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,WDR11前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1066-SEQ IDNO.1069的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,WDR11前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从WDR62基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的WDR62基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自WDR62基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述WDR62基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000270301.11、premrna_ENST00000378860.8、premrna_ENST00000401500.7、premrna_ENST00000427823.2、premrna_ENST00000587391.5、premrna_ENST00000589953.1、premrna_ENST00000608676.1和premrna_ENST00000644764.1。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的WDR62前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的WDR62前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的WDR62前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000270301.11、transcript_ENST00000378860.8、transcript_ENST00000401500.7、transcript_ENST00000427823.2、transcript_ENST00000587391.5、transcript_ENST00000589953.1、transcript_ENST00000608676.1和transcript_ENST00000644764.1。
在一些实施方案中,WDR62前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000075702.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,WDR62前mRNA转录物包含与本文所述的WDR62前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,WDR62前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000270301.11、premrna_ENST00000378860.8、premrna_ENST00000401500.7、premrna_ENST00000427823.2、premrna_ENST00000587391.5、premrna_ENST00000589953.1、premrna_ENST00000608676.1、premrna_ENST00000644764.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,WDR62前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1070-SEQ ID NO.1073的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,WDR62前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从WIPI1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的WIPI1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自WIPI1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述WIPI1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000262139.10、premrna_ENST00000546360.5、premrna_ENST00000585393.1、premrna_ENST00000586815.1、premrna_ENST00000587731.1、premrna_ENST00000589316.5、premrna_ENST00000589459.5、premrna_ENST00000590402.1、premrna_ENST00000591494.5、premrna_ENST00000591744.1和premrna_ENST00000592645.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的WIPI1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的WIPI1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的WIPI1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000262139.10、transcript_ENST00000546360.5、transcript_ENST00000585393.1、transcript_ENST00000586815.1、transcript_ENST00000587731.1、transcript_ENST00000589316.5、transcript_ENST00000589459.5、transcript_ENST00000590402.1、transcript_ENST00000591494.5、transcript_ENST00000591744.1和transcript_ENST00000592645.5。
在一些实施方案中,WIPI1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000070540.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,WIPI1前mRNA转录物包含与本文所述的WIPI1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,WIPI1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000262139.10、premrna_ENST00000546360.5、premrna_ENST00000585393.1、premrna_ENST00000586815.1、premrna_ENST00000587731.1、premrna_ENST00000589316.5、premrna_ENST00000589459.5、premrna_ENST00000590402.1、premrna_ENST00000591494.5、premrna_ENST00000591744.1、premrna_ENST00000592645.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,WIPI1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1074-SEQ ID NO.1077的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,WIPI1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从WRAP53基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的WRAP53基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自WRAP53基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述WRAP53基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000316024.9、premrna_ENST00000396463.6、premrna_ENST00000431639.6、premrna_ENST00000457584.6、premrna_ENST00000463804.6、premrna_ENST00000467699.5、premrna_ENST00000471973.6、premrna_ENST00000498114.1、premrna_ENST00000498311.5和premrna_ENST00000534050.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的WRAP53前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的WRAP53前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的WRAP53前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000316024.9、transcript_ENST00000396463.6、transcript_ENST00000431639.6、transcript_ENST00000457584.6、transcript_ENST00000463804.6、transcript_ENST00000467699.5、transcript_ENST00000471973.6、transcript_ENST00000498114.1、transcript_ENST00000498311.5和transcript_ENST00000534050.5。
在一些实施方案中,WRAP53前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000141499.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,WRAP53前mRNA转录物包含与本文所述的WRAP53前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,WRAP53前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000316024.9、premrna_ENST00000396463.6、premrna_ENST00000431639.6、premrna_ENST00000457584.6、premrna_ENST00000463804.6、premrna_ENST00000467699.5、premrna_ENST00000471973.6、premrna_ENST00000498114.1、premrna_ENST00000498311.5、premrna_ENST00000534050.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,WRAP53前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1078-SEQ ID NO.1081的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,WRAP53前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从XPO1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的XPO1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自XPO1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述XPO1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000401558.7、premrna_ENST00000404992.6、premrna_ENST00000406957.5、premrna_ENST00000420673.5、premrna_ENST00000422552.5、premrna_ENST00000428210.5、premrna_ENST00000436018.1、premrna_ENST00000437159.5、premrna_ENST00000443240.5、premrna_ENST00000449444.5、premrna_ENST00000451765.5、premrna_ENST00000457483.5、premrna_ENST00000460037.1、premrna_ENST00000461407.5、premrna_ENST00000468259.1、premrna_ENST00000469337.1、premrna_ENST00000475744.1、premrna_ENST00000476585.5、premrna_ENST00000481073.5、premrna_ENST00000481214.1、premrna_ENST00000489954.1、premrna_ENST00000492182.5、premrna_ENST00000494468.1和premrna_ENST00000495003.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的XPO1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的XPO1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的XPO1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000401558.7、transcript_ENST00000404992.6、transcript_ENST00000406957.5、transcript_ENST00000420673.5、transcript_ENST00000422552.5、transcript_ENST00000428210.5、transcript_ENST00000436018.1、transcript_ENST00000437159.5、transcript_ENST00000443240.5、transcript_ENST00000449444.5、transcript_ENST00000451765.5、transcript_ENST00000457483.5、transcript_ENST00000460037.1、transcript_ENST00000461407.5、transcript_ENST00000468259.1、transcript_ENST00000469337.1、transcript_ENST00000475744.1、transcript_ENST00000476585.5、transcript_ENST00000481073.5、transcript_ENST00000481214.1、transcript_ENST00000489954.1、transcript_ENST00000492182.5、transcript_ENST00000494468.1和transcript_ENST00000495003.1。
在一些实施方案中,XPO1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000082898.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,XPO1前mRNA转录物包含与本文所述的XPO1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,XPO1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000401558.7、premrna_ENST00000404992.6、premrna_ENST00000406957.5、premrna_ENST00000420673.5、premrna_ENST00000422552.5、premrna_ENST00000428210.5、premrna_ENST00000436018.1、premrna_ENST00000437159.5、premrna_ENST00000443240.5、premrna_ENST00000449444.5、premrna_ENST00000451765.5、premrna_ENST00000457483.5、premrna_ENST00000460037.1、premrna_ENST00000461407.5、premrna_ENST00000468259.1、premrna_ENST00000469337.1、premrna_ENST00000475744.1、premrna_ENST00000476585.5、premrna_ENST00000481073.5、premrna_ENST00000481214.1、premrna_ENST00000489954.1、premrna_ENST00000492182.5、premrna_ENST00000494468.1、premrna_ENST00000495003.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,XPO1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1082-SEQ ID NO.1085的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,XPO1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从YY1AP1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的YY1AP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自YY1AP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述YY1AP1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000295566.8、premrna_ENST00000311573.9、premrna_ENST00000347088.9、premrna_ENST00000354691.9、premrna_ENST00000355499.8、premrna_ENST00000359205.9、premrna_ENST00000361140.8、premrna_ENST00000361831.9、premrna_ENST00000368330.6、premrna_ENST00000368339.9、premrna_ENST00000368340.9、premrna_ENST00000404643.5、premrna_ENST00000405763.7、premrna_ENST00000407221.5、premrna_ENST00000436865.5、premrna_ENST00000442834.6、premrna_ENST00000443231.5、premrna_ENST00000454523.5、premrna_ENST00000466366.1、premrna_ENST00000476027.5、premrna_ENST00000476093.5、premrna_ENST00000477470.1、premrna_ENST00000488784.5、premrna_ENST00000493625.5和premrna_ENST00000496324.5。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的YY1AP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的YY1AP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的YY1AP1前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000295566.8、transcript_ENST00000311573.9、transcript_ENST00000347088.9、transcript_ENST00000354691.9、transcript_ENST00000355499.8、transcript_ENST00000359205.9、transcript_ENST00000361140.8、transcript_ENST00000361831.9、transcript_ENST00000368330.6、transcript_ENST00000368339.9、transcript_ENST00000368340.9、transcript_ENST00000404643.5、transcript_ENST00000405763.7、transcript_ENST00000407221.5、transcript_ENST00000436865.5、transcript_ENST00000442834.6、transcript_ENST00000443231.5、transcript_ENST00000454523.5、transcript_ENST00000466366.1、transcript_ENST00000476027.5、transcript_ENST00000476093.5、transcript_ENST00000477470.1、transcript_ENST00000488784.5、transcript_ENST00000493625.5和transcript_ENST00000496324.5。
在一些实施方案中,YY1AP1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000163374.19或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,YY1AP1前mRNA转录物包含与本文所述的YY1AP1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,YY1AP1前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000295566.8、premrna_ENST00000311573.9、premrna_ENST00000347088.9、premrna_ENST00000354691.9、premrna_ENST00000355499.8、premrna_ENST00000359205.9、premrna_ENST00000361140.8、premrna_ENST00000361831.9、premrna_ENST00000368330.6、premrna_ENST00000368339.9、premrna_ENST00000368340.9、premrna_ENST00000404643.5、premrna_ENST00000405763.7、premrna_ENST00000407221.5、premrna_ENST00000436865.5、premrna_ENST00000442834.6、premrna_ENST00000443231.5、premrna_ENST00000454523.5、premrna_ENST00000466366.1、premrna_ENST00000476027.5、premrna_ENST00000476093.5、premrna_ENST00000477470.1、premrna_ENST00000488784.5、premrna_ENST00000493625.5、premrna_ENST00000496324.5的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,YY1AP1前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1086-SEQ ID NO.1089的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,YY1AP1前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ZC3H14基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ZC3H14基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ZC3H14基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ZC3H14基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下中的序列的NSAE前mRNA转录物:premrna_ENST00000251038.10、premrna_ENST00000302216.12、premrna_ENST00000318308.10、premrna_ENST00000336693.8、premrna_ENST00000393514.9、premrna_ENST00000406216.7、premrna_ENST00000553495.5、premrna_ENST00000554020.5、premrna_ENST00000554602.5、premrna_ENST00000555120.1、premrna_ENST00000555755.5、premrna_ENST00000555792.1、premrna_ENST00000555799.5、premrna_ENST00000555851.6、premrna_ENST00000555900.5、premrna_ENST00000556000.5、premrna_ENST00000556110.5、premrna_ENST00000556158.5、premrna_ENST00000556945.5、premrna_ENST00000557047.2、premrna_ENST00000557491.1、premrna_ENST00000557605.1、premrna_ENST00000557607.5、premrna_ENST00000557693.5、premrna_ENST00000557737.1和premrna_ENST00000649731.1。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ZC3H14前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的ZC3H14前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的ZC3H14前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自transcript_ENST00000251038.10、transcript_ENST00000302216.12、transcript_ENST00000318308.10、transcript_ENST00000336693.8、transcript_ENST00000393514.9、transcript_ENST00000406216.7、transcript_ENST00000553495.5、transcript_ENST00000554020.5、transcript_ENST00000554602.5、transcript_ENST00000555120.1、transcript_ENST00000555755.5、transcript_ENST00000555792.1、transcript_ENST00000555799.5、transcript_ENST00000555851.6、transcript_ENST00000555900.5、transcript_ENST00000556000.5、transcript_ENST00000556110.5、transcript_ENST00000556158.5、transcript_ENST00000556945.5、transcript_ENST00000557047.2、transcript_ENST00000557491.1、transcript_ENST00000557605.1、transcript_ENST00000557607.5、transcript_ENST00000557693.5、transcript_ENST00000557737.1和transcript_ENST00000649731.1。
在一些实施方案中,ZC3H14前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000100722.20或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ZC3H14前mRNA转录物包含与本文所述的ZC3H14前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ZC3H14前mRNA的靶向部分包含与包含premrna_ENST00000251038.10、premrna_ENST00000302216.12、premrna_ENST00000318308.10、premrna_ENST00000336693.8、premrna_ENST00000393514.9、premrna_ENST00000406216.7、premrna_ENST00000553495.5、premrna_ENST00000554020.5、premrna_ENST00000554602.5、premrna_ENST00000555120.1、premrna_ENST00000555755.5、premrna_ENST00000555792.1、premrna_ENST00000555799.5、premrna_ENST00000555851.6、premrna_ENST00000555900.5、premrna_ENST00000556000.5、premrna_ENST00000556110.5、premrna_ENST00000556158.5、premrna_ENST00000556945.5、premrna_ENST00000557047.2、premrna_ENST00000557491.1、premrna_ENST00000557605.1、premrna_ENST00000557607.5、premrna_ENST00000557693.5、premrna_ENST00000557737.1、premrna_ENST00000649731.1的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ZC3H14前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.1090-SEQ ID NO.1098的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ZC3H14前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从靶基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的靶基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自靶基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述靶基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下的序列的NSAE前mRNA转录物:表4的NSAE前mRNA转录物序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含选自以下的序列的NSAE前mRNA转录物:由Ensembl参考号表示的表4的NSAE前mRNA转录物序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的靶前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子的靶前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子的靶前mRNA序列。在一些实施方案中,转录物选自表4的转录物序列。在一些实施方案中,转录物选自由Ensembl参考号表示的表4的转录物序列。
在一些实施方案中,靶前mRNA转录物由与由Ensembl参考号表示的基因序列或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,靶前mRNA转录物包含与本文所述的靶前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,靶前mRNA的靶向部分包含与包含表4的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,靶前mRNA的靶向部分包含与包含由Ensembl参考号表示的表4的序列或表3的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,靶前mRNA的靶向部分包含与包含选自SEQ ID NO.170-SEQ ID NO.1098的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,靶前mRNA的靶向部分包含与表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核酸互补的序列。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SYNGAP1前mRNA的外显子11。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子11的3’剪接位点下游(或3’)约2个核苷酸至外显子11的5’剪接位点上游(或5’)约4个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO具有根据SEQ ID NO:_中任一项或其互补序列的序列。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的靶前mRNA的外显子,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子的3’剪接位点下游(或3’)约2个核苷酸至外显子的5’剪接位点上游(或5’)约4个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO具有根据SEQ ID NO:_中任一项或其互补序列的序列。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SYNGAP1前mRNA的内含子10。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子11的3’剪接位点上游(或5’)约4个至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子11的3’剪接位点上游(或5’)约16个至约100个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子10的5’剪接位点下游(或3’)约4个至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO具有根据表1的任何序列或其互补序列的序列。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的靶前mRNA的内含子,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子的3’剪接位点上游(或5’)约4个至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子的3’剪接位点上游(或5’)约16个至约100个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子的5’剪接位点下游(或3’)约4个至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO具有根据表1的任何序列或其互补序列的序列。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SYNGAP1前mRNA的内含子10。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子11的3’剪接位点上游(或5’)约4个至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自内含子10的5’剪接位点下游(或3’)约4个至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自内含子10的5’剪接位点下游(或5’)约6个至约100个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO具有根据表1的任何序列或其互补序列的序列。
在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的前mRNA的内含子,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,ASO靶向自外显子的3’剪接位点上游(或5’)约4至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自内含子的5’剪接位点下游(或3’)约4个至约300个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO靶向自内含子的5’剪接位点下游(或5’)约6个至约100个核苷酸的序列。在一些实施方案中,ASO具有根据表1的任何序列或其互补序列的序列。
在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分在内含子9、10、11或12中。在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分在外显子9、10、11或12中。在一些实施方案中,ASO与NSAE前mRNA的靶向部分的杂交导致包含典型外显子11,并随后增加SYNGAP1蛋白质的产生。在一些实施方案中,ASO与NSAE前mRNA的靶向部分的杂交导致排除典型外显子,并随后减少SYNGAP1蛋白质的产生。在一些实施方案中,ASO与NSAE前mRNA的靶向部分的杂交导致包含或排除典型外显子,并随后调节SYNGAP1蛋白质的产生。在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分在外显子10或11中。在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分在内含子10中。在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分在内含子11中。
在一些实施方案中,靶前mRNA的靶向部分在内含子中,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,靶前mRNA的靶向部分在外显子中。在一些实施方案中,ASO与NSAE前mRNA的靶向部分的杂交导致包含典型外显子,并随后增加靶蛋白质的产生。在一些实施方案中,ASO与NSAE前mRNA的靶向部分的杂交导致排除典型外显子,并随后减少靶蛋白质的产生。在一些实施方案中,ASO与NSAE前mRNA的靶向部分的杂交导致包含或排除典型外显子,并随后调节靶蛋白质的产生。
SYNGAP1蛋白质
在一些实施方案中,突变在两个等位基因中发生。在一些实施方案中,突变在两个等位基因中的一个中发生。在一些实施方案中,另外的突变在两个等位基因中的一个中发生。在一些实施方案中,另外的突变在与第一突变相同的等位基因中发生。在其他实施方案中,发生的另外的突变是反式突变。
在一些实施方案中,本文所述的方法用于增加功能性SYNGAP1蛋白质的产生。在一些实施方案中,本文所述的方法用于减少功能性SYNGAP1蛋白质的产生。在一些实施方案中,本文所述的方法用于调节功能性SYNGAP1蛋白质的产生。如本文所用,术语“功能性”是指SYNGAP1蛋白质预防或消除所治疗的疾病或病况(例如,常染色体显性智力发育迟缓)的任何一种或多种症状所必需的活性或功能的量。可选地,功能性SYNGAP1蛋白质的过表达可以诱导或增加所治疗疾病或病况的任何一种或多种症状。在一些实施方案中,所述方法用于增加部分功能性SYNGAP1蛋白质的产生。在一些实施方案中,所述方法用于减少部分功能性SYNGAP1蛋白质的产生。在一些实施方案中,所述方法用于调节部分功能性SYNGAP1蛋白质的产生。如本文所用,术语“部分功能性”是指SYNGAP1蛋白质的如下活性或功能的任何量:所述活性或功能的任何量小于消除或预防疾病或病况(例如,常染色体显性智力发育迟缓)的任何一种或多种症状所必需的活性或功能的量。可选地,功能性SYNGAP1蛋白质的表达或过表达可以诱导或增加所治疗疾病或病况的任何一种或多种症状。在一些实施方案中,相对于全功能蛋白质或RNA,部分功能性蛋白质或RNA将具有至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%或至少95%较少活性。
在一些实施方案中,所述方法是增加具有编码SYNGAP1蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞对SYNGAP1蛋白质的表达的方法,其中所述对象患有由SYNGAP1蛋白质活性量不足引起的常染色体显性智力发育迟缓,并且其中SYNGAP1蛋白质不足量由散发性突变引起。在此类实施方案中,所述对象具有携带_突变的第一等位基因和不产生SYNGAP1蛋白质的第二等位基因。在另一个此类实施方案中,所述对象具有携带突变的第一等位基因和编码非功能性SYNGAP1蛋白质的第二等位基因。在另一个此类实施方案中,所述对象具有携带突变的第一等位基因和编码部分功能性SYNGAP1蛋白质的第二等位基因。在另一个此类实施方案中,所述对象具有携带突变的第一等位基因和携带突变的第二等位基因。在任何这些实施方案中,反义寡聚体与从携带突变的等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而防止NSAE另路剪接(alternate splicing)至前mRNA中,并导致编码功能性SYNGAP1蛋白质的成熟mRNA水平增加,以及对象的细胞中SYNGAP1蛋白质的表达增加。
在相关的实施方案中,所述方法是使用ASO来增加功能性蛋白质或功能性RNA的表达的方法。在一些实施方案中,ASO用于增加具有编码SYNGAP1蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞中SYNGAP1蛋白质的表达,其中所述对象在SYNGAP1蛋白质的量或功能方面具有缺陷,例如,常染色体显性智力发育迟缓。
在一些实施方案中,所述方法是降低具有编码SYNGAP1蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞对SYNGAP1蛋白质的表达的方法,其中所述对象患有由SYNGAP1蛋白质活性过量引起的疾病,并且其中SYNGAP1蛋白质过量由突变引起。在一些实施方案中,反义寡聚体与从携带突变的等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而增加NSAE另路剪接至前mRNA中,并导致编码功能性SYNGAP1蛋白质的成熟mRNA水平降低,以及对象的细胞中SYNGAP1蛋白质的表达降低。在相关的实施方案中,所述方法是使用ASO来降低功能性蛋白质或功能性RNA的表达的方法。在一些实施方案中,ASO用于降低具有编码SYNGAP1蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞中SYNGAP1蛋白质的表达,其中所述对象具有过量的SYNGAP1蛋白质的量或功能。
在一些实施方案中,所述方法是调节具有编码SYNGAP1蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞对SYNGAP1蛋白质的表达的方法,其中所述对象患有由SYNGAP1蛋白质活性不足量或过量引起的疾病,并且其中SYNGAP1蛋白质活性不足量或过量由突变引起。在一些实施方案中,反义寡聚体与从携带突变的等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而调节NSAE另路剪接至前mRNA中,并导致编码功能性SYNGAP1蛋白质的成熟mRNA水平的调节,以及调节对象的细胞中SYNGAP1蛋白质的表达。在相关的实施方案中,所述方法是使用ASO来调节功能性蛋白质或功能性RNA的表达的方法。在一些实施方案中,ASO用于调节具有编码SYNGAP1蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞中SYNGAP1蛋白质的表达,其中所述对象在SYNGAP1蛋白质的量或功能方面具有异常。
在一些实施方案中,编码引起疾病或病况的蛋白质的NSAE前mRNA转录物被本文所述的ASO所靶向。在一些实施方案中,编码不引起疾病的蛋白质的NSAE前mRNA转录物被ASO所靶向。例如,作为特定途径中第一蛋白质突变或缺乏的结果的疾病可通过靶向编码第二蛋白质的含有NSAE的前mRNA,从而增加所述第二蛋白质的产生量来改善。在一些实施方案中,第二蛋白质的功能能够补偿第一蛋白质的突变或缺乏(其引起疾病或病况)。
在一些实施方案中,所述对象具有:
(a)携带突变的第一突变等位基因,与从野生型等位基因的产生相比,从所述第一突变等位基因以降低的水平产生SYNGAP1蛋白质,和
(b)第二突变等位基因,
(i)由于_突变,与从野生型等位基因的产生相比,从所述第二突变等位基因以降低的水平产生SYNGAP1蛋白质
(ii)与从野生型等位基因的产生相比,从所述第二突变等位基因以降低的水平产生SYNGAP1蛋白质,
(iii)与等同野生型蛋白质相比,从所述第二突变等位基因以功能降低的形式产生SYNGAP1蛋白质,或
(iv)从所述第二突变等位基因未产生SYNGAP1蛋白质,并且
其中NSAE前mRNA从携带突变的第一等位基因和/或第二等位基因转录。在这些实施方案中,ASO与从第一等位基因或第二等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而促进从NSAE前mRNA包含外显子,并导致编码SYNGAP1蛋白质的全长mRNA水平增加和对象的细胞中靶蛋白质或功能性RNA的表达增加。在这些实施方案中,与等同野生型蛋白质(全功能性)相比,具有由从NSAE前mRNA包含外显子导致的表达水平增加的靶蛋白质或功能性RNA具有全功能性。在这些实施方案中,ASO与从第一等位基因或第二等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而减少从NSAE前mRNA包含外显子,并导致编码SYNGAP1蛋白质的全长mRNA水平降低和对象的细胞中靶蛋白质或功能性RNA的表达降低。在这些实施方案中,与等同野生型蛋白质(全功能性)相比,具有由从NSAE前mRNA排除外显子导致的表达水平降低的靶蛋白质或功能性RNA具有全功能性。
在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,使细胞接触与SYNGAP1前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致产生的SYNGAP1蛋白质的量增加至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的SYNGAP1蛋白质的总量增加约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的SYNGAP1蛋白质的总量增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4倍至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。对照化合物可以是,例如,不与前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,与对照细胞(例如,未经反义寡聚体处理的一种细胞,或经不与含有SYNGAP1的前mRNA的靶向部分结合的反义寡聚体处理的一种细胞)中产生的编码SYNGAP1蛋白质的mRNA的量相比,编码SYNGAP1蛋白质的mRNA的水平增加到1.1至10倍。
在一些实施方案中,与对照细胞(例如,未经反义寡聚体处理的一种细胞,或经不与SYNGAP1前mRNA的靶向部分结合的反义寡聚体处理的一种细胞)中产生的编码SYNGAP1蛋白质的mRNA的量相比,编码SYNGAP1蛋白质的mRNA的水平增加到1.1至10倍。
在本发明的一些实施方案中,对象可以具有SYNGAP1中的突变。已报道多种致病变异可导致SYNGAP1缺陷,包括错义变异、无义变异、单核苷酸和双核苷酸插入和缺失、复合物插入/缺失和剪接位点变异。在存在这种致病变异的情况下,约2%-5%的转录物被正确剪接,从而允许残留的酶活性。在一些实施方案中,疾病是由产生截短蛋白质或具有改变的构象或降低的活性的蛋白质的SYNGAP1致病变异引起的SYNGAP1功能丧失所致。
在一些实施方案中,可以使用本文所述的方法和组合物治疗具有本领域已知的且如上所述的任何SYNGAP1突变的对象。在一些实施方案中,突变在任何SYNGAP1内含子或外显子内。在一些实施方案中,突变在SYNGAP1外显子10或11内。
在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,使细胞接触与SYNGAP1前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致产生的SYNGAP1蛋白质的量减少至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的SYNGAP1蛋白质的总量减少约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的SYNGAP1蛋白质的总量减少到约1/1.1至约1/10、约1/1.5至约1/10、约1/2至约1/10、约1/3至约1/10、约1/4至约1/10、约1/1.1至约1/5、约1/1.1至约1/6、约1/1.1至约1/7、约1/1.1至约1/8、约1/1.1至约1/9、约1/2至约1/5、约1/2至约1/6、约1/2至约1/7、约1/2至约1/8、约1/2至约1/9、约1/3至约1/6、约1/3至约1/7、约1/3至约1/8、约1/3至约1/9、约1/4至约1/7、约1/4至约1/8、约1/4至约1/9、至少约1/1.1、至少约1/1.5、至少约1/2、至少约1/2.5、至少约1/3、至少约1/3.5、至少约1/4、至少约1/5或至少约1/10。对照化合物可以是,例如,不与前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,与对照细胞(例如,未经反义寡聚体处理的一种细胞,或经不与含有SYNGAP1的前mRNA的靶向部分结合的反义寡聚体处理的一种细胞)中产生的编码SYNGAP1蛋白质的mRNA的量相比,编码SYNGAP1蛋白质的mRNA水平降低1.1至10倍。
在一些实施方案中,与对照细胞(例如,未经反义寡聚体处理的一种细胞,或经不与SYNGAP1前mRNA的靶向部分结合的反义寡聚体处理的一种细胞)中产生的编码SYNGAP1蛋白质的mRNA的量相比,编码SYNGAP1蛋白质的mRNA水平降低1.1至10倍。
在本发明的一些实施方案中,对象可以具有SYNGAP1中的突变。多种致病变异可以导致SYNGAP1过表达,包括错义变异、无义变异、单核苷酸和双核苷酸插入和缺失、复合物插入/缺失和剪接位点变异。在一些实施方案中,疾病是由产生截短蛋白质或具有改变的构象或增加的活性的蛋白质的SYNGAP1致病变异引起的SYNGAP1功能过表达所致。
在一些实施方案中,可以使用本文所述的方法和组合物治疗具有本领域已知的且如上所述的任何SYNGAP1突变的对象。在一些实施方案中,突变在任何SYNGAP1内含子或外显子内。在一些实施方案中,突变在SYNGAP1外显子10或11内。
靶蛋白质
在一些实施方案中,突变在两个等位基因中发生。在一些实施方案中,突变在两个等位基因中的一个中发生,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,另外的突变在两个等位基因中的一个中发生。在一些实施方案中,另外的突变在与第一突变相同的等位基因中发生。在其他实施方案中,发生的另外的突变是反式突变。
在一些实施方案中,本文所述的方法用于增加功能性靶蛋白质的产生,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,本文所述的方法用于减少功能性靶蛋白质的产生。在一些实施方案中,本文所述的方法用于调节功能性靶蛋白质的产生。如本文所用,术语“功能性”是指预防或消除所治疗疾病或病况(例如,常染色体显性智力发育迟缓)的任何一种或多种症状所必需的靶蛋白质的活性或功能的量。可选地,功能性靶蛋白质的过表达可以诱导或增加所治疗疾病或病况的任何一种或多种症状。在一些实施方案中,所述方法用于增加部分功能性靶蛋白质的产生。在一些实施方案中,所述方法用于减少部分功能性靶蛋白质的产生。在一些实施方案中,所述方法用于调节部分功能性靶蛋白质的产生。如本文所用,术语“部分功能性”是指靶蛋白质的如下活性或功能的任何量:所述活性或功能的任何量小于消除或预防疾病或病况(例如,常染色体显性智力发育迟缓)的任何一种或多种症状所必需的活性或功能的量。可选地,功能性靶蛋白质的表达或过表达可以诱导或增加所治疗疾病或病况的任何一种或多种症状。在一些实施方案中,相对于全功能性蛋白质或RNA,部分功能性蛋白质或RNA将具有至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%或至少95%较少活性。
在一些实施方案中,所述方法是增加具有编码靶蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞对靶蛋白质的表达的方法,其中所述对象患有由靶蛋白质活性不足量引起的常染色体显性智力发育迟缓,其中靶蛋白质不足量由散发性突变引起,并且其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在此类实施方案中,所述对象具有携带突变的第一等位基因和不产生靶蛋白质的第二等位基因。在另一个此类实施方案中,所述对象具有携带突变的第一等位基因和编码非功能性靶蛋白质的第二等位基因。在另一个此类实施方案中,所述对象具有携带突变的第一等位基因和编码部分功能性靶蛋白质的第二等位基因。在另一个此类实施方案中,所述对象具有携带突变的第一等位基因和携带突变的第二等位基因。在任何这些实施方案中,反义寡聚体与从携带突变的等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而防止NSAE另路剪接至前mRNA中,并导致编码功能性靶蛋白质的成熟mRNA水平增加,以及对象的细胞中靶蛋白质的表达增加。在相关的实施方案中,所述方法是使用ASO来增加功能性蛋白质或功能性RNA的表达的方法。在一些实施方案中,ASO用于增加具有编码靶蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞中靶蛋白质的表达,其中所述对象在靶蛋白质的量或功能方面具有缺陷,例如,常染色体显性智力发育迟缓。
在一些实施方案中,所述方法是降低具有编码靶蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞对靶蛋白质的表达的方法,其中所述对象患有由靶蛋白质活性过量引起的疾病,其中靶蛋白质过量由突变引起,并且其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,反义寡聚体与从携带突变的等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而增加NSAE另路剪接至前mRNA中,并导致编码功能性靶蛋白质的成熟mRNA水平降低,以及对象的细胞中靶蛋白质的表达降低。在相关的实施方案中,所述方法是使用ASO来降低功能性蛋白质或功能性RNA的表达的方法。在一些实施方案中,ASO用于降低具有编码靶蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞中靶蛋白质的表达,其中所述对象具有过量的靶蛋白质的量或功能。
在一些实施方案中,所述方法是调节具有编码靶蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞对靶蛋白质的表达的方法,其中所述对象患有由靶蛋白质活性不足或过量引起的疾病,其中靶蛋白质不足或过量由突变引起,并且其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,反义寡聚体与从携带突变的等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而调节NSAE另路剪接至前mRNA中,并导致编码功能性靶蛋白质的成熟mRNA水平的调节,以及调节对象的细胞中靶蛋白质的表达。在相关的实施方案中,所述方法是使用ASO来调节功能性蛋白质或功能性RNA的表达的方法。在一些实施方案中,ASO用于调节具有编码靶蛋白质的NSAE前mRNA的对象的细胞中靶蛋白质的表达,其中所述对象具有在靶蛋白质的量或功能方面异常。
在一些实施方案中,编码引起疾病或病况的蛋白质的NSAE前mRNA转录物被本文所述的ASO所靶向。在一些实施方案中,编码不引起疾病的蛋白质的NSAE前mRNA转录物被ASO所靶向。例如,由特定途径中第一蛋白质突变或缺陷引起的疾病可以通过靶向编码第二蛋白质的含有NSAE的前mRNA,从而增加第二蛋白质的产生来改善。在一些实施方案中,第二蛋白质的功能能够补偿第一蛋白质的突变或缺陷(其引起疾病或病况)。
在一些实施方案中,所述对象具有:
(a)携带突变的第一突变等位基因,与从野生型等位基因的产生相比,从所述第一突变等位基因以降低的水平产生靶蛋白质,和(c)第二突变等位基因,
(v)由于_突变,与从野生型等位基因的产生相比,从所述第二突变等位基因以降低的水平产生靶蛋白质
(vi)与从野生型等位基因的产生相比,从所述第二突变等位基因以降低的水平产生靶蛋白质,
(vii)与等同野生型蛋白质相比,从所述第二突变等位基因以功能降低的形式产生靶蛋白质,或
(viii)从所述第二突变等位基因未产生靶蛋白质,并且
其中NSAE前mRNA从携带突变的第一等位基因和/或第二等位基因转录,并且其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在这些实施方案中,ASO与从第一等位基因或第二等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而促进从NSAE前mRNA包含外显子,并导致编码靶蛋白质的全长mRNA水平增加和对象的细胞中靶蛋白质或功能性RNA的表达增加。在这些实施方案中,与等同野生型蛋白质(全功能性)相比,具有由从NSAE前mRNA包含外显子导致的表达水平增加的靶蛋白质或功能性RNA具有全功能性。在这些实施方案中,ASO与从第一等位基因或第二等位基因转录的NSAE前mRNA的靶向部分结合,从而减少从NSAE前mRNA包含外显子,并导致编码靶蛋白质的全长mRNA水平降低和对象的细胞中靶蛋白质或功能性RNA的表达降低。在这些实施方案中,与等同野生型蛋白质(全功能性)相比,具有由从NSAE前mRNA排除外显子导致的表达水平降低的靶蛋白质或功能性RNA具有全功能性。
在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,使细胞接触与靶前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致产生的靶蛋白质的量增加至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的靶蛋白质的总量增加约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的靶蛋白质的总量增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4倍至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。对照化合物可以是,例如,不与前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,与对照细胞(例如,未经反义寡聚体处理的一种细胞,或经不与含有靶标的前mRNA的靶向部分结合的反义寡聚体处理的一种细胞)中产生的编码靶蛋白质的mRNA的量相比,编码靶蛋白质的mRNA的水平增加到1.1至10倍,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,与对照细胞(例如,未经反义寡聚体处理的一种细胞,或经不与靶前mRNA的靶向部分结合的反义寡聚体处理的一种细胞)中产生的编码靶蛋白质的mRNA的量相比,编码靶蛋白质的mRNA的水平增加到1.1至10倍。
在本发明的一些实施方案中,对象可以具有靶基因中的突变,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。已报道多种致病变异可导致靶标缺陷,包括错义变异、无义变异、单核苷酸和双核苷酸插入和缺失、复合物插入/缺失和剪接位点变异。在一些实施方案中,疾病是由产生截短蛋白质或具有改变的构象或降低的活性的蛋白质的靶标致病变异引起的靶标功能丧失所致。
在一些实施方案中,可以使用本文所述的方法和组合物治疗在本领域已知的且如上所述的靶基因中具有任何突变的对象,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,突变在靶基因中的任何内含子或外显子内。
在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,使细胞接触与靶前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致产生的靶蛋白质的量减少至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的靶蛋白质的总量减少约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的靶蛋白质的总量减少到约1/1.1至约1/10、约1/1.5至约1/10、约1/2至约1/10、约1/3至约1/10、约1/4至约1/10、约1/1.1至约1/5、约1/1.1至约1/6、约1/1.1至约1/7、约1/1.1至约1/8、约1/1.1至约1/9、约1/2至约1/5、约1/2至约1/6、约1/2至约1/7、约1/2至约1/8、约1/2至约1/9、约1/3至约1/6、约1/3至约1/7、约1/3至约1/8、约1/3至约1/9、约1/4至约1/7、约1/4至约1/8、约1/4至约1/9、至少约1/1.1、至少约1/1.5、至少约1/2、至少约1/2.5、至少约1/3、至少约1/3.5、至少约1/4、至少约1/5或至少约1/10。对照化合物可以是,例如,不与前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,与对照细胞(例如,未经反义寡聚体处理的一种细胞,或经不与含有靶标的前mRNA的靶向部分结合的反义寡聚体处理的一种细胞)中产生的编码靶蛋白质的mRNA的量相比,编码靶蛋白质的mRNA水平降低1.1至10倍,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
在一些实施方案中,与对照细胞(例如,未经反义寡聚体处理的一种细胞,或经不与靶前mRNA的靶向部分结合的反义寡聚体处理的一种细胞)中产生的编码靶蛋白质的mRNA的量相比,编码靶蛋白质的mRNA水平降低1.1至10倍,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
在本发明的一些实施方案中,对象可以具有靶基因中的突变,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。多种致病变异可以导致靶蛋白质过表达,包括错义变异、无义变异、单核苷酸和双核苷酸插入和缺失、复合物插入/缺失和剪接位点变异。在一些实施方案中,疾病是由产生截短蛋白质或具有改变的构象或增加的活性的蛋白质的靶标中的致病变异引起的靶蛋白质功能过表达所致。
在一些实施方案中,可以使用本文所述的方法和组合物治疗在本领域已知的且如上所述的靶基因中具有任何突变的对象,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,突变在靶基因中的任何内含子或外显子内。
另路剪接
如本文所用,“无义介导的RNA衰变另路外显子”(或“NSAE”或“NMD外显子”)是由另路剪接事件产生的外显子,其含有提前终止密码子或促进含有瞬时外显子的mRNA降解的其他序列。“NSAE前mRNA”是含有至少一个无义介导的RNA衰变另路外显子的前mRNA转录物。前mRNA的另路或异常剪接可导致在成熟mRNA转录物中包含至少一种NSAE。术语“成熟mRNA”、“完全加工的”和“完全剪接的mRNA”在本文中可互换使用以描述完全加工的mRNA。包含至少一个NSAE可导致非生产性mRNA。成熟的含有NSAE的mRNA有时导致蛋白质表达异常。术语“典型外显子”是指不导致无义介导的衰变的外显子,或默认外显子,或不是另路剪接的产物的外显子。术语“典型剪接”是指导致在成熟RNA中保留典型外显子的剪接过程。
由于剪接出另外的碱基对可产生NSAE。
另路剪接的程度可以表示为另路剪接百分比,例如,包括给定NSAE的转录物的百分比。简言之,另路剪接百分比可以计算为具有NSAE的RNA转录物的量占具有NSAE的RNA转录物的量的平均值加仅具有典型外显子的RNA转录物的量的平均值之和的百分比。
在一些实施方案中,NSAE是基于确定从RNA转录物排除至少约5%、至少约10%、至少约15%、至少约20%、至少约25%、至少约30%、至少约35%、至少约40%、至少约45%或至少约50%而被鉴定为NSAE的外显子。在实施方案中,所包括的NSAE是基于确定从RNA转录物排除约5%至约100%、约5%至约95%、约5%至约90%、约5%至约85%、约5%至约80%、约5%至约75%、约5%至约70%、约5%至约65%、约5%至约60%、约5%至约55%、约5%至约50%、约5%至约45%、约5%至约40%、约5%至约35%、约5%至约30%、约5%至约25%、约5%至约20%、约5%至约15%、约10%至约100%、约10%至约95%、约10%至约90%、约10%至约85%、约10%至约80%、约10%至约75%、约10%至约70%、约10%至约65%、约10%至约60%、约10%至约55%、约10%至约50%、约10%至约45%、约10%至约40%、约10%至约35%、约10%至约30%、约10%至约25%、约10%至约20%、约15%至约100%、约15%至约95%、约15%至约90%、约15%至约85%、约15%至约80%、约15%至约75%、约15%至约70%、约15%至约65%、约15%至约60%、约15%至约55%、约15%至约50%、约15%至约45%、约15%至约40%、约15%至约35%、约15%至约30%、约15%至约25%、约20%至约100%、约20%至约95%、约20%至约90%、约20%至约85%、约20%至约80%、约20%至约75%、约20%至约70%、约20%至约65%、约20%至约60%、约20%至约55%、约20%至约50%、约20%至约45%、约20%至约40%、约20%至约35%、约20%至约30%、约25%至约100%、约25%至约95%、约25%至约90%、约25%至约85%、约25%至约80%、约25%至约75%、约25%至约70%、约25%至约65%、约25%至约60%、约25%至约55%、约25%至约50%、约25%至约45%、约25%至约40%或约25%至约35%而被鉴定为NSAE的外显子。ENCODE数据(例如由Tilgner等人,2012,“Deep sequencing of subcellular RNAfractions shows splicing to be predominantly co-transcriptional in the humangenome but inefficient for lncRNAs,”Genome Research 22(9):1616-25描述的)可用于有助于鉴定由另路剪接事件产生的NSAE。
在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,使细胞接触与SYNGAP1前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致产生的SYNGAP1蛋白质的量增加至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的SYNGAP1蛋白质的总量增加约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的SYNGAP1蛋白质的总量增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4倍至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。对照化合物可以是,例如,不与前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,使细胞接触与SYNGAP1前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致产生的SYNGAP1蛋白质的量减少至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的SYNGAP1蛋白质的总量减少约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的SYNGAP1蛋白质的总量减少到约1/1.1至约1/10、约1/1.5至约1/10、约1/2至约1/10、约1/3至约1/10、约1/4至约1/10、约1/1.1至约1/5、约1/1.1至约1/6、约1/1.1至约1/7、约1/1.1至约1/8、约1/1.1至约1/9、约1/2至约1/5、约1/2至约1/6、约1/2至约1/7、约1/2至约1/8、约1/2至约1/9、约1/3至约1/6、约1/3至约1/7、约1/3至约1/8、约1/3至约1/9、约1/4至约1/7、约1/4至约1/8、约1/4至约1/9、至少约1/1.1、至少约1/1.5、至少约1/2、至少约1/2.5、至少约1/3、至少约1/3.5、至少约1/4、至少约1/5或至少约1/10。对照化合物可以是,例如,不与前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,使细胞接触与SYNGAP1前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致编码SYNGAP1的mRNA(包括编码靶蛋白质的成熟mRNA)的量增加。在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,编码SYNGAP1的mRNA或编码靶蛋白质的成熟mRNA的量增加至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%。在一些实施方案中,与在未经处理的细胞(例如未经处理的细胞或经对照化合物处理的细胞)中产生的成熟RNA的量相比,在与反义寡聚体接触的细胞中产生的编码SYNGAP1蛋白质的mRNA或编码SYNGAP1蛋白质的成熟mRNA的总量增加约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与在未经处理的细胞(例如未经处理的细胞或经对照化合物处理的细胞)中产生的成熟RNA的量相比,在与反义寡聚体接触的细胞中产生的编码SYNGAP1蛋白质的mRNA,或编码SYNGAP1蛋白质的成熟mRNA的总量增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4倍至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。对照化合物可以是,例如,不与SYNGAP1前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,使细胞接触与SYNGAP1前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致编码SYNGAP1的mRNA(包括编码靶蛋白质的成熟mRNA)的量减少。在一些实施方案中,突变在靶基因中的任何内含子或外显子内。在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,编码SYNGAP1蛋白质的mRNA或编码SYNGAP1蛋白质的成熟mRNA的量减少至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%。在一些实施方案中,与在未经处理的细胞(例如未经处理的细胞或经对照化合物处理的细胞)中产生的成熟RNA的量相比,在与反义寡聚体接触的细胞中产生的编码SYNGAP1蛋白质的mRNA,或编码SYNGAP1蛋白质的成熟mRNA的总量减少约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与在未经处理的细胞(例如未经处理的细胞或经对照化合物处理的细胞)中产生的成熟RNA的量相比,在与反义寡聚体接触的细胞中产生的编码SYNGAP1蛋白质的mRNA,或编码SYNGAP1蛋白质的成熟mRNA的总量减少到约1/1.1至约1/10、约1/1.5至约1/10、约1/2至约1/10、约1/3至约1/10、约1/4至约1/10、约1/1.1至约1/5、约1/1.1至约1/6、约1/1.1至约1/7、约1/1.1至约1/8、约1/1.1至约1/9、约1/2至约1/5、约1/2至约1/6、约1/2至约1/7、约1/2至约1/8、约1/2至约1/9、约1/3至约1/6、约1/3至约1/7、约1/3至约1/8、约1/3至约1/9、约1/4至约1/7、约1/4至约1/8、约1/4至约1/9、至少约1/1.1、至少约1/1.5、至少约1/2、至少约1/2.5、至少约1/3、至少约1/3.5、至少约1/4、至少约1/5或至少约1/10。对照化合物可以是,例如,不与SYNGAP1前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,使细胞接触与靶前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致产生的靶蛋白质的量增加至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,突变在靶基因中的任何内含子或外显子内。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的靶蛋白质的总量增加约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的靶蛋白质的总量增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4倍至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。对照化合物可以是,例如,不与前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,使细胞接触与靶前mRNA转录物的靶向部分互补的ASO导致产生的靶蛋白质的量减少至少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,突变在靶基因中的任何内含子或外显子内。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的靶蛋白质的总量减少约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与由对照化合物产生的靶蛋白质的量相比,由与反义寡聚体接触的细胞产生的靶蛋白质的总量减少到约1/1.1至约1/10、约1/1.5至约1/10、约1/2至约1/10、约1/3至约1/10、约1/4至约1/10、约1/1.1至约1/5、约1/1.1至约1/6、约1/1.1至约1/7、约1/1.1至约1/8、约1/1.1至约1/9、约1/2至约1/5、约1/2至约1/6、约1/2至约1/7、约1/2至约1/8、约1/2至约1/9、约1/3至约1/6、约1/3至约1/7、约1/3至约1/8、约1/3至约1/9、约1/4至约1/7、约1/4至约1/8、约1/4至约1/9、至少约1/1.1、至少约1/1.5、至少约1/2、至少约1/2.5、至少约1/3、至少约1/3.5、至少约1/4、至少约1/5或至少约1/10。对照化合物可以是,例如,不与前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,使细胞接触与靶mRNA前转录物的靶向部分互补的ASO导致编码靶蛋白质的mRNA(包括编码靶蛋白质的成熟mRNA)的量增加,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,突变在靶基因中的任何内含子或外显子内。在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,编码靶蛋白质的mRNA或编码靶蛋白质的成熟mRNA的量增加10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%。在一些实施方案中,与在未经处理的细胞(例如未经处理的细胞或经对照化合物处理的细胞)中产生的成熟RNA的量相比,在与反义寡聚体接触的细胞中产生的编码靶蛋白质的mRNA或编码靶蛋白质的成熟mRNA的总量增加约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与在未经处理的细胞(例如未经处理的细胞或经对照化合物处理的细胞)中产生的成熟RNA的量相比,在与反义寡聚体接触的细胞中产生的编码靶蛋白质的mRNA或编码靶蛋白质的成熟mRNA的总量增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4倍至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。对照化合物可以是,例如,不与靶前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
在一些实施方案中,使细胞接触与靶mRNA前转录物的靶向部分互补的ASO导致编码靶蛋白质的mRNA(包括编码靶蛋白质的成熟mRNA)的量减少,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,突变在靶基因中的任何内含子或外显子内。在一些实施方案中,与在无ASO/未经处理的情况下由细胞产生的蛋白质的量相比,编码靶蛋白质的mRNA或编码靶蛋白质的成熟mRNA的量减少10、20、30、40、50、60、80、100、150、200、250、300、350、400、450、500或1000%。在一些实施方案中,与在未经处理的细胞(例如未经处理的细胞或经对照化合物处理的细胞)中产生的成熟RNA的量相比,在与反义寡聚体接触的细胞中产生的编码靶蛋白质的mRNA或编码靶蛋白质的成熟mRNA的总量减少约20%至约300%、约50%至约300%、约100%至约300%、约150%至约300%、约20%至约50%、约20%至约100%、约20%至约150%、约20%至约200%、约20%至约250%、约50%至约100%、约50%至约150%、约50%至约200%、约50%至约250%、约100%至约150%、约100%至约200%、约100%至约250%、约150%至约200%、约150%至约250%、约200%至约250%、至少约10%、至少约20%、至少约50%、至少约100%、至少约150%、至少约200%、至少约250%或至少约300%。在一些实施方案中,与在未经处理的细胞(例如未经处理的细胞或经对照化合物处理的细胞)中产生的成熟RNA的量相比,在与反义寡聚体接触的细胞中产生的编码靶蛋白质的mRNA或编码靶蛋白质的成熟mRNA的总量减少到约1/1.1至约1/10、约1/1.5至约1/10、约1/2至约1/10、约1/3至约1/10、约1/4至约1/10、约1/1.1至约1/5、约1/1.1至约1/6、约1/1.1至约1/7、约1/1.1至约1/8、约1/1.1至约1/9、约1/2至约1/5、约1/2至约1/6、约1/2至约1/7、约1/2至约1/8、约1/2至约1/9、约1/3至约1/6、约1/3至约1/7、约1/3至约1/8、约1/3至约1/9、约1/4至约1/7、约1/4至约1/8、约1/4至约1/9、至少约1/1.1、至少约1/1.5、至少约1/2、至少约1/2.5、至少约1/3、至少约1/3.5、至少约1/4、至少约1/5或至少约1/10。对照化合物可以是,例如,不与靶前mRNA的靶向部分互补的寡核苷酸。
治疗药剂
在本公开的各种实施方案中,提供了包含治疗药剂的组合物和方法,以调节SYNGAP1的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,本文提供了调节SYNGAP1前mRNA的另路剪接的组合物和方法。在一些实施方案中,本文提供了调节SYNGAP1前mRNA的剪接中的另路剪接的组合物和方法,例如,以防止在SYNGAP1前mRNA剪接过程中包含NSAE并保留典型外显子。
在本公开的各种实施方案中,提供了包含治疗药剂的组合物和方法以调节靶标的蛋白质表达水平。在一些实施方案中,本文提供了调节靶前mRNA的另路剪接的组合物和方法。在一些实施方案中,本文提供了调节靶前mRNA的剪接中的另路剪接的组合物和方法,例如,以防止在靶前mRNA的剪接过程中包含NSAE并保留典型外显子,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
本文公开的治疗药剂可以是另路剪接阻抑药剂。在一些实施方案中,治疗药剂可以包含多核酸聚合物。在其他实施方案中,治疗药剂可以包含小分子。在其他实施方案中,治疗药剂可以包含多肽。在一些实施方案中,治疗药剂是核酸结合蛋白质,与或不与核酸分子复合。在其他实施方案中,治疗药剂是编码另一种治疗药剂的核酸分子。在另外的实施方案中,将治疗药剂掺入病毒递送系统,例如腺病毒相关载体中。
根据本公开的一个方面,本文提供了治疗或预防与功能性SYNGAPl蛋白质缺乏相关的病况的方法,所述方法包括向对象施用另路剪接阻抑药剂以增加功能性SYNGAPl蛋白质的水平,其中所述药剂与前mRNA转录物的区域结合以减少成熟转录物中包含NSAE。例如,本文提供了治疗或预防与功能性SYNGAPl蛋白质缺乏相关的病况的方法,所述方法包括向对象施用另路剪接阻抑药剂以增加功能性SYNGAP1蛋白质的水平,其中所述药剂与前mRNA转录物的外显子或内含子(例如,人SYNGAP1基因中的外显子10或11、内含子10或内含子11)的区域结合。
根据本公开的一个方面,本文提供了治疗或预防与功能性靶蛋白质缺乏相关的病况的方法,所述方法包括向对象施用另路剪接阻抑药剂以增加功能性靶蛋白质的水平,其中所述药剂与前mRNA转录物的区域结合以减少在成熟转录物中包含NSAE。例如,本文提供了治疗或预防与功能性靶蛋白质缺乏相关的病况的方法,所述方法包括向对象施用另路剪接阻抑药剂以增加功能性靶蛋白质的水平,其中所述药剂与前mRNA转录物的外显子或内含子的区域结合,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
在一些实施方案中,本文提供了治疗或预防与功能性SYNGAPl蛋白质过表达相关的病况的方法,所述方法包括向对象施用另路剪接调节药剂以降低功能性SYNGAPl蛋白质的水平,其中所述药剂与前mRNA转录物的区域结合以在增加成熟转录物中包含NSAE。例如,本文提供了治疗或预防与功能性SYNGAP1蛋白质过表达相关的病况的方法,所述方法包括向对象施用另路剪接调节药剂以降低功能性SYNGAP1蛋白质的水平,其中所述药剂与前mRNA转录物的外显子或内含子(例如,人SYNGAP1基因中的外显子10或11、内含子10或内含子11)的区域结合。
根据本公开的一个方面,本文提供了治疗或预防与功能性靶蛋白质过表达相关的病况的方法,所述方法包括向对象施用另路剪接调节药剂以降低功能性靶蛋白质的水平,其中所述药剂与前mRNA转录物的区域结合以增加在成熟转录物中包含NSAE。例如,本文提供了治疗或预防与功能性靶蛋白质过表达相关的病况的方法,所述方法包括向对象施用另路剪接阻抑药剂以降低功能性靶蛋白质的水平,其中所述药剂与前mRNA转录物的外显子或内含子的区域结合,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
当提及减少成熟mRNA中的另路剪接时,所述减少可以是完全的,例如100%,或者可以是部分的。所述减少可以具有临床意义。减少/校正可以相对于未经治疗的对象中的另路剪接的水平,或相对于相似对象群体中的另路剪接的量。相对于平均对象或治疗前的对象,减少/校正可以是另路剪接减少至少10%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述减少可以是另路剪接减少至少20%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述减少可以是另路剪接减少至少40%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述减少可以是另路剪接减少至少50%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述减少可以是另路剪接减少至少60%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述减少可以是另路剪接减少至少80%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述减少可以是另路剪接减少至少90%。
当提及增加成熟mRNA中的另路剪接时,增加可以是完全的,例如,100%,或者可以是部分的。所述增加可以具有临床意义。增加/校正可以相对于未经治疗的对象中的另路剪接的水平,或相对于相似对象群体中的另路剪接的量。相对于平均对象或治疗前的对象,增加/校正可以是另路剪接增加至少10%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是另路剪接增加至少20%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是另路剪接增加至少40%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是另路剪接增加至少50%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是另路剪接增加至少60%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是另路剪接增加至少80%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是另路剪接增加至少90%。
当提及增加功能性SYNGAP1蛋白质水平时,所述增加可以具有临床意义。所述增加可以相对于未经治疗的对象中的功能性SYNGAP1蛋白质的水平,或相对于相似对象群体中的功能性SYNGAP1蛋白质的量。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性SYNGAP1蛋白质增加至少10%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性SYNGAP1蛋白质增加至少20%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性SYNGAP1蛋白质增加至少40%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性SYNGAP1蛋白质增加至少50%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性SYNGAP1蛋白质增加至少80%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性SYNGAP1蛋白质增加至少100%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性SYNGAP1蛋白质增加至少200%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性SYNGAP1蛋白质增加至少500%。
当提及降低功能性SYNGAP1蛋白质水平时,所述降低可以具有临床意义。所述降低可以相对于未经治疗的对象中的功能性SYNGAP1蛋白质的水平,或相对于相似对象群体中的功能性SYNGAP1蛋白质的量。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性SYNGAP1蛋白质减少至少10%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性SYNGAP1蛋白质减少至少20%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性SYNGAP1蛋白质减少至少40%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性SYNGAP1蛋白质减少至少50%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性SYNGAP1蛋白质减少至少80%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性SYNGAP1蛋白质减少至少100%。
当提及增加功能性靶蛋白质水平时,所述增加可以具有临床意义,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。所述增加可以相对于未经治疗的对象中的功能性靶蛋白质的水平,或相对于相似对象群体中的功能性靶蛋白质的量。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性靶蛋白质增加至少10%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性靶蛋白质增加至少20%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性靶蛋白质增加至少40%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性靶蛋白质增加至少50%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性靶蛋白质增加至少80%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性靶蛋白质增加至少100%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性靶蛋白质增加至少200%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述增加可以是功能性靶蛋白质增加至少500%。
当提及降低功能性靶蛋白质水平时,所述降低可以具有临床意义,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。所述降低可以相对于未经治疗的对象中的功能性靶蛋白质的水平,或相对于相似对象群体中的功能性靶蛋白质的量。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性靶蛋白质减少至少10%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性靶蛋白质减少至少20%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性靶蛋白质减少至少40%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性靶蛋白质减少至少50%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性靶蛋白质减少至少80%。相对于平均对象或治疗前的对象,所述降低可以是功能性靶蛋白质减少至少100%。
在其中另路剪接阻抑药剂包含多核酸聚合物的实施方案中,所述多核酸聚合物的长度可以是约50个核苷酸。在其中另路剪接调节药剂包含多核酸聚合物的实施方案中,所述多核酸聚合物的长度可以是约50个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约45个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约40个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约35个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约30个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约24个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约25个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约20个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约19个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约18个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约17个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约16个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约15个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约14个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约13个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约12个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约11个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约10个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约10个至约50个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约10个至约45个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约10个至约40个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约10个至约35个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约10个至约30个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约10个至约25个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约10个至约20个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约15个至约25个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约15个至约30个核苷酸。所述多核酸聚合物的长度可以是约12个至约30个核苷酸.
所述多核酸聚合物的序列可以与mRNA转录物(例如部分加工的mRNA转录物)的靶序列至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.5%互补。所述多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列100%互补。
所述多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列具有4个或更少的错配。所述多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列具有3个或更少的错配。所述多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列具有2个或更少的错配。所述多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列具有1个或更少的错配。所述多核酸聚合物的序列可以与前mRNA转录物的靶序列没有错配。
在一些实施方案中,所述多核酸聚合物可以与前mRNA转录物的靶序列特异性杂交。例如,所述多核酸聚合物可以与前mRNA转录物的靶序列具有91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%或100%的序列互补性。所述杂交可以在高严格性杂交条件下。
所述多核酸聚合物可以具有与表1、表6A和表6B的序列具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.5%序列同一性的序列。所述多核酸聚合物可以具有与选自表1、表6A和表6B的序列具有100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,所述多核酸聚合物包含与选自SEQ ID NO:1–SEQ ID NO:165和SEQ ID NO:1301–SEQ ID NO:10225的任一项具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.5%序列同一性的序列。在一些实施方案中,所述多核酸聚合物包含与选自SEQ ID NO:1–SEQ ID NO:165和SEQ ID NO:1301–SEQ ID NO:10225的任一项具有100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,所述多核酸聚合物是与选自SEQ ID NO:1–SEQ ID NO:165和SEQID NO:1301–SEQ ID NO:10225的任一项具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或99.5%序列同一性的多核苷酸聚合物。在一些实施方案中,所述多核酸聚合物是选自SEQ ID NO:1–SEQ ID NO:165和SEQ ID NO:1301–SEQ ID NO:10225的任一项的多核酸聚合物。
表1(基因=SYNGAP1)
表2
表3
表4
当提及多核酸聚合物序列时,技术人员将理解,在所述序列中可以容许一个或多个置换,任选地两个置换,以使其保持与靶序列杂交的能力;或者在所述置换处于靶序列中的情况下,被识别为靶序列的能力。可以通过BLAST序列比对,使用标准/默认参数,来确定对序列同一性的提及。例如,根据本公开,所述序列可以具有99%的同一性并且仍然起作用。在其他实施方案中,根据本公开,所述序列可以具有98%的同一性并且仍然起作用。在另一个实施方案中,根据本公开,所述序列可以具有95%的同一性并且仍然起作用。在另一个实施方案中,根据本公开,所述序列可以具有90%的同一性并且仍然起作用.
反义寡聚体
本文提供了包含反义寡聚体的组合物,所述反义寡聚体通过与SYNGAP1前mRNA的靶向部分结合来防止另路剪接。本文还提供了包含反义寡聚体的组合物,所述反义寡聚体通过与靶前mRNA的靶向部分结合来防止另路剪接,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。如本文所用的,术语“ASO”和“反义寡聚体”可互换使用,并且指包含核碱基的寡聚体例如多核苷酸或多核酸聚合物,所述寡聚体通过Watson-Crick碱基配对或摆动碱基配对(G-U)与靶核酸(例如,SYNGAP1前mRNA)序列杂交。ASO可具有互补于靶序列的确切序列或近似的互补性(例如,足以结合靶序列并加强剪接位点处的剪接的互补性)。将ASO设计为使得它们与靶核酸(例如,前mRNA转录物的靶向部分)结合(杂交)并在生理条件下保持杂交。通常,如果它们与预期(靶向)核酸序列之外的位点杂交,则它们与有限数目的非靶核酸的序列(除靶核酸之外的一些位点)杂交。ASO的设计可以考虑存在前mRNA转录物的靶向部分的核酸序列,或基因组或细胞前mRNA或转录组中其他位置处足够类似的核酸序列,使得ASO将结合其他位点并引起“脱靶”效应的可能性受到限制。本领域已知的,例如在作为WO 2015/035091公开的题为“Reducing Nonsense-Mediated mRNA Decay”的PCT申请No.PCT/US2014/054151(其通过引用并入本文)中的任何反义寡聚体可用来实施本文所述的方法。
在一些实施方案中,ASO与靶核酸或RIC前mRNA的靶向部分“特异性杂交”或对其为“特异性的”。通常,此类杂交在基本高于37℃,优选至少50℃,并且通常为60℃至约90℃的Tm的情况下发生。此类杂交优选对应于严格杂交条件。在给定的离子强度和pH下,Tm为50%的靶序列与互补寡核苷酸杂交时的温度。
当杂交在两个单链多核苷酸之间以反平行构型发生时,寡聚体例如寡核苷酸彼此“互补”。如果杂交可在第一多核苷酸的一条链与第二多核苷酸之间发生,则双链多核苷酸可以与另一个多核苷酸“互补”。互补性(一个多核苷酸与另一个多核苷酸互补的程度)是按照相反链中根据普遍接受的碱基配对原则预计彼此形成氢键的碱基的比例(例如,百分比)而可量化的。反义寡聚体(ASO)的序列不必与其靶核酸的序列100%互补才能杂交。在某些实施方案中,ASO可包含与其靶向的靶核酸序列内的靶区域至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%的序列互补性。例如,其中寡聚体化合物的20个核碱基中的18个与靶区域互补并将因此特异性杂交的ASO将表现出90%的互补性。在该实例中,其余非互补的核碱基可以聚集在一起或散布于互补的核碱基,而不必彼此相接或与互补的核碱基相接。可以使用BLAST程序(基础局部比对检索工具)和本领域已知的PowerBLAST程序(Altschul等人,J.Mol.Biol.,1990,215,403-410;Zhang和Madden,Genome Res.,1997,7,649-656)来常规地确定ASO与靶核酸的区域的互补性百分比。
ASO不需要与靶序列中的所有核碱基都杂交,并且与之杂交的核碱基可以是连续的或不连续的。ASO可以在前mRNA转录物的一个或多个区段上杂交,使得间插或相邻的区段不参与所述杂交事件(例如,可形成环结构或发夹结构)。在某些实施方案中,ASO与靶前mRNA转录物中的不连续核碱基杂交。例如,ASO可以与前mRNA转录物中被不与ASO杂交的一个或多个核碱基隔开的核碱基杂交。
本文所述的ASO包含与在NSAE前mRNA的靶向部分中存在的核碱基互补的核碱基。术语ASO体现为寡核苷酸以及任何其他包含能够与靶mRNA上的互补核碱基杂交的核碱基但不包含糖部分的寡聚体分子,例如肽核酸(PNA)。ASO可包含天然存在的核苷酸、核苷酸类似物、修饰的核苷酸或前述两个或三个的任意组合。术语“天然存在的核苷酸”包括脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸。术语“修饰的核苷酸”包括具有修饰的或取代的糖基团和/或具有修饰的骨架的核苷酸。在一些实施方案中,ASO的所有核苷酸都是修饰的核苷酸。与本文所述的方法和组合物相容的ASO的化学修饰或ASO的组分对于本领域技术人员将是显而易见的,并且可见于例如美国专利No.8,258,109 B2、美国专利No.5,656,612、美国专利公开No.2012/0190728以及Dias和Stein,Mol.Cancer Ther.2002,347-355,其通过引用整体并入本文。
ASO的一个或多个核碱基可以是任何天然存在的、未修饰的核碱基,如腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶和尿嘧啶,或任何合成或修饰的核碱基,其十分类似于未修饰的核碱基,使其能够与靶前mRNA上存在的核碱基发生氢键键合。修饰的核碱基的实例包括但不限于次黄嘌呤、黄嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、5,6-二氢尿嘧啶、5-甲基胞嘧啶和5-羟基甲氧代胞嘧啶(5-hydroxymethoylcytosine)。
本文所述的ASO还包含连接寡聚体的组分的骨架结构。术语“骨架结构”和“寡聚体键”可互换使用,并指ASO的单体之间的连接。在天然存在的寡核苷酸中,骨架包含连接寡聚体的糖部分的3’-5’磷酸二酯键。本文所述的ASO的骨架结构或寡聚体键可包括(但不限于)硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、硒代磷酸酯、二硒代磷酸酯、苯胺硫代磷酸酯(phosphoroanilothioate)、苯胺磷酸酯(phosphoraniladate)、氨基磷酸酯等。参见,例如,LaPlanche等人,Nucleic Acids Res.14:9081(1986);Stec等人,J.Am.Chem.Soc.106:6077(1984),Stein等人,Nucleic Acids Res.16:3209(1988),Zon等人,Anti-Cancer DrugDesign 6:539(1991);Zon等人,Oligonucleotides and Analogues:A PracticalApproach,第87-108页(F.Eckstein,Ed.,Oxford University Press,Oxford England(1991));Stec等人,美国专利No.5,151,510;Uhlmann和Peyman,Chemical Reviews 90:543(1990)。在一些实施方案中,ASO的骨架结构不含磷而含有肽键,例如在肽核酸(PNA)中,或含有连接基团,包括氨基甲酸酯、酰胺以及直链和环状烃基团。在一些实施方案中,骨架修饰是硫代磷酸酯键。在一些实施方案中,骨架修饰是氨基磷酸酯键。
在一些实施方案中,在ASO骨架的每个磷核苷酸间键处的立体化学是随机的。在一些实施方案中,在ASO骨架的每个磷核苷酸间键处的立体化学是受控的并且不是随机的。例如,公开号为2014/0194610的美国专利申请,“Methods for the Synthesis ofFunctionalized Nucleic Acids”(其通过引用并入本文)描述了用于独立选择核酸寡聚体中每个磷原子处手性的偏性(handedness)的方法。在一些实施方案中,在本发明的方法中使用的ASO(包括但不限于本文表1中所示的任何ASO)包括具有非随机的磷核苷酸间键的ASO。在一些实施方案中,在本发明的方法中使用的组合物包含纯的非对映ASO。在一些实施方案中,在本发明的方法中使用的组合物包含非对映纯度为至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%、至少约99%、约100%、约90%至约100%、约91%至约100%、约92%至约100%、约93%至约100%、约94%至约100%、约95%至约100%、约96%至约100%、约97%至约100%、约98%至约100%或约99%至约100%的ASO。
在一些实施方案中,所述ASO在其磷核苷酸间键处具有Rp和Sp构型的非随机混合物。例如,已经提出,在反义寡核苷酸中需要Rp和Sp的混合物以实现良好活性与核酸酶稳定性之间的平衡(Wan等人,2014,“Synthesis,biophysical properties and biologicalactivity of second generation antisense oligonucleotides containing chiralphosphorothioate linkages,”Nucleic Acids Research 42(22):13456-13468,其通过引用并入本文)。在一些实施方案中,在本发明的方法中使用的ASO(包括但不限于本文表1中所示的任何ASO)包含约5%-100%Rp、至少约5%Rp、至少约10%Rp、至少约15%Rp、至少约20%Rp、至少约25%Rp、至少约30%Rp、至少约35%Rp、至少约40%Rp、至少约45%Rp、至少约50%Rp、至少约55%Rp、至少约60%Rp、至少约65%Rp、至少约70%Rp、至少约75%Rp、至少约80%Rp、至少约85%Rp、至少约90%Rp或至少约95%Rp(其余为Sp),或约100%Rp。在一些实施方案中,在本发明的方法中使用的ASO(包括但不限于本文表1中所示的任何ASO)包含约10%至约100%Rp、约15%至约100%Rp、约20%至约100%Rp、约25%至约100%Rp、约30%至约100%Rp、约35%至约100%Rp、约40%至约100%Rp、约45%至约100%Rp、约50%至约100%Rp、约55%至约100%Rp、约60%至约100%Rp、约65%至约100%Rp、约70%至约100%Rp、约75%至约100%Rp、约80%至约100%Rp、约85%至约100%Rp、约90%至约100%Rp或约95%至约100%Rp、约20%至约80%Rp、约25%至约75%Rp、约30%至约70%Rp、约40%至约60%Rp或约45%至约55%Rp,其余为Sp。
在一些实施方案中,在本发明的方法中使用的ASO(包括但不限于本文表1中所示的任何ASO)包含约5%-100%Sp、至少约5%Sp、至少约10%Sp、至少约15%Sp、至少约20%Sp、至少约25%Sp、至少约30%Sp、至少约35%Sp、至少约40%Sp、至少约45%Sp、至少约50%Sp、至少约55%Sp、至少约60%Sp、至少约65%Sp、至少约70%Sp、至少约75%Sp、至少约80%Sp、至少约85%Sp、至少约90%Sp或至少约95%Sp(其余为Rp),或约100%Sp。在一些实施方案中,在本发明的方法中使用的ASO(包括但不限于本文表1中所示的任何ASO)包含约10%至约100%Sp、约15%至约100%Sp、约20%至约100%Sp、约25%至约100%Sp、约30%至约100%Sp、约35%至约100%Sp、约40%至约100%Sp、约45%至约100%Sp、约50%至约100%Sp、约55%至约100%Sp、约60%至约100%Sp、约65%至约100%Sp、约70%至约100%Sp、约75%至约100%Sp、约80%至约100%Sp、约85%至约100%Sp、约90%至约100%Sp或约95%至约100%Sp、约20%至约80%Sp、约25%至约75%Sp、约30%至约70%Sp、约40%至约60%Sp或约45%至约55%Sp,其余为Rp。
本文所述的任何ASO可含有包含如天然存在的核苷酸中存在的核糖或脱氧核糖的糖部分,或含有包括吗啉环在内的经修饰的糖部分或糖类似物。经修饰的糖部分的非限制性实例包括2’取代,如2’-O-甲基(2’-O-Me)、2’-O-甲氧基乙基(2’MOE)、2’-O-氨基乙基、2’F;N3’->P5’氨基磷酸酯、2’二甲基氨基氧基乙氧基、2’二甲基氨基乙氧基乙氧基、2’-胍鎓(2’-guanidinidium)、2’-O-胍鎓乙基、氨基甲酸酯修饰的糖和双环修饰的糖。在一些实施方案中,所述糖部分修饰选自2’-O-Me、2’F和2’MOE。在一些实施方案中,所述糖部分修饰是额外的桥键,如在锁定核酸(LNA)中。在一些实施方案中,所述糖类似物含有吗啉环,如二氨基磷酸酯吗啉代(PMO)。在一些实施方案中,所述糖部分包含呋喃核糖基或2’呋喃脱氧核糖基修饰。在一些实施方案中,所述糖部分包含2’4’-约束的2’O-甲基氧基乙基(cMOE)修饰。在一些实施方案中,所述糖部分包含cEt 2’,4’约束的2’O-乙基BNA修饰。在一些实施方案中,所述糖部分包含三环DNA(tcDNA)修饰。在一些实施方案中,所述糖部分包含乙烯核酸(ENA)修饰。在一些实施方案中,所述糖部分包含MCE修饰。修饰是本领域已知的并且描述在文献中,例如,Jarver等人,2014,“A Chemical View of Oligonucleotides for ExonSkipping and Related Drug Applications,”Nucleic Acid Therapeutics 24(1):37-47,其为了该目的通过引用并入本文。
在一些实施方案中,ASO的每个单体以相同的方式进行修饰,例如ASO的骨架的每个键包含硫代磷酸酯键,或者每个核糖糖部分包含2’O-甲基修饰。存在于ASO的每个单体组分上的此类修饰被称为“均一修饰”。在一些实例中,可能需要不同修饰的组合,例如,ASO可包含二氨基磷酸酯键和含有吗啉环(吗啉代)的糖部分的组合。ASO的不同修饰的组合被称为“混合修饰”或“混合化学”
在一些实施方案中,所述ASO包含一个或多个骨架修饰。在一些实施方案中,所述ASO包含一个或多个糖部分修饰。在一些实施方案中,所述ASO包含一个或多个骨架修饰和一个或多个糖部分修饰。在一些实施方案中,所述ASO包含2’MOE修饰和硫代磷酸酯骨架。在一些实施方案中,所述ASO包含二氨基磷酸酯吗啉代(PMO)。在一些实施方案中,所述ASO包含肽核酸(PNA)。本文所述的任何ASO或ASO的任何组分(例如,核碱基、糖部分、骨架)均可被修饰,以获得ASO的所需性质或活性,或减少ASO的不希望的性质或活性。在一些实施方案中,ASO或任何ASO的一种或多种组分可被修饰以增强对前mRNA转录物上的靶序列的结合亲和力;减少与任何非靶序列的结合;减少被细胞核酸酶(即,RNA酶H)的降解;改善ASO向细胞中和/或向细胞的细胞核中的吸收;改变ASO的药代动力学或药效学;以及/或者调节ASO的半衰期。
在一些实施方案中,所述ASO由2’-O-(2-甲氧基乙基)(MOE)硫代磷酸酯修饰的核苷酸组成。由此类核苷酸组成的ASO尤其适合于本文公开的方法;具有此类修饰的寡聚体已显示出具有显著增强的对核酸酶降解的抗性和增加的生物利用度,使得它们适合于例如在本文所述的一些实施方案中用于口服递送。参见,例如,Geary等人,J Pharmacol ExpTher.2001;296(3):890-7;Geary等人,J Pharmacol Exp Ther.2001;296(3):898-904。
本领域技术人员会知晓合成ASO的方法。备选地或另外地,ASO可从商业来源获得。
除非另外指出,否则单链核酸(例如,前mRNA转录物、寡核苷酸、ASO等)序列的左手端为5’末端,并且单链或双链核酸序列的左手方向被称为5’方向。类似地,核酸序列(单链或双链)的右手端或右手方向为3’末端或3’方向。通常,核酸中在参考点的5’侧的区域或序列被称为“上游”,而核酸中在参考点的3’侧的区域或序列被称为“下游”。通常,mRNA的5’方向或5’末端是启动或起始密码子所处的位置,而3’末端或3’方向是终止密码子所处的位置。在一些方面,核酸中在参考点上游的核苷酸可以用负数表示,而在参考点下游的核苷酸则可以用正数表示。例如,参考点(例如,mRNA中的外显子-外显子接合点)可以被表示为“零”位点,并且与所述参考点直接相邻且在其上游的核苷酸被表示为“负一”,例如,“-1”,而与所述参考点直接相邻且在其下游的核苷酸被表示为“正一”,例如,“+1”
在一些实施方案中,所述ASO互补于(且结合)SYNGAP1前mRNA的靶向部分,所述靶向部分在SYNGAP1前mRNA中NSAE的5’剪接位点的下游(在3’方向)(例如,相对于5’剪接位点的以正数表示的方向)。在一些实施方案中,所述ASO互补于SYNGAP1前mRNA的靶向部分,所述靶向部分在相对于NSAE的5’剪接位点的约+6至约+500区域内。在一些实施方案中,ASO不与相对于5’剪接位点的核苷酸+1至+5(位于5’剪接位点下游的前五个核苷酸)互补。在一些实施方案中,所述ASO可互补于SYNGAP1前mRNA的靶向部分,所述靶向部分在相对于NSAE的5’剪接位点的+6至+100核苷酸之间的区域内。在一些方面,所述ASO互补于在相对于NSAE的5’剪接位点的约+6至约+500、约+6至约+490、约+6至约+480、约+6至约+470、约+6至约+460、约+6至约+450、约+6至约+440、约+6至约+430、约+6至约+420、约+6至约+410、约+6至约+400、约+6至约+390、约+6至约+380、约+6至约+370、约+6至约+360、约+6至约+350、约+6至约+340、约+6至约+330、约+6至约+320、约+6至约+310、约+6至约+300、约+6至约+290、约+6至约+280、约+6至约+270、约+6至约+260、约+6至约+250、约+6至约+240、约+6至约+230、约+6至约+220、约+6至约+210、约+6至约+200、约+6至约+190、约+6至约+180、约+6至约+170、约+6至约+160、约+6至约+150、约+6至约+140、约+6至约+130、约+6至约+120、约+6至约+110、约+6至约+100、约+6至约+90、约+6至约+80、约+6至约+70、约+6至约+60、约+6至约+50、约+6至约+40、约+6至约+30或约+6至约+20区域内的靶向部分。
在一些实施方案中,所述ASO互补于(且结合)靶前mRNA的靶向部分,所述靶向部分在靶前mRNA中NSAE的5’剪接位点的下游(在3’方向)(例如,相对于5’剪接位点的以正数表示的方向),其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,ASO与在相对于NSAE的5’剪接位点的约+6至约+500的区域内的靶前mRNA的靶向部分互补。在一些实施方案中,ASO不与相对于5’剪接位点的核苷酸+1至+5(位于5’剪接位点下游的前五个核苷酸)互补。在一些实施方案中,所述ASO可互补于靶前mRNA的靶向部分,所述靶向部分在相对于NSAE的5’剪接位点的+6至+100核苷酸之间的区域内。在一些方面,所述ASO互补于在相对于NSAE的5’剪接位点的约+6至约+500、约+6至约+490、约+6至约+480、约+6至约+470、约+6至约+460、约+6至约+450、约+6至约+440、约+6至约+430、约+6至约+420、约+6至约+410、约+6至约+400、约+6至约+390、约+6至约+380、约+6至约+370、约+6至约+360、约+6至约+350、约+6至约+340、约+6至约+330、约+6至约+320、约+6至约+310、约+6至约+300、约+6至约+290、约+6至约+280、约+6至约+270、约+6至约+260、约+6至约+250、约+6至约+240、约+6至约+230、约+6至约+220、约+6至约+210、约+6至约+200、约+6至约+190、约+6至约+180、约+6至约+170、约+6至约+160、约+6至约+150、约+6至约+140、约+6至约+130、约+6至约+120、约+6至约+110、约+6至约+100、约+6至约+90、约+6至约+80、约+6至约+70、约+6至约+60、约+6至约+50、约+6至约+40、约+6至约+30或约+6至约+20区域内的靶向部分。
在一些实施方案中,所述ASO互补于(并结合)SYNGAP1前mRNA的靶向部分,所述靶向部分在SYNGAP1前mRNA中NSAE的3’剪接位点的上游(在5’方向)(例如,相对于3’剪接位点以负数表示的方向)。在一些实施方案中,所述ASO互补于SYNGAP1前mRNA的靶向部分,所述靶向部分在相对于NSAE的3’剪接位点的约-16至约-500的区域内。在一些实施方案中,ASO不与相对于5’剪接位点的核苷酸-1至-15(位于5’剪接位点下游的前五个核苷酸)互补。在一些实施方案中,ASO可以与在相对于NSAE的3’剪接位点的核苷酸-16至-100区域内的SYNGAP1前mRNA的靶向部分互补。在一些方面,所述ASO互补于在相对于NSAE的3’剪接位点的约+6至约+500、约+6至约+490、约+6至约+480、约+6至约+470、约+6至约+460、约+6至约+450、约+6至约+440、约+6至约+430、约+6至约+420、约+6至约+410、约+6至约+400、约+6至约+390、约+6至约+380、约+6至约+370、约+6至约+360、约+6至约+350、约+6至约+340、约+6至约+330、约+6至约+320、约+6至约+310、约+6至约+300、约+6至约+290、约+6至约+280、约+6至约+270、约+6至约+260、约+6至约+250、约+6至约+240、约+6至约+230、约+6至约+220、约+6至约+210、约+6至约+200、约+6至约+190、约+6至约+180、约+6至约+170、约+6至约+160、约+6至约+150、约+6至约+140、约+6至约+130、约+6至约+120、约+6至约+110、约+6至约+100、约+6至约+90、约+6至约+80、约+6至约+70、约+6至约+60、约+6至约+50、约+6至约+40、约+6至约+30或约+6至约+20区域内的靶向部分。
在一些实施方案中,ASO互补于(并结合)靶前mRNA的靶向部分,所述靶向部分在靶前mRNA中NSAE的3’剪接位点的上游(在5’方向)(例如,相对于3’剪接位点的以负数表示的方向),其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,ASO与在相对于NSAE的3’剪接位点的约-16至约-500的区域内的靶前mRNA的靶向部分互补。在一些实施方案中,ASO不与相对于5’剪接位点的核苷酸-1至-15(位于5’剪接位点下游的前五个核苷酸)互补。在一些实施方案中,ASO可以与在相对于NSAE的3’剪接位点的核苷酸-16至-100之间的区域内的靶前mRNA的靶向部分互补。在一些方面,所述ASO互补于在相对于NSAE的3’剪接位点的约+6至约+500、约+6至约+490、约+6至约+480、约+6至约+470、约+6至约+460、约+6至约+450、约+6至约+440、约+6至约+430、约+6至约+420、约+6至约+410、约+6至约+400、约+6至约+390、约+6至约+380、约+6至约+370、约+6至约+360、约+6至约+350、约+6至约+340、约+6至约+330、约+6至约+320、约+6至约+310、约+6至约+300、约+6至约+290、约+6至约+280、约+6至约+270、约+6至约+260、约+6至约+250、约+6至约+240、约+6至约+230、约+6至约+220、约+6至约+210、约+6至约+200、约+6至约+190、约+6至约+180、约+6至约+170、约+6至约+160、约+6至约+150、约+6至约+140、约+6至约+130、约+6至约+120、约+6至约+110、约+6至约+100、约+6至约+90、约+6至约+80、约+6至约+70、约+6至约+60、约+6至约+50、约+6至约+40、约+6至约+30或约+6至约+20区域内的靶向部分。
在一些实施方案中,SYNGAP1前mRNA的靶向部分在相对于NSAE的3’剪接位点(5’末端)的-4e至相对于NSAE的5’剪接位点(3’末端)的+2e区域内。
在一些实施方案中,靶前mRNA的靶向部分在相对于NSAE的3’剪接位点(5’末端)的-4e至相对于NSAE的5’剪接位点(3’末端)的+2e区域内,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。所述ASO可以是适合于特异性结合和有效增强剪接的任何长度。在一些实施方案中,所述ASO由8至50个核碱基组成。例如,所述ASO的长度可以是8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、40、45或50个核碱基。在一些实施方案中,所述ASO由多于50个核碱基组成。在一些实施方案中,所述ASO的长度为8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基、12至15个核碱基、13至50个核碱基、13至40个核碱基、13至35个核碱基、13至30个核碱基、13至25个核碱基、13至20个核碱基、14至50个核碱基、14至40个核碱基、14至35个核碱基、14至30个核碱基、14至25个核碱基、14至20个核碱基、15至50个核碱基、15至40个核碱基、15至35个核碱基、15至30个核碱基、15至25个核碱基、15至20个核碱基、20至50个核碱基、20至40个核碱基、20至35个核碱基、20至30个核碱基、20至25个核碱基、25至50个核碱基、25至40个核碱基、25至35个核碱基或25至30个核碱基。在一些实施方案中,所述ASO的长度为15个核苷酸。在一些实施方案中,所述ASO的长度为16个核苷酸。在一些实施方案中,所述ASO的长度为17个核苷酸。在一些实施方案中,所述ASO的长度为18个核苷酸。在一些实施方案中,所述ASO的长度为25个核苷酸。
在一些实施方案中,使用具有不同化学但与NSAE前mRNA的相同靶向部分互补的两种或更多种ASO。在一些实施方案中,使用与NSAE前mRNA的不同靶向部分互补的两种或更多种ASO。
在一些实施方案中,本发明的反义寡核苷酸化学连接至一个或多个部分或缀合物,例如,增强所述寡核苷酸的活性或细胞摄取的靶向部分或其他缀合物。此类部分包括但不限于脂质部分,例如,胆固醇部分、胆固醇基部分、脂族链(例如,十二烷二醇或十一烷基残基)、多胺或聚乙二醇链或金刚烷乙酸。在公开的文献中已经描述了包含亲脂性部分的寡核苷酸和制备方法。在一些实施方案中,所述反义寡核苷酸与某部分缀合,所述部分包括但不限于无碱基核苷酸、聚醚、多胺、聚酰胺、肽、碳水化合物(例如,N-乙酰基半乳糖胺(GalNAc)、N-Ac-葡糖胺(GluNAc)或甘露糖(例如,甘露糖-6-磷酸酯))、脂质或聚烃化合物。如本领域所理解的和文献中所描述的,例如可使用接头将缀合物与构成反义寡核苷酸的任何核苷酸中的一个或多个在糖、碱基或磷酸酯基团上若干位置中的任何位置处连接。接头可包括二价或三价分支接头。在一些实施方案中,所述缀合物附接至所述反义寡核苷酸的3’末端。制备寡核苷酸缀合物的方法描述于例如美国专利No.8,450,467,“Carbohydrateconjugates as delivery agents for oligonucleotides”中,其通过引用并入本文。
在一些实施方案中,ASO靶向的核酸是在细胞(例如真核细胞)中表达的SYNGAP1前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向的核酸是在细胞(例如真核细胞)中表达的前mRNA,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,术语“细胞”可以是指细胞群。在一些实施方案中,所述细胞在对象中。在一些实施方案中,所述细胞从对象中分离。在一些实施方案中,所述细胞是离体的。在一些实施方案中,所述细胞是病况或疾病相关的细胞或细胞系。在一些实施方案中,所述细胞是体外的(例如,在细胞培养物中)。
药物组合物
包含所述组合物的药剂(例如反义寡核苷酸)且用于任何所述方法的药物组合物或制剂可根据制药工业中公知的和公开文献中描述的常规技术进行制备。在实施方案中,用于治疗对象的药物组合物或制剂包含有效量的本文所述的任何反义寡聚体,或其药学上可接受的盐、溶剂化物、水合物或酯。包含反义寡聚体的药物制剂可进一步包含药学上可接受的赋形剂、稀释剂或载体。
药学上可接受的盐适用于与人和低等动物的组织相接触而没有不当的毒性、刺激、变态反应等,并且对应合理的受益/风险比。参见,例如,S.M.Berge等人,J.Pharmaceutical Sciences,66:1-19(1977),其为了此目的通过引用并入本文。所述盐可以在化合物的最终分离和纯化期间原位制备,或通过使游离碱与合适的有机酸反应而单独制备。药学上可接受的、无毒的酸加成盐的实例是氨基与诸如盐酸、氢溴酸、磷酸、硫酸和高氯酸等无机酸或与诸如乙酸、草酸、马来酸、酒石酸、柠檬酸、琥珀酸或丙二酸等有机酸所形成的盐,或通过利用其他文献记录的方法例如离子交换形成的盐。其他药学上可接受的盐包括己二酸盐、藻酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、硫酸氢盐、硼酸盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、甲酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、葡糖酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、氢碘酸盐、2-羟基-乙磺酸盐、乳糖醛酸盐、乳酸盐、月桂酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐(pectinate)、过硫酸盐、3-苯基丙酸盐、磷酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、对甲苯磺酸盐、十一酸盐、戊酸盐等。代表性的碱金属或碱土金属盐包括钠、锂、钾、钙、镁等。适当时,另外的药学上可接受的盐包括利用诸如卤离子、氢氧根、羧酸根、硫酸根、磷酸根、硝酸根、低级烷基磺酸根和芳基磺酸根等抗衡离子与铵、季铵和胺阳离子形成的无毒盐。
在一些实施方案中,将组合物配制为许多可能剂型中的任何一种,例如但不限于片剂、胶囊、凝胶胶囊、液体糖浆、软凝胶、栓剂和灌肠剂。在一些实施方案中,将组合物在水性、非水性或混合介质中配制为混悬剂。水性混悬剂可进一步含有增加所述混悬剂的粘度的物质,包括例如羧甲基纤维素钠、山梨醇和/或葡聚糖。所述混悬剂还可以含有稳定剂。在一些实施方案中,本发明的药物制剂或组合物包括但不限于溶液、乳液、微乳液、泡沫或含脂质体的制剂(例如,阳离子型或非阳离子型脂质体)。
本发明的药物组合物或制剂可包含适当的且本领域技术人员公知的或公开文献中描述的一种或多种渗透促进剂、载体、赋形剂或其他活性或非活性成分。在一些实施方案中,脂质体还包括空间稳定的脂质体,例如,包含一种或多种特化脂质的脂质体。这些特化脂质导致具有延长的循环寿命的脂质体。在一些实施方案中,空间稳定的脂质体包含一种或多种糖酯,或用一种或多种亲水性聚合物如聚乙二醇(PEG)部分来衍生化。在一些实施方案中,所述药物制剂或组合物中包含表面活性剂。在药物产品、制剂和乳液中使用表面活性剂是本领域公知的。在一些实施方案中,本发明采用渗透促进剂来实现反义寡核苷酸的有效递送,例如,以帮助跨细胞膜的扩散和/或加强亲脂性药物的渗透性。在一些实施方案中,所述渗透促进剂是表面活性剂、脂肪酸、胆汁盐、螯合剂或非螯合非表面活性剂。
在一些实施方案中,所述药物制剂包含多种反义寡核苷酸。在一些实施方案中,所述反义寡核苷酸与另一种药物或治疗药剂联合施用。
对象的治疗
可将本文提供的任何组合物施用于个体。“个体”可与“对象”或“患者”互换使用。个体可以是哺乳动物,例如人,或动物例如非人灵长类动物、啮齿动物、兔、大鼠、小鼠、马、驴、山羊、猫、狗、牛、猪或绵羊。在一些实施方案中,所述个体是人。在一些实施方案中,所述个体是胎儿、胚胎或儿童。在其他实施方案中,所述个体可以是另一种真核生物体,如植物。在一些实施方案中,将本文提供的组合物施用于离体细胞。
在一些实施方案中,作为治疗疾病或病症的方法,将本文提供的组合物施用于个体。在一些实施方案中,所述个体患有遗传病,如本文所述的任何疾病。在一些实施方案中,所述个体处于患有疾病如本文所述的任何疾病的风险中。在一些实施方案中,所述个体患上由蛋白质的量不足或蛋白质的活性不足引起的疾病或病症的风险增加。在一些实施方案中,如果个体患上由蛋白质的量不足或蛋白质的活性不足引起的疾病或病症的“风险增加”,则所述方法包括预防性或防范性处理。例如,个体可能由于所述疾病的家族史而导致患上这样的疾病或病症的风险增加。通常,患上这样的疾病或病症的风险增加的个体受益于预防性处理(例如,通过预防或延迟所述疾病或病症的发作或进展)。在一些实施方案中,在子宫内对胎儿进行治疗,例如通过直接或间接地(例如,通过母体)将ASO组合物施用于胎儿。
用于施用本发明的ASO的合适的途径可根据ASO需要递送至的细胞类型而不同。常染色体显性智力发育迟缓可影响多种组织和器官。在一些实施方案中,肝脏是受影响最显著的组织。本发明的ASO可经肠胃外,例如通过鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射或静脉内注射施用于患者。
鉴定防止另路剪接的其他ASO的方法
也在本公开的范围内的是用于鉴定或确定防止SYNGAP1前mRNA的另路剪接的ASO的方法。例如,方法可以包括鉴定或确定防止SYNGAP1前mRNA的另路剪接的ASO。也在本公开的范围内的是用于鉴定或确定防止靶前mRNA的另路剪接的ASO的方法,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。例如,方法可以包括鉴定或确定防止靶前mRNA的另路剪接的ASO。可筛选与前mRNA的靶区域内的不同核苷酸特异性杂交的ASO,以鉴定或确定改善典型剪接的程度的ASO。在一些实施方案中,所述ASO可以阻断或干扰剪接沉默子的结合位点。可利用本领域已知的任何方法来鉴定(确定)当与NSAE的靶区域杂交时导致所需效果(例如,外显子包含、蛋白质或功能性RNA产生)的ASO。这些方法还可用于鉴定通过与位于NSAE侧翼的内含子中的靶向区域结合而防止NSAE的另路剪接的ASO。以下提供了可以使用的方法的实例。
被称为ASO“步移”的一轮筛选可采用被设计为与前mRNA的靶区域杂交的ASO来进行。例如,ASO步移中所用的ASO可从NSAE的3’剪接位点上游约100个核苷酸(例如,位于靶标/NSAE上游的内含子的序列的一部分)至所述靶标/NSAE的3’剪接位点下游约100个核苷酸,和/或从NSAE的5’剪接位点上游约100个核苷酸至所述靶标/NSAE的5’剪接位点下游约100个核苷酸(例如,位于所述靶标/NSAE下游的内含子的序列的一部分),以每5个核苷酸进行平铺。例如,长度为18个核苷酸的第一ASO可被设计为与相对于靶标/NSAE的5’剪接位点的核苷酸+6至+23特异性杂交。第二ASO可被设计为与相对于靶标/NSAE的5’剪接位点的核苷酸+11至+28特异性杂交。将ASO设计为跨越前mRNA的靶区域。在一些实施方案中,ASO可更紧密地平铺,例如,每1、2、3或4个核苷酸进行平铺。此外,ASO可从5’剪接位点下游的100个核苷酸至3’剪接位点上游的100个核苷酸进行平铺。在一些实施方案中,ASO可从3’剪接位点上游的约572个核苷酸至5’剪接位点下游的约500个核苷酸进行平铺。在一些实施方案中,ASO可从3’剪接位点上游的约500个核苷酸至3’剪接位点下游的约572个核苷酸进行平铺。
例如,通过转染将一种或多种ASO或对照ASO(具有杂乱序列--预期不与靶区域杂交的序列--的ASO)递送至表达靶前mRNA(例如,本文所述的NSAE前mRNA)的疾病相关细胞系中。每个ASO的典型剪接促进作用可以通过本领域已知的任何方法进行评估,例如使用引物(例如跨越含有NSAE或典型外显子的区域的引物)通过逆转录酶(RT)-PCR进行评估。与在经对照ASO处理的细胞中相比,在经ASO处理的细胞中使用跨越含有NSAE或典型外显子的区域的引物产生的比典型外显子更长或更短的RT-PCR产物的减少或不存在表明NSAE的排除已被增加。在一些实施方案中,使用本文所述的ASO可以改善典型剪接效率或典型剪接的mRNA与含有NSAE的mRNA的比率。还可以评估由靶前mRNA编码的蛋白质或功能性RNA的量,以确定每个ASO是否均获得了所需效果(例如,增强的功能性蛋白质产生)。可以使用本领域已知用于评估和/或量化蛋白质产生的任何方法,如Western印迹法、流式细胞术、免疫荧光显微术和ELISA。
可使用被设计为与前mRNA的靶区域杂交的ASO来进行被称为ASO“微步移”的第二轮筛选。在ASO微步移中使用的ASO以每隔1个核苷酸进行平铺,以进一步细化当与ASO杂交时导致NSAE排除的前mRNA的核苷酸序列。
借助于ASO“微步移”(其涉及以1-nt步长间隔的ASO,以及更长的ASO(一般为18-25nt)),更详细地探讨了由促进包含靶NSAE的ASO所限定的区域。
如以上对于ASO步移所述,通过将一种或多种ASO或对照ASO(具有杂乱序列--预期不与靶区域杂交的序列--的ASO)例如通过转染递送至表达靶前mRNA的疾病相关细胞系中来进行ASO微步移。如本文所述,可通过本领域已知的任何方法,例如通过使用跨越NSAE的引物的逆转录酶(RT)-PCR,来评估每个ASO的剪接诱导效果。与在经对照ASO处理的细胞中相比,在经ASO处理的细胞中使用跨越含有NSAE或典型外显子的区域的引物产生的比典型外显子更长或更短的RT-PCR产物的减少或不存在表明NSAE排除已被增加。在一些实施方案中,可以使用本文所述的ASO来改善典型剪接效率或典型剪接的mRNA与保留的含有NSAE的mRNA的比率。还可以评估由靶前mRNA编码的蛋白质或功能性RNA的量,以确定每个ASO是否均获得了所需效果(例如,增强的功能性蛋白质产生)。可以使用本领域已知用于评估和/或量化蛋白质产生的任何方法,如Western印迹法、流式细胞术、免疫荧光显微术和ELISA。
当与前mRNA的区域杂交时导致典型剪接和蛋白质产生增加的ASO,可利用动物模型,例如已敲入全长人类基因的转基因小鼠模型,或在疾病的人源化小鼠模型中进行体内测试。合适的ASO施用途径可根据需要递送ASO的疾病和/或细胞类型而不同。例如,可通过鞘内注射、脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、皮下注射或静脉内注射来施用ASO。施用后,可以评估模型动物的细胞、组织和/或器官,以通过例如由本领域已知和本文所述的方法评价剪接(效率、速率、程度)和蛋白质产生来确定ASO治疗的效果。所述动物模型还可以是疾病或疾病严重程度的任何表型或行为指征。
虽然本文已经示出并描述了本发明的优选实施方案,但对于本领域技术人员明显的是,这些实施方案仅以示例的方式提供。本领域技术人员在不脱离本发明的情况下现将想到许多变化、改变和替代。应当理解,在实施本发明的过程中可以采用本文所述的本发明实施方案的各种替代方案。旨在以所附权利要求书限定本发明的范围,并由此涵盖这些权利要求范围内的方法和结构及其等同方案。
在一些实施方案中,示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点靶标包含表5A、表5B或表5C中列出的基因。在一些实施方案中,本文提供的组合物包含调节表5A、表5B或表5C中所列出的靶蛋白质的表达的NSAE调节药剂。在一些实施方案中,本文提供的方法用于通过施用NSAE调节药剂来调节表5A、表5B或表5C中列出的靶蛋白质的表达。
例如,在一些实施方案中,GRN(基因ID:2896)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与中枢神经系统(CNS)中GRN的单倍体不足相关的GRN相关额颞叶痴呆(OMIM(在线人类孟德尔遗传):607485)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,SHANK3(基因ID:85358)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗Phelan-McDermid综合征;与CNS中SHANK3的单倍体不足相关的自闭症谱系障碍(OMIM:606232)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,PRPF3(基因ID:9129)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与眼中PRPF3单倍体不足相关的色素性视网膜炎18(OMIM:601414)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,PRPF4(基因ID:9128)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件或NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与眼中PRPF4单倍体不足相关的色素性视网膜炎70(OMIM:615922)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,SYNGAP1(基因ID:8831)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件或NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与CNS中SYNGAP1单倍体不足相关的AD智力发育迟缓5(OMIM:612621)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,ABCA4(基因ID:24)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与眼中常染色体隐性ABCA4相关的Stargardt病(OMIM:248200)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,DNAJB2(基因ID:3300)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件或NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中DNAJB2缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,CLPX(基因ID:10845)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中的CLPX缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,HSPA9(基因ID:3313)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中HSPA9缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,SLC4A11(基因ID:83959)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与眼中常染色体隐性SLC4A11相关的Fuch角膜营养不良(OMIM:217700)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,OPTN(基因ID:10133)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼或CNS中OPTN缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,eIF2B5(基因ID:8893)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中eIF2B5缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,SIRT3(基因ID:23410)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中SIRT3缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,STAT3(基因ID:6774)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中STAT3缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,KCNQ2(基因ID:3785)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件或NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与CNS中KCNQ2单倍体不足相关的早发性癫痫性脑病(OMIM:613720)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,CACNA1G(基因ID:8913)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与CNS中CACNA1G的潜在单倍体不足相关的脊髓小脑性共济失调42[AD](OMIM:616795)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,GBA(基因ID:2629)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件或NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与CNS中GBA单倍体不足相关的帕金森病(OMIM:168600)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,KL(基因ID:9365)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与CNS中KL缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,AKT2(基因ID:208)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中AKT2缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,EIF2AK3(基因ID:9451)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中EIF2AK3缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,SEMA4A(基因ID:64218)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中SEMA4A缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,SEMA3B(基因ID:10509)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中SEMA3B缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,SEMA3F(基因ID:10505)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件或NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节与眼中SEMA3F缺陷相关的途径。
对于另一个实例,在一些实施方案中,SLC4A11(基因ID:83959)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与眼中SLC4A11的潜在单倍体不足相关的Fuchs内皮角膜营养不良4(OMIM:613268)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,JAG1(基因ID:182)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与肝脏中JAG1单倍体不足相关的Alagille综合征(OMIM:118450)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,CHD2(基因ID:1106)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与CNS中CHD2的单倍体不足相关的儿童期发作的癫痫性脑病(OMIM:615369)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,MCEE(基因ID:84693)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与肝脏中常染色体隐性MCEE相关的甲基丙二酰辅酶A差向异构酶缺乏症(OMIM:251120)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,TRAPPC6B(基因ID:122553)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与CNS中常染色体隐性TRAPPC6B相关的神经发育障碍伴小头畸形、癫痫和脑萎缩(OMIM:617862)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,AP3B2(基因ID:8120)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与CNS中常染色体隐性AP3B2相关的早期婴儿癫痫性脑病48(OMIM:617276)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,TTC19(基因ID:54902)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于治疗与CNS中常染色体隐性TTC19相关的核型2线粒体复合体III缺陷症(OMIM:615157)。
对于另一个实例,在一些实施方案中,DMTF1(基因ID:9988)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节DMTF1的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加DMTF1的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
对于另一个实例,在一些实施方案中,HDAC3(基因ID:8841)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节HDAC3的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加HDAC3的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
对于另一个实例,在一些实施方案中,DAB2IP(基因ID:153090)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节DAB2IP的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加DAB2IP的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
对于另一个实例,在一些实施方案中,CD4(基因ID:920)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节CD4的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加CD4的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
另一个实例,在一些实施方案中,TP53BP2(基因ID:7159)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节TP53BP2的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加TP53BP2的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
对于另一个实例,在一些实施方案中,BAP1(基因ID:8314)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节BAP1的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加BAP1的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
对于另一个实例,在一些实施方案中,CHFR(基因ID:55743)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节CHFR的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加CHFR的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
对于另一个实例,在一些实施方案中,IRF3(基因ID:3661)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节IRF3的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加IRF3的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
对于另一个实例,在一些实施方案中,SIRT2(基因ID:22933)是NMD诱导性另路3’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节SIRT2的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加SIRT2的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
对于另一个实例,在一些实施方案中,RBL1(基因ID:5933)是NMD诱导性另路5’剪接位点事件的示例性靶标。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于调节RBL1的肿瘤抑制活性。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法可用于增加RBL1的肿瘤抑制活性,从而治疗癌症。
在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法用于治疗选自以下项的病况或疾病:痴呆、GRN相关额颞叶痴呆、Phelan-McDermid综合征;自闭症谱系障碍、色素性视网膜炎18、色素性视网膜炎70、常染色体显性智力发育迟缓5(MRD5;AD智力发育迟缓5)、Stargardt病、Fuch角膜营养不良、早发性癫痫性脑病、脊髓小脑共济失调42[AD]、帕金森病、Fuchs内皮角膜营养不良4、Alagille综合征、儿童期发病的癫痫性脑病、甲基丙二酰辅酶A差向异构酶缺乏症、神经发育障碍伴小头畸形、癫痫和脑萎缩、早期婴儿癫痫性脑病48、核型2线粒体复合体III缺陷症和肿瘤。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法用于预防选自以下项的病况或疾病、延迟与选自以下项的病况或疾病相关的体征或症状的进展和/或发展、或减轻与选自以下项的病况或疾病相关的体征或症状:痴呆、GRN相关额颞叶痴呆、Phelan-McDermid综合征;自闭症谱系障碍、色素性视网膜炎18、色素性视网膜炎70、常染色体显性智力发育迟缓5(MRD5;AD智力发育迟缓5)、Stargardt病、Fuch角膜营养不良、早发性癫痫性脑病、脊髓小脑共济失调42[AD]、帕金森病、Fuchs内皮角膜营养不良4、Alagille综合征、儿童期发病的癫痫性脑病、甲基丙二酰辅酶A差向异构酶缺乏症、神经发育障碍伴小头畸形、癫痫和脑萎缩、早期婴儿癫痫性脑病48、核型2线粒体复合体III缺陷症和肿瘤。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法用于治疗表5C的病况或疾病。在一些实施方案中,如本文所述的组合物或方法用于预防表5C的病况或疾病、延迟与表5C的病况或疾病相关的体征或症状的进展和/或发展,或减轻与表5C的病况或疾病相关的体征或症状。
表5A
*alt_3ss是指内含子的另路3’剪接位点,其相当于内含子紧接下游的外显子的另路5’剪接位点。另路内含子的坐标。区域坐标:另路内含子的坐标。事件坐标:由于另路3’ss或5’ss选择而包括的内含子区域的坐标。+或-是指基因所在的链。
表5B
*alt_5ss是指内含子的另路5’剪接位点,其相当于内含子的紧接上游的外显子的另路3’剪接位点。区域坐标:另路内含子的坐标。事件坐标:由于另路3’ss或5’ss选择而包括的内含子区域的坐标。+或-是指基因所在的链。
表5C
*Alt 5ss是指内含子的另路5’剪接位点,其相当于内含子紧接上游的外显子的另路3’剪接位点。Alt 3ss是指内含子的另路3’剪接位点,其相当于内含子紧接下游的外显子的另路5’剪接位点。区域坐标:另路内含子的坐标。事件坐标:由于另路3’ss或5’ss选择而包括的内含子区域的坐标。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从ABCA4基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的ABCA4基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自ABCA4基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述ABCA4基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向ABCA4的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的ABCA4前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向ABCA4前mRNA序列,所述ABCA4前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向ABCA4前mRNA序列,所述ABCA4前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,ABCA4前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000198691.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,ABCA4前mRNA转录物包含与本文所述的ABCA4前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,ABCA4前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,ABCA4前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从AKT2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的AKT2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自AKT2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述AKT2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向AKT2的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的AKT2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向AKT2前mRNA序列,所述AKT2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向AKT2前mRNA序列,所述AKT2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,AKT2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000105221.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,AKT2前mRNA转录物包含与本文所述的AKT2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。
在一些实施方案中,AKT2前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,AKT2前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从BAP1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的BAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自BAP1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述BAP1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向BAP1的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的BAP1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向BAP1前mRNA序列,所述BAP1前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向BAP1前mRNA序列,所述BAP1前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,BAP1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000163930.10或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,BAP1前mRNA转录物包含与本文所述的BAP1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,BAP1前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,BAP1前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CACNA1G基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CACNA1G基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CACNA1G基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CACNA1G基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向CACNA1G的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CACNA1G前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向CACNA1G前mRNA序列,所述CACNA1G前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向CACNA1G前mRNA序列,所述CACNA1G前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,CACNA1G前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000006283.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CACNA1G前mRNA转录物包含与本文所述的CACNA1G前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CACNA1G前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CACNA1G前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CHD2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CHD2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CHD2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CHD2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向CHD2的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CHD2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向CHD2前mRNA序列,所述CHD2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向CHD2前mRNA序列,所述CHD2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,CHD2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000173575.22或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CHD2前mRNA转录物包含与本文所述的CHD2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CHD2前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CHD2前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从CLPX基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的CLPX基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自CLPX基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述CLPX基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向CLPX的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的CLPX前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向CLPX前mRNA序列,所述CLPX前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向CLPX前mRNA序列,所述CLPX前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,CLPX前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000166855.9或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,CLPX前mRNA转录物包含与本文所述的CLPX前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CLPX前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,CLPX前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DMTF1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DMTF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DMTF1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DMTF1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向DMTF1的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DMTF1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向DMTF1前mRNA序列,所述DMTF1前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向DMTF1前mRNA序列,所述DMTF1前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,DMTF1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000135164.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DMTF1前mRNA转录物包含与本文所述的DMTF1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DMTF1前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DMTF1前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从DNAJB2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的DNAJB2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自DNAJB2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述DNAJB2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向DNAJB2的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的DNAJB2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向DNAJB2前mRNA序列,所述DNAJB2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向DNAJB2前mRNA序列,所述DNAJB2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,DNAJB2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000135924.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,DNAJB2前mRNA转录物包含与本文所述的DNAJB2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DNAJB2前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,DNAJB2前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从EIF2AK3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的EIF2AK3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自EIF2AK3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述EIF2AK3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向EIF2AK3的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的EIF2AK3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向EIF2AK3前mRNA序列,所述EIF2AK3前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向EIF2AK3前mRNA序列,所述EIF2AK3前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,EIF2AK3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000172071.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,EIF2AK3前mRNA转录物包含与本文所述的EIF2AK3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,EIF2AK3前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,EIF2AK3前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GBA基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GBA基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GBA基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GBA基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向GBA的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GBA前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向GBA前mRNA序列,所述GBA前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向GBA前mRNA序列,所述GBA前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,GBA前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000177628.16或ENSG00000262446.5或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GBA前mRNA转录物包含与本文所述的GBA前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GBA前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GBA前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从GRN基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的GRN基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自GRN基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述GRN基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向GRN的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的GRN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向GRN前mRNA序列,所述GRN前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向GRN前mRNA序列,所述GRN前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,GRN前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000030582.18或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,GRN前mRNA转录物包含与本文所述的GRN前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GRN前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,GRN前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从HSPA9基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的HSPA9基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自HSPA9基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述HSPA9基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向HSPA9的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的HSPA9前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向HSPA9前mRNA序列,所述HSPA9前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向HSPA9前mRNA序列,所述HSPA9前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,HSPA9前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000113013.15或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,HSPA9前mRNA转录物包含与本文所述的HSPA9前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HSPA9前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,HSPA9前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从JAG1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的JAG1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自JAG1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述JAG1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向JAG1的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的JAG1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向JAG1前mRNA序列,所述JAG1前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向JAG1前mRNA序列,所述JAG1前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,JAG1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000101384.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,JAG1前mRNA转录物包含与本文所述的JAG1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,JAG1前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,JAG1前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从KCNQ2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的KCNQ2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自KCNQ2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述KCNQ2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向KCNQ2的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的KCNQ2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向KCNQ2前mRNA序列,所述KCNQ2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向KCNQ2前mRNA序列,所述KCNQ2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,KCNQ2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000075043.18或ENSG00000281151.2或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,KCNQ2前mRNA转录物包含与本文所述的KCNQ2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KCNQ2前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KCNQ2前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从KL基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的KL基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自KL基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述KL基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向KL的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的KL前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向KL前mRNA序列,所述KL前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向KL前mRNA序列,所述KL前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,KL前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000133116.8或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,KL前mRNA转录物包含与本文所述的KL前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KL前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,KL前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从OPTN基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的OPTN基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自OPTN基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述OPTN基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向OPTN的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的OPTN前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向OPTN前mRNA序列,所述OPTN前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向OPTN前mRNA序列,所述OPTN前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,OPTN前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000123240.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,OPTN前mRNA转录物包含与本文所述的OPTN前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,OPTN前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,OPTN前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从RBL1基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的RBL1基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自RBL1基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述RBL1基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向RBL1的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的RBL1前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向RBL1前mRNA序列,所述RBL1前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向RBL1前mRNA序列,所述RBL1前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,RBL1前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000080839.12或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,RBL1前mRNA转录物包含与本文所述的RBL1前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RBL1前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,RBL1前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SEMA4A基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SEMA4A基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SEMA4A基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SEMA4A基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向SEMA4A的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SEMA4A前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向SEMA4A前mRNA序列,所述SEMA4A前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向SEMA4A前mRNA序列,所述SEMA4A前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,SEMA4A前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000196189.13或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SEMA4A前mRNA转录物包含与本文所述的SEMA4A前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SEMA4A前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SEMA4A前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SHANK3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SHANK3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SHANK3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SHANK3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向SHANK3的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SHANK3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向SHANK3前mRNA序列,所述SHANK3前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向SHANK3前mRNA序列,所述SHANK3前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,SHANK3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000251322.9或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SHANK3前mRNA转录物包含与本文所述的SHANK3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SHANK3前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SHANK3前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SIRT2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SIRT2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SIRT2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SIRT2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向SIRT2的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SIRT2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向SIRT2前mRNA序列,所述SIRT2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向SIRT2前mRNA序列,所述SIRT2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,SIRT2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000068903.20或ENSG00000283100.2或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SIRT2前mRNA转录物包含与本文所述的SIRT2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SIRT2前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SIRT2前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从SLC4A11基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的SLC4A11基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自SLC4A11基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述SLC4A11基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向SLC4A11的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的SLC4A11前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向SLC4A11前mRNA序列,所述SLC4A11前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向SLC4A11前mRNA序列,所述SLC4A11前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,SLC4A11前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000088836.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,SLC4A11前mRNA转录物包含与本文所述的SLC4A11前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC4A11前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,SLC4A11前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从STAT3基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的STAT3基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自STAT3基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述STAT3基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向STAT3的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的STAT3前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向STAT3前mRNA序列,所述STAT3前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向STAT3前mRNA序列,所述STAT3前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,STAT3前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000168610.14或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,STAT3前mRNA转录物包含与本文所述的STAT3前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,STAT3前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,STAT3前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
在一些实施方案中,本文公开的ASO靶向从TP53BP2基因组序列转录的NSAE前mRNA。在一些实施方案中,ASO靶向来自包含NSAE外显子的TP53BP2基因组序列的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向来自TP53BP2基因组序列的NSAE前mRNA转录物,所述TP53BP2基因组序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子和位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向TP53BP2的NSAE前mRNA转录物。在一些实施方案中,ASO靶向包含NSAE外显子的TP53BP2前mRNA序列。在一些实施方案中,ASO靶向TP53BP2前mRNA序列,所述TP53BP2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的3’剪接位点侧翼的内含子。在一些实施方案中,ASO靶向TP53BP2前mRNA序列,所述TP53BP2前mRNA序列包含位于NSAE外显子的5’剪接位点侧翼的内含子。
在一些实施方案中,TP53BP2前mRNA转录物由与Ensembl参考号ENSG00000143514.17或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的基因序列编码。在一些实施方案中,TP53BP2前mRNA转录物包含与本文所述的TP53BP2前mRNA转录物或其互补序列具有至少约80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TP53BP2前mRNA的靶向部分包含与包含表6A或表6B的序列或其互补序列的至少8个连续核酸的区域具有至少80%、85%、90%、95%、97%或100%序列同一性的序列。在一些实施方案中,TP53BP2前mRNA的靶部分包含如表5C中所示的示例性NMD诱导性另路5’剪接位点或3’剪接位点。
表6A(示例性ASO序列)
在一些实施方案中,靶向本文公开的前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1301-4711。
在一些实施方案中,靶向ABCC3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1301-1328。在一些实施方案中,靶向ABCC5前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1329-1368。在一些实施方案中,靶向ABCC8前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1369-1401。在一些实施方案中,靶向ACOX2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1402-1436。在一些实施方案中,靶向ACSF3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1437-1464。在一些实施方案中,靶向ADAM17前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1465-1485。在一些实施方案中,靶向ADAMTS13前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1486-1520。在一些实施方案中,靶向ALAD前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1521-1571。在一些实施方案中,靶向ANKS3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1572-1603。在一些实施方案中,靶向ANO4前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1604-1633。在一些实施方案中,靶向AP3B2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1634-1663。在一些实施方案中,靶向AP5Z1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1664-1688。在一些实施方案中,靶向ARNTL前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1689-1724。在一些实施方案中,靶向BBS2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1725-1766。在一些实施方案中,靶向BRD9前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1767-1807。在一些实施方案中,靶向CALM3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1808-1913。在一些实施方案中,靶向CARS1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1914-1940。在一些实施方案中,靶向CASP9前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1941-1969。在一些实施方案中,靶向CD58前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1970-1993。在一些实施方案中,靶向CHFR前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1994-2031。在一些实施方案中,靶向CLCN2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2032-2099。在一些实施方案中,靶向CNOT3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2100-2128。在一些实施方案中,靶向CNTROB前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2129-2171。在一些实施方案中,靶向CTF1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2172-2250。在一些实施方案中,靶向CYP3A5前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2251-2292。在一些实施方案中,靶向DHDDS前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2293-2314。在一些实施方案中,靶向DNHD1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2315-2358。在一些实施方案中,靶向ENTPD4前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2359-2416。在一些实施方案中,靶向ESRRA前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2417-2453。在一些实施方案中,靶向ESS2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2454-2503。在一些实施方案中,靶向ETAA1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2504-2568。在一些实施方案中,靶向FASTKD3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2569-2610。在一些实施方案中,靶向FREM1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2611-2638。在一些实施方案中,靶向GAS8前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2639-2677。在一些实施方案中,靶向GGA3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2678-2713。在一些实施方案中,靶向GGT1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2714-2735。在一些实施方案中,靶向GLMN前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2736-2792。在一些实施方案中,靶向GRB14前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2793-2820。在一些实施方案中,靶向HDAC3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2821-2842。在一些实施方案中,靶向HP1BP3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2843-2878。在一些实施方案中,靶向HPS4前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2879-2917。在一些实施方案中,靶向IDUA前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2918-2934。在一些实施方案中,靶向IFT122前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2935-2969。在一些实施方案中,靶向IMPDH1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:2970-2991。在一些实施方案中,靶向KCTD3前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:2992-3023。在一些实施方案中,靶向KYAT1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3024-3047。在一些实施方案中,靶向MAP3K7前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3048-3068。在一些实施方案中,靶向NBEAL2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3069-3094。在一些实施方案中,靶向NOP58前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3095-3132。在一些实施方案中,靶向NPHP1前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:3133-3227。在一些实施方案中,靶向NUP188前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3228-3271。在一些实施方案中,靶向PHKA2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3272-3299。在一些实施方案中,靶向PIDD1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3300-3378。在一些实施方案中,靶向PKD1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3379-3433。在一些实施方案中,靶向PLA2G6前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:3434-3484。在一些实施方案中,靶向PLD2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3485-3545。在一些实施方案中,靶向PLEKHG5前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3546-3590。在一些实施方案中,靶向PRMT7前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3591-3627。在一些实施方案中,靶向PRODH前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3628-3642。在一些实施方案中,靶向PRPF3前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:3643-3670。在一些实施方案中,靶向PRPF4前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3671-3695。在一些实施方案中,靶向RAD52前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3696-3720。在一些实施方案中,靶向REXO1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3721-3798。在一些实施方案中,靶向RFX5前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3799-3829。在一些实施方案中,靶向RUFY3前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:3830-3850。在一些实施方案中,靶向SEMA3B前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3851-3892。在一些实施方案中,靶向SEMA3F前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3893-3917。在一些实施方案中,靶向SH2D3A前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3918-3939。在一些实施方案中,靶向SIRT3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:3940-3987。在一些实施方案中,靶向SKIV2L前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:3988-4010。在一些实施方案中,靶向SLC25A13前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4011-4032。在一些实施方案中,靶向SLC2A13前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4033-4100。在一些实施方案中,靶向SLC30A10前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4101-4125。在一些实施方案中,靶向SLC30A9前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4126-4155。在一些实施方案中,靶向SMTN前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4156-4184。在一些实施方案中,靶向STXBP2前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:4185-4299。在一些实施方案中,靶向SYNGAP1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4300-4352。在一些实施方案中,靶向SYNGAP1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:1-165。在一些实施方案中,靶向TBL2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4353-4428。在一些实施方案中,靶向TECPR2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4429-4466。在一些实施方案中,靶向TNK2前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:4467-4518。在一些实施方案中,靶向TOE1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4519-4552。在一些实施方案中,靶向TRMT2A前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4553-4591。在一些实施方案中,靶向TRPV4前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4592-4614。在一些实施方案中,靶向UROD前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4615-4641。在一些实施方案中,靶向WDR62前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:4642-4668。在一些实施方案中,靶向WRAP53前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4669-4692。在一些实施方案中,靶向XPO1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4693-4711。
表6B(示例性ASO序列)
在一些实施方案中,靶向本文公开的前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4712-10225。
在一些实施方案中,靶向ABCA5前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4712-4748。在一些实施方案中,靶向ABCA7前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4749-4775。在一些实施方案中,靶向ABCD1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4776-4874。在一些实施方案中,靶向ABR前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4875-4971。在一些实施方案中,靶向ACAD9前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:4972-5026。在一些实施方案中,靶向ACAP1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5027-5084。在一些实施方案中,靶向ACTN4前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5085-5174。在一些实施方案中,靶向ADAMTS13前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5175-5209。在一些实施方案中,靶向AKR1E2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5210-5242。在一些实施方案中,靶向ALG3前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:5243-5411。在一些实施方案中,靶向ANKRD29前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5412-5458。在一些实施方案中,靶向AP3M1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5459-5482。在一些实施方案中,靶向ASAP3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5483-5527。在一些实施方案中,靶向ATRX前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5528-5574。在一些实施方案中,靶向BBS4前mRNA的ASO选自SEQID NO:5575-5656。在一些实施方案中,靶向CATSPER1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5657-5683。在一些实施方案中,靶向CCDC40前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5684-5720。在一些实施方案中,靶向CCDC88B前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5721-5765。在一些实施方案中,靶向CD4前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5766-5806。在一些实施方案中,靶向CES2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5807-5878。在一些实施方案中,靶向COL5A3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5879-5924。在一些实施方案中,靶向CPSF1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5925-5954。在一些实施方案中,靶向CSPP1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5955-5982。在一些实施方案中,靶向CTH前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:5983-6016。在一些实施方案中,靶向DAB2IP前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6017-6063。在一些实施方案中,靶向DBN1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6064-6105。在一些实施方案中,靶向DDX51前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6106-6152。在一些实施方案中,靶向DEAF1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6153-6187。在一些实施方案中,靶向DGKE前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6188-6214。在一些实施方案中,靶向DMKN前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6215-6257。在一些实施方案中,靶向DOCK8前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6258-6354。在一些实施方案中,靶向DOK5前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6355-6408。在一些实施方案中,靶向EIF2B5前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6409-6440。在一些实施方案中,靶向ELAC2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6441-6487。在一些实施方案中,靶向ELP1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6488-6519。在一些实施方案中,靶向ETHE1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6520-6570。在一些实施方案中,靶向FANCA前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6571-6647。在一些实施方案中,靶向FASTK前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6648-6762。在一些实施方案中,靶向FPGS前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6763-6799。在一些实施方案中,靶向GAS8前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6800-6857。在一些实施方案中,靶向GCK前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6858-6954。在一些实施方案中,靶向GGA1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:6955-7024。在一些实施方案中,靶向GON4L前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7025-7051。在一些实施方案中,靶向HELQ前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7052-7096。在一些实施方案中,靶向HPS1前mRNA的ASO选自SEQID NO:7097-7124。在一些实施方案中,靶向IL17RC前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7125-7162。在一些实施方案中,靶向INVS前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7163-7260。在一些实施方案中,靶向IRF3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7261-7379。在一些实施方案中,靶向KLKB1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7380-7405。在一些实施方案中,靶向LAMC3前mRNA的ASO选自SEQID NO:7406-7454。在一些实施方案中,靶向LDAH前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7455-7487。在一些实施方案中,靶向LIMS2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7488-7585。在一些实施方案中,靶向MALT1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7586-7641。在一些实施方案中,靶向MAPK13前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7642-7751。在一些实施方案中,靶向MCAT前mRNA的ASO选自SEQID NO:7752-7777。在一些实施方案中,靶向MCEE前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7778-7889。在一些实施方案中,靶向MPI前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7890-7931。在一些实施方案中,靶向MSTO1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7932-7963。在一些实施方案中,靶向NLE1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:7964-7988。在一些实施方案中,靶向NLRC5前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:7989-8013。在一些实施方案中,靶向NOM1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8014-8048。在一些实施方案中,靶向NPR1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8049-8139。在一些实施方案中,靶向OSGEP前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8140-8165。在一些实施方案中,靶向PABPC4前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8166-8212。在一些实施方案中,靶向PCOLCE前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:8213-8288。在一些实施方案中,靶向PLD2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8289-8305。在一些实施方案中,靶向PNPO前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8306-8372。在一些实施方案中,靶向POLE前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8373-8401。在一些实施方案中,靶向PON2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8402-8434。在一些实施方案中,靶向PYCR1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8435-8493。在一些实施方案中,靶向RAD52前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8494-8546。在一些实施方案中,靶向RHBDF2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8547-8579。在一些实施方案中,靶向RMND1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8580-8604。在一些实施方案中,靶向ROBO3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8605-8756。在一些实施方案中,靶向RPGRIP1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8757-8821。在一些实施方案中,靶向RTTN前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8822-8855。在一些实施方案中,靶向SIK3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8856-8912。在一些实施方案中,靶向SLC12A7前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8913-8981。在一些实施方案中,靶向SLC22A3前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:8982-9042。在一些实施方案中,靶向SLC25A37前mRNA的ASO选自SEQID NO:9043-9157。在一些实施方案中,靶向SLC27A5前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9158-9196。在一些实施方案中,靶向SMPD1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9197-9223。在一些实施方案中,靶向SNRPB前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9224-9325。在一些实施方案中,靶向SP140前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9326-9379。在一些实施方案中,靶向STAMBP前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9380-9428。在一些实施方案中,靶向SULF2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9429-9482。在一些实施方案中,靶向SYNJ2前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9483-9513。在一些实施方案中,靶向TAZ前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9514-9554。在一些实施方案中,靶向TDRD7前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9555-9586。在一些实施方案中,靶向TFB1M前mRNA的ASO选自SEQID NO:9587-9641。在一些实施方案中,靶向TM6SF1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9642-9671。在一些实施方案中,靶向TOR1B前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9672-9719。在一些实施方案中,靶向TRAPPC6B前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9720-9745。在一些实施方案中,靶向TRIP4前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9746-9781。在一些实施方案中,靶向TRMU前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9782-9852。在一些实施方案中,靶向TTC19前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9853-9899。在一些实施方案中,靶向TYMP前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9900-9972。在一些实施方案中,靶向UMPS前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:9973-10032。在一些实施方案中,靶向WDR11前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:10033-10056。在一些实施方案中,靶向WIPI1前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:10057-10103。在一些实施方案中,靶向YY1AP1前mRNA的ASO选自SEQ IDNO:10104-10193。在一些实施方案中,靶向ZC3H14前mRNA的ASO选自SEQ ID NO:10194-10225。
联合疗法
在一些实施方案中,本文提供了包含一种或多种NSAE调节药剂的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含两种或更多种NSAE调节药剂的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与SynGAP1前mRNA的靶向区域互补的一种或多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与SynGAP1前mRNA的靶向区域互补的两种或更多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与SynGAP1前mRNA的相同靶向区域互补的一种或多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与SynGAP1前mRNA的相同靶向区域互补的两种或更多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与SynGAP1前mRNA的不同靶向区域互补的一种或多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与SynGAP1前mRNA的不同靶向区域互补的两种或更多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含表1的一种或多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含表1中的两种或更多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含选自SEQ ID NO.1301至SEQ IDNO.10225的一种或多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含选自SEQ IDNO.1301至SEQ ID NO.10225的两种或更多种ASO的组合物。
在一些实施方案中,本文提供了包含与靶前mRNA的靶向区域互补的一种或多种ASO的组合物,其中靶标是选自以下项中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。在一些实施方案中,本文提供了包含与靶前mRNA的靶向区域互补的两种或更多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与靶前mRNA的相同靶向区域互补的一种或多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与靶前mRNA的相同靶向区域互补的两种或更多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与靶前mRNA的不同靶向区域互补的一种或多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与靶前mRNA的不同靶向区域互补的两种或更多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与两种或更多种靶前mRNA的靶向区域互补的两种或更多种ASO的组合物。在一些实施方案中,本文提供了包含与两种或更多种不同靶前mRNA的靶向区域互补的两种或更多种ASO的组合物。
在一些方面,本文提供了通过施用如上所述的组合物来调节靶蛋白质表达的方法。在一些方面,本文提供了包含治疗药剂的药物组合物,所述治疗药剂包含如上所述的组合物;和药学上可接受的赋形剂和/或递送媒介物。在一些方面,本文提供了治疗或预防有需要的对象的疾病或病况的方法,所述方法包括:向对象施用包含治疗药剂的药物组合物,所述治疗药剂包含如上所述的组合物;和药学上可接受的赋形剂和/或递送媒介物。在一些方面,本文提供了治疗或预防有需要的对象的疾病或病况的方法,所述方法包括:向对象施用如上所述的组合物。在一些方面,本文提供了治疗有需要的对象的疾病或病况的方法,所述方法通过向对象施用包含治疗药剂的药物组合物来调节对象细胞中靶蛋白质的表达,所述治疗药剂包含如上所述的组合物;和药学上可接受的赋形剂和/或递送媒介物。在一些方面,本文提供了通过向对象施用如上所述的组合物来调节对象的细胞中靶蛋白质的表达以治疗有需要的对象的疾病或病况的方法。在一些方面,本文提供了用于本文所述方法的治疗药剂。在一些方面,本文提供了包含本文所述的治疗药剂和药学上可接受的赋形剂的药物组合物。
将通过以下实施例对本发明更具体地加以说明。然而,应当理解,本发明不以任何方式由这些实施例来限制。
实施例
实施例1:使用下一代测序通过RNAseq鉴定转录物中NMD诱导性另路剪接事件
通过分析来自人肝脏、肾脏、中枢神经系统(CNS)和眼组织的83个可公开获得的RNA测序(RNA-seq)数据集,鉴定已知ASO可触及的器官中的非生产性AS事件。计算分析发现7,819个独特基因,其共包含13,121个不同类型的非生产性AS事件。通过将这些基因与遗传疾病数据库例如Orphanet(www.orpha.net/)交叉引用,鉴定了1,265个具有非生产性AS事件的疾病相关基因。由于许多NMD敏感性转录物在分析的组织中被有效降解并且不能被RNAseq检测到,因此具有非生产性AS事件的基因比迄今为止已得到鉴定的要多得多。为了证明TANGO概念,选择来自生物信息学分析的四个基因,代表三种类型的靶标(单倍体不足、常染色体隐性和与疾病相关的通路)、三种器官(肝脏、CNS和眼)和三种类型的另路剪接事件(盒式外显子、另路剪接位点和另路内含子)。
实施例2:通过放线菌酮处理确认另路剪接
为了验证在计算机中进行的预测并定量潜在可靶向的非生产性AS事件的丰度,用已知抑制NMD的翻译抑制剂放线菌酮(CHX)处理细胞。预期地,与DMSO处理的细胞相比,逆转录酶(RT)-PCR分析显示CHX处理后各种细胞系中预测的非生产性SYNGAP1剪接事件持续增加。所述增加表明这些非生产性AS事件导致NMD对转录物的降解。
实施例3:SYNGAP1外显子区域ASO步移
为了鉴定可以防止非生产性AS事件的ASO,沿目标AS事件以5-nt步长进行初始系统ASO步移。这些ASO在2’核糖位置(2’MOE-PS)具有统一的硫代磷酸酯骨架和甲氧基乙基。先前显示这些修饰允许以高亲和力与RNA结合,并赋予对靶RNA-ASO复合物的核酸酶和RNase H切割的抗性。对转染的HEK293细胞的RT-PCR分析鉴定了多种ASO,它们减少SYNGAP1mRNA中的AS并增加产生性mRNA。TaqMan qPCR确认了观察到的SYNGAP1产生性mRNA的增加。可以绘制AS的倍数变化相对于产生性mRNA(qPCR)的增加,以表明ASO在机制上起作用。这些结果强烈表明可以通过用ASO预防非生产性AS来实现基因表达上调。
实施例4:使用ASO以剂量依赖性方式增加细胞蛋白质表达
由于期望的上调水平在靶基因和疾病之间有所不同,因此使用从初始步移中选择的阳性ASO击中来确定是否可以在非生产性AS事件中滴定产生性mRNA的增加。将SYNGAP1ASO-55以增加的浓度转染到细胞中,以证明剂量依赖性上调。基于ASO的效力选择浓度。RT-PCR结果显示,与以相同的相应剂量转染的非靶向ASO对照相比,SYNGAP1中非生产性另路3’ss的选择呈剂量依赖性降低。相反,与非靶向ASO对照相比,如通过TaqMan qPCR测量的,观察到产生性mRNA呈剂量依赖性增加。为了确定观察到的产生性mRNA上调是否转化为蛋白质水平的剂量依赖性增加,测量来自用浓度增加的靶向ASO转染的细胞的提取物中的SynGAP蛋白质。首先,通过短干扰(si)RNA介导的蛋白质表达敲低和western印迹分析验证针对SynGAP的抗体。来自用所选ASO转染的细胞的提取物的免疫印迹结果显示SynGAP蛋白质呈剂量依赖性增加。由最高ASO浓度引起的蛋白质上调水平范围为1.6倍至2倍。非靶向ASO对照对蛋白质水平没有显著影响。总之,数据表明靶向各种类型的非生产性AS事件的ASO导致产生性mRNA的可滴定增加,从而导致蛋白质表达增加。TANGO ASO介导的蛋白质上调的可滴定性质表明,可以严格控制蛋白质水平并降低过表达的风险。TANGO技术的这一方面使其特别适合解决常染色体显性单倍体不足的疾病。
实施例5:体内TANGO方法的验证
为了证明TANGO机制在体内的适用性,可以从靶向SCN1A中非生产性外显子包含事件的ASO步移中选择阳性击中。人SYNGAP1基因中的非生产性AS事件也发生在小鼠中,并且在序列水平上高度保守(数据未显示),允许在小鼠中检测人靶向ASO。类似于此处所示的其他ASO,与非靶向ASO对照相比,增加浓度的SYNGAP1 ASO的自主(gymnotic)(自由)摄取导致AS呈剂量依赖性降低和细胞中产生性mRNA呈负相关增加。为了确定观察到的ASO的效果是否可以在体内重现,在出生后第2天(P2)通过脑室内(ICV)注射向六只小鼠施用ASO或向两只小鼠施用PBS。可以在注射后5天从处理小鼠的大脑中提取RNA和蛋白质。,可以进行RT-PCR分析以显示,与对照PBS群组相比,ASO处理的小鼠中明确的靶标参与和非生产性外显子包含的一致减少。这种减少可以有效地转化为通过TaqMan qPCR测量的产生性mRNA的约4倍增加。同时,可以使用经过验证的抗体通过western印迹检测蛋白质增加。这些数据提供了TANGO方法通过利用非生产性AS事件来上调蛋白质表达的体内概念证明。
实施例6:用于治疗遗传疾病的TANGO(核基因输出的靶向增强)
TANGO(核基因输出的靶向增强)是一种利用对前mRNA剪接的反义介导的调节的新型技术,其被开发用于增加蛋白质表达。TANGO可防止自然发生的非生产性剪接事件,这些自然发生的非生产性事件导致通过无义介导的mRNA衰变(NMD)致使转录物降解或核保留。通过如此,TANGO增加产生性mRNA的产生,导致全长、全功能蛋白质增加。进行对RNA测序(RNAseq)数据集的生物信息学分析以鉴定非生产性事件。在超过50%的蛋白质编码基因中发现非生产性事件,其中约2,900个与疾病相关。为了验证在计算机中进行的预测,选择代表各种类型的NMD诱导性、非生产性另路剪接(AS)事件(盒式外显子、另路剪接位点和另路内含子)的靶标(PCCA、SYNGAP1、CD274和SCN1A),并通过用放线菌酮(CHX)(已知抑制NMD的翻译抑制剂)处理细胞来定量其丰度。对选定的靶标进行RT-PCR分析,与DMSO处理的细胞相比,在CHX处理后观察到非生产性mRNA增加。反义寡核苷酸(ASO)旨在靶向三种类型的NMD诱导性、非生产性AS事件,并且TANGO ASO能够调节剪接从而在体外以剂量依赖性方式增加产生性mRNA和蛋白质。与TANGO机制一致,观察到ASO介导的上调水平与靶向NMD诱导性事件的丰度成正比。此外,在野生型小鼠中经脑室内注射靶向SCN1A中非生产性AS事件的TANGOASO导致大脑中产生性mRNA和NaV1.1蛋白质增加。由于TANGO利用自然发生的非生产性AS,这种新型方法可用于上调野生型或亚效等位基因的基因表达,为治疗遗传疾病提供潜在独特策略。TANGO正被用于开发治疗常染色体显性单倍体不足疾病,例如遗传性癫痫。增加野生型等位基因表达的TANGO ASO可用于恢复缺陷蛋白质的生理水平。
实施例7:RNA-seq处理工作流程
NMD接头的转录数据库和标签:
从GENCODE(v.28)和REFSEQ(通过UCSC)下载带注释的转录物。每个带注释的外显子-外显子接头被标记为“编码”或“NMD”。当且仅当所述接头仅在标记为“nonsense_mediate_decay”(GENCODE)或“NR”(REFSEQ)的转录物中发现时,接头才被标记为“NMD”。
RNA-seq文库处理:
使用STAR1 v2.6.1b将所有RNA-seq样品与hg38基因组和组合转录物数据库进行比对,以生成剪接接头计数。
推定的NMD诱导性剪接事件的鉴定和定量:
所有样品均通过SUPPA22运行,以定义带注释的另路剪接事件。然后使用不同的方法来标记和定量每种类型的另路剪接,如下:外显子包含(EI)和外显子跳跃(ES):从SUPPA解析“跳跃的外显子”事件以获得每个事件的包含和跳跃接头。如果跳跃接头被标记为“NMD”,则事件被标记为“ES_NMD”。如果任一包含接头被标记为“NMD”,则事件被标记为“EI_NMD”。否则,事件被标记为“盒式外显子”。从STAR输出中检索包含和跳跃接头计数,并在共享相同另路剪接外显子的所有事件中将这些计数进行汇总。
对于包含事件,ΨEI_NMD=Ψ。
对于跳跃事件,ΨES_NMD=1-Ψ。
另路3’和5’剪接位点(A3和A5):从SUPPA解析A3和A5事件以获得对应于每个另路事件的接头。如果长或短接头标记为“NMD”,则报告NMD事件。如果两个接头均报告NMD,则不报告,因为该区域可能存在复杂剪接。从STAR输出检索剪接接头计数。PSI报告为
另路内含子事件(AI):从SUPPA解析保留的内含子事件以获得另路内含子事件的列表。如果事件接头标记为NMD,则AI事件标记为NMD。为了计算PSI,AI所在外显子的表达水平通过使用其3’和5’剪接位点(以及包含相同AI事件的所有其他亲本外显子)对所有接头求和进行估计。然后,AI接头的使用将落在范围内,因为在外显子接头和AI接头(完整的内含子保留具有0个接头的读数)的计数相似的情况下,可以充分利用AI接头(这导致没有内含子保留)。为了计算Ψ,对接头计数进行了归一化处理,使得该范围现在为[0,1]:
疾病相关性注释:
来自Orphadata(http://www.orphadata.org)的基因-疾病相关数据,即Orphanet的公开可用数据存储库已下载。注释被扩展以涵盖所有基因符号别称。
实施例8:用放线菌酮(CHX)处理、细胞培养和转染
为了确定非生产性mRNA的丰度,将细胞(HEK293:PCCA,SYNGAP1;ARPE19:CD274;ReNCell VM:SCN1A)与溶解在DMSO中的50μg/ml CHX(Cell Signaling Technology)温育3小时。
对于PCCA,使HEK293细胞在含有10%FBS的EMEM中生长,并将1×105个细胞接种在24孔板中,并用80nM ASO进行反向转染以进行初步筛选,或根据生产商的说明使用Lipofectamine RNAiMax试剂(Invitrogen)用1、5、25nM选定的ASO进行反向转染。转染后24小时使用RNeasy mini试剂盒(Qiagen)提取总RNA,并用ImProm-II逆转录酶(Promega)合成cDNA。转染后48小时用RIPA缓冲液(Cell Signaling Technology)提取总蛋白质。
对于SYNGAP1,使HEK293细胞在含有10%FBS的EMEM中生长,并将7×105个细胞接种在6孔板中,并根据生产商的说明使用Lipofectamine RNAiMax试剂(Invitrogen)用30、60和120nM的反义寡核苷酸(ASO)进行反向转染。转染后24小时使用RNeasy mini试剂盒(Qiagen)提取总RNA,并用ImProm-II逆转录酶(Promega)合成cDNA。转染后48小时用RIPA缓冲液(Cell Signaling Technology)提取总蛋白质。
对于CD274,使Huh7细胞在含有10%FBS的DMEM中生长,并将1×105个细胞接种在12孔板中,并根据生产商的说明使用Lipofectamine RNAiMAX(Invitrogen)用5、20或80nMASO进行反向转染。对于RT-PCR分析,转染后21小时,用DMSO中的50μg/mL CHX(CellSignaling Technology)处理细胞3小时。转染后24小时使用RNeasy mini试剂盒(Qiagen)提取总RNA,并用ImProm-II逆转录酶(Promega)合成cDNA。转染后48小时用RIPA缓冲液(Cell Signaling Technology)提取总蛋白质。
对于SCN1A,使ReNcell VM细胞在含有各为20ng/mL的bFGF和EGF的完全NSC培养基中在层粘连蛋白质包被的烧瓶(2D培养)上生长,直至达到~90%的汇合。然后通过accutase处理分离细胞,用PBS洗涤并在具有3、8、20μM ASO的超低附着表面24孔聚苯乙烯板中的完全NSC培养基中培养,用于自主(自由)摄取。在向培养基添加ASO后72小时,使用RNeasy mini试剂盒(Qiagen)提取总RNA,并用ImProm-II逆转录酶(Promega)合成cDNA。
实施例9:qPCR和RT-PCR测定
对于产生性mRNA的表达分析,对于PCCA(Hs01120555_m1)、SYNGAP1(目录号Hs00405348_m1)、Mo-Scn1a(Mm00450583_mH)、RPL32(Hs00851655_g1)、Mo-Gapdh(Mm99999915_g1)进行TaqMan qPCR(Thermo Fisher SC),使用正向引物5’-AATGTGACCAGCACACTGAG-3’(SEQ ID NO:1099)和反向引物5’-GAATGTCAGTGCTACACCAAGG-3’(SEQ ID NO:1100)对人CD274进行SYBR green qPCR,使用正向引物5’-TGGGTTACTCAGAACTTGGA-3’(SEQ ID NO:1101)、反向引物5’-GCATTCACAACCACCCTC-3’(SEQID NO:1102)和探针5’-/56-FAM/CAAATCTCT/ZEN/CAGGACACTAAGAGCTCTGAGAC/3IABkFQ/-3’(SEQ ID NO:1103)对Hu-SCN1A进行基于探针的qPCR(定制设计,IDT)。
对于PCCA,使用正向引物5’-GACCCCTACAAGTCTTTTGGTTT-3’(SEQ ID NO:1104)和反向引物5’-ATCACTTCCTGGTTGGATGC-3’(SEQ ID NO:1105)进行PCR分析以扩增产生性和非生产性mRNA。循环条件为:95℃下变性30秒、60℃下退火30秒和72℃下延伸60秒,共30个循环。在5%聚丙烯酰胺凝胶上分离PCR产物,并用Multi Gauge软件2.3版进行定量。
对于SYNGAP1,使用正向引物5’-GACCCTATCAAGTGCACAGC-3’(SEQ ID NO:1106)和反向引物5’-CTCCTGCATAAGCCCAAAGAG-3’(SEQ ID NO:1107)进行PCR分析以扩增产生性和非生产性mRNA。循环条件是:95℃下变性30秒,60℃下退火30秒和72℃下延伸60秒,共32个循环。在5%聚丙烯酰胺凝胶上分离PCR产物,并用Multi Gauge软件2.3版进行定量。
对于CD274,使用正向引物5’-GTCATCTGGACAAGCAGTG-3’(SEQ ID NO:1108)和反向引物5’-GGATGCCACATTTTTTCACATC-3’(SEQ ID NO:1109)进行PCR分析以扩增产生性和非生产性mRNA。循环条件为:95℃下变性30秒,55℃下退火30秒和72℃下延伸30秒,共29个循环。在5%聚丙烯酰胺凝胶上分离PCR产物,并用Multi Gauge软件2.3版进行定量。
对于Hu-SCN1A,使用正向引物5’-ATTGTTGATGTTTCATTGGTCAGTTTAACA-3’(SEQ IDNO:1110)和反向引物5’-GAAGAAGGACCCAAAGATGATGAAAATA-3’(SEQ ID NO:1111)进行PCR分析以扩增产生性和非生产性mRNA。循环条件为:95℃下变性30秒,55℃下退火30秒和72℃下延伸75秒,共28个循环。对于Mo-Scn1a,使用正向引物5’-CAGTTTAACAGCAAATGCCTTGGGTT-3’(SEQ ID NO:1112)和反向引物5’-AAGTACAAATACATGTACAGGCTTTCCTCATACTTA-3’(SEQ IDNO:1113)进行PCR分析以扩增产生性和非生产性mRNA。循环条件为:95℃下变性30秒,56℃退火30秒和72℃下延伸75秒,共28个循环。对于Mo-Gapdh,使用正向引物5’-AGGTCGGTGTGAACGGATTTG-3’(SEQ ID NO:1114)和反向引物5’-GGGGTCGTTGATGGCAACA-3’(SEQ ID NO:1115)进行PCR。循环条件为:95℃下变性30秒,56℃下退火30秒和72℃下延伸60秒,共24个循环。在5%聚丙烯酰胺凝胶上分离PCR产物,并用Multi Gauge软件2.3版进行定量。
实施例10:Western印迹
使用Pierce BCA蛋白质测定试剂盒(ThermoFisher)通过比色测定对蛋白质提取物进行定量。
对于PCCA,使用25μg裂解物进行免疫印迹法。抗PCCA一抗(目录号ab187686,1:1000稀释,在4℃下过夜)和二抗(1:2000,抗兔IgG Alexa Fluror647,在室温(RT)下1小时)购自Abcam。使用Typhoon RLA 9000成像仪(General Electric)扫描印迹。使用MultiGauge软件2.3版进行密度计分析。
对于SynGAP,使用60μg裂解物进行免疫印迹法。抗SynGAP一抗(目录号5539,1:1000,在4℃下过夜)和抗兔HRP缀合二抗(目录号7074,1:5000,在室温下1小时)购自CellSignaling Technology。使用Typhoon RLA 9000成像仪(General Electric)扫描印迹。使用Multi Gauge软件2.3版进行密度计分析。
对于Nav1.1,用120μg裂解物进行免疫印迹法。抗Nav1.1一抗(ASC-001,1:2000,在4℃下过夜)购自Almone。对于粘着斑蛋白质,用30μg裂解物进行免疫印迹法。抗粘着斑蛋白质一抗E1E9V XP抗体(目录号13901T,1:2000,在4℃下过夜)购自Cell SignalingTechnology。抗兔HRP缀合二抗(目录号sc-2004,1:2500,在4℃下过夜)购自Santa Cruz。使用Typhoon RLA 9000成像仪(General Electric)扫描印迹。使用Multi Gauge软件2.3版进行密度计分析。
实施例11:流式细胞术
将细胞从FACS缓冲液(Thermo Fisher SCIENTIFIC)中的培养板中取出。将细胞用APC-抗-PD-L1(1:250,BioLegend,#329708)染色。在Guava Easycyte 12HT(EMDMillipore)流式细胞仪上收集15,000个细胞的数据。荧光减一用于确定阳性门。
实施例12:新生小鼠单次大剂量ICV注射
向出生后第2天(P2)小鼠注射选定的20μg ASO或PBS。通过用两根手指轻轻地将幼鼠保持在垫有软组织的表面上来将幼鼠固定。使用连接到5μL Hamilton微量注射器的33号针头(1cm长,针头型号4,12°斜角)进行注射。注射的坐标是从矢状缝侧向约1mm,在人字缝尖囟(lambda)和前囟之间的中间,以及-2mm腹侧。将2μLASO或PBS缓慢注入一个大脑侧脑室。将经注射的幼鼠很快送回窝穴,每天观察它们的生存情况和应激体征。
虽然本文已经示出并描述了本发明的优选实施方案,但对于本领域技术人员明显的是,这些实施方案仅以示例的方式提供。本领域技术人员在不脱离本发明的情况下现将想到许多变化、改变和替代。应当理解,在实施本发明时可以采用本文所述的本发明实施方案的各种替代方案。旨在以所附权利要求书限定本发明的范围,并由此涵盖这些权利要求范围内的方法和结构及其等同方案。
Claims (100)
1.一种组合物,包含无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂,其与加工前的mRNA转录物内的靶基序相互作用以调节NSAE从经加工的mRNA转录物中排除并且调节典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中,其中所述靶基序定位:
(i)在介于两个典型外显子之间的内含子区中,
(ii)在两个典型外显子之一中,或者
(iii)在涵盖内含子和典型外显子二者的区域中;
其中所述NSAE包含:
(a)仅典型外显子的一部分,或者
(b)典型外显子以及与所述典型外显子邻近的内含子的至少一部分;并且
其中所述NSAE调节药剂调节NSAE从所述经加工的mRNA转录物中排除并且调节典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中。
2.根据权利要求1所述的组合物,其中所述NSAE调节药剂促进NSAE从所述经加工的mRNA转录物中排除并且促进典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中。
3.根据权利要求1所述的组合物,其中所述经加工的mRNA转录物编码靶蛋白质,并且所述NSAE调节药剂使靶蛋白质在包含所述加工前的mRNA转录物的细胞中的表达增加。
4.根据权利要求3所述的组合物,其中所述靶蛋白质选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
5.一种组合物,包含无义介导的RNA衰变另路5’或3’剪接位点(NSASS)调节药剂,其与加工前的mRNA转录物内的靶基序相互作用以调节在加工前的mRNA转录物的另路5’或3’剪接位点处的剪接并且调节典型外显子包含在从所述加工前的mRNA转录物加工的经加工的mRNA转录物中,其中所述靶基序定位:
(i)在介于两个典型外显子之间的内含子区中,
(ii)在所述两个典型外显子之一中,或者
(iii)在涵盖内含子和典型外显子二者的区域中;
其中调节在所述加工前的mRNA转录物的所述另路5’或3’剪接位点处的剪接调节另路外显子从所述经加工的mRNA转录物中排除,其中所述另路外显子包含:
(a)仅典型外显子的一部分,或者
(b)典型外显子以及与所述典型外显子邻近的内含子的至少一部分;并且
其中所述NSASS调节药剂调节所述另路外显子从所述经加工的mRNA转录物中排除并且调节典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中。
6.根据权利要求5所述的组合物,其中所述NSASS调节药剂促进所述另路外显子从所述经加工的mRNA转录物中排除并且促进典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中。
7.根据权利要求5所述的组合物,其中所述经加工的mRNA转录物编码靶蛋白质并且所述NSASS调节药剂使靶蛋白质在包含所述加工前的mRNA转录物的细胞中的表达增加。
8.根据权利要求7所述的组合物,其中所述靶蛋白质选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
9.一种组合物,包含无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂,其调节靶蛋白质在包含编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞中的表达,其中所述前mRNA包含:
包含另路5’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路5’剪接位点在典型外显子的5’剪接位点下游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述5’剪接位点上游并且在内含子内;
其中所述NSAE-调节药剂通过调节所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的所述剪接调节所述靶蛋白质在细胞中的所述表达。
10.根据权利要求9所述的组合物,其中所述靶蛋白质选自ABCC3、ABCC5、ABCC8、ACOX2、ACSF3、ADAM17、ADAMTS13、ALAD、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP5Z1、ARNTL、BBS2、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CD58、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、CTF1、CYP3A5、DHDDS、DNHD1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、FASTKD3、FREM1、GAS8、GGA3、GGT1、GLMN、GRB14、HDAC3、HP1BP3、HPS4、IDUA、IFT122、IMPDH1、KCTD3、KYAT1、MAP3K7、NBEAL2、NOP58、NPHP1、NUP188、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、RAD52、REXO1、RFX5、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIRT3、SKIV2L、SLC25A13、SLC2A13、SLC30A10、SLC30A9、SMTN、STXBP2、SYNGAP1、TBL2、TECPR2、TNK2、TOE1、TRMT2A、TRPV4、UROD、WDR62、WRAP53和XPO1。
11.根据权利要求9或10所述的组合物,其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的所述剪接使所述靶蛋白质在细胞中的所述表达增加。
12.根据权利要求10所述的组合物,其中所述另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子包含另路5’剪接位点,所述另路5’剪接位点在典型外显子的所述5’剪接位点下游并且在所述典型外显子内。
13.根据权利要求10所述的组合物,其中所述另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子包含另路5’剪接位点,所述另路5’剪接位点在所述典型外显子的所述5’剪接位点上游并且在内含子内。
14.一种组合物,包含无义介导的RNA衰变另路5’或3’剪接位点(NSASS)-调节药剂,其调节靶蛋白质在包含编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞中的表达,其中所述前mRNA包含:
包含另路5’剪接位点的另路外显子,所述另路5’剪接位点在典型外显子的5’剪接位点下游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述5’剪接位点上游并且在内含子内;
其中所述NSASS调节药剂通过调节所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的所述剪接调节所述靶蛋白质在细胞中的所述表达。
15.根据权利要求14所述的组合物,其中所述靶蛋白质选自ABCC3、ABCC5、ABCC8、ACOX2、ACSF3、ADAM17、ADAMTS13、ALAD、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP5Z1、ARNTL、BBS2、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CD58、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、CTF1、CYP3A5、DHDDS、DNHD1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、FASTKD3、FREM1、GAS8、GGA3、GGT1、GLMN、GRB14、HDAC3、HP1BP3、HPS4、IDUA、IFT122、IMPDH1、KCTD3、KYAT1、MAP3K7、NBEAL2、NOP58、NPHP1、NUP188、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、RAD52、REXO1、RFX5、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIRT3、SKIV2L、SLC25A13、SLC2A13、SLC30A10、SLC30A9、SMTN、STXBP2、SYNGAP1、TBL2、TECPR2、TNK2、TOE1、TRMT2A、TRPV4、UROD、WDR62、WRAP53和XPO1。
16.根据权利要求14或15所述的组合物,其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的所述剪接使所述靶蛋白质在细胞中的所述表达增加。
17.根据权利要求15所述的组合物,其中所述前mRNA包含另路外显子,所述另路外显子包含另路5’剪接位点,所述另路5’剪接位点在典型外显子的5’剪接位点下游并且在所述典型外显子内。
18.根据权利要求15所述的组合物,其中所述前mRNA包含另路外显子,所述另路外显子包含另路5’剪接位点,所述另路5’剪接位点在所述典型外显子的所述5’剪接位点上游并且在内含子内。
19.一种组合物,包含无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂,其调节靶蛋白质在包含编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞中的表达,其中所述前mRNA包含:
包含另路3’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路3’剪接位点在典型外显子的3’剪接位点上游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述3’剪接位点下游并且在内含子内,
其中所述NSAE-调节药剂通过调节所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的所述剪接调节所述靶蛋白质在细胞中的所述表达。
20.根据权利要求19所述的组合物,其中所述靶蛋白质选自ABCA5、ABCA7、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACTN4、ADAMTS13、AKR1E2、ALG3、ANKRD29、AP3M1、ASAP3、ATRX、BBS4、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CES2、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTH、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DMKN、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ETHE1、FANCA、FASTK、FPGS、GAS8、GCK、GGA1、GON4L、HELQ、HPS1、IL17RC、INVS、IRF3、KLKB1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NLE1、NLRC5、NOM1、NPR1、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PLD2、PNPO、POLE、PON2、PYCR1、RAD52、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、SIK3、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A37、SLC27A5、SMPD1、SNRPB、SP140、STAMBP、SULF2、SYNJ2、TAZ、TDRD7、TFB1M、TM6SF1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMU、TTC19、TYMP、UMPS、WDR11、WIPI1、YY1AP1和ZC3H14。
21.根据权利要求19或20所述的组合物,其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的所述剪接使所述靶蛋白质在细胞中的所述表达增加。
22.根据权利要求20所述的组合物,其中所述另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子包含另路3’剪接位点,所述另路3’剪接位点在典型外显子的3’剪接位点上游并且在所述典型外显子内。
23.根据权利要求20所述的组合物,其中所述另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子包含另路3’剪接位点,所述另路3’剪接位点在所述典型外显子的所述3’剪接位点下游并且在内含子内。
24.一种组合物,包含无义介导的RNA衰变另路5’或3’剪接位点(NSASS)-调节药剂,其调节靶蛋白质在包含编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞中的表达,其中所述前mRNA包含:
包含另路3’剪接位点的另路外显子,所述另路3’剪接位点在典型外显子的3’剪接位点上游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述3’剪接位点下游并且在内含子内;
其中所述NSASS调节药剂通过调节所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的所述剪接调节所述靶蛋白质在细胞中的所述表达。
25.根据权利要求24所述的组合物,其中所述靶蛋白质选自ABCA5、ABCA7、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACTN4、ADAMTS13、AKR1E2、ALG3、ANKRD29、AP3M1、ASAP3、ATRX、BBS4、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CES2、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTH、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DMKN、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ETHE1、FANCA、FASTK、FPGS、GAS8、GCK、GGA1、GON4L、HELQ、HPS1、IL17RC、INVS、IRF3、KLKB1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NLE1、NLRC5、NOM1、NPR1、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PLD2、PNPO、POLE、PON2、PYCR1、RAD52、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、SIK3、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A37、SLC27A5、SMPD1、SNRPB、SP140、STAMBP、SULF2、SYNJ2、TAZ、TDRD7、TFB1M、TM6SF1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMU、TTC19、TYMP、UMPS、WDR11、WIPI1、YY1AP1和ZC3H14。
26.根据权利要求24或25所述的组合物,其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的所述剪接使所述靶蛋白质在细胞中的所述表达增加。
27.根据权利要求25所述的组合物,其中所述前mRNA包含另路外显子,所述另路外显子包含另路3’剪接位点,所述另路3’剪接位点在典型外显子的3’剪接位点上游并且在所述典型外显子内。
28.根据权利要求25所述的组合物,其中所述前mRNA包含另路外显子,所述另路外显子包含另路3’剪接位点,所述另路3’剪接位点在所述典型外显子的所述3’剪接位点下游并且在内含子内。
29.根据权利要求1-28中的任一项所述的组合物,其中所述药剂是小分子。
30.根据权利要求1-28中的任一项所述的组合物,其中所述药剂是多肽。
31.根据权利要求30所述的组合物,其中所述多肽是核酸结合蛋白质。
32.根据权利要求31所述的组合物,其中所述核酸结合蛋白质包含TAL-效应物或锌指结合结构域。
33.根据权利要求31所述的组合物,其中所述核酸结合蛋白质是Cas家族蛋白质。
34.根据权利要求31所述的组合物,其中所述多肽与一种或多种核酸分子相伴或复合。
35.根据权利要求1-28中的任一项所述的组合物,其中所述药剂是与所述前mRNA的靶向区互补的反义寡聚体(ASO)。
36.根据权利要求35所述的组合物,其中所述药剂与编码所述靶蛋白质的所述前mRNA的所述靶向区至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%互补。
37.根据权利要求35或36所述的组合物,其中所述药剂包含骨架修饰,所述骨架修饰包含硫代磷酸酯键或二氨基磷酸酯键。
38.根据权利要求35-37中的任一项所述的组合物,其中所述药剂包含二氨基磷酸酯吗啉。
39.根据权利要求35-38中的任一项所述的组合物,其中所述药剂包含锁核酸。
40.根据权利要求35-39中的任一项所述的组合物,其中所述药剂包含肽核酸。
41.根据权利要求35-40中的任一项所述的组合物,其中所述药剂包含2'-O-甲基。
42.根据权利要求35-41中的任一项所述的组合物,其中所述药剂包含2'-氟或2'-O-甲氧基乙基部分。
43.根据权利要求35-42中的任一项所述的组合物,其中所述药剂包含至少一个修饰的糖部分。
44.根据权利要求43所述的组合物,其中每个糖部分都是修饰的糖部分。
45.根据权利要求1-28或35-44中的任一项所述的组合物,其中所述药剂是反义寡聚体,并且其中所述药剂由8至50个核碱基、8至40个核碱基、8至35个核碱基、8至30个核碱基、8至25个核碱基、8至20个核碱基、8至15个核碱基、9至50个核碱基、9至40个核碱基、9至35个核碱基、9至30个核碱基、9至25个核碱基、9至20个核碱基、9至15个核碱基、10至50个核碱基、10至40个核碱基、10至35个核碱基、10至30个核碱基、10至25个核碱基、10至20个核碱基、10至15个核碱基、11至50个核碱基、11至40个核碱基、11至35个核碱基、11至30个核碱基、11至25个核碱基、11至20个核碱基、11至15个核碱基、12至50个核碱基、12至40个核碱基、12至35个核碱基、12至30个核碱基、12至25个核碱基、12至20个核碱基或12至15个核碱基组成。
46.根据权利要求1-28或35-44中的任一项所述的组合物,其中。
47.一种组合物,包含核酸分子,所述核酸分子编码根据权利要求1-28或30-46中的任一项所述的组合物的所述药剂。
48.根据权利要求47所述的组合物,其中所述核酸分子被掺入病毒递送系统中。
49.根据权利要求48所述的组合物,其中所述病毒递送系统是腺病毒相关载体。
50.一种调节蛋白质表达的方法,包括:
(a)使无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与加工前的mRNA转录物内的靶基序接触,
其中所述NSAE包含:
(i)仅典型外显子的一部分,或者
(ii)典型外显子以及与所述典型外显子邻近的内含子的至少一部分;
(b)从所述加工前的mRNA转录物加工mRNA转录物,从而形成经加工的mRNA转录物,其中所述NSAE-调节药剂调节NSAE从所述经加工的mRNA转录物中排除并且调节所述典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中;和
(c)翻译所述经加工的mRNA转录物,其中相对于包含所述NSAE而不包含所述典型外显子的等效mRNA转录物的靶蛋白质表达,对所述NSAE的所述排除和对所述典型外显子的包含调节所述靶蛋白质表达。
51.根据权利要求50所述的方法,其中所述靶基序定位在介于两个典型外显子之间的内含子区中。
52.根据权利要求50所述的方法,其中所述靶基序定位在两个所述典型外显子之一中。
53.根据权利要求50所述的方法,其中所述靶基序定位在涵盖内含子和典型外显子二者的区域中。
54.根据权利要求50所述的方法,其中所述靶蛋白质选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
55.一种调节具有编码靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞对所述靶蛋白质的表达的方法,其中所述前mRNA包含:
包含另路3’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路3’剪接位点在典型外显子的3’剪接位点上游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述3’剪接位点下游并且在内含子内,
所述方法包括使无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与所述细胞接触,其中所述无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂通过调节所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的所述剪接调节所述靶蛋白质的所述表达。
56.根据权利要求55所述的方法,其中所述靶蛋白质选自ABCA5、ABCA7、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACTN4、ADAMTS13、AKR1E2、ALG3、ANKRD29、AP3M1、ASAP3、ATRX、BBS4、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CES2、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTH、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DMKN、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ETHE1、FANCA、FASTK、FPGS、GAS8、GCK、GGA1、GON4L、HELQ、HPS1、IL17RC、INVS、IRF3、KLKB1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NLE1、NLRC5、NOM1、NPR1、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PLD2、PNPO、POLE、PON2、PYCR1、RAD52、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、SIK3、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A37、SLC27A5、SMPD1、SNRPB、SP140、STAMBP、SULF2、SYNJ2、TAZ、TDRD7、TFB1M、TM6SF1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMU、TTC19、TYMP、UMPS、WDR11、WIPI1、YY1AP1和ZC3H14。
57.一种调节具有编码靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA)的细胞对所述靶蛋白质的表达的方法,其中所述前mRNA包含:
包含另路5’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路5’剪接位点在典型外显子的5’剪接位点下游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述5’剪接位点上游并且在内含子内,
所述方法包括使无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与所述细胞接触,其中所述无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂通过调节所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的所述剪接调节所述靶蛋白质的所述表达。
58.根据权利要求57所述的方法,其中所述靶蛋白质选自ABCC3、ABCC5、ABCC8、ACOX2、ACSF3、ADAM17、ADAMTS13、ALAD、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP5Z1、ARNTL、BBS2、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CD58、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、CTF1、CYP3A5、DHDDS、DNHD1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、FASTKD3、FREM1、GAS8、GGA3、GGT1、GLMN、GRB14、HDAC3、HP1BP3、HPS4、IDUA、IFT122、IMPDH1、KCTD3、KYAT1、MAP3K7、NBEAL2、NOP58、NPHP1、NUP188、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、RAD52、REXO1、RFX5、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIRT3、SKIV2L、SLC25A13、SLC2A13、SLC30A10、SLC30A9、SMTN、STXBP2、SYNGAP1、TBL2、TECPR2、TNK2、TOE1、TRMT2A、TRPV4、UROD、WDR62、WRAP53和XPO1。
59.根据权利要求55-58中的任一项所述的方法,其中所述无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与所述加工前的mRNA转录物的靶向部分结合。
60.根据权利要求55-59中的任一项所述的方法,其中所述无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂与参与所述NSAE或NMD外显子的剪接的因子结合。
61.根据权利要求55-60中的任一项所述的方法,其中所述无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂抑制参与所述NMD外显子的剪接的因子的活性。
62.根据权利要求55-61中的任一项所述的方法,其中所述无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂干扰参与所述NMD外显子的剪接的因子与所述加工前的mRNA转录物的所述靶向部分的区域的结合。
63.根据权利要求50-62中的任一项所述的方法,其中调节所述前mRNA的剪接使所述靶蛋白质的所述表达增加。
64.根据权利要求63所述的方法,其中与在对照细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,在所述细胞中所述靶蛋白质的水平增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
65.根据权利要求50-62中的任一项所述的方法,其中调节所述前mRNA的剪接使编码所述靶蛋白质的所述经加工的mRNA的产量增加。
66.根据权利要求65所述的方法,其中与在对照细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,在与治疗药剂接触的所述细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
67.根据权利要求50-66中的任一项所述的方法,其中所述靶蛋白质是所述蛋白质的典型同种型。
68.根据权利要求50-67中的任一项所述的方法,其中所述靶蛋白质是SynGAP1。
69.根据权利要求50-67中的任一项所述的方法,其中所述靶蛋白质是选自以下中的任一种:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
70.根据权利要求50-68中的任一项所述的方法,其中所述无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂是根据权利要求1-49中的任一项所述的组合物。
71.一种药物组合物,包含治疗药剂,所述治疗药剂包含根据权利要求1-49中的任一项所述的组合物;和药学上可接受的赋形剂和/或递送介质。
72.一种治疗或预防有需要的对象的疾病或病况的方法,所述方法包括:向有需要的对象施用根据权利要求71所述的药物组合物。
73.一种治疗或预防有需要的对象的疾病或病况的方法,所述方法包括:向所述对象施用药物组合物,所述药物组合物包含:
(a)无义介导的RNA衰变另路外显子(NSAE)调节药剂,其与加工前的mRNA转录物内的靶基序相互作用以调节NSAE从经加工的mRNA转录物中排除并且调节典型外显子包含在所述经加工的mRNA转录物中,
其中所述NSAE包含
(i)仅典型外显子的一部分,或者
(ii)典型外显子以及与所述典型外显子邻近的内含子的至少一部分;和
(b)药学上可接受的赋形剂和/或递送介质,
其中通过施用所述NSAE-调节药剂通过调节从所述经加工的mRNA转录物翻译的靶蛋白质的表达而在所述对象中治疗或预防所述疾病或病况。
74.根据权利要求73所述的方法,其中所述靶蛋白质选自ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14。
75.一种通过调节靶蛋白质在有需要的对象的细胞中的表达而治疗所述对象中的疾病或病况的方法,其中所述对象的所述细胞具有编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA),其中所述前mRNA包含:
(a)典型外显子,所述典型外显子后随在所述典型外显子的3’剪接位点侧翼的典型内含子;和
(b)包含另路3’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路3’剪接位点在所述典型外显子的所述3’剪接位点上游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述3’剪接位点下游并且在所述典型内含子内,
所述方法包括使治疗药剂与所述细胞接触,其中所述治疗药剂通过调节所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述3’另路剪接位点处的所述剪接调节所述靶蛋白质在所述对象的所述细胞中的所述表达。
76.根据权利要求75所述的方法,其中所述靶蛋白质选自ABCA5、ABCA7、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACTN4、ADAMTS13、AKR1E2、ALG3、ANKRD29、AP3M1、ASAP3、ATRX、BBS4、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CES2、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTH、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DMKN、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ETHE1、FANCA、FASTK、FPGS、GAS8、GCK、GGA1、GON4L、HELQ、HPS1、IL17RC、INVS、IRF3、KLKB1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NLE1、NLRC5、NOM1、NPR1、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PLD2、PNPO、POLE、PON2、PYCR1、RAD52、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、SIK3、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A37、SLC27A5、SMPD1、SNRPB、SP140、STAMBP、SULF2、SYNJ2、TAZ、TDRD7、TFB1M、TM6SF1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMU、TTC19、TYMP、UMPS、WDR11、WIPI1、YY1AP1和ZC3H14。
77.一种通过调节靶蛋白质在有需要的对象的细胞中的表达而治疗所述对象中的疾病或病况的方法,其中所述对象的所述细胞具有编码所述靶蛋白质的加工前的mRNA转录物(前mRNA),其中所述前mRNA包含:
(a)典型外显子,前有在所述典型外显子的5’剪接位点侧翼的典型内含子;和
(b)包含另路5’剪接位点的另路无义介导的RNA衰变诱导性(NMD)外显子,所述另路5’剪接位点在所述典型外显子的所述5’剪接位点下游并且在所述典型外显子内,或者在所述典型外显子的所述5’剪接位点上游并且在所述典型内含子内,
所述方法包括使治疗药剂与所述细胞接触,其中所述治疗药剂通过调节所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的剪接而调节从所述加工前的mRNA转录物对mRNA转录物的加工,并且其中所述前mRNA在所述5’另路剪接位点处的所述剪接调节所述靶蛋白质在所述对象的所述细胞中的所述表达。
78.根据权利要求77所述的方法,其中所述靶蛋白质选自ABCC3、ABCC5、ABCC8、ACOX2、ACSF3、ADAM17、ADAMTS13、ALAD、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP5Z1、ARNTL、BBS2、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CD58、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、CTF1、CYP3A5、DHDDS、DNHD1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、FASTKD3、FREM1、GAS8、GGA3、GGT1、GLMN、GRB14、HDAC3、HP1BP3、HPS4、IDUA、IFT122、IMPDH1、KCTD3、KYAT1、MAP3K7、NBEAL2、NOP58、NPHP1、NUP188、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、RAD52、REXO1、RFX5、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIRT3、SKIV2L、SLC25A13、SLC2A13、SLC30A10、SLC30A9、SMTN、STXBP2、SYNGAP1、TBL2、TECPR2、TNK2、TOE1、TRMT2A、TRPV4、UROD、WDR62、WRAP53和XPO1。
79.根据权利要求72-78中的任一项所述的方法,其中所述疾病是常染色体显性精神发育迟滞、癫痫性脑病或孤独症。
80.根据权利要求72-79中的任一项所述的方法,其中所述疾病或所述病症是因所述靶蛋白质的量或活性不足所致。
81.根据权利要求72-80中的任一项所述的方法,其中所述治疗药剂使所述细胞中编码所述靶蛋白质的所述经加工的mRNA的水平增加。
82.根据权利要求72-81中的任一项所述的方法,其中所述治疗药剂使所述靶蛋白质在所述细胞中的所述表达增加。
83.根据权利要求72-82中的任一项所述的方法,其中与在对照细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,在与所述治疗药剂接触的所述细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
84.根据权利要求72-83中的任一项所述的方法,其中与在对照细胞中编码所述靶蛋白质的经加工的mRNA的水平相比,所述细胞中所述靶蛋白质的水平增加到约1.1至约10倍、约1.5至约10倍、约2至约10倍、约3至约10倍、约4至约10倍、约1.1至约5倍、约1.1至约6倍、约1.1至约7倍、约1.1至约8倍、约1.1至约9倍、约2至约5倍、约2至约6倍、约2至约7倍、约2至约8倍、约2至约9倍、约3至约6倍、约3至约7倍、约3至约8倍、约3至约9倍、约4至约7倍、约4至约8倍、约4至约9倍、至少约1.1倍、至少约1.5倍、至少约2倍、至少约2.5倍、至少约3倍、至少约3.5倍、至少约4倍、至少约5倍或至少约10倍。
85.根据权利要求72-84中的任一项所述的方法,其中所述方法还包括评估mRNA水平或所述靶蛋白质的表达水平。
86.根据权利要求72-85中的任一项所述的方法,其中所述方法还包括评估所述对象的基因组的与所述疾病相关的至少一个基因突变。
87.根据权利要求86所述的方法,其中至少一个基因突变在与所述疾病相关的基因座内。
88.根据权利要求86所述的方法,其中至少一个基因突变在与所述疾病相关的基因的表达相关的基因座内。
89.根据权利要求86所述的方法,其中至少一个基因突变在SYNGAP1基因座内。
90.根据权利要求86所述的方法,其中至少一个基因突变在与SYNGAP1基因表达相关的基因座内。
91.根据权利要求86所述的方法,其中至少一个基因突变在靶基因座内,其中所述靶基因座是选自以下中的任一个:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14基因座。
92.根据权利要求86所述的方法,其中至少一个基因突变在与靶基因表达相关的基因座内,其中所述靶基因是选自以下中的任一个:ABCA5、ABCA7、ABCC3、ABCC5、ABCC8、ABCD1、ABR、ACAD9、ACAP1、ACOX2、ACSF3、ACTN4、ADAM17、ADAMTS13、AKR1E2、ALAD、ALG3、ANKRD29、ANKS3、ANO4、AP3B2、AP3M1、AP5Z1、ARNTL、ASAP3、ATRX、BBS2、BBS4、BRD9、CALM3、CARS1、CASP9、CATSPER1、CCDC40、CCDC88B、CD4、CD58、CES2、CHFR、CLCN2、CNOT3、CNTROB、COL5A3、CPSF1、CSPP1、CTF1、CTH、CYP3A5、DAB2IP、DBN1、DDX51、DEAF1、DGKE、DHDDS、DMKN、DNHD1、DOCK8、DOK5、EIF2B5、ELAC2、ELP1、ENTPD4、ESRRA、ESS2、ETAA1、ETHE1、FANCA、FASTK、FASTKD3、FPGS、FREM1、GAS8、GCK、GGA1、GGA3、GGT1、GLMN、GON4L、GRB14、HDAC3、HELQ、HP1BP3、HPS1、HPS4、IDUA、IFT122、IL17RC、IMPDH1、INVS、IRF3、KCTD3、KLKB1、KYAT1、LAMC3、LDAH、LIMS2、MALT1、MAP3K7、MAPK13、MCAT、MCEE、MPI、MSTO1、NBEAL2、NLE1、NLRC5、NOM1、NOP58、NPHP1、NPR1、NUP188、OSGEP、PABPC4、PCOLCE、PHKA2、PIDD1、PKD1、PLA2G6、PLD2、PLEKHG5、PNPO、POLE、PON2、PRMT7、PRODH、PRPF3、PRPF4、PYCR1、RAD52、REXO1、RFX5、RHBDF2、RMND1、ROBO3、RPGRIP1、RTTN、RUFY3、SEMA3B、SEMA3F、SH2D3A、SIK3、SIRT3、SKIV2L、SLC2A13、SLC12A7、SLC22A3、SLC25A13、SLC25A37、SLC27A5、SLC30A9、SLC30A10、SMPD1、SMTN、SNRPB、SP140、STAMBP、STXBP2、SULF2、SYNGAP1、SYNJ2、TAZ、TBL2、TDRD7、TECPR2、TFB1M、TM6SF1、TNK2、TOE1、TOR1B、TRAPPC6B、TRIP4、TRMT2A、TRMU、TRPV4、TTC19、TYMP、UMPS、UROD、WDR11、WDR62、WIPI1、WRAP53、XPO1、YY1AP1和ZC3H14基因。
93.根据权利要求72-92中的任一项所述的方法,其中所述对象是人类。
94.根据权利要求72-92中的任一项所述的方法,其中所述对象是非人类动物。
95.根据权利要求72-93中的任一项所述的方法,其中所述对象是胎儿、胚胎或儿童。
96.根据权利要求72-95中的任一项所述的方法,其中一个或多个所述细胞是离体的,或在离体的组织或器官中。
97.根据权利要求72-96中的任一项所述的方法,其中所述治疗药剂通过脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、鞘内注射、皮下注射、经口施用、滑膜注射、玻璃体内施用、视网膜下注射、局部敷用、植入或静脉内注射而向所述对象施用。
98.一种用于根据权利要求72-97中的任一项所述的方法中的治疗药剂。
99.一种药物组合物,包含根据权利要求98所述的治疗药剂和药学上可接受的赋形剂。
100.一种治疗有需要的对象的方法,包括通过脑室内注射、腹膜内注射、肌肉内注射、鞘内注射、皮下注射、经口施用、滑膜注射、玻璃体内施用、视网膜下注射、局部敷用、植入或静脉内注射而向所述对象施用根据权利要求99所述的药物组合物。
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