JP2019216725A - Fgfr融合体 - Google Patents
Fgfr融合体 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2019216725A JP2019216725A JP2019138854A JP2019138854A JP2019216725A JP 2019216725 A JP2019216725 A JP 2019216725A JP 2019138854 A JP2019138854 A JP 2019138854A JP 2019138854 A JP2019138854 A JP 2019138854A JP 2019216725 A JP2019216725 A JP 2019216725A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- polypeptide
- fgfr2
- fusion
- vcl
- ccdc147
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/71—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants for growth factors; for growth regulators
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/33—Heterocyclic compounds
- A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
- A61K31/41—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having five-membered rings with two or more ring hetero atoms, at least one of which being nitrogen, e.g. tetrazole
- A61K31/4164—1,3-Diazoles
- A61K31/4184—1,3-Diazoles condensed with carbocyclic rings, e.g. benzimidazoles
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
- A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K39/395—Antibodies; Immunoglobulins; Immune serum, e.g. antilymphocytic serum
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
- C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/2863—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against receptors for growth factors, growth regulators
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/40—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against enzymes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
- C12N15/1138—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against receptors or cell surface proteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/62—DNA sequences coding for fusion proteins
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
- C12Y207/10—Protein-tyrosine kinases (2.7.10)
- C12Y207/10001—Receptor protein-tyrosine kinase (2.7.10.1)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5011—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing antineoplastic activity
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
- G01N33/57492—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving compounds localized on the membrane of tumor or cancer cells
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/32—Fusion polypeptide fusions with soluble part of a cell surface receptor, "decoy receptors"
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/11—Antisense
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
- C12N2310/141—MicroRNAs, miRNAs
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2503/00—Use of cells in diagnostics
- C12N2503/02—Drug screening
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- G01N2333/71—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants for growth factors; for growth regulators
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/91—Transferases (2.)
- G01N2333/912—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
- G01N2500/10—Screening for compounds of potential therapeutic value involving cells
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Oncology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
Abstract
Description
本願では、全てのゲノム配列又は配列のアノテーションのために用いた引用文献は、the Genome Reference Consortium Human Build 37(GRCh37)及びEnsembl v42 assembly(Flicek,P.(2014年)Nucleic Acids. Res.42:D749−55、データベース版)である。
又はヒトを含む動物の細胞を培養し、こうした細胞が上記ポリペプチドを分泌することができるならば、その後、ろ過又は遠心分離により細胞及び細胞残屑を除去した培養培地を採集することによって製造することができる。次いで、融合ポリペプチドは、溶解度に基づく方法(例えば、塩析及び溶媒沈殿)、分子サイズに基づく方法(例えば、透析、限外ろ過、ゲルろ過並びにネイティブ及びSDS−PAGE)、電荷に基づいた方法(例えば、イオン交換クロマトグラフィー及びヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー)、親和性に基づく方法(例えば、親和性クロマトグラフィー)、疎水性を利用する方法(例えば、逆相高速液体クロマトグラフィー)並びにポリペプチド間の等電性差に基づく方法(例えば、等電点電気泳動)などの従来の方法によって精製することができる。
(1)全RNAの抽出
Rocheの高純度FFPET RNA単離キット(High Pure FFPET RNA Isolation Kit)(製品番号06650775001)をメーカーの取扱説明書に従って用い、ヒト胆管癌の生検材料から得られたホルマリン固定パラフィン包埋組織からの厚さ10μmの2枚のマクロ切断切片から全RNAを抽出した。その手順には、SDSを補充したRoche自社開発のRNA組織溶解緩衝液を用いる脱パラフィン化組織の溶解及びプロテインキナーゼKとのインキュベーションが含まれた。カオトロピック塩の存在下に、上記RNAをハイピュアフィルターチューブ(High Pure Filter Tube)のガラス繊維に特異的に結合させた。結合RNAは、DNアーゼと共にインキュベーションし、一連の迅速な洗浄・脱水工程で精製した後、水に溶出させた。RNA濃度は、ナノドロップ(NanoDrop)分光光度計(Thermo Fischer Scientific、Wyman Street 81、Waltham、マサチューセッツ州02454、米国)を用いて吸光度により測定した。
ArcherDx(現Enzymatics Inc.、Beverly、マサチューセッツ州)により作製されたIllumina(登録商標)のFGFR融合検出(FGFR Fusion Detection)キットを用い、500ngの投入RNAから始めてDNAライブラリを調製した。この検出キットは、ALK−、RET−及びROS1−特異的プライマーをヒトFGFR1、FGFR2及びFGFR3に特異的なプライマーと交換する以外は、Enzymatics Inc.により市販されているIllumina(登録商標)プラットフォームのArcher(商標)ALK、RET、ROS1融合検出v1(製品番号AK0001−8)と同様である。このArcherDX融合検出キットは、Illumina(登録商標)MiSeq装置(Illumina、5200 Illumina Way 、サンディエゴ、カリフォルニア州92122、米国)によるターゲットシーケンシングのためのライブラリを作成するためにアンカード・マルチプレックスPCR(AMP:anchored multiplex PCR)(商標)及び温度安定性試薬を用いる。ライブラリは、メーカーの取扱説明書に従って調製した。
配列リードはカットアダプト(cutadapt)を用いて3’末端でアダプター配列を除去した(Martin,M.(2011年)EMBnet.journal 17:10−12)。次いで、長さが20ヌクレオチドを超えるリード配列を、ボウタイ(bowtie)(Langmead,B.ほか(2009年)Genome Biology 10:R25)及びトップハット(tophat)(Trapnell,C.ほか、Bioinformatics 25:1105−11)を用いてヒトゲノム配列(ゲノム・リファレンス・コンソーシアム・ヒトゲノム・ビルド37(GRCh37:Genome Reference Consortium Human Build 37))上にマッピングした。2箇所を上回る領域に位置するリードは捨て、残りをEnsembl遺伝子(Flicek,.ほか(2014年)Nucleic Acids Res.42:D749−55、データベース版)にアノテーションした。
RNA試料(各700ng)(実施例1のセクション(1)に記載した2つの腫瘍生検材料から調製)を65℃で5分間変性させた後、ロシュ・トランスクリプター第一鎖cDNA合成キット(Roche Transcriptor First Strand cDNA synthesis kit)(製品番号04 896 866 001;Roche Diagnostics AG、Rotkreuz、スイス)を用い、最終容量を20μLとしてランダム6量体プライマーにより逆転写させた。逆転写は以下のサイクリング条件で実施した:25℃10分間、55℃30分間及び85℃5分間。
(1)生検試料及びRNA調製
先ず、当該分野でよく知られている方法を用いて、ホルマリン固定パラフィン包埋した固形腫瘍の臨床標本から10ミクロンスライドを調製する。ヘマトキシリン及びエオシン染色後、組織の腫瘍部分をマクロ切断し、高純度FFPE RNA単離キット(Roche、カタログ番号#06 650 775 001)をメーカーの取扱説明書に従って用いて全RNA抽出に付す。RNA量は、ナノドロップ分光光度計(Thermo Fischer Scientific、81 Wyman Street、、ウォルサム、マサチューセッツ州02454、米国)を用いて評価する。
ArcherDX NGSライブラリ調製キット(Enzymatics、Suite 407J、100 Cummings Center、Beverly、マサチューセッツ州01910、米国)をメーカーの取扱説明書に従って用いて500ngの全RNAから100〜300bp配列からなるFGFR2を標的とするcDNAライブラリを調製する。基本的には、野生型FGFR2に特異的なプライマーを用いて対応する配列を含むRNA配列を選択する。こうしたライブラリは、Illumina(登録商標)MiSeq装置(Illumina、5200 Illumina Way、サンディエゴ、カリフォルニア州92122、米国)をメーカーの取扱説明書に従って用いて50〜150bpのペアエンドシーケンシングに供する。
得られたリードをFGFR2転写物の既知の部分配列(そのチロシンキナーゼドメインの3’末端で始まり、転写物の3’末端で終わる)とアラインメントさせる。そのような部分配列は、配列番号64〜67及び72で示される。BLASTなどの配列アラインメントソフトウェアを用いることができる。アラインメント長さは、18に等しいかそれ以上とする必要がある。得られるアラインメントが相補鎖に対するものである場合は、そのリードの相補配列は、最初のリードではなく更なる解析について考慮する必要がある。
(1)融合ポリペプチドを安定的に発現する細胞プールの確立
pExoIN2をベースとした発現プラスミドExoIN2−FGFR2_CCDC147及びpExoIN2−FGFR2_VCLを用いて、それぞれ、FGFR2_CCDC147融合体又はFGFR2−VCL融合体を安定的に発現する安定Rat2細胞プールを作製した。pExoIN2はTrenzyme(ドイツ)から入手した。後者の発現プラスミドは電気穿孔法(LONZAヌクレオフェクタ−IIデバイス(LONZA Nucleofector II Device)/プログラム[X−005]、溶液R)によってRat2細胞に導入した。形質導入後24時間に、安定な発現細胞プールを得るために1.5μg/mLのピューロマイシンを細胞に作用させた。本実施例に用いたFGFR2−CCDC147配列は、FGFR2部分の配列番号16(核酸番号1〜2574)及びCCDC147部分の配列番号20(核酸番号156〜核酸番号3313)で構成された。使用したFGFR2−VCL配列は、FGFR2部分の配列番号16(核酸番号1〜2574)及びVCL部分の配列番号18(核酸番号2117〜核酸番号5482)で構成された。
単一細胞懸濁液をアキュターゼ(Accutase)(GE Healthcare Europe GmbH)を用いて調製し、選択用抗生物質を含まない0.4%軟寒天上層中6ウェル皿に適切な細胞数を播種する(播種密度(ウェル当たり細胞数):10,000、3,000、1,000、300、100及び30)。コロニー形成のために、皿を5%CO2環境中、37℃でインキュベーションした。21日間のインキュベーション後、10%(v/v)酢酸及び10%(v/v)メタノールの水溶液を用いて固定し、クリスタルバイオレット(0.01%(w/v)水溶液)で染色した。コロニー形成率は、軟寒天中21日間のインキュベーション後に認められたコロニー数と播種細胞数との間の比率として求めた。コロニー形成率の結果は図2に示した。
(1)FACSを用いた細胞増殖アッセイ
播種(25000個の細胞/ウェル)後24時間に、実施例4によって得られたRat2細胞(親細胞又はFGFR2−VCLもしくはFGFR2−CCDC147融合ポリペプチドを発現する細胞)FGFR阻害剤を添加し、これらの培養物をこうした阻害剤の存在下にさらに72時間インキュベーションした。インキュベーション期間の最後に、FACSによって細胞をカウントした。IC50値は、S字形反応(勾配変化のある法面)曲線適合を用いるグラフパッドプリズム(Graphpad Prism)6で算出した。阻害剤には選択的FGFR阻害剤化合物A、BGJ398及びAZD4547並びに多標的キナーゼ阻害剤ポナチニブを使用した。
実施例4によって得られたRat2細胞(親細胞又はFGFR2−VCLもしくはFGFR2−CCDC147融合ポリペプチド発現細胞)をこのアッセイに用いた。96ウェルプレートに細胞を播種し、FGFR阻害剤の添加前に24時間培養した(上記セクション(1)と同じ)。さらに72時間培養した後、発光プレートリーダーを用いた細胞内ATP含量の測定(Cell Titer Glo;Promega)によって細胞増殖を分析した。Rat2親細胞、FGFR2−VCL発現細胞及びFGFR2−CCDC147発現細胞では化合物Aについて、それぞれ、3000nM超、0.53nM及び73.4nMの相対的IC50が得られた。用量反応曲線及びIC50のまとめを図5に示した。
Rat2細胞(実施例4によって得られた親細胞又はFGFR2−VCLもしくはFGFR2−CCDC147融合ポリペプチド発現細胞)の生体外発癌性について、5〜6週齢の雌性NMRIヌードマウスの皮下腫瘍モデルにおいて生体内評価を行った。この研究は、各群5匹の動物を含む6つの実験群で構成された。5×106及び1×106個のRat2親細胞(群1及び2)、Rat2−FGFR2−CCDC147細胞(群3及び4)並びにRat2−FGFR2−VCL細胞(群5及び6)をそれぞれ、0日目に皮下移植した。全ての群の動物体重は、この研究過程で連続的に増加した。原発腫瘍の容積は、キャリパ測定によって週に2回測定した。腫瘍容積は、式W2×L/2(L=長さ及びW=腫瘍の垂直幅、L>W)に従って算出した。結果は図6に示した(データは平均±SEMで示されている)。
(1)FGFR2−CCDC147融合体
0日目に、5×106個のFGFR2−CCDC147発現Rat2細胞のPBS(100μl)溶液を5〜6週齢雌性NMRIヌードマウス(1群6匹)の左脇腹に皮下移植した。確立された腫瘍(D25、平均腫瘍容積=135mm3)を有するマウスに、化合物A(30又は60mg/kg)を1日1回連続14日間経口投与した。原発腫瘍のサイズはキャリパリングによって週2回測定した。動物は治療の最終日に屠殺し、剖検時に腫瘍重量を測定した。
0日目に、1×106個のFGFR2−VCL発現Rat2細胞のPBS(100μl)溶液を5〜6週齢雌性NMRIヌードマウス(1群6匹)の左脇腹に皮下移植した。確立された腫瘍(D15、平均腫瘍容積=188mm3)を有するマウスに、化合物A(30又は60mg/kg)を1日1回連続14日間経口投与した。原発腫瘍のサイズはキャリパリングによって週2回測定した。動物は治療の最終日に屠殺し、剖検時に腫瘍重量を測定した。
本実施例では、以下の配列を用いた:FGFR2−CCDC147融合遺伝子は、FGFR2部分では配列番号16(核酸番号1〜2574)及びCCDC147部分では配列番号20(核酸番号156〜核酸番号3313)で構成され、FGFR2−VCL融合遺伝子は、FGFR2部分では配列番号16(核酸番号1〜2574)及びVCL部分では配列番号18(核酸番号2117〜核酸番号5482)で構成された。
HEK293T細胞を、C末端二重myc−tag伸長を追加したFGFR2−VCL又はFGFR2−CCDC147融合遺伝子を含む発現プラスミドで一過性に形質移入した。陰性対照として、HEK293T細胞を擬似的に形質移入した。細胞を0.1% DMSO、1E−0.5Mバルガテフ又は1E−0.5M化合物Aで90分間処理した。処理後、これら融合ポリペプチドの発現及び自己リン酸化をウエスタンブロット法により分析した。myctag融合ポリペプチド(myc tagged fusion polypeptide)の発現は抗myc抗体9E10(α−myc)を用いて測定し、リン酸化分析は抗リン酸化チロシン抗体pY99(α−pY)を用いて行った。結果は図9に示した。FGFR2−VCL及びFGFR2−CCDC147発現細胞はいずれも、リガンド非依存性の高レベルのFGFRリン酸化を示している。この自己リン酸化は、FGFR選択的阻害剤化合物A又は選択性のより低い阻害剤バルガテフを作用させると、FGFR2−VCL発現細胞では実質的に低下し、FGFR2−CCDC147発現細胞では幾分よりわずかに低下するようである。
擬似的に形質移入した(対照)、又は発現可能なFGFR2−VCLもしくはFGFR2−CCDC147融合遺伝子で一過性に形質移入したHEK293T細胞を0.1%DMSO、1E−0.5Mバルガテフ又は1E−0.5M化合物Aで90分間処理した。処理後、これらのFGFR2融合ポリペプチドの自己リン酸化をサンドイッチホスホチロシンELISAを用いて分析した。各条件で2回ずつ実施した。各条件での光学密度(OD:optical density)値を図10に示した。
実施例1(1)と同様に、ヒト胆管癌のFFPE試料から全RNAを抽出した。試料当たり500ngの全RNAを用い、エヌカウンター遺伝子発現アッセイ(nCounter Gene Expression Assay)プロトコルをメーカー(www.nanostring.com)の取扱説明書に従って使用して分析した。このエヌカウンターアッセイは、各遺伝子の発現量がcDNAの合成及び増幅を必要とせずに、カウントにより相対的に測定できるように、溶液中の標的分子に直接ハイブリダイズする標的特異的な色分けされたプローブを用いた、対象とするmRNA分子の直接的デジタル検出に基づくものである。各プローブは、バーコードを有する50塩基のレポータプローブ部分、及び過剰のプローブを洗い流した後のデータ収集(カウント)用ストレプトアビジン被覆エヌカウンターカートリッジへの標的/プローブ複合体の固定化を可能にするビオチン分子を有する50塩基の捕捉プローブ部分によって構成される。
(1)生検試料及びDNA調製
ヒト胆管癌の生検材料から得られたホルマリン固定パラフィン包埋組織からの厚さ10μmのマクロ切断切片から全DNAを抽出した。DNA抽出はFFPE DNA単離キット(FFPE DNA Isolation Kit)を用いて実施した。
融合体は、Duncavageほか(Duncavageほか、Mod Pathol.2012年6月号;25(6):795−804)によって報告された、VCL及びCCDC147遺伝子用捕捉プローブを用いた捕捉強化DNA配列決定法(capture−enriched DNA sequencing)によって検出する。ゲノムDNAの(長さ約250〜500bpの断片への)断片化の後、断片化DNAを末端修復し、メーカーのプロトコル(Illumina、サンディエゴ、カリフォルニア州、米国)に従ってアダプターに結合させる。次いで、配列決定ライブラリをメーカーの取扱説明書(Agencourt Bioscience、Beverly、マサチューセッツ州、米国)に従って捕捉プローブとハイブリダイズさせる。次に、上記強化DNAを、上記アダプターを標的とするユニバーサルプライマーを用いて増幅する。次に、DNAを、Illumina(登録商標)MiSeq装置(Illumina、5200 Illumina Way、サンディエゴ、カリフォルニア州92122、米国)をメーカーの取扱説明書に従って用いて50〜150bpのペアエンドシーケンシングに供する。
FGFR2−VCL及びFGFR2−CCDC147融合遺伝子の検出を実施例3(3)と同様に実施する。
Claims (32)
- FGFR2ポリペプチド及びCCDC147ポリペプチド又はVCLポリペプチドを含む融合ポリペプチドをコードするcDNAであって、前記FGFR2ポリペプチドは、野生型FGFR2ポリペプチドの全体もしくは一部、又は前記野生型ポリペプチドに対して1つ以上のアミノ酸置換、欠失もしくは挿入を有する突然変異型FGFR2ポリペプチドの全体もしくは一部であり、前記CCDC147ポリペプチドは、野生型CCDC147ポリペプチドの全体もしくは一部、又は前記野生型ポリペプチドに対して1つ以上のアミノ酸置換、欠失もしくは挿入を有する突然変異型CCDC147ポリペプチドの全体もしくは一部であり、前記VCLポリペプチドは、野生型VCLポリペプチドの全体もしくは一部、又は前記野生型ポリペプチドに対して1つ以上のアミノ酸置換、欠失もしくは挿入を有する突然変異型VCLポリペプチドの全体もしくは一部である、cDNA。
- FGFR2ポリペプチド及びCCDC147ポリペプチド又はVCLポリペプチドを含む融合ポリペプチドをコードするcDNAであって、野生型FGFR2ポリペプチド又は1つ以上のコドンの置換、欠失もしくは挿入によってそれから誘導される突然変異型ポリヌクレオチドの全体もしくは一部をコードする第一のポリヌクレオチドと、野生型CCDC147ポリペプチド又はVCLポリペプチド又は1つ以上のコドンの置換、欠失もしくは挿入によってそれから誘導される突然変異型ポリヌクレオチドの全体もしくは一部をコードする第二のポリヌクレオチドとを合わせ持つ、cDNA。
- 前記FGFR2ポリペプチドは完全なチロシンキナーゼドメインを含む、請求項1又は2に記載のcDNA。
- 前記第一のポリヌクレオチドはFGFR2エクソン1〜16及びFGFR2エクソン17の一部もしくは全部を含み、前記第二のポリヌクレオチドは、FGFR2−CCDC147融合体の場合、CCDC147エクソン1を欠き、又はFGFR2−VCL融合体の場合、VCLエクソン1〜14を欠く、請求項2に記載のcDNA。
- 前記cDNAは、ヒト胆管癌から単離された遺伝子転写物に由来する、請求項1〜4のいずれか一項に記載のcDNA。
- 請求項1〜5のいずれか一項に記載のcDNAを有するベクター。
- 前記ベクターは発現ベクターである、請求項6に記載のベクター。
- 請求項6又は請求項7に記載のベクターを形質導入した原核又は真核細胞。
- 前記細胞は大腸菌(E.Coli)細胞である、請求項8に記載の細胞。
- 前記細胞は哺乳動物細胞である、請求項8に記載の細胞。
- 配列番号1のポリヌクレオチド配列。
- 配列番号2のポリヌクレオチド配列。
- FGFR2ポリペプチド及びCCDC147ポリペプチド又はVCLポリペプチドを含む融合ポリペプチドであって、前記FGFR2ポリペプチドは、野生型FGFR2ポリペプチドの全体もしくは一部、又は前記野生型ポリペプチドにおいて1つ以上のアミノ酸置換、欠失もしくは挿入を有する突然変異型FGFR2ポリペプチドの全体もしくは一部であり、前記CCDC147ポリペプチドは、野生型CCDC147ポリペプチドの全体もしくは一部、又は前記野生型ポリペプチドにおいて1つ以上のアミノ酸置換、欠失もしくは挿入を有する突然変異型CCDC147ポリペプチドの全体もしくは一部であり、前記VCLポリペプチドは、野生型VCLポリペプチドの全体もしくは一部、又は前記野生型ポリペプチドにおいて1つ以上のアミノ酸置換、欠失もしくは挿入を有する突然変異型VCLポリペプチドの一部であり、前記融合ポリペプチドは、組換えポリペプチドであり、又は生体外でもしくは異種移植体として増殖された癌細胞から単離され、又はヒト胆管癌から単離される、融合ポリペプチド。
- 請求項1に記載の融合ポリペプチドに結合する抗体又は抗原結合断片。
- 請求項1〜5のいずれか一項に記載のcDNAに特異的にハイブリダイズし、前記cDNA又はその一部の複製を誘導することができるセンス及びアンチセンスプライマーからなるプライマー対。
- 請求項1〜5のいずれか一項に記載のcDNA又は請求項1に記載の融合ポリペプチドの遺伝子又はこの遺伝子の転写物に特異的にハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドプローブ。
- 生体細胞において請求項1に記載の融合ポリペプチドをコードするメッセンジャーRNAにハイブリダイズすることができるアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、前記ハイブリダイズは前記メッセンジャーRNAの翻訳を阻止又は低下させる効果を有する、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
- 請求項1に記載の融合ポリペプチドをコードするメッセンジャーRNAに対するsiRNA。
- 請求項1に記載の融合ポリペプチドを検出するためのキットであって、前記融合ポリペプチドに結合することができる1種以上の抗体又は抗原結合断片を含む、キット。
- 請求項1に記載の融合ポリペプチドをコードする遺伝子又は遺伝子の転写物を検出するためのキットであって、請求項15に記載のプライマー対又は請求項16に記載のオリゴヌクレオチドプローブを含む、キット。
- 癌に罹患している対象における治療計画に用いるためのFGFRキナーゼ活性の阻害剤であって、前記対象は請求項1に記載の融合ポリペプチドをコードする遺伝子を含有もしくは発現し、又は請求項1に記載の融合ポリペプチドを発現する、FGFRキナーゼ活性の阻害剤。
- 前記FGFRキナーゼ活性の阻害剤は5−アミノ−1−(2−メチル−1H−ベンズイミダゾール−5−イル)−1H−ピラゾール−4−イル]−(1H−インドール−2−イル)−メタノン、PD173074、パゾパニブ、AZD4547、ポナチニブ、ドビチニブ、BGJ398、E−3810、JNJ−42756493、ARQ 087、LY2874455、BAY1163877、ASP5878、E7090、ODM−203、ニンテダニブ、TAS−120、PRN 1109及びPRN 1371からなる群から選ばれる、請求項21に記載の阻害剤。
- 前記FGFRキナーゼ活性の阻害剤は5−アミノ−1−(2−メチル−1H−ベンズイミダゾール−5−イル)−1H−ピラゾール−4−イル]−(1H−インドール−2−イル)−メタノンである、請求項21に記載の阻害剤。
- 個別的癌治療の方法であって、請求項1に記載の融合ポリペプチドの遺伝子を含有もしくは発現している又は請求項1に記載の融合ポリペプチドを発現している対象に対して、(1)FGFRキナーゼ活性の阻害剤、(2)請求項14に記載の抗体もしくは抗原結合断片、(3)請求項17に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド又は(4)請求項18に記載のsiRNAを含む医薬組成物の投与を含む治療計画を施す工程を含む、方法。
- 個別的癌治療の方法であって、
(a)癌に罹患している対象から癌細胞又は腫瘍循環DNAを含む生検又は流体試料を採取する工程、
(b)前記生検又は流体試料中の細胞が請求項1に記載の融合ポリペプチドをコードする遺伝子を含有もしくは発現し、又は請求項1に記載の融合ポリペプチドを発現しているかどうかを判定する工程、
(c)工程dの治療のために、前記融合ポリペプチドの遺伝子を含有もしくは発現し、又は前記融合ポリペプチドを発現している前記対象を選ぶ工程、及び
(d)前記選ばれた対象に対して、(1)FGFRキナーゼ活性の阻害剤、(2)請求項14に記載の抗体もしくは抗原結合断片、(3)請求項17に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド又は(4)請求項18に記載のsiRNAを含む医薬組成物の投与を含む治療計画を施す工程
を含む、方法。 - 前記FGFRキナーゼ活性の阻害剤は5−アミノ−1−(2−メチル−1H−ベンズイミダゾール−5−イル)−1H−ピラゾール−4−イル]−(1H−インドール−2−イル)−メタノン、PD173074、パゾパニブ、AZD4547、ポナチニブ、ドビチニブ、BGJ398、E−3810、JNJ−42756493、ARQ 087、LY2874455、BAY1163877、ASP5878、E7090、ODM−203、ニンテダニブ、TAS−120、PRN 1109及びPRN 1371からなる群から選ばれる、請求項24又は25に記載の方法。
- 前記FGFRキナーゼ活性の阻害剤は5−アミノ−1−(2−メチル−1H−ベンズイミダゾール−5−イル)−1H−ピラゾール−4−イル]−(1H−インドール−2−イル)−メタノンである、請求項24又は25に記載の方法。
- 癌に罹患しているヒト対象において腫瘍を特徴付ける方法であって、前記対象からの癌細胞又は腫瘍循環DNAを含む生検又は流体試料のタンパク質又は核酸をアッセイして、請求項1に記載の融合ポリペプチドをコードする遺伝子又は発現された請求項1に記載の融合ポリペプチドの有無を確認する工程を含む方法。
- 前記癌は胆管癌である請求項28に記載の方法。
- FGFR阻害活性を有する化合物を同定するための方法であって、
(a)請求項1に記載の融合ポリペプチドを発現し、成長が試験化合物の存在下又は非存在下においてこの発現に依存している細胞を培養し、細胞増殖のレベルを測定する工程、
(b)前記試験化合物の存在下及び非存在下における前記培養細胞の増殖レベルを比較する工程、並びに
(c)前記試験化合物の存在下において培養された前記細胞の増殖レベルが前記試験化合物の非存在下において培養された前記細胞の増殖レベルよりも低い場合に、前記試験化合物はFGFR阻害活性を有すると判断する工程
を含む、方法。 - 前記細胞は癌細胞である、請求項30に記載の方法。
- 前記癌細胞は胆管癌細胞である、請求項30に記載の方法。
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
IB2014000467 | 2014-03-31 | ||
IBPCT/IB2014/000467 | 2014-03-31 | ||
IB2015000288 | 2015-03-06 | ||
IBPCT/IB2015/000288 | 2015-03-06 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016559866A Division JP2017516463A (ja) | 2014-03-31 | 2015-03-31 | Fgfr融合体 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2019216725A true JP2019216725A (ja) | 2019-12-26 |
Family
ID=53177696
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016559866A Pending JP2017516463A (ja) | 2014-03-31 | 2015-03-31 | Fgfr融合体 |
JP2019138854A Pending JP2019216725A (ja) | 2014-03-31 | 2019-07-29 | Fgfr融合体 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016559866A Pending JP2017516463A (ja) | 2014-03-31 | 2015-03-31 | Fgfr融合体 |
Country Status (12)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10703798B2 (ja) |
EP (2) | EP3572093A1 (ja) |
JP (2) | JP2017516463A (ja) |
KR (1) | KR20160138494A (ja) |
CN (1) | CN106459993A (ja) |
BR (1) | BR112016022620A2 (ja) |
CA (1) | CA2943405A1 (ja) |
DK (1) | DK3125936T3 (ja) |
IL (1) | IL247860A0 (ja) |
RU (1) | RU2016137179A (ja) |
SG (2) | SG10201808565QA (ja) |
WO (1) | WO2015150900A2 (ja) |
Families Citing this family (15)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN107501413A (zh) | 2012-09-27 | 2017-12-22 | 中外制药株式会社 | Fgfr3融合基因和以其作为标靶的药物 |
MX2018004892A (es) | 2015-10-23 | 2018-12-10 | Array Biopharma Inc | Compuestos de 2-piridazin-3(2h)-ona 2-aril sustituidas y 2-heteroaril sustituidas como inhibidores de las tirosina quinasas fgfr. |
KR20180085814A (ko) * | 2015-12-17 | 2018-07-27 | 아르퀼 인코포레이티드 | 치환된 5,6-디히드로-6-페닐벤조[f]이소퀴놀린-2-아민의 제조 방법 |
TWI782906B (zh) | 2016-03-04 | 2022-11-11 | 日商大鵬藥品工業股份有限公司 | 惡性腫瘤治療用製劑及組合物 |
US11883404B2 (en) | 2016-03-04 | 2024-01-30 | Taiho Pharmaceuticals Co., Ltd. | Preparation and composition for treatment of malignant tumors |
JP7226804B2 (ja) * | 2017-03-03 | 2023-02-21 | オークランド ユニサービシズ リミテッド | Fgfrキナーゼ阻害剤及び医薬用途 |
MA52093A (fr) * | 2018-03-19 | 2021-01-27 | Taiho Pharmaceutical Co Ltd | Composition pharmaceutique comprenant du sulfate d'alkyle de sodium |
US20230115528A1 (en) | 2019-12-30 | 2023-04-13 | Tyra Biosciences, Inc. | Indazole compounds |
US20230115945A1 (en) | 2019-12-30 | 2023-04-13 | Tyra Biosciences, Inc. | Aminopyrimidine compounds |
CN112144125B (zh) * | 2020-09-30 | 2021-06-15 | 厦门飞朔生物技术有限公司 | 一种基于高通量测序检测胆管癌fgfr1/2/3融合基因的文库构建方法 |
MX2023007793A (es) | 2020-12-30 | 2023-09-22 | Tyra Biosciences Inc | Compuestos de indazol como inhibidores de cinasas. |
WO2022182972A1 (en) | 2021-02-26 | 2022-09-01 | Tyra Biosciences, Inc. | Aminopyrimidine compounds and methods of their use |
WO2022243467A1 (en) * | 2021-05-19 | 2022-11-24 | Janssen Pharmaceutica Nv | Fgfr tyrosine kinase inhibitors for the treatment of advanced solid tumors |
WO2024006897A1 (en) | 2022-06-29 | 2024-01-04 | Tyra Biosciences, Inc. | Indazole compounds |
WO2024006883A1 (en) | 2022-06-29 | 2024-01-04 | Tyra Biosciences, Inc. | Polymorphic compounds and uses thereof |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012180344A (ja) * | 2011-02-07 | 2012-09-20 | Chugai Pharmaceut Co Ltd | アミノピラゾール誘導体を含む医薬 |
WO2014007369A1 (ja) * | 2012-07-05 | 2014-01-09 | 独立行政法人国立がん研究センター | Fgfr2融合遺伝子 |
WO2014018673A2 (en) * | 2012-07-24 | 2014-01-30 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Fusion proteins and methods thereof |
Family Cites Families (60)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4230797A (en) | 1975-04-28 | 1980-10-28 | Miles Laboratories, Inc. | Heterogenous specific binding assay employing a coenzyme as label |
US4233402A (en) | 1978-04-05 | 1980-11-11 | Syva Company | Reagents and method employing channeling |
US4275149A (en) | 1978-11-24 | 1981-06-23 | Syva Company | Macromolecular environment control in specific receptor assays |
DE3023787A1 (de) | 1980-06-25 | 1982-01-21 | Studiengesellschaft Kohle mbH, 4330 Mülheim | Verfahren zur erhoehung der inkorporation und der expression von genetischem material in die kerne von intakten zellen mit hilfe von liposomen |
US4376110A (en) | 1980-08-04 | 1983-03-08 | Hybritech, Incorporated | Immunometric assays using monoclonal antibodies |
US4522811A (en) | 1982-07-08 | 1985-06-11 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Serial injection of muramyldipeptides and liposomes enhances the anti-infective activity of muramyldipeptides |
US4659678A (en) | 1982-09-29 | 1987-04-21 | Serono Diagnostics Limited | Immunoassay of antigens |
US4816567A (en) | 1983-04-08 | 1989-03-28 | Genentech, Inc. | Recombinant immunoglobin preparations |
US4727022A (en) | 1984-03-14 | 1988-02-23 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Methods for modulating ligand-receptor interactions and their application |
US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
CA1284931C (en) | 1986-03-13 | 1991-06-18 | Henry A. Erlich | Process for detecting specific nucleotide variations and genetic polymorphisms present in nucleic acids |
US5310893A (en) | 1986-03-31 | 1994-05-10 | Hoffmann-La Roche Inc. | Method for HLA DP typing |
US5604099A (en) | 1986-03-13 | 1997-02-18 | Hoffmann-La Roche Inc. | Process for detecting specific nucleotide variations and genetic polymorphisms present in nucleic acids |
GB8607679D0 (en) | 1986-03-27 | 1986-04-30 | Winter G P | Recombinant dna product |
US4851331A (en) | 1986-05-16 | 1989-07-25 | Allied Corporation | Method and kit for polynucleotide assay including primer-dependant DNA polymerase |
US5322770A (en) | 1989-12-22 | 1994-06-21 | Hoffman-Laroche Inc. | Reverse transcription with thermostable DNA polymerases - high temperature reverse transcription |
US5310652A (en) | 1986-08-22 | 1994-05-10 | Hoffman-La Roche Inc. | Reverse transcription with thermostable DNA polymerase-high temperature reverse transcription |
US5693517A (en) | 1987-06-17 | 1997-12-02 | Roche Molecular Systems, Inc. | Reagents and methods for coupled high temperature reverse transcription and polymerase chain reactions |
US5561058A (en) | 1986-08-22 | 1996-10-01 | Hoffmann-La Roche Inc. | Methods for coupled high temperatures reverse transcription and polymerase chain reactions |
CA1340843C (en) | 1987-07-31 | 1999-12-07 | J. Lawrence Burg | Selective amplification of target polynucleotide sequences |
CA1340807C (en) | 1988-02-24 | 1999-11-02 | Lawrence T. Malek | Nucleic acid amplification process |
IE61148B1 (en) | 1988-03-10 | 1994-10-05 | Ici Plc | Method of detecting nucleotide sequences |
US5639611A (en) | 1988-12-12 | 1997-06-17 | City Of Hope | Allele specific polymerase chain reaction |
DE3920358A1 (de) | 1989-06-22 | 1991-01-17 | Behringwerke Ag | Bispezifische und oligospezifische, mono- und oligovalente antikoerperkonstrukte, ihre herstellung und verwendung |
CA2020958C (en) | 1989-07-11 | 2005-01-11 | Daniel L. Kacian | Nucleic acid sequence amplification methods |
DK0452457T3 (da) | 1989-11-03 | 1998-03-02 | Univ Vanderbilt | Fremgangsmåde til in vivo fjernelse af funktionelle fremmede gener |
US5137806A (en) | 1989-12-11 | 1992-08-11 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Methods and compositions for the detection of sequences in selected DNA molecules |
ATE185601T1 (de) | 1990-07-10 | 1999-10-15 | Cambridge Antibody Tech | Verfahren zur herstellung von spezifischen bindungspaargliedern |
GB9015198D0 (en) | 1990-07-10 | 1990-08-29 | Brien Caroline J O | Binding substance |
DE69133476T2 (de) | 1990-08-29 | 2006-01-05 | GenPharm International, Inc., Palo Alto | Transgene Mäuse fähig zur Produktion heterologer Antikörper |
DE69128520T2 (de) | 1990-10-31 | 1998-07-09 | Tosoh Corp | Verfahren zum Nachweis oder Quantifizierung von Zielnukleinsäuren |
ZA918965B (en) | 1990-11-13 | 1992-08-26 | Siska Diagnostics Inc | Nucleic acid amplification by two-enzyme,self-sustained sequence replication |
US5455166A (en) | 1991-01-31 | 1995-10-03 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification |
US5994056A (en) | 1991-05-02 | 1999-11-30 | Roche Molecular Systems, Inc. | Homogeneous methods for nucleic acid amplification and detection |
DK0605522T3 (da) | 1991-09-23 | 2000-01-17 | Medical Res Council | Fremgangsmåde til fremstilling af humaniserede antistoffer |
EP0540997A1 (en) | 1991-11-05 | 1993-05-12 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Methods and reagents for HLA class I DNA typing |
JPH07501451A (ja) | 1991-11-25 | 1995-02-16 | エンゾン・インコーポレイテッド | 多価抗原結合タンパク質 |
ATE463573T1 (de) | 1991-12-02 | 2010-04-15 | Medimmune Ltd | Herstellung von autoantikörpern auf phagenoberflächen ausgehend von antikörpersegmentbibliotheken |
JP2635901B2 (ja) | 1992-03-13 | 1997-07-30 | インターナショナル・ビジネス・マシーンズ・コーポレイション | ポリイミドのネガティブ像形成方法 |
EP0656941B1 (en) | 1992-03-24 | 2005-06-01 | Cambridge Antibody Technology Limited | Methods for producing members of specific binding pairs |
NZ255101A (en) | 1992-07-24 | 1997-08-22 | Cell Genesys Inc | A yeast artificial chromosome (yac) vector containing an hprt minigene expressible in murine stem cells and genetically modified rodent therefor |
EP0754225A4 (en) | 1993-04-26 | 2001-01-31 | Genpharm Int | HETEROLOGIC ANTIBODY-PRODUCING TRANSGENIC NON-HUMAN ANIMALS |
US5497763A (en) | 1993-05-21 | 1996-03-12 | Aradigm Corporation | Disposable package for intrapulmonary delivery of aerosolized formulations |
GB9313509D0 (en) | 1993-06-30 | 1993-08-11 | Medical Res Council | Chemisynthetic libraries |
EP0731842A1 (en) | 1993-12-03 | 1996-09-18 | Medical Research Council | Recombinant binding proteins and peptides |
CA2194907A1 (en) | 1994-07-13 | 1996-02-01 | Kouji Matsushima | Reshaped human antibody against human interleukin-8 |
US5508269A (en) | 1994-10-19 | 1996-04-16 | Pathogenesis Corporation | Aminoglycoside formulation for aerosolization |
EP1978033A3 (en) | 1995-04-27 | 2008-12-24 | Amgen Fremont Inc. | Human antibodies derived from immunized xenomice |
EP0823941A4 (en) | 1995-04-28 | 2001-09-19 | Abgenix Inc | HUMAN ANTIBODIES DERIVED FROM IMMUNIZED XENO MOUSES |
US6083922A (en) | 1996-04-02 | 2000-07-04 | Pathogenesis, Corp. | Method and a tobramycin aerosol formulation for treatment prevention and containment of tuberculosis |
KR100847441B1 (ko) | 1996-09-26 | 2008-07-21 | 츄가이 세이야꾸 가부시키가이샤 | 인간의 부갑상선 호르몬 관련 펩티드에 대한 항체 |
US5767068A (en) | 1997-02-13 | 1998-06-16 | Pathogenesis Corporation | Pure biologically active colistin, its components and a colistin formulation for treatment of pulmonary infections |
DE19956568A1 (de) | 1999-01-30 | 2000-08-17 | Roland Kreutzer | Verfahren und Medikament zur Hemmung der Expression eines vorgegebenen Gens |
US8546143B2 (en) | 2001-01-09 | 2013-10-01 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for inhibiting expression of a target gene |
WO2003012227A1 (en) | 2001-07-11 | 2003-02-13 | Zodiac Pool Care Europe Sas | Cleaning of a submerged surface |
WO2003048377A2 (en) | 2001-11-30 | 2003-06-12 | University Of Rochester | Multiplex real-time quantitative pcr |
TWI464160B (zh) | 2009-08-07 | 2014-12-11 | Chugai Pharmaceutical Co Ltd | Amino pyrazole derivative |
EP2695950A1 (en) * | 2012-08-10 | 2014-02-12 | Blackfield AG | Markers for responsiveness to an inhibitor of the fibroblast growth factor receptor |
-
2015
- 2015-03-31 EP EP19172994.6A patent/EP3572093A1/en not_active Withdrawn
- 2015-03-31 WO PCT/IB2015/000429 patent/WO2015150900A2/en active Application Filing
- 2015-03-31 SG SG10201808565QA patent/SG10201808565QA/en unknown
- 2015-03-31 DK DK15722580.6T patent/DK3125936T3/da active
- 2015-03-31 RU RU2016137179A patent/RU2016137179A/ru not_active Application Discontinuation
- 2015-03-31 EP EP15722580.6A patent/EP3125936B1/en active Active
- 2015-03-31 CN CN201580029046.9A patent/CN106459993A/zh active Pending
- 2015-03-31 BR BR112016022620A patent/BR112016022620A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2015-03-31 SG SG11201607772WA patent/SG11201607772WA/en unknown
- 2015-03-31 US US15/301,217 patent/US10703798B2/en active Active
- 2015-03-31 JP JP2016559866A patent/JP2017516463A/ja active Pending
- 2015-03-31 KR KR1020167029811A patent/KR20160138494A/ko not_active Application Discontinuation
- 2015-03-31 CA CA2943405A patent/CA2943405A1/en not_active Abandoned
-
2016
- 2016-09-16 IL IL247860A patent/IL247860A0/en unknown
-
2019
- 2019-07-29 JP JP2019138854A patent/JP2019216725A/ja active Pending
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012180344A (ja) * | 2011-02-07 | 2012-09-20 | Chugai Pharmaceut Co Ltd | アミノピラゾール誘導体を含む医薬 |
WO2014007369A1 (ja) * | 2012-07-05 | 2014-01-09 | 独立行政法人国立がん研究センター | Fgfr2融合遺伝子 |
WO2014018673A2 (en) * | 2012-07-24 | 2014-01-30 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Fusion proteins and methods thereof |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US10703798B2 (en) | 2020-07-07 |
WO2015150900A2 (en) | 2015-10-08 |
SG11201607772WA (en) | 2016-10-28 |
EP3125936A2 (en) | 2017-02-08 |
SG10201808565QA (en) | 2018-11-29 |
EP3572093A1 (en) | 2019-11-27 |
EP3572093A8 (en) | 2020-01-15 |
KR20160138494A (ko) | 2016-12-05 |
DK3125936T3 (da) | 2019-08-05 |
US20170107271A1 (en) | 2017-04-20 |
RU2016137179A (ru) | 2018-05-07 |
CN106459993A (zh) | 2017-02-22 |
JP2017516463A (ja) | 2017-06-22 |
BR112016022620A2 (pt) | 2017-10-10 |
EP3125936B1 (en) | 2019-05-08 |
IL247860A0 (en) | 2016-11-30 |
RU2016137179A3 (ja) | 2018-11-29 |
CA2943405A1 (en) | 2015-10-08 |
WO2015150900A3 (en) | 2015-11-26 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2019216725A (ja) | Fgfr融合体 | |
US9216172B2 (en) | Method for determining effectiveness of cancer treatment by assessing the presence of a KIF5B-RET chimeric gene | |
JP6107812B2 (ja) | 新規fgfr3融合体 | |
US7815906B2 (en) | Compositions and methods for restoring sensitivity to treatment with HER2 antagonists | |
WO2014017491A1 (ja) | Cep55遺伝子とret遺伝子との融合遺伝子 | |
Cui et al. | CD147 receptor is essential for TFF3-mediated signaling regulating colorectal cancer progression | |
AU2023254992A1 (en) | CREBBP related cancer therapy | |
JP2022060484A (ja) | 悪性リンパ腫又は白血病の罹患の有無の判別方法並びに白血病の治療及び/又は予防のための薬剤 | |
JP2020537490A (ja) | モノクローナル抗体抗fgfr4 | |
US8962808B2 (en) | EGFR-related polypeptides and methods of use | |
JPWO2007026969A1 (ja) | 創薬標的タンパク質及び標的遺伝子、並びにスクリーニング方法 | |
JP5883396B2 (ja) | 受容体型チロシンキナーゼが仲介する癌細胞の生存促進性シグナルを抑制する方法 | |
JP4975444B2 (ja) | 創薬標的タンパク質及び標的遺伝子、並びにスクリーニング方法 | |
JP2022519120A (ja) | 抗nme抗体および癌または癌転移の治療方法 | |
EP3042955A1 (en) | Use of rhoa in cancer diagnosis and inhibitor screening | |
JPWO2006112401A1 (ja) | 癌治療用組成物 | |
CN108456249B (zh) | 变异型α-辅肌动蛋白-4的抗体 | |
CN108329387B (zh) | 癌症相关的肿瘤特异转录本lin28b-tst及其用途 | |
TWI344370B (en) | Composition for treating cancer and use thereof | |
JP2021048805A (ja) | がんにおける融合遺伝子 | |
JPWO2005021739A1 (ja) | Nox1ポリペプチドに対する抗体、Nox1遺伝子を利用したガン診断方法、及びガン増殖抑制物質のスクリーニング方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190827 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190827 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200825 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20200918 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20210420 |