JP2019076110A - ヒトα−ガラクトシダーゼバリアント - Google Patents
ヒトα−ガラクトシダーゼバリアント Download PDFInfo
- Publication number
- JP2019076110A JP2019076110A JP2019009294A JP2019009294A JP2019076110A JP 2019076110 A JP2019076110 A JP 2019076110A JP 2019009294 A JP2019009294 A JP 2019009294A JP 2019009294 A JP2019009294 A JP 2019009294A JP 2019076110 A JP2019076110 A JP 2019076110A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- gla
- sequence
- polypeptide
- amino acid
- seq
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
- A61K38/16—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- A61K38/43—Enzymes; Proenzymes; Derivatives thereof
- A61K38/46—Hydrolases (3)
- A61K38/47—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2), e.g. cellulases, lactases
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
- A61K9/0012—Galenical forms characterised by the site of application
- A61K9/0019—Injectable compositions; Intramuscular, intravenous, arterial, subcutaneous administration; Compositions to be administered through the skin in an invasive manner
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
- A61P3/06—Antihyperlipidemics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/24—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2)
- C12N9/2402—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2) hydrolysing O- and S- glycosyl compounds (3.2.1)
- C12N9/2465—Hydrolases (3) acting on glycosyl compounds (3.2) hydrolysing O- and S- glycosyl compounds (3.2.1) acting on alpha-galactose-glycoside bonds, e.g. alpha-galactosidase (3.2.1.22)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y302/00—Hydrolases acting on glycosyl compounds, i.e. glycosylases (3.2)
- C12Y302/01—Glycosidases, i.e. enzymes hydrolysing O- and S-glycosyl compounds (3.2.1)
- C12Y302/01022—Alpha-galactosidase (3.2.1.22)
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Public Health (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Immunology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Obesity (AREA)
- Hematology (AREA)
- Diabetes (AREA)
- Dermatology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
本発明は、操作されたヒトα−ガラクトシダーゼポリペプチドおよびその組成物を提供する。操作されたヒトα−ガラクトシダーゼポリペプチドは、酸性(pH<4.5)および塩基性(pH>7)の両方の条件下で、改良された安定性を提供するように最適化されている。本発明はまた、治療目的のための、操作されたヒトα−ガラクトシダーゼポリペプチドを含む組成物の使用に関する。
配列表の写しを、ファイル名「CX7−147WO2_ST25.txt」、作成日2015年11月30日、およびサイズ2,545,851バイトのASCII形式のテキストファイルとしてEFS−Webから明細書と同時に提出している。EFS−Webから提出した配列表は、本明細書の一部を構成し、その全体が本明細書中で参照によって組み込まれる。
ヒトαガラクトシダーゼ(「GLA」;EC3.2.1.22)は、糖脂質および糖タンパク質からの末端αガラクトシル部分の加水分解に関与するリソソーム糖タンパク質である。それは、一連のヒト組織内に存在する多くの基質に作用する。ファブリー病(びまん性体部被角血管腫、アンダーソン−ファブリー病、遺伝性異所性リピドーシス(hereditary dystopic lipidosis)、α−ガラクトシダーゼA欠損症、GLA欠損症およびセラミドトリヘキソシダーゼ欠損症とも称される)は、α−ガラクトシダーゼAの欠損または活性欠如に起因するスフィンゴ糖脂質異化のX連鎖先天異常である。ファブリー病に罹患している患者は、血管、組織および器官の血漿および細胞リソソーム中に、グロボトリオシルセラミド(Gb3)および関連スフィンゴ糖脂質を蓄積する(例えば、Nanceら、Arch.Neurol.,63:453−457[2006]を参照のこと)。患者が老化するにつれて、これらの脂質の蓄積により、血管は徐々に狭くなり、組織、特に皮膚、腎臓、心臓、脳および神経系における血流および栄養が減少する。したがって、ファブリー病は、腎不全、心疾患、脳血管疾患、小線維末梢神経障害および皮膚病変ならびに他の障害として症状発現する全身性障害である(例えば、Schiffmann,Pharm.Ther.,122:65−77[2009]を参照のこと)。罹患患者は、手足の痛み、皮膚上の小さな暗赤色の斑点のクラスター、発汗能力の低下、角膜混濁、胃腸の問題、耳鳴りおよび難聴などの症状を示す。生命に関わる恐れのある合併症には、進行性腎損傷、心臓発作および脳卒中が含まれる。この疾患は、男性では推定で40,000〜60,000人に1人が罹患しているが、女性でも起こる。実際、ファブリー病を有するヘテロ接合女性は、医療処置を必要とする重大な生命に関わる状態(神経系異常、慢性疼痛、疲労、高血圧、心臓病、腎不全および脳卒中を含む)を経験する(例えば、Wantら、Genet.Med.,13:457−484[2011]を参照のこと)。ファブリー病の徴候は、乳児期以降の任意の時点で始まる可能性があり、徴候は通常、4〜8歳に現れ始めるが、一部の患者は、より軽度の遅発性疾患を示す。一般に、処置は支持的であり、ファブリー病の治療法はないので、安全で有効な処置が依然として必要である。
本発明は、配列番号5と少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、もしくは少なくとも約99%の配列同一性を含むアミノ酸配列を含む組換えαガラクトシダーゼAおよび/または生物学的に活性な組換えαガラクトシダーゼAフラグメントを提供する。いくつかの実施形態では、αガラクトシダーゼAは、表2.1、2.2、2.4、および/または2.5に提供した少なくとも1つの位置であって、配列番号5を参照してナンバリングされている位置において少なくとも1つの変異を含む。いくつかの実施形態では、αガラクトシダーゼAは、表2.3に提供した少なくとも1つの位置であって、配列番号10を参照してナンバリングされている位置において少なくとも1つの変異を含む。いくつかのさらなる実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、ヒトαガラクトシダーゼAに由来する。いくつかのさらなる実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、配列番号15、13、10、または18のポリペプチド配列を含む。またいくつかのさらなる実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、配列番号5のαガラクトシダーゼAよりも熱安定性である。いくつかのさらなる実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、pH7.4において、配列番号5のαガラクトシダーゼAよりも安定であり、さらなる実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、pH4.3において、配列番号5のαガラクトシダーゼAよりも安定である。いくつかの実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、pH7.4およびpH4.3において、配列番号5のαガラクトシダーゼAよりも安定である。またいくつかのさらなる実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、脱免疫化αガラクトシダーゼAである。いくつかの実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、表7.1に提供した脱免疫化αガラクトシダーゼAである。またいくつかのさらなる実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、精製されている。いくつかの実施形態では、組換えαガラクトシダーゼAは、参照配列と比較して、i)触媒活性の増強;ii)pH7.4に対する耐性の増加;iii)pH4.3に対する耐性の増加;またはiv)免疫原性の減少;またはi)、ii)、iii)、もしくはiv)のいずれかの組み合わせから選択される少なくとも1つの改良された特性を示す。いくつかの実施形態では、参照配列は配列番号5であり、いくつかの代替的な実施形態では、参照配列は配列番号10である。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
配列番号5と少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を含むアミノ酸配列を含む、組換えαガラクトシダーゼAおよび/または生物学的に活性な組換えαガラクトシダーゼAフラグメント。
(項目2)
表2.1、2.2、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、および/または7.1に提供した少なくとも1つの位置であって、配列番号5を参照してナンバリングされている位置において少なくとも1つの変異を含む、項目1に記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目3)
表2.3に提供した少なくとも1つの位置であって、配列番号10を参照してナンバリングされている位置において少なくとも1つの変異を含む、項目2に記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目4)
ヒトαガラクトシダーゼAに由来する、項目1〜3のいずれかに記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目5)
配列番号15、13、10、18、40、42、44、または46のポリペプチド配列を含む、組換えαガラクトシダーゼA。
(項目6)
配列番号5のαガラクトシダーゼAよりも熱安定性である、項目1〜5のいずれかに記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目7)
pH7.4において、配列番号5のαガラクトシダーゼAよりも安定である、項目1〜6のいずれかに記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目8)
pH4.3において、配列番号5のαガラクトシダーゼAよりも安定である、項目7に記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目9)
配列番号5のαガラクトシダーゼAよりも血清への曝露に対して安定である、項目7に記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目10)
脱免疫化αガラクトシダーゼAである、項目1〜9のいずれかに記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目11)
表7.1に提供した脱免疫化αガラクトシダーゼAである、項目1〜10のいずれかに記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目12)
精製されている、項目1〜11のいずれかに記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目13)
参照配列と比較して、i)増強した触媒活性;ii)pH7.4に対する増加した耐性;iii)pH4.3に対する増加した耐性;iv)血清に対する増加した耐性;またはv)減少した免疫原性;またはi)、ii)、iii)、iv)、もしくはv)のいずれかの組み合わせから選択される少なくとも1つの改良された特性を示す、項目1〜12のいずれかに記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目14)
前記参照配列が配列番号5または配列番号10である、項目13に記載の組換えαガラクトシダーゼA。
(項目15)
項目1〜14のいずれかに記載の少なくとも1つの組換えαガラクトシダーゼAを含む、組成物。
(項目16)
項目1〜15のいずれかに記載の少なくとも1つの組換えαガラクトシダーゼAをコードする、組換えポリヌクレオチド配列。
(項目17)
コドン最適化されている、項目16に記載の組換えポリヌクレオチド配列。
(項目18)
項目16および/または17に記載の組換えポリヌクレオチド配列を含む、発現ベクター。
(項目19)
前記組換えポリヌクレオチド配列が調節配列に作動可能に連結されている、項目18に記載の発現ベクター。
(項目20)
前記調節配列がプロモーターである、項目19に記載の発現ベクター。
(項目21)
前記プロモーターが異種プロモーターである、項目20に記載の発現ベクター。
(項目22)
項目18〜21のいずれかに記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
(項目23)
真核生物である、項目22に記載の宿主細胞。
(項目24)
αガラクトシダーゼAバリアントを生成する方法であって、組換えポリヌクレオチドによってコードされる前記αガラクトシダーゼAが産生される条件下で、項目22または23に記載の宿主細胞を培養する工程を含む、方法。
(項目25)
前記αガラクトシダーゼAを回収する工程をさらに含む、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記αガラクトシダーゼAを精製する工程をさらに含む、項目25に記載の方法。
(項目27)
ファブリー病を処置するための医薬組成物であって、項目15に記載の酵素組成物を含む、医薬組成物。
(項目28)
薬学的に許容され得るキャリアおよび/または賦形剤をさらに含む、項目27に記載の医薬組成物。
(項目29)
ヒトへの非経口注射または注入に適切である、項目27および/または28に記載の医薬組成物。
(項目30)
被験体におけるファブリー病の症状を処置および/または予防するための方法であって、ファブリー病を有する被験体を提供する工程、および項目27〜39のいずれかに記載の医薬組成物を前記被験体に提供する工程を含む、方法。
(項目31)
ファブリー病の前記症状を改善する、項目30に記載の方法。
(項目32)
前記被験体が、ファブリー病の症状を示す被験体が必要とする食事よりも、その脂肪含有量の制限が少ない食事を摂ることができる、項目30および/または31に記載の方法。
(項目33)
前記被験体が乳児または小児である、項目30〜32のいずれかに記載の方法。
(項目34)
前記被験体が成人または若年成人である、項目30〜32のいずれかに記載の方法。
(項目35)
項目15および27〜29のいずれかに記載の組成物の使用。
本発明は、操作されたヒトα−ガラクトシダーゼポリペプチドおよびその組成物を提供する。操作されたヒトα−ガラクトシダーゼポリペプチドは、酸性(pH<4.5)および塩基性(pH>7)の両方の条件下で、改良された安定性を提供するように最適化されている。本発明はまた、治療目的のための、操作されたヒトα−ガラクトシダーゼポリペプチドを含む組成物の使用に関する。
特に定義がない限り、本明細書中で使用する全ての技術用語および科学用語は、一般に、本発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されているのと同じ意味を有する。一般に、本明細書中で使用する命名法ならびに下記の細胞培養、分子遺伝学、微生物学、生化学、有機化学、分析化学および核酸化学の実験手順は、当該分野で周知であり一般に用いられるものである。かかる技術は周知であり、当業者に周知の多数のテキストおよび参考文献に記載されている。標準的な技術またはその改変は、化学合成および化学分析に使用される。本明細書(上記および下記の両方)中で言及する全ての特許、特許出願、論文および刊行物は、本明細書中で参照によって明確に組み込まれる。
and Lipman,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:2444[1988])の類似性検索法、これらアルゴリズムのコンピュータ化された実行(例えば、GCG Wisconsin Software Package中のGAP、BESTFIT、FASTA、およびTFASTA)、または当技術分野において公知の通りの目視検査によって行うことができる。配列同一率および配列類似率の決定に適切なアルゴリズムの例として、Altschulら(それぞれ、Altschulら,J.Mol.Biol.,215:403−410[1990]およびAltschulら,Nucleic Acids Res.,3389−3402[1977]を参照のこと)による記載のBLASTアルゴリズムおよびBLAST2.0アルゴリズムが挙げられるが、これらに限定されない。BLAST分析を実施するためのソフトウェアは、国立生物工学情報センターウェブサイトから公的に利用可能である。このアルゴリズムは、データベース配列中の同一の長さのワードとアラインメントした場合にいくつかの正の値の閾値スコアTと一致するか満たすクエリー配列中の長さWのショートワードの同定による高スコア配列対(high scoring sequence pair)(HSP)の第1の同定を含む。Tを、隣接ワードスコア閾値(neighborhood word score threshold)という(Altschulら、前出を参照のこと)。これらの最初の隣接ワードヒットは、これらのワードヒットを含むより長いHSPを見出すための検索開始のためのシードとして働く。次いで、ワードヒットを、累積アラインメントスコアを増加させることができるかぎり、各配列に沿って両方向に伸長させる。累積スコアを、ヌクレオチド配列についてはパラメーターM(一致する残基対のための報酬スコア;常に0超)およびN(ミスマッチ残基のためのペナルティスコア;常に0未満)を使用して計算する。アミノ酸配列について、スコア行列を使用して、累積スコアを計算する。各方向でのワードヒットの伸長は、以下の場合に停止される:累積アラインメントスコアがその最大到達値から量Xだけ低下した場合;1つまたはそれを超える負スコアの残基アラインメントの蓄積によって累積スコアが0またはそれ未満に進行した場合;またはいずれかの配列の末端に到達した場合。BLASTアルゴリズムパラメーターW、T、およびXは、アラインメントの感度および速度を決定する。BLASTNプログラム(ヌクレオチド配列用)は、デフォルトとしてワードレングス(W)11、期待値(E)10、M=5、N=−4、および両鎖の比較を使用する。アミノ酸配列について、BLASTPプログラムは、デフォルトとしてワードレングス(W)3、期待値(E)10、およびBLOSUM62スコア行列(Henikoff and Henikoff,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:10915[1989]を参照のこと)を使用する。例示的な配列アラインメントおよび配列同一率の決定には、提供されたデフォルトパラメーターを使用したGCG Wisconsinソフトウェアパッケージ(Accelrys,Madison WI)中のBESTFITプログラムまたはGAPプログラムを使用することができる。
酵母コドン最適化成熟ヒトGLAの分泌を促すために、酵母MFαシグナルペプチド(MF−SP)または83アミノ酸のより長いリーダー配列(MFリーダー)を使用して、分泌GLA発現のための2つの戦略を利用した。S.cerevisiae株INVSc1においてpYT−72ベクターからクローンを発現させた。両アプローチは、蛍光原基質4−メチルウンベリフェリルα−D−ガラクトピラノシド(4−MuGal)に対して測定可能な活性を有する上清を提供した。しかしながら、酵母MFαシグナルペプチドを有する構築物は、3倍高い活性を提供し、指向進化の開始配列として使用した。
いくつかの実施形態では、改善された特性を示す操作されたGLAは、配列番号5との少なくとも約85%、少なくとも約88%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%のアミノ酸配列同一性、および1つまたはそれより多くのアミノ酸位置に配列番号5と比較した場合のアミノ酸残基の差異(例えば、配列番号5と比較して1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、14、15、20またはそれより多くのアミノ酸位置において、または配列番号5と少なくとも85%、少なくとも88%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%またはそれを超えるアミノ酸配列同一性を有する配列)を有する。いくつかの実施形態では、1つまたはそれより多くのアミノ酸位置における配列番号5と比較した場合の残基の差異は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10またはそれより多くの保存的アミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、操作されたGLAポリペプチドは、表2.1、2.2、2.4、2.5または表7.1に列挙されるポリペプチドである。
本発明は、本明細書中に記載の操作されたGLAポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドを、遺伝子発現を調節する1つまたはそれを超える異種制御配列に作動可能に連結してポリペプチドを発現することができる組換えポリヌクレオチドを作製する。操作されたGLAポリペプチドをコードする異種ポリヌクレオチドを含む発現構築物を適切な宿主細胞に導入して、対応するGLAポリペプチドを発現させることができる。
gallusのβ−アクチン由来のものが含まれるが、これらに限定されない。
TAKAアミラーゼ、Aspergillus niger中性アミラーゼ、Aspergillus nigerグルコアミラーゼ、Rhizomucor mieheiアスパラギン酸プロテイナーゼ、Humicola insolensセルラーゼ、およびHumicola lanuginosaリパーゼの遺伝子から得たシグナルペプチドコード領域が含まれるが、これらに限定されない。酵母宿主細胞のための有用なシグナルペプチドには、Saccharomyces cerevisiae α−因子およびSaccharomyces cerevisiaeインベルターゼの遺伝子に由来するものが含まれるが、これらに限定されない。哺乳動物宿主細胞のための有用なシグナルペプチドには、免疫グロブリンガンマ(IgG)の遺伝子由来のものが含まれるが、これらに限定されない。
本発明は、種々の組成物およびフォーマット(下記のものが含まれるが、これらに限定されない)を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、医薬組成物および他の組成物(例えば、食事/栄養サプリメント)に使用するのに適切な操作されたGLAポリペプチドを提供する。
以下の実施例(達成された実験および結果が含まれる)を、例示のみを目的として提供し、この実施例は、本発明を制限すると解釈されない。
MA);Difco(Difco Laboratories,BD Diagnostic Systems,Detroit,MI);Molecular Devices(Molecular Devices,LLC,Sunnyvale,CA);Kuhner(Adolf Kuhner,AG,Basel,Switzerland);Axygen(Axygen,Inc.,Union City,CA);Toronto Research Chemicals(Toronto Research Chemicals Inc.,Toronto,Ontario,Canada);Cambridge Isotope Laboratories,(Cambridge Isotope Laboratories, Inc.,Tewksbury,MA);Applied Biosystems(Applied Biosystems,part of Life Technologies,Corp.,Grand Island,NY)、Agilent(Agilent Technologies,Inc.,Santa Clara,CA);Thermo Scientific(part of Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA);Corning(Corning,Inc.,Palo Alto,CA);Megazyme(Megazyme International,Wicklow,Ireland);Enzo(Enzo Life Sciences,Inc.,Farmingdale,NY);GE Healthcare(GE Healthcare Bio−Sciences,Piscataway,NJ);Pierce(Pierce Biotechnology(now part of Thermo Fisher Scientific),Rockford,IL);LI−COR(LI−COR Biotechnology,Lincoln,NE);Amicus(Amicus Therapeutics,Cranbury,NJ);Phenomenex(Phenomenex,Inc.,Torrance,CA);Optimal(Optimal Biotech Group,Belmont,CA);およびBio−Rad(Bio−Rad Laboratories,Hercules,CA)。
GLA遺伝子の取得および発現ベクターの構築
Saccharomyces cerevisiaeにおける最適化された遺伝子発現のために、WTヒトGLAをコードする合成遺伝子(配列番号3)を設計し、アセンブルし、大腸菌発現ベクターpCK100900i(配列番号6)にサブクローニングした。
ハイスループット増殖アッセイ
GLAおよびGLAバリアントのハイスループット(HTP)増殖
酢酸リチウム法を使用して、GLAおよびGLAバリアントを発現するベクターで形質転換した酵母(INVSc1)細胞を、SD−Ura寒天プレート上で選択した。30℃で72時間インキュベートした後、6%グルコースを補充した200μl/ウェルのSD−Uraブロス(2g/L SD−Ura、6.8g/Lアミノ酸不含酵母ニトロゲンベース[Sigma Aldrich])、3.06g/Lリン酸二水素ナトリウム、0.804g/Lリン酸水素二ナトリウム、pH6.0を充填したAxygen(登録商標)1.1ml 96ウェルディープウェルプレートのウェルに、コロニーを入れた。Kuhnerシェーカー(250rpm、30℃および相対湿度85%)中で、細胞を20〜24時間成長させた。2%グルコースを補充した380μLのSD−uraブロスを充填したCorning Costar(登録商標)96ウェルディーププレートに、一晩培養したサンプル(20μL)を移した。Kuhnerシェーカー(250rpm、30℃および相対湿度85%)中で、プレートを66〜84時間インキュベートした。次いで、細胞をペレット化し(4000rpm×20分間)、上清を単離し、分析前に4℃で保存した。
4−メチルウンベリフェリルα−D−ガラクトピラノシド(MUGal)の加水分解を測定することによって、GLAバリアント活性を決定した。このアッセイのために、上記のように生成した5〜50μLの酵母培養上清を、96ウェルブラック不透明底プレート中で、0〜45μLのMcIlvaine緩衝液(McIlvaine,J.Biol.Chem.,49:183−186[1921])、pH4.8および50μLの50mMクエン酸塩中2mM MUGal、200mM KCl、pH4.6と混合した。反応物を短時間混合し、37℃で30〜180分間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。
リソソーム中でバリアントが遭遇し得る極端なpHをシミュレートするために、酸性緩衝液でGLAバリアントをチャレンジした。最初に、50μLの酵母培養上清および50uLのMcIlvaine緩衝液(pH3.3〜4.3)を96ウェル丸底プレートのウェルに添加した。PlateLoc Thermal Microplate Sealer(Agilent)でプレートを密封し、37℃で1〜3時間インキュベートした。アッセイのために、10〜50μLの酸性pHチャレンジサンプルを、0〜40μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8、25μLの1Mクエン酸緩衝液pH4.3および25μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalと混合した。反応物を短時間混合し、37℃で30〜180分間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。
患者への投与後に血液中でバリアントが遭遇するpHをシミュレートするために、塩基性(中性)緩衝液でGLAバリアントをチャレンジした。最初に、50μLの酵母培養上清および50uLのMcIlvaine緩衝液(pH7.0〜8.2)または200mM重炭酸ナトリウム(pH9.1〜9.7)を96ウェル丸底プレートのウェルに添加した。プレートを密封し、37℃で1〜18時間インキュベートした。アッセイのために、10〜50μLの塩基性pHチャレンジサンプルを、0〜40μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8、25μLの1Mクエン酸緩衝液pH4.3および25μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalと混合した。反応物を短時間混合し、37℃で30〜180分間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。
患者への注入後にバリアントが遭遇する条件をシミュレートするために、ウシ血清でGLAバリアントをチャレンジした。最初に、20μLの酵母培養上清および80μLのウシ血清を96ウェル丸底プレートのウェルに添加した。プレートを密封し、37℃で1時間インキュベートした。アッセイのために、50μLの血清チャレンジサンプルを、25μLの1Mクエン酸緩衝液pH4.3および25μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalと混合した。反応物を短時間混合し、37℃で180分間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。
GLAバリアントのインビトロ特徴付け
酵母におけるGLAの産生
GLA含有上清を産生するために、実施例2に記載されているように、GLAのレプリカHTP培養物を成長させた。さらなる分析の前に、レプリカ培養物由来の上清(n=12〜36)を合わせた。
哺乳動物細胞におけるGLAバリアントの分泌発現を、HEK293細胞の一過性トランスフェクションによって実施した。N末端合成哺乳動物シグナルペプチドに融合されたGLAバリアント(配列番号3、4、9、12、17、20、23、および41)で細胞をトランスフェクトし、実施例1に記載されているように、哺乳動物発現ベクターpLEV113にサブクローニングした。プラスミドDNAでHEK293細胞をトランスフェクトし、当業者に公知の技術を使用して4日間懸濁物中で成長させた。上清を回収し、4℃で保存した。
GLAバリアントの精製
哺乳動物細胞上清からのGLAバリアントの精製
基本的には当該分野で公知のように(Yasudaら、Prot.Exp.Pur,.37,499−506[2004]を参照のこと)、哺乳動物培養上清からGLAバリアントを精製した。0.1M酢酸ナトリウム、0.1M NaCl、1mM MgCl2、CaCl2、およびMnCl2pH6.0(ConA結合緩衝液)でコンカナバリンA樹脂(Sigma Aldrich)を平衡化した。結合緩衝液で上清を1:1希釈し、カラムにロードした。15容量のコンカナバリンA結合緩衝液でカラムを洗浄し、0.9Mメチル−α−D−マンノピラノシドおよび0.9Mメチル−α−D−グルコピラノシドを含むコンカナバリンA結合緩衝液を添加することによって、サンプルを溶出した。溶出したタンパク質を濃縮し、10kDa分子量カットオフのCentricon(登録商標)Plus−20ろ過ユニット(Millipore)を使用して、ThioGal結合緩衝液(25mMクエン酸−リン酸(citrate−phosphate)、0.1M NaCl、pH4.8)に3回緩衝液交換した。緩衝液交換したサンプルを、ThioGal結合緩衝液で平衡化した固定化D−ガラクトース樹脂(Pierce)にロードした。6容量のThioGal結合緩衝液で樹脂を洗浄し、25mMクエン酸リン酸、0.1M NaCl、0.1M D−ガラクトース、pH5.5で溶出した。10kDa分子量カットオフのCentricon(登録商標)Plus−20ろ過ユニットを使用して、溶出したサンプルを濃縮した。ブラッドフォード定量に基づき、精製により、培養上清1ml当たり2.4〜10μgの精製タンパク質が得られた。
SDS−PAGEによって、酵母培養上清および哺乳動物細胞培養上清および精製GLAのサンプルを分析した。酵母上清では、GLAレベルは低過ぎて、この方法によって検出されなかった。哺乳動物細胞培養上清および精製GLAサンプルの両方において、約49kDaの予測GLA分子量に対応するバンドが見出された。
イムノブロットによって、酵母上清および哺乳動物細胞培養上清のサンプルを分析した。簡潔に言えば、SDS−PAGEによって、サンプルを分離した。iBlotドライブロットシステム(Life Technologies)を使用して、タンパク質をPVDF膜に転写した。オデッセイブロッキング緩衝液(TBS)(LI−COR)で膜を室温で1時間ブロッキングし、0.2%Tween(登録商標)20を含むオデッセイブロッキング緩衝液で1:250希釈したウサギα−GLA IgG(Thermo−Fischer)によって4℃で14時間プローブした。トリス緩衝食塩水+0.1%Tween(登録商標)20で膜を4×5分間洗浄し、0.2%Tween(登録商標)20および0.01%SDSを含むオデッセイブロッキング緩衝液で1:5000希釈したIRDye800CWロバα−ウサギIgG(LI−COR)によって室温で1時間プローブした。トリス緩衝食塩水+0.1%Tween(登録商標)20で膜を4×5分間洗浄し、オデッセイイメージャー(LI−COR)を使用して分析した。哺乳動物細胞培養物および酵母上清の両方において、約49kDaの予測GLA分子量に対応するバンドが見出された。S.cerevisiae発現サンプルでは、変異E367Nを含む変異体が、わずかに高い分子量に泳動した。この変異は、標準的なNXT N結合グリコシル化部位(Xは、P以外の任意のアミノ酸である)を導入し、さらなるN結合グリカンの導入の可能性によってより高い分子量を説明することができる。
GLAバリアントのインビトロ特徴付け
S.cerevisiaeによるGLAの分泌発現のためのシグナルペプチドの最適化
Mfリーダー−GLA(配列番号7)、SP−GLA(配列番号36)またはベクターコントロールで形質転換したS.cerevisiaeを、実施例2に記載されているようにHTPで成長させた。実施例2に記載されているように、上清の回収および分析(n=6)の前に、培養物を48〜120時間成長させた。図1は、2〜5日間の培養後のS.cerevisiaeにおける異なるGLA構築物の相対活性を示すグラフを提供する。この図に示されているように、3日間の成長後に、SP−GLA(配列番号36)は、飽和した高レベルの活性酵素を産生した。
酵素の全体的な安定性を評価するために、異なる緩衝液でGLAバリアントをチャレンジした。最初に、50μLのGLAバリアント酵母培養物由来上清および50uLのMcIlvaine緩衝液(pH2.86〜9.27)または200mM炭酸ナトリウム(pH9.69)を96ウェル丸底プレート(Costar #3798,Corning)のウェルに添加した。プレートを密封し、37℃で1時間インキュベートした。アッセイのために、50μLのチャレンジ上清を、25μLの1Mクエン酸緩衝液pH4.3および25μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalと混合した。反応物を短時間混合し、37℃で60〜180分間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。図2は、種々のpHにおけるインキュベーション後のGLAバリアントの絶対(パネルA)および相対(パネルB)活性を示すグラフを提供する。
酵素の全体的な安定性を評価するために、1μM 1−デオキシガラクトノジリマイシン(Migalastat;Toronto Research Chemicals)の存在下および非存在下、種々の温度でGLAバリアントをチャレンジした。最初に、50μLのGLAバリアント酵母培養物由来上清および50uLのMcIlvaine緩衝液(pH7.65)+/−2mM 1−デオキシガラクトノジリマイシンを96ウェルPCRプレート(Biorad,HSP−9601)のウェルに添加した。プレートを密封し、サーモサイクラーの勾配プログラムを使用して30〜54℃で1時間インキュベートした。アッセイのために、50μLのチャレンジ上清を、25μLの1Mクエン酸緩衝液pH4.3および25μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalと混合した。反応物を短時間混合し、37℃で90分間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。図3は、種々の温度におけるインキュベーション後のGLAバリアントの絶対(パネルA)および相対(パネルB)活性を示すグラフを提供する。
血液の存在下におけるバリアントの相対的な安定性を評価するために、サンプルを血清に曝露した。最初に、20μLのGLAバリアント酵母培養物由来上清および0〜80μLの水または0〜80μLのウシ血清を96ウェル丸底プレート(Costar #3798,Corning)のウェルに添加した。プレートを密封し、37℃で1時間インキュベートした。アッセイのために、50μLのチャレンジ上清を、25μLの1Mクエン酸緩衝液pH4.3および25μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalと混合した。反応物を短時間混合し、37℃で90分間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。図4は、種々の割合の血清によるチャレンジ後のGLAバリアントの絶対(パネルAおよびB)および相対(パネルCおよびD)活性を示すグラフを提供する。
HEKT293T細胞において発現されたGLAバリアント由来の上清を、非GLA発現酵母培養物由来の上清で2倍連続希釈した。希釈物(50μL)を、Corning(登録商標)96ウェルブラック不透明底プレート中で、25μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalおよび25μLの1Mクエン酸緩衝液pH4.3と混合した。反応物を短時間混合し、37℃で60分間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。図5は、HEK293T細胞において発現されたGLAバリアントの相対活性を示すグラフを提供する。バリアントGLA酵素でトランスフェクトした細胞由来の上清は、WT酵素と比較して顕著に高い加水分解酵素活性を示し、容量当たりの活性は、S.cerevisiae発現において見られたものよりもかなり高かった。
全体的な安定性を評価するために、異なる緩衝液でGLAバリアントをチャレンジした。非GLA発現培養物由来の上清による希釈によって、哺乳動物細胞培養物由来の上清を同等の活性に正規化した。正規化上清(50μL)および50μLのMcIlvaine緩衝液(pH4.06〜8.14)を96ウェル丸底プレート(Costar#3798、Corning)のウェルに添加した。プレートを密封し、37℃で3時間インキュベートした。アッセイのために、50μLのチャレンジ上清を、25μLの1Mクエン酸緩衝液pH4.3および25μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalと混合した。反応物を短時間混合し、37℃で3時間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。図6は、HEK293T細胞において発現され、活性について正規化し、種々のpHでインキュベートしたGLAバリアントの絶対(パネルA)および相対(パネルB)活性を示すグラフを提供する。
全体的な安定性を評価するために、1μM 1−デオキシガラクトノジリマイシン(Migalastat)の存在下および非存在下、種々の温度でGLAバリアントをチャレンジした。非GLA発現培養物由来の上清による希釈によって、哺乳動物細胞培養物由来の上清をほぼ同等の活性に正規化した。希釈上清を96ウェルPCRプレート(Biorad,HSP−9601)のウェルに添加した。プレートを密封し、サーモサイクラーの勾配プログラムを使用して30〜54℃で1時間インキュベートした。アッセイのために、20μLのチャレンジ上清を、30μLの1Mクエン酸緩衝液pH4.3および50μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalと混合した。反応物を短時間混合し、37℃で90分間インキュベートしてから、100μLの1M炭酸ナトリウムでクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析した。図7は、HEK293T細胞において発現され、活性について正規化し、種々の温度でインキュベートしたGLAバリアントの絶対(パネルA)および相対(パネルB)活性を示すグラフを提供する。この図に示されているように、全ての酵素は、S.cerevisiaeにおいて発現されたWT GLAと比較した場合、温度チャレンジ後においてより安定であったが(図2との比較)、これはおそらく、発現宿主間の差示的なグリコシル化によるものである。GLAバリアント(配列番号10および13)では、酵素のTmは、それぞれ2℃および4℃増加した。Migalastatの添加は、Tmを5.5℃増加させたが、アッセイにおける0.2μMの最終濃度では、Migalastat処理サンプルの活性は、約60%減少した。
改良されたMUGal加水分解活性が、より天然の基質に対応していたことを確認するために、基質としてN−ドデカノイル−NBD−セラミドトリヘキソシド(NBD−GB3)を使用して、哺乳動物細胞発現GLAバリアントをアッセイした。HEK293T培養上清(10μL)、100mMクエン酸ナトリウムpH4.8(80μL)、および10%エタノール中NBD−GB3(0.1mg/ml)(10μL)を微小遠心管に添加した。サンプルを逆さにして混合し、37℃で1時間インキュベートした。50μLのメタノールの添加によって反応物をクエンチし、100μLのクロロホルムで希釈し、ボルテックスし、分析のために有機層を単離した。有機相(10μL)をシリカプレート上にスポットし、365nm UVランプを使用して出発物質および生成物を検出する薄層クロマトグラフィ(クロロホルム:メタノール:水、100:42:6)によって分析した。配列番号13の場合にのみ、有意な変換が観察されたが、これは、バリアントが、WT−GLAと比較して改良された活性を示すことを確認している。
実施例4に記載されているように精製したGLAバリアントを、それらの比活性について評価した。0〜0.25ngの精製酵素を、McIlvaine緩衝液pH4.8(最終pH4.8)中4mM MUGalに添加した。サンプルを37℃で60分間インキュベートし、100μLの1M炭酸ナトリウムの添加によってクエンチした。蛍光をモニタリングするSpectraMax(登録商標)M2マイクロプレートリーダー(励起355nm、発光448nm)を使用して、加水分解を分析し、標準曲線の使用によって、4−メチルウンベリフェロンの絶対量と相関させた。
精製GLAバリアントが、酵母における発現後に観察された所望のpH安定性を示すことを確認するために、酸性または塩基性緩衝液中で、WT GLA(配列番号5)および配列番号42をインキュベートし、残存活性について分析した。GLAバリアント(200ng)をMcIlvaine緩衝液pH4.1またはpH7.5に添加し、37℃で0〜24時間インキュベートした。25uLの1Mクエン酸pH4.3および25μLのMcIlvaine緩衝液pH4.8中4mM MUGalの混合物にサンプル(50μL)を添加し、37℃で1時間インキュベートした。100μLの1M炭酸ナトリウムでサンプルをクエンチし、1M炭酸ナトリウムで1:4希釈し、蛍光分光法(励起355nm、発光448nm)によって分析した。酸性および塩基性チャレンジ条件下の両方において、配列番号42はかなり安定であったが、これは、酵母において開発された安定性の上昇が、哺乳動物細胞において発現されたタンパク質に転換したことを裏付けている(結果のグラフについては、図8を参照のこと)。
全体的な安定性を評価するために、WT GLA(配列番号5)および配列番号42の熱安定性を決定した。実施例4に記載されているように精製した酵素を、1×Sypro
Orange(Thermo Fischer Scientific)を含む1×PBSで20μg/mlに希釈し、96ウェルPCRプレート(Biorad,HSP−9601)に添加した。RT−PCR装置によって、プレートを0.5℃/分で30℃〜75℃に加熱し、Sypro Orange蛍光をモニタリングした。これらの条件下では、WT GLAは37℃で融解した一方、配列番号42は55℃で融解した。
GLAバリアントのインビボ特徴付け
精製GLAバリアントの血清薬物動態
実施例4に記載されているように生成した精製GLAバリアントを、生存ラットの血清中における安定性について評価した。1mg/mlのWT GLA(配列番号5)または配列番号42を、3匹のナイーブ頸静脈カニューレ挿入Sprague−Dawleyラット(7〜8週齢)にそれぞれ静脈内投与した。投与前ならびに投与5分後、15分後、30分後、60分後、120分後、および240分後に、各ラットから200μLの血液をEDTAチューブに採取し、4℃および6000rpmで遠心分離して、1サンプル当たり80μL超の血清を生成した。サンプルを凍結し、分析前にドライアイス上で保存した。分析のために、血清(10μL)を40μLのMcIlvaine緩衝液pH4.4中5mM MUGalに添加し、37℃で1時間インキュベートした。50μLの1M炭酸ナトリウムでサンプルをクエンチし、1M炭酸ナトリウムで1:100希釈し、蛍光分光法(励起355nm、発光448nm)によって分析した。投与4時間後に、配列番号42は最大活性の15.3%を保持していた一方、WT GLAは0.66%しか保持していなかった(図9を参照のこと)。
GLAの脱免疫化
本実施例では、GLAから予測T細胞エピトープを除去する多様性を同定するために行った実験を説明する。
T細胞エピトープを除去する変異多様性を同定するために、コンピュータによる方法を使用して、代表的なHLA受容体に効率的に結合すると予測されたGLA部分配列を同定した。加えて、特に、(例えば、実施例2に記載されているアッセイにおいて)GLA活性に影響を及ぼさない変異について、アミノ酸変異の実験的探索を行った。次いで、コンピュータによる方法を使用して、予測免疫原性について、活性バリアントのアミノ酸配列を分析した。
当該分野で公知の免疫エピトープデータベース(IEDB;免疫エピトープデータベースおよび分析リソースウェブサイト)ツールおよび独自の統計分析ツール(例えば、iedb.orgおよびVitaら、Nucl.Acids Res.,38(Database issue):D854−62[2010].Epub 2009 Nov 11]を参照のこと)を使用して、WT GLA(配列番号5)における推定T細胞エピトープを同定した。WT GLAを、考えられる全ての15マーの分析フレームに分解した(各フレームは、最後の14アミノ酸が重複する)。IEDBウェブサイトで推奨されている方法を使用して、合計でヒト集団の約95%をカバーする8つの一般的なクラスII HLA−DR対立遺伝子(DRB1*0101、DRB1*0301、DRB1*0401、DRB1*0701、DRB1*0801、DRB1*1101、DRB1*1301、およびDRB1*1501)(例えば、Southwoodら、J.Immunol.,160:3363−3373[1998]を参照のこと)への予測結合について、9マーのコア領域をスコア化することによって、15マーの分析フレームを免疫原性について評価した。当該分野で公知の統計分析ツールを使用して、酵素内に含まれる潜在的なT細胞エピトープクラスタ(すなわち、GLA内に含まれる部分領域であって、免疫原性である可能性が非常に高い部分領域)を同定した。同定したT細胞エピトープクラスタを、公知のエピトープのIEDBデータベースに対してスクリーニングした。これらのスクリーニングによって、WT酵素における5つの推定T細胞エピトープを同定した。これらのエピトープは、以下でTCE−I、II、III、IV、およびVと称する。
最初に、実施例2で同定した活性GLA変異体の配列を、T細胞エピトープの存在について評価する。HLA−DR対立遺伝子への結合を潜在的に減少させると同定された変異を組換えライブラリーに組み込む。5つのT細胞エピトープ内の全ての単一アミノ酸の飽和変異誘発を使用して、さらなるライブラリーを調製する。これらのライブラリーからのヒットを、さらなる一連の飽和変異誘発、HTPスクリーニングおよび組換えに供して、考えられる全てのT細胞エピトープを除去する。
上記のように設計したコンビナトリアルおよび飽和変異誘発ライブラリーを、当該分野で公知の方法によって構築し、実施例2に記載されている非チャレンジアッセイにおいて、活性について試験した。活性バリアントを同定し、配列決定した。WT GLAと比べたそれらの活性および変異は、以下の表に提供されている。
上記のように、8つの一般的なクラスII HLA−DR対立遺伝子への結合を評価することによって、予測免疫原性のレベルについて、活性バリアントを分析した。総免疫原性スコアおよび免疫原性ヒットカウントは、表7.1に示されている。総免疫原性スコア(TIS)は、バリアントの全体的な予測免疫原性を反映する(すなわち、より高いスコアは、より高レベルの予測免疫原性を示す)。免疫原性「ヒットカウント」(IHC)は、免疫原性である可能性が非常に高い15マーの分析フレームの数を示す(すなわち、より高いスコアは、より高い免疫原性の可能性を示す)。参照配列のものよりも低い総免疫原性スコアおよび/または免疫原性ヒットカウントをもたらす変異を、潜在的な「脱免疫化変異」であるとみなした。最も脱免疫化する変異の収集物を組換えて、活性であり、かつWT GLAよりも有意に低免疫原性であると予測されたいくつかのバリアントを生成した。総免疫原性スコア(TIS)および免疫原性ヒットカウント(IHC)は、以下の表に提供されている。
Claims (1)
- 本明細書に記載の発明。
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201462095313P | 2014-12-22 | 2014-12-22 | |
US62/095,313 | 2014-12-22 | ||
US201562216452P | 2015-09-10 | 2015-09-10 | |
US62/216,452 | 2015-09-10 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017533453A Division JP6650943B2 (ja) | 2014-12-22 | 2015-12-02 | ヒトα−ガラクトシダーゼバリアント |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020168384A Division JP2021003129A (ja) | 2014-12-22 | 2020-10-05 | ヒトα−ガラクトシダーゼバリアント |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2019076110A true JP2019076110A (ja) | 2019-05-23 |
Family
ID=56151383
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017533453A Active JP6650943B2 (ja) | 2014-12-22 | 2015-12-02 | ヒトα−ガラクトシダーゼバリアント |
JP2019009294A Withdrawn JP2019076110A (ja) | 2014-12-22 | 2019-01-23 | ヒトα−ガラクトシダーゼバリアント |
JP2020168384A Pending JP2021003129A (ja) | 2014-12-22 | 2020-10-05 | ヒトα−ガラクトシダーゼバリアント |
JP2022078184A Pending JP2022097653A (ja) | 2014-12-22 | 2022-05-11 | ヒトα-ガラクトシダーゼバリアント |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017533453A Active JP6650943B2 (ja) | 2014-12-22 | 2015-12-02 | ヒトα−ガラクトシダーゼバリアント |
Family Applications After (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020168384A Pending JP2021003129A (ja) | 2014-12-22 | 2020-10-05 | ヒトα−ガラクトシダーゼバリアント |
JP2022078184A Pending JP2022097653A (ja) | 2014-12-22 | 2022-05-11 | ヒトα-ガラクトシダーゼバリアント |
Country Status (19)
Country | Link |
---|---|
US (5) | US20170360900A1 (ja) |
EP (2) | EP4234699A1 (ja) |
JP (4) | JP6650943B2 (ja) |
KR (2) | KR102438885B1 (ja) |
AU (2) | AU2015370125B2 (ja) |
BR (1) | BR112017013300A2 (ja) |
CA (1) | CA2970638A1 (ja) |
DK (1) | DK3237621T3 (ja) |
ES (1) | ES2944889T3 (ja) |
FI (1) | FI3237621T3 (ja) |
HR (1) | HRP20230468T1 (ja) |
HU (1) | HUE062016T2 (ja) |
IL (1) | IL252479B (ja) |
LT (1) | LT3237621T (ja) |
PL (1) | PL3237621T3 (ja) |
PT (1) | PT3237621T (ja) |
RS (1) | RS64574B1 (ja) |
SI (1) | SI3237621T1 (ja) |
WO (1) | WO2016105889A1 (ja) |
Families Citing this family (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
LT3237621T (lt) | 2014-12-22 | 2023-09-25 | Codexis, Inc. | Žmogaus alfa-galaktozidazės variantai |
GB201508025D0 (en) | 2015-05-11 | 2015-06-24 | Ucl Business Plc | Fabry disease gene therapy |
EP3393501B1 (en) * | 2015-12-24 | 2023-06-07 | Oxyrane UK Limited | Human alpha-n-acetylgalactosaminidase polypeptide |
US11708569B2 (en) | 2018-08-29 | 2023-07-25 | University Of Copenhagen | Modified recombinant lysosomal alpha-galactosidase A and aspartylglucoaminidase having low mannose-6-phosphate and high sialic acid |
CA3123598A1 (en) * | 2018-12-20 | 2020-06-25 | Codexis, Inc. | Human alpha-galactosidase variants |
JP2022545718A (ja) | 2019-08-30 | 2022-10-28 | コデクシス, インコーポレイテッド | 操作されたリパーゼ改変体 |
US20220348896A1 (en) * | 2019-09-18 | 2022-11-03 | The Medical College Of Wisconsin, Inc. | Improved Alpha-Galactosidase Protein for Enzyme Replacement Therapy (ERT) and Methods of Use |
EP4077679A4 (en) | 2019-12-20 | 2024-04-24 | Codexis Inc | MODIFIED ACID ALPHA-GLUCOSIDASE VARIANTS |
WO2021173928A2 (en) * | 2020-02-28 | 2021-09-02 | Codexis, Inc. | Human alpha-galactosidase variants |
Family Cites Families (66)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US753653A (en) | 1903-09-14 | 1904-03-01 | American Car & Foundry Co | Hopper-bottom car. |
US5356804A (en) | 1990-10-24 | 1994-10-18 | Mount Sinai School Of Medicine Of The City Of New York | Cloning and expression of biologically active human α-galactosidase A |
US6165793A (en) | 1996-03-25 | 2000-12-26 | Maxygen, Inc. | Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination |
US20060257890A1 (en) | 1996-05-20 | 2006-11-16 | Maxygen, Inc. | Methods and compositions for cellular and metabolic engineering |
US6995017B1 (en) | 1994-02-17 | 2006-02-07 | Maxygen, Inc. | Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination |
US5837458A (en) | 1994-02-17 | 1998-11-17 | Maxygen, Inc. | Methods and compositions for cellular and metabolic engineering |
US6309883B1 (en) | 1994-02-17 | 2001-10-30 | Maxygen, Inc. | Methods and compositions for cellular and metabolic engineering |
US5928905A (en) | 1995-04-18 | 1999-07-27 | Glaxo Group Limited | End-complementary polymerase reaction |
US6395547B1 (en) | 1994-02-17 | 2002-05-28 | Maxygen, Inc. | Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination |
US6406855B1 (en) | 1994-02-17 | 2002-06-18 | Maxygen, Inc. | Methods and compositions for polypeptide engineering |
US5834252A (en) | 1995-04-18 | 1998-11-10 | Glaxo Group Limited | End-complementary polymerase reaction |
US6335160B1 (en) | 1995-02-17 | 2002-01-01 | Maxygen, Inc. | Methods and compositions for polypeptide engineering |
US5605793A (en) | 1994-02-17 | 1997-02-25 | Affymax Technologies N.V. | Methods for in vitro recombination |
US6117679A (en) | 1994-02-17 | 2000-09-12 | Maxygen, Inc. | Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination |
CN1151762A (zh) | 1994-06-30 | 1997-06-11 | 诺沃诺尔迪斯克生物技术有限公司 | 非毒性、非产毒性、非致病性镰孢属表达系统及所用启动子和终止子 |
FI104465B (fi) | 1995-06-14 | 2000-02-15 | Valio Oy | Proteiinihydrolysaatteja allergioiden hoitamiseksi tai estämiseksi, niiden valmistus ja käyttö |
US6506602B1 (en) | 1996-03-25 | 2003-01-14 | Maxygen, Inc. | Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination |
US6096548A (en) | 1996-03-25 | 2000-08-01 | Maxygen, Inc. | Method for directing evolution of a virus |
US6458574B1 (en) * | 1996-09-12 | 2002-10-01 | Transkaryotic Therapies, Inc. | Treatment of a α-galactosidase a deficiency |
EP0935651B1 (en) * | 1996-09-13 | 2004-12-29 | Transkaryotic Therapies, Inc. | THERAPY FOR alpha-GALACTOSIDASE A DEFICIENCY |
US7148054B2 (en) | 1997-01-17 | 2006-12-12 | Maxygen, Inc. | Evolution of whole cells and organisms by recursive sequence recombination |
DE69835360T2 (de) | 1997-01-17 | 2007-08-16 | Maxygen, Inc., Redwood City | EVOLUTION Prokaryotischer GANZER ZELLEN DURCH REKURSIVE SEQUENZREKOMBINATION |
US6326204B1 (en) | 1997-01-17 | 2001-12-04 | Maxygen, Inc. | Evolution of whole cells and organisms by recursive sequence recombination |
DK2270234T3 (da) | 1997-12-08 | 2013-06-03 | California Inst Of Techn | Fremgangsmåde til fremstilling af polynukleotid- og polypeptidsekvenser |
US6365408B1 (en) | 1998-06-19 | 2002-04-02 | Maxygen, Inc. | Methods of evolving a polynucleotides by mutagenesis and recombination |
JP4221100B2 (ja) | 1999-01-13 | 2009-02-12 | エルピーダメモリ株式会社 | 半導体装置 |
US6376246B1 (en) | 1999-02-05 | 2002-04-23 | Maxygen, Inc. | Oligonucleotide mediated nucleic acid recombination |
US6917882B2 (en) | 1999-01-19 | 2005-07-12 | Maxygen, Inc. | Methods for making character strings, polynucleotides and polypeptides having desired characteristics |
US6436675B1 (en) | 1999-09-28 | 2002-08-20 | Maxygen, Inc. | Use of codon-varied oligonucleotide synthesis for synthetic shuffling |
US6368861B1 (en) | 1999-01-19 | 2002-04-09 | Maxygen, Inc. | Oligonucleotide mediated nucleic acid recombination |
US7024312B1 (en) | 1999-01-19 | 2006-04-04 | Maxygen, Inc. | Methods for making character strings, polynucleotides and polypeptides having desired characteristics |
US7702464B1 (en) | 2001-08-21 | 2010-04-20 | Maxygen, Inc. | Method and apparatus for codon determining |
US6961664B2 (en) | 1999-01-19 | 2005-11-01 | Maxygen | Methods of populating data structures for use in evolutionary simulations |
EP1108783A3 (en) | 1999-01-19 | 2001-09-05 | Maxygen, Inc. | Oligonucleotide-mediated nucleic acid recombination |
AU3391900A (en) | 1999-03-05 | 2000-09-21 | Maxygen, Inc. | Encryption of traits using split gene sequences |
US7430477B2 (en) | 1999-10-12 | 2008-09-30 | Maxygen, Inc. | Methods of populating data structures for use in evolutionary simulations |
US6519065B1 (en) | 1999-11-05 | 2003-02-11 | Jds Fitel Inc. | Chromatic dispersion compensation device |
EP1272967A2 (en) | 2000-03-30 | 2003-01-08 | Maxygen, Inc. | In silico cross-over site selection |
US20020095135A1 (en) * | 2000-06-19 | 2002-07-18 | David Meeker | Combination enzyme replacement, gene therapy and small molecule therapy for lysosomal storage diseases |
US7747391B2 (en) | 2002-03-01 | 2010-06-29 | Maxygen, Inc. | Methods, systems, and software for identifying functional biomolecules |
US20050084907A1 (en) | 2002-03-01 | 2005-04-21 | Maxygen, Inc. | Methods, systems, and software for identifying functional biomolecules |
ES2564570T3 (es) | 2002-03-01 | 2016-03-23 | Codexis Mayflower Holdings, Llc | Métodos, sistemas y software para la identificación de biomoléculas funcionales |
JP4851687B2 (ja) | 2002-03-09 | 2012-01-11 | マキシジェン, インコーポレイテッド | 定向進化のための交叉点の最適化 |
ES2367257T3 (es) * | 2002-04-25 | 2011-10-31 | Shire Human Genetic Therapies, Inc. | Tratamiento de deficit de alfa-galactosidasa a. |
EP1869174B1 (en) | 2005-03-10 | 2015-02-18 | BASF Enzymes LLC | Lyase enzymes, nucleic acids encoding them and methods for making and using them |
US7531341B1 (en) | 2006-06-12 | 2009-05-12 | Biomarin Pharmaceutical Inc. | Compositions of prokaryotic phenylalanine ammonia-lyase and methods of using compositions thereof |
US7534595B2 (en) | 2006-06-12 | 2009-05-19 | Biomarin Pharmaceutical Inc. | Compositions of prokaryotic phenylalanine ammonia-lyase and methods of using compositions thereof |
US7537923B2 (en) | 2007-08-17 | 2009-05-26 | Biomarin Pharmaceutical Inc. | Compositions of prokaryotic phenylalanine ammonia-lyase and methods of treating cancer using compositions thereof |
WO2009102901A1 (en) | 2008-02-12 | 2009-08-20 | Codexis, Inc. | Method of generating an optimized, diverse population of variants |
US8504498B2 (en) | 2008-02-12 | 2013-08-06 | Codexis, Inc. | Method of generating an optimized, diverse population of variants |
EP2285958B1 (en) | 2008-06-13 | 2016-03-09 | Codexis, Inc. | Method of synthesizing polynucleotide variants |
US8383346B2 (en) | 2008-06-13 | 2013-02-26 | Codexis, Inc. | Combined automated parallel synthesis of polynucleotide variants |
US20090312196A1 (en) | 2008-06-13 | 2009-12-17 | Codexis, Inc. | Method of synthesizing polynucleotide variants |
US9194011B2 (en) * | 2009-11-17 | 2015-11-24 | Protalix Ltd. | Stabilized alpha-galactosidase and uses thereof |
US8876066B1 (en) | 2009-12-17 | 2014-11-04 | Progressive Fastening, Inc. | Hanger with bolt closures |
ES2582459T3 (es) | 2010-02-04 | 2016-09-13 | Biomarin Pharmaceutical Inc. | Composiciones de variantes de fenilalanina amoníaco-liasa de procariotas y métodos de uso de sus composiciones |
NZ623294A (en) * | 2010-03-02 | 2015-10-30 | Protalix Ltd | Stabilized alpha-galactosidase and uses thereof |
BR112013031553A2 (pt) | 2011-06-08 | 2020-11-10 | Shire Human Genetic Therapies, Inc. | composições, mrna que codifica para uma hgla e seu uso, uso de pelo menos uma molécula de mrna e um veículo de transferência e uso de um mrna que codifica para proteína exógena |
DK2726651T3 (en) | 2011-06-28 | 2019-01-28 | Codexis Inc | PROTEIN INVARIANT GENERATION BY REGION SHUFFLING |
EP2825647A4 (en) | 2012-03-15 | 2015-10-14 | Codexis Inc | METHODS OF GENE REARRANGING |
DK2839001T3 (en) * | 2012-04-18 | 2017-12-11 | Vib Vzw | METHODS AND PROCEDURES FOR THE PREPARATION OF IMPROVED PROTEINS |
WO2014120819A1 (en) | 2013-01-31 | 2014-08-07 | Codexis, Inc. | Methods, systems, and software for identifying bio-molecules with interacting components |
CN109872771A (zh) | 2013-09-27 | 2019-06-11 | 科德克希思公司 | 基于定向进化的方法、装置和系统 |
RU2016116253A (ru) | 2013-09-27 | 2017-11-01 | Кодексис, Инк. | Автоматизированный скрининг вариантов фермента |
LT3237621T (lt) * | 2014-12-22 | 2023-09-25 | Codexis, Inc. | Žmogaus alfa-galaktozidazės variantai |
CA3123598A1 (en) | 2018-12-20 | 2020-06-25 | Codexis, Inc. | Human alpha-galactosidase variants |
-
2015
- 2015-12-02 LT LTEPPCT/US2015/063329T patent/LT3237621T/lt unknown
- 2015-12-02 FI FIEP15874075.3T patent/FI3237621T3/fi active
- 2015-12-02 HR HRP20230468TT patent/HRP20230468T1/hr unknown
- 2015-12-02 PT PT158740753T patent/PT3237621T/pt unknown
- 2015-12-02 JP JP2017533453A patent/JP6650943B2/ja active Active
- 2015-12-02 RS RS20230405A patent/RS64574B1/sr unknown
- 2015-12-02 ES ES15874075T patent/ES2944889T3/es active Active
- 2015-12-02 PL PL15874075.3T patent/PL3237621T3/pl unknown
- 2015-12-02 AU AU2015370125A patent/AU2015370125B2/en active Active
- 2015-12-02 WO PCT/US2015/063329 patent/WO2016105889A1/en active Application Filing
- 2015-12-02 DK DK15874075.3T patent/DK3237621T3/da active
- 2015-12-02 KR KR1020177019488A patent/KR102438885B1/ko active IP Right Grant
- 2015-12-02 HU HUE15874075A patent/HUE062016T2/hu unknown
- 2015-12-02 EP EP23168236.0A patent/EP4234699A1/en active Pending
- 2015-12-02 EP EP15874075.3A patent/EP3237621B1/en active Active
- 2015-12-02 KR KR1020227029553A patent/KR20220123342A/ko not_active Application Discontinuation
- 2015-12-02 SI SI201531947T patent/SI3237621T1/sl unknown
- 2015-12-02 CA CA2970638A patent/CA2970638A1/en active Pending
- 2015-12-02 BR BR112017013300A patent/BR112017013300A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2015-12-02 US US15/529,383 patent/US20170360900A1/en not_active Abandoned
-
2017
- 2017-05-24 IL IL252479A patent/IL252479B/en active IP Right Grant
-
2019
- 2019-01-23 JP JP2019009294A patent/JP2019076110A/ja not_active Withdrawn
-
2020
- 2020-08-05 US US16/985,742 patent/US10973888B2/en active Active
- 2020-08-05 US US16/985,761 patent/US11278600B2/en active Active
- 2020-08-05 US US16/985,788 patent/US11497798B2/en active Active
- 2020-10-05 JP JP2020168384A patent/JP2021003129A/ja active Pending
-
2021
- 2021-03-09 US US17/196,858 patent/US20210244804A1/en active Pending
-
2022
- 2022-05-03 AU AU2022202939A patent/AU2022202939A1/en active Pending
- 2022-05-11 JP JP2022078184A patent/JP2022097653A/ja active Pending
Also Published As
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11497798B2 (en) | Human alpha-galactosidase variants | |
US20220356458A1 (en) | Human alpha-galactosidase variants | |
US20220389464A1 (en) | Engineered tyrosine ammonia lyase | |
US20210269787A1 (en) | Human alpha-galactosidase variants | |
US20220090038A1 (en) | Engineered amylase variants | |
CA3165484A1 (en) | Engineered acid alpha-glucosidase variants | |
NZ732171B2 (en) | Human alpha-galactosidase variants |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190123 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190802 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20191023 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20200605 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20201005 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20201005 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20201012 |
|
C21 | Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21 Effective date: 20201013 |
|
A761 | Written withdrawal of application |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A761 Effective date: 20201014 |