JP2018534563A5

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Publication number: JP2018534563A5
Application number: JP2018521284A
Authority: JP
Filing date: 2016-10-21
Publication date: 2019-12-05
Anticipated expiration: 2036-10-21

Claims

癌患者から採取した腫瘍組織を含むサンプルにスコア付けをする方法において、
（ｉ）前記癌患者から採取した前記腫瘍組織を含むサンプルを使用して、少なくとも一対の細胞間の空間的近接を表すスコアを決定する工程であって、前記少なくとも一対の細胞の第１のメンバーは、第１のバイオマーカーを発現し、前記少なくとも一対の細胞の第２のメンバーは、前記第１のバイオマーカーとは異なる第２のバイオマーカーを発現する、決定する工程と、
（ｉｉ）前記スコアを記録する工程であって、前記スコアは、閾値と比較した場合に、前記癌患者が免疫療法に陽性的に反応する可能性を示す、記録する工程と、
を含み、
前記決定する工程は、
（ａ）複数の蛍光タグで染色された、前記癌患者から採取した前記腫瘍組織を含むサンプルから利用可能な、所定の数の視野の選択をする工程であって、前記選択は、他の視野と比べて前記第１のバイオマーカーを発現するより多くの数の細胞を含む視野を選択することに偏っている、工程と、
（ｂ）選択された前記視野それぞれについて、前記第２のバイオマーカーを発現する近位に位置する細胞を含むのに十分なマージンだけ前記第１のバイオマーカーに起因する蛍光信号を拡張する工程と、
（ｃ）前記第２のバイオマーカーを発現し、前記第１のバイオマーカーを発現する前記細胞に起因する拡張した前記蛍光信号内に含まれる、前記選択された視野それぞれからのすべての細胞の第１の総面積を、規格化因子で割り、結果として得られた商に、所定の係数をかけ合わせて、空間的近接スコアに至る工程と、
を含む、方法。
請求項１に記載の方法において、
工程（ｂ）は、
ｉ．前記第１のバイオマーカーに対して陽性であるすべての細胞のマスクを生成する工程と、
ｉｉ．前記第１のバイオマーカーに対して陽性であるすべての細胞の前記マスクを拡張して、前記第２のバイオマーカーに対して陽性である相互作用する細胞を見つけることのできる所定の近接を表す拡張マスクを生成する工程と、
を含む、方法。
請求項２に記載の方法において、
工程（ｃ）は、
ｉ．前記第２のバイオマーカーに対して陽性であるすべての細胞のマスクを生成する工程と、
ｉｉ．前記第２のバイオマーカーに対して陽性であるすべての細胞の前記マスクと前記拡張マスクとを組み合わせて、前記第２のバイオマーカーに対して陽性であり、前記第１のバイオマーカーに対して陽性である細胞の前記所定の近接の範囲内にある細胞を特定する相互作用マスクを生成する工程と、
ｉｉｉ．前記相互作用マスクを使用して、前記第１のバイオマーカーを発現する前記細胞より近位に位置した、前記第２のバイオマーカーを発現する選択された全視野からのすべての細胞の相互作用コンパートメントを生成する工程と、
をさらに含み、
前記相互作用コンパートメントの総面積は、前記第２のバイオマーカーを発現し、前記第１のバイオマーカーを発現する前記細胞に起因する拡張した前記蛍光信号内に含まれる、前記選択された視野それぞれからのすべての細胞の前記第１の総面積である、方法。
請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法において、
前記少なくとも一対の細胞の前記第１のメンバーは、腫瘍細胞を含み、前記少なくとも一対の細胞の前記第２のメンバーは、非腫瘍細胞を含む、方法。
請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法において、
前記複数の蛍光タグは、前記第１のバイオマーカー用の第１の蛍光タグおよび前記第２のバイオマーカー用の第２の蛍光タグを含む、方法。
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法において、
前記マージンは、約１〜約１００ピクセルの範囲である、方法。
請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法において、
前記第２のバイオマーカーを発現する前記近位に位置する細胞は、前記第１のバイオマーカーを発現する前記細胞の原形質膜から約０．５〜約５０μｍ以内にある、方法。
請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法において、
前記規格化因子は、前記選択された視野それぞれからのすべての非腫瘍細胞の第２の総面積である、方法。
請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法において、
前記規格化因子は、前記第２のバイオマーカーを発現する能力を有する、前記選択された視野それぞれからのすべての細胞の第２の総面積である、方法。
請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法において、
前記所定の係数は、１０^４である、方法。
請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法において、
前記少なくとも一対の細胞の前記第１のメンバーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ガレクチン９、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、およびそれらの組み合わせからなる群から選択された第１のバイオマーカーを発現し、前記少なくとも一対の細胞の前記第２のメンバーは、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、４１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ２８、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、およびそれらの組み合わせからなる群から選択された第２のバイオマーカーを発現する、方法。
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法において、
前記閾値は、約５００〜約５０００の範囲である、方法。
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法において、
前記方法は、前記第１のバイオマーカーの発現の定量化または前記第２のバイオマーカーの発現の定量化と比べて、優れた予知力を提供する、方法。
請求項１３に記載の方法において、
前記予知力は、陽性的中率、陰性的中率、またはそれらの組み合わせとして定量化される、方法。
請求項１４に記載の方法において、
前記陽性的中率または前記陰性的中率は６５％以上である、方法。