JP2018531891A - Betブロモドメインインヒビターに対する抵抗性の機構 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、全内容が参照により本明細書に援用される、2015年8月10日出願の米国仮特許出願第62/203,128号に対する米国特許法第119条(e)による優先権を主張するものである。
本発明は、米国国立衛生研究所により認可された第CA168504号及び第CA103867号の下、並びに米国国防総省により認可された第CDMRP BC122003号及び第CA120184号の下で国家支援によりなされたものである。米国政府は本発明にある権利を有している。
これに応じて、本開示の態様は、がんを治療する方法であって、それを必要とする対象に、がんの治療に有効な量の、ブロモドメイン及びエキストラ末端(BET)インヒビター並びにプロテインホスファターゼ2A(PP2A)アクチベーターを投与する工程を含む方法を提供する。
ブロモドメインインヒビターは、当技術分野において公知である。ブロモドメインインヒビターは、少なくとも1つのブロモドメインとタンパク質のアセチル-リジン残基(例えば、ヒストンのアセチル-リジン残基)との結合を部分的に又は全体的に防止又は阻害することができる任意の分子又は化合物である。ブロモドメインインヒビターは、DNA及びRNAアプタマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、siRNA及びshRNA等の核酸、小ペプチド、抗体又は抗体フラグメント、並びに小分子化合物等の小分子を含めた、上記のブロモドメインを阻害する任意の分子又は化合物でよい。ブロモドメインインヒビターは、1種のブロモドメイン含有タンパク質のみを阻害し得る又は複数若しくはすべてのブロモドメイン含有タンパク質を阻害し得ることを理解されたい。
Riは、-(CH2)n-Lであり、nは0〜3であり、Lは、H、-COO-R3、-CO-R3、-CO-N(R3R4)、-S(O)2-R3、-S(O)2-N(R3R4)、N(R3R4)、N(R4)C(O)R3、任意選択により置換されたアリール、又は任意選択により置換されたヘテロアリールであり、
R2は、H、D(重水素)、ハロゲン、又は任意選択により置換されたアルキルであり、
各R3は、独立に、
(i)H、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、又は置換ヘテロアリール、
(ii)ヘテロシクロアルキル又は置換ヘテロシクロアルキル、
(iii)-C1〜C8アルキル、-C2〜C8アルケニル又は-C2〜C8アルキニル(それぞれO、S、又はNから選択される0、1、2、又は3個のヘテロ原子を含有する)、-C3〜C12シクロアルキル、置換-C3〜C12シクロアルキル、-C3〜C12シクロアルケニル、又は置換-C3〜C12シクロアルケニル(それぞれ任意選択により置換されていてよい)
(iv)NH2、N=CR4R6
からなる群から選択され、
各R4は、独立に、H、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、若しくはヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換される、又はR3及びR4は、それらが結合している炭素原子と一緒に、4〜10員環を形成し、
R6は、アルキル、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ヘテロシクロアルキル、アリール、若しくはヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換される、又はR4及びR6は、それらが結合している炭素原子と一緒に、4〜10員環を形成し、
mは0、1、2、又は3であるが、
但し
(a)環Aがチエニルであり、XがNであり、Rがフェニル又は置換フェニルであり、R2がHであり、RBがメチルであり、Riが-(CH2)n-L(式中、nが1であり、Lが-CO-N(R3R4)である)の場合、R3及びR4は、それらが結合している窒素原子と一緒には、モルホリノ環を形成せず、
(b)環Aがチエニルであり、XがNであり、Rが置換フェニルであり、R2がHであり、RBがメチルであり、Riが-(CH2)n-L(式中、nが1であり、Lが-CO-N(R3R4)である)であり、R3及びR4の一方がHである場合、R3及びR4の他方は、メチル、ヒドロキシエチル、アルコキシ、フェニル、置換フェニル、ピリジル又は置換ピリジルではなく、
(c)環Aがチエニルであり、XがNであり、Rが置換フェニルであり、R2がHであり、RBがメチルであり、Riが-(CH2)n-L(式中、nが1であり、Lが-COO-R3である)の場合、R3はメチル又はエチルではないものとする。
各RAは、独立に、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、若しくはヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換される、又は任意の2つのRAは、それぞれが結合している原子と一緒に、縮合アリール基若しくはヘテロアリール基を形成することができ、
Rは、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、又はヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換され、
R'1は、H、-COO-R3、-CO-R3、任意選択により置換されたアリール、又は任意選択により置換されたヘテロアリールであり、
各R3は、独立に、
(i)H、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、又は置換ヘテロアリール、
(ii)ヘテロシクロアルキル又は置換ヘテロシクロアルキル、
(iii)-C1〜C8アルキル、-C2〜C8アルケニル又は-C2〜C8アルキニル(それぞれO、S、又はNから選択される0、1、2、又は3個のヘテロ原子を含有する)、-C3〜C12シクロアルキル、置換-C3〜C12シクロアルキル、-C3〜C12シクロアルケニル、又は置換-C3〜C12シクロアルケニル(それぞれ任意選択により置換されていてよい)
からなる群から選択され、
mは0、1、2、又は3であるが、
但しR'1が-COO-R3であり、XがNであり、Rが置換フェニルであり、RBがメチルである場合、R3はメチル又はエチルではないものとする。
Rは、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、又はヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換され、
各R3は、独立に、
(i)H、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、又は置換ヘテロアリール、
(ii)ヘテロシクロアルキル又は置換ヘテロシクロアルキル、
(iii)-C1〜C8アルキル、-C2〜C8アルケニル又は-C2〜C8アルキニル(それぞれO、S、又はNから選択される0、1、2、又は3個のヘテロ原子を含有する)、-C3〜C12シクロアルキル、置換-C3〜C12シクロアルキル、-C3〜C12シクロアルケニル、又は置換-C3〜C12シクロアルケニル(それぞれ任意選択により置換されていてよい)
(iv)NH2、N=CR4R6
からなる群から選択され、
各R4は、独立に、H、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、若しくはヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換される、又はR3及びR4は、それらが結合している窒素原子と一緒に、4〜10員環を形成し、
R6は、アルキル、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ヘテロシクロアルキル、アリール、若しくはヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換される、又はR4及びR6は、それらが結合している炭素原子と一緒に、4〜10員環を形成し、
mは0、1、2、又は3であるが、
但し
(a)環Aがチエニルであり、XがNであり、Rがフェニル又は置換フェニルであり、RBがメチルである場合、R3及びR4は、それらが結合している窒素原子と一緒には、モルホリノ環を形成せず、
(b)環Aがチエニルであり、XがNであり、Rが置換フェニルであり、R2がHであり、RBがメチルであり、R3及びR4の一方がHである場合、R3及びR4の他方は、メチル、ヒドロキシエチル、アルコキシ、フェニル、置換フェニル、ピリジル又は置換ピリジルではないものとする。
RBは、H、アルキル、ヒドロキシルアルキル、アミノアルキル、アルコキシアルキル、ハロアルキル、ヒドロキシ、アルコキシ、又は-COO-R3であり、それぞれ任意選択により置換され、
環Aは、アリール又はヘテロアリールであり、
各RAは、独立に、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、若しくはヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換される、又は任意の2つのRAは、それぞれが結合している原子と一緒に、縮合アリール基若しくはヘテロアリール基を形成することができ、
Riは、-(CH2)n-Lであり、nは0〜3であり、Lは、H、-COO-R3、-CO-R3、-CO-N(R3R4)、-S(O)2-R3、-S(O)2-N(R3R4)、N(R3R4)、N(R4)C(O)R3、任意選択により置換されたアリール、又は任意選択により置換されたヘテロアリールであり、
R2は、H、D、ハロゲン、又は任意選択により置換されたアルキルであり、
各R3は、独立に、
(i)H、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、又は置換ヘテロアリール、
(ii)ヘテロシクロアルキル又は置換ヘテロシクロアルキル、
(iii)-C1〜C8アルキル、-C2〜C8アルケニル又は-C2〜C8アルキニル(それぞれO、S、又はNから選択される0、1、2、又は3個のヘテロ原子を含有する)、-C3〜C12シクロアルキル、置換-C3〜C12シクロアルキル、-C3〜C12シクロアルケニル、又は置換-C3〜C12シクロアルケニル(それぞれ任意選択により置換されていてよい)、
(iv)NH2、N=CR4R6
からなる群から選択され、
各R4は、独立に、H、アルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、若しくはヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換される、
又はR3及びR4は、それらが結合している窒素原子と一緒に、4〜10員環を形成し、
R6は、アルキル、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ヘテロシクロアルキル、アリール、若しくはヘテロアリールであり、それぞれ任意選択により置換される、又はR4及びR6は、それらが結合している炭素原子と一緒に、4〜10員環を形成し、
mは0、1、2、又は3であるが、
但し
(a)環Aがチエニルであり、XがNであり、R2がHであり、RBがメチルであり、Riが-(CH2)n-L(式中、nが0であり、Lが-CO-N(R3R4)である)の場合、R3及びR4は、それらが結合している窒素原子と一緒には、モルホリノ環を形成せず、
(b)環Aがチエニルであり、XがNであり、R2がHであり、RBがメチルであり、Riが-(CH2)n-L(式中、nが0であり、Lが-CO-N(R3R4)である)であり、R3及びR4の一方がHである場合、R3及びR4の他方は、メチル、ヒドロキシエチル、アルコキシ、フェニル、置換フェニル、ピリジル又は置換ピリジルではなく、
(c)環Aがチエニルであり、XがNであり、R2がHであり、RBがメチルであり、Riが-(CH2)n-L(式中、nが0であり、Lが-COO-R3である)の場合、R3はメチル又はエチルではないものとする。
ヒトゲノムは、約107のチロシンプロテインホスファターゼを含有する(Alonso Aら、(2004) Cell 117: 699〜711)が、セリン-トレオニン(Ser/Thr)プロテインホスファターゼはごく少数である。Ser/Thrプロテインホスファターゼは、3つの構造的に異なったファミリーであるPPM、PPP及びFCP/SCPに分類される。プロテインホスファターゼ2A(PP2A)は、PPPファミリーに属し、多くの細胞機能及び制御の必須面に関与し得る主要Ser/Thrホスファターゼである(Janssens V & Goris J (2001) Biochem J 353:417〜439; Virshup D (2000) Curr Opin Cell Biol 12:180〜185; Lechward Kら(2001) Acta Biochem Pol 48:921〜933)。いくつかの推定から、PP2Aは、哺乳類細胞中の全てのSer/Thrホスファターゼ活性の大部分の原因となり得る。PP2Aは、細胞周期調節、細胞増殖のコントロール、発達、多重シグナル変換経路の制御、細胞骨格動態及び細胞移動度において主要な役割を果たす。PP2Aの必須機能は、PP2Aの触媒サブユニットが、種のうちでも最も保存されている酵素であるという事実によって反映される(Cohen Pら(1990) FEBS Lett 268:355〜359)。
Bcl-2タンパク質は、がん及び正常細胞の両方におけるアポトーシスの重要な調整剤として機能する。Bcl-2タンパク質は、アポトーシスをチェックして、細胞を生き延びるために健康かつ有用にする働きをする。このタンパク質ファミリーは、Bcl-2、Bcl-xL、及びMcl-1等の抗アポトーシスタンパク質、並びにBid、Bim、Bad、Bak及びBaxを含めたアポトーシス促進分子を含む。Bcl-2及びBcl-xLタンパク質は、Bak、Bax、Bim、Bid、Puma、及びBad等のアポトーシス促進Bcl-2ファミリータンパク質とのヘテロ二量化によりアポトーシスを阻害する。
カゼインプロテインキナーゼ2(CK2)は、細胞成長及び増殖並びにアポトーシスの制御を含めた細胞内の複数の機能に関与する、遍在するタンパク質セリン/トレオニンキナーゼである(例えば、Tawficら、2001、Histol. HistopathoL、16:573〜82参照)。CK2は、高度に保存された酵素であり、細胞の生存に必須であることが示唆されてきた。キナーゼは、2つのβサブユニットと錯体を形成する2つの触媒サブユニット(α及び/又はα')からなるヘテロ四量体である。CK2が細胞成長を制御するための一手段は、核基質及びクロマチンが優先的な標的であるように見える核の中のシグナル伝達を通す。CK2インヒビターは、DNA及びRNAアプタマー、アンチセンスオリゴヌクレオチド、siRNA及びshRNA等の核酸、小ペプチド、抗体又は抗体フラグメント、並びに小分子化合物等の小分子を含めた、任意の分子又は化合物であってよい。
遺伝子転写の活性化は、DNA中の転写エンハンサー部位を認識する因子によって誘発される多段階プロセスである。これらの因子は、コアクチベーターと共に作用し、RNAポリメラーゼII装置による転写開始を誘導する。RNAポリメラーゼII転写サブユニット1(MED1)タンパク質のメディエーターは、TFIIDと共に、SP1による効率的な活性化に必要とされるCRSP(SP1活性化に必要な補助因子)複合体のサブユニットである。このタンパク質は、他のマルチサブユニット複合体(例えば、TRと相互作用し、開始因子及び補助因子と連動してDNA鋳型上のTR機能を促進する甲状腺ホルモン受容体-(TR-)関連タンパク質)の成分でもある。また、p53依存的アポトーシスも制御し、脂質生成に必須である。このタンパク質は、自己オリゴマー形成能を有することが知られている。
本開示の一態様は、BETインヒビター及びプロテインホスファターゼ2A(PP2A)アクチベーター、B細胞リンパ腫-2(Bcl-2)インヒビター 巨大B細胞リンパ腫(Bcl-xl)インヒビター、カゼインキナーゼ2(CK2)インヒビター及び/又はメディエーター複合体サブユニット1(MED1)インヒビターを含む医薬組成物に関する。本明細書に記載されている医薬組成物は、それを必要とする対象において、BETインヒビターに抵抗性を持つ又は抵抗性を生じる危険性があるがん等のがんを治療及び/又は予防する際に有用となりうる。本明細書に記載されている医薬組成物は、それを必要とする対象において、BETインヒビターを用いる治療に対するがんの抵抗性を低減する、遅延させる、及び/又は予防する際に有用でありうる。
本発明の一部の態様は、ブロモドメイン及びエキストラ末端(BET)インヒビター治療に抵抗性を持つ又は抵抗性を生じる危険性があるがんを有するものとして対象を特定するための方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、BETインヒビター治療を受けている対象から得た腫瘍サンプルにおいて、ブロモドメイン含有タンパク質4(BRD4)の細胞内の位置を決定するアッセイを実施する工程と、BRD4が核局在性を有する場合、BETインヒビター治療に抵抗性を持つ又は抵抗性を生じる危険性があるがんを有するものとして対象を特定する工程とを含む。
転写により定義されるサブタイプ:管腔、HER2+、及びTNBC(基底及び間葉系サブセットの両方)を反映する乳がん細胞のパネルにおいて、BBIの効果を最初に評価した3、22。JQ1に加えて、構造的に異なる化学プローブ(iBET151、PFI-1)、治験薬(iBET、GSK-762; Y803、OTX-015)、及び不活性類似体(アルプラゾラム及び不活性JQ1エナンチオマー、R-JQ1)のサンプルを調製した。ほとんどのTNBC細胞株の増殖は、低いnM範囲において、IC50に関する効能比例方式において著しく阻害されたが、管腔細胞株は比較的抵抗性であった(図1A)。BETブロモドメインに関するTNBC細胞の依存度は、RNA干渉によって確認され、このことによって、BRD4の下方調節は、ほとんど一貫してBBIの表現型をそっくり写しとったものであることが明らかとなった(図1B、図7A〜図7B)。
次に、総合的なエピゲノム分析を使用して、TNBCにおけるBBIの直接的な転写標的を特定した。予め固定し、断片化した核クロマチンのリガンド-アフィニティークロマトグラフィーを超並列DNAシークエンシング(Chem-seq)27と一組にすることによって、エピゲノム内の別々の作用部位にクロマチン活性小分子を空間的に位置づけることができる技術を報告した。Chem-seqは、JQ1(Bio-JQ1)27、及びBBI感受性TNBC細胞株(SUM159)の回復可能な、ビオチン化誘導体を使用して実施した。BBIの機能部位は、富化配列リードをヒトゲノムにアラインし、プロモーター(ヒストン3リシン4トリメチル化;H3K4me3)、エンハンサー(ヒストン3リシン27アセチル化;H3K27ac)及びBRD4コアクチベーターに対してChIP-seqデータと局所的且つ全体的に比較することによってマッピングした。ブロモドメインインヒビター結合を、ゲノム全体で、活性エンハンサーのBRD4の富化且つ強い富化の部位にほぼ完全に共存する(図2B)、活性プロモーター及びエンハンサー領域で特定する(図2A)。期待されるように、BBIは、処理されたTNBC細胞におけるクロマチン結合BDR4を有効に移動させることが分かった(図2C)。この効果は、Chem-seqによってBio-JQ1富化の上昇を示すゲノム領域でより顕著であり(図2D)、最も高い富化部位でBRD4結合の破壊が増強されることを裏付けた。第2のBBI感受性TNBC株である、SUM149細胞におけるBRD4 ChIP-seq研究により、これらの知見を確認した(図9A)。
獲得された抵抗性は、標的化療法のほぼ必然的な特徴である。標的化療法に対する抵抗性を精査することは、薬物及び標的の作用機構を説明し、患者を治療する又は患者の薬物抵抗性を予期するための手法を示唆するのに重要である。したがって、漸増用量のJQ1において、SUM159細胞及びSUM149細胞の長期培養によって、BBI抵抗性TNBC細胞を確立した。
BRD4への持続的な依存及び遺伝学による説明の欠如により、薬物抵抗性の根底にあるエピゲノム機構について検討することとした。ゲノム全体での、クロマチン構造、BRD4、及びJQ1の局在化が、SUM159Rで測定され、SUM159とのペアワイズ比較が可能となった。差分SE分析により、マクロファージ及び内皮細胞における炎症の遷移についての研究において記載されているように26、BRD4の機能に起因する細胞状態の動的変化を研究する強力なツールであることが判明した。推定のBRD4に依存する細胞状態の変化を特徴付けるために、感受性細胞及び抵抗性細胞のBio-JQ1 Chem-seqプロファイルを比較した。差分SE分析により、抵抗性SUM159R細胞におけるSEの数の著しい取得と、より少ないSEのあまり顕著ではない消失が見られた(図4A)。Bio-JQ1のSEの取得は、これらの遺伝子座に結合するBRD4に対する富化(図4B)と、また、関連する遺伝子の転写の増加(図4C)とに関連する。上の中で、SUM159細胞において取得されたスーパーエンハンサーは、BCL-xL座で豊富なH3K27acの上流領域及び遺伝子内領域にあった(図4D)。特に、BCL-xLは、発現プロファイリングによれば、抵抗性細胞における、数少ない、高度に上方調節された遺伝子のうちに入っており、その発見は、免疫ブロットによって確認された(図11A)。この抗アポトーシス因子の調節解除された発現の増加によって、JQ1を用いる長期処理の間に、アポトーシスに対する抵抗性が付与されうる。
対のブロモドメインに加えて、BRD4は、定義された遺伝子調節因子に結合するさらなる構造上の特徴を有する。実際に、BRD4は、コーンバーグ39によるメディエーター関連因子として、最初に特定された。より最近のプロテオミクス研究により、エキストラ末端ドメインのATAD5、CHD4、GLTSCR1、JMJD6、及びNSD340への強い結合、並びに遠位カルボキシ末端のCDK9及びサイクリン-T141への強い結合が明らかにされた。これらの因子の多くは、それら自身のエピジェネティックリーダー分子、及びその機能がBRD4のブロモドメインと独立した動員に寄与しうる、より大きな巨大分子複合体を有する。感受性SUM159細胞と抵抗性SUM159細胞の間の、BRD4関連複合体における、潜在的な差を開示するために、JQ1の存在下及び非存在下で、RIME(内因性タンパク質の急速な免疫沈降質量分析(rapid immunoprecipitation mass spectrometry of endogenous proteins))42を使用して、公平なプロテオーム分析を実施した。
最近の研究により、BRD4の安定性及び核局在が、カゼインキナーゼII(CK2)によるリン酸化に伴って増加することが報告された43。BBI抵抗性に対するBRD4のリン酸化の寄与を探索するために、親の細胞及び抵抗性細胞において、免疫ブロット分析を実施し、抵抗性細胞におけるホスホBRD4(pBRD4)の顕著な増加を発見した(図6A及び図13D)。CK2の小分子阻害により、SUM159細胞及びSUM159R細胞におけるBRD4のリン酸化は減少した(図13E)。これらの結果により、BRD4は、CK2によるリン酸化の増加によって、又は、或いは、未だ同定されていないBRD4ホスファターゼによる脱リン酸化を減少させることによってのいずれかで、抵抗性細胞において、過剰リン酸化されることが示された。これらの意見を調査するために、全CK2物質の免疫ブロットを実施することによって、親の細胞及び抵抗性細胞において、最初のCK2活性を分析した。構成的に活性なキナーゼとして、CK2について記載する先行データ44と一致して、感受性細胞株と抵抗性細胞株の間のCK2活性の有意な差は検出されなかった(図13F)。
トリプルネガティブ乳がんは、有効な標的化療法を欠く、唯一の主要な乳腺腫瘍の亜型である4。初期段階のTNBC患者のサブセットは、化学療法に十分に応答するが、大多数は、治療選択肢が限定される転移性疾患により、急速に再発する。したがって、新規な治療戦略が緊急に必要とされる。TNBCのがんゲノムシークエンシング研究によっては、依存性が認識されていないため、非遺伝子標的に対する調査を必要とする療法2を探索することができる遺伝変異を特定することができなかった。BET阻害に対する理論的解釈はTNBCにおいて確認され、これは、コア調節回路の確固たる理解を先取りするものである。
細胞株及び乳腺腫瘍組織
乳腺細胞株をthe ATCC and Dr. Steve Ethier、University of Michigan、Ann Arbor、MI(SUMシリーズ)から得た。提供者に勧められた培地中で細胞を培養し、それらの同一性をSTR分析によって確認し、及びマイコプラズマについて規則的に試験した。DF/HCC治験審査委員会によって承認されたプロトコルを使用して、乳腺腫瘍試料を収集した。腫瘍をレーザーブレードで切り刻み、2mg/mLのBSA、2mg/mLのコラゲナーゼIV、及び2mg/mLのヒアルロニダーゼを有するDMEM/F12中で、37℃で、3〜4時間撹拌しながら消化した。消化の後、500ミクロンのメッシュを通して濾過し、5%のFBSを有するDMEM/F12中で洗浄し、5%のFBS及び10%のDMSO中で冷凍し、次の異種移植片の研究のために液体窒素中で保存した。
パネルの化合物(Bradner labにおいて合成された)を、記載されているように8、本質的に、半自動化スクリーニングを使用して、ウェル当たり2,000個の細胞で、384ウェル形式において29人のヒト乳腺細胞株で試験した。72時間における細胞生存能を、ATPlite (Perkin Elmer社)を使用して評価した。
SUM149細胞、SUM149R細胞、SUM159細胞、及びSUM159R細胞を、無菌の、白色の、不透明な、384ウェルのマイクロタイタープレート(Thermo社)に、50μlの培地中、1ウェル当たり1,000個の細胞で、自動分配装置(BioTek EL406)を使用して、播種した。薬物は、JANUSワークステーション(100nl)を用いて、ロボットピン移動によって、DMSOに送達し、各化合物の対(各対は、8つの複製を有する)の用量応答インキュベーションのマトリックスを実現した。72時間のインキュベーションの後、処理した細胞とビヒクル対照について、ATPレベルを決定した(ATPlite、PerkinElmer社)。データをビヒクル対照に対して正規化した。組合せ指数は、Chou及びTalalay49の中位効果原理(CalcuSyn Software)を使用して決定した。アイソボログラムプロットをGraphPad Prismソフトウェアを用いて作成した。点は、相乗作用について評価した薬物濃度の対応する値を表す。対角線は薬物相加性を示す。線の上の点は、拮抗する薬物の組合せを表し、線の下の点は相乗的な薬物の組合せを表す。相乗作用アッセイは三連で実施し、2〜3回繰り返した。
異種移植片アッセイに対し、5〜6週齢の雌のCrTac:NCr-Foxn1nu及びNOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Sug/JicTacマウスをTaconicから購入した。腫瘍は、DMEM/F12又はMedium 171において、50%のMatrigel(BD Biosciences社)中1×106個の細胞(Medium 171中3%のFBS及び4mg/mlのコラーゲンゲルを用いて注射したIDC50-X細胞を除く)を両側、同所性、乳腺脂肪体注射によって誘導した。動物実験は、Dana-Farber Cancer Institute Animal Care and Use Committeeにより承認されたプロトコル11-023に従って行った。すべての異種移植片研究について、各群の標本サイズ(5〜10頭のマウス)を図に示した。
細胞生存能及び成長アッセイ(図1A〜図1B、図3A〜図3E、図3G、図5D〜図5F、図6C、図6E、図6I、図7A、図10D、図14A〜図14C)、周期、アポトーシス、及びMDRアッセイを三連で実施し、2〜3回繰り返した。細胞増殖アッセイに対し、細胞を、96ウェルプレートにウェル当たり500個の細胞でプレーティングし、翌日、インヒビター、DMSO又はドキシサイクリン(500ng)で処理した。細胞を上述の培地中、5%のCO2を用いて、37℃で培養し、細胞生存能を、処理の3日後に、CellTiter-Gloを使用して測定した。細胞成長アッセイに対し、細胞を、6ウェルプレートにウェル当たり5000個(SUM159)又は20000個(SUM149)の細胞でプレーティングし、翌日、インヒビターで処理した。細胞を、セルカウンターにより3日毎に計数した。細胞アポトーシスは、APCアネキシンV/7ADDアポトーシス検出キット(BD Pharmingen社)を用いて分析した。アネキシンV/7AADの評価及び細胞周期のグラフィックは、Windows用FlowJoソフトウェアV7.6.1(Tree Star)を使用して作成した。老化ベータ-gal染色は、Cell signaling社からの老化βガラクトシダーゼ染色キットを使用して実施した。簡単には、72時間のJQ1処理(500nM)の後、SUM159細胞及びMDA-MB-231細胞をFixative Solutionで15分間固定し、37℃で、終夜、βガラクトシダーゼ溶液によりインキュベーションした。染色は、青色の発色について、顕微鏡かでチェックした。Multi-Drug Resistance AssayをCayman Chemical社からのMDRアッセイキット(600370)を用いて実施した。簡単には、SUM159細胞及びSUM159R細胞を、SUM培地中で、JQ1又はDMSOを用いて、30分間処理した。ベラパミルを、1:1000希釈で陽性対照として使用した。その後、Calcein AM/Hoechst Dye染色溶液を添加し、細胞を、37℃で、15分間インキュベートした。細胞を、蛍光顕微鏡法及びFACSによって分析した。
免疫蛍光のために使用される抗体は、CK18(Dako社、M7010)、CK17(Dako社、M7046)、HMW(Dako社、M0630)、LMW(Dako社、M0631)、CD44(NeoMarkers社、MS-668-P1)、CD24(NeoMarkers社、MS-1279-P1)、p-STAT3(Cell Signaling社、9145S)、VIM(Dako社、M073501)、CDH1(BD Biosciences社、610181)、FLAG(Sigma社、F1804)、BrdU(Roche社、11170376001)であった。免疫蛍光実験は、培養細胞中、又はホルマリンで固定したパラフィン包埋(FFPE)異種移植片腫瘍の全切片中で実施した。染色を、記載されているように50実施した。抗体の希釈は以下の通りであった:pSTAT3(1:25)、CD44(1:100)、CD24(1:100)、CK18(1:200)、CK17(1:200)、HMK(1:200)、LMK(1:200)、VIM(1:100)、CDH1(1:100)、FLAG(1:50)、andBrdU(1:200)。
siRNAのために、トランスフェクション細胞を、96ウェルプレートにウェル当たり2,000個の細胞でプレーティングし、培地中、5%のCO2を用いて、37℃で培養した。翌日、細胞に、DharmaFECT 1(Dharmacon社)を使用して、目的の遺伝子に対するsiGENOME SMARTpools又は「Non-Targeting siRNA」対照を三連でトランスフェクトした。SMARTpoolsのsiRNAの配列を、Table 2(表3)に列挙する。細胞生存能を、トランスフェクションの3日後に、CellTiter-Glo(Promega社)を使用して測定し、各細胞株に関する各siRNA処理の効果を、siRNAなしの効果と比較した。
細胞を、RIPA緩衝液中で、siRNAを用いたトランスフェクションの後、5日間溶解した。タンパク質をSDSポリアクリルアミドゲル(4%〜12%)で分離し、トリスグリシン緩衝系を使用してPVDF膜に転写した。膜を、PBS中0.1%のTween20(PBS-T)中の5%の粉ミルクを用いて、室温で、1時間、ブロッキングした後、2.5%のミルクPBS-T中に1:1000で希釈した一次抗体を用いてインキュベートした。免疫沈降に対し、核抽出物を以下のように調製した:10×106個の細胞を、5mlの緩衝液A:10mMのトリス(pH7.9)、1.5mMのMgCl2、10mMのKCl、0.05%のNP-40、1mMのDTT、並びにプロテアーゼ及びホスファターゼインヒビター中に再懸濁した。細胞を、氷上で、15分間インキュベートし、5分毎に穏やかにボルテックスした。2,000gで5分間の遠心分離の後、ペレットを、0.3mlの緩衝液B(20mMのトリス(pH7.9)、25%のグリセロール、0.42MのNaCl、1.5mMのMgCl2、1mMのKCl、0.5%のNP40、0.2mMのEDTA、1mMのDTT、並びにプロテアーゼ及びホスファターゼインヒビター)中に再懸濁し、氷上で、5分間インキュベートした。14gで、4℃で、10分間、溶解物を遠心分離した後、上清を0.6mlの緩衝液Aで希釈し、最終0.5%までNP-40を添加し、DNase Iで処理した。次いで、試料を、1:100で希釈したBRD4又はFlag抗体を用いて、4℃で、終夜インキュベートし、免疫沈降物を、Dynabeads Protein G上で2時間収集した。ビーズを、150mMのNaCl及び0.5%のNP-40を含有する緩衝液Bで3回洗浄し、次いで、ゲルローディング緩衝液に再懸濁した。免疫ブロット及び免疫沈降実験を2〜3回繰り返した。
免疫ブロット、免疫沈降及びChip-seqのために使用した抗体は、以下の通りであった:BRD4(Bethyl社、A301-985A)、MED1(Bethyl社、A300-793a)、BRD3(Bethyl社、A302-368A)、BRD2(Bethyl社、A302-583A)、MYC(Santa Cruz社、sc764)、p-STAT3(Cell Signaling社、9145S)、STAT3(Cell Signaling社、4904)、p-STAT5(Cell Signaling社、9351)、p-JAK2(Cell Signaling社、3771)、CYCLIN D1(Cell Signaling社、2922)、p-H3(Cell Signaling社、12201)、CK2基質(Cell signaling社、8738)、PP2A-A(Cell signaling社、2039)、PP2A-C(Cell signaling社、2038)及びp-BRD4は、テキサス大学サウスウェスタンメディカルセンターのChiang博士から寄贈された。ChIP-seqに使用された抗体は、BRD4(Bethyl社) Histone H3K27ac(Abcam社、ab4729)であった。CXCR2インヒビター(239819)及びCK2インヒビター(218860)はCalBiochem社から、JAK2インヒビター(INC424)、MEKインヒビター(GSK1120212、S2673)及びPI3Kインヒビター(BKM120、S2247)はSelleckchem社から、フェノチアジン(1525707)及びペルフェナジン(1511000)はSigma社から、ABT-737(s1002)はSelleckchem社からのものであった。
SUM159細胞及びSUM159R細胞を、R/K-欠乏SILAC DMEM(paa社;E15-086)、10%の透析した血清(Sigma-Aldrich社;F0392)中で、「重い」標識培地に対しては800μMのL-リシン13C6 15N2塩酸塩及び482μMのL-アルギニン13C6 15N4塩酸塩(Cambridge Isotope lab)、又は「軽い」標識培地に対しては800μMのL-リシン12C6 14N2塩酸塩及び482μMのL-アルギニン12C6 14N4塩酸塩を補充して、成長させた。SILAC標識の後、RIMEを記載されているように42実施した。
Chem-seqを、本質的に、記載されているように27実施した。ChIP-seq:SUM159細胞及びSUM159R細胞(4×107)をSUM培地中で成長させた。次いで、培地を除去し、1%のホルムアルデヒド(EMグレード;tebu-bio)を含有する培地に置き換え、8分間架橋させた。架橋は、グリシンを最終濃度0.2Mまで添加することによってクエンチした。細胞を氷冷したPBSで洗浄し、PBS中で回収し、細胞ペレットをPBSで洗浄した。核画分を、最初に、ペレットを10mlのLB1緩衝液(50mMのHEPES-KOH[pH7.5]、140mMのNaCl、1mMのEDTA、10%のグリセロール、0.5%のNP-40又はIgepal CA-630、及び0.25%のTriton X-100)中に再懸濁することによって、4℃で10分間抽出した。細胞をペレット化し、10mlのLB2緩衝液(10mMのTris-HCL[pH 8.0]、200mMのNaCl、1mMのEDTA、及び0.5mMのEGTA)中に再懸濁し、5分間混合した。細胞をペレット化し、300μlのLB3緩衝液(10mMのTris-HCl[pH 8]、100mMのNaCl、1mMのEDTA、0.5mMのEGTA、0.1%のNa-デオキシコール酸、及び0.5%のN-ラウロイルザルコシン)に再懸濁し、covaris社のソニケーター中で10分間超音波処理した。合計30μlの10%のTriton X-100を添加し、溶解物を20,000rcfで10分間遠心分離して、デブリを精製した。次いで、上清を、20μgのBRD4抗体(Bethyl社、A301-985A)を予め結合させた100μlの磁気ビーズ(Life Technologies社)を用いてインキュベートし、免疫沈降(IP)を、冷蔵室で、終夜行った。ビーズを、1mlのRIPA緩衝液中で10回、100mMの炭酸水素アンモニウム(AMBIC)溶液中で2回洗浄した。DNAを溶離緩衝液(50mMのTris-HCl(pH8)、10mMのEDTA、及び1%のSDS)中で溶出させた。架橋を65℃で終夜元に戻した。RNAとタンパク質を、0.2mg/mLのRNase Aで2時間、続いて、0.2mg/mLのProteinase Kで1時間消化させた。DNAを、フェノールクロロホルム抽出及びエタノール沈殿で精製した。Illuminaシークエンシングのためのライブラリーを、Rubicon ThruPLEX-FDキットに従って、10〜12サイクルで調製した。
アクセスデータをこの文書で作成した。この公報で作成したすべてのChIP-seqデータ、Chem-seqデータ、及びRNA-seqデータは、GEO Publication Reference ID GSE63584(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)に関連するオンラインで見つけることができる。遺伝子セットとアノテーション。すべての分析は、RefSeq(NCBI37/HG19)ヒト遺伝子アノテーションを使用して実施した。RNA-seqデータ処理及び遺伝子発現の定量化。すべてのRNA-Seqデータセットを、ccb.jhu.edu/software/tophat/igenomes.shtmlから検索したIllumina igenomes NCBI37/HG19 UCSCトランスクリプトーム構造を使用するTophat252(バージョン2.0.11)使用してトランスクリプトームにアラインした。アラインメントは、デフォルトパラメータを使用して実施した。転写発現の定量化は、FPKMの単位で遺伝子発現値を作成するためのデフォルトパラメータを用いるCufflinks53(バージョン2.2.0)を使用して実施した。
Claims (61)
- がんを治療する方法であって、
それを必要とする対象に、がんの治療に有効な量の、ブロモドメイン及びエキストラ末端(BET)インヒビター並びにプロテインホスファターゼ2A(PP2A)アクチベーターを投与する工程
を含む方法。 - がんが、BETインヒビター単体による治療に抵抗性を持つ、請求項1に記載の方法。
- BETインヒビター及びPP2Aアクチベーターが、BETインヒビター単体又はPP2Aアクチベーター単体と比較して、がんの治療において相乗作用的である、請求項1又は2に記載の方法。
- BETインヒビターが、ブロモドメイン含有タンパク質2(BRD2)インヒビター、ブロモドメイン含有タンパク質3(BRD3)インヒビター、又はブロモドメイン含有タンパク質4(BRD4)インヒビターである、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- BETインヒビターが小分子である、請求項4に記載の方法。
- BETインヒビターが、JQ1又はその誘導体である、請求項5に記載の方法。
- PP2Aアクチベーターが小分子である、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
- PP2Aアクチベーターが、フェノチアジン化合物又はFTY720である、請求項7に記載の方法。
- フェノチアジン化合物が、クロルプロマジン、メソリダジン、チオリダジン、アセトフェナジン、フルフェナジン、ペルフェナジン、トルフルオペラジン、並びにこれらの薬学的に許容される塩及びエステルからなる群から選択される、請求項8に記載の方法。
- BETインヒビター及びPP2Aアクチベーターが、同時に又は連続して投与される、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。
- B細胞リンパ腫-2(Bcl-2)インヒビター、巨大B細胞リンパ腫(Bcl-xl)インヒビター、カゼインキナーゼ2(CK2)インヒビター、及び/又はメディエーター複合体サブユニット1(MED1)インヒビターを対象に投与する工程を更に含む、請求項1から10のいずれか一項に記載の方法。
- がんを治療する方法であって、
それを必要とする対象に、がんの治療に有効な量の、ブロモドメイン及びエキストラ末端(BET)インヒビター並びに巨大B細胞リンパ腫(Bcl-xl)インヒビターを投与する工程
を含む方法。 - がんが、BETインヒビター単体による治療に抵抗性を持つ、請求項12に記載の方法。
- BETインヒビター及びBcl-xlインヒビターが、BETインヒビター単体又はBcl-xlインヒビター単体と比較して、がんの治療において相乗作用的である、請求項12又は13に記載の方法。
- BETインヒビターが、ブロモドメイン含有タンパク質2(BRD2)インヒビター、ブロモドメイン含有タンパク質3(BRD3)インヒビター、又はブロモドメイン含有タンパク質4(BRD4)インヒビターである、請求項12から14のいずれか一項に記載の方法。
- BETインヒビターが小分子である、請求項15に記載の方法。
- BETインヒビターが、JQ1又はその誘導体である、請求項16に記載の方法。
- Bcl-xlインヒビターが小分子である、請求項12から17のいずれか一項に記載の方法。
- Bcl-xlインヒビターが、ABT737、ABT-263、AT101、Sabutoclax又はTW-37である、請求項18に記載の方法。
- BETインヒビター及びBcl-xlインヒビターが、同時に又は連続して投与される、請求項12から19のいずれか一項に記載の方法。
- プロテインホスファターゼ2A(PP2A)アクチベーター、B細胞リンパ腫-2(Bcl-2)インヒビター、カゼインキナーゼ2(CK2)インヒビター、及び/又はメディエーター複合体サブユニット1(MED1)インヒビターを対象に投与する工程を更に含む、請求項12から20のいずれか一項に記載の方法。
- がんを治療する方法であって、
それを必要とする対象に、がんの治療に有効な量の、ブロモドメイン及びエキストラ末端(BET)インヒビター並びにカゼインキナーゼ2(CK2)インヒビターを投与する工程
を含む方法。 - がんが、BETインヒビター単体による治療に抵抗性を持つ、請求項22に記載の方法。
- BETインヒビター及びCK2インヒビターが、BETインヒビター単体又はCK2インヒビター単体と比較して、がんの治療において相乗作用的である、請求項22又は23に記載の方法。
- BETインヒビターが、ブロモドメイン含有タンパク質2(BRD2)インヒビター、ブロモドメイン含有タンパク質3(BRD3)インヒビター、又はブロモドメイン含有タンパク質4(BRD4)インヒビターである、請求項22から24のいずれか一項に記載の方法。
- BETインヒビターが小分子である、請求項25に記載の方法。
- BETインヒビターが、JQ1又はその誘導体である、請求項26に記載の方法。
- CK2インヒビターが小分子である、請求項22から27のいずれか一項に記載の方法。
- CK2インヒビターが、CX-4945、DMAT、エラグ酸、又はTTP22である、請求項28に記載の方法。
- BETインヒビター及びCK2インヒビターが、同時に又は連続して投与される、請求項22から29のいずれか一項に記載の方法。
- プロテインホスファターゼ2A(PP2A)アクチベーター、B細胞リンパ腫-2(Bcl-2)インヒビター、巨大B細胞リンパ腫(Bcl-xl)インヒビター、及び/又はメディエーター複合体サブユニット1(MED1)インヒビターを対象に投与する工程を更に含む、請求項22から30のいずれか一項に記載の方法。
- がんを治療する方法であって、
それを必要とする対象に、がんの治療に有効な量の、ブロモドメイン及びエキストラ末端(BET)インヒビター並びにメディエーター複合体サブユニット1(MED1)インヒビターを投与する工程
を含む方法。 - がんが、BETインヒビター単体による治療に抵抗性を持つ、請求項32に記載の方法。
- BETインヒビター及びMED1インヒビターが、BETインヒビター単体又はMED1インヒビター単体と比較して、がんの治療において相乗作用的である、請求項32又は33に記載の方法。
- BETインヒビターが、ブロモドメイン含有タンパク質2(BRD2)インヒビター、ブロモドメイン含有タンパク質3(BRD3)インヒビター、又はブロモドメイン含有タンパク質4(BRD4)インヒビターである、請求項32から34のいずれか一項に記載の方法。
- BETインヒビターが小分子である、請求項35に記載の方法。
- BETインヒビターが、JQ1又はその誘導体である、請求項36に記載の方法。
- MED1インヒビターが、MED1とBRD4との間の相互作用を破壊する、請求項32から37のいずれか一項に記載の方法。
- MED1インヒビターが、小分子、抗体、ペプチド又はアンチセンス化合物である、請求項38に記載の方法。
- BETインヒビター及びMED1インヒビターが、同時に又は連続して投与される、請求項32から39のいずれか一項に記載の方法。
- プロテインホスファターゼ2A(PP2A)アクチベーター、B細胞リンパ腫-2(Bcl-2)インヒビター、巨大B細胞リンパ腫(Bcl-xl)インヒビター、及び/又はカゼインキナーゼ2(CK2)インヒビターを対象に投与する工程を更に含む、請求項32から40のいずれか一項に記載の方法。
- ブロモドメイン及びエキストラ末端(BET)インヒビター治療に抵抗性を持つ又は抵抗性を生じる危険性があるがんを有する対象を特定する方法であって、
BETインヒビター治療を受けた対象から得た腫瘍サンプル中のブロモドメイン含有タンパク質4(BRD4)の細胞内の位置を決定するアッセイを実施する工程と、
BRD4が核局在性を有する場合、BETインヒビター治療に抵抗性を持つ又は抵抗性を生じる危険性があるがんを有するものとして対象を特定する工程と
を含む方法。 - BRD4が細胞質内局在性を有する場合、対象が、BETインヒビター治療に抵抗性がないがんを有するものとして特定される、請求項42に記載の方法。
- BETインヒビターを、プロテインホスファターゼ2A(PP2A)アクチベーター、B細胞リンパ腫-2(Bcl-2)インヒビター、巨大B細胞リンパ腫(Bcl-xl)インヒビター、カゼインキナーゼ2(CK2)インヒビター、及び/又はメディエーター複合体サブユニット1(MED1)インヒビターと組み合わせて投与することによって、BETインヒビター治療に抵抗性を持つがんを有するものとして特定された対象を治療する工程を更に含む、請求項42に記載の方法。
- アッセイが、免疫組織化学、免疫蛍光、ラジオイムノアッセイ、ELISA、又はFACS分析を含む、請求項42から44のいずれか一項に記載の方法。
- BRD4の細胞内の位置が、抗体を免疫蛍光と併用して決定される、請求項45に記載の方法。
- ブロモドメイン及びエキストラ末端(BET)インヒビター治療に抵抗性を持つ又は抵抗性を生じる危険性があるがんを有する対象を特定する方法であって、
がんを有する対象から得た腫瘍サンプル中のリン酸化ブロモドメイン含有タンパク質4(pBRD4)の非リン酸化BRD4(BRD4)に対する比を決定するアッセイを実施する工程と、
pBRD4のBRD4に対する比が、対照のpBRD4のBRD4に対する比と比較して高い場合、BETインヒビター治療に抵抗性を持つ又は抵抗性を生じる危険性があるがんを有するものとして対象を特定する工程と
を含む方法。 - pBRD4のBRD4に対する比が、対照のpBRD4のBRD4に対する比と比較して低い場合又は変わらない場合、対象が、BETインヒビター治療に抵抗性がないがんを有するものとして特定される、請求項47に記載の方法。
- BETインヒビターを、プロテインホスファターゼ2A(PP2A)アクチベーター、B細胞リンパ腫-2(Bcl-2)インヒビター、巨大B細胞リンパ腫(Bcl-xl)インヒビター、カゼインキナーゼ2(CK2)インヒビター、及び/又はメディエーター複合体サブユニット1(MED1)インヒビターと組み合わせて投与することによって、BETインヒビター治療に抵抗性を持つがんを有するものとして特定された対象を治療する工程を更に含む、請求項47に記載の方法。
- アッセイが、免疫ブロット法、免疫組織化学、免疫蛍光、ラジオイムノアッセイ、ELISA、又はFACS分析を含む、請求項47から49のいずれか一項に記載の方法。
- pBRD4のBRD4に対する比が、免疫ブロット法によって決定される、請求項50に記載の方法。
- がんを治療する方法であって、
それを必要とする対象に、がんの治療に有効な量の、ブロモドメイン及びエキストラ末端(BET)インヒビター並びにB細胞リンパ腫-2(Bcl-2)インヒビターを投与する工程
を含む方法。 - がんが、BETインヒビター単体による治療に抵抗性を持つ、請求項52に記載の方法。
- BETインヒビター及びBcl-2インヒビターが、BETインヒビター単体又はBcl-2インヒビター単体と比較して、がんの治療において相乗作用的である、請求項52又は53に記載の方法。
- BETインヒビターが、ブロモドメイン含有タンパク質2(BRD2)インヒビター、ブロモドメイン含有タンパク質3(BRD3)インヒビター、又はブロモドメイン含有タンパク質4(BRD4)インヒビターである、請求項52から54のいずれか一項に記載の方法。
- BETインヒビターが小分子である、請求項55に記載の方法。
- BETインヒビターが、JQ1又はその誘導体である、請求項56に記載の方法。
- Bcl-2インヒビターが小分子である、請求項52から57のいずれか一項に記載の方法。
- Bcl-2インヒビターがABT-199である、請求項58に記載の方法。
- BETインヒビター及びBcl-2インヒビターが、同時に又は連続して投与される、請求項52から59のいずれか一項に記載の方法。
- プロテインホスファターゼ2A(PP2A)アクチベーター、巨大B細胞リンパ腫(Bcl-xl)インヒビター、カゼインキナーゼ2(CK2)インヒビター、及び/又はメディエーター複合体サブユニット1(MED1)インヒビターを対象に投与する工程を更に含む、請求項52から60のいずれか一項に記載の方法。
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