JP2023507816A - がんを治療するための方法及び組成物 - Google Patents

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Abstract

本開示は、がん治療における致死遺伝子対標的を、それらの発現及び活性を制御するための方法及び組成物とともに提供する。本明細書で開示される遺伝子対は、チロシンキナーゼ遺伝子（例えば、ＳＲＣ、ＲＯＮ、及びＹＥＳ）を含む。さらに、ＲＯＮに特異的なピラゾールベンズアミド阻害剤を含む、チロシンキナーゼ活性を制御するための方法及び組成物、並びに遺伝子制御のための方法が提供される。【選択図】図１３

Description

相互参照
[0001] 本願は、２０２０年１１月１７日に出願された米国仮特許出願第６３／１１４，９３０号、及び２０１９年１２月２０日に出願された米国仮特許出願第６２／９５１，４７９号の利益を主張し、それらのそれぞれは、その全体が参照により本明細書中に援用される。
背景
[0002] トリプルネガティブ乳がんは、乳がんの侵襲性の強いサブタイプであり、乳がん発症の約１５～２０％を占めると言われている。トリプルネガティブ乳がんは、がん細胞が感受性を示す特定の標的遺伝子が無いため、治療が困難である。
[0003] がん細胞を治療するための一手法は、がん細胞が感受性のある標的遺伝子を同定することを含む。例えば、両遺伝子の阻害が細胞死を引き起こす、合成致死性遺伝子対を同定することは、非がん細胞の生存率を維持する一方でがん細胞を死滅させる治療法として有用であると考えられる。
概要
[0004] 本明細書では、がんに対する標的化治療及び治療法のための改善された薬剤、並びにがん細胞を有効に標的にするために使用され得る薬剤の組み合わせに対する必要性が認識されている。
[0005] 一態様では、がんを有するか又は有することが疑われる対象を治療するための方法であって、表１から選択される１つ以上の遺伝子対の両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こす１つ以上の薬剤を治療有効量で対象に投与することを含む方法が本明細書に提供される。
[0006] いくつかの実施形態では、１つ以上の薬剤は、小分子、タンパク質、ペプチド、リボ核酸（ＲＮＡ）分子に加えて、エンドヌクレアーゼ複合体及びデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）構築物からなる群から選択される１つ以上のメンバーを含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ構築物は、エンドヌクレアーゼ遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼ遺伝子は、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、Ｃａｓは、Ｃａｓ９である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ構築物は、１つ以上の遺伝子対の遺伝子に導かれるガイドＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼ複合体は、エンドヌクレアーゼを含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質である。いくつかの実施形態では、小分子は、Ｓｒｃ阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、Ｓｒｃ阻害剤は、Ｎ－（２－クロロ－６－メチルフェニル）－２－［［６－［４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジニル］－２－メチル－４－ピリミジニル］アミノ］－５－チアゾールカルボキサミド一水和物（ダサチニブ）、Ｎ－（５－クロロ－１，３－ベンゾジオキソール－４－イル）－７－（２－（４－メチルピペラジン－１－イル）エトキシ）－５－（テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－４－イルオキシ）キナゾリン－４－アミン（サラカチニブ）、４－［（２，４－ジクロロ－５－メトキシフェニル）アミノ］－６－メトキシ－７－［３－（４－メチルピペラジン－１－イル）プロポキシ］キノリン－３－カルボニトリル（ボスチニブ）、（４－アミノ－５－（４－メチルフェニル）－７－（ｔ－ブチル）ピラゾロ［３，４－ｄ］－ピリミジン）、ＰＰ２（４－クロロフェニル）－７－（ｔ－ブチル）ピラゾロ［３，４－ｄ］－ピリミジン）（ＰＰ１）、１－ｔｅｒｔ－ブチル－３－（４－クロロフェニル）ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン－４－アミン（ＰＰ２）、６－（２，６－ジクロロフェニル）－２－｛［３－（ヒドロキシメチル）フェニル］アミノ｝－８－メチル－７Ｈ，８Ｈ－ピリド［２，３－ｄ］ピリミジン－７－オン（ＰＤ１６６３２６６）、（Ｅ）－Ｎ－［４－［３－クロロ－４－（ピリジン－２－イルメトキシ）アニリノ］－３－シアノ－７－エトキシキノリン－６－イル］－４－（ジメチルアミノ）ｂｕｔ－２－エナミド（ネラチニブ）、３－（２－イミダゾ［１，２－ｂ］ピリダジン－３－イルエチニル）－４－メチル－Ｎ－［４－［（４－メチルピペラジン－１－イル）メチル］－３－（トリフルオロメチル）フェニル］ベンズアミド（ポナチニブ）、（Ｅ）－Ｎ－［４－（３－クロロ－４－フルオロアニリノ）－３－シアノ－７－エトキシキノリン－６－イル］－４－（ジメチルアミノ）ｂｕｔ－２－エナミド（ペリチニブ）、Ｎ－ベンジル－２－［５－［４－（２－モルホリン－４－イルエトキシ）フェニル］ピリジン－２－イル］アセトアミド（チルバニブリン）、４－メチル－３－［（２－メチル－６－ピリジン－３－イルピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン－４－イル）アミノ］－Ｎ－［３－（トリフルオロメチル）フェニル］ベンズアミド（ＮＶＰ－ＢＨＧ７１２）、（２Ｓ，３Ｓ）－２，３－ジヒドロキシブタン二酸；６－（４－メチルピペラジン－１－イル）－Ｎ－（５－メチル－１Ｈ－ピラゾール－３－イル）－２－［（Ｅ）－２－フェニルエテニル］ピリミジン－４－アミン（ＥＮＭＤ－２０７６）、４－［４－［（５－ｔｅｒｔ－ブチル－２－キノリン－６－イルピラゾール－３－イル）カルバモイルアミノ］－３－フルオロフェノキシ］－Ｎ－メチルピリジン－２－カルボキサミド（レバスチニブ）又はそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、小分子は、Ｙｅｓ阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、Ｙｅｓ阻害剤は、（３Ｚ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２－オキソ－３－（４，５，６，７－テトラヒドロ－１Ｈ－インドール－２－イルメチリデン）－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インドール－５－スルホンアミド）（ＳＵ－６６５６）を含む。いくつかの実施形態では、小分子は、Ｒｏｎ阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｎ阻害剤は、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＢＭＳ７７７６０７）、Ｎ１’－［３－フルオロ－４－［［６－メトキシ－７－（３－モルホリノプロポキシ）－４－キノリル］オキシ］フェニル］－Ｎ１－（４－フルオロフェニル）シクロプロパン－１，１－ジカルボキサミド（フォレチニブ）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チアゾロ［５，４－ｄ］ピリミジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－００９、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（７－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）－１，６－ナフチリジン－４－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０１５、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（６－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）－１Ｈ－インダゾール－３－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０１８、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チアゾロ［４，５－ｂ］ピリジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０３５、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チエノ［３，２－ｂ］ピリジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－００６、図２１）、１－（２－（２，６－ジフルオロフェニル）－４－オキソチアゾリジン－３－イル）－３－（４－（（７－（３－（４－エチルピペラジン－１－イル）プロポキシ）－６－メトキシキノリン－４－イル）オキシ）－３，５－ジフルオロフェニル）尿素（ＥＮＧ－０１３、図２１）、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＥＮＧ－００７、図２１）、又はそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、がんは、乳がんである。いくつかの実施形態では、乳がんは、トリプルネガティブ乳がんである。
[0007] 別の態様では、がんを有するか又は有することが疑われる対象を治療するための組成物であって、表１から選択される１つ以上の遺伝子対の発現又は活性の低減を引き起こすのに有効な量で存在する少なくとも１つの薬剤を含む製剤を含む組成物が本明細書で開示される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの薬剤は、小分子、タンパク質、ペプチド、リボ核酸（ＲＮＡ）分子に加えて、エンドヌクレアーゼ複合体及びデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）構築物からなる群から選択される１つ以上のメンバーを含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ構築物は、エンドヌクレアーゼ遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼ遺伝子は、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質をコードする。いくつかの実施形態では、Ｃａｓは、Ｃａｓ９である。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ構築物は、１つ以上の遺伝子対の遺伝子に導かれるガイドＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼ複合体は、エンドヌクレアーゼを含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質である。いくつかの実施形態では、小分子は、ＳＲＣ阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、ＳＲＣ阻害剤は、Ｎ－（２－クロロ－６－メチルフェニル）－２－［［６－［４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジニル］－２－メチル－４－ピリミジニル］アミノ］－５－チアゾールカルボキサミド一水和物（ダサチニブ）を含む。いくつかの実施形態では、小分子は、Ｙｅｓ阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、Ｙｅｓ阻害剤は、（３Ｚ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２－オキソ－３－（４，５，６，７－テトラヒドロ－１Ｈ－インドール－２－イルメチリデン）－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インドール－５－スルホンアミド（ＳＵ－６６５６）を含む。いくつかの実施形態では、小分子は、Ｒｏｎ阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、Ｒｏｎ阻害剤は、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＢＭＳ７７７６０７）、又はＮ１’－［３－フルオロ－４－［［６－メトキシ－７－（３－モルホリノプロポキシ）－４－キノリル］オキシ］フェニル］－Ｎ１－（４－フルオロフェニル）シクロプロパン－１，１－ジカルボキサミド（フォレチニブ）を含む。いくつかの実施形態では、がんは、乳がんである。いくつかの実施形態では、乳がんは、トリプルネガティブ乳がんである。
[0008] 本開示のさらなる態様及び利点は、本開示のあくまで例示的な実施形態が示され、説明される以下の詳細な説明から当業者に容易に理解されるであろう。理解されるであろうが、本開示は、他の異なる実施形態を可能にし、そのいくつかの詳細は、様々な明白な観点での修飾を可能にし、ここで全ては本開示から逸脱することがない。したがって、図面及び説明は、限定的なものでなく、本質的に例示的なものであるとみなされるべきである。
参照による援用
[0009] 本明細書に記載のすべての刊行物、特許、及び特許出願は、各個別の刊行物、特許、及び特許出願が、参照により援用されるべく具体的且つ個別に示された場合と同じ程度に参照により本明細書中に援用される。参照により援用された刊行物及び特許又は特許出願が本明細書中に含まれる開示内容に矛盾する範囲で、本明細書は、いずれかのかかる矛盾する内容に対して代替し、及び／又は優位性があるように意図される。
図面の簡単な説明
[0010] 本発明の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲内で具体的に示される。本発明の特徴及び利点のより十分な理解は、本発明の原理や、以下の添付の図面（さらに本明細書中の「図（Figure）」及び「図（FIG.）」）が利用された、例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明を参照することによって得られるであろう。
[0011]ＣＲＩＳＰＲベースの突然変異誘発を使用し、遺伝子対の発現を低減するためのワークフローを模式的に示す。 [0012]ＣＲＩＳＰＲベースのスクリーニングにおける細胞生存率に対するＳＲＣ及びＹＥＳの二重突然変異の影響を示すデータ例を示す。細胞生存率のバープロットを図示する。 [0012]ＣＲＩＳＰＲベースのスクリーニングにおける細胞生存率に対するＳＲＣ及びＹＥＳの二重突然変異の影響を示すデータ例を示す。細胞生存率のバイオリンプロットを図示する。 [0013]ＣＲＩＳＰＲベースの検証アッセイにおける細胞生存率に対するＳＲＣ及びＹＥＳ発現の二重阻害の影響を示すさらなるデータ例を示す。 [0014]Ｓｒｃ及びＹｅｓの発現を低減するためのリボ核酸（ＲＮＡ）手法のさらなるデータ例を示す。 [0015]Ｓｒｃ及びＹｅｓの活性を低減するための小分子手法のさらなるデータ例を示す。 [0016]ＳＲＣ及びＹＥＳ遺伝子産物関連シグナル伝達経路間の相互作用を模式的に示す。 [0017]ＳＲＣ、ＹＥＳ、又は両方の遺伝子によって制御されるいくつかの遺伝子の表を示す。 [0018]異なる腫瘍タイプにおけるＳＲＣ、ＹＥＳ、又は両方の遺伝子による遺伝子の突然変異の例についての表を図示する。 [0019]乳がん細胞におけるＳＲＣ及びＹＥＳ遺伝子の同時発現の範囲についての表を図示する。 [0020]Ｓｒｃ及びＹｅｓの阻害剤に対する細胞の感受性のデータ例を示す。 [0021]細胞生存率に対するＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子のＣＲＩＳＰＲベースの突然変異誘発の影響に関するデータ例を示す。細胞生存率のバープロットを図示する。 [0021]細胞生存率に対するＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子のＣＲＩＳＰＲベースの突然変異誘発の影響に関するデータ例を示す。細胞生存率のバイオリンプロットを図示する。 [0022]Ｓｒｃ阻害の存在下又は不在下でのＲｏｎ活性の阻害に対する様々ながん細胞株の感受性の影響を示す。ＢＭＳ７７７６０７を使用するＲｏｎ活性の阻害に対する細胞株の感受性のプロットを示す。 [0022]Ｓｒｃ阻害の存在下又は不在下でのＲｏｎ活性の阻害に対する様々ながん細胞株の感受性の影響を示す。フォレチニブを使用するＲｏｎの阻害に対する細胞株の感受性のプロットを示す。 [0022]Ｓｒｃ阻害の存在下又は不在下でのＲｏｎ活性の阻害に対する様々ながん細胞株の感受性の影響を示す。Ｍｅｔ／Ｒｏｎ阻害剤を使用するＲｏｎの阻害に対する細胞株の感受性のプロットを示す。 [0023]ＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子産物関連シグナル伝達経路間の相互作用を模式的に図示する。 [0024]Ｓｒｃ及びＲｏｎ機能により影響されるｐ８５におけるシグナル伝達経路（ＰＩ３Ｋ経路）のサブセットを模式的に示す。 [0025]がんタイプにおけるＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子対の同時発現及び同時活性化を示す。相関係数のプロットを示す。 [0025]がんタイプにおけるＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子対の同時発現及び同時活性化を示す。同時活性化のプロットを示す。 [0026]ＳＲＣ及びＲＯＮにおけるシグナル伝達経路を模式的に示す。ＳＲＣ及びＲＯＮのシグナル伝達経路を示す。 [0026]ＳＲＣ及びＲＯＮにおけるシグナル伝達経路を模式的に示す。ＳＲＣ及びＲＯＮの二重阻害が腫瘍増殖の抑制においていかに有効なことがあるかを模式的に示す。 [0027]腫瘍組織におけるＲＯＮ及びＳＲＣ発現のデータ例を示す。正常及びがん組織におけるＲＯＮ発現対ＳＲＣ発現のプロットを示す。 [0027]腫瘍組織におけるＲＯＮ及びＳＲＣ発現のデータ例を示す。トリプルネガティブ乳がん細胞におけるＳＲＣ及びＲＯＮの発現レベルについての表を示す。 [0028]ＳＲＣ阻害剤、ＲＯＮ阻害剤又は双方の組み合わせによる処理の関数としての腫瘍体積のインビボデータ例を示す。 [0029]ＲＯＮを選択的に阻害し得る化合物のデータ例を示す。 [0030]ＲＯＮを阻害することがある化合物の化学組成物例を示す。 [0031]ＲＯＮを阻害することがある化合物のさらなる化学組成物例を示す。
詳細な説明
[0032] 本発明の様々な実施形態が本明細書に示され、説明されている一方、かかる実施形態があくまで例として提示されることを当業者は理解するであろう。当業者は、本発明から逸脱しない条件で、極めて多数のバリエーション、変化、及び置換えを行ってもよい。本明細書に記載の本発明の実施形態に対する様々な代替案が採用されてもよいことは理解されるべきである。
[0033] 「少なくとも～」、「～より大きい」又は「～より大きいか又はそれに等しい」という用語は、常に、一連の２つ以上の数値における最初の数値に先行し、「少なくとも～」、「～より大きい」又は「～より大きいか又はそれに等しい」という用語は、その一連の数値における数値のそれぞれに適用される。例えば、１より大きいか又はそれに等しい、２、又は３は、１より大きいか若しくはそれに等しい、２より大きいか若しくはそれに等しい、又は３より大きいか若しくはそれに等しいに等しい。
[0034] 「～以下」、「～未満」、又は「～より小さいか又はそれに等しい」という用語は、常に、一連の２つ以上の数値における最初の数値に先行し、「～以下」、「～未満」、又は「～より小さいか又はそれに等しい」という用語は、その一連の数値における数値のそれぞれに適用される。例えば、３より小さいか又はそれに等しい、２、又は１は、３より小さいか又はそれに等しい、２より小さいか又はそれに等しい、又は１より小さいか又はそれに等しいに等しい。
[0035] 「対象」という用語は、本明細書で用いられるとき、一般に、動物、例えば哺乳動物（例えばヒト）、爬虫類、又は鳥類（例えばトリ）、又は他の生物、例えば植物を指す。例えば、対象は、脊椎動物、哺乳動物、齧歯類（例えばマウス）、霊長類、サル又はヒトであり得る。対象は、健常又は無症候な個体、疾患（例えばがん）若しくは疾患に対する素因を有するか若しくは有することが疑われる個体、及び／又は治療を必要とするか若しくは治療を必要とすることが疑われる個体であり得る。対象は、患者であり得る。
[0036] 「ゲノム」という用語は、本明細書で用いられるとき、一般に、対象からのゲノム情報を指し、それは例えば、対象の遺伝性情報の少なくとも一部又は全体であってもよい。ゲノムは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子でコードされ得、リボ核酸（ＲＮＡ）分子で発現されてもよい。ゲノムは、（例えばタンパク質をコードする）コード領域及び非コード領域を含み得る。ゲノムは、生物内の全ての染色体の配列を一緒に含み得る。例えば、ヒトゲノムは、通常、全部で４６の染色体を有する。これらの全ての配列は、一緒にヒトゲノムを構成してもよい。
がんを治療するための方法
[0037] 一態様では、病理、例えばがんの治療のための治療法（例えば併用療法）が本明細書に提供される。がんを有するか又は有することが疑われる対象を治療するための方法は、１つ以上の遺伝子対の両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こす１つ以上の薬剤を治療有効量で対象に投与することを含み得る。かかる１つ以上の遺伝子対は、がんに関連することがある。いくつかの例では、１つ以上の遺伝子対が表１に提供される。特定の場合、１つ以上の遺伝子対の単一メンバーの活性又は発現の低減は、細胞生存率に対してほとんど効果を有しないことがあるが、１つ以上の遺伝子対の両方のメンバーの活性又は発現の低減は、細胞死をもたらす。
[0038] １つ以上の遺伝子対は、対象のがん細胞内で発現されることがある遺伝子対を含んでもよい。いくつかの場合、遺伝子対の一方又は両方のメンバー（例えば遺伝子）は、がん細胞内で正常レベルで発現される（例えば、対象の非がん細胞と比較して過剰発現又は過小発現されない）ことがある一方で、他の場合、遺伝子対の一方又は両方のメンバーは、例えば対照細胞又は細胞集団と比較すると、がん細胞内で高度に発現される、又はがん細胞内で低く発現されることがある。いくつかの場合、遺伝子対の一方のメンバーは、正常レベルで発現されることがある一方で、遺伝子対の他方のメンバーは、正常よりも低い又は高いレベルで発現されることがある。
[0039] １つ以上の遺伝子対は、合成致死性遺伝子対を含んでもよい、即ち、遺伝子対のメンバーの一方の阻害又は発現若しくは活性の低減は、単独で細胞（例えばがん細胞）を殺滅するのに十分でないが、遺伝子対の両方のメンバーの阻害又は発現の低減の組み合わせは、細胞死を引き起こす。いくつかの場合、遺伝子対のメンバーのそれぞれの阻害又は発現若しくは活性の低減は、単独で細胞又は細胞集団の生存率の低下をもたらすが、遺伝子対の両方のメンバーの発現若しくは活性の低減は、細胞又は細胞集団の生存率のより大幅な低下をもたらす。例えば、両方のメンバーの発現又は活性の低減は、相乗的に作用し、遺伝子対の各メンバーの発現又は活性の低減からの生存率の低下の合計よりも大幅な生存率の低下を伴うことがある。
[0040] １つ以上の遺伝子対は、構成的に活性な遺伝子（例えばハウスキーピング遺伝子）、又は外部因子（例えばリガンド）と独立に発現される遺伝子を含んでもよい。いくつかの場合、遺伝子対の一方又は両方のメンバーは、タンパク質をコードしてもよい。タンパク質は、基質（例えば別のタンパク質又はリガンド、例えば脂質又は炭水化物）をリン酸化し、又はリン酸基を基質に転移することがある、酵素、例えばキナーゼであってもよい。例えば、遺伝子対の一方又は両方のメンバーは、チロシンキナーゼをコードしてもよい。
[0041] いくつかの場合、遺伝子対の一方のメンバーは、遺伝子対の他方のメンバーと相互作用してもよい。いくつかの場合、遺伝子対の一方のメンバーは、遺伝子対の他方のメンバーと直接的に相互作用してもよい。例えば、遺伝子対のメンバーの一方は、遺伝子対の他方のメンバーの上流アゴニスト又はアンタゴニストであるタンパク質であってもよく、又はそれをコードしてもよい。かかる例では、上流アゴニストは、例えば、キナーゼの場合、遺伝子対の他方のメンバーのリン酸化を介し、遺伝子対の他方のメンバーを活性化又は非活性化してもよい。いくつかの場合、遺伝子対の一方のメンバーは、遺伝子対の他方のメンバーと間接的に相互作用してもよい。例えば、遺伝子対の一方のメンバーは、タンパク質シグナル伝達カスケード又はシグナル伝達経路内のタンパク質の上流アゴニスト又はアンタゴニストであるタンパク質又は酵素であってもよく、又はそれをコードしてもよい。１つのかかる例では、遺伝子対のメンバーの一方は、遺伝子対の他方のメンバーを制御する、もう一方の遺伝子（又はコード化タンパク質）のアゴニスト又はアンタゴニストであってもよい。同様に、遺伝子対のメンバーの一方は、遺伝子対の他方のメンバーを制御してもよい、さらに別の遺伝子（又はコード化タンパク質）を制御する、もう一方の遺伝子（又はコード化タンパク質）のアゴニスト又はアンタゴニストであってもよい。いくつかの場合、メンバーの一方は、遺伝子対の他方のメンバーの上流の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、又はそれ以上の成分（例えば、ノード又は他の遺伝子、タンパク質、若しくはシグナル伝達物質）である別の遺伝子又はタンパク質を制御することがある
[0042] いくつかの場合、遺伝子対のメンバーは、例えばフィードバック機構を介して、互いに制御してもよい。例えば、遺伝子対のメンバーの一方の発現の増加は、遺伝子対の他方のメンバーの発現レベルを増加させ、減少させ、又はそうでなければ変化させてもよく、また同様に、遺伝子対の他方のメンバーの発現の増加は、遺伝子対の第１のメンバーの発現レベルを増加させ、減少させ、又はそうでなければ変化させてもよい。遺伝子対の各メンバーは、遺伝子対の他方のメンバーと直接的に相互作用してもよい（例えば、遺伝子対の他方のメンバーのすぐ上流又は下流であってもよい）。或いは、遺伝子対のメンバーは、間接的に相互作用してもよい。例えば、遺伝子対のメンバーの一方は、遺伝子対の他方のメンバーを制御する、もう一方の遺伝子（又はコード化タンパク質）のアゴニスト又はアンタゴニストであってもよく、またその逆であってもよい。同様に、遺伝子対のメンバーの一方は、遺伝子対の他方のメンバーを制御してもよい、さらに別の遺伝子（又はコード化タンパク質）を制御する、もう一方の遺伝子（又はコード化タンパク質）のアゴニスト又はアンタゴニストであってもよい。いくつかの場合、メンバーの一方は、遺伝子対の他方のメンバーの上流の、１、２、３、４、５、６、７、８、又はそれ以上の成分（例えば、ノード又は他の遺伝子、タンパク質、若しくはシグナル伝達物質）である、もう一方の遺伝子又はタンパク質を制御してもよい。
[0043] いくつかの場合、遺伝子対のメンバーは、下流の同じ遺伝子のサブセットを制御してもよい。例えば、遺伝子対の一方のメンバーは、複数の下流遺伝子を制御してもよく、さらにそれらのサブセットは、遺伝子対の他方のメンバーによって制御される。細胞ががん細胞である場合、下流遺伝子は、がん関連プロセス、例えば、ＨＩＰＰＯ経路、上皮間充織転換、Ｐ１３Ｋ経路、ＤＮＡ複製、細胞遊走、細胞転移などにおいて重要である遺伝子を含んでもよい。代替的に又は追加的に、遺伝子対のメンバーは、同じ遺伝子のサブセットによって制御されてもよい。かかる場合、遺伝子対の一方のメンバーは、１つ以上の上流遺伝子によって制御されてもよく、さらに１つ以上の上流遺伝子は、遺伝子対の他方のメンバーを制御してもよい。
[0044] 遺伝子対のメンバーの一方が、遺伝子対の他方のメンバーと相互作用する場合、一方のメンバーが他方のメンバーといかに相互作用するか、又は遺伝子対の両方のメンバーが互いにいかに相互作用するかを判定するため、遺伝子相互作用スコア（gene interaction score）が使用されてもよい。遺伝子相互作用スコアは、Ｂｌｉｓｓ又はＧＩスコアを用いて計算され得る。かかる場合、試験における遺伝子対の全組み合わせのリスト（例えば、チロシンキナーゼ遺伝子の全てのペア）が作成されてもよい。次に、各遺伝子対では、相乗的相互作用が生じることがあるか否かに対応することがある、ＧＩスコアが指定されてもよい。例えば、相乗的相互作用は、個別表現型の相加効果によって予測されるよりも強力な表現型を示す、遺伝子（例えば２つ以上の遺伝子）の組み合わせを含んでもよい。
[0045] ＧＩスコアは、式：ＧＩＡＢ＝Ｚｏｂｓ－Ｚｅｘｐ＝ＺＡＢ－（ＺＡ＋ＺＢ）（式中、Ａは遺伝子Ａ（遺伝子対の一方のメンバー）を指し、Ｂは遺伝子Ｂ（遺伝子対のもう一方のメンバー）を指し、Ｚｏｂｓは観察された表現型であり、Ｚｅｘｐは推定された表現型であり、ＺＡＢは観察された表現型である）を用いて計算されてもよい。ＧＩスコアは、データ（例えば公的に利用可能なデータ）を用いて、又は実験的に決定されてもよい。ＧＩスコアはまた、K.Han、E.E.Jeng、及び共著者の手法（“Synergistic drug combinations for cancer identified in a CRISPR screen for pairwise genetic interactions” Nature Biotechnology 2017 May:35(5):463-474）（あらゆる目的でその全体が参照により本明細書中に援用される）を用いて計算されてもよい。
[0046] いくつかの場合、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こすために使用される１つ以上の薬剤は、小分子、タンパク質、ペプチド、リボ核酸（ＲＮＡ）分子、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）構築物、又はそれらの組み合わせ（例えば、タンパク質－核酸複合体）を含んでもよい。一例では、１つ以上の薬剤は、タンパク質－核酸複合体、例えばエンドヌクレアーゼ複合体及びＤＮＡ構築物を含んでもよい。いくつかの場合、エンドヌクレアーゼ複合体は、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）関連（Ｃａｓ）タンパク質又はその変異体（例えば改変変異体）を含む。かかる場合、ＤＮＡ構築物は、エンドヌクレアーゼ複合体と同時投与されてもよい。代替的に又は追加的に、ＤＮＡ構築物は、エンドヌクレアーゼ遺伝子を含んでもよい。かかる場合、ＤＮＡ構築物は、Ｃａｓタンパク質又はその変異体（例えば改変変異体）をコードする遺伝子を含んでもよい。ＤＮＡ構築物が細胞（例えばがん細胞）に導入又は送達後、ＤＮＡ構築物は、細胞によって、細胞自身の機構（例えば、ポリメラーゼ、リボソームなど）を用いて転写及び翻訳されてもよい。
[0047] いくつかの場合、ＤＮＡ構築物は、タンパク質（例えばＣａｓタンパク質）を少なくとも１つの遺伝子対のメンバーの一方又は両方に導くために使用されてもよい、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）配列を含んでもよい。ＤＮＡ構築物は、少なくとも１つのｇＲＮＡ配列を含んでもよく、それらのそれぞれは、タンパク質（例えばＣａｓタンパク質）を異なる遺伝子に導いてもよい。ＤＮＡ構築物は、ＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列、又はそれらの組み合わせを含んでもよい。いくつかの場合、ＤＮＡ構築物は、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）を遺伝子対の一方のメンバーにおける標的位置又は遺伝子座に導くために使用されてもよい第１のｇＲＮＡ配列、（ｉｉ）エンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）を遺伝子対の他方のメンバーにおける別の標的位置又は遺伝子座に導くために使用されてもよい第２のｇＲＮＡ配列、（ｉｉｉ）遺伝子対の一方のメンバーに対応する第１の配列（例えばＤＮＡ配列）（例えば遺伝子置換）、及び（ｉｖ）遺伝子対の他方のメンバーに対応する第２の配列（例えばＤＮＡ配列）（例えば遺伝子置換）を含む。ＲＮＡ配列及びＤＮＡ配列の異なる組み合わせがＤＮＡ構築物中に使用されてもよいことは理解されるであろう。さらに、他の機能的配列がＤＮＡ配列中に含まれてもよく、限定はされないが、バーコード配列、タグ、又は他の同定配列、プライマー配列、制限部位、転位部位などが挙げられる。
[0048] エンドヌクレアーゼ複合体は、エンドヌクレアーゼ、例えば、Ｃａｓタンパク質、又は他の核酸と相互作用する酵素（nucleic acid-interacting enzyme）（例えば、リガーゼ、ヘリカーゼ、逆転写酵素、転写酵素、ポリメラーゼなど）を含んでもよい。Ｃａｓタンパク質は、任意のＣａｓタイプ（例えば、ＣａｓＩ、ＣａｓＩＡ、ＣａｓＩＢ、ＣａｓＩＣ、ＣａｓＩＤ、ＣａｓＩＥ、ＣａｓＩＦ、ＣａｓＩＵ、ＣａｓＩＩＩ、ＣａｓＩＩＩＡ、ＣａｓＩＩＩＢ、ＣａｓＩＩＩＣ、ＣａｓＩＩＩＤ、ＣａｓＩＶ、ＣａｓＩＶＡ、ＣａｓＩＶＢ、ＣａｓＩＩ、ＣａｓＩＩＡ、ＣａｓＩＩＢ、ＣａｓＩＩＣ、ＣａｓＶ、ＣａｓＶＩ）を含んでもよい。いくつかの場合、Ｃａｓタンパク質は、他のタンパク質（例えば融合タンパク質）を含んでもよく、核酸分子と会合することがあるさらなる酵素（例えば、リガーゼ、転写酵素、トランスポザーゼ、ヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼ、逆転写酵素、ポリメラーゼ、ヘリカーゼなど）を含んでもよい。エンドヌクレアーゼ複合体は、外因的に送達されてもよく、又は細胞内で転写及び翻訳のためのＤＮＡ構築物中にコードされてもよい。
[0049] 図１は、培養されたがん細胞の集団のタンパク質及び核酸分子による処理の効果を判定するためのワークフロー例を模式的に図示する。かかる例では、核酸分子は、第１のｇＲＮＡ配列（ｓｇＲＮＡ－Ａ）、第２のｇＲＮＡ配列（ｓｇＲＮＡ－Ｂ）、第１のＤＮＡ配列（ＢＣ－Ｂ）及び第２のＤＮＡ配列（ＢＣ－Ａ）を含んでもよいＤＮＡ構築物を含み得る。第１のＤＮＡ配列又は第２のＤＮＡ配列、又は第１及び第２のＤＮＡ配列の双方は、バーコード配列を含んでもよい。第１のガイド配列は、遺伝子対のメンバーの一方に対する配列相同性を有してもよく、それ故、遺伝子対のメンバーを、タンパク質（例えばエンドヌクレアーゼ、例えばＣａｓ９）によって、突然変異誘発を標的にしてもよく、第２のガイド配列は、遺伝子対の他方のメンバーに対する配列相同性を有してもよく、それ故、遺伝子対の他のメンバーを、タンパク質（例えばエンドヌクレアーゼ、例えばＣａｓ９）によって、突然変異誘発を標的にしてもよい。細胞（例えば、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１細胞）は、治療有効量のＤＮＡ構築物及びタンパク質（例えばＣａｓ９）で処理されてもよい。いくつかの場合、ＤＮＡ構築物は、（例えばリポソーム又は他のナノ粒子を使用する）トランスフェクション又は（例えばウイルスを使用する）形質導入を介して導入されてもよい。タンパク質は、ナノ粒子若しくは他の小胞を使用し、又はタンパク質を細胞培地に添加することによって、投与されてもよい。タンパク質（例えばＣａｓ９）では、タンパク質を細胞ゲノム中の特定の遺伝子座又は位置（例えば、遺伝子対のメンバーのぞれぞれの遺伝子座）に導くため、ｓｇＲＮＡ－Ａ及びｓｇＲＮＡ－Ｂを使用してもよい。次に、タンパク質により、内因性遺伝子（例えば、遺伝子対のメンバー）が切断及び／又は置換されてもよい。内因性遺伝子を置換する場合、タンパク質（例えばＣａｓ９）により、内因性遺伝子が第１のＤＮＡ配列（ＢＣ－Ｂ）及び第２のＤＮＡ配列（ＢＣ－Ａ）と置換されてもよい。次に、細胞は、ある期間（例えば、７日、１４日、２０日など）、培養されてもよい。細胞の増殖又は生存率は、測定されてもよく、いくつかの場合、細胞の対照集団と比較されてもよい。いくつかの場合、細胞のゲノム又は細胞の集団は、配列決定されて、細胞又は細胞の集団が突然変異を受けたか否かを（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又は配列決定手法を介する、例えば、置換遺伝子中に含まれるバーコードの存在の同定によって）判定してもよい。
[0050] 図１に提示されるワークフローは、ハイスループットフォーマットで実施されてもよい。例えば、ワークフローは、調整されてもよく、それにより、１０、５０、１００、５００、１０００、５０００、１００００又はそれ以上のスクリーニングが経時的又は並行的に実施されてもよい。かかる場合、核酸分子又はＤＮＡ構築物のそれぞれは、異なるｓｇＲＮＡ配列を含んでもよい。かかるハイスループットスクリーニングプロセスの結果は、（例えば、表１に示されるような）合成致死ペアを形成することがある標的の同定において使用されてもよい。例えば、合成致死についてのさらなる検証試験のため、細胞成長、増殖、又は生存率の減少を示す遺伝子対が選択されてもよい。いくつかの場合、個別細胞内に存在するＤＮＡ構築物の遺伝子対の同定のため、バーコード配列が使用されてもよい。
[0051] いくつかの場合、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こすために使用される１つ以上の薬剤は、タンパク質又はペプチドを含んでもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、抗体、抗体断片、ホルモン、リガンド、又は免疫グロブリンを含んでもよい。タンパク質又はペプチドは、天然に存在してもよく、又は合成であってもよい。タンパク質は、タンパク質の改変変異体（例えば組換えタンパク質）、又はその断片であってもよい。タンパク質は、他の修飾、例えば翻訳後修飾、例えば限定はされないが、グリコシル化、アシル化、プレニル化、リポイル化、アルキル化、アミド化、アセチル化、メチル化、ホルミル化、ブタリル化、カルボキシル化、リン酸化、マロニル化、水酸化、ヨウ素化、プロピオニル化、Ｓ－ニトロシル化、Ｓ－グルタチオン化、スクシニル化、硫酸化、糖化、カルバミル化、カルボニル化、ビオチン化、カルバミル化、酸化、ペグ化、ＳＵＭＯ化、ユビキチン修飾、ユビキチン化、ラセミ化などを受けてもよい。タンパク質又はペプチドに対し、１つ以上の修飾がなされてもよい。
[0052] いくつかの場合、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こすために使用される１つ以上の薬剤は、小分子を含んでもよい。小分子は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現レベル又は活性レベルを低下させるように設計されてもよい。いくつかの場合、小分子は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーと直接的に相互作用してもよい。例えば、小分子は、タンパク質又は遺伝子対の一方若しくは双方のメンバーによってコードされるタンパク質をそれぞれ阻害してもよい。代替的に又は追加的に、小分子は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーが相互作用する、シグナル伝達経路内の上流エフェクター又は下流タンパク質を阻害してもよい。
[0053] いくつかの場合、小分子阻害剤は、Ｓｒｃ阻害剤、例えば、Ｎ－（２－クロロ－６－メチルフェニル）－２－［［６－［４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジニル］－２－メチル－４－ピリミジニル］アミノ］－５－チアゾールカルボキサミド一水和物（ダサチニブ）、２－（３，４－ジヒドロキシフェニル）－３，５，７－トリヒドロキシ－４Ｈ－クロメン－４－オン（ケルセチン）、ＰＰ１又はＰＰ２キナーゼ阻害剤、Ｎ－（５－クロロ－１，３－ベンゾジオキソール－４－イル）－７－［２－（４－メチル－１－ピペラジニル）エトキシ］－５－［（テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－４－イル）オキシ］－４－キナゾリンアミン（サラカチニブ）、４－［（２，４－ジクロロ－５－メトキシフェニル）アミノ］－６－メトキシ－７－［３－（４－メチルピペラジン－１－イル）プロポキシ］キノリン－３－カルボニトリル（ボスチニブ）、又はＮ－ベンジル－２－（５－（４－（２－モルホリノエトキシ）フェニル）ピリジン－２－イル）アセトアミド（ＫＸ２－３９１）を含んでもよい。いくつかの場合、小分子阻害剤は、Ｙｅｓ阻害剤、例えば、（３Ｚ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２－オキソ－３－（４，５，６，７－テトラヒドロ－１Ｈ－インドール－２－イルメチリデン）－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インドール－５－スルホンアミド（ＳＵ－６６５６）、６－（２，６－ジクロロフェニル）－８－メチル－２－｛［３（メチルチオ）フェニル］アミノ｝ピリド［２，３－ｄ］ピリミジン－７（８Ｈ）－オン（ＰＤ１７３９５５）、２－｛［（１Ｒ，２Ｓ）－２アミノシクロヘキシル］アミノ｝－４－｛［３－（１，２，３－トリアゾール－２－イル）フェニル］アミノ｝ピリミジン－５－カルボキサミド（ＰＲＴ０６２６０７）、又はサラカチニブを含んでもよい。いくつかの場合、小分子阻害剤は、Ｒｏｎ阻害剤、例えば、（Ｎ－［４－（２－アミノ－３－クロロピリジン－４－イル）オキシ－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソピリジン－３－カルボキサミド）（ＢＭＳ７７７６０７）、Ｎ１’－［３－フルオロ－４－［［６－メトキシ－７－（３－モルホリノプロポキシ）－４－キノリル］オキシ］フェニル］－Ｎ１－（４－フルオロフェニル）シクロプロパン－１，１－ジカルボキサミド（フォレチニブ）、（２Ｒ）－１－［［５－［（Ｚ）－［５－［［（２，６－ジクロロフェニル）メチル］スルホニル］－１，２－ジヒドロ－２－オキソ－３Ｈ－インドール－３－イリデン］メチル］－２，４－ジメチル－１Ｈ－ピロール－３－イル］カルボニル］－２－（１－ピロリジニルメチル）ピロリジン（ＰＨＡ６６５７５２）、二塩基性コハク酸ナトリウム、４，４’－ビス（４－アミノフェノキシ）ビフェニルなどを含んでもよい。
[0054] いくつかの場合、Ｓｒｃ阻害剤は、Ｎ－（２－クロロ－６－メチルフェニル）－２－［［６－［４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジニル］－２－メチル－４－ピリミジニル］アミノ］－５－チアゾールカルボキサミド一水和物（ダサチニブ）、Ｎ－（５－クロロ－１，３－ベンゾジオキソール－４－イル）－７－（２－（４－メチルピペラジン－１－イル）エトキシ）－５－（テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－４－イルオキシ）キナゾリン－４－アミン（サラカチニブ）、４－［（２，４－ジクロロ－５－メトキシフェニル）アミノ］－６－メトキシ－７－［３－（４－メチルピペラジン－１－イル）プロポキシ］キノリン－３－カルボニトリル（ボスチニブ）、（４－アミノ－５－（４－メチルフェニル）－７－（ｔ－ブチル）ピラゾロ［３，４－ｄ］－ピリミジン）、ＰＰ２（４－クロロフェニル）－７－（ｔ－ブチル）ピラゾロ［３，４－ｄ］－ピリミジン）（ＰＰ１）、１－ｔｅｒｔ－ブチル－３－（４－クロロフェニル）ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン－４－アミン（ＰＰ２）、６－（２，６－ジクロロフェニル）－２－｛［３－（ヒドロキシメチル）フェニル］アミノ｝－８－メチル－７Ｈ，８Ｈ－ピリド［２，３－ｄ］ピリミジン－７－オン（ＰＤ１６６３２６６）、（Ｅ）－Ｎ－［４－［３－クロロ－４－（ピリジン－２－イルメトキシ）アニリノ］－３－シアノ－７－エトキシキノリン－６－イル］－４－（ジメチルアミノ）ｂｕｔ－２－エナミド（ネラチニブ）、３－（２－イミダゾ［１，２－ｂ］ピリダジン－３－イルエチニル）－４－メチル－Ｎ－［４－［（４－メチルピペラジン－１－イル）メチル］－３－（トリフルオロメチル）フェニル］ベンズアミド（ポナチニブ）、（Ｅ）－Ｎ－［４－（３－クロロ－４－フルオロアニリノ）－３－シアノ－７－エトキシキノリン－６－イル］－４－（ジメチルアミノ）ｂｕｔ－２－エナミド（ペリチニブ）、Ｎ－ベンジル－２－［５－［４－（２－モルホリン－４－イルエトキシ）フェニル］ピリジン－２－イル］アセトアミド（チルバニブリン）、４－メチル－３－［（２－メチル－６－ピリジン－３－イルピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン－４－イル）アミノ］－Ｎ－［３－（トリフルオロメチル）フェニル］ベンズアミド（ＮＶＰ－ＢＨＧ７１２）、（２Ｓ，３Ｓ）－２，３－ジヒドロキシブタン二酸；６－（４－メチルピペラジン－１－イル）－Ｎ－（５－メチル－１Ｈ－ピラゾール－３－イル）－２－［（Ｅ）－２－フェニルエテニル］ピリミジン－４－アミン（ＥＮＭＤ－２０７６）、４－［４－［（５－ｔｅｒｔ－ブチル－２－キノリン－６－イルピラゾール－３－イル）カルバモイルアミノ］－３－フルオロフェノキシ］－Ｎ－メチルピリジン－２－カルボキサミド（レバスチニブ）又はそれらの任意の組み合わせを含む。
[0055] いくつかの場合、Ｒｏｎ阻害剤は、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＢＭＳ７７７６０７）、Ｎ１’－［３－フルオロ－４－［［６－メトキシ－７－（３－モルホリノプロポキシ）－４－キノリル］オキシ］フェニル］－Ｎ１－（４－フルオロフェニル）シクロプロパン－１，１－ジカルボキサミド（フォレチニブ）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チアゾロ［５，４－ｄ］ピリミジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－００９、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（７－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）－１，６－ナフチリジン－４－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０１５、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（６－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）－１Ｈ－インダゾール－３－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０１８、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チアゾロ［４，５－ｂ］ピリジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０３５、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チエノ［３，２－ｂ］ピリジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－００６、図２１）、１－（２－（２，６－ジフルオロフェニル）－４－オキソチアゾリジン－３－イル）－３－（４－（（７－（３－（４－エチルピペラジン－１－イル）プロポキシ）－６－メトキシキノリン－４－イル）オキシ）－３，５－ジフルオロフェニル）尿素（ＥＮＧ－０１３、図２１）、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＥＮＧ－００７、図２１）、又はそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの場合、Ｒｏｎ阻害剤は、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チアゾロ［５，４－ｄ］ピリミジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－００９、図２０）又はＮ－（３－フルオロ－４－（（７－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）－１，６－ナフチリジン－４－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０１５、図２０）を含む。いくつかの場合、Ｒｏｎ阻害剤は、最大で１マイクロモル（μＭ）のＲｏｎ ＩＣ５０を含む。いくつかの場合、前記Ｒｏｎ ＩＣ５０は、短い形態のＲｏｎ（ｓｆＲｏｎ）ＩＣ５０を表す。
[0056] いくつかの場合、小分子阻害剤は、小分子阻害剤又はその誘導体の組み合わせを含んでもよい。例えば、小分子阻害剤は、二重特異性のために改変又は修飾されてもよく、遺伝子対の両方のメンバーの発現又は活性を低減してもよい。代替的に又は追加的に、遺伝子対の両方のメンバーの発現又は活性を低減するため、小分子阻害剤の組み合わせ（例えば、小分子「カクテル」）が使用されてもよい。いくつかの場合、小分子阻害剤は、別の薬剤タイプ（例えば、タンパク質、ＲＮＡ分子、ＤＮＡ分子など）とともに投与されてもよい。いくつかの場合、Ｒｏｎ阻害剤は、前記Ｒｏｎ阻害剤のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも５０倍高いｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。
[0057] 小分子阻害剤は、任意の有用な濃度で投与されてもよい。例えば、小分子は、約０．５ナノモル（ｎＭ）、約１ｎＭ、約１０ｎＭ、約２０ｎＭ、約３０ｎＭ、約４０ｎＭ、約５０ｎＭ、約６０ｎＭ、約７０ｎＭ、約８０ｎＭ、約９０ｎＭ、約１００ｎＭ、約２００ｎＭ、約３００ｎＭ、約４００ｎＭ、約５００ｎＭ、約６００ｎＭ、約７００ｎＭ、約８００ｎＭ、約９００ｎＭ、約１マイクロモル（μＭ）、約２μＭ、約３μＭ、約４μＭ、約５μＭ、約６μＭ、約７μＭ、約８μＭ、約９μＭ、約１０μＭの濃度で投与されてもよい。小分子は、少なくとも約０．５ナノモル（ｎＭ）、少なくとも約１ｎＭ、少なくとも約１０ｎＭ、少なくとも約２０ｎＭ、少なくとも約３０ｎＭ、少なくとも約４０ｎＭ、少なくとも約５０ｎＭ、少なくとも約６０ｎＭ、少なくとも約７０ｎＭ、少なくとも約８０ｎＭ、少なくとも約９０ｎＭ、少なくとも約１００ｎＭ、少なくとも約２００ｎＭ、少なくとも約３００ｎＭ、少なくとも約４００ｎＭ、少なくとも約５００ｎＭ、少なくとも約６００ｎＭ、少なくとも約７００ｎＭ、少なくとも約８００ｎＭ、少なくとも約９００ｎＭ、少なくとも約１マイクロモル（μＭ）、少なくとも約２μＭ、少なくとも約３μＭ、少なくとも約４μＭ、少なくとも約５μＭ、少なくとも約６μＭ、少なくとも約７μＭ、少なくとも約８μＭ、少なくとも約９μＭ、少なくとも約１０μＭの濃度で投与されてもよい。小分子は、最大で約１０μＭ、最大で約９μＭ、最大で約８μＭ、最大で約７μＭ、最大で約６μＭ、最大で約５μＭ、最大で約４μＭ、最大で約３μＭ、最大で約２μＭ、最大で約１μＭ、最大で約９００ｎＭ、最大で約８００ｎＭ、最大で約７００ｎＭ、最大で約６００ｎＭ、最大で約５００ｎＭ、最大で約４００ｎＭ、最大で約３００ｎＭ、最大で約２００ｎＭ、最大で約１００ｎＭ、最大で約９０ｎＭ、最大で約８０ｎＭ、最大で約７０ｎＭ、最大で約６０ｎＭ、最大で約５０ｎＭ、最大で約４０ｎＭ、最大で約３０ｎＭ、最大で約２０ｎＭ、最大で約１０ｎＭ、最大で約１ｎＭ、最大で約０．５ｎＭなどの濃度で投与されてもよい。種々の濃度、例えば２２ｎＭ～１μＭの間）が使用されてもよい。２つ以上の小分子が使用される場合、使用される各小分子における濃度は、同じであっても又は異なってもよい。
[0058] 小分子阻害剤は、任意の有用な用量で投与されてもよい。例えば、小分子は、約５０マイクログラム（μｇ）の用量、約１００μｇの用量、約２００μｇの用量、約３００μｇの用量、約４００μｇの用量、約５００μｇの用量、約７５０μｇの用量、約１ミリグラム（ｍｇ）の用量、約１．２ｍｇの用量、約１．５ｍｇの用量、約２ｍｇの用量、約３ｍｇの用量、約４ｍｇの用量、約５ｍｇの用量、約６ｍｇの用量、約８ｍｇの用量、約１０ｍｇの用量、約１２ｍｇの用量、約１５ｍｇの用量、約２０ｍｇの用量、約２５ｍｇの用量、約３０ｍｇの用量、約４０ｍｇの用量、約５０ｍｇの用量、約６０ｍｇの用量、約８０ｍｇの用量、約１００ｍｇの用量、約１２０ｍｇの用量、約１４０ｍｇの用量、約１６０ｍｇの用量、約１８０ｍｇの用量、約２００ｍｇの用量、約２２５ｍｇの用量、約ｍｇの用量、約２５０ｍｇの用量、約２７５ｍｇの用量、約３００ｍｇの用量、約３５０ｍｇの用量、約４００ｍｇの用量、約５００ｍｇの用量、約６００ｍｇの用量、約８００ｍｇの用量で投与されてもよい。小分子阻害剤は、任意の有用な用量で投与されてもよい。例えば、小分子は、少なくとも５０マイクログラム（μｇ）の用量、少なくとも１００μｇの用量、少なくとも２００μｇの用量、少なくとも３００μｇの用量、少なくとも４００μｇの用量、少なくとも５００μｇの用量、少なくとも７５０μｇの用量、少なくとも１ミリグラム（ｍｇ）の用量、少なくとも１．２ｍｇの用量、少なくとも１．５ｍｇの用量、少なくとも２ｍｇの用量、少なくとも３ｍｇの用量、少なくとも４ｍｇの用量、少なくとも５ｍｇの用量、少なくとも６ｍｇの用量、少なくとも８ｍｇの用量、少なくとも１０ｍｇの用量、少なくとも１２ｍｇの用量、少なくとも１５ｍｇの用量、少なくとも２０ｍｇの用量、少なくとも２５ｍｇの用量、少なくとも３０ｍｇの用量、少なくとも４０ｍｇの用量、少なくとも５０ｍｇの用量、少なくとも６０ｍｇの用量、少なくとも８０ｍｇの用量、少なくとも１００ｍｇの用量、少なくとも１２０ｍｇの用量、少なくとも１４０ｍｇの用量、少なくとも１６０ｍｇの用量、少なくとも１８０ｍｇの用量、少なくとも２００ｍｇの用量、少なくとも２２５ｍｇの用量、少なくともｍｇの用量、少なくとも２５０ｍｇの用量、少なくとも２７５ｍｇの用量、少なくとも３００ｍｇの用量、少なくとも３５０ｍｇの用量、少なくとも４００ｍｇの用量、少なくとも５００ｍｇの用量、少なくとも６００ｍｇの用量、少なくとも８００ｍｇの用量で投与されてもよい。小分子阻害剤は、最大で８００ｍｇの用量、最大で６００ｍｇの用量、最大で５００ｍｇの用量、最大で４００ｍｇの用量、最大で３００ｍｇの用量、最大で２５０ｍｇの用量、最大で２２５ｍｇの用量、最大で２００ｍｇの用量、最大で１８０ｍｇの用量、最大で１６０ｍｇの用量、最大で１４０ｍｇの用量、最大で１２０ｍｇの用量、最大で１００ｍｇの用量、最大で８０ｍｇの用量、最大で６０ｍｇの用量、最大で５０ｍｇの用量、最大で４０ｍｇの用量、最大で３０ｍｇの用量、最大で２５ｍｇの用量、最大で２０ｍｇの用量、最大で１５ｍｇの用量、最大で１２ｍｇの用量、最大で１０ｍｇの用量、最大で８ｍｇの用量、最大で６ｍｇの用量、最大で５ｍｇの用量、最大で４ｍｇの用量、最大で３ｍｇの用量、最大で２ｍｇの用量、最大で１．５ｍｇの用量、最大で１．２ｍｇの用量、最大で１ｍｇの用量、最大で７５０μｇの用量、最大で６００μｇの用量、最大で５００μｇの用量、最大で４００μｇの用量、最大で３５０μｇの用量、最大で３００μｇの用量、最大で２５０μｇの用量、最大で２００μｇの用量、最大で１８０μｇの用量、最大で１５０μｇの用量、最大で１２０μｇの用量、最大で１００μｇの用量、最大で８０μｇの用量、最大で５０μｇの用量、最大で２０μｇの用量、最大で１０μｇの用量で投与されてもよい。２つ以上の小分子が使用される場合、使用される各小分子における用量は、同じであっても又は異なってもよい。２つ以上の小分子が使用される場合、使用される各分子における投与頻度は、同じであっても又は異なってもよい。
[0059] いくつかの場合、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こすために使用される１つ以上の薬剤は、核酸分子、例えばＲＮＡ分子を含んでもよい。ＲＮＡ分子は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現レベル又は活性を低下させるのに十分である任意の好適なＲＮＡ分子及びサイズを含み得る。ＲＮＡ分子は、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、又は他の有用なＲＮＡ分子を含んでもよい。いくつかの例では、ＲＮＡ分子は、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、Ｐｉｗｉ相互作用（ｐｉＲＮＡ）、非翻訳ＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）、長鎖非翻訳ＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）、及び上記のいずれかの断片を含んでもよい。ＲＮＡ分子は、一本鎖、二本鎖、又は部分的一本鎖若しくは二本鎖であってもよい。
[0060] １つ以上の薬剤（例えば、ペプチド、ＲＮＡ分子、タンパク質－核酸複合体）が例として列挙され、対象を治療するため、薬剤タイプの組み合わせが使用されてもよいことは理解されるであろう。例えば、１つ以上の遺伝子対の両方のメンバーの発現又は活性を低減するため、１つ以上の異なるタイプの薬剤の投与が使用されてもよい。例えば、タンパク質又はペプチドは、小分子、ＲＮＡ分子、ＤＮＡ分子、又は複合型分子（例えば、タンパク質－核酸分子）と同時投与されてもよい。同様に、ＲＮＡ分子は、小分子、ＤＮＡ分子、又は複合型分子とともに投与されてもよい。別の例では、小分子は、ＤＮＡ分子又は複合型分子と同時投与されてもよい。これらの組み合わせは、がんを有するか又は有することが疑われる対象を治療するために使用されてもよい薬剤の異なる組み合わせの非限定例である。
[0061] いくつかの場合、治療が選択されるがんは、乳がんを含んでもよい。いくつかの場合、乳がんは、トリプルネガティブ乳がんであってもよい。他の場合、治療が選択されるがんは、がん細胞が感受性であるバイオマーカー又は標的遺伝子がほとんど知られていない、侵襲性がんタイプを含んでもよい。いくつかの場合、がんは、増加したＳｒｃ発現レベルを含む。いくつかの場合、がんは、増加したＲｏｎ発現レベルを含む。いくつかの場合、がんは、増加したＳｒｃ及びＲｏｎ発現レベルを含む。いくつかの場合、がんは、構成的に活性なＳｒｃを含む。いくつかの場合、がんは、短い形態のＲｏｎ（ｓｆＲｏｎ）を含む。
[0062] 表１は、両方のメンバーの発現又は活性の低減が細胞死を引き起こすことがある、遺伝子対のリストを提示する。遺伝子Ａ及び遺伝子Ｂは、遺伝子対遺伝子Ａ＿遺伝子Ｂの個別メンバーを指す。修正ＧＩは、遺伝子対についての修正された遺伝子相互作用スコアである。遺伝子対は、合成致死性遺伝子対であってもよく、それ故、一方のメンバーのみの発現又は活性の低減は、細胞死を引き起こすことがないが、両方のメンバーの発現又は活性の低減は、細胞死の原因になるか又はそれを引き起こすことがある。
Figure 2023507816000002
[0063] 別の態様では、がんを有するか又は有することが疑われる対象を治療するための組成物であって、表１から選択された１つ以上の遺伝子対の発現又は活性の低減を引き起こすのに有効な量で存在する少なくとも１つの薬剤を含む製剤を含む組成物が本明細書で開示される。
[0064] いくつかの場合、組成物は、タンパク質（例えばＣａｓタンパク質）を少なくとも１つの遺伝子対のメンバーの一方又は両方に導くために使用されてもよいガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）配列を含んでもよいＤＮＡ構築物を含む。ＤＮＡ構築物は、少なくとも１つのｇＲＮＡ配列を含んでもよく、それらのぞれぞれは、タンパク質（例えばＣａｓタンパク質）を異なる遺伝子に導いてもよい。ＤＮＡ構築物は、ＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列、又はそれらの組み合わせを含んでもよい。いくつかの場合、ＤＮＡ構築物は、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）を遺伝子対の一方のメンバーにおける標的位置又は遺伝子座に導くために使用されてもよい第１のｇＲＮＡ配列、（ｉｉ）エンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）を遺伝子対の他方のメンバーにおける別の標的位置又は遺伝子座に導くために使用されてもよい第２のｇＲＮＡ配列、（ｉｉｉ）遺伝子対の一方のメンバーに対応する第１の配列（例えばＤＮＡ配列）（例えば遺伝子置換）、及び（ｉｖ）遺伝子対の他方のメンバーに対応する第２の配列（例えばＤＮＡ配列）（例えば遺伝子置換）を含む。ＲＮＡ配列及びＤＮＡ配列の異なる組み合わせがＤＮＡ構築物中に使用されてもよいことは理解されるであろう。さらに、他の機能的配列がＤＮＡ配列中に含まれてもよく、限定はされないが、バーコード配列、タグ、又は他の同定配列、プライマー配列、制限部位、転位部位などが挙げられる。
[0065] エンドヌクレアーゼ複合体は、エンドヌクレアーゼ、例えば、Ｃａｓタンパク質、又は他の核酸と相互作用する酵素（例えば、リガーゼ、ヘリカーゼ、逆転写酵素、転写酵素、ポリメラーゼなど）を含んでもよい。Ｃａｓタンパク質は、任意のＣａｓタイプ（例えば、ＣａｓＩ、ＣａｓＩＡ、ＣａｓＩＢ、ＣａｓＩＣ、ＣａｓＩＤ、ＣａｓＩＥ、ＣａｓＩＦ、ＣａｓＩＵ、ＣａｓＩＩＩ、ＣａｓＩＩＩＡ、ＣａｓＩＩＩＢ、ＣａｓＩＩＩＣ、ＣａｓＩＩＩＤ、ＣａｓＩＶ、ＣａｓＩＶＡ、ＣａｓＩＶＢ、ＣａｓＩＩ、ＣａｓＩＩＡ、ＣａｓＩＩＢ、ＣａｓＩＩＣ、ＣａｓＶ、ＣａｓＶＩ）を含んでもよい。いくつかの場合、Ｃａｓタンパク質は、他のタンパク質（例えば融合タンパク質）を含んでもよく、核酸分子と会合することがあるさらなる酵素（例えば、リガーゼ、転写酵素、トランスポザーゼ、ヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼ、逆転写酵素、ポリメラーゼ、ヘリカーゼなど）を含んでもよい。エンドヌクレアーゼ複合体は、外因的に送達されてもよく、又は細胞内で転写及び翻訳のためのＤＮＡ構築物中にコードされてもよい。
[0066] ＤＮＡ構築物は、ＲＮＡ配列、ＤＮＡ配列、又はそれらの組み合わせを含んでもよい。いくつかの場合、ＤＮＡ構築物は、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）を遺伝子対の一方のメンバーにおける標的位置又は遺伝子座に導くために使用されてもよい第１のｇＲＮＡ配列、（ｉｉ）エンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）を遺伝子対の他方のメンバーにおける別の標的位置又は遺伝子座に導くために使用されてもよい第２のｇＲＮＡ配列、（ｉｉｉ）遺伝子対の一方のメンバーに対応する第１の配列（例えばＤＮＡ配列）（例えば遺伝子置換）、及び（ｉｖ）遺伝子対の他方のメンバーに対応する第２の配列（例えばＤＮＡ配列）（例えば遺伝子置換）を含む。ＲＮＡ配列及びＤＮＡ配列の異なる組み合わせがＤＮＡ構築物中に使用されてもよいことは理解されるであろう。さらに、他の機能的配列がＤＮＡ配列中に含まれてもよく、限定はされないが、バーコード配列、タグ、又は他の同定配列、プライマー配列、制限部位、転位部位などが挙げられる。
[0067] いくつかの場合、組成物は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こすために使用される１つ以上の薬剤を含み、タンパク質又はペプチドを含んでもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、抗体、抗体断片、ホルモン、リガンド、又は免疫グロブリンを含んでもよい。タンパク質又はペプチドは、天然に存在してもよく、又は合成であってもよい。タンパク質は、タンパク質の改変変異体（例えば組換えタンパク質）、又はその断片であってもよい。タンパク質は、他の修飾、例えば翻訳後修飾、例えば限定はされないが、グリコシル化、アシル化、プレニル化、リポイル化、アルキル化、アミド化、アセチル化、メチル化、ホルミル化、ブタリル化、カルボキシル化、リン酸化、マロニル化、水酸化、ヨウ素化、プロピオニル化、Ｓ－ニトロシル化、Ｓ－グルタチオン化、スクシニル化、硫酸化、糖化、カルバミル化、カルボニル化、ビオチン化、カルバミル化、酸化、ペグ化、ＳＵＭＯ化、ユビキチン修飾、ユビキチン化、ラセミ化などを受けてもよい。タンパク質又はペプチドに対し、１つ以上の修飾がなされてもよい。
[0068] いくつかの場合、組成物は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こすために使用される１つ以上の薬剤を含んでもよく、小分子を含んでもよい。小分子は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現レベル又は活性レベルを低下させるように設計されてもよい。いくつかの場合、小分子は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーと直接的に相互作用してもよい。例えば、小分子は、タンパク質又は遺伝子対の一方若しくは双方のメンバーによってコードされるタンパク質のそれぞれを阻害してもよい。代替的に又は追加的に、小分子は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーが相互作用するシグナル伝達経路内の上流エフェクター又は下流タンパク質を阻害してもよい。
[0069] いくつかの場合、小分子阻害剤は、Ｓｒｃ阻害剤、例えば、ダサチニブ、ケルセチン、ＰＰ１若しくはＰＰ２キナーゼ阻害剤、サラカチニブ、ボスチニブ、又はＫＸ２－３９１を含んでもよい。いくつかの場合、小分子阻害剤は、Ｙｅｓ阻害剤、例えば、ＳＵ－６６５６、ＰＤ１７３９５５、ＰＲＴ０６２６０７、又はサラカチニブを含んでもよい。いくつかの場合、小分子阻害剤は、Ｒｏｎ阻害剤、例えば、ＢＭＳ７７７６０７、フォレチニブ、ＰＨＡ６６５７５２、コハク酸ナトリウム二塩基性、４，４’－ビス（４－アミノフェノキシ）ビフェニルなどを含んでもよい。いくつかの場合、小分子阻害剤は、小分子阻害剤又はその誘導体の組み合わせを含んでもよい。例えば、小分子阻害剤は、二重特異性について改変又は修飾されてもよく、遺伝子対の両方のメンバーの発現を低減してもよい。代替的に又は追加的に、遺伝子対の両方のメンバーの発現又は活性を低減するため、小分子阻害剤の組み合わせが使用されてもよい。
[0070] 小分子阻害剤は、二次標的を阻害してもよい。二次標的は、タンパク質、巨大分子錯体、リボザイム、又はそれらの任意の組み合わせを含んでもよい。二次標的は、一次標的に関連性があってもよい（例えば、Ｓｒｃ阻害剤に対するＳｒｃ）。例えば、Ｒｏｎ又はＳｒｃ阻害剤は、二次標的としてのタンパク質キナーゼを含んでもよい。小分子阻害剤は、二次標的に対して同等の若しくはより低い親和性（例えばＫｄ）又は阻害活性（例えばＩＣ５０）を有してもよい。かかる二次標的の親和性又は阻害活性は、がん、例えばトリプルネガティブ乳がんを治療するための小分子阻害剤の有効性を増強してもよい。Ｒｏｎ又はＳｒｃ小分子阻害剤は、タンパク質キナーゼ二次標的、例えば、Ｔｙｒｏ３、ｃＫｉｔ、ＥＧＦＲ、ＪＡＫ２、又はＰＤＫ１を含んでもよい。
[0071] 逆に、小分子阻害剤は、主に単一タンパク質を標的にしてもよい。特定の場合、小分子阻害剤は、主に、単一タンパク質キナーゼ、例えば、Ｒｏｎ、Ｓｒｃ、Ｙｅｓ１を標的にしてもよい。例えば、小分子阻害剤のその一次標的に対するＩＣ５０は、小分子阻害剤の二次標的に対するＩＣ５０よりも、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、又は少なくとも２００倍低くてもよい。さらなる例として、小分子阻害剤は、タンパク質クラスからの単一タンパク質に対する、１μＭ未満、５μＭ、１０μＭ、２０μＭ未満、２５μＭ未満、４０μＭ未満、５０μＭ未満、又は１００μＭ未満のＩＣ５０を含んでもよい（例えば、小分子阻害剤は、単なる単一タンパク質キナーゼに対する１μＭ未満のＩＣ５０を含んでもよい）。
[0072] いくつかの場合、組成物は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こすために使用される１つ以上の薬剤を含んでもよく、核酸分子、例えばＲＮＡ分子を含んでもよい。ＲＮＡ分子は、遺伝子対の一方又は両方のメンバーの発現レベル又は活性を低下させるのに十分である任意の好適なＲＮＡ分子及びサイズを含む。ＲＮＡ分子は、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、又は他の有用なＲＮＡ分子を含んでもよい。いくつかの例では、ＲＮＡ分子は、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、Ｐｉｗｉ相互作用（ｐｉＲＮＡ）、非翻訳ＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）、長鎖非翻訳ＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）、及び上記のいずれかの断片を含んでもよい。ＲＮＡ分子は、一本鎖、二本鎖、又は部分的一本鎖若しくは二本鎖であってもよい。
[0073] １つ以上の薬剤（例えば、ペプチド、ＲＮＡ分子、タンパク質－核酸複合体）が例として列挙され、薬剤タイプの組み合わせが組成物中に含まれてもよいことは理解されるであろう。例えば、組成物は、１つ以上の遺伝子対の両方のメンバーの発現又は活性を低減するために使用されてもよい１つ以上の異なるタイプの薬剤を含んでもよい。例えば、組成物は、小分子、ＲＮＡ分子、ＤＮＡ分子、又は複合型分子（例えば、タンパク質－核酸分子）と同時投与されてもよいタンパク質又はペプチドを含んでもよい。同様に、組成物は、小分子、ＤＮＡ分子、又は複合型分子とともに投与されてもよいＲＮＡ分子を含んでもよい。別の例では、小分子は、ＤＮＡ分子又は複合型分子と同時投与されてもよい。これらの組み合わせは、本明細書に記載の組成物中で使用されてもよい薬剤の異なる組み合わせの非限定例である。
Ｒｏｎ選択的阻害剤
[0074] 一態様では、式（Ｉ）の化合物、又はその薬学的に許容できる塩、溶媒和化合物、互変異性体、若しくはＮ－オキシド：
Figure 2023507816000003
（式中、
環Ａは、ヘテロシクロアルキル、アリール又は単環ヘテロアリールであり；
Ｌ１は、結合、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－ＮＲ２－、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｓ－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｓ－Ｃ（＝Ｏ）－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－ＮＲ２－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｓ）－ＮＲ２－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－、－ＮＲ２－、－Ｏ－、－Ｓ－、又は－Ｓ（＝Ｏ）２－であり；
環Ｂは、アリール又はヘテロアリールであり；
Ｘは、結合、－ＮＲ２－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ（＝Ｏ）２－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－ＮＲ２－、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｓ－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）－、又は－Ｓ－Ｃ（＝Ｏ）－であり；
環Ｃは、５員ヘテロ芳香族、二環融合芳香族、又は二環融合ヘテロ芳香族であり；
Ｌ２は、結合、－Ｏ－、－ＮＲ２－、－Ｓ－、又は－Ｓ（＝Ｏ）２－、又は代替的には、Ｌ２は、不在であり、環Ｃは、環Ｄと融合され；
環Ｄは、アリール、ヘテロアリール、Ｃ３－Ｃ６シクロアルキル、又はＣ２－Ｃ５ヘテロシクロアルキルであり；
Ｒ１の各例は、独立して、任意選択的には置換アリール、任意選択的には置換ヘテロアリール、ハロゲン、－ＮＯ２、－ＮＲ６Ｒ７、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｒ８、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され；
Ｒ２の各例は、独立して、水素、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４ヒドロキシアルキル、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、及びＣ１－Ｃ４ハロアルキルからなる群から選択され；
Ｒ３の各例は、独立して、ハロゲン、－ＮＯ２、－ＮＲ６Ｒ７、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｒ８、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され；
Ｒ４の各例は、独立して、任意選択的には置換アリール、任意選択的には置換ヘテロアリール、任意選択的には置換Ｃ３－Ｃ６シクロアルキル、任意選択的には置換Ｃ２－Ｃ５ヘテロシクロアルキル、ハロゲン、－ＮＲ６Ｒ７、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｒ８、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され、又は２つのＲ４は、一緒になって、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、又はヘテロアリールを形成し；
Ｒ５の各例は、独立して、ハロゲン、－ＮＲ６Ｒ７、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｒ８、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４ヒドロキシアルキル、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され；
Ｒ６及びＲ７の各例は、独立して、水素、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ヒドロキシアルキルからなる群から選択され、又はＲ６及びＲ７は、それらの結合対象の窒素原子と一緒になって、任意選択的には置換ヘテロシクロアルキルを形成し；
Ｒ８の各例は、独立して、水素、ヒドロキシル、ＮＲ６Ｒ７、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され；
ｍは、０、１、２であり；
ｎは、０、１、２、又は３であり；
ｌの各例は、独立して、０、１、又は２になる）
が本明細書に提供される。
[0075] いくつかの場合、環Ａは、アリール又はヘテロアリールである。いくつかの場合、環Ａは、ヘテロアリールである。いくつかの場合、環Ａは、５員ヘテロアリールである。いくつかの場合、環Ａは、ピロール、イミダゾール、ピラゾール、トリアゾール、チアゾール、イソキサゾール、チアゾリドン、又はオキサジアゾールである。いくつかの場合、環Ａは、イミダゾール、チアゾリドン、又はピラゾールである。いくつかの場合、環Ａは、チアゾリドン又はピラゾールである。いくつかの場合、環Ａは、ピラゾールである。いくつかの場合、環Ａは、チアゾリドンである。いくつかの場合、環Ａは、
Figure 2023507816000004
である。いくつかの場合、環Ａは、
Figure 2023507816000005
である。いくつかの場合、環Ａは、
Figure 2023507816000006
である。いくつかの場合、環Ａは、
Figure 2023507816000007
である。
[0076] いくつかの場合、Ｌ１は、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）－、又は－Ｓ－Ｃ（＝Ｏ）－である。いくつかの場合、Ｌ１は、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－である。いくつかの場合、Ｌ１は、－ＮＨ－Ｃ（＝Ｏ）－である。
[0077] いくつかの場合、環Ｂは、単環アリール又は単環ヘテロアリールである。いくつかの場合、環Ｂは、フェニル、ピリジン、ピリミジン、ピロール、ピラゾール、イミダゾール、トリアゾール、チアゾール、オキサゾール、チオフェン、又はフランである。いくつかの場合、環Ｂは、フェニルである。いくつかの場合、環Ｂは、
Figure 2023507816000008
である。いくつかの場合、環Ｂは、
Figure 2023507816000009
である。
[0078] いくつかの場合、Ｘは、－ＮＨ－、－Ｎ（ＣＨ３）－、－ＣＨ２－、－Ｏ－、－Ｓ－、又は－Ｓ（＝Ｏ）２－である。いくつかの場合、Ｘは、－Ｏ－又は－Ｓ－である。いくつかの場合、Ｘは、－Ｏ－である。
[0079] いくつかの場合、環Ｃは、ベンゾチアゾール、チアゾロ［５，４－ｃ］ピリジン、チアゾロ［４，５－ｂ］ピリジン、チアゾロ［４，５－ｄ］ピリミジン、チアゾロ［５，４－ｄ］ピリミジン、チアゾロ［５，４－ｂ］ピリジン、チアゾロ［４，５－ｃ］ピリジン、ナフタレン、ピロリジン、イソインドール、インドリジン、キノリン、イソキノリン、４Ｈ－キノリジン、インダゾール、キノキサリン、キナゾリン、フタラジン、シンノリン、ナフチリジン、１Ｈ－インダゾール、プリン、プテリジン、ピロール、ピラゾール、イミダゾール、トリアゾール、チアゾール、オキサゾール、チオフェン、又はフランである。いくつかの場合、環Ｃは、チアゾロ［５，４－ｃ］ピリジン、チアゾロ［４，５－ｂ］ピリジン、チアゾロ［４，５－ｄ］ピリミジン、チアゾロ［５，４－ｄ］ピリミジン、チアゾロ［５，４－ｂ］ピリジン、チアゾロ［４，５－ｃ］ピリジン、ナフタレン、キノリン、キナゾリン、キノキサリン、１，５－ナフチリジン、２，６－ナフチリジン、１，６－ナフチリジン、１Ｈ－インダゾール、ピラゾール、ピロール、又はイミダゾールである。いくつかの場合、環Ｃは、ベンゾチアゾール、チアゾロ［５，４－ｃ］ピリジン、チアゾロ［４，５－ｂ］ピリジン、チアゾロ［４，５－ｄ］ピリミジン、１，５－ナフチリジン、２，６－ナフチリジン、１，６－ナフチリジン、ピロール、ピラゾール、イミダゾール、又はチアゾールである。いくつかの場合、環Ｃは、チアゾロ［５，４－ｄ］ピリミジン、チアゾロ［４，５－ｄ］ピリミジン、１，６－ナフチリジン、キノリン、２，６－ナフチリジン、ピラゾール、又はイミダゾールである。いくつかの場合、環Ｃは、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000010
、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000011
、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000012
、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000013
、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000014
、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000015
、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000016
、又は任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000017
である。いくつかの場合、環Ｃは、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000018
、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000019
、任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000020
、又は任意選択的にはＲ４置換
Figure 2023507816000021
である。
[0080] いくつかの場合、Ｌ２は、不在であり、環Ｃ及び環Ｄは、一緒になって、融合された二環又は三環構造を形成する。いくつかの場合、二環構造は、
Figure 2023507816000022
からなる群から選択される。いくつかの場合、二環構造は、
Figure 2023507816000023
からなる群から選択される。いくつかの場合、二環構造は、
Figure 2023507816000024
である。
[0081] いくつかの場合、Ｌ２は、結合、－Ｏ－、－ＮＲ２－、又は－ＣＨ２－である。いくつかの場合、Ｌ２は、結合である。
[0082] いくつかの場合、環Ｄは、アリール、又は５員若しくは６員ヘテロアリールである。いくつかの場合、環Ｄは、５員又は６員ヘテロアリールである。いくつかの場合、環Ｄは、ピロール、ピラゾール、イミダゾール、トリアゾール、チアゾール、チオフェン、オキサゾール、又はフランである。いくつかの場合、環Ｄは、ピロール、ピラゾール、イミダゾール、又はトリアゾールである。いくつかの場合、環Ｄは、ピラゾール又はイミダゾールである。いくつかの場合、環Ｄは、
Figure 2023507816000025
である。いくつかの場合、環Ｄは、
Figure 2023507816000026
である。
[0083] いくつかの場合、Ｒ１の各例は、独立して、任意選択的には置換アリール、任意選択的には置換ヘテロアリール、ハロゲン、Ｃ１－Ｃ４アルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ１の各例は、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、ハロゲン、Ｃ１－Ｃ４アルキル、及び任意選択的には置換アリールからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ１の各例は、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル及び任意選択的には置換アリールからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ１の各例は、Ｃ１ハロアルキル及びフェニルからなる群から選択される。
[0084] いくつかの場合、Ｒ２の各例は、独立して、水素及びＣ１－Ｃ４アルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ２の各例は、水素である。
[0085] いくつかの場合、Ｒ３の各例は、独立して、ハロゲン、－ＮＲ６Ｒ７、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｒ８、Ｃ１－Ｃ４アルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ３の各例は、独立して、ハロゲン、ヒドロキシル、Ｃ１－Ｃ４アルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ３の各例は、独立して、ハロゲン及びヒドロキシルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ３の各例は、ハロゲンである。いくつかの場合、Ｒ３の各例は、Ｆである。
[0086] いくつかの場合、Ｒ４の各例は、独立して、任意選択的には置換アリール、任意選択的には置換ヘテロアリール、任意選択的には置換Ｃ３－Ｃ６シクロアルキル、任意選択的には置換Ｃ２－Ｃ５ヘテロシクロアルキル、ハロゲン、及びＣ１－Ｃ４ハロアルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ４の各例は、独立して、任意選択的には置換アリール、任意選択的には置換ヘテロアリール、及び任意選択的には置換Ｃ２－Ｃ５ヘテロシクロアルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ４の各例は、独立して、任意選択的には置換アリール及び任意選択的には置換ヘテロアリールからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ４の各例は、任意選択的には置換フェニル、任意選択的には置換ピリジン、任意選択的には置換ピリミジン、任意選択的には置換ピロール、任意選択的には置換ピラゾール、任意選択的には置換イミダゾール、任意選択的には置換トリアゾール、任意選択的には置換チアゾール、任意選択的には置換チオフェン、任意選択的には置換オキサゾール、及び任意選択的には置換フランからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ４の各例は、任意選択的には置換フェニル、任意選択的には置換ピロール、任意選択的には置換ピラゾール、及び任意選択的には置換イミダゾールからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ４の各例は、任意選択的には置換ピラゾール及び任意選択的には置換イミダゾールからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ４の各例は、任意選択的には置換イミダゾールである。いくつかの場合、Ｒ４の各例は、
Figure 2023507816000027
である。
[0087] いくつかの場合、Ｒ５の各例は、独立して、ハロゲン、ヒドロキシル、Ｃ１－Ｃ４アルキル及びＣ１－Ｃ４ハロアルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ５の各例は、独立して、ハロゲン及びＣ１－Ｃ４アルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ５の各例は、Ｃ１－Ｃ４アルキルである。
[0088] いくつかの場合、Ｒ６及びＲ７の各例は、独立して、水素及びＣ１－Ｃ４アルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ６の各例は、独立して、水素、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、又はＣ１－Ｃ４ヒドロキシアルキルからなる群から選択され、Ｒ７の各例は、水素である。いくつかの場合、Ｒ６の各例は、独立して、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、又はＣ１－Ｃ４ヒドロキシアルキルからなる群から選択され、Ｒ７の各例は、水素である。いくつかの場合、Ｒ６及びＲ７の各例は、独立して、水素及びＣ１－Ｃ４アルキルからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ６及びＲ７の各例は、水素である。
[0089] いくつかの場合、Ｒ８の各例は、独立して、ヒドロキシル、ＮＲ６Ｒ７、Ｃ１－Ｃ４アルキル、及びＣ１－Ｃ４アルコキシからなる群から選択される。いくつかの場合、Ｒ８の各例は、独立して、ヒドロキシル及びＣ１－Ｃ４アルコキシからなる群から選択される。
[0090] いくつかの場合、ｍは１又は２であり、ｎは２であり、ｌは、それぞれ独立して０及び１のいずれかである。いくつかの場合、ｍは１であり、ｎは２であり、ｌは、それぞれ独立して０及び１のいずれかである。いくつかの場合、ｍは１であり、ｎは２であり、ｌは０である。
[0091] 「任意選択的には置換された」は、オキソ、カルボン酸、ニトリル、ニトロ、ヒドロキシル、チオキシ、アルキル、アルキレン、アルコキシ、アルコキシアルキル、アルキルカルボニル、アルキルオキシカルボニル、アリール、アラルキル、アリールカルボニル、アリールオキシカルボニル、アラルキルカルボニル、アラルキルオキシカルボニル、アリールオキシ、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアルキルカルボニル、シクロアルキルアルキルカルボニル、シクロアルキルオキシカルボニル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、ジアルキルアミン、アリールアミン、アルキルアリールアミン、ジアリールアミン、ペルフルオロアルキル又はペルフルオロアルコキシ、例えば、トリフルオロメチル又はトリフルオロメトキシとの置換を意味してもよい。「置換された」は、水素原子の、オキソ基、カルボニル基、カルボキシル基、及びエステル基における酸素；並びにイミン、オキシム、ヒドラゾン、及びニトリルなどの基における窒素などのヘテロ原子へのより高次の結合（例えば、二重又は三重結合）による置換も意味し得る。いくつかの場合、「任意選択的に置換された」は、ハロゲン、－ＮＯ２、スルフリル、ホスホリル、－ＮＨ２、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－Ｍｅ、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｍｅ）２、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシ、又はそれらの任意の組み合わせの１つ以上の例との置換を意味する。いくつかの場合、「任意選択的に置換された」は、ハロゲン、－ＮＯ２、－ＮＨ２、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－Ｍｅ、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｍｅ）２、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシ、又はそれらの任意の組み合わせの１つ以上の例との置換を意味する。いくつかの場合、「任意選択的に置換された」は、ハロゲン、－ＮＨ２、ヒドロキシル、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、又はそれらの任意の組み合わせの１つ以上の例との置換を意味する。いくつかの場合、「任意選択的に置換された」は、ハロゲン、Ｃ１ハロアルキル、メチル、又はそれらの任意の組み合わせの１つ以上の例との置換を意味する。いくつかの場合、「任意選択的に置換された」は、－Ｆ、－ＣＦ３、メチル、又はそれらの任意の組み合わせの１つ以上の例との置換を意味する。いくつかの場合、任意選択的な置換が存在しない。
[0092] いくつかの場合、式（Ｉ）の化合物又はその薬学的に許容できる塩、溶媒和化合物、互変異性体若しくはＮ－オキシドは、式（Ｉａ）の構造
Figure 2023507816000028
（式中、Ｒ９は、Ｎ、ＣＨ、又はＣＲ１であり、Ｒ１０は、ＮＨ又はＮＲ１であり、Ｒ１１の各例は、Ｎ、ＣＨ、又はＣＲ３である）を含む。
[0093] いくつかの場合、Ｒ９はＮであり、Ｒ１０はＮＲ１であり、少なくとも２つのＲ１１はＣＨである。いくつかの場合、Ｒ９はＮであり、Ｒ１０はＮＲ１であり、少なくとも３つのＲ１１はＣＨである。いくつかの場合、Ｒ９はＮであり、Ｒ１０はＮＲ１であり、３つのＲ１１はＣＨであり、１つのＲ１１はＣＲ３である。
[0094] いくつかの場合、式（Ｉａ）の化合物又はその薬学的に許容できる塩、溶媒和化合物、互変異性体、若しくはＮ－オキシドは、式（Ｉｂ）の構造
Figure 2023507816000029
（式中、環Ｄは、環Ｃと融合され、Ｒ１２の各例は、独立して、Ｎ、ＣＨ、及びＣＲ４から選択される）を含む。いくつかの場合、Ｒ１２の両方の例はＮである。いくつかの場合、Ｒ１２の１つの例はＮであり、Ｒ１２の１つの例はＣＨ又はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の両方の例はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の両方の例はＣＨである。いくつかの場合、Ｒ１２の両方の例はＣＲ４であり、ここでＲ４の２つの例は、一緒になって、アリール基又はヘテロアリール基を形成する。
[0095] いくつかの場合、式（Ｉａ）の化合物又はその薬学的に許容できる塩、溶媒和化合物、互変異性体、若しくはＮ－オキシドは、式（Ｉｃ）の構造
Figure 2023507816000030
（式中、Ｒ１２の各例は、独立して、Ｎ、ＣＨ、及びＣＲ４から選択される）を含む。いくつかの場合、Ｒ１２の１つ又は２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨ又はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨ又はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨである。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＣＲ４であり、ここでＲ４の２つの例は、一緒になって、アリール基又はヘテロアリール基を形成する。
[0096] いくつかの場合、式（Ｉａ）の化合物又はその薬学的に許容できる塩、溶媒和化合物、互変異性体、若しくはＮ－オキシドは、式（Ｉｄ）の構造
Figure 2023507816000031
（式中、Ｒ１２の各例は、独立して、Ｎ、ＣＨ、及びＣＲ４からなる群から選択される）を含む。いくつかの場合、Ｒ１２の１つ又は２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨ又はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨ又はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨである。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＣＲ４であり、ここでＲ４の２つの例は、一緒になって、アリール基又はヘテロアリール基を形成する。
[0097] いくつかの場合、式（Ｉａ）の化合物又はその薬学的に許容できる塩、溶媒和化合物、互変異性体、若しくはＮ－オキシドは、式（Ｉｅ）の構造：
Figure 2023507816000032
（式中、Ｒ１２の各例は、独立して、Ｎ、ＣＨ、及びＣＲ４からなる群から選択され、Ｒ１３は、ＮＨ、ＮＲ４、Ｏ、又はＳである）を含む。いくつかの場合、Ｒ１３は、Ｏ又はＳである。いくつかの場合、Ｒ１３はＳである。いくつかの場合、Ｒ１２の１つ又は２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨ又はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨ又はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨである。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＣＲ４であり、ここでＲ４の２つの例は、一緒になって、アリール基又はヘテロアリール基を形成する。
[0098] いくつかの場合、式（Ｉａ）の化合物又はその薬学的に許容できる塩、溶媒和化合物、互変異性体、若しくはＮ－オキシドは、式（Ｉｅ）の構造：
Figure 2023507816000033
（式中、Ｒ１２の各例は、独立して、Ｎ、ＣＨ、及びＣＲ４からなる群から選択され、Ｒ１３は、ＮＨ、ＮＲ４、Ｏ、又はＳである）を含む。いくつかの場合、Ｒ１３は、Ｏ又はＳである。いくつかの場合、Ｒ１３はＳである。いくつかの場合、Ｒ１２の１つ又は２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨ又はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨ又はＣＲ４である。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＮであり、Ｒ１２の残りはＣＨである。いくつかの場合、Ｒ１２の２つの例はＣＲ４であり、ここでＲ４の２つの例は、一緒になって、アリール基又はヘテロアリール基を形成する。
[0099] いくつかの場合、式（Ｉ）の化合物は、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（７－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）－１，６－ナフチリジン－４－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０１５、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（６－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）－１Ｈ－インダゾール－３－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０１８、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チアゾロ［４，５－ｂ］ピリジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０３５、図２０）、又はＮ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チアゾロ［５，４－ｄ］ピリミジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－００９、図２０）である。
[00100] いくつかの場合、式（Ｉ）の化合物は、Ｒｏｎ阻害活性を含んでもよい。化合物は、最大で１μＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で５００ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で４００ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で３００ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で２００ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で１００ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で８０ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で６０ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で５００ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で４０ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で３０ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で２０ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で１５ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で１０ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で８ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で６ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で５ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で３ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で２ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、最大で１ｎＭのＲｏｎ ＩＣ５０を含んでもよい。
[00101] いくつかの場合、式（Ｉ）の化合物は、ｃＭｅｔ阻害活性を含んでもよい。化合物は、少なくとも５０ｎＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも１００ｎＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも２００ｎＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも４００ｎＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも５００ｎＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも６００ｎＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも８００ｎＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも１μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも２μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも３μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも４μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも５μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも８μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも１０μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも１２μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも１５μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも２０μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも２５μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも４０μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも５０μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも８０μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも１００μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも１２０μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも１５０μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも２００μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも２５０μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも３００μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも４００μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、少なくとも５００μＭのｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。
[00102] いくつかの場合、式（Ｉ）の化合物は、ｃＭｅｔ阻害活性よりも高いＲｏｎ阻害活性を含んでもよい。化合物は、前記化合物のＲｏｎ ＩＣ５０の少なくとも２倍であるｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、前記化合物のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも５倍高いｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、前記化合物のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも１０倍高いｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、前記化合物のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも２０倍高いｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、前記化合物のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも２５倍高いｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、前記化合物のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも５０倍高いｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、前記化合物のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも１００倍高いｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、前記化合物のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも２００倍高いｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。化合物は、前記化合物のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも４００倍高いｃＭｅｔ ＩＣ５０を含んでもよい。
[00103] いくつかの場合、環Ａ又は環Ａの置換基（Ａ－Ｒ１）における小さい変化は、（例えば、ｃＭｅｔなどの他のタンパク質キナーゼを上回る）Ｒｏｎに対する選択性を調節してもよい。いくつかの場合、環Ｃ又は環Ｃの置換基における小さい変化は、Ｒｏｎに対する阻害活性を調節（例えば、Ｒｏｎ ＩＣ５０に影響）してもよい。例えば、低いＲｏｎ ＩＣ５０を有する式（Ｉ）のＲｏｎ阻害剤は、Ｒｏｎに対するその選択性を増強するため、環Ａ（又はその置換基、Ａ－Ｒ１）で修飾されてもよい。
[00104] 以下の用語は、本明細書で用いられるとき、特に指示のない限り、以下の意味を有する。
「アミノ」は、－ＮＨ２基を指す。
[00105] 「シアノ」は、－ＣＮ基を指す。
[00106] 「ヒドロキシ」又は「ヒドロキシル」は、－ＯＨ基を指す。
[00107] 「ニトロ」は、－ＮＯ２基を指す。
[00108] 「オキソ」は、＝Ｏ置換基を指す。
[00109] 「アリール」は、水素、６～３０の炭素原子及び少なくとも１つの芳香環を含む炭化水素環系に由来する基を指してもよい。アリール基は、融合又は架橋環系を含んでもよい、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であってもよい。アリール基として、限定はされないが、ベンゼン、インダン、インデン、及びナフタレンの炭化水素環系に由来するアリール基が挙げられる。
[00110] 「ヘテロアリール」は、水素原子、１～１３の炭素原子、窒素、酸素、亜リン酸及び硫黄からなる群から選択される１～６のヘテロ原子、並びに少なくとも１つの芳香環を含む、５～１４員環系基を指してもよい。本発明の目的として、ヘテロアリール基は、融合又は架橋環系を含んでもよい、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であってもよく；ヘテロアリール基における窒素、炭素又は硫黄原子は、任意選択的には酸化されてもよく；窒素原子は、任意選択的には四級化されてもよい。
[00111] 「アルキル」は、単結合により分子の残りに結合される、直線状又は分岐状の炭化水素鎖基を指してもよい。最大で１０個の炭素原子を含むアルキルは、Ｃ１－Ｃ１０アルキルと称され、同様に、例えば、最大で６個の炭素原子を含むアルキルは、Ｃ１－Ｃ６アルキルであり、最大で４個の炭素原子を含むアルキルは、Ｃ１－Ｃ４アルキルである。他の数の炭素原子を含むアルキル（及び本明細書で定義される他の部分）は同様に表される。代表的なアルキル基として、限定はされないが、メチル、エチル、ｎ－プロピル、１－メチルエチル（イソ－プロピル）、ｎ－ブチル、ｉ－ブチル、ｓ－ブチル、ｎ－ペンチル、１，１－ジメチルエチル（ｔ－ブチル）、３－メチルヘキシル、２－メチルヘキシルなどが挙げられる。本明細書中で具体的な特段の記載がない限り、アルキル基は、任意選択的には、下記のように置換されてもよい。「アルキレン」又は「アルキレン鎖」は、分子の残りを遊離基に連結する、直線状又は分岐状の二価炭化水素鎖を指す。
[00112] 「アルコキシ」は、式ＯＲの基（式中、Ｒは定義のようなアルキル基である）を指してもよい。本明細書中で具体的な特段の記載がない限り、アルコキシ基は、任意選択的には、下記のように置換されてもよい。
[00113] 「ヘテロアルキレン」は、上記のようなアルキル基を指してもよく、ここでアルキルの１つ以上の炭素原子は、Ｏ、Ｎ又はＳ原子で置換される。「ヘテロアルキレン」又は「ヘテロアルキレン鎖」は、分子の残りを遊離基に連結する、直線状又は分岐状の二価ヘテロアルキル鎖を指す。本明細書中で具体的な特段の記載がない限り、ヘテロアルキル基又はヘテロアルキレン基は、任意選択的には、下記のように置換されてもよい。代表的なヘテロアルキル基として、限定はされないが、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＭｅ、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＮＨ２、又はＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ２ＣＨ２Ｎ（Ｍｅ）２が挙げられる。
[00114] 「シクロアルキル」は、飽和又は不飽和であり、単結合により分子の残りに結合される、融合又は架橋環系を含んでもよい、安定な非芳香族の単環式又は多環式の炭素環式環を指してもよい。代表的なシクロアルキルとして、限定はされないが、３～１５個の炭素原子、３～１０個の炭素原子、３～８個の炭素原子、３～６個の炭素原子、３～５個の炭素原子、又は３～４個の炭素原子を有するシクロアルキルが挙げられる。単環式シクロアルキル基は、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、及びシクロオクチルを含む。多環式基は、例えば、アダマンチル、ノルボルニル、デカリニル、及び７，７－ジメチル－ビシクロ［２．２．１］ヘプタニルを含む。
[00115] 「融合された」は、既存の環構造に融合された、本明細書に記載の任意の環構造を指す。融合環がヘテロシクリル環又はヘテロアリール環であるとき、融合ヘテロシクリル環又は融合ヘテロアリール環の一部になる既存の環構造上の任意の炭素原子は、窒素原子で置換されてもよい。
[00116] 「ハロ」又は「ハロゲン」は、ブロモ、クロロ、フルオロ又はヨードを指してもよい。
[00117] 「ハロアルキル」は、上の定義のような１つ以上のハロ基で置換された、上の定義のようなアルキル基、例えば、トリフルオロメチル、ジフルオロメチル、フルオロメチル、トリクロロメチル、２，２，２－トリフルオロエチル、１，２－ジフルオロエチル、３－ブロモ－２－フルオロプロピル、１，２－ジブロモエチルなどを指してもよい。
[00118] 「ヘテロシクリル」又は「複素環式環」又は「ヘテロシクロアルキル」は、２～１３個の炭素原子、並びに窒素、酸素、及び硫黄からなる群から選択される１～６個のヘテロ原子を含む、安定な３～１４員の非芳香環基を指してもよい。本明細書中で具体的な特段の記載がない限り、ヘテロシクリル基は、融合又は架橋環系を含んでもよい、単環式、又は二環式環系であってもよく；ヘテロシクリル基における窒素、炭素又は硫黄原子は、任意選択的には酸化されてもよく；窒素原子は、任意選択的には四級化されてもよく；またヘテロシクリル基は、部分的又は完全に飽和されてもよい。
１つ以上の薬剤の送達又は投与
[00119] 本開示は、本明細書に記載の１つ以上の薬剤の送達又は投与のための方法及び組成物を提供する。１つ以上の薬剤は、対象に（例えばインビボで）、又は対象からの細胞若しくは細胞の集団に（例えばエクスビボ又はインビボで）送達されてもよい。いくつかの場合、１つ以上の薬剤は、１つ以上の送達小胞、例えばナノ粒子で対象に送達されてもよい。ナノ粒子は、任意の好適なナノ粒子であってもよく、固体、半固体、半液体又はゲルであってもよい。ナノ粒子は、親油性及び両親媒性粒子であってもよい。例えば、ナノ粒子は、ミセル、リポソーム、エキソソーム、又は他の脂質含有小胞を含んでもよい。いくつかの場合、ナノ粒子は、特定の細胞又は細胞型（例えばがん細胞）への標的化送達を意図して設計されてもよい。かかる場合、ナノ粒子は、特定の細胞又は細胞型（例えばがん細胞）に特異的に結合してもよい、任意の数のリガンド、例えば、抗体、核酸分子（例えば、リボ核酸（ＲＮＡ）分子又はデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）分子）、タンパク質、ペプチドで装飾されてもよい。
[00120] １つ以上の薬剤は、ウイルス手法を用いて送達されてもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、ウイルスベクターを用いて投与されてもよい。かかる場合、１つ以上の薬剤は、細胞、細胞の集団、又は対象への送達のため、ウイルスに封入されてもよい。ウイルスは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、レトロウイルス、レンチウイルス、単純ヘルペスウイルス、又は他の有用なウイルスであり得る。ウイルスは、改変されてもよく、又は天然に存在するものであってもよい。
[00121] １つ以上の薬剤は、単一又は種々の手法を用いて、対象（例えばヒト患者）又は対象の身体（例えば腫瘍部位）に送達されてもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、経口的に、静脈内に、腹腔内に、腫瘍内に、皮下に、局所的に、経皮的に、経粘膜的に、又は別の投与手法を通じて、送達又は投与されてもよい。
[00122] １つ以上の薬剤は、経腸的に対象に送達されてもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、経口的に、直腸的に、舌下に、唇下に、口腔内に、局所的に、又は浣腸を通じて対象に投与されてもよい。かかる場合、１つ以上の薬剤は、錠剤、カプセル剤、ドロップ剤又は他の剤形に製剤化されてもよい。製剤は、経腸的に送達されるように設計されてもよい。
[00123] １つ以上の薬剤は、非経口的に対象に送達されてもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、対象のある位置への注射を介して投与されてもよい。位置は、中枢神経系を含んでもよく、１つ以上の薬剤は、例えば、硬膜外に、脳内に、脳室内に送達されてもよい。位置は、皮膚を含んでもよく、１つ以上の薬剤は、皮膚上に送達されてもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、１つ以上の薬剤を対象の皮膚に送達し得る、経皮吸収型貼付剤で製剤化されてもよい。１つ以上の薬剤は、舌下及び／又は頬側に、羊膜外に、経鼻的に、動脈内に、関節内に、空洞内に、心臓内に、皮内に、病変内に、筋肉内に、眼球内に、骨内に、腹腔内に、くも膜下腔内に、子宮内に、腟内に、静脈内に、膀胱内に、硝子体内に、皮下に、経皮的に、血管周囲に、経粘膜的に、又は別の投与経路を通じて送達されてもよい。いくつかの場合、１つ以上の薬剤は、局所的に送達されてもよい。
[00124] １つ以上の薬剤は、エアロゾル剤、丸剤、錠剤、カプセル剤（例えば、非対称膜カプセル）、トローチ剤、エリキシル剤、エマルジョン剤、散剤、溶液、懸濁剤、チンキ剤、液体、ゲル剤、乾燥粉末、蒸気剤、液滴剤、軟膏剤、パッチ剤、又はそれらの組み合わせに製剤化されてもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、ゲル剤又はポリマー剤に製剤化され、薄膜を介して送達されてもよい。
[00125] いくつかの場合、１つ以上の薬剤は、標的化送達手法（例えば、腫瘍部位への標的化送達の場合）を用いて、又は１つ以上の薬剤の細胞への取り込みを増強するための送達手法を用いて、対象に送達されてもよい。送達手法は、磁気薬物送達（例えば、磁気ナノ粒子ベースの薬物送達）、超音波による標的化薬物送達手法、自己マイクロ乳化薬物送達システム、又は他の送達手法を含んでもよい。いくつかの場合、１つ以上の薬剤は、標的化送達又は細胞への取り込みの増強を意図して製剤化されてもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、１つ以上の薬剤の溶解度、疎水性、親水性、吸収性、半減期、バイオアベイラビリティ、放出特性、又は他の特性を改善することがある別の薬剤を用いて製剤化されてもよい。例えば、１つ以上の薬剤は、１つ以上の薬剤の放出特性を制御することがあるポリマーを用いて製剤化されてもよい。１つ以上の薬剤は、１つ以上の薬剤の特性（例えば、バイオアベイラビリティ、薬物動態など）を変更するため、コーティングとして、又はコーティング（例えば、ウシ顎下ムチンコーティング、ポリマーコーティングなど）を用いて製剤化されてもよい。
いくつかの場合、１つ以上の薬剤は、レトロメタボリックドラッグデザインを用いて製剤化されてもよい。かかる場合、１つ以上の薬剤は、細胞内での代謝効果について評価されてもよく、誘導体（例えば、化学合成された代替物又は改変変異体）を含む新しい製剤は、１つ以上の薬剤の特性を変化させる（例えば、有効性を増加させる、望ましくない副作用を最小化する、バイオアベイラビリティを変更する）ように設計されてもよい。
実施例
実施例１－トリプルネガティブ乳がんにおける合成致死ペアとしてのＳＲＣ－ＹＥＳ
[00126] 標的化薬剤の組み合わせがトリプルネガティブ乳がんの殺滅に有効なことがあるか否かを判定するため、有望な合成致死性遺伝子対標的が、遺伝子ノックダウン又はノックアウトスクリーンを用いて（例えば、図１に表すワークフローを用いて）最初に同定可能である。初期スクリーンは、チロシンキナーゼ遺伝子の全ての可能なペアの活性を除去する薬剤を組み合わせることにより実施する。そこで、各チロシンキナーゼ遺伝子対は、ペアにおける両方の遺伝子のノックダウン又はノックアウトの組み合わせが、細胞殺滅時、個別遺伝子の別個のノックダウンの数値的に相加的な効果よりも統計学的に有意に有効であるか否かに基づき、遺伝子相互作用スコアを指定できる。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９遺伝子操作による遺伝子調節のそれぞれ又は組み合わせの影響を検証するためにＣｏｍｂｉＧＥＭ技術（Wong AS,Choi GC,Cui CH,et al.“Multiplexed barcoded CRISPR-Cas9 screening enabled by CombiGEM.”Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2016;113:2544-90、参照により本明細書中に援用される）が使用可能である。いくつかの場合、ＣｏｍｂｉＧＥＭ技術は、合成致死をもたらすことがある遺伝子のセット（例えば、遺伝子対、遺伝子トリプレット、遺伝子クアドラプレット（gene quadruplets）など）を決定するため、１つ以上の細胞型においてハイスループットフォーマットで使用可能である。チロシンキナーゼ遺伝子を標的にする、１ワイズ及び２ワイズのコンビナトリアルな遺伝子摂動ライブラリーを使用してもよい。
[00127] 次に、各遺伝子対の遺伝子相互作用スコアは、式：
ＧＩＡＢ＝Ｚｏｂｓ－Ｚｅｘｐ＝ＺＡＢ－（ＺＡ＋ＺＢ）
（式中、Ａは遺伝子Ａ（第１のチロシンキナーゼ）を指し、Ｂは遺伝子Ｂ（第２のチロシンキナーゼ）を指し、Ｚｏｂｓは観察された表現型であり、Ｚｅｘｐは推定された表現型であり、ＺＡＢは観察された表現型である）を用いて計算可能である。かかる場合、ＺＡＢは、二重ｓｇＲＮＡ（即ち、遺伝子Ａ及び遺伝子Ｂノックアウトの場合）の数の、０日目に対する２０日目の平均対数倍変化として計算される。Ｚｅｘｐは、ＺＡとＺＢの和であり、遺伝子Ａ及び遺伝子Ｂをそれぞれ標的にするｓｇＲＮＡの数の、０日目に対する２０日目の平均対数倍変化と定義される。次に、遺伝子相互作用スコアは、修正された遺伝子相互作用スコアの規模によってランク付けしてもよい。ランク付けされた遺伝子対を表１に列記する。
[00128] 遺伝子対が合成致死な場合があるか否かを判定するため、最上位にランク付けされた遺伝子対にさらなるスクリーニングを施してもよい。例えば、ＳＲＣ－ＹＥＳ遺伝子対の合成致死については、さらなる細胞株及び遺伝子機能ノックダウン（例えば、ｓｉＲＮＡ又は小分子）の代替的方法を用いて試験してもよい。スクリーニングの場合、一手法では、ＳＲＣ及びＹＥＳ遺伝子に対し、コンビナトリアルな遺伝子ＣＲＩＳＰＲ手法を用いて、細胞のゲノムのノックダウン又はノックアウトを行ってもよい。かかる例では、ＤＮＡ構築物を作製してもよい。ＤＮＡ構築物は、エンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）をＳＲＣ遺伝子に導くためのＳｒｃ ｇＲＮＡとともに、エンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）をＹＥＳ遺伝子に導くためのＹｅｓ ｇＲＮＡを含んでもよい。Ｓｒｃｇ ＲＮＡ及びＹｅｓ ｇＲＮＡは、内因性ＳＲＣ遺伝子又はＹＥＳ遺伝子上の配列に対して相同的又は相補的な配列をそれぞれ含んでもよい。いくつかの場合、ＤＮＡ構築物はまた、ゲノム内にＳＲＣ及びＹＥＳを置換するための置換遺伝子（例えば、機能不全配列（dysfunctional sequence）、ランダムＤＮＡ配列）を含んでもよい。
[00129] さらに、対照ＤＮＡ構築物を作製してもよい。例えば、遺伝子対が合成致死か否かを判定するため、遺伝子対の各メンバー、及び遺伝子対の組み合わせを破壊する効果を監視することが重要なことがある。さらに、陰性対照の効果を監視することが重要なことがあり、ここでは無効なｇＲＮＡ、例えば「非切断」対照としての非特異的ｇＲＮＡを含むＤＮＡ構築物を構築してもよい。さらに、置換遺伝子がＤＮＡ構築物中に存在する場合の順序が細胞に対する効果に影響するか否かを判定するため、ＳＲＣ－ＹＥＳ配列を含むＤＮＡ構築物をＹＥＳ－ＳＲＣ配列を含むものと比較してもよい。
[00130] 次に、ＤＮＡ構築物は、エンドヌクレアーゼ、例えばＣａｓ９によって、がん細胞（例えば、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１細胞）に導入してもよい。次に、Ｃａｓ９により、処理細胞におけるＳＲＣ及びＹＥＳ遺伝子を置換、編集、又は欠失してもよく、いくつかの場合、ゲノム内のＳＲＣ及びＹＥＳ遺伝子をＤＮＡ構築物中の置換遺伝子と置換してもよい。次に、処理の有効性を判定するため、細胞の増殖又は生存率を経時的に監視してもよい。細胞の生存率は、処理されない細胞の対照集団に対して正規化又は比較してもよい。
[00131] 図２Ａ～２Ｂは、ＳＲＣ及びＹＥＳをノックアウト又はノックダウンするためのＣｏｍｂｉＧＥＭ手法のデータ例を示す。図２Ａは、細胞生存率の、導入されるＤＮＡ構築物の関数としてのバープロットを図示する。ＦＣは、対照に対する倍数変化を表す。ＬＦＣは、対数倍変化を表す。Ａ、Ｂ、Ｃ及びＤは、生物学的複製である。パネル２０１では、ＭＤＡ－ＭＤ－２３１細胞を、ＳＲＣ及びＹＥＳの機能コピーを含んでもよい、又はそれ以外では細胞におけるＳＲＣ及びＹＥＳ遺伝子に影響しない（例えばノックアウトする）ように設計されてもよい、陰性対照（ＮＴＣ）ＤＮＡ構築物で処理する。パネル２０１では、正規化された細胞生存率が陰性対照構築物の影響を受けないことを認めることができる。パネル２０３では、ＭＤＡ－ＭＤ－２３１細胞を、遺伝子対の一方のメンバーのみ（ＳＲＣ又はＹＥＳ）をノックアウトするように設計されたＤＮＡ構築物で処理する。試験されるＤＮＡ構築物は、対照及びノックアウト配列が細胞生存率に影響する場合の順序について判定するためにも使用されてもよい、ＳＲＣ－陰性対照、陰性対照－ＳＲＣ、ＹＥＳ－陰性対照、及び陰性対照－ＹＥＳを含み得る。パネル２０３では、細胞の生存率が減少され得ることを認めることができ、ＹＥＳノックダウン又はＳＲＣノックダウンが細胞生存率を個別に低減し得ることが示される。さらに、個別の遺伝子が構築物上に存在する場合の順序は、単一ノックダウンの効果に影響しない。パネル２０５では、ＭＤＡ－ＭＤ－２３１細胞を、ＳＲＣ及びＹＥＳの双方をノックアウトするように設計されたＤＮＡ構築物で処理する。細胞の生存率が、２０３における単一遺伝子ノックダウン及び２０１における陰性対照と比較して劇的に低減されることを認めることができる。
[00132] 図２Ｂは、ＳＲＣ及びＹＥＳをノックダウン又はノックアウトするようにＤＮＡ構築物で処理された細胞の生存率のバイオリンプロットを図示する。ＤＮＡ構築物は、例えばＳＲＣ及びＹＥＳの内因性コピーを非機能的にするため、ＳＲＣ及びＹＥＳ遺伝子置換を含み得る。ＳＲＣ及びＹＥＳのノックダウンは、細胞生存率の減少をもたらし、実質的な遺伝子相互作用（ＧＩ＜－１．５）を示すことができ、ＤＮＡ構築物上に遺伝子がいずれの順序で存在するかの結果としての生存率の差は、有意でなくてもよい（ｐ＝０．２９）。
[00133] ＤＮＡ構築物が正確に設計され、それらがＳＲＣ及びＹＥＳ遺伝子の遺伝子発現又は活性を確かに阻害することを検証するため、ＤＮＡ分析又はタンパク質アッセイを実施してもよい。例えば、ＤＮＡ構築物を導入し、細胞内のＳＲＣ及びＹＥＳ遺伝子をノックアウト又はノックダウンしてから、Ｓｒｃ及びＹｅｓタンパク質が細胞の陰性対照集団よりも低いレベルで発現されることを確認するため、ウエスタンブロット又は他のイムノアッセイを使用してもよい。
[00134] 図３は、がん（例えば、ＭＢＡ－ＭＤ－２３１）細胞におけるＳＲＣ及びＹＥＳをノックアウト又はノックダウンするためのＣｏｍｂｉＧＥＭ手法のさらなるデータ例を示す。図３は、（ｉ）陰性対照（ＮＴＣ）配列、（ｉｉ）必須遺伝子に対する陽性対照としてのポリメラーゼ（ＰＯＬＲ２Ｄ）配列、（ｉｉｉ）ＳＲＣガイドＲＮＡ（ノックダウン又はノックアウトのため）、（ｉｖ）ＹＥＳガイドＲＮＡ（ノックダウン又はノックアウトのため）、又は（ｖ）それらの組み合わせを含む種々のＤＮＡ構築物で処理された細胞の正規化生存率のバープロットを示す。陽性対照配列は、内因性ＰＯＬＲ２Ｄ遺伝子を置換するための機能不全ＲＮＡポリメラーゼ遺伝子（例えばＰＯＬＲ２Ｄ遺伝子）を含むＤＮＡ構築物であり得る、又はＤＮＡ構築物は、ポリメラーゼ遺伝子をノックダウン若しくはノックアウトするように設計されてもよい。陽性対照配列は、例えば、ＤＮＡ構築物が予想とおりに機能する、例えば、ＤＮＡ複製、ひいては細胞増殖に必須である遺伝子のノックアウトが細胞生存率の減少をもたらすことを判定するため、使用してもよい。
[00135] 処理細胞の生存率は、陰性対照（例えば、非処理細胞、又はスクランブルｇＲＮＡを含むか若しくはＳＲＣ及びＹＥＳの正常コピーを含むＤＮＡ構築物で処理した細胞）に対して正規化することができる。図３からわかるように、細胞の陰性対照群は、１の正規化生存率を有する。陽性対照（ＰＯＬＲ２Ｄ）は、ポリメラーゼをノックアウトするためのＤＮＡ構築物で細胞を処理する場合、予想どおり、正規化生存率の劇的な減少をもたらす。左からのバー３～８では、ＳＲＣ（バー３～５）又はＹＥＳ（バー６～８）のいずれかの単一遺伝子ノックアウトにより細胞を処理する。「ＤＭ１」及び「ＤＭ２」という用語は、命名目的で使用する。ＳＲＣ又はＹＥＳのノックアウトは、正規化生存率の減少をもたらす。左からのバー９～１７では、細胞を二重遺伝子ノックアウト（ＳＲＣ及びＹＥＳ）により処理し、単一ノックアウト及び陰性対照よりもはるかに低い生存率をもたらす。エラーバーは、標準偏差、ｎ＝３を表す。
[00136] 図４は、がん細胞内のＳＲＣ及びＹＥＳをノックダウンするためのＲＮＡ手法のさらなるデータ例を示す。ＳＲＣ及びＹＥＳの発現又は活性を低減するための直交的手法を用いて、ＣｏｍｂｉＧＥＭ手法の結果（例えば図３）を検証可能である。細胞（例えば、ＭＢＡ－ＭＤ－２３１細胞）をｓｉＲＮＡで処理し、ＳＲＣ、ＹＥＳ、又は両方をノックダウンしてもよい。使用されるｓｉＲＮＡの濃度は、任意の好適な濃度（例えば２．５ｎＭ）であり得る。処理後、細胞は、さらなる期間（例えば１週）にわたり培養してもよい。次に、細胞生存率は、陰性対照（例えば、スクランブルｓｉＲＮＡで処理した細胞）に対して比較又は正規化してもよい。図４は、細胞生存率のバープロットを、処理群（陰性対照又は非処理（例えば、ＲＮＡ処理なし、スクランブルｓｉＲＮＡ処理）、ｓｉＳＲＣ処理、ｓｉＹＥＳ処理、又はｓｉＰＯＬＲ２Ｄ）の関数として示す。（ＳＲＣを阻害するため）ｓｉＳＲＣで処理した細胞及び（ＹＥＳを阻害するため）ｓｉＹＥＳで処理した細胞は、有意に減少した生存率を有しない。しかし、ｓｉＳＲＣ及びｓｉＹＥＳの双方で処理した細胞は、ｓｉＳＲＣ又はｓｉＹＥＳ単独と比較し、有意により低い生存率を有し、生存率の減少に対する相乗効果を明示する。陽性対照は、ｓｉＰＯＬＲ２Ｄ（ＲＮＡポリメラーゼＩＩのノックダウン）である。
[00137] 図５は、がん細胞内のＳＲＣ及びＹＥＳを阻害するための小分子手法のさらなるデータ例を示す。ＣｏｍｂｉＧＥＭ結果（Ｃａｓ及びＤＮＡ構築物を用いた二重ＳＲＣ及びＹＥＳノックアウト）を検証するためのさらなる手法は、ＳＲＣ又はＹＥＳの機能を低下させるための小分子阻害剤を使用することを含み得る。図５は、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１細胞生存率の、ＳＵ－６６５６（ＹＥＳ阻害剤）の濃度の関数としてのプロットを示す。細胞の１群を、専らＹＥＳ阻害剤及び溶媒対照（ＤＭＳＯ単独）で処理する。細胞の２つの群を、５００ｎＭ又は１μＭの濃度のＳＲＣ阻害剤ダサチニブと同時処理する。対照群（ＤＭＳＯ単独、ダサチニブなし）は、６８．６μＭの濃度のＳＵ－６６５６で、５００ｎＭのダサチニブと同時処理した細胞における２０．４μＭ及び１μＭのダサチニブと同時処理した細胞における１２．７μＭと比較して、５０％の生存率を有する。これらの結果は、Ｙｅｓ阻害剤による処理が細胞をＳＲＣ阻害剤に感作させることを示す。これらの結果は、ＳＲＣ及びＹＥＳの二重阻害が、単一阻害又はＳＲＣ若しくはＹＥＳと比較して、細胞に対して致死性であり得ることを示唆し得る。
[00138] 図６は、ＹＥＳ及びＳＲＣにおけるシグナル伝達経路のサブセットを模式的に図示する。図からわかるように、ＹＥＳ及びＳＲＣによって制御される下流遺伝子及び／又はタンパク質の間に有意な収束が認められる。例えば、ＹＥＳ及びＳＲＣは、ＳＴＡＴ３、ＴＩＭ（ＤＮＡ複製に関与）、及びＹＡＰ１（Ｈｉｐｐｏ経路に関与）を活性化し得る。ＹＥＳ及びＳＲＣは、いくつかの受容体、例えば、ＶＧＦＲ－１、ＥＧＦＲ、ＰＴＰＲ－ε、ＩＬ－１１受容体、ＰＤＧＦ受容体、ＩＴＧＢ１、及びＦＧＦＲ１によって制御されてもよい。これらの受容体はまた、いくつかの遺伝子及び／又はタンパク質、例えば、ＦＡＫ１、ＦＡＭ１２０Ａｍ ｇｐ１３０、及びＣＤＫ１（ｐ３４）を調節することがある。これらの一部は、そこでＳＲＣ及びＹＥＳの発現又は活性を活性化することがある一方で、これらの一部は、そこでＳＲＣ及びＹＥＳの発現又は活性を阻害することがある。さらに、これらの一部は、そこでＹＡＰ１、ＳＴＡＴ３及びＴＩＭの活性の発現を活性化することがある一方で、一部は、そこでＹＡＰ１、ＳＴＡＴ３及びＴＩＭの発現又は活性を阻害することがある。ＹＥＳはまた、カドヘリン誘導性のシグナル伝達及びＰＩ３ｋ経路（例えば、ｐ８５の活性化を介する）に関与することがある。ＳＲＣ及びＹＥＳは、カドヘリンシグナル伝達も制御し得る、ＴＲＰＶ４シグナル伝達に関与することがある。マイクロＲＮＡのｍｉＲ－２０３－３ｐ及びｍｉＲ－２０５－５ｐの双方は、ＳＲＣ及びＹＥＳの発現を阻害することがある。さらに、ＭｉＲ－２０３－２ｐは、ＴＲＰＶ４の発現を阻害することがあり、ｍｉＲ－２０５－５ｐは、ＹＡＰ１の発現を阻害することがある。ｍｉＲ－２０３－３ｐとｍｉＲ２０５－５ｐの双方は、カドヘリン誘導性のシグナル伝達に関与することがある。図７は、ＹＥＳ又はＳＲＣによって制御されるいくつかの遺伝子の表を示す。図７に示すとおり、ＹＥＳ１によって制御される１３の遺伝子の内，それら遺伝子の９つがＳＲＣによっても制御される。ＹＥＳ及びＳＲＣはまた、複数のがん関連プロセスにおける重要な制御因子である。図８は、異なる腫瘍タイプにおけるＳＲＣ又はＹＥＳ１の異常、例えば突然変異又は欠失の例についての表を図示する。ＳＲＣ及びＹＥＳ１は、同じ腫瘍細胞内で同時に突然変異を受ける可能性が統計学的に有意により高い（ｐ＜０．００１）。図９は、乳がんにおけるＳＲＣ及びＹＥＳ１の発現についての表を図示する。ＳＲＣ及びＹＥＳ１は、乳がん腫瘍において高度に同時発現される可能性がより高い（ｐ＜０．００１）。
[00139] 図１０は、細胞のＹＥＳ及びＳＲＣ阻害剤に対する感受性のデータ例を示す。バープロットは、無関係の／対照キナーゼＷＥＥ１に対する阻害剤とともに、細胞の阻害に対する感受性に対する、様々なＳＲＣ阻害剤、ＹＥＳ阻害剤、又は二重ＳＲＣ／ＹＥＳ阻害剤の効果を示す。各バーは、ＳＲＣ、ＹＥＳ、ＳＲＣ及びＹＥＳ、又はＷＥＥ１を阻害することがある、異なるタイプの阻害剤を表す。プロットの左からのバー１～２は、ＳＲＣ及びＹＥＳの双方が阻害されるとき、細胞の阻害に対する感受性が最も高いことを示す。プロットの左からのバー３～６は、ＳＲＣ阻害剤で処理された細胞における阻害に対する感受性を示す。プロットの左からのバー７は、ＷＥＥ１阻害剤で処理された細胞における阻害に対する感受性を示す。さらに、プロットの左からのバー８～１８は、ＳＲＣ阻害剤で処理された細胞における阻害に対する感受性を示す。プロットの左からのバー９は、ＹＥＳ１阻害剤で処理された細胞における阻害に対する感受性を示す。プロットの左からのバー１０は、ＷＥＥ１阻害剤で処理された細胞における阻害に対する感受性を示す。ＳＲＣ及びＹＥＳ二重阻害において、ＳＲＣ単独阻害又はＹＥＳ単独阻害と比較し、阻害に対する感受性の増加が認められる。図１０では、５０６の細胞株を、ダサチニブ（ＳＲＣ及びＹＥＳ阻害剤）に対する感受性について比較する。５０６中１１９の細胞株が、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１細胞よりもダサチニブに対して感受性である。ダサチニブに対して感受性である細胞株は、一般に、より選択的なＹＥＳ阻害剤又はＳＲＣ阻害剤に対する感受性がより低い。ダサチニブに対して感受性である細胞株は、ＹＥＳ及びＳＲＣの他の二重阻害剤に対する感受性がより高い。
[00140] まとめると、図２～１０に表されるデータは、ＳＲＣ－ＹＥＳが合成致死ペアであることを示唆する。ＳＲＣ及びＹＥＳが類似するがん経路に関与することから、ＳＲＣ及びＹＥＳは、腫瘍溶解性プロセスにおいて冗長な機能を有することがある。さらに、ＳＲＣ及びＹＥＳは、一般に、腫瘍細胞内で同時発現され、突然変異を受けることがより多い。感受性細胞において、二重ＳＲＣ－ＹＥＳ阻害は、細胞の殺滅時、ＹＥＳ単独又はＳＲＣ単独阻害よりも有効であり得る。したがって、二重特異性阻害剤、又は単一特異性（例えば、ＹＥＳ単独又はＳＲＣ単独）薬剤の組み合わせは、がん細胞の殺滅時、特に有効なことがある。
実施例２－トリプルネガティブ乳がんにおける合成致死ペアとしてのＳＲＣ－ＲＯＮ
[00141] 実施例１に記載のとおり、遺伝子相互作用スクリーンからの最上位の遺伝子対は、遺伝子対が合成致死性である場合があるか否かを判定するため、さらなるスクリーニングを受けてもよい。例えば、ＳＲＣ－ＲＯＮ（ＲＯＮがＭＳＴ１Ｒとも称される場合）遺伝子対は、合成致死性について試験してもよい。一手法では、ＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子に対し、ＣＲＩＳＰＲベースの手法を用いて、細胞のゲノムのノックダウン又はノックアウトを行ってもよい。かかる例では、ＤＮＡ構築物を作製してもよい。ＤＮＡ構築物は、エンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）をＳＲＣ遺伝子に導くためのＳｒｃ ｇＲＮＡ、及びエンドヌクレアーゼ（例えばＣａｓタンパク質）をＲＯＮ遺伝子に導くためのＲＯＮ ｇＲＮＡを含んでもよい。Ｓｒｃ ｇＲＮＡ及びＲＯＮ ｇＲＮＡはそれぞれ、内因性ＳＲＣ遺伝子又はＲＯＮ遺伝子上の配列に対して相同的又は相補的な配列を含んでもよい。いくつかの場合、ＤＮＡ構築物はまた、ゲノム内のＳＲＣ及びＲＯＮを置換するための置換遺伝子（例えば、機能不全配列、ランダムＤＮＡ配列）を含んでもよい。
[00142] さらに、対照ＤＮＡ構築物を作製してもよい。例えば、遺伝子対が合成致死性であるか否かを判定するため、遺伝子対の各メンバー、及び遺伝子対の組み合わせを破壊する効果を監視することが重要なことがある。さらに、無効なｇＲＮＡ（例えば、「非切断」対照としての非特異的ｇＲＮＡ）、（最小の変化を及ぼすための）ＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子の正常コピー、又はそれらの組み合わせを含むＤＮＡ構築物を構築してもよい場合、陰性対照の効果を監視することが重要なことがある。さらに、置換遺伝子がＤＮＡ構築物中に存在する場合の順序が細胞に対する効果に影響するか否かを判定するため、ＳＲＣ－ＲＯＮ配列を含むＤＮＡ構築物をＲＯＮ－ＳＲＣ配列を含むものと比較してもよい。
[00143] 次に、ＤＮＡ構築物を、エンドヌクレアーゼ、例えばＣａｓ９を用いて、がん細胞（例えば、ＭＤＡ－ＭＢ－２３１細胞）に導入してもよい。次に、Ｃａｓ９により、処理細胞におけるＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子を置換、編集、又は欠失してもよく、いくつかの場合、ゲノム内のＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子をＤＮＡ構築物中の置換遺伝子と置換してもよい。次に、処理の有効性を判定するため、細胞の増殖又は生存率を経時的に監視してもよい。細胞の生存率は、細胞の対照集団、例えば、処理されない細胞又はスクランブルｇＲＮＡで処理された細胞、又は専ら溶媒対照で処理された細胞に対して正規化又は比較してもよい。
[00144] 図１１Ａ～１１Ｂは、ＳＲＣ及びＲＯＮ（「ＭＳＴ１Ｒ」として図示）をノックアウト又はノックダウンするためのＣｏｍｂｉＧＥＭ手法のデータ例を示す。図１１Ａは、細胞生存率の、導入されるＤＮＡ構築物の関数としてのバープロットを図示する。ＦＣは、対照に対する倍数変化を表す。ＬＦＣは、対数倍変化を表す。Ａ、Ｂ、Ｃ及びＤは、生物学的複製である。パネル１１０１では、ＭＤＡ－ＭＤ－２３１細胞を、ＳＲＣ及びＲＯＮの機能コピーを含んでもよい、又はそれ以外では細胞におけるＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子に影響しない（例えばノックアウトする）ように設計されてもよい、陰性対照（ＮｅｇＣｏｎ）ＤＮＡ構築物で処理する。パネル１１０１では、正規化された細胞生存率が陰性対照構築物の影響を受けないことを認めることができる。パネル１１０３では、ＭＤＡ－ＭＤ－２３１細胞を、遺伝子対の一方のメンバーのみ（ＳＲＣ又はＲＯＮ）をノックアウトするように設計されたＤＮＡ構築物で処理する。試験されるＤＮＡ構築物は、対照及びノックアウト配列が細胞生存率に影響する場合の順序について判定するためにも使用されてもよい、ＳＲＣ－陰性対照、陰性対照－ＳＲＣ、ＲＯＮ－陰性対照、及び陰性対照－ＲＯＮを含み得る。パネル１１０３では、細胞の生存率が減少され得ることを認めることができ、ＲＯＮノックダウン又はＳＲＣノックダウンが細胞生存率を個別に低減し得ることが示される。さらに、個別の遺伝子が構築物上に存在する場合の順序は、細胞生存率に対する単一ノックダウンの効果に影響しない。パネル１１０５では、ＭＤＡ－ＭＤ－２３１細胞を、ＳＲＣ及びＲＯＮの双方をノックアウトするように設計されたＤＮＡ構築物で処理する。細胞の生存率が、１１０３における単一遺伝子ノックダウン及び１１０１における陰性対照と比較して劇的に低減されることを認めることができる。
[00145] 図１１Ｂは、ＳＲＣ及びＲＯＮをノックダウン又はノックアウトするようにＤＮＡ構築物で処理された細胞の生存率のバイオリンプロットを図示する。ＤＮＡ構築物は、例えばＳＲＣ及びＲＯＮの内因性コピーを非機能的にするため、ＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子置換を含み得る。ＳＲＣ及びＲＯＮのノックダウンは、細胞生存率の減少をもたらす可能性があり、ＤＮＡ構築物上に遺伝子がいずれの順序で存在するかの結果としての生存率の差は、有意でなくてもよい（ｐ＝０．２２）。
[00146] ＤＮＡ構築物が正確に設計され、それらがＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子の遺伝子発現又は活性を確かに阻害することを検証するため、タンパク質アッセイを実施してもよい。例えば、ＤＮＡ構築物を導入し、細胞内のＳＲＣ及びＲＯＮ遺伝子をノックアウト又はノックダウンしてから、Ｓｒｃ及びＲＯＮタンパク質が細胞の陰性対照集団よりも低いレベルで発現されることを確認するため、ウエスタンブロット又は他のイムノアッセイを使用してもよい。
[00147] 図１２Ａ～１２Ｃは、がん細胞内のＳＲＣ及びＲＯＮを阻害するための小分子手法のさらなるデータ例を示す。本明細書に記載のとおり、ＣｏｍｂｉＧＥＭ結果（Ｃａｓ及びＤＮＡ構築物を用いた二重ＳＲＣ及びＲＯＮノックアウト）を検証するための一手法は、ＳＲＣ又はＲＯＮの機能を低下させるための小分子阻害剤を使用することを含み得る。図１２Ａは、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＢＭＳ７７７６０７、ＲＯＮ阻害剤）による処理の関数として、又はＢＭＳ７７７６０７をダサチニブ（ＳＲＣ阻害剤）と同時投与するときの、細胞のＩＣ５０（ＧＩ５０）のプロットを示す。５つの細胞株タイプを表示する。全ての試験される細胞株において、ＲＯＮ阻害剤における効力（より低いＧＩ５０）は、ダサチニブの存在下で、その不在下（ＤＭＳＯ）よりも高い。図１２Ｂ及び図１２Ｃはそれぞれ、ダサチニブと同時投与された、ＲＯＮ阻害剤フォレチニブ又はＭｅｔ／Ｒｏｎ阻害剤による処理の関数としてのＧＩ５０のプロットを示す。全ての試験した細胞株において、ＲＯＮ阻害剤における効力（より低いＧＩ５０）は、ダサチニブの存在下で、その不在下（ＤＭＳＯ）よりも高い。まとめると、これらの結果は、ＲＯＮ阻害剤による処理が細胞をＳＲＣ阻害剤に感作させ得ることを示す。これらの結果はまた、ＳＲＣ及びＲＯＮの二重阻害が、ＳＲＣ又はＲＯＮの単一阻害と比較して、細胞に対して致死性であり得ることを示唆する。それはまた、その効果が専ら１つの細胞型に限定されない、即ちこの効果には良好な浸透度があることを示す。
[00148] 図１３は、ＲＯＮ（ＭＳＴ１Ｒ）及びＳＲＣにおけるシグナル伝達経路のサブセットを模式的に図示する。図からわかるように、ＲＯＮ及びＳＲＣによって制御される下流遺伝子の間に収束が認められる。両方の遺伝子は、大部分のがんサンプル中で発現され、複数の遺伝子がＳＲＣ及びＲＯＮによって制御される。図１４は、ｐ８５におけるシグナル伝達経路（ＰＩ３Ｋ経路）のサブセットを模式的に示し、ＲＯＮ及びＳＲＣが相互作用することを示す。ＳＲＣの上流のＭＥＴ及びＲＯＮは、グレサチニブを用いて阻害されることがある。
[00149] 図１５Ａは、様々ながんタイプにおけるＳＲＣ及びＲＯＮの発現の相関係数のプロットを示す。プロットにおける各バーは、あるがんタイプにおけるＳＲＣ及びＲＯＮの発現のスピアマン相関係数を表す。ＳＲＣ及びＲＯＮは、多数のがんタイプにおいて高度に同時発現される。図１５Ｂは、様々ながんタイプにおけるＳＲＣ及びＲＯＮの同時活性化のプロットを示す。プロットにおける各バーは、ＳＲＣについて活性化されているがんの、それがＲＯＮについて活性化される条件でのオッズ比を表す。ＳＲＣ及びＲＯＮは、複数のがんタイプにおいて有意に同時活性化される。
[00150] 図１６Ａは、ＳＲＣ及びＲＯＮにおけるシグナル伝達経路のサブセットを模式的に示す。一部の腫瘍細胞では、ＲＯＮ及びＳＲＣは、活性化され、がん細胞の増殖及び生存を促進する。ＲＯＮの阻害は、その経路（例えばＰ１３Ｋ）の一部を遮断することがある。しかし、がん細胞の増殖及び生存を促進し続けるＳＲＣを介し、代償性機構が活性である場合がある。図１６Ｂは、ＳＲＣ及びＲＯＮの二重阻害が、腫瘍増殖を抑制し、可能性として腫瘍細胞死を増強するのにいかに有効なことがあるかを模式的に示す。
[00151] 図１７Ａは、正常及びがん組織におけるＲＯＮ発現対ＳＲＣ発現のプロットを示す。灰色の点は、正常組織細胞のＲＯＮ及びＳＲＣの発現レベルを表し、黒色の点は、トリプルネガティブ乳がん細胞内のＲＯＮ及びＳＲＣの発現レベルを表す。図１７Ｂは、トリプルネガティブ乳がん細胞内のＳＲＣ及びＲＯＮの発現レベルについての表を示す。「高い」は、正常組織の平均発現レベルを上回る少なくとも２標準偏差である発現レベルに対応する。図１７Ａ～Ｂに図示のとおり、腫瘍細胞内のＳＲＣ及びＲＯＮ発現の陽性相関を認めることができ、二重阻害への可能性が示唆される。さらに、トリプルネガティブ乳がんサンプルの８５％（ｎ＝１９２）がＳＲＣ及びＲＯＮのいずれかの高い発現を有し、１８％がＳＲＣ及びＲＯＮ双方の高い発現を有する。
[00152] 図１８は、腫瘍体積の、ＳＲＣ又はＲＯＮ阻害剤による処理の関数としてのインビボデータ例を示す。ＭＤＡ－ＭＢ－２３１腫瘍異種移植片を、マウスに移植し、５つの実験群：溶媒（陰性）対照、１０ミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）の濃度のＳＲＣ阻害剤（ダサチニブ）、２０ｍｐｋのＲＯＮ阻害剤（ＢＭＳ７７７６０７）、ＳＲＣ阻害剤（１０ｍｐｋ）及びＲＯＮ阻害剤（２０ｍｐｋ）の組み合わせ、又はＳＲＣ阻害剤（１０ｍｐｋ）及びＲＯＮ阻害剤（５０ｍｐｋ）の組み合わせの１つで処理する。各マウスにおける腫瘍体積を経時的に監視する。観察できるように、ＳＲＣ単独阻害群又はＲＯＮ単独阻害群における腫瘍増殖は、溶媒対照と比較してややより低い一方で、ＳＲＣ阻害剤及びＲＯＮ阻害剤の組み合わせ治療（２０ｍｐｋ又は５０ｍｐｋのいずれか）は、腫瘍増殖をそれぞれ４２％及び５１％だけ阻害する。ＳＲＣ及びＲＯＮの二重阻害の計算された相乗作用は、単一阻害（ＳＲＣ単独及びＲＯＮ単独）の添加と比較し、２０ｍｐｋ及び５０ｍｐｋのＲＯＮ阻害剤群について、それぞれ１３％及び１１％である。
[00153] まとめると、図１１～１８に表されるデータは、ＳＲＣ－ＲＯＮが合成致死ペアであってもよく、ＳＲＣ及びＲＯＮの二重阻害ががんに対する効果的治療であってもよいことを示唆する。ＳＲＣ及びＲＯＮは、一般に、腫瘍細胞内で同時発現及び活性化される。感受性細胞において、二重ＳＲＣ－ＲＯＮ阻害は、細胞の殺滅時、ＲＯＮ単独又はＳＲＣ単独阻害よりも有効であり得る。したがって、二重特異性阻害剤、又は単一特異性（例えば、ＲＯＮ単独又はＳＲＣ単独）薬剤の組み合わせは、がん細胞の殺滅時、特に有効なことがある。
実施例３－ＲＯＮを選択的に阻害するための改善された化合物
[00154] ＲＯＮ及び／又はＳＲＣ阻害剤の選択性、特異性、又は効力に対する改善は、例えば、必要とする有効用量をより低くし、又はオフターゲット効果を低減することによって、がん治療を改善することもある。図１９は、ＲＯＮ阻害において、ツール化合物１（ＥＮＧ－００７、ＢＭＡ７７７６０７、Ｎ－（４－（（２－アミノ－３－クロロピリジン－４－イル）オキシ）－３－フルオロフェニル）－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－１，２－ジヒドロピリジン－３－カルボキサミド）及びツール化合物２（ＥＮＧ－００８、４－（３－（２－イソプロポキシエトキシ）－１Ｈ－インダゾール－５－イル）－２，６－ジメチル－１，４－ジヒドロピリジン－３，５－ジカルボニトリル）よりも高い効力及び選択性を有する化合物（「ＥＮＧ－０１５」）のデータ例を示す。プロットは、化合物の対数濃度（モル単位、Ｍ）の関数としてのＲＯＮ又はｃＭｅｔのパーセント活性を示す。ＩＣ５０値は、プロットから取得してもよい。例えば、ＥＮＧ－０１５の場合、ＩＣ５０は、ＲＯＮについて２．８ｎＭであり、ｃＭｅｔについて１３３ｎＭである。比較すると、ツール化合物１及び２におけるＲＯＮについてのＩＣ５０値のそれぞれは、８．５及び８６００であり、ツール化合物１及び２におけるｃＭＥＴについてのＩＣ５０値のそれぞれは、７．３及び１．８である。ｃＭｅｔを超えるＲＯＮに対するツール化合物１及び２の選択性はそれぞれ、ｃＭｅｔ ＩＣ５０／ＲＯＮ ＩＣ５０による測定として、０．９及び０．０００２である。それに対し、ＥＮＧ－０１５は、＞４７であるｃＭｅｔを超えるＲＯＮに対する選択性を有し、ＥＮＧ－０１５が、ツール化合物１及び２のいずれかよりも（低いオフターゲットのｃＭｅｔ効果とともに）はるかに優れたＲＯＮ阻害における選択的化合物であることが示される。ＥＮＧ－０１５の化学組成を図２０に図示する。
[00155] 図２０は、ＲＯＮを阻害する複数の化合物の化学組成を示し、それらの一部は、最小の又は低減されたオフターゲット効果（例えば、ｃＭｅｔに対する低減された効果）を有してもよい。４つの化合物「ＥＮＧ－００９」、「ＥＮＧ－０１５」、「ＥＮＧ－０１８」及び「ＥＮＧ－０３５」を、それらのＲｏｎ及びｃＭｅｔ阻害活性とともに示す。図２０の化合物の一部は、ＲＯＮの阻害において、図２１に示す従来のＲＯＮ阻害剤と比較して、より高い選択性又は効力を示すことがある。例えば、ＥＮＧ－０１５は、ｃＭｅｔについて１３３～１４２ｎＭのＩＣ３０、及びＲＯＮについて２．８ｎＭのＩＣ３０を有し、治療有効量のＥＮＧ－０１５の使用がｃＭｅｔを阻害することなくＲＯＮを阻害し得ることが示される。ｃＭｅｔを越えるＲＯＮに対するＥＮＧ－０１５の（ｃＭｅｔ ＩＣ５０／ＲＯＮ ＩＣ５０による判定としての）選択性は、約５０倍であり、ＥＮＧ－０１５は、高度に強力である（ＲＯＮを有効に阻害するのに必要とされる濃度は比較的低く、ＲＯＮ ＩＣ５０は２．８ｎＭである）。ＥＮＧ－００９及びＥＮＧ－０３５は、より低い効力（それぞれ、２２２～２９１ｎＭのＲＯＮ ＩＣ５０及び４３ｎＭの解離定数（Ｋｄ））を示すが、ｃＭｅｔに対して不活性である（ＥＮＧ－００９）、又はＲＯＮに対してｃＭｅｔよりも約２．３倍選択的である（ＥＮＧ－０３５）。ＥＮＧ－０１８は、ＲＯＮ及びｃＭＥＴ阻害の双方に対して比較的不活性である。
[00156] 図２１は、ＲＯＮを阻害する複数の公知の化合物の化学組成を示し、それらの一部は、潜在的なオフターゲット効果（例えば、ｃＭｅｔの交差反応性又は阻害）の増強を示す。ｃＭｅｔについてのＩＣ３０は、いくつかの化合物において、かなりより低く、ＲＯＮ阻害がｃＭｅｔ阻害を同様にもたらす可能性が高いことが示される。例えば、ＥＮＧ－０１４は、ＲＯＮに対してｃＭｅｔよりも選択的でない。それに対し、ＥＮＧ－０１３は、（ｃＭｅｔ ＩＣ５０／ＲＯＮ ＩＣ５０による判定として）ＲＯＮに対してｃＭｅｔよりも約１０倍選択的であり、強力である（１．６ｎＭの低いＲＯＮ ＩＣ５０）。ＥＮＧ－０１２は、比較的強力であり（３．３ｎＭの低いＲＯＮ ＩＣ５０値）、比較的選択的である（ＲＯＮに対してｃＭｅｔよりも約３倍選択的である）。
[00157] 本発明の好ましい実施形態が本明細書中に示され、説明されているが、かかる実施形態があくまで例として提供されることは当業者にとって明らかであろう。本発明が本明細書中に提供される具体例によって限定されることは意図されない。本発明は上述された明細書を参照して説明されているが、本明細書中の実施形態の説明及び例示は、限定的意味で解釈されることは意図されない。ここで当業者は、本発明から逸脱することなく、極めて多くのバリエーション、変更、及び置換を行うことであろう。さらに、本発明の全ての態様が、種々の条件及び変数に依存する、本明細書中に示される具体的描写、立体配置又は相対的割合に限定されないことは理解されるものとする。本明細書に記載の本発明の実施形態に対する様々な代替物が、本発明の実施において利用されてもよいことは理解されるべきである。したがって、本発明がいずれかのかかる代替物、修飾、バリエーション又は均等物も網羅することが企図される。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義し、これら特許請求の範囲の範囲内の方法及び構造並びにそれらの均等物がそれによって網羅されることが意図される。

Claims (58)

  1. がんを有するか又は有することが疑われる対象を治療するための方法であって、表１から選択される１つ以上の遺伝子対の両方のメンバーの発現又は活性の低減を引き起こす１つ以上の薬剤を治療有効量で前記対象に投与することを含む方法。
  2. 前記１つ以上の薬剤が、小分子、タンパク質、ペプチド、リボ核酸（ＲＮＡ）分子に加え、エンドヌクレアーゼ複合体及びデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）構築物からなる群から選択される１つ以上のメンバーを含む、請求項１に記載の方法。
  3. 前記ＤＮＡ構築物は、エンドヌクレアーゼ遺伝子を含む、請求項２に記載の方法。
  4. 前記エンドヌクレアーゼ遺伝子は、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質をコードする、請求項３に記載の方法。
  5. 前記Ｃａｓは、Ｃａｓ９である、請求項４に記載の方法。
  6. 前記ＤＮＡ構築物は、前記１つ以上の遺伝子対の遺伝子に導かれるガイドＲＮＡを含む、請求項４又は５に記載の方法。
  7. 前記エンドヌクレアーゼ複合体は、エンドヌクレアーゼを含む、請求項２に記載の方法。
  8. 前記エンドヌクレアーゼは、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質である、請求項７に記載の方法。
  9. 前記小分子は、Ｓｒｃ阻害剤を含む、請求項２に記載の方法。
  10. 前記Ｓｒｃ阻害剤は、Ｎ－（２－クロロ－６－メチルフェニル）－２－［［６－［４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジニル］－２－メチル－４－ピリミジニル］アミノ］－５－チアゾールカルボキサミド一水和物（ダサチニブ）、Ｎ－（５－クロロ－１，３－ベンゾジオキソール－４－イル）－７－（２－（４－メチルピペラジン－１－イル）エトキシ）－５－（テトラヒドロ－２Ｈ－ピラン－４－イルオキシ）キナゾリン－４－アミン（サラカチニブ）、４－［（２，４－ジクロロ－５－メトキシフェニル）アミノ］－６－メトキシ－７－［３－（４－メチルピペラジン－１－イル）プロポキシ］キノリン－３－カルボニトリル（ボスチニブ）、（４－アミノ－５－（４－メチルフェニル）－７－（ｔ－ブチル）ピラゾロ［３，４－ｄ］－ピリミジン）、（４－クロロフェニル）－７－（ｔ－ブチル）ピラゾロ［３，４－ｄ］－ピリミジン）（ＰＰ１）、１－ｔｅｒｔ－ブチル－３－（４－クロロフェニル）ピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン－４－アミン（ＰＰ２）、６－（２，６－ジクロロフェニル）－２－｛［３－（ヒドロキシメチル）フェニル］アミノ｝－８－メチル－７Ｈ，８Ｈ－ピリド［２，３－ｄ］ピリミジン－７－オン（ＰＤ１６６３２６６）、（Ｅ）－Ｎ－［４－［３－クロロ－４－（ピリジン－２－イルメトキシ）アニリノ］－３－シアノ－７－エトキシキノリン－６－イル］－４－（ジメチルアミノ）ｂｕｔ－２－エナミド（ネラチニブ）、３－（２－イミダゾ［１，２－ｂ］ピリダジン－３－イルエチニル）－４－メチル－Ｎ－［４－［（４－メチルピペラジン－１－イル）メチル］－３－（トリフルオロメチル）フェニル］ベンズアミド（ポナチニブ）、（Ｅ）－Ｎ－［４－（３－クロロ－４－フルオロアニリノ）－３－シアノ－７－エトキシキノリン－６－イル］－４－（ジメチルアミノ）ｂｕｔ－２－エナミド（ペリチニブ）、Ｎ－ベンジル－２－［５－［４－（２－モルホリン－４－イルエトキシ）フェニル］ピリジン－２－イル］アセトアミド（チルバニブリン）、４－メチル－３－［（２－メチル－６－ピリジン－３－イルピラゾロ［３，４－ｄ］ピリミジン－４－イル）アミノ］－Ｎ－［３－（トリフルオロメチル）フェニル］ベンズアミド（ＮＶＰ－ＢＨＧ７１２）、（２Ｓ，３Ｓ）－２，３－ジヒドロキシブタン二酸；６－（４－メチルピペラジン－１－イル）－Ｎ－（５－メチル－１Ｈ－ピラゾール－３－イル）－２－［（Ｅ）－２－フェニルエテニル］ピリミジン－４－アミン（ＥＮＭＤ－２０７６）、４－［４－［（５－ｔｅｒｔ－ブチル－２－キノリン－６－イルピラゾール－３－イル）カルバモイルアミノ］－３－フルオロフェノキシ］－Ｎ－メチルピリジン－２－カルボキサミド（レバスチニブ）、又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項９に記載の方法。
  11. 前記Ｓｒｃ阻害剤は、Ｎ－（２－クロロ－６－メチルフェニル）－２－［［６－［４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジニル］－２－メチル－４－ピリミジニル］アミノ］－５－チアゾールカルボキサミド一水和物（ダサチニブ）を含む、請求項９に記載の方法。
  12. 前記Ｓｒｃ阻害剤は、二次標的を含み、前記Ｓｒｃ阻害剤のＩＣ５０は、前記二次標的について少なくとも１００ナノモル（ｎＭ）である、請求項９～１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 前記二次標的についての前記ＩＣ５０は、少なくとも１マイクロモル（μＭ）である、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記小分子は、Ｙｅｓ阻害剤を含む、請求項２に記載の方法。
  15. 前記Ｙｅｓ阻害剤は、（３Ｚ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２－オキソ－３－（４，５，６，７－テトラヒドロ－１Ｈ－インドール－２－イルメチリデン）－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インドール－５－スルホンアミド）（ＳＵ－６６５６）を含む、請求項１４に記載の方法。
  16. 前記小分子は、Ｒｏｎ阻害剤を含む、請求項２に記載の方法。
  17. 前記Ｒｏｎ阻害剤は、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＢＭＳ７７６０７）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チアゾロ［５，４－ｄ］ピリミジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－００９、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（７－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）－１，６－ナフチリジン－４－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０１５、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（６－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）－１Ｈ－インダゾール－３－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０１８、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チアゾロ［４，５－ｂ］ピリジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－０３５、図２０）、Ｎ－（３－フルオロ－４－（（２－（１－メチル－１Ｈ－イミダゾール－４－イル）チエノ［３，２－ｂ］ピリジン－７－イル）オキシ）フェニル）－１－フェニル－５－（トリフルオロメチル）－１Ｈ－ピラゾール－４－カルボキサミド（ＥＮＧ－００６、図２１）、Ｎ１’－［３－フルオロ－４－［［６－メトキシ－７－［３－（４－モルホリニル）プロポキシ］－４－キノリニル］オキシ］フェニル］－Ｎ１－（４－フルオロフェニル）シクロプロパン－１，１－ジカルボキサミド（フォレチニブ）、１－（２－（２，６－ジフルオロフェニル）－４－オキソチアゾリジン－３－イル）－３－（４－（（７－（３－（４－エチルピペラジン－１－イル）プロポキシ）－６－メトキシキノリン－４－イル）オキシ）－３，５－ジフルオロフェニル）尿素（ＥＮＧ－０１３、図２１０、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＥＮＧ－００７、図２１）、又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記Ｒｏｎ阻害剤は、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＢＭＳ７７７６０７）又はＮ１’－［３－フルオロ－４－［［６－メトキシ－７－（３－モルホリノプロポキシ）－４－キノリル］オキシ］フェニル］－Ｎ１－（４－フルオロフェニル）シクロプロパン－１，１－ジカルボキサミド（フォレチニブ）を含む、請求項１７に記載の方法。
  19. 前記Ｒｏｎ阻害剤は、最大で１マイクロモル（μＭ）のＲｏｎ ＩＣ５０を含む、請求項１６～１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記Ｒｏｎ阻害剤のｃＭｅｔ ＩＣ５０は、前記Ｒｏｎ阻害剤のＲｏｎ ＩＣ５０よりも少なくとも５０倍高い、請求項１６～１９のいずれか一項に記載の方法。
  21. 前記Ｒｏｎ ＩＣ５０は、ｓｆＲｏｎ ＩＣ５０である、請求項１９又は２０に記載の方法。
  22. 前記がんは、乳がんである、請求項１に記載の方法。
  23. 前記がんは、Ｓｒｃ及びＲｏｎ発現レベルの増加を含む、請求項１又は２２に記載の方法。
  24. 前記遺伝子対は、Ｒｏｎ及びＳｒｃを含む、請求項１に記載の方法。
  25. 前記Ｓｒｃは、構成的に活性なＳｒｃを含む、請求項２４に記載の方法。
  26. 前記Ｒｏｎは、ｓｆＲｏｎを含む、請求項２４又は２５に記載の方法。
  27. 前記乳がんは、トリプルネガティブ乳がんである、請求項２２～２６のいずれか一項に記載の方法。
  28. がんを有するか又は有することが疑われる対象を治療するための組成物であって、表１から選択される１つ以上の遺伝子対の発現又は活性の低減を引き起こすのに有効な量で存在する少なくとも１つの薬剤を含む製剤を含む組成物。
  29. 前記少なくとも１つの薬剤は、小分子、タンパク質、ペプチド、リボ核酸（ＲＮＡ）分子に加え、エンドヌクレアーゼ複合体及びデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）構築物からなる群から選択される１つ以上のメンバーを含む、請求項２８に記載の組成物。
  30. 前記ＤＮＡ構築物は、エンドヌクレアーゼ遺伝子を含む、請求項２９に記載の組成物。
  31. 前記エンドヌクレアーゼ遺伝子は、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質をコードする、請求項３０に記載の組成物。
  32. 前記Ｃａｓは、Ｃａｓ９である、請求項３１に記載の組成物。
  33. 前記ＤＮＡ構築物は、前記１つ以上の遺伝子対の遺伝子に導かれるガイドＲＮＡを含む、請求項２９に記載の組成物。
  34. 前記エンドヌクレアーゼ複合体は、エンドヌクレアーゼを含む、請求項２９に記載の組成物。
  35. 前記エンドヌクレアーゼは、ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質である、請求項３３に記載の組成物。
  36. 前記小分子は、ＳＲＣ阻害剤を含む、請求項２９に記載の組成物。
  37. 前記ＳＲＣ阻害剤は、Ｎ－（２－クロロ－６－メチルフェニル）－２－［［６－［４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジニル］－２－メチル－４－ピリミジニル］アミノ］－５－チアゾールカルボキサミド一水和物（ダサチニブ）を含む、請求項３６に記載の組成物。
  38. 前記小分子は、Ｙｅｓ阻害剤を含む、請求項２９に記載の組成物。
  39. 前記Ｙｅｓ阻害剤は、（３Ｚ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－２－オキソ－３－（４，５，６，７－テトラヒドロ－１Ｈ－インドール－２－イルメチリデン）－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－インドール－５－スルホンアミド（ＳＵ－６６５６）を含む、請求項３８に記載の組成物。
  40. 前記小分子は、Ｒｏｎ阻害剤を含む、請求項２９に記載の方法。
  41. 前記Ｒｏｎ阻害剤は、Ｎ－［４－［（２－アミノ－３－クロロ－４－ピリジニル）オキシ］－３－フルオロフェニル］－４－エトキシ－１－（４－フルオロフェニル）－２－オキソ－３－ピリジンカルボキサミド（ＢＭＳ７７７６０７）又はＮ１’－［３－フルオロ－４－［［６－メトキシ－７－（３－モルホリノプロポキシ）－４－キノリル］オキシ］フェニル］－Ｎ１－（４－フルオロフェニル）シクロプロパン－１，１－ジカルボキサミド（フォレチニブ）を含む、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記がんは、乳がんである、請求項２８に記載の組成物。
  43. 前記乳がんは、トリプルネガティブ乳がんである、請求項４２に記載の組成物。
  44. 式（Ｉ）の化合物、又はその薬学的に許容できる塩、溶媒和化合物、互変異性体、若しくはＮ－オキシド：
    Figure 2023507816000034
    （式中、
    環Ａは、ヘテロシクロアルキル、アリール、又は単環ヘテロアリールであり；
    Ｌ１は、結合、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－ＮＲ２－、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｓ－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｓ－Ｃ（＝Ｏ）－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－ＮＲ２－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｓ）－ＮＲ２－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－、－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－、－ＮＲ２－、－Ｏ－、－Ｓ－、又は－Ｓ（＝Ｏ）２－であり；
    環Ｂは、アリール又はヘテロアリールであり；
    Ｘは、結合、－ＮＲ２－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ（＝Ｏ）２－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－ＮＲ２－、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｏ－、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｓ－、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）－、又は－Ｓ－Ｃ（＝Ｏ）－であり；
    環Ｃは、５員ヘテロ芳香族、二環融合芳香族、又は二環融合ヘテロ芳香族であり；
    Ｌ２は、結合、－Ｏ－、－ＮＲ２－、－Ｓ－、又は－Ｓ（＝Ｏ）２－、又は代替的には、Ｌ２は、不在であり、環Ｃは、環Ｄと融合され；
    環Ｄは、アリール、ヘテロアリール、Ｃ３－Ｃ６シクロアルキル、又はＣ２－Ｃ５ヘテロシクロアルキルであり；
    Ｒ１の各例は、独立して、任意選択的には置換アリール、任意選択的には置換ヘテロアリール、ハロゲン、－ＮＯ２、－ＮＲ６Ｒ７、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｒ８、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され；
    Ｒ２の各例は、独立して、水素、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４ヒドロキシアルキル、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、及びＣ１－Ｃ４ハロアルキルからなる群から選択され；
    Ｒ３の各例は、独立して、ハロゲン、－ＮＯ２、－ＮＲ６Ｒ７、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｒ８、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され；
    Ｒ４の各例は、独立して、任意選択的には置換アリール、任意選択的には置換ヘテロアリール、任意選択的には置換Ｃ３－Ｃ６シクロアルキル、任意選択的には置換Ｃ２－Ｃ５ヘテロシクロアルキル、ハロゲン、－ＮＲ６Ｒ７、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｒ８、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され、又は２つのＲ４は、一緒になって、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、又はヘテロアリールを形成し；
    Ｒ５の各例は、独立して、ハロゲン、－ＮＲ６Ｒ７、ヒドロキシル、－Ｃ（＝Ｏ）－Ｒ８、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４ヒドロキシアルキル、Ｃ１－Ｃ４ヘテロアルキレン、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され；
    Ｒ６及びＲ７の各例は、独立して、水素、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ヒドロキシアルキルからなる群から選択され、又はＲ６及びＲ７は、それらの結合対象の窒素原子と一緒になって、任意選択的には置換ヘテロシクロアルキルを形成し；
    Ｒ８の各例は、独立して、水素、ヒドロキシル、ＮＲ６Ｒ７、Ｃ１－Ｃ４アルキル、Ｃ１－Ｃ４アルコキシ、Ｃ１－Ｃ４ハロアルキル、及びＣ１－Ｃ４ハロアルコキシからなる群から選択され；
    ｍは、０、１、２であり；
    ｎは、０、１、２、又は３であり；
    ｌの各例は、独立して、０、１、又は２になる）。
  45. 環Ａは、アリール又はヘテロアリールである、請求項４４に記載の化合物。
  46. 環Ａは、
    Figure 2023507816000035
    である、請求項４４に記載の化合物。
  47. 環Ａは、
    Figure 2023507816000036
    である、請求項４６に記載の化合物。
  48. 環Ａは、
    Figure 2023507816000037
    である、請求項４７に記載の化合物。
  49. 環Ａは、
    Figure 2023507816000038
    である、請求項４６に記載の化合物。
  50. Ｌ１は、－ＮＲ２－Ｃ（＝Ｏ）－である、請求項４４～４９のいずれか一項に記載の化合物。
  51. Ｌ１は、－ＮＨ－Ｃ（＝Ｏ）－である、請求項５０に記載の化合物。
  52. 環Ｂは、単環アリールである、請求項４４～５１のいずれか一項に記載の化合物。
  53. 環Ｂは、
    Figure 2023507816000039
    である、請求項５２に記載の化合物。
  54. Ｘは、－Ｏ－である、請求項４４～５３のいずれか一項に記載の化合物。
  55. 環Ｃは、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000040
    、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000041
    、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000042
    、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000043
    、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000044
    、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000045
    、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000046
    、又は任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000047
    である、請求項４４～５４のいずれか一項に記載の化合物。
  56. 環Ｃは、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000048
    、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000049
    、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000050
    、任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000051
    、又は任意選択的にはＲ４置換
    Figure 2023507816000052
    である、請求項５５に記載の化合物。
  57. 環Ｃ及び環Ｄは、一緒になって、
    Figure 2023507816000053
    からなる群から選択される融合された二環又は三環構造を形成する、請求項５６に記載の化合物。
  58. 環Ｄは、
    Figure 2023507816000054
    である、請求項４４～５７のいずれか一項に記載の化合物。
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