JP2018531583A5 - - Google Patents
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Claims (42)
- 対象から得られた生物試料を準備し、ここで、当該生物試料はセルフリーDNA断片を含む体液を含み、
当該生物試料から複数のセルフリーDNA断片を抽出し、
前記複数のセルフリーDNA断片の第1のセットをコンカテマー化して第1のコンカテマーを得、ここで、当該第1のセットのセルフリーDNA断片は、異なった配列を有し、対象のゲノムでの異なった位置由来であり、 前記第1のコンカテマーの単分子配列決定を行って、第1の配列を得ること、ここで、当該第1の配列は、当該第1の配列内のサブシーケンスとして、複数のセルフリーDNA断片の第1のセットの異なった配列を含む、
を含む、方法。 - 前記単分子配列決定の実行の一部として、配列決定装置に前記第1のコンカテマーを提供し、
前記配列決定装置を用いて、前記第1のコンカテマーに対応する複数の信号、前記第1のコンカテマーの前記第1の配列に対応する複数の信号を検出すること、
をさらに含む、請求項1に記載の方法。 - 前記配列決定装置が第1のナノポアを含み、方法は、さらに、
前記第1のコンカテマーが前記第1のナノポアを通り、
前記第1のコンカテマーが前記第1のナノポアを通るときに第1の電気信号を検出すること、ここで、前記第1の電気信号は前記第1のコンカテマーの前記第1の配列に対応し、前記複数の信号は前記第1の電気信号を含む、
を含む、請求項2に記載の方法。 - 前記第1の配列を決定するために前記第1の電気信号を分析し、
参照ゲノムに対して前記第1の配列のサブシーケンスを整列させて、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットそれぞれに対応する断片配列を同定すること、をコンピュータシステムにより実行することをさらに含む、請求項3に記載の方法。 - 前記第1のコンカテマーが前記第1のナノポアを通ることは、
前記第1のコンカテマーの第1の鎖が前記第1のナノポアを通ること、及び、
その後、前記第1のコンカテマーの第2の鎖が前記第1のナノポアを通ること、
を含む、請求項3に記載の方法。 - 前記第1の鎖および前記第2の鎖についての前記第1の電気信号をコンピュータシステムにより分析して、前記第1の配列を決定することをさらに含む、請求項5に記載の方法。
- 前記第1のナノポアは、基体上の複数のナノポアの1つである、請求項3に記載の方法。
- 前記複数のセルフリーDNA断片の第2のセットをコンカテマー化して第2のコンカテマーを得、
前記第2のコンカテマーが前記複数のナノポアの第2のナノポアを通り、
前記第2のコンカテマーが前記第2のナノポアを通るときに複数の第2の電気信号を検出すること、ここで、前記第2の電気信号は前記第2のコンカテマーの第2の配列に対応する、
をさらに含む、請求項7に記載の方法。 - 前記第1のコンカテマーに対して蛍光標識されたヌクレオチドをハイブリダイズし、
蛍光シグナルを検出すること、ここで、前記蛍光シグナルはヌクレオチドに対応する、
をさらに含む、請求項2に記載の方法。 - 参照ゲノムに対して前記第1の配列のサブシーケンスを整列させて、前記セルフリーDNA断片の前記第1のセットそれぞれに対応する断片配列を同定することを、コンピュータシステムにより実行することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記サブシーケンスの整列に基づいて、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットそれぞれのサイズを決定することをさらに含む、請求項10に記載の方法。
- 前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットをコンカテマー化することは、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットおよび既知の配列を有する前記複数のセルフリーDNA断片の第2のセットをコンカテマー化することを含み、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第2のセットは前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットの中に分散され、
前記第1の配列のサブシーケンスを整列させることは、前記既知の配列に対してサブシーケンスを整列させて、前記第1のコンカテマーにおける前記複数のセルフリーDNA断片の前記第2のセットの位置を同定することを含む、請求項10に記載の方法。 - 前記コンカテマー化は、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第2のセットの1つのセルフリーDNA断片を、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットの2つのセルフリーDNA断片間に配置する、請求項12に記載の方法。
- 前記第1のサブシーケンスの前に、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第2のセットの既知の配列の1つを同定することに基づいて、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットの第1のセルフリーDNA断片に対応する第1のサブシーケンスの開始塩基を、前記コンピュータシステムにより同定し、
前記第1のサブシーケンスの後に、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第2のセットの既知の配列の1つを同定することに基づいて、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットの前記第1のセルフリーDNA断片に対応する前記第1のサブシーケンスの終了塩基を、前記コンピュータシステムにより同定すること、
を前記コンピュータシステムにより実行することをさらに含む、請求項13に記載の方法。 - 前記複数のセルフリーDNA断片の前記第2のセットの各セルフリーDNA断片は7ヌクレオチド以下の既知の配列を有する、請求項12に記載の方法。
- 前記複数のセルフリーDNA断片の前記第2のセットそれぞれは、同じ既知の配列を有する、請求項12に記載の方法。
- 前記サブシーケンスの整列は、
前記参照ゲノムに前記第1の配列のスライドウィンドウを整列させることであって、各スライドウィンドウは前記参照ゲノムに整列されたサブシーケンスに対応する、整列させることと、
2つのスライドウィンドウが前記参照ゲノムの異なる領域に整列するとき同定して、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットの2つのセルフリーDNA断片の配列間を区別すること、
とを含む、請求項10に記載の方法。 - 前記参照ゲノムの前記異なる領域に整列させる2つのスライドウィンドウに基づいて、前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットの第1のセルフリーDNA断片の終了および開始の第1のサブシーケンスを決定することを、前記コンピュータシステムにより実行することをさらに含む、請求項17に記載の方法。
- 前記参照ゲノムの前記異なる領域は、異なる染色体上の領域を含む、請求項17に記載の方法。
- 前記2つのスライドウィンドウ間の1つ以上のウィンドウが、前記参照ゲノムに整列していないものとして同定される、請求項17に記載の方法。
- 前記複数のセルフリーDNA断片の前記第1のセットの第1のセルフリーDNA断片のサイズを決定することをさらに含み、前記第1のセルフリーDNA断片の前記サイズを決定することは、
前記参照ゲノムの1つの領域に整列させる最も長いサブシーケンスの長さを決定することを含む、請求項20に記載の方法。 - 前記生体試料は、血漿または血清である、請求項22に記載の方法。
- 前記セルフリーDNA断片の前記第1セットが複数の染色体からランダムに分布されている、請求項1に記載の方法。
- 前記複数のセルフリーDNA断片の第2のセットをコンカテマー化して第2のコンカテマーを得、ここで、当該第2のセットのセルフリーDNA断片は、前記第1のコンカテマーとは異なるセルフリーDNA断片のコンビネーション又はパーミュテーションを含み、ここで、複数のセルフリーDNA断片の第2のセットをコンカテマー化することは、複数のセルフリーDNA断片の第1のセットをコンカテマー化することと並行して起こる、
前記第2のコンカテマーの単分子配列決定を行って、第2の配列を得ること、ここで、当該第2の配列は、当該第2の配列内のサブシーケンスとして、複数のセルフリーDNA断片の第2のセットの異なった配列を含む、
をさらに含む、請求項1に記載の方法。 - 前記第1のコンカテマーが、複数のセルフリーDNA断片の複製されたDNA断片を含まず、前記第2のコンカテマーが、複数のセルフリーDNA断片の複製されたDNA断片を含まない、請求項24に記載の方法。
- 前記第1のコンカテマーが、複数のセルフリーDNA断片の第1のセットのセルフリーDNA断片間に既知の配列を有するスペーサー断片を含まない、請求項1に記載の方法。
- 複数のセルフリーDNA断片を含む生体試料を準備し、ここで、前記生体試料はセルフリーDNA断片の第1の濃度を有する、
DNA断片の第2の濃度を有するように前記生体試料を濃縮し、ここで、セルフリーDNA断片の前記第2の濃度は、セルフリーDNA断片の前記第1の濃度よりも5倍以上高い、
複数のセルフリーDNA断片が基体上のナノポアを通過させ、
複数のセルフリーDNA断片のそれぞれについて、
前記セルフリーDNA断片がナノポアを通過するときに電気信号を検出すること、ここで、前記電気信号は前記セルフリーDNA断片の配列に対応する、
を含む、方法。 - セルフリーDNA断片の前記第2の濃度は、セルフリーDNA断片の前記第1の濃度より10倍以上高い、請求項27に記載の方法。
- 複数のセルフリーDNA断片のそれぞれについて、
前記電気信号を分析して前記配列を決定し、
参照ゲノムにおける染色体領域に前記配列を整列させること、
をさらに含む、請求項27に記載の方法。 - セルフリーDNA断片の前記第1の濃度は単位体積あたりであり、セルフリーDNA断片の前記第2の濃度は単位体積あたりである、請求項27に記載の方法。
- セルフリーDNA断片の前記第1の濃度は単位質量あたりであり、セルフリーDNA断片の前記第2の濃度は単位質量あたりである、請求項27に記載の方法。
- セルフリーDNA断片の第1のセットをコンカテマー化することにより生成された第1のコンカテマーの第1の配列を準備し、ここで、
前記セルフリーDNA断片の第1のセットは、生物試料から抽出され、
前記生物試料は、前記セルフリーDNA断片を含む体液を含み、
前記第1の配列のサブシーケンスを整列させて、前記セルフリーDNA断片の前記第1のセットの各セルフリーDNA断片に対応する断片配列を同定すること、
をコンピュータシステムにより実行することを含む、方法。 - 前記第1のコンカテマーは、前記DNA断片の前記第1のセットとDNA断片の第2のセットとをコンカテマー化することにより生成され、
前記第1の配列のサブシーケンスを整列させることは、前記DNA断片の前記第2のセットにサブシーケンスを整列させることを含む、請求項32に記載の方法。 - 前記セルフリーDNA断片の前記第2のセットの各セルフリーDNA断片は、7ヌクレオチド以下の既知の配列を含む、請求項33に記載の方法。
- 前記第1の配列のサブシーケンスを整列させることは、参照ゲノムに前記第1の配列のサブシーケンスを整列させることを含む、請求項32に記載の方法。
- 前記サブシーケンスの前記整列は、
前記参照ゲノムに前記第1の配列のウィンドウを整列させることと、
前記参照ゲノムの異なる領域に2つのウィンドウを整列させるときに同定することとを含む、請求項35に記載の方法。 - 前記2つのウィンドウ間の1つ以上のウィンドウが前記参照ゲノムに整列していないものとして同定される、請求項36に記載の方法。
- 請求項32〜37のいずれか1項に記載の操作を実行するために前記コンピュータシステムを制御するための複数のインストラクションを保存する、コンピュータ読み取り可能媒体。
- 請求項38のコンピュータ読み取り可能媒体と、
前記コンピュータ読み取り可能媒体に保存されるインストラクションを実行するための1つ以上のプロセッサ
とを含む、システム。 - 請求項32〜37のいずれか1項を実行するための手段を含む、システム。
- 請求項32〜37のいずれか1項を実行するために構成される、システム。
- 請求項32〜37のいずれか1項に記載のステップをそれぞれ実行するモジュールを含む、システム。
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