JP2018512140A - 治療上のｕｎａオリゴマーおよびその使用 - Google Patents

治療上のｕｎａオリゴマーおよびその使用 Download PDF

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Abstract

本発明は、ターゲット遺伝子の発現を調節するUNAオリゴマーを提供する。該UNAオリゴマーはUNAモノマーリンカーを含み、2'−O−メチル基で修飾した1またはそれを超えるヌクレオチド、2'−デオキシ−2'−フルオロ基で修飾した1またはそれを超えるヌクレオチド、および1またはそれを超えるホスホロチオエートまたはキラルホスホロチオエートモノマー間結合を含んでいてもよい。該UNAオリゴマーは、疾患を予防または治療する有効剤として用いることができる。

Description

本発明は、遺伝子サイレンシング用のオリゴマーからなる生物製剤および治療法の分野に関する。より詳細には、本発明は、遺伝子調節用の安定し、長時間作用する剤であるオリゴマーの方法、構造および組成物に関する。
配列表
本願はARC1321WO_SL.txtと命名したASCIIファイルとして電子的に提出した配列表を含み、これは出典明示して本明細書の一部とみなす。
RNA干渉法の課題は、長時間作用する治療剤のためにイン・ビボ（in vivo）で長期間の寿命を有する構造を提供することとされている。1つの試みは、長期間にわたって循環中または他の生物学的環境において有効剤を維持する送達剤を開発することである。
この課題に対する従来のアプローチには、siRNAまたは他の核酸剤のヌクレオチドに修飾を取り込ませてその寿命を向上することが含まれる。しかしながら、これらの方法は、安定性のために妥協して活性の顕著な低下を避けなければならない。
従来の方法のもう1の欠点は、ヌクレオチドに取り込ませることができる構造上の修飾のアベイラビリティーが制限されることである。
また、今まで、構造上の修飾を有するヌクレオチドは、遺伝子サイレンシングおよびRNA剤の特性にわずかな改善しか提供していない。
必要なのは、遺伝子サイレンシングおよび治療ストラテジーのための安定し、長時間作用する医薬成分を提供する構造および組成物である。
長時間作用するガレン剤に対してイン・ビボ(in vivo)での長期間の寿命を提供する構造を有する、RNA干渉ならびに他の治療法において活性である分子に対して続く要望が存在する。
本発明は、イン・ビトロ（in vitro）で用いた場合またはイン・ビボ（in vivo）で投与した場合に、遺伝子の調節およびモデュレーションに対する効果において長時間作用する治療剤のオリゴマー構造を提供する。
本発明のオリゴマー構造は、1またはそれを超えるUNAモノマーを含むことができる。
本発明は、UNAモノマーを取り込むUNA−含有オリゴマー剤の構造、方法および組成物を提供する。本発明のUNAオリゴマー分子は、遺伝子サイレンシング治療法用の製剤中の有効剤として用いることができる。
特に、本発明は、UNAモノマーとある種の天然のヌクレオチド、非−天然のヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、または化学修飾ヌクレオチドとの新規な組合せを取り込むユニークなオリゴマー構造を提供する。
本開示の態様には、薬理学的に活性な分子であるUNAオリゴマーが含まれる。本発明のUNAオリゴマーは、遺伝子発現を調節またはモジュレートするための、およびRNA干渉法ならびにアンチセンスストラテジーにおいて一本鎖または二本鎖の有効な医薬成分として用いることができる。
本開示の実施形態は、1またはそれを超えるUNAモノマーを取り込む広範囲の新規なUNAオリゴマー分子を提供する。
幾つかの態様において、本発明は、UNAモノマーとある種の天然ヌクレオチド、非−天然ヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、または化学修飾ヌクレオチドとの新規な組合せを取り込む構造を有する長時間作用するUNAオリゴマーを提供する。
さらなる態様において、本発明は、疾患を予防し、寛解させ、または治療する治療法を提供する。
さらなる態様において、本発明の化合物は、肝炎を含むウイルス感染症、アミロイドーシスおよび関連する疾患、がん、代謝疾患、炎症疾患、肝臓疾患、心臓疾患、皮膚疾患、または骨疾患を予防または治療するための薬物の製造に用いてもよい。
本発明の実施形態には以下のものが含まれる：
各々の鎖が19〜29モノマー長である第1鎖および第2鎖を有するUNAオリゴマーであって、該モノマーはUNAモノマーおよび核酸モノマーを含み、ここに該オリゴマーは14〜29モノマー長の二本鎖構造を有し、ここに該第2鎖はRNA干渉用のガイド鎖であり、該第1鎖はRNA干渉用のパッセンジャー鎖であり、およびここに該UNAオリゴマーはターゲット遺伝子の発現を低下する。
UNAオリゴマーは、各々の鎖中の1またはそれを超える核酸モノマーの1またはそれを超える化学的修飾を有することができる。幾つかの実施形態において、オリゴマーは、2'−O−メチル基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチド、または2'−O−メチル基で修飾された1〜9のヌクレオチド、または2'−デオキシ−2'−フルオロ基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチド、あるいはいずれかの鎖における1またはそれを超えるモノマー間結合はホスホロチオエートまたはキラルホスホロチオエート結合である、1またはそれを超えるヌクレオチドを含むことができる。
UNAオリゴマーは、数ある中でB型肝炎ウイルス、TTR、APOB、PCSK9、およびAPOC3のウイルス遺伝子を含む、いずれかヒト、細菌またはウイルスのターゲット遺伝子をターゲットとすることができる。
幾つかの実施形態において、UNAオリゴマーはイン・ビトロ（in vitro）において長時間持続する活性を有することができる。
ある種の実施形態において、UNAオリゴマーはイン・ビボ（in vivo）において長時間持続する効能を有することができる。
本発明の実施形態には、1またはそれを超えるUNAオリゴマーおよび医薬上許容し得る不活性成分、希釈剤、または補助剤を有する医薬組成物が含まれる。
UNAオリゴマーの使用には、ターゲット遺伝子の発現を調節することが含まれる。
幾つかの態様において、UNAオリゴマーの使用は、必要とする対象におけるB型肝炎感染症、アミロイド神経障害、アミロイドーシス、トランスサイレチン関連アミロイドーシス、高コレステロール血症、コレステロール障害、高トリグリセリド血症、またはリポタンパク質障害を予防または治療することを含むことができる。
ある種の実施形態において、UNAオリゴマーの使用には、治療法ターゲット用の薬物の調製を含むことができる。
ある種の態様において、UNAオリゴマーの使用には、細胞におけるターゲットmRNAの発現レベルを低下する薬物の調製を含むことができる。
本発明は、イン・ビトロ（in vitro）で使用した場合またはイン・ビボ（in vivo）で投与した場合に、遺伝子調節に対してその効果が長時間作用する治療剤のオリゴマー構造を提供する。本発明のオリゴマー構造には、1またはそれを超えるUNAモノマーが含まれる。
本発明は、UNAモノマーを取り込むUNAモノマー−含有オリゴマー剤の構造、方法および組成物を提供する。本発明のUNAオリゴマー分子は、遺伝子サイレンシング治療法用の製剤中の有効剤として使用することができる。
特に、本発明は、UNAモノマーとある種の天然ヌクレオチド、非−天然ヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、または化学的修飾ヌクレオチドとの新規な組合せを取り込むユニークなオリゴマー構造を提供する。
本開示の態様には、薬理学上の活性分子であるUNAモノマー−含有オリゴマーが含まれる。本発明のUNAオリゴマーは、遺伝子発現、RNA干渉法、ならびにアンチセンスストラテジーを調節またはモジュレートする活性な医薬成分として用いることができる。
本開示の実施形態は、1またはそれを超えるUNAモノマーリンカーを取り込む広範囲の新規なUNAオリゴマー分子を提供する。
幾つかの態様において、本発明は、UNAモノマーとある種の天然ヌクレオチド、非−天然ヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、または化学的修飾ヌクレオチドとの新規な組合せを取り込む構造を有する、長時間作用するUNAオリゴマーを提供する。
幾つかの態様において、本発明は、遺伝子サイレンシング薬に長時間作用する特性を提供し、有効な治療に要求される用量レベルを低下することができる。
ある種の態様において、本発明は、イン・ビトロ（in vitro）において高められた活性を有するUNAオリゴマーを提供することができる。
幾つかの実施形態において、本発明は、イン・ビボ（in vivo）において高められた効能を有するUNAオリゴマーを提供することができる。
追加の実施形態において、本発明は、より長い機能の半減期を有するUNAオリゴマーを提供することができる。
ある種の実施形態において、本発明は、イン・ビトロ（in vitro）において長時間持続する活性を有するUNAオリゴマーを提供することができる。
特定の実施形態において、本発明は、イン・ビボ（in vivo）において長時間持続する効能を有するUNAオリゴマーを提供することができる。
本発明の実施形態は、さらに、増大した酵素安定性を有するUNAオリゴマーを提供してもよい。
本開示のUNAオリゴマーは、遺伝子発現をモジュレートするために、イン・ビトロ（in vitro）およびイン・ビボ（in vivo）において高められた安定性を提供することができる。
本発明のさらなる態様において、UNAオリゴマーは、疾患または症状を治療する剤として低下した副作用を示すことができる。幾つかの実施形態において、UNAオリゴマーは、疾病を治療する剤としてまたはイン・ビトロ（in vitro）において低下したオフターゲット効果を示すことができる。
UNAモノマー
UNAモノマーは、以下に示すようなプロパン−1，2，3−トリ−イル−トリソキシ構造に基づく小有機分子である：
Figure 2018512140
 ここに、R1およびR2はHであり、R1およびR2はホスホジエステル結合となることができ、塩基はヌクレオ塩基となることができ、R3は以下に記載する官能基である。
もう1の観点において、UNAモノマーの主要原子は、以下のようにIUPAC命名法で描くことができる：
Figure 2018512140
 ここに、オリゴマー鎖の進行の向きは、プロパン残基の1−末端から3−末端への向きである。
ヌクレオ塩基の例には、ウラシル、チミン、シトシン、5−メチルシトシン、アデニン、グアニン、イノシン、ならびに天然および非−天然のヌクレオ塩基アナログが含まれる。
一般的に、UNAモノマーはヌクレオチドではないため、それらはオリゴマーにおいて少なくとも4の形態を示すことができる。第1に、UNAモノマーはオリゴマーにおいて内部モノマーとなることができ、その場合はUNAモノマーは両側で他のモノマーによって挟まれる。この形態では、UNAモノマーは、オリゴマーが二本鎖である場合は塩基対形成に関与することができ、例えば、二本鎖にヌクレオ塩基と他のモノマーとが存在する。
プロパン−1−イル位およびプロパン−3−イル位の両方で挟まれ、式中のR3が−OHである内部モノマーとしてのUNAモノマーの例を以下に示す。
Figure 2018512140
第2に、UNAモノマーはオリゴマー二本鎖のオーバーハング中のモノマーになることができ、その場合、UNAモノマーは両側で他のモノマーによって挟まれている。この形態において、UNAモノマーは塩基対合に関与しない。UNAモノマーはヌクレオチドとは異なってフレキシブルな有機構造であるため、UNAモノマーを含むオーバーハングはオリゴマーに対してフレキシブルなターミネーターであろう。
UNAモノマーはオリゴマーのオーバーハング中の末端モノマーとなることができ、その場合、UNAモノマーはプロパン−1−イル位またはプロパン−3−イル位のいずれかで1のみのモノマーに結合する。この形態においては、UNAモノマーは塩基対形成に関与しない。UNAモノマーはヌクレオチドとは異なってフレキシブルな有機構造であるため、UNAモノマーを含むオーバーハングはオリゴマーに対してフレキシブルなターミネーターとなることができる。
プロパン−3−イル位に結合した末端モノマーとしてのUNAモノマーの例を以下に示す。
Figure 2018512140
UNAモノマーはフレキシブルな分子になることができるため、末端モノマーとしてのUNAモノマーは広く異なるコンホメーションを推測することができる。プロパン−3−イル位に結合した末端モノマーとしてのエネルギー最小限化UNAモノマーコンホメーションの例を以下に示す。
Figure 2018512140
 したがって、末端UNAモノマーを有するUNAオリゴマーは、siRNAのような従来の核酸剤とは構造において顕著に異なる。例えば、siRNAは二本鎖中の末端モノマーまたはオーバーハングが安定化されていることを必要としてもよい。一方、末端UNAモノマーの適合性は、異なる特性を有するUNAオリゴマーを提供することができる。
特に、UNAモノマーの構造は、それが天然に生じるヌクレオチドに結合することを許容する。UNAオリゴマーは、UNAモノマー、ならびに天然に生じるヌクレオシドに基づいてもよい種々のヌクレオチドからなる鎖とすることができる。
幾つかの実施形態において、UNAモノマーの官能基R3は、−OR4、−SR4、−NR4 2、−NH（C＝O）R4、モルホリノ、モルホリン−1−イル、ピペラジン−1−イル、または4−アルカノイル−ピペラジン−1−イルとなることができ、ここにR4は各々の場合について同一または異なり、H、アルキル、コレステロール、脂質分子、ポリアミン、アミノ酸、またはポリペプチドとなることができる。
UNAモノマーは有機分子である。UNAモノマーは、核酸モノマーまたはヌクレオチドではなく、天然に生じるヌクレオシドまたは修飾した天然に生じるヌクレオシドでもない。
本発明のUNAオリゴマーは、合成鎖状分子である。本発明のUNAオリゴマーは、核酸ではなく、オリゴヌクレオチドでもない。
幾つかの実施形態において、上記に示したように、UNAモノマーは、
UNA−A（
Figure 2018512140
と命名する）、UNA−U（
Figure 2018512140
と命名する）、UNA−C（
Figure 2018512140
と命名する）、およびUNA−G（
Figure 2018512140
と命名する）となることができる。
本明細書中で用いてもよい記号にはmA、mG、mC、およびmUが含まれ、これらは2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドを示す。
本明細書中で用いてもよい記号には小文字のcおよびuが含まれ、これらは2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドを示す。
本明細書中で用いてもよい記号にはdTが含まれ、これは2'−デオキシTヌクレオチドを示す。
本明細書中で用いてもよい記号には*が含まれ、これはホスホロチオエート結合を示す。
UNAオリゴマーのモノマー
本明細書中で用いる場合、オリゴマー配列の文脈において、Xなる記号はUNAモノマーを表す。
本明細書で用いる場合、オリゴマー配列の文脈において、Nなる記号はいずれかの天然のヌクレオチドモノマー、または修飾ヌクレオチドモノマーを表す。
本明細書で用いる場合、オリゴマー配列の文脈において、Qなる記号は非−天然、修飾、または化学修飾されたヌクレオチドモノマーを表す。
Qモノマーがオリゴマーの1の鎖に現れ、かつ、他の鎖と対合していない場合、モノマーは結合したいずれかの塩基を有することができる。Qモノマーがオリゴマーの1の鎖に現れ、かつ、他の鎖のモノマーと対合している場合、Qモノマーは他の鎖中の対応する対合した位置のモノマーに相補的である結合したいずれかの塩基を有することができる。
核酸モノマーの例には、当該技術分野で知られているいずれのかかるヌクレオチドも含む、非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドが含まれる。
非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例には、2'−O−メチルリボヌクレオチド、2'−O−メチルプリンヌクレオチド、2'−デオキシ−2'−フルオロリボヌクレオチド、2'−デオキシ−2'−フルオロピリミジンヌクレオチド、2'−デオキシリボヌクレオチド、2'−デオキシプリンヌクレオチド、ユニバーサル塩基ヌクレオチド、5−C−メチル−ヌクレオチド、および逆向きデオキシ脱塩基モノマー残基が含まれる。
非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例には、3'−末端安定化ヌクレオチド、3'−グリセリルヌクレオチド、3'−逆向き脱塩基ヌクレオチド、および3'−逆向きチミジンが含まれる。
非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例には、ロックド（locked）核酸ヌクレオチド（LNA）、2'−O，4'−C−メチレン−（D−リボフラノシル）ヌクレオチド、2'−メトキシエトキシ（MOE）ヌクレオチド、2'−メチル−チオ−エチル、2'−デオキシ−2'−フルオロヌクレオチド、および2'−O−メチルヌクレオチドが含まれる。
非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例には、2'，4’−束縛（constrained）2'−O−メトキシエチル（cMOE）および2'−O−エチル（cEt）修飾DNAが含まれる。
非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例には、2'−アミノヌクレオチド、2'−O−アミノヌクレオチド、2'−C−アリルヌクレオチド、および2'−O−アリルヌクレオチドが含まれる。
非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例には、N6−メチルアデノシンヌクレオチドが含まれる。
非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例には、塩基5−（3−アミノ）プロピルウリジン、5−（2−メルカプト）エチルウリジン、5−ブロモウリジン；8−ブロモグアノシン、または7−デアザアデノシンで修飾されたヌクレオチドモノマーが含まれる。
非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例には、2'−O−アミノプロピル置換型ヌクレオチドが含まれる。
非−天然、修飾、および化学修飾されたヌクレオチドモノマーの例には、ヌクレオチドの2'−OH基を2'−R、2'−OR、2'−ハロゲン、2'−SR、または2'−アミノで置き換えることが含まれ、ここに、RはH、アルキル、アルケニル、またはアルキニルとすることができる。
修飾されたヌクレオチドの幾つかの例は、Saenger，Principles of Nucleic Acid Structure，Springer−Verlag，1984に提供されている。
UNAモノマーリンカーを含むUNAオリゴマー化合物
本発明の態様は、UNA−含有オリゴマー化合物用の構造および組成物を提供することができる。オリゴマー剤は、1またはそれを超えるUNAモノマーを取り込んでもよい。本発明のオリゴマー分子は、遺伝子調節または遺伝子サイレンシング治療法用の製剤中の有効剤として用いることができる。
オリゴマーは一本鎖または二本鎖とすることができ、またはさらなる鎖または非−鎖構造を有していてもよい。
幾つかの実施形態において、本発明は、UNAモノマーとある種の天然のヌクレオチド、非−天然のヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、または化学修飾されたヌクレオチドとの新規な組合せを取り込む構造を有するオリゴマー化合物を提供する。
さらなる態様において、オリゴマー化合物は、薬理学上活性な分子とすることができる。本発明のUNAオリゴマーは、遺伝子発現を調節またはモジュレートするための、およびRNA干渉法において活性な医薬成分として、ならびにアンチセンス、RNAブロッキング、およびマイクロ−RNAストラテジーに使用することができる。
本発明のUNAオリゴマーは、以下の式Iの構造を有することができる。
Figure 2018512140
 ここに、L1は結合であり、nは19〜29であり、各々現れる場合についてL2は式−C1−C2−C3−を有するUNAリンカー基であり、RはC2に結合しており、かつ、式−OCH（CH2R3）R5を有し、ここにR3は−OR4、−SR4、−NR4 2、−NH（C＝O）R4、モルホリノ、モルホリン−1−イル、ピペラジン−1−イル、または4−アルカノイル−ピペラジン−1−イルであり、ここにR4は各々現れる場合について同一または異なり、H、アルキル、コレステロール、脂質分子、ポリアミン、アミノ酸、またはポリペプチドであり、ここにR5はヌクレオ塩基であり、またはL2（R）はリボースのような糖質であり、Rはヌクレオ塩基であり、またはL2は修飾されたリボースのような修飾された糖質であり、およびRはヌクレオ塩基である。ある種の実施形態において、ヌクレオ塩基は修飾されたヌクレオ塩基とすることができる。L1はホスホジエステル結合とすることができる。
本発明のUNAオリゴマーは短鎖分子とすることができる。UNAオリゴマーは、二本鎖対とすることができる。したがって、UNAオリゴマーは二本鎖の第1鎖および二本鎖の第2鎖を有することができ、それは3までの誤対合を生じることができるが、ヌクレオ塩基に関して第1鎖に相補的である。UNAオリゴマー二本鎖は、オーバーハングを有することができる。
幾つかの実施形態において、3'オーバーハングは両方の鎖上に存在することができ、これは2モノマー長とすることができる。例えば、3'オーバーハングはTTまたはuuとすることができる。
幾つかのUNAオリゴマーは、米国特許第8，314，227号、ならびに米国特許出願公開20110313020 A1で論じられている。
UNAオリゴマーのターゲットは、ターゲット核酸とすることができる。幾つかの実施形態において、該ターゲットは対象のいずれかのmRNAとすることができる。UNAオリゴマーは、RNA干渉における遺伝子サイレンシングに対して活性となることができる。
UNAオリゴマーは、一緒になって二本鎖を提供する二本鎖を含んでいてもよい。二本鎖は、パッセンジャー鎖またはセンス鎖といってもよい第1鎖、およびガイド鎖またはアンチセンス鎖といってもよい第2鎖からなっていてもよい。
幾つかの態様において、本発明のUNAオリゴマーは、二本鎖構造のいずれかの鎖または両方の鎖中のいずれかの位置にいずれかの数のホスホロチオエートモノマー間結合を有することができる。
幾つかの実施形態において、UNAオリゴマーの1またはそれを超えるモノマー間結合はホスホジエステル、ジチオエートを含むホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、および他の化学的に修飾された形態とすることができる。
本発明のUNAオリゴマーの例には、一般的に相補的である二本鎖の対が含まれる。したがって、例えば、配列番号：1は二本鎖の第1鎖を表すことができ、配列番号：2は二本鎖の第2鎖を表すことができ、これは第1鎖に相補的である。
例えば、第1鎖中の記号「N」は、第2鎖中の対応する位置のモノマーに相補的であるいずれかのヌクレオチドを表すことができる。本開示の例示的なUNAオリゴマーは、2−モノマー長のオーバーハングと一緒に示しているが、1〜8モノマーまたはより長いオーバーハングを用いることができる。
鎖またはオリゴマー中の「X」は、UNAモノマーを表す。
UNAモノマーがオリゴマーの1の鎖に現れ、かつ、他の鎖と非対合である場合、そのモノマーは結合したいずれかの塩基を有することができる。UNAモノマーがオリゴマーの1の鎖に現れ、かつ、他の鎖のモノマーと対合する場合、そのUNAモノマーは他の鎖中の対応する対合した位置のモノマーに相補的である結合したいずれかの塩基を有することができる。
さらに、オリゴマーがUNAモノマーで終結する場合、末端位置は上記に示した位置のナンバリングに従ってヌクレオチドに対しての5'−末端の代わりに1−末端を有するか、または、ヌクレオチドに対しての3'−末端の代わりに3−末端を有する。例えば、UNAオリゴマー
Figure 2018512140
 は、第1鎖上のUNAモノマー1−末端、第1鎖上のUNAモノマー3−末端、第2鎖上のUNAモノマー3−末端、および第2鎖上のヌクレオチド5'−末端を有する。
幾つかの実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは、第1鎖の1−末端に1またはそれを超えるUNAモノマーを有し、第1鎖の3−末端に1またはそれを超えるUNAモノマーを有することができる。
さらなる実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは、第2鎖の3−末端に1またはそれを超えるUNAモノマーを有することができる。
ある種の実施形態において、本発明の二本鎖UNAオリゴマーは、第1鎖の1−末端の1またはそれを超えるUNAモノマー、第1鎖の3−末端の1またはそれを超えるUNAモノマー、および第2鎖の3−末端の1またはそれを超えるUNAモノマーを有することができる。
本発明のUNAオリゴマーは、各鎖が独立して19〜23モノマー長である第1鎖および第2鎖を有していてもよい。
ある種の実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは、19〜23モノマー長である第1鎖を有していてもよい。
ある種の実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは、19〜21モノマー長である二本鎖領域を有していてもよい。
さらなる実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは、19〜23モノマー長である第2鎖を有していてもよい。
ある種の実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは、19モノマー長である第1鎖、および21モノマー長である第2鎖を有していてもよい。
ある種の実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは、20モノマー長である第1鎖、および21モノマー長である第2鎖を有していてもよい。
ある種の実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは、21モノマー長である第1鎖、および21モノマー長である第2鎖を有していてもよい。
ある種の実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは、22モノマー長である第1鎖および21モノマー長である第2鎖を有していてもよい。
遺伝子発現を阻害するための本発明のUNAオリゴマーは、第1鎖および第2鎖を有することができ、各々の鎖は19〜29モノマー長である。モノマーは、UNAモノマーおよび核酸モノマーとすることができる。オリゴマーは、14〜29モノマー長の二本鎖構造を有することができる。UNAオリゴマーは、ターゲット遺伝子をターゲットとすることができ、従来のsiRNAと比較した場合に低下したオフターゲット効果を示すことができる。幾つかの実施形態において、本発明のUNAオリゴマーは第1鎖および第2鎖を有することができ、各々の鎖は19〜23モノマー長である。
もう1の態様において、UNAオリゴマーは平滑末端、または1またはそれを超えるオーバーハングを有していてもよい。幾つかの実施形態において、第1鎖および第2鎖は鎖間の連結オリゴマーで連結されていてもよく、1の末端で連結ループと二本鎖領域を形成してもよい。
ある種の実施形態において、オーバーハングは1または2のモノマー長とすることができる。
UNAオリゴマーは、細胞中のターゲット核酸の切断を媒介することができる。幾つかのプロセスにおいて、少なくともその一部分がターゲット核酸に相補的になることができるUNAオリゴマーの第2鎖は、ターゲット核酸にハイブリダイズすることができるガイド鎖として作用することができる。
第2鎖は、RNA Induced Silencing Complex（RISC）に取り込ませることもできる。
本開示のUNAオリゴマーは、天然に生じる核酸ヌクレオチド、および遺伝子サイレンシング活性で匹敵するその修飾物を含んでいてもよい。
幾つかの態様において、UNAオリゴマーは、遺伝子発現を阻害することができる二本鎖構築物分子である。
本明細書で用いる鎖なる語は、モノマーの単一の連続した鎖をいい、その鎖はいずれかの数の内部モノマーおよび2の末端モノマーを含み、各々の末端モノマーは1の末端の1の内部モノマーに結合し、それが鎖を終結するように他の末端のモノマーには結合しない。
UNAオリゴマーのモノマーは、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ギャップド（gapped）結合、および他の変形を介して結合してもよい。
幾つかの実施形態において、UNAオリゴマーは、第1鎖および第2鎖の間の相補性における誤対合を含むことができる。他の実施形態において、UNAオリゴマーは、1、または2、または3の誤対合を有していてもよい。誤対合は、二本鎖領域のいずれの位置に生じてもよい。
UNAオリゴマーのターゲットは、ターゲット遺伝子のターゲット核酸とすることができる。
UNAオリゴマーは、二本鎖領域の外側に1または2のオーバーハングを有していてもよい。オーバーハングは、第1鎖または第2鎖の末端の非対合部分とすることができる。第1鎖および第2鎖のオーバーハング部分の長さは、同一または異なるものとすることができる。
UNAオリゴマーは、少なくとも1の平滑末端を有していてもよい。平滑末端はオーバーハング部分を有さず、平滑末端の二本鎖領域は第1および第2の鎖の両方について同一の位置で終結する。
UNAオリゴマーはRISCの長さとすることができ、それが25塩基対未満の二本鎖長を有することを意味する。
ある種の実施形態において、UNAオリゴマーはそれ自体でホールディングし、それ自体にハイブリダイズして、二本鎖領域の末端に連結ループを有する二本鎖領域を形成することができる。
5のUNAモノマーを含み、1またはそれを超えるQモノマーを含んでいてもよいUNAオリゴマーの例を表1に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む4のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表2に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む4のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表3に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む3のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表4に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む6のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表5に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む7のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表6に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む5のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表7に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む6のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表8に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む5のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表9に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む6のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表10に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む4のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表11に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む5のUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表12に示す。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
Qモノマーを豊富に含む7またはそれを超えるUNAモノマーを含むUNAオリゴマーの例を表13に示す。
Figure 2018512140
表1〜13に示すオリゴマー構造は、第1鎖（上段）および第2鎖（下段）からなる二本鎖構造である。第1および第2の鎖の各々は、それ自体で、一本鎖分子になることができるオリゴマー分子である。一本鎖分子は、遺伝子発現をモジュレートするために活性になることができる。
本発明のオリゴマー化合物は、表1〜13に示す構造のいずれか1を有してもよい。本発明のオリゴマー化合物は表1〜13に示す構造のいずれか1を有してもよく、ここに構造は対応する核酸ターゲットをターゲットとするヌクレオ塩基配列を有する。
本発明のオリゴマー化合物は、表1〜13に示す配列のいずれか1を有していてもよい。
本発明のオリゴマー化合物は、表1〜13に示す鎖のいずれか1となってもよい。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができる。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は20未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は12未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は10未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は8未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は1〜20である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は1〜15である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は1〜9である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができる。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は20未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は12未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は10未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は8未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は1〜20である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は1〜15である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は第1鎖および第2鎖を有してもよく、各鎖は独立して19〜23モノマー長であり、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は1〜9である。
本発明のオリゴマー化合物は一本鎖分子であってもよく、ここに一本鎖は表1〜13に示す鎖のいずれか1である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができる。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は20未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は12未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は10未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は8未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は1〜20である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は1〜15である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーもQモノマーとすることができ、ここにQモノマーの数は1〜9である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができる。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は20未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は12未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は10未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は8未満である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は1〜20である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は1〜15である。
幾つかの実施形態において、本発明のオリゴマー化合物は、19〜23モノマー長である一本鎖を有していてもよく、ここにUNAモノマーではないいずれのモノマーも2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドとすることができ、ここに2'−O−メチル修飾リボヌクレオチドの数は1〜9である。
疾患を治療する方法
本発明の方法には、哺乳動物対象における種々の疾患の治療および予防が含まれる。対象はヒトとすることができる。
本発明の方法において、治療または予防を必要とする対象に、有効量の本発明のオリゴマー化合物を投与することができる。対象はヒトまたは哺乳動物とすることができる。
有効量の本発明のオリゴマー化合物の有効量は、0.001 mg／kg〜50.0 mg／kgの範囲の用量とすることができる。
本発明の方法において、ターゲットmRNA発現は少なくとも5日間、対象において低下することができる。ある種の実施形態において、ターゲットmRNA発現は少なくとも10日、または15日間、対象において低下することができる。
本開示の方法において、本発明のオリゴマー化合物の投与は、炎症反応を生じない。
さらなる実施形態において、本発明は、細胞を本発明のオリゴマー化合物によって処理することによって、該細胞中のターゲット遺伝子の発現を阻害する方法を含む。
追加の実施形態において、本発明は、哺乳動物にUNAオリゴマーを含む組成物を投与することによって、該哺乳動物におけるターゲット遺伝子の発現を阻害する方法を含む。
TTRに対するUNAオリゴマー
本発明の実施形態は、TTRをターゲットとした有効剤であるオリゴマー分子を提供することができる。
TTRをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーの例を表14〜17に示す。表14および15は「センス」および「アンチセンス」対を表し、表16および17はさらなる「センス」および「アンチセンス」対を表す。例えば、配列番号：237および238はセンスおよびアンチセンス対である。
Figure 2018512140
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例えば、UNAオリゴマーは配列番号：87である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは配列番号：88である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは配列番号：87である鎖、および配列番号：88である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、TTRのターゲット配列に対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号：237〜284のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
例えば、UNAオリゴマーは、配列番号：105である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：106である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：105である鎖、および配列番号：106である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、TTRのターゲット配列に対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号：237〜284のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
UNAオリゴマーは、配列番号：239である第1鎖および配列番号：240である第2鎖を含んでいてもよい。
UNAオリゴマーは、配列番号：263である第1鎖および配列番号：264である第2鎖を含んでいてもよい。
APOB用のUNAオリゴマー
本発明の実施形態は、APOBをターゲットとした有効剤であるオリゴマー分子を提供することができる。
TTRをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーの例を表18および19に示す。表18および19は、「センス」および「アンチセンス」対を表す。例えば、配列番号：285および286は、センスおよびアンチセンス対である。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
例えば、UNAオリゴマーは、配列番号：87である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：88である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：87である鎖、および配列番号：88である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、APOBのターゲット配列に対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号：285〜304のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
例えば、UNAオリゴマーは配列番号：105である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは配列番号：106である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは配列番号：105である鎖、および配列番号：106である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、APOBのターゲット配列に対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号：285〜304のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
UNAオリゴマーは、配列番号：287である第1鎖および配列番号：288である第2鎖を含んでいてもよい。
UNAオリゴマーは、配列番号：291である第1鎖および配列番号：292である第2鎖を含んでいてもよい。
PCSK9に対するUNAオリゴマー
本発明の実施形態は、PCSK9をターゲットとした有効剤であるオリゴマー分子を提供することができる。
PCSK9をターゲットとした本発明のUNAオリゴマーの例を表20および21に示す。表20および21は、「センス」および「アンチセンス」対を示す。例えば、配列番号：305および306は、センスおよびアンチセンス対である。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
例えば、UNAオリゴマーは、配列番号：87である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは配列番号：88である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：87である鎖、および配列番号：88である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、PCSK9のターゲット配列に対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号：305〜316のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
例えば、UNAオリゴマーは、配列番号：105である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：106である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：105である鎖、および配列番号：106である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、PCSK9のターゲット配列に対するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号：305〜316のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
UNAオリゴマーは、配列番号：305である第1鎖および配列番号：306である第2鎖を有していてもよい。
APOC3に対するUNAオリゴマー
本発明の実施形態は、APOC3をターゲットとした有効剤であるオリゴマー分子を提供することができる。
APOCIIIをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーの例を、表22および23に示す。表22および23は、「センス」および「アンチセンス」対を表す。例えば、配列番号：317および318は、センスおよびアンチセンス対である。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
例えば、UNAオリゴマーは、配列番号：87である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：88である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：87である鎖、および配列番号：88である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、APOC3のターゲット配列に対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号：317〜332のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
例えば、UNAオリゴマーは、配列番号：105である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号106である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号105である鎖および配列番号106である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、APOC3のターゲット配列に対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号：317〜332のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
UNAオリゴマーは、配列番号：319である第1鎖および配列番号：320である第2鎖を含んでいてもよい。
UNAオリゴマーは、配列番号：321である第1鎖および配列番号：322である第2鎖を含んでいてもよい。
HBVに対するUNAオリゴマー
本発明の実施形態は、HBVをターゲットとした有効剤であるオリゴマー分子を提供することができる。
HBVをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーの例を表24〜27に示す。表24および25は「センス」および「アンチセンス」対を表し、表26および27はさらなる「センス」および「アンチセンス」対を表す。例えば、配列番号：333および353はセンスおよびアンチセンス対であり、配列番号：352〜372についても同じである。
Figure 2018512140
Figure 2018512140
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例えば、UNAオリゴマーは配列番号：87である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは配列番号：88である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは配列番号：87である鎖および配列番号：88である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、B型肝炎ウイルス（HBV）のウイルス遺伝子のターゲット配列に対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号：333〜414のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
例えば、UNAオリゴマーは配列番号：105である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーは配列番号：106である鎖を有していてもよい。UNAオリゴマーを有していてもよい。UNAオリゴマーは、配列番号：105である鎖、および配列番号：106である鎖を有していてもよい。これらのUNAオリゴマーは、B型肝炎ウイルス（HBV）のウイルス遺伝子のターゲット配列に対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。これらのUNAオリゴマーは、配列番号： 333〜414のいずれかに対応するヌクレオ塩基配列を有することができる。
疾患を治療する方法
本発明の方法には、哺乳動物対象における種々の疾患の治療および予防が含まれる。対象は、ヒトまたは哺乳動物とすることができる。
本発明の方法において、治療または予防を必要とする対象には、有効量の本発明のオリゴマー化合物を投与することができる。
加えて、本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において高められた活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において高められた効能を提供してもよい。
さらに、本発明のUNAオリゴマーは、増大した酵素安定性を提供してもよい。
また、本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において長時間持続する活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において長時間持続する効能を提供することができる。
本発明のUNAオリゴマーは、遺伝子導入後6日に、イン・ビトロ（in vitro）において少なくとも50%の活性を保持することができる。
本発明のUNAオリゴマーは、遺伝子導入後6日に、イン・ビトロ（in vitro）において少なくとも80%の活性を保持することができる。
本発明のUNAオリゴマーは、投与後6日に、イン・ビボ（in vivo）において少なくとも30%の効能を保持することができる。
本発明のUNAオリゴマーは、投与後6日に、イン・ビボ（in vivo）において少なくとも50%の効能を保持することができる。
本発明のUNAオリゴマーは、長時間作用する特性を提供することができ、有効な治療法に要求される用量レベルを減少することができる。
有効量の本発明のオリゴマー化合物は、0.001 mg／kg〜50.0 mg／kgの範囲の用量とすることができる。
本発明の方法において、ターゲットmRNA発現は、少なくとも5日間、対象において低下することができる。ある種の実施形態において、ターゲットmRNA発現は、少なくとも10日間、または15日間、対象において低下することができる。
本開示の方法において、オリゴマー化合物の投与は炎症反応を引き起こさない。
さらなる実施形態において、本発明には、本発明のオリゴマー化合物で細胞を処理することによって該細胞におけるターゲット遺伝子の発現を阻害する方法が含まれる。
追加の実施形態において、本発明には、本発明のオリゴマー化合物を含む組成物を哺乳動物に投与することによって該哺乳動物においてターゲット遺伝子の発現を阻害する方法が含まれる。
幾つかの実施形態において、トランスサイレチン核酸、TTRをターゲットとしたUNAオリゴマーは、必要とする患者においてアミロイド神経障害、アミロイドーシス、またはトランスサイレチンに関連するアミロイドーシスを予防または治療するための有効剤として用いることができる。
さらなる実施形態において、アポリポタンパク質B核酸、APOBをターゲットとしたUNAオリゴマーは、必要とする対象において高コレステロール血症、またはコレステロール障害を予防または治療するための有効剤として用いることができる。
追加の実施形態において、プロ蛋白質転換酵素サブチリシン／ケキシン9核酸、PCSK9をターゲットとしたUNAオリゴマーは、必要とする対象において高コレステロール血症、またはコレステロール障害を予防または治療するための有効剤として用いることができる。
ある種の実施形態において、アポリポタンパク質C−III核酸、APOC3またはAPOCIIIをターゲットとしたUNAオリゴマーは、必要とする対象において高トリグリセリド血症、またはリポタンパク質障害を予防または治療するための有効剤として用いることができる。
幾つかの実施形態において、HBVゲノム、HBV（B型肝炎ウイルス）の配列をターゲットとしたUNAオリゴマーは、必要とする対象においてHBV感染症と関連する疾患を予防または治療するための有効剤として用いることができる。
医薬組成物
幾つかの態様において、本発明は、オリゴマー化合物および医薬上許容し得る不活性成分を含む医薬組成物を提供する。
医薬組成物は、局所または全身投与することができる。幾つかの態様において、医薬組成物はいずれかのモダリティーの投与をすることができる。ある種の態様において、投与は静脈内、皮下、肺、筋肉内、腹膜内、経皮、経口、または経鼻投与とすることができる。
本発明の実施形態には、液体製剤中にオリゴマー化合物を含む医薬組成物が含まれる。
幾つかの実施形態において、医薬組成物は、カチオン性脂質、アニオン性脂質、ステロール、ペグ化脂質、および前記したもののいずれかの組合せから選択される1またはそれを超える脂質を含んでいてもよい。
ある種の実施形態において、医薬組成物は、リポソームを実質的に含まないものとすることができる。
さらなる実施形態において、医薬組成物は、リポソームまたはナノ粒子を含むことができる。
本発明の活性分子を送達するための脂質および脂質組成物の幾つかの例は、出典明示して本明細書の一部とみなすWO／2015／074085に提供されている。
追加の実施形態において、医薬組成物は、ウイルスまたは細菌ベクター内にオリゴマー化合物を含むことができる。
本開示の医薬組成物は、当該技術分野で知られている不活性成分、希釈剤または賦形剤を含んでいてもよい。医薬組成物の例は、例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences，Mack Publishing Co.（A.R. Gennaro編，1985）に記載されている。
医薬組成物用の賦形剤の例には、抗酸化剤、懸濁化剤、分散剤、保存料、緩衝剤、等張剤および界面活性剤が含まれる。
実施例
実施例1：ルシフェラーゼレポーターアッセイ
ルシフェラーゼ−系レポータープラスミドは、psiCHECK（商標）2ベクター（Promega，Madison，WI）に基づいて構築した。レポーターp（1〜20）は、psiCHECK（商標）2中のSV40促進ウミシイタケ・ルシフェラーゼ遺伝子の終結コドン下流のマルチクローニング領域にクローニングしたEco RI消化部位に対してポジション1〜2500の配列を含むオリゴヌクレオチドを用いて作製し、これは人工の3'UTR配列の調節下でウミシイタケ・ルシフェラーゼ遺伝子を発現させる。ついで、ウミシイタケ・ルシフェラーゼ活性を、転写安定性および翻訳効率に対する人工3'UTRの効果のインジケーターとして用いた。psiCHECK（商標）−2ベクターは、構成的に発現するホタル・ルシフェラーゼ遺伝子も含み、これはトランスフェクション効率を正常にする内部対照として作用する。
トランスフェクションの1日前に、合計5，000のHepB3細胞（American Type Culture Collection）を96−ウェルプレートのウェルに平板した。細胞は、0.1 mMの非必須アミノ酸および10%のFBS（Life Technologies，Carlsbad，CA）を補充した100μlのDMEM（Life Technologies，Carlsbad，CA）中、37℃にてインキュベートした。トランスフェクションの直前に、培養培地を90μlの新鮮な培地に交換した。レポータープラスミドおよびUNAオリゴマーはトランスフェクション試薬と同時トランスフェクションし、製造業者指示書に従って、Lipofectamine（商標）3000（Life Technologies,Carlsbad,CA）を用いてレポータープラスミド（100ng）および種々の量のUNAオリゴマーをP3000と一緒に細胞にトランスフェクトした。
Dual−Luciderase Reporter Assay System（DLR assay system，Promega，Madison，WI）を用いて、psiCHECK2に基づくレポーターシステムに対してデュアル−レポーターアッセイを行った。遺伝子導入から24時間後に、細胞はリン酸緩衝塩類溶液で1回ていねいに洗浄した。Passive Lysis Buffer（Promega，Madison，WI）の50μlウェルを細胞に加え、室温にて20分間、ゆっくりと動かしながらインキュベートした。ルシフェラーゼ活性は、Cytation 3イメージリーダー（BioTek，Winooski，VT）を用いて測定し、レポーター発現に対するUNAオリゴマーの効果は、ウミシイタケ／ホタルの比に基づいて計算して細胞数およびトランスフェクション効率を正規化した。
実施例2：UNAオリゴマーの安定性
UNAオリゴマーの安定性を判定するプロトコールは、ヘビ毒PDE IまたはFBSに対して測定した。UNAオリゴマー（1〜10μM）は、20mM Tris−HCl（pH8.0）、100mM NaCl、15mM MgCl2または10〜50%のFBS（最終濃度）中、Crotalus adamanteus毒からの2X10-4単位／μLのホスホジエステラーゼI（code#：VPH，Worthington Biochemial，USA）と37℃にてインキュベートした。0.5、1および2時間後に、アリコート（3μL）を混合物から採取し、5.3μLの0.5M EDTA（pH8.0）と混合することによって反応を停止した。試料は、電気泳動用の15%の本来のポリアクリルアミドゲルにロードした。ゲルは、SYBR SAFEで染色し、UV下で視覚化した。
実施例3：UNAオリゴマーの長寿命
イン・ビトロ（in vitro）またはイン・ビボ（in vivo）でのUNAオリゴマーの長寿命を判定するプロトコール。セルラインまたはマウス組織からのトータルRNA試料を単離する。逆転写反応は、RNA試料、50nMのステム−ループRTプライマーと一緒にSuperScript III First−鎖（Life Technologies）を用いて行う。すべての逆転写酵素反応は、3回行った。リアル−タイムPCRは、400nMのユニバーサルプライマー、400nMの−特異的プライマー、および300nMのTaqManプローブを用いる標準TaqMan PCRキットプロトコールを用いて、Applied Biosystems 7900HT配列検出システムで行う。1μlのcDNAテンプレートを最終体積25μlの反応物に添加する。すべての反応は、テンプレート対照およびRT試料を用いないで3回行う。反応物は、384−ウェルプレート中、95℃にて10分間インキュベートし、つづいて95℃にて15秒間および60℃にて1分間の40サイクルでインキュベートする。すべての反応は、3回行う。蛍光が固定した閾値を過ぎる分画サイクル数として定義される閾値サイクル（CT）値を、合成UNAオリゴマーからの標準曲線を用いて絶対コピー数に変換する。
実施例4：HBVをターゲットとするUNAオリゴマーの用量依存的な阻害効果が、HBV結合部位を有するレポーター構築物でトランスフェクトしたHep3B細胞で観察された。
本発明のUNAオリゴマーは、表28に示すようなIC50を示すことが見出された。表28においては、UNAオリゴマーは、同じ参照位置を有する表24〜27に示す構造に対応する。





























Figure 2018512140
Figure 2018512140
表28の実験結果は、UNAオリゴマーが遺伝子発現をモジュレートすることについて安定した、驚くべき長時間持続する活性を提供することを示している。ルシフェラーゼレポーターによって測定したUNAオリゴマーの活性は、遺伝子導入から6日後にピコモル範囲であった。
実施例5：加えて、実験結果において、HBVをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において高められた活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において高められた効能を提供している。
さらに、実験結果において、HBVをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、増大した酵素安定性を提供している。
また、実験結果において、HBVをターゲットした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において長時間持続する活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において長時間持続する効能を提供している。
HBVをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、長時間作用する特性を提供し、有効な治療に要求される用量レベルを低下している。
実施例6：UNAオリゴマーの用量依存的な阻害効果が、表29に示すようにHepG2細胞において観察された。
Figure 2018512140
表29の実験結果は、TTR UNAオリゴマーがTTR遺伝子発現の安定した、効力のあるノックダウンを提供したことを示している。
実施例7：TTR UNAオリゴマーの用量依存的な阻害効果が、表30に示すようにHepG2細胞において観察された。
Figure 2018512140
表30の実験結果は、TTR UNAオリゴマーがTTR遺伝子発現の安定した、効力のあるノックダウンを提供したことを示している。
実施例8：加えて、実験結果において、TTRをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において高められた活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において高められた効能を提供している。
さらに、実験結果において、TTRをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、増大した酵素安定性を提供している。
また、実験結果において、TTRをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において長時間持続する活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において長時間持続する効能を提供する。
TTRをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、長時間作用する特性を提供し、有効な治療に要求される用量レベルを低下した。
実施例9：APOBをターゲットとしたUNAオリゴマーの用量依存的な阻害効果が、表31において示すように、マウスHepa1−6細胞において観察された。
Figure 2018512140
表31の実験結果は、APOB UNAオリゴマーがAPOB遺伝子発現の安定した、効力のあるノックダウンを提供したことを示している。
実施例10：APOBをターゲットとしたUNAオリゴマーの用量依存的な阻害効果が、表32に示すように、マウスHep3B細胞において観察された。
Figure 2018512140
表32の実験結果は、APOB UNAオリゴマーがAPOB遺伝子発現の安定した、効力のあるノックダウンを提供したことを示している。
実施例11：加えて、実験結果において、APOBをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において高められた活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において高められた効能を提供している。
さらに、実験結果において、APOBをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、増大した酵素安定性を提供している。
また、実験結果において、APOBをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において長時間持続する活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において長時間持続する効能を提供している。
APOBをターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、長時間作用する特性を提供し、有効な治療に要求される用量レベルを低下させる。
実施例12：PCSK9をターゲットとしたUNAオリゴマーの用量依存的な阻害効果が、表33に示すようにマウスHepa1−6細胞で観察された。
Figure 2018512140
表33の実験結果は、PCSK9 UNAオリゴマーがPCSK9遺伝子発現の安定した、効力のあるノックダウンを提供したことを示している。
実施例13：PCSK9をターゲットとしたUNAオリゴマーの用量依存的な阻害効果が、表34に示すようにマウスHep3B細胞で観察された。
Figure 2018512140
表34の実験結果は、PCSK9 UNAオリゴマーがPCSK9遺伝子発現の安定した、効力のあるノックダウンを提供したことを示している。
実施例14：加えて、実験結果において、PCSK9をターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において高められた活性を提供し、ならびにイン・ビボ（in vivo）において高められた効能を提供している。
さらに、実験結果において、PCSK9をターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、増大した酵素安定性を提供している。
また、実験結果において、PCSK9をターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において長時間持続する活性を提供し、ならびにイン・ビボ（in vivo）において長時間持続する効能を提供している。
PCSK9をターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、長時間作用する特性を提供し、有効な治療に要求される用量レベルを低下している。
実施例15：APOC3をターゲットとしたUNAオリゴマーの用量依存的な阻害効果が、表35に示すように、マウスHep3B細胞において認められた。
Figure 2018512140
表35の実験結果は、APOC3 UNAオリゴマーがAPOC3遺伝子発現の安定した、効力のあるノックダウンを提供したことを示している。
実施例16：加えて、実験結果において、APOC3をターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において高められた活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において高められた効能を提供している。
さらに、実験結果において、APOC3をターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、増大した酵素安定性を提供している。
また、実験結果において、APOC3をターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、イン・ビトロ（in vitro）において長時間持続する活性、ならびにイン・ビボ（in vivo）において長時間持続する効能を提供している。
APOC3をターゲットとした本発明のUNAオリゴマーは、長時間作用する特性を提供し、有効な治療に要求される用量レベルを低下している。
本明細書に具体的に言及したすべての刊行物、特許および文献は、出典明示して本明細書の一部とみなす。
本発明は変化してもよいため、記載した特定の方法、プロトコール、材料および試薬に限定されるものではないことは理解される。本明細書中で用いる用語は、特定の実施形態を説明する目的のためだけであり、添付する特許請求の範囲に包含される本発明の範囲を限定することを意図しないことは理解される。
本明細書および添付する特許請求の範囲で用いる単数形「a」、「an」、および「the」には文書が明らかに述べていない限りは複数のものも参照していることは注記する。そのうえに、「a」（または「an」）、「1またはそれを超える」および「少なくとも1」は本明細書中では相互交換可能に用いることができる。また、「含む」、「含む」、「包含する」、および「有する」なる用語は相互交換可能に用いることができることも注記する。
さらに詳述しなくても、当業者であれば上記の記載に基づいて本発明をその最大限の範囲で利用することができる。したがって、以下の具体的な実施形態は、単に説明目的であって、いかなる場合においても本開示の残りのものを限定するものではない。
本明細書に開示するすべての特徴は、いずれかの組合せで組合せてもよい。本明細書に開示する各々の特徴は、同一、等価または同様の目的を今日する別の特徴によって置き換わってもよい。

Claims (21)

  1. 第1鎖および第2鎖を含むUNAオリゴマーであって、各々の鎖は19〜29モノマー長であり、該モノマーはUNAモノマーおよび核酸モノマーを含み、ここに該オリゴマーは14〜29モノマー長の二本鎖構造を有し、ここに該第2鎖はRNA干渉用のガイド鎖であって該第1鎖はRNA干渉用のパッセンジャー鎖であり、およびここにUNAオリゴマーはターゲット遺伝子の発現を低下させる、UNAオリゴマー。
  2. 各々の鎖に1またはそれを超える核酸モノマーの1またはそれを超える化学修飾を含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  3. オリゴマーが2'−O−メチル基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチドを含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  4. オリゴマーが2'−O−メチル基で修飾された1〜9のヌクレオチドを含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  5. オリゴマーが2'−デオキシ−2'−フルオロ基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチドを含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  6. いずれかの鎖における1またはそれを超えるモノマー間結合がホスホロチオエートまたはキラルホスホロチオエート結合である、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  7. オリゴマーが2'−O−メチル基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチドおよび2'−デオキシ−2'−フルオロ基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチドを含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  8. オリゴマーが、いずれかの鎖に2'−O−メチル基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチド、2'−デオキシ−2'−フルオロ基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチド、および1またはそれを超えるホスホロチオエートまたはキラルホスホロチオエートモノマー間結合を含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  9. オリゴマーが、いずれかの鎖に3またはそれを超えるUNAモノマー、2'−O−メチル基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチド、2'−デオキシ−2'−フルオロ基で修飾された1またはそれを超えるヌクレオチド、および1またはそれを超えるホスホロチオエートまたはキラルホスホロチオエートモノマー間結合を含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  10. ターゲット遺伝子がB型肝炎ウイルス、TTR、APOB、PCSK9、またはAPOC3のウイルス遺伝子である、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  11. 配列番号：87である第1鎖および配列番号：88である第2鎖を含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  12. 配列番号：105である第1鎖および配列番号：106である第2鎖を含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  13. 配列番号：239である第1鎖および配列番号：240である第2鎖を含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  14. 配列番号：263である第1鎖および配列番号：264である第2鎖を含む、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  15. UNAオリゴマーがイン・ビトロ（in vitro）において長時間持続する活性を有する、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  16. UNAオリゴマーがイン・ビボ（in vivo）において長時間持続する効能を有する、請求項1に記載のUNAオリゴマー。
  17. 請求項1〜16のいずれかに記載の1またはそれを超えるUNAオリゴマーおよび医薬上許容し得る不活性成分、希釈剤または補助剤を含む医薬組成物。
  18. ターゲット遺伝子の発現を調節するための請求項1〜16のいずれかに記載の1またはそれを超えるUNAオリゴマーの使用。
  19. 必要とする対象において、B型肝炎感染症、アミロイド神経障害、アミロイドーシス、トランスサイレチンに関連するアミロイドーシス、高コレステロール血症、コレステロール障害、高トリグリセリド血症、またはリポタンパク質障害を予防または治療することにおける、請求項17記載の組成物の使用。
  20. 治療剤用の薬物の調製における、請求項17記載の組成物の使用。
  21. 細胞中のターゲットmRNAの発現レベルを低下させる薬物を調製することにおける、請求項1〜16のいずれかに記載の1またはそれを超えるUNAオリゴマーの使用。
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