JP2018508204A - 鳥類壊死性腸炎を検出する方法 - Google Patents
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Abstract
Description
a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号16に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)配列番号10に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、60個、または80個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
j)配列番号11に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
k)配列番号12に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
l)配列番号13に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
m)(a)から(l)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
n)(m)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
o)(a)から(n)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される、方法である。
a)配列番号1の位置1から630、特に420から630、好ましくは460から560のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3の位置600から1000、特に670から760のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4の位置60から240、特に80から220のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5(に表される配列)の位置1300から1800、特に1400から1700の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7の位置1から591、特に100から280のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8の位置240から540、特に300から540のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9の位置12から418、特に240から400のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号16の位置673から5628のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)配列番号10の位置14から25のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
j)配列番号11の位置44から65のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
k)配列番号12の位置3から24のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
l)配列番号13の位置45から66のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
m)(a)から(l)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
n)(m)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
o)(a)から(n)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される。
a)配列番号1の位置460から560のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3の位置670から760のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4の位置80から220のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5の位置1400から1700のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7の位置100から280のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8の位置300から540のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9の位置240から400のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号16の位置673から5628のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)配列番号10の位置14から25のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
j)配列番号11の位置44から65のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
k)配列番号12の位置3から24のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
l)配列番号13の位置45から66のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド、
m)(a)から(l)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
n)(m)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
o)(a)から(n)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される。
a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号9に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号10に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、60個、または80個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号11に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号12に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)配列番号13に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
j)(a)から(i)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
k)(j)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
l)(a)から(k)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
のうちの少なくとも1種の存在および/または量を、非感染鳥類の対照試料との比較において検出することによって行われ、非感染の対照との比較におけるこれらの配列のうちの少なくとも1つの存在および/またはレベルの増加が、壊死性腸炎を示す、方法である。
a)配列番号1の位置1から630、特に420から630、好ましくは460から560のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3の位置600から1000、特に670から760のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4の位置60から240、特に80から220のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号7の位置1から591、特に100から280のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号9の位置12から418、特に240から400のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号10の位置14から25のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号11の位置44から65のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号12の位置3から24のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)配列番号13の位置45から66のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
j)(a)から(i)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
k)(j)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
l)(a)から(k)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される。
a)配列番号1の位置460から560のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3の位置670から760のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4の位置80から220のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号7の位置100から280のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号9の位置240から400のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも30個または40個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号10の位置14から25のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号11の位置44から65のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号12の位置3から24のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)配列番号13の位置45から66のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
j)(a)から(i)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
k)(j)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
l)(a)から(k)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される。
a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド、
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド、
c)配列番号4に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)(a)から(g)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
i)(h)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
j)(a)から(i)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される、方法である。
a)配列番号1の位置1から630、特に420から630、好ましくは460から560のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、または100個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3の位置600から1000、特に670から760のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、または90個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4の位置60から240、特に80から220のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、または140個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5の位置1300から1800、特に1400から1700の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して、少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7の位置1から591、特に100から280のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、または180個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8の位置240から540、特に300から540のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9の位置12から418、特に240から400のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、または160個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)(a)から(g)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
i)(h)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
j)(a)から(i)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される。
a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド、
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド、
c)配列番号4に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号13に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)(a)から(h)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
j)(i)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
k)(a)から(j)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される、方法である。
a)配列番号1の位置1から630、特に420から630、好ましくは460から560のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、または100個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド、
b)配列番号3の位置600から1000、特に670から760のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、または90個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド、
c)配列番号4の位置60から240、特に80から220のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、または140個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5の位置1300から1800、特に1400から1700の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して、少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7の位置1から591、特に100から280のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、または180個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8の位置240から540、特に300から540のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9の位置12から418、特に240から400のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、または160個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号13の位置45から66のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)(a)から(h)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
j)(i)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
k)(a)から(j)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される。
a)配列番号10に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、60個、または80個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号11に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号12に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)(a)から(c)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
e)(d)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
f)(a)から(e)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される、方法である。
a)配列番号10の位置14から25のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号11の位置44から65のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号12の位置3から24のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)(a)から(c)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
e)(d)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
f)(a)から(e)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される。
NetBおよびTpeLについて、既に、壊死性腸炎の病因に関与する主要毒素であることが議論されている(Keyburnら,2010;国際公開第2008/148166号;Shojadoostら,2012)。
a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)(a)から(f)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
h)(a)から(g)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
からなる群より選択される、好ましくは壊死性腸炎に関与する毒素活性および/または病原性因子を有するポリペプチドをコード化する、ポリヌクレオチドである。
a)配列番号1の位置1から630、特に420から630、好ましくは460から560のヌクレオチド配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して、少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号1の位置1から630、特に420から630、好ましくは460から560のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号3の位置600から1000、特に670から760のヌクレオチド配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号3の位置600から1000、特に670から760のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは−100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7の位置1から591、特に100から280のヌクレオチド配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号7の位置1から591、特に100から280のヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは−100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)(a)から(f)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
h)(a)から(g)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
からなる群より選択されるポリヌクレオチドである。
a)配列番号2に表されるアミノ酸配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
b)配列番号14に表されるアミノ酸配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、または70個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
c)配列番号15に表されるアミノ酸配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または190個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
d)(a)から(c)に記載のポリペプチドを含むポリペプチド、
からなる群より選択される、好ましくは壊死性腸炎に関与する毒素および/または病原性因子であるポリペプチドでもある。
a)配列番号2に表されるアミノ酸配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
b)配列番号14に表されるアミノ酸配列の、少なくとも40個、好ましくは少なくとも60個または70個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
c)配列番号15に表されるアミノ酸配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または190個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
d)(a)から(c)に記載のポリペプチドを含むポリペプチド、
からなる群より選択されるポリペプチドである。
a)配列番号2に表されるアミノ酸配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
b)配列番号14に表されるアミノ酸配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、または70個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
c)配列番号15に表されるアミノ酸配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または190個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
d)(a)から(c)に記載のポリペプチドを含むポリペプチド、
からなる群より選択される、ポリペプチドを当該動物に投与するステップを含む方法でもある。
a)配列番号10に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、60個、または80個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号11に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号12に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号13に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)(a)から(d)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
f)(e)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
g)(a)から(f)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
からなる群より選択される、方法である。
a)配列番号10の位置14から25のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号11の位置44から65のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号12の位置3から24のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号13の位置45から66のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)(a)から(d)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
f)(e)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
g)(a)から(f)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド。
から選択される。
a)配列番号13に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)(a)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
c)(a)から(b)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
からなる群より選択される、方法である。
a)配列番号13の位置45から66のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)(a)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
c)(a)から(b)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される。
核酸の抽出の前に生物試料からの微小胞を単離することは有利であり、というのも、最初に微小胞を単離することなく体液試料または排泄物から直接的に核酸を抽出することによって得られる収率/無欠陥性と比較して、核酸含有微小胞は、より高い無欠陥性において、非常に高い収率で核酸種を産生するためである。さらに、低レベルにおいて発現される核酸を検出することも可能である。微小胞の単離により、タンパク質、脂質、細胞破片、細胞、ならびに生物試料内に天然において見出される他の潜在的混在物およびPCR阻害物の排除も可能となる。
好ましい実施形態において、当該微小胞画分は、捕捉表面、特に、国際公開第2014/107571号に記載されるような、膜、フィルター、または表面改質ビーズに結合される。
それは、原則として、任意の種類の補足表面を使用することができるということを意味する。膜材料に応じて、当該膜の孔径は、20nmから5μmの範囲であり得る。
RNAの検出のため、当該RNAは、好ましくは、さらなる増幅の前に、相補的DNA(cDNA)へと逆転写される。そのような逆転写は、単独においてまたは増幅ステップとの組み合わせにおいて実施することができる。逆転写と増幅ステップとを組み合わせる方法の一例は、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応法(RT−PCT)であり、これは、例えば、米国特許第5,639,606号に記載されるような定量的RT−PCTなど、定量的となるようにさらに変更することができる。当該方法の別の例は、2つの分離ステップ:RNAをcDNAへと変換する逆転写の第1ステップおよび定量的PCRを使用してcDNAの量を定量する第2ステップを含む。
接種準備
netBおよびtpeLに対して陽性であるウェルシュ菌の分離株を、−80℃の貯蔵庫から取り出して、5%のヒツジの血液を含有するトリプチケースソイ寒天プレートに無菌においてストリーキングした。プレートを、嫌気性条件下において37℃で一晩インキュベートした。接種菌培養を開始する15時間前に、当該一晩おいたプレートから単離したコロニーを、前還元した50mlのBHIブロスに再植菌し、嫌気性条件下において37℃で約15時間インキュベートした。次いで、50μlの当該培養物を、2×100mlの前還元したBHIブロスに加えた。結果として得られるブロス−培養物を、高投与量および低投与量が同時にそれらの最終濃度(それぞれ、109cfu/mlおよび106cfu/ml)に達するように揺動させた。培養期間の終了時に各培養物の一定分量を採取し、細菌濃度を確かめるため、5%のヒツジの血液を加えたTSA II寒天に、順次、植菌した。
動物実験
試料採取
1.1.糞便および盲腸の排泄物試料の採取
血液は、18ゲージ針を使用して心臓から直接採取した。合計約5〜6mlの血液を、各ケージ毎に無作為に選択した3羽の鳥から採取し、EDTAを含有する採取管に移した。冷却遠心機を使用して、1,000〜2,000xgにおける10分間の遠心分離によって血漿から細胞を取り除いた。遠心分離の後で、液体成分(血漿)を直ちに清浄なポリプロピレン管に移して、−20℃で貯蔵した。
消化管内容物を、およそ20cmの長さの腸から採取した。消化管内容物を排出させ、PBS+20%グリセロール中へと切除し、すぐに−20℃で冷凍した。胞子形成ウェルシュ菌に対する増殖期ウェルシュ菌の定量化ならびにnetBおよびtpeLのPCR検出に試料を使用した。
1.組織採取および処理
十二指腸ループに続く5cmの部分を各鳥から取り出し、10%ホルマリンに入れ、容器を穏やかに揺動させて、餌料を除去し、ホルマリンを腸内に導入した。固定化の後、組織をリン酸緩衝生理食塩水(PBS)で数回にわたって十分に洗浄し、70%エタノールに入れて貯蔵した。5μMの切片を作製する前にパラフィンによる組織の処理および組織の浸透のために、組織を、70%および95%のエタノール溶液による2分間の洗浄を順次行うことによって脱水し、次いで、100%のエタノール溶液による2分間の洗浄を2回行った。最後に、組織をキシレンで1分間濯ぐことを2回繰り返し、その後、パラフィン中に埋め込んだ。次いで、処理した組織を型に揃えて、パラフィンブロック内に埋め込み、5μMの切片を作製するためにミクロトームで切断した。組織スライスを、ポリ−L−リシン(PLL)改質スライドの上に浮かべる。当該スライドを乾燥させ、オーブンに入れて当該パラフィンを「ベーク処理」する。
簡潔には、組織切片を、順次、濃度を減少させたエタノール:100%エタノールによって3分間を2回、95%エタノールによって3分間を2回、および70%エタノールによって3分間を1回によって再水和させた。次いで、スライドを蒸留水で5分間濯ぎ、次いで、ヘマトキシリン溶液(ハリスヘマトキシリン、Sigma、HHS−32)で6分間染色した。スライドを、水道からの流水で約20分間濯ぎ、酸アルコール(95%のエタノール 2578ml、dH2O 950ml、HCL 9ml)中において1〜3秒間脱色した。スライドを再び、水道からの流水で5分間濯ぎ、炭酸リチウムに3秒間浸し、次いで水道水で5分間濯いだ。組織を、エオシン希釈標準溶液(100mlのストックエオシン(1%のエオシン−Y水溶液および1%のフロキシンB)、10mlのストックフロキシンB、780mlの95%エタノール、4mlの氷酢酸酸)15秒間で対比染色し、順次、エタノール溶液(95%エタノール溶液により3分を2回および100%エタノール溶液により3分を2回)においてインキュベートすることによって再水和させた。最後に、組織をキシレン溶液中で5分間インキュベートし、次いで、分析のためにサイトシール(cytoseal)で固定した。
腸内容物から単離されたウェルシュ菌種からのDNAの抽出は、Qiagen(ヒルデン、ドイツ)製の市販のDNA抽出キットにより、メーカーの取扱説明書に従って実施した。
1ngのDNAテンプレートと、増幅される遺伝子または検出される遺伝子に対する各プライマーの0.2μMと、1.2単位/25μLのTaqDNAポリメラーゼからなる1×PCRマスターミックスの12μlとを含有する25μlの最終体積において、PCR増幅を実施した。当該増幅は、遺伝子増幅PCRシステムである9600 Thermocycler(Master cycler eppendorf、ドイツ)において実施した。初期変性は、95℃で5分間であり、それに続いて、95℃で30秒を40サイクル、55℃で30秒のアニール処理および72℃で30秒間の延長、ならびに72℃で7分間の最終延長の後、40℃で保持した。
合計で36個の血漿試料、96個の糞便試料、および87個の盲腸試料を、微小胞全RNAの単離および抽出のために処理した。血漿量は、異なる動物において0.5mlから3mlの間で変わった。
簡潔には、血液をK2 EDTA管に採取し、完全反転によってよく混合した。次いで、当該管を、1300xgで10分間遠心分離することにより、血液細胞と血漿を分離した。次いで、血漿を除去し、0.8μmのフィルターに通してろ過して細胞破片および血小板を除去した。次いで、全ての血漿試料を、1mlのクライオバイアルに分注し、使用まで−80℃で貯蔵した。
バイオマテリアル、例えば、血液、脳脊髄液、組織、および細胞培養物など、からの微小胞の抽出および微小胞(MV)の内容物のさらなる精製における現状技術水準の方法は、以前に、米国特許第6899863号(Dhellinら、2005)、欧州特許出願公開第2495025(A1)号、国際公開第2014107571(A)号、および同第20140178885(A1)号に記載されている。この方法は、高速超遠心分離の使用、または細胞破片を分離するための低速遠心分離の使用とその後のサイズ排除または特定の膜に対する親和結合またはろ過を含む(Witwer & Colleagues(2013)によるレビューを参照されたい)。微小胞を精製するためのいくつかの免疫学的方法も記載されている(Theryら、2016;Claytonら,2001;Wubboltsら,2003)。微小胞は、所望の集団を明確に選択するために微小胞の表面タンパク質に結合する抗体により、または他の細胞成分の喪失に対してそれらの細胞の表面タンパク質に結合する抗体により官能化されたマトリックス、ビーズ、磁性粒子の使用によって精製することができる(Kimら、2012およびMathivananら、2010)。研究に利用することができる微小胞の単離の迅速な方法としては、マイクロ流体素子(2010,Chenら2010;欧州特許出願公開第2740536(A2)号)および市販のキット(例えば、SeraMir(商標) (System Biosciences)、ExoSpin(商標)(Cell Guidance)、ExoMir(商標)(Bioo Scientifics)、miRCURY(商標)(Exiqon))が挙げられ、これらは専門的な研究所設備をほとんどまたは全く必要としない。
血漿および盲腸試料は、大きい粗材料を含有しているため、血漿試料に対して、上記において説明したようなExo50キットおよび関連する方法を使用して微小胞単離およびRNA抽出を実施する前に、追加の前処理ステップが適用される。例えば、200mgの糞便試料をゆっくりと解凍し、次いで、1mlの冷PBSまたは0.9%の無菌NaOHを加えて、当該糞便/盲腸試料を均一化し、その後に約1分間ボルテックスした。結果として得られる懸濁液を、PBSで1:1希釈し、次いで、4℃において20,000gで30分間遠心分離し、嵩高の不要粒子を除去した。上澄みを、0.8μmの混合セルロースエステルフィルター(例えば、ミリポアフィルター)を通してろ過し、上記において血漿試料に対して説明したようなさらなる使用または処理まで当該ろ液を4℃で貯蔵した。
SuperScript VILO cDNA Synthesis Kitにより、メーカーの取扱説明書に従って、ならびに以下の変更:11μl(5×VILO反応ミックス)、5.5μl(10×SS酵素ミックス)、5.5μl(ヌクレアーゼ不含H20)、および33μl(RNA)からなるRT反応において、糞便および盲腸RNAの逆転写を実施した。
この場合、当該RTサイクルプロファイルは、4つの連続するインキュベートサイクル/25℃で10分間、42℃で60分間、85℃で5分間の保持ステップ、および4℃での最終保持ステップからなった。
TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kitを使用してRNAの逆転写を用いることにより、以下のRTマスターミックスレシピおよびサイクルプロファイル:6μl(RTプライマープール)、0.3μl(100mMのdNTP)、1.5μl(10×RTバッファー)、0.2μlのRNase阻害剤、3.0μlのMultiScribe RT、および4μl(糞便および盲腸試料の場合には4μlのRNA、血漿試料の場合には2μlのRNA+2μlのTE緩衝液)からなるRT反応において、各試料に対してmiRNAの逆転写を三重に実施した。この場合、当該RTサイクルプロファイルは、4つの連続するインキュベートサイクル/16℃で30分間、42℃で30分間、85℃で5分間の保持ステップ、および4℃での最終保持ステップからなった。当該RTプライマープールは、それぞれのRTプライマーの10マイクロリットルをプールし、TEバッファーで1mlに希釈することにより得て、これにより、各プライマーの最終濃度を0.05倍にした。5種(5×)のカスタマイズしたmiRNAアッセイ(miR−16、miR−21、miR−24、miR−155、およびmiR−206)を、それぞれのRTプライマープールに加えた。
RNA遺伝子に対するプローブベースのアッセイのために、Qiagen Rotor−Gene Qを使用して、メーカーの取扱説明書に従って、qPCRを実施した。virX、colA、およびnetBアッセイのアニール温度は57℃であり、その一方で、ウェルシュ菌の16s rRNAの分析のためのアニール温度は60℃であった。当該アッセイのためのマスターミックス反応は、5.5μl(ヌクレアーゼ不含水)、10μl(AmpErase UNGを含まないTaqMan Fast Universal PCR Master Mix)、0.5μlのフォワードプライマー(20μM)、1.5μlのリバースプライマー(20μM)、0.25μlのプローブ(20μM)、0.25μlのUNG(ウラシル−N−グリコシラーゼ)、および2μlのcDNAからなった。16s RNAの増幅のために、フォワードおよびリバースのそれぞれ1μlを使用した。
全ての統計的計算は、統計ソフトウェアRを使用して行った。アッセイの化学量論および分析プロトコルの全体的効率の結果として、正規化の前に欠測値(信号なし)を40で補完したが、これは、40増幅サイクルのqPCRにおける最も可能性の高いCT値である。処理群の一対比較のための適度な統計を、パッケージlimma(limma:マイクロアレイデータのための線形モデル、Smyth G.K.In:Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor,Springer,New York,pp 397−420、Rパッケージ バージョン2.16.5)におけるImFit関数を用いて計算し、結果として得られるp値を、BenjaminiおよびHochberg(1995)の方法に従って調節することにより、q値(偽発見率:false discovery rate)を得た。
時間、処理、および試料タイプの間の依存性を定性的に調べた。可能な関連性の正式な定量的評価は、2way−ANOVAおよびノンパラメトリックKruskal−Wallis検定を行うことによって実施した。両方の方法を、miRNAおよび細菌性RNAデータに対して独立して適用した。2way−ANOVAは、2つの主要効果および相互作用について検定するために使用した。第1の主要効果は、処理後の時間(単位:時間)であり、第2の主要効果は、処理のタイプ(対照、偽、高投与量、低投与量)であった。Kruskal−Wallis検定は、時間および処理に対して別々に適用して、遺伝子発現とこれらの因子との関係性について検定した。この方法では、多変数相互関係は評価しなかった。3つの試料タイプ(盲腸、排泄物、および血漿)を、4つのmiRNA(miR−16、miR−24、miR−155、およびmiR−206)について分析し、合計で216の重複データが利用可能であった。さらに6つの細菌性標的を、2つの試料タイプ(盲腸および排泄物)において分析し、合計で108の重複データが利用可能であった。重複データの平均(各試料の平均Ct値)を、さらなる統計解析に使用した。解析は、生データおよび正規化データの両方において実施した。マイクロRNA解析に対し、ノーマライザーとしてMiR−191を使用し、その一方で、細菌性標的に対しては、ノーマライザーとしてウェルシュ菌の16S rRNAのCt値を使用した。ANOVA線形モデル(ANOVA((lm(式〜時間+処理+時間*処理))は、正規化データおよび生データについて3つの因子(時間の効果、処理の効果、相互作用)に対するp値を生成し、その一方で、2つのp値(時間の効果および処理の効果)は、正規化データおよび生データに対するKruskal−Wallis検定による解析から生成した。
表3:ウェルシュ菌チャレンジ後の群あたりの死んだ鳥の数。以下の群:低投与量強制飼養群、偽群、および陰性対照群のそれぞれにおいて1羽の鳥が死んだ。ウェルシュ菌の高投与量によるチャレンジの鳥の群では4羽の鳥が死んだ。
Claims (15)
- 鳥類壊死性腸炎、特に無症候性の壊死性腸炎を検出する方法であって、鳥類試料から微小胞を単離するステップと、それに続いて、壊死性腸炎を示す少なくとも1種のマーカーの存在および/またはレベルを特定するステップとを含み、非感染の対照との比較における該少なくとも1種のマーカーの存在および/またはレベルの増加が壊死性腸炎を示す、方法。
- 前記マーカーが、以下の配列:
a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号16に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)配列番号10に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、60個、または80個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
j)配列番号11に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
k)配列番号12に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
l)配列番号13に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
m)(a)から(l)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
n)(m)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
o)(a)から(n)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される、請求項1に記載の方法。 - 壊死性腸炎の検出が、以下の配列:
a)配列番号1の位置1から630、特に420から630のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3の位置600から1000、特に670から760のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4の位置60から240、特に80から220のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5の位置1300から1800、特に1400から1700の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7の位置1から591、特に100から280のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8の位置240から540、特に300から540のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9の位置12から418、特に240から400のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号16の位置673から5628のヌクレオチド配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)配列番号10の位置14から25のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
j)配列番号11の位置44から65のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
k)配列番号12の位置3から24のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
l)配列番号13の位置45から66のヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、または20個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド、
m)(a)から(l)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
n)(m)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
o)(a)から(n)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
のうちの少なくとも1種を検出することによって実施される、請求項2に記載の方法。 - 鳥類壊死性腸炎、特に無症候性の鳥類壊死性腸炎を検出する方法であって、壊死性腸炎の検出が、鳥類試料における以下の配列:
a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号9に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号10に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、60個、または80個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号11に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号12に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)配列番号13に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
j)(a)から(i)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
k)(j)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
l)(a)から(k)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
のうちの少なくとも1種の存在および/または量を検出することによって実施される、方法。 - 鳥類細菌感染症、好ましくは鳥類壊死性腸炎、特に無症候性の壊死性腸炎を検出する方法であって、鳥類試料から微小胞を単離するステップと、それに続いて、該感染症を示す少なくとも1種の鳥類マーカーの存在および/またはレベルを特定するステップとを含み、非感染の対照との比較における該少なくとも1種の鳥類マーカーの存在および/またはレベル増加が該感染症を示し、該少なくとも1種の鳥類マーカーが、鳥類のmiRNAであり、好ましくは、
a)配列番号10に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、60個、または80個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号11に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号12に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号13に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)(a)から(d)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
f)(e)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
g)(a)から(f)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
からなる群より選択される、方法。 - 前記鳥類試料は、体液、好ましくは血液、特に血漿もしくは血清、あるいは身体からの排泄物、好ましくは糞便または盲腸排泄物である、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 鳥類壊死性腸炎、特に無症候性の鳥類壊死性腸炎を検出するための方法であって、鳥類の糞便排泄物、好ましくは鳥類の糞便排泄物から単離された微小胞における壊死性腸炎を示す少なくとも1種のマーカーの存在および/またはレベルを特定するステップを含み、非感染の対照との比較における該少なくとも1種のマーカーの存在および/またはレベルの増加が壊死性腸炎を示し、ならびに該マーカーが、好ましくは、
a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)(a)から(g)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
i)(h)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
j)(a)から(i)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される、方法。 - 鳥類壊死性腸炎、特に無症候性の鳥類壊死性腸炎を検出するための方法であって、
鳥類の盲腸排泄物、特に鳥類の盲腸排泄物から単離された微小胞における壊死性腸炎を示す少なくとも1種のマーカーの存在および/またはレベルを特定するステップを含み、非感染の対照との比較における該少なくとも1種のマーカーの存在および/またはレベルの増加が壊死性腸炎を示し、ならびに該マーカーが、好ましくは、
a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号4に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)配列番号5に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号8に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)配列番号9に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
h)配列番号13に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
i)(a)から(h)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
j)(i)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
k)(a)から(j)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
から選択される、方法。 - 鳥類壊死性腸炎、特に無症候性の壊死性腸炎を検出する方法であって、鳥類の血液、特に鳥類の血液から単離された微小胞における壊死性腸炎を示す少なくとも1種のマーカーの存在および/またはレベルを特定するステップを含み、非感染の対照との比較における該少なくとも1種のマーカーの存在および/またはレベルの増加が壊死性腸炎を示し、ならびに該少なくとも1種のマーカーが、好ましくは、
a)配列番号10に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、60個、または80個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号11に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号12に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも8個または10個、好ましくは少なくとも12個、14個、16個、18個、20個、25個、40個、または60個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
d)(a)から(c)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
e)(d)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
f)(a)から(e)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド;
から選択される、方法。 - 鳥類感染症、特に無症候性の鳥類感染症、好ましくは鳥類細菌感染症、特に無症候性の鳥類細菌感染症、より好ましくは壊死性腸炎、特に無症候性の壊死性腸炎を検出する方法であって、鳥類の排泄物、特に糞便または盲腸排泄物から単離された微小胞における該疾患を示す少なくとも1種のマーカーの存在および/または量を特定するステップを含み、非感染の対照との比較における該少なくとも1種のマーカーの存在および/またはレベル増加が該疾患を示す、方法。
- 前記鳥類試料は、家禽の試料、好ましくは鶏、七面鳥、アヒル、ガチョウ、クジャク、キジ、ヤマウズラ、ホロホロチョウ、ウズラ、オオライチョウ、ライチョウ、ハト、白鳥、ダチョウ、およびオウム、最も好ましくは鶏の試料である、請求項1〜10のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1〜11のいずれか一項に記載の方法を実施するステップと、壊死性腸炎感染症の処置のために治療薬を投与するステップとを含む、処置方法。
- a)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号1に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
c)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
b)配列番号3に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
e)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも100個、好ましくは少なくとも150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
f)配列番号7に表されるヌクレオチド配列の、少なくとも20個、好ましくは少なくとも25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の連続するヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに対して少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、98%、または99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリヌクレオチド;
g)(a)から(f)に記載の配列に対して相補的なポリヌクレオチド(DNAおよびRNA);
h)(a)から(g)に記載のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド、
からなる群より選択されるポリヌクレオチド。 - 請求項13に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
- a)配列番号2に表されるアミノ酸配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または200個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
b)配列番号14に表されるアミノ酸配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、または70個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
c)配列番号15に表されるアミノ酸配列の、少なくとも10個、好ましくは少なくとも15個、20個、25個、40個、60個、100個、150個、180個、または190個の、特に全ての、連続するアミノ酸を含むポリペプチドに対して少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、または95%、最も好ましくは100%の配列同一性を有するポリペプチド;
d)(a)から(c)に記載のポリペプチドを含むポリペプチド、
からなる群より選択されるポリペプチド。
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