JP2018504606A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JP2018504606A5 JP2018504606A5 JP2017541263A JP2017541263A JP2018504606A5 JP 2018504606 A5 JP2018504606 A5 JP 2018504606A5 JP 2017541263 A JP2017541263 A JP 2017541263A JP 2017541263 A JP2017541263 A JP 2017541263A JP 2018504606 A5 JP2018504606 A5 JP 2018504606A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- roi
- processor
- sample
- excitation
- size
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 16
- 230000003287 optical Effects 0.000 claims description 12
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 12
- 230000005284 excitation Effects 0.000 claims description 9
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 6
- 239000000975 dye Substances 0.000 claims description 3
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims description 3
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 claims description 2
- 241000239290 Araneae Species 0.000 claims 4
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims 2
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N Texas Red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 claims 1
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
Description
別の実施形態では、少なくとも1つの入力装置が、プロセッサに情報を伝達するように構成されている英数字および他のキーと、プロセッサに方向情報を伝達するカーソル制御部とを含む。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
(項目1)
実験室用機器のキャリブレーションの方法であって、
複数のサンプル・ウェルからの蛍光発光をイメージングすることのできる光学系を設けることと、
前記サンプル・ウェルのそれぞれからの蛍光閾値から初期の関心領域(ROI)を推定することと、
前記ROIのそれぞれの中心位置を推定することと、
前記ROIのそれぞれのサイズを推定することと、
前記複数のサンプル・ウェルから前記ROIの平均的サイズを測定することと、
広域グリッディング・モデルを導出することであって、前記広域グリッディング・モデルが前記ROIのそれぞれの位置をより良好に配置することと、
前記広域グリッディング・モデルを前記ROIに適用することであって、前記広域グリッディング・モデルの適用が前記ROIの中心位置の精度を向上させることと、
マッピング関数を用いて、見落としていたROIを回復させることと、
前記ROIの半径を調整することであって、前記調整によって光学系のシグナル対ノイズ比を向上させることができる、方法。
(項目2)
前記サンプル・ウェルのそれぞれが生体試料を含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記生体試料が前記光源によって励起される、項目1および2に記載の方法。
(項目4)
前記生体試料が励起に反応して所定の波長で蛍光を発する、項目1から3に記載の方法。
(項目5)
前記蛍光が光学系によって検出される、項目1から4に記載の方法。
(項目6)
前記生体試料がスペクトルで識別可能な色素を含む、項目1および2に記載の方法。
(項目7)
前記広域グリッディング・モデルが、前記ROI間の中心間距離とウェル・プレート・レイアウトのグリッド座標とを比較して、前記ROIのそれぞれに対するXグリッド座標およびYグリッド座標を決定することを含む、項目1から6のいずれかに記載の方法。
(項目8)
マッピング関数を決定し適用して、各座標を各ROIの中心にマップすることをさらに備える、項目1および7に記載の方法。
(項目9)
関心領域(ROI)をキャリブレーションするシステムであって、前記システムは、
コンピュータ・システムであって、
少なくとも1つのプロセッサと、
少なくとも1つのコンピュータ可読媒体と、を備えるコンピュータ・システムと、
少なくとも1つの入力装置と、
少なくとも1つのディスプレイと、
1つの光検出システムであって
複数のフィルタと、
少なくとも1つの励起源と、
少なくとも1つの検出器と、
1つのマイクロウェル・トレイと、を備える、1つの光検出システムと、
を備える、コンピュータ・システム。
(項目10)
前記少なくとも1つのコンピュータ可読媒体が、前記プロセッサに接続されている、項目9に記載のシステム。
(項目11)
前記少なくとも1つのコンピュータ可読媒体が、前記プロセッサによって実行可能な命令を含む、項目9および10に記載のシステム。
(項目12)
前記プロセッサによって実行可能な前記命令が、前記ROIを測定する少なくとも1つの工程を含み、前記ROIのキャリブレーションを自動化する、項目9から11に記載のシステム。
(項目13)
前記複数のフィルタが、少なくとも1つの励起フィルタと、少なくとも1つの放出フィルタと、少なくとも1つの分光器とを含む、項目9に記載のシステム。
(項目14)
前記マイクロウェル・トレイが、少なくとも1つの蛍光色素を含む少なくとも1つの生体試料を含む、項目9に記載のシステム。
(項目15)
前記少なくとも1つの検出器が、少なくとも1つの蛍光色素を含む前記少なくとも1つの生体試料をイメージングする、項目14に記載のシステム。
(項目16)
前記少なくとも1つのディスプレイが、ユーザに情報を提供する、項目9に記載のシステム。
(項目17)
前記少なくとも1つの入力装置が、前記プロセッサに情報を伝達するように構成されている英数字および他のキーを備える、項目9に記載のシステム。
(項目18)
前記少なくとも1つの入力装置が、前記プロセッサに方向情報を伝達するカーソル制御部をさらに備える、項目17に記載のシステム。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
(項目1)
実験室用機器のキャリブレーションの方法であって、
複数のサンプル・ウェルからの蛍光発光をイメージングすることのできる光学系を設けることと、
前記サンプル・ウェルのそれぞれからの蛍光閾値から初期の関心領域(ROI)を推定することと、
前記ROIのそれぞれの中心位置を推定することと、
前記ROIのそれぞれのサイズを推定することと、
前記複数のサンプル・ウェルから前記ROIの平均的サイズを測定することと、
広域グリッディング・モデルを導出することであって、前記広域グリッディング・モデルが前記ROIのそれぞれの位置をより良好に配置することと、
前記広域グリッディング・モデルを前記ROIに適用することであって、前記広域グリッディング・モデルの適用が前記ROIの中心位置の精度を向上させることと、
マッピング関数を用いて、見落としていたROIを回復させることと、
前記ROIの半径を調整することであって、前記調整によって光学系のシグナル対ノイズ比を向上させることができる、方法。
(項目2)
前記サンプル・ウェルのそれぞれが生体試料を含む、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記生体試料が前記光源によって励起される、項目1および2に記載の方法。
(項目4)
前記生体試料が励起に反応して所定の波長で蛍光を発する、項目1から3に記載の方法。
(項目5)
前記蛍光が光学系によって検出される、項目1から4に記載の方法。
(項目6)
前記生体試料がスペクトルで識別可能な色素を含む、項目1および2に記載の方法。
(項目7)
前記広域グリッディング・モデルが、前記ROI間の中心間距離とウェル・プレート・レイアウトのグリッド座標とを比較して、前記ROIのそれぞれに対するXグリッド座標およびYグリッド座標を決定することを含む、項目1から6のいずれかに記載の方法。
(項目8)
マッピング関数を決定し適用して、各座標を各ROIの中心にマップすることをさらに備える、項目1および7に記載の方法。
(項目9)
関心領域(ROI)をキャリブレーションするシステムであって、前記システムは、
コンピュータ・システムであって、
少なくとも1つのプロセッサと、
少なくとも1つのコンピュータ可読媒体と、を備えるコンピュータ・システムと、
少なくとも1つの入力装置と、
少なくとも1つのディスプレイと、
1つの光検出システムであって
複数のフィルタと、
少なくとも1つの励起源と、
少なくとも1つの検出器と、
1つのマイクロウェル・トレイと、を備える、1つの光検出システムと、
を備える、コンピュータ・システム。
(項目10)
前記少なくとも1つのコンピュータ可読媒体が、前記プロセッサに接続されている、項目9に記載のシステム。
(項目11)
前記少なくとも1つのコンピュータ可読媒体が、前記プロセッサによって実行可能な命令を含む、項目9および10に記載のシステム。
(項目12)
前記プロセッサによって実行可能な前記命令が、前記ROIを測定する少なくとも1つの工程を含み、前記ROIのキャリブレーションを自動化する、項目9から11に記載のシステム。
(項目13)
前記複数のフィルタが、少なくとも1つの励起フィルタと、少なくとも1つの放出フィルタと、少なくとも1つの分光器とを含む、項目9に記載のシステム。
(項目14)
前記マイクロウェル・トレイが、少なくとも1つの蛍光色素を含む少なくとも1つの生体試料を含む、項目9に記載のシステム。
(項目15)
前記少なくとも1つの検出器が、少なくとも1つの蛍光色素を含む前記少なくとも1つの生体試料をイメージングする、項目14に記載のシステム。
(項目16)
前記少なくとも1つのディスプレイが、ユーザに情報を提供する、項目9に記載のシステム。
(項目17)
前記少なくとも1つの入力装置が、前記プロセッサに情報を伝達するように構成されている英数字および他のキーを備える、項目9に記載のシステム。
(項目18)
前記少なくとも1つの入力装置が、前記プロセッサに方向情報を伝達するカーソル制御部をさらに備える、項目17に記載のシステム。
Claims (20)
- 実験室用機器のキャリブレーションのための方法であって、前記方法は、
光源を備える光学系を提供することであって、前記光学系は、前記光源による励起の際に複数の生体試料からの蛍光発光をイメージングすることができ、各生体試料は、サンプルウェルプレート上の複数のサンプルウェルのうちの1つ内に含まれている、ことと、
前記光学系を使用して、各サンプルウェルからの1つ以上の蛍光閾値に関連する、前記複数のサンプルウェルにおける蛍光発光を検出することによって、少なくとも1つの初期の関心領域(ROI)を推定することと、
各ROIの1つ以上の中心位置を推定することと、
各ROIのサイズを推定することと、
前記複数のサンプルウェルから前記ROIの平均的サイズを決定することと、
1つ以上の広域グリッディングモデルを導出することであって、前記広域グリッディングモデルは、各ROIの前記推定された中心位置を分析する、ことと、
前記広域グリッディングモデルを適用して、前記推定された中心位置を前記サンプルウェルプレートのレイアウトの1つ以上の位置座標に関連付けることによって、前記ROI中心位置の精度を向上させることと、
前記広域グリッディングモデルの1つ以上のマッピング関数を用いて、見落としていたROIを回復させることと、
前記ROIのサイズを調整することであって、前記調整は、前記光学系のシグナル対ノイズ比を向上させることと
を含む、方法。 - 各生体試料は、1つ以上のスペクトルで識別可能な色素を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記1つ以上のスペクトルで識別可能な色素は、FAM、SYBR Green、VIC、JOE、TAMRA、NED、CY−3、Texas Red、CY−5、Mustang Purple、またはROXを含む、請求項2に記載の方法。
- 前記生体試料は、前記励起に反応して所定の波長で蛍光を発する、請求項1に記載の方法。
- 前記実験室用機器は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)プロセスを通して前記1つ以上の生体試料を分析するように構成されている、請求項1に記載の方法。
- 前記光源は、レーザ、発光ダイオード(LED)、または広域スペクトル光源を備える、請求項1に記載の方法。
- 前記広域グリッディングモデルは、前記ROI間の中心間距離をウェルプレートレイアウトのグリッド座標と比較して、各ROIに対するXグリッド座標およびYグリッド座標を決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- マッピング関数を決定および適用して、各グリッド座標をROIの中心にマップすることをさらに備える、請求項7に記載の方法。
- 実験室用機器における1つ以上の生体試料に対して関心領域(ROI)位置をキャリブレーションするためのシステムであって、前記システムは、
光学検出システムであって、前記光学検出システムは、
複数のフィルタと、
少なくとも1つの励起源と、
前記少なくとも1つの励起源による励起の際に前記1つ以上の生体試料からの蛍光発光の1つ以上のイメージを収集するように構成された少なくとも1つの検出器と、
複数のサンプルウェルを備えるマイクロウェルトレイであって、各生体試料は、サンプルウェル内に含まれている、マイクロウェルトレイと
を備える、光学検出システムと、
コンピュータシステムであって、
少なくとも1つのプロセッサであって、前記少なくとも1つのプロセッサは、
前記1つ以上の生体試料からの蛍光発光の前記1つ以上のイメージと、ユーザから受信される1つ以上の入力パラメータとに基づいて、1つ以上のROI中心位置の推定値を設定することと、
各ROIのサイズを推定することと、
複数のサンプルウェルから前記ROIの平均的サイズを決定することと、
前記推定されたROI中心位置を分析して、隣接するROIを求めることと、
1つ以上のマッピング関数を適用して、前記推定された中心位置を前記マイクロウェルトレイのレイアウトの1つ以上の位置座標に関連付けることによって、前記ROI中心位置の精度を向上させることと、
前記1つ以上のマッピング関数を用いて、見落としていたROIを回復させることと、
前記ROIのサイズを調整することであって、前記調整は、前記光学検出システムのシグナル対ノイズ比を向上させることと
を行うように構成されている、少なくとも1つのプロセッサと、
少なくとも1つのコンピュータ可読媒体と、
前記少なくとも1つのプロセッサに接続され、かつ前記ユーザからの前記1つ以上の入力パラメータを受信するように構成されている、少なくとも1つの入力装置と、
少なくとも1つのディスプレイと
を備える、コンピュータシステムと
を備える、システム。 - 前記少なくとも1つのコンピュータ可読媒体は、前記プロセッサに接続されている、請求項9に記載のシステム。
- 前記少なくとも1つのコンピュータ可読媒体は、前記プロセッサによって実行可能な命令を含む、請求項10に記載のシステム。
- 前記プロセッサによって実行される前記命令は、前記ROIを決定し、前記ROI位置のキャリブレーションを自動化するための少なくとも1つのステップを含む、請求項11に記載のシステム。
- 前記複数のフィルタは、少なくとも1つの励起フィルタ、少なくとも1つの発光フィルタ、および少なくとも1つのビームスプリッタを含む、請求項9に記載のシステム。
- 前記少なくとも1つの生体試料は、少なくとも1つの蛍光色素を含む、請求項9に記載のシステム。
- ユーザが前記1つ以上の入力パラメータを選択することを可能にするように構成されたグラフィックユーザインタフェース(GUI)をさらに備える、請求項9に記載のシステム。
- 前記1つ以上の入力パラメータは、閾値範囲およびステップ、ウェルサイズ、ウェル中心間距離、サブアレイ間の間隔、ミリメータあたりの光学画素、およびプレートレイアウトのうちの1つ以上を含む、請求項9に記載のシステム。
- 前記少なくとも1つの入力装置は、前記プロセッサに情報を伝達するように構成されている英数字および他のキーを備える、請求項9に記載のシステム。
- 前記少なくとも1つの入力装置は、前記プロセッサに方向情報を伝達するカーソル制御部をさらに備える、請求項17に記載のシステム。
- 前記複数のサンプルウェルは、1つ以上のプレートレイアウトパラメータを備えるグリッドパターンに配置されている、請求項9に記載のシステム。
- 前記1つ以上のプレートレイアウトパラメータは、ウェルの数、列の数、および行の数を含み、各ウェルは、XY座標のセットを備える、請求項19に記載のシステム。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201562113058P | 2015-02-06 | 2015-02-06 | |
US62/113,058 | 2015-02-06 | ||
PCT/US2016/016821 WO2016127082A1 (en) | 2015-02-06 | 2016-02-05 | Methods and systems for determining optical regions of interest |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2018504606A JP2018504606A (ja) | 2018-02-15 |
JP2018504606A5 true JP2018504606A5 (ja) | 2019-03-14 |
JP6543347B2 JP6543347B2 (ja) | 2019-07-10 |
Family
ID=55411749
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017541263A Active JP6543347B2 (ja) | 2015-02-06 | 2016-02-05 | 光学的関心領域を測定する方法およびシステム |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US9945788B2 (ja) |
EP (1) | EP3254081B1 (ja) |
JP (1) | JP6543347B2 (ja) |
KR (1) | KR102369567B1 (ja) |
CN (1) | CN107889521B (ja) |
BR (1) | BR112017016798B1 (ja) |
RU (1) | RU2017131052A (ja) |
SG (1) | SG11201706329WA (ja) |
WO (1) | WO2016127082A1 (ja) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016127124A2 (en) * | 2015-02-06 | 2016-08-11 | Life Technologies Corporation | Methods and systems for biological instrument calibration |
CN109711405B (zh) * | 2018-12-25 | 2021-01-26 | 宁波智能装备研究院有限公司 | 一种基于骨架自校正的瓦楞纸板非监督提取方法 |
Family Cites Families (17)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE69919875T2 (de) * | 1999-03-27 | 2005-09-15 | Applera Corp., Foster City | Methoden für exogene, interne kontrollen während der amplifizierung von nukleinsäuren |
CA2380307A1 (en) * | 1999-07-21 | 2001-02-01 | Tropix, Inc. | Luminescence detection workstation |
JP4436672B2 (ja) * | 2001-07-11 | 2010-03-24 | アプライド バイオシステムズ, エルエルシー | 電気泳動分析のための内部較正標準 |
JP2004347454A (ja) | 2003-05-22 | 2004-12-09 | Mitsubishi Rayon Co Ltd | シェーディング補正方法 |
CN101201313B (zh) * | 2004-01-14 | 2013-03-27 | 卢米尼克斯股份有限公司 | 改变测量系统的一个或多个参数的方法 |
US7315376B2 (en) * | 2005-01-07 | 2008-01-01 | Advanced Molecular Systems, Llc | Fluorescence detection system |
US7817273B2 (en) * | 2005-06-30 | 2010-10-19 | Life Technologies Corporation | Two-dimensional spectral imaging system |
US7630849B2 (en) * | 2005-09-01 | 2009-12-08 | Applied Biosystems, Llc | Method of automated calibration and diagnosis of laboratory instruments |
WO2008067552A2 (en) * | 2006-11-30 | 2008-06-05 | Fluidigm Corporation | Method and apparatus for biological sample analysis |
US8095322B2 (en) * | 2007-06-29 | 2012-01-10 | Roche Molecular Systems, Inc. | Systems and methods for determining cross-talk coefficients in PCR and other data sets |
US8031924B2 (en) * | 2007-11-30 | 2011-10-04 | General Electric Company | Methods and systems for removing autofluorescence from images |
US20110276317A1 (en) * | 2010-04-11 | 2011-11-10 | Life Technologies Corporation | SYSTEMS AND METHODS FOR MODEL-BASED qPCR |
US20120015825A1 (en) | 2010-07-06 | 2012-01-19 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Analytical systems and methods with software mask |
JP5959516B2 (ja) * | 2010-08-18 | 2016-08-02 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | 電気化学的検出装置のためのマイクロウェルの化学コーティング法 |
WO2013049776A1 (en) * | 2011-09-30 | 2013-04-04 | Life Technologies Corporation | Method for streamlining optical calibration |
EP2584342B1 (en) * | 2011-10-17 | 2020-03-18 | Eppendorf AG | Method for quantitative optical measurements and laboratory apparatus |
EP2976434B1 (en) * | 2013-03-18 | 2017-08-02 | Life Technologies Corporation | Methods and systems for analyzing biological reaction systems |
-
2016
- 2016-02-05 EP EP16706293.4A patent/EP3254081B1/en active Active
- 2016-02-05 WO PCT/US2016/016821 patent/WO2016127082A1/en active Application Filing
- 2016-02-05 KR KR1020177025087A patent/KR102369567B1/ko active IP Right Grant
- 2016-02-05 BR BR112017016798-0A patent/BR112017016798B1/pt active IP Right Grant
- 2016-02-05 SG SG11201706329WA patent/SG11201706329WA/en unknown
- 2016-02-05 JP JP2017541263A patent/JP6543347B2/ja active Active
- 2016-02-05 RU RU2017131052A patent/RU2017131052A/ru not_active Application Discontinuation
- 2016-02-05 US US15/016,564 patent/US9945788B2/en active Active
- 2016-02-05 CN CN201680009175.6A patent/CN107889521B/zh active Active
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US8473216B2 (en) | Method and program for performing baseline correction of amplification curves in a PCR experiment | |
US11461338B2 (en) | Methods and systems for visualizing data quality | |
US9234237B2 (en) | Optical lens system and method for microfluidic devices | |
US20120015825A1 (en) | Analytical systems and methods with software mask | |
US20200035329A1 (en) | Methods and systems for visualizing and evaluating data | |
US9786061B2 (en) | Specimen validity analysis systems and methods of operation | |
US10777303B2 (en) | Tool for visualizing PCR results | |
KR102531008B1 (ko) | 증폭 데이터 표시 방법 및 장치 | |
US20100276580A1 (en) | Quantitative Calibration Method and System for Genetic Analysis Instrumentation | |
US20180230511A1 (en) | Methods and systems for pure dye instrument normalization | |
JP2018504606A5 (ja) | ||
JPWO2004090517A1 (ja) | 蛍光寿命を利用した物質の定量用試薬、方法及び装置 | |
US20190012785A1 (en) | Method for Determining the Overall Brightness of at Least One Object in a Digital Image | |
US9519822B2 (en) | Determination method, determination device, determination system, and computer program | |
CN106127227B (zh) | 采用拉曼光谱对物质进行聚类分析识别的方法 | |
RU2017131052A (ru) | Способы и системы для определения оптических исследуемых областей | |
US20150064705A1 (en) | Dye sets for surface enhanced resonant raman spectroscopy | |
CN118235170A (zh) | 用于聚合酶链式反应量化的系统和方法 | |
US11386552B2 (en) | System and method to interpret tests that change color to indicate the presence or non-presence of a compound | |
US20180163260A1 (en) | Gene polymorphism analysis device |