JP2018121636A - 組換えアデノウイルスおよびその使用 - Google Patents

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Abstract

【課題】低い血清有病率および強力な免疫原性を有する代替性のアデノウイルスベクターの提供。
【解決手段】ヌクレオチド配列が特定の配列又はそれに相補的な配列を有する、単離されたポリヌクレオチド、当該ポリヌクレオチドを含む組換えベクターあるいは組換えアデノウイルス、及び当該組換えアデノウイルスを含む医薬組成物。
【選択図】なし

Description

連邦政府の資金提供による研究に関する陳述
本発明は、米国国立衛生研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ）（ＮＩＨ）によって授与された助成金番号ＡＩ０７８５２６、ＡＩ０９６０４０、およびＯＤ０１１１７０の下で、政府の支援を受けて行われた。政府は本発明に一定の権利を有する。
組換えアデノウイルスベクターは、ワクチンの開発において使用されている。現在まで、約５５の異なるアデノウイルス血清型が、同定されている。サブグループＣのアデノウイルスが、ワクチン接種および遺伝子治療などの用途において、最も広く研究されている。特に、アデノウイルス血清型２および５（Ａｄ２およびＡｄ５）は、同分野において広く使用されている。重要なことには、Ａｄ５ベクターに基づくワクチンは、種々の動物モデルにおいて強力かつ防御的な免疫応答を誘発することが示されている。さらに、Ａｄ５に基づく組換えベクターを用いたＨＩＶワクチン接種についての大規模臨床試験が進行中である（例えば、国際公開第０１／０２６０７号パンフレット；国際公開第０２／２２０８０号パンフレット；Ｓｈｉｖｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．４１５：３３１−３３５，２００２；Ｌｅｔｖｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０：７３−９９，２００２；およびＳｈｉｖｅｒ ａｎｄ Ｅｍｉｎｉ，ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．５５：３５５，２００４を参照）。
しかし、ＨＩＶおよび他の病原体に対する、組換えＡｄ５ベクターに基づくワクチンの有用性は、ヒト集団における既存の高い抗−Ａｄ５免疫が原因で制限される場合がある。抗−Ａｄ５免疫の存在は、マウスおよびアカゲザルにおける試験において、Ａｄ５に基づくワクチンの免疫原性の低下と相関している。第１相臨床試験から得られた早期データによると、この問題がヒトにおいても生じうることが示されている。Ａｄ５に特異的な中和抗体（ＮＡｂ）およびＣＤ８＋Ｔリンパ球の双方が抗−Ａｄ５免疫に寄与するが、Ａｄ５に特異的なＮＡｂは、このプロセスにおいて主要な役割を果たすようにみられている（Ｓｕｍｉｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．，１７４：７１７９−７１８５，２００４）。
したがって、同分野においては、低い血清有病率および強力な免疫原性を有する代替性のアデノウイルスベクターについて、まだ満たされていない需要がある。
発明の概要
３つの新規なサルアデノウイルス（ｓＡｄｓ）、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２の全ゲノムが同定され、またそれらの全ゲノムは決定されている。これらのアデノウイルスは、意外にも、低い血清有病率および強力な免疫原性の双方を示し、これは、これらのウイルスが、新規なワクチンベクター候補として有用でありうることを示唆している。第１の態様では、本発明は、配列番号１〜３のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体を含む単離されたポリヌクレオチドを特徴とする。配列番号１、２、および３は、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２の各々の完全長ゲノム配列である。本発明の単離されたポリヌクレオチドは、参照ポリヌクレオチド分子（例えば、配列番号１〜３）の少なくとも５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１００００、１５０００、２００００、２５０００、３００００、または３５０００またはそれを超える隣接または非隣接ヌクレオチドを含んでもよい。
一部の実施形態では、本発明の単離されたポリヌクレオチドは、配列番号４〜１２のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体を含む。配列番号４〜１２は、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２のファイバー１、ファイバー２、およびヘキソンタンパク質をコードするヌクレオチド配列を特徴とする。したがって、一部の実施形態では、ファイバー１タンパク質の全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号４、５、および６に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー１タンパク質をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、ファイバー２タンパク質の全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号７、８、および９に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー２タンパク質をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、ヘキソンタンパク質の全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１０、１１、および１２に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のヘキソンタンパク質をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、同ヌクレオチド配列は、１つ以上のヘキソンタンパク質超可変領域（ＨＶＲｓ）（例えば、ｓＡｄ４２８７ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３〜ｎｔ４８９）、ＨＶＲ２（ｎｔ５２０〜ｎｔ５３７）、ＨＶＲ３（ｎｔ５９２〜ｎｔ６１８）、ＨＶＲ４（ｎｔ７０６〜ｎｔ７４４）、ＨＶＲ５（ｎｔ７６３〜７８６）、ＨＶＲ６（ｎｔ８５６〜ｎｔ８７４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１２０１〜ｎｔ１２９６）（配列番号１０）；ｓＡｄ４３１０Ａヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３〜ｎｔ４７７）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５〜ｎｔ５１６）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７１〜ｎｔ５９１）、ＨＶＲ４（ｎｔ６７９〜ｎｔ６９０）、ＨＶＲ５（ｎｔ７０９〜７３５）、ＨＶＲ６（ｎｔ８０５〜ｎｔ８１６）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１４４〜ｎｔ１２３６）（配列番号１１）；あるいはｓＡｄ４３１２ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３〜ｎｔ４７４）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５〜ｎｔ５２２）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７７〜ｎｔ５９７）、ＨＶＲ４（ｎｔ６８５〜ｎｔ７２６）、ＨＶＲ５（ｎｔ７４８〜７７７）、ＨＶＲ６（ｎｔ８４７〜ｎｔ８６４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１９２〜ｎｔ１２８４）（配列番号１２））の全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。
一部の実施形態では、本発明の１つ以上のヘキソンタンパク質超可変領域（ＨＶＲｓ）をコードする１つ以上のヌクレオチド配列は、別のウイルスのそれ（例えば、ｓＡｄ４２８７ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３〜ｎｔ４８９）、ＨＶＲ２（ｎｔ５２０〜ｎｔ５３７）、ＨＶＲ３（ｎｔ５９２〜ｎｔ６１８）、ＨＶＲ４（ｎｔ７０６〜ｎｔ７４４）、ＨＶＲ５（ｎｔ７６３〜７８６）、ＨＶＲ６（ｎｔ８５６〜ｎｔ８７４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１２０１〜ｎｔ１２９６）（配列番号１０）；ｓＡｄ４３１０Ａヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３〜ｎｔ４７７）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５〜ｎｔ５１６）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７１〜ｎｔ５９１）、ＨＶＲ４（ｎｔ６７９〜ｎｔ６９０）、ＨＶＲ５（ｎｔ７０９〜７３５）、ＨＶＲ６（ｎｔ８０５〜ｎｔ８１６）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１４４〜ｎｔ１２３６）（配列番号１１）；あるいはｓＡｄ４３１２ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３〜ｎｔ４７４）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５〜ｎｔ５２２）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７７〜ｎｔ５９７）、ＨＶＲ４（ｎｔ６８５〜ｎｔ７２６）、ＨＶＲ５（ｎｔ７４８〜７７７）、ＨＶＲ６（ｎｔ８４７〜ｎｔ８６４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１９２〜ｎｔ１２８４）（配列番号１２））と置換されており、それらは１つ以上の他のウイルス、例えば、アデノウイルス、例えば、Ａｄ５の場合より低い血清有病率を有するアデノウイルス、例えばサブグループＢ（Ａｄ１１、Ａｄ３４、Ａｄ３５、およびＡｄ５０）およびサブグループＤ（Ａｄ１５、Ａｄ２４、Ａｄ２６、Ａｄ４８、およびＡｄ４９）のアデノウイルス、ならびにサルアデノウイルス（例えば、ＡｄＣ６８としても知られるＰａｎ９））の対応するＨＶＲ配列と置換される。他の実施形態では、同ヌクレオチド配列は、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および／またはｓＡｄ４３１２の上記ヘキソンＨＶＲのうちの１つ以上の全部または一部の置換を有するＡｄ５、Ａｄ１１、Ａｄ１５、Ａｄ２４、Ａｄ２６、Ａｄ３４、Ａｄ４８、Ａｄ４９、Ａｄ５０、またはＰａｎ９／ＡｄＣ６８のアデノウイルスベクター骨格を含む。
一部の実施形態では、本発明の単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１３〜１８のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体を含む。配列番号１３〜１８は、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２のファイバー１およびファイバー２タンパク質のノブドメインをコードするヌクレオチド配列を特徴とする。一部の実施形態では、ファイバー１のノブドメインの全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１３、１４、および１５の各々に対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー１タンパク質のノブドメインをコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、ファイバー２のノブドメインの全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１６、１７、および１８の各々に対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー２タンパク質のノブドメインをコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。一部の実施形態では、本発明のファイバータンパク質（例えば、ファイバー１またはファイバー２タンパク質）のノブドメインをコードする１つ以上のヌクレオチド配列（配列番号１３〜１８）は、別のウイルスのそれと置換されていてもよい。
第２の態様では、本発明は、本発明の単離されたポリヌクレオチドを含む組換えベクターであって、配列番号３４〜５１のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であるヌクレオチド配列を含む、組換えベクターを特徴とする。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号３４〜３９のいずれか１つの全部または一部を含むｓＡｄ４２９７アデノウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号４０〜４５のいずれか１つの全部または一部を含むｓＡｄ４３１０Ａアデノウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号４６〜５１のいずれか１つの全部または一部を含むｓＡｄ４３１２アデノウイルスベクターである。他の実施形態では、本発明の組換えアデノウイルスの作製のため、配列番号３４〜５１によって示されるベクターの２つ以上（例えば、２つ、３つ、または４つ）を用いて、プラスミド系を樹立してもよい。
本発明の第１または第２の態様の実施形態では、単離されたポリヌクレオチドおよび／または組換えベクターを使用して、組換えアデノウイルスが作製され、ここでアデノウイルスの全部または一部は、配列番号１〜３のいずれか１つに由来する。一部の実施形態では、組換えアデノウイルスは、Ｅ１領域（例えば、ｓＡｄ４２８７（配列番号１）のｎｔ４７４〜ｎｔ３０８５；ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）のｎｔ４７４〜ｎｔ３０８８；およびｓＡｄ４３１２（配列番号３）のｎｔ４８７〜ｎｔ３１００）内または同領域の欠失を含む単離されたポリヌクレオチドを含む。この欠失を含む組換えアデノウイルスベクターは、複製欠損になる。一部の実施形態では、複製欠損ウイルスはまた、Ｅ３領域（例えば、ｓＡｄ４２８７（配列番号１）のｎｔ２５９７３〜ｎｔ２８５９６；ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）のｎｔ２５９１５〜ｎｔ２８４９６；およびｓＡｄ４３１２（配列番号３）のｎｔ２５９４７〜ｎｔ２８５６１）内または同領域の欠失、および／またはＥ４領域（例えば、ｓＡｄ４２８７（配列番号１）のｎｔ３１８５２〜ｎｔ３４７５２；ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）のｎｔ３１７５０〜ｎｔ３４０４８；およびｓＡｄ４３１２（配列番号３）のｎｔ３１８１８〜ｎｔ３４１１６）内または同領域の欠失を含んでもよい。他の実施形態では、組換えアデノウイルスは、Ｅ１、Ｅ３、および／またはＥ４領域の１つ以上を含み、複製可能である。
好ましい実施形態によると、組換えアデノウイルスは、目的の抗原または治療遺伝子産物、またはその断片をコードする異種ヌクレオチド配列をさらに含む。一部の実施形態では、抗原遺伝子産物、またはその断片は、細菌、ウイルス、寄生虫、または真菌タンパク質、あるいはその断片を含む。
細菌タンパク質、またはその断片は、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ボビス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｏｖｉｓ）、マイコバクテリウム・アフリカヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｆｒｉｃａｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ミクロティ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｉｃｒｏｔｉ）、ライ菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、肺炎球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、ブルセラ菌（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、または炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）から得てもよい。マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）株に由来する好ましい遺伝子産物またはその断片の例として、１０．４、８５Ａ、８５Ｂ、８５Ｃ、ＣＦＰ−１０、Ｒｖ３８７１、およびＥＳＡＴ−６遺伝子産物またはその断片が挙げられる。
ウイルスタンパク質、またはその断片は、ヒト免疫不全ウイルス（ｈｕｍａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＨＩＶ；例えば、１型および２型）、およびヒトＴリンパ球向性ウイルス（ｈｕｍａｎ Ｔ−ｌｙｍｐｈｏｔｒｏｐｉｃ ｖｉｒｕｓ）Ｉ型およびＩＩ型（各々、ＨＴＬＶ−１およびＨＴＬＶ−２）を含む、レトロウイルス科（Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；Ｃ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ）（ＨＣＶ）、黄熱ウイルス（ｙｅｌｌｏｗ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）を含む、フラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー（例えば、フラビウイルス（Ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓ）、ペスチウイルス（Ｐｅｓｔｉｖｉｒｕｓ）、およびヘパシウイルス（Ｈｅｐａｃｉｖｉｒｕｓ）属のメンバー）；ダニ媒介性ウイルス（ｔｉｃｋ−ｂｏｒｎｅ ｖｉｒｕｓｅｓ）、例えば、ガジェッツガリーウイルス（Ｇａｄｇｅｔｓ Ｇｕｌｌｙ ｖｉｒｕｓ）、カダムウイルス（Ｋａｄａｍ ｖｉｒｕｓ）、キャサヌール森林病ウイルス（Ｋｙａｓａｎｕｒ Ｆｏｒｅｓｔ ｄｉｓｅａｓｅ ｖｉｒｕｓ）、ランガットウイルス（Ｌａｎｇａｔ ｖｉｒｕｓ）、オムスク出血熱ウイルス（Ｏｍｓｋ ｈｅｍｏｒｒｈａｇｉｃ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）、ポワッサンウイルス（Ｐｏｗａｓｓａｎ ｖｉｒｕｓ）、ロイヤルファームウイルス（Ｒｏｙａｌ Ｆａｒｍ ｖｉｒｕｓ）、カルシーウイルス（Ｋａｒｓｈｉ ｖｉｒｕｓ）、ダニ媒介性脳炎ウイルス（ｔｉｃｋ−ｂｏｒｎｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、ニュードルフウイルス（Ｎｅｕｄｏｅｒｆｌ ｖｉｒｕｓ）、ソフジンウイルス（Ｓｏｆｊｉｎ ｖｉｒｕｓ）、跳躍病ウイルス（Ｌｏｕｐｉｎｇ ｉｌｌ ｖｉｒｕｓ）およびネギシウイルス（Ｎｅｇｉｓｈｉ ｖｉｒｕｓ）；海鳥ダニ媒介ウイルス（ｓｅａｂｉｒｄ ｔｉｃｋ−ｂｏｒｎｅ ｖｉｒｕｓｅｓ）、例えば、ミーバンウイルス（Ｍｅａｂａｎ ｖｉｒｕｓ）、サウマレズリーフウイルス（Ｓａｕｍａｒｅｚ Ｒｅｅｆ ｖｉｒｕｓ）、およびチュレニーウイルス（Ｔｙｕｌｅｎｉｙ ｖｉｒｕｓ）；蚊媒性介ウイルス（ｍｏｓｑｕｉｔｏ−ｂｏｒｎｅ ｖｉｒｕｓｅｓ）、例えばアロアウイルス（Ａｒｏａ ｖｉｒｕｓ）、デングウイルス（ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ）、ケドウゴウウイルス（Ｋｅｄｏｕｇｏｕ ｖｉｒｕｓ）、カシパコアウイルス（Ｃａｃｉｐａｃｏｒｅ ｖｉｒｕｓ）、コウタンゴウイルス（Ｋｏｕｔａｎｇｏ ｖｉｒｕｓ）、日本脳炎ウイルス（Ｊａｐａｎｅｓｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、マレー渓谷脳炎ウイルス（Ｍｕｒｒａｙ Ｖａｌｌｅｙ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、セントルイス脳炎ウイルス（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、ウスツウイルス（Ｕｓｕｔｕ ｖｉｒｕｓ）、西ナイルウイルス（Ｗｅｓｔ Ｎｉｌｅ ｖｉｒｕｓ）、ヤオンデウイルス（Ｙａｏｕｎｄｅ ｖｉｒｕｓ）、ココベラウイルス（Ｋｏｋｏｂｅｒａ ｖｉｒｕｓ）、バガザウイルス（Ｂａｇａｚａ ｖｉｒｕｓ）、イルヘウスウイルス（Ｉｌｈｅｕｓ ｖｉｒｕｓ）、イスラエルトルコ脳膜脳脊髄炎ウイルス（Ｉｓｒａｅｌ ｔｕｒｋｅｙ ｍｅｎｉｎｇｏｅｎｃｅｐｈａｌｏ−ｍｙｅｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、タヤウイルス（Ｎｔａｙａ ｖｉｒｕｓ）、テンブスウイルス（Ｔｅｍｂｕｓｕ ｖｉｒｕｓ）、ジカウイルス（Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ）、バンジウイルス（Ｂａｎｚｉ ｖｉｒｕｓ）、ボウボウィウイルス（Ｂｏｕｂｏｕｉ ｖｉｒｕｓ）、エッジヒルウイルス（Ｅｄｇｅ Ｈｉｌｌ ｖｉｒｕｓ）、ジュグラウイルス（Ｊｕｇｒａ ｖｉｒｕｓ）、サボヤウイルス（Ｓａｂｏｙａ ｖｉｒｕｓ）、セピクウイルス（Ｓｅｐｉｋ ｖｉｒｕｓ）、ウガンダＳウイルス（Ｕｇａｎｄａ Ｓ ｖｉｒｕｓ）、ウェッセルスブロンウイルス（Ｗｅｓｓｅｌｓｂｒｏｎ ｖｉｒｕｓ）、黄熱ウイルス（ｙｅｌｌｏｗ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）；ならびに、既知の媒介節足動物を伴わないウイルス、例えばエンテベコウモリウイルス（Ｅｎｔｅｂｂｅ ｂａｔ ｖｉｒｕｓ）、ヨコセウイルス（Ｙｏｋｏｓｅ ｖｉｒｕｓ）、アポイウイルス（Ａｐｏｉ ｖｉｒｕｓ）、カウボーンリッジウイルス（Ｃｏｗｂｏｎｅ Ｒｉｄｇｅ ｖｉｒｕｓ）、ジュティアパウイルス（Ｊｕｔｉａｐａ ｖｉｒｕｓ）、モドックウイルス（Ｍｏｄｏｃ ｖｉｒｕｓ）、サルヴィエヤウイルス（Ｓａｌ Ｖｉｅｊａ ｖｉｒｕｓ）、サンペーリタウイルス（Ｓａｎ Ｐｅｒｌｉｔａ ｖｉｒｕｓ）、ブカラサコウモリウイルス（Ｂｕｋａｌａｓａ ｂａｔ ｖｉｒｕｓ）、カレー島ウイルス（Ｃａｒｅｙ Ｉｓｌａｎｄ ｖｉｒｕｓ）、ダカールコウモリウイルス（Ｄａｋａｒ ｂａｔ ｖｉｒｕｓ）、モンタナ筋炎白質脳炎ウイルス（Ｍｏｎｔａｎａ ｍｙｏｔｉｓ ｌｅｕｋｏｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、プノンペンコウモリウイルス（Ｐｈｎｏｍ Ｐｅｎｈ ｂａｔ ｖｉｒｕｓ）、リオブラボーウイルス（Ｒｉｏ Ｂｒａｖｏ ｖｉｒｕｓ）、タマナコウモリウイルス（Ｔａｍａｎａ ｂａｔ ｖｉｒｕｓ）、および細胞融合媒介ウイルス（Ｃｅｌｌ ｆｕｓｉｎｇ ａｇｅｎｔ ｖｉｒｕｓ）；イッピーウイルス（Ｉｐｐｙ ｖｉｒｕｓ）、ラッサウイルス（Ｌａｓｓａ ｖｉｒｕｓ）（例えば、ヨシア（Ｊｏｓｉａｈ）、ＬＰ、またはＧＡ３９１株）、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ ｃｈｏｒｉｏｍｅｎｉｎｇｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）（ＬＣＭＶ）、モバラウイルス（Ｍｏｂａｌａ ｖｉｒｕｓ）、モペイアウイルス（Ｍｏｐｅｉａ ｖｉｒｕｓ）、アマパリウイルス（Ａｍａｐａｒｉ ｖｉｒｕｓ）、フレクサルウイルス（Ｆｌｅｘａｌ ｖｉｒｕｓ）、グアナリトウイルス（Ｇｕａｎａｒｉｔｏ ｖｉｒｕｓ）、フニンウイルス（Ｊｕｎｉｎ ｖｉｒｕｓ）、ラティーノウイルス（Ｌａｔｉｎｏ ｖｉｒｕｓ）、マチュポウイルス（Ｍａｃｈｕｐｏ ｖｉｒｕｓ）、オリベロスウイルス（Ｏｌｉｖｅｒｏｓ ｖｉｒｕｓ）、パラナウイルス（Ｐａｒａｎａ ｖｉｒｕｓ）、ピチンデウイルス（Ｐｉｃｈｉｎｄｅ ｖｉｒｕｓ）、ピリタルウイルス（Ｐｉｒｉｔａｌ ｖｉｒｕｓ）、サビアウイルス（Ｓａｂｉａ ｖｉｒｕｓ）、タカリベウイルス（Ｔａｃａｒｉｂｅ ｖｉｒｕｓ）、タミアニウイルス（Ｔａｍｉａｍｉ ｖｉｒｕｓ）、ホワイトウォーターアロヨウイルス（Ｗｈｉｔｅｗａｔｅｒ Ａｒｒｏｙｏ ｖｉｒｕｓ）、チャパレウイルス（Ｃｈａｐａｒｅ ｖｉｒｕｓ）、およびルジョウイルス（Ｌｕｊｏ ｖｉｒｕｓ）を含む、アレナウイルス科（Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；ハンタンウイルス（Ｈａｎｔａａｎ ｖｉｒｕｓ）、シンノンブレウイルス（Ｓｉｎ Ｎｏｍｂｒｅ ｖｉｒｕｓ）、ジュグベウイルス（Ｄｕｇｂｅ ｖｉｒｕｓ）、ブニヤムウェラウイルス（Ｂｕｎｙａｍｗｅｒａ ｖｉｒｕｓ）、リフトバレー熱ウイルス（Ｒｉｆｔ Ｖａｌｌｅｙ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）、ラクロスウイルス（Ｌａ Ｃｒｏｓｓｅ ｖｉｒｕｓ）、プンタトロウイルス（Ｐｕｎｔａ Ｔｏｒｏ ｖｉｒｕｓ）（ＰＴＶ）、カリフォルニア脳炎ウイルス（Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、およびクリミア・コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ）ウイルス（Ｃｒｉｍｅａｎ−Ｃｏｎｇｏ ｈｅｍｏｒｒｈａｇｉｃ ｆｅｖｅｒ（ＣＣＨＦ） ｖｉｒｕｓ）を含む、ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー（例えば、ハンタウイルス（Ｈａｎｔａｖｉｒｕｓ）、ナイロウイルス（Ｎａｉｒｏｖｉｒｕｓ）、オルソブニヤウイルス（Ｏｒｔｈｏｂｕｎｙａｖｉｒｕｓ）、およびフレボウイルス（Ｐｈｌｅｂｏｖｉｒｕｓ）属のメンバー）；エボラウイルス（Ｅｂｏｌａ ｖｉｒｕｓ）（例えば、ザイール（Ｚａｉｒｅ）、スーダン（Ｓｕｄａｎ）、アイボリーコースト（Ｉｖｏｒｙ Ｃｏａｓｔ）、レストン（Ｒｅｓｔｏｎ）、およびウガンダ（Ｕｇａｎｄａ）株）およびマールブルグウイルス（Ｍａｒｂｕｒｇ ｖｉｒｕｓ）（例えば、アンゴラ（Ａｎｇｏｌａ）、Ｃｉ６７、ムソケ（Ｍｕｓｏｋｅ）、ポップ（Ｐｏｐｐ）、ラヴン（Ｒａｖｎ）およびビクトリア湖（Ｌａｋｅ Ｖｉｃｔｏｒｉａ）株）を含む、フィロウイルス科（Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；ベネズエラウマ脳炎ウイルス（Ｖｅｎｅｚｕｅｌａｎ ｅｑｕｉｎｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）（ＶＥＥ）、東部ウマ脳炎ウイルス（Ｅａｓｔｅｒｎ ｅｑｕｉｎｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）（ＥＥＥ）、西部ウマ脳炎ウイルス（Ｗｅｓｔｅｒｎ ｅｑｕｉｎｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）（ＷＥＥ）、シンドビスウイルス（Ｓｉｎｄｂｉｓ ｖｉｒｕｓ）、風疹ウイルス（ｒｕｂｅｌｌａ ｖｉｒｕｓ）、セムリキ森林ウイルス（Ｓｅｍｌｉｋｉ Ｆｏｒｅｓｔ ｖｉｒｕｓ）、ロスリバーウイルス（Ｒｏｓｓ Ｒｉｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）、バーマフォレストウイルス（Ｂａｒｍａｈ Ｆｏｒｅｓｔ ｖｉｒｕｓ）、オニョンニョンウイルス（Ｏ’ｎｙｏｎｇ’ｎｙｏｎｇ ｖｉｒｕｓ）、およびチクングニアウイルス（ｃｈｉｋｕｎｇｕｎｙａ ｖｉｒｕｓ）を含む、トガウイルス科（Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー（例えば、アルファウイルス（Ａｌｐｈａｖｉｒｕｓ）属のメンバー）；天然痘ウイルス（ｓｍａｌｌｐｏｘ ｖｉｒｕｓ）、サル痘ウイルス（ｍｏｎｋｅｙｐｏｘ ｖｉｒｕｓ）、および種痘ウイルス（ｖａｃｃｉｎｉａ ｖｉｒｕｓ）を含む、ポックスウイルス科（Ｐｏｘｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー（例えば、オルソポックスウイルス（Ｏｒｔｈｏｐｏｘｖｉｒｕｓ）属のメンバー）；単純ヘルペスウイルス（ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ ｖｉｒｕｓ）（ＨＳＶ；１型、２型、および６型）、ヒトヘルペスウイルス（ｈｕｍａｎ ｈｅｒｐｅｓ ｖｉｒｕｓ）（例えば、７型および８型）、サイトメガロウイルス（ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ）（ＣＭＶ）、エプスタイン・バーウイルス（Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒ ｖｉｒｕｓ）（ＥＢＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（Ｖａｒｉｃｅｌｌａ−Ｚｏｓｔｅｒ ｖｉｒｕｓ）、およびカポジ肉腫関連ヘルペスウイルス（Ｋａｐｏｓｉ’ｓ ｓａｒｃｏｍａ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ−ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｕｓ）（ＫＳＨＶ）を含む、ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；インフルエンザウイルス（ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｖｉｒｕｓ）（Ａ、Ｂ、およびＣ）、例えばＨ５Ｎ１トリインフルエンザウイルス（Ｈ５Ｎ１ ａｖｉａｎ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｖｉｒｕｓ）またはＨ１Ｎ１ブタインフルエンザ（Ｈ１Ｎ１ ｓｗｉｎｅ ｆｌｕ）を含む、オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；重症急性呼吸器症候群ウイルス（ｓｅｖｅｒｅ ａｃｕｔｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ（ＳＡＲＳ） ｖｉｒｕｓ）を含む、コロナウイルス科（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；狂犬病ウイルス（ｒａｂｉｅｓ ｖｉｒｕｓ）および水疱性口内炎ウイルス（ｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｓｔｏｍａｔｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）（ＶＳＶ）を含む、ラブドウイルス科（Ｒｈａｂｄｏｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；ヒト呼吸器多核体ウイルス（ｈｕｍａｎ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｃｙｔｉａｌ ｖｉｒｕｓ）（ＲＳＶ）、ニューキャッスル病ウイルス（Ｎｅｗｃａｓｔｌｅ ｄｉｓｅａｓｅ ｖｉｒｕｓ）、ヘンドラウイルス（ｈｅｎｄｒａｖｉｒｕｓ）、ニパーウイルス（ｎｉｐａｈｖｉｒｕｓ）、麻疹ウイルス（ｍｅａｓｌｅｓ ｖｉｒｕｓ）、牛疫ウイルス（ｒｉｎｄｅｒｐｅｓｔ ｖｉｒｕｓ）、イヌジステンパーウイルス（ｃａｎｉｎｅ ｄｉｓｔｅｍｐｅｒ ｖｉｒｕｓ）、センダイウイルス（Ｓｅｎｄａｉ ｖｉｒｕｓ）、ヒトパラインフルエンザウイルス（ｈｕｍａｎ ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚａ ｖｉｒｕｓ）（例えば、１型、２型、３型、および４型）、ライノウイルス（ｒｈｉｎｏｖｉｒｕｓ）、およびムンプスウイルス（ｍｕｍｐｓ ｖｉｒｕｓ）を含む、パラミクソウイルス科（Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；
ポリオウイルス（ｐｏｌｉｏｖｉｒｕｓ）、ヒトエンテロウイルス（ｈｕｍａｎ ｅｎｔｅｒｏｖｉｒｕｓ）（Ａ、Ｂ、Ｃ、およびＤ）、Ａ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ａ ｖｉｒｕｓ）、およびコクサッキーウイルス（ｃｏｘｓａｃｋｉｅｖｉｒｕｓ）を含む、ピコルナウイルス科（Ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；Ｂ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｖｉｒｕｓ）を含む、ヘパドナウイルス科（Ｈｅｐａｄｎａｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；ヒトパピローマウイルス（ｈｕｍａｎ ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ）を含む、パピローマウイルス科（Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；アデノ随伴ウイルス（ａｄｅｎｏ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｖｉｒｕｓ）を含む、パルボウイルス科（Ｐａｒｖｏｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；アストロウイルス（ａｓｔｒｏｖｉｒｕｓ）を含む、アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；ＪＣウイルス（ＪＣ ｖｉｒｕｓ）、ＢＫウイルス（ＢＫ ｖｉｒｕｓ）、およびＳＶ４０ウイルス（ＳＶ４０ ｖｉｒｕｓ）を含む、ポリオーマウイルス科（Ｐｏｌｙｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；ノーウォークウイルス（Ｎｏｒｗａｌｋ ｖｉｒｕｓ）を含む、カリシウイルス科（Ｃａｌｃｉｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー；またはロタウイルス（ｒｏｔａｖｉｒｕｓ）を含む、レオウイルス科（Ｒｅｏｖｉｒｉｄａｅ）ファミリー、のウイルスに由来してもよい。好ましい実施形態では、ウイルスタンパク質、またはその断片は、ヒト免疫不全ウイルス（ｈｕｍａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＨＩＶ）、ヒトパピローマウイルス（ｈｕｍａｎ ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ）（ＨＰＶ）、Ａ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ａ ｖｉｒｕｓ）（Ｈｅｐ Ａ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｖｉｒｕｓ）（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ）（ＨＣＶ）、大痘瘡（Ｖａｒｉｏｌａ ｍａｊｏｒ）、小痘瘡（Ｖａｒｉｏｌａ ｍｉｎｏｒ）、サル痘ウイルス（ｍｏｎｋｅｙｐｏｘ ｖｉｒｕｓ）、麻疹ウイルス（ｍｅａｓｌｅｓ ｖｉｒｕｓ）、風疹ウイルス（ｒｕｂｅｌｌａ ｖｉｒｕｓ）、ムンプスウイルス（ｍｕｍｐｓ ｖｉｒｕｓ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ｖａｒｉｃｅｌｌａ ｚｏｓｔｅｒ ｖｉｒｕｓ）（ＶＺＶ）、ポリオウイルス（ｐｏｌｉｏｖｉｒｕｓ）、狂犬病ウイルス（ｒａｂｉｅｓ ｖｉｒｕｓ）、日本脳炎ウイルス（Ｊａｐａｎｅｓｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、単純ヘルペスウイルス（ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ ｖｉｒｕｓ）（ＨＳＶ）、サイトメガロウイルス（ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ）（ＣＭＶ）、ロタウイルス（ｒｏｔａｖｉｒｕｓ）、インフルエンザ（ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）、エボラウイルス（Ｅｂｏｌａ ｖｉｒｕｓ）、黄熱ウイルス（ｙｅｌｌｏｗ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）、またはマールブルグウイルス（Ｍａｒｂｕｒｇ ｖｉｒｕｓ）に由来する。最も好ましい実施形態では、ウイルスタンパク質、またはその断片は、ＨＩＶ Ｇａｇ、Ｐｏｌ、Ｅｎｖ、Ｎｅｆ、Ｔａｔ、Ｒｅｖ、Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、またはＶｐｕに由来する。
寄生虫タンパク質、またはその断片は、トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、三日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｖｉｖａｘ）、卵形マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｏｖａｌｅ）、四日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｍａｌａｒｉａｅ）、トリパノソーマ種（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｓｐｐ．）、またはレジオネラ種（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）に由来してもよい。本発明のベクターにクローン化可能な特定の好ましい寄生虫タンパク質の例として、熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）に由来するもの、例えばスポロゾイト周囲（ＣＳ）タンパク質および肝特異抗原１または３（Ｌｉｖｅｒ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ａｎｔｉｇｅｎｓ １ ｏｒ ３）（ＬＳＡ−１またはＬＳＡ−３）が挙げられる。
真菌タンパク質、またはその断片は、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、ヒストプラズマ・カプスラーツム変種カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ ｖａｒ．ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、南アメリカ分芽菌（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、接合菌網種（Ｚｙｇｏｍｙｃｅｔｅｓ ｓｐｐ．）、アブシジア・コリムビフェラ（Ａｂｓｉｄｉａ ｃｏｒｙｍｂｉｆｅｒａ）、リゾムコール・プシルス（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ）、またはリゾプス・アリズス（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ）に由来してもよい。真菌遺伝子産物、またはその断片の例として、任意の細胞壁マンノプロテイン（例えば、アスペルギルス・フミガーツス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）のＡｆｍｐ１）または表面発現性の糖タンパク質（ｓｕｆａｃｅ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ）（例えば、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）のＳＯＷｇｐ）が挙げられる。
治療遺伝子産物、またはその断片は、インターフェロン（ＩＦＮ）タンパク質、第ＶＩＩＩ因子、第ＩＸ因子、エリスロポエチン、α−１抗トリプシン、カルシトニン、グルコセレブロシダーゼ、成長ホルモン、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、受容体ＩＬ−２受容体およびそのアンタゴニスト、インスリン、グロビン、免疫グロブリン、触媒抗体、インターロイキン、インスリン様成長因子、スーパーオキシドジスムターゼ、免疫レスポンダーモディファイヤー（ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｄｅｒ ｍｏｄｉｆｉｅｒｓ）、副甲状腺ホルモンおよびインターフェロン、神経成長因子、組織プラスミノーゲンアクチベーター、および／またはコロニー刺激因子、またはその断片に由来してもよい。
本発明の第３の態様は、疾患（例えば、ＨＩＶまたはがん）を有する被験体（例えば、ヒト）を、本発明の第２の態様の組換えｓＡｄアデノウイルスベクターを被験体に投与することによって処置する方法を特徴とする。好ましい実施形態では、本発明の組換えｓＡｄアデノウイルスは、感染体への暴露のリスクがある、または感染体に暴露された被験体において、感染体に対する免疫応答を促進する、抗原遺伝子産物、またはその断片を含む。一部の実施形態では、感染体は、細菌、ウイルス、寄生虫、または真菌、例えば上記のものである。１つの非限定例では、ＨＩＶ陽性の被験体または後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）を有する被験体に、ＨＩＶ Ｇａｇタンパク質またはその断片を発現する本発明のｓＡｄアデノウイルスを投与することにより、被験体においてＨＩＶに対する免疫応答が刺激され、それにより被験体を処置することが可能である。別の実施形態では、本発明の組換えｓＡｄアデノウイルスは、非感染体（ｎｏｎ−ｉｎｆｅｃｔｉｖｅ ａｇｅｎｔ）によって誘発される疾患、例えばがんを有する被験体に対して、被験体における腫瘍に対する好ましい免疫応答を刺激し、かつ／または遺伝子治療を提供し、それにより被験体を処置することにより、治療を提供する、治療遺伝子産物またはその断片、例えばインターフェロン（ＩＦＮ）タンパク質、またはその断片を含む。処置可能な疾患の他の非限定例として、任意のヒト健康疾患（ｈｕｍａｎ ｈｅａｌｔｈ ｄｉｓｅａｓｅ）、例えば結核、ハンセン病、腸チフス熱、肺炎、髄膜炎、ブドウ球菌性皮膚剥脱症候群（ＳＳＳＳ）、リッター病、野兎病（ウサギ熱）、ブルセラ症、鼻疽、腺ペスト、敗血症性ペスト、肺ペスト、ジフテリア、百日咳、破傷風、炭疽病、肝炎、天然痘、サル痘、麻疹、流行性耳下腺炎、風疹、水疱、ポリオ、狂犬病、日本脳炎、疱疹、単核球症、インフルエンザ、エボラウイルス疾患、出血熱、黄熱、マールブルグ病、トキソプラズマ症、マラリア、トリパノソーマ症、レジオネラ症、アスペルギルス症、ブラストミセス症、カンジダ症（鵞口瘡）、コクシジオイデス症、クリプトコッカス症、ヒストプラスマ症、パラコクシジオイデス症、スポロトリクム症、または眼窩洞の接合菌症（ｓｉｎｕｓ−ｏｒｂｉｔａｌ ｚｙｇｏｍｙｃｏｓｉｓ）が挙げられる。これらの疾患の処置は、選択された感染体由来の免疫応答を刺激する抗原をコードするかまたは表面に発現する本発明の組換えｓＡｄベクターの投与によるものであってもよい。
一部の実施形態では、組換えアデノウイルスまたはアデノウイルスベクターは、筋肉内に、静脈内に、皮内に、経皮的に、動脈内に、腹腔内に、病変内に、頭蓋内に、関節内に、前立腺内に、胸腔内に、気管内に、鼻腔内に、硝子体内に、腟内に、直腸内に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、腫瘍内に、腹膜に、皮下に、結膜下に、小疱内に（ｉｎｔｒａｖｅｓｉｃｕｌａｒｌｌｙ）、粘膜に、心膜内に、臍帯内に（ｉｎｔｒａｕｍｂｉｌｉｃａｌｌｙ）、眼内に（ｉｎｔｒａｏｃｕｌａｒｌｙ）、経口的に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、局所的に（ｌｏｃａｌｌｙ）、吸入により、注射により、注入により、持続注入により、標的細胞を浸す直接的な局所潅流により、カテーテルにより、洗浄により、経管栄養により、クリームとして、または脂質組成物として投与される。１つの好ましい実施形態では、組換えアデノウイルスまたはアデノウイルスベクターは、薬学的に許容できる担体、希釈剤、または賦形剤を含む医薬組成物として投与され、かつ任意選択的にアジュバントを含んでもよい。一部の実施形態では、被験体には、少なくとも１用量（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多い用量）の組成物が投与される。他の実施形態では、被験体に、少なくとも２用量（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多い用量）の組成物が投与される。さらに別の実施形態では、医薬組成物は、プライムブーストとしてまたはプライムブーストレジメンで、被験体に投与される。被験体には、少なくとも約１×１０３個のウイルス粒子（ｖｐ）／用量または１×１０１〜１×１０１４個のｖｐ／用量、好ましくは１×１０３〜１×１０１２個のｖｐ／用量、より好ましくは１×１０５〜１×１０１１個のｖｐ／用量で、投与してもよい。医薬組成物は、感染体に対して、暴露または診断の、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、３５、４０、４５、５０、５５、もしくは６０分前、２、４、６、１０、１５、もしくは２４時間前、２、３、５、もしくは７日前、２、４、６もしくは８週前、またはさらに３、４、もしくは６か月前に、投与してもよく、あるいは、診断または暴露の、１５〜３０分後または１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、２０、２４、４８、もしくは７２時間後、２、３、５、もしくは７日後、２、４、６もしくは８週後、３、４、６、もしくは９か月後、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０年後もしくはそれより長期間経過後に、被験体に投与してもよい。疾患（例えば、エイズまたはがん）を処置する場合、本発明の医薬組成物は、症状の発症もしくは確定診断の前かまたは診断もしくは症状が明らかになってから、被験体に投与してもよい。医薬組成物は、例えば、症状の診断または臨床的認識の直後、あるいは症状の診断または検出の、２、４、６、１０、１５、もしくは２４時間後、２、３、５、もしくは７日後、２、４、６もしくは８週後、またはさらに３、４、もしくは６か月後に、投与してもよい。
第４の態様では、本発明は、本発明の組換えアデノウイルスを生成する方法であって、細胞を適切な培地で培養するステップと；細胞に、本発明の第１の態様の単離されたポリヌクレオチドまたは本発明の第２の態様の組換えベクターを遺伝子導入するステップと；ポリヌクレオチドまたはベクターを細胞内で複製させるステップと；生成された組換えアデノウイルスを培地および／または細胞から回収するステップと、を含む、方法を特徴とする。一部の実施形態では、細胞は、細菌、植物、または哺乳動物細胞である。好ましい実施形態では、哺乳動物細胞は、ＰＥＲ．５５Ｋ細胞またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である。
定義
「アデノウイルス」は、カプシドおよび二本鎖直鎖状ＤＮＡゲノムを含む、中規模（９０〜１００ｎｍ）の無エンベロープ正二十面体ウイルスを意味する。アデノウイルスは、天然であっても単離されたアデノウイルス（例えば、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２）または組換えアデノウイルス（例えば、複製欠損または複製可能ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２、またはそのキメラ変異体）であってもよい。
本明細書で使用される「投与する」は、１用量の医薬組成物（例えば、本発明の組換えアデノウイルス）を被験体に投与する方法を意味する。本明細書に記載の方法において利用される組成物は、例えば、筋肉内に、静脈内に、皮内に、経皮的に、動脈内に、腹腔内に、病変内に、頭蓋内に、関節内に、前立腺内に、胸腔内に、気管内に、鼻腔内に、硝子体内に、腟内に、直腸内に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、腫瘍内に、腹膜に、皮下に、結膜下に、小疱内に、粘膜に、心膜内に、臍帯内体腔に、眼球内に、経口的に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、局所的に（ｌｏｃａｌｌｙ）、吸入により、注射により、注入により、持続注入により、標的細胞を浸す直接的な局所潅流により、カテーテルにより、洗浄により、経管栄養により、クリームとして、または脂質組成物として投与してもよい。好ましい投与方法は、様々な要素（例えば、投与されている組成物の成分および処置されている状態の重症度）に応じて、変更してもよい。
本特許明細書および特許請求の範囲の全体を通じて、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などの変形は、記述される整数または整数のグループを含むことを意味するが、任意の他の整数または整数のグループを排除することを意味しないことが理解されるだろう。
アデノウイルスゲノム領域の「欠失」は、特定ゲノム領域（例えば、Ｅ１、Ｅ２、Ｅ３、および／またはＥ４領域）、または特定領域内の任意の特定のオープンリーディングフレームの、部分的または完全な除去、破壊（例えば、挿入変異による）、または機能的不活化（例えば、ミスセンス変異）を意味する。
「遺伝子産物」は、遺伝子から転写されたｍＲＮＡまたは他の核酸（例えば、ｍｉｃｒｏＲＮＡ）ならびに同ｍＲＮＡから翻訳されたポリペプチドを含むことを意味する。一部の実施形態では、遺伝子産物は、ウイルス（例えば、ＨＩＶ）に由来してもよく、多くは、例えば、係属中の米国特許出願公開第２０１２／００７６８１２号明細書中に記載の、例えば、任意の１種以上のウイルスタンパク質、またはその断片を含む。一部の実施形態では、遺伝子産物は、限定はされないが、インターフェロンタンパク質、第ＶＩＩＩ因子、第ＩＸ因子、エリスロポエチン、α−１抗トリプシン、カルシトニン、グルコセレブロシダーゼ、成長ホルモン、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、受容体ＩＬ−２受容体およびそのアンタゴニスト、インスリン、グロビン、免疫グロブリン、触媒抗体、インターロイキン、インスリン様成長因子、スーパーオキシドジスムターゼ、免疫レスポンダーモディファイヤー、副甲状腺ホルモンおよびインターフェロン、神経成長因子、組織プラスミノーゲンアクチベーター、およびコロニー刺激因子を含む治療遺伝子産物である。
「異種核酸分子」は、異種核酸分子によりコードされた、目的の遺伝子産物またはその断片のその後の発現を意図して、例えば、本発明のアデノウイルス、またはそのポリヌクレオチドまたはベクターに組み込み可能な任意の外因性核酸分子を意味する。好ましい実施形態では、異種核酸分子は、細菌、ウイルス、寄生虫、または真菌タンパク質、またはその断片である、抗原または治療遺伝子産物、またはその断片、をコードする（例えば、１つ以上のＨＩＶまたはＳＩＶ Ｇａｇ、Ｐｏｌ、Ｅｎｖ、Ｎｅｆ、Ｔａｔ、Ｒｅｖ、Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、またはＶｐｕ遺伝子産物、またはその断片をコードする核酸分子）。異種核酸分子は、野生型アデノウイルス中に認められる他の核酸分子に通常は関連することのないものである。
「単離される」は、天然環境の成分から分離される、回収される、または精製されることを意味する。
「医薬組成物」は、被験体への投与に適しており、かつ疾患（例えば、がんまたはエイズ）を処置するかまたは疾患の１つ以上の症状を低下もしくは回復させる、好ましくは、目的の抗原または治療遺伝子産物、またはその断片をコードする異種ヌクレオチド配列を含む、治療または生物活性剤、例えば本発明の組換えアデノウイルスベクターを含有する任意の組成物を意味する。本発明の目的のため、医薬組成物は、ワクチンを含み、かつ治療または生物活性剤の送達に適した医薬組成物は、例えば、錠剤、ゲルキャップ、カプセル剤、丸剤、散剤、顆粒状物（ｇｒａｎｕｌａｔｅｓ）、懸濁剤、乳剤、溶液、ゲル剤、ハイドロゲル、経口ゲル剤、ペースト剤、点眼剤、軟膏剤、クリーム、硬膏剤、水薬、送達装置、坐剤、浣腸、注射剤、植込錠、噴霧剤、またはエアロゾルを含んでもよい。これらの調合物のいずれかは、当該技術分野の周知で認められた方法により調製してもよい。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ（２１ｓｔ ｅｄ．），ｅｄ．Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，２００５、およびＥｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊ．Ｓｗａｒｂｒｉｃｋ，Ｉｎｆｏｒｍａ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，２００６を参照のこと（これらの各々は、参照により本明細書で援用される）。
「薬学的に許容できる希釈剤、賦形剤、担体、またはアジュバント」は、共に投与される医薬組成物の治療特性を保持しながら、被験体にとって生理学的に許容できる希釈剤、賦形剤、担体、またはアジュバントを意味する。１つの典型的な薬学的に許容できる担体は、生理食塩水である。他の生理学的に許容できる希釈剤、賦形剤、担体、またはアジュバントおよびそれらの調合物は、当業者に既知である（例えば、米国特許出願公開第２０１２／００７６８１２号明細書を参照）。
「部分」または「断片」は、全体の一部を意味する。一部分は、ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列領域の全長の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または９５％を含んでもよい。例えば、ポリヌクレオチドにおいては、一部分は、参照ポリヌクレオチド分子の少なくとも５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１００００、１５０００、２００００、２５０００、３００００、３５０００またはそれを超える隣接ヌクレオチドを含んでもよい。例えば、ポリペプチドにおいては、一部分は、参照ポリペプチド分子の少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、５０、７５、９０、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、もしくは３５０またはそれを超える隣接アミノ酸を含んでもよい。
「免疫応答を促進する」は、医薬組成物（例えば、ワクチン）が投与されている被験体における、例えば１つ以上の感染体（例えば、細菌、ウイルス、寄生虫、真菌、またはそれらの組み合わせ）またはタンパク質標的に特異的な液性応答（例えば、抗体の産生）または細胞性応答（例えば、Ｔ細胞、マクロファージ、好中球、およびナチュラルキラー細胞の活性化）を誘発することを意味する。
ベクターまたはウイルスに関連する「組換え」は、インビトロで操作されているベクターまたはウイルス、例えば、異種ヌクレオチド配列（例えば、抗原または治療遺伝子産物をコードする配列）を含むベクターまたはウイルス、あるいは野生型ウイルスＥ１、Ｅ３、および／またはＥ４領域に対してウイルスＥ１、Ｅ３、および／またはＥ４領域内に、変化、破壊、または欠失を有するベクターまたはウイルスを意味する。
「配列同一性」または「配列類似性」は、２つ以上のアミノ酸配列、または２つ以上のヌクレオチド配列の間での同一性または類似性が、配列間での同一性または類似性の観点で表現されることを意味する。配列同一性は、「百分率（％）同一性」の観点から測定してもよく、百分率が高まるにつれて、配列間で共有される同一性が高まる。配列類似性は、（保存的アミノ酸置換を考慮する）百分率類似性の観点から測定してもよく、百分率が高まるにつれて、配列間で共有される類似性（ｓｉｍｉｌａｒｉｌｔｙ）が高まる。核酸またはアミノ酸配列の相同体またはオルソログは、標準的な方法を用いて整列される場合、比較的高い程度の配列同一性／類似性を有する。配列同一性は、配列分析ソフトウェアをデフォルト設定で用いて測定してもよい（例えば、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｅｎｔｅｒ，１７１０ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｖｅｎｕｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ５３７０５のＳｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ）。かかるソフトウェアにより、様々な置換、欠失、および他の修飾に対して相同性の程度を割り当てることにより、類似配列が一致しうる。
「被験体」は、脊椎動物、例えば哺乳動物（例えば、霊長類およびヒト）である。哺乳類はまた、限定はされないが、家畜（雌ウシなど）、スポーツ用動物（ｓｐｏｒｔ ａｎｉｍａｌ）（例えばウマ）、ペット（ネコおよびイヌなど）、マウス、およびラットを含む。本明細書に記載の方法に従って処置されるべき被験体（例えば、がんなどの疾患および／または感染体、例えば、細菌、ウイルス、真菌、または寄生虫によって引き起こされる疾患を有する被験体）は、医師により、かかる状態を有するものと診断されている者であってもよい。診断は、任意の適切な手段により実施してもよい。感染の発症が阻止されている被験体は、かかる診断を受けていてもよく、または受けていなくてもよい。当業者は、本発明に従って処置されるべき被験体が、標準的検査を受けていてもよい、または検査なしに、１つ以上のリスク因子（例えば、生物由来物質、例えばウイルスへの暴露）の存在によって、高リスクのあるものと同定されていてもよいことを理解するであろう。
本明細書で使用されるように、また当該技術分野で十分に理解されているように、「処置」は、有利であるかまたは所望される結果、例えば臨床結果を得るためのアプローチである。有利であるかまたは所望される結果は、限定はされないが、１つ以上の症状または状態の軽減または回復；疾患、障害、または状態の程度の縮小；疾患、障害、または状態の状況の安定化（すなわち、悪化しないこと）；疾患、障害、または状態の拡散の予防；疾患、障害、または状態の進行の遅延または緩徐化；疾患、障害、または状態の回復または緩和；および寛解（部分または完全のいずれか）、検出可能または検出不能のいずれか、を含んでもよい。疾患、障害、または状態を「緩和すること」は、処置の非存在下での程度または時間変化と比較して、疾患、障害、または状態の程度および／または望ましくない臨床症状が緩和化され、かつ／または、進行の時間変化が緩徐化または延長化されることを意味する。
用語「ワクチン」は、本明細書で使用される場合、免疫応答を誘発するために使用される材料として定義され、ワクチンの被験体への投与後に免疫を与えうる。
「ベクター」は、ウイルス種、例えばアデノウイルス種（例えば、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２）に由来する、１つ以上の遺伝子（非構造または構造）、またはその断片を含む組成物を意味し、それを使用して、１つ以上の異種遺伝子をウイルスまたは非ウイルス源から宿主または被験体へ伝えることができる。ウイルスベクターの核酸材料は、例えば脂質膜内にまたは構造タンパク質（例えば、カプシドタンパク質）により被包してもよく、それは１つ以上のウイルスポリペプチド（例えば、糖タンパク質）を含んでもよい。ウイルスベクターを使用し、被験体の細胞を感染させ、次いで、ウイルスベクターの異種遺伝子のタンパク質産物への翻訳を促進してもよい。
用語「ウイルス」は、本明細書で使用される場合、宿主細胞外部で成長または再生できず、かつ哺乳類（例えば、ヒト）またはトリに感染する感染体として定義される。
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明、図面、および特許請求の範囲から明らかになるだろう。
ｓＡｄ４２８７のゲノム構築の概略マップである。 プラスミドｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅｍｐｔｙの概略マップである。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ｐＩＸ−ｐＶの概略マップである。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲの概略マップである。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３を得るのに使用されるクローニング方法およびｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の、その親プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲの場合に対する概略マップを図示する。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４の、その親プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の場合に対する概略マップを示す。 プラスミドｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙを得るのに使用されるクローニング方法およびｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙの、その親プラスミドｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅｍｐｔｙの場合に対する概略マップを図示する。 ｓＡｄ４３１０＃１３−１（ｓＡｄ４３１０Ａ）のゲノム構築の概略マップである。 プラスミドｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅｍｐｔｙの概略マップである。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ｐＩＸ−ｐＶの概略マップである。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲの概略マップである。 ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の、その親プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲの場合に対する概略マップを示す。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４の、その親プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の場合に対する概略マップを示す。 プラスミドｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙを得るのに使用されるクローニング方法およびｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙの、その親プラスミドｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅｍｐｔｙの場合に対する概略マップを図示する。 ｓＡｄ４３１２のゲノム構築の概略マップである。 プラスミドｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅｍｐｔｙの概略マップである。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＩＸ−ｐＶの概略マップである。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲの概略マップである。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３を得るのに使用されるクローニング方法およびｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の、その親プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲの場合に対する概略マップを図示する。 プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４の、その親プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の場合に対する概略マップを示す。 プラスミドｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙの概略マップである。 サブサハラヒト（ｎ＝１４４；上）およびアカゲザル（ｎ＝１０８；下）における相対的なｓＡｄ４２８７に特異的な中和抗体（ＮＡｂ）応答を示す円グラフである。ルシフェラーゼに基づくウイルス中和アッセイによって評価される、４つのＮＡｂ力価カテゴリー（＜１８＝陰性、１８〜２００＝低い、２０１〜１０００＝高い、および＞１０００＝高い）の各々に該当する個体の相対数が示される。 サブサハラヒト（ｎ＝１４４；上）およびアカゲザル（ｎ＝１０８；下）における相対的なｓＡｄ４３１０Ａに特異的な中和抗体（ＮＡｂ）応答を示す円グラフである。ルシフェラーゼに基づくウイルス中和アッセイによって評価される、４つのＮＡｂ力価カテゴリー（＜１８＝陰性、１８〜２００＝低い、２０１〜１０００＝高い、および＞１０００＝高い）の各々に該当する個体の相対数が示される。 サブサハラヒト（ｎ＝１４４；上）およびアカゲザル（ｎ＝１０８；下）における相対的なｓＡｄ４３１２に特異的な中和抗体（ＮＡｂ）応答を示す円グラフである。ルシフェラーゼに基づくウイルス中和アッセイによって評価される、４つのＮＡｂ力価カテゴリー（＜１８＝陰性、１８〜２００＝低い、２０１〜１０００＝高い、および＞１０００＝高い）の各々に該当する個体の相対数が示される。 免疫後の０、７、１４、２１、および２８日目にＤｂ／ＡＬ１１四量体結合アッセイを通じてＣＤ８＋Ｔ細胞性応答を測定することによって評価された、ベクターの１０７、１０８、および１０９個のウイルス粒子（ｖｐ）で免疫したＣ５７ＢＬ／６マウスにおけるＳＩＶｍａｃ２３９ Ｇａｇを有するｓＡｄ４２８７ベクターにより誘発される細胞性応答を示すグラフである。 免疫後の０、７、１４、２１、および２８日目にＤｂ／ＡＬ１１四量体結合アッセイを通じてＣＤ８＋Ｔ細胞性応答を測定することによって評価された、ベクターの１０７、１０８、および１０９個のウイルス粒子（ｖｐ）で免疫したＣ５７ＢＬ／６マウスにおけるＳＩＶｍａｃ２３９ Ｇａｇを有するｓＡｄ４３１０Ａベクターにより誘発される細胞性応答を示すグラフである。 免疫後２８日目にＣ５７ＢＬ／６マウス由来の脾細胞を使用するＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定された、１０９個のｖｐでのｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および複製可能ｓＡｄ４２８７（ｒｃｓＡｄ４２８７）によって誘発される細胞性応答を示すグラフである。ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴ応答は、オーバーラップしているＧａｇペプチド（Ｇａｇ）、優性ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープＡＬ１１、準優性ＣＤ８＋ＴエピトープＫＶ９、およびＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープＤＤ１３に対して測定された。 免疫後２８日目にＣ５７ＢＬ／６マウス由来の脾細胞を使用するＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定された、１０８個のｖｐでのｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｒｃｓＡｄ４２８７によって誘発される細胞性応答を示すグラフである。ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴ応答は、Ｇａｇ、優性ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープＡＬ１１、準優性ＣＤ８＋ＴエピトープＫＶ９、およびＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープＤＤ１３に対して測定された。 免疫後２８日目にＣ５７ＢＬ／６マウス由来の脾細胞を使用するＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定された、１０７個のｖｐでのｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｒｃｓＡｄ４２８７によって誘発される細胞性応答を示すグラフである。ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴ応答は、Ｇａｇ、優性ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープＡＬ１１、準優性ＣＤ８＋ＴエピトープＫＶ９、およびＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープＤＤ１３に対して測定された。
詳細な説明
発明者は、メタゲノミクス研究の一部として、アカゲザル由来の、数種の新規なアデノウイルスを含む、種々の新規なウイルスを予め同定している（Ｈａｎｄｌｅｙ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ．１５１（２）：２５３−２６６，２０１２）。本発明では、発明者は、３つの新規なサルアデノウイルス（ｓＡｄｓ）、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０＃１３−１（ｓＡｄ４３１０Ａ）、およびｓＡｄ４３１２を単離し、増幅し、かつ精製した。３つのｓＡｄは、上記のアカゲザルのメタゲノミクス研究から得られた。これらのウイルスは、全体的に新規であり、それらの全配列については、先行的に全く報告がなされていない。これらのウイルスはまだ公式に「命名」されていないことから、それらはまだ公式のアデノウイルス番号を有していない。したがって、全体を通じて使用される命名は、内部の研究室が指定したものを表す。
新規なｓＡｄの完全ゲノム配列および発明者がウイルスの各々に対して作製したベクター系が、以下に詳述される。発明者は、ルシフェラーゼおよびＳＩＶ Ｇａｇを含む種々の導入遺伝子を発現する組換えｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２ベクターを作製した。さらに、発明者は、これらのベクターが、（ｉ）ヒト集団内で意外にも極端に低い血清有病率を有し、かつ（ｉｉ）マウスにおいて強力な免疫原性を示すことを実証した。低いベースラインの抗−ベクター免疫と強力な免疫原性のこの組み合わせは、これらの新規なアデノウイルスベクターが、疾患、例えばがんや感染体によって誘発されるものに対するワクチンの作製において有用でありうることを示唆している。
本発明のポリヌクレオチド
第１の態様として、本発明は、３つの新規なｓＡｄｓ（ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２）に関するポリヌクレオチド配列を提供する。単離されたポリヌクレオチドは、野生型ｓＡｄ４２８７（配列番号１）、ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）、またはｓＡｄ４３１２（配列番号３）の完全長ゲノム配列のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、もしくは１００％同一であるヌクレオチド配列、またはその相補体を含んでもよい。本発明の単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１〜３の少なくとも５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１００００、１５０００、２００００、２５０００、３００００、３５０００またはそれを超える隣接または非隣接ヌクレオチドを含んでもよい。
一部の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、１０〜１００ヌクレオチド長、より詳細には１０〜３０ヌクレオチド長（例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオチド長）であるプライマーとして使用してもよく、かつ、配列番号５２〜１２３のいずれか１つに対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。
一部の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および／またはｓＡｄ４３１２のファイバー１、ファイバー２、および／またはヘキソンタンパク質をコードするヌクレオチド配列の全部または一部を含む。一部の実施形態では、ファイバー１タンパク質の全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号４、５、および６に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー１タンパク質をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２のファイバー１タンパク質のポリペプチド配列は、配列番号１９、２０、および２１に各々対応する。一部の実施形態では、ファイバー２タンパク質の全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号７、８、および９に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー２タンパク質をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２のファイバー２タンパク質のポリペプチド配列は、配列番号２２、２３、および２４に各々対応する。一部の実施形態では、ヘキソンタンパク質の全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１０、１１、および１２に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のヘキソンタンパク質をコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２のヘキソンタンパク質のポリペプチド配列は、配列番号２５、２６、および２７に各々対応する。
他の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および／またはｓＡｄ４３１２のファイバー１のノブドメインをコードするヌクレオチド配列の全部または一部を含む。一部の実施形態では、ファイバー１のノブドメインの全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１３、１４、または１５に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー１タンパク質のノブドメインをコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２のファイバー１タンパク質のノブドメインのポリペプチド配列は、配列番号２８、２９、および３０に各々対応する。一部の実施形態では、ファイバー２のノブドメインの全部または一部をコードするヌクレオチド配列は、配列番号１６、１７、および１８に各々対応する、野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２のファイバー２タンパク質のノブドメインをコードするヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい。野生型ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２のファイバー２タンパク質のノブドメインのポリペプチド配列は、配列番号３１、３２、および３３に各々対応する。
他の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および／またはｓＡｄ４３１２のファイバー１、ファイバー２、ヘキソン、ファイバー１ノブ、および／またはファイバー２ノブタンパク質をコードする１つ以上のヌクレオチド配列の全部または一部、ならびに、下で考察のように、キメラアデノウイルスベクターの作製において指定される、Ａｄ１１、Ａｄ１５、Ａｄ２４、Ａｄ２６、Ａｄ３４、Ａｄ３５、Ａｄ４８、Ａｄ４９、Ａｄ５０、および／またはＰａｎ９（ＡｄＣ６８としても知られる）を含む、１つ以上のアデノウイルスベクター由来のヌクレオチド配列を含む。他の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および／またはｓＡｄ４３１２のファイバー１、ファイバー２、ヘキソン、ファイバー１ノブ、および／またはファイバー２ノブタンパク質をコードする１つ以上のヌクレオチド配列の全部または一部、ならびに、Ａｄ１１、Ａｄ１５、Ａｄ２４、Ａｄ２６、Ａｄ３４、Ａｄ３５、Ａｄ４８、Ａｄ４９、Ａｄ５０、および／またはＰａｎ９（ＡｄＣ６８としても知られる）を含む１つ以上のアデノウイルスベクター由来のヌクレオチド配列に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよいヌクレオチド配列を含む。他の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドは、Ａｄ５、Ａｄ１１、Ａｄ１５、Ａｄ２４、Ａｄ２６、Ａｄ３４、Ａｄ３５、Ａｄ４８、Ａｄ４９、Ａｄ５０、および／またはＰａｎ９（ＡｄＣ６８としても知られる）を含む１つ以上のアデノウイルスベクター由来のヌクレオチド配列、ならびに、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および／またはｓＡｄ４３１２のファイバー１、ファイバー２、ヘキソン、ファイバー１ノブ、および／またはファイバー２ノブタンパク質をコードする１つ以上のヌクレオチド配列の全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であってもよい１つ以上のヌクレオチド配列の全部または一部を含む。
本発明のベクター
本発明はまた、上記のポリヌクレオチドの任意の１つ以上を含む組換えベクターを特徴とする。一部の実施形態では、本発明の１つのベクターは、ベクター系として、本発明の１つ以上の他のベクター（例えば、１、２、３、またはそれより多いベクター）と併用してもよく、それを使用して、本発明の組換え複製欠損ｓＡｄｓ（ｒｄｓＡｄｓ）または複製可能ｓＡｄｓ（ｒｃｓＡｄｓ）を作製してもよい。したがって、本発明は、本明細書に記載の３つの新規なｓＡｄｓ（ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２）の各々に対する新規なアデノウイルスベクター系を特徴とする。複製欠損アデノウイルスを作製するためのかかるベクター系は、当該技術分野で既知であり、例えば、Ａｄ５、Ａｄ１１、Ａｄ３５およびＡｄ４９に基づく（ｂａｓｅｄ ｏｆ）、複製可能アデノウイルスを含まないバッチを作製するのに適用されている（例えば、国際公開第９７／００３２６号パンフレット、国際公開第００／７００７１号パンフレット；国際公開第０２／４０６６５号パンフレット；米国特許出願公開第２００５／０２３２９００号明細書を参照（すべては参照により本明細書中に援用される））。しかし、ｓＡｄのｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２に対して適用される本発明のベクターおよびベクター系は、新規性がある。
一部の実施形態では、本発明のベクターは、複製可能ｓＡｄ（ｒｃｓＡｄ）を生成するという目的で、特定のｓＡｄ（例えば、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２）のＥ１領域（例えば、ｓＡｄ４２８７（配列番号１）のｎｔ４７４〜ｎｔ３０８５；ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）のｎｔ４７４〜ｎｔ３０８８；およびｓＡｄ４３１２（配列番号３）のｎｔ４８７〜ｎｔ３１００）を含んでもよい。かかるベクターは、例えば、本発明の．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙベクターにおいて例示される（３つの新規なアデノウイルスの各々について、本発明の．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙベクターを示す、例えば、図７、１４、および２１を参照）。
一部の実施形態では、本発明のベクターは、左端ｓＡｄ配列および発現／導入遺伝子カセットを含んでもよい（例えば、大体ｐＩＸからｐＶにかけてのｓＡｄ４２８７ゲノムの左側部分を含むｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ｐＩＸ−ｐＶベクターを示す図３を参照）。一部の実施形態では、ベクターの発現カセットでは、特定のアデノウイルスのＥ１領域が置き換わるかまたは破壊される。好ましい実施態様では、発現カセットは、導入遺伝子、および任意選択的にはポリアデニル化シグナル（例えば、目的の抗原遺伝子産物、例えば、細菌、ウイルス、寄生虫、真菌、または治療タンパク質、またはその断片をコードする異種ヌクレオチド配列）の発現を刺激するプロモーター（例えば、ＣＭＶプロモーター、例えば、ＣＭＶｌｏｎｇプロモーター）を含む（３つの新規なアデノウイルスの各々における本発明の．Ｅｍｐｔｙベクターを示す、例えば、図２、９、および１６を参照）。Ｅ１領域は、（部分的または完全に）欠失されるか、破壊されるか、または１つ以上の突然変異により不活化されてもよい。
一部の実施形態では、本発明のベクターは、ｓＡｄ配列の左側部分を含んでもよく（例えば、大体ｐＩＸからｐＶにかけてのｓＡｄ４２８７ゲノムの左側部分を含むｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ｐＩＸ−ｐＶベクターを示す図３を参照）、それはｓＡｄのペントン塩基および５２Ｋコード領域を含む（３つの新規なアデノウイルスの各々における本発明の．ｐＩＸ−ｐＶベクターを示す、例えば、図３、１０、および１７を参照）。
他の実施形態では、本発明のベクターは、ｓＡｄ配列の右側部分を含んでもよい（大体ｐＶＩＩから右側ＩＴＲ（ｒＩＴＲ）にかけてのｓＡｄ４２８７ゲノムの右側部分を含むｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ．ｒＩＴＲベクターを示す、例えば、図４を参照）（３つの新規なアデノウイルスの各々について本発明の．ｐＶ−ｒＩＴＲベクターを示す、例えば、図４、１１、および１８を参照）。一部の実施形態では、これらのベクターは、さらに、欠失、破壊、または突然変異された、アデノウイルス粒子の複製およびパッケージングにおいて必要とされない、Ｅ３（例えば、ｓＡｄ４２８７（配列番号１）のｎｔ２５９７３〜ｎｔ２８５９６；ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）のｎｔ２５９１５〜ｎｔ２８４９６；およびｓＡｄ４３１２（配列番号３）のｎｔ２５９４７〜ｎｔ２８５６１；３つの新規なアデノウイルスの各々における本発明の．ｄＥ３ベクターを示す、図５、１２、および１９を参照）および／またはＥ４領域（例えば、ｓＡｄ４２８７（配列番号１）のｎｔ３１８５２〜ｎｔ３４７５２；ｓＡｄ４３１０Ａ（配列番号２）のｎｔ３１７５０〜ｎｔ３４０４８；およびｓＡｄ４３１２（配列番号３）のｎｔ３１８１８〜ｎｔ３４１１６；３つの新規なアデノウイルスの各々について本発明の．ｄＥ３．ｄＥ４ベクターを示す、図６、１３、および２０を参照）を有する。Ｅ３領域の欠失は、大規模な導入遺伝子配列がベクターに取り込まれる場合、機能性粒子にパッケージング可能なゲノムサイズが野生型サイズの約１０５％に限定されることから、一般に好ましい。本明細書に適用されないが、他の修飾、例えば、Ｅ２Ａ領域、または全Ｅ４領域の全部とはいえないにしても大部分の欠失をアデノウイルスゲノムに導入してもよいことは理解されるべきである。一部の実施形態では、本発明のベクターが遺伝子導入された細胞は、欠損した領域に機能性をもたらすことにより、これらの欠損を補うことができる。Ｅ２Ａ領域は、例えば温度感受性のあるＥ２Ａ突然変異体により、またはＥ４機能をもたらすことにより、提供してもよい。本発明のベクターのアデノウイルス遺伝子の欠損（例えば、Ｅ１、Ｅ３、および／またはＥ４の欠失）を補うのに使用可能な細胞として、例えば、ＰＥＲ．５５Ｋ、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）、および２９３細胞が挙げられる。すべてのかかる系は、当該技術分野で既知であり、アデノウイルスゲノムのかかる修飾は、本発明の範囲内に含まれ、それは原則的に（ｉｎ ｐｒｉｎｃｉｐａｌ）、３つの新規なｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２ゲノム配列、およびそれらの使用に関する。上述のように、本発明のいずれか１つのベクターは、本発明の１つ以上の他のベクターと併用してもよい。一部の実施形態では、本発明の所与のｓＡｄを作製するため、ｓＡｄゲノムの左側および右側の双方をコードするベクターが、使用される。
本発明はまた、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２ゲノムの一部分、ならびに１種以上の他のウイルスのゲノムの一部分を含む、キメラアデノウイルスの作製のためのベクターを特徴とする。一部の実施形態では、本発明のキメラアデノウイルスベクターは、ヘキソンおよび／またはファイバータンパク質の全部または一部の置換を含んでもよい。一部の実施形態では、別のウイルスの一部で置換されたヘキソンタンパク質の一部は、ヘキソンタンパク質超可変領域（ＨＶＲｓ）、例えば、ｓＡｄ４２８７ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３〜ｎｔ４８９）、ＨＶＲ２（ｎｔ５２０〜ｎｔ５３７）、ＨＶＲ３（ｎｔ５９２〜ｎｔ６１８）、ＨＶＲ４（ｎｔ７０６〜ｎｔ７４４）、ＨＶＲ５（ｎｔ７６３〜７８６）、ＨＶＲ６（ｎｔ８５６〜ｎｔ８７４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１２０１〜ｎｔ１２９６）（配列番号１０）；ｓＡｄ４３１０Ａヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３〜ｎｔ４７７）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５〜ｎｔ５１６）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７１〜ｎｔ５９１）、ＨＶＲ４（ｎｔ６７９〜ｎｔ６９０）、ＨＶＲ５（ｎｔ７０９〜７３５）、ＨＶＲ６（ｎｔ８０５〜ｎｔ８１６）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１４４〜ｎｔ１２３６）（配列番号１１）；あるいはｓＡｄ４３１２ヘキソンタンパク質のＨＶＲ１（ｎｔ４０３〜ｎｔ４７４）、ＨＶＲ２（ｎｔ５０５〜ｎｔ５２２）、ＨＶＲ３（ｎｔ５７７〜ｎｔ５９７）、ＨＶＲ４（ｎｔ６８５〜ｎｔ７２６）、ＨＶＲ５（ｎｔ７４８〜７７７）、ＨＶＲ６（ｎｔ８４７〜ｎｔ８６４）、および／またはＨＶＲ７（ｎｔ１１９２〜ｎｔ１２８４）（配列番号１２）のうちの１つ以上である。一部の実施形態では、別のウイルスの一部で置換されたファイバータンパク質の一部は、ファイバーノブドメインである。一部の実施形態では、置換された領域は、Ａｄ５の場合と比べて低い血清有病率を有するアデノウイルス、例えばサブグループＢ（Ａｄ１１、Ａｄ３４、Ａｄ３５、およびＡｄ５０）およびサブグループＤ（Ａｄ１５、Ａｄ２４、Ａｄ２６、Ａｄ４８、およびＡｄ４９）アデノウイルスならびにサルアデノウイルス（例えば、ＡｄＣ６８としても知られるＰａｎ９）に由来する領域と置換される。一部の実施形態では、Ａｄ５、Ａｄ１１、Ａｄ１５、Ａｄ２４、Ａｄ２６、Ａｄ３４、Ａｄ４８、Ａｄ４９、Ａｄ５０、またはＰａｎ９／ＡｄＣ６８のアデノウイルスベクター骨格は、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および／またはｓＡｄ４３１２の上記のヘキソンＨＶＲのうちの１つ以上の全部または一部の置換を含む。
本発明のアデノウイルス
上で考察したように、少なくとも一部は、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、および／またはｓＡｄ４３１２に由来する本発明の組換えアデノウイルスは、本発明の上記のベクターを用いて作製してもよい。これらのアデノウイルスは、ｒｃｓＡｄｓまたはｒｄｓＡｄｓであってもよい。ｒｄｓＡｄｓは、Ｅ１領域の欠失、破壊、または突然変異による不活化を含むことになり、またさらにＥ２、Ｅ３、および／またはＥ４領域の欠失、破壊、または突然変異による不活化を含んでもよい。一部の実施形態では、本発明のアデノウイルスは、細菌、ウイルス、寄生虫、または真菌タンパク質、またはその断片を含む、抗原または治療遺伝子産物、またはその断片を含んでもよい。好ましい実施形態では、抗原遺伝子産物、またはその断片は、宿主または宿主細胞において発現される場合、強力な免疫応答を誘発する能力がある。一部の実施形態では、細菌タンパク質、またはその断片は、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ボビス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｏｖｉｓ）、マイコバクテリウム・アフリカヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｆｒｉｃａｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ミクロティ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｉｃｒｏｔｉ）、ライ菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、肺炎球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、ブルセラ菌（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、または炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）に由来してもよい。一部の実施形態では、ウイルスタンパク質、またはその断片は、レトロウイルス科（Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、フラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）、アレナウイルス科（Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）、フィロウイルス科（Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ）、トガウイルス科（Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ）、ポックスウイルス科（Ｐｏｘｖｉｒｉｄａｅ）、ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）、オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、コロナウイルス科（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ラブドウイルス科（Ｒｈａｂｄｏｖｉｒｉｄａｅ）、パラミクソウイルス科（Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、ピコルナウイルス科（Ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ヘパドナウイルス科（Ｈｅｐａｄｎａｖｉｒｉｄａｅ）、パピローマウイルス科（Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）、パルボウイルス科（Ｐａｒｖｏｖｉｒｉｄａｅ）、アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、ポリオーマウイルス科（Ｐｏｌｙｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）、カリシウイルス科（Ｃａｌｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、およびレオウイルス科（Ｒｅｏｖｉｒｉｄａｅ）からなる群から選択されるウイルスファミリーのウイルスに由来してもよい。一部の実施形態では、ウイルスは、ヒト免疫不全ウイルス（ｈｕｍａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＨＩＶ）、ヒトパピローマウイルス（ｈｕｍａｎ ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ）（ＨＰＶ）、Ａ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ａ ｖｉｒｕｓ）（Ｈｅｐ Ａ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｖｉｒｕｓ）（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ）（ＨＣＶ）、大痘瘡（Ｖａｒｉｏｌａ ｍａｊｏｒ）、小痘瘡（Ｖａｒｉｏｌａ ｍｉｎｏｒ）、サル痘ウイルス（ｍｏｎｋｅｙｐｏｘ ｖｉｒｕｓ）、麻疹ウイルス（ｍｅａｓｌｅｓ ｖｉｒｕｓ）、風疹ウイルス（ｒｕｂｅｌｌａ ｖｉｒｕｓ）、ムンプスウイルス（ｍｕｍｐｓ ｖｉｒｕｓ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ｖａｒｉｃｅｌｌａ ｚｏｓｔｅｒ ｖｉｒｕｓ）（ＶＺＶ）、ポリオウイルス（ｐｏｌｉｏｖｉｒｕｓ）、狂犬病ウイルス（ｒａｂｉｅｓ ｖｉｒｕｓ）、日本脳炎ウイルス（Ｊａｐａｎｅｓｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、単純ヘルペスウイルス（ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ ｖｉｒｕｓ）（ＨＳＶ）、サイトメガロウイルス（ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ）（ＣＭＶ）、ロタウイルス（ｒｏｔａｖｉｒｕｓ）、インフルエンザ（ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）、エボラウイルス（Ｅｂｏｌａ ｖｉｒｕｓ）、黄熱ウイルス（ｙｅｌｌｏｗ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）、またはマールブルグウイルス（Ｍａｒｂｕｒｇ ｖｉｒｕｓ）である。一部の実施形態では、寄生虫タンパク質、またはその断片は、トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、三日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｖｉｖａｘ）、卵形マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｏｖａｌｅ）、四日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｍａｌａｒｉａｅ）、トリパノソーマ種（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｓｐｐ．）、またはレジオネラ種（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）に由来する。一部の実施形態では、真菌タンパク質、またはその断片は、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、ヒストプラズマ・カプスラーツム変種カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ ｖａｒ．ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、南アメリカ分芽菌（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、接合菌網種（Ｚｙｇｏｍｙｃｅｔｅｓ ｓｐｐ．）、アブシジア・コリムビフェラ（Ａｂｓｉｄｉａ ｃｏｒｙｍｂｉｆｅｒａ）、リゾムコール・プシルス（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ）、またはリゾプス・アリズス（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ）に由来する。一部の実施形態では、治療遺伝子産物は、インターフェロン（ＩＦＮ）タンパク質、第ＶＩＩＩ因子、第ＩＸ因子、エリスロポエチン、α−１抗トリプシン、カルシトニン、グルコセレブロシダーゼ、成長ホルモン、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、受容体ＩＬ−２受容体およびそのアンタゴニスト、インスリン、グロビン、免疫グロブリン、触媒抗体、インターロイキン、インスリン様成長因子、スーパーオキシドジスムターゼ、免疫レスポンダーモディファイヤー、副甲状腺ホルモンおよびインターフェロン、神経成長因子、組織プラスミノーゲンアクチベーター、および／またはコロニー刺激因子であってもよい（例えば、米国特許第６，０５４，２８８号明細書を参照、参照により本明細書中に援用される）。一部の実施形態では、ＩＦＮタンパク質は、ヒトＩＦＮ−α（例えば、ＩＦＮ−α−１ａ、ＩＦＮ−α−１ｂ、ＩＦＮ−α−２ａ、ＩＦＮ−α−２ｂ、およびコンセンサスＩＦＮ−α（ｃｏｎＩＦＮ−α）；図１）、ヒトＩＦＮ−β（例えば、ＩＦＮ−β−１ａおよびＩＦＮ−β−１ｂ）、ヒトＩＦＮ−γ）、またはＩＦＮ−τ、あるいはインターフェロンに対して同一もしくは類似の生物学的活性（例えば、ヒトＩＦＮ−α、ヒトＩＦＮ−β、ヒトＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−τ、またはｃｏｎＩＦＮ−αの活性の少なくとも５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％）を示すポリペプチドの配列に対して、実質的に同一（例えば、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはさらに１００％同一）のアミノ酸配列を有する（例えば、特定のＩＦＮ配列に関しては、例えば、米国特許第４，６９５，６２３号明細書および米国特許出願公開第２０１１／００００４８０号明細書を参照、参照により本明細書中に援用される）。
細菌遺伝子産物、またはその断片の非限定例として、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の１０．４、８５Ａ、８５Ｂ、８６Ｃ、ＣＦＰ−１０、Ｒｖ３８７１、およびＥＳＡＴ−６遺伝子産物、またはその断片；大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）のＯ、Ｈ、およびＫ抗原、またはその断片；ならびに炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）の防御抗原（ＰＡ）、またはその断片、が挙げられる。ウイルス遺伝子産物、またはその断片の非限定例として、ＨＩＶおよび他のレトロウイルス（ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ）の、Ｇａｇ、Ｐｏｌ、Ｎｅｆ、Ｔａｔ、Ｒｅｖ、Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、またはＶｐｕ、またはその断片（例えば、米国特許出願公開第２０１２／００７６８１２号明細書を参照、参照により本明細書中に援用される）；ＨＳＶの、９Ｄ抗原、またはその断片；すべてのエンベロープタンパク質を含有するウイルスの、Ｅｎｖ、またはその断片、が挙げられる。寄生虫遺伝子産物、またはその断片の非限定例として、熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）の、スポロゾイト周囲の（ＣＳ）タンパク質、生殖体の表面タンパク質Ｐｆｓ２３０およびＰｆｓ４８／４５、および肝特異抗原１または３（ＬＳＡ−１またはＬＳＡ−３）、またはその断片、が挙げられる。真菌遺伝子産物、またはその断片の非限定例として、任意の細胞壁マンノプロテイン（例えば、アスペルギルス・フミガーツス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）のＡｆｍｐ１）または表面発現性の糖タンパク質（例えば、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）のＳＯＷｇｐ）、が挙げられる。
本発明の組成物を使用する予防または処置の方法
本発明の医薬組成物は、疾患（例えば、がんまたは感染体によって誘発される疾患、例えばエイズ）を有する被験体（例えば、ヒト）を処置するためのワクチンとして使用してもよい。特に、本発明の組成物を使用して、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ボビス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｏｖｉｓ）、マイコバクテリウム・アフリカヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｆｒｉｃａｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ミクロティ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｉｃｒｏｔｉ）、ライ菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、肺炎球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、ブルセラ菌（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、または炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）を含む細菌；レトロウイルス科（Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、フラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）、アレナウイルス科（Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）、フィロウイルス科（Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ）、トガウイルス科（Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ）、ポックスウイルス科（Ｐｏｘｖｉｒｉｄａｅ）、ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）、オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、コロナウイルス科（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ラブドウイルス科（Ｒｈａｂｄｏｖｉｒｉｄａｅ）、パラミクソウイルス科（Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、ピコルナウイルス科（Ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ヘパドナウイルス科（Ｈｅｐａｄｎａｖｉｒｉｄａｅ）、パピローマウイルス科（Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）、パルボウイルス科（Ｐａｒｖｏｖｉｒｉｄａｅ）、アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、ポリオーマウイルス科（Ｐｏｌｙｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）、カリシウイルス科（Ｃａｌｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、およびレオウイルス科（Ｒｅｏｖｉｒｉｄａｅ）からなる群から選択されるウイルスファミリーのウイルス；トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、三日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｖｉｖａｘ）、卵形マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｏｖａｌｅ）、四日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｍａｌａｒｉａｅ）、トリパノソーマ種（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｓｐｐ．）、またはレジオネラ種（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）を含む寄生虫；ならびに、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、ヒストプラズマ・カプスラーツム変種カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ ｖａｒ．ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、南アメリカ分芽菌（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、接合菌網種（Ｚｙｇｏｍｙｃｅｔｅｓ ｓｐｐ．）、アブシジア・コリムビフェラ（Ａｂｓｉｄｉａ ｃｏｒｙｍｂｉｆｅｒａ）、リゾムコール・プシルス（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ）、またはリゾプス・アリズス（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ）を含む真菌、による（暴露前または暴露後）感染を処置してもよい。
したがって、他の非限定的な実施形態では、本発明の医薬組成物を使用して、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、がん、結核、ハンセン病、腸チフス熱、肺炎、髄膜炎、ブドウ球菌性皮膚剥脱症候群（ＳＳＳＳ）、リッター病、野兎病（ウサギ熱）、ブルセラ症、鼻疽、腺ペスト、敗血症性ペスト、肺ペスト、ジフテリア、百日咳、破傷風、炭疽病、肝炎、天然痘、サル痘、麻疹、流行性耳下腺炎、風疹、水疱、ポリオ、狂犬病、日本脳炎、疱疹、単核球症、インフルエンザ、エボラウイルス疾患、出血熱、黄熱、マールブルグ病、トキソプラズマ症、マラリア、トリパノソーマ症、レジオネラ症、アスペルギルス症、ブラストミセス症、カンジダ症（鵞口瘡）、コクシジオイデス症、クリプトコッカス症、ヒストプラスマ症、パラコクシジオイデス症、スポロトリクム症、または眼窩洞の接合菌症を有する被験体（例えば、ヒト）を処置してもよい。
本発明の組成物の医薬調合物および投与
投与
本発明の医薬組成物は、被験体（例えば、ヒト）に、感染体（例えば、細菌、ウイルス、寄生虫、真菌）への暴露前または暴露後に、あるいは、疾患を、感染体への追跡可能な病因を有しない疾患（例えば、がん）と診断する前または後に、投与して、被験体における疾患の１つ以上の症状の進行を処置し、予防し、回復させ、阻害するか、またはそれらの重症度を低下させてもよい。例えば、本発明の組成物は、ＡＩＤＳを有する処置すべき被験体に投与してもよい。本発明の組成物を使用して処置可能な、ウイルス感染によって誘発される疾患、例えばエイズの症状の例として、例えば、発熱、筋痛、咳嗽、くしゃみ、鼻汁、咽頭炎、頭痛、悪寒、下痢、嘔吐、発疹、脱力、目まい、皮下出血、内臓出血、または口、眼、もしくは耳のような身体開口部からの出血、ショック、神経系の機能不全、せん妄、発作、腎不全、人格変化、頚部硬直、脱水、発作、嗜眠、四肢の麻痺（ｐａｒａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｌｉｍｂｓ）、錯乱、背痛、感覚消失、膀胱および腸機能の障害、および昏睡または死亡に進行しうる眠気、が挙げられる。これらの症状、および処置期間中でのそれらの消散は、身体検査の間に例えば医師により、または当該技術分野で既知の他の検査および方法により、判定してもよい。
本明細書に記載の方法において利用される組成物は、例えば、筋肉内に、静脈内に、皮内に、経皮的に、動脈内に、腹腔内に、病変内に、頭蓋内に、関節内に、前立腺内に、胸腔内に、気管内に、鼻腔内に、硝子体内に、腟内に、直腸内に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、腫瘍内に、腹膜に、皮下に、結膜下に、小疱内に、粘膜に、心膜内に、臍帯内体腔に、眼球内に、経口的に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、局所的に（ｌｏｃａｌｌｙ）、吸入により、注射により、注入により、持続注入により、標的細胞を浸す直接的な局所潅流により、カテーテルにより、洗浄により、経管栄養により、クリームとして、または脂質組成物として投与することを目的に、調合してもよい。
好ましい投与方法は、様々な要素（例えば、投与されている組成物の成分および処置されている状態の重症度）に応じて変更してもよい。経口または経鼻投与に適した調合物は、液体溶液、例えば希釈剤（例えば、水、生理食塩水、またはＰＥＧ−４００）に溶解された有効量の組成物、カプセル剤、サシェ、錠剤、またはゲル剤からなってもよく、各々は、所定量の本発明のキメラＡｄ５ベクター組成物を含有する。医薬組成物はまた、例えば気管支通路への吸入用のエアロゾル調合物であってもよい。エアロゾル調合物は、圧縮された薬学的に許容できる噴霧剤（例えば、ジクロロジフルオロメタン、プロパン、または窒素）と混合されていてもよい。特に、吸入による投与は、例えば、ソルビタントリオレエートまたはオレイン酸を、例えば、トリクロロフルオロメタン、ジクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、または任意の他の生物学的に適合したプロペラントガス（ｐｒｏｐｅｌｌａｎｔ ｇａｓ）と共に含有するエアロゾルを使用することにより、行ってもよい。
本発明の組成物の免疫原性は、免疫刺激剤またはアジュバントと同時投与される場合、大幅に改善されうる。当業者に周知の適切なアジュバントとして、例えば、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、ＱＳ２１、Ｑｕｉｌ Ａ（ならびにその誘導体および成分）、リン酸カルシウム、水酸化カルシウム、水酸化亜鉛、糖脂質類似体、アミノ酸のオクトデシルエステル（ｏｃｔｏｄｅｃｙｌ ｅｓｔｅｒ）、ムラミルジペプチド、ポリホスファゼン、リポタンパク質、ＩＳＣＯＭマトリックス、ＤＣ−Ｃｈｏｌ、ＤＤＡ、サイトカイン、および他のアジュバントおよびその誘導体が挙げられる。
本明細書に記載された本発明に記載の医薬組成物は、組成物を、投与直後（例えば標的化送達）、あるいは制御または持続放出調合物を用いて投与後から任意の所定の時間経過後、放出するように調合してもよい。制御または持続放出調合物中での医薬組成物の投与は、組成物が、単独または併用のいずれかで、（ｉ）狭い治療指数を（例えば、有害な副作用または有毒な反応をもたらす血漿濃度と治療効果をもたらす血漿濃度との間の差が小さい；一般に、治療指数ＴＩは、半有効量（ＥＤ５０）に対する半致死量（ＬＤ５０）の比で定義される）；（ｉｉ）放出の部位（例えば、胃腸管）での狭い吸収窓；または（ｉｉｉ）短い生物学的半減期、を有することから、治療レベルを維持するため、１日の間での頻回投与が必要とされる場合、有用である。
多くの方法を追及することで、医薬組成物の放出の速度が代謝の速度を上回るような制御または持続放出を得ることができる。例えば、制御放出は、例えば、適切な制御放出組成物およびコーティングを含む、調合パラメーター（ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ）および成分の適切な選択により得ることができる。適切な調合物は、当業者に既知である。例として、一単位または複数単位の錠剤またはカプセル組成物、油剤、懸濁剤、乳剤、マイクロカプセル、マイクロスフェア、ナノ粒子、貼付剤、およびリポソームが挙げられる。
本発明の組成物は、暴露前の発症予防を提供するため、あるいは、被験体が疾患を感染体への追跡可能な病因を有しない疾患（例えば、がん）を有すると診断されているかまたは被験体が感染体、例えば細菌、ウイルス、寄生虫、または真菌に暴露された後、投与してもよい。本組成物は、暴露または診断の、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、３５、４０、４５、５０、５５、もしくは６０分前、２、４、６、１０、１５、もしくは２４時間前、２、３、５、もしくは７日前、２、４、６もしくは８週前、またはさらに３、４、もしくは６か月前に、投与してもよく、あるいは、診断または感染体への暴露の、１５〜３０分後または１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、２０、２４、４８、もしくは７２時間後、２、３、５、もしくは７日後、２、４、６もしくは８週後、３、４、６、もしくは９か月後、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、もしくは２０年後もしくはそれより長期間経過後に、被験体に投与してもよい。
疾患（例えば、エイズまたはがん）を処置する場合、本発明の組成物は、症状の発症もしくは確定診断の前かまたは診断もしくは症状が明らかになってから、被験体に投与してもよい。例えば、本組成物は、例えば、症状の診断または臨床的認識の直後、あるいは症状の診断または検出の、２、４、６、１０、１５、もしくは２４時間後、２、３、５、もしくは７日後、２、４、６もしくは８週後、またはさらに３、４、もしくは６か月後に、投与してもよい。
組成物は、従来の滅菌技術により滅菌してもよく、またはろ過滅菌してもよい。得られた水溶液は、そのまま使用するために包装するか、または凍結乾燥してもよく、凍結乾燥調製物は、粉末形態で投与するか、または投与前に無菌水性担体と結合させてもよい。調合物のｐＨは、典型的には、３〜１１の間、より好ましくは５〜９の間または６〜８の間、および最も好ましくは７〜８の間、例えば７〜７．５となる。得られた固形形態の組成物は、複数の単一用量単位で包装してもよく、各々は、抗原遺伝子産物、またはその断片をコードする異種核酸を含む、一定量の組換え複製欠損ｓＡｄベクター（例えば、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、またはｓＡｄ４３１２ ＨＩＶ Ｇａｇ送達ベクター）と、必要に応じて、例えば密封包装された錠剤またはカプセル剤、または１回以上の用量を投与可能な適切なドライパウダー吸入器（ＤＰＩ）での１つ以上の免疫調節剤とを含有する。
用量
本発明の組成物の用量（例えば、抗原遺伝子産物をコードする組換えｓＡｄベクターの数）または本発明の組成物を使用する処置の数は、被験体における疾患の重症度、発生頻度、または進行度に基づいて（例えば、ウイルス感染またはがんの１つ以上の症状の重症度に基づいて）増加または低減してもよい。
本発明の医薬組成物は、感染体または非感染体によって引き起こされる疾患における標的タンパク質に対する免疫原性および／または保護効果をもたらす治療有効量で投与してもよい。例えば、被験体には、少なくとも約１×１０３個のウイルス粒子（ｖｐ）／用量または１×１０１〜１×１０１４個のｖｐ／用量、好ましくは１×１０３〜１×１０１２個のｖｐ／用量、またより好ましくは１×１０５〜１×１０１１個のｖｐ／用量で、投与してもよい。
ウイルス粒子は、抗原遺伝子産物またはその断片（例えば、ウイルス構造および非構造タンパク質）をコードする核酸分子を含み、かつ保護コート（ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ ｃｏａｔ）（本発明の単一のｓＡｄまたはそのキメラ変異体に由来しうる、ヘキソンおよびファイバータンパク質を有するタンパク質に基づくカプシド）に覆われている。ウイルス粒子数は、例えば、ベクター粒子の溶解、それに続く２６０ｎｍでの吸光度の測定に基づいて測定してもよい（例えば、Ｓｔｅｅｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，１９９９を参照）。
投与される用量は、処置されるべき被験体（例えば、処置されている被験体の年齢、体重、免疫系の能力、および一般健康）、投与形態（例えば、固体または液体として）、投与様式（例えば、注射、吸入、乾燥粉末噴霧剤による）、および標的化される細胞（例えば、上皮細胞、例えば血管上皮細胞、鼻粘膜上皮細胞、または肺上皮細胞）に左右される。本組成物は、好ましくは、抗原または治療遺伝子産物、またはその断片の十分なレベル（例えば、宿主において過度の有害な生理学的効果が抗原遺伝子産物によって引き起こされることなく免疫応答を誘発する、抗原遺伝子産物のレベル）をもたらす量で投与される。
さらに、本発明の組成物の単回または複数回投与は、被験体に対して（暴露前もしくは暴露後および／または診断前もしくは診断後に）行ってもよい（例えば、１回投与または２回以上の投与）。例えば、例えば、ウイルス感染に特に罹りやすい被験体は、ウイルスに対する防御を確立および／または維持するため、複数回の処置を必要としうる。本明細書に記載の医薬組成物によってもたらされる誘導免疫のレベルは、例えば、分泌および血清抗体を中和する量を測定することにより、監視してもよい。次いで、必要に応じて用量を調節するかまたは反復投与することで、所望されるレベルの免疫応答を誘発してもよい。例えば、本発明の組成物の単回投与により誘発される免疫応答（予備刺激）は、有効な防御をもたらす程に十分に強力かつ／または持続性でなくてもよい。したがって、一部の実施形態では、プライムブーストレジメンが確立される程度の反復投与（追加免疫）は、組成物の抗原に対する液性および細胞性応答を著しく高めうる。
あるいは、処置の有効性は、本発明の組成物の投与後、被験体（例えば、ヒト）において発現される、抗原または治療遺伝子産物、またはその断片のレベルを監視することにより、決定してもよい。例えば、被験体の血液またはリンパ液における、抗原または治療遺伝子産物、またはその断片については、例えば、当該技術分野で既知の標準的なアッセイ（例えば、Ｐｅｓｔｋａ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（ＰＢＬ）、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙから入手される、Ｈｕｍａｎ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−Ａｌｐｈａ Ｍｕｌｔｉ−Ｓｐｅｃｉｅｓ ＥＬＩＳＡキット（製品番号４１１０５）およびＨｕｍａｎ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−Ａｌｐｈａ Ｓｅｒｕｍ Ｓａｍｐｌｅキット（製品番号４１１１０）を参照）を用いて試験してもよい。
本発明の組成物の単一用量は、暴露前または診断前に、防御を実現しうる。さらに、暴露後または診断後に投与される単一用量は、本発明に記載の処置として機能しうる。
本発明の組成物の単一用量はまた、使用により、疾患への処置がなされている被験体において治療が実現可能である。複数用量（例えば、２、３、４、５、またはそれより多い用量）もまた、これらの被験体に、必要に応じて投与してもよい。
担体、賦形剤、希釈剤
本発明の組成物は、抗原または治療遺伝子産物、またはその断片をコードする異種核酸分子を有するｓＡｄ５ベクターを含む。本発明の組成物の治療調合物は、当該技術分野で既知の標準的な方法を用いて、所望される純度を有する活性成分と任意選択的な生理学的に許容できる担体、賦形剤または安定剤とを混合することにより調製される（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（２０ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ）、ｅｄ．Ａ．Ｇｅｎｎａｒｏ，２０００，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）。許容できる担体は、生理食塩水、またはリン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸などの緩衝液；アスコルビン酸を含む抗酸化剤；低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニンまたはリジンなどのアミノ酸；グルコース、マンノース、またはデキストリンを含む、単糖、二糖、および他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート剤；マンニトールまたはソルビトールなどの糖アルコール；ナトリウムなどの塩形成対イオン；および／または、ＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、もしくはＰＥＧなどの非イオン性界面活性剤、を含む。
任意選択的にではあるが、好ましくは、調合物は、薬学的に許容できる塩、好ましくは塩化ナトリウムを、好ましくはほぼ生理的濃度で含有する。任意選択的に、本発明の調合物は、薬学的に許容できる防腐剤を含有してもよい。一部の実施形態では、防腐剤の濃度は、０．１〜２．０％（典型的にはｖ／ｖ）の範囲内である。適切な防腐剤は、製薬技術において既知のものを含む。ベンジルアルコール、フェノール、ｍ−クレゾール、メチルパラベン、およびプロピルパラベンは、好ましい防腐剤である。任意選択的に、本発明の調合物は、薬学的に許容できる界面活性剤を０．００５〜０．０２％の濃度で含んでもよい。
以下の実施例は、本発明を例示することを目的とする。それらは、本発明を限定することを全く意図しない。
本発明の実施においては、別段の指示がない限り、当業者の技能の範囲内である、分子生物学、細胞生物学、および組換えＤＮＡの従来技術を利用してもよい（例えば、Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕｅｌ，４ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，２０１２；Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９８７；Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ．Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．；およびＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．ＰＣＲ２：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，１９９５を参照）。
［実施例１．サルアデノウイルスｓＡｄ４２８７の配列］
サルアデノウイルスｓＡｄ４２８７の全ゲノム配列を、Ｈａｎｄｌｅｙらのアカゲザルメタゲノミクス研究（Ｃｅｌｌ．１５１（２）：２５３−２６６，２０１２）から得られた新規なウイルスの単離、増幅、および精製の後、決定した。ｓＡｄ４２８７ゲノムの得られた配列（３５０７９ヌクレオチド（ｎｔ））を、配列番号１で示す。ｓＡｄ４２８７の模式的なゲノム構造を図１に示す。ＮＣＢＩウェブに基づくＢＬＡＳＴ検索における全ゲノム配列を用いて、ｓＡｄ４２８７と最も近い関係のあるウイルスを、サルアデノウイルス１（ｓＡｄ１）ＡＴＣＣ ＶＲ−１９５と同定した（クエリー範囲（ｑｕｅｒｙ ｃｏｖｅｒａｇｅ）：９３％；最大同一性：９８％）。ＮＣＢＩウェブに基づくＢＬＡＳＴ検索をさらに実施し、ｓＡｄ４２８７の３つの主要なカプシドタンパク質（ファイバー１、ファイバー２、およびヘキソンタンパク質）の相同性を評価した。ｓＡｄ４２８７ファイバー１と最も近い関係のあるタンパク質を、ｓＡｄ１ファイバー１と同定した（クエリー範囲：１００％；最大同一性：７４％）。ｓＡｄ４２８７ファイバー２と最も近い関係のあるタンパク質を、ｓＡｄ７ロングファイバーと同定した（クエリー範囲：１００％；最大同一性：９７％）。ｓＡｄ４２８７ヘキソンと最も近い関係のあるタンパク質を、ｓＡｄ１ヘキソンと同定した（クエリー範囲：１００％；最大同一性：９３％）。
［実施例２．組換えｓＡｄ４２８７ウイルスの作製］
ここで、組換えｓＡｄ４２８７ベクターを安全かつ効率的な方法で作製するための、ｓＡｄ４２８７のプラスミドに基づく系の構成について述べる。プラスミド系は、左側逆方向末端反復配列（ｌｅｆｔ ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｔｅｒｍｉｎａｌ ｒｅｐｅａｔ）（ｌＩＴＲ）およびパッケージングシグナルを含むｓＡｄ４２８７ヌクレオチド１〜４６０、発現カセットおよびヌクレオチド２９６６〜５４６６に対応するｓＡｄ４２８７断片を含む、アダプタープラスミドと称される第１のプラスミドからなる。発現カセットは、先に示されたように、ヒトＣＭＶプロモーター、複数のクローニングサイト（ＭＣＳ）、およびＳＶ４０ポリアデニル化シグナル（ポリＡ）を含む（例えば、国際公開第００／７００７１号パンフレットを参照）。アダプタープラスミドは、ここではＡｄ２６由来の配列ではなくｓＡｄ４２８７由来の配列を含むように作製されるにもかかわらず、ｐＡｄＡｐｔ２６．Ｅｍｐｔｙ（Ａｂｂｉｎｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８１（９）：４６５４−４６６３，２００７）に基づく。さらに、同系は、ヌクレオチド２９６６〜３５０７９間のｓＡｄ４２８７配列を共に構成する他のプラスミドからなり、Ｅ１領域（配列番号１のｎｔ４７４〜ｎｔ３０８５）、Ｅ３領域（配列番号１のｎｔ２５９７３〜ｎｔ２８５９６）、および／またはＥ４領域（配列番号１のｎｔ３１８５２〜ｎｔ３４７５２）配列は欠失されてもよい。
アダプタープラスミドｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅｍｐｔｙの作製
ｓＡｄ４２８７配列を有するように使用されるプラスミドを調製した。プライマー（ｓＡｄ４２８７．１Ａ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４２８７．１Ａ．ｒｅｖ、各々、配列番号５２および５３）を設計し、ＰＣＲによりｓＡｄ４２８７の最初の４６０ヌクレオチドを得るとともに、得られたＰＣＲ産物の５’および３’末端の各々にＰａｃＩおよびＳａｌＩを設けた。第２のプライマーセット（ｓＡｄ４２８７．１Ｂ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４２８７．１Ｂ．ｒｅｖ、各々、配列番号５４および５５）を設計し、ｐＩＸ（ｎｔ２９６６）から２．５ｋｂ上流（ｎｔ５４６６）にかけて得るとともに、５’および３’末端の各々にＡｆｌＩＩおよびＰａｃＩを設計した。第３のＰＣＲプライマーセット（ｓＡｄ４２８７．ＴＧＣ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４２８７．ＴＧＣ．ｒｅｖ、各々、配列番号５６および５７）を設計し、ＣＭＶの開始端からポリＡの末端にかけて、アダプター（ＡｄＡｐｔｅｒ）プラスミドｐＡｄＡｐｔ２６．Ｅｍｐｔｙ（Ａｂｂｉｎｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８１（９）：４６５４−４６６３，２００７）から導入遺伝子カセットを得るとともに、５’および３’末端の各々にＳａｌＩおよびＡｆｌＩＩ部位を設計した。これら３つのＰＣＲ断片を共に、４ポイントライゲーションにおいて、ｐＡｄＡｐｔ２６からＰａｃＩ消化により得られたｐＡｄＡｐｔ細菌骨格（ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｂａｃｋｂｏｎｅ）にライゲートし、ｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅｍｐｔｙ（配列番号３４）が得られた。ｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅｍｐｔｙの概略マップを図２に示す。このアダプタープラスミドは、ＣＭＶプロモーターを含む発現／導入遺伝子カセットによって置換されるＥ１領域とともに、左端ｓＡｄ４２８７配列（１〜４６０および２９６６〜５４６６）を有する。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ｐＩＸ−ｐＶの作製
ｓＡｄ４２８７の５２Ｋタンパク質を含む、ｓＡｄ４２８７ ＨｐａＩ−ＨｉｎｄＩＩＩ制限断片のクローニングを可能にするため、新規なプラスミドを、２つのＰＣＲ断片をｐＢｒ骨格に挿入することにより作製した。このため、プライマー（配列番号５８および５９）を設計し、野生型ｓＡｄ４２８７においてｐＩＸの開始点からＨｐａＩ部位を越えてＰＣＲ断片を得るとともに（ｎｔ２９６６〜ｎｔ８３１１）、５’および３’末端の各々にＰａｃＩおよびＳｂｆＩを設計した。第２のＰＣＲ断片を、ＨｉｎｄＩＩＩ（ｎｔ１２７６１）からｐＶの末端（ｎｔ１６６７９）にかけて作製するとともに、５’および３’末端の各々にＳｂｆＩおよびＰａｃＩ部位を設計した。第２のＰＣＲ断片は、第２のプライマーセット（配列番号６０および６１）を用いて作製した。これらのＰＣＲ断片を、ＰａｃＩ消化によりｐＢｒ／Ａｄ２６．ＳｆｉＩ（例えば、国際公開第２００７／１０４７９２号パンフレットを参照）から得られたｐＢｒ骨格にライゲートし（ＰａｃＩ−ＳｂｆＩ−ＰａｃＩ）、ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ｐＩＸ−ｐＶシャトルベクターが得られた。最後に、ｓＡｄ４２８７野生型ゲノムから得られたｓＡｄ４２８７ ＨｐａＩ−ＨｉｎｄＩＩＩ制限断片を、ＨｐａＩ−ＨｉｎｄＩＩＩで消化したｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ｐＩＸ−ｐＶシャトルベクターにライゲートし、完全ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ｐＩＸ−ｐＶプラスミド（配列番号３５）が得られた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ｐＩＸ−ｐＶの概略マップを図３に示す。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲの作製
ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲは、ヌクレオチド１４０５３のＰｓｉＩ部位から右側逆方向末端反復配列（ｒｉｇｈｔ ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｔｅｒｍｉｎａｌ ｒｅｐｅａｔ）（ｒＩＴＲ）の末端にかけて、ｓＡｄ４２８７配列を含む。この配列のクローニングを可能にするため、まず新規なプラスミドを、２つのＰＣＲ断片をｐＢｒ骨格に挿入することにより作製した。２つのＰＣＲ断片を、それらがＰａｃＩ制限部位を用いてｐＢｒに基づく骨格に共にライゲートされ、クローン化されうるように作製した。プライマーを設計し、ｎｔ１４０５３でのＰｓｉＩ部位の前からＮｄｅＩ部位（ｎｔ１８１８６）を越えてｎｔ１８２３４での約４ｋｂ上流までＰＣＲ断片を得るとともに、５’および３’末端の各々にＰａｃＩおよびＳｂｆＩ部位を設計した。第２のプライマーセットを設計し、ｎｔ３００２２でのＰｍｅＩ部位の前からｎｔ３５０７９でのｒＩＴＲの末端までＰＣＲ断片を得るとともに、５’および３’末端の各々にＳｂｆＩおよびＰａｃＩ部位を設計した。これらの２つのＰＣＲ断片を作製するのに使用したプライマーの配列を、配列番号６２〜６５で示す。これらのＰＣＲ断片を、ＰａｃＩ−ＳｂｆＩ消化によりｐＢｒ／Ａｄ２６．ＳｆｉＩから得られたｐＢｒ骨格にライゲートし、ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲシャトルベクターが得られた。最後に、ＮｏｔＩ−ＡｓｉＳＩ断片（ｎｔ１６６３９〜ｎｔ３４０３２）を、野生型ｓＡｄ４２８７ゲノムから得て、ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ．ｒＩＴＲシャトルベクターにライゲートし、完全ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲプラスミド（配列番号３６）が得られた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲの概略マップを図４に示す。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の作製
ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲを、修飾し、ｓＡｄ４２８７のおよそｎｔ２５９７３〜ｎｔ２８５９６に及びかつアデノウイルス粒子の複製およびパッケージングにとって必要とされない、Ｅ３領域の一部分を欠失させた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３を作製するため、２つのＰＣＲ断片を作製した。第１のＰＣＲ断片は、ＡｓｃＩからｐＶＩＩＩのポリＡの１４０ｂｐ後にかけて、ｐＶＩＩＩを有した（ｎｔ８２９１〜１１１９２）。フォワードプライマー（配列番号６６）は、１００Ｋ内のＡｐａＬＩに指定し、リバースプライマー（配列番号６７）は、その中に設計されたＳｐｅＩ部位を有する。第２のＰＣＲは、Ｅ３領域のポリＡの１００ｂｐ前から始まり、ファイバー２領域内の固有のＸｂａＩ制限部位まで続くファイバー領域を有する（ｎｔ１３１７７〜１４８２４）。フォワードプライマーは、Ｅ３のポリＡの１００ｂｐ前に指定すると、その中に設計されたＳｐｅＩ部位を有することになる（配列番号６８）。リバースプライマーは、ＸｂａＩ部位に指定した（配列番号６９）。これらの２つのＰＣＲ断片を、ＡｓｃＩ−ＳｐｅＩ−ＸｂａＩでの３ポイントライゲーションにおいて、ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲにライゲートし、ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３（配列番号３７）を作製した。図５は、ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の概略マップ、ならびにＥ３欠失プラスミドを作製するための上記のクローニング方法の概要を示す。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４の作製
ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３を、修飾し、ｓＡｄ４２８７のおよそｎｔ３１８５２〜ｎｔ３４７５２、また詳細にはＥ４ｏｒｆ１〜Ｅ４ｏｒｆ４に及ぶ、Ｅ４領域の一部分を欠失させた。修飾されたプラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４（配列番号３８）により、１４０９ｂｐの空間の増大を伴う拡張されたクローニング能が得られた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４を作製するため、２つのＰＣＲ産物を作製した。第１のＰＣＲ断片は、ＸｂａＩ部位で始まり、Ｅ４ｏｒｆ６の開始点まで続く。この第１のＰＣＲ断片を作製するために使用されるフォワードおよびリバースプライマーの配列は各々、配列番号７２および７３で示す。第２のＰＣＲ断片は、Ｅ４ｏｒｆ１の直前で始まり、ＮｏｔＩ部位まで続く。この第２のＰＣＲ断片を作製するために使用されるフォワードおよびリバースプライマーの配列は各々、配列番号７４および７５で示す。これらのＰＣＲ断片は、ＸｂａＩおよびＮｏｔＩ部位に、隣接領域との３０ｂｐの重複部分、ならびに相互に１５ｂｐの重複部分（全部で３０ｂｐ）を有する。ＰＣＲ断片は、Ｇｉｂｓｏｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ）により、ＸｂａＩおよびＮｏｔＩで消化したｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３にアセンブルし、ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４が得られた。図６は、ｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３に対するｐＢｒ／ｓＡｄ４２８７．ＰｓｉＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４の概略マップを示す。
ｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙの作製
複製可能ｓＡｄ４２８７（ｒｃｓＡｄ４２８７）を生成することを意図して、ｓＡｄ４２８７のＥ１領域（配列番号１のおよそｎｔ４７４〜ｎｔ３０８５）をｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅｍｐｔｙにクローン化するため、ＰＣＲ断片を、野生型ｓＡｄ４２８７から、ｌＩＴＲ領域内のＮｇｏＭＩＶ部位の約３０ｂｐ前で始まり、Ｅ１領域のポリＡの約１０ｂｐ後まで続くフォワードプライマー（配列番号７０）を用いて作製した（ｎｔ２１８〜ｎｔ３１３７）。リバースプライマー（配列番号７１）は、ｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅｍｐｔｙ内のＣＭＶプロモーターの開始点との約３０ｂｐの重複部分を有し、ＳａｌＩ制限部位を含む。このＰＣＲ断片を、Ｇｉｂｓｏｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ）を用いて、ＮｇｏＭＩＶおよびＳａｌＩで消化したｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅｍｐｔｙにクローン化し、ｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙ（配列番号３９）が得られた。ｓＡｄＡｐｔ４２８７．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙの概略マップおよび上記のクローニング方法を、図７に示す。
［実施例３．サルアデノウイルスｓＡｄ４３１０＃１３−１（ｓＡｄ４３１０Ａ）の配列］
サルアデノウイルスｓＡｄ４３１０＃１３−１（ｓＡｄ４３１０Ａ）の全ゲノム配列を、ｓＡｄ４２８７について上述したように決定した。ｓＡｄ４３１０Ａゲノムの得られた配列（３４３９１ヌクレオチド）を、配列番号２で示す。ｓＡｄ４３１０Ａのゲノム構造の概略マップを、図８に示す。ＮＣＢＩウェブに基づくＢＬＡＳＴ検索における全ゲノム配列を用いて、ｓＡｄ４３１０Ａと最も近い関係のあるウイルスを、サルアデノウイルス１（ｓＡｄ１）ＡＴＣＣ ＶＲ−１９５と同定した（クエリー範囲：９７％；最大同一性：９８％）。ＮＣＢＩウェブに基づくＢＬＡＳＴ検索をさらに実施し、ｓＡｄ４３１０Ａの３つの主要なカプシドタンパク質（ファイバー１、ファイバー２、およびヘキソンタンパク質）の相同性を評価した。ｓＡｄ４３１０Ａファイバー１と最も近い関係のあるタンパク質を、ｓＡｄ１ファイバー１と同定した（クエリー範囲：１００％；最大同一性：９９％）。ｓＡｄ４３１０Ａファイバー２と最も近い関係のあるタンパク質を、ｓＡｄ１ファイバー２と同定した（クエリー範囲：１００％；最大同一性：９９％）。ｓＡｄ４３１０Ａヘキソンと最も近い関係のあるタンパク質を、ヒトＡｄ３１ヘキソンと同定した（クエリー範囲：１００％；最大同一性：８７％）。
［実施例４．組換えｓＡｄ４３１０Ａウイルスの作製］
ここで、組換えｓＡｄ４３１０Ａベクターを安全かつ効率的な方法で作製するための、ｓＡｄ４３１０Ａのプラスミドに基づく系の構成について述べる。プラスミド系は、左側逆方向末端反復配列（ｌＩＴＲ）およびパッケージングシグナルを含むｓＡｄ４３１０Ａヌクレオチド１〜４６１、発現カセットおよびヌクレオチド２９０３〜５４１０に対応するｓＡｄ４３１０Ａ断片を含む、アダプタープラスミドと称される第１のプラスミドからなる。発現カセットは、先に示されたように、ヒトＣＭＶプロモーター、複数のクローニングサイト（ＭＣＳ）、およびＳＶ４０ポリアデニル化シグナル（ポリＡ）を含む（例えば、国際公開第００／７００７１号パンフレットを参照）。アダプタープラスミドは、ここではＡｄ２６由来の配列ではなくｓＡｄ４３１０Ａ由来の配列を含むように作製されるにもかかわらず、ｐＡｄＡｐｔ２６．Ｅｍｐｔｙ（Ａｂｂｉｎｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８１（９）：４６５４−４６６３，２００７）に基づく。さらに、同系は、ヌクレオチド２９０３〜３４３９１間のｓＡｄ４３１０Ａ配列を共に構成する他のプラスミドからなり、Ｅ１領域（配列番号２のｎｔ４７４〜ｎｔ３０８８）、Ｅ３領域（配列番号２のｎｔ２５９１５〜ｎｔ２８４９６）、および／またはＥ４領域（配列番号２のｎｔ３１７５０〜ｎｔ３４０４８）配列は欠失されてもよい。
アダプタープラスミドｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅｍｐｔｙの作製
ｓＡｄ４３１０Ａ配列を有するように使用されるプラスミドを調製した。プライマー（ｓＡｄ４３１０Ａ．１Ａ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１０Ａ．１Ａ．ｒｅｖ、各々、配列番号７６および７７）を設計し、ＰＣＲによりｓＡｄ４３１０Ａの最初の４６１ヌクレオチドを得るとともに、得られたＰＣＲ産物の５’および３’末端の各々にＰａｃＩおよびＳａｌＩを設けた。第２のプライマーセット（ｓＡｄ４３１０Ａ．１Ｂ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１０Ａ．１Ｂ．ｒｅｖ、各々、配列番号７８および７９）を設計し、ｐＩＸ（ｎｔ２９０３）から２．５ｋｂ上流にかけて（ｎｔ５４１０）得るとともに、５’および３’末端の各々にＡｆｌＩＩおよびＰａｃＩを設計した。第３のＰＣＲプライマーセット（ｓＡｄ４３１０Ａ．ＴＧＣ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１０Ａ．ＴＧＣ．ｒｅｖ、各々、配列番号８０および８１）を設計し、ＣＭＶの開始端からポリＡの末端にかけて、アダプター（ＡｄＡｐｔｅｒ）プラスミドｐＡｄＡｐｔ２６．Ｅｍｐｔｙから導入遺伝子カセットを得るとともに（Ａｂｂｉｎｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８１（９）：４６５４−４６６３，２００７）、５’および３’末端の各々にＳａｌＩおよびＡｆｌＩＩ部位を設計した。これら３つのＰＣＲ断片を共に、４ポイントライゲーションにおいて、ｐＡｄＡｐｔ２６からＰａｃＩ消化により得られたｐＡｄＡｐｔ細菌骨格にライゲートし、ｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅｍｐｔｙ（配列番号４０）が得られた。ｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅｍｐｔｙの概略マップを図９に示す。このアダプタープラスミドは、ＣＭＶプロモーターを含む発現／導入遺伝子カセットによって置換されるＥ１領域とともに、左端ｓＡｄ４３１０Ａ配列（１〜４６１および２９０３〜５４１０）を有する。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ｐＩＸ−ｐＶの作製
ｓＡｄ４３１０Ａの５２Ｋタンパク質を含む、ｓＡｄ４３１０Ａ ＳｒｆＩ−ＳｎａＢＩ制限断片のクローニングを可能にするため、新規なプラスミドを、２つのＰＣＲ断片をｐＢｒ骨格に挿入することにより作製した。このため、プライマー（配列番号８２および８３）を設計し、野生型ｓＡｄ４３１０ＡにおいてｐＩＸの開始点からＳｒｆＩ部位を越えてＰＣＲ断片を得るとともに（ｎｔ２９０３〜ｎｔ７２２４）、５’および３’末端の各々にＰａｃＩおよびＳｂｆＩを設計した。第２のＰＣＲ断片を、ｐＩＩＩａ内のＳｎａＢＩ（ｎｔ１２０９８）からｐＶＩ（ｎｔ１７３６５）にかけて作製するとともに、５’および３’末端の各々にＳｂｆＩおよびＰａｃＩ部位を設計した。第２のＰＣＲ断片は、第２のプライマーセット（配列番号８４および８５）を用いて作製した。これらのＰＣＲ断片を、ＰａｃＩ消化によりｐＢｒ／Ａｄ２６．ＳｆｉＩ（例えば、国際公開第２００７／１０４７９２号パンフレットを参照）から得られたｐＢｒ骨格にライゲートし（ＰａｃＩ−ＳｂｆＩ−ＰａｃＩ）、ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ｐＩＸ−ｐＶシャトルベクターが得られた。最後に、ｓＡｄ４３１０Ａ野生型ゲノムから得られたｓＡｄ４３１０Ａ ＳｒｆＩ−ＳｎａＢＩ制限断片を、ＳｒｆＩ−ＳｎａＢＩで消化したｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ｐＩＸ−ｐＶシャトルベクターにライゲートし、完全ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ｐＩＸ−ｐＶプラスミド（配列番号４１）が得られた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ｐＩＸ−ｐＶの概略マップを図１０に示す。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲの作製
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲは、ヌクレオチド１４８８２のＲｓｒＩＩ部位からヌクレオチド３４３９１の右側逆方向末端反復配列（ｒＩＴＲ）の末端にかけて、ｓＡｄ４３１０Ａ配列を含む。この配列のクローニングを可能にするため、まず新規なプラスミドを、２つのＰＣＲ断片をｐＢｒ骨格に挿入することにより作製した。２つのＰＣＲ断片を、それらがＰａｃＩ制限部位を用いてｐＢｒに基づく骨格に共にライゲートされ、クローン化されうるように作製した。プライマー（ｓＡｄ４３１０Ａ．３Ａ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１０Ａ．３Ａ．ｒｅｖ、各々、配列番号８６および８７）を設計し、ｎｔ１４８８２でのＲｓｒＩＩ部位からＳａｌＩ部位（ｎｔ１９１８９）を越えて約４．５ｋｂ上流のｎｔ１９２２４まで、ＰＣＲ断片を得るとともに、５’および３’末端の各々にＰａｃＩおよびＳｂｆＩ部位を設計した。第２のプライマーセット（ｓＡｄ４３１０Ａ．３Ｂ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１０Ａ．３Ｂ．ｒｅｖ、各々、配列番号８８および８９）を設計し、ｎｔ２９８２９でのＰｍｅＩ部位の前からｎｔ３４３９１でのｒＩＴＲの末端までＰＣＲ断片を得るとともに、５’および３’末端の各々にＳｂｆＩおよびＰａｃＩ部位を設計した。これらのＰＣＲ断片を、市販のＺｅｒｏ Ｂｌｕｎｔ（登録商標）ＴＯＰＯ（登録商標）ＰＣＲクローニングキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、ＴＯＰＯベクターにライゲートした。２つのＰＣＲ断片を、ＰａｃＩおよびＳｂｆＩを用いて、ＰＣＲ断片としてまたはＴＯＰＯ（登録商標）クローンから消化し、その後、ＰａｃＩで消化したｐＢｒ／Ａｄ２６．ＳｆｉＩから得られたｐＢｒ骨格にライゲートした。最後に、ＳａｌＩ−ＸｂａＩ断片（ｎｔ１９１９０〜ｎｔ３００１４）を、野生型ｓＡｄ４３１０Ａゲノムから得て、ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ．ｒＩＴＲシャトルベクターにライゲートし、完全ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲプラスミド（配列番号４２）が得られた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲの概略マップを図１１に示す。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の作製
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲを、修飾し、ｓＡｄ４３１０Ａのおよそｎｔ２５９１５〜ｎｔ２８４９６に及びかつアデノウイルス粒子の複製およびパッケージングにとって必要とされない、Ｅ３領域の一部分を欠失させた。Ｇｉｂｓｏｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙを用いてｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３を作製するため、２つのＰＣＲ断片を作製した。第１のＰＣＲ断片（ｄＥ３ＡＧ）は、ｎｔ７６４４でのＳｆｉＩ部位の約５０ｂｐ前からｐＶＩＩＩのポリＡの１４０ｂｐ後にかけて有した。フォワードプライマーおよびリバースプライマーは各々、配列番号９０および９１で示される配列を有し、ここでリバースプライマーは、第２のＰＣＲ断片との約２５ｂｐの重複部分を有するように設計した。第２のＰＣＲ断片（ｄＥ３ＢＧ）は、ｎｔ１４６４１（Ｅ３領域のポリＡの約１００ｂｐ前）から始まり、ｎｔ１６２５２でのＸｂａＩ部位の約５０ｂｐ後まで続く。第２のＰＣＲに対するフォワードプライマーおよびリバースプライマーは各々、配列番号９２および９３で示される配列を有し、ここでフォワードプライマーは、第１のＰＣＲ断片との約２５ｂｐの重複部分を有するように設計した。２つのＰＣＲ断片は、Ｇｉｂｓｏｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙを用いて、ＳｆｉＩおよびＸｂａＩで消化したｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ．ｒＩＴＲにアセンブルした。得られたプラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ．ｒＩＴＲ．ｄＥ３（配列番号４３）を、親プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ．ｒＩＴＲとともに図１２に示す。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４の作製
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３を、修飾し、ｓＡｄ４３１０Ａのおよそｎｔ３１７５０〜ｎｔ３４０４８、また詳細にはＥ４ｏｒｆ１〜Ｅ４ｏｒｆ４に及ぶ、Ｅ４領域の一部分を欠失させた。修飾されたプラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４（配列番号４４）により、１３９４ｂｐの空間の増大を伴う拡張されたクローニング能が得られた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４プラスミドを作製するため、２つのＰＣＲ産物を作製した。第１のＰＣＲ断片は、ＸｂａＩ部位で始まり、Ｅ４ｏｒｆ６の開始点まで続く。この第１のＰＣＲ断片を作製するために使用されるフォワードおよびリバースプライマーの配列は各々、配列番号９６および９７で示す。第２のＰＣＲ断片は、Ｅ４ｏｒｆ１の直前で始まり、ＮｏｔＩ部位まで続く。この第２のＰＣＲ断片を作製するために使用されるフォワードおよびリバースプライマーの配列は各々、配列番号９８および９９で示す。これらのＰＣＲ断片は、ＸｂａＩおよびＮｏｔＩ部位に、隣接領域との３０ｂｐの重複部分、ならびに相互に１５ｂｐの重複部分（全部で３０ｂｐ）を有する。ＰＣＲ断片は、Ｇｉｂｓｏｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ）により、ＸｂａＩおよびＮｏｔＩで消化したｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３にアセンブルし、ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４（配列番号４４）が得られた。図１３は、親プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３に対するｐＢｒ／ｓＡｄ４３１０Ａ．ＲｓｒＩＩ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４の概略マップを示す。
ｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙの作製
複製可能ｓＡｄ４３１０Ａ（ｒｃｓＡｄ４３１０Ａ）を生成することを意図して、ｓＡｄ４３１０ＡのＥ１領域（配列番号２のｎｔ４７４〜ｎｔ３０８８）をｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅｍｐｔｙにクローン化するため、ＰＣＲ断片を、野生型ｓＡｄ４３１０Ａから、ｌＩＴＲ領域内のＢｓｔＺ１７Ｉ部位の約４０ｂｐ前で始まり、Ｅ１領域のポリＡの約１０ｂｐ後まで続くフォワードプライマー（配列番号９４）を用いて作製した（ｎｔ１５０〜ｎｔ３１３１）。リバースプライマー（配列番号９５）は、ｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅｍｐｔｙ内のＣＭＶプロモーターの開始点との約３０ｂｐの重複部分を有し、ＳａｌＩ制限部位を含む。このＰＣＲ断片を、Ｇｉｂｓｏｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ）を用いて、ＢｓｔＺ１７ＩおよびＳａｌＩで消化したｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅｍｐｔｙにクローン化し、ｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙ（配列番号４５）が得られた。ｓＡｄＡｐｔ４３１０Ａ．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙの概略マップおよび上記のクローニング方法を、図１４に示す。
［実施例５．サルアデノウイルスｓＡｄ４３１２の配列］
サルアデノウイルスｓＡｄ４３１２の全ゲノム配列を、ｓＡｄ４２８７およびｓＡｄ４３１０Ａについて上述したように決定した。ｓＡｄ４３１２ゲノムの得られた配列（３４４７５ヌクレオチド）を、配列番号３で示す。ｓＡｄ４３１２のゲノム構造の概略マップを、図１５に示す。ＮＣＢＩウェブに基づくＢＬＡＳＴ検索における全ゲノム配列を用いて、ｓＡｄ４３１２と最も近い関係のあるウイルスを、サルアデノウイルス１（ｓＡｄ１）ＡＴＣＣ ＶＲ−１９５と同定した（クエリー範囲：９０％；最大同一性：９８％）。ＮＣＢＩウェブに基づくＢＬＡＳＴ検索をさらに実施し、ｓＡｄ４３１２の３つの主要なカプシドタンパク質（ファイバー１、ファイバー２、およびヘキソンタンパク質）の相同性を評価した。ｓＡｄ４３１２ファイバー１と最も近い関係のあるタンパク質を、ヒトＡｄ５２ファイバー１と同定した（クエリー範囲：１００％；最大同一性：９９％）。ｓＡｄ４３１２ファイバー２と最も近い関係のあるタンパク質を、ｓＡｄ７ロングファイバーと同定した（クエリー範囲：９９％；最大同一性：７３％）。ｓＡｄ４３１２ヘキソンと最も近い関係のあるタンパク質を、ヒトＡｄ４０ヘキソンと同定した（クエリー範囲：１００％；最大同一性：８９％）。
［実施例６．組換えｓＡｄ４３１２ウイルスの作製］
ここで、組換えｓＡｄ４３１２ベクターを安全かつ効率的な方法で作製するための、ｓＡｄ４３１２のプラスミドに基づく系の構成について述べる。プラスミド系は、左側逆方向末端反復配列（ｌＩＴＲ）およびパッケージングシグナルを含むｓＡｄ４３１２ヌクレオチド１〜４７２、発現カセットおよびヌクレオチド２９３９〜５５１０に対応するｓＡｄ４３１２断片を含む、アダプタープラスミドと称される第１のプラスミドからなる。発現カセットは、先に示されたように、ヒトＣＭＶプロモーター、複数のクローニングサイト（ＭＣＳ）、およびＳＶ４０ポリアデニル化シグナル（ポリＡ）を含む（例えば、国際公開第００／７００７１号パンフレットを参照）。アダプタープラスミドは、ここではＡｄ２６由来の配列ではなくｓＡｄ４３１２由来の配列を含むように作製されるにもかかわらず、ｐＡｄＡｐｔ２６．Ｅｍｐｔｙ（Ａｂｂｉｎｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８１（９）：４６５４−４６６３，２００７）に基づく。さらに、同系は、ヌクレオチド２９３９〜３４４４７５間のｓＡｄ４３１２配列を共に構成する他のプラスミドからなり、Ｅ１領域（配列番号３のｎｔ４８７〜ｎｔ３１００）、Ｅ３領域（配列番号３のｎｔ２５９４７〜ｎｔ２８５６１）、および／またはＥ４領域（配列番号３のｎｔ３１８１８〜ｎｔ３４１１６）配列は欠失されてもよい。
アダプタープラスミドｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅｍｐｔｙの作製
ｓＡｄ４３１２配列を有するように使用されるプラスミドを調製した。プライマー（ｓＡｄ４３１２．１Ａ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１２．１Ａ．ｒｅｖ、各々、配列番号１００および１０１）を設計し、ＰＣＲによりｓＡｄ４３１２の最初の４７２ヌクレオチドを得るとともに、得られたＰＣＲ産物の５’および３’末端の各々にＰａｃＩおよびＳａｌＩを設けた。第２のプライマーセット（ｓＡｄ４３１２．１Ｂ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１２．１Ｂ．ｒｅｖ、各々、配列番号１０２および１０３）を設計し、ｐＩＸ（ｎｔ２９３９）から約２．５ｋｂ上流にかけて（ｎｔ５５１０）得るとともに、５’および３’末端の各々にＡｆｌＩＩおよびＰａｃＩを設計した。第３のＰＣＲプライマーセット（ｓＡｄ４３１２．ＴＧＣ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１２．ＴＧＣ．ｒｅｖ、各々、配列番号１０４および１０５）を設計し、ＣＭＶの開始端からポリＡの末端にかけて、アダプター（ＡｄＡｐｔｅｒ）プラスミドｐＡｄＡｐｔ２６．Ｅｍｐｔｙ（Ａｂｂｉｎｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８１（９）：４６５４−４６６３，２００７）から導入遺伝子カセットを得るとともに、５’および３’末端の各々にＳａｌＩおよびＡｆｌＩＩ部位を設計した。これら３つのＰＣＲ断片を共に、４ポイントライゲーションにおいて、ｐＡｄＡｐｔ２６からＰａｃＩ消化により得られたｐＡｄＡｐｔ細菌骨格にライゲートし、ｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅｍｐｔｙ（配列番号４６）が得られた。ｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅｍｐｔｙの概略マップを図１６に示す。このアダプタープラスミドは、ＣＭＶプロモーターを含む発現／導入遺伝子カセットによって置換されるＥ１領域とともに、左端ｓＡｄ４３１２配列（１〜４７２および２９３９〜５５１０）を有する。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＩＸ−ｐＶの作製
ｓＡｄ４３１２ ＢｓｉＷＩ−ＢｓｉＷＩ制限断片のクローニングを可能にするため、新規なプラスミドを、２つのＰＣＲ断片をｐＢｒ骨格に挿入することにより作製した。このため、プライマー（配列番号１０６および１０７）を設計し、野生型ｓＡｄ４３１２においてｐＩＸの開始点からＢｓｉＷＩ部位を越えてＰＣＲ断片を得るとともに（ｎｔ２９３９〜ｎｔ６７９１）、５’および３’末端の各々にＰａｃＩおよびＮｄｅＩを設計した。第２のＰＣＲ断片を、ｐＶ（ｎｔ１５５６４）からｐＶＩの末端でのＲｓｒＩＩ部位（ｎｔ１７６９８）にかけて作製するとともに、５’および３’末端の各々にＮｄｅＩおよびＰａｃＩ部位を設計した。第２のＰＣＲ断片は、第２のプライマーセット（配列番号１０８および１０９）を用いて作製した。これらのＰＣＲ断片を、市販のＺｅｒｏ Ｂｌｕｎｔ（登録商標）ＴＯＰＯ（登録商標）ＰＣＲクローニングキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、ＴＯＰＯベクターにクローン化し、ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＩＸ−ｐＶシャトルベクターが得られた。最後に、ｓＡｄ４３１２野生型ゲノムから得られたｓＡｄ４３１２ ＢｓｉＷＩ−ＢｓｉＷＩ制限断片を、ＢｓｉＷＩで消化したｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＩＸ−ｐＶシャトルベクターにライゲートし、配向性についてスクリーニングし、完全ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＩＸ−ｐＶプラスミド（配列番号４７）が得られた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＩＸ−ｐＶの概略マップを図１７に示す。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲの作製
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲは、ヌクレオチド１５２１５でのｐＶの開始点からヌクレオチド３４４７５の右側逆方向末端反復配列（ｒＩＴＲ）の末端にかけて、ｓＡｄ４３１２配列を含む。この配列のクローニングを可能にするため、まず新規なプラスミドを、２つのＰＣＲ断片をｐＢｒ骨格に挿入することにより作製した。２つのＰＣＲ断片を、それらがＰａｃＩ制限部位を用いてｐＢｒに基づく骨格に共にライゲートされ、クローン化されうるように作製した。プライマー（ｓＡｄ４３１２．３Ａ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１２．３Ａ．ｒｅｖ、各々、配列番号１１０および１１１）を設計し、ｎｔ１５２１５でのｐＶの開始点からＲｓｒＩＩ部位を越えて約２．５ｋｂ上流のｎｔ１７６９８まで、ＰＣＲ断片を得るとともに、５’および３’末端の各々にＰａｃＩおよびＳｂｆＩ部位を設計した。第２のプライマーセット（ｓＡｄ４３１２．３Ｂ．ｆｗｄおよびｓＡｄ４３１２．３Ｂ．ｒｅｖ、各々、配列番号１１２および１１３）を設計し、ｎｔ３１０１５でのＸｂａＩ部位の前からｎｔ３４４７５でのｒＩＴＲの末端までＰＣＲ断片を得るとともに、５’および３’末端の各々にＳｂｆＩおよびＰａｃＩ部位を設計した。これらのＰＣＲ断片を、市販のＺｅｒｏ Ｂｌｕｎｔ（登録商標）ＴＯＰＯ（登録商標）ＰＣＲクローニングキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、ＴＯＰＯベクターにライゲートした。２つのＰＣＲ断片を、ＳｂｆＩおよびＰａｃＩを用いてＴＯＰＯ（登録商標）クローンから消化し、その後、ＰａｃＩで消化したｐＢｒ／Ａｄ２６．ＳｆｉＩから得られたｐＢｒ骨格にライゲートし、ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲシャトルベクターが得られた。最後に、ＮｏｔＩ−ＸｂａＩ断片（ｎｔ１６４１２〜ｎｔ３１０８３）を、野生型ｓＡｄ４３１２ゲノムから得て、ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲシャトルベクターにライゲートし、完全ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲプラスミド（配列番号４８）が得られた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲの概略マップを図１８に示す。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３の作製
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲを、修飾し、ｓＡｄ４３１２のおよそｎｔ４８７〜ｎｔ３１００に及びかつアデノウイルス粒子の複製およびパッケージングにとって必要とされない、Ｅ３領域の一部分を欠失させた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３を作製するため、２つのＰＣＲ断片を作製した。第１のＰＣＲ断片は、ＡｓｃＩからｐＶＩＩＩのポリＡの１４０ｂｐ後にかけて、ｐＶＩＩＩを有する（ｎｔ９８５９〜ｎｔ１２３０２）。フォワードプライマー（ｓＡｄ４３１２．ｄＥ３Ａ．ｆｗｄ、配列番号１１４）は、１００Ｋ内のＡｓｃＩに指定し、リバースプライマー（ｓＡｄ４３１２．ｄＥ３Ａ．ｒｅｖ、配列番号１１５）は、その中に設計されたＳｐｅＩ部位を有する。第２のＰＣＲは、Ｅ３領域のポリＡの１００ｂｐ前から始まり、ファイバー２領域内の固有の制限部位ＸｂａＩまで続くファイバー領域を有する（ｎｔ１４３７８〜ｎｔ１７０２０）。Ｅ３のポリＡの１００ｂｐ前に指定したフォワードプライマー（ｓＡｄ４３１２．ｄＥ３Ｂ．ｆｗｄ、配列番号１１６）は、その中に設計されたＳｐｅＩ部位を有する。リバースプライマー（ｓＡｄ４３１２．ｄＥ３Ｂ．ｆｗｄ、配列番号１１７）は、ＸｂａＩ部位に指定する。これらの２つのＰＣＲ断片を、ＡｓｃＩ−ＳｐｅＩ−ＸｂａＩでの３ポイントライゲーションにおいて、ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲにライゲートした。得られたプラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３（配列番号４９）を、親プラスミド、ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲとともに図１９に示す。
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４の作製
ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３を、修飾し、ｓＡｄ４３１２のおよそｎｔ２５９４７〜ｎｔ２８５６１、また詳細にはＥ４ｏｒｆ１〜Ｅ４ｏｒｆ４に及ぶ、Ｅ４領域の一部分を欠失させた。修飾されたプラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４（配列番号５０）により、１３９３ｂｐの空間の増大を伴う拡張されたクローニング能が得られた。ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４プラスミドを作製するため、２つのＰＣＲ産物を作製した。第１のＰＣＲ断片は、ＮｄｅＩ部位で始まり、Ｅ４ｏｒｆ６の開始点まで続く。この第１のＰＣＲ断片を作製するために使用されるフォワードおよびリバースプライマーの配列は各々、配列番号１２０および１２１で示す。第２のＰＣＲ断片は、Ｅ４ｏｒｆ１の直前で始まり、ＮｏｔＩ部位まで続く。この第２のＰＣＲ断片を作製するために使用されるフォワードおよびリバースプライマーの配列は各々、配列番号１２２および１２３で示す。これらのＰＣＲ断片は、ＮｄｅＩおよびＮｏｔＩ部位に、隣接領域との３０ｂｐの重複部分、ならびに相互に１５ｂｐの重複部分（全部で３０ｂｐ）を有する。ＰＣＲ断片は、ＸｂａＩおよびＮｏｔＩで消化したｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３にアセンブルし、ｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４（配列番号５０）が得られた。図２０は、親プラスミドｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３に対するｐＢｒ／ｓＡｄ４３１２．ｐＶ−ｒＩＴＲ．ｄＥ３．ｄＥ４の概略マップを示す。
ｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙの作製
複製可能ｓＡｄ４３１２（ｒｃｓＡｄ４３１２）を生成することを意図して、ｓＡｄ４３１２のＥ１領域（配列番号３のｎｔ４８７〜３１００）をｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅｍｐｔｙにクローン化するため、ＰＣＲ断片を、ｓＡｄ４３１２の完全Ｅ１領域を含む野生型ｓＡｄ４３１２から作製した。フォワードプライマー（配列番号１１８）は、ｌＩＴＲ領域内の最初のＢｓｔＺ１７Ｉ部位の約４０ｂｐ前に指定する。リバースプライマー（配列番号１１９）は、ｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅｍｐｔｙ内のＣＭＶプロモーターの開始点との約３０ｂｐの重複部分を有する。作製したＰＣＲ断片を、Ｇｉｂｓｏｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ）を用いて、ＢｓｔＺ１７ＩおよびＳａｌＩで消化したｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅｍｐｔｙにクローン化し、ｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙ（配列番号５１）が得られた。このクローニングステップにおいては、制限酵素によって、ＡｄＡｐｔプラスミドのみが消化される一方、ＰＣＲ産物は消化されなかった。ｓＡｄＡｐｔ４３１２．Ｅ１ｂｔｇ．Ｅｍｐｔｙの概略マップおよび上記のクローニング方法を、図２１に示す。
［実施例７． サブサハラヒトおよびアカゲザルにおけるｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２の血清有病率］
発明者は、次に、１４４名のサブサハラヒトおよび１０８匹のアカゲザルにおけるｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２の力価を評価した（図２２Ａ〜２２Ｃ）。アデノウイルスに特異的な中和抗体（ＮＡｂ）の力価を、先に示されたように、ルシフェラーゼに基づくウイルス中和アッセイにより測定した（Ｓｐｒａｎｇｅｒｓ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４１：５０４６−５０５２，２００３；Ｂａｒｏｕｃｈ ｅｔ ａｌ．Ｖａｃｃｉｎｅ．２９：５２０３−５２０９，２０１１）。このアッセイによると、＜１８の力価は、陰性と見なされ、１８〜２００は低い、２０１〜１０００は高い、また＞１０００は非常に高いと考えられる。当該技術分野で既知のデータによると、力価＞２００は、抑制性である可能性が高くなることが疑われる。４つの力価の各カテゴリーに含まれる個体（ヒトまたはサル）の相対数をまとめた代表的な円グラフを、試験された３つのアデノウイルスの各々に対して示す（図２２Ａ〜２２Ｃを参照）。
血清有病率試験の結果によると、試験されたサブサハラヒトおよびアカゲザルの大半が、試験された３つのアデノウイルス（ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２）の各々に対して、陰性（＜１８）かまたは低い（１８〜２００）ＮＡｂ力価を示すことが明示される。これらの血清有病率試験によると、ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２ベクターが、ヒト集団（例えば、サブサハラヒト集団）およびサル集団（例えば、アカゲザル集団）において、意外にも極端に低い血清有病率を有することが示される。本発明のｓＡｄベクターの極端に低い血清有病率は、ヒト集団におけるＡｄ５の比較的高い血清有病率と大いに異なっている。したがって、これらの試験によると、組換えｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｓＡｄ４３１２の全部または一部を含むワクチンの使用には、ヒトもサルも同様、その大半における中和活性がワクチンの有効性を妨げる可能性が低いことから、明白な利点があることが示される。
［実施例８． マウスにおける本発明の組換えアデノウイルスに対する細胞性応答の測定］
次に、発明者は、本発明のサルアデノウイルス（例えば、ｓＡｄ４２８７またはｓＡｄ４３１０Ａ）に基づく組換え複製欠損アデノウイルスが、インビボで有意な免疫応答を誘発できるか否かを試験した。このため、ベクターを、すべてがサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）由来のＳＩＶｍａｃ２３９ Ｇａｇインサートを含むように作製した。組換えＤＮＡ、例えば必要とされるアダプタープラスミド、および組換えウイルスを、一般に示されるように作製した（Ｌｅｍｃｋｅｒｔ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７９：９６９４−９７０１，２００５）。
Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、様々な量のウイルスベクター：１０７、１０８、および１０９個のウイルス粒子（ｖｐ）を筋肉内注射した。先に示されたように、すべてのワクチン接種手順および細胞免疫応答を、Ｄｂ／ＡＬ１１四量体結合アッセイを通じてＣＤ８＋Ｔ細胞性応答を評価することにより、実施し、測定した（Ｂａｒｏｕｃｈ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７２：６２９０−６２９７，２００４）。免疫優勢ＳＩＶ Ｇａｇ ＡＬ１１エピトープ（ＡＡＶＫＮＷＭＴＱＴＬ）（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８０：１１９９１−１１９９７，２００６）の周りで折り畳まれた四量体Ｈ−２Ｄｂ複合体を調製し、ＳＩＶ Ｇａｇに特異的なＣＤ８＋Ｔリンパ球応答を、免疫後、０、７、１４、２１、および２８日目に測定した。ｓＡｄ４２８７およびｓＡｄ４３１０Ａを用いた免疫原性実験について、結果を図２３Ａおよび２３Ｂに示す。これらの結果から、本発明のアデノウイルスベクターが、マウスにおいて、特に１０８または１０９個のｖｐ用量の場合、強力な免疫原性を示すと結論づけることができる。
機能的応答を評価するため、２８日目に得た脾細胞をＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおいて利用した。ウイルスベクターの１０７、１０８、および１０９個のｖｐ（ｓＡｄ４２８７、ｓＡｄ４３１０Ａ、およびｒｃｓＡｄ４２８７）での、オーバーラップしているＧａｇペプチド（Ｇａｇ）、優性ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープＡＬ１１（ＡＡＶＫＮＷＭＴＱＴＬ）、準優性ＣＤ８＋ＴエピトープＫＶ９（ＫＳＬＹＮＴＶＣＶ）、およびＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープＤＤ１３（ＤＲＦＹＫＳＬＲＡＥＱＴＤ）（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８０：１１９９１−１１９９７，２００６）に対して、ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴ応答を測定した。図２４Ａ〜２４Ｃに示すように、ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳＰＯＴ応答は、ｖｐの量の増加とともに増大し、かつＧａｇおよびＡＬ１１応答の双方が、ＫＶ９またはＤＤ１３エピトープに対する応答よりも増大した。さらに、これらの機能的応答は、本発明の複製欠損アデノウイルスを使用する場合に限って誘発され（例えば、ｓＡｄ４２８７およびｓＡｄ４３１０Ａ）、本発明の複製可能アデノウイルスを使用する場合には誘発されなかった（例えば、ｒｃｓＡｄ４２８７）。まとめると、本発明の組換えアデノウイルスベクターに対する細胞性応答に関する試験では、マウスにおいて強力な免疫原性を示すことは明らかである。
低いベースライン抗−ベクター免疫（低い血清有病率）、強力な免疫原性、および新しい生物学を組み合わせると、本発明の新規なアデノウイルスベクターが、遺伝子治療および／または診断における有用性に加え、限定はされないが、ＨＩＶ、ＳＩＶ、がん、マラリア、および結核を含むヒトまたは動物の病原体に対する新規なワクチン候補として有用でありうることが示唆される。
他の実施形態
本発明は、その特定の実施形態と関連させて説明されている一方、さらなる変更が可能であり、かつ本願が、一般に本発明の原則に従うとともに、本発明が関係する当該技術分野の範囲内での既知または通例の実施の範囲内に収まるような本開示からの逸脱を含む、本発明の任意の変形、使用、または適応を網羅するように意図され、また上記の本質的な特徴に適用可能であることは理解されるであろう。
本願中で述べられるあらゆる出版物および特許出願は、独立した出版物または特許出願の各々が、あたかもその全体が参照により援用されているかの如く詳細かつ個別に示されたのと同じ範囲まで、参照により本明細書に援用される。
第２の態様では、本発明は、本発明の単離されたポリヌクレオチドを含む組換えベクターであって、配列番号３４〜５１のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、または９４％同一）、少なくとも９５％同一（例えば、少なくとも９６％、９７％、９８％、または９９％同一）、または１００％同一であるヌクレオチド配列を含む、組換えベクターを特徴とする。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号３４〜３９のいずれか１つの全部または一部を含むｓＡｄ４２８７アデノウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号４０〜４５のいずれか１つの全部または一部を含むｓＡｄ４３１０Ａアデノウイルスベクターである。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号４６〜５１のいずれか１つの全部または一部を含むｓＡｄ４３１２アデノウイルスベクターである。他の実施形態では、本発明の組換えアデノウイルスの作製のため、配列番号３４〜５１によって示されるベクターの２つ以上（例えば、２つ、３つ、または４つ）を用いて、プラスミド系を樹立してもよい。
以下、本発明の実施形態を示す。
（１）配列番号１〜３のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一であるか、または相補的であるヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。（２）前記ヌクレオチド配列が、配列番号１〜３のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９５％同一であるか、または相補的である、（１）に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（３）前記ヌクレオチド配列が、配列番号１〜３のいずれか１つの全部または一部に対して、１００％同一であるか、または相補的である、（２）に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（４）前記ヌクレオチド配列が、配列番号４〜１２のいずれか１つの全部または一部、またはその相補配列を含む、（３）に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（５）前記ヌクレオチド配列が、配列番号１３〜１８のいずれか１つの全部または一部を含む、（４）に記載の単離されたポリヌクレオチド。
（６）（１）〜（５）のいずれか一に記載の単離されたポリヌクレオチドを含む組換えベクター。
（７）前記ベクターが、配列番号３４〜３９のいずれか１つを含むｓＡｄ４２８７アデノウイルスベクターである、（６）に記載の組換えベクター。
（８）前記ベクターが、配列番号４０〜４５のいずれか１つを含むｓＡｄ４３１０Ａアデノウイルスベクターである、（６）に記載の組換えベクター。
（９）前記ベクターが、配列番号４６〜５１のいずれか１つを含むｓＡｄ４３１２アデノウイルスベクターである、（６）に記載の組換えベクター。
（１０）（１）〜（５）のいずれか一に記載の単離されたポリヌクレオチドを含む組換えアデノウイルス。
（１１）前記単離されたポリヌクレオチドが、Ｅ１領域内またはＥ１領域の欠失を含み、前記欠失は、前記組換えウイルスを複製欠損ウイルスにする、（１０）に記載の組換えアデノウイルス。
（１２）前記単離されたポリヌクレオチドが、Ｅ３領域内および／もしくはＥ４領域内またはＥ３領域および／もしくはＥ４領域の欠失を含む、（１１）に記載の組換えアデノウイルス。
（１３）目的の抗原または治療遺伝子産物、またはその断片をコードする異種ヌクレオチド配列をさらに含む、（１１）または（１２）に記載の組換えアデノウイルス。
（１４）前記抗原遺伝子産物、またはその断片が、細菌、ウイルス、寄生虫、もしくは真菌タンパク質、またはその断片を含む、（１３）に記載の組換えアデノウイルス。
（１５）前記細菌タンパク質、またはその断片が、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ボビス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｏｖｉｓ）、マイコバクテリウム・アフリカヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｆｒｉｃａｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ミクロティ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｉｃｒｏｔｉ）、ライ菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、肺炎球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、ブルセラ菌（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、または炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）に由来する、（１４）に記載の組換えアデノウイルス。
（１６）前記ウイルスタンパク質、またはその断片が、レトロウイルス科（Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、フラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）、アレナウイルス科（Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）、フィロウイルス科（Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ）、トガウイルス科（Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ）、ポックスウイルス科（Ｐｏｘｖｉｒｉｄａｅ）、ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）、オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、コロナウイルス科（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ラブドウイルス科（Ｒｈａｂｄｏｖｉｒｉｄａｅ）、パラミクソウイルス科（Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、ピコルナウイルス科（Ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ヘパドナウイルス科（Ｈｅｐａｄｎａｖｉｒｉｄａｅ）、パピローマウイルス科（Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）、パルボウイルス科（Ｐａｒｖｏｖｉｒｉｄａｅ）、アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、ポリオーマウイルス科（Ｐｏｌｙｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）、カリシウイルス科（Ｃａｌｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、およびレオウイルス科（Ｒｅｏｖｉｒｉｄａｅ）からなる群から選択されるウイルスファミリーに由来する、（１４）に記載の組換えアデノウイルス。
（１７）前記ウイルスタンパク質、またはその断片が、ヒト免疫不全ウイルス（ｈｕｍａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＨＩＶ）、ヒトパピローマウイルス（ｈｕｍａｎ ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ）（ＨＰＶ）、Ａ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ａ ｖｉｒｕｓ）（Ｈｅｐ Ａ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｖｉｒｕｓ）（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ）（ＨＣＶ）、大痘瘡（Ｖａｒｉｏｌａ ｍａｊｏｒ）、小痘瘡（Ｖａｒｉｏｌａ ｍｉｎｏｒ）、サル痘ウイルス（ｍｏｎｋｅｙｐｏｘ ｖｉｒｕｓ）、麻疹ウイルス（ｍｅａｓｌｅｓ ｖｉｒｕｓ）、風疹ウイルス（ｒｕｂｅｌｌａ ｖｉｒｕｓ）、ムンプスウイルス（ｍｕｍｐｓ ｖｉｒｕｓ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ｖａｒｉｃｅｌｌａ ｚｏｓｔｅｒ ｖｉｒｕｓ）（ＶＺＶ）、ポリオウイルス（ｐｏｌｉｏｖｉｒｕｓ）、狂犬病ウイルス（ｒａｂｉｅｓ ｖｉｒｕｓ）、日本脳炎ウイルス（Ｊａｐａｎｅｓｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、単純ヘルペスウイルス（ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ ｖｉｒｕｓ）（ＨＳＶ）、サイトメガロウイルス（ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ）（ＣＭＶ）、ロタウイルス（ｒｏｔａｖｉｒｕｓ）、インフルエンザ（ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）、エボラウイルス（Ｅｂｏｌａ ｖｉｒｕｓ）、黄熱ウイルス（ｙｅｌｌｏｗ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）、またはマールブルグウイルス（Ｍａｒｂｕｒｇ ｖｉｒｕｓ）に由来する、（１６）に記載の組換えアデノウイルス。
（１８）前記ウイルスタンパク質、またはその断片が、ＨＩＶ Ｇａｇ、Ｐｏｌ、Ｅｎｖ、Ｎｅｆ、Ｔａｔ、Ｒｅｖ、Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、またはＶｐｕに由来する、（１７）に記載の組換えアデノウイルス。
（１９）前記寄生虫タンパク質、またはその断片が、トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、三日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｖｉｖａｘ）、卵形マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｏｖａｌｅ）、四日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｍａｌａｒｉａｅ）、トリパノソーマ種（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｓｐｐ．）、またはレジオネラ種（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）に由来する、（１４）に記載の組換えアデノウイルス。
（２０）前記真菌タンパク質、またはその断片が、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、ヒストプラズマ・カプスラーツム変種カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ ｖａｒ．ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、南アメリカ分芽菌（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、接合菌網種（Ｚｙｇｏｍｙｃｅｔｅｓ ｓｐｐ．）、アブシジア・コリムビフェラ（Ａｂｓｉｄｉａ ｃｏｒｙｍｂｉｆｅｒａ）、リゾムコール・プシルス（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ）、またはリゾプス・アリズス（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ）に由来する、（１４）に記載の組換えアデノウイルス。
（２１）疾患を有する被験体を処置する方法であって、（１０）〜（２０）のいずれか一に記載の組換えアデノウイルスを前記被験体に投与するステップを含む、方法。
（２２）前記組換えアデノウイルスが、感染体に対する前記被験体における免疫応答を促進する抗原遺伝子産物、またはその断片を含む、（２１）に記載の方法。
（２３）前記感染体が、細菌、ウイルス、寄生虫、または真菌である、（２１）に記載の方法。
（２４）前記細菌が、結核菌、マイコバクテリウム・ボビス、マイコバクテリウム・アフリカヌム、マイコバクテリウム・ミクロティ、ライ菌、緑膿菌、ネズミチフス菌、大腸菌、肺炎桿菌、肺炎球菌、黄色ブドウ球菌、野兎病菌、ブルセラ菌、鼻疽菌、ペスト菌、ジフテリア菌、髄膜炎菌、百日咳菌、破傷風菌、または炭疽菌である、（２３）に記載の方法。
（２５）前記ウイルスが、レトロウイルス（ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ）、フラビウイルス（ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓ）、アレナウイルス（ａｒｅｎａｖｉｒｕｓ）、ブニヤウイルス（ｂｕｎｙａｖｉｒｕｓ）、フィロウイルス（ｆｉｌｏｖｉｒｕｓ）、トガウイルス（ｔｏｇａｖｉｒｕｓ）、ポックスウイルス（ｐｏｘｖｉｒｕｓ）、ヘルペスウイルス（ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｕｓ）、オルソミクソウイルス（ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｕｓ）、コロナウイルス（ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）、ラブドウイルス（ｒｈａｂｄｏｖｉｒｕｓ）、パラミクソウイルス（ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｕｓ）、ピコルナウイルス（ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｕｓ）、ヘパドナウイルス（ｈｅｐａｄｎａｖｉｒｕｓ）、パピローマウイルス（ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ）、パルボウイルス（ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓ）、アストロウイルス（ａｓｔｒｏｖｉｒｕｓ）、ポリオーマウイルス（ｐｏｌｙｏｍａｖｉｒｕｓ）、カリシウイルス（ｃａｌｉｃｉｖｉｒｕｓ）、またはレオウイルス（ｒｅｏｖｉｒｕｓ）である、（２３）に記載の方法。
（２６）前記レトロウイルスが、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）である、（２５）に記載の方法。
（２７）前記ウイルスが、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、Ａ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐ Ａ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、大痘瘡、小痘瘡、サル痘ウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルス、ムンプスウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、日本脳炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ロタウイルス、インフルエンザ、エボラウイルス、黄熱ウイルス、またはマールブルグウイルスである、（２３）に記載の方法。
（２８）前記寄生虫が、トキソプラズマ原虫、熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、卵形マラリア原虫、四日熱マラリア原虫、トリパノソーマ種、またはレジオネラ種である、（２３）に記載の方法。
（２９）前記真菌が、アスペルギルス、ブラストミセス・デルマチチジス、カンジダ、コクシジオイデス・イミチス、クリプトコッカス・ネオフォルマンス、ヒストプラズマ・カプスラーツム変種カプスラーツム、南アメリカ分芽菌、スポロトリックス・シェンキイ、接合菌網種、アブシジア・コリムビフェラ、リゾムコール・プシルス、またはリゾプス・アリズスである、（２３）に記載の方法。
（３０）前記疾患が、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、がん、結核、ハンセン病、腸チフス熱、肺炎、髄膜炎、ブドウ球菌性皮膚剥脱症候群（ＳＳＳＳ）、リッター病、野兎病（ウサギ熱）、ブルセラ症、鼻疽、腺ペスト、敗血症性ペスト、肺ペスト、ジフテリア、百日咳、破傷風、炭疽病、肝炎、天然痘、サル痘、麻疹、流行性耳下腺炎、風疹、水疱、ポリオ、狂犬病、日本脳炎、疱疹、単核球症、インフルエンザ、エボラウイルス疾患、出血熱、黄熱、マールブルグ病、トキソプラズマ症、マラリア、トリパノソーマ症、レジオネラ症、アスペルギルス症、ブラストミセス症、カンジダ症（鵞口瘡）、コクシジオイデス症、クリプトコッカス症、ヒストプラスマ症、パラコクシジオイデス症、スポロトリクム症、または眼窩洞の接合菌症である、（２１）に記載の方法。
（３１）前記被験体が、ヒトである、（２１）〜（３０）のいずれか一に記載の方法。
（３２）前記アデノウイルスが、筋肉内に、静脈内に、皮内に、経皮的に、動脈内に、腹腔内に、病変内に、頭蓋内に、関節内に、前立腺内に、胸腔内に、気管内に、鼻腔内に、硝子体内に、腟内に、直腸内に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、腫瘍内に、腹膜に、皮下に、結膜下に、小疱内に、粘膜に、心膜内に、臍帯内に、眼内に、経口的に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、局所的に（ｌｏｃａｌｌｙ）、吸入により、注射により、注入により、持続注入により、標的細胞を浸す直接的な局所潅流、カテーテルにより、洗浄により、経管栄養により、クリームとして、または脂質組成物として投与される、（２１）〜（３１）のいずれか一に記載の方法。
（３３）前記アデノウイルスが、薬学的に許容できる担体を含む医薬組成物として投与される、（２１）〜（３２）のいずれか一に記載の方法。
（３４）前記被験体に、少なくとも１用量の前記医薬組成物を投与する、（３３）に記載の方法。
（３５）前記被験体に、前記医薬組成物の少なくとも２用量を投与する、（３４）に記載の方法。
（３６）前記医薬組成物が、プライムブーストとして前記被験体に投与される、（３５）に記載の方法。
（３７）（１０）〜（２０）のいずれか一に記載の組換えアデノウイルスを生成する方法であって、細胞を適切な培地で培養するステップと；前記細胞に、（１）〜（５）のいずれか一に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは（６）〜（９）のいずれか一に記載の組換えベクターを遺伝子導入するステップと；前記細胞内での前記ポリヌクレオチドまたはベクターの複製を可能にするステップと；生成された組換えアデノウイルスを前記培地および／または前記細胞から回収するステップと、を含む、方法。
（３８）前記細胞が、細菌、植物、または哺乳動物細胞である、（３７）に記載の方法。（３９）前記哺乳動物細胞が、ＰＥＲ．５５Ｋ細胞またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である、（３８）に記載の方法。
以下の実施例は、本発明を例示することを目的とする。それらは、本発明を限定することを全く意図しない。

Claims (39)

  1. 配列番号１〜３のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９０％同一であるか、または相補的であるヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
  2. 前記ヌクレオチド配列が、配列番号１〜３のいずれか１つの全部または一部に対して、少なくとも９５％同一であるか、または相補的である、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
  3. 前記ヌクレオチド配列が、配列番号１〜３のいずれか１つの全部または一部に対して、１００％同一であるか、または相補的である、請求項２に記載の単離されたポリヌクレオチド。
  4. 前記ヌクレオチド配列が、配列番号４〜１２のいずれか１つの全部または一部、またはその相補配列を含む、請求項３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
  5. 前記ヌクレオチド配列が、配列番号１３〜１８のいずれか１つの全部または一部を含む、請求項４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
  6. 請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチドを含む組換えベクター。
  7. 前記ベクターが、配列番号３４〜３９のいずれか１つを含むｓＡｄ４２９７アデノウイルスベクターである、請求項６に記載の組換えベクター。
  8. 前記ベクターが、配列番号４０〜４５のいずれか１つを含むｓＡｄ４３１０Ａアデノウイルスベクターである、請求項６に記載の組換えベクター。
  9. 前記ベクターが、配列番号４６〜５１のいずれか１つを含むｓＡｄ４３１２アデノウイルスベクターである、請求項６に記載の組換えベクター。
  10. 請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチドを含む組換えアデノウイルス。
  11. 前記単離されたポリヌクレオチドが、Ｅ１領域内またはＥ１領域の欠失を含み、前記欠失は、前記組換えウイルスを複製欠損ウイルスにする、請求項１０に記載の組換えアデノウイルス。
  12. 前記単離されたポリヌクレオチドが、Ｅ３領域内および／もしくはＥ４領域内またはＥ３領域および／もしくはＥ４領域の欠失を含む、請求項１１に記載の組換えアデノウイルス。
  13. 目的の抗原または治療遺伝子産物、またはその断片をコードする異種ヌクレオチド配列をさらに含む、請求項１１または１２に記載の組換えアデノウイルス。
  14. 前記抗原遺伝子産物、またはその断片が、細菌、ウイルス、寄生虫、もしくは真菌タンパク質、またはその断片を含む、請求項１３に記載の組換えアデノウイルス。
  15. 前記細菌タンパク質、またはその断片が、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・ボビス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｏｖｉｓ）、マイコバクテリウム・アフリカヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｆｒｉｃａｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ミクロティ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｉｃｒｏｔｉ）、ライ菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、肺炎球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、ブルセラ菌（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、鼻疽菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｍａｌｌｅｉ）、ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）、ジフテリア菌（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、破傷風菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ）、または炭疽菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ）に由来する、請求項１４に記載の組換えアデノウイルス。
  16. 前記ウイルスタンパク質、またはその断片が、レトロウイルス科（Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、フラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）、アレナウイルス科（Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ブニヤウイルス科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）、フィロウイルス科（Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ）、トガウイルス科（Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ）、ポックスウイルス科（Ｐｏｘｖｉｒｉｄａｅ）、ヘルペスウイルス科（Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ）、オルトミクソウイルス科（Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、コロナウイルス科（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ラブドウイルス科（Ｒｈａｂｄｏｖｉｒｉｄａｅ）、パラミクソウイルス科（Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ）、ピコルナウイルス科（Ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｉｄａｅ）、ヘパドナウイルス科（Ｈｅｐａｄｎａｖｉｒｉｄａｅ）、パピローマウイルス科（Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）、パルボウイルス科（Ｐａｒｖｏｖｉｒｉｄａｅ）、アストロウイルス科（Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ）、ポリオーマウイルス科（Ｐｏｌｙｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）、カリシウイルス科（Ｃａｌｃｉｖｉｒｉｄａｅ）、およびレオウイルス科（Ｒｅｏｖｉｒｉｄａｅ）からなる群から選択されるウイルスファミリーに由来する、請求項１４に記載の組換えアデノウイルス。
  17. 前記ウイルスタンパク質、またはその断片が、ヒト免疫不全ウイルス（ｈｕｍａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＨＩＶ）、ヒトパピローマウイルス（ｈｕｍａｎ ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ）（ＨＰＶ）、Ａ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ａ ｖｉｒｕｓ）（Ｈｅｐ Ａ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｖｉｒｕｓ）（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ）（ＨＣＶ）、大痘瘡（Ｖａｒｉｏｌａ ｍａｊｏｒ）、小痘瘡（Ｖａｒｉｏｌａ ｍｉｎｏｒ）、サル痘ウイルス（ｍｏｎｋｅｙｐｏｘ ｖｉｒｕｓ）、麻疹ウイルス（ｍｅａｓｌｅｓ ｖｉｒｕｓ）、風疹ウイルス（ｒｕｂｅｌｌａ ｖｉｒｕｓ）、ムンプスウイルス（ｍｕｍｐｓ ｖｉｒｕｓ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ｖａｒｉｃｅｌｌａ ｚｏｓｔｅｒ ｖｉｒｕｓ）（ＶＺＶ）、ポリオウイルス（ｐｏｌｉｏｖｉｒｕｓ）、狂犬病ウイルス（ｒａｂｉｅｓ ｖｉｒｕｓ）、日本脳炎ウイルス（Ｊａｐａｎｅｓｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）、単純ヘルペスウイルス（ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ ｖｉｒｕｓ）（ＨＳＶ）、サイトメガロウイルス（ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ）（ＣＭＶ）、ロタウイルス（ｒｏｔａｖｉｒｕｓ）、インフルエンザ（ｉｎｆｌｕｅｎｚａ）、エボラウイルス（Ｅｂｏｌａ ｖｉｒｕｓ）、黄熱ウイルス（ｙｅｌｌｏｗ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ）、またはマールブルグウイルス（Ｍａｒｂｕｒｇ ｖｉｒｕｓ）に由来する、請求項１６に記載の組換えアデノウイルス。
  18. 前記ウイルスタンパク質、またはその断片が、ＨＩＶ Ｇａｇ、Ｐｏｌ、Ｅｎｖ、Ｎｅｆ、Ｔａｔ、Ｒｅｖ、Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、またはＶｐｕに由来する、請求項１７に記載の組換えアデノウイルス。
  19. 前記寄生虫タンパク質、またはその断片が、トキソプラズマ原虫（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ）、熱帯熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、三日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｖｉｖａｘ）、卵形マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｏｖａｌｅ）、四日熱マラリア原虫（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ ｍａｌａｒｉａｅ）、トリパノソーマ種（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ ｓｐｐ．）、またはレジオネラ種（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｓｐｐ．）に由来する、請求項１４に記載の組換えアデノウイルス。
  20. 前記真菌タンパク質、またはその断片が、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、ブラストミセス・デルマチチジス（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、コクシジオイデス・イミチス（Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｉｍｍｉｔｉｓ）、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、ヒストプラズマ・カプスラーツム変種カプスラーツム（Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ ｖａｒ．ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ）、南アメリカ分芽菌（Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、スポロトリックス・シェンキイ（Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ）、接合菌網種（Ｚｙｇｏｍｙｃｅｔｅｓ ｓｐｐ．）、アブシジア・コリムビフェラ（Ａｂｓｉｄｉａ ｃｏｒｙｍｂｉｆｅｒａ）、リゾムコール・プシルス（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ ｐｕｓｉｌｌｕｓ）、またはリゾプス・アリズス（Ｒｈｉｚｏｐｕｓ ａｒｒｈｉｚｕｓ）に由来する、請求項１４に記載の組換えアデノウイルス。
  21. 疾患を有する被験体を処置する方法であって、請求項１０〜２０のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルスを前記被験体に投与するステップを含む、方法。
  22. 前記組換えアデノウイルスが、感染体に対する前記被験体における免疫応答を促進する抗原遺伝子産物、またはその断片を含む、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記感染体が、細菌、ウイルス、寄生虫、または真菌である、請求項２１に記載の方法。
  24. 前記細菌が、結核菌、マイコバクテリウム・ボビス、マイコバクテリウム・アフリカヌム、マイコバクテリウム・ミクロティ、ライ菌、緑膿菌、ネズミチフス菌、大腸菌、肺炎桿菌、肺炎球菌、黄色ブドウ球菌、野兎病菌、ブルセラ菌、鼻疽菌、ペスト菌、ジフテリア菌、髄膜炎菌、百日咳菌、破傷風菌、または炭疽菌である、請求項２３に記載の方法。
  25. 前記ウイルスが、レトロウイルス（ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ）、フラビウイルス（ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓ）、アレナウイルス（ａｒｅｎａｖｉｒｕｓ）、ブニヤウイルス（ｂｕｎｙａｖｉｒｕｓ）、フィロウイルス（ｆｉｌｏｖｉｒｕｓ）、トガウイルス（ｔｏｇａｖｉｒｕｓ）、ポックスウイルス（ｐｏｘｖｉｒｕｓ）、ヘルペスウイルス（ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｕｓ）、オルソミクソウイルス（ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｕｓ）、コロナウイルス（ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）、ラブドウイルス（ｒｈａｂｄｏｖｉｒｕｓ）、パラミクソウイルス（ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｕｓ）、ピコルナウイルス（ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｕｓ）、ヘパドナウイルス（ｈｅｐａｄｎａｖｉｒｕｓ）、パピローマウイルス（ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ）、パルボウイルス（ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓ）、アストロウイルス（ａｓｔｒｏｖｉｒｕｓ）、ポリオーマウイルス（ｐｏｌｙｏｍａｖｉｒｕｓ）、カリシウイルス（ｃａｌｉｃｉｖｉｒｕｓ）、またはレオウイルス（ｒｅｏｖｉｒｕｓ）である、請求項２３に記載の方法。
  26. 前記レトロウイルスが、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）である、請求項２５に記載の方法。
  27. 前記ウイルスが、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、Ａ型肝炎ウイルス（Ｈｅｐ Ａ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、大痘瘡、小痘瘡、サル痘ウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルス、ムンプスウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、日本脳炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ロタウイルス、インフルエンザ、エボラウイルス、黄熱ウイルス、またはマールブルグウイルスである、請求項２３に記載の方法。
  28. 前記寄生虫が、トキソプラズマ原虫、熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、卵形マラリア原虫、四日熱マラリア原虫、トリパノソーマ種、またはレジオネラ種である、請求項２３に記載の方法。
  29. 前記真菌が、アスペルギルス、ブラストミセス・デルマチチジス、カンジダ、コクシジオイデス・イミチス、クリプトコッカス・ネオフォルマンス、ヒストプラズマ・カプスラーツム変種カプスラーツム、南アメリカ分芽菌、スポロトリックス・シェンキイ、接合菌網種、アブシジア・コリムビフェラ、リゾムコール・プシルス、またはリゾプス・アリズスである、請求項２３に記載の方法。
  30. 前記疾患が、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、がん、結核、ハンセン病、腸チフス熱、肺炎、髄膜炎、ブドウ球菌性皮膚剥脱症候群（ＳＳＳＳ）、リッター病、野兎病（ウサギ熱）、ブルセラ症、鼻疽、腺ペスト、敗血症性ペスト、肺ペスト、ジフテリア、百日咳、破傷風、炭疽病、肝炎、天然痘、サル痘、麻疹、流行性耳下腺炎、風疹、水疱、ポリオ、狂犬病、日本脳炎、疱疹、単核球症、インフルエンザ、エボラウイルス疾患、出血熱、黄熱、マールブルグ病、トキソプラズマ症、マラリア、トリパノソーマ症、レジオネラ症、アスペルギルス症、ブラストミセス症、カンジダ症（鵞口瘡）、コクシジオイデス症、クリプトコッカス症、ヒストプラスマ症、パラコクシジオイデス症、スポロトリクム症、または眼窩洞の接合菌症である、請求項２１に記載の方法。
  31. 前記被験体が、ヒトである、請求項２１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記アデノウイルスが、筋肉内に、静脈内に、皮内に、経皮的に、動脈内に、腹腔内に、病変内に、頭蓋内に、関節内に、前立腺内に、胸腔内に、気管内に、鼻腔内に、硝子体内に、腟内に、直腸内に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、腫瘍内に、腹膜に、皮下に、結膜下に、小疱内に、粘膜に、心膜内に、臍帯内に、眼内に、経口的に、局所的に（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）、局所的に（ｌｏｃａｌｌｙ）、吸入により、注射により、注入により、持続注入により、標的細胞を浸す直接的な局所潅流、カテーテルにより、洗浄により、経管栄養により、クリームとして、または脂質組成物として投与される、請求項２１〜３１のいずれか一項に記載の方法。
  33. 前記アデノウイルスが、薬学的に許容できる担体を含む医薬組成物として投与される、請求項２１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記被験体に、少なくとも１用量の前記医薬組成物を投与する、請求項３３に記載の方法。
  35. 前記被験体に、前記医薬組成物の少なくとも２用量を投与する、請求項３４に記載の方法。
  36. 前記医薬組成物が、プライムブーストとして前記被験体に投与される、請求項３５に記載の方法。
  37. 請求項１０〜２０のいずれか一項に記載の組換えアデノウイルスを生成する方法であって、細胞を適切な培地で培養するステップと；前記細胞に、請求項１〜５のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは請求項６〜９のいずれか一項に記載の組換えベクターを遺伝子導入するステップと；前記細胞内での前記ポリヌクレオチドまたはベクターの複製を可能にするステップと；生成された組換えアデノウイルスを前記培地および／または前記細胞から回収するステップと、を含む、方法。
  38. 前記細胞が、細菌、植物、または哺乳動物細胞である、請求項３７に記載の方法。
  39. 前記哺乳動物細胞が、ＰＥＲ．５５Ｋ細胞またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である、請求項３８に記載の方法。
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