JP2017503492A - 多発性骨髄腫におけるヒストン脱アセチル化酵素６（ｈｄａｃ６）バイオマーカー - Google Patents

Abstract

本発明は多発性骨髄腫におけるヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）バイオマーカーに関する。具体的には、該バイオマーカーは、多発性骨髄腫のための薬剤特異的なヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）またはＨＤＡＣ６のバイオマーカーＲＮＡである。本発明はまた、ＨＤＡＣ６阻害剤の治療効率を判定するためのキット及びヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）阻害剤を特定するためのキットにも関する。本発明はさらに、対象におけるＨＤＡＣ阻害剤の治療効率をモニターする方法に関する。

Description

関連出願への相互参照
本出願は、それぞれその全体が参照によって本明細書に組み入れられる２０１３年１２月２０日に出願されたＵＳ６１／９１８，９３４及び２０１４年１０月１６日に出願されたＵＳ６２／０６４，５８６に対して優先権を主張する。

配列表
本出願はＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出されており、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる配列表を含有する。２０１４年１２月１０日に創られた前記ＡＳＣＩＩコピーは５６４０４４ＡＣＴ−０２１ＰＣ＿ＳＬ．ｔｘｔと名付けられ、６，６１６バイトのサイズである。

本明細書で提供されるのは多発性骨髄腫におけるヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）バイオマーカーである。具体的には、これらのバイオマーカーは、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ及び他の低分子ノンコーディングＲＮＡを含む薬剤特異的な、ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）またはＨＤＡＣ６のＲＮＡバイオマーカーである。本発明はまた、ＨＤＡＣ６阻害剤の治療効率を判定するためのキット、及びヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）の阻害剤を特定するためにキットにも関する。本発明はさらに、対象におけるＨＤＡＣ阻害剤の治療効率をモニターする方法に関する。

癌は米国で及び世界中で主な死亡原因の１つである。

癌は生体にて正常な細胞から生じる。正常な細胞は生体がそれを必要とすると増殖し、生体がそれを必要としないと死ぬ。癌は生体で細胞が増え、制御不能に増殖する場合に生じる。

たとえば、発癌性化学物質への曝露、タバコの使用、過剰なアルコール摂取、環境毒素への曝露、過剰な日光への曝露、遺伝的な問題、肥満、放射線及びウイルスのような多数の癌の原因がある。加えて、多数の癌の原因は未知のままである。

多数の異なる種類の癌があり、それらは生体のどんな臓器または組織でも発生することができる。癌の種類の１つは多発性骨髄腫である。

形質細胞骨髄腫またはカーラー（Ｋａｈｌｅｒ）病としても知られる多発性骨髄腫は形質細胞の癌である。多発性骨髄腫では、異常な形質細胞の集まりが骨髄にて蓄積し、それらが正常な血液細胞の産生を妨害する。

多数の臓器が骨髄腫によって冒され得るので、症状及び兆候は大きく変化する。骨髄腫の影響には、カルシウムの上昇、腎不全、貧血及び骨病変が挙げられる。

骨髄腫は一般に治療可能ではあるが、治癒可能ではないと考えられている。寛解は、ステロイド、化学療法、プロテアソーム阻害剤、たとえば、サリドマイドまたはレナリドミドのような免疫調節剤、及び幹細胞移植によって誘導され得る。

骨髄腫は年間１００，０００人当たり１〜４人に発生する。従来の治療によって生存中央値は３〜４年であり、それは先進治療によって５〜７年以上に延ばされ得る。多発性骨髄腫は米国では２番目に最も一般的な血液悪性腫瘍であり（非ホジキンリンパ腫に次いで）、癌すべての１％を構成する。

従って、多発性骨髄腫の治療効率を示すバイオマーカーを迅速に且つ信頼性を持って特定するニーズがある。

このニーズ及び他のニーズを満たすために、本明細書で提供されるのは多発性骨髄腫におけるヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）のバイオマーカー及びそのようなバイオマーカーの使用方法である。具体的には、バイオマーカーは、多発性骨髄腫のための薬剤特異的な、ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）またはＨＤＡＣ６のバイオマーカーＲＮＡである。

本発明の実施形態は、配列番号１〜２７から成る群から選択されるヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）バイオマーカーＲＮＡ（リボ核酸）に特異的に結合する検出剤と、配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡの発現レベルを測定するための指示書とを含む、多発性骨髄腫を有する対象にてＨＤＡＣ６阻害剤の治療効率を判定するためのキットを提供する。

本発明の別の実施形態は、多発性骨髄腫細胞または骨髄間質細胞と、配列番号１〜２７から成る群から選択されるヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）バイオマーカーＲＮＡ（リボ核酸）に特異的に結合する検出剤と、配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡの発現レベルを測定するための指示書とを含む、多発性骨髄腫の治療にて有用であるＨＤＡＣ６阻害剤を特定するためのキットを提供する。

特定の実施形態では、バイオマーカーＲＮＡは、配列番号１〜２３から成る群から選択される核酸配列を含むｍｉＲＮＡである。具体的な実施形態では、配列番号１〜１１から成る群から選択される核酸配列を含むｍｉＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって下方調節される。具体的な実施形態では、ｍｉＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって３倍以上、下方調節される。具体的な実施形態では、配列番号１２〜２３から成る群から選択される核酸配列を含むｍｉＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって上方調節される。具体的な実施形態では、ｍｉＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって３倍以上、上方調節される。

特定の実施形態では、バイオマーカーＲＮＡは配列番号２４〜２５から成る群から選択される核酸配列を含むｍＲＮＡである。具体的な実施形態では、配列番号２４の核酸配列を含むｍＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって下方調節される。具体的な実施形態では、ｍＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって２倍以上、下方調節される。具体的な実施形態では、配列番号２５の核酸配列を含むｍＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって上方調節される。具体的な実施形態では、ｍＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって２倍以上、上方調節される。

特定の実施形態では、バイオマーカーＲＮＡは配列番号２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含む低分子ノンコーディングＲＮＡである。具体的な実施形態では、配列番号２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含む低分子ノンコーディングＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって下方調節される。具体的な実施形態では、低分子ノンコーディングＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって２倍以上、下方調節される。

本発明の実施形態は、（ａ）治療上有効な量のヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）阻害剤を対象に投与することと、（ｂ）対象から生物試料を採取することと、（ｃ）試料において配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡ（リボ核酸）の量を測定することと、（ｄ）配列番号１〜１１、２４及び２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが下方調節される、及び／または配列番号１２〜２３及び２５から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが上方調節されるのであれば、ＨＤＡＣ６の治療が効率的であると結論付けることとを含む、対象にてＨＤＡＣ６の治療効率をモニターする方法を提供する。

具体的な実施形態では、ＨＤＡＣ６阻害剤は化合物Ａまたは化合物Ｄである。

具体的な実施形態では、試料は骨髄腫試料である。他の具体的な実施形態では、試料は骨髄試料である。

具体的な実施形態では、工程（ｄ）は、配列番号１〜１１から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが３倍以上、下方調節されるのであればＨＤＡＣ６の治療が効率的であると結論付けることを含む。

具体的な実施形態では、工程（ｄ）は、配列番号２４及び２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが２倍以上、上方調節されるのであればＨＤＡＣ６の治療が効率的であると結論付けることを含む。

具体的な実施形態では、工程（ｄ）は、配列番号１２〜２３から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが３倍以上、上方調節されるのであればＨＤＡＣ６の治療が効率的であると結論付けることを含む。

具体的な実施形態では、工程（ｄ）は、配列番号２５から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが２倍以上、上方調節されるのであればＨＤＡＣ６の治療が効率的であると結論付けることを含む。

方法のさらに別の実施形態では、方法はさらに、工程３でＨＤＡＣ６の治療が効率的ではないと判定されれば、追加のＨＤＡＣ６阻害剤で対象を治療する工程（ｅ）を含んでもよい。

本発明の実施形態は、配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むバイオマーカーリボ核酸（ＲＮＡ）を提供する。

定義
特に定義されない限り、本明細書で使用される専門用語及び科学用語はすべて当業者によって共通して理解されるものと同じ意味を有する。

冠詞「ａ」及び「ａｎ」は冠詞の文法的目的の１以上（すなわち、少なくとも１）を指すように本明細書で使用される。例として「ａバイオマーカー」は１つのバイオマーカーまたは１を超えるバイオマーカーを意味する。

用語「約」は一般に、値の１０％、５％または１％以下の見込まれる変動を示す。たとえば、「約２５ｍｇ／ｋｇ」は一般に最も広い意味で２２．５〜２７．５ｍｇ／ｋｇ、すなわち、２５±２．５ｍｇ／ｋｇの値を示すであろう。

用語「投与する」または「投与」は、物質が体外に存在するのでその物質（たとえば、本発明の製剤）を、たとえば、粘膜、皮内、静脈内、筋肉内への送達によって、及び／または本明細書で記載される若しくは当該技術で既知の物理送達の他の方法によって、患者に注入するまたはさもなければ物理的に送達する行為を指す。疾患またはその症状が治療されている場合、物質の投与は通常、疾患またはその症状の発症後に生じる。疾患またはその症状が予防されている場合、物質の投与は通常、疾患またはその症状の発症前に生じる。

用語「アルキル」は、特定の実施形態ではそれぞれ、１〜６の間、または１〜８の間の炭素原子を含有する飽和した直鎖または分岐鎖の炭化水素部分を指す。Ｃ_１−６アルキル部分の例には、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ネオペンチル、ｎ−ヘキシルの部分が挙げられるが、これらに限定されず；Ｃ_１−８アルキル部分の例には、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ｎ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ネオペンチル、ｎ−ヘキシル、ヘプチル、及びオクチルの部分が挙げられるが、これらに限定されない。

アルキル置換基における炭素原子の数は、接頭辞「Ｃ_ｘ-ｙ」によって示すことができ、その際、ｘは置換基における炭素原子の最小数であり、ｙは最大数である。同様に、Ｃｘ鎖はｘ個の炭素原子を含有するアルキル鎖を意味する。

用語「アルコキシ」は−Ｏ−アルキル部分を指す。

用語「シクロアルキル」または「シクロアルキレン」は、単環式または多環式の飽和または部分不飽和の炭素環の環化合物に由来する一価の基を示す。Ｃ_３−Ｃ_８−シクロアルキル例には、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル及びシクロオクチルが挙げられるが、これらに限定されず；Ｃ_３−Ｃ_１２−シクロアルキルの例には、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、ビシクロ［２．２．１］ヘプチル、及びビシクロ［２．２．２］オクチルが挙げられるが、これらに限定されない。熟考されるのはまた、単一の水素原子の取り外しによる少なくとも１つの炭素／炭素二重結合を有する単環式または多環式の炭素環の環化合物に由来する一価の基である。そのような基の例には、シクロプロペニル、シクロブテニル、シクロペンテニル、シクロヘキセニル、シクロヘプテニル、シクロオクテニル等が挙げられるが、これらに限定されない。

用語「アリール」は、フェニル、ナフチル、テトラヒドロナフチル、インダニル、インデニル等を含むが、これらに限定されない１以上の縮合したまたは縮合しない芳香環を有する単環式または多環式の炭素環の環系を指す。一部の実施形態では、アリール基は６個の炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール基は６〜１０の炭素原子を有する。一部の実施形態では、アリール基は６〜１６の炭素原子を有する。

用語「ヘテロアリール」は、少なくとも１つの芳香環を有する単環式または多環式の（たとえば、二環式、または三環式以上）縮合したまたは縮合しない部分または環系を指し、その際、環形成原子の１以上が、たとえば、酸素、イオウ、または窒素のようなヘテロ原子である。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は、約１〜６の炭素原子を有し、さらなる実施形態では、１〜１５の炭素原子を有する。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は５〜１６の環原子を含有し、そのうち１つの環原子は酸素、イオウ及び窒素から選択され；ゼロ、１、２、または３の環原子は酸素、イオウ及び窒素から独立して選択される追加のヘテロ原子であり；残りの環原子は炭素である。ヘテロアリールには、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピロリル、ピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、チアジアゾリル、オキサジアゾリル、チオフェニル、フラニル、インドリル、キノリル、イソキノリニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、キノキサリニル、アクリジニル等が挙げられるが、これらに限定されない。

用語「ハロ」は、フッ素、塩素、臭素及びヨウ素のようなハロゲンを指す。

用語「ＨＤＡＣ」はヒストン脱アセチル化酵素を指し、それはコアヒストンにてリジン残基からアセチル基を取り外すので、濃縮され、転写上サイレントにされたクロマチンの形成をもたらす酵素である。現在、４つの群に分類される１８の既知のヒストン脱アセチル化酵素がある。ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２、ＨＤＡＣ３、及びＨＤＡＣ８を含むクラスＩのＨＤＡＣは、酵母のＲＰＤ３遺伝子に関係する。ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＨＤＡＣ６、ＨＤＡＣ７、ＨＤＡＣ９、及びＨＤＡＣ１０を含むクラスＩＩのＨＤＡＣは、酵母のＨｄａ１遺伝子に関係する。サーチュインとしても知られるクラスＩＩＩのＨＤＡＣはＳｉｒ２遺伝子に関係し、ＳＩＲＴ１−７を含む。ＨＤＡＣ１１のみを含有するクラスＩＶのＨＤＡＣは、クラスＩ及びクラスＩＩのＨＤＡＣ双方の特徴を有する。用語「ＨＤＡＣ」は、特定されない限り、１８の既知のヒストン脱アセチル化酵素のいずれか１以上を指す。

用語「ＨＤＡＣ６に特異的な」は、ＨＤＡＣ１またはＨＤＡＣ２のようなＨＤＡＣ酵素の他の型に比べて、たとえば、５×、１０×、１５×、２０×以上のように実質的に大きな程度に、化合物がＨＤＡＣ６に結合することを意味する。すなわち、化合物はＨＤＡＣ酵素の他の型よりもＨＤＡＣ６に対して選択性である。たとえば、１０ｎＭのＩＣ_５０でＨＤＡＣ６に結合し、且つ５０ｎＭのＩＣ_５０でＨＤＡＣ１に結合する化合物はＨＤＡＣ６に特異的である。一方、５０ｎＭのＩＣ_５０でＨＤＡＣ６に結合し、且つ６０ｎＭのＩＣ_５０でＨＤＡＣ１に結合する化合物はＨＤＡＣ６に特異的ではない。

用語「阻害剤」は用語「アンタゴニスト」と同義である。

用語「生物試料」は一般に個体、体液、細胞株、組織培養物、または他の供給源から得られる生物試料を意味するべきである。体液は、たとえば、血液、リンパ液、血清、血漿、尿、精液、滑液、及び脊髄液である。哺乳類から組織生検及び体液を得る方法は当該技術で周知である。用語「試料」が単独で使用されるのであれば、それは依然として、「試料」が「生物試料」であること、すなわち、用語は相互交換可能に使用されることを意味するべきである。

用語「組成物」及び「製剤」は、任意で特定された量での特定された成分（たとえば、ＨＤＡＣ阻害剤）を含有する製品、と同様に任意で特定された量での特定された成分の組み合わせから直接または間接的に生じる製品を包含するように意図される。

用語「賦形剤」は薬剤のための希釈剤、溶媒、保存剤、結合剤、安定剤等として一般に使用される不活性物質を指し、それには、タンパク質（たとえば、血清アルブミン等）、アミノ酸（たとえば、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、ヒスチジン等）、脂肪酸及びリン脂質（たとえば、アルカリスルホネート、カプリル酸塩等）、界面活性剤（たとえば、ＳＤＳ、ポリソルベート、非イオン性界面活性剤等）、糖類（たとえば、スクロース、マルトース、トレハロース等）及びポリオール（たとえば、マンニトール、ソルビトール等）が挙げられるが、これらに限定されない。その全体が参照によって本明細書に組み入れられるＲｅｍｉｎｇｔｏｎのＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（１９９０），Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．も参照のこと。

語句「ＨＤＡＣ阻害剤による治療に応答する」または「ＨＤＡＣ６阻害剤による治療に応答する」または類似の語句は、ＨＤＡＣ阻害剤（たとえば、ＨＤＡＣ６阻害剤）による治療からまたは治療の結果、たとえば、癌のような疾患または状態を患う患者に付与される臨床利益を指す。臨床利益には、ＨＤＡＣ阻害剤による治療からのまたは治療の結果としての、完全寛解、部分寛解、安定な疾患（進行しない）、無増悪生存、無病生存、（病勢）進行までの時間における改善、死亡までの時間における改善、または患者の生存時間全体の改善が挙げられる。治療法に対する応答を判定するための基準があり、それらの基準によって代替治療との有効性の比較が可能になる（Ｓｌａｐａｋ及びＫｕｆｅ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，ｉｎ Ｈａｒｒｉｓｏｎｓ’ｓ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，第１３版．Ｉｓｓｅｌｂａｃｈｅｒら，ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，Ｉｎｃ．，１９９４）。たとえば、癌の完全応答または完全寛解は検出可能な悪性疾患すべての消失である。癌の部分応答または部分寛解は、たとえば、１以上の病変の直交に交わる最大径の生成物の約５０％の縮小、または病変のサイズが増えない若しくは新しい病変が出現しない場合であってもよい。

用語「癌の進行」は、転移、癌の再発、１つの病変の直交に交わる最大径の生成物の約２５％の増大、または新しい病変の出現を含み、それらを指してもよい。癌の進行は、癌の再発または転移が減る、遅い、遅延する、または妨げられるならば、「抑制される」。

用語「バイオマーカーＲＮＡ」は多発性骨髄腫における治療効率の有用な指標であるＲＮＡである。

「キット」は、バイオマーカーＲＮＡを特異的に検出するための少なくとも１つの試薬、たとえば、検出剤を含む製品（たとえば、包装または容器）である。

用語「ｍＲＮＡ」は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであるメッセンジャーＲＮＡを指す。従来、ｍＲＮＡの基本成分には、少なくともコーディング領域、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、５’キャップ及びポリＡテールが含まれる。メッセンジャーＲＮＡはＤＮＡからリボソームに遺伝情報を運ぶＲＮＡ分子の大きなファミリーであり、それらは遺伝子発現のタンパク質産物のアミノ酸配列を特定する。ＲＮＡポリメラーゼによる一次転写物ｍＲＮＡ（プレ−ｍＲＮＡ）の転写に続いて、プロセッシングされた成熟ｍＲＮＡはタンパク質に翻訳される。

用語「ｍｉＲＮＡ」は植物及び動物にて見いだされた、遺伝子発現の転写調節及び転写後調節で機能する低分子ノンコーディングＲＮＡ（約２２のヌクレオチド）であるマイクロＲＮＡを指す。真核細胞の核ＤＮＡにコードされて、ｍｉＲＮＡはｍＲＮＡ分子内の相補性配列との塩基対合を介して機能し、普通、転写抑制または標的分解を介して遺伝子のサイレンシングを生じる。ヒトのゲノムは１０００を超えるｍｉＲＮＡをコードしてもよく、それは哺乳類遺伝子の約６０％を標的とする可能性があり、多数のヒト細胞型にて豊富である。

用語「ノンコーディングＲＮＡ」はタンパク質に翻訳されない機能的なＲＮＡ分子を指す。あまり頻繁には使用されない同義語は、非タンパク質コーディングＲＮＡ（ｎｐｃＲＮＡ）、非メッセンジャーＲＮＡ（ｎｍＲＮＡ）及び機能的ＲＮＡ（ｆＲＮＡ）である。用語、小分子ＲＮＡ（ｓＲＮＡ）は短分子ｎｃＲＮＡについて使用されることが多い。ノンコーディングＲＮＡが転写されるＤＮＡ配列はＲＮＡ遺伝子と呼ばれることが多い。ノンコーディングＲＮＡ遺伝子には、たとえば、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）及びリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、と同様たとえば、ｓｎｏＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｅｘＲＮＡ、及びｐｉＲＮＡのようなＲＮＡ並びにたとえば、Ｘｉｓｔ及びＨＯＴＡＩＲのような例を含む長鎖ｎｃＲＮＡのような高度に豊富で且つ機能的に重要なＲＮＡが挙げられる。ヒトのゲノム内にコードされるｎｃＲＮＡの数は未知であるが、最近のトランスクリプトーム及びバイオインフォマティクスの研究は、何千ものｎｃＲＮＡの存在を示唆している。新しく特定されたｎｃＲＮＡの多くはその機能について検証されていないので、多数が機能的ではない可能性がある。

用語「核酸」は、デオキシヌクレオチド、リボヌクレオチド、または修飾されたヌクレオチド、及び一本鎖または二本鎖の形態でのそれらのポリマーを指す。その用語は、合成である、天然に存在する及び天然に存在しない、参照核酸に類似する結合特性を有する、且つ参照ヌクレオチドに類似する方法で代謝される既知のヌクレオチド類似体または修飾された主鎖残基または結合を含有する核酸を包含する。そのような類似体の例には限定しないで、ホスホロチオエート、ホスホルアミダイト、ホスホン酸メチル、キラルホスホン酸メチル、２−Ｏ−メチルリボヌクレオチド及びペプチド核酸（ＰＮＡ）が挙げられる。

用語「ヌクレオチド」は、当該技術で認識されるように使用されて、且つ天然の塩基（標準）及び修飾された塩基を含む。そのような塩基は一般にヌクレオチドの糖部分の１’位に位置する。ヌクレオチドは一般に塩基、糖及びリン酸基を含む。ヌクレオチドは糖部分、リン酸部分及び／または塩基部分で未修飾であることができ、又は修飾することができる（相互交換可能に、ヌクレオチド類似体、修飾されたヌクレオチド、非天然のヌクレオチド、非標準のヌクレオチド等とも呼ばれ、たとえば、そのそれぞれが全体として参照によって本明細書に組み入れられるＥｃｋｓｔｅｉｎら，ＷＯ９２／０７０６５；及びＵｓｍａｎら，ＷＯ９３１１５１８７を参照のこと）。Ｌｉｍｂａｃｈら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２２：２１８３，１９９４によって要約されたように当該技術で既知の修飾された核酸塩基の幾つかの例がある。核酸分子に導入することができる塩基修飾の非限定例の一部には、ヒポキサンチン、プリン、ピリジン−４−オン、ピリジン−２−オン、フェニル、偽ウラシル、２,４,６−トリメトキシベンゼン、３−メチルウラシル、ジヒドロウリジン、ナフチル、アミノフェニル、５−アルキルシチジン（たとえば、５−メチルシチジン）、５−アルキルウリジン（たとえば、リボチミジン）、５−ハロウリジン（たとえば、５−ブロモウリジン）または６−アザピリミジンまたは６−アルキルピリミジン（たとえば、６−メチルウリジン）、プロピン等が挙げられる（Ｂｕｒｇｉｎら，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３５：１４０９０，１９９６）。

用語「修飾された塩基」は１’位でのアデニン、グアニン、シトシン、チミジン及びウラシルまたはその同等物以外のヌクレオチド塩基を意味する。

用語「修飾されたヌクレオチド」はヌクレオシド、核酸塩基、ペントース環またはリン酸基に対して１以上の修飾を有するヌクレオチドを指す。たとえば、修飾されたヌクレオチドは、アデノシン一リン酸、グアノシン一リン酸、ウリジン一リン酸、及びシチジン一リン酸を含有するリボヌクレオチド、並びにデオキシアデノシン一リン酸、デオキシグアノシン一リン酸、デオキシチミジン一リン酸及びデオキシシチジン一リン酸を含有するデオキシリボヌクレオチドを除外する。修飾には、たとえば、メチルトランスフェラーゼのような、ヌクレオチドを修飾する酵素による修飾の結果生じる天然に存在するものが含まれる。修飾されたヌクレオチドには、合成のヌクレオチドまたは天然に存在しないヌクレオチドも含まれる。ヌクレオチドにおける合成の修飾または天然に存在しない修飾には、２’修飾、たとえば、２’−メトキシエトキシ、２’−フルオロ、２’−アリル、２’−Ｏ−［２−（メチルアミノ）−２−オキソエチル］、４’−チオ、４’−ＣＨ_２−Ｏ−２’−架橋、４’−（ＣＨ_２）_２−Ｏ−２’−架橋、２’−ＬＮＡ、及び２’−Ｏ−（Ｎメチルカルバメート）によるもの、または塩基類似体を含むものが挙げられる。本明細書で記載される２’−修飾されたヌクレオチドと関連して、用語「アミノ」は、修飾することができ、または未修飾であることができる２’-ＮＨ_２または２’−Ｏ−ＮＨ_２を意味する。そのような修飾された基は、たとえば、Ｅｃｋｓｔｅｉｎら，ＵＳ５，６７２，６９５及びＭａｔｕｌｉｃ−Ａｄａｍｉｃら，ＵＳ６，２４８，８７８にて記載されている。

用語「塩基類似体」は、核酸二本鎖に取り込むことができる修飾されたヌクレオチドにおけるヌクレオチドの糖部分の１’位（または核酸二本鎖に取り込むことができるヌクレオチドの糖部分の置換における同等の位置）に位置するヘテロ環部分を指す。塩基類似体は一般に、共通の塩基、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）及びウラシル（Ｕ）を除外するプリン塩基またはピリミジン塩基のいずれかである。塩基類似体はｄｓＮＡにて他の塩基または塩基類似体と二本鎖を形成することができる。塩基類似体には本発明の化合物及び方法で有用なものが含まれ、たとえば、そのそれぞれが全体として参照によって本明細書に組み入れられる、ＢｅｎｎｅｒへのＵＳ５，４３２，２７２及びＵＳ６，００１，９８３及びＭａｎｏｈａｒａｎへのＵＳ２００８／０２１３８９１にて開示されたものが含まれる。塩基の非限定例には、ヒポキサンチン（Ｉ）、キサンチン（Ｘ）、３−β−Ｄ−リボフラノシル−（２，６−ジアミノピリミジン）（Ｋ）、３−β−Ｄ−リボフラノシル−（１−メチル−ピラゾロ［４，３−ｄ］ピリミジン−５，７（４Ｈ，６Ｈ）−ジオン）（Ｐ）、イソ−シトシン（イソ−Ｃ）、イソ−グアニン（イソ−Ｇ）、１−β−Ｄ−リボフラノシル−（５−ニトロインドール）、１−β−Ｄ−リボフラノシル−（３−ニトロピロール）、５−ブロモウラシル、２−アミノプリン、４−チオ−ｄＴ、７−（２−チエニル）−イミダゾ［４，５−ｂ］ピリジン（Ｄｓ）及びピロール−２−カルボアルデヒド（Ｐａ）、２−アミノ−６−（２−チエニル）プリン（Ｓ）、２−オキサピリジン（Ｙ）、ジフルオロトリル、４−フルオロ−６−メチルベンズイミダゾール、４−メチルベンズイミダゾール、３−メチルイソカルボスチリリル、５−メチルイソカルボスチリリル、及び３−メチル−７−プロピニルイソカルボスチリリル、７−アザインドリル、６−メチル−７−アザインドリル、イミジゾピリジニル、９−メチル−イミジゾピリジニル、ピロロピリジニル、イソカルボスチリリル、７−プロピニルイソカルボスチリリル、プロピニル−７−アザインドリル、２，４，５−トリメチルフェニル、４−メチルインドリル、４、６−ジメチルインドリル、フェニル、ナフタレニル、アントラセニル、フェナントラセニル、ピレニル、スチルベンジル、テトラセニル、ペンタセニル、及びそれらの構造的誘導体が挙げられる（Ｓｃｈｗｅｉｔｚｅｒら，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，５９：７２３８−７２４２（１９９４）；Ｂｅｒｇｅｒら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２８（１５）：２９１１−２９１４（２０００）；Ｍｏｒａｎら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１９：２０５６−２０５７（１９９７）；Ｍｏｒａｌｅｓら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２１：２３２３−２３２４（１９９９）；Ｇｕｃｋｉａｎら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１８：８１８２−８１８３（１９９６）；Ｍｏｒａｌｅｓら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２２（６）：１００１−１００７（２０００）；ＭｃＭｉｎｎら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２１：１１５８５−１１５８６（１９９９）；Ｇｕｃｋｉａｎら，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，６３：９６５２−９６５６（１９９８）；Ｍｏｒａｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，９４：１０５０６−１０５１１（１９９７）；Ｄａｓら，Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，Ｐｅｒｋｉｎ Ｔｒａｎｓ．，１：１９７−２０６（２００２）；Ｓｈｉｂａｔａら，Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，Ｐｅｒｋｉｎ Ｔｒａｎｓ．，１：１６０５−１６１１（２００１）；Ｗｕら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２２（３２）：７６２１−７６３２（２０００）；Ｏ’Ｎｅｉｌｌら，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，６７：５８６９−５８７５（２００２）；Ｃｈａｕｄｈｕｒｉら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１７：１０４３４−１０４４２（１９９５）；及びＵＳ６，２１８，１０８）。塩基類似体はユニバーサル塩基であってもよい。

用語「ユニバーサル塩基」は、核酸二本鎖に存在する場合、二本鎖らせん構造（たとえば、リン酸主鎖の構造）を変えることなく１を超える型の塩基の反対側に位置することができる、修飾されたヌクレオチドにおけるヌクレオチドの糖部分の１’位またはヌクレオチドの糖部分の置換における同等の位置に位置付けられるヘテロ環部分を指す。さらに、ユニバーサル塩基は、それが標的核酸に二本鎖化するように存在する一本鎖核酸の能力を破壊しない。標的核酸を二本鎖化するユニバーサル塩基を含有する一本鎖核酸の能力は当業者に明らかな方法（たとえば、ＵＶ吸光度、円偏光二色性、ゲルシフト、一本鎖ヌクレアーゼの感度等）によってアッセイすることができる。さらに、二本鎖形成が観察される条件を変化させて二本鎖の安定性または形成を測定してもよく、たとえば、融解温度（Ｔ_ｍ）としての温度は核酸二本鎖の安定性に相関する。標的核酸に対して正確に相補性である参照一本鎖核酸と比べて、ユニバーサル塩基を含有する一本鎖核酸は、相補性の核酸によって形成された二本鎖よりも低いＴ_ｍを有する標的核酸と二本鎖を形成する。しかしながら、ユニバーサル塩基が塩基で置換されて単一のミスマッチを生じている参照一本鎖核酸と比べて、ユニバーサル塩基を含有する一本鎖核酸は、ミスマッチ塩基を有する核酸によって形成された二本鎖よりも高いＴ_ｍを有する標的核酸と二本鎖を形成する。

一部のユニバーサル塩基は、塩基対形成の条件下でユニバーサル塩基と塩基グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）及びウラシル（Ｕ）のすべてとの間で水素結合を形成することによって塩基対合することが可能である。ユニバーサル塩基はたった１つの単一の相補性塩基との塩基対を形成する塩基ではない。二本鎖では、ユニバーサル塩基は、二本鎖の対向する鎖におけるそれに対抗するＧ、Ｃ、Ａ、Ｔ及びＵのそれぞれと水素結合を形成しなくてもよく、水素結合を１つ形成してもよく、または１を超える水素結合を形成してもよい。好ましくは、ユニバーサル塩基は二本鎖の対向する鎖におけるそれに対抗する塩基とは相互作用しない。二本鎖では、ユニバーサル塩基との塩基対合は、リン酸主鎖の二本鎖らせん構造を変えることなく生じる。ユニバーサル塩基はスタッキング相互作用によって同じ核酸鎖上の隣接ヌクレオチドにおける塩基とも相互作用してもよい。そのようなスタッキング相互作用は、特に、ユニバーサル塩基が二本鎖の対向する鎖におけるそれに対向して位置付けられた塩基との水素結合を形成しない状況では、二本鎖を安定化する。ユニバーサル結合のヌクレアーゼヌクレオチドの非限定例には、イノシン、１−β−Ｄ−リボフラノシル−５−ニトロインドール、及び／または１−β−Ｄ−リボフラノシル−３−ニトロピロールが挙げられる（ＵＳ２００７０２５４３６２；Ｖａｎ Ａｅｒｓｃｈｏｔら，Ａｎ ａｃｙｃｌｉｃ ５−ｎｉｔｒｏｉｎｄａｚｏｌｅ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ａｎａｌｏｇｕｅ ａｓ ａｍｂｉｇｕｏｕｓ ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９５；２３（２１）：４３６３−７０；Ｌｏａｋｅｓら，３−Ｎｉｔｒｏｐｙｒｒｏｌｅ ａｎｄ ５−ｎｉｔｒｏｉｎｄｏｌｅ ａｓ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｂａｓｅｓ ｉｎ ｐｒｉｍｅｒｓ ｆｏｒ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ ＰＣＲ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９５；２３（１３）：２３６１−６；Ｌｏａｋｅｓ及びＢｒｏｗｎ，５−Ｎｉｔｒｏｉｎｄｏｌｅ ａｓ ａ ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｂａｓｅ ａｎａｌｏｇｕｅ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９４；２２（２０）：４０３９−４３）。

用語「オリゴヌクレオチド」は一本鎖核酸分子を意味する。オリゴヌクレオチドはリボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド（たとえば、２’修飾を伴うヌクレオチド、合成塩基類似体等）、またはそれらの組み合わせを含んでもよい。そのような修飾されたオリゴヌクレオチドは、たとえば、高い細胞取り込み及びヌクレアーゼの存在下での高い安定性のような特性のためにネイティブ形態よりも好まれ得る。

用語「リボヌクレオチド」は天然の及び合成の、未修飾の及び修飾されたリボヌクレオチドを包含する。修飾には、糖部分に対する、塩基部分に対する、及び／またはオリゴヌクレオチドにおけるリボヌクレオチド間の結合に対する変化が挙げられる。本明細書で使用されるとき、用語「リボヌクレオチド」は特に、２’リボース環の位置で単一のプロトン基を持つヌクレオチドであるデオキシリボヌクレオチドを排除する。

用語「デオキシリボヌクレオチド」は、天然の及び合成の、未修飾の及び修飾されたデオキシリボヌクレオチドを包含する。修飾には、糖部分に対する、塩基部分に対する、及び／またはオリゴヌクレオチドにおけるデオキシリボヌクレオチド間の結合に対する変化が挙げられる。

用語「小分子」は、実験室で合成されるまたは自然界で見いだされる非ペプチドの、非オリゴマーの有機化合物を指す。小分子は本明細書で使用されるとき、「天然物様」である化合物を指すことができるが、用語「小分子」は「天然物様」の化合物に限定されない。むしろ、小分子は通常、この特徴付けが本発明の目的を限定するように意図されることはないが、幾つかの炭素／炭素結合を含有し、１５００未満の分子量を有することを特徴とする。自然界に存在する「小分子」の例にはタキソール、ジネミシン及びラパマイシンが挙げられるが、これらに限定されない。特定の他の好まれる実施形態では、天然物様の小分子が利用される。

用語「単離される」、「精製される」または「生物学的に純粋な」は、そのネイティブな状態で見いだされるような通常それに伴う成分を実質的にまたは本質的に含まない物質を指す。純度及び均質性は通常、たとえば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動または高速液体クロマトグラフィのような分析化学の技法を用いて決定される。特に実施形態では、化合物は少なくとも８５％純粋であり、さらに好ましくは少なくとも９０％純粋であり、さらに好ましくは少なくとも９５％純粋であり、最も好ましくは少なくとも９９％純粋である。

用語「ＲＮＡ」はリボ核酸を指す。ＲＮＡは核酸で構成される。ＲＮＡはヌクレオチドの鎖として組み立てられ、普通、一本鎖である。

用語「特異的に結合する」は、特定のＲＮＡに結合するが、他のＲＮＡには結合しないことを指す。

用語「治療法」は、疾患の予防、管理、治療及び／または改善に使用することができるプロトコール、方法及び／または作用剤を指す。

用語「治療上有効な量」は、対象にて測定可能な効果を生じる薬剤の量、たとえば、腫瘍細胞を殺傷するまたはその増殖を阻害するのに有効な量を意味する。

「治療する」、「治療すること」及び「治療」は疾患及び／または付随する症状を緩和するまたは弱める方法を指す。

用語「治療効率」は、薬剤がどのように上手く役目を果たすのか、すなわち、どのように上手く標的に作用して治療効果を生じるのかを意味する。
ｍｉＲＮＡ／ｍＲＮＡのアレイ

ヒトｍｉＲＮｏｍｅ完全ＲＴ^２ｍｉＲＮＡのＰＣＲアレイは、Ｓａｎｇｅｒ ｍｉＲＢａｓｅ Ｒｅｌｅａｓｅ１４によって注釈がつけられたように、ヒトｍｉＲＮＡゲノム（ｍｉＲＮｏｍｅ）における７５２の最も豊富に発現されており、且つ最も特徴付けられているマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）配列の発現を描いている。

Ｉｌｌｕｍｉｎａ遺伝子発現Ｂｅａｄｃｈｉｐの内容は、上手く特徴付けられた遺伝子、遺伝子候補及びスプライス変異体のゲノムの広さの転写適用範囲を提供する。ＢｅａｄＣｈｉｐの各アレイは、全米バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）のＲｅｆＳＥｑリリース３８（２００９年１１月７日）及び他の供給源に由来する４７，０００を超えるプローブを標的とする。
ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）阻害剤

本明細書でのｍｉＲＮＡ／ｍＲＮＡのアレイ法及びその実施例で有用なＨＤＡＣ阻害剤は、たとえば、小分子有機化合物、抗体、ｓｉＲＮＡ、アプタマー、核酸、タンパク質またはペプチドのような任意のＨＤＡＣ阻害剤であることができる。好ましくは、ＨＤＡＣ阻害剤は小分子有機化合物である。

好ましくは、ＨＤＡＣ阻害剤はＨＤＡＣ６阻害剤である。これは、ＨＤＡＣ阻害剤がＨＤＡＣの他の形態よりもＨＤＡＣ６を選択的に阻害することを意味する。

一部の実施形態では、ＨＤＡＣ６に特異的な阻害剤は式Ｉ：

の化合物または薬学上許容可能なその塩であり、式中、
環Ｂはアリールまたはヘテロアリールであり、
Ｒ_１は、そのそれぞれがＯＨ、ハロ、またはＣ_１−６アルキルによって任意で置換されてもよいアリールまたはヘテロアリールであり、
ＲはＨまたはＣ_１−６アルキルである。

式Ｉの代表的な化合物には

または薬学上許容可能なその塩が挙げられるが、これらに限定されない。

式Ｉに係る選択的ＨＤＡＣ６阻害剤の調製及び特性は、その全体的な内容が参照によって本明細書に組み入れられるＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２１９８２にて提供されている。

他の実施形態では、ＨＤＡＣ６に特異的な阻害剤は式ＩＩ

の化合物または薬学上許容可能なその塩であり、式中、
Ｒ_ｘ及びＲ_ｙはそれぞれ結合される炭素と一緒に、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、またはシクロオクチルを形成し；
Ｒ_Ａはそれぞれ独立してＣ_１−６−アルキル、Ｃ_１−６−アルコキシ、ハロ、ＯＨ、−ＮＯ_２、−ＣＮ、または−ＮＨ_２であり；且つ
ｍは０、１、または２である。

式ＩＩの代表的な化合物には

または薬学上許容可能なその塩が挙げられるが、これらに限定されない。

式ＩＩに係る選択的ＨＤＡＣ６阻害剤の調製及び特性は、その全体的な内容が参照によって本明細書に組み入れられるＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０６０７９１にて提供されている。

ＨＤＡＣ阻害剤は以下の特性の１以上を有する：化合物は少なくとも１つのヒストン脱アセチル化酵素を阻害することが可能である；化合物はＨＤＡＣ６を阻害することが可能である；化合物は選択的なＨＤＡＣ６阻害剤である；化合物はＨＤＡＣ６のポリユビキチン結合ドメインに結合する；化合物は癌細胞（特に、多発性骨髄腫細胞、非ホジキンリンパ腫（ＮＭＬ）細胞、乳癌細胞、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）細胞）にてアポトーシスを誘導することが可能である；及び／または化合物はアグリソーム形成を阻害することが可能である。

ＨＤＡＣ阻害剤は、金属結合部分、好ましくは、たとえば、ヒドロキサム酸塩のような亜鉛結合部分を含んでもよい。特定のヒドロキサム酸塩は、ＨＤＡＣ６活性の強力な阻害剤であり；理論に束縛されることを望まないで、これらヒドロキサム酸塩の有効性は少なくとも部分的には化合物の亜鉛を結合する能力によるものと考えられる。ＨＤＡＣ阻害剤は、アグリソーム経路に関与する生物標的、たとえば、チューブリン脱アセチル化酵素（ＴＤＡＣ）の活性またはＨＤＡＣ、たとえば、ＨＤＡＣ６の活性を有する生物標的について選択性を付与することができる少なくとも１つの部分または領域を含んでもよい。従って、一部のＨＤＡＣ阻害剤には、生物標的に結合することに関与する分子の他の部分から間隔を空けて亜鉛結合部分が含まれる。
バイオマーカー

本明細書の実施例で示されるように、ｍｉＲＮＡ／ｍＲＮＡアレイ法を用いて特定のセットの細胞が何故殺傷されるのかを我々に知らせてくれるバイオマーカーを特定してもよい。すなわち、バイオマーカーは骨髄腫においてＨＤＡＣ阻害剤及び細胞死を示す。

細胞のそのセットは細胞の対照群と細胞の試験群とを含有してもよい。細胞のこのセットによって特定の薬剤が特定の型の癌細胞でどのように機能するのかを決定するのが可能になる。

態様の１つでは、本明細書で提供されるのは、多発性骨髄腫のためのヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ６）のバイオマーカーＲＮＡである。バイオマーカーＲＮＡは配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含む。

一実施形態では、バイオマーカーＲＮＡは、配列番号１〜２３から成る群から選択される核酸配列を含むｍｉＲＮＡである。

配列番号１〜１１から成る群から選択される核酸配列を含むｍｉＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤（たとえば、化合物Ｄ）によって下方調節することができる。具体的な実施形態では、それらのｍｉＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって３倍以上、下方調節される。

配列番号１２〜２３から成る群から選択される核酸配列を含むｍｉＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤（たとえば、化合物Ｄ）によって上方調節することができる。具体的な実施形態では、それらのｍｉＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって３倍以上、上方調節される。

別の実施形態では、バイオマーカーＲＮＡは配列番号２４〜２５から成る群から選択される核酸配列を含むｍＲＮＡである。

配列番号２４の核酸配列を含むｍＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤（たとえば、化合物Ｄ）によって下方調節することができる。具体的な実施形態では、ｍＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって２倍以上、下方調節される。

配列番号２５の核酸配列を含むｍＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤（たとえば、化合物Ｄ）によって上方調節することができる。具体的な実施形態では、ｍＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって２倍以上、上方調節される。

さらに別の実施形態では、バイオマーカーＲＮＡは配列番号２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含む低分子ノンコーディングＲＮＡである。

配列番号２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含む低分子ノンコーディングＲＮＡは、ＨＤＡＣ６阻害剤（たとえば、化合物Ｄ）によって下方調節することができる。具体的な実施形態では、低分子ノンコーディングＲＮＡはＨＤＡＣ６阻害剤によって２倍以上、下方調節される。

好ましくは、バイオマーカーは表１におけるＲＮＡから選択される。
キット

本発明の特定の実施形態は、ヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）阻害剤を特定するために、または薬剤特異的な及び／または疾患特異的なバイオマーカーを特定するために実験方法にて使用されてもよいキットを含む。

本発明の実施形態は、配列番号１〜２７から成る群から選択されるヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）のバイオマーカーＲＮＡ（リボ核酸）に特異的に結合する検出剤と、配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡの発現レベルを測定するための指示書とを含む、多発性骨髄腫を有する対象にてＨＤＡＣ６阻害剤の治療効率を判定するためにキットを提供する。ＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡは本明細書で提供されるようなＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡの１つであることができる。細胞は骨髄腫細胞（たとえば、ＭＭ．１ＳまたはＲＰＭＩ８２２６）または骨髄間質細胞（たとえば、ＨＳ−５）であることができる。

本発明の実施形態は、配列番号１〜２７の核酸の少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、または少なくとも２７から成るヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）バイオマーカーＲＮＡ（リボ核酸）に特異的に結合する１以上の検出剤と、配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡの発現レベルを測定するための指示書とを含む、多発性骨髄腫を有する対象にてＨＤＡＣ６阻害剤の治療効率を判定するためのキットを提供する。細胞は骨髄腫細胞（たとえば、ＭＭ．１ＳまたはＲＰＭＩ８２２６）または骨髄間質細胞（たとえば、ＨＳ−５）であることができる。

本発明の別の実施形態は、多発性骨髄腫細胞または骨髄間質細胞と、配列番号１〜２７から成る群から選択されるヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）バイオマーカーＲＮＡ（リボ核酸）に特異的に結合する検出剤と、配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡの発現レベルを測定するための指示書とを含む、多発性骨髄腫の治療に有用であるＨＤＡＣ６阻害剤を特定するためのキットを提供する。骨髄腫細胞は、ＭＭ．１Ｓ細胞またはＲＰＭＩ８２２６細胞であることができる。骨髄間質細胞はＨＳ−５細胞であることができる。
方法

本発明の実施形態は、対象における薬剤の治療効率をモニターする方法を提供する。対象は細胞または哺乳類であることができる。好ましくは薬剤はＨＤＡＣ６阻害剤である。

態様の１つでは、本明細書で提供されるのは、
（ａ）治療上有効な量のヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）阻害剤を対象に投与することと、
（ｂ）対象から生物試料を採取することと、
（ｃ）試料にて配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡの量を測定することと、
（ｄ）配列番号１〜１１、２４及び２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが下方調節されるならば、及び／または配列番号１２〜２３及び２５から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが上方調節されるならば、ＨＤＡＣ６の治療が効率的であると結論付けることとを含む、対象にてＨＤＡＣ６阻害剤の治療効率をモニターする方法である。

方法は、対象が受けているＨＤＡＣ治療が効率的であるかどうかをモニターするであろう。すなわち、方法はＨＤＡＣ６の阻害及び細胞死を示すであろう。

上記で議論したように、ＨＤＡＣ６阻害剤は当該技術で既知のＨＤＡＣ６阻害剤であってもよい。好ましくは、ＨＤＡＣ６阻害剤は化合物Ａまたは化合物Ｄである。

治療上有効な量及び投与の任意の経路を用いてＨＤＡＣ６阻害剤が投与されてもよい。

試料は、骨髄腫細胞（ＭＭ．１ＳまたはＲＰＭＩ８２２６）または骨髄間質細胞（ＨＳ−５）であることができる。

対象は哺乳類であることもできる。

特定の疾患を持つ対象にて治療効率を判定するために、方法には対象（たとえば、ヒト）から生物試料を採取することが関与する。たとえば、生物試料は、全血、血液血清、血液血漿、精液、尿、粘液、骨髄または他の生体試料に由来する試料であってもよい。一実施形態では、生物試料は骨髄試料である。別の実施形態では、生物試料は骨髄腫試料である。

方法の一実施形態では、工程（ｄ）は、配列番号１〜１１から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが３倍以上、下方調節されるのであれば、ＨＤＡＣ６の治療は効率的であると結論付けることを含む。

方法の別の実施形態では、工程（ｄ）は、配列番号２４及び２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが２倍以上、下方調節されるのであれば、ＨＤＡＣ６の治療は効率的であると結論付けることを含む。

方法のさらに別の実施形態では、工程（ｄ）は、配列番号１２〜２３から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが３倍以上、上方調節されるのであれば、ＨＤＡＣ６の治療は効率的であると結論付けることを含む。

方法のその上別の実施形態では、工程（ｄ）は、配列番号２５から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが２倍以上、上方調節されるのであれば、ＨＤＡＣ６の治療は効率的であると結論付けることを含む。

判定する工程は、本発明のヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）バイオマーカーＲＮＡを特定するための当該技術で既知の手段または検出剤を使用してもよい。

方法のその上別の実施形態では、方法はさらに、工程（３）でＨＤＡＣ６の治療が効率的ではないと判定したならば追加のＨＤＡＣ６阻害剤で対象を治療する工程（ｅ）を含んでもよい。

本発明のさらなる実施形態は、ヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）阻害剤を対象に投与することを含む、配列番号１〜２７から成る群から選択されるＨＤＡＣ６バイオマーカーリボ核酸（ＲＮＡ）の１以上を発現する多発性骨髄腫の対象を治療する方法を含む。特定の実施形態では、配列番号１〜１１、２４または２６〜２７のＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡは下方調節され、及び／または配列番号１２〜２３または２５のＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡは上方調節される。

本明細書で言及される特許、特許出願及び出版物はすべて、その全体がそれぞれ参照によって本明細書に組み入れられる。

本発明の特定の具体的な実施形態を説明する目的で且つそれを記載するために実施例が以下で示されている。しかしながら、クレームの範囲は本明細書で示される実施例によって決して限定されるべきではない。開示される実施形態への種々の変化及び改変は当業者に明らかであろうし、本発明の化学構造、置換基、誘導体、製剤及び／または方法に関するものを含むが、これらに限定されないそのような変化及び改変は本発明の精神及び添付のクレームの範囲から逸脱することなく為され得る。本明細書のスキームにおける構造上の変数の定義は、本明細書で提示される式における位置に相当するものと同等である。

当該技術の技量の範囲内である分子生物学及び核酸／タンパク質化学の従来の技法が文献で説明され、本発明の実践で使用される。たとえば、そのすべてが参照によって本明細書に組み入れられるＳａｍｂｒｏｏｋ,J.ら，モルｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９；Ｇａｉｔ，Ｍ．Ｊ．（ｅｄ．），Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ−−ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ，１９８４；Ｈａｍｅｓ，Ｂ．Ｄ．及びＨｉｇｇｉｎｓ，Ｓ．Ｊ．（ｅｄｓ．），Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｈｙｂｒｉｄｉｓａｔｉｏｎ−−ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ， ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ，１９８５；並びにａ ｓｅｒｉｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙモルｏｇｙ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．を参照のこと。

式Ｉの化合物の合成は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられるＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２１９８２にて提供されている。式ＩＩの化合物の合成は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられるＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０６０７９１にて提供されている。式ＩＩＩの化合物の合成は、それぞれその全体が参照によって本明細書に組み入れられるＵＳ５，６３５，５１７；ＵＳ６，２８１，２３０；ＵＳ６，３３５，３４９；及びＵＳ６，４７６，０５２；並びにＰＣＴ／ＵＳ９７／０１３３７５にて提供されている。
実施例１：２−（ジフェニルアミノ）−Ｎ−（７−（ヒドロキシアミノ）−７−オキソヘプチル）ピリミジン−５−カルボキサミド（化合物Ａ）の合成

反応スキーム

中間体２の合成

アニリン（３．７ｇ、４０ミリモル）とエチル ２−クロロピリミジン−５−カルボキシレート１（７．５ｇ、４０ミリモル）とＫ_２ＣＯ_３（１１ｇ、８０ミリモル）のＤＭＦ（１００ｍｌ）における混合物をＮ_２のもとで一晩１２０℃にて脱気し、撹拌した。反応混合物を室温に冷却し、ＥｔＯＡｃ（２００ｍＬ）で希釈し、飽和ブライン（２００ｍＬ×３）で洗浄した。有機層を分離し、Ｎａ_２ＳＯ_４上で乾燥させ、乾燥するまで蒸発させ、シリカゲルクロマトグラフィ（石油エーテル／ＥｔＯＡｃ＝１０／１）によって精製して白色固形物として所望の生成物（６．２ｇ、６４％）を得た。

中間体３の合成

化合物２（６．２ｇ、２５ミリモル）とヨードベンゼン（６．１２ｇ、３０ミリモル）とＣｕＩ（９５５ｍｇ、５．０ミリモル）とＣｓ_２ＣＯ_３（１６．３ｇ、５０ミリモル）のＴＥＯＳ（２００ｍｌ）における混合物を脱気し、窒素でパージした。得られた混合物を１４０℃で４時間撹拌した。室温に冷却した後、残留物をＥｔＯＡｃ（２００ｍｌ）及び９５％ＥｔＯＨ（２００ｍｌ）で希釈し、シリカゲル［５０ｇ、ＮＨ_４Ｆ（１００ｇ）の水溶液（１５００ｍｌ）をシリカゲル（５００ｇ、１００−２００メッシュ）に添加することによって事前に調製した］上のＮＨ_４Ｆ−Ｈ_２Ｏを加え、得られた混合物を室温で２時間保持し、固化した物質を濾別し、ＥｔＯＡｃで洗浄した。乾燥するまで濾液を蒸発させ、残留物をシリカゲルクロマトグラフィ（石油エーテル／ＥｔＯＡｃ＝１０／１）によって精製して黄色固形物（３ｇ、３８％）を得た。

中間体４の合成

化合物３（３．０ｇ、９．４ミリモル）のＥｔＯＨ（２００ｍｌ）溶液に２ＮのＮａＯＨ（２００ｍｌ）を加えた。混合物を６０℃で３０分間撹拌した。溶媒の蒸発後、溶液を２ＮのＨＣｌで中和して白色沈殿物を得た。懸濁液をＥｔＯＡｃ（２×２００ｍｌ）で抽出し、有機層を分離し、水（２×１００ｍｌ）、ブライン（２×１００ｍｌ）で洗浄し、Ｎａ_２ＳＯ_４上で乾燥させた。溶媒の除去によって茶色固形物（２．５ｇ、９２％）を得た。

中間体６の合成

化合物４（２．５ｇ、８．５８ミリモル）とアミノヘプタノエート５（２．５２ｇ、１２．８７ミリモル）とＨＡＴＵ（３．９１ｇ、１０．３０ミリモル）とＤＩＰＥＡ（４．４３ｇ、３４．３２ミリモル）の混合物を室温で一晩撹拌した。反応混合物を濾過した後、濾液を乾燥するまで蒸発させ、残留物をシリカゲルクロマトグラフィ（石油エーテル／ＥｔＯＡｃ＝２／１）によって精製して茶色固形物（２ｇ、５４％）を得た。

２−（ジフェニルアミノ）−Ｎ−（７−（ヒドロキシアミノ）−７−オキソヘプチル）ピリミジン−５−カルボキサミドの合成

化合物６（２．０ｇ、４．６ミリモル）と水酸化ナトリウム（２Ｎ、２０ｍＬ）のＭｅＯＨ（５０ｍｌ）とＤＣＭ（２５ｍｌ）における混合物を０℃で１０分間撹拌した。ヒドロキシルアミン（５０％）（１０ｍｌ）を０℃に冷却し、混合物に加えた。得られた混合物を室温で２０分間撹拌した。溶媒を除去した後、混合物を１ＭのＨＣｌで中和し、白色の沈殿物を得た。粗精製物を濾過し、プレＨＰＬＣによって精製して白色固形物（９５０ｍｇ、４８％）を得た。
実施例２：２−（（２−クロロフェニル）（フェニル）アミノ）−Ｎ−（７−（ヒドロキシアミノ）−７−オキソヘプチル）ピリミジン−５−カルボキサミド（化合物Ｂ）の合成

反応スキーム

中間体２の合成
実施例１における中間体２の合成を参照のこと。

中間体３の合成
化合物２（６９．２ｇ、１当量）と１−クロロ−２−ヨードベンゼン（１３５．７ｇ、２当量）とＬｉ_２ＣＯ_３（４２．０４ｇ、２当量）とＫ_２ＣＯ_３（３９．３２ｇ、１当量）とＣｕ（１当量，４５μｍ）のＤＭＳＯ（６９０ｍｌ）における混合物を脱気し、窒素でパージした。得られた混合物を１４０℃で撹拌した。反応物の後処理によって９３％の収率で化合物３を得た。

中間体４の合成
実施例１における中間体４の合成を参照のこと。

中間体６の合成
実施例１における中間体６の合成を参照のこと。

２−（（２−クロロフェニル）（フェニル）アミノ）−Ｎ−（７−（ヒドロキシアミノ）−７−オキソヘプチル）ピリミジン−５−カルボキサミド（化合物Ｂ）の合成
実施例１における化合物Ａの合成を参照のこと。
実施例３：２−（（１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキシル）アミノ）−Ｎ−ヒドロキシピリミジン−５−カルボキサミド（化合物Ｃ）の合成

１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキサンカルボニトリルの合成
２−（３−フルオロフェニル）アセトニトリル（１００ｇ、０．７４モル）の無水ＤＭＦ（１０００ｍｌ）溶液に１，５−ジブロモペンタン（１７０ｇ、０．７４モル）を加え、氷槽にて一滴ずつＮａＨ（６５ｇ、２．２当量）を加えた。添加の後、得られた混合物を５０℃で一晩激しく撹拌した。氷水で慎重に懸濁液の反応を止め、酢酸エチル（３×５００ｍｌ）で抽出した。合わせた有機溶液を濃縮して粗精製物を得、それをフラッシュカラムにて精製して淡色固形物（１００ｇ、６７％）として１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキサンカルボニトリルを得た。

１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキサンカルボキサミドの合成
１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキサンカルボニトリル（１００ｇ、０．４９モル）のＰＰＡ（５００ｍｌ）溶液を１１０℃で５〜６時間加熱した。完了した後、得られた混合物を飽和ＮａＨＣＯ３溶液でｐＨ＝８〜９まで慎重に塩基性化した。沈殿物を回収し、水（１０００ｍｌ）で洗浄して白色固形物として１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキサンカルボキサミド（９５ｇ、８７％）を得た。

１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキサンアミンの合成
１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキサンカルボキサミド（９５ｇ、０．４３モル）のｎ−ＢｕＯＨ（８００ｍｌ）溶液にＮａＣｌＯ（２６０ｍｌ、１．４当量）加え、次いで３ＮのＮａＯＨ（４００ｍｌ、２．８当量）を０℃で加え、反応物を室温で一晩撹拌した。得られた混合物をＥＡ（２×５００ｍｌ）で抽出し、合わせた有機溶液をブラインで洗浄し、乾燥させて粗精製物を得、それをさらにＨＣｌ塩による処理で精製して白色粉末（７２ｇ、７３％）を得た。

エチル ２−（１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキシルアミノ）ピリミジン−５−カルボキシレートの合成
１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキサンアミン塩酸塩（２．２９ｇ、１０ミリモル）のジオキサン（５０ｍｌ）溶液にエチル ２−クロロピリミジン−５−カルボキシレート（１．８７ｇ、１．０当量）とＤＩＰＥＡ（２．５８ｇ、２．０当量）を加えた。混合物を１１０〜１２０℃で一晩加熱した。得られた混合物をシリカゲルカラムで直接精製して白色固形物としてカップリング生成物（１．３７ｇ、４０％）を得た。

２−（（１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキシル）アミノ）−Ｎ−ヒドロキシピリミジン−５−カルボキサミドの合成
エチル ２−（１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキシルアミノ）ピリミジン−５−カルボキシレート（１００ｍｇ、０．２９ミリモル）のＭｅＯＨ／ＤＣＭ（１０ｍｌ、１：１）溶液に５０％ＮＨ_２ＯＨ水溶液（２ｍｌ、過剰）加え、次いで０℃にて飽和ＮａＯＨのＭｅＯＨ溶液（２ｍｌ、過剰）を加え、３〜４時間撹拌した。完了した後、得られた混合物を濃縮し、２ＮのＨＣｌでｐＨ＝４〜５に酸性化した。沈殿物を回収し、水（１０ｍｌ）で洗浄してＮＨ_２ＯＨを除き、白色粉末として２−（（１−（３−フルオロフェニル）シクロヘキシル）アミノ）−Ｎ−ヒドロキシピリミジン−５−カルボキサミド（７０ｍｇ、７３％）を得た。
実施例４：Ｎ−ヒドロキシ−２−（（１−フェニルシクロプロピル）アミノ）ピリミジン−５−カルボキサミド（化合物Ｄ）の合成

反応スキーム

中間体２の合成
化合物１とベンゾニトリル（２５０ｇ、１．０当量．）とＴｉ（ＯｉＰｒ）_４（１３３０ｍｌ、１．５当量．）のＭＢＴＥ（３７５０ｍｌ）溶液を窒素雰囲気下で約−１０℃〜−５℃に冷却した。ＥｔＭｇＢｒ（１６１０ｍｌ、３．０Ｍ、２．３当量）を６０分間かけて一滴ずつ加え、その間、反応物の内部温度を５℃未満に保持した。反応混合物を１時間１５〜２０℃に温めた。ＢＦ_３−エーテル（１３００ｍｌ、２．０当量）を６０分間かけて一滴ずつ加え、その間、内部温度を１５℃未満に維持した。反応混合物を１５〜２０℃で１〜２時間撹拌し、低レベルのベンゾニトリルが残っていたら反応を止めた。内部温度を３０℃未満に維持しながら、１ＮのＨＣｌ（２５００ｍｌ）を一滴ずつ加えた。依然として内部温度を３０℃未満に維持しながら、ＮａＯＨ（２０％、３０００ｍｌ）を一滴ずつ加えてｐＨを約９．０にした。反応混合物をＭＴＢＥ（３Ｌ×２）及びＥｔＯＡｃ（３Ｌ×２）で抽出し、合わせた有機層を無水Ｎａ_２ＳＯ_４上で乾燥させ、減圧下（４５℃未満）で濃縮して赤色の油を得た。ＭＴＢＥ（２５００ｍｌ）を油に加え、透明な溶液を得、無水ＨＣｌ気体を通すと、固形物が沈殿した。固形物を濾別し、真空で乾燥させて１４３ｇの化合物２を得た。

中間体４の合成
化合物２（６２０ｇ、１．０当量）とＤＩＰＥＡ（１０８０ｇ、２．２当量）をＮＭＰ（３１００ｍｌ）に溶解し、２０分間撹拌した。化合物３（６８０ｇ、１．０２当量）を加え、反応混合物を８５〜９５℃に４時間加熱した。溶液をゆっくり室温に冷却した。この溶液をＨ_２Ｏ（２０Ｌ）に注ぎ、強い撹拌によって固形物の多くは溶液から析出した。混合物を濾過し、５０℃にて減圧下でケーキを２４時間乾燥させ、８９６ｇの化合物４（固形物、８６．８％）を得た。

Ｎ−ヒドロキシ−２−（（１−フェニルシクロプロピル）アミノ）ピリミジン−５−カルボキサミド（化合物Ｄ）の合成
ＭｅＯＨ（１０００ｍｌ）の溶液を撹拌しながら約０〜５℃に冷却した。ＮＨ_２ＯＨ ＨＣｌ（１１０７ｇ、１０当量）を加え、その後、ＮａＯＣＨ_３（１０００ｇ、１２．０当量）を慎重に加えた。得られた混合物を０〜５℃で１時間撹拌し、濾過して固形物を除いた。化合物４（４５０ｇ、１．０当量）を反応混合物に一気に加え、化合物４が消費されるまで１０℃で２時間撹拌した。ＨＣｌ（６Ｎ）の添加を介して反応混合物を約８．５〜９のｐＨに合わせ、沈殿を生じた。混合物を減圧下で濃縮した。強く撹拌しながら水（３０００ｍｌ）を残留物に加え、濾過によって沈殿物を回収した。４５℃のオーブンで一晩生成物を乾燥させた（３４０ｇ、収率７９％）。
実施例５：マイクロＲＮＡ及びｍＲＮＡのアレイ

化合物Ｄを骨髄腫細胞株（ＭＭ．１ＳまたはＲＰＭＩ８２２６）または骨髄間質細胞株（ＨＳ−５）と共に３７℃で６時間インキュベートした。化合物Ｄの濃度は２μＭだった。

或いは、化合物Ａを骨髄腫細胞株ＭＭ．１Ｓと共に３７℃で６時間インキュベートした。

全ＲＮＡを処理した細胞（たとえば、ＭＭ．１Ｓ細胞またはＲＰＭＩ８２２６細胞）から抽出し、マイクロＲＮＡアッセイを用いて分析した。

これらの試験の結果を以下の表１にて示す。

表１の最初の列は化合物Ａまたは化合物Ｄで処理された細胞を示す。

表１の２番目の列は、列１の相当する細胞におけるｍｉＲＮＡ及びｍＲＮＡを含む、特定されたＲＮＡバイオマーカーを示す。

表１の３番目の列（化合物Ｄ）及び４番目の列（化合物Ａ）は対照細胞に比べた処理された細胞におけるＲＮＡバイオマーカーの発現を示す。示された数は対照細胞における相当するバイオマーカーの発現レベルに対して基準化されている。たとえば、バイオマーカーｈｓａ−ｍｉＲ−３４６の発現レベルは０．２６だったが、それは処理されたＭＭ.１Ｓ細胞におけるこのバイオマーカーの発現レベルがＭＭ.１Ｓ対照細胞におけるこのバイオマーカーの発現レベルの２６％だったことを意味する。逆に、バイオマーカーｈｓａ−ｍｉＲ−１４５の発現レベルは３．０９だったが、それは処理されたＭＭ.１Ｓ細胞におけるこのバイオマーカーの発現レベルがＭＭ.１Ｓ対照細胞におけるこのバイオマーカーの発現レベルの３．０９倍だったことを意味する。従って、１未満の数は相当するバイオマーカーが化合物Ｄによって下方調節されることを示し、且つ１を超える数は相当するバイオマーカーが化合物Ｄによって上方調節されることを示す。

間質ＨＳ−５細胞では、バイオマーカーＨＩＦ−１ａは、処理された細胞におけるその発現レベルが対照細胞における発現レベルの４９％だったので化合物Ｄによって下方調節された。逆に、バイオマーカーＰＴＰＲＵは、処理された細胞におけるその発現レベルが対照細胞における発現レベルの２．５２倍だったので化合物Ｄによって上方調節された。

Claims (25)

1. 多発性骨髄腫を有する対象にてヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）阻害剤の治療効率を判定するためのキットであって、
   配列番号１〜２７から成る群から選択されるＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡ（リボ核酸）に特異的に結合する検出剤と、
   配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡの発現レベルを測定するための指示書とを含む、前記キット。
2. 多発性骨髄腫の治療にて有用であるヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）阻害剤を特定するためのキットであって、
   多発性骨髄腫細胞または骨髄間質細胞と、
   配列番号１〜２７から成る群から選択されるＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡ（リボ核酸）に特異的に結合する検出剤と、
   配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡの発現レベルを測定するための指示書とを含む、前記キット。
3. バイオマーカーＲＮＡが配列番号１〜２３から成る群から選択される核酸配列を含むｍｉＲＮＡである請求項１または２に記載のキット。
4. 配列番号１〜１１から成る群から選択される核酸配列を含むｍｉＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって下方調節される請求項３に記載のキット。
5. ｍｉＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって３倍以上、下方調節される請求項４に記載のキット。
6. 配列番号１２〜２３から成る群から選択される核酸配列を含むｍｉＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって上方調節される請求項３に記載のキット。
7. ｍｉＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって３倍以上、上方調節される請求項６に記載のキット。
8. バイオマーカーＲＮＡが配列番号２４〜２５から成る群から選択される核酸配列を含むｍＲＮＡである請求項１または２に記載のキット。
9. 配列番号２４の核酸配列を含むｍＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって下方調節される請求項８に記載のキット。
10. ｍＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって２倍以上、下方調節される請求項９に記載のキット。
11. 配列番号２５の核酸配列を含むｍＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって上方調節される請求項８に記載のキット。
12. ｍＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって２倍以上、上方調節される請求項１１に記載のキット。
13. バイオマーカーＲＮＡが配列番号２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含む低分子ノンコーディングＲＮＡである請求項１または２に記載のキット。
14. 配列番号２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含む低分子ノンコーディングＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって下方調節される請求項１３に記載のキット。
15. 低分子ノンコーディングＲＮＡがＨＤＡＣ６阻害剤によって２倍以上、下方調節される請求項１４に記載のキット。
16. 対象にてヒストン脱アセチル化酵素６（ＨＤＡＣ６）阻害剤の治療効率をモニターする方法であって、
    （ａ）治療上有効な量のＨＤＡＣ６阻害剤を対象に投与することと、
    （ｂ）対象から生物試料を採取することと、
    （ｃ）試料中における、配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡ（リボ核酸）の量を測定することと、
    （ｄ）配列番号１〜１１、２４及び２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが下方調節され、及び／または配列番号１２〜２３及び２５から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが上方調節されるのであれば、ＨＤＡＣ６の治療は効率的であると結論付けることとを含む、前記方法。
17. ＨＤＡＣ６阻害剤が化合物Ａまたは化合物Ｄである請求項１６に記載の方法。
18. 試料が骨髄腫試料である請求項１６に記載の方法。
19. 試料が骨髄試料である請求項１６に記載の方法。
20. 工程（ｄ）が、配列番号１〜１１から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが３倍以上、下方調節されれば、ＨＤＡＣ６の治療は効率的であると結論付けることを含む請求項１６に記載の方法。
21. 工程（ｄ）が、配列番号２４及び２６〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが２倍以上、下方調節されれば、ＨＤＡＣ６の治療が効率的であると結論付けることを含む請求項１６に記載の方法。
22. 工程（ｄ）が、配列番号１２〜２３から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが３倍以上、上方調節されれば、ＨＤＡＣ６の治療は効率的であると結論付けることを含む請求項１６に記載の方法。
23. 工程（ｄ）が、配列番号２５から成る群から選択される核酸配列を含むＨＤＡＣ６バイオマーカーＲＮＡが２倍以上、上方調節されれば、ＨＤＡＣ６の治療は効率的であると結論付けることを含む請求項１６に記載の方法。
24. 方法がさらに、工程（３）にてＨＤＡＣ６の治療が効率的ではないと判定されたら追加のＨＤＡＣ６阻害剤で対象と治療する工程（ｅ）を含む請求項１６に記載の方法。
25. 配列番号１〜２７から成る群から選択される核酸配列を含むバイオマーカーリボ核酸（ＲＮＡ）。