JP2016538001A - 体細胞半数体ヒト細胞株 - Google Patents
体細胞半数体ヒト細胞株 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2016538001A JP2016538001A JP2016555924A JP2016555924A JP2016538001A JP 2016538001 A JP2016538001 A JP 2016538001A JP 2016555924 A JP2016555924 A JP 2016555924A JP 2016555924 A JP2016555924 A JP 2016555924A JP 2016538001 A JP2016538001 A JP 2016538001A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cells
- cell
- haploid
- cell line
- sequence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
- C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
- C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
- C12N15/907—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in mammalian cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
- C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
- C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2800/00—Nucleic acids vectors
- C12N2800/30—Vector systems comprising sequences for excision in presence of a recombinase, e.g. loxP or FRT
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Mycology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
ゲノム完全性を保護するため、ヒトは二倍体であり、すなわちヒトは、各染色体を2コピー所有し(1コピーでしか存在しないXおよびY染色体を例外とする)、1つは父親由来であり、そして1つは母親由来である。1つの染色体上の1つの遺伝子が損傷を受けたとしても、多くの場合、残りの第二のコピーは、遺伝子機能を維持するために十分であり、それによってそうでなければ有害であろう影響を軽減する。種としてのヒト生存に必須であるこのフェールセーブメカニズムは、ヒト遺伝学者にとっては悪夢になる:遺伝子の1つのコピーを不活性化した際はいつでも、第二のコピーが通常、その影響を和らげ、それによってその特定の遺伝子の表現型をマスキングする。
本発明にしたがって、体細胞的に完全な半数体であり、核型が安定したヒト細胞株を提供する。特に、細胞株は、ほぼ半数体である体細胞ヒト親細胞の1またはそれより多い二染色体(本明細書において、二倍体とも称される)染色体領域のターゲティング欠失によって得られうる。
特定の態様にしたがって、細胞株は、DSM ACC3220の下に寄託されたHAP2細胞株またはその機能的変異体、好ましくは類似の遺伝子発現プロファイルを持つものである。特に、機能的変異体は、実質的に同じ遺伝子発現プロファイルによって特徴付けられ、すなわち、機能的変異体は、遺伝子発現レベルが実質的に同じである、例えば1000遺伝子未満、好ましくは750未満、または500未満、または300遺伝子未満の遺伝子発現レベルが異なるであろうゲノムを含む。
特に、半数体核型は、少なくとも10継代、好ましくは少なくとも20継代に渡って、核型として安定である。
MOIは、特に
(i)遺伝子の機能をノックアウトする突然変異;
(ii)1またはそれより多いヌクレオチドの欠失、置換、または挿入の少なくとも1つを導入する突然変異;および/または
(iii)相同性テンプレートの交換配列を導入する突然変異
の少なくとも1つである。
a)長さ20〜200bp、特に20〜100bpのオリゴヌクレオチド;または
b)長さ20〜5000bp、特に20〜1000bpのPCR産物;または
c)ドナープラスミド中に含まれるa)またはb)のいずれか
である。
細胞株を用いて、姉妹染色体を得るような染色体の複製によって、あるいは染色体セットの核内倍加により、複製または同一姉妹染色体を得ることによって、二倍体細胞株を産生することも可能である。
特に、細胞ストレス条件は:
a)好ましくは熱または低温ショックによる、温度ストレス;
b)好ましくは剪断力による、物理的ストレス;
c)好ましくは少なくとも20または25継代による連続継代;
d)高細胞密度、好ましくは少なくとも24時間に渡る飽和;
e)最適未満であるが許容されうる量の栄養素、代謝物および/または毒素を含む培地組成;
f)最適未満のレベルへの一時的な酸素レベル低下;および
g)好ましくは少なくとも2時間の、培地中の活性酸素種の存在
の少なくとも1つを使用する。
−熱ショック:より高い温度、特に温度(±1℃):40℃、42℃、44℃、46℃、48℃、または50℃のいずれかへの定義された期間(例えば少なくとも1時間、2時間、4時間、6時間、8時間、最長16時間)の細胞の曝露;
−低温ショック:より低い温度、特に温度(±2℃、しかし、凍結する温度より上):0℃、4℃、8℃、12℃、16℃、20℃、24℃、28℃、または32℃のいずれかへの定義された期間(例えば少なくとも1時間、2時間、4時間、6時間、8時間、最長16時間)の細胞の曝露;
−細胞歪み負荷(straining)および剪断:例えば、トリプシンまたは他の酵素の処理によるなどで、接着細胞を処理して、懸濁中の細胞を得て、そして針を通じて細胞を吸引する(例えば20、25または30ゲージ針を通じて、少なくとも4、8、12、16、または20継代)か、または物理的手段によって懸濁物を混合するか、または固体キャリアーに接着した場合、物理的処理によって、細胞に対する剪断ストレスを使用することによる、剪断力への細胞の曝露;
−細胞高密度:細胞は適時にトリプシン処理されず、単層密度より、より高い密度が得られるように(例えば飽和で少なくともさらに6時間、12時間、18時間、24時間、30時間、36時間、42時間、または48時間)、細胞培養プレート中でより高い細胞密度に曝露される;
−毒素:細胞培養中、許容されうる量、例えば少なくとも30%、好ましくは少なくとも50%または少なくとも70%の生存細胞レベルが得られるような量の、毒性化合物(例えばリシン毒素、志賀毒素またはツニカマイシン)での細胞の処理;
−低酸素症:酸素レベルの一時的な低下、特に、量(±1% v/v):1%、2%。、4%、または8%O2のいずれかでの、定義される期間、例えば少なくとも24時間、48時間、最長72時間の一時的低下;
−活性酸素種の存在:過酸化水素での6時間、12時間、18時間、24時間の細胞の処理
−最適未満または最適な細胞培養条件下での、接着細胞の連続継代、例えば少なくとも20、25、30または35継代。
a)ほぼ半数体である体細胞ヒト親細胞を提供し;
b)親細胞ゲノムにおいて二染色体領域を同定し;
c)各々、ターゲット部位とハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列を含むcrRNAと組み合わせたtracrRNAを含むガイドRNA(gRNA)によって、染色体領域のDNAの5’および3’端に隣接する外側部位をターゲティングし;
d)gRNAとハイブリダイズした際に、DNA二本鎖切断を触媒する、RNA誘導性(guided)エンドヌクレアーゼとの接触に際して、ターゲット部位でDNAを切断し、それによって、染色体領域を欠失させて、そして完全に半数体の細胞を得て;そして
e)細胞を拡大して、完全に半数体である細胞株を得る
工程を含む、本発明の半数体細胞株を産生する方法をさらに提供する。
特に、親細胞は、癌患者、好ましくは白血病、例えば慢性骨髄性白血病または急性リンパ芽球性白血病、あるいは固形腫瘍、例えば末梢軟骨肉腫に罹患した患者から得られる。
A
・配列番号3、25、もしくは26のいずれか、または前述のいずれかの機能的変異体のヌクレオチド配列を含むgRNA;および
・配列番号1、5、7、8、もしくは9のいずれか、または前述のいずれかの機能的変異体のアミノ酸配列を含むエンドヌクレアーゼ;あるいは
B
・配列番号13、27〜40のいずれか、または前述のいずれかの機能的変異体のヌクレオチド配列を含むgRNA;および
・配列番号10もしくは15、または前述のいずれかの機能的変異体のアミノ酸配列を含むエンドヌクレアーゼ;あるいは
C
・配列番号19、41〜47のいずれか、または前述のいずれかの機能的変異体のヌクレオチド配列を含むgRNA;および
・配列番号16もしくは21、または前述のいずれかの機能的変異体のアミノ酸配列を含むエンドヌクレアーゼ
の少なくとも1つを使用する。
特に、DNA切断は、プロトスペーサー関連モチーフ(PAM)に対して近位の、好ましくはPAMの3bp上流の二本鎖切断または対の一本鎖切断である。例示的なPAM配列は、配列番号2、配列番号11、配列番号12、配列番号17、配列番号18、配列番号23、配列番号75および配列番号76、または前述のいずれかの相補配列からなる群より選択される。対の一本鎖切断は、本明細書において、時に、「二本鎖」切断の特定の態様と称される。対のニック形成(一本鎖切断)は、各々の一本鎖切断に対して1つのPAMの、2つのPAMに対して特に近位である。
したがって、方法は、特に、少なくとも2つのDNA二本鎖切断(DSB)を使用し、ここで、少なくとも1つのDSBは、5’端に対して近位であるターゲット部位内で行われ、そして少なくとも1つのDSBは、染色体領域の3’端に対して近位であるターゲット部位内で行われる。こうしたDSBは、ターゲット領域内の2つの一本鎖切断から生じることも可能であり、これは、各DNA鎖上のターゲット部位上の異なる位に位置し、例えば互いに対して近位であり、そして総合するとDSBを提供するか、または各DNA鎖上のターゲット部位の同じ位のDSBを生じることも可能である。
a)ターゲット部位とハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列を含むcrRNAと組み合わされたtracrRNAを含むガイドRNAを提供し;
b)gRNAとハイブリダイズした際に、ターゲット部位でDNA切断を触媒するRNA誘導性エンドヌクレアーゼを提供し;
c)エンドヌクレアーゼの存在下で、細胞内にガイドRNAを導入して、ターゲット部位で多様なゲノム突然変異を含む細胞レパートリーを得て;
d)前記レパートリーから、遺伝子の機能をノックアウトする突然変異を含む細胞を選択し;そして
e)細胞を拡大して、突然変異体細胞株を得る
工程を含む。
a)細胞を形質転換し、そしてターゲット部位で、例えばターゲット部位に対して近位に、多様なゲノム突然変異を含む形質転換細胞のレパートリーを得るために用いられるガイドRNAを発現する核酸配列を取り込んだ、発現プラスミドを使用し;そして
b)前記レパートリーから、遺伝子の機能をノックアウトする突然変異を含む形質転換細胞を選択する。
特に、MOIは、以下の方法のいずれかによって得られうる:
1.突然変異を、DNAのCRISPR/Cas仲介切断によって導入する。この目的に向けて、少なくとも1つのガイドRNAおよびCas9ニッカーゼを用いて、一本鎖切断を導入することも可能である。しかし、1より多いガイドRNA(特定の態様においては2つ:対ニック形成)を用いることも可能であり、そしてCas9野生型またはニッカーゼを使用してもよい。
a.欠失の小さい挿入(インデル)。エクソンをターゲットとする場合、こうした突然変異は、フレームシフトを破壊し(フレームシフト突然変異)、そして生じる細胞株は遺伝子ノックアウトと見なされるであろう。こうした突然変異は、例えば
i.単一ガイドおよびCas9 wt、その後、NHEJ;
ii.対のガイドおよびCas9ニッカーゼ、その後、NHEJ
によって得られる;
b.単一ヌクレオチド置換または点突然変異。こうした突然変異は、例えば
i.単一ガイド、Cas9 wtおよびドナーテンプレート、その後、HDR;
ii.対のガイド、Cas9ニッカーゼおよびドナーテンプレート、その後、HDR
によって得られる;
c.天然に存在する配列の欠失。こうした突然変異は、例えば
i.対のガイド(欠失配列は、2つのガイドRNAの間に位置する)およびCas9 wt,その後、自発的端連結(NHEJ)
によって得られる;
d.天然に存在する配列(例えば遺伝子またはエクソンとして)または非天然存在である配列(例えばGFP、Mycタグ)の挿入。こうした突然変異は、例えば
i.単一ガイド、Cas9 wtおよびドナーテンプレート、その後、HDR;
ii.対のガイド、Cas9ニッカーゼおよびドナーテンプレート、その後、HDR
によって得られる。
1. NHEJ仲介組み込み
外来交換配列(例えばGFP)の組み込みは、通常、相同配向性修復によって達成されるが、これはまた、非相同端連結によって得ることも可能である。この目的に向けて、ヒトゲノムには存在しないガイドRNA認識部位によって隣接された、交換配列を含有するプラスミドを用いることも可能である。こうしたプラスミドと、Cas9、ヒトゲノムをターゲットとするガイドRNA、およびプラスミド中に存在する認識部位をターゲットとするガイドRNAを同時トランスフェクションすると、交換配列は、Cas9を発現している細胞において解放されるであろう。解放後、該交換配列はターゲティングされた様式で、ヒトゲノム中に組み込まれることが可能である。生じた細胞株は、ヒトゲノムにおいてターゲティングされる部位に対して近位に交換配列の単一組み込みを所持するであろう。
Cas9によって誘導されるDNA二本鎖切断は、NHEJまたはHDRによって修復される。NHEJはよく理解されているが、HDRを支配する機構はよりよく特徴付けられていない。HDRは、相同組換えと同義に用いられるが、これはより複雑である可能性があり、そして他の修復経路がさらに寄与する可能性もある。例えば、ミスマッチ修復経路がHDRを抑制し、そしてその結果、MSH2またはPMS2ノックアウト細胞は、より高い率のHDRを示すことが示されてきている。さらに、他の修復経路の寄与は、ドナーテンプレートの性質および長さに依存する可能性もある。例えば、短いオリゴヌクレオチドをドナーとして用いる場合、取り込みは、岡崎フラグメントと類似のDNA複製因子によって補助されると推測されてきている。より長いドナーでは、相同組換えに関与する因子がより多く寄与する可能性もある。
さらなる特定の態様にしたがって、ライブラリーは、マイクロアレイを含むアレイ中に含まれ、ここで、各細胞株は、空間的に別個の位置、例えばスポットに位置する。したがって、本発明は、本発明のライブラリーを含むこうしたアレイを提供する。
用語「細胞株」は、本明細書において、不死細胞株、細胞株および細胞の初代培養を含めて、長期間に渡って増殖する能力を獲得している特定の細胞タイプの樹立されたクローンを意味するものとする。該用語は、半数体または二倍体細胞株に関して、特に体細胞細胞株に関して用いられる。該用語は、特に、野生型、例えば天然存在であり、そして天然で見出されうるか、または天然の供給源から単離可能であり、そして実験室でヒトの手によって意図的に修飾されていない細胞、あるいは野生型細胞株に比較した際、ゲノム中の例えばコード部位または非コード部位にゲノム突然変異を含む、突然変異体細胞株を含む。また、GOIで関心対象の突然変異を導入する際、非突然変異ヌクレオチド配列は、本明細書において、野生型または親のものと称される。さらに、細胞が天然存在ではなく、人工的に産生されるという事実にもかかわらず、ゲノム内に突然変異がまったく導入されていない場合、細胞は野生型と見なされる。したがって、用語「野生型」は、ヒトから得られた親細胞を培養することによって得られるヒト細胞株にのみ適用されるものではなく、半数体または二倍体のいずれであっても、ヒトゲノムを含む人工細胞にも適用されるものとする。該用語は、特に、ヒトから生じる細胞を操作することによって得られるヒト細胞株、特に染色体の二倍性または半数性の改変を含む細胞を含む。親細胞は、さらに、個々のエクソンまたは遺伝子の突然変異、特に導入部位配向性突然変異を含むことも可能である。
ガイドRNA(gRNA、キメラガイドRNAとも称される)は、crRNAの定常部分と一緒に、マッチするRNA誘導性エンドヌクレアーゼに共基質を提供するために必要なgRNAの構造を特異的に決定するtracrRNAを含む、キメラガイドRNA足場とも称されるキメラRNA分子であり、gRNAによって誘導されるエンドヌクレアーゼと機能的対を形成する定常RNA配列と理解される。crRNAは、tracrRNAと相互作用可能またはtracrRNAに連結可能な定常部分、およびヒトゲノム中のDNAターゲット部位に相補的な小分子オリゴヌクレオチド配列で構成される可変部分(オリゴRNAとも称される)を含む。crRNAの定常部分は、典型的には、分子の3’部分に位置する一方、可変部分は、典型的には、分子の5’端に位置する。tracrRNAおよびcrRNAは、ハイブリダイズ部分を通じて直接関連することも可能であるし、またはリンカー配列で連結されることも可能である。
−親配列に対して、少なくとも約60%のヌクレオチド配列同一性、好ましくは少なくとも70%、少なくとも80%、または少なくとも90%の度合いの相同性または配列同一性を持つ相同体;および/または
−親配列、あるいは配列内または配列の遠位端のいずれかもしくは両方で1またはそれより多いヌクレオチドの挿入、欠失または置換による突然変異のために提供されるテンプレートとして用いられるサイズ変異体の配列を修飾することによって得られうる相同体;
−親配列の伸長および/または断片化、例えば長さの±50%、または±25%、または±10%によって本明細書に記載するような親または野生型配列から得られる配列変異体;あるいは
−化膿性連鎖球菌、S.サーモフィルス、髄膜炎菌またはT.デンティコラ以外の種から得られる類似体
からなる群より選択される。
用語、細胞株に関する「機能的変異体」は、親(または匹敵する)クローンとは異なるクローンと特に理解される。こうした機能的変異体は、例えば別個のまたは平行操作手段によって、独立に産生されることも可能であり、そしてしたがって、独立と称されうる。機能的変異体は、また、親クローンのサブクローンであることも可能である。
例えば、本明細書にさらに記載するような、独立に産生されるクローンA11およびE9は、実質的に同じ遺伝子発現プロファイルを有し、これは284遺伝子に関してのみ異なる。
用語「ほぼ二倍体」は、本明細書において、以下のように理解される。ほぼ二倍体の細胞は、5以下の染色体が1コピーまたは2コピーより多く、例えば4コピー(特定のゲノム遺伝子座に関して四染色体)存在する細胞である。いくつかの態様において、ほぼ二倍体のヒト細胞は、2コピーより多く存在する1、2、3、または4以下の染色体を有する。ほぼ二倍体の細胞は、培養中で数ヶ月間その状態をゲノム的に安定に維持しうる。例示的なほぼ二倍体の体細胞ヒト細胞は、染色体的に安定な結腸癌細胞株HCT116[20]、またはほぼ半数体の細胞株HAP1細胞株を二倍体化した際、本明細書記載の方法によって得られる接着細胞株であり、HAP1細胞株は、再び、KBM−7細胞株を操作することによって得られ、8番染色体の第二のコピーを喪失しており、そしてしたがって、KBM−7親よりも「より半数体」であるが、なお15番染色体の部分が残っており、そしてしたがって、完全に半数体とは見なされえない。ほぼ半数体の細胞株の二倍体化は、本明細書に記載するようなほぼ二倍体の細胞株を生じ、これは、例えば、数個の四染色体ゲノム遺伝子座しか含有しない。
用語「完全に二倍体」は、本明細書において、ヒト染色体または姉妹染色体を二染色体状態で含むゲノムを含む細胞または細胞株を特に指すものとする。特に、姉妹染色体は1つの親半数体細胞のみから生じているため、同じ遺伝子配列によって特徴付けられるように、または同じヌクレオチド配列によって特徴付けられるように、染色体対は同一である。完全に二倍体である細胞は、例えば、完全なセットの姉妹染色体におけるヘテロ接合性SNPの非存在によって特徴付けられる。
i)個体間の遺伝子変動は、主に、一塩基多型(SNP)による。したがって、すべてのSNPに関して、1つのSNP変異体しか存在しない細胞株は、多様な細胞表現型(例えば遺伝子発現、DNA損傷修復、細胞増殖、代謝、ヒストン修飾)に対する遺伝子変動(特定のSNPの存在または非存在)の影響を研究するために有用でありうる。
a. エピジェネティクス。エピジェネティクスは、DNA配列によって引き起こされない遺伝性変化の研究である。エピジェネティック制御の根底にある機構には、ヒストン修飾(例えばメチル化またはアセチル化による)およびDNAの修飾(例えばメチル化またはヒドロキシメチル化による)が含まれる。こうした修飾は、特定の遺伝子座からの転写を抑制するかまたは活性化する際に役割を果たすことが示されてきている。
iii)特定の遺伝子は、親特異的発現パターンで発現される。これは、これらが、母系または父系遺伝子コピーから選択的に発現されることを意味する。2つの同一コピーを有する細胞株は、この現象を研究する興味深いモデル系に相当する可能性もある。
HAP1は、ほぼ半数体であるヒト細胞株KBM−7から得られる。これらは、再プログラミング中に予期せず得られた([6]と比較されたい)。KBM−7細胞同様、HAP1細胞は、ほぼ半数体の状態を非常に安定に維持する。KBM−7とは対照的に、HAP1細胞は、細胞培養フラスコに接着し、そしてHAP1細胞は、8番染色体の単一コピーしか所持しない。しかし、KBM−7細胞同様、HAP1細胞は、染色体15:61,105,002−89,890,003の部分に関して二倍体である。KBM−7細胞の全ゲノム配列決定によって、どちらの細胞株もこの領域内ではヘテロ接合性であることが示される。KBM−7細胞のスペクトル核型決定(SKY)によって、chr15:61,105,002−89,890,003の第二のコピーは、19番染色体に付着していることが明らかになった(図6を参照されたい)。
これらの診断PCRを用いて、本発明者らは、ヘテロ接合性の喪失が、クローンA11およびクローンH1(データ未提示)で起こったことを確立した。他のクローンはなおヘテロ接合性であり(そしてしたがって二倍体であり)、chr15:61,105,002−89,890,003断片がこれらのクローンにおいては欠失されていないことが示唆された。
要約
ほぼ半数体のヒト細胞株は、遺伝子スクリーンに役立ち、そして遺伝子不活性化としてのゲノム操作は、第二の遺伝子コピーの非存在によって非常に容易になる。しかし、完全に半数体であるヒト細胞株は記載されてきておらず、遺伝子サブセットの遺伝的アクセス可能性を妨げている。ほぼ半数体であるヒト細胞株HAP1は、15番染色体のヘテロ接合性30メガ塩基断片を除いて、すべての染色体の単一コピーを含有する。この巨大断片は330遺伝子を含み、そして19番染色体の長腕上に組み込まれている。ここで、本発明者らは、CRISPR/Cas9に基づくゲノム操作戦略を使用して、このかなり大きな染色体断片を切除し、そしてその半数体状態を保持するクローンを効率的にそして再現可能に得た。重要なことに、スペクトル核型決定および一塩基多型(SNP)遺伝子型決定によって、これらの細胞が完全に半数体であり、Cas9によって誘導される著しい染色体異常はまったくないことが明らかになった。さらに、親HAP1ならびにクローンA11およびE9の全ゲノム配列およびトランスクリプトーム分析によって、転写変化は、切除された15番染色体断片に限定されることが示された。総合すると、本発明者らは、CRISPR/Cas9技術を用いて、メガ塩基欠失を効率的に操作する実現可能性を立証し、そして最初の完全に半数体であるヒト細胞株を報告する。
脊椎動物において、単一コピーのゲノムの存在である半数性は、天然には、配偶子の段階に限定される。しかし、実験的には、半数体体細胞は、メダカ(medaka)、マウスおよびラットを含む、多くの生物から得られうる。ヒトにおいて、ほぼ半数体の体細胞は、白血病(Oshimuraら 1977[9];Anderssonら 1995[10])および軟骨肉腫(Boveeら 1999[19])を含む特定の腫瘍に見出されてきている。重要なことに、ほぼ半数体のヒト細胞株が、慢性骨髄性白血病患者から単離されて、そして数ヶ月に渡って安定に培養された(Koteckiら 1999[1])。KBM−7と称されるこの細胞株は、二染色体性である8番染色体および15番染色体の一部を除いて、大部分の染色体で1コピーを含有する。
KBM−7細胞およびHAP1細胞を、10%FCSを補充したIMDM中で培養した。細胞を48時間ごとに継代した。
KBM−7親細胞株の全ゲノム配列決定から得られる、(Burckstummerら 2013[4])に公表されるSNPリストから、ヘテロ接合性SNPを選択した。全ゲノムおよびエクソーム配列決定実験の両方に由来する累積変異体リストに基づいて、カスタムRスクリプト(Rバージョン3.0.1;パッケージ「ggplot2」)によって、SNPの等間隔配置および遺伝子型の視覚化を行った((Burckstummerら 2013[4])もまた参照されたい)。
ガイドRNAとして以下の配列を選択した:
chr15:61,105,002−89,890,003を含む断片の欠失を評価するため、本発明者らは、QIAamp DNAミニキット(Qiagen)を用いてゲノムDNAを単離し、そしてこれを、GoTaqポリメラーゼ(Promega)ならびにオリゴヌクレオチドHG6090およびHG6093を用いたPCRに供した(上記配列を参照されたい)。
限界希釈によって単一HAP1クローンを得た。この目的に向けて、細胞をトリプシン処理し、そして1mlあたり15細胞の濃度まで連続希釈した。この懸濁物50μlを、384ウェルプレートの各ウェルに植え付けた。個々のウェルを顕微鏡によって調べて、ポリクローナル細胞株を排除した。モノクローナル細胞株を拡大した。
GoTaqポリメラーゼ(Promega)を用い、以下のプライマー対を用いて、HAP1細胞(または対応するクローン)から、ヘテロ接合性SNPを増幅させた:
細胞を100ng/mlのKaryoMax(GIBCO)で6時間処理するか、または未処理で放置し、トリプシン処理によって採取して、そしてPBSで2回洗浄した。Nicoletti緩衝液(0.1%クエン酸ナトリウム、0.1% Triton X−100、0.5U/ml RNアーゼA、20U/ml RNアーゼT1、50μg/mlヨウ化プロピジウム)を用いて、細胞を溶解し、そして同時に染色した。半数体および二倍体参照細胞株を対照として含めた。フローサイトメトリーによって、ヨウ化プロピジウム染色を定量化した。
製造者の指示にしたがって、Illumina TruSeq DNA PCR不含試料調製キットを用いて、ゲノムDNAを、全ゲノム配列決定のためのライブラリー調製に供した。対形成末端100bp読み取り化学反応を用いて、Illumina HiSeq 2000上でライブラリーを配列決定した。本発明者らは、Bowtie2を用いて、ヒトゲノム(hg19)に対してデータを整列させ、そしてBamformatics(sourceforge.net/projectus/bamformatics)およびカスタムRスクリプトを用いて、変異体を分析した。本発明者らは、GSNAPによって生じた二次整列を用いて、人為現象的な整列に関してチェックした。全ゲノム配列決定データをShort Read Archive上に寄託した(HAP1細胞:SRP044390;eHAP A11およびE9:SRP044387)。
製造者の指示にしたがって、Illumina TruSeq RNA試料調製キットを用いたライブラリー調製に、総RNA(1μg)を供した。50bp単一読み取り化学反応を用い、Illumina HiSeq 2000上で、DNAライブラリーを配列決定した。本発明者らは、Gencode(V19)遺伝子注釈を用いて、Tophatで読み取りを整列させた。本発明者らは、読み取りをカウントし、そして多重度をマッピングすることにより加重することによって、遺伝子の発現を評価した。過剰/過少発現分析のため、本発明者らは、最小発現レベル(FPKM 5)、2の倍変化、および不確実性レベルに対するクリアランスを伴う遺伝子を考慮した。セグメント化分析のため、本発明者らは、すべての発現される遺伝子に関する倍変化の対数を計算し(FPKM 0.2)、これらを染色体の順序に配置し、そして次いで区分フラットセグメント化を適用した。次いで、セグメント化値を用いて、ゲノム全体の増幅マップをコンパイルした。すべてのRNA配列決定データを、Short Read Archive上に寄託した(SRP044391)。
HAP1細胞のスペクトル核型決定によって、親KBM−7細胞株に存在する15番染色体断片がHAP1で保持されることが明らかになった(図12)。これは、19番染色体の長腕に融合している。15番染色体上の二染色体領域の境界をマッピングするため、本発明者らは、KBM−7細胞由来の小分子ヌクレオチド多型(SNP)アレイデータを分析した(Burckstummerら 2013[4])。これらのデータによって、二染色体断片が、ほぼ3000万塩基対を含むことが示される(ほぼchr15:61,105,000−ほぼchr89,890,000)。この領域由来のヘテロ接合性SNPの存在は、二染色体領域が複製によって生じたのではなかったことを示す。そうではなく、これは、二倍体ヘテロ接合性起源の残余物に相当する。
本発明者らは、本明細書において、公表された欠失(Xiaoら 2013[13])をはるかに超えた、CRISPR/Cas9によって操作されるメガ塩基規模の欠失を提示し、したがって染色体規模のゲノム操作の実現可能性を立証する。重要なことに、操作された染色体的に安定なクローンは、標準的サブクローニングおよびPCRスクリーニング法を用いて得られうる。ジンクフィンガー・ヌクレアーゼ(Leeら 2010[14])またはTALEN(Kimら 2013[15])を用いた24メガ塩基までの巨大な欠失が報告されてきているが、これらの欠失を所持する単一クローンの単離を報告した研究がほとんどないため、常に効率を推測可能ではない。単一クローンが単離された場合、一般的にTALENがCRISPR/Cas系よりもより低い効率であると考えられるという事実を踏まえると、これらは驚くほど高頻度で(ほぼ0.5%)回収された(Kimら 2013[15])。この原稿を完成させるに当たって、本発明者らは、対形成CRISPR/Cas切断の結果としての、巨大欠失(Canverら 2014[16])または染色体再編成(ChoiおよびMeyerson 2014[17])を示すいくつかの最近の報告に気が付いた。単一アレルのメガ塩基規模欠失に関して報告された効率は、1%の範囲であり(Canverら 2014[16])、そしてしたがって、本発明者らの知見に匹敵する。
以下の実施例は、二倍体化の方法論を記載する。
半数体ヒト細胞は、二倍体状態に変換する天然の傾向を有する。半数体細胞は、したがって、本明細書において、最終的には安定な二倍体状態に変換する「準安定」状態と見なされる。この実験において、この変換は制御された方式で実行されて、そして、例えば定期的な間隔で細胞が継代されず、そして新鮮な培地が供給されない場合、最適以下の細胞培養条件によって誘発される。細胞ストレスは、特に接着細胞に適用された際、半数体体細胞ヒト細胞株の二倍体化を促進するであろう。
Claims (20)
- 体細胞的に完全な半数体であり、核型が安定したヒト細胞株。
- 接着細胞株である、請求項1の細胞株。
- DSM ACC3220の下に寄託されたHAP2細胞株またはその機能的変異体、好ましくは実質的に同じ遺伝子発現プロファイルを持つものである、請求項1または2の細胞株。
- 一染色体状態でヒト染色体の完全なセットを含む、請求項1〜3のいずれかの細胞株。
- 半数体核型が、少なくとも10継代、好ましくは少なくとも20継代に渡って、核型として安定である、請求項1〜4のいずれかの細胞株。
- ほぼ半数体である体細胞ヒト親細胞の1またはそれより多い二染色体領域のターゲティング化欠失によって得られうる、請求項1〜5のいずれかの細胞株。
- 関心対象のあらかじめ決定されたゲノム部位(GOI)に1またはそれより多い関心対象のゲノム突然変異(MOI)を含む、請求項1〜6のいずれかの細胞株。
- MOIが
(i)遺伝子の機能をノックアウトする突然変異;
(ii)1またはそれより多いヌクレオチドの欠失、置換、または挿入の少なくとも1つを導入する突然変異;および/または
(iii)相同性テンプレートの交換配列を導入する突然変異
の少なくとも1つである、請求項7の細胞株。 - 請求項1〜8のいずれかの細胞株から抽出されたゲノムDNAを含む、DNA調製物。
- a)ほぼ半数体である体細胞ヒト親細胞を提供し;
b)親細胞ゲノムにおいて二染色体領域を同定し;
c)各々、ターゲット部位とハイブリダイズするオリゴヌクレオチド配列を含むcrRNAと組み合わせたtracrRNAを含むgRNAによって、染色体領域のDNAの5’および3’端に隣接する外側部位をターゲティングし;
d)gRNAとハイブリダイズした際に、DNA二本鎖切断を触媒する、RNA誘導性エンドヌクレアーゼとの接触に際して、ターゲット部位でDNAを切断し、それによって、染色体領域を欠失させて、そして完全に半数体の細胞を得て;そして
e)細胞を拡大して、完全に半数体である細胞株を得る
工程を含む、請求項1〜8のいずれかの細胞株を産生する方法。 - 親細胞が、癌患者、好ましくは白血病、例えば慢性骨髄性白血病または急性リンパ芽球性白血病、あるいは固形腫瘍、例えば末梢軟骨肉腫に罹患した患者から得られる、請求項10の方法。
- gRNAの少なくとも1つが、配列番号3、配列番号13、配列番号19、および配列番号24〜47のいずれかからなる群より選択される配列、またはエンドヌクレアーゼの共基質である前述のいずれかの機能的変異体を含む、請求項10または11の方法。
- 少なくとも1つのエンドヌクレアーゼが、化膿性連鎖球菌、ストレプトコッカス・サーモフィルス、髄膜炎菌、またはトレポネーマ・デンティコラのいずれかに由来するCAS9酵素、およびCas9ニッカーゼまたは人工酵素を含む、前述のいずれかの機能的変異体からなる群より選択される、請求項10または11の方法。
- A
・配列番号3、25、もしくは26のいずれか、または前述のいずれかの機能的変異体のヌクレオチド配列を含むgRNA;および
・配列番号1、5、7、8、もしくは9のいずれか、または前述のいずれかの機能的変異体のアミノ酸配列を含むエンドヌクレアーゼ;あるいは
B
・配列番号13、27〜40のいずれか、または前述のいずれかの機能的変異体のヌクレオチド配列を含むgRNA;および
・配列番号10もしくは15、または前述のいずれかの機能的変異体のアミノ酸配列を含むエンドヌクレアーゼ;あるいは
C
・配列番号19、41〜47のいずれか、または前述のいずれかの機能的変異体のヌクレオチド配列を含むgRNA;および
・配列番号16もしくは21、または前述のいずれかの機能的変異体のアミノ酸配列を含むエンドヌクレアーゼ
の少なくとも1つを使用する、請求項10または101の方法。 - DNA切断が、プロトスペーサー関連モチーフ(PAM)に対して近位の、好ましくはPAMの3bp上流の二本鎖切断であり、そしてゲノム突然変異が、相同配向性修復によって、または非相同端連結によって得られる、請求項10〜14のいずれかの方法。
- 欠失される染色体領域が、少なくとも100万bp、好ましくは少なくとも1000万または少なくとも2000万bpの長さを有する、請求項10〜15のいずれかの方法。
- 異なるゲノムターゲット部位でゲノム突然変異を含む、同質遺伝子細胞変異体を産生するための、請求項1〜6のいずれかの細胞株の使用。
- 請求項1〜6のいずれかの細胞株の細胞を突然変異誘発することにより、異なるゲノムターゲット部位でゲノム突然変異を含む、体細胞的に完全な半数体であり、核型が安定したヒト細胞のライブラリーを産生する方法。
- 異なるGOIでMOIを含む同質遺伝子細胞変異体のレパートリーを含む、体細胞的に完全な半数体であり、核型が安定したヒト細胞のライブラリー。
- 請求項19のライブラリーの1またはそれより多い細胞株の機能的特性を決定し、そしてMOIの指標としてその機能にしたがって細胞株を選択することによって、あらかじめ定義されたGOIでMOIを含むヒト体細胞株を同定する方法。
Applications Claiming Priority (11)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP13194939.8 | 2013-11-28 | ||
EP13194940.6 | 2013-11-28 | ||
EP13194939 | 2013-11-28 | ||
EP13194940 | 2013-11-28 | ||
EP2014066732 | 2014-08-04 | ||
EPPCT/EP2014/066732 | 2014-08-04 | ||
EP14181367 | 2014-08-19 | ||
EP14181367.5 | 2014-08-19 | ||
EP14191914 | 2014-11-05 | ||
EP14191914.2 | 2014-11-05 | ||
PCT/EP2014/076029 WO2015079057A2 (en) | 2013-11-28 | 2014-11-28 | Somatic haploid human cell line |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2016538001A true JP2016538001A (ja) | 2016-12-08 |
Family
ID=52282678
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016555924A Pending JP2016538001A (ja) | 2013-11-28 | 2014-11-28 | 体細胞半数体ヒト細胞株 |
Country Status (7)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US10450586B2 (ja) |
EP (1) | EP3074515B1 (ja) |
JP (1) | JP2016538001A (ja) |
CN (1) | CN106103699B (ja) |
AU (1) | AU2014356400A1 (ja) |
CA (1) | CA2928635C (ja) |
WO (2) | WO2015079057A2 (ja) |
Families Citing this family (48)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP3613852A3 (en) | 2011-07-22 | 2020-04-22 | President and Fellows of Harvard College | Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity |
JP6411463B2 (ja) | 2013-04-16 | 2018-10-24 | リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッドRegeneron Pharmaceuticals, Inc. | ラットゲノムの標的改変 |
US9163284B2 (en) | 2013-08-09 | 2015-10-20 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for identifying a target site of a Cas9 nuclease |
US9359599B2 (en) | 2013-08-22 | 2016-06-07 | President And Fellows Of Harvard College | Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof |
US9228207B2 (en) | 2013-09-06 | 2016-01-05 | President And Fellows Of Harvard College | Switchable gRNAs comprising aptamers |
US9737604B2 (en) | 2013-09-06 | 2017-08-22 | President And Fellows Of Harvard College | Use of cationic lipids to deliver CAS9 |
US9322037B2 (en) | 2013-09-06 | 2016-04-26 | President And Fellows Of Harvard College | Cas9-FokI fusion proteins and uses thereof |
AU2014346559B2 (en) | 2013-11-07 | 2020-07-09 | Editas Medicine,Inc. | CRISPR-related methods and compositions with governing gRNAs |
US10450586B2 (en) | 2013-11-28 | 2019-10-22 | Horizon Discovery Limited | Somatic haploid human cell line |
RU2685914C1 (ru) | 2013-12-11 | 2019-04-23 | Регенерон Фармасьютикалс, Инк. | Способы и композиции для направленной модификации генома |
US20150166982A1 (en) | 2013-12-12 | 2015-06-18 | President And Fellows Of Harvard College | Methods for correcting pi3k point mutations |
US10077453B2 (en) | 2014-07-30 | 2018-09-18 | President And Fellows Of Harvard College | CAS9 proteins including ligand-dependent inteins |
US11680268B2 (en) | 2014-11-07 | 2023-06-20 | Editas Medicine, Inc. | Methods for improving CRISPR/Cas-mediated genome-editing |
KR102531016B1 (ko) | 2014-11-21 | 2023-05-10 | 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드 | 쌍 형성된 가이드 rna를 사용하는 표적화된 유전자 변형을 위한 방법 및 조성물 |
AU2015360502A1 (en) | 2014-12-10 | 2017-06-29 | Regents Of The University Of Minnesota | Genetically modified cells, tissues, and organs for treating disease |
CN108472314A (zh) | 2015-07-31 | 2018-08-31 | 明尼苏达大学董事会 | 修饰的细胞和治疗方法 |
AU2016326711B2 (en) | 2015-09-24 | 2022-11-03 | Editas Medicine, Inc. | Use of exonucleases to improve CRISPR/Cas-mediated genome editing |
IL294014B1 (en) | 2015-10-23 | 2024-03-01 | Harvard College | Nucleobase editors and their uses |
BR112018013065A2 (pt) * | 2015-12-28 | 2018-12-11 | Intellia Therapeutics Inc | composições e métodos para o tratamento de hemoglobinopatias |
AU2017238512B2 (en) * | 2016-03-23 | 2022-12-08 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Methods for enhancing the efficiency of gene editing |
EP3433363A1 (en) | 2016-03-25 | 2019-01-30 | Editas Medicine, Inc. | Genome editing systems comprising repair-modulating enzyme molecules and methods of their use |
US11236313B2 (en) | 2016-04-13 | 2022-02-01 | Editas Medicine, Inc. | Cas9 fusion molecules, gene editing systems, and methods of use thereof |
CN114176043B (zh) * | 2016-06-14 | 2024-04-23 | 明尼苏达大学董事会 | 用于治疗疾病的遗传修饰的细胞、组织和器官 |
AU2017306676B2 (en) | 2016-08-03 | 2024-02-22 | President And Fellows Of Harvard College | Adenosine nucleobase editors and uses thereof |
CA3033327A1 (en) | 2016-08-09 | 2018-02-15 | President And Fellows Of Harvard College | Programmable cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof |
WO2018039438A1 (en) | 2016-08-24 | 2018-03-01 | President And Fellows Of Harvard College | Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing |
CN110214180A (zh) | 2016-10-14 | 2019-09-06 | 哈佛大学的校长及成员们 | 核碱基编辑器的aav递送 |
AU2017346885B2 (en) | 2016-10-18 | 2021-10-21 | Intima Bioscience, Inc. | Tumor infiltrating lymphocytes and methods of therapy |
WO2018119359A1 (en) | 2016-12-23 | 2018-06-28 | President And Fellows Of Harvard College | Editing of ccr5 receptor gene to protect against hiv infection |
TW201839136A (zh) | 2017-02-06 | 2018-11-01 | 瑞士商諾華公司 | 治療血色素異常症之組合物及方法 |
US11898179B2 (en) | 2017-03-09 | 2024-02-13 | President And Fellows Of Harvard College | Suppression of pain by gene editing |
JP2020510439A (ja) | 2017-03-10 | 2020-04-09 | プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ | シトシンからグアニンへの塩基編集因子 |
KR20190130613A (ko) | 2017-03-23 | 2019-11-22 | 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 | 핵산 프로그램가능한 dna 결합 단백질을 포함하는 핵염기 편집제 |
WO2018209320A1 (en) | 2017-05-12 | 2018-11-15 | President And Fellows Of Harvard College | Aptazyme-embedded guide rnas for use with crispr-cas9 in genome editing and transcriptional activation |
EP3421593A1 (en) * | 2017-06-30 | 2019-01-02 | Centre National De La Recherche Scientifique | Method for obtaining haploid cells |
WO2019006418A2 (en) | 2017-06-30 | 2019-01-03 | Intima Bioscience, Inc. | ADENO-ASSOCIATED VIRAL VECTORS FOR GENE THERAPY |
WO2019014564A1 (en) | 2017-07-14 | 2019-01-17 | Editas Medicine, Inc. | SYSTEMS AND METHODS OF TARGETED INTEGRATION AND GENOME EDITING AND DETECTION THEREOF WITH INTEGRATED PRIMING SITES |
WO2019023680A1 (en) | 2017-07-28 | 2019-01-31 | President And Fellows Of Harvard College | METHODS AND COMPOSITIONS FOR EVOLUTION OF BASIC EDITORS USING PHAGE-ASSISTED CONTINUOUS EVOLUTION (PACE) |
US11319532B2 (en) | 2017-08-30 | 2022-05-03 | President And Fellows Of Harvard College | High efficiency base editors comprising Gam |
US11795443B2 (en) | 2017-10-16 | 2023-10-24 | The Broad Institute, Inc. | Uses of adenosine base editors |
CN111868240A (zh) * | 2017-11-10 | 2020-10-30 | 马萨诸塞大学 | 靶向crispr递送平台 |
EP3794130A4 (en) | 2018-05-16 | 2022-07-27 | Synthego Corporation | METHODS AND SYSTEMS FOR DESIGN AND USE OF GUIDE RNA |
EP3942040A1 (en) | 2019-03-19 | 2022-01-26 | The Broad Institute, Inc. | Methods and compositions for editing nucleotide sequences |
EP4031687A1 (en) * | 2019-09-19 | 2022-07-27 | Laboratory Corporation of America Holdings | Methods, compositions, and systems for classification of genetic variants of unknown significance |
CN111334505B (zh) * | 2020-03-18 | 2022-01-11 | 菁良基因科技(深圳)有限公司 | 一种泛肿瘤基因检测的标准品及其制备方法和应用 |
MX2022014008A (es) | 2020-05-08 | 2023-02-09 | Broad Inst Inc | Métodos y composiciones para la edición simultánea de ambas cadenas de una secuencia de nucleótidos de doble cadena objetivo. |
US20240200045A1 (en) * | 2021-03-30 | 2024-06-20 | Universität Heidelberg | Nuclease with improved targeting activity |
WO2023060059A2 (en) * | 2021-10-05 | 2023-04-13 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Treatment of polycythemia vera via cr1spr/aav6 genome editing |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012532615A (ja) * | 2009-07-09 | 2012-12-20 | ホワイトヘッド・インスティチュート・フォア・バイオメディカル・リサーチ | 哺乳動物遺伝学のための組成物および方法、ならびにその使用 |
Family Cites Families (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20100076057A1 (en) | 2008-09-23 | 2010-03-25 | Northwestern University | TARGET DNA INTERFERENCE WITH crRNA |
WO2013141680A1 (en) | 2012-03-20 | 2013-09-26 | Vilnius University | RNA-DIRECTED DNA CLEAVAGE BY THE Cas9-crRNA COMPLEX |
US9637739B2 (en) | 2012-03-20 | 2017-05-02 | Vilnius University | RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex |
AU2014346559B2 (en) * | 2013-11-07 | 2020-07-09 | Editas Medicine,Inc. | CRISPR-related methods and compositions with governing gRNAs |
US10450586B2 (en) | 2013-11-28 | 2019-10-22 | Horizon Discovery Limited | Somatic haploid human cell line |
-
2014
- 2014-11-28 US US15/100,146 patent/US10450586B2/en active Active
- 2014-11-28 WO PCT/EP2014/076029 patent/WO2015079057A2/en active Application Filing
- 2014-11-28 JP JP2016555924A patent/JP2016538001A/ja active Pending
- 2014-11-28 CN CN201480065108.7A patent/CN106103699B/zh active Active
- 2014-11-28 EP EP14853186.6A patent/EP3074515B1/en active Active
- 2014-11-28 AU AU2014356400A patent/AU2014356400A1/en not_active Abandoned
- 2014-11-28 CA CA2928635A patent/CA2928635C/en active Active
- 2014-11-28 US US15/100,105 patent/US10557151B2/en active Active
- 2014-11-28 WO PCT/EP2014/076028 patent/WO2015079056A1/en active Application Filing
-
2019
- 2019-09-11 US US16/567,087 patent/US20200032294A1/en active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2012532615A (ja) * | 2009-07-09 | 2012-12-20 | ホワイトヘッド・インスティチュート・フォア・バイオメディカル・リサーチ | 哺乳動物遺伝学のための組成物および方法、ならびにその使用 |
Non-Patent Citations (6)
Title |
---|
HORMONE FRONTIER IN GYNECOLOGY, 2010, VOL.17, NO.4, PP.29-36, JPN6018040741 * |
NATURE BIOTECHNOLOGY, 2011, VOL.29, NO.6, PP.542-546, JPN6018040745 * |
NATURE METHODS, 2013.10, VOL.10, NO.10, PP.965-971, JPN6018040744 * |
NATURE, 2011, VOL.477, PP.340-343, METHODS, SUPPLEMENTARY INFORMATION, JPN6018040740 * |
NUCLEIC ACIDS RES., 2013.06, VOL.41, NO.14, E141, JPN6018040742 * |
SCIENCE, 2009, VOL.326, PP.1231-1235, JPN6018040743 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2015079056A1 (en) | 2015-06-04 |
WO2015079057A3 (en) | 2015-08-27 |
US10450586B2 (en) | 2019-10-22 |
CA2928635C (en) | 2022-06-21 |
AU2014356400A1 (en) | 2016-06-02 |
US20200032294A1 (en) | 2020-01-30 |
US20170002380A1 (en) | 2017-01-05 |
EP3074515B1 (en) | 2018-11-14 |
US20170009256A1 (en) | 2017-01-12 |
CN106103699B (zh) | 2019-11-26 |
CN106103699A (zh) | 2016-11-09 |
WO2015079057A2 (en) | 2015-06-04 |
US10557151B2 (en) | 2020-02-11 |
CA2928635A1 (en) | 2015-06-04 |
EP3074515A2 (en) | 2016-10-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20200032294A1 (en) | Somatic haploid human cell line | |
US12018272B2 (en) | RNA-guided human genome engineering | |
Yumlu et al. | Gene editing and clonal isolation of human induced pluripotent stem cells using CRISPR/Cas9 | |
CN113646434B (zh) | 使用加标签的向导rna构建体进行高效基因筛选的组合物和方法 | |
CN105473773B (zh) | 基因组工程 | |
CN110300803B (zh) | 提高细胞基因组中同源定向修复(hdr)效率的方法 | |
JP2018532419A (ja) | CRISPR−Cas sgRNAライブラリー | |
WO2015089364A1 (en) | Crystal structure of a crispr-cas system, and uses thereof | |
US11396664B2 (en) | Replicative transposon system | |
EP3137633A1 (en) | Epigenetic modification of mammalian genomes using targeted endonucleases | |
Nora et al. | Targeted degradation of CTCF decouples local insulation of chromosome domains from higher-order genomic compartmentalization | |
US20210355475A1 (en) | Optimized base editors enable efficient editing in cells, organoids and mice | |
Gerdes et al. | Retrotransposon instability dominates the acquired mutation landscape of mouse induced pluripotent stem cells | |
JP7210028B2 (ja) | 遺伝子変異導入方法 | |
JP7109009B2 (ja) | 遺伝子ノックアウト方法 | |
Bennett et al. | 12 Detection of Insertion/Deletion (Indel) Events after Genome Targeting: Pros and Cons of the Available Methods | |
KR102667508B1 (ko) | 프라임 에디팅 시스템을 이용한 게놈 편집의 과정에서 발생 가능한 오프 타겟을 예측하는 방법 | |
WO2024119461A1 (en) | Compositions and methods for detecting target cleavage sites of crispr/cas nucleases and dna translocation | |
Nora et al. | Let us know how access to this document benefits you. |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20171023 |
|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A711 Effective date: 20180720 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20180720 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20181017 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190117 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190312 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190417 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20190417 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20190722 |