JP2016526016A

JP2016526016A - がんを治療する方法

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Publication number: JP2016526016A
Application number: JP2016512011A
Authority: JP
Inventors: ジュリーハンブルトン，; モーリーンアール．ブリーム，; モーリスピー．デヤング，; ジェラルディーンフェロン−ブレイディ，; ラケシュクマール，; ローンオッテセン，
Original assignee: GlaxoSmithKline Intellectual Property No 2 Ltd
Current assignee: GlaxoSmithKline Intellectual Property No 2 Ltd
Priority date: 2013-05-01
Filing date: 2014-04-30
Publication date: 2016-09-01
Also published as: RU2015150233A; HK1213817A1; CN105188732A; WO2014179448A2; KR20160003141A; MX2015015115A; US20160067307A1; US20180280470A1; BR112015027607A2; AU2014259956A1; CA2908391A1; WO2014179448A3; EP2991669A2; SG11201508878WA; BR112015027607A8

Abstract

ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を含む乳がんの治療方法が提供される。幾つかの実施態様では、該方法は、線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む。幾つかの実施態様では、該方法は、少なくとも一の更なる治療剤と組合わせてＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む。幾つかの実施態様では、少なくとも一の化学療法剤と組合わせてＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含むがんの治療方法が提供される。

Description

背景
可溶型の線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）は、インビトロ及びインビボで腫瘍細胞の増殖を阻害することが示されている。例えば、米国特許第７６７８８９０号を参照のこと。抗がん治療の有効性は、場合によっては、標的とされるがんの遺伝子構造に依存する。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２遺伝子増幅及び／又はＦＧＦ２過剰発現を有する乳がんを治療する方法において、対象に治療有効量の線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む方法が提供される。幾つかの実施態様では、乳がんは、エストロゲン受容体（ＥＲ）陽性、プロゲステロン（ＰＲ）陽性、又はＥＲ陽性かつＰＲ陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんは、ＥＲ陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんは、ＰＲ陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんは、ＥＲ陽性かつＰＲ陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんは、ＨＥＲ２陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんは、ｐ９５ＨＥＲ２陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんは、ＨＥＲ２陰性であると判定されている。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、乳がんは転移性乳がんでありうる。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、乳がんを有する対象は閉経後である。

幾つかの実施態様では、乳がんを有する対象に、トラスツズマブ（例えば、Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））及び／又はラパチニブ（例えば、Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））が以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、対象にアロマターゼ阻害剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、アロマターゼ阻害剤は、アミノグルテチミド、テストラクトン（例えば、Ｔｅｓｌａｃ（登録商標））、アナストロゾール（例えば、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、レトロゾール（例えば、Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、エキセメスタン（例えば、Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、ボロゾール（例えば、Ｒｉｖｉｓｏｒ（登録商標））、フォルメスタン（例えば、Ｌｅｎｔａｒｏｎ（登録商標））、酢酸メゲストロール（例えば、Ｍｅｇａｓｅ（登録商標））、及びファドロゾール（例えば、Ａｆｅｍａ（登録商標））から選択される。幾つかの実施態様では、乳がんを有する対象に、ＥＲアンタゴニストが以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、対象は、過去にＥＲ陽性乳がんを有すると判定されている。非限定的な典型的ＥＲアンタゴニストはタモキシフェン（例えば、Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標）、Ｉｓｔｕｂａｌ（登録商標）、及びＶａｌｏｄｅｘ（登録商標））及びフルベストラント（例えば、Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））を含む。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２遺伝子増幅及び／又はＦＧＦ２過剰発現を有する前立腺がんを治療する方法において、対象に治療有効量の線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む方法が提供される。幾つかの実施態様では、対象に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アゴニスト、ＧｎＲＨアンタゴニスト、アンドロゲン受容体（ＡＲ）阻害剤、１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤、及びジエチルスチルベストロール（ＤＥＳ）から選択される治療剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、対象にゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アゴニスト又はＧｎＲＨアンタゴニストが以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、対象にＧｎＲＨアンタゴニストが以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、ＧｎＲＨアゴニストは、ロイプロリド（例えば、Ｌｕｐｒｏｎ（登録商標）、Ｅｌｉｇａｒｄ（登録商標））、ブセレリン（例えば、Ｓｕｐｒｅｆａｃｔ（登録商標）、Ｓｕｐｒｅｃｏｒ（登録商標））、ヒストレリン（例えば、ＳｕｐｐｒｅｌｉｎＬＡ（登録商標）、Ｖａｎｔａｓ（登録商標））、酢酸ゴセレリン（例えば、Ｚｏｌａｄｅｘ（登録商標））、デスロレリン（例えば、Ｓｕｐｒｅｌｏｒｉｎ（登録商標）、Ｏｖｕｐｌａｎｔ（登録商標））、ナファレリン（例えば、Ｓｙｎａｒｅｌ（登録商標））、及びトリプトレリンから選択される。幾つかの実施態様では、ＧｎＲＨアンタゴニストは、セトロレリクス（例えば、Ｃｅｔｒｏｔｉｄｅ（登録商標））、ガニレリクス（例えば、Ａｎｔａｇｏｎ（登録商標））、アバレリクス（例えば、Ｐｌｅｎａｘｉｓ（登録商標））、及びデガレリクス（例えば、Ｆｉｒｍａｇｏｎ（登録商標））から選択される。幾つかの実施態様では、ＡＲ阻害剤は、酢酸シプロテロン（例えば、Ａｎｄｒｏｃｕｒ（登録商標）、Ｃｙｐｒｏｓｔａｔ（登録商標））、フルタミド（例えば、Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、ビカルタミド（例えば、Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、エンザルタミド（例えば、Ｘｔａｎｄｉ（登録商標））、ケトコナゾール、及びニルタミド（例えば、Ａｎａｎｄｒｏｎ（登録商標）、Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ（登録商標））から選択される。幾つかの実施態様では、１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤は、酢酸アビラテロン（例えば、Ｚｙｔｉｇａ（登録商標））である。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２遺伝子増幅及び／又はＦＧＦ２過剰発現を有するカルチノイドがんを治療する方法において、対象に治療有効量の線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む方法が提供される。幾つかの実施態様では、対象にオクトレオチドが以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、オクトレオチドの治療有効量が以前に投与されたか、又は現在対象に投与されている。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２遺伝子の増幅及び／又はＦＧＦ２過剰発現を有する卵巣がんを治療する方法において、対象に治療有効量の線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む方法が提供される。幾つかの実施態様では、対象にＥＲアンタゴニスト又はアロマターゼ阻害剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、アロマターゼ阻害剤は、アミノグルテチミド、テストラクトン（例えば、Ｔｅｓｌａｃ（登録商標））、アナストロゾール（例えば、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、レトロゾール（例えば、Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、エキセメスタン（例えば、アロマシン）、ボロゾール（例えば、Ｒｉｖｉｓｏｒ（登録商標））、フォルメスタン（例えば、Ｌｅｎｔａｒｏｎ（登録商標））、酢酸メゲストロール（例えば、Ｍｅｇａｓｅ（登録商標））、及びファドロゾール（例えば、Ａｆｅｍａ（登録商標））から選択される。非限定的な典型的ＥＲアンタゴニストは、タモキシフェン（例えば、Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標）、Ｉｓｔａｂｕｌ（登録商標）、Ｖａｌｏｄｅｘ（登録商標））及びフルベストラント（例えば、ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））を含む。幾つかの実施態様では、卵巣がんはエストロゲン受容体（ＥＲ）陽性、プロゲステロン（ＰＲ）陽性、又はＥＲ陽性かつＰＲ陽性である。

幾つかの実施態様では、対象において肺がんを治療する方法が提供される。幾つかの実施態様では、本方法は、対象に少なくとも５ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子と少なくとも１３５ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセルと少なくともＡＵＣ４のカルボプラチンを投与することを含む。幾つかの実施態様では、本方法は、１３５ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセルから２００ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセル、少なくとも１７５ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセル、１７５ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセルから２００ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセル、又は２００ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセルを投与することを含む。幾つかの実施態様では、本方法は、ＡＵＣ４のカルボプラチンからＡＵＣ６のカルボプラチン、少なくともＡＵＣ５のカルボプラチン、ＡＵＣ５のカルボプラチンからＡＵＣ６のカルボプラチン、又はＡＵＣ６のカルボプラチンを投与することを含む。幾つかの実施態様では、肺がんは、非小細胞肺がんである。幾つかの実施態様では、非小細胞肺がんは扁平上皮非小細胞肺がんである。

幾つかの実施態様では、対象における肺がんを治療する方法は、少なくとも５ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子と少なくとも４０ｍｇ／ｍ^２のドセタキセルを投与することを含む。幾つかの実施態様では、本方法は、４０ｍｇ／ｍ^２のドセタキセルから７５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセル、少なくとも５５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセル、５５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセルから７５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセル、又は７５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセルを投与することを含む。幾つかの実施態様では、肺がんは、非小細胞肺がんである。幾つかの実施態様では、非小細胞肺がんは扁平上皮非小細胞肺がんである。

ここに記載の実施態様の何れかにおいて、本方法は、５ｍｇ／ｋｇから２０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、少なくとも１０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、１０ｍｇ／ｋｇから２０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、少なくとも１５ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、１５ｍｇ／ｋｇから２０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、又は２０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含みうる。

ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がん細胞の少なくとも一部はＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有している場合がある。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は少なくとも３コピー、少なくとも４コピー、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピーのＦＧＦＲ１遺伝子を含む。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４の第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率を有している。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は、２より大きい第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率を有している。

ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がん細胞の少なくとも一部はＦＧＦＲ３遺伝子増幅を有している場合がある。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は少なくとも３コピー、少なくとも４コピー、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピーのＦＧＦＲ３遺伝子を含む。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４の第４染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ３遺伝子の比率を有している。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は、２より大きい第４染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ３遺伝子の比率を有している。

ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がん細胞の少なくとも一部はＦＧＦ２遺伝子増幅を有している場合がある。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は少なくとも３コピー、少なくとも４コピー、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピーのＦＧＦ２遺伝子を含む。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４の第４染色体セントロメアに対するＦＧＦ２遺伝子の比率を有している。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は、２より大きい第４染色体セントロメアに対するＦＧＦ２遺伝子の比率を有している。

ここに記載の実施態様の何れかにおいて、遺伝子増幅は、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション、ＤＮＡマイクロアレイ、スペクトル核型決定、定量ＰＣＲ、サザンブロット法、又は配列決定から選択される方法によって決定されうる。

ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がんの細胞の少なくとも一部にＦＧＦＲ１過剰発現がある場合がある。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１はＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がんの細胞の少なくとも一部にＦＧＦ２過剰発現がある場合がある。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がんの細胞の少なくとも一部にＦＧＦＲ３過剰発現がある場合がある。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３はＦＧＦＲ３ＩＩＩｃである。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がんの細胞の少なくとも一部は、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、又は３種のマーカーを過剰発現する場合がある。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、ＤＫＫ３及びＦＧＦ１８から選択される少なくとも１種又は２種のマーカーを過剰発現する場合がある。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がんの細胞の少なくとも一部は、ＥＴＶ４を過剰発現する場合がある。幾つかの実施態様では、がんにＦＧＦＲ１遺伝子増幅がない。

幾つかの実施態様では、過剰発現はｍＲＮＡの過剰発現である。幾つかの実施態様では、ｍＲＮＡの過剰発現は定量的ＲＴ−ＰＣＲを使用して決定される。幾つかの実施態様では、過剰発現はタンパク質の過剰発現である。幾つかの実施態様では、タンパク質の過剰発現は免疫組織化学を使用して決定される。

ここに記載の実施態様の何れかにおいて、本方法はＦＧＦＲ１ＥＣＤを投与することを含みうる。幾つかのそのような実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは配列番号：１から４から選択されるアミノ酸配列を含む。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、本方法はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含み得、ここで、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、ＦＧＦＲ１ＥＣＤと少なくとも一の融合パートナーを含む。幾つかの実施態様では、少なくとも一の融合パートナーは、Ｆｃ、アルブミン、及びポリエチレングリコールから選択される。幾つかの実施態様では、少なくとも一の融合パートナーはＦｃである。幾つかの実施態様では、Ｆｃは配列番号：８から１０から選択されるアミノ酸配列を含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、配列番号：５及び配列番号：６から選択される配列を含む。幾つかの実施態様では、少なくとも一の融合パートナーはＦｃ及びポリエチレングリコールである。幾つかの実施態様では、少なくとも一の融合パートナーはポリエチレングリコールである。幾つかの実施態様では、融合分子はＦＧＦＲ１ＥＣＤと一又は複数の融合パートナーの間にリンカーを含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ．３３９−Ｆｃである。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、グリコシル化及び／又はシアリル化される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子のポリペプチド部分は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞において発現される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、配列番号：１と配列番号：３から選択されるアミノ酸配列を含む。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、約０．５ｍｇ／ｋｇ体重から約３０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量、例えば、約５から約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量である（例えば表１に示されるように、ＥＣ＝１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍを使用）。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の治療有効量は、約５ｍｇ／ｋｇ体重の用量である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の治療有効量は、約１０ｍｇ／ｋｇ体重の用量である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の治療有効量は、約１５ｍｇ／ｋｇ体重の用量である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の治療有効量は、約２０ｍｇ／ｋｇ体重の用量である。幾つかの実施態様では、投与量は、週２回、毎週、隔週、毎週と隔週の間の頻度、３週毎、４週毎、又は毎月、投与されうる。

幾つかの実施態様では、ここに記載される方法は、少なくとも一種の更なる治療剤を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、少なくとも一種の更なる治療剤は抗がん剤である。幾つかの実施態様では、少なくとも一種の更なる治療剤は化学療法剤である。少なくとも一種の更なる治療剤は抗血管新生剤である。非限定的な例示的抗がん剤、化学療法剤、及び抗血管新生剤はここに記載される。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受けうる乳がんの対象を同定する方法が提供される。幾つかの実施態様では、本方法は、対象から得られた試料中のがん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２遺伝子増幅及び／又はＦＧＦ２過剰発現を含むかどうかを決定すること；及びがんがエストロゲン受容体（ＥＲ）陽性、プロゲステロン（ＰＲ）正、又はＥＲ陽性かつＰＲ陽性であるかどうかを決定することを含む。幾つかの実施態様では、がんが、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２遺伝子増幅及び／又はＦＧＦ２過剰発現を有しており、がんがＥＲ陽性及び／又はＰＲ陽性であるならば、がんは、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に応答性であると予測される。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受けうる、がんを有する対象を特定する方法が提供される。幾つかの実施態様では、本方法は、対象から得られた試料中のがん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択される少なくとも一種、少なくとも二種、少なくとも三種、少なくとも四種、又は少なくとも五種のマーカーを過剰発現しているかどうかを決定することを含み、過剰発現は、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対するがんの治療反応性の指標である。幾つかの実施態様では、本方法は対象から得られた試料中のがん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、及びＦＧＦ１８から選択される少なくとも一種、少なくとも二種、少なくとも三種、又は少なくとも四種のマーカーを過剰発現しているかどうかを決定することを含む。幾つかの実施態様では、本方法は対象から得られた試料中のがん細胞の少なくとも一部がＥＴＶ４を過剰発現しているかどうかを決定することを含む。前記実施態様の何れかを含む、幾つかの実施態様では、本方法は、対象から得られた試料中のがん細胞の少なくとも一部が以下の表６中の任意の行からの遺伝子１及び遺伝子２又はその任意の組合わせを過剰発現するかどうかを決定することを含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１はＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである。前記実施態様の何れかを含む、幾つかの実施態様では、本方法は、対象から得られた試料中のがん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有するかどうかを決定することを含む。

ここに記載される何れの実施態様又はそれらの何れの組合せも、ここに記載される発明の任意のあらゆる方法に適用される。

実施例１に記載される、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有する腫瘍細胞及び非増幅ＦＧＦＲ１遺伝子を有する腫瘍細胞のマウス異種移植片における、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる腫瘍増殖阻害率（％）を示す。実施例２に記載される、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う及び伴わない肺がん細胞株におけるＦＧＦＲ１ｍＲＮＡの発現の散布図を示す。実施例２に記載される、様々な量の血清を用いてＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの存在下又は非存在下で増殖させたＮＣＩ−Ｈ２２６細胞において実施された、（Ａ）ＣｅｌｌＴｉｔｅｒＧｌｏ（登録商標）アッセイにおける平均発光量、及び（Ｂ）トリチウム標識チミジン取り込みアッセイにおける１分当たりのカウントのグラフを示す。実施例２に記載される、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う及び伴わない肺がん異種移植片におけるＦＧＦＲ１ｍＲＮＡの発現の散布図を示す。実施例２に記載される、ＰＤＸＤ３５０８７細胞を移植し、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ又はアルブミンで処置したマウスにおける、様々な時点での平均腫瘍体積を示す。実施例３に記載される、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ応答者及び非応答者の異種移植片における、（Ａ）ＦＧＦ２ｍＲＮＡ（ＧＵＳＢに対して正規化）及び（Ｂ）ＦＧＦ２タンパク質の発現（総タンパク質量に対して正規化）を示す。実施例４に記載される、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ応答者及び非応答者の異種移植片における、ＤＫＫ３ｍＲＮＡの発現（ＧＵＳＢに対して正規化）を示す。実施例３に記載される、（Ａ）Ｃａｋｉ−１腎細胞がん異種移植モデル及び（Ｂ）ＭＳＴＯ−２１１Ｈ中皮腫異種移植モデルにおける、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの抗腫瘍活性を示す。実施例３に記載される、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ応答性及び非応答性異種移植モデルにおける、（Ａ）ＦＧＦＲ１及び（Ｂ）ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃｍＲＮＡの発現を示す。実施例５に記載される、マトリゲルプラグアッセイにおける、ＦＧＦ−２及びＶＥＧＦ−Ａによって誘導された血管新生のＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ媒介性阻害を示す。実施例５に記載されるように、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃが、ＶＥＧＦ−Ａによって誘導されるヒト臍帯静脈内皮細胞（ＨＵＶＥＣ）の増殖を阻害しないことを示す。実施例６に記載される、ＪＩＭＴ−１乳がん異種移植片におけるＦＧＦＲ１シグナル伝達のＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ媒介性阻害を示す。

詳細な説明
ここで使用される項目の見出しは、構成上の目的のために過ぎず、記載される主題を限定すると解釈されるべきではない。

定義
別途定義されない限り、本発明に関連して使用される科学用語及び技術用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。更に、文脈上別途要求されない限り、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。

別途特定して示されない限り、ここに記載される全ての化学物質はその薬学的に許容可能な形態を含むことが意図される。ここに記載される化学物質の薬学的に許容可能な形態は、薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、結晶形（多形及びクラスレートを含む）、キレート、非共有結合複合体、プロドラッグ、及びそれらの混合物を含む。

組換えＤＮＡ、オリゴヌクレオチド合成、組織培養及び形質転換（例えば、電気穿孔、リポフェクション）、酵素反応、並びに精製技術に関連して使用される所定の技術は、当該技術分野において既知である。多くのそのような技術及び手順は、とりわけ、例えば、 Sambrook等 Molecular Cloning: A Laboratory Manual (第2版, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989)）に記載されている。更に、化学合成、化学分析、医薬品、処方、及び送達、並びに患者の治療に関する所定の技術も当該技術分野において既知である。

この出願において、別途記載のない限り、「又は」の使用は「及び／又は」を意味する。複数項従属請求項の文脈において、「又は」の使用は、一項を越える先行する独立又は従属請求項を選択的にのみ引用する。また、「要素」又は「成分」等の用語は、特に別途指定のない限り、一ユニットを含む要素及び成分と、一を越えるサブユニットを含む要素及び成分の双方を包含する。

ここで使用される場合、全ての数字は、近似値であり、測定誤差及び有効数字の丸めを考慮して変動しうる。所定の測定された量の前の「約」の使用は、試料の不純物、測定誤差、人為的ミス、及び統計的変動、並びに有効数字の丸めによる変動を含む。

本開示に従って用いられる場合、別途指定のない限り、次の用語は次の意味を有すると理解されなければならない。

「核酸分子」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、互換的に使用できて、ヌクレオチドのポリマーを指す。そのようなヌクレオチドのポリマーは、天然及び／又は非天然のヌクレオチドを含んでもよく、限定されないが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、及びＰＮＡを含む。「核酸配列」は、核酸分子又はポリヌクレオチドを含むヌクレオチドの直鎖配列を指す。

「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は互換的に使用されて、アミノ酸残基のポリマーを指し、最小長に限定されない。そのようなアミノ酸残基のポリマーは、天然又は非天然のアミノ酸残基を含んでもよく、限定されないが、ペプチド、オリゴペプチド、アミノ酸残基の二量体、三量体、及び多量体を含む。完全長タンパク質及びその断片の双方が該定義に包含される。該用語はまたポリペプチドの発現後修飾、例えば、グリコシル化、シアリル化、アセチル化、リン酸化等も含む。更に、本発明の目的のために、「ポリペプチド」は、タンパク質が所望の活性を維持する限り、天然配列に対する修飾、例えば、欠失、付加、及び置換（通常、本質的に保存的である）を含むタンパク質を指す。これらの修飾は、部位特異的変異誘発のように計画的であってもよく、又はタンパク質を産生する宿主の変異もしくはＰＣＲ増幅に起因するエラーのように偶発的であってもよい。ポリペプチドが特定のアミノ酸配列「からなる」場合、それは翻訳後修飾、例えば、グリコシル化及びシアリル化等をなおも含みうる。

「ＦＧＦＲ１細胞外ドメイン」（「ＦＧＦＲ１ＥＣＤ」）という用語は、完全長ＦＧＦＲ１ＥＣＤ、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片、及びＦＧＦＲ１ＥＣＤ変異体を含む。ここで使用される場合、「ＦＧＦＲ１ＥＣＤ」という用語は、シグナルペプチドを伴うか又は伴わない、細胞内及び膜貫通ドメインを欠くＦＧＦＲ１ポリペプチドを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、配列番号：１及び２から選択されるアミノ酸配列を有するヒト完全長ＦＧＦＲ１ＥＣＤである。ここで使用される「完全長ＦＧＦＲ１ＥＣＤ」という用語は、細胞外ドメインの最後のアミノ酸まで延びるＦＧＦＲ１ＥＣＤを意味し、Ｎ末端シグナルペプチドを含んでも又は含まなくてもよい。ここで定義される場合、完全長ＦＧＦＲ１ＥＣＤの最後のアミノ酸は３５３位にある。従って、ヒト完全長ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、配列番号：２（成熟型）又は配列番号：１（シグナルペプチドを伴う）に対応するアミノ酸配列からなりうる。ここで使用される場合、「ＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片」という用語は、完全長ＥＣＤのＮ及び／又はＣ末端から一又は複数の残基が欠失された、ＦＧＦ−２に結合する能力を保持するＦＧＦＲ１ＥＣＤを指す。ＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片は、Ｎ末端シグナルペプチドを含んでも又は含まなくてもよい。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片は、配列番号：４（成熟型）又は配列番号：３（シグナルペプチドを伴う）に対応するアミノ酸配列を有するヒトＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片である。

ここで使用される場合、「ＦＧＦＲ１ＥＣＤ変異体」という用語は、アミノ酸付加、欠失、及び置換を含み、ＦＧＦ−２に結合可能なままであるＦＧＦＲ１ＥＣＤを指す。そのような変異体は、親ＦＧＦＲ１ＥＣＤと少なくとも９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一でありうる。２つのポリペプチドの％同一性は、類似性を決定するためのデフォルト設定でＢｅｓｔｆｉｔプログラムを使用して、２つのポリペプチドのアミノ酸配列を比較することによって決定される類似度スコアによって測定することができる。Ｂｅｓｔｆｉｔは、Ｓｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎのＡｄｖａｎｃｅｓｉｎＡｐｐｌｉｅｄＭａｔｈｅｍａｔｉｃｓ２：４８２−４８９（１９８１）の局所相同性アルゴリズムを使用して、２つの配列間の最良の類似セグメントを見つけ出す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ変異体は、配列番号：４の配列と少なくとも９５％同一である。

ＦＧＦＲ１ＥＣＤポリペプチドの参照アミノ酸配列と、少なくとも、例えば９５％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドは、参照ポリペプチドの各１００個のアミノ酸当たり最高５つのアミノ酸変化を含みうることを除いて、ポリペプチドのアミノ酸配列が参照配列と同一であるものである。換言すると、参照アミノ酸配列と少なくとも９５％同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るためには、参照配列中のアミノ酸残基の５％までが欠失していても、もしくは別のアミノ酸で置換されてもよいか、又は参照配列中の全アミノ酸残基の５％までの数のアミノ酸が参照配列に挿入されてもよい。これらの参照配列の変化は、参照アミノ酸配列のＮもしくはＣ末端の位置、あるいは参照配列中の残基間に個々に散在するか、又は参照配列中の一又は複数の近接グループとして散在して、これらの末端位置の間のどこでも起こってもよい。

実際、何れか特定のポリペプチドが、例えば、配列表に記載される核酸配列によってコードされたアミノ酸配列又はポリペプチド配列と、少なくとも７０％、８０％、９０％、又は９５％同一であるかどうかは、Ｂｅｓｔｆｉｔプログラム等の既知のコンピュータプログラムを使用して常套的に決定することができる。特定の配列が、本発明による参照配列と例えば９５％同一であるかどうかを決定するためにＢｅｓｔｆｉｔ又は他の配列アライメントプログラムを使用する場合、当然、参照アミノ酸配列の全長にわたって同一性のパーセンテージが算出され、参照配列中のアミノ酸残基の合計数の５％までの相同性におけるギャップが許容されるようにパラメータが設定される。

ここで使用される場合、「ｈＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３５３」及び「ｈＦＧＦＲ１．３５３」という用語は、配列番号：１（シグナルペプチドを伴う）又は配列番号：２（シグナルペプチドを伴わない、成熟型）に対応する完全長ヒトＦＧＦＲ１ＥＣＤを指すために互換的に使用されうる。

ここで使用される場合、「ｈＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９」及び「ｈＦＧＦＲ１．３３９」という用語は、配列番号：３（シグナルペプチドを伴う）又は配列番号：４（シグナルペプチドを伴わない、成熟型）に対応するヒトＦＧＦＲ１ＥＣＤを指すために互換的に使用されうる。

更なるｈＦＧＦＲ１ＥＣＤは、例えばその全体があらゆる目的のためにここに出典明示により援用される米国特許第７６７８８９０号に記載される。

「ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子」という用語は、ＦＧＦＲ１ＥＣＤと、一又は複数の「融合パートナー」とを含む分子を指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤと融合パートナーとは共有結合（「融合」）している。融合パートナーもポリペプチド（「融合パートナーポリペプチド」）である場合、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び融合パートナーポリペプチドは、連続するアミノ酸配列の一部であってもよく、融合パートナーポリペプチドは、ＦＧＦＲ１ＥＣＤのＮ末端又はＣ末端の何れかに結合していてもよい。そのような場合、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び融合パートナーポリペプチドは、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び融合パートナーポリペプチドの双方をコードするコード配列から単一ポリペプチドとして翻訳されうる（「ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合タンパク質」）。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤと融合パートナーとは、例えば、ペプチド結合以外の化学結合等の他の手段によって共有結合される。ポリペプチドを他の分子（例えば、融合パートナー）に共有結合させる多くの既知の方法が使用されうる。他の実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤと融合パートナーとは、少なくとも一つのアミノ酸又は化学部分から構成される「リンカー」を介して融合されうる。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤポリペプチドと融合パートナーとは、非共有的に連結される。幾つかのそのような実施態様では、それらは、例えば、結合対を使用して連結されうる。例示的な結合対は、限定されないが、ビオチン及びアビジン又はストレプトアビジン、抗体及びその抗原等を含む。

例示的な融合パートナーは、限定されないが、免疫グロブリンＦｃドメイン、アルブミン、及びポリエチレングリコールを含む。幾つかの例示的なＦｃドメインのアミノ酸配列を配列番号：８から１０に示す。幾つかの実施態様では、Ｆｃと融合したＦＧＦＲ１ＥＣＤは、「ｈＦＧＦＲ１ＥＣＤ−Ｆｃ」と称される。幾つかの実施態様では、Ｆｃドメインは、ＩｇＧ１Ｆｃ、ＩｇＧ２Ｆｃ、ＩｇＧ３Ｆｃ、及びＩｇＧ４Ｆｃから選択される。

ここで使用される場合、「ｈＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ」及び「ｈＦＧＦＲ１．３３９−Ｆｃ」という用語は、配列番号：６（シグナルペプチドを伴わない、成熟型）及び配列番号：５（シグナルペプチドを伴う）から選択されるアミノ酸配列を指すために互換的に使用されうる。ｈＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃで治療されうる非限定的な例示的がんは、限定されないが、肺がん、結腸がん、乳がん、胃がん、頭頸部がん、前立腺がん、子宮内膜がん、肉腫、小細胞肺がん、卵巣がん、カポジ肉腫、ホジキン病、白血病、非ホジキンリンパ腫、神経芽細胞腫（脳がん）、横紋筋肉腫、ウイルムス腫瘍、急性リンパ芽球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、膀胱がん、精巣がん、リンパ腫、胚細胞性腫瘍、結腸と直腸のがん、消化管がん、甲状腺がん、多発性骨髄腫、膵がん、中皮腫、悪性胸膜中皮腫、血液／リンパ腺がん、悪性腹膜中皮腫、食道がん、腎細胞がん、多形神経膠芽腫、及び肝がんを含む。

「シグナルペプチド」という用語は、哺乳動物細胞からのポリペプチドの分泌を促進する、ポリペプチドのＮ末端に位置するアミノ酸残基の配列を指す。シグナルペプチドは、哺乳動物細胞からポリペプチドを排出する際に切断され得、成熟タンパク質を形成する。シグナルペプチドは、天然又は合成であってもよく、それらが付着するタンパク質に対して異種又は相同であってもよい。例示的なシグナルペプチドは、限定されないが、ＦＧＦＲ１シグナルペプチド、例えば、配列番号：７のアミノ酸配列等を含む。例示的なシグナルペプチドはまた異種タンパク質由来のシグナルペプチドも含む。「シグナル配列」は、シグナルペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤはシグナルペプチドを欠く。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、天然ＦＧＦＲ１シグナルペプチド又は異種シグナルペプチドでありうる少なくとも一つのシグナルペプチドを含む。

「ベクター」という用語は、宿主細胞中で増殖されうる一又は複数のクローン化ポリヌクレオチドを含むように操作されうるポリヌクレオチドを記述するために使用される。ベクターは、次の要素の一又は複数を含みうる：複製起点、対象とするポリペプチドの発現を調節する一又は複数の制御配列（例えば、プロモーター及び／又はエンハンサー等）、及び／又は一又は複数の選択可能なマーカー遺伝子（例えば、抗生物質耐性遺伝子、及び比色分析法で使用されうる遺伝子、例えばβ−ガラクトシダーゼ）。「発現ベクター」という用語は、宿主細胞において対象とするポリペプチドを発現させるために使用されるベクターを指す。

「宿主細胞」は、ベクター又は単離ポリヌクレオチドのレシピエントとなり得るか、又はレシピエントとなった細胞を指す。宿主細胞は、原核細胞又は真核細胞でありうる。例示的な真核細胞は、哺乳動物細胞、例えば、霊長類又は非霊長類動物細胞；真菌細胞；植物細胞；及び昆虫細胞等を含む。例示的な哺乳動物細胞は、限定されないが、２９３及びＣＨＯ細胞、並びにそれらの誘導体、例えば、それぞれ２９３−６Ｅ及びＤＧ４４を含む。

ここで使用される「単離された」という用語は、天然に典型的に見出される成分の少なくとも一部から分離されている分子を指す。例えば、それが産生された細胞の成分の少なくとも一部から分離されている場合、ポリペプチドは「単離されている」と称される。発現後に細胞によってポリペプチドが分泌される場合、それを産生した細胞からポリペプチドを含む上清を物理的に分離することは、ポリペプチドの「単離」であると考えられる。同様に、ポリヌクレオチドが、天然に典型的に見出される、より大きなポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡポリヌクレオチドの場合、ゲノムＤＮＡ又はミトコンドリアＤＮＡ）の一部ではない場合、又はそれが産生された細胞の成分の少なくとも一部から分離される場合、例えば、ＲＮＡポリヌクレオチドの場合、ポリヌクレオチドは、「単離された」と称される。よって、宿主細胞中のベクターに含まれるＤＮＡポリヌクレオチドは、そのポリヌクレオチドが天然においてそのベクター中に見出されない限り、「単離された」と称されうる。

「抗悪性腫瘍組成物」という用語は、少なくとも一種の活性な治療剤、例えば「抗がん剤」を含む、がんの治療に有用な組成物を指す。治療剤（抗がん剤）の例は、限定されないが、例えば、化学療法剤、増殖抑制剤、細胞傷害性薬剤、放射線療法に使用される薬剤、抗血管新生剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及びがんを治療するための他の薬剤、例えば、抗ＶＥＧＦ抗体（例えば、ベバシズマブ、ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））、抗ＨＥＲ−２抗体（例えば、トラスツズマブ、ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標））、抗ＣＤ２０抗体（例えば、リツキシマブ、ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）アンタゴニスト（例えば、チロシンキナーゼ阻害剤）、ＨＥＲ１／ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、エルロチニブ、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））、血小板由来増殖因子阻害剤（例えば、ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、イマチニブメシレート））、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、次の標的ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、ＰＤＧＦＲ−β、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ又はＶＥＧＦ受容体、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２の一又は複数に結合するアンタゴニスト（例えば、中和抗体）、並びに他の生理活性及び有機化学薬剤等を含む。これらの組合せもまた本発明に含まれる。

「化学療法剤」は、がんの治療に有用な化学化合物を指す。化学療法剤の例は、アルキル化剤、例えば、チオテパ及びシクロスホスファミド（例えばＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））；スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド及びトリメチロメラミンを含むエチレンイミン並びにメチルアメラミン（methylamelamines）；アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）；Δ−９−テトラヒドロカンナビノール（例えば、ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；βラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトテシン（合成アナログトポテカン（例えば、ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ−１１（例えば、イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン、及び９−アミノカンプトテシン）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼルシン及びビセレシン合成アナログを含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸；テニポシド；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成アナログのＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロランブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンγ１Ｉ及びカリケアマイシンωＩ１（例えば、Nicolaou等, Angew. Chem Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994)を参照）；ＣＤＰ３２３、経口α−４インテグリン阻害剤；ダイネマイシンＡを含むダイネマイシン；エスペラミシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射剤（例えば、ＤＯＸＩＬ（登録商標））、リポソームドキソルビシンＴＬＣＤ−９９（例えば、ＭＹＯＣＥＴ（登録商標）、ペグ化リポソームドキソルビシン（例えば、ＣＡＥＬＹＸ（登録商標））、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣ等のマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；抗代謝物、例えば、メトトレキセート、ゲムシタビン（例えば、ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、ペメトレキセド（例えば、ＡＬＩＭＴＡ（登録商標））；テガフール（例えば、ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン（例えば、ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エポチロン、及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎物質、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充薬、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルフォルニチン；エリプチニウム酢酸塩；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；メイタンシノイド、例えば、メイタンシン及びアンサマイトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（JHS Natural Products, Eugene, OR）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２'，２'−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン（例えば、ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル（例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（例えば、ＡＢＲＡＸＡＮＥ^TM）、及びドセタキセル（例えば、ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；白金剤、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン（例えば、ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標））、及びカルボプラチン；ビンブラスチン（例えば、ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））、ビンクリスチン（例えば、ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））、ビンデシン（例えば、ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））、及びビノレルビン（例えば、ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））を含む、チューブリン重合による微小管形成を防止するビンカ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ロイコボリン；ノバントロン；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害剤のＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；ベキサロテン（例えば、ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））を含むレチノイド、例えばレチノイン酸；ビスホスホネート、例えば、クロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（例えば、ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（例えば、ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（例えば、ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（例えば、ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、又はリセドロネート（例えば、ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））；トロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの、例えば、ＰＫＣ−α、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、及び上皮増殖因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）；ワクチン、例えば、ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン及び遺伝子治療ワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン；トポイソメラーゼ１阻害剤（例えば、ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標））；ｒｍＲＨ（例えば、ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標））；ＢＡＹ４３９００６（ソラフェニブ、例えば、ＮＥＸＡＶＡＲ（登録商標）、Ｂａｙｅｒ）；ＳＵ−１１２４８（スニチニブ、例えば、ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ）；ペリホシン、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオソーム阻害剤（例えば、ＰＳ３４１）；ボルテゾミブ（例えば、ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標））；ＣＣＩ−７７９；ティピファニブ（Ｒ１１５７７）；オラフェニブ、ＡＢＴ５１０；Ｂｃｌ−２阻害剤、例えば、オブリメルセンナトリウム（例えば、ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））；ピクサントロン；ＥＧＦＲ阻害剤（以下の定義を参照）；チロシンキナーゼ阻害剤（以下の定義を参照）；セリン−スレオニンキナーゼ阻害剤、例えば、ラパマイシン（例えば、シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えば、ロナファルニブ（例えば、ＳＣＨ６６３６、ＳＡＲＡＳＡＲ^TM）；及び上記の何れかの薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体；並びにＣＨＯＰ（シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾロンの併用療法の略称）及びＦＯＬＦＯＸ（５−ＦＵ及びロイコボリンと組合せたオキサリプラチン（例えば、ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標））を用いた治療レジメンの略称）等の、上記のうちの２つ以上の組合せを含む。

ここで定義される化学療法剤は、がんの増殖を促進する可能性のあるホルモンの影響を、調節し、低下させ、遮断し、又は阻害するように作用する「抗ホルモン剤」又は「内分泌治療薬」を含む。これらは、それら自体がホルモンであってもよく、限定されないが、タモキシフェン（例えば、ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標））、４−ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン（例えば、ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェン（例えば、ＥＶＩＳＴＡ（登録商標））、トリオキシフェン、ケオキシフェン、及びＳＥＲＭ３等の選択的エストロゲン受容体調節薬（ＳＥＲＭ）を含む、混合アゴニスト／アンタゴニストプロファイルを持つ抗エストロゲン剤；アゴニスト特性を有しない純粋な抗エストロゲン、例えば、フルベストラント（例えば、ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））、及びＥＭ８００（このような薬剤は、エストロゲン受容体（ＥＲ）の二量体化を遮断し、ＤＮＡ結合を阻害し、ＥＲ代謝回転を増加させ、かつ／又はＥＲレベルを抑制しうる）；アロマターゼ阻害剤（ホルメスタン及びエキセメスタン（例えば、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標））等のステロイドアロマターゼ阻害剤、並びに例えば、アナストロゾール（例えば、ＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標））、レトロゾール（例えば、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標））及びアミノグルテチミ等の非ステロイド性アロマターゼ阻害剤、並びにボロゾール（例えば、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標））、メゲストロール酢酸塩（例えば、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標））、ファドロゾール、及び４（５）−イミダゾール等の他のアロマターゼ阻害剤を含む）；リュープロリド（例えば、ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）及びＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標））、ゴセレリン、ブセレリン、及びトリプトレリンを含む、黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト；プロゲスチン、例えば、メゲストロール酢酸塩及びメドロキシプロゲステロン酢酸塩、エストロゲン、例えば、ジエチルスチルベストロール及びプレマリン、並びにアンドロゲン／レチノイド、例えば、フルオキシメステロン、全てのトランス−レチノイン酸及びフェンレチニドを含む、性ステロイド；オナプリストン；抗プロゲステロン；エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＥＲＤ）；抗アンドロゲン、例えば、フルタミド、ニルタミド及びビカルタミド；並びに上記の何れかの薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体；並びに上記の２つ以上の組合せを含む。

「血管新生因子又は血管新生剤」は、例えば、血管新生、内皮細胞増殖、血管の安定性、及び／又は脈管形成等を促進する、血管の発生を刺激する増殖因子を指す。例えば、血管新生因子は、限定されないが、例えば、ＶＥＧＦ及びＶＥＧＦファミリーのメンバー（ＶＥＧＦ−Ｂ、ＶＥＧＦ−Ｃ及びＶＥＧＦ−Ｄ）、ＰｌＧＦ、ＰＤＧＦファミリー、線維芽細胞増殖因子ファミリー（ＦＧＦ）、ＴＩＥリガンド（アンジオポエチン）、エフリン、デルタ様リガンド４（ＤＬＬ４）、ｄｅｌ−１、線維芽細胞増殖因子：酸性（ａＦＧＦ）及び塩基性（ｂＦＧＦ）、フォリスタチン、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）／分散因子（ＳＦ）、インターロイキン−８（ＩＬ−８）、レプチン、ミッドカイン、ニューロピリン、胎盤増殖因子、血小板由来内皮細胞増殖因子（ＰＤ−ＥＣＧＦ）、血小板由来増殖因子、特にＰＤＧＦ−ＢＢ又はＰＤＧＦＲ−β、プレイオトロフィン（ＰＴＮ）、プログラニュリン、プロリフェリン、形質転換増殖因子−α（ＴＧＦ−α）、形質転換増殖因子−β（ＴＧＦ−β）、腫瘍壊死因子−α（ＴＮＦ−α）等を含む。また、創傷治癒を加速させる因子、例えば、成長ホルモン、インスリン様増殖因子−Ｉ（ＩＧＦ−Ｉ）、ＶＩＧＦ、上皮増殖因子（ＥＧＦ）、ＣＴＧＦ及びそのファミリーのメンバー、並びにＴＧＦ−α及びＴＧＦ−βも含まれる。例えば、Klagsbrun及びD'Amore (1991) Annu. Rev. Physiol. 53:217-39；Streit及びDetmar (2003) Oncogene 22:3172-3179；Ferrara及びAlitalo (1999) Nature Medicine 5(12):1359-1364；Tonini等 (2003) Oncogene 22:6549-6556（例えば、既知の血管新生因子を列挙する表１）；及び Sato (2003) Int. J. Clin. Oncol. 8:200-206を参照のこと。

「抗血管新生剤」又は「血管新生阻害剤」は、血管新生、脈管形成、又は望ましくない血管透過性を直接的又は間接的の何れかで阻害する、低分子量物質、ポリヌクレオチド（例えば、阻害性ＲＮＡ（ＲＮＡｉ又はｓｉＲＮＡ）を含む）、ポリペプチド、単離されたタンパク質、組換えタンパク質、抗体、又はそれらのコンジュゲートもしくは融合タンパク質を指す。抗血管新生剤は、血管新生因子又はその受容体に結合し、その血管新生活性を遮断する薬剤を含むことが理解されなければならない。例えば、抗血管新生剤は、例えば、上に定義したような血管新生剤に対する抗体又は他のアンタゴニストであり、例えば、ＶＥＧＦ−Ａに結合する融合タンパク質、例えば、ＺＡＬＴＲＡＰ^TM（アフリベルセプト）、ＶＥＧＦ−Ａに対する抗体、例えば、ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）（ベバシズマブ）、又はＶＥＧＦ−Ａ受容体（例えば、ＫＤＲ受容体もしくはＦｌｔ−１受容体）に対する抗体、抗ＰＤＧＦＲ阻害剤、例えば、ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）（メシル酸イマチニブ）、ＶＥＧＦ受容体シグナル伝達を遮断する小分子（例えば、ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２８４、ＳＵ６６６８、ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）／ＳＵ１１２４８（リンゴ酸スニチニブ）、ＡＭＧ７０６、又は例えば、国際特許出願国際公開第２００４／１１３３０４号に記載されるもの）である。抗血管新生剤はまた天然の血管新生阻害剤、例えば、アンジオスタチン、エンドスタチン等も含む。例えば、 Klagsbrun及びD'Amore (1991) Annu. Rev. Physiol. 53:217-39；Streit及びDetmar (2003) Oncogene 22:3172-3179（例えば、悪性黒色腫の抗血管新生療法剤を列挙する表３）；Ferrara及びAlitalo (1999) Nature Medicine 5(12):1359-1364；Tonini等(2003) Oncogene 22:6549-6556（例えば、既知の抗血管新生因子を列挙する表２）；及びSato (2003) Int. J. Clin. dOncol. 8:200-206（例えば、臨床試験で使用される抗血管新生剤を列挙する表１）を参照のこと。

「ＶＥＧＦアンタゴニスト」は、限定されないが、一又は複数のＶＥＧＦ受容体に対するその結合を含む、ＶＥＧＦの活性を中和し、遮断し、阻害し、抑止し、低減し、又は妨害することができる分子を指す。ＶＥＧＦアンタゴニストは、限定されないが、抗ＶＥＧＦ抗体及びその抗原結合断片、ＶＥＧＦに特異的に結合し、それによって一又は複数の受容体に対するその結合を封鎖する受容体分子及び誘導体、抗ＶＥＧＦ受容体抗体、ＶＥＧＦ受容体アンタゴニスト、例えば、ＶＥＧＦＲチロシンキナーゼの小分子阻害剤（例えば、パゾパニブ）、及びＶＥＧＦに結合するイムノアドヘシン、例えば、ＶＥＧＦトラップ（例えば、アフリベルセプト）を含む。ここで使用される「ＶＥＧＦアンタゴニスト」という用語は、特に、ＶＥＧＦに結合してＶＥＧＦの活性を中和し、遮断し、阻害し、抑止し、低減し、又は妨害することができる、抗体、抗体断片、他の結合ポリペプチド、ペプチド、及び非ペプチド小分子を含む分子を含む。従って、「ＶＥＧＦの活性」という用語は、特に、ＶＥＧＦによって媒介されるＶＥＧＦの生物活性を含む。

「対象」及び「患者」という用語は、哺乳動物を指すためにここでは互換的に使用される。幾つかの実施態様では、対象又は患者はヒトである。他の実施態様では、限定されないが、げっ歯類、サル、ネコ、イヌ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、哺乳類実験動物、哺乳類家畜、哺乳類競技動物、及び哺乳類ペットを含む、他の哺乳動物を治療する方法もまた提供される。

ここで使用される「試料」又は「患者試料」という用語は、例えば、物理的、生化学的、化学的、及び／又は生理学的な特徴に基づいて特徴付けられ及び／又は特定される、細胞実体及び／又は他の分子実体を含む興味ある対象から得られるか又は対象に由来する組成物を指す。例えば、「疾患試料」という句及びその変形は、特徴付けられる細胞実体及び／又は分子実体を含むことが予測されるか又は分かっている、興味ある対象から得られる任意の試料を指す。「組織又は細胞試料」とは、対象又は患者の組織から得られた類似する細胞の集合を意味する。組織又は細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結された、及び／又は保存された、臓器もしくは組織試料又は生検組織又は吸引液由来の固形組織；血液又は任意の血液成分；大脳脊髄液、羊水、腹水、又は間質液等の体液；対象の妊娠又は発達における任意の時期からの細胞であってもよい。組織試料はまた初代又は培養細胞又は細胞株であってもよい。任意選択的に、組織又は細胞試料は、疾患組織／臓器から得られる。組織試料は、保存料、抗凝血剤、緩衝液、固定液、栄養剤、抗生物質等の、本来の組織には自然に混合されない化合物を含みうる。

ここで使用される「参照試料」、「参照細胞」、又は「参照組織」は、特定するために本発明の方法又は組成物が使用される疾患又は症状に罹患していないことが分かっているか又は考えられる供給源から得られた試料、細胞、又は組織を指す。幾つかの実施態様では、参照試料、参照細胞、又は参照組織は、本発明の組成物又は方法を使用して疾患又は症状が特定される同じ対象又は患者の健常な身体部分から得られる。幾つかの実施態様では、参照試料、参照細胞、又は参照組織は、本発明の組成物又は方法を使用して疾患又は症状が特定される対象又は患者ではない１人以上の個体の健常な身体部分から得られる。

ここで使用される「がん」及び「腫瘍」は、動物における任意の異常な細胞又は組織の成長又は増殖を指す互換的な用語である。ここで使用される場合、「がん」及び「腫瘍」という用語は、固形がん及び血液がん／リンパ腺がんを包含し、また悪性、前がん性、及び良性の増殖、例えば異形成等も包含する。がんの例として、限定されないが、細胞腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が挙げられる。このようながんのより特定の非限定的な例として、扁平上皮がん、小細胞肺がん、下垂体がん、食道がん、星状細胞腫、軟部肉腫、非小細胞肺がん、肺腺がん、肺扁平上皮がん、腹膜がん、肝細胞がん、消化管がん、膵がん、神経膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝がん、膀胱がん、肝細胞腫、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓がん、腎がん、肝がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝臓がん、脳がん、子宮内膜がん、精巣がん、胆管細胞がん、胆嚢がん、胃がん、黒色腫、及び様々な種類の頭頸部がんが挙げられる。

「ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞」は、ＦＧＦＲ１遺伝子を２コピーより多く含む細胞を指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞は、第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が１より大きい細胞を指す。幾つかの実施態様では、比率は、蛍光インサイツハイブリダイゼーションによって決定される。ここで使用される「ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴うがん」は、がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有するがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴うがんは、がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子を少なくとも４コピー含むがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴うがんは、がん細胞の少なくとも一部が１より大きいＦＧＦＲ１遺伝子：第８染色体セントロメア比を有するがんを指す。例示的なＦＧＦＲ１遺伝子配列は、例えば、２０１３年３月２３日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７７２９．１に見出すことができる。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦＲ１遺伝子を少なくとも３コピー、少なくとも４コピー、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピー含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞は、少なくとも４コピーを含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦＲ１遺伝子：第８染色体セントロメア比が、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦＲ１遺伝子：第８染色体セントロメア比が少なくとも２である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞は、２より大きいＦＧＦＲ１遺伝子：第８染色体セントロメア比を有する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞中のＦＧＦＲ１遺伝子の各コピーは、ＦＧＦＲ１遺伝子の完全なコピーである必要はない。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞は、高いレベルのＦＧＦＲ１を有する（すなわち、幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦＲ１の過剰発現を伴う細胞でもある）。

「ＦＧＦＲ１の過剰発現を伴う細胞」又は「ＦＧＦＲ１を過剰発現する細胞」は、参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＦＧＦＲ１ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する細胞を指す。「ＦＧＦＲ１の過剰発現を伴うがん」又は「ＦＧＦＲ１を過剰発現するがん」は、細胞の少なくとも一部が参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＦＧＦＲ１ｍＲＮＡ又はタンパク質を有するがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１の過剰発現を伴う細胞は、参照細胞よりも少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも７倍、又は少なくとも１０倍高いレベルのＦＧＦＲ１ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する。ＦＧＦＲ１ｍＲＮＡ又はタンパク質のレベルは、限定されないが、ここに記載される方法を含む任意の好適な方法によって決定することができる。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１は、ＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである。例示的なヒトＦＧＦＲ１タンパク質配列は、例えば、２０１２年３月２１日付のＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ参照配列：Ｐ１１３６２（ＦＧＦＲ１＿ＨＵＭＡＮ）に見出すことができる。例示的なヒトＦＧＦＲ１ｍＲＮＡ配列は、例えば、２０１２年３月２４日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０２３１１０．２に見出すことができる。例示的なヒトＦＧＦＲ１ＩＩＩｃタンパク質配列は、例えば、２０１２年３月２４日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０７５５９８．２に見出すことができる。例示的なヒトＦＧＦＲ１ＩＩＩｃｍＲＮＡ配列は、例えば、２０１２年３月２４日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０２３１１０．２に見出すことができる。

「ＦＧＦＲ３の過剰発現を伴う細胞」又は「ＦＧＦＲ３を過剰発現する細胞」は、参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＦＧＦＲ３ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する細胞を指す。「ＦＧＦＲ３の過剰発現を伴うがん」又は「ＦＧＦＲ３を過剰発現するがん」は、細胞の少なくとも一部が参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＦＧＦＲ３ｍＲＮＡ又はタンパク質を有するがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３の過剰発現を伴う細胞は、参照細胞よりも少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも７倍、又は少なくとも１０倍高いレベルのＦＧＦＲ３ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する。ＦＧＦＲ３ｍＲＮＡ又はタンパク質のレベルは、限定されないが、ここに記載される方法を含む任意の好適な方法によって決定することができる。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、ＦＧＦＲ３はＦＧＦＲ３ＩＩＩｃでありうる。例示的なヒトＦＧＦＲ３ＩＩＩｃタンパク質配列は、例えば、２０１２年２月１２日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００１３３．１に見出すことができる。例示的なヒトＦＧＦＲ３ＩＩＩｃｍＲＮＡ配列は、例えば、２０１２年２月１２日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０００１４２．４に見出すことができる。

「ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞」は、ＦＧＦＲ３遺伝子を２コピーより多く含む細胞を指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞は、第４染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ３遺伝子の比率が１より大きい細胞を指す。幾つかの実施態様では、比率は、蛍光インサイツハイブリダイゼーションによって決定される。ここで使用される「ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴うがん」は、がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ３遺伝子増幅を有するがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴うがんは、がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ３遺伝子を少なくとも４コピー含むがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴うがんは、がん細胞の少なくとも一部が１より大きいＦＧＦＲ３遺伝子：第４染色体セントロメア比を有するがんを指す。例示的なＦＧＦＲ３遺伝子配列は、例えば、２０１３年３月２４日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿０１２６３２．１に見出すことができる。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦＲ３遺伝子を少なくとも３コピー、少なくとも４コピー、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピー含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞は、少なくとも４コピーを含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦＲ３遺伝子：第４染色体セントロメア比が、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦＲ３遺伝子：第４染色体セントロメア比が少なくとも２である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞は、２より大きいＦＧＦＲ３遺伝子：第４染色体セントロメア比を有する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞中のＦＧＦＲ３遺伝子の各コピーは、ＦＧＦＲ３遺伝子の完全なコピーである必要はない。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞は、高いレベルのＦＧＦＲ３を有する（すなわち、幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦＲ３の過剰発現を伴う細胞でもある）。

「ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞」は、ＦＧＦ２遺伝子を２コピーより多く含む細胞を指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞は、第４染色体セントロメアに対するＦＧＦ２遺伝子の比率が１より大きい細胞を指す。幾つかの実施態様では、比率は、蛍光インサイツハイブリダイゼーションによって決定される。ここで使用される「ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴うがん」は、がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦ２遺伝子増幅を有するがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴うがんは、がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦ２遺伝子を少なくとも４コピー含むがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴うがんは、がん細胞の少なくとも一部が１より大きいＦＧＦ２遺伝子：第４染色体セントロメア比を有するがんを指す。例示的なＦＧＦ２遺伝子配列は、例えば、２０１３年３月２６日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿０２９０６７．１に見出すことができる。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦ２遺伝子を少なくとも３コピー、少なくとも４コピー、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピー含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞は、少なくとも４コピーを含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦ２遺伝子：第４染色体セントロメア比が、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦ２遺伝子：第４染色体セントロメア比が少なくとも２である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞は、２より大きいＦＧＦ２遺伝子：第４染色体セントロメア比を有する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞中のＦＧＦ２遺伝子の各コピーは、ＦＧＦ２遺伝子の完全なコピーである必要はない。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞は、高いレベルのＦＧＦ２を有する（すなわち、幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴う細胞は、ＦＧＦ２の過剰発現を伴う細胞でもある）。

「ＦＧＦ２の過剰発現を伴う細胞」又は「ＦＧＦ２を過剰発現する細胞」は、参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＦＧＦ２ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する細胞を指す。「ＦＧＦ２の過剰発現を伴うがん」又は「ＦＧＦ２を過剰発現するがん」は、細胞の少なくとも一部が参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＦＧＦ２ｍＲＮＡ又はタンパク質を有するがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２の過剰発現を伴う細胞は、参照細胞よりも少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも７倍、又は少なくとも１０倍高いレベルのＦＧＦ２ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する。ＦＧＦ２ｍＲＮＡ又はタンパク質のレベルは、限定されないが、ここに記載される方法を含む任意の好適な方法によって決定することができる。例示的なヒトＦＧＦ２タンパク質配列は、例えば、２０１２年２月１２日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００１９９７．５に見出すことができる。例示的なヒトＦＧＦ２ｍＲＮＡ配列は、例えば、２０１２年２月１２日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００２００６．４に見出すことができる。

「ＤＫＫ３の過剰発現を伴う細胞」又は「ＤＫＫ３を過剰発現する細胞」は、参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＤＫＫ３ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する細胞を指す。「ＤＫＫ３の過剰発現を伴うがん」又は「ＤＫＫ３を過剰発現するがん」は、細胞の少なくとも一部が参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＤＫＫ３ｍＲＮＡ又はタンパク質を有するがんを指す。幾つかの実施態様では、ＤＫＫ３の過剰発現を伴う細胞は、参照細胞よりも少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも７倍、又は少なくとも１０倍高いレベルのＤＫＫ３ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する。ＤＫＫ３ｍＲＮＡ又はタンパク質のレベルは、限定されないが、ここに記載される方法を含む任意の好適な方法によって決定することができる。例示的なヒトＤＫＫ３タンパク質配列は、例えば、２０１２年１月２２日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００１０１８０６７．１に見出すことができる。例示的なヒトＤＫＫ３ｍＲＮＡ配列は、例えば、２０１２年１月２２日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１０１８０５７．１に見出すことができる。

「ＦＧＦ１８の過剰発現を伴う細胞」又は「ＦＧＦ１８を過剰発現する細胞」は、参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＦＧＦ１８ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する細胞を指す。「ＦＧＦ１８の過剰発現を伴うがん」又は「ＦＧＦ１８を過剰発現するがん」は、細胞の少なくとも一部が参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＦＧＦ１８ｍＲＮＡ又はタンパク質を有するがんを指す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ１８の過剰発現を伴う細胞は、参照細胞よりも少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも７倍、又は少なくとも１０倍高いレベルのＦＧＦ１８ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する。ＦＧＦ１８ｍＲＮＡ又はタンパク質のレベルは、限定されないが、ここに記載される方法を含む任意の好適な方法によって決定することができる。例示的なヒトＦＧＦ１８タンパク質配列は、例えば、２０１２年６月２７日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００３８５３に見出すことができる。例示的なヒトＦＧＦ１８ｍＲＮＡ配列は、例えば、２０１２年６月２７日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００３８６２．２に見出すことができる。

「ＥＴＶ４の過剰発現を伴う細胞」又は「ＥＴＶ４を過剰発現する細胞」は、参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＥＴＶ４ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する細胞を指す。「ＥＴＶ４の過剰発現を伴うがん」又は「ＥＴＶ４を過剰発現するがん」は、細胞の少なくとも一部が参照細胞よりも少なくとも２倍高いレベルのＥＴＶ４ｍＲＮＡ又はタンパク質を有するがんを指す。幾つかの実施態様では、ＥＴＶ４の過剰発現を伴う細胞は、参照細胞よりも少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも７倍、又は少なくとも１０倍高いレベルのＥＴＶ４ｍＲＮＡ又はタンパク質を有する。ＥＴＶ４ｍＲＮＡ又はタンパク質のレベルは、限定されないが、ここに記載される方法を含む任意の好適な方法によって決定することができる。例示的なヒトＥＴＶ４タンパク質配列は、例えば、２０１２年９月０８日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００１９７７．１に見出すことができる。例示的なヒトＥＴＶ４ｍＲＮＡ配列は、例えば、２０１２年９月０８日付のＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿００１９８６．２に見出すことができる。

「エストロゲン受容体（ＥＲ）陽性であるがん」又は「ＥＲ陽性であるがん」は、ＥＲ陽性であると判定されたがんを意味する。幾つかの実施態様では、がんは、American Society of Clinical Oncology/College of American Pathologists Guideline Recommendations for Immunohistochemical Testing of Estrogen and Progesterone Receptors in Breast Cancer, J. Clin. Oncol., 2010, 28: 2784-2795に従ってＥＲ陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、がんは、腫瘍細胞核の≧１％が免疫組織化学（ＩＨＣ）でエストロゲン受容体に対して免疫反応性である場合、ＥＲ陽性であると考えられる。幾つかの実施態様では、がんは、アッセイ製造者又はアッセイ研究所のガイドラインに従ってＥＲ陽性であると考えられる。

「プロゲステロン受容体（ＰＲ）陽性であるがん」又は「ＰＲ陽性であるがん」は、ＰＲ陽性であると判定されたがんを意味する。幾つかの実施態様では、がんは、American Society of Clinical Oncology/College of American Pathologists Guideline Recommendations for Immunohistochemical Testing of Estrogen and Progesterone Receptors in Breast Cancer, J. Clin. Oncol., 2010, 28: 2784-2795に従ってＰＲ陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、がんは、腫瘍細胞核の≧１％が免疫組織化学（ＩＨＣ）でプロゲステロン受容体に対して免疫反応性である場合、ＰＲ陽性であると考えられる。幾つかの実施態様では、がんは、アッセイ製造者又はアッセイ研究所のガイドラインに従ってＰＲ陽性であると考えられる。

「ＨＥＲ２陽性であるがん」はＨＥＲ２陽性であると判定されたがんを意味する。幾つかの実施態様では、がんは、ＨＥＲ２タンパク質に対して免疫組織化学（ＩＨＣ）を、及び／又はＨＥＲ２遺伝子増幅を検出するために蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）アッセイを使用して、ＨＥＲ２陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、がんは、ＩＨＣ細胞膜染色強度が０から３＋のスケールで３＋であるときにＨＥＲ２陽性として特徴付けられる。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２ＦＩＳＨアッセイが、ＨＥＲ２遺伝子が増幅されているかどうかを判定するために使用される。幾つかのこのような実施態様では、第１７染色体セントロメアに対するＨＥＲ２遺伝子のコピーの比率が２より大きい場合にＨＥＲ２遺伝子が増幅されていると考えられる。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子が増幅されている場合、ＩＨＣアッセイの結果に関わらず、乳がんはＨＥＲ２陽性であると考えられる。幾つかの実施態様では、がんは、アッセイ製造者又はアッセイ研究所のガイドラインに従ってＨＥＲ２陽性であると考えられる。

「ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞」は、２コピーより多いＨＥＲ２遺伝子を含む細胞を意味する。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞は、第１７染色体セントロメアに対するＨＥＲ２遺伝子の比率が１より大きい細胞を意味する。幾つかの実施態様では、該比率は、蛍光インサイツハイブリダイゼーションによって決定される。ここで使用される「ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴うがん」は、がん細胞の少なくとも一部がＨＥＲ２遺伝子増幅を有しているがんを意味する。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴うがんは、がん細胞の少なくとも一部が、少なくとも４コピーのＨＥＲ２遺伝子を含むがんを意味する。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴うがんは、がん細胞の少なくとも一部が１より大きいＨＥＲ２遺伝子：第１７染色体セントロメア比を有しているがんを意味する。例示的なＨＥＲ２遺伝子配列は、例えば、２０１３年４月２２日付けのＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７５０３．１に見出すことができる。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅は、あらゆる目的のためにその全体が出典明示によりここに援用される、Persons等 “Fluorescence in situ hybridization (FISH) for detection of HER-2/neu amplification in breast cancer: a multicenter portability study.” Ann Clin Lab Sci 30: 41-48 (2000)に従って判定される。

幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞は、少なくとも３コピー、少なくとも４コピー、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピーのＨＥＲ２遺伝子を含む。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞は少なくとも４コピーを含む。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞は、少なくとも１．５、少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４のＨＥＲ２遺伝子：第１７染色体セントロメア比を有している。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞は、少なくとも２のＨＥＲ２遺伝子：第１７染色体セントロメア比を有している。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞は、２より大きいＨＥＲ２遺伝子：第１７染色体セントロメア比を有している。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞におけるＨＥＲ２遺伝子の各コピーはＨＥＲ２遺伝子の完全なコピーである必要はない。幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞は上昇したレベルのＨＥＲ２を有している（すなわち、幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子増幅を伴う細胞はまたＨＥＲ２過剰発現を伴う細胞である）。幾つかの実施態様では、細胞の少なくとも一部がＨＥＲ２遺伝子増幅及び／又はＨＥＲ２過剰発現を有するがんはＨＥＲ２陽性であると考えられる。

「ｐ９５ＨＥＲ２陽性であるがん」は、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ウェスタンブロット、又はＶｅｒａＴａｇ（登録商標）アッセイ（Monogram Biosciences）により決定して、がん細胞の少なくとも一部がｐ９５ＨＥＲ２を含むがんを意味する。例えばHan等, PLoS One, 2012, 7(7): e39943；Parra-Palau等, Cancer Res., 2010, 70: 8537-8546；Saez等, Clin. Cancer Res., 2006, 12(2): 424-431；Sperinde等, Clin. Canc. Res., 2010, 16(16): 4226-4235；及び米国特許第８３８９２２７Ｂ２号を参照のこと。幾つかの実施態様では、がんはＩＨＣによってｐ９５ＨＥＲ２陽性であると判定される。幾つかのそのような実施態様では、がんは、例えばＶｅｒａＴａｇアッセイにおいて抗ｐ９５抗体クローンＤ９を使用する方法のような、Sperinde等, Clin. Canc. Res., 2010, 16(16): 4226-4235に記載された方法を使用してｐ９５ＨＥＲ２陽性であると判定される。幾つかの実施態様では、がんは、例えば受託番号ＤＳＭＡＣＣ２９０４又はＤＳＭＡＣＣ２９８０の下でDeutschland Sammlung von Mikroorganismenに寄託されたハイブリドーマ細胞株によって産生された抗体を使用する方法など、米国特許第８３８９２２７Ｂ２号に記載された方法を使用してｐ９５ＨＥＲ２陽性であると判定される。幾つかの実施態様では、がんは、アッセイ製造者又はアッセイ研究所のガイドラインに従ってｐ９５ＨＥＲ２陽性であると判定される。ｐ９５ＨＥＲ２はカルボキシ末端ＨＥＲ２断片の集合を意味し、幾つかの実施態様では、９５ｋＤａから１００ｋＤａの断片及び１００ｋＤａから１１５ｋＤａの断片に分割されうる。例えば、Arribas等, Cancer Res., 2011, 71: 1515-1519を参照のこと。幾つかの実施態様では、ｐ９５ＨＥＲ２陽性であるがんは、１００から１１５ｋＤａのＨＥＲ２断片を含む。

「アロマターゼ阻害剤」は、限定されないが、アンドロゲン（例えばテストステロン及びアンドロステンジオン）をエストロゲン（例えばエストラジオール及びエストロン）に転換するその能力を含む、アロマターゼ活性を中和し、ブロックし、阻害し、抑止し、低減させ又は妨害することができる分子を意味する。非限定的な例示的アロマターゼ阻害剤は、アミノグルテチミド、テストラクトン（例えば、Ｔｅｓｌａｃ（登録商標））、アナストロゾール（例えば、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、レトロゾール（例えば、Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、エキセメスタン（例えば、Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、ボロゾール（例えば、Ｒｉｖｉｓｏｒ（登録商標））、フォルメスタン（例えば、Ｌｅｎｔａｒｏｎ（登録商標））、酢酸メゲストロール（例えば、Ｍｅｇａｓｅ（登録商標））、ファドロゾール（例えば、Ａｆｅｍａ（登録商標））、４−ヒドロキシアンドロステンジオン（４−ＯＨＡ）、１，４，６−アンドロスタトリエン−３，１７−ジオン（ＡＴＤ）、及び４−アンドロステン−３，６，１７−トリオン（６−ＯＸＯ）を含む。

「ゴナドトロピン放出ホルモンアゴニスト」及び「ＧｎＲＨアゴニスト」は、限定されないが、下垂体からの黄体形成ホルモン（ＬＨ）及び／又は卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）の放出を誘発することを含む、ゴナドトロピン放出ホルモン受容体活性を刺激し又は高めることができる分子を意味する。非限定的な例示的ゴナドトロピン放出ホルモンアゴニストは、ロイプロリド（例えば、Ｌｕｐｒｏｎ（登録商標）、Ｅｌｉｇａｒｄ（登録商標））、ブセレリン（例えば、Ｓｕｐｒｅｆａｃｔ（登録商標）、Ｓｕｐｒｅｃｏｒ（登録商標））、ヒストレリン（例えば、ＳｕｐｐｒｅｌｉｎＬＡ（登録商標）、Ｖａｎｔａｓ（登録商標））、酢酸ゴセレリン（例えば、Ｚｏｌａｄｅｘ（登録商標））、デスロレリン（例えば、Ｓｕｐｒｅｌｏｒｉｎ（登録商標）、Ｏｖｕｐｌａｎｔ（登録商標））、ナファレリン（例えば、Ｓｙｎａｒｅｌ（登録商標））、及びトリプトレリンを含む。

「ゴナドトロピン放出ホルモンアンタゴニスト」及び「ＧｎＲＨアンタゴニスト」は、限定されないが、黄体形成ホルモン（ＬＨ）及び／又は卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）の放出を誘発することを含む、ゴナドトロピン放出ホルモン活性を中和し、ブロックし、阻害し、抑止し、低減させ又は妨害することができる分子を意味する。非限定的な例示的ゴナドトロピン放出ホルモンアンタゴニストは、セトロレリクス（例えば、Ｃｅｔｒｏｔｉｄｅ（登録商標））、ガニレリクス（例えば、Ａｎｔａｇｏｎ（登録商標））、アバレリクス（例えば、Ｐｌｅｎａｘｉｓ（登録商標））、及びデガレリクス（例えば、Ｆｉｒｍａｇｏｎ（登録商標））を含む。

「アンドロゲン受容体阻害剤」及び「ＡＲ阻害剤」は、限定されないが、転写因子として作用する（つまり、遺伝子発現を調節する）その能力を含む、アンドロゲン受容体活性を中和し、ブロックし、阻害し、抑止し、低減させ又は妨害することができる分子を意味する。非限定的な例示的アンドロゲン受容体阻害剤は、酢酸シプロテロン（例えば、Ａｎｄｒｏｃｕｒ（登録商標）、Ｃｙｐｒｏｓｔａｔ（登録商標））、フルタミド（例えば、Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、ビカルタミド（例えば、Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、エンザルタミド（例えば、Ｘｔａｎｄｉ（登録商標））、ケトコナゾール、及びニルタミド（例えば、Ａｎａｎｄｒｏｎ（登録商標）、Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ（登録商標））を含む。

「１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤」は、限定されないが、プレグネノロン又はプロゲステロンのステロイドＤ環の炭素１７にヒドロキシル基を加えるその能力を含む、チトクロームＰ４５０１７Ａ１（ステロイド１７−α−モノオキシゲナーゼとも呼ばれる）活性を中和し、ブロックし、阻害し、抑止し、低減させ又は妨害することができる分子を意味する。非限定的な例示的１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤は酢酸アビラテロン（例えば、Ｚｙｔｉｇａ（登録商標））である。

「エストロゲン受容体アンタゴニスト」及び「ＥＲアンタゴニスト」は、限定されないが、転写因子として作用する（つまり、遺伝子発現を調節する）その能力を含む、エストロゲン受容体活性を中和し、ブロックし、阻害し、抑止し、低減させ又は妨害することができる分子を意味する。非限定的な例示的ＥＲアンタゴニストは、タモキシフェン（例えば、Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標）、Ｉｓｔｕｂａｌ（登録商標）、及びＶａｌｏｄｅｘ（登録商標））及びフルベストラント（例えば、Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））を含む。

ここで使用される「治療」は、ヒトを含む哺乳動物の症状に対する治療薬の任意の投与又は適用を含み、例えば、退縮を引き起こすことによって、又は機能の損失、不足、もしくは低下を回復もしくは修復することによって、又は非効率的なプロセスを刺激することによって、症状もしくは症状の進行を阻害すること、症状もしくはその進行を阻害することもしくは遅延させること、その発達を停止すること、症状を部分的もしくは完全に軽減すること、又は症状を治癒することを含む。幾つかの実施態様では、「治療」は、治療される個体又は細胞の自然の経過を変更するための臨床的介入を指し、予防のために、又は臨床病理学的過程の間に行うことができる。望ましい治療の効果は、疾患の発生又は再発の予防、症状の緩和、疾患の任意の直接的又は間接的な病理学的帰結の低減、転移の予防、疾患進行の速度の減速、病態の回復又は緩和、及び寛解又は予後の改善を含む。

分子又は分子の組合せの「有効量」又は「治療有効量」は、単独で、又は他の治療薬と組合せて投与されたときに、対象の少なくともサブセットにおいて症状を治療し、及び／又は、腫瘍細胞の増殖を阻害するのに十分な量を意味する。所定の実施態様では、治療有効量は、投薬時と必要な期間の間、所望の治療又は予防的結果を達成するために有効な量を指す。本発明のＦＧＦＲ１融合タンパク質の治療有効量は、例えば、個体の病態、年齢、性別、及び体重、並びに個体においてＦＧＦＲ１融合タンパク質が所望の応答を誘発する能力等の要因に従って変化しうる。治療有効量はまた治療的に有益な効果が、ＦＧＦＲ１融合タンパク質の任意の毒性又は有害作用を上回る量である。がんの場合、薬物の有効量は、がん細胞の数を減少させ；腫瘍サイズを縮小させ；がん細胞の末梢器官への浸潤を阻害し（すなわち、ある程度まで遅らせ、典型的には停止する）；腫瘍転移を阻害し（すなわち、ある程度まで遅らせ、典型的には停止する）；腫瘍増殖をある程度まで阻害し；腫瘍の治療を可能にし、及び／又は疾患に伴う症状の一又は複数をある程度まで軽減しうる。薬物は、増殖を防ぎ及び／又は既存のがん細胞を死滅させうる範囲で、細胞増殖抑制性及び／又は細胞傷害性であってもよい。

「予防有効量」は、投与時と必要な期間の間、所望の予防的結果を達成するために有効な量を指す。必ずではないが典型的には、予防投与は、疾患の前又は早期段階で対象に用いられるため、予防有効量は治療有効量よりも少ない。

「阻害」又は「阻害する」という用語は、任意の表現型特性の減少もしくは停止、又はその特性の発生頻度、程度、もしくは可能性の減少もしくは停止を指す。非限定的な例示的阻害は、腫瘍増殖の阻害を含む。

治療剤の投与の恩恵又は治療剤の投与に対する反応の文脈においてここで使用される「恩恵」、「治療上の恩恵」、「反応性」、及び「治療反応性」という用語は、例えば、疾患進行のある程度の阻害（遅延及び完全な停止を含む）；疾患エピソード及び／もしくは症状数の減少；病巣サイズの縮小；疾患細胞の隣接する末梢器官及び／もしくは組織への浸潤の阻害（すなわち、低減、遅延、及び完全な停止）；疾患転移の阻害（すなわち、低減、遅延、及び完全な停止）；疾患病変の退縮又は消失を必ずではないがもたらしうる自己免疫反応の低下；疾患に関連する一又は複数の症状のある程度の軽減；治療後の無病期間の長さ、例えば、無増悪生存期間の増加；全生存期間の増加；より高い奏効率；及び／又は治療後の所与の時点での死亡率の減少等の様々なエンドポイントを評価することによって、測定することができる。

一又は複数の更なる治療剤と「組合せた」投与は、共投与（同時投与を含む）及び任意の順序の継続投与（すなわち、逐次投与）を含む。

「薬学的に許容される担体」は、対象に投与するための「薬学的組成物」を一緒に含む治療剤と共に使用される、当該技術分野において一般的である無毒性の固体、半固体、もしくは液体の増量剤、希釈剤、封入材料、製剤補助剤、又は担体を指す。薬学的に許容される担体は、用いられる投与量及び濃度ではレシピエントに非毒性であり、製剤の他の成分と適合性である。薬学的に許容される担体は、用いられる製剤に適している。例えば、治療剤が経口投与される場合、担体はゲルカプセルであってもよい。治療薬剤が皮下投与される場合、担体は、理想的には、皮膚に刺激性を示さず、注射部位反応を引き起こさない。

治療組成物及び方法
ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を使用してがんを治療する方法
幾つかの実施態様では、本発明は、がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を有するがんを治療する方法を提供する。そのようながんは、幾つかの実施態様では、線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を用いた治療に特に反応することが見出された。従って、幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を有するがんを治療する方法は、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を対象に投与することを含む。幾つかの実施態様では、対象におけるがんを治療する方法は、治療有効量の線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を対象に投与することを含み、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与前に、がんの細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を有すると判定されている。そのような方法において、がんにおけるＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅は、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対するがんの治療反応性の指標である。

幾つかの実施態様では、本発明は、がん細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、又は少なくとも４種のマーカーの過剰発現を有するがんを治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１は、ＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである。幾つかの実施態様では、過剰発現は、ｍＲＮＡの過剰発現である。幾つかの実施態様では、過剰発現は、タンパク質の過剰発現である。幾つかの実施態様では、少なくとも、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択されるマーカーを過剰発現するがんを治療する方法は、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を対象に投与することを含む。幾つかの実施態様では、対象におけるがんを治療する方法は、治療有効量の線維芽細胞増殖因子受容体１（ＦＧＦＲ１）細胞外ドメイン（ＥＣＤ）又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を対象に投与することを含み、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与前に、がんの細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択される少なくとも１種のマーカーの過剰発現を有すると判定されている。そのような方法では、がんにおけるＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及び／又はＥＴＶ４の過剰発現が、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対するがんの治療反応性の指標である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１は、ＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部が少なくとも４コピーのＦＧＦＲ１遺伝子を含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部が、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピーのＦＧＦＲ１遺伝子を含む。ＦＧＦＲ１遺伝子のコピー数の決定は、当該技術分野における任意の好適な方法によって実施することができる。特定の非限定的な例示的方法がここで検討される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも２である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、２より大きい第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子比率を有する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４である。そのような比率の決定は、当該技術分野における任意の好適な方法によって実施することができる。特定の非限定的な例示的方法がここで検討される。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部が少なくとも４コピーのＦＧＦ２遺伝子を含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部が、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピーのＦＧＦ２遺伝子を含む。ＦＧＦ２遺伝子のコピー数の決定は、当該技術分野における任意の好適な方法によって実施することができる。特定の非限定的な例示的方法がここで検討される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、第４染色体セントロメアに対するＦＧＦ２遺伝子の比率が少なくとも２である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、２より大きい第４染色体セントロメアに対するＦＧＦ２遺伝子比率を有する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦ２遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、第４染色体セントロメアに対するＦＧＦ２遺伝子の比率が、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４である。そのような比率の決定は、当該技術分野における任意の好適な方法によって実施することができる。特定の非限定的な例示的方法がここで検討される。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部が少なくとも４コピーのＦＧＦＲ３遺伝子を含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部が、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピーのＦＧＦＲ３遺伝子を含む。ＦＧＦＲ３遺伝子のコピー数の決定は、当該技術分野における任意の好適な方法によって実施することができる。特定の非限定的な例示的方法がここで検討される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、第４染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ３遺伝子の比率が少なくとも２である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、２より大きい第４染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ３遺伝子比率を有する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅を伴うがんにおいて、がん細胞の少なくとも一部は、第４染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ３遺伝子の比率が、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４である。そのような比率の決定は、当該技術分野における任意の好適な方法によって実施することができる。特定の非限定的な例示的方法がここで検討される。

幾つかの実施態様では、がんは、前立腺がん、乳がん、卵巣がん、カルチノイドがん、結腸直腸がん、肺がん、脳がん、子宮内膜がん、頭頸部がん、喉頭がん、肝がん、腎がん、神経膠芽腫、及び膵がんから選択される。所定の実施態様では、がんは、前立腺がん、乳がん、卵巣がん、及びカルチノイドがんから選択される。

幾つかの実施態様では、対象における乳がんを治療する方法において、乳がんを持つ対象に治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む方法が提供される。幾つかの実施態様では、乳がんはＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を有すると判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんはエストロゲン受容体（ＥＲ）陽性及び／又はプロゲステロン（ＰＲ）陽性であると更に判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんはＨＥＲ２陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんはｐ９５ＨＥＲ２陽性であると判定されている。幾つかの実施態様では、乳がんはＨＥＲ２陰性である。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、乳がんは転移性乳がんでありうる。幾つかの実施態様では、ＥＲ陽性かつＨＥＲ２陰性である乳がんは転移性乳がんである。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、乳がんの対象は閉経後である。

幾つかの実施態様では、乳がんの対象にトラスツズマブ及び／又はラパチニブが以前に投与されているか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、乳がんの対象は過去にトラスツズマブ及び／又はラパチニブでの治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、乳がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にトラスツズマブ及び／又はラパチニブ療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。

幾つかの実施態様では、乳がんの対象にアロマターゼ阻害剤が以前に投与されているか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、乳がんの対象は過去にアロマターゼ阻害剤での治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、乳がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にアロマターゼ阻害剤療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。非限定的な例示的アロマターゼ阻害剤は、アミノグルテチミド、テストラクトン（例えば、Ｔｅｓｌａｃ（登録商標））、アナストロゾール（例えば、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、レトロゾール（例えば、Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、エキセメスタン（例えば、Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、ボロゾール（例えば、Ｒｉｖｉｓｏｒ（登録商標））、フォルメスタン（例えば、Ｌｅｎｔａｒｏｎ（登録商標））、酢酸メゲストロール（例えば、Ｍｅｇａｓｅ（登録商標））、ファドロゾール（例えば、Ａｆｅｍａ（登録商標））、４−ヒドロキシアンドロステンジオン（４−ＯＨＡ）、１，４，６−アンドロスタトリエン−３，１７−ジオン（ＡＴＤ）、及び４−アンドロステン−３，６，１７−トリオン（６−ＯＸＯ）を含む。幾つかの実施態様では、乳がんの対象に、アミノグルテチミド、テストラクトン（例えば、Ｔｅｓｌａｃ（登録商標））、アナストロゾール（例えば、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、レトロゾール（例えば、Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、エキセメスタン（例えば、Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、ボロゾール（例えば、Ｒｉｖｉｓｏｒ（登録商標））、フォルメスタン（例えば、Ｌｅｎｔａｒｏｎ（登録商標））、酢酸メゲストロール（例えば、Ｍｅｇａｓｅ（登録商標））、及びファドロゾール（例えば、Ａｆｅｍａ（登録商標））から選択されるアロマターゼ阻害剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている。

幾つかの実施態様では、乳がんの対象にＥＲアンタゴニストが以前に投与されているか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、対象はＥＲ陽性乳がんを有すると判定されている。つまり、幾つかの実施態様では、乳がんの対象は過去にＥＲアンタゴニストでの治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、乳がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にＥＲアンタゴニスト療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。非限定的な例示的ＥＲアンタゴニストは、タモキシフェン（例えば、Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標）、Ｉｓｔａｂｕｌ（登録商標）、Ｖａｌｏｄｅｘ（登録商標））及びフルベストラント（例えば、Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））を含む。

幾つかの実施態様では、対象における前立腺がんを治療する方法において、前立腺がんを持つ対象に治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む方法が提供される。幾つかの実施態様では、前立腺がんはＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を有すると判定されている。幾つかのそのような実施態様では、前立腺がんの対象にゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アゴニスト、ＧｎＲＨアンタゴニスト、アンドロゲン受容体（ＡＲ）阻害剤、１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤、及びジエチルスチルベストロール（ＤＥＳ）から選択される治療剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかのそのような実施態様では、前立腺がんの対象にゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アゴニスト又はＧｎＲＨアンタゴニストから選択される治療剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている。

幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象にＧｎＲＨアゴニストが以前に投与されているか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象は過去にＧｎＲＨアゴニストでの治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にＧｎＲＨアゴニスト療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。非限定的な例示的ＧｎＲＨアゴニストは、ロイプロリド（例えば、Ｌｕｐｒｏｎ（登録商標）、Ｅｌｉｇａｒｄ（登録商標））、ブセレリン（例えば、Ｓｕｐｒｅｆａｃｔ（登録商標）、Ｓｕｐｒｅｃｏｒ（登録商標））、ヒストレリン（例えば、ＳｕｐｐｒｅｌｉｎＬＡ（登録商標）、Ｖａｎｔａｓ（登録商標））、酢酸ゴセレリン（例えば、Ｚｏｌａｄｅｘ（登録商標））、デスロレリン（例えば、Ｓｕｐｒｅｌｏｒｉｎ（登録商標）、Ｏｖｕｐｌａｎｔ（登録商標））、ナファレリン（例えば、Ｓｙｎａｒｅｌ（登録商標））、及びトリプトレリンを含む。

幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象にＧｎＲＨアンタゴニストが以前に投与されているか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象は過去にＧｎＲＨアンタゴニストでの治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にＧｎＲＨアンタゴニスト療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。非限定的な例示的ＧｎＲＨアンタゴニストは、セトロレリクス（例えば、Ｃｅｔｒｏｔｉｄｅ（登録商標））、ガニレリクス（例えば、Ａｎｔａｇｏｎ（登録商標））、アバレリクス（例えば、Ｐｌｅｎａｘｉｓ（登録商標））、及びデガレリクス（例えば、Ｆｉｒｍａｇｏｎ（登録商標））を含む。

幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象にＡＲ阻害剤が以前に投与されているか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象は過去にＡＲ阻害剤での治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にＡＲ阻害剤療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。非限定的な例示的ＡＲ阻害剤は、酢酸シプロテロン（例えば、Ａｎｄｒｏｃｕｒ（登録商標）、Ｃｙｐｒｏｓｔａｔ（登録商標））、フルタミド（例えば、Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、ビカルタミド（例えば、Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、エンザルタミド（例えば、Ｘｔａｎｄｉ（登録商標））、ケトコナゾール、及びニルタミド（例えば、Ａｎａｎｄｒｏｎ（登録商標）、Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ（登録商標））を含む。

幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象に１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤が以前に投与されているか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象は過去に１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤での治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的に１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。非限定的な例示的１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤は、酢酸アビラテロン（例えば、Ｚｙｔｉｇａ（登録商標））である。

幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象にジエチルスチルベストロール（ＤＥＳ）が以前に投与されているか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象は過去にＤＥＳでの治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にＤＥＳ療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。

幾つかの実施態様では、対象におけるカルチノイドがんを治療する方法において、カルチノイドがんを持つ対象に治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む方法が提供される。幾つかの実施態様では、カルチノイドがんはＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を有すると判定されている。幾つかの実施態様では、カルチノイドがんの対象に対象にオクトレオチド（Ｓａｎｄｏｓｔａｔｉｎ（登録商標））が以前に投与されたか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、カルチノイドがんの対象は以前に治療有効量のオクトレオチドでの治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、前立腺がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にオクトレオチド療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。

幾つかの実施態様では、対象における卵巣がんを治療する方法において、卵巣がんを持つ対象に治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む方法が提供される。幾つかの実施態様では、卵巣がんはＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を有すると判定されている。幾つかの実施態様では、卵巣がんの対象に対象にＥＲアンタゴニスト又はアロマターゼ阻害剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている。幾つかの実施態様では、卵巣がんはエストロゲン受容体（ＥＲ）陽性及び／又はプロゲステロン（ＰＲ）陽性であると更に判定されている。

幾つかの実施態様では、卵巣がんの対象にＥＲアンタゴニストが以前に投与されているか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、卵巣がんの対象は過去にＥＲアンタゴニストでの治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、卵巣がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にＥＲアンタゴニスト療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。非限定的な例示的ＥＲアンタゴニストは、タモキシフェン（例えば、Ｎｏｌｖａｄｅｘ（登録商標）、Ｉｓｔｕｂａｌ（登録商標）、Ｖａｌｏｄｅｘ（登録商標））及びフルベストラント（例えば、Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））を含む。

幾つかの実施態様では、卵巣がんの対象にアロマターゼ阻害剤が以前に投与されているか、又は現在投与されている。つまり、幾つかの実施態様では、卵巣がんの対象は過去にアロマターゼ阻害剤での治療を受けたが、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が投与される前にその治療を完了したか終了している。幾つかの実施態様では、卵巣がんの対象はＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法と同時的にアロマターゼ阻害剤療法を受ける。「同時的に」とは双方（又は全て）の薬剤がその生物学的活性を発現する期間があることを意味する。非限定的な例示的アロマターゼ阻害剤は、アミノグルテチミド、テストラクトン（例えば、Ｔｅｓｌａｃ（登録商標））、アナストロゾール（例えば、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、レトロゾール（例えば、Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、エキセメスタン（例えば、Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、ボロゾール（例えば、Ｒｉｖｉｓｏｒ（登録商標））、フォルメスタン（例えば、Ｌｅｎｔａｒｏｎ（登録商標））、酢酸メゲストロール（例えば、Ｍｅｇａｓｅ（登録商標））、ファドロゾール（例えば、Ａｆｅｍａ（登録商標））、４−ヒドロキシアンドロステンジオン（４−ＯＨＡ）、１，４，６−アンドロスタトリエン−３，１７−ジオン（ＡＴＤ）、及び４−アンドロステン−３，６，１７−トリオン（６−ＯＸＯ）を含む。幾つかの実施態様では、卵巣がんを有する対象に、アミノグルテチミド、テストラクトン（例えば、Ｔｅｓｌａｃ（登録商標））、アナストロゾール（例えば、Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、レトロゾール（例えば、Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、エキセメスタン（例えば、Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、ボロゾール（例えば、Ｒｉｖｉｓｏｒ（登録商標））、フォルメスタン（例えば、Ｌｅｎｔａｒｏｎ（登録商標））、酢酸メゲストロール（例えば、Ｍｅｇａｓｅ（登録商標））、及びファドロゾール（例えば、Ａｆｅｍａ（登録商標））から選択されるアロマターゼ阻害剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている。

ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がんの細胞の少なくとも一部はＦＧＦＲ１遺伝子増幅及び／又はＦＧＦＲ３遺伝子増幅及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を有しうる。幾つかの実施態様では、細胞の少なくとも一部は少なくとも３コピー、少なくとも４コピー、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、又は少なくとも８コピーの各遺伝子を含みうる。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は、各遺伝子のその染色体セントロメアに対する比率が少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４でありうる。幾つかの実施態様では、がんの細胞の少なくとも一部は、各遺伝子のその染色体セントロメアに対する比率が２より大きい。遺伝子増幅は、限定されないが、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）を含む方法を含む、当該分野での任意の方法によって決定することができる。遺伝子増幅を判定する所定の非限定的な例示的方法がここに記載される。

ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がんの細胞の少なくとも一部はＦＧＦＲ１過剰発現及び／又はＦＧＦＲ３過剰発現及び／又はＦＧＦ２過剰発現を有しうる。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１はＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３はＦＧＦＲ３ＩＩＩｃである。ここに記載の実施態様の何れかにおいて、がんの細胞の少なくとも一部は、ＤＫＫ３過剰発現及び／又はＦＧＦ１８過剰発現及び／又はＥＴＶ４過剰発現を有しうる。そのような過剰発現はｍＲＮＡ過剰発現及び／又はタンパク質過剰発現でありうる。ｍＲＮＡ過剰発現は、限定されないが、定量的ＲＴ−ＰＣＲを含む方法を含む、当該分野における任意の方法によって決定することができる。タンパク質過剰発現は、限定されないが、免疫組織化学を含む方法を含む、当該分野における任意の方法によって決定することができる。ｍＲＮＡ及び／又はタンパク質過剰発現を決定する所定の非限定的な例示的方法がここに記載される。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、配列番号：１から４から選択されるアミノ酸配列を有する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、配列番号：２及び４から選択されるアミノ酸配列を有する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、配列番号：５及び６から選択されるアミノ酸配列を有する。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、配列番号：６のアミノ酸配列を有するＦＧＦＲ１ＥＣＤ．３３９−Ｆｃである。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、一又は複数の更なる抗がん治療と共に投与される。更なる抗がん治療の例として、限定されないが、手術、放射線療法（照射療法）、生物学的療法、免疫療法、及び化学療法、又はこれらの治療の組合せが挙げられる。更に、細胞傷害性薬剤、抗血管新生剤、及び抗増殖性薬剤を、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子と組合せて使用することができる。方法及び用途の何れかの所定の態様では、本発明は、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子と一又は複数の化学療法剤とを対象に投与することにより、がん細胞の少なくとも一部が、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２遺伝子増幅、及び／又はＦＧＦ２過剰発現を含み、及び／又は、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、又は少なくとも３種のマーカーを過剰発現するがんを治療することを提供する。幾つかの実施態様では、対象のがんは、以前に治療されていない。幾つかの実施態様では、対象のがんは、一又は複数の化学療法剤で以前に治療されたか又は現在治療されている。様々な化学療法剤が、本発明の併用治療の方法及び用途に使用され得る。企図される化学療法剤の例示的かつ非限定的なリストは、ここでの「定義」及び「発明の概要」に提供される。幾つかの実施態様では、本発明は、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子と一又は複数の抗血管新生剤とを対象に投与することにより、がんを治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子と一又は複数のＶＥＧＦアンタゴニストとを対象に投与することにより、がんを治療することを提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子と一又は複数のＶＥＧＦアンタゴニストとを、一又は複数の化学療法剤と組合せて対象に投与することにより、がんを治療することを提供する。幾つかの実施態様では、一又は複数のＶＥＧＦアンタゴニストは、ＶＥＧＦＲチロシンキナーゼの小分子阻害剤及び／又は抗ＶＥＧＦ抗体及び／又はＶＥＧＦトラップである。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を、ドセタキセル、パクリタキセル、ビンクリスチン、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン、ドキソルビシン、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、ロイコボリン、ペメトレキセド、ソラフェニブ、エトポシド、トポテカン、ＶＥＧＦアンタゴニスト、抗ＶＥＧＦ抗体、ＶＥＧＦトラップ、及びベバシズマブから選択される少なくとも１種の更なる治療剤と組合せて対象に投与することを含む、がんを治療する方法が提供される。別の例では、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃを、ドセタキセル、パクリタキセル、ビンクリスチン、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン、ドキソルビシン、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、ロイコボリン、ペメトレキセド、ソラフェニブ、エトポシド、トポテカン、ＶＥＧＦアンタゴニスト、抗ＶＥＧＦ抗体、ＶＥＧＦトラップ、及びベバシズマブから選択される少なくとも１種の更なる治療剤と組合せて対象に投与することを含む、がんを治療する方法が提供される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃとドセタキセルを対象に投与することを含む、がんを治療する方法が提供される。

ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子（例えば、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ）を含有する薬学的組成物が、特定の適応症のための治療有効量で投与される。治療有効量は、典型的には、治療される対象の体重、対象の身体的状態もしくは健康状態、治療される状態の広範さ、及び／又は治療される対象の年齢に依存する。一般に、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子（例えば、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ）は、１用量当たり約５０μｇ／ｋｇ体重から約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与されるべきである。任意選択的に、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子（例えば、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ）は、１用量当たり約１００μｇ／ｋｇ体重から約３０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。更に任意選択的に、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子（例えば、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ）は、１用量当たり約０．５ｍｇ／ｋｇ体重から約２０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲の量で投与することができる。所定の実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子（例えば、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ）は、約５ｍｇ／ｋｇ体重から約２０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で投与される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子（例えば、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ）は、比吸光度１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍを用いて計算した場合、約１０ｍｇ／ｋｇ体重〜約２０ｍｇ／ｋｇ体重）の用量で投与される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子（例えば、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ）は、約８ｍｇ／ｋｇ体重、約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約１１ｍｇ／ｋｇ体重、約１２ｍｇ／ｋｇ体重、約１３ｍｇ／ｋｇ体重、約１４ｍｇ／ｋｇ体重、約１５ｍｇ／ｋｇ体重、約１６ｍｇ／ｋｇ体重、約１７ｍｇ／ｋｇ体重、約１８ｍｇ／ｋｇ体重、約１９ｍｇ／ｋｇ体重、又は約２０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で投与される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１融合タンパク質は、比吸光度１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍ（表１を参照）を使用して計算された約１０ｍｇ／ｋｇ体重から約２０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で投与される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子（例えば、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ）は、約１０ｍｇ／ｋｇ体重、約１１ｍｇ／ｋｇ体重、約１２ｍｇ／ｋｇ体重、約１３ｍｇ／ｋｇ体重、約１４ｍｇ／ｋｇ体重、約１５ｍｇ／ｋｇ体重、約１６ｍｇ／ｋｇ体重、約１７ｍｇ／ｋｇ体重、約１８ｍｇ／ｋｇ体重、約１９ｍｇ／ｋｇ体重、又は約２０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で投与される。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１融合タンパク質は、比吸光度１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍを使用して計算された約１０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で投与される。他の実施態様では、ＦＧＦＲ１融合タンパク質は、比吸光度１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍを使用して計算された約２０ｍｇ／ｋｇ体重の用量で投与される。ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子はまた上記用量のうちの１つから別の用量の範囲で投与されてもよい。幾つかの実施態様では、投与量は、週２回、毎週、隔週、毎週と隔週の間の頻度で、３週毎、４週毎、又は毎月投与されてもよい。

所定の実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与量は、使用される比吸光度（ＥＣ）に依存して二通り計算することができる。比吸光度は、タンパク質のグリコシル化が考慮されているかどうかに依存して異なる。一実施態様では、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃのアミノ酸組成に基づく比吸光度は、例えば、１．４２ｍＬ／ｍｇ*ｃｍである。別の実施態様では、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの糖鎖部分並びにアミノ酸部分を考慮した場合、比吸光度は、１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍである。表１に示されるように、１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍのＥＣを使用するＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの用量の計算は、計算用量を２８％増加させる。２つの比吸光度を用いて計算される用量は異なるが、モル濃度、又は投与される薬物の実際の量は同一である。別途記載のない限り、ここで開示される用量は、それぞれ、グリコシル化を考慮に入れない比吸光度を用いて計算される。これらの投与量を、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃのグリコシル化を考慮に入れた比吸光度を用いて計算された投与量と比較したものを表１に示す。表１から分かるように、ここで１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍのＥＣを用いた５ｍｇ／ｋｇの投与量は、１．４２ｍＬ／ｍｇ*ｃｍのＥＣを用いて計算した場合の約３．９ｍｇ／ｋｇの投与量に相当する。ここで１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍのＥＣを用いた約１０ｍｇ／ｋｇの投与量は、１．４２ｍＬ／ｍｇ*ｃｍのＥＣを用いて計算した場合の約７．８ｍｇ／ｋｇの投与量に相当する。ここで１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍのＥＣを用いた約２０ｍｇ／ｋｇの投与量は、１．４２ｍＬ／ｍｇ*ｃｍのＥＣを用いて計算した場合の約１５．６ｍｇ／ｋｇの投与量に相当する。上記「定義」の項目で述べたように、ここで提供される測定された数値は近似値であり、丸められた更なる有効数字を有する値を包含する。例えば、８ｍｇ／ｋｇは、７．６、７．８、８．０、８．２、８．４、及び８．４５等の有効桁数が２桁の値を包含し、これらの各々は８に丸められる。同様に、１６ｍｇ／ｋｇ等の値は、例えば、１５．６及び１６．４等の、１６に丸められる有効桁数が３桁の値を包含する。

ＦＧＦＲ１ＥＣＤ、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、及び／又は少なくとも１種の更なる治療剤を含有する薬学的組成物を、必要に応じて対象に投与することができる。所定の実施態様では、有効用量の治療用分子が、１回以上対象に投与される。様々な実施態様では、有効用量の治療用分子が、少なくとも２ヶ月に１回、少なくとも１ヶ月に１回、少なくとも１ヶ月に２回、週１回、週２回、又は週３回、対象に投与される。様々な実施態様では、有効用量の治療用分子が、少なくとも１週間、少なくとも１ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、少なくとも６ヶ月間、又は少なくとも１年間、対象に投与される。

所定の実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、及び少なくとも１種の更なる治療剤の併用投与は、別々の製剤又は単一の薬学的製剤を用いた同時投与を含む共投与、並びに任意の順序の継続投与を含む。任意選択的に、両方の（又は全ての）活性薬剤が、同時にそれらの生物活性を発揮する時期が存在する。ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子（例えば、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ）と組合せて投与される治療剤の治療有効量は、医師又は獣医師の判断に委ねられる。投与量の投与及び調整は、治療される状態の最大管理を達成するために行われる。用量は、使用される治療剤の種類、治療を受ける特定の患者、疾患の段階、及び治療計画の所望の積極性等の要因に更に依存する。

ここに記載の実施態様の何れにおいても、治療剤は、食品医薬品局等の治療処置の認可に責任のある機関によって承認された投与量で、又は製造者の推奨する投与量で投与されうる。

投与経路及び担体
幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、静脈内及び／又は皮下投与されうる。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、別の経路、例えば、動脈内、非経口、鼻腔内、筋肉内、心臓内、心室内、気管内、頬側、直腸内、腹腔内、皮内、局所的、経皮的、もしくはくも膜下腔内経路により、又はさもなければ移植もしくは吸入により、投与することができる。様々な実施態様では、少なくとも１種の更なる治療剤を、静脈内、動脈内、皮下、非経口、鼻腔内、筋肉内、心臓内、心室内、気管内、頬側、直腸内、腹腔内、皮内、局所的、経皮的、及びくも膜下腔内を含む様々な経路により、又はさもなければ移植もしくは吸入によりインビボで投与することができる。主題組成物の各々は、単独で、又は組合せて、錠剤、カプセル剤、散剤、粒剤、軟膏、溶剤、坐剤、浣腸剤、注射剤、吸入剤、及びエアロゾル剤等の、固体、半固形、液体、又は気体形態の調製物に処方することができる。

様々な実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、及び／又は少なくとも１種の更なる治療剤を含有する組成物は、薬学的に許容される担体と共に製剤で提供され、多種多様な担体が当該技術分野において知られている（例えば、Gennaro, Remington: The Science and Practice of Pharmacy with Facts and Comparisons: Drugfacts Plus, 20版(2003)；Ansel等, Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, 7版, Lippencott Williams and Wilkins (2004)；Kibbe等, Handbook of Pharmaceutical Excipients, 3版, Pharmaceutical Press (2000)を参照のこと）。ビヒクル、アジュバント、担体、及び希釈剤を含む様々な薬学的に許容される担体が公的に利用可能である。更に、様々な薬学的に許容される補助物質、例えば、ｐＨ調整剤及び緩衝剤、浸透圧調整剤、安定剤、湿潤剤等も、公的に利用可能である。所定の非限定的な例示的担体は、生理食塩水、緩衝生理食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノール、及びこれらの組合せを含む。幾つかの実施態様では、治療剤は、定義の項目において上に示したブランド名の薬として、又はジェネリック均等物として処方される。幾つかの実施態様では、ドセタキセルは、Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標）（ＳａｎｏｆｉＡｖｅｎｔｉｓ）、又はジェネリック均等物として処方される。

様々な実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子及び／又は少なくとも１種の更なる治療剤を含有する組成物は、植物油もしくは他の油、合成脂肪族酸グリセリド、高級脂肪酸のエステル、又はプロピレングリコール等の水性又は非水性溶媒中に、それらを溶解させ、懸濁させ、又は乳化させることによって、あるいは所望の場合、可溶化剤、等張剤、懸濁剤、乳化剤、安定剤及び保存料等の一般的な添加物と共に、注射用に製剤化することができる。様々な実施態様では、組成物は、例えば、加圧された許容される噴霧剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、プロパン、窒素等を使用して、吸入用に製剤化されうる。組成物はまた、様々な実施態様では、生分解性又は非生分解性ポリマーを用いて徐放性マイクロカプセルに製剤化されうる。非限定的な例示的生分解性製剤は、ポリ乳酸−グリコール酸ポリマーを含む。非限定的な例示的非生分解性製剤は、ポリグリセリン脂肪酸エステルを含む。そのような製剤を作製する所定の方法は、例えば、欧州特許出願公開第１１２５５８４Ａ１号に記載されている。

各々が一又は複数の用量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子及び／又は少なくとも１種の更なる治療剤を収容する一又は複数の容器を含む薬学的投薬パック（ドーセージパック）も提供される。所定の実施態様では、単位調剤（ユニットドーセージ）が提供され、該単位調剤は、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、及び／又は１種又は複数種の更なる薬剤を含むかもしくは含まない少なくとも１種の更なる治療剤を含む、予め定まった量の組成物を含む。所定の実施態様では、そのような単位調剤は、単回使用の注射用プレフィルドシリンジで供給される。様々な実施態様では、単位調剤に含まれる組成物は、生理食塩水、ショ糖等、緩衝液、例えば、リン酸塩等を含み得、及び／又は安定した有効なｐＨ範囲内で製剤化されうる。あるいは、所定の実施態様では、組成物は、適切な液体、例えば滅菌水の添加によって再構成することができる凍結乾燥粉末として提供されてもよい。所定の実施態様では、組成物は、限定されないが、ショ糖及びアルギニンを含む、タンパク質凝集を阻害する１種又は複数種の物質を含有する。所定の実施態様では、本発明の組成物は、ヘパリン及び／又はプロテオグリカンを含有する。

幾つかの実施態様では、投薬パックは、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与する前に、がんが、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を含むか、及び／又はＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、又は３種のマーカーを過剰発現しているかどうかを決定するための説明書を含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１はＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３はＦＧＦＲ３ＩＩＩｃである。幾つかのそのような実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部におけるＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅、並びに／又はＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、もしくは３種のマーカーの過剰発現が、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。

幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部においてＦＧＦＲ１遺伝子が少なくとも４コピー存在することが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部においてＦＧＦＲ１遺伝子が少なくとも４コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピー存在することが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部における第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも２であることが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部における第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が２より大きいことが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、肺がん細胞の少なくとも一部における第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４であることが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。

幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部においてＦＧＦ２遺伝子が少なくとも４コピー存在することが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部においてＦＧＦ２遺伝子が少なくとも４コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピー存在することが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部における第４染色体セントロメアに対するＦＧＦ２遺伝子の比率が少なくとも２であることが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部における第４染色体セントロメアに対するＦＧＦ２遺伝子の比率が２より大きいことが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、肺がん細胞の少なくとも一部における第４染色体セントロメアに対するＦＧＦ２遺伝子の比率が少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４であることが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。

幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部においてＦＧＦＲ３遺伝子が少なくとも４コピー存在することが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部においてＦＧＦＲ３遺伝子が少なくとも４コピー、少なくとも６コピー、少なくとも８コピー、又は少なくとも１０コピー存在することが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部における第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ３遺伝子の比率が少なくとも２であることが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、がん細胞の少なくとも一部における第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ３遺伝子の比率が２より大きいことが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。幾つかの実施態様では、説明書は、肺がん細胞の少なくとも一部における第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ３遺伝子の比率が少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４であることが、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対する治療反応性の指標であることを示す。

ここで使用される「説明書」という用語は、限定されないが、ラベル、添付文書（パッケージ挿入物）、コンピュータ可読媒体（例えば、ディスケット、コンパクトディスク、又はＤＶＤ）等の電子形態で利用可能な説明書、インターネット等を経由して遠隔で利用可能な説明書を含む。投薬パックが、説明書へのアクセス、説明書へのリンク（例えば、ユニフォームリソースロケータ、つまりｕｒｌ）、又は説明書のコピーを入手するための他の機構（例えば、返信はがき、そこから説明書を要求することができる物理的住所、そこから説明書を要求することができる電子メールアドレス、説明書を入手するためにかけることができる電話番号等）を提供する場合、投薬パックは説明書を含むと考えられる。

ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及びＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子
非限定的な例示的ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、完全長ＦＧＦＲ１ＥＣＤ、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片、及びＦＧＦＲ１ＥＣＤ変異体を含む。ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、シグナルペプチドを含んでもよいか、又は欠いてもよい。例示的なＦＧＦＲ１ＥＣＤは、限定されないが、配列番号：１、２、３、及び４から選択されるアミノ酸配列を有するＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片を含む。

非限定的な例示的ＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片は、（シグナルペプチドを有しない成熟型の第１のアミノ酸から数えて）アミノ酸３３９で終端するヒトＦＧＦＲ１ＥＣＤを含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片は、（シグナルペプチドを有しない成熟型の第１のアミノ酸から数えて）アミノ酸３３９とアミノ酸３６０の間で終端する。例示的なＦＧＦＲ１ＥＣＤ断片は、限定されないが、配列番号：３及び４から選択されるアミノ酸配列を有するＦＧＦＲ１ＥＣＤを含む。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、配列番号：１から４から選択される配列を含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、配列番号：１から４から選択される配列からなる。ＦＧＦＲ１ＥＣＤが、配列番号：１から４から選択される配列「からなる」場合、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、グリコシル化及びシアリル化等の様々な翻訳後修飾を含んでも又は含まなくてもよい。換言すると、ＦＧＦＲ１ＥＣＤが特定のアミノ酸配列からなる場合、近接するアミノ酸配列中に更なるアミノ酸を含まないが、アミノ酸側鎖、Ｎ末端アミノ基、及び／又はＣ末端カルボキシ基に対する修飾を含みうる。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、シグナルペプチドを含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、シグナルペプチドを欠く。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子のＦＧＦＲ１ＥＣＤ部分は、配列番号：１から４から選択される配列を含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子のＦＧＦＲ１ＥＣＤ部分は、配列番号：１から４から選択される配列からなる。ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子のＦＧＦＲ１ＥＣＤ部分が、配列番号：１から４から選択される配列「からなる」場合、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子のＦＧＦＲ１ＥＣＤ部分は、グリコシル化及びシアリル化等の様々な翻訳後修飾を含んでも又は含まなくてもよい。換言すると、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子のＦＧＦＲ１ＥＣＤ部分が特定のアミノ酸配列からなる場合、近接するアミノ酸配列中にＦＧＦＲ１由来の更なるアミノ酸を含まないが、アミノ酸側鎖、Ｎ末端アミノ基、及び／又はＣ末端カルボキシ基に対する修飾を含みうる。更に、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは融合分子に結合しているため、ＦＧＦＲ１ＥＣＤのＮ末端及び／又はＣ末端に更なるアミノ酸が存在し得るが、それらのアミノ酸はＦＧＦＲ１配列に由来するものではなく、例えば、リンカー配列又は融合パートナー配列に由来しうる。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の融合パートナー部分は、Ｆｃ、アルブミン、及びポリエチレングリコールから選択される。非限定的な例示的融合パートナーはここで検討される。

融合パートナー及びコンジュゲート
ここで検討されるように、ＦＧＦＲ１ＥＣＤは、少なくとも１つの融合パートナーと組み合わされてもよく、その結果としてＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を生じる。これらの融合パートナーは、精製を促進し得、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、インビボ半減期の増加を示しうる。ＦＧＦＲ１ＥＣＤの好適な融合パートナーは、例えば、水溶性ポリマー等のポリマー、免疫グロブリンの定常ドメイン；ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）の全部又は一部；フェチュインＡ；フェチュインＢ；ロイシンジッパードメイン；テトラネクチン三量体形成ドメイン；マンノース結合タンパク質（マンノース結合レクチンとしても知られる）、例えば、マンノース結合タンパク質１；及びここに記載され、また米国特許第６６８６１７９号に記載されているＦｃ領域を含む。非限定的な例示的ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、例えば、米国特許第７６７８８９０号に見出すことができる。

ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、ポリアミノ酸又は分岐点アミノ酸をＦＧＦＲ１ＥＣＤに付着させることによって調製することができる。例えば、ポリアミノ酸は、（融合分子によって達成される利点に加えて）ＦＧＦＲ１ＥＣＤの循環半減期を延長する役割を果たす担体タンパク質であってもよい。本発明の治療目的のために、このようなポリアミノ酸は、理想的には、中和抗原反応又は他の有害な反応を有しないか又は生じないものであるべきである。そのようなポリアミノ酸は、血清アルブミン（ＨＳＡ等）、更なる抗体もしくはその一部、例えば、Ｆｃ領域、フェチュインＡ、フェチュインＢ、ロイシンジッパー核因子赤血球誘導体−２（ＮＦＥ２）、神経網膜ロイシンジッパー、テトラネクチン、又は他のポリアミノ酸、例えば、リジンから選択されうる。ここに記載されるように、ポリアミノ酸の付着位置は、Ｎ末端もしくはＣ末端、又はその間の他の場所であってもよく、選択された分子に化学リンカー部分を介して連結されてもよい。

ポリマー
ポリマー、例えば、水溶性ポリマーは、生理学的環境において典型的に見出されるような水性環境において、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の沈殿を減少させるための融合パートナーとして有用でありうる。本発明において用いられるポリマーは、治療用の生成物又は組成物の調製に薬学的に許容されるものである。

好適な、臨床的に許容される水溶性ポリマーは、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒド、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、モノメトキシ−ポリエチレングリコール、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレインコポリマー、ポリ（β−アミノ酸）（ホモポリマー又はランダムコポリマーの何れか）、ポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコールホモポリマー（ＰＰＧ）及び他のポリアルキレンオキシド、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（ＰＯＧ）（例えば、グリセロール）及び他のポリオキシエチル化ポリオール、ポリオキシエチル化ソルビトール、又はポリオキシエチル化グルコース、コラン（colonic）酸又は他の炭水化物ポリマー、Ｆｉｃｏｌｌ、又はデキストラン、並びにこれらの混合物を含む。

ここで使用される場合、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）は、他のタンパク質を誘導体化するために使用されてきた形態の何れか、例えば、モノ−（Ｃ_１−Ｃ_１０）アルコキシ−又はアリールオキシ−ポリエチレングリコール等を包含することが意図される。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中におけるその安定性のために、製造において利点を有しうる。

ここで使用されるポリマー、例えば、水溶性ポリマーは、如何なる分子量であってもよく、分岐もしくは非分岐であってもよい。幾つかの実施態様では、ポリマーは、約２ｋＤａから約１００ｋＤａの平均分子量を有する（「約」という用語は、ポリマーの調製中に、ある分子は記載の分子量よりも多く計量され、ある分子は少なく計量されることを示す）。各ポリマーの平均分子量は、約５ｋＤａから約５０ｋＤａ、又は約１２ｋＤａから約２５ｋＤａであってもよい。一般に、分子量が高いほど、又は分岐が多いほど、ポリマー：タンパク質の比率が大きい。所望の治療プロファイル、例えば、持続放出の期間、もしある場合には、生物活性に及ぼす影響、取り扱い易さ、抗原性の程度又は欠如、及びＦＧＦＲ１ＥＣＤに対するポリマーの他の既知の影響に依存して、他のサイズを用いることもできる。

本発明において用いられるポリマーは、典型的には、ポリペプチドの機能的又は抗原性ドメインに与える影響を考慮してＦＧＦＲ１ＥＣＤに付着される。一般に、化学的誘導体化は、タンパク質を活性化ポリマー分子と反応させるために使用される任意の好適な条件下で実施されうる。ポリマーを活性部分に連結するために使用されうる活性化基は、スルホン、マレイミド、スルフヒドリル、チオール、トリフレート、トレシレート、アジリジン、オキシラン、及び５−ピリジルを含む。

本発明のポリマーは、典型的には、アミノ酸のアルファ（α）もしくはイプシロン（ε）アミノ基又は反応性チオール基が異種ポリペプチドに付着されるが、好適な反応条件下でポリマー基に付着するのに充分に反応性であるタンパク質の何れかの反応基にポリマー基が付着され得ることも考えられる。従って、ポリマーは、遊離アミノ基又はカルボキシル基等の反応基を介してＦＧＦＲ１ＥＣＤに共有結合されうる。遊離アミノ基を有するアミノ酸残基は、リジン残基及びＮ末端アミノ酸残基を含みうる。遊離カルボキシル基を有する残基は、アスパラギン酸残基、グルタミン酸残基、及びＣ末端アミノ酸残基を含みうる。反応性チオール基を有するものはシステイン残基を含む。

ポリマー、例えば、水溶性ポリマーでコンジュゲートされた融合分子を調製するための方法は、それぞれ一般的に、（ａ）ポリペプチドが一又は複数のポリマーに付着する条件下でＦＧＦＲ１ＥＣＤをポリマーと反応させることと、（ｂ）反応生成物を得ることとを含む。各コンジュゲーションの反応条件は、当該分野で知られているもの又は後に開発されるものの何れかから選択されうるが、修飾されるべきタンパク質を不活性化させる温度、溶媒、及びｐＨレベル等の反応条件への曝露は回避するか又は制限するように選択されるべきである。一般に、反応に最適な反応条件は、既知のパラメータ及び所望の結果に基づいて臨機応変に決定される。例えば、ポリマー：ポリペプチドコンジュゲートの比率が大きいほど、コンジュゲート産物の割合が大きくなる。（過剰な未反応ポリペプチド又はポリマーが存在しない反応効率という点で）最適な比率は、例えば、所望の誘導体化の程度（例えば、モノ−、ジ−、トリ−等）、選択されるポリマーの分子量、ポリマーが分岐又は非分岐であるかどうか、及び使用される反応条件等の要因によって、決定されうる。ポリペプチドに対するポリマー（例えば、ＰＥＧ）の比率は、一般に１：１から１００：１の範囲である。一又は複数の精製コンジュゲートを、とりわけ、透析、塩析、限外濾過、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラフィー、及び電気泳動を含む標準的な精製技術によって、各混合物から調製することができる。

Ｎ末端を化学修飾したＦＧＦＲ１ＥＣＤが特に所望される場合がある。分子量、分岐等、反応混合物中のＦＧＦＲ１ＥＣＤ分子に対するポリマーの割合、実施される反応の種類、及び選択されたＮ末端を化学修飾したＦＧＦＲ１ＥＣＤを得る方法によって、ポリマーを選択することができる。Ｎ末端を化学修飾したＦＧＦＲ１ＥＣＤ調製物を得る方法（必要ならば、他のモノ誘導体化部分からこの部分を分離する）は、化学修飾したタンパク質分子の集団からの、Ｎ末端を化学修飾したＦＧＦＲ１ＥＣＤ材料の精製によるものであってもよい。

選択的なＮ末端化学修飾は、特定のタンパク質における誘導体化に利用可能な異なる種類の第１級アミノ基の異なる反応性（リジン対Ｎ末端）を利用した還元的アルキル化によって達成することができる。適切な反応条件下で、カルボニル基含有ポリマーを用いて、Ｎ末端のタンパク質の実質的に選択的な誘導体化が達成される。例えば、タンパク質のリジン残基のε−アミノ基とＮ末端残基のα−アミノ基との間のｐＫａの差を利用することを可能にするｐＨで反応を実施することによって、タンパク質のＮ末端にポリマーを選択的に付着させることができる。このような選択的誘導体化によって、タンパク質へのポリマーの付着が制御される：タンパク質のＮ末端でポリマーとのコンジュゲーションが優勢的に起こり、リジン側鎖アミノ基等の他の反応基の著しい修飾が起こらない。還元的アルキル化を用いると、ポリマーは、上述の種類のものであってもよく、タンパク質へのカップリングのために単一の反応性アルデヒドを有するべきである。単一の反応性アルデヒドを含むポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドもまた使用されうる。

一実施態様では、本発明は、化学的に誘導体化したＦＧＦＲ１ＥＣＤがモノ−又はポリ−（例えば、２〜４個の）ＰＥＧ部分を含むことを考慮する。ペグ化は、利用可能なペグ化反応の任意のものによって実施されうる。ペグ化したタンパク質産物を調製する方法は一般に（ａ）タンパク質が一又は複数のＰＥＧ基に付着する条件下で、ポリペプチドをポリエチレングリコール（ＰＥＧの反応性エステル又はアルデヒド誘導体等）と反応させることと、（ｂ）反応産物を得ることとを含む。一般に、最適な反応条件は、既知のパラメータ及び所望の結果に基づいて臨機応変に決定される。

当該技術分野において知られている多くのＰＥＧ付着方法が存在する。例えば、欧州特許出願公開第０４０１３８４号；Malik等, Exp. Hematol., 20:1028-1035 (1992)；Francis, Focus on Growth Factors, 3(2):4-10 (1992)；欧州特許出願公開第０１５４３１６号；欧州特許出願公開第０４０１３８４号；国際公開第９２／１６２２１号；国際公開第９５／３４３２６号；及びここで引用されるペグ化に関連する他の刊行物を参照のこと。

ペグ化は、例えば、反応性ポリエチレングリコール分子とのアシル化反応又はアルキル化反応を介して実施されうる。従って、本発明に係るタンパク質産物は、アシル基又はアルキル基を介してＰＥＧ基を付着させたペグ化タンパク質を含む。このような産物は、モノペグ化又はポリペグ化（例えば、２〜６もしくは２〜５個のＰＥＧ基を含むもの）されてもよい。ＰＥＧ基は一般にアミノ酸のα−又はε−アミノ基でタンパク質に付着されるが、好適な反応条件下でＰＥＧ基に付着するのに充分に反応性であるタンパク質に付着した何れかのアミノ基にＰＥＧ基が付着されうることも考えられる。

アシル化によるペグ化は、一般に、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）の活性エステル誘導体を、ＦＧＦＲ１ＥＣＤと反応させることを含む。アシル化反応の場合、選択されるポリマーは、典型的には単一の反応性エステル基を有する。任意の既知の又は後に発見される反応性ＰＥＧ分子を、ペグ化反応を実施するために使用することができる。適切な活性化ＰＥＧエステルの一例は、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）にエステル化したＰＥＧである。ここで使用される場合、アシル化は、限定されないが、治療用タンパク質と、ポリマー、例えば、ＰＥＧ：アミド、カルバメート、ウレタン等との間に次の種類の結合を含むことが考えられる（例えば、Chamow, Bioconjugate Chem., 5:133-140 (1994)を参照のこと）。反応条件は、現在知られている条件又は後に開発される条件の何れから選択されてもよいが、修飾されるべきポリペプチドを不活性化させる温度、溶媒、及びｐＨ等の条件は回避するべきである。

アシル化によるペグ化は、一般にポリ−ペグ化タンパク質を生じる。連結する結合はアミドであってもよい。得られる生成物は、実質的に（例えば、＞９５％）モノ−、ジ−、又はトリ−ペグ化のみの場合がある。しかしながら、ペグ化の程度がより高い幾つかの種が、使用される特定の反応条件に応じた量で生成される場合がある。所望されるならば、更に精製されたペグ化種を、とりわけ、透析、塩析、限外濾過、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラフィー、及び電気泳動を含む標準的な精製技術によって、混合物（特に未反応種）から分離することができる。

アルキル化によるペグ化は、一般に還元剤の存在下でＰＥＧの末端アルデヒド誘導体をポリペプチドと反応させることを含む。還元的アルキル化反応では、選択されるポリマーは、単一の反応性アルデヒド基を有するべきである。例示的な反応性ＰＥＧアルデヒドは、水に安定性であるポリエチレングリコールプロピオンアルデヒド、又はそのモノＣ_１−Ｃ_１０アルコキシもしくはアリールオキシ誘導体である（例えば、米国特許第５２５２７１４号を参照のこと）。

マーカー
更に、本発明のＦＧＦＲ１ＥＣＤは、融合ポリペプチドの精製を促進するペプチド等のマーカー配列に融合されうる。マーカーアミノ酸配列は、とりわけ、ｐＱＥベクター（Qiagen, Mississauga, Ontario, Canada）中に提供されるタグ等のヘキサヒスチジンペプチドであってもよく、これらの多くは市販されている。Gentz等, Proc. Natl. Acad. Sci. 86:821-824 (1989)に記載されるように、例えば、ヘキサヒスチジンは、融合タンパク質の簡便な精製をもたらす。精製に有用な別のペプチドタグである赤血球凝集素（ＨＡ）タグは、インフルエンザＨＡタンパク質由来のエピトープに対応する。（Wilson等, Cell 37:767 (1984)）。これらの上記融合体の何れも、ここに記載されるＦＧＦＲ１ＥＣＤを使用して遺伝子操作されうる。

オリゴマー化ドメイン融合パートナー
様々な実施態様では、オリゴマー化は、限定されないが、多価性、結合強度の増加、及び異なるドメインの組合せた機能を含む、幾つかの機能的利点を融合タンパク質に提供する。従って、幾つかの実施態様では、融合パートナーは、オリゴマー化ドメイン、例えば、二量体化ドメインを含む。例示的なオリゴマー化ドメインは、限定されないが、α−ヘリックスコイルドコイルドメインを含むコイルドコイルドメイン、コラーゲンドメイン、コラーゲン様ドメイン、及び所定の免疫グロブリンドメインを含む。例示的なコイルドコイルポリペプチド融合パートナーは、限定されないが、テトラネクチンコイルドコイルドメイン、軟骨オリゴマーマトリックスタンパク質のコイルドコイルドメイン、アンジオポエチンコイルドコイルドメイン、及びロイシンジッパードメインを含む。例示的なコラーゲン又はコラーゲン様オリゴマー化ドメインは、限定されないが、コラーゲン中に見出されるもの、マンノース結合レクチン、肺サーファクタントタンパク質Ａ及びＤ、アディポネクチン、フィコリン、コングルチニン、マクロファージスカベンジャー受容体、並びにエミリン（emilin）を含む。

抗体Ｆｃ免疫グロブリンドメイン融合パートナー
融合パートナーとして使用されうる多くのＦｃドメインが、当該技術分野において知られている。幾つかの実施態様では、融合パートナーはＦｃ免疫グロブリンドメインである。Ｆｃ融合パートナーは、天然に生じる抗体に見出される野生型Ｆｃ、その変異体、又はその断片でありうる。非限定的な例示的Ｆｃ融合パートナーは、ヒトＩｇＧ、例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４の、ヒンジ並びにＣＨ２及びＣＨ３定常ドメインを含むＦｃを含む。更なる例示的Ｆｃ融合パートナーは、限定されないが、ヒトＩｇＡ及びＩｇＭを含む。幾つかの実施態様では、Ｆｃ融合パートナーは、例えば、ＩｇＧ１中にＣ２３７Ｓ変異を含む（例えば、配列番号：８を参照）。幾つかの実施態様では、Ｆｃ融合パートナーは、米国特許第６９００２９２号に記載されるように、Ｐ３３１Ｓ変異を有するヒトＩｇＧ２のヒンジ、ＣＨ２、及びＣＨ３ドメインを含む。所定の例示的なＦｃドメイン融合パートナーは、配列番号：８から１０に示される。

アルブミン融合パートナー及びアルブミン結合分子融合パートナー
幾つかの実施態様では、融合パートナーはアルブミンである。例示的なアルブミンは、限定されないが、それらが融合されるポリペプチドの血清半減期又はバイオアベイラビリティを増加させることができるヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）及びＨＳＡの断片を含む。幾つかの実施態様では、融合パートナーは、アルブミン結合分子、例えば、アルブミンに結合するペプチド又はアルブミンに結合する脂質又は他の分子とコンジュゲートする分子である。幾つかの実施態様では、ＨＳＡを含む融合分子は、例えば米国特許第６６８６１７９号に記載されているようにして調製される。

融合パートナーの例示的な付着
融合パートナーは、ＦＧＦＲ１ＥＣＤのＮ末端又はＣ末端に共有結合的に又は非共有結合的に付着させることができる。付着は、例えば、アミノ酸側鎖（例えば、システイン、リジン、セリン、又はスレオニンの側鎖等）を介して、Ｎ末端又はＣ末端以外のＦＧＦＲ１ＥＣＤ内の場所でも起こりうる。

共有結合的な付着又は非共有結合的な付着の何れかの実施態様では、融合パートナーとＦＧＦＲ１ＥＣＤとの間にリンカーが含まれてもよい。そのようなリンカーは、少なくとも一つのアミノ酸又は化学部分から構成されうる。融合パートナーをＦＧＦＲ１ＥＣＤに共有結合的に付着させる例示的な方法は、限定されないが、融合パートナーとＦＧＦＲ１ＥＣＤを単一のアミノ酸配列として翻訳すること、及び融合パートナーをＦＧＦＲ１ＥＣＤに化学的に付着させることを含む。融合パートナーとＦＧＦＲ１ＥＣＤが単一のアミノ酸配列として翻訳される場合、更なるアミノ酸が、融合パートナーとＦＧＦＲ１ＥＣＤとの間にリンカーとして含まれてもよい。幾つかの実施態様では、融合パートナー及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤの単一発現コンストラクトへのクローニングを促進するために、リンカーは、それをコードするポリヌクレオチド配列に基づいて選択される（例えば、特定の制限酵素部位を含むポリヌクレオチドが、融合パートナーをコードするポリヌクレオチドとＦＧＦＲ１ＥＣＤをコードするポリヌクレオチドとの間に配されてもよく、制限酵素部位を含むポリヌクレオチドが、短いアミノ酸リンカー配列をコードする）。融合パートナーとＦＧＦＲ１ＥＣＤとが、化学的手段によって共有結合的にカップリングされる場合、典型的には、カップリング反応の間に様々なサイズのリンカーが含まれてもよい。

融合パートナーをＦＧＦＲ１ＥＣＤに非共有結合的に付着させる例示的な方法は、限定されないが、結合対を介した付着を含む。例示的な結合対は、限定されないが、ビオチン及びアビジン又はストレプトアビジン、抗体及びその抗原等を含む。

共翻訳修飾及び翻訳後修飾
本発明は、例えば、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、既知の保護基／ブロック基による誘導体化、タンパク質切断、又は抗体分子もしくは他の細胞リガンドへの結合によって、翻訳中又は翻訳後に差次的に修飾されるＦＧＦＲ１ＥＣＤ及びＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与を包含する。多くの化学的修飾の何れも、限定されないが、臭化シアン、トリプシン、キモトリプシン、パパイン、Ｖ８プロテアーゼによる特異的な化学的切断；ＮＡＢＨ_４；アセチル化；ホルミル化；酸化；還元；及び／又はチュニカマイシンの存在下における代謝合成を含む知られた技術によって実施することができる。

本発明に包含される更なる翻訳後修飾は、例えば、Ｎ結合又はＯ結合炭水化物鎖、Ｎ末端又はＣ末端終端のプロセシング、アミノ酸骨格への化学部分の付着、Ｎ結合又はＯ結合炭水化物鎖の化学修飾、及び原核生物宿主細胞の発現の結果としてのＮ末端メチオニン残基の付加又は欠失を含む。ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及びＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の様々な翻訳後修飾の非限定的な考察は、例えば米国特許第７６７８８９０号に見出すことができる。

ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及びＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の発現と産生ベクター
ＦＧＦＲ１ＥＣＤをコードするポリヌクレオチドを含むベクターが提供される。また、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子をコードするポリヌクレオチドを含むベクターも提供される。そのようなベクターは、限定されないが、ＤＮＡベクター、ファージベクター、ウイルスベクター、レトロウイルスベクター等を含む。

幾つかの実施態様では、ＣＨＯ又はＣＨＯ由来細胞におけるポリペプチドの発現に最適化されているベクターが選択される。例示的なこのようなベクターは、例えば、Running Deer等, Biotechnol. Prog. 20:880-889 (2004)に記載されている。

幾つかの実施態様では、ベクターは、ヒトを含む動物におけるＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子のインビボ発現のために選択される。幾つかのそのような実施態様では、ポリペプチドの発現は、組織特異的な様式で機能するプロモーターの制御下にある。例えば、肝臓特異的プロモーターは、例えば、ＰＣＴ国際公開第２００６／０７６２８８号に記載されている。様々な発現ベクターの非限定的な考察は、例えば米国特許第７６７８８９０号に見出すことができる。

宿主細胞
様々な実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、原核細胞、例えば、細菌細胞中で、又は真核細胞、例えば、真菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、及び哺乳動物細胞中で発現させることができる。そのような発現は、例えば、当該技術分野において既知の手順に従って実施されうる。ポリペプチドを発現させるために使用することができる例示的な真核細胞は、限定されないが、ＣＯＳ７細胞を含むＣＯＳ細胞、２９３−６Ｅ細胞を含む２９３細胞、ＣＨＯ−Ｓ及びＤＧ４４細胞を含むＣＨＯ細胞、並びにＮＳＯ細胞を含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対して所定の所望される翻訳後修飾を行う能力に基づいて、特定の真核生物宿主細胞が選択される。例えば、幾つかの実施態様では、ＣＨＯ細胞が、２９３細胞で産生される同じポリペプチドよりもより高いレベルのシアリル化を有するＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を産生する。

所望の宿主細胞への核酸の導入は、限定されないが、リン酸カルシウム形質移入、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介形質移入、カチオン性脂質媒介形質移入、電気穿孔、形質導入、感染等を含む、当該技術分野において既知の任意の方法によって達成することができる。非限定的な例示的方法は、例えば、Sambrook等, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 3版 Cold Spring Harbor Laboratory Press (2001)に記載されている。核酸は、当該技術分野において既知の方法に従って、所望の宿主細胞中に一過性に又は安定に形質移入することができる。宿主細胞及び宿主細胞中のポリペプチドの方法に関する非限定的な考察は、例えば米国特許第７６７８８９０号に見出すことができる。

幾つかの実施態様では、ポリペプチドは、当該技術分野において既知の方法に従って、遺伝子操作されたか又はポリペプチドをコードする核酸分子を形質移入した動物においてインビボで産生させることができる。

ＦＧＦＲ１ＥＣＤポリペプチドの精製
ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子は、当該技術分野において既知の様々な方法によって精製することができる。そのような方法は、限定されないが、親和性マトリックス又は疎水性相互作用クロマトグラフィーの使用を含む。好適な親和性リガンドは、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又は融合パートナーの任意のリガンドを含む。ＦＧＦＲ１に結合する抗体の場合の好適な親和性リガンドは、限定されないが、ＦＧＦＲ１自体及びその断片を含む。更に、プロテインＡ、プロテインＧ、プロテインＡ／Ｇ、又は抗体親和性カラムを使用してＦｃ融合パートナーに結合させ、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を精製することもできる。また、ＦＧＦＲ１ＥＣＤに対する抗体を使用してＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を精製してもよい。疎水性相互作用クロマトグラフィー、例えば、ブチル又はフェニルカラムも、幾つかのポリペプチドを精製するのに好適である場合もある。ポリペプチドを精製する多くの方法が当該技術分野において知られている。ポリペプチドを精製する様々な方法の非限定的な考察は、例えば米国特許第７６７８８９０号に見出すことができる。

ＦＧＦＲ１ＥＣＤ及び／又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の恩恵を受ける患者を特定する方法
幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受けうるがんに罹患している患者を特定する方法が提供される。幾つかのそのような実施態様では、該方法は、対象から得られた試料中のがん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅を含むかどうかを決定することを含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅は、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対するがんの治療反応性の指標である。幾つかの実施態様では、試料は、がんを有するか又は有することが疑われる患者から採取される。がん細胞の少なくとも一部におけるＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３遺伝子増幅、ＦＧＦＲ３過剰発現、ＦＧＦ２過剰発現、及び／又はＦＧＦ２遺伝子増幅の発見は、がんを有するか又は有することが疑われる患者が、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法の恩恵を受けうることを示す。幾つかの実施態様では、患者は、肺がんを有するか又は有することが疑われる。

幾つかの実施態様では、該方法は、がん細胞の少なくとも一部が、対象から得られた試料中に、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３（例えばＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ）、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、又は少なくとも４種のマーカーの過剰発現を含むかどうかを決定することを含む。幾つかの実施態様では、過剰発現は、ｍＲＮＡの過剰発現である。幾つかの実施態様では、過剰発現は、タンパク質の過剰発現である。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３（例えばＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ）、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及び／又はＥＴＶ４の過剰発現は、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子に対するがんの治療反応性の指標である。幾つかの実施態様では、試料は、がんを有するか又は有することが疑われる患者から採取される。がん細胞の少なくとも一部におけるＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３（例えばＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ）、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及び／又はＥＴＶ４の過剰発現の発見は、がんを有するか又は有することが疑われる患者が、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法の恩恵を受け得ることを示す。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１は、ＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ３は、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃである。幾つかの実施態様では、患者は、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、及びカルチノイドがんから選択されるがんを有するか又は有することが疑われる。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受けうるがんに罹患している乳がん患者を特定する方法は、乳がんがエストロゲン受容体（ＥＲ）陽性、プロゲステロン（ＰＲ）陽性、又はＥＲ陽性かつＰＲ陽性であるかどうかを判定することを含む。幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受けうるがんに罹患している乳がん患者を特定する方法は、乳がんがＨＥＲ２陽性又はＨＥＲ２陰性であるかどうかを判定することを含む。幾つかの実施態様では、方法はがんがｐ９５ＨＥＲ２陽性であるかどうかを判定することを含む。

幾つかの実施態様では、ＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子の投与から恩恵を受けうるがんに罹患している卵巣がん患者を特定する方法は、卵巣がんがエストロゲン受容体（ＥＲ）陽性、プロゲステロン（ＰＲ）陽性、又はＥＲ陽性かつＰＲ陽性であるかどうかを判定することを含む。

幾つかの実施態様では、遺伝子増幅及び／又は発現は、研究施設によって決定される。研究施設は、病院の研究室又は病院とは独立した研究室でありうる。幾つかの実施態様では、遺伝子増幅及び／又は発現の決定後、判定の結果が医療従事者に伝えられる。幾つかのそのような実施態様では、患者がＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子療法の恩恵を受けるかどうか、又は該療法に反応を示すかどうかを判定する目的のために結果が伝えられる。幾つかの実施態様では、医療従事者は、限定されないが、医師、看護師、病院の管理者及びスタッフ等を含む。

遺伝子増幅を決定する任意の好適な方法が使用されうる。非限定的で例示的なそのような方法は、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ；例えば、Monni等 (2001) PNAS 98: 5711-5716を参照）、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）、ＤＮＡマイクロアレイ（例えば、Carter等 (2007) Nat. Genet. 39: S16-21を参照）、スペクトル核型決定、（ＳＫＹ；例えば、Liyanage等 (1996) Nat. Genet. 14: 312-5を参照）、リアルタイム定量ＰＣＲ（例えば、Dhaene等 (2010) Methods 50: 262-270を参照）、サザンブロット法、並びに、限定されないが、ハイスループットシーケンシング（ＨＴＳ；例えば、Medvedev等(2010) Genome Res. 20: 1613-22を参照）及び次世代シーケンシング技術、例えば、「全トランスクリプトームショットガンシーケンシング」（「ＷＴＳＳ」）とも称されるＲＮＡシーケンス、ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓＳＯＬｉＤ^TMＳｙｓｔｅｍ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Solexa）シーケンシング、イオン半導体シーケンシング、ＤＮＡナノボールシーケンシング、Ｈｅｌｉｏｓｃｏｐｅ（ＴＭ）単一分子シーケンシング、単一分子ＳＭＲＴ（ＴＭ）シーケンシング、単一分子リアルタイム（ＲＮＡＰ）シーケンシング、ナノポアＤＮＡシーケンシング、ＶｉｓｉＧｅｎＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓの手法、及び４５４ピロシーケンシングを含む配列決定を含む。

蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、染色体上の特定のＤＮＡ配列の有無を検出して位置を特定するための細胞遺伝学的技術である。幾つかの実施態様では、ＦＩＳＨは、蛍光プローブを使用して、配列特異的な様式で染色体上の所定の領域を検出する。従って、幾つかの実施態様では、ＦＩＳＨを使用してがんにおける遺伝子増幅を検出するために、幾つかの実施態様では、限定されないが、ＦＧＦＲ１遺伝子、ＦＧＦＲ３遺伝子、ＦＧＦ２遺伝子、又はＨＥＲ２遺伝子等の対象とする遺伝子に特異的に結合する蛍光プローブが開発される。幾つかのそのような実施態様では、この遺伝子特異的プローブをがん試料とハイブリダイズさせ、蛍光顕微鏡を使用して細胞当たりに存在する蛍光シグナルの数を数えることによりコピー数を決定する。通常の二倍体細胞の場合、遺伝子の大半はコピー数が２である（遺伝子が常染色体ではなく性染色体のうちの一つに存在する場合、又は細胞が分裂中でありゲノムが複製される場合を除く）。一つの細胞に２つより多いシグナルが検出された場合、所定の場合において、遺伝子が増幅している可能性がある。

がんにおける遺伝子増幅を評価するために二色ＦＩＳＨをまた使用することができる。幾つかの実施態様では、対象とする遺伝子が位置する染色体のセントロメア領域に結合する参照プローブをコントロールとして使用することができる。場合によっては、染色体のセントロメア（ＣＥＮ）領域はゲノム的に安定であると考えられ、従って染色体全体を代表するものであると考えられる。従って、ＣＥＮのコピー数は、幾つかの実施態様では、染色体の多染色体性（染色体のセントロメアが３コピー以上）に起因する遺伝子コピー数の増加と局所的な遺伝子増幅を区別するのに役立つ。幾つかの実施態様では、対象とする遺伝子プローブからのシグナル／セントロメアプローブからのシグナルの比率を計算することによって、遺伝子増幅を多染色体性と区別することができる。対象とする遺伝子が常染色体に位置する通常の二倍体細胞の場合、この比率は典型的には１である。幾つかの実施態様では、この比率が１より大きいことが遺伝子増幅の指標である。幾つかの実施態様では、セントロメアプローブの代わりに、又はそれに加えて、染色体の参照遺伝子に対するプローブを使用することができる（例えば、Tse等 (2011) J. Clin. Oncol. 29: 4168-74を参照）。幾つかの実施態様では、選択される参照遺伝子が第８染色体又は第４染色体上に存在する。幾つかの実施態様では、参照遺伝子は、第８染色体又は第４染色体のセントロメアの近くに位置する。幾つかの実施態様では、参照配列は、第８染色体又は第４染色体上に非コードＤＮＡを含む。

幾つかの実施態様では、ＦＩＳＨは、限定されないが、増幅された遺伝子を含む細胞の画分、細胞の様々な亜集団内の増幅レベル、及び細胞内の増幅パターン（例えば、密集シグナル対複数の散乱シグナル）を含む、遺伝子増幅の複数のパラメータの決定を可能にする。幾つかの実施態様では、各がん細胞ごとに、セントロメア参照に対する対象となる遺伝子のコピー数の比率が決定される。幾つかのそのような実施態様では、特定の試料又は試料中の細胞のサブセットの平均比率がついで計算される。一般に平均比率が２より大きいことが遺伝子増幅を示すと考えられるのに対し、１．５から２のシグナルは、低レベルの増幅を示しうる。幾つかの実施態様では、参照コントロールプローブよりも多い対象とする遺伝子のコピー数を有する細胞は、増幅したと考えられる（例えば、Kobayashi等 (2002) Hum. Pathol. 33: 21-8；及びKunitomo等(2002) Pathol. Int. 52: 451-7を参照）。幾つかの実施態様では、染色体参照プローブコントロールを用いずに、単色ＦＩＳＨを使用して対象とする遺伝子のコピー数を決定する。幾つかのそのような実施態様では、１つの核当たりの遺伝子が４コピー以上であることは、遺伝子増幅であると考えられる（例えば、 Couturier等(2000) Mod. Pathol. 13: 1238-43；Jacobs等 (1999) J. Clin. Oncol. 17: 1974-82；Wang等 (2000) J. Clin. Pathol. 53: 374-81を参照）。

タンパク質発現（例えばＦＧＦＲ１（ＦＧＦＲ１ＩＩＩｃを含む）、ＦＧＦＲ３（ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃを含む）、ＦＧＦ２、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、ＥＴＶ４、ＥＲ、ＰＲ、及び／又はＨＥＲ２発現）を決定する任意の好適な方法が使用されうる。所定の実施態様では、試料中のタンパク質の発現は、免疫組織化学（「ＩＨＣ」）及び染色プロトコルを使用して検査される。組織片の免疫組織化学的染色は、試料中のタンパク質の存在を評価又は検出する信頼できる方法であることが示されている。免疫組織化学技術は、一般に発色法又は蛍光法によって、細胞抗原をインサイツでプローブし可視化するために抗体を利用する。タンパク質発現を決定する非限定的な例示的方法はまたデキストラン被覆チャコール（ＤＣＣ）又はリガンド結合アッセイ（ＬＢＡ）、酵素免疫測定法（ＥＩＡ）、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、及びフローサイトメトリーを含む。

組織試料は、一般的な方法によって固定され（すなわち保存され）うる（例えば、 "Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology," 3版(1960) Lee G. Luna, HT (ASCP) 編者, The Blakston Division McGraw-Hill Book Company, New York; The Armed Forces Institute of Pathology Advanced Laboratory Methods in Histology and Pathology (1994) Ulreka V. Mikel, Editor, Armed Forces Institute of Pathology, American Registry of Pathology, Washington, D.C.を参照）。当業者は、固定液の選択が、試料を組織学的に染色する目的又は別の分析目的によって決定されることを理解するであろう。当業者はまた、固定の長さは、組織試料のサイズ及び使用される固定液に依存することも理解するであろう。例として、中性緩衝ホルマリン、Ｂｏｕｉｎ固定液又はパラホルムアルデヒドが試料を固定するために使用されうる。

一般に、試料を最初に固定し、ついで、上昇アルコール系列で脱水し、組織試料が切断されうるようにパラフィン又は他の切片化媒体に浸潤させ、包埋する。あるいは、組織を切片化し、得られた切片を固定してもよい。例として、組織試料を一般的な方法によってパラフィンに包埋して処理してもよい（例えば、上掲の"Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology"を参照）。使用されうるパラフィンの例は、限定されないが、Ｐａｒａｐｌａｓｔ、Ｂｒｏｌｏｉｄ、及びＴｉｓｓｕｅｍａｙを含む。組織試料を包埋してから、該試料をミクロトーム等により切片化することができる（例えば、上掲の"Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology"を参照）。この手順の例として、切片は、約３ミクロンから約５ミクロンの範囲の厚みを有しうる。切片化してから、幾つかの標準的な方法により切片をスライドに付着させることができる。スライド接着剤の例は、限定されないが、シラン、ゼラチン、ポリ−Ｌ−リジン等を含む。例として、パラフィン包埋切片は、正電荷を帯びたスライド及び／又はポリ−Ｌ−リジンで被覆したスライドに付着させることができる。

パラフィンが包埋材料として使用される場合、組織片は、一般に脱パラフィンして水に再水和させる。組織片は、幾つかの一般的な標準的方法によって脱パラフィンすることができる。例えば、キシレン及び段階的な下降アルコール系列が使用されうる（例えば上掲の"Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology"を参照）。あるいは、Ｈｅｍｏ−Ｄｅ７（CMS, Houston, Tex.）等の市販の脱パラフィン化非有機剤が使用されてもよい。

幾つかの実施態様では、試料の調製後、ＩＨＣを使用して組織片を分析することができる。ＩＨＣは、形態学的染色及び／又は蛍光インサイツハイブリダイゼーション等の更なる技術と組合せて実施されてもよい。直接アッセイ及び間接アッセイの２種の一般的なＩＨＣ法が利用可能である。第１のアッセイによると、標的抗原に対する抗体の結合が直接決定される。この直接アッセイは、抗体を更に相互作用させることなく可視化することができる蛍光タグ又は酵素標識一次抗体等の標識化試薬を使用する。典型的な間接アッセイでは、コンジュゲートしていない一次抗体が抗原に結合し、ついで、標識された二次抗体が一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識にコンジュゲートする場合、抗原の可視化をもたらすために発色性基質又は蛍光発生基質が加えられる。幾つかの二次抗体が一次抗体上の異なるエピトープと反応しうるため、シグナルの増幅が起こる。

免疫組織化学に使用される一次及び／又は二次抗体は、典型的には、検出可能な部分で標識される。多数の標識が利用可能であり、一般に次のカテゴリーに分類することができる：（ａ）放射性同位体、例えば、^３５Ｓ、^１４Ｃ、^１２５Ｉ、^３Ｈ、及び^１３１Ｉ。抗体は、例えば、Current Protocols in Immunology, Volumes 1 and 2, Coligen等編 Wiley-Interscience, New York, N.Y., Pubs. (1991)に記載される技術を使用して放射性同位体で標識することができ、放射性は、シンチレーション測定を使用して測定することができる。（ｂ）コロイド金粒子。（ｃ）限定されないが、希土類キレート（ユウロピウムキレート）、テキサスレッド、ローダミン、フルオレセイン、ダンシル、リサミン、ウンベリフェロン、フィコクリセリン、フィコシアニン、又は市販の蛍光団、例えば、ＳＰＥＣＴＲＵＭＯＲＡＮＧＥ７及びＳＰＥＣＴＲＵＭＧＲＥＥＮ７、並びに／又は上記のうちの何れか一又は複数の誘導体を含む、蛍光標識。蛍光標識は、例えば、上記のCurrent Protocols in Immunologyに開示される技術を用いて抗体にコンジュゲートさせることができる。蛍光は、蛍光光度計を使用して定量化することができる。（ｄ）様々な酵素基質標識が利用可能であり、米国特許第４２７５１４９号は、これらのうちの幾つかに関する考察を提供する。酵素は、一般に、様々な技術を使用して測定することができる、発色性基質の化学的変化を触媒する。例えば、酵素は、基質における色の変化を触媒することができ、それは、分光測光法で測定することができる。あるいは、酵素は、基質の蛍光又は化学発光を変化させることができる。蛍光の変化を定量化するための技術は上に記載されている。化学発光基質は、化学反応によって電気的に励起され、ついで、（例えば、ケミルミノメーターを用いて）測定することができる光を放出しうるか、又は蛍光受容体にエネルギーを付与する。酵素標識の例は、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ；米国特許第４７３７４５６号）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、リンゴ酸脱水素酵素、ウレアーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）等のペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、βガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、糖質酸化酵素（例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ）、複素環式オキシダーゼ（例えば、ウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼ）、ラクトペルオキシダーゼ、ミクロペルオキシダーゼ等を含む。酵素を抗体にコンジュゲートさせる技術は、O'Sullivan等, Methods for the Preparation of Enzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, in Methods in Enzym. (J. Langone及びH. Van Vunakis編), Academic press, New York, 73:147-166 (1981)に記載されている。

酵素−基質の組合せの例は、例えば、（ｉ）色素前駆体（例えば、オルトフェニレンジアミン（ＯＰＤ）又は３，３'，５，５'−テトラメチルベンジジン塩酸塩（ＴＭＢ））を酸化する水素ペルオキシダーゼを基質とする西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）、（ｉｉ）パラ−ニトロフェニルリン酸を発色性基質とするアルカリホスファターゼ（ＡＰ）、及び（ｉｉｉ）発色性基質（例えば、ｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）又は蛍光発生基質（例えば、４−メチルウンベリフェリル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）を有するβ−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）を含む。

多数の他の酵素−基質の組合せが当業者に利用可能である。これらの概説については、米国特許第４２７５１４９号及び同第４３１８９８０号を参照のこと。しばしば、標識は、抗体と間接的にコンジュゲートされる。当業者は、これを達成するための様々な技術を認識するであろう。例えば、抗体は、ビオチンとコンジュゲートさせることができ、上述した４つの広義のカテゴリーの標識の何れもアビジンとコンジュゲートさせることができるか、又はその逆もしかりである。ビオチンはアビジンに選択的に結合し、よって、この間接的な様式で標識を抗体とコンジュゲートさせることができる。あるいは、抗体と標識との間接的なコンジュゲーションを達成するために、抗体を小ハプテンとコンジュゲートさせ、上述の異なる種類の標識のうちの一つを抗ハプテン抗体とコンジュゲートさせる。このようにして、抗体と標識との間接的なコンジュゲーションを達成することができる。

上で考察された試料調製手順とは別に、ＩＨＣの前、間、又は後の、更なる組織片の処理が望ましい場合がある。例えば、クエン酸緩衝液中で組織試料を加熱する等のエピトープ回収方法が実施されうる（例えば、Leong等 Appl. Immunohistochem. 4(3):201 (1996)を参照）。

任意選択的なブロッキング工程の後、一次抗体が組織試料中の標的タンパク質抗原に結合するように、十分な時間及び好適な条件下で組織片を一次抗体に曝露する。これを達成するための適切な条件は、日常的実験により決定することができる。試料に対する抗体の結合の程度は、上で考察された検出可能な標識のうちの何れか一つを使用して決定される。幾つかの実施態様では、標識は、３，３'−ジアミノベンジジン発色体等の発色性基質の化学的変化を触媒する酵素標識（例えば、ＨＲＰＯ）である。一実施態様では、酵素標識は、一次抗体に特異的に結合する抗体にコンジュゲートされる（例えば、一次抗体はウサギポリクローナル抗体であり、二次抗体はヤギ抗ウサギ抗体である）。

このようにして調製された検体を、マウントしてカバースリップで覆うことができる。ついで、例えば顕微鏡を使用してスライドの評価を行い、当該技術分野で日常的に使用される染色強度基準を用いてもよい。

幾つかの実施態様では、ＩＨＣが用いられる場合、細胞又は細胞の集合がタンパク質を過剰発現しているかどうかを判定するために段階的染色システムが使用される。例えば、幾つかの実施態様では、無染色（０）、１＋、２＋、及び３＋の４段階システムが使用され、１＋、２＋、及び３＋は、それぞれ増加する染色レベルを示す。幾つかのそのような実施態様では、タンパク質の過剰発現を示すために１＋超、２＋超、又は３＋超を用いてもよい。非限定的な例として、ＩＨＣアッセイにおいて特定の細胞型が典型的にタンパク質に対する染色を示さない場合、そのＩＨＣアッセイにおける何れの染色（すなわち、１＋、２＋、又は３＋）も、タンパク質の過剰発現を示しうる。更なる非限定的な例として、ＩＨＣアッセイにおいて特定の細胞型が典型的にタンパク質に対する染色をほとんど又は全く示さない場合、そのＩＨＣアッセイにおける１＋より高い何れの染色（すなわち、２＋又は３＋）も、タンパク質の過剰発現を示しうる。当業者は、特定のＩＨＣアッセイ（特定の抗体を含む）、細胞型等に応じて、タンパク質の過剰発現を示す染色レベルを決定することができる。

幾つかの実施態様では、乳がんはＩＨＣに従ってＨＥＲ２陽性又はＨＥＲ２陰性として特徴付けられる。幾つかのそのような実施態様では、乳がんは、ＩＨＣ細胞膜染色強度が０又は１＋である場合にＨＥＲ２陰性として特徴付けられる。幾つかの実施態様では、乳がんは、ＩＨＣ細胞膜染色強度が３＋である場合にＨＥＲ２陽性として特徴付けられる。幾つかの実施態様では、乳がんのＨＥＲ２状態はＩＨＣ細胞膜染色強度が２＋であるとき不確か（多義的）である。ＩＨＣによる不確かなＨＥＲ２状態の幾つかの実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子が増幅されているかどうかを判定するためにＨＥＲ２ＦＩＳＨアッセイが使用される。幾つかのそのような実施態様では、ＨＥＲ２遺伝子が増幅されていれば、乳がんはＨＥＲ２陽性であると考えられる。

がんがＨＥＲ２過剰発現及び／又は増幅を含むかどうか（つまり、がんが「ＨＥＲ２陽性」であるかどうか）を決定する非限定的な例示的方法は、例えば国際公開第９９／３１１４０号；米国特許出願公開第２００３／０１７０２３４Ａ１号；米国特許出願公開第２００３／０１４７８８４号；国際公開第０１／８９５６６号；米国特許出願公開第２００２／００６４７８５号；米国特許出願公開第２００３／０１３４３４４号；米国特許第６５７３０４３号；米国特許第６９０５８３０号；及び米国特許出願公開第２００３／０１５２９８７号に記載されている。

幾つかの実施態様では、エストロゲン受容体（ＥＲ）及び／又はプロゲステロン受容体（ＰＲ）の状態は、あらゆる目的に対してその全体が出典明示によりここに援用される、American Society of Clinical Oncology / College of American Pathologists Guideline Recommendations for Immunohistochemical Testing of Estrogen and Progesterone Receptors in Breast Cancer, J. Clin. Oncol., 2010, 28: 2784-2795 (「ガイドライン」)に従って決定される。推奨は、腫瘍細胞核の≧１％が対応するＩＨＣアッセイにおいて免疫反応性であるとき、乳がんはＥＲ陽性又はＰＲ陽性と考えるべきであり、腫瘍細胞核の＜１％が対応ＩＨＣアッセイにおいて免疫反応性であるときはＥＲ陰性又はＰＲ陰性と考えるべきであることを示している。

ｍＲＮＡの過剰発現を決定する任意の好適な方法が使用されうる。細胞中のｍＲＮＡを評価するための方法は周知であり、例えば、相補的なＤＮＡプローブ（例えば標的ｍＲＮＡに特異的な標識リボプローブを使用するインサイツハイブリダイゼーション、ノーザンブロット法、及び関連する技術）を使用するハイブリダイゼーションアッセイ、並びに様々な核酸増幅アッセイ（例えば、標的ｍＲＮＡに特異的な相補的プライマー（又は標的ｍＲＮＡから逆転写されたｃＤＮＡ）を使用するＲＴ−ＰＣＲ、及び他の増幅型検出法、例えば、分岐ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡ等）を含む。

哺乳動物からの組織又は細胞試料は、ノーザン、ドットブロット法、又はＰＣＲ分析を使用して、ｍＲＮＡについて簡便にアッセイされうる。例えば、定量ＰＣＲアッセイ等のＲＴ−ＰＣＲアッセイが、当該技術分野で周知である。幾つかの実施態様では、ｍＲＮＡの発現レベルは、リアルタイムｑＲＴ−ＰＣＲを使用して定量化されるレベルである。本発明の幾つかの実施態様では、生体試料中の標的ｍＲＮＡを検出するための方法は、少なくとも一つのプライマーを用いて、逆転写により試料からｃＤＮＡを生成することと、標的ポリヌクレオチドをセンス及びアンチセンスプライマーとして使用して、そのように生成されたｃＤＮＡを増幅し、その中の標的ｃＤＮＡを増幅することと、増幅された標的ｃＤＮＡの存在を検出することとを含む。更に、そのような方法は、生体試料中の標的ｍＲＮＡのレベルの決定を可能にする一又は複数の工程を含みうる（例えば、アクチンファミリーのメンバー等の「ハウスキーピング」遺伝子の比較コントロールｍＲＮＡ配列のレベルを同時に調べることによる）。任意選択的に、増幅された標的ｃＤＮＡの配列を決定することができる。

本発明の任意選択的な方法は、マイクロアレイ技術によって組織又は細胞試料中の標的ｍＲＮＡ等のｍＲＮＡを検査又は検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを使用して、試験及びコントロール組織試料からの試験及びコントロールｍＲＮＡ試料を逆転写し、標識してｃＤＮＡプローブを作製する。ついで、固体支持体に固定された核酸のアレイにプローブをハイブリダイズさせる。アレイは、アレイの各メンバーの配列及び位置が分かるように構成される。特定のアレイメンバーを有する標識プローブのハイブリダイゼーションは、プローブが由来する試料がその遺伝子を発現することを示す。疾患組織の差次的遺伝子発現分析は貴重な情報を提供しうる。マイクロアレイ技術は、核酸ハイブリダイゼーション技術及びコンピューティング技術を用いて、単一の実験において数千個の遺伝子のｍＲＮＡ発現プロファイルを評価する。（例えば、２００１年１０月１１日に公開された国際公開第０１／７５１６６を参照；（アレイの製造に関する考察については、例えば、米国特許第５７００６３７号、米国特許第５４４５９３４号及び米国特許第５８０７５２２号、Lockart, Nature Biotechnology, 14:1675-1680 (1996)；Cheung, V. G.等, Nature Genetics 21(Suppl):15-19 (1999)を参照）。ＤＮＡマイクロアレイは、ガラスもしくは他の基体上に直接合成され又はスポットされた遺伝子断片を含む小型アレイである。通常、数千個の遺伝子が単一のアレイ内に提示される。典型的なマイクロアレイ実験は次の工程を含む：１）試料から単離されたＲＮＡ由来の蛍光標識標的の調製、２）標識標的のマイクロアレイへのハイブリダイゼーション、３）アレイの洗浄、染色、及び走査、４）走査画像の解析、並びに５）遺伝子発現プロファイルの作成。現在、オリゴヌクレオチド（通常、２５塩基長〜７０塩基長）アレイと、ｃＤＮＡから調製されるＰＣＲ産物を含む遺伝子発現アレイの、２つの主な種類のＤＮＡマイクロアレイが用いられている。アレイを形成する際には、オリゴヌクレオチドを事前に作製して表面にスポットするか、又は表面上で直接合成する（インサイツ）ことができる。幾つかの実施態様では、ＤＮＡマイクロアレイは、一塩基多型（ＳＮＰ）マイクロアレイ、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＳＮＰＡｒｒａｙ６．０である。

ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）システムは、ガラス表面上のオリゴヌクレオチドの直接合成によって製造されるアレイを含む市販のマイクロアレイシステムである。プローブ／遺伝子アレイ：オリゴヌクレオチド（通常、２５塩基長）が、半導体ベースのフォトリソグラフィー及び固相化学合成技術の組合せによって、ガラスウエハ上に直接合成される。各アレイは、最高で４０００００個の異なるオリゴを含み、各オリゴは数百万個のコピーで存在する。オリゴヌクレオチドプローブがアレイ上の既知の場所で合成されるので、ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭｉｃｒｏａｒｒａｙＳｕｉｔｅソフトウェアによって、ハイブリダイゼーションパターン及びシグナル強度を遺伝子同一性及び相対発現レベルの観点で解釈することができる。各遺伝子は、一連の異なるオリゴヌクレオチドプローブによってアレイ上に提示される。各プローブ対は、完全にマッチしたオリゴヌクレオチド及びミスマッチしたオリゴヌクレオチドからなる。完全マッチプローブは、特定の遺伝子に正確に相補的な配列を有し、よって遺伝子の発現の尺度となる。ミスマッチプローブは、中心の塩基位置の単一の塩基置換によって完全マッチプローブとは異なり、標的遺伝子転写物の結合を妨げる。これは、バックグラウンド、及び完全マッチオリゴについて測定されるシグナルに寄与する非特異的なハイブリダイゼーションを決定するのに役立つ。ＭｉｃｒｏａｒｒａｙＳｕｉｔｅソフトウェアは、ミスマッチプローブのハイブリダイゼーション強度を完全マッチプローブのそれらから差し引いて、各プローブセットの絶対的又は特異的強度値を決定する。プローブは、Ｇｅｎｂａｎｋ及び他のヌクレオチドリポジトリからの最新情報に基づいて選択される。配列は、遺伝子の３'末端の特有の領域を認識すると考えられる。ＧｅｎｅＣｈｉｐＨｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎＯｖｅｎ（「回転式」オーブン）は、一度に最高６４個のアレイのハイブリダイゼーションを実施するために使用される。流体工学ステーションは、プローブアレイの洗浄及び染色を実施する。これは、完全に自動化されており、各モジュールが一つのプローブアレイを保持する４つのモジュールを含む。各モジュールは、プログラムされた流体工学プロトコルを使用して、ＭｉｃｒｏａｒｒａｙＳｕｉｔｅソフトウェアによって独立して制御される。スキャナは、プローブアレイに結合した標識ｃＲＮＡによって放射される蛍光強度を測定する共焦点レーザー蛍光スキャナである。ＭｉｃｒｏａｒｒａｙＳｕｉｔｅソフトウェアを備えたコンピュータワークステーションは、流体工学ステーション及びスキャナを制御する。ＭｉｃｒｏａｒｒａｙＳｕｉｔｅソフトウェアは、プローブアレイに対して予めプログラムされたハイブリダイゼーション、洗浄、染色プロトコルを使用して、最高で８つの流体工学ステーションを制御することができる。このソフトウェアはまた、ハイブリダイゼーション強度データを獲得し、適切なアルゴリズムを使用してデータを各遺伝子の存在／非存在コールに変換する。最後に、該ソフトウェアは、比較分析によって実験間の遺伝子発現の変化を検出し、出力をテキストファイルにフォーマットし、これを更なるデータ分析のために他のソフトウェアプログラムと共に用いることができる。

以下に検討される実施例は、純粋に本発明の例示であることを意図するものであって、決して本発明を限定するものであると見なされるべきではない。実施例は、以下の実験が、実施された全ての又は唯一の実験であることを表すことを意図しているものではない。上に提供された一般的説明に鑑みて、様々な他の実施態様が実施されうることが理解される。

使用される数値（例えば、量、温度等）に関して正確さを確保するための努力がなされているが、ある程度の実験誤差及び偏差は考慮されるべきである。別途示されない限り、部は重量部であり、分子量は重量平均分子量であり、温度は摂氏であり、圧力は大気圧又はほぼ大気圧である。

実施例１から６において、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの投薬量は、ＥＣ＝１．４２ｍＬ／ｍｇ*ｃｍを使用して計算されている。表１を参照。

実施例１：ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う所定の肺がん異種移植モデルは、所定の非ＦＧＦＲ１遺伝子増幅肺がん異種移植モデルよりも、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ媒介性増殖阻害に対してより感受性であった
ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃが腫瘍増殖に与える影響を、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅肺がん異種移植モデルと非増幅肺がん異種移植モデルとの間で比較した。この実験で調べたＦＧＦＲ１増幅を伴う肺がん細胞株は次の通りであった：ＤＭＳ５３（ＳＣＬＣ，１細胞当たり５コピーのＦＧＦＲ１遺伝子）、ＤＭＳ１１４（ＳＣＬＣ，１細胞当たり１０コピーのＦＧＦＲ１遺伝子）、ＮＣＩ−Ｈ１５１８（ＮＳＣＬＣ，１細胞当たり６コピーのＦＧＦＲ１遺伝子）、及びＮＣＩ−Ｈ５２０（ＮＳＣＬＣ，１細胞当たり８コピーのＦＧＦＲ１遺伝子）。この実験で調べたＦＧＦＲ１増幅を伴わない肺がん細胞株は次の通りであった：Ａ５４９、ＮＣＩ−Ｈ４６０、ＮＣＩ−Ｈ２２６、ＮＣＩ−Ｈ２１２６、ＮＣＩ−Ｈ４４１、ＮＣＩ−Ｈ３５８、ＮＣＩ−Ｈ５２２、及びＣｏｌｏ６９９。非増幅細胞株をＡＴＴＣ（Manassas, VA）から購入し、供給者の指示に従って培養した。非ＦＧＦＲ１遺伝子増幅細胞株を使用した肺がん異種移植モデルを次の通りに実施した。６週齢のメスＳＣＩＤマウスをＣｈａｒｌｅｓＲｉｖｅｒＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Wilmington, MA）から購入し、試験の開始前に１週間順化させた。肺がん細胞株を８５〜９０％コンフルエンスに達するまで培養した。細胞を採取し、５０％マトリゲルを含む、Ｃａ^２＋及びＭｇ^２＋を含まない冷リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中に１ミリリットル当たり５×１０^７細胞で再懸濁させた。マウスの右側腹部に、５×１０^６細胞／１００μｌ／マウスで細胞を皮下移植した。細胞移植後１日目に、マウスを分別及び無作為化し（ｎ＝１０）、以下に記載の通りに処置を開始した。

ＦＧＦＲ１増幅を伴わない肺がんの患者由来の異種移植片（ＰＤＸ）モデルのパネルもまたＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃに対する感受性について調べた。ＰＤＸ異種移植片は、インビトロ組織培養を行わずに、がん患者からヌードマウスに直接移植した。腫瘍異種移植片は、組織構造及び抗がん剤に対する感受性を含む患者の親腫瘍の特徴のほとんどを保持する。調べた肺ＰＤＸモデルは次の通りであった：ＰＤＸＤ３５０８７、ＰＤＸＤ３７６３８、ＰＤＸＤ３５３７６、ＬＸＦＬ−４３０、ＬＸＦＥ−９３７、ＬＸＦＥ−３９７、ＬＸＦＡ−７３７、及びＬＸＦＡ−６２９。調べた肺ＰＤＸに関する予備的な病理及び患者の特徴を表２に要約する。

６週齢のメスＳＣＩＤマウスをＣｈａｒｌｅｓＲｉｖｅｒＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Wilmington, MA）から購入し、試験の開始前に１週間順化させた。ＰＤＸ腫瘍断片は、ドナーＳＣＩＤマウスの連続継代における異種移植片から得た。ドナーマウスから腫瘍を除去した後、それらを断片（直径１〜２ｍｍ、約２５ｍｇｓ）に切断し、皮下移植までＲＰＭＩ１６４０培養培地に配した。イソフルランの吸入によりレシピエントマウスを麻酔した。鈍鉗子を用いて小さなポケットを形成し、一塊の腫瘍ＰＤＸをそのポケットに入れた。ｄｅｒｍａｂｏｎｄ接着剤を使用して創傷を閉鎖し、切開部に一滴のブピバカインを用いた。ＰＤＸ移植後１日目に、マウスを分別及び無作為化し（ｎ＝１０）、以下に記載されるように処理を開始した。

ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−ＦｃをＰＢＳ中３ｍｇ／ｍｌで配合し、移植したＰＤＸ腫瘍の増殖速度に応じて、１５ｍｇ／ｋｇ（３００μｇ／１００μｌマウス）を週２回、４〜８週間腹腔内（i.p.）投与した。ヒトアルブミンをＧｒｉｆｏｌｓＵＳＡ（Los Angeles, CA；カタログ番号ＮＤＣ６１９５３−０００２−１）から購入し、０．９％塩化ナトリウムで作業液（３ｍｇ／ｍｌ）に希釈し、３００μｇ／１００μｌ／マウス（１５ｍｇ／ｋｇ）で陰性コントロールとして使用し、移植したＰＤＸ腫瘍の増殖速度に応じて週２回、４〜８週間投与した。

腫瘍細胞接種の日から１１、１８、２５、３２、３９、及び４６日目に、各マウスにおいて腫瘍サイズを測定した。ノギスを使用して各腫瘍の長さ及び幅を測定し、以下の式に従って腫瘍サイズを算出した。
腫瘍サイズ（ｍｍ^３）＝（幅（ｍｍ）×長さ（ｍｍ））^２／２
皮下腫瘍体積が２０００ｍｍ^３を超えるか、又は腫瘍が過剰に壊死性になったときに、「がんによる死亡」としてマウスを安楽死させた。

ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる腫瘍増殖阻害率は、アルブミンコントロールと比較した、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃで処理した異種移植片増殖曲線の曲線下面積（ＡＵＣ）分析によって決定した。図１は、この分析の結果の散布図を示す。ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う肺がん異種移植片は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃで処理した場合、平均で５６％の腫瘍増殖の減少を示した。比較すると、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴わない肺がん異種移植片は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃで処理した場合、対象と比較して平均で２２％の異種移植片増殖の減少を示した。ＦＧＦＲ１遺伝子増幅肺がん異種移植モデルと非増幅肺がん異種移植モデルとの間に見られた、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ媒介性の異種移植片の阻害における差は、統計的に有意であった（Ｐ＝０．０３３３）。

従って、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅腫瘍細胞は、非増幅ＦＧＦＲ１遺伝子を伴う腫瘍細胞よりもＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの投与に対する感受性が高いことが分かった。

実施例２：ＦＧＦＲ１遺伝子増幅肺がん細胞株及び非増幅肺がん細胞株並びに異種移植片におけるＦＧＦＲ１の過剰発現
ＲＮＡレベルでのＦＧＦＲ１の発現を、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅及び非増幅肺がん細胞株、異種移植モデル、及びＰＤＸモデル間で比較した。この実験で調べたＦＧＦＲ１増幅を伴う肺がん細胞株は次の通りであった：ＤＭＳ５３（ＳＣＬＣ，１細胞当たり５コピーのＦＧＦＲ１遺伝子）、ＤＭＳ１１４（ＳＣＬＣ，１細胞当たり１０コピーのＦＧＦＲ１遺伝子）、ＮＣＩ−Ｈ１５１８（ＮＳＣＬＣ，１細胞当たり６コピーのＦＧＦＲ１遺伝子）、及びＮＣＩ−Ｈ５２０（ＮＳＣＬＣ，１細胞当たり８コピーのＦＧＦＲ１遺伝子）。この実験で調べたＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴わない肺がん細胞株は次の通りであった：Ａ５４９、ＮＣＩ−Ｈ４６０、ＮＣＩ−Ｈ２２６、ＮＣＩ−Ｈ２１２６、ＮＣＩ−Ｈ４４１、ＮＣＩ−Ｈ３５８、ＮＣＩ−Ｈ５２２、ＭＳＴＯ−２１１Ｈ、及びＣｏｌｏ６９９。非増幅細胞株をＡＴＴＣ（Manassas, VA）から購入し、供給者の指示に従って培養した。ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴わない肺がんの患者由来異種移植片（ＰＤＸ）モデルのパネルも、ＦＧＦＲ１ｍＲＮＡの発現について調べた。調べた肺ＰＤＸモデルは次の通りであった：ＰＤＸＤ３５０８７、ＰＤＸＤ３７６３８、ＰＤＸＤ３５３７６、ＬＸＦＬ−４３０、ＬＸＦＥ−９３７、ＬＸＦＥ−３９７、ＬＸＦＡ−７３７、及びＬＸＦＡ−６２９。調べた肺ＰＤＸに関する予備的な病理及び患者の特徴は、上の表２に要約されている。

ＲＮＡｅａｓｙ（登録商標）ＭｉｎｉＫｉｔ（カタログ番号７４１０４、Qiagen, Germany）を使用して、インビトロで増殖させた細胞株、又はインビボで増殖させた腫瘍異種移植片からＲＮＡを抽出した。ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＲｅｖｅｒｓｅＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎＫｉｔ（カタログ番号２０５３１１、Qiagen, Germany）を使用したランダム六量体プライミング及び逆転写酵素によりｃＤＮＡを作製する前に、抽出したＲＮＡをＤＮＡｓｅＩで処理した。ヒトＦＧＦＲ１ＲＮＡの発現は、ＦＧＦＲ１ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＰｒｉｍｅｒＡｓｓａｙ（Ｈｓ＿ＦＧＦＲ１＿１＿ＳＧ、カタログ番号ＱＴ００１０２８３７，Qiagen, Germany）、及びヒトＧＵＳＢ対照参照ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＰｒｉｍｅｒＡｓｓａｙ（Ｈｓ＿ＧＵＳＢ＿１＿ＳＧ、カタログ番号ＱＴ０００４６０４６、Qiagen, Germany）を用いて決定した。ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＳＹＢＲＧｒｅｅｎＰＣＲＫｉｔｓ（カタログ番号２０４１４５、Qiagen, Germany）は、リアルタイムｑＲＴ−ＰＣＲ及びＡＢＩＰｒｉｓｍＶｉｉＡ^TM ７Ｒｅａｌ−ＴｉｍｅＰＣＲＳｙｓｔｅｍ（(Applied Biosystems, Foster City, CA）を用いてｍＲＮＡ発現レベルを定量化するために使用した。遺伝子発現の相対定量は、基準物質としてのヒトＧＵＳＢ及び市販のＲＮＡコントロール（Stratagene, La Jolla, CA）を使用して、比較Ｃｔ法に従って算出した。相対定量は、次の式に従って決定した：２^{−（ΔＣｔｓａｍｐｌｅ−ΔＣｔｃａｌｉｂｒａｔｏｒ）}。

ＧＵＳＢに対して正規化したＦＧＦＲ１ＲＮＡの発現を、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う及び伴わない肺がん細胞株（図２）と異種移植モデル（図４）との間で比較した。

図２は、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う及び伴わない細胞株におけるＦＧＦＲ１ＲＮＡの発現の散布図を示す。ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う肺がん細胞株は、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴わない細胞株と比較して、ＦＧＦＲ１ｍＲＮＡの発現に統計的に有意な増加（Ｐ＝０．０１１４）を示す。図２はまた、肺がん細胞株の亜集団が、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅の非存在下で高いＦＧＦＲ１ｍＲＮＡの発現を有することも示している。ＧＵＳＢに対して正規化した１．４８のＦＧＦＲ１の遺伝子発現を有するＮＣＩ−Ｈ２２６、及びＧＵＳＢに対して正規化した１．２６のＦＧＦＲ１の遺伝子発現を有するＮＣＩ−Ｈ５２２は、非増幅肺がん細胞株集団における最も高い２つの外れ値の点を表す。

ＮＣＩ−Ｈ２２６及びＮＣＩ−Ｈ５２２はまた、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃに対してインビトロ感受性を示し、それぞれトリチウム標識チミジン（［３Ｈ］−ＴｄＲ）取込みアッセイ及びＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）ＬｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔＣｅｌｌＶｉａｂｉｌｉｔｙＡｓｓａｙ（Promega, Madison, WI）を使用すると細胞増殖及び細胞数の減少を示した。図３Ａは、ＮＣＩ−Ｈ２２６細胞株のＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）アッセイの結果を示しており、ＦＧＦＲ１増幅を有しないＮＣＩ−Ｈ２２６細胞株におけるＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃのインキュベーションにより細胞数が有意に減少したことを示している（*はＰ＝＞０．０５を示す）。Ｐ値は、独立ｔ検定を使用して決定した。例えば、Mathematical Statistics and Data Analysis, 1988, Wadsworth & Brooks, Pacific Grove, CAを参照のこと。

図３Ｂは、ＮＣＩ−Ｈ２２６細胞株のトリチウム標識チミジン取込みアッセイの結果を示しており、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有しないＮＣＩ−Ｈ２２６細胞株におけるＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃのインキュベーションにより細胞数が有意に減少したことを示している（^＊はＰ＝＞０．０５を示す）。Ｐ値は、独立ｔ検定を使用して決定した。コントロールＥＣＤＦｃは、ＮＣＩ−Ｈ２２６の細胞増殖にほとんど又は全く影響を与えなかった。

従って、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅は有しないがＦＧＦＲ１の過剰発現を有する所定の肺がん細胞株は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ処理に対して感受性を示す。

図４は、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅肺がん異種移植片を非増幅肺がん異種移植片と比較した、ＦＧＦＲ１ｍＲＮＡの発現の散布図を示す。ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を伴う異種移植モデルは、非増幅細胞株と比較して、ＦＧＦＲ１ＲＮＡレベルに統計的に有意な増加（Ｐ＝０．０１４６）を示した。更に、インビトロのデータと一致して、肺がん異種移植モデルの亜集団は、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅の非存在下で高いＦＧＦＲ１ＲＮＡの発現を有する。異種移植モデルＮＣＩ−Ｈ２２６、ＮＣＩ−Ｈ５２２、及びＰＤＸＤ３５０８７は、非増幅肺モデルにおけるＦＧＦＲ１ＲＮＡ発現の３つの外れ値の点を表し（図４）、ＧＵＳＢに対して正規化した遺伝子発現レベルは、それぞれ、３．７０、３．７５、及び４．３０であった。

ＮＣＩ−Ｈ２２６、ＮＣＩ−Ｈ５２２、及びＰＤＸＤ３５０８７はまた、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃに対してインビボ感受性を示し、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃで処理すると、腫瘍増殖においてそれぞれ、５５、４２、及び５７％の統計的に有意な減少を示した（Ｐ＜０．０５）。ＰＤＸＤ３５０８７の場合、実験は実質的に実施例１に記載されるようにして実施した。

ＰＤＸＤ３５０８７移植の日から２６、３５、４１、及び４５日目に、各マウスにおいて腫瘍サイズを測定した。ノギスを使用して各腫瘍の長さ及び幅を測定し、以下の式に従って腫瘍サイズを算出した。

腫瘍サイズ（ｍｍ^３）＝（幅（ｍｍ）×長さ（ｍｍ））^２／２

図５はこの実験の結果を示す。ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃを投与されたマウスは、アルブミン処理動物と比較して腫瘍増殖の阻害を示した。４５日目のＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ処理群とビヒクル処理群とのＰＤＸ３５０８７腫瘍体積の比較から、この結果が統計的に有意であることが示された（Ｐ＜０．０１）。Ｐ値は、ＡＮＯＶＡ解析を使用して算出した。例えば、Mathematical Statistics and Data Analysis, 1988, Wadsworth & Brooks, Pacific Grove, CAを参照のこと。この解析により、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃが、ＦＧＦＲ１遺伝子の増幅は有しないが比較的高いレベルのＦＧＦＲ１ｍＲＮＡを発現するＰＤＸ肺腫瘍モデルＤ３５０８７において腫瘍増殖を有意に減少させたことが実証された。

従って、ＦＧＦＲ１遺伝子増幅は有しないがＦＧＦＲ１の過剰発現を有する特定の肺がん異種移植モデルは、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ処理に対して感受性を示す。

実施例３：ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応の予測因子
ＦＧＦリガンド、ＦＧＦ受容体、ＦＧＦ結合タンパク質、ＦＧＦシグナル伝達分子、及び一群の血管新生関連標的を含むＦＧＦＲ１関連遺伝子のパネルのＲＮＡ発現を、一組の３５個の腫瘍細胞株及び異種移植片においてｑＲＴ−ＰＣＲを使用して決定した。ＲＮＡｅａｓｙ（登録商標）ミニキット（Qiagen, Germany）を使用して、インビトロで増殖させた細胞株又はインビボで増殖させた腫瘍異種移植片からＲＮＡを抽出した。ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＲｅｖｅｒｓｅＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎＫｉｔ（Qiagen, Germany）を使用したランダム六量体プライミング及び逆転写酵素によりｃＤＮＡを作製する前に、抽出したＲＮＡをＤＮＡｓｅＩで処理した。ヒト及びマウスＲＮＡの発現は、ヒトＧＵＳＢコントロール参照ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＰｒｉｍｅｒＡｓｓａｙ（Qiagen, Germany）を利用して、ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＰｒｉｍｅｒＡｓｓａｙｓ（Qiagen, Germany）を用いて決定した。ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＳＹＢＲＧｒｅｅｎＰＣＲＫｉｔ（Qiagen, Germany）は、リアルタイムｑＲＴ−ＰＣＲ及びＡＢＩＰｒｉｓｍＶｉｉＡ^TM ７Ｒｅａｌ−ＴｉｍｅＰＣＲＳｙｓｔｅｍ（Applied Biosystems, Foster City, CA）を用いてｍＲＮＡ発現レベルを定量化するために使用した。遺伝子発現の相対定量は、基準物質としてのヒトＧＵＳＢ及び市販のＲＮＡコントロール（Stratagene, La Jolla, CA）を使用して、比較Ｃｔ法に従って算出した。相対定量は、次の式に従って決定した：２^{−（ΔＣｔｓａｍｐｌｅ−ΔＣｔｃａｌｉｂｒａｔｏｒ）}。

この実験で使用された腫瘍細胞株及び異種移植片を表３に示す。また、マウス異種移植モデルにおけるＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの投与計画、腫瘍増殖阻害率（ＴＧＩ（％））、及び腫瘍増殖阻害の統計的有意性（Ｐ値）、並びに細胞株においてＦＧＦＲ１遺伝子が増幅しているかどうかも表３に示す。

例示的な異種移植片実験は次の通りである。Ｃａｋｉ−１及びＭＳＴＯ−２１１Ｈの場合、ＳＣＩＤマウス（１群当たりＮ＝１０）の右側腹部に５００万個の細胞を皮下移植した。ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ又はアルブミンを表３に示される用量で週２回腹腔内投与した。図８は、選択された異種移植モデルにおけるＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの抗腫瘍活性を示す。腎がんＣａｋｉ−１（Ａ）及び中皮腫ＭＳＴＯ−２１１Ｈ（Ｂ）の異種移植片がんモデルの代表的な腫瘍増殖曲線を示す。腎細胞がん（ＲＣＣ）Ｃａｋｉ−１モデルにおいて、１０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃを週２回、６週間投与した結果、８１％（Ｐ＜０．００１）の腫瘍増殖阻害が生じた（ＴＧＩ；図８Ａ）。ＭＳＴＯ−２１１Ｈ中皮腫モデルでは、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの投与により腫瘍増殖が６４％（Ｐ＜０．０００１）減少した（図８Ｂ）。対応する腫瘍において、曲線下面積（ＡＵＣ）分析によって評価したところ、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃは腫瘍体積を有意に減少させた。調べたモデルの１９／３５（５４％）に、２５〜９６％の範囲の阻害を伴う反応が観察された（表３を参照）。

異種移植モデルをＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる処理に対して感受性にする潜在的な分子決定因子を更に理解するために、表３中の特定の異種移植モデルにおいて、ＦＧＦリガンド、ＦＧＦ受容体、ＦＧＦ結合タンパク質、及びＦＧＦシグナル伝達分子を含む遺伝子のパネルのＲＮＡ発現をｑＲＴ−ＰＣＲを用いて調べた。

ついで、遺伝子発現をＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応と相関させ、抗腫瘍活性と正に及び負に相関するＲＮＡの発現特性を決定した。表４は、その分析の結果を示す。ＦＧＦ２に加えて、ＦＧＦ１８のＲＮＡ発現（Ｐ＝０．０２２２７）も、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの抗腫瘍活性と正に相関（６．９倍）していた。ＦＧＦの下流標的遺伝子であるｅｔｓ変異体４（ＥＴＶ４）は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの活性との正の関連（２．８９７倍）に関する最も有意な遺伝子（Ｐ＝０．０１６３９）であった。ＦＧＦＲ１ＩＩＩｃスプライス変異体（Ｐ＝０．０１６０３）を含むＦＧＦＲ１の発現（Ｐ＝０．０１２７６）は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応の正の予測因子であった。ＦＧＦＲ１ＩＩＩｂスプライス変異体の発現は、その実験ではＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応と相関していなかった。ＦＧＦＲ１に加えてＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ受容体の発現（Ｐ＝０．０２４８８）も、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応と正に相関しており、ＦＧＦＲ１及びＦＧＦＲ３受容体のＩＩＩｃ−スプライシングアイソフォーム間のＦＧＦリガンド結合親和性における潜在的な重複を反映している。ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの活性と負の関連を有する有意な遺伝子は、この分析では見つからなかった。

ＦＧＦＲ１−遺伝子増幅の非存在下で何のＲＮＡ要因が肺異種移植片の反応を決定し得るかを決定するために、肺モデルの非ＦＧＦＲ１増幅サブセットにおけるＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応の相関を調べた（Ｎ＝１３）。その分析の結果を表５に示す。ＦＧＦ２の発現は、反応性対非反応性のＦＧＦＲ１非増幅肺モデルにおいて、３０００倍を超えて上方制御された（Ｐ＝０．０２９）。ＦＧＦＲ１ＩＩＩｃ及びＦＧＦＲ３ＩＩＩｃの発現も、この実験の非ＦＧＦＲ１増幅肺サブセットにおいてＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応を伴う正の傾向を示した。

全てのモデルにおいてＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応と関連すると同定された重要な遺伝子マーカー間に遺伝子発現における相関が存在するかどうかを調べた。その分析の結果を表６に示す。この実験では、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ異種移植片反応の予測因子として同定された大部分の個々のＲＮＡマーカー間に、有意な正の相関が存在していた。例えば、異種移植片ＦＧＦ２のＲＮＡ発現は、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦＲ１ＩＩＩｃ、及びＦＧＦＲ１の発現と正に相関しており（Ｐ＜０．０５）、ＦＧＦＲ１のＲＮＡ発現は、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ、ＦＧＦ２、及びＦＧＦ１８と正に相関している。ＥＴＶ４の発現は、他のＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ反応性遺伝子と関連していなかった。

図６は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ応答者及び非応答者の異種移植片における（Ａ）ＦＧＦ２ｍＲＮＡ（ＧＵＳＢに対して正規化）及び（Ｂ）ＦＧＦ２タンパク質の発現を示す。ＦＧＦ２の発現（Ｐ＝０．０３５６９）は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応と正に関連していた。ＦＧＦ２は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ応答者の異種移植片と非応答者の異種移植片との間で高い比率（２４７．７倍）のｍＲＮＡ遺伝子発現を示した。ＦＧＦ２タンパク質レベルも、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応と相関していることが確認された。

図９は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ応答者及び非応答者の異種移植片における、（Ａ）ＦＧＦＲ１ｍＲＮＡの発現（ＧＵＳＢに対して正規化）及び（Ｂ）ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃｍＲＮＡの発現（ＧＵＳＢに対して正規化）を示す。ＦＧＦＲ１（Ｐ＝０．０１６６９、図１７ａ）、及びＦＧＦＲ１ＩＩＩｃスプライス変異体（Ｐ＝０．０４３１、表４）の発現は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの抗腫瘍活性と正に相関していた。ＦＧＦＲ１に加えて、ＦＧＦＲ３ＩＩＩｃ受容体の発現（Ｐ＝０．０１９４４、表４）も、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる抗腫瘍反応と正に相関しており（図５ｂ）、ＦＧＦＲ１及びＦＧＦＲ３受容体のｃスプライシングアイソフォーム間のＦＧＦリガンド結合特異性における重複を反映している。（例えばZhang等 J. Biol. Chem. 281, 15694-15700 (2006)；Ornitz等 J. Biol. Chem. 271, 15292-15297 (1996)を参照のこと）。

実施例４：ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応の予測因子
ＤＫＫ３ｍＲＮＡの発現を、一組の２５個の異種移植片においてｑＲＴ−ＰＣＲを用いて決定した。ＲＮＡｅａｓｙ（登録商標）ミニキット（Qiagen, Germany）を使用して、インビボで増殖させた腫瘍異種移植片からＲＮＡを抽出した。ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＲｅｖｅｒｓｅＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎＫｉｔ（Qiagen, Germany）を使用したランダム６量体プライミング及び逆転写酵素によりｃＤＮＡを作製する前に、抽出したＲＮＡをＤＮＡｓｅＩで処理した。ヒトＤＫＫ３ＲＮＡの発現は、ヒトＧＵＳＢコントロール参照ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＰｒｉｍｅｒＡｓｓａｙ（Qiagen, Germany）を利用して、ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＰｒｉｍｅｒＡｓｓａｙｓ（Qiagen, Germany）を用いて決定した。ＱｕａｎｔｉＴｅｃｔＳＹＢＲＧｒｅｅｎＰＣＲＫｉｔ（Qiagen, Germany）は、リアルタイムｑＲＴ−ＰＣＲ及びＡＢＩＰｒｉｓｍＶｉｉＡ^TM ７Ｒｅａｌ−ＴｉｍｅＰＣＲＳｙｓｔｅｍ（Applied Biosystems, Foster City, CA）を用いてｍＲＮＡ発現レベルを定量化するために使用した。遺伝子発現の相対定量は、基準物質としてのヒトＧＵＳＢ及び市販のＲＮＡコントロール（Stratagene, La Jolla, CA）を使用して、比較Ｃｔ法に従って算出した。相対定量は、次の式に従って決定した：２^{−（ΔＣｔｓａｍｐｌｅ−ΔＣｔｃａｌｉｂｒａｔｏｒ）}。

この実験で使用した腫瘍異種移植片を表７に示す。また、マウス異種移植モデルにおけるＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの投与計画、腫瘍増殖阻害率（ＴＧＩ（％））、及び腫瘍増殖阻害の統計的有意性（Ｐ値）も表７に示す。

ついで、遺伝子発現をＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃによる反応と相関させ、抗腫瘍活性と正に及び負に相関するＲＮＡの発現特性を決定した。ＤＫＫ３ｍＲＮＡの発現は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃに感受性を示さない腫瘍においてよりも、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃに対して感受性を示す腫瘍において高かった（Ｐ＝０．００６９）。

図７は、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ応答者及び非応答者の異種移植片におけるＤＫＫ３ｍＲＮＡレベル（ＧＵＳＢに対して正規化）を示す。水平線は、その群の発現レベルの中央値を示す。

実施例５：マトリゲルプラグアッセイにおけるＦＧＦ−２及びＶＥＧＦ−Ａによって誘導される血管新生のＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ媒介性阻害
組換えヒトＦＧＦ−２（最終濃度２５０ｎｇ／ｍｌ、Peprotech）及び／又は組換えヒトＶＥＧＦ−Ａ（最終濃度１００ｎｇ／ｍｌ、Peprotech）を、ヘパリンナトリウム（２ユニット／ｍｌ、Sigma）を含むマトリゲル（BD Biosciences, Franklin Lakes, NJ）に加えた。マトリゲルプラグ（動物１匹当たり１つ）を含むＦＧＦ−２及び／又はＶＥＧＦ−Ａを、Ｃ５７ＢＬ／６マウス（Charles River, Wilmington, MA）の腹部領域に皮下移植した。マトリゲル移植後１、４、及び７日目に、尾静脈注射によりＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃを投与した。９日目に、プラグを切除し、ヘマトキシリン及びエオシン（Ｈ＆Ｅ）染色のために処理した。Ｒｅｔｉｇａ２０００Ｒデジタルカメラ（QImaging, Burnaby, BC）を使用して、染色したマトリゲル切片のデジタル画像を作成した。Ｉｍａｇｅ−ＰｒｏＰｌｕｓ５．１（Media Cybernetics Inc., Silver Spring, MD）を使用して画像解析を行った。新血管新生を、新たに形成された血管及び遊走細胞からなる、マトリゲルにおける細胞応答として定義した。

その実験の結果を図１０に示す。５ｍｇ／ｋｇ以上のＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの投与は、ＦＧＦ−２を含浸させたマトリゲルプラグによって誘導されたインビボ血管新生を完全にブロックした。１５又は４５ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの投与も、ＶＥＧＦ−Ａのみ又はＦＧＦ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含浸させたマトリゲルプラグに反応したインビボ血管新生を完全にブロックした。ＳＰＲ分析によって、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−ＦｃはＶＥＧＦ−Ａと直接相互作用しないことが示されているため、このモデル系においてＶＥＧＦによって誘導される血管新生に対する抗血管新生活性は、プラグ中のＶＥＧＦとマウス由来間質ＦＧＦとの間の相乗活性の阻害を反映している可能性がある。

ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃが内皮細胞のＶＥＧＦ誘導性増殖をブロックするかどうかを決定するために、ＨＵＶＥＣ細胞（Life Technologies, Grand Island, NY）を４×１０^３細胞／ウェルの密度で基本培地（Ｍｅｄｉｕｍ２００（Life Technologies）２％の熱失活したＦＢＳと共に）に播種し、１０μｇ／ｍｌのＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの存在下又は非存在下で、１０ｎｇ／ｍｌのＦＧＦ２（R&D Systems, Minneapolis, MN）又は１５ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦ−Ａ１６５（R&D Systems, Minneapolis, MN）の何れかで刺激した。刺激後３日目に、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）ＬｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔＣｅｌｌＶｉａｂｉｌｉｔｙＡｓｓａｙを用いてＨＵＶＥＣ細胞の増殖を測定した。

その実験の結果を図１１に示す。ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃは、ＨＵＶＥＣのＶＥＧＦ誘導性増殖をブロックしなかったが、ＦＧＦ−２によって誘導されるＨＵＶＥＣの増殖をブロックすることができる。

実施例６：ＪＩＭＴ−１乳がん異種移植モデルにおけるＦＧＦＲ１シグナル伝達のＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ媒介性阻害
確立された（２００ｍｍ３）ヒト乳がんＪＩＭＴ−１腫瘍を有する動物に、単回（２４及び７２時間の時点）又は週３回（複数回投与）の何れかで、１５ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃを腹腔内投与した。単回投与群の場合は投与後２４及び７２時間目に、複数回投与群では最終投与後４８時間目に腫瘍試料を採取し、液体窒素中で瞬間凍結し、ＲＩＰＡ緩衝液（Sigma Aldrich, St Luis, MO）に溶解した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより腫瘍溶解物を分離し、モノクローナル抗体ＦＧＦＲ１、ｐＦＧＦＲ１、ＦＲＳ２α、ｐＦＲＳ２α、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、及びβＡｃｔｉｎ（Cell Signaling Technology, Inc）を使用してウエスタンブロットを実施した。抗ヒトＦｃモノクローナル抗体（Jackson Immuno Research）を使用してＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃを検出した。

その実験の結果を図１２に示す。ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃは、投与後２４時間までにリン酸化されたＦＧＦＲ１のレベルを減少させ、投与後７２時間目までにはＦＧＦＲ１のリン酸化が完全に消失した。投与後２４時間目には、リン酸化されたＦＲＳ及びＡｋｔのレベルが減少し、２日後にはさらに減少した。従って、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃは、ＪＩＭＴ−１乳がん異種移植モデルにおいてＦＧＦＲ１のシグナル伝達を阻害した。

実施例７：ヒトにおける単剤としてＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの安全性、認容性及び有効性を評価する研究
第１相（first-time-in-human）試験（治験ＦＰ１０３９−００１）を完了した。試験には０．６ｍｇ／ｋｇから２０．５ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの範囲（ＥＣ＝１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍを使用して計算；ＥＣ＝１．４２ｍＬ／ｍｇ*ｃｍを使用して計算した０．５ｍｇ／ｋｇから１６ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃと等価；表１参照）が投与された３９の対象が登録された。ＦＧＦ経路シグナル伝達への異常な依存を伴う悪性腫瘍を有する対象におけるＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの抗がん活性を同定するために第Ｉｂ相試験が実施される。活性は、扁平上皮非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）及びＦＧＦＲ１増幅などの調節が解除されたＦＧＦ経路シグナル伝達が存在する他の悪性腫瘍において探求される。ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃ単独療法が、調節が解除されたＦＧＦシグナル伝達経路、特にＦＧＦリガンド及び／又は受容体の増幅又は過剰発現の存在下で抗腫瘍活性を示すことが予想される。

主な目的は、単剤としてのＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの安全性及び認容性を特徴付け、その有効性と全奏効率（ＯＲＲ）を評価することである。

患者の選択については、選定基準は、全ての選択できる標準的治療が使い果たされているか、又は標準的治療がない、調節が解除されたＦＧＦ経路シグナル伝達を伴う進行固形腫瘍の組織学的又は細胞学的に確定した診断を含む。更に、２より大きい第８セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子コピー比率が必要とされる。

ステージＩＶの疾患に対して二種以上の先の（白金を含む化学療法レジメンを含む）全身療法の選択療法を受けた後に（放射線学的画像検査に基づく）腫瘍の進行が立証されている扁平上皮ＮＳＣＬＣの対象が登録されうる。例えば、TNM Classification of Malignant Tumors, 7版, Sobin等編, 2009；Edge等, 2010, Ann. Surg. Oncol., 17: 1471-1474を参照のこと。

アロマターゼ阻害剤療法中に疾患進行があるＥＲ陽性乳がんの対象はアロマターゼ阻害剤療法を継続することが許され、前立腺がんの対象は、臨床的に適切ならばＧｎＲＨアゴニスト又はＧｎＲＨアンタゴニストでの治療を続けることができ、カルチノイドがんの対象はオクトレオチドでの治療を続けることができる。

除外基準は、（前立腺がん、乳がんの抗がんホルモン療法又はカルチノイドがんのオクトレオチド療法を除く）先の４週間の間又は治療の４半減期内の何れか長い方の任意の抗がん療法（生物学的な抗がん療法に対してはここの更なる除外基準を参照）での治療、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの最初の投与の６週間以内に任意の生物学的療法を受けている場合、腹部穿孔又は瘻孔形成、症候性軟髄膜又は脳転移又は脊髄圧迫の可能性を増大させそうな条件を含む。

対象には２０ｍｇ／ｋｇ（ＥＣ＝１．１１ｍＬ／ｍｇ*ｃｍを使用して計算）の開始用量で週一回（１日目、８日目、及び１５日目）３０分の注入としてＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃが投与される。所定の状況では、対象には５ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、又は１５ｍｇ／ｋｇの開始用量でＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃが投与される。

実施例８：ヒトの非小細胞肺がんにおけるＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃプラス化学療法の安全性、認容性及び有効性を評価する研究
治療群Ａ
パクリタキセル＋カルボプラチンと組合わせたＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃに対する開始用量（用量レベル０）及び段階的増大／段階的減少スキーマを表８に示す。

（TNM Classification of Malignant Tumors, 7版, Sobin等編, 2009；Edge等, 2010, Ann. Surg. Oncol., 17: 1471-1474に従って）ステージＩＶの扁平上皮非小細胞肺がんの少なくとも１２名の対象；及び最大３０名の対象を、安全性及び有効性を更に評価するための標的用量で登録する。新たに診断されたステージＩＶの疾患を有する対象に対する全身化学療法の開始が過度に遅延することを回避するために、対象を本試験のスクリーニングになお供しながら、化学療法の初回サイクルが開始されうる。ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの初回用量は、化学療法の２サイクル目の１日目より遅く投与されるべきではない。

対象には、表８中に特定された投薬量で各２１日サイクルで週一回（１日目、８日目、及び１５日目）３０分の注入としてＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃが投与される。ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの注入後、化学療法剤の注入前の１時間は、対象を観察しなければならない。輸注反応がある場合、対象は、治験医師の裁量で制吐剤、ステロイド、又は抗ヒスタミン薬で治療されるべきであり、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの更なる注入の前に施設の基準に従って前投薬が考慮されるべきである。

対象は、施設の基準に従って、パクリタキセルとカルボプラチンに対して前処置を受け取ることになる。表８に記載された試験用量レベルに応じて、パクリタキセルが、各２１日の治療サイクルの１日目に定速注入で３時間かけて静脈内に（又はその施設の臨床基準に従って）投与され、その直後に３０から６０分の定速注入として（又はその施設の臨床基準に従って）、ＡＵＣ＝６の標的最大ＡＵＣで算出された用量でカルボプラチンが静脈内投与される。合計４から６サイクルのパクリタキセル／カルボプラチンが施設の臨床実務に従って投与される。

カルボプラチンは、Ｃａｌｖｅｒｔの式を使用して投与される（Calvert等, J Clin Oncol. 1989; 11:1748-56）。このアプローチは、対象の既存の腎機能又は腎機能及び所望される血小板最下点に基づいている数式を使用する。腎排泄はカルボプラチンの主要な排出経路である。その式は、Ｃｒ−ＥＤＴＡクリアランスによって測定される糸球体濾過速度（ｍＬ／分でのＧＦＲ）と濃度対時間曲線下のカルボプラチン標的面積（ｍｇ／ｍｌ・分でのＡＵＣ）に基づいて用量を算出する。Ｃａｌｖｅｒｔの式では、カルボプラチンの総投与量はｍｇで表され、ｍｇ／ｍ^２ではない：
総カルボプラチン投与量 (mg)＝（標的ＡＵＣ）×（ＧＦＲ^１＋２５）
^１注：ＡＵＣベースのカルボプラチン投与量を計算するために上記Ｃａｌｖｅｒｔ式で使用されるＧＦＲは１２５ｍＬ／分を超えてはならない。従って、最大カルボプラチン用量（ｍｇ）は標的ＡＵＣ（ｍｇ／ｍｌ・分）に１５０ｍＬ／分を乗じたものに等しい。
最大カルボプラチン用量 (mg)＝標的ＡＵＣ (mg/ml・分) ×（１５０mL/分）

最大用量は、正常な腎機能を持つ患者に対して１２５ｍＬ／分を上限とするＧＦＲ推定値に基づく。より高いＧＦＲ推定値は使用されるべきではない。

標的ＡＵＣ＝６の場合、最大用量は、６×１５０＝９００ｍｇである。

標的ＡＵＣ＝５の場合、最大用量は、５×１５０＝７５０ｍｇである。

標的ＡＵＣ＝４の場合、最大用量は、４×１５０＝６００ｍｇである。

本試験において任意のコホートで探求された最大標的ＡＵＣはＡＵＣ＝６である。従って、上記のＣａｌｖｅｒｔの式を使用して、ｍｇでの最大カルボプラチン用量は９００ｍｇを超えるべきではない。

Ｃｏｃｋｒｏｆｔ−Ｇａｕｌｔ式（下記参照）を、クレアチニンクリアランス（ＣＬＣＲ）を計算するために使用することができ、これはＣａｌｖｅｒｔ式のＧＦＲと置換可能である。

更なる情報、パッケージング、調製及び投与情報は、カルボプラチンの処方情報（パラプラチンＵＳＰＩ）に見出すことができる。

治療群Ｂ
ドセタキセルと組合わせたＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃに対する開始用量（用量レベル０）及び段階的増大／段階的減少スキーマを表９に示す。

（TNM Classification of Malignant Tumors, 7版, Sobin等編, 2009；Edge等, 2010, Ann. Surg. Oncol., 17: 1471-1474に従って）ステージＩＶの扁平上皮非小細胞肺がんの少なくとも１２名の対象；及び最大３０名の対象を、安全性及び有効性を更に評価するための標的用量で登録する。

対象には、表９中に特定された投薬量で各２１日サイクルで週一回（１日目、８日目、及び１５日目）３０分の注入としてＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃが投与される。ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの注入後、化学療法剤の注入前の１時間は、対象を観察しなければならない。輸注反応がある場合、対象は、治験医師の裁量で制吐剤、ステロイド、又は抗ヒスタミン薬で治療されるべきであり、ＦＧＦＲ１−ＥＣＤ．３３９−Ｆｃの更なる注入の前に施設の基準に従って前投薬が考慮されるべきである。

治療群Ｂの対象は、施設の基準に従って、ドセタキセルに対して前処置を受け取ることになる。表９に記載された試験用量レベルに応じて、ドセタキセルが、各２１日の治療サイクルの１日目に１時間かけて静脈内注入として（又はその施設の臨床基準に従って）投与される。対象は進行まで又は対象が最大の恩恵を受けたと判定されるまで治療される。更なる情報、パッケージング、調製及び投与情報は、製品添付文書（例えばＵＳパッケージ挿入物又は製品モノグラフ）を参照のこと。

配列表
表１０はここで検討された所定の配列を列挙するものである。ＦＧＦＲ１配列は、別の記載がない限り、シグナルペプチドなしで示される。

Claims

対象における乳がんを治療する方法において、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を該対象に投与することを含み、投与前に、乳がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３過剰発現、又はＦＧＦ２過剰発現を有しており；エストロゲン受容体（ＥＲ）陽性、又はプロゲステロン（ＰＲ）陽性、又はＥＲ陽性かつＰＲ陽性であると判定されている、方法。
投与前に、がんがＨＥＲ２陽性と判定されている、請求項１に記載の方法。
投与前に、がんがｐ９５ＨＥＲ２陽性と判定されている、請求項２に記載の方法。
対象にトラスツズマブ又はラパチニブが以前に投与されたか、又は現在投与されている、請求項１から３の何れか一項に記載の方法。
投与前に、がんがＨＥＲ２陰性と判定されている、請求項１に記載の方法。
乳がんがＥＲ陽性である、請求項１から５の何れか一項に記載の方法。
乳がんがＰＲ陽性である、請求項１から６の何れか一項に記載の方法。
対象にアロマターゼ阻害剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている、請求項１から７の何れか一項に記載の方法。
対象における前立腺がんを治療する方法において、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を該対象に投与することを含み、投与前に、前立腺がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３過剰発現、又はＦＧＦ２過剰発現を有しており；対象に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アゴニスト、ＧｎＲＨアンタゴニスト、アンドロゲン受容体（ＡＲ）阻害剤、及び１７−ヒドロキシラーゼ阻害剤から選択される治療剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている、方法。
対象にゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アゴニスト又はＧｎＲＨアンタゴニストが以前に投与されたか、又は現在投与されている、請求項９に記載の方法。
対象にＧｎＲＨアンタゴニストが以前に投与されたか、又は現在投与されている、請求項１０に記載の方法。
対象におけるカルチノイドがんを治療する方法において、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を該対象に投与することを含み、投与前に、カルチノイドがん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３過剰発現、又はＦＧＦ２過剰発現を有しており、対象に、オクトレオチドが以前に投与されたか、又は現在投与されている、方法。
対象における卵巣がんを治療する方法において、治療有効量のＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を該対象に投与することを含み、投与前に、卵巣がん細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅、ＦＧＦＲ１過剰発現、ＦＧＦＲ３過剰発現、又はＦＧＦ２過剰発現を有しており、対象に、タモキシフェン又はアロマターゼ阻害剤が以前に投与されたか、又は現在投与されている、方法。
卵巣がんが、エストロゲン受容体（ＥＲ）陽性、プロゲステロン（ＰＲ）陽性、又はＥＲ陽性かつＰＲ陽性である、請求項１３に記載の方法。
対象における肺がんを治療する方法において、対象に少なくとも５ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子と少なくとも１３５ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセルと少なくともＡＵＣ４のカルボプラチンを投与することを含む、方法。
１３５ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセルから２００ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセル、少なくとも１７５ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセル、１７５ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセルから２００ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセル、又は２００ｍｇ／ｍ^２のパクリタキセルを投与することを含む、請求項１５に記載の方法。
ＡＵＣ４のカルボプラチンからＡＵＣ６のカルボプラチン、少なくともＡＵＣ５のカルボプラチン、ＡＵＣ５のカルボプラチンからＡＵＣ６のカルボプラチン、又はＡＵＣ６のカルボプラチンを投与することを含む、請求項１５又は請求項１６に記載の方法。
少なくとも５ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子と少なくとも４０ｍｇ／ｍ^２のドセタキセルを投与することを含む、対象における肺がんの治療方法。
４０ｍｇ／ｍ^２のドセタキセルから７５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセル、少なくとも５５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセル、５５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセルから７５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセル、又は７５ｍｇ／ｍ^２のドセタキセルを投与することを含む、請求項１８に記載の方法。
５ｍｇ／ｋｇから２０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、少なくとも１０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、１０ｍｇ／ｋｇから２０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、少なくとも１５ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、１５ｍｇ／ｋｇから２０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子、又は２０ｍｇ／ｋｇのＦＧＦＲ１ＥＣＤ又はＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む、請求項１５から１９の何れか一項に記載の方法。
がんが非小細胞肺がんである、請求項１５から２０の何れか一項に記載の方法。
非小細胞肺がんが扁平上皮非小細胞肺がんである、請求項２１に記載の方法。
がんの細胞の少なくとも一部がＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有している、請求項１から２２の何れか一項に記載の方法。
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有するがんの細胞の少なくとも一部が少なくとも３コピーのＦＧＦＲ１遺伝子を含む、請求項２３に記載の方法。
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有するがんの細胞の少なくとも一部が、少なくとも４コピー、少なくとも５コピー、少なくとも６コピー、又は少なくとも８コピーのＦＧＦＲ１遺伝子を含む、請求項２４に記載の方法。
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅を有するがんの細胞の少なくとも一部が少なくとも１．５の第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率を有している、請求項２３に記載の方法。
第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が少なくとも２、少なくとも２．５、少なくとも３、少なくとも３．５、又は少なくとも４である、請求項２６に記載の方法。
第８染色体セントロメアに対するＦＧＦＲ１遺伝子の比率が２より大きい、請求項２６に記載の方法。
ＦＧＦＲ１遺伝子増幅が、蛍光インサイツハイブリダイゼーション、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション、ＤＮＡマイクロアレイ、スペクトル核型決定、定量ＰＣＲ、サザンブロット法、又は配列決定から選択される方法によって決定されている、請求項２３から２８の何れか一項に記載の方法。
がんの細胞の少なくとも一部にＦＧＦＲ１過剰発現がある、請求項１から２９の何れか一項に記載の方法。
ＦＧＦＲ１がＦＧＦＲ１ＩＩＩｃである、請求項３０に記載の方法。
がんの細胞の少なくとも一部にＦＧＦ２過剰発現がある、請求項１から３１の何れか一項に記載の方法。
がんの細胞の少なくとも一部にＦＧＦＲ３過剰発現がある、請求項１から３２の何れか一項に記載の方法。
ＦＧＦＲ３がＦＧＦＲ３ＩＩＩｃである、請求項３３に記載の方法。
がんの細胞の少なくとも一部が、ＤＫＫ３、ＦＧＦ１８、及びＥＴＶ４から選択される少なくとも１種、少なくとも２種、又は３種のマーカーを過剰発現する、請求項１から３４の何れか一項に記載の方法。
がんの細胞の少なくとも一部が、ＤＫＫ３及びＦＧＦ１８から選択される少なくとも１種又は２種のマーカーを過剰発現する、請求項１から３５の何れか一項に記載の方法。
がんの細胞の少なくとも一部が、ＥＴＶ４を過剰発現する、請求項１から３６の何れか一項に記載の方法。
がんにＦＧＦＲ１遺伝子増幅がない、請求項３０から３７の何れか一項に記載の方法。
過剰発現がタンパク質の過剰発現である、請求項３０から３８の何れか一項に記載の方法。
タンパク質の過剰発現が、免疫組織化学を使用して決定される、請求項３９に記載の方法。
過剰発現がｍＲＮＡの過剰発現である、請求項３０から３８の何れか一項に記載の方法。
ｍＲＮＡの過剰発現が、定量的ＲＴ−ＰＣＲを使用して決定される、請求項４１に記載の方法。
ＦＧＦＲ１ＥＣＤを投与することを含む、請求項１から４２の何れか一項に記載の方法。
ＦＧＦＲ１ＥＣＤが、配列番号：１から４から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項４３に記載の方法。
ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子を投与することを含む、請求項１から４２の何れか一項に記載の方法。
ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が、ＦＧＦＲ１ＥＣＤと融合パートナーを含み、該融合パートナーがＦｃである、請求項４５に記載の方法。
ＦＧＦＲ１ＥＣＤ融合分子が、配列番号：５及び配列番号：６から選択される配列を含む、請求項４６に記載の方法。