JP2016511831A - 生物学的実体等の少なくとも一つの対象物を観察するための方法、及び関連した撮像システム - Google Patents

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Abstract

少なくとも一つの対象物を観察するための本方法は、撮像システムを用いて適用される。それは、以下の工程:−光源で該対象物(単数又は複数)を照射する工程(110)、−照明方向に沿って対象物が照射される時、該対象物(単数又は複数)によって回折される波の像と一致する回折パターンを、マトリックス受光器を用いて取得する工程(120)、を含むものであって、生物学的実体等の該対象物(単数又は複数)が、該照明方向に沿って該光源と該マトリクス受光器との間に配置されている。該方法は、該照射工程(110)の前に、さらに、該対象物(単数又は複数)と接触する少なくとも一つのマーカーの添加(100)を含み、前記又はそれぞれのマーカーが、一致する対象物上に結合することが可能であって、前記対象物上の前記マーカーの前記結合は、前記対象物の吸収及び光学位相シフトの中から、少なくとも一つの特徴量を増加することが可能である。【選択図】図4

Description

本発明は、少なくとも一つの対象物、例えば、生物実体等を観察するための方法に関する。該発明は、撮像システムを用いて適用されるものであって、光源を用いた対象物の照射、マトリックス光検出器を用いた回折パターンの取得を含み、該回折パターンは、照明方向に沿って対象物が照射される時、該対象物(単数又は複数)によって回析された波長の像と一致する。該対象物(単数又は複数)は、照明方向に沿って、光源とマトリックス光検出器の間に配置される。
本発明は、照明方向に沿って、例えば生物実体等の少なくとも一つの対象物を照射することが可能な光源、該照明方向に沿って対象物が照射される時、該対象物(単数又は複数)によって回折される波の像と一致する、回折パターンを取得することを可能とするマトリックス光検出器、並びに、該照明方向に沿って該対象物と該マトリックス受光器との間に配置された、該対象物(単数又は複数)を受信するための支持体、を含む、撮像システムにも関する。
本発明は、例えば、対象物を含んだサンプルの像の再構築に適用されるものであって、とりわけ、生物学的実体、例えば、細胞、細菌又はさらなるウイルス等の対象物の光学的性質の再構築に適用される。生物学的粒子とも呼ばれるこれらの生物学的実体は、細胞に対しては10μmオーダー、細菌に対しては1μmオーダーのサイズを有する。サンプルは、例えば、支持体に含まれる液体溶液中に浸漬されるものであって、該支持体は、該源と該マトリックス受光器との間に配置されており、該支持体は、マトリックス受光器に面して配置された透明面を含んでいる。代替的に、該サンプルは、気層に触れた支持体上に配置される。
光学的性質によってとは、該対象物の吸光、又は、それぞれの対象物によって導入された光学位相シフトを特に意味するものであって、該光学位相シフトとは、位相遅れと呼ばれており、該対象物の複雑な不透過率関数の係数(modulus)及び引数(argument)をそれぞれ表すこれらのパラメータと理解される。本発明は、特に、これらのパラメータの空間的な分布の決定を許容する。
本発明は、接触撮像とも呼ばれる、レンズを用いない撮像に関するもの、つまり、サンプルとマトリックス受光器の間に配置される倍率光学系が無いので、マトリックス受光器によって、サンプルによって直接透過される放射線によって形成される像の取得に関するものである。マトリックス受光器は、この場合、レンズを有さない撮像デバイスとも呼ばれ、後者から短い距離にて配置される間に、サンプルの像を形成することができる。短い距離とは、100μmと数センチの間、好適には1cm未満を含む距離を意味する。
前述のタイプの方法は、the journal Optics Expressにて2011年に出版された、O. Mudanyali、W. Bishara 及び A. Ozcanの論文「Lensfree super−resolution holographic microscopy using wetting films on a chip」により知られている。当該論文は、生物学的粒子、特に、0.5μm未満の寸法を有する生物学的粒子、例えば、大腸菌、精子、栄養体ランブル鞭毛虫(lamblia giardia)又はさらに赤血球と呼ばれる赤血球等のレンズ無しの撮像について述べている。とりわけ、当該論文は、得られる像を改善するために濡れたフィルムの使用について述べている。濡れているフィルムは非常に薄く、生物学的粒子を含むサンプルの上に配置される。
しかしながら、マトリックス受光器によって得られた回折パターンの像は、何千の粒子を観察するための広い視野の像であって、それぞれから粒子を容易に識別することを許容しない。
本発明の目的は、それゆえ、得られる回折パターンの像を用いることによって、何千もの対象物を常に観察する一方で、サンプルのある対象物の観察を改善することを可能にする観察する方法及び撮像システムを提案することである。
この目的のために、本発明の目的は前述されたタイプの観察方法であって、該方法はさらに、照射する工程の前に、該対象物に接触する少なくとも一つのマーカーの添加を含み、該又はそれぞれのマーカーが、対応する対象物上に結合することが可能であって、該対象物上の該マーカーの該結合が、該対象物の吸収及び光学位相シフトの中から少なくとも一つの特徴量を増加することができるものである。
本発明の他の有利な側面によると、該観察方法は、個別に、又は全ての技術的に可能な組み合わせが取られる、1又は数個の以下の特徴を含む:
−該対象物上の該マーカーの結合は、少なくとも1%、好適には少なくとも10%該対象物の吸収を増加することが可能である;
−該対象物上の該マーカーの結合は、少なくともπ/10ラジアン該対象物の光学位相シフトを増加することが可能である;
−該又はそれぞれのマーカーは、着色剤、蛍光剤、金属粒子及び有機粒子からなる群から選択される;
−該又はそれぞれのマーカーは、前記又はそれぞれの対象物の対応する寸法、例えば直径等の半分未満、好適には該寸法の3分の1未満、より好適には、該寸法の10分の1未満の値の寸法、例えば直径等を有する;
−照明方向に沿った該対象物(単数又は複数)とマトリックス受光器との間の該距離は、10mm未満、好適には5mm未満である;
−該光源は、空間的に干渉性の光源である;
−該又はそれぞれの対象物は、1mm未満の値、好適には100nmと100μmの間に含まれる値の寸法、例えば直径等を有する;
−該方法は、取得する工程の後に、さらに、該マトリックス受光器によって測定される強度から、再構築アルゴリズムに従って、対象物(単数又は複数)の光学的性質の再構築を含むものであって、該再構築アルゴリズムが、照明方向に沿って該対象物(単数又は複数)と該マトリクス受光器との間の距離に依存するものである;及び
−該方法は、少なくとも一つのマーカーが付着される該対象物の係数工程をさらに含む。
本発明の目的もまた、前述のタイプの撮像システムであって、ここで、受信支持体は、さらに、対象物(単数又は複数)と接触する位置に配置される少なくとも一つのマーカーを含むものであって、該又はそれぞれのマーカーが、対応する対象物上に結合することが可能であり、該対象物上の該マーカーの結合が、該対象物の吸収及び光学位相シフトの中から、少なくとも一つの特徴量を増加することができるものである。
本発明の特徴及び利点は、非限定的な例として与えられたり、添付の図面に関して作られただけの、以下の説明を読むと明らかになるものであって、ここで、:
−図1は、本発明の撮像システムの透視図であり、 −図2は、図1の撮像システムの分解立体図であり、 −図3は、図1の撮像システムの略図であって、該撮像システムは、受信支持体上に配置された、サンプルを照射できる光源、及び、該照射されたサンプルによって透過された回折パターンを確立することができるマトリックス受光器を含むものであり、 −図4は、本発明の観察方法のフローチャートであり、 −図5は、現状技術の観察方法により得られたサンプルの回折パターンの像であり、 −図6は、本発明の観察方法により得られたサンプルの回折パターンの像であり、 −図7は、図5の枠内の領域VIIの拡大部であり、 −図8は、図6の枠内の領域VIIIの拡大部であり、 −図9は、現状技術の方法に従った再構築により得られたサンプルの像の、図5の枠内の領域VIIに対応する領域の拡大部であり、 −図10は、本発明の方法に従った再構築によって得られたサンプルの像の、図6の枠内の領域VIIIに対応する領域の拡大部であり、 −図11は、蛍光撮像システムを用いて得られた、サンプルの参照像の、図9及び図10の同じ領域に対する拡大部であり、 −図12は、本発明の方法に従った再構築によって得られたサンプルの像の図であって、該図は、図10で描写された拡大部に対する枠内の領域Xを含むものであり、そして、 −図13は、第二の代表的な実施態様に従った受信支持体の図であって、該支持体は、現状技術の観察方法に従って観察されるべき溶解された血液を含む第一のウェル、及び、本発明の観察方法に従って観察されるべき溶解された血液と磁気マイクロビーズとしてのマーカーを含んだ第二のウェルを含むものであり、 −図14は、現状技術の観察方法に従って得られた、図13の枠内の領域XIVの回折パターンの像であり、 −図15は、本発明の観察方法に従って得られた、図13の枠内の領域XVの回折パターンの像であり、 −図16は、顕微鏡を用いて得られた、図13の枠内の領域XIVの像であり、 −図17は、顕微鏡を用いて得られた、図13の枠内の領域XVの画像であり、 −図18は、顕微鏡を用いて得られた、図13の第二のウェルの異なった領域の連結された像のセットであり、 −図19は、本発明の観察方法に従って得られた、図13の第二のウェルの異なった領域の回折パターンの連結された像のセットであり、 −図20は、図18の矢印で示されたパターンの拡大部のセットであり、 −図21は、図19の矢印で示されたパターンの拡大部のセットであり、 −図22は、本発明の観察方法に従って得られた、図13の第二のウェルの像であり、 −図23は、参照像であり、 −図24は、図22と図23の像の間の自己相関由来の閾値によって得られた検出像であり、 −図25は、第三の代表的な実施態様の受信支持体の図であり、該支持体は、現状技術の観察方法に従って観察されるべきマクロファージを含んだ第一のウェル、及び、本発明の観察方法に従って観察されるべきマクロファージと磁気マイクロビーズとしてのマーカーを含む第二のウェルを含むものであり、 −図26は、顕微鏡を用いて得られた、図25の第一のウェルの異なった領域の像のセットであり、 −図27は、現状技術の観察方法に従って得られた、図25の第一のウェルの異なった領域の回折パターン像のセットであり、 −図28は、図27の像に相当する階調の曲線のセットであり、 −図29は、顕微鏡を用いて得られた、図25の第二のウェルの異なった領域の像のセットであり、 −図30は、本発明の観察方法に従って得られた、図25の第二のウェルの異なった領域の回折パターン像のセットであり、そして、 −図31は、図30の像に相当する階調の曲線のセットである。
慣習的に、本出願においては、表現「実質上〜と等しい(substantially equal to)」とは、プラスマイナス5%以内と等しい関係を表している。
図1において、サンプル22を観察するために意図された撮像システム20は、サンプル22を照射可能な光源24、及び、照明方向、例えば、実質的に垂直方向Zに沿って照射されたサンプル22により透過された回折パターンを確立することができるマトリックス受光器26とを含んでいる。
撮像システム20は、サンプル22を受信するための支持体28を含み、該支持体28は、照明方向Zに沿った光源24とマトリックス受光器26との間に配置されている。受信支持体28は、解析されるべきサンプル22を受信することを目的としている。
撮像システム20は、図3で示されるように、プロセッサー32と、サンプル22の光学的性質を再構築するためのソフトウエア36を保存することができるメモリ34とを含んだ、情報処理ユニット30も含むものであって、該光学的性質とは、マトリックス受光器26によって測定される強度Iから、再構築アルゴリズムに従って再構築されるものである。
撮像システム20は、図2に図示されるように、内部に、とりわけ、マトリックス受光器26及び情報処理ユニット30を備えた、保護ケーシング38を含んでる。
サンプル22は、対象物40、例えば、生物学的粒子とも呼ばれる、つまり、細胞(例えば、赤血球、白血球又は血小板)又は細胞、細菌若しくは細菌のコロニーの凝集塊、又は、さらなるウイルス等の生物学的存在等を含む。
サンプル22は、例えば、支持体28に含まれた液体培地中において浸漬されるものであって、該支持体28は、透明な表面42を含み、該対象物40は、例えば、該支持体の透明な表面42と接触している。あるいは、サンプル22は、空気と接触している支持体28の上に配置されており、該対象物40は、該支持体の透明な表面42上に配置されている。
光源24は、対象物40を含むサンプル22を照射するために、照明方向、例えば垂直方向Zに沿って光線44を放出することができる。照明方向は、サンプル22が光線44で照射される方向である。照明方向は、光源24から発する光線44に沿った方向である必要はなく、特に光線44が、光源24からサンプル22までの直線経路に従わない場合、光線44は、例えば、光源24とサンプル22との間を移動する間に、鏡によって反射される。
光源24は、照明方向Zに沿って受信支持体28から第一の距離D1に配置される。第一の距離D1は、好適には、1mmと30cmの間に含まれた値を有する。
光源24は、好適には、空間的に干渉性の源であり、例えば、LED(Light−Emitting Diode)とも呼ばれる、発光ダイオード46等の点光源、及び、有利には、LED46と接触して配置される絞り(diaphragm)48を含む。これは、光放射の空間的干渉性の増加を許容する。光源24がLED46を含む場合、第一の距離D1は、例えば、5cmと等しい。
あるいは、光源24は、空間的に及び時間干渉光源、例えば、レーザーダイオード(LD)又はさらにVCSEL(垂直共振器型面発光レーザー)型のレーザーダイオードである。レーザーダイオードは、例えば、実質的に670nmと等しい波長を有する。光源24がレーザーダイオードである時、第一の距離D1は、例えば、1cmに等しい。当該技術分野において技術を有する者であれば、光源24の位置に関わらず、光源24によって放出される波が平面波であることが与えられるので、第一の距離D1の値、つまり、光源24とサンプル22との間の距離の値は、回折パターン上の入射角(incidence)を有さないことに留意するであろう。
さらにあるいは、光源24は、発光ダイオード46からなり、絞りは含まない。発光ダイオード46は、空間的に干渉するように考慮さえるように、十分に減少された寸法を有しており、該発光ダイオードの直径は、この発光ダイオード46を受信支持体28から離れた第一の距離D1の10分の1未満である。
マトリックス受光器26は、サンプル22によって作られる回折パターンを確立することができるものであり、該又はそれぞれの回折パターンは、一つ又は数個の対象物40によって回折された波の像と一致するものであり、該像は、サンプル22の照射中に、マトリックス受光器26にて形成されるものである。具体的には、それぞれの回折パターンは、対象物によって回折される波の干渉によって形成される像を含む。マトリックス受光器26及び光源24は、照明方向Zに沿ってサンプル22のいずれか側に配置される。
マトリックス受光器26は、示されていない、複数の画素を含む。マトリックス受光器26のそれぞれの画素は、10μm若しくは4μmと同等又はそれ未満の寸法を有している。それぞれの画素は、例えば、正方形型であり、辺が、10μm若しくは4μmと同等又はそれ未満の値である。あるいは、それぞれの画素は、一辺が2.2μmの正方形型である。
マトリックス受光器26は、照明方向Zに沿って受信支持体28からの第二の距離D2に配置される。第二の距離D2は、100μmと数cm、好適には10mm未満、好適には5mm未満の間を含み、より好適には200μmと2mmの間を含む値を有する。記述された代表的な実施態様において、第二の距離D2は実質的に500μmと等しい。
マトリックス受光器26と受信支持体28との間の小さな値、つまり短い距離の第二の距離D2に対して与えている優先する事実は、サンプル22が照射されるとき、異なった対象物によって生じる異なる回折パターンの間の干渉現象の限定を許容する。
マトリックス受光器26は、2次元画像センサー、つまり、照明方向Zに対して垂直な平面である。マトリックス受光器26は、画素化された画像センサー、例えば、CMOS(相補的金属酸化物半導体素子)センサーである。あるいは、マトリックス受光器26は、CCD(電荷結合素子)センサーである。
マトリックス受光器26は、付加的に、ここでは示されない、マイクロレンズを含むものであって、それぞれのマイクロレンズは対応する画素上に配置される。このようなマイクロレンズは、該センサーに統合されている。それらは、収集効率を改善する可能性を与え、受信支持体28とマトリックス受光器26の間に配置された倍率光学系を形成しない。
マトリックス受光器26によって得られる像は、受信支持体28とマトリックス受光器26の間に配置される倍率光学系無しで、サンプル22によって直接透過された放射線によって形成される。マトリックス受光器26は、レンズ無し撮像デバイスとも呼ばれ、後者から短い距離に配置される間に、サンプル22の像を形成することができる。短い距離によってとは、前に示したように、数センチメートル未満の距離、好適には、1cm未満を意味し、第二の距離D2であれば、例えば、500μmと等しい。
受信支持体28は、サンプル22を支持する透明面42を含む。第一の距離D1はその時、照明方向Zに沿って光源24と透明面42の間の距離と一致する。第二の距離D2はその時、照明方向Zに沿ってマトリックス受光器26と透明面42の間の距離と一致する。
受信支持体28は、光源24とマトリックス受光器26の間に配置され、透明面42は、図3に記載されるように、光源24によって、サンプル22の照明方向に相当する照明方向Zと実質的に垂直である。
受信支持体28は、本発明において、対象物(単数又は複数)40と接触して配置される、少なくとも一つのマーカー50をさらに含み、該又はそれぞれのマーカー50は、相当する対象物40上に取り付けられることができ、該対象物40上の該マーカー50の結合は、該対象物40の吸収及び光学位相シフトの中から、少なくとも特徴量を増加することができる。
このように、一般的に、サンプル22は、与えられる方向に沿って照射され、マトリックス受光器26が、該方向に対して垂直に配置されている。
ソフトウエア36の再構築部分は、測定された強度Iから、構築アルゴリズムに従って、サンプル22の光学特性を再構築することができる。
それ自体知られている、再構築アルゴリズムの例は、以下の数式を満たす:
ここで、Iはマトリックス受光器26によって測定された強度を表し、
x、yは、垂直方向Zに対して平面に直交する座標を表し、*は、重畳積(the convolution product)を表し、
Zrは、再構築の高さを表し、
λは、光源24の波長を表し、jは虚数ユニット数(imaginary unit number)を表し、
aは、対象物40の複素不透過関数(complex opacity function)を表し、a*は、aの共役複素数(the conjugate complex)を表し、そして
hzは、以下の数式:
で定義される。
数式(1)は以下の数式:
から得られ、
ここで、Azは、透過率t(x,y)のフレネル変換である。
透過係数 t(x,y)は、その時、以下の方法:
で定義される。
強度Iは、その時、以下の方法:
で定義される。
以下の数式:
と一致するフレネル変換の二重特性は、
その時、再構築の数式(1)を得る可能性を与える。
再構築の高さZrは、マトリックス受光器と解析される対象物との間の距離に相当する。
代替物によれば、解析される対象物が、透明壁42と接触して配置されたとき、再構築の高さZrは、例えば、照明方向Zに沿って透明面42とマトリックス受光器26の間の第二の距離D2の値より厳密に小さい値を有する。再構築の高さZrは、好適には第二の距離D2の0.9倍未満、より好適には第二の距離D2の0.8倍未満である。
保護ケース38は、例えば、図1及び図2で記載されるように、筒型である。保護ケーシング38は、垂直方向Zに沿った高さH、及び、垂直方向Zに垂直の半径方向に沿った半径Rを有する。ケーシング38の高さH及び半径Rは、例えば、センチメートルの寸法である。
対象物40は、1mm未満のサイズ、好適には100nmと100μmの間を含むサイズを有する。対象物40のサイズは、与えられた方向に沿った最も大きい寸法に相当する。対象物40が球形であるとき、対象物40のサイズは、球形の相当する直径と等しい。細菌は、1μmオーダーの直径を有し、細胞は10μmオーダーの直径を有する。
対象物40のサイズは、一般的には、光源24によって発せられるビーム44の波長λの0.1倍と25倍の間が含まれる。図5〜12の例において、ビーム44の波長λは、555nmと等しく、対象物40のサイズは10μmオーダー、つまり波長λの約20倍と等しい。
対象物40は、例えば、前に記載したような、細菌若しくは他の微生物、又はさらに細胞等の生物学的実体である。細胞は、例えば、血液細胞、つまり、赤血球、白血球、若しくは生物学的液体中に存在する他の細胞である。
透明面42は、例えば、照明方向Zに沿って170μmと実質的に等しい厚さを有する透明なスライドの形状を有する。
光線44は、光源24と受信支持体の間に配置される倍率光学系が無くても、サンプル22を直接照射することができる。
発光ダイオード46は、例えば、1nmと40nmの間を含む帯域幅、好適には5nmと等しい帯域幅の単色である。発光ダイオード46は、例えば、500nmと600nmの間を含む放出波長、及び、1ワットオーダーの電力を有する。
絞り48は、50μmと500μmの間の直径を有し、LED源46と接触して配置される。
それぞれのマーカー50は、着色剤、蛍光剤、金属粒子及び有機粒子からなる群から選択される。
マーカー50が蛍光剤の時、これは、例えば、DAPIとも呼ばれる、4’6−ジアミジノ−2−フェニルインドールである。
マーカー50が、金属粒子、つまり、金属タイプの無機粒子である時、これらは、例えば、金粒子、プラチナ粒子又はさらに磁気ビーズである。磁気ビーズは、例えば、磁気ナノ粒子であって、とりわけ、これらは、問合せ番号130−045−081の下、ミルテニバイオテック社により市販されている。
最後に、マーカーが有機粒子である時、これらは、例えば、ポリマー粒子、ミセル、ナノエマルジョンタイプの脂質粒子、又はさらに造影剤を封入したリポソームである。造影剤は、例えば、蛍光体、着色剤、ナノ結晶(量子ドット)とも呼ばれる半導体ナノメートル粒子(semi−conducting nanometric particle)、又はさらなる金属錯体である。
相当する対象物40上のマーカー50の結合は、とりわけ、マーカー50が着色剤又は蛍光剤であるとき、少なくとも1%、好適には少なくとも10%、該対象物40の吸収を増加することができる。
相当する対象物40上のマーカー50の結合は、とりわけ、マーカー50が金属粒子又は有機粒子であるとき、該対象物の位相シフト、つまり、位相遅れを、少なくともπ/10 ラジアン増加することができる。
それぞれのマーカー50は、相当する対象物40のサイズの半分未満、好適には該サイズの3分の1未満、さらに好適には、該サイズの10分の1未満のサイズの値を有する。それぞれのマーカー50のサイズは、与えられた方向に沿った最も大きい寸法に相当する。マーカー50が球状であるとき、マーカー50のサイズは、相当する球体の直径に等しい。
それぞれのマーカー50は、相当する対象物40に結合されることができるように機能化されている。換言すると、マーカー50は、標識されるべき対象物40と特異的親和性を有する。これは、例えば、化学的親和性、電気的親和性又はさらに形状親和性である。
マーカー50の機能化は、周囲の媒体(液体、他の対象物)に比較して対象物40の回折力を特異的に補強する可能性、つまり、少なくとも該対象物の吸収及び光学位相シフトの中から特徴量を増加する可能性を与える。マーカー50は、そのとき、回折マーカーと呼ばれる。実際に、マーカー50の機能化は、周囲の媒体に関し、対象物40の表面において、後者の強力な集中を得る可能性を与える。
マーカー50の機能化は、例えば、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、タンパク質(例えば、抗体)、又はさらにDNA若しくはRNAフラグメント等の標的剤と融合することによって得られる。標的剤は、例えば、対象物40の分子と複合体化又はハイブリダイゼーション化によって相互作用してもよい。マーカー50に標的剤を融合させることは、標識されるべき対象物40と化学的親和性を確立する可能性を与える。
あるいは、マーカー50は、静電気力を介して対象物40に対して結合できる粒子である。標識されるべき対象物40に対する静電気力を有したこれらの粒子は、例えば、問合せ番号1016440001又は1016440005にてメルク ミリポア社より販売されている、マグプレップ(登録商標)シリカ MS粒子である。
あるいは、マーカー50は、標識されるべき対象物40の該一部と形状親和性を確立するために、少なくとも対象物40の一部を接合する形状とみなすことができる特異的分子インプリントを有する材料である。
対象物40が、抗原CD45を有する白血球であるとき、マーカー50は、例えば、抗原CD45の特異的抗体が結合されたフルオレセインイソチオシアネートの粒子であって、該フルオレセインイソチオシアネートは蛍光体である。これらの抗原CD45の特異的抗体と結合されたフルオレセインイソチオシアネート粒子は、例えば、問合せ番号555482にてベクトン ディッキンソン(BD)社によって、又は、問合せ番号130−098−043にてミルテニバイオテック社によって、又はさらには問合せ番号MCA87Fにてバイオ−ラッドグループのAbD セロテック社によって市販されている。あるいは、対象物40が抗原CD45を有する白血球であるとき、マーカー50は、例えば、問合せ番号130−045−801にてミルテニバイオテック社によって市販された磁気ナノ粒子である。さらにあるいは、対象物40が抗原CD45を有する白血球のとき、マーカー50は、例えば、問合せ番号Q22154にてインビトロジェン社によって市販される、蛍光マイクロ粒子Q655である。
対象物40が抗原CD61を有する血小板であるとき、マーカー50は、例えば、問合せ番号555753にてベクトン ディッキンソン(BD)社より、又は問合せ番号ab78447にてアバカム社により市販されるような、抗原CD61の特異的抗体に結合されたフルオレセインイソチオシアネート粒子である。あるいは、対象物40が抗原CD61を有する血小板であるとき、マーカー50は、例えば、ファンレンス130−051−101にてミリテニバイオテック社によって市販された、ナノ粒子である。
本発明の再構築の方法は、図4の手段によってこれから記載される。
最初の工程100の間、マーカー(単数又は複数)50は、サンプル22へと添加され、該又はそれぞれのマーカー50は、前に述べたように、それぞれのマーカー50と相当する対象物40との間の親和性により、相当する対象物40に対して結合することが可能である。
続く工程110の間、サンプル22は、光源22を用いて照射され、光線44が、サンプル22を照射するとき、光線44は照明方向Zに沿って向けられている。
照射されたサンプル22によって透過された放射線の強度Iは、そのとき、工程120の間に、マトリックス受光器26によって測定される。さらに具体的には、マトリクス受光器26は、照射されたサンプル22によって透過された回折パターンの強度Iを測定するものであって、それぞれの回折パターンは、サンプル22を照らすとき、対象物40によって回折される波に相当するものであって、ある対象物40は、さらに1又は数個の対応するマーカー50を伴っている。回折された波は、入射波に干渉する。
対象物40の、光学的性質、特に吸収と位相シフトとも呼ばれる位相遅れは、工程130の間、前に記載された再構築アルゴリズムに従って、測定された強度Iより、再構築手段36を用いて、最終的には再構築される。位相遅れは、複素不透過関数(complex opacity function)aの引数と一致し、吸収は、前に定義した複素不透過関数aの係数(modulus)と一致する。一般的に、再構築像は、吸収又は位相遅れの空間的分布を表す。
図5から12の例において、発光ダイオード46は、555nmに等しい放射波長及び1.7Wに等しい電力を有する。第一の距離D1は、実質的に5cmに等しく、第二の距離D2は、実質的に500μmと等しい。
図5から12の例において、対象物40は、1%の抗生物質、つまりペニシリンとストレプトマイシン(ギブコ社より市販)、及び10%の新生子牛血清(パン バイオテック社より市販)を含むDMEM(ダルベッコ変法イーグル培地)とも呼ばれる変法イーグル培地を基礎とした完全培地にて培養された、線維芽細胞、つまり、問合せ番号ATCC CRL 1648のNIH3T3である。60,000個のNIH3T3細胞は、このように、透明なスライド、例えば、サイト チップス社によって市販されたスライド等の上に付着されており、該スライドはそのとき、37℃にて3時間インキュベーターに置かれる。
図6、8、10及び12の例において、線維芽細胞NIH3T3は、さらに、例えば、問合せ番号P36931にてインビトロジェン社によって市販される、4’6−ジアミジノ−2−フェニルインドール(DAPI)を含む溶液によって標識される。換言すると、図6、8、10及び12の実施態様において、マーカーは、4’6−ジアミジノ−2−フェニルインドール(DAPI)分子である。
図5は、DAPIを含む溶液を添加する前の、細胞40に相当する回折パターンの像200を表し、つまり、現状技術の観察方法により得られたものであり、図7は図5の枠内の領域VIIの拡大部210であり、図9は図5の枠内の領域VIIに相当する領域に対するものであって、ソフトウエア36及び続く前述の数式(1)〜(8)を用いて、像200から再構築されて得られた像の、拡大部220である。
図6は、DAPIを含む溶液を添加後の、細胞40に対する回折パターン230を表し、つまり、本発明の観察方法に従って得られたものであり、図8は図6の枠内の領域VIIIの拡大部240であり、図10は、図6の枠内の領域VIIIに相当する領域に対するものであって、再構築ソフトウエア36及び続く前述の数式(1)〜(8)を用いて、像230から再構築されて得られた像260の、拡大部250である。図10は、図12の枠内の領域Xの拡大部であり、図12は像230から再構築することで得られた像260を表している。
換言すると、図5、7及び9は、細胞40に接触するマーカーを添加する前に、つまり、現状技術の方法で得られたものであり、図6、8、10及び12は、細胞40に接触するマーカーを添加後、つまり、本発明の観察方法に従って、作製されたものである。
図7及び図8の比較は、本発明の方法に従って標識した後に作製された回折パターンが、現状技術の方法に従って標識する前に作製された回折パターンよりも輪郭が明瞭になることを明確に示す。
本発明の方法に従って作製された回折パターンが、細胞40の核の局在、計数、及び測定できること可能性を明確に与える。
図11は、蛍光撮像システムを用いて得られた、図9及び図10の拡大部と同じ領域であって、サンプル22の参照像の、拡大部270である。
図10と図11の比較は、本発明の方法に従って得られた回折パターンから再構築された像260が、蛍光イメージングによって得られた参照像の正確な写真であることを示す。反対に、図9と図11の比較は、現状技術の方法に従って得られた回折パターンから再構築された像が、細胞の密度が高い時には、役立たないことを示す。
図6、8、10及び12の例において、本発明の方法に従ったDAPIを含む溶液の添加は、細胞40の吸収の増加の可能性を与え、細胞40の標識化が、細胞40の核に役立ち、特異的になりうる回折パターンの観察を許容する。
本発明の観察方法及び撮像システム20は、回折パターンの像を用いて何千もの対象物40を常に観察する一方、サンプル22のある対象物40の観察を改善する可能性を与えることが考えうる。
一方では図13〜24に関連し、他方では図25〜31に関連して実質的に記載される両方の代表的な実施態様は、対象物40、とりわけリンパ球上に選択的に融合されるマイクロビーズのような回折マーカー50の添加が、レンズ無し撮像によるこれら対象物40の選択的観察を許容することを示す。
マイクロビーズのような回折マーカー50は、異なる対象物40の間の計数又は比率を評価するためのタイプの適用のための、レンズ無し撮像の適用の可能性を与える。適用は、例えば、HIV、結核又はマラリア等の病理の診断に関する。
第二の代表的な実施態様は、図13〜24に関連して記載されている。この第二の代表的な実施態様によれば、観察されたサンプル22は、チューブで調整されている新鮮な血液及び、例えば、直径約4.5μmを有する磁気マイクロビーズ等のマーカー50を含む。
100μLの血液が採取され、それは赤血球を溶血するために、qspの超純水(H2O UP)にて+4℃、10分間インキュベートされる。続いて、チューブは5分間、500Gにて遠心分離され、上清が取り除かれ(後者は赤血球の残骸を実質的に含む)、そして、その沈殿物は、PBS(リン酸緩衝塩類溶液)とも記述される塩類リン酸緩衝液(saline phosphate buffer)1.5mL中に再び取り込まれる。この操作は、一度繰り返される。
次に、CD45は白血球の共通表面マーカーであるので、モノクローナルマウス抗CD45(IgG2a)抗体により機能化された約4.5μmの直径を有する磁気ビーズのような回折マーカー50を50μLと、前述の沈殿由来の溶血された血液細胞450μLとを含む、チューブが準備される。
回折50とともにインキュベートされていない溶血された血液はコントロールとして使用され、10μLが、インビトロジェンTM、例えば、ライフテクノロジー社の問合せ番号カウンテス(登録商標)セルカウンティングチャンバースライドにて市販される、図13にて表される、受信支持体28の第一のウェル300中に加えられる。
弱い攪拌にて室温で30分インキュベートした後、10μLの量が回収され、顕微鏡及びレンズを有さない撮像をもって観察のために、図13で示される、受信支持体28のウェル302中に加えられる。
図13は、インビトロジェンTMスライドの形態において、受信支持体28のレンズ無しの撮像により取得したものを示す。受信支持体28は、それゆえ、第一のウェル300中に10μLの溶血された血液を含む溶液を含み、第二のウェル302においては、溶血した血液であるが、磁気マイクロビーズ ダイナビーズ(登録商標)CD45等の回折マーカー50を用いた白血球を標識後の、同じ溶液を含む。
像は、アプティナ イメージングTMにより市販されているセンサーMT9J003等のマトリックス受光器26、及び534nm±42nmでフィルターされたLED照明等の光源24を含み、レンズ20を有さない、撮像システムを用いて得られる。スライド等の受信支持体28は、ニューポートコーポレーション社によって市販さている、2つのステージのM.ILS−100PPを用いて走査され、基本像は、スライドのそれぞれの部位において得られる。同一スライド上で得られる基本像は、最終像を形成するために並列される。図14及び図15にて描かれている例は、45の基本像のモザイクを形成することで得られる。
図14及び図15は、レンズ無しイメージングによって得られた図13の枠内の領域XIV及びXVの詳細を示す。前に示した様に、図14及び図15はそれぞれ、回折マーカーを用いない、及び、ダイナビーズ(登録商標)CD45マイクロビーズ等の機能化された磁気マイクロビーズ等の回折マーカー50を用いた、溶血された血液領域を示す。
図16及び図17は、それぞれ、50と等しい倍率の対物レンズを使用した透過顕微鏡を用いて、それぞれ、第一のウェル300及び第二のウェル302において得られる像を示す。赤血球の多くの残骸が観察される。これらの図の観察の視野は、レンズ無し撮像によって得られる図の観察視野よりも小さい。
第一のウェル300において(図14)、現状技術の観察方法を用いて、レンズ無し撮像によって得られる取得物を用いて、対象物40、とりわけリンパ球を区別することは不可能であり、後者は、サンプル22において広く少数である(1000に対して1)。サンプル22にて提示される異なる粒子は、それぞれに対して過剰に混雑している。それゆえ、回折スポットは混ぜ合わせる。顕微鏡下で得られた図16は、赤血球の残骸の観察を確認する。
第二のウェル302(図15)において、本発明に従って、機能化された磁気マイクロビーズのような回折マーカー50を含むと、レンズ無しの撮像によって得られた像は、像の背景から区別される回折パターンを示し、回折マーカーを有さない現状技術の方法に従って得られた像(図14)では回折パターンは示されない。これらの回折パターンは、図15中の矢印F1によって位置が示されている。顕微鏡下で得られた図17は、機能化された磁気マイクロビーズで標識されたリンパ球の周りでマイクロビーズの凝集(矢印F2)が形成されることを確認するものであり、これは、残骸、マイクロビーズ及び他の粒子からそれらを区別されることを許容している。
レンズ無し撮像(図19)と透過顕微鏡(図18)によって得られる取得の照合は、レンズ無し撮像によって検出される回折パターンが、磁気マイクロビーズで標識されたリンパ球と実質的に一致することを示す。図18及び図19において、像の中心のスポット(点)は、インクスポットに相当し、参照ポイントとして使用されている。
図18の透過顕微鏡によって得られた取得物上の矢印F3によって示された全てのパターンは、図20にて詳述されており、図19のレンズ無し撮像によって得られた取得物上の矢印F4によって示された全てのパターンは、図21にて詳述される。
図19の矢印F4によって示されたパターンは、図18及び図20で可視化されるように、50と等しい倍率を有する対物レンズを用いて、透過顕微鏡によって得られた参照像で確認されるように、磁気マイクロビーズのような回折マーカー50で標識されたリンパ球と実際に一致する。マイクロビーズのような回折マーカー50で標識されたリンパ球に一致するレンズ無しの撮像によって記録された回折パターンは、多くの粒子の周辺に存在するにも関わらず、強いコントラストを有する。
手作業でこれらの回折パターンを検出することは可能であり、標識された粒子の存在を明らかにする。自動検出のために、それ自体知られている像処理方法が適用され、この方法は、像の参照パターンに対して、階調閾値を与えること、又は調査することを含んでいる。後者においては、比較が、事前に確立された、レンズ無し撮像デバイスによって得られる像(図22)と参照パターン(図23)との間で比較がなされ、後者は回折パターンの代表として考慮される。
図22において示されている該取得像、I1と、図23において示されている参照像I2のと間の標準化された自己相関がその後実施される。これは、自己相関の結果から実施される閾値付与の実施後に、図24において示される、相関像、I3を得る可能性を与える。この最後の像において、検出像におけるそれぞれの強度ピークは、回折パターンの中心の位置と一致する。
もし、I1(x、y)とI2(i、j)がそれぞれ、観察される像と基本の参照回折パターンを示す場合、好適には標準化された、自己相関関数の適用は、
のような相関像I3(x、y)を導く。
図22〜図24の例において、標準化された自己相関関数による検出方法は、マイクロビーズのような回折マーカー50で標識された約230のリンパ球の検出を引き起こす。
このように、この第二の代表的な実施態様は、リンパ球上に磁気マイクロビーズを融合することにより、回折マーカーを適用することが、レンズ無し撮像によって、複雑で不均質の溶血した血液溶液10μL中における、リンパ球の効率的な検出を許容することを示す。
磁気マイクロビーズのような回折マーカー50を用いた対象物40の標識化は、標識化された対象物40の計数を実施する可能性を与えるものと解される。
第三の代表的な実施態様は、図25〜図31に関して記載される。この第三の代表的な実施態様に従って、観察されたサンプル22は、マウスのマクロファージを含み、マーカー50もまた磁気マイクロビーズの形態であって、約4.5μmの直径を有している。
系統J774A.1由来のマクロファージのような、マウスのマクロファージは、制御された雰囲気を有し、95%に等しい湿度水準及び5%の二酸化炭素を有するインキュベーター中において、維持培養される。コンフルエントになったとき、つまり、マクロファージが培養支持体を覆ったとき、マクロファージは、こすり落とすことで該支持体から回収される。約250,000のマクロファージ細胞が、塩類リン酸緩衝液PBSを含む1.5mLチューブに沈殿する。
該細胞は、ライフテクノロジー社によって市販されるダイナビーズ(登録商標)CD45マイクロビーズ(インビトロジェンTM 111.53D)等の機能化された磁気マイクロビーズのような回折マーカー50の1/10の存在下において、弱い攪拌を行いながら30分間インキュベートされる。
インキュベート後、PBS中にて1/100希釈が実施される。10μLの量がその時、顕微鏡下で、レンズ無し撮像にて観察するために、例えば、例えばライフテクノロジーズ社より問合せ番号カウンテス(登録商標)細胞カウンティングチャンバースライドで市販される、インビトロジェンTMスライド等の、図25に示される、受信支持体28の第二のウェル302に加えられる。希釈は、観察されるべき細胞の数を減少することを許容する。回折マーカーを伴う非インキュベートされたマクロファージの溶液は、コントロールとして使用され、10μLは、図25で示される、受信支持体28の第一のウェル300に加えられる。
図25は、スライドのような受信支持体28のレンズ無し撮像による取得像を示す。受信支持体28はそれゆえ、第一のウェル300中に、10μLの溶液はマクロファージを含んでおり、第二のウェル302中には、磁気マイクロビーズ ダイナビーズ(登録商標)CD45等の回折マーカー50でマクロファージを標識した後の、10μLのマクロファージの同様の溶液を含んでいる。
像は、アプティナ イメージングTM社のMT9J003等のマトリックス受光器26、及び610nm±20nmでフィルターされたLED照明のような光源24を含むレンズ無し撮像システム20を用いることで得られる。スライドのような受信支持体28は、ニューポートコーポレーション社の2つのM.ILS−100PPステージを用いて走査され、基本像は該スライドのそれぞれの位置で取得される。
図27及びそれぞれの30は、現状技術の方法を用いて標識すること無く、観察されたマクロファージを示しており、それぞれは、磁気マイクロビーズ、ダイナビーズCD45のような回折マーカー50の標識化を用いた本発明に従って、これらの回折像はレンズ無し撮像によって取得される。
図26及び図29は、50と等しい倍率を有する対物レンズを用いた透過顕微鏡を用いて、第一のウェル300及び第二のウェル302のそれぞれを観察することによって取得される。これらの図26及び図29は、第一のウェル300のマクロファージが実質的には回折マーカーを有さず、一方で、第二のウェル302のマクロファージが、細胞表面に磁気マイクロビーズ等のいくつかの回折マーカー50を含んでいることを示す。
図27と図30の比較によって、回折パターンは、観察された対象物40が標識されている(図30)又は標識されていない(図27)かどうかに依存して異なることが観察される。この違いは、例えば、図28で示される、マーカーを有さない第一のウェル300の場合、及び、図31における、磁気マイクロビーズのような回折マーカー50を有する第二のウェル302の場合に、回折パターンの特性が観察される。図28及び図31における回折パターンの特性は、縦座標において階調で表現された強度I 対、 横座標にてμmとして表現された距離Xを用いて、曲線として毎回表現される。
回折パターンの特性における中心のピークは、回折マーカー50で標識された対象物40が観察されたときに、例えば、より強力である。それゆえ、回折マーカー50で標識された対象物40を非標識対象物40から区別するために、中心の階調の閾値、例えば、図28及び図31の例の中の130の値を適用することが可能である。

Claims (11)

  1. 少なくとも一つの対象物(40)を観察するための方法であって、該方法は、撮像システム(20)を用いて適用されるものであって、以下の工程:
    −光源(24)を用いて該対象物(単数又は複数)(40)を照射する工程(110)、
    −マトリックス受光器(26)を用いて回折パターンを取得する工程(120)、を含む方法であって、
    該回折パターンが、該対象物が照明方向(Z)に沿って照射される時に、該対象物(単数又は複数)(40)によって回折される波の像と一致し、
    該対象物(単数又は複数)(40)、例えば生物学的実体等が、該照明方向(Z)に沿って該光源(24)と該マトリックス受光器(26)の間に配置されているものであって、
    該方法が、該照射工程(110)の前に、さらに、
    −該対象物(単数又は複数)(40)と接触する少なくとも一つのマーカー(50)の添加(100)を含むことを特徴とするものであって、前記又はそれぞれのマーカー(50)が、対応する対象物(40)上に結合することができるものであり、前記対象物(40)上の前記マーカー(50)の結合が、前記対象物の吸収及び光学位相シフトの中から、少なくとも一つの特徴量を増加することができる、方法。
  2. 前記対象物(40)上の前記マーカー(50)の結合が、少なくとも1%、好適には、少なくとも10%、前記対象物の吸収を増加することができる、請求項1に記載の方法。
  3. 前記対象物(40)上の前記マーカー(50)の結合が、少なくともπ/10ラジアン前記対象物の光学位相シフトを増加することができる、請求項1又は2に記載の方法。
  4. 前記又はそれぞれのマーカー(50)が、着色剤、蛍光剤、金属粒子及び有機粒子からなる群から選択される、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
  5. 前記又はそれぞれのマーカー(50)が、前記又はそれぞれの対象物(40)の対応する寸法、例えば直径の半分未満の値、好適には前記寸法の1/3未満、より好適には前記寸法の1/10未満の値の寸法、例えば直径を有する、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
  6. 該照明方法(Z)に沿った該対象物(単数又は複数)(40)と該マトリクス受光器(26)の間の距離(D2)が、10mm未満、好適には5mm未満である、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
  7. 該光源(24)が、空間的な干渉性の光源である、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
  8. 前記又はそれぞれの対象物(40)が、1mm未満の値、好適には100nmと100μmの間に含まれる値の寸法、例えば直径を有する、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
  9. 該方法が、取得工程(120)の後、該マトリックス受光器(26)によって計測される強度(I)から、再構築アルゴリズムに従って対象物(単数又は複数)(40)の光学的特性の再構築(130)工程をさらに含むものであって、該再構築アルゴリズムが、該照明方向(Z)に沿って該対象物(単数又は複数)と該マトリックス受光器(26)の間の距離(D2)に依存する、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
  10. 該方法は、少なくとも一つのマーカー(50)が結合される該対象物(40)を計数する工程をさらに含む、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
  11. −少なくとも一つの対象物(40)を照射することができる光源(24)と、
    −照明方向(Z)に沿って対象物が照射される時に該対象物(単数又は複数)(40)によって回折される波の像と一致する回折パターンを取得することができるマトリックス受光器(26)と、
    −該照明方向(Z)に沿って、該光源(40)と該マトリックス受光器(26)との間に配置され、生物学的実体等の該対象物(単数又は複数)を受信するための支持体(28)と、を含む撮像システム(20)であって、
    該受信支持体(28)が、さらに、該対象物(単数又は複数)(40)と接触して配置される少なくとも一つのマーカー(50)を含むことを特徴づけられるものであって、前記又はそれぞれのマーカー(50)が、対応する対象物(40)上に結合することが可能であって、前記対象物(40)上の前記マーカーの結合が、前記対象物の吸収及び光学位相シフトの中から少なくとも一つの特徴的量を増加することを可能とする、撮像システム(20)。
JP2015559513A 2013-02-28 2014-02-28 生物学的実体等の少なくとも一つの対象物を観察するための方法、及び関連した撮像システム Pending JP2016511831A (ja)

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