JP2016503301A - 侵攻性前立腺癌の存在または不存在を判定する方法 - Google Patents
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Abstract
Description
1.前記個体からの少なくとも1つの生物学的サンプルを用意し;
2.前記生物学的サンプルにおいて、
a.PCaバイオマーカーのカテゴリーを、該PCaバイオマーカーカテゴリーの複数のPCa関連バイオマーカーのそれぞれの存在または濃度を測定することにより解析し;
b.PCaに関連するSNP(SNPpc)のカテゴリーを、該SNPpcカテゴリーの複数のSNPpcのそれぞれの存在または不存在を測定することにより解析し;
3.前記PCaバイオマーカーカテゴリーに関するデータを組み合わせて、PCaバイオマーカー関連のPCa発症リスクを表すバイオマーカー複合値を形成し;
4.前記SNPpcカテゴリーに関するデータを組み合わせて、SNPpc関連のPCa発症リスクを表すSNPpc複合値を形成し、ここで、本方法は、SNPpc複合値の形成の際、SNPpcカテゴリーのSNPpcの少なくとも5%のサブセットの無視を許容し;
5.バイオマーカー複合値およびSNPpc複合値を組み合わせて、総複合値を形成し;
6.前記総複合値を、わかっている侵攻性PCaおよび良性疾患診断のコントロールサンプルを用いて確立された、予め定められたカットオフ値と比較することにより、前記個体における侵攻性PCaの存在または不存在に関連付ける。
- 前記リガンドの第1のカテゴリーは、PCaバイオマーカーに特異的に結合し、複数のPCaバイオマーカー、好ましくはPSA、iPSA、tPSA、fPSA、hK2、および場合によりMSMBおよび/またはMIC−1の少なくとも1つ、のそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含み;
- 前記リガンドの第2のカテゴリーは、SNPpcに特異的に結合し、複数の異なるSNPpc、例えばrs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, または rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 および rs138213197の少なくとも1つ、のそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含む、
アッセイ装置を提供する。
- 前記検出分子の第1のカテゴリーは、PCaバイオマーカー、好ましくはPSA、iPSA、tPSA、fPSAおよびhK2の少なくとも1つ、および場合によりMSMBおよび/またはMIC−1を検出することができ;
- 前記検出分子の第2のカテゴリーは、SNPpc、例えばrs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, または rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 および rs138213197の少なくとも1つを検出することができる、
試験キットが提供される。
- 前記リガンドの第1のカテゴリーは、PCaバイオマーカーに特異的に結合し、PSA、iPSA、tPSA、fPSAおよびhK2の少なくとも1つ、および場合によりMSMBおよび/またはMIC−1から選択される複数の異なるPCaバイオマーカーのそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含み;
- 前記リガンドの第2のカテゴリーは、SNPpcに特異的に結合し、rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, または rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 および rs138213197の少なくとも1つから選択される複数の異なるSNPpcのそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含む、
アッセイ装置を提供する。
用語「PSA」は、血清前立腺特異抗原全般をさす。PSAはさまざまな形態で存在し、用語「遊離PSA」は、別の分子に未結合または別の分子に結合していないPSAをさし、用語「結合PSA」は、別の分子に結合または別の分子と複合体形成しているPSAをさし、用語「総PSA」は、遊離PSAおよび結合(複合体化)PSAの総体をさす。用語「F/T PSA」は、未結合のPSAと総PSAとの比である。PSAの分子誘導体も存在し、用語「プロPSA」は、PSAの前駆不活性形態をさし、「インタクトPSA」は、インタクトおよび不活性で見られるプロPSAのさらなる形態をさす。
・体重、BMI、年齢などの患者身体データ(カテゴリー PPD)を収集すること。
・前記患者からいくつかの生物学的サンプルを入手すること。
・前記生物学的サンプルにおいて、複数の定められたバイオマーカー(カテゴリー バイオマーカー)の存在または濃度を測定または定量し、次いで、該バイオマーカーに関するデータを組み合わせてバイオマーカー複合値を形成すること。
・前記生物学的サンプルにおいて、PCaに関連する複数の定められたSNP(SNPpc)の存在または不存在を測定または定量することにより、PCaに関連する複数の定められたSNPに関する前記患者の遺伝状態(カテゴリー SNPpc)を測定または定量し、次いで、PCaに関連するSNPに関して得られたデータを組み合わせてSNPpc複合値を形成すること。
・前記生物学的サンプルにおいて、バイオマーカー発現レベルまたはバイオマーカー濃度に関連する複数の定められたSNP(SNPbm)の存在または不存在を測定または定量することにより、バイオマーカー発現レベルまたはバイオマーカー濃度に関連する複数の定められたSNPに関する前記患者の遺伝状態(カテゴリー SNPbm)を測定または定量し、SNPbm複合値を形成すること。
・前記生物学的サンプルにおいて、肥満度指数(BMI)に関連する複数の定められたSNP(SNPbmi)の存在または不存在を測定または定量することにより、BMIに関連する複数の定められたSNPに関する前記患者の遺伝状態(カテゴリー SNPbmi)を測定または定量し、SNPbmi複合値を形成すること。
・前記カテゴリーの少なくとも2つからのデータを組み合わせて、早期侵攻性前立腺癌の発見に使用するための総複合値を形成すること。
・前記総複合値を、単独で、またはさらなるデータと組み合わせて用いることにより、患者がaPCaに罹患する可能性があるかを決定すること。
P=(Prot1+2*Prot2)/3 [Prot1およびProt2両方のデータ(すなわちProt1値およびProt2値の両方)が利用可能である場合]
P’=Prot1 [Prot1のデータ(すなわちProt1値)のみ利用可能である場合]
P”=Prot2 [Prot2のデータ(すなわちProt2値)のみ利用可能である場合]
したがって、この仮定ケースにおいて、該試験において(a)Prot1およびProt2が同じスケールを有すること、および(b)個体が状態Cを有するかを評価するためにProt2の値がProt1の2倍重要であることがわかった。1つのタンパク質バイオマーカーのデータしか利用可能でない場合は、それ自体を、タンパク質バイオマーカーカテゴリーを代表するものとして用いることができる。遺伝カテゴリーのメンバーに関するオッズ比が予め決定されており、それは次のとおりであった:Snp1=1.1;Snp2=1.2;およびSnp3=1.3。遺伝カテゴリーの複合値が、上記遺伝スコアとして計算される。次いで、タンパク質バイオマーカー複合値および遺伝スコア(このケースでは遺伝カテゴリー複合値またはSNP複合値に等しい)を、下記の予め定められた式にしたがって組み合わせて、総複合値とする:
Y=P+10*score
[式中、Yは状態Cを有するリスクに関連付けられ、Pはタンパク質バイオマーカー複合値であり(Pは、前記のとおり、P’またはP”で置き換えうる)、scoreは遺伝スコアである。]
大きな個体群(本仮定ケースでは100+100個体)に基づいてすべての式を計算する必要があり、そこでYと調査対象疾患または状態との関連が導かれる。本仮定ケースでは、Y>5の場合に個体が状態Cを有するリスクが高く、Y>10の場合にそのリスクは非常に高いと推測される。
Prot1=3ng/ml
Prot2=6ng/ml
Snp1=同型接合陰性、すなわちリスク対立遺伝子なし=0
Snp2=異型接合陽性、すなわち1個のリスク対立遺伝子=1
Snp3=同型接合陽性、すなわち2個のリスク対立遺伝子=2
この場合、タンパク質バイオマーカーカテゴリーの複合値は、P=(3+2*6)/3=5となりうる。遺伝カテゴリーの複合値(遺伝スコアとも称される)は、score=(0*log(1.1)+1*log(1.2)+2*log(1.3))/3=0.2357となる。総複合値は、Y=5+10*0.2357=7.357となる。したがって、個体Aが状態Cを有するリスクは、高いが非常に高くはないと評価される。
Prot1=2ng/ml
Prot2=データなし
Snp1=同型接合陽性、すなわち2個のリスク対立遺伝子=2
Snp2=データなし
Snp3=異型接合陽性、すなわち1個のリスク対立遺伝子=1
この場合、タンパク質バイオマーカーカテゴリーの複合値は、Prot1の結果しか利用可能でないから、P’=2となりうる。遺伝カテゴリーの複合値(遺伝スコアとも称される)は、score=(2*log(1.1)+1*log(1.3))/2=0.2264となる。総複合値は、Y=2+10*0.2264=4.264となる。したがって、個体Bが状態Cを有するリスクは低いと評価される。
C=f1(B1,B2,B3,…BN)
C=f2(B2,B3,…BN)
C=f3(B1,B3,…BN)
…
C=fN(B1,B2,B3,…BN−1)
ここで、f1()、f2()…fN()は、バイオマーカーB1…BNの値をインプットとして用い、何らかの方法でファミリーBバイオマーカー複合値を表す単一のアウトプットCをもたらす数学関数である。関数f1()…fN()の非限定的な一例は、独立変数の線形結合を含む。そのような、1つのバイオマーカー値を欠くいずれの場合にもCを計算することのできる複数の関数のセットを用いると、総複合値の計算は、欠けたデータの影響を受けにくくなる。すべてのデータが揃わない場合はCの値の質は劣るかも知れないが、PCaリスクの評価に用いるには十分に良好でありうると理解される。すなわち、そのような方法を用いる場合、Cの値を得るためにN−1個のバイオマーカー測定が成功しさえすればよい。さらに欠落データが何個であっても計算を行うことが可能であり、すなわち、N−2個のバイオマーカー測定が成功すべきであれば、別の関数f()のセットを開発し適用してCを計算することができる。
総前立腺特異抗原(tPSA)[ng/ml]
インタクト前立腺特異抗原(iPSA)[ng/ml]
遊離前立腺特異抗原(fPSA)[ng/ml]
ヒトカリクレイン2(hK2)[ng/ml]
マクロファージ抑制サイトカイン1(MIC−1)[ng/ml]
beta-microseminoprotein(MSMB)[ng/ml]
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y = -0.4366579+0.0577639*score-0.1026622*HK2-0.0312050*fPSA+0.0640730*iPSA+0.0256631*MIC1-0.0069049*MSMB+0.0012231*tPSA+0.0069759*age
総前立腺特異抗原(tPSA)[ng/ml]
インタクト前立腺特異抗原(iPSA)[ng/ml]
遊離前立腺特異抗原(fPSA)[ng/ml]
ヒトカリクレイン2(hK2)[ng/ml]
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y = 21.487704 + 0.548938 * prevBiop + 0.014242 * GenScore + 0.311481 * hk2 -0.043471 * fPSA + 0.047176 * iPSA + 0.068407 * mic1 - 0.008860 * msmb + 0.002693 * tPSA + 0.006325 * age - 0.121356 * height + 0.119005 * weight - 0.388930 * bmi
総前立腺特異抗原(tPSA)[ng/ml]
インタクト前立腺特異抗原(iPSA)[ng/ml]
遊離前立腺特異抗原(fPSA)[ng/ml]
ヒトカリクレイン2(HK2)[ng/ml]
マクロファージ抑制サイトカイン1(MIC−1)[ng/ml]
beta-microseminoprotein(MSMB)[ng/ml]
657del5, rs10086908, rs1016343, rs10187424, rs1041449, rs10486567, rs1054564, rs10875943, rs10896449, rs10934853, rs10993994, rs11067228, rs11135910, rs11228565, rs11568818, rs11649743, rs11650494, rs11672691, rs11704416, rs12130132, rs12409639, rs12418451, rs12500426, rs12543663, rs12621278, rs12653946, rs1270884, rs130067, rs13252298, rs13385191, rs1354774, rs1363120, rs137853007, rs138213197, rs1447295, rs1465618, rs1512268, rs1571801, rs16901979, rs16902094, rs17021918, rs17632542, rs17879961, rs1859962, rs1894292, rs1933488, rs1983891, rs2018334, rs2121875, rs2242652, rs2273669, rs2292884, rs2405942, rs2660753, rs2735839, rs2736098, rs2928679, rs3213764, rs339331, rs3771570, rs3850699, rs3863641, rs401681, rs4245739, rs4430796, rs445114, rs4643253, rs4857841, rs4962416, rs5759167, rs5919432, rs5945619, rs6062509, rs620861, rs6465657, rs6763931, rs684232, rs6869841, rs6983267, rs6983561, rs7127900, rs7210100, rs721048, rs7241993, rs7611694, rs7679673, rs7931342, rs8008270, rs8102476, rs888663, rs902774, rs9364554, rs9600079, rs9623117
Y = -0.632820 + 0.118107 * K + 0.139045 * prevBiopsy + 0.051609 * score + 0.048033 * MIC1 - 0.001368 * MSMB + 0.008002 * age
K' = (0.3961801 + 0.0001864 * PSA + 0.0200385 * iPSA - 0.0377976 * HK2) / 0.109478
K''' = (0.3961967 + 0. 0012714 * fPSA + 0.0200385 * iPSA - 0.0377976 * HK2) / 0.1090876
K''' = (0.3987352 + 0.0200385 * iPSA - 0.0377976 * HK2) / 0.1033296
K'''' = (0.6548828 + 0.0012714 * fPSA + 0.0001864 * PSA - 1.3108243 f/tPSA) / 0.1068742
・すべてのデータが含められた完全なモデル: ROC−AUC=0.77
・すべてのSNPおよびK'近似値を使用: ROC−AUC=0.70
・すべてのSNPおよびK''近似値を使用: ROC−AUC=0.70
・すべてのSNPおよびK'''近似値を使用: ROC−AUC=0.70
・すべてのSNPおよびK''''近似値を使用: ROC−AUC=0.75
・K''''データを使用し、SNPデータの10%をランダムに除外: ROC−AUC=0.74
・K''''データを使用し、SNPデータの30%をランダムに除外: ROC−AUC=0.73
Claims (36)
- 個体における侵攻性の前立腺癌(PCa)の存在または不存在を判定するための、冗長的に設計されたデータ組み合わせに基づく方法であって、下記ステップを含んでなる方法:
1.前記個体からの少なくとも1つの生物学的サンプルを用意し;
2.前記生物学的サンプルにおいて、
a.PCaバイオマーカーのカテゴリーを、前記PCaバイオマーカーカテゴリーの複数のPCaバイオマーカーのそれぞれの存在または濃度を測定することにより解析し;
b.PCaに関連するSNP(SNPpc)のカテゴリーを、前記SNPpcカテゴリーの複数のSNPpcのそれぞれの存在または不存在を測定することにより解析し;
3.前記PCaバイオマーカーカテゴリーに関するデータを組み合わせて、PCaバイオマーカー関連のPCa発症リスクを表すバイオマーカー複合値を形成し;
4.前記SNPpcカテゴリーに関するデータを組み合わせて、SNPpc関連のPCa発症リスクを表すSNPpc複合値を形成し、ここで、該方法は、SNPpc複合値の形成の際、SNPpcカテゴリーのSNPpcの少なくとも5%のサブセットの無視を許容し;
5.前記バイオマーカー複合値および前記SNPpc複合値を組み合わせて、総複合値を形成し;
6.前記総複合値を、わかっている侵攻性PCaおよび良性疾患診断のコントロールサンプルを用いて確立された、予め定められたカットオフ値と比較することにより、前記個体における侵攻性PCaの存在または不存在に関連付ける。 - ステップ2(a)が、少なくとも部分的に冗長なPCaバイオマーカーの存在または濃度を測定することを含んでなり、ここで、PCaバイオマーカーの少なくとも1つ、例えば2つが、(i)PSA、(ii)総PSA(tPSA)、(iii)インタクトPSA(iPSA)、(iv)遊離PSA(fPSA)、および(v)hK2からなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記バイオマーカー複合値の形成の際、PCaバイオマーカーカテゴリーの前記PCaバイオマーカー(i)〜(v)の少なくとも1つのサブセット、例えば前記PCaバイオマーカー(i)〜(v)の1つ、2つ、3つまたは4つのサブセットの無視を許容する、請求項2に記載の方法。
- 前記SNPpc複合値の形成の際、SNPpcカテゴリーのSNPpcの少なくとも10%、例えば15%、例えば20%、例えば30%の無視を許容する、請求項1〜3のいずれかに記載の方法。
- 前記PCaバイオマーカーカテゴリーに関するデータを、予め定められた式にしたがって組み合わせて、前記バイオマーカー複合値を形成する、請求項1〜4のいずれかに記載の方法。
- 前記SNPpcカテゴリーに関するデータを、予め定められた式にしたがって組み合わせて、前記SNPpc複合値を形成する、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 前記バイオマーカー複合値および前記SNPpc複合値を、予め定められた式にしたがって組み合わせて、前記総複合値を形成する、請求項1〜6のいずれかに記載の方法。
- 前記総複合値がカットオフ値を上回る場合に、個体に生検を勧めるステップをさらに含む、請求項1〜7のいずれかに記載の方法。
- 前記総複合値がカットオフ値を上回る場合に、個体に、食習慣の変更、体重の減量、BMI値30未満の達成、定期的な運動、および/または禁煙を勧めるステップをさらに含む、請求項1〜8のいずれかに記載の方法。
- SNPpcが、rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117, およびrs138213197の少なくとも1つを含む、請求項1〜9のいずれかに記載の方法。
- PCaバイオマーカー濃度に関連するSNP(SNPbm)のカテゴリーを、少なくとも1つのSNPbmの存在または不存在を測定することにより解析し;前記SNPbmに関するデータを組み合わせてSNPbm複合値を形成し:前記SNPbm複合値を前記総複合値に組み込むことをさらに含む、請求項1〜10のいずれかに記載の方法。
- 前記少なくとも1つのSNPbmが、rs3213764, rs1354774, rs1227732, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663, およびrs1054564の少なくとも1つを含む、請求項11に記載の方法。
- 前記個体の肥満度指数に関連するSNP(SNPbmi)のカテゴリーを、少なくとも1つのSNPbmiの存在または不存在を測定することにより解析し;前記SNPbmiに関するデータを組み合わせてSNPbmi複合値を形成し;前記SNPbmi複合値を前記総複合値に組み込むことをさらに含む、請求項1〜12のいずれかに記載の方法。
- 前記少なくとも1つのSNPbmiが、rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397, およびrs1558902の少なくとも1つを含む、請求項13に記載の方法。
- PCaに関する家族歴、治療歴、および身体データを前記個体から収集することさらに含み、ここで、前記家族歴、治療歴、および/または身体データは、前記総複合値を形成する組み合わせデータに含められる、請求項1〜14のいずれかに記載の方法。
- 付加的なPCaバイオマーカーカテゴリーを、前記付加的バイオマーカーカテゴリーの複数のPCaバイオマーカーの1つまたはそれぞれの存在または濃度を測定することにより解析し;前記付加的PCaバイオマーカーカテゴリーに関するデータを組み合わせて前記付加的PCaバイオマーカーカテゴリーの付加的バイオマーカー複合値を形成し;前記付加的バイオマーカー複合値を前記総複合値に組み込むことをさらに含み;ここで、前記付加的バイオマーカー複合値を形成するデータの組み合わせは冗長的に設計され、前記付加的PCaバイオマーカーカテゴリーは1つを超えるPCaバイオマーカーを含む、請求項2〜15のいずれかに記載の方法。
- 前記付加的PCaバイオマーカーカテゴリーは、バイオマーカーMIC−1および場合により他のMIC−1関連バイオマーカー、またはバイオマーカーMSMBおよび場合により他のMSMB関連バイオマーカーを含む、請求項16に記載の方法。
- 前記生物学的サンプルが血液サンプルである、請求項1〜17のいずれかに記載の方法。
- 前記総複合値が、SNPbmおよび対応するPCaバイオマーカー濃度の非加算的効果を利用する方法を用いて計算される、請求項12〜18のいずれかに記載の方法。
- 前記個体が25を超えるBMI値を有する、請求項1〜19のいずれかに記載の方法。
- 前記SNPの存在または不存在の測定を、MALDI質量分析を用いて行う、請求項1〜20のいずれかに記載の方法。
- 前記PCaバイオマーカーの存在または濃度の測定を、マイクロアレイ技術を用いて行う、請求項1〜21のいずれかに記載の方法。
- SNPの存在または不存在の測定が、該SNPの対立遺伝子の数を測定することを含んでなる、請求項1〜22のいずれかに記載の方法。
- 請求項1に記載されるステップ2aおよびステップ2bを行うためのアッセイ装置であって、少なくとも2つの異なるカテゴリーのリガンドが固定された固相を含んでなり、ここで、
- 前記リガンドの第1のカテゴリーは、PCaバイオマーカーに特異的に結合し、複数の異なるPCaバイオマーカー、好ましくはPSA、iPSA、tPSA、fPSA、hK2の少なくとも1つ、および場合によりMSMBおよび/またはMIC−1、のそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含み;
- 前記リガンドの第2のカテゴリーは、SNPpcに特異的に結合し、複数の異なるSNPpc、例えばrs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, または rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 および rs138213197の少なくとも1つ、のそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含む、
アッセイ装置。 - 複数の異なるSNPbm、例えばrs1227732, rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663, および rs1054564の少なくとも1つ、の1つまたはそれぞれに特異的に結合する1つまたは複数の異なるリガンドを含む、SNPbmに特異的に結合する第3のカテゴリーのリガンドが固相にさらに固定される、請求項11に記載の方法を行うための請求項24に記載のアッセイ装置。
- 1つまたは複数の異なるSNPbmi、例えばrs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397, および rs1558902の少なくとも1つ、に特異的に結合する1つまたは複数の異なるリガンドを含む、SNPbmiに特異的に結合する第4のカテゴリーのリガンドが固相にさらに固定される、請求項13に記載の方法を行うための請求項24または25に記載のアッセイ装置。
- 請求項1に記載されるステップ2aおよび2bを行うための試験キットであって、請求項24に記載のアッセイ装置、および少なくとも2つのカテゴリーの検出分子を含んでなり、ここで、
- 前記検出分子の第1のカテゴリーは、PCaバイオマーカー、好ましくはPSA、iPSA、tPSA、fPSAおよびhK2の少なくとも1つ、および場合によりMSMBおよび/またはMIC−1を検出することができ;
- 前記検出分子の第2のカテゴリーは、SNPpc、例えばrs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, または rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 および rs138213197の少なくとも1つを検出することができる、
試験キット。 - 請求項25に記載のアッセイ装置、およびSNPbm、例えばrs1227732, rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663, および rs1054564の少なくとも1つを検出することができる第3の検出分子カテゴリーを含む、請求項27に記載の試験キット。
- 請求項26に記載のアッセイ装置、およびSNPbmi、例えばrs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397, および rs1558902の少なくとも1つを検出することができる第4の検出分子カテゴリーを含む、請求項27または28に記載の試験キット。
- 少なくとも2つの異なるカテゴリーのリガンドが固定された固相を含んでなるアッセイ装置であって、
- 前記リガンドの第1のカテゴリーは、PCaバイオマーカーに特異的に結合し、PSA、iPSA、tPSA、fPSAおよびhK2の少なくとも1つ、および場合によりMSMBおよび/またはMIC−1から選択される複数の異なるPCaバイオマーカーのそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含み;
- 前記リガンドの第2のカテゴリーは、SNPpcに特異的に結合し、rs11672691, rs11704416, rs3863641, rs12130132, rs4245739, rs3771570, rs7611694, rs1894292, rs6869841, rs2018334, rs16896742, rs2273669, rs1933488, rs11135910, rs3850699, rs11568818, rs1270884, rs8008270, rs4643253, rs684232, rs11650494, rs7241993, rs6062509, rs1041449, または rs2405942, rs12621278, rs9364554, rs10486567, rs6465657, rs2928679, rs6983561, rs16901979, rs16902094, rs12418451, rs4430796, rs11649743, rs2735839, rs9623117 および rs138213197の少なくとも1つから選択される複数の異なるSNPpcのそれぞれに特異的に結合する複数の異なるリガンドを含む、
アッセイ装置。 - rs1227732, rs3213764, rs1354774, rs2736098, rs401681, rs10788160, rs11067228, rs1363120, rs888663, および rs1054564の少なくとも1つから選択される複数の異なるSNPbmの1つまたはそれぞれに特異的に結合する1つまたは複数の異なるリガンドを含む、SNPbmに特異的に結合する第3のリガンドカテゴリーが固相にさらに固定される、請求項30に記載のアッセイ装置。
- rs3817334, rs10767664, rs2241423, rs7359397, rs7190603, rs571312, rs29941, rs2287019, rs2815752, rs713586, rs2867125, rs9816226, rs10938397, および rs1558902の少なくとも1つから選択される複数の異なるSNPbmiの1つまたはそれぞれに特異的に結合する1つまたは複数の異なるリガンドを含む、SNPbmiに特異的に結合する第4のリガンドカテゴリーが固相にさらに固定される、請求項30または31に記載のアッセイ装置。
- 少なくとも請求項1に記載されるステップ3、4および5、例えば請求項1に記載されるステップ1〜6を行うためのソフトウェアコード手段を含んでなる、デジタルコンピューターの内部メモリに直接ロード可能なコンピュータープログラム。
- 請求項11に記載の方法を行うためのソフトウェアコード手段をさらに含む、請求項33に記載のコンピュータープログラム。
- 請求項13に記載の方法を行うためのソフトウェアコード手段をさらに含む、請求項33または34に記載のコンピュータープログラム。
- 請求項30に記載のアッセイ装置および請求項33に記載のコンピュータープログラム、または請求項31に記載のアッセイ装置および請求項34に記載のコンピュータープログラム、または請求項32に記載のアッセイ装置および請求項35に記載のコンピュータープログラムを含んでなる装置。
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