JP2016503045A - 新規ポリペプチド - Google Patents
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Abstract
Description
固形腫瘍の微小環境は、一方ではがん細胞、他方では支持間質細胞および血管細胞の間の生化学的および生理学的相互作用により形作られる。腫瘍は、通常はほとんどの正常組織のさらなる発達を妨げる宿主の血管系の血液供給能力を超える速度で増殖することが多い。しかしながら、腫瘍はこのネガティブフィードバックを回避し、高い呼吸速度を維持し、主要な血液が運ぶ基質である酸素が不足する場合であっても生存する。実際、低い酸素圧(低酸素状態)は、腫瘍環境の基本的特徴である(非特許文献1)。低酸素状態は、腫瘍呼吸の結果であるだけでなく、低酸素状態誘導遺伝子(非特許文献2;非特許文献3)を特徴付ける遺伝子発現プログラムの変更のためのトリガーでもあり、より侵攻的な疾患表現型に向かうがんの進行に関与する(非特許文献4)。低酸素状態により調節される多くの遺伝子は、さもなければ酸素の存在下で不活化される転写因子である低酸素状態誘導因子によって制御される。低酸素状態誘導因子の標的は、グルコース代謝、血管増殖、酸素運搬、鉄代謝および他の多数のプロセスに関与するタンパク質をコードする遺伝子を含む。
CAIXはPastorekおよび共同研究者(非特許文献5)により1990年代中期に元々クローニングされた。CAIXは低酸素状態誘導酵素であり、高い速度の解糖的代謝の有害な効果と闘う細胞により誘発されるpH調節系の成分である(非特許文献6)。
CAIXは、部分的にはそれが様々な固形腫瘍において過剰発現するが、正常組織中では限られた様式で発現するため、がん療法のための特に魅力的な標的である。ヒト組織中では、CAIXの強力な発現は、一般に、十二指腸、空腸および回腸粘膜の増殖している陰窩腸細胞(crypt enterocyte)の側底面に限られる(非特許文献8;非特許文献12)。しかしながら、他の組織では広範性の弱いCAIX発現も報告されている。
i)EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LWD
(式中、互いに独立に、
X2は、D、H、N、QおよびWから選択され;
X3は、E、F、I、K、L、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X4は、A、F、N、WおよびYから選択され;
X6は、A、G、SおよびWから選択され;
X7は、A、E、G、I、Q、T、VおよびWから選択され;
X10は、A、D、E、G、H、I、N、Q、R、S、TおよびVから選択され;
X11は、D、E、K、RおよびSから選択され;
X16は、NおよびTから選択され;
X17は、A、D、E、G、H、I、Q、S、T、VおよびWから選択され;
X18は、A、D、E、F、G、H、I、L、N、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X20は、K、QおよびRから選択され;
X21は、D、H、NおよびQから選択され;
X25は、FおよびYから選択され;
X26は、KおよびSから選択される);
ならびに
ii)i)に定義された配列に対して少なくとも89%の同一性を有するアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列からなるCAIX結合モチーフBMを含む、炭酸脱水酵素IX型(CAIX)結合ポリペプチドが提供される。
EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20
X21AFIYX26LWD
(式中、互いに独立に、
X2は、D、H、N、QおよびWから選択され;
X3は、F、I、L、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X4は、A、F、N、WおよびYから選択され;
X6は、A、G、SおよびWから選択され;
X7は、A、E、G、I、VおよびWから選択され;
X10は、A、D、E、G、H、N、Q、R、S、TおよびVから選択され;
X11は、D、E、RおよびSから選択され;
X16は、NおよびTから選択され;
X17は、A、D、E、G、I、Q、S、T、VおよびWから選択され;
X18は、A、D、E、F、G、H、I、L、N、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X20は、QおよびRから選択され;
X21は、D、H、NおよびQから選択され;
X26は、KおよびSから選択される)
により定義される。
I.X2がNである;
II.X3がIおよびLから選択される;
III.X4がFである;
IV.X6がGである;
V.X7がWである;
VI.X10がDおよびSから選択される;
VII.X11がDである;
VIII.X16がTである;
IX.X17がEおよびDから選択される;
X.X18がD、Y、EおよびSから選択される;
XI.X21がNである;ならびに
XII.X26がKである
のうちの少なくとも7つを満たす。
iii)K−[BM]−DPSQS XaXbLLXc EAKKL NDXdQ;
(式中、
[BM]は本明細書で定義されたCAIX結合モチーフであり;
XaはAおよびSから選択され;
XbはNおよびEから選択され;
XcはA、SおよびCから選択され;
XdはAおよびSから選択される)ならびに
iv)iii)により定義された配列に対して少なくとも81%の同一性を有するアミノ酸配列
から選択されるアミノ酸配列を含んでもよい。
v)YAK−[BM]−DPSQS SELLXc EAKKL NDSQA P;
(式中、[BM]は上記で定義されたCAIX結合モチーフであり、XcはSおよびCから選択される);ならびに
vi)v)により定義された配列に対して少なくとも83%の同一性を有するアミノ酸配列
から選択されるアミノ酸配列を含む、上記で定義されたCAIX結合ポリペプチドが提供される。
vii)FNK−[BM]−DPSQS ANLLXc EAKKL NDAQA P;
(式中、[BM]は上記で定義されたCAIX結合モチーフであり、XcはAおよびCから選択される);ならびに
viii)vii)により定義された配列に対して少なくとも83%の同一性を有するアミノ酸配列
から選択されるアミノ酸配列を含む、上記で定義されたCAIX結合ポリペプチドが提供される。
ADNNFNK−[BM]−DPSQSANLLSEAKKLNESQAPK;
ADNKFNK−[BM]−DPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK;
ADNKFNK−[BM]−DPSVSKEILAEAKKLNDAQAPK;
ADAQQNNFNK−[BM]−DPSQSTNVLGEAKKLNESQAPK;
AQHDE−[BM]−DPSQSANVLGEAQKLNDSQAPK;
VDNKFNK−[BM]−DPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK;
AEAKYAK−[BM]−DPSESSELLSEAKKLNKSQAPK;
VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLAEAKKLNDAQAPK;
VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLAEAKKLNDSQAPK;
AEAKYAK−[BM]−DPSQSSELLSEAKKLNDSQAPK;
VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLSEAKKLNDSQAPK;
VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLAEAKKLNKAQAPK;および
AEAKYAK−[BM]−DPSQSSELLAEAKKLNKAQAPK
から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドの一部を形成してもよい。
ix)VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLSEAKKLNDSQAPK
(式中、[BM]は上記で定義されたCAIX結合モチーフである);および
x)ix)に定義された配列に対して少なくとも84%の同一性を有するアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列を含む。
− 保護された反応性側鎖を有する第1の態様によるポリペプチドを形成するためのアミノ酸および/またはアミノ酸誘導体の段階的カップリング
− ポリペプチドの反応性側鎖からの保護基の除去、ならびに
− 水性溶液中でのポリペプチドの折畳み
を含む。
− 対象、または対象から単離された試料を、本明細書に記載のCAIX結合ポリペプチド、融合タンパク質、コンジュゲートまたは組成物と接触させる工程、および
− 前記対象中で、または前記試料に結合したCAIX結合ポリペプチド、融合タンパク質、コンジュゲートまたは組成物の量に対応する値を取得する工程
を含む、前記方法が提供される。
以下の実施例は、ファージディスプレイ技術に基づく、炭酸脱水酵素IX型(CAIX)を標的とする新規Zバリアント分子の開発を開示する。本明細書に記載のCAIX結合ポリペプチドを配列決定し、そのアミノ酸配列を、配列番号227〜339、配列番号350〜354および配列番号365〜368の配列識別子と共に図1に列挙する。また、これらの選択された結合バリアントの推定される結合モチーフを、配列番号1〜113および配列番号340〜344の配列識別子と共に図1に列挙する。
・大腸菌(Escherichia coli)株RRIΔM15(Ruther、Nucleic Acids Res 10:5765〜5772頁、1982)
・大腸菌株XL1−Blue(Agilent Technologies、カタログ番号200268)
・ヒトCAIX(R&D Systems、カタログ番号2188−CA)。
材料および方法
標的タンパク質のビオチン化:ヒトCAIXを、製造業者の説明書に従って透析カセット(Slide−a−lyzer3.5K、3500MWCO、Pierce、カタログ番号66333)を使用してリン酸緩衝生理食塩水(PBS、10mMリン酸、137mM NaCl、2.68mM KCl、pH7.4)へのバッファー交換にかけた。
CAIX結合Zバリアントのファージディスプレイ選択:個々のクローンを、ビオチン化ヒトCAIXに対する4および5サイクルのファージディスプレイ選択後に得た。
材料および方法
Zバリアントのサブクローニング:5つのCAIX結合Zバリアント、Z04187(配列番号350)、Z04191(配列番号351)、Z04196(配列番号352)、Z04208(配列番号353)、およびZ04421(配列番号354)のDNAを、ライブラリーベクターpAY02047から増幅させた。N末端His6タグおよびC末端Cysを有する二量体Zバリアント分子の構築のためのサブクローニング戦略を、標準的な分子生物学手法を使用して、および別の標的に結合するZバリアントについてWO2009/077175に詳述されたように適用した。Z遺伝子断片を、発現ベクターpAY01449中にサブクローニングし、コードされた配列MGSSHHHHHHLQ−[Z#####][Z#####]−VDCを得た。
培養および精製:5つのCAIX結合Zバリアント、Z04187、Z04191、Z04196、Z04208およびZ04421は、二量体として構築され、N末端His6−タグおよびC末端Cysを含み、大腸菌中で良好に発現した。280nmでの吸光度を測定することにより分光光度的に決定された、細菌ペレット約1.5gからのIMAC精製されたタンパク質の量は、様々なCAIX結合Z二量体について15mg〜24mgの範囲であった。
−NEM、His6−(Z04196)2−Cys−NEM、His6−(Z04208)2−Cys−NEMおよびHis6−(Z04421)2−Cys−NEMを用いて染色した。CAIX特異的抗体を陽性対照として含めた。全ての結合剤は、フローサイトメトリー分析において陽性であり、平均蛍光強度(MFI)のシフトが見られた。蛍光顕微鏡観察による細胞の検査により、様々な強度でLS174T細胞上での膜特異的染色が示された。図3は、His6−(Z04187)2−Cys−NEM、His6−(Z04208)2−Cys−NEMおよびHis6−(Z04421)2−Cys−NEMによる膜染色を示す。単量体形式での非関連Zバリアント、His6−Z01155−Cys−NEM(配列番号357)を、陰性対照として使用した(図3)。
本実施例では、成熟ライブラリーを構築した。このライブラリーを、CAIX結合ポリペプチドの選択のために使用した。成熟ライブラリーからの選択は通常、親和性が高い結合剤をもたらすと予想される(Orlovaら、Cancer Res 2006、66(8):4339〜48頁)。この研究では、無作為化二本鎖リンカーを、ライゲーションを使用するトリヌクレオチド構成要素の無作為化されたセットの組込みおよびその後構築される二本鎖DNAの制限を可能にする、Slonomics(登録商標)技術により作成した。
ライブラリー設計:ライブラリーは、実施例1および2に記載のヒトCAIX結合Zバリアントの配列の選択に基づいていた。新しいライブラリーにおいて、Z分子足場中の13の可変位置を、配列番号350〜354(Z04187、Z04191、Z04196、Z04208およびZ04421)に定義されたZバリアント配列に主に基づく戦略に従って、ある特定のアミノ酸残基に向かって偏らせた。制限部位XhoIおよびSacIに隣接した、アミノ酸配列5’−AA ATA AAT CTC GAG GTA GAT GCC AAA TAC GCC AAA GAR NNN NNN NNN GCR NNN NNN GAR ATY NNN NNN YTR CCT AAC TTA ACS NNN NNN CAR NNN NNN GCM TTC ATC NNN AAA TTA TGG GAT GAC CCA AGC CAG AGC TCA TTA TTT A−3’(配列番号364;無作為のコドンをNNNとして例示する)の147bpの部分的に無作為化されたヘリックス1および2を含有する、二本鎖DNAのSlonoMax(登録商標)ライブラリーを、Sloning BioTechnology GmbH(Pucheim、ドイツ)から注文した。12の可変Z位置を含む新しいライブラリー中のアミノ酸残基の理論的分布を、表2に与える。
ライブラリー構築:新しいライブラリーを、検証された結合特性を有するCAIX結合Zバリアントのセットに基づいて設計した(実施例1および実施例2)。設計されたライブラリーの理論的サイズは、1.0×1010のZバリアントであった。大腸菌RR1ΔM15細胞への形質転換後の力価測定により決定された、ライブラリーの実際のサイズは、1.3×1010の形質転換体であった。
材料および方法
CAIX結合ポリペプチドのファージディスプレイ選択:標的タンパク質ヒトCAIXを、実施例1に記載のようにビオチン化した。実施例3に記載のZバリアント分子の新しいライブラリーを使用して、本質的には実施例1に記載のようにCAIXに対してファージディスプレイ選択を行った。大腸菌XL1−Blueを、1回目のサイクルにおけるファージ増幅のために使用し、RRIΔM15をその後のサイクルにおいて使用した。選択を、2つの平行トラックにおいて最初に行った。一方のトラックにおいては、選択の時間は2〜3時間であったが、他方のトラックにおいては、10分の選択時間を使用した。後者のトラックにおいて、標的を選択前にSA−ビーズ上に固定化した。これらの2つのトラック(1および2)を、2回目のサイクルにおいてさらに分割し、標的濃度および洗浄条件が異なる合計6つのトラックを得た(1a〜cおよび2a〜c)。選択を、3%ウシ血清アルブミン(BSA)を補充したPBST0.1%中で合計4サイクルで行った。選択のサイクル1においては、50nMヒトCAIXを使用し、PBST0.1%を用いる3回の洗浄を行った。標的濃度の低下および洗浄回数の増加を使用する高いストリンジェンシーを、その後の3回のサイクルにおいて適用した。サイクル2および3においては;13、13または10nM CAIXを使用し、サイクル4においては;4.4、4.4または0.5nM CAIXを使用した。サイクル2および3においては;6、11または11回の洗浄を行った;サイクル4においては;9、18または18回の洗浄をPBST0.1%を使用して行った。
CAIX結合ポリペプチドのファージディスプレイ選択:選択を、それぞれ4サイクルを含有する合計6つの平行トラック中で行った。異なる選択トラックは、以下のように選択時間、標的濃度および洗浄条件において異なっていた:1a)2〜3時間の選択時間、高濃度、数回の洗浄、1b)2〜3時間の選択時間、高濃度、激しい洗浄、1c)2〜3時間の選択時間、低濃度、激しい洗浄、2a)10分の選択時間、高濃度、数回の洗浄、2b)10分の選択時間、高濃度、激しい洗浄、および2c)10分の選択時間、低濃度、激しい洗浄。それぞれのラウンドにおいて、全てのトラックは溶出液中に十分な量のファージ粒子を与えた。最も高い標的濃度および2〜3時間の選択時間である、トラック1aおよびbにおいてはほとんどのファージ粒子が見出された。
材料および方法
発現ベクター中へのZバリアント分子のサブクローニング:配列分析およびヒトCAIXに対する力価測定ELISAにおける性能に基づいて、12のクローンを、発現ベクターpAY01448中へのサブクローニングのために選択した。最良の一次結合剤を、サブクローニング中に含めた。単量体Zバリアント断片を、ファージミドベクターpAY02592から増幅させ、pAY01448中へのサブクローニングを、実施例2に記載のように行い、タンパク質配列MGSSHHHHHHLQ−[Z#####]−VDをコードするベクターを得た。
タンパク質の発現および精製:N末端His6タグを含む、一次選択に由来する結合剤Z04196に対応するが、アミノ酸置換A54Sを含有する結合剤Z08693、および12の成熟CAIX結合Zバリアント:Z06919(配列番号232)、Z06936(配列番号227)、Z06942(配列番号228)、Z06959(配列番号233)、Z06961(配列番号234)、Z06976(配列番号229)、Z06984(配列番号236)、Z06986(配列番号237)、Z06999(配列番号238)、Z07084(配列番号231)、Z07089(配列番号239)、およびZ07091(配列番号230)は、大腸菌中で良好に発現した。280nmでの吸光度を測定することにより分光光度的に決定された、細菌ペレット約1.5gからのIMAC精製されたタンパク質の量は、様々なCAIX結合Zバリアントについて2mg〜22mgの範囲であった。
本実施例は、それぞれ、Z06936(配列番号227)、Z06942(配列番号228)、Z06976(配列番号229)およびZ07084(配列番号231)のBMと同一であるCAIX結合モチーフ(BM)を有するが、「VD」の代わりに「AE」により始まり、ならびにHis6タグの代わりにN末端(HE)3タグが前にあるZポリペプチドを有する、4つのCAIX結合Zバリアント、Z09781(配列番号365)、Z09782(配列番号366)、Z09783(配列番号367)およびZ09784(配列番号368)の生成、放射標識および特性評価を記載する。
Zバリアントのクローニングおよび生成:N末端HEHEHEタグを用いるZバリアント分子の構築のためのサブクローニング戦略を、標準的な分子生物学手法を使用して、および別の標的に結合するZバリアントについてWO2009/077175に詳述されたように適用した。Z遺伝子断片を発現ベクターpAY03086中にサブクローニングして、コードされる配列HEHEHE−[Z#####]−VDを得た。大腸菌中での生成およびIMACによる精製を、本質的には実施例5に記載のように行った。逆相クロマトグラフィー(RPC)を使用してさらなる精製を行い、バッファーをPBSに交換した。
放射標識:全てのZバリアントを、それぞれ、99mTcおよび125Iで効率的に標識した。[99mTc(CO)3・(H2O)3]の(HE)3タグ付Zバリアントへのカップリングは、時間依存的であった。Zバリアントと、カルボニル−テクネチウム複合体との50℃でのインキュベーションにより、60分後に50〜65%の収率および120分後に70〜80%の収率が得られた。使い捨てNAP−5カラムを用いる精製後に、テクネチウム標識されたバリアントの放射化学純度は99.5%を超えていた。125I−PIB−(HE)3標識されたZバリアントの全体的収率は、14〜28%であった。NAP−5カラムを使用する精製後の125I−ヨード化Zバリアントの放射化学純度は、97%を超えていた。
99mTc−標識(HE)3−Z09781、(HE)3−Z09782、(HE)3−Z09783および(HE)3−Z09784バリアントの結合特異性および細胞プロセシング試験を、腎明細胞癌腫SK−RC−52細胞系を使用して行った。
CAIX受容体に対する99mTc−標識Zバリアントの特異性およびその細胞プロセシングを、WallbergおよびOrlova(Cancer Biother.Radiopharm.、23:435〜442頁、2008)により記載されたように査定した。簡単に述べると、それぞれの放射標識されたZバリアントについて、SK−RC−52細胞(約1×106細胞/皿)の単層を含有する3つの皿の別々のセットを、100倍過剰の同じ未標識Zバリアントポリペプチドまたは試験に含まれた他の3つのZバリアントのうちの1つで予め飽和させた。未標識のZバリアントとのインキュベーションを、それぞれ、放射標識されたコンジュゲート:13nM 99mTc−(HE)3−Z09781、61nM 99mTc−(HE)3−Z09782、45nM 99mTc−(HE)3−Z09783、および90nM 99mTc−(HE)3−Z09784の添加の前に15分間行った後、加湿インキュベータ(5%CO2、37℃)中で1時間インキュベートした。その後、培地を収集し、細胞を冷無血清培地で洗浄し、トリプシン−EDTA溶液(0.25%トリプシン、バッファー中の0.02%EDTA、Biochrom AG、Berlin、ドイツ)を添加した。剥離した細胞を10分後に収集した。細胞および培地の放射活性を、3インチNaI(Tl)検出器を備えた自動化ガンマカウンター(1480WIZARD、Wallac Oy、Turku、フィンランド)を使用して測定し、細胞に結合した放射活性のパーセンテージを算出した。
未標識のZバリアントを使用する受容体の飽和後に、CAIXを発現するSK−RC−52細胞への99mTc−標識Zバリアントの結合の有意な(p<0.005)減少が観察されたが、これは、放射標識されたバリアントの結合が受容体媒介性であったことを示唆している(図6)。さらに、試験に含まれた他の3つのバリアントのそれぞれを使用して各バリアントの結合を遮断することができたが、これは、それらが全てCAIX上の同じ部位に結合することを示している(図6)。
Z09781(配列番号365)を、in vivoでの生体分布および画像化試験のために選択した。
動物および細胞:生体分布試験を、雌のNMRI nu/nuマウスにおいて行った。試験の2週間前に、腎明細胞癌腫に由来する10×106個の細胞(SK−RC−52細胞系)を、NMRI nu/nuマウスの右後脚に移植した。実験時に、平均腫瘍重量は0.30±0.14gであり、平均動物体重は17.1±1.3gであった。
放射標識されたZバリアントの生体分布試験:SK−RC−52異種移植片を担持する雌のNMRI nu/nuマウス中に3つの異なる用量(0.3、1または5μg)の99mTc−(HE)3−Z09781を注射した後、生体分布における有意差はなかった(p>0.05)。1μgの注射用量はわずかにより高い腫瘍:脾臓比を提供し、従って、さらなるin vivo試験のために選択された。注射後1、4および8時間でのSK−RC−52異種移植片を担持する雌のNMRI nu/nuマウス中での99mTc−(HE)3−Z09781(1μg)の生体分布を、図7に示す。身体からの放射性コンジュゲートのクリアランスは、腎臓を介するものであり、その後再吸収された。最も高いレベルの腎臓放射活性は、注射後1時間であった。99mTc−(HE)3−Z09781は、注射後1時間で既に迅速な血中クリアランスを示していた。血液関連放射活性は1〜4時間で約4倍減少したが、注射後さらに8時間では減少しなかった。
1. i)EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LWD
(式中、互いに独立に、
X2は、D、H、N、QおよびWから選択され;
X3は、E、F、I、K、L、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X4は、A、F、N、WおよびYから選択され;
X6は、A、G、SおよびWから選択され;
X7は、A、E、G、I、Q、T、VおよびWから選択され;
X10は、A、D、E、G、H、I、N、Q、R、S、TおよびVから選択され;
X11は、D、E、K、RおよびSから選択され;
X16は、NおよびTから選択され;
X17は、A、D、E、G、H、I、Q、S、T、VおよびWから選択され;
X18は、A、D、E、F、G、H、I、L、N、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X20は、K、QおよびRから選択され;
X21は、D、H、NおよびQから選択され;
X25は、FおよびYから選択され;
X26は、KおよびSから選択される);ならびに
ii)i)に定義された配列に対して少なくとも89%の同一性を有するアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列からなるCAIX結合モチーフBMを含む、CAIX結合ポリペプチド。
EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20
X21AFIYX26LWD
(式中、互いに独立に、
X2は、D、H、N、QおよびWから選択され;
X3は、F、I、L、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X4は、A、F、N、WおよびYから選択され;
X6は、A、G、SおよびWから選択され;
X7は、A、E、G、I、VおよびWから選択され;
X10は、A、D、E、G、H、N、Q、R、S、TおよびVから選択され;
X11は、D、E、RおよびSから選択され;
X16は、NおよびTから選択され;
X17は、A、D、E、G、I、Q、S、T、VおよびWから選択され;
X18は、A、D、E、F、G、H、I、L、N、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X20は、QおよびRから選択され;
X21は、D、H、NおよびQから選択され;
X26は、KおよびSから選択される)
により定義される、項目1に記載のCAIX結合ポリペプチド。
I.X2がNである;
II.X3がIおよびLから選択される;
III.X4がFである;
IV.X6がGである;
V.X7がWである;
VI.X10がDおよびSから選択される;
VII.X11がDである;
VIII.X16がTである;
IX.X17がEおよびDから選択される;
X.X18がD、Y、EおよびSから選択される;
XI.X21がNである;ならびに
XII.X26がKである
のうちの少なくとも7つを満たす、項目1〜88のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド。
(式中、
[BM]は項目1〜103のいずれか1項に定義されたCAIX結合モチーフであり;
XaはAおよびSから選択され;
XbはNおよびEから選択され;
XcはA、SおよびCから選択され;
XdはAおよびSから選択される);ならびに
iv)iii)により定義された配列に対して少なくとも81%の同一性を有するアミノ酸配列
から選択されるアミノ酸配列を含む、項目1〜107のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド。
Aである、項目108に記載のCAIX結合ポリペプチド。
(式中、[BM]は項目1〜103のいずれか1項に定義されたCAIX結合モチーフであり、XcはA、SおよびCから選択される);ならびに
vi)v)により定義された配列に対して少なくとも83%の同一性を有するアミノ酸配列
から選択されるアミノ酸配列を含む、項目1〜108のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド。
(式中、[BM]は項目1〜103のいずれか1項に定義されたCAIX結合モチーフであり、XcはAおよびCから選択される);ならびに
viii)vii)により定義された配列に対して少なくとも83%の同一性を有するアミノ酸配列
から選択されるアミノ酸配列を含む、項目1〜108のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド。
ADNNFNK−[BM]−DPSQSANLLSEAKKLNESQAPK;
ADNKFNK−[BM]−DPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK;
ADNKFNK−[BM]−DPSVSKEILAEAKKLNDAQAPK;
ADAQQNNFNK−[BM]−DPSQSTNVLGEAKKLNESQAPK;
AQHDE−[BM]−DPSQSANVLGEAQKLNDSQAPK;
VDNKFNK−[BM]−DPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK;
AEAKYAK−[BM]−DPSESSELLSEAKKLNKSQAPK;
VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLAEAKKLNDAQAPK;
VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLAEAKKLNDSQAPK;
AEAKYAK−[BM]−DPSQSSELLSEAKKLNDSQAPK;
VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLSEAKKLNDSQAPK;
VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLAEAKKLNKAQAPK;および
AEAKYAK−[BM]−DPSQSSELLAEAKKLNKAQAPK;
(式中、[BM]は項目1〜103のいずれか1項に定義されたCAIX結合モチーフである)
から選択されるアミノ酸配列を含む、項目108に記載のCAIX結合ポリペプチド。
(式中、[BM]は項目1〜103のいずれか1項に定義されたCAIX結合モチーフである);および
x)ix)に定義された配列に対して少なくとも83%の同一性を有するアミノ酸配列
から選択されるアミノ酸配列を含む、項目1〜133のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド。
− 所望の生物活性を有するポリペプチドからなる第2の部分
を含む、融合タンパク質またはコンジュゲート。
− 前記発現ベクターからの前記ポリペプチドの発現を許容する条件下で項目171に記載の宿主細胞を培養すること、および
− 前記ポリペプチドを単離すること
を含む、前記方法。
− 対象、または対象から単離された試料を、項目1〜168のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド、融合タンパク質もしくはコンジュゲートまたは項目173〜174のいずれか1項に記載の組成物と接触させる工程、および
− 前記対象中で、または前記試料に結合したCAIX結合ポリペプチド、融合タンパク質、コンジュゲートまたは組成物の量に対応する値を取得する工程
を含む、前記方法。
Claims (15)
- i)EX2X3X4AX6X7EIX10 X11LPNLX16X17X18QX20 X21AFIX25X26LWD
(式中、互いに独立に、
X2は、D、H、N、QおよびWから選択され;
X3は、E、F、I、K、L、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X4は、A、F、N、WおよびYから選択され;
X6は、A、G、SおよびWから選択され;
X7は、A、E、G、I、Q、T、VおよびWから選択され;
X10は、A、D、E、G、H、I、N、Q、R、S、TおよびVから選択され;
X11は、D、E、K、RおよびSから選択され;
X16は、NおよびTから選択され;
X17は、A、D、E、G、H、I、Q、S、T、VおよびWから選択され;
X18は、A、D、E、F、G、H、I、L、N、Q、R、S、T、V、WおよびYから選択され;
X20は、K、QおよびRから選択され;
X21は、D、H、NおよびQから選択され;
X25は、FおよびYから選択され;
X26は、KおよびSから選択される);
ならびに
ii)i)に定義された配列に対して少なくとも89%の同一性を有するアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列からなるCAIX結合モチーフBMを含む、CAIX結合ポリペプチド。 - 配列i)は、12の条件I〜XII:
I.X2がNである;
II.X3がIおよびLから選択される;
III.X4がFである;
IV.X6がGである;
V.X7がWである;
VI.X10がDおよびSから選択される;
VII.X11がDである;
VIII.X16がTである;
IX.X17がEおよびDから選択される;
X.X18がD、Y、EおよびSから選択される;
XI.X21がNである;ならびに
XII.X26がKである
のうちの少なくとも7つを満たす、請求項1に記載のCAIX結合ポリペプチド。 - 配列i)は、配列番号1〜113および配列番号340〜344から選択される、例えば、配列番号1〜14から選択される、例えば、配列番号1〜4から選択される、請求項1に記載のCAIX結合ポリペプチド。
- 前記CAIX結合モチーフは、3ヘリックスバンドルタンパク質ドメインの一部を形成する、請求項1〜3のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド。
- iii)K−[BM]−DPSQS XaXbLLXc EAKKL NDXdQ;
(式中、
[BM]は請求項1〜3のいずれか1項に記載のCAIX結合モチーフであり;
XaはAおよびSから選択され;
XbはNおよびEから選択され;
XcはA、SおよびCから選択され;
XdはAおよびSから選択される);ならびに
iv)iii)により定義された配列に対して少なくとも81%の同一性を有するアミノ酸配列
から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド。 - 配列iii)は、配列番号114〜226および配列番号345〜349のいずれか1つから選択される、例えば、配列番号114〜127から選択される、例えば、配列番号114〜117から選択される、請求項5に記載のCAIX結合ポリペプチド。
- v)VDAKYAK−[BM]−DPSQSSELLSEAKKLNDSQAPK;
(式中、[BM]は請求項1〜3のいずれか1項に記載のCAIX結合モチーフである);および
vi)v)に定義された配列に対して少なくとも83%の同一性を有するアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド。 - 配列v)は、配列番号227〜339および配列番号350〜354から選択される、例えば、配列番号227〜240から選択される、例えば、配列番号227〜230から選択される、請求項7に記載のCAIX結合ポリペプチド。
- − 請求項1〜8のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチドからなる第1の部分;および
− 所望の生物活性を有するポリペプチドからなる第2の部分
を含む、融合タンパク質またはコンジュゲート。 - 請求項1〜9のいずれか1項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
- 請求項1〜9のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド、融合タンパク質またはコンジュゲートと、少なくとも1つの薬学的に許容される賦形剤または担体とを含む組成物。
- 医薬、診断剤または予後診断剤としての使用のための、請求項1〜9のいずれか1項に記載のCAIX結合ポリペプチド、融合タンパク質もしくはコンジュゲートまたは請求項11に記載の組成物。
- CAIX関連状態の処置、診断または予後診断における、請求項12に記載の使用のためのCAIX結合ポリペプチド、融合タンパク質、コンジュゲートまたは組成物。
- 前記CAIX関連状態はがんである、請求項13に記載の使用のためのCAIX結合ポリペプチド、融合タンパク質、コンジュゲートまたは組成物。
- 前記がんは、腎臓がん、肺がん、結腸がん、乳がん、子宮頸がん、膀胱がん、卵巣がん、外陰がん、脳のがん、頭頸部がん、軟部組織肉腫、星状細胞腫、口腔がんならびに低酸素状態およびCAIX発現を示す固形腫瘍を呈する任意のがんからなる群から選択される、請求項14に記載の使用のためのCAIX結合ポリペプチド、融合タンパク質、コンジュゲートまたは組成物。
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