JP2016501011A - 非溶出試料の一段階核酸増幅法 - Google Patents
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Abstract
Description
i)カオトロピック塩を含む固体支持体を、核酸を含む細胞試料と接触させる段階と、
ii)固体支持体を反応容器に移す段階と、
iii)固体支持体上の核酸を核酸増幅試薬溶液と共にインキュベートする段階と、
iv)核酸を増幅して増幅核酸を生じさせる段階と、
v)増幅核酸を定量化する段階と、任意には
vi)短鎖縦列反復配列(STR;ショートタンデムリピート)プロファイリングを用いてSTRプロファイルを作製する段階と
を含んでいて、段階i)〜vi)が固体支持体の存在下で実施される方法が提供される。
i)溶解試薬を含む固体支持体を、核酸を含む細胞試料と接触させる段階と、
ii)固体支持体を反応容器に移す段階と、
iii)固体支持体上の核酸を核酸増幅試薬溶液と共にインキュベートする段階と、
iv)核酸を増幅して増幅核酸を生じさせる段階と、
v)増幅核酸を定量化する段階と、
を含む、核酸を増幅方法であって、
段階i)〜v)が固体支持体の存在下で実施される方法が提供される。
化学物質及びその供給源の一覧を以下に示す:
指示FTA(商標)Eluteマイクロ(WB120218及びWB120411);
指示FTA(商標)Eluteカセット(WB120230);
正常ヒト血液(Tissue Solutions Ltd);
ゲノムDNA(Promega製品コードG152A);
Harris Uni−core穿孔器、1.2mm(Sigma、カタログ番号Z708860−25ea、ロット3110);
TaqMan Universal PCRマスターミックス、no AmpErase UNG(Applied Biosystems部品番号4324018);
TaqMan RNase P Detection Reagent(Applied Biosystems部品番号4316831)−RNアーゼPプライマーを含む;
PowerPlex 18D(PromegaコードDC1802)−プライマーを含む;
滅菌水(Sigma製品コードW4502);
ヒト子宮頸部上皮細胞(HeLa)(ATCCコードCCL−2)及び
Hi−Diホルムアミド(ABIコード4311320)
実験結果
Hela細胞をスポットしたElute FTAカードからのSTRプロファイル
2.5×106細胞/mlの濃度の培養HeLa細胞を、指示FTA Elute(iFTAe)カードにスポットした。細胞をスポットしたFTA Eluteカードから1.2mmパンチを取り、最終体積25μl用の直接STRキットPowerPlex 18D反応ミックスと合わせた。増幅前に、25μl試料ミックスを96ウェルPCRプレートの各ウェルに添加した。10秒試料注入を用いて3130xlキャピラリー電気泳動で試料を分析した。
標準及び試料を適当なウェルに添加した。プレートを密閉し、1000rpmで1分間遠心分離した。PCRをGeneamp/ABI 9700 Thermo Cyclerにより以下の熱サイクル条件下で行った:96℃2分間、引き続いて28サイクルの94℃10秒間、60℃1分間、引き続いて60℃20分間、引き続いて4℃。増幅後、キャピラリー電気泳動を用いて、PCR産物の視覚化を行った。結果を図1〜図4に示す。
3mmパンチを96ウェルPCRプレートに添加し、滅菌水200μlを各ウェルに添加し、プレートを密閉し、3回(各々5秒)パルスボルテックス(pulsevortexed)した。プレートを1200rpmで2分間遠心分離した。水を吸引及び廃棄し、滅菌水60μlを各ウェルに添加し、プレートを再度密閉した。プレートを1200rpmで2分間遠心分離し、98℃で30分間サーマルサイクラーに入れた。次いで、最高速度に設定したボルテックスミキサーを用いて60回(1パルス/秒)パルスボルテックスした。プレートを1200rpmで2分間遠心分離し、ピペットを用いて溶出液をウェルから取り出し、定量化のために別のプレート/ウェルに移した。
標準及び試料を適当なウェルに添加した。プレートを密閉し、1000rpmで1分間遠心分離した。PCRを、Applied Biosystems 7900 Real−Time PCR Systemを用いて以下の熱サイクル条件下で行った:50℃2分間、引き続いて95℃10分間、引き続いて40サイクルの95℃15秒間、60℃1分間。使用する検出器はFAM(商標)プローブとした。結果を表5に提示する。
処理する各試料について、1×3mmパンチ(HeLa試料)を1.5ml管に入れた。滅菌水1mlを管に添加し、3回(各々5秒)パルスボルテックスした。水を吸引及び廃棄し、パンチを96ウェルPCRプレートのウェルに移した。滅菌水60μlを各ウェルに添加し、プレートを密閉した。プレートを1200rpmで2分間遠心分離し、98℃で30分間サーマルサイクラーに入れた。次いで、最高速度に設定したボルテックスミキサーを用いて60回(1パルス/秒)パルスボルテックスした。プレートを1200rpmで2分間遠心分離し、ピペットを用いて溶出液をウェルから取り出し、定量化のために別のプレート/ウェルに移した。定量化までプレートを4℃で保存した。
Claims (29)
- 核酸の増幅方法であって、
i)カオトロピック塩を含む固体支持体を、核酸を含む細胞試料と接触させる段階と、
ii)固体支持体を反応容器に移す段階と、
iii)固体支持体上の核酸を核酸増幅試薬溶液と共にインキュベートする段階と、
iv)核酸を増幅して増幅核酸を生じさせる段階と、
v)増幅核酸を定量化する段階と、任意には
vi)短鎖縦列反復配列(STR)プロファイリングを用いてSTRプロファイルを作製する段階と
を含んでいて、段階i)〜vi)が固体支持体の存在下で実施される、方法。 - 細胞試料を添加する前の固体支持体が反応容器内にある、請求項1記載の方法。
- 増幅方法がポリメラーゼ連鎖反応である、請求項1又は請求項2記載の方法。
- 増幅方法が、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応、等温増幅又は定量的ポリメラーゼ連鎖反応を含む、請求項1又は請求項2記載の方法。
- 核酸増幅試薬溶液がポリメラーゼ、デオキシリボヌクレオチド三リン酸(dNTP)、反応緩衝液及び1種以上のプライマーを含み、プライマーが任意には色素で標識されている、請求項1乃至請求項4のいずれか1項記載の方法。
- カオトロピック塩がグアニジン塩である、請求項1乃至請求項5のいずれか1項記載の方法。
- グアニジン塩がチオシアン酸グアニジン、塩化グアニジン及び塩酸グアニジンからなる群から選択される、請求項6記載の方法。
- カオトロピック塩がヨウ化ナトリウムのようなナトリウム塩である、請求項1乃至請求項5のいずれか1項記載の方法。
- 固体支持体が段階i)の後で、水溶液で洗浄される、請求項1乃至請求項8のいずれか1項記載の方法。
- 固体支持体がガラス又はシリカ系固相媒体、プラスチック系固相媒体、セルロース系固相媒体、ガラス繊維、ガラスマイクロファイバー、シリカゲル、シリカ酸化物、ニトロセルロース、カルボキシメチルセルロース、ポリエステル、ポリアミド、炭水化物ポリマー、ポリプロピレン、ポリテトラフルオロエチレン、ポリフッ化ビニリデン、羊毛及び多孔質セラミックからなる群から選択される、請求項1乃至請求項9のいずれか1項記載の方法。
- 固体支持体がセルロース系マトリックスである、請求項1乃至請求項10のいずれか1項記載の方法。
- セルロース系マトリックスが予備穿孔ディスクの形態である、請求項11記載の方法。
- セルロース系マトリックスがFTA(商標)Eluteカードの形態である、請求項11又は請求項12記載の方法。
- 核酸の増幅方法であって、
i)溶解試薬を含む固体支持体を、核酸を含む細胞試料と接触させる段階と、
ii)固体支持体を反応容器に移す段階と、
iii)固体支持体上の核酸を核酸増幅試薬溶液と共にインキュベートする段階と、
iv)核酸を増幅して増幅核酸を生じさせる段階と、
v)増幅核酸を定量化する段階と
を含んでいて、段階i)〜v)が固体支持体の存在下で実施される、方法。 - 細胞試料を添加する前の固体支持体が反応容器内にある、請求項14記載の方法。
- 増幅方法がポリメラーゼ連鎖反応である、請求項14又は請求項15記載の方法。
- 溶解試薬が界面活性剤、洗浄剤及びカオトロピック塩からなる群から選択される、請求項14乃至請求項16のいずれか1項記載の方法。
- 溶解試薬がドデシル硫酸ナトリウム、チオシアン酸グアニジン、塩酸グアニジン、塩化グアニジン及びヨウ化ナトリウムからなる群から選択される、請求項14乃至請求項17のいずれか1項記載の方法。
- 固体支持体にドデシル硫酸ナトリウム(SDS)、エチレンジアミン四酢酸(EDTA)及び尿酸が含浸されている、請求項14乃至請求項18のいずれか1項記載の方法。
- 固体支持体がFTA(商標)予備穿孔ディスクの形態である、請求項14乃至請求項19のいずれか1項記載の方法。
- 固体支持体がガラス又はシリカ系固相媒体、プラスチック系固相媒体、セルロース系固相媒体、ガラス繊維、ガラスマイクロファイバー、シリカゲル、シリカ酸化物、ニトロセルロース、カルボキシメチルセルロース、ポリエステル、ポリアミド、炭水化物ポリマー、ポリプロピレン、ポリテトラフルオロエチレン、ポリフッ化ビニリデン、羊毛及び多孔質セラミックからなる群から選択される、請求項14乃至請求項20のいずれか1項記載の方法。
- 固体支持体が段階i)の後で、水溶液で洗浄される、請求項14乃至請求項21のいずれか1項記載の方法。
- 増幅核酸がPCRイメージングシステムを用いて定量化される、請求項1乃至請求項22のいずれか1項記載の方法。
- 細胞試料が真核細胞、原核細胞、ウイルス、細菌、植物及び組織培養細胞からなる群から選択される、請求項1乃至請求項23のいずれか1項記載の方法。
- 細胞試料が血液、血清、精液、脳脊髄液、滑液、リンパ液、唾液、頬側、子宮頸部細胞、膣細胞、尿、糞便、毛髪、皮膚及び筋肉からなる群から選択される、請求項1乃至請求項24のいずれか1項記載の方法。
- 分子診断ツール、人物識別ツール及び法医学的ツールからなる群から選択されるツールとして使用するための、請求項1乃至請求項25のいずれか1項記載の方法。
- 核酸が段階ii)の前に固体支持体上に保存される、請求項1乃至請求項26のいずれか1項記載の方法。
- 核酸が30分間以上固体支持体上に保存される、請求項1乃至請求項27のいずれか1項記載の方法。
- 請求項1乃至請求項28のいずれか1項記載の方法により核酸を増幅するためのキット及びそれを使用するための説明書。
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