JP2016192950A5 - - Google Patents
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Description
上記基準に基づき、本発明の歯周病菌検出用オリゴヌクレオチドセットとして以下のものを確立した。
[トレポネーマ・デンティコーラ（Treponema denticola）検出用オリゴヌクレオチドセットTd1]
フォワードプライマー：5'-TAAGGGCGGCTTGAAATAATAATG-3'（配列番号１）
リバースプライマー：5'-AGAGCAAGCTCTCCCTTACCGT-3'（配列番号２）
プローブ：5'-CAGCGTTCGTTCTGAGCCAGGATCA-3'（配列番号３）
[タンネレラ・フォーサイシア（Tannerella forsythia）検出用オリゴヌクレオチドセットTf1]
フォワードプライマー：5'-CGACGGAGAGTGAGAGCTTTCT-3'（配列番号４）
リバースプライマー：5'-GCGCTCGTTATGGCACTTAAG-3'（配列番号５）
プローブ：5'-CGTCTATGTAGGTGCTGCATGGTTGTCG-3'（配列番号６）
[ポルフィロモナス・ジンジバリス（Porphyromonas gingivalis）検出用オリゴヌクレオチドセットPg1]
フォワードプライマー：5'-TAGCTTGCTAAGGTCGATGG-3'（配列番号７）
リバースプライマー：5'-CAAGTGTATGCGGTTTTAGT-3'（配列番号８）
プローブ：5'-TGCGTAACGCGTATGCAACTTGCC-3'（配列番号９）
[プレボテラ・インテルメディア（Prevoterlla intermedia）検出用のオリゴヌクレオチドセットPi1］
フォワードプライマー：5'-CGGCCTAATACCCGATGTTG-3'（配列番号１０）
リバースプライマー：5'-CCCATCCTCCACCGATGA-3'（配列番号１１）
プローブ：5'-CACATATGGCATCTGACGTGGACCAAA-3'（配列番号１２）
[フゾバクテリウム・ヌクレアタム（Fusobacterium nucleatum）検出用のオリゴヌクレオチドセットFn1］
フォワードプライマー：5'-AAGCGCGTCTAGGTGGTTATGT-3'（配列番号１３）
リバースプライマー：5'-TGTAGTTCCGCTTACCTCTCCAG-3'（配列番号１４）
プローブ： 5'-CAACGCAATACAGAGTTGAGCCCTGCATT-3'（配列番号１５）
[アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス（Aggregatibacter actinomycetemcomitans）検出用のオリゴヌクレオチドセットAa1］
フォワードプライマー：5'-CCCCATCGCTGGTTGGT-3'（配列番号１６）
リバースプライマー：5'-GTCATCATGGCCCTTACGAGTAG-3'（配列番号１７）
プローブ：5'-ACACGTGCTACAATGGCGTATACAGAGGGT-3'（配列番号１８）
[トレポネーマ・デンティコーラ（Treponema denticola）検出用オリゴヌクレオチドセットTd1]
フォワードプライマー：5'-TAAGGGCGGCTTGAAATAATAATG-3'（配列番号１）
リバースプライマー：5'-AGAGCAAGCTCTCCCTTACCGT-3'（配列番号２）
プローブ：5'-CAGCGTTCGTTCTGAGCCAGGATCA-3'（配列番号３）
[タンネレラ・フォーサイシア（Tannerella forsythia）検出用オリゴヌクレオチドセットTf1]
フォワードプライマー：5'-CGACGGAGAGTGAGAGCTTTCT-3'（配列番号４）
リバースプライマー：5'-GCGCTCGTTATGGCACTTAAG-3'（配列番号５）
プローブ：5'-CGTCTATGTAGGTGCTGCATGGTTGTCG-3'（配列番号６）
[ポルフィロモナス・ジンジバリス（Porphyromonas gingivalis）検出用オリゴヌクレオチドセットPg1]
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[プレボテラ・インテルメディア（Prevoterlla intermedia）検出用のオリゴヌクレオチドセットPi1］
フォワードプライマー：5'-CGGCCTAATACCCGATGTTG-3'（配列番号１０）
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プローブ：5'-CACATATGGCATCTGACGTGGACCAAA-3'（配列番号１２）
[フゾバクテリウム・ヌクレアタム（Fusobacterium nucleatum）検出用のオリゴヌクレオチドセットFn1］
フォワードプライマー：5'-AAGCGCGTCTAGGTGGTTATGT-3'（配列番号１３）
リバースプライマー：5'-TGTAGTTCCGCTTACCTCTCCAG-3'（配列番号１４）
プローブ： 5'-CAACGCAATACAGAGTTGAGCCCTGCATT-3'（配列番号１５）
[アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス（Aggregatibacter actinomycetemcomitans）検出用のオリゴヌクレオチドセットAa1］
フォワードプライマー：5'-CCCCATCGCTGGTTGGT-3'（配列番号１６）
リバースプライマー：5'-GTCATCATGGCCCTTACGAGTAG-3'（配列番号１７）
プローブ：5'-ACACGTGCTACAATGGCGTATACAGAGGGT-3'（配列番号１８）
958番目〜1063番目までの領域から、プライマーとして下記の配列番号４に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号５に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、プローブとして配列番号６に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを設計し、オリゴヌクレオチドセットTf1とした。
（オリゴヌクレオチドセットTf1）
フォワードプライマー：5'-CGACGGAGAGTGAGAGCTTTCT-3'（配列番号４）
リバースプライマー：5'-GCGCTCGTTATGGCACTTAAG-3'（配列番号５）
プローブ： 5'-CGTCTATGTAGGTGCTGCATGGTTGTCG-3'（配列番号６）
（オリゴヌクレオチドセットTf1）
フォワードプライマー：5'-CGACGGAGAGTGAGAGCTTTCT-3'（配列番号４）
リバースプライマー：5'-GCGCTCGTTATGGCACTTAAG-3'（配列番号５）
プローブ： 5'-CGTCTATGTAGGTGCTGCATGGTTGTCG-3'（配列番号６）
（実施例５）フソバクテリウム ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum：F.n.）検出用オリゴヌクレオチドセット
（１）フソバクテリウム ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum）検出用プライマー・プローブの調製
フソバクテリウム ヌクレアタム（以下、「F.n.」と略記する）の16S rRNA、23S rRNAをコードする遺伝子の塩基配列のうち、F.n.に属する菌株が共通に有し、F.n.に属さない歯周病菌株は有しない塩基配列部分、すなわち、F.n.菌に特徴的な塩基配列部分を、DDBJのBLAST（Basic Local Alignment Search Tool)を用い、歯周病菌を含む種々の細菌の16S rRNA、23S rRNAをコードする遺伝子の塩基配列との比較から特定した。
（１）フソバクテリウム ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum）検出用プライマー・プローブの調製
フソバクテリウム ヌクレアタム（以下、「F.n.」と略記する）の16S rRNA、23S rRNAをコードする遺伝子の塩基配列のうち、F.n.に属する菌株が共通に有し、F.n.に属さない歯周病菌株は有しない塩基配列部分、すなわち、F.n.菌に特徴的な塩基配列部分を、DDBJのBLAST（Basic Local Alignment Search Tool)を用い、歯周病菌を含む種々の細菌の16S rRNA、23S rRNAをコードする遺伝子の塩基配列との比較から特定した。
その結果、配列番号４２に示す塩基配列の428番目〜546番目までの領域、及び配列番号４４に示す塩基配列の571番目〜678番目までの領域を、F.n.に特徴的な塩基配列部分として特定し、これらを増幅ターゲットとすることにした。
配列番号４４に示す塩基配列の571番目〜678番目までの領域から、プライマーとして下記の配列番号１３に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号１４に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、プローブとして配列番号１５に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを設計し、オリゴヌクレオチドセットFn1とした。
（オリゴヌクレオチドセットFn1）
フォワードプライマー：5'-AAGCGCGTCTAGGTGGTTATGT-3'（配列番号１３）
リバースプライマー：5'-TGTAGTTCCGCTTACCTCTCCAG-3'（配列番号１４）
プローブ： 5'-CAACGCAATACAGAGTTGAGCCCTGCATT-3'（配列番号１５）
（オリゴヌクレオチドセットFn1）
フォワードプライマー：5'-AAGCGCGTCTAGGTGGTTATGT-3'（配列番号１３）
リバースプライマー：5'-TGTAGTTCCGCTTACCTCTCCAG-3'（配列番号１４）
プローブ： 5'-CAACGCAATACAGAGTTGAGCCCTGCATT-3'（配列番号１５）
また、配列番号４２に示す428番目〜546番目までの領域から、プライマーとして下記の配列番号３２に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号３３に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、プローブとして配列番号３４に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを設計し、オリゴヌクレオチドセットFn2とした。
（オリゴヌクレオチドセットFn2）
フォワードプライマー：5'-CTCCCAAGTAACATGGAACAC-3'（配列番号３２）
リバースプライマー：5'-TTCTTTTCACCTTTCCCTCAC-3'（配列番号３３）
プローブ： 5'-TGCGCTATCGGTTAGTAAGAGTATTTAGCCT-3'（配列番号３４）
（オリゴヌクレオチドセットFn2）
フォワードプライマー：5'-CTCCCAAGTAACATGGAACAC-3'（配列番号３２）
リバースプライマー：5'-TTCTTTTCACCTTTCCCTCAC-3'（配列番号３３）
プローブ： 5'-TGCGCTATCGGTTAGTAAGAGTATTTAGCCT-3'（配列番号３４）
Applications Claiming Priority (2)
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|---|---|---|---|
| JP2015072442 | 2015-03-31 | ||
| JP2015072442 | 2015-03-31 |
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Family Applications (1)
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|---|---|---|---|
| JP2015178662A Active JP6579874B2 (ja) | 2015-03-31 | 2015-09-10 | 歯周病菌検出用オリゴヌクレオチドセット及び歯周病菌の検出方法 |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2004201679A (ja) * | 2002-12-10 | 2004-07-22 | Kao Corp | Ｐｃｒ法によるフゾバクテリウム・ニュークレタム菌の検出用プライマー及びその検出方法 |
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- 2015-09-10 JP JP2015178662A patent/JP6579874B2/ja active Active
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