JP2016192950A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JP2016192950A5 JP2016192950A5 JP2015178662A JP2015178662A JP2016192950A5 JP 2016192950 A5 JP2016192950 A5 JP 2016192950A5 JP 2015178662 A JP2015178662 A JP 2015178662A JP 2015178662 A JP2015178662 A JP 2015178662A JP 2016192950 A5 JP2016192950 A5 JP 2016192950A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- base sequence
- probe
- oligonucleotide
- sequence shown
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 description 21
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 12
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 4
- 241000605986 Fusobacterium nucleatum Species 0.000 description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 4
- 201000008838 periodontal disease Diseases 0.000 description 3
- 108020004465 16S Ribosomal RNA Proteins 0.000 description 2
- 108020005097 23S Ribosomal RNA Proteins 0.000 description 2
- 241000606749 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Species 0.000 description 1
- 241000605862 Porphyromonas gingivalis Species 0.000 description 1
- 241001135235 Tannerella forsythia Species 0.000 description 1
- 241000589892 Treponema denticola Species 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000002869 basic local alignment search tool Methods 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
Description
上記基準に基づき、本発明の歯周病菌検出用オリゴヌクレオチドセットとして以下のものを確立した。
[トレポネーマ・デンティコーラ（Treponema denticola）検出用オリゴヌクレオチドセットTd1]
フォワードプライマー：5'-TAAGGGCGGCTTGAAATAATAATG-3'（配列番号１）
リバースプライマー：5'-AGAGCAAGCTCTCCCTTACCGT-3'（配列番号２）
プローブ：5'-CAGCGTTCGTTCTGAGCCAGGATCA-3'（配列番号３）
[タンネレラ・フォーサイシア（Tannerella forsythia）検出用オリゴヌクレオチドセットTf1]
フォワードプライマー：5'-CGACGGAGAGTGAGAGCTTTCT-3'（配列番号４）
リバースプライマー：5'-GCGCTCGTTATGGCACTTAAG-3'（配列番号５）
プローブ：5'-CGTCTATGTAGGTGCTGCATGGTTGTCG-3'（配列番号６）
[ポルフィロモナス・ジンジバリス（Porphyromonas gingivalis）検出用オリゴヌクレオチドセットPg1]
フォワードプライマー：5'-TAGCTTGCTAAGGTCGATGG-3'（配列番号７）
リバースプライマー：5'-CAAGTGTATGCGGTTTTAGT-3'（配列番号８）
プローブ：5'-TGCGTAACGCGTATGCAACTTGCC-3'（配列番号９）
[プレボテラ・インテルメディア（Prevoterlla intermedia）検出用のオリゴヌクレオチドセットPi1］
フォワードプライマー：5'-CGGCCTAATACCCGATGTTG-3'（配列番号１０）
リバースプライマー：5'-CCCATCCTCCACCGATGA-3'（配列番号１１）
プローブ：5'-CACATATGGCATCTGACGTGGACCAAA-3'（配列番号１２）
[フゾバクテリウム・ヌクレアタム（Fusobacterium nucleatum）検出用のオリゴヌクレオチドセットFn1］
フォワードプライマー：5'-AAGCGCGTCTAGGTGGTTATGT-3'（配列番号１３）
リバースプライマー：5'-TGTAGTTCCGCTTACCTCTCCAG-3'（配列番号１４）
プローブ： 5'-CAACGCAATACAGAGTTGAGCCCTGCATT-3'（配列番号１５）
[アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス（Aggregatibacter actinomycetemcomitans）検出用のオリゴヌクレオチドセットAa1］
フォワードプライマー：5'-CCCCATCGCTGGTTGGT-3'（配列番号１６）
リバースプライマー：5'-GTCATCATGGCCCTTACGAGTAG-3'（配列番号１７）
プローブ：5'-ACACGTGCTACAATGGCGTATACAGAGGGT-3'（配列番号１８）
[トレポネーマ・デンティコーラ（Treponema denticola）検出用オリゴヌクレオチドセットTd1]
フォワードプライマー：5'-TAAGGGCGGCTTGAAATAATAATG-3'（配列番号１）
リバースプライマー：5'-AGAGCAAGCTCTCCCTTACCGT-3'（配列番号２）
プローブ：5'-CAGCGTTCGTTCTGAGCCAGGATCA-3'（配列番号３）
[タンネレラ・フォーサイシア（Tannerella forsythia）検出用オリゴヌクレオチドセットTf1]
フォワードプライマー：5'-CGACGGAGAGTGAGAGCTTTCT-3'（配列番号４）
リバースプライマー：5'-GCGCTCGTTATGGCACTTAAG-3'（配列番号５）
プローブ：5'-CGTCTATGTAGGTGCTGCATGGTTGTCG-3'（配列番号６）
[ポルフィロモナス・ジンジバリス（Porphyromonas gingivalis）検出用オリゴヌクレオチドセットPg1]
フォワードプライマー：5'-TAGCTTGCTAAGGTCGATGG-3'（配列番号７）
リバースプライマー：5'-CAAGTGTATGCGGTTTTAGT-3'（配列番号８）
プローブ：5'-TGCGTAACGCGTATGCAACTTGCC-3'（配列番号９）
[プレボテラ・インテルメディア（Prevoterlla intermedia）検出用のオリゴヌクレオチドセットPi1］
フォワードプライマー：5'-CGGCCTAATACCCGATGTTG-3'（配列番号１０）
リバースプライマー：5'-CCCATCCTCCACCGATGA-3'（配列番号１１）
プローブ：5'-CACATATGGCATCTGACGTGGACCAAA-3'（配列番号１２）
[フゾバクテリウム・ヌクレアタム（Fusobacterium nucleatum）検出用のオリゴヌクレオチドセットFn1］
フォワードプライマー：5'-AAGCGCGTCTAGGTGGTTATGT-3'（配列番号１３）
リバースプライマー：5'-TGTAGTTCCGCTTACCTCTCCAG-3'（配列番号１４）
プローブ： 5'-CAACGCAATACAGAGTTGAGCCCTGCATT-3'（配列番号１５）
[アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス（Aggregatibacter actinomycetemcomitans）検出用のオリゴヌクレオチドセットAa1］
フォワードプライマー：5'-CCCCATCGCTGGTTGGT-3'（配列番号１６）
リバースプライマー：5'-GTCATCATGGCCCTTACGAGTAG-3'（配列番号１７）
プローブ：5'-ACACGTGCTACAATGGCGTATACAGAGGGT-3'（配列番号１８）
958番目〜1063番目までの領域から、プライマーとして下記の配列番号４に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号５に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、プローブとして配列番号６に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを設計し、オリゴヌクレオチドセットTf1とした。
（オリゴヌクレオチドセットTf1）
フォワードプライマー：5'-CGACGGAGAGTGAGAGCTTTCT-3'（配列番号４）
リバースプライマー：5'-GCGCTCGTTATGGCACTTAAG-3'（配列番号５）
プローブ： 5'-CGTCTATGTAGGTGCTGCATGGTTGTCG-3'（配列番号６）
（オリゴヌクレオチドセットTf1）
フォワードプライマー：5'-CGACGGAGAGTGAGAGCTTTCT-3'（配列番号４）
リバースプライマー：5'-GCGCTCGTTATGGCACTTAAG-3'（配列番号５）
プローブ： 5'-CGTCTATGTAGGTGCTGCATGGTTGTCG-3'（配列番号６）
（実施例５）フソバクテリウム ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum：F.n.）検出用オリゴヌクレオチドセット
（１）フソバクテリウム ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum）検出用プライマー・プローブの調製
フソバクテリウム ヌクレアタム（以下、「F.n.」と略記する）の16S rRNA、23S rRNAをコードする遺伝子の塩基配列のうち、F.n.に属する菌株が共通に有し、F.n.に属さない歯周病菌株は有しない塩基配列部分、すなわち、F.n.菌に特徴的な塩基配列部分を、DDBJのBLAST（Basic Local Alignment Search Tool)を用い、歯周病菌を含む種々の細菌の16S rRNA、23S rRNAをコードする遺伝子の塩基配列との比較から特定した。
（１）フソバクテリウム ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum）検出用プライマー・プローブの調製
フソバクテリウム ヌクレアタム（以下、「F.n.」と略記する）の16S rRNA、23S rRNAをコードする遺伝子の塩基配列のうち、F.n.に属する菌株が共通に有し、F.n.に属さない歯周病菌株は有しない塩基配列部分、すなわち、F.n.菌に特徴的な塩基配列部分を、DDBJのBLAST（Basic Local Alignment Search Tool)を用い、歯周病菌を含む種々の細菌の16S rRNA、23S rRNAをコードする遺伝子の塩基配列との比較から特定した。
その結果、配列番号４２に示す塩基配列の428番目〜546番目までの領域、及び配列番号４４に示す塩基配列の571番目〜678番目までの領域を、F.n.に特徴的な塩基配列部分として特定し、これらを増幅ターゲットとすることにした。
配列番号４４に示す塩基配列の571番目〜678番目までの領域から、プライマーとして下記の配列番号１３に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号１４に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、プローブとして配列番号１５に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを設計し、オリゴヌクレオチドセットFn1とした。
（オリゴヌクレオチドセットFn1）
フォワードプライマー：5'-AAGCGCGTCTAGGTGGTTATGT-3'（配列番号１３）
リバースプライマー：5'-TGTAGTTCCGCTTACCTCTCCAG-3'（配列番号１４）
プローブ： 5'-CAACGCAATACAGAGTTGAGCCCTGCATT-3'（配列番号１５）
（オリゴヌクレオチドセットFn1）
フォワードプライマー：5'-AAGCGCGTCTAGGTGGTTATGT-3'（配列番号１３）
リバースプライマー：5'-TGTAGTTCCGCTTACCTCTCCAG-3'（配列番号１４）
プローブ： 5'-CAACGCAATACAGAGTTGAGCCCTGCATT-3'（配列番号１５）
また、配列番号４２に示す428番目〜546番目までの領域から、プライマーとして下記の配列番号３２に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号３３に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、プローブとして配列番号３４に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを設計し、オリゴヌクレオチドセットFn2とした。
（オリゴヌクレオチドセットFn2）
フォワードプライマー：5'-CTCCCAAGTAACATGGAACAC-3'（配列番号３２）
リバースプライマー：5'-TTCTTTTCACCTTTCCCTCAC-3'（配列番号３３）
プローブ： 5'-TGCGCTATCGGTTAGTAAGAGTATTTAGCCT-3'（配列番号３４）
（オリゴヌクレオチドセットFn2）
フォワードプライマー：5'-CTCCCAAGTAACATGGAACAC-3'（配列番号３２）
リバースプライマー：5'-TTCTTTTCACCTTTCCCTCAC-3'（配列番号３３）
プローブ： 5'-TGCGCTATCGGTTAGTAAGAGTATTTAGCCT-3'（配列番号３４）
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2015072442 | 2015-03-31 | ||
| JP2015072442 | 2015-03-31 |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2016192950A JP2016192950A (ja) | 2016-11-17 |
| JP2016192950A5 true JP2016192950A5 (ja) | 2018-08-30 |
| JP6579874B2 JP6579874B2 (ja) | 2019-09-25 |
Family
ID=57322350
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2015178662A Active JP6579874B2 (ja) | 2015-03-31 | 2015-09-10 | 歯周病菌検出用オリゴヌクレオチドセット及び歯周病菌の検出方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JP6579874B2 (ja) |
Families Citing this family (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US12014822B2 (en) | 2017-03-01 | 2024-06-18 | Mitsui Chemicals, Inc. | Machine learning device, trained model, data structure, periodontal disease detection method, periodontal disease detection system, and periodontal disease detection kit |
| CN111479579A (zh) | 2017-12-12 | 2020-07-31 | 森永乳业株式会社 | 以双歧杆菌属细菌作为有效成分的组合物 |
| US20210102239A1 (en) * | 2017-12-22 | 2021-04-08 | Mitsui Chemicals, Inc. | Method for determining bacterial number in specimen |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2004201679A (ja) * | 2002-12-10 | 2004-07-22 | Kao Corp | Ｐｃｒ法によるフゾバクテリウム・ニュークレタム菌の検出用プライマー及びその検出方法 |
| JP4917815B2 (ja) * | 2006-02-27 | 2012-04-18 | 株式会社ビー・エム・エル | 歯周病菌の検出方法 |
-
2015
- 2015-09-10 JP JP2015178662A patent/JP6579874B2/ja active Active
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP2016192950A5 (ja) | ||
| Bos et al. | Eighteenth century Yersinia pestis genomes reveal the long-term persistence of an historical plague focus | |
| HRP20192283T1 (hr) | Sastavi koji sadrže bakterijske sojeve | |
| Klitgaard et al. | Targeting the treponemal microbiome of digital dermatitis infections by high-resolution phylogenetic analyses and comparison with fluorescent in situ hybridization | |
| JP2018518163A5 (ja) | ||
| Liu et al. | Mitochondrial and nuclear ribosomal DNA evidence supports the existence of a new Trichuris species in the endangered françois’ leaf-monkey | |
| Sivakumar et al. | Genetic diversity of merozoite surface antigens in Babesia bovis detected from Sri Lankan cattle | |
| Benoit et al. | Induction of vap genes encoded by the virulence plasmid of Rhodococcus equi during acid tolerance response | |
| JP2015522264A5 (ja) | ||
| Osorio et al. | Variation in 16S-23S rRNA intergenic spacer regions in Photobacterium damselae: a mosaic-like structure | |
| Tsai et al. | Development of a sensitive and specific LAMP PCR assay for detection of fish pathogen Lactococcus garvieae | |
| Meng et al. | First detection of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus in the tick species Haemaphysalis concinna in Shandong Province, China | |
| Huang et al. | The complete mitochondrial genome and its remarkable secondary structure for a stonefly Acroneuria hainana Wu (Insecta: Plecoptera, Perlidae) | |
| JP2017529321A5 (ja) | ||
| JP2017536124A5 (ja) | ||
| Al-Jailawi et al. | Multiplex-PCR assay for identification of Klebsiella pneumoniae | |
| Han et al. | Rapid and sensitive detection of Streptococcus iniae by loop-mediated isothermal amplification (LAMP). | |
| Rao et al. | Detection of sugarcane grassy shoot phytoplasma infecting sugarcane in India and its phylogenetic relationships to closely related phytoplasmas | |
| Schneider et al. | A new, highly effective primer pair to exclude algae when amplifying nuclear large ribosomal subunit (LSU) DNA from lichens | |
| Chen et al. | Simultaneous detection of duck hepatitis A virus types 1 and 3, and of duck astrovirus type 1, by multiplex RT-PCR | |
| Du et al. | Development and application of a quantitative real‐time polymerase chain reaction assay for the detection of Aeromonas salmonicida | |
| Choi et al. | Comparisons of CTX-M-producing Escherichia coli isolates from humans and animals in South Korea | |
| Pal et al. | Molecular cloning and characterization of CD14 gene in goat | |
| Ma et al. | Development of a species-specific real-time PCR assay for diagnosing Pantoea beijingensis | |
| Koo et al. | First report of an Rsv resistance-breaking isolate of Soybean mosaic virus in Korea. |