JP2015000039A - 情報処理装置、情報処理システム及びプログラム - Google Patents

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Abstract

【課題】培養中の細胞が増殖する予兆を好適に検出することが可能な情報処理装置、情報処理システム及びプログラムを提供する。
【解決手段】情報処理装置3は、時系列の複数の入力画像Imに基づき、監視期間Tw内において継続して動きが発生したか否かを示す累積動き情報Idcを生成し、累積動き情報Idcに基づき予兆領域Rtagを検出する。
【選択図】図4

Description

本発明は、培養中の細胞が増殖する予兆を検出する技術に関する。
従来から、細胞が撮像された画像データから目的の細胞の領域を抽出し、その移動量などを算出する技術が知られている。例えば、特許文献1には、撮影範囲内にある各細胞が所定時間内で移動した距離を算出し、それらを領域ごとに累積することで、領域ごとに細胞集団の活性度を評価する技術が開示されている。
特開2013−39113号公報
細胞を培養する際、培養環境の調整や培養期間の予測は細胞ごとに異なり、現在は作業者が目視で細胞の様子を観察して判断している。この作業は、習熟度による個人差があるという問題があるため、培養環境の調整や培養期間の予測をするのに有用な客観的な指標を算出できると便宜である。一方、特許文献1では、培養する細胞の活性度を評価する指標を算出している。しかしながら、培養期間を予測する場合などに有用な、培養する細胞が増殖する予兆部分を検出する技術については、特許文献1には何ら記載及び示唆がない。そこで本発明は、培養中の細胞が増殖する予兆を好適に検出することが可能な情報処理装置、情報処理システム及びプログラムを提供することを主な目的とする。
本発明の1つの観点では、培地を撮影した画像から培養中の細胞が増殖する予兆部分を検出する情報処理装置であって、前記培地を撮影した複数の画像に基づき、所定期間内において継続して動きが発生した領域の一部又は全部を、前記予兆部分として検出する予兆検出手段を有することを特徴とする。上記の「培養中の細胞」とは、培養される対象となる生物体の構造上・機能上の基本単位であり、好適には、表皮細胞、iPS(Induced Pluripotent Stem)細胞、又はES(Embryonic Stem)細胞である。
本発明の他の観点では、情報処理システムは、培養中の細胞が存在する培地を撮影する撮影手段と、前記培地を撮影した複数の画像に基づき、所定期間内において継続して動きが発生した領域を、培養中の細胞が増殖する予兆部分として検出する予兆検出手段と、を有することを特徴とする。
本発明のさらに他の観点では、培地を撮影した画像から培養中の細胞が増殖する予兆部分を検出する情報処理装置が実行するプログラムであって、前記培地を撮影した複数の画像に基づき、所定期間内において継続して動きが発生した領域を、前記予兆部分として検出する予兆検出手段として前記情報処理装置を機能させることを特徴とする。
本発明によれば、情報処理装置は、培地を撮影した画像から培養中の細胞が増殖する予兆部分を検出する際に、培地を撮影した複数の画像に基づき、所定期間内において継続して動きが発生した領域を、予兆部分として検出する。予兆部分は、動きが継続して発生するという特徴があるため、この態様により、情報処理装置は、培養中の細胞が増殖する予兆部分を的確に検出することができる。
予兆検出システムの概略構成を示す。 表皮細胞をターゲット細胞とした場合の入力画像の一例である。 情報処理装置の機能ブロック図である。 予兆検出処理の手順を示すフローチャートである。 図4のステップS101及びステップS102で実行する処理概要を示す図である。 図4のステップS103で実行する処理概要を示す。 図4のステップS104において、累積動き情報が示す画像から予兆領域を検出する処理の概要を示す図である。 検出した予兆領域を強調表示した累積動き情報の画像を示す。
以下、図面を参照しながら、本発明に好適な実施形態について説明する。
[システム構成]
図1は、本実施形態に係る予兆検出システム10の概略構成を示す図である。予兆検出システム10は、人体の皮膚(表皮細胞)などの細胞を培養する際に、培養の完了日時を予測するためのシステムである。図1に示すように、予兆検出システム10は、培地1と、カメラ2と、情報処理装置3とを有する。
培地1は、細胞を培養するための培地であり、例えば寒天培地やフィルム培地(図1では寒天培地)である。培地1で培養する対象となる細胞を「ターゲット細胞」とも呼ぶ。ターゲット細胞は、例えば表皮細胞である。培地1には、培養溶液が入れられており、ターゲット細胞の他、培養環境を整えるためのフィーダー細胞などが存在する。
カメラ2は、培地1で培養されている細胞を撮影した画像(「入力画像Im」とも呼ぶ。)を生成し、入力画像Imを情報処理装置3に供給する。カメラ2は、例えば顕微鏡に取り付けられてもよく、顕微鏡と一体型であってもよい。カメラ2は、本発明における「撮影手段」の一例である。
情報処理装置3は、カメラ2から供給された入力画像Imに基づき、ターゲット細胞が増殖する予兆となる領域(「予兆領域Rtag」とも呼ぶ。)を検出する。ここで、予兆領域Rtagは、ターゲット細胞の表示領域であって、当該領域からターゲット細胞が拡大又は増殖することが見込まれる領域である。そして、予兆領域Rtagでは、細胞の激しい動きが継続して発生する。
図2は、カメラ2が生成する入力画像Imの一例を示す。図2に示す入力画像Imには、ターゲット細胞に加え、フィーダー細胞が表示されている。ここで、フィーダー細胞は、ターゲット細胞よりも大きな細胞であり、かつ、密集度がターゲット細胞と比較して低い。そして、ターゲット細胞は、フィーダー細胞と比べて動きが活発であるという特徴がある。このような特徴が現れるターゲット細胞の好適な例としては、表皮細胞の他、iPS細胞やES細胞などが挙げられる。
[情報処理装置の構成]
次に、情報処理装置3について説明する。情報処理装置3は、ハードウェアとして、電子ペン1とのデータ通信が可能なアンテナ装置、CPU等のプロセッサ、ROMやRAMといったメモリ、ディスプレイ、マウスやキーボード等で構成される。
図3は、情報処理装置3の機能ブロック図である。情報処理装置3は、機能的には、マウスやキーボードといった入力手段31、有線又は無線により通信を行う通信手段32、記憶手段33、処理手段34、及びディスプレイなどの表示手段36を備える。
記憶手段33は、ROMやRAMといったメモリによって構成され、処理手段34が所定の処理を実行するのに必要なプログラムなどを記憶する。
処理手段34は、CPU等のプロセッサによって構成され、情報処理装置3の全体の制御を行う。処理手段34は、動き情報算出手段341と、累積動き情報算出手段342と、予兆検出手段343と、培養完了日時予測手段344とを有する。
動き情報算出手段341は、入力画像Imの時系列での輝度変化に基づき、入力画像Imの画素位置ごとに細胞の動きの有無を示す情報(「動き情報Id」とも呼ぶ。)を算出する。動き情報Idの具体的な算出方法については、図5を参照して後述する。そして、動き情報算出手段341は、所定期間(「監視期間Tw」とも呼ぶ。)内においてカメラ2が生成した入力画像Imを対象に、監視期間Tw内の各時刻に対応する動き情報Idを算出する。
累積動き情報算出手段342は、動き情報算出手段341が算出した監視期間Tw内の各時刻に対応する動き情報Idを累積した情報(「累積動き情報Idc」とも呼ぶ。)を算出する。累積動き情報Idcは、監視期間Tw内の各時刻に対応する動き情報Idを平均化した情報を示す。累積動き情報Idcの具体的な算出方法については、後述する図6を参照して具体的に説明する。
予兆検出手段343は、累積動き情報Idcに基づき、予兆領域Rtagを検出する。上述したように、ターゲット細胞が増殖する予兆部分では、激しい動きが継続して発生する。従って、予兆検出手段343は、累積動き情報Idcに基づき、継続して動きが発生している画素位置を予兆領域Rtagの一部であると認識する。
培養完了日時予測手段344は、予兆検出手段343が検出した予兆領域Rtagの個数や総面積などに基づき、培養が完了する日時(培養完了日時)を予測する。
[処理フロー]
次に、情報処理装置3が実行する予兆検出処理の手順について説明する。図4は、予兆検出処理の手順を示すフローチャートである。情報処理装置3は、図4に示す処理フローを、例えば予兆検出処理を実行すべき旨の入力を検知した場合に実行する。
なお、以後の説明では、便宜上、情報処理装置3は、時刻「T(n)」(nは2以上の整数)において、予兆検出処理を実行するものとする。ここで、時刻T(1)は監視期間Twの開始時刻を示し、時刻T(n)は監視期間Twの終了時刻を示す。そして、時刻T(1)〜時刻T(n)は、監視期間Twを略等間隔に区切った時刻を示す。
まず、動き情報算出手段341は、基準時刻である時刻T(n)にカメラ2から受信した入力画像Imの各画素を、輝度値に基づき所定個数のクラスに分類する(ステップS101)。これにより、動き情報算出手段341は、入力画像Imの各画素位置での輝度の大きさのクラスを示す画像(「クラス分類画像Ic」とも呼ぶ。)を生成する。同様に、動き情報算出手段341は、監視期間Tw内の各時刻T(1)〜T(n−1)で取得した入力画像Imに対しても同様に、クラス分類画像Icを生成する。ステップS101の処理の具体例については、後述する図5を参照して説明する。
次に、動き情報算出手段341は、監視期間Tw内の各時刻に対して、当該時刻のクラス分類画像Icと前時刻のクラス分類画像Icとの画素位置ごとのクラスの同異を示す動き情報Idを算出する(ステップS102)。具体的には、動き情報算出手段341は、時刻T(2)〜T(n)に対応するクラス分類画像Icと、その直前の時刻T(1)〜T(n−1)に対応するクラス分類画像Icとの各画素位置でのクラスの同異を判定する。これにより、動き情報算出手段341は、時刻T(2)〜T(n)の各時刻に対する「n−1」個分の2値化画像である動き情報Idを生成する。ステップS102の処理の具体例については、後述する図5を参照して説明する。
そして、累積動き情報算出手段342は、ステップS102で生成された監視期間Tw内の各時刻に対応する「n−1」フレーム分の動き情報Idを蓄積した累積動き情報Idcを算出する(ステップS103)。この処理の具体例については、図6を参照して説明する。
次に、予兆検出手段343は、累積動き情報Idcに基づき、予兆領域Rtagを検出する(ステップS104)。この処理の具体例については、図7及び図8を参照して説明する。
その後、培養完了日時予測手段344は、ステップS104で検出された予兆領域Rtagの数や総面積等に基づき、培養完了日時を予測する。例えば、培養完了日時予測手段344は、予兆領域Rtagの数又は/及び総面積等と現時刻から培養完了日時までの時間幅とのマップ又は式を予め実験や計算等に基づき作成しておき、当該マップ又は式を参照して培養完了日時を算出する。
[具体例]
次に、予兆検出処理の具体例について、図5〜図8を参照して説明する。
図5は、図4のステップS101及びステップS102で動き情報算出手段341が実行する処理概要を示す図である。具体的に、図5は、左から順に、時刻T(n−1)及び時刻T(n)に取得した入力画像Imと、これらの入力画像Imに基づき生成したクラス分類画像Icと、これらのクラス分類画像Icに基づき生成した二値化画像の動き情報Idとを示す。
まず、動き情報算出手段341は、時刻T(n−1)及び時刻T(n)に対応する各入力画像Imから、それぞれに対応するクラス分類画像Icを生成する。このとき、図5の例では、動き情報算出手段341は、入力画像Imの各画素の輝度値と、予め定めた2つの閾値とを比較することで、入力画像Imの各画素を3つのクラスに分類し、3値化画像であるクラス分類画像Icを生成している。なお、図5では、クラス分類画像Icの各画素は、それぞれ、輝度が小さいクラスに属するほど、輝度が小さくなるように(即ち暗くなるように)表示されている。従って、図5の例では、輝度が最も大きいクラスに属する画素は、細胞以外の領域に該当し、輝度が小さいその他のクラスに属する画素は、ターゲット細胞やフィーダー細胞などの細胞の領域に該当する。
次に、図5の例では、動き情報算出手段341は、時刻T(n)に対応するクラス分類画像Icと、時刻T(n−1)に対応するクラス分類画像Icとを画素ごとに比較する。そして、動き情報算出手段341は、同じクラスに属する画素位置の輝度を0とし、異なるクラスに属する画素位置の輝度を0より大きい所定値とする2値化画像を生成する。そして、動き情報算出手段341は、生成した2値化画像を、時刻T(n)における動き情報Idとして記憶手段33に記憶させる。そして、動き情報算出手段341は、各時刻T(2)〜時刻T(n−1)に対応する動き情報Idについても同様に、当該時刻に取得した入力画像Imと、その直前の時刻に取得した入力画像Imとに基づき生成する。このように、動き情報算出手段341は、動きがある画素と、動きがない画素とをそれぞれ異なる輝度値に設定した2値化画像である動き情報Idを監視期間Twの各時刻に対して生成する。
図6は、ステップS103で累積動き情報算出手段342が実行する処理概要を示す。具体的に、図6は、上から順に、時刻T(2)〜時刻T(n)にそれぞれ対応する二値化画像の動き情報Idと、これらの動き情報Idから生成した累積動き情報Idcの画像とを示す。
図6に示すように、累積動き情報算出手段342は、画素位置ごとに、時刻T(2)〜時刻T(n)に対応する動き情報Idを示す二値化画像の各輝度値を足し合わせることで、累積動き情報Idcを生成する。なお、この場合、累積動き情報算出手段342は、累積動き情報Idcの各輝度値が所定の飽和値(上限値)を超えないように正規化処理を行ってもよい。
図7は、ステップS104において、累積動き情報Idcが示す画像から予兆領域Rtagを検出する処理の概要を示す図である。図7の例では、まず、予兆検出手段343は、累積動き情報Idcが示す画像内に、所定個数の画素から構成される矩形領域「Ru」を設定し、当該矩形領域Ru内の各画素の輝度値の積算値(「積算値Vc」とも呼ぶ。)を算出する。矩形領域Ruの縦横の長さは、例えば入力画像Im内での予兆領域Rtagの推定される縦横の長さに実験等に基づき設定される。そして、予兆検出手段343は、設定した矩形領域Ruに対応する積算値Vcが所定の閾値以上である場合に、当該矩形領域Ruが予兆領域Rtagであると判断する。上述の閾値は、例えば当該矩形領域Ruが予兆領域Rtagである場合の積算値Vcの下限値などに実験等に基づき予め定められる。
そして、予兆検出手段343は、図7に示すように、矩形領域Ruを累積動き情報Idcの画像上で走査させる。図7の例では、予兆検出手段343は、矩形領域Ruを左上角から右方向に所定画素(例えば1画素)ずつ移動させ、右端に達した場合に、所定画素(例えば1画素)分だけ下方向に矩形領域Ruを遷移させ、再び左端から右端にかけて矩形領域Ruをずらす。そして、予兆検出手段343は、矩形領域Ruが累積動き情報Idcの右下角に達するまで矩形領域Ruの走査を行う。そして、予兆検出手段343は、設定した各矩形領域Ruについて、積算値Vcを算出し、予兆領域Rtagであるか否か判定する。
図8は、図7で説明した処理により検出した予兆領域Rtagを強調表示した累積動き情報Idcを示す。図8の例では、予兆領域Rtagは、白枠により強調表示されている。このように、予兆検出手段343は、矩形領域Ruを走査することにより、11個の予兆領域Rtagを検出している。そして、白枠により囲まれた領域は、いずれも、動きが継続して発生していることを示す画素(即ち輝度が高い画素)の割合が多い。このように、情報処理装置3は、図4に示す予兆検出処理を実行することで、予兆領域Rtagを的確に検出することができる。
[本実施形態の予兆検出システムによる作用・効果]
本実施形態の予兆検出システム10によれば、情報処理装置3は、時系列の複数の入力画像Imに基づき、監視期間Tw内において継続して動きが発生したか否かを示す累積動き情報Idcを生成し、累積動き情報Idcに基づき予兆領域Rtagを検出する。ターゲット細胞が増殖する予兆部分では、細胞の動きが継続して発生するという特徴があるため、この態様により、情報処理装置3は、予兆領域Rtagを的確に検出することができる。
[変形例]
以下では、上記した実施形態の変形例について説明する。なお、下記の変形例は、任意に組み合わせて実施形態に適用することができる。
(変形例1)
図1の予兆検出システム10の構成は一例であり、本発明が適用可能な構成は、図1に示す構成に限定されない。
例えば、情報処理装置3は、カメラ2から入力画像Imを直接受信する代わりに、カメラ2が生成した画像を記憶した他の装置や記録媒体を介して入力画像Imを受信してもよい。また、情報処理装置3は、互いに電気的に接続した複数の端末から構成されていてもよい。この場合、各端末は、それぞれ、割り当てられた処理をするのに必要な情報を、他の端末から受信する。
(変形例2)
情報処理装置3は、予兆検出処理により検出した予兆領域Rtagに基づき培養完了日時を予測する培養完了日時予測手段344を有したが、本発明が適用可能な構成は、これに限定されない。
例えば、情報処理装置3は、培養完了日時を予測する代わりに、予兆領域Rtagの個数等をユーザが視認できるように、図8に示す画像等の表示を行ってもよい。この場合、情報処理装置3のユーザは、表示された予兆領域Rtagの数等に基づき、培養完了日時を自ら予測したり、培地1に浸した培養液の量を変更したり、当該培養液の種類を変えたりする。
他の例では、情報処理装置3は、電気的に接続した端末から予兆領域Rtagを検出すべき旨の要求信号を、監視期間Tw内に生成された各入力画像Imと共に受信し、当該入力画像Imに基づき予兆領域Rtagを検出してもよい。この場合、情報処理装置3は、予兆領域Rtagの検出後、検出結果を示す図8に示す画像や予兆領域Rtagの個数の情報などを、要求信号の送信元の端末に送信する。
(変形例3)
図7の説明では、予兆検出手段343は、矩形領域Ruごとに予兆領域Rtagであるか否かを判定した。これに代えて、予兆検出手段343は、画素ごとに予兆領域Rtagを構成する画素か否か判定してもよい。この場合、例えば予兆検出手段343は、上述した実施形態と同様に矩形領域Ruの走査を行い、矩形領域Ruの積算値Vcが閾値以上の場合に、当該矩形領域Ruの中心画素が予兆領域Rtagを構成する画素であると判断する。そして、培養完了日時予測手段344は、積算値Vcが閾値以上であると判定した矩形領域Ruの中心画素からなる連結領域を、それぞれ予兆領域Rtagであると認識する。
また、他の例では、予兆検出手段343は、積算値Vcが閾値以上であると判断した矩形領域Ruのうち、一部の領域を予兆領域Rtagとして検出してもよい。例えば、この場合、予兆検出手段343は、積算値Vcが閾値以上である矩形領域Ruの中心部分の所定個数分の画素を、予兆領域Rtagとして検出する。
(変形例4)
図5の説明等では、動き情報算出手段341は、入力画像Imの各画素を輝度に基づきクラス分けしてクラス分類画像Icを生成し、前後の時刻に対応するクラス分類画像Ic同士の比較処理により動き情報Idを生成した。しかし、本発明が適用可能な動き情報Idの生成方法は、これに限定されない。
これに代えて、例えば、動き情報算出手段341は、監視期間Tw内に取得された入力画像Imに基づき、監視期間Twの各時刻でのオプティカルフローの大きさを各画素位置で算出し、当該オプティカルフローの大きさからなる画像を動き情報Idとして定めてもよい。なお、この場合、動き情報算出手段341は、オプティカルフローの大きさに対して所定の閾値を設けることにより、動き情報Idの画像を実施形態と同様に二値化画像としてもよい。この場合であっても、動き情報算出手段341は、監視期間Tw内の各時刻に対応する動き情報Idを好適に算出することができる。
他の例では、累積動き情報算出手段342は、入力画像Imをフレーム間差分(即ち、対応する画素同士で輝度値を差分)することで得られた画像を、動き情報Idとしてもよい。例えば、図5の例では、累積動き情報算出手段342は、時刻T(n)に対応する入力画像Im及び時刻T(n−1)に対応する入力画像Imをフレーム間差分することで、時刻T(n)に対応する動き情報Idを生成する。
(変形例5)
予兆検出手段343は、累積動き情報Idcの各輝度値を算出する際に、時刻Tnに近い時刻に対応する動き情報Idほど累積動き情報Idcに対する重み(反映の度合)が大きくなるように重み付け処理を行ってもよい。例えば、この場合、予兆検出手段343は、各時刻での動き情報Idに対し、時刻Tnに近いほど大きい重み付け係数を乗じ、画素位置ごとに積算することで累積動き情報Idcを算出する。これにより、情報処理装置3は、基準時刻T(n)での培地1内の状態により即した累積動き情報Idcを好適に算出することができる。
(変形例6)
培養完了日時予測手段344は、予兆領域Rtagの個数を算出する場合、中心が所定画素以内の距離にある予兆領域Rtagを1つの領域と見なしてもよい。これにより、培養完了日時予測手段344は、1つの予兆を複数の予兆であると誤認識するのを防ぎ、より高精度に培養完了日時を予測することができる。
1 培地
2 カメラ
3 情報処理装置
10 予兆検出システム

Claims (8)

  1. 培地を撮影した画像から培養中の細胞が増殖する予兆部分を検出する情報処理装置であって、
    前記培地を撮影した複数の画像に基づき、所定期間内において継続して動きが発生した領域の一部又は全部を、前記予兆部分として検出する予兆検出手段
    を有することを特徴とする情報処理装置。
  2. 前記培地を撮影した複数の画像から、任意の時刻での細胞の動きに関する情報を算出する動き情報算出手段をさらに有し、
    前記予兆検出手段は、前記所定期間内の複数の時刻に対応する前記動きに関する情報に基づき、前記予兆部分を検出することを特徴とする請求項1に記載の情報処理装置。
  3. 前記所定期間内での前記動きに関する情報を累積した累積動き情報を算出する累積動き情報算出手段をさらに有し、
    前記予兆検出手段は、前記累積動き情報算出手段が算出した累積動き情報に基づき、前記予兆部分を検出することを特徴とする請求項2に記載の情報処理装置。
  4. 前記累積動き情報算出手段は、前記所定期間内で遅い時刻に対応する動きに関する情報ほど、重み付けを大きくして前記累積動き情報を算出することを特徴とする請求項3に記載の情報処理装置。
  5. 前記動き情報算出手段は、前記培地を撮影した画像の各位置又は領域を、輝度に基づき所定個数のクラスに分類した後、当該クラスの経時変化の有無を示す2値化画像を、前記動きに関する情報として算出することを特徴とする請求項2〜4のいずれか一項に記載の情報処理装置。
  6. 前記予兆検出手段が検出した予兆部分の数又は面積の少なくとも一方に基づき、前記培養中の細胞の培養完了日時を予測する培養完了日時予測手段をさらに有することを特徴とする請求項1〜5のいずれか一項に記載の情報処理装置。
  7. 培養中の細胞が存在する培地を撮影する撮影手段と、
    前記培地を撮影した複数の画像に基づき、所定期間内において継続して動きが発生した領域の一部又は全部を、培養中の細胞が増殖する予兆部分として検出する予兆検出手段と、
    を有することを特徴とする情報処理システム。
  8. 培地を撮影した画像から培養中の細胞が増殖する予兆部分を検出する情報処理装置が実行するプログラムであって、
    前記培地を撮影した複数の画像に基づき、所定期間内において継続して動きが発生した領域の一部又は全部を、前記予兆部分として検出する予兆検出手段
    として前記情報処理装置を機能させることを特徴とするプログラム。
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