JP2014506122A - バーチャル細胞染色システム - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、米国特許法第119条(e)項のもとで、2010年12月7日出願の米国特許仮出願第61/420,708、2011年3月8日出願の米国特許仮出願第61/450,519号、および2011年9月30日出願の米国特許仮出願第61/541,375号の恩典を請求する。上記で特定された出願の開示は、あたかも詳細に示されるかのように、参照によって本明細書に援用される。
本開示は概して、生物学的材料の画像化、ならびに詳細には、細胞および関連の構造のバーチャル染色のためのシステム、方法、ソフトウェアおよびコンピューターで使用可能な媒体に関する。
画像化実験では、色素または染料を用いて、生体細胞の種々のオルガネラまたは構造を標識する。細胞のこれらの構造を染色して、例えば、細胞について分析または学習する。細胞の2つ以上の構造が同時に染色される場合が多い。これは、多重染色と呼ばれる。クロストークとは、多重染色から発生する色の重複または混合である。多重染色から発生する色にクロストークが多すぎる場合、個々の構造を識別することが不可能な場合もある。結果として、実験のために細胞の特定の構造を特定または分析することが不可能である場合もある。
バーチャル細胞染色を創出するためのシステムおよび方法が提供される。具体的には、多重染色適用で用いられる試薬の間の色のクロストークを最小限にするための技術が提供される。
システム
図1は、本発明の教示の実施形態が実行され得る、システム100を図示するブロック図である。システム100は、限定するものではないが、コンピューター、携帯電話、タブレットデバイス、ゲーム機、音楽プレイヤー、ビデオプレイヤー、または実験装置であってもよい。コンピューターは、計算可能な任意のデバイスを備えてもよく、これには例えば、ワークステーション、デスクトップコンピューター、ラップトップコンピューターを挙げることができる。種々の実施形態では、システム100はウェブであってもよいし、またはネットワーク(例えば、LAN、WAN、インターネットなど)の接続(例えば、有線または無線)を通じて、1つ以上のクライアントデバイスと通信状態にあるように構成され得るアプリケーションサーバーであってもよい。例えば、システム100は、例えば、Category6(CAT6)、光ファイバー、Wi−Fi、WLANなどを介して、インターネットを通じて1つ以上のクライアントデバイス(示さず)に通信的に接続されている、スイッチ、ルーターおよび/またはウェブサーバー(示さず)に通信的に接続されてもよい。
上記のように、多重染色に関与する画像化実験は伝統的に、発色した色の間のクロストークを防ぐために試行錯誤のアプローチを必要とした。このアプローチでは、試薬の購入、プロトコールの実行、細胞の染色および発色した色の分析という工程を繰り返し実行して、クロストークを最小化または排除する。このアプローチでは、必要であるよりも多くの試薬を購入して用いることが必要となり得、画像化実験を行うために必要な時間全体が延長し得る。
図1は、システム100を図示するブロック図であって、ここで本発明の教示の実施形態が実行され得る。生体細胞の細胞構造をディスプレイするためのシステムとしては、メモリー、インプットデバイス、ディスプレイ、およびプロセッサーを挙げることができる。このシステムは、例えば、コンピューター、タブレットデバイス、または携帯電話であってもよい。このシステムは、ネットワークに接続されてもよいし、または接続なしで作動してもよい。このメモリーとしては限定するものではないが、システム100のRAM106、ROM108、またはディスク記憶装置110を挙げることができる。インプットデバイスとしては、限定するものではないが、インプットデバイス114、またはインプット/アウトプットのポート118に接続された別のデバイスを挙げることができる。このインプットデバイスは、例えば、ディスプレイのポインティングデバイスまたはタッチスクリーンである。このディスプレイとしては、限定するものではないが、ディスプレイ112を挙げることができる。このディスプレイは、例えば、電子ディスプレイである。このプロセッサーとは、限定するものではないが、プロセッサー104であってもよい。このプロセッサーは、例えば、マイクロプロセッサー、シグナルプロセッサー、アプリケーション特異的集積回路、またはフィールド・プログラマブル・ゲート・アレイである。
図14は、種々の実施形態による、生体細胞の細胞構造をディスプレイするための方法1400を示している例示的なフローチャートである。
種々の実施形態では、コンピュータープログラム製品は、一時的でなくかつ有形のコンピューター読み取り可能な記憶媒体を備え、その内容は、プロセッサー上で実行される指示を有するプログラムを含み、それによって、生体細胞の細胞構造をディスプレイするための方法を行う。この方法は、1つ以上の別個のソフトウェアモジュールを備えるシステムによって行われる。
図1は、システム100を例示するブロック図であり、ここで本発明の教示の実施形態が実行され得る。生体細胞の三次元の細胞構造をディスプレイするためのシステムは、メモリー、タッチスクリーンを備えるディスプレイ、およびプロセッサーを備えてもよい。このシステムは、例えば、コンピューター、タブレットデバイス、または携帯電話であってもよい。このシステムは、ネットワークに接続されてもよいし、または接続なしで作動することもできる。このメモリーとしては、限定するものではないが、システム100のRAM106、ROM108、またはディスク記憶装置110を挙げることができる。タッチスクリーンとしては、限定するものではないが、インプットデバイス114またはインプット/アウトプットのポート118に接続された別のデバイスを挙げることができる。ディスプレイとしては、限定するものではないが、ディスプレイ112を挙げることができる。このディスプレイは、例えば、電子ディスプレイであってもよい。このプロセッサーは、限定するものではないが、プロセッサー104であってもよい。このプロセッサーは、例えば、マイクロプロセッサー、シグナルプロセッサー、アプリケーション特異的集積回路、またはフィールド・プログラマブル・ゲート・アレイである。
図16は、種々の実施形態による、生体細胞の三次元細胞構造をディスプレイするための方法1600を示している、例示的なフローチャートである。
種々の実施形態では、コンピュータープログラム製品は、一時的でなくかつ有形のコンピューター読み取り可能な記憶媒体を備え、その内容は、プロセッサー上で行われている指示を有するプログラムであって、それによって生体細胞の三次元の細胞構造をディスプレイするための方法を行うプログラムを含む。この方法は、1つ以上の別個のソフトウェアモジュールを含み得るシステムによって行われる。
種々の実施形態では、卓上型装置、例えば、デジタル顕微鏡などでは、ユーザーがシミュレーションを行うことが可能で、かつそのシミュレーションに関与する試薬についてのマーケティング情報を得るか、および/またはその試薬をオーダーすることができる、アプリケーションが行われ得る。
例示的な実施形態によれば、本明細書に提供されるのは、1つ以上の試薬製品を潜在的なカスタマーにディスプレイするためのシステムであり、これは、(1)メモリーであって、試薬製品の複数のカテゴリーの間で分類された複数の試薬製品についての情報(この情報にはその試薬製品の各々についての識別情報と1つ以上の特徴とを含む)を記憶し得るメモリーと;(2)インプットデバイスと;(3)ディスプレイと;(4)このメモリー、インプットデバイス、およびディスプレイと通信状態にあるプロセッサーであって、このプロセッサーは、(a)選択された試薬製品カテゴリーを、上記試薬製品カテゴリーから、インプットデバイスを用いて受信するように;(b)この受信された試薬製品カテゴリーに対応する1つ以上の試薬製品をメモリーから読み出すように;(c)この読み出された1つ以上の試薬製品の識別情報および1つ以上の特徴のうちの少なくとも1つをディスプレイすることを含めて、読み出された1つ以上の試薬製品をディスプレイ上にディスプレイするように;(d)このディスプレイされた1つ以上の試薬製品から選択された試薬製品を、インプットデバイスを用いて受信するように;(e)試薬製品情報アイコンのユーザー選択の際に、受信された試薬製品の1つ以上の特徴を含んでいる情報ビュースクリーンをディスプレイするように;ならびに(f)試薬製品プロトコールアイコンのユーザー選択の際に、受信された試薬製品を用いるために、実験プロトコールの1つ以上の工程を含んでいるプロトコールビュースクリーンをディスプレイするように;構成されている、プロセッサーと、を備える。
Claims (28)
- 以下を備える、生体細胞の1つ以上の細胞構造をディスプレイするためのシステム:
生体細胞の複数の細胞構造と各々の細胞構造についての1つ以上の染料色とを記憶するように構成されたメモリー;
インプットデバイス;
ディスプレイ;ならびに
前記メモリー、前記インプットデバイス、および前記ディスプレイと通信状態にあるプロセッサーであって、
選択された細胞構造をインプットデバイスから受信するように;
前記選択された細胞構造の1つ以上の染料色を前記メモリーから読み出すように;
前記選択された細胞構造の前記1つ以上の染料色を前記ディスプレイ上にディスプレイするように;
選択された染料色を前記インプットデバイスから受信するように;かつ
前記選択された染料色での前記選択された細胞構造の染色の見本である前記ディスプレイ上の例示的な細胞画像において、前記選択された染料色で前記選択された細胞構造をディスプレイするように、
構成されている、プロセッサー。 - 前記メモリーがさらに、各々の染料色を生じ得る1つ以上の試薬製品を記憶するように構成されており、かつ、前記プロセッサーがさらに、選択された染料色の1つ以上の試薬製品を前記メモリーから読み出し、前記選択された染料色の前記1つ以上の試薬製品を前記ディスプレイ上にディスプレイし、選択された試薬製品を前記インプットデバイスから受信し、かつ前記選択された試薬製品を前記ディスプレイ上にディスプレイするように構成されている、請求項1記載のシステム。
- 前記プロセッサーがさらに、前記選択された細胞構造と同じ細胞構造ではない第二の選択された細胞構造を前記インプットデバイスから受信するように、第二の選択された細胞構造の1つ以上の染料色を前記メモリーから読み出すように、第二の選択された細胞構造の前記1つ以上の染料色を前記ディスプレイ上にディスプレイするように、第二の選択された染料色を前記インプットデバイスから受信するように、かつ、前記選択された染料色と第二の選択された染料色との間にクロストークが存在するか否かを示すために、ディスプレイ上の前記例示的な細胞画像中に第二の選択された染料色で第二の選択された細胞構造をディスプレイするように構成されている、請求項1記載のシステム。
- 前記複数の細胞構造が画像として記憶される、請求項1記載のシステム。
- 前記画像が三次元である、請求項4記載のシステム。
- 前記例示的な細胞画像が、2つ以上の細胞画像の統合である、請求項1記載のシステム。
- 前記プロセッサーがさらに、選択された場合に前記選択された試薬製品に対するより多くの情報を提供する選択可能アイテムとして、前記選択された試薬製品をディスプレイ上にディスプレイするように構成されている、請求項2記載のシステム。
- 前記プロセッサーがさらに、選択された場合に前記選択された試薬製品をオーダーするプロセスを開始する選択可能アイテムを、ディスプレイ上にディスプレイするように構成されている、請求項2記載のシステム。
- 以下の工程を包含する、生体細胞の細胞構造をディスプレイするための方法:
生体細胞の複数の細胞構造と各々の細胞構造についての1つ以上の染料色とをメモリーを用いて記憶する工程;
選択された細胞構造をインプットデバイスからプロセッサーを用いて受信する工程;
前記選択された細胞構造の1つ以上の染料色を前記メモリーから前記プロセッサーを用いて読み出す工程;
前記選択された細胞構造の前記1つ以上の染料色をディスプレイ上に前記プロセッサーを用いてディスプレイする工程;
選択された染料色を前記インプットデバイスから前記プロセッサーを用いて受信する工程;および
前記選択された細胞構造の前記選択された染料色での染色の見本である前記ディスプレイ上の例示的な細胞画像において、前記選択された細胞構造を前記選択された染料色で前記プロセッサーを用いてディスプレイする工程。 - さらに、各々の染料色を生じ得る1つ以上の試薬製品を記憶する工程、前記選択された染料色の1つ以上の試薬製品を前記メモリーから前記プロセッサーを用いて読み出す工程、前記選択された染料色の前記1つ以上の試薬製品を前記プロセッサーを用いて前記ディスプレイ上にディスプレイする工程、選択された試薬製品を前記インプットデバイスから前記プロセッサーを用いて受信する工程、および前記選択された試薬製品を前記ディスプレイ上に前記プロセッサーを用いてディスプレイする工程を包含する、請求項9記載の方法。
- さらに、前記選択された細胞構造と同じ細胞構造ではない第二の選択された細胞構造を前記インプットデバイスから前記プロセッサーを用いて受信する工程、第二の選択された細胞構造の1つ以上の染料色を前記メモリーから前記プロセッサーを用いて読み出す工程、第二の選択された細胞構造の前記1つ以上の染料色を前記ディスプレイ上に前記プロセッサーを用いてディスプレイする工程、第二の選択された染料色を前記インプットデバイスから前記プロセッサーを用いて受信する工程、および、前記選択された染料色と第二の選択された染料色との間にクロストークが存在するか否かを示すために、ディスプレイ上の前記例示的な細胞画像中に第二の選択された染料色で第二の選択された細胞構造を前記プロセッサーを用いてディスプレイする工程を包含する、請求項9記載の方法。
- 前記複数の細胞構造が画像として記憶される、請求項9記載の方法。
- 前記画像が三次元である、請求項12記載の方法。
- 例示的な細胞画像中に前記選択された細胞構造を前記選択された染料色でディスプレイする工程がさらに、前記選択された細胞構造を2つ以上の細胞画像の統合としてディスプレイすることを包含する、請求項8記載の方法。
- さらに、前記プロセッサーを用いて、選択された場合に前記選択された試薬製品に対するより多くの情報を提供する選択可能アイテムとして、前記選択された試薬製品を前記ディスプレイ上にディスプレイする工程を包含する、請求項10記載の方法。
- さらに、前記プロセッサーを用いて、選択された場合に前記選択された試薬製品をオーダーするプロセスを開始する選択可能アイテムを、前記ディスプレイ上にディスプレイする工程を包含する、請求項10記載の方法。
- 以下の工程を含む生体細胞の細胞構造を提示するための方法を行うためにプロセッサー上で実行される指示を有するプログラムをその内容に備える、一時的でなくかつ有形のコンピューター読み取り可能な記憶媒体を備えるコンピュータープログラム製品:
記憶モジュールと染色モジュールとを備える1つ以上の別個のソフトウェアモジュールを備えるシステムを設ける工程;
生体細胞の複数の細胞構造と各々の細胞構造についての1つ以上の染料色とを前記記憶モジュールを用いてメモリーに記憶する工程;
選択された細胞構造をインプットデバイスから前記染色モジュールを用いて受信する工程;
前記選択された細胞構造の1つ以上の染料色を前記メモリーから前記記憶モジュールを用いて読み出す工程;
前記選択された細胞構造の前記1つ以上の染料色をディスプレイ上に前記染色モジュールを用いてディスプレイする工程;
選択された染料色を前記インプットデバイスから前記染色モジュールを用いて受信する工程;および
前記選択された染料色での前記選択された細胞構造の染色の見本である前記ディスプレイ上の例示的な細胞画像において、前記選択された細胞構造を前記選択された染料色で前記染色モジュールを用いてディスプレイする工程。 - 前記指示によって行われる前記方法がさらに、各々の染料色を生じ得る1つ以上の試薬製品を前記記憶モジュールを用いて記憶する工程、前記選択された染料色の1つ以上の試薬製品を前記メモリーから前記記憶モジュールを用いて読み出す工程、前記選択された染料色の1つ以上の試薬製品を前記染色モジュールを用いて前記ディスプレイ上にディスプレイする工程、選択された試薬製品を前記インプットデバイスから前記染色モジュールを用いて受信する工程、および前記選択された試薬製品を前記ディスプレイ上に前記染色モジュールを用いてディスプレイする工程を包含する、請求項17記載のコンピュータープログラム製品。
- 前記指示によって行われる前記方法がさらに、前記選択された細胞構造と同じ細胞構造ではない第二の選択された細胞構造を前記インプットデバイスから前記染色モジュールを用いて受信する工程、第二の選択された細胞構造の1つ以上の染料色を前記メモリーから前記記憶モジュールを用いて読み出す工程、第二の選択された細胞構造の1つ以上の染料色を前記ディスプレイ上に前記染色モジュールを用いてディスプレイする工程、第二の選択された染料色を前記インプットデバイスから前記染色モジュールを用いて受信する工程、および、前記染色モジュールを用いて、前記選択された染料色と前記第二の選択された染料色との間にクロストークが存在するか否かを示すために、前記ディスプレイ上の前記例示的な細胞画像中に第二の選択された細胞構造を前記第二の選択された染料色でディスプレイする工程を包含する、請求項17記載のコンピュータープログラム製品。
- 前記複数の細胞構造が画像として記憶される、請求項17記載のコンピュータープログラム製品。
- 前記画像が三次元画像である、請求項20記載のコンピュータープログラム製品。
- 例示的な細胞画像が2つ以上の細胞画像の統合である、請求項17記載のコンピュータープログラム製品。
- 指示によって行われる前記方法がさらに、前記染色モジュールを用いて、選択された場合に前記選択された試薬製品に対するより多くの情報を提供する選択可能アイテムとして、前記選択された試薬製品をディスプレイ上にディスプレイする工程を包含する、請求項17記載のコンピュータープログラム製品。
- 指示によって行われる前記方法がさらに、前記染色モジュールを用いて、選択された場合に前記選択された試薬製品をオーダーするプロセスを開始する選択可能アイテムをディスプレイ上にディスプレイする工程を包含する、請求項18記載のコンピュータープログラム製品。
- 以下を備える、生体細胞の1つ以上の細胞構造をディスプレイするためのシステム:
生体細胞の複数の細胞構造と各々の細胞構造についての1つ以上の染料色とを記憶するように構成されたメモリー;ならびに
前記メモリーおよびクライアントデバイスと通信状態にあるプロセッサーであって、
選択された細胞構造を前記クライアントデバイスから受信するように;
前記選択された細胞構造の1つ以上の染料色を前記メモリーから読み出すように;
前記選択された細胞構造の前記1つ以上の染料色を前記クライアントデバイス上に通信およびディスプレイするように;
選択された染料色を前記インプットデバイスから受信するように;かつ
前記選択された細胞構造を、前記選択された染料色での前記選択された細胞構造の染色の見本である前記クライアントデバイス上の例示的な細胞画像において前記選択された染料色で通信およびディスプレイするように、
さらに構成されている、プロセッサー。 - 前記プロセッサーが、前記クライアントデバイスとネットワーク接続を介して通信する、請求項25記載のシステム。
- 前記選択された細胞構造および選択された染料色が、前記クライアントデバイス上で行われているウェブブラウザー上にディスプレイされる、請求項26記載のシステム。
- 以下の工程を包含する、カスタマーが試薬製品をオーダーすることを可能にするための方法:
デバイス中で試薬製品に関与するシミュレーションをカスタマーが行うことを可能にするためのプロセッサーを備えるコンピュータープログラム製品を提供する工程;
前記コンピュータープログラム製品を用いてかつ前記デバイス上に、前記試薬製品に対応する選択可能アイテムをディスプレイする工程であって、ここで、前記カスタマーによって選択された場合、前記プロセッサーは、前記試薬製品のオーダーを引き起こすように構成されている、工程;ならびに
前記試薬製品の引き起こされたオーダーを前記プロセッサーを用いて処理する工程。
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Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2016104028A (ja) * | 2010-12-07 | 2016-06-09 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | バーチャル細胞染色システム |
JP2018180794A (ja) * | 2017-04-07 | 2018-11-15 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 画像診断支援装置及び画像診断支援システム、並びに画像診断支援方法 |
JPWO2019106973A1 (ja) * | 2017-11-29 | 2020-10-01 | ソニー株式会社 | 標識選択支援システム、標識選択支援装置、標識選択支援方法、及び標識選択支援用プログラム |
JP2020534627A (ja) * | 2017-09-19 | 2020-11-26 | シーメンス・ヘルスケア・ダイアグノスティックス・インコーポレーテッドSiemens Healthcare Diagnostics Inc. | 敵対的生成ネットワークを用いたホログラフィック顕微鏡画像中の細胞の仮想染色 |
JP2021061836A (ja) * | 2016-12-06 | 2021-04-22 | 富士フイルム株式会社 | 細胞画像評価装置および細胞画像評価プログラム |
JP2021513065A (ja) * | 2018-02-12 | 2021-05-20 | エフ・ホフマン−ラ・ロシュ・アクチェンゲゼルシャフト | デジタル病理画像の変換 |
Families Citing this family (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8725237B2 (en) | 2012-03-19 | 2014-05-13 | Genetic Innovations, Inc. | Devices, systems, and methods for virtual staining |
US20150269314A1 (en) | 2014-03-20 | 2015-09-24 | Rudjer Boskovic Institute | Method and apparatus for unsupervised segmentation of microscopic color image of unstained specimen and digital staining of segmented histological structures |
CN105980852B (zh) * | 2014-04-17 | 2019-07-26 | 深圳迈瑞生物医疗电子股份有限公司 | 细胞分析方法和系统、装置 |
WO2015195609A1 (en) | 2014-06-16 | 2015-12-23 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Analyzing digital holographic microscopy data for hematology applications |
US10614287B2 (en) * | 2014-06-16 | 2020-04-07 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Virtual staining of cells in digital holographic microscopy images using general adversarial networks |
CN106599418A (zh) * | 2016-12-01 | 2017-04-26 | 北京金恒博远冶金技术发展有限公司 | 一种轧制前滑测定虚拟实验方法及系统 |
JP6832165B2 (ja) * | 2017-01-16 | 2021-02-24 | オリンパス株式会社 | 観察システム |
EP3762854A1 (en) | 2018-03-07 | 2021-01-13 | Google LLC | Virtual staining for tissue slide images |
CN109061131A (zh) * | 2018-06-29 | 2018-12-21 | 志诺维思(北京)基因科技有限公司 | 染色图片处理方法及装置 |
WO2020003194A1 (en) * | 2018-06-29 | 2020-01-02 | Technology Innovation Momentum Fund (Israel) Limited Partnership | Virtual staining systems and methods for observing one or more unstained cells |
CN112113822A (zh) * | 2019-06-21 | 2020-12-22 | 深圳迈瑞生物医疗电子股份有限公司 | 生物样本染色装置、推片染色机及生物样本染色方法 |
CN113515077A (zh) * | 2021-04-23 | 2021-10-19 | 重庆德方信息技术有限公司 | 人体细胞染色过程监控系统及方法 |
US12087432B1 (en) * | 2023-08-03 | 2024-09-10 | Pramana, Inc. | Apparatus and method for visualization of digitized glass slides belonging to a patient case |
Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2001522098A (ja) * | 1997-10-30 | 2001-11-13 | ドクター・バルデヴェグ・ゲーエムベーハー | 画像処理方法および装置 |
JP2003504768A (ja) * | 1999-07-07 | 2003-02-04 | エフディー マネージメント インコーポレイテッド | カラーコスメティック選択のためのシステム |
WO2006009251A1 (ja) * | 2004-07-22 | 2006-01-26 | Wako Pure Chemical Industries, Ltd. | 分析支援方法、分析装置、遠隔コンピュータ、データ解析方法及びプログラム並びに試薬容器 |
WO2009039450A1 (en) * | 2007-09-21 | 2009-03-26 | Aperio Technologies, Inc. | Improved image quality for diagnostic resolution digital slide images |
US20090222746A1 (en) * | 2008-02-29 | 2009-09-03 | Laura Chirica | Systems and methods for tracking and providing workflow information |
WO2010002475A2 (en) * | 2008-07-02 | 2010-01-07 | S.C. Johnson & Son, Inc. | Surface design tools |
US20100128988A1 (en) * | 2008-11-26 | 2010-05-27 | Agilent Technologies, Inc. | Cellular- or Sub-Cellular-Based Visualization Information Using Virtual Stains |
JP2010134195A (ja) * | 2008-12-04 | 2010-06-17 | Olympus Corp | 顕微鏡システム、標本観察方法およびプログラム |
Family Cites Families (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6165734A (en) | 1995-12-12 | 2000-12-26 | Applied Spectral Imaging Ltd. | In-situ method of analyzing cells |
US20010037219A1 (en) * | 2000-04-27 | 2001-11-01 | Malik Stephen Nabeil | Systems, methods and computer program products for facilitating one-to-one secure on-line communications between professional services providers and remotely located clients |
WO2005014784A2 (en) * | 2003-06-20 | 2005-02-17 | Tumer Tumay O | System for molecular imaging |
US20050136549A1 (en) * | 2003-10-30 | 2005-06-23 | Bioimagene, Inc. | Method and system for automatically determining diagnostic saliency of digital images |
EP1975875A3 (en) * | 2005-05-13 | 2008-10-08 | Tripath Imaging, Inc. | Methods of chromogen separation-based image analysis |
US7899624B2 (en) | 2005-07-25 | 2011-03-01 | Hernani Del Mundo Cualing | Virtual flow cytometry on immunostained tissue-tissue cytometer |
US7814163B2 (en) | 2008-01-03 | 2010-10-12 | Apple Inc. | Text-based communication control for personal communication device |
US8125483B2 (en) | 2008-05-05 | 2012-02-28 | Landmark Graphics Corporation | Systems and methods for imaging relationship data in a three-dimensional image |
WO2009149332A1 (en) | 2008-06-06 | 2009-12-10 | Landmark Graphics Corporation, A Halliburton Company | Systems and methods for imaging a three-dimensional volume of geometrically irregular grid data representing a grid volume |
FR2938064B1 (fr) * | 2008-10-31 | 2011-05-20 | Novacyt | Procede de preparation d'une plaque d'analyse virtuelle traitee. |
US8994743B2 (en) * | 2010-12-07 | 2015-03-31 | Life Technologies Corporation | Virtual cellular staining |
-
2011
- 2011-12-07 US US13/314,001 patent/US8994743B2/en active Active
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2015
- 2015-02-06 US US14/616,294 patent/US9501844B2/en active Active
-
2016
- 2016-01-26 JP JP2016012357A patent/JP6162269B2/ja active Active
Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2001522098A (ja) * | 1997-10-30 | 2001-11-13 | ドクター・バルデヴェグ・ゲーエムベーハー | 画像処理方法および装置 |
JP2003504768A (ja) * | 1999-07-07 | 2003-02-04 | エフディー マネージメント インコーポレイテッド | カラーコスメティック選択のためのシステム |
WO2006009251A1 (ja) * | 2004-07-22 | 2006-01-26 | Wako Pure Chemical Industries, Ltd. | 分析支援方法、分析装置、遠隔コンピュータ、データ解析方法及びプログラム並びに試薬容器 |
WO2009039450A1 (en) * | 2007-09-21 | 2009-03-26 | Aperio Technologies, Inc. | Improved image quality for diagnostic resolution digital slide images |
US20090222746A1 (en) * | 2008-02-29 | 2009-09-03 | Laura Chirica | Systems and methods for tracking and providing workflow information |
WO2010002475A2 (en) * | 2008-07-02 | 2010-01-07 | S.C. Johnson & Son, Inc. | Surface design tools |
US20100128988A1 (en) * | 2008-11-26 | 2010-05-27 | Agilent Technologies, Inc. | Cellular- or Sub-Cellular-Based Visualization Information Using Virtual Stains |
JP2010134195A (ja) * | 2008-12-04 | 2010-06-17 | Olympus Corp | 顕微鏡システム、標本観察方法およびプログラム |
Cited By (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2016104028A (ja) * | 2010-12-07 | 2016-06-09 | ライフ テクノロジーズ コーポレーション | バーチャル細胞染色システム |
JP7087048B2 (ja) | 2016-12-06 | 2022-06-20 | 富士フイルム株式会社 | 細胞画像評価装置および細胞画像評価プログラム |
JP2021061836A (ja) * | 2016-12-06 | 2021-04-22 | 富士フイルム株式会社 | 細胞画像評価装置および細胞画像評価プログラム |
JP2018180794A (ja) * | 2017-04-07 | 2018-11-15 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 画像診断支援装置及び画像診断支援システム、並びに画像診断支援方法 |
US11676268B2 (en) | 2017-04-07 | 2023-06-13 | Hitachi High-Tech Corporation | Image diagnosis assisting apparatus, image diagnosis assisting system and image diagnosis assisting method |
US11169484B2 (en) | 2017-09-19 | 2021-11-09 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Virtual staining of cells in digital holographic microscopy images using general adversarial networks |
JP2020534627A (ja) * | 2017-09-19 | 2020-11-26 | シーメンス・ヘルスケア・ダイアグノスティックス・インコーポレーテッドSiemens Healthcare Diagnostics Inc. | 敵対的生成ネットワークを用いたホログラフィック顕微鏡画像中の細胞の仮想染色 |
JP2022107671A (ja) * | 2017-09-19 | 2022-07-22 | シーメンス・ヘルスケア・ダイアグノスティックス・インコーポレーテッド | 敵対的生成ネットワークを用いたホログラフィック顕微鏡画像中の細胞の仮想染色 |
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JP7559863B2 (ja) | 2017-11-29 | 2024-10-02 | ソニーグループ株式会社 | 標識選択支援システム、標識選択支援装置、標識選択支援方法、及び標識選択支援用プログラム |
JP2021513065A (ja) * | 2018-02-12 | 2021-05-20 | エフ・ホフマン−ラ・ロシュ・アクチェンゲゼルシャフト | デジタル病理画像の変換 |
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