JP2014150767A - Hla−a*02グループの判定方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】HLA−A*02グループを判定する方法であって、被験者のゲノムDNA中の、HLA遺伝子の開始コドンのA(アデニン)を第1番目として、(a)第208番目の塩基、(b)第228番目の塩基、(c)第274番目の塩基、(d)第726番目の塩基、(e)第739番目の塩基、及び(f)第784番目の塩基からなる群より選択される1以上の塩基のタイピング結果に基づいて判定することを特徴とする、HLA−A*02グループの判定方法。
【選択図】なし
Description
(1) HLA−A*02グループを判定する方法であって、
被験者のゲノムDNA中の、HLA遺伝子の開始コドンのA(アデニン)を第1番目として、(a)第208番目の塩基、(b)第228番目の塩基、(c)第274番目の塩基、(d)第726番目の塩基、(e)第739番目の塩基、及び(f)第784番目の塩基からなる群より選択される1以上の塩基のタイピング結果に基づいて判定することを特徴とする、HLA−A*02グループの判定方法。
(2) 前記被験者のHLA型がHLA−A*02:01であるか否かを判定する、前記(1)のHLA−A*02グループの判定方法。
(3) 少なくとも1のアリルにおいて、(b)第228番目の塩基がT(チミン)であり、(e)第739番目の塩基がA(アデニン)であり、さらに、(a)第208番目の塩基がT、又は(c)第274番目の塩基がA、又は(d)第726番目の塩基がG(グアニン)、又は(f)第784番目の塩基がAである場合に、前記被験者のHLA型はHLA−A*02:01であると判定する、前記(2)のHLA−A*02グループの判定方法。
(4) 前記被験者のHLA型がHLA−A*02:06であるか否かを判定する、前記(1)のHLA−A*02グループの判定方法。
(5) 少なくとも1のアリルにおいて、(b)第228番目の塩基がAであり、(e)第739番目の塩基がAであり、さらに、(a)第208番目の塩基がT、又は(c)第274番目の塩基がA、又は(d)第726番目の塩基がG、又は(f)第784番目の塩基がAである場合に、前記被験者のHLA型はHLA−A*02:06であると判定する、前記(4)のHLA−A*02グループの判定方法。
(6) 前記被験者のHLA型がHLA−A*02:07であるか否かを判定する、前記(1)のHLA−A*02グループの判定方法。
(7) 少なくとも1のアリルにおいて、(b)第228番目の塩基がTであり、(e)第739番目の塩基がGであり、さらに、(a)第208番目の塩基がT、又は(c)第274番目の塩基がA、又は(d)第726番目の塩基がG、又は(f)第784番目の塩基がAである場合に、前記被験者のHLA型はHLA−A*02:07であると判定する、前記(6)のHLA−A*02グループの判定方法。
(8) 前記(a)〜(f)のいずれかの塩基のタイピングを、シークエンス解析又は一塩基検出方法により行う、前記(1)〜(7)のいずれかのHLA−A*02グループの判定方法。
(9) 3’末端が配列番号3に示す塩基配列からなるプライマーと3’末端が配列番号4に示す塩基配列からなるプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応により得られた伸長産物に対して前記(a)〜(c)のいずれかの塩基のタイピングを行う、又は3’末端が配列番号5に示す塩基配列からなるプライマーと3’末端が配列番号6に示す塩基配列からなるプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応により得られた伸長産物に対して前記(d)〜(f)のいずれかの塩基のタイピングを行う、前記(1)〜(8)のいずれかのHLA−A*02グループの判定方法。
(10) 3’末端が配列番号7〜10に示す塩基配列からなるプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応を行い、伸長産物が得られた場合には、前記(a)第208番目の塩基がTであり、前記(c)第274番目の塩基がAであり、前記(d)第726番目の塩基がGであり、前記(f)第784番目の塩基がAであるとタイピングし、さらに当該伸長産物に対して前記(b)第228番目の塩基及び前記(e)第739番目の塩基のタイピングを行う、前記(1)〜(8)のいずれかのHLA−A*02グループの判定方法。
(11) 3’末端が配列番号3〜10に示す塩基配列からなるHLA−A*02グループの判定用プライマーを少なくとも1つ含むことを特徴とするHLA−A*02グループの判定用キット。
(12) 3’末端が配列番号3に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号4に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号5に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号6に示す塩基配列からなるプライマーとを含む、前記(11)のHLA−A*02グループの判定用キット。
(13) 3’末端が配列番号7に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号8に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号9に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号10に示す塩基配列からなるプライマーとを含み、被験者のゲノムDNAを鋳型とした前記4種のプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応により、伸長産物が得られた場合に、前記被験者の(a)第208番目の塩基がTであり、(c)第274番目の塩基がAであり、(d)第726番目の塩基がGであり、(f)第784番目の塩基がAであるとタイピングし、かつ当該伸長産物について(b)第228番目の塩基及び(e)第739番目の塩基をタイピングするために用いられる、前記(11)のHLA−A*02グループの判定用キット。
HLA−A型が[A*02:01/A*11:01]のヘテロタイプ、[A*02:07/A*02:06]のヘテロタイプ、及び[A*02:01/A*03:01]のヘテロタイプである被験者から採取された生体試料から抽出したゲノムDNAを鋳型として、表10に示すプライマー−1及びプライマー−2を用いたPCRと、プライマー−3及びプライマー−4を用いたPCRとを行い、各PCR産物についてシークエンス解析した。
シークエンス解析の結果、及び得られたタイピング結果に基づいて判定した結果を表13に示す。表中、「判定」欄の「+」はゲノムDNAがHLA−A*02:01、HLA−A*02:06、又はHLA−A*02:07を含むという判定を、「−」はゲノムDNAがHLA−A*02:01、HLA−A*02:06、及びHLA−A*02:07を含まないという判定を、それぞれ示す。この結果、[A*02:07/A*02:06]のヘテロタイプ、及び[A*02:01/A*03:01]のヘテロタイプはいずれも正確に判定された。一方で[A*02:01/A*11:01]のヘテロタイプは、想定どおり、偽陽性となった。
プライマー−1〜−4に代えて表11に示すプライマー−5〜−8を用いた以外は、実施例1と同様にして、HLA−A型が[A*02:01/A*11:01]のヘテロタイプ、[A*02:07/A*02:06]のヘテロタイプ、及び[A*02:01/A*03:01]のヘテロタイプである被験者から採取された生体試料から抽出したゲノムDNAを鋳型として、PCRを行った。この結果、いずれのゲノムDNAを鋳型とした場合でも、プライマー−5及びプライマー−6を用いたPCRとプライマー−7及びプライマー−8を用いたPCRによってそれぞれPCR産物が得られた。つまり、いずれのゲノムDNAにおいても、(a)の塩基がTであり、(c)の塩基がAであり、(d)の塩基がGであり、(f)の塩基がAであることがわかった。各PCR産物についてシークエンス解析したところ、表14に示すように、実施例1と同様の判定結果となった。但し、[A*02:01/A*11:01]のヘテロタイプ由来のゲノムDNAを用いた場合には、実施例1では(b)の塩基はTとAの2種類がタイピングされたが、本実施例では(b)の塩基はTの1種類のみタイピングされ、(e)の塩基は本実施例と同様にAの1種類のみタイピングされた。
HLA型が未知である血液試料(検体A〜F)をサンプルとして、株式会社エスアールエルによりSBT(Sequence−Based Typing)法を用いてHLA型の検出を行った。検出結果を表15に示す。
比較例1で用いた血液試料(検体A〜F)をサンプルとして、当該血液試料から精製されたDNAについて、実施例2と同様の方法でHLA型の検出を行った。検出結果を表15に示す。表15中、「(b)」欄及び「(e)」欄の「−」は、PCR産物が得られなかったことを意味する。
Claims (13)
- HLA−A*02グループを判定する方法であって、
被験者のゲノムDNA中の、HLA遺伝子の開始コドンのA(アデニン)を第1番目として、(a)第208番目の塩基、(b)第228番目の塩基、(c)第274番目の塩基、(d)第726番目の塩基、(e)第739番目の塩基、及び(f)第784番目の塩基からなる群より選択される1以上の塩基のタイピング結果に基づいて判定することを特徴とする、HLA−A*02グループの判定方法。 - 前記被験者のHLA型がHLA−A*02:01であるか否かを判定する、請求項1に記載のHLA−A*02グループの判定方法。
- 少なくとも1のアリルにおいて、(b)第228番目の塩基がT(チミン)であり、(e)第739番目の塩基がA(アデニン)であり、さらに、(a)第208番目の塩基がT、又は(c)第274番目の塩基がA、又は(d)第726番目の塩基がG(グアニン)、又は(f)第784番目の塩基がAである場合に、前記被験者のHLA型はHLA−A*02:01であると判定する、請求項2に記載のHLA−A*02グループの判定方法。
- 前記被験者のHLA型がHLA−A*02:06であるか否かを判定する、請求項1に記載のHLA−A*02グループの判定方法。
- 少なくとも1のアリルにおいて、(b)第228番目の塩基がAであり、(e)第739番目の塩基がAであり、さらに、(a)第208番目の塩基がT、又は(c)第274番目の塩基がA、又は(d)第726番目の塩基がG、又は(f)第784番目の塩基がAである場合に、前記被験者のHLA型はHLA−A*02:06であると判定する、請求項4に記載のHLA−A*02グループの判定方法。
- 前記被験者のHLA型がHLA−A*02:07であるか否かを判定する、請求項1に記載のHLA−A*02グループの判定方法。
- 少なくとも1のアリルにおいて、(b)第228番目の塩基がTであり、(e)第739番目の塩基がGであり、さらに、(a)第208番目の塩基がT、又は(c)第274番目の塩基がA、又は(d)第726番目の塩基がG、又は(f)第784番目の塩基がAである場合に、前記被験者のHLA型はHLA−A*02:07であると判定する、請求項6に記載のHLA−A*02グループの判定方法。
- 前記(a)〜(f)のいずれかの塩基のタイピングを、シークエンス解析又は一塩基検出方法により行う、請求項1〜7のいずれか一項に記載のHLA−A*02グループの判定方法。
- 3’末端が配列番号3に示す塩基配列からなるプライマーと3’末端が配列番号4に示す塩基配列からなるプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応により得られた伸長産物に対して前記(a)〜(c)のいずれかの塩基のタイピングを行う、又は
3’末端が配列番号5に示す塩基配列からなるプライマーと3’末端が配列番号6に示す塩基配列からなるプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応により得られた伸長産物に対して前記(d)〜(f)のいずれかの塩基のタイピングを行う、請求項1〜8のいずれか一項に記載のHLA−A*02グループの判定方法。 - 3’末端が配列番号7〜10に示す塩基配列からなるプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応を行い、伸長産物が得られた場合には、前記(a)第208番目の塩基がTであり、前記(c)第274番目の塩基がAであり、前記(d)第726番目の塩基がGであり、前記(f)第784番目の塩基がAであるとタイピングし、さらに当該伸長産物に対して前記(b)第228番目の塩基及び前記(e)第739番目の塩基のタイピングを行う、請求項1〜8のいずれか一項に記載のHLA−A*02グループの判定方法。
- 3’末端が配列番号3〜10のいずれかに示す塩基配列からなるHLA−A*02グループの判定用プライマーを少なくとも1つ含むことを特徴とするHLA−A*02グループの判定用キット。
- 3’末端が配列番号3に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号4に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号5に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号6に示す塩基配列からなるプライマーとを含む、請求項11に記載のHLA−A*02グループの判定用キット。
- 3’末端が配列番号7に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号8に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号9に示す塩基配列からなるプライマーと、3’末端が配列番号10に示す塩基配列からなるプライマーとを含み、
被験者のゲノムDNAを鋳型とした前記4種のプライマーを用いたポリメラーゼによる伸長反応により、伸長産物が得られた場合に、前記被験者の(a)第208番目の塩基がTであり、(c)第274番目の塩基がAであり、(d)第726番目の塩基がGであり、(f)第784番目の塩基がAであるとタイピングし、かつ当該伸長産物について(b)第228番目の塩基及び(e)第739番目の塩基をタイピングするために用いられる、請求項11に記載のHLA−A*02グループの判定用キット。
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