JP2012513197A - 無再発生存を予測するためのメチル化バイオマーカー - Google Patents
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Abstract
Description
最も高い予後診断見込みを有する部位を発見するために、メチル化分類リストが、次の手段で構成される。DNAの抽出は、エタノール沈殿のような、又はキアゲンのDNeasy Blood & Tissue Kitを使用することによる、当業者に良く知られる方法により実行される。これは、分類DNA(classification DNA)をもたらす。
p値に、二乗統計量を使用することにより、p=Pr(x2(1)≧Z)で変換することができる。
本発明は、配列識別番号:135、78、230、82、120、60、75、63及び173が有意であるということが分かっている。前記配列の部位は、患者の良又は不良の予後グループへの層別化に関して、驚いたことに優れたバイオマーカーである。
メチル化分類リスト(12)から、部分的なメチル化分類リスト(25)を次のように得ることができる。メチル化状態は、その技術分野で知られる如何なる方法に従って、決定される。DNAの抽出は、エタノール沈殿又はキアゲンのDNeasy Blood & Tissue Kitを使用することによる、といった、当業者に良く知られる方法に従って、実行される。抽出されたDNAから、分類DNA、各々の部位、の各配列のメチル化状態が、種々のメチル化ハイブリダイゼーション、メチル化特異的シークエンシング、HELPアッセイ、亜硫酸水素塩シークエンシングといった、当業者に良く知られる方法を使用して決定される。これらから得られる結果は、2成分変数−0又は1の形で与えられる、検定された部位の各々のメチル化状態であろう。
本発明の一実施形態において、診断アッセイは、投入された部位のリストからポストのちょうど1つを含み、その後、それを単変量診断アッセイとすることができる。この実施形態では、乳癌との診断において、所定の患者は、上述のように、診断検査をすぐに受け、特定の部位のメチル化レベルが推定されるであろう。メチル化レベルが、非メチル化、部分的メチル化又はメチル化であるかどうかに依存して、患者は、適切なグループ分けに配置される。それとともに、患者の無再発生存関数が、特定のグループ分け及び上のリスト内の特定の部位に関して導き出されるものと同じであるということを意味する。
Claims (8)
- DNA部位を含むメチル化分類リストであって、
前記DNA部位のメチル化状態が、癌の再発の可能性を示し、
当該メチル化分類リストは、配列識別番号が1〜252を含む群の少なくとも1つである配列を含む、メチル化分類リスト。 - 配列識別番号:1から配列識別番号:252までの配列を含む、請求項1に記載のメチル化分類リスト。
- 配列識別番号:135、78、230、82、120、60、75、63及び173の配列を含む、請求項1に記載のメチル化分類リスト。
- 知られている臨床病理病歴を持った癌患者から腫瘍DNAを供与する、供与段階;
前記腫瘍DNAのメチル化状態を分析し、統計的に処理されたメチル化データの選抜を含むメチル化分類リストをもたらし、前記選抜は、対象者の無再発生存の確率を予測するに適する、分析段階;
を含み、臨床病理情報に相関がある、統計的な処理が行われたメチル化データを含む、請求項1乃至3のいずれか一項に記載のメチル化分類リストを得るための方法。 - 前記分析段階は、p値が0.05又はそれより小さい部位を発見する、発見段階を含む、請求項4に記載の方法。
- 癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測する方法であって:
請求項1乃至3のいずれか一項に記載のメチル化分類リストから少なくとも1つのポストを含むマーカーパネルを作成する、作成段階;
前記対象者からDNAを供与する、供与段階;
統計的な処理が施されたメチル化データを含む、部分的なメチル化分類リストをもたらす前記マーカーパネルに対応して、前記対象者からの前記DNAの各部のメチル化状態を分析する、分析段階;
前記部分的なメチル化分類リストを統計的に分析して、前記対象者に関する無再発生存の予測確率を得る、統計的分析段階
を含む、方法。 - 請求項6に記載の方法を実行するよう構成され、癌と診断されている対象者の無再発生存の確率を予測するための装置であって:
請求項1乃至3のいずれか一項に記載のメチル化分類リストから少なくとも1つのポストを含むマーカーパネルを作成する、第一ユニット;
前記対象者からDNAを供する、第二ユニット;
統計的な処理が施されたメチル化データを含む部分的なメチル化分類リストをもたらす前記マーカーパネルに対応して、前記対象者の前記DNAの各部のメチル化状態を分析する、第三ユニット;
前記部分的なメチル化分類リストを統計的に分析して、前記対象者の無再発生存の予測された確率を得る、第四ユニット;
を含む、装置。 - 癌と診断された対象者の無再発生存の確率を予測するための、請求項1乃至3のいずれか一項に記載のメチル化分類リストの使用。
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