JP2012507990A - 正確な配列データおよび修飾塩基位置決定の方法 - Google Patents
正確な配列データおよび修飾塩基位置決定の方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2012507990A JP2012507990A JP2011534995A JP2011534995A JP2012507990A JP 2012507990 A JP2012507990 A JP 2012507990A JP 2011534995 A JP2011534995 A JP 2011534995A JP 2011534995 A JP2011534995 A JP 2011534995A JP 2012507990 A JP2012507990 A JP 2012507990A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sequence
- nucleic acid
- acid sample
- molecule
- insert
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 159
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 420
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 416
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 416
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims abstract description 19
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 303
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 129
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 claims description 113
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 58
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 33
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 33
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 29
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 claims description 28
- 238000003860 storage Methods 0.000 claims description 26
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims description 21
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 18
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 14
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 14
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 14
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims description 14
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims description 14
- 230000007704 transition Effects 0.000 claims description 14
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims description 14
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 12
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 11
- LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 5-bromouracil Chemical compound BrC1=CNC(=O)NC1=O LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 10
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 10
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims description 10
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 claims description 9
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 claims description 7
- FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 2-amino-7-methyl-1,7-dihydro-6H-purin-6-one Chemical compound NC1=NC(O)=C2N(C)C=NC2=N1 FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 5,6-dihydrouracil Chemical compound O=C1CCNC(=O)N1 OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 claims description 6
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 5
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 claims description 4
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 claims description 4
- 238000000137 annealing Methods 0.000 claims description 4
- 238000007672 fourth generation sequencing Methods 0.000 claims description 4
- -1 ribothymine Chemical compound 0.000 claims description 4
- 238000007671 third-generation sequencing Methods 0.000 claims description 4
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 3
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 claims description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 2
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 2
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 claims 2
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 claims 1
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 claims 1
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical class NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 39
- 239000000047 product Substances 0.000 description 34
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical group CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 33
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 22
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 19
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 18
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 17
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 17
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 15
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 11
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 11
- 238000009739 binding Methods 0.000 description 11
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 11
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 10
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 10
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 10
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 9
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 8
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 8
- 230000008859 change Effects 0.000 description 8
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 7
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 7
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 7
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 7
- 230000008569 process Effects 0.000 description 7
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 6
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 6
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 6
- 238000004088 simulation Methods 0.000 description 6
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 6
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 5
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 5
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 4
- 102000018120 Recombinases Human genes 0.000 description 4
- 108010091086 Recombinases Proteins 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 4
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 4
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 4
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 4
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 4
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 4
- 238000006481 deamination reaction Methods 0.000 description 4
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 4
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 4
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 4
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091081062 Repeated sequence (DNA) Proteins 0.000 description 3
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000370 acceptor Substances 0.000 description 3
- 238000003491 array Methods 0.000 description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000009615 deamination Effects 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 3
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 3
- 108020004638 Circular DNA Proteins 0.000 description 2
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 2
- 230000007067 DNA methylation Effects 0.000 description 2
- 230000030933 DNA methylation on cytosine Effects 0.000 description 2
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N Nickel Chemical compound [Ni] PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 2
- 102100038223 Phenylalanine-4-hydroxylase Human genes 0.000 description 2
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N Purine Natural products N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101710086015 RNA ligase Proteins 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 2
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 2
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 2
- JGBUYEVOKHLFID-UHFFFAOYSA-N gelred Chemical compound [I-].[I-].C=1C(N)=CC=C(C2=CC=C(N)C=C2[N+]=2CCCCCC(=O)NCCCOCCOCCOCCCNC(=O)CCCCC[N+]=3C4=CC(N)=CC=C4C4=CC=C(N)C=C4C=3C=3C=CC=CC=3)C=1C=2C1=CC=CC=C1 JGBUYEVOKHLFID-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 description 2
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 2
- 238000011068 loading method Methods 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 2
- 229940124276 oligodeoxyribonucleotide Drugs 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 2
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 125000000714 pyrimidinyl group Chemical group 0.000 description 2
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 2
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 2
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 2
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- 238000010008 shearing Methods 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 2
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 2
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VLEIUWBSEKKKFX-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O VLEIUWBSEKKKFX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SCZWNTMFGALINP-UHFFFAOYSA-N 3,7-dihydropurin-6-one;5-methyl-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O.O=C1NC=NC2=C1NC=N2 SCZWNTMFGALINP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FPQQSJJWHUJYPU-UHFFFAOYSA-N 3-(dimethylamino)propyliminomethylidene-ethylazanium;chloride Chemical compound Cl.CCN=C=NCCCN(C)C FPQQSJJWHUJYPU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 108020004998 Chloroplast DNA Proteins 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N D-Luciferin Chemical compound OC(=O)[C@H]1CSC(C=2SC3=CC=C(O)C=C3N=2)=N1 IGXWBGJHJZYPQS-SSDOTTSWSA-N 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N Dehydro-luciferin Natural products OC(=O)C1=CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 CYCGRDQQIOGCKX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 108010046276 FLP recombinase Proteins 0.000 description 1
- BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N Fivefly Luciferin Natural products OC(=O)C1CSC(C=2SC3=CC(O)=CC=C3N=2)=N1 BJGNCJDXODQBOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 108010034791 Heterochromatin Proteins 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 108010061833 Integrases Proteins 0.000 description 1
- 229930194542 Keto Natural products 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N Luciferin Natural products CCc1c(C)c(CC2NC(=O)C(=C2C=C)C)[nH]c1Cc3[nH]c4C(=C5/NC(CC(=O)O)C(C)C5CC(=O)O)CC(=O)c4c3C DDWFXDSYGUXRAY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102000016397 Methyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 description 1
- 108010069013 Phenylalanine Hydroxylase Proteins 0.000 description 1
- 201000011252 Phenylketonuria Diseases 0.000 description 1
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 1
- 230000006819 RNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020003224 Small Nucleolar RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000042773 Small Nucleolar RNA Human genes 0.000 description 1
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 description 1
- DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M Sodium bisulfite Chemical compound [Na+].OS([O-])=O DWAQJAXMDSEUJJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 102000004523 Sulfate Adenylyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108010022348 Sulfate adenylyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 239000008049 TAE buffer Substances 0.000 description 1
- 101710183280 Topoisomerase Proteins 0.000 description 1
- HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N acetic acid;2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetic acid Chemical compound CC(O)=O.OCC(N)(CO)CO.OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O HGEVZDLYZYVYHD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- IRLPACMLTUPBCL-FCIPNVEPSA-N adenosine-5'-phosphosulfate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@@H](CO[P@](O)(=O)OS(O)(=O)=O)[C@H](O)[C@H]1O IRLPACMLTUPBCL-FCIPNVEPSA-N 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 210000004436 artificial bacterial chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 210000004507 artificial chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 210000001106 artificial yeast chromosome Anatomy 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical group [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 238000004061 bleaching Methods 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N bromophenol blue Chemical compound C1=C(Br)C(O)=C(Br)C=C1C1(C=2C=C(Br)C(O)=C(Br)C=2)C2=CC=CC=C2S(=O)(=O)O1 UDSAIICHUKSCKT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001718 carbodiimides Chemical class 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000002144 chemical decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002962 chemical mutagen Substances 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 239000007822 coupling agent Substances 0.000 description 1
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 1
- ATDGTVJJHBUTRL-UHFFFAOYSA-N cyanogen bromide Chemical compound BrC#N ATDGTVJJHBUTRL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- AVBDPKLHYNAMQS-UHFFFAOYSA-N di(imidazol-1-yl)methanone 1H-imidazole Chemical class C(=O)(N1C=NC=C1)N1C=NC=C1.N1C=NC=C1 AVBDPKLHYNAMQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910003460 diamond Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L disodium;(2',7'-dibromo-3',6'-dioxido-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-4'-yl)mercury;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Na+].O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC(Br)=C([O-])C([Hg])=C1OC1=C2C=C(Br)C([O-])=C1 BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 230000019975 dosage compensation by inactivation of X chromosome Effects 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000006862 enzymatic digestion Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011049 filling Methods 0.000 description 1
- LIYGYAHYXQDGEP-UHFFFAOYSA-N firefly oxyluciferin Natural products Oc1csc(n1)-c1nc2ccc(O)cc2s1 LIYGYAHYXQDGEP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001506 fluorescence spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 1
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 210000004458 heterochromatin Anatomy 0.000 description 1
- SLPWXZZHNSOZPX-UHFFFAOYSA-N imidazole-1-carbonitrile Chemical compound N#CN1C=CN=C1 SLPWXZZHNSOZPX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 125000000468 ketone group Chemical group 0.000 description 1
- 238000012177 large-scale sequencing Methods 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 1
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 239000003471 mutagenic agent Substances 0.000 description 1
- 231100000707 mutagenic chemical Toxicity 0.000 description 1
- 230000003505 mutagenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002858 neurotransmitter agent Substances 0.000 description 1
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- JJVOROULKOMTKG-UHFFFAOYSA-N oxidized Photinus luciferin Chemical compound S1C2=CC(O)=CC=C2N=C1C1=NC(=O)CS1 JJVOROULKOMTKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 1
- UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M phosphonate Chemical compound [O-]P(=O)=O UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 230000000644 propagated effect Effects 0.000 description 1
- 125000000561 purinyl group Chemical group N1=C(N=C2N=CNC2=C1)* 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 230000014493 regulation of gene expression Effects 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 235000010267 sodium hydrogen sulphite Nutrition 0.000 description 1
- VVLFAAMTGMGYBS-UHFFFAOYSA-M sodium;4-[[4-(ethylamino)-3-methylphenyl]-(4-ethylimino-3-methylcyclohexa-2,5-dien-1-ylidene)methyl]-3-sulfobenzenesulfonate Chemical compound [Na+].C1=C(C)C(NCC)=CC=C1C(C=1C(=CC(=CC=1)S([O-])(=O)=O)S(O)(=O)=O)=C1C=C(C)C(=NCC)C=C1 VVLFAAMTGMGYBS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 238000000527 sonication Methods 0.000 description 1
- 210000004215 spore Anatomy 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000003419 tautomerization reaction Methods 0.000 description 1
- 238000005287 template synthesis Methods 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000001052 transient effect Effects 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
- G16B30/10—Sequence alignment; Homology search
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
本発明の理解を助けるため、多数の用語を以下に定義する。本明細書において定義されない用語は、本発明に関する分野において通常の技術を有する者に普通に理解されるような意味を持つ。「1つの」および「その」などの用語は、単数の存在のみに言及することが意図されたものではなく、具体例が説明のために用いられ得る一般的な分類をも含む。本明細書中の専門用語は本発明の具体的な実施形態を説明するために用いられるが、特許請求の範囲に記載されている場合を除き、それらの使用が本発明の範囲を定めることはない。
本発明の方法は、核酸試料の配列を決定すること、および/または、核酸試料中の修飾塩基の位置を決定することを含む。「核酸試料」という用語は、その配列および/または修飾塩基の位置が本発明の方法において決定されることとなる核酸のことをいう。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、核酸インサートおよび核酸試料を含むインサート−試料ユニットを含む環状核酸分子を提供することを含み、このうち、該インサートは、既知の配列を有している。環状核酸分子は、一本または二本鎖であってよい。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、核酸試料のフォワードリピートおよびリバースリピートを提供すること、ならびにフォワード鎖およびリバース鎖をロックしてcPLMを形成することを含む。cPLMの一般構造が図3Aに示されている。cPLMは、核酸試料のフォワードリピートおよびリバースリピートを含む一本鎖の環状核酸分子である。図3Aに示されるように、リピートは核酸インサートに囲まれている。核酸インサートは、同じであっても同じでなくてもよい。いくつかの実施形態において、インサートは、少なくとも50ntまたは少なくとも100ntの長さを有する。いくつかの実施形態において、インサートは、50または100ntから10000または50000ntの長さを有する。
本発明の方法は、少なくとも1つの核酸インサートを含んでいる、cPLMsを含む環状核酸分子を提供および/または使用することを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも1つの核酸インサートは、上に述べたように、部分的に、不正確に、または完全に分かっている配列を有する。いくつかの実施形態において、少なくとも1つの核酸インサートの配列は完全に分かっている。いくつかの実施形態において、少なくとも1つの核酸インサートは、配列決定プライマーを含むオリゴヌクレオチドに適した結合部位を含んでいる。いくつかの実施形態において、少なくとも1つのインサート核酸は、ヘアピンを形成する。
本発明の方法において用いられる環状核酸分子は、少なくとも1組のインサート−試料ユニットとしてグループ化される少なくとも1つの核酸試料および少なくとも1つの核酸インサートを含む。インサート−試料ユニットは、核酸インサートが核酸試料のすぐ上流または下流にある核酸のセグメントである。
配列決定法
本発明の方法は配列データを得ることを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも2組のインサート試料ユニットを含む核酸分子が配列データを得るステップにおいて生成される。いくつかの実施形態において、少なくとも2組のインサート試料ユニットを含む核酸分子は、提供された環状核酸分子からそれを合成することによって生成され得る。いくつかの実施形態において、少なくとも2組のインサート試料ユニットを含む核酸分子は、提供された環状核酸分子を変化させることにより、例えば、環状核酸分子を線状核酸分子に変換することにより生成することができ、いくつかの実施形態ではそれは一本鎖であってよい。いくつかの実施形態において、提供された環状核酸分子またはその鋳型合成生成物であり得る核酸分子中の少なくとも1つのホスホジエステル結合が、配列データを得るステップにおいては形成または切断される。
いくつかの実施形態において、配列データは環状核酸分子から、つまり環状核酸分子を鋳型として用いることにより、直接得られる。鋳型として用いられる環状核酸分子は、環状ペアロック分子であってよい。いくつかの実施形態において、配列データは、それ自体が環状核酸分子を鋳型として用いて合成されたものである生成物核酸分子から得られる。つまり、配列データが得られる鋳型は、環状核酸分子鋳型から合成された生成物核酸分子であり得る。いくつかの実施形態において、配列データは、環状核酸分子鋳型、および環状核酸分子鋳型より合成された生成物の核酸分子の両方から得られる。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、配列データにおける少なくとも2つのインサートの配列のスコアを、その配列をインサートの既知の配列と比較することによって計算することを含む。インサートの配列が部分的または不正確にのみ分かっている実施形態においては、核酸インサートの既知の配列は、例えば、多義性コードまたは位置特異的重み行列の使用によって、不明確なまたは未知の位置を含み得る。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、核酸試料の配列のリピートのすぐ上流および下流にあるインサートの配列の一方または両方のスコアにしたがって、配列データ中の核酸試料の配列のリピートを受け入れるか、あるいは拒否することを含む。よって、各種の実施形態において、すぐ上流およびすぐ下流の核酸インサート両方のスコア、いずれか一方のスコア、または一方もしくは他方のスコアは、配列データ中の核酸試料の配列を受け入れるか、あるいは拒否するかを決定するのに用いられる。
いくつかの実施形態において、当該方法は、核酸試料の配列を決定することを含む。
共通配列は、受け入れられたリピートのアライメント(「スコアの計算」のセクションにおいて上に述べたように実行される)から決定される。受け入れられたリピートが同一の塩基を含むアライメント中の位置において、共通配列はその塩基を含む。いくつかの実施形態では、受け入れられたリピートが同一の塩基を含まないアライメント中の位置において、共通配列は適した多義性コード(例えば、受け入れられたリピートがある位置においてAおよびGを含む場合にはR)を含む。いくつかの実施形態では、受け入れられたリピートが同一の塩基を含まないアライメント中の位置において、共通配列は、Nまたは未知の塩基を示すその他の符号を含む。いくつかの実施形態では、受け入れられたリピートが同一の塩基を含まないアライメント中の位置において、共通配列は、配列の獲得時においてより強いまたはより強固なシグナルを出した受け入れられたリピートからの塩基を含む(例えば、生データが蛍光の形式であった場合、(いくつかの実施形態では、適した正規化および/または標準化の後に)より明るい蛍光発光に基づいてコールされた塩基は、共通配列中に置かれる。
いくつかの実施形態において、信頼度が、核酸試料の配列中の少なくとも1つの位置について決定される。信頼度は、多くの方式、例えば、パーセンテージとしてもしくはフレッド(phred)スコアとして表される全体のベースコールの正確度の値で、またはエラー率で表すことができる。いくつかの実施形態において、信頼度は、ある位置に最もよく見られる塩基もしくは複数の塩基の出現頻度、または最もよく見られるものではない塩基の組み合わせた出現頻度から決定される。いくつかの実施形態において、これら出現頻度は、上述したように変換され、重みが増やされ、および/または、重みが減らされる。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、配列全体の信頼度を決定することを含む。配列全体の信頼度は、多くの方式、例えば、パーセンテージもしくはフレッド(phred)スコアとして表される全体のベースコールの正確度の値、エラー率、または配列中の予測されるエラーの数で表すことができる。
いくつかの実施形態において、当該方法は、配列を有する核酸試料と同じ起源、種、または菌株からの少なくとも1つの他の試料であって、該核酸試料の配列と部分的に重なる試料を用いて当該方法の上記ステップを繰り返すこと、これにより少なくとも1つの他の配列を決定すること、およびその少なくとも1つの他の配列を元の試料の配列と共にアセンブルしてコンフィグを形成すること、を含む。いくつかの実施形態において、当該方法は、0.5、1、2、5、10、もしくは100kb、または1、2、5、10、100、もしくは1000Mbよりも大きいサイズのコンフィグが作成されるように、多くの試料を用いて、当該方法の上記ステップを繰り返すことを含む。いくつかの実施形態において、コンフィグは、例えば、限定はされないが、染色体、ミニ染色体、人工染色体、ウィルスゲノム、または染色体外要素であり得る核酸分子の全配列、またはヘテロクロマチンもしくは無反応性領域を除く全配列を表す。コンフィグのアセンブリは、当該分野において周知の方法を用いて実行することができる。
いくつかの実施形態において、核酸試料は、少なくとも1つの修飾塩基、例えば、5−メチルシトシン、5−ブロモウラシル、ウラシル、5,6−ジヒドロウラシル、リボチミン、7−メチルグアニン、ヒポキサンチン、またはキサンチンを含む。ウラシルはDNA鎖において修飾塩基と見なすことができ、リボチミンはRNA鎖において修飾塩基と見なすことができる。いくつかの実施形態において、二本鎖核酸試料における少なくとも1つの修飾塩基は、その優先的なパートナー塩基とは異なる塩基対合特異性により対合する。これは、例えば、二本鎖分子中の1つの塩基が、それを標準塩基のうちの1つから同じ優先的なパートナー塩基を持たない修飾塩基に変換する反応を受けた(例えば、散発的な酸化、または放射物もしくは化学的な突然変異物質のような突然変異剤への暴露のため)ときに起こり得る。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、特定タイプの塩基の塩基対合特異性を変化させることを含む。特定タイプの塩基の塩基対合特異性を変化させることは、塩基の未修飾型、例えば、シトシンの塩基対合特異性を特異的に変化させることを含み得る。この場合、少なくとも1つの塩基の修飾型、例えば、5−メチルシトシンの塩基対合特異性は変化させない。
いくつかの実施形態において、配列データは、塩基とその修飾型とを区別する少なくとも1つのヌクレオチド類似体(「区別類似体」;これは、塩基およびその修正型のうちの一方と優先的に対合し、他方にはそうではない)を用いて得られる。ヌクレオチド類似体は、例えば、可逆的ターミネーターシークエンシングもしくはライゲーションシークエンシングにおける異なる標識の使用により、またはヌクレオチドを1度に1種ずつ加えてから洗い流すことのできるパイロシークエンシングに取り入れられる場合に、それが標準の4種の塩基に加えて第5の塩基であるかのように用いられると共に、検出され得る。いくつかの実施形態において、区別類似体は、その対応する天然ヌクレオチドの前に加えられる(例えば、パイロシークエンシングで)、またはその同族の天然ヌクレオチドの濃度よりも10から100倍高い濃度で提供される(例えば、可逆的ターミネーターシークエンシングで)。例えば、区別類似体は、シトシンと5−メチルシトシンとを区別するデオキシグアノシン三リン酸の類似体とすることができる(例えば、それはシトシンと対合するが、5−メチルシトシンとは対合しない)。該類似体は、デオキシグアノシン三リン酸の濃度よりも10から100倍高い濃度で提供され得る。このようにして、該類似体は、通常、それが優先的に対合する塩基の配列方式と相反する形態で取り込まれるはずであるが、天然塩基は、通常、該類似体が優先的に対合しない塩基の配列方式と相反する形態で取り込まれるはずである。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、核酸試料中の修飾塩基の位置を決定することを含む。これら実施形態は、(i)二本鎖の形式の核酸試料を提供すること、(ii)核酸試料を環状ペアロック分子に変換すること、このうち、環状ペアロック分子は、核酸試料の配列のフォワードリピートおよびリバースリピートならびに同じであっても同じでなくてもよい既知の配列を持つ2つの核酸インサートを含み、(iii)環状ペアロック分子中の特定タイプの塩基の塩基対合特異性を選択的に変化させること、(iv)次いで、環状ペアロック分子のフォワードリピートおよびリバースリピート、またはその相補配列を鋳型として配列データを得ること、ならびに(v)少なくともフォワードリピートおよびリバースリピートまたはそのコピーの配列データを用いて核酸試料中の修飾塩基の位置を決定すること、を含む。特に、フォワードリピートを鋳型とした配列は、リバースリピートと同じセンスを持つようになるが(逆の場合も同じ)、リバースリピートと完全に同じであっても、そうでなくてもよい。違いは、リバースリピート中の対応する塩基以外の塩基に対合することのできる塩基を含むフォワードリピートにより生じ得る。そのような状況の例は、cPLM中のフォワードリピートはリバース鎖中のアデニンに対合した5−ブロモウラシルを含むが、合成による配列決定反応におけるグアニンの添加の鋳型となる場合である。
いくつかの実施形態において、本発明は、プロセッサ、ストレージ、バスシステム、および少なくとも1つのユーザーインターフェースエレメントを含む計算装置に操作可能に連結された配列決定装置を含むシステムに関する。ユーザーインターフェースエレメントは、ディスプレイ、キーボード、およびマウスから選択することができる。いくつかの実施形態において、該システムは、少なくとも1つの集積回路および/または少なくとも1つの半導体を含む。
表1に示されるような4つのオリゴデオキシリボヌクレオチドを提供した。
亜硫酸水素塩処理によるC残基からU残基への変換を利用した仮想二本鎖DNAフラグメントの配列および5−メチルシトシンの位置の決定を以下のようにシミュレートする。この例の一般スキームが図12に図示されている。DNAの配列は以下に示される。
光化学的トランジションによるmCからTへの変換を利用した仮想二本鎖DNAフラグメントの配列および5−メチルシトシンの位置の決定を以下のようにシミュレートする。この例の一般スキームが図13に図示されている。DNAの配列は以下に示される。
ジェンバンク(GenBank)受託番号U00096、長さ4639675bpのアセンブルされた大腸菌ゲノムの配列をジェンバンクからダウンロードした。長さ500bpから2000bpまでの無作為に選ばれたフラグメントをこの配列から抽出した。これらのフラグメントをマスター配列に指定した。
実施例2におけるように二本鎖核酸試料を提供する。図14のcPLM構築ステップに示されるようなヘアピンを形成するインサートの分子の各末端へのライゲーションにより、試料のフォワード鎖およびリバース鎖をロックして、環状ペアロック分子を形成する。合成反応による単一分子配列決定を、インサートのうちの1つに結合するプライマーを用いて行う。試料のフォワード鎖の少なくとも1つの配列および試料のリバース鎖の少なくとも1つの配列を含む配列データを得る。表8にしたがって、環状ペアロック分子のフォワード鎖およびリバース鎖の配列を比較することにより配列データを分析し、核酸試料の配列を決定する。
この例の一般スキームは図15に示されている。実施例2におけるように少なくとも1つの5−メチルシトシンを含む二本鎖核酸試料を提供する。実施例5におけるように環状ペアロック分子を形成する。実施例2におけるように亜硫酸水素塩変換を行う。実施例5におけるように配列データを得る。表9のルールにしたがって、環状ペアロック分子のフォワード鎖およびリバース鎖の配列を比較することにより配列データを分析し、核酸試料の配列および少なくとも1つの5−メチルシトシンの位置を決定する。
この例の一般スキームは図16に示されている。実施例3におけるように少なくとも1つの5−メチルシトシンを含む二本鎖核酸試料を提供する。実施例5におけるように環状ペアロック分子を形成する。実施例3におけるように光化学的トランジションを行う。実施例5におけるように配列データを得る。表10のルールにしたがって、環状ペアロック分子のフォワード鎖およびリバース鎖の配列を比較することにより配列データを分析し、核酸試料の配列および少なくとも1つの5−メチルシトシンの位置を決定する。
この例の一般スキームは図17に示されている。少なくとも1つの5−ブロモウラシルを含む二本鎖核酸試料を提供する。実施例5におけるように環状ペアロック分子を形成する。実施例5におけるように配列データを得る。表11のルールにしたがって、環状ペアロック分子のフォワード鎖およびリバース鎖の配列を比較することにより配列データを分析し、核酸試料の配列および少なくとも1つの5−ブロモウラシルの位置を決定する。
Claims (68)
- 核酸試料の配列を決定する方法であって、
a.核酸インサートおよび前記核酸試料を含む少なくとも1組のインサート−試料ユニットを含む環状核酸分子を提供すること、ここで、前記インサートは既知の配列を有し、
b.少なくとも2組のインサート−試料ユニットの配列を含む配列データを得ること、ここで、少なくとも2組のインサート−試料ユニットを含む核酸分子が生成され、
c.ステップ(b)の前記配列データの少なくとも2つのインサートの前記配列のスコアを、前記配列を前記インサートの前記既知の配列と比較することにより計算すること、
d.前記核酸試料の前記配列の前記リピートのすぐ上流および下流にある前記インサートの前記配列の一方または両方の前記スコアにしたがって、ステップ(b)の前記配列データの前記核酸試料の前記配列の前記リピートのうち少なくとも2つを受け入れるか、あるいは拒否すること、
e.ステップ(d)で受け入れられた前記核酸試料の前記配列の少なくとも1つのリピートを含む受け入れられた配列セットをコンパイルすること、ならびに
f.前記受け入れられた配列セットを用いて前記核酸試料の前記配列を決定すること、
を含む方法。 - 配列データを得ることが、単一分子配列決定を含む請求項1に記載の方法。
- 前記単一分子配列決定が、合成およびライゲーションシークエンシングによる単一分子配列決定から選ばれる方法よる配列決定を含む請求項2に記載の方法。
- 前記単一分子配列決定が、合成によるリアルタイム単一分子配列決定を含む請求項3に記載の方法。
- 前記単一分子配列決定が、パイロシークエンシング、可逆的ターミネーターシークエンシング、および第三世代シークエンシングから選ばれる方法による合成による単一分子配列決定を含む請求項3に記載の方法。
- 前記単一分子配列決定がナノポアシークエンシングを含む請求項3に記載の方法。
- 環状核酸分子を提供することが、前記核酸試料を前記核酸インサートにライゲートして前記環状核酸分子を形成することを含む請求項1に記載の方法。
- 前記環状核酸分子が二本鎖である請求項1に記載の方法。
- 前記核酸試料がRNA試料から得られる請求項1に記載の方法。
- 前記核酸試料がゲノムDNA試料から得られる請求項1に記載の方法。
- 前記環状核酸分子が少なくとも2組のインサート−試料ユニットを含む請求項1に記載の方法。
- 前記核酸インサートがプロモーターを含み、かつ前記生成物の核酸分子を合成することが、前記プロモーターを、前記プロモーターを認識するRNAポリメラーゼに接触させ、続いてリボヌクレオチド残基を含む生成物の核酸分子を合成することを含む請求項1に記載の方法。
- 前記核酸インサートが30℃から90℃の融解温度を有する請求項1に記載の方法。
- 前記核酸インサートが14から200ヌクレオチド残基の長さを有する請求項1に記載の方法。
- 前記受け入れられた配列セットが、ステップ(e)で拒否された前記核酸試料の前記配列のリピートを消去、上書き、または除くように処理されたステップ(b)の前記配列データを含む多要素変数および単一のデータ文字列から選ばれた形式である請求項1に記載の方法。
- 前記受け入れられた配列セットが、リスト、配列、ハッシュ、および行列から選ばれるタイプの前記多要素変数の形式である請求項1に記載の方法。
- 前記核酸試料の前記配列の少なくとも2つのリピートが、ステップ(d)で受け入れられ、かつ前記核酸試料の前記配列を決定することが、ステップ(d)で受け入れられた前記核酸試料の前記配列の前記少なくとも2つのリピートに基づいて共通配列を決定することを含む請求項1に記載の方法。
- 前記共通配列が、ステップ(d)で受け入れられた前記核酸試料の前記配列の前記少なくとも2つのリピートで一致しない少なくとも1つの位置に、確率的に表された塩基を含む請求項17に記載の方法。
- 前記核酸試料の前記配列の少なくとも3つのリピートが、ステップ(d)で受け入れられ、かつ共通配列を決定することが、ステップ(d)で受け入れられた前記核酸試料の前記配列の前記少なくとも3つのリピートの前記過半数の票を決定することを含む請求項17に記載の方法。
- 前記共通配列が位置特異的重み行列である請求項17に記載の方法。
- 前記共通配列がフラットな配列である請求項17に記載の方法。
- 前記フラットな配列が少なくとも1つの多義性コードを含む請求項21に記載の方法。
- 前記共通配列が信頼度を含む請求項17に記載の方法。
- 前記信頼度が、塩基の出現頻度、情報内容、およびフレッド(phred)クオリティスコアから選ばれた形式で表現される請求項23に記載の方法。
- 請求項1のステップ(b)〜(f)がリアルタイムで実行され、かつ前記共通配列および信頼度がリアルタイムで更新される請求項23に記載の方法。
- 前記方法が、前記共通配列の位置の事前に選択されたパーセンテージにおける規定の信頼の最低レベルに達せられるまで実行される請求項25に記載の方法。
- 位置の事前に選択されたパーセンテージが前記規定の信頼の最低レベルに達するときに警告を発生することをさらに含む請求項26に記載の方法。
- 前記規定の信頼の最低レベルが、90%、95%、99%、99.5%、99.9%、99.95%、および99.99%のベースコールの正確度から選ばれる請求項26に記載の方法。
- 請求項1の前記核酸試料の前記配列に部分的に重なる配列を有する請求項1の前記核酸試料と同じ起源、種、または菌株からの少なくとも1つの他の核酸試料を用いて、請求項1の前記ステップを繰り返すこと、これにより少なくとも1つの他の配列を決定すること、および前記少なくとも1つの他の配列をステップ(f)の前記配列と共にアセンブルしてコンティグを形成することをさらに含む請求項1に記載の方法。
- ステップ(c)の前記スコアが、ステップ(b)の前記配列データ全体の信頼度を評価するのに用いられる請求項1に記載の方法。
- スコアを計算することが、前記配列データの前記少なくとも2つのインサートと前記インサートの前記既知の配列との間のミスマッチの数を決定することを含む請求項1に記載の方法。
- スコアを計算することが、前記配列データの前記少なくとも2つのインサートの、前記インサートの前記既知の配列に対する同一性パーセントを決定することを含む請求項1に記載の方法。
- スコアを計算することが、前記配列データの前記少なくとも2つのインサートと前記インサートの前記既知の配列との間のアライメントを行うことを含む請求項1に記載の方法。
- アライメントを行うことが、BLAST、MEGABLAST、Smith−Watermanアライメント、およびNeedleman−Wunschアライメントから選ばれたアルゴリズムを用いることを含む請求項33に記載の方法。
- 前記スコアが、カウントベースおよび比率ベースから選ばれる根拠に基づいて生成される請求項1に記載の方法。
- ステップ(b)の前記配列データの前記核酸試料の前記配列の前記リピートの少なくとも2つを受け入れるか、あるいは拒否することが、スコアが事前に定めた閾値以上である試料インサート配列のすぐ上流または下流にある前記核酸試料の前記配列の前記少なくとも2つのリピートのうちのそれらリピートを受け入れること、およびそうではないそれらを拒否することを含む請求項1に記載の方法。
- プロセッサ、ストレージ、バスシステム、および少なくとも1つのユーザーインターフェースエレメントを含む計算装置に操作可能に連結された配列決定装置を含むシステムであって、前記ストレージが、ユーザーの任意入力により、前記プロセッサにより実行されるときに、下記の方法を実行するオペレーティングシステム、ユーザーインターフェースソフトウェア、および命令を含む、プログラミングによりエンコードされたものであり、該方法が
a.核酸インサートおよび核酸試料を含む少なくとも1組のインサート−試料ユニットを含む環状核酸分子から配列データを獲得すること、ここで、
(i)前記インサートが既知の配列を有し、
(ii)前記配列データが少なくとも2組のインサート−試料ユニットの配列を含み、かつ
(iii)少なくとも2組のインサート−試料ユニットを含む核酸分子が生成され、
b.ステップ(a)の前記配列データの少なくとも2つのインサートの前記配列のスコアを、前記配列を前記インサートの前記既知の配列と比較することにより計算すること、 c.前記核酸試料の前記配列の前記リピートのすぐ上流および下流にある前記インサートの前記配列の一方または両方の前記スコアにしたがって、ステップ(a)の前記配列データの前記核酸試料の前記配列の前記リピートの少なくとも2つを受け入れるか、あるいは拒否すること、
d.ステップ(c)で受け入れられた前記核酸試料の前記配列の少なくとも1つのリピートを含む受け入れられた配列セットをコンパイルすること、ならびに
e.前記受け入れられた配列セットを用いて前記核酸試料の前記配列を決定すること、
を含み、
前記システムの出力が、(i)核酸試料の配列または(ii)核酸試料中の少なくとも1つの位置に修飾塩基があることの表示のうち少なくとも1つを生じるのに用いられる、システム。 - ユーザーの任意入力により、プロセッサ、ストレージ、バスシステム、および少なくとも1つのユーザーインターフェースエレメントを含む計算装置に操作可能に連結された配列決定装置を含むシステム上のプロセッサにより実行されるときに、下記の方法を実行するオペレーティングシステム、ユーザーインターフェースソフトウェア、および命令を含むプログラミングによりエンコードされたストレージであって、該方法が、
a.核酸インサートおよび核酸試料を含む少なくとも1組のインサート−試料ユニットを含む環状核酸分子から配列データを獲得すること、ここで、
(i)前記インサートが既知の配列を有し、
(ii)前記配列データが少なくとも2組のインサート−試料ユニットの配列を含み、かつ
(iii)少なくとも2組のインサート−試料ユニットを含む核酸分子が生成され、
b.ステップ(a)の前記配列データの少なくとも2つのインサートの前記配列のスコアを、前記配列を前記インサートの前記既知の配列と比較することにより計算すること、
c.前記核酸試料の前記配列の前記リピートのすぐ上流および下流にある前記インサートの前記配列の一方または両方の前記スコアにしたがって、ステップ(a)の前記配列データの前記核酸試料の前記配列の前記リピートのうち少なくとも2つを受け入れるか、あるいは拒否すること、
d.ステップ(c)で受け入れられた前記核酸試料の前記配列の少なくとも1つのリピートを含む受け入れられた配列セットをコンパイルすること、ならびに
e.前記受け入れられた配列セットを用いて前記核酸試料の前記配列を決定すること、を含み、
前記方法により、(i)核酸試料の配列または(ii)核酸試料中の少なくとも1つの位置に修飾塩基があることの表示のうち少なくとも1つを生じるのに用いられる出力が生じることとなる、ストレージ。 - 二本鎖核酸試料の配列および前記配列中の少なくとも1つの修飾塩基の位置を決定する方法であって、
a.前記フォワード鎖およびリバース鎖をロックして環状ペアロック分子を形成すること、
b.単一分子配列決定により前記環状ペアロック分子の配列データを得ること、ここで、前記配列データは、前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の配列を含み、
c.前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の前記配列を比較することによって前記二本鎖核酸試料の前記配列を決定すること、
d.前記環状ペアロック分子の特定タイプの塩基の前記塩基対合特異性を変えて、変化した環状ペアロック分子を生成すること、
e.前記変化した環状ペアロック分子の前記配列データを得ること、ここで、前記配列データが前記変化したフォワード鎖およびリバース鎖の配列を含み、ならびに
f.前記変化したフォワード鎖およびリバース鎖の前記配列を比較することによって前記二本鎖核酸試料の前記配列中の修飾塩基の前記位置を決定すること、
を含む方法。 - 前記二本鎖核酸試料が、細胞、ウィルス、または環境起源からの一次単離物として得られる請求項39に記載の方法。
- 前記一次単離物が、請求項39のステップ(a)よりも前に、実質的に二価陽イオンおよび核酸修飾酵素がない条件において25℃以下に保たれる請求項40に記載の方法。
- 前記二本鎖核酸試料が、インビトロ反応から、または細胞外核酸から得られる請求項39に記載の方法。
- 前記環状ペアロック分子の特定タイプの塩基の前記塩基対合特異性を変化させることが、亜硫酸水素塩処理を含む請求項39に記載の方法。
- 前記環状ペアロック分子の特定タイプの塩基の前記塩基対合特異性を変化させることが、光化学的トランジションを含む請求項39に記載の方法。
- 前記フォワード鎖およびリバース鎖をロックすることが、同じであっても同じでなくてもよい2つの核酸インサートを、1つを各々の末端につなげて、前記二本鎖核酸試料に連結することを含む請求項39に記載の方法。
- 前記核酸インサートが14から200ヌクレオチド残基の長さを有する請求項45に記載の方法。
- 前記核酸インサートが既知の配列を有する請求項45に記載の方法。
- 前記核酸インサートがオーバーハングを有するヘアピンを形成し、かつ前記核酸試料が、前記核酸インサートの前記オーバーハングと適合するオーバーハングを有する請求項45に記載の方法。
- 配列データを得ることが、前記核酸インサートのうち少なくとも1つの少なくとも一部に相補的なプライマーを、前記鋳型にアニーリングすること、および前記プライマーを伸長させることを含む請求項45に記載の方法。
- 前記核酸インサートのうちの少なくとも1つがプロモーターを含み、かつ配列データを得ることが、前記プロモーターを、前記プロモーターを認識するRNAポリメラーゼに接触させ、続いてリボヌクレオチド残基を含む生成物の核酸分子を合成することを含む請求項45に記載の方法。
- 連結がライゲーションにより達成される請求項45に記載の方法。
- 前記二本鎖核酸試料が、連結された複数の試料を含む請求項39に記載の方法。
- 前記複数の前記試料が、介在する核酸インサートを介して連結される請求項52に記載の方法。
- 前記フォワード鎖およびリバース鎖をロックすることが、前記核酸インサートの前記オーバーハングを前記核酸試料の前記適合するオーバーハングに接触させることにより形成される複合体をライゲートすることを含む請求項53に記載の方法。
- 前記二本鎖核酸試料がゲノムDNAフラグメントである請求項39に記載の方法。
- 前記二本鎖核酸試料が少なくとも1つのRNA鎖を含む請求項39に記載の方法。
- 前記単一分子配列決定が、合成およびライゲーションシークエンシングによる単一分子配列決定から選ばれる方法による配列決定を含む請求項39に記載の方法。
- 前記単一分子配列決定が、合成によるリアルタイム単一分子配列決定を含む請求項39に記載の方法。
- 前記単一分子配列決定が、パイロシークエンシング、可逆的ターミネーターシークエンシング、および第三世代シークエンシングから選ばれる方法による合成による単一分子配列決定を含む請求項39に記載の方法。
- 前記単一分子配列決定がナノポアシークエンシングを含む請求項39に記載の方法。
- 前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖が核酸インサートによりロックされており、
ステップ(b)で得られた前記配列データが、前記環状ペアロック分子の前記配列の少なくとも2つのコピーを含み、各コピーは第1および第2のインサート−試料ユニットの配列を含んでおり、
前記第1および第2のインサート−試料ユニットの前記配列は、同じであっても同じでなくてもよいインサート配列、および前記核酸試料の前記配列の反対向きのリピートを含み、かつ
前記方法が、
g.前記配列データ中に含まれる少なくとも4つのインサートの前記配列のスコアを、前記少なくとも4つのインサートの前記配列を前記インサートの前記既知の配列と比較することによって計算すること、
h.各方向における少なくとも1つの試料配列が受け入れられるという条件にしたがい、前記試料配列のすぐ上流および下流にある前記インサートの前記配列の一方または両方のスコアに基づいて、前記配列データ中に含まれる前記核酸試料の前記配列の前記リピートの少なくとも4つを受け入れるか、あるいは拒否すること、
i.ステップ(g)で受け入れられた各方向における前記少なくとも1つの試料の配列を含む受け入れられた配列セットをコンパイルすること、ならびに
j.前記受け入れられた配列セットを用いて前記核酸試料の前記配列を決定すること
をさらに含む請求項39に記載の方法。 - 二本鎖核酸試料の配列を決定する方法であって、
a.前記核酸試料の前記フォワード鎖およびリバース鎖をロックして環状ペアロック分子を形成すること、
b.単一分子配列決定により前記環状ペアロック分子の配列データを得ること、ここで、配列データは、前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の配列を含み、ならびに
c.前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の前記配列を比較することによって前記二本鎖核酸試料の前記配列を決定すること、
を含む方法。 - 二本鎖核酸試料の配列および前記配列中の少なくとも1つの修飾塩基の位置を決定する方法であって、
a.前記核酸試料の前記フォワード鎖およびリバース鎖をロックして環状ペアロック分子を形成すること、
b.単一分子配列決定により前記環状ペアロック分子の配列データを得ること、ここで、配列データは、前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の配列を含み、ならびに
c.前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の前記配列を比較することによって前記二本鎖核酸試料の前記配列および前記二本鎖核酸試料の前記配列中の前記少なくとも1つの修飾塩基の前記位置を決定すること、
を含む方法。 - 前記二本鎖核酸試料が、5−ブロモウラシル、ウラシル、5,6−ジヒドロウラシル、リボチミン、7−メチルグアニン、ヒポキサンチン、およびキサンチンから選ばれる少なくとも1つの修飾塩基を含む請求項63に記載の方法。
- 前記二本鎖核酸試料中の少なくとも1つの修飾塩基が、その優先的なパートナー塩基とは異なる塩基対合特異性を有する塩基と対合する請求項63に記載の方法。
- 二本鎖核酸試料の配列および前記配列中の少なくとも1つの修飾塩基の位置を決定する方法であって、
a.前記核酸試料の前記フォワード鎖およびリバース鎖をロックして環状ペアロック分子を形成すること、
b.前記環状ペアロック分子中の特定タイプの塩基の前記塩基対合特異性を変化させること、
c.単一分子配列決定により前記環状ペアロック分子の配列データを得ること、ここで、配列データは、前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の配列を含み、ならびに
d.前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の前記配列を比較することによって前記二本鎖核酸試料の前記配列および前記二本鎖核酸試料の前記配列中の前記少なくとも1つの修飾塩基の前記位置を決定すること、
を含む方法。 - 二本鎖核酸試料の配列および前記配列中の少なくとも1つの修飾塩基の位置を決定する方法であって、
a.前記フォワード鎖およびリバース鎖をロックして環状ペアロック分子を形成すること、
b.単一分子配列決定により前記環状ペアロック分子の配列データを得ること、ここで、前記配列データは、前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の配列を含み、
c.前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の前記配列を比較することによって前記二本鎖核酸試料の前記配列を決定すること、
d.単一分子配列決定により前記環状ペアロック分子の配列決定データを得ること、ここで、塩基とその修飾型を区別する少なくとも1つのヌクレオチド類似体が、前記少なくとも1つの異なるように標識されたヌクレオチド類似体が取り込まれた少なくとも1つの位置を含む配列データを得るために用いられ、ならびに
e.前記フォワード鎖およびリバース鎖の前記配列を比較することによって前記二本鎖核酸試料の前記配列中の修飾塩基の前記位置を決定すること、
を含む方法。 - 二本鎖核酸試料の配列および前記配列中の少なくとも1つの修飾塩基の位置を決定する方法であって、
a.前記核酸試料の前記フォワード鎖およびリバース鎖をロックして環状ペアロック分子を形成すること、
b.単一分子配列決定により前記環状ペアロック分子の配列データを得ること、ここで、塩基とその修飾型を区別する少なくとも1つのヌクレオチド類似体が、前記少なくとも1つの異なるように標識されたヌクレオチド類似体が取り込まれた少なくとも1つの位置を含む配列データを得るために用いられ、ならびに
c.前記環状ペアロック分子の前記フォワード鎖およびリバース鎖の前記配列を比較することによって前記二本鎖核酸試料の前記配列および前記二本鎖核酸試料の前記配列中の前記少なくとも1つの修飾塩基の前記位置を決定すること、
を含む方法。
Applications Claiming Priority (7)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US11254808P | 2008-11-07 | 2008-11-07 | |
US61/112,548 | 2008-11-07 | ||
US16731309P | 2009-04-07 | 2009-04-07 | |
US61/167,313 | 2009-04-07 | ||
US12/613,291 | 2009-11-05 | ||
US12/613,291 US8486630B2 (en) | 2008-11-07 | 2009-11-05 | Methods for accurate sequence data and modified base position determination |
PCT/CN2009/074851 WO2010051773A1 (en) | 2008-11-07 | 2009-11-06 | Methods for accurate sequence data and modified base position determination |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2012507990A true JP2012507990A (ja) | 2012-04-05 |
JP5483628B2 JP5483628B2 (ja) | 2014-05-07 |
Family
ID=42152512
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011534995A Active JP5483628B2 (ja) | 2008-11-07 | 2009-11-06 | 正確な配列データおよび修飾塩基位置決定の方法 |
Country Status (10)
Country | Link |
---|---|
US (7) | US8486630B2 (ja) |
EP (2) | EP2245187B1 (ja) |
JP (1) | JP5483628B2 (ja) |
CN (2) | CN103484560B (ja) |
AU (1) | AU2009311073B2 (ja) |
DK (1) | DK2245187T3 (ja) |
ES (1) | ES2528253T3 (ja) |
PL (1) | PL2245187T3 (ja) |
TW (1) | TWI385253B (ja) |
WO (1) | WO2010051773A1 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013094149A (ja) * | 2011-11-04 | 2013-05-20 | Hitachi Ltd | Dna配列解読システム、dna配列解読方法及びプログラム |
Families Citing this family (86)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20110005918A1 (en) | 2007-04-04 | 2011-01-13 | Akeson Mark A | Compositions, devices, systems, and methods for using a nanopore |
WO2009120374A2 (en) | 2008-03-28 | 2009-10-01 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid sample preparation |
JP2011515102A (ja) | 2008-03-28 | 2011-05-19 | パシフィック バイオサイエンシーズ オブ カリフォルニア, インコーポレイテッド | 核酸シーケンシング用組成物及び方法 |
US8486630B2 (en) | 2008-11-07 | 2013-07-16 | Industrial Technology Research Institute | Methods for accurate sequence data and modified base position determination |
US20230148447A9 (en) | 2008-12-11 | 2023-05-11 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Classification of nucleic acid templates |
US9175338B2 (en) | 2008-12-11 | 2015-11-03 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods for identifying nucleic acid modifications |
EP2370598B1 (en) | 2008-12-11 | 2017-02-15 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Classification of nucleic acid templates |
CA2750879C (en) * | 2009-01-30 | 2018-05-22 | Oxford Nanopore Technologies Limited | Adaptors for nucleic acid constructs in transmembrane sequencing |
US9778188B2 (en) | 2009-03-11 | 2017-10-03 | Industrial Technology Research Institute | Apparatus and method for detection and discrimination molecular object |
US8324914B2 (en) | 2010-02-08 | 2012-12-04 | Genia Technologies, Inc. | Systems and methods for characterizing a molecule |
US9678055B2 (en) | 2010-02-08 | 2017-06-13 | Genia Technologies, Inc. | Methods for forming a nanopore in a lipid bilayer |
US9605307B2 (en) | 2010-02-08 | 2017-03-28 | Genia Technologies, Inc. | Systems and methods for forming a nanopore in a lipid bilayer |
AU2011217862B9 (en) | 2010-02-19 | 2014-07-10 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Integrated analytical system and method |
US8994946B2 (en) | 2010-02-19 | 2015-03-31 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Integrated analytical system and method |
US9482615B2 (en) | 2010-03-15 | 2016-11-01 | Industrial Technology Research Institute | Single-molecule detection system and methods |
US9670243B2 (en) | 2010-06-02 | 2017-06-06 | Industrial Technology Research Institute | Compositions and methods for sequencing nucleic acids |
US8865078B2 (en) | 2010-06-11 | 2014-10-21 | Industrial Technology Research Institute | Apparatus for single-molecule detection |
US8845880B2 (en) | 2010-12-22 | 2014-09-30 | Genia Technologies, Inc. | Nanopore-based single DNA molecule characterization, identification and isolation using speed bumps |
US8962242B2 (en) | 2011-01-24 | 2015-02-24 | Genia Technologies, Inc. | System for detecting electrical properties of a molecular complex |
US9110478B2 (en) | 2011-01-27 | 2015-08-18 | Genia Technologies, Inc. | Temperature regulation of measurement arrays |
WO2012138973A2 (en) | 2011-04-06 | 2012-10-11 | The University Of Chicago | COMPOSITION AND METHODS RELATED TO MODIFICATION OF 5-METHYLCYTOSINE (5mC) |
AU2012288629B2 (en) | 2011-07-25 | 2017-02-02 | Oxford Nanopore Technologies Limited | Hairpin loop method for double strand polynucleotide sequencing using transmembrane pores |
EP2574923A1 (en) * | 2011-09-28 | 2013-04-03 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Apparatus for the processing of single molecules |
US9238836B2 (en) | 2012-03-30 | 2016-01-19 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods and compositions for sequencing modified nucleic acids |
US8986629B2 (en) | 2012-02-27 | 2015-03-24 | Genia Technologies, Inc. | Sensor circuit for controlling, detecting, and measuring a molecular complex |
WO2013131888A1 (en) | 2012-03-06 | 2013-09-12 | Rudolf Rigler | Cyclic single molecule sequencing process |
WO2013163207A1 (en) | 2012-04-24 | 2013-10-31 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Identification of 5-methyl-c in nucleic acid templates |
JP2015525077A (ja) | 2012-06-15 | 2015-09-03 | ジェニア・テクノロジーズ・インコーポレイテッド | チップの構成および高精度な核酸配列決定 |
US9372308B1 (en) | 2012-06-17 | 2016-06-21 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Arrays of integrated analytical devices and methods for production |
WO2014013259A1 (en) | 2012-07-19 | 2014-01-23 | Oxford Nanopore Technologies Limited | Ssb method |
US9605309B2 (en) | 2012-11-09 | 2017-03-28 | Genia Technologies, Inc. | Nucleic acid sequencing using tags |
WO2014099776A1 (en) | 2012-12-18 | 2014-06-26 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Illumination of optical analytical devices |
US9759711B2 (en) | 2013-02-05 | 2017-09-12 | Genia Technologies, Inc. | Nanopore arrays |
EP2959283B1 (en) | 2013-02-22 | 2022-08-17 | Pacific Biosciences of California, Inc. | Integrated illumination of optical analytical devices |
SG11201507138RA (en) | 2013-03-08 | 2015-10-29 | Oxford Nanopore Tech Ltd | Enzyme stalling method |
GB201314695D0 (en) | 2013-08-16 | 2013-10-02 | Oxford Nanopore Tech Ltd | Method |
US9146248B2 (en) | 2013-03-14 | 2015-09-29 | Intelligent Bio-Systems, Inc. | Apparatus and methods for purging flow cells in nucleic acid sequencing instruments |
US9591268B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-03-07 | Qiagen Waltham, Inc. | Flow cell alignment methods and systems |
US9551697B2 (en) | 2013-10-17 | 2017-01-24 | Genia Technologies, Inc. | Non-faradaic, capacitively coupled measurement in a nanopore cell array |
EP3640349A3 (en) | 2013-10-23 | 2020-07-29 | Roche Sequencing Solutions, Inc. | High speed molecular sensing with nanopores |
US9322062B2 (en) | 2013-10-23 | 2016-04-26 | Genia Technologies, Inc. | Process for biosensor well formation |
EP3068896B1 (en) | 2013-11-12 | 2018-08-08 | Life Technologies Corporation | Reagents and methods for sequencing |
CN103853937B (zh) * | 2013-11-27 | 2017-02-01 | 上海丰核信息科技有限公司 | 高通量测序数据后期处理方法 |
US9540688B2 (en) | 2014-02-19 | 2017-01-10 | Personal Genomics, Inc. | Real-time sequencing method for single molecule |
GB201403096D0 (en) | 2014-02-21 | 2014-04-09 | Oxford Nanopore Tech Ltd | Sample preparation method |
WO2016033207A1 (en) | 2014-08-27 | 2016-03-03 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Arrays of integrated analyitcal devices |
GB201418159D0 (en) | 2014-10-14 | 2014-11-26 | Oxford Nanopore Tech Ltd | Method |
US9618474B2 (en) | 2014-12-18 | 2017-04-11 | Edico Genome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
US9857328B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-01-02 | Agilome, Inc. | Chemically-sensitive field effect transistors, systems and methods for manufacturing and using the same |
US9859394B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-01-02 | Agilome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
WO2016100049A1 (en) | 2014-12-18 | 2016-06-23 | Edico Genome Corporation | Chemically-sensitive field effect transistor |
US10006910B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-06-26 | Agilome, Inc. | Chemically-sensitive field effect transistors, systems, and methods for manufacturing and using the same |
US10020300B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-07-10 | Agilome, Inc. | Graphene FET devices, systems, and methods of using the same for sequencing nucleic acids |
EP4220256A1 (en) | 2015-03-16 | 2023-08-02 | Pacific Biosciences of California, Inc. | Analytical system comprising integrated devices and systems for free-space optical coupling |
WO2016201387A1 (en) | 2015-06-12 | 2016-12-15 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Integrated target waveguide devices and systems for optical coupling |
JP6942129B2 (ja) | 2015-11-25 | 2021-09-29 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft | ポリメラーゼ複合体の精製 |
EP3459115A4 (en) | 2016-05-16 | 2020-04-08 | Agilome, Inc. | GRAPHEN-FET DEVICES, SYSTEMS AND METHODS FOR USE THEREOF FOR SEQUENCING NUCLEIC ACIDS |
GB201609220D0 (en) | 2016-05-25 | 2016-07-06 | Oxford Nanopore Tech Ltd | Method |
TWI578180B (zh) * | 2016-07-13 | 2017-04-11 | 國立臺灣師範大學 | 微核糖核酸與腦部疾病風險的關聯性運算平台 |
TWI607332B (zh) * | 2016-12-21 | 2017-12-01 | 國立臺灣師範大學 | Correlation between persistent organic pollutants and microRNAs station |
US11091791B2 (en) * | 2017-02-24 | 2021-08-17 | Mgi Tech Co., Ltd. | Methods for hybridization based hook ligation |
EP3682027A1 (en) | 2017-09-15 | 2020-07-22 | H. Hoffnabb-La Roche Ag | Hybridization-extension-ligation strategy for generating circular single-stranded dna libraries |
JP7304852B2 (ja) * | 2017-11-03 | 2023-07-07 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | 脱アミノ化に誘導される配列エラーの補正 |
SG11202004534RA (en) * | 2017-11-21 | 2020-06-29 | 4basebio Sl | Methods and kits for amplification of double stranded dna |
CN109273047B (zh) * | 2017-12-15 | 2022-09-16 | 武汉科技大学 | 一种基于模拟退火的核酸结构预测方法 |
CN108268752B (zh) * | 2018-01-18 | 2019-02-01 | 东莞博奥木华基因科技有限公司 | 一种染色体异常检测装置 |
GB201807793D0 (en) | 2018-05-14 | 2018-06-27 | Oxford Nanopore Tech Ltd | Method |
CN108681658B (zh) * | 2018-05-22 | 2021-09-21 | 贵州医科大学 | 一种优化外源基因在大肠杆菌中翻译速度的方法 |
CN108753765B (zh) * | 2018-06-08 | 2020-12-08 | 中国科学院遗传与发育生物学研究所 | 一种构建超长连续dna序列的基因组组装方法 |
US20210217493A1 (en) * | 2018-07-27 | 2021-07-15 | Seekin, Inc. | Reducing noise in sequencing data |
NZ788335A (en) * | 2019-08-16 | 2023-02-24 | Univ Hong Kong Chinese | Determination of base modifications of nucleic acids |
WO2021067484A1 (en) | 2019-09-30 | 2021-04-08 | Guardant Health, Inc. | Compositions and methods for analyzing cell-free dna in methylation partitioning assays |
CN113122616A (zh) | 2019-12-30 | 2021-07-16 | 财团法人工业技术研究院 | 扩增和确定目标核苷酸序列的方法 |
CN111145832B (zh) * | 2019-12-31 | 2021-05-07 | 云舟生物科技(广州)有限公司 | 载体的元件插入方法、计算机存储介质及电子设备 |
US11946044B2 (en) | 2020-07-30 | 2024-04-02 | Guardant Health, Inc. | Methods for isolating cell-free DNA |
CN111970351B (zh) * | 2020-08-11 | 2021-06-22 | 震坤行工业超市(上海)有限公司 | 一种基于数据对齐的物联网多维传感优化方法及系统 |
CN112102883B (zh) * | 2020-08-20 | 2023-12-08 | 深圳华大生命科学研究院 | 一种fastq文件压缩中的碱基序列编码方法和系统 |
US20230279382A1 (en) * | 2022-03-04 | 2023-09-07 | Element Biosciences, Inc. | Single-stranded splint strands and methods of use |
US20220154285A1 (en) | 2020-09-30 | 2022-05-19 | Guardant Health, Inc. | Analysis of methylated dna comprising methylation-sensitive or methylation-dependent restrictions |
JP2023547620A (ja) | 2020-10-23 | 2023-11-13 | ガーダント ヘルス, インコーポレイテッド | 分配および塩基変換を使用してdnaを解析するための組成物および方法 |
EP4251765A1 (en) | 2020-11-30 | 2023-10-04 | Guardant Health, Inc. | Compositions and methods for enriching methylated polynucleotides |
EP4291679A1 (en) | 2021-02-12 | 2023-12-20 | Guardant Health, Inc. | Methods and compositions for detecting nucleic acid variants |
WO2023122623A1 (en) | 2021-12-21 | 2023-06-29 | Guardant Health, Inc. | Methods and systems for combinatorial chromatin-ip sequencing |
WO2023122740A1 (en) | 2021-12-23 | 2023-06-29 | Guardant Health, Inc. | Compositions and methods for detection of metastasis |
WO2024006908A1 (en) | 2022-06-30 | 2024-01-04 | Guardant Health, Inc. | Enrichment of aberrantly methylated dna |
WO2024073508A2 (en) | 2022-09-27 | 2024-04-04 | Guardant Health, Inc. | Methods and compositions for quantifying immune cell dna |
Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2003515149A (ja) * | 1999-11-26 | 2003-04-22 | キュラジェン コーポレイション | 核酸プローブアレイ |
JP2003514514A (ja) * | 1999-09-16 | 2003-04-22 | キュラジェン コーポレイション | 核酸を配列決定する方法 |
JP2005505748A (ja) * | 2001-03-21 | 2005-02-24 | キュラジェン コーポレイション | 核酸の配列決定のための装置および方法 |
WO2007106509A2 (en) * | 2006-03-14 | 2007-09-20 | Genizon Biosciences, Inc. | Methods and means for nucleic acid sequencing |
JP2007530020A (ja) * | 2004-03-25 | 2007-11-01 | ゲニゾン バイオサイエンシス インコーポレイテッド | 核酸の配列決定のための方法および手段 |
WO2009017678A2 (en) * | 2007-07-26 | 2009-02-05 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Molecular redundant sequencing |
WO2009120372A2 (en) * | 2008-03-28 | 2009-10-01 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Compositions and methods for nucleic acid sequencing |
Family Cites Families (18)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4264731A (en) | 1977-05-27 | 1981-04-28 | The Regents Of The University Of California | DNA Joining method |
US5834202A (en) * | 1992-08-04 | 1998-11-10 | Replicon, Inc. | Methods for the isothermal amplification of nucleic acid molecules |
ES2192559T3 (es) | 1993-11-12 | 2003-10-16 | Akzo Nobel Nv | Vacuna para la proteccion de aves de corral contra la coccidiosis. |
US6764835B2 (en) * | 1995-12-07 | 2004-07-20 | Diversa Corporation | Saturation mutageneis in directed evolution |
US6087099A (en) * | 1997-09-08 | 2000-07-11 | Myriad Genetics, Inc. | Method for sequencing both strands of a double stranded DNA in a single sequencing reaction |
US6235502B1 (en) * | 1998-09-18 | 2001-05-22 | Molecular Staging Inc. | Methods for selectively isolating DNA using rolling circle amplification |
US7211390B2 (en) * | 1999-09-16 | 2007-05-01 | 454 Life Sciences Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
US7809509B2 (en) * | 2001-05-08 | 2010-10-05 | Ip Genesis, Inc. | Comparative mapping and assembly of nucleic acid sequences |
US7452699B2 (en) * | 2003-01-15 | 2008-11-18 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Amplification of DNA in a hairpin structure, and applications |
US7399614B2 (en) * | 2004-06-30 | 2008-07-15 | Applera Corporation | 5-methylcytosine detection, compositions and methods therefor |
US20060024711A1 (en) * | 2004-07-02 | 2006-02-02 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for nucleic acid amplification and sequence determination |
JP2008513782A (ja) | 2004-09-17 | 2008-05-01 | パシフィック バイオサイエンシーズ オブ カリフォルニア, インコーポレイテッド | 分子解析のための装置及び方法 |
JP2006333739A (ja) * | 2005-05-31 | 2006-12-14 | Hitachi High-Technologies Corp | 単分子計測による核酸分析方法 |
US20070020640A1 (en) * | 2005-07-21 | 2007-01-25 | Mccloskey Megan L | Molecular encoding of nucleic acid templates for PCR and other forms of sequence analysis |
US7282337B1 (en) * | 2006-04-14 | 2007-10-16 | Helicos Biosciences Corporation | Methods for increasing accuracy of nucleic acid sequencing |
WO2009120374A2 (en) * | 2008-03-28 | 2009-10-01 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid sample preparation |
US8486630B2 (en) | 2008-11-07 | 2013-07-16 | Industrial Technology Research Institute | Methods for accurate sequence data and modified base position determination |
EP2370598B1 (en) | 2008-12-11 | 2017-02-15 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Classification of nucleic acid templates |
-
2009
- 2009-11-05 US US12/613,291 patent/US8486630B2/en active Active
- 2009-11-06 TW TW098137757A patent/TWI385253B/zh active
- 2009-11-06 CN CN201310494873.8A patent/CN103484560B/zh active Active
- 2009-11-06 DK DK09824428.8T patent/DK2245187T3/en active
- 2009-11-06 EP EP09824428.8A patent/EP2245187B1/en active Active
- 2009-11-06 AU AU2009311073A patent/AU2009311073B2/en active Active
- 2009-11-06 WO PCT/CN2009/074851 patent/WO2010051773A1/en active Application Filing
- 2009-11-06 EP EP14150163.5A patent/EP2740806B1/en active Active
- 2009-11-06 ES ES09824428.8T patent/ES2528253T3/es active Active
- 2009-11-06 JP JP2011534995A patent/JP5483628B2/ja active Active
- 2009-11-06 PL PL09824428T patent/PL2245187T3/pl unknown
- 2009-11-06 CN CN200980125207.9A patent/CN102076871B/zh active Active
-
2012
- 2012-06-08 US US13/492,593 patent/US20120295260A1/en active Granted
-
2013
- 2013-05-07 US US13/889,298 patent/US20130230909A1/en not_active Abandoned
-
2014
- 2014-05-23 US US14/286,904 patent/US9747414B2/en active Active
-
2015
- 2015-05-20 US US14/717,996 patent/US9767251B2/en active Active
-
2017
- 2017-07-25 US US15/659,585 patent/US10515714B2/en active Active
-
2019
- 2019-11-01 US US16/672,232 patent/US11676682B1/en active Active
Patent Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2003514514A (ja) * | 1999-09-16 | 2003-04-22 | キュラジェン コーポレイション | 核酸を配列決定する方法 |
JP2003515149A (ja) * | 1999-11-26 | 2003-04-22 | キュラジェン コーポレイション | 核酸プローブアレイ |
JP2005505748A (ja) * | 2001-03-21 | 2005-02-24 | キュラジェン コーポレイション | 核酸の配列決定のための装置および方法 |
JP2007530020A (ja) * | 2004-03-25 | 2007-11-01 | ゲニゾン バイオサイエンシス インコーポレイテッド | 核酸の配列決定のための方法および手段 |
WO2007106509A2 (en) * | 2006-03-14 | 2007-09-20 | Genizon Biosciences, Inc. | Methods and means for nucleic acid sequencing |
WO2009017678A2 (en) * | 2007-07-26 | 2009-02-05 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Molecular redundant sequencing |
WO2009120372A2 (en) * | 2008-03-28 | 2009-10-01 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Compositions and methods for nucleic acid sequencing |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013094149A (ja) * | 2011-11-04 | 2013-05-20 | Hitachi Ltd | Dna配列解読システム、dna配列解読方法及びプログラム |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US11676682B1 (en) | 2023-06-13 |
US9747414B2 (en) | 2017-08-29 |
US10515714B2 (en) | 2019-12-24 |
TWI385253B (zh) | 2013-02-11 |
EP2245187B1 (en) | 2014-12-17 |
US9767251B2 (en) | 2017-09-19 |
WO2010051773A1 (en) | 2010-05-14 |
EP2740806B1 (en) | 2017-03-08 |
CN103484560B (zh) | 2014-11-05 |
EP2740806A2 (en) | 2014-06-11 |
US20120295260A1 (en) | 2012-11-22 |
US20140256570A1 (en) | 2014-09-11 |
CN102076871A (zh) | 2011-05-25 |
US20130230909A1 (en) | 2013-09-05 |
US20150379194A1 (en) | 2015-12-31 |
US20180018425A1 (en) | 2018-01-18 |
CN103484560A (zh) | 2014-01-01 |
US8486630B2 (en) | 2013-07-16 |
JP5483628B2 (ja) | 2014-05-07 |
PL2245187T3 (pl) | 2015-05-29 |
AU2009311073B2 (en) | 2012-04-26 |
EP2245187A4 (en) | 2013-06-26 |
ES2528253T3 (es) | 2015-02-05 |
AU2009311073A1 (en) | 2010-05-14 |
DK2245187T3 (en) | 2015-03-30 |
TW201018731A (en) | 2010-05-16 |
CN102076871B (zh) | 2014-01-01 |
EP2740806A3 (en) | 2014-08-20 |
US20100121582A1 (en) | 2010-05-13 |
EP2245187A1 (en) | 2010-11-03 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11676682B1 (en) | Methods for accurate sequence data and modified base position determination | |
Rapley et al. | Molecular biology and biotechnology | |
JP6685324B2 (ja) | 特異的分子インデックス(umi)を有する冗長リードを用いたシーケンシングdna断片におけるエラーの抑制 | |
RU2752700C2 (ru) | Способы и композиции для днк-профилирования | |
US10373705B2 (en) | Providing nucleotide sequence data | |
US20230074210A1 (en) | Methods for removal of adaptor dimers from nucleic acid sequencing preparations | |
JP2022513343A (ja) | 次世代シーケンスにおいて低サンプルインプットを扱うための正規化対照 | |
EP3870718B1 (en) | Methods and uses of introducing mutations into genetic material for genome assembly | |
Singh et al. | Next-generation sequencing technologies: approaches and applications for crop improvement | |
US20230235320A1 (en) | Methods and compositions for analyzing nucleic acid | |
Vats | Bio-Informatics Analysis of Meta-Transcriptomics Sequencing | |
Muhindira | A novel approach for the assembly of complex genomic DNA cloned into bacterial artificial chromosome vectors: Assembly and analysis of Triticum aestivum chromosome arm 7DS |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20110531 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130611 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130809 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20140212 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20140214 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5483628 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
S201 | Request for registration of exclusive licence |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R314201 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |