JP2011512819A - アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスおよび関連生物体由来の好熱性および好熱好酸性バイオポリマー分解遺伝子および酵素、方法 - Google Patents
アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスおよび関連生物体由来の好熱性および好熱好酸性バイオポリマー分解遺伝子および酵素、方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2011512819A JP2011512819A JP2010548874A JP2010548874A JP2011512819A JP 2011512819 A JP2011512819 A JP 2011512819A JP 2010548874 A JP2010548874 A JP 2010548874A JP 2010548874 A JP2010548874 A JP 2010548874A JP 2011512819 A JP2011512819 A JP 2011512819A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- ref
- seq
- dehydrogenase
- amino acids
- polypeptide
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/88—Lyases (4.)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
- C12N15/75—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora for Bacillus
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/1025—Acyltransferases (2.3)
- C12N9/1029—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y402/00—Carbon-oxygen lyases (4.2)
- C12Y402/01—Hydro-lyases (4.2.1)
- C12Y402/01055—3-Hydroxybutyryl-CoA dehydratase (4.2.1.55)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y203/00—Acyltransferases (2.3)
- C12Y203/01—Acyltransferases (2.3) transferring groups other than amino-acyl groups (2.3.1)
- C12Y203/01009—Acetyl-CoA C-acetyltransferase (2.3.1.9)
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離および／または精製された、ポリペプチドならびにアリサイクロバチルス・アシドカルダリウス由来ポリペプチドをコードする核酸配列を提供する。さらに、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからの単離および／または精製されたポリペプチドおよび核酸配列を使用して、細胞内の代謝を調節または変化させる方法を提供する。
Description
優先権主張
本願は、「ＴＨＥＲＭＯＰＨＩＬＩＣ ＡＮＤ ＴＨＥＲＭＯＡＣＩＤＯＰＨＩＬＩＣ ＧＬＹＣＯＳＹＬＡＴＩＯＮ ＧＥＮＥＳ ＡＮＤ ＥＮＺＹＭＥＳ ＦＲＯＭ ＡＬＩＣＹＣＬＯＢＡＣＩＬＬＵＳ ＡＣＩＤＯＣＡＬＤＡＲＩＵＳ ＡＮＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＯＲＧＡＮＩＳＭＳ，ＭＥＴＨＯＤＳ」と題する２００８年２月２８日出願の米国仮特許出願第６１／０３２，３３９号の出願日の利益を主張する。
本願は、「ＴＨＥＲＭＯＰＨＩＬＩＣ ＡＮＤ ＴＨＥＲＭＯＡＣＩＤＯＰＨＩＬＩＣ ＧＬＹＣＯＳＹＬＡＴＩＯＮ ＧＥＮＥＳ ＡＮＤ ＥＮＺＹＭＥＳ ＦＲＯＭ ＡＬＩＣＹＣＬＯＢＡＣＩＬＬＵＳ ＡＣＩＤＯＣＡＬＤＡＲＩＵＳ ＡＮＤ ＲＥＬＡＴＥＤ ＯＲＧＡＮＩＳＭＳ，ＭＥＴＨＯＤＳ」と題する２００８年２月２８日出願の米国仮特許出願第６１／０３２，３３９号の出願日の利益を主張する。
政府の権利
米国政府は、米国エネルギー省（Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｅｎｅｒｇｙ）とＢａｔｔｅｌｌｅ Ｅｎｅｒｇｙ Ａｌｌｉａｎｃｅ、ＬＬＣとの間の契約番号ＤＥ−ＡＣ０７−９９ＩＤ１３７２７および契約番号ＤＥ−ＡＣ０７−０５ＩＤ１４５１７に従って、本発明において一定の権利を有する。
米国政府は、米国エネルギー省（Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｅｎｅｒｇｙ）とＢａｔｔｅｌｌｅ Ｅｎｅｒｇｙ Ａｌｌｉａｎｃｅ、ＬＬＣとの間の契約番号ＤＥ−ＡＣ０７−９９ＩＤ１３７２７および契約番号ＤＥ−ＡＣ０７−０５ＩＤ１４５１７に従って、本発明において一定の権利を有する。
技術分野
本発明は、概して、バイオテクノロジーに関する。より具体的には、本発明は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離および／または精製された、ポリペプチドならびにアリサイクロバチルス・アシドカルダリウス由来ポリペプチドをコードする核酸配列、ならびにそれらの使用のための方法に関する。
本発明は、概して、バイオテクノロジーに関する。より具体的には、本発明は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離および／または精製された、ポリペプチドならびにアリサイクロバチルス・アシドカルダリウス由来ポリペプチドをコードする核酸配列、ならびにそれらの使用のための方法に関する。
酵素は、工業プロセスにおいて有用な化学物質の産生に対して大きな可能性を有している。しかしながら、工業プロセスは、典型的には、極端な温度、ｐＨ、塩等で生じ、十分に研究された酵素および生物体の大部分は、それに十分に適していない。
本発明の実施形態は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの精製および／または単離されたヌクレオチド配列、またはそれらの相同体、あるいは断片に関する。本発明の一実施形態では、ヌクレオチド配列は、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６、またはそれらの相同体もしくは断片のうちの少なくとも１つから選択される。本発明の別の実施形態では、該相同体は、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６のうちの少なくとも１つに対して少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択される。
さらに、本発明の実施形態は、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離および／または精製核酸配列に関してもよい。
また、本発明の実施形態は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムのヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列によってコードされる単離および／または精製ポリペプチド、またはそれらの相同体、あるいは断片に関する。一実施形態では、該ヌクレオチド配列は、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６のうちの少なくとも１つに対して少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択されるヌクレオチド配列を含む。
本発明の別の実施形態では、該ヌクレオチド配列は、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６、またはその相同体もしくは断片のうちの少なくとも１つから選択されるヌクレオチド配列を含む。さらに別の実施形態では、該ポリペプチドは、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５のアミノ酸配列を含む。さらに別の実施形態では、該ポリペプチドは、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるアミノ酸配列を含む。
本発明の実施形態では、該ポリペプチドは、好酸性および／または好熱性であってもよい。さらなる実施形態では、該ポリペプチドは、グリコシル化、ペグ化、または別様に翻訳後に修飾されてもよい。
諸方法の実施形態は、細胞内の代謝を改変する方法を含み、該方法は、細胞に、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択されるヌクレオチド配列を含む、組み換え、精製、および／または単離ヌクレオチド配列、ならびに／あるいは配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される、組み換え、精製、および／または単離ポリペプチドを提供するステップを含む。
方法のさらなる実施形態は、約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５℃以上の温度、ならびに／あるいは８、７、６、５、４、３、２、１、および／または０以下および／または以上のｐＨを含む環境に、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択されるヌクレオチド配列を含む、組み換え、精製、および／または単離ヌクレオチド配列、ならびに／あるいは配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される、組み換え、精製、および／または単離ポリペプチドを産生またはコードする細胞を配置するステップを含む。
本発明のこれらおよび他の態様は、本明細書に含有される教示に照らして、当業者に明白となる。
本発明の実施形態は、好熱好酸菌アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの代謝に関連する遺伝子および関連タンパク質を含む。これらのプロセスに関連する遺伝子のコード配列は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの配列決定から生成される配列情報から決定した。これらの遺伝子およびタンパク質は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスまたは他の生物体の代謝工学のための形質転換系またはベクターの標的および／または要素を表し得る。代謝に関連するアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノム内に見られるヌクレオチド配列、およびそれによってコードされるアミノ酸の非制限的な例を、表１に記載する。代謝タンパク質は、以下のクラスに属してもよいがこれらに限定されない。（Ｓ）−２−ヒドロキシ酸オキシダーゼ、［アシルキャリアタンパク質］Ｓ−マロニルトランスフェラーゼ、１，３−プロパンジオールデヒドロゲナーゼ、２−イソプロピルリンゴ酸シンターゼ、３−ヒドロキシブチリル‐ＣｏＡデヒドラターゼ、３−イソプロピルリンゴ酸デヒドラターゼ、３−イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ、３−オキソ酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、８−アミノ−７−オキソノナン酸シンターゼ、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アセチル化）、酢酸ＣｏＡリガーゼ、アセト乳酸シンターゼ、アセチルＣｏＡ Ｃ−アセチルトランスフェラーゼ、アコニット酸ヒドラターゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ（ＮＡＤＰ＋）、アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＮＡＤ＋）、ＡＴＰホスホリボシルトランスフェラーゼ、ＡＴＰシンターゼα鎖、ＡＴＰシンターゼＢ鎖、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼＣ鎖、ＡＴＰシンターゼε鎖、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ビオチンシンターゼ、分枝アミノ酸トランスアミナーゼ、ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クエン酸（Ｓｉ）シンターゼ、デチオビオチンシンターゼ、ジアミノピメリン酸デカルボキシラーゼ、ジアミノピメリン酸エピメラーゼ、ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ、ジヒドロジピコリン酸シンターゼ、ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ、ジヒドロキシ酸デヒドラターゼ、エノイルＣｏＡヒドラターゼ、ＦｄｈＤタンパク質（ｆｄｓＣ）、葉酸デヒドロゲナーゼ、グリセリン酸キナーゼ、グリシンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、イソクエン酸リアーゼ、ラクトアルデヒドレダクターゼ、乳酸２−モノオキシゲナーゼ、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼ、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（受容体）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（オキサロ酢酸脱炭酸）、リンゴ酸シンターゼ、マロン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アセチル化）、メチルマロン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アシル化）、Ｎ−アセチルジアミノピメリン酸デアセチラーゼ、オキソグルタール酸デヒドロゲナーゼ（スクシニル基転移）、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ、ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ、ホスホリボシルアントラニル酸イソメラーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ（アセチル基転移）、ピルビン酸リン酸ジキナーゼ、コハク酸デヒドロゲナーゼシトクロムｂ５５８サブユニット、コハク酸デヒドロゲナーゼフラビンタンパク質サブユニット、コハク酸デヒドロゲナーゼ鉄硫黄タンパク質、コハク酸ＣｏＡリガーゼ（ＡＤＰ生成）等。
本発明の実施形態は、部分的に、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの遺伝子および／またはタンパク質を含む遺伝子配列および／またはタンパク質配列に関する。含まれる遺伝子およびタンパク質は、代謝に関与するものである。細胞内酵素活性は、本質的に好熱性および／または好酸性であり得、同様の遺伝子の一般的な例を本文献に記載する。遺伝子、配列、酵素、および因子の種類としては、表１に記載するものが挙げられるがこれに限定されない。
本発明は、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６、またはそれらの断片のうちの１つの配列から選択されるアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの単離および／または精製ヌクレオチド配列を含む、ヌクレオチド配列に関する。
同様に、本発明は、単離および／または精製ヌクレオチド配列に関し、該ヌクレオチド配列が、ａ）配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６、またはそれらの断片の配列のうちの少なくとも１つのヌクレオチド配列、ｂ）ａ）に定義されるようなヌクレオチド配列と相同のヌクレオチド配列、ｃ）ａ）またはｂ）に定義されるようなヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、およびそれらの対応するＲＮＡのヌクレオチド配列、ｄ）ストリンジェント条件下でａ）、ｂ）、またはｃ）に定義されるような配列とハイブリダイズ可能なヌクレオチド配列、ｅ）ａ）、ｂ）、ｃ）、またはｄ）に定義されるような配列を含むクレオチド配列、およびｆ）ａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）、またはｅ）に定義されるようなヌクレオチド配列によって修飾されたヌクレオチド配列のうちの少なくとも１つを含むことを特徴とする。
ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、または核酸配列は、本発明に従って、モノマーおよびダイマー（いわゆる、タンデム）形態における二本鎖または一本鎖ＤＮＡと該ＤＮＡの転写産物の両方を意味するものと理解されたい。
本発明の態様は、単離、精製、または部分的に精製可能なヌクレオチド配列に関し、例えば、分子サイズに基づく除外クロマトグラフィーによる、または親和性によるイオン交換クロマトグラフィー、あるいは代替として、異なる溶媒中の溶解度に基づく分画技術等の分離方法から開始し、もしくは本発明の配列は、ベクターによって運ぶことが可能であるので、増幅、クローニング、およびサブクローニング等の遺伝子工学の方法から開始する。
本発明に従った単離および／または精製ヌクレオチド配列断片は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの任意のヌクレオチド断片を指すものとして理解され、非制限的な例として、その由来する配列の少なくとも８、１２、２０、２５、５０、７５、１００、２００、３００、４００、５００、１０００以上の連続的ヌクレオチド長が含まれる場合がある。
本発明による単離および／または精製ヌクレオチド配列の特異的断片は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノム配列の対応する断片との整合および比較後、少なくとも１つの異なる性質のヌクレオチドつまり塩基を有するアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの任意のヌクレオチド断片を指すものと理解されたい。
本発明の意味において、相同単離および／または精製ヌクレオチド配列は、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、または９９．７％の本発明によるヌクレオチド配列の塩基と少なくとも同一率を有する単離および／または精製ヌクレオチド配列を意味するものと理解され、本パーセンテージは、純粋に、統計的であって、ヌクレオチド配列間の差異を無作為に、およびそれらの長さ全体にわたって、分布させる可能性がある。
本発明の意味において、特異的相同ヌクレオチド配列は、上述のような特異的断片の少なくとも１つのヌクレオチド配列を有する相同ヌクレオチド配列を意味するものと理解される。該「特異的」相同配列は、例えば、該ゲノム配列、またはアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのゲノムの変異体を表すその断片の配列に対応する配列を含むことが可能である。したがって、これらの特異的相同配列は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの株内の突然変異体に間連する変型に対応し、特に、少なくとも１つのヌクレオチドの切断、置換、欠失および／または付加に対応し得る。同様に、該相同配列は、遺伝子コードの縮退に間連する変型に対応し得る。
用語「配列相同性の程度つまりパーセンテージ」は、本願に定義されるように、「最適整合後の２つの配列間の配列同一性の程度つまりパーセンテージ」を指す。
２つのアミノ酸またはヌクレオチド配列は、後述のように、最大一致のために整合されると、アミノ酸またはヌクレオチド残基の配列が、２つの配列内において、同じである場合、「同一である」と言える。２つ（以上）のペプチドまたはポリヌクレオチド間の配列比較は、典型的には、セグメントまたは「比較域」にわたる２つの最適に整合された配列の配列を比較し、配列類似性の局所的領域を同定および比較することによって行なわれる。比較のための配列の最適整合は、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ， Ａｄ． Ａｐｐ． Ｍａｔｈ ２：４８２（１９８１）の局所的相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｄｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ４８：４４３（１９７０）の相同性整合アルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ．（Ｕ．Ｓ．Ａ．） ８５：２４４４（１９８８）の類似方法の検索によって、コンピュータによるこれらのアルゴリズムの実施（ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ， ＦＡＳＴＡ， ａｎｄ ＴＦＡＳＴＡ ｉｎ ｔｈｅ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ソフトウェア Ｐａｃｋａｇｅ， Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）， ５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．， Ｍａｄｉｓｏｎ， Ｗｉｓ．）によって、または目視検査によって、行なわれてもよい。
２つのアミノ酸またはヌクレオチド配列は、後述のように、最大一致のために整合されると、アミノ酸またはヌクレオチド残基の配列が、２つの配列内において、同じである場合、「同一である」と言える。２つ（以上）のペプチドまたはポリヌクレオチド間の配列比較は、典型的には、セグメントまたは「比較域」にわたる２つの最適に整合された配列の配列を比較し、配列類似性の局所的領域を同定および比較することによって行なわれる。比較のための配列の最適整合は、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ， Ａｄ． Ａｐｐ． Ｍａｔｈ ２：４８２（１９８１）の局所的相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｄｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ４８：４４３（１９７０）の相同性整合アルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ．（Ｕ．Ｓ．Ａ．） ８５：２４４４（１９８８）の類似方法の検索によって、コンピュータによるこれらのアルゴリズムの実施（ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ， ＦＡＳＴＡ， ａｎｄ ＴＦＡＳＴＡ ｉｎ ｔｈｅ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ソフトウェア Ｐａｃｋａｇｅ， Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）， ５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．， Ｍａｄｉｓｏｎ， Ｗｉｓ．）によって、または目視検査によって、行なわれてもよい。
「配列同一性のパーセンテージ」（つまり、同一性の程度）は、配列比較用ウインドウにわたる２つの最適に整合された配列を比較することによって決定され、配列比較用ウインドウ内のペプチドまたはポリヌクレオチド配列の一部は、２つの配列の最適整合のための参照配列（付加または欠失を含まない）と比較して、付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含む場合がある。該パーセンテージは、同一のアミノ酸残基または核酸塩基が両配列内で生じる位置の数を判断し、整合位置の数を求め、整合位置の数を配列比較用ウインドウ内の位置の総数で割り、その結果に１００を掛け、配列同一性のパーセンテージを求めることによって計算される。
上述の配列同一性の定義は、当業者によって使用される可能性のある定義である。定義自体は、任意のアルゴリズムの支援を必要とせず、該アルゴリズムは、配列同一性の計算ではなく、配列の最適整合を達成するためにのみ有用である。
上述の定義から、２つの比較される配列間の配列同一性に対し、明確かつ１つのみの値が存在し、その値は、最善つまり最適の整合のために求められた値に対応するということになる。
ウェブサイト（ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｏｒｆ／ｂｌ２．ｈｔｍｌ）から利用可能であって、２つの配列間の同一性を比較および判断するのに、発明者と、概して、当業者によって、習慣的に使用されるソフトウェアであるＢＬＡＳＴ ＮまたはＢＬＡＳＴ Ｐ「ＢＬＡＳＴ ２配列」では、比較される配列長に応じるギャップコストは、ソフトウェアによって直接選択される（すなわち、長さ＞８５の場合、置換マトリクスＢＬＯＳＵＭ−６２に対して１１．２）。
本発明の配列の相補的ヌクレオチド配列は、任意のＤＮＡを意味するものと理解され、そのヌクレオチドは、本発明の配列のものに相補的であって、その配向は、逆転される（アンチセンス配列）。
本発明によるヌクレオチド配列とのストリンジェント条件下のハイブリダイゼーションは、相補的ＤＮＡの２つの断片間のハイブリダイゼーションを維持可能なように選択される、温度およびイオン強度条件下のハイブリダイゼーションを意味するものとして理解される。
例示目的で、上述のヌクレオチド断片を定義する目的としてのハイブリダイゼーションステップの高ストリンジェント条件は、有利には、以下である。
該ハイブリダイゼーションは、ＳＳＣ緩衝液（０．１５Ｍ ＮａＣｌおよび０．０５Ｍクエン酸ナトリウムに対応する１ｘＳＳＣ）の存在下、６５℃の選択的温度で実行される。洗浄ステップは、例えば、以下であり得る。周囲温度の２ｘＳＳＣに続いて、それぞれ１０分間、６５℃の２ｘＳＳＣ、０．５％ＳＤＳと、６５℃の２ｘ０．５ｘＳＳＣ、０．５％ＳＤＳによる２回の洗浄を行なう。
該ハイブリダイゼーションは、ＳＳＣ緩衝液（０．１５Ｍ ＮａＣｌおよび０．０５Ｍクエン酸ナトリウムに対応する１ｘＳＳＣ）の存在下、６５℃の選択的温度で実行される。洗浄ステップは、例えば、以下であり得る。周囲温度の２ｘＳＳＣに続いて、それぞれ１０分間、６５℃の２ｘＳＳＣ、０．５％ＳＤＳと、６５℃の２ｘ０．５ｘＳＳＣ、０．５％ＳＤＳによる２回の洗浄を行なう。
例えば、２ｘＳＳＣ緩衝液の存在下における４２℃の温度の中度のストリンジェンシー、または例えば、２ｘＳＳＣ緩衝液の存在下における３７℃の温度の低度のストリンジェンシーの条件は、それぞれ、２つの配列間のハイブリダイゼーションのために、全体的相補性をほとんど必要としない。
サイズが約３５０の塩基のポリヌクレオチドのための上述のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９の教示に従って、当業者によって、より大きいまたは小さいサイズのオリゴヌクレオチドに適合される。
本発明による単離および／または精製ヌクレオチド配列の中には、本発明による相同配列を得ることを可能にする方法において、プライマーまたはプローブとして使用可能なものが含まれ、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、核酸クローニング、およびシークエンシング等のこれらの方法は、当業者に周知である。
本発明による該単離および／または精製ヌクレオチド配列のうち、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６、それらの断片のうちの１つ、または以下に定義するそれらの変異体のうちの１つの存在を診断可能にする方法において、プライマーまたはプローブとして使用可能なものが同様に好まれる。
本発明によるヌクレオチド配列断片は、例えば、ＰＣＲ等の特異的増幅によって、または本発明によるヌクレオチド配列の適切な制限酵素による消化後、得ることが可能であって、これらの方法は、特に、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９の研究に記載されている。同様に、そのような代表的断片は、当業者に周知の方法に従って、化学合成によって得ることが可能である。
修飾ヌクレオチド配列は、当業者に周知の技術に従って、突然変異生成によって得られ、本発明による正常配列に対する修飾、例えば、特に、該ポリペプチドの発現率の修飾または複製サイクルの変調につながるポリペプチド発現の調節配列および／またはプロモーター配列における突然変異体を含有する任意のヌクレオチド配列を意味するものとして理解されたい。
同様に、修飾ヌクレオチド配列は、後述のような修飾ポリペプチドをコードする任意のヌクレオチド配列を意味するものとして理解されたい。
本発明は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの単離および／または精製ヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列に関し、該ヌクレオチド配列が、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６、またはそれらの断片のうちの１つから選択されることを特徴とする。
本発明は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの単離および／または精製ヌクレオチド配列を含むヌクレオチド配列に関し、該ヌクレオチド配列が、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６、またはそれらの断片のうちの１つから選択されることを特徴とする。
同様に、本発明の実施形態は、単離および／または精製ヌクレオチド配列に関し、該ヌクレオチド配列が、ａ）配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６、またはそれらの断片のうちの１つのヌクレオチド配列、ｂ）ａ）に定義されるような配列の特異的断片のヌクレオチド配列、ｃ）ａ）またはｂ）に定義されるような配列と少なくとも８０％の同一性を有する、相同ヌクレオチド配列、ｄ）ａ）、ｂ）またはｃ）に定義されるような配列に対応する相補的ヌクレオチド配列、またはＲＮＡの配列、およびｅ）ａ）、ｂ）、ｃ）、またはｄ）に定義されるような配列によって修飾されたヌクレオチド配列から選択されるヌクレオチド配列を含むことを特徴とする。
本発明による単離および／または精製ヌクレオチド配列の中には、配列番号１３〜１７、３０〜３４、４７〜５１、６４〜６８、８１〜８５、９８〜１０２、１１５〜１１９、１３２〜１３６、１４９〜１５３、１６６〜１７０、１８３〜１８７、２００〜２０４、２１７〜２２１、２３４〜２３８、２５１〜２５５、２６８〜２７２、２８５〜２８９、３０２〜３０６、３１９〜３２３、３３６〜３４０、３５３〜３５７、３７０〜３７４、３８７〜３９１、４０４〜４０８、４２１〜４２５、４３８〜４４２、４５５〜４５９、４７２〜４７６、４８９〜４９３、５０６〜５１０、５２３〜５２７、５４０〜５４４、５５７〜５６１、５７４〜５７８、５９１〜５９５、６０８〜６１２、６２５〜６２９、６４２〜６４６、６５９〜６６３、６７６〜６８０、６９３〜６９７、７１０〜７１４、７２７〜７３１、７４４〜７４８、７６１〜７６５、７７８〜７８２、７９５〜７９９、８１２〜８１６、８２９〜８３３、８４６〜８５０、８６３〜８６７、８８０〜８８４、８９７〜９０１、９１４〜９１８、９３１〜９３５、９４８〜９５２、９６５〜９６９、９８２〜９８６、９９９〜１００３、１０１６〜１０２０、１０３３〜１０３７、１０５０〜１０５４、１０６７〜１０７１、１０８４〜１０８８、１１０１〜１１０５、１１１８〜１１２２、１１３５〜１１３９、１１５２〜１１５６、１１６９〜１１７３、１１８６〜１１９０、１２０３〜１２０７、１２２０〜１２２４、１２３７〜１２４１、１２５４〜１２５８、１２７１〜１２７５、１２８８〜１２９２、１３０５〜１３０９、１３２２〜１３２６、１３３９〜１３４３、１３５６〜１３６０、１３７３〜１３７７、１３９０〜１３９４、１４０７〜１４１１、１４２４〜１４２８、１４４１〜１４４５、１４５８〜１４６２、１４７５〜１４７９、１４９２〜１４９６、１５０９〜１５１３、１５２６〜１５３０、１５４３〜１５４７、１５６０〜１５６４、および１５７７〜１５８１、またはそれらの断片のヌクレオチド配列、ならびに配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６、またはそれらの断片の配列のうちの少なくとも１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、または９９．７％の同一性の相同性を有する任意の単離および／または精製ヌクレオチド配列が含まれる。該相同配列は、例えば、ゲノム配列アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスに対応する配列を含むことが可能である。同様に、これらの特異的相同配列は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの株内の突然変異体と関連した変型に対応し、特に、少なくとも１つのヌクレオチドの切断、置換、欠失および／または付加に対応し得る。当業者には明らかであるように、そのような相同体は、標準的な技術およびＢＬＡＳＴ等の公的に入手可能なコンピュータプログラムを使用して、容易に作製及び同定される。したがって、上記で言及された各相同体は、本明細書に記載され、十分に説明されたものとみなされるべきである。
本発明の実施形態は、本発明によるヌクレオチド配列あるいはその断片によってコードされる単離および／または精製ポリペプチドあるいはそれらの断片を含み、それらの配列は、断片（のヌクレオチド配列）によって表される。アミノ酸配列は、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６の配列のうちの少なくとも１つの３つの可能な読み枠のうちの１つに従ってコード可能な単離および／または精製ポリペプチドに対応する。
同様に、本発明の実施形態は、単離および／または精製ポリペプチドに関し、該ポリペプチドが、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５、またはそれらの断片のうちの１つのアミノ酸配列のうちの少なくとも１つから選択されるポリペプチドを含むことを特徴とする。
本発明の実施形態によると、単離および／または精製ポリペプチドの中には、アミノ酸配列番号８〜１２、２５〜２９、４２〜４６、５９〜６３、７６〜８０、９３〜９７、１１０〜１１４、１２７〜１３１、１４４〜１４８、１６１〜１６５、１７８〜１８２、１９５〜１９９、２１２〜２１６、２２９〜２３３、２４６〜２５０、２６３〜２６７、２８０〜２８４、２９７〜３０１、３１４〜３１８、３３１〜３３５、３４８〜３５２、３６５〜３６９、３８２〜３８６、３９９〜４０３、４１６〜４２０、４３３〜４３７、４５０〜４５４、４６７〜４７１、４８４〜４８８、５０１〜５０５、５１８〜５２２、５３５〜５３９、５５２〜５５６、５６９〜５７３、５８６〜５９０、６０３〜６０７、６２０〜６２４、６３７〜６４１、６５４〜６５８、６７１〜６７５、６８８〜６９２、７０５〜７０９、７２２〜７２６、７３９〜７４３、７５６〜７６０、７７３〜７７７、７９０〜７９４、８０７〜８１１、８２４〜８２８、８４１〜８４５、８５８〜８６２、８７５〜８７９、８９２〜８９６、９０９〜９１３、９２６〜９３０、９４３〜９４７、９６０〜９６４、９７７〜９８１、９９４〜９９８、１０１１〜１０１５、１０２８〜１０３２、１０４５〜１０４９、１０６２〜１０６６、１０７９〜１０８３、１０９６〜１１００、１１１３〜１１１７、１１３０〜１１３４、１１４７〜１１５１、１１６４〜１１６８、１１８１〜１１８５、１１９８〜１２０２、１２１５〜１２１９、１２３２〜１２３６、１２４９〜１２５３、１２６６〜１２７０、１２８３〜１２８７、１３００〜１３０４、１３１７〜１３２１、１３３４〜１３３８、１３５１〜１３５５、１３６８〜１３７２、１３８５〜１３８９、１４０２〜１４０６、１４１９〜１４２３、１４３６〜１４４０、１４５３〜１４５７、１４７０〜１４７４、１４８７〜１４９１、１５０４〜１５０８、１５２１〜１５２５、１５３８〜１５４２、１５５５〜１５５９、および１５７２〜１５７６、またはそれらの断片の単離および／または精製ポリペプチド、あるいは配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５、またはそれらの断片の配列のうちの少なくとも１つと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、または９９．７％の同一性の相同性を有する任意の他の単離および／または精製ポリペプチドが含まれる。当業者には明らかであるように、そのような相同体は、標準的な技術およびＢＬＡＳＴ等の公的に入手可能なコンピュータプログラムを使用して、容易に作製及び同定される。したがって、上記で言及された各相同体は、本明細書に記載され、十分に説明されたものとみなされるべきである。
また、本発明の実施形態は、該ポリペプチドに関し、ａ）本発明によるアミノ酸配列のポリペプチドの少なくとも５アミノ酸の特異的断片、ｂ）ａ）に定義されるようなポリペプチドと相同のポリペプチド、ｃ）ａ）またはｂ）に定義されるようなポリペプチドの特異的生物活性断片、およびｄ）ａ）、ｂ）、またはｃ）に定義されるようなポリペプチドによって修飾されたポリペプチドから選択されるポリペプチドを含むことを特徴とする。
本説明では、ポリペプチド、ペプチド、およびタンパク質という用語は、同義的に使用される。
本発明の実施形態では、本発明による単離および／または精製ポリペプチドは、グリコシル化、ペグ化、および／または別様に翻訳後に修飾されてもよい。さらなる実施形態では、グリコシル化、ペグ化、および／または他の翻訳後修飾は、生体内または生体外で生じてもよく、化学的技術を使用して行なわれてもよい。付加的実施形態では、任意のグリコシル化、ベグ化、および／または他の翻訳後修飾は、Ｎ結合型またはＯ結合型であってもよい。
本発明の実施形態では、本発明による単離および／または精製ポリペプチドは、グリコシル化、ペグ化、および／または別様に翻訳後に修飾されてもよい。さらなる実施形態では、グリコシル化、ペグ化、および／または他の翻訳後修飾は、生体内または生体外で生じてもよく、化学的技術を使用して行なわれてもよい。付加的実施形態では、任意のグリコシル化、ベグ化、および／または他の翻訳後修飾は、Ｎ結合型またはＯ結合型であってもよい。
本発明の実施形態では、本発明による単離および／または精製ポリペプチドのいずれか１つは、摂氏約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５度以上の温度で酵素的に活性であってもよく、ならびに／あるいは７、６、５．５、５、４、３、２、１、および／または０以下ならびに／あるいは以上のｐＨで酵素的に活性であってもよい。本発明のさらなる実施形態では、グリコシル化、ベグ化、または他の翻訳後修飾は、７、６、５．５、５、４、３、２、１、および／または０以下のｐＨ、もしくは摂氏約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５度以上の温度で、可溶性ならびに／あるいは酵素的に活性である本発明による単離および／または精製ポリペプチドのために必要とされてもよい。
本発明の態様は、天然源から精製によって単離される、または得られるか、あるいは遺伝子組み換えによって、または代替として化学合成によって得られ、したがって、後述のように、非天然アミノ酸を含有し得る、ポリペプチドに関する。
本発明の実施形態による「ポリペプチド断片」は、少なくとも５つの連続的アミノ酸、好ましくは、１０の連続的アミノ酸または１５の連続的アミノ酸を含有するポリペプチドを指すものとして理解される。
本発明では、特異的ポリペプチド断片は、本発明による特異的断片ヌクレオチド配列によってコードされる連続的ポリペプチド断片を指すものとして理解される。
「相同ポリペプチド」は、天然ポリペプチドに対して、特に、少なくとも１つのアミノ酸の欠失、付加、あるいは置換、切断、延長、キメラ融合、および／または突然変異等のある修飾を有するポリペプチドを指すものとして理解されたい。相同ポリペプチドのうち、そのアミノ酸配列が、本発明によるポリペプチドのアミノ酸の配列と少なくとも８０％または９０％の相同性を有するものが好ましい。
「相同ポリペプチド」は、天然ポリペプチドに対して、特に、少なくとも１つのアミノ酸の欠失、付加、あるいは置換、切断、延長、キメラ融合、および／または突然変異等のある修飾を有するポリペプチドを指すものとして理解されたい。相同ポリペプチドのうち、そのアミノ酸配列が、本発明によるポリペプチドのアミノ酸の配列と少なくとも８０％または９０％の相同性を有するものが好ましい。
「特異的相同ポリペプチド」は、上述のような、本発明によるポリペプチドの特異的断片を有する相同ポリペプチドを指すものと理解されたい。
置換の場合、１つもしくは複数の連続的または非連続的アミノ酸が、「等価」アミノ酸に置き換えられる。「等価」アミノ酸という表現は、塩基構造のアミノ酸の１つによって置換可能であるが、本質的に、対応するペプチドの生物活性を変更せず、以下によって定義されるような任意のアミノ酸を指すものとして指図される。当業者には明らかであるように、そのような置換は、標準的な分子生物学技術およびＢＬＡＳＴ等の公的に入手可能なコンピュータプログラムを使用して、容易に作製及び同定される。したがって、上記で言及された各置換は、本明細書に記載され、十分に説明されたものとみなされるべきである。アミノ酸配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５におけるそのような置換の例として、アミノ酸配列番号８〜１２、２５〜２９、４２〜４６、５９〜６３、７６〜８０、９３〜９７、１１０〜１１４、１２７〜１３１、１４４〜１４８、１６１〜１６５、１７８〜１８２、１９５〜１９９、２１２〜２１６、２２９〜２３３、２４６〜２５０、２６３〜２６７、２８０〜２８４、２９７〜３０１、３１４〜３１８、３３１〜３３５、３４８〜３５２、３６５〜３６９、３８２〜３８６、３９９〜４０３、４１６〜４２０、４３３〜４３７、４５０〜４５４、４６７〜４７１、４８４〜４８８、５０１〜５０５、５１８〜５２２、５３５〜５３９、５５２〜５５６、５６９〜５７３、５８６〜５９０、６０３〜６０７、６２０〜６２４、６３７〜６４１、６５４〜６５８、６７１〜６７５、６８８〜６９２、７０５〜７０９、７２２〜７２６、７３９〜７４３、７５６〜７６０、７７３〜７７７、７９０〜７９４、８０７〜８１１、８２４〜８２８、８４１〜８４５、８５８〜８６２、８７５〜８７９、８９２〜８９６、９０９〜９１３、９２６〜９３０、９４３〜９４７、９６０〜９６４、９７７〜９８１、９９４〜９９８、１０１１〜１０１５、１０２８〜１０３２、１０４５〜１０４９、１０６２〜１０６６、１０７９〜１０８３、１０９６〜１１００、１１１３〜１１１７、１１３０〜１１３４、１１４７〜１１５１、１１６４〜１１６８、１１８１〜１１８５、１１９８〜１２０２、１２１５〜１２１９、１２３２〜１２３６、１２４９〜１２５３、１２６６〜１２７０、１２８３〜１２８７、１３００〜１３０４、１３１７〜１３２１、１３３４〜１３３８、１３５１〜１３５５、１３６８〜１３７２、１３８５〜１３８９、１４０２〜１４０６、１４１９〜１４２３、１４３６〜１４４０、１４５３〜１４５７、１４７０〜１４７４、１４８７〜１４９１、１５０４〜１５０８、１５２１〜１５２５、１５３８〜１５４２、１５５５〜１５５９、および１５７２〜１５７６の単離および／または精製ポリペプチドが含まれる場合がある。これらの等価アミノ酸は、置換アミノ酸とのその構造的相同性、または実行可能な異なるポリペプチド間の生物活性の比較試験の結果に応じて、決定可能である。
置換の場合、１つもしくは複数の連続的または非連続的アミノ酸が、「等価」アミノ酸に置き換えられる。「等価」アミノ酸という表現は、塩基構造のアミノ酸の１つによって置換可能であるが、本質的に、対応するペプチドの生物活性を変更せず、以下によって定義されるような任意のアミノ酸を指すものとして指図される。当業者には明らかであるように、そのような置換は、標準的な分子生物学技術およびＢＬＡＳＴ等の公的に入手可能なコンピュータプログラムを使用して、容易に作製及び同定される。したがって、上記で言及された各置換は、本明細書に記載され、十分に説明されたものとみなされるべきである。アミノ酸配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５におけるそのような置換の例として、アミノ酸配列番号８〜１２、２５〜２９、４２〜４６、５９〜６３、７６〜８０、９３〜９７、１１０〜１１４、１２７〜１３１、１４４〜１４８、１６１〜１６５、１７８〜１８２、１９５〜１９９、２１２〜２１６、２２９〜２３３、２４６〜２５０、２６３〜２６７、２８０〜２８４、２９７〜３０１、３１４〜３１８、３３１〜３３５、３４８〜３５２、３６５〜３６９、３８２〜３８６、３９９〜４０３、４１６〜４２０、４３３〜４３７、４５０〜４５４、４６７〜４７１、４８４〜４８８、５０１〜５０５、５１８〜５２２、５３５〜５３９、５５２〜５５６、５６９〜５７３、５８６〜５９０、６０３〜６０７、６２０〜６２４、６３７〜６４１、６５４〜６５８、６７１〜６７５、６８８〜６９２、７０５〜７０９、７２２〜７２６、７３９〜７４３、７５６〜７６０、７７３〜７７７、７９０〜７９４、８０７〜８１１、８２４〜８２８、８４１〜８４５、８５８〜８６２、８７５〜８７９、８９２〜８９６、９０９〜９１３、９２６〜９３０、９４３〜９４７、９６０〜９６４、９７７〜９８１、９９４〜９９８、１０１１〜１０１５、１０２８〜１０３２、１０４５〜１０４９、１０６２〜１０６６、１０７９〜１０８３、１０９６〜１１００、１１１３〜１１１７、１１３０〜１１３４、１１４７〜１１５１、１１６４〜１１６８、１１８１〜１１８５、１１９８〜１２０２、１２１５〜１２１９、１２３２〜１２３６、１２４９〜１２５３、１２６６〜１２７０、１２８３〜１２８７、１３００〜１３０４、１３１７〜１３２１、１３３４〜１３３８、１３５１〜１３５５、１３６８〜１３７２、１３８５〜１３８９、１４０２〜１４０６、１４１９〜１４２３、１４３６〜１４４０、１４５３〜１４５７、１４７０〜１４７４、１４８７〜１４９１、１５０４〜１５０８、１５２１〜１５２５、１５３８〜１５４２、１５５５〜１５５９、および１５７２〜１５７６の単離および／または精製ポリペプチドが含まれる場合がある。これらの等価アミノ酸は、置換アミノ酸とのその構造的相同性、または実行可能な異なるポリペプチド間の生物活性の比較試験の結果に応じて、決定可能である。
非制限的な例として、対応する修飾ポリペプチドの生物活性の広範囲にわたる修飾をもたらすことなく実行可能な置換の可能性として、例えば、バリンまたはイソロイシンによるロイシン、グルタミン酸によるアスパラギン酸、アスパラギンによるグルタミン、リジンによるアルギニン等の置き換えが挙げられるが、当然ながら、反転置換も、同条件下で想定可能である。
さらなる実施形態では、置換は、類似同定酵素活性を有する他のタンパク質の中に保存されないアミノ酸の置換に制限される。例えば、当業者は、同様の生物体において同一機能のタンパク質を整合し、どのアミノ酸が該機能のタンパク質の間で概して保存されるかを決定することができる。そのような整合を生成するために使用し得るプログラムの一例は、ＮＣＢＩによって提供されるデータベースと併せたｗｏｒｄｌｗｉｄｅｗｅｂ．ｃｈａｒｉｔｅ．ｄｅ／ｂｉｏｉｎｆ／ｓｔｒａｐ／である。そのようなポリペプチドの例として、アミノ酸配列番号８〜１２、２５〜２９、４２〜４６、５９〜６３、７６〜８０、９３〜９７、１１０〜１１４、１２７〜１３１、１４４〜１４８、１６１〜１６５、１７８〜１８２、１９５〜１９９、２１２〜２１６、２２９〜２３３、２４６〜２５０、２６３〜２６７、２８０〜２８４、２９７〜３０１、３１４〜３１８、３３１〜３３５、３４８〜３５２、３６５〜３６９、３８２〜３８６、３９９〜４０３、４１６〜４２０、４３３〜４３７、４５０〜４５４、４６７〜４７１、４８４〜４８８、５０１〜５０５、５１８〜５２２、５３５〜５３９、５５２〜５５６、５６９〜５７３、５８６〜５９０、６０３〜６０７、６２０〜６２４、６３７〜６４１、６５４〜６５８、６７１〜６７５、６８８〜６９２、７０５〜７０９、７２２〜７２６、７３９〜７４３、７５６〜７６０、７７３〜７７７、７９０〜７９４、８０７〜８１１、８２４〜８２８、８４１〜８４５、８５８〜８６２、８７５〜８７９、８９２〜８９６、９０９〜９１３、９２６〜９３０、９４３〜９４７、９６０〜９６４、９７７〜９８１、９９４〜９９８、１０１１〜１０１５、１０２８〜１０３２、１０４５〜１０４９、１０６２〜１０６６、１０７９〜１０８３、１０９６〜１１００、１１１３〜１１１７、１１３０〜１１３４、１１４７〜１１５１、１１６４〜１１６８、１１８１〜１１８５、１１９８〜１２０２、１２１５〜１２１９、１２３２〜１２３６、１２４９〜１２５３、１２６６〜１２７０、１２８３〜１２８７、１３００〜１３０４、１３１７〜１３２１、１３３４〜１３３８、１３５１〜１３５５、１３６８〜１３７２、１３８５〜１３８９、１４０２〜１４０６、１４１９〜１４２３、１４３６〜１４４０、１４５３〜１４５７、１４７０〜１４７４、１４８７〜１４９１、１５０４〜１５０８、１５２１〜１５２５、１５３８〜１５４２、１５５５〜１５５９、および１５７２〜１５７６に見られるようなものが含まれ得るが、それらに制限されない。
したがって、本発明の一実施形態によると、置換または突然変異は、該機能のタンパク質の間で概して保存される位置で成される場合がある。さらなる実施形態では、核酸配列は、それらがコードするアミノ酸が変化しない（縮重置換および突然変異）しないように突然変異または置換される、および／または任意の結果として生じるアミノ酸置換または突然変異が、概してその機能のタンパク質の中に保存される位置で成されるように突然変異または置換される場合がある。そのような核酸配列の例として、配列番号１３〜１７、３０〜３４、４７〜５１、６４〜６８、８１〜８５、９８〜１０２、１１５〜１１９、１３２〜１３６、１４９〜１５３、１６６〜１７０、１８３〜１８７、２００〜２０４、２１７〜２２１、２３４〜２３８、２５１〜２５５、２６８〜２７２、２８５〜２８９、３０２〜３０６、３１９〜３２３、３３６〜３４０、３５３〜３５７、３７０〜３７４、３８７〜３９１、４０４〜４０８、４２１〜４２５、４３８〜４４２、４５５〜４５９、４７２〜４７６、４８９〜４９３、５０６〜５１０、５２３〜５２７、５４０〜５４４、５５７〜５６１、５７４〜５７８、５９１〜５９５、６０８〜６１２、６２５〜６２９、６４２〜６４６、６５９〜６６３、６７６〜６８０、６９３〜６９７、７１０〜７１４、７２７〜７３１、７４４〜７４８、７６１〜７６５、７７８〜７８２、７９５〜７９９、８１２〜８１６、８２９〜８３３、８４６〜８５０、８６３〜８６７、８８０〜８８４、８９７〜９０１、９１４〜９１８、９３１〜９３５、９４８〜９５２、９６５〜９６９、９８２〜９８６、９９９〜１００３、１０１６〜１０２０、１０３３〜１０３７、１０５０〜１０５４、１０６７〜１０７１、１０８４〜１０８８、１１０１〜１１０５、１１１８〜１１２２、１１３５〜１１３９、１１５２〜１１５６、１１６９〜１１７３、１１８６〜１１９０、１２０３〜１２０７、１２２０〜１２２４、１２３７〜１２４１、１２５４〜１２５８、１２７１〜１２７５、１２８８〜１２９２、１３０５〜１３０９、１３２２〜１３２６、１３３９〜１３４３、１３５６〜１３６０、１３７３〜１３７７、１３９０〜１３９４、１４０７〜１４１１、１４２４〜１４２８、１４４１〜１４４５、１４５８〜１４６２、１４７５〜１４７９、１４９２〜１４９６、１５０９〜１５１３、１５２６〜１５３０、１５４３〜１５４７、１５６０〜１５６４、１５７７〜１５８１、またはそれらの断片のヌクレオチド配列に見られるものが含まれ得るが、それらに制限されない。
同様に、特異的相同ポリペプチドは、上述のような特異的相同ヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドに対応し、したがって、本定義では、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウス内に存在可能な変異体に突然変異または対応し、特に、少なくとも１つのアミノ酸残基の切断、置換、欠失、および／または付加に対応するポリペプチドを含む。
本発明の実施形態による「ポリペプチドの特異的生物活性断片」は、特に、本発明によるポリペプチドの特徴の少なくとも１つを有する上述のような特異的ポリペプチド断片を指すものとして理解されたい。ある実施形態では、該ペプチドは、表１に概説されるタンパク質の種類のうちの少なくとも１つとして作用可能である。
本発明の実施形態によるポリペプチド断片は、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウス内に必然的に存在する単離または精製断片に対応する、またはトリプシン、もしくはキモトリプシンもしくはコラゲナーゼ等のタンパク質酵素による、あるいは臭化シアン（ＣＮＢｒ）等の化学試薬による、該ポリペプチドの開裂によって得ることが可能な断片に対応し得る。同様に、そのようなポリペプチド断片は、適切な調節要素および／または発現要素の制御下で配置される該断片の発現を可能にする核酸を含有する、本発明による発現ベクターによって形質転換される宿主から、化学合成によってごく容易に調製可能である。
本発明の実施形態によるポリペプチドの「修飾ポリペプチド」は、正常配列に対して少なくとも１つの修飾を有する、後述のように、遺伝子組み換えまたは化学合成によって得られるポリペプチドを指すものとして理解される。これらの修飾は、特異性および／または活性の起点において、あるいは本発明によるポリペプチドの構造的立体配座、局所化、および膜内挿入能の起点において、アミノ酸に影響を及ぼすことが可能または不可能である場合がある。したがって、活性が等価、増加、または減少し、特異性が等価、より狭小、またはより広大なポリペプチドを生成することが可能になる。修飾ポリペプチドの中には、最大で５以上のアミノ酸が修飾、ＮまたはＣ末端において切断、またはさらに欠失もしくは付加可能であるポリペプチドに言及することが必要である。
実証される真核または原核細胞に対する該変調を可能にする方法は、当業者には周知である。同様に、本発明による、および後述のベクターを通して、該変調のための該修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を使用可能であることが周知である。
上述の修飾ポリペプチドは、コンビナトリアルケミストリーを使用することによって得ることが可能であって、例えば、複数のモデル、複数の細胞培養、または複数の生物体に対して試験し、最も活発なまたは求めた特性を有する化合物を選択する前に、ポリペプチドの一部を体系的に変更することが可能である。
同様に、化学合成は、非天然アミノ酸または非ペプチド結合を使用可能であるという利点を有する。
したがって、本発明によるポリペプチドの寿命を改良するために、非天然アミノ酸（例えば、Ｄ型）またはアミノ酸類似体（例えば、特に、含硫型）の使用に着目してもよい。
したがって、本発明によるポリペプチドの寿命を改良するために、非天然アミノ酸（例えば、Ｄ型）またはアミノ酸類似体（例えば、特に、含硫型）の使用に着目してもよい。
最終的に、本発明によるポリペプチド、その特異的、または修飾相同形態の構造をポリペプチド型または他の化学構造に統合することが可能になる。したがって、ＮおよびＣ末端において、プロテアーゼによって認識されない分子の提供に着目してもよい。
同様に、本発明によるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列も、本発明の一部である。
同様に、本発明は、プライマーまたはプローブとして利用可能なヌクレオチド配列に関し、該配列が、本発明によるヌクレオチド配列から選択されることを特徴とする。
同様に、本発明は、プライマーまたはプローブとして利用可能なヌクレオチド配列に関し、該配列が、本発明によるヌクレオチド配列から選択されることを特徴とする。
同様に、本発明は、種々の実施形態において、当業者に周知であって、特に、後述のような手順による遺伝子組み換えまたは化学合成によって、天然ポリペプチドから精製して得ることが可能な、ヌクレオチド配列によってコードされるアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの特異的ポリペプチドに関することは十分理解されている。同様に、該ヌクレオチド配列によってコードされる該特異的ポリペプチドに対する識または非標識モノあるいはポリクローナル抗体も、本発明によって包含される。
加えて、本発明の実施形態は、核酸配列の検出および／または増幅のためのプライマーまたはプローブとしての本発明によるヌクレオチド配列の使用に関する。
したがって、本発明の実施形態によるヌクレオチド配列を使用して、特に、ＰＣＲ技術（ポリメラーゼ連鎖反応）（Ｅｒｌｉｃｈ，１９８９； Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，１９９０、Ｒｏｌｆｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１、およびＷｈｉｔｅ ｅｔ ａｌ．，１９９７）によって、ヌクレオチド配列を増幅可能である。
したがって、本発明の実施形態によるヌクレオチド配列を使用して、特に、ＰＣＲ技術（ポリメラーゼ連鎖反応）（Ｅｒｌｉｃｈ，１９８９； Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，１９９０、Ｒｏｌｆｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１、およびＷｈｉｔｅ ｅｔ ａｌ．，１９９７）によって、ヌクレオチド配列を増幅可能である。
これらのオリゴデオキシリボヌクレオチドまたはオリゴリボヌクレオチドプライマーは、有利には、少なくとも８つのヌクレオチド、好ましくは、少なくとも１２のヌクレオチド、さらにより好ましくは、少なくとも２０のヌクレオチドの長さを有する。
標的核酸の他の増幅技術は、有利には、ＰＣＲの代替として採用可能である。
同様に、本発明のヌクレオチド配列、特に本発明によるプライマーは、ＴＡＳ技術（転写増幅システム）（Ｋｗｏｈ ｅｔ ａｌ．，１９８９）、３ＳＲ技術（自家持続配列複製）（Ｇｕａｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，１９９０）、ＮＡＳＢＡ技術（核酸配列増幅）（Ｋｉｅｖｉｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１）、ＳＤＡ技術（鎖置換増幅）（Ｗａｌｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９２）、ＴＭＡ技術（転写媒介性増幅）等、標的核酸の増幅の他の手順において採用可能である。
同様に、本発明のヌクレオチド配列、特に本発明によるプライマーは、ＴＡＳ技術（転写増幅システム）（Ｋｗｏｈ ｅｔ ａｌ．，１９８９）、３ＳＲ技術（自家持続配列複製）（Ｇｕａｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，１９９０）、ＮＡＳＢＡ技術（核酸配列増幅）（Ｋｉｅｖｉｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，１９９１）、ＳＤＡ技術（鎖置換増幅）（Ｗａｌｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９２）、ＴＭＡ技術（転写媒介性増幅）等、標的核酸の増幅の他の手順において採用可能である。
また、本発明のポリヌクレオチドは、熱安定性リガーゼを採用するＬＣＲ技術（リガーゼ連鎖反応）（Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８（Ｂａｒａｎｙ ｅｔ ａｌ．，１９９１によって改良））、ＲＣＲ技術（修復連鎖反応）（Ｓｅｇｅｖ，１９９２）、ＣＰＲ技術（サイクリングプローブ反応）（Ｄｕｃｋ ｅｔ ａｌ．，１９９０）、Ｑ−βレプリカーゼによる増幅技術（Ｍｉｅｌｅ ｅｔ ａｌ．，１９８３（特に、Ｃｈｕ ｅｔ ａｌ．，１９８６、Ｌｉｚａｒｄｉ ｅｔ ａｌ．，１９８８、その後、Ｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ．ならびにＳｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．，１９９６によって改良））等、プローブとしての役割を果たす核酸の増幅または修飾技術において採用可能である。
検出される標的ポリヌクレオチドが、可能性として、ＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡである場合、生物学的試料内に含有されるＲＮＡからｃＤＮＡを得るために、本発明による少なくとも１つのプライマーの支援による増幅反応の採用、または本発明の少なくとも１つのプローブの支援による検出手順の採用に先立って、逆転写型の酵素を使用することが可能になる。したがって、得られるｃＤＮＡは、本発明による増幅または検出手順において採用されるプライマーまたはプローブの標的としての役割を果たすであろう。
検出プローブは、標的配列または標的配列から生成されるアンプリコンとハイブリダイズするように選択されるであろう。配列のために、そのようなプローブは、有利には、少なくとも１２のヌクレオチド、特に、少なくとも２０のヌクレオチド、好ましくは、少なくとも１００のヌクレオチドの配列を有するであろう。
また、本発明の実施形態は、本発明によるプローブまたはプライマーとして利用可能なヌクレオチド配列を含み、該ヌクレオチド配列が放射性化合物または非放射性化合物によって標識されることを特徴とする。
非標識ヌクレオチド配列は、プローブまたはプライマーとして直接使用可能であるが、配列は、概して、放射性同位体（３２Ｐ、３５Ｓ、３Ｈ、１２５Ｉ）または非放射性分子（ビオチン、アセチルアミノフルオレン、ジゴキシゲニン、５−ブロモデオキシウリジン、フルオレセイン）によって標識され、多くの用途のために利用可能なプローブを得る。
ヌクレオチド配列の非放射性標識の例は、例えば、フランス特許第７８．１０９７５号、またはＵｒｄｅａ ｅｔ ａｌ．、あるいはＳａｎｃｈｅｚ−Ｐｅｓｃａｄｏｒ ｅｔ ａｌ．（１９８８）に記載されている。
後者の場合、特許第ＦＲ−２ ４２２ ９５６号および第ＦＲ−２ ５１８ ７５５号に記載される標識方法の１つを使用することも可能になる。
該ハイブリダイゼーション技術は、種々の方法で実行可能である（Ｍａｔｔｈｅｗｓ ｅｔ ａｌ．、１９８８）。ほとんどの一般的方法は、支持体（ニトロセルロース、ナイロン、ポリスチレン等）上に細胞の核酸抽出物を固定し、特定の条件下、プローブとともに固定された標的核酸をインキュベートするステップから成る。ハイブリダイゼーション後、過剰プローブは、排除され、形成されるハイブリッド分子は、適切な方法（プローブに連鎖する放射能、蛍光発光、または酵素活性の測定）によって検出される。
該ハイブリダイゼーション技術は、種々の方法で実行可能である（Ｍａｔｔｈｅｗｓ ｅｔ ａｌ．、１９８８）。ほとんどの一般的方法は、支持体（ニトロセルロース、ナイロン、ポリスチレン等）上に細胞の核酸抽出物を固定し、特定の条件下、プローブとともに固定された標的核酸をインキュベートするステップから成る。ハイブリダイゼーション後、過剰プローブは、排除され、形成されるハイブリッド分子は、適切な方法（プローブに連鎖する放射能、蛍光発光、または酵素活性の測定）によって検出される。
同様に、本発明は、種々の実施形態では、本発明によるヌクレオチド配列を含み、共有結合的にまたは非共有結合的に支持体上に固定されることを特徴とする。
本発明によるヌクレオチド配列を採用する別の有益な形態によると、後者は、支持体上に固定された状態で使用可能であって、したがって、特異的ハイブリダイゼーションによって、試験される生物学的試料から得られる標的核酸を捕捉する役割を果たすことが可能である。必要に応じて、固体支持体は、試料から分離され、その後、該捕捉プローブと標的核酸との間に形成されるハイブリダイゼーション合体は、第２のプローブ（容易に検出可能な要素によって標識される、いわゆる検出プローブ）の支援によって検出される。
本発明によるヌクレオチド配列を採用する別の有益な形態によると、後者は、支持体上に固定された状態で使用可能であって、したがって、特異的ハイブリダイゼーションによって、試験される生物学的試料から得られる標的核酸を捕捉する役割を果たすことが可能である。必要に応じて、固体支持体は、試料から分離され、その後、該捕捉プローブと標的核酸との間に形成されるハイブリダイゼーション合体は、第２のプローブ（容易に検出可能な要素によって標識される、いわゆる検出プローブ）の支援によって検出される。
本発明の別の態様は、配列のクローニングおよび／または発現のためのベクターであって、該ベクターが本発明によるヌクレオチド配列を含有することを特徴とする。
同様に、所定の宿主細胞内の該ヌクレオチド配列の統合、発現、および／または分泌を可能にする要素を含有することを特徴とする本発明によるベクターも、本発明の一部である。
同様に、所定の宿主細胞内の該ヌクレオチド配列の統合、発現、および／または分泌を可能にする要素を含有することを特徴とする本発明によるベクターも、本発明の一部である。
したがって、該ベクターは、プロモーター、翻訳の開始および終止信号、ならびに適切な転写調節領域を含有する場合がある。該ベクターは、宿主細胞内で安定的に維持可能であって、任意に、翻訳されたタンパク質の分泌を指定する特定の信号を有し得る。これらの異なる要素は、使用される宿主細胞に応じて選択されてもよい。本目的のために、本発明によるヌクレオチド配列は、選択された宿主内の自己複製ベクター内に挿入されてもよく、または選択された宿主の統合ベクターであってもよい。
そのようなベクターは、当業者によって現在使用されている方法に従って調製され、例えば、リポフェクション、エレクトロポレーション、および熱衝撃等の標準的方法によって、そこから生じるクローンを適切な宿主内に導入することが可能になる。
本発明によるベクターは、例えば、プラスミドまたはウイルス起源のベクターである。本発明のポリペプチドの発現のためのベクターの一例は、バキュロウイルスである。
これらのベクターは、本発明のヌクレオチド配列をクローンまたは発現するために、宿主細胞の形質転換に有用である。
これらのベクターは、本発明のヌクレオチド配列をクローンまたは発現するために、宿主細胞の形質転換に有用である。
同様に、本発明は、本発明によるベクターによって形質転換される宿主細胞を含む。
これらの細胞は、上述のようなベクター内に挿入されるヌクレオチド配列の宿主細胞内に導入し、その後、トランスフェクトされたヌクレオチド配列の複製および／または発現を可能にする条件下、該細胞を培養することによって得ることが可能である。
これらの細胞は、上述のようなベクター内に挿入されるヌクレオチド配列の宿主細胞内に導入し、その後、トランスフェクトされたヌクレオチド配列の複製および／または発現を可能にする条件下、該細胞を培養することによって得ることが可能である。
該宿主細胞は、例えば、細菌性細胞（Ｏｌｉｎｓ ａｎｄ Ｌｅｅ、１９９３）であるが、同様に、酵母細胞（Ｂｕｃｋｈｏｌｚ、１９９３）およびアラビドプシス種等の植物細胞等の原核または真核細胞系、ならびに動物細胞、特に、哺乳類細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞）の培養物（Ｅｄｗａｒｄｓ ａｎｄ Ａｒｕｆｆｏ，１９９３）、同様に、例えば、バキュロウイルス、ｓｆ９昆虫細胞を採用する手順を使用可能な昆虫の細胞（Ｌｕｃｋｏｗ、１９９３）から選択可能である。
同様に、本発明の実施形態は、本発明による該形質転換細胞の１つを含む、生物体に関する。
アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの遺伝子の１つもしくは複数または該遺伝子の一部を発現する本発明による遺伝子組み換え生物体の取得は、ウイルス性または非ウイルス性トランスフェクション等の、当業者に周知の方法に従って、例えば、ラット、マウス、またはウサギにおいて実行されてもよい。遍在的性質の強力なプロモーターまたは一種類の組織のために選択可能なプロモーターの制御下、該遺伝子の複数のコピーのトランスフェクションによって、該遺伝子の１つもしくは複数を発現する遺伝子組み換え生物体を得ることが可能になる。同様に、胚細胞株内の相同的組み換え、これらの細胞株の胚への転移、生殖系レベルにおいて影響を受けるキメラの選択、および該キメラの成長によって、遺伝子組み換え生物体を得ることが可能になる。
アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの遺伝子の１つもしくは複数または該遺伝子の一部を発現する本発明による遺伝子組み換え生物体の取得は、ウイルス性または非ウイルス性トランスフェクション等の、当業者に周知の方法に従って、例えば、ラット、マウス、またはウサギにおいて実行されてもよい。遍在的性質の強力なプロモーターまたは一種類の組織のために選択可能なプロモーターの制御下、該遺伝子の複数のコピーのトランスフェクションによって、該遺伝子の１つもしくは複数を発現する遺伝子組み換え生物体を得ることが可能になる。同様に、胚細胞株内の相同的組み換え、これらの細胞株の胚への転移、生殖系レベルにおいて影響を受けるキメラの選択、および該キメラの成長によって、遺伝子組み換え生物体を得ることが可能になる。
形質転換細胞ならびに本発明による遺伝子組み換え生物体は、組み換えポリペプチドの調製のための手順において利用可能である。
今日、本発明による発現ベクターによる細胞形質転換を使用する、または本発明による遺伝子組み換え生物体を使用する遺伝子工学によって、比較的大量の組み換えポリペプチドを産生することが可能である。
今日、本発明による発現ベクターによる細胞形質転換を使用する、または本発明による遺伝子組み換え生物体を使用する遺伝子工学によって、比較的大量の組み換えポリペプチドを産生することが可能である。
ベクター、および／または本発明によるベクターによって形質転換された細胞、ならびに／あるいは本発明による該形質転換細胞の１つを含む遺伝子組み換え生物体を採用することを特徴とする組み換え形態における本発明のポリペプチドの調製のための手順はそれ自体、本発明内に含まれる。
本明細書で使用される、「形質転換」および「形質転換される」とは、原核または真核細胞にかかわらず細胞への核酸の導入に関する。さらに、本明細書で使用される「形質転換」および「形質転換される」とは、必ずしも増殖制御または増殖脱制御に関しない。
組み換え形態における本発明のポリペプチドの調製のための該手順には、ベクター、および／または該ベクターによって形質転換された細胞、ならびに／あるいはアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのポリペプチドをコードする本発明によるヌクレオチド配列を含有する該形質転換細胞の１つを含む、遺伝子組み換え生物体を採用する調製手順が含まれる。
本発明による変異体は、「担体」タンパク質（キメラタンパク質）に融合される組み換えポリペプチドの産生から成る場合がある。本システムの利点は、組み換え産物の安定化および／またはそのタンパク質分解の減少、生体外再生の過程における溶解度の増加、ならびに／あるいは融合パートナーが特異的リガンドに対して親和性を有する場合の精製の単純化を可能にし得ることである。
より具体的には、本発明は、本発明のポリペプチドの調製のための手順に関し、ａ｝本発明によるヌクレオチド配列の組み換えポリペプチドの発現を可能にする条件下、形質転換細胞を培養し、ｂ｝必要に応じて、該組み換えポリペプチドを回収するステップを含む。
本発明のポリペプチドの調製のための手順が、本発明による遺伝子組み換え生物体を採用する場合、該組み換えポリペプチドが、次いで、該生物体から抽出される。
また、本発明は、上述のような本発明の手順によって得ることが可能なポリペプチドに関する。
また、本発明は、上述のような本発明の手順によって得ることが可能なポリペプチドに関する。
また、本発明は、合成ポリペプチドの調製のための手順を含み、本発明によるポリペプチドのアミノ酸の配列を使用することを特徴とする。
同様に、本発明は、本発明による手順によって得られる合成ポリペプチドに関する。
同様に、本発明は、本発明による手順によって得られる合成ポリペプチドに関する。
同様に、本発明によるポリペプチドは、ペプチドの合成の分野において慣習的技術によって調製可能である。本合成は、均一溶液または固体相中で実行可能である。
例えば、Ｈｏｕｂｅｎ−Ｗｅｙｌ（１９７４）による均一溶液中の合成の技術を用いることが可能である。
例えば、Ｈｏｕｂｅｎ−Ｗｅｙｌ（１９７４）による均一溶液中の合成の技術を用いることが可能である。
本合成方法は、２つずつ、連続的アミノ酸を必要な順番で連続的に縮合する、あるいは前もって形成され、適切な順番でいくつかのアミノ酸を既に含有するアミノ酸および断片、または代替として、このように前もって調製されたいくつかの断片を縮合するステップから成り、ペプチドの合成において周知の方法に従って、特に、カルボキシル官能基の活性化後、通常、ペプチド結合の形成に伴うはずである、一方のアミン官能基および他方のカルボキシルまたはその反対を除き、これらのアミノ酸または断片によって担持される全反応性官能基をあらかじめ保護することが必要であることが理解されている。
また、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ法が用いられてもよい。
Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄの手順に従って、ペプチド鎖を生成するために、非常に多孔性の高分子樹脂が用いられ、その上に鎖の第１のＣ末端アミノ酸が固定される。本アミノ酸は、そのカルボキシル基を介して、樹脂上に固定され、そのアミン官能基が、保護される。したがって、ペプチド鎖を形成しようとするアミノ酸は、次々と、既に形成されたペプチド鎖の一部のアミノ基（毎回、あらかじめ脱保護される）上に固定され、樹脂に付着される。所望のペプチド鎖全体が形成されると、ペプチド鎖を形成する異なるアミノ酸の保護基は、排除され、ペプチドは、酸の支援によって、樹脂から分離される。
Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄの手順に従って、ペプチド鎖を生成するために、非常に多孔性の高分子樹脂が用いられ、その上に鎖の第１のＣ末端アミノ酸が固定される。本アミノ酸は、そのカルボキシル基を介して、樹脂上に固定され、そのアミン官能基が、保護される。したがって、ペプチド鎖を形成しようとするアミノ酸は、次々と、既に形成されたペプチド鎖の一部のアミノ基（毎回、あらかじめ脱保護される）上に固定され、樹脂に付着される。所望のペプチド鎖全体が形成されると、ペプチド鎖を形成する異なるアミノ酸の保護基は、排除され、ペプチドは、酸の支援によって、樹脂から分離される。
加えて、本発明は、本発明による少なくとも１つのポリペプチドを有するハイブリッドポリペプチドと、ヒトまたは動物内の免疫反応を誘発可能なポリペプチドの配列に関する。
有利には、抗原決定基は、液性応答および／または細胞性応答を誘発可能なものである。
そのような決定基は、複数のエピトープに対する抗体の合成を誘発可能な免疫原性組成を得ることを目的として使用される、グリコシル化、ペグ化、および／または別様に翻訳後に修飾された形態における本発明によるポリペプチドを含むことが可能になる。
そのような決定基は、複数のエピトープに対する抗体の合成を誘発可能な免疫原性組成を得ることを目的として使用される、グリコシル化、ペグ化、および／または別様に翻訳後に修飾された形態における本発明によるポリペプチドを含むことが可能になる。
これらのハイブリッド分子は、一部には、本発明によるポリペプチド担体分子またはその断片から形成可能であって、可能性としては、免疫原性部分、特に、ジフテリア毒素、破傷風毒素、Ｂ型肝炎ウイルスの表面抗原（特許第ＦＲ ７９ ２１８１１号）、ポリオウイルスのＶＰ１抗原、もしくは任意の他のウイルス性または細菌性毒素あるいは抗原のエピトープに付随する。
ハイブリッド分子の合成のための手順は、求めたポリペプチド配列をコードするハイブリッドヌクレオチド配列を構築するために、遺伝子工学で使用される方法を包含する。例えば、有利には、Ｍｉｎｔｏｎ（１９８４）による融合タンパク質をコードする遺伝子の取得のための技術を参照することが可能になる。
同様に、ハイブリッドポリペプチド、ならびに該ハイブリッドヌクレオチド配列の発現によって得られる組み換えポリペプチドであることを特徴とする本発明によるハイブリッドポリペプチドをコードする該ハイブリッドヌクレオチド配列も、本発明の一部である。
同様に、本発明は、ベクターが、該ハイブリッドヌクレオチド配列の１つを含有することを特徴とするベクターを含む。同様に、該ベクターによって形質転換された宿主細胞、該形質転換細胞の１つを含む遺伝子組み換え生物体、ならびに該ベクター、該形質転換細胞および／または該遺伝子組み換え生物体を使用する組み換えポリペプチドの調製のための手順も、当然ながら、本発明の一部である。
本発明によるポリペプチド、後述の本発明による抗体、および本発明によるヌクレオチド配列は、有利には、それらを含有可能な試料中において、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの検出および／または同定のための手順において採用可能である。ポリペプチドの特異性、使用される本発明による抗体、ヌクレオチド配列に従う、これらの手順は、特に、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスを検出および／または同定することが可能になる。
本発明によるポリペプチドは、有利には、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスを含有可能な試料中のアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの検出および／または同定のための手順において採用可能であって、該手順が、ａ）本発明によるポリペプチドまたはその断片の１つと接触させるステップ（該ポリペプチドと、可能性として生物学的試料内に存在する抗体との間の免疫反応を可能にする条件下）と、ｂ）可能性として形成される抗原−抗体複合体を実証するステップと、を含むことを特徴とする。
従来のあらゆる手順が、可能性として形成される抗原−抗体複合体のそのような検出を実行するために採用可能である。
一例として、好ましい方法は、ＥＬＩＳＡ技術、免疫蛍光法、または放射性免疫分析プロセス（ＲＩＡ）、あるいはそれらの同等物による、免疫酵素プロセスを利用する。
一例として、好ましい方法は、ＥＬＩＳＡ技術、免疫蛍光法、または放射性免疫分析プロセス（ＲＩＡ）、あるいはそれらの同等物による、免疫酵素プロセスを利用する。
したがって、同様に、本発明は、酵素、蛍光、または放射性型等の適切な標識の支援によって標識される、本発明によるポリペプチドに関する。
そのような方法は、例えば、本発明による所定量のポリペプチド組成をマイクロタイタープレートのウェル内に堆積させ、分析される増加希釈度の血清または上述で定義されたもの以外の生物学的試料を該ウェル内に導入し、マイクロプレートをインキュベートし、ブタ免疫グロブリンに対する標識抗体をマイクロタイタープレートのウェル内に導入し、これらの抗体の標識化が、少なくとも、所定の波長、例えば、５５０ｎｍにおいて、後者の放射線の吸収を調節することによって、基質を加水分解可能なものから選択される酵素の支援によって実行され、対照試験と比較することによって、加水分解された基質の量を検出するステップを含む。
そのような方法は、例えば、本発明による所定量のポリペプチド組成をマイクロタイタープレートのウェル内に堆積させ、分析される増加希釈度の血清または上述で定義されたもの以外の生物学的試料を該ウェル内に導入し、マイクロプレートをインキュベートし、ブタ免疫グロブリンに対する標識抗体をマイクロタイタープレートのウェル内に導入し、これらの抗体の標識化が、少なくとも、所定の波長、例えば、５５０ｎｍにおいて、後者の放射線の吸収を調節することによって、基質を加水分解可能なものから選択される酵素の支援によって実行され、対照試験と比較することによって、加水分解された基質の量を検出するステップを含む。
本発明によるポリペプチドは、本発明によるポリペプチドを特異的に認識することを特徴とするモノクローナルまたはポリクローナル抗体を調製可能である。有利には、Ｋｏｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ（１９７５）による技術に従って、ハイブリドーマからモノクローナル抗体を調製することが可能になる。例えば、本発明に従って、免疫反応のアジュバントに付随するポリペプチドまたはＤＮＡを動物、特に、マウスに免疫付与し、その後、抗原としての役割を果たすポリペプチドがあらかじめ固定されている親和性カラムで免疫動物の血清内に含有される特異的抗体を精製することによって、ポリクローナル抗体を調製することが可能になる。また、本発明によるポリクローナル抗体は、本発明に従って、本発明によるポリペプチドがあらかじめ固定された親和性カラム上で、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウス、またはポリペプチド、あるいは断片によって免疫的に攻撃誘発された動物の血清内に含有される抗体を精製することによって、調製可能である。
同様に、本発明は、モノクローナルまたはポリクローナル抗体、あるいはそれらの断片、あるいはキメラ抗体に関し、これらが、本発明によるポリペプチドを特異的に認識可能であることを特徴とする。
同様に、本発明の抗体は、酵素、蛍光、または放射性型の標識等、本発明の該核プローブに関する上述と同様に標識することが可能になる。
加えて、本発明は、試料中のアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスまたはそれ由来のタンパク質の検出および／または同定のための手順を対象とし、該手順が、ａ）本発明によるモノクローナルまたはポリクローナル抗体と試料を接触させ（該抗体と、生物学的試料中に可能性として存在するアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのポリペプチドとの間の免疫反応を可能にする条件下）、ｂ）可能性として形成される抗原−抗体複合体を実証するステップを含むことを特徴とする。
加えて、本発明は、試料中のアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスまたはそれ由来のタンパク質の検出および／または同定のための手順を対象とし、該手順が、ａ）本発明によるモノクローナルまたはポリクローナル抗体と試料を接触させ（該抗体と、生物学的試料中に可能性として存在するアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスのポリペプチドとの間の免疫反応を可能にする条件下）、ｂ）可能性として形成される抗原−抗体複合体を実証するステップを含むことを特徴とする。
同様に、本発明は、試料中のアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスの検出および／または同定のための手順に関し、該手順が、本発明によるヌクレオチド配列を採用することを特徴とする。
より具体的には、本発明は、試料中のアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスまたはそれ由来のタンパク質の検出および／または同定のための手順に関し、該手順が、ａ）必要に応じて、分析される試料からＤＮＡを単離し、ｂ）本発明による少なくとも１つのプライマーまたはプライマー対の支援によって、試料のＤＮＡを特異的に増幅し、ｃ）増幅産物を実証するステップを含むことを特徴とする。
これらは、例えば、本発明による核プローブを利用する分子ハイブリダイゼーションの技術によって、検出可能である。本プローブは、有利には、非放射性（コールドプローブ）または放射性同位体によって標識される。
本発明の目的において、「生物学的試料のＤＮＡ」または「生物学的試料内に含有されるＤＮＡ」は、検討される生物学的試料中に存在するＤＮＡ、あるいは可能性として、該生物学的試料中に存在するＲＮＡに対する逆転写型の酵素の作用後に得られるｃＤＮＡを意味するものとして理解されたい。
本発明のさらなる実施形態は、一方法を含み、該方法が、ａ）必要に応じて、あらかじめハイブリダイゼーションに感受性をもたせた生物学的試料（生物学的試料中に含有されるＤＮＡ）と、プローブを試料のＤＮＡとハイブリダイゼーション可能な条件下、本発明によるヌクレオチドプローブを接触させ、ｂ）該ヌクレオチドプローブと該生物学的試料のＤＮＡとの間に形成される混成物を実証するステップを含むことを特徴とする。
また、本発明は、本発明による手順に関し、該手順が、ａ）本発明に従って、必要に応じて、あらかじめハイブリダイゼーションに感受性をもたせた生物学的試料（試料のＤＮＡ）と、該試料のＤＮＡとプローブのハイブリダイゼーションを可能にする条件下、支持体上に固定されたヌクレオチドプローブを接触させ、ｂ）必要に応じて、該プローブとハイブリダイズされていない生物学的試料のＤＮＡの排除後、支持体上に固定されたヌクレオチドプローブと、生物学的試料内に含有されるＤＮＡとの間に形成されるハイブリッドを、本発明に従って標識されたヌクレオチドプローブと接触させ、ｃ）ステップｂ）で形成された新規ハイブリッドを実証するステップを含むことを特徴とする。
上述で定義された検出および／または同定のための手順の有利な実施形態によると、これは、ステップａ）に先立って、まず、生物学的試料のＤＮＡが、本発明による少なくとも１つのプライマーの支援によって増幅されることを特徴とする。
方法の実施形態は、細胞内の二次代謝を改変する方法を含み、該方法は、細胞に、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７、６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択されるヌクレオチド配列を含む、組み換え、精製、および／または単離ヌクレオチド配列、ならびに／あるいは配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される、組み換え、精製、および／または単離ポリペプチドを提供するステップを含む。
方法のさらなる実施形態は、約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５℃以上の温度、ならびに／あるいは８、７、６、５、４、３、２、１、および／または０以下および／または以上のｐＨを含む環境に、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択されるヌクレオチド配列を含む、組み換え、精製、および／または単離ヌクレオチド配列、ならびに／あるいは配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される、組み換え、精製、および／または単離ポリペプチドを産生またはコードする細胞を配置するステップを含む。
本発明は、発現タンパク質を産生する変化した能力を有するように遺伝子操作された細胞を提供する。特に、本発明は、対象となるタンパク質の増強された発現を有するバシラス属等のグラム陽性微生物に関し、１つもしくは複数の染色体性遺伝子は不活性化されている、および／または１つもしくは複数の染色体性遺伝子は、バシラス染色体から欠失している。いくつかのさらなる実施形態では、１つもしくは複数の常在染色体領域は、対応する野生型バシラス宿主染色体から欠失している。さらなる実施形態では、バシラスは、アリシクロバシラス属またはアリサイクロバチルス・アシドカルダリウスである。
さらなる実施形態は、細胞に、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択されるヌクレオチド配列を含む、組み換え、精製、および／または単離ヌクレオチド配列、ならびに／あるいは配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される、組み換え、精製、および／または単離ポリペプチドを提供することによって、約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５℃以上の温度で、ならびに／あるいは８、７、６、５、４、３、２、１、および／または０以下および／または以上のｐＨで、代謝を調節する方法を含む。
本発明の実施形態では、本発明による単離および／または精製ポリペプチドのいずれか１つは、摂氏約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５度以上の温度で酵素的に活性であってもよく、ならびに／あるいは７、６、５．５、５、４、３、２、１、および／または０以下ならびに／あるいは以上のｐＨで酵素的に活性であってもよい。本発明のさらなる実施形態では、グリコシル化、ベグ化、または他の翻訳後修飾が、７、６、５．５、５、４、３、２、１、および／または０以下のｐＨ、もしくは摂氏約２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、および／または９５度以上の温度で、可溶性ならびに／あるいは酵素的に活性である本発明による単離および／または精製ポリペプチドのために必要とされてもよい。
本発明は、以下の例示的実施例において、さらに詳細に記載される。実施例は、本発明の選択された実施形態のみを表し得るが、以下の実施例は、例示的なものであって、それらに制限されないことを理解されたい。
アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスからのヌクレオチドおよびアミノ酸配列を使用した代謝の調節または変化
配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離され、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５のそれぞれのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的な技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６を含むベクターは、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５のポリペプチドを産生する。その後、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５の単離および／または精製ポリペプチドは各々、表１に示す活性のうちの１つもしくは複数を有することが示される。
配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６で提供されるのは、アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスから単離され、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５のそれぞれのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列である。配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６のヌクレオチド配列は、当該分野における標準的な技術を使用して、発現ベクター内に配置される。その後、該ベクターは、細菌性細胞等の細胞、あるいはＳｆ９細胞またはＣＨＯ細胞等の真核細胞に提供される。細胞内に存在する正常機構と連動して、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６を含むベクターは、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５のポリペプチドを産生する。その後、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５のポリペプチドは、単離および／または精製される。その後、配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５の単離および／または精製ポリペプチドは各々、表１に示す活性のうちの１つもしくは複数を有することが示される。
配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５の単離および／または精製ポリペプチドは、（Ｓ）−２−ヒドロキシ酸オキシダーゼ、［アシルキャリアタンパク質］Ｓ−マロニルトランスフェラーゼ、１，３−プロパンジオールデヒドロゲナーゼ、２−イソプロピルリンゴ酸シンターゼ、３−ヒドロキシブチリル‐ＣｏＡデヒドラターゼ、３−イソプロピルリンゴ酸デヒドラターゼ、３−イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ、３−オキソ酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、８−アミノ−７−オキソノナン酸シンターゼ、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アセチル化）、酢酸ＣｏＡリガーゼ、アセト乳酸シンターゼ、アセチルＣｏＡ Ｃ−アセチルトランスフェラーゼ、アコニット酸ヒドラターゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ（ＮＡＤＰ＋）、アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＮＡＤ＋）、ＡＴＰホスホリボシルトランスフェラーゼ、ＡＴＰシンターゼα鎖、ＡＴＰシンターゼＢ鎖、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼＣ鎖、ＡＴＰシンターゼε鎖、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ビオチンシンターゼ、分枝アミノ酸トランスアミナーゼ、ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クエン酸（Ｓｉ）シンターゼ、デチオビオチンシンターゼ、ジアミノピメリン酸デカルボキシラーゼ、ジアミノピメリン酸エピメラーゼ、ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ、ジヒドロジピコリン酸シンターゼ、ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ、ジヒドロキシ酸デヒドラターゼ、エノイルＣｏＡヒドラターゼ、ＦｄｈＤタンパク質（ｆｄｓＣ）、葉酸デヒドロゲナーゼ、グリセリン酸キナーゼ、グリシンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、イソクエン酸リアーゼ、ラクトアルデヒドレダクターゼ、乳酸２−モノオキシゲナーゼ、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼ、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（受容体）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（オキサロ酢酸脱炭酸）、リンゴ酸シンターゼ、マロン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アセチル化）、メチルマロン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アシル化）、Ｎ−アセチルジアミノピメリン酸デアセチラーゼ、オキソグルタール酸デヒドロゲナーゼ（スクシニル基転移）、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ、ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ、ホスホリボシルアントラニル酸イソメラーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ（アセチル基転移）、ピルビン酸、リン酸ジキナーゼ、コハク酸デヒドロゲナーゼシトクロムｂ５５８サブユニット、コハク酸デヒドロゲナーゼフラビンタンパク質サブユニット、コハク酸デヒドロゲナーゼ鉄硫黄タンパク質、およびコハク酸ＣｏＡリガーゼ（ＡＤＰ生成）のうちの少なくとも１つとしての活性を有することが示される。
本発明は、ある実施形態において説明されたが、本発明は、本開示の精神および範囲内でさらに修正可能である。したがって、本願は、その一般原則を使用する本発明の任意の変種、用途、または適合を網羅することを意図する。さらに、本願は、本発明が関連する当該分野における周知または慣例的実践内にあり、かつ添付の請求項およびそれらの法的同等物の制限内にあるような本開示からの逸脱も網羅することを意図する。
Claims (28)
- 配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離または精製核酸配列。
- 前記ポリペプチドが、約ｐＨ８以下で酵素活性を有する、請求項１に記載の単離または精製核酸配列。
- 前記ポリペプチドが、摂氏約３５度以上の温度で酵素活性を有する、請求項１に記載の単離または精製核酸配列。
- 前記核酸配列が、ベクター中に存在する、請求項１に記載の単離または精製核酸配列。
- 前記配列番号１に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドを含む、単離または精製ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、約ｐＨ８以下で酵素活性を有する、請求項５に記載の単離または精製ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、摂氏約３５度以上の温度で酵素活性を有する、請求項５に記載の単離または精製ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、グリコシル化、ペグ化、または別様に翻訳後に修飾される、請求項５に記載の単離または精製ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、酢酸ＣｏＡリガーゼ活性を有する、請求項５に記載の単離または精製ポリペプチド。
- 細胞に、配列番号２に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、組み換え、精製、および／または単離ヌクレオチド配列を提供するステップ
を含む、細胞内の代謝を調節または変化させる方法。 - 代謝の調節または変化が、約ｐＨ８以下で生じる、請求項１０に記載の方法。
- 代謝の調節または変化が、約３５℃以上の温度で生じる、請求項１０に記載の方法。
- 前記組み換え、精製、または単離ポリペプチドが、グリコシル化、ペグ化、または別様に翻訳後に修飾される、請求項１０に記載の方法。
- 前記組み換え、精製、または単離ポリペプチドが、酢酸ＣｏＡリガーゼ活性を有する、請求項１０に記載の方法。
- 配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離または精製核酸配列。
- 前記ポリペプチドが、約ｐＨ８以下で酵素活性を有する、請求項１５に記載の単離または精製核酸配列。
- 前記ポリペプチドが、摂氏約３５度以上の温度で酵素活性を有する、請求項１５に記載の単離または精製核酸配列。
- 前記核酸配列が、ベクター中に存在する、請求項１５に記載の単離または精製核酸配列。
- 配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択されるポリペプチドを含む、単離または精製ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、約ｐＨ８以下で酵素活性を有する、請求項１９に記載の単離または精製ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、摂氏約３５度以上の温度で酵素活性を有する、請求項１９に記載の単離または精製ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、グリコシル化、ペグ化、または別様に翻訳後に修飾される、請求項１９に記載の単離または精製ポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、（Ｓ）−２−ヒドロキシ酸オキシダーゼ、［アシルキャリアタンパク質］Ｓ−マロニルトランスフェラーゼ、１，３−プロパンジオールデヒドロゲナーゼ、２−イソプロピルリンゴ酸シンターゼ、３−ヒドロキシブチリル‐ＣｏＡデヒドラターゼ、３−イソプロピルリンゴ酸デヒドラターゼ、３−イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ、３−オキソ酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、８−アミノ−７−オキソノナン酸シンターゼ、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アセチル化）、酢酸ＣｏＡリガーゼ、アセト乳酸シンターゼ、アセチルＣｏＡ Ｃ−アセチルトランスフェラーゼ、アコニット酸ヒドラターゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ（ＮＡＤＰ＋）、アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＮＡＤ＋）、ＡＴＰホスホリボシルトランスフェラーゼ、ＡＴＰシンターゼα鎖、ＡＴＰシンターゼＢ鎖、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼＣ鎖、ＡＴＰシンターゼε鎖、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ビオチンシンターゼ、分枝アミノ酸トランスアミナーゼ、ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クエン酸（Ｓｉ）シンターゼ、デチオビオチンシンターゼ、ジアミノピメリン酸デカルボキシラーゼ、ジアミノピメリン酸エピメラーゼ、ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ、ジヒドロジピコリン酸シンターゼ、ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ、ジヒドロキシ酸デヒドラターゼ、エノイルＣｏＡヒドラターゼ、ＦｄｈＤタンパク質（ｆｄｓＣ）、葉酸デヒドロゲナーゼ、グリセリン酸キナーゼ、グリシンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、イソクエン酸リアーゼ、ラクトアルデヒドレダクターゼ、乳酸２−モノオキシゲナーゼ、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼ、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（受容体）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（オキサロ酢酸脱炭酸）、リンゴ酸シンターゼ、マロン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アセチル化）、メチルマロン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アシル化）、Ｎ−アセチルジアミノピメリン酸デアセチラーゼ、オキソグルタール酸デヒドロゲナーゼ（スクシニル基転移）、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ、ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ、ホスホリボシルアントラニル酸イソメラーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ（アセチル基転移）、ピルビン酸、リン酸ジキナーゼ、コハク酸デヒドロゲナーゼシトクロムｂ５５８サブユニット、コハク酸デヒドロゲナーゼフラビンタンパク質サブユニット、コハク酸デヒドロゲナーゼ鉄硫黄タンパク質、およびコハク酸ＣｏＡリガーゼ（ＡＤＰ生成）活性から成る群より選択される活性を有する、請求項１９に記載の単離または精製ポリペプチド。
- 細胞内の代謝を調節または変化させる方法であって、
前記細胞に、配列番号２、１９、３６、５３、７０、８７、１０４、１２１、１３８、１５５、１７２、１８９、２０６、２２３、２４０、２５７、２７４、２９１、３０８、３２５、３４２、３５９、３７６、３９３、４１０、４２７、４４４、４６１、４７８、４９５、５１２、５２９、５４６、５６３、５８０、５９７，６１４、６３１、６４８、６６５、６８２、６９９、７１６、７３３、７５０、７６７、７８４、８０１、８１８、８３５、８５２、８６９、８８６、９０３、９２０、９３７、９５４、９７１、９８８、１００５、１０２２、１０３９、１０５６、１０７３、１０９０、１１０７、１１２４、１１４１、１１５８、１１７５、１１９２、１２０９、１２２６、１２４３、１２６０、１２７７、１２９４、１３１１、１３２８、１３４５、１３６２、１３７９、１３９６、１４１３、１４３０、１４４７、１４６４、１４８１、１４９８、１５１５、１５３２、１５４９、および１５６６の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列から成る群より選択されるヌクレオチド配列を含む、組み換え、精製、および／または単離ヌクレオチド配列、ならびに／あるいは配列番号１、１８、３５、５２、６９、８６、１０３、１２０、１３７、１５４、１７１、１８８、２０５、２２２、２３９、２５６、２７３、２９０、３０７、３２４、３４１、３５８、３７５、３９２、４０９、４２６、４４３、４６０、４７７、４９４、５１１、５２８、５４５、５６２、５７９、５９６、６１３、６３０、６４７、６６４、６８１、６９８、７１５、７３２、７４９、７６６、７８３、８００、８１７、８３４、８５１、８６８、８８５、９０２、８１９、９３６、９５３、９７０、９８７、１００４、１０２１、１０３８、１０５５、１０７２、１０８９、１１０６、１１２３、１１４０、１１５７、１１７４、１１９１、１２０８、１２２５、１２４２、１２５９、１２７６、１２９３、１３１０、１３２７、１３４４、１３６１、１３７８、１３９５、１４１２、１４２９、１４４６、１４６３、１４８０、１４９７、１５１４、１５３１、１５４８、および１５６５の配列のうちの少なくとも１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドから成る群より選択される、組み換え、精製、および／または単離ポリペプチドを提供するステップ
を含む、上記方法。 - 代謝の前記調節または変化が、約ｐＨ８以下で生じる、請求項２４に記載の方法。
- 代謝の前記調節または変化が、約３５℃以上の温度で生じる、請求項２４に記載の方法。
- 前記組み換え、精製、または単離ポリペプチドが、グリコシル化、ペグ化、または別様に翻訳後に修飾される、請求項２４に記載の方法。
- 前記組み換え、精製、または単離ポリペプチドが、（Ｓ）−２−ヒドロキシ酸オキシダーゼ、［アシルキャリアタンパク質］Ｓ−マロニルトランスフェラーゼ、１，３−プロパンジオールデヒドロゲナーゼ、２−イソプロピルリンゴ酸シンターゼ、３−ヒドロキシブチリル‐ＣｏＡデヒドラターゼ、３−イソプロピルリンゴ酸デヒドラターゼ、３−イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ、３−オキソ酸ＣｏＡ−トランスフェラーゼ、８−アミノ−７−オキソノナン酸シンターゼ、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アセチル化）、酢酸ＣｏＡリガーゼ、アセト乳酸シンターゼ、アセチルＣｏＡ Ｃ−アセチルトランスフェラーゼ、アコニット酸ヒドラターゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ、アルコールデヒドロゲナーゼ（ＮＡＤＰ＋）、アルデヒドデヒドロゲナーゼ、アルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＮＡＤ＋）、ＡＴＰホスホリボシルトランスフェラーゼ、ＡＴＰシンターゼα鎖、ＡＴＰシンターゼＢ鎖、ＡＴＰシンターゼβ鎖、ＡＴＰシンターゼＣ鎖、ＡＴＰシンターゼε鎖、ＡＴＰシンターゼγ鎖、ビオチンシンターゼ、分枝アミノ酸トランスアミナーゼ、ブチリルＣｏＡデヒドロゲナーゼ、クエン酸（Ｓｉ）シンターゼ、デチオビオチンシンターゼ、ジアミノピメリン酸デカルボキシラーゼ、ジアミノピメリン酸エピメラーゼ、ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ、ジヒドロジピコリン酸シンターゼ、ジヒドロリポイルデヒドロゲナーゼ、ジヒドロキシ酸デヒドラターゼ、エノイルＣｏＡヒドラターゼ、ＦｄｈＤタンパク質（ｆｄｓＣ）、葉酸デヒドロゲナーゼ、グリセリン酸キナーゼ、グリシンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、イソクエン酸リアーゼ、ラクトアルデヒドレダクターゼ、乳酸２−モノオキシゲナーゼ、Ｌ−乳酸デヒドロゲナーゼ、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（受容体）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（オキサロ酢酸脱炭酸）、リンゴ酸シンターゼ、マロン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アセチル化）、メチルマロン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ（アシル化）、Ｎ−アセチルジアミノピメリン酸デアセチラーゼ、オキソグルタール酸デヒドロゲナーゼ（スクシニル基転移）、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ、ホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ、ホスホリボシルアントラニル酸イソメラーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ（アセチル基転移）、ピルビン酸、リン酸ジキナーゼ、コハク酸デヒドロゲナーゼシトクロムｂ５５８サブユニット、コハク酸デヒドロゲナーゼフラビンタンパク質サブユニット、コハク酸デヒドロゲナーゼ鉄硫黄タンパク質、およびコハク酸ＣｏＡリガーゼ（ＡＤＰ生成）活性から成る群より選択される活性を有する、請求項２４に記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US3233908P | 2008-02-28 | 2008-02-28 | |
| PCT/US2009/035331 WO2009145945A2 (en) | 2008-02-28 | 2009-02-26 | Thermophilic and thermoacidophilic metabolism genes and enzymes from alicyclobacillus acidocaldarius and related organisms |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2011512819A true JP2011512819A (ja) | 2011-04-28 |
Family
ID=41215393
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2010548874A Pending JP2011512819A (ja) | 2008-02-28 | 2009-02-26 | アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスおよび関連生物体由来の好熱性および好熱好酸性バイオポリマー分解遺伝子および酵素、方法 |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (7) | US8728803B2 (ja) |
| EP (1) | EP2245143A4 (ja) |
| JP (1) | JP2011512819A (ja) |
| CN (1) | CN102216451A (ja) |
| AU (1) | AU2009251767A1 (ja) |
| BR (1) | BRPI0908553A2 (ja) |
| CA (1) | CA2715526A1 (ja) |
| MX (1) | MX2010009243A (ja) |
| WO (1) | WO2009145945A2 (ja) |
Families Citing this family (15)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US8969033B2 (en) | 2005-11-02 | 2015-03-03 | Battelle Energy Alliance, Llc | Alteration and modulation of protein activity by varying post-translational modification |
| JP2011523346A (ja) * | 2008-01-25 | 2011-08-11 | バテル エナジー アライアンス，エルエルシー | 熱耐性および酸耐性β‐キシロシダーゼ、遺伝子コード化、関連生物体、および方法 |
| US9732330B2 (en) | 2008-01-25 | 2017-08-15 | Battelle Energy Alliance, Llc | Methods of combined bioprocessing and related microorganisms, thermophilic and/or acidophilic enzymes, and nucleic acids encoding said enzymes |
| US8492114B2 (en) * | 2008-01-25 | 2013-07-23 | Battelle Energy Alliance, Llc | Methods of combined bioprocessing and related microorganisms, thermophilic and/or acidophilic enzymes, and nucleic acids encoding said enzymes |
| WO2009099858A1 (en) | 2008-01-31 | 2009-08-13 | Battelle Energy Alliance, Llc | Thermophilic and thermoacidophilic biopolymer- degrading genes and enzymes from alicyclobacillus acidocaldarius and related organisms, methods |
| US8497110B2 (en) | 2008-01-31 | 2013-07-30 | Battelle Energy Alliance, Llc | Thermophilic and thermoacidophilic biopolymer-degrading genes and enzymes from alicyclobacillus acidocaldarius and related organisms, methods |
| US8557557B2 (en) * | 2008-01-31 | 2013-10-15 | Battelle Energy Alliance, Llc | Thermophilic and thermoacidophilic biopolymer-degrading genes and enzymes from Alicyclobacillus acidocaldarius and related organisms, methods |
| US8426185B2 (en) * | 2008-01-31 | 2013-04-23 | Battelle Energy Alliance, Llc | Thermophilic and thermoacidophilic biopolymer-degrading genes and enzymes from Alicyclobacillus acidocaldarius and related organisms, methods |
| CA2712103A1 (en) | 2008-02-22 | 2009-11-12 | Battelle Energy Alliance, Llc | Transcriptional control in alicyclobacillus acidocaldarius and associated genes, proteins, and methods |
| CN102105588A (zh) | 2008-02-26 | 2011-06-22 | 巴特勒能源同盟有限公司 | 来自酸热脂环酸杆菌的嗜热的与嗜热嗜酸的糖转运蛋白的基因和酶以及相关生物、方法 |
| JP2011517931A (ja) | 2008-02-27 | 2011-06-23 | バテル エナジー アライアンス，エルエルシー | アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスおよび関連生物体からの好熱性および好熱好酸性グリコシル化遺伝子および酵素、方法 |
| BRPI0908553A2 (pt) | 2008-02-28 | 2019-09-24 | Battelle Energy Alliance Llc | genes e enzimas termofílicos e termoacidofílicos do metabolismo do alicyclobacillus acidocaldarius, organismos relacionados e métodos |
| US20110275135A1 (en) | 2010-05-05 | 2011-11-10 | Battelle Energy Alliance, Llc | Genetic elements, proteins, and associated methods including application of additional genetic information to gram (+) thermoacidophiles |
| ES2634098T3 (es) | 2011-01-14 | 2017-09-26 | The Regents Of The University Of California | Anticuerpos terapéuticos contra la proteína ROR-1 y procedimientos para el uso de los mismos. |
| CN103571854B (zh) * | 2012-07-18 | 2016-03-30 | 深圳华大基因股份有限公司 | Sucla2基因突变体及其应用 |
Family Cites Families (44)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4098825A (en) * | 1977-01-24 | 1978-07-04 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Air Force | Acetylene-substituted aromatic benzils and acetylene-terminated quinoxaline compositions |
| FR2422956A1 (fr) | 1978-04-13 | 1979-11-09 | Pasteur Institut | Procede de detection et de caracterisation d'un acide nucleique ou d'une sequence de celui-ci, et reactif enzymatique pour la mise en oeuvre de ce procede |
| FR2480779B2 (fr) | 1979-08-30 | 1986-07-18 | Anvar | Vecteur contenant une sequence nucleotidique de l'antigene de surface du virus de l'hepatite b et procede de fabrication d'une molecule immunogene mettant en oeuvre ce vecteur |
| US4237226A (en) | 1979-02-23 | 1980-12-02 | Trustees Of Dartmouth College | Process for pretreating cellulosic substrates and for producing sugar therefrom |
| FR2518755B1 (fr) | 1981-12-23 | 1986-04-11 | Pasteur Institut | Sonde contenant un acide nucleique modifie et reconnaissable par des anticorps specifiques et utilisation de cette sonde pour detecter et caracteriser une sequence d'adn homologue |
| US4624922A (en) | 1983-12-09 | 1986-11-25 | Rikagaku Kenkyusho | Plasmid, method for construction of the same, microorganism carrying the plasmid and method for cultivation of the microorganism |
| US5643758A (en) | 1987-03-10 | 1997-07-01 | New England Biolabs, Inc. | Production and purification of a protein fused to a binding protein |
| GB2279955B (en) | 1993-07-15 | 1998-02-18 | Solvay | Xylanase derived from a Bacillus species, expression vectors for such xylanase and other proteins, host organisms therefor and use thereof |
| DE69527924T2 (de) | 1994-06-14 | 2003-01-09 | Genencor Int | Hitzebeständige xylanasen |
| JP3435946B2 (ja) | 1994-12-21 | 2003-08-11 | 王子製紙株式会社 | 耐熱性キシラナーゼ |
| US5948667A (en) | 1996-11-13 | 1999-09-07 | Her Majesty The Queen In Right Of Canada, As Represented By The Department Of Agriculture And Agri-Food | Xylanase obtained from an anaerobic fungus |
| DE19717893A1 (de) | 1997-04-28 | 1999-01-14 | Max Planck Gesellschaft | Monofunktionelle Glycosyltransferasen |
| US6268197B1 (en) | 1997-07-07 | 2001-07-31 | Novozymes A/S | Xyloglucan-specific alkaline xyloglucanase from bacillus |
| US5882905A (en) | 1997-08-01 | 1999-03-16 | The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture | Thermostable α-L-arabinofuranosidase from Aureobasidium pullulans |
| AU2001248284A1 (en) | 2000-04-14 | 2001-10-30 | Maxygen, Inc. | Nucleic acids encoding polypeptides having haloperoxidase activity |
| AU781277B2 (en) | 2000-08-23 | 2005-05-12 | Dsm Ip Assets B.V. | Microbial production of L-ascorbic acid and D-erythorbic acid |
| US7226764B1 (en) | 2000-11-08 | 2007-06-05 | The Board Of Trustees Operating Michigan State University | Compositions and methods for the synthesis and subsequent modification of uridine-5′-diphosphosulfoquinovose (UDP-SQ) |
| US6833259B2 (en) | 2001-03-19 | 2004-12-21 | Council Of Scientific And Industrial Research | ‘Pseudomonas stutzeri’ strain and process for preparation of xylanase |
| US7799976B2 (en) | 2001-04-25 | 2010-09-21 | Seminis Vegetable Seeds, Inc. | Tomato plants that exhibit resistance to botrytis cinerea |
| US20040029129A1 (en) | 2001-10-25 | 2004-02-12 | Liangsu Wang | Identification of essential genes in microorganisms |
| US20030134395A1 (en) | 2001-12-19 | 2003-07-17 | Shetty Jayarama K. | Process for hydrolyzing starch without pH adjustment |
| AU2002306484A1 (en) | 2002-02-13 | 2003-09-04 | Dow Global Technologies Inc. | Over-expression of extremozyme genes in pseudomonads and closely related bacteria |
| US7314974B2 (en) * | 2002-02-21 | 2008-01-01 | Monsanto Technology, Llc | Expression of microbial proteins in plants for production of plants with improved properties |
| JP2005533525A (ja) | 2002-07-23 | 2005-11-10 | ニオズ テクノロジーズ インコーポレイテッド | 細菌グリコシルトランスフェラーゼを用いたオリゴ糖、糖脂質、及び糖タンパク質の合成 |
| CA3007908A1 (en) | 2003-03-07 | 2005-04-14 | Dsm Ip Assets B.V. | Hydrolases, nucleic acids encoding them and methods for making and using them |
| CA2543442A1 (en) | 2003-11-05 | 2005-05-19 | Battelle Energy Alliance, Llc | High temperature and alkaline stable catalase |
| JP5059412B2 (ja) | 2004-01-06 | 2012-10-24 | ノボザイムス アクティーゼルスカブ | アリシクロバシラスｓｐ．のポリペプチド |
| US20050147983A1 (en) * | 2004-01-06 | 2005-07-07 | Novozymes A/S | Polypeptides of Alicyclobacillus sp. |
| US8309324B2 (en) | 2004-11-10 | 2012-11-13 | University Of Rochester | Promoters and proteins from Clostridium thermocellum and uses thereof |
| US20060211083A1 (en) | 2005-01-21 | 2006-09-21 | Federico Katzen | Products and processes for in vitro synthesis of biomolecules |
| WO2006117247A1 (en) | 2005-05-02 | 2006-11-09 | Genoplante-Valor | Glycosyl hydrolase having both an alpha-l-arabinofuranosidase and a beta-d-xylosidase activity. |
| US20100015678A1 (en) | 2005-10-31 | 2010-01-21 | Shaw Iv Arthur Josephus | Thermophilic Organisms For Conversion of Lignocellulosic Biomass To Ethanol |
| US7727755B2 (en) | 2005-11-02 | 2010-06-01 | Battelle Energy Alliance, Llc | Enzyme and methodology for the treatment of a biomass |
| US8969033B2 (en) | 2005-11-02 | 2015-03-03 | Battelle Energy Alliance, Llc | Alteration and modulation of protein activity by varying post-translational modification |
| JP2011523346A (ja) | 2008-01-25 | 2011-08-11 | バテル エナジー アライアンス，エルエルシー | 熱耐性および酸耐性β‐キシロシダーゼ、遺伝子コード化、関連生物体、および方法 |
| US8492114B2 (en) | 2008-01-25 | 2013-07-23 | Battelle Energy Alliance, Llc | Methods of combined bioprocessing and related microorganisms, thermophilic and/or acidophilic enzymes, and nucleic acids encoding said enzymes |
| WO2009099858A1 (en) | 2008-01-31 | 2009-08-13 | Battelle Energy Alliance, Llc | Thermophilic and thermoacidophilic biopolymer- degrading genes and enzymes from alicyclobacillus acidocaldarius and related organisms, methods |
| US8497110B2 (en) | 2008-01-31 | 2013-07-30 | Battelle Energy Alliance, Llc | Thermophilic and thermoacidophilic biopolymer-degrading genes and enzymes from alicyclobacillus acidocaldarius and related organisms, methods |
| CA2712103A1 (en) | 2008-02-22 | 2009-11-12 | Battelle Energy Alliance, Llc | Transcriptional control in alicyclobacillus acidocaldarius and associated genes, proteins, and methods |
| CN102105588A (zh) | 2008-02-26 | 2011-06-22 | 巴特勒能源同盟有限公司 | 来自酸热脂环酸杆菌的嗜热的与嗜热嗜酸的糖转运蛋白的基因和酶以及相关生物、方法 |
| JP2011517931A (ja) | 2008-02-27 | 2011-06-23 | バテル エナジー アライアンス，エルエルシー | アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスおよび関連生物体からの好熱性および好熱好酸性グリコシル化遺伝子および酵素、方法 |
| BRPI0908553A2 (pt) * | 2008-02-28 | 2019-09-24 | Battelle Energy Alliance Llc | genes e enzimas termofílicos e termoacidofílicos do metabolismo do alicyclobacillus acidocaldarius, organismos relacionados e métodos |
| US20110177573A1 (en) | 2008-08-01 | 2011-07-21 | Sarah All | Microbial Treatment of Lignocellulosic Biomass |
| US20110275135A1 (en) | 2010-05-05 | 2011-11-10 | Battelle Energy Alliance, Llc | Genetic elements, proteins, and associated methods including application of additional genetic information to gram (+) thermoacidophiles |
-
2009
- 2009-02-26 BR BRPI0908553A patent/BRPI0908553A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2009-02-26 JP JP2010548874A patent/JP2011512819A/ja active Pending
- 2009-02-26 WO PCT/US2009/035331 patent/WO2009145945A2/en active Application Filing
- 2009-02-26 CN CN2009801070738A patent/CN102216451A/zh active Pending
- 2009-02-26 AU AU2009251767A patent/AU2009251767A1/en not_active Abandoned
- 2009-02-26 CA CA2715526A patent/CA2715526A1/en not_active Abandoned
- 2009-02-26 EP EP09755308.5A patent/EP2245143A4/en not_active Withdrawn
- 2009-02-26 US US12/380,551 patent/US8728803B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2009-02-26 MX MX2010009243A patent/MX2010009243A/es not_active Application Discontinuation
-
2014
- 2014-03-26 US US14/226,573 patent/US9222094B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2015
- 2015-10-19 US US14/887,073 patent/US20160046911A1/en not_active Abandoned
-
2016
- 2016-11-10 US US15/347,903 patent/US9879247B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2018
- 2018-01-09 US US15/865,757 patent/US10214737B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2019
- 2019-01-04 US US16/240,411 patent/US10494624B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2019-12-02 US US16/700,864 patent/US10689638B2/en active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US20190127723A1 (en) | 2019-05-02 |
| MX2010009243A (es) | 2010-11-30 |
| CA2715526A1 (en) | 2009-12-03 |
| US20160046911A1 (en) | 2016-02-18 |
| US10689638B2 (en) | 2020-06-23 |
| US10494624B2 (en) | 2019-12-03 |
| WO2009145945A9 (en) | 2010-02-04 |
| WO2009145945A3 (en) | 2010-05-06 |
| US20200095568A1 (en) | 2020-03-26 |
| US20140227788A1 (en) | 2014-08-14 |
| US9222094B2 (en) | 2015-12-29 |
| WO2009145945A2 (en) | 2009-12-03 |
| US8728803B2 (en) | 2014-05-20 |
| US10214737B2 (en) | 2019-02-26 |
| EP2245143A2 (en) | 2010-11-03 |
| AU2009251767A1 (en) | 2009-12-03 |
| EP2245143A4 (en) | 2013-07-31 |
| US20180135037A1 (en) | 2018-05-17 |
| US9879247B2 (en) | 2018-01-30 |
| US20170051271A1 (en) | 2017-02-23 |
| US20090269827A1 (en) | 2009-10-29 |
| BRPI0908553A2 (pt) | 2019-09-24 |
| CN102216451A (zh) | 2011-10-12 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP2011512819A (ja) | アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスおよび関連生物体由来の好熱性および好熱好酸性バイオポリマー分解遺伝子および酵素、方法 | |
| US9677054B2 (en) | Thermophilic and thermoacidophilic glycosylation genes and enzymes from alicyclobacillus acidocaldarius and related organisms, methods | |
| JP2011512799A (ja) | アリサイクロバチルス・アシドカルダリウスにおける転写制御、ならびに関連遺伝子、タンパク質、および方法 | |
| McCool et al. | PhaC and PhaR are required for polyhydroxyalkanoic acid synthase activity in Bacillus megaterium | |
| US7960534B2 (en) | Thermophilic and thermoacidophilic sugar transporter genes and enzymes from alicyclobacillus acidocaldarius and related organisms, methods | |
| CN114381415B (zh) | 高产pha的基因重组菌及其构建方法 | |
| CN110904018B (zh) | 5-氨基乙酰丙酸生产菌株及其构建方法和应用 | |
| JP4551978B1 (ja) | 酢酸菌の増殖促進機能に関与する遺伝子、該遺伝子を用いて育種された酢酸菌、及び該酢酸菌を用いた食酢の製造方法 | |
| KR20230162968A (ko) | 백시니아 캡핑 효소의 제조 | |
| CN117355609A (zh) | 牛痘病毒加帽酶的产生 |