MX2010009243A

MX2010009243A - Genes de metabolismo termofilico y termoacidofilico y enzimas a partir de alicyclobacillus acidocaldarius, metodos y organismos relacionados.

Info

Publication number: MX2010009243A
Application number: MX2010009243A
Authority: MX
Inventors: David N Thompson; Vicki S Thompson; William A Apel; David W Reed; Jeffrey A Lacey; Brady D Lee; Francisco Roberto
Original assignee: Battelle Energy Alliance Llc
Priority date: 2008-02-28
Filing date: 2009-02-26
Publication date: 2010-11-30
Also published as: BRPI0908553A2; US20200095568A1; US8728803B2; US10689638B2; US20090269827A1; US9222094B2; EP2245143A4; US20180135037A1; CA2715526A1; US10494624B2; US20190127723A1; US9879247B2; AU2009251767A1; EP2245143A2; WO2009145945A2; US20140227788A1; CN102216451A; US10214737B2; JP2011512819A; US20160046911A1

Abstract

La presente invención se refiere a secuencias de ácido nucleico y polipéptidos aislados y/o purificados a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius; Además se proporcionan métodos para modular o alterar el metabolismo en una célula usando secuencias de ácido nucleico y polipéptidos aislados y/o purificados a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius.

Description

GENES DE METABOLISMO TERMOFÍLICO Y TERMOACIDOFÍLICO Y ENZIMAS A PARTIR DE ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS, MÉTODOS Y ORGANISMOS RELACIONADOS REFERENCIA CRUZADA A LAS SOLICITUDES RELACIONADAS Esta solicitud reivindica el beneficio de la fecha de presentación de la Solicitud de Patente Provisional Estadounidense Número de Serie 61/032,339, presentada el 28 de Febrero de 2008, para "Genes de metabolismo termofílico y termoacidofílico y enzimas a partir de alicyclobacillus acidocaldarius, métodos y organismos relacionados".

El Gobierno Estadounidense tiene ciertos derechos en esta invención, conforme al Contrato No. DE-AC07-99ID13727 y Contrato No. DE-AC07-05ID14517, entre el Departamento de Energía Estadounidense y Battelle Energy Alliance, LLC.

CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere en general, a biotecnología. Más específicamente, modalidades de la presente invención se refieren a polipéptidos aislados y/o purificados y secuencias de ácido nucleico que codifican polipéptidos a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y métodos para su uso.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Las enzimas tienen un gran potencial para producción de químicos útiles en procesos industriales. Sin embargo, los procesos industriales típicamente ocurren a extremos de temperatura, pH, sal, etc., en los cuales la mayoría de las enzimas y organismos bien estudiados no son bien adecuados.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN Modalidades de la invención se refieren a secuencias de nucleótido aislados y/o purificados del genoma de AlicyclobacHIus acidocaldarius, o un homólogo o fragmento del mismo. En una modalidad de la invención, la secuencia de nucleótido se selecciona a partir de al menos una de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 o un homólogo o fragmento del mismo. En otra modalidad de la invención, el homólogo se selecciona a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótido que tiene al menos, 80% de identidad de secuencia con al menos una de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566.

Modalidades de la invención pueden además, referirse a una secuencia de ácido nucleico aislado y/o purificado que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 8,17, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1157, 1 174, 1 191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565.

Modalidades de la invención también se refieren a, polipéptidos aislados y/o purificados codificados por una secuencia de nucleótido que comprende una secuencia de nucleótido del genoma de Alicyclobacillus acidocaldaríus, o un homólogo o fragmento del mismo. En una modalidad, la secuencia de nucleótido comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótido que tiene al menos, 80% de identidad de secuencia con al menos una de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1124, 1141 , 1 158, 1 175, 1192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566.

En otra modalidad de la invención, la secuencia de nucleótido comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir de al menos una de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1141 , 1158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 o un homólogo o fragmento del mismo. En todavía otra modalidad, el polipéptido comprende una secuencia de aminoácido de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565. En aún otra modalidad, el polipéptido comprende una secuencia de aminoácido seleccionada a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565.

En modalidades de la invención, los polipéptidos pueden ser acidofílicos y/o termofílicos. En modalidades adicionales, los polipéptidos pueden ser glicosilados, pegilados, y/o de otro modo post-traduccionalmente modificados.

Modalidades de métodos incluyen, métodos para alterar el metabolismo en una célula, los métodos comprenden proporcionar una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado, recombinante, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 y/o un polipéptido aislado y/o purificado, recombinante, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565 a la célula.

Modalidades adicionales de métodos incluyen, colocar una célula que produce o que codifica una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado, recombinante, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 y/o un polipéptido aislado y/o purificado, recombinante, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, -1072, 1089, 1106, 1123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565, en un ambiente que comprende temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o un pH en, por debajo de y/o arriba de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0.

Estos y otros aspectos de la invención llegarán a ser aparentes para los expertos en la técnica, en vista de las enseñanzas contenidas en la presente BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS Las figuras 1A y 1 B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1 (RAAC00079) y ref|YP_074710.1 |, ref|YP_359514.1 |, ref|YP_516748.1 |, ref|YP_643635.1 |, y ref|YP_144514.1 | (SEQ ID NO: 3-7 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por : .

La figura 2 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 18 (RAAC00455) y gb|ABE97159.1 |, ref|NP_693902.11, ref|YP_521 50. 1, ref|ZP_0 725542.1 |, y ref|ZP_01666741.1 | (SEQ ID NO: 20-24 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 18 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 3A y 3B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 35 (RAAC00461 ) y ref|YP_361350.1 |, ref|NP_244632.1 |, ref|ZP_00538452.1 |, ref|YP_001 127398.11, y ref|YP_149222.11 (SEQ ID NO: 37-41 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 35 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 4 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 52 (RAAC00481 ) y ref|NP_905294.1 |, ref|ZP_01666099.1 |, ref|YP_360429.1 |, ref|YP_754604.1 |, y ref|YP_384529.1 | (SEQ ID NO: 54-58 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 52 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 5 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 69 (RAAC00529) y ref|YP_146903.1 |, ref|YP_001 125035.11, ref|YP_001646604.1 |, ref|YP_001375911 .1 1, y ref|ZP_01696300.11 (SEQ ID NO: 71-75 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 460 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 6 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 86 (RAAC00552) y ref|YP_001376041.1 |, dbj|BAB39458.1 |, ref|NP_846569.1 |, ref|YP_896466.1 |, y ref|ZP_00238879.1 | (SEQ ID NO: 88-92 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 86 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 7 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 103 (RAAC00553) y ref|YP_001646745.1 |, ref|YP_001376045.1 |, ref|NP_833836.1 |, ref|ZP_00739346. 1, y ref|YP_085454.1 | (SEQ ID NO: 105-109 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 103 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 8 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 120 (RAAC00554) y ref|YP_147981.1 |, ref|NP_390900.11, ref|ZP_01667656.11, sp|P22806|BIOF_BACSH, y dbj|BAB39457.1 | (SEQ ID NO: 122-126 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 120 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 9 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 137 (RAAC00632) y ref|YP_001 126681.1 |, ref|YP_148515.1 |, ref|ZP_01 171798.11, ref|YP_001374758.11, y ref|YP_080106.1 | (SEQ ID NO: 139-143 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 137 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 10A y 10B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 154 (RAAC00633) y ref|NP_243928.1 |, ref |ZP_01695378.11, ref|ZP_01725506.1 |, ref|YP_176142.1 |, y ref|YP_850199.11 (SEQ ID NO: 156-160 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 154 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 1 1 A y 11 B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 171 (RAAC00634) y ref | YP_001 126680.11 , reflYP_001487695. i l, ref|YP_148514.1 |, gb|AAL99356.11, y ref |YP_176141.1 | (SEQ ID NO: 173-177 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 171 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 12 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 188 (RAAC00174) y ref|YP_175798.1 |, ref|NP_243358.1 |, ref|NP_389472.1 |, ref |ZP_01861659.11 , y ref|YP_147042.11 (SEQ ID NO: 190-194 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 188 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 13 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 205 (RAAC00635) y ref|YP_148513.11, ref|NP_243926.11, ref|YP_001 126679.11, ref|YP_176140.1 |, y ref|NP_843875.1 | (SEQ ID NO: 207-21 1 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 205 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 14 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 222 (RAAC00637) y ref|NP_243923.1 |, ref|YP_148510.1 |, ref|ZP_01 171803.11, ref | YP_001126676.11, y ref|NP_926497.1 | (SEQ ID NO: 224-228 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 222 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 5A y 15B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 239 (RAAC00638) y ref|NP_243922.11, ref|YP_148509.1 |, ref|YP_001126675.11, ref |ZP_01171804.11 , y ref|YP_075945.1 | (SEQ ID NO: 241-245 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 239 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 16 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 256 (RAAC00639) y sp|Q67MJ3|LEUD_SY TH, ref|YP_148508.1 |, ref|YP_001 26674.11, ref|YP_080099.1 |, y ref|YP_001487689.1 | (SEQ ID NO: 258-262 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 256 en el cuadro 1.

Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 17A y 17B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 273 (RAAC00642) y ref|YP_826036.1 |, gb|ABV27286.1 |, gb|AAL17866.1 |AF424980_1 , ref|ZP_01859643.1 |, y ref|NP_244026.1 | (SEQ ID NO: 275-279 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 273 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 18A-18C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 290 (RAAC00727) y ref|YP_00 637294.1 |, ref|ZP_01516643.11, ref|YP_645264.1 |, ref|YP_146876.1 |, y ref|YP_001 125008.1 | (SEQ ID NO: 292-296 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 290 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 19A y 19B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 307 (RAAC00729) y ref|YP_001 125365.11, ref|YP_147249.1 |, ref|ZP_01695431 .1 |, ref|NP_244828.1 |, y ref|YP_895448.1 | (SEQ ID NO: 309-313 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 307 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 20A y 20B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 324 (RAAC00730) y ref|YP_075148.1 |, sp|P16468|MAOX_BACST, ref|YP_147293.1 |, ref|YP_643888.1 |, y ref|YP_001 25416.11 (SEQ ID NO: 326-330 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 324 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 21A-21C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 341 (RAAC00735) y ref|ZP_01696337.11, ref|ZP_02171753.11, ref|YP_284976.1 |, ref|YP_001546997.1 |, y ref|YP_001277075.11 (SEQ ID NO: 343-347 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 341 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 22 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 358 (RAAC00812) y ref|ZP_00539373.1 |, ref|YP_386234.1 |, ref|YP_001378696.1 |, ref|ZP_01723286.1 |, y ref|NP_391778.1 | (SEQ ID NO: 360-364 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 358 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 23A y 23B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 375 (RAAC00196) y ref|YP_147293.11, sp|P16468|MAOX_BACST, ref|YP_643888.1 |, ref|YP_075148.1 |, y ref|YP_001125416.11 (SEQ ID NO: 377-381 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 375 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 24 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 392 (RAAC00814) y ref|YP_360188.1 |, ref|ZP_01666093.1 |, ref|NP_242895.1 |, ref|YP_360122.1 |, y ref|ZP_01372991.11 (SEQ ID NO: 394-398 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 392 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 25A y 25B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 409 (RAAC00815) y ref|YP_644483.11, ref|NP_294183.1 |, ref|YP_359514.1 |, ref|YP_605214.11, y ref|YP_592595.11 (SEQ ID NO: 41 1-415 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 409 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La FIGURA 26 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 426 (RAAC00816) y ref|YP_147450.1 |, ref|YP_00 25561.1 |, ref|ZP_01696479.11, ref|NP_241996.11, y ref|YP_079308.1 | (SEQ ID NO: 428-432 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 426 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 27 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 443 (RAAC00822) y ref|ZP_00539140.1 |, ref|ZP_02130394.11, ref|NP_241073.1 |, ref|ZP_01696475.11, y dbj|BAA75325.1 | (SEQ ID NO: 445-449 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 443 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 28A-28C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 460 (RAAC00950) y ref|YP_001420821.1 |, ref|ZP_01696606.11, ref|ZP_01 171726.11, ref|NP_389098.1 |, y ref|YP_091797.11 (SEQ ID NO: 462-466 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 460 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 29 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 477 (RAAC00952) y ref|YP_146314.1 |, ref j YP_001124593.11 , ref|NP_830405.1 |, ref|ZP_00739906.1 |, y ref |NP_391552.11 (SEQ ID NO: 479-483 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 477 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 30 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 494 (RAAC00990) y ref|YP_148038.1 |, ref|YP_001126216.11, ref|NP_242546.1 |, ref|ZP_01697215.1 |, y ref|YP_175412.11 (SEQ ID NO: 496-500 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 494 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 31 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 51 1 (RAAC01029) y ref|YP_001 132791.1 |, ref|YP_890165.1 |, ref|YP_704478.1 |, ref|YP_956012.1 |, y ref|YP_879906.2| (SEQ ID NO: 513-517 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 51 1 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 32A-32C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 528 (RAAC01041 ) y ref|YP_359304.11, ref|ZP_01697277.1 |, ref|YP_519313.11, ref|ZP_01370069.11, y ref|YP_429480.1 | (SEQ ID NO: 530-534 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 528 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 33A y 33B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 545 (RAAC01057) y ref|YP_148861.1 |, ref|YP_076839.1 |, ref|NP_244355.1 |, ref|ZP_01697463.11, y ref|ZP_01 173543.11 (SEQ ID NO: 547-551 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 545 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 34 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 562 (RAAC00352) y ref|NP_691707.1 |, ref|YP_829756.1 |, ref|YP_947785.1 |, ref | Y P_001221402.11 , y ref|YP_885435.11 (SEQ ID NO: 564-568 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 562 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 35 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 579 (RAAC04321 ) y gb|ABW71834.1 |, ref|YP_055250.11, ref|YP_612035.1 |, ref|YP_134751.1 |, y ref|ZP_01441442.1 | (SEQ ID NO: 581-585 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 579 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 36 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 596 (RAAC04349) y ref |YP_917551.1 |, ref |ZP_00631342.11, ref|YP_001259911.1 |, ref |NP_105797.1 |, y ref|ZP_00998521.1 (SEQ ID NO: 598-602 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 596 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 37A y 37B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 613 (RAAC01327) y emb|CAD30313.1 |, ref |ZP_01697379.11 , ref|YP_001375474.11, ref|NP_833288.11, y ref|NP_979866.1 | (SEQ ID NO: 615-619 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 613 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 38A y 38B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 630 (RAAC01351 ) y ref|YP_00 125497.11, ref|YP_175672.11, ref|NP_243001.1 |, ref|YP_147384.1 |, y ref|YP_001 108459.1 | (SEQ ID NO: 632-636 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 630 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 39A y 39B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 647 (RAAC01352) y ref|YP_ 47385.11, ref|YP_00 125498.11, ref|YP_175671.1 |, ref|NP_926015.1 |, y ref|YP_001660274.1 | (SEQ ID NO: 649-653 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 647 en el cuadro 1.

Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 40A y 40B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 664 (RAAC01354) y ref|YP_001636557.11, ref|ZP_01517435.11, ref|ZP_01697170.1 |, ref|YP_001374183.11, y ref|YP_082630.1 | (SEQ ID NO: 666-670 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 664 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 41 A y 41 B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO. 681 (RAAC01360) y ref|ZP_01724857. 1, ref|ZP_00235684.1 |, ref|YP_895924.1 |, ref|YP_037600.1 |, y ref|YP_001646030.1 | (SEQ ID NO: 683-687 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 681 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 42 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 698 (RAAC01408) y ref|YP_872951.1 |, gb|AAQ84159.1 |, ref|YP_701593.1 |, ref|YP_885121.11, y ref|ZP_02169377.1 | (SEQ ID NO: 700-704 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 698 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 43 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 715 (RAAC01425) y ref|YP_146050.1 |, ref|YP_001124307.11, ref|YP_360564.1 |, ref|NP_691609.1 |, y ref|NP_294646.1 | (SEQ ID NO: 717-721 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 715 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 44 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 732 (RAAC01517) y ref|YP_902570.1 |, ref|YP_076319.1 |, ref|YP_001629366.1 |, ref|ZP_01667660.11, y ref|YP_429281.1 | (SEQ ID NO: 734-738 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 732 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 45 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 749 (RAAC00449) y ref|ZP_01666747.11, pdb|2QE7|H, sp|P22480|ATPE_BACPF, ref|ZP_01188594.11, y ref|YP_521 144.11 (SEQ ID NO: 751-755 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 749 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 46A y 46B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 766 (RAAC01555) y ref|YP_079644.1 |, 2 sp|P23630|DCDA_BACSU, ref|NP_390219.1 |, ref|YP_001421740.1 |, y ref|YP_001487298.1 | (SEQ ID NO: 768-772 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 766 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 47A y 47B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 783 (RAAC01575) y ref|NP_241871.11, ref|YP_077980.1 |, ref|YP_001420375.1 |, ref|NP_388616.1 |, y ref|NP_693628.1 | (SEQ ID NO: 785-789 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 783 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 48 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 800 (RAAC01657) y dbj|BAB40585.1 |, ref|NP_241079.11, ref | YP_001 126012.11 , ref|ZP_0 171269.11, y ref|ZP_01860561 .11 (SEQ ID NO: 802-806 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 800 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 49 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 817 (RAAC01658) y ref|NP_241080.1 |, dbj|BAB40586.1 |, ref |YP_001 12601 1.11 , ref|NP_693798.1 |, y ref |ZP_00539126.11 (SEQ ID NO: 819-823 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 817 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 50 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 834 (RAAC01669) y ref | YP_001125402.11 , ref|YP_147282.1 |, ref|ZP_01859257.11, ref|NP_388913.1 |, y ref|YP_001420249.1 | (SEQ ID NO: 836-840 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 834 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 51A-51 C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 851 (RAAC01678) y ref|ZP_01696606.1 |, ref|YP_146312.1 |, ref|ZP_01 171726.11, ref|YP_001 124591 .1 |, y ref|ZP_01696079.1 | (SEQ ID NO: 853-857 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 851 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 52A y 52B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 868 (RAAC01685) y ref|YP_431081.1 |, ref | YP_001211085.11 , ref|YP_001 1 1 1663.11, ref|YP_001547204.11, y ref |NP_213242.11 (SEQ ID NO: 870-874 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 868 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 53 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 885 (RAAC01745) y ref|YP_001127228.11, ref|YP_149070.1 |, ref|ZP_00539127.1 |, ref|NP_241079.1 |, y ref|YP_074240.1 | (SEQ ID NO: 887-891 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 885 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 54 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 902 (RAAC01746) y ref|YP_149069.1 |, ref|YP_001127227.11, ref|ZP_00539126.1 |, ref|YP_001 125046.11, y ref|NP_833691.1 | (SEQ ID NO: 904-908 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 902 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 55 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 919 (RAAC01748) y ref|NP_828658.1 |, emb|CAJ88521 .1 |, ref|NP_625066.11, ref|YP_001 104836.11, y ref|YP_658557.1 | (SEQ ID NO: 921-925 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 919 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 56A y 56B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 936 (RAAC00450) y pdb|2QE7|D, sp|Q9L-A80|ATPB_GEOTH, ref|YP_14921 1 .11, sp|P41009|ATPB_BACCA, y prf||1211283A (SEQ ID NO: 938-942 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 936 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuraS 57A-57C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 953 (RAAC01759) y ref |ZP_02170376.11 , ref|YP_001546865.1 |, ref|YP_001 125323.11, ref|YP_147200.2|, y ref|YP_091630.11 (SEQ ID NO: 955-959 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 953 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 58 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 970 (RAAC01762) y gb|ABW71834.11, ref|ZP_02015336.11, ref|YP_055250.1 |, ref |YP_136548.1 |, y ref|NP_102793.1 | (SEQ ID NO: 972-976 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 970 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 59 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 987 (RAAC01763) y ref|YP_300327.11, ref|NP_693723.1 |, ref|YP_190012.1 j, ref|YP_252288.11, y ref|ZP_01227084.1 | (SEQ ID NO: 989- 993 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 987 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 60 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1004 (RAAC01767) y ref|ZP_01860323.1 |, ref|NP_244450.1 |, ref|YP_148929.1 |, ref|YP_080823.1 |, y ref|ZP_01 17 654.11 (SEQ ID NO: 1006-1010 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO. 1004 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 61 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1021 (RAAC01797) y ref|YP_076186.1 |, ref|NP_691214.11, ref|ZP_01 170331 .1 |, ref|NP_388333.1 |, y ref|YP_001375327.1 | (SEQ ID NO: 1023-1027 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1021 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 62A y 62B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1038 (RAAC01900) y ref|NP_691405.11, ref|NP_242876.1 |, ref|NP_241871.1 |, ref|YP_001420375.1 |, y ref|NP_388616 1 | (SEQ ID NO: 1040-1044 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1038 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 63 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1055 (RAAC01939) y ref|NP_390790.1 |, ref|ZP_02170616.11, ref|NP_693087.1 |, ref|YP_080204.1 |, y sp|Q59202|MDH_BACIS (SEQ ID NO: 1057-1061 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1055 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 64 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1072 (RAAC01996) y ref|NP_244279.11, ref|YP_001 126997.11, ref|YP_148810.1 |, ref| YP_001488092.1 |, y ref|NP_39 097.11 (SEQ ID NO: 1074-1078 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1072 Cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 65 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1089 (RAAC02025) y ref|NP_390723.1 |, ref|YP_080139.1 |, ref IYP_ 001422141. i l, ref|ZP_01 171785.11, y ref|NP_243959.1 | (SEQ ID NO: 1091-1095 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1089 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 66 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1 106 (RAAC00451 ) y pdb|2QE7|G, ref|YP_001 127389.11, ref|YP_149212.1 |, ref | YP_001488540.11 , y emb|CAA30654.11 (SEQ ID NO: 1 108-1 1 12 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1 106 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 67A y 67B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1 123 (RAAC02026) y ref |YP_1 8525.11, ref|YP_001 126690.11, emb|CAA69872.1 |, ref|YP_092553.1 |, y ref|NP_243958.1 | (SEQ ID NO: 1 125-1129 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1 123 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 68 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1 140 (RAAC02027) y emb|CAA69873.1 |, ref|YP_148524.1 |, ref|YP_080136.1 |, ref|NP_243957.1 |, y ref|ZP_01697535.1 | (SEQ ID NO: 1 142-1 146 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1 140 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 69 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1 157 (RAAC02040) y ref |ZP_01697399.11 , ref|YP_001 124579.11, ref|YP_146298.1 |, ref|NP_691785.11, y ref|ZP_01723229.1 | (SEQ ID NO: 1 159-1163 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1 157 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 70A y 70B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1 174 (RAAC02181 ) y ref|NP_391000.11, ref|YP_080655.1 |, ref|YP_173878.11, ref|NP_242416.1 |, y ref|YP_644452.1 | (SEQ ID NO: 1 176-1 180 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1 174 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 71 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1 191 (RAAC02222) y ref|YP_001487576.11, ref|ZP_0221 1990.11, ref|YP_001343716.1 |, ref|NP_744947.11, y ref|YP_633768.11 (SEQ ID NO: 1 193-1 197 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1 191 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 72A y 72B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1208 (RAAC02274) y ref|YP_146053.1 |, ref|ZP_01869175.1 |, ref|ZP_00989613.1 |, ref|YP_001276414.1 |, y ref|YP_001211401.1 | (SEQ ID NO: 1210-1214 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1208 en el cuadro 1 . Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 73A y 73B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1225 (RAAC02275) y ref|YP_146052.1 |, ref|YP_001546552.1 |, ref|YP_001636911 .1 |, ref|ZP_01514632.1 |, y ref|YP_001274650.1 | (SEQ ID NO: 1227-1231 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1225 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 74 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1242 (RAAC02426) y ref|NP_243521.1 |, pdb|1W85|A, sp|P21873|ODPA_BACST, ref|YP_001421036.11, y ref|YP_146911 .11 (SEQ ID NO: 1244-1248 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1242 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 75 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1259 (RAAC02427) y ref|ZP_01696304.1 |, sp|P21874|ODPB_BACST, ref|YP_001 125046.1 |, pdb|1W85|B, y ref|YP_146912.11 (SEQ ID NO: 1261-1265 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1259 Cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 76A y 76B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1276 (RAAC02429) y ref|YP_001 125048.11, sp|P1 1959|DLDH1_BACST, ref|YP_146914.1 |, ref|YP_001486601.1 |, y pdb|1 EBD|A (SEQ ID NO: 1278-1282 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1276 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 77A y 77B representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1293 (RAAC00452) y pdb|2QE7|A, ref|YP_361340.1 |, ref|YP_001 127390.11, ref|YP_149213.1 |, y ref|YP_001356688.1 | (SEQ ID NO: 1295-1299 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1293 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 78 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1310 (RAAC02433) y ref|YP_001542913.11, ref|YP_644829.1 |, ref|YP_356005.1 |, emb|CAO90974.1 |, y ref|YP_001656571.1 | (SEQ ID NO: 1312-1316 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1310 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 79A y 79B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1327 (RAAC02438) y ref|YP_644476.1 |, ref|ZP_02191297.11, ref|ZP_01549387.1 |, ref|ZP_01850519.1 |, y ref|ZP_01015586. 1 (SEQ ID NO: 1329-1333 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1327 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 80A y 80B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1344 (RAAC02441 ) y ref|YP_147804.1 |, ref|YP_001 125954.1 |, ref|YP_001 1259 1.1 |, ref|YP_147740.11, y ref|NP_243178.1 | (SEQ ID NO: 1346-1350 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1344 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 81 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1361 (RAAC02442) y ref|YP_001 25956.11, ref|YP_147805.11, ref|ZP_01 169177.11, ref|ZP_01695873.1 |, y ref|NP_831941 .11 (SEQ ID NO: 1363-1367 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1361 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 82A y 82B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1378 (RAAC02630) y ref|ZP_01695367.11, ref|YP_723673.1 |, ref|YP_6861 17. 1, ref|YP_001 1 391 .11, y ref|ZP_01623360.11 (SEQ ID NO: 1380-1384 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1378 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 83 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1395 (RAAC02644) y ref|NP_782567.1 |, sp|Q892U0|LDH_CLOTE, ref|YP_590559.1 |, ref|ZP_01514103.11, y ref|YP_009822.1 | (SEQ ID NO: 1397-1401 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1395 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 84A y 84B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1412 (RAAC02702) y ref|YP_001 124710.11, ref|YP_146529.1 |, ref|NP_977551.11, ref|YP_893868.11, y ref|NP_843617.1 | (SEQ ID NO: 1414-1418 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1412 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

Las figuras 85A y 85B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1429 (RAAC04058) y ref|ZP_02080303.1 |, ref|YP_520543.1 |, ref|ZP_01966380.11, ref|ZP_02039587.1 |, y ref|ZP_02073747.1 | (SEQ ID NO: 1431-1435 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1429 en el cuadro 1.

Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 86A y 86B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1446 (RAAC02843) y ref|YP_001 125182.11, reflYP_147061 .1 l, ref|ZP_01171540.11, ref|NP_692464.1 |, y ref|YP_001375719. 1 (SEQ ID NO: 1448-1452 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1446 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 87 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1463 (RAAC02844) y ref|YP_147062.11, ref|YP_001 125183.11, ref|YP_079003.1 |, ref|NP_243335.1 |, y ref|ZP_0 171539.11 (SEQ ID NO: 1465-1469 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1463 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por ":".

La figura 88 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1480 (RAAC00454) y ref|YP_001127392.1 |, ref|YP_521149.11, ref|YP_149215.1 |, ref|YP_001488543.1 |, y ref|YP_093437.1 | (SEQ ID NO: 1482-1486 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1480 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 89 representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1497 (RAAC02920) y ref | YP_001421255.11 , ref|NP_389559.1 |, reflYP_001125250.i l, ref|ZP_02169638.11, y ref|YP_091490.1 | (SEQ ID NO: 1499-1503 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1497 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 90A y 90B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1514 (RAAC02924) y ref|YP_001375026.11, ref|YP_175305.11, ref|NP_844736.11, ref|NP_691737.1 |, y ref|NP_832053.1 | (SEQ ID NO: 1516-1520 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1514 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 91 A y 91 B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1531 (RAAC02926) y ref|YP_148646.1 |, ref |ZP_01696063.11 , ref |ZP_01859600.1 |, ref|YP_001376529.1 |, y ref|YP_038694.1 | (SEQ ID NO: 1533-1537 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1531 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por Las figuras 92A y 92B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1548 (RAAC02986) y ref|YP_146227.11, ref|YP_001 124476.11, ref |ZP_01695767.11 , dbj|BAB39706.1 |, y ref|ZP_01723231.11 (SEQ ID NO: 1550-1554 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1548 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por La figura 93 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 1565 (RAAC03010) y ref|YP_001 127080.1 |, ref |YP_148885.11, ref|YP_001374290.11, ref|NP_693789.1 |, y ref |YP_144223.1 | (SEQ ID NO: 1567-1571 respectivamente), las cuales todas tienen la función asignada a la SEQ ID NO: 1565 en el cuadro 1. Aminoácidos conservados entre todas las secuencias están indicados por un "*" y aminoácidos en general conservados están indicados por DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN Modalidades de la invención incluyen genes y proteínas asociadas relacionados con el metabolismo del termoacidófilo Alicyclobacillus acidocaldarius. Secuencias codificantes para genes relacionados con estos procesos se determinaron a partir de la información de secuencia generada a partir del secuenciamiento del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius. Estos genes y proteínas pueden representar objetivos y/o elementos de sistemas o vectores de transformación para ingeniería metabólica de Alicyclobacillus acidocaldarius u otros organismos. Ejemplos no limitantes de secuencias de nucleótido encontradas dentro del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius, y aminoácidos codificados de este modo, asociados con metabolismos, se listan en el cuadro 1. Proteínas de metabolismo pueden ser, sin limitación, de las siguientes clases: (S)-2-hidroxi-ácido oxidasas, [proteína portadora acilo] S-maloniltransferasas, 1 ,3-propandiol Deshidrogenasas, 2-isopropilmalato Sintasas, 3-hidroxibutiril-CoA deshidratasas, 3-isopropilmalato Deshidratasas, 3-isopropilmalato Deshidrogenasas, 3-oxoácido CoA-transferasas, 8-amino-7-oxononanoato Sintasas, Acetaldehído deshidrogenasas (acetilante), Acetato-CoA ligasas, Acetolactato sintasas, Acetil-CoA C-acetiltransferasas, Aconítato hidratasas, Alcohol deshidrogenasas, Alcohol deshidrogenasas (NADP+), Aldehido deshidrogenasas, Aldehido deshidrogenasas (NAD+), ATP fosforibosiltransferasas, cadenas alfa sintasa ATP, cadenas B sintasa ATP, cadenas beta sintasa ATP, cadenas C sintasa ATP, Cadenas épsilon sintasa ATP, Cadenas gama sintasa ATP, Biotina sintasas, Transaminasas de aminoácido de cadena ramificada, Butiril-CoA deshidrogenasas, Cítrato (S¡)-sintasas, Detiobiotina sintasas, Diaminopimelato descarboxilasas, Diaminopimelato epimerasas, Dihidrodipícolinato reductasas, Dihidrodipicolinato sintasas, Dihidrolípoil deshidrogenasas, Dihidroxi-ácido deshidratasas, Enoil-CoA hidratasas, Proteínas FdhD (fdsC), Formiato deshidrogenasas, Glicerato cinasas, Glicina hidroximetiltransferasas, Isocitrato Nasas, Lactaldehído reductasas, Lactato 2-monooxigenasas, L-lactato deshidrogenasas, Malato deshidrogenasas, Malato deshidrogenasas (aceptor), Malato deshidrogenasas (oxaloacetato-descarboxilante), Malato sintasas, Malonato-semialdehído deshidrogenasas (acetilante), Metilmalonato-semialdehido deshidrogenasas (acilante), N-acetildiaminopimelato desacetilasas, Oxoglutarato deshidrogenasas (transferencia de succinilo), Fosfoenolpiruvato carboxilasas, Fosfoglicerato deshidrogenasas, Fosforibosilantranilato isomerasas, Piruvato deshidrogenasas (transferencia de acetilo), Piruvato fosfato dicinasas, Subunidades b558 de citocromo de succinato deshidrogenasa, Subunidades de flavoproteína de succinato deshidrogenasa, Proteínas de hierro-azufre de succinato deshidrogenasa, Succinato-CoA ligasas (Formación de ADP); y otros.

Modalidades de la invención se refieren en parte, a las secuencias de gen y/o secuencias de proteína que comprenden, genes y/o proteínas de Alicyclobacillus acidocaldarius. Los genes y proteínas incluidos, son aquellos los cuales juegan un papel en el metabolismo. Las actividades enzimáticas intracelulares pueden ser termofilicas y/o acidofilicas en naturaleza y ejemplos generales de genes similares se describen en la literatura. Clases de genes, secuencias, enzimas y factores incluyen, pero no se limitan a, aquellos listados en el cuadro 1.

CUADRO 1 Genes de Alicyclobacillus acidocaldarius relacionados con el metabolismo Secuencia de Secuencia de Referencia Función Gen Proteína RAAC00079 SEQ ID NO: 1 SEQ ID NO:2 Acetato-CoA ligasa RAAC00455 SEQ ID NO: 18 SEQ ID N0 19 Cadena C de sintasa ATP RAAC00461 SEQ ID O:35 SEQ ID NO:36 Glicina hidroximetiltransferasa RAAC00481 SEQ ID NO:52 SEQ ID NO:53 3-hidroxibutiril-CoA deshidratasa RAAC00529 SEQ ID NO:69 SEQ ID NO:70 N-acetildiaminopimelato desacetilasa RAAC00552 SEQ ID NO:86 SEQ ID NO:87 Biotina sintasa RAAC00553 SEQ ID NO: 103 SEQ ID NO:104 Detiobiotina sintasa RAAC00554 SEQ ID NO: 120 SEQ ID NO:121 8-amino-7-oxononanoato Sintasa Transaminasa de aminoácido de RAAC00632 SEQ ID NO: 137 SEQ ID NO:138 cadena ramificada RAAC00633 SEQ ID NO: 154 SEQ ID NO: 155 Dihidroxi-ácido deshidratasa RAAC00634 SEQ ID NO: 171 SEQ ID NO:172 Acetolactato sintasa [proteína portadora acilo] S- RAAC00174 SEQ ID NO:188 SEQ ID NO:189 maloniltransferasa RAAC00635 SEQ I D NO:205 SEQ I D NO:206 Acetolactato sintasa RAAC00637 SEQ ID NO:222 SEQ ID NO:223 3-¡sopropilmalato Deshidrogenasa RAAC00638 SEQ ID NO:239 SEQ ID NO:240 3-ísopropílmalato Deshidratasa RAAC00639 SEQ ID NO:256 SEQ ID NO.257 3-isopropílmalato Deshidratasa RAAC00642 SEQ ID NO:273 SEQ ID NO:274 Citrato (Si)-sintasa Oxoglutarato deshidrogenasa RAAC00727 SEQ ID NO:290 SEQ ID NO:291 (transferencia de succinilo) RAAC00729 SEQ ID NO:307 SEQ ID NO:308 Malato deshidrogenasa (aceptor) RAAC00730 SEQ ID NO:324 SEQ ID NO:325 Malato deshidrogenasa (oxaloacetato-descarboxilante) RAAC00735 SEQ ID NO:341 SEQ ID NO:342 Fosfoenolpiruvato carboxilasa RAAC00812 SEQ ID NO:358 SEQ ID NO:359 3-oxoácido CoA-transferasa RAAC00196 SEQ ID NO:375 SEQ ID NO:376 Malato deshidrogenasa (oxaloacetato-descarboxilante) RAAC00814 SEQ ID NO:392 SEQ ID NO:393 Acetil-CoA C-acetiltransferasa RAAC00815 SEQ ID NO:409 SEQ ID NO:410 Acetato-CoA ligasa RAAC00816 SEQ ID NO:426 SEQ ID NO:427 Butiril-CoA deshidrogenasa RAAC00822 SEQ ID NO:443 SEQ ID NO:444 3-hidroxibutíril-CoA deshidratasa RAAC00950 SEQ ID NO:460 SEQ ID NO:461 Formiato deshidrogenasa RAAC00952 SEQ ID NO:477 SEQ ID NO:478 Proteína FdhD (fdsC) RAAC00990 SEQ ID NO:494 SEQ ID NO:495 Dihidrodipicolinato reductasa RAAC01029 SEQ ID NO:51 1 SEQ ID NO:512 Acetaldehído deshidrogenasa (acetilante) RAAC01041 SEQ ID NO:528 SEQ ID NO:529 Piruvato, fosfato dicinasa RAAC01057 SEQ ID NO:545 SEQ ID NO:546 Enoil-CoA hidratasa RAAC00352 SEQ ID NO:562 SEQ ID NO:563 Alcohol deshidrogenasa (NADP+) RAAC04321 SEQ ID NO:579 SEQ ID NO:580 Alcohol deshidrogenasa RAAC04349 SEQ ID NO:596 SEQ ID NO:597 Fosforibosilantranilato isomerasa RAAC01327 SEQ ID NO:613 SEQ ID NO:614 Aldehido deshidrogenasa (NAD+) RAAC01351 SEQ ID NO:630 SEQ ID NO:631 (S)-2-hidroxi-ácido oxidasa RAAC01352 SEQ ID NO:647 SEQ ID NO:648 (S)-2-hidroxi-ácido oxidasa RAAC01354 SEQ ID NO:664 SEQ ID NO:665 Malato sintasa RAAC01360 SEQ ID N0 681 SEQ ID NO:682 (S)-2-hidroxi-ácido oxidasa RAAC01 08 SEQ ID NO:698 SEQ ID NO:699 Butiril-CoA deshidrogenasa RAAC01425 SEQ ID NO:715 SEQ ID NO:716 Butiril-CoA deshidrogenasa RAAC01517 SEQ ID NO:732 SEQ ID NO:733 Glicerato cinasa RAAC00449 SEQ ID NO:749 SEQ ID NO:750 Cadena épsilon de sintasa ATP RAAC01555 SEQ ID NO:766 SEQ ID NO:767 Diaminopimelato descarboxilasa RAAC01575 SEQ ID NO:783 SEQ ID NO:784 Aldehido deshidrogenasa (NAD+) Piruvato deshidrogenasa RAAC01657 SEQ ID NO:800 SEQ ID NO:801 (transferencia de acetilo) Piruvato deshidrogenasa RAAC01658 SEQ ID NO:817 SEQ ID NO:818 (transferencia de acetilo) RAAC01669 SEQ ID NO:834 SEQ ID NO:835 Alcohol deshidrogenasa RAAC01678 SEQ ID NO:851 SEQ ID NO:852 Formiato deshidrogenasa RAAC01685 SEQ ID NO:868 SEQ ID NO:869 2-isopropilmalato Sintasa Piruvato deshidrogenasa RAAC01745 SEQ ID NO:885 SEQ ID NO:886 (transferencia de acetilo) Piruvato deshidrogenasa RAAC01746 SEQ ID NO:902 SEQ ID NO:903 (transferencia de acetilo) RAAC01748 SEQ ID NO:919 SEQ ID NO:920 Lactato 2-monooxigenasa RAAC00450 SEQ ID NO:936 SEQ ID NO:937 Cadena beta de sintasa de ATP RAAC01759 SEQ ID NO:953 SEQ ID NO:954 Aconitato hidratasa RAAC01762 SEQ ID NO:970 SEQ ID NO:971 Alcohol deshidrogenasa RAAC01763 SEQ ID NO:987 SEQ ID NO:988 Alcohol deshidrogenasa RAAC01767 SEQ ID NO: 1004 SEQ ID NO: 1005 ATP fosforibosiltransferasa RAAC01797 SEQ ID NO 1021 SEQ ID NO 1022 Butiril-CoA deshidrogenasa RAAC01900 SEQ ID NO 1038 SEQ ID NO 039 Aldehido deshidrogenasa RAAC01939 SEQ ID NO 1055 SEQ ID NO 1056 Malato deshidrogenasa RAAC01996 SEQ ID NO 1072 SEQ ID NO 1073 Diaminopimelato epimerasa RAAC02025 SEQ ID NO 1089 SEQ ID NO 1090 Subunidad b558 de citocromo de succinato deshidrogenasa RAAC00451 SEQ ID NO: 1 106 SEQ ID NO: 1 107 Cadena gama de sintasa de ATP RAAC02026 SEQ ID NO: 1 123 SEQ ID NO: 1 124 Subunidad de flavoproteina de succinato deshidrogenasa RAAC02027 SEQ ID NO: 1 140 SEQ ID N0 1 141 Proteína de hierro-azufre de succinato deshidrogenasa RAAC02040 SEQ ID NO 1 157 SEQ ID NO 1 158 Butiril-CoA deshidrogenasa RAAC02181 SEQ ID NO 1 174 SEQ ID NO 1 175 Lactaldehído reductasa RAAC02222 SEQ ID NO 1 191 SEQ ID NO 1 192 1 ,3-propandiol Deshidrogenasa RAAC02274 SEQ ID NO 1208 SEQ ID NO 1209 Alcohol deshidrogenasa RAAC02275 SEQ ID NO 1225 SEQ ID NO 1226 Aldehido deshidrogenasa (NAD+) La presente invención se refiere a secuencias de nucleótidos que comprenden secuencias de nucleótidos aislados y/o purificados del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius seleccionadas a partir de las secuencias de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 1311 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 o uno de sus fragmentos.

La presente invención del mismo modo, se refiere a secuencias de nucleótidos aislados y/o purificados, caracterizadas en que comprenden al menos una de: a) una secuencia de nucleótido de al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 o uno de sus fragmentos; b) una secuencia de nucleótido homologa a una secuencia de nucleótido tal como se define en a); c) una secuencia de nucleótido complementaria con una secuencia de nucleótido tal como se define en a) o b), y una secuencia de nucleótido de su ARN correspondiente; d) una secuencia de nucleótido capaz de hibridizar bajo condiciones rigurosas con una secuencia tal como se define en a), b) o c); e) una secuencia de nucleótido que comprende una secuencia tal como se define en a), b), c) o d); y f) una secuencia de nucleótido modificada por una secuencia de nucleótido tal como se define en a), b), c), d) o e).

Nucleótido, polinucleótido o secuencia de ácido nucleico, serán entendidos de conformidad con la presente invención por significar tanto un ADN de hebra única o de doble hebra en las formas monoméricas y diméricas (así llamadas en serie) y los productos de transcripción de dichos ADNs.

Aspectos de la invención se refieren a secuencias de nucleótidos las cuales han sido posible aislar, purificar o parcialmente purificar, a partir de métodos de separación tales como por ejemplo, cromatografía de intercambio iónico por exclusión, basado en el tamaño molecular, o por afinidad, o alternativamente, técnicas de fraccionamiento basadas en solubilidad en diferentes solventes, o partiendo a partir de métodos de ingeniería genética tales como amplificación, clonación y subclonación, es posible para las secuencias de la invención, ser portadas por vectores.

El fragmento de secuencia de nucleótido aislado y/o purificado de conformidad con la invención, se entenderá por diseñar cualquier fragmento de nucleótido del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius, y puede incluir, por medio de ejemplos no limitantes, longitud de al menos 8, 12, 20 25, 50, 75, 100, 200, 300, 400, 500, 000, o más, nucleótidos consecutivos de la secuencia a partir de la cual se origina.

Fragmento específico de una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado de conformidad con la invención, se entenderá por designar cualquier fragmento de nucleótido del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius, que tiene, después del alineamiento y comparación con los fragmentos correspondientes de las secuencias genómicas de Alicyclobacillus acidocaldarius, al menos un nucleótido o base de diferente naturaleza.

Secuencia de nucleótido purificado y/o aislado homologa en el sentido de la presente invención, se entiende por significar una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado que tiene al menos un porcentaje de identidad con las bases de una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, de al menos aproximadamente 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, o 99.7%, este porcentaje siendo puramente estadístico y siendo posible distribuir las diferencias entre las dos secuencias de nucleótidos en aleatorio y sobre el total de su longitud.

Secuencia de nucleótido homologa específica en el sentido de la presente invención, se entiende por significar una secuencia de nucleótido homologa que tiene al menos una secuencia de nucleótido de un fragmento específico, tal como se define anteriormente. Dichas secuencias homologas "específicas" pueden comprender, por ejemplo, las secuencias correspondientes a la secuencia genómica o a las secuencias de sus fragmentos representativos de variantes del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius. Estas secuencias homologas específicas pueden de este modo, corresponder a variaciones ligadas a mutaciones dentro de cepas de Alicyclobacillus acidocaldarius, y especialmente corresponder a truncacíones, sustituciones, deleciones y/o adiciones de al menos un nucleótido. Dichas secuencias homologas pueden del mismo modo corresponder a variaciones ligadas a la degeneración del código genético.

El término "grado o porcentaje de homología de secuencia", se refiere al "grado o porcentaje de identidad de secuencia entre dos secuencias después del alineamiento óptimo" como se define en la presente solicitud.

Dos secuencias nucleotídicas o de aminoácido se dice, son "idénticas", si la secuencia de residuos nucleotídicos o aminoácidos en las dos secuencias es la misma, cuando se alinea para correspondencia máxima como se describe posteriormente. Las comparaciones de secuencia entre dos (o más) péptidos o polinucleótidos son típicamente realizadas comparando secuencias de dos secuencias óptimamente alineadas sobre un segmento o "ventana de comparación" para identificar y comparar regiones locales de la similitud de secuencia. El alineamiento óptimo de las secuencias por comparación, puede ser conducido por el algoritmo de homología local de Smith y Waterman, Ad. App. Math 2: 482 (1981 ), por el algoritmo de alineamiento de homología de Neddleman y Wunsch, J. Mol. Biol. 48: 443 (1970), por la búsqueda por el método de similitud de Pearson y Lipman, Proc. Nati. Acad. Sci. (U S A.) 85: 2444 (1988), por implementación computarizada de estos algoritmos (GAP, BESTFIT, FASTA, y TFASTA en el Paquete de Software Wisconsin Genetics, Genetics Computer Group (GCG), 575 Science Dr., Madison, Wis.), o por inspección visual.

"Porcentaje de identidad de secuencia" (o grado de identidad), se determina comparando dos secuencias óptimamente alineadas sobre una ventana de comparación, en donde la porción de la secuencia de polinucleótido o péptido en la ventana de comparación puede comprender adiciones o deleciones (es decir, aperturas) comparadas con la secuencia de referencia (la cual no comprende adiciones o deleciones) para alineamiento óptimo de las dos secuencias. El porcentaje se calcula determinando el número de posiciones en las cuales ocurren las bases de ácido nucleico o residuo de aminoácido idénticas en ambas secuencias, para proporcionar el número de posiciones apareadas, dividiendo el número de posiciones apareadas por el número total de posiciones en la ventaja de comparación y multiplicando el resultado por 100 para proporcionar el porcentaje de identidad de secuencia.

La definición de identidad de secuencia dada anteriormente, es la definición que podría ser usada por uno de habilidad en la técnica. La definición por sí misma no necesita la ayuda de algún algoritmo, dichos algoritmos siendo útiles solamente para lograr los alineamientos óptimos de las secuencias, en lugar del cálculo de identidad de secuencia.

A partir de la definición dada anteriormente, de ello se deduce que existe un valor bien definido y único para la identidad de secuencia entre las dos secuencias comparadas, en las cuales el valor corresponde al valor obtenido para el mejor u óptimo alineamiento.

En el software BLAST N o BLAST P "secuencia BLAST 2", el cual está disponible en el sitio de red worldwideweb.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html, y es habitualmente usado por los inventores y en general por las personas expertas para comparar y determinar la identidad entre las dos secuencias, el costo de apertura el cual depende de la longitud de secuencia a ser comparada es directamente seleccionado por el software (es decir, 11.2 para la matriz de substitución BLOSUM-62 para la longitud >85).

La secuencia de nucleótido complementaria de una secuencia de la invención, se entiende por significar cualquier ADN cuyos nucleótidos son complementarios a aquellos de las secuencias de la invención, y cuya orientación es invertida (secuencia antisentido).

La hibridación bajo condiciones de rigurosidad con una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, se entiende por significar hibridación bajo condiciones de temperatura e intensidad iónica elegidas en tal forma que permiten el mantenimiento de la hibridización entre dos fragmentos de ADN complementario.

Por medio de ilustración, condiciones de mayor rigurosidad de la etapa de hibridización con el objetivo de definir fragmentos de nucleótidos descritos anteriormente, son ventajosamente las siguientes.

La hibridización se lleva a cabo a una temperatura preferencial de 65° C en la presencia de amortiguador SSC, 1 x SSC que corresponde a 0.15 M de NaCI y 0.05 M Na de citrato. Las etapas de lavado, por ejemplo, pueden ser las siguientes: 2 x SSC, a temperatura ambiente seguida por dos lavados con 2 x SSC, 0.5% de SDS a 65° C; 2 x 0.5 x SSC, 0.5% de SDS; a 65° C por 10 minutos cada una.

Las condiciones de rigurosidad intermedia, usando por ejemplo, una temperatura de 42° C en la presencia de un amortiguador 2 x SSC, o de menos rigurosidad, por ejemplo una temperatura de 37° C en la presencia de un amortiguador 2 x SSC, respectivamente, requiere una complementariedad globalmente menos significante para la hibridización entre las dos secuencias.

Las condiciones de hibridización rigurosas descritas anteriormente para un polinucleótido con un tamaño de aproximadamente 350 bases, serán ' adaptadas por la persona experta en la técnica para oligonucleótidos de mayor o menor tamaño, de conformidad con las enseñanzas de Sambrook et al., 1989.

Entre las secuencias de nucleótido aislados y/o purificados de conformidad con la invención, están aquellas las cuales pueden ser usadas como un cebador o sonda en métodos que permiten a las secuencias homologas de conformidad con la invención, ser obtenidas, estos métodos, tales como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), clonación de ácido nucleico, y secuenciamiento, son bien conocidos por la persona experta en la técnica.

Entre las secuencias de nucleótidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, estas son nuevamente preferidas las cuales pueden ser usadas como una sonda o cebador en métodos que ,permiten la presencia de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566, uno de sus fragmentos, o una de sus variantes tal como se define a bajo a ser diagnosticadas.

Los fragmentos de secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, se pueden obtener, por ejemplo, por amplificación especifica, tal como PCR, o después de digestión con enzimas de restricción apropiadas de secuencias de nucleótido de conformidad con la invención, estos métodos en particular son descritos en la obra de Sambrook et al., 1989. Tales fragmentos representativos pueden del mismo modo, obtenerse por síntesis química de conformidad con métodos bien conocidos por personas de habilidad en la técnica.

La secuencia de nucleótido modificada se entenderá por significar cualquier secuencia de nucleótido obtenida por mutagénesis, de conformidad con técnicas bien conocidas por la persona experta en la técnica, y que contiene modificaciones con respecto a las secuencias normales de conformidad con la invención, por ejemplo, mutaciones en las secuencias promotoras y/o reguladoras de la expresión del polipéptido, especialmente conduciendo a una modificación de la velocidad de expresión del polipéptido o a la modulación del ciclo replicatívo.

La secuencia de nucleótido modificada del mismo modo, será entendida por significar cualquier secuencia de nucleótido que codifica para un polipéptido modificado, tal como se define posteriormente.

La presente invención se refiere a secuencias de nucleótido que comprenden secuencias de nucleótidos aislados y/o purificados de Alicyclobacillus acidocaldarius, caracterizadas en que se seleccionan a partir de las secuencias de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 o uno de sus fragmentos.

Modalidades de la invención del mismo modo, se refieren a secuencias de nucleótidos aislados y/o purificados caracterizados en que comprenden una secuencia de nucleótido seleccionada a partir de: a) al menos una de una secuencia de nucleótido de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 1311 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 o uno de sus fragmentos; b) una secuencia de nucleótido de un fragmento específico de una secuencia tal como se define en a); c) una secuencia de nucleótido homologa que tiene al menos, 80% de identidad con una secuencia tal como se define en a) o b); d) una secuencia de nucleótido complementaria o secuencia de ARN que corresponde a una secuencia tal como se define en a), b) o c); y e) una secuencia de nucleótido modificada por una secuencia tal como se define en a), b), c) o d).

Entre las secuencias de nucleótidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, están la secuencia de nucleótidos de las SEQ ID NO. 13-17, 30-34, 47-51 , 64-68, 81-85, 98-102, 115-119, 132-136, 149-153, 166-170, 183-187, 200-204, 217-221 , 234-238, 251-255, 268-272, 285-289, 302-306, 319-323, 336-340, 353-357, 370-374, 387-391 , 404-408, 421 -425, 438-442, 455-459, 472-476, 489-493, 506-510, 523-527, 540-544, 557-561 , 574-578, 591-595, 608-612, 625-629, 642-646, 659-663, 676-680, 693-697, 710-714, 727-731 , 744-748, 761-765, 778-782, 795-799, 812-816, 829-833, 846-850, 863-867, 880-884, 897-901 , 914-918, 931-935, 948-952, 965-969, 982-986, 999-1003, 1016-1020, 1033-1037, 1050-1054, 1067-1071 , 1084-1088, 1 101-1 105, 1 1 18-1 122, 1 135-1 139, 1152-1 156, 1 169-1 173, 1 186-1 190, 1203-1207, 1220-1224, 1237-1241 , 1254-1258, 1271-1275, 1288-1292, 1305-1309, 1322-1326, 1339-1343, 1356-1360, 1373-1377, 1390-1394, 1407-141 1 , 1424-1428, 1441-1445, 1458-1462, 1475-1479, 1492-1496, 1509-1513, 1526-1530, 1543-1547, 1560-1564, y 1577-1581 , o fragmentos de las mismas y cualesquiera de las secuencias de nucleótidos aislados y/o purificados las cuales tienen una homología de al menos, 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, o 99.7% de identidad con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1175, 1192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 o fragmentos de las mismas. Tales secuencias homologas pueden comprender, por ejemplo, las secuencias que corresponden a las secuencias genómicas Alicyclobacillus acidocaldarius. En la misma manera, estas secuencias homologas específicas pueden corresponder a variaciones ligadas a mutaciones dentro de cepas de Alicyclobacillus acidocaldarius y especialmente corresponden a truncaciones, sustituciones, deleciones y/o adiciones de al menos un nucleótido. Como será aparente para uno de habilidad ordinaria en la técnica, tales homólogos son fácilmente creados e identificados usando técnicas convencionales y programas de computadora públicamente disponibles, tales como BLAST. Por consiguiente, cada homólogo referenciado anteriormente debe ser considerado como expuesto en la presente y completamente descrito.

Modalidades de la invención comprenden los polipéptidos aislados y/o purificados codificados por una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, o fragmentos de las mismas, cuyas secuencias son representadas por un fragmento. Secuencias de aminoácido que corresponden a los polipéptidos aislados y/o purificados, los cuales pueden ser codificados de conformidad con una de las tres estructuras lectoras abiertas de al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1175, 1192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 1311 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566.

Modalidades de la invención del mismo modo, se refieren a los polipéptidos aislados y/o purificados, caracterizados en que comprenden un polipéptido seleccionado a partir de al menos una de las secuencias de aminoácido de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565 o uno de sus fragmentos.

Entre los polipéptidos aislados y/o purificados, de conformidad con modalidades de la invención, están los polipéptidos aislados y/o purificados de secuencias de aminoácido de las SEQ ID NO. 8-12, 25-29, 42- 46, 59-63, 76-80, 93-97, 110-114, 127-131, 144-148, 161-165, 178-182, 195-199, 212-216, 229-233, 246-250, 263-267, 280-284, 297-301, 314-318, 331-335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, 450-454, 467-471, 484-488, 501-505, 518-522, 535-539, 552-556, 569-573, 586-590, 603-607, 620-624, 637-641, 654-658, 671-675, 688-692, 705-709, 722-726, 739-743, 756-760, 773-777, 790-794, 807-811, 824-828, 841-845, 858-862, 875-879, 892-896, 909-913, 926-930, 943-947, 960-964, 977-981, 994-998, 1011-1015, 1028-1032, 1045-1049, 1062-1066, 1079-1083, 1096-1100, 1113-1117, 1130-1134, 1147-1151, 1164-1168, 1181-1185, 1198-1202, 1215-1219, 1232-1236, 1249-1253, 1266-1270, 1283-1287, 1300-1304, 1317-1321, 1334-1338, 1351-1355, 1368-1372, 1385-1389, 1402-1406, 1419-1423, 1436-1440, 1453-1457, 1470-1474, 1487-1491, 1504-1508, 1521-1525, 1538-1542, 1555-1559, y 1572-1576, o fragmentos de las mismas o cualesquiera otros polipéptidos aislados y/o purificados, los cuales tienen una homología de al menos, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, o 99.7% de identidad con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO.1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565 o fragmentos de las mismas. Como será aparente para uno de habilidad ordinaria en la técnica, tales homólogos son fácilmente creados e identificados usando técnicas convencionales y programas de computadora públicamente disponibles, tales como BLAST. Por consiguiente, cada homólogo referenciado anteriormente debe ser considerado como expuesto en la presente y completamente descrito.

Modalidades de la invención también se refieren a los polipéptidos, caracterizados en que comprenden un polipéptido seleccionado a partir de: a) un fragmento específico de al menos 5 aminoácidos de un polipéptido de una secuencia de aminoácido de conformidad con la invención,; b) un polipéptido homólogo a un polipéptido tal como se define en a); c) un fragmento biológicamente activo específico de un polipéptido tal como se define en a) o b)¡ y d) un polipéptido modificado por un polipéptido tal como se define en a), b) o c).

En la presente descripción, los términos polipéptido, péptido y proteína, son intercambiables.

En modalidades de la invención, los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, pueden ser glicosilados, pegilados, y/o de otro modo post-traduccionalmente modificados. En modalidades adicionales, la glicosilación, pegilación y/o otras modificaciones post-traduccionales pueden ocurrir in vivo o in vitro y/o pueden ser realizadas usando técnicas química. En modalidades adicionales, cualquiera de glicosilación, pegilación y/o otras modificaciones post-traduccionales pueden ser N-ligadas u O-ligadas.

En modalidades de la invención, uno cualquiera de los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, puede ser enzimáticamente o funcionalmente activo a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o puede ser enzimáticamente o funcionalmente activo a un pH en, por debajo de y/o arriba de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0. En modalidades adicionales de la invención, la glicosilación, pegilación, y/o otra modificación post-traduccional pueden ser requeridas para los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, para ser enzimáticamente o funcionalmente activos a pH en o por debajo de 8, 7, 6, , 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0, o a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius.

Aspectos de la invención se refieren a polipéptidos que son aislados u obtenidos por purificación a partir de fuentes naturales, o de otro modo obtenidos por recombinación genética, o alternativamente por síntesis química y que pueden de este modo, contener aminoácidos no naturales, como se describirá posteriormente.

Un "fragmento de polipéptido" de conformidad con las modalidades de la invención, se entiende por designar un polipéptido que contiene al menos 5 aminoácidos consecutivos, preferiblemente, 10 aminoácidos consecutivos o 15 aminoácidos consecutivos.

En la presente invención, un fragmento de polipéptido específico se entiende por designar el fragmento de polipéptido específico consecutivo codificado por una secuencia de nucleótido de fragmento específico de conformidad con la invención.

"Polipéptido homólogo" se entenderá por designar los polipéptidos que tienen, con respecto al polipéptido natural, ciertas modificaciones tales como, en particular, una deleción, adición o sustitución de al menos un amino ácido, una truncación, una prolongación, una fusión quimérica y/o una mutación. Entre los polipéptidos homólogos, son preferidos aquellos cuya secuencia de aminoácido tiene al menos 80% o 90% de homología con las secuencias de aminoácidos de polipéptidos de conformidad con la invención.

"Polipéptidos homólogos específicos" se entenderán por designar los polipéptidos homólogos tal como se definen anteriormente y que tienen un fragmento específico de polipéptido de conformidad con la invención.

En el caso de una sustitución, uno o más aminoácidos consecutivos o no consecutivos son reemplazados por aminoácidos "equivalentes". La expresión aminoácido "equivalente", se dirige en la presente, a designar cualquier aminoácido capaz de ser sustituido por uno de los aminoácidos de la estructura base sin, sin embargo, modificar esencialmente las actividades biológicas de los péptidos correspondientes y como tal, serán definidos por lo siguiente. Como será aparente para uno de habilidad ordinaria en la técnica, tales sustituciones son fácilmente creadas e identificadas usando técnicas de biología molecular estándar y programas de computadora públicamente disponibles tales como BLAST. Por consiguiente, cada sustitución referenciada anteriormente debe ser considerada como expuesta en la presente y completamente descrita. Ejemplos de tales sustituciones en las secuencias de aminoácido de las SEQ ID NO. 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, y 1565 pueden incluir aquellos polipéptidos aislados y/o purificados de la secuencia de amino ácido de las SEQ ID NO.8-12, 25-29, 42-46, 59-63, 76-80, 93-97, 110-114, 127-131, 144-148, 161-165, 178-182, 195-199, 212-216, 229-233, 246-250, 263-267, 280-284, 297-301, 314-318, 331-335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, 450-454, 467-471, 484-488, 501-505, 518-522, 535-539, 552-556, 569-573, 586-590, 603-607, 620-624, 637-641, 654-658, 671-675, 688-692, 705-709, 722-726, 739-743, 756-760, 773-777, 790-794, 807-811, 824-828, 841-845, 858-862, 875-879, 892-896, 909-913, 926-930, 943-947, 960-964, 977-981, 994-998, 1011-1015, 1028-1032, 1045-1049, 1062-1066, 1079-1083, 1096-1100, 1113-1117, 1130-1134, 1147-1151, 1164-1168, 1181-1185, 1198-1202, 1215-1219, 1232-1236, 1249-1253, 1266-1270, 1283-1287, 1300-1304, 1317- 1321 , 1334-1338, 1351 -1355, 1368-1372, 1385-1389, 1402-1406, 1419-1423, 1436-1440, 1453-1457, 1470-1474, 1487-1491 , 1504-1508, 1521 -1525, 1538-1542, 1555-1559, y 1572-1576. Estos aminoácidos equivalentes pueden ser determinados ya sea dependiendo de su homología estructural con los aminoácidos los cuales sustituyen, o en los resultados de pruebas comparativas de actividad biológica entre los diferentes polipéptidos, los cuales son capaces de ser realizados.

Por medio de ejemplo no limitante, las posibilidades de sustituciones capaces de llevarse a cabo sin resultar en una modificación extensiva de la actividad biológica de los polipéptidos modificados correspondientes, se mencionarán el reemplazo, por ejemplo, de leucina por valina o isoleucina de ácido aspártico por ácido glutámico, de glutamina por asparagina, de arginina por lisina, etc., las sustituciones inversas naturalmente son previsibles bajo las mismas condiciones.

En una modalidad adicional, las sustituciones están limitadas a sustituciones en aminoácidos no conservados entre otras proteínas las cuales tienen similar actividad enzimática identificada. Por ejemplo, uno de habilidad ordinaria en la técnica puede alinear proteínas de la misma función en organismos similares y determinar cuáles aminoácidos son en general, conservados entre proteínas de tal función. Un ejemplo de un programa que puede ser usado para generar tales alineamientos es el wordlwideweb.charite.de/bioinf/strap/, en conjunto con la base de datos proporcionada por la NCBI. Ejemplos de tales polipéptidos pueden incluir, pero no se limitan a, aquellos encontrados en la secuencia de aminoácido de las SEO. ID NO. 8-12, 25-29, 42-46, 59-63, 76-80, 93-97, 1 10-1 14, 127-131 , 144-148, 161-165, 178-182, 195-199, 212-216, 229-233, 246-250, 263-267, 280-284, 297-301 , 314-318, 331 -335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, 450-454, 467-471 , 484-488, 501-505, 518-522, 535-539, 552-556, 569-573, 586-590, 603-607, 620-624, 637-641 , 654-658, 671-675, 688-692, 705-709, 722-726, 739-743, 756-760, 773-777, 790-794, 807-81 1 , 824-828, 841-845, 858-862, 875-879, 892-896, 909-913, 926-930, 943-947, 960-964, 977-981 , 994-998, 1011-1015, 1028-1032, 1045-1049, 1062-1066, 1079-1083, 1096-1 100, 1 1 13-1 1 17, 1 130-1 134, 1 147-1 151 , 1 164-1 168, 1 181-1 185, 1 198-1202, 1215-1219, 1232-1236, 1249-1253, 1266-1270, 1283-1287, 1300-1304, 1317-1321 , 1334-1338, 1351-1355, 1368-1372, 1385-1389, 1402-1406, 1419-1423, 1436-1440, 1453-1457, 1470-1474, 1487-1491 , 1504-1508, 1521-1525, 1538-1542, 1555-1559, y 1572-1576.

De este modo, de conformidad con una modalidad de la invención, se pueden hacer sustituciones o mutaciones en posiciones que son en general conservadas entre proteínas de tal función. En una modalidad adicional, las secuencias de ácido nucleico pueden ser mutadas o sustituidas de manera que el aminoácido que codifican está sin cambio (sustituciones y/o mutaciones degeneradas), y/o mutado o sustituido de manera que cualquiera de las sustituciones o mutaciones de aminoácido resultante se hacen a posiciones que son en general conservadas entre proteínas de tal función. Ejemplos de tales secuencias de ácido nucleico pueden incluir, pero no se limitan a, aquellas encontradas en las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO. 13-17, 30-34, 47-51 , 64-68, 81 -85, 98-102, 1 15-1 19, 132-136, 149-153, 166-170, 183-187, 200-204, 217-221 , 234-238, 251 -255, 268-272, 285-289, 302-306, 319-323, 336-340, 353-357, 370-374, 387-391 , 404-408, 421-425, 438-442, 455-459, 472-476, 489-493, 506-510, 523-527, 540-544, 557-561 , 574-578, 591-595, 608-612, 625-629, 642-646, 659-663, 676-680, 693-697, 710-714, 727-731 , 744-748, 761 -765, 778-782, 795-799, 812-816, 829-833, 846-850, 863-867, 880-884, 897-901 , 914-918, 931-935, 948-952, 965-969, 982-986, 999-1003, 1016-1020, 1033-1037, 1050-1054, 1067-1071 , 1084-1088, 1 101-1 105, 1 1 18-1 122, 1 135-1 139, 1 152-1 156, 1 169-1 173, 1 186-1 190, 1203-1207, 1220-1224, 1237-1241 , 1254-1258, 1271-1275, 1288-1292, 1305-1309, 1322-1326, 1339-1343, 1356-1360, 1373-1377, 1390-1394, 1407-1411 , 1424-1428, 1441-1445, 1458-1462, 1475-1479, 1492-1496, 1509-1513, 1526-1530, 1543-1547, 1560-1564, 1577-1581 o fragmentos de las mismas.

Los polipéptidos homólogos específicos del mismo modo, corresponden a polipéptidos codificados por las secuencias de nucleotido homologas específicas tal como se define anteriormente y de este modo, comprenden en la presente definición, los polipéptidos los cuales son mutados o corresponden a variantes las cuales pueden existir en Alicyclobacillus acidocaldarius, y las cuales especialmente corresponden a truncaciones, sustituciones, deleciones, y/o adiciones de al menos un residuo de aminoácido.

"Fragmento biológicamente activo específico de un polipéptido" de conformidad con una modalidad de la invención se entenderá, en particular, por designar un fragmento de polipéptido específico, tal como se define anteriormente, que tiene al menos una de las características de polipéptidos de conformidad con la invención. En ciertas modalidades, el péptido es capaz de actuar como al menos uno de los tipos de proteínas resumidos en el cuadro 1.

Los fragmentos de polipéptidos de conformidad con modalidades de la invención, pueden corresponder a fragmentos aislados o purificados naturalmente presentes en Alicyclobacillus acidocaldarius o corresponden a fragmentos los cuales se pueden obtener por desdoblamiento de dicho polipéptido por una enzima proteolitica, tal como tripsina, quimiotripsina, o colagenasa, o por un reactivo químico, tal como bromuro de cianógeno (CNBr). Tales fragmentos de polipéptidos pueden del mismo modo, ser solo fácilmente preparados por síntesis química, a partir de hospederos transformados por un vector de expresión de conformidad con la invención, que contiene un ácido nucleico que permite la expresión de dichos fragmentos, colocados bajo el control de elementos de expresión y/o regulación apropiados.

"Polipéptido modificado" de un polipéptido de conformidad con una modalidad de la invención, se entiende por designar un polipéptido obtenido por recombinación genética o por síntesis química como se describirá posteriormente, que tiene al menos una modificación con respecto a la secuencia normal. Estas modificaciones pueden o no pueden ser capaces de portar aminoácidos en el origen de una especificidad y/o actividad, o en el origen de la conformación estructural, localización y de la capacidad de inserción de membrana del polipéptido de conformidad con la invención. De este modo, será posible crear polipéptidos de actividad equivalente, incrementada o reducida, y de especificidad equivalente, más estrecha o más amplia. Entre los polipéptidos modificados, es necesario mencionar los polipéptidos en los cuales hasta 5 o más aminoácidos pueden ser modificados, truncados en el extremo N- o C-terminal, o aún suprimidos o agregados.

Los métodos que permiten demostrar dichas modulaciones en células eucarióticas o procarióticas, son bien conocidos por la persona de habilidad ordinaria en la técnica. Del mismo modo, se entiende bien que será posible usar las secuencias de nucleótidos que codifican para los polipéptidos modificados a dichas modulaciones, por ejemplo, a través de vectores de conformidad con la invención, y descritos abajo.

Los polipéptidos modificados precedentes, se pueden obtener usando química combinatorial, en la cual es posible variar sistemáticamente partes del polipéptido antes de probarlos en modelos, cultivos celulares o microorganismos por ejemplo, para seleccionar compuestos los cuales son más activos o tienen las propiedades buscadas.

La síntesis química del mismo modo, tiene la ventaja de ser capaz de usar aminoácidos no naturales o enlaces no peptídicos.

De este modo, para mejorar la duración de vida de los polipéptidos de conformidad con la invención, puede ser de interés usar aminoácidos no naturales, por ejemplo en forma D, o del mismo modo análogos de aminoácido, especialmente por ejemplo formas que contienen azufre.

Finalmente, será posible integrar la estructura de los polipéptidos de conformidad con la invención, sus formas homologas modificadas o específicas, en estructuras químicas del tipo de polipéptido u otros. De este modo, puede ser de interés proporcionar en los extremos N- y C-terminales, moléculas no reconocidas por las proteasas.

Las secuencias de nucleótidos que codifican para un polipéptido de conformidad con la invención, son del mismo modo, parte de la invención.

La invención del mismo modo, se refiere a secuencias de nucleótido utilizables como una sonda o cebador, caracterizadas en que las secuencias son seleccionadas a partir de las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención.

Es bien entendido que la presente invención, en varias modalidades, del mismo modo, se refiere a polipéptidos específicos de Alicyclobacillus acidocaldarius, codificados por secuencias de nucleótidos capaces de ser obtenidas por purificación a partir de polipéptidos naturales, por recombinación genética o por síntesis química por procedimientos bien conocidos por la persona experta en la técnica y como tal, descritos en particular abajo. De la misma manera, los anticuerpos mono o policlonales, etiquetados o no etiquetados, dirigidos contra dichos polipéptidos específicos codificados por las secuencias de nucleótidos, están también abarcados por la invención.

Modalidades de la invención adicionalmente, se refieren al uso de una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, como un cebador o sonda para la detección y/o la amplificación de secuencias de ácido nucleico.

Las secuencias de nucleótidos de conformidad con modalidades de la invención, pueden de este modo, ser usadas para amplificar secuencias de nucleótido, especialmente por la técnica de PCR (reacción en cadena de la polimerasa) (Erlich, 1989; Innis et al., 1990; Rolfs et al., 1991 ; y White et al., 1997).

Estos cebadores de oligodesoxirribonucleótido u oligorribonucleótido, ventajosamente tienen una longitud de al menos 8 nucleótidos, preferiblemente, de al menos 12 nucleótidos, y aún más preferencialmente, de al menos 20 nucleótidos.

Otras técnicas de amplificación del ácido nucleico objetivo pueden ser ventajosamente empleadas como alternativas a PCR.

Las secuencias de nucleótidos de la invención, en particular los cebadores de conformidad con la invención, pueden del mismo modo ser empleados en otros procedimientos de amplificación de un ácido nucleico objetivo, tal como: la técnica TAS (Sistema de Amplificación a base de Transcripción), descrito por Kwoh et al. en 1989; la técnica 3SR (Replicación de Secuencia Auto-Sostenida), descrita por Guatelli et al. en 1990; la técnica NASBA (Amplificación a base de Secuencia de Ácido Nucleico), descrita por Kievitis et al. en 1991 ; la técnica SDA (Amplificación por Desplazamiento de Hebra) (Walker et al., 1992); la técnica TMA (Amplificación Mediada por Transcripción).

Los polinucleótidos de la invención, también pueden ser empleados en técnicas de amplificación o de modificación del ácido nucleico que sirve como una sonda, tal como: la técnica LCR (Reacción en Cadena de Ligasa), descrita por Landegren et al. en 1988 y mejorada por Barany et al. en 1991 , la cual emplea una ligasa termoestable; la técnica RCR (Reacción en Cadena de Reparación), descrita por Segev en 1992; la técnica CPR (Reacción en Sonda Cíclica), descrita por Duck et al. en 1990; la técnica de amplificación con Q-beta replicasa, descrita por Miele et al. en 1983 y especialmente mejorada por Chu et al. en 1986, Lizardi et al. en 1988, después por Burg et al. así como también por Stone et al. en 1996.

En el caso en donde el polinucleótido objetivo a ser detectado es posiblemente un ARN, por ejemplo un ARNm, será posible usar, previo -al empleo de una reacción de amplificación con la ayuda de al menos un cebador de conformidad con la invención, o al empleo de un procedimiento de detección con la ayuda de al menos una sonda de la invención, una enzima de tipo transcriptasa inversa para obtener un cADN a partir del ARN contenido en la muestra biológica. El cADN obtenido de este modo, servirá como un objetivo para el(los) cebador(es) o la(s) sonda(s) empleada(s) en el procedimiento de amplificación o detección de conformidad con la invención.

La sonda de detección será elegida en tal manera que hibridizará con la secuencia objetivo o el amplicón generado a partir de la secuencia objetivo. Por medio de la secuencia, tal sonda ventajosamente tendrá una secuencia de al menos 12 nucleótidos, en particular de al menos 20 nucleótidos, y preferiblemente, de al menos 100 nucleótidos.

Modalidades de la invención también comprenden las secuencias de nucleótidos utilizable como una sonda o cebador de conformidad con la invención, caracterizadas en que son etiquetadas con un compuesto radioactivo o con un compuesto no radioactivo.

Las secuencias de nucleótido no etiquetadas, pueden ser usadas directamente como sondas o cebadores, aunque las secuencias son en general, etiquetadas con un isótopo radioactivo (32P, 35S, 3H, 1251) o con una molécula no radioactiva (biotina, acetilaminofluoreno, digoxigenina, 5-bromodesoxiuridina, fluoresceína), para obtener sondas las cuales son utilizables para numerosas aplicaciones.

Ejemplos de etiquetado no radioactivo de secuencias de nucleótidos se describen, por ejemplo, en la Patente Francesa No. 78.10975 o por Urdea et al. o por Sánchez-Pescador et al. en 1988.

En el último caso, también será posible usar uno de los métodos de etiquetado descritos en las patentes FR-2 422 956 y FR-2 518 755.

La técnica de hibridización se puede llevar a cabo en varias maneras (Matthews et al., 1988). El método más general consiste en inmovilizar el extracto de ácido nucleico de las células en un soporte (tal como nitrocelulosa, nilón, poliestireno) y en incubar, bajo condiciones bien definidas, el ácido nucleico objetivo inmovilizado con la sonda. Después de la hibridización, el exceso de sonda es eliminado y las moléculas híbridas formadas son detectadas por el método apropiado (medición de la radioactividad, de la fluorescencia de la actividad enzimática ligada a la sonda).

La invención, en varias modalidades, del mismo modo, comprende las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, caracterizadas en que son inmovilizadas en un soporte, covalentemente o no covalentemente.

De conformidad con otro modo ventajoso para emplear secuencias de nucleótido de conformidad con la invención, el último puede ser usado inmovilizado en un soporte y puede de este modo, servir para capturar, por hibridación específica, el ácido nucleico objetivo obtenido a partir de la muestra biológica a ser probada. Si es necesario, el soporte sólido se separa de la muestra y el complejo de hibridización formado entre la sonda de captura y el ácido nucleico objetivo es entonces detectado con la ayuda de una segunda sonda, una así llamada sonda de detección, etiquetada con un elemento fácilmente detectable.

Otro aspecto de la presente invención es un vector para la clonación y/o expresión de una secuencia, caracterizado en que contiene una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención.

Los vectores de conformidad con la invención, caracterizados en que contienen los elementos que permiten la integración, expresión y/o la secreción de dichas secuencias de nucleótido en una célula hospedera determinada, son del mismo modo, parte de la invención.

El vector puede entonces contener un promotor, señales de inicio y terminación de traducción, así como también regiones apropiadas de regulación de transcripción. Pude ser capaz de ser mantenido establemente en la célula hospedera y puede opcionalmente, tener señales particulares que especifican la secreción de la proteína traducida. Estos diferentes elementos pueden ser elegidos como una función de la célula hospedera usada. Con este fin, las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, puede ser insertada en vectores de replicación autónoma dentro del hospedero elegido, o vectores integrados del hospedero elegido.

Tales vectores serán preparados de conformidad con los métodos actualmente usados por la persona experta en la técnica, y será posible introducir los clones que resultan a partir de estos en un hospedero apropiado por métodos estándares, tales como, por ejemplo, lipofección, electroporación y choque térmico.

Los vectores de conformidad con la invención, son, por ejemplo, vectores de origen viral o plásmido. Un ejemplo de un vector para la expresión de polipéptidos de la invención es baculovirus.

Estos vectores son útiles para transformar células hospederas para clonar o expresar las secuencias de nucleótidos de la invención.

La invención del mismo modo, comprende las células 7 hospederas transformadas por un vector de conformidad con la invención.

Estas células se pueden obtener por la introducción en las células hospederas, de una secuencia de nucleótido insertada en un vector tal como se define anteriormente, después cultivar las células bajo condiciones que permiten la replicación y/o expresión de la secuencia de nucleótido transfectada.

La célula hospedera puede ser seleccionada a partir de sistemas procarióticos o eucarióticos, tales como, por ejemplo, células bacterianas (Olins y Lee, 1993), pero del mismo modo, células de levadura (Buckholz, 1993), así como también células vegetales tales como, Arabidopsis sp., y células animales, en particular los cultivos de células de mamífero (Edwards y Aruffo, 1993), por ejemplo, células de ovario de hámster Chino (CHO), pero del mismo modo, las células de insectos en las cuales es posible usar procedimientos empleando baculovirus, por ejemplo, células de insecto sf9 (Luckow, 1993).

Modalidades de la invención del mismo modo, se refieren a organismos que comprenden una de las células transformadas de conformidad con la invención.

La obtención de organismos transgénicos de conformidad con la invención, que expresan uno o más de los genes de Alicyclobacillus acidocaldarius o parte de los genes se pueden llevar a cabo en, por ejemplo, ratas, ratones, o conejos, de conformidad con métodos bien conocidos por personas expertas en la técnica, tal como por transfecciones virales o no virales. Será posible obtener los organismos transgénicos que expresan uno o más de dichos genes por transfección de copias múltiples de dichos genes bajo el control de un promotor fuerte de naturaleza ubicua, o selectivo para un tipo de tejido. Del mismo modo, será posible obtener los organismos transgénicos por recombinación homologa en cepas de células embriónicas, transferencia de estas cepas de células a embriones, selección de las quimeras afectadas al nivel de las líneas reproductivas, y crecimiento de dichas quimeras.

Las células transformadas, así como también los organismos transgénicos de conformidad con la invención, son utilizable en procedimientos para la preparación de polipéptidos recombinantes.

Es posible hoy día, producir polipéptidos recombinantes en cantidad relativamente grande por ingeniería genética, usando las células transformadas por vectores de expresión de conformidad con la invención, o usando organismos transgénicos de conformidad con la invención.

Los procedimientos para la preparación de un polipéptido de la invención en forma recombinante, caracterizados en que emplean un vector y/o una célula transformada por un vector de conformidad con la invención, y/o un organismo transgénico que comprende una de las células transformadas de conformidad con la invención, están los mismos comprendidos en la presente invención.

Como se usa en la presente, "transformación" y "transformado", se refiere a la introducción de ácidos nucleicos en una célula, sea procariótica o ecuariótica. Además, "transformación" y "transformado", como se usa en la presente, no necesita referirse al control de crecimiento o desregulación de crecimiento.

Entre los procedimientos para la preparación de un polipéptido de la invención en forma recombinante, los procedimientos de preparación que emplean un vector, y/o una célula transformada por el vector y/o un organismo transgénico, comprenden una de las células transformadas, que contienen una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, que codifica para un polipéptido de Alicyclobacillus acidocaldarius.

Una variante de conformidad con la invención, puede consistir en producir un polipéptido recombinante fusionado a una proteina "portadora" (proteína quimérica). La ventaja de este sistema es que permite la estabilización de y/o una reducción en la proteólisis del producto recombinante, un incremento en la solubilidad en el curso de la renaturalización in vitro y/o una simplificación de la purificación cuando el patrón de fusión tiene una afinidad para un ligando específico.

Más particularmente, la invención se refiere a un procedimiento para la preparación de un polipéptido de la invención que comprende las siguientes etapas: a) cultivo de células transformadas bajo condiciones que permiten la expresión de un polipéptido recombinante de secuencia de nucleótido de conformidad con la invención; b) si se necesita, recuperar el polipéptido recombinante.

Cuando el procedimiento para la preparación de un polipéptido de la invención emplea un organismo transgénico de conformidad con la invención, el polipéptido recombinante es entonces extraído a partir de dicho organismo.

La invención también se refiere a un polipéptido el cual es capaz de obtenerse por un procedimiento de la invención tal como se describe previamente.

La invención también comprende un procedimiento para la preparación de un polipéptido sintético, caracterizado en que usa una secuencia de aminoácidos de polipéptidos de conformidad con la invención.

La invención del mismo modo, se refiere a un polipéptido sintético obtenido por un procedimiento de conformidad con la invención.

Los polipéptidos de conformidad con la invención, pueden del mismo modo ser preparados por técnicas las cuales son convencionales en el campo de la síntesis de péptidos. Esta síntesis se puede llevar a cabo en solución homogénea o en fase sólida.

Por ejemplo, se puede recurrir a la técnica de síntesis en solución homogénea descrita por Houben-Weyl en 1974.

Este método de síntesis consiste en condensar sucesivamente, dos por dos, los aminoácidos sucesivos en el orden requerido, o en condensar aminoácidos y fragmentos formados previamente y que ya contienen varios aminoácidos en el orden apropiado, o alternativamente, varios fragmentos previamente preparados en esta forma, entendiéndose que será necesario proteger de antemano, todas las funciones reactivas llevadas a cabo por estos aminoácidos o fragmentos, con la excepción de funciones amino de uno y carboxilos de los otros o vice-versa, lo cual debe normalmente estar involucrado en la formación de enlaces peptídicos, especialmente después de la activación de la función carboxilo, de conformidad con los métodos bien conocidos en la síntesis de péptidos.

También se puede recurrir a la técnica descrita por Merrifield. Para elaborar una cadena peptídica de conformidad con el procedimiento de Merrifield, se recurre a una resina polimérica muy porosa, en la cual es inmovilizado el primer aminoácido C-terminal de la cadena. Este aminoácido es inmovilizado en una resina a través de su grupo carboxilo y su función amina es protegida. Los aminoácidos los cuales van a formar la cadena peptídica son de este modo inmovilizados, uno después del otro, en el grupo amino, el cual es desprotegido de antemano cada vez de la porción de la cadena peptídica ya formada, y el cual está unido a la resina. Cuando el total de la cadena peptídica deseada se ha formado, los grupos protectores de los diferentes aminoácidos que forman la cadena peptídica son eliminados y el péptido se separa de la resina con la ayuda de un ácido.

La invención adicionalmente se refiere a polipéptidos híbridos que tienen al menos un polipéptido de conformidad con la invención, y una secuencia de un polipéptido capaz de inducir una respuesta inmune en el hombre o animales.

Ventajosamente, la determinante antigénica es tal que es capaz de inducir una respuesta humoral y/o celular.

Será posible para tal determinante, comprender un polipéptido de conformidad con la invención, en forma glicosilada, pegilada y/o de otro modo post-traduccionalmente modificada usada con el fin de obtener composiciones inmunogénicas capaces de inducir la síntesis de anticuerpos dirigidos contra epitopes múltiples.

Estas moléculas híbridas pueden ser formadas, en parte, de una molécula portadora de polipéptido o de fragmentos de la misma de conformidad con la invención, asociados con una parte posiblemente inmunogénica, en particular un epítope de la toxina difteria, la toxina tetánica, un antígeno de superficie del virus de la hepatitis B (patente FR 79 21811 ), el antígeno VP1 del virus de poliomielitis o cualquier otro antígeno o toxina viral o bacteriana.

Los procedimientos para la síntesis de moléculas híbridas abarcan construir secuencias de nucleótidos híbridas que codifican para las secuencias de polipéptidos buscadas. Será posible, por ejemplo, referirse ventajosamente a la técnica para obtener genes que codifican para proteínas de fusión descritas por Minton en 984.

Tales secuencias de nucleótido híbridas que codifican para un polipéptido híbrido, así como también los polipéptidos híbridos de conformidad con la invención, caracterizados en que son polipéptidos recombinantes obtenidos por la expresión de dichas secuencias de nucleótidos híbridas, son del mismo modo, parte de la invención.

La invención del mismo modo, comprende los vectores caracterizados en que contienen una de dichas secuencias de nucleótidos híbridas. Las células hospederas transformadas por dichos vectores, los organismos transgénicos que comprenden una de las células transformadas, así como también los procedimientos para la preparación de polipéptidos recombinantes usando dichos vectores, las células transformadas y/o los organismos transgénicos son, por supuesto del mismo modo, parte de la invención.

Los polipéptidos de conformidad con la invención, los anticuerpos de conformidad con la invención, descritos abajo y las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, pueden ventajosamente ser empleados en procedimientos para la detección y/o identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra capaz de contenerlos. Estos procedimientos, de conformidad con la especificidad de los polipéptidos, los anticuerpos y las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, los cuales serán usados, serán en particular, capaces de detectar y/o identificar un Alicyclobacillus acidocaldarius.

Los polipéptidos de conformidad con la invención, pueden ser empleados ventajosamente en un procedimiento para la detección y/o identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra capaz de contenerlos, caracterizado en que comprende las siguientes etapas: a) contactar esta muestra con un polipéptido o uno de sus fragmentos de conformidad con la invención, (bajo condiciones que permiten una reacción inmunológica entre el polipéptido y los anticuerpos posiblemente presentes en la muestra biológica); d) demostración de los complejos de antígeno-anticuerpo posiblemente formados.

Cualquier procedimiento convencional puede ser empleado para llevar a cabo una detección de los complejos de antígeno-anticuerpo posiblemente formados.

Por medio del ejemplo no limitante, un método pone en juego procesos inmunoenzimáticos de conformidad con la técnica ELISA, por inmunofluorescencia, o procesos radioinmunológicos (RIA) o sus equivalentes.

De este modo, la invención del mismo modo se refiere a los polipéptidos de conformidad con la invención, etiquetados con la ayuda de una etiqueta adecuada tal como el tipo enzimático, fluorescente o radioactivo.

Tales métodos comprenden, por ejemplo, los siguientes actos: deposición de cantidades determinadas de una composición de polipéptido de conformidad con la invención, en las cavidades de una placa microtituladora, introducción en dichas cavidades de diluciones incrementadas de suero, o de una muestra biológica distinta de aquella definida previamente, que tiene que ser analizada, incubación de la placa microtituladora, introducción en las cavidades de la placa microtituladora de anticuerpos etiquetados dirigidos contra inmunoglobulinas de cerdo, el etiquetado de estos anticuerpos tiene que llevarse a cabo con la ayuda de una enzima seleccionada a partir de aquellas las cuales son capaces de hidrolizar un sustrato modificando la absorción de la radiación del último, al menos a una longitud de onda predeterminada, por ejemplo a una detección de 550 nm, por comparación con una prueba de control, de la cantidad de sustrato hidrolizado.

Los polipéptidos de conformidad con la invención, permiten preparar anticuerpos monoclonales o policlonales, los cuales son caracterizados en que específicamente reconocen los polipéptidos de conformidad con la invención. Será posible ventajosamente, preparar los anticuerpos monoclonales a partir de hibridomas de conformidad con la técnica descrita por Kohler y Milstein en 1975. Será posible preparar los anticuerpos policlonales, por ejemplo, por inmunización de un animal, en particular un ratón, con un polipéptido o un ADN, de conformidad con la invención, asociado con un adyuvante de la respuesta inmune, y después purificación de los anticuerpos específicos contenidos en el suero de los animales inmunizados sobre una columna de afinidad en la cual el polipéptido que ha servido como un antígeno, ha sido previamente inmovilizado. Los anticuerpos policlonales de conformidad con la invención, pueden también ser preparados por purificación, sobre una columna de afinidad en la cual un polipéptido de conformidad con la invención, ha sido previamente inmovilizado, de los anticuerpos contenidos en el suero de un animal inmunológicamente estimulado por Alicyclobacillus acidocaldarius, o un polipéptido o fragmento de conformidad con la invención.

La invención del mismo modo, se refiere a anticuerpos mono- o policlonales o sus fragmentos, o anticuerpos quiméricos, caracterizados en que son capaces de reconocer específicamente un polipéptido de conformidad con la invención.

Del mismo modo, será posible para los anticuerpos de la invención, ser etiquetados en la misma manera como se describe previamente para las sondas nucleicas de la invención, tal como un etiquetado de tipo enzimático, fluorescente o radioactivo.

La invención adicionalmente se dirige a un procedimiento para la detección y/o identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra, caracterizada en que comprende las siguientes etapas: a) contactar la muestra con un anticuerpo mono- o policlonal de conformidad con la invención, (bajo condiciones que permiten una reacción inmunológica entre dichos anticuerpos y los polipéptidos de Alicyclobacillus acidocaldarius posiblemente presentes en la muestra biológica); b) demostración del complejo antigeno-anticuerpo posiblemente formado.

La presente invención del mismo modo, se refiere a un procedimiento para la detección y/o la identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra, caracterizado en que emplea una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención.

Más particularmente, la invención se refiere a un procedimiento para la detección y/o la identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra, caracterizado en que contiene las siguientes etapas: a) si es necesario, aislamiento del ADN a partir de la muestra a ser analizada; b) amplificación específica del ADN de la muestra con la ayuda de al menos un cebador, o un par de cebadores, de conformidad con la invención; c) demostración de los productos de amplificación.

Estos pueden ser detectados, por ejemplo, por la técnica de hibridización molecular utilizando una sonda nucleica de conformidad con la invención. Esta sonda ventajosamente será etiquetada con un isótopo radioactivo o no radioactivo (sonda fría).

Para los propósitos de la presente invención, "ADN de la muestra biológica" o "ADN contenido en la muestra biológica", se entenderá por significar ya sea el ADN presente en la muestra biológica considerada, o posiblemente el cADN obtenido después de la acción de una enzima de tipo transcriptasa inversa en el ARN presente en dicha muestra biológica.

Una modalidad adicional de la invención comprende un método, caracterizado en que comprende los siguientes actos: a) contactar una sonda de nucleótido de conformidad con la invención, con una muestra biológica, el ADN contenido en la muestra biológica si se necesita, tiene que ser previamente elaborado accesible a hibridización bajo condiciones que permiten la hibridización de la sonda con el ADN de la muestra; b) demostración del híbrido formado entre la sonda de nucleótido y el ADN de la muestra biológica.

La presente invención también se refiere a un procedimiento de conformidad con la invención, caracterizado en que comprende los siguientes actos: a) contactar una sonda de nucleótido inmovilizada en un soporte de conformidad con la invención, con una muestra biológica, el ADN de la muestra si se necesita, tiene que ser previamente accesible a hibridización, bajo condiciones que permiten la hibridización de la sonda con el ADN de la muestra; b) contactar el híbrido formado entre la sonda de nucleótido inmovilizada sobre un soporte y el ADN contenido en la muestra biológica, si es necesario después de la eliminación del ADN de la muestra biológica la cual no ha sido hibridizada con la sonda, con una sonda de nucleótido etiquetada de conformidad con la invención; c) demonstración del nuevo híbrido formado en el acto b).

De conformidad con una modalidad ventajosa del procedimiento para detección y/o identificación definido previamente, este se caracteriza en que, previo a el acto a), el ADN de la muestra biológica es primero amplificado con la ayuda de al menos un cebador de conformidad con la invención.

Modalidades de métodos incluyen, métodos para alterar el metabolismo secundario en una célula, los métodos comprenden proporcionar una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado, recombinante, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1 175, 1 192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 y/o un polipéptido aislado y/o purificado, recombinante, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565 a la célula.

Modalidades adicionales de métodos incluyen, colocar una célula que produce o que codifica una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado, recombinante, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1158, 1 175, 1192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 y/o un polipéptido aislado y/o purificado, recombinante, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1123, 1 140, 1 157, 1174, 1191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565 en un ambiente que comprende temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o un pH en, por debajo de y/o arriba de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0.

La presente invención proporciona células que han sido genéticamente manipuladas para tener una capacidad alterada para producir proteínas sobre expresadas. En particular, la presente invención se refiere a microorganismos Gram-positivos, tales como especies de Bacillus que tienen expresión mejorada de una proteína de interés, en donde uno o más genes cromosomales han sido inactivados, y/o en donde uno o más genes cromosomales han sido suprimidos a partir del cromosoma de Bacillus. En algunas modalidades adicionales, una o más regiones cromosomales autóctonas han sido suprimidas a partir de un cromosoma hospedero de Bacillus de tipo nativo correspondiente. En modalidades adicionales, el Bacillus es un Alicyclobacillus sp. o Alicyclobacillus acidocaldarius.

Modalidades adicionales, incluyen métodos para modular el metabolismo a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o a un pH en, arriba de y/o por debajo de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0, vía proporcionando una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado, recombinante, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1 124, 1 141 , 1 158, 1175, 1192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 1311 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 y/o un polipéptido aislado y/o purificado, recombinante, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565 a una célula.

En modalidades de la invención, cualquiera de los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, pueden ser enzimáticamente o funcionalmente activos a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius y/o pueden ser enzimáticamente o funcionalmente activos a un pH en, arriba de y/o por debajo de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0. En modalidades adicionales de la invención, glicosilación, pegilación y/o otra modificación post-traduccional, pueden ser requeridas para los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, para ser enzimáticamente o funcionalmente activos a pH en o por debajo de 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0, o a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95 grados Celsius.

La invención se describe en detalle adicional en los siguientes ejemplos ilustrativos. Aunque los ejemplos pueden representar solamente modalidades seleccionadas de la invención, se debe entender que los siguientes ejemplos son ilustrativos y no limitantes.

EJEMPLOS EJEMPLO 1 Modulación o Alteración del Metabolismo Usando Secuencias de Nucleótido v Aminoácido a partir de Alicvclobacillus acidocaldarius Proporcionada en las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121, 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291, 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566, están secuencias de nucleótidos aislados a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y codificadas por los polipéptidos de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, y 1565, respectivamente. La secuencia de nucleótidos de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121, 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291, 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566, son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121, 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291, 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461, 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631, 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801, 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971, 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1107, 1124, 1141, 1158, 1175, 1192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 1311, 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481, 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566, producen los polipéptidos de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, y 1565. Los polipéptidos de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, y 1565, son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851, 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021, 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191, 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361, 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531, 1548, y 1565 son entonces cada uno demostrados por tener una o más de las actividades proporcionadas en el cuadro 1.

Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 1, 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171, 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341, 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681, 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1 157, 1 174, 1 191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565, son demostrados por tener actividad como al menos uno de de a (S)-2-hidroxi-ácido oxidasa, [proteína portadora acilo] S-maloniltransferasa, 1 ,3-propandiol Deshidrogenasa, 2-¡sopropilmalato Sintasa, 3-hidroxibutiril-CoA deshidratasa, 3-isopropilmalato Deshidratasa, 3-isopropilmalato Deshidrogenasa, 3-oxoácido CoA-transferasa, 8-amino-7-oxononanoato Sintasa, Acetaldehído deshidrogenasa (acetilante), Acetato-CoA ligasa, Acetolactato sintasa, Acetil-CoA C-acetiltransferasa, Aconitato hidratasa, Alcohol deshidrogenasa, Alcohol deshidrogenasa (NADP+), Aldehido deshidrogenasa, Aldehido deshidrogenasa (NAD+), ATP fosforibosiltransferasa, Cadena alfa de sintasa de ATP, Cadena B de sintasa de ATP, Cadena beta de sintasa de ATP, Cadena C de sintasa de ATP, Cadena épsilon de sintasa de ATP, Cadena gama de sintasa de ATP, Biotina sintasa, Transaminasa de aminoácido ramificado, Butiril-CoA deshidrogenasa, Citrato (Si)-sintasa, Detiobiotina sintasa, Diaminopimelato descarboxilasa, Diaminopimelato epimerasa, Dihidrodipicolinato reductasa, Dihidrodipicolinato sintasa, Dihidrolipoil deshidrogenasa, Dihidroxi-ácido deshidratasa, Enoil-CoA hidratasa, Proteína FdhD (fdsC), Formiato deshidrogenasa, Glicerato cinasa, Glicina hidroximetiltransferasa, Isocitrato Nasa, Lactaldehído reductasa, Lactato 2-monooxigenasa, L-lactato deshidrogenasa, Malato deshidrogenasa, Malato deshidrogenasa (aceptor), Malato deshidrogenasa (oxaloacetato- descarboxilante), Malato sintasa, Malonato-semialdehido deshidrogenasa (acetilante), Metilmalonato-semialdehído deshidrogenasa (acilante), N-acetildiaminopimelato desacetilasa, Oxoglutarato deshidrogenasa (transferencia de succinilo), Fosfoenolpiruvato carboxilasa, Fosfoglicerato deshidrogenasa, Fosforibosilantranilato isomerasa, Piruvato deshidrogenasa (transferencia de acetilo), Piruvato, fosfato dicinasa, Subunidad b588 del citocromo de succinato deshidrogenasa, Subunidad de flavoproteína de succinato deshidrogenasa, Proteína de hierro-azufre de succinato deshidrogenasa, y Succinato-CoA ligasa (Formación de ADP).

Mientras esta invención ha sido descrita en ciertas modalidades, la presente invención puede ser además modificada dentro del alcance y campo de esta descripción. Esta solicitud está por lo tanto, propuesta para cubrir cualquiera de las variaciones, usos, o adaptaciones de la invención usando sus principios generales. Además, esta solicitud está propuesta para cubrir tales apartados a partir de la presente descripción, como viene dentro del conocimiento o práctica habitual en la técnica a la cual esta invención pertenece y la cual cae dentro de los límites de las reivindicaciones adjuntas y sus equivalentes legales.

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Claims

NOVEDAD DE LA INVENCIÓN REIVINDICACIONES

1. Una secuencia de ácido nucleico aislado o purificado que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido que tiene al menos 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO. 1.

2. Una secuencia de ácido nucleico aislado o purificado, que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de polipéptidos que tienen al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511, 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565.

3. La secuencia de ácido nucleico aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 1 ó 2, caracterizada además porque el polipéptido tiene actividad enzimática en o por debajo de aproximadamente pH 8.

4. La secuencia de ácido nucleico aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 1 ó 2, caracterizada además porque el poiipéptido tiene actividad enzimática a una temperatura en o por arriba de aproximadamente 35 grados Celsius.

5. La secuencia de ácido nucleico aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 1 ó 2, caracterizada además porque la secuencia de ácido nucleico está presente en un vector.

6. Un poiipéptido aislado o purificado que comprende un poiipéptido que tiene al menos 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO. 1.

7. Un poiipéptido aislado o purificado que comprende un poiipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un poiipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 511 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1106, 1123, 1140, 1157, 1174, 1191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565.

8. El poiipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6 ó 7, caracterizado además porque el poiipéptido tiene actividad enzimática en o por debajo de aproximadamente pH 8.

9. El poiipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6 ó 7, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad enzimática a una temperatura en o por arriba de aproximadamente 35 grados Celsius.

10. El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6 ó 7, caracterizada además porque el polipéptido es glicosilado, pegilado, o de otro modo post-traduccionalmente modificado.

11. El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad de Acetato-CoA ligasa.

12. El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado además porque el polipéptido tiene una actividad seleccionada a partir del grupo que consiste de (S)-2-hidroxi-ácido oxidasa, [proteína portadora acilo] S-maloniltransferasa, 1 ,3-propandiol Deshidrogenasa, 2-isopropilmalato Sintasa, 3-hidroxibutiril-CoA deshidratasa, 3-isopropilmalato Deshidratasa, 3-isopropilmalato Deshidrogenasa, 3-oxoácido CoA-transferasa, 8-amino-7-oxononanoato Sintasa, Acetaldehído deshidrogenasa (acetilante), Acetato-CoA ligasa, Acetolactato sintasa, Acetil-CoA C-acetiltransferasa, Aconitato hidratasa, Alcohol deshidrogenasa, Alcohol deshidrogenasa (NADP+), Aldehido deshidrogenasa, Aldehido deshidrogenasa (NAD+), ATP fosforibosiltransferasa, Cadena alfa de sintasa de ATP, Cadena B de sintasa de ATP, Cadena beta de sintasa de ATP, Cadena C de sintasa de ATP, Cadena épsilon de sintasa de ATP, Cadena gama de sintasa de ATP, Biotina sintasa, Transaminasa de aminoácido ramificado, Butiril-CoA deshidrogenasa, Citrato (Si)-sintasa, Detiobiotina sintasa, Diaminopimelato descarboxilasa, Diaminopimelato epimerasa, Dihidrodipicolinato reductasa, Dihidrodipicolinato sintasa, Dihidrolipoil deshidrogenasa, Dihidroxi-ácido deshidratasa, Enoil-CoA hidratasa, Proteína FdhD (fdsC), Formiato deshidrogenasa, Glicerato cinasa, Glicina hidroximetiltransferasa, Isocitrato liasa, Lactaldehído reductasa, Lactato 2-monooxigenasa, L-lactato deshidrogenasa, Malato deshidrogenasa, Malato deshidrogenasa (aceptor), Malato deshidrogenasa (oxaloacetato-descarboxilante), Malato sintasa, Malonato-semialdehído deshidrogenasa (acetilante), Metilmalonato-semialdehído deshidrogenasa (acilante), N-acetildiaminopimelato desacetilasa, Oxoglutarato deshidrogenasa (transferencia de succinilo), Fosfoenolpiruvato carboxilasa, Fosfoglicerato deshidrogenasa, Fosforibosilantranilato isomerasa, Piruvato deshidrogenasa (transferencia de acetilo), Piruvato, fosfato dicinasa, Subunidad b588 del citocromo de succinato deshidrogenasa, Subunidad de flavoproteína de succinato deshidrogenasa, Proteína de hierro-azufre de succinato deshidrogenasa, y actividad de Succinato-CoA ligasa (Formación de ADP).

13. Un método para modular o alterar el metabolismo en una célula, el método comprende: proporcionar una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado, recombinante, que comprende una secuencia de nucleótido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 2 a la célula.

14. Un método para modular o alterar el metabolismo en una célula, el método comprende: proporcionar una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado, recombinante, que comprende una secuencia de nucleótido seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótidos que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO: 2, 19, 36, 53, 70, 87, 104, 121 , 138, 155, 172, 189, 206, 223, 240, 257, 274, 291 , 308, 325, 342, 359, 376, 393, 410, 427, 444, 461 , 478, 495, 512, 529, 546, 563, 580, 597, 614, 631 , 648, 665, 682, 699, 716, 733, 750, 767, 784, 801 , 818, 835, 852, 869, 886, 903, 920, 937, 954, 971 , 988, 1005, 1022, 1039, 1056, 1073, 1090, 1 107, 1124, 1 141 , 1158, 1175, 1192, 1209, 1226, 1243, 1260, 1277, 1294, 131 1 , 1328, 1345, 1362, 1379, 1396, 1413, 1430, 1447, 1464, 1481 , 1498, 1515, 1532, 1549, y 1566 y/o un polipéptido aislado y/o purificado, recombinante, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con al menos una de las secuencias de las SEQ ID NO. 1 , 18, 35, 52, 69, 86, 103, 120, 137, 154, 171 , 188, 205, 222, 239, 256, 273, 290, 307, 324, 341 , 358, 375, 392, 409, 426, 443, 460, 477, 494, 51 1 , 528, 545, 562, 579, 596, 613, 630, 647, 664, 681 , 698, 715, 732, 749, 766, 783, 800, 817, 834, 851 , 868, 885, 902, 819, 936, 953, 970, 987, 1004, 1021 , 1038, 1055, 1072, 1089, 1 106, 1 123, 1 140, 1157, 1 174, 1191 , 1208, 1225, 1242, 1259, 1276, 1293, 1310, 1327, 1344, 1361 , 1378, 1395, 1412, 1429, 1446, 1463, 1480, 1497, 1514, 1531 , 1548, y 1565 a la célula.

15. El método de conformidad con la reivindicación 13 ó 14, caracterizado además porque la modulación o alteración del metabolismo ocurre en o por debajo de aproximadamente pH 8.

16. El método de conformidad con la reivindicación 13 ó 14, caracterizado además porque la modulación o alteración del metabolismo ocurre a una temperatura en o por arriba de aproximadamente 35 grados Celsius.

17. El método de conformidad con la reivindicación 13 ó 14, caracterizado además porque el polipéptido aislado o purificado, recombinante, es glicosilado, pegilado, o de otro modo post-traduccionalmente modificado.

18. El método de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado además porque el polipéptido aislado o purificado, recombinante, tiene actividad de Acetato-CoA ligasa.

19. El método de conformidad con la reivindicación 14, caracterizado además porque el polipéptido aislado o purificado, recombinante, tiene una actividad seleccionado a partir del grupo que consiste de (S)-2-hidroxi-ácido oxidasa, [proteína portadora acilo] S-maloniltransferasa, 1 ,3-propandiol Deshidrogenasa, 2-isopropilmalato Sintasa, 3-hidroxibutiril-CoA deshidratasa, 3-isopropilmalato Deshidratasa, 3-isopropilmalato Deshidrogenasa, 3-oxoácido CoA-transferasa, 8-amino-7-oxononanoato Sintasa, Acetaldehído deshidrogenasa (acetilante), Acetato-CoA ligasa, Acetolactato sintasa, Acetil-CoA C-acetiltransferasa, Aconitato hidratasa, Alcohol deshidrogenasa, Alcohol deshidrogenasa (NADP+), Aldehido deshidrogenasa, Aldehido deshidrogenasa (NAD+), ATP fosforibosiltransferasa, Cadena alfa de sintasa de ATP, Cadena B de sintasa de ATP, Cadena beta de sintasa de ATP, Cadena C de sintasa de ATP, Cadena épsilon de sintasa de ATP, Cadena gama de sintasa de ATP, Biotina sintasa, Transaminasa de aminoácido ramificado, Butiril-CoA deshidrogenasa, Citrato (Si)-sintasa, Detiobiotina sintasa, Diaminopimelato descarboxilasa, Diaminopimelato epimerasa, Dihidrodipicolinato reductasa, Dihidrodipicolinato sintasa, Dihidrolipoil deshidrogenasa, Dihidroxi-ácido deshidratasa, Enoil-CoA hidratasa, Proteína FdhD (fdsC), Formiato deshidrogenasa, Glicerato cinasa, Glicina hidroximetiltransferasa, Isocitrato liasa, Lactaldehído reductasa, Lactato 2-monooxigenasa, L-lactato deshidrogenasa, Malato deshidrogenasa, Malato deshidrogenasa (aceptor), Malato deshidrogenasa (oxaloacetato-descarboxilante), Malato sintasa, Malonato-semialdehído deshidrogenasa (acetilante), Metilmalonato-semialdehído deshidrogenasa (acilante), N-acetildiaminopimelato desacetilasa, Oxoglutarato deshidrogenasa (transferencia de succinilo), Fosfoenolpiruvato carboxilasa, Fosfoglicerato deshidrogenasa, Fosfonbosilantranilato isomerasa, Piruvato deshidrogenasa (transferencia de acetilo), Piruvato, fosfato dicinasa, Subunidad b588 del citocromo de succinato deshidrogenasa, Subunidad de flavoproteína de succinato deshidrogenasa, Proteína de hierro-azufre de succinato deshidrogenasa, y actividad de Succinato-CoA ligasa (Formación de ADP).