JP2011510650A - 敗血症性ショックの間に死亡する危険が高い患者を迅速に決定する方法及びキット - Google Patents
敗血症性ショックの間に死亡する危険が高い患者を迅速に決定する方法及びキット Download PDFInfo
- Publication number
- JP2011510650A JP2011510650A JP2010544810A JP2010544810A JP2011510650A JP 2011510650 A JP2011510650 A JP 2011510650A JP 2010544810 A JP2010544810 A JP 2010544810A JP 2010544810 A JP2010544810 A JP 2010544810A JP 2011510650 A JP2011510650 A JP 2011510650A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- hla
- drb4
- areg
- fosb
- gene
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
【選択図】なし
Description
− 「重症敗血症」は、少なくとも1つの臓器機能不全を伴う敗血症症候群と定義される。
− 「敗血症性ショック」は、昇圧剤を必要とする低血圧症(これは第1の臓器不全を構成する)を伴う重症敗血症症候群と定義される。
− 第0日とは、重症敗血症の、2つの臓器不全の発症後の24時間をいう。よって、敗血症性ショックの場合には特に、第0日は、敗血症性ショックの、2番目の臓器不全の発症後の24時間の期間のことをいう。
− 「HLA-DRB4」とは、文脈に応じて、タンパク質又は該タンパク質をコードする遺伝子のいずれかをいう。予後遺伝子マーカーとして、HLA-DRB4は、ゲノムレベル(DNA)若しくはmRNAレベル又はタンパク質レベルのいずれかで検出できる。以下において、この遺伝子又は他の興味対象遺伝子に言及する場合、同じ記載が遺伝子及び該遺伝子がコードするタンパク質について用いられ、遺伝子の発現レベルは転写レベル(mRNA)又は翻訳レベル(タンパク質)のいずれかで測定できると理解される。
重症敗血症は、非常に不均質な症候群であるので、1つの遺伝子のみの発現レベルを見るよりむしろ、幾つかの遺伝子を連係して分析することがより適切であり得る。
(i)前記対象者の試料から、HLA-DRB4、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1、TNFRSF17、AREG、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1から選択される少なくとも2つの遺伝子を含む遺伝子セットの発現プロフィールを得る工程、及び
(ii)得られた発現プロフィールを、1つ又は2つの参照発現プロフィールと比較して、前記対象者の予後を確認する工程
を含む方法にも関する。
2つの参照発現プロフィールを用いる場合、一方は、重症敗血症により死亡した上記集団の対象者から得られ、他方の参照プロフィールは、生存した上記集団の対象者から得られる。この場合、予後を確認するため、試験される対象者の発現プロフィールを、これら参照プロフィールのそれぞれと比較する。このような比較を行うための多くの統計学的技術が記載されており、当業者はこれらのいずれも自由に選択できる。
1つの参照プロフィールのみを用いる場合、これは、代表的集団の全ての対象者から得られる。例えば、参照プロフィールは、考慮する遺伝子セットのそれぞれの遺伝子について、代表的集団全体中の上記遺伝子の平均発現レベルを決定することにより得ることができる。
(i)n個(n≧2)の遺伝子の発現レベルを患者の生体試料中で測定する工程であって、これら遺伝子の少なくとも2つが、HLA-DRB4、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1、TNFRSF17、AREG、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1からなる群より選択される工程、
(ii)下記式:
(iii)工程(ii)で得られたスコアを、予め決定した閾値との比較によって解釈する工程
を含む。
HLA-DRB4状態及び/又は上記スコア
ある特定の実施形態において、スコアを上記のように患者について算出でき、医師は、HLA-DRB4状態及び/又は上記のスコアを考慮して、患者が特定の処置(活性化プロテインCのような)を必要とするかを決定する。
増幅反応を行うための試薬及び/又は酵素も、このようなキットに含めることができる。当業者は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)のような増幅反応を行うためにどの試薬及び酵素を用い得るか(よって、キットに導入できるか)を完璧に知っている。
このようなキットは、有利には、結果をどのように解釈するかを説明する使用注意書きも含むことが好ましい。
本発明によるキットは、全血試料又は単離PBMCのいずれかから上記方法を実施するために設計されることができる。後者の場合、キットは、PBMC単離のための試薬も任意に含むことができる。
患者
他施設治験は、Cochin Hospital倫理委員会(# CCPPRB 2061)により承認され、ACCP/SCCMコンセンサスに従って定義された敗血症性ショックを有する、フランスの4つの集中治療室(AP-HParisの2つの内科ICU及び2つの外科ICU)の患者に関するものであった。患者は、書面でのインフォームドコンセントを近親者から得た後に参加した。参加基準:敗血症に関する逐次臓器不全評価(Vincentら, 1998)により規定される少なくとも2つの臓器不全を伴う敗血症性ショックの患者であって、第2の臓器不全が生じた後24時間以内の患者。排除基準:年齢が18歳未満;過去6ヶ月以内の癌治療;免疫疾患又は血液学的疾患についての最近の治療;6ヶ月を下回る推定余命。1回目の血液採取に対応する参加当日を、第2の臓器不全の発症後24時間以内で、第0日とした。血液試料は、EDTAに加える15mlであった。
28日間のフォローアップの間に16名の患者が死亡したが、50%はAPCによる処置を受けていた。(48患者中)APCで処置された12患者のうち、8患者(67%)が死亡した。
白血球細胞を、勾配遠心分離(Histopaque, Sigma, St Quentin Fallavier, France)により単離して、成熟多形核細胞を除去した。トータルRNAを、Qiagen Rneasyキット(Qiagen GmbH, Germany)を用いて抽出した。全てのRNA試料を、RNアーゼフリーのDNアーゼで処理した。
RNA試料の質を、RNA 6000 Nanoチップ(Agilent technologies, Palo Alto, CA, USA)を用いて評価し、RNA試料の量を、分光光度計NanoDrop ND-1000(Labtech international Biotech, Ringmer, UK)を用いて260nmの吸光度を測定することにより評価した。cRNAの調製は、製造業者のプロトコルに従って行った(Affymetrix, Santa Clara, CA USA)。簡潔には、5μgのRNA試料を用い、T7-オリゴ(DT)プライマーとSuperscript II逆転写酵素とを用いて第1鎖cDNAを作製した。第2鎖の合成は、大腸菌(E. coli)の酵素カクテル(DNAリガーゼ及びDNAポリメラーゼI)、RnアーゼHを用い、続くT4 DNAポリメラーゼとのインキュベーションにより行った。2本鎖cDNAの洗浄は、GeneChip Sample Cleanup Module(Affymetrix)を用いて行った。インビトロ転写は、T7 RNAポリメラーゼと、相補RNA(cRNA)増幅及びビオチン標識用のビオチン化ヌクレオチドアナログ/リボヌクレオチドミックス(GeneChip IVT Labelingキット)との存在下で行った。得られたビオチン化cRNAを、GeneChip Sample Cleanup Moduleを用いて洗浄し、260nmの吸光度測定(NanoDrop)により定量した。5μgのトータルRNAを用いて、50〜80μgの精製cRNAを得た。次いで、20μgの試料由来cRNAを、フラグメント化バッファー中で94℃にて35分間インキュベートして、平均サイズを約35〜200ヌクレオチドに減少させ、最後にハイブリダイゼーションバッファーに加えた。フラグメント化cRNAは、Affymetrix HG-U133 Plus 2.0アレイ上で、45℃にて16時間、ハイブリダイゼーション内部対照(bioB、bioC、bioD、cre及びオリゴヌクレオチドB2)と共にハイブリダイズさせた。洗浄及び染色手順は、Affymetrix Fluidics Station 450で行った。プローブアレイを、非ストリンジェント洗浄バッファーA(6×SSPE、0.01% Tween20)中で30℃にて10回の洗浄、続いてストリンジェントバッファーB(100mM MES、0.1M [Na+]、0.01% Tween20)中で50℃にて6回の洗浄に曝した。ビオチン化cRNAを、ストレプトアビジン-フィコエリトリンコンジュゲート(SAPE、10μg/ml)を用いて5分間、35℃にて染色し、非ストリンジェントバッファーAで再び洗浄した(30℃にて10回の洗浄)。ヤギIgG(0.1mg/ml)及びビオチン化抗ストレプトアビジン抗体(3μg/ml)を用いる抗体増幅工程を加え、続いて更なるSAPE染色を行った(各工程、35℃にて5分間)。最後に、アレイを非ストリンジェントバッファーAで35℃にて15回洗浄した後に、Affymetrix GeneChip Scanner 3000でスキャンした。
マイクロアレイ分析により得られた遺伝子の発現レベルを確証するために、リアルタイムPCRを、8個の最も重要な遺伝子及び内因性対照である真核生物18S rRNAについて行った。逆転写反応を、確立された方法又は製造業者の仕様書(High Capacity cDNA Archiveキット, Applied Biosystems, Foster City, CA, USA)に従って行った。簡潔には、プローブは、遺伝子の5'末端に、6-カルボキシ-フルオレセインホスホルアミダイト(FAM色素)標識を、副溝結合剤及び非蛍光消光剤を3'末端に含有し、エキソン接合部をまたいでハイブリダイズするように設計されている。アッセイは、それぞれ900nM及び250nMのプライマー及びプローブ濃度で提供される。
フォワードプライマー:TTTGTGCTTCCCTTTACCTAAACTG (配列番号1);
リバースプライマー:AATAATGCAATGTGTGGCACAAG (配列番号2);及び
プローブ:CCTGCCTCCCGTGCATCTGTACTCC (配列番号3)。
他の選択したアッセイは、「在庫の(inventoried)」アッセイとして参照する(inventoried Assay ID, Applied Biosystems)。これらアッセイについての情報を下記の表1及び2に示す。
メッセンジャーRNA(mRNA)のレベルを、第0日に、Rotorgene 3000(Corbett Life Sciences, Sydney)でTaqMan遺伝子発現アッセイを用いて測定した。遺伝子は、死亡患者と生存患者との間でマイクロアレイでの発現が異なることを理由に選択した。
生存者と死亡患者との間でHLA-DRB4発現に大きな差があるので(FC>5)、この遺伝子の遺伝子型決定を全ての患者において行った。HLA-DRB4型同定のために用いたゲノムDNAは、新鮮な末梢血白血球からの塩析技術により抽出した。HLA-DRB4試料は、ポリメラーゼ連鎖反応-配列特異的プライマー(PCR-SSP)増幅(one Lambda, Inc., Canoga Park, CA又はGenovision)を用いる高分解能のDNAベース型決定(対立遺伝子レベル)で型決定した。
標準的統計解析:定量結果は、中央値±四分位範囲(IQR)で表した。患者の臨床特徴の比較は、第0日に、定量測定についてはマン-ホイットニー検定を用い、定性測定についてはフィッシャーの正確確率検定を用いて行った。p<0.05を、統計的に有意であるとみなした。
Ct (Ctgene - Ct18S)と、蛍光強度の2を底とする対数(log2int)との間の線形の相関関係を、スピアマン相関検定により研究した。p<0.05を、統計学的に有意であるとみなした。
予測モデルは、当業者に公知の任意の多変量法を用いることにより構築できる。今回の場合、部分最小二乗回帰を用いたが、サポートベクターマシンのような他の方法もこの目的に用いることができる。これら方法の原理は、以下のように思い出される。
多変量法:導入
サポートベクターマシン(SVM)(Boserら, 1992;Vapnik, 1998)は、2つのクラスの観測(例えば「死亡患者」対「生存患者」)を分離する最適分離超平面(いわゆるマージン)を求める。マージンは、超平面とその最近接点との間の距離として定義される。最適分離超平面の選択は、熟練した分類者が新たな観測を予測するような改善を生じる(Vapnik, 1998)。
a)Rソフトウェア(バージョン2.5.1)を用いて、本研究の患者を分類した。PLS-Rモデルについて「pls」パッケージを用い、SVMモデルについて「e1071」パッケージを用いた。これらのパッケージの照合は、以下のとおりである:
− Ron Wehrens及びBjorn-Helge Mevik (2007). pls: Partial Least Squares Regression (PLSR) and Principal Component Regression (PCR). R package version 2.0-1 (http://mevik.net/work/software/pls.html).
− Evgenia Dimitriadou, Kurt Hornik, Friedrich Leisch, David Meyer及びAndreas Weingessel (2006). e1071: Misc Functions of the Department of Statistics (e1071), TU Wien. R package version 1.5-16。
− 総データセットの2/3を、トレーニングセットとして無作為に選択した
− 各トレーニングセットについて、1個抜き交差検定技術に基づいて分類者のパラメータh又はλをコンピュータで算出した
− これを100回反復して、予測精度の平均を正確に推定した。
興味対象の遺伝子は、マイクロアレイの異なる発現により選択した(上記を参照)(倍数変化>2及びp値<0.1)。転帰と相関する29個の選択したプローブセットに関連する24個の遺伝子(表3及び4)をグループ分けして、データセットにおいて遭遇する相関させたデータ状況を扱うために有用な(相関行列により検証されるように)、部分最小二乗(PLS)回帰に基づいて予測モデルを構築した。それぞれの遺伝子の相対的貢献度に、係数により重みづけし、新しい個体についての転帰の推定を可能にする等式に入れた。29プローブセットを含む最初の等式を構築した(等式2)。更に、本発明者らは、現在の臨床の関係における遺伝子発現の検出の利用可能な方法により適合された、8個の選択された遺伝子(表2)を含む等式(等式3)を構築した。もちろん、更なる患者データをモデルに含めて、係数の精度を改良することができる。
表3及び4に示す興味対象の遺伝子のリストに基づいて、種々の工程を行って、1つの臓器不全と敗血症性ショックの第0日での予後評価を必要とする新しい患者を分類するために有用な、関連する閾値を決定した。
IDとシンボルは、BioConductorからのライブラリーhgu133plu2 (v. 1.16.0)を用いて対応させた。データをまず中央にし、補正し、表5にまとめる。
48名の患者の臨床及び炎症の状態
結果は、中央値(四分位範囲IQR)として表す。トレーニング集団の48名の患者は、66歳(22 IQR)であった。参加時に、彼らは以下の特徴を有していた:1)59(15 IQR)のSAPSII及び10(4 IQR)のSOFAスコア(Vincentら, 1998)、2)炎症性パラメータとして、2765(2909 IQR) AB/Cの単球HLA-DR発現及び175(500 IQR)pg/mlの血漿IL-10(IL-12p40は検出不能)。48名の患者のうち、16名は28日間の研究期間中に死亡した。死亡患者は、参加の第0日に、SAPSII (71 (21 IQR)対56 (16 IQR)、p=0.0002)について生存者と異なっていたが、年齢、第0日での単球HLA-DR発現IL-10及び敗血症関連臓器不全スコア(SOFA)については差がなかった。
2名の患者について、技術的な問題から解釈可能なデータが得られなかった。第0日の敗血症性ショック患者の非管理のトランスクリプトームデータは、臨床アイテムに従って患者を分類することを可能にしなかった。患者の分類が結果に基づく場合、29プローブセットのセット(24遺伝子転写産物)は、生存者と非生存者との間で有意に異なっていた(表3および4)。HLA-DRB4は生存者において最大のFC(FC>5)を示し、HLA-DRB4を発現する患者の群(陽性)と、低い強度を示す群(陰性)との間で蛍光の大きな差を示した。第0日に、陽性のHLA-DRB4発現は、3名(陽性発現を示す患者の18%)を除いて生存患者に相当した(表6)。HLA-DRB4発現が陰性の群は、高い死亡の危険性を有し、患者の54%だけが生存した。
興味深いことに、遺伝子型決定の結果を無視した担当医師により決定されてAPC処置を受けた(12名の処置患者のうち8名)者はほとんど、HLA-DR B4発現が陰性の群であった。
48個の試料のうち3個のみが、HLA-DRB4リアルタイムPCRデータと比較して誤っていた(表6)。残りの試料については、リアルタイムPCRデータは、両方の方法を用いて試験した最良の3つの遺伝子についてのマイクロアレイを用いて得られたデータとよく一致した(HLA-DRB4についてr=0.083、p<0.0003;THBS1についてr=0.60、p<0.002;AREGについてr=0.68、p<0.0001)。マイクロアレイデータからわかるように、リアルタイムPCRにより測定されるHLA-DRB4遺伝子発現は、転帰と強く関連した(スピアマン検定;p<0.0001)。
遺伝子HLA-DRB4の存在が、遺伝子HLA-DRB1上の特定の対立遺伝子と関連することが知られている(Bodmerら, 1992;Nepom及びErlich, 1991)。HLA-DRB4の存在と関連する対立遺伝子は、B1*04、B1*07及びB1*09であり、本研究で調べた集団における関連が確認された。興味深いことに、HLA-DRB4は、それがPCRで発現される場合に常に存在し、それがPCRで発現されない場合は常に存在しなかった。その結果、HLA-DRB4遺伝子の存在又は不在は、患者の転帰と強く関連した(p= 0.041)。マイクロアレイとPCRとの間の不一致は、ほとんど観察されなかった。存在する場合、これは、マイクロアレイを用いて非発現HLA-DRB4として計数される、非機能的対立遺伝子組成の遺伝子型決定における存在に起因し得る。この希な配置は、遺伝子型決定と、機能的ゲノム(又は機能的ゲノムのみ)との両方を行うことが好ましい場合があることを示唆する。3つのHLA-DRB4対立遺伝子が、以下のようにHLA-DRB1対立遺伝子と関連することが観察された:B4*0103は5個のB1* 0401、1個のB1*0404、1個のB1*0402、1個のB1*07及び1個のB1*09対立遺伝子と関連し、B4*0101及びB4*01030102Nは5個のB1*07対立遺伝子と関連した。1名の患者(GAM 5066)について、遺伝子型決定ではヌル対立遺伝子と判明したが、HLA-DRB4遺伝子発現がマイクロアレイとPCRとの両方で見出されたことに注目することが驚くべきことである。
表7及び8は、PLS回帰により得られるβjの推定値を示す。
交差検定により得られたROC(受信者動作特性)曲線は、感度と特異性についての指標を与える。これらの曲線を図4に示す。
閾値は、最良の精度又は感度を与えるものである。
29個のプローブセットを考慮した等式について、分割表の2つの例を以下に示す。
現在まで、予後が重篤な(40〜50%の死亡率)敗血症性ショック患者における転帰を良好に予測するために適切なバイオマーカーは、証明されていなかった。このようなマーカーは、援助となる看護及び資源を適応し、先端技術の高価な薬剤を与えなければならないか又は調べる必要があるかを決定するための最初の選別のために重要であろう。SAPS II又はSOFAスコア決定のような評点システムを除いて、転帰との関連が見出されていなかった。これらのスコアを用いることに対する興味は、見積もるために24時間待つ必要があることにより妨げられ、この遅延は、決定を行うためには長いだろう。
結論として、敗血症性ショック患者において、成熟PMNを除いた後の白血球細胞に対して全ゲノムマイクロアレイ法を用いることにより、予後フットプリントが得られた。敗血症性ショックの第0日に、24個の遺伝子(29個のプローブセットにより検出される)が、その後4週間以内の転帰を予測することが証明された。これらのうち、HLA-DRB4は強い決定因子であり、その発現は良好な予後と関連する。生存者と非生存者との間の発現における大きな違いは、遺伝子型決定と対応する。発現は、遺伝子の構成的な存在と常に関連するが、過小発現又は発現がないことは、この遺伝子の構成的な不在に常に相当した。28個のその他の選択された遺伝子の発現レベルは、特にHLA-DRB4の発現が陰性である場合に、決定することが重要である。
Claims (23)
- HLA-DRB4、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1、TNFRSF17、AREG、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1からなる群より選択される少なくとも1つの遺伝子の、少なくとも2つの臓器不全を伴う重症敗血症の患者の予後マーカーとしての使用。
- 前記少なくとも1つの遺伝子が、HLA-DRB4、AREG、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、THBS1及びCTLS1からなる群より選択される請求項1に記載の使用。
- 前記少なくとも1つの遺伝子が、HLA-DRB4、AREG及びFOSBからなる群より選択される請求項1又は2に記載の使用。
- 少なくとも2つの臓器不全を伴う重症敗血症の対象者についてインビトロで予後を確認する方法であって、以下の工程:
(i)前記対象者からの試料から、HLA-DRB4、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1、TNFRSF17、AREG、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1からなる群より選択される少なくとも2つの遺伝子を含む遺伝子セットの発現プロフィールを得る工程、及び
(ii)得られた発現プロフィールを、1又は2の参照発現プロフィールと比較して、前記対象者の予後を確認する工程
を含む方法。 - 以下の工程:
(i)n個(n≧2)の遺伝子の発現レベルを患者の生体試料中で測定する工程であって、これら遺伝子の少なくとも2つが、HLA-DRB4、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1、TNFRSF17、AREG、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1からなる群より選択される工程、
(ii)下記式:
(iii)工程(ii)で得られたスコアを、予め決定した閾値との比較によって解釈する工程
を含む請求項4に記載の方法。 - 工程(i)で選択される遺伝子の少なくとも1つが、HLA-DRB4、AREG及びFOSBからなる群より選択される請求項4又は5に記載の方法。
- 工程(i)で選択される遺伝子セットが、HLA-DRB4、AREG及びFOSBを含む請求項4〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 工程(i)で選択される遺伝子セットが、HLA-DRB4、AREG、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、THBS1及びCTLS1を含む請求項4〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 工程(i)で選択される遺伝子セットが、HLA-DRB4、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1、TNFRSF17、AREG、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1を含む請求項4〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも1つの更なる臓器不全を伴う敗血症性ショックの患者についての予後を確認するための請求項1〜3のいずれか1項に記載の使用又は請求項4〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 前記生体試料が、(i)全血試料、又は(ii)末梢血単核細胞を含む血液画分若しくは該単核細胞からなる血液画分、又は(iii)成熟顆粒球を除去後の白血球細胞を含む血液画分若しくは該白血球細胞からなる血液画分である請求項4〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも2つの臓器不全を伴う重症敗血症の対象者が、医薬製品投与の恩恵を得ることができるかを決定するための方法であって、前記患者がHLA-DRB4を発現するかをインビトロで決定する工程を含む方法。
- HLA-DRB4発現の不在が、前記患者への活性化プロテインCの投与が適切であることを示す請求項12に記載の方法。
- HLA-DRB4発現の不在下で、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1及びTNFRSF17から選択される1若しくは数個の遺伝子のアップレギュレーション、及び/又はAREG、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1から選択される1若しくは数個の遺伝子のダウンレギュレーションが、前記患者が活性化プロテインCに対して良好に応答する者であることを示す請求項12又は13に記載の方法。
- 少なくとも2つの臓器不全を伴う重症敗血症の対象者に施された医薬的処置の有効性をインビトロで評価するための方法であって、以下の工程:
(i)前記医薬的処置の開始前に前記対象者から得られた試料から、HLA-DRB4、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1、TNFRSF17、AREG、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1からなる群より選択される少なくとも2つの遺伝子を含む遺伝子セットの発現プロフィールを決定する工程、
(ii)前記医薬的処置の開始後に前記対象者から得られた少なくとも1つの別試料から、(i)と同じ遺伝子セットの発現プロフィールを決定する工程、及び
(iii)得られた発現プロフィールを比較する工程
を含む方法。 - 前記医薬的処置の開始の後のFOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1及びTNFRSF17から選択される1若しくは数個の遺伝子のアップレギュレーション、並びに/又はAREG、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1から選択される1若しくは数個の遺伝子のダウンレギュレーションが、前記処置が患者に有益であることを示す請求項15に記載の方法。
- 少なくとも2つの臓器不全を伴う重症敗血症の治療において医薬製品を評価する臨床試験に参加する対象者を選択するための方法であって、請求項4〜11のいずれか1項に記載の方法により、前記対象者についての予後をインビトロで確認する工程を含む方法。
- 臨床試験に参加する前記対象者が予後不良の者である請求項17に記載の方法。
- 一対又は数対のプライマーを含み、各対が、HLA-DRB4、AREG及びFOSBから選択される遺伝子に特異的である請求項4〜18のいずれか1項に記載の方法を行うためのキット。
- 追加の一対又は数対のプライマーを更に含み、各対が、18S rRNA、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1、TNFRSF17、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1遺伝子からなる群より選択される1つの配列に特異的である請求項20に記載のキット。
- 増幅反応を行うための試薬及び/又は酵素を更に含む請求項19又は20に記載のキット。
- HLA-DRB4、AREG、FOSB、GPR109B、RBP7、TLR7、IL15、HLA-C、AMFR、LOC96610、IRF5、MGC29506、EDG3、IGLV1-44、IFIT2、IFI44、EPSTI1、TNFRSF17、THBS1、CTLS1、TFPI、PHACTR2、PFKFB2及びCHIT1からなる群より選択される少なくとも2つの遺伝子に特異的な核酸のハイブリダイゼーションを可能にするチップを含む請求項4〜18のいずれか1項に記載の方法を行うためのキット。
- PBMC単離のための試薬を更に含む請求項19〜22のいずれか1項に記載のキット。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP08290090A EP2085486A1 (en) | 2008-02-01 | 2008-02-01 | Methods and kits for the rapid determination of patients at high risk of death during septic shock |
US4391408P | 2008-04-10 | 2008-04-10 | |
PCT/IB2009/000292 WO2009095786A2 (en) | 2008-02-01 | 2009-01-30 | Methods and kits for the rapid determination of patients at high risk of death during septic shock |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2011510650A true JP2011510650A (ja) | 2011-04-07 |
JP2011510650A5 JP2011510650A5 (ja) | 2012-03-08 |
Family
ID=39590402
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2010544810A Pending JP2011510650A (ja) | 2008-02-01 | 2009-01-30 | 敗血症性ショックの間に死亡する危険が高い患者を迅速に決定する方法及びキット |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20110190143A1 (ja) |
EP (2) | EP2085486A1 (ja) |
JP (1) | JP2011510650A (ja) |
CA (1) | CA2713839A1 (ja) |
WO (1) | WO2009095786A2 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017514459A (ja) * | 2014-03-14 | 2017-06-08 | イー.ダブリュ. ハンコック,ロバート | 敗血症の診断 |
Families Citing this family (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8283131B2 (en) | 2008-10-28 | 2012-10-09 | Assistance Publique-Hopitaux De Paris | Methods and kits for the rapid determination of patients at high risk of death during severe sepsis and septic shock |
EP2350646B1 (en) * | 2008-10-28 | 2016-01-13 | Assistance Publique - Hôpitaux de Paris | Methods and kits for the rapid determination of patients at high risk of death during severe sepsis and septic shock |
WO2012028740A1 (en) * | 2010-09-03 | 2012-03-08 | Confarma France | Quantification of residual host cell dna by real-time quantitative pcr |
JP5868982B2 (ja) | 2010-09-16 | 2016-02-24 | ザ ジェネラル ホスピタル コーポレイション | 診断のための赤血球動力学 |
WO2012068519A2 (en) * | 2010-11-19 | 2012-05-24 | Sirius Genomics Inc. | Markers associated with response to activated protein c administration, and uses thereof |
EP2812705B1 (en) * | 2012-02-07 | 2016-12-21 | Children's Hospital Medical Center | A multi-biomarker-based outcome risk stratification model for adult septic shock |
CA2863393C (en) | 2012-02-07 | 2022-04-26 | Hector R. Wong | A multi-biomarker-based outcome risk stratification model for pediatric septic shock |
US10550431B2 (en) * | 2013-11-13 | 2020-02-04 | The General Hospital Corporation | Methods and assays relating to the treatment of infection |
US10815526B2 (en) | 2013-11-25 | 2020-10-27 | Children's Hospital Medical Center | Temporal pediatric sepsis biomarker risk model |
US20170108487A1 (en) * | 2014-06-05 | 2017-04-20 | The General Hospital Corporation | Predicting morbidity associated with red blood cell volume variance |
US10261068B2 (en) | 2015-06-04 | 2019-04-16 | Children's Hospital Medical Center | Persevere-II: redefining the pediatric sepsis biomarker risk model with septic shock phenotype |
WO2017106461A1 (en) | 2015-12-15 | 2017-06-22 | The General Hospital Corporation | Methods of estimating blood glucose and related systems |
US11293852B2 (en) | 2016-04-07 | 2022-04-05 | The General Hospital Corporation | White blood cell population dynamics |
US11549152B2 (en) * | 2018-03-08 | 2023-01-10 | University Of Notre Dame Du Lac | Products for assessing colorectal cancer molecular subtype and risk of recurrence and for determining and administering treatment protocols based thereon |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006079760A1 (fr) * | 2005-01-31 | 2006-08-03 | Biomerieux | Procede pour le diagnostic/pronostic d'un syndrome septique |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7267945B2 (en) * | 2001-03-26 | 2007-09-11 | Applera Corporation | Methods of determining the presence of polynucleotides employing amplification |
-
2008
- 2008-02-01 EP EP08290090A patent/EP2085486A1/en not_active Withdrawn
-
2009
- 2009-01-30 WO PCT/IB2009/000292 patent/WO2009095786A2/en active Application Filing
- 2009-01-30 CA CA2713839A patent/CA2713839A1/en not_active Abandoned
- 2009-01-30 JP JP2010544810A patent/JP2011510650A/ja active Pending
- 2009-01-30 EP EP09705033A patent/EP2245194A2/en not_active Withdrawn
- 2009-01-30 US US12/865,536 patent/US20110190143A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2006079760A1 (fr) * | 2005-01-31 | 2006-08-03 | Biomerieux | Procede pour le diagnostic/pronostic d'un syndrome septique |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
JPN5011005107; CAILLE VINCENT: 'HISTOCOMPATIBILITY LEUKOCYTE ANTIGEN-D RELATED EXPRESSION IS SPECIFICALLY ALTERED 以下備考' SHOCK V22 N6, 200412, P521-526 * |
JPN6013056111; Cytokine, 36(2006) p.283-290 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2017514459A (ja) * | 2014-03-14 | 2017-06-08 | イー.ダブリュ. ハンコック,ロバート | 敗血症の診断 |
JP2020162615A (ja) * | 2014-03-14 | 2020-10-08 | イー.ダブリュ. ハンコック,ロバート | 敗血症の診断 |
JP2022065095A (ja) * | 2014-03-14 | 2022-04-26 | イー.ダブリュ. ハンコック,ロバート | 敗血症の診断 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2009095786A3 (en) | 2009-11-05 |
EP2245194A2 (en) | 2010-11-03 |
US20110190143A1 (en) | 2011-08-04 |
WO2009095786A2 (en) | 2009-08-06 |
CA2713839A1 (en) | 2009-08-06 |
EP2085486A1 (en) | 2009-08-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2011510650A (ja) | 敗血症性ショックの間に死亡する危険が高い患者を迅速に決定する方法及びキット | |
US20230227911A1 (en) | Methods for Diagnosis of Sepsis | |
EP2715348B1 (en) | Molecular diagnostic test for cancer | |
US11091809B2 (en) | Molecular diagnostic test for cancer | |
Li et al. | A peripheral blood diagnostic test for acute rejection in renal transplantation | |
US20150315643A1 (en) | Blood transcriptional signatures of active pulmonary tuberculosis and sarcoidosis | |
AU2012261820A1 (en) | Molecular diagnostic test for cancer | |
US20160244834A1 (en) | Sepsis biomarkers and uses thereof | |
JP2008538007A (ja) | 敗血症の診断 | |
EP3394291B1 (en) | Triage biomarkers and uses therefor | |
JP5427352B2 (ja) | ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 | |
KR102276224B1 (ko) | 비결핵 항산균에 의한 감염 또는 감염 질환의 진단용 조성물 | |
EP3825418A2 (en) | Molecular signatures for distinguishing liver transplant rejections or injuries | |
KR102156699B1 (ko) | 소음인 판별용 조성물 | |
KR102193657B1 (ko) | 사상체질 중 태음인 진단용 snp 마커 및 이의 용도 | |
KR20230039213A (ko) | 뇌졸중 진단용 단일염기다형성 마커 및 이를 이용한 뇌졸중 진단 방법 | |
KR20160037137A (ko) | 패혈증 바이오마커 및 이의 사용 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20120119 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20120119 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20131112 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20140207 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20140217 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20140512 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20141125 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20150224 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20150714 |