JP2010516660A - ヒト免疫不全ウイルスの検出方法 - Google Patents
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Abstract
Description
以下に、本明細書で使用した用語の一部について、その定義を提供する。
− 1つの分子内に、構造的に安定な領域と化学的に複雑な領域が存在する。
− 広範にわたる繰り返し単位を含まない、広大な伸長鎖である。
− 最低分子量が8,000〜10,000ダルトンであるが、担体タンパク質の存在下では、分子量が200Daまで低いハプテンでもよい。
− 免疫系によって処理されうる性質を有する。
− 抗体形成メカニズムに利用されやすい免疫原性領域を有する。
− 宿主とは十分に異なる構造因子である。
− ペプチド抗原については、免疫原性アミノ酸であるK、R、E、D、Q、Nを少なくとも30%含む領域を含んでいる。
− ペプチド抗原については、顕著に親水性の残基または荷電した残基を含んでいる。
a)HIV p24ポリペプチドの短い(典型的には10残基未満の)ペプチド領域内の少なくとも2個または3個のアミノ酸残基の主鎖および側鎖原子によって形成された保存性構造決定基(COPOS)を理論上の標的として結合するバイオ技術適応高親和性ポリペプチド(BHAP)を、生物学的サンプルまたはその画分と接触させ、そして
b)バイオ技術適応高親和性ポリペプチドとp24またはその断片との複合体を検出し、該複合体の存在を、サンプル中のHIVの存在の指標とする
ことを包含する方法を提供する。
RTLNAWVK(配列番号1)、
VGGHQAAMQ(配列番号2)、
WDRLHP(配列番号3)、
PRGSDIAG(配列番号4)、
GLNKIV(配列番号5)、
VRMYSP(配列番号6)、
QGPKE(配列番号7)、
FRDYVDRF(配列番号8)、
LRAEQ(配列番号9)、
WMTETLL(配列番号10)、
WMTDTLL(配列番号11)、
QNANPDC(配列番号12)、
EEMMTAC(配列番号13)、および
ACQGVGGP(配列番号14)。
a)p24抗原の公知のアミノ酸配列のコンピューター解析によって、p24抗原内の少なくとも2個のアミノ酸からなる保存領域を選択し、
b)p24抗原から選択した保存領域に基づいて、ペプチドを調製し、
c)結合タンパク質を発現する粒子のライブラリーに、該ペプチドを接触させ、ただし、該ライブラリーは好ましくは一本鎖抗体のファージライブラリーであり、
d)該ペプチドに対する結合活性を有する結合タンパク質を発現する粒子を単離し、
e)上記工程d)で単離した粒子から得た核酸または該粒子から誘導した核酸に変異を導入して変異粒子を得、
f)上記工程e)で得た変異粒子に基づいて、結合タンパク質を発現する粒子のライブラリーを作製し、
g)上記工程f)で得たライブラリーに、ペプチドまたはその断片を接触させ、
h)該ペプチドまたはその断片に対する結合活性が改良された結合タンパク質を発現する粒子を単離し、ただし、改良される結合活性は例えば親和性や特異性であってもよく、
i)上記工程e)〜h)を一回または二回以上繰り返し、そして
j)上記工程i)で得た粒子から、HIV p24抗原の保存領域内に存在する、少なくとも2個または3個の隣接するアミノ酸または非連続的なアミノ酸からなるエピトープに対して、特異的に結合することが可能なバイオ技術適応高親和性ポリペプチドを得る
ことを包含する方法を提供する。
Claims (21)
- 生物学的サンプル中のヒト免疫不全ウイルス(HIV)の存在を検出するための方法であって、
a)p24抗原の短い(典型的には10残基未満の)ペプチド領域内の少なくとも2個または3個のアミノ酸残基の主鎖および側鎖原子によって形成された保存性構造決定基(COPOS)を理論上の標的として結合するバイオ技術適応高親和性ポリペプチド(BHAP)を、生物学的サンプルまたはその画分と接触させ、そして
b)バイオ技術適応高親和性ポリペプチドとp24またはその断片との複合体を検出し、該複合体の存在を、サンプル中のHIVの存在の指標とする
ことを包含する方法。 - COPOS結合決定基が、HIV p24抗原内の以下に示す保存性5量体〜9量体ペプチドの内部に位置することを特徴とする、請求項1に記載の方法。
RTLNAWVK(配列番号1)、
VGGHQAAMQ(配列番号2)、
WDRLHP(配列番号3)、
PRGSDIAG(配列番号4)、
GLNKIV(配列番号5)、
VRMYSP(配列番号6)、
QGPKE(配列番号7)、
FRDYVDRF(配列番号8)、
LRAEQ(配列番号9)、
WMTETLL(配列番号10)、
WMTDTLL(配列番号11)、
QNANPDC(配列番号12)、
EEMMTAC(配列番号13)、および
ACQGVGGP(配列番号14)。 - COPOS結合決定基が、2個〜3個、2個〜4個、2個〜5個、2個〜6個、3個〜4個、3個〜5個、3個〜6個、2個〜7個または3個〜7個の隣接するアミノ酸残基または非連続的なアミノ酸残基からなることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- COPOS結合決定基が、2個、3個、4個、5個、6個または7個の隣接するアミノ酸残基または非連続的なアミノ酸残基からなることを特徴とする、請求項3に記載の方法。
- 該サンプルまたはその画分に含まれるポリペプチドを、上記工程a)を実施する前に変性させることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 該バイオ技術適応高親和性ポリペプチドがエピトープに対して示す親和性が、10-10M〜10-15Mであることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 該バイオ技術適応高親和性ポリペプチドが、一本鎖抗体またはその誘導体であることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 該バイオ技術適応高親和性ポリペプチドが、scFVまたはその誘導体であることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 該バイオ技術適応高親和性ポリペプチドが、結合性ポリペプチドを継続的なバイオパニングに付すことによって得られたものであることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 該バイオパニングが、ファージディスプレイシステムに基づくものであることを特徴とする、請求項9に記載の方法。
- エピトープが非免疫原性であることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 該サンプルが血液サンプルであることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 該バイオ技術適応高親和性ポリペプチドが標識されていることを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- HIV p24抗原の保存領域内に存在する、少なくとも2個または3個の隣接するアミノ酸または非連続的なアミノ酸からなるエピトープに対して、特異的に結合することが可能なバイオ技術適応高親和性ポリペプチドの製造方法であって、
a)p24抗原の公知のアミノ酸配列のコンピューター解析によって、p24抗原内の少なくとも2個のアミノ酸からなる保存領域を選択し、
b)p24抗原から選択した保存領域に基づいて、ペプチドを調製し、
c)結合タンパク質を発現する粒子のライブラリーに、該ペプチドを接触させ、
d)該ペプチドに対する結合活性を有する結合タンパク質を発現する粒子を単離し、
e)上記工程d)で単離した粒子から得た核酸または該粒子から誘導した核酸に変異を導入して変異粒子を得、
f)上記工程e)で得た変異粒子に基づいて、結合タンパク質を発現する粒子のライブラリーを作製し、
g)上記工程f)で得たライブラリーに、ペプチドまたはその断片を接触させ、
h)該ペプチドまたはその断片に対する結合活性が改良された結合タンパク質を発現する粒子を単離し、
i)上記工程e)〜h)を一回または二回以上繰り返し、そして
j)上記工程i)で得た粒子から、HIV p24抗原の保存領域内に存在する、少なくとも2個または3個の隣接するアミノ酸または非連続的なアミノ酸からなるエピトープに対して、特異的に結合することが可能なバイオ技術適応高親和性ポリペプチドを得る
ことを包含する方法。 - 該ライブラリーが、一本鎖抗体のファージライブラリーであることを特徴とする、請求項14に記載の方法。
- 該バイオ技術適応高親和性ポリペプチドがエピトープに対して示す親和性が、10-12M〜10-15Mであることを特徴とする、請求項14に記載の方法。
- 該ペプチドが、以下のペプチドからなる群より選ばれることを特徴とする、請求項14に記載の方法。
RTLNAWVK(配列番号1)、
VGGHQAAMQ(配列番号2)、
WDRLHP(配列番号3)、
PRGSDIAG(配列番号4)、
GLNKIV(配列番号5)、
VRMYSP(配列番号6)、
QGPKE(配列番号7)、
FRDYVDRF(配列番号8)、
LRAEQ(配列番号9)、
WMTETLL(配列番号10)、
WMTDTLL(配列番号11)、
QNANPDC(配列番号12)、
EEMMTAC(配列番号13)、および
ACQGVGGP(配列番号14)。 - エピトープが、2個〜3個、2個〜4個、2個〜5個、2個〜6個、2個〜7個、3個〜4個、3個〜5個、3個〜6個または3個〜7個の隣接するアミノ酸残基または非連続的なアミノ酸残基からなることを特徴とする、請求項17に記載の方法。
- エピトープが、2個、3個、4個、5個、6個または7個の隣接するアミノ酸残基または非連続的なアミノ酸残基からなることを特徴とする、請求項17に記載の方法。
- 請求項14の方法で得られた、バイオ技術適応高親和性ポリペプチド(BHAP)。
- 生物学的サンプル中のHIVのp24抗原を検出するための、請求項20のバイオ技術適応高親和性ポリペプチド(BHAP)の使用。
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