JP2009517083A - 比較ハイブリダイゼーションにおける均衡型転座 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は種々の疾病またはその素因に関係する染色体異常を検出するための方法に関する。特定の観点では、本発明は染色体数異常および染色体転座に焦点を当てる。
以下の記述は読者の理解を促進するために提供するものである。提供する情報または引用する文献はいずれも、本発明の先行技術であると認められるものではない。
本発明は、部分的には、特定のゲノム配列にハイブリダイズする検出可能な標識を有するプローブをCGHと併用することができるという発見に基づく。それらのプローブを用いて均衡型転座の存在または非存在を示す配列にハイブリダイズさせてもよく、またはプローブの使用をCGHに組み込んでもよい。従って、均衡型転座を含む染色体異常の確認のためのアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)の利用を拡大することが本発明の目的である。本発明のCGH法には、例えば以下のような、均衡型転座の検出に用いられた従来の方法より優れた利点がある: CGHの解像度(約1Mbという高さである)は多くの従来の転座検出法の解像度より優れている;CGHは多くの従来の転座検出法より迅速かつ情報量の多い被験サンプル分析法である;CGH検出法は他の転座検出法より2-3倍感度が高い;従来法は日常的に無傷の細胞を可視化するか、または患者サンプルから染色体スプレッドを作製することが必要であるが、本発明のアレイCGH法はこの必要がない;そして、本発明のCGH法によれば、1回の遺伝子試験で多くの型の遺伝子異常を同時に検出できる。
図1は、CGHアレイフォーマットにおいて、22番染色体の末端に転座される9番染色体の一部(9q34)に特異的なプローブ(プローブ1)を用いたBCR-Ab1転座の検出結果を示す。図に示すように、被験核酸がBCR-Ab1転座を有さない症例(図の左側)では、9q32に特異的なプローブは9q32の位置には結合するが、22番染色体の位置には結合しない。被験核酸がBCR-Ab1転座を有する症例(図の右側)では、9q32に特異的なプローブは9q32の位置に結合するが、22q11.2の位置にも結合する。これはBCR-Ab1をコードするサンプル核酸が22q11.2にハイブリダイズするためである。
本発明によれば、被験サンプル中の染色体異常を検出する、または個体における遺伝子異常を診断し、同じ試験において個体が均衡型転座を有するか否かを確認するためのアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)を実施する方法が提供される。伝統的なCGHを均衡型転座検出と組み合わせるためのいくつかの方法を提供する。ある方法では、被験および対照サンプルを標識し、アレイにハイブリダイズさせる。次いで、1つまたはそれ以上の標識された転座検出プローブを、アレイに結合した標識されたDNAにハイブリダイズさせる。被験および対照DNAの後にプローブをアレイに添加し、起こりうる立体障害によってアレイへの競合ハイブリダイゼーションの歪みを回避することが有益でありうる。別の方法では、標識したプローブを対照サンプルと混合する前に被験サンプルをハイブリダイズさせ、プローブの完全なハイブリダイズを確実にする。その後、プローブが結合した被験ゲノム核酸を対照ゲノムDNAにハイブリダイズさせる。更に精度を増すために、プローブのハイブリダイゼーションを検出するように特別に設計したコントロールスポットをアレイ設計に導入してもよい。ある態様では、この方法は以下を用いてCGHを実施することを含む:少なくとも1つの転座検出プローブ;または少なくとも2つの転座検出プローブ;または少なくとも3つの転座検出プローブ;または少なくとも4つの転座検出プローブ。
ある観点では、本発明の方法を使用して被験サンプル中の染色体異常を検出することができる。好ましい態様では、患者から被験サンプルを得る。別の好ましい態様では、被験サンプルは染色体または遺伝子異常に関係する病態または症状を有する疑いのある患者から得た細胞、組織、または体液を含有する。病態または症状の因果関係、診断、または予後を(例えばゲノム核酸塩基の置換、増幅、欠失、および/または転座を有する)遺伝子異常に関係付けてもよい。被験サンプルはガン細胞またはそれらの細胞由来の核酸を含有する疑いがあってもよい。サンプルには、それに限定されるわけではないが、羊水、生検サンプル、血液、血液細胞、骨髄、脳脊髄液、糞便サンプル、細針生検サンプル、腹水、血漿、胸膜液、唾液、精液、血清、痰、涙、組織または組織ホモジネート、組織培養液、尿などがある。サンプルの加工、例えば組織の切片化、分画、精製、または細胞オルガネラ分離などを行ってもよい。
ある態様では、プローブは検出可能標識に結合したオリゴヌクレオチド認識配列である。オリゴヌクレオチド・プローブの配列は、転座の起こりうる切断点にまたがる核酸配列に実質的に相補的であってもよい。被験核酸にハイブリダイズしたプローブに結合している検出可能標識を検出することによって、被験核酸が転座を含むことを判定できる。別の方法では、プローブは転座が起こるゲノムの移動セグメントに相補的である。
ハイブリダイゼーションの前または後に、被験サンプルのゲノム核酸、対照サンプル、および転座検出プローブを同じ検出可能標識と結合させてもよい。好ましい態様では、標識は光学的方法で検出でき、最も好ましくは蛍光標識またはフルオロフォアである。検出可能標識を核酸に導入するか、核酸と結合させるか、または核酸とコンジュゲートさせることができる。核酸および検出可能標識間の結合は共有結合または非共有結合であってもよい。本発明の方法によれば、同じ検出可能標識を用いて被験サンプルのゲノム核酸および対照サンプルのゲノム核酸の両方を標識する。標識を種々の長さのスペーサーに結合させ、起こりうる立体障害を低減させるか、または他の有用もしくは所望の特性に影響を与えることができる。例えばMansfield,Mol.Cell.Probes 9:145-156,1995参照。
4-アセトアミド-4’-イソチオシアネートスチルベン-2,2’ジスルホン酸
アクリジンおよび誘導体:
アクリジン
アクリジンイソチオシアネート
Alexa Fluor(登録商標)350、Alexa Fluor(登録商標)488、Alexa Fluor(登録商標)546、Alexa Fluor(登録商標)555、Alexa Fluor(登録商標)568、Alexa Fluor(登録商標)594、Alexa Fluor(登録商標)647(Molecular Probes)
5-(2'-アミノエチル)アミノナフタレン-1-スルホン酸(EDANS)
4-アミノ-N-[3-ビニルスルホニルフェニル]ナフタルイミド-3,5ジスルホネート(ルシファーイエローVS)
N-(4-アニリノ-1-ナフチル)マレイミド
アントラニルアミド
ブラックホールクエンチャーTM(BHQTM)色素(biosearch Technologies)
BODIPY(登録商標)R-6G、BOPIPY(登録商標)530/550、BODIPY(登録商標)FL
ブリリアントイエロー
クマリンおよび誘導体:
クマリン
7-アミノ-4-メチルクマリン(AMC、クマリン120)
7-アミノ-4-トリフルオロメチルクマリン(クマリン151)
Cy2(登録商標)、Cy3(登録商標)、Cy3.5(登録商標)、Cy5(登録商標)、Cy5.5(登録商標)
シアノシン(cyanosine)
4',6-ジアミニジノ-2-フェニルインドール(DAPI)
5',5"-ジブロモピロガロール-スルホンフタレイン(ブロモピロガロール・レッド)
7-ジエチルアミノ-3-(4'-イソチオシアネートフェニル)-4-メチルクマリン
ジエチレントリアミン5酢酸
4,4'-ジイソチオシアネートジヒドロ-スチルベン-2,2'-ジスルホン酸
4,4'-ジイソチオシアネートスチルベン-2,2'-ジスルホン酸
5-[ジメチルアミノ]ナフタレン-1-スルホニルクロリド(DNS、ダンシルクロリド)
4-(4'-ジメチルアミノフェニルアゾ)安息香酸(DABCYL)
4-ジメチルアミノフェニルアゾフェニル-4'-イソチオシアネート(DABITC)
EclipseTM (Epoch Biosciences社)
エオジンおよび誘導体:
エオジン
エオジンイソチオシアネート
エリスロシンおよび誘導体:
エリスロシンB
エリスロシンイソチオシアネート
エチジウム
フルオレセインおよび誘導体:
5-カルボキシフルオレセイン(FAM)
5-(4,6-ジクロロトリアジン-2-イル)アミノフルオレセイン(DTAF)
2',7'-ジメトキシ-4'5'-ジクロロ-6-カルボキシフルオレセイン(JOE)
フルオレセイン
フルオレセインイソチオシアネート(FITC)
ヘキサクロロ-6-カルボキシフルオレセイン(HEX)
QFITC(XRITC)
テトラクロロフルオレセイン(TET)
フルオレスカミン
IR144
IR1446
マラカイトグリーンイソチオシアネート
4-メチルウンベリフェロン
オルトクレゾールフタレイン
ニトロチロシン
パラローザニリン
フェノールレッド
B-フィコエリスリン、R-フィコエリスリン
o-フタルジアルデヒド
オレゴングリーン(登録商標)
ヨウ化プロピジウム
ピレンおよび誘導体:
ピレン
ピレンブチレート
スクシンイミジル1-ピレンブチレート
QSY(登録商標)7、QSY(登録商標)9、QSY(登録商標)21、QSY(登録商標)35(Molecular Probes)
Reactive Red 4(Cibacron(登録商標)ブリリアントレッド3B-A)
ローダミンおよび誘導体:
6-カルボキシ-X-ローダミン(ROX)
6-カルボキシローダミン(R6G)
リサミンローダミンBスルホニルクロリド
ローダミン(Rhod)
ローダミンB
ローダミン123
ローダミングリーン
ローダミンXイソチオシアネート
スルホローダミンB
スルホローダミン101
スルホローダミン101のスルホニルクロリド誘導体(テキサスレッド)
N,N,N',N'-テトラメチル-6-カルボキシローダミン(TAMRA)
テトラメチルローダミン
テトラメチルローダミンイソチオシアネート(TRITC)
リボフラビン
ロゾール酸
テルビウムキレート誘導体
本発明の方法に、比較ゲノムハイブリダイゼーションを実施するための全ての既知の方法および手段、並びにそれらの変法を組み込むことができる。例えば米国特許第6,197,501号;第6,159,685号;第5,976,790号;第5,965,362号;第5,856,097号;第5,830,645号;第5,721,098号;第5,665,549号;第5,635,351号;Diago,Am. J. Pathol. 158:1623-1631,2001;Theillet,Bull. Cancer 88:261-268,2001;Werner,Pharmacogenomics 2:25-36,2001;Jain,Pharmacogenomics 1:289-307,2000参照。
本発明の方法に使用する核酸はアレイまたは“バイオチップ”に固定化または適用できる。本明細書で使用する“アレイ”、“マイクロアレイ”、“バイオチップ”、または“チップ” という用語は、基板表面の所定の領域上に配列された複数のエレメントをいう。本発明の方法の実施において、例えば以下に開示されるような任意の既知のアレイ並びに/またはアレイの作製および使用法をその全体もしくは一部、またはそれらの改変体として組み込んでもよい:米国特許第6,277,628号;第6,277,489号;第6,261,776号;第6,258,606号;第6,054,270号;第6,048,695号;第6,045,996号;第6,022,963号;第6,013,440号;第5,965,452号;第5,959,098号;第5,856,174号;第5,830,645号;第5,770,456号;第5,632,957号;第5,556,752号;第5,143,854号;第5,807,522号;第5,800,992号;第5,744,305号;第5,700,637号;第5,556,752号;第5,434,049号。また、例えば以下参照:WO99/51773;WO99/09217;WO97/46313;WO96/17958;Johnston,Curr. Biol. 8:R171-R174,1998;Schummer,Biotechniques 23:1087-1092,1997;Kern,Biotechniques 23:120-124,1997;Solinas-Toldo,Genes,Chromosomes & Cancer 20:399-407,1997;Bowtell,Nature Genetics Supp. 21:25-32,1999。更に、米国特許出願第20010018642号;第20010019827号;第20010016322号;第20010014449号;第20010014448号;第20010012537号;第20010008765号参照。
被験サンプルおよび対照サンプル中の特定の核酸配列のコピー数を、1つまたはそれ以上の標的核酸セグメントへサンプルをハイブリダイズさせることによって比較する。各サンプルに結合した検出可能標識によって生成されるハイブリダイゼーション・シグナルの強度および強度比を測定する。一般に、標的核酸セグメント上のシグナル強度の比率が高いほど、2つのサンプル中のそのエレメントに結合する配列のコピー数の割合が高い。従って、標的核酸セグメント間でシグナル強度比を比較することによって、2つのサンプルのゲノム核酸中の異なる配列のコピー数の割合を比較できる。
固相表面の複数の分離した位置にゲノム核酸物質をプリントするために、種々のマイクロアレイ装置(例えばBioRobotics Microgridなど;“アレイヤー”と総称される)が利用できる。2つの特定の表面に天然型BAC DNAをプリントし、大型インサート・クローン・マイクロアレイ作製(例えばBAC、PAC,コスミドなど)という特定の適用のためのプロトコールを確立した。
標識
ゲノムDNAは任意の標準的なプロトコールで標識して検出可能標識を導入してもよい。フルオロフォアを用いるランダムプライミングの例を以下に示す。1ngから1μgのDNAを含有する反応液100μlを以下と混合する:1xランダムプライマー溶液(BioPrime DNA Labeling System,Gibco BRL)、1mM Tris、pH7.6、0.1mM EDTA、0.2mMずつのdATP、dTTP、およびdGTP、0.1mM dCTP、0.4mM Cy3またはCy5-dCTP(Amersham)、および160Uのクレノウ・フラグメント(BioPrime DNA Labeling System, Gibco BRL)。DNAおよびランダムプライマー溶液(総量84μl)を100℃で10分間インキュベートした後に他の試薬を添加し、最終100μlの反応液を37℃で一晩インキュベートする。Sephadex G-50カラムを用いて取り込まれなかったヌクレオチドを除去する。
ゲノムDNAはデンドリマー・コンストラクト内に含有されるタグを有してもよい。デンドリマーは、検出を増幅するために複数コピーの所望される検出可能標識を組み込んで生成される、高度に分枝した分子である。デンドリマーの標識および構築のキットが市販されている(例えばGenisphere社)。簡単に説明すると、ゲノムDNAをAluIで消化し、平均約256bpの消化フラグメントを得る。次いでゲノムDNAフラグメントを3’TdTで処理し、各フラグメントにポリTテイルを結合させる。その後、以下:(i)ポリAテイルを有する架橋オリゴヌクレオチド、(ii)捕捉配列オリゴヌクレオチド(一端が架橋オリゴヌクレオチドに相補的である)、および(iii)Tテイル・フラグメントを含むライゲーションを行い、同一のユニークな捕捉配列をその3’末端に有する各ゲノムDNAフラグメントを得る。各ゲノムDNAサンプル(すなわち被験および対照核酸サンプル)をユニーク捕捉配列に結合させた後、ハイブリダイゼーションを行う。ハイブリダイゼーション後、1つのサンプルのユニーク捕捉配列に相補的なオリゴヌクレオチドおよび複数コピーの標識(一般的には蛍光色素分子)を含有するデンドリマーを用いてゲノムDNAフラグメントを標識する。
被験サンプルおよび対照サンプルから得たゲノム核酸(各集団はユニーク捕捉配列を含有する)(それぞれ約1-2μg)をCot-1 DNA(80-100μg)と合一し、エタノールで沈殿させる。遠心分離して沈殿を回収し、10分間風乾した後、50μlのハイブリダイゼーション混合液(50%ホルムアミド、2x SSC、10%硫酸デキストラン、4% SDS、および500μg酵母tRNA含有、pH7)に再溶解する。ハイブリダイゼーション混合液を70℃で10-15分間インキュベートしてDNAを変性させ、次いで37℃で60分間インキュベートして反復配列をブロッキングする。スライド・ブロッキング溶液(500μgサケ精子DNA/50%ホルムアミド、2x SSC、10%硫酸デキストラン、および4% SDS含有、pH7)をアレイに添加する。室温で30分間インキュベートした後、ブロッキング溶液の約3/4を除去し、変性および再アニールさせたハイブリダイゼーション混合液を添加して、37℃で16-72時間ハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーション後、過剰のハイブリダイゼーション液を0.1Mリン酸ナトリウム、0.1% NP40、pH8で洗浄除去し、その後アレイを50%ホルムアミド、2x SSC、pH7で45℃にて15分間(1回)、そして最後に0.1Mリン酸ナトリウム、0.1% NP40、pH8で室温にて15分間洗浄する。
代表的な選択的除去は、被験サンプルから得たゲノム核酸または対照サンプルから得たゲノム核酸のいずれかに結合する標識を、大気オゾンで容易に除去されるようにすることによって行うことができる。ある種のフルオロフォア(例えばCy5TMおよびAlexa647)は10-30秒という短い時間で、約5-10ppmという低さのオゾンレベルに対して感受性がある。ハイブリダイゼーション後、アレイをオゾン発生装置を含む密閉チャンバー内に配し、約10-30分間、大気オゾンレベルを約60-85ppmとする。標識化工程の物理的性質を改変する、例えばゲノムDNAから標識までの距離を大きくして大気オゾンへの暴露を増加させることによって、1つのゲノム核酸集団から選択的に標識を除去してもよい。
単標識CGHのための代表的な加法的標識は、第1の比較ハイブリダイゼーション(対照サンプルから得られるゲノム核酸が第1のユニークなオリゴヌクレオチド・タグを含み、被験サンプルから得られるゲノム核酸が第2のユニークなオリゴヌクレオチド・タグを含む)を行うことによって実施できる。複数の固定化された目的とする核酸セグメントを含有するアレイと被験および対照ゲノム核酸をハイブリダイズさせた後、第1のユニーク・オリゴヌクレオチド・タグに相補的なオリゴヌクレオチドおよび蛍光標識を含有する第1のデンドリマー複合体にアレイを暴露する。これによって対照サンプルゲノム核酸の選択的標識を行うことができる。
1.スライドを、0.01% SDSを含有する2x SSC(pH7.5-8.0)に室温で、カバースライドが緩むまで(<3分間)浸漬する。
2.0.01% SDSを含有する2x SSC(pH7.5-8.0)中、穏やかに撹拌しながら50℃で5分間インキュベートする。
3.2x SSC(pH7.5-8.0)中、穏やかに撹拌しながら室温で5分間インキュベートする。
4.0.2x SSC(pH7.5-8.0)中、穏やかに撹拌しながら室温で5分間インキュベートする。
SDS:ドデシル硫酸ナトリウム(界面活性剤)
1x SSC:0.15モルの塩化ナトリウムおよび0.015モルのクエン酸ナトリウム
Claims (32)
- 被験ゲノム核酸サンプル中の均衡型転座を含む染色体異常を検出する方法であって、
ゲノム核酸アレイに以下:
a)該被験ゲノム核酸サンプル;
b)対照ゲノム核酸;および
c)均衡型転座を検出するための少なくとも1つのプローブ、
をハイブリダイズさせ;そして
アレイにハイブリダイズした被験および対照核酸の相対量を測定し、並びに該少なくとも1つの均衡型転座検出プローブへのハイブリダイゼーションを測定する、
ことを含む上記方法。 - 該被験および対照ゲノム核酸は異なる検出可能標識で標識され、該少なくとも1つの転座検出プローブは検出可能標識で標識される、請求項1記載の方法。
- 該少なくとも1つの転座検出プローブは転座するゲノムのある領域に相補的である、請求項1記載の方法。
- 該少なくとも1つの転座検出プローブは転座切断点にわたる配列を有するプローブを含む、請求項1記載の方法。
- 該少なくとも1つの転座検出プローブは複数の転座を検出するための複数のプローブを含む、請求項1記載の方法。
- 該複数の転座を検出するための複数のプローブのそれぞれは、転座プローブのそれぞれを個々に識別する検出可能標識で標識される、請求項5記載の方法。
- 該被験および対照ゲノム核酸は転座検出プローブに使用される標識と識別できる標識で標識される、請求項6記載の方法。
- 該被験および対照核酸は同一の検出可能標識で標識され、該少なくとも1つの転座検出プローブは該被験および対照サンプルの標識と異なる検出可能標識で標識される、請求項1記載の方法。
- ハイブリダイズした被験および対照核酸の量は、
a)ハイブリダイズした被験および対照核酸の総量を示す、アレイにハイブリダイズした検出可能標識のシグナルを測定し;
b)ハイブリダイズした核酸を処理して該検出可能標識を該被験および対照核酸の一方から選択的に除去し、ここで該検出可能標識はそれぞれ第1および第2の化学結合を介して被験および対照核酸に結合しており、該第1の結合または該第2の結合の一方は処理工程に対して感受性であり;
c)工程b)の後、アレイにハイブリダイズした検出可能標識のシグナルを測定し、これは該ハイブリダイズした被験または対照核酸の一方を示しており;そして
d)c)およびb)からのシグナルを用いてハイブリダイズした被験または対照核酸の他方のシグナルを測定する、
ことにより測定される、請求項8記載の方法。 - ハイブリダイズした被験および対照核酸の量は、
a)ハイブリダイズしたアレイを、検出可能標識および第1の物質を含有する第1の複合体と接触させることによって、アレイにハイブリダイズした被験または対照核酸の一方を示すシグナルを測定し、ここで、該第1の複合体は該被験または対照核酸に結合した第1のタグを介して該被験または対照核酸の一方と選択的に反応し、該第1の物質およびタグは特異的結合ペアのメンバーであり;
b)工程a)のハイブリダイズしたアレイを検出可能標識および第2の物質を含有する第2の複合体と接触させることによって、ハイブリダイズした被験および対照核酸の総量を示すシグナルを測定し、ここで、該第2の複合体は工程b)で検出される該被験または対照核酸の他方に結合した第2のタグを介して、該被験または対照核酸の他方と選択的に反応し、該第2の物質および第2のタグは特異的結合ペアのメンバーであり;そして
c)a)およびb)からのシグナルを用いて、工程a)で検出されない該ハイブリダイズした被験または対照核酸の他方のシグナルを得る、
ことにより測定される、請求項8記載の方法。 - 該第1のタグおよび該第2のタグはそれぞれユニークなオリゴヌクレオチド捕捉配列を有する、請求項10記載の方法。
- 該第1の複合体および該第2の複合体はそれぞれ該ユニーク・オリゴヌクレオチド捕捉配列の一つに相補的なオリゴヌクレオチドを含む、請求項11記載の方法。
- 該第1の複合体および該第2の複合体はそれぞれデンドリマー・コンストラクト中に該ユニーク・オリゴヌクレオチド捕捉配列の一つに相補的なオリゴヌクレオチドを含む、請求項11記載の方法。
- ハイブリダイズした被験および対照核酸の量は、
a)アレイにハイブリダイズした被験または対照核酸の一方を示すシグナルを測定し、ここで、該検出可能標識はハイブリダイゼーション前に結合済みであり;
b)ハイブリダイズしたアレイを検出可能標識およびある物質を含む第1の複合体と接触させることによって、ハイブリダイズした被験および対照核酸の総量を示すシグナルを測定し、ここで、該第1の複合体は該被験または対照核酸の他方に結合したタグを介して該被験または対照核酸の他方と選択的に反応し;
c)a)およびb)からのシグナルを用いて、工程a)で検出されない該ハイブリダイズした被験または対照核酸の他方のシグナルを得る、
ことにより測定される、請求項1記載の方法。 - 該タグはオリゴヌクレオチド捕捉配列を含む、請求項14記載の方法。
- 該第1の複合体は該オリゴヌクレオチド捕捉配列に相補的なオリゴヌクレオチドを含む、請求項15記載の方法。
- 該核酸アレイは、それぞれ人工染色体内に含有されている複数の核酸セグメントを含む、請求項1記載の方法。
- 該人工染色体は細菌人工染色体(BAC)である、請求項1記載の方法。
- 該核酸アレイは複数の核酸セグメントを含み、該複数の核酸セグメントのそれぞれは約1,000から約1,000,000ヌクレオチド長である、請求項1記載の方法。
- 該核酸アレイは少なくとも1つの染色体の核酸配列を集合的に含有する複数の核酸セグメントを含む、請求項1記載の方法。
- 該複数の核酸セグメントは約1-4メガベース長の染色体配列のセグメントを含む、請求項1記載の方法。
- 該複数の核酸セグメントは細胞の全ての染色体の核酸配列を集合的に含有する、請求項1記載の方法。
- 該核酸アレイは目的の少なくとも約50ゲノム領域を集合的に含有する複数の核酸セグメントを含む、請求項1記載の方法。
- 該核酸アレイは、複数の核酸セグメントの核酸が存在する少なくとも約300個の分離された位置を含む、請求項1記載の方法。
- 該核酸アレイは、複数の核酸セグメントの核酸が存在する少なくとも約500個の分離された位置を含む、請求項1記載の方法。
- 少なくとも1つの検出可能標識はフルオロフォアである、請求項1記載の方法。
- 該被験サンプルは患者から得られたものである、請求項1記載の方法。
- 該被験核酸および対照核酸はゲノム核酸である、請求項1記載の方法。
- 転座プローブの検出可能標識は、アレイに部分的に結合したプローブの未結合部分に相補的なオリゴヌクレオチド捕捉配列を有するデンドリマー複合体である、請求項1記載の方法。
- 転座プローブのオリゴヌクレオチド領域は少なくとも12bp長である、請求項29記載の方法。
- 転座プローブのオリゴヌクレオチド領域は少なくとも15bp長である、請求項29記載の方法。
- 転座プローブのオリゴヌクレオチド領域は少なくとも18bp長である、請求項29記載の方法。
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