JP2009516514A - 新規遺伝子破壊、それらに関する組成物および方法 - Google Patents

新規遺伝子破壊、それらに関する組成物および方法 Download PDF

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Abstract

本出願において、変異した遺伝子の破壊は、ＣＮＳ／神経の撹乱もしくは障害（例えば、不安）；眼の異常および関連疾患；アテローム性動脈硬化症を含む心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；異常な代謝障害（糖尿病および血清中のトリグリセリドおよびコレステロールのレベルの上昇に伴う異脂肪血症を含む）；免疫学的障害および炎症性障害；腫瘍学的障害；骨の代謝の異常もしくは障害（例えば、関節炎、骨粗鬆症および大理石骨病）；または胚性致死などの発達疾患を含む様々な疾患状態または機能障害に関連する表現型の観察結果をもたらした。

Description

（発明の分野）
本発明は、トランスジェニック動物およびノックアウト動物を含む組成物ならびに疾患または障害の診断および処置のためにそのような組成物を使用する方法に関する。
（発明の背景）
細胞外タンパク質は、とりわけ、多細胞生物の形成、分化および維持において重要な役割を果たしている。多くの個々の細胞の運命、例えば、増殖、移動、分化または他の細胞との相互作用は、代表的には他の細胞および／または直属の環境から受ける情報により支配されている。この情報は、分泌ポリペプチド（例えば、分裂促進因子、生存因子、細胞傷害性因子、分化因子、神経ペプチドおよびホルモン）により伝達されることが多く、そのポリペプチドは、その後多様な細胞レセプターまたは膜結合タンパク質から受け、そして解釈される。これらの分泌ポリペプチドまたはシグナル伝達分子は、通常、細胞分泌経路を通って細胞外環境におけるそれらの作用部位に到達する。
分泌タンパク質は、医薬品、診断薬、バイオセンサーおよびバイオリアクターを含む様々な産業上の用途を有している。現在利用可能なほとんどのタンパク質薬物（例えば、血栓溶解剤、インターフェロン、インターロイキン、エリトロポイエチン、コロニー刺激因子および様々な他のサイトカイン）は、分泌タンパク質である。膜タンパク質であるそれらのレセプターもまた、治療薬または診断薬としての潜在性を有する。産業界および学術界の両方によって、新規の天然の分泌タンパク質を同定するための努力がなされている。多くの努力は、新規の分泌タンパク質に対するコード配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリーのスクリーニングに着目している。スクリーニングの方法および手法の例は、文献に記載されている［例えば、非特許文献１；特許文献１を参照のこと］。
膜結合タンパク質およびレセプターは、とりわけ、多細胞生物の形成、分化および維持において重要な役割を果たし得る。多くの個々の細胞の運命、例えば、増殖、移動、分化または他の細胞との相互作用は、代表的には他の細胞および／または直属の環境から受ける情報により支配されている。この情報は、分泌ポリペプチド（例えば、分裂促進因子、生存因子、細胞傷害性因子、分化因子、神経ペプチドおよびホルモン）により伝達されることが多く、そのポリペプチドは、その後多様な細胞レセプターまたは膜結合タンパク質により受け、そして解釈される。このような膜結合タンパク質および細胞レセプターとしては、サイトカインレセプター、レセプターキナーゼ、レセプターホスファターゼ、細胞−細胞相互作用に関与するレセプターならびにセレクチンおよびインテグリンのような細胞接着分子が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、細胞の成長および分化を制御するシグナルの伝達は、部分的に、様々な細胞タンパク質のリン酸化により制御される。そのプロセスを触媒する酵素であるタンパク質チロシンキナーゼは、成長因子レセプターとしても機能できる。例としては、線維芽細胞成長因子レセプターおよび神経成長因子レセプターが挙げられる。
膜結合タンパク質およびレセプター分子は、医薬品および診断薬を含む様々な産業上の用途を有している。例えば、レセプター免疫接着は、レセプター−リガンド相互作用を阻止するための治療薬として使用され得る。膜結合タンパク質は、関連するレセプター／リガンド相互作用の潜在的なペプチドまたは低分子のインヒビターのスクリーニングのためにも使用され得る。
産業界および学術界の両方で新規の天然のレセプターまたは膜結合タンパク質を同定するための努力がなされている。多くの努力は、新規のレセプターまたは膜結合タンパク質に対するコード配列を同定するための哺乳動物組換えＤＮＡライブラリーのスクリーニングに着目している。
生物学的過程および疾患の過程における分泌タンパク質および膜結合タンパク質の重要性を鑑みれば、インビボでの研究および特徴づけは、疾患または機能障害の予防、寛解または矯正において有用な治療薬および／または処置法の価値ある同定および発見を提供とし得る。この点に関して、遺伝子操作されたマウスは、免疫学、癌、神経生物学、心臓血管生物学、肥満症および他の多くのものを含むヒトの疾患に関連する生物学的過程の機能的分析のための貴重な道具であることが示されている。遺伝子ノックアウトは高度に特異的なアンタゴニストの活性をインビボで予測することにより薬物作用の生物学的機序をモデル化しているものとして捉えることができる。ノックアウトマウスは、薬物の活性をモデル化していることが示されており；特定の薬学的標的タンパク質が欠損したマウスの表現型は、対応するアンタゴニスト薬物によって引き起こされるヒトの臨床表現型を模倣し得る。遺伝子ノックアウトは、標的の作用機序、標的の主要な生理学的役割、および標的の阻害から生じ得る機序に基づいた副作用を哺乳動物において発見可能とする。このタイプの例としては、アンギオテンシン変換酵素（ＡＣＥ）欠損マウス［非特許文献２］およびシクロオキシゲナーゼ−１（ＣＯＸ１）遺伝子欠損マウス［非特許文献３］が挙げられる。逆に、マウスにおいて遺伝子をノックアウトすることは、対応する標的へのアゴニスト剤の投与後にヒトにおいて観察されるものとは逆の表現型作用を有することができる。例としては、変異の結果が赤血球産生不全であるエリトロポイエチンノックアウト［非特許文献４］および変異マウスが活動亢進および応答性亢進を示すＧＡＢＡ（Ａ）−Ｒ−β３ノックアウト［非特許文献５］が挙げられる。これらの表現型は共にヒトにおけるエリトロポイエチンおよびベンゾジアゼピンの投与の作用とは逆である。マウス遺伝学を用いて確証された標的の顕著な例は、ＡＣＣ２遺伝子である。ヒトＡＣＣ２遺伝子は数年前に同定されたが、薬物開発の標的としてのＡＣＣ２への関心は、ノックアウトマウスを用いたＡＣＣ２機能解析後の最近になってようやく活気づいた。ＡＣＣ２変異マウスは、その野生型同腹仔よりも大食であるが、より多くの脂肪を燃焼し、その脂肪細胞中への脂肪の貯留は少ないことから、この酵素は、肥満症の処置における化学的拮抗作用に関する推定標的となる［非特許文献６］。
本出願において、変異した遺伝子の破壊は、ＣＮＳ／神経の撹乱もしくは障害（例えば、不安）；眼の異常および関連疾患；アテローム性動脈硬化症を含む心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；異常な代謝障害（糖尿病および血清中のトリグリセリドおよびコレステロールのレベルの上昇に伴う異脂肪血症を含む）；免疫学的障害および炎症性障害；腫瘍学的障害；骨の代謝の異常もしくは障害（例えば、関節炎、骨粗鬆症および大理石骨病）；または胚性致死などの発達疾患を含む様々な疾患状態または機能障害に関連する表現型の観察結果をもたらした。
米国特許第５，５３６，６３７号明細書 Ｋｌｅｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９３：７１０８−７１１３（１９９６） Ｅｓｔｈｅｒ，Ｃ．Ｒ．ら、Ｌａｂ．Ｉｎｖｅｓｔ．，７４：９５３−９６５（１９９６） Ｌａｎｇｅｎｂａｃｈ，Ｒ．ら、Ｃｅｌｌ，８３：４８３−４９２（１９９５） Ｗｕ，Ｃ．Ｓ．ら、Ｃｅｌｌ．，８３：５９−６７（１９９６） ＤｅＬｏｒｅｙ，Ｔ．Ｍ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．，１８：８５０５−８５１４（１９９８） Ａｂｕ−Ｅｌｈｅｉｇａ，Ｌ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２９１：２６１３−２６１６（２００１）
（発明の要旨）
Ａ．実施形態
本発明は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離した核酸分子を提供する。
一態様において、単離された核酸分子は、（ａ）本明細書に開示されるような全長アミノ酸配列、本明細書に開示されるようなシグナルペプチドを欠失しているアミノ酸配列、本明細書に開示されるようなシグナルペプチドを有するもしくは有さない膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、または本明細書中に開示される全長アミノ酸配列の任意の他の特異的に定義された断片を有しているＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、あるいは（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の相補物に対して、少なくとも約８０％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８１％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８２％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８３％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８４％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８５％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８６％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８７％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８８％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８９％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９０％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９１％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９２％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９３％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９４％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９５％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９６％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９７％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９８％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９９％の核酸配列の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
他の態様においては、単離された核酸分子には、（ａ）本明細書中に開示される全長ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのｃＤＮＡのコード配列、本明細書に開示されるようなシグナルペプチドを欠失しているＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのコード配列、本明細書中に開示されるようなシグナルペプチドが含まれているかまたは含まれていない膜貫通ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの細胞外ドメインのコード配列、または本明細書中に開示される全長のアミノ酸配列の任意の他の特異的に定義された断片のコード配列が含まれているＤＮＡ分子、あるいは、（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の相補物に対して、少なくとも約８０％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８１％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８２％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８３％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８４％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８５％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８６％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８７％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８８％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約８９％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９０％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９１％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９２％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９３％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９４％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９５％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９６％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９７％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９８％の核酸配列の同一性、あるいは少なくとも約９９％の核酸配列の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
さらなる態様においては、本発明は、（ａ）本明細書中に開示されるＡＴＣＣに寄託されたヒトのタンパク質のｃＤＮＡの任意のものによってコードされる同じ成熟ポリペプチドをコードするＤＮＡ分子、または（ｂ）（ａ）のＤＮＡ分子の相補物に対して、少なくとも約８０％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８１％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８２％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８３％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８４％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８５％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８６％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８７％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８８％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８９％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９０％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９１％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９２％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９３％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９４％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９５％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９６％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９７％の核酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９８％の核酸配列同一性、そして、あるいは、少なくとも９９％の核酸配列同一性を有しているヌクレオチド配列が含まれている単離された核酸分子に関する。
本発明の別の態様は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が含まれている単離された核酸分子を提供する。これは、膜貫通ドメインが欠失しているかまたは膜貫通ドメインが不活化させられているかのいずれかであるか、あるいは、そのようなコードヌクレオチド配列に対する相補物である。この場合、そのようなポリペプチドの膜貫通ドメイン（単数または複数）は本明細書中に開示される。したがって、本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの可溶性の細胞外ドメインが意図される。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのコード配列の断片、またはその相補物を提供する。これは、例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの断片をコードするハイブリダイゼーションプローブ（これは、任意選択で、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体についての結合部位が含まれているポリペプチドをコードし得る）、あるいはアンチセンスオリゴヌクレオチドプローブとしての用途が見出され得る。このような核酸フラグメントは、通常約１０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１０ヌクレオチド長、あるいは約１５ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１５ヌクレオチド長、あるいは約２０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約２０ヌクレオチド長、あるいは約３０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約３０ヌクレオチド長、あるいは約４０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約４０ヌクレオチド長、あるいは約５０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約５０ヌクレオチド長、あるいは約６０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約６０ヌクレオチド長、あるいは約７０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約７０ヌクレオチド長、あるいは約８０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約８０ヌクレオチド長、あるいは約９０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約９０ヌクレオチド長、あるいは約１００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１００ヌクレオチド長、あるいは約１１０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１１０ヌクレオチド長、あるいは約１２０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１２０ヌクレオチド長、あるいは約１３０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１３０ヌクレオチド長、あるいは約１４０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１４０ヌクレオチド長、あるいは約１５０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１５０ヌクレオチド長、あるいは約１６０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１６０ヌクレオチド長、あるいは約１７０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１７０ヌクレオチド長、あるいは約１８０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１８０ヌクレオチド長、あるいは約１９０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１９０ヌクレオチド長、あるいは約２００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約２００ヌクレオチド長、あるいは約２５０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約２５０ヌクレオチド長、あるいは約３００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約３００ヌクレオチド長、あるいは約３５０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約３５０ヌクレオチド長、あるいは約４００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約４００ヌクレオチド長、あるいは約４５０ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約４５０ヌクレオチド長、あるいは約５００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約５００ヌクレオチド長、あるいは約６００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約６００ヌクレオチド長、あるいは約７００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約７００ヌクレオチド長、あるいは約８００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約８００ヌクレオチド長、あるいは約９００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約９００ヌクレオチド長、およびあるいは約１０００ヌクレオチド長であるかまたは少なくとも約１０００ヌクレオチド長であり、ここで、この文脈において、用語「約」とは、参照ヌクレオチド配列の長さ±その参照配列の長さの１０％を意味する。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の新規の断片が、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を、多数の周知の配列アラインメントプログラムのうちの任意のものを使用して他の公知のヌクレオチド配列とアラインメントすること、そして、どのＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の断片（単数または複数）が新規であるかを決定することによって、日常的に行われている様式で決定され得ることに留意されたい。そのようなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の全てが、本明細書において意図される。これらのヌクレオチド分子の断片によってコードされるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド断片、好ましくは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲ




Ｏ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくは ＰＲＯ３４６ポリペプチド断片もまた意図される。これらには、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体についての結合部位が含まれる。
本発明は、本明細書の上記で同定された単離された核酸配列の任意のものによってコードされる、単離されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを提供する。
ある特定の態様においては、本発明は、単離されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに関し、これには、本明細書中に開示される全長のアミノ酸配列、本明細書中に開示されるシグナルペプチドが欠失しているアミノ酸配列、本明細書中に開示される、シグナルペプチドを有しているかもしくはシグナルペプチドが含まれていない膜貫通タンパク質の細胞外ドメイン、あるいは、本明細書中に開示される全長のアミノ酸配列の任意の他の特異的に定義される断片を有している、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対して、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８１％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８２％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８３％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８４％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８６％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８７％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８８％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８９％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９１％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９２％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９３％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９４％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９６％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９７％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９８％のアミノ酸配列同一性、そして、あるいは、少なくとも約９９％のアミノ酸配列同一性を有しているアミノ酸配列が含まれる。
さらなる態様において、本発明は、単離されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに関し、これには、本明細書中に開示されるＡＴＣＣに寄託されたヒトのタンパク質のｃＤＮＡの任意のものによってコードされるアミノ酸配列に対して、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８１％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８２％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８３％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８４％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８６％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８７％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８８％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約８９％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９１％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９２％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９３％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９４％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９６％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９７％のアミノ酸配列同一性、あるいは、少なくとも約９８％のアミノ酸配列同一性、そして、あるいは、少なくとも約９９％のアミノ酸配列同一性を有しているアミノ酸配列が含まれる。
１つの態様においては、本発明は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリペプチドに関し、これは、少なくとも約１０アミノ酸長であるいか、あるいは、少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００アミノ酸長、またはそれ以上である。任意選択で、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリペプチドは、ネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列と比較してわずか１つの保存的アミノ酸置換を有するか、または置換は有さないか、あるいは、ネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列と比較して、わずか２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０個の保存的アミノ酸置換を有するか、または置換を有さないであろう。
特異的な態様においては、本発明は、Ｎ末端シグナル配列および／または開始メチオニンが含まれていない、単離されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを提供し、これは、本明細書中で先に記載されたそのようなアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列によってコードされる。それらを産生するためのプロセスもまた、本明細書中に記載される。ここでは、これらのプロセスには、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現に適している条件下で適切なコード核酸分子が含まれているベクターを含む宿主細胞を培養する工程、および細胞培養物からＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを回収する工程が含まれる。
本発明の別の態様は、単離されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを提供する。これは、膜貫通ドメインが欠失させられているか、または膜貫通ドメインが不活化されているかのいずれかである。それらを産生するためのプロセスもまた、本明細書中で記載される。ここでは、これらのプロセスには、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現に適している条件下で適切なコード核酸分子が含まれているベクターを含む宿主細胞を培養する工程、および細胞培養物からＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを回収する工程が含まれる。
本発明は、本明細書中で定義されるネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストおよびアンタゴニストを提供する。具体的には、アゴニストまたはアンタゴニストは、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体、あるいは低分子である。
本発明は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対するアゴニストまたはアンタゴニストを同定する方法を提供する。この方法には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを候補の分子と接触させる工程、および上記ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドによって媒介される生物学的活性をモニターする工程が含まれる。好ましくは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、ネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドである。
本発明は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、あるいは、本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニスト、あるいは、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体が、担体と共に含まれている物質の組成物を提供する。必要に応じて、該担体は、薬学的に許容可能な担体である。
本発明は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、あるいは、本明細書中で先に記載されたそれらのアゴニストまたはアンタゴニスト、あるいは、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体の、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体に反応する状態の処置に有用な医薬品の調製のための使用を提供する。
本発明は、本明細書中に記載するポリペプチドのいずれかをコードするＤＮＡを含むベクターを提供する。任意のこのようなベクターを含む宿主細胞もまた、提供される。例としては、該宿主細胞は、ＣＨＯ細胞、Ｅ．ｃｏｌｉまたは酵母であり得る。本明細書中に記載するポリペプチドのいずれかを生成するためのプロセスがさらに提供され、そのプロセスは、宿主細胞を所望のポリペプチドの発現に適した条件下で培養する工程およびその細胞培養物から所望のポリペプチドを回収する工程を含む。
本発明は、異種性のポリペプチドまたはアミノ酸配列に融合された、本明細書中に記載するポリペプチドのいずれかを含むキメラ分子を提供する。そのようなキメラ分子の例は、エピトープタグ配列または免疫グロブリンのＦｃ領域に融合された、本明細書中に記載するポリペプチドのいずれかを含む。
本発明は、好ましくは、上記または下記のポリペプチドのいずれかに特異的に結合する抗体を提供する。必要に応じて、その抗体は、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、抗体フラグメントまたは一本鎖抗体である。
本発明は、ゲノムおよびｃＤＮＡヌクレオチド配列を単離するため、関連遺伝子の発現を測定または検出するために有用であり得るオリゴヌクレオチドプローブまたはアンチセンスプローブとしてのオリゴヌクレオチドプローブを提供し、ここで、それらのプローブは、上記または下記のヌクレオチド配列のいずれかから得られることがある。好ましいプローブの長さは、上記に記載する。
本発明は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型を同定する方法も提供される。この方法には、以下の工程が含まれる：
（ａ）そのゲノムにＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニックジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；および
（ｃ）測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程、ここでは、その野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる表現型と同定する。１つの態様において、非ヒトトランスジェニック動物は、哺乳動物である。別の態様において、哺乳動物は、げっ歯類である。さらに別の態様において、哺乳動物は、ラットまたはマウスである。１つの態様においては、非ヒトトランスジェニック動物は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊についてヘテロ接合性である。別の態様において、性別一致野生型同腹仔と比較したときの非ヒトトランスジェニック動物によって示される表現型は、以下：神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常のうちの少なくとも１つである。
なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である。なおも別の態様において、神経障害は、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である。なおも別の態様において、神経障害としては、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害が挙げられる。そのような神経障害は、「不安障害」と定義されるカテゴリーを含み、その「不安障害」としては、軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、特段に特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴ったパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、社会不安、自閉症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、一極性障害、Ｉ型またはＩＩ型双極性障害、特段に特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害、認知機能の増強、認知機能の低下（アルツハイマー病、脳卒中または脳の外傷に関連するものが挙げられるがこれらに限定されない）、疾患または損傷から生じる発作（癲癇、学習障害（ｌｅａｒｎｉｎｇ ｄｉｓｏｒｄｅｒ）／障害（ｄｉｓａｂｉｌｉｔｙ）、脳性麻痺が挙げられるがこれらに限定されない）が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害（以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性（ｈｉｓｔｒｏｎｉｃ）、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない）に適用し得る。
別の態様において、眼の異常は、網膜の異常である。さらに別の態様において、眼の異常は、視覚問題または失明と一致する。なおも別の態様において、網膜の異常は、色素性網膜炎と一致するか、または網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする。
さらに別の態様において、網膜の異常は、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症（ｄｙｓｐｌａｉｓａ ｓｐｏｎｄｙｌｏｅｐｉｐｈｙｓａｒｉａ ｃｏｎｇｅｎｔｉａ）、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病（Ａｌｂｅｒｓ−Ｓｃｈｎｏｂｅｒｇ ｄｉｓｅａｓｅ）、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群（Ａｌａｇｉｌｅ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群（Ｐｉｅｒｒｅ−Ｍａｒｉｅ ｄｕｎｓｄｒｏｍｅ）、スティックラー症候群、カロチン血症（ｃａｒｏｔｉｎｅｍｅｉａ）、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する。
さらに別の態様において、眼の異常は、白内障である。さらになおも別の態様において、白内障は、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群（Ｈａｌｌｅｒｍａｎ−Ｓｔｒｅｉｆｆ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー（Ｔｒｉｓｍｏｙ）１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症（ｈｙｐｏｐａｒａｔｈｒｏｉｄｉｓｍ）またはコンラーディ症候群）である。
さらに別の態様において、発達異常は、胚性致死または生存能低下を含む。
さらになおも別の態様において、心臓血管、内皮または血管形成の障害は、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である。
さらに別の態様において、免疫障害は、全身性エリテマトーデス（ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｌｕｐｕｓ ｅｒｙｔｈｅｍａｔｏｓｉｓ）；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性（ｎｏｎ−ｈｅｐａｔｏｔｒｏｐｉｃ）のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患と一致する。
さらに別の態様において、骨代謝の異常または障害は、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症または大理石骨病である。
別の態様において、非ヒトトランスジェニック動物は、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物（ｗｈｉｔｅ ｄｅｐｏｓｉｔ）；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷（ｂｉｌａｔｅｒａｌ ｏｐｔｉｃ ｄｉｓｃ ｌｅｓｉｏｎ）；涙の生産の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度（ｃｏｎｎｅｃｔｉｖｅ ｄｅｎｓｉｔｙ）の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー（ｐｏｏｒ ｂｒｅｅｄｅｒｓ ｒｅｑｕｉｒｉｎｇ ｆｏｓｔｅｒ ｍｏｔｈｅｒ）；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す。
本発明はまた、そのゲノムにＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている、非ヒトトランスジェニック動物に由来する単離された細胞を提供する。１つの態様において、単離された細胞は、マウス細胞である。なおも別の態様において、マウス細胞は、胚性幹細胞である。さらに別の態様において、単離された細胞は、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の表現型：神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常のうちの少なくとも１つを示す非ヒトトランスジェニック動物から得られる。本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型を調節する薬剤を同定する方法も提供する。この方法には、以下の工程が含まれる：
（ａ）そのゲノムにＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；
（ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる表現型と同定する工程；
（ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｅ）試験薬剤が、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子破壊と関連する同定された表現型を調節するか否かを判定する工程。
１つの態様において、遺伝子の破壊に関連する表現型は、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を含む。
なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である。なおも別の態様において、神経障害は、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である。なおも別の態様において、神経障害としては、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害が挙げられる。そのような神経障害は、「不安障害」と定義されるカテゴリーを含み、その「不安障害」としては、軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、特段に特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴ったパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、社会不安、自閉症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、一極性障害、Ｉ型またはＩＩ型双極性障害、特段に特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害、認知機能の増強、認知機能の低下（アルツハイマー病、脳卒中または脳の外傷に関連するものが挙げられるがこれらに限定されない）、疾患または損傷から生じる発作（癲癇、学習障害／障害、脳性麻痺が挙げられるがこれらに限定されない）が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害（以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない）に適用し得る。
なおも別の態様において、眼の異常は、網膜の異常である。さらに別の態様において、眼の異常は、視覚問題または失明と一致する。なおも別の態様において、網膜の異常は、色素性網膜炎と一致するか、または網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする。
さらに別の態様において、網膜の異常は、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する。
さらに別の態様において、眼の異常は、白内障である。さらになおも別の態様において、白内障は、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）である。
さらに別の態様において、発達異常は、胚性致死または生存能低下を含む。
さらに別の態様において、心臓血管、内皮または血管形成の障害は、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である。
さらに別の態様において、免疫障害は、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患と一致する。
さらに別の態様において、骨代謝の異常または障害は、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症または大理石骨病である。
別の態様において、非ヒトトランスジェニック動物は、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の生産の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す。
本発明はまた、遺伝子の破壊と関連する表現型を調節する薬剤を提供する。１つの態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、アゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。さらに別の態様においては、アンタゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴を調節する薬剤を同定する方法も提供する。この方法には、以下の工程が含まれる：
（ａ）そのゲノムにＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物によって示される生理学的特徴を測定する工程；
（ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、野生型動物によって示される生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物によって示される生理学的特徴を、遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴と同定する工程；
（ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｅ）遺伝子破壊と関連する生理学的特徴が調節されているか否かを判定する工程。
１つの態様において、非ヒトトランスジェニック動物は、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴のうちの少なくとも１つを示す。
別の態様において、非ヒトトランスジェニック動物は、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の生産の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す。
本発明はまた、遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴を調節する薬剤を提供する。１つの態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型のアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、アゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。さらに別の態様においては、アンタゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する行動を調節する薬剤を同定する方法も提供する。この方法には、以下の工程が含まれる：
（ａ）そのゲノムにＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物によって示される行動を観察する工程；
（ｃ）（ｂ）の観察された行動を性別一致野生型動物の行動と比較する工程であって、ここで、野生型動物によって示される観察された行動と異なる、非ヒトトランスジェニック動物によって示される観察された行動を、遺伝子の破壊に関連する行動と同定する工程；
（ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｅ）薬剤が、遺伝子破壊と関連する行動を調節するか否かを判定する工程。
１つの態様において、観察された行動は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である。なおも別の態様において、観察された行動は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である。なおも別の態様において、観察された行動は、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである。なおも別の態様において、観察された行動は、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である。なおも別の態様において、観察された行動は、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である。なおも別の態様において、観察された行動としては、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害が挙げられる。そのような神経障害は、「不安障害」と定義されるカテゴリーを含み、その「不安障害」としては、軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、特段に特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴ったパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、社会不安、自閉症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、一極性障害、Ｉ型またはＩＩ型双極性障害、特段に特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害、認知機能の増強、認知機能の低下（アルツハイマー病、脳卒中または脳の外傷に関連するものが挙げられるがこれらに限定されない）、疾患または損傷から生じる発作（癲癇、学習障害／障害、脳性麻痺が挙げられるがこれらに限定されない）が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害（以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない）に適用し得る。
本発明はまた、遺伝子の破壊に関連する行動を調節する薬剤を提供する。１つの態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型のアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、アゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。なお別の態様においては、アンタゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解するかあるいは調節する薬剤を同定する方法も提供される。この方法には、以下の工程が含まれる：
（ａ）そのゲノムにＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）上記非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｃ）試験薬剤が、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節するか否かを判定する工程。
なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である。なおも別の態様において、神経障害は、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である。なおも別の態様において、神経障害としては、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害が挙げられる。そのような神経障害は、「不安障害」と定義されるカテゴリーを含み、その「不安障害」としては、軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、特段に特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴ったパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、社会不安、自閉症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、一極性障害、Ｉ型またはＩＩ型双極性障害、特段に特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害、認知機能の増強、認知機能の低下（アルツハイマー病、脳卒中または脳の外傷に関連するものが挙げられるがこれらに限定されない）、疾患または損傷から生じる発作（癲癇、学習障害／障害、脳性麻痺が挙げられるがこれらに限定されない）が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害（以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない）に適用し得る。
別の態様において、眼の異常は、網膜の異常である。さらに別の態様において、眼の異常は、視覚問題または失明と一致する。なおも別の態様において、網膜の異常は、色素性網膜炎と一致するか、または網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする。
さらに別の態様において、網膜の異常は、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する。
さらに別の態様において、眼の異常は、白内障である。さらになおも別の態様において、白内障は、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）である。
さらに別の態様において、発達異常は、胚性致死または生存能低下を含む。
なおも別の態様において、心臓血管、内皮または血管形成の障害は、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である。
さらになおも別の態様において、免疫障害は、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患と一致する。
なおも別の態様において、骨代謝の異常または障害は、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症または大理石骨病である。
別の態様において、非ヒトトランスジェニック動物は、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の生産の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す。
本発明はまた、遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節する薬剤を提供する。１つの態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型のアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、アゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。さらに別の態様においては、アンタゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。
本発明はまた、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常の処置のための治療薬を提供する。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節する薬剤を同定する方法も提供する。この方法には、以下の工程が含まれる：
（ａ）試験薬剤を、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現している宿主細胞と接触させる工程；および
（ｂ）試験薬剤が、宿主細胞によるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節するかどうかを決定する工程。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節する薬剤も提供する。１つの態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型のアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、アゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。さらに別の態様においては、アンタゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する状態に影響を与えることができる治療薬を評価する方法も提供する。この方法には、以下の工程が含まれる：
（ａ）そのゲノムにＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；
（ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる状態と同定する工程；
（ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｅ）非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子破壊に関連する同定された状態に対する試験薬剤の作用を評価する工程。
１つの態様において、状態は、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常である。
本発明はまた、遺伝子の破壊に関連する状態に影響を及ぼすことができる治療薬を提供する。１つの態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型のアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、アゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。さらに別の態様においては、アンタゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。
本発明はまた、遺伝子の破壊に関連する状態に影響を及ぼすことができる治療薬を含む医薬組成物を提供する。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；または胚性致死を処置または予防または寛解する方法も提供する。この方法には、上記障害をすでに罹患しているか、もしくは上記障害に罹患しやすいか、または上記障害が予防される、そのような処置が必要な被験体に対して、治療薬、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの治療有効量を投与する工程が含まれ、それによって、上記障害または疾患が効率よく処置、または予防、または寛解される。
なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である。なおも別の態様において、神経障害は、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である。なおも別の態様において、神経障害としては、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害が挙げられる。そのような神経障害は、「不安障害」と定義されるカテゴリーを含み、その「不安障害」としては、軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、特段に特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴ったパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、社会不安、自閉症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、一極性障害、Ｉ型またはＩＩ型双極性障害、特段に特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害、認知機能の増強、認知機能の低下（アルツハイマー病、脳卒中または脳の外傷に関連するものが挙げられるがこれらに限定されない）、疾患または損傷から生じる発作（癲癇、学習障害／障害、脳性麻痺が挙げられるがこれらに限定されない）が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害（以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない）に適用し得る。
別の態様において、眼の異常は、網膜の異常である。さらに別の態様において、眼の異常は、視覚問題または失明と一致する。なおも別の態様において、網膜の異常は、色素性網膜炎と一致するか、または網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする。
さらに別の態様において、網膜の異常は、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する。
さらに別の態様において、眼の異常は、白内障である。さらになおも別の態様において、白内障は、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）である。
さらに別の態様において、発達異常は、胚性致死または生存能低下を含む。
なおも別の態様において、心臓血管、内皮または血管形成の障害は、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である。
さらになおも別の態様において、免疫障害は、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患と一致する。
なおも別の態様において、骨代謝の異常または障害は、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症または大理石骨病である。
別の態様においては、治療薬は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型のアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、アゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。さらに別の態様においては、アンタゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節する薬剤を同定する方法も提供される。この方法には、以下の工程が含まれる：
（ａ）非ヒトトランスジェニック動物細胞培養物を提供する工程であって、上記培養物の個々の細胞には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている、工程；
（ｂ）上記細胞培養に試験薬剤を投与する工程；および
（ｃ）試験薬剤が、上記細胞培養物において、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節するか否かを判定する工程。なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である。なおも別の態様において、神経障害は、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である。なおも別の態様において、神経障害は、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である。なおも別の態様において、神経障害としては、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害が挙げられる。そのような神経障害は、「不安障害」と定義されるカテゴリーを含み、その「不安障害」としては、軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、特段に特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴ったパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、社会不安、自閉症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、一極性障害、Ｉ型またはＩＩ型双極性障害、特段に特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害、認知機能の増強、認知機能の低下（アルツハイマー病、脳卒中または脳の外傷に関連するものが挙げられるがこれらに限定されない）、疾患または損傷から生じる発作（癲癇、学習障害／障害、脳性麻痺が挙げられるがこれらに限定されない）が挙げられるがこれらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害（以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない）に適用し得る。
別の態様において、眼の異常は、網膜の異常である。さらに別の態様において、眼の異常は、視覚問題または失明と一致する。なおも別の態様において、網膜の異常は、色素性網膜炎と一致するか、または網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする。
さらに別の態様において、網膜の異常は、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する。
さらに別の態様において、眼の異常は、白内障である。さらになおも別の態様において、白内障は、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）である。
さらに別の態様において、発達異常は、胚性致死または生存能低下を含む。
なおも別の態様において、心臓血管、内皮または血管形成の障害は、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である。
さらになおも別の態様において、免疫障害は、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患と一致する。
なおも別の態様において、骨代謝の異常または障害は、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症または大理石骨病である。
本発明はまた、上記培養物中の遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節する薬剤を提供する。１つの態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型のアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、薬剤は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストあるいはアンタゴニストである。なお別の態様においては、アゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。さらに別の態様においては、アンタゴニスト薬剤は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型を調節する方法を提供し、この方法には、上記表現型をすでに有している可能性があるか、もしくは上記表現型を有しやすい被験体、または上記表現型が予防される被験体に対して、上記表現型を調節するとして同定された薬剤、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの有効量を投与する工程が含まれ、それによって、上記表現型が効率よく調節される。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴を調節する方法を提供し、この方法には、上記生理学的特徴をすでに示しているか、もしくは上記生理学的特徴を示しやすい被験体、または上記生理学的特徴が予防される被験体に対して、上記生理学的特徴を調節するとして同定された薬剤、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの有効量を投与する工程が含まれ、それによって、上記生理学的特徴が効率よく調節される。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する行動を調節する方法を提供し、この方法には、上記行動をすでに示しているか、もしくは上記行動を示しやすい被験体、または上記行動が予防される被験体に対して、上記行動を調節するとして同定された薬剤、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの有効量を投与する工程が含まれ、それによって、上記行動が効率よく調節される。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節する方法も提供される。この方法には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現している宿主細胞に対して、上記発現を調節するとして同定された薬剤、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの有効量を投与する工程が含まれ、それによって、上記ポリペプチドの発現が効率よく調節される。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する状態を調節する方法を提供し、この方法には、上記症状を有しているか、もしくは上記症状を有しやすい被験体、または上記症状が予防される被験体に対して、上記症状を調節するとして同定された治療薬、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの治療有効量を投与する工程が含まれ、それによって、上記症状が効率よく調節される。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；または胚性致死を処置または予防または寛解する方法を提供し、この方法には、非ヒトトランスジェニック動物細胞培養物（上記培養物の個々の細胞には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている）に対して、上記障害を処置または予防または寛解するとして同定された薬剤、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの有効量を投与する工程が含まれ、それによって、上記障害が効率よく処置または予防または寛解される。
Ｂ．さらなる実施形態
なおもさらなる実施形態において、本発明は、本出願に係る潜在的な以下の一連の請求項に関する：
１．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型を同定する方法であって、本方法には、
（ａ）そのゲノムに、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程
（ｂ）非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；および
（ｃ）測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程を含み、ここで、野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる表現型と同定する、方法。
２．非ヒトトランスジェニック動物が、ＰＲＯ２１８， ＰＲＯ２２８， ＰＲＯ２７１， ＰＲＯ２７３， ＰＲＯ２９５， ＰＲＯ３０２， ＰＲＯ３０５， ＰＲＯ３２６， ＰＲＯ３８６， ＰＲＯ６５５， ＰＲＯ１６２， ＰＲＯ７８８， ＰＲＯ７９２， ＰＲＯ９４０， ＰＲＯ９４１， ＰＲＯ１００４， ＰＲＯ１０１２， ＰＲＯ１０１６， ＰＲＯ４７４， ＰＲＯ５２３８， ＰＲＯ１０６９， ＰＲＯ１１１１， ＰＲＯ１１１３， ＰＲＯ１１３０， ＰＲＯ１１９５， ＰＲＯ１２７１， ＰＲＯ１８６５， ＰＲＯ１８７９， ＰＲＯ３４４６， ＰＲＯ３５４３， ＰＲＯ４３２９， ＰＲＯ４３５２， ＰＲＯ５７３３， ＰＲＯ９８５９， ＰＲＯ９８６４， ＰＲＯ９９０４， ＰＲＯ９９０７， ＰＲＯ１００１３， ＰＲＯ９０９４８， ＰＲＯ２８６９４， ＰＲＯ１６０８９， ＰＲＯ１９５６３， ＰＲＯ１９６７５， ＰＲＯ２００８４， ＰＲＯ２１４３４， ＰＲＯ５０３３２， ＰＲＯ３８４６５ ｏｒ ＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊についてヘテロ接合性である、項目１に記載の方法。
３．性別一致野生型同腹仔と比較した場合の非ヒトトランスジェニック動物によって示される表現型が、以下：神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常のうちの少なくとも１つである、項目１に記載の方法。
４．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、項目３に記載の方法。
５．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、項目３に記載の方法。
６．神経障害が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、項目３に記載の方法。
７．神経障害が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、項目３に記載の方法。
８．神経障害が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、項目３に記載の方法。
９．神経障害が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、項目３に記載の方法。
１０．眼の異常が、網膜の異常である、項目３に記載の方法。
１１．眼の異常が、視覚問題または失明と一致する、項目３に記載の方法。
１２．網膜の異常が、色素性網膜炎と一致する、項目１０に記載の方法。
１３．網膜の異常が、網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする、項目１０に記載の方法。
１４．網膜の異常が、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する、項目１０に記載の方法。
１５．眼の異常が、白内障である、項目３に記載の方法。
１６．白内障が、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）と一致する、項目１５に記載の方法。
１７．発達異常が、胚性致死または生存能低下を含む、項目３に記載の方法。
１８．心臓血管、内皮または血管形成の障害が、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である、項目３に記載の方法。
１９．免疫障害が、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患である、項目３に記載の方法。
２０．骨代謝の異常または障害が、関節炎、骨粗鬆症または大理石骨病である、項目３に記載の方法。
２１．非ヒトトランスジェニック動物が、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の生産の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す、項目１に記載の方法。
２２．そのゲノムに、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている、非ヒトトランスジェニック動物に由来する単離細胞。
２３．マウス細胞である、項目２２に記載の単離細胞。
２４．マウス細胞が、胚性幹細胞である、項目２３に記載の単離細胞。
２５．性別一致野生型同腹仔と比較して、非ヒトトランスジェニック動物が以下の表現型：神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常のうちの少なくとも１つを示す、項目２２に記載の単離細胞。
２６．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型を調節する薬剤を同定する方法であって、本方法には：
（ａ）そのゲノムに、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；
（ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる表現型と同定する工程；
（ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｅ）試験薬剤が、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子破壊と関連する同定された表現型を調節するか否かを判定する工程
が含まれる、方法。
２７．遺伝子破壊と関連する表現型が、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常または障害；脂質代謝障害；または発達異常を含む、項目２６に記載の方法。
２８．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、項目２７に記載の方法。
２９．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、項目２７に記載の方法。
３０．神経障害が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、項目２７に記載の方法。
３１．神経障害が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、項目２７に記載の方法。
３２．神経障害が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、項目２７に記載の方法。
３３．神経障害が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、項目２７に記載の方法。
３４．眼の異常が、網膜の異常である、項目２７に記載の方法。
３５．眼の異常が、視覚問題または失明と一致する、項目２７に記載の方法。
３６．網膜の異常が、色素性網膜炎と一致する、項目３４に記載の方法。
３７．網膜の異常が、網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする、項目３４に記載の方法。
３８．網膜の異常が、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する、項目３４に記載の方法。
３９．眼の異常が、白内障である、項目２７に記載の方法。
４０．白内障が、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）と一致する、項目３９に記載の方法。
４１．発達異常が、胚性致死または生存能低下を含む、項目２７に記載の方法。
４２．心臓血管、内皮または血管形成の障害が、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である、項目２７に記載の方法。
４３．免疫障害が、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患である、項目２７に記載の方法。
４４．上記骨代謝の異常または障害が、関節炎、骨粗鬆症または大理石骨病である、項目２７に記載の方法。
４５．非ヒトトランスジェニック動物が、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の生産の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す、項目２６に記載の方法。
４６．項目２６に記載の方法によって同定される薬剤。
４７．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、項目４６に記載の薬剤。
４８．アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目４７に記載の薬剤。
４９．アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目４７に記載の薬剤。
５０．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴を調節する薬剤を同定する方法であって、本方法には：
（ａ）そのゲノムに、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物によって示される生理学的特徴を測定する工程；
（ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、野生型動物によって示される生理学的特徴と異なる、非ヒトトランスジェニック動物によって示される生理学的特徴を、遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴と同定する工程；
（ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｅ）遺伝子破壊と関連する生理学的特徴が調節されているか否かを判定する工程
が含まれる、方法。
５１．非ヒトトランスジェニック動物が、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の生産の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す、項目５０に記載の方法。
５２．項目５０に記載の方法によって同定される薬剤。
５３．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、項目５２に記載の薬剤。
５４．アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目５３に記載の薬剤。
５５．アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である、抗体である、項目５３に記載の薬剤。
５６．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する行動を調節する薬剤を同定する方法であって、本方法には：
（ａ）そのゲノムに、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物によって示される行動を観察する工程
（ｃ）（ｂ）の観察された行動を性別一致野生型動物の行動と比較する工程であって、ここで、野生型動物によって示される観察された行動と異なる、非ヒトトランスジェニック動物によって示される観察された行動を、遺伝子の破壊に関連する行動と同定する工程；
（ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｅ）薬剤が、遺伝子破壊と関連する行動を調節するか否かを判定する工程
が含まれる、方法。
５７．行動が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、項目５６に記載の方法。
５８．行動が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、項目５６に記載の方法。
５９．行動が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、項目５６に記載の方法。
６０．行動が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、項目５６に記載の方法。
６１．行動が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、項目５６に記載の方法。
６２．行動が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、項目５６に記載の方法。
６３．項目５６に記載の方法によって同定される薬剤。
６４．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、項目６３に記載の薬剤。
６５．アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目６４に記載の薬剤。
６６．アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目６４に記載の薬剤。
６７．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解するかあるいは調節する薬剤を同定する方法であって、本方法には：
（ａ）そのゲノムに、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）上記非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｃ）上記試験薬剤が、非ヒトトランスジェニック動物において、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節するか否かを判定する工程
が含まれる、方法。
６８．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、項目６７に記載の方法。
６９．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、項目６７に記載の方法。
７０．神経障害が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、項目６７に記載の方法。
７１．神経障害が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、項目６７に記載の方法。
７２．神経障害が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、項目６７に記載の方法。
７３．神経障害が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、項目６７に記載の方法。
７４．眼の異常が、網膜の異常である、項目６７に記載の方法。
７５．眼の異常が、視覚問題または失明と一致する、項目６７に記載の方法。
７６．網膜の異常が、色素性網膜炎と一致する、項目７４に記載の方法。
７７．網膜の異常が、網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする、項目７４に記載の方法。
７８．網膜の異常が、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する、項目７４に記載の方法。
７９．眼の異常が、白内障である、項目６７に記載の方法。
８０．白内障が、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）である、項目７９に記載の方法。
８１．発達異常が、胚性致死または生存能低下を含む、項目６７に記載の方法。
８２．心臓血管、内皮または血管形成の障害が、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である、項目６７に記載の方法。
８３．免疫障害が、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患である、項目６７に記載の方法。
８４．上記骨代謝の異常または障害が、関節炎、骨粗鬆症または大理石骨病である、項目６７に記載の方法。
８５．非ヒトトランスジェニック動物が、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の生産の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す、項目６７に記載の方法。
８６．項目６７に記載の方法によって同定される薬剤。
８７．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、項目８６に記載の薬剤。
８８．アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目８７に記載の薬剤。
８９．アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目８７に記載の薬剤。
９０．項目６７に記載の方法によって同定される治療薬。
９１．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節する薬剤を同定する方法であって、本方法には：
（ａ）試験薬剤を、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現している宿主細胞と接触させる工程；
（ｂ）試験薬剤が宿主細胞によるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節するかどうかを決定する工程、
が含まれる、方法。
９２．項目９１に記載の方法によって同定される薬剤。
９３．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、項目９２に記載の薬剤。
９４．アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目９３に記載の薬剤。
９５．アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目９３に記載の薬剤。
９６．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する状態に影響を与えることができる治療薬を評価する方法であって、本方法には：
（ａ）そのゲノムに、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
（ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；
（ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる状態と同定する工程；
（ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
（ｅ）非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子破壊に関連する同定された状態に対する試験薬剤の作用を評価する工程
が含まれる、方法。
９７．状態が、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常または障害；脂質代謝障害；または発達異常である、項目９６に記載の方法。
９８．項目９６に記載の方法によって同定される治療薬。
９９．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、項目９８に記載の治療薬。
１００．アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目９９に記載の治療薬。
１０１．アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目９９に記載の治療薬。
１０２．項目９８に記載の治療薬を含む医薬組成物。
１０３．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；または胚性致死を処置または予防または寛解する方法であって、本方法には、該障害をすでに有しているかもしくは該障害に罹患しやすい被験体、または該障害が予防される、そのような処置が必要な被験体に対して、項目９４に記載の治療薬、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの治療有効量を投与する工程が含まれ、それによって、上記障害が処置または予防または寛解される、方法。
１０４．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、項目１０３に記載の方法。
１０５．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、項目１０３に記載の方法。
１０６．神経障害が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、項目１０３に記載の方法。
１０７．神経障害が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、項目１０３に記載の方法。
１０８．神経障害が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、項目１０３に記載の方法。
１０９．神経障害が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、項目１０３に記載の方法。
１１０．眼の異常が、網膜の異常である、項目１０３に記載の方法。
１１１．眼の異常が、視覚問題または失明と一致する、項目１０３に記載の方法。
１１２．網膜の異常が、色素性網膜炎と一致する、項目１１０に記載の方法。
１１３．網膜の異常が、網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする、項目１１０に記載の方法。
１１４．網膜の異常が、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する、項目１１０に記載の方法。
１１５．眼の異常が、白内障である、項目１０３に記載の方法。
１１６．白内障が、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）である、項目１１５に記載の方法。
１１７．発達異常が、胚性致死または生存能低下を含む、項目１０３に記載の方法。
１１８．心臓血管、内皮または血管形成の障害が、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である、項目１０３に記載の方法。
１１９．免疫障害が、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患である、項目１０３に記載の方法。
１２０．骨代謝の異常または障害が、関節炎、骨粗鬆症または大理石骨病である、項目１０３に記載の方法。
１２１．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節する薬剤を同定する方法であって、本方法には：
（ａ）非ヒトトランスジェニック動物細胞培養物を提供する工程であって、上記培養物の個々の細胞には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている、工程；
（ｂ）上記細胞培養に試験薬剤を投与する工程；および
（ｃ）上記試験薬剤が、上記細胞培養物において、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節するか否かを判定する工程
が含まれる、方法。
１２２．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、項目１２１に記載の方法。
１２３．神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、項目１２１に記載の方法。
１２４．神経障害が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、項目１２１に記載の方法。
１２５．神経障害が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、項目１２１に記載の方法。
１２６．神経障害が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、項目１２１に記載の方法。
１２７．神経障害が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、項目１２１に記載の方法。
１２８．眼の異常が、網膜の異常である、項目１２１に記載の方法。
１２９．眼の異常が、視覚問題または失明と一致する、項目１２１に記載の方法。
１３０．網膜の異常が、色素性網膜炎と一致する、項目１２８に記載の方法。
１３１．網膜の異常が、網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする、項目１２８に記載の方法。
１３２．網膜の異常が、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する、項目１２８に記載の方法。
１３３．眼の異常が、白内障である、項目１２１に記載の方法。
１３４．白内障が、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）である、項目１３３に記載の方法。
１３５．発達異常が、胚性致死または生存能低下を含む、項目１２１に記載の方法。
１３６．心臓血管、内皮または血管形成の障害が、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である、項目１２１に記載の方法。
１３７．免疫障害が、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患である、項目１２１に記載の方法。
１３８．上記骨代謝の異常または障害が、関節炎、骨粗鬆症または大理石骨病である、項目１２１に記載の方法。
１３９．項目１２１に記載の方法によって同定される薬剤。
１４０．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、項目１３９に記載の薬剤。
１４１．アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目１４０に記載の薬剤。
１４２．アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは抗ＰＲＯ３４６抗体である、項目１４０に記載の薬剤。
１４３．項目１２１に記載の方法によって同定される治療薬。
１４４．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型を調節する方法であって本方法は、該表現型をすでに有し得るか、または該表現型を有する傾向にあり得るか、もしくは該表現型を予防すべき状態であり得る被験体に、有効量の項目４６に記載の薬剤またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより、表現型を効果的に調節する、方法。
１４５．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴を調節する方法であって、本方法は、該生理学的特徴をすでに示し得るか、または該生理学的特徴を示す傾向にあり得るか、もしくは該生理学的特徴を予防すべき状態であり得る被験体に、有効量の項目５２に記載の薬剤またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより、生理学的特徴を効果的に調節する、方法。
１４６．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する行動を調節する方法であって、本方法は、該行動をすでに示し得るか、または該行動を示す傾向にあり得るか、もしくは該示される行動を予防すべき状態であり得る被験体に、有効量の項目６３に記載の薬剤またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより、行動を効果的に調節する、方法。
１４７．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節する方法であって、該方法は、上記ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現している宿主細胞に有効量の項目９２に記載の薬剤またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それによって、上記ポリペプチドの発現を効果的に調節する、方法。
１４８．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が関連する状態を調節する方法であって、本方法には、該状態を有しているか、もしくは該状態に罹患しやすい被験体、または該状態が予防される被験体に対して、項目９８に記載の治療薬、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの治療有効量が投与される工程が含まれ、それによって状態が効率よく調節される、方法。
１４９．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；または胚性致死を処置または予防または寛解する方法であって、本方法には：非ヒトトランスジェニック動物細胞培養物（上記培養物の個々の細胞には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊が含まれている）に対して、項目１３９に記載の薬剤、またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストの治療有効量を投与する工程が含まれ、それによって、上記障害が効率よく処置または予防または寛解される、方法。
好ましい実施形態の詳細な説明
Ｉ．定義
用語「ＰＲＯポリペプチド」および「ＰＲＯ」とは、本明細書中で使用されるとき、および番号の表記が直後に来る場合は、種々のポリペプチドのことをいい、ここで完全な表記（すなわちＰＲＯ／番号）は本明細書に記載する特定のポリペプチド配列のことをいう。用語「ＰＲＯ／番号ポリペプチド」および「ＰＲＯ／番号」（ここで、用語「番号」が本明細書中で使用される実際の番号の表記として提示される）は、ネイティブの配列のポリペプチドおよびポリペプチド改変体（これは本明細書においてさらに定義する）を包含する。本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、様々な供給源から、例えば、複数のヒトの組織タイプから、もしくは別の供給源から単離することができ、または、組み換え方法もしくは合成方法によって調製することもできる。用語「ＰＲＯポリペプチド」とは、本明細書に開示した各々の個々のＰＲＯ／番号ポリペプチドのことをいう。「ＰＲＯポリペプチド」にあてはまる本明細書中のすべての開示は、ポリペプチドの各々を、個別にならびに総括していう。例えば、その調製、精製、誘導、それに対する抗体の形成、その投与、それを含有する組成物、それによる疾患の処置に関する記載などは本発明のポリペプチドの各々に個別に関するものである。用語「ＰＲＯポリペプチド」はまた、本明細書に開示したＰＲＯ／番号ポリペプチドの改変体を含む。
「ネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド」には、自然界に由来する対応するＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有しているポリペプチドが含まれる。そのようなネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、自然界から単離することができ、また、組み換え手段もしくは合成手段によって産生することもできる。用語「ネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド」には、特に、特異的なＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの自然界に存在している短縮型または分泌型（例えば、細胞外ドメインの配列）、自然界に存在している変異体形態（例えば、異なるようにスプライシングされた形態）、およびこれらのポリペプチドの自然界に存在している対立変異体が含まれる。本発明は、本明細書中に開示されるネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを提供する。これは成熟配列であるか、または添付の図面に示される全長のアミノ酸配列が含まれている全長ネイティブ配列のポリペプチドである。開始コドンおよび終止コドンは、図面中では太字で示し、下線を付した。しかし、添付の図面の中で開示されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、図の中に１位のアミノ酸として本明細書中で指定されるメチオニン残基で始まるように示されるが、図中の１位のアミノ酸よりも上流もしくは下流のいずれかに存在している他のメチオニン残基が、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドについての開始アミノ酸残基として使用される場合があることも考えられ、それは可能である。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの「細胞外ドメイン」あるいは「ＥＣＤ」は、膜貫通ドメインと細胞質ドメインが原則として含まれていない、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの形態を意味する。通常、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのＥＣＤには、そのような膜貫通ドメインおよび／または細胞質ドメインの１％未満しか含まれず、好ましくは、そのようなドメインの０．５％未満しか含まれないであろう。本発明のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドについて同定された任意の膜貫通ドメインが、そのタイプの疎水性ドメインを同定するために当該分野で日常的に使用されている基準にしたがって同定されることは理解されるであろう。膜貫通ドメインの厳密な境界は変動し得るが、最もあり得るのは本明細書において最初に同定されたドメインのいずれかの末端において約５アミノ酸を超えないものである。したがって、任意選択で、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの細胞外ドメインには、実施例または明細書の中で同定されたような膜貫通ドメイン／細胞外ドメインの境界のいずれかの側の上にある約５個またはそれ未満のアミノ酸が含まれ得、関連するシグナルペプチドを伴うかまたはそれらが含まれないそのようなポリペプチド、ならびに、それらをコードする核酸が、本発明によって意図される。
本明細書中に開示される様々なＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの「シグナルペプチド」のおおよその位置は、本明細書および／または添付の図面の中に示される。しかし、シグナルペプチドのＣ末端側の境界は様々であり得るが、ほとんどは、本明細書中で最初に同定されたシグナルペプチドのＣ末端側の境界のいずれかの側にある約５アミノ酸を超えないことに留意されない。ここでは、シグナルペプチドのＣ末端側の境界は、そのタイプのアミノ酸配列エレメントを同定するために当該分野で日常的に使用されている基準にしたがって同定され得る（例えば、Ｎｉｅｌｓｅｎら、Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．１０：１−６（１９９７）およびｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１４：４６８３−４６９０（１９８６））。さらに、いくつかの場合において、分泌ポリペプチドからのシグナル配列の切断は、完全に均一ではなく、２つ以上の分泌種をもたらす。これらの成熟ポリペプチド（シグナルペプチドは、本明細書において同定されたシグナルペプチドのＣ末端の境界のいずれかの側の約５アミノ酸以内において切断されている）およびそれらをコードするポリヌクレオチドは、本発明により企図される。
「ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド変異体」は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、好ましくは、本明細書中に開示される全長のネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列、本明細書中に開示されるシグナルペプチドが含まれていないＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列、本明細書中に開示される、シグナルペプチドが含まれているかまたはシグナルペプチドが含まれていないＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの細胞外ドメイン、あるいは、本明細書中に開示される全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列の任意の他の断片（例えば、全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの完全なコード配列の一部のみを提示する核酸によってコードされるもの）と、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有している、本明細書中で定義される活性のあるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを意味する。そのようなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド変異体としては、例えば、全長のネイティブアミノ酸配列のＮ−もしくはＣ−末端で、１つ以上のアミノ酸が付加されているかまたは欠失させられている、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドが挙げられる。通常は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド変異体は、本明細書中に開示される全長のネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列、本明細書中に開示されるシグナルペプチドが含まれていないＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００




４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列、本明細書中に開示される、シグナルペプチドが含まれているかまたはシグナルペプチドが含まれていないＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの細胞外ドメイン、あるいは、本明細書中に開示される全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列の任意の他の特異的に定義される断片に対して、約８０％以上のアミノ酸配列同一性を有しているか、あるいは、約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上のアミノ酸配列同一性を有しているであろう。通常、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリペプチドは、約１０アミノ酸長以上であるか、あるいは、約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００アミノ酸長以上である。任意選択で、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリペプチドは、ネイティブＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６配列と比較して、わずかに１つの保存的アミノ酸置換を有するか、あるいは、ネイティブＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列と比較して、わずかに２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個以下の保存的アミノ酸置換を有するであろう。
本明細書中で同定されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列に関する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列がアラインメントされ、そして必要に応じて、最大のパーセント配列同一性を得るためにギャップが導入された後の、そして、配列同一性の一部としてはいずれの保存的置換も考慮されない、特異的なＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列の中のアミノ酸残基と同一である候補の配列中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の範囲内の様々な方法、例えば、公的に入手可能なコンピュータソフトウェア（例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ２、ＡＬＩＧＮまたはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェア）を用いて達成することができる。当業者は、比較すべき配列の完全長に亘って最大アラインメントを達成するために必要ないずれかのアルゴリズムを含む、アラインメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、本明細書の目的のためには、パーセントアミノ酸同一性の値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を用いて生成し、ここでＡＬＩＧＮ−２プログラムに関する完全なソースコードを以下の表１に示す。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータープログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって著されており、そして以下の表１に示されるソースコードが、Ｕ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｏｆｆｉｃｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．，２０５５９のユーザーマニュアルにファイルされている。ここでは、Ｕ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｒｅｇｉｓｔｒａｔｉｏｎ Ｎｏ．ＴＸＵ５１００８７として登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから公的に入手することができ、または、以下の表１に示すソースコードからコンパイルしてもよい。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、ＵＮＩＸ（登録商標）オペレーティングシステム、好ましくはデジタルＵＮＩＸ（登録商標）Ｖ４．０Ｄ上で使用するためにコンパイルしなければならない。すべての配列比較パラメータはＡＬＩＧＮ−２プログラムにより設定され、変更しない。
アミノ酸配列比較のためにＡＬＩＧＮ−２を使用する場合において、所与のアミノ酸配列Ｂに対する所与のアミノ酸配列Ａの％アミノ酸配列同一性（これは代替として、所与のアミノ酸配列Ｂに対する特定の％アミノ酸配列同一性を有するか、または含む所与のアミノ酸配列Ａと表現できる）は、以下のとおり：
１００×分数Ｘ／Ｙ
式中、Ｘは、ＡとＢのプログラムによるアラインメントにおける配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２によって同定された適合としてスコアされたアミノ酸残基の数であり、Ｙは、Ｂの中のアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さとは等しくない場合には、Ｂに対するＡの％アミノ酸配列同一性は、Ａに対するＢの％アミノ酸配列同一性とは等しくないであろうことが理解されるであろう。この方法を使用する％アミノ酸配列同一性の計算の一例として、表２および３には、「ＰＲＯ」と指定されたアミノ酸配列に対する「比較タンパク質（Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ）」と指定されたアミノ酸配列のぱーセントアミノ酸配列同一性を計算するための方法が示される。ここでは、「ＰＲＯ」は、目的の仮想ＰＲＯポリペプチドのアミノ酸配列を示し、「比較タンパク質」は、目的の「ＰＲＯ」ポリペプチドがそれに対して比較されるポリペプチドのアミノ酸配列を示し、そして「Ｘ」、「Ｙ」、および「Ｚ」はそれぞれ、様々な仮想アミノ酸残基を示す。他に特段の記載がない限り、本明細書で使用するすべての％アミノ酸配列同一性の値は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを用いて直前のパラグラフにおいて記載した通りに得られる。
「ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリヌクレオチド」、あるいは、「ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体核酸配列」は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする核酸分子、好ましくは、本明細書中で定義される活性のあるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを意味し、これらは、本明細書中に開示される全長のネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列、本明細書中に開示されるシグナルペプチドが含まれていない全長のネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列、本明細書中に開示される、シグナルペプチドが含まれているかもしくは含まれていないＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの細胞外ドメイン、あるいは、本明細書中に開示される全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列の任意の他の断片（例えば、全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの完全なコード配列のわずかに一部を示す核酸によってコードされるもの）をコードしているヌクレオチド配列と少なくとも約８０％の核酸配列同一性を有する。通常、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリヌクレオチドは、本明細書中に開示される全長のネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列、本明細書中に開示されるシグナルペプチドが含まれていない全長のネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列、本明細書中に開示される、シグナル配列が含まれているかもしくは含まれていないＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７




９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの細胞外ドメイン、あるいは、本明細書中に開示される全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド配列の任意の他の断片をコードする核酸配列と、約８０％以上の核酸配列同一性を有するか、あるいは、約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上の核酸配列同一性を有するであろう。改変体は、ネイティブヌクレオチド配列を包含しない。
通常、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリヌクレオチドは、約５ヌクレオチド長以上であるか、あるいは、約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０、または１０００ヌクレオチド長以上である。この状況では、用語「約」は、記載される長さのプラスマイナス１０％のヌクレオチド配列の長さを意味する。
本明細書中で同定されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードする核酸配列に関する「パーセント（％）核酸配列同一性」は、配列がアラインメントされ、そして必要に応じて、最大のパーセント配列同一性を得るためにギャップが導入された後の、目的のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６核酸配列の中のヌクレオチドと同一である候補の配列中のヌクレオチドのパーセンテージとして定義される。パーセント核酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の範囲内の様々な方法、例えば、公的に入手可能なコンピュータソフトウェア（例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮまたはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェア）を用いて達成することができる。しかしながら、本明細書の目的のためには、％核酸同一性の値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を用いて生成し、ここでＡＬＩＧＮ−２プログラムに関する完全なソースコードを以下の表１に示す。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．により作成され、そして以下の表１に示すソースコードは、米国著作権局Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．，２０５５９においてユーザー文書と共に提出されており、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７として登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから公的に入手することができ、または、以下の表１に示すソースコードからコンパイルしてもよい。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、ＵＮＩＸ（登録商標）オペレーティングシステム、好ましくはデジタルＵＮＩＸ（登録商標）Ｖ４．０Ｄ上で使用するためにコンパイルしなければならない。すべての配列比較パラメータはＡＬＩＧＮ−２プログラムにより設定され、変更しない。
核酸配列比較のためにＡＬＩＧＮ−２を使用する場合において、所与の核酸配列Ｄに対する所与の核酸配列Ｃの％核酸配列同一性（これは代替として、所与の核酸配列Ｄに対する特定の％核酸配列同一性を有するか、または含む所与の核酸配列Ｃと表現できる）は、以下のとおり：
１００×分数Ｗ／Ｚ
［式中、Ｗは、ＣおよびＤのプログラムのアラインメントにおいて配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２により同一で一致とスコア付けされたヌクレオチドの数であり、Ｚは、Ｄにおけるヌクレオチドの総数である］計算される。核酸配列Ｃの長さが核酸配列Ｄの長さと等しくない場合は、Ｄに対するＣの％核酸配列同一性は、Ｃに対するＤの％核酸配列同一性と等しくならないことが理解されるだろう。％核酸配列同一性の計算の例として、表４および５は、「ＰＲＯ−ＤＮＡ」と表記した核酸配列に対する「比較ＤＮＡ」と表記した核酸配列の％核酸配列同一性をどのように計算するかを示しており、ここで「ＰＲＯ−ＤＮＡ」は、目的の仮説ＰＲＯコード核酸配列を示し、「比較タンパク質」は、目的の「ＰＲＯ−ＤＮＡ」核酸分子を比較する相手である核酸分子の核酸配列を示し、そして「Ｎ」、「Ｌ」および「Ｖ」は、各々異なる仮説ヌクレオチドを示す。他に特段の記載がない限り、本明細書で使用するすべての％核酸配列同一性の値は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを用いて直前のパラグラフにおいて記載した通りに得られる。
本発明はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリヌクレオチドも提供する。これらは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする核酸分子であり、そしてこれらは、本明細書中に開示される全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に対して、好ましくはストリンジェントなハイブリダイゼーションおよび洗浄条件下で、ハイブリダイズすることができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリペプチドは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体ポリヌクレオチドによってコードされるものであり得る。
用語「全長のコード領域」は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする核酸に関して使用される場合には、本発明の全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチドの配列を意味する（これは、多くの場合は、添付の図面において開始コドンと終結コドン（それらが含まれる）の間に示される）。用語「全長のコード領域」は、ＡＴＣＣに寄託された核酸に関して使用される場合には、ＡＴＣＣに寄託されたベクターの中に挿入されている、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ部分を意味する（これは、多くの場合には、添付の図面の中で開始コドンと終結コドンの間（それらが含まれる）に示される）。
「単離された」とは、本明細書中で開示する様々なポリペプチドを説明するために用いる場合、その天然の環境の成分中から同定および分離および／または回収されたポリペプチドを意味する。その天然の環境の夾雑成分は、代表的にはポリペプチドの診断または治療上の使用を妨害する物質であり、それらとしては、酵素、ホルモンおよび他のタンパク質性または非タンパク質性の溶質が挙げられ得る。本発明は（１）スピニングカップ（ｓｐｉｎｎｉｎｇ ｃｕｐ）配列決定装置を用いてＮ末端または内部のアミノ酸配列の少なくとも１５残基を得るのに十分な程度まで、または（２）クマシーブルー染色もしくは好ましくは銀染色を用いた非還元または還元条件下のＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均質性となるように、ポリペプチドが精製されることを可能とする。単離されたポリペプチドには、組み換え体細胞の中のインサイチュのポリペプチドが含まれる。なぜなら、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの自然界での環境の少なくとも１つの成分が存在しないであろうからである。しかしながら通常は、単離されたポリペプチドは、少なくとも１つの精製工程により調製される。
「単離された」ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする核酸、あるいは他のポリペプチドをコードする核酸は、同定され、そして、ポリペプチドをコードする核酸の自然界での供給源に通常付随している少なくとも１つの混入している核酸分子から分離された核酸分子である。単離されたポリペプチドコード核酸分子は、自然界にそれが存在する形態または状態以外のものである。したがって、単離されたポリペプチドコード核酸分子は、天然の細胞内にそれが存在する場合、特定のポリペプチドコード核酸分子とは区別される。しかしながら、単離されたポリペプチドコード核酸分子は、例えば、その核酸分子が天然の細胞のものとは異なる染色体位置にある場合、通常そのポリペプチドを発現する細胞に含まれるポリペプチドコード核酸分子を包む。
用語「調節配列」は、特定の宿主生物中の作動可能に連結されたコード配列の発現のために必要なＤＮＡ配列のことをいう。例えば、原核生物に適した調節配列は、プロモーター、必要に応じてオペレーター配列およびリボソーム結合部位を包む。真核生物の細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナルおよびエンハンサーを利用することが知られている。
核酸は、それが別の核酸配列との機能的関連性の内部におかれる場合に「作動可能に連結」されている。例えば、プレ配列または分泌リーダーに対するＤＮＡは、それがポリペプチドの分泌に関与するプレタンパク質として発現される場合にはそのポリペプチドに対するＤＮＡに作動可能に連結されており；プロモーターもしくはエンハンサーは、それが配列の転写に影響する場合にはコード配列に作動可能に連結されており；または、リボソーム結合部位は、それが翻訳を促進するように位置付けられている場合にコード配列に作動可能に連結されている。一般的に「作動可能に連結された」とは、連結されるＤＮＡ配列が隣接しており、そして、分泌リーダーの場合は隣接し、かつリーディングフェーズにあることを意味する。しかしながら、エンハンサーは、隣接している必要はない。連結は、好都合な制限部位におけるライゲーションにより達成される。そのような部位が存在しない場合は、合成オリゴヌクレオチドアダプターまたはリンカーを従来の慣行に従って使用する。
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」とは、当業者が容易に決定できるものであり、一般的にプローブ長、洗浄温度および塩濃度に依存した実験的計算値である。一般に、長いプローブほど適切なアニーリングのためにより高温を必要とし、短いプローブほどより低温を必要とする。ハイブリダイゼーションは、一般に、相補鎖がその融点より低温の環境中に存在する場合、変性したＤＮＡが再アニーリングする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の所望の相同性の程度が高いほど、使用できる相対温度は高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントとする傾向があり、より低い温度は、その傾向が小さい。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーに関するさらなる詳細および説明については、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，（１９９５）を参照のこと。
「ストリンジェントな条件」または「高ストリンジェンシー条件」とは、本明細書において定義する場合、（１）低いイオン強度および高い洗浄温度、例えば、０．０１５Ｍ塩化ナトリウム／０．００１５Ｍクエン酸ナトリウム／０．１％ドデシル硫酸ナトリウムを５０℃において使用するか；（２）ハイブリダイゼーションの間、ホルムアミドなどの変性剤、例えば、５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミド＋０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％Ｆｉｃｏｌｌ／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液ｐＨ６．５＋７５０ｍＭ塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを４２℃で使用するか；または（３）５０％ホルミアミド、５×ＳＳＣ（０．７５Ｍ ＮａＣｌ、０．０７５Ｍクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ溶液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍＬ）、０．１％ＳＤＳおよび１０％デキストラン硫酸を４２℃で使用し、そして洗浄は４２℃で０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）および５５℃の５０％ホルムアミド、その後５５℃のＥＤＴＡ含有０．１×ＳＳＣからなる高ストリンジェンシー洗浄条件を使用するものとして特定され得る。
「中等度にストリンジェントな条件」とは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，１９８９による説明と同一と考えてよく、そして、上記したものより低ストリンジェントな洗浄溶液およびハイブリダイゼーションの条件（例えば、温度、イオン強度および％ＳＤＳ）の使用を包む。中等度にストリンジェントな条件の例は、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×Ｄｅｎｈａｒｄｔ溶液、１０％デキストラン硫酸および２０ｍｇ／ｍＬ変性撹拌サケ精子ＤＮＡを含む溶液中３７℃での一晩のインキュベーションおよびその後の約３７〜５０℃における１×ＳＳＣ中フィルターの洗浄であるプローブ長などのような因子を適合させるために必要に応じて温度、イオン強度などを調節する方法は当業者の認識する通りである。
用語「エピトープタグ化」は、本明細書中で使用される場合は、「タグポリペプチド」に融合させられたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドが含まれているキメラポリペプチドを意味する。タグポリペプチドは、好ましくは抗体が他のエピトープと実質的に交差反応しないほど高度に特有のものである。適当なタグポリペプチドは、一般に少なくとも６アミノ酸残基、そして通常は約８〜５０アミノ酸残基（好ましくは約１０〜２０アミノ酸残基）を有する。
本明細書中の目的についての「活性な」または「活性」は、ネイティブな、または自然界に存在しているＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの生物学的活性および／あるいは免疫学的活性を保持している、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの形態（単数または複数）を意味する。ここでは、「生物学的」活性は、ネイティブな、または自然界に存在しているＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドが有している抗原性エピトープに対する抗体の産生を誘導する能力以外の、ネイティブな、または自然界に存在しているＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドによって引き起こされる生物学的機能（阻害性または刺激性のいずれか）を意味し、「免疫学的」活性は、ネイティブな、または自然界に存在しているＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドが有している抗原性エピトープに対する抗体の産生を誘導する能力を意味する。
用語「アンタゴニスト」は、［他の場所で明確に限定されない限りは］最も広い意味で使用され、これには、本明細書中に開示されるネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの生物学的活性を部分的、あるいは完全にブロックする、阻害する、または中和する任意の分子が含まれる。同様の様式で、用語「アゴニスト」は、［他の場所で明確に限定されない限りは］最も広い意味で使用され、これには、本明細書中に開示されるネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの生物学的活性を模倣する任意の分子が含まれる。適切なアゴニストまたはアンタゴニスト分子としては、特に、ネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、ペプチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、有機低分子などのアゴニストまたはアンタゴニスト抗体あるいは抗体断片、断片あるいは、アミノ酸配列変異体が挙げられる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストあるいはアンタゴニストを同定するための方法には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを、候補のアゴニストもしくはアンタゴニスト分子と接触させる工程、およびＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに通常は関係している１つ以上の生物学的活性における検出可能な変化を測定する工程が含まれ得る。
「処置する」または「処置」または「軽減」とは、治療的な施療および予防的または防止的な手段の両方のことをいい、ここで、その目的は、ターゲティングされた病的状態または障害を予防するか緩徐化（低減）することである。処置を必要とする被験体は、すでに疾患を有し得るか、または、疾患を有する傾向にあり得るか、もしくは疾患を予防すべき状態であり得る。
「長期」投与とは、長期間に亘り初期の処置効果（活性）を維持するために短期の様式とは逆の持続的な様式における薬剤の投与のことをいう。「間欠的」投与は中断なく連続的に行われるのではなく、周期的な性質を有する処置である。
「哺乳動物」とは、処置の目的のためには、哺乳動物に分類される任意の動物のことをいい、それらとしては、ヒト、ラットまたはマウスなどのげっ歯類、家畜および牧場動物および動物園、競技用または愛玩用の動物、例えば、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウサギなどが挙げられる。好ましくは、哺乳動物は、ヒトである。
さらなる１以上の処置薬と「組み合わせた」投与は、同時（併用）および任意の順序での連続投与を包む。
「担体」とは、本明細書中で使用されるとき、使用する用量および濃度において曝露対象となる細胞または哺乳動物に対して非毒性である薬学的に許容可能な担体、賦形剤または安定化剤を包む。生理学的に許容可能な担体は、水性のｐＨ緩衝溶液であることが多い。生理学的に許容可能な担体の例としては、緩衝剤（例えば、リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸）；アスコルビン酸を含む抗酸化剤；低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド；タンパク質（例えば、血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン）；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；アミノ酸（例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニンまたはリシン）；グルコース、マンノースまたはデキストリンを含む、単糖類、二糖類および他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート化剤；マンニトールおよびソルビトールなどの糖アルコール；ナトリウムなどの塩形成対イオン；ならびに／または非イオン性界面活性剤、例えばＴＷＥＥＮＴＭ、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）およびＰＬＵＲＯＮＩＣＳＴＭが挙げられる。
「固相」とは、本発明の抗体が接着できる非水性マトリックスを意味する。本明細書において包含される固相の例としては、ガラス（例えば、細孔性ガラス）、多糖類（例えば、アガロース）、ポリアクリルアミド、ポリスチレン、ポリビニルアルコールおよびシリコーンから部分的または完全に形成されているものが挙げられる。文脈に応じて、固相は、アッセイプレートのウェルを含み得；他の場合は精製カラム（例えば、アフィニティークロマトグラフィーカラム）である。この用語はまた、米国特許第４，２７５，１４９号に記載されているものなどの個々の粒子の不連続な固相を含む。
「リポソーム」は、薬剤（例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、あるいはそれらに対する抗体）の哺乳動物への送達に有用な様々なタイプの脂質、リン脂質、および／または界面活性剤から構成される小さい小胞である。リポソームの成分は生物学的膜の脂質の配置と同様に、二層を形成して通常配置される。
「低分子」とは、約５００ダルトン未満の分子量を有するものとして本明細書においては定義する。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチド、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合有機分子、あるいは本明細書中に開示されるようなそれらのアゴニストまたはアンタゴニストの「有効量」は、具体的に記載される目的を実行するために十分な量である。「有効量」は記載した目的との関係において実験的に、そして日常的な様式で決定され得る。
用語「治療有効量」は、被験体または哺乳動物の疾患もしくは障害を「処置」するために有効な、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチド、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合有機分子、あるいは、他の薬物の量を意味する。癌の場合には、治療有効量の薬物によって、癌細胞の数を減少させる；腫瘍の大きさを小さくする；癌細胞の抹消器官への浸潤を阻害する（すなわち、いくらか遅らせる、そして好ましくは、停止させる）；腫瘍の転移を阻害する（すなわち、いくらか遅らせる、そして好ましくは、停止させる）；腫瘍の増殖をいくらか阻害する；および／または癌に関連する症状の１つ以上をいくらか緩和することができる。「処置する」の本明細書における定義を参照のこと。薬剤が、既存の癌細胞の成長を予防し得、そして／または既存の癌細胞を殺滅し得る限り、その薬剤は、細胞分裂抑制性および／または細胞傷害性であり得る。
語句「心臓血管、内皮および血管形成の障害」、「心臓血管、内皮および血管形成の機能不全」、「心臓血管、内皮または血管形成の障害」および「心臓血管、内皮または血管形成の機能不全」は、交換可能に使用され、部分的には、血管に影響する全身性の障害（例えば、真性糖尿病、ならびに、動脈、毛細管、静脈および／またはリンパのような脈管自体の疾患）のことをいう。これには、血管形成および／または心臓血管形成を刺激する適応症ならびに血管形成および／または心臓血管形成を抑制するものが含まれる。そのような障害としては、例えば、動脈疾患（例えば、アテローム性動脈硬化症、高血圧、炎症性血管炎、レイノー病およびレイノー現象、動脈瘤、ならびに動脈の再狭窄）；静脈およびリンパ管の障害（例えば、静脈血栓症、リンパ管炎、およびリンパ水腫）；ならびに、他の血管の障害（例えば、末梢血管の疾患、癌（例えば、血管の腫瘍（例えば、血管腫（毛細血管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細血管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管周囲細胞腫、カポジ肉腫、リンパ管腫、および、リンパ管肉腫）、腫瘍の血管形成、外傷（例えば、創傷、熱傷、および他の損傷した組織）、インプラントの固定（ｉｍｐｌａｎｔ ｆｉｘａｔｉｏｎ）、瘢痕化、虚血再かん流傷害、関節リウマチ、脳血管疾患、腎疾患（例えば、急性腎不全）、あるいは、骨粗鬆症）が挙げられる。これらにはまた、アンギナ、急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大およびＣＨＦなどの心不全が含まれる。
「肥大」とは、本明細書中で使用されるとき、腫瘍形成に関与しない天然の成長とは無関係の器官または構造の嵩の増大として定義される。器官または組織の肥大は、個々の細胞の嵩の増大（真の肥大）またはその組織を構成している細胞の数の増加（過形成）のいずれか、またはそれらの両方によるものである。心臓などの特定の器官は、出生後短期間で分裂する能力を失う。したがって、「心臓肥大」とは、成人において同時細胞分裂を伴わない心筋細胞のサイズおよび収縮タンパク質含有量の増大を特徴とする心臓の嵩の増大として定義される。肥大を刺激する原因となるストレスの特徴（例えば、心筋梗塞の場合のような、前負荷の増大、後負荷の増大、筋細胞の減少、または収縮力の一次的低下）が応答の性質を決定する場合に重要な役割を果たしていると考えられる。心臓肥大の早期の段階は、通常、筋原線維の大きさおよびミトコンドリアの増大により、ならびに、ミトコンドリアおよび核の膨大により形態学的に特徴付けられる。この段階において、筋細胞は、正常よりも大型となるが、細胞の組織は、大半は温存されている。心臓肥大のより進行した段階において、ミトコンドリアなどの特定の細胞内小器官のサイズまたは数の優先的な増大が生じ、そして、新しい収縮エレメントが不規則な様式で細胞の局所的領域に付加される。長期にわたって肥大している細胞は、細胞構成においてより明白な破壊を示し、これには、高度に分葉状となった膜を有している顕著に長くなった核が含まれる。これは、隣接する筋原線維に置き換わり、そして正常なＺ−バンドレジストレーション（Ｚ−ｂａｎｄ ｒｅｇｉｓｔｒａｔｉｏｎ）の崩壊を引き起こす。表現「心臓肥大」は、根底にある心臓の傷害とは無関係に、様々な程度の心筋の構造上の損傷を特徴とするこの状態の進行の全ての段階を含むように使用される。したがって、この用語はまた、心臓肥大（例えば、血圧の上昇、大動脈の狭窄または心筋梗塞）の発生に寄与する生理学的状態を含む。
「心不全」とは、代謝している組織の要求に対して必要とされる速度では心臓が血液を送液しない心臓機能の異常のことをいう。心不全は、虚血性、先天性、リウマチ性または特発性の形態を含む多くの要因により誘発され得る。
「鬱血性心不全」（ＣＨＦ）は、心臓が末梢組織に対し酸素付加された血液を送達するために十分な心拍出量（経時的に心臓により送液される血液の容量）を供給することがますます不可能になっている進行性の病的状態である。ＣＨＦが進行するに従い、構造的および血行力学的な損傷が生じる。これらの損傷は、種々の徴候を有するが、１つの特徴的な症状は、心室の肥大である。ＣＨＦは、多くの様々な心臓障害の共通した最終結果である。
「心筋梗塞」は、一般に冠状動脈のアテローム性動脈硬化症から生じ、混合型の冠状動脈血栓を伴う場合が多い。これは２つの主要な型：心筋の壊死が心室壁の厚みすべてに関与している経壁梗塞、およびその壊死が心室壁から心外膜に至るまでの拡張を伴わない心内膜下、壁内心筋層、またはその両方が関与する心内膜下（非貫壁性）梗塞に分類され得る。心筋梗塞は、血行力学的作用の変化および心臓の損傷部および健常部における構造の変化の両方をもたらすことが知られている。すなわち、例えば、心筋梗塞は、心臓の最大心拍出量および一回拍出量を減少させる。また、間隙において生じるＤＮＡ合成の刺激ならびに罹患していない心臓の領域におけるコラーゲンの形成の増大が、心筋梗塞に関連する。
例えば、全末梢血管抵抗の増大に起因する長期間高血圧である心臓に対して与えられるストレスまたは緊張の増大の結果として、心臓肥大には「高血圧」が長く関わっている。慢性的な圧力の過剰負荷の結果として肥大した心室の特徴は減損した拡張期の機能である。Ｆｏｕａｄら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｏｌｌ．Ｃａｒｄｉｏｌ．，４：１５００−１５０６（１９８４）；Ｓｍｉｔｈら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｏｌｌ．Ｃａｒｄｉｏｌ．，５：８６９−８７４（１９８５）。長期の左心室の弛緩は、正常または過剰な収縮機能にも関わらず、早期の本態性高血圧において検出されている。Ｈａｒｔｆｏｒｄら、Ｈｙｐｅｒｔｅｎｓｉｏｎ，６：３２９−３３８（１９８４）。しかしながら、血圧のレベルと心臓肥大の間には緊密な平行性はない。抗高血圧療法に応答した左心室機能の改善がヒトにおいて報告されているが、利尿剤（ヒドロクロロチアジド）、β−遮断薬（プロプラノロール）またはカルシウムチャネル遮断薬（ジルチアゼム）で多様に処置されている患者は、拡張機能の改善を伴わない左心室肥大の回復を示している。Ｉｎｏｕｙｅら、Ａｍ．Ｊ．Ｃａｒｄｉｏｌ．，５３：１５８３−７（１９８４）。
心臓肥大に伴う別の複合的心臓疾患は、「肥大性心筋症」である。この状態は、非常に多様な形態学的、機能的および臨床的な特徴により特徴付けられ（Ｍａｒｏｎら、Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３１６：７８０−７８９（１９８７）；Ｓｐｉｒｉｔｏら、Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３２０：７４９−７５５（１９８９）；Ｌｏｕｉｅ ａｎｄ Ｅｄｗａｒｄｓ，Ｐｒｏｇ．Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ．Ｄｉｓ．，３６：２７５−３０８（１９９４）；Ｗｉｇｌｅら、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，９２：１６８０−１６９２（１９９５））、その不均質性は、それが全世代の患者に及んでいるという事実により強調されている。Ｓｐｉｒｉｔｏら、Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３３６：７７５−７８５（１９９７）。肥大性心筋症の原因もまた多様であり、ほとんど解明されていない。一般に、筋節タンパク質をコードする遺伝子における変異が、肥大性心筋症に関連している。最近のデータによれば、β−ミオシン重鎖の変異が、家族性の肥大性心筋症の症例の約３０〜４０パーセントを占め得ることが示唆されている。Ｗａｔｋｉｎｓら、Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３２６：１１０８−１１１４（１９９２）；Ｓｃｈｗａｒｔｚら、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，９１：５３２−５４０（１９９５）；Ｍａｒｉａｎ ａｎｄ Ｒｏｂｅｒｔｓ，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ，９２：１３３６−１３４７（１９９５）；Ｔｈｉｅｒｆｅｌｄｅｒら、Ｃｅｌｌ，７７：７０１−７１２（１９９４）；Ｗａｔｋｉｎｓら、Ｎａｔ．Ｇｅｎ．，１１：４３４−４３７（１９９５）。β−ミオシン重鎖以外に、他の位置の遺伝子変異としては、心臓トロポニンＴ、アルファトポミオシン、心臓ミオシン結合タンパク質Ｃ、必須ミオシン軽鎖および調節ミオシン軽鎖が挙げられる。Ｍａｌｉｋ ａｎｄ Ｗａｔｋｉｎｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃａｒｄｉｏｌ．，１２：２９５−３０２（１９９７）を参照のこと。
弁上部「大動脈狭窄症」は、上行大動脈の狭窄を特徴とする遺伝性の血管障害であるが、肺動脈を含む他の動脈も罹患する場合がある。未処置の大動脈狭窄は、心筋の肥大ならびに最終的には心不全および死亡の原因となる心臓内圧の上昇をもたらす場合がある。この障害の病因は、完全には解明されていないが、内側平滑筋の肥大および恐らくは過形成が、この障害の顕著な特徴である。エラスチン遺伝子の分子改変体が、大動脈狭窄の発症および病因に関与していると報告されている。１９９７年７月２２日発行の米国特許第５，６５０，２８２号。
「弁逆流」は、心臓の弁の障害をもたらす心臓疾患の結果として生じる。リウマチ熱のような様々な疾患は、弁開口部の収縮または引き離しをもたらす場合があるが、他の疾患は、心内膜炎、心内膜または房室開口部の内膜の炎症および心臓手術の原因となる場合がある。弁狭窄部の狭小化および弁の閉鎖欠陥などの欠陥は、心臓腔中の血液の蓄積または弁を通過する血液の逆流をもたらす。改善されない場合、長期の弁の狭窄または不全により、心臓肥大および関連する心筋の損傷がもたらされ、それにより最終的には弁の交換が必要となる場合がある。
用語「免疫関連疾患」は、哺乳動物の免疫系の構成要素が、哺乳動物における罹患に対し、誘発、媒介または他の方法で寄与する疾患を意味する。同様に含まれるものは、免疫応答の刺激または介入が疾患の進行に対して寛解作用を有する疾患である。この用語に含まれるものは、免疫媒介炎症性疾患、非免疫媒介炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新生物形成などである。
用語「Ｔ細胞媒介疾患」は、Ｔ細胞が哺乳動物における罹患を直接的または間接的に媒介するか、他の方法において寄与する疾患を意味する。Ｔ細胞媒介疾患は、細胞媒介作用、リンフォカイン媒介作用などに関連し得、そしてＢ細胞が、例えばＴ細胞の分泌したリンフォカインにより刺激される場合にはＢ細胞関連作用にも関連し得る。
免疫関連疾患および炎症性疾患（そのいくつかは免疫細胞またはＴ細胞によって媒介される）の例としては以下が挙げられる：全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、若年性慢性関節炎、脊椎関節症、全身性硬化症（強皮症）、特発性炎症性筋疾患（皮膚筋炎、多発性筋炎）シェーグレン症候群、全身性血管炎、サルコイドーシス、自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）、自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）、甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）、真性糖尿病、免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）、中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）、肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性（ｎｏｎ−ｈｅｐａｔｏｔｒｏｐｉｃ）のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）、炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）、グルテン過敏性腸症およびホイップル病、水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬、アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）、肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）、または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患。感染性疾患には、ウイルス性疾患（例えば、ＡＩＤＳ（ＨＩＶ感染）、Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、およびＥ型肝炎、ヘルペスなど）、細菌感染、真菌感染、原虫感染、および寄生虫感染が含まれる。
本明細書中の「自己免疫疾患」は、個体自身の組織もしくは器官から生じ、かつ、それらに対して特異的な疾患または障害であるか、あるいは、それらの同時分離したもの（ｃｏ−ｓｅｇｒｅｇａｔｅ）または症状発現であるか、あるいは、それらから生じる状態である。これらの自己免疫性および炎症性の障害の多くにおいて、多数の臨床マーカーおよび検査マーカーが、存在し得、それらとしては、高ガンマグロブリン血症、高レベルの自己抗体、組織における抗原−抗体複合体の沈着物、コルチコステロイドまたは免疫抑制の処置から恩恵を受けることおよび罹患組織におけるリンパ系細胞の凝集物が挙げられるがこれらに限定されない。Ｂ細胞媒介性の自己免疫疾患に関して任意の１つの理論に限定するわけではないが、Ｂ細胞は、ヒト自己免疫疾患においてたくさんの機構経路（自己抗体の産生、免疫複合体の形成、樹状細胞およびＴ細胞の活性化、サイトカインの合成、直接的なケモカインの放出ならびに病巣に異所性のリンパ球新生をもたらすことを含む）を介して病原性の効果を示すと考えられている。これらの経路の各々は、様々な程度で自己免疫疾患の病態に関与し得る。
「自己免疫疾患」は、器官特異的な疾患（すなわち、免疫応答は、器官系（例えば、内分泌系、造血系、皮膚、心肺系、消化器系および肝臓系、腎臓系、甲状腺、耳、筋神経系、中枢神経系など）に特異的である）または複数の器官系に影響を及ぼし得る全身性疾患（例えば、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、関節リウマチ、多発性筋炎など）であり得る。好ましいそのような疾患としては、自己免疫性リウマチ学的障害（例えば、関節リウマチ、シェーグレン症候群、強皮症、ＳＬＥおよびループス腎炎などの狼瘡、多発性筋炎／皮膚筋炎、クリオグロブリン血症、抗リン脂質抗体症候群ならびに乾癬性関節炎）、自己免疫性の消化器系および肝臓の障害（例えば、炎症性腸疾患（例えば、潰瘍性大腸炎およびクローン病）、自己免疫性の胃炎および悪性貧血、自己免疫性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎およびセリアック病）、血管炎（例えば、チャーグ・ストラウス血管炎、ウェゲナー肉芽腫症および多動脈炎をはじめとしたＡＮＣＡ関連血管炎）、自己免疫性神経性障害（例えば、多発性硬化症、眼球クローヌスミオクローヌス症候群、重症筋無力症、視神経脊髄炎、パーキンソン病、アルツハイマー病および自己免疫性多発ニューロパシー）、腎障害（例えば、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群およびベルガー病）、自己免疫性皮膚障害（例えば、乾癬、じんま疹（ｕｒｔｉｃａｒｉａ）、蕁麻疹（ｈｉｖｅｓ）、尋常性天疱瘡、水疱性類天疱瘡および皮膚エリテマトーデス）、血液疾患（例えば、血小板減少性紫斑病、血栓性血小板減少性紫斑病、輸血後紫斑病および自己免疫性溶血性貧血）、アテローム性動脈硬化症、ブドウ膜炎、自己免疫性の聴覚疾患（例えば、内耳疾患および聴力損失）、ベーチェット病、レイノー症候群、臓器移植、ならびに自己免疫性の内分泌障害（例えば、インスリン依存性真性糖尿病（ＩＤＤＭ）などの糖尿病関連の自己免疫疾患、アジソン病および自己免疫性の甲状腺疾患（例えば、グレーブス病および甲状腺炎））が挙げられる。より好ましいそのような疾患としては、例えば、関節リウマチ、潰瘍性大腸炎、ＡＮＣＡ関連血管炎、狼瘡、多発性硬化症、シェーグレン症候群、グレーブス病、ＩＤＤＭ、悪性貧血、甲状腺炎および糸球体腎炎が挙げられる。
本明細書中で定義されるような自己免疫疾患の他の特定の例（いくつかの場合においては、上で列挙されたものを包含する）としては、関節炎（若年発症型関節リウマチおよびリウマチ性滑膜炎などのステージをはじめとした急性および慢性の関節リウマチ、痛風または痛風関節炎、急性免疫性関節炎、慢性炎症性関節炎、変形性関節症、ＩＩ型コラーゲン誘導関節炎、感染性関節炎、ライム関節炎、増殖性関節炎、乾癬性関節炎、スティル病、椎骨関節炎、変形性関節症、慢性プログレディエンテ関節炎（ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｃｈｒｏｎｉｃａ ｐｒｏｇｒｅｄｉｅｎｔｅ）、変形性関節炎（ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｄｅｆｏｒｍａｎｓ）、原発性慢性多発性原関節炎（ｐｏｌｙａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｃｈｒｏｎｉｃａ ｐｒｉｍａｒｉａ）、反応性関節炎、更年期関節炎、エストロゲン欠乏性関節炎（ｅｓｔｒｏｇｅｎ ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ）および強直性脊椎炎／リウマチ様脊椎炎）、自己免疫性リンパ増殖性疾患、炎症性過剰増殖性皮膚疾患、乾癬（例えば、プラーク乾癬（ｐｌａｑｕｅ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ）、滴状乾癬（ｇｕｔａｔｔｅ ｐｓｏｒｉａｓｉｓ）、膿疱性乾癬および爪の乾癬）、枯草熱およびヨブ症候群などのアトピー性疾患をはじめとしたアトピー、皮膚炎（接触皮膚炎、慢性接触皮膚炎、剥脱性皮膚炎、アレルギー性皮膚炎、アレルギー性接触皮膚炎、蕁麻疹、疱疹状皮膚炎、貨幣状皮膚炎、脂漏性皮膚炎、非特異的な皮膚炎、一次刺激性接触性皮膚炎およびアトピー性皮膚炎を含む）、ｘ連鎖高ＩｇＭ症候群、アレルギー性の眼内炎症性疾患、じんま疹（例えば、慢性自己免疫性じんま疹を含む、慢性アレルギー性じんま疹および慢性特発性じんま疹）、筋炎、多発性筋炎／皮膚筋炎、若年性皮膚筋炎、中毒性表皮壊死症、強皮症（全身性強皮症を含む）、硬化症（例えば、全身性硬化症、多発性硬化症（ＭＳ）（例えば、脊髄視覚（ｓｐｉｎｏ−ｏｐｔｉｃａｌ）ＭＳ、一次性進行型ＭＳ（ＰＰＭＳ）および再発寛解型ＭＳ（ＲＲＭＳ））、全身性進行性硬化症、アテローム性動脈硬化症、動脈硬化症、播種性硬化症、失調性硬化症（ａｔａｘｉｃ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ））、視神経脊髄炎（ＮＭＯ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（例えば、クローン病、自己免疫介在性消化器系疾患、消化器系炎症、大腸炎（例えば、潰瘍性大腸炎（ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ ｃｏｌｉｔｉｓ）、潰瘍性大腸炎（ｃｏｌｉｔｉｓ ｕｌｃｅｒｏｓａ）、顕微鏡的大腸炎、コラーゲン蓄積大腸炎、ポリープ性大腸炎（ｃｏｌｉｔｉｓ ｐｏｌｙｐｏｓａ）、壊死性腸炎および全層性大腸炎（ｔｒａｎｓｍｕｒａｌ ｃｏｌｉｔｉｓ））および自己免疫性炎症性腸疾患）、腸炎症、壊疽性膿皮症、結節性紅斑、原発性硬化性胆管炎、呼吸窮迫症候群（成人型呼吸窮迫症候群または急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）を含む）、髄膜炎、ブドウ膜の全部または一部の炎症、虹彩炎、脈絡膜炎、自己免疫性血液疾患、移植片対宿主病、遺伝性血管性浮腫などの血管性浮腫、髄膜炎におけるような脳神経損傷、妊娠性疱疹、妊娠類天疱瘡（ｐｅｍｐｈｉｇｏｉｄ ｇｅｓｔａｔｉｏｎｉｓ）、陰嚢そう痒症（ｐｒｕｒｉｔｉｓ ｓｃｒｏｔｉ）、自己免疫性早発性卵巣機能不全、自己免疫性の状態に起因する突発性難聴、ＩｇＥ介在性疾患（例えば、アナフィラキシーならびにアレルギー性およびアトピー性の鼻炎）、脳炎（例えば、ラスムッセン脳炎ならびに辺縁系および／または脳幹の脳炎）、ブドウ膜炎（例えば、前部ブドウ膜炎、急性前部ブドウ膜炎、肉芽腫性ブドウ膜炎、非肉芽腫性ブドウ膜炎、水晶体抗原性ブドウ膜炎（ｐｈａｃｏａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｕｖｅｉｔｉｓ）、後部ブドウ膜炎または自己免疫性ブドウ膜炎）、慢性または急性の糸球体腎炎（例えば、原発性ＧＮ、免疫介在性ＧＮ、膜性ＧＮ（膜性腎症）、特発性膜性ＧＮまたは特発性膜性腎症、膜性もしくは膜増殖性ＧＮ（ＭＰＧＮ）（Ｉ型およびＩＩ型を含む）および急速進行性ＧＮ（ＲＰＧＮ））などのネフローゼ症候群を伴うかまたは伴わない糸球体腎炎（ＧＮ）、増殖性腎炎、自己免疫性多腺性内分泌不全症、亀頭炎（形質細胞限局性亀頭炎、亀頭包皮炎を含む）、遠心性環状紅斑、色素異常性固定紅斑、多形性紅斑（ｅｙｔｈｅｍａ ｍｕｌｔｉｆｏｒｍ）、環状肉芽腫、光沢苔癬、硬化性萎縮性苔癬、慢性単純性苔癬、棘状苔癬、扁平苔癬、葉状魚鱗癬、表皮剥離性角質増殖症、前癌性角化症（ｐｒｅｍａｌｉｇｎａｎｔ ｋｅｒａｔｏｓｉｓ）、壊疽性膿皮症、アレルギー性の状態および反応、食物アレルギー、薬物アレルギー、昆虫アレルギー、肥満細胞症などのまれなアレルギー性障害、アレルギー反応、湿疹（アレルギー性またはアトピー性の湿疹、乾皮性湿疹（ａｓｔｅａｔｏｔｉｃ ｅｃｚｅｍａ）、異汗性湿疹および小水疱性掌蹠湿疹（ｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｐａｌｍｏｐｌａｎｔａｒ ｅｃｚｅｍａ）を含む）、喘息（例えば、気管支喘息（ａｓｔｈｍａ ｂｒｏｎｃｈｉａｌｅ）、気管支喘息（ｂｒｏｎｃｈｉａｌ ａｓｔｈｍａ）および自己免疫性喘息）、Ｔ細胞の浸潤および慢性炎症反応を含む状態、妊娠中の胎児のＡＢＯ血液型などの外来抗原に対する免疫反応、慢性肺性炎症性疾患、自己免疫性心筋炎、白血球接着不全、狼瘡（ループス腎炎、ループス脳炎、小児ループス（ｐｅｄｉａｔｒｉｃ ｌｕｐｕｓ）、非腎性ループス（ｎｏｎ ｒｅｎａｌ ｌｕｐｕｓ）、腎外性ループス（ｅｘｔｒａ ｒｅｎａｌ ｌｕｐｕｓ）、円板状狼瘡および円板状エリテマトーデス、脱毛性ループス（ａｌｏｐｅｃｉａ ｌｕｐｕｓ）を含む）、ＳＬＥ（例えば、皮膚ＳＬＥまたは亜急性皮膚ＳＬＥ）、新生児エリテマトーデス症候群（ＮＬＥ）および播種性紅斑性狼瘡、小児ＩＤＤＭをはじめとした若年発症型（Ｉ型）真性糖尿病、成人発症型真性糖尿病（ＩＩ型糖尿病）、自己免疫性糖尿病、突発性尿崩症（ｉｄｉｏｐａｔｈｉｃ ｄｉａｂｅｔｅｓ ｉｎｓｉｐｉｄｕｓ）、糖尿病性網膜症、糖尿病性腎症、糖尿病性大腸炎、糖尿病性大動脈障害、サイトカインおよびＴリンパ球によって媒介される急性および遅延性の過敏症に関連した免疫応答、結核、サルコイドーシス、肉芽腫症（リンパ腫様肉芽腫症、ウェゲナー肉芽腫症を含む）、顆粒球減少症、血管炎（例えば、血管炎、大血管炎（リウマチ性多発筋痛症および巨細胞性動脈炎（高安動脈炎）を含む）、中血管炎（川崎病および結節性多発性動脈炎／結節性動脈周囲炎を含む）、顕微鏡的多発動脈炎、免疫性血管炎（ｉｍｍｕｎｏｖａｓｃｕｌｉｔｉｓ）、ＣＮＳ血管炎、皮膚血管炎、過敏性血管炎、全身性壊死性血管炎などの壊死性血管炎ならびにＡＮＣＡ関連血管炎（例えば、チャーグ・ストラウス血管炎またはチャーグ・ストラウス症候群（ＣＳＳ））およびＡＮＣＡ関連小血管炎を含む）、側頭動脈炎、再生不良性貧血、自己免疫性再生不良性貧血、クームス陽性貧血、ダイアモンドブラックファン貧血、溶血性貧血または免疫性溶血性貧血（自己免疫性溶血性貧血（ＡＩＨＡ）を含む）、悪性貧血（ｐｅｒｎｉｃｉｏｕｓ ａｎｅｍｉａ）（悪性貧血（ａｎｅｍｉａ ｐｅｒｎｉｃｉｏｓａ））、アジソン病、赤芽球ろう（ｐｕｒｅ ｒｅｄ ｃｅｌｌ ａｎｅｍｉａまたはｐｕｒｅ ｒｅｄ ｃｅｌｌ ａｐｌａｓｉａ（ＰＲＣＡ））、第ＶＩＩＩ因子欠乏症、血友病Ａ、自己免疫性好中球減少症、血球減少症（例えば、汎血球減少症、白血球減少症）、白血球漏出に関与する疾患、ＣＮＳ炎症性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、多臓器障害症候群（例えば、敗血症、外傷または出血に続発する症候群）、抗原抗体複合体媒介性疾患、抗糸球体基底膜疾患、抗リン脂質抗体症候群、運動神経炎（ｍｏｔｏｎｅｕｒｉｔｉｓ）、アレルギー性神経炎、ベーチェット病／症候群、キャッスルマン症候群、グッドパスチャー症候群、レイノー症候群、シェーグレン症候群、スティーブンス・ジョンソン症候群、類天疱瘡（例えば、水疱性類天疱瘡（ｐｅｍｐｈｉｇｏｉｄ ｂｕｌｌｏｕｓ）および皮膚類天疱瘡（ｓｋｉｎ ｐｅｍｐｈｉｇｏｉｄ））、天疱瘡（尋常性天疱瘡、落葉状天疱瘡、天疱瘡粘膜類天疱瘡（ｐｅｍｐｈｉｇｕｓ ｍｕｃｕｓ−ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｅｍｐｈｉｇｏｉｄ）および天疱瘡エリテマトーデスを含む）、自己免疫性多腺性内分泌障害、ライター病またはライター症候群、自己免疫性状態に起因する熱傷、子癇前症、免疫複合体腎炎などの免疫複合体障害、抗体媒介性腎炎、神経炎症性障害、多発ニューロパシー、慢性ニューロパシー（例えば、ＩｇＭ多発ニューロパシーまたはＩｇＭ媒介性ニューロパシー）、血小板減少症（例えば、心筋梗塞患者が発症するものなど）（血栓性血小板減少性紫斑病（ＴＴＰ）、輸血後紫斑病（ＰＴＰ）、ヘパリン誘発性血小板減少症および自己免疫性または免疫介在性血小板減少症（例えば、慢性または急性のＩＴＰをはじめとした特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）を含む）を含む）、特発性角膜強膜炎などの強膜炎、上強膜炎、精巣および卵巣の自己免疫疾患（自己免疫性の睾丸炎および卵巣炎を含む）、原発性甲状腺機能低下、副甲状腺機能低下症、自己免疫性内分泌疾患（甲状腺炎（例えば、自己免疫性甲状腺炎、橋本病、慢性甲状腺炎（橋本甲状腺炎）または亜急性甲状腺炎）、自己免疫性甲状腺疾患、特発性甲状腺機能低下、バセドウ病を含む）、多腺症候群（例えば、自己免疫性多腺症候群、例えば、Ｉ型（または多腺性内分泌障害症候群））、腫瘍随伴症候群（神経性腫瘍随伴症候群症候群（例えば、ランバート・イートン筋無力症症候群またはイートン・ランバート症候群、スティッフマン症候群またはスティッフパーソン症候群）を含む）、脳脊髄炎（例えば、アレルギー性脳脊髄炎（ａｌｌｅｒｇｉｃ ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ）またはアレルギー性脳脊髄炎（ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ ａｌｌｅｒｇｉｃａ）および実験的アレルギー性脳脊髄炎（ＥＡＥ））、胸腺腫関連重症筋無力症などの重症筋無力症、小脳変性症、神経性筋強直症、眼球クローヌスまたは眼球クローヌスミオクローヌス症候群（ＯＭＳ）および感覚性ニューロパシー、多巣性運動ニューロパシー、シーハン症候群、自己免疫性肝炎、慢性肝炎、ルポイド肝炎、巨細胞性肝炎、慢性活動性肝炎または自己免疫性慢性活動性肝炎、肺臓炎（例えば、リンパ性間質性肺炎（ＬＩＰ）、閉塞性細気管支炎（非移植） 対 ＮＳＩＰ）、ギラン・バレー症候群、ベルガー病（ＩｇＡ腎症）、特発性ＩｇＡ腎症、線状ＩｇＡ皮膚症、急性熱性好中球性皮膚症、角層下膿疱症、一過性棘融解性皮膚症、原発性胆汁性肝硬変などの肝硬変および肺硬変（ｐｎｅｕｍｏｎｏｃｉｒｒｈｏｓｉｓ）、自己免疫性腸症候群、セリアック病（Ｃｅｌｉａｃ ｄｉｓｅａｓｅ）またはセリアック病（Ｃｏｅｌｉａｃ ｄｉｓｅａｓｅ）、セリアックスプルー（グルテン性腸症）、難治性スプルー、特発性スプルー、混合型クリオグロブリン血症などのクリオグロブリン血症、筋萎縮性側索硬化症（ａｍｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）（ＡＬＳ；ルー・ゲーリッグ病）、冠状動脈疾患、自己免疫性耳疾患（例えば、自己免疫性内耳疾患（ＡＩＥＤ）、自己免疫性聴力損失）、難治性または再発性または再発性の多発性軟骨炎などの多発性軟骨炎、肺胞タンパク症、コーガン症候群／非梅毒性角膜実質炎、ベル麻痺、スイート病／スイート症候群、自己免疫性酒さ（ｒｏｓａｃｅａ ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ）、帯状疱疹関連疼痛、アミロイドーシス、非癌性のリンパ球増加症、原発性のリンパ球増加症（モノクローナルＢ細胞リンパ球増加症（例えば、良性単クローン性高ガンマグロブリン血症（ｂｅｎｉｇｎ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ｇａｍｍｏｐａｔｈｙ）および意味未確定の単クローン性高ガンマグロブリン血症、ＭＧＵＳ）を含む）、末梢神経障害、腫瘍随伴症候群、チャネル病（ｃｈａｎｎｅｌｏｐａｔｈｙ）（例えば、癲癇、片頭痛、不整脈、筋障害、聴覚消失、失明、周期性麻痺およびＣＮＳのチャネル病）、自閉症、炎症性筋障害、巣状糸球体硬化症もしくは分節状糸球体硬化症または巣状分節状糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、内分泌性眼障害、網膜ブドウ膜炎、脈絡網膜炎、自己免疫性の肝臓病学的な障害、線維筋痛症、多内分泌不全、シュミット




症候群、副腎炎、胃の萎縮症、初老期痴呆、脱髄性疾患（例えば、自己免疫性脱髄性疾患および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）、ドレスラー症候群、円形脱毛症、全脱毛症、ＣＲＥＳＴ症候群（石灰沈着症、レイノー現象、食道運動障害、手指硬化症および毛細血管拡張症）、男性および女性の自己免疫性の不妊症、例えば、抗精子抗体に起因する不妊症、混合結合組織病、シャーガス病、リウマチ熱、反復流産、農夫肺、多形性紅斑、心術後症候群、クッシング症候群、愛鳥家肺、アレルギー性肉芽腫性血管炎、良性のリンパ球性血管炎、アルポート症候群、肺胞炎（例えば、アレルギー性肺胞炎および線維化肺胞炎）、間質性肺疾患、輸血反応、ハンセン病、マラリア、寄生虫病（例えば、リーシュマニア症、トリパノソーマ症（ｋｙｐａｎｏｓｏｍｉａｓｉｓ）、住血吸虫症、回虫症、アスペルギルス症）、サムター症候群（Ｓａｍｐｔｅｒ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、カプラン症候群、デング熱、心内膜炎、心内膜心筋線維症、びまん性間質性肺線維症、間質性肺線維症、線維形成性縦隔炎、肺線維症、特発性肺線維症、嚢胞性線維症、眼内炎、持久性隆起性紅斑（ｅｒｙｔｈｅｍａ ｅｌｅｖａｔｕｍ ｅｔ ｄｉｕｔｉｎｕｍ）、胎児赤芽球症、好酸球性筋膜炎（ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ ｆａｃｉｉｔｉｓ）、シャルマン症候群、フェルティ症候群、フィラリア症（ｆｌａｒｉａｓｉｓ）、毛様体炎（例えば、慢性毛様体炎、異時性毛様体炎、虹彩毛様体炎（急性または慢性）またはフックス（Ｆｕｃｈ’ｓ）毛様体炎）、ヘノッホシェーンライン紫斑病、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）感染、ＳＣＩＤ、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）、エコーウイルス感染、敗血症（全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ））、内毒素血症、膵炎、（ｔｈｙｒｏｘｉｃｏｓｉｓ）、パルボウイルス感染、風疹ウイルス感染、ワクチン接種後症候群（ｐｏｓｔ−ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、先天性風疹感染、エプスタイン・バーウイルス感染、耳下腺炎、エヴァンズ症候群、自己免疫性の性腺機能不全、シデナム舞踏病、レンサ球菌感染後腎炎、閉塞性血栓性血管炎（ｔｈｒｏｍｂｏａｎｇｉｔｉｓ ｕｂｉｔｅｒａｎｓ）、甲状腺中毒症、脊髄癆、脈絡膜炎（ｃｈｏｒｉｏｉｄｉｔｉｓ）、巨細胞性多発筋痛症（ｇｉａｎｔ−ｃｅｌｌ ｐｏｌｙｍｙａｌｇｉａ）、慢性過敏性肺炎、結膜炎（例えば、春季カタル、乾性角結膜炎および流行性角結膜炎）、特発性腎炎症候群、微小病変腎症（ｍｉｎｉｍａｌ ｃｈａｎｇｅ ｎｅｐｈｒｏｐａｔｈｙ）、良性の家族性および虚血性の再灌流損傷、移植臓器の再灌流、網膜の自己免疫、関節の炎症、気管支炎、慢性閉塞性気道／肺疾患、珪肺症、アフタ、アフタ性口内炎、動脈硬化性障害（脳血管不全）（例えば、動脈硬化性脳症および動脈硬化性網膜症）、無精子発生（ａｓｐｅｒｍｉｏｇｅｎｅｓｅ）、自己免疫性溶血、ベック病、クリオグロブリン血症、デュピュイトラン拘縮、水晶体過敏性眼内炎（ｅｎｄｏｐｈｔｈａｌｍｉａ ｐｈａｃｏａｎａｐｈｙｌａｃｔｉｃａ）、アレルギー性腸炎（ｅｎｔｅｒｉｔｉｓ ａｌｌｅｒｇｉｃａ）、らい性結節性紅斑、特発性顔面神経麻痺、慢性疲労症候群、リウマチ性熱（ｆｅｂｒｉｓ ｒｈｅｕｍａｔｉｃａ）、ハマン−リッチ病、感覚神経性聴覚消失、発作性血色素尿症（ｈａｅｍｏｇｌｏｂｉｎｕｒｉａ ｐａｒｏｘｙｓｍａｔｉｃａ）、性腺機能低下症、限局性回腸炎（ｉｌｅｉｔｉｓ ｒｅｇｉｏｎａｌｉｓ）、白血球減少症、伝染性単核球症（ｍｏｎｏｎｕｃｌｅｏｓｉｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｓａ）、横断性脊髄炎（ｔｒａｖｅｒｓｅ ｍｙｅｌｉｔｉｓ）、原発性特発性粘液水腫、ネフローゼ、交感神経性眼炎（ｏｐｈｔｈａｌｍｉａ ｓｙｍｐｈａｔｉｃａ）、肉芽腫性精巣炎（ｏｒｃｈｉｔｉｓ ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｏｓａ）、膵炎、急性多発神経根炎（ｐｏｌｙｒａｄｉｃｕｌｉｔｉｓ ａｃｕｔａ）、壊疽性膿皮症、ケルヴァン甲状腺炎（Ｑｕｅｒｖａｉｎ’ｓ ｔｈｙｒｅｏｉｄｉｔｉｓ）、後天性の脾臓の萎縮（ｓｐｅｎｉｃ ａｔｒｏｐｈｙ）、非悪性胸腺腫、リンパ濾胞性胸腺炎（ｌｙｍｐｈｏｆｏｌｌｉｃｕｌａｒ ｔｈｙｍｉｔｉｓ）、白斑、毒素性ショック症候群、食中毒、Ｔ細胞の浸潤に関わる状態、白血球接着不全、サイトカインおよびＴリンパ球によって媒介される急性および遅延性の過敏症に関連した免疫応答、白血球漏出に関与する疾患、多臓器障害症候群、抗原抗体複合体媒介性疾患、抗糸球体基底膜疾患、自己免疫性の多腺性内分泌障害、卵巣炎、原発性粘液水腫、自己免疫性萎縮性胃炎、交感性眼炎、リウマチ性疾患、混合結合組織病、ネフローゼ症候群、膵島炎、多内分泌腺不全、多腺症候群Ｉ型をはじめとした自己免疫性多腺症候群、成人発症型特発性上皮小体機能低下症（ＡＯＩＨ）、拡張型心筋症などの心筋症、後天性表皮水疱症（ｅｐｉｄｅｒｍｏｌｉｓｉｓ ｂｕｌｌｏｓａ ａｃｑｕｉｓｉｔａ）（ＥＢＡ）、ヘモクロマトーシス、心筋炎、ネフローゼ症候群、原発性硬化性胆管炎、化膿性または非化膿性の副鼻腔炎、急性または慢性の静脈洞炎、篩骨洞炎、前頭洞炎、上顎洞炎または蝶形骨洞炎、アレルギー性静脈洞炎、好酸球関連障害（例えば、好酸球増加症、肺浸潤好酸球増加症、好酸球増多筋痛症候群、レフラー症候群、慢性好酸球性肺炎、熱帯性肺好酸球増多症）、気管支肺炎アスペルギルス症、アスペルギルス腫または好酸球を含む肉芽腫、アナフィラキシー、脊椎関節症、血清反応陰性脊椎関節炎（ｓｅｒｏｎｅｇａｔｉｖｅ ｓｐｏｎｄｙｌｏａｒｔｈｒｉｔｉｄｅｓ）、多内分泌腺自己免疫疾患、硬化性胆管炎、強膜、上強膜、慢性粘膜皮膚カンジダ症、ブルトン（Ｂｒｕｔｏｎ’ｓ）症候群、一過性乳児低ガンマグロブリン血症、ウィスコット・オールドリッチ症候群、毛細血管拡張性運動失調症候群、血管拡張症、コラーゲン疾患に関連した自己免疫障害、慢性関節リウマチなどのリウマチ、リンパ節炎、血圧反応の低下、血管機能不全、組織損傷、心血管虚血、痛覚過敏、腎虚血、脳虚血および血管新生を伴う疾患、アレルギー性過敏性障害、糸球体腎炎、再灌流損傷、虚血再灌流障害、心筋または他の組織の再灌流損傷、リンパ腫気管気管支炎（ｌｙｍｐｈｏｍａｔｏｕｓ ｔｒａｃｈｅｏｂｒｏｎｃｈｉｔｉｓ）、炎症性皮膚病、急性の炎症性成分による皮膚病、多臓器不全、水疱性疾患、腎皮質壊死、急性化膿性髄膜炎またはその他の中枢神経系炎症性障害、眼球および眼窩の炎症性障害、顆粒球輸血関連症候群、サイトカイン誘導性の毒性、ナルコレプシー、急性の重篤な炎症、慢性で難治性の炎症、腎盂炎、動脈内の過形成（ｅｎｄａｒｔｅｒｉａｌ ｈｙｐｅｒｐｌａｓｉａ）、消化性潰瘍、弁膜炎および子宮内膜症が挙げられるが、これらに限定されない。
用語「不安関連障害」とは、不安、気分および薬物乱用の障害のこといい、それらとしては、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害が挙げられるがこれらに限定されない。そのような障害としては、軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、特段に特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴ったパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、社会不安、自閉症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、一極性障害、Ｉ型またはＩＩ型双極性障害、特段に特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害、認知機能の増強、認知機能の低下（アルツハイマー病、脳卒中または脳の外傷に関連するものが挙げられるがこれらに限定されない）、疾患または損傷から生じる発作（癲癇、学習障害／障害、脳性麻痺が挙げられるがこれらに限定されない）が挙げられる。さらに、不安障害は、人格障害（以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない）に適用し得る。
用語「脂質代謝障害」とは、コレステロールおよびトリグリセリドの異常な臨床化学レベルのことをいい、ここでこれらの脂質の高いレベルは、アテローム性動脈硬化症の指標となる。さらに、異常な血清中脂質レベルは、様々な心臓血管疾患（高血圧、脳卒中、冠状動脈疾患、糖尿病および／または肥満症を含む）の指標となり得る。
語句「眼の異常」とは、アテローム性動脈硬化症または様々な眼科学的異常に関連し得る眼の潜在的障害のことをいう。そのような障害としては、以下：網膜形成不全、様々な網膜症、再狭窄、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスが挙げられるがこれらに限定されない。白内障もまた眼の異常と考えられ、そしてヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群などの全身性疾患と関連している。他の眼の発達異常としては、無虹彩症、前区および発育不全症候群が挙げられる。白内障はまた、眼内感染または炎症（ブドウ膜炎）の結果として生じる場合もある。
抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチド、あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合有機分子の「増殖阻害量」は、細胞（特に、腫瘍（例えば、癌細胞））のインビトロまたはインビボのいずれかでの増殖を阻害することができる量である。抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチド、あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合有機分子の「増殖阻害量」は、新生細胞の増殖を阻害する目的については、経験的に、そして日常的に行われている様式で決定することができる。
抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチド、あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合有機分子の「細胞傷害量」は、インビトロまたはインビボのいずれかで、細胞（特に、腫瘍、例えば、癌細胞）の破壊を引き起こすことができる量である。
抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチド、あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合有機分子の「細胞傷害量」は、新生細胞の増殖を阻害する目的について、経験的に、そして日常的に行われている様式で決定することができる。
用語「抗体」は最も広い意味で使用され、特に、例えば、１つの抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体モノクローナル抗体（アゴニスト、アンタゴニスト、および中和抗体が含まれる）、多エピトープ特異性を有している抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体組成物、ポリクローナル抗体、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体、ならびに、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体の断片（以下を参照のこと）が、これらが所望される生物学的活性または免疫学的活性を示す限り含まれる。用語「免疫グロブリン」（Ｉｇ）は、本明細書においては抗体と交換可能に使用される。
「単離された抗体」とは、その天然の環境の成分中から同定ならびに分離および／または回収されるものを意味する。その天然の環境の夾雑成分は、抗体の診断または治療上の使用を妨害する物質であり、それらとしては、酵素、ホルモンおよび他のタンパク質性または非タンパク質性の溶質が挙げられ得る。本発明は、（１）Ｌｏｗｒｙ法により測定した場合に抗体の９５重量％超まで、最も好ましくは９９重量％超まで、（２）スピニングカップ配列決定装置を用いてＮ末端または内部のアミノ酸配列の少なくとも１５残基を得るために十分な程度まで、または（３）クマシーブルーもしくは好ましくは銀染色を用いた還元または非還元条件下のＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均質性となるように、抗体が精製されることを可能とする。単離された抗体は、組換え細胞内のインサイチュの抗体を含むが、その理由は抗体の天然の環境の少なくとも１つの成分が存在しないためである。しかしながら、通常、単離された抗体は、少なくとも１つの精製工程により調製される。
基本的な４鎖抗体単位は、２本の同一の軽（Ｌ）鎖および２本の同一の重（Ｈ）鎖〜構成されるヘテロ４量体の糖タンパク質である（ＩｇＭ抗体は、Ｊ鎖と呼ばれるさらなるポリペプチドと共に基本的なヘテロ４量体単位５つからなり、したがって、１０個の抗原結合部位を含有するのに対し、分泌ＩｇＡ抗体は、重合してＪ鎖と共に基本的４鎖単位２〜５つを含む多価の組立物を形成することができる）。ＩｇＧの場合は、４鎖単位は、一般に約１５０，０００ダルトンである。各Ｌ鎖は、ジスルフィド共有結合１つによりＨ鎖に連結されているのに対し、２本のＨ鎖は、Ｈ鎖のアイソタイプに応じて１つ以上のジスルフィド結合により相互に連結されている。各Ｈ鎖および各Ｌ鎖はまた、規則的な間隔で鎖内ジスルフィド架橋を有する。各Ｈ鎖はＮ末端において可変ドメイン（ＶＨ）とその後の３つの定常ドメイン（ＣＨ）を各α鎖および各γ鎖について、そして４つのＣＨドメインをμおよびεアイソタイプについて有している。各Ｌ鎖は、Ｎ末端において可変ドメイン（ＶＬ）とその後の定常ドメイン（ＣＬ）をそのもう一端において有している。ＶＬは、ＶＨと並列され、そしてＣＬは、重鎖の最初の定常ドメイン（ＣＨ１）と並列される。特定のアミノ酸残基が、軽鎖および重鎖の可変ドメインの間の界面を形成すると考えられている。ＶＨとＶＬの対形成により、単一の抗原結合部位が形成される。様々なクラスの抗体の構造および特性については、例えば、Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，８ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｄａｎｉｅｌ Ｐ．Ｓｔｉｔｅｓ，Ａｂｂａ Ｉ．Ｔｅｒｒ ａｎｄ Ｔｒｉｓｔｒａｍ Ｇ．Ｐａｒｓｌｏｗ （ｅｄｓ．），Ａｐｐｌｅｔｏｎ＆Ｌａｎｇｅ，Ｎｏｒｗａｌｋ，ＣＴ，１９９４，ｐ．７１およびＣｈａｐｔｅｒ６を参照のこと。
任意の脊椎動物種に由来するＬ鎖を、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいてカッパおよびラムダと称される２つの明確に異なった型の１つに割りあて得る。その重鎖の定常ドメイン（ＣＨ）のアミノ酸配列に応じて、免疫グロブリンは、様々なクラスまたはアイソタイプに割りあてられ得る。免疫グロブリンには、５クラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧおよびＩｇＭがあり、それぞれα、δ、ε、γおよびμと表記される重鎖を有する。γおよびαのクラスはさらに、ＣＨ配列および機能の比較的小さい差異に基づいてサブクラスに分類され、例えば、ヒトは、以下のサブクラス：ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２を発現する。
用語「可変」は、可変ドメインの特定のセグメントが、抗体の間で配列が大きく異なっているという事実のことをいう。Ｖドメインは、抗原の結合を媒介し、そして、特定の抗体のその特定の抗原に対する特異性を決定する。しかしながら、可変性は、可変ドメインの１１０アミノ酸に亘って均一に分布していない。その代わり、Ｖ領域は、各々が９〜１２アミノ酸長の「超可変領域」と称される究極的な可変性のより短い領域によって分断された１５〜３０アミノ酸のフレームワーク領域（ＦＲ）と称される比較的不変の部分からなる。ネイティブの重鎖および軽鎖の可変ドメインは各々、βシート構造を連結する、そして一部の場合においてはその部分を形成するループを形成する３つの超可変領域により連結されたβシート配置を大半が採用している４つのＦＲを含む。個々の鎖の中の超可変領域は、ＦＲによって、他の鎖に由来する超可変領域と互いに接近した状態で保たれ、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ．（１９９１）を参照のこと）。定常ドメインは、抗原への抗体の結合に直接関与していないが、様々なエフェクター機能（例えば、抗体依存性細胞内細胞傷害（ＡＤＣＣ）への抗体の関与）を示す。
用語「超可変領域」は、本明細書中で使用されるとき、抗原結合の原因となる抗体のアミノ酸残基のことをいう。超可変領域には、通常、「相補性決定領域」すなわち「ＣＤＲ」に由来するアミノ酸残基（例えば、ＶＬ中の約２４〜３４（Ｌ１）、５０〜５６（Ｌ２）、および８９〜９７（Ｌ３）付近のアミノ酸残基、ならびに、ＶＨ中の約１〜３５（Ｈ１）、５０〜６５（Ｈ２）、および９５〜１０２（Ｈ３）付近のアミノ酸残基；Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ．（１９９１））、ならびに／あるいは、「超可変ループ」に由来するアミノ酸残基（例えば、ＶＬ中の約２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）、および９１〜９６（Ｌ３）、ならびに、ＶＨ中の２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）、および９６〜１０１（Ｈ３）；Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９６：９０１〜９１７（１９８７））が含まれる。
用語「モノクローナル抗体」は、本明細書中で使用されるとき、実質的に均質な抗体の集団から得られた抗体のことをいい、すなわち、その集団を構成する個々の抗体は、わずかな量で存在し得る、天然に存在する可能性のある突然変異を除き同一である。モノクローナル抗体は、高度に特異的であり、単一の抗原部位に指向されている。さらに、さまざまな決定基（エピトープ）に対して指向されたさまざまな抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して指向されている。その特異性に加えて、モノクローナル抗体は、他の抗体の混入を伴うことなく合成され得る点において好都合である。修飾語の「モノクローナル」とは、任意の特定の方法による抗体の作製を必要とするものとみなしてはならない。例えば、本発明において有用なモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）により最初に報告されたハイブリドーマ法により調製され得るか、または、細菌、真核生物または植物の細胞において組換えＤＮＡ法を用いて作製され得る（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照のこと）。「モノクローナル抗体」は、例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８（１９９１）およびＭａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１−５９７（１９９１）に記載の手法を用いてファージ抗体ライブラリーから単離され得る。
本明細書中のモノクローナル抗体には、「キメラ」抗体（その中の重鎖および／または軽鎖の部分は、特定の種に由来するかまたは特定の抗体のクラスもしくはサブクラスに属している抗体の中の対応している配列と同一であるかあるいはそれらと相同であるが、鎖（単数または複数）の残りは、別の種に由来するかまたは別の抗体のクラスもしくはサブクラスに属している抗体の中の対応している配列と同一であるかまたはそれらに相同である）、ならびに、そのような抗体の断片が、それらが所望される生物学的活性を示す限りは、含まれる（米国特許第４，８１６，５６７号；およびＭｏｒｒｉｓｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１〜６８５５（１９８４）を参照のこと）。本明細書における目的のキメラ抗体は、非ヒト霊長類（例えば、旧世界ザル、類人猿など）から得られた可変ドメイン抗原結合配列およびヒト定常領域配列を含む「霊長類化」抗体を含む。
「インタクトな」抗体とは、抗原結合部位ならびにＣＬおよび少なくとも重鎖定常ドメインＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３を含むものである。定常ドメインは、ネイティブの配列の定常ドメイン（例えば、ヒトネイティブ配列定常ドメイン）またはそのアミノ酸配列改変体であり得る。好ましくはインタクトな抗体は、１つ以上のエフェクター機能を有する。
「抗体フラグメント」は、インタクトな抗体の一部分、好ましくはインタクトな抗体の抗原結合または可変の領域を含む。抗体フラグメントの例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２およびＦｖフラグメント；ダイアボディ；線状抗体（米国特許第５，６４１，８７０号の実施例２；Ｚａｐａｔａら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．８（１０）：１０５７−１０６２［１９９５］を参照のこと）；一本鎖抗体分子；ならびに抗体フラグメントから形成された多重特異性の抗体が挙げられる。
抗体のパパイン消化により、「Ｆａｂ」フラグメントと称される２本の同一の抗原結合フラグメント、および容易に結晶化する能力を反映した表記である残りの部分の「Ｆｃ」フラグメントが得られる。Ｆａｂフラグメントは、Ｈ鎖の可変領域ドメイン（ＶＨ）とともにＬ鎖全体および１本の重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）からなる。各Ｆａｂフラグメントは、抗原結合に関しては１価であり、すなわち、単一の抗原結合部位を有する。抗体のペプシン処理により、単一の大型のＦ（ａｂ’）２フラグメントが得られ、これは２価の抗原結合活性を有する２つのジスルフィド結合したＦａｂフラグメントに概ね相当し、そしてなお抗原に交差結合することができる。Ｆａｂ’フラグメントは、抗体のヒンジ領域に由来する１つ以上のシステインを含むＣＨ１ドメインのカルボキシ末端にさらに数残基を有することによりＦａｂフラグメントとは、異なっている。Ｆａｂ’−ＳＨは、本明細書においては定常ドメインのシステイン残基が遊離のチオール基を担持しているＦａｂ’に対する表記である。Ｆ（ａｂ’）２抗体フラグメントは、当初はそれらの間にヒンジシステインを有するＦａｂ’フラグメントの対として作製された。抗体フラグメントの他の化学的カップリングも知られている。
Ｆｃフラグメントは、ジスルフィドで共に保持された両方のＨ鎖のカルボキシ末端部分を含む。抗体のエフェクター機能は、Ｆｃ領域における配列により決定され、この領域は、特定の型の細胞に存在するＦｃレセプター（ＦｃＲ）により認識される部分でもある。
「Ｆｖ」は、完全な抗原認識部位および抗原結合部位を含む最小の抗体フラグメントである。このフラグメントは、堅固な非共有結合の会合型としての１つの重鎖と１つの軽鎖との可変領域ドメインの２量体からなる。これらの２ドメインの折り畳みにより、６つの超可変ループ（３ループは各々Ｈ鎖およびＬ鎖由来）が生じ、これらは抗原結合のためのアミノ酸残基を与え、そして抗体に抗原結合特異性をもたらす。しかしながら、単一の可変ドメイン（または抗原に対して特異的なわずか３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）であっても、結合部位全体よりも低親和性ではあるが、抗原を認識して結合する能力を有している。
「ｓＦｖ」または「ｓｃＦｖ」とも略記される「一本鎖Ｆｖ」は、連結されて単一のポリペプチド鎖となっているＶＨおよびＶＬ抗体ドメインを含む抗体フラグメントである。好ましくは、ｓＦｖポリペプチドはさらに、抗原結合のために所望の構造をｓＦｖが形成できるようにするＶＨドメインとＶＬドメインとの間のポリペプチドリンカーを含む。ｓＦｖに関する概説は、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ｐｐ．２６９−３１５（１９９４）；Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ １９９５，後出を参照のこと。
用語「ダイアボディ」は、Ｖドメインの鎖内ではなく鎖間の対形成が達成されることにより２価のフラグメント、すなわち２つの抗原結合部位を有するフラグメントが生じるようにＶＨドメインとＶＬドメインの間により短いリンカー（約５〜１０残基）と共にｓＦｖフラグメント（前パラグラフを参照のこと）を構築することにより調製される小型抗体フラグメントのことをいう。２重特異性のダイアボディは、２つの「クロスオーバー」ｓＦｖフラグメントのヘテロ２量体であり、この場合、２つの抗体のＶＨドメインおよびＶＬドメインは異なるポリペプチド鎖上に存在する。ダイアボディは、例えば、ＥＰ４０４，０９７；ＷＯ９３／１１１６１；およびＨｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：６４４４−６４４８（１９９３）により詳細に記載されている。
非ヒト（例えば、げっ歯類）抗体の「ヒト化」型は、非ヒト抗体から得られた最小の配列を含むキメラ抗体である。大部分に関しては、ヒト化抗体は、レシピエントの超可変領域に由来する残基が、所望の抗体の特異性、親和性および能力を有する非ヒト種（例えば、マウス、ラット、ウサギまたは非ヒト霊長類）（ドナー抗体）の超可変領域に由来する残基で置き換えられているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。一部の場合においては、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域（ＦＲ）の残基が対応する非ヒト残基により置き換えられる。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体に存在しない残基を含んでよい。これらの改変は、抗体の性能をさらに精密化するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、そして代表的には２つの可変ドメインの実質的にすべてを含み、その場合、超可変ループのすべてまたは実質的にすべてが、非ヒト免疫グロブリンのそれに相当し、そしてＦＲのすべてまたは実質的にすべてがヒト免疫グロブリン配列のそれとなる。ヒト化抗体は、必要に応じてまた、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、代表的にはヒト免疫グロブリンのメンエキグロブリン定常領域の少なくとも一部分を含む。さらに詳細な説明は、Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３−３２９（１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６（１９９２）を参照のこと。
「種依存性抗体」、例えば、哺乳動物非ヒトＩｇＥ抗体は、第１の哺乳動物種由来の抗原に対して、第２の哺乳動物種由来のその抗原のホモログに対するよりも、より強力な結合親和性を有する抗体である。通常、種依存性抗体は、ヒト抗原に対して「特異的に結合する」（すなわち、たった約１×１０−７Ｍ、好ましくはたった約１×１０−８Ｍ、そして最も好ましくはたった約１×１０−９Ｍの結合親和性（Ｋｄ）値を有する）が、第２の非ヒト哺乳動物種由来の抗原のホモログに対しては、ヒト抗原に対するその結合親和性よりも、少なくとも約５０倍、または少なくとも約５００倍、または少なくとも約１０００倍弱い結合親和性を有する。種依存性抗体は、上記の抗体の様々な型のいずれかであり得るが、好ましくはヒト化抗体またはヒト抗体である。
「ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチド」は、本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対して、（好ましくは、特異的に）結合するオリゴペプチドである。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチドは、公知のオリゴペプチド合成方法論を使用して化学合成し、そして組み換え技術を使用して調製し、精製することができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチドは、通常は、約５アミノ酸長以上であるか、あるいは、約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００アミノ酸長以上である。ここでは、そのようなオリゴペプチドは、本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対して、（好ましくは特異的に）結合することができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合オリゴペプチドは、周知の技術を使用して過度の実験を行うことなく同定することができる。この点に関し、ポリペプチド標的に特異的に結合することができるオリゴペプチドについてオリゴペプチドライブラリーをスクリーニングするための手法が当該分野で周知であることに注意されたい（例えば、米国特許第５，５５６，７６２号、同第５，７５０，３７３号、同第４，７０８，８７１号、同第４，８３３，０９２号、同第５，２２３，４０９号、同第５，４０３，４８４号、同第５，５７１，６８９号、同第５，６６３，１４３号；ＰＣＴ公開ＷＯ８４／０３５０６およびＷＯ８４／０３５６４；Ｇｅｙｓｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．，８１：３９９８−４００２（１９８４）；Ｇｅｙｓｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．，８２：１７８−１８２（１９８５）；Ｇｅｙｓｅｎら、Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｓ Ａｎｔｉｇｅｎｓ，１３０−１４９（１９８６）；Ｇｅｙｓｅｎら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．，１０２：２５９−２７４（１９８７）；Ｓｃｈｏｏｆｓら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４０：６１１−６１６（１９８８），Ｃｗｉｒｌａ，Ｓ．Ｅ．ら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７：６３７８；Ｌｏｗｍａｎ，Ｈ．Ｂ．ら（１９９１）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３０：１０８３２；Ｃｌａｃｋｓｏｎ，Ｔ．ら（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４；Ｍａｒｋｓ，Ｊ．Ｄ．ら（１９９１），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１；Ｋａｎｇ，Ａ．Ｓ．ら（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８８：８３６３およびＳｍｉｔｈ，Ｇ．Ｐ．（１９９１）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２：６６８を参照のこと）。
「ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合有機分子」は、本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対して（好ましくは特異的に）結合する、本明細書中で定義されるオリゴペプチドまたは抗体以外の有機分子である。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合有機分子は、公知の方法論を使用して同定し、化学合成することができる（例えば、ＰＣＴ公開ＷＯ００／００８２３およびＷＯ００／３９５８５を参照のこと）。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合有機分子は、通常、約２０００ダルトン未満の大きさであるか、あるいは、約１５００、７５０、５００、２５０、または２００ダルトン未満の大きさである。ここでは、本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対して（好ましくは、特異的に）結合することができるそのような有機分子は、周知の技術を使用して過度の実験を行うことなく同定することができる。この点に関し、ポリペプチド標的に結合できる分子について有機分子ライブラリーをスクリーニングする手法が当該分野で周知であることに注意されたい（例えば、ＰＣＴ公開ＷＯ００／００８２３およびＷＯ００／３９５８５を参照のこと）。
目的の抗原、例えば、腫瘍関連ポリペプチド抗原標的に「結合する」抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子は、好ましくは、抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子が抗原を発現している細胞または組織をターゲティングする場合の診断薬および／または処置薬として有用であり、そして他のタンパク質とは、有意な交差反応を起こさないような十分な親和性で抗原に結合するものである。「非標的」タンパク質への抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子の結合の程度は、蛍光励起細胞分取（ＦＡＣＳ）解析または放射免疫沈降（ＲＩＡ）により測定した場合に、抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子のその特定の標的タンパク質への結合の約１０％未満である。標的分子への抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子の結合に関しては、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド標的上のエピトープに対して、用語「特異的結合」または「特異的に結合する」または「特異的である」は、非特異的な相互作用とは測定可能な差違がある結合を意味する。特異的結合は、例えば、一般には結合活性を有しない同様の構造の分子であるコントロール分子の結合と比較して分子の結合を決定することにより測定することができる。例えば、特異的結合は、標的と同様のコントロール分子、例えば、過剰量の非標識標的との競合により決定できる。この場合、プローブへの標識標的の結合が、過剰な非標識標的により競合的に抑制された場合に、特異的結合が示唆される。用語特定のポリペプチドあるいは特定のポリペプチド標的上のエピトープに対する「特異的結合」またはそれらに「対して特異的に結合する」またはそれらに「対して特異的である」は、本明細書中で使用される場合は、例えば、少なくとも約１０−４Ｍ、あるいは、少なくとも約１０−５Ｍ、あるいは、少なくとも約１０−６Ｍ、あるいは、少なくとも約１０−７Ｍ、あるいは、少なくとも約１０−８Ｍ、あるいは、少なくとも約１０−９Ｍ、あるいは、少なくとも約１０−１０Ｍ、あるいは、少なくとも約１０−１１Ｍ、あるいは、少なくとも約１０−１２Ｍ、あるいはそれ以上の標的に対するＫｄを有している分子を示す。用語「特異的結合」は、分子が、任意の他のポリペプチドまたはポリペプチドエピトープに対しては実質的には結合することなく、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド上のエピトープに結合する結合を意味する。
「ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６を発現している腫瘍細胞の増殖を阻害する」抗体、オリゴペプチド、または他の有機分子、あるいは「増殖阻害」抗体、オリゴペプチド、または他の有機分子は、適切なＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現または過剰発現している癌細胞の測定可能な増殖阻害を生じるものである。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、癌細胞の表面上で発現させられる膜貫通ポリペプチドである場合も、また、癌細胞によって産生され、分泌されるポリペプチドである場合もある。好ましい増殖阻害抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体、オリゴペプチド、あるいは有機分子は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６を発現している腫瘍細胞の増殖を、適切な対照と比較して、２０％以上、好ましくは、約２０％から約５０％、そしてなおより好ましくは、５０％以上（例えば、約５０％から約１００％）阻害する。対照は、通常は、試験される抗体、オリゴペプチド、または他の有機分子で処理されていない腫瘍細胞である。増殖阻害は、細胞培養物中、約０．１〜３０μｇ／ｍＬまたは約０．５ｎＭ〜２００ｎＭの抗体濃度において測定することができ、ここで増殖阻害は、抗体への腫瘍細胞の曝露から１〜１０日後に測定される。インビボの腫瘍細胞の増殖阻害は、様々な方法で決定できる。抗体は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体の、約１μｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ体重での投与によって、腫瘍の大きさの縮小、または腫瘍の増殖の減少が、抗体の最初の投与から約５日から３ヶ月以内に、好ましくは、約５日から３０日以内に生じる場合に、増殖阻害性である。
「アポトーシスを誘導する」抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子は、アネキシンＶの結合、ＤＮＡのフラグメント化、細胞収縮、小胞体の拡張、細胞の断片化および／または膜ベシクル（アポトーシス体と称する）の形成により判断されるプログラムされた細胞死を誘導するものである。細胞は、通常は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを過剰発現している細胞である。好ましくは、細胞は、腫瘍細胞、例えば、前立腺、乳房、卵巣、胃、子宮内膜、肺、腎臓、結腸、膀胱の細胞である。アポトーシスに関連する細胞事象を評価するために様々な方法が利用できる。例えば、ホスファチジルセリン（ＰＳ）転座は、アネキシン結合により測定でき；ＤＮＡフラグメント化は、ＤＮＡラダー化を介して評価でき；そして、ＤＮＡフラグメント化に伴う核／クロマチン縮合は、低二倍体細胞の任意の増大により評価できる。好ましくは、アポトーシスを誘導する抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子は、アネキシン結合アッセイにおいて非投与の細胞と比較してアネキシン結合の約２〜５０倍、好ましくは約５〜５０倍、そして最も好ましくは約１０〜５０倍の誘導をもたらすものである。
抗体の「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域（ネイティブ配列のＦｃ領域またはアミノ酸配列改変体のＦｃ領域）に起因し得る生物学的活性のことをいい、そして、抗体アイソタイプと共に変動する。抗体エフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害；Ｆｃレセプター結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；貪食作用；細胞表面レセプター（例えば、Ｂ細胞レセプター）のダウンレギュレーション；およびＢ細胞活性化が挙げられる。
「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害」すなわち「ＡＤＣＣ」とは、特定の細胞傷害性細胞（例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球およびマクロファージ）上に存在するＦｃレセプター（ＦｃＲ）に結合している分泌Ｉｇにより、これらの細胞傷害性エフェクター細胞が抗原担持標的細胞に特異的に結合し、そしてその後、細胞毒素により標的細胞を殺滅することができるようにするという細胞傷害の形態のことをいう。抗体は、細胞傷害性細胞を「武装」させ、そしてそのような殺滅のために絶対に必要なものである。ＡＤＣＣを媒介する主要な細胞であるＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するのに対し、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩおよびＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞上のＦｃＲの発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−９２（１９９１）の４６４ページの表３に総括されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためには、米国特許第５，５００，３６２号または同第５，８２１，３３７号に記載されているようなインビトロのＡＤＣＣアッセイを実施してよい。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が挙げられる。あるいは、または追加的に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば、ＣｌｙｎｅｓらＰｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，９５：６５２−６５６（１９９８）に開示されているような動物モデルにおいてインビボで評価してよい。
「Ｆｃレセプター」すなわち「ＦｃＲ」は、抗体のＦｃ領域に結合するレセプターを説明する。好ましいＦｃＲは、ネイティブ配列のヒトＦｃＲである。さらに、好ましいＦｃＲは、ＩｇＧ抗体に結合するもの（γレセプター）であり、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩおよびＦｃγＲＩＩＩのサブクラスのレセプターが挙げられ、これらのレセプターの対立遺伝子改変体および選択的スプライシング型も含まれる。ＦｃγＲＩＩレセプターは、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性化レセプター」）およびＦｃγＲＩＩＢ（「抑制レセプター」）を包含し、これらはその細胞質ドメインにおいて主に異なっている類似のアミノ酸配列を有する。活性化レセプターＦｃγＲＩＩＡは、その細胞質ドメイン中に免疫受容活性化チロシンモチーフ（ＩＴＡＭ）を含む。抑制レセプターＦｃγＲＩＩＢは、その細胞質ドメインに免疫受容抑制性チロシンモチーフ（ＩＴＩＭ）を含む（Ｄａｅｒｏｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３−２３４（１９９７）の概説Ｍを参照のこと）。ＦｃＲは、Ｒａｖｅｔｃｈ ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９：４５７−４９２（１９９１）；Ｃａｐｅｌら、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２５−３４（１９９４）；およびｄｅ Ｈａａｓら、Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．１２６：３３０−４１（１９９５）において概説されている。将来同定されるものを含む他のＦｃＲは、本明細書においては用語「ＦｃＲ」に包含される。この用語はまた、胎児への母体ＩｇＧの移行の原因となる新生児レセプターＦｃＲｎも含む（Ｇｕｙｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）およびＫｉｍら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））。
「ヒトエフェクター細胞」は、１つ以上のＦｃＲを発現し、エフェクター機能を示す白血球である。好ましくは、この細胞は、少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現し、そしてＡＤＣＣエフェクター機能を示す。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞および好中球が挙げられ；ＰＢＭＣおよびＮＫ細胞が好ましい。エフェクター細胞は、天然の起源から、例えば、血液から単離され得る。
「補体依存性細胞傷害」すなわち「ＣＤＣ」は、補体の存在下における標的細胞の溶解のことをいう。古典的補体経路の活性化は、その同種抗原に結合している（適切なサブクラスの）抗体に補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）が結合することにより開始される。補体活性化を評価するためには、例えば、Ｇａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ２０２：１６３（１９９６）に記載されているようなＣＤＣアッセイを実施してよい。
用語「癌」および「癌性の」は、代表的には調節されていない細胞の成長を特徴とする哺乳動物における生理学的状態のことをいうか、それを説明するものである。癌の例としては、癌腫、リンパ種、芽腫、肉腫および白血病が挙げられるがこれらに限定されない。このような癌のより特定の例としては、扁平上皮癌、肺癌（小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌および肺の扁平上皮癌）、腹膜の癌、肝細胞癌、胃癌（消化器癌を含む）、膵癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝細胞癌、乳癌、結腸癌、直腸結腸癌、子宮体癌または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌、肝癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝臓癌種および様々な型の頭頚部癌ならびにＢ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ；中悪性度／濾胞性ＮＨＬ；中悪性度のびまん性ＮＨＬ；高悪性度の免疫芽球性ＮＨＬ；高悪性度のリンパ芽球性ＮＨＬ；高悪性度の小型非分割細胞ＮＨＬ；嵩高い疾患（ｂｕｌｋｙ ｄｉｓｅａｓｅ）ＮＨＬ；マントル細胞リンパ腫；ＡＩＤＳ関連リンパ腫；およびワルデンシュトレームマクログロブリン血症を含む）；慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）；ヘアリー細胞白血病；慢性骨髄芽球性白血病；および移植後のリンパ増殖性障害（ＰＴＬＤ）が挙げられる。好ましくは、癌は、ＩＧＦレセプターを発現する腫瘍、より好ましくは乳癌、肺癌、直腸結腸癌または前立腺癌、そして最も好ましくは乳癌または前立腺癌を含む。
「化学療法剤」とは、癌の処置において有用な化合物である。化学療法剤の例としては、アルキル化剤（例えば、チオテパおよびＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロホスファミド）；スルホン酸アルキル（例えば、ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン）；アジリジン（例えば、ベンゾドパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）およびウレドパ（ｕｒｅｄｏｐａ））；エチレンイミンおよびメチラメラミン（アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド（ｔｒｉｅｔｈｉｙｌｅｎｅｔｈｉｏｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）およびトリメチロールメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含む）；アセトゲニン（特にブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（合成アナログトポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン（ｃａｌｌｙｓｔａｔｉｎ）；ＣＣ−１０６５（アドゼレシン、カルゼレシン（ｃａｒｚｅｌｅｓｉｎ）およびビゼレシン合成アナログを含む）；クリプトフィシン（ｃｒｙｐｔｏｐｈｙｃｉｎ）（特にクリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成アナログ、ＫＷ−２１８９およびＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エレウテロビン（ｅｌｅｕｔｈｅｒｏｂｉｎ）；パンクラチスタチン（ｐａｎｃｒａｔｉｓｔａｔｉｎ）；サルコジクチン（ｓａｒｃｏｄｉｃｔｙｉｎ）；スポンジスタチン（ｓｐｏｎｇｉｓｔａｔｉｎ）；ナイトロジェンマスタード（例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミン、メルファラン、ノベンブシン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン（ｐｈｅｎｅｓｔｅｒｉｎｅ）、プレドニムスチン（ｐｒｅｄｎｉｍｕｓｔｉｎｅ）、トロフォスファミド（ｔｒｏｆｏｓｆａｍｉｄｅ）、ウラシルマスタード）；ニトロソ尿素（ｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）（例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン（ｆｏｔｅｍｕｓｔｉｎｅ）、ロムスチン、ニムスチンおよびラニムヌスチン（ｒａｎｉｍｎｕｓｔｉｎｅ））；抗生物質（例えば、エネジン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケミシンガンマ１ＩおよびカリケミシンオメガＩ１（例えば、Ａｇｎｅｗ，Ｃｈｅｍ Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．，３３：１８３−１８６（１９９４））；ダイネミシン（ｄｙｎｅｍｉｃｉｎ）（ダイネミシンＡが含まれる）、ビスホスホネート（例えば、クロドロネート、エスペラマイシン、ならびにネオカルジノスタチン発色団（ｎｅｏｃａｒｚｉｎｏｓｔａｔｉｎ ｃｈｒｏｍｏｐｈｏｒｅ）、および関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン（ａｃｌａｃｉｎｏｍｙｓｉｎ）、アクチノマイシン、オートラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、アドリアマイシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標））ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、およびデオキシドキソルビシンが含まれる）、エピルビシン、エソルビシン、イダラルビシン、マルセロマイシン（ｍａｒｃｅｌｌｏｍｙｃｉｎ）、マイトマイシン、（例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾトシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗物質（例えば、メトトレキセートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ（例えば、デノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセート、プリンアナログ（例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ（例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン（ｄｏｘｉｆｌｕｒｉｄｉｎｅ）、エノシタビン（ｅｎｏｃｉｔａｂｉｎｅ）、フロキシウリジン（ｆｌｏｘｕｒｉｎｉｎｅ）；アンドロゲン（例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール（ｅｐｉｔｉｏｓｔａｎｏｌ）、メピチオスタン（ｍｅｐｉｔｉｏｓｔａｎｅ）、テストラクトン、抗副腎薬（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌｓ（例えば、アミノグルテチミド（ａｍｉｎｏｇｌｕｔｅｔｈｉｍｉｄｅ）、ミトタン（ｍｉｔｏｔａｎｅ）、トリロスタン（ｔｒｉｌｏｓｔａｎｅ）；葉酸補充薬（例えば、フロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ））；アセグラトン（ａｃｅｇｌａｔｏｎｅ）、アルドホスファミドグリコシド、アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デフォファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルシン；ジアジコン（ｄｉａｚｉｑｕｏｎｅ）；エルホルニチン（ｅｌｆｏｒｎｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；メイタンシノイド（例えば、メイタンシンおよびアンサミトシン）；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメト；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ）、２−エチルヒドラジド、プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン、スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｃｅｎｅ）（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、およびアングイジン）；ウレタン（ｕｒｅｔｈａｎ）；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド（ｔａｘｏｉｄ）（例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標）パクリタキセル（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，ＮＪ）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ−ｆｒｅｅ、パクリタキセルのアルブミン操作された（ａｌｂｕｍｉｎ−ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ）ナノ粒子処方物ドキセタキセル（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐａｒｔｎｅｒｓ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）、およびＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）ドセタキセル（Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ，Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ））；クロラムブシル（ｃｈｌｏｒａｎｂｕｃｉｌ）；ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；白金アナログ（例えば、シスプラチン、およびカルボプラチン）；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミゴキサントロン；ビンクリスチン；ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；キセロダ（ｘｅｌｏｄａ）；イバンドロネート（ｉｂａｎｄｒｏｎａｔｅ）；ＣＰＴ−Ｉ１；トポイソメラーゼインヒビターＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド（例えば、レチン酸）；カペシタビン（ｃａｐｅｃｉｔａｂｉｎｅ）；ならびに上記の任意のものの薬学的に受容可能な塩、酸または誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。
この定義に同様に含まれるものは、腫瘍に対するホルモンの作用を制御または阻害する作用を有する抗ホルモン剤（例えば、抗エストロゲンおよび選択的エストロゲンレセプターモジュレーター（ｍｏｄｕｌａｔｏｒ）（ＳＥＲＭ）（タモキシフェン（例えば、ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン（ｔｒｉｏｘｉｆｅｎｅ）、ケオキシフェン（ｋｅｏｘｉｆｅｎｅ）、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン（ｏｎａｐｒｉｓｔｏｎｅ）およびＦＡＲＥＳＴＯＮトレミフェン；副腎におけるエストロゲン産生を制御する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼインヒビター（例えば、４（５）−イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）酢酸メゲストロール、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）エキセメスタン、フォルメスタニー（ｆｏｒｍｅｓｔａｎｉｅ）、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）ボロゾール（ｖｏｒｏｚｏｌｅ）、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）レトロゾールおよびＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）アナストロゾール）；および抗アンドロゲン（例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリドおよびゴセレリン）；ならびにトロキサシタビン（ｔｒｏｘａｃｉｔａｂｉｎｅ）（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に例えば、ＰＫＣ−アルファ、ＲａｌｆおよびＨ−Ｒａｓなどの異常な細胞増殖に関与するとされるシグナリ伝達経路における遺伝子の発現を抑制するもの；リボザイム（例えば、ＶＥＧＦ発現インヒビター（例えば、ＡＮＧＩＯＺＹＭＥ（登録商標）リボザイム）およびＨＥＲ２発現インヒビター）；ワクチン（例えば、遺伝子療法ワクチン、例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチンおよびＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン；ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）ｒＩＬ−２；ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）トポイソメラーゼ１インヒビター；ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨ；および上記のいずれかの製薬上許容しうる塩、酸または誘導体である。
用語「細胞増殖性障害」および「増殖性障害」は、ある程度の異常な細胞増殖に関連する障害のことをいう。本発明の１つの態様において、細胞増殖性障害は、癌である。
「腫瘍」とは、本明細書中で使用されるとき、悪性良性に関わらずすべての新生物細胞の成長および増殖ならびにすべての前癌および癌性の細胞および組織のことをいう。
「細胞死を誘導する」抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子は、生存細胞を非生存性とするものである。細胞は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現する細胞であり、好ましくは、同じタイプの組織の正常な細胞と比較して、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを過剰発現する細胞である。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、癌細胞の表面上で発現される膜貫通ポリペプチドである場合も、また、癌細胞によって産生され、分泌されるポリペプチドである場合もある。好ましくは、その細胞は、癌細胞、例えば、乳房、卵巣、胃、子宮内膜、唾液腺、肺、腎臓、結腸、甲状腺、膵臓または膀胱の細胞である。インビトロでの細胞死は、抗体依存性細胞媒介細胞傷害（ＡＤＣＣ）または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）により誘導された細胞死を識別するために補体および免疫エフェクター細胞の非存在下において決定され得る。すなわち、細胞死に関するアッセイは、熱不活性化血清を用い（すなわち補体非存在下において）、そして免疫エフェクター細胞の非存在下において実施され得る。抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子が細胞死を誘導することができるか否かを判定するためには、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）、トリパンブルー（Ｍｏｏｒｅら、Ｃｙｔｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １７：１−１１（１９９５）を参照のこと）または７ＡＡＤの取り込みにより評価される膜完全性の喪失を、未処理細胞と比較して評価することができる。好ましい細胞死誘導性の抗体、オリゴペプチドまたは他の有機分子は、ＢＴ４７４細胞におけるＰＩ取り込みアッセイにおいてＰＩ取り込みを誘導するものである。
本明細書中で使用されるとき、用語「免疫接着物（ｉｍｍｕｎｏａｄｈｅｓｉｏｎ）」は、免疫グロブリンの定常ドメインのエフェクター機能に異種タンパク質の結合特異性（「接着」）を組み合わせた抗体様分子を表す。構造的には、免疫接着物は、抗体の抗原認識結合部位および抗原結合部位以外の所望の結合特異性を有する（すなわち「異種」）アミノ酸配列と免疫グロブリン定常ドメイン配列との融合を含む。免疫接着分子の接着部分は、代表的には、少なくともレセプターまたはリガンドの結合部位を含む隣接するアミノ酸配列である。免疫接着物における免疫グロブリン定常ドメイン配列は、任意の免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ−１、ＩｇＧ−２、ＩｇＧ−３またはＩｇＧ−４サブタイプ、ＩｇＡ（ＩｇＡ−１およびＩｇＡ−２を含む）、ＩｇＥ、ＩｇＤまたはＩｇＭ）から得てよい。
用語「標識」は、本明細書中で使用されるとき、「標識された」抗体を作製するために抗体に直接的または間接的に結合体化された検出可能な化合物または組成物のことをいう。標識は、それ自体が検出可能であり得る（例えば、放射性同位体標識または蛍光標識）か、または、酵素標識の場合は、検出可能な基質化合物または基質組成物の化学的改変を触媒し得る。
「複製防止剤」とは、アポトーシス、血管形成抑制、細胞増加、腫瘍殺傷、有糸分裂抑制、細胞周期進行遮断、細胞成長の停止、腫瘍への結合、細胞メディエーターとしての作用などの機序に関わらず、細胞の複製、機能および／または成長を抑制または防止するか、または細胞を破壊する薬剤である。そのような薬剤としては、化学療法剤、細胞傷害性薬剤、サイトカイン、増殖阻害剤もしくは抗ホルモン剤、例えば、抗エストロゲン化合物（例えば、タモキシフェン、オナプリストン（ＥＰ６１６８１２参照）などの抗プロゲステロン；またはフルタミドなどの抗アンドロゲン、ならびにアロミダーゼインヒビターまたはアンドロゲンなどのホルモン剤が挙げられる。
用語「細胞傷害性薬剤」は、本明細書中で使用されるとき、細胞の機能を抑制または防止および／または細胞の破壊を引き起こす物質のことをいう。この用語は、放射性同位元素（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、およびＬｕの放射性同位体）化学療法薬（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン、または他の挿入剤）、およびそれらの酵素および断片（例えば、核酸分解酵素、抗生物質、および毒素（例えば、低分子毒素、または細菌、真菌、植物、もしくは動物を起源とする酵素活性のある毒素（それらの断片および／または変異体が含まれる））、ならびに、以下に開示される様々な抗腫瘍薬または抗癌剤を含むように意図される。他の細胞傷害性薬剤は、下に記載する。殺腫瘍傷性薬剤は、腫瘍細胞の破壊をもたらす。
本明細書においてアンタゴニストと組み合わせて使用するための特定の腫瘍型に対する本明細書中の好ましい細胞傷害性薬剤は、以下の通りである：
１．前立腺癌：アンドロゲン、ドセタキセル、パクリタキセル、エストラムスチン（ｅｓｔｒａｍｕｓｔｉｎｅ）、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ＥｒｂＢ２ドメイン（単数または複数）に対する抗体（例えば、２Ｃ４（ＷＯ０１／００２４５；ハイブリドーマＡＴＣＣ ＨＢ−１２６９７）（これは、ＥｒｂＢ２の細胞外ドメインの中の１つの領域（例えば、ＥｒｂＢ２の約残基２２から約残基５８４（それらが含まれる）までの領域の中の任意の１つ以上の残基）に結合する）、ＡＶＡＳＴＩＮＴＭ抗血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、ＴＡＲＣＥＶＡＴＭＯＳＩ−７７４（エルトチニブ（ｅｒｌｏｔｉｎｉｂ））（Ｇｅｎｅｎｅｔｅｃｈ ａｎｄ ＯＳＩ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、または他の上皮成長因子受容体チロシンキナーゼ阻害剤（ＥＧＦＲ ＴＫＩ’ｓ）。
２．胃癌：５−フルオロウラシル（５ＦＵ）、ＸＥＬＯＤＡＴＭカペシタビン、メトトレキサート、エトポシド、シスプラチン／カルボプラチン、パクリタキセル（ｐａｃｌｉｉｔａｘｅｌ）、ドセタキセル、ゲムシタビン、ドキソルビシンおよびＣＰＴ−１１（カンプトテシン（ｃａｍｐｔｏｔｈｃｉｎ）−１１；イリノテカン、米国商標名：ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））。
３．膵臓癌：ゲムシタビン、５ＦＵ、ＸＥＬＯＤＡＴＭカペシタビン、ＣＰＴ−１１、ドセタキセル、パクリタキセル、シスプラチン、カルボプラチン、ＴＡＲＣＥＶＡＴＭエルロチニブおよび他のＥＧＦＲ ＴＫＩ。
４．直腸結腸癌：５ＦＵ、ＸＥＬＯＤＡＴＭカペシタビン、ＣＰＴ−１１、オキサリプラチン、ＡＶＡＳＴＩＮＴＭ抗ＶＥＧＦ、ＴＡＲＣＥＶＡＴＭエルロチニブおよび他のＥＧＦＲ ＴＫＩならびにＥＧＦＲに結合しレセプター活性化および腫瘍へのシグナル伝達を開始するＥＧＦの能力を阻止するＥＲＢＩＴＵＸＴＭ（旧称ＩＭＣ−Ｃ２２５）ヒト：マウス−キメラ化モノクローナル抗体。
５．腎臓癌：ＩＬ−２、インターフェロンアルファ、ＡＶＡＳＴＩＮＴＭ抗ＶＥＧＦ、ＭＥＧＡＣＥＴＭ（酢酸メゲストロール）プロゲスチン、ビンブラスチン、ＴＡＲＣＥＶＡＴＭエルロチニブおよび他のＥＧＦＲ ＴＫＩ。
「増殖阻害剤」は、本明細書中で使用される場合は、細胞の増殖を阻害する化合物または組成物を意味し、特に、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をインビトロもしくはインビボのいずれかで発現している癌細胞を意味する。したがって、増殖阻害剤は、Ｓ期にあるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６を発現している細胞のパーセンテージを有意に低下させる薬剤であり得る。増殖阻害剤の例としては、細胞周期の進行を阻止する（Ｓ期以外の位置において）薬剤（例えば、Ｇ１停止およびＭ期停止を誘導する薬剤）が挙げられる。従来のＭ期遮断薬としては、ビンカ（ビンクリスチンおよびビンブラスチン）、タキサンおよびトポイソメラーゼＩＩインヒビター（例えば、ドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシドおよびブレオマイシン）が挙げられる。Ｇ１を停止させる薬剤、例えば、ＤＮＡアルキル化剤（例えば、タモキシフェン、プレドニソン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキサート、５−フルオロウラシルおよびａｒａ−Ｃ）はまた、Ｓ期停止にまでおよぶ。さらなる情報は、Ｔｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ，Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ ａｎｄ Ｉｓｒａｅｌ，ｅｄｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １，“Ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ，ａｎｄ ａｎｔｉｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｄｒｕｇｓ”，Ｍｕｒａｋａｍｉら（ＷＢ Ｓａｕｎｄｅｒｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，１９９５）の特に１３ページに見ることができる。タキサン類（パクリタキセルおよびドセタキセル）は、共にイチイ属の木から得られた抗癌剤である。ヨーロッパイチイから得られたドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ）は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）の半合成アナログである。パクリタキセルおよびドセタキセルは、チューブリン２量体からの微小管の組立を促進し、そして脱重合の防止によって微小管を安定化させることにより、細胞の有糸分裂の抑制をもたらす。
「ドキソルビシン」は、アントラサイクリン抗生物質である。ドキソルビシンの完全な化学名は、（８Ｓ−シス）−１０−［（３−アミノ−２，３，６−トリデオキシ−α−Ｌ−リキソ−ヘキサピラノシル）オキシ］−７，８，９，１０−テトラヒドロ−６，８，１１−トリヒドロキシ−８−（ヒドロキシアセチル）−１−メトキシ−５，１２−ナフタセンジオンである。
用語「サイトカイン」は、ある細胞集団により放出され、細胞間メディエーターとして別の細胞に作用するタンパク質に関する総称である。このようなサイトカインの例は、リンフォカイン、モノカインおよび従来のポリペプチドホルモンである。サイトカインに含まれるものは、成長ホルモン（例えば、ヒト成長ホルモン、Ｎ−メチオニルヒト成長ホルモンおよびウシ成長ホルモン）；副甲状腺ホルモン；チロキシン；インスリン；プロインスリン；レラキシン；プロレラキシン；糖タンパク質ホルモン（例えば、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）および黄体形成ホルモン（ＬＨ））；肝成長因子；線維芽細胞成長因子；プロラクチン；胎盤性ラクトーゲン；腫瘍壊死因子−αおよび−β；ミューラー阻害物質；マウスゴナドトロピン関連ペプチド；インヒビン；アクチビン；血管内皮成長因子；インテグリン；トロンボポエチン（ＴＰＯ）；神経成長因子（例えば、ＮＧＦ−β）；血小板成長因子；トランスフォーミング成長因子（ＴＧＦ）（例えば、ＴＧＦ−αおよびＴＧＦ−β）；インスリン様成長因子−Ｉおよび−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子（ｏｓｔｅｏｉｎｄｕｃｔｉｖｅ ｆａｃｔｏｒ）；インターフェロン（例えば、インターフェロン−α、−βおよび−γ）；コロニー刺激因子（ＣＳＦ）（例えば、マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ））；顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）；および顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）；インターロイキン（ＩＬ）（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−１ａ、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２）；腫瘍壊死因子（例えば、ＴＮＦ−αまたはＴＮＦ−β）；および他のポリペプチド因子（ＬＩＦおよびキットリガンド（ＫＬ）を含む）である。本明細書中で使用されるとき、用語サイトカインは、天然起源由来または組換え細胞培養物由来のタンパク質およびネイティブ配列のサイトカインの生物学的活性同等物を含む。
用語「添付文書」とは、治療用製品の市販用パッケージ内に慣習的に含まれる指示書のことをいうために用いられ、そのような治療用製品の使用に関する適応症、使用法、用量、投与、禁忌および／または警告に関する情報を含んでいる。
用語「遺伝子」とは、（ａ）本明細書に開示したＤＮＡ配列の少なくとも１つを含む遺伝子；（ｂ）本明細書中で開示するＤＮＡ配列によりコードされるアミノ酸配列をコードする任意のＤＮＡ配列および／または（ｃ）本明細書中で開示するコード配列の相補物にハイブリダイズする任意のＤＮＡ配列のことをいう。好ましくは、この用語は、コード領域ならびに非コード領域を含み、好ましくは、正常な遺伝子発現に必要なすべての配列を包む。
用語「遺伝子ターゲティング」とは、ゲノムＤＮＡフラグメントが哺乳動物細胞内に導入され、そしてそのフラグメントが内在性の相同配列を特定して組換えを起こす場合に生じる相同組換えの型のことをいう。相同組換えによる遺伝子ターゲティングは、特定のゲノム配列を特定の設計の外因性ＤＮＡと置き換える組換えＤＮＡ技術を使用する。
用語「相同組換え」とは、相同なヌクレオチド配列の部位における２つのＤＮＡ分子または染色分体の間のＤＮＡフラグメントの交換のことをいう。
用語「標的遺伝子」（あるいは「標的遺伝子配列」または「標的ＤＮＡ配列」とも呼ばれる）は、相同組換えにより改変されるべき任意の核酸分子、ポリヌクレオチドまたは遺伝子のことをいう。標的配列は、インタクトな遺伝子、エクソンもしくはイントロン、調節配列または遺伝子間の任意の領域を含む。標的遺伝子は、個々のゲノムＤＮＡにおける特定の遺伝子または遺伝子座の一部分を含み得る。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子の「破壊」は、ゲノムＤＮＡの断片が、内因性の相同配列とともに存在しているかまたはそれらと組み換えられる場合に生じる。この場合、破壊は、ネイティブ遺伝子もしくはその一部の欠失、または自然界に存在している遺伝子の変異であるか、あるいは、破壊は、ネイティブ遺伝子の機能的な不活化である。あるいは、配列の破壊は、遺伝子トラップベクターを用いた非特異的な挿入性の不活性化により生じてもよい（すなわち、ランダムに挿入されたトランスジーンを含み、発現する非ヒトトランスジェニック動物；例えば、２００２年８月２０日に発行された米国特許第６，４３６，７０７号を参照のこと）。これらの配列の破壊または改変としては、ＤＮＡ配列の挿入、ミスセンス、フレームシフト、欠失または置換もしくは置き換えあるいはそれらの任意の組み合わせが挙げられ得る。挿入は、動物、植物、真菌、昆虫、原生動物またはウイルス起源であり得る遺伝子全体の挿入を含む。破壊は、例えば、正常な遺伝子産物の産生を部分的または完全に抑制するか、または正常な遺伝子産物の活性を増強することにより、その正常な遺伝子産物を変更することができる。好ましくは、破壊は無意味な破壊であり、この場合、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子の有意な発現は存在しない。
用語「ネイティブな発現」は、野生型のマウスの中に存在する発現レベルでの、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子によってコードされる全長のポリペプチドの発現を意味する。したがって、内因性のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子の「自然ではない発現」が存在する破壊は、１つの細胞、選択された細胞、または哺乳動物の全ての細胞の、内因性のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子によってコードされるポリペプチドの少なくとも一部の発現の部分的あるいは完全な低下を意味する。
用語「ノックアウト」とは、破壊によりネイティブの遺伝子の機能的不活性化；ネイティブ遺伝子またはその一部分の欠失；またはネイティブの遺伝子の変異がもたらされるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６遺伝子の破壊のことをいう。
用語「ノックイン（ｋｎｏｃｋ−ｉｎ）」は、マウスのオルトログ（または他のマウスの遺伝子）の、特異的なヒトＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードする遺伝子、あるいはそれらの変異体のうちの任意のものをコードするヒトｃＤＮＡでの置き換えを意味する（すなわち、破壊によって、ネイティブなヒト遺伝子でのネイティブなマウスの遺伝子の置き換えが生じる）。
用語「構築物」または「ターゲティング構築物」とは、標的の組織、細胞株または動物内に移行されるべき人工的に組み立てられたＤＮＡセグメントのことをいう。代表的には、ターゲティング構築物は、特定の目的の遺伝子または核酸配列、マーカー遺伝子および適切なコントロール配列を含む。本明細書中で提供される場合は、標的化構築物には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６標的化構築物が含まれる。「ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６標的化構築物」には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子の少なくとも一部に対して相同であるＤＮＡ配列が含まれ、これらは、宿主細胞の中でＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子の破壊を生じることができる。
用語「トランスジェニック細胞」は、そのゲノムの中に、破壊されている、修飾されている、変更されている、あるいは、遺伝子標的化の方法によって完全にまたは部分的に置き換えられているＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子が含まれている細胞を意味する。
用語「トランスジェニック動物」とは、本明細書に記載した方法または当該分野で周知の他の方法により破壊または他の方法で改変または変異されている特定の遺伝子をそのゲノム内に含む動物のことをいう。好ましくは、その非ヒトトランスジェニック動物は、哺乳動物である。より好ましくは、その哺乳動物は、げっ歯類（例えば、ラットまたはマウス）である。さらに、「トランスジェニック動物」は、ヘテロ接合の動物（すなわち、１つの欠損対立遺伝子および１つの野生型対立遺伝子）またはホモ接合の動物（すなわち、２つの欠損対立遺伝子）であり得る。胚は、動物の定義内に属するとみなす。動物を提供することは、胚が在胎期を満了するかどうかにかかわらず、交配もしくは他の方法によって、子宮内に胚または胎児を提供することを含む。
本明細書中で使用されるとき、用語「選択マーカー」および「位置選択マーカー」とは、遺伝子を有している細胞のみを特定の条件下で生存および／または成長させることができる、ある産物をコードする遺伝子のことをいう。例えば、導入されたネオマイシン耐性（Ｎｅｏｒ）遺伝子を発現する植物細胞および動物細胞は、化合物Ｇ４１８に耐性である。Ｎｅｏｒ遺伝子マーカーを有しない細胞は、Ｇ４１８により殺滅される。他の陽性選択マーカーは、当業者に公知であるか、または推測できるものである。
用語「調節する」または「調節」は、本明細書中で使用される場合は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子の機能、発現、活性、またはあるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子に関連する表現型の、低下、阻害、減少、緩和、増大、あるいは増強を意味する。
用語「寛解する」または「寛解」は、本明細書中で使用されるとき、状態、疾患、障害または表現型（異常または症状を含む）の減少、低減または排除のことをいう。
用語「異常性」は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６が関与している任意の疾患、障害、状態、あるいは表現型（病状および行動観察が含まれる）を意味する。
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 ＩＩ．本発明の組成物および方法
Ａ．全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド
本発明により、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドと本出願において呼ばれるポリペプチドをコードする、新しく同定され、単離されたヌクレオチド配列が提供される。具体的には、様々なＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡが、以下の実施例にさらに詳細に開示されるように、同定され、そして単離されている。異なる回の発現において生産されたタンパク質は、様々なＰＲＯ数を生じ得るが、ＵＮＱ数は、任意の所定のＤＮＡおよびコードされるタンパク質について固有であり、変化しないであろうことに留意されたい。しかしながら、簡便のため、本明細書においては、本明細書中で開示する完全長のネイティブの核酸分子によりコードされるタンパク質ならびにＰＲＯの前記した定義に含まれるすべてのさらなるネイティブの相同体および改変体は、その起源または調製様式に関わらず、「ＰＲＯ／番号」と呼ぶ。
後述する実施例に開示するように、様々なｃＤＮＡクローンがＡＴＣＣに寄託されている。当業者は、これらのクローンの実際のヌクレオチド配列を、当該分野の日常的方法を用いて寄託クローンの配列決定により容易に決定することができる。予測されるアミノ酸配列は、日常的技術を用いてヌクレオチド配列から決定できる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、および本明細書中に記載されるコード核酸について、出願人らは、その時点で利用できる配列情報を用いて同定することができる最良のリーディングフレームであると考えたものを同定した。
Ｂ．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド変異体
本明細書中に記載される全長のネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに加えて、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体を調製することができることが想定される。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６変異体は、適切なヌクレオチドの変化を、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ＤＮＡの中に導入することによって、および／または、所望されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの合成によって調製することができる。アミノ酸の変化によって、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの翻訳後プロセスを変化させる（例えば、グリコシル化部位の数もしくはその位置を変化させる、または膜結合特性を変更する）ことができることは、当業者には明らかであろう。
ネイティブな全長の配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドにおける、あるいは、本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの様々なドメインにおけるバリエーションは、例えば、米国特許第５，３６４，９３４号に示されている保存的変異および非保存的変異についての技術およびガイドラインのうちの任意のものを使用して、作成することができる。バリエーションは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする１つ以上のコドンの置換、欠失、あるいは、挿入であり得、これによって、ネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドと比較して、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアミノ酸配列の中に変化が生じる。任意選択で、バリエーションは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの１つ以上のドメインの中の任意の他のアミノ酸での、少なくとも１つのアミノ酸の置換による。どのアミノ酸残基を、所望される活性に有害な影響を及ぼすことなく挿入する、置換する、または欠失させることができるかを決定する指針は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの配列を、相同である公知のタンパク質分子の配列と比較すること、そして相同性の高い領域の中に作成されたアミノ酸配列の変化の数を最少にすることによって見出すことができる。アミノ酸置換は、１つのアミノ酸を同様の構造的および／または化学的特性を有する別のアミノ酸と置き換えること、例えば、ロイシンをセリンで置き換えること、すなわち保存的なアミノ酸の置き換えの結果であり得る。挿入および欠失は、必要に応じて約１〜５個のアミノ酸の範囲であってよい。許容される変異は、配列におけるアミノ酸の挿入、欠失または置換を系統的に行うことおよび得られた改変体を完全長または成熟ネイティブ配列により示される活性について試験することにより決定され得る。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド断片が、本明細書中に提供される。そのようなフラグメントは、例えば、完全長のネイティブのタンパク質と比較した場合にＮ末端またはＣ末端で切断されているか、または、内部残基を欠いている場合がある。特定の断片には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの所望される生物学的活性に不可欠ではないアミノ酸残基は含まれない。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６断片は、多数の従来技術のうちの任意のものによって調製することができる。所望のペプチドフラグメントは、化学的に合成され得る。別のアプローチには、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６断片を、酵素消化によって、例えば、タンパク質を、特定のアミノ酸残基によって定義される部位でタンパク質を切断することが公知の酵素でタンパク質を処理することによって、または、適切な制限酵素でＤＮＡを消化し、そして所望される断片を単離することによって、作成することが含まれる。さらに別の適当な手法では、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により所望のポリペプチドフラグメントをコードするＤＮＡフラグメントを単離して増幅する。そのＤＮＡフラグメントの所望の末端を定義するオリゴヌクレオチドをＰＣＲにおける５’および３’のプライマーとして使用する。好ましくは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド断片は、本明細書中に開示されるネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドと、少なくとも１つの生物学的活性および／または免疫学的活性を共有する。
目的の保存的置換は、好ましい置換という見出しの下に表６に示す通りである。このような置換が、生物学的活性の変化をもたらす場合、より実質的な変化、表６において例示される置換と称される置換、またはアミノ酸クラスを参照して後でさらに説明するものが好ましく導入され、その生成物がスクリーニングされる。
Figure 2009516514
Figure 2009516514
 ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの機能または免疫学的実体の実質的な修飾は、（ａ）置換の領域のポリペプチド骨格の構造（例えば、シート構造またはヘリックス構造）、（ｂ）標的部位での分子の電荷または疎水性、あるいは（ｃ）側鎖の大きさを維持することに対するそれらの効果が有意に異なる置換を選択することによって行われる。天然に存在する残基は、共通の側鎖の特性に基づいて群分けされ：
アミノ酸は、その側鎖の特性における類似性（Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｓｅｃｏｎｄ ｅｄ．，ｐｐ．７３−７５，Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９７５））に従って：
（１）非極性；Ａｌａ（Ａ）、Ｖａｌ（Ｖ）、Ｌｅｕ（Ｌ）、Ｉｌｅ（Ｉ）、Ｐｒｏ（Ｐ）、Ｐｈｅ（Ｆ）、Ｔｒｐ（Ｗ）、Ｍｅｔ（Ｍ）
（２）無電荷極性：Ｇｌｙ（Ｇ）、Ｓｅｒ（Ｓ）、Ｔｈｒ（Ｔ）、Ｃｙｓ（Ｃ）、Ｔｙｒ（Ｙ）、Ａｓｎ（Ｎ）、Ｇｌｎ（Ｑ）
（３）酸性：Ａｓｐ（Ｄ）、Ｇｌｕ（Ｅ）
（４）塩基性：Ｌｙｓ（Ｋ）、Ａｒｇ（Ｒ）、Ｈｉｓ（Ｈ）
に群分けされ得る。
あるいは、天然に存在する残基は、共通の側鎖の特性に基づいて：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖の方向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ
に群分けされ得る。
非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを別のクラスと交換することを含む。そのような置換された残基はまた、保存的置換部位内に、またはより好ましくは残りの（非保存的な）部位に導入され得る。
変異は、オリゴヌクレオチド媒介性（部位指向性）突然変異誘発、アラニンスキャニングおよびＰＣＲ突然変異誘発などの当該分野で公知の方法を用いて生成することができる。部位特異的変異導入法［Ｃａｒｔｅｒら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１３：４３３１（１９８６）；Ｚｏｌｌｅｒら、，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１０：６４８７（１９８７）］、カセット突然変異導入法［Ｗｅｌｌｓら、Ｇｅｎｅ，３４：３１５（１９８５）］、制限部位選択変異導入法［Ｗｅｌｌｓら、Ｐｈｉｌｏｓ．Ｔｒａｎｓ．Ｒ．Ｓｏｃ．Ｌｏｎｄｏｎ ＳｅｒＡ，３１７：４１５（１９８６）］または他の公知の手法をクローニングされたＤＮＡに対して実施することによりＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６改変体ＤＮＡを産生することができる。
スキャニングアミノ酸分析もまた、隣接する配列に沿って１つ以上のアミノ酸を同定するために使用できる。好ましいスキャニングアミノ酸には比較的小型の中性のアミノ酸が包含される。このようなアミノ酸としては、アラニン、グリシン、セリンおよびシステインが挙げられる。アラニンは、代表的には、それがベータ炭素を超えた側鎖を排除し、改変体の主鎖のコンホメーションを変更する可能性が低いため、この群の中では好ましいスキャニングアミノ酸である［Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４４：１０８１−１０８５（１９８９）］。アラニンはまた、代表的には、それが最も一般的なアミノ酸であるため好ましい。さらに、アラニンは、頻繁に埋没した位置および曝露される位置の両方において存在する［Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｔｈｅ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｎ．Ｙ．）；Ｃｈｏｔｈｉａ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１５０：１（１９７６）］。アラニン置換が十分な量の改変体をもたらさない場合は、同配体（ｉｓｏｔｅｒｉｃ）アミノ酸を使用できる。
Ｃ．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの修飾
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの共有結合による修飾が、本発明の範囲に含まれる。共有結合による修飾の１つのタイプには、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの標的化されたアミノ酸残基を、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの選択された側鎖あるいはＮ末端またはＣ末端残基と反応することができる有機誘導体化剤と反応させる工程が含まれる。二官能性物質での誘導は、例えば、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体を精製するための方法に使用される水不溶性支持マトリックスまたは表面への、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの架橋のため、ならびにその逆に、有用である。一般に使用される架橋結合剤としては、例えば、１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、例えば、４−アジドサリチル酸とのエステル、ホモ２官能性イミドエステル（３，３’−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネート）などのジスクシンイミジルエステルを含む）、２官能性マレイミド（例えば、ビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタンおよびメチル−３−［（ｐ−アジドフェニル）ジチオ］プロピオイミデート）などの薬剤が挙げられる。
他の改変としては、グルタミニル残基およびアスパルギニル残基からそれぞれ対応するグルタミル残基およびアスパルチル残基への脱アミド化、プロリンおよびリシンのヒドロキシル化、セリル残基またはスレオニル残基のヒドロキシル基のホスホリル化、リシン、アルギニンおよびヒスチジン側鎖のα−アミノ基のメチル化［Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ｐｐ．７９−８６（１９８３）］、Ｎ末端アミンのアセチル化ならびに任意のＣ末端カルボキシル基のアミド化が挙げられる。
本発明の範囲に含まれるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの別のタイプの共有結合による修飾には、ポリペプチドのネイティブなグリコシル化パターンを変更することが含まれる。「ネイティブなグリコシル化パターンを変更すること」は、本明細書中での目的については、ネイティブな配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの中に見られる１つ以上の炭水化物部分を欠失させること（根底にあるグリコシル化部位を除去することによるか、または、化学的および／もしくは酵素的手段によりグリコシル化を欠失させることのいずれかによる）、ならびに／あるいは、ネイティブな配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの中には存在しない１つ以上のグリコシル化部位を付加することを意味する。さらに、この語句は、存在する様々な炭化水素部分の性質および比率の変化を含む、ネイティブタンパク質のグリコシル化の定性的変化を含む。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対するグリコシル化部位の付加は、アミノ酸配列を変更することによって行われる場合がある。変更は、例えば、ネイティブな配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６に対する、１つ以上のセリンまたはスレオニン残基の付加、あるいはそれらによる置換によって作成される場合がある（Ｏ−結合グリコシル化部位について）。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６アミノ酸配列は、任意選択で、ＤＮＡレベルでの変化によって、特には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡを、所望されるアミノ酸に翻訳されるであろうコドンを生じるように予め選択された塩基で変異させることによって、変化させられる場合がある。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド上の炭水化物部分の数を増加させる別の手段は、ポリペプチドへのグリコシドの化学的または酵素的カップリングによる。そのような方法は、当該分野において、例えば、１９８７年９月１１日公開のＷＯ８７／０５３３０およびＡｐｌｉｎ ａｎｄ Ｗｒｉｓｔｏｎ，ＣＲＣ Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，ｐｐ．２５９−３０６（１９８１）に記載されている。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド上に存在している炭水化物部分の除去は、グリコシル化の標的とされるアミノ酸残基をコードしているコドンの、化学的、または酵素的、または突然変異による置換によって行われる場合がある。化学的脱グリコシル化手法は、当該分野で公知であり、そして例えば、Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎ，ら、Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．，２５９：５２（１９８７）およびＥｄｇｅら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１１８：１３１（１９８１）に記載されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、Ｔｈｏｔａｋｕｒａら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１３８：３５０（１９８７）に記載されている種々のエンドグリコシダーゼおよびエキソグリコシダーゼの使用によって達成され得る。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの別のタイプの共有結合による修飾には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを、様々な非タンパク質性のポリマー（例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレン）のうちの１つに対して、米国特許第４，６４０，８３５号；同第４，４９６，６８９号；同第４，３０１，１４４号；同第４，６７０，４１７号；同第４，７９１，１９２号または同第４，１７９，３３７号に示されている様式で連結させることが含まれる。
本発明のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドはまた、別の、異種ポリペプチドまたはアミノ酸配列に対して融合させられたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドが含まれているキメラ分子を形成させるような方法で修飾される場合もある。
そのようなキメラ分子には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの、それに対して抗ｔａｇ抗体を選択的に結合させることができるエピトープを提供するタグポリペプチドとの融合体が含まれる。エピトープタグは、一般的には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に配置される。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのそのようなエピトープタグ化形態の存在は、タグポリペプチドに対する抗体を使用して検出することができる。また、エピトープタグが提供されることにより、抗タグ抗体またはエピトープタグに結合する別のタイプの親和性マトリックスを使用する親和性による精製によって、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを容易に精製することが可能となる。様々なタグポリペプチドおよびその対応する抗体が当該分野で周知である。例としては、ポリヒスチジン（ポリ−ｈｉｓ）またはポリヒスチジン−グリシン（ポリ−ｈｉｓ−ｇｌｙ）タグ；インフルエンザＨＡタグポリペプチドおよびその抗体１２ＣＡ５［Ｆｉｅｌｄら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，８：２１５９−２１６５（１９８８）］；ｃ−ｍｙｃタグおよびそれに対する８Ｆ９、３Ｃ７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７および９Ｅ１０抗体［Ｅｖａｎら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，５：３６１０−３６１６（１９８５）］；ならびに単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）タグおよびその抗体［Ｐａｂｏｒｓｋｙら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，３（６）：５４７−５５３（１９９０）］が挙げられる。他のタグポリペプチドとしては、Ｆｌａｇ−ペプチド［Ｈｏｐｐら、ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，６：１２０４−１２１０（１９８８）］；ＫＴ３エピトープペプチド［Ｍａｒｔｉｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５５：１９２−１９４（１９９２）］；α−チューブリンエピトープペプチド［Ｓｋｉｎｎｅｒら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６６：１５１６３−１５１６６（１９９１）］；およびＴ７遺伝子１０タンパク質ペプチドタグ［Ｌｕｔｚ−Ｆｒｅｙｅｒｍｕｔｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７：６３９３−６３９７（１９９０）］が挙げられる。
キメラ分子には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの、免疫グロブリンまたは免疫グロブリンの特定の領域との融合体が含まれ得る。キメラ分子の２価の形態（「イムノアドヘシン」とも称する）については、このような融合はＩｇＧ分子のＦｃ領域に対するものであり得る。Ｉｇ融合体には、好ましくは、Ｉｇ分子の中の少なくとも１つの可変領域の代わりに、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの可溶性（膜貫通ドメインが欠失させられているか、または不活化させられている）形態の置換が含まれる。本発明の特に好ましい態様において、免疫グロブリン融合は、ＩｇＧ１分子のヒンジ、ＣＨ２およびＣＨ３；またはＩｇＧ１分子のヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３領域を含む。免疫グロブリン融合の生成については、１９９５年６月２７日発行の米国特許第５，４２８，１３０号も参照のこと。
Ｄ．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの調製
以下の記載は、主に、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６核酸が含まれているベクターで形質転換またはトランスフェクトされた細胞を培養することによる、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの産生に関する。もちろん、当該分野で周知の別の方法が、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを調製するために使用される場合があることも想定される。例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６配列、あるいはその一部は、固相技術を使用して直接的なペプチド合成によって産生することができる［例えば、Ｓｔｅｗａｒｔら、Ｓｏｌｉｄ−Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ（１９６９）；Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，８５：２１４９−２１５４（１９６３）を参照のこと］。インビトロのタンパク質合成を、手動の手法または自動により実施してよい。自動合成は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を用いて製造元の指示書により達成され得る。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの様々な部分を別々に化学合成し、そして化学的もしくは酵素的方法を使用して結合させて、全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを産生することができる。
１．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡの単離
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ｍＲＮＡを有しており、そして検出可能なレベルでそれを発現すると考えられる組織から調製されたｃＤＮＡライブラリーから得ることができる。したがって、ヒトＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ＤＮＡは、実施例に記載されるように、ヒトの組織から調製されたｃＤＮＡライブラリーから簡単に得ることができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードする遺伝子はまた、ゲノムライブラリーから、あるいは公知の合成手順によって得ることもできる（例えば、自動核酸合成）。
ライブラリーは、目的の遺伝子またはそれによってコードされるタンパク質を同定するために設計されたプローブ（例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対する抗体、あるいは少なくとも約２０〜８０塩基のオリゴヌクレオチド）を用いてスクリーニングすることができる。選択されたプローブを用いたｃＤＮＡライブラリーまたはゲノムライブラリーのスクリーニングは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９８９）に記載されているような標準的な手順を用いて実施され得る。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６をコードする遺伝子を単離するための代替的な手段は、ＰＣＲ方法を使用することである［Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出；Ｄｉｅｆｆｅｎｂａｃｈら、ＰＣＲ Ｐｒｉｍｅｒ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９５）］。
後述する実施例は、ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための手法を説明するものである。プローブとして選択されたオリゴヌクレオチド配列は、偽陽性を最小限とするために十分な長さのものであり、そして十分明白なものでなければならない。このオリゴヌクレオチドは、好ましくは、スクリーニングされるライブラリーのＤＮＡへのハイブリダイゼーション時にそれが検出できるように標識される。標識方法は、当該分野で周知であり、それらとしては、３２Ｐ標識ＡＴＰのような放射性標識、ビオチニル化または酵素標識の使用が挙げられる。中ストリンジェンシーおよび高ストリンジェンシーを含むハイブリダイゼーション条件は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出に記載されている。
このようなライブラリースクリーニング法において同定された配列は、ＧｅｎＢａｎｋなどの公的データベースまたは他の私的配列データベースに寄託され入手可能である他の既知配列と比較し、アラインメントすることができる。分子の所定領域内または完全長配列に渡る配列同一性（アミノ酸またはヌクレオチドレベルのいずれかで）は、当該分野で公知の方法を用いて、そして、本明細書に記載するように決定することができる。
タンパク質コード配列を有する核酸は、本明細書において初めて開示された推定アミノ酸配列を用いて、そして、必要に応じて、前出のＳａｍｂｒｏｏｋらに記載されている従来のプライマー伸長手順を用いて、選択されたｃＤＮＡまたはゲノムライブラリーをスクリーニングすることにより前駆体を検出すること、および、ｃＤＮＡに逆転写されていないｍＲＮＡの中間体をプロセシングすることにより得られうる。
２．宿主細胞の選択および形質転換
宿主細胞は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの産生のための本明細書中に記載される発現ベクターまたはクローニングベクターでトランスフェクトされるかまたは形質転換され、そして、プロモーターを誘導する、形質転換体を選択する、または所望される配列をコードしている遺伝子を増幅することに適するように修飾された通常の栄養培地の中で培養される。培地、温度、ｐＨなどのような培養条件は、過度の実験を要することなく当業者が選択できる。一般に、細胞培養の産生性を最大にするための原理、プロトコルおよび実際の手法は、Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｍ．Ｂｕｔｌｅｒ，ｅｄ．（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９９１）およびＳａｍｂｒｏｏｋら、前出に見ることができる。
真核生物細胞トランスフェクションおよび原核生物細胞トランスフェクションの方法は、当業者に公知であり、例えば、ＣａＣｌ２、ＣａＰＯ４、リポソーム媒介およびエレクトロポレーションである。使用する宿主細胞に応じて、形質転換は、その細胞に適切な標準的手法を用いて実施する。前出のＳａｍｂｒｏｏｋらに記載されているように塩化カルシウムを使用するカルシウム処理またはエレクトロポレーションが原核生物に対して一般に使用される。Ｓｈａｗら、Ｇｅｎｅ，２３：３１５（１９８３）および１９８９年６月２９日公開のＷＯ８９／０５８５９に記載されているように、特定の植物細胞の形質転換には、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓによる感染が使用される。細胞壁を有しない哺乳動物細胞に対しては、Ｇｒａｈａｍ ａｎｄ ｖａｎ ｄｅｒ Ｅｂ，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，５２：４５６−４５７（１９７８）のリン酸カルシウム沈降法を使用できる。哺乳動物細胞宿主系トランスフェクションの一般的態様は、米国特許第４，３９９，２１６号に記載されている。酵母への形質転換は、代表的には、Ｖａｎ Ｓｏｌｉｎｇｅｎら、Ｊ．Ｂａｃｔ．１３０：９４６（１９７７）およびＨｓｉａｏら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ），７６：３８２９（１９７９）の方法に従って実施される。しかしながら、細胞にＤＮＡを導入するための別の方法（例えば、核マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、インタクトな細胞との細菌プロトプラスト融合またはポリカチオン、例えば、ポリブレン、ポリオルニチン）も使用され得る。哺乳動物細胞を形質転換するための様々な手法については、Ｋｅｏｗｎら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，１８５：５２７−５３７（１９９０）およびＭａｎｓｏｕｒら、Ｎａｔｕｒｅ，３３６：３４８−３５２（１９８８）を参照のこと。
本明細書におけるベクター内のＤＮＡをクローニングまたは発現するために適当な宿主細胞としては、原核生物、酵母または高等真核生物の細胞が挙げられる。適当な原核生物としては、真正細菌（例えば、グラム陰性またはグラム陽性の生物体、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉなどのＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ科）が挙げられるがこれらに限定されない。様々なＥ．ｃｏｌｉ株（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉＫ１２株ＭＭ２９４（ＡＴＣＣ３１，４４６）；Ｅ．ｃｏｌｉＸ１７７６（ＡＴＣＣ３１，５３７）；Ｅ．ｃｏｌｉ株Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ２７，３２５）およびＫ５ ７７２（ＡＴＣＣ５３，６３５））が公的に入手できる。他の適当な原核生物宿主細胞としては、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ科（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉなどのＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ属、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ属、Ｅｒｗｉｎｉａ属、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ属、Ｐｒｏｔｅｕｓ属、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ属（例えば、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、Ｓｅｒｒａｔｉａ属（例えば、Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ）およびＳｈｉｇｅｌｌａ属ならびにＢａｃｉｌｌｉ属（例えば、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓおよびＢ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ（例えば、１９８９年４月１２日公開のＤＤ２６６，７１０に開示されているＢ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ ４１Ｐ））、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａなどのＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属およびＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ属が挙げられる。これらの例は、説明であって限定するものではない。株Ｗ３１１０は、組換えＤＮＡ産物の発酵のための一般的な宿主菌株であるため、１つの特に好ましい宿主または親宿主である。好ましくは、宿主細胞は、最小量のタンパク質分解酵素を分泌する。例えば、菌株Ｗ３１１０は、宿主に内在性であるタンパク質をコードする遺伝子における遺伝的変異に影響を及ぼすように改変してよく、そのような宿主の例としては、完全な遺伝子型ｔｏｎＡを有するＥ．ｃｏｌｉＷ３１１０株１Ａ２；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ ｐｔｒ３を有するＥ．ｃｏｌｉＷ３１１０株９Ｅ４；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ ｐｔｒ３ ｐｈｏＡ Ｅ１５（ａｒｇＦ−ｌａｃ）１６９ｄｅｇＰ ｏｍｐＴ ｋａｎｒを有するＥ．ｃｏｌｉＷ３１１０株２７Ｃ７（ＡＴＣＣ５５，２４４）；完全な遺伝子型ｔｏｎＡ ｐｔｒ３ ｐｈｏＡ Ｅ１５（ａｒｇＦ−ｌａｃ）１６９ｄｅｇＰ ｏｍｐＴ ｒｂｓ７ ｉｌｖＧ ｋａｎｒを有するＥ．ｃｏｌｉＷ３１１０株３７Ｄ６；非カナマイシン耐性ｄｅｇＰ欠失変異を有する株３７Ｄ６であるＥ．ｃｏｌｉＷ３１１０菌株４０Ｂ４；および、１９９０年８月７日に発行された米国特許第４，９４６，７８３号に開示されている変異体の細胞周辺腔プロテアーゼを有するＥ．ｃｏｌｉ株が挙げられる。あるいは、インビトロにおけるクローニング方法、例えば、ＰＣＲまたは他の核酸ポリメラーゼ反応が適当である。
原核生物に加えて、真核微生物（例えば、糸状菌または酵母）も、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードするベクターについての適切なクローニングまたは発現宿主である。Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅは、一般に使用されている下等真核生物の宿主微生物である。他のものとしては、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ（Ｂｅａｃｈ ａｎｄ Ｎｕｒｓｅ，Ｎａｔｕｒｅ，２９０：１４０［１９８１］；１９８５年５月２日公開のＥＰ１３９，３８３）；Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ属宿主（米国特許第４，９４３，５２９号；Ｆｌｅｅｒら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，９：９６８−９７５（１９９１））（例えば、Ｋ．ｌａｃｔｉｓ（ＭＷ９８−８Ｃ，ＣＢＳ６８３、ＣＢＳ４５７４；Ｌｏｕｖｅｎｃｏｕｒｔら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，１５４（２）：７３７−７４２［１９８３］）、Ｋ．ｆｒａｇｉｌｉｓ（ＡＴＣＣ１２，４２４）、Ｋ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ（ＡＴＣＣ１６，０４５）、Ｋ．ｗｉｃｋｅｒａｍｉｉ（ＡＴＣＣ２４，１７８）、Ｋ．ｗａｌｔｉｉ（ＡＴＣＣ５６，５００）、Ｋ．ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｒｕｍ（ＡＴＣＣ３６，９０６；Ｖａｎ ｄｅｎ Ｂｅｒｇら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，８：１３５（１９９０））、Ｋ．ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓおよびＫ．ｍａｒｘｉａｎｕｓ）；ｙａｒｒｏｗｉａ属（ＥＰ４０２，２２６）；Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ（ＥＰ１８３，０７０；Ｓｒｅｅｋｒｉｓｈｎａら、Ｊ．Ｂａｓｉｃ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，２８：２６５−２７８［１９８８］）；Ｃａｎｄｉｄａ属；Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｉａ（ＥＰ２４４，２３４）；Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ（Ｃａｓｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７６：５２５９−５２６３［１９７９］）；Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ属（例えば、Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ（１９９０年１０月３１日公開のＥＰ３９４，５３８））；および糸状菌（例えば、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ属、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ属、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ属（１９９１年１月１０日公開のＷＯ９１／００３５７）およびＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ属宿主（例えば、Ａ．ｎｉｄｕｌａｎｓ（Ｂａｌｌａｎｃｅら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１１２：２８４−２８９［１９８３］；Ｔｉｌｂｕｒｎら、Ｇｅｎｅ，２６：２０５−２２１［１９８３］；Ｙｅｌｔｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：１４７０−１４７４［１９８４］）およびＡ．ｎｉｇｅｒ（Ｋｅｌｌｙ ａｎｄ Ｈｙｎｅｓ，ＥＭＢＯ Ｊ．，４：４７５−４７９［１９８５］））が挙げられる。メチロトロピック（Ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｉｃ）酵母が、本発明において適しており、そしてそれらとしては、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ属、Ｃａｎｄｉｄａ属、Ｋｌｏｅｃｋｅｒａ属、Ｐｉｃｈｉａ属、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ属、Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ属およびＲｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ属からなる属から選択される、メタノールで生育できる酵母が挙げられるがこれらに限定されない。このクラスの酵母の例となる特定の種のリストは、Ｃ．Ａｎｔｈｏｎｙ，Ｔｈｅ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｓ，２６９（１９８２）に見ることができる。
グリコシル化されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現に適している宿主細胞は、多細胞生物に由来する。無脊椎動物の細胞の例としては、昆虫細胞（例えば、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ Ｓ２およびＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ Ｓｆ９）ならびに植物細胞が挙げられる。有用な哺乳動物宿主細胞株の例としては、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞およびＣＯＳ細胞が挙げられる。より特定の例としては、ＳＶ４０で形質転換したサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）；ヒト胚性腎株（２９３細胞または懸濁培地中の生育のためにサブクローニングされた２９３細胞、Ｇｒａｈａｍら、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．，３６：５９（１９７７））；チャイニーズハムスター卵巣細胞／−ＤＨＦＲ（ＣＨＯ、Ｕｒｌａｕｂ ａｎｄ Ｃｈａｓｉｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７７：４２１６（１９８０））；マウスセルトーリ細胞（ＴＭ４、Ｍａｔｈｅｒ，Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．，２３：２４３−２５１（１９８０））；ヒト肺細胞（Ｗ１３８、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７５）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ Ｇ２，ＨＢ８０６５）；およびマウス乳癌（ＭＭＴ０６０５６２、ＡＴＣＣ ＣＣＬ５１）が挙げられる。適切な宿主細胞の選択は、当業者の知る通りである。
３．複製可能なベクターの選択および使用
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする核酸（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）は、クローニング（ＤＮＡの増幅）のため、または発現のための複製可能なベクターに挿入される場合がある。様々なベクターが公的に入手可能である。そのベクターは、例えば、プラスミド、コスミド、ウイルス粒子またはファージの形態であり得る。適切な核酸配列が、種々の手順によりベクター内に挿入され得る。一般に、ＤＮＡは、当該分野で公知の手法を用いて適切な制限エンドヌクレアーゼ部位に挿入される。ベクター構成要素としては、一般に、シグナル配列の１つ以上、複製起点、マーカー遺伝子の１つ以上、エンハンサーエレメント、プロモーターおよび転写終止配列が挙げられるがこれらに限定されない。これらの構成要素の１つ以上を含む適当なベクターの構築は、当業者に公知の標準的なライゲーション手法を用いる。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、組み換えによって直接産生することができるだけではなく、また、シグナル配列であり得る異種ポリペプチド、または、成熟タンパク質またはポリペプチドのＮ末端に特異的切断部位を有している他のポリペプチドとの融合ポリペプチドとしても産生することができる。一般的には、シグナル配列はベクターの成分であり得るか、あるいは、ベクターの中に挿入されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードするＤＮＡの一部であり得る。シグナル配列は、例えば、アルカリホスファターゼ、ペニシリナーゼ、ｌｐｐまたは熱安定性エンテロトキシンＩＩリーダーの群から選択される原核生物のシグナル配列であり得る。酵母の分泌のためには、シグナル配列は、例えば、酵母インベルターゼリーダー、アルファ因子リーダー（ＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓおよびＫｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓのα−因子リーダーを包み、後者は、米国特許第５，０１０，１８２号に記載）または酸ホスファターゼリーダー、Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓグルコアミラーゼリーダー（１９９０年４月４日公開のＥＰ３６２，１７９）または１９９０年１１月１５日公開のＷＯ９０／１３６４６に記載のシグナルであり得る。哺乳動物細胞発現においては、同じか関連する種の分泌ポリペプチド由来のシグナル配列などの哺乳動物シグナル配列を用いてタンパク質の分泌を誘導し得、ウイルスの分泌リーダーも使用され得る。
発現およびクローニングベクターは、両方とも１つ以上の選択された宿主細胞においてベクターを複製可能とする核酸配列を含む。そのような配列は、種々の細菌、酵母およびウイルスに関して周知である。プラスミドｐＢＲ３２２由来の複製起点が、大部分のグラム陰性細菌に適しており、２μプラスミド起点は、酵母に適しており、そして様々なウイルス起点（ＳＶ４０、ポリオーマ、アデノウイルス、ＶＳＶまたはＢＰＶ）は、哺乳動物細胞におけるクローニングベクターのために有用である。
発現ベクターおよびクローニングベクターは、代表的には、選択可能なマーカーとも呼ばれる選択遺伝子を含む。代表的な選択遺伝子は、（ａ）抗生物質または他のトキシン、例えば、アンピシリン、ネオマイシン、メトトレキサートまたはテトラサイクリンに対する耐性を付与するタンパク質、（ｂ）栄養要求性の欠損を補うタンパク質、または（ｃ）複合培地から利用できない重要な栄養を供給するタンパク質をコードしており、例えば、ＢａｃｉｌｌｉのためのＤ−アラニンラセマーゼをコードする遺伝子である。
哺乳動物細胞についての適切な選択マーカーの一例は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードする核酸を取り込むための細胞成分の同定が可能なマーカーであり、例えば、ＤＨＦＲまたはチミジンキナーゼである。野生型ＤＨＦＲを使用する場合の適切な宿主細胞は、Ｕｒｌａｕｂら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７７：４２１６（１９８０）に記載されているように調製および増殖させたＤＨＦＲ活性欠損のＣＨＯ細胞である。酵母において使用に適した選択遺伝子は、酵母プラスミドＹＲｐ７中に存在するｔｒｐ１遺伝子である［Ｓｔｉｎｃｈｃｏｍｂら、Ｎａｔｕｒｅ，２８２：３９（１９７９）；Ｋｉｎｇｓｍａｎら、Ｇｅｎｅ，７：１４１（１９７９）；Ｔｓｃｈｅｍｐｅｒら、Ｇｅｎｅ，１０：１５７（１９８０）］。ｔｒｐ１遺伝子は、トリプトファン中で生育する能力を欠いた酵母の変異株、例えば、ＡＴＣＣ番号４４０７６またはＰＥＰ４−１のための選択マーカーを提供する［Ｊｏｎｅｓ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，８５：１２（１９７７）］。
発現およびクローニングベクターには、通常、ｍＲＮＡの合成を指示するための、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードする核酸配列に対して動作可能であるように連結されたプロモーターが含まれる。種々の潜在的宿主細胞により認識されるプロモーターは、周知である。原核生物の宿主と共に使用するのに適したプロモーターとしては、β−ラクタマーゼおよびラクトースプロモーター系［Ｃｈａｎｇら、Ｎａｔｕｒｅ，２７５：６１５（１９７８）；Ｇｏｅｄｄｅｌら、Ｎａｔｕｒｅ，２８１：５４４（１９７９）］、アルカリホスファターゼ、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーター系［Ｇｏｅｄｄｅｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，８：４０５７（１９８０）；ＥＰ３６，７７６］およびハイブリッドプロモーター（例えば、ｔａｃプロモーター［ｄｅＢｏｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８０：２１−２５（１９８３）］）が挙げられる。細菌システムにおいて使用されるプロモーターには、また、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡに対して動作可能であるように連結されたシャインダルガノ配列も含まれるであろう。
酵母である宿主とともに使用される適切なプロモーター配列の例としては、３−ホスホグリセレートキナーゼ［Ｈｉｔｚｅｍａｎら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２５５：２０７３（１９８０）］または他のタンパク質分解酵素［Ｈｅｓｓら、Ｊ．Ａｄｖ．Ｅｎｚｙｍｅ Ｒｅｇ．，７：１４９（１９６８）；Ｈｏｌｌａｎｄ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１７：４９００（１９７８）］、例えば、エノラーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、グルコース−６−リン酸イソメラーゼ、３−ホスホグリセレートムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオースリン酸イソメラーゼ、ホスホグルコースイソメラーゼ、およびグルコキナーゼのプロモーターが挙げられる。
生育条件により制御される転写のさらなる利点を有する誘導プロモーターである他の酵母プロモーターは、アルコールデヒドロゲナーゼ２、イソチトクロームＣ、酸ホスファターゼ、窒素代謝に関連する分解性酵素、メタロチオネイン、グリセルアルデヒド３リン酸脱水素酵素およびマルトースおよびガラクトースの利用を担う酵素のためのプロモーター領域である。酵母発現において使用するために適したベクターおよびプロモーターは、ＥＰ７３，６５７においてさらに記載されている。
哺乳動物宿主細胞の中のベクターからのＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６の転写は、例えば、ウイルス（例えば、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス（１９８９年７月５日に公開されたＵＫ２，２１１，５０４）、アデノウイルス（例えば、アデノウイルス（例えば、アデノウイルス２）、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、およびシミアンウイルス４０（ＳＶ４０））のゲノムから得られたプロモーターによって、異種哺乳動物のプロモーター（例えば、アクチンプロモーター、または免疫グロブリンプロモーター）から得られたプロモーターによって、あるいは、熱ショックプロモーターから得られたプロモーターによって、そのようなプロモーターが宿主細胞システムと適合性であるとの条件で制御される。
高等真核生物によるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡの転写は、ベクターの中にエンハンサー配列を挿入することによって増大させることができる。エンハンサーは、通常、転写を増大させるプロモーターに対して作用する約１０〜３００ｂｐのＤＮＡのシス作用性エレメントである。哺乳動物遺伝子由来の多くのエンハンサー配列が現在知られている（グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α−フェトプロテインおよびインスリン）。しかしながら代表的には、真核生物細胞ウイルス由来のエンハンサーを使用する。例としては、複製起点の後側上のＳＶ４０エンハンサー（ｂｐ１００−２７０）、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後側上のポリオーマエンハンサーおよびアデノウイルスエンハンサーが挙げられる。エンハンサーは、ベクターの中では、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードする配列に対して５’位置または３’位置でスプライシングされ得るが、プロモーターの５’位置にあることが好ましい。
真核生物宿主細胞（酵母、真菌、昆虫、植物、動物、ヒトまたは他の多細胞生物体由来の有核細胞）中で使用される発現ベクターはまた、転写の終止のため、およびｍＲＮＡの安定化のために必要な配列を含む。そのような配列は、真核生物またはウイルスのＤＮＡまたはｃＤＮＡの５’側、場合によっては３’側の非翻訳領域から一般に得られる。これらの領域には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするｍＲＮＡの非翻訳部分の中に、ポリアデニル化された断片として転写されるヌクレオチドセグメントが含まれる。
組み換え体である脊椎動物細胞培養物中でのＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの合成に適応させるために適しているさらに他の方法、ベクター、および宿主細胞は、Ｇｅｔｈｉｎｇら、Ｎａｔｕｒｅ，２９３：６２０−６２５（１９８１）；Ｍａｎｔｅｉら、Ｎａｔｕｒｅ，２８１：４０−４６（１９７９）；ＥＰ １１７，０６０；およびＥＰ１１７，０５８に記載されている。
４．遺伝子の増幅／発現の検出
遺伝子の増幅および／または発現は、例えば、ｍＲＮＡの転写を定量するための従来のサザンブロッティング、ノーザンブロッティング［Ｔｈｏｍａｓ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７７：５２０１−５２０５（１９８０）］、ドットブロッティング（ＤＮＡ分析）またはインサイチュハイブリダイゼーションにより、適切に標識されたプローブを用い、本明細書において提供される配列に基づいて、直接試料中で測定してよい。あるいは、ＤＮＡ二重鎖、ＲＮＡ二重鎖およびＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二重鎖またはＤＮＡ−タンパク質二重鎖を含む特定の二重鎖を認識できる抗体を使用してよい。そしてその抗体が標識され得、表面上の二重鎖の形成により二重鎖に結合した抗体の存在が検出できるように二重鎖が表面に結合した状態でアッセイが実施され得る。
あるいは、遺伝子発現が、細胞または組織の切片の免疫組織化学的染色などの免疫学的方法および細胞培養物または体液のアッセイにより測定されることにより、遺伝子産物の発現が直接定量され得る。免疫組織化学的染色および／またはサンプル液体のアッセイに有用な抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体のいずれかであり得、そして任意の哺乳動物において調製され得る。好都合であるには、抗体は、ネイティブな配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対して、あるいは、本明細書中で提供されるＤＮＡ配列に基づく合成ペプチドに対して、あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ＤＮＡに対して融合させられた、特異的な抗体エピトープをコードする外来配列に対して調製され得る。
５．ポリペプチドの精製
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの複数の形態を、培養培地から、または宿主細胞溶解物から回収することができる。膜結合の場合は、適当な界面活性溶液（例えば、Ｔｒｉｔｏｎ−Ｘ１００）を用いるか、酵素的切断により、膜から遊離させることができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現に使用される細胞は、様々な物理的手段または化学的手段（例えば、凍結解凍サイクル、超音波処理、機械的な破壊、または細胞溶解剤）によって破壊することができる。
組み換え体細胞タンパク質またはポリペプチドからＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを精製することが所望される場合がある。以下の手順、すなわち、イオン交換カラムによる分画；エタノール沈降；逆相ＨＰＬＣ；シリカまたは陽イオン交換樹脂（例えば、ＤＥＡＥ）によるクロマトグラフィー；クロマトフォーカシング；ＳＤＳ−ＰＡＧＥ；硫酸アンモニウム沈降法；例えば、ＳｅｐｈａｄｅｘＧ−７５を用いたゲル濾過；ＩｇＧなどの夾雑物を除去するためのプロテインＡセファロースカラム；およびＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドのエピトープタグ化型を結合させるための金属キレートカラムが適当な精製の手順の例である。タンパク質精製の様々な方法を使用してよく、そのような方法は、当該分野で公知であり、例えば、Ｄｅｕｔｓｃｈｅｒ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，１８２（１９９０）；Ｓｃｏｐｅｓ，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８２）に記載されている。選択される精製抗体（単数または複数）は、例えば、使用される産生プロセスと、産生される特定のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの性質に応じて様々であろう。
Ｅ．ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの使用
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列（あるいはそれらの相補鎖）は、分子生物学の分野において様々な用途を有している。これには、染色体および遺伝子のマッピングにおけるハイブリダイゼーションプローブとしての使用、ならびにアンチセンスＲＮＡおよびＤＮＡの作成における使用が含まれる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６核酸はまた、本明細書中に記載される組み換え技術による、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの調製にも有用であろう。
全長のネイティブ配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子、あるいはそれらの一部は、全長のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ｃＤＮＡを単離するため、あるいは、さらに他のｃＤＮＡ（例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの自然界に存在している変異体、または他の種に由来するＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ）を単離するためのハイブリダイゼーションプローブとして使用される場合がある。これらは、本明細書中に開示されるネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６配列に対して、所望される配列同一性を有している。必要に応じて、プローブの長さは、約２０〜約５０塩基であろう。ハイブリダイゼーションプローブは、全長のネイティブなヌクレオチド配列の少なくとも部分的に新規である領域に由来し得る。この場合、これらの領域は、過度の実験を行うことなく、ネイティブな配列のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６のプロモーター、エンハンサーエレメント、およびイントロンが含まれているゲノム配列から、決定され得る。例として、スクリーニング方法には、約４０塩基の選択されたプローブを合成するために、公知のＤＮＡ配列を使用して、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子のコード領域を単離する工程が含まれるであろう。ハイブリダイゼーションプローブは、３２Ｐもしくは３５Ｓなどの放射性核種を含む種々の標識、またはアビジン／ビオチンカップリング系を介してプローブに結合されたアルカリホスファターゼなどの酵素標識により標識され得る。本発明のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子の配列に対して相補的である配列を有している標識されたプローブは、そのようなライブラリーのどのメンバーに対してプローブがハイブリダイズするかを決定するために、ヒトｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、またはｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニングするために使用することができる。ハイブリダイゼーションの手法は、後述する実施例においてさらに詳細に説明する。
本出願に開示する任意のＥＳＴ配列を、本明細書中で開示する方法を用いてプローブとして同様に使用してよい。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６核酸の他の有用な断片には、アンチセンスまたはセンスのオリゴヌクレオチドが含まれ、これらには、標的であるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ｍＲＮＡ（センス）、あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ＤＮＡ（アンチセンス）配列に結合することができる一本鎖の核酸配列（ＲＮＡまたはＤＮＡのいずれか）が含まれる。本発明のアンチセンスまたはセンスオリゴヌクレオチドには、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ＤＮＡのコード領域の断片が含まれる。そのようなフラグメントは、一般に、少なくとも約１４ヌクレオチド、好ましくは、約１４〜３０ヌクレオチドを含む。所与のタンパク質をコードするｃＤＮＡ配列に基づいてアンチセンスまたはセンスのオリゴヌクレオチドを誘導する能力は、例えば、Ｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｃｏｈｅｎ（Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４８：２６５９，１９８８）およびｖａｎ ｄｅｒ Ｋｒｏｌら（ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：９５８，１９８８）に記載されている。
標的核酸配列へのアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドの結合により、増強された二重鎖分解、転写または翻訳の早期の終了を含むいくつかの手段の１つによるか、または他の手段による、標的配列の転写または翻訳を阻止する二重鎖の形成がもたらされる。したがって、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６の発現をブロックするために使用することができる。アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドはさらに、改変された糖ホスホジエステル骨格（または他の糖連結部、例えば、ＷＯ９１／０６６２９に記載のもの）を有するオリゴヌクレオチドを含み、ここで、そのような糖連結部は、内因性ヌクレアーゼに対して抵抗性である。抵抗性の糖連結部を有するそのようなオリゴヌクレオチドは、インビボで安定である（すなわち酵素による分解に抵抗することができる）が、標的ヌクレオチド配列に結合することができる配列特異性は、保持している。
センスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドの他の例としては、ＷＯ９０／１００４８に記載されているような有機部分、およびポリ−（Ｌ−リシン）などの標的核酸配列に対するオリゴヌクレオチドの親和性を増大させる他の部分に共有結合したオリゴヌクレオチドが挙げられる。エリプチシンなどのさらに別のインターカレート剤およびアルキル化剤または金属錯体をセンスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドに結合させることにより標的核酸配列に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドの結合特異性を改変し得る。
アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドは、任意の遺伝子導入法（例えば、ＣａＰＯ４媒介ＤＮＡトランスフェクション、エレクトロポレーションを含む）によってか、またはエプスタイン・バーウイルスなどの遺伝子導入ベクターを使用することにより、標的核酸配列を含む細胞内に導入され得る。好ましい操作法においては、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはセンスオリゴヌクレオチドは、適当なレトロウイルスベクターに挿入される。標的核酸配列を含む細胞を組換えレトロウイルスベクターにインビボまたはｅｘ ｖｉｖｏのいずれかで接触させる。適当なレトロウイルスベクターとしては、マウスレトロウイルスＭ−ＭｕＬＶ、Ｎ２（Ｍ−ＭｕＬＶ由来のレトロウイルス）から得られたもの、またはＤＣＴ５Ａ、ＤＣＴ５ＢおよびＤＣＴ５Ｃと表記されるダブルコピーベクター（ＷＯ９０／１３６４１を参照のこと）が挙げられるがこれらに限定されない。
センスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、ＷＯ９１／０４７５３に記載されるようにリガンド結合分子との結合体の形成により標的ヌクレオチド配列を含む細胞内に導入され得る。適当なリガンド結合分子としては、細胞表面レセプター、成長因子、他のサイトカインまたは細胞表面レセプターに結合する他のリガンドが挙げられるがこれらに限定されない。好ましくは、リガンド結合分子の結合体化は、リガンド結合分子がその対応する分子またはレセプターに結合する能力を実質的に妨害したり、センスオリゴヌクレオチドもしくはアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはそのコンジュゲート型の細胞内への進入を阻止したりすることはない。
あるいは、センスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＷＯ９０／１０４４８に記載されるようにオリゴヌクレオチド−脂質複合体の形成により標的核酸配列を含む細胞内に導入され得る。センスオリゴヌクレオチドまたはアンチセンスオリゴヌクレオチド−脂質複合体は、好ましくは、内在性リパーゼにより細胞内で解離される。
アンチセンスまたはセンスのＲＮＡまたはＤＮＡ分子は、一般に、少なくとも約５塩基長、約１０塩基長、約１５塩基長、約２０塩基長、約２５塩基長、約３０塩基長、約３５塩基長、約４０塩基長、約４５塩基長、約５０塩基長、約５５塩基長、約６０塩基長、約６５塩基長、約７０塩基長、約７５塩基長、約８０塩基長、約８５塩基長、約９０塩基長、約９５塩基長、約１００塩基長またはそれより長い。
プローブはまた、密接に関係しているＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードする配列の同定のための配列のプールを作成するためのＰＣＲ技術において使用される場合もある。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子のマッピングのため、あるいは、遺伝的障害を有している個体の遺伝子分析のためのハイブリダイゼーションプローブを構築するためにも、使用することができる。本明細書において提供されるヌクレオチド配列は、既知の手法（例えば、インサイチュハイブリダイゼーション、既知染色体マーカーに対する連鎖分析およびライブラリーを用いたハイブリダイゼーションスクリーニング）を用いて染色体および染色体の特定の領域にマッピングされ得る。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６をコードする配列が別のタンパク質に結合するタンパク質をコードする場合（例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６が受容体である場合）には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、結合相互作用に関係している他のタンパク質あるいは分子を同定するためのアッセイにおいて使用することができる。そのような方法により、レセプター／リガンド結合相互作用のインヒビターを同定できる。そのような結合相互作用に関与するタンパク質はまた、結合相互作用のペプチドまたは低分子のインヒビターまたはアゴニストについてのスクリーニングにおいて使用できる。また、受容体ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６は、相関するリガンド（単数または複数）を単離するために使用することもできる。スクリーニングアッセイは、ネイティブなＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの受容体の生物学的活性を模倣するリード化合物を見つけるために設計することができる。そのようなスクリーニングアッセイは、化学物質ライブラリーのハイスループットスクリーニングに適したアッセイを含み、低分子薬剤候補の同定に特に適するものとなっている。企図される低分子は、合成の有機または無機の化合物を含む。アッセイは、タンパク質−タンパク質結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイおよび細胞ベースアッセイを含む種々の形式で実施でき、これらは、当該分野で十分に特徴付けられている。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする核酸、あるいはその修飾された形態はまた、トランスジェニック動物または「ノックアウト」動物のいずれかを作成するためにも使用することができる。これはその後、治療上有用である試薬の開発およびスクリーニングに有用である。トランスジェニック動物（例えば、マウスまたはラット）は、トランスジーンを含む細胞を有する動物であり、そのトランスジーンは、出生前、例えば、胚の段階において動物または動物の先祖に導入されている。トランスジーンは、トランスジェニック動物を発生する細胞のゲノム内に組み込まれるＤＮＡである。本発明により、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡが提供され、これは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡを発現する細胞を含むトランスジェニック動物を作成するために使用される確立されている技術およびゲノム配列にしたがって、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡをクローニングするために使用することができる。当該分野で公知の任意の手法を用いて、標的遺伝子トランスジーンを動物に導入することにより、トランスジェニック動物の創始者が作製され得る。そのような技術としては、前核マイクロインジェクション（ｐｒｏｎｕｃｌｅａｒ ｍｉｃｒｏｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）（米国仮特許出願番号４，８７３，１９１号、同第４，７３６，８６６号、および同第４，８７０，００９号）；生殖系へのレトロウイルス媒介性遺伝子導入（Ｖａｎ ｄｅｒ Ｐｕｔｔｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ，８２：６１４８−６１５２（１９８５））；胚性幹細胞の中での遺伝子標的化（Ｔｈｏｍｐｓｏｎら、Ｃｅｌｌ，５６：３１３−３２１（１９８９））；遺伝子トラップベクターを使用する非特異的な挿入による不活化（ｎｏｎｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｎｓｅｒｔｉｏｎａｌ ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｕｓｉｎｇ ａ ｇｅｎｅ ｔｒａｐ ｖｅｃｔｏｒ）（米国特許第６，４３６，７０７号）；胚のエレクトロポレーション（Ｌｏ，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，３：１８０３−１８１４（１９８３））；および精子媒介性遺伝子導入（Ｌａｖｉｔｒａｎｏら、Ｃｅｌｌ，５７：７１７−７２３（１９８９））；などが挙げられるが、これらに限定はされない。通常、特定の細胞は、組織特異的エンハンサーを用いたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６トランスジーンの取り込みについて標的化される。胚段階で動物の生殖系に導入されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするトランスジーンのコピーが含まれているトランスジェニック動物は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡの発現の増大の効果を試験するために使用することができる。そのような動物は、例えば、過剰発現に関連する病的状態からの保護を付与すると考えられる試薬に対する供試動物として使用できる。本発明のこの側面によれば、その試薬で動物を処置し、そして病的状態の発生率がトランスジーンを有する非処置の動物と比較して低減していれば、病的状態に対する潜在的治療的介入があったことを示す。あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのヒト以外のホモログを使用して、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６「ノックアウト」動物を構築することができる。これは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする内




因性の遺伝子と、動物の胚性幹細胞の中に導入されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする変更されたゲノムＤＮＡの間での相同組み換えの結果としての、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６タンパク質をコードする欠損遺伝子または変化した遺伝子を有している。好ましくは、前記ノックアウト動物は、哺乳動物である。より好ましくは、前記哺乳動物は、げっ歯類（例えば、ラットまたはマウス）である。例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするｃＤＮＡを、確立されている技術にしたがってＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡをクローン化するために使用することができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするゲノムＤＮＡの一部は、欠失させることができ、また、別の遺伝子（例えば、組み込みをモニターするために使用することができる選択マーカーをコードする遺伝子）で置き換えることもできる。代表的には、非改変フランキングＤＮＡ（５’および３’末端の両方）の数キロ塩基をベクター内に含める［相同組換えベクターの説明については、例えば、Ｔｈｏｍａｓ ａｎｄ Ｃａｐｅｃｃｈｉ，Ｃｅｌｌ，５１：５０３（１９８７）を参照のこと］。そのベクターは、胚性幹細胞系統内に導入し（例えば、エレクトロポレーションによって）、そして導入されたＤＮＡが内在性ＤＮＡと相同組換えを起こしている細胞を選択する［例えば、Ｌｉら、Ｃｅｌｌ，６９：９１５（１９９２）を参照のこと］。次に選択された細胞を動物（例えば、マウスまたはラット）の胚盤胞内に注入し、凝集キメラを形成する［例えば、Ｂｒａｄｌｅｙ，Ｔｅｒａｔｏｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ａｎｄ Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｅ．Ｊ．Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ，ｅｄ．（ＩＲＬ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９８７）ｐｐ．１１３−１５２参照］。次にキメラ胚を適当な擬似妊娠の雌里親動物内に移植し、胚を妊娠期間満了させることにより、「ノックアウト」動物を作製することができる。相同組換えされたＤＮＡをその生殖細胞に保有する子孫を標準的な手法で同定し、その動物の全細胞が相同組換えＤＮＡを含む動物を育てるために使用することができる。ノックアウト動物は、例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子が存在しないことが原因である、特定の病状に対して、あるいはそのような病状をそれらが発症することに対して防御するそれらの能力について、特性決定することができる。
さらに、ノックアウトマウスは、遺伝子の機能および薬剤標的に関する薬学的有用性の発見において、ならびに所与の標的に関連する潜在的な標的上の副作用の測定において、高度な情報源であり得る。遺伝子の機能および生理学的特徴は、マウスとヒトとの間で十分保存されているが、その理由は、それらが共に哺乳動物であり、同様の数の遺伝子を含んでおり、それらの遺伝子が種間で高度に保存されているためである。例えば、マウス１６番染色体上の遺伝子の９８％がヒトオルソログを有することが最近十分に裏付けられた（Ｍｕｒａｌら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９６：１６６１−７１（２００２））。
胚性幹（ＥＳ）細胞における遺伝子ターゲティングは、ヒト疾患に関連する多くの遺伝子における無発現変異を有するマウスの構築を可能にしているが、必ずしも遺伝子疾患のすべてが無発現変異に起因するわけではない。マウスの遺伝子座を破壊し、変異を有するヒト対応物を導入する遺伝子の置き換え（ノックイン）のための方法を確立することによってヒト疾患の価値あるマウスモデルを設計できる。その後、ヒトタンパク質をターゲティングするインビボの薬剤アッセイを実施できる（Ｋｉｔａｍｏｔｏら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，２２２：７４２−４７（１９９６））。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする核酸もまた、遺伝子治療において使用することができる。遺伝子療法の用途においては、例えば、欠損遺伝子の置き換えのための治療上有効な遺伝子産物のインビボ合成を達成するために細胞内に遺伝子を導入する。「遺伝子療法」とは、単回処置により持続した作用が達成される従来の遺伝子療法および治療上有効なＤＮＡまたはｍＲＮＡの単回投与または反復投与を行う遺伝子治療薬の投与の両方を含む。アンチセンスのＲＮＡおよびＤＮＡは、インビボで特定の遺伝子の発現を阻止するための治療薬として使用され得る。短いアンチセンスオリゴヌクレオチドは、細胞内に移入され、そこで細胞膜による限定された取り込みにより生じるその低い細胞内濃度にも関わらずインヒビターとして作用することができることが既に明らかになっている（Ｚａｍｅｃｎｉｋら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：４１４３−４１４６［１９８６］）。そのオリゴヌクレオチドは、例えば、その負に帯電したホスホジエステル基を非電荷の基で置換することにより、その取り込みが増強されるように改変できる。
生存細胞に核酸を導入するために使用できる種々の手法が存在する。その手法は、インビトロで核酸を培養細胞中に、または意図する宿主の細胞内にインビボで移入させるか応じて変動する。インビトロの哺乳動物細胞への核酸の移入に適する手法としては、リポソームの使用、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、細胞融合、ＤＥＡＥデキストラン、リン酸カルシウム沈降法などが挙げられる。現時点で好ましいインビボの遺伝子導入の手法としては、ウイルス（代表的には、レトロウイルス）ベクターによるトランスフェクションおよびウイルスコートタンパク質−リポソーム媒介トランスフェクションが挙げられる（Ｄｚａｕら、Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １１，２０５−２１０［１９９３］）。一部の状況においては、核酸起源に対し、標的細胞をターゲティングする薬剤（例えば、細胞表面膜タンパク質または標的細胞に対して特異的な抗体、標的細胞上のレセプターに対するリガンドなど）を提供することが望ましい。リポソームを使用する場合は、エンドサイトーシスに関連する細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質をターゲティングのためおよび／または取り込みを促進するために使用され得、そのようなものとしては、例えば、特定の細胞型に対して向性のキャプシドタンパク質またはそのフラグメント、サイクリングにおいて内在化を起こすタンパク質に対する抗体、細胞内局在化をターゲティングして細胞内半減期を増大させるタンパク質が挙げられる。レセプター媒介エンドサイトーシスの手法は、例えば、Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２，４４２９−４４３２（１９８７）；およびＷａｇｎｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７，３４１０−３４１４（１９９０）に記載されている。遺伝子の作製および遺伝子療法のプロトコルについての概説は、Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６，８０８−８１３（１９９２）を参照のこと。
本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドはまた、タンパク質の電気泳動の目的のための分子量マーカーとして使用することもでき、そして単離された核酸配列は、そのようなマーカーを組み換えによって発現させるために使用することができる。
本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする核酸分子、またはそれらの断片は、染色体の同定に有用である。この点に関し、実際の配列データに基づいた染色体マーカー試薬で現在使用できるものは、比較的少ないため、新しい染色体マーカーを同定する必要性がなお存在している。本発明のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６核酸分子のそれぞれは、染色体マーカーとして使用することができる。
本発明のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、および核酸分子はまた、組織型分類のために診断的に使用することもできる。この場合、本発明のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、別のものと比較して場合に１つの組織において（好ましくは、同じ組織型の正常な組織と比較した罹患している組織において）異なって発現され得る。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６核酸分子については、ＰＣＲ、ノーザンブロット分析、サザンブロット分析、およびウェスタンブロット分析のためのプローブを作成するための用途が見出されるであろう。
本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、治療薬としても使用することができる。本発明のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、薬学的に有用な組成物を調製するための公知の方法にしたがって処方することができる。これによっては、そのＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６産物が、薬学的に許容される担体ビヒクルと共に混合される。治療用処方物は、凍結乾燥処方物または水溶液の形態で、任意の生理学的に許容可能な担体、賦形剤または安定化剤（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０））と、所望の純度を有する活性成分とを混合することにより保存用に調製される。許容可能な担体、賦形剤または安定化剤は、使用される用量および濃度においてレシピエントにとって非毒性であり、そしてそれらとしては、緩衝物質（例えば、リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸）；抗酸化剤（アスコルビン酸を含む）；低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド；タンパク質（例えば、血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン）；親水性ポリマー（例えば、ポリビニルピロリドン、アミノ酸（例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニンまたはリシン））；単糖類、二糖類および他の炭水化物（グルコース、マンノースまたはデキストロースを含む）；キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ）；糖アルコール（例えば、マンニトールまたはソルビトール）；塩形成対イオン（例えば、ナトリウム）；および／または非イオン性界面活性剤（例えば、ＴＷＥＥＮＴＭ、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳＴＭまたはＰＥＧ）が挙げられる。
インビボ投与のために使用される処方物は、滅菌されていなければならない。これは、凍結乾燥および再構成の前後に滅菌濾過膜に通して濾過することにより容易に達成される。
本明細書中の治療用組成物は、一般に、滅菌された取出し口を有する容器、例えば、皮下注射用の針で穿刺可能である蓋を有する静脈用溶液バッグまたはバイアル内に入っている。
投与経路は、公知の方法によるものであり、例えば、静脈内、腹腔内、脳内、筋肉内、眼内、動脈内または病巣内の経路により注射または注入を行うか、局所投与を行うか、または徐放系による。
本発明の医薬組成物の用量および所望の薬剤濃度は、意図される特定の用途に応じて変動し得る。適切な用量または投与経路の決定は、十分に当業者の範囲内である。動物実験は、ヒトの治療有効量の決定のための信頼できる指針を与える。有効用量の種間のスケーリングは、Ｍｏｒｄｅｎｔｉ，Ｊ．ａｎｄ Ｃｈａｐｐｅｌｌ，Ｗ．“Ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ｉｎｔｅｒｓｐｅｃｉｅｓ ｓｃａｌｉｎｇ ｉｎ ｔｏｘｉｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ”，Ｔｏｘｉｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｎｅｗ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，Ｙａｃｏｂｉら、Ｅｄｓ．，Ｐｅｒｇａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ １９８９，ｐｐ．４２−９６に記載されている原則に従って実施できる。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、あるいは、それらに対するアゴニストまたはアンタゴニストのインビボでの投与が使用される場合には、通常の投与量は、投与経路に応じて、１日あたり約１０ｎｇ／哺乳動物のｋｇ体重から１００ｍｇ／哺乳動物のｋｇ体重、またはそれ以上、好ましくは、約１μｇ／ｋｇ／日から１０ｍｇ／ｋｇ／日である。特定の用量および送達方法に関する指針は、文献に記載されており；例えば、米国特許第４，６５７，７６０号；同第５，２０６，３４４号；または同第５，２２５，２１２号を参照のこと。異なる処置用化合物および異なる障害に対しては、異なる製剤が有効であることが予想され、ある器官または組織をターゲティングする投与は、例えば、別の器官または組織の場合とは異なる様式の送達を必要とする場合がある。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの徐放投与が、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド投与が必要な任意の疾患あるいは障害の処置に適している放出特性を有している処方物において所望される場合には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのマイクロカプセル化が想定される。徐放性放出のための組換えタンパク質のマイクロカプセル化は、ヒト成長ホルモン（ｒｈＧＨ）、インターフェロン（ｒｈＩＦＮ）、インターロイキン−２およびＭＮ ｒｇｐ１２０を用いて良好に行われている。Ｊｏｈｎｓｏｎら、Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，２：７９５−７９９（１９９６）；Ｙａｓｕｄａ，Ｂｉｏｍｅｄ．Ｔｈｅｒ．，２７：１２２１−１２２３（１９９３）；Ｈｏｒａら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，８：７５５−７５８（１９９０）；Ｃｌｅｌａｎｄ，“Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｓｉｎｇｌｅ Ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ Ｖａｃｃｉｎｅｓ Ｕｓｉｎｇ Ｐｏｌｙｌａｃｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｇｌｙｃｏｌｉｄｅ Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ”，Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｅｓｉｇｎ：Ｔｈｅ Ｓｕｂｕｎｉｔ ａｎｄ Ａｄｊｕｖａｎｔ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｐｏｗｅｌｌ ａｎｄ Ｎｅｗｍａｎ，ｅｄｓ，（Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９５），ｐｐ．４３９−４６２；ＷＯ９７／０３６９２，ＷＯ９６／４００７２，ＷＯ９６／０７３９９；および米国特許第５，６５４，０１０号。
これらのタンパク質の徐放性処方物は、生体適合性および広範な生体分解性を有することからポリ乳酸グリコール酸（ＰＬＧＡ）共重合体を用いて開発された。ＰＬＧＡの分解生成物である乳酸およびグリコール酸は、ヒト身体内で迅速に除去される。さらに、このポリマーの分解性は、その分子量および組成に応じて数ヶ月〜数年に調節できる。Ｌｅｗｉｓ，“Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ ｒｅｌｅａｓｅ ｏｆ ｂｉｏａｃｔｉｖｅ ａｇｅｎｔｓ ｆｒｏｍ ｌａｃｔｉｄｅ／ｇｌｙｃｏｌｉｄｅ ｐｏｌｙｍｅｒ”，Ｍ．Ｃｈａｓｉｎ ａｎｄ Ｒ．Ｌａｎｇｅｒ（Ｅｄｓ．），Ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ Ｐｏｌｙｍｅｒｓ ａｓ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９０），ｐｐ．１−４１。
本発明には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを模倣する化合物（アゴニスト）、あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの作用を妨げる化合物（アンタゴニスト）を同定するための化合物のスクリーニング方法が含まれる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを模倣するアゴニストは、ネガティブな表現形が、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊がそのゲノムに含まれている非ヒトトランスジェニック動物を用いた知見に基づいて観察される場合に、特に治療的に有用である。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの作用を妨げるアンタゴニストは、ポジティブな表現形が非ヒトトランスジェニックノックアウト動物を用いた観察に基づいて観察される場合に、特に治療的に有用である。アンタゴニスト薬物の候補についてのスクリーニングアッセイは、本明細書中で同定された遺伝子によってコードされるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに結合するかまたはそれらと複合体を形成するか、あるいは、別の方法で他の細胞性タンパク質とのコードポリペプチドの相互作用を妨害する化合物を同定するように設計される。そのようなスクリーニングアッセイは、化学物質ライブラリーのハイスループットスクリーニングに適したアッセイを含み、それは、低分子薬剤候補の同定に特に適したものとなっている。
そのアッセイは、例えば、タンパク質−タンパク質結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイおよび細胞ベースのアッセイを含む種々の形式において実施でき、これらは、当該分野で十分に特徴付けられている。
アンタゴニストについての全てのアッセイは、これらには、薬物の候補を、本明細書中で同定された核酸によってコードされるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドと、これらの２つの成分が相互作用できるために十分な条件下で、十分な時間の間、接触させることが必要である点で共通している。
結合アッセイにおいては、相互作用は、結合であり、そして形成される複合体は、単離され得るか、または反応混合物中で検出され得る。本明細書中で同定された遺伝子によってコードされるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド、あるいは、薬物の候補は、固相（例えば、マイクロタイタープレート）上に、共有結合または非共有結合によって固定される。非共有結合は、一般的には、固体表面を、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの溶液でコーティングし、乾燥させることによって行われる。あるいは、固定されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに特異的な固定された抗体（例えば、モノクローナル抗体）を、固体表面にそれを結合させるために使用することができる。このアッセイは、検出可能な標識で標識されていてよい固定化されていない成分を固定化された成分、例えば、固定された成分を有するコーティングされた表面に添加することにより行う。反応終了後、非反応成分を、例えば洗浄により除去し、そして固体表面に固定された複合体を検出する。元々、固定されていない成分が検出可能な標識を有する場合は、表面に固定化された標識の検出は、複合体形成が起こったことを示す。元々、固定されていない成分が標識を有していない場合は、複合体形成は、例えば、固定化された複合体に特異的に結合する標識された抗体を使用することにより検出できる。
候補の化合物が、本明細書中で同定された遺伝子によってコードされる特定のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドと相互作用するが、それらに結合はしない場合には、そのポリペプチドとのその相互作用は、タンパク質−タンパク質相互作用を検出するための周知の方法によってアッセイすることができる。 そのようなアッセイとしては、従来の方法（例えば、架橋結合、同時免疫沈降および勾配またはクロマトグラフィーカラムを介した同時精製）が挙げられる。さらに、タンパク質−タンパク質相互作用は、Ｃｈｅｖｒａｙ ａｎｄ Ｎａｔｈａｎｓ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：５７８９−５７９３（１９９１）により開示されているように、Ｆｉｅｌｄｓおよび共同研究者らにより報告された酵母ベースの遺伝子系（Ｆｉｅｌｄｓ ａｎｄ Ｓｏｎｇ，Ｎａｔｕｒｅ（Ｌｏｎｄｏｎ），３４０：２４５−２４６（１９８９）；Ｃｈｉｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８８：９５７８−９５８２（１９９１））を用いてモニタリングできる。多くの転写活性化物質（例えば、酵母ＧＡＬ４）は、２つの物理的に個別のモジュラードメイン、一方は、ＤＮＡ結合ドメインとして作用するもの、他方は、転写活性化ドメインとして機能するものからなる。上記文献に記載された酵母発現系（一般に「ツーハイブリッド系」と呼ばれる）は、この性質を利用しており、そして、２つのハイブリッドタンパク質を使用し、一方においては、標的タンパク質がＧＡＬ４のＤＮＡ結合ドメインに融合しており、他方においては、候補の活性化タンパク質が活性化ドメインに融合している。ＧＡＬ４活性化プロモーターの制御下のＧＡＬ１−ｌａｃＺレポーター遺伝子の発現は、タンパク質−タンパク質相互作用を介したＧＡＬ４活性の再構成に依存している。相互作用ポリペプチドを含むコロニーは、β−ガラクトシダーゼに対する発色基質を用いて検出される。ツーハイブリッド手法を用いて２つの特定のタンパク質の間のタンパク質−タンパク質相互作用を同定するための完全なキット（ＭＡＴＣＨＭＡＫＥＲＴＭ）は、Ｃｌｏｎｔｅｃｈから市販されている。この系はまた、特定のタンパク質相互作用に関与するタンパク質ドメインをマッピングするため、ならびにこれらの相互作用に必須であるアミノ酸残基を限定するためにも応用できる。
本明細書中で同定されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子と、他の細胞内成分または細胞外成分との相互作用を妨害する化合物は、以下のように試験することができる：通常、遺伝子産物および細胞内または細部外の成分を含む反応混合物を、２つの生成物の相互作用および結合を可能にする条件下および時間に渡り調製する。候補化合物が結合を抑制する能力を試験するために、反応を試験化合物の非存在下および存在下において実施する。さらに、プラセボを第３の反応混合物に添加し、ポジティブコントロールとして使用し得る。試験化合物と混合物中に存在する細胞内または細胞外の成分との間の結合（複合体形成）は、上記した通りモニタリングされる。コントロール反応においては、複合体が形成されるが試験化合物を含む反応混合物では、形成しないことは、被験化合物が被験化合物とその反応相手との相互作用を妨害することを示す。
アンタゴニストについてアッセイするためには、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドが、特定の活性についてスクリーニングされる化合物と共に細胞に添加され得、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの存在下で目的の活性を阻害する化合物の能力が、その化合物がＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対するアンタゴニストであることを示す。あるいは、アンタゴニストは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドと、膜結合型のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド受容体あるいは組み換え体受容体を有している可能性のあるアンタゴニストを、競合阻害アッセイに適している条件下で混合することによって検出することができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、例えば、放射性によって標識することができ、その結果、受容体に結合させられたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド分子の数を、可能性のあるアンタゴニストの有効性を決定するために使用することができる。そのレセプターをコードする遺伝子は、当業者に公知の多くの方法、例えば、リガンドパニングおよびＦＡＣＳソーティングにより同定できる。Ｃｏｌｉｇａｎら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎ．，１（２）：Ｃｈａｐｔｅｒ ５（１９９１）。好ましくは、発現クローニングが使用される。この場合、ポリアデニル化ＲＮＡは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに反応する細胞から調製され、このＲＮＡから作成されたｃＤＮＡライブラリーはプールに分けられて、ＣＯＳ細胞、あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドには反応しない他の細胞をトランスフェクトするために使用される。ガラススライド上で増殖させられたトランスフェクトされた細胞は、標識されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに曝される。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドは、部位特異的プロテインキナーゼについての認識部位のヨウ素化、またはそれを含めることが含まれる様々な手段によって標識することができる。固定化およびインキュベーションの後、スライドをオートラジオグラフ分析に供する。陽性のプールを同定し、サブプールを調製し、相互作用的なサブプール化および再スクリーニングの過程を用いて再トランスフェクトし、最終的に推定レセプターをコードする単一のクローンを得る。
受容体の同定のための代替的アプローチとしては、標識されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドが、レセプター分子を発現する細胞膜または抽出調製物と光親和性結合させられる。架橋結合された物質をＰＡＧＥで分離し、Ｘ線フィルムに曝露する。レセプターを含む標識された複合体を切り出し、ペプチドフラグメントに分離し、そしてタンパク質マイクロ配列決定に供することができる。マイクロ配列決定から得られたアミノ酸配列を用いて、ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための変性オリゴヌクレオチドプローブのセットを設計することにより、推定レセプターをコードする遺伝子を同定する。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対するアンタゴニストの効果を評価する別のアプローチは、公知のノックアウト表現形を模倣するために、野生型マウスに対して、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６アンタゴニストを投与することである。したがって、当業者は、最初に、目的のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子がノックアウトし、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子のノックアウトまたは破壊の結果としての得られた表現形を観察する。続いて、当業者は次に、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対するアンタゴニストを野生型マウスに投与することにより、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対するアンタゴニストの有効性を評価することができる。有効なアンタゴニストは、ノックアウト動物において最初に観察された表現型の作用を模倣すると予測される。
同様に、当業者は、公知のネガティブなノックアウトの表現形を緩和するために、非ヒトトランスジェニックマウスに対して、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６アゴニストを投与することにより、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対するアゴニストの効果を評価することができる。したがって、当業者は、最初に、目的のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子をノックアウトし、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子のノックアウトまたは破壊の結果としての得られる形を観察する。続いて、当業者は次に、非ヒトトランスジェニックマウスに対してＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対するアゴニストを投与することにより、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対するアゴニストの有効性を評価することができる。有効なアゴニストは、ノックアウト動物において最初に観察された負の表現型の作用を寛解すると予測される。
アンタゴニストについての別のアッセイにおいては、受容体を発現している哺乳動物細胞または膜調製物が、標識されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドとともに、候補の化合物の存在下でインキュベートされる。次に、この相互作用を増強または阻止する化合物の能力を測定することができる。
可能性のあるアンタゴニストのさらに特異的な例としては、免疫グロブリンのＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドとの融合体に結合するオリゴヌクレオチド、具体的には、抗体（これには、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体、ならびにそれらの断片）、単鎖抗体、抗イディオタイプ抗体、ならびにそのような抗体または断片のキメラバージョンもしくはヒト化バージョン、さらには、ヒト抗体および抗体断片が含まれるが、これらに限定はされない）が挙げられる。あるいは、可能性のあるアンタゴニストは、密接に関連しているタンパク質、例えば、受容体を認識するが、影響は及ぼさず、それによってＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの作用を競合的に阻害する、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの突然変異型であり得る。
別の可能性のあるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドアンタゴニストは、アンチセンス技術を使用して調製されたアンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡ構築物である。この場合、例えば、アンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡ分子は、標的化されたｍＲＮＡにハイブリダイズして、タンパク質の翻訳を妨げることによって、ｍＲＮＡの翻訳を直接ブロックするように作用する。アンチセンス技術を用いて、三重らせん形成またはアンチセンスＤＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡを介して遺伝子発現を制御することができ、これらの方法は、両方ともＤＮＡまたはＲＮＡへのポリヌクレオチドの結合に基づいている。アンチセンス技術を用いて、三重らせん形成またはアンチセンスＤＮＡもしくはアンチセンスＲＮＡを介して遺伝子発現を制御することができ、これらの方法は、両方ともＤＮＡまたはＲＮＡへのポリヌクレオチドの結合に基づいている。例えば、本明細書中のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の５’コード部分は、約１０から４０塩基対の長さのアンチセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドを設計するために使用される。ＤＮＡオリゴヌクレオチドは、転写に関与する遺伝子の領域に相補であるように設計（三重らせん−Ｌｅｅら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，６：３０７３（１９７９）；Ｃｏｏｎｅｙら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４１：４５６（１９８８）；Ｄｅｒｖａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５１：１３６０（１９９１））することにより、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの転写および産生を妨害する。アンチセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドは、インビボでｍＲＮＡにハイブリダイズして、ｍＲＮＡ分子のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドへの翻訳をブロックする（アンチセンス−Ｏｋａｎｏ，Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ．，５６：５６０（１９９１）；Ｏｌｉｇｏｄｅｏｘｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｓ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｏｆ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ：Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，ＦＬ，１９８８））。上記に記載されるオリゴヌクレオチドはまた、アンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡをインビボで発現させて、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの産生を阻害することができるように、細胞に送達することもできる。アンチセンスＤＮＡを使用する場合は、例えば、標的遺伝子ヌクレオチド配列の約−１０〜＋１０位の間の翻訳開始部位から得られるオリゴデオキシリボヌクレオチドが好ましい。
可能性のあるアンタゴニストとしては、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの活性部位、受容体結合部位、または成長因子、あるいは、他の関連する結合部位に結合し、それによって、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの正常な生物学的活性をブロックする低分子が挙げられる。低分子の例としては、小型のペプチドまたはペプチド様分子、好ましくは、可溶性ペプチドおよび合成の非ペプチジル有機化合物または非ペプチジル無機化合物が挙げられるがこれらに限定されない。
リボザイムは、ＲＮＡの特異的切断を触媒することができる酵素的ＲＮＡ分子である。リボザイムは、相補的な標的ＲＮＡへの配列特異的ハイブリダイゼーション、およびその後のエンドヌクレアーゼ的切断により作用する。潜在的ＲＮＡ標的内の特異的リボザイム切断部位は、公知の手法により同定できる。さらに詳細な説明については、例えば、Ｒｏｓｓｉ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ，４：４６９−４７１（１９９４）およびＰＣＴ公開ＷＯ９７／３３５５１（１９９７年９月１８日公開）を参照のこと。
転写を抑制するために使用される三重らせん形成における核酸分子は、一本鎖でありデオキシヌクレオチドから構成されるものでなければならない。これらのオリゴヌクレオチドの塩基の組成は、Ｈｏｏｇｓｔｅｅｎの塩基対形成の規則によって三重らせん形成を促進するように設計され、その規則には、一般に二重鎖の一方の鎖の上にかなりの長さのプリンまたはピリミジンが必要となる。さらに詳細な説明は、前出のＰＣＴ公開ＷＯ９７／３３５５１を参照のこと。
これらの低分子は、上記したスクリーニングアッセイの任意の１つ以上により、そして／または当業者に周知の他のスクリーニング手法により、同定することができる。
本明細書に開示した分子の診断上および治療上の使用はまた、後に開示および説明する正の機能のアッセイのヒットに基づき得る。
Ｆ．抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体
本発明は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体を提供する。これらは、治療薬および／または診断薬として、本明細書中での用途が見出され得る。例示される抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、二重特異性抗体およびヘテロ結合体化抗体を含む。
１．ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体は、好ましくは、関連する抗原およびアジュバントの複数回の皮下（ｓｃ）注射または腹腔内（ｉｐ）注射により動物中で産生させる。その関連する抗原は、（特に合成ペプチドを使用する場合）免疫される種において免疫原となるタンパク質に結合体することが有用であり得る。例えば、抗原は、二官能性薬剤または誘導体形成性の物質、例えば、マレイミドベンゾイルスルホスクシンイミドエステル（システイン残基を介した結合体化）、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（リシン残基を介する）、グルタルアルデヒド、無水コハク酸、ＳＯＣｌ２またはＲ１Ｎ＝Ｃ＝ＮＲ（式中、ＲおよびＲ１は、異なるアルキル基である）を用いて、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、血清アルブミン、ウシチログロブリンまたはダイズトリプシンインヒビターに結合体化され得る。
例えば、１００μｇまたは５μｇのタンパク質または結合体（それぞれウサギまたはマウスの場合）を３容量のフロイント完全アジュバントと混合し、その溶液を複数部位に皮内注射することにより、抗原、免疫原性結合体または誘導体に対して動物を免疫する。１ヵ月後、複数部位への皮下注射によりフロイント完全アジュバント中のペプチドまたは結合体の元の量の１／５〜１／１０を用いて動物を追加免疫する。７〜１４日後、動物から採血し、血清の抗体力価をアッセイする。力価が平衡に達するまで動物を追加免疫する。結合体はまた、タンパク質融合物として組換え細胞培養物中において作製することもできる。また、ミョウバンなどの凝集剤を適宜使用して、免疫応答を増強する。
２．モノクローナル抗体
モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）により、初めて報告されたハイブリドーマ法を用いて作製され得るか、または組換えＤＮＡ法（米国特許第４，８１６，５６７号）により作製され得る。
ハイブリドーマ法においては、マウスまたは他の適切な宿主動物（例えば、ハムスター）を上記したように免疫することにより、免疫に使用するタンパク質に特異的に結合する抗体を産生するか、または産生可能であるリンパ球を誘発させる。あるいは、リンパ球は、インビトロで免疫され得る。免疫の後、リンパ球を単離し、次に適当な融合剤（例えば、ポリエチレングリコール）を用いてミエローマ細胞株と融合することにより、ハイブリドーマ細胞が形成される（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，ｐｐ．５９−１０３（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８６））。
このように調製されたハイブリドーマ細胞を適当な培養培地中に播種して生育させるが、その培地は、好ましくは、融合していない親ミエローマ細胞（融合相手とも呼ばれる）の生育または生存を抑制する１つ以上の物質を含むものである。例えば、親ミエローマ細胞が、酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠失している場合は、ハイブリドーマに対する選択培養培地は、代表的には、ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジンを含み（ＨＡＴ培地）、これらの物質は、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の生育を妨害する。
好ましい融合相手であるミエローマ細胞は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による抗体の安定した高レベルの産生を支援し、そして融合していない親細胞に対して選択する選択培地に対して感受性であるものである。好ましいミエローマ細胞株は、マウスミエローマ株（例えば、Ｓａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ＵＳＡより入手可能なＭＯＰＣ−２１およびＭＰＣ−１１マウス腫瘍から得られるものおよびＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａ，ＵＳＡより入手可能なＳＰ−２および誘導体、例えば、Ｘ６３−Ａｇ８−６５３細胞）である。ヒトミエローマおよびマウス−ヒトヘテロミエローマ細胞株もまた、ヒトモノクローナル抗体の産生に関して記載されている（Ｋｏｚｂｏｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；およびＢｒｏｄｅｕｒら、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ．５１−６３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７））。
ハイブリドーマ細胞を生育させる培養培地は、抗原に対して指向されたモノクローナル抗体の産生に関してアッセイされる。好ましくは、ハイブリドーマ細胞により産生されるモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降またはインビトロの結合アッセイ（例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）または酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ））により測定する。
モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、Ｍｕｎｓｏｎら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１０７：２２０（１９８０）に記載のスキャッチャード分析により測定できる。
所望の特異性、親和性および／または活性の抗体を産生するハイブリドーマ細胞が一旦同定されると、限界希釈法によりクローンをサブクローニングし、標準的な方法により生育させ得る（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，ｐｐ．５９−１０３（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９８６））。この目的のための適当な培地としては、例えば、Ｄ−ＭＥＭまたはＲＰＭＩ−１６４０培地が挙げられる。さらに、ハイブリドーマ細胞は、例えば、マウスへの細胞のｉ．ｐ．注射により、動物における腹水腫瘍としてインビボで生育させてよい。
サブクローンにより分泌されたモノクローナル抗体は、従来の抗体精製手順（例えば、アフィニティクロマトグラフィ（例えば、プロテインＡまたはプロテインＧ−セファロースを使用）またはイオン交換クロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析など）により、培養培地、腹水または血清から適宜分離する。
モノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を用いて（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを用いることにより）容易に単離および配列決定される。ハイブリドーマ細胞は、そのようなＤＮＡの好ましい起源となる。一旦、単離されると、そのＤＮＡは、発現ベクター内に入れられ、次いで宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞または他の方法で抗体タンパク質を産生しないミエローマ細胞）にトランスフェクトされることにより、組換え宿主細胞内でモノクローナル抗体の合成を行う。抗体をコードするＤＮＡの細菌における組換え発現に関する概説としては、Ｓｋｅｒｒａら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．，５：２５６−２６２（１９９３）およびＰｌｕｅｃｋｔｈｕｎ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖｓ．１３０：１５１−１８８（１９９２）が挙げられる。
モノクローナル抗体または抗体フラグメントは、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ，３４８：５５２−５５４（１９９０）に記載の手法を用いて作製した抗体ファージライブラリーから単離できる。Ｃｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８（１９９１）およびＭａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１−５９７（１９９１）は、ファージライブラリーを用いたそれぞれマウスおよびヒトの抗体の単離を報告している。その後の出版物は、チェインシャフリングによる高親和性（ｎＭ範囲）のヒト抗体の産生（Ｍａｒｋｓら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１０：７７９−７８３（１９９２））ならびに極めて大型のファージライブラリーを構築するためのストラテジとしてのコンビナトリアル感染およびインビボ組換え（Ｗａｔｅｒｈｏｕｓｅら、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．，２１：２２６５−２２６６（１９９３））を報告している。すなわち、これらの手法は、モノクローナル抗体の単離のための従来のモノクローナル抗体ハイブリドーマ手法の実行可能な代替法である。
抗体をコードするＤＮＡは、例えば、相同なマウス配列に対してヒトの重鎖および軽鎖の定常ドメイン（ＣＨおよびＣＬ）配列を置換することにより（米国特許第４，８１６，５６７号；およびＭｏｒｒｉｓｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１（１９８４））、または非免疫グロブリンポリペプチド（異種ポリペプチド）に対するコード配列の全部または一部に免疫グロブリンコード配列を融合することにより、キメラ抗体または融合抗体のポリペプチドが産生されるように改変され得る。非免疫グロブリンポリペプチド配列は、抗体の定常ドメインに対して置換することができるか、または抗体の１つの抗原複合化部位の可変ドメインに対して置換されることにより、抗原に対する特異性を有する１つの抗原複合化部位および異なる抗原に対する特異性を有する別の抗原複合化部位を含むキメラ２価抗体が生成される。
３．ヒト抗体およびヒト化抗体
本発明の抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体にはさらに、ヒト化抗体またはヒト抗体が含まれ得る。非ヒト（例えば、マウス）抗体のヒト化型は、非ヒト免疫グロブリンから得られる最小配列を含むキメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそのフラグメント（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合サブ配列）である。ヒト化抗体は、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）を包含し、これにおいては、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）に由来する残基が所望の特異性、親和性および能力を有する非ヒト種（例えば、マウス、ラットまたはウサギ）（ドナー抗体）のＣＤＲに由来する残基で置き換えられている。一部の場合においては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基により置き換えられている。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体および移入されたＣＤＲ配列またはフレームワーク配列のいずれにも存在しない残基を含んでよい。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、代表的には２つの可変ドメインの実質的にすべてを含み、これにおいては、ＣＤＲ領域のすべてまたは実質的にすべてが非ヒト免疫グロブリンのそれに相当し、そしてＦＲ領域のすべてまたは実質的にすべてがヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のそれである。ヒト化抗体はまた、必要に応じてさらに免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部分、代表的には、ヒト免疫グロブリンの少なくとも一部分を含む［Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２９（１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３−５９６（１９９２）］。
非ヒト抗体をヒト化するための方法は、当該分野で周知である。一般に、ヒト化抗体は、非ヒトである起源からそれに導入された１つ以上のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば「移入」残基と呼ばれ、これらは、代表的には、「移入」可変ドメインに由来する。ヒト化は、本質的には、げっ歯類のＣＤＲまたはＣＤＲ配列とヒト抗体の対応する配列を置換することにより、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者らの方法に従って実施することができる（Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４−１５３６（１９８８））に従って実施することができる。したがって、そのような「ヒト化」抗体は、インタクトなヒト可変ドメインより実質的に少ない部分が非ヒト種由来の対応する配列により置換されているキメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号）である。実際、ヒト化抗体は、代表的には、一部のＣＤＲ残基および恐らくは、一部のＦＲ残基が、げっ歯類抗体における類似の部位に由来する残基により置換されているヒト抗体である。
ヒト化抗体の作製において使用される軽鎖および重鎖の両方のヒト可変ドメインの選択は、抗体がヒトの治療上の使用を意図している場合は、抗原性およびＨＡＭＡ（ヒト抗マウス抗体）応答を低減するために極めて重要である。いわゆる「ベストフィット」法にしたがって、げっ歯類抗体の可変ドメインの配列を、既知のヒト可変ドメイン配列の全ライブラリーに対してスクリーニングする。げっ歯類のものに最も近似しているヒトＶドメイン配列を同定し、そして、その内部にあるヒトフレームワーク領域（ＦＲ）をヒト化抗体として許容する（Ｓｉｍｓら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６（１９９３）；Ｃｈｏｔｈｉａら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９６：９０１（１９８７））。別の方法は、軽鎖または重鎖の特定のサブグループのすべてのヒト抗体のコンセンサス配列から得られる特定のフレームワーク領域を使用する。同じフレームワークがいくつかの異なるヒト化抗体に対して使用され得る（Ｃａｒｔｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５（１９９２）；Ｐｒｅｓｔａら、Ｊ．Ｉｍｕｎｏｌ．，１５１：２６２３（１９９３））
抗原に対する高い結合親和性および他の望ましい生物学的特性を保持しながら抗体をヒト化させることがさらに重要である。この目標を達成するために、好ましい方法にしたがって、親配列およびヒト化配列の三次元モデルを用いて、親配列および様々な概念的ヒト化産物の分析のプロセスにより、ヒト化抗体が調製される。三次元の免疫グロブリンモデルは、一般に入手可能であり、当業者によく知られているものである。選択された候補免疫グロブリン配列の推定三次元コンホメーション構造を図画し、表示するコンピュータプログラムが利用できる。これらの表示を精査することにより、候補免疫グロブリン配列が機能する際の残基の推定される役割の分析、すなわち候補免疫グロブリンがその抗原に結合する能力に影響する残基の分析が可能になる。このようにして、ＦＲ残基を、レシピエントおよび移入配列から、選択して組み合わせることができ、その結果、所望の抗体特性（例えば、標的抗原に対して増大した親和性）が達成される。一般に、超可変領域残基が、抗原結合への影響において、直接、そして最も実質的に関与する。
ヒト抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体の様々な形態が想定される。例えば、ヒト化抗体は、抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂ）であり得、これは、必要に応じて、免疫複合体を形成するために１個以上の細胞傷害性薬剤と結合体化される。あるいは、ヒト化抗体は、インタクトな抗体（例えば、インタクトなＩｇＧ１抗体）であり得る。
ヒト化の代替として、ヒト抗体が作製され得る。例えば、内因性免疫グロブリン産生のない状況下においてヒト抗体の完全なレパートリーを免疫により産生することができるトランスジェニック動物（例えば、マウス）を作製することが現在可能である。例えば、キメラマウスおよび生殖細胞系変異マウスにおける抗体重鎖連結領域（ＪＨ）遺伝子のホモ接合性の欠失が、内因性の抗体産生の完全な抑制をもたらすことが報告されている。ヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子アレイをそのような生殖細胞系変異マウスへの移入することは、抗原チャレンジ時のヒト抗体の産生をもたらすことになる。例えば、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３６２：２５５−２５８（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎら、Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏ．７：３３（１９９３）；米国特許第５，５４５，８０６号、同第５，５６９，８２５号、同第５，５９１，６６９号（すべてＧｅｎＰｈａｒｍ）；同第５，５４５，８０７号；およびＷＯ９７／１７８５２を参照のこと。
あるいは、ファージディスプレイ技術（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ ３４８：５５２−５５３［１９９０］）を用いることにより、免疫されていないドナー由来の免疫グロブリン可変（Ｖ）ドメイン遺伝子レパートリーからヒト抗体およびヒト抗体フラグメントをインビトロで作製することができる。この手法によれば、抗体Ｖドメイン遺伝子を糸状バクテリオファージ（例えば、Ｍ１３またはｆｄ）の主要なまたは副次的なコートタンパク質遺伝子のいずれかにインフレームでクローニングし、ファージ粒子の表面上の機能的抗体フラグメントとしてディスプレイさせる。糸状粒子は、ファージゲノムの一本鎖ＤＮＡコピーを含むため、抗体の機能的特性に基づいた選択もまた、これらの特性を示す抗体をコードする遺伝子の選択をもたらす。すなわち、ファージは、Ｂ細胞の特性の一部を模倣する。ファージディスプレイは、例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎ，Ｋｅｖｉｎ Ｓ．ａｎｄ Ｃｈｉｓｗｅｌｌ，Ｄａｖｉｄ Ｊ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，３：５６４−５７１（１９９３）において概説されている種々の形式で実施できる。Ｖ遺伝子セグメントのいくつかの起源をファージディスプレイのために使用できる。Ｃｌａｃｋｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８（１９９１）では、免疫したマウスの脾臓から得られたＶ遺伝子の小型のランダムなコンビナトリアルライブラリーから抗オキサゾロン抗体の多様なアレイを単離した。免疫されていないヒトドナー由来のＶ遺伝子のレパートリーを構築することができ、そして抗原の多様なアレイ（自己抗原を含む）に対する抗体を、Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９１）またはＧｒｉｆｆｉｔｈら、ＥＭＢＯ Ｊ．１２：７２５−７３４（１９９３）により記載された手法に本質的に従って単離することができる。米国特許第５，５６５，３３２号および同第５，５７３，９０５号も参照のこと。
上記したように、ヒト抗体はまた、インビトロでの活性化されたＢ細胞により作製され得る（米国特許第５，５６７，６１０号および同第５，２２９，２７５号を参照のこと）。
４．抗体フラグメント
特定の状況において、抗体全体ではなく、抗体フラグメントを使用するほうが有利である。より小さいサイズのフラグメントは、迅速なクリアランスを可能にし、そして固形腫瘍への向上した到達をもたらし得る。
抗体フラグメントの作製のための様々な手法が開発されている。伝統的には、これらのフラグメントは、インタクトな抗体のタンパク質分解的消化を介して得ていた（例えば、Ｍｏｒｉｍｏｔｏら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２４：１０７−１１７（１９９２）；およびＢｒｅｎｎａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１（１９８５）を参照のこと）。しかしながら、これらのフラグメントは、現在、組換え宿主細胞により直接作製することができる。Ｆａｂ、ＦｖおよびＳｃＦｖ抗体フラグメントはすべて、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて発現させ、これより分泌させることができ、これにより、大量のこれらのフラグメントを効率的に産生できる。抗体フラグメントは、上記した抗体ファージライブラリーから単離できる。あるいは、Ｆａｂ’−ＳＨフラグメントを直接、Ｅ．ｃｏｌｉから回収し、化学的に結合してＦ（ａｂ’）２フラグメントを形成することができる（Ｃａｒｔｅｒら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １０：１６３−１６７（１９９２）。別の方法によれば、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは、組換え宿主細胞培養物から直接単離できる。サルベージレセプター結合エピトープ残基を含むインビボ半減期が延長したＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントは、米国特許第５，８６９，０４６号に記載されている。抗体フラグメントの産生のための他の手法は、当業者に明らかである。選択された抗体は、一本鎖Ｆｖフラグメント（ｓｃＦｖ）である。ＷＯ９３／１６１８５；米国特許第５，５７１，８９４号；および米国特許第５，５８７，４５８号を参照のこと。ＦｖおよびｓＦｖは、定常領域を欠いたインタクトな複合化部位を有する唯一の種であり；すなわち、それらは、インビボにおいて使用する間の低い非特異的結合に適している。ｓＦｖ融合タンパク質を構築することにより、ｓＦｖのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかにエフェクタータンパク質を融合させてよい。Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ｅｄ．Ｂｏｒｒｅｂａｅｃｋ，前出を参照のこと。抗体フラグメントはまた、例えば、米国特許第５，６４１，８７０号に記載の「線状抗体」であってもよい。そのような線状抗体フラグメントは、単一特異性または二重特異性であり得る。
５．二重特異性抗体
二重特異性抗体は、少なくとも２つの異なるエピトープに対する結合特異性を有する抗体である。例示的な二重特異的抗体は、本明細書中に記載されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６タンパク質の２つの異なるエピトープに結合することができる。他のそのような抗体は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合部位を、別のタンパク質についての結合部位と組み合わせることができる。あるいは、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６を発現している細胞に対すて細胞性の防御機構を集中させ、そして局在化させるために、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６アームを、Ｔ細胞受容体分子のような白血球上の誘引分子（ｔｒｉｇｇｅｒｉｎｇ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）（例えば、ＣＤ３）、またはＩｇＧについてのＦｃ受容体（ＦｃγＲ）（例えば、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、およびＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６））に結合するアームと組み合わせることができる。二重特異的抗体はまた、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現する細胞に対して、細胞毒性薬を局在化させるためにも使用することができる。これらの抗体は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６結合アームと、細胞毒性薬（例えば、サポリン、抗インターフェロン−α、ビンカアルカロイド、リシンＡ鎖、メトトレキセート、または放射性同位体ハプテン）に結合するアームを有している。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製できる。
ＷＯ９６／１６６７３は、二重特異性抗ＥｒｂＢ２／抗ＦｃγＲＩＩＩ抗体を記載しており、そして米国特許第５，８３７，２３４号は、二重特異性抗ＥｒｂＢ２／抗ＦｃγＲＩ抗体を開示している。二重特異性抗ＥｒｂＢ２／Ｆｃα抗体は、ＷＯ９８／０２４６３に示されている。米国特許第５，８２１，３７７号は、二重特異性抗ＥｒｂＢ２／抗ＣＤ３抗体を教示している。
二重特異性抗体を作製するための方法は、当該分野で公知である。完全長二重特異性抗体の従来の調製は、２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の同時発現に基づいており、その場合、２つの鎖は、異なる特異性を有する（Ｍｉｌｌｓｔｅｉｎら、Ｎａｔｕｒｅ ３０５：５３７−５３９（１９８３））。免疫グロブリンの重鎖および軽鎖のランダムな取合せに起因して、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、１０種の異なる抗体分子の潜在的混合物を生成し、そのうちわずか１種のみが正しい二重特異性構造を有する。通常、アフィニティクロマトグラフィ工程により行われる正しい分子の精製は、かなり面倒であり、そして生成物収率は、低い。同様の手順がＷＯ９３／０８８２９およびＴｒａｕｎｅｃｋｅｒら、ＥＭＢＯ Ｊ，１０：３６５５−３６５９（１９９１）に開示されている。
異なる方法によれば、所望の結合特異性を有する抗体可変ドメイン（抗体−抗原複合化部位）を、免疫グロブリンの定常ドメイン配列に融合させる。好ましくは、融合は、少なくとも一部のヒンジ、ＣＨ２およびＣＨ３領域を含むＩｇ重鎖定常ドメインと行う。融合物の少なくとも１つにおいて存在する、軽鎖結合に必要な部位を含む第１の重鎖定常領域（ＣＨ１）を有することが望ましい。免疫グロブリン重鎖融合物、および所望であれば、免疫グロブリン軽鎖をコードするＤＮＡを別々の発現ベクターに挿入し安定な宿主細胞に同時トランスフェクトする。これにより、構築において使用した３種のポリペプチド鎖の等しくない比率が、所望の二重特異性抗体の最適な収率をもたらす場合、その３種のポリペプチドフラグメントの相互の割合を調節する際に多大な柔軟性がもたらされる。しかしながら、等しい比率における少なくとも２つのポリペプチド鎖の発現が高収率をもたらす場合、または比率が所望の鎖の組み合わせの収率に有意に影響しない場合は、単一の発現ベクター内に２つまたは３つすべてのポリペプチド鎖に関するコード配列を挿入することが可能である。
本発明は、一方のアームにおける第１の結合特異性を有するハイブリッド免疫グロブリン重鎖および他方のアームにおけるハイブリッド免疫グロブリン重鎖−軽鎖対（第２の結合特異性をもたらす）から構成される二重特異性抗体を提供する。この非対称の構造は、二重特異性分子の片方にのみ免疫グロブリン軽鎖が存在することにより、分離の効率的方法が提供されるため、望ましくない免疫グロブリン鎖の組み合わせから所望の二重特異性化合物を分離することを容易にすることがわかっている。この方法は、ＷＯ９４／０４６９０に開示されている。二重特異性抗体の作製のさらに詳細な説明は、例えば、Ｓｕｒｅｓｈ ら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １２１：２１０（１９８６）を参照のこと。
米国特許第５，７３１，１６８号に記載の別の方法によれば、抗体分子対の間の界面を操作することにより、組換え細胞培養から回収されるヘテロ２量体の割合を最大限にすることができる。好ましい界面は、ＣＨ３ドメインの少なくとも一部を含む。この方法において、第１の抗体分子の界面に由来する１つ以上の小型アミノ酸側鎖をより大きい鎖（例えば、チロシンまたはトリプトファン）で置き換える。大型の側鎖と同一または同様のサイズの代償的な「空洞」が、大型のアミノ酸側鎖をより小さいもの（例えば、アラニンまたはスレオニン）と置き換えることによって第２の抗体分子の界面上に形成される。これは、ホモ２量体などの他の望ましくない最終生成物よりもヘテロ２量体の収率を増大させるための機序を提供する。
二重特異性抗体は、架橋結合された抗体または「ヘテロ結合体」抗体を含む。例えば、ヘテロ結合体における抗体の一方をアビジンに、そして他方をビオチンに結合することができる。このような抗体は、例えば、望ましくない細胞に免疫系細胞をターゲティングするため（米国特許第４，６７６，９８０号）およびＨＩＶ感染の処置のため（ＷＯ９１／００３６０、ＷＯ９２／２００３７３およびＥＰ０３０８９）に提案されている。ヘテロ結合体抗体は、任意の好都合な架橋結合法を用いて作製され得る。適当な架橋結合剤は、当該分野で周知であり、そして多くの架橋結合の手法と共に米国特許第４，６７６，９８０号に開示されている。
抗体フラグメントから二重特異性抗体を作製するための手法もまた、文献に記載されている。例えば、二重特異性抗体は、キメラ連結を用いて調製できる。Ｂｒｅｎｎａｎ ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：８１（１９８５）は、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントを作製するためにインタクトな抗体をタンパク質分解的に切断する手順を記載している。これらのフラグメントをジチオール複合体形成剤、亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元することにより、隣接ジチオールを安定化させ、分子間ジスルフィドの形成を妨害する。次に、形成されたＦａｂ’フラグメントをチオニトロベンゾエート（ＴＮＢ）誘導体に変換する。次に、Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の１つを、メルカプトエチルアミンで還元することによりＦａｂ’−チオールに再変換し、等モル量の他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体と混合することにより、二重特異性抗体が形成される。生成した二重特異性抗体は、酵素の選択的固定化のための試薬として使用できる。
最近の進歩により、化学的に結合することにより二重特異性抗体を形成することができる、Ｅ．ｃｏｌｉからのＦａｂ’−ＳＨフラグメントの直接の回収が容易になった。Ｓｈａｌａｂｙら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７５：２１７−２２５（１９９２）は、完全にヒト化された二重特異性抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の作製を記載している。各Ｆａｂ’フラグメントを別個にＥ．ｃｏｌｉから分泌させ、インビトロの指向性化学カップリングに供することにより、二重特異性抗体が作製される。このようにして形成された二重特異性抗体は、ＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細胞および正常ヒトＴ細胞に結合することができ、同時にヒト乳房腫瘍標的に対するヒト細胞傷害性リンパ球の溶解活性をトリガーすることができた。組換え細胞培養物から直接、二重特異性抗体フラグメントを作製して単離する様々な手法も報告されている。例えば、二重特異性抗体を、ロイシンジッパーを用いて調製する。Ｋｏｓｔｅｌｎｙら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７−１５５３（１９９２）。ＦｏｓおよびＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーペプチドを、遺伝子融合により２種の異なる抗体のＦａｂ’部分に連結した。その抗体のホモ２量体を、ヒンジ領域で還元することによりモノマーを形成し、次に、再び酸化して抗体ヘテロ２量体を形成させた。この方法はまた、抗体ホモ２量体の調製にも利用できる。Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４−６４４８（１９９３）に記載の「ダイアボディ」手法は、二重特異性抗体フラグメントを作製するための代替機序を提供している。そのフラグメントは、同じ鎖の２ドメイン間の対形成を可能とするには、短すぎるリンカーによってＶＬに連結されたＶＨを含む。したがって、１つのフラグメントのＶＨおよびＶＬドメインが別のフラグメントの相補的なＶＬドメインおよびＶＨドメインに強制的に対形成させられ、これにより２つの抗原結合部位が形成される。一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）２量体の使用による二重特異性抗体フラグメントを作製するための別のストラテジも報告されている。Ｇｒｕｂｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５２：５３６８（１９９４）を参照のこと。
２価より多価の抗体も企図される。例えば、３重特異性抗体が作製され得る。Ｔｕｔｔら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）。
６．ヘテロ結合体抗体
ヘテロ結合体抗体もまた、本発明の範囲内に含まれる。ヘテロ結合体抗体は、２つの共有結合した抗体から構成される。このような抗体は、例えば、望ましくない細胞に免疫系細胞をターゲティングするため［米国特許第４，６７６，９８０号］およびＨＩＶ感染の処置のため［ＷＯ９１／００３６０、ＷＯ９２／２００３７３およびＥＰ０３０８９］に提案されている。この抗体は、架橋結合剤を用いる方法を含む合成タンパク質化学における公知の方法を用いてインビトロで調製され得ると企図される。例えば、免疫トキシンは、ジスルフィド交換反応を用いて、またはチオエーテル結合の形成によって構築され得る。この目的に適した試薬の例としては、イミノチオレートおよびメチル−４−メルカプトブチルイミデートならびに例えば、米国特許第４，６７６，９８０号に開示されているものが挙げられる。
７．多価抗体
多価抗体は、抗体が結合する抗原を発現する細胞によって、２価抗体より急速に内部移行（および／または異化）され得る。本発明の抗体は、３つ以上の抗原結合部位を有する多価抗体（ＩｇＭクラス以外である）（例えば、４価抗体）であり得、その抗体は、抗体のポリペプチド鎖をコードする核酸の組換え発現により容易に作製できる。多価抗体は、二量体化ドメインおよび３つ以上の抗原結合部位を含み得る。好ましい二量体化ドメインは、Ｆｃ領域またはヒンジ領域を含む（またはそれからなる）。この設定において、その抗体は、Ｆｃ領域およびＦｃ領域に対してアミノ末端側に３つ以上の抗原結合部位を含む。好ましい多価抗体は、本明細書中で３個〜約８個、好ましくは、４個の抗原結合部位を含む（またはそれからなる）。多価抗体は、少なくとも１つのポリペプチド鎖（および好ましくは、２つのポリペプチド鎖）を含み、ここでそのポリペプチド鎖は、２つ以上の可変ドメインを含む。例えば、そのポリペプチド鎖は、ＶＤ１−（Ｘ１）ｎ−ＶＤ２−（Ｘ２）ｎ−Ｆｃを含み得、式中、ＶＤ１は、第１の可変ドメイン、ＶＤ２は、第２の可変ドメイン、Ｆｃは、Ｆｃ領域の１つのポリペプチド鎖であり、Ｘ１およびＸ２は、アミノ酸またはポリペプチドを示し、ｎは、０または１である。例えば、そのポリペプチド鎖は、ＶＨ−ＣＨ１−柔軟なリンカー−ＶＨ−ＣＨ１−Ｆｃ領域鎖；またはＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１−Ｆｃ領域鎖を含み得る。本明細書中の多価抗体は、好ましくは、さらに少なくとも２つ（好ましくは、４つ）の軽鎖可変ドメインポリペプチドを含む。本明細書中の多価抗体は、例えば、約２個〜約８個の軽鎖可変ドメインポリペプチドを含み得る。本明細書において企図される軽鎖可変ドメインポリペプチドは、軽鎖可変ドメインを含み、そして必要に応じて、さらにＣＬドメインを含む。
８．エフェクター機能の操作
例えば、抗体の抗原依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）および／または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を増強するために、エフェクター機能に関して本発明の抗体を改変することが望ましい場合がある。これは、１つ以上アミノ酸置換を抗体のＦｃ領域に導入することにより達成され得る。代替または追加として、システイン残基をＦｃ領域に導入することにより、この領域における鎖間のジスルフィド結合の形成が可能とされ得る。このように作製されたホモ２量体抗体は、向上した内部移行能力ならびに／または増大した補体媒介性細胞殺滅および抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を有し得る。Ｃａｒｏｎら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１７６：１１９１−１１９５（１９９２）およびＳｈｏｐｅｓ，Ｂ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８−２９２２（１９９２）を参照のこと。増強された抗腫瘍活性を有するホモ２量体抗体はまた、Ｗｏｌｆｆら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５３：２５６０−２５６５（１９９３）に記載されているように、ヘテロ２官能性架橋リンカーを用いて調製され得る。あるいは、二重のＦｃ領域を有することから、増強された補体溶解およびＡＤＣＣ能力を有し得る抗体を作製することもできる。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎら、抗Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ３：２１９−２３０（１９８９）を参照のこと。その抗体の血清中半減期を延長するために、例えば、米国特許第５，７３９，２７７号に記載されるように抗体（特に抗体フラグメント）中にサルベージレセプター結合エピトープを取り込んでよい。本明細書中で使用されるとき、用語「サルベージレセプター結合エピトープ」とは、ＩｇＧ分子（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４）のインビボの血清中半減期を延長する原因となるＩｇＧ分子のＦｃ領域のエピトープのことをいう。
９．免疫複合体
本発明はまた、細胞傷害性薬剤（例えば、化学療法剤、増殖阻害剤、トキシン（例えば、細菌、真菌、植物または動物起源の酵素的に活性なトキシンまたはそのフラグメント）または放射性同位体（すなわち、放射性結合体）に結合体化された抗体を含む免疫複合体に関する。
このような免疫複合体の作製に有用な化学療法剤は、上記の通りである。使用され得る酵素的に活性なトキシンおよびそのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリアトキシンの非結合活性フラグメント、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシンＡ鎖、アルファ−サルシン（ｓａｒｃｉｎ）、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩおよびＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａインヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓインヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、マイトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）およびトリコテシン（ｔｒｉｃｏｔｈｅｃｅｎｅ）が挙げられる。種々の放射性核種が、放射性結合体化抗体の作製のために使用できる。例としては、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙおよび１８６Ｒｅが挙げられる。抗体と細胞傷害性薬剤との結合体は、種々の２官能性タンパク質カップリング剤（例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの２官能性誘導体（例えば、ジメチルアジピミデートＨＣＬ）、活性エステル（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビスジアゾニウム誘導体（例えば、ビス（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トリエン２，６−ジイソシアネート）およびビス活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン））を用いて作製される。例えば、リシン免疫トキシンは、Ｖｉｔｅｔｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３８：１０９８（１９８７）に記載されているように調製され得る。炭素−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性核種の結合体化のための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照のこと。
抗体および１つ以上の低分子トキシン（例えば、カリケアマイシン、メイタンシノイド、トリコテシンおよびＣＣ１０６５）およびトキシン活性を有するこれらの毒素の誘導体の結合体もまた本明細書中で企図される。
メイタンシンおよびメイタンシノイド
本発明は、１つ以上のメイタンシノイド分子に結合させられた抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体（全長または断片）を提供する。
メイタンシノイドは、チューブリン重合を抑制することにより機能する有糸分裂インヒビターである。メイタンシンは、東アフリカの低木であるＭａｙｔｅｎｕｓ ｓｅｒｒａｔａから最初に単離された（米国特許第３，８９６，１１１号）。その後、特定の微生物もまた、メイタンシノイド（例えば、メイタンシノールおよびＣ−３メイタンシノールエステル）を産生することが発見された（米国特許第４，１５１，０４２号）。合成のメイタンシノールならびにその誘導体およびアナログは、例えば、米国特許第４，１３７，２３０号；同第４，２４８，８７０号；同第４，２５６，７４６号；同第４，２６０，６０８号；同第４，２６５，８１４号；同第４，２９４，７５７号；同第４，３０７，０１６号；同第４，３０８，２６８号；同第４，３０８，２６９号；同第４，３０９，４２８号；同第４，３１３，９４６号；同第４，３１５，９２９号；同第４，３１７，８２１号；同第４，３２２，３４８号；同第４，３３１，５９８号；同第４，３６１，６５０号；同第４，３６４，８６６号；同第４，４２４，２１９号；同第４，４５０，２５４号；同第４，３６２，６６３号；および同第４，３７１，５３３号に開示されており、これらの開示は、本明細書により、参考として明示的に援用される。
メイタンシノイド抗体結合体
その処置指標を向上させる試みにおいて、メイタンシンおよびメイタンシノイドは、腫瘍細胞抗原に特異的に結合する抗体に結合体化された。メイタンシノイドを含む免疫複合体およびその治療的用途は、例えば、米国特許第５，２０８，０２０号、同第５，４１６，０６４号および欧州特許ＥＰ０４２５２３５Ｂ１（これらの開示は、本明細書により参考として明示的に援用される）に開示されている。Ｌｉｕら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：８６１８−８６２３（１９９６）は、ヒト直腸結腸癌に対して指向されたモノクローナル抗体Ｃ２４２に連結されたＤＭ１と命名されたメイタンシノイドを含む免疫複合体を記載している。この結合体は、培養された結腸癌細胞に対しては、高度に細胞傷害性であることが見出され、そしてインビボの腫瘍生育アッセイにおいて抗腫瘍活性を示した。Ｃｈａｒｉら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：１２７−１３１（１９９２）は、ヒト結腸癌細胞株上の抗原に結合するマウス抗体Ａ７に、またはＨＥＲ−２／ｎｅｕ癌遺伝子に結合する別のマウスモノクローナル抗体ＴＡ．１にジスルフィドリンカーを介してメイタンシノイドを結合体化した免疫複合体を記載している。ＴＡ．１−メイタンシノイド結合体の細胞傷害性は、細胞当たり３×１０５のＨＥＲ−２表面抗原を発現するヒト乳癌細胞株ＳＫ−ＢＲ−３に対してインビトロで試験された。薬剤結合体は、遊離メイタンシノイド薬剤と同様の細胞傷害性の程度を達成しており、これは、抗体分子当たりのメイタンシノイド分子の数を増大させることにより増大させることができた。Ａ７−メイタンシノイド結合体は、マウスにおいて低い全身性の細胞傷害性を示した。
抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体−メイタンシノイド結合体（免疫結合体）
抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体−メイタンシノイド結合体は、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体を、メイタンシノイド分子に対して、抗体またはメイタンシノイド分子のいずれの生物学的活性も有意には低下させることなく化学的に連結させることによって調製される。抗体分子当たり平均３〜４個のメイタンシノイド分子を結合体化すると、抗体の機能または溶解性に悪影響を及ぼすことなく標的細胞の細胞傷害性を増強する場合に有効であることがわかっているが、１分子の毒素／抗体であっても、裸の抗体を使用したときよりも細胞傷害性を増強すると期待される。メイタンシノイドは、当該分野で周知であり、そして公知の手法により合成され得るか、または天然起源から単離され得る。適当なメイタンシノイドは、例えば、米国特許第５，２０８，０２０号ならびに上記した他の特許および特許でない出版物に開示されている。好ましいメイタンシノイドは、メイタンシノールおよび芳香環において、またはマインタンシノール分子（例えば、様々なメインタンシノールエステル）の他の位置において改変されているマインタンシノールアナログである。
抗体−メイタンシノイド結合体を作製するための当該分野で公知の連結基が、多数存在し、それらとしては、例えば、米国特許第５，２０８，０２０号または欧州特許０４２５２３５Ｂ１ならびにＣｈａｒｉら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：１２７−１３１（１９９２）に開示されているものが挙げられる。連結基としては、上で特定した特許に開示されているような、ジスルフィド基、チオエーテル基、酸不安定性基、光不安定性基、ペプチダーゼ不安定性基、またはエステラーゼ不安定性基が挙げられるが、ジスルフィド基およびチオエーテル基が好ましい。
抗体とメイタンシノイドとの結合体は、種々の２官能性タンパク質カップリング剤（例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの２官能性誘導体（例えば、ジメチルアジピミデートＨＣＬ）、活性エステル（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビスジアゾニウム誘導体（例えば、ビス（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トルエン２，６−ジイソシアネート）およびビス活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン））を用いて作製され得る。特に好ましいカップリング剤としては、ジスルフィド結合を提供するためのＮ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）（Ｃａｒｌｓｓｏｎら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．，１７３：７２３−７３７［１９７８］）およびＮ−スクシンイミジル−４−（２−ピリジルジチオ）ペンタノエート（ＳＰＰ）が挙げられる。
リンカーは、連結の型に応じて様々な位置においてメイタンシノイド分子に結合され得る。例えば、エステル結合は、従来のカップリング手法を用いてヒドロキシル基との反応により形成され得る。この反応は、ヒドロキシル基を有するＣ３位、ヒロドキシメチルで改変されたＣ１４位、ヒドロキシル基で改変されたＣ１５位およびヒドロキシル基を有するＣ２０位において起こり得る。連結は、メイタンシノールまたはメイタンシノールアナログのＣ３位において形成される。
カリケアマイシン
目的の別の免疫結合体には、１つ以上のカリケアマイシン分子に結合させられた抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体が含まれる。抗生物質のカリケアマイシンファミリーは、ピコモル以下の濃度において２本鎖ＤＮＡ切断をもたらすことができる。カリケアマイシンファミリーの結合体の調製に関しては、米国特許第５，７１２，３７４号、同第５，７１４，５８６号、同第５，７３９，１１６号、同第５，７６７，２８５号、同第５，７７０，７０１号、同第５，７７０，７１０号、同第５，７７３，００１号、同第５，８７７，２９６号を参照のこと（すべてＡｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄ Ｃｏｍｐａｎｙ）。使用され得るカリケアマイシンの構造アナログとしては、γ１ Ｉ、α２ Ｉ、α３ Ｉ、Ｎ−アセチル−γ１ Ｉ、ＰＳＡＧおよびθＩ ｌ（Ｈｉｍｍａｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５３：３３３６−３３４２（１９９３）、Ｌｏｄｅら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５８：２９２５−２９２８（１９９８）および上記したＡｍｅｒｉｃａｎ Ｃｙａｎａｍｉｄに対する米国特許）が挙げられるが、これらに限定されない。抗体を結合体化できる別の抗腫瘍剤は、葉酸代謝拮抗薬であるＱＦＡである。カリケアマイシンおよびＱＦＡは、両方とも細胞内の作用部位を有し、原形質膜を容易に通過しない。したがって、抗体媒介性の内部移行を介したこれらの薬剤の細胞内取り込みは、その細胞傷害性作用を大きく増大させる。
他の細胞傷害性薬剤
本発明の抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体に対して結合させることができる他の抗腫瘍薬としては、ＢＣＮＵ、ストレプトゾイシン、ビンクリスチン、および５−フルオロウラシル、米国特許第５，０５３，３９４号、同第５，７７０，７１０号に記載されているまとめてＬＬ−Ｅ３３２８８複合体として知られている薬剤のファミリー、ならびに、エスペラマイシン（米国特許第５，８７７，２９６号）が挙げられる。
使用され得る酵素的に活性なトキシンおよびそのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性フラグメント、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシンＡ鎖、アルファ−サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチンタンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩおよびＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａインヒビター、クルシン、クロチン、ｓａｐａｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓインヒビター、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシンおよびトリコテシンが挙げられる。例えば、１９９３年１０月２８日に公開されたＷＯ９３／２１２３２を参照のこと。
本発明はさらに、抗体と核溶解活性を有する化合物（例えば、リボヌクレアーゼまたはＤＮＡエンドヌクレアーゼ（例えば、デオキシリボヌクレアーゼ；ＤＮＡｓｅ））との間に形成される免疫複合体を企図している。
腫瘍の選択的破壊のためには、抗体は、高度に放射性の原子を含んでよい。様々な放射性同位体を、放射性物質が結合させられた抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体の産生に利用することができる。例としては、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２およびＬｕの放射性同位体が挙げられる。診断のために結合体を使用する場合、その結合体は、シンチグラフィー試験用の放射性原子、例えば、ｔｃ９９ｍもしくはＩ１２３、または核磁気共鳴（ＮＭＲ）イメージング（磁気共鳴イメージングＭＲＩとしても公知の）用のスピン標識（例えば、ヨウ素−１２３、さらにヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガンまたは鉄）を含み得る。
放射標識または他の標識を、公知の方法で結合体に取り込ませてよい。例えば、水素の代わりにフッ素−１９を含む適当なアミノ酸前駆体を用いて、ペプチドを生合成し得るか、またはアミノ酸化学合成法により合成し得る。標識（例えば、ｔｃ９９ｍまたはＩ１２３、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８およびＩｎ１１１）をペプチド内のシステイン残基を介して結合することができる。イットリウム−９０は、リシン残基を介して結合できる。ＩＯＤＯＧＥＮ法（Ｆｒａｋｅｒら（１９７８）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．８０：４９−５７）を用いてヨウ素−１２３を取り込むことができる。“Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｓｃｉｎｔｉｇｒａｐｈｙ”（Ｃｈａｔａｌ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ １９８９）は、他の方法を詳細に説明している。
抗体と細胞傷害性薬剤との結合体は、種々の２官能性のタンパク質カップリング剤（例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの２官能性誘導体（例えば、ジメチルアジピミデートＨＣＬ）、活性エステル（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビスジアゾニウム誘導体（例えば、ビス（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トリエン２，６−ジイソシアネート）およびビス活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）を用いて作製され得る。例えば、リシン免疫トキシンは、Ｖｉｔｅｔｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３８：１０９８（１９８７）に記載されているように調製され得る。炭素−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性核種の結合体化のための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照のこと。リンカーは、細胞内での細胞傷害性薬剤の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であり得る。例えば、酸不安定性リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、光不安定性リンカー、ジメチルリンカーまたはジスルフィド含有リンカー（Ｃｈａｒｉら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５２：１２７−１３１（１９９２）；米国特許第５，２０８，０２０号）が使用され得る。
あるいは、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体と、細胞毒性薬が含まれている融合タンパク質を、例えば、組み換え技術またはペプチド合成によって作成することができる。ＤＮＡの長さは、相互に隣接するか、または結合体の所望の特性を損なわないリンカーペプチドをコードする領域によって分離されている結合体の２つの部分をコードするそれぞれの領域を含み得る。
本発明によれば、抗体−レセプター結合体を患者に投与し、その後浄化剤を用いて循環系から未結合の結合体を除去し、次に細胞傷害性薬剤（例えば、放射性ヌクレオチド）に結合体化された「リガンド」（例えば、アビジン）を投与する、腫瘍の予備ターゲティングにおいて利用するための「レセプター」（例えば、ストレプトアビジン）に抗体は結合体化され得る。
１０．免疫リポソーム
本明細書中に開示される抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体はまた、免疫リポソームとして処方することもできる。「リポソーム」は、哺乳動物における薬剤の送達のために有用な様々な型の脂質、リン脂質および／または界面活性剤から構成される小型のビヒクルである。リポソームの成分は、一般に、生物学的膜の脂質の配置と類似の二層形態で配置している。抗体を含むリポソームは、例えば、Ｅｐｓｔｅｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：３６８８（１９８５）；Ｈｗａｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７：４０３０（１９８０）；米国特許第４，４８５，０４５号および同第４，５４４，５４５号；および１９９７年１０月２３日に公開されたＷＯ９７／３８７３１に記載されているような当該分野で公知の方法により調製される。長期の循環時間を有するリポソームは、米国特許第５，０１３，５５６号に開示されている。
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロールおよびＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物を用いて逆相蒸発法により作製することができる。リポソームを、所定の孔径のフィルターに通して押し出すことにより、所望の直径を有するリポソームが得られる。本発明の抗体のＦａｂ’フラグメントは、ジスルフィド相互交換反応によりＭａｒｔｉｎら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５７：２８６−２８８（１９８２）に記載されているようにリポソームに結合体化され得る。化学療法剤は、必要に応じてリポソーム内に含まれる。Ｇａｂｉｚｏｎら、Ｊ．Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．８１（１９）：１４８４（１９８９）を参照のこと。
１１．抗体の医薬組成物
本明細書中で同定されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに特異的に結合する抗体、ならびに、本明細書中で先に開示されたスクリーニングアッセイによって同定された他の分子は、医薬組成物の形態で様々な障害の処置のために投与することができる。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドが細胞内にあり、完全な抗体が阻害剤として使用される場合には、インターナライズ抗体（ｉｎｔｅｒｎａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）が好ましい。しかしながら、リポフェクションまたはリポソームはまた、抗体または抗体フラグメントを細胞に送達するためにも使用できる。抗体フラグメントを用いる場合、標的タンパク質の結合ドメインに特異的に結合する最も小さい阻害性フラグメントが好ましい。例えば、抗体の可変領域の配列に基づいて、標的タンパク質配列に結合する能力を保持しているペプチド分子を設計できる。そのようなペプチドは、化学合成および／または組換えＤＮＡ技術による調製が可能である。例えば、Ｍａｒａｓｃｏら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：７８８９−７８９３（１９９３）を参照のこと。本明細書中の処方物はまた、処置すべき特定の適応症に必要な２つ以上の活性化合物、好ましくは、相互に悪影響を及ぼさない補足的な活性を有するものを含み得る。あるいは、またはさらに、その組成物は、その機能を増強する薬剤（例えば、細胞傷害性薬剤、サイトカイン、化学療法剤または増殖阻害剤）を含み得る。このような分子は、意図する目的のために有効である量における組み合わせにおいて適宜存在する。
活性成分はまた、例えば、コアセルベーション法または界面重合により調製されたマイクロカプセル、例えば、それぞれヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチンマイクロカプセルおよびポリ−（メチルメタクリレート）マイクロカプセル中、コロイド状薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミン微小球、マイクロエマルジョン、ナノ粒子およびナノカプセル）中、またはマクロエマルジョン中に封入してもよい。このような手法は、前出のＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓに開示されている。
インビボ投与のために使用される処方物は、滅菌されていなければならない。これは、滅菌された濾過膜に通す濾過により容易に達成される。
徐放性処方物が調製され得る。徐放性処方物の適当な例としては、抗体を含む固体疎水性ポリマーの半透過性マトリックスが挙げられ、そのようなマトリックスは、成形された物、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態である。徐放性マトリックスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）またはポリ（ビニルアルコール））、ポリ乳酸（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸とγエチル−Ｌ−グルタメートとのコポリマー、非分解性エチレン−酢酸ビニル、分解性乳酸−グリコール酸コポリマー（例えば、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴＴＭ（乳酸−グリコール酸コポリマーおよび酢酸ロイプロリドから構成される注射可能な微小球））およびポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。エチレン−酢酸ビニルおよび乳酸−グリコール酸などのポリマーは、１００日間にわたる分子の放出を可能にするが、特定のヒドロゲルは、より短い時間にタンパク質を放出する。カプセル化抗体が身体内に長時間残存する場合、それらは、３７℃の水分への曝露の結果として、変性するか凝集し、生物学的活性を消失するか、または免疫原性が変化する可能性がある。合理的なストラテジは、関与する機序に応じて安定化のために工夫することができる。例えば、凝集の機序がチオ−ジスルフィド交換を介した分子間Ｓ−Ｓ結合の形成であることが発見されれば、スルフィドリル残基の改変、酸性溶液からの凍結乾燥、水分含有量の制御、適切な添加物の使用および特定のポリマーマトリックス組成物の開発によって安定化が達成され得る。
Ｇ．抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体の使用
本発明の抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体は、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；胚発達障害もしくは胚性致死、または代謝障害について、様々な治療的用途および／または診断的用途を有している。例えば、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６についての診断アッセイにおいて（例えば、特異的な細胞、組織、または血清の中でのその発現（およびいくつかの場合には、ディファレンシャルな発現）を検出することにおいて）使用することができる。当該分野で公知の様々な診断アッセイの手法、例えば、競合的結合アッセイ、直接または間接のサンドイッチアッセイおよび不均質または均質な相のいずれかにおいて行う免疫沈降アッセイが使用され得る［Ｚｏｌａ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．（１９８７）ｐｐ．１４７−１５８］。診断アッセイにおいて使用される抗体は、検出可能な部分で標識できる。その検出可能な部分は、直接的または間接的に検出可能なシグナルを生成することができるものでなければならない。例えば、その検出可能な部分は、放射性同位体（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓまたは１２５Ｉ）、蛍光または化学発光化合物（例えば、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミンまたはルシフェリン）または酵素（例えば、アルカリホスファターゼ、ベータガラクトシダーゼまたは西洋ワサビペルオキシダーゼ）であり得る。その検出可能な部分に抗体を結合体化するための当該分野で公知の任意の方法（Ｈｕｎｔｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ，１４４：９４５（１９６２）；Ｄａｖｉｄら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１３：１０１４（１９７４）；Ｐａｉｎら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．，４０：２１９（１９８１）；およびＮｙｇｒｅｎ，Ｊ．Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ． ａｎｄ Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．，３０：４０７（１９８２）に記載されているものを含む）を使用し得る。
抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体はまた、組み換え細胞培養物、または天然の供給源からのＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの親和性による精製にも有用である。この過程においては、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対する抗体が、当該分野で周知の方法を使用して適切な支持体（例えば、Ｓｅｐｈａｄｅｘ樹脂または濾紙）上に固定される。その後、固定された抗体は、精製されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドが含まれている試料と接触させられ、その後、支持体が、固定された抗体に結合させられたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを除く、試料中の実質的に全ての材料を除去するであろう適切な溶媒で洗浄される。最後に、支持体は、抗体からＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを放出するであろう別の適切な溶媒で洗浄される。
以下の実施例は、説明のみを目的としており、本発明の範囲をいかなる面でも限定する意図はない。
本明細書中で引用したすべての特許および文献の参考資料は、その全体が本明細書により参考として援用される。
実施例において言及される市販の試薬は、他に指示がない限り、製造者の指示書に従って使用した。以下の実施例において、また本明細書を通して、ＡＴＣＣアクセッション番号によって同定される細胞の起源は、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡである。
実施例１：新規のポリペプチドおよびそれらをコードするｃＤＮＡを同定するための細胞外ドメインホモロジースクリーニング
Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ公的データベースからの約９５０個の既知の分泌タンパク質の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）配列（もしあれば、分泌シグナル配列を含む）を使用して、ＥＳＴデータベースを検索した。そのＥＳＴデータベースは、公的データベース（例えば、Ｄａｙｈｏｆｆ、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のデータベース（例えば、ＬＩＦＥＳＥＱＴＭ，Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含んでいた。検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ−２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して、ＥＣＤタンパク質配列の、ＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との比較として実施した。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上の比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
この細胞外ドメインホモロジースクリーニングを使用して、コンセンサスＤＮＡ配列を、ｐｈｒａｐを使用して他の同定されているＥＳＴ配列に対して構築した。さらに、得られたコンセンサスＤＮＡ配列を、しばしば（必ずしもそうではないが）ＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ−２およびｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを使用して、伸長することにより、上に記載したＥＳＴ配列の起源を使用してできる限りコンセンサス配列を伸長した。
上に記載したように得られたコンセンサス配列に基づいて、次いでオリゴヌクレオチドを、目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するためおよびＰＲＯポリペプチドについての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するために合成し、使用した。順方向および逆方向ＰＣＲプライマーは、一般に２０〜３０ヌクレオチドの範囲であり、約１００〜１０００ｂｐ長のＰＣＲ産物が得られるように設計されることが多い。プローブ配列は、代表的には４０〜５５ｂｐ長である。いくつかの場合において、コンセンサス配列が約ｌ〜１．５ｋｂｐより大きいとき、さらなるオリゴヌクレオチドを合成する。完全長クローンについていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙのように、ＰＣＲプライマー対を用いてＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用して、プローブオリゴヌクレオチドおよびプライマー対の一方を用いて目的の遺伝子をコードするクローンを単離した。
ｃＤＮＡクローンを単離するために使用したｃＤＮＡライブラリーを、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡの試薬などの市販の試薬を使用して標準的な方法によって構築した。ｃＤＮＡを、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴをプライマーとして増幅し、ＳａｌＩヘミキナーゼ化（ｈｅｍｉｋｉｎａｓｅｄ）アダプターに平滑末端で連結し、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動によって適切にサイズ分離し、適当なクローニングベクター（例えば、ｐＲＫＢまたはｐＲＫＤ；ｐＲＫ５Ｂは、ＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５３：１２７８−１２８０（１９９１）を参照のこと）に所定の方向で独特のＸｈｏＩ部位およびＮｏｔＩ部位においてクローニングした。
実施例２：アミラーゼスクリーニングによるｃＤＮＡクローンの単離
１．オリゴｄＴをプライマーとするｃＤＮＡライブラリーの調製
ｍＲＮＡを、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ（Ｆａｓｔ Ｔｒａｃｋ２）の試薬およびプロトコルを使用して目的のヒト組織から単離した。このＲＮＡを使用し、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤの試薬（Ｓｕｐｅｒ Ｓｃｒｉｐｔ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｓｙｓｔｅｍ）およびプロトコルを使用して、ベクターｐＲＫ５Ｄに、オリゴｄＴをプライマーとするｃＤＮＡライブラリーを生成した。この手順において、二本鎖ｃＤＮＡのうち、１０００ｂｐより大きいものを分離し、ＳａｌＩ／ＮｏｔＩリンカー付加されたｃＤＮＡを、ＸｈｏＩ／ＮｏｔＩ切断されたベクターにクローニングした。ｐＲＫ５Ｄは、ＸｈｏＩ／ＮｏｔＩ ｃＤＮＡクローニング部位の前に、ｓｐ６転写開始部位、ＳｆｉＩ制限酵素部位の順でそれらを有するクローニングベクターである。
２．ランダムプライマーをプライマーとするｃＤＮＡライブラリーの調製
１次ｃＤＮＡクローンの５’末端を優先的に表すために、２次ｃＤＮＡライブラリーを構築した。Ｓｐ６ＲＮＡを１次ライブラリー（上記）から生成し、このＲＮＡを使用し、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓの試薬（Ｓｕｐｅｒ Ｓｃｒｉｐｔ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｓｙｓｔｅｍ，上を参照のこと）およびプロトコルを使用して、ランダムプライマーをプライマーとするｃＤＮＡライブラリーをベクターｐＳＳＴ−ＡＭＹ．０に構築した。この手順において、二本鎖ｃＤＮＡを、５００〜１０００ｂｐに分離し、ＮｏｔＩアダプターに平滑末端でリンカー付加し、ＳｆｉＩで切断し、そしてＳｆｉＩ／ＮｏｔＩで切断されたベクターにクローニングした。ｐＳＳＴ−ＡＭＹ．０は、ｃＤＮＡクローニング部位およびマウスアミラーゼ配列の前に酵母アルコールデヒドロゲナーゼプロモーター（分泌シグナルなしの成熟配列）、続いて、クローニング部位の後に酵母アルコールデヒドロゲナーゼターミネーターを有するクローニングベクターである。このようにして、アミラーゼ配列とインフレームで融合されたこのベクターにクローニングされたｃＤＮＡは、適切にトランスフェクトされた酵母コロニーからアミラーゼを分泌するようになる。
３．形質転換および検出
上の段落２に記載したライブラリー由来のＤＮＡを氷上で冷やし、エレクトロコンピテントＤＨ１０Ｂ細菌（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，２０ｍＬ）に加えた。次いで細菌およびベクター混合物を、製造者によって推奨されているように電気穿孔処理した。続いて、ＳＯＣ培地（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，１ｍＬ）を加えて、混合物を３７℃で３０分間インキュベートした。次いで、形質転換体をアンピシリンを含む標準的な１５０ｍｍＬＢプレート２０枚に播き、１６時間インキュベートした（３７℃）。陽性のコロニーをプレートから拾い、そのＤＮＡを標準的なプロトコル、例えば、ＣｓＣｌ勾配を使用して細菌のペレットから単離した。次いで、精製されたＤＮＡを以下の酵母プロトコルに用いた。
酵母法は、３つのカテゴリーに分けられる：（１）プラスミド／ｃＤＮＡ結合ベクターによる酵母の形質転換；（２）アミラーゼを分泌する酵母クローンの検出および単離；ならびに（３）酵母コロニーからの直接の挿入断片のＰＣＲ増幅ならびに配列決定およびさらなる解析のためのそのＤＮＡの精製。
使用した酵母株は、ＨＤ５６−５Ａ（ＡＴＣＣ−９０７８５）であった。この株は、以下の遺伝子型：ＭＡＴアルファ、ｕｒａ３−５２、ｌｅｕ２−３、ｌｅｕ２−１１２、ｈｉｓ３−１１、ｈｉｓ３−１５、ＭＡＬ＋、ＳＵＣ＋、ＧＡＬ＋を有する。好ましくは、翻訳後経路を欠く酵母変異体が、使用され得る。このような変異体は、ｓｅｃ７１、ｓｅｃ７２、ｓｅｃ６２において転座不全（ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ ｄｅｆｉｃｉｅｎｔ）対立遺伝子を有し得、切断されたｓｅｃ７１が最も好ましい。あるいは、これらの遺伝子の正常な作用を干渉するアンタゴニスト（アンチセンスヌクレオチドおよび／またはリガンドを含む）、この翻訳後経路に関連する他のタンパク質（例えば、ＳＥＣ６１ｐ、ＳＥＣ７２ｐ、ＳＥＣ６２ｐ、ＳＥＣ６３ｐ、ＴＤＪ１ｐまたはＳＳＡ１ｐ−４ｐ）またはこれらのタンパク質の複合体形成物もまた、好ましくは、アミラーゼを発現する酵母と組み合わせて使用され得る。
形質転換は、Ｇｉｅｔｚら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．，２０：１４２５（１９９２）によって概説されているプロトコルに基づいて行われた。次いで、形質転換された細胞を寒天からＹＥＰＤ複合培地ブロス（１００ｍＬ）に接種し、３０℃で一晩生育した。ＹＥＰＤブロスを、Ｋａｉｓｅｒら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｙｅａｓｔ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，ｐ．２０７（１９９４）に記載されているように調製した。次いで、一晩培養したものを、新鮮ＹＥＰＤブロス（５００ｍＬ）に約２×１０６細胞／ｍＬ（およそＯＤ６００＝０．１）に希釈し、１×１０７細胞／ｍＬ（およそＯＤ６００＝０．４〜０．５）まで再び生育した。
次いで、細胞を回収し、形質転換に向けて調製し、ＧＳ３ローター瓶に移し、Ｓｏｒｖａｌ ＧＳ３ローターにて５，０００ｒｐｍで５分間、遠心分離し、上清を廃棄し、次いで、滅菌水に再懸濁し、Ｂｅｃｋｍａｎ ＧＳ−６ＫＲ遠心機において、５０ｍＬファルコンチューブにて３，５００ｒｐｍで再度遠心分離した。その上清を廃棄し、続いて細胞をＬｉＡｃ／ＴＥ（１０ｍＬ，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ，１ｍＭ ＥＤＴＡ ｐＨ７．５，１００ｍＭ Ｌｉ２ＯＯＣＣＨ３）で洗浄し、ＬｉＡｃ／ＴＥ（２．５ｍＬ）に再懸濁した。
微量遠心チューブ内で、調製した細胞（１００μＬ）と、新たに変性された一本鎖サケ精巣ＤＮＡ（Ｌｏｆｓｔｒａｎｄ Ｌａｂｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）と形質転換ＤＮＡ（１μｇ、１０μＬ未満の体積）とを混合することによって形質転換を起こした。混合物をボルテックスにより手短に混合し、次いで、４０％ＰＥＧ／ＴＥ（６００μＬ，４０％ポリエチレングリコール−４０００，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ，１ｍＭ ＥＤＴＡ，１００ｍＭ Ｌｉ２ＯＯＣＣＨ３，ｐＨ７．５）を加えた。この混合物を穏やかに混合し、３０分間、撹拌しながら３０℃でインキュベートした。次いで、細胞を１５分間、４２℃の熱ショックにかけ、反応容器を１２，０００ｒｐｍで５〜１０秒間微量遠心し、デカントし、そしてＴＥ（５００μＬ，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ，１ｍＭ ＥＤＴＡ ｐＨ７．５）に再懸濁した後、再度遠心分離した。次いで、細胞をＴＥ（１ｍＬ）に希釈し、アリコート（２００μＬ）を、１５０ｍｍ増殖プレート（ＶＷＲ）に予め調製された選択培地に播いた。
あるいは、多数の少量反応の代わりに、形質転換を、単一の大規模反応を使用して実施し、ここで試薬の量は、それに合うようにスケールアップした。
使用した選択培地は、Ｋａｉｓｅｒら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｙｅａｓｔ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，ｐ．２０８−２１０（１９９４）に記載されているように調製されたウラシルを欠く合成完全デキストロース寒天（ＳＣＤ−Ｕｒａ）であった。形質転換体を、３０℃にて２〜３日間生育した。
アミラーゼを分泌するコロニーの検出を、選択増殖培地中に赤デンプン（ｒｅｄ ｓｔａｒｃｈ）を含ませることによって行った。Ｂｉｅｌｙら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１７２：１７６−１７９（１９８８）によって報告されている手順により、デンプンを赤色色素（Ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｒｅｄ−１２０，Ｓｉｇｍａ）に結合させた。結合したデンプンを、最終濃度０．１５％（ｗ／ｖ）でＳＣＤ−Ｕｒａ寒天プレートに取り込ませ、リン酸カリウムを用いてｐＨ７．０（５０〜１００ｍＭの最終濃度）まで緩衝した。
十分に分離し、同定可能な単一のコロニーを得るために、陽性のコロニーを拾い、新鮮選択培地（１５０ｍｍプレート上）に画線した。アミラーゼ分泌が陽性の十分に分離した単一のコロニーを、緩衝ＳＣＤ−Ｕｒａ寒天に赤デンプンを直接取り込むことによって検出した。陽性のコロニーを、デンプンを分解して、陽性のコロニーの周辺に直接可視化されるクリアなハローを生じる能力によって判定した。
４．ＰＣＲ増幅によるＤＮＡの単離
陽性のコロニーを単離したら、その一部をつま楊枝で拾い、９６ウェルプレート内の滅菌水（３０μＬ）に希釈した。このとき、陽性のコロニーを、凍結して次の解析のために保存するか、またはすぐに増幅した。細胞のアリコート（５μＬ）を、２５μＬ容量中、以下：０．５μＬのＫｌｅｎｔａｑ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）；４．０μＬの１０ｍＭ ｄＮＴＰ’ｓ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ−Ｃｅｔｕｓ）；２．５μＬのＫｅｎｔａｑ緩衝液（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）；０．２５μＬの順方向オリゴ１；０．２５μＬの逆方向オリゴ２；１２．５μＬの蒸留水を含むＰＣＲ反応用の鋳型として使用した。順方向オリゴヌクレオチド１の配列は：
５’−ＴＧＴＡＡＡＡＣＧＡＣＧＧＣＣＡＧＴＴＡＡＡＴＡＧＡＣＣＴＧＣＡＡＴＴＡＴＴＡＡＴＣＴ−３’（配列番号：９７）
逆方向オリゴヌクレオチド２の配列は：
５’−ＣＡＧＧＡＡＡＣＡＧＣＴＡＴＧＡＣＣＡＣＣＴＧＣＡＣＡＣＣＴＧＣＡＡＡＴＣＣＡＴＴ−３’（配列番号：９８）
であった。
次いで、ＰＣＲを以下のとおりに行った：
ａ．変性 ９２℃、５分
ｂ．変性 ９２℃、３０秒
アニーリング ５９℃、３０秒
伸長 ７２℃、６０秒を３サイクル
ｃ．変性 ９２℃、３０秒
アニーリング ５７℃、３０秒
伸長 ７２℃、６０秒を３サイクル
ｄ．変性 ９２℃、３０秒
アニーリング ５５℃、３０秒
伸長 ７２℃、６０秒を２５サイクル
ｅ．４℃保持
オリゴヌクレオチドの下線を引いた領域を、それぞれ、ＡＤＨプロモーター領域およびアミラーゼ領域にアニーリングさせ、挿入断片が存在しないとき、ベクターｐＳＳＴ−ＡＭＹ．０から３０７ｂｐの領域を増幅した。代表的には、これらのオリゴヌクレオチドの５’末端の最初の１８ヌクレオチドは、配列決定プライマー用のアニーリング部位を含んでいた。したがって、空のベクターからのＰＣＲ反応の総産物は、３４３ｂｐであった。しかしながら、シグナル配列融合ｃＤＮＡは、かなり長いヌクレオチド配列を生じた。
ＰＣＲの後、反応物（５μＬ）のアリコートを、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出に記載されているようなＴｒｉｓ−ホウ酸塩−ＥＤＴＡ（ＴＢＥ）緩衝液系を使用した１％アガロースゲルのアガロースゲル電気泳動にかけた。４００ｂｐより長い単一の強力なＰＣＲ産物を生じたクローンを、９６Ｑｉａｑｕｉｃｋ ＰＣＲ精製カラム（Ｑｉａｇｅｎ Ｉｎｃ．，Ｃｈａｔｓｗｏｒｔｈ，ＣＡ）で精製後、ＤＮＡ配列決定によってさらに解析した。
実施例３：シグナルアルゴリズム解析を使用したｃＤＮＡクローンの単離
様々なポリペプチドをコードする核酸配列を、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、ＥＳＴに基づく企業のシグナル配列探索アルゴリズムを適用することによって同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または民間データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。シグナル配列アルゴリズムは、問題の配列または配列フラグメントの５’−末端の第１および必要に応じて第２のメチオニンコドン（ＡＴＧ）の周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後に続くヌクレオチドは、いかなる終止コドンも含まない、少なくとも３５個の明白なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが、必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡおよび対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。アルゴリズムの使用により、数多くのポリペプチドをコードする核酸配列が同定された。
上記の実施例１〜３に記載の技術を用い、数多くの完全長ｃＤＮＡクローンが、本明細書中に開示したＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードすると同定された。次いで、これらのｃＤＮＡを、以下の表７に示すように、ブダペスト条約に従ってＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ２０１１０−２２０９，ＵＳＡ（ＡＴＣＣ）に寄託した。さらに、ＰＲＯ５２３８ポリペプチドをコードするＤＮＡ２５７８４５の配列をＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＡＦ３６９７９４から同定し；ＰＲＯ５７３３ポリペプチドをコードするＤＮＡ８２３４３の配列をＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＢＣ０１７０８９から同定し；ＰＲＯ９０９４８ポリペプチドをコードするＤＮＡ３３６８８２の配列をＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＡＫ０４５８６９から同定し、ＰＲＯ２８６９４ポリペプチドをコードするＤＮＡ１８４０７３の配列をＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＡＸ２８１７８４から同定し；ＰＲＯ５０３３２ポリペプチドをコードするＤＮＡ２５５２５５の配列をＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＡＢ０４０１２０から同定し；およびＰＲＯ３８４６５ポリペプチドをコードするＤＮＡ２２８００２の配列をＧｅｎＢａｎｋ寄託番号ＡＦ１４２４０９から同定した。
Figure 2009516514
Figure 2009516514
 特許手続上の微生物の寄託の国際承認に関するブダペスト条約（ブダペスト条約）の規定に基づいてこれらの寄託を行った。これは、寄託日から３０年間、寄託物の生存可能な培養物の維持を保証するものである。寄託物は、ブダペスト条約の規定に基づいてＧｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．とＡＴＣＣとの合意に従い、ＡＴＣＣから入手可能であり、これは、どれが最初であろうとも、関連の米国特許の発行時または任意の米国または外国の特許出願の公開時に、寄託培養物の子孫が永久かつ無制限に入手可能であることを保証し、米国特許法第１２２条およびそれに従う特許庁長官規則（特に参照番号８８６ＯＧ６３８の３７ＣＦＲ第１．１４条を含む）に従って権利を有すると米国商標特許庁長官が決定した者に子孫を入手可能とすることを保証するものである。
本出願の譲受人は、適当な条件下で培養されていたときに、寄託された材料の培養物が、死滅または損失または破壊された場合、通知時に、その材料が迅速に同一の別のものに置き換えられることに同意する。寄託された材料の入手可能性は、特許法に従いあらゆる政府の権限下で認められた権利に違反して、本発明を実施するライセンスであるとみなされるものではない。
実施例４：ヒトＰＲＯ２１８ポリペプチド［ＵＮＱ１９２］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサス配列を、上の実施例１に記載したように種々のＥＳＴ配列に対して得て、その得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ１７４１１と命名する。２つの企業Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ ＥＳＴ配列をコンセンサス構築に使用した。そのＤＮＡ１７４１１コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ２１８についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
一対のＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＡＧＴＧＧＡＧＣＣＧＧＡＧＣＣＴＴＣＣ−３’（配列番号：９９）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＣＧＴＴＧＴＴＴＡＴＧＣＡＧＴＡＧＴＣＧＧ−３’（配列番号：１００）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ１７４１１配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＡＴＴＧＴＴＴＡＡＡＧＡＣＴＡＴＧＡＧＡＴＡＣＧＴＣＡＧＴＡＴＧＴＴＧＴＡＣＡＧＧ−３’（配列番号：１０１）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定したＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ２１８遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児腎臓組織から単離した（ＬＩＢ２８）。
上記のようにして単離されたクローンのＤＮＡ配列決定により、［本明細書中でＵＮＱ１９２（ＤＮＡ３０８６７−１３３５）として設計された］ＰＲＯ２１８の完全長ＤＮＡ配列（配列番号：１）およびＰＲＯ２１８の誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ１９２のヌクレオチド配列全体（ＤＮＡ３０８６７−１３３５）を、図１に示す（配列番号１）。クローンＵＮＱ１９２（ＤＮＡ３０８６７−１３３５）は、ヌクレオチド１５０−１５２位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１５１５−１５１７位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図１）。予測されるポリペプチド前駆体は４５５アミノ酸長である（図２、配列番号２）。図４に示される完全長ＰＲＯ２１８タンパク質は、推定分子量が約５２，９１７ダルトン、ｐＩが約９．５である。クローンＵＮＱ１９２（ＤＮＡ３０８６７−１３３５）は、ＡＴＣＣ寄託番号２０９８０７として、１９９８年４月２８日にＡＴＣＣに寄託されている。その配列に関して、寄託されたクローンは、正確な配列を含み、本明細書に提供される配列は、公知の配列決定技術に基づくものであることを理解されたい。
完全長ＰＲＯ２１８ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、ＰＲＯ２１８が新規膜貫通タンパク質であり得ることが示唆される。
配列番号２のアミノ酸配列をさらに解析すると、推定シグナルペプチドは、配列番号２のアミノ酸約１から２３であった。膜貫通ドメインは、おそらく、配列番号２のアミノ酸約３７−５５、８１−１０２、１５０−１６８、２８８−３１１、３３８−３５６、３７５−３９８および４２５−４４４である。Ｎ−グリコシル化部位は、配列番号２のアミノ酸約６７、１８０および２４３である。真核生物のコバラミン結合タンパク質は、配列番号２のアミノ酸約１５１−１６０である。その対応ヌクレオチドは、本明細書中に提供される配列を考慮して日常的に決定され得る。
実施例５：ヒトＰＲＯ２２８ポリペプチド［ＵＮＱ２０２］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを使用して他のＥＳＴ配列に関して構築した。このコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ２８７５８と命名する。Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈが所有するＥＳＴをコンセンサス構築に使用した。このＥＳＴを本明細書中でＤＮＡ２１９５１と命名する。
ＤＮＡ２８７５８コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ２２８についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＧＴＡＡＴＧＡＧＣＴＣＣＡＴＴＡＣＡＧ−３’（配列番号１０２）；
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＧＡＧＴＡＧＡＡＡＧＣＧＣＡＴＧＧ−３’（配列番号１０３）；
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＡＣＣＴＧＡＴＡＣＣＡＴＧＡＡＴＧＧＣＡＧ−３’（配列番号１０４）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＧＡＧＣＴＣＧＡＡＴＴＡＡＴＴＣＧ−３’（配列番号１０５）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＧＡＴＣＴＣＣＴＧＡＧＣＴＣＡＧＧ−３’（配列番号１０６）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＣＴＡＧＴＴＧＡＧＴＧＡＴＣＣＴＴＧＴＡＡＧ−３’（配列番号１０７）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ２８７５８配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＡＴＧＡＧＡＣＣＣＡＣＡＣＣＴＣＡＴＧＣＣＧＣＴＧＴＡＡＴＣＡＣＣＴＧＡＣＡＣＡＴＴＴＴＧＣＡＡＴＴ−３’（配列番号１０８）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ２２８遺伝子をコードするクローンを単離した。
ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児腎臓組織から単離した。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ２２８［本明細書中でＤＮＡ３３０９２−１２０２と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号３）およびＰＲＯ２２８に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ３３０９２−１２０２のヌクレオチド配列全体を図３に示す（配列番号３）。クローンＤＮＡ３３０９２−１２０２は、配列番号３のヌクレオチド２４−２６位の明らかな翻訳開始部位を有し、配列番号３のヌクレオチド２０９３位の後の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる。予測されるポリペプチド前駆体は、６９０アミノ酸長である（図４；配列番号４）。クローンＤＮＡ３３０９２−１２０２は、１９９７年１０月１８日にＡＴＴＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＡＴＣＣ２０９４２０が割り当てられている。
完全長ＰＲＯ２２８ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、その一部が、セクレチン関連タンパク質のＣＤ９７およびＥＭＲ１ならびにセクレチンメンバーのラトロフィリン（ｌａｔｒｏｐｈｉｌｉｎ）と有意な相同性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ２２８が、セクレチン関連タンパク質の新規メンバーであり得ることが示唆される。
実施例６：ヒトＰＲＯ２７１ポリペプチド［ＵＮＱ２３８］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に関してｐｈｒａｐを使用して構築した。このコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ３５７３７と命名する。そのＤＮＡ３５７３７コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ２７１についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
順方向および逆方向ＰＣＲプライマーを合成した：
順方向ＰＣＲプライマー１：５’−ＴＧＣＴＴＣＧＣＴＡＣＴＧＣＣＣＴＣ−３’（配列番号：１０９）；
順方向ＰＣＲプライマー２：５’−ＴＴＣＣＣＴＴＧＴＧＧＧＴＴＧＧＡＧ−３’（配列番号：１１０）；
順方向ＰＣＲプライマー３：５’−ＡＧＧＧＣＴＧＧＡＡＧＣＣＡＧＴＴＣ−３’（配列番号：１１１）；
逆方向ＰＣＲプライマー１：５’−ＡＧＣＣＡＧＴＧＡＧＧＡＡＡＴＧＣＧ−３’（配列番号：１１２）；
逆方向ＰＣＲプライマー２：５’−ＴＧＴＣＣＡＡＡＧＴＡＣＡＣＡＣＡＣＣＴＧＡＧＧ−３’（配列番号：１１３）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３５７３７配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＧＡＴＧＣＣＡＣＧＡＴＧＣＣＣＡＡＧＧＴＧＧＧＡＣＡＧＣＴＣＴＴＴＧＣＣＧＣＣＴＧＧＡＡＧ−３’（配列番号：１１４）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ２７１遺伝子をコードするクローンを単離した。
ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児脳組織から単離した。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ２７１［本明細書中でＤＮＡ３９４２３−１１８２と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号５）およびＰＲＯ２７１に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ３９４２３−１１８２のヌクレオチド配列全体を図５に示す（配列番号５）。クローンＤＮＡ３９４２３−１１８２は、ヌクレオチド１０１−１０３位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１１８１−１１８３位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図５）。予測されるポリペプチド前駆体は、３６０アミノ酸長である（図６；配列番号６）。クローンＤＮＡ３９４２３−１１８２は、１９９７年１０月１７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＡＴＣＣ２０９３８７が割り当てられている。
完全長ＰＲＯ２７１ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、それがプロテオグリカンリンクタンパク質と有意な相同性を有し、それにより、ＰＲＯ２７１が、リンクタンパク質ホモログであり得ることが示唆される。
実施例７：ヒトＰＲＯ２７３ポリペプチド［ＵＮＱ２４０］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサス配列を、上の実施例１に記載したように種々のＥＳＴ配列に対して得て、その得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ３６４６５と命名する。そのＤＮＡ３６４６５コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ２７３についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
一対のＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＡＧＣＧＣＣＣＴＣＣＣＣＡＴＧＴＣＣＣＴＧ−３’（配列番号：１１５）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＣＣＣＡＡＣＴＧＧＴＴＴＧＧＡＧＴＴＴＴＣＣＣ−３’（配列番号：１１６）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３６４６５配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＣＴＣＣＧＧＴＣＡＧＣＡＴＧＡＧＧＣＴＣＣＴＧＧＣＧＧＣＣＧＣＴＧＣＴＣＣＴＧＣＴＧＣＴＧ−３’（配列番号：１１７）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ２７３遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児副腎組織から単離した。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ２７３［本明細書中でＵＮＱ２４０（ＤＮＡ３９５２３−１１９２）と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号７）およびＰＲＯ２７３に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ２４０のヌクレオチド配列全体（ＤＮＡ３９５２３−１１９２）を、図７に示す（配列番号７）。クローンＵＮＱ２４０（ＤＮＡ３９５２３−１１９２）は、ヌクレオチド１６７−１６９位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド５００−５０２位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図７）。予測されるポリペプチド前駆体は、１１１アミノ酸長である（図８；配列番号８）。クローンＵＮＱ２４０（ＤＮＡ３９５２３−１１９２）は、１９９７年１０月３１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ番号２０９４２４が割り当てられている。寄託されたクローンは、実際の配列を含んでおり、本明細書中に提供される配列は、現在の配列決定技術に基づいた単なる代表例であることを理解されたい。さらに、本明細書中に提供される配列および普遍的な遺伝暗号の知識を考慮すれば、任意の所与のアミノ酸に対する対応ヌクレオチドは、日常的に同定することができるし、その逆もまた可能である。
完全長ＰＲＯ２７３ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、その一部が、ヒトマクロファージ炎症性タンパク質−２、サイトカイン誘導性好中球化学誘引物質２および好中球走化性因子２−ベータと配列同一性を有し、それにより、ＰＲＯ２７３が、新規ケモカインであることが示唆される。
以下でさらに論述するように、そのｃＤＮＡをバキュロウイルスベクターにサブクローニングし、Ｃ末端にタグ化されたＩｇＧ融合タンパク質として昆虫細胞において発現させる。生じたタンパク質のＮ末端の配列がシグナル配列切断部位と同定され、７７アミノ酸の成熟ポリペプチドが得られた。その成熟配列（他のヒトＣＸＣケモカインに対して３１−４０％の同一性を示す）は、４つの正準的システイン残基を含むが、ＥＬＲモチーフを欠く。ノーザン解析により、少なくとも、小腸、結腸、脾臓、リンパ節および腎臓において発現していることが証明された。以下にも詳細に記載するが、インサイチュハイブリダイゼーションにより、ｍＲＮＡは、腸絨毛の固有層および尿細管に局在する。
実施例８：ヒトＰＲＯ２９５ポリペプチド［ＵＮＱ２５８］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に関してｐｈｒａｐを使用して構築した。このコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ３５８１４と命名する。そのＤＮＡ３５８１４コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ２９５についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
順方向および逆方向ＰＣＲプライマーを合成した：
順方向ＰＣＲプライマー（ｆ１）：５’−ＧＣＡＧＡＧＣＧＧＡＧＡＴＧＣＡＧＣＧＧＣＴＴＧ−３’（配列番号：１１８）；
順方向ＰＣＲプライマー（ｆ２）：５’−ＣＣＣＡＧＣＡＴＧＴＡＣＴＧＣＣＡＧ−３’（配列番号：１１９）；
順方向ＰＣＲプライマー（ｆ３）：５’−ＴＴＧＧＣＡＧＣＴＴＣＡＴＧＧＡＧＧ−３’（配列番号：１２０）；
順方向ＰＣＲプライマー（ｆ４）：５’−ＣＣＴＧＧＧＣＡＡＡＡＡＴＧＣＡＡＣ−３’（配列番号：１２１）；
逆方向ＰＣＲプライマー（ｒ１）：５’−ＣＴＣＣＡＧＣＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＣＣＴＣＣＴＣ−３’（配列番号：１２２）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３５８１４配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＧＧＣＴＣＴＣＡＧＣＴＡＣＣＧＣＧＣＡＧＧＡＧＣＧＡＧＧＣＣＡＣＣＣＴＣＡＡＴＧＡＧＡＴＧ−３’（配列番号：１２３）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ２９５遺伝子をコードするクローンを単離した。
ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児副腎組織から単離した。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ２９５［本明細書中でＤＮＡ３８２６８−１１８８と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号９）およびＰＲＯ２９５に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ３８２６８−１１８８のヌクレオチド配列全体を図９に示す（配列番号９）。クローンＤＮＡ３８２６８−１１８８は、ヌクレオチド１５３−１５５位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１２０２−１２０４位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図９）。予測されるポリペプチド前駆体は、３５０アミノ酸長である（図１０；配列番号１０）。クローンＤＮＡ３８２６８−１１８８は、１９９７年１０月２８日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９４２１が割り当てられている。
完全長ＰＲＯ２９５ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、その一部が、インテグリンタンパク質と有意な相同性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ２９５が、新規インテグリンであり得ることが示唆される。
実施例９：ヒトＰＲＯ３０２ポリペプチド［ＵＮＱ２６５］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記の実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。これらのコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ３５９５３と命名する。そのＤＮＡ３５９５３コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ３０２についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー１：５’−ＧＴＣＣＧＣＡＡＧＧＡＴＧＣＣＴＡＣＡＴＧＴＴＣ−３’（配列番号：１２４）；
順方向ＰＣＲプライマー２：５’−ＧＣＡＧＡＧＧＴＧＴＣＴＡＡＧＧＴＴＧ−３’（配列番号：１２５）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＧＣＴＣＴＡＧＡＣＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＴＴＣＣ−３’（配列番号：１２６）。
また、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３５９５３配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＧＣＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＴＧＣＡＡＧＡＡＣＴＴＣＴＣＡＧＡＡＣＴＧＣＣＣＣＴＧＧＴＣＡＴＧ−３’（配列番号：１２７）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ３０２遺伝子をコードするクローンを単離した。
ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児腎臓組織から単離した（ＬＩＢ２２８）。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ３０２［本明細書中でＤＮＡ４０３７０−１２１７と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号１１）およびＰＲＯ３０２に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ４０３７０−１２１７のヌクレオチド配列全体を図１１に示す（配列番号１１）。クローンＤＮＡ４０３７０−１２１７は、ヌクレオチド３４−３６位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１３９０−１３９２位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図１１）。予測されるポリペプチド前駆体は、４５２アミノ酸長である（図１２；配列番号１２）。ＰＲＯ３０２タンパク質の様々な独特の局面を図１２に示す。クローンＤＮＡ４０３７０−１２１７は、１９９７年１１月２１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＡＴＣＣ２０９４８５が割り当てられている。
実施例１０：ヒトＰＲＯ３０５ポリペプチド［ＵＮＱ２６８］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ公的データベースからの約９５０個の既知の分泌タンパク質の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）配列（もしあれば、分泌シグナル配列を含む）を使用して、発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースを検索した。そのＥＳＴデータベースは、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＴＭ、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含んでいた。検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して、ＥＣＤタンパク質配列とＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との比較として実施した。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ３６４４０−ｆｒｏｍ ｄｎａと命名する。いくつかの場合において、そのコンセンサスＤＮＡ配列をＢＬＡＳＴおよびｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを使用して伸長し、上記のＥＳＴ配列の起源を使用してそのコンセンサス配列をできる限り伸長した（最初に使用される配列をＤＮＡ３６４４０．ｉｎｉｔと命名する）。
ＤＮＡ３６４４０−ｆｒｏｍ ｄｎａコンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ３０５についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。順方向および逆方向ＰＣＲプライマーは、一般に２０〜３０ヌクレオチドの範囲であり、約１００〜１０００ｂｐ長のＰＣＲ生成物が生じるように設計されることが多い。プローブ配列は典型的に４０〜５５ｂｐ長である。いくつかの場合において、コンセンサス配列が約ｌ〜１．５ｋｂｐより大きいとき、さらなるオリゴヌクレオチドを合成する。完全長クローンについていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙのように、ＰＣＲプライマー対を用いてＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびプライマー対の一方を使用して、インビボのクローニング手順により目的の遺伝子をコードするクローンを単離した。
一対のＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＧＣＧＡＣＧＧＣＴＧＣＴＧＧＴＴＴＴＧＡＡＡＣ−３’（配列番号：１２８）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＡＡＧＣＡＴＴＣＡＴＧＧＣＣＡＴＴＧＴＧＡＡＧ−３’（配列番号：１２９）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するＤＮＡ配列からのコンセンサスＤＮＡ３６４４０から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＣＧＣＴＣＧＴＣＣＴＧＧＣＴＧＣＣＴＴＴＴＧＣＴＴＧＧＧＡＡＴＡＧＣＣＴＣＣＧＣＴＧＴＴＣ−３’（配列番号：１３０）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ３０５遺伝子をコードするクローンを単離した。
ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児副腎組織から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するために使用したｃＤＮＡライブラリーを、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡの試薬などの市販の試薬を使用して標準的な方法によって構築した。ｃＤＮＡを、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴをプライマーとして増幅し、ＳａｌＩヘミキナーゼ化アダプターに平滑末端で連結し、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動によって適切にサイズ分離し、適当なクローニングベクター（例えば、ｐＲＫＢまたはｐＲＫＤ；ｐＲＫ５Ｂは、ＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５３：１２７８−１２８０（１９９１）を参照のこと）に所定の方向で独特のＸｈｏＩ部位およびＮｏｔＩ部位においてクローニングした。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ３０５［本明細書中でＵＮＱ２６８（ＤＮＡ４０６１９−ｓｅｑｍｉｎ）と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号１３）およびＰＲＯ３０５に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ２６８（ＤＮＡ４０６１９−ｓｅｑｍｉｎ）のヌクレオチド配列全体を図１３に示す（配列番号１３）。クローンＵＮＱ２６８（ＤＮＡ４０６１９−ｓｅｑｍｉｎ）は、ヌクレオチド２５１−２５３位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１２５３−１２５５位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図１３）。予測されるポリペプチド前駆体は、３３４アミノ酸長である（図１４；配列番号１４）。クローンＵＮＱ２６８（ＤＮＡ４０６１９−ｓｅｑｍｉｎ）は、１９９７年１２月１０日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９５２５が割り当てられている。
完全長ＰＲＯ３０５ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、その一部が、ヒトプロカテプシンＬタンパク質と有意な相同性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ３０５が、カテプシンファミリーの新規メンバーであることが示唆される。
図１４のアミノ酸配列（配列番号１４）の解析により、以下の特徴が示される。シグナルペプチドは、アミノ酸１から１７である。成熟ペプチドの開始は、アミノ酸１８から始まる。システインプロテアーゼシステイン活性部位は、アミノ酸１３２から１４３である。システインプロテアーゼヒスチジン活性部位は、アミノ酸２７５から２８５である。潜在的Ｎ−グリコシル化部位は、アミノ酸２２１および２９２である。「ＣＡＴＬ−ＰＩＧ」に相同な上記活性部位は、アミノ酸３０１から３３４である。
実施例１１：ヒトＰＲＯ３２６ポリペプチド［ＵＮＱ２８７］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に関してｐｈｒａｐを使用して構築した。このコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ３６６８５と命名する。ＤＮＡ３６６８５コンセンサス配列およびＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴ配列番号２２２８９９０に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ３２６についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＲＯ３２６を決定するために順方向および逆方向ＰＣＲプライマーを合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＣＴＣＣＡＡＧＧＡＡＡＴＣＧＧＡＴＣＣＧＴＴＣ−３’（配列番号：１３１）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＴＡＧＣＡＧＣＴＧＡＧＧＡＴＧＧＧＣＡＣＡＡＣ−３’（配列番号：１３２）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するＰＲＯ３３１の決定のために構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＧＣＣＴＴＣＡＣＴＧＧＴＴＴＧＧＡＴＧＣＡＴＴＧＧＡＧＣＡＴＣＴＡＧＡＣＣＴＧＡＧＴＧＡＣＡＡＣＧＣ−３’（配列番号：１３３）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ３２６遺伝子をコードするクローンを単離した。
ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児副腎組織から単離した。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ３２６に対する完全長ＤＮＡ配列［本明細書中で配列番号１５と命名；図１５を参照のこと］およびＰＲＯ３２６に対する誘導タンパク質配列（図１６を参照のこと；配列番号１６）が得られた。
ヌクレオチド配列全体を図１９に示し、その配列は、１９９７年１１月２１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９４８９が割り当てられている。
完全長ＰＲＯ３２６ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、その一部が、ＬＩＧ−１タンパク質と有意な相同性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ３２６が、新規ＬＩＧ−１関連タンパク質であり得ることが示唆される。
実施例１２：ヒトＰＲＯ３８６ポリペプチド［ＵＮＱ３２６］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したように種々のＥＳＴ配列に対して得て、その得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ４０６７４と命名する。２つの企業Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ ＥＳＴ配列をコンセンサス配列構築に使用し、それらのＥＳＴ配列を本明細書中でＤＮＡ２３３５０およびＤＮＡ２３５３６と命名する。ＤＮＡ４０６７４コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ３８６についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
一対のＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＣＧＧＡＧＣＡＴＧＧＡＧＧＴＣＣＡＣＡＧＴＡＣ−３’（配列番号：１３４）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＣＡＣＧＴＴＴＣＴＣＡＧＣＡＴＣＡＣＣＧＡＣ−３’（配列番号：１３５）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ４０６７４配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＣＧＣＣＴＧＣＣＣＴＧＣＡＣＣＴＴＣＡＡＣＴＣＣＴＧＣＴＡＣＡＣＡＧＴＧＡＡＣＣＡＣＡＡＡＣＡＧＴＴ−３’（配列番号：１３６）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ３８６遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児脳組織から単離した（ＬＩＢ１５３）。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ３８６［本明細書中でＵＮＱ３２６（ＤＮＡ４５４１５−１３１８）と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号１７）およびＰＲＯ３８６に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ３２６（ＤＮＡ４５４１５−１３１８）のヌクレオチド配列全体を、図１７（配列番号１７）に示す。クローンＵＮＱ３２６（ＤＮＡ４５４１５−１３１８）は、ヌクレオチド１４６−１４８位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド７９１−７９３位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図１７）。予測されるポリペプチド前駆体は、２１５アミノ酸長である（図１８；配列番号１８）。図１８に示される完全長ＰＲＯ３８６タンパク質は、推定分子量が約２４，３２６ダルトン、ｐＩが約６．３２である。図１８に示す完全長ＰＲＯ３８６配列（配列番号１８）の解析により、以下：アミノ酸約１〜アミノ酸約２０にシグナルペプチド、アミノ酸約１６１〜アミノ酸約１７９に膜貫通ドメイン、アミノ酸約８３〜アミノ酸約１２７に免疫グロブリン様フォールド（ｆｏｌｄ）ならびにアミノ酸約４２〜アミノ酸約４５、アミノ酸約６６〜アミノ酸約６９およびアミノ酸約７４〜アミノ酸約７７に潜在的Ｎ−グリコシル化部位の存在が証明された。クローンＵＮＱ３２６（ＤＮＡ４５４１５−１３１８）は、１９９８年４月２８日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９８１０が割り当てられている。
完全長ＰＲＯ３８６ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、それがナトリウムチャネルベータ−２サブユニットと有意な配列類似性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ３８６が、その新規ホモログであることが示唆される。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ３８６アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、Ａ５７８４３、ＭＹＰ０＿ＨＵＭＡＮ、ＧＥＮ１４５３１、ＪＣ４０２４、ＨＳ４６ＫＤＡ＿１、ＨＳＵ９０７１６＿１、Ｄ８６９９６＿２、ＭＵＳＩＧＬＶＤ＿１、ＤＭＵ４２７６８＿１およびＳ１９２４７との間に有意な相同性が明らかになった。
実施例１３：ヒトＰＲＯ６５５ポリペプチド［ＵＮＱ３６０］をコードするｃＤＮＡクローンの単離］
発現配列タグ（ＥＳＴ）ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＴＭ，Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を検索し、インターフェロン−εとの相同性を示したＥＳＴを同定した。Ｉｎｃｙｔｅ ＥＳＴ３７２８９６９（その後、ＤＮＡ４９６６８と改名された）と哺乳動物のアルファインターフェロン、特にＩＦＮ−１４とが相同である可能性が示された。その相同性は、検査によって確認された。
以下のＰＣＲプライマーおよびオリゴヌクレオチドプローブを合成した：
４９６６８．ｒ１：
ＴＣＴＣＴＧＣＴＴＣＣＡＧＴＣＣＣＡＴＧＡＧＴＧＣ（配列番号：１３７）
４９６６８．ｒ２：
ＧＣＴＴＣＣＡＧＴＣＣＣＡＴＧＡＧＴＧＣＴＴＣＴＡＧＧ（配列番号：１３８）
４９６６８．ｐ１：
ＧＧＣＣＡＴＴＣＴＣＣＡＴＧＡＧＡＴＧＣＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＣＴＴＣＡＧＣＣＴＣＴＴＣＡＧＧＧＣＡＡ（配列番号：１３９）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたｒ１およびｒ２プローブを用いてスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドを使用して、ＩＦＮ−εをコードする遺伝子をコードするクローンを単離した。
ヒト小腸（ＬＩＢ９９）由来のサイズ選択された（５００−４０００ｂｐ）、オリゴｄＴをプライマーとするｃＤＮＡライブラリーからの３００万個のクローンを、ハイブリダイゼーションによってスクリーニングされるｐＲＫ５ベースのベクター内に構築した。ｃＤＮＡクローンを単離するために使用したｃＤＮＡライブラリーを、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡの試薬などの市販の試薬を使用して標準的な方法によって構築した。ｃＤＮＡを、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴをプライマーとして増幅し、ＳａｌＩヘミキナーゼ化アダプターに平滑末端で連結し、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動によって適切にサイズ分離し、適当なクローニングベクター（例えば、ｐＲＫＢまたはｐＲＫＤ；ｐＲＫ５Ｂは、ＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５３：１２７８−１２８０（１９９１）を参照のこと）に所定の方向で独特のＸｈｏＩ部位およびＮｏｔＩ部位においてクローニングした。３．６×１０６ ｃｆｕからただ１つの陽性クローンを見つけ出した。そのクローンを両方向から配列決定し、そしてそれが、読み枠（ＯＲＦ）全体を含んでいることが見出された。ＩＦＮ−εの配列から得られるＰＣＲプライマーを用いてＢＡＣアレイパネル（Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）をスクリーニングすることによってＢＡＣクローン（Ｆ４８０）を同定した。上記のようにして単離されたクローンのＤＮＡ配列決定により、ＤＮＡ５０９６０に対する完全長ＤＮＡ配列およびＩＦＮ−ε（ＰＲＯ６５５）に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ５０９６０のヌクレオチド配列全体を図１９に示す（配列番号１９）。クローンＤＮＡ５０９６０は、ヌクレオチド６２１−６２３位に明らかな翻訳開始部位を有する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図１９；配列番号１９）。予測されるポリペプチド前駆体は、２０８アミノ酸長であり、そのＮ末端の２１アミノ酸残基は、推定シグナル配列を表す。クローンＤＮＡ５０９６０−１２２４（クローンＦ４８０）は、１９９７年１２月３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９５０９が割り当てられている。
ＢＬＡＳＴおよびＦａｓｔＡ配列アラインメントコンピュータプログラムを使用して、ＰＲＯ６５５（図２０および配列番号２０に示す）が、様々なヒトＩＦＮ−ε種の配列と約３５−４０％のアミノ酸配列同一性を有することが見出された。その相同性は、図２０の配列（配列番号２０）の２２−１８９アミノ酸領域内で最も高い。ヌクレオチドレベルで、ＩＦＮ−εのコード配列との相同性は、約６０％である。この分子は、これらのデータならびにＩ型インターフェロン（［ＦＹＨ］［ＦＹ］．［ＧＮＲＣ］［ＬＩＶＭ］．｛１｝［ＦＹ］Ｌ．｛７｝［ＣＹ］ＡＷ）に特有であるアミノ酸１４７から始まる特徴的配列の存在に基づいて、Ｉ型ＩＦＮファミリーのメンバーとして同定された。ＩＦＮ−εがＩＦＮ−βファミリーメンバー由来であるので、ＩＦＮ−εの配列は、おそらくＩＦＮ−αから分岐したものであり（ＩＦＮ−α２ａおよびＩＦＮ−βに対してそれぞれ３３％および３７％の配列同一性）、それゆえ、１型インターフェロン系統樹上に新しい分枝が定義される。分子モデリングにより、ＩＦＮ−εは、ＩＦＮ−αと比較して、類似した３次構造を示すことが示唆される（Ｌ．Ｐｒｅｓｔａ，データ示さず）。
実施例１４：ヒトＰＲＯ１６２ポリペプチド［ＵＮＱ４２９］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
発現配列タグ（ＥＳＴ）ＤＮＡデータベース（Ｍｅｒｃｋ／Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）を検索し、ヒト膵炎関連タンパク質との相同性が示されたＥＳＴ ＡＡ３９７５４３を同定した。そのＥＳＴ ＡＡ３９７５４３クローン（ｃｏｌｅ）を購入し、その挿入断片を得て、配列決定し、その得られた配列を図２１に示す（配列番号２１）。
ＰＲＯ１６２のヌクレオチド配列全体を図２１に示す（配列番号２１）。そのクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ１６２［本明細書中でＵＮＱ４２９（ＤＮＡ５６９６５−１３５６）と命名する］の完全長ＤＮＡ配列（配列番号２１）およびＰＲＯ１６２に対する誘導タンパク質配列が得られた。クローンＵＮＱ４２９（ＤＮＡ５６９６５−１３５６）は、ヌクレオチド８６−８８位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド６１１−６１３位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図２１）。予測されるポリペプチド前駆体は、１７５アミノ酸長である（図２２；配列番号２２）。図２２に示される完全長ＰＲＯ１６２タンパク質は、推定分子量が約１９，３３０ダルトン、ｐＩが約７．２５である。クローンＵＮＱ４２９（ＤＮＡ５６９６５−１３５６）は、１９９８年５月６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ番号２０９８４２が割り当てられている。その配列に関して、寄託されたクローンは、正確な配列を含み、本明細書に提供される配列は、公知の配列決定技術に基づくものであることを理解されたい。
完全長ＰＲＯ１６２ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、その一部が、ヒト膵炎関連タンパク質と有意な相同性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ１６２が、新規膵炎関連タンパク質であり得ることが示唆される。
配列番号２２のアミノ酸配列をさらに解析すると、推定シグナルペプチドは、配列番号２２のアミノ酸約１−２６である。Ｃ型レクチンドメインシグニチャー（ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）は、配列番号２２のアミノ酸約１４６−１７１である。その対応ヌクレオチドは、本明細書中に提供される配列を考慮して日常的に決定され得る。
実施例１５：ヒトＰＲＯ７８８ポリペプチド［ＵＮＱ４３０］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列（本明細書中でＤＮＡ４９３０８と命名）を、上の実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを使用して他のＥＳＴ配列に関して構築した。ＤＮＡ４９３０８コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴクローン（ｃｌｏ０ｎｅ）番号２７７７２８２との間で観察された相同性に基づいて、そのＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴクローン番号２７７７２８２を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定したことにより、ＰＲＯ７８８に対する完全長ＤＮＡ配列［本明細書中でＵＮＱ４３０（ＤＮＡ５６４０５−１３５７）と命名する］（配列番号２３）およびＰＲＯ７８８に対する誘導タンパク質配列が得られた。
クローンＵＮＱ４３０（ＤＮＡ５６４０５−１３５７）は、ヌクレオチド８４−８６位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド４５９−４６１位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図２３；配列番号２３）。予測されるポリペプチド前駆体は、１２５アミノ酸長である（図２４、配列番号２４）。図２４に示される完全長ＰＲＯ７８８タンパク質は、推定分子量が約１３，１１５ダルトン、ｐＩが約５．９０である。クローンＵＮＱ４３０（ＤＮＡ５６４０５−１３５７）は、１９９８年５月６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ番号２０９８４９が割り当てられている。その配列に関して、寄託されたクローンは、正確な配列を含み、本明細書に提供される配列は、公知の配列決定技術に基づくものであることを理解されたい。
図２４をさらに解析すると、シグナルペプチドは、配列番号２４のアミノ酸約１−１７に示されている。Ｎ−グリコシル化部位は、配列番号２４のアミノ酸約４６−４９である。
実施例１６：ヒトＰＲＯ７９２ポリペプチド［ＵＮＱ４３１］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサス配列を、上の実施例１に記載したように種々のＥＳＴ配列に対して得て、その得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ３８１０６と命名する。そのＤＮＡ３８１０６コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ７９２についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
一対のＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＣＧＡＧＡＡＣＴＧＴＧＴＣＡＴＧＡＴＧＣＴＧＣ−３’（配列番号：１４０）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＴＴＴＣＴＧＡＧＡＣＴＣＡＧＣＡＧＣＧＧＴＧＧ−３’（配列番号：１４１）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３８１０６配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＣＡＣＣＧＴＧＴＧＡＣＡＧＣＧＡＧＡＡＧＧＡＣＧＧＣＴＧＧＡＴＣＴＧＴＧＡＧＡＡＡＡＧＧＣＡＣＡＡＣ−３’（配列番号：１４２）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ７９２遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト骨髄組織から単離した（ＬＩＢ２５５）。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ７９２［本明細書中でＵＮＱ４３１（ＤＮＡ５６３５２−１３５８）と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号２５）およびＰＲＯ７９２に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ４３１のヌクレオチド配列全体（ＤＮＡ５６３５２−１３５８）を、図２５に示す（配列番号２５）。クローンＵＮＱ４３１（ＤＮＡ５６３５２−１３５８）は、ヌクレオチド６７−６９位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド９４６−９４８位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図２５）。予測されるポリペプチド前駆体は、２９３アミノ酸長である（図２６；配列番号２６）。図２６に示される完全長ＰＲＯ７９２タンパク質は、推定分子量が約３２，５６２ダルトン、ｐＩが約６．５３である。図２６に示される完全長ＰＲＯ７９２配列（配列番号２６）の解析により、以下：アミノ酸約３１〜アミノ酸約５４にＩＩ型膜貫通ドメイン、アミノ酸約７３〜アミノ酸約７６およびアミノ酸約１５９〜アミノ酸約１６２に潜在的Ｎ−グリコシル化部位、アミノ酸約１０２〜アミノ酸約１２３にロイシンジッパーアミノ酸配列パターン、アミノ酸約１８〜アミノ酸約２３、アミノ酸約１３３〜アミノ酸約１３８およびアミノ酸約２４２〜アミノ酸約２４７に潜在的Ｎ−ミリストイル化（ｍｙｒｉｓｔｏｌａｔｉｏｎ）部位ならびにアミノ酸約２６４〜アミノ酸約２８７にＣ型レクチンドメインシグニチャーブロックの存在が証明された。クローンＵＮＱ４３１（ＤＮＡ５６３５２−１３５８）は、１９９８年５月６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９８４６が割り当てられている。
完全長ＰＲＯ７９２ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、それがＣＤ２３タンパク質と有意な配列類似性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ７９２は、新規ＣＤ２３ホモログであり得ることが示唆される。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ７９２アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、Ｓ３４１９８、Ａ０７１００＿１、Ａ０５３０３＿１、Ｐ＿Ｒ４１６８９、Ｐ＿Ｐ８２８３９、Ａ１０８７１＿１、Ｐ＿Ｒ１２７９６、Ｐ＿Ｒ４７１９９、Ａ４６２７４およびＰ＿Ｒ３２１８８との間に有意な相同性が明らかになった。
実施例１７：ヒトＰＲＯ９４０ポリペプチド［ＵＮＱ４７７］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサス配列を、上の実施例１に記載したように種々のＥＳＴ配列に対して得て、その得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ４７４４２と命名する。そのＤＮＡ４７４４２コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ９４０についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
一対のＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＡＡＡＧＣＣＴＧＣＧＣＣＴＧＧＴＣＴＧＴＧ−３’（配列番号：１４３）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＴＣＴＧＧＡＧＣＣＣＡＧＡＧＧＧＴＧＣＴＧＡＧ−３’（配列番号：１４４）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ４７４４２配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＧＧＡＧＣＴＧＣＣＡＣＣＣＡＴＴＣＡＡＡＴＧＧＡＧＣＡＣＧＡＡＧＧＡＧＡＧＴＴＣＡＣＣＴＧ−３’（配列番号：１４５）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ９４０遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児肝臓組織から単離した（ＬＩＢ２２９）。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ９４０［本明細書中でＵＮＱ４７７（ＤＮＡ５４００２−１３６７）と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号２７）およびＰＲＯ９４０に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ４７７のヌクレオチド配列全体（ＤＮＡ５４００２−１３６７）を、図２７（配列番号２７）に示す。クローンＵＮＱ４７７（ＤＮＡ５４００２−１３６７）は、ヌクレオチド４６−４８位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１６７８−１６８０位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図２７）。予測されるポリペプチド前駆体は、５４４アミノ酸長である（図２８；配列番号２８）。図２８に示される完全長ＰＲＯ９４０タンパク質は、推定分子量が約６０，２６８ダルトン、ｐＩが約９．５３である。図２８に示す完全長ＰＲＯ９４０配列（配列番号２８）の解析により、以下：アミノ酸約１〜アミノ酸約１５にシグナルペプチド、アミノ酸約１００〜アミノ酸約１０３、アミノ酸約２９７〜アミノ酸約３００およびアミノ酸約３０６〜アミノ酸約３０９に潜在的Ｎ−グリコシル化部位ならびにアミノ酸約３６５〜アミノ酸約３７１に免疫グロブリンおよび主要組織適合遺伝子複合体シグニチャー配列ブロックの存在が証明された。クローンＵＮＱ４７７（ＤＮＡ５４００２−１３６７）は、１９９８年４月７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９７５４が割り当てられている。
完全長ＰＲＯ９４０ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、それがＣＤ３３およびＯＢ結合タンパク質−２と有意な配列類似性を有することが示唆される。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ９４０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、ＣＤ３３＿ＨＵＭＡＮ、ＨＳＵ７１３８２＿１、ＨＳＵ７１３８３＿１、Ｄ８６３５９＿１、ＰＧＢＭ＿ＨＵＭＡＮ、ＭＡＧＳ＿ＭＯＵＳＥ、Ｄ８６９８３＿１、Ｃ２２Ｂ＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ＿Ｗ０１００２およびＨＶＵ２４１１６＿１との間に有意な相同性が明らかになった。
実施例１８：ヒトＰＲＯ９４１ポリペプチド［ＵＮＱ４７８］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサス配列を、上の実施例１に記載したように種々のＥＳＴ配列に対して得て、その得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ３５９４１と命名する。Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈが所有するＥＳＴを構築に使用し、そのＥＳＴを本明細書中でＤＮＡ６４１５と命名する。ＤＮＡ３５９４１コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ９４１についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
一対のＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＴＴＧＡＣＴＧＴＣＴＣＴＧＡＡＴＣＴＧＣＡＣＣＣ−３’（配列番号：１４６）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＡＧＴＧＧＴＧＧＡＡＧＣＣＴＣＣＡＧＴＧＴＧＧ−３’（配列番号：１４７）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３５９４１配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＣＣＡＣＴＡＣＧＧＴＡＴＴＡＧＡＧＣＡＡＡＡＧＴＴＡＡＡＡＡＣＣＡＴＣＡＴＧＧＴＴＣＣＴＧＧＡＧＣＡＧＣ−３’（配列番号：１４８）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ９４１遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児副腎組織から単離した（ＬＩＢ２２７）。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ９４１［本明細書中でＵＮＱ４７８（ＤＮＡ５３９０６−１３６８）と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号２９）およびＰＲＯ９４１に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ４７８のヌクレオチド配列全体（ＤＮＡ５３９０６−１３６８）を、図２９に示す（配列番号２９）。クローンＵＮＱ４７８（ＤＮＡ５３９０６−１３６８）は、ヌクレオチド３７−３９位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド２３５３−２３５５位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図２９）。予測されるポリペプチド前駆体は、７７２アミノ酸長である（図３０；配列番号３０）。図３０に示される完全長ＰＲＯ９４１タンパク質は、推定分子量が約８７，００２ダルトン、ｐＩが約４．６４である。図３０に示す完全長ＰＲＯ９４１配列（配列番号３０）の解析により、以下：アミノ酸約１〜アミノ酸約２１にシグナルペプチド、アミノ酸約５７〜アミノ酸約６０、アミノ酸約７４〜アミノ酸約７７、アミノ酸約４１９〜アミノ酸約４２２、アミノ酸約４３７〜アミノ酸約４４０、アミノ酸約５０８〜アミノ酸約５１１、アミノ酸約５１５〜アミノ酸約５１８、アミノ酸約５１６〜アミノ酸約５１９およびアミノ酸約５３４〜アミノ酸約５３７に潜在的Ｎ−グリコシル化部位ならびにアミノ酸約１３６〜アミノ酸約１４６およびアミノ酸約２４４〜アミノ酸約２５４にカドヘリン細胞外反復ドメインシグニチャー配列の存在が証明された。クローンＵＮＱ４７８（ＤＮＡ５３９０６−１３６８）は、１９９８年４月７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９７４７が割り当てられている。
完全長ＰＲＯ９４１ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、それがカドヘリンタンパク質と有意な配列類似性を有し、それにより、ＰＲＯ９４１が、新規カドヘリンタンパク質ファミリーのメンバーであり得ることが示唆される。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ９４１アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列、Ｉ５０１８０、ＣＡＤＡ＿ＣＨＩＣＫ、Ｉ５０１７８、ＧＥＮ１２７８２、ＣＡＤＣ＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ＿Ｗ２５６３７、Ａ３８９９２、Ｐ＿Ｒ４９７３１、Ｄ３８９９２およびＧ０２６７８との間に有意な相同性が明らかになった。
実施例１９：ヒトＰＲＯ１００４ポリペプチド［ＵＮＱ４８８］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、単一のＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴクラスター配列であるＩｎｃｙｔｅクラスター配列番号７３６８１が同定できた。次いで、そのＥＳＴクラスター配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較することにより、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖ．ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ５６５１６と命名する。
ＤＮＡ５６５１６コンセンサス配列とＭｅｒｃｋ ＥＳＴクローン番号Ｈ４３８３７内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、そのＭｅｒｃｋ ＥＳＴクローンＨ４３８３７を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。この挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図３１に示す。
図３１に示される完全長クローンは、ヌクレオチド１１９−１２１位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド４６４−４６６位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいた（図３１；配列番号３１）。予測されるポリペプチド前駆体は、１１５アミノ酸長である（図３２；配列番号３２）。図３２に示される完全長ＰＲＯ１００４タンパク質は、推定分子量が約１３，６４９ダルトン、ｐＩが約９．５８である。図３２に示す完全長ＰＲＯ１００４配列（配列番号３２）の解析により、以下の特徴：アミノ酸約１−２４のシグナルペプチド、アミノ酸約１１３−１１５のミクロボディＣ末端標的化シグナル、アミノ酸約７１−７４に潜在的Ｎ−グリコシル化部位およびアミノ酸約２２−４８にジヒドロ葉酸還元酵素タンパク質との配列同一性を有するドメインの存在が証明された。
Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）を用いた完全長ＰＲＯ１００４ポリペプチドのアミノ酸配列の解析により、ＰＲＯ１００４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＥＬＲ０２Ｄ３＿７、ＬＥＣＩ＿ＭＯＵＳＥ、ＡＦ００６６９１＿３、ＳＳＺ９７３９０＿１、ＳＳＺ９７３９５＿１およびＳＳＺ９７４００＿１との相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５７８４４−１４１０は、１９９８年６月２３日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０１０が割り当てられている。
実施例２０：ヒトＰＲＯ１０１２ポリペプチド［ＵＮＱ４９５］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを使用して他のＥＳＴ配列に関して構築し、ここで、そのコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ４９３１３と命名する。そのＤＮＡ４９３１３コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ１０１２についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
一対のＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＡＣＴＣＣＣＣＡＧＧＣＴＧＴＴＣＡＣＡＣＴＧＣＣ−３’（配列番号：１４９）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＡＴＣＡＧＣＣＡＧＣＣＡＡＴＡＣＣＡＧＣＡＧＣ−３’（配列番号：１５０）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ４９３１３配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＧＴＧＧＴＧＡＴＧＡＴＡＧＡＡＴＧＣＴＴＴＧＣＣＧＡＡＴＧＡＡＡＧＧＡＧＴＣＡＡＣＡＧＣＴＡＴＣＣＣ−３’（配列番号：１５１）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ１０１２遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児副腎組織から単離した（ＬＩＢ２２７）。
上で記載したように単離したクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ１０１２［本明細書中でＵＮＱ４９５（ＤＮＡ５６４３９−１３７６）と命名する］に対する完全長ＤＮＡ配列（配列番号３３）およびＰＲＯ１０１２に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ４９５のヌクレオチド配列全体（ＤＮＡ５６４３９−１３７６）を、図３３に示す（配列番号３３）。クローンＵＮＱ４９５（ＤＮＡ５６４３９−１３７６）は、ヌクレオチド４０４−４０６位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド２６４５−２６４７位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図３３）。予測されるポリペプチド前駆体は、７４７アミノ酸長である（図３４；配列番号３４）。図３４に示される完全長ＰＲＯ１０１２タンパク質は、推定分子量が約８６，１２７ダルトン、ｐＩが約７．４６である。クローンＵＮＱ４９５（ＤＮＡ５６４３９−１３７６）は、１９９８年５月１４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ番号２０９８６４が割り当てられている。その配列に関して、寄託されたクローンは、正確な配列を含み、本明細書に提供される配列は、公知の配列決定技術に基づくものであることを理解されたい。
完全長ＰＲＯ１０１２ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、その一部がジスルフィドイソメラーゼに対して配列同一性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ１０１２が、新規ジスルフィドイソメラーゼ関連タンパク質であり得ることが示唆される。
配列番号３４のアミノ酸配列をさらに解析すると、シトクロムＣファミリーヘム結合部位シグニチャーは、配列番号３４のアミノ酸約１５８−１６３である。Ｎｔ−ＤＮＡＪドメインシグニチャーは、配列番号３４のアミノ酸約７７−９６である。Ｎ−グリコシル化部位は、配列番号３４のアミノ酸約４８４−４８７である。ＥＲ標的化配列は、配列番号３４のアミノ酸約７４４−７４７である。代替の実施形態において所望であれば、開示されるポリペプチドおよび核酸の一部を用いても用いなくてもそれらを日常的に形成することができることを理解されたい。例えば、ＥＲ標的化配列を含まないＰＲＯ１０１２が作製されることが望ましいこともある。その対応ヌクレオチドは、本明細書中に提供される配列を考慮して日常的に決定され得る。
実施例２１：ヒトＰＲＯ１０１６ポリペプチド［ＵＮＱ４９９］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に関してｐｈｒａｐを使用して構築した。得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ５３５０２と命名する。
ＤＮＡ５３５０２コンセンサス配列とＭｅｒｃｋ ＥＳＴクローン番号３８６８０内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、Ｍｅｒｃｋ ＥＳＴクローン３８６８０を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。この挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図３５に示す。
ＤＮＡ５６１１３−１３７８のヌクレオチド配列全体を図３５に示す（配列番号３５）。クローンＤＮＡ５６１１３−１３７８は、ヌクレオチド１６８−１７０位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１３０２−１３０４位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図３５）。予測されるポリペプチド前駆体は、３７８アミノ酸長である（図３６；配列番号３６）。図３６に示される完全長ＰＲＯ１０１６タンパク質は、推定分子量が約４４，０２１ダルトン、ｐＩが約９．０７である。クローンＤＮＡ５６１１３−１３７８は、１９９８年７月１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ番号２０３０４９が割り当てられている。その配列に関して、寄託されたクローンは、正確な配列を含み、本明細書に提供される配列は、公知の配列決定技術に基づくものであることを理解されたい。
完全長ＰＲＯ１０１６ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、その一部が、アシルトランスフェラーゼに対して配列同一性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ１０１６が、新規アシルトランスフェラーゼであり得ることが示唆される。
配列番号３６のアミノ酸配列をさらに解析すると、推定シグナルペプチドは、配列番号３６のアミノ酸約１−１８である。膜貫通ドメインは、配列番号３６のアミノ酸約３３２−３５２および３０５−３３０である。フルクトース二リン酸アルドラーゼクラスＩＩタンパク質相同配列は、配列番号３６のアミノ酸約７３−９０である。エクストラジオール環切断ジオキシゲナーゼタンパク質は、配列番号３６のアミノ酸約２５２−２７５である。その対応ヌクレオチドは、本明細書中に提供される配列を考慮して日常的に決定され得る。
ＰＲＯ１０１６が配列同一性を有する配列の特定のＤａｙｈｏｆｆデータベースでの名称としては、以下：Ｓ５２６４５、Ｐ＿Ｒ５９７１２、Ｐ＿Ｒ９９２４９、Ｐ＿Ｒ５９７１３、ＢＮＡＧＰＡＴＲＦ＿１、ＣＥＬＴ０５Ｈ４＿１５およびＣＥＬＺＫ４０＿１が挙げられる。
実施例２２：ヒトＰＲＯ４７４ポリペプチド［ＵＮＱ５０２］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを使用して他のＥＳＴ配列に関して構築し、その得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ４９８１８と命名する。ＤＮＡ４９８１８コンセンサス配列とＭｅｒｃｋ ＥＳＴクローン番号Ｈ７７８８９との間で観察された配列相同性に基づいて、そのＭｅｒｃｋ ＥＳＴクローン番号Ｈ７７８８９を購入し、その挿入断片を得て、配列決定し、その得られた配列を本明細書中の図３７に示す（配列番号３７）。ＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ４７４［本明細書中でＵＮＱ５０２（ＤＮＡ５６０４５−１３８０）と命名する］の完全長ＤＮＡ配列（配列番号３７）およびＰＲＯ４７４に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ５０２のヌクレオチド配列全体（ＤＮＡ５６０４５−１３８０）を、図３７に示す（配列番号３７）。クローンＵＮＱ５０２（ＤＮＡ５６０４５−１３８０）は、ヌクレオチド１０６−１０８位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド９１６−９１８位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図３７）。予測されるポリペプチド前駆体は、２７０アミノ酸長である（図３８；配列番号３８）。図３８に示される完全長ＰＲＯ４７４タンパク質は、推定分子量が約２８，３１７ダルトン、ｐＩが約６．０である。クローンＵＮＱ５０２（ＤＮＡ５６０４５−１３８０）は、１９９８年５月１４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ番号２０９８６５が割り当てられている。その配列に関して、寄託されたクローンは、正確な配列を含み、本明細書に提供される配列は、公知の配列決定技術に基づくものであることを理解されたい。
配列番号３８のアミノ酸配列をさらに解析すると、Ｎ−グリコシル化部位は、配列番号３８のアミノ酸約１３８−１４１である。短鎖アルコールデヒドロゲナーゼファミリータンパク質は、配列番号３８のアミノ酸約１０−２２、８１−９１、１３４−１７１および１７６−１８５である。その対応ヌクレオチドは、本明細書中に提供される配列を考慮して日常的に決定され得る。
実施例２３：ヒトＰＲＯ１０６９ポリペプチド［ＵＮＱ５２６］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上の実施例３に記載したシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、本明細書中で１００７２７と命名される単一のＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴ配列が同定できた。次いで、この配列を、企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱＴＭ，Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）と比較することにより、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖ．ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ５６００１と命名する。
ＤＮＡ５６００１コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴクローン番号３５３３８８１内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、そのＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴクローン３５３３８８１を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。この挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図４１に示し、そしてそれは、ＰＲＯ１０６９の完全長ＤＮＡ配列である。クローンＤＮＡ５９２１１−１４５０は、１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９６０が割り当てられている。
ＤＮＡ５９２１１−１４５０のヌクレオチド配列全体を図４１に示す（配列番号４１）。クローンＤＮＡ５９２１１−１４５０は、ヌクレオチド１９７−１９９位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド４６４−４６６位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる。予測されるポリペプチド前駆体は、８９アミノ酸長である（図４２；配列番号４２）。図４２に示される完全長ＰＲＯ１０６９タンパク質は、推定分子量が約９，４３３ダルトン、ｐＩが約８．２１である。図４２に示される完全長ＰＲＯ１０６９配列（配列番号４２）の解析により、以下の特徴：アミノ酸１〜約１６にシグナルペプチド配列；アミノ酸約３６〜約５９に膜貫通ドメイン；アミノ酸約４１−４６、４５−５０および８４−８９に潜在的Ｎ−ミリストイル化部位；ならびにアミノ酸約５４〜約６６に細胞外タンパク質ＳＣＰ／Ｔｐｘ−１／Ａｇ５／ＰＲ−１／Ｓｃ７との相同性の存在が明らかになった。
完全長ＰＲＯ１０６９ポリペプチドのアミノ酸配列の解析から、それがＣＨＩＦに対して有意な配列類似性を有することが示唆され、それにより、ＰＲＯ１０６９が、ＣＨＩＦファミリーのポリペプチドのメンバーであり得ることが示唆される。より詳細には、Ｄａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）を用いた完全長ＰＲＯ１０６９ポリペプチドのアミノ酸配列の解析により、ＰＲＯ１０６９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＣＨＩＦ＿ＲＡＴ、Ａ５５５７１、ＰＬＭ＿ＨＵＭＡＮ、Ａ４０５３３、ＡＴＮＧ＿ＢＯＶＩＮ、ＲＩＣ＿ＭＯＵＳＥ、ＰＥＴＤ＿ＳＹＮＹ３、ＶＴＢ１＿ＸＥＮＬＡ、Ａ０５００９およびＳ７５０８６との相同性が明らかになった。
クローンＤＮＡ５９２１１−１４５０は、１９９８年６月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０９９６０が割り当てられている。
実施例２４：ヒトＰＲＯ１１１１ポリペプチド［ＵＮＱ５５４］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
発現配列タグ（ＥＳＴ）ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を検索し、インスリン様成長因子結合タンパク質との相同性を示したＥＳＴを同定した。

ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児脳から単離した。ヒトＰＲＯ１１１１をコードするｃＤＮＡクローンを単離するために使用したｃＤＮＡライブラリーを、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡの試薬などの市販の試薬を使用して標準的な方法によって構築した。ｃＤＮＡを、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴをプライマーとして増幅し、ＳａｌＩ半リン酸化（ｈｅｍｉｋｉｎａｓｅｄ）アダプターに平滑末端で連結し、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動によって適切にサイズ分離し、適当なクローニングベクター（例えば、ｐＲＫＢまたはｐＲＫＤ；ｐＲＫ５Ｂは、ＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５３：１２７８−１２８０（１９９１）を参照のこと）に所定の方向で独特のＸｈｏＩ部位およびＮｏｔＩ部位においてクローニングした。
ヒト胎児脳ｃＤＮＡライブラリー（上に記載したように調製したもの）を、上に記載したＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴ配列に基づいた合成オリゴヌクレオチドプローブ：
５’−ＣＣＡＣＣＡＣＣＴＧＧＡＧＧＴＣＣＴＧＣＡＧＴＴＧＧＧＣＡＧＧＡＡＣＴＣＣＡＴＣＣＧＧＣＡＧＡＴＴＧ−３’（配列番号１５２）
を用いてハイブリダイゼーションによってスクリーニングした。
同定されたｃＤＮＡクローンを全体にわたって配列決定した。ＰＲＯ１１１１のヌクレオチド配列全体を図４３に示す（配列番号４３）。クローンＤＮＡ５８７２１−１４７５は、ヌクレオチド５７−５９位の明らかな翻訳開始部位およびヌクレオチド２０１６−２０１８位の終止コドンを有する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図４３；配列番号４３）。予測されるポリペプチド前駆体は、６５３アミノ酸長である（図４４；配列番号４４）。膜貫通ドメインは、２１−４０位（ＩＩ型）および５２８−５４８位である。クローンＤＮＡ５８７２１−１４７５は、１９９８年８月１１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３１１０が割り当てられている。図４４に示される完全長ＰＲＯ１１１１タンパク質は、推定分子量が約７２，７１７ダルトン、ｐＩが約６．９９である。
図４４（配列番号４４）に示される完全長配列のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１１１アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ａ５８５３２、Ｄ８６９８３＿１、ＲＮＰＬＧＰＶ＿１、ＰＧＳ２＿ＨＵＭＡＮ、ＡＦ０３８１２７＿１、ＡＬＳ＿ＭＯＵＳＥ、ＧＰＶ＿ＨＵＭＡＮ、ＰＧＳ２＿ＢＯＶＩＮ、ＡＬＳ＿ＰＡＰＰＡおよびＩ４７０２０との間にいくらかの配列同一性が明らかになった。
実施例２５：ヒトＰＲＯ１１１３ポリペプチド［ＵＮＱ５５６］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に関してｐｈｒａｐを使用して構築した。このコンセンサス配列を本明細書中で「ＤＮＡ３４０２５」と命名する。そのＤＮＡ３４０２５コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ１１１３についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’ＧＡＧＧＡＣＴＣＡＣＣＡＡＴＣＴＧＧＴＴＣＧＧＣ３’（配列番号：１５３）；および
逆方向ＰＣＲプライマー：５’ＡＡＣＴＧＧＡＡＡＧＧＡＡＧＧＣＴＧＴＣＴＣＣＣ３’（配列番号：１５４）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３４０２５配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’ＧＴＡＡＡＧＧＡＧＡＡＧＡＡＣＡＴＣＡＣＧＧＴＡＣＧＧＧＡＴＡＣＣＡＧＧＴＧＴＧＴＴＴＡＴＣＣＴＡＡ３’（配列番号：１５５）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ１１１３遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児腎臓から単離した。
上記のようにして単離されたクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ１１１３に対する完全長ＤＮＡ配列（本明細書中でＤＮＡ５７２５４−１４７７と命名［図４５、配列番号４５］；およびＰＲＯ１１１３に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＰＲＯ１１１３のコード配列全体を図４５に示す（配列番号４５）。クローンＤＮＡ５７２５４−１４７７は、配列番号４５のヌクレオチド２１４−２１６位の明らかな翻訳開始部位およびヌクレオチド２０６２−２０６４位の明らかな終止コドンを有する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる。予測されるポリペプチド前駆体は、６１６アミノ酸長である［図４６；配列番号４６］。膜貫通ドメイン（ＩＩ型）は、配列番号４６のアミノ酸約１３−４０であると考えられている。Ｎ−グリコシル化部位およびＮ−ミリストイル化部位を、図４６に示す。クローンＤＮＡ５７２５４−１４７７は、１９９８年９月２９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３２８９が割り当てられている。図４６に示される完全長ＰＲＯ１１１３タンパク質は、推定分子量が約６８，２４３ダルトン、ｐＩが約８．６６である。
図４６に示される完全長配列（配列番号４６）のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１１３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列（このデータは本明細書中に援用される）：Ｄ８６９８３＿１、Ａ５８５３２、ＳＬＩＴ＿ＤＲＯＭＥ、ＡＢ００７８６５＿１、ＡＣ００４１４２＿１、ＣＥＬＴ２１Ｄ１２＿８、ＡＢ００３１８４＿１、ＤＭＵ４２７６７＿１、ＭＵＳＬＲＲＰ＿１およびＧＰＣＲ＿ＬＹＭＳＴとの間に配列同一性が明らかになった。
実施例２６：ヒトＰＲＯ１１３０ポリペプチド［ＵＮＱ５６７］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に関してｐｈｒａｐを使用して構築した。このコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ３４３６０と命名する。そのＤＮＡ３４３６０コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ１１３０についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー（３４３６０．ｆ１）５’−ＧＣＣＡＴＡＧＴＣＡＣＧＡＣＡＴＧＧＡＴＧ−３’（配列番号：１５６）
順方向ＰＣＲプライマー（３４３６０．ｆ２）５’−ＧＧＡＴＧＧＣＣＡＧＡＧＣＴＧＣＴＧ−３’（配列番号：１５７）
順方向ＰＣＲプライマー（３４３６０．ｆ３）５’−ＡＡＡＧＴＡＣＡＡＧＴＧＴＧＧＣＣＴＣＡＴＣＡＡＧＣ−３’（配列番号：１５８）
逆方向ＰＣＲプライマー（３４３６０．ｒ１）５’−ＴＣＴＧＡＣＴＣＣＴＡＡＧＴＣＡＧＧＣＡＧＧＡＧ−３’（配列番号：１５９）
逆方向ＰＣＲプライマー（３４３６０．ｒ２）５’−ＡＴＴＣＴＣＴＣＣＡＣＡＧＡＣＡＧＣＴＧＧＴＴＣ−３’（配列番号：１６０）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３４３６０配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ（３４３６０．ｐ１）
５’−ＧＴＡＣＡＡＧＴＧＴＧＧＣＣＴＣＡＴＣＡＡＧＣＣＣＴＧＣＣＣＡＧＣＣＡＡＣＴＡＣＴＴＴＧＣＧ−３’（配列番号：１６１）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ１１３０遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト動脈内皮細胞組織から単離した。
上記のようにして単離されたクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ１１３０に対する完全長ＤＮＡ配列（本明細書中でＤＮＡ５９８１４−１４８６と命名［図４７、配列番号４７］；およびＰＲＯ１１３０に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＤＮＡ５９８１４−１４８６のヌクレオチド配列全体を図４７（配列番号４７）に示す。クローンＤＮＡ５９８１４−１４８６は、ヌクレオチド３１２−３１４位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド９８４−９８６位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図４７）。予測されるポリペプチド前駆体は、２２４アミノ酸長である（図４８；配列番号４８）。図４８に示される完全長ＰＲＯ１１３０タンパク質は、推定分子量が約２４，９６３ダルトン、ｐＩが約９．６４である。図４８に示される完全長ＰＲＯ１１３０配列（配列番号４８）の解析により、以下：アミノ酸約１〜アミノ酸約１５にシグナルペプチド、アミノ酸約１８４〜アミノ酸約１９１にＡＴＰ／ＧＴＰ結合部位モチーフＡおよびアミノ酸約１０７〜アミノ酸約１１０に潜在的Ｎ−グリコシル化部位の存在が証明された。クローンＤＮＡ５９８１４−１４８６は、１９９８年１０月２０日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３３５９が割り当てられている。
図４８に示される完全長配列（配列番号４８）のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１３０アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｐ＿Ｗ０６５４７、２１６＿ＨＵＭＡＮ、Ｄ８７１２０＿１、ＭＭＵ７２６７７＿１、ＬＡＵ０４８８９＿１およびＤ６９３１９との間に有意な相同性が明らかになった。
実施例２７：ヒトＰＲＯ１１９５ポリペプチド［ＵＮＱ６０８］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例３に記載のシグナル配列アルゴリズムの使用によって、ＩｎｃｙｔｅデータベースからシングルＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いで、このＥＳＴクラスター配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ５５７１６と命名する。
ＤＮＡ５５７１６コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴクローン番号３２５２９８０内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、そのＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴクローン３２５２９８０を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。この挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図４９に示し、そしてそれを、本明細書中でＤＮＡ６５４１２−１５２３と命名する。
図４９に示す完全長クローンは、ヌクレオチド５８−６０位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド５１１−５１３位で見られる終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいた（図４９；配列番号４９）。予測されるポリペプチド前駆体は、１５１アミノ酸長である（図５０；配列番号５０）。シグナル配列は、配列番号５０のアミノ酸約１−２２である。ＰＲＯ１１９５は、算出分子量が約１７，２７７ダルトン、推定ｐＩが約５．３３である。クローンＤＮＡ６５４１２−１５２３は、１９９８年８月４日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３０９４が割り当てられている。
図５０に示される完全長配列（配列番号５０）のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１１９５アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＭＵ２８４８６＿１、ＡＦ０４４２０５＿１、Ｐ＿Ｗ３１１８６、ＣＥＬＫ０３Ｃ７＿１、Ｆ６９０３４、ＥＦ１Ａ＿ＭＥＴＶＡ、ＡＦ０２４５４０＿１、ＳＳＵ９０３５３＿１、ＭＲＳＰ＿ＳＴＡＡＵおよびＰ＿Ｒ９７６８０との間にいくらかの配列同一性が明らかになった。
実施例２８：ヒトＰＲＯ１２７１ポリペプチド［ＵＮＱ６４１］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
上記実施例３に記載のシグナル配列アルゴリズムの使用によって、ＩｎｃｙｔｅデータベースからシングルＥＳＴクラスター配列の同定が可能となった。次いで、このＥＳＴクラスター配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ５７９５５と命名する。
ＤＮＡ５７９５５コンセンサス配列とＭｅｒｃｋ ＥＳＴクローン番号ＡＡ６２５３５０内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、そのＭｅｒｃｋ ＥＳＴクローンＡＡ６２５３５０を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。この挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図５１に示し、そしてそれを、本明細書中でＤＮＡ６６３０９−１５３８と命名する。
クローンＤＮＡ６６３０９−１５３８は、ヌクレオチド９４−９６位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド７１８−７２０位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図５１；配列番号５１）。予測されるポリペプチド前駆体は、２０８アミノ酸長である（図５２；配列番号５２）。図５２に示される完全長ＰＲＯ１２７１タンパク質は、推定分子量が約２１，５３１ダルトン、ｐＩが約８．９９である。図５２に示される完全長ＰＲＯ１２７１配列（配列番号５２）の解析により、以下：アミノ酸約１〜アミノ酸約３１にシグナルペプチドおよびアミノ酸約１６６〜アミノ酸約１８７に膜貫通ドメインの存在が証明された。クローンＤＮＡ６６３０９−１５３８は、１９９８年９月１５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３２３５が割り当てられている。
図５２に示される完全長配列（配列番号５２）のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１２７１アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｓ５７１８０、Ｓ６３２５７、ＡＧＡ１＿ＹＥＡＳＴ、ＢＰＵ４３５９９＿１、ＹＳ８Ａ＿ＣＡＥＥＬ、Ｓ６７５７０、ＬＳＵ５４５５６＿２、Ｓ７０３０５、ＶＧＬＸ＿ＨＳＶＥＢおよびＤ８８７３３＿１との間に有意な相同性が明らかになった。
実施例２９：ヒトＰＲＯ１８６５ポリペプチド［ＵＮＱ８５６］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ公的データベースからの約９５０個の既知の分泌タンパク質の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）配列（もしあれば、分泌シグナル配列を含む）を使用して、ＥＳＴデータベースを検索した。そのＥＳＴデータベースは、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含んでいた。検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０（１９９６）］を使用して、ＥＣＤタンパク質配列とＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との比較として実施した。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ３４０２３と命名する。ＤＮＡ３４０２３コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ１８６５についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。順方向および逆方向ＰＣＲプライマーは、一般に２０〜３０ヌクレオチドの範囲であり、約１００〜１０００ｂｐ長のＰＣＲ産物が得られるように設計されることが多い。プローブ配列は、代表的には４０〜５５ｂｐ長である。いくつかの場合において、コンセンサス配列が約ｌ〜１．５ｋｂｐより大きいとき、さらなるオリゴヌクレオチドを合成する。完全長クローンについていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，前出のように、ＰＣＲプライマー対を用いてＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびプライマー対の一方を使用して、目的の遺伝子をコードするクローンを単離した。
ＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー（３４０２３．ｆ１）５’−ＴＡＡＣＣＴＡＡＧＴＡＡＴＴＴＡＣＣＴＣＡＧＧＧ−３’（配列番号：１６２）
逆方向ＰＣＲプライマー（３４０２３．ｒ１）５’−ＡＴＴＧＡＧＡＴＣＣＴＴＡＴＡＧＣＣＡＴＣＣＣ−３’（配列番号：１６３）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ３４０２３配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ（３４０２３．ｐ１）
５’−ＡＣＣＴＧＴＧＡＡＧＧＴＣＡＡＣＧＴＧＣＧＴＧＧＧＣＴＣＡＴＧＴＧＣＣＡＡＧＣＣＣＣＡＧＡＡＡＡＧＧ−３’（配列番号：１６４）。
ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児肺から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するために使用したｃＤＮＡライブラリーは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡの試薬などの市販の試薬を使用して標準的な方法によって構築した。ｃＤＮＡを、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴをプライマーとして増幅し、ＳａｌＩヘミキナーゼ化アダプターに平滑末端で連結し、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動によって適切にサイズ分離し、適当なクローニングベクター（例えば、ｐＲＫＢまたはｐＲＫＤ；ｐＲＫ５Ｂは、ＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５３：１２７８−１２８０（１９９１）を参照のこと）に所定の方向で独特のＸｈｏＩ部位およびＮｏｔＩ部位においてクローニングした。
上記のようにして単離されたクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ１８６５に対する完全長ＤＮＡ配列（本明細書中でＤＮＡ８１７５７−２５１２と命名［図５３、配列番号５３］；（ＵＮＱ８５６）およびＰＲＯ１８６５に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ８５６のヌクレオチド配列全体（ＤＮＡ８１７５７−２５１２）を、図５３（配列番号５３）に示す。クローンＵＮＱ８５６（ＤＮＡ８１７５７−２５１２）は、ヌクレオチド５１−５３位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１９９８−２０００位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図５３）。予測されるポリペプチド前駆体は、６４９アミノ酸長である（図５４；配列番号５４）。図５４に示される完全長ＰＲＯ１８６５タンパク質は、推定分子量が約７２，９９５ダルトン、ｐＩが約７．８８である。図５４に示す完全長ＰＲＯ１８６５配列（配列番号５４）の解析により、以下：アミノ酸約１〜アミノ酸約２８にシグナルペプチド、アミノ酸約５３１〜アミノ酸約５５２に膜貫通ドメイン、アミノ酸約２２６〜アミノ酸約２２９、アミノ酸約２８２〜アミノ酸約２８５、アミノ酸約２９６〜アミノ酸約２９９、アミノ酸約５５５〜アミノ酸約５５８、アミノ酸約６２６〜アミノ酸約６２９およびアミノ酸約６３３〜アミノ酸約６３６に潜在的Ｎ−グリコシル化部位、アミノ酸約５１５〜アミノ酸約５２２にチロシンキナーゼリン酸化部位、アミノ酸約１２〜アミノ酸約１７、アミノ酸約１７２〜アミノ酸約１７７、アミノ酸約２０８〜アミノ酸約２１３、アミノ酸約３５９〜アミノ酸約３６４、アミノ酸約５３４〜アミノ酸約５３９、アミノ酸約５５６〜アミノ酸約５６１およびアミノ酸約６４０〜アミノ酸約６４５に潜在的Ｎ−ミリストイル化部位、アミノ酸約５６７〜アミノ酸約５７０にアミド化部位、アミノ酸約１５９〜アミノ酸約１８１にロイシンジッパーパターン配列ならびにアミノ酸約３４〜アミノ酸約４４にホスホリパーゼＡ２アスパラギン酸活性部位の存在が証明された。クローンＵＮＱ８５６（ＤＮＡ８１７５７−２５１２）は、１９９８年１２月１５日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３５４３が割り当てられている。
図５４に示される完全長配列（配列番号５４）のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１８６５アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＢ００７８６５＿１、ＡＦ００７１３９＿１、ＧＥＮ１２３０２、ＰＧＳ２＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ＿Ｒ８９４３９、ＦＭＯＤ＿ＨＵＭＡＮ、ＡＢ０００１１４＿１、ＬＵＭ＿ＣＨＩＣＫ、ＳＬＩＴ＿ＤＲＯＭＥおよびＰ＿Ｒ０５１６０との間に有意な相同性が明らかになった。
実施例３０：ヒトＰＲＯ１８７９ポリペプチド［ＵＮＱ８６３］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
１次ｃＤＮＡクローンの５’末端を優先的に表すヒト胎児肝臓ｃＤＮＡライブラリーにおいて、酵母スクリーニングを用いて、本明細書中でＤＮＡ４５５６４と称される最初のＤＮＡ配列を同定した。コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６）］を用いて、ＤＮＡ４５５６５を公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）由来のＥＳＴと比較した。ＥＳＴを、クラスター化し、そしてコンピュータプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列を本明細書中で「ＤＮＡ４６９６４」と命名する。ＤＮＡ４６９６４コンセンサス配列に基づいて、ＰＲＯ１８７９についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプライマーおよび／またはプローブとして使用するために、以下のオリゴヌクレオチドを合成した：
順方向（配列番号：１６５）：５’ＴＧＴＴＡＡＣＡＣＣＡＧＴＣＴＣＡＧＴＴＧＧＡＧＧＧ ３’；
逆方向（配列番号：１６６）：５’ＧＣＣＡＣＡＡＴＡＣＴＡＧＣＡＧＡＡＴＧＡＣＧＣＣ３’；および
プラスミド（配列番号：１６７）：５’ＣＣＴＴＡＴＴＧＧＴＡＴＣＴＧＴＧＣＣＴＴＴＡＧＣＣＡＴＧＣＣＣＡＴＡＧＣＣＡＴＧＣＣＣＡＴＧＧＡＧ３’。
図５５に示される完全長ＤＮＡ５４００９−２５１７クローンは、ヌクレオチド２１９−２２１位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド２５１４−２５１６位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいた（図５５；配列番号５５）。予測されるポリペプチド前駆体は、７６５アミノ酸長である（図５６；配列番号５６）。ＰＲＯ１８７９は、算出分子量が約８３９７４ダルトン、推定ｐＩが約７．２９である。
図５６に示される完全長配列（配列番号５６）のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１８７９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｓ６１５６８；Ｄ８９２３９＿１；Ｐ＿Ｒ０４５８４；ＺＲＣ１＿ＹＥＡＳＴ；ＳＴＵ６００７１＿１、Ｓ５４３０３；Ｐ＿Ｒ４６０８７；ＭＭＺＮＴ４Ｓ４＿１；ＣＥＨ１３Ｎ０６＿５；およびＳ７６９６４との間に有意な相同性が明らかになった。
ＤＮＡ５４００９−２５１７と命名されるクローンＤＮＡ５４００９−２５１７（ＵＮＱ８６３）は、１９９９年１月１２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３５７４が割り当てられている。
実施例３１：ヒトＰＲＯ３４４６ポリペプチド［ＵＮＱ１８３３］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、企業のシグナル配列探索アルゴリズムをＥＳＴに適用することによってＤＮＡ９２２１９−２５４１を同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または企業データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。そのシグナル配列アルゴリズムは、目的の配列または配列フラグメントの５’−末端の１番目および必要に応じて２番目のメチオニンコドン（ＡＴＧ）周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後のヌクレオチドは、いかなる終止コドンも有しない少なくとも３５個の明確なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。
上記のシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、ＩｎｃｙｔｅデータベースからＥＳＴクラスター配列が同定できた。次いで、そのＥＳＴクラスター配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較することにより、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。構築に使用したＥＳＴの１つ以上を表皮ケラチノサイトライブラリーから得た。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ７９１９９と命名する。ＤＮＡ７９１９９とＥＳＴ４５６４２０２Ｈ１との間の配列相同性に鑑みて、このＥＳＴを含むクローンを購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定し、本明細書中で、ＤＮＡ９２２１９−２５４１（配列番号５７、図５７）と同定した。図５７に示される完全長クローンは、ヌクレオチド４２−４４位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド２８５−２８７位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいた（図５７；配列番号５７）。予測されるポリペプチド前駆体は、８１アミノ酸長である（図５８；配列番号５８）。ＰＲＯ３４４６は、算出分子量が約９１７３ダルトン、推定ｐＩが約１０．８である。
ＤＮＡ９２２１９−２５４１と命名されるクローンＤＮＡ９２２１９−２５４１（ＵＮＱ１８３３）は、１９９９年２月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３６６３が割り当てられている。
実施例３２：ヒトＰＲＯ３５４３ポリペプチド［ＵＮＱ１８３５］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、企業のシグナル配列探索アルゴリズムをＥＳＴに適用することによってＤＮＡ８６５７１−２５５１を同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または企業データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。そのシグナル配列アルゴリズムは、目的の配列または配列フラグメントの５’−末端の１番目および必要に応じて２番目のメチオニンコドン（ＡＴＧ）周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後のヌクレオチドは、いかなる終止コドンも有しない少なくとも３５個の明確なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。
上記のシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、ＥＳＴ配列が同定できた。このＥＳＴ配列を含むクローン７４３０４４を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。図５９に示す完全長クローンは、ヌクレオチド２４３−２４５位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド６８４−６８６位で見られる終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいた（図５９；配列番号５９）。予測されるポリペプチド前駆体は、１４７アミノ酸長である（図６０；配列番号６０）。ＰＲＯ３５４３は、算出分子量が約１７２７６ダルトン、推定ｐＩが約６．３１である。
図６０に示される完全長配列（配列番号６０）のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ２５４３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＭＭＵ１８２４３＿１、ＡＢ０１７１５７＿１、ＳＣＣＬ５４Ｍ＿１、ＣＹＴＴ＿ＨＵＭＡＮ、ＣＹＴＣ＿ＭＡＣＭＵ、ＣＹＴＯ＿ＢＯＶＩＮ、ＨＧＳ＿ＲＦ２４６、ＡＦ０３１８２５＿１、ＡＢ０１５２２５＿１、Ｐ＿Ｗ１５７９１との間に相同性が明らかになった。
ＤＮＡ８６５７１−２５５１と命名されるクローンＤＮＡ８６５７１−２５５１（ＵＮＱ１８３５）は、１９９９年２月９日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３６６０が割り当てられている。
実施例３３：ヒトＰＲＯ４３２９ポリペプチド［ＵＮＱ１８８５］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ公的データベースからの約９５０個の既知の分泌タンパク質の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）配列（もしあれば、分泌シグナル配列を含む）を使用して、ＥＳＴデータベースを検索した。そのＥＳＴデータベースは、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）、Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含んでいた。検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０（１９９６）］を使用して、ＥＣＤタンパク質配列とＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との比較として実施した。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。
ｐｈｒａｐを用いて他のＥＳＴ配列に対してコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。このコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ５２１６４と命名する。ＤＮＡ５２１６４コンセンサス配列とＩｎｃｙｔｅ ＥＳＴクローン番号３３５０８６５との間で観察された配列相同性に基づいて、Ｉｎｃｙｔｅ ＥＳＴクローン番号３３５０８６５を購入し、その挿入断片を得て、配列決定し、その得られた配列を図６１に示す。
ＵＮＱ１８８５のヌクレオチド配列全体（ＤＮＡ７７６２９−２５７３）を、図６１に示す（配列番号６１）。クローンＵＮＱ１８８５（ＤＮＡ７７６２９−２５７３）は、ヌクレオチド１３７−１３９位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド２３７２−２３７４位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図６１）。予測されるポリペプチド前駆体は、７４５アミノ酸長である（図６２；配列番号６２）。図６２に示される完全長ＰＲＯ４３２９タンパク質は、推定分子量が約７８，９９０ダルトン、ｐＩが約５．２６である。図６２に示される完全長ＰＲＯ４３２９配列（配列番号６２）の解析により、図６２に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになった。クローンＵＮＱ１８８５（ＤＮＡ７７６２９−２５７３）は、１９９９年３月１６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３８５０が割り当てられている。
図６２に示される完全長配列（配列番号６２）のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ４３２９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＢ００３１８４＿１、ＡＢ０１１５３０＿１、ＡＢ０１７１６７＿１、Ｐ＿Ｗ４６９６６、ＡＢ０１７１６７＿１、ＳＬＩＴ＿ＤＲＯＭＥ、ＤＭＵ１１０５２＿１、Ａ５３５３１、ＤＲＯＷＨＥＥＬＥＲ＿１およびＡ２ＧＬ＿ＨＵＭＡＮとの間に有意な相同性が明らかになった。
実施例３４：ヒトＰＲＯ４３５２ポリペプチド［ＵＮＱ１９０６］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したように他のＥＳＴ配列に関してｐｈｒａｐを使用して構築した。このコンセンサス配列を本明細書中で「ＤＮＡ８３３９７」と命名する。そのＤＮＡ８３３９７コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ４３５２についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
ＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＴＧＧＧＧＡＧＴＧＴＣＣＴＴＧＧＣＡＧＧＴＴＣ−３’（配列番号：１６８）および
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＡＧＣＡＴＡＣＡＧＧＧＣＴＣＴＴＴＡＧＧＧＣＡＣＡＣ−３’（配列番号：１６９）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ８３３９７配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ：
５’−ＣＧＧＴＧＡＣＴＧＡＧＧＡＡＡＣＡＧＡＧＡＡＡＧＧＡＴＣＣＴＴＴＧＴＧＧＴＣＡＡＴＣＴＧＧＣ−３’（配列番号：１７０）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびＰＣＲプライマーの一方を使用して、ＰＲＯ４３５２遺伝子をコードするクローンを単離した。ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児脳から単離した。
上記のようにして単離されたクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ４３５２に対する完全長ＤＮＡ配列（本明細書中でＤＮＡ８７９７６−２５９３と命名［図６３、配列番号６３］；およびＰＲＯ４３５２に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＰＲＯ４３５２のコード配列全体を図６３に示す（配列番号６３）。クローンＤＮＡ８７９７６−２５９３は、配列番号６３のヌクレオチド１７９−１８１位の明らかな翻訳開始部位およびヌクレオチド２５７９−２５８１位の明らかな終止コドンを有する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる。予測されるポリペプチド前駆体は、８００アミノ酸長である。クローンＤＮＡ８７９７６−２５９３は、１９９９年３月３０日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号２０３８８８が割り当てられている。図６４に示される完全長ＰＲＯ４３５２タンパク質は、推定分子量が約８７，６２１ダルトン、ｐＩが約４．７７である。
図６４に示される完全長配列（配列番号６４）のＷＵ−ＢＬＡＳＴ２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ４３５２アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｐ＿Ｒ８６８６５、Ｐ＿Ｒ８６８６６、ＲＡＴＰＣＤＨ＿１、ＡＢ０１１１６０＿１、ＭＭＵ８８５４９＿１、Ｄ８６９１７＿１、ＡＢ００８１７９＿１、Ｐ＿Ｒ５８９０７、ＨＳＨＦＡＴＰＲＯ＿１およびＡＦ０３１５７２＿１との間に相同性が明らかになった。
実施例３５：ヒトＰＲＯ９８５９ポリペプチド［ＵＮＱ３０４３］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、企業のシグナル配列探索アルゴリズムをＥＳＴに適用することによってＤＮＡ１２５１７０−２７８０を同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または企業データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。そのシグナル配列アルゴリズムは、目的の配列または配列フラグメントの５’−末端の１番目および必要に応じて２番目のメチオニンコドン（ＡＴＧ）周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後のヌクレオチドは、いかなる終止コドンも有しない少なくとも３５個の明確なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。
上記のシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）データベース，Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡからＥＳＴクラスター配列が同定でき、それを本明細書中でＣＬＵ３５７１０と命名した。次いで、そのＥＳＴクラスター配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較することにより、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ１０９２５８と命名する。
ＤＮＡ１０９２５８配列とＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）データベース，Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ由来のクローン番号３１４５５３２内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、クローン番号３１４５５３２を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。そのｃＤＮＡ挿入断片が完全長タンパク質をコードしていることが本明細書中で見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図６７に示し、そしてそれを、本明細書中でＤＮＡ１２５１７０−２７８０と命名する。
クローンＤＮＡ１２５１７０−２７８０は、ヌクレオチド２２３−２２５位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１１６２−１１６４位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図６７；配列番号６７）。予測されるポリペプチド前駆体は、３１３アミノ酸長である（図６８；配列番号６８）。図６８に示される完全長ＰＲＯ９８５９タンパク質は、推定分子量が約３５，０６６ダルトン、ｐＩが約９．３９である。図６８に示される完全長ＰＲＯ９８５９配列（配列番号６８）の解析により、図６８に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられる位置は、上記のようにおよその位置である。クローンＤＮＡ１２５１７０−２７８０は、１９９９年１１月１６日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−９５３が割り当てられている。
図６８に示される完全長配列（配列番号６８）のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ９８５９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｔ０４０２９、ＡＴＦ２３Ｋ１６＿３、Ｃ７１６１２、ＳＰＢＣ８３＿１１、Ｐ＿Ｗ８８５０４、Ｄ８７４４９＿１、ＣＰＴ２＿ＢＲＡＯＬ、ＨＳＡ００５８６６＿１、ＣＰＴＲ＿ＳＯＬＴＵおよびＣＰＴＲ＿ＦＬＡＰＲとの配列同一性が明らかになった。
実施例３６：ヒトＰＲＯ９８６４ポリペプチド［ＵＮＱ３０４８］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、企業のシグナル配列探索アルゴリズムをＥＳＴに適用することによってＤＮＡ１２５１５１−２７８４を同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または企業データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。そのシグナル配列アルゴリズムは、目的の配列または配列フラグメントの５’−末端の１番目および必要に応じて２番目のメチオニンコドン（ＡＴＧ）周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後のヌクレオチドは、いかなる終止コドンも有しない少なくとも３５個の明確なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。
上記のシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡデータベースからＥＳＴクラスター配列が同定でき、それを本明細書中でＥＳＴ９７１４０７と命名した。次いで、そのＥＳＴ配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較することにより、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ１１１２４８と命名する。
ＤＮＡ１１１２４８配列とＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）データベース，Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ由来のクローン番号９７１４０７内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、クローン番号９７１４０７を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。このｃＤＮＡ挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが本明細書中で見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図６９に示し、そしてそれを、本明細書中でＤＮＡ１２５１５１−２７８４と命名する。
クローンＤＮＡ１２５１５１−２７８４は、ヌクレオチド２４２−２４４位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド８２４−８２６位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図６９；配列番号６９）。予測されるポリペプチド前駆体は、１９４アミノ酸長である（図７０；配列番号７０）。図７０に示される完全長ＰＲＯ９８６４タンパク質は、推定分子量が約２０，８８２ダルトン、ｐＩが約６．４４である。図７０に示される完全長ＰＲＯ９８６４配列（配列番号７０）の解析により、図７０に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられる位置は、上記のようにおよその位置である。クローンＤＮＡ１２５１５１−２７８４は、１９９９年１２月７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１０２９が割り当てられている。
図７０に示される完全長配列（配列番号７０）のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント解析を使用したＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ９８６４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＤＩＡ１＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ＿Ｙ１３４６４、ＨＷＰ１＿ＣＡＮＡＬ、ＡＢ０２２９２７＿１、Ｐ＿Ｗ７６７３４、ＳＲＥ１＿ＲＡＴ、ＭＭＨＣ１８８Ａ７＿６、Ｓ５０７５５、ＦＮＵ４４０９１＿１およびＡＦ０３６３３４＿１との配列同一性が明らかになった。
実施例３７：ヒトＰＲＯ９９０４ポリペプチド［ＵＮＱ３０７２］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、企業のシグナル配列探索アルゴリズムをＥＳＴに適用することによってＤＮＡ１２９５４９−２７９８を同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または企業データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ，Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。そのシグナル配列アルゴリズムは、目的の配列または配列フラグメントの５’−末端の１番目および必要に応じて２番目のメチオニンコドン（ＡＴＧ）周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後のヌクレオチドは、いかなる終止コドンも有しない少なくとも３５個の明確なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。
上記のシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）データベースからＥＳＴ配列が同定でき、それを本明細書中で１５５６０１２Ｈ１と命名する。次いで、このＥＳＴクラスター配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む様々な発現配列タグ（ＥＳＴ）と比較して、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ１１５２２７と命名する。
ＤＮＡ１１５２２７配列とＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）データベース由来のクローン番号１５５６０１２Ｈ１内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、クローン番号１５５６０１２Ｈ１を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。このｃＤＮＡ挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが本明細書中で見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図７１に示し、そしてそれを、本明細書中でＤＮＡ１２９５４９−２７９８と命名する。
クローンＤＮＡ１２９５４９−２７９８は、ヌクレオチド４８−５０位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド４４７−４４９位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図７１；配列番号７１）。予測されるポリペプチド前駆体は、１３３アミノ酸長である（図７２；配列番号７２）。図７２に示される完全長ＰＲＯ９９０４タンパク質は、推定分子量が約１４７９２ダルトン、ｐＩが約５．９７である。図７２に示される完全長ＰＲＯ９９０４配列（配列番号７２）の解析により、図７２に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられる位置は、上記のようにおよその位置である。クローンＤＮＡ１２９５４９−２７９８は、１９９９年１２月２２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１０９９が割り当てられている。
図７２に示される完全長配列（配列番号７２）のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント解析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ９９０４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｐ＿Ｒ８２９８７、Ｐ＿Ｗ０９４０６、ＧＲＦＡ＿ＶＡＣＣＣ、Ｇ０１６３９、ＴＭＥＦＦ１＿１、Ｄ３０７８２＿１、ＸＬＥＧＦＰＲ＿１、Ｐ＿Ｗ２７５３６、Ｐ＿Ｒ１５３５０、ＨＵＭＨＥＲＧＣ＿１との配列同一性が明らかになった。
実施例３８：ヒトＰＲＯ９９０７ポリペプチド［ＵＮＱ３０７５］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ公的データベースからの約９５０個の既知の分泌タンパク質の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）配列（もしあれば、分泌シグナル配列を含む）を使用して、ＥＳＴデータベースを検索した。そのＥＳＴデータベースには、（１）企業のＥＳＴデータベースＬＩＦＥＳＥＱ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）および（２）Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ］の企業ＥＳＴデータベースが含まれていた。検索は、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２［Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０（１９９６）］を使用して、ＥＣＤタンパク質配列とＥＳＴ配列の６フレーム翻訳との比較として実施した。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。コンセンサスＤＮＡ配列を、上に記載したように他のＥＳＴ配列に関してｐｈｒａｐを使用して構築した。このコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ１３０９３６と命名する。いくつかの場合において、コンセンサス配列は、ＢＬＡＳＴおよびｐｈｒａｐの繰り返しサイクルを使用して伸長された中間コンセンサスＤＮＡ配列から得られ、これにより、上記のＥＳＴ配列の起源を使用してその中間コンセンサス配列をできる限り伸長した。
ＤＮＡ１３０９３６コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ９９０７についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。順方向および逆方向ＰＣＲプライマーは、一般に２０〜３０ヌクレオチドの範囲であり、約１００〜１０００ｂｐ長のＰＣＲ産物が得られるように設計されることが多い。プローブ配列は、代表的には４０〜５５ｂｐ長である。いくつかの場合において、コンセンサス配列が約１〜１．５ｋｂｐより大きいとき、さらなるオリゴヌクレオチドを合成する。完全長クローンについていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，前出のように、ＰＣＲプライマー対を用いてＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびプライマー対の一方を使用して、目的の遺伝子をコードするクローンを単離した。ＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＡＣＧＴＣＴＣＴＴＣＡＡＣＣＴＣＣＧＣＴＣ−３’（配列番号：１７１）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＧＡＴＧＴＧＣＴＴＡＧＧＴＣＣＣＧＣＡＣ −３’（配列番号：１７２）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ１３０９３６配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＧＧＡＡＣＡＧＧＡＴＴＣＧＣＴＣＣＡＴＴＡＧＣＣＡＡＧＧＴＴＴＧＡＣＡＴＧＧＡＣＴＴＧＧＡＧ−３’（配列番号：１７３）。
ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児肝臓組織から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するために使用したｃＤＮＡライブラリーは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡの試薬などの市販の試薬を使用して標準的な方法によって構築した。ｃＤＮＡを、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴをプライマーとして増幅し、ＳａｌＩヘミキナーゼ化アダプターに平滑末端で連結し、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動によって適切にサイズ分離し、適当なクローニングベクター（例えば、ｐＲＫＢまたはｐＲＫＤ；ｐＲＫ５Ｂは、ＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５３：１２７８−１２８０（１９９１）を参照のこと）に所定の方向で独特のＸｈｏＩ部位およびＮｏｔＩ部位においてクローニングした。
上記のようにして単離されたクローンのＤＮＡ配列決定により、完全長ＰＲＯ９９０７ポリペプチドに対する完全長ＤＮＡ配列（本明細書中でＤＮＡ１４２３９２−２８００と命名［図７３、配列番号７３］）およびＰＲＯ９９０７ポリペプチドに対する誘導タンパク質配列が得られた。
上で同定した完全長クローンは、ヌクレオチド３２５−３２７位の明らかな翻訳開始部位およびヌクレオチド２０９５−２０９７位の終止シグナルを有する単一のオープンリーディングフレームを含んでいた（図７３、配列番号７３）。予測されるポリペプチド前駆体は、５９０アミノ酸長であり、その算出分子量は、約６７２１７ダルトン、推定ｐＩは、約９．２６である。図７４に示される完全長ＰＲＯ９９０７配列（配列番号７４）の解析により、図７４に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられる位置は、上記のようにおよその位置である。クローンＤＮＡ１４２３９２−２８００は、１９９９年１２月２２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１０９２が割り当てられている。
図７４に示される完全長配列（配列番号７４）のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント解析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ９９０７アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＡＢ００７８７６＿１、Ｐ＿Ｙ０８０１０、Ａ５８５３２、ＡＬＳ＿ＭＯＵＳＥ、ＡＬＳ＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ＿Ｙ１３３９４、ＣＨＡＤ＿１、Ｐ＿Ｗ９３９０６、ＤＭＴＡＲＴＡＮ＿１およびＧＥＮ１１２０９との配列同一性が明らかになった。
実施例３９：ヒトＰＲＯ１００１３ポリペプチド［ＵＮＱ３０８２］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、企業のシグナル配列探索アルゴリズムをＥＳＴに適用することによってＤＮＡ１２５１８１−２８０４を同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または企業データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ，Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。そのシグナル配列アルゴリズムは、目的の配列または配列フラグメントの５’−末端の１番目および必要に応じて２番目のメチオニンコドン（ＡＴＧ）周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後のヌクレオチドは、いかなる終止コドンも有しない少なくとも３５個の明確なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。
上記のシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、ＬＩＦＥＳＥＱ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）データベースからＥＳＴクラスター配列が同定でき、それを本明細書中で２６９２７４３Ｈ１と命名する。次いで、そのＥＳＴクラスター配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ，Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較することにより、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ１１１２６５と命名する。
ＤＮＡ１１１２６５配列とＬＩＦＥＳＥＱデータベース由来のクローン番号２６９２７４３内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、クローン番号２６９２７４３を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。そのｃＤＮＡ挿入断片が完全長タンパク質をコードしていることが本明細書中で見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図７５に示し、そしてそれを、本明細書中でＤＮＡ１２５１８１−２８０４と命名する。クローンＤＮＡ１２５１８１−２８０４は、ヌクレオチド７２−７４位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド１５４５−１５４７位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図７５；配列番号７５）。予測されるポリペプチド前駆体は、４９１アミノ酸長である（図７６；配列番号７６）。図７６に示される完全長ＰＲＯ１００１３タンパク質は、推定分子量が約５４７５９ダルトン、ｐＩが約５．６１である。図７６に示される完全長ＰＲＯ１００１３配列（配列番号７６）の解析により、図７６に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられる位置は、上記のようにおよその位置である。クローンＤＮＡ１２５１８１−２８０４は、１９９９年１２月２２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１０９６が割り当てられている。
実施例４０：ヒトＰＲＯ１６０８９ポリペプチド［ＵＮＱ５７８２］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
１．オリゴｄＴをプライマーとするｃＤＮＡライブラリーの調製
Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡの試薬およびプロトコル（Ｆａｓｔ Ｔｒａｃｋ ２）を用いて、ｍＲＮＡをヒト精巣組織から単離した。このＲＮＡを使用し、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤの試薬（Ｓｕｐｅｒ Ｓｃｒｉｐｔ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｓｙｓｔｅｍ）およびプロトコルを使用して、ベクターｐＲＫ５Ｄに、オリゴｄＴをプライマーとするｃＤＮＡライブラリーを生成した。この手順において、二本鎖ｃＤＮＡのうち、１０００ｂｐより大きいものを分離し、ＳａｌＩ／ＮｏｔＩリンカー付加されたｃＤＮＡを、ＸｈｏＩ／ＮｏｔＩ切断されたベクターにクローニングした。ｐＲＫ５Ｄは、ＸｈｏＩ／ＮｏｔＩ ｃＤＮＡクローニング部位の前に、ＳＰ６転写開始部位、ＳｆｉＩ制限酵素部位の順でそれらを有するクローニングベクターである。
２．ランダムプライマーをプライマーとするｃＤＮＡライブラリーの調製
１次ｃＤＮＡクローンの５’末端を優先的に表すために、２次ｃＤＮＡライブラリーを構築した。Ｓｐ６ＲＮＡを１次ライブラリー（上記）から生成し、このＲＮＡを使用し、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓの試薬およびプロトコル（Ｓｕｐｅｒ Ｓｃｒｉｐｔ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｓｙｓｔｅｍ，上を参照のこと）を使用して、ランダムプライマーをプライマーとするｃＤＮＡライブラリーをベクターｐＳＳＴ−ＡＭＹ．０に構築した。
この手順において、二本鎖ｃＤＮＡを、５００〜１０００ｂｐに分離し、ＮｏｔＩアダプターに平滑末端でリンカー付加し、ＳｆｉＩで切断し、そしてＳｆｉＩ／ＮｏｔＩで切断されたベクターにクローニングした。ｐＳＳＴ−ＡＭＹ．０は、ｃＤＮＡクローニング部位およびマウスアミラーゼ配列の前に酵母アルコールデヒドロゲナーゼプロモーター（分泌シグナルなしの成熟配列）、続いて、クローニング部位の後に酵母アルコールデヒドロゲナーゼターミネーターを有するクローニングベクターである。このようにして、アミラーゼ配列とインフレームで融合されたこのベクターにクローニングされたｃＤＮＡは、適切にトランスフェクトされた酵母コロニーからアミラーゼを分泌するようになる。
３．形質転換および検出
上の段落２に記載したライブラリー由来のＤＮＡを氷上で冷やし、エレクトロコンピテントＤＨ１０Ｂ細菌（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，２０ｍＬ）に加えた。次いで細菌およびベクター混合物を、製造者によって推奨されているように電気穿孔処理した。続いて、ＳＯＣ培地（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，１ｍＬ）を加えて、混合物を３７℃で３０分間インキュベートした。次いで、形質転換体をアンピシリンを含む標準的な１５０ｍｍＬＢプレート２０枚に播き、１６時間インキュベートした（３７℃）。陽性のコロニーをプレートから拾い、そのＤＮＡを標準的なプロトコル、例えば、ＣｓＣｌ勾配を使用して細菌のペレットから単離した。次いで、精製されたＤＮＡを以下の酵母プロトコルに用いた。
酵母法は、３つのカテゴリーに分けられる：（１）プラスミド／ｃＤＮＡ結合ベクターによる酵母の形質転換；（２）アミラーゼを分泌する酵母クローンの検出および単離；ならびに（３）酵母コロニーからの直接の挿入断片のＰＣＲ増幅ならびに配列決定およびさらなる解析のためのそのＤＮＡの精製。
使用した酵母株は、ＨＤ５６−５Ａ（ＡＴＣＣ−９０７８５）であった。この株は、以下の遺伝子型：ＭＡＴアルファ、ｕｒａ３−５２、ｌｅｕ２−３、ｌｅｕ２−１１２、ｈｉｓ３−１１、ｈｉｓ３−１５、ＭＡＬ＋、ＳＵＣ＋、ＧＡＬ＋を有する。好ましくは、翻訳後経路を欠く酵母変異体が、使用され得る。このような変異体は、ｓｅｃ７１、ｓｅｃ７２、ｓｅｃ６２において転座不全（ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ ｄｅｆｉｃｉｅｎｔ）対立遺伝子を有し得、切断されたｓｅｃ７１が最も好ましい。あるいは、これらの遺伝子の正常な作用を干渉するアンタゴニスト（アンチセンスヌクレオチドおよび／またはリガンドを含む）、この翻訳後経路に関連する他のタンパク質（例えば、ＳＥＣ６１ｐ、ＳＥＣ７２ｐ、ＳＥＣ６２ｐ、ＳＥＣ６３ｐ、ＴＤＪ１ｐまたはＳＳＡ１ｐ−４ｐ）またはこれらのタンパク質の複合体形成もまた、好ましくは、アミラーゼを発現する酵母と組み合わせて使用され得る。
形質転換は、Ｇｉｅｔｚら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．，２０：１４２５（１９９２）によって概説されているプロトコルに基づいて行われた。次いで、形質転換された細胞を寒天からＹＥＰＤ複合培地ブロス（１００ｍｌ）に接種し、３０Ｃで一晩生育した。ＹＥＰＤブロスを、Ｋａｉｓｅｒら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｙｅａｓｔ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，ｐ．２０７（１９９４）に記載されているように調製した。次いで、一晩培養したものを、新鮮ＹＥＰＤブロス（５００ｍｌ）に約２×１０６細胞／ｍｌ（およそＯＤ６００＝０．１）に希釈し、１×１０７細胞／ｍｌ（およそＯＤ６００＝０．４〜０．５）まで再び生育した。
次いで、細胞を回収し、形質転換に向けて調製し、ＧＳ３ローター瓶に移し、Ｓｏｒｖａｌ ＧＳ３ローターにて５，０００ｒｐｍで５分間、遠心分離し、上清を廃棄し、次いで、滅菌水に再懸濁し、Ｂｅｃｋｍａｎ ＧＳ−６ＫＲ遠心機において、５０ｍｌファルコンチューブにて３，５００ｒｐｍで再度遠心分離した。その上清を廃棄し、続いて細胞をＬｉＡｃ／ＴＥ（１０ｍｌ，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ，１ｍＭ ＥＤＴＡ ｐＨ７．５，１００ｍＭ Ｌｉ２ＯＯＣＣＨ３）で洗浄し、ＬｉＡｃ／ＴＥ（２．５ｍｌ）に再懸濁した。
微量遠心チューブ内で、調製した細胞（１００μｌ）と、新たに変性された一本鎖サケ精巣ＤＮＡ（Ｌｏｆｓｔｒａｎｄ Ｌａｂｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）と形質転換ＤＮＡ（１μｇ、１０μｌ未満の体積）とを混合することによって形質転換を起こした。混合物をボルテックスにより手短に混合し、次いで、４０％ＰＥＧ／ＴＥ（６００μｌ，４０％ポリエチレングリコール−４０００，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ，１ｍＭ ＥＤＴＡ，１００ｍＭ Ｌｉ２ＯＯＣＣＨ３，ｐＨ７．５）を加えた。この混合物を穏やかに混合し、３０分間、撹拌しながら３０℃でインキュベートした。次いで、細胞を１５分間、４２℃の熱ショックにかけ、反応容器を１２，０００ｒｐｍで５〜１０秒間微量遠心し、デカントし、そしてＴＥ（５００μｌ，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ，１ｍＭ ＥＤＴＡ ｐＨ７．５）に再懸濁した後、再度遠心分離した。次いで、細胞をＴＥ（１ｍｌ）に希釈し、アリコート（２００μｌ）を、１５０ｍｍ増殖プレート（ＶＷＲ）に予め調製された選択培地に播いた。
あるいは、多数の少量反応の代わりに、形質転換を、単一の大規模反応を使用して実施し、ここで試薬の量は、それに合うようにスケールアップした。
使用した選択培地は、Ｋａｉｓｅｒら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｙｅａｓｔ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，ｐ．２０８−２１０（１９９４）に記載されているように調製されたウラシルを欠く合成完全デキストロース寒天（ＳＣＤ−Ｕｒａ）であった。形質転換体を、３０Ｃにて２〜３日間生育した。
アミラーゼを分泌するコロニーの検出を、選択増殖培地中に赤デンプン（ｒｅｄ ｓｔａｒｃｈ）を含ませることによって行った。Ｂｉｅｌｙら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１７２：１７６−１７９（１９８８）によって報告されている手順により、デンプンを赤色色素（Ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｒｅｄ−１２０，Ｓｉｇｍａ）に結合させた。結合したデンプンを、最終濃度０．１５％（ｗ／ｖ）でＳＣＤ−Ｕｒａ寒天プレートに取り込ませ、リン酸カリウムを用いてｐＨ７．０（５０〜１００ｍＭの最終濃度）まで緩衝した。
十分に分離し、同定可能な単一のコロニーを得るために、陽性のコロニーを拾い、新鮮選択培地（１５０ｍｍプレート上）に画線した。アミラーゼ分泌が陽性の十分に分離した単一のコロニーを、緩衝ＳＣＤ−Ｕｒａ寒天に赤デンプンを直接取り込むことによって検出した。陽性のコロニーを、デンプンを分解して、陽性のコロニーの周辺に直接可視化されるクリアなハローを生じる能力によって判定した。
４．ＰＣＲ増幅によるＤＮＡの単離
陽性のコロニーを単離したら、その一部をつま楊枝で拾い、９６ウェルプレート内の滅菌水（３０μｌ）に希釈した。このとき、陽性のコロニーを、凍結して次の解析のために保存するか、またはすぐに増幅した。細胞のアリコート（５μｌ）を、２５μｌ容量中、以下：０．５μｌのＫｌｅｎｔａｑ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）；４．０μｌの１０ｍＭ ｄＮＴＰ’ｓ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ−Ｃｅｔｕｓ）；２．５μｌのＫｅｎｔａｑ緩衝液（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）；０．２５μｌの順方向オリゴ１；０．２５μｌの逆方向オリゴ２；１２．５μｌの蒸留水を含むＰＣＲ反応用の鋳型として使用した。順方向オリゴヌクレオチド１の配列は：
５’−ＴＧＴＡＡＡＡＣＧＡＣＧＧＣＣＡＧＴＴＡＡＡＴＡＧＡＣＣＴＧＣＡＡＴＴＡＴＴＡＡＴＣＴ−３’（配列番号：９７）
逆方向オリゴヌクレオチド２の配列は：
５’−ＣＡＧＧＡＡＡＣＡＧＣＴＡＴＧＡＣＣＡＣＣＴＧＣＡＣＡＣＣＴＧＣＡＡＡＴＣＣＡＴＴ−３’（配列番号：９８）
であった。
次いで、ＰＣＲを以下のとおりに行った：
ａ．変性 ９２℃、５分
ｂ．変性 ９２℃、３０秒
アニーリング ５９℃、３０秒
伸長 ７２℃、６０秒を３サイクル
ｃ．変性 ９２℃、３０秒
アニーリング ５７℃、３０秒
伸長 ７２℃、６０秒を３サイクル
ｄ．変性 ９２℃、３０秒
アニーリング ５５℃、３０秒
伸長 ７２℃、６０秒を２５サイクル
ｅ．４℃保持
上で開示したオリゴヌクレオチドの下線を引いた領域を、それぞれ、ＡＤＨプロモーター領域およびアミラーゼ領域にアニーリングさせ、挿入断片が存在しないとき、ベクターｐＳＳＴ−ＡＭＹ．０から３０７ｂｐの領域を増幅した。代表的には、これらのオリゴヌクレオチドの５’末端の最初の１８ヌクレオチドは、配列決定プライマー用のアニーリング部位を含んでいた。したがって、任意の空のベクターからのＰＣＲ反応の総産物は、３４３ｂｐであった。しかしながら、シグナル配列融合ｃＤＮＡは、それよりかなり長いヌクレオチド配列を生じた。
ＰＣＲの後、反応物のアリコート（５μｌ）を、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出に記載されているようなＴｒｉｓ−ホウ酸塩−ＥＤＴＡ（ＴＢＥ）緩衝液系を使用した１％アガロースゲルのアガロースゲル電気泳動にかけた。４００ｂｐより長い単一の強力なＰＣＲ産物を生じたクローンを、９６Ｑｉａｑｕｉｃｋ ＰＣＲ精製カラム（Ｑｉａｇｅｎ Ｉｎｃ．，Ｃｈａｔｓｗｏｒｔｈ，ＣＡ）で精製後、ＤＮＡ配列決定によってさらに解析した。
５．完全長クローンの同定
上のスクリーニングにおいて単離されたｃＤＮＡ配列を本明細書中でＤＮＡ６５８３６と命名する。次いで、プローブをＤＮＡ６５８３６分子の配列から作製し、それを用いて、上のパラグラフ１に記載したようにヒト精巣ライブラリーをスクリーニングした。クローニングベクターはｐＲＫ５Ｂ（ｐＲＫ５Ｂは、ＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５３：１２７８−１２８０（１９９１）を参照のこと）であり、ｃＤＮＡサイズ排除は２８００ｂｐ未満であった。１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ１６０８９についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドプローブを合成した。順方向および逆方向ＰＣＲプライマーは、一般に２０〜３０ヌクレオチドの範囲であり、約１００〜１０００ｂｐ長のＰＣＲ産物が得られるように設計されることが多い。プローブ配列は、代表的には４０〜５５ｂｐ長である。完全長クローンについていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，前出のように、ＰＣＲプライマー対を用いてＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。次いで、陽性のライブラリーを使用し、プローブオリゴヌクレオチドおよびプライマー対の一方を使用して、目的の遺伝子をコードするクローンを単離した。
使用したオリゴヌクレオチドプローブは以下のようなものであった：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＡＴＣＣＡＧＣＴＣＣＡＴＣＴＣＣＣＡＴＴＴＧＧ−３’（配列番号：１７４）
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＴＧＣＡＧＴＣＣＴＴＴＣＴＡＣＴＧＴＴＡＧＣＣＣＡＧＧ −３’（配列番号：１７５）
ハイブリダイゼーションプローブ：５’−ＧＴＣＡＴＧＣＴＧＣＴＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＴＡＡＣＴＣＴＴＴＧＣＣＴＧＡＴＧＴＴ−３’（配列番号：１７６）。
ヌクレオチド１３４−１３６位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド８３０−８３２位の終止シグナルを有する単一のオープンリーディングフレームを含む完全長クローンを同定した（図８１；配列番号８１）。予測されるポリペプチド前駆体は、２３２アミノ酸長であり、その算出分子量は、約２６７５４ダルトン、推定ｐＩは、約５．８である。図８２に示される完全長ＰＲＯ１６０８９配列（配列番号８２）の解析により、図８２に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられる位置は、上記のようにおよその位置である。クローンＤＮＡ１５０１６３−２８４２は、２０００年３月２１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１５３３が割り当てられている。
図８２に示す完全長配列（配列番号８２）のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント解析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１６０８９アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｐ＿Ｙ０２２８３、Ｐ＿Ｗ４０２１５、Ｐ＿Ｙ０５３１７、Ｐ＿Ｙ３１６２２、Ｐ＿Ｙ２４１５１、ＡＢ０１０７１０＿１、Ｐ＿Ｒ９９５８８、ＮＫＧＤ＿ＨＵＭＡＮ、Ｐ＿Ｗ７３８８９およびＡＢ００９５９７＿１との配列同一性が明らかになった。
実施例４１：ヒトＰＲＯ１９５６３ポリペプチド［ＵＮＱ５７８５］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、企業のシグナル配列探索アルゴリズムをＥＳＴに適用することによってＤＮＡ９６８６１−２８４４を同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または企業データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。そのシグナル配列アルゴリズムは、目的の配列または配列フラグメントの５’−末端の１番目および必要に応じて２番目のメチオニンコドン（ＡＴＧ）周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後のヌクレオチドは、いかなる終止コドンも有しない少なくとも３５個の明確なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。
上記のシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、ＩｎｃｙｔｅデータベースからＥＳＴ配列が同定でき、それを本明細書中で５３０６１２Ｈ１と命名する。次いで、そのＥＳＴクラスター配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較することにより、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ７９８５９と命名する。
ＤＮＡ７９８５９配列とＩｎｃｙｔｅデータベース由来のクローン番号５３０６１２Ｈ１内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、クローン番号５３０６１２Ｈ１を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。このｃＤＮＡ挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが本明細書中で見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図８３に示し、そしてそれを、本明細書中でＤＮＡ９６８６１−２８４４と命名する。
クローンＤＮＡ９６８６１−２８４４は、ヌクレオチド８３−８５位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド９８３−９８５位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図８３；配列番号８３）。予測されるポリペプチド前駆体は、３００アミノ酸長である（図８４；配列番号８４）。図８４に示される完全長ＰＲＯ１９５６３タンパク質は、推定分子量が約３３６４ダルトン、ｐＩが約９．２６である。図８４に示される完全長ＰＲＯ１９５６３配列（配列番号８４）の解析により、図８４に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられる位置は、上記のようにおよその位置である。クローンＤＮＡ９６８６１−２８４４は、２０００年３月２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１４３６が割り当てられている。
図８４に示される完全長配列（配列番号８４）のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント解析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１９５６３アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＮＭ＿０００２９７＿１との配列同一性が明らかになった。
実施例４２：ヒトＰＲＯ１９６７５ポリペプチド［ＵＮＱ５８３５］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、企業のシグナル配列探索アルゴリズムをＥＳＴに適用することによってＤＮＡ１３１６５８−２８７５を同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または企業データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。そのシグナル配列アルゴリズムは、目的の配列または配列フラグメントの５’−末端の１番目および必要に応じて２番目のメチオニンコドン（ＡＴＧ）周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後のヌクレオチドは、いかなる終止コドンも有しない少なくとも３５個の明確なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。
上記のシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、ＩｎｃｙｔｅデータベースからＥＳＴ配列が同定でき、それを本明細書中で１９８１９０．２と命名する。次いで、そのＥＳＴクラスター配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較することにより、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ１２８３６３と命名する。
ＤＮＡ１２８３６３配列とＭｅｒｃｋ ｅｓｔデータベース由来のクローン番号ＡＩ３０１４０３内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、クローン番号ＡＩ３０１４０３を購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。このｃＤＮＡ挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが本明細書中で見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図８５に示し、そしてそれを、本明細書中でＤＮＡ１３１６５８−２８７５と命名する。
クローンＤＮＡ１３１６５８−２８７５は、ヌクレオチド１２８−１３０位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド６２０−６２２位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図８５；配列番号８５）。予測されるポリペプチド前駆体は、１６４アミノ酸長である（図８６；配列番号８６）。図８６に示される完全長ＰＲＯ１９６７５タンパク質は、推定分子量が約１８，９０３ダルトン、ｐＩが約１１．０８である。図８６に示される完全長ＰＲＯ１９６７５配列（配列番号８６）の解析により、図８６に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられる位置は、上記のようにおよその位置である。クローンＤＮＡ１３１６５８−２８７５は、２０００年４月１１日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１６７１が割り当てられている。
図８６に示される完全長配列（配列番号８６）のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント解析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ１９６７５アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：Ｔ３３９２８との配列同一性が明らかになった。
実施例４３：ヒトＰＲＯ２００８４ポリペプチド［ＵＮＱ６１２４］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサス配列を、上の実施例１に記載したように種々のＥＳＴ配列に対して得て、その得られたコンセンサス配列を本明細書中でＤＮＡ１６７１９４と命名する。２つの企業Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ ＥＳＴ配列をコンセンサス構築に使用した。そのＤＮＡ１６７１９４コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）ＰＲＯ２００８４についての完全長コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
一対のＰＣＲプライマー（順方向および逆方向）を合成した：
順方向ＰＣＲプライマー：５’−ＧＣＡＣＣＣＴＡＴＣＣＣＴＧＧＡＣＴＧＴＡＡＣＴＴＡＣＴＧＡＡ−３’（配列番号：１７７）；
逆方向ＰＣＲプライマー：５’−ＣＡＧＣＡＡＴＧＡＡＴＡＴＡＣＣＣＡＴＡＡＧＧＡＴＣＴＣＡＡＧＣ−３’（配列番号：１７８）。
さらに、合成オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを、以下のヌクレオチド配列を有するコンセンサスＤＮＡ１６７１９４配列から構築した：
ハイブリダイゼーションプローブ
５’−ＡＴＧＡＧＡＴＧＡＡＡＣＣＣＴＣＡＧＡＡＧＣＣＡＧＧＧＴＣＣＣＣＣＡＧＣＴＧＡＧＣ−３’（配列番号：１７９）。
完全長クローンの起源についていくつかのライブラリーをスクリーニングするために、そのライブラリー由来のＤＮＡを、上で同定されたＰＣＲプライマー対を用いたＰＣＲ増幅によってスクリーニングした。
上記のようにして単離されたクローンのＤＮＡ配列決定により、ＰＲＯ２００８４に対する完全長ＤＮＡ配列［本明細書中でＵＮＱ６１２４（ＤＮＡ１６８０６１−２８９７）と命名］（配列番号８７）およびＰＲＯ２００８４に対する誘導タンパク質配列が得られた。
ＵＮＱ６１２４（ＤＮＡ１６８０６１−２８９７）のヌクレオチド配列全体を図８７に示す（配列番号８７）。クローンＵＮＱ６１２４（ＤＮＡ１６８０６１−２８９７）は、
は、ヌクレオチド２−４位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド６２３−６２５位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図８７）。予測されるポリペプチド前駆体は、２０７アミノ酸長である（図８８；配列番号８８）。図８８に示される完全長ＰＲＯ２００８４タンパク質は、推定分子量が約２５２１９ダルトン、ｐＩが約８．３６である。クローンＵＮＱ６１２４（ＤＮＡ１６８０６１−２８９７）は、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−１６００として２０００年３月３０日にＡＴＣＣに寄託されている。その配列に関して、寄託されたクローンは、正確な配列を含み、本明細書に提供される配列は、公知の配列決定技術に基づくものであることを理解されたい。
図８８に示される完全長配列（配列番号８８）のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント解析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）を用いた完全長ＰＲＯ２００８４ポリペプチドのアミノ酸配列の解析により、ＰＲＯ２００８４アミノ酸配列と以下のＤａｙｈｏｆｆ配列：ＩＮＴ１＿ＢＯＶＩＮとの配列同一性が明らかになった。
実施例４４：ヒトＰＲＯ２１４３４ポリペプチド［ＵＮＱ６５０９］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．（Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）によって開発された、企業のシグナル配列探索アルゴリズムをＥＳＴに適用することによってＤＮＡ１４７２５３−２９８３を同定するだけでなく、クラスター化し、公的データベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および／または企業データベース（ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）からＥＳＴフラグメントを構築した。そのシグナル配列アルゴリズムは、目的の配列または配列フラグメントの５’−末端の１番目および必要に応じて２番目のメチオニンコドン（ＡＴＧ）周辺のＤＮＡヌクレオチドの特徴に基づいて分泌シグナルスコアを計算する。１番目のＡＴＧの後のヌクレオチドは、いかなる終止コドンも有しない少なくとも３５個の明確なアミノ酸をコードしなければならない。１番目のＡＴＧが必要なアミノ酸を有する場合、２番目のＡＴＧは、試験されない。どちらもが必要条件を満たさない場合、候補配列は、スコア付けされない。ＥＳＴ配列が確実なシグナル配列を含むか否かを判定するために、ＡＴＧコドンの周辺のＤＮＡ配列および対応するアミノ酸配列を、分泌シグナルに関連することが知られている７つのセンサー（評価パラメータ）のセットを使用してスコア付けする。
上記のシグナル配列アルゴリズムを使用することにより、ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標）（Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）データベースからＥＳＴ配列が同定でき、それを本明細書中で２２１６４９．１と命名する。次いで、そのＥＳＴ配列を、公的ＥＳＴデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ）および企業のＥＳＴ ＤＮＡデータベース（Ｍｅｒｃｋ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ；ＬＩＦＥＳＥＱ（登録商標），Ｉｎｃｙｔｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を含む種々の発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースと比較することにより、存在する相同性を同定した。相同性検索を、コンピュータプログラムＢＬＡＳＴまたはＢＬＡＳＴ２（Ａｌｔｓｈｕｌら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０（１９９６））を使用して行った。既知のタンパク質をコードしなかった、ＢＬＡＳＴスコアが７０（またはいくつかの場合においては９０）またはそれ以上であった比較結果を、クラスター化し、そしてプログラム「ｐｈｒａｐ」（Ｐｈｉｌ Ｇｒｅｅｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｓｅａｔｔｌｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いてコンセンサスＤＮＡ配列を構築した。そこから得られたコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ１３０７７４と命名する。
ＤＮＡ１３０７７４配列とＭｅｒｃｋデータベース由来のクローン番号ＡＩ７４１１５７内に包含されるＥＳＴ配列との間で観察された配列相同性に鑑みて、クローン番号ＡＩ７４１１５７をＭｅｒｃｋから購入し、そのｃＤＮＡ挿入断片を得て、配列決定した。このｃＤＮＡ挿入断片が、完全長タンパク質をコードしていることが本明細書中で見出された。このｃＤＮＡ挿入断片の配列を図８９に示し、そしてそれを、本明細書中でＤＮＡ１４７２５３−２９８３と命名する。
クローンＤＮＡ１４７２５３−２９８３は、ヌクレオチド４７−４９位の明らかな翻訳開始部位を有し、ヌクレオチド７２５−７２７位の終止コドンで終結する単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図８９；配列番号８９）。予測されるポリペプチド前駆体は、２２６アミノ酸長である（図９０；配列番号９０）。図９０に示される完全長ＰＲＯ２１４３４タンパク質は、推定分子量が約２４５４０ダルトン、ｐＩが約８．２７である。図９０に示される完全長ＰＲＯ２１４３４配列（配列番号９０）の解析により、図９０に示されるような種々の重要なポリペプチドドメインの存在が明らかになり、ここで、それらの重要なポリペプチドドメインに与えられる位置は、上記のようにおよその位置である。クローンＤＮＡ１４７２５３−２９８３は、２０００年８月２２日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＰＴＡ−２４０５が割り当てられている。
図９０に示される完全長配列（配列番号９０）のＡＬＩＧＮ−２配列アラインメント解析を用いたＤａｙｈｏｆｆデータベース（バージョン３５．４５ ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ３５）の解析により、ＰＲＯ２１４３４アミノ酸配列は、いずれのＤａｙｈｏｆｆ配列とも有意な配列同一性を有しないことが明らかになった。
実施例４５：ヒトＰＲＯ３４６ポリペプチド［ＵＮＱ３０５］をコードするｃＤＮＡクローンの単離
コンセンサスＤＮＡ配列を、上の実施例１に記載したようにｐｈｒａｐを使用して同定した。詳細には、このコンセンサス配列を、本明細書中でＤＮＡ３８２４０と命名する。ＤＮＡ３８２４０コンセンサス配列に基づいて、１）目的の配列を含むｃＤＮＡライブラリーをＰＣＲによって同定するため、および２）完全長ＰＲＯ３４６コード配列のクローンを単離するためのプローブとして使用するためにオリゴヌクレオチドを合成した。
ｃＤＮＡライブラリーを構築するためのＲＮＡをヒト胎児肝臓から単離した。ｃＤＮＡクローンを単離するために使用したｃＤＮＡライブラリーは、市販の試薬（例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ；Ｃｌｏｎｔｅｃｈなど）を使用して標準的な方法によって構築した。ｃＤＮＡを、ＮｏｔＩ部位を含むオリゴｄＴをプライマーとして増幅し、ＳａｌＩヘミキナーゼ化アダプターに平滑末端で連結し、ＮｏｔＩで切断し、ゲル電気泳動によって適切にサイズ分離し、適当なクローニングベクター（例えば、ｐＲＫＢまたはｐＲＫＤ；ｐＲＫ５Ｂは、ＳｆｉＩ部位を含まないｐＲＫ５Ｄの前駆体である；Ｈｏｌｍｅｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５３：１２７８−１２８０（１９９１）を参照のこと）に所定の方向で独特のＸｈｏＩ部位およびＮｏｔＩ部位においてクローニングした。
ｃＤＮＡクローンを全体にわたって配列決定した。ＤＮＡ４４１６７−１２４３のヌクレオチド配列全体を図９５に示す（配列番号９５）。クローンＤＮＡ４４１６７−１２４３は、ヌクレオチド６４−６６位の明らかな翻訳開始部位を含む単一のオープンリーディングフレームを含んでいる（図９５；配列番号９５）。予測されるポリペプチド前駆体は、４５０アミノ酸長である（図９６；配列番号９６）。クローンＤＮＡ４４１６７−１２４３は、１９９７年１１月７日にＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣ寄託番号ＡＴＣＣ２０９４３４が割り当てられている（ＤＮＡ４４１６７−１２４３と命名）。
完全長配列のＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２およびＦａｓｔＡ配列アラインメント解析（ＡＬＩＧＮコンピュータプログラムを用いる）に基づいて、ＰＲＯ３４６は、癌胎児性抗原とのアミノ酸配列同一性が示された（２８％）。
上記手順において使用されるオリゴヌクレオチド配列は、以下であった：
ＯＬＩ２６９１（３８２４０．ｆ１）
５’−ＧＡＴＣＣＴＧＴＣＡＣＡＡＡＧＣＣＡＧＴＧＧＴＧＣ−３’（配列番号：１８０）
ＯＬＩ２６９３（３８２４０．ｒ１）
５’−ＣＡＣＴＧＡＣＡＧＧＧＴＴＣＣＴＣＡＣＣＣＡＧＧ−３’（配列番号：１８１）
ＯＬＩ２６９２（３８２４０．ｐ１）
５’−ＣＴＣＣＣＴＣＴＧＧＧＣＴＧＴＧＧＡＧＴＡＴＧＴＧＧＧＧＡＡＣＡＴＧＡＣＣＣＴＧＡＣＡＴＧ−３’（配列番号：１８２）。
実施例４６：ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの役割を調査するため、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子における破壊を、相同組換えまたはレトロウイルス挿入技術によって作出した。具体的には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６遺伝子に破壊を含むトランスジェニックマウス（すなわち、ノックアウトマウス）を、遺伝子ターゲティングまたは遺伝子トラッピングのいずれかによって作出した。サザンブロット解析により変異を確認することにより、５’末端と３’末端の両方における正確なターゲティングを確認した。挿入部位に隣接するエクソンにアニーリングするプライマーを使用したＲＴ−ＰＣＲによって裏付けられるように、遺伝子特異的なジェノタイピングをゲノムＰＣＲによって行うことにより、内在性の天然の転写物が失われていることが確認された。ターゲティングベクターを１２９系統のＥＳ細胞に電気穿孔し、標的クローンを同定した。標的クローンを宿主胚盤胞に微量注入することにより、キメラを作製した。キメラをＣ５７動物と交雑し、Ｆ１ヘテロ接合体を作製した。ヘテロ接合体を交雑受精することにより、Ｆ２野生型、ヘテロ接合体およびホモ接合体コホートを作製し、表現型解析に使用した。まれに、Ｆ１ヘテロ接合体が十分に作製されない場合に、そのＦ１へテロ接合体を野生型Ｃ５７マウスと交雑することにより、十分なヘテロ接合体を得て、表現型の解析用のコホートと交雑させた。すべての表現型解析を生後１２〜１６週から実施した。
表現型結果の全体的な概要：
４６．１．ＤＮＡ３０８６７−１３３５（ＵＮＱ１９２）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ２１８ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ３０８６７−１３３５と命名）（ＵＮＱ１９２）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報は、以下のとおりである：変異されたマウス遺伝子は、次のものに対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２６２２９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２６２２９ ＮＩＤ：ｇｉ２１３１２９１３ ｒｅｆ ＮＭ＿０２６２２９．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ４９３３４１２Ｄ１９遺伝子（４９３３４１２Ｄ１９Ｒｉｋ）；参照タンパク質：Ｑ９Ｄ４５５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｄ４５５ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．４９３３４１２Ｄ１９Ｒｉｋタンパク質（ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ４９３３４１２Ｄ１９遺伝子）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０１６３３４ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ Ｇタンパク質共役レセプター８９（ＧＰＲ８９）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９Ｙ３０２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｙ３０２ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ＣＧＩ−１３タンパク質（推定Ｇタンパク質共役レセプター）（推定ＮＦｋＢ活性化タンパク質）（推定ＭＡＰＫ活性化タンパク質）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＧＰＲ８９のオルソログであるＧｐｒ８９（Ｇタンパク質共役レセプター８９）である。別名としては、４９３３４１２Ｄ１９Ｒｉｋ、ＳＨ１２０およびＡＬ８４４５４９．１が挙げられる。
ＧＰＲ８９は、シグナル伝達レセプターとして機能し得る推定内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、９回膜貫通セグメントを含み、核因子−カッパＢおよびマイトジェン活性化タンパク質キナーゼのシグナル伝達に関与するとみられる（Ｍａｔｓｕｄａら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ：２２：３３０７−１８（２００３）；Ｌａｉら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１０：７０３−１３（２０００）；Ｚｈａｎｇら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．：１０：１５４６−６０（２０００））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２１ ４２ ０ ６３
予測値 １５．７５ ３１．５ １５．７５ ６３
カイ二乗値＝３９．４２ 有意性＝ ２．７５４５８４８Ｅ−９［ｈｏｍ／ｎ］＝０．０ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン２および３をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２６２２９．１）。
ＷＴパネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ３０８６７−１３３５（ＵＮＱ１９２）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトＧタンパク質共役レセプター８９（ＧＰＲ８９）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）変異体の致死性がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
致死性の胚の発達異常に関連する考察：
ノックアウトマウスにおける胚性致死は、通常、種々の重篤な発生上の問題（神経変性疾患、血管障害、炎症性疾患が挙げられるが、これらに限定されない）によって生じるか、または遺伝子／タンパク質が多くの細胞型において基礎的な細胞シグナル伝達プロセスで重要な役割を果たす場合に生じる。さらに、胚性致死は、潜在的な癌モデルとして有用である。同様に、対応するヘテロ接合性（＋／−）変異動物は、これらがノックアウトされた遺伝子の機能に関する非常に有益なてがかりを明らかにする表現型および／または病理学報告を示す場合に特に有用である。例えば、ＥＰＯノックアウト動物は胚致死性を示したが、胚に関する病理学報告は、ＲＢＣの著しい欠如を示した。
（ｂ）病理学
顕微鏡的：胚致死性のために、顕微鏡解析を行わなかった。第１２．５日に、４２の胚を観察した：１７個の（−／−）胚、８個の（＋／＋）胚、１７個の（＋／＋）再吸収モル（ｒｅｓｏｒｐｔｉｏｎ ｍｏｌｅ）。従って、致死性は、着床後に生じるものである。
遺伝子発現：ＬａｃＺ活性は、免疫組織化学によって組織パネルにおいて検出されなかった。
４６．２．ＤＮＡ３３０９２−１２０２（ＵＮＱ２０２）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ２２８ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ３３０９２−１２０２と命名）（ＵＮＱ２０２）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報は、以下のとおりである：変異されたマウス遺伝子は、次のものに対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１３３２２２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿１３３２２２ ＮＩＤ：ｇｉ１８８７５３７７ ｒｅｆ ＮＭ＿１３３２２２．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＥＴＬ１（ＥＴＬ１）；参照タンパク質：Ｑ９２３Ｘ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９２３Ｘ１ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ＥＴＬ１；参照ヒト遺伝子配列：ＸＭ＿３７１２６２予測型：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ＥＧＦ、ラトロフィリンおよび７回膜貫通ドメイン含有１（ＥＬＴＤ１）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：ＸＰ＿３７１２６２予測型：ＥＧＦ、ラトロフィリンおよび７回膜貫通ドメイン含有１［Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ］。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＥＬＴＤ１（ＥＧＦ、ラトロフィリンおよび７回膜貫通ドメイン含有１）のオルソログであるＥｌｔｄ１（ＥＧＦ、ラトロフィリン７回膜貫通ドメイン含有１）である。別名としては、Ｅｔｌ、ＥＴＬ１およびＫＰＧ＿００３が挙げられる。
ＥＬＴＤ１は、７回膜貫通セグメントに非共有結合した大きな細胞外のＮ末端のセグメントを含有するセクレチンファミリーのＧタンパク質共役レセプターである。ＥＬＴＤ１は、心筋細胞、血管平滑筋細胞、気管支平滑筋細胞、腎臓、脳および肝臓において発現する。ＥＬＴＤ１は、発生に関与し得る（Ｔｅｒｓｋｉｋｈら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．：９８：７９３４−９（２００１）；Ｎｅｃｈｉｐｏｒｕｋら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．：２７６：４１５０−７（２００１））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １８ ３３ １３ ６４
予測値 １６ ３２ １６ ６４
カイ二乗値＝０．８３ 有意性＝０．６６０３４０３［ｈｏｍ／ｎ］＝０．２５ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン４〜６をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１３３２２２．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ３３０９２−１２０２（ＵＮＱ２０２）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトＥＧＦ、ラトロフィリンおよび７回膜貫通ドメイン含有１（ＥＬＴＤ１）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、除脂肪体重、骨塩量および骨塩密度の測定値の減少を示す変異（−／−）マウスがもたらされた。変異（−／−）マウスは、耐糖能障害も示し、雄と雌の両方の（−／−）マウスにおいて血清グルコースレベルが上昇した。ホモ接合性マウスでは、男性不妊症も観察された。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
結果：
ＤＥＸＡ：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均除脂肪体重、骨塩量および椎骨の骨塩密度の測定値の減少を示した。
生殖能力：雄（−／−）マウスは、交配の４０日後に３匹の子孫をもうけた。
ＤＥＸＡによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨測定値の減少および骨量の測定値の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。さらに、平均除脂肪体重の減少は、成長遅延に関連する代謝障害および組織るいそう障害を示唆する。その負の骨表現型は、ＰＲＯ２２８ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ２２８ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ２２８ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｃ）血液化学／耐糖能
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、インスリン感度およびグルコース代謝の変化を測定する耐糖能試験を含む。異常な耐糖能試験結果は、以下の障害または状態：１型糖尿病および２型糖尿病、シンドロームＸ、様々な循環器疾患および／または肥満症を示唆し得るが、これらに限定されない。
手順：２匹の野生型および４匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイに使用した。耐糖能試験は、哺乳動物における損傷したグルコースホメオスタシスを定義するための標準的な試験である。Ｌｉｆｅｓｃａｎ血糖測定器を使用して耐糖能試験を行った。２０％溶液として送達される２ｇ／ｋｇのＤ−グルコースを動物にＩＰ注射し、血糖値を注射の０、３０、６０および９０分後に測定した。
結果：
経口耐糖能：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、耐糖能障害を示した。このことと一致して、血糖値の上昇は、雄と雌の両方のホモ接合性マウスにおいて見られた。
これらの研究において、変異型（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、試験した３回すべてで、正常な空腹時グルコースの存在下、耐糖能の低下または障害を示した。このように、ノックアウト変異マウスは、グルコースホメオスタシス障害の表現型パターンを示し、それゆえ、ＰＲＯ２２８ポリペプチド（またはそのアゴニスト）またはそのコード遺伝子は、グルコースホメオスタシス障害および／または糖尿病を含む様々な循環器疾患に関連した状態の処置に有用であり得る。
４６．３．ＤＮＡ３９４２３−１１８２（ＵＮＱ２３８）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ２７１ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ３９４２３−１１８２と命名）（ＵＮＱ２３８）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報は、以下のとおりである：変異されたマウス遺伝子は、次のものに対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１７８２５５ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓヒアルロナンおよびプロテオグリカンリンクタンパク質３（Ｈａｐｌｎ３−未決定）；参照タンパク質：Ｑ８０ＷＭ５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８０ＷＭ５ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ヒアルロナンおよびプロテオグリカンリンクタンパク質３；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１７８２３２ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓヒアルロナンおよびプロテオグリカンリンクタンパク質３（ＨＡＰＬＮ３）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９６Ｓ８６ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９６Ｓ８６ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．プロテオグリカンリンクタンパク質。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＨＡＰＬＮ３のオルソログであるＨａｐｌｎ３（ヒアルロナンおよびプロテオグリカンリンクタンパク質３）である。別名としては、Ｌｐｒ３、４９３０５５４Ｎ１１ＲｉｋおよびＨｓＴ１９８８３が挙げられる。
ＨＡＰＬＮ３は、細胞外マトリックスの成分として機能する分泌タンパク質である。このタンパク質は、シグナルペプチド、免疫グロブリン様ドメインおよび２つのリンクドメインを含み、ヒアルロナンと結合する。ＨＡＰＬＮ３は、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン（例えば、バーシカン（ＣＳＰＧ２））と細胞外マトリックスのヒアルロン酸との相互作用を安定化し得る（Ｓｐｉｃｅｒら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．：２７８：２１０８３−９１（２００３）；Ｏｇａｗａら、Ｍａｔｒｉｘ Ｂｉｏｌ：２３：２８７−９８（２００４）；Ｓｈｉら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７９：１２０６０−６（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １３ ３５ ２２ ７０
予測値 １７．５ ３５ １７．５ ７０
カイ二乗値＝１．４１ 有意性＝ ０．４９４１０８６（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２６ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、５つのエキソンからなり、エキソン２に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１７８２５５．３）。エキソン２および３をターゲティングした。
ＷＴパネル：野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋および脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ３９４２３−１１８２（ＵＮＱ２３８）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトヒアルロナンおよびプロテオグリカンリンクタンパク質３（ＨＡＰＬＮ３）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、骨関連測定値の減少を示す変異（−／−）マウスがもたらされた。ＧｅｎｅＬｏｇｉｃ解析により、ＵＮＱ２３８がＴ細胞の活性化ならびにＮＫ細胞および樹状細胞の活性化において誘導されることが示された。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、４匹の野生型マウスおよび８匹のヘテロ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウェアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、骨塩量（ＢＭＣ）ならびに全身および椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均断面積の減少を示した。
Ｄｅｘａおよび骨マイクロＣＴ解析によって解析された（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、異常な骨障害を示唆する、骨の測定値の減少を示した。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。その負の骨表現型は、ＰＲＯ２７１ポリペプチドまたはそのアゴニストが、骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ２７１ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ２７１ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｃ）ＧｅｎｅＬｏｇｉｃ解析
ＧｅｎｅＬｏｇｉｃ解析により、ＵＮＱ２３８が、Ｔ細胞の活性化において誘導されることが明らかになった。さらに、ＵＮＱ２３８は、ＮＫ細胞および樹状細胞の活性化において誘導される。
４６．４．ＤＮＡ３９５２３−１１９２（ＵＮＱ２４０）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ２７３ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ３９５２３−１１９２と命名）（ＵＮＱ２４０）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報は、以下のとおりである：変異されたマウス遺伝子は、次のものに対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０１９５６８ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１４（Ｃｘｃｌ１４）；参照タンパク質：Ｑ９ＷＵＱ５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＷＵＱ５ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．低分子量誘導サイトカインＢ１４前駆体（ＣＸＣＬ１４）（ケモカインＢＲＡＫ）（腎臓で発現するケモカインＣＸＣ）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿００４８８７ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１４（ＣＸＣＬ１４）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＢＴＲ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＢＴＲ１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．低分子量誘導サイトカインサブファミリーＢ（ＣＹＳ−Ｘ−ＣＹＳ）、メンバー１４（ＢＲＡＫ）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＣＸＣＬ１４のオルソログであるＣｘｃｌ１４（ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１４）である。別名としては、腎臓で発現するケモカインＣＸＣ；筋ＣＸＣケモカインＭＩＰ−２ガンマ；ＭＧＩ：１８８８５１４；１１１００３１Ｌ２３Ｒｉｋ；１２００００６Ｉ２３Ｒｉｋ；ＢＭＡＣ；ＢＲＡＫ；ＫＳ１；Ｋｅｃ；ＭＩＰ−２ｇ；ＮＪＡＣ；Ｓｃｙｂ１４；ボールカイン（ｂｏｌｅｋｉｎｅ）；乳房および腎臓におけるＣＸＣケモカイン；低分子量誘導サイトカインＢ１４；低分子量誘導サイトカインサブファミリーＢ（Ｃｙｓ−Ｘ−Ｃｙｓ）、メンバー１４（ＢＲＡＫ）；ＨＧＮＣ：１０６４０；およびＭＧＣ１０６８７が挙げられる。
ＣＸＣＬ１４は、シグナル伝達リガンドとして機能し得る分泌タンパク質（サイトカイン）である（Ｈｒｏｍａｓら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ：２５５：７０３−６（１９９９））。その同族レセプターは、未知であるが、ＣＸＣＬ１４は、Ｂ細胞およびマクロファージならびにいくつかのＢ細胞株および単球細胞株と特異的に結合する（Ｓｌｅｅｍａｎら、Ｉｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ：１２：６７７−８９（２０００））。ＣＸＣＬ１４の発現は、遍在性とみられるが、様々な癌においてダウンレギュレートされることが多い（Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋら、Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ．：１５６：１９３７−５０（２０００））。ＣＸＣＬ１４は、インターロイキン８、塩基性線維芽細胞成長因子および血管内皮成長因子をはじめとした様々な多くの因子に応答して血管新生を強力に阻害する。従って、腫瘍でＣＸＣＬ１４が発現されないことから、新生血管形成が可能となり得る（Ｓｈｅｌｌｅｎｂｅｒｇｅｒら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．：６４：８２６２−７０（２００４））。ＣＸＣＬ１４は、単独では、好中球において走化性を誘導し（Ｃａｏら、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．：１６５：２５８８−９５（２０００））、ＣＸＣＬ１４は、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）と組み合わさると、単球において走化性を誘導する（Ｋｕｒｔｈら、Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ：１９４：８５５−６１（２００１））。ＣＸＣＬ１４は、マクロファージの動員および発達に関与し得る（Ｋｕｒｔｈら、 Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ：１９４：８５５−６１（２００１）；Ｃａｏら、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．：１６５：２５８８−９５（２０００））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２０ ２８ １２ ６０
予測値 １５ ３０ １５ ６０
カイ二乗値＝０．８７ 有意性＝０．６４７２６４６６（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２４ 平均同腹仔数＝７
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜３をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０１９５６８．１）。
ＷＴパネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊を、サザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ３９５２３−１１９２（ＵＮＱ２４０）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１４（ＣＸＣＬ１４）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、小さい雄（−／−）マウスがもたらされた。雄ホモ接合性変異マウスは、その性別一致野生型同腹仔よりも小さく、平均体重および平均体長、総組織質量、除脂肪体重、骨塩量（ＢＭＣ）ならびに椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少を示した。雄（−／−）マウスは、マイクロＣＴの骨密度測定値の減少も示した。さらに、変異（−／−）は、ストレス誘発性の高体温応答の増大を伴う不安の増大を示した。（−／−）マウスは、平均血清中ＩｇＡレベルの上昇も示した。ホモ接合体は、中程度の腎臓ネフローゼを示した。ホモ接合体とヘテロ接合体の両方の尿中に亜硝酸塩が存在したが、野生型同腹仔対照の尿中には存在しなかった。標的遺伝子の破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
血清免疫グロブリンアイソタイピングアッセイ：
Ｃｙｔｏｍｅｔｒｉｃ Ｂｅａｄ Ａｒｒａｙ（ＣＢＡ）キットを使用して、血清免疫グロブリンアイソタイピングアッセイを行う。このアッセイを使用して、１つのサンプル中のマウスモノクローナル抗体の重鎖および軽鎖のアイソタイプを迅速に同定する。示される値は、「相対蛍光単位」であり、κ軽鎖の検出に基づく。６未満のいかなる値も有意ではない。
結果：
血清Ｉｍｍ．２：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および当該実行プロジェクト内の（＋／＋）マウスと比較した場合、平均血清ＩｇＡレベルの増加を示した。
変異（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、ＩｇＡ血清免疫グロブリンの上昇を示した。ＩｇＡは、細菌毒素およびウイルスを中和し得る上皮細胞保護体として主に機能する。明らかでない疾患の感受性が選択的ＩｇＡ欠損と関連するが、その感受性は、通常の集団よりも慢性肺疾患を有する人々においてよくあることである。このことは、ＩｇＡの欠損が、様々な病原体による肺感染症に対する素因をもたらし得、そして体表での防御におけるＩｇＡの役割と一致することを示唆する。この場合、ノックアウトマウスについて観察された表現型では、ＩｇＡ血清レベルの上昇がもたらされたことから、ＰＲＯ２７３ポリペプチドのインヒビター（アンタゴニスト）が、これらの免疫学的作用を模倣し得ることが示唆される。
観察された表現型から、ＰＲＯ２７３ポリペプチドが、ＩｇＡの負の制御因子として機能することが示唆される。これらの免疫学的異常は、ＰＲＯ２７３ポリペプチドのアンタゴニスト（インヒビター）が、免疫系を刺激し得る重要な物質であり得ることを示唆する。
（ｃ）骨代謝および全身診断学
（１）組織質量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して総組織質量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示し、その差異は雄マウスの中でより顕著であった。
体長：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均体長の減少を示した。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、野生型マウスおよびホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウェアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総組織質量、除脂肪体重、骨塩量および椎骨の骨塩密度の測定値の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均椎骨骨梁体積、骨梁数、骨梁厚および結合密度の著しい減少ならびに大腿骨中軸の平均皮質厚および平均断面積の減少を示した。
ＰＲＯ２７３ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少ならびに総組織質量および除脂肪体重の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。このように、ＰＲＯ２７３ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ２７３ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
また、ＤＥＸＡおよびマイクロＣＴによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較した場合、異常な骨障害を示唆する、骨測定値の減少およびボディマス測定値の減少を示した。かくして、その（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。また、平均全組織量および除脂肪体重の減少は、成長遅延および組織消耗性障害に関連する代謝障害を示す。その負の骨表現型は、ＰＲＯ２７３ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ２７３ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ２７３ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｄ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験は、不安、活動性レベルおよび探索を計測するためのオープンフィールドを含んだ。
機能観察バッテリー（ＦＯＢ）試験−ストレス誘導過温症：
ＦＯＢは、肉眼的に感覚および運動の欠損を決定するために動物に適用される一連の状況である。肉眼的神経機能を評価するアーウィンの神経学的スクリーニング由来の試験の一部を使用する。一般に、短期間の触覚、嗅覚、および視覚に対する刺激を動物に適用して、その正常に検出および応答する能力を決定する。これらの簡潔な試験は約１０分かかり、試験終了後にマウスをそのホームケージに戻す。
結果：
ストレス誘発性高体温：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、ストレス誘発性高体温に対する感度の増大を示し、このことは、変異体における不安様応答の増大を示唆する。
まとめると、機能観察試験により、軽度から中等度の不安、一般的病状に起因する不安、および／または双極性障害、活動亢進、感覚障害、強迫性障害、分裂病、または偏執性人格に関連し得る不安の増加に関連する表現型が明らかとなった。従って、ＰＲＯ２７３ポリペプチドまたはそのアゴニストは、そのような神経性の障害の処置に有用であり得る。
（ｅ）表現型解析：代謝−血液化学
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。血糖値の測定に加えて、以下の血液化学試験もまた日常的に行う：アルカリホスファターゼ；アラニンアミノ−トランスフェラーゼ；アルブミン；ビリルビン；亜リン酸；クレアチニン；亜硝酸塩；ＢＵＮ＝血中尿素窒素；カルシウム；尿酸；ナトリウム；カリウム；および塩化物。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、インスリン感受性およびグルコース代謝の変化を測定するための耐糖能試験を含む。耐糖能試験の異常な結果は、以下の障害または容態を示し得るが、これらに限定されない：１型および２型糖尿病、症候群Ｘ、種々の心血管疾患、および／または肥満症。
結果：
血液化学：４匹中１匹のヘテロ接合体（＋／−）および８匹中５匹のホモ接合体（−／−）において亜硝酸塩が観察されたのに対し、野生型（＋／＋）同腹仔では、亜硝酸塩は存在しなかった。これらの知見は、変異（−／−）マウスにおいて中程度の水腎症を示した組織学の観察結果と一致する。
４６．５．ＤＮＡ３８２６８−１１８８（ＵＮＱ２５８）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ２９５ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ３８２６８−１１８８と命名）（ＵＮＱ２５８）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０１５８１４ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ｄｉｃｋｋｏｐｆホモログ３（Ｘｅｎｏｐｕｓ ｌａｅｖｉｓ）（Ｄｋｋ３）；参照タンパク質：Ｑ９ＱＵＮ９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＱＵＮ９ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質−３前駆体（Ｄｋｋ−３）（Ｄｉｃｋｋｏｐｆ−３）（ｍＤｋｋ−３）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０１３２５３ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ｄｉｃｋｋｏｐｆホモログ３（Ｘｅｎｏｐｕｓ ｌａｅｖｉｓ）（ＤＫＫ３）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＵＢＰ４ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＵＢＰ４ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質−３前駆体（Ｄｋｋ−３）（Ｄｉｃｋｋｏｐｆ−３）（ｈＤｋｋ−３）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＤＫＫ３のオルソログであるＤｋｋ３（ｄｉｃｋｋｏｐｆホモログ３［Ｘｅｎｏｐｕｓ ｌａｅｖｉｓ］）である。別名としては、ＲＥＩＣ、ＲＩＧ様５−６、ＲＩＧ様７−１、ｄｉｃｋｋｏｐｆ（Ｘｅｎｏｐｕｓ ｌａｅｖｉｓ）ホモログ３およびｄｉｃｋｋｏｐｆホモログ３が挙げられる。
ＤＫＫ３は、モルフォゲンのｄｉｃｋｋｏｐｆ（ＤＫＫ）ファミリーに属する分泌タンパク質である。ＤＫＫファミリーメンバーは、一般に、ＷｎｔレセプターＦｒｉｚｚｌｅｄのコレセプターであるＬＲＰと結合することによってＷｎｔ／ベータ−カテニンシグナル伝達を阻害する。ＤＫＫとＬＲＰとが結合することにより、ＷｎｔとＦｒｉｚｚｌｅｄとの相互作用が拮抗され、下流のシグナル伝達が阻害される。ＤＫＫは、ＬＲＰおよび内在性原形質膜タンパク質であるＫｒｅｍｅｎとも結合することができ、複合体を形成する。この複合体は、内部移行され、細胞表面上のＬＲＰの濃度が低下し、Ｗｎｔシグナル伝達が阻害される。ＤＫＫ３は、ＤＫＫ１、ＤＫＫ２およびＤＫＫ４とは異なり、ＬＲＰまたはＫｒｅｍｅｎと相互作用しないとみられる（ＬｏｇａｎおよびＮｕｓｓｅ，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｃｅｌｌ Ｄｅｖ Ｂｉｏｌ．：２０：７８１−８１０（２００４）；ＭａｏおよびＮｉｅｈｒｓ，Ｇｅｎｅ：３０２：１７９−８３（２００３）が、いくつかの系において正準のＷｎｔシグナル伝達を阻害するとみられる（Ｈｏａｎｇら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．：６４：２７３４−９（２００４））。ＤＫＫ３は、プロセス（例えば、発生、分化、組織修復および癌）に関与し得る（ＬｏｇａｎおよびＮｕｓｓｅ，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｃｅｌｌ Ｄｅｖ Ｂｉｏｌ．：２０：７８１−８１０（２００４）；Ｂｅａｃｈｙら、Ｎａｔｕｒｅ：４３２：３２４−３１（２００４）；Ｓｕｗａら、Ｊ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．：１７８：１４９−５８（２００３）；Ｈｓｉｅｈら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ：２３：９１８３−９（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １８ ３８ ２１ ７７
予測値 １９．２５ ３８．５ １９．２５ ７７
カイ二乗値＝１．３ 有意性＝０．５２２０４５８（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２３ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０１５８１４．２）。
１．ＷＴパネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．５．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ３８２６８−１１８８（ＵＮＱ２５８）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトｄｉｃｋｋｏｐｆホモログ３（ＤＫＫ３）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、体脂肪の増加ならびに骨塩量および骨塩密度の測定値の減少を示す（−／−）マウスがもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
結果：
ＤＥＸＡ：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総脂肪質量の増加および総体脂肪パーセントの増加ならびに平均骨塩量（ＢＭＣ）および骨塩密度（ＢＭＤ）の測定値の減少を示した。
これらの研究により、変異（−／−）非ヒトトランスジェニック動物が肥満に関連し得る負の表現型を示すことが示唆される。従って、ＰＲＯ２９５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、正常な成長プロセスおよび代謝プロセスに不可欠であり、特に、肥満症の予防および／または処置に重要であり得る。
さらに、ＤＥＸＡ解析によって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨測定値の減少も示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。その負の骨表現型は、ＰＲＯ２９５ポリペプチドまたはそのアゴニストが、骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ２９５ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ２９５ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
４６．６．ＤＮＡ４０３７０−１２１７（ＵＮＱ２６５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ３０２ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ４０３７０−１２１７と命名）（ＵＮＱ２６５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２９０２３ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓセリンカルボキシペプチダーゼ１（Ｓｃｐｅｐ１）；参照タンパク質：Ｑ９２０Ａ５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９２０Ａ５ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．レチノイド誘導セリンカルボキシペプチダーゼ前駆体；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０２１６２６ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２１６２６ ＮＩＤ：ｇｉ１１０５５９９１ ｒｅｆ ＮＭ＿０２１６２６．１ ラットおよびマウスのレチノイド誘導セリンカルボキシペプチダーゼ（ＲＩＳＣ）のＨｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓホモログの可能性のあるもの；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＨＢ４０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＨＢ４０ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．セリンカルボキシペプチダーゼ１前駆体タンパク質（ＣＤＮＡ ＦＬＪ１４４６７ ＦＩＳ、クローンＭＡＭＭＡ１０００６７２、卵黄形成カルボキシペプチダーゼ前駆体とわずかに類似）（ＥＣ３．４．１６．−）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＳＣＰＥＰ１のオルソログであるＳｃｐｅｐ１（セリンカルボキシペプチダーゼ１）である。別名としては、Ｒｉｓｃ、ＨＳＣＰ１、２４１００１８Ｆ０１Ｒｉｋおよび４８３３４１１Ｋ１５Ｒｉｋが挙げられる。
ＳＣＰＥＰ１は、セリンカルボキシペプチダーゼとして機能し得る分泌タンパク質であり、シグナルペプチドおよびセリンカルボキシペプチダーゼドメインからなる。このタンパク質は、大動脈、膀胱および腎臓において発現し、主に平滑筋の内側または腎臓、近位尿細管に局在する。ＳＣＰＥＰ１の発現は、平滑筋細胞増殖および新生内膜形成を阻害するレチノイン酸で処理された平滑筋細胞において誘導される。ＳＣＰＥＰ１は、血管壁ホメオスタシスおよび腎臓機能に関与し得る（Ｃｈｅｎら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７６：３４１７５−８１（２００１））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １６ ３５ １９ ７０
予測値 １７．５ ３５ １７．５ ７０
カイ二乗値＝１．２ 有意性＝０．５４８８１１６（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２５ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、１３個のエキソンからなり、エキソン１に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２９０２３．２）。エキソン１および２をターゲティングした。
１．ＷＴパネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋、骨、および脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．６．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ４０３７０−１２１７（ＵＮＱ２６５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトセリンカルボキシペプチダーゼ１（ＳＣＰＥＰ１）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、体長の減少を示す雌（−／−）マウスがもたらされた。ＧｅｎｅＬｏｇｉｃ研究により、ＵＮＱ２６５は、骨髄Ｂ細胞において発現することが示された。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学
組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較した場合、平均体長の測定値の減少を示した。これらの結果は、成長関連障害と一致する。
４６．７．ＤＮＡ４０６１９−１２２０（ＵＮＱ２６８）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ３０５ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ４０６１９−１２２０と命名）（ＵＮＱ２６８）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿００９９８４ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓカテプシンＬ（Ｃｔｓｌ）；参照タンパク質：Ｐ０６７９７ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｐ０６７９７ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．カテプシンＬ前駆体（ＥＣ３．４．２２．１５）（主要な排出タンパク質）（ＭＥＰ）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿００１９１２ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓカテプシンＬ（ＣＴＳＬ）、転写物バリアント１；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｐ０７７１１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｐ０７７１１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．カテプシンＬ前駆体（ＥＣ３．４．２２．１５）（主要な排出タンパク質）（ＭＥＰ）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＣＴＳＬのオルソログであるＣｔｓｌ（カテプシンＬ）である。別名としては、ｆｓ、ＭＥＰ、主要な排出タンパク質、ｎｋｔ、１１９００３５Ｆ０６ＲｉｋおよびＣＡＴＬが挙げられる。
ＣＴＳＬは、リソソームにおいてタンパク質のタンパク質分解を触媒するシステインプロテアーゼである。このプロテアーゼは、シグナルペプチド、プロペプチドドメイン、カテプシンＬ重鎖ドメイン、第２のプロペプチドドメインおよびカテプシンＬ軽鎖ドメインを含む。ＣＴＳＬは、不活性なプロ酵素として合成される。活性化時は、成熟ペプチドが、重鎖と軽鎖がジスルフィド結合によって連結されたヘテロ二量体を形成する（Ｃｏｕｌｏｍｂｅら、ＥＭＢＯ Ｊ：１５：５４９２−５０３（１９９６））。ＣＴＳＬの９０％が、リソソームに存在するが、そのチモーゲンの約１０％は、分泌され、活性化されて、細胞外マトリックスの加水分解を触媒するもの、プロホルモンまたは他のプロテアーゼである（Ｓｔｙｐｍａｎｎら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ：９９：６２３４−９（２００２））。ＣＴＳＬは、炎症部位におけるＩＬ−８のプロセシングの際（Ｏｈａｓｈｉら、Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ：１６４９：３０−９（２００３））、抗原提示細胞が遊走するために細胞外マトリックスを分解する際（Ｆｉｅｂｉｇｅｒら、Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ：１９６：１２６３−９（２００２））、抗原提示のためにＭＨＣ結合ペプチドを生成する際（Ｈｏｎｅｙら、Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ：３：１０６９−７４（２００２）および腫瘍血管新生の阻害のためにエンドスタチンを形成する際（Ｆｅｌｂｏｒら、ＥＭＢＯ Ｊ：１９：１１８７−９４ ２０００））に関与する可能性がある。
一部の研究者は、ノックアウトマウスまたは天然に存在するＣＴＳＬ変異を有するマウスを用いてＣＴＳＬの生理学的役割について研究している。Ｒｏｔｈおよび共同研究者［ＦＡＳＥＢ Ｊ：１４：２０７５−８６（２０００）］、Ｔｏｂｉｎおよび共同研究者［Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ：１６０：１８０７−２１（２００２）］およびＢｅｎａｖｉｄｅｓおよび共同研究者［Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ：１６１：６９３−７０３（２００２）］は、ＣＴＳＬ遺伝子を破壊することにより、毛包の形態形成および循環が不完全となることに起因する周期的な脱毛が生じることを示した。ホモ接合性ヌルマウスは、表皮過形成、毛包管拡張、表皮肥厚および角質増殖をはじめとしたいくつかの他の皮膚関連の表現型も示した。これらの研究者は、ＣＴＳＬが、表皮ホメオスタシスおよび正常な毛包機能に不可欠であると結論づけた。Ｂｅｎａｖｉｄｅｓおよび共同研究者［Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ：５３：２３３−４２（２００１）］は、胸腺および末梢リンパ系組織におけるＣＤ４Ｔ細胞が、野生型マウスよりもＣＴＳＬ（−／−）マウスにおいて顕著に少ないことを示した。彼らは、ＣＴＳＬが、胸腺でのＣＤ４Ｔ細胞選別において重大な役割を果たし得ると結論づけた。Ｈｏｎｅｙおよび共同研究者［Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ：３：１０６９−７４（２００２）］は、いくつかのナチュラルキラーＴ細胞サブセットの数が、野生型マウスよりもＣＴＳＬ（−／−）マウスにおいて非常に少ないことを示した。彼らは、ＣＴＳＬが、ナチュラルキラー細胞選別および主要組織適合遺伝子複合体媒介性抗原提示において重要な役割を果たすと結論づけた。Ｓｔｙｐｍａｎｎおよび共同研究者［Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ：９９：６２３４−９（２００２）］は、ＣＴＳＬ欠損マウスが、心室および心房の著しい拡張、間質性線維症、心筋の収縮の重篤な障害ならびに弁の欠損および機能不全を示すと報告した。彼らは、ＣＴＳＬが、心臓の形態および機能に欠かせないと結論付けた。Ｎｉｓｈｉｍｕｒａおよび共同研究者［Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ：１６１：２０４７−５２（２００２）］は、ＣＴＳＬ欠損マウスが、高血圧症をカルシウムチャネルアンタゴニストで処置した患者においてよく見られる歯肉の腫脹を示すと報告した。彼らは、ＣＴＳＬが、皮膚および歯肉の異常に関与し得ると結論付け、また、ＣＴＳＬ活性の低下が、薬物誘導性の歯肉の異常増殖における因子であり得ると提案した。Ｐｏｔｔｓおよび共同研究者［Ｉｎｔ Ｊ Ｅｘｐ Ｐａｔｈｏｌ：８５：８５−９６（２００４）］は、骨梁骨体積が、ＣＴＳＬ（／−）およびＣＴＳＬ（−／−）マウスでは野生型マウスよりも有意に小さいが、皮質骨体積ではそうではないことを観察した。対照的に、卵巣摘出に応答した骨梁骨減少は、野生型マウスよりもＣＴＳＬ（／−）およびＣＴＳＬ（−／−）マウスにおいて有意に小さかった。彼らは、ＣＴＳＬが、正常な発生および病理学的状態において骨の代謝の制御に関与し得ると結論づけた。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２２ ３３ ２４ ７９
予測値 １９．７５ ３９．５ １９．７５ ７９
カイ二乗値＝０．３４ 有意性＝０．８４３６６４８（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２４ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜６をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿００９９８４．２）。
１．ＷＴパネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．７．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ４０６１９−１２２０（ＵＮＱ２６８）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトカテプシンＬ（ＣＴＳＬ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、表皮および皮脂腺の過形成ならびに（−／−）マウスの骨髄における顆粒球形成がもたらされた。顕微鏡的解析により、表皮および皮脂腺の過形成ならびに変異体の骨髄における顆粒球形成が明らかになった。ホモ接合性変異マウスは、厚くて油性で炎症性の皮膚を示した。１２週齢までに、変異体は、眼および顔面の周辺の過剰な毛づくろいを行った結果、皮膚病変によって死亡した。さらに、ホモ接合性変異マウスは、その野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、平均心拍数の減少および多くの免疫学的異常を示した。（−／−）変異マウスは、体脂肪の減少および骨塩密度の測定値の減少も示した。標的遺伝子の破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）病理学
顕微鏡的：解析した６匹の（−／−）マウスが、中程度から顕著な皮脂腺のびまん性過形成および表皮の多巣性の過形成（表皮肥厚および角質増殖）を示した。変異（−／−）マウスは、軽度から中程度の限局的な皮膚炎も示した。髄外造血（ｅｘｔｒａｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｈｅｍａｔｏｐｏｅｉｓｉｓ）の増加は、変異ホモ接合性マウスの肝臓および脾臓において観察され、骨髄の過形成も観察された。アナジェニックな（成長中の）毛包は、変異マウスから採取された皮膚のすべての切片に存在し、その（＋／＋）同腹仔での１０％未満と比較して、５０％を超える頻度で皮膚表面に存在した。調べた６匹の（−／−）マウスのうち、２匹が、顔面の皮膚の炎症性皮膚炎を覆って漿液細胞性の痂皮が形成された領域を示した。患部では、真皮が、炎症細胞（例えば、リンパ球、マスト細胞および好中球）によって浸潤されていた。
（ｃ）免疫表現型解析
免疫関連疾患および炎症疾患は、通常の生理学では発作または損傷に応答し、発作または損傷からの修復を開始し、外来生物に対する先天性および後天性防御を増加させるために極めて重要な非常に複雑でしばしば複数の相互関連した生物学的経路の徴候および結果である。これらの正常な生理学的経路が応答強度の直接的関連、異常な制御または過剰な刺激の結果、自己反応、またはこれらの組み合わせとしてさらなる発作または損傷を引き起こす場合、疾患または病変が起こる。
これらの疾患の発症は、しばしば多段階経路およびしばしば複数の異なる生体系／生物学的経路に関与するが、１つまたは複数のこれらの経路における臨界点での介入が改善効果または治療効果を示し得る。有害な過程／経路の拮抗作用または有益な過程／経路の刺激のいずれかによって治療介入を行うことができる。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物免疫応答の重要な構成要素である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己分子に関連する抗原を認識する。抗原を、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上のＭＨＣ分子と共に提示することができる。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物の健康に害を及ぼすこれらの変化した細胞を排除する。Ｔ細胞には、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体の認識後に大規模に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、および免疫応答に関与する種々の他の細胞の活性化で中心的な役割を果たす種々のサイトカイン（すなわち、リンフォカイン）を分泌する。
多くの免疫応答では、炎症細胞が損傷部位または感染部位に浸潤する。移動細胞は、罹患組織の組織学的試験によって決定することができる好中球、好酸球、単球、またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が公知であり、広く研究されている。このような疾患には、免疫介在炎症疾患（関節リウマチ、免疫介在腎臓疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬、および喘息など）、非免疫介在炎症疾患、感染症、免疫不全、新形成、および移植片拒絶などが含まれる。免疫学領域では、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。
免疫学領域では、本明細書中で、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。免疫関連障害を、ある場合において、免疫応答の抑制によって治療することができる。免疫刺激活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫介在疾患および炎症疾患の治療で有利であろう。免疫応答を阻害する分子（直接または抗体作用剤の使用を介したタンパク質）を使用して、免疫応答を阻害し、免疫関連疾患を改善することができる。
以下の試験を行った。
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順：
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。ＦＡＣＳ解析は、２匹の野生型および６匹のホモ接合性マウスにおいて実施し、胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞を含んだ。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得た。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析した。
結果：
ＦＡＣＳ３：（−／−）マウスは、ＣＤ４細胞（ＳＰ胸腺細胞）の平均パーセンテージの減少を特徴とする末梢血中の白血球サブセットの分布の変化を示した。末梢におけるＣＤ４細胞のパーセンテージの減少により、（−／−）マウスのリンパ器官においてＢ細胞のパーセンテージの増加がもたらされた。ＣＤ４細胞は、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、より活性化された表現型／記憶表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ，ＣＤ４４ｈｉ）も示した。従って、（−／−）マウスは、ＣＤ４＋細胞の発達不全を示した。（−／−）マウスは、卵応答（以下で示す）が観察されなかったようにＣＤ４Ｔ細胞依存性の機能の障害を示した。
従って、ＰＲＯ３０５ポリペプチドをコードする遺伝子をノックアウトすることにより、Ｔ細胞集団の減少が引き起こされる：これらの観察結果から、ＰＲＯ３０５ポリペプチドまたはＰＲＯ３０５をコードする遺伝子は、Ｔ細胞増殖の制御因子として作用するとみられる。従って、ＰＲＯ３０５ポリペプチドは、Ｔ細胞増殖の増強に有益であり得る。
卵白アルブミンチャレンジ
手順：このアッセイは、７匹の野生型および８匹のホモ接合体マウスにおいて行った。ニワトリ卵白アルブミン（ＯＶＡ）は、Ｔ細胞依存性抗原であり、マウスにおける抗原特異的免疫応答の研究用のモデルタンパク質として一般に使用されている。ＯＶＡは無毒で不活性であり、したがって、免疫応答が誘発されない場合であっても動物に害をもたらさない。ＯＶＡに対するマウスの免疫応答は、Ｔ細胞応答を惹起させる免疫優性ペプチドが同定されている程度まで充分に特徴付けされている。抗ＯＶＡ抗体を、免疫処置の８〜１０日後に酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＺＡ）を用いて検出することができ、抗体の異なるアイソタイプの測定によって、遺伝子操作されたマウスにおいて欠陥性応答をもたらし得る複雑なプロセスに関するさらなる情報が得られる。
上記のように、このプロトコルは、マウスが抗原特異的免疫応答を生じる能力を評価する。動物に５０ｍｇのニワトリ卵白アルブミン（完全フロイントアジュバント中に乳化）をＩＰ注射し、１４日後に、抗卵白アルブミン抗体（ＩｇＭ、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２サブクラス）の血清力価を測定した。血清試料中のＯＶＡ特異的抗体の量は、９６ウェル試料プレートをスキャンする装置によって得られる光学密度（ＯＤ）値に比例する。データは、各血清試料の一組の連続希釈物に対して収集した。
このチャレンジの結果：
卵白アルブミン：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、任意の卵特異的Ｉｇ力価を誘導しなかった。
要約すると、卵白アルブミンチャレンジ研究から、ＰＲＯ３０５ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトマウスが、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示すことが示唆される。特に、変異マウスは、Ｔ細胞依存性ＯＶＡ抗原で攻撃されたとき、免疫学的応答を誘発する能力の減少を示した。従って、ＰＲＯ３０５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫系（例えば、Ｔ細胞増殖）の刺激に有用であり得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得る。従って、ＰＲＯ３０５ポリペプチドのインヒビター（アンタゴニスト）は、免疫応答の阻害に有用であり得、このため、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
（ｄ）骨代謝および全身診断学／放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
結果：
明らかな結果：（−／−）マウスは、厚くて油性の被膜を示し、皮膚の炎症を示した。変異体の被膜の油性は、年齢とともに減少した。しかしながら、（−／−）マウスは、１２週齢まで眼および顔面の過剰な毛づくろいを行い始め、皮膚病変を有したマウスは、死亡した。
ＤＥＸＡ：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総脂肪質量、総体脂肪パーセントおよび体積測定による骨塩密度の減少を示した。
ＰＲＯ３０５ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、総体脂肪（％）および総脂肪質量（ｇ）の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。このように、ＰＲＯ３０５ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ３０５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、そのような代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
さらに、ＤＥＸＡによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、体脂肪質量の測定値の減少に加えて骨測定値の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。その負の骨表現型は、ＰＲＯ３０５ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ３０５ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ３０５ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｅ）心臓学−心拍数
説明：
Ｖｉｓｉｔｅｃｈ ＢＰ−２０００血圧解析システムによる４日間の非侵襲性テールカフ法によって心拍数を測定する。心拍数を、４日間にわたって１日１０回測定する。次いで、４日間の値を平均して、マウスの意識下心拍数を得る。
心拍数：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均心拍数の減少を示した（雄と雌の両方の（−／−）マウスについて、平均よりも１標準偏差低い）。
４６．８．ＤＮＡ３７１４０−１２３４（ＵＮＱ２８７）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ３２６ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ３７１４０−１２３４と命名）（ＵＮＱ２８７）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１７７１５２ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓロイシンリッチリピートおよび免疫グロブリン様ドメイン３（Ｌｒｉｇ３）；参照タンパク質：Ｑ６Ｐ１Ｃ６ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６Ｐ１Ｃ６ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ロイシンリッチおよび免疫グロブリン様ドメイン３；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１５３３７７Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓロイシンリッチリピートおよび免疫グロブリン様ドメイン３（ＬＲＩＧ３）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ６ＵＸＭ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６ＵＸＭ１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ＳＡＰＳ２８７。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＬＲＩＧ３のオルソログであるＬｒｉｇ３（ロイシンリッチリピートおよび免疫グロブリン様ドメイン３）である。別名としては、ｍＫＩＡＡ３０１６、９０３０４２１Ｌ１１Ｒｉｋ、９１３０００４Ｉ０２Ｒｉｋ、９４３００９５Ｋ１５Ｒｉｋ、ＦＬＪ９０４４０およびＫＩＡＡ３０１６が挙げられる。
ＬＲＩＧ３は、シグナルペプチド、システインリッチセグメントと隣接する１５個のタンデムロイシンリッチリピート、３つの免疫グロブリン様ドメイン、膜貫通セグメントおよび短い細胞質テイルを含有するＩ型内在性原形質膜タンパク質である。ＬＲＩＧ３は、ＬＲＩＧ１のパラログであり（Ｇｕｏら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：８４：１５７−６５（２００４））、レセプターチロシンキナーゼシグナル伝達の負の制御因子として機能する。ＬＲＩＧ１は、ＥｒｂＢレセプターファミリーメンバーと複合体を形成し、ＥｒｂＢレセプターのユビキチン化および分解を刺激する（Ｌａｅｄｅｒｉｃｈら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７９（４５）：４７０５０−６（２００４））。ＬＲＩＧ３発現は、多岐にわたる組織において容易に検出されるが、胃での発現が最も高い（Ｇｕｏら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：８４：１５７−６５（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２８ ３９ ２６ ９３
予測値 ２３．２５ ４６．５ ２３．２５ ９３
カイ二乗値＝１．０６ 有意性＝０．５８８６０５（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２８ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、１９個のエキソンからなり、エキソン１に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１７７１５２．４）。エキソン１をターゲティングした。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨および脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．８．１ 表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ３７１４０−１２３４（ＵＮＱ２８７）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトロイシンリッチリピートおよび免疫グロブリン様ドメイン３（ＬＲＩＧ３）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて感覚運動ゲーティング／注意の障害がもたらされた。変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少も示した。変異（−／−）マウスは、多くの免疫学的異常を示した。標的遺伝子の破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学
組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均体重の減少を示した。
体長：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均体長の減少を示した。
ＰＲＯ３２６ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。このように、ＰＲＯ３２６ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ３２６ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
（ｃ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験には、不安、活動レベルおよび探索を測定するためのオープンフィールドが含まれていた。
聴覚驚愕反射のプレパルス抑制
聴覚驚愕反射のプレパルス抑制は、大きな１２０デシベル（ｄＢ）驚愕誘発音が、より小さい（プレパルス）音に先行する場合に起こる。ＰＰＩパラダイムは、６種類の異なる試行型（７０ｄＢバックグラウンドノイズ、１２０ｄＢ単独、７４ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ４、７８ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ８、８２ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ１２、および９０ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ２０）からなり、各々、擬似ランダム順に６回、合計３６回の試行が繰り返される。刺激に対する最大応答（Ｖ ｍａｘ）を、各試行型について平均する。１００以下の１２０ｄＢ平均値を有する動物は、解析から除外する。プレパルスが動物の驚愕刺激に対する応答を抑制するパーセンテージを計算し、グラフで示す。
結果：
ＰＰＩ：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、ｐｐ１２およびｐｐ２０の間、驚愕応答の低下を示したことから、変異体における感覚運動ゲーティング／注意の障害が示唆される。
（ｄ）免疫表現型解析
免疫関連疾患および炎症疾患は、通常の生理学では発作または損傷に応答し、発作または損傷からの修復を開始し、外来生物に対する先天性および後天性防御を増加させるために極めて重要な非常に複雑でしばしば複数の相互関連した生物学的経路の徴候および結果である。これらの正常な生理学的経路が応答強度の直接的関連、異常な制御または過剰な刺激の結果、自己反応、またはこれらの組み合わせとしてさらなる発作または損傷を引き起こす場合、疾患または病変が起こる。
これらの疾患の発症は、しばしば多段階経路およびしばしば複数の異なる生体系／生物学的経路に関与するが、１つまたは複数のこれらの経路における臨界点での介入が改善効果または治療効果を示し得る。有害な過程／経路の拮抗作用または有益な過程／経路の刺激のいずれかによって治療介入を行うことができる。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物免疫応答の重要な構成要素である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己分子に関連する抗原を認識する。抗原を、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上のＭＨＣ分子と共に提示することができる。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物の健康に害を及ぼすこれらの変化した細胞を排除する。Ｔ細胞には、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体の認識後に大規模に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、および免疫応答に関与する種々の他の細胞の活性化で中心的な役割を果たす種々のサイトカイン（すなわち、リンフォカイン）を分泌する。
多くの免疫応答では、炎症細胞が損傷部位または感染部位に浸潤する。移動細胞は、罹患組織の組織学的試験によって決定することができる好中球、好酸球、単球、またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が公知であり、広く研究されている。このような疾患には、免疫介在炎症疾患（関節リウマチ、免疫介在腎臓疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬、および喘息など）、非免疫介在炎症疾患、感染症、免疫不全、新形成、および移植片拒絶などが含まれる。免疫学領域では、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。
免疫学領域では、本明細書中で、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。免疫関連障害を、ある場合において、免疫応答の抑制によって治療することができる。免疫刺激活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫介在疾患および炎症疾患の治療で有利であろう。免疫応答を阻害する分子（直接または抗体作用剤の使用を介したタンパク質）を使用して、免疫応答を阻害し、免疫関連疾患を改善することができる。
以下の試験を行った。
急性期応答：
試験の説明：細菌リポ多糖（ＬＰＳ）は内毒素であり、そのようなものとして、急性期応答および全身性炎症の強い誘導因子である。レベルＩ ＬＰＳマウスに、２６ゲージの針を使用して、亜致死量のＬＰＳを含む２００μＬ滅菌生理食塩水を腹腔内（ｉ．ｐ．）注射した。この用量は、注射から３時間後に１μｇ／ｇ体重で試験したマウスの平均体重に基づいた。次いで、１００μＬの血液サンプルを採取し、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ装置でＴＮＦａ、ＭＣＰ−１、およびＩＬ−６の存在について分析した。
結果：
急性期応答：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、ＬＰＳチャレンジに対するＭＣＰ−１応答が増加した。
要約すれば、ＬＰＳエンドトキシンチャレンジにより、ＰＲＯ３２６ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトマウスは、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示したことが証明された。特に、変異マウスは、ＬＰＳエンドトキシンで攻撃されたときに、炎症誘発性応答を示唆する、免疫学的応答（ＭＣＰ−１産生）を誘発する能力の増大を示した。ＭＣＰ−１は、急性期反応および全身性炎症の誘導に重大な役割を果たす。このことは、ＰＲＯ３２６ポリペプチドに対するインヒビターまたはアンタゴニストが、免疫系を刺激し得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得ることを示唆する。従って、ＰＲＯ３２６ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫応答の阻害に有用であり得、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順：
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。ＦＡＣＳ解析は、２匹の野生型および６匹のホモ接合性マウスにおいて実施し、胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞を含んだ。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得た。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析した。
結果：
変異（−／−）マウスは、血液中のＣＤ４細胞のパーセンテージの減少およびＢ細胞のパーセンテージの増加を示した。同様の傾向が、組織において観察された（ＣＤ４細胞の減少およびＢ細胞の増加）。
従って、ＰＲＯ３２６ポリペプチドまたはそのアゴニストは、Ｂ細胞の形成および成熟の負の制御因子として作用するとみられ、Ｔ細胞集団に対しては反対の作用をもたらす。
４６．９．ＤＮＡ４５４１５−１３１８（ＵＮＱ３２６）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ３８６ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ４５４１５−１３１８と命名）（ＵＮＱ３２６）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＸＭ＿１３４７８７予測型：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓのナトリウムチャネルベータ−２サブユニット前駆体類似物（ＬＯＣ２１４２３８）；参照タンパク質：ナトリウムチャネルベータ−２サブユニット前駆体に類似したＸＰ＿１３４７８７［Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ］；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿００４５８８ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿００４５８８ ＮＩＤ：４７５９０６５ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓナトリウムチャネル、電位依存性、ＩＩ型、ベータポリペプチド（ＳＣＮ２Ｂ）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｏ６０９３９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｏ６０９３９ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ナトリウムチャネルベータ−２サブユニット前駆体。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＳＣＮ２Ｂ（ナトリウムチャネル、電位依存性、ＩＩ型、ベータ）のオルソログであるＬＯＣ２１４２３８（ナトリウムチャネルベータ−２サブユニット前駆体類似物）である。
ＳＣＮ２Ｂは、電位依存性ナトリウムチャネルの制御サブユニットとして機能し得るＩ型内在性原形質膜タンパク質である。３３ｋＤａの糖タンパク質は、シグナルペプチド、細胞外免疫グロブリン様ドメイン、膜貫通セグメントおよび細胞内Ｃ末端ドメインからなる。ＳＣＮ２Ｂは、ヘテロ三量体ナトリウムチャネル複合体の構築、発現および調節に関与し得る（Ｉｓｏｍら、Ｃｅｌｌ：８３：４３３−４２（１９９５）；Ｊｏｎｅｓら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：３４：２５８−９（１９９６）；Ｅｕｂａｎｋｓら、Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ：８：２７７５−９（１９９７）；Ｂｏｌｉｎｏら、Ｅｕｒ Ｊ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ：６：６２９−３４（１９９８）；Ｈａｕｇら、Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ：１１：２６８７−９（２０００））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２４ ３３ １８ ７５
予測値 １８．７５ ３７．５ １８．７５ ７５
カイ二乗値＝０．０４ 有意性＝０．９８０１９８７（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２５ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン２〜４をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＸＭ＿１３４７８７．２）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋および骨以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．９．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ４５４１５−１３１８（ＵＮＱ３２６）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトナトリウムチャネル、電位依存性、ＩＩ型、ベータ（ＳＣＮ２Ｂ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、雄（−／−）マウスにおいて、耐糖能障害がもたらされた。さらに、雌ホモ接合性マウスは、皮膚線維芽細胞の増殖速度の低下ならびに体重および体長の減少を示した。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）血液化学／耐糖能
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、インスリン感度およびグルコース代謝の変化を測定する耐糖能試験を含む。異常な耐糖能試験結果は、以下の障害または状態：１型糖尿病および２型糖尿病、シンドロームＸ、様々な循環器疾患および／または肥満症を示唆し得るが、これらに限定されない。
手順：２匹の野生型および４匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイに使用した。耐糖能試験は、哺乳動物における損傷したグルコースホメオスタシスを定義するための標準的な試験である。Ｌｉｆｅｓｃａｎ血糖測定器を使用して耐糖能試験を行った。２０％溶液として送達される２ｇ／ｋｇのＤ−グルコースを動物にＩＰ注射し、血糖値を注射の０、３０、６０および９０分後に測定した。
結果：
経口耐糖能：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、耐糖能障害を示した（雌（−／−）マウスについてのデータなし）。
これらの研究において、変異型（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、試験した３回すべてで、正常な空腹時グルコースの存在下、耐糖能の低下または障害を示した。このように、ノックアウト変異マウスは、グルコースホメオスタシス障害の表現型パターンを示し、それゆえ、ＰＲＯ３８６ポリペプチド（またはそのアゴニスト）またはそのコード遺伝子は、グルコースホメオスタシス障害および／または糖尿病を含む様々な循環器疾患に関連した状態の処置に有用であり得る。
（ｃ）成体皮膚細胞増殖：
手順：皮膚細胞を１６週齢の動物（２匹の野生型マウスおよび４匹のホモ接合性マウス）から単離した。これらを、初代線維芽細胞培養物に発達させて、その線維芽細胞増殖速度を厳密に制御されたプロトコルにおいて測定した。このアッセイが過剰増殖性表現型および低増殖性表現型を検出する能力は、ｐ５３およびＫｕ８０で証明されている。Ｂｒｄｕ取り込みを使用して増殖を測定した。
詳細には、これらの研究において、皮膚線維芽細胞増殖アッセイを使用した。標準化された培養物中の細胞数の増加を、相対的な増殖性能力の基準として使用した。野生型マウスおよび変異マウスから採取した皮膚バイオプシーから初代線維芽細胞を確立した。５万個の細胞の２連または３連の培養物を播種し、６日間生育させた。培養期間の終わりに、培養物中に存在する細胞の数を、電子粒子カウンターを使用して測定した。
結果：
皮膚増殖：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均皮膚線維芽細胞増殖速度の減少を示した。
したがって、ホモ接合性変異マウスは、低増殖表現型を示した。これらの観察結果によって示唆されるように、ＰＲＯ３８６ポリペプチドのアンタゴニストまたはインヒビターは、この低増殖性の表現型を模倣し得、腫瘍抑制因子として機能し得、そして、異常な細胞増殖の低下に有用であり得る。
（ｄ）骨代謝および全身診断学
組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均体重および体長が減少した。
ＰＲＯ３８６ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。このように、ＰＲＯ３８６ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ３８６ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
４６．１０．ＤＮＡ５０９６０−１２２４（ＵＮＱ３６０）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ６５５ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５０９６０−１２２４と命名）（ＵＮＱ３６０）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１７７３４８ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓインターフェロンイプシロン１（Ｉｆｎｅ１）；参照タンパク質：Ｑ８０ＺＦ２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８０ＺＦ２ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．インターフェロンイプシロン−１；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１７６８９１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓインターフェロンイプシロン１（ＩＦＮＥ１）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ８６ＷＮ２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８６ＷＮ２ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．インターフェロンイプシロン−１（インターフェロン−イプシロン）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＩＦＮＥ１のオルソログであるＩｆｎｅ１（インターフェロンイプシロン１）である。別名としては、Ｉｆｎｔ１、Ｉｎｆｅ１、Ｉｆｎ−ｔａｕ−１およびＰＲＯ６５５が挙げられる。
ＩＦＮＥ１は、Ｉ型インターフェロンファミリーに属する推定分泌タンパク質である。
このタンパク質は、シグナルペプチドならびにインターフェロンアルファ、ベータおよびデルタ（ＩＦａｂｄ）ドメインを含む。インターフェロンは、一般に、細胞において抗ウイルスおよび抗増殖性の応答をもたらす（ＩｎｔｅｒＰｒｏアクセッションＩＰＲ０００４７１）。ＩＦＮＥ１は、主に卵巣および子宮において発現し、このことから、このタンパク質が、生殖および宿主防御に関与することが示唆される（Ｈａｒｄｙら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：８４：３３１−４５（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２５ ２６ １９ ７０
予測値 １７．５ ３５ １７．７５ ７０
カイ二乗値＝４．７９ 有意性＝０．０９１１７２６８（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２３ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、１つのエキソンからなる（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１７７３４８．２）。エキソン１をターゲティングした。
１．野生型発現パネル：ＦＰＰＡ
ＷＴパネル： ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（脾臓、肝臓、骨格筋、骨、および心臓以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１０．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５０９６０−１２２４（ＵＮＱ３６０）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトインターフェロンイプシロン１（ＩＦＮＥ１）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて免疫学的異常がもたらされた。ホモ接合性変異マウスは、その野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、ＬＰＳチャレンジに対するＭＣＰ−１応答の増大および卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清中ＩｇＧ２ａ応答の増大を含む免疫学的異常を示した。（−／−）マウスは、平均体重および平均体長の減少ならびに総組織質量の減少も示した。雄（−／−）マウスは、骨梁骨体積、骨梁数および結合密度の減少ならびに平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇を示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）免疫表現型解析
免疫関連疾患および炎症疾患は、通常の生理学では発作または損傷に応答し、発作または損傷からの修復を開始し、外来生物に対する先天性および後天性防御を増加させるために極めて重要な非常に複雑でしばしば複数の相互関連した生物学的経路の徴候および結果である。これらの正常な生理学的経路が応答強度の直接的関連、異常な制御または過剰な刺激の結果、自己反応、またはこれらの組み合わせとしてさらなる発作または損傷を引き起こす場合、疾患または病変が起こる。
これらの疾患の発症は、しばしば多段階経路およびしばしば複数の異なる生体系／生物学的経路に関与するが、１つまたは複数のこれらの経路における臨界点での介入が改善効果または治療効果を示し得る。有害な過程／経路の拮抗作用または有益な過程／経路の刺激のいずれかによって治療介入を行うことができる。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物免疫応答の重要な構成要素である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己分子に関連する抗原を認識する。抗原を、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上のＭＨＣ分子と共に提示することができる。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物の健康に害を及ぼすこれらの変化した細胞を排除する。Ｔ細胞には、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体の認識後に大規模に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、および免疫応答に関与する種々の他の細胞の活性化で中心的な役割を果たす種々のサイトカイン（すなわち、リンフォカイン）を分泌する。
多くの免疫応答では、炎症細胞が損傷部位または感染部位に浸潤する。移動細胞は、罹患組織の組織学的試験によって決定することができる好中球、好酸球、単球、またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が公知であり、広く研究されている。このような疾患には、免疫介在炎症疾患（関節リウマチ、免疫介在腎臓疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬、および喘息など）、非免疫介在炎症疾患、感染症、免疫不全、新形成、および移植片拒絶などが含まれる。免疫学領域では、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。
免疫学領域では、本明細書中で、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。免疫関連障害を、ある場合において、免疫応答の抑制によって治療することができる。免疫刺激活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫介在疾患および炎症疾患の治療で有利であろう。免疫応答を阻害する分子（直接または抗体作用剤の使用を介したタンパク質）を使用して、免疫応答を阻害し、免疫関連疾患を改善することができる。
以下の試験を行った。
卵白アルブミンチャレンジ
手順：このアッセイは、７匹の野生型および８匹のホモ接合体において行った。ニワトリ卵白アルブミン（ＯＶＡ）は、Ｔ細胞依存性抗原であり、マウスにおける抗原特異的免疫応答の研究用のモデルタンパク質として一般に使用されている。ＯＶＡは無毒で不活性であり、したがって、免疫応答が誘発されない場合であっても動物に害をもたらさない。ＯＶＡに対するマウスの免疫応答は、Ｔ細胞応答を惹起させる免疫優性ペプチドが、同定されている程度まで充分に特徴付けされている。抗ＯＶＡ抗体を、免疫処置の８〜１０日後に酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＺＡ）を用いて検出することができ、抗体の異なるアイソタイプの測定によって、遺伝子操作されたマウスにおいて欠損性応答をもたらし得る複雑なプロセスに関するさらなる情報が得られる。
上記のように、このプロトコルでは、マウスが抗原特異的免疫応答を生じる能力が評価される。動物に５０ｍｇのニワトリ卵白アルブミン（完全フロイントアジュバント中に乳化）をＩＰ注射し、１４日後に、抗卵白アルブミン抗体（ＩｇＭ、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２サブクラス）の血清力価を測定した。血清サンプル中のＯＶＡ特異的抗体の量は、９６ウェルサンプルプレートをスキャンする装置によって得られる光学密度（ＯＤ）値に比例する。データは、各血清サンプルの一組の連続希釈物に対して収集した。
このチャレンジの結果：
卵白アルブミン：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増加を示した。
要約すると、卵白アルブミンチャレンジ研究から、ＰＲＯ６５５ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトホモ接合性マウスが、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示すことが示唆される。特に、変異（−／−）マウスは、Ｔ細胞依存性ＯＶＡ抗原で攻撃されたとき、免疫学的応答を誘発する能力の増大を示した。従って、ＰＲＯ６５５ポリペプチドのアンタゴニスト（インヒビター）は、免疫系（例えば、Ｔ細胞増殖）の刺激に有用であり得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得る。従って、ＰＲＯ６５５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫応答の阻害に有用であり得、このため、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
急性期応答：
試験の説明：細菌リポ多糖（ＬＰＳ）は内毒素であり、そのようなものとして、急性期応答および全身性炎症の強い誘導因子である。レベルＩ ＬＰＳマウスに、２６ゲージの針を使用して、亜致死量のＬＰＳを含む２００μＬ滅菌生理食塩水を腹腔内（ｉ．ｐ．）注射した。この用量は、注射から３時間後に１μｇ／ｇ体重で試験したマウスの平均体重に基づいた。次いで、１００μＬの血液サンプルを採取し、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ装置でＴＮＦａ、ＭＣＰ−１、およびＩＬ−６の存在について分析した。
結果：
急性期応答：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、ＬＰＳチャレンジに対するＭＣＰ−１応答の増加を示した。
要約すると、ＬＰＳエンドトキシンチャレンジから、ＰＲＯ６５５ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトマウスは、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示したことが証明された。特に、変異マウスは、ＬＰＳエンドトキシンで攻撃されたときに、炎症誘発性応答を示唆する、免疫学的応答（ＭＣＰ−１産生）を誘発する能力の増大を示した。ＭＣＰ−１は、急性期反応および全身性炎症の誘導に重大な役割を果たす。このことは、ＰＲＯ６５５ポリペプチドに対するインヒビターまたはアンタゴニストが、免疫系を刺激し得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得ることを示唆する。従って、ＰＲＯ６５５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫応答の阻害に有用であり得、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順：
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。ＦＡＣＳ解析は、２匹の野生型および６匹のホモ接合性マウスにおいて実施し、胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞を含んだ。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得た。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析した。
結果：
組織特異的ＦＡＣＳ：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔のものと比較した場合、脾臓において、ＣＤ２３強度の低下を示した。（−／−）マウスはまた、腹腔洗浄において、Ｂ２２０ Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞の平均パーセンテージの増加およびＢ２２０／ＣＤ１１ｂ−低／ＣＤ２３細胞の平均パーセンテージの増加を示した。
これらの観察結果から、腹腔洗浄におけるＢ細胞サブタイプの変化が示唆される。また、ＣＤ２３の減少が脾臓において観察された。従って、ＰＲＯ６５５ポリペプチドは、Ｂ細胞産生についての制御因子として作用するとみられる。
（ｃ）表現型解析：代謝−血液化学
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。血糖値の測定に加えて、以下の血液化学試験も日常的に行う：アルカリホスファターゼ；アラニンアミノトランスフェラーゼ；アルブミン；ビリルビン；リン；クレアチニン；ＢＵＮ＝血中尿素窒素；カルシウム；尿酸；ナトリウム；カリウム；および塩化物。代謝領域では、糖尿病治療のための標的を同定することができる。血液化学表現型解析は、インスリン感受性およびグルコース代謝の変化を測定するための耐糖能試験を含む。耐糖能試験の異常な結果は、以下の障害または容態を示し得るが、これらに限定されない：１型および２型糖尿病、症候群Ｘ、種々の心血管疾患、および／または肥満症。
結果：
血液化学：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均血清アルカリホスファターゼレベルの増加を示した。これらの結果は、マイクロＣＴ骨関連測定値（以下に示す）の低下と一致する。
（ｄ）骨代謝および全身診断学
（１）組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。
ＰＲＯ６５５ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。従って、ＰＲＯ６５５ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ６５５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、野生型マウスおよびホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウェアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雌（−／−）変異マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均全組織量の減少を示した。
マイクロＣＴ：（−／−）マウスは、その同腹仔対照（＋／＋、マウス）と比較した場合、骨梁体積、骨梁数および結合密度の減少を示した。
要約すると、ＤＥＸＡおよびマイクロＣＴによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨測定値の減少および体組織質量の測定値の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。さらに、平均総組織質量の減少は、成長遅延および組織るいそう障害に関連する代謝障害を示唆する。その負の骨表現型は、ＰＲＯ６５５ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ６５５ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ６５５ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
４６．１１．ＤＮＡ５６９６５−１３５６（ＵＮＱ４２９）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１６２ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５６９６５−１３５６と命名）（ＵＮＱ４２９）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０１１０３６ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ 膵炎関連タンパク質（Ｐａｐ）；参照タンパク質：Ｐ３５２３０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｐ３５２３０ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．膵炎関連タンパク質１前駆体（ＲＥＧ ＩＩＩ−ベータ）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１３８９３８ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ膵炎関連タンパク質（ＰＡＰ）、転写物バリアント２；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ０６１４１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ０６１４１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．膵炎関連タンパク質１前駆体。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＲＥＧ３Ａ（再生膵島由来３アルファ）のオルソログであるＰａｐ（膵炎関連タンパク質）である。別名としては、ＨＩＰ、ＰＡＰ、ＰＡＰ１、ＩＮＧＡＰ、ＲＥＧ３、ＲｅｇＩＩＩ（ベータ）、Ｒｅｇ３ｂ、ＲＥＧ−ＩＩＩ、ＰＡＰ−Ｈ、ＰＢＣＧＦ、膵炎関連タンパク質、ＰＡＰ相同タンパク質、肝細胞癌−腸−膵臓および膵ベータ細胞成長因子が挙げられる。
ＲＥＧ３Ａは、シグナル伝達リガンド、防御的免疫タンパク質、細胞外マトリックス成分または細胞接着分子として機能し得る分泌タンパク質である。このタンパク質は、シグナルペプチドおよびＣ型レクチンドメインを含み、このタンパク質は、一般に、カルシウム依存性炭水化物結合モジュールとして機能する（ＳＭＡＲＴアクセッションＳＭ０００３４）。ＲＥＧ３Ａは、膵腺房細胞（Ｏｒｅｌｌｅら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ：９０：２２８４−９１（１９９２）；Ｃｈｒｉｓｔａら、Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ：２７１：Ｇ９９３−１００２（１９９６））、肝管細胞（Ｓｉｍｏｎら、ＦＡＳＥＢ Ｊ：１７：１４４１−５０（２００３））、腸管神経内分泌細胞およびパネート細胞（Ｃｈｒｉｓｔａら、Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ：２７１：Ｇ９９３−１００２（１９９６）および腫瘍性の肝細胞（Ｃｈｒｉｓｔａら、Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ：２７１：Ｇ９９３−１００２（１９９６））によって発現する。さらに、ＲＥＧ３Ａは、膵炎を有する患者においてアップレギュレートされる（Ｏｒｅｌｌｅら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ：９０：２２８４−９１（１９９２））。ＲＥＧ３Ａは、膵臓および肝臓における導管細胞の増殖（Ｒａｆａｅｌｏｆｆら、Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ：９９：２１００−９（１９９７）；Ｓｉｍｏｎら、ＦＡＳＥＢ Ｊ：１７：１４４１−５０（２００３）；Ｃｈｒｉｓｔａら、Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ：２７１：Ｇ９９３−１００２（１９９６）、肝細胞の接着（Ｃｈｒｉｓｔａら、Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ：２７１：Ｇ９９３−１００２（１９９６）、細胞外マトリックスの形成（Ｇｒａｆら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７６：２１０２８−３８（２００１））および炎症の阻害（Ｖａｓｓｅｕｒら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７９：７１９９−２０７（２００４））に関与し得る。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １５ ３５ １５ ６５
予測値 １６．２５ ３２．５ １６．２５ ６５
カイ二乗値＝１．０４ 有意性＝０．５９４５２０５７（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２３ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、６つのエキソンからなり、エキソン２に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０１１０３６．１）。エキソン２〜６をターゲティングした。
１．野生型発現パネル：標的遺伝子の発現は、ＲＴ−ＰＣＲによって試験された胚性幹（ＥＳ）細胞ならびに１３の成体組織サンプルのうち、脳、脊髄、眼、胸腺、胃、小腸、および結腸において検出された。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１１．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５６９６５−１３５６（ＵＮＱ４２９）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト再生膵島由来３アルファ（ＲＥＧ３Ａ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、雄（−／−）マウスにおいて耐糖能障害がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）表現型解析：代謝−血液化学／耐糖能
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、インスリン感度およびグルコース代謝の変化を測定する耐糖能試験を含む。異常な耐糖能試験結果は、以下の障害または状態：１型糖尿病および２型糖尿病、シンドロームＸ、様々な循環器疾患および／または肥満症を示唆し得るが、これらに限定されない。
手順：２匹の野生型および４匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイに使用した。耐糖能試験は、哺乳動物における損傷したグルコースホメオスタシスを定義するための標準的な試験である。Ｌｉｆｅｓｃａｎ血糖測定器を使用して耐糖能試験を行った。２０％溶液として送達される２ｇ／ｋｇのＤ−グルコースを動物にＩＰ注射し、血糖値を注射の０、３０、６０および９０分後に測定した。
結果：
血糖値／耐糖能試験：
雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、耐糖能障害を示した。（−／−）マウスはまた、平均血清中グルコースレベルの上昇を示した。
これらの研究では、（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、試験した３つ全ての間隔で正常な空腹時血糖の存在下で耐糖能が減少を示したかまたは耐糖能障害を示した。このように、ノックアウト変異マウスは、グルコースホメオスタシス障害の表現型パターンを示し、それゆえ、ＰＲＯ１６２ポリペプチド（またはそのアゴニスト）またはそのコード遺伝子は、グルコースホメオスタシス障害および／または糖尿病を含む様々な循環器疾患に関連した状態の処置に有用であり得る。
４６．１２．ＤＮＡ５６４０５−１３５７（ＵＮＱ４３０）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ７８８ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５６４０５−１３５７と命名）（ＵＮＱ４３０）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＡＫ００２２２６ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ成体雄腎臓ｃＤＮＡ、ＲＩＫＥＮ完全長高含有ライブラリー、クローン：０６１０００５Ｋ０３産物：仮説ＣＤ５９抗原含有タンパク質、全挿入配列；参照タンパク質：Ｑ９ＤＤ２３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＤＤ２３ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．０６１０００５Ｋ０３Ｒｉｋタンパク質；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿２０５５４５ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ＬＹ６／ＰＬＡＵＲドメイン含有２（ＬＹＰＤＣ２）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ６ＵＸＢ３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６ＵＸＢ３ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＬＹＰＤＣ２のオルソログであるＬｙｐｄｃ２（Ｌｙ６／Ｐｌａｕｒドメイン含有２）である。別名としては、０６１０００５Ｋ０３Ｒｉｋ、ＵＮＱ４３０およびＲＧＴＲ４３０が挙げられる。
ＬＹＰＤＣ２は、推定分泌タンパク質であり（Ｃｌａｒｋら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ：１３：２２６５−７０（２００３））、シグナルペプチドおよびＬｙ−６抗原／ｕＰＡレセプター様（ＬＵ）ドメインを含む（ＳＭＡＲＴアクセッションＳＭ００１３４）。ＬＵドメインを有するタンパク質は、代表的には、レセプターおよび分泌タンパク質のＬＵスーパーファミリーに属し、シグナル伝達、免疫細胞活性化または細胞接着に関与する。ＬＹＰＤＣ２は、ＳＬＵＲＰ１（分泌型ＬＹ６／ＰＬＡＵＲドメイン含有１）と構造的に類似している。ＳＬＵＲＰ１は、ケラチノサイトにおいてアルファ−７ニコチン性アセチルコリンレセプターの表皮性調節因子（ｍｏｄｕｌａｔｏｒ）として機能する分泌タンパク質である。ＳＬＵＲＰ１は、免疫機能、表皮ホメオスタシスおよび創傷治癒に関与する（Ｃｈｉｍｉｅｎｔｉら、Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ：１２：３０１７−２４（２００３））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２１ ４３ ２４ ８８
予測値 ２２ ４４ ２２ ８８
カイ二乗値＝０．１４ 有意性＝０．９３２３９３８５（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２６ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜３をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＡＫ００２２２６）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３のすべての成体組織サンプルに（脾臓、肝臓、および骨以外）おいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１２．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５６４０５−１３５７（ＵＮＱ４３０）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトＬｙ６／Ｐｌａｕｒドメイン含有２（ＬＹＰＤＣ２）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、小さい（−／−）マウスがもたらされた。雄と雌の両方のホモ接合性変異マウスが、その性別一致野生型同腹仔よりも小さく、平均体重および平均体長、除脂肪体重、総組織質量、総体脂肪ならびに骨塩量および骨塩密度の減少を示した。ホモ接合性マウスは、血清トリグリセリドレベルおよび血清コレステロールレベルの減少も示した。（−／−）マウスは、概日リズム試験中に歩行活動性の低下（機能低下）を示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）病理学
ＣＡＴＳｃａｎ：（−／−）マウスは、一般に体の大きさの減少を示した。しかしながら肉眼的病変は観察されなかった。
（ｃ）骨代謝および全身診断学
（１）組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：雄および雌（−／−）マウスの両方は、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：雄および雌（−／−）マウスの両方は、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、４匹の野生型マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウェアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄および雌（−／−）マウスの両方は、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均全組織量、除脂肪体重ならびに骨塩量および密度の測定値の減少を示した。雄（−／−）マウスはまた、以下に示す平均血清中トリグリセリドレベルおよび平均血清中コレステロールレベルの減少と一致する全体脂肪および体脂肪パーセントの減少も示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その同腹仔対照（＋／＋）および歴史的平均と比較した場合、平均椎骨骨梁体積、骨梁数、骨梁厚および結合密度の減少、ならびに平均大腿骨中軸の皮質厚の減少を示した。
ＰＲＯ７８８ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。従って、ＰＲＯ７８８ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ７８８ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
さらに、ＤＥＸＡおよびマイクロＣＴによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨測定値の減少ならびに体重の測定値および総体脂肪の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。また、平均全組織量および除脂肪体重の減少は、成長遅延および組織消耗性障害に関連する代謝障害を示す。その負の骨表現型は、ＰＲＯ７８８ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ７８８ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ７８８ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｄ）表現型解析：心臓学
心臓血管生物学の分野において、高血圧症、アテローム性動脈硬化症、心不全、脳卒中、様々な冠動脈疾患、異常脂肪血症（例えば、高コレステロール（高コレステロール血症）および血清トリグリセリドの増加（高トリグリセリド血症））、糖尿病および／または肥満症の処置のための標的を本明細書中で同定した。表現型試験は、血清コレステロールおよび血清トリグリセリドの測定を含んでいた。
血中脂質
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートを、このアッセイで試験した。高いコレステロールレベルおよび血中トリグリセリドレベルの上昇は、心血管疾患および／または糖尿病の発症における認識された危険因子である。血中脂質の測定により、血中脂質レベルを制御する生物学的スイッチの発見が容易になる。血中脂質レベルを上昇させる因子の阻害は、心血管疾患リスクの軽減に有用であり得る。これらの血液化学試験では、ＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用して測定値を記録した。
結果：
血液化学：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均血清中トリグリセリドおよびコレステロールレベルの減少を示した。
要約すると、これらのノックアウト変異マウスは、脂質代謝に関して血中脂質減少の表現型を示した。これらの観察結果は、総体脂肪の減少（上に示したＤＥＸＡ結果）と一致する。従って、ＰＲＯ７８８遺伝子が欠損した変異マウスは、異脂肪血症、高血圧症、アテローム性動脈硬化症、心不全、脳卒中または様々な冠状動脈疾患に関する循環器疾患の処置のためのモデルとして役立ち得る。
（ｅ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学領域では、本分析は、神経学的障害および精神医学的障害（抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、分裂病、認知障害、痛覚過敏、および感覚障害が含まれる）の治療のためのインビボでの有効な標的の同定に焦点を当てた。神経障害には、「不安障害」と定義されるカテゴリーが含まれ、以下が含まれるが、これらに限定されない：軽度から中等度の不安、一般的病状に起因する不安障害、詳細不明の不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖を伴うパニック障害、広場恐怖を伴わないパニック障害、外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定恐怖症、物質誘発性不安障害、急性アルコール離脱、強迫性障害、広場恐怖、双極性障害（Ｉ型またはＩＩ型）、詳細不明の双極性障害、気分循環性障害、うつ病性障害、大うつ病性障害、気分障害、物質誘発性気分障害。さらに、不安障害は、人格障害に適用することができ、人格障害には、以下の型が含まれるが、これらに限定されない：偏執傾向型、反社会型、回避性行動型、境界性人格障害型、依存型、演技型、自己陶酔型、強迫型、分裂型、および統合失調型。
手順：
行動スクリーニングを、野生型マウス、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験は、不安、活動性レベルおよび探索を測定するオープンフィールドを含んだ。
概日試験の説明：
雌マウスを、試験の１日目の午後４時に４８．２ｃｍ×２６．５ｃｍのホームケージ内に個々に収容し、飼料および水を随意に与える。動物を、１２時間明／暗サイクル（午前７時に点灯し、午後７時に消灯する）に曝露する。システムソフトウェアが、動物の動きによって引き起こされる光線遮断回数を記録し、光線中断回数は自動的に移動回数で割り算される。活動性は、３日間の試験中、１時間間隔で６０回記録する。得られたデータは、３日間の試験期間における各時間で記録した活動性レベル（概日リズム）の中央値および各明／暗サイクル中の総活動性（自発活動性）の中央値によって示される。
結果：
概日：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、１〜１２時間の慣れ期間およびすべての明／暗期中、歩行回数の減少を示した。
これらの結果は、不活発状態または抑鬱障害と一致する。ＰＲＯ７８８ポリペプチドもしくはＰＲＯ７８８コード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、この作用を模倣すると予想され得る。同様に、ＰＲＯ７８８ポリペプチドまたはそのアゴニストは、抑鬱性障害を含むそのような神経性の障害または他の不安様症状（例えば、嗜眠、認知障害、痛覚過敏および感覚障害）の低下の処置に有用であり得る。
４６．１３．ＤＮＡ５６３５２−１３５８（ＵＮＱ４３１）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ７９２ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５６３５２−１３５８と命名）（ＵＮＱ４３１）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２９４６５ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ Ｃ型レクチンドメインファミリー４、メンバーｇ（Ｃｌｅｃ４ｇ）；参照タンパク質：Ｑ８ＢＮＸ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＢＮＸ１ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．仮説Ｃ型レクチンドメイン含有タンパク質；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１９８４９２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿１９８４９２ ＮＩＤ：ｇｉ３８３４８２９５ ｒｅｆ ＮＭ＿１９８４９２．１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ肝臓およびリンパ節洞様毛細血管内皮細胞Ｃ型レクチン（ＬＳＥＣｔｉｎ）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ６ＵＸＢ４ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６ＵＸＢ４ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＣＬＥＣ４ＧのオルソログであるＣｌｅｃ４ｇ（Ｃ型レクチンドメインファミリー４、メンバーｇ）である。別名としては、ＬＳＥＣｔｉｎ、４９３０５７２Ｌ２０ＲｉｋおよびＵＮＱ４３１が挙げられる。
ＣＬＥＣ４Ｇは、エンドサイトーシスレセプターまたは細胞接着分子として機能し得るＩＩ型内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、シグナルアンカーおよびＣ末端Ｃ型レクチンドメインを含み、結合活性のためにカルシウムを必要とする。ＣＬＥＣ４Ｇは、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミンおよびフコースと結合するが、ガラクトースとは結合しない。ＣＬＥＣ４Ｇは、カルシウムおよび糖に依存した様式で活性化Ｔ細胞とも結合する。ＣＬＥＣ４Ｇは、主に肝臓およびリンパ節の洞様毛細血管内皮細胞において発現し、おそらく、抗原クリアランスおよびリンパ節からのＴ細胞の輸送に関与する（Ｌｉｕら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７９：１８７４８−５８（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １８ ４０ ２６ ８４
予測値 ２１ ４２ ２１ ８４
カイ二乗値＝２．０３ 有意性＝０．３６２４０２４４（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２９ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜９をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２９４６５．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、すべての１３の成体組織サンプル（眼、骨格筋、骨、胃、小腸および結腸、ならびに脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１３．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５６３５２−１３５８（ＵＮＱ４３１）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトＣ型レクチンドメインファミリー４、メンバーｇ（ＣＬＥＣ４Ｇ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、その野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、（−／−）マウスにおいて、卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清中ＩｇＧ２ａ応答の増大を含む免疫学的異常がもたらされた。（−／−）マウスは、平均収縮期血圧の低下も示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）免疫表現型解析
免疫関連疾患および炎症疾患は、通常の生理学では発作または損傷に応答し、発作または損傷からの修復を開始し、外来生物に対する先天性および後天性防御を増加させるために極めて重要な非常に複雑でしばしば複数の相互関連した生物学的経路の徴候および結果である。これらの正常な生理学的経路が応答強度の直接的関連、異常な制御または過剰な刺激の結果、自己反応、またはこれらの組み合わせとしてさらなる発作または損傷を引き起こす場合、疾患または病変が起こる。
これらの疾患の発症は、しばしば多段階経路およびしばしば複数の異なる生体系／生物学的経路に関与するが、１つまたは複数のこれらの経路における臨界点での介入が改善効果または治療効果を示し得る。有害な過程／経路の拮抗作用または有益な過程／経路の刺激のいずれかによって治療介入を行うことができる。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物免疫応答の重要な構成要素である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己分子に関連する抗原を認識する。抗原を、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上のＭＨＣ分子と共に提示することができる。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物の健康に害を及ぼすこれらの変化した細胞を排除する。Ｔ細胞には、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体の認識後に大規模に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、および免疫応答に関与する種々の他の細胞の活性化で中心的な役割を果たす種々のサイトカイン（すなわち、リンフォカイン）を分泌する。
多くの免疫応答では、炎症細胞が損傷部位または感染部位に浸潤する。移動細胞は、罹患組織の組織学的試験によって決定することができる好中球、好酸球、単球、またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が公知であり、広く研究されている。このような疾患には、免疫介在炎症疾患（関節リウマチ、免疫介在腎臓疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬、および喘息など）、非免疫介在炎症疾患、感染症、免疫不全、新形成、および移植片拒絶などが含まれる。免疫学領域では、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。
免疫学領域では、本明細書中で、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。免疫関連障害を、ある場合において、免疫応答の抑制によって治療することができる。免疫刺激活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫介在疾患および炎症疾患の治療で有利であろう。免疫応答を阻害する分子（直接または抗体作用剤の使用を介したタンパク質）を使用して、免疫応答を阻害し、免疫関連疾患を改善することができる。
以下の試験を行った。
卵白アルブミンチャレンジ
手順：このアッセイは、７匹の野生型および８匹のホモ接合体マウスにおいて行った。ニワトリ卵白アルブミン（ＯＶＡ）は、Ｔ細胞依存性抗原であり、マウスにおける抗原特異的免疫応答の研究用のモデルタンパク質として一般に使用されている。ＯＶＡは無毒で不活性であり、したがって、免疫応答が誘発されない場合であっても動物に害をもたらさない。ＯＶＡに対するマウスの免疫応答は、Ｔ細胞応答を惹起させる免疫優性ペプチドが同定されている程度まで充分に特徴付けされている。抗ＯＶＡ抗体を、免疫処置の８〜１０日後に酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＺＡ）を用いて検出することができ、抗体の異なるアイソタイプの測定によって、遺伝子操作されたマウスにおいて欠陥性応答をもたらし得る複雑なプロセスに関するさらなる情報が得られる。
上記のように、このプロトコルは、マウスが抗原特異的免疫応答を生じる能力を評価する。動物に５０ｍｇのニワトリ卵白アルブミン（完全フロイントアジュバント中に乳化）をＩＰ注射し、１４日後に、抗卵白アルブミン抗体（ＩｇＭ、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２サブクラス）の血清力価を測定した。血清試料中のＯＶＡ特異的抗体の量は、９６ウェル試料プレートをスキャンする装置によって得られる光学密度（ＯＤ）値に比例する。データは、各血清試料の一組の連続希釈物に対して収集した。
このチャレンジの結果：
卵白アルブミン：（＋／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増加を示した。
要約すると、卵白アルブミンチャレンジ研究から、ＰＲＯ７９２ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトマウスが、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示すことが示唆される。特に、変異マウスは、Ｔ細胞依存性ＯＶＡ抗原で攻撃されたときに、免疫学的応答を誘発する能力の増大を示した。従って、ＰＲＯ７９２ポリペプチドのアンタゴニスト（インヒビター）は、免疫系（例えば、Ｔ細胞増殖）の刺激に有用であり得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得る。従って、ＰＲＯ７９２ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫応答の阻害に有用であり得、このため、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
（ｃ）心臓学−血圧
説明：
Ｖｉｓｉｔｅｃｈ ＢＰ−２０００血圧解析システムによる４日間の非侵襲性テールカフ法によって収縮期血圧を測定する。血圧を、４日間にわたって１日１０回測定する。次いで、４日間の値を平均して、マウスの意識下収縮期血圧を得る。一匹の（−／−）マウスはまた、平均心拍数の減少（以下の歴史的平均の２つの標準偏差より大きい）を示した。
結果：
血圧：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、平均収縮期血圧の低下（雄と雌の両方に対する同腹仔対照よりも約１ＳＤ低い）を示した。
４６．１４．ＤＮＡ５４００２−１３６７（ＵＮＱ４７７）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ９４０ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５４００２−１３６７と命名）（ＵＮＱ４７７）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＡＹ２１０４００ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ Ｓｉｇｌｅｃ−Ｇ；参照タンパク質：Ｑ８０ＺＥ３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８０ＺＥ３ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．Ｓｉｇｌｅｃ−Ｇ；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０３３１３０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０３３１３０ ＮＩＤ：ｇｉ１５０５５５１２ ｒｅｆ ＮＭ＿０３３１３０．１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓシアル酸結合Ｉｇ様レクチン１０（ＳＩＧＬＥＣ１０）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９６ＬＣ７ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９６ＬＣ７ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．シアル酸結合Ｉｇ様レクチン１０前駆体（Ｓｉｇｌｅｃ−１０）（Ｓｉｇｌｅｃ様タンパク質２）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＳＩＧＬＥＣ１０のオルソログであるＳｉｇｌｅｃ１０（シアル酸結合Ｉｇ様レクチン１０）である。別名としては、ｍＳｉｇｌｅｃ−Ｇ、９８３０１６４Ｈ２３、Ａ６３００９６Ｃ０１Ｒｉｋ、ＳＬＧ２、ＰＲＯ９４０およびＳＩＧＬＥＣ−１０が挙げられる。
ＳＩＧＬＥＣ１０は、シグナル伝達レセプターとして機能し得るＩ型内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、シグナルペプチド、５つの免疫グロブリン（Ｉｇ）様ドメイン、膜貫通セグメントおよび２または３個の免疫レセプターチロシンベース抑制性モチーフ（ＩＴＩＭ）を有する細胞質Ｃ末端ドメインを含む。ＳＩＧＬＥＣ１０は、タンパク質チロシンホスファターゼＰＴＰＮ６（ＳＨＰ−１）を動員することができ、このことから、ＳＩＧＬＥＣ１０が、抑制性レセプターとして機能することが示唆される。ＳＩＧＬＥＣ１０は、赤血球上のシアル酸残基、可溶性シアロ糖結合体およびＧＴ１ｂガングリオシドと結合することができ、このことから、ＳＩＧＬＥＣ１０が、細胞−細胞認識に関与することが示唆される。ＳＩＧＬＥＣ１０は、主に末梢血白血球上で発現し、免疫細胞機能の負の制御に関与する可能性がある（Ｗｈｉｔｎｅｙら、Ｅｕｒ Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ．：２６８：６０８３−９６（２００１）；Ｌｉら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．：２７６：２８１０６−１２（２００１）；Ｍｕｎｄａｙら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．：３５５：４８９−９７（２００１）；Ｒａｐｏｐｏｒｔら、Ｂｉｏｏｒｇ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ Ｌｅｔｔ．：１３：６７５−８（２００３）；Ｋｉｔｚｉｇら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ．：２９６：３５５−６２（２００２））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １９ ３３ ２６ ７８
予測値 １９．５ ３９ １９．５ ７８
カイ二乗値＝０．８５ 有意性＝０．６５３７６９８（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２７ 平均同腹仔数＝ ９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜７およびコーディングエキソン１の前の非コーディングエキソンをターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＡＫ０４２４８８）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋、骨および心臓以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１４．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５４００２−１３６７（ＵＮＱ４７７）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトシアル酸結合Ｉｇ様レクチン１０（ＳＩＧＬＥＣ１０）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、生育しない３匹の（−／−）小さいマウスがもたらされた。雄（−／−）マウスは、骨塩量および骨塩密度の測定値の増加を示した。雌（−／−）マウスは、睡眠／覚醒サイクルの変化を示し、雄（−／−）マウスは、ストレス誘発性高体温応答の増大を伴う不安関連応答の増大を示した。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）病理学
明らかな結果：（−／−）マウスのうちの３匹が、小さく、生育しなかったが、遺伝子型解析では正常なメンデル比が見られた。残りのマウスは、正常の大きさであり、健常であるとみられた。
顕微鏡的：数匹の（−／−）マウスが、唾液腺、膵臓および肺においてリンパ球浸潤を示した；この週齢のマウスでは病変はめったに見られなかった。３週齢で調べた３匹のマウスのうち、２匹が、Ｂ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓに起因する脳炎を示し、１匹がＥ．ｃｏｌｉ感染に起因する髄膜炎を示した。
遺伝子発現：ＬａｃＺ活性は、免疫組織化学分析によって解析された組織パネル中に検出されなかった。
（ｃ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型マウス、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験は、不安、活動性レベルおよび探索を測定するオープンフィールドを含んだ。
機能観察バッテリー（ＦＯＢ）試験−ストレス誘導過温症：
ＦＯＢは、全身感覚および運動欠陥を測定するために動物に適用される一連の状態である。全身の神経機能を評価するＩｒｗｉｎ神経性のスクリーニングからの試験のサブセットを使用する。一般に、短期間、触覚、嗅覚および視覚の刺激を動物に適用することにより、それらが正常に検知および応答する能力を測定する。これらの簡単な試験は、約１０分を要し、マウスは、試験後、ホームケージに戻される。
結果：
ストレス誘導過温症：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、ストレス誘発性高体温に対する感度の増大を示し、このことから、変異体における不安様応答の増大が示唆された。
まとめると、機能観察試験により、軽度から中等度の不安、一般的病状に起因する不安、および／または双極性障害、活動亢進、感覚障害、強迫性障害、分裂病、または偏執性人格に関連し得る不安の増加に関連する表現型が明らかとなった。従って、ＰＲＯ９４０ポリペプチドまたはそのアゴニストは、そのような神経性の障害の処置に有用であり得る。
概日試験の説明：
雌マウスを、試験の１日目の午後４時に４８．２ｃｍ×２６．５ｃｍのホームケージ内に個々に収容し、飼料および水を随意に与える。動物を、１２時間明／暗サイクル（午前７時に点灯し、午後７時に消灯する）に曝露する。システムソフトウェアが、動物の動きによって引き起こされる光線遮断回数を記録し、光線中断回数は自動的に移動回数で割り算される。活動性は、３日間の試験中、１時間間隔で６０回記録する。得られたデータは、３日間の試験期間における各時間で記録した活動性レベル（概日リズム）の中央値および各明／暗サイクル中の総活動性（自発活動性）の中央値によって示される。
結果：
概日：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、明期の間の歩行回数の減少を示した。これらの結果は、睡眠覚醒サイクルの変化と一致する。
（ｄ）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
結果：
雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較した場合、骨塩量および骨塩密度の測定値の増加を示した。
これらの結果から、ノックアウト変異表現型が、大理石骨病のような骨の異常に関連し得ることが示唆される。大理石骨病は、骨の異常な肥厚および硬化ならびに骨の異常な脆弱性を特徴とする状態である。そのため、ＰＲＯ９４０ポリペプチドまたはそのアゴニストは、大理石骨病または他の骨関連疾患の処置に有益であり得る。他方で、ＰＲＯ９４０ポリペプチドのインヒビターまたはアンタゴニストは、骨の治癒に有用であり得る。
４６．１５．ＤＮＡ５３９０６−１３６８（ＵＮＱ４７８）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ９４１ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５３９０６−１３６８と命名）（ＵＮＱ４７８）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＸＭ＿１２９９８４ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ カドヘリン１９、２型プレプロタンパク質類似物（ＬＯＣ２２７４８５）；参照タンパク質：ＸＰ＿１２９９８４ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＸＰ＿１２９９８４ ＮＩＤ：ｇｉ５１７１２１７３ ｒｅｆ ＸＰ＿１２９９８４．３ カドヘリン１９、２型プレプロタンパク質類似物［Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ］；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０２１１５３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２１１５３ ＮＩＤ：１６３０６５３５ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓカドヘリン１９、２型（ＣＤＨ１９）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９Ｈ１５９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｈ１５９ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．カドヘリン−１９前駆体。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＣＤＨ１９（カドヘリン１９、２型）のオルソログであるＬＯＣ２２７４８５（カドヘリン１９、２型プレプロタンパク質類似物）である。別名としては、ＣＤＨ７およびＣＤＨ７Ｌ２が挙げられる。
ＣＤＨ１９は、細胞接着分子として機能するＩ型内在性原形質膜タンパク質である。ＣＤＨ１９は、様々な細胞上で他のＣＤＨ１９分子と相互作用する可能性があり、同種親和性細胞接着に関与する。ＣＤＨ１９は、腫瘍の浸潤および転移を抑制し得る（Ｋｏｏｌら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：６８：２８３−９５（２０００）；Ｂｌｏｎｓら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ：２１：５０１６−２３（２００２）；ＨａｊｒａおよびＦｅａｒｏｎ，Ｇｅｎｅｓ Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ Ｃａｎｃｅｒ：３４：２５５−６８（２００２））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １９ ４１ ２０ ８０
予測値 ２０ ４０ ２０ ８０
カイ二乗値＝１．７２ 有意性＝０．４２３１６２０７（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２３ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン３をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＸＭ＿１２９９８４．３）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１５．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５３９０６−１３６８（ＵＮＱ４７８）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトカドヘリン１９、２型（ＣＤＨ１９）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、血清グルコースレベルの低下を示す変異体（−／−）がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）表現型解析：代謝−血液化学
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的が同定され得る。
結果：
血液化学：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均血清グルコースレベルの低下を示した。
これらの研究では、変異（−／−）マウスは、インスリン感度の増大に起因し得る血清グルコースレベルの低下を示した。従って、ＰＲＯ９４１ポリペプチドまたはそのコード遺伝子に対するアンタゴニスト（インヒビター）は、グルコースホメオスタシス障害の処置に有用であり得る。
４６．１６．ＤＮＡ５７８４４−１４１０（ＵＮＱ４８８）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１００４ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５７８４４−１４１０と命名）（ＵＮＱ４８８）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１７５６５０ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＡＴＰアーゼ１３Ａ５型（Ａｔｐ１３ａ５）；参照タンパク質：Ｑ８ＢＵＰ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＢＵＰ１ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ成体雄海馬ｃＤＮＡ、ＲＩＫＥＮ完全長高含有ライブラリー、クローン：Ｃ６３００１５Ｆ２１産物：仮説ミクロボディＣ末端標的化シグナル／Ｅ１−Ｅ２ ＡＴＰアーゼ／ハロ脂肪酸デハロゲナーゼ／エポキシド加水分解酵素ファミリー／陽イオントランスポーターＡＴＰアーゼ含有タンパク質、全挿入配列；参照ヒト遺伝子配列：ＡＫ１２２６１３ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ｃＤＮＡ ＦＬＪ１６０２５ ｆｉｓ、クローンＣＴＯＮＧ２００４０６２、ＡＴＰアーゼサブユニット６と高度に類似；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ６ＺＷＬ０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６ＺＷＬ０ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．仮説タンパク質ＦＬＪ１６０２５。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＡＴＰ１３Ａ５のオルソログであるＡｔｐ１３ａ５（ＡＴＰアーゼ１３Ａ５型）である。別名としては、Ｃ６３００１５Ｆ２１ＲｉｋおよびＦＬＪ１６０２５が挙げられる。
ＡＴＰ１３Ａ５は、陽イオン輸送ＡＴＰアーゼとして機能し得る推定内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、「特異性が未知のＰ型ＡＴＰアーゼ」ドメイン（ＩｎｔｅｒＰｒｏアクセッションＩＰＲ００６５４４）および少なくとも１０個の膜貫通セグメントを含む。ＡＴＰ１３Ａ５は、主に脳および胃において発現する（Ｓｃｈｕｌｔｈｅｉｓら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ．：３２３：７３１−８（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２０ ３４ ２１ ７５
予測値 １８．７５ ３７．５ １８．７５ ７５
カイ二乗値＝０．５７ 有意性＝０．７５２０１４３（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２６ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン３〜５をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１７５６５０．２）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３のすべての成体組織サンプル（脾臓、肝臓、骨、および心臓以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１６．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５７８４４−１４１０（ＵＮＱ４８８）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトＡＴＰアーゼ１３Ａ５型（ＡＴＰ１３Ａ５）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、骨関連測定値の減少を示す変異（−／−）マウスがもたらされた。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、４匹の野生型マウスおよび８匹のヘテロ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウェアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、その性別一致同腹仔および歴史的平均と比較して、平均骨塩量、大腿骨の骨塩密度および椎骨の骨塩密度の測定値の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均断面積の減少を示した。
Ｄｅｘａおよび骨マイクロＣＴ解析によって解析された（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、異常な骨障害を示唆する、骨の測定値の減少を示した。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。その負の骨表現型は、ＰＲＯ１００４ポリペプチドまたはそのアゴニストが、骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ１００４ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ１００４ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
４６．１７．ＤＮＡ５６４３９−１３７６（ＵＮＱ４９５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１０１２ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５６４３９−１３７６と命名）（ＵＮＱ４９５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２４１８１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２４１８１ ＮＩＤ：ｇｉ２６１９０６０５ ｒｅｆ ＮＭ＿０２４１８１．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＤｎａＪ（Ｈｓｐ４０）ホモログ、サブファミリーＣ、メンバー１０（Ｄｎａｊｃ１０）；参照タンパク質：Ｑ８ＣＨ７８ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＣＨ７８ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ＥＲ常在性タンパク質ＥＲｄｊ５；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０１８９８１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０１８９８１ ＮＩＤ：ｇｉ２４３０８１２６ ｒｅｆ ＮＭ＿０１８９８１．１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ＤｎａＪ（Ｈｓｐ４０）ホモログ、サブファミリーＣ、メンバー１０（ＤＮＡＪＣ１０）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９６Ｋ４４ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９６Ｋ４４ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ＣＤＮＡ ＦＬＪ１４７４１ ＦＩＳ、クローンＮＴ２ＲＰ３００２６２８、おそらくタンパク質ジスルフィドイソメラーゼＰ５前駆体とわずかに類似（ＥＣ５．３．４．１）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＤＮＡＪＣ１０のオルソログであるＤｎａｊｃ１０（ＤｎａＪ［Ｈｓｐ４０］ホモログ、サブファミリーＣ、メンバー１０）である。別名としては、ＪＰＤＩ、ＥＲｄｊ５、Ｄ２Ｅｒｔｄ７０６ｅ、１２００００６Ｌ０６ＲｉｋおよびＤＫＦＺｐ４３４Ｊ１８１３が挙げられる。
ＤＮＡＪＣ１０は、タンパク質のフォールディングと分子内ジスルフィド結合形成とに対する共シャペロンとして機能し得る、小胞体に存在するタンパク質である。このタンパク質は、推定Ｎ末端移行シグナル、ＤＮＡＪドメイン、４つのチオレドキシン様ドメインおよびＣ末端ＫＤＥＬ小胞体（ＥＲ）保持シグナルを含む。ＤＮＡＪＣ１０に関連した酵素活性は検出されていない。ＤＮＡＪＣ１０のＤＮＡＪドメインは、シャペロンタンパク質ＢｉＰと結合することができ、そのＡＴＰアーゼ活性を刺激する。ＤＮＡＪＣ１０−ＢｉＰ複合体は、タンパク質イソメラーゼまたは他のタンパク質移行成分と会合する可能性があり、タンパク質のフォールディングおよび輸送に関与し得る。ＤＮＡＪＣ１０は、遍在的に発現するが、特に分泌組織において多く発現する（Ｃｕｎｎｅａら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７８：１０５９−６６（２００３）；Ｈｏｓｏｄａら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７８：２６６９−７６（２００３）；Ｇｕら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｇｅｎｅｔ：４１：２４５−５３（２００３））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２７ ４０ １２ ７９
予測値 １９．７５ ３９．５ １９．７５ ７９
カイ二乗値＝５．３１ 有意性＝０．０７０２９８８４（ｈｏｍ／ｎ）＝０．１９ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１およびその前の非コーディングエキソンをターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２４１８１．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨および脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１７．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５６４３９−１３７６（ＵＮＱ４９５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトＤｎａＪ（Ｈｓｐ４０）ホモログ、サブファミリーＣ、メンバー１０（ＤＮＡＪＣ１０）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、小さい雌（−／−）マウスがもたらされた。ホモ接合性変異マウスは、その性別一致野生型同腹仔よりも小さく、平均体重および平均体長、平均総組織質量ならびに除脂肪体重の減少を示した。変異（−／−）マウスは、骨塩量および全身の骨塩密度の減少も示した。雄（−／−）マウスは、平均収縮期血圧の低下を示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学
（１）組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。体長：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。
平均体重および平均体長の減少は、雄ホモ接合体よりも雌（−／−）マウスにおいて顕著であった。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
結果：
ＤＥＸＡ：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総組織質量、除脂肪体重、骨塩量および全身の骨塩密度の測定値の減少を示した。
ＰＲＯ１０１２ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。このように、ＰＲＯ１０１２ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ１０１２ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
また、ＤＥＸＡによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較した場合、骨測定値の減少およびボディマス測定値の減少を示し、異常な骨障害が示唆された。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。また、平均全組織量および除脂肪体重の減少は、成長遅延および組織消耗性障害に関連する代謝障害を示す。その負の骨表現型は、ＰＲＯ１０１２ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ１０１２ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ１０１２ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｃ）心臓学−血圧
説明：
Ｖｉｓｉｔｅｃｈ ＢＰ−２０００血圧分析システムによる４日間の非侵襲性テールカフ法によって収縮期血圧を測定する。血圧を、４日間にわたって１日１０回測定する。次いで、４日間の値を平均して、マウスの意識下収縮期血圧を得る。一匹の（−／−）マウスはまた、平均心拍数の減少（以下の歴史的平均の２つの標準偏差より大きい）を示した。
結果：
血圧：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均収縮期血圧のわずかな低下を示した。
４６．１８．ＤＮＡ５６１１３−１３７８（ＵＮＱ４９９）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１０１６ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５６１１３−１３７８と命名）（ＵＮＱ４９９）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２６６４４ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２６６４４ ＮＩＤ：２１３１３１４１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ １−アシルグリセロール−３−リン酸Ｏ−アシルトランスフェラーゼ１（リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ、デルタ）（Ａｇｐａｔ４）；参照タンパク質：Ｑ８Ｋ４Ｘ７ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８Ｋ４Ｘ７ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ−デルタ（１−アシルグリセロール−３−リン酸Ｏ−アシルトランスフェラーゼ１）（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ成体雄小脳ｃＤＮＡ、ＲＩＫＥＮ完全長高含有ライブラリー、クローン：１５００００３Ｐ２４産物：１−アシルグリセロール−３−リン酸Ｏ−アシルトランスフェラーゼ１（リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ、デルタ）、全挿入配列）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０２０１３３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２０１３３ ＮＩＤ：９９１０３９１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓリゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ−デルタ（ＬＰＡＡＴ−デルタ）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＮＲＺ５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＮＲＺ５ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．１−アシル−ＳＮ−グリセロール−３−リン酸アシルトランスフェラーゼデルタ（ＥＣ２．３．１．５１）（１−ＡＧＰアシルトランスフェラーゼ４）（１−ＡＧＰＡＴ４）（リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ−デルタ）（ＬＰＡＡＴ−デルタ）（１−アシルグリセロール−３−リン酸Ｏ−アシルトランスフェラーゼ４）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＡＧＰＡＴ４のオルソログであるＡｇｐａｔ４（１−アシルグリセロール−３−リン酸Ｏ−アシルトランスフェラーゼ１［リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ、デルタ］）である。別名としては、１５００００３Ｐ２４Ｒｉｋ、ｄＪ４７３Ｊ１６．２およびＬＰＡＡＴ−デルタが挙げられる。
ＡＧＰＡＴ４は、酵素として機能し得る推定内在性原形質膜タンパク質であり、リゾホスファチジン酸およびアシル−コエンザイムＡからのホスファチジン酸の形成を触媒する。このタンパク質は、Ｎ末端膜貫通セグメント、リン酸アシルトランスフェラーゼ触媒ドメイン（ＳＭＡＲＴアクセッションＳＭ００５６３）および２つのＣ末端膜貫通セグメントを含む。ＡＧＰＡＴ４は、リン脂質の生合成に関与する可能性がある（Ｌｕら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ：３８５：４６９−７７（２００５）；ＫｕｍｅおよびＳｈｉｍｉｚｕ，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ：２３７：６６３−６（１９９７）；Ｋａｗａｊｉら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ：１２：３６７−７８（２００２））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １５ ４１ １６ ７２
予測値 １８ ３６ １８ ７２
カイ二乗値＝０．９４ 有意性＝０．６２５００２２６（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２６ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン３〜５をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２６６４４．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（胃、小腸および結腸以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１８．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５６１１３−１３７８（ＵＮＱ４９９）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト１−アシルグリセロール−３−リン酸Ｏ−アシルトランスフェラーゼ１（リゾホスファチジン酸アシルトランスフェラーゼ、デルタ）（ＡＧＰＡＴ４）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、骨関連測定値の減少を示す（−／−）マウスがもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学／放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、４匹の野生型マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウェアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均除脂肪体重および大腿骨の骨塩密度の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均断面積の減少を示した。
ＤＥＸＡおよび骨マイクロＣＴ解析によって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨測定値の減少および除脂肪体重の測定値の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。また、平均全組織量の減少は、組織消耗性障害に関連する代謝障害を示す。その負の骨表現型は、ＰＲＯ１０１６ポリペプチドまたはそのアゴニストが、骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ１０１６ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ１０１６ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
４６．１９．ＤＮＡ５６０４５−１３８０（ＵＮＱ５０２）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ４７４ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５６０４５−１３８０と命名）（ＵＮＱ５０２）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２５３３０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２５３３０ ＮＩＤ：ｇｉ６１０９８１１５ ｒｅｆ ＮＭ＿０２５３３０．２ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ デヒドロゲナーゼ／レダクターゼ（ＳＤＲファミリー）メンバー１０（Ｄｈｒｓ１０）；参照タンパク質：Ｑ９ＣＷＬ３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＣＷＬ３ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．０６１００３９Ｅ２４ＲＩＫタンパク質；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０１６２４６ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０１６２４６ ＮＩＤ：ｇｉ５９８８９５７７ ｒｅｆ ＮＭ＿０１６２４６．２ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓデヒドロゲナーゼ／レダクターゼ（ＳＤＲファミリー）メンバー１０（ＤＨＲＳ１０）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＢＰＸ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＢＰＸ１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．未知タンパク質（ＭＧＣに対するタンパク質：１０５３９）（ＭＧＣに対するタンパク質：１０６８５）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＤＨＲＳ１０のオルソログであるＤｈｒｓ１０（デヒドロゲナーゼ／レダクターゼ［ＳＤＲファミリー］メンバー１０）である。別名としては、０６１００３９Ｅ２４Ｒｉｋ、ｒｅｔＳＤＲ３および網膜短鎖デヒドロゲナーゼ／レダクターゼ３が挙げられる。ＤＨＲＳ１０は、短鎖デヒドロゲナーゼドメインを含む仮説ミトコンドリアタンパク質である（ＰｆａｍアクセッションＰＦ００１０６）。このドメインを有する酵素は、一般にＮＡＤまたはＮＡＤＰに依存するオキシドレダクターゼ反応を触媒し、それらとしては、Ｄ−ベータ−ヒドロキシ酪酸デヒドロゲナーゼ、ミトコンドリア前駆体（ＢＤＨ）；エストラジオール１７−ベータ−デヒドロゲナーゼ８（ＨＳＤ１７Ｂ８）；ＮＡＤＰ依存性レチノールデヒドロゲナーゼ（ＤＨＲＳ４）；およびジカルボニル／Ｌ−キシルロースレダクターゼ（ＤＣＸＲ）が挙げられる。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １９ ３８ １３ ７０
予測値 １７．５ ３５ １７．５ ７０
カイ二乗値＝３．４９ 有意性＝０．１７４６４４９９（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２ 平均同腹仔数＝ ８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜４をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０１６２４６．１［ヒト］）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（肝臓および骨以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．１９．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５６０４５−１３８０（ＵＮＱ５０２）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトデヒドロゲナーゼ／レダクターゼ（ＳＤＲファミリー）メンバー１０（ＤＨＲＳ１０）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、不妊の雄（−／−）マウスがもたらされた。雄ホモ接合性変異マウスは、精巣の空胞変性を示し、その結果、変異体において、精子産生の減少および不妊がもたらされた。１匹の雄（−／−）マウスにおいて肝肥大が検出された。雌（−／−）マウスは、体重および体長の減少も示した。変異ホモ接合性マウスのうち１匹の視神経円板領域において両側性白色沈着物が観察された。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）病理学
顕微鏡的：調べた３匹の雄（−／−）マウスのうち、２匹が、精巣の空胞変性を示した。同様の病変は、１匹の変異体の精巣上体においてもみられた。これらの病変は、精子産生の著しい減少をもたらした。
ＣＡＴＳｃａｎ：解析した３匹の（−／−）マウスのうち、１匹（Ｍ−１５１）が、著しい肝肥大を示した。
遺伝子発現：ＬａｃＺ活性は、免疫組織化学解析によって組織パネル中に検出されなかった。
（ｃ）骨代謝および全身診断学
組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均体長の減少を示した。
生殖能力：
生殖能力：雄（−／−）マウスは、交配の４０日後に子孫をもうけなかった。１匹の（−／−）マウスは、精巣重量の減少を示した。
ＰＲＯ４７４ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。従って、ＰＲＯ４７４ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ４７４ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。さらに、雄（−／−）マウスは、生殖障害および不妊障害を示した。
（ｄ）心血管表現型解析
心血管生物学領域では、心血管障害、内皮障害、または血管障害の治療のための潜在的標的を同定するために表現型試験を行った。１つのこのような表現型試験には、種々の眼の異常を合図するための網膜動静脈比（Ａ／Ｖ比）を決定するための眼底撮影法および血管造影法が含まれた。異常なＡ／Ｖ比は、高血圧の血管疾患（および高血圧を引き起こす任意の疾患（例えば、アテローム性動脈硬化症））、糖尿病、または眼科疾患に対応する他の眼疾患に関連し得るこのような全身疾患または障害を示す。このような眼の異常には、以下が含まれ得るがこれらに限定されない：網膜の異常は、以下である：網膜の形成異常、種々の網膜症、再狭窄、網膜動脈閉鎖又は閉塞；網膜血管系の二次的萎縮を生じる網膜変性、色素性網膜炎、黄斑変性、シュタルガルト病、先天性停在夜盲症、コロイデレミア、回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群（Ａｌｓｔｏｍ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、コケーン症候群、先天性脊骨端形成異常（ｄｙｓｐｌａｉｓａ ｓｐｏｎｄｙｌｏｅｐｉｐｈｙｓａｒｉａ ｃｏｎｇｅｎｔｉａ）、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルヒ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポ蛋白血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症、またはマンノシドーシス。
手順：４匹の野生型、４匹のヘテロ接合体、および８匹のホモ接合体のコホートを、このアッセイで試験した。Ｈａｗｅｓ ａｎｄ ｃｏａｕｔｈｏｒｓ（Ｈａｗｅｓら、１９９９ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｖｉｓｉｏｎ １９９９；５：２２）にしたがって修正したＫｏｗａ Ｇｅｎｅｓｉｓ小動物用眼底カメラを使用して、意識のある動物に対して眼底撮影法を行った。フルオレセインの腹腔内注射によって、各試験についての直接照明眼底画像および蛍光血管造影図を取得した。直接的な眼科的変化に加えて、この試験は、糖尿病およびアテローム性動脈硬化症などの全身疾患または他の網膜異常に関連した網膜の変化を検出することができる。通常の光線下の眼底写真を得た。血管造影により、眼の動脈および静脈を試験することが可能であった。さらに、眼の動脈−静脈（Ａ／Ｖ）比を決定した。
上記プロトコルを使用して、作製したＦ２野生型、ヘテロ接合体、およびホモ接合体変異子孫に対して眼科学分析を行った。詳細には、Ｋｏｗａ ＣＯＭＩＴ＋ソフトウェアを使用した眼底画像に従ってＡ／Ｖ比を測定し、計算した。この試験は、瞳孔散大によってカラー写真を撮影する。この画像は、多くの疾患の検出および分類に役立つ。動脈−静脈比（Ａ／Ｖ）は、静脈の直径に対する動脈の直径の比である（血管の分岐前に測定する）。多くの疾患（すなわち、糖尿病、心血管障害、乳頭浮腫、視神経萎縮、他の眼の異常（網膜変性（色素性網膜炎として公知）など）、網膜の形成異常、視覚問題、または失明）がこの比に影響を及ぼす。したがって、野生型（＋／＋）同腹仔と比較してホモ接合体（−／−）およびヘテロ接合体（＋／−）変異子孫の動脈−静脈比が増加する表現型所見は、このような病的状態を示すであろう。
結果：
眼底：１匹の（−／−）マウスが、視神経円板領域の周辺に位置する複数の両側性の白色沈着物を示した。
４６．２０．ＤＮＡ２５７８４５（ＵＮＱ５０３）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ５２３８ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ２５７８４５と命名）（ＵＮＱ５０３）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１８３２２２ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ Ｆｃレセプター様タンパク質 ３（Ｆｃｒｈ３）；参照タンパク質：Ｑ８０ＷＮ２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８０ＷＮ２ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ＢＸＭＡＳ１様タンパク質２；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０３１２８１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ免疫グロブリンスーパーファミリーレセプター移行関連２（ＩＲＴＡ２）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ５ＶＹＫ９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ５ＶＹＫ９ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．免疫グロブリンスーパーファミリーレセプター移行関連２（ＩＲＴＡ２）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＩＲＴＡ２（免疫グロブリンスーパーファミリーレセプター移行関連２）のオルソログであるＦｃｒｌ５（Ｆｃレセプター様タンパク質５）である。別名としては、Ｆｃｒｈ３、ＢＸＭＡＳ１、ＦＬＪ００３３３およびｍＢＸＭＨ２が挙げられる。
ＩＲＴＡ２は、別々のＢ細胞系列上で主に発現する内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、負のシグナル伝達を媒介するレセプターまたは細胞接着分子として機能し得る。ＩＲＴＡ２は、大きな細胞外ドメイン、膜貫通セグメントおよび短い細胞質ドメインからなる。この細胞外ドメインは、シグナルペプチドおよび複数の免疫グロブリン（Ｉｇ）様ドメインを含み、また、細胞質ドメインは、ＳＨ２ドメイン含有イノシトールホスファターゼを動員することができる２または３つのＩＴＩＭ（免疫レセプターチロシンベース阻害）モチーフを含む。ＩＲＴＡ２の転写物は、選択的スプライシングを受けることにより、少なくとも３つ以上のバリアントアイソフォームが得られる。１つのバリアントは、一部の細胞外ドメインから構成され、おそらく分泌される。第２のアイソフォームは、細胞外ドメインおよび潜在的グリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカー部位を含み、このことから、このアイソフォームが、原形質膜の細胞外表面に繋ぎとめられ得ることが示唆される。第３のアイソフォームは、たった１５２アミノ酸のタンパク質をコードする。ＩＲＴＡ２は、Ｂ細胞発達およびリンパ腫発生に関与し得る（Ｈａｔｚｉｖａｓｓｉｌｉｏｕら、Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：１４：２７７−８９（２００１）；Ｎａｋａｙａｍａら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ：２８５：８３０−７（２００１）；Ｄａｖｉｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ：９８：９７７２−７（２００１）；Ｍｉｌｌｅｒら、Ｂｌｏｏｄ：９９：２６６２−９（２００２）；Ｄａｖｉｓら、Ｉｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ：１６：１３４３−５３（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２２ ３７ １８ ７７
予測値 １９．２５ ３８．５ １９．２５ ７７
カイ二乗値＝７．８３ 有意性＝０．０１９９４０５５（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２３ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１８３２２２．２）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３のすべての成体組織サンプルに（腎臓、骨格筋、骨および脂肪以外）おいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２０．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ２５７８４５（ＵＮＱ５０３）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト免疫グロブリンスーパーファミリーレセプター移行関連２（ＩＲＴＡ２）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、その性別一致野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、耐糖能障害を示す雄ホモ接合性変異マウスがもたらされた。さらに、（−／−）マウスは、除脂肪体重の減少および骨関連測定値の減少を示した。変異（−／−）マウスでは、高レベルの血清コレステロールおよびトリグリセリドも観察された。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学／放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、４匹の野生型マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウェアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均除脂肪体重および骨塩量の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均総面積および骨梁厚の減少を示した。
ＤＥＸＡおよび骨マイクロＣＴ解析によって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨測定値の減少および除脂肪体重測定値の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。さらに、平均除脂肪体重の減少は、組織るいそう障害に関連する代謝障害を示唆する。その負の骨表現型は、ＰＲＯ５２３８ポリペプチドまたはそのアゴニストが、骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ５２３８ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ５２３８ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｃ）表現型解析：代謝−血液化学
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。血糖値の測定に加えて、以下の血液化学試験も日常的に行う：アルカリホスファターゼ；アラニンアミノトランスフェラーゼ；アルブミン；ビリルビン；リン；クレアチニン；ＢＵＮ＝血中尿素窒素；カルシウム；尿酸；ナトリウム；カリウム；および塩化物。代謝領域では、糖尿病治療のための標的を同定することができる。血液化学表現型解析は、インスリン感受性およびグルコース代謝の変化を測定するための耐糖能試験を含む。耐糖能試験の異常な結果は、以下の障害または容態を示し得るが、これらに限定されない：１型および２型糖尿病、症候群Ｘ、種々の心血管疾患、および／または肥満症。
結果：
血液化学：（−／−）マウスは、平均血清中アラニンアミノトランスフェラーゼレベルの増加を示した。
血液化学／耐糖能
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、インスリン感度およびグルコース代謝の変化を測定する耐糖能試験を含む。異常な耐糖能試験結果は、以下の障害または状態：１型糖尿病および２型糖尿病、シンドロームＸ、様々な循環器疾患および／または肥満症を示唆し得るが、これらに限定されない。
手順：２匹の野生型および４匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイに使用した。耐糖能試験は、哺乳動物における損傷したグルコースホメオスタシスを定義するための標準的な試験である。Ｌｉｆｅｓｃａｎ血糖測定器を使用して耐糖能試験を行った。２０％溶液として送達される２ｇ／ｋｇのＤ−グルコースを動物にＩＰ注射し、血糖値を注射の０、３０、６０および９０分後に測定した。
血糖値／耐糖能試験：
経口耐糖能：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、２／３の間隔で耐糖能障害を示した。
このように、ノックアウト変異マウスは、グルコースホメオスタシス障害の表現型パターンを示し、それゆえ、ＰＲＯ５２３８ポリペプチド（またはそのアゴニスト）またはそのコード遺伝子は、グルコースホメオスタシス障害および／または糖尿病を含む様々な循環器疾患に関連した状態の処置に有用であり得る。
（ｄ）表現型解析：心臓学
心臓血管生物学の分野において、高血圧症、アテローム性動脈硬化症、心不全、脳卒中、様々な冠動脈疾患、異常脂肪血症（例えば、高コレステロール（高コレステロール血症）および血清トリグリセリドの増加（高トリグリセリド血症））、糖尿病および／または肥満症の処置のための標的を本明細書中で同定した。表現型試験は、血清コレステロールおよび血清トリグリセリドの測定を含んでいた。
血中脂質
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートを、このアッセイで試験した。高いコレステロールレベルおよび血中トリグリセリドレベルの上昇は、心血管疾患および／または糖尿病の発症における認識された危険因子である。血中脂質の測定により、血中脂質レベルを制御する生物学的スイッチの発見が容易になる。血中脂質レベルを上昇させる因子の阻害は、心血管疾患リスクの軽減に有用であり得る。これらの血液化学試験では、ＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用して測定値を記録した。
結果：
血液化学：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均血清中コレステロールおよびグリセリドレベルの上昇を示した。
上でまとめられたように、（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均血清コレステロールおよびグリセリドレベルレベルの上昇を示した。従って、ＰＲＯ５２３８遺伝子が欠損した変異マウスは、循環器疾患のモデルとして役立ち得る。ＰＲＯ５２３８ポリペプチドまたはそのコード遺伝子は、コレステロールおよびトリグリセリドなどの血中脂質の制御に有用であり得る。従って、ＰＲＯ５２３８ポリペプチドまたはそのアゴニストは、循環器疾患（例えば、高血圧症、アテローム性動脈硬化症、心不全、脳卒中、様々な冠状動脈疾患、高コレステロール血症および／または糖尿病）の処置に有用であり得る。
４６．２１．ＤＮＡ５９２１１−１４５０（ＵＮＱ５２６）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１０６９ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５９２１１−１４５０と命名）（ＵＮＱ５２６）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０３３６４８ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０３３６４８ ＮＩＤ：ｇｉ１６２５８８０６ ｒｅｆ ＮＭ＿０３３６４８．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子４（Ｆｘｙｄ４）；参照タンパク質：Ｑ９Ｄ２Ｗ０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｄ２Ｗ０ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子４前駆体（チャネル誘導因子）（ＣＨＩＦ）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１７３１６０ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子４（ＦＸＹＤ４）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：ＮＰ＿７７５１８３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＰ＿７７５１８３ ＮＩＤ：ｇｉ２７７６４９０４ ｒｅｆ ＮＰ＿７７５１８３．１（ＮＭ＿１７３１６０）ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子４；ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子４；チャネル誘導因子［Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ］。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＦＸＹＤ４のオルソログであるＦｘｙｄ４（ＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子４）である。別名としては、Ｃｈｉｆ（チャネル誘導因子）および０６１０００８Ｉ０２Ｒｉｋが挙げられる。
ＦＸＹＤ４は、腎臓のナトリウム／カリウム−ＡＴＰアーゼの制御因子として機能し得るＩ型内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、シグナルペプチド、小さい細胞外ドメイン、膜貫通セグメントおよび小さい細胞内ドメインを含有する８９アミノ酸からなる。膜貫通ドメインは、ファミリーメンバー間で高度に保存されている。ＦＸＤＹ４は、主に腎臓集合管において発現し、高カリウムおよび高アルドステロンによって誘導される。ＦＸＹＤ４は、腎臓においてアルドステロン媒介性ナトリウム再吸収に関与する可能性がある（ＳｗｅａｄｎｅｒおよびＲａｅｌ，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：６８：４１−５６（２０００）；Ｂｅｇｕｉｎら、ＥＭＢＯ Ｊ．：２０：３９９３−４００２（２００１）；Ｇａｒｔｙら、Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｒｅｎａｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ：２８３：Ｆ６０７−１５（２００２）；Ａｉｚｍａｎら、Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｒｅｎａｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ：２８３：Ｆ５６９−７７（２００２）；Ｇｏｌｄｓｃｈｍｉｄｔら、Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ：１４：１１３−２０（２００４））。
Ａｉｚｍａｎおよび共同研究者［Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｒｅｎａｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ：２８３：Ｆ５６９−７７（２００２）］は、ノックアウトマウスを用いてＦＸＹＤ４の生理学的役割を研究した。彼らは、カリウム負荷時の水摂取、糸球体濾過速度および尿容積が、野生型同腹仔よりもＦＸＹＤ４（−／−）マウスにおいてのほうが高いことを示した。さらに、彼らは、カリウム負荷およびループ利尿薬フロセミドによる塩化ナトリウム再吸収の阻害によって、利尿、高カリウム血症および致死性が、野生型同腹仔よりもＦＸＹＤ４（−／−）マウスにおいてのほうが顕著に引き起こされることを示した。Ａｉｚｍａｎおよび共同研究者は、ＦＸＹＤ４が、集合管ナトリウム／カリウムＡＴＰアーゼ活性を増大させることによって、塩化ナトリウムの再吸収およびカリウムの排出を増大させる可能性があると結論づけた。
Ｇｏｌｄｓｃｈｍｉｄｔおよび共同研究者［Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ：１４：１１３−２０（２００４）］は、ノックアウトマウスを用いてＦＸＹＤ４の生理学的役割をさらに研究した。彼らは、結腸におけるｃＡＭＰ依存性イオン輸送およびアミロライド感受性ナトリウム輸送が、野生型マウスよりもＦＸＹＤ４（−／−）マウスにおいてのほうが低いことを示した。Ｇｏｌｄｓｃｈｍｉｄｔおよび共同研究者は、ＦＸＹＤ４が、ナトリウム／カリウムＡＴＰアーゼを介して間接的にいくつかの異なるイオン輸送メカニズムを調節する可能性があると結論づけた。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １５ ４２ １５ ７２
予測値 １８ ３６ １８ ７２
カイ二乗値＝４．４４ 有意性＝０．１０８６０９１（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２２ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜４をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０３３６４８．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２１．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５９２１１−１４５０（ＵＮＱ５２６）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトＦＸＹＤドメイン含有イオン輸送制御因子４（ＦＸＹＤ４）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、雌（−／−）マウスにおいて皮膚線維芽細胞の増殖速度の低下がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）成体皮膚細胞の増殖：
手順：１６週齢の動物（２匹の野生型および４匹のホモ接合体）から皮膚細胞を単離した。これらを、初代線維芽細胞培養物中で成長させ、線維芽細胞の増殖速度を厳格に規制したプロトコルで測定した。このアッセイが高増殖表現型および低増殖表現型を検出する能力を、ｐ５３およびＫｕ８０を使用して証明した。Ｂｒｄｕ組み込みを使用して、増殖を測定した。
詳細には、これらの研究では、皮膚線維芽細胞増殖アッセイを使用した。標準化培養物中での細胞数の増加を、相対増殖能の基準として使用した。初代線維芽細胞を、野生型マウスおよび変異マウスから採取した皮膚生検から確立した。５万個の細胞の２連または３連の培養物をプレートし、６日間成長させた。培養終了後、培養物中に存在する細胞数を、電子粒子計数器を使用して決定した。
結果：
皮膚増殖：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均皮膚線維芽細胞増殖速度が減少した。
したがって、ホモ接合体変異マウスは、低増殖表現型を示した。これらの観察結果によって示唆されるように、ＰＲＯ１０６９ポリペプチドのアンタゴニストまたはインヒビターは、この低増殖性の表現型を模倣し得、腫瘍抑制因子として機能し得、そして、異常な細胞増殖の低下に有用であり得る。
４６．２２．ＤＮＡ５８７２１−１４７５（ＵＮＱ５５４）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１１１１ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５８７２１−１４７５と命名）（ＵＮＱ５５４）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１３８６８２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿１３８６８２ ＮＩＤ：２０３７３１６８ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＬＩＢＧ様タンパク質（ＭＢＡＧ１）；参照タンパク質：Ｑ８ＶＩ３５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＶＩ３５ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．脳腫瘍関連タンパク質ＭＢＡＧ１；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０２２１４３ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓロイシンリッチリピート含有４（ＬＲＲＣ４）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＨＢＷ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＨＢＷ１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．脳腫瘍関連タンパク質ＮＡＧ１４。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＬＲＲＣ４のオルソログであるＬｒｒｃ４（ロイシンリッチリピート含有４）である。別名としては、ＭＢＡＧ１、脳腫瘍関連タンパク質ＬＲＲＣ４およびＮａｇ１４が挙げられる。
ＬＲＲＣ４は、脂質アンカー型軸索誘導分子ネトリン−Ｇ１に対するリガンドとして機能し得るＩ型内在性原形質膜タンパク質である。ＬＲＲＣ４は、シグナルペプチド、いくつかのロイシンリッチリピート、Ｉｇ様ドメイン、膜貫通セグメントおよび短いＣ末端細胞質ドメインを含む。ＬＲＲＣ４は、視床皮質系ニューロンからの軸索の伸長および誘導の促進に関与する可能性がある（Ｌｉｎら、Ｎａｔ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ：６：１２７０−６（２００３））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １９ ３１ １８ ６８
予測値 １７ ３４ １７ ６８
カイ二乗値＝０．９４ 有意性＝０．６２５００２２６（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２４ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１３８６８２．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２２．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５８７２１−１４７５（ＵＮＱ５５４）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトロイシンリッチリピート含有４（ＬＲＲＣ４）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、雌（−／−）マウスにおいて皮膚線維芽細胞の増殖速度の低下がもたらされた。（−／−）変異マウスのほとんどが、プレパルス抑制試験中に難聴を示した。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型マウス、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験は、不安、活動性レベルおよび探索を測定するオープンフィールドを含んだ。
聴覚驚愕反射のプレパルス抑制
聴覚驚愕反射のプレパルス抑制は、大きな１２０デシベル（ｄＢ）驚愕誘発音が、より小さい（プレパルス）音に先行する場合に起こる。ＰＰＩパラダイムは、６種類の異なる試行型（７０ｄＢバックグラウンドノイズ、１２０ｄＢ単独、７４ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ４、７８ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ８、８２ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ１２、および９０ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ２０）からなり、各々、擬似ランダム順に６回、合計３６回の試行が繰り返される。刺激に対する最大応答（Ｖ ｍａｘ）を、各試行型について平均する。１００以下の１２０ｄＢ平均値を有する動物は、解析から除外する。プレパルスが動物の驚愕刺激に対する応答を抑制するパーセンテージを計算し、グラフで示す。
結果：
ＰＰＩ：多くの（−／−）マウスはすべて驚愕応答を示さず、変異型における聴力障害を示した。したがって、プレパルス抑制は評価され得なかった。
（ｃ）成体皮膚細胞の増殖：
手順：皮膚細胞を１６週齢の動物（２匹の野生型マウス４匹のホモ接合性マウス）から単離した。これらを、初代線維芽細胞培養物に発達させて、その線維芽細胞増殖速度を厳密に制御されたプロトコルにおいて測定した。このアッセイが過剰増殖性表現型および低増殖性表現型を検出する能力は、ｐ５３およびＫｕ８０で証明されている。Ｂｒｄｕ取り込みを使用して増殖を測定した。
詳細には、これらの研究において、皮膚線維芽細胞増殖アッセイを使用した。標準化された培養物中の細胞数の増加を、相対的な増殖性能力の基準として使用した。野生型マウスおよび変異マウスから採取した皮膚バイオプシーから初代線維芽細胞を確立した。５万個の細胞の２連または３連の培養物を播種し、６日間生育させた。培養期間の終わりに、培養物中に存在する細胞の数を、電子粒子カウンターを使用して測定した。
結果：
皮膚増殖：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均皮膚線維芽細胞増殖速度が減少した。
したがって、ホモ接合体変異マウスは、低増殖表現型を示した。これらの観察結果によって示唆されるように、ＰＲＯ１１１１ポリペプチドのアンタゴニストまたはインヒビターは、この低増殖性の表現型を模倣し得、腫瘍抑制因子として機能し得、そして、異常な細胞増殖の低下に有用であり得る。
４６．２３．ＤＮＡ５７２５４−１４７７（ＵＮＱ５５６）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１１１３ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５７２５４−１４７７と命名）（ＵＮＱ５５６）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＸＭ＿１３２０８９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＸＭ＿１３２０８９ ＮＩＤ：ｇｉ５１７１０９９１ ｒｅｆ ＸＭ＿１３２０８９．３予測型：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ３８３０６１３Ｏ２２遺伝子（３８３０６１３Ｏ２２Ｒｉｋ）；参照タンパク質：ＸＰ＿１３２０８９ ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ３８３０６１３Ｏ２２［Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ］；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１４５２９０ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ Ｇタンパク質共役レセプター１２５（ＧＰＲ１２５）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ８ＩＷＫ６ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＩＷＫ６ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．おそらくはＧタンパク質共役レセプター１２５前駆体（ＵＮＱ５５６／ＰＲＯ１１１３）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＧＰＲ１２５のオルソログであるＧｐｒ１２５（Ｇタンパク質共役レセプター１２５）である。別名としては、３８３０６１３Ｏ２２Ｒｉｋ、ＰＧＲ２１、ＴＥＭ５様およびＴＥＭ５Ｌが挙げられる。
ＧＰＲ１２５は、セクレチンファミリーのオーファンＧタンパク質共役レセプターである（Ｆｒｅｄｒｉｋｓｓｏｎら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ：３０１：７２５−３４（２００３））。セクレチンファミリーメンバーとしては、セクレチン、カルシトニン、副甲状腺ホルモン、副甲状腺ホルモン関連ペプチドおよび血管作動性腸管ポリペプチドに対するレセプターが挙げられる。これらのレセプターのすべてが、アデニリルシクラーゼおよびホスホリパーゼＣのシグナル伝達経路を活性化する（ＩｎｔｅｒＰｒｏアクセッションＩＰＲ０００８３２）。ＧＰＲ１２５は、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｄｉｓｃ ｌａｒｇｅ癌抑制遺伝子（ＤＬＧ１）のヒトホモログと結合することができ、レセプターおよびチャネルに対する骨格として機能する。内皮細胞において発現するＧＰＲ１２５は、腫瘍血管新生に関与し得る（Ｙａｍａｍｏｔｏら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ：２３：３８８９−９７（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １９ ３７ １７ ７３
予測値 １８．２５ ３６．５ １８．２５ ７３
カイ二乗値＝２．８９ 有意性＝０．２３５７４６０７（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２ 平均同腹仔数＝ ９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン３〜５をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＢＣ０５２３９１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２３．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５７２５４−１４７７（ＵＮＱ５５６）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトＧタンパク質共役レセプター１２５（ＧＰＲ１２５）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて絶対好中球数の増加がもたらされた。（−／−）マウスは、眼球の感染症も示した。ホモ接合性変異マウスは、排膿によって痂皮で覆われ、眼が開かず、また、絶対好中球数の中央値の増大を示した。これらは、変異体における眼球の感染症と一致した結果であった。さらに、雌ホモ接合性変異マウスは、その性別一致野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、ホームケージ活動性試験中に自発運動の減少を示した。雌（−／−）マウスでは、体重が減少する傾向があった。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）病理学
顕微鏡的：解析に利用可能な６匹の（−／−）マウスのうち、５匹が、鼻涙管において膿性の滲出液を示し、これは、痂皮性の眼および臨床的に観察された涙の形成の増加と一致するものである。
遺伝子発現：ＬａｃＺ活性は、免疫組織化学の解析によって組織パネル中に検出されなかった。
明らかな結果：（−／−）マウスは、眼が明らかな排膿で満たされていて開かなかった。
（ｃ）免疫表現型解析
免疫関連疾患および炎症疾患は、通常の生理学では発作または損傷に応答し、発作または損傷からの修復を開始し、外来生物に対する先天性および後天性防御を増加させるために極めて重要な非常に複雑でしばしば複数の相互関連した生物学的経路の徴候および結果である。これらの正常な生理学的経路が応答強度の直接的関連、異常な制御または過剰な刺激の結果、自己反応、またはこれらの組み合わせとしてさらなる発作または損傷を引き起こす場合、疾患または病変が起こる。
これらの疾患の発症は、しばしば多段階経路およびしばしば複数の異なる生体系／生物学的経路に関与するが、１つまたは複数のこれらの経路における臨界点での介入が改善効果または治療効果を示し得る。有害な過程／経路の拮抗作用または有益な過程／経路の刺激のいずれかによって治療介入を行うことができる。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物免疫応答の重要な構成要素である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己分子に関連する抗原を認識する。抗原を、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上のＭＨＣ分子と共に提示することができる。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物の健康に害を及ぼすこれらの変化した細胞を排除する。Ｔ細胞には、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体の認識後に大規模に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、および免疫応答に関与する種々の他の細胞の活性化で中心的な役割を果たす種々のサイトカイン（すなわち、リンフォカイン）を分泌する。
多くの免疫応答では、炎症細胞が損傷部位または感染部位に浸潤する。移動細胞は、罹患組織の組織学的試験によって決定することができる好中球、好酸球、単球、またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が公知であり、広く研究されている。このような疾患には、免疫介在炎症疾患（関節リウマチ、免疫介在腎臓疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬、および喘息など）、非免疫介在炎症疾患、感染症、免疫不全、新形成、および移植片拒絶などが含まれる。免疫学領域では、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。
免疫学領域では、本明細書中で、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。免疫関連障害を、ある場合において、免疫応答の抑制によって治療することができる。免疫刺激活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫介在疾患および炎症疾患の治療で有利であろう。免疫応答を阻害する分子（直接または抗体作用剤の使用を介したタンパク質）を使用して、免疫応答を阻害し、免疫関連疾患を改善することができる。
以下の試験を行った。
血液学解析：
試験の説明：血液試験は、Ａｂｂｏｔｔ社のＣｅｌｌ−Ｄｙｎ３５００Ｒ自動血液学分析装置によって行う。その特徴の一部としては、５種類の白血球分画が挙げられる。「患者」レポートには、全部で２２を超えるパラメータが含まれ得る。
結果：
血液学：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、絶対好中球数の中央値の増加を示し、これは、変異体において見られる眼球の感染症によるものであり得る。
（ｄ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型マウス、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験は、不安、活動性レベルおよび探索を測定するオープンフィールドを含んだ。
概日試験の説明：
雌マウスを、試験の１日目の午後４時に４８．２ｃｍ×２６．５ｃｍのホームケージ内に個々に収容し、飼料および水を随意に与える。動物を、１２時間明／暗サイクル（午前７時に点灯し、午後７時に消灯する）に曝露する。システムソフトウエアが、動物の動きによって引き起こされる光線遮断回数を記録し、光線中断回数は自動的に移動回数で割り算される。活動性は、３日間の試験中、１時間間隔で６０回記録する。得られたデータは、３日間の試験期間における各時間で記録した活動性レベル（概日リズム）の中央値および各明／暗サイクル中の総活動性（自発活動性）の中央値によって示される。
結果：
概日：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、１２時間の慣れ期間およびすべての明／暗期中、歩行回数の減少を示した。
これらの結果は、不活発状態または抑鬱障害と一致する。ＰＲＯ１１１３ポリペプチドもしくはＰＲＯ１１１３コード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、この作用を模倣すると予想され得る。同様に、ＰＲＯ１１１３ポリペプチドまたはそのアゴニストは、抑鬱性障害を含むそのような神経性の障害の処置または他の不安様症状（例えば、嗜眠、認知障害、痛覚過敏および感覚障害）の低下に有用であり得る。
（ｅ）骨代謝および全身診断学
組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
ＰＲＯ１１１３ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した雌変異（−／−）マウスは、体重の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。このように、ＰＲＯ１１１３ポリペプチドもしくはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ１１１３ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
４６．２４．ＤＮＡ５９８１４−１４８６（ＵＮＱ５６７）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１１３０ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５９８１４−１４８６と命名）（ＵＮＱ５６７）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１４６０５０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿１４６０５０ ＮＩＤ：ｇｉ２２１６４７６９ ｒｅｆ ＮＭ＿１４６０５０．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ腫瘍性タンパク質誘導転写物１（Ｏｉｔ１）、ＸＭ＿２１４１４３．１ Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ腫瘍性タンパク質誘導転写物１類似物（ＬＯＣ２８９９４９）；参照タンパク質：Ｐ９７８０５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｐ９７８０５ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．タンパク質ＦＡＭ３Ｄ前駆体（腫瘍性タンパク質誘導性タンパク質１）（タンパク質ＥＦ−７）；参照ヒト遺伝子配列：配列類似性を有するＮＭ＿１３８８０５ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓファミリー３、メンバーＤ（ＦＡＭ３Ｄ）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９６ＢＱ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９６ＢＱ１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．タンパク質ＦＡＭ３Ｄ前駆体。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＦＡＭ３Ｄ（配列類似性を有するファミリー３、メンバーＤ）のオルソログであるＯｉｔ１（腫瘍性タンパク質誘導転写物１）である。別名としては、ＥＦ−７、ＥＦ７、ＭＧＣ３７５５０および２３１００７６Ｎ２１Ｒｉｋが挙げられる。
ＦＡＭ３Ｄは、シグナル伝達リガンドとして機能し得る推定分泌タンパク質である。２２４アミノ酸タンパク質は、シグナルペプチド、および、シスチンノット（分泌成長因子およびサイトカインに共通の構造）に類似した、ジスルフィド結合によって互いに一緒になった４つのアルファヘリックスを含む。ＦＡＭ３Ｄは、主に胎盤において発現する（Ｚｈｕら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：８０：１４４−５０（２００２））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １７ ３７ ２０ ７４
予測値 １８．５ ３７ １８．５ ７４
カイ二乗値＝２．３６ 有意性＝０．３０７２７８７５（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２１ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１および２をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１４６０５０．１）。

１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３の成体組織サンプルのうち、眼、胸腺、脾臓、肺、腎臓ならびに胃、小腸および結腸中の標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２４．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ５９８１４−１４８６（ＵＮＱ５６７）
（ａ）全体的な表現型の概要：
配列類似性を有するヒトファミリー３、メンバーＤ（ＦＡＭ３Ｄ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、性別一致野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、オープンフィールド試験中に不安様応答の低減を示す雄ホモ接合性変異マウスがもたらされた。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験には、不安、活動レベルおよび探索を測定するためのオープンフィールドが含まれていた。
オープンフィールド試験：
公知の薬物のいくつかの標的は、オープンフィールド試験において表現型を示した。これらとしては、セロトニン（ｓｅｒａｔｏｎｉｎ）トランスポーター、ドーパミントランスポーター（Ｇｉｒｏｓら、Ｎａｔｕｒｅ．１９９６ Ｆｅｂ １５；３７９（６５６６）：６０６−１２）およびＧＡＢＡレセプター（Ｈｏｍａｎｉｃｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．１９９７ Ａｐｒ １５；９４（８）：４１４３−８）のノックアウトを含む。自動化されたオープンフィールドアッセイをカスタマイズして、感情状態に関連する変化および学習に関する探索パターンを扱った。まず、フィールド（４０×４０ｃｍ）をマウスに対して比較的大きくなるように選択することによって探索に関連する自発運動の変化を取り上げるように設計した。さらに、４つの穴を床に設け、探索に特に関連する活動である鼻の突っ込みを可能にした。この試験に関連した感情状態を高めるためにいくつかの因子を設けた。オープンフィールド試験は、マウスが試験される最初の実験的手順であり、なされる測定は被験体のチャンバーとの最初の経験であった。さらに、オープンフィールドは明るく照らした。これらの因子のすべてによって、新しい開放性空間に関連する天然の不安が高められる。次いで、探索活動のパターンおよび程度ならびに特に中心からの全移動距離比は、不安または抑鬱症に対する罹りやすさに関する変化を識別することができる。３つの異なったレベルでの赤外線ビームを用いた大きな活動領域（４０ｃｍ×４０ｃｍ、ＡｃｃｕＳｃａｎ ＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓのＶｅｒｓａＭａｘ動物活動性モニターシステム）を用いて、直立、穴への突っ込みおよび自発運動を記録した。動物を中心に置き、その活動を２０分間測定した。この試験のデータを４分間隔で５回分析した。全移動距離（ｃｍ）、垂直移動回数（直立）、穴突っ込み回数および中心からの全移動距離比を記録した。
マウスが新しい環境に対して正常な慣れ応答を示す傾向を、５回の間隔にわたるその水平自発運動の変化すべてを測定することにより評価する。経時的な活動性の変化のこの算定傾きは、絶対値ではなく正規化された全移動距離を使用して決定する。傾きは５回の間隔のそれぞれにおける正規化された活動を通しての回帰直線から決定する。正常な慣れは、負の傾きの値によって表される。野生型／ヘテロ型／ホモ型：５／４／８で解析。
結果：
オープンフィールド２：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、オープンフィールド試験中に中心にいる時間の合計の中央値の増加を示したことから、変異体における不安様応答の低減が示唆される。
注目すべき差が、オープンフィールド活動性試験中に観察された。（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、中心領域にいる時間の合計の中央値の増加（活動性の低下）を示した。これは、変異体における不安様応答の低下を示唆する。したがって、ノックアウトマウスは、抑鬱症、全般性不安障害、認知障害、痛覚過敏ならびに感覚障害および／または双極性障害と一致する表現型を示した。従って、ＰＲＯ１１３０ポリペプチドおよびそのアゴニストは、抑鬱性障害に関連する症状の処置または回復に有用であり得る。
４６．２５．ＤＮＡ６５４１２−１５２３（ＵＮＱ６０８）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１１９５ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ６５４１２−１５２３と命名）（ＵＮＱ６０８）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿００９４７５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿００９４７５ ＮＩＤ：ｇｉ６６７８５１０ ｒｅｆ ＮＭ＿００９４７５．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ子宮特異的プロリンリッチ酸性タンパク質（Ｕｐａ）；参照タンパク質：Ｑ６０８７４ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６０８７４ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．プロリンリッチ酸性タンパク質；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１４５２０２ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓプロリンリッチ酸性タンパク質１（ＰＲＡＰ１）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９６ＮＺ９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９６ＮＺ９ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．プロリンリッチ酸性タンパク質１。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＰＲＡＰ１のオルソログであるＰｒａｐ１（プロリンリッチ酸性タンパク質１）である。別名としては、ＵｐａおよびＰＲＯ１１９５が挙げられる。
ＰＲＡＰ１は、シグナルペプチドならびに高含有量でプロリンおよび酸性アミノ酸を含む分泌タンパク質である。このタンパク質は、消化管、妊娠中の子宮、肝臓、腎臓および頸部をはじめとした様々ないくつかの組織由来の上皮細胞において発現する。ＰＲＡＰ１は、ある特定のタイプの癌においてダウンレギュレートされ、癌細胞株の成長を抑制することができる。従って、ＰＲＡＰ１は、正常な上皮の成長の制御に関与し得る（Ｚｈａｎｇら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ：６３：６６５８−６５（２００３）；ＫａｓｉｋおよびＲｉｃｅ，Ａｍ Ｊ Ｏｂｓｔｅｔ Ｇｙｎｅｃｏｌ：１７６：４５２−６（１９９７））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２１ ３４ １０ ６５
予測値 １６．２５ ３２．５ １６．２５ ６５
カイ二乗値＝２．９４ 有意性＝０．２２９９２５４８（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２３ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜５をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿００９４７５．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３の成体組織サンプルのうちの眼、胸腺、腎臓、胃、小腸および結腸、心臓ならびに脂肪における標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２５．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ６５４１２−１５２３（ＵＮＱ６０８）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトプロリンリッチ酸性タンパク質１（ＰＲＡＰ１）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて、卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清中ＩｇＧ２ａ応答の増大および血清中免疫グロブリンレベルの上昇がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）免疫表現型解析
免疫関連疾患および炎症疾患は、通常の生理学では発作または損傷に応答し、発作または損傷からの修復を開始し、外来生物に対する先天性および後天性防御を増加させるために極めて重要な非常に複雑でしばしば複数の相互関連した生物学的経路の徴候および結果である。これらの正常な生理学的経路が応答強度の直接的関連、異常な制御または過剰な刺激の結果、自己反応、またはこれらの組み合わせとしてさらなる発作または損傷を引き起こす場合、疾患または病変が起こる。
これらの疾患の発症は、しばしば多段階経路およびしばしば複数の異なる生体系／生物学的経路に関与するが、１つまたは複数のこれらの経路における臨界点での介入が改善効果または治療効果を示し得る。有害な過程／経路の拮抗作用または有益な過程／経路の刺激のいずれかによって治療介入を行うことができる。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物免疫応答の重要な構成要素である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己分子に関連する抗原を認識する。抗原を、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上のＭＨＣ分子と共に提示することができる。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物の健康に害を及ぼすこれらの変化した細胞を排除する。Ｔ細胞には、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体の認識後に大規模に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、および免疫応答に関与する種々の他の細胞の活性化で中心的な役割を果たす種々のサイトカイン（すなわち、リンフォカイン）を分泌する。
多くの免疫応答では、炎症細胞が損傷部位または感染部位に浸潤する。移動細胞は、罹患組織の組織学的試験によって決定することができる好中球、好酸球、単球、またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が公知であり、広く研究されている。このような疾患には、免疫介在炎症疾患（関節リウマチ、免疫介在腎臓疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬、および喘息など）、非免疫介在炎症疾患、感染症、免疫不全、新形成、および移植片拒絶などが含まれる。免疫学領域では、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。
免疫学領域では、本明細書中で、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。免疫関連障害を、ある場合において、免疫応答の抑制によって治療することができる。免疫刺激活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫介在疾患および炎症疾患の治療で有利であろう。免疫応答を阻害する分子（直接または抗体作用剤の使用を介したタンパク質）を使用して、免疫応答を阻害し、免疫関連疾患を改善することができる。
以下の試験を行った。
血清免疫グロブリンアイソタイピングアッセイ：
Ｃｙｔｏｍｅｔｒｉｃ Ｂｅａｄ Ａｒｒａｙ（ＣＢＡ）キットを使用して、血清免疫グロブリンアイソタイピングアッセイを行う。このアッセイを使用して、１つのサンプル中のマウスモノクローナル抗体の重鎖および軽鎖のアイソタイプを迅速に同定する。示される値は、「相対蛍光単位」であり、κ軽鎖の検出に基づく。６未満のいかなる値も有意ではない。
結果：
血清Ｉｍｍ．２：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均血清中ＩｇＭ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａおよびＩｇＧ２ｂレベルの上昇を示した。
変異（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ血清免疫グロブリンならびにＩｇＭ免疫グロブリンの増加を示した。ＩｇＧ免疫グロブリンは、中和作用を有し、それほどではないにせよ、補体系の活性化に重要である。変異（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、ＩｇＭ血清免疫グロブリンの増加も示した。ＩｇＭ免疫グロブリンは、細菌毒素の中和に対する体液性免疫応答において最初に産生され、補体系を活性化する際に特に重要である。観察された表現型から、ＰＲＯ１１９５ポリペプチドが、血清免疫グロブリンの負の制御因子であることが示唆される。これらの免疫学的異常から、ＰＲＯ１１９５ポリペプチドのインヒビター（アンタゴニスト）が、免疫系（例えば、Ｔ細胞増殖）を刺激し得る重要な物質であり得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得ることが示唆される。従って、ＰＲＯ１１９５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫応答の阻害に有用であり得、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
卵白アルブミンチャレンジ
手順：このアッセイは、７匹の野生型および８匹のホモ接合体マウスにおいて行った。ニワトリ卵白アルブミン（ＯＶＡ）は、Ｔ細胞依存性抗原であり、マウスにおける抗原特異的免疫応答の研究用のモデルタンパク質として一般に使用されている。ＯＶＡは無毒で不活性であり、したがって、免疫応答が誘発されない場合であっても動物に害をもたらさない。ＯＶＡに対するマウスの免疫応答は、Ｔ細胞応答を惹起させる免疫優性ペプチドが同定されている程度まで充分に特徴付けされている。抗ＯＶＡ抗体を、免疫処置の８〜１０日後に酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＺＡ）を用いて検出することができ、抗体の異なるアイソタイプの測定によって、遺伝子操作されたマウスにおいて欠陥性応答をもたらし得る複雑なプロセスに関するさらなる情報が得られる。
上記のように、このプロトコルは、マウスが抗原特異的免疫応答を生じる能力を評価する。動物に５０ｍｇのニワトリ卵白アルブミン（完全フロイントアジュバント中に乳化）をＩＰ注射し、１４日後に、抗卵白アルブミン抗体（ＩｇＭ、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２サブクラス）の血清力価を測定した。血清試料中のＯＶＡ特異的抗体の量は、９６ウェル試料プレートをスキャンする装置によって得られる光学密度（ＯＤ）値に比例する。データは、各血清試料の一組の連続希釈物に対して収集した。
このチャレンジの結果：
卵白アルブミン：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増加を示した。
要約すると、卵白アルブミンチャレンジ研究から、ＰＲＯ１１９５ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトホモ接合性マウスが、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示すことが示唆される。特に、変異（−／−）マウスは、Ｔ細胞依存性ＯＶＡ抗原で攻撃されたとき、免疫学的応答を誘発する能力の増大を示した。従って、ＰＲＯ１１９５ポリペプチドのアンタゴニスト（インヒビター）は、免疫系（例えば、Ｔ細胞増殖）の刺激に有用であり得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得る。従って、ＰＲＯ１１９５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫応答の阻害に有用であり得、このため、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
４６．２６．ＤＮＡ６６３０９−１５３８（ＵＮＱ６４１）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１２７１ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ６６３０９−１５３８と命名）（ＵＮＱ６４１）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１３３７３９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿１３３７３９ ＮＩＤ：ｇｉ１９５２６９３７ ｒｅｆ ＮＭ＿１３３７３９．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２３１００７５Ｃ１２遺伝子（２３１００７５Ｃ１２Ｒｉｋ）；参照タンパク質：Ｑ９１Ｚ２２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９１Ｚ２２ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．仮説２０．２ｋＤａタンパク質；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０５２９３２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０５２９３２ ＮＩＤ：ｇｉ１６４１８４０８ ｒｅｆ ＮＭ＿０５２９３２．１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓプロオンコシス（ｐｒｏ−ｏｎｃｏｓｉｓ）レセプター誘導膜損傷遺伝子（ＰＯＲＩＭＩＮ）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９６ＱＶ２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９６ＱＶ２ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．Ｐｏｒｉｍｉｎ。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＰＯＲＩＭＩＮ（プロオンコシスレセプター誘導膜損傷遺伝子）のオルソログであるＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２３１００７５Ｃ１２遺伝子である。別名としては、ＫＣＴ３およびＭＧＣ１０２３６６が挙げられる。
ＰＯＲＩＭＩＮは、シグナル伝達レセプターまたは細胞接着分子として機能し得るＩ型内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、シグナルペプチド、いくつかの潜在的Ｏ結合型およびＮ結合型グリコシル化部位を有する細胞外ドメイン、膜貫通セグメントならびに短い細胞質Ｃ末端を含む。ＰＯＲＩＭＩＮと特異的に反応するモノクローナル抗体とＰＯＲＩＭＩＮ発現細胞とのインキュベートにより、オンコシス様細胞が誘導される（Ｚｈａｎｇら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ：９５：６２９０−５（１９９８）；Ｍａら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ：９８：９７７８−８３（２００１））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２６ ３３ １７ ７６
予測値 １９ ３８ １９ ７６
カイ二乗値＝０．７２ 有意性＝０．６９７６７６３（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２３ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン３〜５をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１３３７３９．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２６．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ６６３０９−１５３８（ＵＮＱ６４１）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトプロオンコシスレセプター誘導膜損傷遺伝子（ＰＯＲＩＭＩＮ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、概日リズム試験中に機能低下を示す変異（−／−）マウスがもたらされた。変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少の傾向も示した。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学
組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の増加を示した。
体長：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の増加を示した。
これらの研究から、変異（−／−）非ヒトトランスジェニック動物が、肥満症に関連し得る負の表現型を示すことが示唆される。従って、ＰＲＯ１２７１ポリペプチドまたはそのアゴニストは、正常な成長プロセスおよび代謝プロセスに不可欠であり、特に、肥満症の予防および／または処置に重要であり得る。
（ｃ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験には、不安、活動レベルおよび探索を測定するためのオープンフィールドが含まれていた。
概日試験の説明：
雌マウスを、試験の１日目の午後４時に４８．２ｃｍ×２６．５ｃｍのホームケージ内に個々に収容し、飼料および水を随意に与える。動物を、１２時間明／暗サイクル（午前７時に点灯し、午後７時に消灯する）に曝露する。システムソフトウエアが、動物の動きによって引き起こされる光線遮断回数を記録し、光線中断回数は自動的に移動回数で割り算される。活動性は、３日間の試験中、１時間間隔で６０回記録する。得られたデータは、３日間の試験期間における各時間で記録した活動性レベル（概日リズム）の中央値および各明／暗サイクル中の総活動性（自発活動性）の中央値によって示される。
結果：
概日：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、１０時間の慣れ期間の間に活動性の低下を示した。
これらの結果は、不活発状態または抑鬱障害と一致する。ＰＲＯ１２７１ポリペプチドもしくはＰＲＯ１２７１のコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、この作用を模倣すると予想され得る。同様に、ＰＲＯ１２７１ポリペプチドまたはそのアゴニストは、抑鬱性障害を含むそのような神経性の障害の処置または他の不安様症状（例えば、嗜眠、認知障害、痛覚過敏および感覚障害）の低下に有用であり得る。
４６．２７．ＤＮＡ８１７５７−２５１２（ＵＮＱ８５６）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１８６５ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ８１７５７−２５１２と命名）（ＵＮＱ８５６）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１７８３８２ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓフィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通タンパク質３（Ｆｌｒｔ３）；参照タンパク質：Ｑ８ＢＧＴ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＢＧＴ１ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通タンパク質３（Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ １３日目の胚雄精巣ｃＤＮＡ、ＲＩＫＥＮ完全長高含有ライブラリー、クローン：６０３０４３６Ｍ１９産物：フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通タンパク質３ホモログ）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０１３２８１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓフィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通タンパク質３（ＦＬＲＴ３）、転写物バリアント１；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＮＺＵ０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＮＺＵ０ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ロイシンリッチリピート膜貫通タンパク質ＦＬＲＴ３前駆体（フィブロネクチン様ドメイン含有ロイシンリッチ膜貫通タンパク質３）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＦＬＲＴ３のオルソログであるＦｌｒｔ３（フィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通タンパク質３）である。別名としては、ｍＫＩＡＡ１４６９、５５３０６００Ｍ０７ＲｉｋおよびＣ４３００４７Ｉ１０Ｒｉｋが挙げられる。
ＦＬＲＴは、胚発生の間からずっと、そして成体においても数多くの組織において発現する推定１型ＴＭタンパク質のファミリーである。脊椎動物には、３つのファミリーメンバーが存在し、各々は、９つのロイシンリッチリピート、フィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、ＴＭドメインおよび短い細胞質テイルを含む。
ＦＬＲＴ３は、細胞接着分子またはシグナル伝達レセプターとして機能し得るＩ型内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、シグナルペプチド、１０個のロイシンリッチリピート、フィブロネクチンドメイン、膜貫通セグメントおよび短い細胞質Ｃ末端を含む。ＦＬＲＴ３は、神経の切断または類似の神経損傷によってアップレギュレートされ、過剰発現の研究により、神経突起の伸長を促進する際の役割が示唆されている。ＦＬＲＴ３は、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）レセプターと相互作用して、ＦＧＦシグナル伝達を増強することができる。ＦＬＲＴ３はまた、神経突起の伸長を促進することができる。ＦＬＲＴは、ＦＧＦＲと相互作用するだけでなく、互いとも相互作用する。この相互作用およびホモタイプの細胞の選別に、ロイシンリッチリピートが必要である。ＦＬＲＴ３は、中枢神経系および末梢神経系、腎臓、脳、膵臓、骨格筋、肺、肝臓、胎盤ならびに心臓をはじめとした様々ないくつかの組織において発現する。ＦＬＲＴ３は、神経系の発達および損傷後の末梢神経の再生と関与する可能性がある（Ｌａｃｙら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：６２：４１７−２６（１９９９）；Ｔｓｕｊｉら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ：３１３：１０８６−９１（２００４）；Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ：２７：２０２−１４（２００４）；Ｂｏｔｔｃｈｅｒら、Ｎａｔ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ：６：３８−４４ ２００４）。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １９ ３６ ２ ５６
予測値 １４ ２８ １４ ５６
カイ二乗値＝２８．６４ 有意性＝６．０３８１４Ｅ−７（ｈｏｍ／ｎ）＝０．０４ 平均同腹仔数＝７
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１７８３８２．２）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋、骨および脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２７．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ８１７５７−２５１２（ＵＮＱ８５６）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトフィブロネクチンロイシンリッチ膜貫通タンパク質３（ＦＬＲＴ３）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスの生存能低下がもたらされた。誕生した２匹のホモ接合性変異マウスのうち、１匹は、レベルＩ試験中に死亡した。ホモ接合性変異マウスは、平均体重および平均体長、総組織質量、除脂肪体重の著しい減少ならびに骨関連測定値の減少を含む成長遅延の徴候を示した。解析したホモ接合性変異体は、多くの代謝異常、免疫学的異常および血液化学異常も示した。さらに、雌変異体は、皮膚線維芽細胞の増殖速度の低下を示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）病理学
顕微鏡的：胚致死性。第１２．５日に、４４の胚を観察した：２個の（−／−）胚、１６個の（＋／−）胚、１２個の（＋／＋）胚、１４個の再吸収モル。しかしながら、組織学的検査によっては、これらの第１２．５日の胚において、構造的な発生異常は検出されなかった。
遺伝子発現：ＬａｃＺ活性は、免疫組織化学によって解析された組織パネルの精巣において検出された。
明らかな結果：２匹の（−／−）マウスだけが、レベル１解析に利用可能であり、１匹は、試験中に死亡した。
ＵＮＱ８５６の胚の全載標本（ｗｈｏｌｅｍｏｕｎｔｓ）の解析：本発明者らのデータは、ＦＬＩＲＴ１およびＦＬＲＴ２とＦＬＲＴ３とが重複して発現している部位が多く存在している（中脳峡（ｍｉｄｂｒａｉｎ ｉｓｔｈｍｕｓ）および境界帯（ｚｏｎａ ｌｉｍｉｔａｎｓ）、体節、筋肉、眼、乳頭および毛包）ことを示唆する。この広範な「血管性」発現は、血液細胞におけるｌａｃＺ発現に起因する。８．５−９．５ｄｐｃでの致死性は、中胚葉の機能不全または移動の欠陥に起因する可能性がある。ＵＮＱ８５６変異体は、腹側が閉じず、また、体が回転しない。この表現型は、浸透率が高い。
（ｃ）免疫表現型解析
免疫関連疾患および炎症疾患は、通常の生理学では発作または損傷に応答し、発作または損傷からの修復を開始し、外来生物に対する先天性および後天性防御を増加させるために極めて重要な非常に複雑でしばしば複数の相互関連した生物学的経路の徴候および結果である。これらの正常な生理学的経路が応答強度の直接的関連、異常な制御または過剰な刺激の結果、自己反応、またはこれらの組み合わせとしてさらなる発作または損傷を引き起こす場合、疾患または病変が起こる。
これらの疾患の発症は、しばしば多段階経路およびしばしば複数の異なる生体系／生物学的経路に関与するが、１つまたは複数のこれらの経路における臨界点での介入が改善効果または治療効果を示し得る。有害な過程／経路の拮抗作用または有益な過程／経路の刺激のいずれかによって治療介入を行うことができる。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物免疫応答の重要な構成要素である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己分子に関連する抗原を認識する。抗原を、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上のＭＨＣ分子と共に提示することができる。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物の健康に害を及ぼすこれらの変化した細胞を排除する。Ｔ細胞には、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体の認識後に大規模に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、および免疫応答に関与する種々の他の細胞の活性化で中心的な役割を果たす種々のサイトカイン（すなわち、リンフォカイン）を分泌する。
多くの免疫応答では、炎症細胞が損傷部位または感染部位に浸潤する。移動細胞は、罹患組織の組織学的試験によって決定することができる好中球、好酸球、単球、またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が公知であり、広く研究されている。このような疾患には、免疫介在炎症疾患（関節リウマチ、免疫介在腎臓疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬、および喘息など）、非免疫介在炎症疾患、感染症、免疫不全、新形成、および移植片拒絶などが含まれる。免疫学領域では、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。
免疫学領域では、本明細書中で、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。免疫関連障害を、ある場合において、免疫応答の抑制によって治療することができる。免疫刺激活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫介在疾患および炎症疾患の治療で有利であろう。免疫応答を阻害する分子（直接または抗体作用剤の使用を介したタンパク質）を使用して、免疫応答を阻害し、免疫関連疾患を改善することができる。
以下の試験を行った。
血清免疫グロブリンアイソタイピングアッセイ：
Ｃｙｔｏｍｅｔｒｉｃ Ｂｅａｄ Ａｒｒａｙ（ＣＢＡ）キットを使用して、血清免疫グロブリンアイソタイピングアッセイを行う。このアッセイを使用して、１つのサンプル中のマウスモノクローナル抗体の重鎖および軽鎖のアイソタイプを迅速に同定する。示される値は、「相対蛍光単位」であり、κ軽鎖の検出に基づく。６未満のいかなる値も有意ではない。
結果：
血清Ｉｍｍ．２：１匹の（−／−）マウスが、その（＋／＋）同腹仔、計画実行内の（＋／＋）マウスおよび歴史的平均と比較して、平均血清中ＩｇＧ２ｂレベルの上昇を示した。
血液学分析：
試験の説明：Ａｂｂｏｔｔ’ｓ Ｃｅｌｌ−Ｄｙｎ ３５００Ｒ（自動血液学分析器）によって血液試験を行う。いくつかのその特徴には、５つの白血球分類が含まれる。「患者」報告は、全部で２２個のパラメータを対象とすることができる。
血液学：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均赤血球細胞の分布幅および血小板数の増加を示した。
従って、ＤＮＡ８１７５７−２５１２遺伝子が欠損した変異マウスは、凝血障害に関連した表現型をもたらした。
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。２匹の野生型マウスおよび１匹のホモ接合性マウスにおいてＦＡＣＳ解析を行い、それには胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞が含まれていた。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得た。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウエアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析した。
結果：
ＦＡＣＳ３：解析した１匹の（−／−）マウスが、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、Ｂ細胞の平均パーセンテージの増加を特徴とする末梢血中の白血球サブセットの分布の変化を示した。従って、ＰＲＯ１８６５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、Ｂ細胞産生の負の制御因子として機能する。
（ｄ）骨代謝および全身診断学
（１）組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、野生型マウスおよび１匹のホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウエアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総組織質量、除脂肪体重ならびに骨塩量および骨塩密度の測定値の著しい低下を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均皮質厚および断面積の著しい減少を示した。
血圧：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、収縮期血圧の低下を示した。
ＰＲＯ１８６５ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。このように、ＰＲＯ１８６５ポリペプチドもしくはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ１８６５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
さらに、ＤＥＸＡおよびマイクロＣＴによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨測定値の減少および体重の測定値の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。また、平均全組織量および除脂肪体重の減少は、成長遅延および組織消耗性障害に関連する代謝障害を示す。その負の骨表現型は、ＰＲＯ１８６５ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ１８６５ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ１８６５ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｅ）表現型解析：代謝−血液化学
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。血糖値の測定に加えて、以下の血液化学試験もまた日常的に行う：アルカリホスファターゼ；アラニンアミノ−トランスフェラーゼ；アルブミン；ビリルビン；亜リン酸；クレアチニン；ＢＵＮ＝血中尿素窒素；カルシウム；尿酸；ナトリウム；カリウム；および塩化物。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、インスリン感度およびグルコース代謝の変化を測定する耐糖能試験を含む。異常な耐糖能試験結果は、以下の障害または状態：１型糖尿病および２型糖尿病、シンドロームＸ、様々な循環器疾患および／または肥満症を示唆し得るが、これらに限定されない。
結果：
血液化学：分析した１匹の（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔のものおよび歴史的平均と比較した場合、平均血清アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの増加を示した。アルブミンレベルは、重篤な脱水症を強く示唆した。
経口グルコース：解析に利用可能な１匹の雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均空腹時血清グルコースレベルの低下を示した。
（ｆ）成体皮膚細胞増殖：
手順：皮膚細胞を１６週齢の動物（２匹の野生型マウスおよび１匹のホモ接合性マウス）から単離した。これらを、初代線維芽細胞培養物に発達させて、その線維芽細胞増殖速度を厳密に制御されたプロトコルにおいて測定した。このアッセイが過剰増殖性表現型および低増殖性表現型を検出する能力は、ｐ５３およびＫｕ８０で証明されている。Ｂｒｄｕ取り込みを使用して増殖を測定した。
詳細には、これらの研究において、皮膚線維芽細胞増殖アッセイを使用した。標準化された培養物中の細胞数の増加を、相対的な増殖性能力の基準として使用した。野生型マウスおよび変異マウスから採取した皮膚バイオプシーから初代線維芽細胞を確立した。５万個の細胞の２連または３連の培養物を播種し、６日間生育させた。培養期間の終わりに、培養物中に存在する細胞の数を、電子粒子カウンターを使用して測定した。
結果：
皮膚増殖：雌（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均皮膚線維芽細胞増殖速度が低下したことを示した。
したがって、ホモ接合体変異マウスは、低増殖表現型を示した。これらの観察結果によって示唆されるように、ＰＲＯ１８６５ポリペプチドのアンタゴニストまたはインヒビターは、この低増殖性の表現型を模倣し得る。
（ｇ）心血管表現型解析
心血管生物学領域では、心血管障害、内皮障害、または血管障害の治療のための潜在的標的を同定するために表現型試験を行った。１つのこのような表現型試験には、種々の眼の異常を合図するための網膜動静脈比（Ａ／Ｖ比）を決定するための眼底撮影法および血管造影法が含まれた。異常なＡ／Ｖ比は、高血圧の血管疾患（および高血圧を引き起こす任意の疾患（例えば、アテローム性動脈硬化症））、糖尿病、または眼科疾患に対応する他の眼疾患に関連し得るこのような全身疾患または障害を示す。このような眼の異常には、以下が含まれ得るがこれらに限定されない：網膜の異常は、以下である：網膜の形成異常、種々の網膜症、再狭窄、網膜動脈閉鎖又は閉塞；網膜血管系の二次的萎縮を生じる網膜変性、色素性網膜炎、黄斑変性、シュタルガルト病、先天性停在夜盲症、コロイデレミア、回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群（Ａｌｓｔｏｍ’ｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、コケーン症候群、先天性脊骨端形成異常（ｄｙｓｐｌａｉｓａ ｓｐｏｎｄｙｌｏｅｐｉｐｈｙｓａｒｉａ ｃｏｎｇｅｎｔｉａ）、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルヒ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポ蛋白血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症、またはマンノシドーシス。
手順：４匹の野生型、４匹のヘテロ接合体、および１匹のホモ接合体のコホートを、このアッセイで試験した。Ｈａｗｅｓ ａｎｄ ｃｏａｕｔｈｏｒｓ（Ｈａｗｅｓら、１９９９ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｖｉｓｉｏｎ １９９９；５：２２）にしたがって修正したＫｏｗａ Ｇｅｎｅｓｉｓ小動物用眼底カメラを使用して、意識のある動物に対して眼底撮影法を行った。フルオレセインの腹腔内注射によって、各試験についての直接照明眼底画像および蛍光血管造影図を取得した。直接的な眼科的変化に加えて、この試験は、糖尿病およびアテローム性動脈硬化症などの全身疾患または他の網膜異常に関連した網膜の変化を検出することができる。通常の光線下の眼底写真を得た。血管造影により、眼の動脈および静脈を試験することが可能であった。さらに、眼の動脈−静脈（Ａ／Ｖ）比を決定した。
上記プロトコルを使用して、作製したＦ２野生型、ヘテロ接合体、およびホモ接合体変異子孫に対して眼科学分析を行った。詳細には、Ｋｏｗａ ＣＯＭＩＴ＋ソフトウエアを使用した眼底画像に従ってＡ／Ｖ比を測定し、計算した。この試験は、瞳孔散大によってカラー写真を撮影する。この画像は、多くの疾患の検出および分類に役立つ。動脈−静脈比（Ａ／Ｖ）は、静脈の直径に対する動脈の直径の比である（血管の分岐前に測定する）。多くの疾患（すなわち、糖尿病、心血管障害、乳頭浮腫、視神経萎縮、他の眼の異常（網膜変性（色素性網膜炎として公知）など）、網膜の形成異常、視覚問題、または失明）がこの比に影響を及ぼす。したがって、野生型（＋／＋）同腹仔と比較してホモ接合体（−／−）およびヘテロ接合体（＋／−）変異子孫の動脈−静脈比が増加する表現型所見は、このような病的状態を示すであろう。
結果：
眼底：解析した（−／−）マウスは、両側性視神経円板病変を示した。
４６．２８．ＤＮＡ５４００９−２５１７（ＵＮＱ８６３）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１８７９ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ５４００９−２５１７と命名）（ＵＮＱ８６３）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＢＣ０３３４５２ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ溶質キャリアファミリー３０（亜鉛トランスポーター）、メンバー５、ｍＲＮＡ（ｃＤＮＡクローンＭＧＣ：２７７８３ ＩＭＡＧＥ：３１５６６２２）；参照タンパク質：Ｑ８Ｒ４Ｈ９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８Ｒ４Ｈ９ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．亜鉛トランスポーター５（亜鉛トランスポーターＺＴＬ１と類似）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０２２９０２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２２９０２ ＮＩＤ：ｇｉ２００７０３２２ ｒｅｆ ＮＭ＿０２２９０２．２ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ溶質キャリアファミリー３０（亜鉛トランスポーター）、メンバー５（ＳＬＣ３０Ａ５）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ８ＴＡＤ４ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＴＡＤ４ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．亜鉛トランスポーター５（亜鉛トランスポーターＺｎＴ−５）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＳＬＣ３０Ａ５のオルソログであるＳｌｃ３０ａ５（溶質キャリアファミリー３０［亜鉛トランスポーター］、メンバー５）である。別名としては、ＺＮＴ５、ＺＴＬ１、ＺｎＴ−５、Ｚｎｔｌ１、１８１００１０Ｋ０８Ｒｉｋ、ＭＧＣ５４９９、ＦＬＪ１２４９６およびＦＬＪ１２７５６が挙げられる。
ＳＬＣ３０Ａ５は、亜鉛トランスポーターとして機能する内在性膜タンパク質である。ＳＬＣ３０Ａ５の発現は、明らかに遍在性であるが、膵ベータ細胞分泌顆粒上での発現が最も高く、ＳＬＣ３０Ａ５は、高濃度の亜鉛を含む。ＳＬＣ３０Ａ５は、腸細胞の頂端膜表面上にも発現し、食事性亜鉛の吸収に関与する可能性がある（Ｋａｍｂｅら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７７：１９０４９−５５（２００２）；Ｃｒａｇｇら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７７：２２７８９−９７（２００２））。ＳＬＣ３０Ａ５は、トランスゴルジネットワーク上にも存在し、低レベルの亜鉛によってアップレギュレートされる（Ｄｅｖｅｒｇｎａｓら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ：６８：６９９−７０９（２００４））。
Ｉｎｏｕｅおよび共同研究者［Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ：１１：１７７５−８４（２００２）］は、ノックアウトマウスを用いてＳＬＣ３０Ａ５の生理学的役割を研究した。ＳＬＣ３０Ａ５ホモ接合性ヌルマウスは、成長が悪く、骨芽細胞の成熟が損なわれ、その結果、骨密度の低下がもたらされた。さらに、雄ＳＬＣ３０Ａ５ホモ接合性ヌルマウスの６０％は、徐脈性不整脈のために急死した。Ｉｎｏｕｅおよび共同研究者は、ＳＬＣ３０Ａ５が、骨芽細胞の成熟および心臓伝導系の細胞の維持において重要な役割を果たし得ると結論づけた。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２１ ４４ ２０ ８５
予測値 ２１．２５ ４２．５ ２１．２５ ８５
カイ二乗値＝１．２１ 有意性＝０．５４６０７４４（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２７ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン９〜１３をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２２８８５．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．２８．１．表現型解析（破壊遺伝子ＤＮＡ５４００９−２５１７（ＵＮＱ８６３）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト溶質キャリアファミリー３０（亜鉛トランスポーター）、メンバー５（ＳＬＣ３０Ａ５）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、小さい（−／−）マウスがもたらされた。ホモ接合性変異マウスは、その性別一致野生型同腹仔よりも小さく、その差は、雄においてより顕著であった。さらに、ホモ接合性マウスは、総組織質量、除脂肪体重の減少および骨関連測定値の減少を示した。変異体は、反転スクリーン試験中に運動力／運動協調の障害も示した。雄の不妊は、ヘテロ接合性変異体においてみられた。さらに、（−／−）マウスは、全白血球（ＷＢＣ）数および絶対リンパ球数の増加を示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験には、不安、活動レベルおよび探索を測定するためのオープンフィールドが含まれていた。
反転スクリーン試験：
行動スクリーニングを、野生型、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験には、不安、活動レベルおよび探索を測定するためのオープンフィールドが含まれていた。
反転スクリーン試験データ：
反転するスクリーンを使用して、運動力／共調を測定する。訓練されていないマウスを、金属棒上に水平に配置した正方形（７．５ｃｍ×７．５ｃｍ）のワイヤースクリーンの上に個別に置いた。次いで、マウスがスクリーン下になるように、その棒を１８０°回転させた。以下の行動応答を、１分間の試験にわたって記録した：落下、登上せず、および登上。
結果：
遺伝子型 落下率 ％ 登上率 ％
＋／＋（ｎ＝８） １／８ １３ ７／８ ８７．５
−／−（ｎ＝８） ８／８ １００ ０／８ ０
運動力の欠損は、（−／−）マウスまたは（＋／−）マウスと（＋／＋）マウスとの間で落下応答が５０％異なる場合に明らかである。登上しなかった０／８もしくは１／８匹の（−／−）マウスまたは（＋／−）マウスは、運動協調性障害を示す。登上した７／８もしくは８／８匹の（−／−）マウスまたは（＋／−）マウスは、運動協調性の増強を示す。
反転スクリーン試験を、基本的な感覚および運動観察を測定するように設定する：
反転スクリーン：８匹すべての（−／−）マウスが、反転スクリーンから落下したのに対し、（＋／＋）マウスの１／８匹だけが、落下したことから、変異体における運動力／運動協調の障害が示唆される。
（ｃ）骨代謝および全身診断学
（１）組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。
生殖能力：解析した雄（−／−）マウスは、交配の４０日後に子孫をもうけなかった。
血圧：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均収縮期血圧の低下を示した。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ

・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、野生型マウスおよびホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウエアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総組織質量および除脂肪体重の減少を示した。雄と雌の両方の（−／−）マウスが、平均骨塩量および骨塩密度の測定値の減少を示した。雌（−／−）マウスは、ＢＭＣ／ＬＢＭ比の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、椎骨骨梁骨の平均測定値の著しい減少ならびに大腿骨中軸の平均皮質厚および断面積の著しい減少を示した。
ＰＲＯ１８７９ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。このように、ＰＲＯ１８７９ポリペプチドもしくはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ１８７９ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
また、ＤＥＸＡおよびマイクロＣＴによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較した場合、骨測定値の減少およびボディマス測定値の減少を示し、異常な骨障害が示唆された。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。また、平均全組織量および除脂肪体重の減少は、成長遅延および組織消耗性障害に関連する代謝障害を示す。その負の骨表現型は、ＰＲＯ１８７９ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ１８７９ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ１８７９ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｄ）免疫表現型解析
免疫関連疾患および炎症疾患は、通常の生理学では発作または損傷に応答し、発作または損傷からの修復を開始し、外来生物に対する先天性および後天性防御を増加させるために極めて重要な非常に複雑でしばしば複数の相互関連した生物学的経路の徴候および結果である。これらの正常な生理学的経路が応答強度の直接的関連、異常な制御または過剰な刺激の結果、自己反応、またはこれらの組み合わせとしてさらなる発作または損傷を引き起こす場合、疾患または病変が起こる。
これらの疾患の発症は、しばしば多段階経路およびしばしば複数の異なる生体系／生物学的経路に関与するが、１つまたは複数のこれらの経路における臨界点での介入が改善効果または治療効果を示し得る。有害な過程／経路の拮抗作用または有益な過程／経路の刺激のいずれかによって治療介入を行うことができる。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物免疫応答の重要な構成要素である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己分子に関連する抗原を認識する。抗原を、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上のＭＨＣ分子と共に提示することができる。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物の健康に害を及ぼすこれらの変化した細胞を排除する。Ｔ細胞には、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が含まれる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体の認識後に大規模に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、および免疫応答に関与する種々の他の細胞の活性化で中心的な役割を果たす種々のサイトカイン（すなわち、リンフォカイン）を分泌する。
多くの免疫応答では、炎症細胞が損傷部位または感染部位に浸潤する。移動細胞は、罹患組織の組織学的試験によって決定することができる好中球、好酸球、単球、またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が公知であり、広く研究されている。このような疾患には、免疫介在炎症疾患（関節リウマチ、免疫介在腎臓疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬、および喘息など）、非免疫介在炎症疾患、感染症、免疫不全、新形成、および移植片拒絶などが含まれる。免疫学領域では、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。
免疫学領域では、本明細書中で、炎症および炎症障害の治療のための標的を同定した。免疫関連障害を、ある場合において、免疫応答の抑制によって治療することができる。免疫刺激活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫介在疾患および炎症疾患の治療で有利であろう。免疫応答を阻害する分子（直接または抗体作用剤の使用を介したタンパク質）を使用して、免疫応答を阻害し、免疫関連疾患を改善することができる。
以下の試験を行った。
血液学解析：
試験の説明：血液試験は、Ａｂｂｏｔｔ社のＣｅｌｌ−Ｄｙｎ３５００Ｒ自動血液学分析装置によって行う。その特徴の一部としては、５種類の白血球分画が挙げられる。「患者」レポートには、全部で２２を超えるパラメータが含まれ得る。
血液学：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均全白血球および絶対リンパ球数の増加を示した。
４６．２９．ＤＮＡ９２２１９−２５４１（ＵＮＱ１８３３）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ３４４６ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ９２２１９−２５４１と命名）（ＵＮＱ１８３３）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＡＫ０１２１５７ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ １０日目の胚全体のｃＤＮＡ、ＲＩＫＥＮ完全長高含有ライブラリー、クローン：２６１０５２８Ａ１１産物：未知のＥＳＴ、全挿入配列；参照タンパク質：ＣＡＤ２０７０５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＣＡＤ２０７０５ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ無名タンパク質産物ｇｅｎｐｅｐｔ；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿２０７３７３ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ １０番染色体オープンリーディングフレーム９９（Ｃ１０ｏｒｆ９９）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：ＮＰ＿９９７２５６ １０番染色体オープンリーディングフレーム９９［Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ］。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＣ１０ｏｒｆ９９（１０番染色体オープンリーディングフレーム９９）のオルソログであるＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２６１０５２８Ａ１１遺伝子である。別名としては、ＵＮＱ１８３３およびＦＬＪ２１７６３が挙げられる。
Ｃ１０ｏｒｆ９９は、推定分泌タンパク質である（Ｃｌａｒｋら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ：１３：２２６５−７０（２００３））。このタンパク質は、８１アミノ酸からなり、シグナルペプチドを含む。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １８ ３６ ２３ ７７
予測値 １９．２５ ３８．５ １９．２５ ７７
カイ二乗値＝０．７３ 有意性＝０．６９４１９６６４（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２７ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１および２をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＡＫ０１２１５７）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（肝臓、骨格筋、骨および心臓）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。４６．２９．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ９２２１９−２５４１（ＵＮＱ１８３３）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト１０番染色体オープンリーディングフレーム９９（Ｃ１０ｏｒｆ９９）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、体長の減少を示す（−／−）マウスがもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学
組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよび２匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
変異（−／−）マウスは、その野生型（＋／＋）同腹仔対照および歴史的平均と比較して、体長測定値の減少を示した。従って、変異（−／−）マウスは、成長遅延を示した。
４６．３０．ＤＮＡ８６５７１−２５５１（ＵＮＱ１８３５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ３５４３ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ８６５７１−２５５１と命名）（ＵＮＱ１８３５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿００９９７９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿００９９７９ ＮＩＤ：ｇｉ６７５３５４５ ｒｅｆ ＮＭ＿００９９７９．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓシスタチン９（Ｃｓｔ９）；参照タンパク質：Ｑ９Ｚ０Ｈ６ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｚ０Ｈ６ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．シスタチン９前駆体（Ｔｅｓｔａｔｉｎ）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０８０６１０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０８０６１０ ＮＩＤ：ｇｉ１８１０４９３９ ｒｅｆ ＮＭ＿０８０６１０．１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓシスタチン９様（マウス）（ＣＳＴ９Ｌ）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９Ｈ４Ｇ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｈ４Ｇ１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．シスタチン９様前駆体。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＣＳＴ９Ｌ（シスタチン９様［マウス］）のオルソログであるＣｓｔ９（シスタチン９）である。別名としては、ｔｅｓｔａｔｉｎ、Ｍ１２およびｂＡ２１８Ｃ１４．１が挙げられる。
ＣＳＴ９Ｌは、胎児の性腺および成体の精巣において主に発現する分泌タンパク質である（Ｔｏｈｏｎｅｎら、１９９８；Ｅｒｉｋｓｓｏｎら、２００２）。このタンパク質は、活性に欠かせないアミノ酸を有していないとみられる、シグナルペプチドおよびシスタチンドメインを含むプロテアーゼインヒビターのシスタチンファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０００３１）に属する。成体動物では、ＣＳＴ９Ｌは、セルトリ細胞および前精原細胞において発現する（Ｋａｎｎｏら、１９９９）。ＣＳＴ９Ｌは、生殖に関与する可能性がある（ＣｏｒｎｗａｌｌおよびＨｓｉａ，２００３）。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １３ ４０ １８ ７１
予測値 １７．７５ ３５．５ １７．７５ ７１
カイ二乗値＝６．９１ 有意性＝０．０３１５８７３０６（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２９ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１および２をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿００９９７９．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３の成体組織サンプルのうち、眼、胸腺、肺、心臓および脂肪において標的遺伝子の発現を検出した。
ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３０．１．表現型解析（破壊遺伝子ＤＮＡ８６５７１−２５５１（ＵＮＱ１８３５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトシスタチン９様（マウス）（ＣＳＴ９Ｌ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、骨塩密度の測定値の増加を示す変異（−／−）マウスがもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学／放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および全組織量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、４匹の野生型マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウエアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均皮質厚の増加を示した。
要約すると、（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、大腿骨の測定値の増加を示した。これらの結果から、ノックアウト変異表現型が、大理石骨病のような骨の異常に関連し得ることが示唆される。大理石骨病は、骨の異常な肥厚および硬化ならびに骨の異常な脆弱性を特徴とする状態である。そのため、ＰＲＯ３５４３ポリペプチドまたはそのアゴニストは、大理石骨病または他の骨関連疾患の処置に有益であり得る。他方で、ＰＲＯ３５４３ポリペプチドのインヒビターまたはアンタゴニストは、骨の治癒に有用であり得る。
４６．３１．ＤＮＡ７７６２９−２５７３（ＵＮＱ１８８５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ４３２９ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ７７６２９−２５７３と命名）（ＵＮＱ１８８５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１７７１９３ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ Ｂ９３００５２Ａ０４遺伝子（Ｂ９３００５２Ａ０４Ｒｉｋ）；参照タンパク質：Ｑ５ＲＫＲ３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ５ＲＫＲ３ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ Ｂ９３００５２Ａ０４遺伝子；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０２０８５１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ＫＩＡＡ１４６５タンパク質（ＫＩＡＡ１４６５）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ６ＵＸＫ２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６ＵＸＫ２ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ＦＰＬＲ１８８５。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＫＩＡＡ１４６５タンパク質のオルソログであるＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ Ｂ９３００５２Ａ０４遺伝子である。別名としては、ｍＫＩＡＡ１４６５およびＫＩＡＡ１４６５が挙げられる。
ＫＩＡＡ１４６５タンパク質（Ｏｋａｚａｋｉら、ＤＮＡ Ｒｅｓ：１０：１６７−８０（２００３））は、シグナルペプチド、いくつかのロイシンリッチリピート、免疫グロブリン（Ｉｇ）様ドメイン、膜貫通セグメントおよび細胞質Ｃ末端ドメインを含む推定原形質膜タンパク質（Ｃｌａｒｋら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ：１３：２２６５−７０（２００３））である。その細胞外ロイシンリッチリピートおよびＩｇ様ドメインは、しばしばタンパク質−タンパク質相互作用に関与する。このドメインの組成および予測される膜トポロジーから、ＫＩＡＡ１４６５タンパク質が、細胞接着分子またはシグナル伝達レセプターとして機能することが示唆される。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ５ １７ ０ ２２
予測値 ５．５ １１ ５．５ ２２
カイ二乗値＝５．４７ 有意性＝０．０６４８９４０１（ｈｏｍ／ｎ）＝０．１４ 平均同腹仔数＝７
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、２つのエキソンからなり、エキソン２に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１７７１９３．４）。エキソン２をターゲティングした。
１．野生型発現パネル：標的遺伝子の発現は、ＲＴ−ＰＣＲによって試験された胚性幹（ＥＳ）細胞ならびに１３の成体組織サンプルのうち、脳、脊髄、眼、および脾臓において検出された。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３１．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ７７６２９−２５７３（ＵＮＱ１８８５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト仮説タンパク質（ＫＩＡＡ１４６５）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスの致死性がもたらされた。ヘテロ接合性変異マウスは、平均体重および平均体長、総組織質量、除脂肪体重、骨塩量、全身の骨塩密度ならびに椎骨の骨塩密度の減少を含む成長遅延の徴候を示した。さらに、ヘテロ接合性マウスは、その野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、血清中アラニンアミノトランスフェラーゼレベルの上昇、涙の産生の減少および神経性の異常を示した。ヘテロ接合性マウスは、仔を育てないために乳母が必要であり、闘争による傷を示し、そして、産仔数が少なかった。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
致死性の胚の発達異常に関連する考察：
ノックアウトマウスにおける胚性致死は、通常、種々の重篤な発生上の問題（神経変性疾患、血管障害、炎症性疾患が挙げられるが、これらに限定されない）によって生じるか、または遺伝子／タンパク質が多くの細胞型において基礎的な細胞シグナル伝達プロセスで重要な役割を果たす場合に生じる。さらに、胚性致死マウスは、潜在的な癌モデルとして有用である。同様に、対応するヘテロ接合性（＋／−）変異動物は、これらがノックアウトされた遺伝子の機能に関する非常に有益なてがかりを明らかにする表現型および／または病理学報告を示す場合に特に有用である。例えば、ＥＰＯノックアウト動物は胚致死性を示したが、胚に関する病理学報告は、ＲＢＣの著しい欠如を示した。
（ｂ）病理学
顕微鏡的：胚致死性により、顕微鏡解析は行なわれなかった。１２．５日目に、２３個の胚：４個の（−／−）胚、９個の（＋／−）胚、６個の（＋／＋）胚、および４個の再吸収モルが観察された。組織学的像により、水頭症の可能性が示唆された。
遺伝子発現：ＬａｃＺ活性は、免疫組織化学の解析によって組織パネル中に検出されなかった。
（ｃ）骨代謝および全身診断学
（１）組織量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、およびヘテロ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して全組織量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
明らかな結果：（＋／−）マウスは、生殖に明らかな問題があり、産仔数が少なかった。母親は、その子を共食いし、また、乳汁分泌が不十分であったので、新生仔のために乳母が必要であった。数匹の雄および雌（＋／−）マウスは、繁殖中に負った闘争による傷が原因で死亡し、多くの雌（＋／−）マウスは、決して妊娠しなかった。
体重：（＋／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：（＋／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、およびヘテロ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、野生型マウスおよびヘテロ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウエアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄と雌の両方の（＋／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総組織質量、除脂肪体重および骨塩量、全身ｖＢＭＤ、全身の骨塩密度ならびに椎骨の骨塩密度の測定値の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（＋／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均皮質厚および断面積の減少を示した。
ＰＲＯ４３２９ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（＋／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。このように、ＰＲＯ４３２９ポリペプチドもしくはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ４３２９ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
さらに、ＤＥＸＡおよびマイクロＣＴによって解析した（＋／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨測定値の減少および骨量の測定値の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。このように、（＋／−）マウスは、負の骨表現型を示した。また、平均総組織マスおよび除脂肪体重の減少は、成長遅延および組織消耗性障害に関連する代謝障害を示す。その負の骨表現型は、ＰＲＯ４３２９ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ４３２９ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ４３２９ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｄ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型、ヘテロ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験には、不安、活動レベルおよび探索を測定するためのオープンフィールドが含まれていた。
オープンフィールド試験：
公知の薬物のいくつかの標的は、オープンフィールド試験において表現型を示した。これらとしては、セロトニン（ｓｅｒａｔｏｎｉｎ）トランスポーター、ドーパミントランスポーター（Ｇｉｒｏｓら、Ｎａｔｕｒｅ．１９９６ Ｆｅｂ １５；３７９（６５６６）：６０６−１２）およびＧＡＢＡレセプター（Ｈｏｍａｎｉｃｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．１９９７ Ａｐｒ １５；９４（８）：４１４３−８）のノックアウトを含む。自動化されたオープンフィールドアッセイをカスタマイズして、感情状態に関連する変化および学習に関する探索パターンを扱った。まず、フィールド（４０×４０ｃｍ）をマウスに対して比較的大きくなるように選択することによって探索に関連する自発運動の変化を取り上げるように設計した。さらに、４つの穴を床に設け、探索に特に関連する活動である鼻の突っ込みを可能にした。この試験に関連した感情状態を高めるためにいくつかの因子を設けた。オープンフィールド試験は、マウスが試験される最初の実験的手順であり、なされる測定は被験体のチャンバーとの最初の経験であった。さらに、オープンフィールドは明るく照らした。これらの因子のすべてによって、新しい開放性空間に関連する天然の不安が高められる。次いで、探索活動のパターンおよび程度ならびに特に中心からの全移動距離比は、不安または抑鬱症に対する罹りやすさに関する変化を識別することができる。３つの異なったレベルでの赤外線ビームを用いた大きな活動領域（４０ｃｍ×４０ｃｍ、ＡｃｃｕＳｃａｎ ＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓのＶｅｒｓａＭａｘ動物活動性モニターシステム）を用いて、直立、穴への突っ込みおよび自発運動を記録した。動物を中心に置き、その活動を２０分間測定した。この試験のデータを４分間隔で５回分析した。全移動距離（ｃｍ）、垂直移動回数（直立）、穴突っ込み回数および中心からの全移動距離比を記録した。
マウスが新しい環境に対して正常な慣れ応答を示す傾向を、５回の間隔にわたるその水平自発運動の変化すべてを測定することにより評価する。経時的な活動性の変化のこの算定傾きは、絶対値ではなく正規化された全移動距離を使用して決定する。傾きは５回の間隔のそれぞれにおける正規化された活動を通しての回帰直線から決定する。正常な慣れは、負の傾きの値によって表される。
結果：
オープンフィールド２：（＋／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、総移動距離の合計の増加および中心からの総移動距離の減少を示したことから、変異体における探索活動および異常な探索応答の増加が示唆される。（＋／−）マウスは、正規化された傾きの中央値の増加も示したことから、異常な慣れ応答が示唆される。従って、（＋／−）マウスは、過剰な活動亢進を特徴とする著しく強い不安応答を示した。
要約すると、オープンフィールド試験から、ヘテロ接合体における不安の増大に関連する表現型（軽度から中程度の不安、全般的病状による不安および／もしくは双極性障害；活動亢進；感覚障害；強迫性障害、精神分裂病または妄想性人格障害に関連し得るもの）が明らかになった。
（ｅ）表現型解析：代謝−血液化学
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。血糖値の測定に加えて、以下の血液化学試験もまた日常的に行う：アルカリホスファターゼ；アラニンアミノ−トランスフェラーゼ；アルブミン；ビリルビン；亜リン酸；クレアチニン；ＢＵＮ＝血中尿素窒素；カルシウム；尿酸；ナトリウム；カリウム；および塩化物。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、インスリン感度およびグルコース代謝の変化を測定する耐糖能試験を含む。異常な耐糖能試験結果は、以下の障害または状態：１型糖尿病および２型糖尿病、シンドロームＸ、様々な循環器疾患および／または肥満症を示唆し得るが、これらに限定されない。
結果：
血液化学：（＋／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、血清中アラニンアミノトランスフェラーゼレベルの中央値の増加を示した。
４６．３２．ＤＮＡ８７９７６−２５９３（ＵＮＱ１９０６）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ４３５２ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ８７９７６−２５９３と命名）（ＵＮＱ１９０６）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０５３１４３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０５３１４３ ＮＩＤ：ｇｉ１８０８７７９６ ｒｅｆ ＮＭ＿０５３１４３．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ プロトカドヘリンベータ１８（Ｐｃｄｈｂ１８）；参照タンパク質：Ｑ９１Ｙ０２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９１Ｙ０２ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．プロトカドヘリンベータ１８；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０１８９３０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０１８９３０ ＮＩＤ：ｇｉ５２４８６０３６ ｒｅｆ ＮＭ＿０１８９３０．３ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓプロトカドヘリンベータ１０（ＰＣＤＨＢ１０）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＵＮ６７ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＵＮ６７ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．プロトカドヘリンベータ１０前駆体（ＰＣＤＨ−ベータ１０）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＰＣＤＨＢ１０（プロトカドヘリンベータ１０）のオルソログであるＰｃｄｈｂ１８（プロトカドヘリンベータ１８）である。別名としては、Ｐｃｄｈｂ９、ＰｃｄｈｂＲおよびＰＣＤＨ−ベータ１０が挙げられる。
ＰＣＤＨＢ１０は、細胞接着分子として機能し得るカドヘリンスーパーファミリーのＩ型内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、シグナルペプチド、６つのカドヘリンドメイン、膜貫通セグメントおよび短い細胞質テイルを含む。ＰＣＤＨＢ１０は、他の細胞上で発現している他のＰＣＤＨＢ１０分子と結合する可能性があり、また、形態形成およびシナプス回路形成に関与する可能性がある（ＦｒａｎｋおよびＫｅｍｌｅｒ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ：１４：５５７−６２（２００２）；Ｎｏｌｌｅｔら、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ：２９９：５５１−７２（２０００）；Ｗｕら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ：１１：３８９−４０４（２００１）；ＹａｇｉおよびＴａｋｅｉｃｈｉ，Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ：１４：１１６９−８０（２０００））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １９ ２４ １９ ６２
予測値 １５．５ ３１ １５．５ ６２
カイ二乗値＝１．１１ 有意性＝０．５７４０７２２４（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２８ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０５３１４３．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋、骨、胃、小腸および結腸、ならびに脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３２．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ８７９７６−２５９３（ＵＮＱ１９０６）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトプロトカドヘリンベータ１０（ＰＣＤＨＢ１０）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、雌（−／−）マウスにおいて皮膚線維芽細胞の増殖速度の低下がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）成体皮膚細胞の増殖：
手順：１６週齢の動物（２匹の野生型および４匹のホモ接合体）から皮膚細胞を単離した。これらを、初代線維芽細胞培養物中で成長させ、線維芽細胞の増殖速度を厳格に規制したプロトコルで測定した。このアッセイが高増殖表現型および低増殖表現型を検出する能力を、ｐ５３およびＫｕ８０を使用して証明した。Ｂｒｄｕ組み込みを使用して、増殖を測定した。
詳細には、これらの研究では、皮膚線維芽細胞増殖アッセイを使用した。標準化培養物中での細胞数の増加を、相対増殖能の基準として使用した。初代線維芽細胞を、野生型マウスおよび変異マウスから採取した皮膚生検から確立した。５万個の細胞の２連または３連の培養物をプレートし、６日間成長させた。培養終了後、培養物中に存在する細胞数を、電子粒子計数器を使用して決定した。
結果：
皮膚増殖：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均皮膚線維芽細胞増殖速度が減少した。
したがって、ホモ接合体変異マウスは、低増殖表現型を示した。これらの観察結果によって示唆されるように、ＰＲＯ４３５２ポリペプチドのアンタゴニストまたはインヒビターは、この低増殖性の表現型を模倣し得、腫瘍抑制因子として機能し得、そして、異常な細胞増殖の低下に有用であり得る。
４６．３３．ＤＮＡ８２３４３（ＵＮＱ２４５３）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ５７３３ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ８２３４３と命名）（ＵＮＱ２４５３）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２６３２８ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２６３２８ ＮＩＤ：ｇｉ１３３８５８２３ ｒｅｆ ＮＭ＿０２６３２８．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２０１０００２Ｌ１５遺伝子（２０１０００２Ｌ１５Ｒｉｋ）；参照タンパク質：Ｑ９Ｄ８Ｇ５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｄ８Ｇ５ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．２０１０００２Ｌ１５ＲＩＫタンパク質（ＲＩＫＥＮ ＣＤＮＡ ２０１０００２Ｌ１５遺伝子）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０３２０４４ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０３２０４４ ＮＩＤ：ｇｉ１４０４２９７９ ｒｅｆ ＮＭ＿０３２０４４．１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ再生遺伝子ＩＶ型（ＲＥＧ−ＩＶ）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＢＹＺ８ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＢＹＺ８ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．再生遺伝子ＩＶ型（再生遺伝子ＩＶ型前駆体）（消化管分泌タンパク質ＧＩＳＰ）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＲＥＧ４のオルソログであるＲｅｇ４（再生膵島由来ファミリー、メンバー４）である。別名としては、ＧＩＳＰ、ＲＥＬＰ、ＲＥＧ−ＩＶおよび２０１０００２Ｌ１５Ｒｉｋが挙げられる。
ＲＥＧ４は、主に小腸の神経内分泌細胞および胃粘膜の壁細胞において発現する分泌タンパク質である（Ｋａｍａｒａｉｎｅｎら、Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ：１６３：１１−２０（２００３））。このタンパク質は、シグナルペプチドおよびＣ型レクチンドメインを含み（Ｈａｒｔｕｐｅｅら、Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ：１５１８：２８７−９３（２００１））、カルシウム依存性様式で炭水化物残基と結合することができる（ＰｆａｍアクセッションＰＦ０００５９）。ＲＥＧ４は、潰瘍性大腸炎またはクローン病を有する個体の炎症性の粘膜上皮においてアップレギュレートされることが多く、このことから、ＲＥＧ４が、消化管上皮における炎症性応答に関与し得ることが示唆される（Ｈａｒｔｕｐｅｅら、Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ：１５１８：２８７−９３（２００１））；Ｋａｍａｒａｉｎｅｎら、Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ：１６３：１１−２０（２００３））。ＲＥＧ４は、大腸腺腫および癌腫において頻繁にアップレギュレートされ、このことから、ＲＥＧ４が、結腸癌と関与することが示唆される（Ｚｈａｎｇら、Ｃａｎｃｅｒ Ｌｅｔｔ：２００：６９−７６（２００３）；Ｖｉｏｌｅｔｔｅら、Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ：１０３：１８５−９３（２００３））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １６ ２３ ６ ４５
予測値 １１．２５ ２２．５ １１．２５ ４５
カイ二乗値＝０．６１ 有意性＝０．７３７１２３３７（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２４ 平均同腹仔数＝７
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、６つのエキソンからなり、エキソン２に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２６３２８．１）。エキソン４および５をターゲティングした。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３のすべての成体組織サンプル（脾臓、肺、骨格筋、骨および脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３３．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ８２３４３（ＵＮＱ２４５３）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト再生膵島由来ファミリー、メンバー４（ＲＥＧ４）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて成長遅延の徴候がもたらされた。ホモ接合性変異マウスは、平均体重および平均体長、総脂肪質量、総組織質量、除脂肪体重の減少ならびに骨関連測定値の減少を含む成長遅延の徴候を示した。（−／−）マウスは、免疫学的異常および神経性の異常ならびに皮膚線維芽細胞の増殖速度の低下も示した。雄（−／−）マウスは、耐糖能障害を示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
血液学解析：
試験の説明：血液試験は、Ａｂｂｏｔｔ社のＣｅｌｌ−Ｄｙｎ３５００Ｒ自動血液学分析装置によって行う。その特徴の一部としては、５種類の白血球分画が挙げられる。「患者」レポートには、全部で２２を超えるパラメータが含まれ得る。
結果：
血液学：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、全白血球数の中央値の増加および血小板数の中央値の減少を示した。
従って、ＤＮＡ８２３４３遺伝子が欠損した変異マウスに、凝血障害に関連する表現型がもたらされた。この点について、ＰＲＯ５７３３ポリペプチドまたはそのアゴニストは、血友病などの異常な血液凝固に関連する障害の処置に有用であり得る。
（ｃ）骨代謝および全身診断学
（１）組織質量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して総組織質量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、野生型マウスおよびホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウエアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総組織質量、除脂肪体重、総脂肪質量および総体脂肪パーセントの減少を示した。雌（−／−）マウスは、総組織質量、除脂肪体重、全身の骨塩量、全身の骨塩密度、大腿骨の骨塩密度および椎骨の骨塩密度の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均断面積の著しい減少を示した。
ＰＲＯ５７３３ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。従って、ＰＲＯ５７３３ポリペプチドもしくはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ５７３３ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
また、ＤＥＸＡおよびマイクロＣＴによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較した場合、骨測定値の減少およびボディマス測定値の減少を示し、異常な骨障害が示唆された。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。さらに、平均総組織質量、除脂肪体重の減少ならびに総体脂肪および脂肪質量の減少は、成長遅延および組織るいそう障害に関連する代謝障害を示唆する。その負の骨表現型は、ＰＲＯ５７３３ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ５７３３ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ５７３３ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｄ）血液化学／耐糖能
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、インスリン感度およびグルコース代謝の変化を測定する耐糖能試験を含む。異常な耐糖能試験結果は、以下の障害または状態：１型糖尿病および２型糖尿病、シンドロームＸ、様々な循環器疾患および／または肥満症を示唆し得るが、これらに限定されない。
手順：２匹の野生型および４匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイに使用した。耐糖能試験は、哺乳動物における損傷したグルコースホメオスタシスを定義するための標準的な試験である。Ｌｉｆｅｓｃａｎ血糖測定器を使用して耐糖能試験を行った。２０％溶液として送達される２ｇ／ｋｇのＤ−グルコースを動物にＩＰ注射し、血糖値を注射の０、３０、６０および９０分後に測定した。
結果：
血糖値／耐糖能試験：
経口耐糖能：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、６０分間隔で耐糖能障害を示した。（−／−）マウスはまた、平均空腹時血清グルコースレベルの増加を示した。
これらの研究から、（−／−）マウスが、正常な空腹時グルコースの存在下において、試験された間隔で、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して耐糖能の低下または耐糖能障害を示すことが示唆された。このように、ノックアウト変異マウスは、グルコースホメオスタシス障害の表現型パターンを示し、それゆえ、ＰＲＯ５７３３ポリペプチド（またはそのアゴニスト）またはそのコード遺伝子は、グルコースホメオスタシス障害および／または糖尿病を含む様々な循環器疾患に関連する状態の処置に有用であり得る。
（ｅ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。
ホットプレート試験
試験の説明：侵害受容についてのホットプレート試験を、各マウスを小型の閉鎖系である５５℃のホットプレートに置くことによって実施する。ホットプレート上での最大時間を３０秒として、後肢応答（なめる、振るまたは跳ねる）までの時間を記録する。各動物を１回試験する。
結果：
ホットプレート：ホットプレート試験中の応答までの時間が、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して（−／−）マウスでは長かったことから、変異体における急性疼痛に対する感度の低下が示唆される。
聴覚驚愕反射のプレパルス抑制
聴覚驚愕反射のプレパルス抑制は、大きな１２０デシベル（ｄＢ）驚愕誘発音が、より小さい（プレパルス）音に先行する場合に起こる。ＰＰＩパラダイムは、６種類の異なる試行型（７０ｄＢバックグラウンドノイズ、１２０ｄＢ単独、７４ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ４、７８ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ８、８２ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ１２、および９０ｄＢ＋１２０ｄＢ−ｐｐ２０）からなり、各々、擬似ランダム順に６回、合計３６回の試行が繰り返される。刺激に対する最大応答（Ｖ ｍａｘ）を、各試行型について平均する。１００以下の１２０ｄＢ平均値を有する動物は、解析から除外する。プレパルスが動物の驚愕刺激に対する応答を抑制するパーセンテージを計算し、グラフで示す。
結果：
ＰＰＩ：（−／−）マウスは、ｐｐ４、ｐｐ８およびｐｐ１２において、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、プレパルス抑制の中央値の増大を示したことから、変異体における感覚運動ゲーティング／注意の増強が示唆される。
４６．３４．ＤＮＡ１２５１７０−２７８０（ＵＮＱ３０４３）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ９８５９ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１２５１７０−２７８０と命名）（ＵＮＱ３０４３）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２９８７５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２９８７５ ＮＩＤ：ｇｉ３７４９７１２３ ｒｅｆ ＮＭ＿０２９８７５．２ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ溶質キャリアファミリー３５、メンバーＥ３（Ｓｌｃ３５ｅ３）；参照タンパク質：Ｑ６ＰＧＣ７ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６ＰＧＣ７ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．溶質キャリアファミリー３５、メンバーＥ３；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０１８６５６ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ溶質キャリアファミリー３５、メンバーＥ３（ＳＬＣ３５Ｅ３）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ７Ｚ７６９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ７Ｚ７６９ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．仮説タンパク質。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＳＬＣ３５Ｅ３のオルソログであるＳｌｃ３５ｅ３（溶質キャリアファミリー３５、メンバーＥ３）である。別名としては、９３３０１６６Ｇ０４Ｒｉｋ；ＢＬＯＶ１；溶質キャリアファミリー３５、メンバーＥ２；および膀胱癌過剰発現タンパク質が挙げられる。
ＳＬＣ３５Ｅ３は、９つの膜貫通セグメントおよび機能不明のＤＵ２５０の重複した保存ドメイン（ＰｆａｍアクセッションＰＦ０３１５１）を含む推定内在性原形質膜タンパク質である（Ｃｌａｒｋら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ：１３：２２６５−７０（２００３））。ＳＬＣ３５Ｅ３は、ヌクレオチド−糖トランスポータータンパク質（例えば、酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＶＲＧ４）と構造的に関連する。ＶＲＧ４は、ゴルジ装置において発現する膜タンパク質であり、ＧＤＰ−マンノースをゴルジの内腔に輸送する（Ｄｅａｎら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７２：３１９０８−１４（１９９７））。従って、ＳＬＣ３５Ｅ３は、トランスポーターとして機能し得る。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １４ ３８ １３ ６５
予測値 １６．２５ ３２．５ １６．２５ ６５
カイ二乗値＝０．８３ 有意性＝０．６６０３４０３（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２６ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、５つのエキソンからなり、エキソン１に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２９８７５．２）。エキソン１および２をターゲティングした．
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３４．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１２５１７０−２７８０（ＵＮＱ３０４３）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト溶質キャリアファミリー３５、メンバーＥ３（ＳＬＣ３５Ｅ３）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、免疫学的異常を示す小さい（−／−）マウスがもたらされた。ホモ接合性変異マウスは、その性別一致野生型同腹仔よりも小さく、平均体重および平均体長、総組織質量、除脂肪体重の減少ならびに骨塩量および全身の骨塩密度の減少を示した。変異体は、その野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清中ＩｇＧ１応答の増大も示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
卵白アルブミンチャレンジ
手順：このアッセイは、７匹の野生型および８匹のホモ接合体マウスにおいて行った。ニワトリ卵白アルブミン（ＯＶＡ）は、Ｔ細胞依存性抗原であり、マウスにおける抗原特異的免疫応答の研究用のモデルタンパク質として一般に使用されている。ＯＶＡは無毒で不活性であり、したがって、免疫応答が誘発されない場合であっても動物に害をもたらさない。ＯＶＡに対するマウスの免疫応答は、Ｔ細胞応答を惹起させる免疫優性ペプチドが同定されている程度まで充分に特徴付けされている。抗ＯＶＡ抗体を、免疫処置の８〜１０日後に酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＺＡ）を用いて検出することができ、抗体の異なるアイソタイプの測定によって、遺伝子操作されたマウスにおいて欠陥性応答をもたらし得る複雑なプロセスに関するさらなる情報が得られる。
上記のように、このプロトコルは、マウスが抗原特異的免疫応答を生じる能力を評価する。動物に５０ｍｇのニワトリ卵白アルブミン（完全フロイントアジュバント中に乳化）をＩＰ注射し、１４日後に、抗卵白アルブミン抗体（ＩｇＭ、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２サブクラス）の血清力価を測定した。血清試料中のＯＶＡ特異的抗体の量は、９６ウェル試料プレートをスキャンする装置によって得られる光学密度（ＯＤ）値に比例する。データは、各血清試料の一組の連続希釈物に対して収集した。
このチャレンジの結果：
卵白アルブミン：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大を示した。
要約すると、卵白アルブミンチャレンジ研究から、ＰＲＯ９８５９ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトホモ接合性マウスが、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示すことが示唆される。特に、変異（−／−）マウスは、Ｔ細胞依存性ＯＶＡ抗原で攻撃されたとき、免疫学的応答を誘発する能力の増大を示した。従って、ＰＲＯ９８５９ポリペプチドのアンタゴニスト（インヒビター）は、免疫系（例えば、Ｔ細胞増殖）の刺激に有用であり得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得る。従って、ＰＲＯ９８５９ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫応答の阻害に有用であり得、このため、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
（ｃ）骨代謝および全身診断学
（１）組織質量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して総組織質量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄と雌の両方の（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総組織質量、除脂肪体重、骨塩量および全身の骨塩密度の減少を示した。
ＰＲＯ９８５９ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少ならびに総組織質量および除脂肪体重の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。従って、ＰＲＯ９８５９ポリペプチドもしくはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ９８５９ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
また、ＤＥＸＡによって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較した場合、骨測定値の減少およびボディマス測定値の減少を示し、異常な骨障害が示唆された。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。また、平均総組織マスおよび除脂肪体重の減少は、成長遅延および組織消耗性障害に関連する代謝障害を示す。その負の骨表現型は、ＰＲＯ９８５９ポリペプチドまたはそのアゴニストが、正常な成長発達に加えて骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ９８５９ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ９８５９ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
４６．３５．ＤＮＡ１２５１５１−２７８４（ＵＮＱ３０４８）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ９８６４ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１２５１５１−２７８４と命名）（ＵＮＱ３０４８）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＸＭ＿１３１８２６ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２３１００４３Ｉ０８遺伝子（２３１００４３Ｉ０８Ｒｉｋ）；参照タンパク質：Ｑ９Ｄ７０２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｄ７０２ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．２３１００４３Ｉ０８Ｒｉｋタンパク質；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１７８５４５ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ仮説タンパク質ＬＯＣ３３９４５６（ＬＯＣ３３９４５６）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ８ＮＤＹ８ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＮＤＹ８ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．筋肉タンパク質。
目的のマウス遺伝子は、ヒト仮説タンパク質ＬＯＣ３３９４５６のオルソログであるＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ２３１００４３Ｉ０８遺伝子である。
仮説タンパク質ＬＯＣ３３９４５６は、シグナルペプチド、膜貫通セグメントおよび約１３０アミノ酸のＣ末端を含む推定細胞外タンパク質である。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １１ ２０ １１ ４２
予測値 １０．５ ２１ １０．５ ４２
カイ二乗値＝０．２８有意性＝０．８６９３５８２４（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２４ 平均同腹仔数＝７
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜５をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＡＫ００９７７９）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（肝臓以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３５．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１２５１５１−２７８４（ＵＮＱ３０４８）
（ａ）全体的な表現型の概要：
仮説ヒトタンパク質（ＬＯＣ３３９４５６）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、オープンフィールド試験とホームケージ活動性試験の両方において、その野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、（−／−）マウスにおいて自発運動の増加がもたらされた。さらに、ホモ接合性変異体は、末梢血中の白血球サブセットの分布の変化を示した。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順：
末梢血由来の免疫細胞組成物（Ｔリンパ球を評価するためのＣＤ４、ＣＤ８、およびＴ細胞受容体、Ｂリンパ球のためのＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５、およびナチュラルキラー細胞のためのｐａｎＮＫが含まれる）のＦＡＣＳ解析を行った。２匹の野生型マウスおよび６匹のホモ接合体マウスに対してＦＡＣＳ解析を行い、マウスは、胸腺、脾臓、骨髄、およびリンパ節由来の細胞を含んでいた。
これらの研究では、分析細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄、およびリンパ節から単離した。単核細胞集団中のＣＤ４およびＣＤ８陽性Ｔ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞、および単球の相対的比率が決定されるようにフローサイトメトリーをデザインした。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザー ＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この機械は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞、および単球の数を記録する。単核細胞プロフィールを、６系統特異的抗体のパネル（ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥ、およびＣＤ１９ ＦＩＴＣ）を使用した各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルの染色によって導いた。２つのＦＩＴＣおよびＰＥ標識抗体は、相互排除する細胞型を染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウエアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用して、サンプルを分析した。
結果：
ＦＡＣＳ３：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、ＣＤ４およびＣＤ８細胞の平均パーセンテージの減少ならびにＢ細胞の平均パーセンテージの増加を特徴とする、末梢血中の白血球サブセットの分布の変化を示した。
従って、ＰＲＯ９８６４ポリペプチドをコードする遺伝子をノックアウトすることにより、Ｔ細胞集団の減少およびＢ細胞集団の増加が引き起こされる。これらの観察結果から、ＰＲＯ９８６４ポリペプチドまたはＰＲＯ９８６４をコードする遺伝子は、Ｂ細胞増殖の負の制御因子として作用するとみられる。従って、ＰＲＯ９８６４ポリペプチドのアンタゴニストまたはインヒビターは、Ｂ細胞増殖の増強およびＴ細胞増殖の抑制に有益であり得る。
（ｃ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験には、不安、活動レベルおよび探索を測定するためのオープンフィールドが含まれていた。
概日性試験の説明：
雌マウスを、試験の１日目の午後４時に４８．２ｃｍ×２６．５ｃｍのホームケージ内に個々に収容し、飼料および水を随意に与える。動物を、１２時間明／暗サイクル（午前７時に点灯し、午後７時に消灯する）に曝露する。システムソフトウエアが、動物の動きによって引き起こされる光線遮断回数を記録し、光線中断回数は自動的に移動回数で割り算される。活動性は、３日間の試験中、１時間間隔で６０回記録する。得られたデータは、３日間の試験期間における各時間で記録した活動性レベル（概日リズム）の中央値および各明／暗サイクル中の総活動性（自発活動性）の中央値によって示される。
結果：
日周期：雌（−／−）マウスは、１時間および１２時間の慣れ期間中ならびに両方の暗期中に、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、歩行回数の増加を示した。これらの結果は、他の神経性の観察結果（オープンフィールド試験における不安の増大）と一致する。
オープンフィールド試験：
公知の薬物のいくつかの標的は、オープンフィールド試験において表現型を示した。これらとしては、セロトニン（ｓｅｒａｔｏｎｉｎ）トランスポーター、ドーパミントランスポーター（Ｇｉｒｏｓら、Ｎａｔｕｒｅ．１９９６ Ｆｅｂ １５；３７９（６５６６）：６０６−１２）およびＧＡＢＡレセプター（Ｈｏｍａｎｉｃｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．１９９７ Ａｐｒ １５；９４（８）：４１４３−８）のノックアウトを含む。自動化されたオープンフィールドアッセイをカスタマイズして、感情状態に関連する変化および学習に関する探索パターンを扱った。まず、フィールド（４０×４０ｃｍ）をマウスに対して比較的大きくなるように選択することによって探索に関連する自発運動の変化を取り上げるように設計した。さらに、４つの穴を床に設け、探索に特に関連する活動である鼻の突っ込みを可能にした。この試験に関連した感情状態を高めるためにいくつかの因子を設けた。オープンフィールド試験は、マウスが試験される最初の実験的手順であり、なされる測定は被験体のチャンバーとの最初の経験であった。さらに、オープンフィールドは明るく照らした。これらの因子のすべてによって、新しい開放性空間に関連する天然の不安が高められる。次いで、探索活動のパターンおよび程度ならびに特に中心からの全移動距離比は、不安または抑鬱症に対する罹りやすさに関する変化を識別することができる。３つの異なったレベルでの赤外線ビームを用いた大きな活動領域（４０ｃｍ×４０ｃｍ、ＡｃｃｕＳｃａｎ ＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓのＶｅｒｓａＭａｘ動物活動性モニターシステム）を用いて、直立、穴への突っ込みおよび自発運動を記録した。動物を中心に置き、その活動を２０分間測定した。この試験のデータを４分間隔で５回分析した。全移動距離（ｃｍ）、垂直移動回数（直立）、穴突っ込み回数および中心からの全移動距離比を記録した。
マウスが新しい環境に対して正常な慣れ応答を示す傾向を、５回の間隔にわたるその水平自発運動の変化すべてを測定することにより評価する。経時的な活動性の変化のこの算定傾きは、絶対値ではなく正規化された全移動距離を使用して決定する。傾きは５回の間隔のそれぞれにおける正規化された活動を通しての回帰直線から決定する。正常な慣れは、負の傾きの値によって表される。
結果：
オープンフィールド２：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、総移動距離の合計の中央値の増加を示したことから、変異体における不安様応答の増大が示唆される。
（−／−）マウスは、（＋／＋）マウスと比較して、中心にいる時間の合計の中央値の減少および移動距離の増加を示したことから、（−／−）マウスにおける不安様応答の増大が示唆される。まとめると、オープンフィールド試験により、軽度から中程度の不安、全般的病状による不安および／もしくは双極性障害；活動亢進；感覚障害；強迫性障害、精神分裂病または妄想性人格に関連し得る不安の増大に関連する表現型が明らかになった。従って、ＰＲＯ９８６４ポリペプチドまたはそのアゴニストは、そのような神経性の障害の処置に有用であり得る。
４６．３６．ＤＮＡ１２９５４９−２７９８（ＵＮＱ３０７２）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ９９０４ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１２９５４９−２７９８と命名）（ＵＮＱ３０７２）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０５３０８７ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０５３０８７ ＮＩＤ：ｇｉ１６７１６３７２ ｒｅｆ ＮＭ＿０５３０８７．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ上皮マイトジェン（Ｅｐｇｎ）；参照タンパク質：Ｑ９２４Ｘ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９２４Ｘ１ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．Ｅｐｉｇｅｎタンパク質前駆体；参照ヒト遺伝子配列：ＸＭ＿１７１０７８予測型：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ Ｅｐｉｇｅｎタンパク質類似物（ＬＯＣ２５５３２４）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：ＸＰ＿１７１０７８予測型：Ｅｐｉｇｅｎタンパク質類似物［Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ］。
目的のマウス遺伝子は、ヒト「Ｅｐｉｇｅｎタンパク質類似物」のオルソログであるＥｐｇｎ（上皮マイトジェン）である。別名としては、ｅｐｉｇｅｎ、２３１００６９Ｍ１１ＲｉｋおよびＬＯＣ２５５３２４が挙げられる。
Ｅｐｇｎは、成長因子として機能し得る原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、シグナルペプチド、上皮成長因子（ＥＧＦ）様ドメインおよび膜貫通セグメントを含む。Ｅｐｇｎは、タンパク分解性切断によって細胞外の空間に放出される。Ｅｐｇｎは、レセプターチロシンキナーゼｃ−ｅｒｂＢ−１を活性化し、ＨａＣａＴ細胞の増殖を刺激する。Ｅｐｇｎは、精巣、心臓および肝臓において発現し、上皮細胞の成長および創傷治癒と関与する可能性がある（Ｓｔｒａｃｈａｎら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７６：１８２６５−７１（２００１）；Ｋｏｃｈｕｐｕｒａｋｋａｌら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２８０：８５０３−１２（２００５））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２７ ２９ ２４ ８０
予測値 ２０ ４０ ２０ ８０
カイ二乗値＝３．８６ 有意性＝０．１４５１４８２（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２９ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１および２をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０５３０８７．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞ならびに１３の成体組織サンプルのうちの脳、脊髄、眼、胸腺、脾臓、腎臓および心臓において、標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３６．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１２９５４９−２７９８（ＵＮＱ３０７２）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト「Ｅｐｉｇｅｎタンパク質類似物」のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて血小板数の増加がもたらされた。さらに、変異（−／−）マウスは、除脂肪体重および総組織質量の増加および平均血清中コレステロールレベルの上昇も示した。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
血液学解析：
試験の説明：血液試験は、Ａｂｂｏｔｔ社のＣｅｌｌ−Ｄｙｎ３５００Ｒ自動血液学分析装置によって行う。その特徴の一部としては、５種類の白血球分画が挙げられる。「患者」レポートには、全部で２２を超えるパラメータが含まれ得る。
結果：
血液学：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、平均血小板数の増加を示した。
従って、ＤＮＡ１２９５４９−２７９８遺伝子が欠損した変異マウスでは、凝血障害に関連する表現型がもたらされた。この点について、ＰＲＯ９９０４ポリペプチドのインヒビターまたはアンタゴニストは、血友病などの異常な血液凝固に関連する障害の処置に有用であり得る。
（ｃ）表現型解析：心臓学
心臓血管生物学の分野において、高血圧症、アテローム性動脈硬化症、心不全、脳卒中、様々な冠動脈疾患、異常脂肪血症（例えば、高コレステロール（高コレステロール血症）および血清トリグリセリドの増加（高トリグリセリド血症））、糖尿病および／または肥満症の処置のための標的を本明細書中で同定した。表現型試験は、血清コレステロールおよび血清トリグリセリドの測定を含んでいた。
血中脂質
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートを、このアッセイで試験した。高いコレステロールレベルおよび血中トリグリセリドレベルの上昇は、心血管疾患および／または糖尿病の発症における認識された危険因子である。血中脂質の測定により、血中脂質レベルを制御する生物学的スイッチの発見が容易になる。血中脂質レベルを上昇させる因子の阻害は、心血管疾患リスクの軽減に有用であり得る。これらの血液化学試験では、ＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用して測定値を記録した。
結果：
血液化学：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均血清中コレステロールレベルの上昇を示した。
上でまとめられたように、（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均血清コレステロールレベルの上昇を示した。従って、ＰＲＯ９９０４遺伝子が欠損した変異マウスは、循環器疾患のモデルとして役立ち得る。ＰＲＯ９９０４ポリペプチドまたはそのコード遺伝子は、コレステロールなどの血中脂質の制御に有用であり得る。従って、ＰＲＯ９９０４ポリペプチドまたはそのアゴニストは、循環器疾患（例えば、高血圧症、アテローム性動脈硬化症、心不全、脳卒中、様々な冠状動脈疾患、高コレステロール血症、糖尿病および／または肥満症）の処置に有用であり得る。
（ｄ）骨代謝および全身診断学：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
結果：
ＤＥＸＡ：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均除脂肪体重および総組織質量の増加を示した。
これらの研究により、変異（−／−）非ヒトトランスジェニック動物が肥満に関連し得る負の表現型を示すことが示唆される。従って、ＰＲＯ９９０４ポリペプチドまたはそのアゴニストは、正常な成長プロセスおよび代謝プロセスに不可欠であり、特に、肥満症の予防および／または処置において重要であり得る。
４６．３７．ＤＮＡ１４２３９２−２８００（ＵＮＱ３０７５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ９９０７ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１４２３９２−２８００と命名）（ＵＮＱ３０７５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＡＹ１８２０３１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＡＹ１８２０３１ ＮＩＤ：ｇｉ２９５４２６４６ ｇｂ ＡＹ１８２０３１．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓロイシンリッチリピート膜貫通ニューロン４タンパク質；参照タンパク質：Ｑ８０ＸＧ９ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８０ＸＧ９ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ロイシンリッチリピート膜貫通ニューロン４タンパク質；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０２４９９３ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓロイシンリッチリピート膜貫通ニューロン４（ＬＲＲＴＭ４）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ６ＺＴ３１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６ＺＴ３１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．仮説タンパク質ＦＬＪ４５０１４。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＬＲＲＴＭ４のオルソログであるＬｒｒｔｍ４（ロイシンリッチリピート膜貫通ニューロン４）である。別名としては、ＦＬＪ１２５６８、Ａ２３００５２Ｎ１１および７５３０４１９Ｊ１８Ｒｉｋが挙げられる。
ＬＲＲＴＭ４は、主に神経系において発現する推定Ｉ型内在性原形質膜タンパク質である。この５１８アミノ酸タンパク質は、シグナルペプチド、システインリッチドメインと隣接した少なくとも９つのロイシンリッチリピート、膜貫通セグメントおよび約５０アミノ酸のＣ末端セグメントを含む。ロイシンリッチリピートを有するタンパク質は、分子認識プロセス（例えば、シグナル伝達または細胞接着）に関与する可能性がある（ＩｎｔｅｒＰｒｏアクセッションＩＰＲ０００３７２）。ＬＲＲＴＭ４は、脊椎動物神経系の発生および維持に関与し得る（Ｌａｕｒｅｎら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：８１：４１１−２１（２００３））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １１ ３９ １９ ６９
予測値 １７．２５ ３４．５ １７．２５ ６９
カイ二乗値＝０．１ 有意性＝０．９５１２２９４５（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２６ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン２をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１７８７３１．２）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３の成体組織サンプルのうち、脳、脊髄および眼においてのみ、標的遺伝子の発現が検出された。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３７．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１４２３９２−２８００（ＵＮＱ３０７５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトロイシンリッチリピート膜貫通ニューロン４（ＬＲＲＴＭ４）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、その性別一致野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、オープンフィールド試験中に不安様応答の増大を示す雄ホモ接合性変異マウスがもたらされた。さらに、雄（−／−）マウスは、椎骨骨梁骨の平均測定値の減少を示した。（−／−）マウスは、ＣＤ８細胞の平均パーセンテージの減少も示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順：
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。ＦＡＣＳ解析は、２匹の野生型および６匹のホモ接合性マウスにおいて実施し、胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞を含んだ。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得る。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウエアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析する。
結果：
ＦＡＣＳ３：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔のものおよび歴史的平均と比較した場合、ＣＤ８細胞の平均パーセンテージの減少を特徴とする末梢血中の白血球サブセットの分布の変化を示した。従って、変異（−／−）マウスは、ＭＨＣクラスＩ分子に対するコレセプターとして機能する細胞傷害性Ｔ細胞の欠乏を特徴とした免疫学的異常を示す。それゆえ、ＰＲＯ９９０７ポリペプチドまたはそのアゴニストは、ＣＤ８Ｔ細胞産生の刺激に有益であり得る。
（ｃ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない
手順：
行動スクリーニングを、野生型マウス、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験は、不安、活動性レベルおよび探索を測定するオープンフィールドを含んだ。
オープンフィールド試験：
公知の薬物のいくつかの標的は、オープンフィールド試験において表現型を示した。これらとしては、セロトニン（ｓｅｒａｔｏｎｉｎ）トランスポーター、ドーパミントランスポーター（Ｇｉｒｏｓら、Ｎａｔｕｒｅ．１９９６ Ｆｅｂ １５；３７９（６５６６）：６０６−１２）およびＧＡＢＡレセプター（Ｈｏｍａｎｉｃｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．１９９７ Ａｐｒ １５；９４（８）：４１４３−８）のノックアウトを含む。自動化されたオープンフィールドアッセイをカスタマイズして、感情状態に関連する変化および学習に関する探索パターンを扱った。まず、フィールド（４０×４０ｃｍ）をマウスに対して比較的大きくなるように選択することによって探索に関連する自発運動の変化を取り上げるように設計した。さらに、４つの穴を床に設け、探索に特に関連する活動である鼻の突っ込みを可能にした。この試験に関連した感情状態を高めるためにいくつかの因子を設けた。オープンフィールド試験は、マウスが試験される最初の実験的手順であり、なされる測定は被験体のチャンバーとの最初の経験であった。さらに、オープンフィールドは明るく照らした。これらの因子のすべてによって、新しい開放性空間に関連する天然の不安が高められる。次いで、探索活動のパターンおよび程度ならびに特に中心からの全移動距離比は、不安または抑鬱症に対する罹りやすさに関する変化を識別することができる。３つの異なったレベルでの赤外線ビームを用いた大きな活動領域（４０ｃｍ×４０ｃｍ、ＡｃｃｕＳｃａｎ ＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓのＶｅｒｓａＭａｘ動物活動性モニターシステム）を用いて、直立、穴への突っ込みおよび自発運動を記録した。動物を中心に置き、その活動を２０分間測定した。この試験のデータを４分間隔で５回分析した。全移動距離（ｃｍ）、垂直移動回数（直立）、穴突っ込み回数および中心からの全移動距離比を記録した。
マウスが新しい環境に対して正常な慣れ応答を示す傾向を、５回の間隔にわたるその水平自発運動の変化すべてを測定することにより評価する。経時的な活動性の変化のこの算定傾きは、絶対値ではなく正規化された全移動距離を使用して決定する。傾きは５回の間隔のそれぞれにおける正規化された活動を通しての回帰直線から決定する。正常な慣れは、負の傾きの値によって表される。
結果：
オープンフィールド２：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、中心にいる時間の合計の減少を示したことから、変異体における不安様応答の増大が示唆される。
まとめると、オープンフィールド試験から、不安の増大に関連する表現型（軽度から中程度の不安、全般的病状による不安、および／もしくは双極性障害；活動亢進；感覚障害；強迫性障害、精神分裂病または妄想性人格障害に関連し得るもの）が明らかになった。従って、ＰＲＯ９９０７ポリペプチドまたはそのアゴニストは、そのような神経性の障害の処置に有用であり得る。
（ｄ）骨代謝および全身診断学／放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウエアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、４匹の野生型マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウエアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均椎骨骨梁の体積、数、厚さおよび結合密度の減少を示した。
骨マイクロＣＴ解析によって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨測定値の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。その負の骨表現型は、ＰＲＯ９９０７ポリペプチドまたはそのアゴニストが、骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ９９０７ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ９９０７ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
４６．３８．ＤＮＡ１２５１８１−２８０４（ＵＮＱ３０８２）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１００１３ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１２５１８１−２８０４と命名）（ＵＮＱ３０８２）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＸＭ＿１３３８６１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＸＭ＿１３３８６１ ＮＩＤ：ｇｉ５１７６１９３２ ｒｅｆ ＸＭ＿１３３８６１．４予測型：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ５６３０４００Ｅ２４遺伝子（５６３０４００Ｅ２４Ｒｉｋ）；参照タンパク質：保存されたオリゴマーのゴルジ複合体成分７に類似したＸＰ＿１３３８６１［Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ］；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１５３６０３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿１５３６０３ ＮＩＤ：ｇｉ２３９５７６８９ ｒｅｆ ＮＭ＿１５３６０３．１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓオリゴマーのゴルジ複合体７の成分（ＣＯＧ７）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｐ８３４３６ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｐ８３４３６ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．保存されたオリゴマーのゴルジ複合体成分７。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＣＯＧ７のオルソログであるＣｏｇ７（オリゴマーのゴルジ複合体７の成分）である。別名としては、Ｇｍ１６７、５６３０４００Ｅ２４ＲｉｋおよびＣＤＧ２Ｅが挙げられる。
ＣＯＧ７は、保存されたオリゴマーのゴルジ（ＣＯＧ）複合体の８つのサブユニットのうちの１つであり、ＣＯＧ７は、ゴルジ装置の構造的成分として機能する。ＣＯＧ複合体は、正常なゴルジ機能に必要であり、いくつかのゴルジプロセス（例えば、グリコシル化、タンパク質輸送および膜輸送）に関与する。ＣＯＧ７の機能喪失変異により、「ＩＩｅ型グリコシル化の先天的障害」を引き起こすことができ、その結果、精神遅滞、発作、低圧、肝臓機能不全、凝固障害異形症および周産期致死性がもたらされ得る（Ｕｎｇａｒら、Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ：１５７：４０５−１５（２００２）；Ｗｕら、Ｎａｔ Ｍｅｄ １０：５１８−２３（２００４）；ＬｏｈおよびＨｏｎｇ，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７９：２４６４０−８（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２２ ４０ ０ ６２
予測値 １５．５ ３１ １５．５ ６２
カイ二乗値＝４１．３４ 有意性＝１．０５４７０９９Ｅ−９（ｈｏｍ／ｎ）＝０．０ 平均同腹仔数＝７
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＡＫ０３０７０９）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（肺、骨格筋、骨および脂肪）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３８．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１２５１８１−２８０４（ＵＮＱ３０８２）
（ａ）全体的な表現型の概要：
オリゴマーのゴルジ複合体７のヒト成分（ＣＯＧ７）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）変異体の致死性がもたらされた。遺伝子情報により、この変異によってホモ接合性変異型の致死がもたらされたことが示される。ヘテロ接合性マウスでは、顕著な表現型は観察されなかった。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
致死性の胚の発達異常に関連する考察：
ノックアウトマウスにおける胚性致死は、通常、種々の重篤な発生上の問題（神経変性疾患、血管障害、炎症性疾患が挙げられるが、これらに限定されない）によって生じるか、または遺伝子／タンパク質が多くの細胞型において基礎的な細胞シグナル伝達プロセスで重要な役割を果たす場合に生じる。さらに、胚性致死マウスは、潜在的な癌モデルとして有用である。同様に、対応するヘテロ接合性（＋／−）変異動物は、これらがノックアウトされた遺伝子の機能に関する非常に有益なてがかりを明らかにする表現型および／または病理学報告を示す場合に特に有用である。例えば、ＥＰＯノックアウト動物は胚致死性を示したが、胚に関する病理学報告は、ＲＢＣの著しい欠如を示した。
（ｂ）病理学
顕微鏡的：胚性致死により顕微鏡的解析は行われなかった。１２．５日目に、４６個の胚：２２個の（＋／−）胚、１０個の（＋／＋）胚、および１４個の再吸収モルが観察された。
遺伝子発現：ＬａｃＺ活性は、免疫組織化学によって分析された組織パネル中に検出された。
４６．３９．ＤＮＡ３３６８８２（ＵＮＱ５０４３）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ９０９４８ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ３３６８８２と命名）（ＵＮＱ５０４３）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１７０７５８ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＣＤ３００Ａ抗原（Ｃｄ３００ａ）；参照タンパク質：Ｑ７ＴＮ５６ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ７ＴＮ５６ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．マスト細胞由来免疫グロブリン様レセプター対１；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿００７２６１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ＣＤ３００Ａ抗原（ＣＤ３００Ａ）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＵＧＮ４ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＵＧＮ４ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ＣＭＲＦ３５−Ｈ抗原前駆体（ＣＭＲＦ３５−Ｈ９）（ＣＭＲＦ−３５−Ｈ９）（抑制性レセプタータンパク質６０）（ＩＲｐ６０）（ＩＲＣ１／ＩＲＣ２）（ＮＫ抑制性レセプター）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＣＤ３００ＡのオルソログであるＣｄ３００ａ（ＣＤ３００Ａ抗原）である。別名としては、ＣＭＲＦ３５Ｈ、Ｂ２３０３１５Ｍ０８Ｒｉｋ、Ｃｌｍ８、ＬＭＩＲ１、ＭＡＩＲ−Ｉａ、ＭＭＡＣ８、Ｐｉｇｒ４、ｍｃｐｉｒ１、マスト細胞由来免疫グロブリン様レセプター対１、重合性免疫グロブリンレセプター４、ＣＭＲＦ−３５−Ｈ９、ＣＭＲＦ−３５Ｈ、ＣＭＲＦ３５Ｈ９、ＩＧＳＦ１２、ＩＲＣ１、ＩＲＣ２、ＩＲｐ６０、ＣＭＲＦ３５Ｈ白血球免疫グロブリン様レセプターおよび白血球膜抗原が挙げられる。
ＣＤ３００Ａは、白血球上に発現するＩ型内在性原形質膜タンパク質であり、シグナル伝達レセプターとして機能し得る。このタンパク質は、シグナルペプチド、免疫グロブリン様ドメイン、膜貫通セグメントおよびいくつかの推定免疫レセプターチロシンベース抑制性モチーフ（ＩＴＩＭ）を有する細胞質ドメインを含む。ＣＤ３００Ａは、免疫細胞の機能、様々なタイプの白血球の負の制御に関与し得る。ＣＭＲＦ３５Ｈ遺伝子は、乾癬と関連し得る（Ｇｒｅｅｎら、Ｉｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ：１０：８９１−９（１９９８）；Ｃａｎｔｏｎｉら、Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ：２９：３１４８−５９（１９９９）；Ｃｌａｒｋら、Ｔｉｓｓｕｅ Ａｎｔｉｇｅｎｓ：５５：１０１−９ ２０００；Ｓｐｅｃｋｍａｎら、Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ：１１２：３４−４１（２００３））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １６ ２８ １５ ５９
予測値 １４．７５ ２９．５ １４．７５ ５９
カイ二乗値＝４．６ 有意性＝０．１００２５８８５（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２９ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン２および３をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１７０７５８．２）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．３９．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ３３６８８２（ＵＮＱ５０４３）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトＣＤ３００Ａ抗原（ＣＤ３００Ａ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて、組織質量、除脂肪体重ならびに骨塩量および骨塩密度の測定値の減少がもたらされた。（＋／−）と（−／−）の両方のマウスが、平均体重および平均体長の減少を示した。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学
（１）組織質量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して総組織質量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：両（−／−）および（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：両（−／−）および（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。（雄ホモ接合体およびヘテロ接合体は、平均よりも１〜２ＳＤ低い体重および体長を示した）。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、４匹の野生型マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウェアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総組織質量および除脂肪体重の著しい減少を示した。さらに、雄と雌の両方の（−／−）マウスは、平均骨塩量および骨塩密度の測定値の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均皮質厚および断面積の減少を示した。
ＤＥＸＡおよび骨マイクロＣＴ解析によって解析された（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、異常な骨障害を示唆する、骨の測定値の減少および身体の質量の測定値の減少を示した。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。さらに、平均総組織質量および除脂肪体重の減少ならびに平均体重および平均体長の減少は、組織るいそう障害に関連する代謝障害を示唆する。その負の骨表現型は、ＰＲＯ９０９４８ポリペプチドまたはそのアゴニストが、骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ９０９４８ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ９０９４８ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
４６．４０．ＤＮＡ１８４０７３（ＵＮＱ５３８４）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ２８６９４ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１８４０７３と命名）（ＵＮＱ５３８４）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＢＣ０２１５３０ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ溶質キャリアファミリー３９（亜鉛トランスポーター）、メンバー１４；参照タンパク質：Ｑ８ＶＤＬ０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＶＤＬ０ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．溶質キャリアファミリー３９（亜鉛トランスポーター）、メンバー１４；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０１５３５９ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ溶質キャリアファミリー３９（亜鉛トランスポーター）、メンバー１４（ＳＬＣ３９Ａ１４）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ６ＺＭＥ８ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６ＺＭＥ８ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．仮説タンパク質ＦＬＪ２３９７１。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＳＬＣ３９Ａ１４のオルソログであるＳｌｃ３９ａ１４（溶質キャリアファミリー３９［亜鉛トランスポーター］、メンバー１４）である。別名としては、ｆａｄ１２３、ＭＧＣ３８５３９、Ｇ６３００１５Ｏ１８Ｒｉｋ、ＬＺＴ−Ｈｓ４およびＫＩＡＡ００６２が挙げられる。
ＳＬＣ３９Ａ１４は、亜鉛トランスポーターとして機能する原形質膜タンパク質である。ＳＬＣ３９Ａ１４の発現は、遍在性であるが、肝臓において最も発現が高い。亜鉛は、多岐にわたる酵素に対するコファクターである（Ｔａｙｌｏｒら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ：５７９：４２７−３２（２００５）；ＴａｙｌｏｒおよびＮｉｃｈｏｌｓｏｎ，Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ １６１１：１６−３０（２００３）；Ｎｏｍｕｒａら、ＤＮＡ Ｒｅｓ：１：２２３−９（１９９４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２１ ３７ ２０ ７８
予測値 １９．５ ３９ １９．５ ７８
カイ二乗値＝０．０ 有意性＝１．０（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２５ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜３をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１４４８０８．３）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプルにおいて標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４０．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１８４０７３（ＵＮＱ５３８４）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト溶質キャリアファミリー３９（亜鉛トランスポーター）、メンバー１４（ＳＬＣ３９Ａ１４）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、小さい（−／−）マウスがもたらされた。ホモ接合性変異マウスは、その性別一致野生型同腹仔よりも小さく、平均体重および平均体長、総組織質量、除脂肪体重の減少ならびに骨関連測定値の減少を示した。ホモ接合性変異マウスは、神経性の異常を示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）骨代謝および全身診断学
（１）組織質量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して総組織質量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した（平均よりも１〜２ＳＤ低い）。
体長：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、平均体長の減少を示した（平均よりも１〜２ＳＤ低い）。
明らかな結果：（−／−）マウスは、頭位傾斜および後方突進を示した。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均総組織質量、除脂肪体重（ＬＢＭ）、骨塩量ならびに大腿骨および椎骨の骨塩密度の測定値の著しい減少を示した。雌（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ、全身の骨塩密度および椎骨の骨塩密度の減少を示した。
ＤＥＸＡ解析によって解析した（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、骨の測定値の減少および体重の測定値の減少を示した。このことから、異常な骨障害が示唆される。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。また、平均総組織マスの減少は、組織消耗性障害に関連する代謝障害を示す。その負の骨表現型は、ＰＲＯ２８６９４ポリペプチドまたはそのアゴニストが、骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ２８６９４ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ２８６９４ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
（ｃ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型マウス、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験は、不安、活動性レベルおよび探索を計測するためのオープンフィールドを含んだ。
機能観察バッテリー（ＦＯＢ）試験
ＦＯＢは、全身感覚および運動欠陥を測定するために動物に適用される一連の状態である。全身の神経機能を評価するＩｒｗｉｎ神経性のスクリーニングからの試験のサブセットを使用する。一般に、短期間、触覚、嗅覚および視覚の刺激を動物に適用することにより、それらが正常に検知および応答する能力を測定する。これらの簡単な試験は、約１０分を要し、マウスは、試験後、ホームケージに戻される。
結果：
ＦＯＢ２：解析した８匹の（−／−）マウスのうち、４匹が、１分間の観察時間の間、立ち上がらなかった。さらに、（−／−）マウスは、頭位傾斜および後方突進を示した。また、８匹の（−／−）マウスのうち、３匹において眼球突出がみとめられた；８匹の（−／−）マウスのうち、３匹において排便がみとめられなかった。
反転スクリーン試験：
野生型マウス、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートに対して行動スクリーニングを行った。生存能低下によってより早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験を１２〜１６週齢で行った。これらの試験には、不安、活動レベルおよび探索を測定するためのオープンフィールドが含まれていた。
反転スクリーン試験データ：
反転するスクリーンを使用して、運動力／共調を測定する。訓練されていないマウスを、金属棒上に水平に配置した正方形（７．５ｃｍ×７．５ｃｍ）のワイヤースクリーンの上に個別に置いた。次いで、マウスがスクリーン下になるように、その棒を１８０°回転させた。以下の行動応答を、１分間の試験にわたって記録した：落下、登上せず、および登上。
結果：
遺伝子型 落下率 ％ 登上率 ％
＋／＋（ｎ＝８） １／８ １３ ７／８ ８７．５
−／−（ｎ＝８） ８／８ １００ ０／８ ０
運動力の欠損は、（−／−）マウスまたは（＋／−）マウスと（＋／＋）マウスとの間で落下応答が５０％異なる場合に明らかである。登上しなかった０／８もしくは１／８匹の（−／−）マウスまたは（＋／−）マウスは、運動協調性障害を示す。登上した７／８もしくは８／８匹の（−／−）マウスまたは（＋／−）マウスは、運動協調性の増強を示す。
反転スクリーン試験を、基本的な感覚および運動観察を測定するように設定する：
反転スクリーン：いずれの（−／−）マウスも、反転スクリーンを登らなかったのに対し、７／８匹の（＋／＋）マウスが、登った。これらの結果から、変異体の運動力の障害が示唆される。
オープンフィールド試験：
公知の薬物のいくつかの標的は、オープンフィールド試験において表現型を示した。これらとしては、セロトニン（ｓｅｒａｔｏｎｉｎ）トランスポーター、ドーパミントランスポーター（Ｇｉｒｏｓら、Ｎａｔｕｒｅ．１９９６ Ｆｅｂ １５；３７９（６５６６）：６０６−１２）およびＧＡＢＡレセプター（Ｈｏｍａｎｉｃｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．１９９７ Ａｐｒ １５；９４（８）：４１４３−８）のノックアウトを含む。自動化されたオープンフィールドアッセイをカスタマイズして、感情状態に関連する変化および学習に関する探索パターンを扱った。まず、フィールド（４０×４０ｃｍ）をマウスに対して比較的大きくなるように選択することによって探索に関連する自発運動の変化を取り上げるように設計した。さらに、４つの穴を床に設け、探索に特に関連する活動である鼻の突っ込みを可能にした。この試験に関連した感情状態を高めるためにいくつかの因子を設けた。オープンフィールド試験は、マウスが試験される最初の実験的手順であり、なされる測定は被験体のチャンバーとの最初の経験であった。さらに、オープンフィールドは明るく照らした。これらの因子のすべてによって、新しい開放性空間に関連する天然の不安が高められる。次いで、探索活動のパターンおよび程度ならびに特に中心からの全移動距離比は、不安または抑鬱症に対する罹りやすさに関する変化を識別することができる。３つの異なったレベルでの赤外線ビームを用いた大きな活動領域（４０ｃｍ×４０ｃｍ、ＡｃｃｕＳｃａｎ ＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓのＶｅｒｓａＭａｘ動物活動性モニターシステム）を用いて、直立、穴への突っ込みおよび自発運動を記録した。動物を中心に置き、その活動を２０分間測定した。この試験のデータを４分間隔で５回分析した。全移動距離（ｃｍ）、垂直移動回数（直立）、穴突っ込み回数および中心からの全移動距離比を記録した。
マウスが新しい環境に対して正常な慣れ応答を示す傾向を、５回の間隔にわたるその水平自発運動の変化すべてを測定することにより評価する。経時的な活動性の変化のこの算定傾きは、絶対値ではなく正規化された全移動距離を使用して決定する。傾きは５回の間隔のそれぞれにおける正規化された活動を通しての回帰直線から決定する。正常な慣れは、負の傾きの値によって表される。野生型／ヘテロ／ホモ：５／４／８を解析した。
結果：：
オープンフィールド２：雄（−／−）マウスは、オープンフィールド試験中に、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、中心にいる時間の合計の中央値の増大および立ち上がらずに移動した総距離の減少を示したことから、変異体における不安様応答の低減が示唆される。
注目すべき差が、オープンフィールド活動性試験中に観察された。（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、中心領域にいる時間の合計の中央値の増加（活動性の低下）を示した。これは、変異体における不安様応答の低下を示唆する。したがって、ノックアウトマウスは、抑鬱症、全般性不安障害、認知障害、痛覚過敏ならびに感覚障害および／または双極性障害と一致する表現型を示した。従って、ＰＲＯ２８６９４ポリペプチドおよびそのアゴニストは、抑鬱性障害に関連する症状の処置または回復に有用であり得る。
４６．４１．ＤＮＡ１５０１６３−２８４２（ＵＮＱ５７８２）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１６０８９ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１５０１６３−２８４２と命名）（ＵＮＱ５７８２）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１３４１５９ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓインターロイキン１７レセプターＣ（Ｉｌ１７ｒｃ）；参照タンパク質：Ｑ８Ｋ４Ｃ２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８Ｋ４Ｃ２ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ＩＬ−１７ＲＣ；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１５３４６０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿１５３４６０ ＮＩＤ：ｇｉ２４４３０１９４ ｒｅｆ ＮＭ＿１５３４６０．１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓインターロイキン１７レセプターＣ（ＩＬ−１７ＲＣ）、転写物バリアント２；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ８ＮＦＳ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＮＦＳ１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ＩＬ−１７ＲＣ。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＩＬ１７ＲＣのオルソログであるＩｌ１７ｒｃ（インターロイキン１７レセプターＣ）である。別名としては、Ｉｌ１７ｒｌ、ＩＬ−１７ＲＣ、ＩＬ１７−ＲＣ、ＩＬ１７−ＲＬ、１１１００２５Ｈ０２ＲｉｋおよびＭＧＣ１０７６３が挙げられる。
ＩＬ１７ＲＣは、シグナル伝達レセプターとして機能し得るＩ型内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、シグナルペプチド、大きな細胞外セグメント、膜貫通セグメントおよび細胞質ドメインを含む。ＩＬ１７ＲＣは、保存ドメインを含まないが、このタンパク質の１次構造は、インターロイキン１７レセプターの１次構造と類似する。選択的スプライシングにより、多くのＩＬ１７ＲＣタンパク質バリアントが生じ得、そのバリアントのうちのいくつかは、デコイレセプターとして機能する可溶性細胞外タンパク質であり得る。ＩＬ１７ＲＣは、前立腺、軟骨、腎臓、肝臓、心臓および筋肉において高レベルで発現する。［Ｈａｕｄｅｎｓｃｈｉｌｄら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７７：４３０９−１６（２００２）］
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １８ ３１ ２０ ６９
予測値 １７．２５ ３４．５ １７．２５ ６９
カイ二乗値＝０．０４ 有意性＝０．９８０１９８７（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２５ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、７つのエキソンからなり、エキソン１に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＡＫ０１６９０８）。エキソン１および２をターゲティングした。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および２６のすべての成体組織サンプル（骨格筋ならびに骨、胃、小腸および結腸以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４１．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１５０１６３−２８４２（ＵＮＱ５７８２）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトインターロイキン１７レセプターＣ（ＩＬ１７ＲＣ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて免疫学的異常がもたらされた。ホモ接合性変異マウスは、その野生型同腹仔および歴史的平均と比較して、腹膜Ｂ細胞の平均パーセンテージの増加を示した。（−／−）マウスは、体重および体調の減少も示した。雄ノックアウトは、ｖＢＭＤ、全身の骨塩密度（ＢＭＤ）および骨塩量（ＢＭＣ）の増加を示した；雌ノックアウトは、大腿骨の骨塩密度および椎骨の骨塩密度の減少を示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順：
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。ＦＡＣＳ解析は、２匹の野生型および６匹のホモ接合性マウスにおいて実施し、胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞を含んだ。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得た。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析した。
結果：
ＦＡＣＳ３：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、腹膜Ｂ細胞の平均パーセンテージの増加を特徴とする末梢血中の白血球サブセットの分布の変化を示した。
従って、ＰＲＯ１６０８９ポリペプチドをコードする遺伝子をノックアウトすることにより、Ｂ細胞集団の増加が引き起こされる。これらの観察結果から、ＰＲＯ１６０８９ポリペプチドまたはＰＲＯ１６０８９をコードする遺伝子は、Ｂ細胞増殖の負の制御因子として機能するとみられる。従って、ＰＲＯ１６０８９ポリペプチドのアンタゴニストまたはインヒビターは、Ｂ細胞増殖の増強に有益であり得る。
（ｃ）骨代謝および全身診断学
（１）組織質量および除脂肪体重の測定−Ｄｅｘａ
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して総組織質量（ＴＴＭ）の変化を同定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ、すなわち、全身、椎骨および両大腿骨）の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
身体測定（体長および体重）：
身体測定：約１６週齢で体長および体重の測定を行った。
結果：
体重：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体重の減少を示した。
体長：雌（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均体長の減少を示した。
ＰＲＯ１６０８９ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損した変異（−／−）マウスは、体重および体長の減少を特徴とする、成長遅延と一致する表現型を示す。従って、ＰＲＯ１６０８９ポリペプチドもしくはそのコード遺伝子のアンタゴニストまたはインヒビターは、これらの代謝関連作用および成長関連作用を模倣し得る。他方で、ＰＲＯ１６０８９ポリペプチドまたはそのアゴニストは、糖尿病または他の組織るいそう疾患などの代謝障害の予防および／または処置に有用であり得る。
（２）骨代謝：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：野生型マウス、ヘテロ接合性マウスおよびホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄ノックアウトは、全身ｖＢＭＤ、全身の骨塩密度および骨塩量の増加を示した；しかしながら、雌ノックアウトは、大腿骨の骨塩密度および椎骨の骨塩密度の減少を示した。
４６．４２．ＤＮＡ９６８６１−２８４４（ＵＮＱ５７８５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１９５６３ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ９６８６１−２８４４と命名）（ＵＮＱ５７８５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＸＭ＿１２６００５予測型：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ多発性嚢胞腎１様１（Ｐｋｄ１ｌ１）；参照タンパク質：ＸＰ＿１２６００５ ポリシスチン−１Ｌ１［Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ］；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１３８２９５ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ多発性嚢胞腎１様１（ＰＫＤ１Ｌ１）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ８ＴＤＸ９多発性嚢胞腎１様１タンパク質（ポリシスチン１Ｌ１）（ＵＮＱ５７８５／ＰＲＯ１９５６３）ｇｉ｜１９９２３０８４｜ｒｅｆ｜ＮＰ＿６１２１５２．１｜ポリシスチン−１Ｌ１［Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ］ｇｉ｜１９１１０４３８｜ｄｂｊ｜ＢＡＢ８５８０７．１｜ ポリシスチン−１Ｌ１［Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ］。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＰＫＤ１Ｌ１のオルソログであるＰＫＤ１Ｌ１（多発性嚢胞腎１様１）である。別名としては、ポリシスチン１Ｌ１、ＵＮＱ５７８５およびＰＲＯ１９５６３が挙げられる。
ＰＫＤ１Ｌ１は、主に精巣のライディッヒ細胞および心臓において発現する約２，５００アミノ酸の非常に大きな内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、２つの免疫グロブリン様ＰＫＤ（多発性嚢胞腎）ドメイン、ＲＥＪ（卵ゼリーのためのレセプター）ドメインおよび１１個の膜貫通セグメントを含む領域内のＰＬＡＴ（ポリシスチン−１、リポキシゲナーゼ、アルファ−トキシン）ドメインを含む。ＰＫＤおよびＲＥＪドメインは、細胞外に存在すると予測されるのに対し、ＰＬＡＴドメインは、細胞質に存在すると予測される。ＰＫＤおよびＲＥＪドメインは、他のタンパク質または炭水化物と相互作用する可能性があり、接着機能を有する（ＰｆａｍアクセッションＰＦ００８０１およびＰＦ０２０１０）。ＰＬＡＴドメインは、種々の膜または脂質に関連したタンパク質（例えば、リポキシゲナーゼおよび膵臓のリパーゼ）に見られ、膜とタンパク質との会合の媒介に関与する可能性がある（ＰｆａｍアクセッションＰＦ０１４７７）。従って、ＰＫＤ１Ｌ１は、細胞接着またはシグナル伝達に関与し得る。ＰＫＤ１Ｌ１は、心臓の機能または発生および雄の生殖系に関与し得る（Ｙｕａｓａら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：７９：３７６−８６（２００２）；ＬａｋｋｉｓおよびＺｈｏｕ，Ｎｅｐｈｒｏｎ Ｅｘｐ Ｎｅｐｈｒｏｌ：９３：ｅ３−８ ２００３）。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １９ ３６ ４ ５９
予測値 １４．７５ ２９．５ １４．７５ ５９
カイ二乗値＝２８．０６ 有意性＝８．０６９５３５５Ｅ−７（ｈｏｍ／ｎ）＝０．１ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１０〜１２をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１３８２９５．２［ヒト］）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋、骨および脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４２．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ９６８６１−２８４４（ＵＮＱ５７８５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト多発性嚢胞腎１様１（ＰＫＤ１Ｌ１）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスの生存能低下がもたらされた。剖検とＣＡＴ−Ｓｃａｎの両方から、解析したホモ接合性変異マウスの数匹において、逆位が明らかになった。（−／−）マウスは、免疫学的異常および耐糖能障害も示した。（−／−）マウスは、体重および骨塩密度の測定値の増加を示した。標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
（ｂ）病理学
顕微鏡的：剖検で調べられた６匹の（−／−）マウスのうち、逆位が、臨床的に評価された変異体の２匹および数匹の他の変異マウスにおいてみられた。逆位は、内臓（例えば、心臓または肝臓）の左右の逆位を特徴とする先天的異常である。ホモ接合性（−／−）マウスが期待数より少なかったことから、影響を受けた胚の生存能低下が示唆される。他の有意な病変は、変異体において見られなかった。
ＣＡＴＳｃａｎ：解析した５匹の（−／−）マウスのうち、３匹が、完全な逆位を示した。
ＵＮＱ５７８５の胚での発現：ＵＮＱ５７８５は、ｌａｃＺ染色によって示されるようにノード（ｎｏｄｅ）およびその誘導体において発現する（７．５ｄｐｃ）。側性は、ＮＯＤＡＬ流のプロセス（運動性の繊毛は、ノードのくぼみに整列しており、１方向に回転する）によってＮＯＤＥのレベルで確立される。マウスのノード内に存在する蛍光ビーズは、胚体外の体液の循環流を強調する。この流れは、ノードの左側にＣａ＋＋濃度を移動させるために不可欠である。Ｌ／Ｒパターン形成は、ＵＮＱ５７８５変異体において無作為化される（尾の振りおよび心ループ形成が、ＵＮＱ５７８５変異体において無作為化される。ＵＮＱ５７８５ヘテロ接合性マウス（９．５ｄｐｃ）では、ＵＮＱ５７８５の発現は、底板に沿って正中に維持される。従って、ＵＮＱ５７８５変異体は、潜在的に繊毛を欠損しており、左右軸パターンを制御するシグナル伝達に関与し得る。繊毛は、モルフォゲンＳｏｎｉｃ Ｈｅｄｇｅ Ｈｏｇ（Ｓｆｆ）のシグナル伝達に不可欠であることが示されている。Ｓｈｈの変異は、基底細胞癌および他の癌と強い相関がある。
（ｃ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
急性期反応：
試験の説明：細菌のリポ多糖（ＬＰＳ）は、エンドトキシンであり、急性期反応および全身性炎症の強力な誘導物質である。レベルＩのＬＰＳマウスの腹腔内に（ｉ．ｐ．）、２００μＬ滅菌食塩水中の致死量未満の用量のＬＰＳを２６ゲージ針を使用して注射した。この用量は、試験マウスの平均体重に基づき、１μｇ／ｇ体重とした。注射の３時間後に１００μＬの血液サンプルを採取し、ＴＮＦａ、ＭＣＰ−１およびＩＬ−６の存在をＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ装置で解析した。
結果：
（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６、ＭＣＰ１およびＴＮＦ−アルファの応答の増大を示した。
要約すると、ＬＰＳエンドトキシンチャレンジにより、ＰＲＯ１９５６３ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトマウスは、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示すことが証明された。特に、変異マウスは、ＬＰＳエンドトキシンで攻撃されたときに、顕著な炎症誘発性応答を示唆する、免疫学的応答（ＴＮＦ−アルファ、ＭＣＰ１およびＩＬ−６産生）を誘発する能力の増大を示した。これらの炎症性サイトカインは、急性期反応および全身性炎症の誘発に重大な役割を果たす。このことは、ＰＲＯ１９５６３ポリペプチドのアンタゴニスト（インヒビター）が、免疫系を刺激し得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得ることを示唆する。従って、ＰＲＯ１９５６３ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫応答の阻害に有用であり得、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順：
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。ＦＡＣＳ解析は、２匹の野生型および６匹のホモ接合性マウスにおいて実施し、胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞を含んだ。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得た。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析した。
結果：
ＦＡＣＳ３：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、ＣＤ４細胞の平均パーセンテージの減少およびＢ細胞の平均パーセンテージの増加を特徴とする末梢血中の白血球サブセットの分布の変化を示した。
従って、ＰＲＯ１９５６３ポリペプチドをコードする遺伝子をノックアウトすることにより、Ｔ細胞集団の減少およびＢ細胞集団の増加が引き起こされる。これらの観察結果から、ＰＲＯ１９５６３ポリペプチドまたはＰＲＯ１９５６３をコードする遺伝子は、Ｂ細胞増殖の負の制御因子として機能するとみられる。従って、ＰＲＯ１９５６３ポリペプチドのアンタゴニストまたはインヒビターは、Ｂ細胞増殖の増強およびＴ細胞増殖の抑制に有益であり得る。
血液学解析：
試験の説明：血液試験は、Ａｂｂｏｔｔ社のＣｅｌｌ−Ｄｙｎ３５００Ｒ自動血液学分析装置によって行う。その特徴の一部としては、５種類の白血球分画が挙げられる。「患者」レポートには、全部で２２を超えるパラメータが含まれ得る。
結果：
血液学：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および各々に対する歴史的中央値と比較して、白血球数および絶対好中球数の中央値の減少を示した。
（ｄ）表現型解析：代謝−血液化学
代謝領域では、糖尿病治療のための標的を同定することができる。血液化学表現型解析には、血糖値測定が含まれる。ＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ．Ｒｏｃｈｅ）を、マウスの血流化学試験のために使用した。代謝領域では、糖尿病治療のための標的を同定することができる
結果：
血液化学：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、平均血清グルコースレベルの増加を示した。これらの結果は、変異（−／−）マウスにおける耐糖能障害の観察結果（以下に示す）と一致する。
したがって、変異型（−／−）マウスは、グルコース代謝の変化または糖尿病と関連するものであり得る高血糖症を示した。
（ｅ）血液化学／耐糖能
代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、血糖測定を含む。マウスにおける血液化学試験を実施するためにＣＯＢＡＳ Ｉｎｔｅｇｒａ ４００（ｍｆｒ：Ｒｏｃｈｅ）を使用した。代謝の分野において、糖尿病の処置のための標的を同定し得る。血液化学表現型解析は、インスリン感度およびグルコース代謝の変化を測定する耐糖能試験を含む。異常な耐糖能試験結果は、以下の障害または状態：１型糖尿病および２型糖尿病、シンドロームＸ、様々な循環器疾患および／または肥満症を示唆し得るが、これらに限定されない。
手順：野生型および雄のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイに使用した。耐糖能試験は、哺乳動物における損傷したグルコースホメオスタシスを定義するための標準的な試験である。Ｌｉｆｅｓｃａｎ血糖測定器を使用して耐糖能試験を行った。２０％溶液として送達される２ｇ／ｋｇのＤ−グルコースを動物にＩＰ注射し、血糖値を注射の０、３０、６０および９０分後に測定した。
結果：
血糖値／耐糖能試験：
経口糖耐能：２匹の雄（−／−）マウスの両方ともが、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、Ｔ−３０間隔で耐糖能障害を示した。
（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、耐糖能障害を示した。（−／−）マウスは、平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇を示した。
これらの研究により、（−／−）マウスが、正常な空腹時グルコースの存在下において、試験された間隔で、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、耐糖能の低下または耐糖能障害を示すことが示唆された。このように、ノックアウト変異マウスは、グルコースホメオスタシス障害の表現型パターンを示し、それゆえ、ＰＲＯ１９５６３ポリペプチド（またはそのアゴニスト）またはそのコード遺伝子は、グルコースホメオスタシス障害および／または糖尿病を含む様々な循環器疾患に関連した状態の処置に有用であり得る。
４６．４３．ＤＮＡ１３１６５８−２８７５（ＵＮＱ５８３５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ１９６７５ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１３１６５８−２８７５と命名）（ＵＮＱ５８３５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２６０３５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２６０３５ ＮＩＤ：ｇｉ２１３１３３９９ ｒｅｆ ＮＭ＿０２６０３５．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ５５（Ｍｒｐｌ５５）；参照タンパク質：Ｑ９ＣＺ８３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＣＺ８３ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．２８１００３８Ｎ０９Ｒｉｋタンパク質；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１８１４６５ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ５５（ＭＲＰＬ５５）、ミトコンドリアタンパク質をコードする核遺伝子、転写物バリアント７；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ７Ｚ７Ｆ７ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ７Ｚ７Ｆ７ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ＭＲＰＬ５５タンパク質（ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ５５）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＭＲＰＬ５５のオルソログであるＭｒｐｌ５５（ミトコンドリアのリボソームタンパク質Ｌ５５）である。別名としては、２８１００３８Ｎ０９Ｒｉｋ、ＡＡＶＧ５８３５およびＰＲＯ１９６７５が挙げられる。
ＭＲＰＬ５５は、ミトコンドリアリボソームのサブユニットである（Ｋｏｃら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７６：４３９５８−６９（２００１）；Ｏ’Ｂｒｉｅｎ，Ｇｅｎｅ：２８６：７３−９（２００２）；ＺｈａｎｇおよびＧｅｒｓｔｅｉｎ，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：８１：４６８−８０（２００３））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １６ ３５ ０ ５１
予測値 １２．７５ ２５．５ １２．７５ ５１
カイ二乗値＝３９．８２ 有意性＝２．２５５２６１５Ｅ−９（ｈｏｍ／ｎ）＝０．０ 平均同腹仔数＝７
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１〜３をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２６０３５．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４３．１ 表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１３１６５８−２８７５（ＵＮＱ５８３５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ５５（ＭＲＰＬ５５）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）変異体の致死性がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
致死性の胚の発達異常に関連する考察：
ノックアウトマウスにおける胚性致死は、通常、種々の重篤な発生上の問題（神経変性疾患、血管障害、炎症性疾患が挙げられるが、これらに限定されない）によって生じるか、または遺伝子／タンパク質が多くの細胞型において基礎的な細胞シグナル伝達プロセスで重要な役割を果たす場合に生じる。さらに、胚性致死は、潜在的な癌モデルとして有用である。同様に、対応するヘテロ接合性（＋／−）変異動物は、これらがノックアウトされた遺伝子の機能に関する非常に有益なてがかりを明らかにする表現型および／または病理学報告を示す場合に特に有用である。例えば、ＥＰＯノックアウト動物は胚致死性を示したが、胚に関する病理学報告は、ＲＢＣの著しい欠如を示した。
（ｂ）病理学
顕微鏡的：胚性致死により顕微鏡的解析は行われなかった。１２．５日目に、４０個の胚：２０個の（＋／−）胚、４個の（＋／＋）胚、および１６個の再吸収モルが観察された。
遺伝子発現：ＬａｃＺ活性は、免疫組織化学によって分析された組織パネル中に検出された。
４６．４４．ＤＮＡ１６８０６１−２８９７（ＵＮＱ６１２４）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ２００８４ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１６８０６１−２８９７と命名）（ＵＮＱ６１２４）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１９９１５７ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓインターフェロンカッパー前駆体（Ｉｆｎｋ）；参照タンパク質：Ｑ７ＴＳＬ０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ７ＴＳＬ０ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．インターフェロンカッパー；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０２０１２４ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓインターフェロンカッパー前駆体（ＩＦＮＫ）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９Ｐ０Ｗ０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｐ０Ｗ０ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．インターフェロン様タンパク質前駆体（インターフェロンカッパー前駆体）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＩＦＮＫのオルソログであるＩｆｎｋ（インターフェロンカッパー前駆体）である。
ＩＦＮＫは、分泌タンパク質およびＩ型インターフェロンファミリーのメンバーであり、シグナル伝達リガンドとして機能する。このタンパク質は、ＪＡＫ／ＳＴＡＴシグナル伝達カスケードを活性化する他のＩ型インターフェロンと同じレセプターと結合し、ソノレセプターを活性化する。ＩＦＮＫは、主にケラチノサイトにおいて発現し、ＩＦＮＫは、ウイルス感染、二本鎖ＲＮＡ、インターフェロン−ガンマまたはインターフェロン−ベータに応答してアップレギュレートされる。従って、ＩＦＮＫは、先天性免疫と関与する可能性があり、ウイルス感染からの細胞の保護をもたらす（ＬａＦｌｅｕｒら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ：２７６：３９７６５−７１（２００１））。ＩＦＮＫは、腹膜のマクロファージにおいても発現し、二本鎖ＲＮＡおよびインターフェロン−ガンマによってアップレギュレートされる（Ｖａｓｓｉｌｅｖａら、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ：１７０：５７４８−５５（２００３））。さらに、ＩＦＮＫは、単球および樹状細胞からのサイトカインの放出を刺激し、このことから、ＩＦＮＫが、免疫細胞の機能の制御にも関与することが示唆される（Ｎａｒｄｅｌｌｉら、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ：１６９：４８２２−３０（２００２））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 １９ ３７ ２２ ７８
予測値 １９．５ ３９ １９．５ ７８
カイ二乗値＝１．１１ 有意性＝０．５７４０７２２４（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２５ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、２つのエキソンからなり、エキソン１に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１９９１５７．１）。エキソン１および２をターゲティングした。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（脂肪以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４４．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１６８０６１−２８９７（ＵＮＱ６１２４）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒトインターフェロンカッパー前駆体（ＩＦＮＫ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、新しい環境に対して異常な慣れ応答を示す変異（−／−）マウスがもたらされ、腹腔におけるＣＤ１１ｂ／Ｂ２２０−／ＣＤ１１７−細胞が減少した。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順：
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。ＦＡＣＳ解析は、２匹の野生型および６匹のホモ接合性マウスにおいて実施し、胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞を含んだ。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得た。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析した。
結果：
組織特異的ＦＡＣＳ：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、腹腔洗浄におけるＣＤ１１ｂ Ｈｉ／Ｂ２２０−／ＣＤ１１７−細胞の平均パーセンテージの減少を示した。
従って、ＰＲＯ２００８４ポリペプチドをコードする遺伝子をノックアウトすることにより、Ｔ細胞サブセット集団の減少が引き起こされる。これらの観察結果から、ＰＲＯ２００８４ポリペプチドまたはＰＲＯ２００８４をコードする遺伝子は、Ｔ細胞増殖の制御因子として機能するとみられる。
（ｃ）表現型解析：ＣＮＳ／神経学
神経学の分野において、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏および感覚障害を含む神経性障害および精神医学的障害の処置のためのインビボにおいて有効な標的の同定についての解析に本明細書中では注目した。神経障害は、「不安障害」として定義されるカテゴリーを含む。その「不安障害」としては、以下：軽度から中程度の不安、全般的病状による不安障害、別段特定されない不安障害、全般性不安障害、パニック発作、広場恐怖症を伴うパニック障害、広場恐怖症を伴わないパニック障害、心的外傷後ストレス障害、社会恐怖症、特定の恐怖症、物質誘導性不安障害、急性アルコール禁断、強迫性障害、広場恐怖症、Ｉ型またはＩＩ型の双極性障害、別段特定されない双極性障害、循環病、抑鬱性障害、大鬱性障害、気分障害、物質誘導性気分障害が挙げられるが、これらに限定されない。さらに、不安障害は、人格障害にあてはまることがあり、その人格障害としては、以下のタイプ：妄想性、反社会性、回避行動、境界性人格障害、依存性、演技性、自己愛性、強迫性、分裂性および統合失調型が挙げられるがこれらに限定されない。
手順：
行動スクリーニングを、野生型マウス、ヘテロ接合性変異マウスおよびホモ接合性変異マウスのコホートにおいて実施した。生存能低下のために、より早期の試験が必要とならない限り、すべての行動試験は、１２〜１６週齢の間に実施した。これらの試験は、不安、活動性レベルおよび探索を計測するためのオープンフィールドを含んだ。
オープンフィールド試験：
公知の薬物のいくつかの標的は、オープンフィールド試験において表現型を示した。これらとしては、セロトニン（ｓｅｒａｔｏｎｉｎ）トランスポーター、ドーパミントランスポーター（Ｇｉｒｏｓら、Ｎａｔｕｒｅ．１９９６ Ｆｅｂ １５；３７９（６５６６）：６０６−１２）およびＧＡＢＡレセプター（Ｈｏｍａｎｉｃｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．１９９７ Ａｐｒ １５；９４（８）：４１４３−８）のノックアウトを含む。自動化されたオープンフィールドアッセイをカスタマイズして、感情状態に関連する変化および学習に関する探索パターンを扱った。まず、フィールド（４０×４０ｃｍ）をマウスに対して比較的大きくなるように選択することによって探索に関連する自発運動の変化を取り上げるように設計した。さらに、４つの穴を床に設け、探索に特に関連する活動である鼻の突っ込みを可能にした。この試験に関連した感情状態を高めるためにいくつかの因子を設けた。オープンフィールド試験は、マウスが試験される最初の実験的手順であり、なされる測定は被験体のチャンバーとの最初の経験であった。さらに、オープンフィールドは明るく照らした。これらの因子のすべてによって、新しい開放性空間に関連する天然の不安が高められる。次いで、探索活動のパターンおよび程度ならびに特に中心からの全移動距離比は、不安または抑鬱症に対する罹りやすさに関する変化を識別することができる。３つの異なったレベルでの赤外線ビームを用いた大きな活動領域（４０ｃｍ×４０ｃｍ、ＡｃｃｕＳｃａｎ ＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓのＶｅｒｓａＭａｘ動物活動性モニターシステム）を用いて、直立、穴への突っ込みおよび自発運動を記録した。動物を中心に置き、その活動を２０分間測定した。この試験のデータを４分間隔で５回分析した。全移動距離（ｃｍ）、垂直移動回数（直立）、穴突っ込み回数および中心からの全移動距離比を記録した。
マウスが新しい環境に対して正常な慣れ応答を示す傾向を、５回の間隔にわたるその水平自発運動の変化すべてを測定することにより評価する。経時的な活動性の変化のこの算定傾きは、絶対値ではなく正規化された全移動距離を使用して決定する。傾きは５回の間隔のそれぞれにおける正規化された活動を通しての回帰直線から決定する。正常な慣れは、負の傾きの値によって表される。解析された野生型／ヘテロ接合型／ホモ接合型：５／４／８。
結果：
オープンフィールド２：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、正規化された傾きの中央値の増加を示したことから、新しい環境における異常な慣れ（低下または機能低下）応答が示唆される。
注目すべき差が、オープンフィールド活動性試験中に観察された。（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、機能低下を示し、このことから、変異体における不安様応答の低減が示唆される。したがって、ノックアウトマウスは、抑鬱症、全般性不安障害、認知障害、痛覚過敏ならびに感覚障害および／または双極性障害と一致する表現型を示した。従って、ＰＲＯ２００８４ポリペプチドおよびそのアゴニストは、抑鬱性障害に関連する症状の処置または回復に有用であり得る。
４６．４５．ＤＮＡ１４７２５３−２９８３（ＵＮＱ６５０９）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ２１４３４ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ１４７２５３−２９８３と命名）（ＵＮＱ６５０９）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿００１００１１８３ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ｃＤＮＡ配列 ＢＣ０５４４３８（ＢＣ０５４４３８）；参照タンパク質：Ｑ７ＴＱＩ０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ７ＴＱＩ０ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ＣＤＮＡ配列ＢＣ０５４４３８；参照ヒト遺伝子配列：ＢＣ００４９３２ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＢＣ００４９３２ ＮＩＤ：１３４３６２６８ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ仮説タンパク質ＦＬＪ２０８９８；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９ＢＳＮ７ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９ＢＳＮ７ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＣ１６ｏｒｆ３０（１６番染色体オープンリーディングフレーム３０）のオルソログであるｃＤＮＡ配列ＢＣ０５４４３８である。別名としては、ＣＬＰ２４およびＦＬＪ２０８９８が挙げられる。
Ｃ１６ｏｒｆ３０は、細胞接着の調節因子として機能し得る内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、４つの膜貫通セグメントを含み、細胞間結合に局在するが、タイトジャンクションには局在しない。Ｃ１６ｏｒｆ３０は、肺、心臓、腎臓および胎盤において発現し、Ｃ１６ｏｒｆ３０発現は、低酸素に応答して増大する。インビトロでのＣ１６ｏｒｆ３０の過剰発現は、細胞接着を低減し、ジャンクションの障壁機能を調節する。Ｃ１６ｏｒｆ３０は、血管新生に関与し得る（Ｋｅａｒｓｅｙら、Ｅｕｒ Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ：２７１：２５８４−９２（２００４））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２１ ４３ ２０ ８４
予測値 ２１ ４２ ２１ ８４
カイ二乗値＝２．８３ 有意性＝０．２４２９２５６３（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２２ 平均同腹仔数＝１０
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿００１００１１８３．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋および骨以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４５．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ１４７２５３−２９８３（ＵＮＱ６５０９）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト１６番染色体オープンリーディングフレーム３０（Ｃ１６ｏｒｆ３０）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて免疫学的異常がもたらされた。変異（−／−）マウスは、総組織質量および除脂肪体重の減少ならびに骨関連測定値の減少も示した。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）解析
手順：
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。ＦＡＣＳ解析は、２匹の野生型および６匹のホモ接合性マウスにおいて実施し、胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞を含んだ。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得た。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析した。
結果：
組織特異的ＦＡＣＳ：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、脾臓におけるＣＤ４対ＣＤ８比の平均の減少を示した。（−／−）マウスは、腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｈｉ／ＣＤ２３＋細胞の平均パーセンテージの減少ならびにＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３−細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３−細胞の平均パーセンテージの増加も示した。
これらの観察結果は、腹腔洗浄におけるＢ細胞のサブタイプが変化したことを示唆する。また、脾臓におけるＣＤ４／ＣＤ８比の減少が観察された。従って、ＰＲＯ２１４３４ポリペプチドは、Ｂ細胞産生の制御因子として作用するとみられる。
（ｃ）骨代謝および全身診断学：放射線表現型解析
骨代謝の分野において、関節炎、骨粗鬆症、骨減少症および大理石骨病の処置のため、ならびに骨の治癒を促進する標的を同定するための標的を本明細書中で同定した。試験は：
・大腿骨および椎骨における骨塩密度を測定するためのＤＥＸＡ
・骨梁と皮質骨の両方についての骨塩密度を非常に高い解像度および非常に高い感度で測定するためのマイクロＣＴ
を含んだ。
Ｄｅｘａ解析−試験の説明：
手順：４匹の野生型マウス、４匹のヘテロ接合性マウスおよび８匹のホモ接合性マウスのコホートをこのアッセイで試験した。二重エネルギーＸ線吸収測定法（ＤＥＸＡ）を、うまく使用して骨の変化を同定した。麻酔動物を試験し、骨塩量（ＢＭＣ）、ＢＭＣ／ＬＢＭ比、容量測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）、全身ＢＭＤ、大腿骨ＢＭＤおよび椎骨ＢＭＤを測定した。
Ａｖｅｒｔｉｎ（１．２５％２，２，２，−トリブロモエタノール，２０ｍＬ／ｋｇ体重）をマウスに腹腔内注射することにより麻酔し、体長および体重を測定し、次いで、そのマウスをＤＥＸＡスキャンのためにＰＩＸＩｍｕｓＴＭデンシトメーター（Ｌｕｎａｒ Ｉｎｃ．）のプラットフォーム上に腹臥位にした。Ｌｕｎａｒ ＰＩＸＩｍｕｓソフトウェアを使用して、目的の領域（ＲＯＩ）［すなわち、全身、椎骨および両大腿骨］の骨塩密度（ＢＭＤ）および脂肪組成物（％脂肪）および総組織質量（ＴＴＭ）を測定した。
骨マイクロＣＴ解析：
手順：マイクロＣＴを使用して、非常に感度の高いＢＭＤの測定を行った。１つの椎骨および１つの大腿骨を、４匹の野生型マウスおよび８匹のヘテロ接合性マウスのコホートから取り出した。腰部の５つの椎骨骨梁骨体積、骨梁厚、結合密度ならびに大腿骨中軸の骨の総面積および皮質厚の測定を行った。μＣＴ４０スキャンにより、骨量および構造についての詳細な情報が得られた。複数の骨を、サンプルホルダーに置き、自動的にスキャンした。装置ソフトウェアを使用して、解析用の目的の領域を選択した。骨梁骨パラメータを、１６マイクロメートルの解像度で第５腰部椎骨（ＬＶ５）において解析し、皮質骨パラメータを、２０マイクロメートルの解像度で大腿骨中軸において解析した。
結果：
ＤＥＸＡ：雄（−／−）マウスは、歴史的平均と比較して、平均総組織質量および除脂肪体重の減少を示した。
マイクロＣＴ：雄（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、大腿骨中軸の平均断面積の減少を示した。
ＤＥＸＡおよび骨マイクロＣＴ解析によって解析された（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔と比較して、異常な骨障害を示唆する、骨の測定値の減少および身体の質量の測定値の減少を示した。このように、（−／−）マウスは、負の骨表現型を示した。さらに、平均総組織質量および除脂肪体重の減少は、組織るいそう障害に関連する代謝障害を示唆する。その負の骨表現型は、ＰＲＯ２１４３４ポリペプチドまたはそのアゴニストが、骨ホメオスタシスの維持に有用であり得ることを示唆する。さらに、ＰＲＯ２１４３４ポリペプチドは、骨の治癒または関節炎もしくは骨粗鬆症の処置に有用であり得る一方で、ＰＲＯ２１４３４ポリペプチドまたはそのコード遺伝子のアンタゴニスト（またはインヒビター）は、関節炎、骨粗鬆症および骨減少症を含む異常な骨代謝に関連する炎症性疾患を含む異常な骨障害または病理学的な骨障害に導き得る。
４６．４６．ＤＮＡ２５５２５５（ＵＮＱ１１６４５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ５０３３２ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ２５５２５５と命名）（ＵＮＱ１１６４５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２６２２８ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２６２２８ ＮＩＤ：ｇｉ３１５４１９８９ ｒｅｆ ＮＭ＿０２６２２８．２ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ ＲＩＫＥＮ ｃＤＮＡ ４９３３４１９Ｄ２０遺伝子（４９３３４１９Ｄ２０Ｒｉｋ）；参照タンパク質：Ｑ８ＢＴＱ３ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ８ＢＴＱ３ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．ＢＣＧ誘導内在性膜タンパク質ＢＩＧＭＯ−１０３；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿０２２１５４ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ溶質キャリアファミリー３９（亜鉛トランスポーター）、メンバー８（ＳＬＣ３９Ａ８）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９Ｃ０Ｋ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｃ０Ｋ１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ＢＣＧ誘導内在性膜タンパク質ＢＩＧＭｏ−１０３（ＢＣＧ−ＣＷＳによってアップレギュレートされる）（仮説タンパク質）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＳＬＣ３９Ａ８（溶質キャリアファミリー３９［亜鉛トランスポーター］、メンバー８）のオルソログであるＳｌｃ３９ａ８（溶質キャリアファミリー３９［金属イオントランスポーター］、メンバー８）である。別名としては、ＢＩＧＭ１０３、ＬＺＴ−Ｈｓ６および４９３３４１９Ｄ２０Ｒｉｋが挙げられる。
ＳＬＣ３９Ａ８は、亜鉛トランスポーターとして機能し得る内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、少なくとも７つの膜貫通セグメントおよび重複ＺＩＰ亜鉛トランスポータードメインを含む。ＳＬＣ３９Ａ８は、細菌、細菌の細胞壁または炎症性サイトカインによる処理に応答して、単球において発現することから、このタンパク質が、先天性免疫に関与し得ることが示唆される。単球が樹状細胞およびマクロファージに分化する際、ＳＬＣ３９Ａ８の発現は、刺激なしで容易に検出される（Ｂｅｇｕｍら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：８０：６３０−４５（２００２））。ＳＬＣ３９Ａ８は、ホルモンで管理される組織（例えば、乳腺）において発現し、精巣の血管内皮細胞上に特に多く発現する。ＳＬＣ３９Ａ８は、亜鉛だけでなく、カドミウムも輸送し、毒性のカドミウムレベルで精巣のネクローシスを引き起こす。亜鉛が、多岐にわたる酵素のコファクターであるので、ＳＬＣ３９Ａ８は、多くの生理学的プロセスおよび癌などの疾患プロセスに関与する可能性がある（Ｔａｙｌｏｒら、Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ：３７５：５１−９（２００３）；Ｄａｌｔｏｎら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ：１０２：３４０１−６（２００５）；ＴａｙｌｏｒおよびＮｉｃｈｏｌｓｏｎ；Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ：１６１１：１６−３０（２００３））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ３５ ７７ １ １１３
予測値 ２８．２５ ５６．５ ２８．２５ １１３
カイ二乗値＝３５．３４ 有意性＝２．１１８４４１４Ｅ−８（ｈｏｍ／ｎ）＝ ０．０１ 平均同腹仔数＝７
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：この遺伝子は、８つのエキソンからなり、エキソン１に開始コドンを有する（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２６２２８．２）。エキソン３〜５をターゲティングした。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋、骨および脂肪）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４６．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ２５５２５５（ＵＮＱ１１６４５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト溶質キャリアファミリー３９（亜鉛トランスポーター）、メンバー８（ＳＬＣ３９Ａ８）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）変異体の致死性がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
致死性の胚の発達異常に関連する考察：
ノックアウトマウスにおける胚性致死は、通常、種々の重篤な発生上の問題（神経変性疾患、血管障害、炎症性疾患が挙げられるが、これらに限定されない）によって生じるか、または遺伝子／タンパク質が多くの細胞型において基礎的な細胞シグナル伝達プロセスで重要な役割を果たす場合に生じる。さらに、胚性致死は、潜在的な癌モデルとして有用である。同様に、対応するヘテロ接合性（＋／−）変異動物は、これらがノックアウトされた遺伝子の機能に関する非常に有益なてがかりを明らかにする表現型および／または病理学報告を示す場合に特に有用である。例えば、ＥＰＯノックアウト動物は胚致死性を示したが、胚に関する病理学報告は、ＲＢＣの著しい欠如を示した。
（ｂ）病理学
ホモ接合性は致死性である。遺伝子型解析の時点で１匹の（−／−）仔が死亡した。
顕微鏡的：胚性致死により、顕微鏡的解析は行われなかった。１２．５日目に、４３個の胚：２２個の（＋／−）胚、９個の（＋／＋）胚、および１２個の再吸収モルが観察された。
遺伝子発現：ＬａｃＺ活性は、免疫組織化学によって分析された組織パネル中に検出された。
４６．４７．ＤＮＡ２２８００２（ＵＮＱ１５９６５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ３８４６５ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ２２８００２と命名）（ＵＮＱ１５９６５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿０２６８３５ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：ＮＭ＿０２６８３５ ＮＩＤ：ｇｉ１３３８６１７１ ｒｅｆ ＮＭ＿０２６８３５．１ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ膜貫通４−ドメイン、サブファミリーＡ、メンバー６Ｄ（Ｍｓ４ａ６ｄ）；参照タンパク質：Ｑ９９Ｎ０７ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９９Ｎ０７ ＮＩＤ：Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ（マウス）．膜貫通４−ドメインサブファミリーＡメンバー６Ｄ（ＣＤ２０抗原様８）；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１５２８５２ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ膜貫通４−ドメイン、サブファミリーＡ、メンバー６Ａ（ＭＳ４Ａ６Ａ）、転写物バリアント１；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ９Ｈ２Ｗ１ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ９Ｈ２Ｗ１ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．膜貫通４−ドメインサブファミリーＡメンバー６Ａ（４−貫通膜貫通タンパク質３）（ＣＤ２０抗原様３）（ＣＤＡ０１）。
目的のマウス遺伝子は、ヒトＭＳ４Ａ６Ａ（膜貫通４−ドメイン、サブファミリーＡ、メンバー６Ａ）の推定オルソログであるＭｓ４ａ６ｄ（膜貫通４−ドメイン、サブファミリーＡ、メンバー６Ｄ）である。別名としては、１１１００５８Ｅ１６Ｒｉｋ、ＣＤＡ０１、ＭＳ４Ａ６、４ＳＰＡＮ３、ＣＤ２０Ｌ３、ＭＳＴ０９０、ＭＳＴＰ０９０、４ＳＰＡＮ３．２およびＭＧＣ２２６５０が挙げられる。
ＭＳ４Ａ６Ａは、オリゴマーのシグナル伝達レセプターの成分として機能し得る内在性原形質膜タンパク質である。このタンパク質は、細胞質のＮ末端、ＭＳ４Ａファミリーメンバー間で高度に保存された４つの膜貫通セグメントおよび細胞質のＣ末端からなる。ＭＳ４Ａ６Ａは、Ｂ細胞、骨髄単核細胞および赤白血病細胞株において発現する（ＬｉａｎｇおよびＴｅｄｄａｒ，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ：７２：１１９−２７（２００１））。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
実測値 ２０ ３８ １５ ７３
予測値 １８．２５ ３６．５ １８．２５ ７３
カイ二乗値＝０．５３ 有意性＝０．７６７２０５９５（ｈｏｍ／ｎ）＝０．２３ 平均同腹仔数＝８
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン１および２ならびにコーディングエキソン１より前のエキソンをターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿０２６８３５．１）。
１．野生型発現パネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、１３個のすべての成体組織サンプル（骨格筋、ならびに胃、小腸および結腸以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
２．ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４７．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ２２８００２（ＵＮＱ１５９６５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
ヒト膜貫通４−ドメイン、サブファミリーＡ、メンバー６Ａ（ＭＳ４Ａ６Ａ）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、（−／−）マウスにおいて、卵白アルブミンチャレンジに対する血清中ＩｇＧ１応答の増大がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
卵白アルブミンチャレンジ
手順：このアッセイは、７匹の野生型および８匹のホモ接合体マウスにおいて行った。ニワトリ卵白アルブミン（ＯＶＡ）は、Ｔ細胞依存性抗原であり、マウスにおける抗原特異的免疫応答の研究用のモデルタンパク質として一般に使用されている。ＯＶＡは無毒で不活性であり、したがって、免疫応答が誘発されない場合であっても動物に害をもたらさない。ＯＶＡに対するマウスの免疫応答は、Ｔ細胞応答を惹起させる免疫優性ペプチドが同定されている程度まで充分に特徴付けされている。抗ＯＶＡ抗体を、免疫処置の８〜１０日後に酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＺＡ）を用いて検出することができ、抗体の異なるアイソタイプの測定によって、遺伝子操作されたマウスにおいて欠陥性応答をもたらし得る複雑なプロセスに関するさらなる情報が得られる。
上記のように、このプロトコルは、マウスが抗原特異的免疫応答を生じる能力を評価する。動物に５０ｍｇのニワトリ卵白アルブミン（完全フロイントアジュバント中に乳化）をＩＰ注射し、１４日後に、抗卵白アルブミン抗体（ＩｇＭ、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２サブクラス）の血清力価を測定した。血清試料中のＯＶＡ特異的抗体の量は、９６ウェル試料プレートをスキャンする装置によって得られる光学密度（ＯＤ）値に比例する。データは、各血清試料の一組の連続希釈物に対して収集した。
このチャレンジの結果：
卵白アルブミン：（−／−）マウスは、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較した場合、卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増加を示した。
要約すると、卵白アルブミンチャレンジ研究から、ＰＲＯ３８４６５ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトホモ接合性マウスが、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示すことが示唆される。特に、変異（−／−）マウスは、Ｔ細胞依存性ＯＶＡ抗原で攻撃されたとき、免疫学的応答を誘発する能力の増大を示した。従って、ＰＲＯ３８４６５ポリペプチドのアンタゴニスト（インヒビター）は、免疫系（例えば、Ｔ細胞増殖）の刺激に有用であり得、この効果が個体に有益であり得る場合（例えば、白血病および他のタイプの癌の場合などにおいて、ならびに免疫無防備状態の患者（例えば、ＡＩＤＳ罹患者））において有用性が見出され得る。従って、ＰＲＯ３８４６５ポリペプチドまたはそのアゴニストは、免疫応答の阻害に有用であり得、このため、例えば、移植片拒絶または移植片対宿主病の場合において有害な免疫応答を抑制するための有用な候補であり得る。
４６．４８．ＤＮＡ４４１６７−１２４３（ＵＮＱ３０５）遺伝子が破壊されたマウスの作製および解析
これらのノックアウト実験において、ＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子（ＤＮＡ４４１６７−１２４３と命名）（ＵＮＱ３０５）を破壊した。これらの研究のための遺伝子特異的情報を以下に示す：変異マウス遺伝子は、以下に対応する：参照ヌクレオチド：ＮＭ＿１７８８９９ Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ発現配列ＡＩ９８７６６２（ＡＩ９８７６６２）；参照タンパク質：ＮＰ＿８４９２３０発現配列ＡＩ９８７６６２［Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ］ｇｉ｜２６３４１２６４｜ｄｂｊ｜ＢＡＣ３４２９４．１｜無名タンパク質産物［Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ］ｇｉ｜２６３２９４２３｜ｄｂｊ｜ＢＡＣ２８４５０．１｜無名タンパク質産物［Ｍｕｓ ｍｕｓｃｕｌｕｓ］；参照ヒト遺伝子配列：ＮＭ＿１９８１５１ Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ仮説タンパク質ＬＯＣ２５３０１２（ＬＯＣ２５３０１２）；ヒトタンパク質配列は、次のものに対応する：Ｑ６ＵＸＩ０ ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ：Ｑ６ＵＸＩ０ ＮＩＤ：Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ（ヒト）．ＷＬＫＶ３０５。
目的のマウス遺伝子は、ヒト「仮説タンパク質ＬＯＣ２５３０１２」のオルソログである「発現配列ＡＩ９８７６６２」である。
仮説タンパク質ＬＯＣ２５３０１２は、細胞接着分子またはレセプターとして機能し得る推定内在性原形質膜タンパク質である（Ｃｌａｒｋら、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．：１３：２２６５−７０（２００３））。このタンパク質は、シグナルペプチド、３つの免疫グロブリン（Ｉｇ）様ドメイン、膜貫通セグメントおよび９０アミノ酸の細胞質ドメインを含む。
ターゲティングされたか遺伝子トラップされた変異を、系統１２９ＳｖＥｖＢｒｄ由来の胚性幹（ＥＳ）細胞で行った。キメラマウスを、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊアルビノマウスと交配してＦ１ヘテロ接合体動物を作製する。これらの子孫を交雑受精してＦ２野生型子孫、ヘテロ接合体変異子孫、およびホモ接合体変異子孫を作製する。稀に、例えば、Ｆ１マウスがキメラからほとんど得られない場合、Ｆ１ヘテロ接合体マウスを、１２９ＳｖＥｖＢｒｄ／Ｃ５７ハイブリッドマウスと交雑してさらなるヘテロ接合体動物を作製し、これを交雑受精してＦ２マウスを作製する。この世代由来のマウスに対してレベルＩ表現型解析を行う。
野生型 ヘテロ ホモ 合計
変異情報 ２９ ３５ １６ ８０
予測値 ２０ ４０ ２０ ８０
カイ二乗値＝２．１ 有意性＝０．３４９９３７７７（ｈｏｍ／ｎ）＝ ０．２４ 平均同腹仔数＝９
変異情報
変異型：相同組換え（標準）
説明：コーディングエキソン２をターゲティングした（ＮＣＢＩアクセッションＮＭ＿１７８８９９．３）。
ＷＴパネル：ＲＴ−ＰＣＲによって試験された、胚性幹細胞（ＥＳ）細胞および１３のすべての成体組織サンプル（骨格筋および骨以外）において標的遺伝子の発現を検出した。
ＱＣ発現：標的遺伝子の破壊をサザンハイブリダイゼーション解析によって確認した。
４６．４８．１．表現型解析（破壊遺伝子：ＤＮＡ４４１６７−１２４３（ＵＮＱ３０５）
（ａ）全体的な表現型の概要：
仮説ヒトタンパク質（ＬＯＣ２５３０１２）のオルソログをコードする遺伝子の変異により、変異（−／−）マウスにおいて免疫学的異常がもたらされた。遺伝子破壊をサザンブロットによって確認した。
（ｂ）免疫学表現型解析
免疫関連疾患および炎症性疾患は、正常な生理機能において、傷害または損傷に応答し、傷害または損傷からの修復を開始し、そして外来生物体に対する先天的および後天的な防御を開始することにとって重大な意味を有する、かなり複雑で、複雑に相互連結していることが多い生物学的経路の症状または結果である。これらの正常な生理学的経路が、応答の強度に直接関連してか、異常な制御もしくは過度の刺激の結果としてか、自己に対する応答としてか、またはこれらの組み合わせのいずれかとして、さらなる傷害または損傷を引き起こすときに、疾患または病態が生じる。
これらの疾患の起源が、多段階の経路および複数の異なる生物学的系／経路に関連することが多いが、これらの経路の１個以上の重大な点における介入は、寛解性または治療的な効果を有し得る。治療的な介入は、有害なプロセス／経路の拮抗作用または有益なプロセス／経路の刺激のいずれかによって生じ得る。
Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、哺乳動物の免疫応答の重要な成分である。Ｔ細胞は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）内の遺伝子によってコードされる自己の分子に関連する抗原を認識する。この抗原は、抗原提示細胞、ウイルス感染細胞、癌細胞、移植片などの表面上にＭＨＣ分子とともに提示され得る。Ｔ細胞系は、宿主哺乳動物に対して健康への脅威をもたらすこれらの改変細胞を排除する。Ｔ細胞としては、ヘルパーＴ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞が挙げられる。ヘルパーＴ細胞は、抗原提示細胞上の抗原−ＭＨＣ複合体を認識した後、広範囲に増殖する。ヘルパーＴ細胞はまた、種々のサイトカイン、すなわち、リンフォカインを分泌する。リンフォカインは、Ｂ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞および免疫応答に関与する他の種々の細胞の活性化において中心的な役割を果たす。
多くの免疫応答において、炎症細胞は、損傷または感染の部位を浸潤する。遊走細胞は、罹患組織の組織学的検査によって決定され得るような、好中球、好酸球、単球またはリンパ球であり得る。Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９４，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．
多くの免疫関連疾患が知られており、広く研究されている。このような疾患としては、免疫媒介性炎症性疾患（例えば、関節リウマチ、免疫媒介性腎疾患、肝胆疾患、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、乾癬および喘息）、非免疫媒介性炎症性疾患、感染性疾患、免疫不全疾患、新形成および移植片拒絶などが挙げられる。免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を同定した。
免疫学の分野において、炎症および炎症性障害の処置のための標的を本明細書中で同定した。免疫関連疾患は、１つの場合において、免疫応答を抑制することによって処置され得る。免疫刺激性活性を有する分子を阻害する中和抗体の使用は、免疫媒介性疾患および炎症性疾患の処置に有益であり得る。免疫応答を阻害する分子は、免疫応答を阻害するために（タンパク質を直接または抗体アゴニストの使用を介して）利用され得、その結果、免疫関連疾患を寛解させ得る。
以下の試験を実施した：
卵白アルブミンチャレンジ
手順：このアッセイは、７匹の野生型および８匹のホモ接合体マウスにおいて行った。ニワトリ卵白アルブミン（ＯＶＡ）は、Ｔ細胞依存性抗原であり、マウスにおける抗原特異的免疫応答の研究用のモデルタンパク質として一般に使用されている。ＯＶＡは無毒で不活性であり、したがって、免疫応答が誘発されない場合であっても動物に害をもたらさない。ＯＶＡに対するマウスの免疫応答は、Ｔ細胞応答を惹起させる免疫優性ペプチドが同定されている程度まで充分に特徴付けされている。抗ＯＶＡ抗体を、免疫処置の８〜１０日後に酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＺＡ）を用いて検出することができ、抗体の異なるアイソタイプの測定によって、遺伝子操作されたマウスにおいて欠陥性応答をもたらし得る複雑なプロセスに関するさらなる情報が得られる。
上記のように、このプロトコルは、マウスが抗原特異的免疫応答を生じる能力を評価する。動物に５０ｍｇのニワトリ卵白アルブミン（完全フロイントアジュバント中に乳化）をＩＰ注射し、１４日後に、抗卵白アルブミン抗体（ＩｇＭ、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２サブクラス）の血清力価を測定した。血清試料中のＯＶＡ特異的抗体の量は、９６ウェル試料プレートをスキャンする装置によって得られる光学密度（ＯＤ）値に比例する。データは、各血清試料の一組の連続希釈物に対して収集した。
このチャレンジの結果：
（−／−）マウスは、アルブミンに対して、その（＋／＋）同腹仔および歴史的平均と比較して、検出不可能な平均血清中ＩｇＧ２ａ応答（ＩｇＧ２ａ応答の障害）を示した。しかしながら、平均血清中ＩｇＧ１レベルは、卵白アルブミンチャレンジに応答して増加した。
要約すると、卵白アルブミンチャレンジ研究から、ＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子が欠損したノックアウトマウスが、その野生型同腹仔と比較して、免疫学的異常を示すことが示唆される。特に、変異マウスは、Ｔ細胞依存性ＯＶＡ抗原で攻撃されたとき、ＩｇＧ２ａの免疫学的応答を誘発する能力の低下を示した（従って、抗原に対するＩｇＧ２ａ応答の障害を示した）。しかしながら、変異（−／−）マウスは、Ｔ細胞依存性Ｏｖａ抗原で攻撃されたとき、ＩｇＧ１に応答して免疫学的応答を誘発する能力の増大を示した。
蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）解析
手順：
ＣＤ４、ＣＤ８およびＴ細胞レセプターを含む、末梢血由来の免疫細胞組成物のＦＡＣＳ解析を実施して、Ｔリンパ球、Ｂリンパ球に対するＣＤ１９、白血球マーカーとしてのＣＤ４５およびナチュラルキラー細胞に対するｐａｎ ＮＫを評価した。ＦＡＣＳ解析は、２匹の野生型および６匹のホモ接合性マウスにおいて実施し、胸腺、脾臓、骨髄およびリンパ節由来の細胞を含んだ。
これらの研究において、解析される細胞を、胸腺、末梢血、脾臓、骨髄およびリンパ節から単離した。単核細胞集団内のＣＤ４およびＣＤ８陽性のＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞および単球の相対的比率を決定するようにフローサイトメトリーを設定した。Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ ３−レーザーＦＡＣＳ装置を使用して、免疫状態を評価した。表現型アッセイおよびスクリーニングのために、この装置は、ＣＤ４＋／ＣＤ８＋比に加えて、ＣＤ４＋／ＣＤ８−、ＣＤ８＋／ＣＤ４−、ＮＫ、Ｂ細胞および単球の数を記録する。６つの系統特異的抗体のパネル：ＣＤ４５ ＰｅｒＣＰ、抗ＴＣＲｂ ＡＰＣ、ＣＤ４ ＰＥ、ＣＤ８ ＦＩＴＣ、ｐａｎ−ＮＫ ＰＥおよびＣＤ１９ ＦＩＴＣを用いて、各マウス由来の溶解末梢血の単一サンプルを染色することによって単核細胞プロファイルを得た。２種類のＦＩＴＣ標識抗体およびＰＥ標識抗体は、相互に排他的な細胞タイプを染色する。ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェアを備えたＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒフローサイトメーターを使用してサンプルを解析した。
結果：
変異（−／−）マウスは、胚中心、アイソタイプスイッチしたＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭなし）の減少を伴うパイエル板におけるＢ細胞のパーセンテージの増加を示した。
急性期応答：
試験の説明：細菌リポ多糖（ＬＰＳ）は内毒素であり、そのようなものとして、急性期応答および全身性炎症の強い誘導因子である。レベルＩ ＬＰＳマウスに、２６ゲージの針を使用して、亜致死量のＬＰＳを含む２００μＬ滅菌生理食塩水を腹腔内（ｉ．ｐ．）注射した。この用量は、注射から３時間後に１μｇ／ｇ体重で試験したマウスの平均体重に基づいた。次いで、１００μＬの血液サンプルを採取し、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ装置でＴＮＦａ、ＭＣＰ−１、およびＩＬ−６の存在について分析した。
結果：
（−／−）マウスは、その性別一致（＋／＋）同腹仔と比較して、炎症誘発性応答を示唆する、ＬＰＳに対する急性期反応の増大を示した。

実施例４７：ハイブリダイゼーションプローブとしてのＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の使用
以下の方法は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列をハイブリダイゼーションプローブとして使用することについて説明するものである。
本明細書中に開示されるような完全長または成熟ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドのコード配列を含むＤＮＡを、ヒト組織ｃＤＮＡライブラリーまたはヒト組織ゲノムライブラリー中の相同ＤＮＡ（例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの天然に存在する改変体をコードするＤＮＡ）をスクリーニングするためのプローブとして使用する。
いずれかのライブラリーＤＮＡを含むフィルターのハイブリダイゼーションおよび洗浄は、下記の高ストリンジェンシー条件下で行う。放射能標識したＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６に由来するプローブとフィルターとのハイブリダイゼーションは、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５０ｍＭリン酸ナトリウム，ｐＨ６．８、２×Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ溶液および１０％デキストラン硫酸の溶液中、４２℃で２０時間行われる。フィルターの洗浄は、０．１×ＳＳＣおよび０．１％ＳＤＳの水溶液中、４２℃で行う。
次いで、完全長の天然配列ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡとの所望の配列同一性を有するＤＮＡは、当該分野で公知の標準的な技術を使用して同定することができる。
実施例４８：Ｅ．ｃｏｌｉにおけるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の発現
この実施例では、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドのＥ．ｃｏｌｉでの組換え発現による非グリコシル化形態の調製について説明する。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするＤＮＡ配列を、選択したＰＣＲプライマーを使用して、まず増幅する。プライマーは、選択した発現ベクター上の制限酵素部位に対応する制限酵素部位を含んでいる必要がある。さまざまな発現ベクターが使用され得る。適当なベクターの一例は、アンピシリンおよびテトラサイクリン耐性の遺伝子を含むｐＢＲ３２２（大腸菌由来；Ｂｏｌｉｖａｒら、Ｇｅｎｅ、２：９５（１９７７）を参照）である。ベクターを制限酵素で消化し、脱ホスホリル化する。次いで、ＰＣＲ増幅された配列を、ベクター内にライゲーションする。そのベクターは、好ましくは、抗生物質耐性遺伝子、ｔｒｐプロモーター、ポリｈｉｓリーダー（最初の６つのＳＴＩＩコドン、ポリｈｉｓ配列およびエンテロキナーゼ切断部位を含む）、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６コード領域、ラムダ転写ターミネーターおよびａｒｇＵ遺伝子をコードする配列を含む。
次いで、ライゲーション混合物を用い、選択した大腸菌系統をＳａｍｂｒｏｏｋら、（前出）に記載の方法を用いて形質転換する。形質転換体を、ＬＢプレート上でのその生育能力によって同定し、次いで抗生物質耐性コロニーを選択する。プラスミドＤＮＡを、制限解析によって単離し、ＤＮＡ配列決定によって確認し得る。
選択されたクローンは、液体培養培地（例えば、抗生物質を加えたＬＢブロスなど）中で一晩培養し得る。一晩培養物は、続いて大規模培養物にイノキュレートするために使用され得る。次いで、細胞を所望の光学密度まで培養し、この間に発現プロモーターが作動する。
細胞をさらに数時間培養した後、細胞を、遠心分離によって回収し得る。遠心分離によって得られた細胞ペレットは、当該分野で公知の様々な薬剤を使用して可溶化することができ、次いでその可溶化されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６タンパク質を、タンパク質の強固な結合を可能にする条件下で、金属キレートカラムを使用して精製することができる。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６は、以下の手順を用いて、Ｅ．ｃｏｌｉにおいてポリＨｉｓタグ化形態として発現され得る。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６をコードするＤＮＡを、選択したＰＣＲプライマーを使用してまず増幅する。プライマーは、選択した発現ベクター上の制限酵素部位に対応する制限酵素部位、ならびに効率的で信頼性のある翻訳の開始、金属キレートカラム上での速やかな精製およびエンテロキナーゼによるタンパク質分解的除去をもたらすのに有用な他の配列を含む。次いで、ＰＣＲ増幅されたポリ−Ｈｉｓタグ化配列を発現ベクター内にライゲートし、これを用いて菌株５２（Ｗ３１１０ｆｕｈＡ（ｔｏｎＡ）ｌｏｎ ｇａｌＥ ｒｐｏＨｔｓ（ｈｔｐＲｔｓ）ｃｌｐＰ（ｌａｃＩｑ）系の大腸菌宿主を形質転換する。形質転換体を、まず、５０ｍｇ／ｍＬのカルベニシリンを含有するＬＢ中にて３０℃で、振とうさせながら３〜５のＯ．Ｄ．６００が達成されるまで培養する。次いで、培養物をＣＲＡＰ培地（３．５７ｇの（ＮＨ４）２ＳＯ４、０．７１ｇのクエン酸ナトリウム・２Ｈ２Ｏ、１．０７ｇのＫＣｌ、５．３６ｇのＤｉｆｃｏ製酵母抽出物、５．３６ｇのＳｈｅｆｆｉｅｌｄ ｈｙｃａｓｅ ＳＦ（５００ｍＬの水中）、ならびに１１０ｍＭのＭＰＯＳ、ｐＨ７．３、０．５５％（ｗ／ｖ）のグルコースおよび７ｍＭのＭｇＳＯ４を混合することにより調製）中で５０〜１００倍に希釈し、およそ２０〜３０時間３０℃で、振とうさせながら培養する。試料を取り出し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ解析によって発現を確認し、バルク培養物を遠心分離して細胞をペレット化する。細胞ペレットは、精製およびリフォールディングまで凍結しておく。
０．５〜１Ｌの発酵物からの大腸菌ペースト（６〜１０ｇのペレット）を１０容量（ｗ／ｖ）で７Ｍグアニジン、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８）バッファー中に再懸濁する。固形亜硫酸ナトリウムおよび四チオン酸ナトリウムを、それぞれ、終濃度が０．１Ｍおよび０．０２Ｍとなるように添加し、溶液を一晩４℃で攪拌する。この工程により、すべてのシステイン残基がスルフィトリル化（ｓｕｌｆｉｔｏｌｉｚａｔｉｏｎ）によって保護された変性タンパク質がもたらされる。この溶液を４０，０００ｒｐｍで、Ｂｅｃｋｍａｎ超遠心分離機にて３０分間遠心分離する。上清みを３〜５容量の金属キレートカラムバッファー（６Ｍグアニジン、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ７．４）で希釈し、０．２２ミクロンフィルターに通して濾過して清澄化する。清澄化された抽出物を、金属キレートカラムバッファー中で平衡化した５ｍＬ容Ｑｉａｇｅｎ Ｎｉ−ＮＴＡ金属キレートカラム上に充填する。カラムを５０ｍＭイミダゾール（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ，Ｕｔｒｏｌグレード）を含有するさらなるバッファー（ｐＨ７．４）で洗浄する。タンパク質を、２５０ｍＭイミダゾールを含有するバッファーで溶出する。所望のタンパク質を含む画分をプールし、４℃で保存する。タンパク質濃度を、そのアミノ酸配列に基づいて計算された消衰係数を用い、２８０ｎｍにおけるその吸光度によって推定する。
タンパク質を、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．６）、０．３Ｍ ＮａＣｌ、２．５Ｍの尿素、５ｍＭのシステイン、２０ｍＭのグリシンおよび１ｍＭ ＥＤＴＡからなる新たに調製したリフォールディングバッファー中に試料をゆっくり希釈することによりリフォールディングさせる。リフォールディング容量は、最終タンパク質濃度が５０〜１００マイクログラム／ｍＬとなるように選択される。リフォールディング溶液は、１２〜３６時間４℃で穏やかに攪拌する。リフォールディング反応を、終濃度０．４％（およそ３のｐＨ）までＴＦＡを添加することによってクエンチする。タンパク質のさらなる精製の前に、溶液を０．２２ミクロンフィルターに通して濾過し、アセトニトリルを２〜１０％の終濃度まで添加する。リフォールディングさせたタンパク質をＰｏｒｏｓ Ｒ１／Ｈ逆相カラム上で、０．１％ＴＦＡの移動相バッファーを用い、１０〜８０％のアセトニトリルの勾配での溶出を伴ってクロマトグラフィー処理する。Ａ２８０吸光度を有する画分のアリコートをＳＤＳポリアクリルアミドゲル上で解析し、均質なリフォールディングタンパク質を含む画分をプールする。一般的に、大部分のタンパク質が適正にリフォールディングされた種は、その疎水性内部が最も緻密であり、逆相樹脂との相互作用から遮断されるため、最低濃度のアセトニトリルで溶出される。凝集した種は、通常、より高いアセトニトリル濃度で溶出される。ミスフォールド形態のタンパク質を所望の形態から分離することに加え、逆相工程ではまた、内毒素を試料から除去する。
所望のフォールディングされたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを含む画分をプールし、溶液に向けて静かに窒素を流すことによってアセトニトリルを除去する。透析によって、または構築バッファー中で平衡化したＧ２５ Ｓｕｐｅｒｆｉｎｅ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）樹脂を用いたゲル濾過によって、０．１４Ｍの塩化ナトリウムおよび４％マンニトールを含む２０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ（ｐＨ６．８）中にタンパク質を構築し、滅菌濾過する。
実施例４９：哺乳動物細胞におけるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の発現
この実施例では、哺乳動物細胞での組換え発現による、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドのおそらくグリコシル化された形態の調製について説明する。
ベクターｐＲＫ５（ＥＰ３０７，２４７（１９８９年３月１５日公開）を参照のこと）を発現ベクターとして使用する。必要に応じて、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６のＤＮＡを、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出．に記載されているようなライゲーション方法を用いて、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６のＤＮＡの挿入を可能にする、選択した制限酵素を有するｐＲＫ５にライゲートする。得られたベクターを、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２１８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２２８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２７１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２７３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２９５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３０２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３０５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３２６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３８６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ６５５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１６２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ７８８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ７９２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９４０、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９４１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１００４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０１２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０１６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４７４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５２３８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０６９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１１１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１１３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１３０、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１９５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１２７１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１８６５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１８７９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３４４６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３５４３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４３２９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４３５２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５７３３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９８５９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９８６４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９９０４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９９０７、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１００１３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９０９４８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２８６９４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１６０８９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１９５６３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１９６７５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２００８４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２１４３４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはｐＲＫ５−ＰＲＯ３４６と呼ぶ。
選択される宿主細胞は２９３細胞であり得る。ヒト２９３細胞（ＡＴＣＣ ＣＣＬ １５７３）を組織培養プレート内で、ウシ胎仔血清ならびに任意選択で栄養成分および／または抗生物質を補給したＤＭＥＭなどの培地中でコンフルエンスまで培養する。約１０μｇのｐＲＫ５−ＰＲＯ２１８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２２８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２７１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２７３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２９５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３０２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３０５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３２６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３８６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ６５５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１６２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ７８８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ７９２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９４０、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９４１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１００４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０１２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０１６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４７４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５２３８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０６９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１１１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１１３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１３０、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１９５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１２７１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１８６５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１８７９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３４４６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３５４３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４３２９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４３５２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５７３３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９８５９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９８６４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９９０４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９９０７、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１００１３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９０９４８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２８６９４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１６０８９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１９５６３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１９６７５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２００８４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２１４３４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはｐＲＫ５−ＰＲＯ３４６のＤＮＡを、ＶＡ ＲＮＡ遺伝子［Ｔｈｉｍｍａｐｐａｙａら、Ｃｅｌｌ，３１：５４３（１９８２）］をコードする約１μｇのＤＮＡと混合し、５００μｌの１ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．２２７Ｍ ＣａＣｌ２に溶解する。この混合物に、５００μＬの５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．３５）、２８０ｍＭ ＮａＣｌ、１．５ｍＭ ＮａＰＯ４を滴下し、２５℃で１０分間、沈殿物を形成させる。沈殿物を懸濁して２９３細胞に添加し、３７℃で約４時間静置する。培養培地を吸引除去し、２ｍＬの２０％グリセロール含有ＰＢＳを３０秒間添加する。次いで、２９３細胞を血清無含有培地で洗浄し、新鮮培地を添加し、細胞を約５日間インキュベートする。
トランスフェクションのおよそ２４時間後、培養培地を除去し、培養培地（単独）または２００μＣｉ／ｍＬの３５Ｓ−システインおよび２００μＣｉ／ｍＬの３５Ｓ−メチオニンを含有する培養培地と交換する。１２時間のインキュベーション後、ならし培地を回収し、スピンフィルターにて濃縮し、１５％ＳＤＳゲル上にロードする。処理したゲルを乾燥し得、選択した時間にわたってフィルムに露光して、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの存在を明らかにする。トランスフェクト細胞を含む培養物は、さらなるインキュベーション（血清無含有培地中）に供してもよく、培地を、選択したバイオアッセイにおいて試験する。
代替技術では、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を、Ｓｏｍｐａｒｙｒａｃら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１２：７５７５（１９８１）に記載されているデキストラン硫酸法を用いて２９３細胞に一時的に導入し得る。２９３細胞を最大密度になるまでスピナーフラスコ内で培養し、７００μｇのｐＲＫ５−ＰＲＯ２１８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２２８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２７１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２７３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２９５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３０２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３０５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３２６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３８６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ６５５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１６２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ７８８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ７９２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９４０、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９４１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１００４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０１２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０１６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４７４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５２３８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０６９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１１１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１１３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１３０、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１９５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１２７１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１８６５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１８７９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３４４６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３５４３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４３２９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４３５２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５７３３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９８５９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９８６４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９９０４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９９０７、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１００１３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９０９４８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２８６９４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１６０８９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１９５６３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１９６７５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２００８４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２１４３４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはｐＲＫ５−ＰＲＯ３４６のＤＮＡを加える。該細胞を、まず、スピナーフラスコから遠心分離によって濃縮し、ＰＢＳで洗浄する。ＤＮＡ−デキストラン沈殿物を、細胞ペレット上で４時間インキュベートする。細胞を２０％グリセロールで９０秒間処理し、組織培養培地で洗浄し、組織培養培地、５μｇ／ｍＬウシインスリンおよび０．１μｇ／ｍＬウシトランスフェリンを入れたスピナーフラスコ内に再導入する。約４日後、ならし培地を遠心分離し、濾過して細胞および残屑を除去する。次いで、発現したＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を含むサンプルを濃縮し、任意の選択した方法（例えば、透析および／またはカラムクロマトグラフィー）によって精製し得る。
ＣＨＯ細胞において、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を発現し得る。ｐＲＫ５−ＰＲＯ２１８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２２８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２７１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２７３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２９５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３０２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３０５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３２６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３８６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ６５５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１６２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ７８８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ７９２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９４０、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９４１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１００４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０１２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０１６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４７４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５２３８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１０６９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１１１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１１３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１３０、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１１９５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１２７１、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１８６５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１８７９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３４４６、ｐＲＫ５−ＰＲＯ３５４３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４３２９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ４３５２、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５７３３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９８５９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９８６４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９９０４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９９０７、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１００１３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ９０９４８、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２８６９４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１６０８９、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１９５６３、ｐＲＫ５−ＰＲＯ１９６７５、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２００８４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ２１４３４、ｐＲＫ５−ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはｐＲＫ５−ＰＲＯ３４６を、公知の試薬（例えば、ＣａＰＯ４またはＤＥＡＥ−デキストラン）を使用してＣＨＯ細胞にトランスフェクトし得る。上記のように、細胞培養物をインキュベートすることができ、培地は培養培地（単独）または３５Ｓ−メチオニンなどの放射能標識を含有する培地と交換することができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの存在を判定した後、培養液を無血清培地に交換し得る。好ましくは、培養物を約６日間インキュベートし、次いで、ならし培地を回収する。次いで、発現したＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を含む培地を、濃縮し、選択した任意の方法によって精製し得る。
エピトープタグ化されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６も、宿主ＣＨＯ細胞において発現させることができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６をｐＲＫ５ベクターからサブクローニングし得る。サブクローン挿入物はＰＣＲに供し、インフレームで、選択したエピトープタグ（例えば、ポリ−Ｈｉｓタグなど）とともにバキュロウイルス発現ベクター内に融合させ得る。次いで、ポリ−ｈｉｓタグ化されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６挿入物を、安定クローンを選択するためにＤＨＦＲなどの選択マーカーを含むＳＶ４０駆動ベクターにサブクローニングし得る。最後に、ＣＨＯ細胞にＳＶ４０駆動ベクターをトランスフェクトさせ得る（上記のようにして）。標識化は、上記のように、発現を確認するために行い得る。次いで、発現させた、ポリ−Ｈｉｓタグ化されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を含む培養液を濃縮し、Ｎｉ２＋−キレートアフィニティークロマトグラフィーなどの選択した任意の方法によって精製し得る。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を、一過性の発現手順によってＣＨＯおよび／もしくはＣＯＳ細胞において、または、別の安定な発現手順によってＣＨＯ細胞において発現させてもよい。
ＣＨＯ細胞における安定な発現は、下記の手順を用いて行われる。タンパク質はＩｇＧ構築物（イムノアドヘシン）として発現させ、それぞれのタンパク質の可溶性形態のコード配列（例えば、細胞外ドメイン）を、ヒンジ、ＣＨ２およびＣＨ２ドメインを含有するＩｇＧ１定常領域配列と融合させる、および／またはポリ−Ｈｉｓタグ化された形態である。
ＰＣＲ増幅後、それぞれのＤＮＡを、ＣＨＯ発現ベクター内に、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｕｎｉｔ ３．１６，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ（１９９７）に記載のような標準的な手法を用いてサブクローニングする。ＣＨＯ発現ベクターは、ｃＤＮＡの簡便なシャトリングが可能となるように目的のＤＮＡの５’および３’側に適合性の制限部位を有するように構築する。ＣＨＯ細胞における発現に使用されるベクターは、Ｌｕｃａｓら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：９（１７７４−１７７９（１９９６）に記載されているとおりであり、対象のｃＤＮＡおよびジヒドロ葉酸還元酵素（ＤＨＦＲ）の発現を駆動するためのＳＶ４０初期プロモーター／エンハンサーを使用する。ＤＨＦＲ発現により、トランスフェクション後のプラスミドの安定な維持のための選択が可能になる。
１２マイクログラムの所望のプラスミドＤＮＡを、およそ１０００００００個のＣＨＯ細胞内に、市販のトランスフェクション試薬Ｓｕｐｅｒｆｅｃｔ（登録商標）（Ｑｉａｇｅｎ）、Ｄｏｓｐｅｒ（登録商標）またはＦｕｇｅｎｅ（登録商標）（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ）を用いて導入する。細胞を、Ｌｕｃａｓら、（前出）に記載のようにして培養する。およそ３×１０７細胞を、下記のようなさらなる培養および産生のために、アンプル内で凍結させる。
プラスミドＤＮＡの入ったアンプルを、水浴内への配置によって解凍し、ボルテックスによって混合する。内容物を、１０ｍＬの培地を入れた遠心分離チューブ内にピペッティングし、１０００ｒｐｍで５分間遠心分離する。上清みを吸引し、細胞を１０ｍＬの選択培地（５％の０．２μｍ透析濾過ウシ胎児血清含有０．２μｍ濾過ＰＳ２０）中に再懸濁する。次いで、細胞のアリコートを、９０ｍＬの選択培地を入れた１００ｍＬ容量のスピナー内に採取する。１〜２日後、細胞を、１５０ｍＬの選択培養培地で満たした２５０ｍＬ容量のスピナー内に移し、３７℃でインキュベートする。さらに２〜３日後、２５０ｍＬ、５００ｍＬおよび２０００ｍＬ容量のスピナーに３×１０５細胞／ｍＬを播種する。細胞培地を新たな培地と、遠心分離および産生培地中への再懸濁によって交換する。任意の適当なＣＨＯ培地を使用し得るが、米国特許第５，１２２，４６９号（１９９２年６月１６日発行）に記載の産生培地を実際に使用することができる。３Ｌ容量の産生用スピナーに１．２×１０６細胞／ｍＬで播種する。第０日目、細胞数 ｐＨを測定する（ｉｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ）。第１日目、スピナーから試料を採取し、濾過空気でのスパージングを開始する。第２日目、スピナーから試料を採取し、温度を３３℃にシフトし、３０ｍＬの５００ｇ／Ｌグルコースおよび０．６ｍＬの１０％消泡剤（例えば、３５％ポリジメチルシロキサンエマルジョン、Ｄｏｗ Ｃｏｒｎｉｎｇ ３６５医薬グレードＥｍｕｌｓｉｏｎ）を採用する。産生全体を通して、ｐＨは、７．２前後に維持されるように必要に応じて調整する。１０日後、またはバイアビリティが７０％未満に低下したときまで、細胞培養物を、遠心分離および０．２２μｍフィルターに通す濾過によって回収する。濾液は、４℃で保存するか、または直接、精製用カラム上に充填するかのいずれかとした。
ポリ−Ｈｉｓタグ化構築物に関して、タンパク質は、Ｎｉ−ＮＴＡカラム（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて精製する。精製前、イミダゾールをならし培地に５ｍＭの濃度まで添加する。ならし培地を、２０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ（ｐＨ７．４）０．３Ｍ ＮａＣｌおよび５ｍＭイミダゾール含有バッファー中で平衡化した６ｍＬ容量のＮｉ−ＮＴＡカラム上に、４〜５ｍＬ／分の流速で４℃にてポンピングする。充填後、カラムをさらなる平衡化バッファーで洗浄し、タンパク質を、０．２５Ｍイミダゾールを含有する平衡化バッファーで溶出させる。高度に精製されたタンパク質を、続いて、２５ｍＬ容量のＧ２５ Ｓｕｐｅｒｆｉｎｅ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）カラムを用い、１０ｍＭ Ｈｅｐｅｓ、０．１４Ｍ ＮａＣｌおよび４％マンニトール（ｐＨ６．８）を含有する保存バッファー中にて脱塩し、−８０℃で保存する。
イムノアドヘシン（Ｆｃ含有）構築物をならし培地から、以下のようにして精製する。ならし培地を、２０ｍＭリン酸ナトリウムバッファー（ｐＨ６．８）中で平衡化しておいた５ｍＬ容量のプロテインＡカラム（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）上にポンピングする。充填後、１００ｍＭクエン酸（ｐＨ３．５）で溶出する前に、カラムを平衡化バッファーで徹底的に洗浄する。溶出させたタンパク質は、１ｍＬずつの画分を、２７５μＬの１Ｍ Ｔｒｉｓバッファー（ｐＨ９）を入れたチューブ内に収集することにより直ちに中和する。高度に精製されたタンパク質を、続いて、ポリ−Ｈｉｓタグ化タンパク質について上記の保存バッファー中にて脱塩する。均質性を、ＳＤＳポリアクリルアミドゲルおよびエドマン分解によるＮ末端アミノ酸配列決定によって評価する。
実施例５０：酵母におけるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の発現
以下の方法は、酵母におけるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の組換え発現について説明するものである。
まず、ＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨプロモーターからＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を細胞内で産生または分泌するための酵母発現ベクターを構築する。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６をコードするＤＮＡおよびプロモーターを、選択したプラスミド内の適当な制限酵素部位に挿入し、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を細胞内で発現させる。分泌させるためには、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６をコードするＤＮＡを、ＡＤＨ２／ＧＡＰＤＨプロモーター、天然のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６のシグナルペプチドまたは他の哺乳動物シグナルペプチド、あるいは、例えば酵母アルファ因子またはインベルターゼ分泌シグナル／リーダー配列およびＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の発現のためのリンカー配列（必要であれば）をコードするＤＮＡとともに、選択したプラスミドにクローニングし得る。
次いで、酵母細胞、例えば酵母菌株ＡＢ１１０などを、上記の発現プラスミドで形質転換し、選択した発酵培地中で培養させ得る。形質転換された酵母の上清みを、１０％トリクロロ酢酸を用いた沈殿によって解析し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離した後、ゲルをクマシーブルー染色で染色し得る。
続いて、遠心分離によって発酵培地から酵母細胞を除去し、次いで、選択したカートリッジフィルターを使用してその培地を濃縮することによって、組換えＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を、単離、精製することができる。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を含む濃縮液を、選択したカラムクロマトグラフィー樹脂を使用してさらに精製してもよい。
実施例５１：バキュロウイルス感染昆虫細胞におけるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の発現
以下の方法は、バキュロウイルス感染昆虫細胞におけるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の組換え発現について説明するものである。
ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６をコードする配列を、バキュロウイルス発現ベクター内に含まれるエピトープタグの上流に融合する。かかるエピトープタグとしては、ポリ−Ｈｉｓタグおよび免疫グロブリンタグ（ＩｇＧのＦｃ領域など）が挙げられる。さまざまなプラスミド、例えば、市販のプラスミド（例えば、ｐＶＬ１３９３（Ｎｏｖａｇｅｎ）など）から誘導されるプラスミドを使用し得る。簡潔には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６をコードする配列、または、そのＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６のコード配列の所望の部分（例えば、そのタンパク質が細胞外のものである場合、膜貫通タンパク質の細胞外ドメインをコードする配列または成熟タンパク質をコードする配列）を、その５’および３’領域に相補的なプライマーを用いてＰＣＲにより増幅する。５’プライマーは、（選択した）フランキング制限酵素部位を組み込んでいてよい。次いで、産物を、選択した制限酵素で消化し、発現ベクター内にサブクローニングする。
組換えバキュロウイルスを、上記のプラスミドおよびＢａｃｕｌｏＧｏｌｄＴＭウイルスＤＮＡ（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）をＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｍｇｉｐｅｒｄａ（「Ｓｆ９」）細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １７１１）内に、リポフェクチン（ＧＩＢＣＯ−ＢＲＬから市販）を用いてコトランスフェクトすることにより作製する。２８℃で４〜５日間のインキュベーション後、放出されたウイルスを回収し、さらなる増幅に用いる。ウイルス感染およびタンパク質発現は、Ｏ’Ｒｅｉｌｌｅｙら、Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｖｅｃｔｏｒｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｏｘｆｏｒｄ：Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ（１９９４）に記載のように行う。
次いで、発現させた、ポリ−ｈｉｓタグ化されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を、以下のとおり、例えば、Ｎｉ２＋−キレートアフィニティークロマトグラフィーによって精製することができる。抽出物は、組換えウイルス感染Ｓｆ９細胞から、Ｒｕｐｅｒｔら、Ｎａｔｕｒｅ，３６２：１７５−１７９（１９９３）に記載のように調製する。簡単には、Ｓｆ９細胞を洗浄し、音波破砕バッファー（２５ｍＬ Ｈｅｐｅｓ、ｐＨ７．９；１２．５ｍＭ ＭｇＣｌ２；０．１ｍＭ ＥＤＴＡ；１０％グリセロール；０．１％ＮＰ−４０；０．４Ｍ ＫＣｌ）中に再懸濁し、氷上で２０秒間、２回音波破砕する。音波破砕物を遠心分離によって清澄化し、上清みを、充填バッファー（５０ｍＭリン酸塩、３００ｍＭ ＮａＣｌ、１０％グリセロール、ｐＨ７．８）中で５０倍に希釈し、０．４５μｍフィルターに通して濾過する。Ｎｉ２＋ＮＴＡアガロースカラム（Ｑｉａｇｅｎから市販）を５ｍＬ容量の床を用いて調製し、２５ｍＬの水で洗浄し、２５ｍＬの充填バッファーで平衡化する。濾過した細胞抽出物をカラム上に０．５ｍＬ／分で充填する。カラムをベースラインＡ２８０まで充填バッファーで洗浄し、この時点で、画分収集を開始する。次に、カラムを二次洗浄バッファー（５０ｍＭリン酸塩；３００ｍＭ ＮａＣｌ、１０％グリセロール、ｐＨ６．０）で洗浄し、これにより、非特異的結合タンパク質を溶出する。再度Ａ２８０ベースラインに達した後、カラムを二次洗浄バッファー中０〜５００ｍＭイミダゾールの勾配で展開させる。１ｍＬずつの画分を収集し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよび銀染色またはＮｉ２＋−ＮＴＡコンジュゲートアルカリホスファターゼ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いたウエスタンブロットによって解析する。溶出した、Ｈｉｓ１０タグ化されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６を含む画分をプールし、充填バッファーに対して透析する。
あるいは、ＩｇＧタグ化（またはＦｃタグ化）されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の精製は、公知のクロマトグラフィー技術を用いて行うことができ、その技術としては、例えば、プロテインＡまたはタンパク質プロテインＧのカラムクロマトグラフィーが挙げられる。
実施例５２：ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓ（登録商標）を用いた組織発現プロファイリング
遺伝子発現情報を含む公的データベース（ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓ（登録商標）、Ｇｅｎｅ Ｌｏｇｉｃ Ｉｎｃ．，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）を、その発現が、他の腫瘍（１種類もしくは複数種）および／または正常組織と比べて、目的の特定の腫瘍組織（１種類または複数種）において有意にアップレギュレートされるポリペプチド（およびそのコード核酸）を同定する試みにおいて解析した。具体的には、ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓ（登録商標）データベースの解析は、Ｇｅｎｅ Ｌｏｇｉｃ Ｉｎｃ．，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤから入手可能なＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓ（登録商標）データベースとの使用のためのソフトウエア、またはＧｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．において書き込みおよび開発されたＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓ（登録商標）データベースとの使用のための専用ソフトウエアのいずれかを用いて行なった。解析における陽性ヒットの評価は、例えば、正常な必須の組織および／または正常な増殖している組織における組織特異性、腫瘍特異性および発現レベルを含むいくつかの基準に基づく。以下は、ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓ（登録商標）データベースの解析で測定したその組織発現プロフィールにより、他の腫瘍（１種類もしくは複数種）および／または正常組織と比べ、特定の腫瘍（１種類または複数種）内での高い組織発現および発現の有意なアップレギュレートが証明され、任意選択で、正常な必須の組織および／または正常な増殖組織において比較的低い発現が証明される分子の一覧である。組織発現プロファイリングは、いくつかのＵＮＱ遺伝子において行なった。その結果を実施例４６に開示する。
実施例５３：癌性腫瘍におけるＵＮＱ遺伝子のアップレギュレートを検出するためのマイクロアレイ解析
核酸マイクロアレイは、数千の遺伝子配列を含むものである場合が多く、罹病組織において、その正常対応組織と比べて示差的に発現される遺伝子の同定に有用である。核酸マイクロアレイを用いて、試験および対照組織試料由来の試験および対照ｍＲＮＡ試料を逆転写し、標識してｃＤＮＡプローブを作製した。次いで、ｃＤＮＡプローブを、固相支持体上に固定化した核酸のアレイにハイブリダイズさせる。アレイは、該アレイの各メンバーの配列および位置が既知であるように構成される。例えば、ある種の疾患状態で発現されることがわかっている遺伝子の選択肢を、固相支持体上にアレイ状に整列させ得る。標識プローブとアレイメンバーとのハイブリダイゼーションにより、プローブを誘導した試料が、該遺伝子を発現することが示される。試験（疾患組織）試料由来のプローブのハイブリダイゼーションシグナルが対照（正常組織）試料由来のプローブのハイブリダイゼーションシグナルより大きい場合、該疾患組織で過剰発現される遺伝子（１つまたは複数）が同定される。この結果が暗示することは、罹病組織で過剰発現されるタンパク質が、疾患状態の存在の診断用マーカーとしてだけでなく、疾患状態の処置ための治療標的としても有用であるということである。
核酸のハイブリダイゼーションおよびマイクロアレイ技術の方法論は、当該技術分野でよく知られている。一例において、ハイブリダイゼーションのための核酸の具体的な調製物およびプローブ、スライドならびにハイブリダイゼーション条件はすべて、２００１年３月３０日に出願されたＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ０１／１０４８２号に詳述されており、これは、参考として本明細書に援用される。
本発明の実施例では、特定の癌性腫瘍（１種類もしくは複数種）で過剰発現されるポリペプチドを同定する試みにおいて、種々のヒト組織に由来する癌性腫瘍を、異なる組織型および／または非癌性ヒト組織に由来する癌性腫瘍と比べてアップレギュレートされる遺伝子発現について試験した。特定のある実験では、同じ組織型（多くの場合、同じ患者由来）の癌性ヒト腫瘍組織および非癌性ヒト腫瘍組織を採取し、ＵＮＱポリペプチド発現について解析した。さらに、さまざまな異なる任意のヒト腫瘍に由来する癌性ヒト腫瘍組織を採取し、上皮の起源、例えば、肝臓、腎臓および肺の非癌性ヒト組織をプールすることにより調製した「普遍的」上皮対照試料と比較した。プールした組織から単離されるｍＲＮＡは、これらの異なる組織から発現された遺伝子産物の混合物である。プールした対照試料を用いたマイクロアレイハイブリダイゼーション実験により、２色解析において線形プロットを作成した。次いで、２色解析において作成した直線の傾きを用い、各実験での（試験：対照検出）の比を標準化した。次いで、種々の実験の標準化した比を比較し、遺伝子発現のクラスタリングを同定するために使用した。したがって、プールした「普遍的対照」試料により、単純な２試料比較での有効な相対的遺伝子発現の測定が可能になっただけでなく、いくつかの実験間での多試料比較も可能になった。
本発明の実験では、本明細書に記載のＵＮＱポリペプチドコード核酸配列から誘導した核酸プローブを、マイクロアレイの創製に使用し、種々の腫瘍組織由来のＲＮＡを、該アレイとのハイブリダイゼーションに使用した。以下にこれらの実験の結果を示すが、これは、本発明の種々のＵＮＱポリペプチドが種々のヒト腫瘍組織において、その正常な対応組織（１種類または複数種）と比べて有意に過剰発現されることを示す。さらに、以下に示す分子はすべて、その特異的腫瘍組織（１種類または複数種）で、「普遍的」上皮対照と比べて有意に過剰発現される。上記のように、これらのデータは、本発明のＵＮＱポリペプチドが、１種類以上の癌性腫瘍の存在の診断用マーカーとして有用であるだけでなく、該腫瘍の処置のための治療標的としての目的を果たすことを示す。マイクロアレイ解析は、いくつかのＵＮＱ遺伝子において行なった。その結果を実施例４６に開示する。
実施例５４：ＵＮＱ ｍＲＮＡ発現の定量的解析
このアッセイでは、５’ヌクレアーゼアッセイ（例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標））およびリアルタイム定量的ＰＣＲ（例えば、ＡＢＩ Ｐｒｉｚｍ ７７００ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ、Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ））を使用し、癌性腫瘍（１種類または複数種）において、他の癌性腫瘍または正常な非癌性組織と比べて有意に過剰発現される遺伝子を見出した。５’ヌクレアーゼアッセイ反応は、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素の５’エキソヌクレアーゼ活性を利用して遺伝子発現をリアルタイムでモニターする蛍光ＰＣＲ系技術である。２種類のオリゴヌクレオチドプライマー（その配列は目的の遺伝子またはＥＳＴ配列に基づく）を用い、ＰＣＲ反応に典型的なアンプリコンを作製する。第３のオリゴヌクレオチドまたはプローブは、該２つのＰＣＲプライマー間に位置するヌクレオチド配列が検出されるように設計される。プローブは、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素によって伸長可能でないものであり、レポーター蛍光色素およびクエンチャー蛍光色素で標識されている。レポーター色素からのレーザー誘導型発光はいずれも、該２つの色素がプローブ上で互いに近接した位置になると、該クエンチング色素によって消光される。ＰＣＲ増幅反応中、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素は、鋳型依存的にプローブを切断する。その結果生じるプローブ断片は溶液中で解離し、放出されたレポーター色素からのシグナルには、第２のフルオロフォアの消光効果はない。１分子のレポーター色素が遊離するごとに新たな分子が合成され、非消光レポーター色素の検出により、データの定量的解釈の根拠が提供される。
５’ヌクレアーゼ手順は、リアルタイム定量的ＰＣＲ装置、例えば、ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ７７００ＴＭ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎにて行なう。該システムは、サーモサイクラー、レーザー、電荷結合素子（ＣＣＤ）カメラおよびコンピュータからなる。該システムにより、サーモサイクラーの９６ウェル形式にて試料を増幅させる。増幅中、レーザー誘導型蛍光シグナルを、９６個のウェルすべてについて光ファイバーケーブルによりリアルタイムで収集し、ＣＣＤで検出する。該システムは、機器の作動のため、およびデータ解析のためのソフトウエアを含む。
スクリーニングのための出発材料は、さまざまな異なる癌性組織から単離したｍＲＮＡとした。該ｍＲＮＡは、例えば、蛍光測定により正確に定量される。陰性対照として、ＲＮＡを、試験対象の癌性組織と同じ組織型の種々の正常組織から単離した。
５’ヌクレアーゼアッセイデータを、まず、Ｃｔすなわち閾値サイクルで示す。これは、蛍光レポーターシグナルの蓄積がバックグラウンドレベルを超えるサイクルと規定される。ΔＣｔ値を、癌ｍＲＮＡの結果を正常なヒトｍＲＮＡの結果と比べたときの、核酸試料中の特定の標的配列の相対出発コピー数の定量的測度として用いる。１Ｃｔ単位は１ＰＣＲサイクルまたは正常に対しておよそ２倍の相対増加に相当するため、２単位は４倍相対増加に相当する、３単位は８倍相対増加に相当するなどであり２種類以上の異なる組織間でのｍＲＮＡ発現の相対増加倍数が定量的に測定され得る。この技術を用いて、分子は、特定の腫瘍（１種類もしくは複数種）において、その正常な非癌性対応組織（１種類または複数種）（ともに同じおよび異なる組織ドナー由来）と比べて有意に過剰発現されると同定され、したがって、哺乳動物における癌の診断および治療の優れたポリペプチド標的である。ＵＮＱ遺伝子に関する具体的な結果実施例４６に開示する。
実施例５５：インサイチュハイブリダイゼーション
インサイチュハイブリダイゼーションは、細胞または組織の調製物中の核酸配列の検出および局在化のための強力で多目的な技術である。これは、例えば、遺伝子発現部位を同定するため、転写の組織分布を解析するため、ウイルス感染を特定および局在化するため、特異的ｍＲＮＡ合成の変化を追跡するため、および染色体マッピングを補助するために有用であり得る。
インサイチュハイブリダイゼーションは、ＬｕおよびＧｉｌｌｅｔｔ、Ｃｅｌｌ Ｖｉｓｉｏｎ １：１６９−１７６（１９９４）のプロトコルの最適化バージョンに従って、ＰＣＲ作製３３Ｐ標識リボプローブを用いて行なった。簡単には、ホルマリン固定パラフィン包埋ヒト組織を切片化し、脱パラフィン処理し、プロテイナーゼＫ（２０ ｇ／ｍｌ）中で１５分間３７℃でタンパク質除去し、インサイチュハイブリダイゼーションのために、ＬｕおよびＧｉｌｌｅｔｔ（前掲）に記載のようにしてさらに処理した。［３３−Ｐ］ＵＴＰ標識アンチセンスリボプローブをＰＣＲ産物から作製し、５５℃で一晩ハイブリダイズさせた。スライドをＫｏｄａｋ ＮＴＢ２核トラック乳剤中に浸漬し、４週間露光した。
３３ Ｐ−リボプローブ合成
６．０μｌ（１２５ｍＣｉ）の３３Ｐ−ＵＴＰ（Ａｍｅｒｓｈａｍ ＢＦ １００２、ＳＡ＜２０００ Ｃｉ／ｍｍｏｌ）をスピードバック乾燥した。乾燥３３Ｐ−ＵＴＰを入れた各チューブに、以下の成分を添加した：
２．０μｌ ５×転写バッファー
１．０μｌ ＤＴＴ（１００ ｍＭ）
２．０μｌ ＮＴＰミックス（２．５ｍＭ：１０μ；各々１０ｍＭのＧＴＰ、ＣＴＰ ＆ ＡＴＰ＋１０μｌ Ｈ２Ｏ）
１．０μｌ ＵＴＰ（５０μＭ）
１．０μｌ Ｒｎａｓｉｎ
１．０μｌ ＤＮＡ鋳型（１μｇ）
１．０μｌ Ｈ２Ｏ
１．０μｌ ＲＮＡポリメラーゼ（通常、ＰＣＲ産物についてＴ３＝ＡＳ、Ｔ７＝Ｓ）
チューブを３７℃で１時間インキュベートした。１．０μｌのＲＱ１ ＤＮアーゼを添加した後、３７℃で１５分間インキュベーションした。９０μｌのＴＥ（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ ７．６／１ｍＭ ＥＤＴＡ ｐＨ ８．０）を添加し、混合物をＤＥ８１紙上にピペッティングした。残留溶液をＭｉｃｒｏｃｏｎ−５０限外濾過ユニットに充填し、プログラム１０を用いてスピンさせた（６分間）。この濾過ユニットを第２のチューブ上に反転（ｉｎｖｅｒｔ）させ、プログラム２を用いてスピンさせた（３分間）。最終回収スピン後、１００μｌ ＴＥを添加した。１μｌの最終産物をＤＥ８１紙上にピペッティングし、６ｍｌのＢｉｏｆｌｕｏｒ ＩＩ中で計数した。
プローブをＴＢＥ／尿素ゲル上で泳動させた。１〜３μｌのプローブまたは５μｌのＲＮＡ Ｍｒｋ ＩＩＩを３μｌロードバッファーに添加した。９５℃のヒートブロックで３分間加熱後、プローブを氷上に直に配置した。ゲルのウェルをフラッシュ洗浄し、試料をロードし、１８０〜２５０ボルトで４５分間泳動させた。ゲルをサランラップでラップし、−７０℃のフリーザー内で１時間から一晩、増感スクリーンを有するＸＡＲフィルムに露光させた。
３３ Ｐ−ハイブリダイゼーション
Ａ．凍結切片の前処理
スライドをフリーザーから取り出し、アルミニウムトレイ上に置き、室温で５分間解凍した。トレイを５５℃のインキュベーター内に５分間入れ、凝縮を低減させた。スライドをドラフト内で氷上４％パラホルムアルデヒドにて１０分間固定し、０．５×ＳＳＣ中で５分間、室温にて洗浄した（２５ ｍｌの２０×ＳＳＣ＋９７５ｍｌのＳＱ Ｈ２Ｏ）。０．５μｇ／ｍｌのプロテイナーゼＫ中で１０分間３７℃にてタンパク質除去後（２５０ｍｌの予備加温ＲＮアーゼ無含有ＲＮＡｓｅバッファー中１２．５μｌの１０ｍｇ／ｍｌのストック）、切片を０．５×ＳＳＣ中で１０分間室温にて洗浄した。切片を７０％、９５％、１００％エタノール中で、各々２分間脱水した。
Ｂ．パラフィン包埋切片の前処理
スライドを脱パラフィン処理し、ＳＱ Ｈ２Ｏ中に入れ、２×ＳＳＣ中で室温にて各々５分間２回リンス処理した。切片を、２０μｇ／ｍｌのプロテイナーゼＫ（２５０ｍｌのＲＮアーゼ無含有ＲＮアーゼバッファー中１０ｍｇ／ｍｌを５００μｌ；３７℃、１５分間）（ヒト胚）、または８×プロテイナーゼＫ（２５０ｍｌのＲｎアーゼバッファー中１００μｌ、３７℃、３０分間）（ホルマリン組織）中でタンパク質除去した。続いて、０．５×ＳＳＣ中でのリンス処理および脱水を上記のようにして行なった。
Ｃ．プレハイブリダイゼーション
スライドを、内側をＢｏｘバッファー（４×ＳＳＣ、５０％ホルムアミド）飽和濾紙で覆ったプラスチックボックス内に並べた。
Ｄ．ハイブリダイゼーション
１．０×１０６ｃｐｍのプローブおよび１．０μｌのｔＲＮＡ（５０ｍｇ／ｍｌストック）／スライドを９５℃で３分間加熱した。スライドを氷上で冷却し、４８μｌのハイブリダイゼーションバッファーをスライドごとに添加した。ボルテックス後、５０μｌの３３Ｐミックスを、スライド上の５０μｌのプレハイブリダイゼーション液に添加した。スライドを一晩５５℃でインキュベートした。
Ｅ．洗浄
洗浄は、２×１０分間、２×ＳＳＣ、ＥＤＴＡを用いて室温で行なった（４００ｍｌの２０×ＳＳＣ＋１６ｍｌの０．２５Ｍ ＥＤＴＡ、Ｖｆ＝４Ｌ）後、ＲＮアーゼＡ処理を３７℃で３０分間行なった（２５０ｍｌのＲｎアーゼバッファー中１０ｍｇ／ｍｌを５００μｌ＝２０μｇ／ｍｌ）。スライドを２×１０分間、２×ＳＳＣ、ＥＤＴＡを用いて室温で洗浄した。ストリンジェンシー洗浄条件は、以下のとおりとした。２時間５５℃で０．１×ＳＳＣ、ＥＤＴＡ（２０ｍｌの２０×ＳＳＣ＋１６ｍｌのＥＤＴＡ、Ｖｆ＝４Ｌ）。
Ｆ．オリゴヌクレオチド
インサイチュ解析を、本明細書中に開示したさまざまなＤＮＡ配列において行なった。これらの解析に用いたオリゴヌクレオチドは、添付の図面に示した核酸（またはその相補配列）に相補的となるように入手した。
Ｇ．結果
インサイチュ解析を、本明細書中に開示したさまざまなＤＮＡ配列において行なった。その結果を実施例４６に開示する。
実施例５６：ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６と結合する抗体の調製
この実施例では、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６と特異的に結合することができるモノクローナル抗体の調製について説明する。
モノクローナル抗体を作製するための手法は当該技術分野で知られており、例えば、Ｇｏｄｉｎｇ（前出）に記載されている。使用され得る免疫原には、精製されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチド、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを含む融合タンパク質および細胞表面上に組換えＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現する細胞が含まれる。免疫原の選択は、当業者が必要以上に実験を行うことなく行い得る。
フロイント完全アジュバント中に乳化させた１〜１００マイクログラムの量のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６免疫原を、Ｂａｌｂ／ｃなどのマウスの皮下にまたは腹腔内に注射して免疫する。あるいはまた、免疫原を、ＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（Ｒｉｂｉ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｈａｍｉｌｔｏｎ，ＭＴ）中に乳化させ、動物の後肢支脚皿に注射する。次いで、免疫処置されたマウスを１０〜１２日後、選択したアジュバント中に乳化させたさらなる免疫原で追加免疫刺激する。その後、数週間、マウスにさらなる免疫処置注射により追加免疫刺激してもよい。ＥＬＩＳＡアッセイで試験するために、血清試料をマウスから後眼窩採血（ｒｅｔｒｏ−ｏｒｂｉｔａｌ ｂｌｅｅｄｉｎｇ）により定期的に採取し、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５または抗ＰＲＯ３４６抗体を検出し得る。
適当な抗体価が検出された後、抗体が「陽性」の動物に、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６の最後の静脈内注射を行い得る。３〜４日後、マウスを屠殺し、脾臓細胞を回収する。次いで、脾臓細胞を、選択したマウス骨髄腫細胞株（例えば、ＡＴＣＣから番号ＣＲＬ １５９７で入手可能なＰ３Ｘ６３ＡｇＵ．１など）に融合させる（３５％ポリエチレングリコールを用いて）。融合によりハイブリドーマ細胞が生成され、次いで、これは、非融合細胞、骨髄腫ハイブリッドおよび脾臓細胞ハイブリッドの増殖を阻害するためのＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジン）培地を入れた９６ウェル組織培養プレートにプレーティングされ得る。
ハイブリドーマ細胞を、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６に対する反応性についてＥＬＩＳＡでスクリーニングする。ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６に対する所望のモノクローナル抗体を分泌する「陽性」のハイブリドーマ細胞の判定は、当該分野の技術の範囲内である。
その陽性のハイブリドーマ細胞を同系のＢａｌｂ／ｃマウスの腹腔内に注射することにより、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５または抗ＰＲＯ３４６モノクローナル抗体を含む腹水を産生させることができる。あるいはまた、ハイブリドーマ細胞を組織培養フラスコまたはローラーボトル内で培養してもよい。腹水内に産生されたモノクローナル抗体の精製は、硫酸アンモニウム沈殿の後ゲル排除クロマトグラフィーを用いて行い得る。あるいはまた、プロテインＡまたはプロテインＧに対する抗体の結合に基づくアフィニティクロマトグラフィーを使用し得る。
実施例５７：特異的な抗体を使用した、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの精製
天然または組換えのＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを、タンパク質精製の分野で標準的な種々の技術によって精製してもよい。例えば、ｐｒｏ−ＰＲＯ２１８、ｐｒｏ−ＰＲＯ２２８、ｐｒｏ−ＰＲＯ２７１、ｐｒｏ−ＰＲＯ２７３、ｐｒｏ−ＰＲＯ２９５、ｐｒｏ−ＰＲＯ３０２、ｐｒｏ−ＰＲＯ３０５、ｐｒｏ−ＰＲＯ３２６、ｐｒｏ−ＰＲＯ３８６、ｐｒｏ−ＰＲＯ６５５、ｐｒｏ−ＰＲＯ１６２、ｐｒｏ−ＰＲＯ７８８、ｐｒｏ−ＰＲＯ７９２、ｐｒｏ−ＰＲＯ９４０、ｐｒｏ−ＰＲＯ９４１、ｐｒｏ−ＰＲＯ１００４、ｐｒｏ−ＰＲＯ１０１２、ｐｒｏ−ＰＲＯ１０１６、ｐｒｏ−ＰＲＯ４７４、ｐｒｏ−ＰＲＯ５２３８、ｐｒｏ−ＰＲＯ１０６９、ｐｒｏ−ＰＲＯ１１１１、ｐｒｏ−ＰＲＯ１１１３、ｐｒｏ−ＰＲＯ１１３０、ｐｒｏ−ＰＲＯ１１９５、ｐｒｏ−ＰＲＯ１２７１、ｐｒｏ−ＰＲＯ１８６５、ｐｒｏ−ＰＲＯ１８７９、ｐｒｏ−ＰＲＯ３４４６、ｐｒｏ−ＰＲＯ３５４３、ｐｒｏ−ＰＲＯ４３２９、ｐｒｏ−ＰＲＯ４３５２、ｐｒｏ−ＰＲＯ５７３３、ｐｒｏ−ＰＲＯ９８５９、ｐｒｏ−ＰＲＯ９８６４、ｐｒｏ−ＰＲＯ９９０４、ｐｒｏ−ＰＲＯ９９０７、ｐｒｏ−ＰＲＯ１００１３、ｐｒｏ−ＰＲＯ９０９４８、ｐｒｏ−ＰＲＯ２８６９４、ｐｒｏ−ＰＲＯ１６０８９、ｐｒｏ−ＰＲＯ１９５６３、ｐｒｏ−ＰＲＯ１９６７５、ｐｒｏ−ＰＲＯ２００８４、ｐｒｏ−ＰＲＯ２１４３４、ｐｒｏ−ＰＲＯ５０３３２、ｐｒｏ−ＰＲＯ３８４６５もしくはｐｒｏ−ＰＲＯ３４６ポリペプチド、成熟ＰＲＯ２１８、成熟ＰＲＯ２２８、成熟ＰＲＯ２７１、成熟ＰＲＯ２７３、成熟ＰＲＯ２９５、成熟ＰＲＯ３０２、成熟ＰＲＯ３０５、成熟ＰＲＯ３２６、成熟ＰＲＯ３８６、成熟ＰＲＯ６５５、成熟ＰＲＯ１６２、成熟ＰＲＯ７８８、成熟ＰＲＯ７９２、成熟ＰＲＯ９４０、成熟ＰＲＯ９４１、成熟ＰＲＯ１００４、成熟ＰＲＯ１０１２、成熟ＰＲＯ１０１６、成熟ＰＲＯ４７４、成熟ＰＲＯ５２３８、成熟ＰＲＯ１０６９、成熟ＰＲＯ１１１１、成熟ＰＲＯ１１１３、成熟ＰＲＯ１１３０、成熟ＰＲＯ１１９５、成熟ＰＲＯ１２７１，成熟ＰＲＯ１８６５、成熟ＰＲＯ１８７９、成熟ＰＲＯ３４４６、成熟ＰＲＯ３５４３、成熟ＰＲＯ４３２９、成熟ＰＲＯ４３５２、成熟ＰＲＯ５７３３、成熟ＰＲＯ９８５９、成熟ＰＲＯ９８６４、成熟ＰＲＯ９９０４、成熟ＰＲＯ９９０７、成熟ＰＲＯ１００１３、成熟ＰＲＯ９０９４８、成熟ＰＲＯ２８６９４、成熟ＰＲＯ１６０８９、成熟ＰＲＯ１９５６３、成熟ＰＲＯ１９６７５、成熟ＰＲＯ２００８４、成熟ＰＲＯ２１４３４、成熟ＰＲＯ５０３３２、成熟ＰＲＯ３８４６５もしくは成熟ＰＲＯ３４６ポリペプチド、またはｐｒｅ−ＰＲＯ２１８、ｐｒｅ−ＰＲＯ２２８、ｐｒｅ−ＰＲＯ２７１、ｐｒｅ−ＰＲＯ２７３、ｐｒｅ−ＰＲＯ２９５、ｐｒｅ−ＰＲＯ３０２、ｐｒｅ−ＰＲＯ３０５、ｐｒｅ−ＰＲＯ３２６、ｐｒｅ−ＰＲＯ３８６、ｐｒｅ−ＰＲＯ６５５、ｐｒｅ−ＰＲＯ１６２、ｐｒｅ−ＰＲＯ７８８、ｐｒｅ−ＰＲＯ７９２、ｐｒｅ−ＰＲＯ９４０、ｐｒｅ−ＰＲＯ９４１、ｐｒｅ−ＰＲＯ１００４、ｐｒｅ−ＰＲＯ１０１２、ｐｒｅ−ＰＲＯ１０１６、ｐｒｅ−ＰＲＯ４７４、ｐｒｅ−ＰＲＯ５２３８、ｐｒｅ−ＰＲＯ１０６９、ｐｒｅ−ＰＲＯ１１１１、ｐｒｅ−ＰＲＯ１１１３、ｐｒｅ−ＰＲＯ１１３０、ｐｒｅ−ＰＲＯ１１９５、ｐｒｅ−ＰＲＯ１２７１、ｐｒｅ−ＰＲＯ１８６５、ｐｒｅ−ＰＲＯ１８７９、ｐｒｅ−ＰＲＯ３４４６、ｐｒｅ−ＰＲＯ３５４３、ｐｒｅ−ＰＲＯ４３２９、ｐｒｅ−ＰＲＯ４３５２、ｐｒｅ−ＰＲＯ５７３３、ｐｒｅ−ＰＲＯ９８５９、ｐｒｅ−ＰＲＯ９８６４、ｐｒｅ−ＰＲＯ９９０４、ｐｒｅ−ＰＲＯ９９０７、ｐｒｅ−ＰＲＯ１００１３、ｐｒｅ−ＰＲＯ９０９４８、ｐｒｅ−ＰＲＯ２８６９４、ｐｒｅ−ＰＲＯ１６０８９、ｐｒｅ−ＰＲＯ１９５６３、ｐｒｅ−ＰＲＯ１９６７５、ｐｒｅ−ＰＲＯ２００８４、ｐｒｅ−ＰＲＯ２１４３４、ｐｒｅ−ＰＲＯ５０３３２、ｐｒｅ−ＰＲＯ３８４６５もしくはｐｒｅ−ＰＲＯ３４６ポリペプチドを、目的のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドに対して特異的な抗体を使用して、イムノアフィニティークロマトグラフィーによって精製する。一般に、イムノアフィニティーカラムは、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５または抗ＰＲＯ３４６ポリペプチド抗体を、活性化されたクロマトグラフィー用樹脂と共有結合することによって構築される。
ポリクローナル免疫グロブリンを、免疫血清から、硫酸アンモニウムでの沈殿、または固定化したプロテインＡ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ ＬＫＢ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）上での精製のいずれかによって調製する。同様に、モノクローナル抗体を、マウス腹水から、硫酸アンモニウム沈殿または固定化したプロテインＡ上でのクロマトグラフィーによって調製する。部分精製された免疫グロブリンを、ＣｎＢｒ活性化ＳＥＰＨＡＲＯＳＥ（登録商標）（Ｐｈａｒｍａｃｉａ ＬＫＢ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）などのクロマトグラフィー樹脂に共有結合させる。抗体を樹脂にカップリングさせ、樹脂をブロックし、誘導体樹脂を、製造業者の使用説明書に従って洗浄する。
かかるイムノアフィニティーカラムは、可溶化形態のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを含む細胞から画分を調製することによって、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの精製に利用される。この調製物を、デタージェントの添加による分画遠心分離により得られた完全体細胞または亜細胞画分の可溶化によって、または当該技術分野でよく知られた他の方法によって誘導する。あるいはまた、シグナル配列を含む可溶性ポリペプチドを、有用な量で、該細胞を培養している培地中に分泌し得る。
可溶性のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを含む調製物をイムノアフィニティーカラムに通し、そのカラムを、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの優先的な吸収を可能にする条件下（例えば、デタージェントの存在下の高イオン強度バッファー）で洗浄する。次いで、そのカラムを、抗体／ＰＲＯ２１８、抗体／ＰＲＯ２２８、抗体／ＰＲＯ２７１、抗体／ＰＲＯ２７３、抗体／ＰＲＯ２９５、抗体／ＰＲＯ３０２、抗体／ＰＲＯ３０５、抗体／ＰＲＯ３２６、抗体／ＰＲＯ３８６、抗体／ＰＲＯ６５５、抗体／ＰＲＯ１６２、抗体／ＰＲＯ７８８、抗体／ＰＲＯ７９２、抗体／ＰＲＯ９４０、抗体／ＰＲＯ９４１、抗体／ＰＲＯ１００４、抗体／ＰＲＯ１０１２、抗体／ＰＲＯ１０１６、抗体／ＰＲＯ４７４、抗体／ＰＲＯ５２３８、抗体／ＰＲＯ１０６９、抗体／ＰＲＯ１１１１、抗体／ＰＲＯ１１１３、抗体／ＰＲＯ１１３０、抗体／ＰＲＯ１１９５、抗体／ＰＲＯ１２７１、抗体／ＰＲＯ１８６５、抗体／ＰＲＯ１８７９、抗体／ＰＲＯ３４４６、抗体／ＰＲＯ３５４３、抗体／ＰＲＯ４３２９、抗体／ＰＲＯ４３５２、抗体／ＰＲＯ５７３３、抗体／ＰＲＯ９８５９、抗体／ＰＲＯ９８６４、抗体／ＰＲＯ９９０４、抗体／ＰＲＯ９９０７、抗体／ＰＲＯ１００１３、抗体／ＰＲＯ９０９４８、抗体／ＰＲＯ２８６９４、抗体／ＰＲＯ１６０８９、抗体／ＰＲＯ１９５６３、抗体／ＰＲＯ１９６７５、抗体／ＰＲＯ２００８４、抗体／ＰＲＯ２１４３４、抗体／ＰＲＯ５０３３２，抗体／ＰＲＯ３８４６５または抗体／ＰＲＯ３４６ポリペプチド結合を崩壊する条件下（例えば、ｐＨ約２〜３などの低ｐＨバッファーまたは高濃度のカオトロープ（例えば、尿素またはチオシアネートイオン））で溶出し、そして、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを回収する。
実施例５８：薬物スクリーニング
本発明は、任意の種々の薬物スクリーニング技術において、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはその結合フラグメントを使用することによって化合物をスクリーニングするために特に有用である。かかる試験において使用されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはフラグメントは、溶液中に遊離していてもよいし、固体支持体に固定されていてもよいし、細胞表面上に存在してもよいし、細胞内に存在してもよい。薬物スクリーニングの１つの方法では、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはフラグメントを発現する組換え核酸で安定的に形質転換された、真核生物または原核生物の宿主細胞を利用する。薬物は、競合的結合アッセイで、かかる形質転換細胞に対してスクリーニングする。かかる細胞は、バイアブルな状態または固定された形態のいずれかで、標準的な結合アッセイに使用できる。例えば、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはフラグメントと試験している薬剤との間の複合体の形成を測定してもよい。あるいは、試験している薬剤に起因する、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドとその標的細胞または標的レセプターとの間での複合体の形成の減少を調べることもできる。
従って、本発明は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドに関連する疾患または障害に影響し得る薬物または他の任意の薬剤をスクリーニングする方法を提供する。これらの方法は、かかる薬剤と、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはそのフラグメントとを接触させる工程、および（Ｉ）その薬剤とＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはフラグメントとの間の複合体の存在について、あるいは（ｉｉ）ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはフラグメントと細胞との間の複合体の存在について、当該分野で周知の方法によってアッセイする工程を含む。かかる競合結合アッセイでは、代表的には、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはフラグメントを標識する。適当なインキュベーション後、遊離ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはフラグメントを、結合した形態で存在するものから分離し、ここで遊離している標識または複合体化していない標識の量は、特定の薬剤がＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドに結合する能力またはＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド／細胞複合体を干渉する能力の尺度である。
薬物スクリーニングのための別の技術は、ポリペプチドに対して適当な結合親和性を有する化合物のハイスループットスクリーニングを提供するものであり、１９８４年９月１３日に公開されたＷＯ８４／０３５６４に詳細に記載されている。簡単に述べると、多数の異なる小ペプチド試験化合物を固相基材上、例えば、プラスチックピンまたはなんらかの他の表面上で合成する。そのペプチド試験化合物は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドに加えられると、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドと反応し、そしてそれらを洗浄する。結合したＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを、当該分野で周知の方法によって検出する。精製されたＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドを、上述の薬物スクリーニング技術において使用するためにプレート上に直接コートしてもよい。また、非中和抗体を用いてペプチドを捕捉し、固相支持体上に固定化してもよい。
本発明は、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドと結合することができる中和抗体が、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドまたはそのフラグメントとの結合について試験化合物と特異的に競合する、競合的薬物スクリーニングアッセイの使用も企図する。この様式では、上記抗体を使用して、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドと１つ以上の抗原決定基を共有する任意のペプチドの存在を検出することができる。
実施例５９：合理的な薬物設計
合理的な薬物設計の目標は、生物学的に活性な目的のポリペプチド（すなわち、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチド）または、それらが相互作用する小分子（例えば、アゴニスト、アンタゴニストまたはインヒビター）の構造的なアナログを作製することである。これらの例のいずれかを使用して、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのより活性な形態または安定な形態である薬物、あるいは、インビボにおいてＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの機能を増強または干渉する薬物を形成することができる（Ｈｏｄｇｓｏｎ，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，９：１９−２１（１９９１）を参照のこと）。
１つのアプローチにおいて、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの３次元構造またはＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド−インヒビター複合体の３次元構造は、Ｘ線結晶構造解析、コンピュータモデリング、または、最も代表的には、これら２つのアプローチの組み合わせによって決定される。、構造を解明し、その分子の活性部位を判定するために、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの形状と電荷の両方が確かめられなければならない。頻度は低いが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドの構造に関する有用な情報は、相同タンパク質の構造に基づいてモデリングによって得られることがある。両方の場合において、関連する構造の情報は、類似のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチド様分子を設計するためか、または有効なインヒビターを同定するために使用される。合理的な薬物設計の有用な例としては、Ｂｒａｘｔｏｎ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３１：７７９６−７８０１（１９９２）に示されたような改善された活性もしくは安定性を有する分子、またはＡｔｈａｕｄａら、Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１１３：７４２−７４６（１９９３）に示されたような天然ペプチドのインヒビター、アゴニストもしくはアンタゴニストとして作用する分子が挙げられ得る。
また、上記のようにして機能アッセイによって選択された標的特異的抗体を単離し、次いで、その結晶構造を解明することも可能である。このアプローチは、原理的には、その後の薬物設計の基礎となり得るファーマコアをもたらす。タンパク質結晶学は、機能性の薬理学的に活性な抗体に対する抗イデオタイプ抗体（抗ｉｄ）を作製することにより、全く回避することが可能である。鏡像の鏡像として、抗ｉｄの結合部位は、元の受容体の類縁体であることが予測され得る。次いで、抗ｉｄを、化学的または生物学的に作製されたペプチドのバンクからペプチドを同定および単離するために使用できる。次いで、単離されたペプチドは、ファーマコアとしての役目を果たし得る。
本発明のおかげで、十分な量のＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドが、Ｘ線結晶構造解析などの解析研究を行うために入手可能となり得る。さらに、本明細書中に提供されるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３、ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５またはＰＲＯ３４６ポリペプチドアミノ酸配列に関する知見は、ｘ線結晶構造解析の代わりに、または、それに加えて、コンピュータモデリング技術を使用するものに対する指針となる。
図１は、ネイティブ配列ＰＲＯ２１８ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１）を示し、ここで、配列番号１は、本明細書中で「ＤＮＡ３０８６７−１３３５」（ＵＮＱ１９２）と称されるクローンである。 図２は、図１に示される配列番号１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号２）を示す。 図３は、ネイティブ配列ＰＲＯ２２８ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号３）を示し、ここで、配列番号３は、本明細書中で「ＤＮＡ３３０９２−１２０２」（ＵＮＱ２０２）と称されるクローンである。 図４は、図３に示される配列番号３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号４）を示す。 図５は、ネイティブ配列ＰＲＯ２７１ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号５）を示し、ここで、配列番号５は、本明細書中で「ＤＮＡ３９４２３−１１８２」（ＵＮＱ２３８）と称されるクローンである。 図６は、図５に示される配列番号５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号６）を示す。 図７は、ネイティブ配列ＰＲＯ２７３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号７）を示し、ここで、配列番号７は、本明細書中で「ＤＮＡ３９５２３−１１９２」（ＵＮＱ２４０）と称されるクローンである。 図８は、図７に示される配列番号７のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号８）を示す。 図９は、ネイティブ配列ＰＲＯ２９５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号９）を示し、ここで、配列番号９は、本明細書中で「ＤＮＡ３８２６８−１１８８」（ＵＮＱ２５８）と称されるクローンである。 図１０は、図９に示される配列番号９のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号１０）を示す。 図１１は、ネイティブ配列ＰＲＯ３０２ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１１）を示し、ここで、配列番号１１は、本明細書中で「ＤＮＡ４０３７０−１２１７」（ＵＮＱ２６５）と称されるクローンである。 図１２は、図１１に示される配列番号１１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号１２）を示す。 図１３は、ネイティブ配列ＰＲＯ３０５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１３）を示し、ここで、配列番号１３は、本明細書中で「ＤＮＡ４０６１９−１２２０」（ＵＮＱ２６８）と称されるクローンである。 図１４は、図１３に示される配列番号１３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号１４）を示す。 図１５は、ネイティブ配列ＰＲＯ３２６ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１５）を示し、ここで、配列番号１５は、本明細書中で「ＤＮＡ３７１４０−１２３４」（ＵＮＱ２８７）と称されるクローンである。 図１６は、図１５に示される配列番号１５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号１６）を示す。 図１７は、ネイティブ配列ＰＲＯ３８６ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１７）を示し、ここで、配列番号１７は、本明細書中で「ＤＮＡ４５４１５−１３１８」（ＵＮＱ３２６）と称されるクローンである。 図１８は、図１７に示される配列番号１７のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号１８）を示す。 図１９は、ネイティブ配列ＰＲＯ６５５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号１９）を示し、ここで、配列番号１９は、本明細書中で「ＤＮＡ５０９６０−１２２４」（ＵＮＱ３６０）と称されるクローンである。 図２０は、図１９に示される配列番号１９のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号２０）を示す。 図２１は、ネイティブ配列ＰＲＯ１６２ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号２１）を示し、ここで、配列番号２１は、本明細書中で「ＤＮＡ５６９６５−１３５６」（ＵＮＱ４２９）と称されるクローンである。 図２２は、図２１に示される配列番号２１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号２２）を示す。 図２３は、ネイティブ配列ＰＲＯ７８８ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号２３）を示し、ここで、配列番号２３は、本明細書中で「ＤＮＡ５６４０５−１３５７」（ＵＮＱ４３０）と称されるクローンである。 図２４は、図２３に示される配列番号２３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号２４）を示す。 図２５は、ネイティブ配列ＰＲＯ７９２ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号２５）を示し、ここで、配列番号２５は、本明細書中で「ＤＮＡ５６３５２−１３５８」（ＵＮＱ４３１）と称されるクローンである。 図２６は、図２５に示される配列番号２５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号２６）を示す。 図２７は、ネイティブ配列ＰＲＯ９４０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号２７）を示し、ここで、配列番号２７は、本明細書中で「ＤＮＡ５４００２−１３６７」（ＵＮＱ４７７）と称されるクローンである。 図２８は、図２７に示される配列番号２７のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号２８）を示す。 図２９は、ネイティブ配列ＰＲＯ９４１ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号２９）を示し、ここで、配列番号２９は、本明細書中で「ＤＮＡ５３９０６−１３６８」（ＵＮＱ４７８）と称されるクローンである。 図３０は、図２９に示される配列番号２９のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号３０）を示す。 図３１は、ネイティブ配列ＰＲＯ１００４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号３１）を示し、ここで、配列番号３１は、本明細書中で「ＤＮＡ５７８４４−１４１０」（ＵＮＱ４８８）と称されるクローンである。 図３２は、図３１に示される配列番号３１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号３２）を示す。 図３３は、ネイティブ配列ＰＲＯ１０１２ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号３３）を示し、ここで、配列番号３３は、本明細書中で「ＤＮＡ５６４３９−１３７６」（ＵＮＱ４９５）と称されるクローンである。 図３４は、図３３に示される配列番号３３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号３４）を示す。 図３５は、ネイティブ配列ＰＲＯ１０１６ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号３５）を示し、ここで、配列番号３５は、本明細書中で「ＤＮＡ５６１１３−１３７８」（ＵＮＱ４９９）と称されるクローンである。 図３６は、図３５に示される配列番号３５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号３６）を示す。 図３７は、ネイティブ配列ＰＲＯ４７４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号３７）を示し、ここで、配列番号３７は、本明細書中で「ＤＮＡ５６０４５−１３８０」（ＵＮＱ５０２）と称されるクローンである。 図３８は、図３７に示される配列番号３７のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号３８）を示す。 図３９は、ネイティブ配列ＰＲＯ５２３８ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号３９）を示し、ここで、配列番号３９は、本明細書中で「ＤＮＡ２５７８４５」（ＵＮＱ５０３）と称されるクローンである。 図４０は、図３９に示される配列番号３９のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号４０）を示す。 図４１は、ネイティブ配列ＰＲＯ１０６９ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号４１）を示し、ここで、配列番号４１は、本明細書中で「ＤＮＡ５９２１１−１４５０」（ＵＮＱ５２６）と称されるクローンである。 図４２は、図４１に示される配列番号４１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号４２）を示す。 図４３は、ネイティブ配列ＰＲＯ１１１１ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号４３）を示し、ここで、配列番号４３は、本明細書中で「ＤＮＡ５８７２１−１４７５」（ＵＮＱ５５４）と称されるクローンである。 図４４は、図４３に示される配列番号４３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号４４）を示す。 図４５は、ネイティブ配列ＰＲＯ１１１３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号４５）を示し、ここで、配列番号４５は、本明細書中で「ＤＮＡ５７２５４−１４７７」（ＵＮＱ５５６）と称されるクローンである。 図４６は、図４５に示される配列番号４５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号４６）を示す。 図４７は、ネイティブ配列ＰＲＯ１１３０ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号４７）を示し、ここで、配列番号４７は、本明細書中で「ＤＮＡ５９８１４−１４８６」（ＵＮＱ５６７）と称されるクローンである。 図４８は、図４７に示される配列番号４７のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号４８）を示す。 図４９は、ネイティブ配列ＰＲＯ１１９５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号４９）を示し、ここで、配列番号４９は、本明細書中で「ＤＮＡ６５４１２−１５２３」（ＵＮＱ６０８）と称されるクローンである。 図５０は、図４９に示される配列番号４９のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号５０）を示す。 図５１は、ネイティブ配列ＰＲＯ１２７１ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号５１）を示し、ここで、配列番号５１は、本明細書中で「ＤＮＡ６６３０９−１５３８」（ＵＮＱ６４１）と称されるクローンである。 図５２は、図５１に示される配列番号５１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号５２）を示す。 図５３は、ネイティブ配列ＰＲＯ１８６５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号５３）を示し、ここで、配列番号５３は、本明細書中で「ＤＮＡ８１７５７−２５１２」（ＵＮＱ８５６）と称されるクローンである。 図５４は、図５３に示される配列番号５３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号５４）を示す。 図５５は、ネイティブ配列ＰＲＯ１８７９ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号５５）を示し、ここで、配列番号５５は、本明細書中で「ＤＮＡ５４００９−２５１７」（ＵＮＱ８６３）と称されるクローンである。 図５６は、図５５に示される配列番号５５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号５６）を示す。 図５７は、ネイティブ配列ＰＲＯ３４４６ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号５７）を示し、ここで、配列番号５７は、本明細書中で「ＤＮＡ９２２１９−２５４１」（ＵＮＱ１８３３）と称されるクローンである。 図５８は、図５７に示される配列番号５７のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号５８）を示す。 図５９は、ネイティブ配列ＰＲＯ３５４３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号５９）を示し、ここで、配列番号５９は、本明細書中で「ＤＮＡ８６５７１−２５５１」（ＵＮＱ１８３５）と称されるクローンである。 図６０は、図５９に示される配列番号５９のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号６０）を示す。 図６１は、ネイティブ配列ＰＲＯ４３２９ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号６１）を示し、ここで、配列番号６１は、本明細書中で「ＤＮＡ７７６２９−２５７３」（ＵＮＱ１８８５）と称されるクローンである。 図６２は、図６１に示される配列番号６１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号６２）を示す。 図６２は、図６１に示される配列番号６１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号６２）を示す。 図６３は、ネイティブ配列ＰＲＯ４３５２ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号６３）を示し、ここで、配列番号６３は、本明細書中で「ＤＮＡ８７９７６−２５９３」（ＵＮＱ１９０６）と称されるクローンである。 図６４は、図６３に示される配列番号６３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号６４）を示す。 図６５は、ネイティブ配列ＰＲＯ５７３３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号６５）を示し、ここで、配列番号６５は、本明細書中で「ＤＮＡ８２３４３」（ＵＮＱ２４５３）と称されるクローンである。 図６６は、図６５に示される配列番号６５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号６６）を示す。 図６７は、ネイティブ配列ＰＲＯ９８５９ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号６７）を示し、ここで、配列番号６７は、本明細書中で「ＤＮＡ１２５１７０−２７８０」（ＵＮＱ３０４３）と称されるクローンである。 図６８は、図６７に示される配列番号６７のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号６８）を示す。 図６９は、ネイティブ配列ＰＲＯ９８６４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号６９）を示し、ここで、配列番号６９は、本明細書中で「ＤＮＡ１２５１５１−２７８４」（ＵＮＱ３０４８）と称されるクローンである。 図７０は、図６９に示される配列番号６９のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号７０）を示す。 図７１は、ネイティブ配列ＰＲＯ９９０４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号７１）を示し、ここで、配列番号７１は、本明細書中で「ＤＮＡ１２９５４９−２７９８」（ＵＮＱ３０７２）と称されるクローンである。 図７２は、図７１に示される配列番号７１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号７２）を示す。 図７３は、ネイティブ配列ＰＲＯ９９０７ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号７３）を示し、ここで、配列番号７３は、本明細書中で「ＤＮＡ１４２３９２−２８００」（ＵＮＱ３０７５）と称されるクローンである。 図７４は、図７３に示される配列番号７３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号７４）を示す。 図７５は、ネイティブ配列ＰＲＯ１００１３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号７５）を示し、ここで、配列番号７５は、本明細書中で「ＤＮＡ１２５１８１−２８０４」（ＵＮＱ３０８２）と称されるクローンである。 図７６は、図７５に示される配列番号７５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号７６）を示す。 図７７は、ネイティブ配列ＰＲＯ９０９４８ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号７７）を示し、ここで、配列番号７７は、本明細書中で「ＤＮＡ３３６８８２」（ＵＮＱ５０４３）と称されるクローンである。 図７８は、図７７に示される配列番号７７のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号７８）を示す。 図７９は、ネイティブ配列ＰＲＯ２８６９４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号７９）を示し、ここで、配列番号７９は、本明細書中で「ＤＮＡ１８４０７３」（ＵＮＱ５３８４）と称されるクローンである。 図８０は、図７９に示される配列番号７９のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号８０）を示す。 図８１は、ネイティブ配列ＰＲＯ１６０８９ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号８１）を示し、ここで、配列番号８１は、本明細書中で「ＤＮＡ１５０１６３−２８４２」（ＵＮＱ５７８２）と称されるクローンである。 図８２は、図８１に示される配列番号８１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号８２）を示す。 図８３は、ネイティブ配列ＰＲＯ１９５６３ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号８３）を示し、ここで、配列番号８３は、本明細書中で「ＤＮＡ９６８６１−２８４４」（ＵＮＱ５７８５）と称されるクローンである。 図８４は、図８３に示される配列番号８３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号８４）を示す。 図８５は、ネイティブ配列ＰＲＯ１９６７５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号８５）を示し、ここで、配列番号８５は、本明細書中で「ＤＮＡ１３１６５８−２８７５」（ＵＮＱ５８３５）と称されるクローンである。 図８６は、図８５に示される配列番号８５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号８６）を示す。 図８７は、ネイティブ配列ＰＲＯ２００８４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号８７）を示し、ここで、配列番号８７は、本明細書中で「ＤＮＡ１６８０６１−２８９７」（ＵＮＱ６１２４）と称されるクローンである。 図８８は、図８７に示される配列番号８７のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号８８）を示す。 図８９は、ネイティブ配列ＰＲＯ２１４３４ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号８９）を示し、ここで、配列番号８９は、本明細書中で「ＤＮＡ１４７２５３−２９８３」（ＵＮＱ６５０９）と称されるクローンである。 図９０は、図８９に示される配列番号８９のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号９０）を示す。 図９１は、ネイティブ配列ＰＲＯ５０３３２ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号９１）を示し、ここで、配列番号９１は、本明細書中で「ＤＮＡ２５５２５５」（ＵＮＱ１１６４５）と称されるクローンである。 図９２は、図９１に示される配列番号９１のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号９２）を示す。 図９３は、ネイティブ配列ＰＲＯ８４６５ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号９３）を示し、ここで、配列番号９３は、本明細書中で「ＤＮＡ２２８００２」（ＵＮＱ１５９６５）と称されるクローンである。 図９４は、図９３に示される配列番号９３のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号９４）を示す。 図９５は、ネイティブ配列ＰＲＯ３４６ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（配列番号９５）を示し、ここで、配列番号９５は、本明細書中で「ＤＮＡ４４１６７−１２４３」（ＵＮＱ３０５）と称されるクローンである。 図９６は、図９５に示される配列番号９５のコード配列から得られるアミノ酸配列（配列番号９６）を示す。

Claims (141)

  1. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型を同定する方法であって、本方法は、
    （ａ）ゲノムが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊を含む非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
    （ｂ）非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；および
    （ｃ）測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程を含み、ここで、野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる表現型と同定する、方法。
  2. 非ヒトトランスジェニック動物が、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊についてヘテロ接合性である、請求項１に記載の方法。
  3. 性別一致野生型同腹仔と比較した場合の非ヒトトランスジェニック動物によって示される表現型が、以下：神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常のうちの少なくとも１つである、請求項１に記載の方法。
  4. 神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、請求項３に記載の方法。
  5. 神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、請求項３に記載の方法。
  6. 神経障害が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、請求項３に記載の方法。
  7. 神経障害が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、請求項３に記載の方法。
  8. 神経障害が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、請求項３に記載の方法。
  9. 神経障害が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、請求項３に記載の方法。
  10. 眼の異常が、網膜の異常である、請求項３に記載の方法。
  11. 眼の異常が、視覚問題または失明と一致する、請求項３に記載の方法。
  12. 網膜の異常が、色素性網膜炎と一致する、請求項１０に記載の方法。
  13. 網膜の異常が、網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする、請求項１０に記載の方法。
  14. 網膜の異常が、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する、請求項１０に記載の方法。
  15. 眼の異常が、白内障である、請求項３に記載の方法。
  16. 白内障が、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）と一致する、請求項１５に記載の方法。
  17. 発達異常が、胚性致死または生存能低下を含む、請求項３に記載の方法。
  18. 心臓血管、内皮または血管形成の障害が、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である、請求項３に記載の方法。
  19. 免疫障害が、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患である、請求項３に記載の方法。
  20. 骨代謝の異常または障害が、関節炎、骨粗鬆症または大理石骨病である、請求項３に記載の方法。
  21. 非ヒトトランスジェニック動物が、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の産生の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す、請求項１に記載の方法。
  22. ゲノムが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊を含む、非ヒトトランスジェニック動物由来の単離細胞。
  23. マウス細胞である、請求項２２に記載の単離細胞。
  24. マウス細胞が、胚性幹細胞である、請求項２３に記載の単離細胞。
  25. 性別一致野生型同腹仔と比較して、非ヒトトランスジェニック動物が以下の表現型：神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常のうちの少なくとも１つを示す、請求項２２に記載の単離細胞。
  26. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型を調節する薬剤を同定する方法であって、該方法は：
    （ａ）ゲノムが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊を含む、非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
    （ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；
    （ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる表現型と同定する工程；
    （ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
    （ｅ）試験薬剤が、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子破壊と関連する同定された表現型を調節するか否かを判定する工程
    を含む、方法。
  27. 遺伝子破壊と関連する表現型が、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常または障害；脂質代謝障害；または発達異常を含む、請求項２６に記載の方法。
  28. 神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、請求項２７に記載の方法。
  29. 神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、請求項２７に記載の方法。
  30. 神経障害が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、請求項２７に記載の方法。
  31. 神経障害が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、請求項２７に記載の方法。
  32. 神経障害が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、請求項２７に記載の方法。
  33. 神経障害が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、請求項２７に記載の方法。
  34. 眼の異常が、網膜の異常である、請求項２７に記載の方法。
  35. 眼の異常が、視覚問題または失明と一致する、請求項２７に記載の方法。
  36. 網膜の異常が、色素性網膜炎と一致する、請求項３４に記載の方法。
  37. 網膜の異常が、網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする、請求項３４に記載の方法。
  38. 網膜の異常が、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する、請求項３４に記載の方法。
  39. 眼の異常が、白内障である、請求項２７に記載の方法。
  40. 白内障が、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）と一致する、請求項３９に記載の方法。
  41. 発達異常が、胚性致死または生存能低下を含む、請求項２７に記載の方法。
  42. 心臓血管、内皮または血管形成の障害が、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である、請求項２７に記載の方法。
  43. 免疫障害が、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患である、請求項２７に記載の方法。
  44. 前記骨代謝の異常または障害が、関節炎、骨粗鬆症または大理石骨病である、請求項２７に記載の方法。
  45. 非ヒトトランスジェニック動物が、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の産生の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す、請求項２６に記載の方法。
  46. 請求項２６に記載の方法によって同定される薬剤。
  47. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、請求項４６に記載の薬剤。
  48. アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項４７に記載の薬剤。
  49. アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項４７に記載の薬剤。
  50. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴を調節する薬剤を同定する方法であって、該方法は：
    （ａ）ゲノムが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊を含む非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
    （ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物によって示される生理学的特徴を測定する工程；
    （ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、野生型動物によって示される生理学的特徴と異なる、非ヒトトランスジェニック動物によって示される生理学的特徴を、遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴と同定する工程；
    （ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
    （ｅ）遺伝子破壊と関連する生理学的特徴が調節されているか否かを判定する工程
    を含む、方法。
  51. 非ヒトトランスジェニック動物が、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の産生の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す、請求項５０に記載の方法。
  52. 請求項５０に記載の方法によって同定される薬剤。
  53. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、請求項５２に記載の薬剤。
  54. アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項５３に記載の薬剤。
  55. アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項５３に記載の薬剤。
  56. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する行動を調節する薬剤を同定する方法であって、該方法は：
    （ａ）ゲノムが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊を含む非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
    （ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物によって示される行動を観察する工程；
    （ｃ）（ｂ）の観察された行動を性別一致野生型動物の行動と比較する工程であって、ここで、野生型動物によって示される観察された行動と異なる、非ヒトトランスジェニック動物によって示される観察された行動を、遺伝子の破壊に関連する行動と同定する工程；
    （ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
    （ｅ）薬剤が、遺伝子破壊と関連する行動を調節するか否かを判定する工程
    を含む、方法。
  57. 行動が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、請求項５６に記載の方法。
  58. 行動が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、請求項５６に記載の方法。
  59. 行動が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、請求項５６に記載の方法。
  60. 行動が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、請求項５６に記載の方法。
  61. 行動が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、請求項５６に記載の方法。
  62. 行動が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、請求項５６に記載の方法。
  63. 請求項５６に記載の方法によって同定される薬剤。
  64. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、請求項６３に記載の薬剤。
  65. アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項６４に記載の薬剤。
  66. アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項６４に記載の薬剤。
  67. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節する薬剤を同定する方法であって、該方法は：
    （ａ）ゲノムが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊を含む非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
    （ｂ）前記非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
    （ｃ）前記試験薬剤が、非ヒトトランスジェニック動物において、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害；または発達異常を寛解または調節するか否かを判定する工程
    を含む、方法。
  68. 神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、請求項６７に記載の方法。
  69. 神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、請求項６７に記載の方法。
  70. 神経障害が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、請求項６７に記載の方法。
  71. 神経障害が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、請求項６７に記載の方法。
  72. 神経障害が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、請求項６７に記載の方法。
  73. 神経障害が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、請求項６７に記載の方法。
  74. 眼の異常が、網膜の異常である、請求項６７に記載の方法。
  75. 眼の異常が、視覚問題または失明と一致する、請求項６７に記載の方法。
  76. 網膜の異常が、色素性網膜炎と一致する、請求項７４に記載の方法。
  77. 網膜の異常が、網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする、請求項７４に記載の方法。
  78. 網膜の異常が、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する、請求項７４に記載の方法。
  79. 眼の異常が、白内障である、請求項６７に記載の方法。
  80. 白内障が、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）である、請求項７９に記載の方法。
  81. 発達異常が、胚性致死または生存能低下を含む、請求項６７に記載の方法。
  82. 心臓血管、内皮または血管形成の障害が、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である、請求項６７に記載の方法。
  83. 免疫障害が、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患である、請求項６７に記載の方法。
  84. 前記骨代謝の異常または障害が、関節炎、骨粗鬆症または大理石骨病である、請求項６７に記載の方法。
  85. 非ヒトトランスジェニック動物が、性別一致野生型同腹仔と比較して、以下の生理学的特徴：オープンフィールド試験中の不安様応答の増大；オープンフィールド試験中の多動性；オープンフィールド試験中の不安の低減；オープンフィールド試験中の自発運動活性の低下；ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム（明期における活動の低下；変化した睡眠／起床サイクル）；歩行回数の減少を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；概日リズムを有しない機能低下；歩行回数の増加を含むホームケージ活動性試験中の異常な概日リズム；成育の低下；ストレス誘導性高体温に対する感受性の増加（不安の増加）；反転スクリーン試験中の運動協調性の低下；頭位傾斜および後方突進；感覚運動ゲーティング／注意の向上を示すプレパルス抑制応答の増加；プレパルス抑制試験中の驚愕応答の低下；難聴を示唆する無驚愕応答もしくは難聴；感覚運動ゲーティング／注意の低下を伴うプレパルス抑制の低下；ホットプレート試験における反応までの時間の増加；ホットプレート試験における反応までの時間の減少；眼科学的異常；視力障害；視神経円板領域の白色沈着物；眼部感染および好中球増加症；両視神経円板損傷；涙の産生の減少；心拍数の減少；平均収縮期血圧の上昇；平均収縮期血圧の低下；平均絶食時血清中グルコースレベルの上昇；平均血清中グルコースレベルの低下；平均血清中コレステロールレベルの上昇；平均血清中コレステロールレベルの低下；平均血清中トリグリセリドレベルの上昇；平均血清中トリグリセリドレベルの低下；耐糖能障害；平均血清中アルブミン、アラニンアミノトランスフェラーゼ、およびリンレベルの上昇；平均血清中アルカリホスファターゼレベルの上昇；尿中亜硝酸の存在；全白血球（ＷＢＣ）数の増加；全白血球（ＷＢＣ）数およびの絶対好中球数の減少；平均絶対好中球数の増加；平均絶対リンパ球数の増加；平均血小板数の増加；平均の赤血球分布幅の増大；平均血小板数の減少；ＣＤ４脾臓胸腺細胞の割合の減少；周辺におけるＣＤ４細胞の割合の減少がもたらすリンパ器官におけるＢ細胞の割合の増加；ＣＤ４細胞はより活発な／メモリー表現型（ＣＤ６２Ｌｌｏｗ、ＣＤ４４ｈｉ）を示す；ＣＤ４＋細胞の発達障害；血中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；組織中のＣＤ４細胞の割合の減少およびＢ細胞の割合の増加；パイアー斑におけるＢ細胞の割合の増加；胚中心の減少；パイアー斑におけるアイソタイプスイッチＢ細胞（ＣＤ３８ｌｏｗ；ＩｇＭ陰性）；脾臓中のＣＤ２３強度の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０Ｍｅｄ／ＣＤ２３細胞およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ−Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の増加；末梢血におけるＢ細胞の平均割合の増加；ＣＤ４およびＣＤ８Ｔ細胞の減少ならびにＢ細胞の増加；腹腔Ｂ細胞の増加；腹腔におけるＣＤ１１ｂ−Ｈｉ細胞の減少；脾臓における平均ＣＤ４対ＣＤ８比の減少；ＣＤ８細胞の減少；腹腔洗浄におけるＢ２２０＋／ＣＤ２３＋細胞の平均割合およびＢ２２０＋／ＣＤ１１ｂ Ｌｏｗ／ＣＤ２３細胞の平均割合の減少；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＩＬ−６応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＴＮＦα応答の増大；ＬＰＳチャレンジに対する平均血清ＭＣＰ−１応答の増大；平均血清ＩｇＭレベルの増大；平均血清ＩｇＡの増加；平均血清ＩｇＧ１の増大；平均血清ＩｇＧ２ａの増大；平均血清ＩｇＧ２ｂの増大；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ１応答の低下；卵白アルブミンチャレンジに対する平均血清ＩｇＧ２ａ応答の低下；卵白アルブミン応答の障害；平均血清ＩｇＡレベルの低下；平均血清ＩｇＧ２ａレベルの低下；皮膚線維芽細胞増殖速度の低下；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の増加；平均体重の増加；平均体長の増大；全組織量（ＴＴＭ）の増加；骨塩密度（ＢＭＤ）の増加；骨塩量（ＢＭＣ）の増加；大腿骨中軸の平均皮質厚の増加；全体脂肪および全脂肪質量の平均割合の減少；平均体重の減少；平均体長の低減；ヘテロ接合体における平均体重および平均体長の低減；全組織量（ＴＴＭ）の減少；除脂肪体重（ＬＢＭ）の減少；大腿骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；椎骨の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；全身の骨塩密度（ＢＭＤ）の減少；骨塩量（ＢＭＣ）の減少；骨塩密度指標の減少；体積測定による骨塩密度（ｖＢＭＤ）の減少；大腿骨中軸の平均皮質厚の減少；大腿骨中軸の平均断面積の減少；椎骨骨梁の平均体積、平均数および平均結合密度の減少；大理石骨病；骨粗鬆症；中等度の水腎；水頭症；肥大肝；活性Ｔ細胞の誘導；活性ＮＫ細胞および樹状細胞の誘導；ミエロイドＢ細胞の発現；皮脂腺の過形成および表皮の多発性過形成（アカントーシスおよび過角症）；中等度の皮膚炎；肝臓および脾臓における髄外造血の増加；骨髄のミエロイド過形成；Ｂ群連鎖球菌による脳炎；大腸菌感染による髄膜炎；唾液腺、膵臓および肺におけるリンパ球浸潤；育ての母を必要とする不適切なブリーダー；リットルサイズの減少；ホモ接合体マウスは小さく脱水症状であった；精巣の空胞変性による精子増殖の減少および不妊症；精巣の精子形成障害；精巣上体の精液過少症および精子欠損；男性不妊症；精巣重量の減少；成長遅延；小さなマウスおよび成長不良；生存能力の低下；逆位を伴う生存能力の低下；およびホモ接合性胚性致死のうちの少なくとも１つを示す、請求項６７に記載の方法。
  86. 請求項６７に記載の方法によって同定される薬剤。
  87. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、請求項８６に記載の薬剤。
  88. アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項８７に記載の薬剤。
  89. アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項８７に記載の薬剤。
  90. 請求項６７に記載の方法によって同定される治療薬。
  91. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節する薬剤を同定する方法であって、該方法は：
    （ａ）ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現している宿主細胞を試験薬剤と接触させる工程；および
    （ｂ）試験薬剤が、宿主細胞によるＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節するか否かを判定する工程、
    を含む、方法。
  92. 請求項９１に記載の方法によって同定される薬剤。
  93. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、請求項９２に記載の薬剤。
  94. アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項９３に記載の薬剤。
  95. アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項９３に記載の薬剤。
  96. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する状態に影響を及ぼすことができる治療薬を評価する方法であって、該方法は：
    （ａ）ゲノムが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊を含む非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
    （ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；
    （ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる状態と同定する工程；
    （ｄ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物に試験薬剤を投与する工程；および
    （ｅ）非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子破壊に関連する同定された状態に対する試験薬剤の作用を評価する工程
    を含む、方法。
  97. 状態が、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常または障害；脂質代謝障害；または発達異常である、請求項９６に記載の方法。
  98. 請求項９６に記載の方法によって同定される治療薬。
  99. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストである、請求項９８に記載の治療薬。
  100. アゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項９９に記載の治療薬。
  101. アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項９９に記載の治療薬。
  102. 請求項９８に記載の治療薬を含む医薬組成物。
  103. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害または胚性致死を処置または予防または寛解する方法であって、該方法は、該障害をすでに有し得るか、または該障害を有する傾向にあり得るか、もしくは該障害を予防すべき状態であり得る、そのような処置を必要とする被験体に、治療有効量の請求項９０に記載の治療薬またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより、前記障害を効果的に処置または予防または寛解する、方法。
  104. 神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の増大である、請求項１０３に記載の方法。
  105. 神経障害が、オープンフィールド活動性試験中の不安様応答の低減である、請求項１０３に記載の方法。
  106. 神経障害が、ホームケージ活動性試験中の異常な概日リズムである、請求項１０３に記載の方法。
  107. 神経障害が、反転スクリーン試験中の運動協調性の増大である、請求項１０３に記載の方法。
  108. 神経障害が、反転スクリーン試験中の障害性の運動協調性である、請求項１０３に記載の方法。
  109. 神経障害が、抑鬱症、全般性不安障害、注意欠陥障害、睡眠障害、多動性障害、強迫性障害、精神分裂病、認知障害、痛覚過敏または感覚障害である、請求項１０３に記載の方法。
  110. 眼の異常が、網膜の異常である、請求項１０３に記載の方法。
  111. 眼の異常が、視覚問題または失明と一致する、請求項１０３に記載の方法。
  112. 網膜の異常が、色素性網膜炎と一致する、請求項１１０に記載の方法。
  113. 網膜の異常が、網膜変性症または網膜の形成異常を特徴とする、請求項１１０に記載の方法。
  114. 網膜の異常が、網膜の形成異常、未熟児網膜症を含む様々な網膜症、水晶体後線維増殖症、血管新生緑内障、加齢性黄斑変性、糖尿病性黄斑浮腫、角膜血管新生、角膜移植片血管新生、角膜移植片拒絶、網膜／脈絡膜血管新生、隅角血管新生（ルベオーシス）、眼球の血管新生性疾患、血管再狭窄、動静脈奇形（ＡＶＭ）、髄膜腫、血管腫、血管線維腫、甲状腺肥大（グレーブス病を含む）、角膜および他の組織の移植、網膜動脈閉塞もしくは閉鎖；網膜血管系の二次的萎縮を引き起こす網膜変性症、色素性網膜炎、黄斑ジストロフィー、シュタルガルト病、先天性停在性夜盲症、コロイデレミア、脳回転状萎縮、レーバー先天性黒内障、網膜分離障害、ヴァーグナー症候群、アッシャー症候群、ツェルヴェーガー症候群、サルディーノ−マインザー症候群、シニアローケン症候群、バルデー−ビードル症候群、アルポート症候群、アルストレーム症候群、コケーン症候群、先天性脊椎・骨端異形成症、フリン−エアード症候群、フリートライヒ運動失調、ハルグレン症候群、マーシャル症候群、アルベルス−シェーンベルク病、レフサム病、キーンズ・セイアー症候群、ワールデンブルグ症候群、アラジール症候群、筋緊張性ジストロフィー、オリーブ橋小脳萎縮症、ピエール・マリー症候群、スティックラー症候群、カロチン血症、シスチン蓄積症、ウォルフラム症候群、バッセン−コルンツヴァイク症候群、無βリポタンパク質血症、色素失調症、バッテン病、ムコ多糖体沈着症、ホモシスチン尿症またはマンノシドーシスと一致する、請求項１１０に記載の方法。
  115. 眼の異常が、白内障である、請求項１０３に記載の方法。
  116. 白内障が、全身性疾患（例えば、ヒトダウン症候群、ハレルマン−ストレフ症候群、ロウ症候群、ガラクトース血症、マルファン症候群、トリソミー１３−１５、アルポート症候群、筋緊張性ジストロフィー、ファブリー病、上皮小体機能低下症またはコンラーディ症候群）である、請求項１１５に記載の方法。
  117. 発達異常が、胚性致死または生存能低下を含む、請求項１０３に記載の方法。
  118. 心臓血管、内皮または血管形成の障害が、動脈疾患（例えば、真性糖尿病；乳頭浮腫；視神経萎縮；アテローム性動脈硬化症；アンギナ；急性心筋梗塞などの心筋梗塞、心臓肥大および鬱血性心不全などの心不全；高血圧症；炎症性血管炎；レイノー病およびレイノー現象；動脈瘤ならびに動脈再狭窄）；静脈およびリンパの障害（例えば、血栓静脈炎、リンパ管炎およびリンパ浮腫）；末梢血管疾患；癌（例えば、血管腫瘍、例えば、血管腫（毛細管および海綿状）、グロムス腫瘍、毛細管拡張症、細菌性血管腫症、血管内皮腫、血管肉腫、血管外皮腫、カポジ肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫）；腫瘍血管新生；外傷（例えば、創傷、熱傷および他の組織の傷害）、移植片固定、瘢痕；虚血再灌流傷害；関節リウマチ；脳血管疾患；急性腎不全などの腎疾患または骨粗鬆症である、請求項１０３に記載の方法。
  119. 免疫障害が、全身性エリテマトーデス；関節リウマチ；若年性慢性関節炎；脊椎関節症；全身硬化症（強皮症）；特発性炎症性筋障害（皮膚筋炎、多発性筋炎）；シェーグレン症候群；全身性血管炎；サルコイドーシス；自己免疫性溶血性貧血（免疫性汎血球減少症、発作性夜間血色素尿症）；自己免疫性血小板減少症（特発性血小板減少性紫斑病、免疫媒介性血小板減少症）；甲状腺炎（グレーブス病、橋本甲状腺炎、若年性リンパ球性甲状腺炎、萎縮性甲状腺炎）；真性糖尿病；免疫媒介性腎疾患（糸球体腎炎、尿細管間質性腎炎）；中枢および末梢神経系の脱髄疾患（例えば、多発性硬化症、特発性脱髄性多発ニューロパシーまたはギラン・バレー症候群および慢性炎症性脱髄性多発ニューロパシー）；肝胆疾患（例えば、感染性肝炎（Ａ型、Ｂ型、Ｃ型、Ｄ型、Ｅ型肝炎および他の非肝向性のウイルスによる肝炎）、自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎および硬化性胆管炎）；炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎：クローン病）；グルテン過敏性腸症およびホイップル病；水疱性疾患、多形性紅斑および接触性皮膚炎を含む自己免疫性または免疫媒介性の皮膚疾患、乾癬；アレルギー性疾患（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食物過敏症および蕁麻疹）；肺の免疫学的疾患（例えば、好酸球性肺炎、特発性肺線維症および過敏性肺炎）；または移植片拒絶および移植片対宿主病を含む移植関連疾患である、請求項１０３に記載の方法。
  120. 前記骨代謝の異常または障害が、関節炎、骨粗鬆症または大理石骨病である、請求項１０３に記載の方法。
  121. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する表現型を調節する方法であって、該方法は、該表現型をすでに有し得るか、または該表現型を有する傾向にあり得るか、もしくは該表現型を予防すべき状態であり得る被験体に、有効量の請求項４６に記載の薬剤またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより、表現型を効果的に調節する、方法。
  122. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する生理学的特徴を調節する方法であって、該方法は、該生理学的特徴をすでに示し得るか、または該生理学的特徴を示す傾向にあり得るか、もしくは該生理学的特徴を予防すべき状態であり得る被験体に、有効量の請求項５２に記載の薬剤またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより、生理学的特徴を効果的に調節する、方法。
  123. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する行動を調節する方法であって、該方法は、該行動をすでに示し得るか、または該行動を示す傾向にあり得るか、もしくは該示される行動を予防すべき状態であり得る被験体に、有効量の請求項６３に記載の薬剤またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより、行動を効果的に調節する、方法。
  124. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドの発現を調節する方法であって、該方法は、前記ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドを発現している宿主細胞に、有効量の請求項９２に記載の薬剤またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それによって、前記ポリペプチドの発現を効果的に調節する、方法。
  125. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する状態を調節する方法であって、該方法は、該状態を有し得るか、または該状態を有する傾向にあり得るか、もしくは該状態を予防すべき状態であり得る被験体に、治療有効量の請求項９８に記載の治療薬またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより、状態を効果的に調節する、方法。
  126. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する状態または表現型を模倣する薬剤の同定方法であって、該方法は；
    （ａ）ゲノムが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊を含む非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
    （ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；
    （ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、性別一致野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる状態または表現型と同定する工程；
    （ｄ）前記性別一致野生型動物に試験薬剤を投与する工程；および
    （ｅ）前記試験薬剤が非ヒトトランスジェニック動物において初期に観察される状態または表現型を模倣するか否かを判定する工程
    を含む、方法。
  127. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊と関連する状態または表現型が、耐糖能の向上である、請求項１２６に記載の方法。
  128. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊と関連する状態または表現型が、インスリン感受性の増大である、請求項１２６に記載の方法。
  129. 請求項１２６に記載の方法によって同定される薬剤。
  130. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアンタゴニストである、請求項１２９に記載の薬剤。
  131. アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項１３０に記載の薬剤。
  132. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊と関連する状態、または表現型を模倣する方法であって、該方法は、状態または表現型が模倣される被験体に、有効量の請求項１２９に記載の薬剤、またはＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより効果的に状態または表現型を模倣する、方法。
  133. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊と関連する状態または表現型が、耐糖能の向上である、請求項１３２に記載の方法。
  134. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊と関連する状態または表現型が、インスリン感受性の増大である、請求項１３２に記載の方法。
  135. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する状態または表現型を模倣し得る治療薬の評価方法であって、該方法は；
    （ａ）ゲノムが、ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードするヒト遺伝子のオルソログである遺伝子の破壊を含む非ヒトトランスジェニック動物を提供する工程；
    （ｂ）（ａ）の非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を測定する工程；
    （ｃ）（ｂ）の測定された生理学的特徴を性別一致野生型動物の生理学的特徴と比較する工程であって、ここで、性別一致野生型動物の生理学的特徴と異なる非ヒトトランスジェニック動物の生理学的特徴を、非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子の破壊から生じる状態または表現型と同定する工程；
    （ｄ）（ｃ）の前記性別一致野生型動物に試験薬剤を投与する工程；および
    （ｅ）試験薬剤が非ヒトトランスジェニック動物における遺伝子破壊に関連する状態または表現型を模倣する能力を評価する工程
    を含む、方法。
  136. 請求項１３５に記載の方法によって同定される治療薬。
  137. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアンタゴニストである、請求項１３６に記載の治療薬。
  138. アンタゴニストが、抗ＰＲＯ２１８、抗ＰＲＯ２２８、抗ＰＲＯ２７１、抗ＰＲＯ２７３、抗ＰＲＯ２９５、抗ＰＲＯ３０２、抗ＰＲＯ３０５、抗ＰＲＯ３２６、抗ＰＲＯ３８６、抗ＰＲＯ６５５、抗ＰＲＯ１６２、抗ＰＲＯ７８８、抗ＰＲＯ７９２、抗ＰＲＯ９４０、抗ＰＲＯ９４１、抗ＰＲＯ１００４、抗ＰＲＯ１０１２、抗ＰＲＯ１０１６、抗ＰＲＯ４７４、抗ＰＲＯ５２３８、抗ＰＲＯ１０６９、抗ＰＲＯ１１１１、抗ＰＲＯ１１１３、抗ＰＲＯ１１３０、抗ＰＲＯ１１９５、抗ＰＲＯ１２７１、抗ＰＲＯ１８６５、抗ＰＲＯ１８７９、抗ＰＲＯ３４４６、抗ＰＲＯ３５４３、抗ＰＲＯ４３２９、抗ＰＲＯ４３５２、抗ＰＲＯ５７３３、抗ＰＲＯ９８５９、抗ＰＲＯ９８６４、抗ＰＲＯ９９０４、抗ＰＲＯ９９０７、抗ＰＲＯ１００１３、抗ＰＲＯ９０９４８、抗ＰＲＯ２８６９４、抗ＰＲＯ１６０８９、抗ＰＲＯ１９５６３、抗ＰＲＯ１９６７５、抗ＰＲＯ２００８４、抗ＰＲＯ２１４３４、抗ＰＲＯ５０３３２、抗ＰＲＯ３８４６５もしくは、抗ＰＲＯ３４６抗体である、請求項１３７に記載の治療薬。
  139. 請求項１３６に記載の治療剤を含む医薬組成物。
  140. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊と関連する状態、または表現型を模倣する方法であって、該方法は、状態または表現型障害が模倣される被験体に、治療有効量の請求項１３６に記載の治療薬、またはＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドのアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより効果的に状態または表現型を模倣する、方法。
  141. ＰＲＯ２１８、ＰＲＯ２２８、ＰＲＯ２７１、ＰＲＯ２７３，ＰＲＯ２９５、ＰＲＯ３０２、ＰＲＯ３０５、ＰＲＯ３２６、ＰＲＯ３８６、ＰＲＯ６５５、ＰＲＯ１６２、ＰＲＯ７８８、ＰＲＯ７９２、ＰＲＯ９４０、ＰＲＯ９４１、ＰＲＯ１００４、ＰＲＯ１０１２、ＰＲＯ１０１６、ＰＲＯ４７４、ＰＲＯ５２３８、ＰＲＯ１０６９、ＰＲＯ１１１１、ＰＲＯ１１１３、ＰＲＯ１１３０、ＰＲＯ１１９５、ＰＲＯ１２７１、ＰＲＯ１８６５、ＰＲＯ１８７９、ＰＲＯ３４４６、ＰＲＯ３５４３、ＰＲＯ４３２９、ＰＲＯ４３５２、ＰＲＯ５７３３、ＰＲＯ９８５９、ＰＲＯ９８６４、ＰＲＯ９９０４、ＰＲＯ９９０７、ＰＲＯ１００１３、ＰＲＯ９０９４８、ＰＲＯ２８６９４、ＰＲＯ１６０８９、ＰＲＯ１９５６３、ＰＲＯ１９６７５、ＰＲＯ２００８４、ＰＲＯ２１４３４、ＰＲＯ５０３３２、ＰＲＯ３８４６５もしくはＰＲＯ３４６ポリペプチドをコードする遺伝子の破壊に関連する、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害または発達異常を寛解または調節する薬剤を同定する方法であって、該方法は、神経障害；心臓血管、内皮もしくは血管形成の障害；眼の異常；免疫障害；腫瘍学的障害；骨代謝の異常もしくは障害；脂質代謝障害または発達異常を有する被験体に、請求項９０に記載の治療薬またはそのアゴニストもしくはアンタゴニストを投与する工程を含み、それにより、障害を寛解または調節する、方法。
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