JP2008509399A - 生物学的分析における画像化のための信号ノイズ低減 - Google Patents
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Abstract
Description
Claims (39)
- 一つ以上の生物学的サンプルに関連した一つ以上の識別可能な信号を検出するシステムであって、
該生物学的サンプルから発せられた蛍光の光学像を形成可能な複数のピクセルを含んでいるセグメント化された検出器と、
各ピクセルから出力信号を読出し可能な読出しコンポーネントであって、該出力信号は、該ピクセルから収集および移動された電荷を含み、該読出しコンポーネントは、読出しのために該複数のピクセルから移動された電荷を受け取る出力レジスタを含む、読出しコンポーネントと、
該出力信号からの信号ノイズを補正可能なコントローラであって、該信号ノイズは、暗電流寄与と読出オフセット寄与とを含む、コントローラと、
該暗電流寄与と該読出オフセット寄与とを決定可能なプロセッサと
を備える、システム。 - 前記信号ノイズは、光応答不均一寄与をさらに含み、前記プロセッサは、該光応答不均一寄与を決定可能である、請求項1に記載のシステム。
- 前記信号ノイズは、スプリアス電荷寄与をさらに含み、前記プロセッサは、該スプリアス電荷寄与を決定可能である、請求項2に記載のシステム。
- 前記複数のピクセルが、ピクセルの行および列としてアレイ状に配置され、前記出力レジスタは、ピクセルの行に対応するレジスタエレメントの行を含む、請求項3に記載のシステム。
- 前記ピクセルの電荷の移動は、電荷が前記出力レジスタにシフトされるまで、収集された電荷の行を連続してシフトすることを含む、請求項4に記載のシステム。
- 前記ピクセルの電荷の移動は、前記電荷を収集するように構成されたポテンシャル井戸の一方側の反転を引き起こすようなゲート電圧の印加を含み、該反転は、該収集された電荷が空間的にシフトさせ、それによって、前記シフト動作を容易にする、請求項5に記載のシステム。
- 前記暗電流寄与は、実質的暗状態に対する前記ピクセルの露光によって生成され、該実質的暗状態に対する該ピクセルの露光時間に比例する、請求項1に記載のシステム。
- 前記露光時間は読出時間を含む、請求項7に記載のシステム。
- 前記システムは、ヌクレオチド配列決定と、マイクロアレイ処理と、配列検出と、高スループットスクリーニングとから選択された生物学的分析に適合される、請求項1に記載のシステム。
- 前記読出オフセット寄与は前記読出コンポーネントによって生成され、該読出オフセット寄与は、前記ピクセルの前記露光時間または該ピクセルからのシフトに有意には依存しない、請求項1に記載のシステム。
- 前記暗電流寄与は、単位露光時間あたりの暗電流生成を決定するために、実質的暗状態において、異なる露出時間を有する第一露光および第二露光を提供することによって決定される、請求項1に記載のシステム。
- 前記暗電流寄与は、実質的暗状態に対して選択された露光時間で露光を提供することによって決定され、前記スプリアス電荷寄与は、暗信号出力から該暗電流寄与と読出オフセット寄与とを除去することによって決定される、請求項1に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、前記ピクセルのそれぞれの暗電流寄与を分析することによってホットピクセルを識別可能である、請求項1に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、前記ピクセルのそれぞれの暗電流寄与と、該ピクセルのそれぞれの光応答不均一寄与とを分析することによってデッドピクセルを識別可能である、請求項1に記載のシステム。
- 前記コントローラは、前記ピクセルのそれぞれに関連した前記暗電流寄与と、前記読出オフセット寄与と、前記スプリアス電荷寄与とに基づいて、該ピクセルの前記応答を標準化するように適合される、請求項1に記載のシステム。
- 生物学的サンプル用のセグメント化された検出器のピクセルのアレイからの信号ノイズを低減する方法であって、該信号ノイズは、暗電流寄与と読出オフセット寄与とを含んでおり、該方法は、
該ピクセルのアレイに実質的暗状態を提供することであって、該暗状態は、該生物学的サンプルから発せられる蛍光が実質的にないことを含む、ことと、
第一露光期間の間電荷を収集することと、該収集された電荷を出力レジスタに移動することと、該レジスタを読出すこととによって、該ピクセルのアレイのビン化部分から第一出力信号を提供することであって、該ビン化ピクセルからの該収集された電荷の移動は、該ビン化ピクセルから該収集された電荷を移動させるために、該ビン化ピクセル付近の領域にゲート電圧を提供することを含み、該収集された電荷は、該収集された電荷が該出力レジスタにシフトされるように、移動される、ことと、
第二露光期間の間電荷を収集することと、該収集された電荷を該出力レジスタに移動することと、該出力レジスタを読出すこととによって、該ピクセルのそれぞれから第二出力信号を提供することと、
該出力レジスタをリセットすることと、読出すこととによって、第三出力信号を提供することと、
該第一出力信号と、該第二出力信号と、該第三出力信号とから、該暗電流寄与と、該読出オフセット寄与とを決定することと
を含む、方法。 - 前記信号ノイズは、光応答不均一寄与をさらに含み、前記方法は、該スプリアス電荷寄与を決定することをさらに含む、請求項16に記載の方法。
- 前記収集された電荷が、スプリアス電荷を生成することを含み、前記信号ノイズが、スプリアス電荷寄与をさらに含み、前記方法が、該スプリアス電荷寄与を決定することをさらに含む、請求項17に記載の方法。
- 前記暗電流寄与を決定することが、前記第一出力信号と前記第二出力信号とを相関を明らかにすることを含む、請求項16に記載の方法。
- 第一露光時間の間出力信号を収集することによって前記第一出力信号を複数提供することと、第二露出時間の間出力信号を収集することによって前記第二出力信号を複数提供することとをさらに含み、前記暗電流寄与を決定することは、該複数の第一出力信号に対する第一平均値と、該複数の第二出力信号に対する平均値を計算することとを含む、請求項19に記載の方法。
- 前記読出オフセット寄与を決定することが、前記第三出力信号を分析することを含む、請求項19に記載の方法。
- 前記スプリアス電荷寄与を決定することが、前記収集された電荷の前記移動を分析することを含む、請求項17に記載の方法。
- 前記スプリアス電荷寄与が、前記ピクセル周辺の領域に印加されるゲート電圧プロファイルに依存する、請求項22に記載の方法。
- 前記暗電流寄与を決定することが、各ピクセルの暗電流信号出力と、該ピクセルのアレイに関連した暗電流の平均、中央値または加重平均とを比較することによる、該ピクセルのアレイ内のホットピクセルの識別を含む、請求項16に記載の方法。
- 前記ピクセルのアレイ内のデッドピクセルを決定することをさらに含む、請求項16に記載の方法。
- 前記暗電流寄与と前記読出オフセット寄与とに対する補正によって蛍光に応答する各ピクセルからの前記信号出力を標準化することをさらに含む、請求項16に記載の方法。
- 光応答不均一寄与に対する補正によって蛍光に応答する各ピクセルからの前記信号出力を標準化することをさらに含む、請求項26に記載の方法。
- スプリアス電荷寄与に対する補正によって蛍光に応答する各ピクセルからの前記信号出力を標準化することをさらに含む、請求項27に記載の方法。
- 生物学的サンプルの分析に適合された電荷結合素子(CCD)の動作に関連した信号ノイズを特徴づける方法であって、該信号ノイズが、暗電流寄与と、読出オフセット寄与と、スプリアス電荷寄与とを含み、該方法は、
第一露光期間の間、実質的暗状態の下で該CCDから提供される第一出力に関連した複数の第一データポイントを提供することと、
第二露出期間の間、該実質的暗状態の下で該CCDから提供される第二出力に関連した複数の第二データポイントを提供することであって、該第二露出期間は該第一露出期間とは異なる、ことと、
電荷を移動せずに該CCDのクリアされた出力レジスタから提供される第三出力に関連した複数の第三データポイントを提供することと、
該第一データポイントと該第二データポイントとを比較することによって、単位露光時間あたりの該暗電流寄与を決定することと、
該第三データポイントから該読出オフセット寄与を決定することと、
該暗電流寄与と該読出オフセット寄与とに基づいて該スプリアス電荷寄与を決定することと
を含む、方法。 - 前記第一データポイントと前記第二データポイントとを比較することは、第一データポイント分布からの第一平均値と、第二データポイント分布からの第二平均値とを提供することを含む、請求項29に記載の方法。
- 前記平均値は、各分布のガウス分析によって提供される、請求項30に記載の方法。
- 前記第一データポイントと前記第二データポイントとを比較することは、前記データポイントの線形回帰を含む、請求項29に記載の方法。
- 前記線形回帰の傾きは、単位露光時間あたりの前記暗電流寄与を表す、請求項32に記載の方法。
- 前記線形回帰のy切片は、前記読出オフセット寄与とスプリアス電荷寄与との合計を表す、請求項33に記載の方法。
- 前記第三データポイントから前記読出オフセット寄与を決定することは、第三データポイント分布からの平均オフセット値を提供することを含む、請求項29に記載の方法。
- 前記平均オフセット値は、前記第三データポイント分布のガウス分析によって提供される、請求項35に記載の方法。
- ヌクレオチド配列決定と、マイクロアレイ処理と、配列検出と、高スループットスクリーニングとのうちの少なくとも一つをさらに含む、請求項16に記載の方法。
- ヌクレオチド配列決定と、マイクロアレイ処理と、配列検出と、高スループットスクリーニングとのうちの少なくとも一つをさらに含む、請求項29に記載の方法。
- 前記複数のピクセルの少なくとも一部分に実質的暗状態を提供するために、マスク領域をさらに備える、請求項1に記載のシステム。
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